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Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00940000168203	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37	ENSGT00940000153525.i.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.l ##16	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.l ##16	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.l ##16	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Pike perch	MODERN SPECIES	6	ENSSLUG00000005393 #8	TMEM117 (ENSSLUG00000005362) #9	twf1a (ENSSLUG00000005325) #10	irak4 (ENSSLUG00000005222) #11	ADAMTS20 (ENSSLUG00000004961) #12	ENSSLUG00000004927 #13	prickle1a (ENSSLUG00000004921) #14	PPHLN1 (ENSSLUG00000004908) #15	YAF2 (ENSSLUG00000004904) #16	GXYLT1 (ENSSLUG00000004900) #17	ENSSLUG00000023430	PDZRN4 (ENSSLUG00000023424) #18	CNTN1 (ENSSLUG00000021304) #19	ENSSLUG00000018562	ENSSLUG00000018300 #21	dnajb9a (ENSSLUG00000018283) #22	dnm1l (ENSSLUG00000018225) #23	tnnt2d (ENSSLUG00000018211) #24	bpgm (ENSSLUG00000018205) #25	ENSSLUG00000018200 #26	ENSSLUG00000018197 #27	ENSSLUG00000018191 #28	ENSSLUG00000018187	tnni4a (ENSSLUG00000018184) #29	ENSSLUG00000018174 #30	zgc:136858 (ENSSLUG00000018154) #31	CNOT4 (ENSSLUG00000018127) #32	KCNA1 (ENSSLUG00000018123) #33	pthlhb (ENSSLUG00000018119) #36	tmpob (ENSSLUG00000018115) #37	ldhbb (ENSSLUG00000018108)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	20	NELL2 (ENSCGOG00000020379) #7	ENSCGOG00000020343 #8	TMEM117 (ENSCGOG00000020246) #9	twf1a (ENSCGOG00000020181) #10	irak4 (ENSCGOG00000020003) #11	ADAMTS20 (ENSCGOG00000019903) #12	ENSCGOG00000019897 #13	prickle1a (ENSCGOG00000019892) #14	PPHLN1 (ENSCGOG00000019889) #15	YAF2 (ENSCGOG00000019886) #16	GXYLT1 (ENSCGOG00000019881) #17	PDZRN4 (ENSCGOG00000019879) #18	CNTN1 (ENSCGOG00000018721) #19	NRCAM (ENSCGOG00000017428) #20	ENSCGOG00000017399 #21	dnajb9a (ENSCGOG00000017397) #22	dnm1l (ENSCGOG00000015520) #23	tnnt2d (ENSCGOG00000015400) #24	bpgm (ENSCGOG00000015396) #25	ENSCGOG00000015361 #26	ENSCGOG00000015353 #27	ENSCGOG00000015351 #26	tnni4a (ENSCGOG00000015310) #29	ENSCGOG00000015309 #30	zgc:136858 (ENSCGOG00000015305) #31	CNOT4 (ENSCGOG00000015027) #32	KCNA1 (ENSCGOG00000015018) #33	ENSCGOG00000015012 #34	ENSCGOG00000015010 #35	pthlhb (ENSCGOG00000015004) #36	tmpob (ENSCGOG00000015003) #37
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000167414.e	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Stickleback	MODERN SPECIES	14	ENSGACG00000004000	NELL2 (ENSGACG00000004004) #7	TMEM117 (ENSGACG00000004020) #9	ENSGACG00000004026 #8	twf1a (ENSGACG00000004028) #10	irak4 (ENSGACG00000004050) #11	ADAMTS20 (ENSGACG00000004063) #12	prickle1a (ENSGACG00000004088) #14	ENSGACG00000004098	ENSGACG00000004099	YAF2 (ENSGACG00000004103) #16	GXYLT1 (ENSGACG00000004112) #17	PDZRN4 (ENSGACG00000004122) #18	CNTN1 (ENSGACG00000004129) #19	ENSGACG00000004140 #21	dnajb9a (ENSGACG00000004142) #22	dnm1l (ENSGACG00000004145) #23	tnnt2d (ENSGACG00000004200) #24	ENSGACG00000004208	bpgm (ENSGACG00000004215) #25	ENSGACG00000004229 #26	ENSGACG00000004247 #27	zgc:136858 (ENSGACG00000004250) #31	CNOT4 (ENSGACG00000004276) #32	KCNA1 (ENSGACG00000004302) #33	ENSGACG00000004310 #34	ENSGACG00000004313 #35	pthlhb (ENSGACG00000004317) #36	tmpob (ENSGACG00000004325) #37	ldhbb (ENSGACG00000004329)	golt1bb (ENSGACG00000004333)
Lumpfish	MODERN SPECIES	21	TMEM117 (ENSCLMG00005019977) #9	ENSCLMG00005019978 #8	twf1a (ENSCLMG00005019979) #10	irak4 (ENSCLMG00005020008) #11	ENSCLMG00005020012	ADAMTS20 (ENSCLMG00005020015) #12	ENSCLMG00005020028 #13	prickle1a (ENSCLMG00005020032) #14	PPHLN1 (ENSCLMG00005000074) #15	YAF2 (ENSCLMG00005000104) #16	GXYLT1 (ENSCLMG00005000113) #17	PDZRN4 (ENSCLMG00005000134) #18	CNTN1 (ENSCLMG00005000220) #19	ENSCLMG00005000608	ENSCLMG00005001196 #21	dnajb9a (ENSCLMG00005001306) #22	dnm1l (ENSCLMG00005001448) #23	tnnt2d (ENSCLMG00005001794) #24	bpgm (ENSCLMG00005001797) #25	ENSCLMG00005001800 #26	ENSCLMG00005001855 #27	ENSCLMG00005001915 #29	ENSCLMG00005001919 #30	zgc:136858 (ENSCLMG00005001925) #31	CNOT4 (ENSCLMG00005001931) #32	KCNA1 (ENSCLMG00005001965) #33	ENSCLMG00005001966 #34	pthlhb (ENSCLMG00005001967) #36	tmpob (ENSCLMG00005001968) #37	ldhbb (ENSCLMG00005001969)	golt1bb (ENSCLMG00005001976)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.f #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
European seabass	MODERN SPECIES	19	ENSDLAG00005018509	NELL2 (ENSDLAG00005015213) #7	ENSDLAG00005027608 #8	TMEM117 (ENSDLAG00005015089) #9	twf1a (ENSDLAG00005015040) #10	irak4 (ENSDLAG00005014882) #11	ADAMTS20 (ENSDLAG00005013654) #12	ENSDLAG00005013615 #13	PRICKLE1 (ENSDLAG00005013602) #14	PPHLN1 (ENSDLAG00005013563) #15	GXYLT1 (ENSDLAG00005013545) #17	PDZRN4 (ENSDLAG00005013514) #18	CNTN1 (ENSDLAG00005010046) #19	ENSDLAG00005025086	ENSDLAG00005024898 #21	dnajb9a (ENSDLAG00005024892) #22	dnm1l (ENSDLAG00005024853) #23	tnnt2d (ENSDLAG00005024843) #24	ENSDLAG00005029387	bpgm (ENSDLAG00005024838) #25	ENSDLAG00005024834 #26	ENSDLAG00005028687 #27	ENSDLAG00005031077 #29	ENSDLAG00005034999 #30	zgc:136858 (ENSDLAG00005024820) #31	ENSDLAG00005024813 #32	ENSDLAG00005027000 #33	ENSDLAG00005024807	pthlhb (ENSDLAG00005024806) #36	ENSDLAG00005024805 #37	ldhbb (ENSDLAG00005024801)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	492	TMEM117 (ENSLCRG00005018681) #9	twf1a (ENSLCRG00005018687) #10	irak4 (ENSLCRG00005018744) #11	ADAMTS20 (ENSLCRG00005018756) #12	ENSLCRG00005019037	ENSLCRG00005019040 #13	PPHLN1 (ENSLCRG00005019041) #15	prickle1a (ENSLCRG00005019050) #14	ENSLCRG00005019054	YAF2 (ENSLCRG00005019058) #16	GXYLT1 (ENSLCRG00005019061) #17	PDZRN4 (ENSLCRG00005019063) #18	CNTN1 (ENSLCRG00005019070) #19	NRCAM (ENSLCRG00005019196) #20	ENSLCRG00005019659 #21	dnajb9a (ENSLCRG00005019873) #22	dnm1l (ENSLCRG00005019883) #23	tnnt2d (ENSLCRG00005020050) #24	ENSLCRG00005020052 #26	bpgm (ENSLCRG00005020053) #25	ENSLCRG00005020054 #27	ENSLCRG00005020056 #28	tnni4a (ENSLCRG00005020058) #29	ENSLCRG00005020059 #30	zgc:136858 (ENSLCRG00005020060) #31	CNOT4 (ENSLCRG00005020063) #32	KCNA1 (ENSLCRG00005020082) #33	ENSLCRG00005020083 #34	ENSLCRG00005020084	pthlhb (ENSLCRG00005012114) #36	tmpob (ENSLCRG00005012116) #37
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	22	ENSSAUG00010024750 #8	TMEM117 (ENSSAUG00010024749) #9	twf1a (ENSSAUG00010024746) #10	irak4 (ENSSAUG00010024737) #11	ADAMTS20 (ENSSAUG00010024533) #12	ENSSAUG00010024519 #13	prickle1a (ENSSAUG00010024517) #14	ENSSAUG00010024516 #15	YAF2 (ENSSAUG00010024515) ##16	YAF2 (ENSSAUG00010024514) #16	GXYLT1 (ENSSAUG00010024512) #17	PDZRN4 (ENSSAUG00010024511) #18	CNTN1 (ENSSAUG00010023482) #19	ENSSAUG00010011084	ENSSAUG00010010719 #21	dnajb9a (ENSSAUG00010010717) #22	dnm1l (ENSSAUG00010010614) #23	sTnT2 (ENSSAUG00010010604) #24	ENSSAUG00010010603	bpgm (ENSSAUG00010010602) #25	ENSSAUG00010010600 #26	ENSSAUG00010010558 #27	ENSSAUG00010010556 #28	tnni4a (ENSSAUG00010010554) #29	ENSSAUG00010010551 #30	zgc:136858 (ENSSAUG00010010549) #31	CNOT4 (ENSSAUG00010010539) #32	KCNA1 (ENSSAUG00010010536) #33	ENSSAUG00010010534 #34	PTHrP (ENSSAUG00010010533) #36	tmpob (ENSSAUG00010010532) #37
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	15							ENSLBEG00000007381 #13	prickle1a (ENSLBEG00000007417) #14	ENSLBEG00000007482 #15	YAF2 (ENSLBEG00000007500) #16	GXYLT1 (ENSLBEG00000007556) #17	PDZRN4 (ENSLBEG00000007631) #18	CNTN1 (ENSLBEG00000007683) #19	NRCAM (ENSLBEG00000007863) #20	ENSLBEG00000008315 #21	dnajb9a (ENSLBEG00000008376) #22	dnm1l (ENSLBEG00000008434) #23	tnnt2d (ENSLBEG00000008713) #24	ENSLBEG00000009310	bpgm (ENSLBEG00000009382) #25	ENSLBEG00000009399 #26	ENSLBEG00000009423 #27	ENSLBEG00000009437	ENSLBEG00000009453 #28	ENSLBEG00000009522 #29	ENSLBEG00000009735 #30	zgc:136858 (ENSLBEG00000009831) #31	CNOT4 (ENSLBEG00000009999) #32	KCNA1 (ENSLBEG00000010081) #33	ENSLBEG00000010097 #34	ENSLBEG00000010135 #35
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37	ENSGT00940000153525.i.b
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT01100000266314	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37	ENSGT00940000153525.i.b
Climbing perch	MODERN SPECIES	19	ENSATEG00000018799	NELL2 (ENSATEG00000018734) #7	TMEM117 (ENSATEG00000018705) #9	twf1a (ENSATEG00000018670) #10	irak4 (ENSATEG00000018652) #11	ADAMTS20 (ENSATEG00000018585) #12	ENSATEG00000018565	PRICKLE1 (ENSATEG00000018535) #14	PPHLN1 (ENSATEG00000027966) #15	YAF2 (ENSATEG00000028697) #16	GXYLT1 (ENSATEG00000018487) #17	PDZRN4 (ENSATEG00000018448) #18	CNTN1 (ENSATEG00000018430) #19	ENSATEG00000018349	ENSATEG00000018329 #21	dnajb9a (ENSATEG00000025169) #22	dnm1l (ENSATEG00000018248) #23	tnnt2d (ENSATEG00000017875) #24	ENSATEG00000017824	bpgm (ENSATEG00000017809) #25	ENSATEG00000017792 #26	ENSATEG00000017758 #28	ENSATEG00000017735 #29	ENSATEG00000028067 #30	zgc:136858 (ENSATEG00000017671) #31	ENSATEG00000017580 #32	ENSATEG00000017560 #33	ENSATEG00000017517 #34	pthlhb (ENSATEG00000017497) #36	tmpob (ENSATEG00000017483) #37	ldhbb (ENSATEG00000017453)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	17	ENSBSLG00000024815	TMEM117 (ENSBSLG00000024805) #9	twf1a (ENSBSLG00000024787) #10	irak4 (ENSBSLG00000024766) #11	ADAMTS20 (ENSBSLG00000024588) #12	ENSBSLG00000024536	ENSBSLG00000024532	prickle1a (ENSBSLG00000024530) #14	PPHLN1 (ENSBSLG00000024499) #15	YAF2 (ENSBSLG00000024491) #16	GXYLT1 (ENSBSLG00000024478) #17	PDZRN4 (ENSBSLG00000024471) #18	CNTN1 (ENSBSLG00000024323) #19	NRCAM (ENSBSLG00000020914) #20	PNPLA8 (ENSBSLG00000020857) #21	dnajb9a (ENSBSLG00000020854) #22	dnm1l (ENSBSLG00000020578) #23	tnnt2d (ENSBSLG00000020535) #24	CALD1 (ENSBSLG00000020532)	bpgm (ENSBSLG00000020529) #25	ENSBSLG00000020526 #26	ENSBSLG00000020517 #28	tnni4a (ENSBSLG00000020512) #29	ENSBSLG00000020505 #30	zgc:136858 (ENSBSLG00000020493) #31	CNOT4 (ENSBSLG00000020482) #32	KCNA1 (ENSBSLG00000020481) #33	ENSBSLG00000020479 #34	pthlhb (ENSBSLG00000020476) #36	tmpob (ENSBSLG00000020475) #37	ldhbb (ENSBSLG00000020458)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	20	ENSMAMG00000023168	NELL2 (ENSMAMG00000023170) #7	TMEM117 (ENSMAMG00000023171) #9	ENSMAMG00000023172 #8	twf1a (ENSMAMG00000023173) #10	irak4 (ENSMAMG00000023174) #11	ADAMTS20 (ENSMAMG00000023175) #12	ENSMAMG00000023176 #13	PRICKLE1 (ENSMAMG00000023177) #14	PPHLN1 (ENSMAMG00000023178) #15	YAF2 (ENSMAMG00000023180) #17	PDZRN4 (ENSMAMG00000023181) #18	CNTN1 (ENSMAMG00000023182) #19	NRCAM (ENSMAMG00000023183) #20	ENSMAMG00000023184 #21	dnajb9a (ENSMAMG00000023185) #22	dnm1l (ENSMAMG00000023186) #23	tnnt2d (ENSMAMG00000023187) #24	bpgm (ENSMAMG00000027408) #25	ENSMAMG00000027052 #26	ENSMAMG00000023191 #30	ENSMAMG00000023192 #29	zgc:136858 (ENSMAMG00000023193) #31	ENSMAMG00000023194 #32	ENSMAMG00000023195 #33	ENSMAMG00000023196 #34	pthlhb (ENSMAMG00000023197) #36	tmpob (ENSMAMG00000023198) #37	ldhbb (ENSMAMG00000023199)	ENSMAMG00000023200	golt1bb (ENSMAMG00000023201)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Turbot	MODERN SPECIES	1	ENSSMAG00000007703	NELL2 (ENSSMAG00000007710) #7	TMEM117 (ENSSMAG00000007827) #9	twf1a (ENSSMAG00000007848) #10	irak4 (ENSSMAG00000007871) #11	ADAMTS20 (ENSSMAG00000007900) #12	ENSSMAG00000008018 #13	PPHLN1 (ENSSMAG00000008043) #15	PRICKLE1 (ENSSMAG00000008028) #14	YAF2 (ENSSMAG00000008054) #16	GXYLT1 (ENSSMAG00000008062) #17	PDZRN4 (ENSSMAG00000008100) #18	CNTN1 (ENSSMAG00000008140) #19	NRCAM (ENSSMAG00000008243) #20	ENSSMAG00000008292 #21	dnajb9a (ENSSMAG00000030394) #22	dnm1l (ENSSMAG00000008336) #23	tnnt2d (ENSSMAG00000008403) #24	ENSSMAG00000028897	bpgm (ENSSMAG00000031971) #25	ENSSMAG00000022935 #26	ENSSMAG00000026823 #27	ENSSMAG00000008521 #28	ENSSMAG00000008539 #29	ENSSMAG00000008563 #30	zgc:136858 (ENSSMAG00000008577) #31	ENSSMAG00000008614 #32	ENSSMAG00000008668 #33	ENSSMAG00000037334 #34	ENSSMAG00000008686 #35	pthlhb (ENSSMAG00000008692) #36
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2437													CNTN1 (ENSSLDG00000014221) #19	ENSSLDG00000014372	ENSSLDG00000014736 #21	dnajb9a (ENSSLDG00000014747) #22	dnm1l (ENSSLDG00000014797) #23	tnnt2d (ENSSLDG00000014957) #24	CALD1 (ENSSLDG00000015268)	bpgm (ENSSLDG00000015303) #25	ENSSLDG00000015355 #26	ENSSLDG00000015473 #28	tnni4a (ENSSLDG00000015533) #29	ENSSLDG00000015608 #30	zgc:136858 (ENSSLDG00000015664) #31	CNOT4 (ENSSLDG00000015770) #32	KCNA1 (ENSSLDG00000015831) #33
Greater amberjack	MODERN SPECIES	86	NELL2 (ENSSDUG00000023061) #7	ENSSDUG00000023056 #8	TMEM117 (ENSSDUG00000023052) #9	twf1a (ENSSDUG00000023046) #10	irak4 (ENSSDUG00000023039) #11	ADAMTS20 (ENSSDUG00000022977) #12	ENSSDUG00000022967 #13	prickle1a (ENSSDUG00000022955) #14	PPHLN1 (ENSSDUG00000022947) #15	YAF2 (ENSSDUG00000022939) #16	GXYLT1 (ENSSDUG00000022929) #17	PDZRN4 (ENSSDUG00000022923) #18	CNTN1 (ENSSDUG00000022906) #19	NRCAM (ENSSDUG00000022888) #20	PNPLA8 (ENSSDUG00000022881) #21	dnajb9a (ENSSDUG00000022878) #22	dnm1l (ENSSDUG00000022859) #23	tnnt2d (ENSSDUG00000022739) #24	CALD1 (ENSSDUG00000022720)	bpgm (ENSSDUG00000022717) #25	ENSSDUG00000022704 #26	ENSSDUG00000022700 #27	ENSSDUG00000022691 #28	tnni4a (ENSSDUG00000022686) #29	ENSSDUG00000022674 #30	zgc:136858 (ENSSDUG00000022651) #31	CNOT4 (ENSSDUG00000022635) #32	KCNA1 (ENSSDUG00000022629) #33	ENSSDUG00000022622 #34	ENSSDUG00000022615 #35	pthlhb (ENSSDUG00000022610) #36
Barramundi perch	MODERN SPECIES	144	ENSLCAG00010023994	ENSLCAG00010023885 #8	TMEM117 (ENSLCAG00010023881) #9	twf1a (ENSLCAG00010023877) #10	irak4 (ENSLCAG00010023870) #11	ADAMTS20 (ENSLCAG00010023794) #12	ENSLCAG00010023754 #13	prickle1a (ENSLCAG00010023751) #14	PPHLN1 (ENSLCAG00010023747) #15	YAF2 (ENSLCAG00010023745) #16	GXYLT1 (ENSLCAG00010023741) #17	PDZRN4 (ENSLCAG00010023738) #18	CNTN1 (ENSLCAG00010023704) #19	NRCAM (ENSLCAG00010022373) #20	ENSLCAG00010021917 #21	dnajb9a (ENSLCAG00010021915) #22	dnm1l (ENSLCAG00010021454) #23	tnnt2d (ENSLCAG00010021309) #24	bpgm (ENSLCAG00010021300) #25	ENSLCAG00010021299 #26	ENSLCAG00010021296 #27	ENSLCAG00010021295 #27	ENSLCAG00010021291 #27	tnni4a (ENSLCAG00010021290) #29	ENSLCAG00010021288 #30	zgc:136858 (ENSLCAG00010021280) #31	CNOT4 (ENSLCAG00010021275) #32	KCNA1 (ENSLCAG00010021273) #33	ENSLCAG00010021271 #34	ENSLCAG00010021270	pthlhb (ENSLCAG00010021268) #36
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37	ENSGT00940000153525.i.b
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	6							ADAMTS20 (ENSKMAG00000005969) #12	ENSKMAG00000005935 #13	prickle1a (ENSKMAG00000005861) #14	PPHLN1 (ENSKMAG00000005806) #15	YAF2 (ENSKMAG00000005787) #16	GXYLT1 (ENSKMAG00000005749) #17	PDZRN4 (ENSKMAG00000005705) #18	CNTN1 (ENSKMAG00000005644) #19	NRCAM (ENSKMAG00000005274) #20	dnajb9a (ENSKMAG00000005139) #22	ENSKMAG00000005089 #21	dnm1l (ENSKMAG00000004994) #23	tnnt2d (ENSKMAG00000004908) #24	ENSKMAG00000004875	bpgm (ENSKMAG00000004859) #25	ENSKMAG00000004834 #27	tnni4a (ENSKMAG00000004784) #29	ENSKMAG00000004737 #30	zgc:136858 (ENSKMAG00000004663) #31	CNOT4 (ENSKMAG00000004581) #32	KCNA1 (ENSKMAG00000004556) #33	ENSKMAG00000004550 #34	ENSKMAG00000004526	pthlhb (ENSKMAG00000004512) #36	tmpob (ENSKMAG00000004488) #37
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1622	NUAK1 (ENSNFUG00015024810)	NELL2 (ENSNFUG00015024744) #7	TMEM117 (ENSNFUG00015024705) #9	IRAK4 (ENSNFUG00015024700) #11	twf1a (ENSNFUG00015024697) #10	ADAMTS20 (ENSNFUG00015024443) #12	ENSNFUG00015024381 #13	YAF2 (ENSNFUG00015024379) #16	GXYLT1B (ENSNFUG00015024376) #17	ENSNFUG00015024374	PDZRN4 (ENSNFUG00015024360) #18	CNTN1 (ENSNFUG00015023371) #19	NRCAM (ENSNFUG00015022871) #20	ENSNFUG00015022817	PNPLA8 (ENSNFUG00015022803) #21	DNAJB9 (ENSNFUG00015022799) #22	dnm1l (ENSNFUG00015022771) #23	tnnt2d (ENSNFUG00015022764) #24	BPGM (ENSNFUG00015022761) #25	ENSNFUG00015022759 #27	tnni4a (ENSNFUG00015022701) #29	ENSNFUG00015022692 #30	zgc:136858 (ENSNFUG00015022688) #31	CNOT4 (ENSNFUG00015022672) #32	KCNA1 (ENSNFUG00015022665) #33	ENSNFUG00015022664 #34	PTHLH (ENSNFUG00015022661) #36	TMPOB (ENSNFUG00015022658) #37	LDHB (ENSNFUG00015022653)	GOLT1BB (ENSNFUG00015022644)	ENSNFUG00015022635
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000164736	ENSGT00390000004933.k.b #36
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Platyfish	MODERN SPECIES	11	NELL2 (ENSXMAG00000017418) #7	TMEM117 (ENSXMAG00000029251) #9	twf1a (ENSXMAG00000017399) #10	irak4 (ENSXMAG00000028973) #11	ADAMTS20 (ENSXMAG00000017324) #12	ENSXMAG00000021158 #13	prickle1a (ENSXMAG00000017299) #14	ENSXMAG00000028228	PPHLN1 (ENSXMAG00000029948) #15	YAF2 (ENSXMAG00000025433) #16	GXYLT1 (ENSXMAG00000017282) #17	PDZRN4 (ENSXMAG00000029582) #18	CNTN1 (ENSXMAG00000017213) #19	NRCAM (ENSXMAG00000017134) #20	ENSXMAG00000021559 #21	dnajb9a (ENSXMAG00000028221) #22	dnm1l (ENSXMAG00000017047) #23	tnnt2d (ENSXMAG00000017044) #24	bpgm (ENSXMAG00000023031) #25	ENSXMAG00000026716 #26	ENSXMAG00000017021 #27	ENSXMAG00000024483 #28	tnni4a (ENSXMAG00000025114) #29	ENSXMAG00000025969 #30	zgc:136858 (ENSXMAG00000016998) #31	CNOT4 (ENSXMAG00000016984) #32	KCNA1 (ENSXMAG00000019897) #33	ENSXMAG00000019895 #34	ENSXMAG00000016904	pthlhb (ENSXMAG00000016979) #36	tmpob (ENSXMAG00000016975) #37
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Mummichog	MODERN SPECIES	2447								ENSFHEG00000005273 #13	prickle1a (ENSFHEG00000005349) #14	PPHLN1 (ENSFHEG00000005379) #15	YAF2 (ENSFHEG00000005397) #16	GXYLT1 (ENSFHEG00000005428) #17	CNTN1 (ENSFHEG00000005703) #19	NRCAM (ENSFHEG00000006042) #20	PNPLA8 (ENSFHEG00000006070) #21	dnajb9a (ENSFHEG00000006089) #22	ENSFHEG00000006099	dnm1l (ENSFHEG00000006283) #23	tnnt2d (ENSFHEG00000006322) #24	ENSFHEG00000006342	bpgm (ENSFHEG00000006360) #25	ENSFHEG00000006369 #26	ENSFHEG00000006387 #27	ENSFHEG00000006396 #28	tnni4a (ENSFHEG00000006404) #29	ENSFHEG00000006438 #30	zgc:136858 (ENSFHEG00000006533) #31	CNOT4 (ENSFHEG00000006608) #32	KCNA1 (ENSFHEG00000006686) #33	ENSFHEG00000006696 #34	pthlhb (ENSFHEG00000006716) #36
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Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a.e.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a.e.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37	ENSGT00940000153525.i.b
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00810000125439.B.c.b #7	ENSGT01100000263537.b.a.b #8	ENSGT00390000013052 #9	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000170627 #13	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a.e.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37	ENSGT00940000153525.i.b
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Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1110	NELL2 (ENSMZEG00005008701) #7	ENSMZEG00005008680 #8	TMEM117 (ENSMZEG00005008658) #9	twf1a (ENSMZEG00005008622) #10	irak4 (ENSMZEG00005008598) #11	ADAMTS20 (ENSMZEG00005008339) #12	ENSMZEG00005008290 #13	prickle1a (ENSMZEG00005008270) #14	YAF2 (ENSMZEG00005008258) #16	GXYLT1 (ENSMZEG00005008242) #17	PDZRN4 (ENSMZEG00005008227) #18	ENSMZEG00005008199 #19	CNTN1 (ENSMZEG00005008112) #19	NRCAM (ENSMZEG00005007891) #20	ENSMZEG00005007830 #21	dnajb9a (ENSMZEG00005007813) #22	dnm1l (ENSMZEG00005007753) #23	tnnt2d (ENSMZEG00005007504) #24	bpgm (ENSMZEG00005007479) #25	ENSMZEG00005007465 #26	ENSMZEG00005007456 #28	tnni4a (ENSMZEG00005007450) #29	ENSMZEG00005007402 #30	zgc:136858 (ENSMZEG00005007356) #31	CNOT4 (ENSMZEG00005007312) #32	KCNA1 (ENSMZEG00005007277) #33	ENSMZEG00005007273 #34	ENSMZEG00005007266 #35	pthlhb (ENSMZEG00005007256) #36	tmpob (ENSMZEG00005007239) #37	ldhbb (ENSMZEG00005007213)
P. nyererei	MODERN SPECIES	322	NELL2 (ENSPNYG00000006005) #7	ENSPNYG00000005989 #8	TMEM117 (ENSPNYG00000005964) #9	twf1a (ENSPNYG00000005936) #10	irak4 (ENSPNYG00000005723) #11	ADAMTS20 (ENSPNYG00000005239) #12	ENSPNYG00000005157 #13	prickle1a (ENSPNYG00000005140) #14	PPHLN1 (ENSPNYG00000005128) #15	YAF2 (ENSPNYG00000005107) #16	GXYLT1 (ENSPNYG00000005077) #17	PDZRN4 (ENSPNYG00000005050) #18	CNTN1 (ENSPNYG00000004847) #19	NRCAM (ENSPNYG00000004759) #20	ENSPNYG00000004741 #21	dnajb9a (ENSPNYG00000004724) #22	dnm1l (ENSPNYG00000004502) #23	tnnt2d (ENSPNYG00000004458) #24	bpgm (ENSPNYG00000004447) #25	ENSPNYG00000004430 #26	ENSPNYG00000004391 #28	ENSPNYG00000004373 #29	ENSPNYG00000004344 #30	zgc:136858 (ENSPNYG00000004314) #31	CNOT4 (ENSPNYG00000004276) #32	KCNA1 (ENSPNYG00000004255) #33	ENSPNYG00000004251 #34	pthlhb (ENSPNYG00000004239) #36	tmpob (ENSPNYG00000004229) #37	ldhbb (ENSPNYG00000002953)	golt1bb (ENSPNYG00000002882)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	542						ADAMTS20 (ENSHBUG00000001654) #12	ENSHBUG00000001665 #13	prickle1a (ENSHBUG00000001677) #14	PPHLN1 (ENSHBUG00000001684) #15	YAF2 (ENSHBUG00000001690) #16	GXYLT1 (ENSHBUG00000001705) #17	PDZRN4 (ENSHBUG00000001717) #18	CNTN1 (ENSHBUG00000001731) #19	NRCAM (ENSHBUG00000001859) #20	ENSHBUG00000001910 #21	dnajb9a (ENSHBUG00000001914) #22	dnm1l (ENSHBUG00000001952) #23	tnnt2d (ENSHBUG00000001979) #24	CALD1 (ENSHBUG00000000020)	bpgm (ENSHBUG00000002034) #25	ENSHBUG00000002040 #26	ENSHBUG00000000025 #28	ENSHBUG00000002059 #29	ENSHBUG00000002071 #30	zgc:136858 (ENSHBUG00000002096) #31	CNOT4 (ENSHBUG00000000027) #32	ENSHBUG00000002148 #34	pthlhb (ENSHBUG00000002154) #36	tmpob (ENSHBUG00000002160) #37	ldhbb (ENSHBUG00000002168)	golt1bb (ENSHBUG00000002179)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	293	NELL2 (ENSNBRG00000019731) #7	TMEM117 (ENSNBRG00000019772) #9	twf1a (ENSNBRG00000019791) #10	irak4 (ENSNBRG00000019813) #11	ADAMTS20 (ENSNBRG00000019988) #12	ENSNBRG00000020637 #13	prickle1a (ENSNBRG00000020651) #14	PPHLN1 (ENSNBRG00000020669) #15	YAF2 (ENSNBRG00000020680) #16	GXYLT1 (ENSNBRG00000020710) #17	PDZRN4 (ENSNBRG00000020749) #18	ENSNBRG00000020773	CNTN1 (ENSNBRG00000020792) #19	NRCAM (ENSNBRG00000020897) #20	ENSNBRG00000020948 #21	dnajb9a (ENSNBRG00000020956) #22	dnm1l (ENSNBRG00000020969) #23	tnnt2d (ENSNBRG00000020994) #24	ENSNBRG00000021005	bpgm (ENSNBRG00000021024) #25	ENSNBRG00000021031 #26	ENSNBRG00000021050 #28	tnni4a (ENSNBRG00000021067) #29	ENSNBRG00000021081 #30	zgc:136858 (ENSNBRG00000021096) #31	CNOT4 (ENSNBRG00000021144) #32	KCNA1 (ENSNBRG00000021172) #33	ENSNBRG00000021177 #34	ENSNBRG00000021178 #35	pthlhb (ENSNBRG00000021185) #36	tmpob (ENSNBRG00000021195) #37
Nile tilapia	MODERN SPECIES	19	ENSONIG00000042325	NELL2 (ENSONIG00000008749) #7	TMEM117 (ENSONIG00000008743) #9	twf1a (ENSONIG00000008739) #10	irak4 (ENSONIG00000008733) #11	ADAMTS20 (ENSONIG00000008715) #12	ENSONIG00000021092 #13	prickle1a (ENSONIG00000008712) #14	PPHLN1 (ENSONIG00000025900) #15	YAF2 (ENSONIG00000008709) #16	GXYLT1 (ENSONIG00000008707) #17	PDZRN4 (ENSONIG00000008705) #18	CNTN1 (ENSONIG00000008695) #19	NRCAM (ENSONIG00000008686) #20	ENSONIG00000008681 #21	dnajb9a (ENSONIG00000041184) #22	dnm1l (ENSONIG00000008672) #23	tnnt2d (ENSONIG00000008670) #24	bpgm (ENSONIG00000038991) #25	ENSONIG00000029190 #26	ENSONIG00000037691 #26	ENSONIG00000008665 #29	ENSONIG00000028524 #30	zgc:136858 (ENSONIG00000008662) #31	CNOT4 (ENSONIG00000008656) #32	ENSONIG00000021090 #34	ENSONIG00000021089 #35	pthlhb (ENSONIG00000042695) #36	tmpob (ENSONIG00000032413) #37	ldhbb (ENSONIG00000008643)	golt1bb (ENSONIG00000008642)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	108	szl (ENSACIG00000002353)	NELL2 (ENSACIG00000002376) #7	TMEM117 (ENSACIG00000002428) #9	twf1a (ENSACIG00000002443) #10	irak4 (ENSACIG00000002462) #11	ADAMTS20 (ENSACIG00000002491) #12	ENSACIG00000002579 #13	prickle1a (ENSACIG00000002591) #14	ENSACIG00000002610	YAF2 (ENSACIG00000002635) #16	GXYLT1 (ENSACIG00000002649) #17	PDZRN4 (ENSACIG00000002668) #18	CNTN1 (ENSACIG00000002688) #19	NRCAM (ENSACIG00000002744) #20	ENSACIG00000002797 #21	dnajb9a (ENSACIG00000002817) #22	dnm1l (ENSACIG00000002828) #23	tnnt2d (ENSACIG00000002862) #24	bpgm (ENSACIG00000002886) #25	ENSACIG00000002893 #26	ENSACIG00000002911 #28	ENSACIG00000002926 #29	ENSACIG00000002933 #30	zgc:136858 (ENSACIG00000002966) #31	CNOT4 (ENSACIG00000003011) #32	KCNA1 (ENSACIG00000003044) #33	ENSACIG00000003049 #34	ENSACIG00000003061 #35	pthlhb (ENSACIG00000003066) #36	tmpob (ENSACIG00000003078) #37	ldhbb (ENSACIG00000003094)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000163982	ENSGT00940000172695	ENSGT00940000157682.B.b	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941.d	ENSGT00530000063576.A	ENSGT00940000162677	ENSGT00390000007126	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163982	ENSGT00940000172695	ENSGT00940000157682.B.b	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941.d	ENSGT00530000063576.A	ENSGT00940000162677	ENSGT00390000007126	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b #28	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000172695	ENSGT00940000157682.B.b	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941.d	ENSGT00530000063576.A	ENSGT00940000162677	ENSGT00390000007126.e	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00950000183129.a.f	ENSGT00390000013995.b.b.k.b #16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a #26	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Orange clownfish	MODERN SPECIES	18	ENSAPEG00000006081	ENSAPEG00000006076	bmt2 (ENSAPEG00000006043)	TMEM168 (ENSAPEG00000006023)	ptdss2 (ENSAPEG00000005973)	cdkn1ca (ENSAPEG00000005955)	ENSAPEG00000005914	ifitm5 (ENSAPEG00000005898)	parp16 (ENSAPEG00000005885)	YAF2 (ENSAPEG00000005856) #16	GXYLT1 (ENSAPEG00000005812) #17	PDZRN4 (ENSAPEG00000005775) #18	CNTN1 (ENSAPEG00000005725) #19	NRCAM (ENSAPEG00000005494) #20	ENSAPEG00000005407 #21	dnajb9a (ENSAPEG00000005364) #22	dnm1l (ENSAPEG00000005223) #23	tnnt2d (ENSAPEG00000005151) #24	CALD1 (ENSAPEG00000005119)	bpgm (ENSAPEG00000005108) #25	ENSAPEG00000005086 #27	ENSAPEG00000004911 #26	tnni4a (ENSAPEG00000004854) #29	ENSAPEG00000004806 #30	zgc:136858 (ENSAPEG00000004724) #31	CNOT4 (ENSAPEG00000004680) #32	KCNA1 (ENSAPEG00000004635) #33	ENSAPEG00000004622 #34	ENSAPEG00000004610 #35	pthlhb (ENSAPEG00000004595) #36	tmpob (ENSAPEG00000004590) #37
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	707												PDZRN4 (ENSAOCG00000009846) #18	CNTN1 (ENSAOCG00000009886) #19	NRCAM (ENSAOCG00000010166) #20	PNPLA8 (ENSAOCG00000010204) #21	dnajb9a (ENSAOCG00000010215) #22	dnm1l (ENSAOCG00000010262) #23	tnnt2d (ENSAOCG00000010295) #24	ENSAOCG00000010325	bpgm (ENSAOCG00000010343) #25	ENSAOCG00000000643 #27	ENSAOCG00000010561 #26	tnni4a (ENSAOCG00000010625) #29	ENSAOCG00000010646 #28	ENSAOCG00000010680 #30	zgc:136858 (ENSAOCG00000010735) #31	CNOT4 (ENSAOCG00000010792) #32	KCNA1 (ENSAOCG00000010828) #33	ENSAOCG00000010845 #34
Spiny chromis	MODERN SPECIES	141							cdkn1ca (ENSAPOG00000017162)	ENSAPOG00000017126	ifitm5 (ENSAPOG00000017051)	YAF2 (ENSAPOG00000016986) #16	GXYLT1 (ENSAPOG00000017039) #17	PDZRN4 (ENSAPOG00000016980) #18	CNTN1 (ENSAPOG00000016941) #19	NRCAM (ENSAPOG00000016917) #20	ENSAPOG00000016711 #21	dnajb9a (ENSAPOG00000016699) #22	dnm1l (ENSAPOG00000016682) #23	tnnt2d (ENSAPOG00000016573) #24	ENSAPOG00000016532	ENSAPOG00000016511	bpgm (ENSAPOG00000016493) #25	ENSAPOG00000016478 #26	ENSAPOG00000016449 #27	ENSAPOG00000016427 #28	zgc:136858 (ENSAPOG00000016393) #31	CNOT4 (ENSAPOG00000016272) #32	ENSAPOG00000016198	KCNA1 (ENSAPOG00000016187) #33	ENSAPOG00000016181 #34	pthlhb (ENSAPOG00000016163) #36	ALDH1L2 (ENSAPOG00000000452)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1217															ENSSPAG00000012015 #21	dnajb9a (ENSSPAG00000012033) #22	dnm1l (ENSSPAG00000012049) #23	tnnt2d (ENSSPAG00000012090) #24	ENSSPAG00000012130	bpgm (ENSSPAG00000012146) #25	ENSSPAG00000012160 #26	ENSSPAG00000012175 #27	ENSSPAG00000012204 #28	ENSSPAG00000012226 #30	zgc:136858 (ENSSPAG00000012273) #31	CNOT4 (ENSSPAG00000012329) #32	KCNA1 (ENSSPAG00000012387) #33	ENSSPAG00000012390 #34	pthlhb (ENSSPAG00000012395) #36	tmpob (ENSSPAG00000012406) #37	ldhbb (ENSSPAG00000012436)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	446															PNPLA8 (ENSHCOG00000015537) #21	dnajb9a (ENSHCOG00000015547) #22	ENSHCOG00000015552 ##23	tnnt2d (ENSHCOG00000015570) #24	ENSHCOG00000015641	bpgm (ENSHCOG00000015648) #25	ENSHCOG00000015652 #26	ENSHCOG00000015660 #28	ENSHCOG00000015702 #29	ENSHCOG00000015709	zgc:136858 (ENSHCOG00000015773) #31	CNOT4 (ENSHCOG00000015815) #32	wnt2 (ENSHCOG00000015861)	asz1 (ENSHCOG00000000444)	ENSHCOG00000015882	cftr (ENSHCOG00000015934)	ENSHCOG00000015945
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	20	ENSMMDG00005001747	NELL2 (ENSMMDG00005001742) #7	TMEM117 (ENSMMDG00005001729) #9	twf1a (ENSMMDG00005001693) #10	irak4 (ENSMMDG00005001094) #11	ADAMTS20 (ENSMMDG00005001076) #12	ENSMMDG00005001071 #13	prickle1a (ENSMMDG00005001069) #14	PPHLN1 (ENSMMDG00005001065) #15	YAF2 (ENSMMDG00005001063) #16	GXYLT1 (ENSMMDG00005001060) #17	PDZRN4 (ENSMMDG00005001054) #18	CNTN1 (ENSMMDG00005001022) #19	NRCAM (ENSMMDG00005000496) #20	ENSMMDG00005000313 #21	dnajb9a (ENSMMDG00005000306) #22	dnm1l (ENSMMDG00005000248) #23	tnnt2d (ENSMMDG00005000172) #24	bpgm (ENSMMDG00005000142) #25	ENSMMDG00005000128 #26	ENSMMDG00005000125 #27	ENSMMDG00005000116 #26	tnni4a (ENSMMDG00005022107) #29	ENSMMDG00005022105 #30	zgc:136858 (ENSMMDG00005022097) #31	CNOT4 (ENSMMDG00005022049) #32	KCNA1 (ENSMMDG00005022042) #33	ENSMMDG00005022038 #34	pthlhb (ENSMMDG00005022033) #36	tmpob (ENSMMDG00005022032) #37	slc25a3b (ENSMMDG00005022022)
Cod	MODERN SPECIES	22	ENSGMOG00000032076	TMEM117 (ENSGMOG00000009090) #9	ENSGMOG00000030565 #8	twf1a (ENSGMOG00000009101) #10	irak4 (ENSGMOG00000009110) #11	ADAMTS20 (ENSGMOG00000009121) #12	ENSGMOG00000009177 #13	ENSGMOG00000019794 #13	PRICKLE1 (ENSGMOG00000000750) #14	YAF2 (ENSGMOG00000000765) ##16	GXYLT1 (ENSGMOG00000000771) #17	PDZRN4 (ENSGMOG00000030299) #18	CNTN1 (ENSGMOG00000000812) #19	NRCAM (ENSGMOG00000000846) #20	ENSGMOG00000028053 #21	dnajb9a (ENSGMOG00000036854) #22	dnm1l (ENSGMOG00000001033) #23	tnnt2d (ENSGMOG00000001057) #24	ENSGMOG00000030388	bpgm (ENSGMOG00000023831) #25	ENSGMOG00000001131 #26	ENSGMOG00000001148 #28	ENSGMOG00000001224 #30	zgc:136858 (ENSGMOG00000001299) #31	ENSGMOG00000034360 #32	ENSGMOG00000019796 #33	ENSGMOG00000001351 #34	ENSGMOG00000022272	pthlhb (ENSGMOG00000001359) #36	tmpob (ENSGMOG00000033733) #37	ldhbb (ENSGMOG00000001392)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	10				ENSGT00940000158825.d	ENSGT00940000157816.a.a	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c ##16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a.g #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.k.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00940000160916	ENSGT00390000004933.k.b #36	ENSGT00940000154098.a.e #37
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	171							ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f #14	ENSGT00390000016228.a.b.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##16	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #18	ENSGT00940000155915.a.d #19	ENSGT00940000155419.c.a.h #20	ENSGT00940000154738.a.q.c #21	ENSGT00940000156246.c.a.c #22	ENSGT00940000155504.k.a.c #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00950000182926.a.o #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b.d #32	ENSGT00940000158576.a.b.a #33	ENSGT00940000164299.b.b.a #34	ENSGT00940000160916	ENSGT00390000004933.k.b.d #36	ENSGT00940000154098.a.e.i #37	ENSGT00390000008708.a.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.a.a	ENSGT00940000157182.g.a.f	ENSGT00940000161128.f.b	ENSGT00940000158825.d.a	ENSGT00940000157816.a.a.a	ENSGT00940000159763.o	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f #14	ENSGT00390000016228.a.b.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##16	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #18	ENSGT00940000155915.a.d #19	ENSGT00940000155419.c.a.h #20	ENSGT00940000154738.a.q.c #21	ENSGT00940000156246.c.a.c #22	ENSGT00940000155504.k.a.c #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00950000182926.a.o #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b.d #32	ENSGT00940000158576.a.b.a #33	ENSGT00940000164299.b.b.a #34	ENSGT00940000160916	ENSGT00390000004933.k.b.d #36	ENSGT00940000154098.a.e.i #37	ENSGT00390000008708.a.b
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157182.g.a.f	ENSGT00940000161128.f.b	ENSGT00940000158825.d.a	ENSGT00940000157816.a.a.a	ENSGT00940000159763.o	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f #14	ENSGT00390000016228.a.b.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##16	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #18	ENSGT01080000258033.b	ENSGT00940000155915.a.d #19	ENSGT00940000155419.c.a.h #20	ENSGT00940000154738.a.q.c #21	ENSGT00940000156246.c.a.c #22	ENSGT00940000155504.k.a.c #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00950000182926.a.o #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b.d #32	ENSGT00940000158576.a.b.a #33	ENSGT00940000164299.b.b.a #34	ENSGT00940000160916	ENSGT00390000004933.k.b.d #36	ENSGT00940000154098.a.e.i #37	ENSGT00390000008708.a.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.a.b.a.a	ENSGT00940000157182.g.a.f	ENSGT00940000161128.f.b	ENSGT00940000158825.d.a	ENSGT00940000157816.a.a.a	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f #14	ENSGT00390000016228.a.b.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##16	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #18	ENSGT01080000258033.b	ENSGT00940000155915.a.d #19	ENSGT00940000155419.c.a.h #20	ENSGT00940000154738.a.q.c #21	ENSGT00940000156246.c.a.c #22	ENSGT00940000155504.k.a.c #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00950000182926.a.o #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b.d #32	ENSGT00940000158576.a.b.a #33	ENSGT00940000164299.b.b.a #34	ENSGT00940000160916	ENSGT00390000004933.k.b.d #36	ENSGT00940000154098.a.e.i #37	ENSGT00390000008708.a.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES	10	FGF4 (ENSOTSG00005024038)	CCND1 (ENSOTSG00005024040)	ric8a (ENSOTSG00005024041)	ENSOTSG00005024043	tmem179ba (ENSOTSG00005024045)	ENSOTSG00005024052	prickle1a (ENSOTSG00005024053) #14	ENSOTSG00005024054	PPHLN1 (ENSOTSG00005024056) #15	YAF2 (ENSOTSG00005024058) ##16	PDZRN4 (ENSOTSG00005024063) #18	NRCAM (ENSOTSG00005024072) #20	ENSOTSG00005024758 #21	ENSOTSG00005026285	ENSOTSG00005026288	dnajb9a (ENSOTSG00005026291) #22	dnm1l (ENSOTSG00005026295) #23	tnnt2d (ENSOTSG00005026372) #24	bpgm (ENSOTSG00005026373) #25	tnni4b.2 (ENSOTSG00005026374) ##29	ENSOTSG00005026375 #27	tnni4a (ENSOTSG00005002083) #29	ENSOTSG00005002397 #30	zgc:136858 (ENSOTSG00005002403) #31	CNOT4 (ENSOTSG00005002413) #32	KCNA1 (ENSOTSG00005002438) #33	ENSOTSG00005002441 #34	AGBL3 (ENSOTSG00005002448)	pthlhb (ENSOTSG00005002457) #36	tmpob (ENSOTSG00005002461) #37	slc25a3b (ENSOTSG00005002470)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	11	FGF3 (ENSOMYG00000006256)	FGF4 (ENSOMYG00000068115)	CCND1 (ENSOMYG00000052324)	ENSOMYG00000054271	ENSOMYG00000006457	ENSOMYG00000006496	PRICKLE1 (ENSOMYG00000006515) #14	PPHLN1 (ENSOMYG00000006575) #15	YAF2 (ENSOMYG00000006598) ##16	PDZRN4 (ENSOMYG00000006668) #18	ENSOMYG00000064508	CNTN1 (ENSOMYG00000007478) #19	NRCAM (ENSOMYG00000007983) #20	ENSOMYG00000057517	ENSOMYG00000008104 #21	dnajb9a (ENSOMYG00000063751) #22	dnm1l (ENSOMYG00000008421) #23	tnnt2d (ENSOMYG00000008532) #24	bpgm (ENSOMYG00000008621) #25	tnni4b.2 (ENSOMYG00000008671) ##29	ENSOMYG00000008682 #27	ENSOMYG00000008691 #29	ENSOMYG00000008715 #30	ENSOMYG00000067016	ENSOMYG00000048948	zgc:136858 (ENSOMYG00000008802) #31	ENSOMYG00000008877 #32	ENSOMYG00000008911 #33	ENSOMYG00000008920 #34	ENSOMYG00000008988	pthlhb (ENSOMYG00000052478) #36
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.a.a	ENSGT00940000157182.g.a.f	ENSGT00940000161128.f.b	ENSGT00940000158825.d.a	ENSGT00940000157816.a.a.a	ENSGT00940000159763.o	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f #14	ENSGT00940000168203.a.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##16	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #18	ENSGT00940000155915.a.d #19	ENSGT00940000155419.c.a.h #20	ENSGT00940000154738.a.q.c #21	ENSGT00940000156246.c.a.c #22	ENSGT00940000155504.k.a.c #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00950000182926.a.o #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #29	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b.d #32	ENSGT00940000158576.a.b.a #33	ENSGT00940000164299.b.b.a #34	ENSGT00940000160916	ENSGT00390000004933.k.b.d #36	ENSGT00940000154098.a.e.i #37	ENSGT00390000008708.a.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	1	FGF3 (ENSSSAG00000075678)	FGF4 (ENSSSAG00000093671)	CCND1 (ENSSSAG00000087603)	TPCN2 (ENSSSAG00000101120)	TPCN2 (ENSSSAG00000119661)	TPCN2 (ENSSSAG00000075685)	ric8a (ENSSSAG00000075692)	ENSSSAG00000075764	ENSSSAG00000075776 #14	ENSSSAG00000075773	YAF2 (ENSSSAG00000121965) ##16	ENSSSAG00000085342 #18	CNTN1 (ENSSSAG00000075823) #19	NRCAM (ENSSSAG00000077488) #20	ENSSSAG00000078845 #21	dnajb9a (ENSSSAG00000101678) #22	dnm1l (ENSSSAG00000078961) #23	tnnt2d (ENSSSAG00000079466) #24	bpgm (ENSSSAG00000120740) #25	ENSSSAG00000079469 #27	ENSSSAG00000079470 #29	ENSSSAG00000079473 #30	zgc:136858 (ENSSSAG00000079479) #31	ENSSSAG00000079490 #32	ENSSSAG00000121992 #33	ENSSSAG00000113251 #34	ENSSSAG00000079511	pthlhb (ENSSSAG00000111398) #36	ENSSSAG00000095361	tmpob (ENSSSAG00000079549) #37	slc25a3b (ENSSSAG00000079558)
Huchen	MODERN SPECIES	1737															PNPLA8 (ENSHHUG00000043439) #21	dnajb9a (ENSHHUG00000043455) #22	dnm1l (ENSHHUG00000043459) #23	tnnt2d (ENSHHUG00000043515) #24	ENSHHUG00000043519	bpgm (ENSHHUG00000043527) #25	ENSHHUG00000043534 ##29
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.b	ENSGT00940000157182.g.a.e	ENSGT00940000161128.f.a	ENSGT00940000158825.d.b	ENSGT00940000157816.a.a.b	ENSGT01010000222986.b	ENSGT00940000157529.i.a.e #14	ENSGT00390000016228.a.b.a #15	ENSGT00940000168203.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e #18	ENSGT00940000155915.a.c #19	ENSGT00940000155419.c.a.g.b #20	ENSGT00940000154738.a.q.d #21	ENSGT00940000156246.c.a.d #22	ENSGT00940000155504.k.a.d #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.d #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.p #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h #27	ENSGT00390000000068.a.b.c #32	ENSGT00940000158576.a.b.b #33	ENSGT00940000164299.b.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b.c #36	ENSGT00940000154098.a.e.j #37	ENSGT00390000008708.a.a	ENSGT00940000153525.i.b.e	ENSGT00390000014507.a.a.g	ENSGT00390000002915.f
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.b	ENSGT00940000157182.g.a.e	ENSGT00940000161128.f.a	ENSGT00940000158825.d.b	ENSGT00940000157816.a.a.b	ENSGT01010000222986.b	ENSGT00940000157529.i.a.e #14	ENSGT00390000016228.a.b.a #15	ENSGT00940000168203.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e #18	ENSGT00940000155915.a.c #19	ENSGT00940000155419.c.a.g.b #20	ENSGT00940000154738.a.q.d #21	ENSGT00940000156246.c.a.d #22	ENSGT00940000155504.k.a.d #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.p #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h #27	ENSGT00390000000068.a.b.c #32	ENSGT00940000158576.a.b.b #33	ENSGT00940000164299.b.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b.c #36	ENSGT00940000154098.a.e.j #37	ENSGT00390000008708.a.a	ENSGT00940000153525.i.b.e	ENSGT00390000014507.a.a.g	ENSGT00390000002915.f	ENSGT00530000063735.b.g
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.b	ENSGT00940000157182.g.a.e	ENSGT00940000161128.f.a	ENSGT00940000158825.d.b	ENSGT00940000157816.a.a.b	ENSGT01010000222986.b	ENSGT00940000157529.i.a.e #14	ENSGT00390000016228.a.b.a #15	ENSGT00940000168203.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e #18	ENSGT00940000155915.a.c #19	ENSGT00940000155419.c.a.g.b #20	ENSGT00940000154738.a.q.d #21	ENSGT00940000156246.c.a.d #22	ENSGT00940000155504.k.a.d #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.p #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h #27	ENSGT00390000000068.a.b.c #32	ENSGT00940000158576.a.b.b #33	ENSGT00940000164299.b.b.b #34	ENSGT00940000159286.a.a #35	ENSGT00390000004933.k.b.c #36	ENSGT00940000154098.a.e.j #37	ENSGT00390000008708.a.a	ENSGT00940000153525.i.b.e	ENSGT00390000014507.a.a.g	ENSGT00390000002915.f	ENSGT00530000063735.b.g
Coho salmon	MODERN SPECIES	24	acte1 (ENSOKIG00005022160)	shank2b (ENSOKIG00005022198)	ANO1 (ENSOKIG00005022403)	FGF3 (ENSOKIG00005025256)	FGF4 (ENSOKIG00005025287)	CCND1 (ENSOKIG00005025315)	ENSOKIG00005025336	prickle1a (ENSOKIG00005025356) #14	PPHLN1 (ENSOKIG00005025369) #15	YAF2 (ENSOKIG00005025382) ##16	GXYLT1 (ENSOKIG00005025409) #17	PDZRN4 (ENSOKIG00005025425) #18	CNTN1 (ENSOKIG00005025528) #19	NRCAM (ENSOKIG00005027503) #20	ENSOKIG00005045433 #21	dnajb9a (ENSOKIG00005045466) #22	dnm1l (ENSOKIG00005045495) #23	ENSOKIG00005045619	bpgm (ENSOKIG00005045626) #25	ENSOKIG00005045633 #27	CNOT4 (ENSOKIG00005045649) #32	KCNA1 (ENSOKIG00005045674) #33	ENSOKIG00005045683 #34	pthlhb (ENSOKIG00005045686) #36	tmpob (ENSOKIG00005045692) #37	slc25a3b (ENSOKIG00005045703)	ldhbb (ENSOKIG00005045800)	golt1bb (ENSOKIG00005045833)	slc35b4 (ENSOKIG00005045858)	ENSOKIG00005045887	ENSOKIG00005045897
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River trout	MODERN SPECIES	8	acte1 (ENSSTUG00000027737)	shank2b (ENSSTUG00000027793)	ANO1 (ENSSTUG00000028543)	FGF3 (ENSSTUG00000031430)	FGF4 (ENSSTUG00000031452)	CCND1 (ENSSTUG00000031480)	ENSSTUG00000031490	prickle1a (ENSSTUG00000031503) #14	ENSSTUG00000031512	YAF2 (ENSSTUG00000031524) ##16	GXYLT1 (ENSSTUG00000031535) #17	ENSSTUG00000031557 #18	CNTN1 (ENSSTUG00000031778) #19	NRCAM (ENSSTUG00000036375) #20	ENSSTUG00000038210 #21	dnajb9a (ENSSTUG00000038242) #22	dnm1l (ENSSTUG00000038282) #23	tnnt2d (ENSSTUG00000038509) #24	ENSSTUG00000038517	bpgm (ENSSTUG00000038520) #25	ENSSTUG00000038528 #27	CNOT4 (ENSSTUG00000038542) #32	KCNA1 (ENSSTUG00000038609) #33	ENSSTUG00000038616 #34	pthlhb (ENSSTUG00000038622) #36	tmpob (ENSSTUG00000038631) #37	slc25a3b (ENSSTUG00000038654)	ldhbb (ENSSTUG00000038692)	golt1bb (ENSSTUG00000038711)	slc35b4 (ENSSTUG00000038749)	ENSSTUG00000038795
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	7	zgc:101566 (ENSSSAG00000008253)	acte1 (ENSSSAG00000008245)	shank2b (ENSSSAG00000006751)	ENSSSAG00000006181	fgf3 (ENSSSAG00000006079)	ENSSSAG00000006067	ccnd1 (ENSSSAG00000006058)	ENSSSAG00000006020 #14	YAF2 (ENSSSAG00000072939) ##16	ENSSSAG00000005997	GXYLT1 (ENSSSAG00000103557) #17	ENSSSAG00000072928	PDZRN4 (ENSSSAG00000072923) #18	CNTN1 (ENSSSAG00000072055) #19	ENSSSAG00000071934 #20	dnajb9a (ENSSSAG00000121518) #22	dnm1l (ENSSSAG00000071783) #23	ENSSSAG00000100045	pmge (ENSSSAG00000071766) #25	ENSSSAG00000071759 #27	ENSSSAG00000120638	ENSSSAG00000096808 #33	ENSSSAG00000114971 #34	ENSSSAG00000071477 #35	pthlhb (ENSSSAG00000091627) #36	tmpob (ENSSSAG00000071470) #37	slc25a3b (ENSSSAG00000071431)	ldhbb (ENSSSAG00000121286)	golt1bb (ENSSSAG00000117298)	s35b4 (ENSSSAG00000071379)	ENSSSAG00000071368
Huchen	MODERN SPECIES	2309															NRCAM (ENSHHUG00000038247) #20	dnajb9a (ENSHHUG00000041877) #22	dnm1l (ENSHHUG00000041880) #23
Northern pike	MODERN SPECIES	18	ANO1 (ENSELUG00000010127)	FGF3 (ENSELUG00000010037)	FGF4 (ENSELUG00000029727)	CCND1 (ENSELUG00000010020)	TPCN2 (ENSELUG00000009976)	ric8a (ENSELUG00000009893)	ENSELUG00000009865	prickle1a (ENSELUG00000009843) #14	ENSELUG00000009809	YAF2 (ENSELUG00000009802) ##16	GXYLT1 (ENSELUG00000009783) #17	PDZRN4 (ENSELUG00000009706) #18	CNTN1 (ENSELUG00000009649) #19	NRCAM (ENSELUG00000009528) #20	ENSELUG00000009230 #21	dnajb9a (ENSELUG00000030103) #22	dnm1l (ENSELUG00000009177) #23	tnnt2d (ENSELUG00000015595) #24	CALD1 (ENSELUG00000029365)	bpgm (ENSELUG00000008952) #25	tnni4b.2 (ENSELUG00000008923) ##29	ENSELUG00000008902 #30	zgc:136858 (ENSELUG00000008826) #31	CNOT4 (ENSELUG00000008742) #32	KCNA1 (ENSELUG00000008711) #33	ENSELUG00000008708 #34	ENSELUG00000000332	pthlhb (ENSELUG00000008679) #36	tmpob (ENSELUG00000008664) #37	slc25a3b (ENSELUG00000008650)	ldhbb (ENSELUG00000008561)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	150	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.c	ENSGT00810000125439.B.c.a ##7	ENSGT00530000063868.b #10	ENSGT00940000158792 #11	ENSGT00940000158636 #12	ENSGT00940000157529.i.a #14	ENSGT00390000016228.a.b #15	ENSGT00390000013995.b.b.l ##16	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000155025.A	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504 #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000175224	ENSGT00940000159018.d #30	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000159839.d.b	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00940000158686.d
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	104	ENSGT00530000063981.a.h	ENSGT00940000159857.a.b	ENSGT00940000158940.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.a	ENSGT00940000155057.wb.f	ENSGT00530000063113.A	ENSGT00530000064192	ENSGT00390000016435	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504 #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##29	ENSGT00940000165644.e	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000159839.d.b
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063981.a.h	ENSGT00940000159857.a.b	ENSGT00940000158940.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.a	ENSGT00940000155057.wb.f	ENSGT00530000063113.A	ENSGT00530000064192	ENSGT00390000016435	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504 #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##29	ENSGT00940000165644.e	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000159839.d.b
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063981.a.h	ENSGT00940000159857.a.b	ENSGT00940000158940.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.a	ENSGT00940000155057.wb.f	ENSGT00530000063113.A	ENSGT00530000064192	ENSGT00390000016435	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504 #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##29	ENSGT00940000165644.e	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000159839.d.b
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063981.a.h	ENSGT00940000159857.a.b	ENSGT00940000158940.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.a	ENSGT00940000155057.wb.f	ENSGT00530000063113.A	ENSGT00530000064192	ENSGT00390000016435	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504 #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##29	ENSGT00940000165644.e	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000159839.d.b
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	14	ENSPNAG00000018033	rad52 (ENSPNAG00000018067)	PRR5 (ENSPNAG00000018123)	CHRM2 (ENSPNAG00000018150)	gnaia (ENSPNAG00000018193)	MAGI2 (ENSPNAG00000019454)	ergic2 (ENSPNAG00000019558)	kxd1 (ENSPNAG00000019635)	edc3 (ENSPNAG00000019657)	csk (ENSPNAG00000019720)	cplx3a (ENSPNAG00000003608)	adal (ENSPNAG00000019774)	CHST8 (ENSPNAG00000019778)	kctd15a (ENSPNAG00000019793)	ENSPNAG00000019924	dnajb9a (ENSPNAG00000019951) #22	dnm1l (ENSPNAG00000020017) #23	tnnt2d (ENSPNAG00000020179) #24	ENSPNAG00000020214	bpgm (ENSPNAG00000020232) #25	ENSPNAG00000020254 ##29	ENSPNAG00000020275 #27	tnni4b.2 (ENSPNAG00000020281) ##29	ENSPNAG00000020311 #29	ENSPNAG00000005186 #30	zgc:136858 (ENSPNAG00000020362) #31	CNOT4 (ENSPNAG00000020433) #32	tmem178ba (ENSPNAG00000020457)	KCNA1 (ENSPNAG00000020478) #33	ENSPNAG00000020490 #34	GRAMD4 (ENSPNAG00000020639)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	16	rad52 (ENSAMXG00000001835)	PRR5 (ENSAMXG00000001812)	fbxl14a (ENSAMXG00000030520)	CHRM2 (ENSAMXG00000001797)	gnaia (ENSAMXG00000040807)	MAGI2 (ENSAMXG00000001699)	ergic2 (ENSAMXG00000034586)	kxd1 (ENSAMXG00000031268)	edc3 (ENSAMXG00000001589)	csk (ENSAMXG00000001554)	cplx3a (ENSAMXG00000040195)	adal (ENSAMXG00000001538)	CHST8 (ENSAMXG00000041509)	kctd15a (ENSAMXG00000001523)	ENSAMXG00000001498	dnajb9a (ENSAMXG00000041051) #22	dnm1l (ENSAMXG00000001473) #23	tnnt2d (ENSAMXG00000001452) #24	ENSAMXG00000001442	bpgm (ENSAMXG00000043597) #25	ENSAMXG00000041360 #27	ENSAMXG00000001410 #29	ENSAMXG00000001401	zgc:136858 (ENSAMXG00000001386) #31	tmem178ba (ENSAMXG00000001358)	CNOT4 (ENSAMXG00000001373) #32	KCNA1 (ENSAMXG00000024909) #33	ENSAMXG00000033288 #34	ENSAMXG00000035147	GRAMD4 (ENSAMXG00000034463)	ENSAMXG00000009342
Electric eel	MODERN SPECIES	210	PRR5 (ENSEEEG00000021999)	fbxl14a (ENSEEEG00000021998)	CHRM2 (ENSEEEG00000021997)	gnaia (ENSEEEG00000021980)	ENSEEEG00000021977	MAGI2 (ENSEEEG00000021972)	ergic2 (ENSEEEG00000021964)	kxd1 (ENSEEEG00000021960)	edc3 (ENSEEEG00000021958)	csk (ENSEEEG00000021940)	cplx3a (ENSEEEG00000021934)	adal (ENSEEEG00000021931)	CHST8 (ENSEEEG00000021927)	kctd15a (ENSEEEG00000021924)	ENSEEEG00000021922	dnajb9a (ENSEEEG00000021919) #22	dnm1l (ENSEEEG00000021907) #23	tnnt2d (ENSEEEG00000021889) #24	ENSEEEG00000021880	bpgm (ENSEEEG00000021875) #25	tnni4b.2 (ENSEEEG00000021817) ##29	ENSEEEG00000021812 #29	ENSEEEG00000021811	zgc:136858 (ENSEEEG00000021808) #31	CNOT4 (ENSEEEG00000021750) #32	tmem178ba (ENSEEEG00000021744)	KCNA1 (ENSEEEG00000021742) #33	ENSEEEG00000021741 #34	GRAMD4 (ENSEEEG00000021680)	ENSEEEG00000021676	ENSEEEG00000021646
Channel catfish	MODERN SPECIES	27	rad52 (ENSIPUG00000004253)	PRR5 (ENSIPUG00000004285)	fbxl14a (ENSIPUG00000004339)	CHRM2 (ENSIPUG00000004348)	gnaia (ENSIPUG00000004369)	MAGI2 (ENSIPUG00000005235)	ergic2 (ENSIPUG00000005608)	kxd1 (ENSIPUG00000005659)	edc3 (ENSIPUG00000005695)	csk (ENSIPUG00000005716)	cplx3 (ENSIPUG00000005778)	adal (ENSIPUG00000005795)	CHST8 (ENSIPUG00000005881)	kctd15l (ENSIPUG00000005894)	ENSIPUG00000005936	Dnajb9 (ENSIPUG00000006006) #22	dnm1l (ENSIPUG00000006021) #23	tnnt2d (ENSIPUG00000006128) #24	ENSIPUG00000006161	bpgm (ENSIPUG00000006178) #25	ENSIPUG00000006197 ##29	ENSIPUG00000006229 #27	tnni4b.2 (ENSIPUG00000006254) ##29	ENSIPUG00000006305 #29	ENSIPUG00000006327	zgc:136858 (ENSIPUG00000006339) #31	cnot4 (ENSIPUG00000006393) #32	tmem178ba (ENSIPUG00000006428)	KCNA1 (ENSIPUG00000006446) ##33	ENSIPUG00000006451 #34	GRAMD4 (ENSIPUG00000006473)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00390000008766	ENSGT00530000063981.a.h	ENSGT00940000159857.a.b	ENSGT00940000158940.b.a	ENSGT00940000153567.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155057.wb.e.b	ENSGT00530000063113.A	ENSGT00530000064192	ENSGT00390000016435	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504.j #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##29	ENSGT00940000165644.e	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000159839.d.b
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	152	ENSGT00940000155474.p.a.g	ENSGT00390000008766	ENSGT00530000063981.a.h.a	ENSGT00940000159857.a.b.a	ENSGT00940000158940.b.a.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000155057.wb.e.b	ENSGT00530000063113.A.s.b	ENSGT00530000064192	ENSGT00390000016435.f	ENSGT00940000157431.c.a.b	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000159100.h.a	ENSGT00940000159496.l.a	ENSGT00390000011620.b.e.h.b	ENSGT00940000156246.c.a.a #22	ENSGT00940000155504.j.b #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.e #24	ENSGT00940000153901.a.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.q #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.n.b #29	ENSGT00390000007427.b #31	ENSGT00390000000068.a.b.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e.b	ENSGT00940000158576.a.b.e #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a.a	ENSGT00940000159839.d.b.a	ENSGT00510000047522.d.a
Goldfish	MODERN SPECIES	45	erc1a (ENSCARG00000036941)	ENSCARG00000036885	ENSCARG00000036865	PRR5 (ENSCARG00000036564)	fbxl14a (ENSCARG00000036548)	CHRM2 (ENSCARG00000036541)	gnaia (ENSCARG00000036512)	MAGI2 (ENSCARG00000036407)	kxd1 (ENSCARG00000036381)	edc3 (ENSCARG00000036373)	csk (ENSCARG00000035784)	cplx3a (ENSCARG00000035721)	CHST8 (ENSCARG00000035707)	kctd15a (ENSCARG00000035628)	ENSCARG00000035543	dnajb9a (ENSCARG00000035528) #22	DNM1L (ENSCARG00000034349) #23	tnnt2d (ENSCARG00000034258) #24	ENSCARG00000034231	bpgm (ENSCARG00000034210) #25	tnni4b.2 (ENSCARG00000034173) ##29	ENSCARG00000034162 #29	ENSCARG00000034142	CNOT4 (ENSCARG00000034017) #32	tmem178ba (ENSCARG00000033995)	KCNA1 (ENSCARG00000033987) #33	kcna6a (ENSCARG00000033980) ##33	GRAMD4 (ENSCARG00000033635)	ENSCARG00000030683	ENSCARG00000030579	zgc:101783 (ENSCARG00000030568)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00650000093320.a.a.e.b.c.b	ENSGT00940000155474.p.a.h	ENSGT00530000063981.a.h.b	ENSGT00940000159857.a.b.b	ENSGT00940000158940.b.a.a	ENSGT00940000153567.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000155057.wb.e.a	ENSGT00530000063113.A.s.a	ENSGT00530000064192	ENSGT00390000016435.f	ENSGT00940000157431.c.a.b	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000159100.h.a	ENSGT00940000159496.l.a	ENSGT00390000011620.b.e.h.b	ENSGT00940000156246.c.a.a #22	ENSGT00940000155504.j.b #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.e #24	ENSGT00940000153901.a.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.q #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.n.b #29	ENSGT00390000007427.b #31	ENSGT00390000000068.a.b.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e.b	ENSGT00940000158576.a.b.e #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a.a	ENSGT00940000159839.d.b.a	ENSGT00510000047522.d.a
Common carp reference	MODERN SPECIES	33	ENSCCRG00000072726	ENSCCRG00000050754	fbxl14a (ENSCCRG00000065808)	ENSCCRG00000075024	ENSCCRG00000073609	ergic2 (ENSCCRG00000040415)	ENSCCRG00000081903	edc3 (ENSCCRG00000072553)	csk (ENSCCRG00000040243)	cplx3a (ENSCCRG00000063843)	adal (ENSCCRG00000047193)	ENSCCRG00000081808	ENSCCRG00000039975	kctd15a (ENSCCRG00000065628)	ENSCCRG00000038902	dnajb9a (ENSCCRG00000063117) #22	ENSCCRG00000038928 #23	tnnt2d (ENSCCRG00000067690) #24	ENSCCRG00000059759	ENSCCRG00000079503	bpgm (ENSCCRG00000074369) #25	tnni4b.2 (ENSCCRG00000038842) ##29	ENSCCRG00000072998 #27	ENSCCRG00000038826 #29	zgc:136858 (ENSCCRG00000038816) #31	ENSCCRG00000038814 #32	ENSCCRG00000065772 #33	ENSCCRG00000076127 #34	ENSCCRG00000006960	ENSCCRG00000000912	ENSCCRG00000071231
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	30	ENSSGRG00000048352	PRR5 (ENSSGRG00000048353)	fbxl14a (ENSSGRG00000048354)	CHRM2 (ENSSGRG00000048355)	gnaia (ENSSGRG00000048356)	MAGI2 (ENSSGRG00000048416)	ENSSGRG00000048828	ergic2 (ENSSGRG00000048832)	edc3 (ENSSGRG00000049052)	kxd1 (ENSSGRG00000049053)	csk (ENSSGRG00000049064)	CPLX3 (ENSSGRG00000049316)	kctd15a (ENSSGRG00000049318)	CHST8 (ENSSGRG00000049319)	ENSSGRG00000049320	dnajb9a (ENSSGRG00000049321) #22	DNM1L (ENSSGRG00000049324) #23	tnnt2d (ENSSGRG00000049789) #24	bpgm (ENSSGRG00000049828) #25	ENSSGRG00000049830 ##29	ENSSGRG00000049833 #27	tnni4b.2 (ENSSGRG00000049876) ##29	ENSSGRG00000049878	zgc:136858 (ENSSGRG00000049879) #31	CNOT4 (ENSSGRG00000049881) #32	tmem178ba (ENSSGRG00000049967)	KCNA1 (ENSSGRG00000049969) #33	kcna6a (ENSSGRG00000049971) ##33	GRAMD4 (ENSSGRG00000049972)	ENSSGRG00000049973	ENSSGRG00000049974
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	197										ENSGT00390000016435.e	ENSGT00940000157431.c.a.a	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000159100.h.b	ENSGT00940000159496.l.b	ENSGT00390000011620.b.e.h.a	ENSGT00940000156246.c.a.b #22	ENSGT00940000155504.j.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.f #24	ENSGT00940000153901.a.a.a.b	ENSGT00950000182926.a.r #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a.b ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.n.a #29	ENSGT00940000165644.e	ENSGT00390000007427.a #31	ENSGT00390000000068.a.b.a #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e.a	ENSGT00940000158576.a.b.f #33	ENSGT00940000158576.b ##33	ENSGT00390000010968.a.b	ENSGT00940000159839.d.b.b	ENSGT00510000047522.d.b
Goldfish	MODERN SPECIES	17	ENSCARG00000045948	rad52 (ENSCARG00000045888)	PRR5 (ENSCARG00000045764)	fbxl14a (ENSCARG00000045746)	CHRM2 (ENSCARG00000045739)	gnaia (ENSCARG00000045728)	MAGI2 (ENSCARG00000041260)	ergic2 (ENSCARG00000041095)	kxd1 (ENSCARG00000040917)	edc3 (ENSCARG00000040892)	csk (ENSCARG00000016360)	adal (ENSCARG00000016281)	CHST8 (ENSCARG00000016277)	kctd15a (ENSCARG00000016261)	ENSCARG00000016236	dnajb9a (ENSCARG00000016226) #22	DNM1L (ENSCARG00000013834) #23	tnnt2d (ENSCARG00000013727) #24	ENSCARG00000013709	bpgm (ENSCARG00000013697) #25	ENSCARG00000013671 #29	zgc:136858 (ENSCARG00000013641) #31	CNOT4 (ENSCARG00000013610) #32	tmem178ba (ENSCARG00000013604)	KCNA1 (ENSCARG00000013602) #33	GRAMD4 (ENSCARG00000013383)	ENSCARG00000012918	ENSCARG00000012881	zgc:101783 (ENSCARG00000012876)	ENSCARG00000012871	ENSCARG00000012852
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00650000093320.a.a.e.b.c.a	ENSGT00940000155474.p.a.g	ENSGT00390000008766	ENSGT00530000063981.a.h.a	ENSGT00940000159857.a.b.a	ENSGT00940000158940.b.a.b	ENSGT00940000153567.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000155057.wb.e.b	ENSGT00530000063113.A.s.b	ENSGT00390000016435.e	ENSGT00940000157431.c.a.a	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000159100.h.b	ENSGT00940000159496.l.b	ENSGT00390000011620.b.e.h.a	ENSGT00940000156246.c.a.b #22	ENSGT00940000155504.j.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.f #24	ENSGT00940000153901.a.a.a.b	ENSGT00950000182926.a.r #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a.b ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.n.a #29	ENSGT00940000165644.e	ENSGT00390000007427.a #31	ENSGT00390000000068.a.b.a #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e.a	ENSGT00940000158576.a.b.f #33	ENSGT00940000158576.b ##33	ENSGT00390000010968.a.b	ENSGT00940000159839.d.b.b	ENSGT00510000047522.d.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	37	erc1a (ENSCCRG00000046654)	ENSCCRG00000061996	rad52 (ENSCCRG00000046659)	ENSCCRG00000046665	fbxl14a (ENSCCRG00000077603)	ENSCCRG00000046877	gnaia (ENSCCRG00000046884)	ENSCCRG00000076015	ergic2 (ENSCCRG00000015617)	edc3 (ENSCCRG00000040375)	csk (ENSCCRG00000046713)	adal (ENSCCRG00000040220)	ENSCCRG00000072019	kctd15a (ENSCCRG00000051449)	ENSCCRG00000017402	dnajb9a (ENSCCRG00000076246) #22	tnnt2d (ENSCCRG00000063735) #24	ENSCCRG00000081197	ENSCCRG00000038889 #23	bpgm (ENSCCRG00000058627) #25	ENSCCRG00000038912 #29	zgc:136858 (ENSCCRG00000038805) #31	ENSCCRG00000038798 #32	tmem178ba (ENSCCRG00000050586)	ENSCCRG00000067113 #33	kcna6a (ENSCCRG00000080457) ##33	ENSCCRG00000038683	ENSCCRG00000060223	ENSCCRG00000014579	ENSCCRG00000059214	ENSCCRG00000015905
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	519	erc1a (ENSSGRG00000026871)	ENSSGRG00000026870	rad52 (ENSSGRG00000026867)	PRR5 (ENSSGRG00000026854)	fbxl14a (ENSSGRG00000026852)	ENSSGRG00000026850	gnaia (ENSSGRG00000025499)	MAGI2 (ENSSGRG00000025370)	ergic2 (ENSSGRG00000025345)	csk (ENSSGRG00000025277)	CPLX3 (ENSSGRG00000025267)	adal (ENSSGRG00000025264)	CHST8 (ENSSGRG00000025258)	kctd15a (ENSSGRG00000025250)	ENSSGRG00000025248	dnajb9a (ENSSGRG00000025246) #22
Zebrafish	MODERN SPECIES	17	PRR5 (ENSDARG00000075977)	fbxl14a (ENSDARG00000034497)	CHRM2 (ENSDARG00000116374)	gnaia (ENSDARG00000044760)	MAGI2 (ENSDARG00000073769)	ENSDARG00000103367	ergic2 (ENSDARG00000051936)	kxd1 (ENSDARG00000051934)	edc3 (ENSDARG00000051931)	csk (ENSDARG00000067996)	cplx3a (ENSDARG00000062508)	adal (ENSDARG00000012986)	CHST8 (ENSDARG00000074560)	kctd15a (ENSDARG00000045893)	ENSDARG00000075805	dnajb9a (ENSDARG00000052072) #22	dnm1l (ENSDARG00000015006) #23	tnnt2d (ENSDARG00000002988) #24	ENSDARG00000086391	bpgm (ENSDARG00000070826) #25	tnni4b.2 (ENSDARG00000036671) ##29	ENSDARG00000092999 #29	zgc:136858 (ENSDARG00000070830) #31	CNOT4 (ENSDARG00000007045) #32	tmem178ba (ENSDARG00000004577)	KCNA1 (ENSDARG00000062942) #33	kcna6a (ENSDARG00000046014) ##33	GRAMD4 (ENSDARG00000045506)	ENSDARG00000058259	zgc:101783 (ENSDARG00000045824)	ENSDARG00000023369
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	139	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157810	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.a	ENSGT00390000006791	ENSGT00950000183194.b	ENSGT00950000183194.a.a	ENSGT00940000160061	ENSGT00530000063554.a	ENSGT00940000156242.c.a #17	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #18	ENSGT00940000155915.a #19	ENSGT00940000155419.c.a #20	ENSGT00940000154738.a.q #21	ENSGT00940000155025.A	ENSGT00940000156246.c.a #22	ENSGT00940000155504 #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000175224	ENSGT00950000182926.a #25	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##29	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #27	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##29	ENSGT00390000007427 #31	ENSGT00390000000068.a.b #32	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00940000158576.a.b #33	ENSGT00940000164299.b.b #34	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000159839.d.b
Atlantic herring	MODERN SPECIES	19	ccdc77 (ENSCHAG00000021129)	GPR22 (ENSCHAG00000021146)	ahcyl2a (ENSCHAG00000021159)	SHISAL1 (ENSCHAG00000021649)	parvg (ENSCHAG00000021655)	parvb (ENSCHAG00000021676)	hdac10 (ENSCHAG00000021810)	pus7 (ENSCHAG00000021961)	GXYLT1 (ENSCHAG00000022694) #17	ENSCHAG00000022702	PDZRN4 (ENSCHAG00000022707) #18	CNTN1 (ENSCHAG00000022843) #19	NRCAM (ENSCHAG00000024494) #20	ENSCHAG00000027160 #21	ENSCHAG00000027195	dnajb9a (ENSCHAG00000027196) #22	dnm1l (ENSCHAG00000027213) #23	tnnt2d (ENSCHAG00000000865) #24	ENSCHAG00000001093	bpgm (ENSCHAG00000001141) #25	ENSCHAG00000001241 #27	tnni4b.2 (ENSCHAG00000001623) ##29	ENSCHAG00000001832 #29	zgc:136858 (ENSCHAG00000001892) #31	ENSCHAG00000002049	ENSCHAG00000002073	CNOT4 (ENSCHAG00000002097) #32	tmem178ba (ENSCHAG00000002185)	KCNA1 (ENSCHAG00000002201) #33	ENSCHAG00000002221 #34	GRAMD4 (ENSCHAG00000002310)
Denticle herring	MODERN SPECIES	8	TUBGCP6 (ENSDCDG00000030452)	ENSDCDG00000030441	plxnb2b (ENSDCDG00000027888)	SHISAL1 (ENSDCDG00000027705)	parvg (ENSDCDG00000027702)	ENSDCDG00000027700	hdac10 (ENSDCDG00000027612)	pus7 (ENSDCDG00000027483)	GXYLT1 (ENSDCDG00000027476) #17	PDZRN4 (ENSDCDG00000027474) #18	ENSDCDG00000027473	CNTN1 (ENSDCDG00000027377) #19	ENSDCDG00000013496 #20	ENSDCDG00000012785 #21	ENSDCDG00000012665	dnajb9a (ENSDCDG00000033272) #22	dnm1l (ENSDCDG00000033194) #23	tnnt2d (ENSDCDG00000033173) #24	CALD1 (ENSDCDG00000033169)	bpgm (ENSDCDG00000033165) #25	tnni4b.2 (ENSDCDG00000033163) ##29	ENSDCDG00000033162 #27	ENSDCDG00000033161 #27	ENSDCDG00000033159 #27	ENSDCDG00000033158 #29	zgc:136858 (ENSDCDG00000033153) #31	ENSDCDG00000033151	ENSDCDG00000033149	ENSDCDG00000033148	ENSDCDG00000033146	CNOT4 (ENSDCDG00000033138) #32