Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000003420.b #7	ENSGT00940000161213 #8	ENSGT00390000005318.a #9	ENSGT00390000004282 #10	ENSGT00950000183104.B.a.a #11	ENSGT00500000044957 #12	ENSGT00390000003403 #13	ENSGT00940000154660.a #14	ENSGT00950000182916.a.a #15	ENSGT00940000154201.a.a.b.d	ENSGT00500000044945.a #17	ENSGT01050000244887.B #18	ENSGT00940000161736 #19	ENSGT00940000161033 #20	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a #21	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.b.a.a #22	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.a #23	ENSGT00940000162830 #24	ENSGT00940000164313	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00940000159037	ENSGT00940000160231	ENSGT00940000159915	ENSGT01100000263497.E.a.b	ENSGT00950000182964.a.b.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000158753	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000162661
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000003420.b #7	ENSGT00940000161213 #8	ENSGT00390000005318.a #9	ENSGT00390000004282 #10	ENSGT00950000183104.B.a.a #11	ENSGT00500000044957 #12	ENSGT00390000003403 #13	ENSGT00940000154660.a #14	ENSGT00950000182916.a.a #15	ENSGT00940000154201.a.a.b.d	ENSGT00500000044945.a #17	ENSGT01050000244887.B #18	ENSGT00940000161736 #19	ENSGT00940000161033 #20	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a #21	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.b.a.a #22	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.a #23	ENSGT00940000162830 #24	ENSGT00940000164313	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00940000159037	ENSGT00940000160231	ENSGT00940000159915	ENSGT01100000263497.E.a.b	ENSGT00950000182964.a.b.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000158753	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000162661
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000003420.b #7	ENSGT00940000161213 #8	ENSGT00390000005318.a #9	ENSGT00390000004282 #10	ENSGT00950000183104.B.a.a #11	ENSGT00500000044957 #12	ENSGT00390000003403 #13	ENSGT00940000154660.a #14	ENSGT00950000182916.a.a #15	ENSGT00940000154201.a.a.b.d	ENSGT00500000044945.a #17	ENSGT01050000244887.B #18	ENSGT00940000161736 #19	ENSGT00940000161033 #20	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a #21	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.b.a.a #22	ENSGT01030000234519.e.a.a.b.a.a.a #23	ENSGT00940000162830 #24	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00940000159037	ENSGT00940000160231	ENSGT00940000159915	ENSGT01100000263497.E.a.b	ENSGT00950000182964.a.b.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000158753	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000162661	ENSGT00940000159808
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	301	GIPC3 (ENSUPAG00010008525) #7	HMG20B (ENSUPAG00010008513) #8	MFSD12 (ENSUPAG00010008498) #9	TEKTIP1 (ENSUPAG00010008492) #10	FZR1 (ENSUPAG00010008472) #11	DOHH (ENSUPAG00010008461) #12	SMIM44 (ENSUPAG00010008452) #13	ENSUPAG00010008444 #14	NFIC (ENSUPAG00010008410) #15	ENSUPAG00010008374 #16	NCLN (ENSUPAG00010008331) #17	S1PR4 (ENSUPAG00010008324) #18	GNA15 (ENSUPAG00010008318) #19	GNA11 (ENSUPAG00010008291) #20	TLE5 (ENSUPAG00010008263) #21	TLE2 (ENSUPAG00010008216) #22	ENSUPAG00010008199 #23	ZNF77 (ENSUPAG00010008190) #24
Squirrel	MODERN SPECIES	188	TBXA2R (ENSSTOG00000028290)	GIPC3 (ENSSTOG00000007215) #7	HMG20B (ENSSTOG00000022314) #8	MFSD12 (ENSSTOG00000002823) #9	TEKTIP1 (ENSSTOG00000026760) #10	FZR1 (ENSSTOG00000002807) #11	DOHH (ENSSTOG00000023074) #12	SMIM24 (ENSSTOG00000030174) #14	NFIC (ENSSTOG00000024218) #15	CELF5 (ENSSTOG00000002384)	NCLN (ENSSTOG00000022427) #17	S1PR4 (ENSSTOG00000024766) #18	GNA15 (ENSSTOG00000021930) #19	GNA11 (ENSSTOG00000019951) #20	TLE5 (ENSSTOG00000028243) #21	TLE2 (ENSSTOG00000011134) #22	ZNF77 (ENSSTOG00000034105) #24	THOP1 (ENSSTOG00000006054)	SGTA (ENSSTOG00000013262)	SLC39A3 (ENSSTOG00000008404)	DIRAS1 (ENSSTOG00000032129)	GNG7 (ENSSTOG00000029016)	GADD45B (ENSSTOG00000027321)	LMNB2 (ENSSTOG00000027596)	TIMM13 (ENSSTOG00000019582)	TMPRSS9 (ENSSTOG00000023252)	SPPL2B (ENSSTOG00000022987)	LSM7 (ENSSTOG00000028372)	LINGO3 (ENSSTOG00000029056)	Oaz1 (ENSSTOG00000026489)	JSRP1 (ENSSTOG00000002885)
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	88	APBA3 (ENSMMMG00000016885)	TJP3 (ENSMMMG00000016855)	CACTIN (ENSMMMG00000016832)	ENSMMMG00000016827	GIPC3 (ENSMMMG00000016813) #7	HMG20B (ENSMMMG00000016794) #8	ENSMMMG00000016792 #9	ENSMMMG00000016780 #11	DOHH (ENSMMMG00000016778) #12	ENSMMMG00000016774 #10	ENSMMMG00000016765	ENSMMMG00000016760	ENSMMMG00000016752 #19	GNA11 (ENSMMMG00000016538) #20	ENSMMMG00000016526 #22	ENSMMMG00000016524 #22	ZNF77 (ENSMMMG00000016522) #24	ENSMMMG00000016520	THOP1 (ENSMMMG00000016515)	SGTA (ENSMMMG00000016510)	SLC39A3 (ENSMMMG00000016507)	DIRAS1 (ENSMMMG00000016506)	GNG7 (ENSMMMG00000016505)	GADD45B (ENSMMMG00000016502)	ENSMMMG00000016497	ENSMMMG00000016490	ENSMMMG00000016486	OAZ1 (ENSMMMG00000016480)	ENSMMMG00000016473	PLEKHJ1 (ENSMMMG00000016470)	DOT1L (ENSMMMG00000016365)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	88	ZFR2 (ENSMMMG00000016959)	APBA3 (ENSMMMG00000016885)	TJP3 (ENSMMMG00000016855)	CACTIN (ENSMMMG00000016832)	ENSMMMG00000016827	GIPC3 (ENSMMMG00000016813) #7	HMG20B (ENSMMMG00000016794) #8	ENSMMMG00000016792 #9	ENSMMMG00000016780 #11	DOHH (ENSMMMG00000016778) #12	ENSMMMG00000016774 #10	ENSMMMG00000016765	ENSMMMG00000016760	ENSMMMG00000016752 #19	GNA11 (ENSMMMG00000016538) #20	ENSMMMG00000016526 #22	ENSMMMG00000016524 #22	ZNF77 (ENSMMMG00000016522) #24	ENSMMMG00000016520	THOP1 (ENSMMMG00000016515)	SGTA (ENSMMMG00000016510)	SLC39A3 (ENSMMMG00000016507)	DIRAS1 (ENSMMMG00000016506)	GNG7 (ENSMMMG00000016505)	GADD45B (ENSMMMG00000016502)	ENSMMMG00000016497	ENSMMMG00000016490	ENSMMMG00000016486	OAZ1 (ENSMMMG00000016480)	ENSMMMG00000016473	PLEKHJ1 (ENSMMMG00000016470)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	7	TBXA2R (ENSSVLG00005023817)	GIPC3 (ENSSVLG00005023804) #7	HMG20B (ENSSVLG00005023762) #8	MFSD12 (ENSSVLG00005023702) #9	TEKTIP1 (ENSSVLG00005023668) #10	FZR1 (ENSSVLG00005023633) #11	DOHH (ENSSVLG00005023586) #12	ENSSVLG00005023514	NFIC (ENSSVLG00005023336) #15	CELF5 (ENSSVLG00005023165)	NCLN (ENSSVLG00005023124) #17	S1PR4 (ENSSVLG00005023097) #18	GNA15 (ENSSVLG00005023052) #19	GNA11 (ENSSVLG00005023021) #20	TLE5 (ENSSVLG00005022954) #21	TLE2 (ENSSVLG00005022632) #22	ENSSVLG00005022518 #23	ZNF77 (ENSSVLG00005022489) #24	ZNF556 (ENSSVLG00005022445)	THOP1 (ENSSVLG00005022285)	SGTA (ENSSVLG00005022255)	SLC39A3 (ENSSVLG00005022209)	GNG7 (ENSSVLG00005022168)	ENSSVLG00005022148	ENSSVLG00005022082	LMNB2 (ENSSVLG00005021950)	TIMM13 (ENSSVLG00005021893)	TMPRSS9 (ENSSVLG00005021697)	SPPL2B (ENSSVLG00005021399)	LSM7 (ENSSVLG00005021294)	LINGO3 (ENSSVLG00005021278)