Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155241 #8	ENSGT00550000074972 #9	ENSGT00940000159085 #10	ENSGT00940000156060 #11	ENSGT00940000155306.a #12	ENSGT00940000160815 #13	ENSGT00390000002177 #14	ENSGT00390000012418 #15	ENSGT00390000000252 #16	ENSGT00940000156645 #17	ENSGT00940000156150	ENSGT00950000182945.b.b #18	ENSGT00390000004490 #19	ENSGT00940000157524 #20	ENSGT00390000001505 #21	ENSGT00390000008429 #22	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.b.f #23	ENSGT00390000013172 #24	ENSGT00940000159461 #25	ENSGT00940000155781 #26	ENSGT00950000183146.b #27	ENSGT00940000158909 #28	ENSGT00940000157802 #29	ENSGT00940000162824.b	ENSGT00530000063849.A #31	ENSGT00940000161447 #30	ENSGT00390000007696 #32	ENSGT00940000156468 #33	ENSGT00940000163598 #34	ENSGT00940000157842 #35	ENSGT00390000006665.a #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074972 #9	ENSGT00940000159085 #10	ENSGT00940000156060 #11	ENSGT00940000155306.a #12	ENSGT00940000160815 #13	ENSGT00390000002177 #14	ENSGT00390000012418 #15	ENSGT00390000000252 #16	ENSGT00940000156645 #17	ENSGT00940000156150	ENSGT00940000164003	ENSGT00950000182945.b.b #18	ENSGT00390000004490 #19	ENSGT00940000157524 #20	ENSGT00390000001505 #21	ENSGT00390000008429 #22	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.b.f #23	ENSGT00390000013172 #24	ENSGT00940000159461 #25	ENSGT00940000155781 #26	ENSGT00950000183146.b #27	ENSGT00940000158909 #28	ENSGT00940000157802 #29	ENSGT00940000162824.b	ENSGT00530000063849.A #31	ENSGT00940000161447 #30	ENSGT00390000007696 #32	ENSGT00940000156468 #33	ENSGT00940000163598 #34	ENSGT00940000157842 #35	ENSGT00390000006665.a #36
Guinea pig	MODERN SPECIES	8	IMPDH2 (ENSCPOG00000009955) #7	ENSCPOG00000009958 #8	QARS1 (ENSCPOG00000009967) #9	USP19 (ENSCPOG00000009975) #10	LAMB2 (ENSCPOG00000009993) #11	CCDC71 (ENSCPOG00000010009) #12	KLHDC8B (ENSCPOG00000031477) #13	C3orf84 (ENSCPOG00000024951) #14	IHO1 (ENSCPOG00000013672) #15	C3orf62 (ENSCPOG00000026439) #16	USP4 (ENSCPOG00000010272) #17	RHOA (ENSCPOG00000014073) #18	TCTA (ENSCPOG00000035311) #19	AMT (ENSCPOG00000023233) #20	NICN1 (ENSCPOG00000019324) #21	DAG1 (ENSCPOG00000034832) #22	BSN (ENSCPOG00000040726) #23	APEH (ENSCPOG00000011416) #24	MST1 (ENSCPOG00000011422) #25	RNF123 (ENSCPOG00000011432) #26	AMIGO3 (ENSCPOG00000020283) #27	GMPPB (ENSCPOG00000020537) #28	IP6K1 (ENSCPOG00000040339) #29	UBA7 (ENSCPOG00000008926) #30	INKA1 (ENSCPOG00000026986) #31	TRAIP (ENSCPOG00000003478) #32	CAMKV (ENSCPOG00000003484) #33	ENSCPOG00000023735 #34	MST1R (ENSCPOG00000002332) #35	MON1A (ENSCPOG00000012516) #36	RBM6 (ENSCPOG00000008146) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00550000074972 #9	ENSGT00940000159085 #10	ENSGT00940000156060 #11	ENSGT00940000155306.a #12	ENSGT00940000160815 #13	ENSGT00390000002177 #14	ENSGT00390000012418 #15	ENSGT00390000000252 #16	ENSGT00940000156645 #17	ENSGT00940000156150	ENSGT00940000164003	ENSGT00950000182945.b.b #18	ENSGT00390000004490 #19	ENSGT00940000157524 #20	ENSGT00390000001505 #21	ENSGT00390000008429 #22	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.b.f #23	ENSGT00390000013172 #24	ENSGT00940000159461 #25	ENSGT00940000155781 #26	ENSGT00950000183146.b #27	ENSGT00940000158909 #28	ENSGT00940000157802 #29	ENSGT00940000162824.b	ENSGT00530000063849.A #31	ENSGT00940000161447 #30	ENSGT00390000007696 #32	ENSGT00940000156468 #33	ENSGT00940000163598 #34	ENSGT00940000157842 #35	ENSGT00390000006665.a #36
Degu	MODERN SPECIES	49	QRICH1 (ENSODEG00000018211) #8	ENSODEG00000018381 #9	USP19 (ENSODEG00000018209) #10	LAMB2 (ENSODEG00000018161) #11	CCDC71 (ENSODEG00000018170) #12	KLHDC8B (ENSODEG00000018149) #13	C3orf84 (ENSODEG00000018152) #14	IHO1 (ENSODEG00000018168) #15	C3orf62 (ENSODEG00000018275) #16	USP4 (ENSODEG00000018126) #17	GPX1 (ENSODEG00000018240)	ENSODEG00000018416	TCTA (ENSODEG00000018418) #19	ENSODEG00000018166 #20	ENSODEG00000018172 #21	DAG1 (ENSODEG00000018370) #22	BSN (ENSODEG00000018261) #23	APEH (ENSODEG00000018298) #24	MST1 (ENSODEG00000018247) #25	ENSODEG00000018183 #26	ENSODEG00000018201 #26	ENSODEG00000018214 #26	AMIGO3 (ENSODEG00000020542) #27	GMPPB (ENSODEG00000018216) #28	IP6K1 (ENSODEG00000018281) #29	CDHR4 (ENSODEG00000018191)	INKA1 (ENSODEG00000018192) #31	UBA7 (ENSODEG00000018203) #30	TRAIP (ENSODEG00000018210) #32	ENSODEG00000018202 #33	ENSODEG00000018427 #34
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	239	DALRD3 (ENSCLAG00000010911)	IMPDH2 (ENSCLAG00000010876) #7	NDUFAF3 (ENSCLAG00000010367)	QRICH1 (ENSCLAG00000011484) #8	QARS1 (ENSCLAG00000009982) #9	USP19 (ENSCLAG00000009469) #10	LAMB2 (ENSCLAG00000012420) #11	CCDC71 (ENSCLAG00000006770) #12	KLHDC8B (ENSCLAG00000007333) #13	C3orf84 (ENSCLAG00000006773) #14	USP4 (ENSCLAG00000006925) #17	RHOA (ENSCLAG00000007531) #18	TCTA (ENSCLAG00000009163) #19	AMT (ENSCLAG00000007577) #20	NICN1 (ENSCLAG00000007906) #21	DAG1 (ENSCLAG00000009430) #22	BSN (ENSCLAG00000006929) #23	APEH (ENSCLAG00000006987) #24	MST1 (ENSCLAG00000010949) #25	RNF123 (ENSCLAG00000008303) #26	AMIGO3 (ENSCLAG00000018108) #27	GMPPB (ENSCLAG00000009088) #28	IP6K1 (ENSCLAG00000010986) #29	CDHR4 (ENSCLAG00000015695)	INKA1 (ENSCLAG00000011389) #31	UBA7 (ENSCLAG00000007421) #30	TRAIP (ENSCLAG00000007336) #32	CAMKV (ENSCLAG00000008487) #33	ENSCLAG00000017731 #34	MST1R (ENSCLAG00000007307) #35	MON1A (ENSCLAG00000009946) #36
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	27	QARS1 (ENSHGLG00000014071) #9	USP19 (ENSHGLG00000014432) #10	LAMB2 (ENSHGLG00000014718) #11	KLHDC8B (ENSHGLG00000012255) #13	C3orf84 (ENSHGLG00000047605) #14	CCDC36 (ENSHGLG00000045203) #15	C3orf62 (ENSHGLG00000032235) #16	USP4 (ENSHGLG00000014262) #17	GPX1 (ENSHGLG00000014333)	RHOA (ENSHGLG00000037920) #18	TCTA (ENSHGLG00000014711) #19	AMT (ENSHGLG00000019416) #20	NICN1 (ENSHGLG00000014501) #21	ENSHGLG00000043499	ENSHGLG00000049998	DAG1 (ENSHGLG00000035745) #22	BSN (ENSHGLG00000014582) #23	MST1 (ENSHGLG00000014647) #25	APEH (ENSHGLG00000014615) #24	ENSHGLG00000014673 #26	AMIGO3 (ENSHGLG00000034610) #27	ENSHGLG00000041509 #26	GMPPB (ENSHGLG00000010676) #28	IP6K1 (ENSHGLG00000040829) #29	CDHR4 (ENSHGLG00000011328)	INKA1 (ENSHGLG00000011955) #31	TRAIP (ENSHGLG00000035109) #32	CAMKV (ENSHGLG00000012266) #33	ENSHGLG00000012408 #34	MST1R (ENSHGLG00000012578) #35	MON1A (ENSHGLG00000012749) #36