Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154543.b	ENSGT00390000008360	ENSGT00940000155105	ENSGT00940000155106	ENSGT00390000014167	ENSGT00940000163747	ENSGT00940000157289.a	ENSGT00940000158071	ENSGT00530000063853.a.a.b	ENSGT01050000244939.a.a.a	ENSGT00390000018605	ENSGT00940000157533 #18	ENSGT00400000022103.a #19	ENSGT00390000001805 #20	ENSGT00940000157075 #21	ENSGT00940000154843.F #22	ENSGT00390000004886 #23	ENSGT00940000158768 #24	ENSGT00940000156920 #25	ENSGT00390000016974 #26	ENSGT00390000003564	ENSGT00940000157040 #27	ENSGT00940000163681 #28	ENSGT00950000182848.c.b.a.a #30	ENSGT00940000156849 #31	ENSGT00990000204394	ENSGT00940000163315	ENSGT00390000001263 #32	ENSGT00940000154772.cb #33	ENSGT00940000156581 #34	ENSGT00390000006777.b #35
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000154543.b	ENSGT00390000008360	ENSGT00940000155105	ENSGT00940000155106	ENSGT00390000014167	ENSGT00940000163747	ENSGT00940000157289.a	ENSGT00940000158071	ENSGT00530000063853.a.a.b	ENSGT01050000244939.a.a.a	ENSGT00390000018605	ENSGT00940000157533 #18	ENSGT00400000022103.a #19	ENSGT00390000001805 #20	ENSGT00940000157075 #21	ENSGT00940000154843.F #22	ENSGT00390000004886 #23	ENSGT00940000158768 #24	ENSGT00940000156920 #25	ENSGT00390000016974 #26	ENSGT00390000003564	ENSGT00940000157040 #27	ENSGT00940000163681 #28	ENSGT00950000182848.c.b.a.a #30	ENSGT00940000156849 #31	ENSGT00940000163315	ENSGT00390000001263 #32	ENSGT00940000154772.cb #33	ENSGT00940000156581 #34	ENSGT00390000006777.b #35	ENSGT00530000063859.a
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00940000154543.b	ENSGT00390000008360	ENSGT00940000155105	ENSGT00940000155106	ENSGT00390000014167	ENSGT00940000163747	ENSGT00940000157289.a	ENSGT00940000158071	ENSGT00530000063853.a.a.b	ENSGT01050000244939.a.a.a	ENSGT00390000018605	ENSGT00940000157533 #18	ENSGT00400000022103.a #19	ENSGT00390000001805 #20	ENSGT00940000157075 #21	ENSGT00940000154843.F #22	ENSGT00390000004886 #23	ENSGT00940000158768 #24	ENSGT00940000156920 #25	ENSGT00390000016974 #26	ENSGT00390000003564	ENSGT00940000157040 #27	ENSGT00940000163681 #28	ENSGT00950000182848.c.b.a.a #30	ENSGT00940000156849 #31	ENSGT00390000001263 #32	ENSGT00940000154772.cb #33	ENSGT00940000156581 #34	ENSGT00390000006777.b #35	ENSGT00530000063859.a	ENSGT01050000244838.C.a #36
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	31												ENSUPAG00010014689 #18	SSR1 (ENSUPAG00010014698) #19	CAGE1 (ENSUPAG00010014747) #20	RIOK1 (ENSUPAG00010014798) #21	DSP (ENSUPAG00010015511) #22	SNRNP48 (ENSUPAG00010015572) #23	BMP6 (ENSUPAG00010015582) #24	TXNDC5 (ENSUPAG00010015593) #25	BLOC1S5 (ENSUPAG00010015784) #26	SLC35B3 (ENSUPAG00010015809) #27	ENSUPAG00010015840 #28	ENSUPAG00010015910 #29	TFAP2A (ENSUPAG00010015928) #30	GCNT2 (ENSUPAG00010016009) #31	PAK1IP1 (ENSUPAG00010016032) #32	TMEM14C (ENSUPAG00010016057) #33	MAK (ENSUPAG00010016076) #34	GCM2 (ENSUPAG00010016186) #35	ELOVL2 (ENSUPAG00010016252) #36	SMIM13 (ENSUPAG00010016295) #37
Squirrel	MODERN SPECIES	134	FAM217A (ENSSTOG00000030768)	ENSSTOG00000030065	ECI2 (ENSSTOG00000004305)	CDYL (ENSSTOG00000011187)	RPP40 (ENSSTOG00000011199)	PPP1R3G (ENSSTOG00000021636)	LYRM4 (ENSSTOG00000026736)	FARS2 (ENSSTOG00000012156)	ENSSTOG00000024647	F13A1 (ENSSTOG00000003326)	LY86 (ENSSTOG00000015443)	RREB1 (ENSSTOG00000020497) #18	ENSSTOG00000022608 #19	CAGE1 (ENSSTOG00000009267) #20	RIOK1 (ENSSTOG00000009289) #21	DSP (ENSSTOG00000014616) #22	SNRNP48 (ENSSTOG00000014635) #23	BMP6 (ENSSTOG00000028916) #24	TXNDC5 (ENSSTOG00000019465) #25	BLOC1S5 (ENSSTOG00000027342) #26	EEF1E1 (ENSSTOG00000026617)	SLC35B3 (ENSSTOG00000001201) #27	ENSSTOG00000028175 #28	ENSSTOG00000014334 #29	TFAP2A (ENSSTOG00000019865) #30	GCNT2 (ENSSTOG00000025970) #31	PAK1IP1 (ENSSTOG00000027900) #32	ENSSTOG00000022833 #33	MAK (ENSSTOG00000009548) #34	GCM2 (ENSSTOG00000009563) #35	ENSSTOG00000009224
Alpin marmot	MODERN SPECIES	36	FAM217A (ENSMMMG00000014281)	ENSMMMG00000014296	ECI2 (ENSMMMG00000014301)	CDYL (ENSMMMG00000014357)	RPP40 (ENSMMMG00000014521)	PPP1R3G (ENSMMMG00000014548)	LYRM4 (ENSMMMG00000014551)	FARS2 (ENSMMMG00000014567)	NRN1 (ENSMMMG00000014586)	F13A1 (ENSMMMG00000014594)	LY86 (ENSMMMG00000014644)	RREB1 (ENSMMMG00000014665) #18	SSR1 (ENSMMMG00000014761) #19	CAGE1 (ENSMMMG00000014786) #20	RIOK1 (ENSMMMG00000014815) #21	DSP (ENSMMMG00000014849) #22	SNRNP48 (ENSMMMG00000014886) #23	BMP6 (ENSMMMG00000014898) #24	TXNDC5 (ENSMMMG00000014905) #25	BLOC1S5 (ENSMMMG00000014923) #26	EEF1E1 (ENSMMMG00000014929)	SLC35B3 (ENSMMMG00000014936) #27	ENSMMMG00000014956	ENSMMMG00000014969 #28	ENSMMMG00000014989 #29	TFAP2A (ENSMMMG00000014996) #30	ENSMMMG00000015030	GCNT2 (ENSMMMG00000015036) #31	ENSMMMG00000015056	C6orf52 (ENSMMMG00000015079)	PAK1IP1 (ENSMMMG00000015091) #32
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	ENSSVLG00005007999	ECI2 (ENSSVLG00005008033)	CDYL (ENSSVLG00005008158)	RPP40 (ENSSVLG00005008216)	PPP1R3G (ENSSVLG00005008297)	LYRM4 (ENSSVLG00005008312)	ENSSVLG00005008346	FARS2 (ENSSVLG00005008373)	NRN1 (ENSSVLG00005008393)	F13A1 (ENSSVLG00005008423)	LY86 (ENSSVLG00005008500)	RREB1 (ENSSVLG00005008541) #18	SSR1 (ENSSVLG00005008603) #19	CAGE1 (ENSSVLG00005008923) #20	RIOK1 (ENSSVLG00005009274) #21	DSP (ENSSVLG00005009323) #22	SNRNP48 (ENSSVLG00005009588) #23	BMP6 (ENSSVLG00005009631) #24	TXNDC5 (ENSSVLG00005009663) #25	BLOC1S5 (ENSSVLG00005009718) #26	ENSSVLG00005009767	ENSSVLG00005009805 #27	ENSSVLG00005009939 #27	ENSSVLG00005010019 #28	ENSSVLG00005010165 #29	TFAP2A (ENSSVLG00005010218) #30	GCNT2 (ENSSVLG00005010366) #31	ENSSVLG00005010435	PAK1IP1 (ENSSVLG00005010469) #32	ENSSVLG00005010503 #33	MAK (ENSSVLG00005010599) #34