Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 164 ENSGT00390000010641.i.b.c #19 ENSGT00940000154743.A.a.b #20 ENSGT00940000154703.i #21 ENSGT00530000064050.a.g #22 ENSGT00940000156524.a.e #23 ENSGT00940000165692.b.a.a ENSGT00940000164368.B.j #24 ENSGT00390000018324 #25 ENSGT00390000003453.b.b.c #26 ENSGT00510000047366.b #27 ENSGT00950000183065.B.f #28 ENSGT00940000154489.B.a #29 ENSGT00530000063948.a.c #30 ENSGT00940000159107.i #31 ENSGT00940000166691.e #32 ENSGT00940000168219.a #33 ENSGT00940000177151 #34 ENSGT00730000111747.b.e #35 ENSGT00950000182971.B.b #36 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 118 ENSGT00390000010641.i.b.c #19 ENSGT00940000154743.A.a.b #20 ENSGT00940000154703.i #21 ENSGT00530000064050.a.g #22 ENSGT00940000156524.a.e #23 ENSGT00940000165692.b.a.a ENSGT00940000164368.B.j #24 ENSGT00390000018324 #25 ENSGT00390000003453.b.b.c #26 ENSGT00510000047366.b #27 ENSGT00950000183065.B.f #28 ENSGT00940000154489.B.a #29 ENSGT00530000063948.a.c #30 ENSGT00940000159107.i #31 ENSGT00940000166691.e #32 ENSGT00940000168219.a #33 ENSGT00940000177151 #34 ENSGT00730000111747.b.e #35 ENSGT00950000182971.B.b #36 Salmo ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00390000010641.i.b.c #19 ENSGT00940000154743.A.a.b #20 ENSGT00940000154703.i #21 ENSGT00530000064050.a.g #22 ENSGT00940000156524.a.e #23 ENSGT00940000164368.B.j #24 ENSGT00390000018324 #25 ENSGT00390000003453.b.b.c #26 ENSGT00510000047366.b #27 ENSGT00950000183065.B.f #28 ENSGT00940000154489.B.a #29 ENSGT00530000063948.a.c #30 ENSGT00940000159107.i #31 ENSGT00940000166691.e #32 ENSGT00940000168219.a #33 ENSGT00940000177151 #34 ENSGT00730000111747.b.e #35 ENSGT00950000182971.B.b #36 ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a #37 Atlantic salmon MODERN SPECIES 19 ENSSSAG00000058808 #19 ENSSSAG00000063699 #20 PIP5K1A (ENSSSAG00000053881) #21 ENSSSAG00000092495 #22 ZNF687 (ENSSSAG00000053990) #23 ENSSSAG00000091322 #24 ubap2l (ENSSSAG00000054215) #26 ENSSSAG00000054342 #28 C1orf43 (ENSSSAG00000109037) #27 cgnb (ENSSSAG00000054367) #29 pygo2 (ENSSSAG00000089131) #30 she (ENSSSAG00000054412) #31 s100s (ENSSSAG00000111798) #32 ENSSSAG00000114845 ENSSSAG00000054433 #34 ENSSSAG00000054423 #35 ENSSSAG00000054441 #36 ENSSSAG00000054447 #37 ENSSSAG00000097250 River trout MODERN SPECIES 27 ENSSTUG00000040670 ndufv1 (ENSSTUG00000040713) #19 ENSSTUG00000040878 #20 PIP5K1A (ENSSTUG00000040903) #21 PSMD4 (ENSSTUG00000041012) #22 znf687b (ENSSTUG00000041176) #23 ENSSTUG00000041257 #24 hax1 (ENSSTUG00000041331) #25 ubap2l (ENSSTUG00000041423) #26 ENSSTUG00000041600 C1orf43 (ENSSTUG00000041624) #27 ENSSTUG00000041652 #28 cgnb (ENSSTUG00000041719) #29 pygo2 (ENSSTUG00000041829) #30 SHE (ENSSTUG00000041838) #31 s100s (ENSSTUG00000041870) #32 s100u (ENSSTUG00000041887) #33 ENSSTUG00000041908 #34 ENSSTUG00000041915 #35 ENSSTUG00000041948 #36 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000167257.h.a ENSGT00940000156815.f ENSGT00940000159090.f ENSGT00390000000292.B.o.b ENSGT00940000157860.j ENSGT00940000167257.h.b ENSGT00940000174429 ENSGT01100000263563.c.a.b.e ENSGT00940000155696.ub.f ENSGT00940000161407.b.d ENSGT00940000156564.b.c.a ENSGT00940000155850.wb.b ENSGT00390000010641.i.b.c #19 ENSGT00940000154743.A.a.b #20 ENSGT00940000154703.i #21 ENSGT00530000064050.a.g #22 ENSGT00940000156524.a.e #23 ENSGT00390000018324 #25 ENSGT00390000003453.b.b.c #26 ENSGT00510000047366.b #27 ENSGT00950000183065.B.f #28 ENSGT00940000154489.B.a #29 ENSGT00530000063948.a.c #30 ENSGT00940000159107.i #31 ENSGT00940000166691.e #32 ENSGT00940000168219.a #33 ENSGT00940000177151 #34 ENSGT00730000111747.b.e #35 ENSGT00950000182971.B.b.w.a #36 ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a #37 ENSGT00940000166681.i.a Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000008902.jb.d ENSGT00530000063252.a.b.a.a.f ENSGT00940000167257.h.a ENSGT00940000156815.f ENSGT00940000159090.f ENSGT00390000000292.B.o.b ENSGT00940000157860.j ENSGT01100000263563.c.a.b.e ENSGT00940000155696.ub.f ENSGT00940000161407.b.d ENSGT00940000156564.b.c.a ENSGT00940000155850.wb.b ENSGT00390000010641.i.b.d ##19 ENSGT00940000154743.A.a.b #20 ENSGT00940000154703.i #21 ENSGT00530000064050.a.g #22 ENSGT00940000156524.a.e #23 ENSGT00390000018324 #25 ENSGT00390000003453.b.b.c #26 ENSGT00510000047366.b #27 ENSGT00950000183065.B.f #28 ENSGT00940000154489.B.a #29 ENSGT00530000063948.a.c #30 ENSGT00940000159107.i #31 ENSGT00940000166691.e #32 ENSGT00940000168219.a #33 ENSGT00940000177151 #34 ENSGT00730000111747.b.e #35 ENSGT00950000182971.B.b.w.a #36 ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a #37 ENSGT00940000166681.i.a Chinook salmon MODERN SPECIES 5 cyyr1 (ENSOTSG00005046522) ADAMTS1 (ENSOTSG00005046523) ADAMTS5 (ENSOTSG00005046524) ENSOTSG00005001941 ENSOTSG00005003379 p2rx3b (ENSOTSG00005006755) ENSOTSG00005006757 cckbra (ENSOTSG00005006771) NALF1 (ENSOTSG00005006772) irs2a (ENSOTSG00005006784) ENSOTSG00005006785 plekha3 (ENSOTSG00005006786) ndufv1 (ENSOTSG00005006788) #19 ENSOTSG00005007568 #20 PIP5K1A (ENSOTSG00005007570) #21 PSMD4 (ENSOTSG00005007806) #22 znf687b (ENSOTSG00005007817) #23 hax1 (ENSOTSG00005007819) #25 ubap2l (ENSOTSG00005007829) #26 C1orf43 (ENSOTSG00005009841) #27 ENSOTSG00005009844 #28 cgnb (ENSOTSG00005009848) #29 pygo2 (ENSOTSG00005009849) #30 SHE (ENSOTSG00005009852) #31 s100s (ENSOTSG00005009853) #32 s100u (ENSOTSG00005009855) #33 ENSOTSG00005009857 #34 ENSOTSG00005009858 #35 cks1b (ENSOTSG00005009860) #36 ENSOTSG00005009862 #37 ENSOTSG00005009864 Coho salmon MODERN SPECIES 8 SLC6A6 (ENSOKIG00005031975) GRIP2 (ENSOKIG00005031817) ENSOKIG00005031795 DCAF1 (ENSOKIG00005031675) DOCK3 (ENSOKIG00005030656) ENSOKIG00005030603 ENSOKIG00005030522 DAG1 (ENSOKIG00005030503) ENSOKIG00005030191 AMIGO3 (ENSOKIG00005030126) ENSOKIG00005030111 USP11 (ENSOKIG00005023371) ndufv1 (ENSOKIG00005022193) ##19 ENSOKIG00005022155 #20 PIP5K1A (ENSOKIG00005022071) #21 PSMD4 (ENSOKIG00005022033) #22 znf687b (ENSOKIG00005021996) #23 hax1 (ENSOKIG00005021990) #25 ubap2l (ENSOKIG00005020967) #26 C1orf43 (ENSOKIG00005020903) #27 ENSOKIG00005020846 #28 cgnb (ENSOKIG00005020778) #29 pygo2 (ENSOKIG00005020772) #30 SHE (ENSOKIG00005020766) #31 s100s (ENSOKIG00005020760) #32 s100u (ENSOKIG00005020740) #33 ENSOKIG00005020734 #34 ENSOKIG00005020723 #35 cks1b (ENSOKIG00005020717) #36 ENSOKIG00005020715 #37 ENSOKIG00005020712 Rainbow trout MODERN SPECIES 9 ENSOMYG00000040751 cckbra (ENSOMYG00000040754) ENSOMYG00000040759 ENSOMYG00000064169 ENSOMYG00000040764 irs2a (ENSOMYG00000040771) ENSOMYG00000061719 ENSOMYG00000040793 ENSOMYG00000049358 ENSOMYG00000074434 ankrd10a (ENSOMYG00000058393) ENSOMYG00000040843 ##19 ENSOMYG00000041326 #20 ENSOMYG00000064890 PIP5K1A (ENSOMYG00000041341) #21 ENSOMYG00000041349 #22 znf687b (ENSOMYG00000041359) #23 hax1 (ENSOMYG00000041371) #25 ubap2l (ENSOMYG00000041451) #26 C1orf43 (ENSOMYG00000041898) #27 ENSOMYG00000041909 #28 ENSOMYG00000041921 cgnb (ENSOMYG00000041930) #29 pygo2 (ENSOMYG00000041940) #30 ENSOMYG00000041946 #31 s100s (ENSOMYG00000005922) #32 s100u (ENSOMYG00000041954) #33 ENSOMYG00000041959 #34 ENSOMYG00000041962 #35 cks1b (ENSOMYG00000041968) #36 ENSOMYG00000063155 Huchen MODERN SPECIES 3248 PIP5K1A (ENSHHUG00000000309) #21 PSMD4 (ENSHHUG00000000135) #22 znf687b (ENSHHUG00000000049) #23 ENSHHUG00000027316 #24 hax1 (ENSHHUG00000027308) #25 ubap2l (ENSHHUG00000027146) #26 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 955 ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.b ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.a.a ENSGT00530000064050.a.h ##22 ENSGT00940000156524.a.f ##23 ENSGT00940000164368.A ##24 ENSGT00390000003453.b.b.d ##26 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 139 ENSGT00390000007227.a.i ENSGT00940000157244.a.a ENSGT00940000160704.a.b ENSGT00950000182894.D.f ENSGT00940000155256.d.b.b.b ENSGT00940000158616.k.b ENSGT00730000111056.h.e ENSGT00940000165835.b.f ENSGT00950000182929.B.b.a ENSGT00940000162367.f.hc ENSGT00940000163756.c.a.b ENSGT00940000166158.a.a.a ENSGT00950000183155.a.b.a.b.c.b ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.b ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.a.a ENSGT00530000064050.a.h ##22 ENSGT00940000156524.a.f ##23 ENSGT00940000164368.A ##24 ENSGT00390000003453.b.b.d ##26 ENSGT00530000063948.a.d ##30 ENSGT00940000166691.f ##32 ENSGT00940000168219.b ##33 ENSGT00940000154172.b.b ENSGT00730000111747.b.f ##35 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00940000157244.a.a ENSGT00940000160704.a.b ENSGT00990000203527.a.a.a.e.b ENSGT00990000203527.b ENSGT00950000182894.D.f ENSGT00940000155256.d.b.b.b ENSGT00940000158616.k.b ENSGT00730000111056.h.e ENSGT00940000165835.b.f ENSGT00950000182929.B.b.a ENSGT00940000162367.f.hc ENSGT00940000163756.c.a.b ENSGT00940000166158.a.a.a ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.b ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.a.a ENSGT00530000064050.a.h ##22 ENSGT00940000156524.a.f ##23 ENSGT00940000164368.A ##24 ENSGT00390000003453.b.b.d ##26 ENSGT00530000063948.a.d ##30 ENSGT00940000166691.f ##32 ENSGT00940000168219.b ##33 ENSGT00940000154172.b.b ENSGT00730000111747.b.f ##35 ENSGT00950000182971.B.b.v #36 ENSGT00940000166681.i.b ENSGT00940000159919.b.d ENSGT00390000008892 ENSGT00940000158021.c.b ENSGT00970000197205.A ENSGT00970000197205.E Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 96 ENSGT00940000157244.a.a ENSGT00940000160704.a.b ENSGT00990000203527.a.a.a.e.b ENSGT00990000203527.b ENSGT00950000182894.D.f ENSGT00940000155256.d.b.b.b ENSGT00940000158616.k.b ENSGT00730000111056.h.e ENSGT00940000165835.b.f ENSGT00950000182929.B.b.a ENSGT00940000162287.D ENSGT00940000163756.c.a.b ENSGT00940000166158.a.a.a ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.b ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.a.a ENSGT00530000064050.a.h ##22 ENSGT00940000156524.a.f ##23 ENSGT00940000164368.A ##24 ENSGT00390000003453.b.b.d ##26 ENSGT00530000063948.a.d ##30 ENSGT00940000166691.f ##32 ENSGT00940000168219.b ##33 ENSGT00940000154172.b.b ENSGT00730000111747.b.f ##35 ENSGT00950000182971.B.b.v #36 ENSGT00950000182971.B.b.w.b #36 ENSGT00940000166681.j ENSGT00940000166681.i.b ENSGT00940000159919.b.d ENSGT00390000008892 ENSGT00940000158021.c.b Chinook salmon MODERN SPECIES 24 ENSOTSG00005010681 naxe (ENSOTSG00005010675) LMNA (ENSOTSG00005010591) usf2 (ENSOTSG00005010551) tekt2 (ENSOTSG00005010547) ago3b (ENSOTSG00005004739) SLC9A3 (ENSOTSG00005004232) ENSOTSG00005004222 lipea (ENSOTSG00005004221) ENSOTSG00005004011 ENSOTSG00005004003 ENSOTSG00005003999 ENSOTSG00005003986 ENSOTSG00005003982 ENSOTSG00005003979 PSMD4 (ENSOTSG00005003223) ##22 znf687b (ENSOTSG00005003207) ##23 aqp10b (ENSOTSG00005003203) ##24 ubap2l (ENSOTSG00005002969) ##26 pygo2 (ENSOTSG00005002949) ##30 s100s (ENSOTSG00005002945) ##32 ENSOTSG00005002721 s100u (ENSOTSG00005046568) ##33 ENSOTSG00005046569 ##35 cks1b (ENSOTSG00005046567) #36 ENSOTSG00005046566 efna1a (ENSOTSG00005046565) dpm3 (ENSOTSG00005046563) trim46b (ENSOTSG00005046559) ENSOTSG00005046556 ENSOTSG00005046555 Coho salmon MODERN SPECIES 5 LMNA (ENSOKIG00005033932) usf2 (ENSOKIG00005033816) tekt2 (ENSOKIG00005033761) ago3b (ENSOKIG00005029298) SLC9A3 (ENSOKIG00005028753) lipea (ENSOKIG00005028637) ENSOKIG00005028344 ENSOKIG00005028326 ENSOKIG00005028318 ENSOKIG00005028241 ENSOKIG00005028203 ENSOKIG00005028198 ENSOKIG00005028182 ENSOKIG00005028173 ENSOKIG00005028158 PSMD4 (ENSOKIG00005027823) ##22 znf687b (ENSOKIG00005027729) ##23 aqp10b (ENSOKIG00005027713) ##24 ubap2l (ENSOKIG00005027591) ##26 pygo2 (ENSOKIG00005027555) ##30 s100s (ENSOKIG00005027487) ##32 ENSOKIG00005027478 s100u (ENSOKIG00005027465) ##33 ENSOKIG00005027427 ENSOKIG00005027447 ##35 CKS1B (ENSOKIG00005027388) #36 ENSOKIG00005027355 ENSOKIG00005027348 efna1a (ENSOKIG00005027330) dpm3 (ENSOKIG00005027324) trim46b (ENSOKIG00005027102) Rainbow trout MODERN SPECIES 24 ENSOMYG00000065144 ENSOMYG00000006317 nhe3b (ENSOMYG00000003588) lipea (ENSOMYG00000003639) ENSOMYG00000008583 ENSOMYG00000028201 ENSOMYG00000059834 ENSOMYG00000076026 ENSOMYG00000052553 ENSOMYG00000063431 ENSOMYG00000048099 ENSOMYG00000049567 ENSOMYG00000056714 ENSOMYG00000041332 ENSOMYG00000050498 ENSOMYG00000009256 ##22 znf687b (ENSOMYG00000077357) ##23 ENSOMYG00000070635 aqp10b (ENSOMYG00000007281) ##24 ubap2l (ENSOMYG00000006069) ##26 ENSOMYG00000049469 pygo2 (ENSOMYG00000005983) ##30 ENSOMYG00000054452 s100s (ENSOMYG00000063581) ##32 s100u (ENSOMYG00000023035) ##33 ENSOMYG00000005896 ENSOMYG00000008450 ##35 ENSOMYG00000005653 #36 ENSOMYG00000041980 efna1a (ENSOMYG00000038281) dpm3 (ENSOMYG00000070307) Salmo ANCESTRAL SPECIES 125 ENSGT00390000018560.a.a.a.a.b.j.b ENSGT00940000160991.b.c.a ENSGT00390000007227.a.i ENSGT00940000157244.a.a ENSGT00940000160704.a.b ENSGT00950000182894.D.f ENSGT00940000155256.d.b.b.b ENSGT00940000158616.k.b ENSGT00730000111056.h.e ENSGT00940000165835.b.f ENSGT00950000182929.B.b.a ENSGT00940000162367.f.hc ENSGT00940000163756.c.a.b ENSGT00940000166158.a.a.a ENSGT00950000183155.a.b.a.a.b.c.a.a ENSGT00530000064050.a.h ##22 ENSGT00940000156524.a.f ##23 ENSGT00940000164368.A ##24 ENSGT00390000003453.b.b.d ##26 ENSGT00530000063948.a.d ##30 ENSGT00940000166691.f ##32 ENSGT00940000171931.c ENSGT00730000111747.b.f ##35 ENSGT00940000168219.b ##33 ENSGT00940000154172.b.b River trout MODERN SPECIES 29 scn1bb (ENSSTUG00000038164) ENSSTUG00000038147 naxe (ENSSTUG00000038132) LMNA (ENSSTUG00000038075) usf2 (ENSSTUG00000037986) tekt2 (ENSSTUG00000037868) ago3b (ENSSTUG00000036333) SLC9A3 (ENSSTUG00000035842) lipea (ENSSTUG00000035734) ENSSTUG00000035131 ENSSTUG00000035107 ENSSTUG00000035099 ENSSTUG00000035080 ENSSTUG00000034993 ENSSTUG00000034979 PSMD4 (ENSSTUG00000034773) ##22 znf687b (ENSSTUG00000034715) ##23 aqp10b (ENSSTUG00000034698) ##24 ubap2l (ENSSTUG00000034545) ##26 pygo2 (ENSSTUG00000034516) ##30 ENSSTUG00000034493 s100s (ENSSTUG00000034483) ##32 s100u (ENSSTUG00000034468) ##33 ENSSTUG00000038675 ENSSTUG00000038660 ENSSTUG00000038670 ##35 cks1b (ENSSTUG00000038646) #36 ENSSTUG00000038626 #37 ENSSTUG00000038618 efna1a (ENSSTUG00000038605) dpm3 (ENSSTUG00000038600) Atlantic salmon MODERN SPECIES 5 ENSSSAG00000040032 ENSSSAG00000039714 ENSSSAG00000039231 ENSSSAG00000118424 ENSSSAG00000055927 ENSSSAG00000119620 ENSSSAG00000110468 ENSSSAG00000078337 ENSSSAG00000078450 ENSSSAG00000086742 ENSSSAG00000114553 ENSSSAG00000078462 ENSSSAG00000084776 ENSSSAG00000088435 ENSSSAG00000078474 ENSSSAG00000004354 ##22 ENSSSAG00000093080 znf687b (ENSSSAG00000004448) ##23 aqp10b (ENSSSAG00000004589) ##24 ubap2l (ENSSSAG00000005540) ##26 pygo2 (ENSSSAG00000005737) ##30 s100s (ENSSSAG00000005742) ##32 ENSSSAG00000005764 ENSSSAG00000087363 ##35 ENSSSAG00000107565 efna1a (ENSSSAG00000005794) dpm3 (ENSSSAG00000005805) trim46b (ENSSSAG00000005827) ENSSSAG00000005889 ENSSSAG00000005895 ENSSSAG00000005912 Huchen MODERN SPECIES 72 dpm3 (ENSHHUG00000035535) efna1a (ENSHHUG00000035541) ENSHHUG00000035545 cks1b (ENSHHUG00000035565) #36 ENSHHUG00000035572 ##35 s100u (ENSHHUG00000035567) ##33 ENSHHUG00000035580 s100s (ENSHHUG00000035583) ##32 pygo2 (ENSHHUG00000035595) ##30 ENSHHUG00000035601 #29 ENSHHUG00000035616 #29 ubap2l (ENSHHUG00000035629) ##26 PSMD4 (ENSHHUG00000035707) ##22 znf687b (ENSHHUG00000035721) ##23 ENSHHUG00000035726 ##24 ENSHHUG00000035729 ENSHHUG00000035738 ENSHHUG00000035740 ENSHHUG00000035747 ndufv1 (ENSHHUG00000035750) ##19 ENSHHUG00000035756 ENSHHUG00000035761 lrp12 (ENSHHUG00000035791) ZFPM2 (ENSHHUG00000035802) ENSHHUG00000035817 nudcd1 (ENSHHUG00000035833)