Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.l ##16	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.l ##16	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Pike perch	MODERN SPECIES	6	ENSSLUG00000005393 #8	TMEM117 (ENSSLUG00000005362) #9	twf1a (ENSSLUG00000005325) #10	irak4 (ENSSLUG00000005222) #11	ADAMTS20 (ENSSLUG00000004961) #12	ENSSLUG00000004927 #13	prickle1a (ENSSLUG00000004921) #14	PPHLN1 (ENSSLUG00000004908) #15	YAF2 (ENSSLUG00000004904) #16	GXYLT1 (ENSSLUG00000004900) #17	ENSSLUG00000023430	PDZRN4 (ENSSLUG00000023424) #18	CNTN1 (ENSSLUG00000021304) #19	ENSSLUG00000018562	ENSSLUG00000018300 #21	dnajb9a (ENSSLUG00000018283) #22	dnm1l (ENSSLUG00000018225) #23	tnnt2d (ENSSLUG00000018211) #24	bpgm (ENSSLUG00000018205) #25	ENSSLUG00000018200 #26	ENSSLUG00000018197 #27	ENSSLUG00000018191 #28	ENSSLUG00000018187	tnni4a (ENSSLUG00000018184) #29	ENSSLUG00000018174 #30	zgc:136858 (ENSSLUG00000018154) #31	CNOT4 (ENSSLUG00000018127) #32	KCNA1 (ENSSLUG00000018123) #33	pthlhb (ENSSLUG00000018119) #36	tmpob (ENSSLUG00000018115) #37	ldhbb (ENSSLUG00000018108)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	20	NELL2 (ENSCGOG00000020379) #7	ENSCGOG00000020343 #8	TMEM117 (ENSCGOG00000020246) #9	twf1a (ENSCGOG00000020181) #10	irak4 (ENSCGOG00000020003) #11	ADAMTS20 (ENSCGOG00000019903) #12	ENSCGOG00000019897 #13	prickle1a (ENSCGOG00000019892) #14	PPHLN1 (ENSCGOG00000019889) #15	YAF2 (ENSCGOG00000019886) #16	GXYLT1 (ENSCGOG00000019881) #17	PDZRN4 (ENSCGOG00000019879) #18	CNTN1 (ENSCGOG00000018721) #19	NRCAM (ENSCGOG00000017428) #20	ENSCGOG00000017399 #21	dnajb9a (ENSCGOG00000017397) #22	dnm1l (ENSCGOG00000015520) #23	tnnt2d (ENSCGOG00000015400) #24	bpgm (ENSCGOG00000015396) #25	ENSCGOG00000015361 #26	ENSCGOG00000015353 #27	ENSCGOG00000015351 #26	tnni4a (ENSCGOG00000015310) #29	ENSCGOG00000015309 #30	zgc:136858 (ENSCGOG00000015305) #31	CNOT4 (ENSCGOG00000015027) #32	KCNA1 (ENSCGOG00000015018) #33	ENSCGOG00000015012 #34	ENSCGOG00000015010 #35	pthlhb (ENSCGOG00000015004) #36	tmpob (ENSCGOG00000015003) #37
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000167414.e	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Stickleback	MODERN SPECIES	14	ENSGACG00000004000	NELL2 (ENSGACG00000004004) #7	TMEM117 (ENSGACG00000004020) #9	ENSGACG00000004026 #8	twf1a (ENSGACG00000004028) #10	irak4 (ENSGACG00000004050) #11	ADAMTS20 (ENSGACG00000004063) #12	prickle1a (ENSGACG00000004088) #14	ENSGACG00000004098	ENSGACG00000004099	YAF2 (ENSGACG00000004103) #16	GXYLT1 (ENSGACG00000004112) #17	PDZRN4 (ENSGACG00000004122) #18	CNTN1 (ENSGACG00000004129) #19	ENSGACG00000004140 #21	dnajb9a (ENSGACG00000004142) #22	dnm1l (ENSGACG00000004145) #23	tnnt2d (ENSGACG00000004200) #24	ENSGACG00000004208	bpgm (ENSGACG00000004215) #25	ENSGACG00000004229 #26	ENSGACG00000004247 #27	zgc:136858 (ENSGACG00000004250) #31	CNOT4 (ENSGACG00000004276) #32	KCNA1 (ENSGACG00000004302) #33	ENSGACG00000004310 #34	ENSGACG00000004313 #35	pthlhb (ENSGACG00000004317) #36	tmpob (ENSGACG00000004325) #37	ldhbb (ENSGACG00000004329)	golt1bb (ENSGACG00000004333)
Lumpfish	MODERN SPECIES	21	TMEM117 (ENSCLMG00005019977) #9	ENSCLMG00005019978 #8	twf1a (ENSCLMG00005019979) #10	irak4 (ENSCLMG00005020008) #11	ENSCLMG00005020012	ADAMTS20 (ENSCLMG00005020015) #12	ENSCLMG00005020028 #13	prickle1a (ENSCLMG00005020032) #14	PPHLN1 (ENSCLMG00005000074) #15	YAF2 (ENSCLMG00005000104) #16	GXYLT1 (ENSCLMG00005000113) #17	PDZRN4 (ENSCLMG00005000134) #18	CNTN1 (ENSCLMG00005000220) #19	ENSCLMG00005000608	ENSCLMG00005001196 #21	dnajb9a (ENSCLMG00005001306) #22	dnm1l (ENSCLMG00005001448) #23	tnnt2d (ENSCLMG00005001794) #24	bpgm (ENSCLMG00005001797) #25	ENSCLMG00005001800 #26	ENSCLMG00005001855 #27	ENSCLMG00005001915 #29	ENSCLMG00005001919 #30	zgc:136858 (ENSCLMG00005001925) #31	CNOT4 (ENSCLMG00005001931) #32	KCNA1 (ENSCLMG00005001965) #33	ENSCLMG00005001966 #34	pthlhb (ENSCLMG00005001967) #36	tmpob (ENSCLMG00005001968) #37	ldhbb (ENSCLMG00005001969)	golt1bb (ENSCLMG00005001976)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
European seabass	MODERN SPECIES	19	ENSDLAG00005018509	NELL2 (ENSDLAG00005015213) #7	ENSDLAG00005027608 #8	TMEM117 (ENSDLAG00005015089) #9	twf1a (ENSDLAG00005015040) #10	irak4 (ENSDLAG00005014882) #11	ADAMTS20 (ENSDLAG00005013654) #12	ENSDLAG00005013615 #13	PRICKLE1 (ENSDLAG00005013602) #14	PPHLN1 (ENSDLAG00005013563) #15	GXYLT1 (ENSDLAG00005013545) #17	PDZRN4 (ENSDLAG00005013514) #18	CNTN1 (ENSDLAG00005010046) #19	ENSDLAG00005025086	ENSDLAG00005024898 #21	dnajb9a (ENSDLAG00005024892) #22	dnm1l (ENSDLAG00005024853) #23	tnnt2d (ENSDLAG00005024843) #24	ENSDLAG00005029387	bpgm (ENSDLAG00005024838) #25	ENSDLAG00005024834 #26	ENSDLAG00005028687 #27	ENSDLAG00005031077 #29	ENSDLAG00005034999 #30	zgc:136858 (ENSDLAG00005024820) #31	ENSDLAG00005024813 #32	ENSDLAG00005027000 #33	ENSDLAG00005024807	pthlhb (ENSDLAG00005024806) #36	ENSDLAG00005024805 #37	ldhbb (ENSDLAG00005024801)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	492	TMEM117 (ENSLCRG00005018681) #9	twf1a (ENSLCRG00005018687) #10	irak4 (ENSLCRG00005018744) #11	ADAMTS20 (ENSLCRG00005018756) #12	ENSLCRG00005019037	ENSLCRG00005019040 #13	PPHLN1 (ENSLCRG00005019041) #15	prickle1a (ENSLCRG00005019050) #14	ENSLCRG00005019054	YAF2 (ENSLCRG00005019058) #16	GXYLT1 (ENSLCRG00005019061) #17	PDZRN4 (ENSLCRG00005019063) #18	CNTN1 (ENSLCRG00005019070) #19	NRCAM (ENSLCRG00005019196) #20	ENSLCRG00005019659 #21	dnajb9a (ENSLCRG00005019873) #22	dnm1l (ENSLCRG00005019883) #23	tnnt2d (ENSLCRG00005020050) #24	ENSLCRG00005020052 #26	bpgm (ENSLCRG00005020053) #25	ENSLCRG00005020054 #27	ENSLCRG00005020056 #28	tnni4a (ENSLCRG00005020058) #29	ENSLCRG00005020059 #30	zgc:136858 (ENSLCRG00005020060) #31	CNOT4 (ENSLCRG00005020063) #32	KCNA1 (ENSLCRG00005020082) #33	ENSLCRG00005020083 #34	ENSLCRG00005020084	pthlhb (ENSLCRG00005012114) #36	tmpob (ENSLCRG00005012116) #37
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	22	ENSSAUG00010024750 #8	TMEM117 (ENSSAUG00010024749) #9	twf1a (ENSSAUG00010024746) #10	irak4 (ENSSAUG00010024737) #11	ADAMTS20 (ENSSAUG00010024533) #12	ENSSAUG00010024519 #13	prickle1a (ENSSAUG00010024517) #14	ENSSAUG00010024516 #15	YAF2 (ENSSAUG00010024515) ##16	YAF2 (ENSSAUG00010024514) #16	GXYLT1 (ENSSAUG00010024512) #17	PDZRN4 (ENSSAUG00010024511) #18	CNTN1 (ENSSAUG00010023482) #19	ENSSAUG00010011084	ENSSAUG00010010719 #21	dnajb9a (ENSSAUG00010010717) #22	dnm1l (ENSSAUG00010010614) #23	sTnT2 (ENSSAUG00010010604) #24	ENSSAUG00010010603	bpgm (ENSSAUG00010010602) #25	ENSSAUG00010010600 #26	ENSSAUG00010010558 #27	ENSSAUG00010010556 #28	tnni4a (ENSSAUG00010010554) #29	ENSSAUG00010010551 #30	zgc:136858 (ENSSAUG00010010549) #31	CNOT4 (ENSSAUG00010010539) #32	KCNA1 (ENSSAUG00010010536) #33	ENSSAUG00010010534 #34	PTHrP (ENSSAUG00010010533) #36	tmpob (ENSSAUG00010010532) #37
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	15							ENSLBEG00000007381 #13	prickle1a (ENSLBEG00000007417) #14	ENSLBEG00000007482 #15	YAF2 (ENSLBEG00000007500) #16	GXYLT1 (ENSLBEG00000007556) #17	PDZRN4 (ENSLBEG00000007631) #18	CNTN1 (ENSLBEG00000007683) #19	NRCAM (ENSLBEG00000007863) #20	ENSLBEG00000008315 #21	dnajb9a (ENSLBEG00000008376) #22	dnm1l (ENSLBEG00000008434) #23	tnnt2d (ENSLBEG00000008713) #24	ENSLBEG00000009310	bpgm (ENSLBEG00000009382) #25	ENSLBEG00000009399 #26	ENSLBEG00000009423 #27	ENSLBEG00000009437	ENSLBEG00000009453 #28	ENSLBEG00000009522 #29	ENSLBEG00000009735 #30	zgc:136858 (ENSLBEG00000009831) #31	CNOT4 (ENSLBEG00000009999) #32	KCNA1 (ENSLBEG00000010081) #33	ENSLBEG00000010097 #34	ENSLBEG00000010135 #35