Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 489 ENSGT00950000183165.b.b.a.a ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000154457.a.b ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 515 ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000154457.a.b ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 451 ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000154457.a.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 309 ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000154457.a.b ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 247 ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000154457.a.b ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 209 ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000154457.a.b ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 210 ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000154457.a.b ##22 Eupecaria_B DUPLICATION Eupecaria_B DUPLICATION Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a.d.a #22 Perciformes DUPLICATION Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a.d.a.a #22 Cottioidei DUPLICATION Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000017567 ENSGT00940000156650.i ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00940000162980 #7 ENSGT00950000182835.c.c.g.b #8 ENSGT00940000166720 #9 ENSGT00940000155094.b #10 ENSGT00940000160207.b #11 ENSGT00950000183113.a.b #12 ENSGT00390000002707 #13 ENSGT00940000155407 #14 ENSGT00940000157965.d #15 ENSGT00530000063693.b #16 ENSGT00940000160178 #17 ENSGT00940000159411.b #18 ENSGT00940000154457.a.a.a.a.d.a.a.b #22 ENSGT00950000183188.A.a.b #23 ENSGT00390000002944 #24 ENSGT00940000159544 #25 ENSGT00940000155808 #26 ENSGT00530000063607.a #27 ENSGT01050000244940.a.a #28 ENSGT01040000240451.a.b.a #29 ENSGT00940000155330.b #30 ENSGT00940000158208.a.a #31 ENSGT00940000160351 #32 ENSGT00940000158956.c #33 ENSGT00940000160722 #34 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.b #36 ENSGT01100000263484.B.b.a #37 Stickleback DUPLICATION Stickleback DUPLICATION Stickleback MODERN SPECIES 11 ENSGACG00000011406 #7 pfkfb1 (ENSGACG00000011410) #8 ugt5e1 (ENSGACG00000011442) #9 ENSGACG00000011450 #10 ccn5 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(ENSGACG00000011730) #32 MARCHF9 (ENSGACG00000011728) #31 SLC11A2 (ENSGACG00000011691) #30 ctdsp2 (ENSGACG00000011678) #29 TMBIM6 (ENSGACG00000011650) #28 ENSGACG00000011642 #27 kansl2 (ENSGACG00000011630) #26 ccnt1 (ENSGACG00000011626) #25 sarnp (ENSGACG00000011615) #24 pmelb (ENSGACG00000011605) #23 TUBA4B (ENSGACG00000011595) #22 tuba2 (ENSGACG00000011587) #21 tuba1c (ENSGACG00000011552) #20 TUBA4B (ENSGACG00000011524) #19 jph2 (ENSGACG00000011519) #18 GDAP1L1 (ENSGACG00000011509) #17 fitm2 (ENSGACG00000011502) #16 hnf4a (ENSGACG00000011485) #15 ttpal (ENSGACG00000011479) #14 pkig (ENSGACG00000011477) #13 ada (ENSGACG00000011456) #12 ccn5 (ENSGACG00000011453) #11 ENSGACG00000011450 #10 ugt5e1 (ENSGACG00000011442) #9 pfkfb1 (ENSGACG00000011410) #8 ENSGACG00000011406 #7 gdi1 (ENSGACG00000011384) Stickleback MODERN SPECIES 11 hnf4a (ENSGACG00000011485) #15 ttpal (ENSGACG00000011479) #14 pkig (ENSGACG00000011477) #13 ada (ENSGACG00000011456) #12 ccn5 (ENSGACG00000011453) #11 ENSGACG00000011450 #10 ugt5e1 (ENSGACG00000011442) #9 pfkfb1 (ENSGACG00000011410) #8 ENSGACG00000011406 #7 gdi1 (ENSGACG00000011384) atp6ap1b (ENSGACG00000011378) taf8 (ENSGACG00000011366) camk1gb (ENSGACG00000011358) mical1 (ENSGACG00000011353) src (ENSGACG00000011349) ENSGACG00000011345 ##22 pink1 (ENSGACG00000011338) ENSGACG00000011331 ENSGACG00000011309 fam43b (ENSGACG00000011306) mul1b (ENSGACG00000011302) VWA5B1 (ENSGACG00000011296) ddx19a (ENSGACG00000011283) cptp (ENSGACG00000011282) ints11 (ENSGACG00000011260) ENSGACG00000011257 ENSGACG00000011252 ACAP3 (ENSGACG00000011244) HIPK1 (ENSGACG00000011240) sdf4 (ENSGACG00000011217) c1qtnf12 (ENSGACG00000011209) Stickleback MODERN SPECIES 11 ZBTB39 (ENSGACG00000011765) #34 agap2 (ENSGACG00000011751) #33 tspan31 (ENSGACG00000011730) #32 MARCHF9 (ENSGACG00000011728) #31 SLC11A2 (ENSGACG00000011691) #30 ctdsp2 (ENSGACG00000011678) #29 TMBIM6 (ENSGACG00000011650) #28 ENSGACG00000011642 #27 kansl2 (ENSGACG00000011630) #26 ccnt1 (ENSGACG00000011626) #25 sarnp (ENSGACG00000011615) #24 pmelb (ENSGACG00000011605) #23 TUBA4B (ENSGACG00000011595) #22 tuba2 (ENSGACG00000011587) #21 tuba1c (ENSGACG00000011552) #20 TUBA4B (ENSGACG00000011524) #19 jph2 (ENSGACG00000011519) #18 GDAP1L1 (ENSGACG00000011509) #17 fitm2 (ENSGACG00000011502) #16 hnf4a (ENSGACG00000011485) #15 ttpal (ENSGACG00000011479) #14 pkig (ENSGACG00000011477) #13 ada (ENSGACG00000011456) #12 ccn5 (ENSGACG00000011453) #11 ENSGACG00000011450 #10 ugt5e1 (ENSGACG00000011442) #9 pfkfb1 (ENSGACG00000011410) #8 ENSGACG00000011406 #7 gdi1 (ENSGACG00000011384) atp6ap1b (ENSGACG00000011378) taf8 (ENSGACG00000011366) Cottioidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a.d.a.a.a ##22 Lumpfish MODERN SPECIES 22 gpr182 (ENSCLMG00005019756) ENSCLMG00005019755 #34 agap2 (ENSCLMG00005019577) #33 tspan31 (ENSCLMG00005019572) #32 MARCHF9 (ENSCLMG00005019571) #31 SLC11A2 (ENSCLMG00005017747) #30 ctdsp2 (ENSCLMG00005017716) #29 TMBIM6 (ENSCLMG00005017714) #28 ENSCLMG00005017713 #27 kansl2 (ENSCLMG00005017711) #26 ccnt1 (ENSCLMG00005017710) #25 sarnp (ENSCLMG00005017708) #24 pmelb (ENSCLMG00005017707) #23 tuba1c (ENSCLMG00005017706) ##20 ENSCLMG00005017705 ##22 TUBA4B (ENSCLMG00005017632) ##22 ENSCLMG00005017631 ##20 ENSCLMG00005017628 jph2 (ENSCLMG00005017627) #18 GDAP1L1 (ENSCLMG00005017626) #17 fitm2 (ENSCLMG00005017624) #16 hnf4a (ENSCLMG00005017552) #15 ttpal (ENSCLMG00005017546) #14 pkig (ENSCLMG00005017544) #13 ada (ENSCLMG00005017044) #12 ccn5 (ENSCLMG00005017030) #11 ENSCLMG00005017024 #10 ugt5e1 (ENSCLMG00005017018) #9 pfkfb1 (ENSCLMG00005017017) #8 ENSCLMG00005016975 #7 gdi1 (ENSCLMG00005016942) Stickleback MODERN SPECIES 11 FAM120C (ENSGACG00000010554) hsd17b10 (ENSGACG00000010525) ENSGACG00000010523 ENSGACG00000010520 CCM2L (ENSGACG00000010511) xkr7b (ENSGACG00000010506) SOX18 (ENSGACG00000010505) tcea2 (ENSGACG00000010495) rgs19 (ENSGACG00000010490) FAM187A (ENSGACG00000010484) oprl1 (ENSGACG00000010479) NPBWR1 (ENSGACG00000010477) RAB29 (ENSGACG00000010473) cry3a (ENSGACG00000010460) ENSGACG00000010457 ENSGACG00000010436 ##22 lama5 (ENSGACG00000010405) adrm1 (ENSGACG00000010370) DNAJC5 (ENSGACG00000010366) ENSGACG00000010359 tpd52l2b (ENSGACG00000010324) ppdpfb (ENSGACG00000010310) ENSGACG00000010308 ptk6b (ENSGACG00000010303) ENSGACG00000010298 nol4lb (ENSGACG00000010294) commd7 (ENSGACG00000010283) dnmt3bb.1 (ENSGACG00000010273) dnmt3bb.2 (ENSGACG00000010262) mapre1b (ENSGACG00000010256) acss2 (ENSGACG00000010216) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a.d.a.a #22 Channel bull blenny MODERN SPECIES 21 ugt5e1 (ENSCGOG00000005172) #9 ENSCGOG00000005171 #10 pfkfb1 (ENSCGOG00000004986) #8 ENSCGOG00000004977 #10 ccn5 (ENSCGOG00000004975) #11 ada (ENSCGOG00000004781) #12 pkig (ENSCGOG00000004774) #13 ttpal (ENSCGOG00000004769) #14 hnf4a (ENSCGOG00000004571) #15 R3HDML (ENSCGOG00000004549) fitm2 (ENSCGOG00000004544) #16 GDAP1L1 (ENSCGOG00000004529) #17 jph2 (ENSCGOG00000004527) #18 ENSCGOG00000004524 ENSCGOG00000004523 ##20 tuba2 (ENSCGOG00000003903) #22 ENSCGOG00000016764 ENSCGOG00000016692 ##22 pmelb (ENSCGOG00000016690) #23 sarnp (ENSCGOG00000016688) #24 ccnt1 (ENSCGOG00000016683) #25 kansl2 (ENSCGOG00000016654) #26 ENSCGOG00000016646 #27 TMBIM6 (ENSCGOG00000016617) #28 ctdsp2 (ENSCGOG00000016612) #29 ENSCGOG00000016611 SLC11A2 (ENSCGOG00000013880) #30 MARCHF9 (ENSCGOG00000013837) #31 tspan31 (ENSCGOG00000013833) #32 agap2 (ENSCGOG00000013687) #33 ENSCGOG00000013677 #34 Perciformes DUPLICATION Perciformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00940000162980 #7 ENSGT00950000182835.c.c.g.b #8 ENSGT00940000166720 #9 ENSGT00940000155094.b #10 ENSGT00940000160207.b #11 ENSGT00950000183113.a.b #12 ENSGT00390000002707 #13 ENSGT00940000155407 #14 ENSGT00940000157965.d #15 ENSGT00940000161086 ENSGT00530000063693.b #16 ENSGT00940000160178 #17 ENSGT00940000159411.b #18 ENSGT00950000183165.b.a.f ENSGT00940000154457.a.a.a.a.d.a.b.a ##22 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ENSSAUG00010008434 #10 ENSSAUG00010008432 #10 ENSSAUG00010008430 #10 ENSSAUG00010008429 #10 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a.d.b ##22 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a.d.b ##22 Gilthead seabream MODERN SPECIES 21 nemp1 (ENSSAUG00010011798) cd63 (ENSSAUG00010011797) letmd1 (ENSSAUG00010011791) zgc:56699 (ENSSAUG00010011789) nr4a1 (ENSSAUG00010011787) tamalin (ENSSAUG00010011779) dgkaa (ENSSAUG00010009293) rnf41 (ENSSAUG00010009251) ankrd52a (ENSSAUG00010008730) ENSSAUG00010008712 tuba1a (ENSSAUG00010008710) ##20 pmelb (ENSSAUG00010008705) #23 sarnp (ENSSAUG00010008698) #24 ENSSAUG00010008697 ENSSAUG00010008695 ##22 ENSSAUG00010008690 ##22 TUBA4B (ENSSAUG00010008679) #22 jph2 (ENSSAUG00010008678) #18 GDAP1L1 (ENSSAUG00010008676) #17 fitm2 (ENSSAUG00010008674) #16 R3HDML (ENSSAUG00010008670) hnf4a (ENSSAUG00010008665) #15 ttpal (ENSSAUG00010008662) #14 pkig (ENSSAUG00010008661) #13 ada (ENSSAUG00010008446) #12 ccn5 (ENSSAUG00010008438) #11 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agap2 (ENSSLUG00000024722) #33 ZBTB39 (ENSSLUG00000024706) #34 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 899 adamts3 (ENSCVAG00000002061) NPFFR2 (ENSCVAG00000002068) ENSCVAG00000002074 ENSCVAG00000002078 olfml2ba (ENSCVAG00000002082) atf6 (ENSCVAG00000002095) ENSCVAG00000002107 lmx1a (ENSCVAG00000002116) ENSCVAG00000002120 #22 ENSCVAG00000002128 sele (ENSCVAG00000002142) si:dkey-51e6.1 (ENSCVAG00000002147) si:dkey-97o5.1 (ENSCVAG00000002156) scyl3 (ENSCVAG00000000849) ENSCVAG00000002169 trabd2b (ENSCVAG00000002179) Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1616 IGDCC4 (ENSNFUG00015004491) SCAMP5 (ENSNFUG00015004482) LOXL1 (ENSNFUG00015004478) ENSNFUG00015004474 C18H15ORF59 (ENSNFUG00015004469) cd276 (ENSNFUG00015004464) UBL7 (ENSNFUG00015004456) tent4b (ENSNFUG00015004422) HEATR3 (ENSNFUG00015004394) SDR42E1 (ENSNFUG00015004380) WTIP (ENSNFUG00015004367) GPI (ENSNFUG00015004311) KIAA0355 (ENSNFUG00015004264) ss18l2 (ENSNFUG00015004246) lsm14ab (ENSNFUG00015023333) ENSNFUG00015023298 #22 ENSNFUG00015023286 kctd15a (ENSNFUG00015023278) ENSNFUG00015023277 PEPD (ENSNFUG00015023263) ADAMTSL7 (ENSNFUG00015023225) ENSNFUG00015023203 larp6a (ENSNFUG00015023196) TM2D3 (ENSNFUG00015023191) TARSL2 (ENSNFUG00015023046) ulk3 (ENSNFUG00015023023) ENSNFUG00015023019 CPLX3 (ENSNFUG00015023016) CSK (ENSNFUG00015022989) ENSNFUG00015022980 EDC3 (ENSNFUG00015022976) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 100 ENSGT00810000125541 ENSGT00940000155289.C ENSGT00940000162649.e.b ENSGT00940000162649.f.b ENSGT00730000111029.b ENSGT00940000155698.C ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a ENSGT00390000014595.a.b ENSGT00940000165851 ENSGT00940000154318.B ENSGT00390000015505 ENSGT01010000222360.D.a ENSGT00940000153222.a.b.a ENSGT00940000160292 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000160271 ENSGT00940000176920 ENSGT00940000158693.A ENSGT00950000183183.a ENSGT00940000156833.b ENSGT00940000155575.i.b ENSGT00940000157054.c.a ENSGT00940000156505.t Bicolor damselfish MODERN SPECIES 894 ENSSPAG00000007924 rnps1 (ENSSPAG00000009383) ENSSPAG00000009404 ENSSPAG00000009425 ENSSPAG00000009452 tspan4b (ENSSPAG00000009466) ENSSPAG00000009497 nosip (ENSSPAG00000009511) rcn3 (ENSSPAG00000009539) lin7b (ENSSPAG00000009551) snrnp70 (ENSSPAG00000009563) ENSSPAG00000009578 ENSSPAG00000009602 #22 ABCC1 (ENSSPAG00000009624) ENSSPAG00000009679 trpm4a (ENSSPAG00000009692) zgc:86896 (ENSSPAG00000009751) wipi1 (ENSSPAG00000009786) SLC16A6 (ENSSPAG00000009813) ENSSPAG00000009842 ENSSPAG00000009859 dhps (ENSSPAG00000009870) NHERF2 (ENSSPAG00000009924) sstr5 (ENSSPAG00000009935) ENSSPAG00000009943 ENSSPAG00000009958 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 105 ENSGT00810000125541 ENSGT00940000155289.C ENSGT00940000162649.e.b ENSGT00940000162649.f.b.c ENSGT00730000111029.b ENSGT00940000155698.C ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a ENSGT00390000014595.a.b ENSGT00940000165851 ENSGT00940000154318.B ENSGT00390000015505 ENSGT01010000222360.D.a ENSGT00940000153222.a.b.a ENSGT00940000160292 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000160271 ENSGT00940000176920 ENSGT00940000158693.A ENSGT00950000183183.a ENSGT00940000156833.b ENSGT00940000155575.i.b ENSGT00940000157054.c.a ENSGT00940000156505.t Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00810000125541 ENSGT00940000155289.C ENSGT00940000162649.e.b ENSGT00940000162649.f.b.c ENSGT00730000111029.b ENSGT00940000155698.C ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a ENSGT00390000014595.a.b ENSGT00940000165851 ENSGT00940000154318.B ENSGT00390000015505 ENSGT01010000222360.D.a ENSGT00940000153222.a.b.a ENSGT00940000160292 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000154457.a.a.a.a #22 ENSGT00940000160271 ENSGT00940000176920 ENSGT00940000158693.A ENSGT00950000183183.a ENSGT00940000156833.b ENSGT00940000155575.i.b ENSGT00940000157054.c.a ENSGT00940000156505.t Clown anemonefish MODERN SPECIES 2894 rcn3 (ENSAOCG00000000728) lin7b (ENSAOCG00000011692) snrnp70 (ENSAOCG00000011672) ENSAOCG00000011616 ENSAOCG00000002287 #22 ABCC1 (ENSAOCG00000011529) ENSAOCG00000011393 Cod MODERN SPECIES ENSGMOG00000003301 srpk1b (ENSGMOG00000035260) ENSGMOG00000027858 ENSGMOG00000032596 ENSGMOG00000022810 ENSGMOG00000029848 ada (ENSGMOG00000011406) #12 ENSGMOG00000020076 ttpal (ENSGMOG00000011416) #14 hnf4a (ENSGMOG00000011421) #15 fitm2 (ENSGMOG00000011427) #16 GDAP1L1 (ENSGMOG00000011433) #17 ENSGMOG00000011467 #24 jph2 (ENSGMOG00000011440) #18 ENSGMOG00000035100 ENSGMOG00000022382 #22 ENSGMOG00000011456 #23 ENSGMOG00000011475 #25 kansl2 (ENSGMOG00000011485) #26 ENSGMOG00000029952 ENSGMOG00000030202 ENSGMOG00000034634 #27 ENSGMOG00000011496 #28 ctdsp2 (ENSGMOG00000011507) #29 ENSGMOG00000011514 #30 ENSGMOG00000036947 ENSGMOG00000030863 MARCHF9 (ENSGMOG00000011529) #31 tspan31 (ENSGMOG00000022298) #32 agap2 (ENSGMOG00000011545) #33 ENSGMOG00000033443 #34