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Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160702.b #8	ENSGT00940000161426 #9	ENSGT00940000160482	ENSGT00940000154962.B #10	ENSGT00940000159204 #11	ENSGT00940000155996 #12	ENSGT00390000017265 #13	ENSGT00940000156602 #14	ENSGT00940000158288 #15	ENSGT00390000004068 #16	ENSGT00940000155447 #17	ENSGT00500000044926 #18	ENSGT00390000011476 #19	ENSGT00940000157052 #20	ENSGT00940000161718 #21	ENSGT00940000155157 #22	ENSGT00940000156955 #23	ENSGT00950000183145.E	ENSGT00940000162108.tb #24	ENSGT00940000154525.b.a #25	ENSGT00940000164044.b	ENSGT00390000017384 #26	ENSGT00390000017554 #27	ENSGT00940000155035 #28	ENSGT00940000156525 #29	ENSGT00940000158286 #30	ENSGT00940000160392 #31	ENSGT00950000183091.A.a.o #32	ENSGT00950000183001.a.a #33	ENSGT00940000156414 #34	ENSGT00390000004719 #35
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160702.b #8	ENSGT00940000161426 #9	ENSGT00940000160482	ENSGT00940000154962.B #10	ENSGT00940000159204 #11	ENSGT00940000155996 #12	ENSGT00390000017265 #13	ENSGT00940000156602 #14	ENSGT00940000158288 #15	ENSGT00390000004068 #16	ENSGT00940000155447 #17	ENSGT00500000044926 #18	ENSGT00390000011476 #19	ENSGT00940000157052 #20	ENSGT00940000161718 #21	ENSGT00940000155157 #22	ENSGT00940000156955 #23	ENSGT00950000183145.E	ENSGT00940000162108.tb #24	ENSGT00940000154525.b.a #25	ENSGT00940000164044.b	ENSGT00390000017384 #26	ENSGT00390000017554 #27	ENSGT00940000155035.e.a #28	ENSGT00940000156525 #29	ENSGT00940000158286 #30	ENSGT00940000160392 #31	ENSGT00950000183091.A.a.o #32	ENSGT00950000183001.a.a #33	ENSGT00940000156414 #34	ENSGT00390000004719 #35
Guinea pig	MODERN SPECIES	1	PRDX3 (ENSCPOG00000039588) #7	GRK5 (ENSCPOG00000007453) #8	RGS10 (ENSCPOG00000004325) #9	ENSCPOG00000006074 #10	BAG3 (ENSCPOG00000007549) #11	INPP5F (ENSCPOG00000009019) #12	MCMBP (ENSCPOG00000009028) #13	SEC23IP (ENSCPOG00000004752) #14	PLPP4 (ENSCPOG00000012587) #15	WDR11 (ENSCPOG00000014291) #16	FGFR2 (ENSCPOG00000008833) #17	ATE1 (ENSCPOG00000025966) #18	NSMCE4A (ENSCPOG00000000625) #19	ENSCPOG00000000626 #20	BTBD16 (ENSCPOG00000000630) #21	PLEKHA1 (ENSCPOG00000000631) #22	HTRA1 (ENSCPOG00000000632) #23	ENSCPOG00000001267 #24	CUZD1 (ENSCPOG00000003649) #25	C10orf88 (ENSCPOG00000006675) #26	PSTK (ENSCPOG00000030265) #27	ENSCPOG00000037527 #28	ACADSB (ENSCPOG00000012372) #29	HMX3 (ENSCPOG00000011950) #30	HMX2 (ENSCPOG00000032283) #31	BUB3 (ENSCPOG00000011957) #32	GPR26 (ENSCPOG00000037735) #33	CPXM2 (ENSCPOG00000009383) #34	CHST15 (ENSCPOG00000038052) #35	OAT (ENSCPOG00000010340) #36	LHPP (ENSCPOG00000005337) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000153430.a.b #7	ENSGT00940000160702.b #8	ENSGT00940000161426 #9	ENSGT00940000160482	ENSGT00940000159204 #11	ENSGT00940000155996 #12	ENSGT00390000017265 #13	ENSGT00940000156602 #14	ENSGT00940000158288 #15	ENSGT00390000004068 #16	ENSGT00940000155447 #17	ENSGT00500000044926 #18	ENSGT00390000011476 #19	ENSGT00940000157052 #20	ENSGT00940000161718 #21	ENSGT00940000155157 #22	ENSGT00940000156955 #23	ENSGT00950000183145.E	ENSGT00940000162108.tb #24	ENSGT00940000154525.b.a #25	ENSGT00940000164044.b	ENSGT00390000017384 #26	ENSGT00390000017554 #27	ENSGT00940000155035.e.a #28	ENSGT00940000156525 #29	ENSGT00940000158286 #30	ENSGT00940000160392 #31	ENSGT00950000183091.A.a.o #32	ENSGT00950000183001.a.a #33	ENSGT00940000156414 #34	ENSGT00390000004719 #35
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	184												ATE1 (ENSCLAG00000002097) #18	NSMCE4A (ENSCLAG00000002459) #19	TACC2 (ENSCLAG00000002687) #20	BTBD16 (ENSCLAG00000005827) #21	PLEKHA1 (ENSCLAG00000006674) #22	HTRA1 (ENSCLAG00000002509) #23	ENSCLAG00000002836 #24	CUZD1 (ENSCLAG00000003061) #25	ENSCLAG00000002221	ENSCLAG00000002572	C10orf88 (ENSCLAG00000002628) #26	PSTK (ENSCLAG00000002960) #27	ENSCLAG00000002888 #28	ACADSB (ENSCLAG00000003369) #29	HMX3 (ENSCLAG00000004802) #30	HMX2 (ENSCLAG00000005166) #31	BUB3 (ENSCLAG00000005834) #32	GPR26 (ENSCLAG00000001930) #33	CPXM2 (ENSCLAG00000001957) #34	CHST15 (ENSCLAG00000002182) #35
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	51	ENSODEG00000020513	ENSODEG00000017620	ENSODEG00000017622	PLPP4 (ENSODEG00000017787) #15	ENSODEG00000017528	WDR11 (ENSODEG00000017999) #16	ENSODEG00000017729	ENSODEG00000017521	FGFR2 (ENSODEG00000017727) #17	ENSODEG00000017613	ATE1 (ENSODEG00000017714) #18	NSMCE4A (ENSODEG00000017586) #19	ENSODEG00000017758 #20	BTBD16 (ENSODEG00000017181) #21	ENSODEG00000017646	ENSODEG00000017854 #22	HTRA1 (ENSODEG00000017523) #23	ENSODEG00000017538	ENSODEG00000017508	ENSODEG00000017380 #24	CUZD1 (ENSODEG00000017550) #25	C10orf88 (ENSODEG00000017572) #26	PSTK (ENSODEG00000017417) #27	ENSODEG00000017599 ##28	ACADSB (ENSODEG00000017347) #29	HMX3 (ENSODEG00000017303) #30	HMX2 (ENSODEG00000017125) #31	ENSODEG00000017376 #32	ENSODEG00000020472	GPR26 (ENSODEG00000017488) #33	CPXM2 (ENSODEG00000017290) #34
Degu	MODERN SPECIES	122											ENSODEG00000006114	ZPLD1 (ENSODEG00000007525)	ENSODEG00000007067	ENSODEG00000005667	NFKBIZ (ENSODEG00000005703)	ENSODEG00000005326 #22	ENSODEG00000007096	NXPE3 (ENSODEG00000006809)	ENSODEG00000006503	ENSODEG00000005842	ZBTB11 (ENSODEG00000006262)	ENSODEG00000019290	ENSODEG00000005207	SENP7 (ENSODEG00000006738)	ENSODEG00000005550	IMPG2 (ENSODEG00000006079)	ABI3BP (ENSODEG00000005855)	ENSODEG00000005535	ADGRG7 (ENSODEG00000005676)	TMEM45A (ENSODEG00000005098)	ENSODEG00000006299
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	4	SEC23IP (ENSHGLG00000013752) #14	ENSHGLG00000045415	PLPP4 (ENSHGLG00000012927) #15	ENSHGLG00000044013	WDR11 (ENSHGLG00000010871) #16	ENSHGLG00000011201 #17	ENSHGLG00000032507	ENSHGLG00000006514	ENSHGLG00000045128	ENSHGLG00000018201 #18	NSMCE4A (ENSHGLG00000013057) #19	ENSHGLG00000035516 #20	ENSHGLG00000014774 #20	BTBD16 (ENSHGLG00000010643) #21	ENSHGLG00000043818	ENSHGLG00000009809 #22	HTRA1 (ENSHGLG00000011897) #23	ENSHGLG00000014651	ENSHGLG00000045576	ENSHGLG00000041620 #24	ENSHGLG00000014383	ENSHGLG00000047493	ENSHGLG00000011520	ENSHGLG00000044519	ENSHGLG00000039988	ENSHGLG00000033348	ENSHGLG00000014509	TM9SF3 (ENSHGLG00000012450)	TLL2 (ENSHGLG00000013626)	OPALIN (ENSHGLG00000042100)	DNTT (ENSHGLG00000009905)
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Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	13	BAG3 (ENSSVLG00005002726) #11	INPP5F (ENSSVLG00005002590) #12	MCMBP (ENSSVLG00005002533) #13	SEC23IP (ENSSVLG00005002496) #14	PLPP4 (ENSSVLG00005002461) #15	WDR11 (ENSSVLG00005002429) #16	FGFR2 (ENSSVLG00005002254) #17	ENSSVLG00005002095	ATE1 (ENSSVLG00005002012) #18	ENSSVLG00005001969	ENSSVLG00005001936 #19	ENSSVLG00005001901 #20	ENSSVLG00005001566 #20	BTBD16 (ENSSVLG00005001375) #21	ENSSVLG00005001346	PLEKHA1 (ENSSVLG00005001323) #22	HTRA1 (ENSSVLG00005001280) #23	ENSSVLG00005001252	ENSSVLG00005001198	ENSSVLG00005001120 #24	CUZD1 (ENSSVLG00005001077) #25	ENSSVLG00005001055 #26	ENSSVLG00005001041	ENSSVLG00005001016 #26	PSTK (ENSSVLG00005000980) #27	IKZF5 (ENSSVLG00005000956) #28	ACADSB (ENSSVLG00005000924) #29	HMX3 (ENSSVLG00005000902) #30	HMX2 (ENSSVLG00005000888) #31	BUB3 (ENSSVLG00005000858) #32	ENSSVLG00005000813
Marmotini	DUPLICATION
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000160702.b #8	ENSGT00940000161426 #9	ENSGT00940000160482	ENSGT00940000159204 #11	ENSGT00940000155996 #12	ENSGT00390000017265 #13	ENSGT00940000156602 #14	ENSGT00940000158288 #15	ENSGT00390000004068 #16	ENSGT00940000155447 #17	ENSGT00500000044926 #18	ENSGT00390000016534.B	ENSGT00390000011476 #19	ENSGT00940000157052 #20	ENSGT00940000161718 #21	ENSGT00940000155157.k #22	ENSGT00940000156955 #23	ENSGT00390000005511	ENSGT00940000162108.tb #24	ENSGT00940000154525.b.a #25	ENSGT00940000164044.b	ENSGT00390000017384 #26	ENSGT00390000017554 #27	ENSGT00940000155035 #28	ENSGT00940000156525 #29	ENSGT00940000158286 #30	ENSGT00940000160392 #31	ENSGT00950000183091.A.a.m.a #32	ENSGT00950000183001.a.a #33	ENSGT00940000156414 #34	ENSGT00390000004719 #35
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000160702.b #8	ENSGT00940000161426 #9	ENSGT00940000160482	ENSGT00940000159204 #11	ENSGT00940000155996 #12	ENSGT00390000017265 #13	ENSGT00940000156602 #14	ENSGT00940000158288 #15	ENSGT00390000004068 #16	ENSGT00940000155447 #17	ENSGT00500000044926 #18	ENSGT00390000016534.B	ENSGT00390000011476 #19	ENSGT00940000157052 #20	ENSGT00940000161718 #21	ENSGT00940000155157.k #22	ENSGT00940000156955 #23	ENSGT00390000005511	ENSGT00940000162108.tb #24	ENSGT00940000154525.b.a #25	ENSGT00940000164044.b	ENSGT00390000017384 #26	ENSGT00390000017554 #27	ENSGT00940000155035 #28	ENSGT00940000156525 #29	ENSGT00940000158286 #30	ENSGT00940000160392 #31	ENSGT00950000183091.A.a.m.a #32	ENSGT00950000183001.a.a #33	ENSGT00940000156414 #34	ENSGT00390000004719 #35
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	28	TIAL1 (ENSUPAG00010006642)	BAG3 (ENSUPAG00010006628) #11	INPP5F (ENSUPAG00010006608) #12	MCMBP (ENSUPAG00010006578) #13	SEC23IP (ENSUPAG00010006554) #14	ENSUPAG00010006552	PLPP4 (ENSUPAG00010006532) #15	WDR11 (ENSUPAG00010006463) #16	FGFR2 (ENSUPAG00010006384) #17	ATE1 (ENSUPAG00010006266) #18	ENSUPAG00010006255	NSMCE4A (ENSUPAG00010006240) #19	TACC2 (ENSUPAG00010005112) #20	BTBD16 (ENSUPAG00010004978) #21	ENSUPAG00010004971	ENSUPAG00010004924 #22	HTRA1 (ENSUPAG00010004911) #23	ENSUPAG00010004901	ENSUPAG00010004894	ENSUPAG00010004857	CUZD1 (ENSUPAG00010004852) #25	ENSUPAG00010004845	ENSUPAG00010004823 #26	PSTK (ENSUPAG00010004819) #27	IKZF5 (ENSUPAG00010004809) #28	ACADSB (ENSUPAG00010004778) #29	HMX3 (ENSUPAG00010004771) #30	HMX2 (ENSUPAG00010004763) #31	BUB3 (ENSUPAG00010004752) #32	GPR26 (ENSUPAG00010004746) #33	CPXM2 (ENSUPAG00010004732) #34
Squirrel	MODERN SPECIES	86	GRK5 (ENSSTOG00000002553) #8	RGS10 (ENSSTOG00000004925) #9	TIAL1 (ENSSTOG00000025095)	BAG3 (ENSSTOG00000023267) #11	ENSSTOG00000032848	INPP5F (ENSSTOG00000005115) #12	MCMBP (ENSSTOG00000005145) #13	SEC23IP (ENSSTOG00000005178) #14	PLPP4 (ENSSTOG00000006962) #15	WDR11 (ENSSTOG00000006935) #16	FGFR2 (ENSSTOG00000003979) #17	ATE1 (ENSSTOG00000027779) #18	NSMCE4A (ENSSTOG00000011112) #19	ENSSTOG00000022252 #20	BTBD16 (ENSSTOG00000015270) #21	ENSSTOG00000010191 #22	HTRA1 (ENSSTOG00000026475) #23	ENSSTOG00000034031	ENSSTOG00000026812 #24	CUZD1 (ENSSTOG00000008183) #25	ENSSTOG00000030864	ENSSTOG00000033040 #26	PSTK (ENSSTOG00000006955) #27	IKZF5 (ENSSTOG00000028669) #28	ACADSB (ENSSTOG00000006965) #29	HMX3 (ENSSTOG00000003981) #30	HMX2 (ENSSTOG00000000994) #31	ENSSTOG00000021785 #32	GPR26 (ENSSTOG00000026881) #33	CPXM2 (ENSSTOG00000020281) #34	CHST15 (ENSSTOG00000020654) #35
Alpin marmot	MODERN SPECIES	53	TIAL1 (ENSMMMG00000000560)	BAG3 (ENSMMMG00000000616) #11	INPP5F (ENSMMMG00000000681) #12	MCMBP (ENSMMMG00000000744) #13	SEC23IP (ENSMMMG00000000778) #14	PLPP4 (ENSMMMG00000000832) #15	ENSMMMG00000000883	ENSMMMG00000000896	WDR11 (ENSMMMG00000000912) #16	FGFR2 (ENSMMMG00000000986) #17	ATE1 (ENSMMMG00000001092) #18	NSMCE4A (ENSMMMG00000001206) #19	ENSMMMG00000001271 #20	ENSMMMG00000001553 #20	BTBD16 (ENSMMMG00000001579) #21	ENSMMMG00000001679 #22	ENSMMMG00000001757	ENSMMMG00000001770 #23	ENSMMMG00000001790	C10orf120 (ENSMMMG00000001925)	ENSMMMG00000001938 #24	ENSMMMG00000001979 #24	CUZD1 (ENSMMMG00000001993) #25	PSTK (ENSMMMG00000002014) #27	IKZF5 (ENSMMMG00000002033) #28	ACADSB (ENSMMMG00000002052) #29	HMX2 (ENSMMMG00000002076) #31	ENSMMMG00000002090 #32	GPR26 (ENSMMMG00000002142) #33	CPXM2 (ENSMMMG00000002158) #34	CHST15 (ENSMMMG00000002233) #35
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	29										ENSGT00940000155454	ENSGT00940000155219	ENSGT00480000042679.b.b	ENSGT00390000013700	ENSGT00950000186331	ENSGT00940000157039.b	ENSGT00940000155157.l #22	ENSGT00390000013956	ENSGT00940000155175.A	ENSGT00940000156877	ENSGT00950000183174.B.b	ENSGT00390000011709	ENSGT00390000006601	ENSGT00940000158106	ENSGT00940000153313.B	ENSGT01070000253816.a.a.b	ENSGT00940000159907	ENSGT00390000006788.a.b	ENSGT00390000005130	ENSGT00390000000693	ENSGT00940000162467.b	ENSGT00940000163647
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	240											ENSGT00940000155454	ENSGT00940000155219	ENSGT00480000042679.b.b	ENSGT00390000013700	ENSGT00940000157039.b	ENSGT00940000155157.l #22	ENSGT00390000013956	ENSGT00940000155175.A	ENSGT00940000156877	ENSGT00950000183174.B.b	ENSGT00390000011709
Squirrel	MODERN SPECIES	267											OLFM4 (ENSSTOG00000019753)	PCDH8 (ENSSTOG00000022966)	CNMD (ENSSTOG00000004192)	SUGT1 (ENSSTOG00000004159)	ELF1 (ENSSTOG00000007700)	ENSSTOG00000006234 #22	WBP4 (ENSSTOG00000024976)	KBTBD7 (ENSSTOG00000029195)	MTRF1 (ENSSTOG00000021682)	NAA16 (ENSSTOG00000002798)	RGCC (ENSSTOG00000025358)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	216											OLFM4 (ENSUPAG00010022208)	PCDH8 (ENSUPAG00010022211)	CNMD (ENSUPAG00010022215)	SUGT1 (ENSUPAG00010022218)	ELF1 (ENSUPAG00010022223)	ENSUPAG00010022225 #22	WBP4 (ENSUPAG00010022226)	KBTBD7 (ENSUPAG00010022229)	MTRF1 (ENSUPAG00010022231)	NAA16 (ENSUPAG00010022237)	RGCC (ENSUPAG00010022251)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	13										OLFM4 (ENSMMMG00000000484)	PCDH8 (ENSMMMG00000000439)	CNMD (ENSMMMG00000000405)	SUGT1 (ENSMMMG00000000341)	ENSMMMG00000000315	ELF1 (ENSMMMG00000000224)	ENSMMMG00000000196 #22	WBP4 (ENSMMMG00000000179)	KBTBD7 (ENSMMMG00000000126)	MTRF1 (ENSMMMG00000000091)	NAA16 (ENSMMMG00000000060)	RGCC (ENSMMMG00000023619)	VWA8 (ENSMMMG00000023535)	DGKH (ENSMMMG00000023481)	AKAP11 (ENSMMMG00000023475)	TNFSF11 (ENSMMMG00000023474)	ENSMMMG00000023473	EPSTI1 (ENSMMMG00000023471)	ENOX1 (ENSMMMG00000023468)	ENSMMMG00000023467	CCDC122 (ENSMMMG00000023465)	LACC1 (ENSMMMG00000023463)