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Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.vb	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #24	ENSGT00390000008908	ENSGT00390000015942 #25	ENSGT00940000157505 #26	ENSGT00940000158440 #27	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #28	ENSGT00940000157859 #29	ENSGT00400000022240 #30	ENSGT00940000161115 #31	ENSGT00940000155465 #32	ENSGT00940000158689 #33	ENSGT00950000182907.a.b.b.b #34	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043 #35
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.vb	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #24	ENSGT00390000008908	ENSGT00390000015942 #25	ENSGT00940000157505 #26	ENSGT00940000158440 #27	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #28	ENSGT00940000157859 #29	ENSGT00400000022240 #30	ENSGT00940000161115 #31	ENSGT00940000155465 #32	ENSGT00940000158689 #33	ENSGT00950000182907.a.b.b.b #34	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043 #35
Guinea pig	MODERN SPECIES		SNX1 (ENSCPOG00000000253) #7	CIAO2A (ENSCPOG00000033175) #8	DAPK2 (ENSCPOG00000000890) #9	ENSCPOG00000030019 #10	ENSCPOG00000007146 #11	PTP4A1 (ENSCPOG00000032105) #12	LGSN (ENSCPOG00000008736) #13	KHDRBS2 (ENSCPOG00000025621) #14	PRIM2 (ENSCPOG00000003912) #15	ENSCPOG00000035048 #16	RAB23 (ENSCPOG00000030218) #17	BAG2 (ENSCPOG00000040302) #18	ZNF451 (ENSCPOG00000002491) #19	BEND6 (ENSCPOG00000015453) #20	DST (ENSCPOG00000005092) #21	SMAD6 (ENSCPOG00000001535) #22	SMAD3 (ENSCPOG00000021314) #23	AAGAB (ENSCPOG00000000965) #24	C15orf61 (ENSCPOG00000022542) #25	MAP2K5 (ENSCPOG00000000970) #26	SKOR1 (ENSCPOG00000012665) #27	PIAS1 (ENSCPOG00000007278) #28	CALML4 (ENSCPOG00000033517) #29	CLN6 (ENSCPOG00000007282) #30	FEM1B (ENSCPOG00000031057) #31	ITGA11 (ENSCPOG00000012877) #32	CORO2B (ENSCPOG00000023117) #33	ENSCPOG00000008829 #34	GLCE (ENSCPOG00000020608) #35
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.vb	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #24	ENSGT00390000008908	ENSGT00390000015942 #25	ENSGT00940000157505 #26	ENSGT00940000158440 #27	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #28	ENSGT00940000157859 #29	ENSGT00400000022240 #30	ENSGT00940000161115 #31	ENSGT00940000155465 #32	ENSGT00940000158689 #33	ENSGT00950000182907.a.b.b.b #34	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043 #35
Degu	MODERN SPECIES	67	IGDCC4 (ENSODEG00000016455)	DPP8 (ENSODEG00000016356)	HACD3 (ENSODEG00000016975)	INTS14 (ENSODEG00000017006)	SLC24A1 (ENSODEG00000016047)	ENSODEG00000016544	ENSODEG00000016435	ENSODEG00000016878	MEGF11 (ENSODEG00000015967)	DIS3L (ENSODEG00000015811)	MAP2K1 (ENSODEG00000016739)	ENSODEG00000016495	ZWILCH (ENSODEG00000016374)	LCTL (ENSODEG00000016271)	ENSODEG00000020317	SMAD6 (ENSODEG00000016272) #22	SMAD3 (ENSODEG00000015739) #23	ENSODEG00000015886 #24	ENSODEG00000020336	IQCH (ENSODEG00000016134)	C15orf61 (ENSODEG00000016721) #25	ENSODEG00000016511	MAP2K5 (ENSODEG00000015607) #26	SKOR1 (ENSODEG00000015903) #27	PIAS1 (ENSODEG00000016418) #28	CALML4 (ENSODEG00000015441) #29	CLN6 (ENSODEG00000015888) #30	ENSODEG00000016475 #31	ENSODEG00000020366	ITGA11 (ENSODEG00000015700) #32	CORO2B (ENSODEG00000016099) #33
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	157	IGDCC4 (ENSCLAG00000007751)	DPP8 (ENSCLAG00000014937)	HACD3 (ENSCLAG00000010725)	INTS14 (ENSCLAG00000009395)	SLC24A1 (ENSCLAG00000013073)	DENND4A (ENSCLAG00000007003)	RAB11A (ENSCLAG00000007435)	MEGF11 (ENSCLAG00000013146)	DIS3L (ENSCLAG00000005741)	TIPIN (ENSCLAG00000004924)	MAP2K1 (ENSCLAG00000013042)	SNAPC5 (ENSCLAG00000011660)	RPL4 (ENSCLAG00000010827)	ZWILCH (ENSCLAG00000010124)	LCTL (ENSCLAG00000004564)	ENSCLAG00000005550 #22	SMAD3 (ENSCLAG00000005027) #23	AAGAB (ENSCLAG00000008364) #24	IQCH (ENSCLAG00000011031)	C15orf61 (ENSCLAG00000008894) #25	MAP2K5 (ENSCLAG00000005277) #26	SKOR1 (ENSCLAG00000007488) #27	PIAS1 (ENSCLAG00000008129) #28	CALML4 (ENSCLAG00000008707) #29	CLN6 (ENSCLAG00000007035) #30	FEM1B (ENSCLAG00000004834) #31	ITGA11 (ENSCLAG00000006568) #32	CORO2B (ENSCLAG00000006658) #33	ENSCLAG00000010256 #34	SPESP1 (ENSCLAG00000009992)	GLCE (ENSCLAG00000009057) #35
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	19	HACD3 (ENSHGLG00000011870)	INTS14 (ENSHGLG00000010722)	SLC24A1 (ENSHGLG00000008872)	DENND4A (ENSHGLG00000009810)	ENSHGLG00000044288	RAB11A (ENSHGLG00000048551)	MEGF11 (ENSHGLG00000011012)	ENSHGLG00000007770	ENSHGLG00000005971	ENSHGLG00000048822	ENSHGLG00000010036	ENSHGLG00000040904	ENSHGLG00000008054	ZWILCH (ENSHGLG00000016059)	LCTL (ENSHGLG00000015669)	SMAD6 (ENSHGLG00000008453) #22	SMAD3 (ENSHGLG00000048787) #23	AAGAB (ENSHGLG00000038898) #24	ENSHGLG00000026352	C15orf61 (ENSHGLG00000038870) #25	MAP2K5 (ENSHGLG00000006627) #26	SKOR1 (ENSHGLG00000017297) #27	Pias1 (ENSHGLG00000019002) #28	Calml4 (ENSHGLG00000018794) #29	CLN6 (ENSHGLG00000017958) #30	FEM1B (ENSHGLG00000017948) #31	ITGA11 (ENSHGLG00000007233) #32	CORO2B (ENSHGLG00000015273) #33	ENSHGLG00000013229 #34	SPESP1 (ENSHGLG00000046924)	GLCE (ENSHGLG00000033764) #35
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #24	ENSGT00390000008908	ENSGT00390000015942 #25	ENSGT00940000157505 #26	ENSGT00940000158440 #27	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #28	ENSGT00940000157859 #29	ENSGT00400000022240 #30	ENSGT00940000161115 #31	ENSGT00940000155465 #32	ENSGT00940000158689 #33	ENSGT00950000182907.a.b.b.b #34	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #24	ENSGT00390000008908	ENSGT00390000015942 #25	ENSGT00940000157505 #26	ENSGT00940000158440 #27	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #28	ENSGT00940000157859 #29	ENSGT00400000022240 #30	ENSGT00940000161115 #31	ENSGT00940000155465 #32	ENSGT00940000158689 #33	ENSGT00950000182907.a.b.b.b #34	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #24	ENSGT00390000008908	ENSGT00390000015942 #25	ENSGT00940000157505 #26	ENSGT00940000158440 #27	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #28	ENSGT00940000157859 #29	ENSGT00400000022240 #30	ENSGT00940000161115 #31	ENSGT00940000155465 #32	ENSGT00940000158689 #33	ENSGT00950000182907.a.b.b.b #34	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Squirrel	MODERN SPECIES	71	DPP8 (ENSSTOG00000002203)	ENSSTOG00000025872	HACD3 (ENSSTOG00000002211)	INTS14 (ENSSTOG00000002217)	SLC24A1 (ENSSTOG00000002228)	DENND4A (ENSSTOG00000026966)	RAB11A (ENSSTOG00000015255)	MEGF11 (ENSSTOG00000015258)	DIS3L (ENSSTOG00000009158)	TIPIN (ENSSTOG00000009182)	MAP2K1 (ENSSTOG00000009190)	SNAPC5 (ENSSTOG00000009201)	RPL4 (ENSSTOG00000009221)	ZWILCH (ENSSTOG00000009607)	LCTL (ENSSTOG00000028073)	SMAD6 (ENSSTOG00000000696) #22	SMAD3 (ENSSTOG00000010286) #23	AAGAB (ENSSTOG00000010291) #24	IQCH (ENSSTOG00000010299)	C15orf61 (ENSSTOG00000010312) #25	MAP2K5 (ENSSTOG00000010318) #26	SKOR1 (ENSSTOG00000002675) #27	PIAS1 (ENSSTOG00000015532) #28	CALML4 (ENSSTOG00000015539) #29	CLN6 (ENSSTOG00000015540) #30	FEM1B (ENSSTOG00000015544) #31	ITGA11 (ENSSTOG00000015545) #32	CORO2B (ENSSTOG00000015918) #33	ENSSTOG00000015929 #34	GLCE (ENSSTOG00000019509) #35	PAQR5 (ENSSTOG00000000507)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	397											MAP2K1 (ENSUPAG00010018149)	SNAPC5 (ENSUPAG00010018142)	RPL4 (ENSUPAG00010018119)	ZWILCH (ENSUPAG00010018079)	LCTL (ENSUPAG00010018063)	SMAD6 (ENSUPAG00010018050) #22	ENSUPAG00010018048	SMAD3 (ENSUPAG00010018010) #23	AAGAB (ENSUPAG00010018001) #24	IQCH (ENSUPAG00010017914)	C15orf61 (ENSUPAG00010017904) #25	MAP2K5 (ENSUPAG00010017819) #26	SKOR1 (ENSUPAG00010017792) #27	ENSUPAG00010017781	PIAS1 (ENSUPAG00010017772) #28	CALML4 (ENSUPAG00010017747) #29	CLN6 (ENSUPAG00010017740) #30	FEM1B (ENSUPAG00010017736) #31	ITGA11 (ENSUPAG00010017705) #32
Alpin marmot	MODERN SPECIES	7	HACD3 (ENSMMMG00000006884)	INTS14 (ENSMMMG00000006868)	SLC24A1 (ENSMMMG00000006817)	DENND4A (ENSMMMG00000006769)	ENSMMMG00000006762	RAB11A (ENSMMMG00000006747)	MEGF11 (ENSMMMG00000006311)	DIS3L (ENSMMMG00000006220)	TIPIN (ENSMMMG00000006196)	MAP2K1 (ENSMMMG00000006173)	SNAPC5 (ENSMMMG00000006163)	RPL4 (ENSMMMG00000006109)	ENSMMMG00000006104	ZWILCH (ENSMMMG00000006077)	LCTL (ENSMMMG00000006061)	SMAD6 (ENSMMMG00000006032) #22	ENSMMMG00000006027	SMAD3 (ENSMMMG00000005977) #23	AAGAB (ENSMMMG00000005970) #24	IQCH (ENSMMMG00000005869)	ENSMMMG00000005844	MAP2K5 (ENSMMMG00000005809) #26	SKOR1 (ENSMMMG00000005773) #27	PIAS1 (ENSMMMG00000005733) #28	CALML4 (ENSMMMG00000005699) #29	CLN6 (ENSMMMG00000005687) #30	ENSMMMG00000005671 #31	ITGA11 (ENSMMMG00000005622) #32	CORO2B (ENSMMMG00000005600) #33	ENSMMMG00000005555 #34	SPESP1 (ENSMMMG00000005545)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	11	DPP8 (ENSSVLG00005023347)	ENSSVLG00005023642	HACD3 (ENSSVLG00005023708)	INTS14 (ENSSVLG00005023820)	SLC24A1 (ENSSVLG00005023979)	DENND4A (ENSSVLG00005024160)	RAB11A (ENSSVLG00005024246)	MEGF11 (ENSSVLG00005024351)	DIS3L (ENSSVLG00005024622)	TIPIN (ENSSVLG00005024668)	MAP2K1 (ENSSVLG00005024707)	SNAPC5 (ENSSVLG00005024729)	ENSSVLG00005024744	ZWILCH (ENSSVLG00005024833)	LCTL (ENSSVLG00005024912)	SMAD6 (ENSSVLG00005024946) #22	ENSSVLG00005024968	SMAD3 (ENSSVLG00005024991) #23	AAGAB (ENSSVLG00005025018) #24	IQCH (ENSSVLG00005025085)	C15orf61 (ENSSVLG00005006592) #25	MAP2K5 (ENSSVLG00005006656) #26	SKOR1 (ENSSVLG00005006917) #27	PIAS1 (ENSSVLG00005007019) #28	CALML4 (ENSSVLG00005007109) #29	CLN6 (ENSSVLG00005007215) #30	FEM1B (ENSSVLG00005007302) #31	ITGA11 (ENSSVLG00005007326) #32	CORO2B (ENSSVLG00005007364) #33	ENSSVLG00005007452 #34	ENSSVLG00005007513