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deer mouse MODERN SPECIES 4 ENSPEMG00000027160 Dlgap1 (ENSPEMG00000020719) ENSPEMG00000031236 ENSPEMG00000026379 Myl12b (ENSPEMG00000022144) Myl12a (ENSPEMG00000021243) Myom1 (ENSPEMG00000010271) Lpin2 (ENSPEMG00000016819) Emilin2 (ENSPEMG00000000648) Smchd1 (ENSPEMG00000010741) Ndc80 (ENSPEMG00000011873) ENSPEMG00000012275 ENSPEMG00000021564 ENSPEMG00000021079 Adcyap1 (ENSPEMG00000026939) ENSPEMG00000030907 #22 ENSPEMG00000023960 Tyms (ENSPEMG00000022684) ENSPEMG00000029175 Sphkap (ENSPEMG00000023700) Daw1 (ENSPEMG00000013917) Ccl20 (ENSPEMG00000023283) Krtap28-13 (ENSPEMG00000026790) Gm47969 (ENSPEMG00000027248) Slc19a3 (ENSPEMG00000021706) Agfg1 (ENSPEMG00000024218) Tm4sf20 (ENSPEMG00000009177) Mff (ENSPEMG00000013271) Col4a3 (ENSPEMG00000022581) Col4a4 (ENSPEMG00000023902) Rhbdd1 (ENSPEMG00000022110) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 536 Adcyap1 (ENSNGAG00000021652) Yes1 (ENSNGAG00000024151) #22 ENSNGAG00000020252 Tyms (ENSNGAG00000024065) Cetn1 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ENSGT00940000157047 ENSGT00940000158052.a ENSGT00560000078638 ENSGT00940000156220 ENSGT00940000155230 ENSGT00940000153607.c.b ENSGT00940000153607.c.a ENSGT00940000154982 ENSGT00940000156313 ENSGT01030000234633.B.a ENSGT00390000006950.n ENSGT00390000018386 ENSGT00390000016237 ENSGT00950000183154.b.a.b ENSGT00940000154920.o.a.b #22 ENSGT00390000014290 ENSGT00390000014786 ENSGT00530000063668.A ENSGT00940000157209.jb ENSGT00950000183074.A ENSGT00390000016232 ENSGT00390000009615 ENSGT01030000234517.A ENSGT00390000008041.B ENSGT00940000157762 ENSGT00510000047245 ENSGT00950000182902.a.c ENSGT00940000156781 ENSGT00940000160814 ENSGT00530000063835.b Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000158929 ENSGT00940000157047 ENSGT00940000158052.a ENSGT00560000078638 ENSGT00940000156220 ENSGT00940000155230 ENSGT00940000153607.c.b ENSGT00940000153607.c.a ENSGT00940000154982 ENSGT00940000156313 ENSGT01030000234633.B.a ENSGT00390000006950.n ENSGT00390000018386 ENSGT00390000016237 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ENSHGLG00000009276 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154920.o.b #22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 3 OR1L3 (ENSHGLG00000020769) ENSHGLG00000010749 ENSHGLG00000039540 ENSHGLG00000042559 ENSHGLG00000036598 OR1N1 (ENSHGLG00000020665) OR1J4 (ENSHGLG00000047494) OR1J2 (ENSHGLG00000021271) OR1J1 (ENSHGLG00000041026) ENSHGLG00000041786 ENSHGLG00000037075 ENSHGLG00000043538 ENSHGLG00000049533 ENSHGLG00000045250 ENSHGLG00000046365 ENSHGLG00000010134 #22 ENSHGLG00000033999 ENSHGLG00000033281 ENSHGLG00000041511 PTGS1 (ENSHGLG00000010418) ENSHGLG00000031982 MRRF (ENSHGLG00000044931) RBM18 (ENSHGLG00000011073) LHX6 (ENSHGLG00000011308) MORN5 (ENSHGLG00000048025) NDUFA8 (ENSHGLG00000011835) ENSHGLG00000034480 ENSHGLG00000034969 ENSHGLG00000012023 DAB2IP (ENSHGLG00000012363) GLT6D1 (ENSHGLG00000036677) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154920.p #22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 16 IER5 (ENSHGLG00000034929) MR1 (ENSHGLG00000009714) STX6 (ENSHGLG00000008526) KIAA1614 (ENSHGLG00000007239) XPR1 (ENSHGLG00000003855) ACBD6 (ENSHGLG00000044832) ENSHGLG00000038918 LHX4 (ENSHGLG00000009524) QSOX1 (ENSHGLG00000008148) CEP350 (ENSHGLG00000003729) ENSHGLG00000045632 ENSHGLG00000034354 ENSHGLG00000050289 ENSHGLG00000039412 ENSHGLG00000004930 ENSHGLG00000034194 #22 ENSHGLG00000004562 RGS8 (ENSHGLG00000032497) ENSHGLG00000037076 ENSHGLG00000010481 DHX9 (ENSHGLG00000005769) ENSHGLG00000005972 ENSHGLG00000040662 LAMC1 (ENSHGLG00000017483) ENSHGLG00000015294 LAMC2 (ENSHGLG00000018611) ENSHGLG00000047479 NMNAT2 (ENSHGLG00000013656) SMG7 (ENSHGLG00000009353) ENSHGLG00000048693 ENSHGLG00000048289 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00530000063698.a.b ENSGT00940000157047 ENSGT00940000158052.a ENSGT00560000078638 ENSGT00940000156220 ENSGT00940000155230 ENSGT00940000153607.c.b ENSGT00940000153607.c.a ENSGT00940000154982 ENSGT00940000156313 ENSGT01030000234633.B.a ENSGT00390000006950.n ENSGT00390000018386 ENSGT00390000016237 ENSGT00950000183154.b.a.b ENSGT00940000154920 #22 ENSGT00390000014290 ENSGT00390000014786.gb ENSGT00530000063668.A ENSGT00940000157209.jb ENSGT00950000183074.A ENSGT00390000016232 ENSGT00390000009615 ENSGT01030000234517.A ENSGT00390000008041.B ENSGT00940000157762 ENSGT00510000047245 ENSGT00950000182902.a.c ENSGT00940000156781 ENSGT00940000160814 ENSGT00530000063835.b Marmotini ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000157047 ENSGT00940000158052.a ENSGT00940000162721 ENSGT00560000078638 ENSGT00940000156220 ENSGT00940000155230 ENSGT00940000153607.c.b ENSGT00940000153607.c.a ENSGT00940000154982 ENSGT00940000156313 ENSGT01030000234633.B.a ENSGT00390000006950.n ENSGT00390000018386 ENSGT00390000016237 ENSGT00950000183154.b.a.b ENSGT00940000154920 #22 ENSGT00390000014290 ENSGT00390000014786.gb ENSGT00530000063668.A ENSGT00940000157209.jb ENSGT00950000183074.A ENSGT00390000016232 ENSGT00390000009615 ENSGT01030000234517.A ENSGT00390000008041.B ENSGT00940000157762 ENSGT00510000047245 ENSGT00950000182902.a.c ENSGT00940000156781 ENSGT00940000160814 ENSGT00530000063835.b Alpin marmot MODERN SPECIES 10 EPB41L3 (ENSMMMG00000012882) ZBTB14 (ENSMMMG00000012859) ENSMMMG00000012857 AKAIN1 (ENSMMMG00000012852) DLGAP1 (ENSMMMG00000012118) TGIF1 (ENSMMMG00000012104) MYL12B (ENSMMMG00000012089) MYL12A (ENSMMMG00000012076) MYOM1 (ENSMMMG00000011990) LPIN2 (ENSMMMG00000011908) EMILIN2 (ENSMMMG00000011901) SMCHD1 (ENSMMMG00000010857) NDC80 (ENSMMMG00000010813) METTL4 (ENSMMMG00000010797) ADCYAP1 (ENSMMMG00000010782) YES1 (ENSMMMG00000010661) #22 ENOSF1 (ENSMMMG00000010652) TYMS (ENSMMMG00000010633) CLUL1 (ENSMMMG00000010598) CETN1 (ENSMMMG00000010586) ENSMMMG00000010580 ENSMMMG00000010565 COLEC12 (ENSMMMG00000010551) THOC1 (ENSMMMG00000010509) USP14 (ENSMMMG00000010444) ROCK1 (ENSMMMG00000010370) ENSMMMG00000010344 GREB1L (ENSMMMG00000010290) ENSMMMG00000010274 ESCO1 (ENSMMMG00000010226) SNRPD1 (ENSMMMG00000010210) Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 4 AKAIN1 (ENSSVLG00005019389) ENSSVLG00005019491 DLGAP1 (ENSSVLG00005019856) TGIF1 (ENSSVLG00005020396) MYL12B (ENSSVLG00005020487) MYL12A (ENSSVLG00005020518) MYOM1 (ENSSVLG00005020656) LPIN2 (ENSSVLG00005021537) EMILIN2 (ENSSVLG00005021595) SMCHD1 (ENSSVLG00005021629) ENSSVLG00005021684 NDC80 (ENSSVLG00005021715) ENSSVLG00005021834 ENSSVLG00005021938 ADCYAP1 (ENSSVLG00005021960) ENSSVLG00005022001 #22 ENOSF1 (ENSSVLG00005022213) ENSSVLG00005022566 CLUL1 (ENSSVLG00005022648) CETN1 (ENSSVLG00005022708) COLEC12 (ENSSVLG00005022720) ENSSVLG00005022749 THOC1 (ENSSVLG00005022810) USP14 (ENSSVLG00005023043) ROCK1 (ENSSVLG00005023445) ENSSVLG00005023478 ENSSVLG00005023492 ENSSVLG00005023520 ENSSVLG00005005351 ENSSVLG00005005395 ENSSVLG00005005411 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 13 PLAU (ENSSVLG00005013500) VCL (ENSSVLG00005013208) AP3M1 (ENSSVLG00005012809) ENSSVLG00005012767 ENSSVLG00005011968 DUSP29 (ENSSVLG00005011302) DUSP13 (ENSSVLG00005011100) SAMD8 (ENSSVLG00005011005) ENSSVLG00005010821 COMTD1 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ENSGT00390000016232 ENSGT00390000009615 ENSGT01030000234517.A ENSGT00390000008413 ENSGT00390000008041.B ENSGT00940000157762 ENSGT00510000047245 ENSGT00950000182902.a.c ENSGT00940000156781 ENSGT00400000022086.a Pika MODERN SPECIES 3658 YES1 (ENSOPRG00000006004) #22 ENOSF1 (ENSOPRG00000005979) TYMS (ENSOPRG00000005955) CLUL1 (ENSOPRG00000005939) CETN1 (ENSOPRG00000005937) Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 20 ENSOCUG00000023402 AKAIN1 (ENSOCUG00000035231) DLGAP1 (ENSOCUG00000013763) ENSOCUG00000029174 ENSOCUG00000037037 TGIF1 (ENSOCUG00000013752) ENSOCUG00000021304 MYOM1 (ENSOCUG00000008571) LPIN2 (ENSOCUG00000009433) EMILIN2 (ENSOCUG00000002553) SMCHD1 (ENSOCUG00000000020) NDC80 (ENSOCUG00000015410) METTL4 (ENSOCUG00000022390) ENSOCUG00000024410 ADCYAP1 (ENSOCUG00000009463) YES1 (ENSOCUG00000005874) #22 ENOSF1 (ENSOCUG00000008678) ENSOCUG00000008667 CLUL1 (ENSOCUG00000008658) CETN1 (ENSOCUG00000009188) COLEC12 (ENSOCUG00000022216) THOC1 (ENSOCUG00000011601) USP14 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(ENSTBEG00000000814) #22 ENOSF1 (ENSTBEG00000000771) TYMS (ENSTBEG00000000713) CLUL1 (ENSTBEG00000000697) CETN1 (ENSTBEG00000000675) Primates ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000157047 ENSGT00940000158052.a ENSGT00560000078638 ENSGT00940000156220 ENSGT00900000143817 ENSGT00940000155230 ENSGT00940000153607.c.b ENSGT00940000153607.c.a ENSGT00940000154982 ENSGT00940000156313 ENSGT01030000234633.B.a ENSGT00390000006950.n ENSGT00390000018386 ENSGT00390000016237 ENSGT00950000183154.b.a.b ENSGT00940000154920 #22 ENSGT00390000014290 ENSGT00390000014786 ENSGT00530000063668.A ENSGT00940000157209.jb ENSGT00950000183074.A ENSGT00390000016232 ENSGT00390000009615 ENSGT01030000234517.A ENSGT00390000008413 ENSGT00390000008041.B ENSGT00940000157762 ENSGT00510000047245 ENSGT00950000182902.a.c ENSGT00940000156781 ENSGT00940000160814 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000157047 ENSGT00940000158052.a ENSGT00560000078638 ENSGT00940000156220 ENSGT00900000143817 ENSGT00940000155230 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THOC1 (ENSG00000079134) USP14 (ENSG00000101557) TUBB8B (ENSG00000173213) Pan ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000156220 ENSGT00900000143817 ENSGT00940000155230.fd ENSGT00940000153607.c.b ENSGT00940000153607.c.a ENSGT00940000154982 ENSGT00940000156313 ENSGT00940000154174.t ENSGT01030000234633.B.a ENSGT00390000006950.n ENSGT00390000018386 ENSGT00390000016237 ENSGT00940000165544 ENSGT00950000183154.b.a.b ENSGT00510000047760.y.b ENSGT00940000154920 #22 ENSGT00390000014290 ENSGT00390000014786 ENSGT00530000063668.A ENSGT00940000157209.jb ENSGT00950000183074.A ENSGT00390000016232 ENSGT00390000009615 ENSGT01030000234517.A ENSGT00390000008413 ENSGT00390000008041.B ENSGT00940000157762 ENSGT00510000047245 ENSGT00950000182902.a.c ENSGT00940000156781 ENSGT00940000160814 Bonobo DUPLICATION Bonobo MODERN SPECIES 13 ENSPPAG00000015152 ENSPPAG00000020373 CABIN1 (ENSPPAG00000039279) SUSD2 (ENSPPAG00000033704) GGT5 (ENSPPAG00000003938) PIWIL3 (ENSPPAG00000031985) SGSM1 (ENSPPAG00000025023) LHFPL7 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ABHD3 (ENSPTRG00000009910) MIB1 (ENSPTRG00000009912) ENSPTRG00000047027 Cercopithecidae DUPLICATION Cercopithecidae DUPLICATION Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183200.A.a.b.b.d ENSGT00940000156871 ENSGT00990000203589.a.a ENSGT00940000154184.A ENSGT00940000158425 ENSGT00940000160048 ENSGT00940000157699 ENSGT00940000154920.i.a #22 ENSGT00940000158067.b ENSGT00940000158873 ENSGT00940000159252.a ENSGT01050000246048 ENSGT00390000007349.b ENSGT00390000003948 ENSGT00390000012739 ENSGT00390000006030.d.b ENSGT00940000160516 ENSGT00940000160372 ENSGT00390000005700.a.a ENSGT00910000147944 ENSGT00390000001777 ENSGT00940000155101 ENSGT00940000156428 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183200.A.a.b.b.d ENSGT00940000156871 ENSGT00990000203589.a.a ENSGT00940000154184.A ENSGT00940000158425 ENSGT00940000160048 ENSGT00940000157699 ENSGT00940000154920.i.a #22 ENSGT00940000158067.b ENSGT00940000158873 ENSGT00940000159252.a ENSGT00390000007349.b ENSGT00390000003948 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ENSGT00940000158873 ENSGT00940000159252.a ENSGT00390000007349.b ENSGT00390000003948 ENSGT00390000012739 ENSGT00390000006030.d.b ENSGT00940000160516 ENSGT00940000160372 ENSGT00390000005700.a.a ENSGT00910000147601 ENSGT00910000147944 ENSGT00390000001777 ENSGT00940000155101 ENSGT00940000156428 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000183200.A.a.b.b.d ENSGT00940000156871 ENSGT00990000203589.a.a ENSGT00940000154184.A ENSGT00940000158425 ENSGT00940000160048 ENSGT00940000157699 ENSGT00940000154920.i.a #22 ENSGT00940000158067.b ENSGT00940000158873 ENSGT00940000159252.a ENSGT00390000007349.b ENSGT00390000003948 ENSGT00390000012739 ENSGT00390000006030.d.b ENSGT00940000160516 ENSGT00940000160372 ENSGT00390000005700.a.a ENSGT00910000147601 ENSGT00910000147944 ENSGT00390000001777 ENSGT00940000155101 ENSGT00940000156428 Sooty mangabey MODERN SPECIES 474 ENSCATG00000013082 ENSCATG00000035022 DRICH1 (ENSCATG00000037304) ENSCATG00000014595 ENSCATG00000030029 CRYBB2 (ENSCATG00000040020) 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