Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234563.b.a.b.b.a ##8	ENSGT01030000234563.b.a.b.b.b #8	ENSGT00530000063534.b #9	ENSGT01050000244827.D.b.b #10	ENSGT00940000162030 #11	ENSGT00940000155351 #12	ENSGT00530000064714 #13	ENSGT00390000018550 #14	ENSGT00940000161242 #15	ENSGT00940000156184 #16	ENSGT00390000000909 #17	ENSGT00940000157732 #18	ENSGT00940000156696.B #19	ENSGT01030000234610.b.a.b.b #20	ENSGT01030000234610.b.a.b.a #21	ENSGT01030000234610.b.a.a #22	ENSGT00390000012228 #23	ENSGT00390000015489	ENSGT00940000153342.a #26	ENSGT00940000158034 #27	ENSGT00940000154418.a.a #28	ENSGT00940000162369 #29	ENSGT00940000159034 #30	ENSGT00390000001742.a	ENSGT00390000015849 #33	ENSGT00940000155588.b #34	ENSGT00950000183109.c.a.a #35	ENSGT01030000234641.b.a.a #37	ENSGT00940000155737.b #36	ENSGT00940000157919	ENSGT00390000009747
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	4	ENSHGLG00000039825 #7	SORCS3 (ENSHGLG00000001754) #8	CFAP58 (ENSHGLG00000002793) #9	ITPRIP (ENSHGLG00000046163) #10	GSTO2 (ENSHGLG00000049945) #11	GSTO1 (ENSHGLG00000002485) #12	CFAP43 (ENSHGLG00000035856) #13	ENSHGLG00000033849 #14	COL17A1 (ENSHGLG00000003598) #15	SLK (ENSHGLG00000003084) #16	STN1 (ENSHGLG00000002775) #17	SH3PXD2A (ENSHGLG00000002064) #18	NEURL1 (ENSHGLG00000001530) #19	CALHM3 (ENSHGLG00000002195) #20	CALHM1 (ENSHGLG00000002126) #21	CALHM2 (ENSHGLG00000002007) #22	PDCD11 (ENSHGLG00000001462) #23	ENSHGLG00000045467 #24	ENSHGLG00000003034 #25	TAF5 (ENSHGLG00000002753) #26	ENSHGLG00000002539 #27	INA (ENSHGLG00000002478) #28	NT5C2 (ENSHGLG00000003370) #29	CNNM2 (ENSHGLG00000002477) #30	ENSHGLG00000037786 #31	ENSHGLG00000037019 #32	ENSHGLG00000036337 #33	CYP17A1 (ENSHGLG00000002087) #34	WBP1L (ENSHGLG00000036528) #35	ARL3 (ENSHGLG00000038237) #36	ENSHGLG00000003650 #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234563.b.a.b.b.a ##8	ENSGT01030000234563.b.a.b.b.b #8	ENSGT00530000063534.b #9	ENSGT01050000244827.D.b.b #10	ENSGT00940000162030 #11	ENSGT00940000155351 #12	ENSGT00530000064714 #13	ENSGT00390000018550 #14	ENSGT00940000161242 #15	ENSGT00940000156184 #16	ENSGT00390000000909 #17	ENSGT00940000157732 #18	ENSGT00940000156696.B #19	ENSGT01030000234610.b.a.b.b #20	ENSGT01030000234610.b.a.b.a #21	ENSGT01030000234610.b.a.a #22	ENSGT00390000012228 #23	ENSGT00390000015489	ENSGT00940000153342.a #26	ENSGT00940000158034 #27	ENSGT00940000154418.a.a #28	ENSGT00940000162369 #29	ENSGT00940000159034 #30	ENSGT00390000001742.a	ENSGT00390000015849 #33	ENSGT00940000155588.b #34	ENSGT00950000183109.c.a.a #35	ENSGT01030000234641.b.a.a #37	ENSGT00940000155737.b #36	ENSGT00940000157919	ENSGT00390000009747
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01030000234563.b.a.b.b.a ##8	ENSGT01030000234563.b.a.b.b.b #8	ENSGT00530000063534.b #9	ENSGT01050000244827.D.b.b #10	ENSGT00940000162030 #11	ENSGT00940000155351 #12	ENSGT00530000064714 #13	ENSGT00390000018550 #14	ENSGT00940000168158	ENSGT00940000156184 #16	ENSGT00390000000909 #17	ENSGT00940000157732 #18	ENSGT00940000156696.B #19	ENSGT01030000234610.b.a.b.b #20	ENSGT01030000234610.b.a.b.a #21	ENSGT01030000234610.b.a.a #22	ENSGT00390000012228 #23	ENSGT00390000015489	ENSGT00940000153342.a #26	ENSGT00940000158034 #27	ENSGT00940000154418.a.a #28	ENSGT00940000162369 #29	ENSGT00940000159034 #30	ENSGT00390000001742.a	ENSGT00390000015849 #33	ENSGT00940000155588.b #34	ENSGT00950000183109.c.a.a #35	ENSGT01030000234641.b.a.a #37	ENSGT00940000155737.b #36	ENSGT00940000157919	ENSGT00390000009747
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	192	SORCS3 (ENSCLAG00000001473) #8	CFAP58 (ENSCLAG00000001586) #9	ITPRIP (ENSCLAG00000001636) #10	GSTO2 (ENSCLAG00000001887) #11	GSTO1 (ENSCLAG00000001308) #12	ENSCLAG00000017434	CFAP43 (ENSCLAG00000001343) #13	SFR1 (ENSCLAG00000001521) #14	ENSCLAG00000001543	SLK (ENSCLAG00000001596) #16	STN1 (ENSCLAG00000001617) #17	SH3PXD2A (ENSCLAG00000001679) #18	ENSCLAG00000001821 #19	CALHM3 (ENSCLAG00000001834) #20	CALHM1 (ENSCLAG00000001842) #21	CALHM2 (ENSCLAG00000001846) #22	PDCD11 (ENSCLAG00000001029) #23	ATP5MK (ENSCLAG00000001049)	TAF5 (ENSCLAG00000001063) #26	PCGF6 (ENSCLAG00000001188) #27	ENSCLAG00000001199 #28	NT5C2 (ENSCLAG00000001259) #29	ENSCLAG00000017436	CNNM2 (ENSCLAG00000001443) #30	AS3MT (ENSCLAG00000001482)	BORCS7 (ENSCLAG00000001557) #33	CYP17A1 (ENSCLAG00000000920) #34	WBP1L (ENSCLAG00000000978) #35	SFXN2 (ENSCLAG00000001037) #37	ARL3 (ENSCLAG00000001055) #36	TRIM8 (ENSCLAG00000001092)
Degu	MODERN SPECIES	83	SORCS1 (ENSODEG00000008187) ##8	SORCS3 (ENSODEG00000009208) #8	CFAP58 (ENSODEG00000011571) #9	GSTO2 (ENSODEG00000007911) #11	GSTO1 (ENSODEG00000011067) #12	ENSODEG00000019763	CFAP43 (ENSODEG00000009391) #13	COL17A1 (ENSODEG00000007918) #15	ENSODEG00000008493	SLK (ENSODEG00000008144) #16	STN1 (ENSODEG00000007270) #17	SH3PXD2A (ENSODEG00000009308) #18	NEURL1 (ENSODEG00000007869) #19	CALHM3 (ENSODEG00000007501) #20	CALHM1 (ENSODEG00000008264) #21	CALHM2 (ENSODEG00000008107) #22	PDCD11 (ENSODEG00000008079) #23	ENSODEG00000009533	TAF5 (ENSODEG00000009100) #26	ENSODEG00000007978	PCGF6 (ENSODEG00000007645) #27	INA (ENSODEG00000008267) #28	NT5C2 (ENSODEG00000012028) #29	ENSODEG00000009282	CNNM2 (ENSODEG00000008114) #30	AS3MT (ENSODEG00000008429)	BORCS7 (ENSODEG00000009160) #33	CYP17A1 (ENSODEG00000008480) #34	ENSODEG00000008163	ENSODEG00000019732	WBP1L (ENSODEG00000009321) #35
Guinea pig	MODERN SPECIES	11	SORCS1 (ENSCPOG00000012755) ##8	SORCS3 (ENSCPOG00000014152) #8	CFAP58 (ENSCPOG00000000492) #9	ITPRIP (ENSCPOG00000037693) #10	GSTO2 (ENSCPOG00000012825) #11	GSTO1 (ENSCPOG00000001014) #12	CFAP43 (ENSCPOG00000001007) #13	SFR1 (ENSCPOG00000001002) #14	COL17A1 (ENSCPOG00000000997) #15	SLK (ENSCPOG00000000992) #16	STN1 (ENSCPOG00000006273) #17	SH3PXD2A (ENSCPOG00000006269) #18	NEURL1 (ENSCPOG00000006578) #19	CALHM3 (ENSCPOG00000013132) #20	CALHM1 (ENSCPOG00000010968) #21	CALHM2 (ENSCPOG00000040598) #22	PDCD11 (ENSCPOG00000010957) #23	ATP5MK (ENSCPOG00000005303)	TAF5 (ENSCPOG00000005294) #26	PCGF6 (ENSCPOG00000004021) #27	INA (ENSCPOG00000004030) #28	NT5C2 (ENSCPOG00000015748) #29	CNNM2 (ENSCPOG00000015746) #30	BORCS7 (ENSCPOG00000032430) #33	CYP17A1 (ENSCPOG00000014546) #34	WBP1L (ENSCPOG00000033991) #35	SFXN2 (ENSCPOG00000014474) #37	ARL3 (ENSCPOG00000014473) #36	TRIM8 (ENSCPOG00000012305)	SUFU (ENSCPOG00000011097)	ACTR1A (ENSCPOG00000011090)