Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000162172	ENSGT00940000156311	ENSGT00970000194716	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b	ENSGT00390000001750	ENSGT00390000003511	ENSGT00390000011058.b #22	ENSGT00940000155929	ENSGT01050000244976.b.a	ENSGT00940000156634	ENSGT00940000160327	ENSGT00940000159448	ENSGT00550000074851	ENSGT00940000159619.a	ENSGT00860000135828	ENSGT00940000163072	ENSGT00940000161771	ENSGT00940000162953	ENSGT00940000155941.A	ENSGT00390000018718	ENSGT00940000156442	ENSGT00940000161593
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000162172	ENSGT00940000156311	ENSGT00970000194716	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b	ENSGT00390000001750	ENSGT00390000003511	ENSGT00390000011058.b #22	ENSGT00940000155929	ENSGT01050000244976.b.a	ENSGT00940000156634	ENSGT00940000160327	ENSGT00940000159448	ENSGT00550000074851	ENSGT00940000159619.a	ENSGT00860000135828	ENSGT00940000163072	ENSGT00940000161771	ENSGT00940000162953	ENSGT00940000155941.A	ENSGT00390000018718	ENSGT00940000156442	ENSGT00940000161593
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000162172	ENSGT00940000156311	ENSGT00900000143836	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b	ENSGT00390000001750	ENSGT00390000003511	ENSGT00390000011058.b #22	ENSGT00940000155929	ENSGT01050000244976.b.a	ENSGT00940000156634	ENSGT00940000160327	ENSGT00940000159448	ENSGT00550000074851	ENSGT00940000159619.a	ENSGT00860000135828	ENSGT00940000163072	ENSGT00940000161771	ENSGT00940000162953	ENSGT00940000155941.A	ENSGT00390000018718	ENSGT00940000156442	ENSGT00940000161593
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	324														ENSGT00940000153270.b.b	ENSGT00390000001750	ENSGT00390000011058.b #22
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	1066																CCDC50 (ENSUPAG00010019862) #22
Squirrel	MODERN SPECIES	496														ENSSTOG00000004745	OSTN (ENSSTOG00000020025)	CCDC50 (ENSSTOG00000000219) #22
Alpin marmot	MODERN SPECIES	65	SST (ENSMMMG00000009413)	RTP2 (ENSMMMG00000009435)	BCL6 (ENSMMMG00000009441)	ENSMMMG00000009454	LPP (ENSMMMG00000009476)	TPRG1 (ENSMMMG00000009493)	TP63 (ENSMMMG00000009524)	P3H2 (ENSMMMG00000010050)	CLDN1 (ENSMMMG00000010077)	CLDN16 (ENSMMMG00000010089)	TMEM207 (ENSMMMG00000010116)	IL1RAP (ENSMMMG00000010137)	GMNC (ENSMMMG00000010205)	OSTN (ENSMMMG00000010224)	UTS2B (ENSMMMG00000010236)	CCDC50 (ENSMMMG00000010258) #22	ENSMMMG00000010324	ENSMMMG00000010336	MB21D2 (ENSMMMG00000010348)	PLAAT1 (ENSMMMG00000010364)	ATP13A5 (ENSMMMG00000010381)	ATP13A4 (ENSMMMG00000010493)	OPA1 (ENSMMMG00000010558)	HES1 (ENSMMMG00000010681)	ENSMMMG00000010691	CPN2 (ENSMMMG00000010696)	LRRC15 (ENSMMMG00000010700)	GP5 (ENSMMMG00000010711)	ENSMMMG00000010728	TMEM44 (ENSMMMG00000010743)	LSG1 (ENSMMMG00000010772)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	1	ENSSVLG00005008392	ENSSVLG00005008361	LPP (ENSSVLG00005008318)	TPRG1 (ENSSVLG00005008266)	ENSSVLG00005008233	TP63 (ENSSVLG00005007416)	P3H2 (ENSSVLG00005006989)	CLDN1 (ENSSVLG00005006941)	CLDN16 (ENSSVLG00005006918)	TMEM207 (ENSSVLG00005006891)	IL1RAP (ENSSVLG00005006739)	GMNC (ENSSVLG00005006667)	OSTN (ENSSVLG00005006607)	UTS2B (ENSSVLG00005006554)	ENSSVLG00005006532	CCDC50 (ENSSVLG00005006494) #22	FGF12 (ENSSVLG00005006414)	MB21D2 (ENSSVLG00005006368)	ENSSVLG00005006347	PLAAT1 (ENSSVLG00005006328)	ATP13A5 (ENSSVLG00005006143)	ATP13A4 (ENSSVLG00005005773)	OPA1 (ENSSVLG00005005536)	HES1 (ENSSVLG00005005416)	CPN2 (ENSSVLG00005005406)	LRRC15 (ENSSVLG00005005394)	GP5 (ENSSVLG00005005382)	ENSSVLG00005005145	TMEM44 (ENSSVLG00005005023)	LSG1 (ENSSVLG00005004993)	FAM43A (ENSSVLG00005004980)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000162172	ENSGT00940000156311	ENSGT00900000143836	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b	ENSGT00390000001750	ENSGT00390000003511	ENSGT00390000011058.b #22	ENSGT00940000155929	ENSGT01050000244976.b.a	ENSGT00940000156634	ENSGT00940000160327	ENSGT00940000159448	ENSGT00550000074851	ENSGT00940000159619.a	ENSGT00860000135828	ENSGT00940000163072	ENSGT00940000161771	ENSGT00940000162953	ENSGT00940000155941.A	ENSGT00390000018718	ENSGT00940000156442	ENSGT00940000161593
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183084.b.b	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000162172	ENSGT00940000156311	ENSGT01100000266402	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b	ENSGT00390000001750	ENSGT00390000011058.b #22	ENSGT00940000155929	ENSGT01050000244976.b.a	ENSGT00940000156634	ENSGT00940000160327	ENSGT00940000159448	ENSGT00550000074851	ENSGT00940000159619.a	ENSGT00940000163072	ENSGT00940000161771	ENSGT00940000155941.A	ENSGT00390000018718	ENSGT00940000156442	ENSGT00940000161593	ENSGT00940000158154	ENSGT00940000156389.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00950000183084.b.b	ENSGT00510000047914.b	ENSGT00940000162172	ENSGT00940000156311	ENSGT01100000266402	ENSGT00940000156022.b	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00940000159593	ENSGT00940000155387	ENSGT00730000111162	ENSGT00390000006126	ENSGT01090000260076.a	ENSGT00940000153270.b.b	ENSGT00390000001750	ENSGT00390000011058.b #22	ENSGT00940000155929	ENSGT01050000244976.b.a	ENSGT00940000156634	ENSGT00940000160327	ENSGT00940000159448	ENSGT00550000074851	ENSGT00940000159619.a	ENSGT00940000163072	ENSGT00940000161771	ENSGT00940000155941.A	ENSGT00940000156442	ENSGT00940000161593	ENSGT00940000158154	ENSGT00940000156389.a	ENSGT00390000004757
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	127	RTP1 (ENSCLAG00000013765)	MASP1 (ENSCLAG00000012518)	SST (ENSCLAG00000015832)	RTP2 (ENSCLAG00000014964)	ENSCLAG00000017951	BCL6 (ENSCLAG00000012339)	LPP (ENSCLAG00000015949)	TPRG1 (ENSCLAG00000013300)	TP63 (ENSCLAG00000012538)	P3H2 (ENSCLAG00000012801)	CLDN1 (ENSCLAG00000013178)	CLDN16 (ENSCLAG00000012605)	IL1RAP (ENSCLAG00000012363)	GMNC (ENSCLAG00000011473)	OSTN (ENSCLAG00000013977)	CCDC50 (ENSCLAG00000014114) #22	FGF12 (ENSCLAG00000011409)	MB21D2 (ENSCLAG00000014657)	PLAAT1 (ENSCLAG00000012403)	ATP13A5 (ENSCLAG00000012908)	ATP13A4 (ENSCLAG00000012524)	OPA1 (ENSCLAG00000012734)	HES1 (ENSCLAG00000015321)	CPN2 (ENSCLAG00000018106)	LRRC15 (ENSCLAG00000018110)	ATP13A3 (ENSCLAG00000012807)	ENSCLAG00000013365	FAM43A (ENSCLAG00000011597)	XXYLT1 (ENSCLAG00000011348)	ACAP2 (ENSCLAG00000013413)	ENSCLAG00000012941
Degu	MODERN SPECIES	169	ENSODEG00000000479	SST (ENSODEG00000000486)	RTP2 (ENSODEG00000000495)	BCL6 (ENSODEG00000000516)	LPP (ENSODEG00000000601)	TPRG1 (ENSODEG00000000645)	TP63 (ENSODEG00000000698)	P3H2 (ENSODEG00000000751)	CLDN1 (ENSODEG00000000775)	CLDN16 (ENSODEG00000000787)	TMEM207 (ENSODEG00000000814)	IL1RAP (ENSODEG00000000880)	ENSODEG00000000947	GMNC (ENSODEG00000000968)	OSTN (ENSODEG00000000984)	CCDC50 (ENSODEG00000001028) #22	ENSODEG00000018632	FGF12 (ENSODEG00000000898)	ENSODEG00000000915	PLAAT1 (ENSODEG00000000928)	ATP13A5 (ENSODEG00000000942)
Guinea pig	MODERN SPECIES	7	RTP1 (ENSCPOG00000001203)	MASP1 (ENSCPOG00000015723)	SST (ENSCPOG00000009662)	RTP2 (ENSCPOG00000009665)	BCL6 (ENSCPOG00000004090)	ENSCPOG00000033304	LPP (ENSCPOG00000015584)	TPRG1 (ENSCPOG00000007437)	TP63 (ENSCPOG00000014770)	P3H2 (ENSCPOG00000004329)	CLDN1 (ENSCPOG00000037018)	CLDN16 (ENSCPOG00000008643)	IL1RAP (ENSCPOG00000008554)	GMNC (ENSCPOG00000019517)	OSTN (ENSCPOG00000024963)	CCDC50 (ENSCPOG00000013365) #22	FGF12 (ENSCPOG00000038518)	MB21D2 (ENSCPOG00000011028)	PLAAT1 (ENSCPOG00000008871)	ATP13A5 (ENSCPOG00000008873)	ATP13A4 (ENSCPOG00000008886)	OPA1 (ENSCPOG00000005925)	HES1 (ENSCPOG00000036195)	CPN2 (ENSCPOG00000037149)	LRRC15 (ENSCPOG00000005131)	ATP13A3 (ENSCPOG00000005136)	TMEM44 (ENSCPOG00000021309)	ENSCPOG00000002586	FAM43A (ENSCPOG00000021729)	XXYLT1 (ENSCPOG00000009208)	ACAP2 (ENSCPOG00000009213)
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	27	TP63 (ENSHGLG00000016277)	P3H2 (ENSHGLG00000019175)	CLDN1 (ENSHGLG00000038289)	CLDN16 (ENSHGLG00000018130)	ENSHGLG00000035223	TMEM207 (ENSHGLG00000037564)	IL1RAP (ENSHGLG00000018108)	ENSHGLG00000036963	ENSHGLG00000019218	GMNC (ENSHGLG00000017131)	ENSHGLG00000040250	ENSHGLG00000016933	ENSHGLG00000016923	OSTN (ENSHGLG00000039251)	ENSHGLG00000042558	CCDC50 (ENSHGLG00000016906) #22	FGF12 (ENSHGLG00000043378)	MB21D2 (ENSHGLG00000017083)	ENSHGLG00000017096	ENSHGLG00000035086	PLAAT1 (ENSHGLG00000017074)	ATP13A5 (ENSHGLG00000017059)	ATP13A4 (ENSHGLG00000017044)	OPA1 (ENSHGLG00000017084)	HES1 (ENSHGLG00000032453)	ENSHGLG00000040383	CPN2 (ENSHGLG00000045241)	LRRC15 (ENSHGLG00000017428)	GP5 (ENSHGLG00000038390)	ATP13A3 (ENSHGLG00000017411)	LSG1 (ENSHGLG00000017390)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	7	CCSER2 (ENSHGLG00000008612)	GRID1 (ENSHGLG00000009129)	ENSHGLG00000007130	ENSHGLG00000006795	ENSHGLG00000045643	ENSHGLG00000001304	ENSHGLG00000000772	UTP15 (ENSHGLG00000000745)	ARHGEF28 (ENSHGLG00000000602)	ENSHGLG00000040928	ENC1 (ENSHGLG00000000552)	Hexb (ENSHGLG00000000527)	GFM2 (ENSHGLG00000000419)	NSA2 (ENSHGLG00000000324)	ENSHGLG00000035328	ENSHGLG00000032803 #22	ENSHGLG00000000294	ENSHGLG00000000270	ANKRD31 (ENSHGLG00000000230)	ENSHGLG00000043427	ENSHGLG00000040348	ENSHGLG00000000135	ENSHGLG00000034320	ENSHGLG00000002129	ENSHGLG00000036754	ENSHGLG00000002239	ENSHGLG00000040666	ENSHGLG00000035363	ENSHGLG00000001390	ENSHGLG00000001449	ENSHGLG00000041239