Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092	ENSGT00940000158648 #8	ENSGT00940000157568 #9	ENSGT00940000162256 #10	ENSGT00940000153947.B #11	ENSGT00940000155542.b #12	ENSGT00390000015466 #13	ENSGT00390000004336.c.a #14	ENSGT00940000153733.B #15	ENSGT00940000161645.b	ENSGT00530000063000.a.a.a #16	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b #23	ENSGT00940000155136 #24	ENSGT00940000157668 #25	ENSGT00910000147158 #26	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #27	ENSGT00390000008678 #28	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##29	ENSGT00940000155417.u.a.a.b #29	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b #30	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a #31	ENSGT00940000159251 #32	ENSGT00990000211939	ENSGT01000000214434.F #34	ENSGT00940000162061 #35	ENSGT00940000157721 #36
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092	ENSGT00940000158648 #8	ENSGT00940000157568 #9	ENSGT00940000162256 #10	ENSGT00940000153947.B #11	ENSGT00940000155542.b #12	ENSGT00390000015466 #13	ENSGT00390000004336.c.a #14	ENSGT00940000153733.B #15	ENSGT00940000161645.b	ENSGT00530000063000.a.a.a #16	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b #23	ENSGT00940000155136 #24	ENSGT00940000157668 #25	ENSGT00910000147158 #26	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #27	ENSGT00390000008678 #28	ENSGT00940000155417.u.a.a.b #29	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b #30	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a #31	ENSGT00940000159251 #32	ENSGT00990000211939	ENSGT01000000214434.F #34	ENSGT00940000162061 #35	ENSGT00940000157721 #36	ENSGT00390000018245.d #37
Goat	MODERN SPECIES	22	ENSCHIG00000022704 #7	RAVER2 (ENSCHIG00000005514) #8	CACHD1 (ENSCHIG00000012365) #9	UBE2U (ENSCHIG00000018663) #10	ROR1 (ENSCHIG00000027140) #11	PGM1 (ENSCHIG00000018654) #12	EFCAB7 (ENSCHIG00000020023) #13	ITGB3BP (ENSCHIG00000015244) #14	ALG6 (ENSCHIG00000019050) #15	ATG4C (ENSCHIG00000024580) #16	ENSCHIG00000022527 #17	ENSCHIG00000013344 #18	ANGPTL3 (ENSCHIG00000018304) #19	DOCK7 (ENSCHIG00000022741) #20	USP1 (ENSCHIG00000015997) #21	KANK4 (ENSCHIG00000026610) #22	ENSCHIG00000012571 #23	PATJ (ENSCHIG00000023685) #24	TM2D1 (ENSCHIG00000026504) #25	ENSCHIG00000012418 #26	NFIA (ENSCHIG00000011380) #27	C1orf87 (ENSCHIG00000023812) #28	CYP2J26 (ENSCHIG00000021521) #29	CYP2J29 (ENSCHIG00000009032) #30	CYP2J30 (ENSCHIG00000022554) #31	HOOK1 (ENSCHIG00000025016) #32	ENSCHIG00000018971 #33	FGGY (ENSCHIG00000022252) #34	JUN (ENSCHIG00000004093) #35	MYSM1 (ENSCHIG00000007198) #36	TACSTD2 (ENSCHIG00000012887) #37
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		LEPROT (ENSOARG00020026025)	DNAJC6 (ENSOARG00020025984)	ENSOARG00020025972	JAK1 (ENSOARG00020025959)	RAVER2 (ENSOARG00020025947) #8	CACHD1 (ENSOARG00020025918) #9	UBE2U (ENSOARG00020025900) #10	ROR1 (ENSOARG00020025892) #11	ITGB3BP (ENSOARG00020025849) #14	ALG6 (ENSOARG00020025843) #15	FOXD3 (ENSOARG00020025839)	ATG4C (ENSOARG00020025832) #16	ANGPTL3 (ENSOARG00020025829) #19	DOCK7 (ENSOARG00020025422) #20	USP1 (ENSOARG00020025306) #21	KANK4 (ENSOARG00020025276) #22	ENSOARG00020025257 #23	ENSOARG00020025248 #23	ENSOARG00020025242	PATJ (ENSOARG00020024177) #24	TM2D1 (ENSOARG00020024049) #25	NFIA (ENSOARG00020023719) #27	ENSOARG00020023663 ##29	ENSOARG00020023639 #28	CYP2J (ENSOARG00020023337) ##29	HOOK1 (ENSOARG00020023235) #32	ENSOARG00020023217	FGGY (ENSOARG00020023091) #34	ENSOARG00020023058	JUN (ENSOARG00020023038) #35	MYSM1 (ENSOARG00020022826) #36
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092	ENSGT00940000158648 #8	ENSGT00940000157568 #9	ENSGT00940000162256 #10	ENSGT00940000153947.B #11	ENSGT00940000155542.b #12	ENSGT00390000015466 #13	ENSGT00390000004336.c.a #14	ENSGT00940000153733.B #15	ENSGT00940000161645.b	ENSGT00530000063000.a.a.a #16	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000162456.p	ENSGT00740000117158	ENSGT00940000164101.b #23	ENSGT00940000155136 #24	ENSGT00940000157668 #25	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #27	ENSGT00390000008678 #28	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##29	ENSGT00940000155417.u.a.a.b #29	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b #30	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a.a #31	ENSGT00940000159251 #32	ENSGT01000000214434.F #34	ENSGT00940000162061 #35	ENSGT00940000157721 #36
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154568.u	ENSGT00940000157092	ENSGT00940000158648 #8	ENSGT00940000157568 #9	ENSGT00940000162256 #10	ENSGT00940000153947.B #11	ENSGT00940000155542.b #12	ENSGT00390000015466 #13	ENSGT00390000004336.c.a #14	ENSGT00940000153733.B #15	ENSGT00940000161645.b	ENSGT00530000063000.a.a.a #16	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000162456.p	ENSGT00740000117158	ENSGT00940000164101.b #23	ENSGT00940000155136 #24	ENSGT00940000157668 #25	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #27	ENSGT00390000008678 #28	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##29	ENSGT00940000155417.u.a.a.b #29	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b #30	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a.b #31	ENSGT00940000159251 #32	ENSGT01000000214434.F #34	ENSGT00940000162061 #35	ENSGT00940000157721 #36
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158755	ENSGT00940000154568.u	ENSGT00940000157092	ENSGT00940000158648 #8	ENSGT00940000157568 #9	ENSGT00940000162256 #10	ENSGT00940000153947.B #11	ENSGT00940000155542.b #12	ENSGT00390000015466 #13	ENSGT00390000004336.c.a #14	ENSGT00940000153733.B #15	ENSGT00530000063000.a.a.a #16	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000162456.p	ENSGT00740000117158	ENSGT00940000164101.b #23	ENSGT00940000155136 #24	ENSGT00940000157668 #25	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #27	ENSGT00390000008678 #28	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##29	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a.b #31	ENSGT00940000159251 #32	ENSGT01000000214434.F #34	ENSGT00940000162061 #35	ENSGT00940000157721 #36	ENSGT00390000018245.d #37	ENSGT00390000007027
Wild yak	MODERN SPECIES	392																KANK4 (ENSBMUG00000001446) #22	ENSBMUG00000001402	ENSBMUG00000001387	ENSBMUG00000001377 #23	PATJ (ENSBMUG00000001186) #24	TM2D1 (ENSBMUG00000000863) #25	ENSBMUG00000000848	ENSBMUG00000000847	NFIA (ENSBMUG00000000809) #27	C1orf87 (ENSBMUG00000000659) #28	ENSBMUG00000000623 #29	ENSBMUG00000000601 ##29
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	ENSBGRG00000014022	ENSBGRG00000014156	JAK1 (ENSBGRG00000014206)	RAVER2 (ENSBGRG00000014623) #8	CACHD1 (ENSBGRG00000014987) #9	UBE2U (ENSBGRG00000016440) #10	ROR1 (ENSBGRG00000016686) #11	ENSBGRG00000017009	EFCAB7 (ENSBGRG00000017077) #13	ENSBGRG00000018100 #14	ALG6 (ENSBGRG00000018183) #15	ATG4C (ENSBGRG00000018342) #16	DOCK7 (ENSBGRG00000018618) #20	ANGPTL3 (ENSBGRG00000021909) #19	USP1 (ENSBGRG00000021990) #21	ENSBGRG00000022077 #22	ENSBGRG00000022209	ENSBGRG00000022229	ENSBGRG00000022263 #23	PATJ (ENSBGRG00000022311) #24	ENSBGRG00000022909	ENSBGRG00000022922	TM2D1 (ENSBGRG00000022969) #25	ENSBGRG00000023087	NFIA (ENSBGRG00000023142) #27	C1orf87 (ENSBGRG00000023807) #28	ENSBGRG00000023881 ##29	ENSBGRG00000024031 #31	HOOK1 (ENSBGRG00000024297) #32	FGGY (ENSBGRG00000024465) #34	ENSBGRG00000024541
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154568.u	ENSGT00940000157092	ENSGT00940000158648 #8	ENSGT00940000157568 #9	ENSGT00940000162256 #10	ENSGT00940000153947.B #11	ENSGT00940000155542.b #12	ENSGT00390000015466 #13	ENSGT00390000004336.c.a #14	ENSGT00940000153733.B #15	ENSGT00940000161645.b	ENSGT00530000063000.a.a.a #16	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00740000117158	ENSGT00940000164101.b #23	ENSGT00940000155136 #24	ENSGT00940000157668 #25	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #27	ENSGT00390000008678 #28	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##29	ENSGT00940000155417.u.a.a.b #29	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b #30	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a.a #31	ENSGT00940000159251 #32	ENSGT01000000214434.F #34	ENSGT00940000162061 #35	ENSGT00940000157721 #36	ENSGT00390000018245.d #37
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	ENSBIXG00005006461	CACHD1 (ENSBIXG00005021823) #9	UBE2U (ENSBIXG00005021577) #10	ENSBIXG00005000011	ROR1 (ENSBIXG00005021527) #11	ENSBIXG00005021452	PGM1 (ENSBIXG00005021422) #12	EFCAB7 (ENSBIXG00005003600) #13	ENSBIXG00005021312 #14	ALG6 (ENSBIXG00005021259) #15	ENSBIXG00005021222	ATG4C (ENSBIXG00005003580) #16	DOCK7 (ENSBIXG00005020995) #20	ANGPTL3 (ENSBIXG00005020614) #19	USP1 (ENSBIXG00005020600) #21	KANK4 (ENSBIXG00005020554) #22	ENSBIXG00005020474	ENSBIXG00005020451 #23	PATJ (ENSBIXG00005003424) #24	ENSBIXG00005020179	TM2D1 (ENSBIXG00005020166) #25	ENSBIXG00005020134	NFIA (ENSBIXG00005020048) #27	ENSBIXG00005019575	C1orf87 (ENSBIXG00005019556) #28	ENSBIXG00005019472 #30	ENSBIXG00005019340 #29	HOOK1 (ENSBIXG00005003139) #32	FGGY (ENSBIXG00005019237) #34	ENSBIXG00005019169	ENSBIXG00005019148
Cow	MODERN SPECIES	22	AK4 (ENSBTAG00000030674)	JAK1 (ENSBTAG00000003147)	RAVER2 (ENSBTAG00000030686) #8	CACHD1 (ENSBTAG00000016455) #9	UBE2U (ENSBTAG00000040268) #10	ROR1 (ENSBTAG00000012312) #11	PGM1 (ENSBTAG00000019011) #12	EFCAB7 (ENSBTAG00000002600) #13	ITGB3BP (ENSBTAG00000030710) ##14	ALG6 (ENSBTAG00000030706) #15	FOXD3 (ENSBTAG00000008501)	ATG4C (ENSBTAG00000010124) #16	DOCK7 (ENSBTAG00000019877) #20	ANGPTL3 (ENSBTAG00000021386) #19	USP1 (ENSBTAG00000020451) #21	KANK4 (ENSBTAG00000014382) #22	ENSBTAG00000047830	PATJ (ENSBTAG00000021975) #24	ENSBTAG00000046720	TM2D1 (ENSBTAG00000017161) #25	ENSBTAG00000009769	NFIA (ENSBTAG00000000074) #27	C3H1orf87 (ENSBTAG00000009481) #28	ENSBTAG00000051542 ##29	ENSBTAG00000051904 #29	ENSBTAG00000053766 ##29	CYP2J30 (ENSBTAG00000051030) #31	HOOK1 (ENSBTAG00000030671) #32	FGGY (ENSBTAG00000030669) #34	JUN (ENSBTAG00000004037) #35	MYSM1 (ENSBTAG00000013961) #36
American bison	MODERN SPECIES	2943								PGM1 (ENSBBBG00000021191) #12	EFCAB7 (ENSBBBG00000021157) #13	ENSBBBG00000021141 #14	ALG6 (ENSBBBG00000021124) #15	ATG4C (ENSBBBG00000021066) #16	DOCK7 (ENSBBBG00000020989) #20	ANGPTL3 (ENSBBBG00000000578) #19	USP1 (ENSBBBG00000000583) #21	KANK4 (ENSBBBG00000000615) #22	ENSBBBG00000000661	ENSBBBG00000000675	ENSBBBG00000000683 #23	PATJ (ENSBBBG00000020417) #24	TM2D1 (ENSBBBG00000020219) #25	ENSBBBG00000005451	NFIA (ENSBBBG00000020188) #27