Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Amniota ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b Theria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b Eutheria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153147.m.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Primates ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Bushbaby MODERN SPECIES 163 HOXD1 (ENSOGAG00000015712) #7 HOXD3 (ENSOGAG00000015710) #8 HOXD4 (ENSOGAG00000029168) #9 HOXD8 (ENSOGAG00000015707) #10 HOXD9 (ENSOGAG00000015697) #11 HOXD10 (ENSOGAG00000015694) #12 HOXD11 (ENSOGAG00000029520) #13 HOXD12 (ENSOGAG00000015689) #14 HOXD13 (ENSOGAG00000027055) #15 EVX2 (ENSOGAG00000025378) #16 LNPK (ENSOGAG00000030372) #17 ENSOGAG00000030354 #18 ENSOGAG00000026184 #19 ATP5MC3 (ENSOGAG00000027578) #20 ATF2 (ENSOGAG00000011373) #21 CHN1 (ENSOGAG00000000894) #22 CHRNA1 (ENSOGAG00000000890) #23 WIPF1 (ENSOGAG00000016579) #24 GPR155 (ENSOGAG00000016571) #25 SCRN3 (ENSOGAG00000016569) #26 CIR1 (ENSOGAG00000016564) #27 SP9 (ENSOGAG00000034062) #28 OLA1 (ENSOGAG00000016557) #29 SP3 (ENSOGAG00000026846) #30 CDCA7 (ENSOGAG00000000508) #31 ENSOGAG00000014054 #32 ENSOGAG00000033209 #33 RAPGEF4 (ENSOGAG00000014048) #34 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.v.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Mouse lemur MODERN SPECIES 30 ENSMICG00000027841 MTX2 (ENSMICG00000004295) HOXD1 (ENSMICG00000044650) #7 HOXD3 (ENSMICG00000004286) #8 HOXD4 (ENSMICG00000043209) #9 HOXD8 (ENSMICG00000004277) #10 HOXD9 (ENSMICG00000031229) #11 HOXD10 (ENSMICG00000028373) #12 HOXD11 (ENSMICG00000048033) #13 HOXD12 (ENSMICG00000002172) #14 HOXD13 (ENSMICG00000002170) #15 EVX2 (ENSMICG00000035343) #16 LNPK (ENSMICG00000027707) #17 ATP5MC3 (ENSMICG00000006421) #20 ATF2 (ENSMICG00000006417) #21 CHN1 (ENSMICG00000014292) #22 ENSMICG00000038672 CHRNA1 (ENSMICG00000014284) #23 ENSMICG00000031974 GPR155 (ENSMICG00000000369) #25 SCRN3 (ENSMICG00000000366) #26 CIR1 (ENSMICG00000026886) #27 SP9 (ENSMICG00000031506) #28 ENSMICG00000007356 ENSMICG00000000354 #29 SP3 (ENSMICG00000014796) #30 CDCA7 (ENSMICG00000016991) #31 MAP3K20 (ENSMICG00000011055) #32 RAPGEF4 (ENSMICG00000011026) #34 PDK1 (ENSMICG00000007005) ITGA6 (ENSMICG00000006990) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 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ENSPCOG00000017353 #29 SP3 (ENSPCOG00000017224) #30 CDCA7 (ENSPCOG00000001432) #31 MAP3K20 (ENSPCOG00000027012) #32 RAPGEF4 (ENSPCOG00000022261) #34 PDK1 (ENSPCOG00000009920) ITGA6 (ENSPCOG00000020776) DLX2 (ENSPCOG00000010310) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Tarsier MODERN SPECIES 5208 GAL3ST4 (ENSTSYG00000036714) GPC2 (ENSTSYG00000025495) ATF2 (ENSTSYG00000002606) #21 CHN1 (ENSTSYG00000004837) #22 CHRNA1 (ENSTSYG00000005526) #23 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099.a #30 ENSGT00940000155436.o.a.b #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099.a #30 ENSGT00940000155436.o.a.a #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Marmoset MODERN SPECIES 18 HOXD3 (ENSCJAG00000063715) #8 HOXD4 (ENSCJAG00000008286) #9 HOXD8 (ENSCJAG00000008284) #10 HOXD9 (ENSCJAG00000046789) #11 HOXD10 (ENSCJAG00000008269) #12 HOXD11 (ENSCJAG00000048503) #13 HOXD12 (ENSCJAG00000079626) #14 HOXD13 (ENSCJAG00000040882) #15 EVX2 (ENSCJAG00000077487) #16 LNPK (ENSCJAG00000008226) #17 ENSCJAG00000022954 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ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000008029.v ENSGT00940000167313 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.a.a #29 ENSGT00940000155099.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00910000146880 ENSGT01030000234646.B.a.a.b Orangutan MODERN SPECIES 15 ENSPPYG00000037565 HOXD1 (ENSPPYG00000012964) #7 HOXD3 (ENSPPYG00000012963) #8 HOXD4 (ENSPPYG00000034536) #9 HOXD8 (ENSPPYG00000037201) #10 HOXD9 (ENSPPYG00000012959) #11 HOXD10 (ENSPPYG00000012958) #12 HOXD11 (ENSPPYG00000031598) #13 HOXD12 (ENSPPYG00000012957) #14 HOXD13 (ENSPPYG00000012956) #15 EVX2 (ENSPPYG00000012955) #16 LNPK (ENSPPYG00000032630) #17 ATP5MC3 (ENSPPYG00000037033) #20 ENSPPYG00000041465 ATF2 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#11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00950000182827.A.j ENSGT00950000182827.A.i.b ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00940000165163 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135.g #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00950000183198.c.b.a ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099.a #30 ENSGT00940000162422.d ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00910000146880 Drill MODERN SPECIES 1072 MTX2 (ENSMLEG00000002029) HOXD1 (ENSMLEG00000035890) #7 HOXD3 (ENSMLEG00000037278) #8 HOXD4 (ENSMLEG00000024188) #9 ENSMLEG00000042507 #10 HOXD9 (ENSMLEG00000025695) #11 HOXD10 (ENSMLEG00000044067) #12 ENSMLEG00000030792 #13 HOXD12 (ENSMLEG00000032533) #14 HOXD13 (ENSMLEG00000031532) 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Rodentia ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a.xb #20 ENSGT00940000156582 #21 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SPECIES 324 Agps (ENSDORG00000006480) Nfe2l2 (ENSDORG00000030173) Hnrnpa3 (ENSDORG00000011155) Mtx2 (ENSDORG00000003848) Hoxd1 (ENSDORG00000009445) #7 Hoxd3 (ENSDORG00000029389) #8 Hoxd4 (ENSDORG00000028681) #9 ENSDORG00000027655 #10 Hoxd10 (ENSDORG00000009436) #12 ENSDORG00000029219 #13 Hoxd12 (ENSDORG00000009434) #14 Evx2 (ENSDORG00000009432) #16 Lnpk (ENSDORG00000015736) #17 Atp5g3 (ENSDORG00000012973) #20 Atf2 (ENSDORG00000024409) #21 Chn1 (ENSDORG00000002182) #22 Chrna1 (ENSDORG00000001136) #23 ENSDORG00000027952 #24 Gpr155 (ENSDORG00000013683) #25 ENSDORG00000013682 #26 Cir1 (ENSDORG00000013676) #27 Sp9 (ENSDORG00000025534) #28 ENSDORG00000008681 #29 Sp3 (ENSDORG00000009045) #30 Cdca7 (ENSDORG00000001759) #31 ENSDORG00000005439 #32 Rapgef4 (ENSDORG00000005529) #34 Pdk1 (ENSDORG00000000069) Itga6 (ENSDORG00000005156) Dlx2 (ENSDORG00000030062) Dlx1 (ENSDORG00000030117) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.p ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1735 ENSNGAG00000021745 Mtx2 (ENSNGAG00000020555) Hoxd1 (ENSNGAG00000021714) #7 Hoxd3 (ENSNGAG00000021055) #8 Hoxd4 (ENSNGAG00000020270) #9 Hoxd8 (ENSNGAG00000011799) #10 Hoxd9 (ENSNGAG00000011105) #11 Hoxd10 (ENSNGAG00000023868) #12 Hoxd11 (ENSNGAG00000023438) #13 Hoxd12 (ENSNGAG00000023455) #14 Hoxd13 (ENSNGAG00000023727) #15 Evx2 (ENSNGAG00000023877) #16 Lnpk (ENSNGAG00000023466) #17 Atp5g3 (ENSNGAG00000004748) #20 Atf2 (ENSNGAG00000003870) #21 Chn1 (ENSNGAG00000021893) #22 Chrna1 (ENSNGAG00000023534) #23 ENSNGAG00000022478 #24 Gpr155 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Hoxd4 (MGP_SPRETEiJ_G0024597) #9 Hoxd3 (MGP_SPRETEiJ_G0024596) #8 Hoxd8 (MGP_SPRETEiJ_G0024595) #10 Hoxd9 (MGP_SPRETEiJ_G0024594) #11 Hoxd10 (MGP_SPRETEiJ_G0024593) #12 Hoxd11 (MGP_SPRETEiJ_G0024592) #13 Hoxd12 (MGP_SPRETEiJ_G0024591) #14 Hoxd13 (MGP_SPRETEiJ_G0024590) #15 Evx2 (MGP_SPRETEiJ_G0024589) #16 Lnpk (MGP_SPRETEiJ_G0024588) #17 Atp5g3 (MGP_SPRETEiJ_G0024587) #20 Atf2 (MGP_SPRETEiJ_G0024586) #21 Chn1 (MGP_SPRETEiJ_G0024585) #22 Chrna1 (MGP_SPRETEiJ_G0024584) #23 Wipf1 (MGP_SPRETEiJ_G0024583) #24 Gpr155 (MGP_SPRETEiJ_G0024582) #25 Scrn3 (MGP_SPRETEiJ_G0024581) #26 Cir1 (MGP_SPRETEiJ_G0024580) #27 Sp9 (MGP_SPRETEiJ_G0024579) #28 Ola1 (MGP_SPRETEiJ_G0024578) #29 MGP_SPRETEiJ_G0024577 Sp3 (MGP_SPRETEiJ_G0024576) #30 Cdca7 (MGP_SPRETEiJ_G0024575) #31 Map3k20 (MGP_SPRETEiJ_G0024574) #32 Rapgef4 (MGP_SPRETEiJ_G0024573) #34 Pdk1 (MGP_SPRETEiJ_G0024572) Itga6 (MGP_SPRETEiJ_G0024571) Dlx2 (MGP_SPRETEiJ_G0024570) Steppe mouse MODERN SPECIES 3326 Hoxd1 (ENSMSIG00000006137) #7 Hoxd3 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(MGP_PahariEiJ_G0025099) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Common shrew MODERN SPECIES 1973 CHN1 (ENSSARG00000010374) #22 Hedgehog MODERN SPECIES 2653 ENSEEUG00000010428 #22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Suina DUPLICATION Suina ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000010491.kb.a ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.e #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Pig MODERN SPECIES 6 HOXD1 (ENSSSCG00000015986) #7 HOXD3 (ENSSSCG00000015985) #8 HOXD4 (ENSSSCG00000015984) #9 HOXD8 (ENSSSCG00000040349) #10 HOXD9 (ENSSSCG00000015982) #11 HOXD10 (ENSSSCG00000015981) #12 HOXD11 (ENSSSCG00000034741) #13 HOXD12 (ENSSSCG00000015980) #14 HOXD13 (ENSSSCG00000057890) #15 EVX2 (ENSSSCG00000023146) #16 ENSSSCG00000053760 ENSSSCG00000039002 LNPK (ENSSSCG00000015976) #17 ATP5MC3 (ENSSSCG00000015973) #20 ATF2 (ENSSSCG00000038076) #21 ENSSSCG00000022345 #22 CHRNA1 (ENSSSCG00000015969) #23 ENSSSCG00000027348 GPR155 (ENSSSCG00000015965) #25 SCRN3 (ENSSSCG00000023297) #26 CIR1 (ENSSSCG00000027516) #27 SP9 (ENSSSCG00000036172) #28 ENSSSCG00000044710 OLA1 (ENSSSCG00000015963) #29 SP3 (ENSSSCG00000015962) #30 CDCA7 (ENSSSCG00000015961) #31 MAP3K20 (ENSSSCG00000015960) #32 ENSSSCG00000046252 RAPGEF4 (ENSSSCG00000015959) #34 PDK1 (ENSSSCG00000015958) ITGA6 (ENSSSCG00000015955) Chacoan peccary MODERN SPECIES 88 MTX2 (ENSCWAG00000000848) HOXD1 (ENSCWAG00000000831) #7 HOXD3 (ENSCWAG00000000815) #8 HOXD4 (ENSCWAG00000000799) #9 HOXD8 (ENSCWAG00000000766) #10 HOXD9 (ENSCWAG00000000750) #11 HOXD10 (ENSCWAG00000000737) #12 HOXD11 (ENSCWAG00000000728) #13 HOXD12 (ENSCWAG00000000716) #14 HOXD13 (ENSCWAG00000000704) #15 EVX2 (ENSCWAG00000000686) #16 ENSCWAG00000000677 LNPK (ENSCWAG00000000637) #17 ENSCWAG00000000620 #20 ATF2 (ENSCWAG00000000507) #21 CHN1 (ENSCWAG00000000417) #22 CHRNA1 (ENSCWAG00000000173) #23 WIPF1 (ENSCWAG00000000086) #24 GPR155 (ENSCWAG00000015434) #25 SCRN3 (ENSCWAG00000015324) #26 CIR1 (ENSCWAG00000015285) #27 SP9 (ENSCWAG00000015261) #28 ENSCWAG00000015225 OLA1 (ENSCWAG00000015018) #29 SP3 (ENSCWAG00000014875) #30 CDCA7 (ENSCWAG00000014474) #31 MAP3K20 (ENSCWAG00000014376) #32 RAPGEF4 (ENSCWAG00000011603) #34 PDK1 (ENSCWAG00000011376) ITGA6 (ENSCWAG00000009945) DLX2 (ENSCWAG00000009801) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.f #22 Pig MODERN SPECIES 15 ULK3 (ENSSSCG00000001898) SCAMP2 (ENSSSCG00000001892) MPI (ENSSSCG00000024990) FAM219B (ENSSSCG00000029776) COX5A (ENSSSCG00000024316) RPP25 (ENSSSCG00000001888) SCAMP5 (ENSSSCG00000001887) PPCDC (ENSSSCG00000027478) ENSSSCG00000061937 C15orf39 (ENSSSCG00000001885) ENSSSCG00000041453 COMMD4 (ENSSSCG00000001884) NEIL1 (ENSSSCG00000001882) MAN2C1 (ENSSSCG00000001881) SIN3A (ENSSSCG00000001880) ENSSSCG00000032951 #22 PTPN9 (ENSSSCG00000001878) SNUPN (ENSSSCG00000001877) IMP3 (ENSSSCG00000042572) SNX33 (ENSSSCG00000001875) CSPG4 (ENSSSCG00000001873) ODF3L1 (ENSSSCG00000001879) LINGO1 (ENSSSCG00000001872) HMG20A (ENSSSCG00000001871) PEAK1 (ENSSSCG00000001869) TSPAN3 (ENSSSCG00000001868) PSTPIP1 (ENSSSCG00000001867) RCN2 (ENSSSCG00000001866) ENSSSCG00000048453 SCAPER (ENSSSCG00000001865) ISL2 (ENSSSCG00000033348) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Pecora ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 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ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01010000228762 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00510000046986.x.b.b.c ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000154950.l ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 MTX2 (ENSOARG00020000188) HOXD1 (ENSOARG00020000237) #7 HOXD3 (ENSOARG00020000257) #8 HOXD4 (ENSOARG00020000275) #9 HOXD8 (ENSOARG00020000297) #10 HOXD9 (ENSOARG00020000321) #11 HOXD10 (ENSOARG00020000330) #12 hoxd11 (ENSOARG00020000346) #13 HOXD12 (ENSOARG00020000357) #14 HOXD13 (ENSOARG00020000373) #15 EVX2 (ENSOARG00020000381) #16 ENSOARG00020000394 LNPK (ENSOARG00020000416) #17 ATP5MC3 (ENSOARG00020000538) #20 ATF2 (ENSOARG00020000583) #21 CHN1 (ENSOARG00020000831) #22 ENSOARG00020001216 ENSOARG00020001229 CHRNA1 (ENSOARG00020001273) #23 ENSOARG00020001367 GPR155 (ENSOARG00020001419) #25 SCRN3 (ENSOARG00020001508) #26 CIR1 (ENSOARG00020001547) #27 SP9 (ENSOARG00020001556) #28 OLA1 (ENSOARG00020001577) #29 ENSOARG00020001636 SP3 (ENSOARG00020001657) #30 CDCA7 (ENSOARG00020001710) #31 ENSOARG00020001769 ENSOARG00020001776 MAP3K20 (ENSOARG00020001796) #32 Goat MODERN SPECIES 11 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ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000166167.b ENSGT00390000000673.b.`c #29 ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.b.a.a.a ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 Cow MODERN SPECIES 11 HOXD3 (ENSBTAG00000004835) #8 HOXD4 (ENSBTAG00000039581) #9 HOXD8 (ENSBTAG00000049845) #10 HOXD9 (ENSBTAG00000016033) #11 HOXD10 (ENSBTAG00000016030) #12 HOXD11 (ENSBTAG00000033330) #13 HOXD12 (ENSBTAG00000004314) #14 HOXD13 (ENSBTAG00000004313) #15 EVX2 (ENSBTAG00000049537) #16 ENSBTAG00000002009 ENSBTAG00000050237 LNPK (ENSBTAG00000018061) #17 ENSBTAG00000031711 ATP5MC3 (ENSBTAG00000002944) #20 ATF2 (ENSBTAG00000002295) #21 CHN1 (ENSBTAG00000008028) #22 CHRNA1 (ENSBTAG00000018253) #23 WIPF1 (ENSBTAG00000001585) GPR155 (ENSBTAG00000021636) #25 SCRN3 (ENSBTAG00000012966) #26 CIR1 (ENSBTAG00000038620) #27 SP9 (ENSBTAG00000014949) #28 ENSBTAG00000052569 OLA1 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(ENSCDRG00005002532) HOXD3 (ENSCDRG00005002512) #8 HOXD4 (ENSCDRG00005002497) #9 HOXD8 (ENSCDRG00005002477) #10 HOXD9 (ENSCDRG00005002467) #11 HOXD10 (ENSCDRG00005002456) #12 HOXD11 (ENSCDRG00005002440) #13 HOXD12 (ENSCDRG00005002432) #14 HOXD13 (ENSCDRG00005002411) #15 EVX2 (ENSCDRG00005002358) #16 LNPK (ENSCDRG00005002325) #17 ATP5MC3 (ENSCDRG00005002307) #20 ATF2 (ENSCDRG00005002159) #21 CHN1 (ENSCDRG00005002091) #22 CHRNA1 (ENSCDRG00005001973) #23 ENSCDRG00005001936 #24 GPR155 (ENSCDRG00005001897) #25 SCRN3 (ENSCDRG00005001860) #26 CIR1 (ENSCDRG00005001834) #27 SP9 (ENSCDRG00005001817) #28 ENSCDRG00005001752 #29 SP3 (ENSCDRG00005001722) #30 CDCA7 (ENSCDRG00005001429) #31 MAP3K20 (ENSCDRG00005001310) #32 RAPGEF4 (ENSCDRG00005001089) #34 PDK1 (ENSCDRG00005000974) ITGA6 (ENSCDRG00005000778) DLX2 (ENSCDRG00005000738) DLX1 (ENSCDRG00005000721) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 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ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 Felidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.mb.a #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 Panthera ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.mb.a #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 Tiger MODERN SPECIES 43 NFE2L2 (ENSPTIG00000007874) HNRNPA3 (ENSPTIG00000008598) MTX2 (ENSPTIG00000011503) ENSPTIG00000013485 HOXD4 (ENSPTIG00000015199) #9 ENSPTIG00000015581 #10 ENSPTIG00000006835 #11 HOXD10 (ENSPTIG00000015771) #12 HOXD13 (ENSPTIG00000016212) #15 LNPK (ENSPTIG00000016532) #17 ATP5MC3 (ENSPTIG00000016881) #20 ATF2 (ENSPTIG00000017517) #21 CHN1 (ENSPTIG00000006887) #22 CHRNA1 (ENSPTIG00000012090) #23 WIPF1 (ENSPTIG00000016801) #24 GPR155 (ENSPTIG00000018965) #25 SCRN3 (ENSPTIG00000003437) #26 CIR1 (ENSPTIG00000008708) #27 ENSPTIG00000009967 ENSPTIG00000011872 #29 SP3 (ENSPTIG00000014294) #30 CDCA7 (ENSPTIG00000016039) #31 ENSPTIG00000019347 RAPGEF4 (ENSPTIG00000021652) #34 PDK1 (ENSPTIG00000017044) ITGA6 (ENSPTIG00000019962) ENSPTIG00000017154 METAP1D (ENSPTIG00000017545) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C 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ENSGT01030000234646.B.a.a.b Red fox DUPLICATION Red fox MODERN SPECIES 15 NFE2L2 (ENSVVUG00000012641) ENSVVUG00000012651 ENSVVUG00000012682 ENSVVUG00000012694 HOXD3 (ENSVVUG00000012700) #8 HOXD8 (ENSVVUG00000012714) #10 ENSVVUG00000012717 #11 HOXD10 (ENSVVUG00000012722) #12 ENSVVUG00000012726 #13 HOXD12 (ENSVVUG00000012731) #14 HOXD13 (ENSVVUG00000012734) #15 EVX2 (ENSVVUG00000012735) #16 LNPK (ENSVVUG00000012737) #17 ATP5MC3 (ENSVVUG00000012759) #20 ATF2 (ENSVVUG00000012774) #21 CHN1 (ENSVVUG00000012819) #22 CHRNA1 (ENSVVUG00000012830) #23 WIPF1 (ENSVVUG00000012885) #24 ENSVVUG00000012900 GPR155 (ENSVVUG00000012912) #25 SCRN3 (ENSVVUG00000012946) #26 CIR1 (ENSVVUG00000012957) #27 SP9 (ENSVVUG00000012965) #28 ENSVVUG00000012991 #29 SP3 (ENSVVUG00000013719) #30 ENSVVUG00000013736 CDCA7 (ENSVVUG00000013756) #31 ENSVVUG00000013763 MAP3K20 (ENSVVUG00000013771) RAPGEF4 (ENSVVUG00000013779) #34 PDK1 (ENSVVUG00000013800) Red fox MODERN SPECIES 308 ESX1 (ENSVVUG00000004243) FAM199X 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ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 American mink MODERN SPECIES 106 ENSNVIG00000009098 ENSNVIG00000009049 #20 ENSNVIG00000009030 ATF2 (ENSNVIG00000008881) #21 ENSNVIG00000008866 CHN1 (ENSNVIG00000008762) #22 CHRNA1 (ENSNVIG00000008699) #23 ENSNVIG00000008567 GPR155 (ENSNVIG00000008500) #25 SCRN3 (ENSNVIG00000008489) #26 CIR1 (ENSNVIG00000008463) #27 SP9 (ENSNVIG00000008457) #28 OLA1 (ENSNVIG00000008347) #29 SP3 (ENSNVIG00000008326) #30 ENSNVIG00000008301 CDCA7 (ENSNVIG00000008173) #31 ENSNVIG00000008110 RAPGEF4 (ENSNVIG00000007561) #34 PDK1 (ENSNVIG00000007527) ITGA6 (ENSNVIG00000007078) DLX2 (ENSNVIG00000007019) Ferret MODERN SPECIES 359 HOXD1 (ENSMPUG00000014084) #7 ENSMPUG00000014080 HOXD3 (ENSMPUG00000014072) #8 HOXD4 (ENSMPUG00000014070) #9 ENSMPUG00000014067 ENSMPUG00000014060 #10 HOXD9 (ENSMPUG00000014053) #11 HOXD10 (ENSMPUG00000014049) #12 HOXD11 (ENSMPUG00000014029) #13 HOXD12 (ENSMPUG00000014025) #14 HOXD13 (ENSMPUG00000014022) #15 EVX2 (ENSMPUG00000014012) #16 LNPK (ENSMPUG00000014007) #17 ATP5MC3 (ENSMPUG00000013986) #20 ATF2 (ENSMPUG00000013983) #21 CHN1 (ENSMPUG00000013977) #22 CHRNA1 (ENSMPUG00000013974) #23 ENSMPUG00000013967 GPR155 (ENSMPUG00000013963) #25 SCRN3 (ENSMPUG00000013961) #26 ENSMPUG00000013943 #27 ENSMPUG00000013940 ENSMPUG00000013934 SP9 (ENSMPUG00000013931) #28 OLA1 (ENSMPUG00000013906) #29 SP3 (ENSMPUG00000013903) #30 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a.m.b #20 ENSGT00940000156582 #21 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ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 Polar bear MODERN SPECIES 142 OSBPL6 (ENSUMAG00000016519) RBM45 (ENSUMAG00000016503) PDE11A (ENSUMAG00000016414) ENSUMAG00000016390 AGPS (ENSUMAG00000015781) NFE2L2 (ENSUMAG00000015689) ENSUMAG00000015686 MTX2 (ENSUMAG00000015662) HOXD4 (ENSUMAG00000015658) #9 ENSUMAG00000015653 #10 HOXD10 (ENSUMAG00000015650) #12 ENSUMAG00000015649 #13 LNPK (ENSUMAG00000015613) #17 ATP5MC3 (ENSUMAG00000015579) #20 ATF2 (ENSUMAG00000015564) #21 CHN1 (ENSUMAG00000015511) #22 CHRNA1 (ENSUMAG00000015480) #23 ENSUMAG00000015473 ENSUMAG00000015461 GPR155 (ENSUMAG00000015425) #25 SCRN3 (ENSUMAG00000015422) #26 CIR1 (ENSUMAG00000015415) #27 ENSUMAG00000015413 OLA1 (ENSUMAG00000015410) #29 SP3 (ENSUMAG00000015395) #30 ENSUMAG00000015375 CDCA7 (ENSUMAG00000015367) #31 ENSUMAG00000015337 #32 RAPGEF4 (ENSUMAG00000015328) #34 PDK1 (ENSUMAG00000015250) ITGA6 (ENSUMAG00000014604) American black bear MODERN SPECIES 1124 CHN1 (ENSUAMG00000006177) #22 ENSUAMG00000006180 CHRNA1 (ENSUAMG00000006186) #23 WIPF1 (ENSUAMG00000006198) #24 ENSUAMG00000006207 GPR155 (ENSUAMG00000006210) #25 SCRN3 (ENSUAMG00000006214) #26 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 Equus ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000005569.x.a.a.b ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 Donkey MODERN SPECIES 24 MTX2 (ENSEASG00005022537) HOXD1 (ENSEASG00005030887) #7 HOXD3 (ENSEASG00005022544) #8 HOXD4 (ENSEASG00005024806) #9 HOXD8 (ENSEASG00005033905) #10 HOXD9 (ENSEASG00005023994) #11 HOXD10 (ENSEASG00005022552) #12 HOXD11 (ENSEASG00005030904) #13 HOXD12 (ENSEASG00005022555) #14 HOXD13 (ENSEASG00005029242) #15 EVX2 (ENSEASG00005022562) #16 ENSEASG00005022564 LNPK (ENSEASG00005022567) #17 ATP5MC3 (ENSEASG00005022573) #20 ATF2 (ENSEASG00005022575) #21 CHN1 (ENSEASG00005022579) #22 CHRNA1 (ENSEASG00005022581) #23 WIPF1 (ENSEASG00005022583) #24 GPR155 (ENSEASG00005022591) #25 SCRN3 (ENSEASG00005022597) #26 CIR1 (ENSEASG00005022598) #27 SP9 (ENSEASG00005022600) #28 OLA1 (ENSEASG00005022603) #29 SP3 (ENSEASG00005022608) #30 CDCA7 (ENSEASG00005022615) #31 ENSEASG00005034775 ENSEASG00005022618 #32 RAPGEF4 (ENSEASG00005022625) #34 PDK1 (ENSEASG00005022633) ITGA6 (ENSEASG00005022636) DLX2 (ENSEASG00005022641) Horse MODERN SPECIES 9 HNRNPA3 (ENSECAG00000059976) MTX2 (ENSECAG00000022464) HOXD1 (ENSECAG00000035437) #7 HOXD3 (ENSECAG00000022129) #8 HOXD4 (ENSECAG00000038429) #9 HOXD8 (ENSECAG00000021980) #10 HOXD9 (ENSECAG00000021845) #11 HOXD10 (ENSECAG00000020599) #12 HOXD11 (ENSECAG00000003045) #13 HOXD13 (ENSECAG00000020388) #15 EVX2 (ENSECAG00000019796) #16 ENSECAG00000043913 LNPK (ENSECAG00000008534) #17 ATP5MC3 (ENSECAG00000008514) #20 ATF2 (ENSECAG00000018723) #21 CHN1 (ENSECAG00000008277) #22 CHRNA1 (ENSECAG00000019649) #23 WIPF1 (ENSECAG00000015984) GPR155 (ENSECAG00000008471) #25 SCRN3 (ENSECAG00000018530) #26 CIR1 (ENSECAG00000006773) #27 SP9 (ENSECAG00000028902) #28 OLA1 (ENSECAG00000016353) #29 SP3 (ENSECAG00000013930) #30 CDCA7 (ENSECAG00000011492) #31 ENSECAG00000000477 RAPGEF4 (ENSECAG00000017755) #34 PDK1 (ENSECAG00000006213) ITGA6 (ENSECAG00000001652) DLX2 (ENSECAG00000000452) DLX1 (ENSECAG00000024861) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Megabat MODERN SPECIES 854 CHN1 (ENSPVAG00000004165) #22 CHRNA1 (ENSPVAG00000004164) #23 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 26 ENSRFEG00010022161 MTX2 (ENSRFEG00010022163) HOXD1 (ENSRFEG00010022164) #7 HOXD3 (ENSRFEG00010022165) #8 HOXD4 (ENSRFEG00010022166) #9 HOXD8 (ENSRFEG00010022168) #10 HOXD9 (ENSRFEG00010022169) #11 HOXD10 (ENSRFEG00010022170) #12 HOXD11 (ENSRFEG00010022171) #13 HOXD12 (ENSRFEG00010022172) #14 HOXD13 (ENSRFEG00010022173) #15 EVX2 (ENSRFEG00010000230) #16 LNPK (ENSRFEG00010000270) #17 ENSRFEG00010000353 #20 ATF2 (ENSRFEG00010000479) #21 CHN1 (ENSRFEG00010000595) #22 CHRNA1 (ENSRFEG00010000686) #23 WIPF1 (ENSRFEG00010000762) #24 GPR155 (ENSRFEG00010000805) #25 SCRN3 (ENSRFEG00010000835) #26 CIR1 (ENSRFEG00010000863) #27 SP9 (ENSRFEG00010000885) #28 ENSRFEG00010000897 OLA1 (ENSRFEG00010000935) #29 SP3 (ENSRFEG00010000991) #30 CDCA7 (ENSRFEG00010001045) #31 ENSRFEG00010001183 RAPGEF4 (ENSRFEG00010001360) #34 ENSRFEG00010001688 PDK1 (ENSRFEG00010001709) ITGA6 (ENSRFEG00010001783) Microbat MODERN SPECIES 942 ENSMLUG00000003906 MTX2 (ENSMLUG00000015966) ENSMLUG00000029447 #7 HOXD3 (ENSMLUG00000012510) #8 HOXD4 (ENSMLUG00000012508) #9 HOXD8 (ENSMLUG00000028864) #10 HOXD10 (ENSMLUG00000007048) #12 HOXD11 (ENSMLUG00000007030) #13 HOXD12 (ENSMLUG00000007009) #14 HOXD13 (ENSMLUG00000006997) #15 EVX2 (ENSMLUG00000006989) #16 ENSMLUG00000022478 LNPK (ENSMLUG00000006972) #17 ENSMLUG00000012822 #20 ATF2 (ENSMLUG00000015718) #21 CHN1 (ENSMLUG00000015709) #22 CHRNA1 (ENSMLUG00000015698) #23 WIPF1 (ENSMLUG00000022385) #24 GPR155 (ENSMLUG00000013828) #25 SCRN3 (ENSMLUG00000013823) #26 CIR1 (ENSMLUG00000013807) #27 ENSMLUG00000025196 #29 SP3 (ENSMLUG00000006791) #30 CDCA7 (ENSMLUG00000006634) #31 ENSMLUG00000006601 ENSMLUG00000005569 #34 ENSMLUG00000030219 #34 PDK1 (ENSMLUG00000005562) ITGA6 (ENSMLUG00000005550) HAT1 (ENSMLUG00000017163) DLX2 (ENSMLUG00000025271) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000153147.m.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.m.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 Sloth MODERN SPECIES 2277 CHN1 (ENSCHOG00000003425) #22 Armadillo MODERN SPECIES 3580 HNRNPA3 (ENSDNOG00000019022) MTX2 (ENSDNOG00000034659) HOXD1 (ENSDNOG00000019807) #7 HOXD3 (ENSDNOG00000035593) #8 HOXD4 (ENSDNOG00000019805) #9 HOXD8 (ENSDNOG00000036145) #10 HOXD10 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ENSGT00940000154298.a.a.e #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Tenrec MODERN SPECIES 2549 CHN1 (ENSETEG00000012365) #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a.e #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 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Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000153147 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153147 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Aves ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000153147 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 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(ENSAPLG00000015601) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000153147 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653.c.a #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296.p #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 ENSGT00940000160127 Japanese quail MODERN SPECIES 25 HNRNPA3 (ENSCJPG00005017720) MTX2 (ENSCJPG00005017723) HOXD1 (ENSCJPG00005017724) #7 HOXD3 (ENSCJPG00005017726) #8 HOXD4 (ENSCJPG00005017727) #9 HOXD8 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(ENSSCUG00000017440) ITGA6 (ENSSCUG00000017438) DLX1 (ENSSCUG00000017437) Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 66 ENSCPRG00005013800 MTX2 (ENSCPRG00005013807) HOXD1 (ENSCPRG00005013818) #7 HOXD3 (ENSCPRG00005013823) #8 HOXD4 (ENSCPRG00005013826) #9 HOXD8 (ENSCPRG00005013830) #10 HOXD9 (ENSCPRG00005013832) #11 HOXD10 (ENSCPRG00005013834) #12 HOXD11 (ENSCPRG00005013836) #13 HOXD12 (ENSCPRG00005013839) #14 HOXD13 (ENSCPRG00005013840) #15 EVX2 (ENSCPRG00005013841) #16 LNPK (ENSCPRG00005013854) #17 ATP5MC3 (ENSCPRG00005013858) #20 ATF2 (ENSCPRG00005013860) #21 CHN1 (ENSCPRG00005013868) #22 CHRNA1 (ENSCPRG00005013873) #23 WIPF1 (ENSCPRG00005013893) #24 GPR155 (ENSCPRG00005013904) #25 SCRN3 (ENSCPRG00005013907) #26 CIR1 (ENSCPRG00005013911) #27 OLA1 (ENSCPRG00005013919) #29 SP3 (ENSCPRG00005013930) #30 ENSCPRG00005013941 CDCA7 (ENSCPRG00005013947) #31 ENSCPRG00005013951 RAPGEF4 (ENSCPRG00005013961) #34 ENSCPRG00005013976 PDK1 (ENSCPRG00005013981) ITGA6 (ENSCPRG00005013998) DLX2 (ENSCPRG00005014027) Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153147 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b Testudinoidea DUPLICATION Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153147 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.b #22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.b #22 painted turtle MODERN SPECIES 1187 ENSCPBG00000021932 #22 ENSCPBG00000021933 PRKRA (ENSCPBG00000021934) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.b #22 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 2 HNRNPA3 (ENSGEVG00005020097) MTX2 (ENSGEVG00005020106) HOXD1 (ENSGEVG00005009340) #7 HOXD3 (ENSGEVG00005009410) #8 HOXD4 (ENSGEVG00005009454) #9 HOXD8 (ENSGEVG00005009500) #10 ENSGEVG00005009551 HOXD10 (ENSGEVG00005009665) #12 HOXD11 (ENSGEVG00005009700) #13 HOXD12 (ENSGEVG00005009748) #14 HOXD13 (ENSGEVG00005009780) #15 EVX2 (ENSGEVG00005009804) #16 LNPK (ENSGEVG00005009864) #17 ENSGEVG00005009994 #20 ATF2 (ENSGEVG00005010051) #21 ENSGEVG00005010081 #22 ENSGEVG00005010115 ENSGEVG00005010137 #22 CHRNA1 (ENSGEVG00005010229) #23 WIPF1 (ENSGEVG00005010455) #24 GPR155 (ENSGEVG00005010493) #25 SCRN3 (ENSGEVG00005010545) #26 CIR1 (ENSGEVG00005010578) #27 SP9 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(ENSNSUG00000011459) #27 SP9 (ENSNSUG00000011499) #28 OLA1 (ENSNSUG00000011501) #29 SP3 (ENSNSUG00000011503) #30 CDCA7 (ENSNSUG00000011545) #31 MAP3K20 (ENSNSUG00000011551) #32 RAPGEF4 (ENSNSUG00000011574) #34 ENSNSUG00000011582 PDK1 (ENSNSUG00000011584) ITGA6 (ENSNSUG00000011670) DLX2 (ENSNSUG00000011797) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 284 ENSGT01010000228762 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.d #22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 259 ENSGT01010000228762 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.d #22 Indian cobra MODERN SPECIES HOXD1 (ENSNNAG00000000092) #7 HOXD3 (ENSNNAG00000000093) #8 HOXD4 (ENSNNAG00000000094) #9 HOXD8 (ENSNNAG00000000096) #10 HOXD9 (ENSNNAG00000000098) #11 HOXD10 (ENSNNAG00000000100) #12 HOXD11 (ENSNNAG00000000101) #13 HOXD13 (ENSNNAG00000000102) #15 EVX2 (ENSNNAG00000000104) #16 LNPK (ENSNNAG00000000108) #17 ATP5MC3 (ENSNNAG00000000110) #20 ATF2 (ENSNNAG00000000112) #21 ENSNNAG00000000114 #22 ENSNNAG00000000117 ENSNNAG00000000119 ENSNNAG00000000121 #22 CHRNA1 (ENSNNAG00000000125) #23 ENSNNAG00000000127 GPR155 (ENSNNAG00000000128) #25 SCRN3 (ENSNNAG00000000130) #26 CIR1 (ENSNNAG00000000133) #27 SP9 (ENSNNAG00000000135) #28 OLA1 (ENSNNAG00000000137) #29 SP3 (ENSNNAG00000000138) #30 CDCA7 (ENSNNAG00000000139) #31 MAP3K20 (ENSNNAG00000000140) #32 RAPGEF4 (ENSNNAG00000000144) #34 ENSNNAG00000000147 PDK1 (ENSNNAG00000000150) ITGA6 (ENSNNAG00000000157) ENSNNAG00000000187 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.d #22 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 5152 ENSLLTG00000009172 #22 Lizard MODERN SPECIES 990 ENSACAG00000038540 ATP5MC3 (ENSACAG00000011295) #20 ATF2 (ENSACAG00000011326) #21 CHN1 (ENSACAG00000009221) #22 ENSACAG00000037465 CHRNA1 (ENSACAG00000005293) #23 WIPF1 (ENSACAG00000005402) #24 GPR155 (ENSACAG00000005449) #25 SCRN3 (ENSACAG00000005474) #26 CIR1 (ENSACAG00000044316) #27 SP9 (ENSACAG00000005550) #28 tuatara MODERN SPECIES 1141 ENSSPUG00000002686 #20 ATF2 (ENSSPUG00000002668) #21 CHN1 (ENSSPUG00000002634) #22 CHRNA1 (ENSSPUG00000002611) #23 WIPF1 (ENSSPUG00000002581) #24 GPR155 (ENSSPUG00000002480) #25 SCRN3 (ENSSPUG00000002468) #26 CIR1 (ENSSPUG00000002452) #27 SP9 (ENSSPUG00000002442) #28 OLA1 (ENSSPUG00000002409) #29 SP3 (ENSSPUG00000002382) #30 ENSSPUG00000002171 ENSSPUG00000002114 #31 ENSSPUG00000002104 ENSSPUG00000002098 MAP3K20 (ENSSPUG00000002092) #32 RAPGEF4 (ENSSPUG00000001476) #34 Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 10 MTX2 (ENSLLEG00000028232) HOXD1 (ENSLLEG00000028203) #7 HOXD3 (ENSLLEG00000028179) #8 HOXD4 (ENSLLEG00000028161) #9 ENSLLEG00000028121 HOXD9 (ENSLLEG00000028108) #11 HOXD10 (ENSLLEG00000028079) #12 HOXD11 (ENSLLEG00000028065) #13 HOXD13 (ENSLLEG00000028045) #15 EVX2 (ENSLLEG00000028026) #16 LNPK (ENSLLEG00000027978) #17 ATP5MC3 (ENSLLEG00000027926) #20 ENSLLEG00000027903 ATF2 (ENSLLEG00000027780) #21 ENSLLEG00000027748 CHN1 (ENSLLEG00000027124) #22 ENSLLEG00000026724 ENSLLEG00000026332 #23 ENSLLEG00000025568 #23 WIPF1 (ENSLLEG00000025429) #24 ENSLLEG00000025402 GPR155 (ENSLLEG00000025094) #25 ENSLLEG00000024926 #26 CIR1 (ENSLLEG00000024815) #27 SP9 (ENSLLEG00000024755) #28 OLA1 (ENSLLEG00000024413) #29 SP3 (ENSLLEG00000024312) #30 ENSLLEG00000022292 CDCA7 (ENSLLEG00000021778) #31 ENSLLEG00000021098 ENSLLEG00000019579 #34 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Hagfish MODERN SPECIES 898 ENSEBUG00000007854 ENSEBUG00000016480 ENSEBUG00000006500 ENSEBUG00000010646 #22 clstn1 (ENSEBUG00000005642) pik3cd (ENSEBUG00000013272) ENSEBUG00000007792 ENSEBUG00000011269 ENSEBUG00000015372 ENSEBUG00000016815 ENSEBUG00000005302 ENSEBUG00000000541 ENSEBUG00000001729 Chordata ANCESTRAL SPECIES 117 ENSGT00940000154553 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Ciona ANCESTRAL SPECIES 1247 ENSGT00940000154553 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 21 ENSCING00000021845 ENSCING00000023216 ##22 ENSCING00000021861 Ciona savignyi MODERN SPECIES 183 ENSCSAVG00000002013 ENSCSAVG00000002017 ENSCSAVG00000002021 ##22 ENSCSAVG00000002023 ENSCSAVG00000002025 ENSCSAVG00000002028 ENSCSAVG00000002034 ENSCSAVG00000002045 ENSCSAVG00000002057 ENSCSAVG00000002159 ENSCSAVG00000002653 ENSCSAVG00000002737 ENSCSAVG00000002758 ENSCSAVG00000002761 ENSCSAVG00000002765 ENSCSAVG00000002769 ENSCSAVG00000002789 ENSCSAVG00000002804 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES 997 ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 4382 ENSPMAG00000008104 ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 1107 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Elephant shark MODERN SPECIES 1499 hoxd4a (ENSCMIG00000012892) #9 hoxd3a (ENSCMIG00000012890) #8 ENSCMIG00000012888 hoxd8 (ENSCMIG00000012886) ENSCMIG00000012881 hoxd10a (ENSCMIG00000012878) #12 hoxd11a (ENSCMIG00000012876) #13 hoxd12a (ENSCMIG00000012873) #14 HOXD13 (ENSCMIG00000012869) #15 ENSCMIG00000012868 evx2 (ENSCMIG00000012866) #16 lnpk (ENSCMIG00000012861) #17 ENSCMIG00000012857 ATF2 (ENSCMIG00000012818) #21 ENSCMIG00000012801 ENSCMIG00000012784 ##22 chrna1 (ENSCMIG00000012709) #23 wipf1a (ENSCMIG00000012690) #24 GPR155 (ENSCMIG00000012683) #25 scrn3 (ENSCMIG00000012676) #26 CIR1 (ENSCMIG00000012674) #27 sp9 (ENSCMIG00000012670) #28 ola1 (ENSCMIG00000012650) #29 SP3 (ENSCMIG00000012643) #30 ENSCMIG00000012639 ENSCMIG00000012635 ENSCMIG00000012631 ENSCMIG00000012629 ENSCMIG00000012627 ENSCMIG00000012621 cdca7a (ENSCMIG00000012616) #31 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 673 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 437 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 167 ENSGT00940000156119 ENSGT01080000257562 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.a.b.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000164695 ENSGT00940000160599 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 82 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000162930 ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 ENSGT01030000234556.b.b.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a.b Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 117 ENSGT00940000166238.a ENSGT00940000156119 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.a.b.a.a.e.b.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000162008 ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000162930 ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000162008 ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT01100000263714 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.c ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399.c.b ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000162008.e.a ENSGT00940000154390.B ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a ENSGT00960000187503 ENSGT01030000234872 ENSGT00940000153062.B Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000160230.m.b ENSGT00390000017359.k ENSGT00940000156484.a.c ENSGT00940000157454.rc.b ENSGT00940000155666.d.a ENSGT00390000018039.p ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.c.b ENSGT01050000244902.b.d.e ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.g ENSGT00940000167260.c ENSGT00940000165900.d ENSGT00940000159399.c.b.b ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.b ##22 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.a ##22 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ENSGT00940000159197.g.a.a River trout MODERN SPECIES 4 clptm1 (ENSSTUG00000022422) ENSSTUG00000022496 mrpl28 (ENSSTUG00000022510) ENSSTUG00000022525 ppp1r37 (ENSSTUG00000022547) bmp16 (ENSSTUG00000022832) gemin7 (ENSSTUG00000022970) ENSSTUG00000022993 ENSSTUG00000022999 PTGIR (ENSSTUG00000023110) ppm1na (ENSSTUG00000023117) rtn2a (ENSSTUG00000023138) rhoub (ENSSTUG00000001068) rab4b (ENSSTUG00000001302) ap2s1 (ENSSTUG00000001378) ARHGAP35 (ENSSTUG00000001456) ##22 NPAS1 (ENSSTUG00000001462) tmem160 (ENSSTUG00000001468) ENSSTUG00000001486 slc1a5 (ENSSTUG00000001501) fkrp (ENSSTUG00000001521) STRN4 (ENSSTUG00000001534) PRKD2 (ENSSTUG00000001609) gpr184 (ENSSTUG00000001949) si:dkey-202l22.3 (ENSSTUG00000001958) DSCAML1 (ENSSTUG00000002008) ENSSTUG00000002157 ENSSTUG00000002167 ENSSTUG00000002188 TMPRSS13 (ENSSTUG00000002226) il10ra (ENSSTUG00000002238) Atlantic salmon MODERN SPECIES 28 tbcb (ENSSSAG00000005371) clptm1 (ENSSSAG00000005391) relb (ENSSSAG00000052551) mrpl28 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000161295.n.a ENSGT00390000012863.c ENSGT00940000160655.w.b ENSGT00940000159485.j ENSGT00390000017583.e ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.q ENSGT00950000183024.a.b.b.i ENSGT01100000263537.b.b.c.b.g ENSGT00940000162008.e.a.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a.c Chinook salmon MODERN SPECIES 5 ENSOTSG00005015313 ENSOTSG00005015314 mrpl28 (ENSOTSG00005015315) ENSOTSG00005015316 ppp1r37 (ENSOTSG00005015319) bmp16 (ENSOTSG00005015323) ENSOTSG00005015326 ENSOTSG00005015328 ENSOTSG00005015521 PTGIR (ENSOTSG00005015523) ppm1na (ENSOTSG00005015525) rtn2a (ENSOTSG00005015526) rhoub (ENSOTSG00005015528) rab4b (ENSOTSG00005015530) ap2s1 (ENSOTSG00005015531) ARHGAP35 (ENSOTSG00005015557) ##22 ENSOTSG00005015559 ENSOTSG00005015560 slc1a5 (ENSOTSG00005015561) fkrp (ENSOTSG00005015562) STRN4 (ENSOTSG00005015563) PRKD2 (ENSOTSG00005015564) gpr184 (ENSOTSG00005015569) ENSOTSG00005015570 si:dkey-202l22.3 (ENSOTSG00005015572) shox2 (ENSOTSG00005011738) DOCK10 (ENSOTSG00005011874) ENSOTSG00005012341 abcg1 (ENSOTSG00005012351) spcs2 (ENSOTSG00005014698) spcs2 (ENSOTSG00005014700) Rainbow trout MODERN SPECIES 16 mrpl28 (ENSOMYG00000029790) ENSOMYG00000029779 ENSOMYG00000029724 bmp16 (ENSOMYG00000029577) ENSOMYG00000057538 ENSOMYG00000074800 ENSOMYG00000029527 ENSOMYG00000029461 ppm1na (ENSOMYG00000029447) rtn2a (ENSOMYG00000029432) rhoub (ENSOMYG00000029397) ENSOMYG00000058174 ENSOMYG00000058206 rab4b (ENSOMYG00000029382) ap2s1 (ENSOMYG00000029325) ENSOMYG00000029220 ##22 ENSOMYG00000049025 NPAS1 (ENSOMYG00000029180) ENSOMYG00000056560 ENSOMYG00000029100 ENSOMYG00000061195 ENSOMYG00000059274 ENSOMYG00000057648 slc1a5 (ENSOMYG00000029048) fkrp (ENSOMYG00000029027) STRN4 (ENSOMYG00000028883) ENSOMYG00000057277 PRKD2 (ENSOMYG00000027792) gpr184 (ENSOMYG00000027612) si:dkey-202l22.3 (ENSOMYG00000027592) ENSOMYG00000068033 Huchen MODERN SPECIES 2231 TACR3 (ENSHHUG00000038256) ARHGAP35 (ENSHHUG00000038246) ##22 ENSHHUG00000038238 ENSHHUG00000038235 tmem160 (ENSHHUG00000038232) ENSHHUG00000038227 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00530000063461.B.a ENSGT00940000160230.m.b ENSGT00390000017359.k ENSGT00940000156484.a.c ENSGT00940000157454.rc.b ENSGT00940000155666.d.a ENSGT00390000018039.p ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.c.b ENSGT01050000244902.b.d.e ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.g ENSGT00940000167260.c ENSGT00940000165900.d ENSGT00940000159399.c.b.b ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.b ##22 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000161295.n.a ENSGT00390000012863.c ENSGT00940000160655.w.b ENSGT00940000159485.j ENSGT00390000017583.e ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.q ENSGT00950000183024.a.b.b.i ENSGT01100000263537.b.b.c.b.g ENSGT00940000162008.e.a.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a.d ENSGT00940000155354.a.c ENSGT00960000187503.a ENSGT00940000153062.B Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00530000063461.B.a ENSGT00940000160230.m.a.a ENSGT00390000017359.k ENSGT00940000156484.a.c ENSGT00940000157454.rc.b ENSGT00940000155666.d.a ENSGT00390000018039.p ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.c.b ENSGT01050000244902.b.d.e ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.g ENSGT00940000167260.c ENSGT00940000165900.d ENSGT00940000159399.c.b.b ENSGT00970000193421.A.cb ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000161295.n.b ENSGT00940000161295.o ENSGT00390000012863.c ENSGT00940000160655.w.b ENSGT00940000159485.j ENSGT00390000017583.e ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.q ENSGT00950000183024.a.b.b.i ENSGT01100000263537.b.b.c.b.g ENSGT00940000162008.e.a.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a.c ENSGT00960000187503.a ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197.g.a.b Salmo ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063461.B.a ENSGT00940000160230.m.b ENSGT00390000017359.k ENSGT00940000156484.a.c ENSGT00940000157454.rc.b ENSGT00940000155666.d.a ENSGT00390000018039.p ENSGT00940000164310 ENSGT01050000244902.b.d.e ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.g ENSGT00940000167260.c ENSGT00940000165900.d ENSGT00940000159399.c.b.b ENSGT00970000193421.A.cb ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000161295.n.b ENSGT00940000160655.w.b ENSGT00940000159485.j ENSGT00390000017583.e ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.q ENSGT00950000183024.a.b.b.i ENSGT01100000263537.b.b.c.b.g ENSGT00940000162008.e.a.b ENSGT00940000155354.a.c ENSGT00960000187503.a ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197.g.a.b ENSGT00510000054245.c ENSGT00940000155207.a.a.d ENSGT01030000234556.b.b.a.a.d River trout MODERN SPECIES 18 clptm1 (ENSSTUG00000008777) ENSSTUG00000009239 mrpl28 (ENSSTUG00000009251) ENSSTUG00000009266 ppp1r37 (ENSSTUG00000009279) bmp16 (ENSSTUG00000009389) gemin7 (ENSSTUG00000009400) ENSSTUG00000009441 PTGIR (ENSSTUG00000009559) ENSSTUG00000009568 rtn2a (ENSSTUG00000009580) ppm1na (ENSSTUG00000009641) rhoub (ENSSTUG00000009647) rab4b (ENSSTUG00000009675) ap2s1 (ENSSTUG00000009713) ARHGAP35 (ENSSTUG00000009783) ##22 NPAS1 (ENSSTUG00000009791) 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si:dkey-202l22.3 (ENSSSAG00000086868) ENSSSAG00000103338 DSCAML1 (ENSSSAG00000093451) ENSSSAG00000101627 fxyd6 (ENSSSAG00000086766) TMPRSS13 (ENSSSAG00000099986) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00530000063461.B.a ENSGT00940000160230.m.a.a ENSGT00390000017359.k ENSGT00940000156484.a.c ENSGT00940000157454.rc.b ENSGT00940000155666.d.a ENSGT00390000018039.p ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.c.b ENSGT01050000244902.b.d.e ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.g ENSGT00940000167260.c ENSGT00940000165900.d ENSGT00940000159399.c.b.b ENSGT00970000193421.A.cb ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000161295.n.a ENSGT00390000012863.c ENSGT00940000160655.w.b ENSGT00940000159485.j ENSGT00390000017583.e ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.q ENSGT00950000183024.a.b.b.i ENSGT01100000263537.b.b.c.b.g ENSGT00940000162008.e.a.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a.c ENSGT00960000187503.b ENSGT01030000234872.b.b ENSGT00940000159197.g.a.b ENSGT00510000054245.c Rainbow trout MODERN SPECIES 19 ENSOMYG00000052183 ENSOMYG00000021944 mrpl28 (ENSOMYG00000021960) ENSOMYG00000021974 ppp1r37 (ENSOMYG00000022054) bmp16 (ENSOMYG00000022166) gemin7 (ENSOMYG00000022172) ENSOMYG00000022241 ENSOMYG00000022323 ENSOMYG00000022332 ppm1na (ENSOMYG00000022344) RTN2 (ENSOMYG00000022377) rhoub (ENSOMYG00000022411) rab4b (ENSOMYG00000022476) ap2s1 (ENSOMYG00000022579) ARHGAP35 (ENSOMYG00000022615) ##22 NPAS1 (ENSOMYG00000069164) ENSOMYG00000065488 tmem160 (ENSOMYG00000022620) ENSOMYG00000022630 slc1a5 (ENSOMYG00000022652) fkrp (ENSOMYG00000022673) STRN4 (ENSOMYG00000022684) PRKD2 (ENSOMYG00000022753) si:dkey-202l22.3 (ENSOMYG00000022774) ENSOMYG00000022837 ENSOMYG00000068572 ENSOMYG00000023032 ENSOMYG00000023056 ENSOMYG00000023094 il10ra (ENSOMYG00000023132) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT00530000063461.B.a ENSGT00940000160230.m.a.a ENSGT00390000017359.k ENSGT00940000156484.a.c ENSGT00940000157454.rc.b ENSGT00940000155666.d.a ENSGT00390000018039.p ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.c.b ENSGT01050000244902.b.d.e ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.g ENSGT00940000167260.c ENSGT00940000165900.d ENSGT00940000159399.c.b.b ENSGT00970000193421.A.cb ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.b ##22 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000161295.n.a ENSGT00390000012863.c ENSGT00940000160655.w.b ENSGT00940000159485.j ENSGT00390000017583.e ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.q ENSGT00950000183024.a.b.b.i ENSGT01100000263537.b.b.c.b.g ENSGT00940000162008.e.a.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a.c Coho salmon MODERN SPECIES 6 ENSOKIG00005010103 mrpl28 (ENSOKIG00005010118) ENSOKIG00005010132 ppp1r37 (ENSOKIG00005010148) bmp16 (ENSOKIG00005010205) gemin7 (ENSOKIG00005010213) ENSOKIG00005010216 ENSOKIG00005010225 PTGIR (ENSOKIG00005010261) ENSOKIG00005010262 ppm1na (ENSOKIG00005010273) rtn2a (ENSOKIG00005010286) rhoub (ENSOKIG00005010309) rab4b (ENSOKIG00005010321) ap2s1 (ENSOKIG00005010352) ARHGAP35 (ENSOKIG00005010433) ##22 NPAS1 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(ENSMZEG00005016202) Lyretail cichlid MODERN SPECIES 327 ENSNBRG00000005366 gemin7 (ENSNBRG00000005377) bmp16 (ENSNBRG00000005399) ENSNBRG00000005415 ppp1r37 (ENSNBRG00000005527) mrpl28 (ENSNBRG00000005544) ENSNBRG00000005576 PTGIR (ENSNBRG00000005586) ENSNBRG00000005603 ppm1na (ENSNBRG00000005618) ENSNBRG00000005646 rtn2a (ENSNBRG00000005652) rhoub (ENSNBRG00000005685) rab4b (ENSNBRG00000005698) ap2s1 (ENSNBRG00000005730) ARHGAP35 (ENSNBRG00000005754) ##22 NPAS1 (ENSNBRG00000005778) tmem160 (ENSNBRG00000005848) EGLN2 (ENSNBRG00000005857) slc1a5 (ENSNBRG00000005904) fkrp (ENSNBRG00000006122) STRN4 (ENSNBRG00000006138) PRKD2 (ENSNBRG00000006238) gpr184 (ENSNBRG00000006299) ENSNBRG00000006311 ENSNBRG00000006331 ENSNBRG00000006343 DSCAML1 (ENSNBRG00000006374) ENSNBRG00000006499 ENSNBRG00000006509 tmprss13b (ENSNBRG00000006533) Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000177307 ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164214.l ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295.s ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.x ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164214.l ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295.s ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.x ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 ENSGT00510000054245 ENSGT00940000155207.a.a Indian medaka MODERN SPECIES 12 clptm1 (ENSOMEG00000013516) ENSOMEG00000013536 mrpl28 (ENSOMEG00000013553) ENSOMEG00000013567 ppp1r37 (ENSOMEG00000013594) ENSOMEG00000013642 bmp16 (ENSOMEG00000013665) calm3a (ENSOMEG00000013695) PTGIR (ENSOMEG00000013711) ENSOMEG00000013732 ppm1na (ENSOMEG00000013743) rtn2a (ENSOMEG00000000735) rhoub (ENSOMEG00000013845) rab4b (ENSOMEG00000013881) ap2s1 (ENSOMEG00000000353) ARHGAP35 (ENSOMEG00000013962) ##22 NPAS1 (ENSOMEG00000013988) tmem160 (ENSOMEG00000014008) EGLN2 (ENSOMEG00000014031) slc1a5 (ENSOMEG00000014071) fkrp (ENSOMEG00000014092) STRN4 (ENSOMEG00000014165) PRKD2 (ENSOMEG00000014217) gpr184 (ENSOMEG00000014227) si:dkey-202l22.3 (ENSOMEG00000014239) ENSOMEG00000014275 ENSOMEG00000014301 DSCAML1 (ENSOMEG00000014421) ENSOMEG00000014469 fxyd6 (ENSOMEG00000014490) tmprss13b (ENSOMEG00000014523) Javanese ricefish MODERN SPECIES 4 ENSOJAG00000002987 mrpl28 (ENSOJAG00000002974) ENSOJAG00000002968 ppp1r37 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Sailfin molly MODERN SPECIES 3733 ENSPLAG00000001727 ##22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 310 ENSCVAG00000022622 ##22 DSCAML1 (ENSCVAG00000022579) scn4bb (ENSCVAG00000022329) ENSCVAG00000022299 pafah1b2 (ENSCVAG00000022288) TAGLN (ENSCVAG00000022274) gjd1a (ENSCVAG00000022256) rab6a (ENSCVAG00000022249) dnajb13 (ENSCVAG00000022210) ucp2 (ENSCVAG00000022181) ucp3 (ENSCVAG00000022170) ppme1 (ENSCVAG00000022154) ENSCVAG00000022131 nectin3b (ENSCVAG00000022118) rtn2b (ENSCVAG00000022112) ppm1nb (ENSCVAG00000022080) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000177307 ENSGT00940000167260 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ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000177307 ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000177307 ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000177307 ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000159197 ENSGT00510000054245 ENSGT00940000155418.a.a.c Lumpfish MODERN SPECIES 4 ENSCLMG00005015546 mrpl28 (ENSCLMG00005015544) ppp1r37 (ENSCLMG00005015351) ENSCLMG00005015349 bmp16 (ENSCLMG00005015348) gemin7 (ENSCLMG00005015347) ENSCLMG00005015346 calm3a (ENSCLMG00005015297) PTGIR (ENSCLMG00005015296) ENSCLMG00005015295 ppm1na (ENSCLMG00005015264) rtn2a (ENSCLMG00005015244) rhoub (ENSCLMG00005015243) rab4b (ENSCLMG00005015242) ap2s1 (ENSCLMG00005015240) ENSCLMG00005015236 ##22 NPAS1 (ENSCLMG00005015233) tmem160 (ENSCLMG00005015230) ENSCLMG00005015228 slc1a5 (ENSCLMG00005015226) fkrp (ENSCLMG00005015224) STRN4 (ENSCLMG00005015102) PRKD2 (ENSCLMG00005012032) gpr184 (ENSCLMG00005012014) prlh2r (ENSCLMG00005012013) DSCAML1 (ENSCLMG00005011621) ENSCLMG00005011617 tmprss13b (ENSCLMG00005011616) ENSCLMG00005011613 mre11a (ENSCLMG00005010477) DOCK10 (ENSCLMG00005005453) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000160230 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ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Large yellow croaker MODERN SPECIES 479 ENSLCRG00005002964 ppp1r37 (ENSLCRG00005002828) ENSLCRG00005002809 bmp16 (ENSLCRG00005002805) gemin7 (ENSLCRG00005002804) ENSLCRG00005002799 calm3a (ENSLCRG00005002706) PTGIR (ENSLCRG00005002699) ENSLCRG00005002691 ENSLCRG00005002688 ppm1na (ENSLCRG00005002684) rtn2a (ENSLCRG00005002680) rhoub (ENSLCRG00005002675) rab4b (ENSLCRG00005002663) ap2s1 (ENSLCRG00005002386) ARHGAP35 (ENSLCRG00005002362) ##22 NPAS1 (ENSLCRG00005002351) ENSLCRG00005002346 tmem160 (ENSLCRG00005015005) ENSLCRG00005015002 slc1a5 (ENSLCRG00005014999) 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ENSDLAG00005015988 ENSDLAG00005014590 ENSDLAG00005014538 Gilthead seabream MODERN SPECIES 11 ENSSAUG00010013629 ENSSAUG00010013630 ppp1r37 (ENSSAUG00010013635) ENSSAUG00010013745 bmp16 (ENSSAUG00010013747) gemin7 (ENSSAUG00010013748) ENSSAUG00010013752 calm3a (ENSSAUG00010013755) PTGIR (ENSSAUG00010013890) ENSSAUG00010013893 ppm1na (ENSSAUG00010013895) rtn2a (ENSSAUG00010013899) rhoub (ENSSAUG00010013901) rab4b (ENSSAUG00010013905) ap2s1 (ENSSAUG00010013923) ARHGAP35 (ENSSAUG00010014039) ##22 NPAS1 (ENSSAUG00010014044) ENSSAUG00010014047 tmem160 (ENSSAUG00010014050) ENSSAUG00010014055 slc1a5 (ENSSAUG00010014062) fkrp (ENSSAUG00010014067) STRN4 (ENSSAUG00010014073) ENSSAUG00010014078 PRKD2 (ENSSAUG00010014099) gpr184 (ENSSAUG00010014259) si:dkey-202l22.3 (ENSSAUG00010014261) ENSSAUG00010014262 ENSSAUG00010014263 DSCAML1 (ENSSAUG00010014285) ENSSAUG00010014729 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Tetraodon MODERN SPECIES 22 trpc2b (ENSTNIG00000011784) rb1 (ENSTNIG00000011786) LPAR6 (ENSTNIG00000011785) slc6a7 (ENSTNIG00000011787) taf1 (ENSTNIG00000011788) fam76b (ENSTNIG00000011789) mtmr2 (ENSTNIG00000004380) cwc15 (ENSTNIG00000011790) plp1b (ENSTNIG00000011791) nlgn3b (ENSTNIG00000011792) gria3a (ENSTNIG00000011793) thoc2 (ENSTNIG00000011794) stag2a (ENSTNIG00000011795) epd (ENSTNIG00000011796) myo1ca (ENSTNIG00000011797) ARHGAP35 (ENSTNIG00000011798) ##22 DSCAML1 (ENSTNIG00000011799) mpzl2b (ENSTNIG00000002462) pafah1b2 (ENSTNIG00000011800) gjd1a (ENSTNIG00000011801) dnajb13 (ENSTNIG00000011802) ucp2 (ENSTNIG00000011803) ucp3 (ENSTNIG00000011804) ppme1 (ENSTNIG00000011805) nectin3b (ENSTNIG00000011806) rtn2b (ENSTNIG00000011807) ppm1nb (ENSTNIG00000011808) ENSTNIG00000001363 ENSTNIG00000011809 ccdc61 (ENSTNIG00000011810) ENSTNIG00000011811 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b 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ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT01030000234872 ENSGT00940000153062.B Climbing perch MODERN SPECIES 4 ENSATEG00000013107 mrpl28 (ENSATEG00000013085) ENSATEG00000013073 ppp1r37 (ENSATEG00000013054) ENSATEG00000013043 bmp16 (ENSATEG00000013021) gemin7 (ENSATEG00000012989) ENSATEG00000012960 ENSATEG00000012953 ENSATEG00000012941 ppm1na (ENSATEG00000012925) rtn2a (ENSATEG00000026895) rhoub (ENSATEG00000026799) rab4b (ENSATEG00000012855) ap2s1 (ENSATEG00000012831) ARHGAP35 (ENSATEG00000012799) ##22 NPAS1 (ENSATEG00000012695) tmem160 (ENSATEG00000012679) ENSATEG00000012670 slc1a5 (ENSATEG00000012644) fkrp (ENSATEG00000012629) STRN4 (ENSATEG00000012485) PRKD2 (ENSATEG00000012391) gpr184 (ENSATEG00000012382) si:dkey-202l22.3 (ENSATEG00000012365) ENSATEG00000012353 ENSATEG00000012345 ENSATEG00000012199 ENSATEG00000012179 ENSATEG00000012161 ENSATEG00000012152 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 4 mrpl28 (ENSBSLG00000005893) ENSBSLG00000005898 ppp1r37 (ENSBSLG00000006589) ENSBSLG00000007081 bmp16 (ENSBSLG00000007088) gemin7 (ENSBSLG00000007092) ENSBSLG00000007117 PTGIR (ENSBSLG00000007204) ENSBSLG00000007206 ppm1na (ENSBSLG00000007209) rtn2a (ENSBSLG00000007224) rhoub (ENSBSLG00000007238) gemin7 (ENSBSLG00000007242) rab4b (ENSBSLG00000007254) ap2s1 (ENSBSLG00000007305) ARHGAP35 (ENSBSLG00000007336) ##22 NPAS1 (ENSBSLG00000007346) tmem160 (ENSBSLG00000007376) ENSBSLG00000007382 slc1a5 (ENSBSLG00000007391) fkrp (ENSBSLG00000007406) STRN4 (ENSBSLG00000007435) PRKD2 (ENSBSLG00000008049) gpr184 (ENSBSLG00000010243) ENSBSLG00000010246 ENSBSLG00000010258 ENSBSLG00000010264 DSCAML1 (ENSBSLG00000010302) ENSBSLG00000012325 ENSBSLG00000012331 fxyd6 (ENSBSLG00000012337) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164214.l ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Seriola ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00970000195560 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 ENSGT00510000054245 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2765 mrpl28 (ENSSLDG00000000409) ENSSLDG00000000398 ENSSLDG00000000394 ENSSLDG00000000257 bmp16 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(ENSCSEG00000008236) rab4b (ENSCSEG00000008253) ap2s1 (ENSCSEG00000008268) ARHGAP35 (ENSCSEG00000008279) ##22 ENSCSEG00000008286 NPAS1 (ENSCSEG00000008295) tmem160 (ENSCSEG00000008300) ENSCSEG00000008308 slc1a5 (ENSCSEG00000008312) fkrp (ENSCSEG00000008321) STRN4 (ENSCSEG00000008326) PRKD2 (ENSCSEG00000008371) schip1 (ENSCSEG00000008410) MFSD1 (ENSCSEG00000008489) ENSCSEG00000008553 ENSCSEG00000008561 ENSCSEG00000008571 p2ry12 (ENSCSEG00000008584) ENSCSEG00000008606 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000162008 ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000155207.b Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000153881.b ENSGT00940000167036 ENSGT00940000158234 ENSGT00980000199080 ENSGT00940000164056 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.a.b.a.a.f ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000162008 ENSGT00940000154390.B ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT01100000263714 Atlantic herring MODERN SPECIES 25 ENSCHAG00000008919 SHKBP1 (ENSCHAG00000007793) ENSCHAG00000007754 ENSCHAG00000007502 ENSCHAG00000007488 ENSCHAG00000007469 ENSCHAG00000007444 ENSCHAG00000007264 PTGIR (ENSCHAG00000007250) ENSCHAG00000007241 ppm1na (ENSCHAG00000007094) rtn2a (ENSCHAG00000007074) rhoub (ENSCHAG00000007057) rab4b (ENSCHAG00000006794) ap2s1 (ENSCHAG00000006660) ARHGAP35 (ENSCHAG00000006647) ##22 NPAS1 (ENSCHAG00000006603) tmem160 (ENSCHAG00000006585) ENSCHAG00000006556 slc1a5 (ENSCHAG00000006538) fkrp (ENSCHAG00000006507) STRN4 (ENSCHAG00000006142) PRKD2 (ENSCHAG00000003291) gpr184 (ENSCHAG00000003183) si:dkey-202l22.3 (ENSCHAG00000002598) ENSCHAG00000002476 ENSCHAG00000002364 DSCAML1 (ENSCHAG00000002307) ENSCHAG00000022231 slc25a27 (ENSCHAG00000021923) fxyd6 (ENSCHAG00000021916) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00390000016695 ENSGT00940000159187 ENSGT00390000004856 ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00940000157960.j ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000153259.a.a.b ENSGT00390000016695 ENSGT00940000159187 ENSGT00390000004856 ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00940000157960.j ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000157119.a ENSGT00940000153576.c.b.w ENSGT01100000263573.a.b ENSGT00940000157915 ENSGT00390000015210 ENSGT00940000161117 ENSGT00950000183101.a.a ENSGT00530000063751.b.j ENSGT00390000004155 ENSGT00950000183096.a.a.c.a ENSGT00940000158029 ENSGT00390000014595.a.a.a Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00950000183171.B ENSGT00940000153259.a.a.b ENSGT00390000016695 ENSGT00940000159187 ENSGT00390000004856 ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000157119.a ENSGT00940000153576.c.b.w ENSGT01100000263573.a.b ENSGT00940000157915 ENSGT00390000015210 ENSGT00940000161117 ENSGT00950000183101.a.a ENSGT00530000063751.b.j ENSGT00390000004155 ENSGT00950000183096.a.a.c.a ENSGT00940000158029 ENSGT00390000014595.a.a.a Characoidei ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00950000183171.B ENSGT00940000153259.a.a.b ENSGT00390000016695 ENSGT00940000159187 ENSGT00390000004856 ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000157119.a ENSGT00940000153576.c.b.w ENSGT01100000263573.a.b ENSGT00940000157915 ENSGT00390000015210 ENSGT00940000161117 ENSGT00950000183101.a.a ENSGT00530000063751.b.j ENSGT00390000004155 ENSGT00950000183096.a.a.c.a ENSGT00940000158029 ENSGT00390000014595.a.a.a Red-bellied piranha MODERN SPECIES 46 bach1a (ENSPNAG00000009992) ENSPNAG00000009973 MIPEP (ENSPNAG00000009947) SACS (ENSPNAG00000009883) sgcg (ENSPNAG00000009834) RPS25 (ENSPNAG00000009781) trappc4 (ENSPNAG00000009737) slc37a4a (ENSPNAG00000009765) PTGIR (ENSPNAG00000009713) ENSPNAG00000009702 ppm1na (ENSPNAG00000009674) rtn2a (ENSPNAG00000009651) rhoub (ENSPNAG00000009625) rab4b (ENSPNAG00000009616) ap2s1 (ENSPNAG00000009596) ARHGAP35 (ENSPNAG00000009576) ##22 NPAS1 (ENSPNAG00000009545) tmem160 (ENSPNAG00000009494) EGLN2 (ENSPNAG00000009484) pitpnaa (ENSPNAG00000009460) SLC43A2 (ENSPNAG00000009438) ENSPNAG00000009368 myo1cb (ENSPNAG00000009340) prpf8 (ENSPNAG00000009247) ENSPNAG00000009147 SCARF1 (ENSPNAG00000009134) vtna (ENSPNAG00000009118) sarm1 (ENSPNAG00000009102) slc46a1 (ENSPNAG00000001284) foxn1 (ENSPNAG00000009071) UNC119 (ENSPNAG00000009021) Electric eel MODERN SPECIES 1429 ENSEEEG00000006453 ##22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT01030000234618.D ENSGT00940000157792 ENSGT00390000016695 ENSGT00940000159187 ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000153259.a.a.b ENSGT00950000183171.B ENSGT00940000158923.f ENSGT00940000167916 ENSGT00940000155947.a ENSGT00390000017040.n ENSGT00940000155349.c Zebrafish MODERN SPECIES 6 GAB2 (ENSDARG00000105120) ENSDARG00000116297 SACS (ENSDARG00000091042) sgcg (ENSDARG00000038107) trappc4 (ENSDARG00000027418) slc37a4a 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ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a.a ENSGT01050000244902.b.d.c ENSGT00940000164695.a.i ENSGT00940000167260.b ENSGT00940000165900.f ENSGT00940000159399.b ENSGT00970000193421.A.z ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.e.a ##22 ENSGT00940000161295.cb ENSGT00390000012863.a ENSGT00940000160655.fb.b.a ENSGT00940000153259.a.a.b.e ENSGT00950000183171.B.x.b ENSGT00940000158923.f.a.a ENSGT00940000167916.b.b ENSGT00940000158923.f.b ENSGT00940000155947.a.c ENSGT00390000017040.n.b ENSGT00940000155349.c.b ENSGT00940000159485.d ENSGT00390000017583.h ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.z.a ENSGT00950000183024.a.b.b.e Goldfish MODERN SPECIES 6 nars2 (ENSCARG00000061831) ENSCARG00000061816 GAB2 (ENSCARG00000061806) SACS (ENSCARG00000061790) sgcg (ENSCARG00000061753) ENSCARG00000061750 slc37a4a (ENSCARG00000061723) ENSCARG00000061709 calm3a (ENSCARG00000061657) PTGIR (ENSCARG00000061645) ppm1na (ENSCARG00000061639) rtn2a (ENSCARG00000061609) rhoub (ENSCARG00000061608) rab4b (ENSCARG00000061561) ap2s1 (ENSCARG00000061326) ARHGAP35 (ENSCARG00000061274) ##22 NPAS1 (ENSCARG00000061204) tmem160 (ENSCARG00000061174) ENSCARG00000061139 tnfrsf19 (ENSCARG00000061108) ENSCARG00000060939 ENSCARG00000060916 ENSCARG00000060898 cadm2b (ENSCARG00000060168) GBE1 (ENSCARG00000059079) SLC7A1 (ENSCARG00000058903) ENSCARG00000058879 slc1a5 (ENSCARG00000058834) fkrp (ENSCARG00000058824) STRN4 (ENSCARG00000058769) PRKD2 (ENSCARG00000056289) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT01030000234566.e.b.b.a.i.b ENSGT01030000234618.D.a ENSGT00950000182996.b.a.a.b.d.a.f.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000157792.k ENSGT00390000016695.t ENSGT00940000159187.d ENSGT00730000111086.a ENSGT00940000157960.j ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a.a ENSGT01050000244902.b.d.c ENSGT00940000164695.a.i ENSGT00940000167260.b ENSGT00940000165900.f ENSGT00940000159399.b ENSGT00970000193421.A.z ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.e.a ##22 ENSGT00940000161295.cb ENSGT00390000012863.a ENSGT00940000160655.fb.b.a ENSGT00940000153259.a.a.b.e ENSGT00950000183171.B.x.b ENSGT00940000158923.f.b ENSGT00940000155947.a.c ENSGT00390000017040.n.b ENSGT00940000155349.c.b ENSGT00940000159485.d ENSGT00390000017583.h ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.z.a ENSGT00950000183024.a.b.b.e ENSGT01100000263537.b.b.c.b.l.b ENSGT00940000162008.c Common carp reference MODERN SPECIES 26 nars2 (ENSCCRG00000081751) ENSCCRG00000052500 GAB2 (ENSCCRG00000077537) ENSCCRG00000073630 sgcg (ENSCCRG00000081030) ENSCCRG00000025092 slc37a4a (ENSCCRG00000025085) ENSCCRG00000074284 calm3a (ENSCCRG00000077426) ENSCCRG00000044563 ppm1na (ENSCCRG00000016244) rtn2a (ENSCCRG00000016248) rhoub (ENSCCRG00000016251) rab4b (ENSCCRG00000016263) ap2s1 (ENSCCRG00000016318) ARHGAP35 (ENSCCRG00000067045) ##22 NPAS1 (ENSCCRG00000049191) tmem160 (ENSCCRG00000080603) ENSCCRG00000029313 tnfrsf19 (ENSCCRG00000029306) ENSCCRG00000063070 bach1a (ENSCCRG00000042110) ENSCCRG00000074872 cadm2b (ENSCCRG00000001774) ENSCCRG00000066952 ENSCCRG00000047980 ENSCCRG00000069438 ENSCCRG00000080308 slc1a5 (ENSCCRG00000063552) fkrp (ENSCCRG00000065093) STRN4 (ENSCCRG00000029640) Golden-line barbel MODERN SPECIES 2141 ARHGAP35 (ENSSGRG00000018721) ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 340 ENSGT00940000154730.b.a.b ENSGT01030000234566.e.b.b.a.i.a ENSGT00940000157792.l ENSGT00390000016695.s ENSGT00940000159187.c ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a.b ENSGT01050000244902.b.d.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.j ENSGT00940000167260.a ENSGT00940000165900.e ENSGT00940000159399.a ENSGT00970000193421.A.y ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.e.b ##22 ENSGT00940000161295.db ENSGT00390000012863.b ENSGT00940000160655.fb.b.b Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 153 ENSGT00990000210146 ENSGT01030000234618.D.b ENSGT00940000157792.l ENSGT00390000016695.s ENSGT00940000159187.c ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a.b ENSGT01050000244902.b.d.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.j ENSGT00940000167260.a ENSGT00940000165900.e ENSGT00940000159399.a ENSGT00970000193421.A.y ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.e.b ##22 ENSGT00390000012863.b ENSGT00940000160655.fb.a ENSGT00940000153259.a.a.b.f ENSGT00950000183171.B.x.a ENSGT00940000158923.f.a.b ENSGT00940000155947.a.d ENSGT00390000017040.n.a ENSGT00940000155349.c.a ENSGT00940000159485.c ENSGT00390000017583.g ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.z.b ENSGT00950000183024.a.b.b.f ENSGT01100000263537.b.b.c.b.l.a ENSGT00940000162008.d ENSGT00940000154390.B.b Common carp reference MODERN SPECIES 39 ENSCCRG00000079602 nars2 (ENSCCRG00000058508) GAB2 (ENSCCRG00000025102) ENSCCRG00000068170 sgcg (ENSCCRG00000025095) trappc4 (ENSCCRG00000048708) slc37a4a (ENSCCRG00000048695) calm3a (ENSCCRG00000017811) ENSCCRG00000074361 ENSCCRG00000035232 ppm1na (ENSCCRG00000074336) rtn2a (ENSCCRG00000035237) rhoub (ENSCCRG00000035240) rab4b (ENSCCRG00000065295) ap2s1 (ENSCCRG00000082233) ENSCCRG00000071465 ##22 tmem160 (ENSCCRG00000070899) ENSCCRG00000002499 tnfrsf19 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ENSGT00940000159470.e.b ENSGT00950000182929.A.db.b ENSGT00950000183199.a.a.w.a ENSGT01030000234556.a.a.a.b.b ENSGT01030000234556.b.b.a.b.d ENSGT00940000155418.a.a.b ENSGT00940000159197.j.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.f ##22 Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 261 ENSSGRG00000045793 ENSSGRG00000045794 slc12a9 (ENSSGRG00000045798) ENSSGRG00000045833 gucy2d (ENSSGRG00000045848) si:ch211-284e13.5 (ENSSGRG00000045955) ENSSGRG00000045956 ENSSGRG00000045957 ENSSGRG00000045960 apoa1a (ENSSGRG00000045962) pafah1b2 (ENSSGRG00000045963) mpzl2b (ENSSGRG00000045964) scn4bb (ENSSGRG00000045965) ENSSGRG00000045966 tmprss13b (ENSSGRG00000045967) ARHGAP35 (ENSSGRG00000045968) ##22 ins (ENSSGRG00000045969) Golden-line barbel MODERN SPECIES 5167 ENSSGRG00000004313 ##22 Common carp reference MODERN SPECIES 15 slc12a9 (ENSCCRG00000001111) ENSCCRG00000074565 si:ch211-284e13.9 (ENSCCRG00000082512) ENSCCRG00000060995 gucy2d (ENSCCRG00000019714) si:ch211-284e13.5 (ENSCCRG00000077563) ENSCCRG00000053747 si:dkey-111e8.4 (ENSCCRG00000030059) ENSCCRG00000072044 apoa1a (ENSCCRG00000062651) pafah1b2 (ENSCCRG00000049154) mpzl2b (ENSCCRG00000049152) scn4bb (ENSCCRG00000062966) tmprss4b (ENSCCRG00000078189) tmprss13b (ENSCCRG00000073102) ENSCCRG00000082853 ##22 ENSCCRG00000075444 panx1b (ENSCCRG00000023474) myo1ca (ENSCCRG00000051374) ENSCCRG00000051682 ENSCCRG00000026948 dpf2 (ENSCCRG00000051324) cdc42ep2 (ENSCCRG00000056427) ENSCCRG00000050514 ENSCCRG00000050725 ENSCCRG00000062177 ENSCCRG00000007695 ENSCCRG00000058781 ENSCCRG00000007998 zgc:163098 (ENSCCRG00000066974) ENSCCRG00000060651 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00940000166868 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT00940000164695.b ENSGT00940000160599 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655.kb ENSGT00940000160655.jb ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b.k ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00530000063867.a.b ENSGT00530000063867.a.a ENSGT00940000162008 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00940000164834.a ENSGT01030000234613.b.a.b P. kingsleyae MODERN SPECIES 139 ENSPKIG00000010483 ENSPKIG00000010447 RELB (ENSPKIG00000010400) mrpl28 (ENSPKIG00000010370) gemin7 (ENSPKIG00000010356) bmp16 (ENSPKIG00000010340) ppp1r37 (ENSPKIG00000010325) CALM3 (ENSPKIG00000010298) PTGIR (ENSPKIG00000010282) ENSPKIG00000010248 ppm1na (ENSPKIG00000010212) rtn2a (ENSPKIG00000010174) rhoub (ENSPKIG00000010162) rab4b (ENSPKIG00000010138) ap2s1 (ENSPKIG00000010112) ARHGAP35 (ENSPKIG00000010061) ##22 NPAS1 (ENSPKIG00000009969) tmem160 (ENSPKIG00000009924) ENSPKIG00000009905 slc1a5 (ENSPKIG00000009870) fkrp (ENSPKIG00000009846) PRKD2 (ENSPKIG00000009768) gpr184 (ENSPKIG00000009735) si:dkey-202l22.3 (ENSPKIG00000009725) Asian bonytongue MODERN SPECIES 19 ENSSFOG00015030568 OGT (ENSSFOG00015004499) plp1b (ENSSFOG00015004596) nlgn3a (ENSSFOG00015004656) GRIA3 (ENSSFOG00015004701) THOC2 (ENSSFOG00015004767) STAG2 (ENSSFOG00015004879) acsl4b (ENSSFOG00015004988) MID2 (ENSSFOG00015005025) ENSSFOG00015029870 ENSSFOG00015005072 ENSSFOG00015005100 ppm1nb (ENSSFOG00015005140) rtn2b (ENSSFOG00015032049) RAB4B (ENSSFOG00015005173) ARHGAP35 (ENSSFOG00015005210) ##22 ENSSFOG00015026092 slc1a5 (ENSSFOG00015005253) PRKD2 (ENSSFOG00015005283) DSCAML1 (ENSSFOG00015005337) ENSSFOG00015005441 scn4bb (ENSSFOG00015005459) zgc:153990 (ENSSFOG00015005526) ENSSFOG00015005535 alkbh6 (ENSSFOG00015005576) ENSSFOG00015029428 fpgt (ENSSFOG00015005604) tppp2 (ENSSFOG00015032320) TAGLN (ENSSFOG00015005647) ENSSFOG00015005665 ENSSFOG00015005699 Reedfish MODERN SPECIES socs9 (ENSECRG00000000013) SAMD4B (ENSECRG00000000014) GMFG (ENSECRG00000000015) ENSECRG00000000016 lrfn1 (ENSECRG00000000017) zgc:172282 (ENSECRG00000000018) ENSECRG00000000019 ENSECRG00000000020 ppp5c (ENSECRG00000000021) ENSECRG00000000022 ENSECRG00000000023 dhx34 (ENSECRG00000000024) si:dkey-202l22.3 (ENSECRG00000000026) rab4b (ENSECRG00000000027) ap2s1 (ENSECRG00000000028) ARHGAP35 (ENSECRG00000000029) ##22 NPAS1 (ENSECRG00000000030) ENSECRG00000000031 tmem160 (ENSECRG00000000032) ENSECRG00000000033 ppm1nb (ENSECRG00000000034) ENSECRG00000000035 ENSECRG00000000036 PTGIR (ENSECRG00000000037) bmp16 (ENSECRG00000000038) gemin7 (ENSECRG00000000039) SYMPK (ENSECRG00000000040) RSPH4A (ENSECRG00000000041) ENSECRG00000000042 ENSECRG00000000043 tbcb (ENSECRG00000000044) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 598 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00940000153887.B ENSGT00940000177245 ENSGT00530000064222.a ENSGT00390000003107.b ENSGT00940000161006 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00390000012948.a ENSGT00390000008756 ENSGT00650000093443 ENSGT00940000156119 Anura ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00940000156765 ENSGT00390000009795 ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a ENSGT00940000153887.B ENSGT00530000064222.a ENSGT00390000003107.b ENSGT00940000161006.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000175813 ENSGT00940000158785 ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Frog MODERN SPECIES 8 vasp (ENSXETG00000018239) eml1 (ENSXETG00000018242) gipr (ENSXETG00000018255) fbxo46 (ENSXETG00000047788) qpctl (ENSXETG00000018261) pglyrp1 (ENSXETG00000018262) snrpd2 (ENSXETG00000002173) ENSXETG00000018263 meiosin (ENSXETG00000048668) ppp5c (ENSXETG00000018265) ptgir (ENSXETG00000018270) dact3 (ENSXETG00000037153) fkrp (ENSXETG00000018274) slc1a5 (ENSXETG00000018275) ap2s1 (ENSXETG00000018283) arhgap35 (ENSXETG00000018284) ##22 atp11c (ENSXETG00000018290) mcf2 (ENSXETG00000018322) f9 (ENSXETG00000003472) fgf13 (ENSXETG00000037165) ENSXETG00000041730 zic3 (ENSXETG00000024458) gpr101 (ENSXETG00000048252) ENSXETG00000037129 ENSXETG00000003479 rbmx (ENSXETG00000003481) arhgef6 (ENSXETG00000017497) cd40lg (ENSXETG00000044841) ENSXETG00000043654 tmtops (ENSXETG00000017493) vgll1 (ENSXETG00000019748) Amniota ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00940000160667 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00390000012948.a ENSGT00390000008756 ENSGT00940000163913 Sauria ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 ENSGT01040000240503.C ENSGT00440000037640 ENSGT00970000194069 ENSGT00730000111686 ENSGT00940000165970 tuatara MODERN SPECIES 1028 ENSSPUG00000002682 SYMPK (ENSSPUG00000002789) DMWD (ENSSPUG00000002869) DMPK (ENSSPUG00000002917) SIX5 (ENSSPUG00000002955) ENSSPUG00000002994 SNRPD2 (ENSSPUG00000003011) HIF3A (ENSSPUG00000003020) PPP5C (ENSSPUG00000003033) ENSSPUG00000003046 PTGIR (ENSSPUG00000003066) STRN4 (ENSSPUG00000003253) FKRP (ENSSPUG00000003278) SLC1A5 (ENSSPUG00000003287) AP2S1 (ENSSPUG00000003316) ARHGAP35 (ENSSPUG00000003327) ##22 NPAS1 (ENSSPUG00000003351) TMEM160 (ENSSPUG00000003376) Episquamata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 Laterata ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000165739 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478 ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000175315 ENSGT00640000091563.b Common wall lizard MODERN SPECIES 16 ENSPMRG00000008617 ENSPMRG00000008624 ENSPMRG00000008628 HIF3A (ENSPMRG00000008634) PPP5C (ENSPMRG00000008661) ENSPMRG00000008686 CALM3 (ENSPMRG00000008690) PTGIR (ENSPMRG00000008692) GNG8 (ENSPMRG00000008695) DACT3 (ENSPMRG00000008698) PRKD2 (ENSPMRG00000008708) STRN4 (ENSPMRG00000008722) FKRP (ENSPMRG00000008731) SLC1A5 (ENSPMRG00000008739) AP2S1 (ENSPMRG00000008748) ARHGAP35 (ENSPMRG00000008755) ##22 ENSPMRG00000008759 TMEM160 (ENSPMRG00000008765) ENSPMRG00000008769 ENSPMRG00000008772 EHD2 (ENSPMRG00000008778) NOP53 (ENSPMRG00000008785) ENSPMRG00000008791 ENSPMRG00000008794 SELENOW (ENSPMRG00000008798) ENSPMRG00000008802 CRX (ENSPMRG00000008809) ENSPMRG00000008813 DMAC2 (ENSPMRG00000008823) B3GNT8 (ENSPMRG00000008827) ENSPMRG00000008833 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 59 ENSSMRG00000015316 SNRPD2 (ENSSMRG00000015318) ENSSMRG00000015320 HIF3A (ENSSMRG00000015322) PPP5C (ENSSMRG00000015324) ENSSMRG00000015326 CALM3 (ENSSMRG00000015327) PTGIR (ENSSMRG00000015328) GNG8 (ENSSMRG00000015330) DACT3 (ENSSMRG00000015331) PRKD2 (ENSSMRG00000015332) STRN4 (ENSSMRG00000015333) FKRP (ENSSMRG00000015334) SLC1A5 (ENSSMRG00000015335) AP2S1 (ENSSMRG00000015336) ARHGAP35 (ENSSMRG00000015337) ##22 ENSSMRG00000015338 TMEM160 (ENSSMRG00000015339) ENSSMRG00000015340 ENSSMRG00000015341 TBCB (ENSSMRG00000015342) ENSSMRG00000015343 POLR2I (ENSSMRG00000015344) ENSSMRG00000015345 WDR62 (ENSSMRG00000015346) ENSSMRG00000015370 CLIP3 (ENSSMRG00000015371) ALKBH6 (ENSSMRG00000015372) ENSSMRG00000015373 ENSSMRG00000015376 CAPNS1 (ENSSMRG00000015377) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000161745.c ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 ENSGT01040000240503.C ENSGT00440000037640 ENSGT00940000165970 ENSGT00390000010899.a.b.a.b Lizard MODERN SPECIES 1177 ENSACAG00000035878 STRN4 (ENSACAG00000011808) FKRP (ENSACAG00000011805) SLC1A5 (ENSACAG00000011724) AP2S1 (ENSACAG00000011682) ENSACAG00000035417 ARHGAP35 (ENSACAG00000011599) ##22 ENSACAG00000042379 ENSACAG00000011553 ENSACAG00000034878 ENSACAG00000043130 Elapidae DUPLICATION Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.g ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.g ##22 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 2073 ENSLLTG00000001408 ENSLLTG00000001400 ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00570000080851 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.h ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 ENSGT00940000159359 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 ENSGT01040000240503.C ENSGT00440000037640 ENSGT00940000165970 ENSGT00390000010899.a.b.a.a.b Indian cobra MODERN SPECIES 11 ENSNNAG00000016590 ENSNNAG00000016595 ENSNNAG00000016598 SNRPD2 (ENSNNAG00000016603) HIF3A (ENSNNAG00000016614) PPP5C (ENSNNAG00000016638) CALM3 (ENSNNAG00000016648) PTGIR (ENSNNAG00000016669) GNG8 (ENSNNAG00000016675) DACT3 (ENSNNAG00000016684) ENSNNAG00000016692 STRN4 (ENSNNAG00000016700) FKRP (ENSNNAG00000016704) SLC1A5 (ENSNNAG00000016706) AP2S1 (ENSNNAG00000016712) ARHGAP35 (ENSNNAG00000016715) ##22 TBCB (ENSNNAG00000016719) ENSNNAG00000016728 POLR2I (ENSNNAG00000016734) ENSNNAG00000016741 ENSNNAG00000016752 CLIP3 (ENSNNAG00000016768) ALKBH6 (ENSNNAG00000016788) CAPNS1 (ENSNNAG00000016820) ENSNNAG00000017001 ENSNNAG00000017011 ENSNNAG00000017021 ENSNNAG00000017030 CHP2 (ENSNNAG00000017039) ENSNNAG00000017056 TIMM50 (ENSNNAG00000017061) Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00570000080851 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.h ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000159359 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000162237.a ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.h ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000159359 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 838 ARHGAP35 (ENSNSUG00000005198) ##22 Eastern brown snake MODERN SPECIES 77 SIX5 (ENSPTXG00000016732) ENSPTXG00000016729 ENSPTXG00000016727 SNRPD2 (ENSPTXG00000016725) HIF3A (ENSPTXG00000016722) PPP5C (ENSPTXG00000016719) ENSPTXG00000016715 CALM3 (ENSPTXG00000016713) PTGIR (ENSPTXG00000016711) GNG8 (ENSPTXG00000016708) PRKD2 (ENSPTXG00000016695) ENSPTXG00000016693 FKRP (ENSPTXG00000016691) SLC1A5 (ENSPTXG00000016684) AP2S1 (ENSPTXG00000016680) ARHGAP35 (ENSPTXG00000016676) ##22 TMEM160 (ENSPTXG00000016674) ENSPTXG00000016669 ENSPTXG00000016667 TBCB (ENSPTXG00000016663) ENSPTXG00000016660 ENSPTXG00000016657 ENSPTXG00000016654 ENSPTXG00000016653 CLIP3 (ENSPTXG00000016650) ALKBH6 (ENSPTXG00000016647) CAPNS1 (ENSPTXG00000016644) ENSPTXG00000016642 CHP2 (ENSPTXG00000016638) ENSPTXG00000016634 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 2475 ARHGAP35 (ENSLLTG00000007655) ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478 ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154550.b ENSGT00640000091563.b Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478 ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154550.b ENSGT00640000091563.b Chinese turtle MODERN SPECIES 787 PRKD2 (ENSPSIG00000016551) STRN4 (ENSPSIG00000017359) FKRP (ENSPSIG00000005846) SLC1A5 (ENSPSIG00000006408) AP2S1 (ENSPSIG00000007321) ARHGAP35 (ENSPSIG00000007433) ##22 TMEM160 (ENSPSIG00000008093) ENSPSIG00000001108 Testudinoidea DUPLICATION Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.i ##22 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.i ##22 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1173 AP2S1 (ENSCABG00000002477) ARHGAP35 (ENSCABG00000002479) ##22 ENSCABG00000002480 ENSCABG00000002481 ENSCABG00000002482 ATF1 (ENSCABG00000002483) Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604.d ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183136.a.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485.m ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.j ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478.n ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 ENSGT01040000240503.C Emydidae ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604.d ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000164310 ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183136.a.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485.m ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.j ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478.n ENSGT00940000161957 ENSGT00940000155478.m.a ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154550.b ENSGT00640000091563.b painted turtle MODERN SPECIES 879 AP2S1 (ENSCPBG00000005245) ARHGAP35 (ENSCPBG00000005254) ##22 NPAS1 (ENSCPBG00000005264) TMEM160 (ENSCPBG00000005281) ENSCPBG00000005289 TBCB (ENSCPBG00000005327) ENSCPBG00000006709 POLR2I (ENSCPBG00000006726) ENSCPBG00000006734 WDR62 (ENSCPBG00000006762) ENSCPBG00000006808 ENSCPBG00000006820 ALKBH6 (ENSCPBG00000006841) ENSCPBG00000006852 ENSCPBG00000006859 ENSCPBG00000006865 ENSCPBG00000006872 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 252 ENSTMTG00000007873 SNRPD2 (ENSTMTG00000007862) ENSTMTG00000007849 HIF3A (ENSTMTG00000007833) PPP5C (ENSTMTG00000007809) PTGIR (ENSTMTG00000007799) GNG8 (ENSTMTG00000007787) ENSTMTG00000007764 ENSTMTG00000007750 PRKD2 (ENSTMTG00000007272) STRN4 (ENSTMTG00000006957) FKRP (ENSTMTG00000006927) ENSTMTG00000006909 ENSTMTG00000006896 AP2S1 (ENSTMTG00000006878) ARHGAP35 (ENSTMTG00000006861) ##22 ENSTMTG00000006847 ENSTMTG00000006831 ENSTMTG00000006820 ENSTMTG00000006812 TBCB (ENSTMTG00000006797) ENSTMTG00000006777 POLR2I (ENSTMTG00000006766) ENSTMTG00000006749 ENSTMTG00000006713 ENSTMTG00000006693 ENSTMTG00000006564 ALKBH6 (ENSTMTG00000006538) ENSTMTG00000006514 ENSTMTG00000006498 ENSTMTG00000006479 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604.d ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183136.a.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485.m ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.j ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478.m.a ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154550.b ENSGT00940000161957 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 464 ENSCABG00000007731 ##22 NPAS1 (ENSCABG00000007735) ENSCABG00000007738 ENSCABG00000007739 TBCB (ENSCABG00000007740) ENSCABG00000007742 POLR2I (ENSCABG00000007746) ENSCABG00000007749 ENSCABG00000007751 CLIP3 (ENSCABG00000007752) ALKBH6 (ENSCABG00000007802) ENSCABG00000007804 ENSCABG00000007807 ENSCABG00000007809 ENSCABG00000007815 ENSCABG00000007825 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 134 SNRPD2 (ENSGEVG00005008411) ENSGEVG00005008379 ENSGEVG00005008365 PPP5C (ENSGEVG00005007903) ENSGEVG00005007705 CALM3 (ENSGEVG00005007668) PTGIR (ENSGEVG00005007642) GNG8 (ENSGEVG00005007618) DACT3 (ENSGEVG00005007584) ENSGEVG00005007568 PRKD2 (ENSGEVG00005007536) STRN4 (ENSGEVG00005006716) FKRP (ENSGEVG00005006541) SLC1A5 (ENSGEVG00005006522) AP2S1 (ENSGEVG00005006508) ARHGAP35 (ENSGEVG00005006490) ##22 ENSGEVG00005006465 TMEM160 (ENSGEVG00005006452) ENSGEVG00005006429 ENSGEVG00005006415 TBCB (ENSGEVG00005006394) ENSGEVG00005006349 ENSGEVG00005006319 ENSGEVG00005006247 ENSGEVG00005006193 ENSGEVG00005006178 CLIP3 (ENSGEVG00005006093) ALKBH6 (ENSGEVG00005006054) ENSGEVG00005005983 ENSGEVG00005005946 ENSGEVG00005005915 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 90 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 Aves ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 African ostrich MODERN SPECIES 784 ARHGAP35 (ENSSCUG00000011624) ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00940000162258.z ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C ENSGT00950000182772.A.a.a.b Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00940000162258.z ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C ENSGT00950000182772.A.a.a.b Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 76 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C Zebra finch MODERN SPECIES 80 ENSTGUG00000018785 AP2S1 (ENSTGUG00000027482) ENSTGUG00000022958 B9D2 (ENSTGUG00000027327) ENSTGUG00000021836 ENSTGUG00000022450 ENSTGUG00000024439 ENSTGUG00000022549 ENSTGUG00000019851 ENSTGUG00000021426 SPTBN4 (ENSTGUG00000026942) ENSTGUG00000019327 ENSTGUG00000023435 ENSTGUG00000015127 ENSTGUG00000017067 ENSTGUG00000000642 ##22 ENSTGUG00000025223 ENSTGUG00000027729 ENSTGUG00000024195 ENSTGUG00000026453 ENSTGUG00000021279 ENSTGUG00000025049 ENSTGUG00000025743 CLASRP (ENSTGUG00000026126) ENSTGUG00000029551 ENSTGUG00000024482 ENSTGUG00000022148 ERCC1 (ENSTGUG00000026421) PPP1R13L (ENSTGUG00000029072) SNRPD2 (ENSTGUG00000028090) ERCC2 (ENSTGUG00000027406) Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 Kakapo MODERN SPECIES 68 ENSSHBG00005013034 DMAC2 (ENSSHBG00005013024) BCKDHA (ENSSHBG00005013007) EXOSC5 (ENSSHBG00005012977) B9D2 (ENSSHBG00005012949) TGFB1 (ENSSHBG00005001122) CCDC97 (ENSSHBG00005001120) HNRNPUL1 (ENSSHBG00005001118) ENSSHBG00005014950 AXL (ENSSHBG00005014939) RAB4B (ENSSHBG00005014929) SNRPA (ENSSHBG00005014922) ACTMAP (ENSSHBG00005014916) FKRP (ENSSHBG00005014911) AP2S1 (ENSSHBG00005014905) ARHGAP35 (ENSSHBG00005014898) ##22 TBCB (ENSSHBG00005014890) POLR2I (ENSSHBG00005014879) THAP8 (ENSSHBG00005014874) Golden eagle DUPLICATION Golden eagle MODERN SPECIES 60 ENSACCG00020016906 THAP8 (ENSACCG00020016903) ENSACCG00020016901 POLR2I (ENSACCG00020016900) TBCB (ENSACCG00020016897) TMEM160 (ENSACCG00020016895) STRN4 (ENSACCG00020016893) AP2S1 (ENSACCG00020016889) ARHGAP35 (ENSACCG00020016888) ##22 ENSACCG00020016886 ##22 Golden eagle MODERN SPECIES 60 ENSACCG00020016906 THAP8 (ENSACCG00020016903) ENSACCG00020016901 POLR2I (ENSACCG00020016900) TBCB (ENSACCG00020016897) TMEM160 (ENSACCG00020016895) STRN4 (ENSACCG00020016893) AP2S1 (ENSACCG00020016889) ARHGAP35 (ENSACCG00020016888) ##22 ENSACCG00020016886 ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00940000156765 ENSGT00390000009795 ENSGT00530000064222.a ENSGT00940000164973 ENSGT00900000142292 ENSGT00940000158721 ENSGT01100000263564.a ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000075007 ENSGT00940000160011.h ENSGT00940000160348 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00940000156765 ENSGT00390000009795 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000161850 ENSGT00530000064222.a ENSGT00940000164973.b ENSGT00940000158721 ENSGT01100000263564.a ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000075007 ENSGT00940000160011.h Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 Chicken MODERN SPECIES 31 SNRPD2 (ENSGALG00010010885) ENSGALG00010010869 STRN4 (ENSGALG00010010862) FKRP (ENSGALG00010010845) AP2S1 (ENSGALG00010010816) ARHGAP35 (ENSGALG00010009020) ##22 ENSGALG00010008991 ENSGALG00010008983 PPP1R37 (ENSGALG00010008969) ENSGALG00010008952 ENSGALG00010008943 VASP (ENSGALG00010008932) OPA3 (ENSGALG00010008921) ENSGALG00010008903 FBXO46 (ENSGALG00010008888) LRFN3 (ENSGALG00010008859) DHX34 (ENSGALG00010008830) ENSGALG00010008814 CCDC9 (ENSGALG00010008782) SAE1 (ENSGALG00010008762) ZC3H4 (ENSGALG00010008708) Japanese quail MODERN SPECIES 67 ARHGAP35 (ENSCJPG00005003496) ##22 ENSCJPG00005003495 ENSCJPG00005003490 PPP1R37 (ENSCJPG00005003489) ENSCJPG00005003488 Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Duck MODERN SPECIES 1821 ARHGAP35 (ENSAPLG00000002888) ##22 Pink-footed goose MODERN SPECIES 689 ARHGAP35 (ENSABRG00000005455) ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT00950000183135.A.a ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000161006 ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 Platypus MODERN SPECIES 16 FOXA3 (ENSOANG00000042207) ENSOANG00000042668 NOVA2 (ENSOANG00000040576) ENSOANG00000049441 ENSOANG00000038949 PPP5C (ENSOANG00000011946) ENSOANG00000036554 ENSOANG00000049385 ENSOANG00000041777 ENSOANG00000046092 PRKD2 (ENSOANG00000049147) STRN4 (ENSOANG00000049730) FKRP (ENSOANG00000039322) SLC1A5 (ENSOANG00000048663) AP2S1 (ENSOANG00000047764) ARHGAP35 (ENSOANG00000003425) ##22 ENSOANG00000040596 TMEM160 (ENSOANG00000048641) ENSOANG00000037686 DHX34 (ENSOANG00000000569) ENSOANG00000037837 ENSOANG00000012979 CCDC9 (ENSOANG00000049974) ENSOANG00000039018 SAE1 (ENSOANG00000004331) ENSOANG00000044784 PPP1R14A (ENSOANG00000049843) ENSOANG00000045122 YIF1B (ENSOANG00000042948) KCNK6 (ENSOANG00000040689) LTBP4 (ENSOANG00000015106) Theria ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000161740 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Opossum MODERN SPECIES 3 ENSMODG00000002366 ENSMODG00000028671 ENSMODG00000002387 ENSMODG00000002676 ENSMODG00000006074 ENSMODG00000021137 PPP5C (ENSMODG00000009228) ENSMODG00000009222 PTGIR (ENSMODG00000009211) GNG8 (ENSMODG00000009206) DACT3 (ENSMODG00000047059) STRN4 (ENSMODG00000009136) FKRP (ENSMODG00000023714) SLC1A5 (ENSMODG00000009108) AP2S1 (ENSMODG00000009083) ARHGAP35 (ENSMODG00000009066) ##22 NPAS1 (ENSMODG00000009053) TMEM160 (ENSMODG00000047936) ZC3H4 (ENSMODG00000008978) SAE1 (ENSMODG00000008952) ENSMODG00000008934 CCDC9 (ENSMODG00000008926) ENSMODG00000008857 C5AR2 (ENSMODG00000007252) DHX34 (ENSMODG00000008850) SELENOW (ENSMODG00000023715) ENSMODG00000023716 KPTN (ENSMODG00000008827) NAPA (ENSMODG00000008817) ZNF541 (ENSMODG00000008779) NOP53 (ENSMODG00000008721) Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 ENSSHAG00000016613 ENSSHAG00000022799 ENSSHAG00000028193 ENSSHAG00000025662 ENSSHAG00000024489 ENSSHAG00000003533 ENSSHAG00000004128 ENSSHAG00000028119 ENSSHAG00000030771 DACT3 (ENSSHAG00000031611) ENSSHAG00000020505 ENSSHAG00000025928 PRKD2 (ENSSHAG00000021404) SLC1A5 (ENSSHAG00000026042) AP2S1 (ENSSHAG00000026500) ARHGAP35 (ENSSHAG00000006639) ##22 NPAS1 (ENSSHAG00000024261) ZC3H4 (ENSSHAG00000028166) SAE1 (ENSSHAG00000002813) ENSSHAG00000001420 C5AR2 (ENSSHAG00000027588) ENSSHAG00000029825 ENSSHAG00000030420 MEIS3 (ENSSHAG00000021311) ENSSHAG00000024846 NAPA (ENSSHAG00000022077) ZNF541 (ENSSHAG00000003056) ENSSHAG00000026122 NOP53 (ENSSHAG00000023645) ENSSHAG00000002757 ENSSHAG00000003069 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1158 ENSVURG00010021538 ENSVURG00010021540 ENSVURG00010021545 ENSVURG00010021566 ENSVURG00010021638 ENSVURG00010021653 ENSVURG00010021665 ENSVURG00010021676 ENSVURG00010021679 ENSVURG00010021686 ENSVURG00010021751 ENSVURG00010022263 ENSVURG00010022272 ENSVURG00010022289 ENSVURG00010022632 ENSVURG00010022649 ##22 ENSVURG00010022660 ENSVURG00010022668 ENSVURG00010022671 ENSVURG00010022683 ENSVURG00010022689 CCDC9 (ENSVURG00010022694) ENSVURG00010022698 C5AR2 (ENSVURG00010022700) DHX34 (ENSVURG00010022703) MEIS3 (ENSVURG00010022726) SLC8A2 (ENSVURG00010002773) ENSVURG00010002786 NAPA (ENSVURG00010002799) ZNF541 (ENSVURG00010002837) BICRA (ENSVURG00010002965) Common wonbat MODERN SPECIES 1158 ENSVURG00010004231 ENSVURG00010004241 ENSVURG00010004245 ENSVURG00010004291 ENSVURG00010004727 ENSVURG00010004809 ENSVURG00010005854 ENSVURG00010005861 ENSVURG00010005864 ENSVURG00010005880 ENSVURG00010006016 ENSVURG00010007823 ENSVURG00010010327 ENSVURG00010010368 ENSVURG00010011314 ENSVURG00010011318 ##22 ENSVURG00010011325 ENSVURG00010011344 ENSVURG00010011360 ENSVURG00010011397 koala MODERN SPECIES 345 ENSPCIG00000023945 ENSPCIG00000009955 HIF3A (ENSPCIG00000006138) PPP5C (ENSPCIG00000006141) CALM3 (ENSPCIG00000009353) PTGIR (ENSPCIG00000009351) GNG8 (ENSPCIG00000009350) DACT3 (ENSPCIG00000009348) PRKD2 (ENSPCIG00000025780) STRN4 (ENSPCIG00000025779) FKRP (ENSPCIG00000025778) SLC1A5 (ENSPCIG00000025777) ENSPCIG00000025776 ARHGAP35 (ENSPCIG00000025775) ##22 NPAS1 (ENSPCIG00000032390) TMEM160 (ENSPCIG00000028139) ZC3H4 (ENSPCIG00000028138) SAE1 (ENSPCIG00000028135) ENSPCIG00000028133 CCDC9 (ENSPCIG00000028131) C5AR1 (ENSPCIG00000000822) ENSPCIG00000000869 DHX34 (ENSPCIG00000000889) MEIS3 (ENSPCIG00000016488) SLC8A2 (ENSPCIG00000016491) KPTN (ENSPCIG00000016494) NAPA (ENSPCIG00000016508) ZNF541 (ENSPCIG00000007543) BICRA (ENSPCIG00000016713) Wallaby MODERN SPECIES 6451 ARHGAP35 (ENSMEUG00000013621) ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a 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ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Primates ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Tarsier MODERN SPECIES 5492 AP2S1 (ENSTSYG00000008474) ARHGAP35 (ENSTSYG00000006365) ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a 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ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00910000148361 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g 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ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.j ENSGT00550000075007.i.b.b ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Vervet Monkey MODERN SPECIES 25 ENSCSAG00000019630 ENSCSAG00000019631 CCDC8 (ENSCSAG00000019632) PNMA8A (ENSCSAG00000003053) PNMA8B (ENSCSAG00000019633) ENSCSAG00000019634 CALM3 (ENSCSAG00000003050) PTGIR (ENSCSAG00000003043) GNG8 (ENSCSAG00000003040) DACT3 (ENSCSAG00000003035) PRKD2 (ENSCSAG00000003028) STRN4 (ENSCSAG00000003022) FKRP (ENSCSAG00000019635) ENSCSAG00000003016 ENSCSAG00000019636 ARHGAP35 (ENSCSAG00000003015) ##22 NPAS1 (ENSCSAG00000003006) TMEM160 (ENSCSAG00000002993) ZC3H4 (ENSCSAG00000002989) SAE1 (ENSCSAG00000002984) BBC3 (ENSCSAG00000002981) CCDC9 (ENSCSAG00000002974) ENSCSAG00000019637 C5AR1 (ENSCSAG00000002973) C5AR2 (ENSCSAG00000019638) DHX34 (ENSCSAG00000002965) MEIS3 (ENSCSAG00000002950) SLC8A2 (ENSCSAG00000002946) KPTN (ENSCSAG00000002944) NAPA (ENSCSAG00000002939) ENSCSAG00000002936 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.j ENSGT00390000002767 ENSGT00550000075007.i.b.a ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.i.b.a ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Olive baboon MODERN SPECIES 12 PPP5C (ENSPANG00000002966) ENSPANG00000029483 CCDC8 (ENSPANG00000020252) PNMA8C (ENSPANG00000033741) PNMA8A (ENSPANG00000018286) PNMA8B (ENSPANG00000039504) ENSPANG00000015474 PTGIR (ENSPANG00000019287) GNG8 (ENSPANG00000029260) DACT3 (ENSPANG00000021672) PRKD2 (ENSPANG00000008367) STRN4 (ENSPANG00000017664) FKRP (ENSPANG00000003944) SLC1A5 (ENSPANG00000024227) AP2S1 (ENSPANG00000031161) ARHGAP35 (ENSPANG00000018862) ##22 NPAS1 (ENSPANG00000014704) TMEM160 (ENSPANG00000004010) ZC3H4 (ENSPANG00000021115) ENSPANG00000005314 ENSPANG00000014625 CCDC9 (ENSPANG00000014927) INAFM1 (ENSPANG00000044654) C5AR1 (ENSPANG00000035543) C5AR2 (ENSPANG00000038913) DHX34 (ENSPANG00000011774) ENSPANG00000049850 ZNF541 (ENSPANG00000009364) NAPA (ENSPANG00000023325) KPTN (ENSPANG00000018368) SLC8A2 (ENSPANG00000012944) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.i.b.a ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 Sooty mangabey MODERN SPECIES 228 PPP5C (ENSCATG00000031479) ENSCATG00000021418 CCDC8 (ENSCATG00000030098) PNMA8C (ENSCATG00000016093) PNMA8A (ENSCATG00000037135) ENSCATG00000011877 CALM3 (ENSCATG00000036622) PTGIR (ENSCATG00000044691) GNG8 (ENSCATG00000038798) DACT3 (ENSCATG00000028958) PRKD2 (ENSCATG00000012657) STRN4 (ENSCATG00000041998) FKRP (ENSCATG00000015421) SLC1A5 (ENSCATG00000041986) AP2S1 (ENSCATG00000030501) ARHGAP35 (ENSCATG00000025751) ##22 NPAS1 (ENSCATG00000044490) TMEM160 (ENSCATG00000017019) ZC3H4 (ENSCATG00000039046) SAE1 (ENSCATG00000041175) ENSCATG00000044506 CCDC9 (ENSCATG00000023465) C5AR1 (ENSCATG00000032999) DHX34 (ENSCATG00000032316) MEIS3 (ENSCATG00000044534) SLC8A2 (ENSCATG00000019815) KPTN (ENSCATG00000031555) NAPA (ENSCATG00000039365) ZNF541 (ENSCATG00000036460) BICRA (ENSCATG00000043087) EHD2 (ENSCATG00000013287) Drill MODERN SPECIES 254 HIF3A (ENSMLEG00000030835) PPP5C (ENSMLEG00000043928) ENSMLEG00000029399 CCDC8 (ENSMLEG00000038841) PNMA8C (ENSMLEG00000012922) PNMA8A (ENSMLEG00000037418) ENSMLEG00000038995 CALM3 (ENSMLEG00000040728) PTGIR (ENSMLEG00000039111) GNG8 (ENSMLEG00000041963) ENSMLEG00000042860 PRKD2 (ENSMLEG00000041161) STRN4 (ENSMLEG00000039813) SLC1A5 (ENSMLEG00000039768) AP2S1 (ENSMLEG00000034145) ARHGAP35 (ENSMLEG00000042586) ##22 ENSMLEG00000038871 ZC3H4 (ENSMLEG00000007946) ENSMLEG00000042254 ENSMLEG00000038746 CCDC9 (ENSMLEG00000042193) C5AR1 (ENSMLEG00000034392) DHX34 (ENSMLEG00000041860) MEIS3 (ENSMLEG00000034525) SLC8A2 (ENSMLEG00000041982) KPTN (ENSMLEG00000038643) NAPA (ENSMLEG00000044028) ZNF541 (ENSMLEG00000029328) BICRA (ENSMLEG00000030433) EHD2 (ENSMLEG00000044265) ENSMLEG00000032475 Macaca ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.j ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 551 PPP5C (ENSMNEG00000029801) ENSMNEG00000039917 CCDC8 (ENSMNEG00000035328) PNMA8C (ENSMNEG00000013860) PNMA8A (ENSMNEG00000028579) ENSMNEG00000035646 CALM3 (ENSMNEG00000038313) PTGIR (ENSMNEG00000037044) GNG8 (ENSMNEG00000029400) DACT3 (ENSMNEG00000005969) PRKD2 (ENSMNEG00000038676) STRN4 (ENSMNEG00000042544) FKRP (ENSMNEG00000013306) SLC1A5 (ENSMNEG00000040803) AP2S1 (ENSMNEG00000036216) ARHGAP35 (ENSMNEG00000029940) ##22 NPAS1 (ENSMNEG00000038438) TMEM160 (ENSMNEG00000026327) ZC3H4 (ENSMNEG00000039406) ENSMNEG00000024262 ENSMNEG00000009958 CCDC9 (ENSMNEG00000029240) C5AR1 (ENSMNEG00000040235) DHX34 (ENSMNEG00000038649) MEIS3 (ENSMNEG00000045404) SLC8A2 (ENSMNEG00000032344) KPTN (ENSMNEG00000035130) NAPA (ENSMNEG00000033334) ZNF541 (ENSMNEG00000031984) BICRA (ENSMNEG00000045550) EHD2 (ENSMNEG00000029528) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158785 ENSGT00390000015797.c.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.j ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Rhesus MODERN SPECIES 10 PPP5C (ENSMMUG00000000217) ENSMMUG00000000218 CCDC8 (ENSMMUG00000003190) PNMA8C (ENSMMUG00000061795) PNMA8A (ENSMMUG00000005827) ENSMMUG00000053552 CALM3 (ENSMMUG00000017921) PTGIR (ENSMMUG00000017922) DACT3 (ENSMMUG00000017924) ENSMMUG00000051115 PRKD2 (ENSMMUG00000017927) STRN4 (ENSMMUG00000017930) FKRP (ENSMMUG00000028743) SLC1A5 (ENSMMUG00000022163) AP2S1 (ENSMMUG00000000833) ARHGAP35 (ENSMMUG00000011332) ##22 NPAS1 (ENSMMUG00000011330) TMEM160 (ENSMMUG00000057454) ZC3H4 (ENSMMUG00000014709) SAE1 (ENSMMUG00000009506) ENSMMUG00000055893 ENSMMUG00000012466 CCDC9 (ENSMMUG00000003075) C5AR1 (ENSMMUG00000009278) C5AR2 (ENSMMUG00000009277) DHX34 (ENSMMUG00000009275) MEIS3 (ENSMMUG00000013009) SLC8A2 (ENSMMUG00000014718) KPTN (ENSMMUG00000014723) NAPA (ENSMMUG00000014727) ZNF541 (ENSMMUG00000014729) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 10 HIF3A (ENSMFAG00000025583) PPP5C (ENSMFAG00000034179) ENSMFAG00000036651 CCDC8 (ENSMFAG00000041847) PNMA8C (ENSMFAG00000029984) PNMA8A (ENSMFAG00000006014) ENSMFAG00000035539 CALM3 (ENSMFAG00000036156) ENSMFAG00000002915 ENSMFAG00000044510 ENSMFAG00000030779 PRKD2 (ENSMFAG00000045883) STRN4 (ENSMFAG00000035843) SLC1A5 (ENSMFAG00000044927) AP2S1 (ENSMFAG00000022670) ARHGAP35 (ENSMFAG00000041192) ##22 NPAS1 (ENSMFAG00000018045) ENSMFAG00000001653 ENSMFAG00000048737 SAE1 (ENSMFAG00000046126) BBC3 (ENSMFAG00000033464) CCDC9 (ENSMFAG00000002381) C5AR1 (ENSMFAG00000064601) C5AR2 (ENSMFAG00000064310) MEIS3 (ENSMFAG00000034069) SLC8A2 (ENSMFAG00000037527) KPTN (ENSMFAG00000039746) NAPA (ENSMFAG00000000053) ZNF541 (ENSMFAG00000008705) EHD2 (ENSMFAG00000045476) NOP53 (ENSMFAG00000045103) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000158785 ENSGT00390000015797.c.b.d ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT01100000263497.B.f ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.i.b ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2027 HIF3A (ENSRROG00000032780) PPP5C (ENSRROG00000027318) ENSRROG00000038440 PNMA8C (ENSRROG00000027253) PNMA8A (ENSRROG00000013610) ENSRROG00000035990 CALM3 (ENSRROG00000033594) PTGIR (ENSRROG00000035701) ENSRROG00000045208 DACT3 (ENSRROG00000044269) PRKD2 (ENSRROG00000034944) STRN4 (ENSRROG00000042099) FKRP (ENSRROG00000007497) SLC1A5 (ENSRROG00000038480) AP2S1 (ENSRROG00000045451) ARHGAP35 (ENSRROG00000035853) ##22 NPAS1 (ENSRROG00000043828) TMEM160 (ENSRROG00000043669) ZC3H4 (ENSRROG00000032920) SAE1 (ENSRROG00000031746) ENSRROG00000040712 CCDC9 (ENSRROG00000025974) INAFM1 (ENSRROG00000036821) C5AR1 (ENSRROG00000034629) DHX34 (ENSRROG00000042872) MEIS3 (ENSRROG00000029017) SLC8A2 (ENSRROG00000045566) KPTN (ENSRROG00000036495) NAPA (ENSRROG00000037389) ZNF541 (ENSRROG00000044146) BICRA (ENSRROG00000026604) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 477 IGFL1 (ENSRBIG00000041594) HIF3A (ENSRBIG00000037340) PPP5C (ENSRBIG00000043486) ENSRBIG00000041650 PNMA8C (ENSRBIG00000007752) PNMA8A (ENSRBIG00000032652) PNMA8B (ENSRBIG00000043852) ENSRBIG00000040350 PTGIR (ENSRBIG00000039814) GNG8 (ENSRBIG00000040120) ENSRBIG00000037645 PRKD2 (ENSRBIG00000002509) STRN4 (ENSRBIG00000030977) SLC1A5 (ENSRBIG00000032793) AP2S1 (ENSRBIG00000041720) ARHGAP35 (ENSRBIG00000030306) ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT00940000170636 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Bushbaby MODERN SPECIES 267 ENSOGAG00000032211 HIF3A (ENSOGAG00000008187) PPP5C (ENSOGAG00000015987) ENSOGAG00000031114 CCDC8 (ENSOGAG00000007549) PNMA8B (ENSOGAG00000028036) CALM3 (ENSOGAG00000014764) PTGIR (ENSOGAG00000030472) GNG8 (ENSOGAG00000029514) DACT3 (ENSOGAG00000030948) PRKD2 (ENSOGAG00000007550) STRN4 (ENSOGAG00000015276) FKRP (ENSOGAG00000026248) SLC1A5 (ENSOGAG00000033704) AP2S1 (ENSOGAG00000033467) ARHGAP35 (ENSOGAG00000033334) ##22 NPAS1 (ENSOGAG00000012829) TMEM160 (ENSOGAG00000033520) ZC3H4 (ENSOGAG00000031123) SAE1 (ENSOGAG00000007650) BBC3 (ENSOGAG00000034738) CCDC9 (ENSOGAG00000015701) INAFM1 (ENSOGAG00000029523) C5AR1 (ENSOGAG00000000133) C5AR2 (ENSOGAG00000033946) DHX34 (ENSOGAG00000002061) MEIS3 (ENSOGAG00000002063) SLC8A2 (ENSOGAG00000029237) KPTN (ENSOGAG00000009999) NAPA (ENSOGAG00000032621) ZNF541 (ENSOGAG00000002397) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Mouse lemur MODERN SPECIES 14 CCDC61 (ENSMICG00000003511) PGLYRP1 (ENSMICG00000033644) IGFL1 (ENSMICG00000028260) HIF3A (ENSMICG00000016033) PPP5C (ENSMICG00000031666) PNMA8A (ENSMICG00000008321) CALM3 (ENSMICG00000028969) PTGIR (ENSMICG00000029447) GNG8 (ENSMICG00000011920) DACT3 (ENSMICG00000042964) PRKD2 (ENSMICG00000015377) STRN4 (ENSMICG00000015400) FKRP (ENSMICG00000043598) SLC1A5 (ENSMICG00000000030) AP2S1 (ENSMICG00000038528) ARHGAP35 (ENSMICG00000037921) ##22 NPAS1 (ENSMICG00000006346) TMEM160 (ENSMICG00000035539) ZC3H4 (ENSMICG00000008786) SAE1 (ENSMICG00000008807) ENSMICG00000008820 CCDC9 (ENSMICG00000008823) C5AR1 (ENSMICG00000045174) DHX34 (ENSMICG00000011585) MEIS3 (ENSMICG00000031566) SLC8A2 (ENSMICG00000030836) KPTN (ENSMICG00000026946) NAPA (ENSMICG00000011599) ZNF541 (ENSMICG00000017737) BICRA (ENSMICG00000028080) EHD2 (ENSMICG00000005571) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 568 IGFL1 (ENSPCOG00000013757) HIF3A (ENSPCOG00000022775) ENSPCOG00000019586 PNMA8A (ENSPCOG00000025636) ENSPCOG00000021687 PNMA8B (ENSPCOG00000020660) CALM3 (ENSPCOG00000017236) PTGIR (ENSPCOG00000022780) GNG8 (ENSPCOG00000014293) DACT3 (ENSPCOG00000024045) PRKD2 (ENSPCOG00000018544) STRN4 (ENSPCOG00000028165) FKRP (ENSPCOG00000008360) SLC1A5 (ENSPCOG00000024625) AP2S1 (ENSPCOG00000022192) ARHGAP35 (ENSPCOG00000015788) ##22 NPAS1 (ENSPCOG00000017882) TMEM160 (ENSPCOG00000028665) ZC3H4 (ENSPCOG00000017169) SAE1 (ENSPCOG00000018619) ENSPCOG00000019970 CCDC9 (ENSPCOG00000020816) DHX34 (ENSPCOG00000027801) MEIS3 (ENSPCOG00000024690) SLC8A2 (ENSPCOG00000023795) KPTN (ENSPCOG00000022678) NAPA (ENSPCOG00000014946) ZNF541 (ENSPCOG00000006138) BICRA (ENSPCOG00000017166) EHD2 (ENSPCOG00000010027) NOP53 (ENSPCOG00000016124) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 967 IGFL1 (ENSPSMG00000006068) HIF3A (ENSPSMG00000006129) PPP5C (ENSPSMG00000006234) PNMA8A (ENSPSMG00000006391) PNMA8C (ENSPSMG00000006395) PNMA8B (ENSPSMG00000006398) CALM3 (ENSPSMG00000006412) PTGIR (ENSPSMG00000006434) GNG8 (ENSPSMG00000006435) DACT3 (ENSPSMG00000006455) PRKD2 (ENSPSMG00000006485) STRN4 (ENSPSMG00000006556) FKRP (ENSPSMG00000006706) SLC1A5 (ENSPSMG00000006768) AP2S1 (ENSPSMG00000006938) ARHGAP35 (ENSPSMG00000007009) ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a 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ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00940000167173 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a 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ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Northern American deer mouse MODERN SPECIES Pnma8a (ENSPEMG00000006770) Pnma8b (ENSPEMG00000025557) Calm3 (ENSPEMG00000027101) Ptgir (ENSPEMG00000016407) Gng8 (ENSPEMG00000015160) Dact3 (ENSPEMG00000016882) Prkd2 (ENSPEMG00000016539) Strn4 (ENSPEMG00000008347) Fkrp (ENSPEMG00000018445) Slc1a5 (ENSPEMG00000013763) Ap2s1 (ENSPEMG00000018089) Ceacam9 (ENSPEMG00000003127) ENSPEMG00000008534 Ceacam15 (ENSPEMG00000016683) ENSPEMG00000031358 Arhgap35 (ENSPEMG00000017349) ##22 Npas1 (ENSPEMG00000014696) Tmem160 (ENSPEMG00000012479) Zc3h4 (ENSPEMG00000009762) Sae1 (ENSPEMG00000012499) Bbc3 (ENSPEMG00000014228) Ccdc9 (ENSPEMG00000015166) Inafm1 (ENSPEMG00000009541) C5ar1 (ENSPEMG00000001838) C5ar2 (ENSPEMG00000010321) Dhx34 (ENSPEMG00000017613) Meis3 (ENSPEMG00000005978) Slc8a2 (ENSPEMG00000002691) Kptn (ENSPEMG00000000792) Napa (ENSPEMG00000009721) Zfp541 (ENSPEMG00000015026) Prairie vole MODERN SPECIES 354 Stxbp5 (ENSMOCG00000020656) Samd5 (ENSMOCG00000000312) Hif3a (ENSMOCG00000019473) Ppp5c (ENSMOCG00000014089) Ccdc8 (ENSMOCG00000020660) Pnma8a (ENSMOCG00000007034) Calm3 (ENSMOCG00000008052) Ptgir (ENSMOCG00000002747) Dact3 (ENSMOCG00000013361) Prkd2 (ENSMOCG00000004684) Strn4 (ENSMOCG00000000602) Fkrp (ENSMOCG00000022172) Slc1a5 (ENSMOCG00000009762) Ap2s1 (ENSMOCG00000019574) Ceacam9 (ENSMOCG00000018285) Arhgap35 (ENSMOCG00000015867) ##22 Npas1 (ENSMOCG00000014578) Tmem160 (ENSMOCG00000016966) Zc3h4 (ENSMOCG00000006492) ENSMOCG00000016346 Bbc3 (ENSMOCG00000017283) Ccdc9 (ENSMOCG00000020124) C5ar2 (ENSMOCG00000004764) Dhx34 (ENSMOCG00000016843) Meis3 (ENSMOCG00000008970) Slc8a2 (ENSMOCG00000005717) ENSMOCG00000013711 Napa (ENSMOCG00000006244) Zfp541 (ENSMOCG00000021811) Bicra (ENSMOCG00000019348) Ehd2 (ENSMOCG00000007010) Murinae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F.c ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F.c ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b 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ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Steppe mouse MODERN SPECIES 2772 ENSMSIG00000017638 ENSMSIG00000017649 Ceacam15 (ENSMSIG00000017658) ENSMSIG00000017666 Arhgap35 (ENSMSIG00000017677) ##22 Npas1 (ENSMSIG00000017698) Tmem160 (ENSMSIG00000017740) Zc3h4 (ENSMSIG00000017751) Sae1 (ENSMSIG00000017811) ENSMSIG00000017856 Ccdc9 (ENSMSIG00000017868) C5ar1 (ENSMSIG00000017926) C5ar2 (ENSMSIG00000017934) Dhx34 (ENSMSIG00000017946) Meis3 (ENSMSIG00000018072) Slc8a2 (ENSMSIG00000018129) Kptn (ENSMSIG00000018154) Napa (ENSMSIG00000018190) Zfp541 (ENSMSIG00000018222) Bicra (ENSMSIG00000018350) spretus MODERN SPECIES 16 Ppp5c (MGP_SPRETEiJ_G0030330) Ccdc8 (MGP_SPRETEiJ_G0030329) Pnma8a (MGP_SPRETEiJ_G0030328) Pnma8b (MGP_SPRETEiJ_G0030327) Calm3 (MGP_SPRETEiJ_G0030326) Ptgir (MGP_SPRETEiJ_G0030325) Gng8 (MGP_SPRETEiJ_G0030324) Dact3 (MGP_SPRETEiJ_G0030323) Prkd2 (MGP_SPRETEiJ_G0030322) Strn4 (MGP_SPRETEiJ_G0030321) Fkrp (MGP_SPRETEiJ_G0030320) Slc1a5 (MGP_SPRETEiJ_G0030319) Ap2s1 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Ceacam9 (MGP_PahariEiJ_G0021094) Ceacam15 (MGP_PahariEiJ_G0021093) Arhgap35 (MGP_PahariEiJ_G0021092) ##22 Npas1 (MGP_PahariEiJ_G0021091) Tmem160 (MGP_PahariEiJ_G0021090) Zc3h4 (MGP_PahariEiJ_G0021089) Sae1 (MGP_PahariEiJ_G0021088) Bbc3 (MGP_PahariEiJ_G0021087) Ccdc9 (MGP_PahariEiJ_G0021086) Inafm1 (MGP_PahariEiJ_G0021085) C5ar1 (MGP_PahariEiJ_G0021084) C5ar2 (MGP_PahariEiJ_G0021083) Dhx34 (MGP_PahariEiJ_G0021082) Meis3 (MGP_PahariEiJ_G0021081) Slc8a2 (MGP_PahariEiJ_G0021080) Kptn (MGP_PahariEiJ_G0021079) Napa (MGP_PahariEiJ_G0021078) Zfp541 (MGP_PahariEiJ_G0021077) Rat MODERN SPECIES Pnma8b (ENSRNOG00000016863) Calm3 (ENSRNOG00000016770) Ptgir (ENSRNOG00000016756) Gng8 (ENSRNOG00000016701) Dact3 (ENSRNOG00000052256) Prkd2 (ENSRNOG00000016434) Strn4 (ENSRNOG00000016145) Fkrp (ENSRNOG00000016055) Slc1a5 (ENSRNOG00000015948) LOC679748 (ENSRNOG00000034106) Ap2s1 (ENSRNOG00000015865) Ceacam9 (ENSRNOG00000046915) LOC108349752 (ENSRNOG00000028617) LOC102550403 (ENSRNOG00000065825) Gng5 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ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000161006 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00390000007074 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00940000167173 ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000161006 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00390000007074 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00940000167173 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 281 ENSCLAG00000001044 PGLYRP1 (ENSCLAG00000001072) HIF3A (ENSCLAG00000001139) PPP5C (ENSCLAG00000001548) ENSCLAG00000002763 ENSCLAG00000003395 CALM3 (ENSCLAG00000003822) PTGIR (ENSCLAG00000004207) GNG8 (ENSCLAG00000004399) 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(ENSSTOG00000006963) NAPA (ENSSTOG00000006983) ZNF541 (ENSSTOG00000026879) BICRA (ENSSTOG00000028398) ENSSTOG00000011087 Alpin marmot MODERN SPECIES 45 ENSMMMG00000013847 HIF3A (ENSMMMG00000013829) PPP5C (ENSMMMG00000013822) PNMA8A (ENSMMMG00000013817) PNMA8C (ENSMMMG00000013814) CCDC8 (ENSMMMG00000013809) CALM3 (ENSMMMG00000013799) PTGIR (ENSMMMG00000013798) GNG8 (ENSMMMG00000013789) ENSMMMG00000013782 PRKD2 (ENSMMMG00000013741) STRN4 (ENSMMMG00000013698) FKRP (ENSMMMG00000013696) SLC1A5 (ENSMMMG00000013678) AP2S1 (ENSMMMG00000013659) ARHGAP35 (ENSMMMG00000013646) ##22 NPAS1 (ENSMMMG00000013606) ENSMMMG00000013602 ZC3H4 (ENSMMMG00000013587) SAE1 (ENSMMMG00000013566) CCDC9 (ENSMMMG00000013499) C5AR1 (ENSMMMG00000013493) C5AR2 (ENSMMMG00000013488) DHX34 (ENSMMMG00000013402) MEIS3 (ENSMMMG00000013369) SLC8A2 (ENSMMMG00000013339) KPTN (ENSMMMG00000013277) NAPA (ENSMMMG00000013273) ZNF541 (ENSMMMG00000013251) BICRA (ENSMMMG00000013156) EHD2 (ENSMMMG00000013147) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 8 HIF3A (ENSSVLG00005024854) PPP5C (ENSSVLG00005024922) CCDC8 (ENSSVLG00005024952) PNMA8C (ENSSVLG00005024965) PNMA8A (ENSSVLG00005024983) CALM3 (ENSSVLG00005025029) PTGIR (ENSSVLG00005010260) GNG8 (ENSSVLG00005010305) DACT3 (ENSSVLG00005010336) PRKD2 (ENSSVLG00005010378) STRN4 (ENSSVLG00005010641) FKRP (ENSSVLG00005010926) SLC1A5 (ENSSVLG00005010966) ENSSVLG00005011219 AP2S1 (ENSSVLG00005011272) ARHGAP35 (ENSSVLG00005011555) ##22 NPAS1 (ENSSVLG00005011606) TMEM160 (ENSSVLG00005011672) ZC3H4 (ENSSVLG00005011727) SAE1 (ENSSVLG00005011951) BBC3 (ENSSVLG00005012098) CCDC9 (ENSSVLG00005012213) ENSSVLG00005012324 C5AR1 (ENSSVLG00005012437) C5AR2 (ENSSVLG00005012478) DHX34 (ENSSVLG00005012498) MEIS3 (ENSSVLG00005012542) SLC8A2 (ENSSVLG00005012674) KPTN (ENSSVLG00005012899) NAPA (ENSSVLG00005012991) ZNF541 (ENSSVLG00005013491) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 135 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT00940000164310.e ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Pika MODERN SPECIES 2569 ARHGAP35 (ENSOPRG00000014834) ##22 ENSOPRG00000014860 ZC3H4 (ENSOPRG00000014889) SAE1 (ENSOPRG00000014929) ENSOPRG00000014952 Rabbit MODERN SPECIES 568 PPP5C (ENSOCUG00000021025) CCDC8 (ENSOCUG00000023898) PNMA8A (ENSOCUG00000003756) ENSOCUG00000037591 PTGIR (ENSOCUG00000026915) GNG8 (ENSOCUG00000003974) ENSOCUG00000030033 PRKD2 (ENSOCUG00000026784) STRN4 (ENSOCUG00000021418) FKRP (ENSOCUG00000000122) SLC1A5 (ENSOCUG00000009144) ENSOCUG00000039332 ARHGAP35 (ENSOCUG00000017126) ##22 NPAS1 (ENSOCUG00000016061) TMEM160 (ENSOCUG00000023097) ZC3H4 (ENSOCUG00000026069) SAE1 (ENSOCUG00000024320) BBC3 (ENSOCUG00000037839) CCDC9 (ENSOCUG00000013560) C5AR1 (ENSOCUG00000022167) C5AR2 (ENSOCUG00000025530) DHX34 (ENSOCUG00000014005) MEIS3 (ENSOCUG00000025760) ENSOCUG00000031820 KPTN (ENSOCUG00000024733) NAPA (ENSOCUG00000000967) ZNF541 (ENSOCUG00000000969) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 Common shrew MODERN SPECIES 5767 FKRP (ENSSARG00000014111) SLC1A5 (ENSSARG00000014113) ARHGAP35 (ENSSARG00000014120) ##22 NPAS1 (ENSSARG00000014127) TMEM160 (ENSSARG00000014133) ZC3H4 (ENSSARG00000014146) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Suina ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000161006 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000170636 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Chacoan peccary MODERN SPECIES 799 NANOS2 (ENSCWAG00000008461) NOVA2 (ENSCWAG00000008485) CCDC61 (ENSCWAG00000008530) PGLYRP1 (ENSCWAG00000008579) HIF3A (ENSCWAG00000008758) PPP5C (ENSCWAG00000010062) CALM3 (ENSCWAG00000010293) PTGIR (ENSCWAG00000010365) GNG8 (ENSCWAG00000010405) DACT3 (ENSCWAG00000010426) PRKD2 (ENSCWAG00000010476) STRN4 (ENSCWAG00000010545) FKRP (ENSCWAG00000010618) SLC1A5 (ENSCWAG00000010631) AP2S1 (ENSCWAG00000010683) ARHGAP35 (ENSCWAG00000010834) ##22 NPAS1 (ENSCWAG00000010905) TMEM160 (ENSCWAG00000011029) ZC3H4 (ENSCWAG00000011062) SAE1 (ENSCWAG00000011191) BBC3 (ENSCWAG00000011285) CCDC9 (ENSCWAG00000011355) INAFM1 (ENSCWAG00000011443) C5AR1 (ENSCWAG00000011461) C5AR2 (ENSCWAG00000011520) DHX34 (ENSCWAG00000011536) MEIS3 (ENSCWAG00000011591) ENSCWAG00000011922 SLC8A2 (ENSCWAG00000011951) KPTN (ENSCWAG00000012157) NAPA (ENSCWAG00000012199) Pig MODERN SPECIES 14 PGLYRP1 (ENSSSCG00000038688) ENSSSCG00000046511 HIF3A (ENSSSCG00000003101) PPP5C (ENSSSCG00000003098) ENSSSCG00000003102 CCDC8 (ENSSSCG00000033830) CALM3 (ENSSSCG00000022545) PTGIR (ENSSSCG00000026602) GNG8 (ENSSSCG00000022068) DACT3 (ENSSSCG00000022280) PRKD2 (ENSSSCG00000026152) STRN4 (ENSSSCG00000003104) FKRP (ENSSSCG00000003103) SLC1A5 (ENSSSCG00000003105) AP2S1 (ENSSSCG00000003106) ARHGAP35 (ENSSSCG00000003107) ##22 NPAS1 (ENSSSCG00000003108) TMEM160 (ENSSSCG00000003109) ZC3H4 (ENSSSCG00000003110) SAE1 (ENSSSCG00000003111) BBC3 (ENSSSCG00000003112) CCDC9 (ENSSSCG00000024240) C5AR1 (ENSSSCG00000056729) C5AR2 (ENSSSCG00000003113) DHX34 (ENSSSCG00000003114) MEIS3 (ENSSSCG00000003115) SLC8A2 (ENSSSCG00000029567) KPTN (ENSSSCG00000003121) NAPA (ENSSSCG00000003120) ZNF541 (ENSSSCG00000003119) BICRA (ENSSSCG00000022302) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a.d ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Dolphin MODERN SPECIES 1318 ARHGAP35 (ENSTTRG00000011403) ##22 NPAS1 (ENSTTRG00000011416) TMEM160 (ENSTTRG00000011428) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a.d ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a.d ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Beluga whale MODERN SPECIES 14 CCDC61 (ENSDLEG00000004090) HIF3A (ENSDLEG00000004077) PPP5C (ENSDLEG00000004066) PNMA8A (ENSDLEG00000004062) PNMA8C (ENSDLEG00000004056) CCDC8 (ENSDLEG00000004049) CALM1 (ENSDLEG00000004044) PTGIR (ENSDLEG00000004041) GNG8 (ENSDLEG00000004040) DACT3 (ENSDLEG00000004034) PRKD2 (ENSDLEG00000004024) STRN4 (ENSDLEG00000004005) FKRP (ENSDLEG00000004003) SLC1A5 (ENSDLEG00000003998) AP2S1 (ENSDLEG00000003991) ARHGAP35 (ENSDLEG00000003986) ##22 ENSDLEG00000003982 ENSDLEG00000003975 TMEM160 (ENSDLEG00000003972) ZC3H4 (ENSDLEG00000003907) SAE1 (ENSDLEG00000003883) BBC3 (ENSDLEG00000003877) CCDC9 (ENSDLEG00000003861) C5AR1 (ENSDLEG00000003857) C5AR2 (ENSDLEG00000003852) DHX34 (ENSDLEG00000003821) MEIS3 (ENSDLEG00000003805) SLC8A2 (ENSDLEG00000003792) KPTN (ENSDLEG00000003782) NAPA (ENSDLEG00000003763) ZNF541 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ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Wild yak MODERN SPECIES 1227 CCDC8 (ENSBMUG00000005377) ENSBMUG00000005372 CALM3 (ENSBMUG00000005340) PTGIR (ENSBMUG00000005300) GNG8 (ENSBMUG00000005292) ENSBMUG00000005284 PRKD2 (ENSBMUG00000005252) STRN4 (ENSBMUG00000005225) SLC1A5 (ENSBMUG00000005207) AP2S1 (ENSBMUG00000005174) ARHGAP35 (ENSBMUG00000005114) ##22 ENSBMUG00000005105 TMEM160 (ENSBMUG00000005100) ZC3H4 (ENSBMUG00000005069) SAE1 (ENSBMUG00000004945) BBC3 (ENSBMUG00000004887) CCDC9 (ENSBMUG00000004872) INAFM1 (ENSBMUG00000004859) C5AR1 (ENSBMUG00000004853) C5AR2 (ENSBMUG00000004695) DHX34 (ENSBMUG00000004684) MEIS3 (ENSBMUG00000004394) SLC8A2 (ENSBMUG00000004136) KPTN (ENSBMUG00000004112) NAPA (ENSBMUG00000004066) ZNF541 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ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 5 CCDC61 (ENSOARG00020012803) PGLYRP1 (ENSOARG00020012949) IGFL1 (ENSOARG00020012997) HIF3A (ENSOARG00020013117) PPP5C (ENSOARG00020014431) CCDC8 (ENSOARG00020014656) CALM2 (ENSOARG00020014681) PTGIR (ENSOARG00020014841) GNG8 (ENSOARG00020014962) DACT3 (ENSOARG00020015009) PRKD2 (ENSOARG00020015155) STRN4 (ENSOARG00020009995) FKRP (ENSOARG00020010516) SLC1A5 (ENSOARG00020010548) AP2S1 (ENSOARG00020010737) ARHGAP35 (ENSOARG00020011291) ##22 NPAS1 (ENSOARG00020011377) TMEM160 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(ENSCDRG00005011529) HIF3A (ENSCDRG00005011604) PPP5C (ENSCDRG00005011852) PNMA8A (ENSCDRG00005012183) PNMA8C (ENSCDRG00005012241) CCDC8 (ENSCDRG00005012268) CALM3 (ENSCDRG00005012287) PTGIR (ENSCDRG00005012366) ENSCDRG00005012438 ENSCDRG00005000209 PRKD2 (ENSCDRG00005000229) STRN4 (ENSCDRG00005000314) SLC1A5 (ENSCDRG00005000433) AP2S1 (ENSCDRG00005000547) ARHGAP35 (ENSCDRG00005000613) ##22 ENSCDRG00005000682 NPAS1 (ENSCDRG00005000700) TMEM160 (ENSCDRG00005000726) ZC3H4 (ENSCDRG00005000747) SAE1 (ENSCDRG00005000803) ENSCDRG00005000861 CCDC9 (ENSCDRG00005000886) C5AR1 (ENSCDRG00005000922) C5AR2 (ENSCDRG00005000932) DHX34 (ENSCDRG00005000955) MEIS3 (ENSCDRG00005001000) SLC8A2 (ENSCDRG00005001049) KPTN (ENSCDRG00005001072) NAPA (ENSCDRG00005001100) ZNF541 (ENSCDRG00005001169) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Caniformia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT00940000164310.e ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.d ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a.x ENSGT00940000160330 Ursus ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000009557.B.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT00940000164310.e ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.h.a ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.d ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a.x ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 American black bear MODERN SPECIES 1869 ARHGAP35 (ENSUAMG00000025827) ##22 NPAS1 (ENSUAMG00000025828) TMEM160 (ENSUAMG00000025829) Polar bear MODERN SPECIES 115 ENSUMAG00000023704 ENSUMAG00000023706 ENSUMAG00000023707 HIF3A (ENSUMAG00000023708) PPP5C (ENSUMAG00000023710) PNMA8A (ENSUMAG00000023711) PNMA8C (ENSUMAG00000023712) CCDC8 (ENSUMAG00000023713) ENSUMAG00000023715 ENSUMAG00000023716 GNG8 (ENSUMAG00000023717) PRKD2 (ENSUMAG00000023719) STRN4 (ENSUMAG00000023724) ENSUMAG00000023748 ENSUMAG00000023753 ARHGAP35 (ENSUMAG00000023756) ##22 ENSUMAG00000023763 ENSUMAG00000023768 SAE1 (ENSUMAG00000023769) CCDC9 (ENSUMAG00000023773) C5AR1 (ENSUMAG00000023780) MEIS3 (ENSUMAG00000023795) ENSUMAG00000023803 KPTN (ENSUMAG00000023806) NAPA (ENSUMAG00000023811) ENSUMAG00000023829 ENSUMAG00000023830 ENSUMAG00000023832 SELENOW (ENSUMAG00000023836) CRX (ENSUMAG00000023837) ENSUMAG00000023838 Giant Panda MODERN SPECIES 3 PGLYRP1 (ENSAMEG00000000626) ENSAMEG00000008655 HIF3A (ENSAMEG00000008615) ENSAMEG00000008577 ENSAMEG00000029960 ENSAMEG00000024067 ENSAMEG00000024569 ENSAMEG00000029734 ENSAMEG00000008560 GNG8 (ENSAMEG00000008557) ENSAMEG00000026303 PRKD2 (ENSAMEG00000008498) STRN4 (ENSAMEG00000008435) SLC1A5 (ENSAMEG00000008407) ENSAMEG00000008394 ARHGAP35 (ENSAMEG00000008374) ##22 TMEM160 (ENSAMEG00000028478) ZC3H4 (ENSAMEG00000008349) SAE1 (ENSAMEG00000008313) BBC3 (ENSAMEG00000008310) CCDC9 (ENSAMEG00000008286) C5AR2 (ENSAMEG00000019477) DHX34 (ENSAMEG00000008270) MEIS3 (ENSAMEG00000008199) SLC8A2 (ENSAMEG00000008172) KPTN (ENSAMEG00000008142) NAPA (ENSAMEG00000008104) ZNF541 (ENSAMEG00000029569) BICRA (ENSAMEG00000008090) EHD2 (ENSAMEG00000015263) NOP53 (ENSAMEG00000015214) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b American mink MODERN SPECIES 135 HIF3A (ENSNVIG00000009557) PPP5C 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ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Tiger MODERN SPECIES 36 ENSPTIG00000014036 PNMA8C (ENSPTIG00000007343) ENSPTIG00000015079 ENSPTIG00000017515 GNG8 (ENSPTIG00000017646) ENSPTIG00000017935 PRKD2 (ENSPTIG00000018488) STRN4 (ENSPTIG00000005381) SLC1A5 (ENSPTIG00000011531) ENSPTIG00000012880 ARHGAP35 (ENSPTIG00000013260) ##22 ENSPTIG00000013620 ZC3H4 (ENSPTIG00000014229) SAE1 (ENSPTIG00000016036) ENSPTIG00000016579 C5AR1 (ENSPTIG00000000446) DHX34 (ENSPTIG00000018435) MEIS3 (ENSPTIG00000019415) ENSPTIG00000011113 ENSPTIG00000012410 NAPA (ENSPTIG00000012945) ZNF541 (ENSPTIG00000014919) EHD2 (ENSPTIG00000018608) ENSPTIG00000018779 ENSPTIG00000021571 ENSPTIG00000021675 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000009557.B.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 lion MODERN SPECIES 15 ENSPLOG00000021927 ENSPLOG00000005466 HIF3A (ENSPLOG00000005534) PPP5C (ENSPLOG00000005583) PNMA8A (ENSPLOG00000005626) PNMA8C (ENSPLOG00000005649) CALM3 (ENSPLOG00000005689) PTGIR (ENSPLOG00000005755) GNG8 (ENSPLOG00000005773) DACT3 (ENSPLOG00000005799) PRKD2 (ENSPLOG00000005850) STRN4 (ENSPLOG00000006025) FKRP (ENSPLOG00000006088) ENSPLOG00000006107 AP2S1 (ENSPLOG00000006172) ARHGAP35 (ENSPLOG00000006320) ##22 NPAS1 (ENSPLOG00000006360) ENSPLOG00000006416 ZC3H4 (ENSPLOG00000006441) SAE1 (ENSPLOG00000006483) BBC3 (ENSPLOG00000006527) CCDC9 (ENSPLOG00000006569) INAFM1 (ENSPLOG00000006630) C5AR1 (ENSPLOG00000006646) C5AR2 (ENSPLOG00000006656) DHX34 (ENSPLOG00000006682) MEIS3 (ENSPLOG00000006810) SLC8A2 (ENSPLOG00000006887) KPTN (ENSPLOG00000006920) NAPA (ENSPLOG00000006967) ZNF541 (ENSPLOG00000007040) leopard MODERN SPECIES 103 HIF3A (ENSPPRG00000008307) PPP5C (ENSPPRG00000009086) ENSPPRG00000010075 PNMA8C (ENSPPRG00000015301) CCDC8 (ENSPPRG00000015314) CALM3 (ENSPPRG00000012684) PTGIR (ENSPPRG00000013057) GNG8 (ENSPPRG00000013229) DACT3 (ENSPPRG00000015373) PRKD2 (ENSPPRG00000014664) STRN4 (ENSPPRG00000015890) FKRP (ENSPPRG00000015401) SLC1A5 (ENSPPRG00000017631) ENSPPRG00000019101 AP2S1 (ENSPPRG00000022307) ARHGAP35 (ENSPPRG00000024753) ##22 NPAS1 (ENSPPRG00000023743) TMEM160 (ENSPPRG00000023643) ZC3H4 (ENSPPRG00000023272) SAE1 (ENSPPRG00000000641) BBC3 (ENSPPRG00000000897) CCDC9 (ENSPPRG00000001198) INAFM1 (ENSPPRG00000015681) C5AR1 (ENSPPRG00000015726) C5AR2 (ENSPPRG00000015739) DHX34 (ENSPPRG00000002535) MEIS3 (ENSPPRG00000003182) SLC8A2 (ENSPPRG00000003527) KPTN (ENSPPRG00000004578) NAPA (ENSPPRG00000005495) ZNF541 (ENSPPRG00000006351) Cat MODERN SPECIES 246 HIF3A (ENSFCAG00000014181) PPP5C (ENSFCAG00000014185) PNMA8A (ENSFCAG00000042861) ENSFCAG00000032430 CCDC8 (ENSFCAG00000042508) ENSFCAG00000048982 CALM3 (ENSFCAG00000004995) PTGIR (ENSFCAG00000027533) GNG8 (ENSFCAG00000042245) DACT3 (ENSFCAG00000045800) PRKD2 (ENSFCAG00000010311) STRN4 (ENSFCAG00000000782) FKRP (ENSFCAG00000024153) SLC1A5 (ENSFCAG00000005736) AP2S1 (ENSFCAG00000031554) ARHGAP35 (ENSFCAG00000004831) ##22 NPAS1 (ENSFCAG00000004833) ENSFCAG00000032417 ZC3H4 (ENSFCAG00000004835) SAE1 (ENSFCAG00000027112) BBC3 (ENSFCAG00000040792) CCDC9 (ENSFCAG00000004837) C5AR1 (ENSFCAG00000046725) C5AR2 (ENSFCAG00000043336) DHX34 (ENSFCAG00000006144) MEIS3 (ENSFCAG00000006146) SLC8A2 (ENSFCAG00000029230) KPTN (ENSFCAG00000006149) NAPA (ENSFCAG00000006151) ZNF541 (ENSFCAG00000028959) BICRA (ENSFCAG00000027050) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Equus ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Donkey MODERN SPECIES 18 HIF3A (ENSEASG00005003993) PPP5C (ENSEASG00005003995) PNMA8C (ENSEASG00005004006) CCDC8 (ENSEASG00005031475) ENSEASG00005024649 ENSEASG00005036842 CALM3 (ENSEASG00005004012) ENSEASG00005004013 ENSEASG00005004015 DACT3 (ENSEASG00005033792) PRKD2 (ENSEASG00005004020) STRN4 (ENSEASG00005004043) FKRP (ENSEASG00005024317) SLC1A5 (ENSEASG00005004062) ENSEASG00005032304 ARHGAP35 (ENSEASG00005004087) ##22 ENSEASG00005032745 ENSEASG00005004094 ENSEASG00005038114 TMEM160 (ENSEASG00005023909) ZC3H4 (ENSEASG00005004107) SAE1 (ENSEASG00005004124) ENSEASG00005035087 CCDC9 (ENSEASG00005004139) INAFM1 (ENSEASG00005030427) C5AR1 (ENSEASG00005026249) C5AR2 (ENSEASG00005025956) DHX34 (ENSEASG00005004155) MEIS3 (ENSEASG00005004166) ENSEASG00005028907 ENSEASG00005004177 Horse MODERN SPECIES 1 ENSECAG00000012503 HIF3A (ENSECAG00000020693) PPP5C (ENSECAG00000056298) CCDC8 (ENSECAG00000056835) PNMA8C (ENSECAG00000034552) PNMA8A (ENSECAG00000006115) ENSECAG00000060028 CALM3 (ENSECAG00000022442) PTGIR (ENSECAG00000023626) DACT3 (ENSECAG00000026972) PRKD2 (ENSECAG00000024775) STRN4 (ENSECAG00000002830) FKRP (ENSECAG00000010652) SLC1A5 (ENSECAG00000011637) AP2S1 (ENSECAG00000016403) ARHGAP35 (ENSECAG00000017712) ##22 NPAS1 (ENSECAG00000022513) ZC3H4 (ENSECAG00000024342) SAE1 (ENSECAG00000002087) ENSECAG00000031168 CCDC9 (ENSECAG00000008559) C5AR1 (ENSECAG00000006153) C5AR2 (ENSECAG00000006218) DHX34 (ENSECAG00000011354) MEIS3 (ENSECAG00000016791) SLC8A2 (ENSECAG00000008392) KPTN (ENSECAG00000018392) NAPA (ENSECAG00000006959) ZNF541 (ENSECAG00000019417) BICRA (ENSECAG00000030809) EHD2 (ENSECAG00000028265) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011.c ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Megabat MODERN SPECIES 668 AP2S1 (ENSPVAG00000005675) ARHGAP35 (ENSPVAG00000005679) ##22 NPAS1 (ENSPVAG00000005682) TMEM160 (ENSPVAG00000005685) ZC3H4 (ENSPVAG00000005687) SAE1 (ENSPVAG00000005690) BBC3 (ENSPVAG00000005692) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000009557.B ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011.c ENSGT00550000075007 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Microbat MODERN SPECIES 1672 ENSMLUG00000022578 ENSMLUG00000027160 ARHGAP35 (ENSMLUG00000003739) ##22 TMEM160 (ENSMLUG00000023661) ENSMLUG00000003474 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 6 ENSRFEG00010010556 IGFL1 (ENSRFEG00010010615) HIF3A (ENSRFEG00010010703) PPP5C (ENSRFEG00010011335) PNMA8C (ENSRFEG00010011452) PNMA8B (ENSRFEG00010011467) CALM3 (ENSRFEG00010011490) PTGIR (ENSRFEG00010011682) ENSRFEG00010011776 DACT3 (ENSRFEG00010011826) PRKD2 (ENSRFEG00010011924) STRN4 (ENSRFEG00010012035) FKRP (ENSRFEG00010012506) SLC1A5 (ENSRFEG00010012525) AP2S1 (ENSRFEG00010012755) ARHGAP35 (ENSRFEG00010013104) ##22 NPAS1 (ENSRFEG00010013143) TMEM160 (ENSRFEG00010013212) ZC3H4 (ENSRFEG00010013266) SAE1 (ENSRFEG00010013378) ENSRFEG00010013509 CCDC9 (ENSRFEG00010013812) ENSRFEG00010013918 C5AR1 (ENSRFEG00010013939) ENSRFEG00010013958 C5AR2 (ENSRFEG00010013977) DHX34 (ENSRFEG00010014000) MEIS3 (ENSRFEG00010014079) SLC8A2 (ENSRFEG00010014268) KPTN (ENSRFEG00010014307) NAPA (ENSRFEG00010014363) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 1229 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 Sloth MODERN SPECIES 4731 ENSCHOG00000013442 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 3940 AP2S1 (ENSDNOG00000046653) ARHGAP35 (ENSDNOG00000007757) ##22 NPAS1 (ENSDNOG00000035321) TMEM160 (ENSDNOG00000045086) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000009557.B ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000009557.B ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Elephant MODERN SPECIES 375 IGFL1 (ENSLAFG00000030746) HIF3A (ENSLAFG00000017230) PPP5C (ENSLAFG00000006728) CCDC8 (ENSLAFG00000003049) ENSLAFG00000030061 ENSLAFG00000029507 ENSLAFG00000009288 CALM3 (ENSLAFG00000001155) PTGIR (ENSLAFG00000021881) DACT3 (ENSLAFG00000000449) PRKD2 (ENSLAFG00000021718) STRN4 (ENSLAFG00000004220) FKRP (ENSLAFG00000025662) SLC1A5 (ENSLAFG00000000671) ENSLAFG00000026512 ARHGAP35 (ENSLAFG00000018311) ##22 TMEM160 (ENSLAFG00000014543) ZC3H4 (ENSLAFG00000001586) SAE1 (ENSLAFG00000001593) BBC3 (ENSLAFG00000008852) CCDC9 (ENSLAFG00000026191) C5AR1 (ENSLAFG00000023333) DHX34 (ENSLAFG00000003186) MEIS3 (ENSLAFG00000031905) KPTN (ENSLAFG00000009281) NAPA (ENSLAFG00000009284) ZNF541 (ENSLAFG00000009287) ENSLAFG00000015647 ENSLAFG00000023304 EHD2 (ENSLAFG00000029346) CRX (ENSLAFG00000007254) Hyrax MODERN SPECIES 4358 ARHGAP35 (ENSPCAG00000000715) ##22 ENSPCAG00000000784 TMEM160 (ENSPCAG00000000847) Tenrec MODERN SPECIES 5106 ARHGAP35 (ENSETEG00000009197) ##22 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 4284 ENSPMAG00000001725 ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153147 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 #7 ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161653 #10 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 342 ENSMMSG00000007068 MTX2 (ENSMMSG00000007226) HOXD1 (ENSMMSG00000007322) #7 HOXD3 (ENSMMSG00000007343) #8 HOXD4 (ENSMMSG00000007365) #9 HOXD8 (ENSMMSG00000007407) #10 HOXD9 (ENSMMSG00000007480) #11 HOXD10 (ENSMMSG00000007495) #12 HOXD11 (ENSMMSG00000007513) #13 HOXD12 (ENSMMSG00000007530) #14 HOXD13 (ENSMMSG00000007541) #15 EVX2 (ENSMMSG00000007555) #16 LNPK (ENSMMSG00000007582) #17 ENSMMSG00000007642 #20 ATF2 (ENSMMSG00000007713) #21 ENSMMSG00000008102 ##22 ENSMMSG00000008116 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 American black bear MODERN SPECIES 5634 ENSUAMG00000026272 ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 2 TRPC4 (ENSHGLG00000000330) ENSHGLG00000000363 FREM2 (ENSHGLG00000000398) STOML3 (ENSHGLG00000000438) PROSER1 (ENSHGLG00000000463) ENSHGLG00000000513 ENSHGLG00000020548 ENSHGLG00000003042 ENSHGLG00000003091 ENSHGLG00000003368 ENSHGLG00000003733 FOXO1 (ENSHGLG00000003833) ENSHGLG00000038776 ENSHGLG00000006949 SLC25A15 (ENSHGLG00000040919) ENSHGLG00000034671 ##22 ENSHGLG00000009975 VPS36 (ENSHGLG00000041622) ENSHGLG00000048252 NEK3 (ENSHGLG00000011968) ENSHGLG00000007869 ENSHGLG00000033374 ALG11 (ENSHGLG00000009232) ATP7B (ENSHGLG00000010526) ENSHGLG00000050649 ENSHGLG00000048901 CCDC70 (ENSHGLG00000019810) ENSHGLG00000039522 WDFY2 (ENSHGLG00000002396) ENSHGLG00000003056 ENSHGLG00000003862 Coelacanth MODERN SPECIES 2741 ATP5MC3 (ENSLACG00000006963) #20 ENSLACG00000004713 #21 ENSLACG00000002234 ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000154298.a.a #20 ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353 Reedfish MODERN SPECIES 16 agps (ENSECRG00000007162) nfe2l2a (ENSECRG00000007884) hnrnpa3 (ENSECRG00000007907) mtx2 (ENSECRG00000007929) ENSECRG00000007947 ENSECRG00000007959 hoxd3a (ENSECRG00000007970) #8 hoxd4a (ENSECRG00000007976) #9 ENSECRG00000007986 ENSECRG00000008002 ENSECRG00000008011 hoxd11a (ENSECRG00000008022) #13 lnpa (ENSECRG00000008030) #17 atp5mc3a (ENSECRG00000008050) #20 ATF2 (ENSECRG00000008091) #21 ENSECRG00000008152 ##22 chrna1 (ENSECRG00000008273) #23 chrna1 (ENSECRG00000008656) #23 wipf1a (ENSECRG00000008869) #24 GPR155 (ENSECRG00000008887) #25 scrn3 (ENSECRG00000008922) #26 CIR1 (ENSECRG00000008941) #27 ola1 (ENSECRG00000008966) #29 sp3a (ENSECRG00000008995) #30 ENSECRG00000009009 ENSECRG00000009023 cdca7a (ENSECRG00000009042) #31 ENSECRG00000009066 RAPGEF4 (ENSECRG00000009096) #34 ENSECRG00000009131 PDK1 (ENSECRG00000009187) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503 #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859 #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352 #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353.a Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.f #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352.f.a #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00940000159606 ENSGT00940000158239.a.b.a ENSGT00940000172395 ENSGT00940000154319.c.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00390000013916 ENSGT00390000005530.a.a.l ENSGT00950000183046.a.a.gb ENSGT00940000156449.d ENSGT00980000199010 ENSGT00510000047718.c.a ENSGT00950000182895.a.b.u.a ENSGT00390000004977.d.b ENSGT00940000164909.d ENSGT00950000182942.a.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296.b #24 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304.b #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a.k #34 ENSGT00940000164127.b ENSGT01030000234646.B.a.a.b.f ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127.e ENSGT00940000160029.b ENSGT00940000157735 ENSGT00940000155963.e.a Asian bonytongue MODERN SPECIES 13 cycsb (ENSSFOG00015001939) ENSSFOG00015001871 agps (ENSSFOG00015028351) nfe2l2a (ENSSFOG00015001827) hnrnpa3 (ENSSFOG00015001814) hoxd3a (ENSSFOG00015001794) #8 hoxd4a (ENSSFOG00015001803) #9 hoxd9a (ENSSFOG00015001780) #11 hoxd10a (ENSSFOG00015001740) #12 hoxd11a (ENSSFOG00015001728) #13 hoxd12a (ENSSFOG00015030881) #14 evx2 (ENSSFOG00015026350) #16 LNPK (ENSSFOG00015027388) #17 atp5mc3a (ENSSFOG00015001666) ##20 ATF2 (ENSSFOG00015001611) #21 ENSSFOG00015001599 ##22 chrna1 (ENSSFOG00015001557) #23 wipf1a (ENSSFOG00015001460) #24 GPR155 (ENSSFOG00015001445) #25 scrn3 (ENSSFOG00015001436) #26 sp9 (ENSSFOG00015032507) #28 SP3 (ENSSFOG00015001390) #30 cdca7a (ENSSFOG00015001326) #31 ENSSFOG00015001261 RAPGEF4 (ENSSFOG00015001161) #34 ENSSFOG00015001152 ITGA6 (ENSSFOG00015001051) DLX2 (ENSSFOG00015032680) dlx1a (ENSSFOG00015030518) hat1 (ENSSFOG00015000974) slc25a12 (ENSSFOG00015000885) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 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ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 495 agps (ENSHCOG00000000795) nfe2l2a (ENSHCOG00000009951) HNRNPA3 (ENSHCOG00000000313) hoxd3a (ENSHCOG00000009973) #8 hoxd4a (ENSHCOG00000009984) #9 hoxd9a (ENSHCOG00000009986) #11 hoxd10a (ENSHCOG00000009994) #12 hoxd11a (ENSHCOG00000009999) #13 hoxd12a (ENSHCOG00000010003) #14 evx2 (ENSHCOG00000010011) #16 lnpa (ENSHCOG00000010016) #17 ENSHCOG00000010035 ATF2 (ENSHCOG00000010063) #21 CHN1 (ENSHCOG00000010081) ##22 CHRNA1 (ENSHCOG00000010102) #23 GPR155 (ENSHCOG00000010153) #25 scrn3 (ENSHCOG00000010226) #26 CIR1 (ENSHCOG00000010261) #27 sp9 (ENSHCOG00000010277) #28 sp3a (ENSHCOG00000010295) #30 cdca7a (ENSHCOG00000010316) #31 ENSHCOG00000010364 RAPGEF4 (ENSHCOG00000010417) #34 ENSHCOG00000010435 PDK1 (ENSHCOG00000010494) ENSHCOG00000010505 ENSHCOG00000010525 dlx2b (ENSHCOG00000010542) dlx1a (ENSHCOG00000010561) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000157883.a.b.f.qb ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157883.a.b.f.qb ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1623 HNRNPA3 (ENSNFUG00015023301) ENSNFUG00015023302 ENSNFUG00015023304 HOXD3A (ENSNFUG00015023307) #8 hoxd4a (ENSNFUG00015023309) #9 hoxd9a (ENSNFUG00015023312) #11 hoxd10a (ENSNFUG00015023313) #12 hoxd11a (ENSNFUG00015023314) #13 hoxd12a (ENSNFUG00015023315) #14 EVX2 (ENSNFUG00015023319) #16 LNPA (ENSNFUG00015023321) #17 ENSNFUG00015023348 ATP5G3A (ENSNFUG00015023349) ATF2 (ENSNFUG00015023352) #21 ENSNFUG00015023356 CHN1 (ENSNFUG00015023359) ##22 GPR155A (ENSNFUG00015023367) #25 SCRN3 (ENSNFUG00015023388) #26 CIR1 (ENSNFUG00015023391) #27 SP9 (ENSNFUG00015023394) #28 OLA1 (ENSNFUG00015023399) ##29 SP3A (ENSNFUG00015023413) #30 CDCA7A (ENSNFUG00015023419) #31 ENSNFUG00015023422 RAPGEF4 (ENSNFUG00015023430) #34 Nfu_g_1_017731 (ENSNFUG00015023483) NUP62L (ENSNFUG00015023502) ITGA6A (ENSNFUG00015023504) DLX2A (ENSNFUG00015023590) DLX1A (ENSNFUG00015023592) HAT1 (ENSNFUG00015023596) Mangrove rivulus MODERN SPECIES 66 OSBPL6 (ENSKMAG00000016168) cycsb (ENSKMAG00000016145) ENSKMAG00000016087 agps (ENSKMAG00000016024) nfe2l2a (ENSKMAG00000015997) hnrnpa3 (ENSKMAG00000015973) hoxd4a (ENSKMAG00000015964) #9 hoxd3a (ENSKMAG00000015943) #8 hoxd9a (ENSKMAG00000015921) #11 hoxd10a (ENSKMAG00000015911) #12 hoxd11a (ENSKMAG00000015906) #13 hoxd12a (ENSKMAG00000015886) #14 lnpa (ENSKMAG00000015869) #17 ENSKMAG00000015845 ATF2 (ENSKMAG00000015781) #21 CHN1 (ENSKMAG00000015731) ##22 GPR155 (ENSKMAG00000015700) #25 scrn3 (ENSKMAG00000015666) #26 CIR1 (ENSKMAG00000015637) #27 sp9 (ENSKMAG00000015619) #28 OLA1 (ENSKMAG00000015578) ##29 sp3a (ENSKMAG00000015552) #30 cdca7a (ENSKMAG00000015526) #31 ENSKMAG00000015489 RAPGEF4 (ENSKMAG00000015429) #34 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157883.a.b.f.qb ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000161352.f.a #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 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ENSOSIG00000000219 ATF2 (ENSOSIG00000000188) #21 CHN1 (ENSOSIG00000023518) ##22 CHRNA1 (ENSOSIG00000023517) #23 GPR155 (ENSOSIG00000023514) #25 scrn3 (ENSOSIG00000023512) #26 CIR1 (ENSOSIG00000023510) #27 sp9 (ENSOSIG00000023509) #28 OLA1 (ENSOSIG00000023496) ##29 sp3a (ENSOSIG00000023470) #30 cdca7a (ENSOSIG00000023467) #31 ENSOSIG00000023466 RAPGEF4 (ENSOSIG00000023340) #34 ENSOSIG00000023240 PDK1 (ENSOSIG00000023172) ENSOSIG00000023155 ITGA6 (ENSOSIG00000023151) dlx2b (ENSOSIG00000023141) Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 13 cycsb (ENSORLG00000027899) ENSORLG00000024999 agps (ENSORLG00000017577) nfe2l2a (ENSORLG00000017568) hnrnpa3 (ENSORLG00000017561) hoxd3a (ENSORLG00000017546) #8 hoxd4a (ENSORLG00000017548) #9 hoxd9a (ENSORLG00000017540) #12 hoxd11a (ENSORLG00000017538) #13 hoxd12a (ENSORLG00000017536) #14 evx2 (ENSORLG00000017534) #16 lnpa (ENSORLG00000017531) #17 ENSORLG00000029959 ENSORLG00000022474 ATF2 (ENSORLG00000017522) #21 CHN1 (ENSORLG00000017518) ##22 CHRNA1 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Zebra mbuna MODERN SPECIES 1098 ENSMZEG00005004557 ENSMZEG00005004570 agps (ENSMZEG00005004577) nfe2l2a (ENSMZEG00005004652) hnrnpa3 (ENSMZEG00005004663) hoxd3a (ENSMZEG00005004686) #8 hoxd4a (ENSMZEG00005004708) #9 hoxd9a (ENSMZEG00005004755) #11 hoxd10a (ENSMZEG00005004758) #12 hoxd11a (ENSMZEG00005004769) #13 hoxd12a (ENSMZEG00005004776) #14 evx2 (ENSMZEG00005004784) #16 lnpa (ENSMZEG00005004801) #17 ENSMZEG00005004810 ATF2 (ENSMZEG00005004846) #21 ENSMZEG00005004874 ##22 CHRNA1 (ENSMZEG00005004898) #23 GPR155 (ENSMZEG00005004929) #25 scrn3 (ENSMZEG00005004965) #26 CIR1 (ENSMZEG00005004982) #27 sp9 (ENSMZEG00005004992) #28 OLA1 (ENSMZEG00005005008) ##29 sp3a (ENSMZEG00005005039) #30 cdca7a (ENSMZEG00005005048) #31 ENSMZEG00005005065 RAPGEF4 (ENSMZEG00005005135) #34 ENSMZEG00005005208 PDK1 (ENSMZEG00005005243) NUP62 (ENSMZEG00005005282) ITGA6 (ENSMZEG00005005298) dlx2b (ENSMZEG00005005347) Lyretail cichlid MODERN SPECIES 303 cycsb (ENSNBRG00000010901) ENSNBRG00000010922 agps 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#9 hoxd9a (ENSACIG00000020595) #11 hoxd10a (ENSACIG00000020621) #12 hoxd11a (ENSACIG00000020645) #13 hoxd12a (ENSACIG00000020660) #14 evx2 (ENSACIG00000020665) #16 lnpa (ENSACIG00000000204) #17 ENSACIG00000000388 ATF2 (ENSACIG00000000401) #21 CHN1 (ENSACIG00000000442) ##22 CHRNA1 (ENSACIG00000000472) #23 GPR155 (ENSACIG00000000582) #25 scrn3 (ENSACIG00000000611) #26 CIR1 (ENSACIG00000000633) #27 sp9 (ENSACIG00000000665) #28 OLA1 (ENSACIG00000000692) ##29 sp3a (ENSACIG00000000727) #30 cdca7a (ENSACIG00000000769) #31 ENSACIG00000000801 RAPGEF4 (ENSACIG00000000843) #34 ENSACIG00000000920 PDK1 (ENSACIG00000000972) NUP62 (ENSACIG00000001003) ITGA6 (ENSACIG00000001038) dlx2b (ENSACIG00000001103) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 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ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Seriola ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Greater amberjack MODERN SPECIES 21 cycsb (ENSSDUG00000000582) ENSSDUG00000000510 agps (ENSSDUG00000000434) nfe2l2a (ENSSDUG00000000407) hnrnpa3 (ENSSDUG00000000381) hoxd3a (ENSSDUG00000000363) #8 hoxd4a (ENSSDUG00000000306) #9 hoxd9a (ENSSDUG00000000299) #11 hoxd10a 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lnpa (ENSSLDG00000018850) #17 ENSSLDG00000018828 ATF2 (ENSSLDG00000018768) #21 ENSSLDG00000018722 ##22 CHRNA1 (ENSSLDG00000018697) #23 GPR155 (ENSSLDG00000018668) #25 scrn3 (ENSSLDG00000018646) #26 CIR1 (ENSSLDG00000018620) #27 sp9 (ENSSLDG00000018604) #28 OLA1 (ENSSLDG00000018580) ##29 sp3a (ENSSLDG00000018541) #30 Barramundi perch DUPLICATION Barramundi perch MODERN SPECIES 64 cycsb (ENSLCAG00010016816) ENSLCAG00010016753 agps (ENSLCAG00010016351) nfe2l2a (ENSLCAG00010016249) HNRNPA3 (ENSLCAG00010016245) hoxd3a (ENSLCAG00010016238) #8 hoxd4a (ENSLCAG00010016232) #9 hoxd9a (ENSLCAG00010016229) #11 hoxd10a (ENSLCAG00010016226) #12 hoxd11a (ENSLCAG00010016223) #13 hoxd12a (ENSLCAG00010016220) #14 evx2 (ENSLCAG00010016217) #16 lnpa (ENSLCAG00010016215) #17 ENSLCAG00010016190 ATF2 (ENSLCAG00010016171) #21 ENSLCAG00010016163 ##22 CHRNA1 (ENSLCAG00010016148) #23 GPR155 (ENSLCAG00010016029) #25 scrn3 (ENSLCAG00010015988) #26 CIR1 (ENSLCAG00010015983) #27 sp9 (ENSLCAG00010015980) #28 OLA1 (ENSLCAG00010015840) ##29 sp3a (ENSLCAG00010015799) #30 Barramundi perch MODERN SPECIES 1739 ENSLCAG00010025454 ##22 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Tongue sole MODERN SPECIES 7 dnajc15 (ENSCSEG00000005668) sestd1 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Climbing perch MODERN SPECIES 12 ENSATEG00000015064 ENSATEG00000015193 agps (ENSATEG00000015253) nfe2l2a (ENSATEG00000015291) hnrnpa3 (ENSATEG00000015304) hoxd3a (ENSATEG00000015328) #8 hoxd4a (ENSATEG00000026293) #9 hoxd9a (ENSATEG00000015352) #11 hoxd10a (ENSATEG00000015361) #12 hoxd11a (ENSATEG00000015366) #13 hoxd12a (ENSATEG00000015376) #14 evx2 (ENSATEG00000015390) #16 lnpa (ENSATEG00000015400) #17 ENSATEG00000029057 ATF2 (ENSATEG00000015430) #21 ENSATEG00000026639 ##22 CHRNA1 (ENSATEG00000015509) #23 GPR155 (ENSATEG00000015655) #25 scrn3 (ENSATEG00000015681) #26 CIR1 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(ENSMAMG00000005778) #34 ENSMAMG00000005735 PDK1 (ENSMAMG00000005692) ENSMAMG00000005685 ITGA6 (ENSMAMG00000005598) DLX2 (ENSMAMG00000005517) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 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ENSLBEG00000016229 CIR1 (ENSLBEG00000016214) #27 sp9 (ENSLBEG00000016192) #28 OLA1 (ENSLBEG00000016137) ##29 sp3a (ENSLBEG00000016090) #30 cdca7a (ENSLBEG00000016051) #31 ENSLBEG00000015964 ENSLBEG00000015894 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 European seabass MODERN SPECIES 5 ENSDLAG00005029869 ENSDLAG00005006250 agps (ENSDLAG00005004780) nfe2l2a (ENSDLAG00005004683) hnrnpa3 (ENSDLAG00005004602) hoxd3a (ENSDLAG00005004581) #8 hoxd4a (ENSDLAG00005031082) #9 hoxd9a (ENSDLAG00005034881) #11 hoxd10a (ENSDLAG00005004554) #12 hoxd11a (ENSDLAG00005004534) #13 hoxd12a (ENSDLAG00005004530) #14 evx2 (ENSDLAG00005004514) #16 lnpa (ENSDLAG00005004438) #17 ENSDLAG00005029965 ATF2 (ENSDLAG00005026266) #21 ENSDLAG00005026265 ##22 CHRNA1 (ENSDLAG00005026264) #23 GPR155 (ENSDLAG00005026260) #25 scrn3 (ENSDLAG00005026258) #26 ENSDLAG00005028412 sp9 (ENSDLAG00005026255) #28 OLA1 (ENSDLAG00005026253) ##29 sp3a (ENSDLAG00005026252) #30 cdca7a (ENSDLAG00005026250) #31 ENSDLAG00005026246 RAPGEF4 (ENSDLAG00005026211) #34 ENSDLAG00005026192 ENSDLAG00005026179 PDK1 (ENSDLAG00005026186) ITGA6 (ENSDLAG00005026150) DLX2 (ENSDLAG00005031942) Large yellow croaker MODERN SPECIES 490 cycsb (ENSLCRG00005020377) ENSLCRG00005020375 agps (ENSLCRG00005019201) nfe2l2a (ENSLCRG00005019184) hnrnpa3 (ENSLCRG00005019181) hoxd4a (ENSLCRG00005019180) #9 hoxd9a (ENSLCRG00005019178) #11 hoxd10a (ENSLCRG00005019177) #12 hoxd11a (ENSLCRG00005019175) #13 evx2 (ENSLCRG00005019172) #16 hoxd3a (ENSLCRG00005019169) #8 hoxd12a (ENSLCRG00005019167) #14 lnpa (ENSLCRG00005019163) #17 ENSLCRG00005019153 ATF2 (ENSLCRG00005019149) #21 ENSLCRG00005019146 ##22 CHRNA1 (ENSLCRG00005018845) #23 GPR155 (ENSLCRG00005018468) #25 ENSLCRG00005018462 #26 scrn3 (ENSLCRG00005018461) #26 CIR1 (ENSLCRG00005018460) #27 sp9 (ENSLCRG00005018458) #28 OLA1 (ENSLCRG00005018455) ##29 sp3a (ENSLCRG00005018452) #30 cdca7a (ENSLCRG00005018450) #31 ENSLCRG00005018449 RAPGEF4 (ENSLCRG00005017753) #34 ENSLCRG00005017712 PDK1 (ENSLCRG00005017618) ENSLCRG00005017615 ITGA6 (ENSLCRG00005017549) Gilthead seabream MODERN SPECIES 23 CYCS (ENSSAUG00010024700) ENSSAUG00010024705 agps (ENSSAUG00010024711) nfe2l2a (ENSSAUG00010024752) hnrnpa3 (ENSSAUG00010024754) hoxd3a (ENSSAUG00010024756) #8 hoxd4a (ENSSAUG00010024757) #9 hoxd9a (ENSSAUG00010024758) #11 hoxd10a (ENSSAUG00010024759) #12 hoxd11a (ENSSAUG00010024760) #13 hoxd12a (ENSSAUG00010024761) #14 evx2 (ENSSAUG00010024762) #16 lnpa (ENSSAUG00010024764) #17 ATP5G1 (ENSSAUG00010024766) ATF2 (ENSSAUG00010024770) #21 ENSSAUG00010024771 ##22 CHRNA1 (ENSSAUG00010024777) #23 GPR155 (ENSSAUG00010024911) #25 scrn3 (ENSSAUG00010025027) #26 CIR1 (ENSSAUG00010025030) #27 sp9 (ENSSAUG00010025031) #28 OLA1 (ENSSAUG00010025035) ##29 sp3a (ENSSAUG00010025109) #30 cdca7a (ENSSAUG00010025110) #31 ENSSAUG00010025111 RAPGEF4 (ENSSAUG00010025121) #34 ENSSAUG00010025335 PDK1 (ENSSAUG00010025367) NUP62 (ENSSAUG00010025610) ITGA6 (ENSSAUG00010025621) dlx2b (ENSSAUG00010026077) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Stickleback MODERN SPECIES 16 OSBPL6 (ENSGACG00000004410) ENSGACG00000004421 agps (ENSGACG00000004444) nfe2l2a (ENSGACG00000004470) hnrnpa3 (ENSGACG00000004477) hoxd3a (ENSGACG00000004548) #8 hoxd4a (ENSGACG00000004551) #9 hoxd9a (ENSGACG00000004556) #11 hoxd10a (ENSGACG00000004564) #12 hoxd11a (ENSGACG00000004569) #13 hoxd12a (ENSGACG00000004574) #14 evx2 (ENSGACG00000004579) #16 lnpa (ENSGACG00000004584) #17 ENSGACG00000004591 ATF2 (ENSGACG00000004600) #21 CHN1 (ENSGACG00000004616) ##22 CHRNA1 (ENSGACG00000004638) #23 GPR155 (ENSGACG00000004687) #25 scrn3 (ENSGACG00000004721) #26 CIR1 (ENSGACG00000004749) #27 sp9 (ENSGACG00000004757) #28 OLA1 (ENSGACG00000004760) ##29 sp3a (ENSGACG00000004770) #30 cdca7a (ENSGACG00000004774) #31 ENSGACG00000004790 RAPGEF4 (ENSGACG00000004808) #34 ENSGACG00000004831 PDK1 (ENSGACG00000004843) NUP62 (ENSGACG00000004883) ITGA6 (ENSGACG00000004887) dlx2b (ENSGACG00000004914) Lumpfish MODERN SPECIES 13 ENSCLMG00005021004 ENSCLMG00005021005 agps (ENSCLMG00005021014) nfe2l2a (ENSCLMG00005021034) hnrnpa3 (ENSCLMG00005021035) hoxd3a (ENSCLMG00005021036) #8 hoxd4a (ENSCLMG00005021037) #9 hoxd9a (ENSCLMG00005021038) #11 hoxd10a (ENSCLMG00005021039) #12 hoxd11a (ENSCLMG00005021040) #13 hoxd12a (ENSCLMG00005021041) #14 evx2 (ENSCLMG00005021042) #16 lnpa (ENSCLMG00005021044) #17 ENSCLMG00005021047 ATF2 (ENSCLMG00005021049) #21 ENSCLMG00005021050 ##22 CHRNA1 (ENSCLMG00005021051) #23 GPR155 (ENSCLMG00005021053) #25 scrn3 (ENSCLMG00005021066) #26 CIR1 (ENSCLMG00005021067) #27 sp9 (ENSCLMG00005021068) #28 OLA1 (ENSCLMG00005021069) ##29 sp3a (ENSCLMG00005021071) #30 ENSCLMG00005021072 cdca7a (ENSCLMG00005021073) #31 ENSCLMG00005021075 RAPGEF4 (ENSCLMG00005021079) #34 ENSCLMG00005021084 PDK1 (ENSCLMG00005021092) NUP62 (ENSCLMG00005021120) ENSCLMG00005021121 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127 Pike perch MODERN SPECIES 1 cycsb (ENSSLUG00000010048) ENSSLUG00000010056 agps (ENSSLUG00000010199) nfe2l2a (ENSSLUG00000013061) HNRNPA1L3 (ENSSLUG00000013067) #33 hoxd3a (ENSSLUG00000013082) #8 hoxd4a (ENSSLUG00000013085) #9 hoxd9a (ENSSLUG00000013092) #11 hoxd10a (ENSSLUG00000013095) #12 hoxd11a (ENSSLUG00000013098) #13 hoxd12a (ENSSLUG00000013103) #14 evx2 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ENSCGOG00000012529 ATF2 (ENSCGOG00000012558) #21 CHN1 (ENSCGOG00000012562) ##22 CHRNA1 (ENSCGOG00000012576) #23 GPR155 (ENSCGOG00000012639) #25 scrn3 (ENSCGOG00000012751) #26 CIR1 (ENSCGOG00000012769) #27 sp9 (ENSCGOG00000012811) #28 OLA1 (ENSCGOG00000012817) ##29 sp3a (ENSCGOG00000012843) #30 cdca7a (ENSCGOG00000012852) #31 ENSCGOG00000012861 RAPGEF4 (ENSCGOG00000013211) #34 ENSCGOG00000013637 PDK1 (ENSCGOG00000013729) NUP62 (ENSCGOG00000015449) ITGA6 (ENSCGOG00000015454) dlx2b (ENSCGOG00000015533) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 13 cycsb (ENSMMDG00005021133) ENSMMDG00005021126 agps (ENSMMDG00005018127) nfe2l2a (ENSMMDG00005018097) hnrnpa3 (ENSMMDG00005018093) hoxd3a (ENSMMDG00005018092) #8 hoxd4a (ENSMMDG00005018091) #9 hoxd9a (ENSMMDG00005018089) #11 hoxd10a (ENSMMDG00005018088) #12 hoxd11a (ENSMMDG00005018087) #13 hoxd12a (ENSMMDG00005018086) #14 evx2 (ENSMMDG00005018084) #16 lnpa (ENSMMDG00005018082) #17 ENSMMDG00005018076 ATF2 (ENSMMDG00005018070) #21 ENSMMDG00005018052 ##22 CHRNA1 (ENSMMDG00005018050) #23 GPR155 (ENSMMDG00005018047) #25 scrn3 (ENSMMDG00005018044) #26 CIR1 (ENSMMDG00005018042) #27 sp9 (ENSMMDG00005018039) #28 OLA1 (ENSMMDG00005017812) ##29 sp3a (ENSMMDG00005017809) #30 cdca7a (ENSMMDG00005017808) #31 ENSMMDG00005017779 RAPGEF4 (ENSMMDG00005017775) #34 ENSMMDG00005017773 PDK1 (ENSMMDG00005017644) ENSMMDG00005017639 ITGA6 (ENSMMDG00005017274) dlx2b (ENSMMDG00005017250) Cod MODERN SPECIES 12 ENSGMOG00000004113 agps (ENSGMOG00000004161) ENSGMOG00000030426 nfe2l2a (ENSGMOG00000004196) HNRNPA3 (ENSGMOG00000004230) hoxd3a (ENSGMOG00000037192) #8 hoxd4a (ENSGMOG00000023531) #9 hoxd9a (ENSGMOG00000024253) #11 hoxd10a (ENSGMOG00000028708) #12 hoxd11a (ENSGMOG00000004301) #13 hoxd12a (ENSGMOG00000024373) #14 evx2 (ENSGMOG00000036423) #16 lnpa (ENSGMOG00000004346) #17 atp5mc3a (ENSGMOG00000004380) ##20 ATF2 (ENSGMOG00000004396) #21 CHN1 (ENSGMOG00000036951) ##22 CHRNA1 (ENSGMOG00000004453) #23 GPR155 (ENSGMOG00000004473) #25 scrn3 (ENSGMOG00000004519) #26 CIR1 (ENSGMOG00000004548) #27 sp9 (ENSGMOG00000004590) #28 ENSGMOG00000027673 ##34 ENSGMOG00000002065 PDK1 (ENSGMOG00000002103) ENSGMOG00000031661 ITGA6 (ENSGMOG00000002164) DLX2 (ENSGMOG00000037166) dlx1a (ENSGMOG00000002250) hat1 (ENSGMOG00000002262) ENSGMOG00000029758 ENSGMOG00000023386 Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a ##22 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 449 ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.b ENSGT00950000182892.a.a.b.d ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f #17 ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ##22 ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.vb.a ENSGT00940000156564.b.c.b ENSGT00390000006347.b ENSGT00940000161024.b ENSGT00940000161407.b.c ENSGT00860000133881.l ENSGT00940000155696.ub.e ENSGT01100000263563.c.a.b.f Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.b ENSGT00950000182892.a.a.b.d ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f #17 ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ##22 ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.wb ENSGT00940000156564.b.c.b ENSGT00390000006347.b.a ENSGT00940000161024.b ENSGT00940000161407.b.c ENSGT00860000133881.l ENSGT00940000155696.ub.e ENSGT01100000263563.c.a.b.f Salmo ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.b ENSGT00950000182892.a.a.b.d ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f #17 ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ##22 ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.wb ENSGT00940000156564.b.c.b ENSGT00390000006347.b.a ENSGT00940000161024.b ENSGT00940000161407.b.c ENSGT00860000133881.k.b ENSGT00940000155696.ub.e ENSGT01100000263563.c.a.b.f River trout MODERN SPECIES 32 zc3h15 (ENSSTUG00000042106) rbm45 (ENSSTUG00000042057) cycsb (ENSSTUG00000042031) nfe2l2a (ENSSTUG00000042007) mtx2 (ENSSTUG00000041772) ENSSTUG00000041751 lnpk (ENSSTUG00000041618) #17 atp5mc3b (ENSSTUG00000041583) ENSSTUG00000041302 ##22 ENSSTUG00000041279 nckap1 (ENSSTUG00000039584) dusp19b (ENSSTUG00000039510) ppp1r1c (ENSSTUG00000039496) neurod1 (ENSSTUG00000039485) ENSSTUG00000039453 znf385b (ENSSTUG00000039440) plekha3 (ENSSTUG00000049416) ankrd10a (ENSSTUG00000049413) CARS2 (ENSSTUG00000049001) rab20 (ENSSTUG00000048977) irs2a (ENSSTUG00000048974) lig4 (ENSSTUG00000048970) NALF1 (ENSSTUG00000048968) cckbra (ENSSTUG00000048965) Atlantic salmon MODERN SPECIES 8 ENSSSAG00000083616 sema3e (ENSSSAG00000093380) sema3ab (ENSSSAG00000088799) zc3hf (ENSSSAG00000056593) ENSSSAG00000096560 ENSSSAG00000104947 ENSSSAG00000099826 ENSSSAG00000094195 ENSSSAG00000113645 cycsb (ENSSSAG00000007248) ENSSSAG00000007251 mtx2 (ENSSSAG00000007259) lnpk (ENSSSAG00000007280) #17 AT5G3 (ENSSSAG00000007320) ENSSSAG00000055202 ##22 ENSSSAG00000007345 ##22 ENSSSAG00000007417 ENSSSAG00000007488 ENSSSAG00000108732 ENSSSAG00000107573 ENSSSAG00000101890 ENSSSAG00000025750 ENSSSAG00000026988 ENSSSAG00000027337 ankrd10a (ENSSSAG00000111913) ENSSSAG00000028027 irs2a (ENSSSAG00000038669) lig4 (ENSSSAG00000038712) fam155a (ENSSSAG00000038793) ENSSSAG00000085820 cckbra (ENSSSAG00000113503) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT01100000263495.A.a.b.b.a.a.b.b.b.b.b.b.b.b.b.a.b ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.b ENSGT00950000182892.a.a.b.d ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f.c.a #17 ENSGT00940000154298.b.a.b ##20 ENSGT00390000001859.f.d #17 ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ##22 ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.wb.a ENSGT00940000156564.b.c.b ENSGT00390000006347.b.a ENSGT00940000161024.b ENSGT00940000161407.b.c ENSGT00860000133881.l ENSGT00940000155696.ub.e ENSGT01100000263563.c.a.b.f Rainbow trout MODERN SPECIES 28 ENSOMYG00000017602 ENSOMYG00000023150 ENSOMYG00000068547 ENSOMYG00000057021 ENSOMYG00000062338 ENSOMYG00000074321 ENSOMYG00000052912 ENSOMYG00000017583 ENSOMYG00000017556 ENSOMYG00000017526 ENSOMYG00000017516 ENSOMYG00000017484 ENSOMYG00000017443 #17 ENSOMYG00000017436 ENSOMYG00000017385 ##20 ENSOMYG00000017138 ##22 ENSOMYG00000017100 ENSOMYG00000016482 ENSOMYG00000016430 ENSOMYG00000016213 ENSOMYG00000056074 NEUROD1 (ENSOMYG00000016205) ENSOMYG00000015500 ENSOMYG00000015413 ENSOMYG00000015395 ENSOMYG00000015389 ENSOMYG00000010000 CARS2 (ENSOMYG00000014207) ENSOMYG00000076140 irs2a (ENSOMYG00000014046) lig4 (ENSOMYG00000014039) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000162179.e.a.a.i.b.b.b.a.b.a.a.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153582.a.m.a.a.b.b.b.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000153582.a.m.a.a.b.b.b.b.b.a.b.a.a.a.a.b.b.a.b.b.b ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.b ENSGT00950000182892.a.a.b.d ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f.c.a #17 ENSGT00940000154298.b.a.b ##20 ENSGT00390000001859.f.d #17 ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ##22 ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.wb.a ENSGT00940000156564.b.c.b ENSGT00390000006347.b.a ENSGT00940000161024.b ENSGT00940000161407.b.c ENSGT00860000133881.l ENSGT00940000155696.ub.e ENSGT01100000263563.c.a.b.f Coho salmon MODERN SPECIES 25 ENSOKIG00005020290 ENSOKIG00005029795 ENSOKIG00005029784 ENSOKIG00005029775 ENSOKIG00005029769 ENSOKIG00005029756 ENSOKIG00005029746 ENSOKIG00005029719 ZC3H15 (ENSOKIG00005029703) RBM45 (ENSOKIG00005029645) cycsb (ENSOKIG00005029620) ENSOKIG00005029608 mtx2 (ENSOKIG00005029590) lnpk (ENSOKIG00005029543) #17 atp5mc3b (ENSOKIG00005029486) ENSOKIG00005029320 ##22 ENSOKIG00005029248 ENSOKIG00005029233 NCKAP1 (ENSOKIG00005026774) dusp19b (ENSOKIG00005026615) ppp1r1c (ENSOKIG00005026609) neurod1 (ENSOKIG00005026601) ENSOKIG00005026481 ZNF385B (ENSOKIG00005026416) plekha3 (ENSOKIG00005026400) ANKRD10 (ENSOKIG00005026393) CARS2 (ENSOKIG00005025734) RAB20 (ENSOKIG00005025663) irs2a (ENSOKIG00005025648) NALF1 (ENSOKIG00005025634) cckbra (ENSOKIG00005025624) Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon MODERN SPECIES 36 NELL1 (ENSOTSG00005046864) ENSOTSG00005046866 ENSOTSG00005046867 ENSOTSG00005046868 ENSOTSG00005046869 ENSOTSG00005046870 ENSOTSG00005046871 ENSOTSG00005018884 ENSOTSG00005018885 zc3h15 (ENSOTSG00005018886) rbm45 (ENSOTSG00005018888) nfe2l2a (ENSOTSG00005018904) mtx2 (ENSOTSG00005018905) ENSOTSG00005018907 #17 atp5mc3b (ENSOTSG00005018908) ENSOTSG00005018918 ##22 ENSOTSG00005019022 nckap1 (ENSOTSG00005019062) dusp19b (ENSOTSG00005019963) ppp1r1c (ENSOTSG00005019964) neurod1 (ENSOTSG00005019965) ENSOTSG00005019966 znf385b (ENSOTSG00005019969) plekha3 (ENSOTSG00005019971) ankrd10a (ENSOTSG00005019974) CARS2 (ENSOTSG00005019981) rab20 (ENSOTSG00005022367) irs2a (ENSOTSG00005022375) lig4 (ENSOTSG00005022376) NALF1 (ENSOTSG00005022377) cckbra (ENSOTSG00005022378) Chinook salmon MODERN SPECIES 12 ankra2 (ENSOTSG00005036911) ARHGEF28 (ENSOTSG00005036917) ENSOTSG00005036918 ENSOTSG00005036921 ENSOTSG00005036925 ENSOTSG00005036926 ENSOTSG00005036927 ENSOTSG00005036928 ENSOTSG00005036929 zc3h15 (ENSOTSG00005036930) rbm45 (ENSOTSG00005036931) nfe2l2a (ENSOTSG00005036933) mtx2 (ENSOTSG00005036938) ENSOTSG00005036943 #17 atp5mc3b (ENSOTSG00005036946) ENSOTSG00005036982 ##22 ENSOTSG00005037008 nckap1 (ENSOTSG00005037021) dusp19b (ENSOTSG00005037417) ppp1r1c (ENSOTSG00005037418) neurod1 (ENSOTSG00005037420) ENSOTSG00005037421 znf385b (ENSOTSG00005037424) plekha3 (ENSOTSG00005037426) ankrd10a (ENSOTSG00005037430) CARS2 (ENSOTSG00005037450) rab20 (ENSOTSG00005040160) irs2a (ENSOTSG00005040162) lig4 (ENSOTSG00005040164) NALF1 (ENSOTSG00005040165) cckbra (ENSOTSG00005040166) Chinook salmon MODERN SPECIES 31 ENSOTSG00005031001 ENSOTSG00005031000 ENSOTSG00005030999 ENSOTSG00005030998 ENSOTSG00005030997 ENSOTSG00005030996 ENSOTSG00005030995 ENSOTSG00005030992 ENSOTSG00005030982 zc3h15 (ENSOTSG00005030980) rbm45 (ENSOTSG00005030964) nfe2l2a (ENSOTSG00005030963) mtx2 (ENSOTSG00005030960) ENSOTSG00005030957 #17 ENSOTSG00005030936 ##20 ENSOTSG00005030931 ##22 ENSOTSG00005030929 nckap1 (ENSOTSG00005030733) dusp19b (ENSOTSG00005030708) ppp1r1c (ENSOTSG00005030707) neurod1 (ENSOTSG00005030706) ENSOTSG00005030702 znf385b (ENSOTSG00005030701) plekha3 (ENSOTSG00005030700) ankrd10a (ENSOTSG00005030699) CARS2 (ENSOTSG00005030503) rab20 (ENSOTSG00005030492) irs2a (ENSOTSG00005030491) lig4 (ENSOTSG00005030490) NALF1 (ENSOTSG00005030489) cckbra (ENSOTSG00005030422) Chinook salmon MODERN SPECIES 31 ENSOTSG00005030418 ENSOTSG00005030416 ENSOTSG00005030414 ENSOTSG00005030413 ENSOTSG00005030411 ENSOTSG00005030410 ENSOTSG00005030409 ENSOTSG00005030407 ENSOTSG00005030400 zc3h15 (ENSOTSG00005030399) rbm45 (ENSOTSG00005030397) nfe2l2a (ENSOTSG00005030391) mtx2 (ENSOTSG00005030387) ENSOTSG00005030385 #17 ENSOTSG00005030357 ##20 ENSOTSG00005030355 ##22 nckap1 (ENSOTSG00005029523) dusp19b (ENSOTSG00005029436) ppp1r1c (ENSOTSG00005029396) neurod1 (ENSOTSG00005029395) ENSOTSG00005029393 znf385b (ENSOTSG00005029392) plekha3 (ENSOTSG00005029391) ankrd10a (ENSOTSG00005029390) CARS2 (ENSOTSG00005046070) rab20 (ENSOTSG00005046069) irs2a (ENSOTSG00005046068) lig4 (ENSOTSG00005046067) NALF1 (ENSOTSG00005046066) cckbra (ENSOTSG00005046050) ENSOTSG00005046049 Chinook salmon MODERN SPECIES 36 ENSOTSG00005022576 ENSOTSG00005022575 ENSOTSG00005022572 ENSOTSG00005022570 ENSOTSG00005022569 ENSOTSG00005022568 ENSOTSG00005022567 ENSOTSG00005022565 ENSOTSG00005022564 zc3h15 (ENSOTSG00005022563) rbm45 (ENSOTSG00005022562) nfe2l2a (ENSOTSG00005022553) mtx2 (ENSOTSG00005022552) ENSOTSG00005022551 #17 ENSOTSG00005022546 ##20 ENSOTSG00005022469 ##22 ENSOTSG00005022466 nckap1 (ENSOTSG00005020380) dusp19b (ENSOTSG00005020328) ppp1r1c (ENSOTSG00005020325) neurod1 (ENSOTSG00005020322) ENSOTSG00005020316 znf385b (ENSOTSG00005020315) plekha3 (ENSOTSG00005020284) ankrd10a (ENSOTSG00005020281) CARS2 (ENSOTSG00005020049) rab20 (ENSOTSG00005020008) irs2a (ENSOTSG00005019989) lig4 (ENSOTSG00005021962) NALF1 (ENSOTSG00005021961) cckbra (ENSOTSG00005021960) Huchen MODERN SPECIES 707 nfe2l2a (ENSHHUG00000051940) mtx2 (ENSHHUG00000051932) lnpk (ENSHHUG00000051902) #17 atp5mc3b (ENSHHUG00000051887) ENSHHUG00000051881 ##22 ENSHHUG00000051878 nckap1 (ENSHHUG00000051808) dusp19b (ENSHHUG00000051805) zc3h15 (ENSHHUG00000051802) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1918 ENSGT00940000157981.a.a.a.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00390000015818.g.b ENSGT00940000161025.n #16 ENSGT00940000173501 ENSGT00940000154298.b.a.b ##20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 ENSGT00940000154101.b.d.b ENSGT00440000037780.a.w ENSGT00940000156232.b.e.b ENSGT00940000156625.f ENSGT00940000156227.f.h ENSGT00940000164184.c.a ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.b ENSGT00940000157169.c.b ENSGT00940000154926.c ENSGT00940000158085.b.a.g ENSGT00940000158806.p ENSGT00940000158582.m ENSGT00940000166891.a.e ENSGT00940000154653.fb.b.b ENSGT00950000183208.B.f.a.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000015818.g.b ENSGT00940000161025.n #16 ENSGT00940000173501 ENSGT00940000154298.b.a.b ##20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 ENSGT00940000154101.b.d.b ENSGT00440000037780.a.w ENSGT00940000156232.b.e.b ENSGT00940000156625.f ENSGT00940000156227.f.h ENSGT00940000164184.c.a ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.b ENSGT00940000157169.c.b ENSGT00940000154926.c ENSGT00940000158085.b.a.g ENSGT00940000158806.p ENSGT00940000182537.c ENSGT00940000166891.a.e ENSGT00940000154653.fb.b.b ENSGT00950000183208.B.f.a.a Atlantic salmon MODERN SPECIES 21 ENSSSAG00000008838 ENSSSAG00000085486 ENSSSAG00000055586 #16 ENSSSAG00000086439 AT5G3 (ENSSSAG00000055558) ##20 ENSSSAG00000116644 ##22 BAMBI (ENSSSAG00000109871) waca (ENSSSAG00000055114) ENSSSAG00000096292 mpp7a (ENSSSAG00000080707) ODAD2 (ENSSSAG00000118770) mkxa (ENSSSAG00000050783) rab18a (ENSSSAG00000094107) itgb1a (ENSSSAG00000039442) nrp1a (ENSSSAG00000015164) CUL2 (ENSSSAG00000012342) ENSSSAG00000012040 m3k8 (ENSSSAG00000011939) ENSSSAG00000085460 ENSSSAG00000008891 ENSSSAG00000009399 River trout MODERN SPECIES 36 gart (ENSSTUG00000005597) NCAM2 (ENSSTUG00000004313) 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ENSGT00940000157981.a.a.a.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 ENSGT00940000154101.b.d.b ENSGT00440000037780.a.w ENSGT00940000156232.b.e.b ENSGT00940000156625.f ENSGT00940000156227.f.h ENSGT00940000164184.c.a ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.b ENSGT00940000157169.c.b ENSGT00940000154926.c ENSGT00940000158806.p ENSGT00940000158582.m ENSGT00940000166891.a.e ENSGT00940000154653.fb.b.b ENSGT00950000183208.B.f.a.a ENSGT00390000014526.a Coho salmon MODERN SPECIES 2 CDH18 (ENSOKIG00005045744) EPC1 (ENSOKIG00005045007) ENSOKIG00005044949 KIF5B (ENSOKIG00005044683) ENSOKIG00005044643 ARHGAP12 (ENSOKIG00005044073) znf438 (ENSOKIG00005043989) ZEB1 (ENSOKIG00005043958) ENSOKIG00005042887 ENSOKIG00005042712 ENSOKIG00005042699 ENSOKIG00005042609 MAP3K8 (ENSOKIG00005042568) zc3h15 (ENSOKIG00005042546) ATP5MC3 (ENSOKIG00005042507) ##20 ENSOKIG00005042299 ##22 ENSOKIG00005042238 BAMBI (ENSOKIG00005042201) waca (ENSOKIG00005042001) mpp7a (ENSOKIG00005040769) ODAD2 (ENSOKIG00005040553) mkxa (ENSOKIG00005040523) rab18a (ENSOKIG00005040468) itgb1a (ENSOKIG00005035587) nrp1a (ENSOKIG00005032201) CUL2 (ENSOKIG00005031779) ENSOKIG00005031750 ENSOKIG00005031733 KLF6 (ENSOKIG00005031715) vcla (ENSOKIG00005031605) ap3m1 (ENSOKIG00005031551) Chinook salmon MODERN SPECIES 21 ENSOTSG00005041961 CUL2 (ENSOTSG00005041916) zc3h15 (ENSOTSG00005041911) atp5mc3b (ENSOTSG00005041910) ENSOTSG00005041799 ##22 BAMBI (ENSOTSG00005041792) waca (ENSOTSG00005041777) mpp7a (ENSOTSG00005040724) ENSOTSG00005040723 mkxa (ENSOTSG00005040722) rab18a (ENSOTSG00005040696) itgb1a (ENSOTSG00005035895) nrp1a (ENSOTSG00005035226) MAP3K8 (ENSOTSG00005035222) ENSOTSG00005035218 ENSOTSG00005025983 zeb1b (ENSOTSG00005025939) znf438 (ENSOTSG00005025936) ARHGAP12 (ENSOTSG00005019848) KIF5B (ENSOTSG00005019345) Huchen MODERN SPECIES 1771 atp5mc3b (ENSHHUG00000051574) ENSHHUG00000051558 ##22 ENSHHUG00000051549 ENSHHUG00000051547 ENSHHUG00000051540 Northern pike MODERN SPECIES 21 irs2a (ENSELUG00000006821) ENSELUG00000006838 ube2a (ENSELUG00000006879) plekha3 (ENSELUG00000006911) znf385b (ENSELUG00000006932) ENSELUG00000020387 ENSELUG00000007006 neurod1 (ENSELUG00000026028) ppp1r1c (ENSELUG00000004286) PDE1A (ENSELUG00000004269) ENSELUG00000031879 dusp19b (ENSELUG00000004223) nckap1 (ENSELUG00000024037) ENSELUG00000001751 ENSELUG00000021589 #17 ENSELUG00000021531 ##22 ENSELUG00000028600 mtx2 (ENSELUG00000021475) ENSELUG00000031174 nfe2l2a (ENSELUG00000023412) cyc (ENSELUG00000031437) rbm45 (ENSELUG00000020878) zc3h15 (ENSELUG00000000912) ENSELUG00000030988 APP (ENSELUG00000001674) cyyr1 (ENSELUG00000027401) ADAMTS1 (ENSELUG00000001676) ADAMTS5 (ENSELUG00000001677) ENSELUG00000033526 gart (ENSELUG00000001749) n6amt1 (ENSELUG00000001748) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b.c ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266.h #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e.c #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01000000221798 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a.a ##29 ENSGT00390000000673.a.a.b ##29 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127.j Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000182892.a.a.b.c.b ENSGT00940000154808.a.a.o.b ENSGT00940000160027.c #8 ENSGT00940000157270.s #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266.h.a #12 ENSGT00940000161308.c #13 ENSGT00940000159938.a #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025.m.a #16 ENSGT00390000001859.e.c #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582.m #21 ENSGT00940000161826.C.bb ENSGT01000000221798 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.b.a ##22 ENSGT00940000156851.c.c #23 ENSGT00390000004153.c.f #25 ENSGT00390000013474.a.n #26 ENSGT00940000162304.f #28 ENSGT00390000000673.a.a.a.a ##29 ENSGT00390000000673.a.a.b ##29 ENSGT00940000155099.k.a.e #30 ENSGT00940000155436.w #31 ENSGT00940000161352.f.a #32 ENSGT00940000156075.a.a.h #34 ENSGT00940000164127.a.h ENSGT01030000234646.B.a.a.b.c ENSGT00940000155353.a.a.a.g ENSGT00940000160127.j.a ENSGT00940000160029.d Huchen MODERN SPECIES 7 hnrnpa3 (ENSHHUG00000033596) ENSHHUG00000033593 hoxd4a (ENSHHUG00000033580) #9 hoxd3a (ENSHHUG00000033566) #8 hoxd9a (ENSHHUG00000033557) #11 hoxd10a (ENSHHUG00000033547) #12 hoxd11a (ENSHHUG00000033535) #13 hoxd12a (ENSHHUG00000033527) #14 ENSHHUG00000033440 #15 evx2 (ENSHHUG00000033438) #16 lnpa (ENSHHUG00000033418) #17 atp5mc3a (ENSHHUG00000033316) ##20 ATF2 (ENSHHUG00000033298) #21 ENSHHUG00000033295 ENSHHUG00000033292 ENSHHUG00000033284 ##22 CHRNA1 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SPECIES 13 ENSSSAG00000074738 ENSSSAG00000074742 ENSSSAG00000074744 ENSSSAG00000104882 ENSSSAG00000103096 ENSSSAG00000109671 ARGLU1 (ENSSSAG00000104605) efnb2a (ENSSSAG00000111771) gtpbp8 (ENSSSAG00000074736) slc10a2 (ENSSSAG00000074732) nepro (ENSSSAG00000074722) poglut2 (ENSSSAG00000074689) stxbp5l (ENSSSAG00000072675) gtf2e1 (ENSSSAG00000072598) rabl3 (ENSSSAG00000072566) ENSSSAG00000072542 ##22 CHRNA1 (ENSSSAG00000071774) #23 GPR155 (ENSSSAG00000120061) #25 scrn3 (ENSSSAG00000071689) #26 CIR1 (ENSSSAG00000108398) #27 sp9 (ENSSSAG00000062710) #28 OLA1 (ENSSSAG00000071631) ##29 sp3a (ENSSSAG00000103117) #30 cdca7a (ENSSSAG00000071616) #31 ENSSSAG00000070783 RAPGEF4 (ENSSSAG00000070225) #34 ENSSSAG00000070061 PDK1 (ENSSSAG00000070045) ENSSSAG00000096355 ITGA6 (ENSSSAG00000069787) DLX2 (ENSSSAG00000110538) River trout MODERN SPECIES 12 ENSSTUG00000011365 C21orf62 (ENSSTUG00000011378) ENSSTUG00000011384 ENSSTUG00000011387 ENSSTUG00000011399 ARGLU1 (ENSSTUG00000011486) efnb2a 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ENSGT00390000013474.a.m #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304.e #28 ENSGT00390000000673.a.a.a.b ##29 ENSGT00940000155099.k.a.f #30 ENSGT00940000155436.x #31 ENSGT00940000163262.a.a ENSGT00940000156075.a.a.g #34 ENSGT00940000164127.a.g ENSGT01030000234646.B.a.a.b.d ENSGT00940000155353.a.a.a.h ENSGT00940000160127.j.b ENSGT00940000160029.c Coho salmon MODERN SPECIES 18 ENSOKIG00005015628 ENSOKIG00005015617 ENSOKIG00005015594 ENSOKIG00005015588 ARGLU1 (ENSOKIG00005015570) efnb2a (ENSOKIG00005015531) ENSOKIG00005015523 gtpbp8 (ENSOKIG00005015511) slc10a2 (ENSOKIG00005015494) nepro (ENSOKIG00005015461) ENSOKIG00005015438 poglut2 (ENSOKIG00005015408) stxbp5l (ENSOKIG00005014691) gtf2e1 (ENSOKIG00005014546) rabl3 (ENSOKIG00005014507) ENSOKIG00005014492 ##22 CHRNA1 (ENSOKIG00005014270) #23 GPR155 (ENSOKIG00005014095) #25 scrn3 (ENSOKIG00005014033) #26 CIR1 (ENSOKIG00005014014) #27 sp9 (ENSOKIG00005014003) #28 ENSOKIG00005013997 ##29 sp3a (ENSOKIG00005013978) #30 cdca7a 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(ENSSSAG00000007280) #17 AT5G3 (ENSSSAG00000007320) ENSSSAG00000055202 ##22 ENSSSAG00000007345 ##22 ENSSSAG00000007417 ENSSSAG00000007488 ENSSSAG00000108732 ENSSSAG00000107573 ENSSSAG00000101890 ENSSSAG00000025750 ENSSSAG00000026988 ENSSSAG00000027337 ankrd10a (ENSSSAG00000111913) ENSSSAG00000028027 irs2a (ENSSSAG00000038669) lig4 (ENSSSAG00000038712) fam155a (ENSSSAG00000038793) ENSSSAG00000085820 Spotted gar MODERN SPECIES 650 ENSLOCG00000007019 ENSLOCG00000007028 hoxd3a (ENSLOCG00000007043) #8 hoxd4a (ENSLOCG00000007074) #9 ENSLOCG00000007085 ENSLOCG00000007106 hoxd10a (ENSLOCG00000007118) #12 hoxd11a (ENSLOCG00000007133) #13 hoxd12a (ENSLOCG00000007146) #14 HOXD13 (ENSLOCG00000007161) #15 evx2 (ENSLOCG00000007179) #16 lnpk (ENSLOCG00000007190) #17 ENSLOCG00000007211 ATF2 (ENSLOCG00000007222) #21 ENSLOCG00000007244 CHN1 (ENSLOCG00000007269) ##22 chrna1 (ENSLOCG00000007282) #23 wipf1a (ENSLOCG00000007291) #24 GPR155 (ENSLOCG00000007323) #25 scrn3 (ENSLOCG00000007349) #26 CIR1 (ENSLOCG00000007371) #27 sp9 (ENSLOCG00000007391) #28 ola1 (ENSLOCG00000007399) #29 sp3a (ENSLOCG00000007414) #30 ENSLOCG00000007428 cdca7a (ENSLOCG00000007465) #31 ENSLOCG00000007479 RAPGEF4 (ENSLOCG00000007495) #34 ENSLOCG00000007524 PDK1 (ENSLOCG00000007542) itga6b (ENSLOCG00000007555) Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112.h.b ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.f #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00910000144296.a #24 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00940000155099 #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000163262.b ENSGT00940000156075.a.a.l #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b.e ENSGT00940000155353.a.b ENSGT00940000160127.f ENSGT00940000160029.a ENSGT00390000007069 ENSGT00940000155963.e.b ENSGT00940000155442.r P. kingsleyae MODERN SPECIES 66 ENSPKIG00000022607 agps (ENSPKIG00000022723) nfe2l2a (ENSPKIG00000022873) hnrnpa3 (ENSPKIG00000022916) hoxd3a (ENSPKIG00000022968) #8 hoxd4a (ENSPKIG00000022999) #9 ENSPKIG00000023010 hoxd10a (ENSPKIG00000023022) #12 hoxd11a (ENSPKIG00000023029) #13 hoxd12a (ENSPKIG00000023038) #14 HOXD13 (ENSPKIG00000023045) #15 evx2 (ENSPKIG00000023055) #16 lnpk (ENSPKIG00000023083) #17 ENSPKIG00000023124 ATF2 (ENSPKIG00000023136) #21 chn1 (ENSPKIG00000023161) ##22 wipf1a (ENSPKIG00000023181) #24 GPR155 (ENSPKIG00000023215) #25 ENSPKIG00000023253 #26 SP9 (ENSPKIG00000023266) #28 ENSPKIG00000023323 #30 cdca7a (ENSPKIG00000023393) #31 ENSPKIG00000023424 ENSPKIG00000023449 ##34 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00530000063970.e ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000000447 ENSGT00940000159255 ENSGT00690000103830 ENSGT00940000159602 ENSGT00940000159870 ENSGT01030000234765 ENSGT00940000164013 ENSGT00390000001225.s.b ENSGT00940000156180.e ENSGT00390000015709 ENSGT00940000155992.c.b ENSGT00390000009029 ENSGT00950000183003.a.a.b.c.a ENSGT00940000164022 ENSGT00940000154344.b Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00530000063970.e ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000000447 ENSGT00940000159255 ENSGT00690000103830 ENSGT00940000159602 ENSGT00940000159870 ENSGT00940000164013 ENSGT00390000001225.s.b ENSGT00940000156180.e ENSGT00390000015709 ENSGT00940000155992.c.b ENSGT00390000009029 ENSGT00950000183003.a.a.b.c.a ENSGT00940000164022 ENSGT00940000154344.b ENSGT00940000161628 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 366 ENSHCOG00000009585 chn1 (ENSHCOG00000009625) ##22 ABTB1 (ENSHCOG00000009675) SLC6A6 (ENSHCOG00000000790) grip2a (ENSHCOG00000009751) rpl32 (ENSHCOG00000009763) ssuh2rs1 (ENSHCOG00000009775) DCAF1 (ENSHCOG00000009880) CABLES2 (ENSHCOG00000009915) xkr7a (ENSHCOG00000009928) rap1aa (ENSHCOG00000009953) KDM5B (ENSHCOG00000010033) KLHL12 (ENSHCOG00000010053) ptpn1 (ENSHCOG00000010108) cebpb (ENSHCOG00000010134) peds1 (ENSHCOG00000010162) ube2v1 (ENSHCOG00000010187) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000159144.A.f ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01060000248909 ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01060000248909 ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.f ENSGT00940000154840.b.f.c.b Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01060000248909 ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000005130 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585.f ENSGT00940000154840.b.f.c.b Zig-zag eel MODERN SPECIES 11 ENSMAMG00000021991 ENSMAMG00000021992 ENSMAMG00000026683 ENSMAMG00000021995 ENSMAMG00000021999 ENSMAMG00000022001 ENSMAMG00000022007 ENSMAMG00000022014 ENSMAMG00000022018 ENSMAMG00000022022 ENSMAMG00000022029 ENSMAMG00000026122 ENSMAMG00000022028 ENSMAMG00000026438 ENSMAMG00000022027 ENSMAMG00000022033 ##22 ENSMAMG00000022041 ENSMAMG00000024548 ENSMAMG00000022048 ENSMAMG00000022052 ENSMAMG00000022055 ENSMAMG00000022065 ENSMAMG00000022070 ENSMAMG00000022082 ENSMAMG00000022092 ENSMAMG00000028432 ENSMAMG00000022115 ENSMAMG00000022119 ENSMAMG00000022130 cyyr1 (ENSMAMG00000022132) APP (ENSMAMG00000022137) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01060000248909 ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.c ENSGT01050000244823.d.b.a.b.d ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000005130 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585.f ENSGT00940000154840.b.f.c.b Siamese fighting fish MODERN SPECIES 10 ENSBSLG00000002649 ENSBSLG00000002641 ENSBSLG00000002631 ENSBSLG00000002621 ENSBSLG00000002614 ENSBSLG00000002606 ENSBSLG00000002600 ENSBSLG00000002596 ENSBSLG00000002591 n6amt1 (ENSBSLG00000002587) gart (ENSBSLG00000002276) ENSBSLG00000001576 arl13b (ENSBSLG00000001516) ggact.3 (ENSBSLG00000001512) FARP1 (ENSBSLG00000001406) chn1 (ENSBSLG00000001277) ##22 ENSBSLG00000001209 ENSBSLG00000001189 ENSBSLG00000000916 ENSBSLG00000000912 ENSBSLG00000000907 ENSBSLG00000000871 ENSBSLG00000000839 jagn1b (ENSBSLG00000000831) ENSBSLG00000000829 FILIP1L (ENSBSLG00000000822) ENSBSLG00000000818 ENSBSLG00000000806 ccdc28a (ENSBSLG00000000804) ENSBSLG00000000800 ATP1A1 (ENSBSLG00000000739) Climbing perch MODERN SPECIES 11 ENSATEG00000017936 ENSATEG00000017931 ENSATEG00000017884 ENSATEG00000026286 ENSATEG00000017868 ENSATEG00000017845 ENSATEG00000017836 ENSATEG00000017804 ENSATEG00000017819 ENSATEG00000029365 ENSATEG00000017677 ENSATEG00000017631 ENSATEG00000017586 ENSATEG00000017576 ENSATEG00000017546 ENSATEG00000017488 ##22 ENSATEG00000017469 ENSATEG00000017447 ENSATEG00000027904 ENSATEG00000028401 ENSATEG00000026081 ENSATEG00000017314 ENSATEG00000017276 jagn1b (ENSATEG00000025315) ENSATEG00000017259 ENSATEG00000029263 ENSATEG00000017244 ENSATEG00000017222 ENSATEG00000028636 ENSATEG00000017165 ENSATEG00000017119 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585.e.a Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00390000013608 ENSGT00530000063970.e ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000005130 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.f ENSGT00940000154840.b.f.c.b ENSGT00940000156702.a.b.b Turbot MODERN SPECIES ENSSMAG00000013955 ENSSMAG00000013923 ENSSMAG00000037353 ENSSMAG00000013890 ENSSMAG00000013849 ENSSMAG00000013794 ENSSMAG00000015146 ENSSMAG00000015150 ENSSMAG00000015160 ENSSMAG00000015250 ENSSMAG00000015184 ENSSMAG00000015271 ENSSMAG00000015450 ENSSMAG00000015508 ENSSMAG00000015522 ENSSMAG00000015648 ##22 ENSSMAG00000015691 ENSSMAG00000015699 ENSSMAG00000028514 ENSSMAG00000015740 ENSSMAG00000015714 ENSSMAG00000015752 ENSSMAG00000036569 jagn1b (ENSSMAG00000015803) ENSSMAG00000015817 ENSSMAG00000015826 ENSSMAG00000015838 ENSSMAG00000015855 ENSSMAG00000015876 ENSSMAG00000015891 ENSSMAG00000000767 Tongue sole MODERN SPECIES 5 aamp (ENSCSEG00000005371) ENSCSEG00000005387 sh3bp4a (ENSCSEG00000005392) s100b (ENSCSEG00000005398) ENSCSEG00000005400 ahr1b (ENSCSEG00000005412) ENSCSEG00000005416 mfsd6a (ENSCSEG00000005417) nab1a (ENSCSEG00000005426) glsa (ENSCSEG00000005440) ENSCSEG00000005461 mstna (ENSCSEG00000005465) stat1a (ENSCSEG00000005471) ENSCSEG00000005526 ENSCSEG00000005550 chn1 (ENSCSEG00000005559) ##22 FARP1 (ENSCSEG00000005575) ggact.3 (ENSCSEG00000005617) MAP3K2 (ENSCSEG00000005627) sumo1 (ENSCSEG00000005654) ENSCSEG00000005660 ENSCSEG00000005664 ENSCSEG00000005667 ENSCSEG00000005673 ENSCSEG00000005680 dynlt3 (ENSCSEG00000005704) ENSCSEG00000005712 CTDSP1 (ENSCSEG00000005719) ENSCSEG00000005724 ENSCSEG00000005732 inha (ENSCSEG00000005738) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f.g ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.B ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Seriola ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00530000063970.f.h ENSGT00530000063970.f.g.a.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.e.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Greater amberjack MODERN SPECIES 180 ENSSDUG00000005133 ENSSDUG00000005140 zgc:172122 (ENSSDUG00000005152) ENSSDUG00000005165 u2af1 (ENSSDUG00000005186) cbsa (ENSSDUG00000005197) ENSSDUG00000005242 ENSSDUG00000005283 stoml2 (ENSSDUG00000005298) n6amt1 (ENSSDUG00000005324) gart (ENSSDUG00000005374) NCAM2 (ENSSDUG00000005493) arl13b (ENSSDUG00000005560) ggact.3 (ENSSDUG00000005580) FARP1 (ENSSDUG00000005596) chn1 (ENSSDUG00000005739) ##22 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3221 nrp2a (ENSSLDG00000013049) ENSSLDG00000013100 ENSSLDG00000013129 mbnl2 (ENSSLDG00000013155) rap2ab (ENSSLDG00000013167) mrpl39 (ENSSLDG00000013175) jam2a (ENSSLDG00000013189) atp5pf (ENSSLDG00000013207) n6amt1 (ENSSLDG00000013280) gart (ENSSLDG00000013225) NCAM2 (ENSSLDG00000013314) arl13b (ENSSLDG00000013361) ggact.3 (ENSSLDG00000013514) FARP1 (ENSSLDG00000013411) ENSSLDG00000013526 chn1 (ENSSLDG00000013541) ##22 zgc:65895 (ENSSLDG00000013567) ENSSLDG00000013584 ENSSLDG00000013599 ENSSLDG00000013621 ENSSLDG00000013676 jagn1b (ENSSLDG00000013700) Barramundi perch MODERN SPECIES 289 gart (ENSLCAG00010011527) NCAM2 (ENSLCAG00010011573) ggact.3 (ENSLCAG00010011636) arl13b (ENSLCAG00010011641) FARP1 (ENSLCAG00010011721) chn1 (ENSLCAG00010011876) ##22 ENSLCAG00010011898 zgc:65895 (ENSLCAG00010011901) ENSLCAG00010011909 ENSLCAG00010011917 ENSLCAG00010011927 ENSLCAG00010012040 ENSLCAG00010012261 jagn1b (ENSLCAG00010012281) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000154840.b.f.c.b Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158619.p ENSGT00390000006915.c.c.a ENSGT00390000013608 ENSGT00530000063970.e ENSGT00940000164706.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365.k ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000000447 ENSGT00940000159255 ENSGT00690000103830 ENSGT00940000159602 ENSGT00940000159870 ENSGT00940000155466.e.a ENSGT00390000016929 ENSGT00940000166422 ENSGT00940000155232.t.a.b.b ENSGT00940000156862.z ENSGT00950000183071.a.a.a.e.b ENSGT01030000234621.F.c ENSGT00940000158859.f ENSGT00940000163195.B.a ENSGT00550000074800.a.b Fugu MODERN SPECIES 20 ENSTRUG00000013871 u2af1 (ENSTRUG00000013815) cbsa (ENSTRUG00000013728) ENSTRUG00000013705 ENSTRUG00000013644 ENSTRUG00000023883 ENSTRUG00000032340 ENSTRUG00000028009 ENSTRUG00000013620 n6amt1 (ENSTRUG00000013586) NCAM2 (ENSTRUG00000013097) ENSTRUG00000027813 arl13b (ENSTRUG00000013035) ggact.3 (ENSTRUG00000013029) FARP1 (ENSTRUG00000012915) chn1 (ENSTRUG00000012830) ##22 ENSTRUG00000012751 runx1 (ENSTRUG00000012611) ENSTRUG00000033438 ENSTRUG00000012478 ENSTRUG00000022697 cldn10e (ENSTRUG00000025760) gtf3c3 (ENSTRUG00000012073) CLDN10 (ENSTRUG00000020918) dzip1 (ENSTRUG00000011852) ENSTRUG00000030771 oxgr1a.2 (ENSTRUG00000011768) klhl41b (ENSTRUG00000011704) atp5f1b (ENSTRUG00000020643) ENSTRUG00000011228 ABCB11 (ENSTRUG00000010768) Tetraodon MODERN SPECIES 18 gemin8 (ENSTNIG00000001453) ENSTNIG00000001234 zgc:172122 (ENSTNIG00000008312) u2af1 (ENSTNIG00000008311) cbsa (ENSTNIG00000008310) ENSTNIG00000001430 ENSTNIG00000001235 ENSTNIG00000001311 n6amt1 (ENSTNIG00000008309) gart (ENSTNIG00000008308) NCAM2 (ENSTNIG00000008307) arl13b (ENSTNIG00000008306) ggact.3 (ENSTNIG00000000384) FARP1 (ENSTNIG00000008305) ENSTNIG00000008304 chn1 (ENSTNIG00000008303) ##22 ENSTNIG00000008302 runx1 (ENSTNIG00000018690) ENSTNIG00000013255 ENSTNIG00000013256 HECW2 (ENSTNIG00000013257) gtf3c3 (ENSTNIG00000013258) ENSTNIG00000013259 CLDN10 (ENSTNIG00000013260) dzip1 (ENSTNIG00000013261) ENSTNIG00000013262 oxgr1a.2 (ENSTNIG00000013263) klhl41b (ENSTNIG00000013264) ENSTNIG00000013265 atp5f1b (ENSTNIG00000013266) DHRS9 (ENSTNIG00000013267) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a.t ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000154840.b.f.c.b Ballan wrasse MODERN SPECIES 617 arl13b (ENSLBEG00000014612) ggact.3 (ENSLBEG00000014594) FARP1 (ENSLBEG00000014286) chn1 (ENSLBEG00000014165) ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a.t ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.f ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000154840.b.f.c.b Perciformes ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000011204 ENSGT00940000164385.a.a.a.b ENSGT00390000017581.b.b ENSGT00940000155065.xb.a ENSGT00390000002215.i.b ENSGT00530000063607.b.j.b ENSGT00390000003114.e.b.a ENSGT00940000158398 ENSGT00940000163454.a.a.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Pike perch MODERN SPECIES 9 mrps9 (ENSSLUG00000025888) pou3f3b (ENSSLUG00000025885) ENSSLUG00000025884 actr3 (ENSSLUG00000025880) LYPD1 (ENSSLUG00000025873) NCKAP5 (ENSSLUG00000025867) gpd1c (ENSSLUG00000025864) OSBPL11 (ENSSLUG00000025859) n6amt1 (ENSSLUG00000025852) gart (ENSSLUG00000025845) ENSSLUG00000025834 NCAM2 (ENSSLUG00000025829) arl13b (ENSSLUG00000025823) ggact.3 (ENSSLUG00000025819) FARP1 (ENSSLUG00000025804) chn1 (ENSSLUG00000025763) ##22 ENSSLUG00000025754 nop58 (ENSSLUG00000025745) wdr12 (ENSSLUG00000025741) ical1 (ENSSLUG00000025737) ENSSLUG00000025734 bmpr2a (ENSSLUG00000025709) ENSSLUG00000025068 slc15a1b (ENSSLUG00000024795) stk24b (ENSSLUG00000024774) ENSSLUG00000023255 gcga (ENSSLUG00000023076) dpp4 (ENSSLUG00000020282) gca (ENSSLUG00000020151) ENSSLUG00000020150 ENSSLUG00000020149 Channel bull blenny MODERN SPECIES 11 ENSCGOG00000013928 actr3 (ENSCGOG00000013242) LYPD1 (ENSCGOG00000013222) NCKAP5 (ENSCGOG00000013216) gpd1c (ENSCGOG00000012810) OSBPL11 (ENSCGOG00000012722) ENSCGOG00000012716 n6amt1 (ENSCGOG00000012715) gart (ENSCGOG00000011590) ENSCGOG00000011561 ENSCGOG00000011560 NCAM2 (ENSCGOG00000010755) arl13b (ENSCGOG00000010733) ggact.3 (ENSCGOG00000010730) FARP1 (ENSCGOG00000008418) chn1 (ENSCGOG00000007702) ##22 ENSCGOG00000007678 TRAK2 (ENSCGOG00000006521) STRADB (ENSCGOG00000005981) NBEAL1 (ENSCGOG00000004321) ENSCGOG00000004213 FDX1 (ENSCGOG00000004206) ENSCGOG00000004196 pspc1 (ENSCGOG00000004178) lypd6 (ENSCGOG00000004167) mmadhca (ENSCGOG00000004164) rnd3a (ENSCGOG00000004129) ENSCGOG00000004104 ZRANB3 (ENSCGOG00000003816) ccnt2b (ENSCGOG00000003577) TMEM163 (ENSCGOG00000003568) Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00940000158398 ENSGT00390000003114.e.b.a ENSGT00530000063607.b.j.b ENSGT00390000002215.i.b ENSGT00940000155065.xb.a ENSGT00390000017581.b.b ENSGT00940000164385.a.a.a.b ENSGT00390000011204 ENSGT00390000017860.a.b.f ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Stickleback MODERN SPECIES ENSGACG00000014294 stk11ip (ENSGACG00000014289) igfbp2a (ENSGACG00000014280) igfbp5a (ENSGACG00000014275) ENSGACG00000014274 ENSGACG00000014268 jagn1b (ENSGACG00000014256) n6amt1 (ENSGACG00000014248) gart (ENSGACG00000014244) ENSGACG00000014241 NCAM2 (ENSGACG00000014231) ENSGACG00000014230 arl13b (ENSGACG00000014228) ggact.3 (ENSGACG00000014225) FARP1 (ENSGACG00000014216) chn1 (ENSGACG00000014203) ##22 ENSGACG00000014201 FDX1 (ENSGACG00000014198) ENSGACG00000014196 ENSGACG00000014174 STRADB (ENSGACG00000014167) ENSGACG00000014166 TRAK2 (ENSGACG00000014156) ENSGACG00000014150 nudt15 (ENSGACG00000014147) cpo (ENSGACG00000014144) cckbra (ENSGACG00000014143) NALF1 (ENSGACG00000014137) lig4 (ENSGACG00000014135) irs2a (ENSGACG00000014133) acp2 (ENSGACG00000014119) Lumpfish MODERN SPECIES 11 ENSCLMG00005005457 ccdc28a (ENSCLMG00005005458) ENSCLMG00005005465 FILIP1L (ENSCLMG00005005481) ENSCLMG00005005492 COL8A1 (ENSCLMG00005005494) jagn1b (ENSCLMG00005005495) ENSCLMG00005005497 ENSCLMG00005005499 ENSCLMG00005005501 NCAM2 (ENSCLMG00005005502) ENSCLMG00005005503 arl13b (ENSCLMG00005005504) ggact.3 (ENSCLMG00005005507) FARP1 (ENSCLMG00005005518) ENSCLMG00005006496 ##22 ENSCLMG00005006503 ENSCLMG00005006512 ENSCLMG00005006514 ENSCLMG00005006519 ENSCLMG00005006522 ENSCLMG00005006523 dhrsx (ENSCLMG00005006524) sowahcb (ENSCLMG00005006526) cep70 (ENSCLMG00005006534) adarb1a (ENSCLMG00005006588) ENSCLMG00005006591 slx9 (ENSCLMG00005006594) ENSCLMG00005006597 ENSCLMG00005006598 ENSCLMG00005006601 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a.t ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000154840.b.f.c.b Gilthead seabream MODERN SPECIES 16 u2af1 (ENSSAUG00010020404) cbsa (ENSSAUG00010020410) ENSSAUG00010020492 ENSSAUG00010020496 ENSSAUG00010020497 ENSSAUG00010020499 ENSSAUG00010020500 ENSSAUG00010020502 ENSSAUG00010020505 n6amt1 (ENSSAUG00010020507) gart (ENSSAUG00010020550) NCAM2 (ENSSAUG00010022207) arl13b (ENSSAUG00010022298) ggact.3 (ENSSAUG00010022301) FARP1 (ENSSAUG00010022320) chn1 (ENSSAUG00010022436) ##22 ENSSAUG00010023249 abi2b (ENSSAUG00010023257) cyp20a1 (ENSSAUG00010023306) tmem237b (ENSSAUG00010023302) MPP4 (ENSSAUG00010023327) ALS2 (ENSSAUG00010023701) CHRNA2 (ENSSAUG00010023915) zgc:113142 (ENSSAUG00010023917) INPP4A (ENSSAUG00010023931) ENSSAUG00010024145 ENSSAUG00010024176 ENSSAUG00010025045 ENSSAUG00010025046 TUBA4A (ENSSAUG00010025048) nr4a2b (ENSSAUG00010025050) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a.t ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.f ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000156702.a.b.b European seabass MODERN SPECIES 15 ENSDLAG00005027696 ENSDLAG00005011736 ENSDLAG00005011723 ENSDLAG00005011704 ENSDLAG00005011180 ENSDLAG00005011150 ENSDLAG00005033045 ENSDLAG00005011017 ENSDLAG00005011003 ENSDLAG00005033305 ENSDLAG00005033679 ENSDLAG00005010799 ENSDLAG00005009709 ENSDLAG00005031513 ENSDLAG00005009274 ENSDLAG00005008916 ##22 ENSDLAG00005034796 ENSDLAG00005033899 ENSDLAG00005008866 ENSDLAG00005008856 ENSDLAG00005008723 jagn1b (ENSDLAG00005008710) ENSDLAG00005034157 ENSDLAG00005008697 ENSDLAG00005008692 ENSDLAG00005008587 ENSDLAG00005008623 ENSDLAG00005008580 ENSDLAG00005001937 ENSDLAG00005008575 obsl1a (ENSDLAG00005001666) Large yellow croaker MODERN SPECIES 486 ENSLCRG00005016210 ENSLCRG00005016329 ENSLCRG00005016387 sumo1 (ENSLCRG00005016398) ENSLCRG00005016404 MAP3K2 (ENSLCRG00005016498) ENSLCRG00005016526 tmem198b (ENSLCRG00005016541) desmb (ENSLCRG00005016581) dnpep (ENSLCRG00005016773) gart (ENSLCRG00005017321) NCAM2 (ENSLCRG00005017384) arl13b (ENSLCRG00005017496) ggact.3 (ENSLCRG00005017504) FARP1 (ENSLCRG00005017744) chn1 (ENSLCRG00005018606) ##22 ENSLCRG00005018733 ENSLCRG00005019662 tmem47 (ENSLCRG00005019669) ENSLCRG00005019671 ENSLCRG00005019687 nop58 (ENSLCRG00005019750) WDR12 (ENSLCRG00005019850) ical1 (ENSLCRG00005019864) FAM117B (ENSLCRG00005019899) bmpr2a (ENSLCRG00005020044) ENSLCRG00005020761 slc15a1b (ENSLCRG00005021459) stk24b (ENSLCRG00005021773) SLC4A10 (ENSLCRG00005022904) gcga (ENSLCRG00005023679) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000159144.A.f ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000154317.b ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00530000063970.f.eb.a.a.b ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000175375 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 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ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.l Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.w ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000175375 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000154317.b ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.l Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.w.b ENSGT00940000177017 ENSGT00390000010543.w.a.a.b ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543.w.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000175375 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000154317.b ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.l Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 493 prrx1b (ENSHBUG00000020291) gorab (ENSHBUG00000020307) ntmt2 (ENSHBUG00000020336) kifap3a (ENSHBUG00000020394) niban1a (ENSHBUG00000020416) ENSHBUG00000020432 TRMT1L (ENSHBUG00000000622) prpf38a (ENSHBUG00000020572) orc1 (ENSHBUG00000020582) arl13b (ENSHBUG00000020619) GGACT (ENSHBUG00000020632) ENSHBUG00000020644 GGACT (ENSHBUG00000020671) GGACT (ENSHBUG00000000819) FARP1 (ENSHBUG00000020744) chn1 (ENSHBUG00000020827) ##22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000178792 ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.w.b ENSGT00940000177017 ENSGT00390000010543.w.a.a.b ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543.w.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000175375 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000154317.b ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00530000064692.B.b.b.d.a ENSGT00940000154790.a.a.a P. nyererei MODERN SPECIES 822 GGACT (ENSPNYG00000013499) ENSPNYG00000013477 GGACT (ENSPNYG00000013465) GGACT (ENSPNYG00000013457) FARP1 (ENSPNYG00000013241) chn1 (ENSPNYG00000013145) ##22 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000178792 ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.w.b ENSGT00390000010543.w.a.a.b ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543.w.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000154317.b ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00530000064692.B.b.b.d.a.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.l Eastern happy MODERN SPECIES 14 n6amt1 (ENSACLG00000024678) gart (ENSACLG00000024571) ENSACLG00000024568 ENSACLG00000024557 ENSACLG00000024546 NCAM2 (ENSACLG00000024511) ENSACLG00000024343 ENSACLG00000024340 ENSACLG00000024338 arl13b (ENSACLG00000024227) GGACT (ENSACLG00000024225) GGACT (ENSACLG00000024222) GGACT (ENSACLG00000024220) ENSACLG00000024217 FARP1 (ENSACLG00000024105) chn1 (ENSACLG00000024013) ##22 ENSACLG00000024001 ENSACLG00000023974 MTRF1 (ENSACLG00000023945) ENSACLG00000023922 ENSACLG00000023863 ENSACLG00000023823 jagn1b (ENSACLG00000023842) ENSACLG00000023818 ENSACLG00000023781 FILIP1L (ENSACLG00000023767) ENSACLG00000023736 ccdc28a (ENSACLG00000023727) ENSACLG00000023720 ENSACLG00000023697 ENSACLG00000023651 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1105 ENSMZEG00005017767 ENSMZEG00005017774 ENSMZEG00005017780 ENSMZEG00005017783 ENSMZEG00005017786 n6amt1 (ENSMZEG00005017792) gart (ENSMZEG00005017801) ENSMZEG00005017816 NCAM2 (ENSMZEG00005017818) arl13b (ENSMZEG00005017827) GGACT (ENSMZEG00005017836) GGACT (ENSMZEG00005017840) GGACT (ENSMZEG00005017844) FARP1 (ENSMZEG00005017864) GGACT (ENSMZEG00005017899) chn1 (ENSMZEG00005017904) ##22 ENSMZEG00005017911 ENSMZEG00005017917 MTRF1 (ENSMZEG00005017922) ENSMZEG00005017926 ENSMZEG00005017930 ENSMZEG00005017936 jagn1b (ENSMZEG00005017943) ENSMZEG00005017948 ENSMZEG00005017952 abcc4 (ENSMZEG00005017960) cldn10a (ENSMZEG00005017972) ENSMZEG00005017977 CLDN10 (ENSMZEG00005017983) dzip1 (ENSMZEG00005017989) ENSMZEG00005017998 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 315 ENSNBRG00000003695 ENSNBRG00000003706 zgc:172122 (ENSNBRG00000003719) u2af1 (ENSNBRG00000003731) cbsa (ENSNBRG00000003769) ENSNBRG00000003826 ENSNBRG00000003838 ENSNBRG00000003862 ENSNBRG00000003885 n6amt1 (ENSNBRG00000003897) gart (ENSNBRG00000003935) NCAM2 (ENSNBRG00000004009) arl13b (ENSNBRG00000004078) FARP1 (ENSNBRG00000004166) ENSNBRG00000004547 chn1 (ENSNBRG00000004568) ##22 ENSNBRG00000004607 ENSNBRG00000004614 MTRF1 (ENSNBRG00000004634) ENSNBRG00000004655 ENSNBRG00000004673 jagn1b (ENSNBRG00000004740) COL8A1 (ENSNBRG00000004746) ENSNBRG00000004754 FILIP1L (ENSNBRG00000004784) ENSNBRG00000004805 ccdc28a (ENSNBRG00000004859) ENSNBRG00000004876 ENSNBRG00000004895 ATP1A1 (ENSNBRG00000004921) ENSNBRG00000004998 Nile tilapia MODERN SPECIES 14 ENSONIG00000039398 ENSONIG00000033380 ENSONIG00000032743 n6amt1 (ENSONIG00000001882) gart (ENSONIG00000001876) NCAM2 (ENSONIG00000001866) ENSONIG00000034246 arl13b (ENSONIG00000001864) ENSONIG00000042078 GGACT (ENSONIG00000033044) GGACT (ENSONIG00000020836) GGACT (ENSONIG00000035702) GGACT (ENSONIG00000033293) FARP1 (ENSONIG00000001858) ENSONIG00000030387 chn1 (ENSONIG00000001851) ##22 ENSONIG00000012479 ENSONIG00000030511 ENSONIG00000012478 ENSONIG00000012476 ENSONIG00000012474 ENSONIG00000012473 ENSONIG00000029298 ENSONIG00000030870 ENSONIG00000013857 ENSONIG00000040193 ENSONIG00000029071 ENSONIG00000028996 ENSONIG00000025979 ENSONIG00000039414 ENSONIG00000032946 Midas cichlid MODERN SPECIES 1059 ENSACIG00000016810 zgc:172122 (ENSACIG00000016822) ENSACIG00000016847 u2af1 (ENSACIG00000016862) cbsa (ENSACIG00000016875) 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ENSGT01000000214434.B.a.b.h ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 Spiny chromis MODERN SPECIES 988 n6amt1 (ENSAPOG00000009868) gart (ENSAPOG00000009958) jagn1b (ENSAPOG00000009974) ENSAPOG00000010016 ENSAPOG00000010093 chn1 (ENSAPOG00000010159) ##22 ENSAPOG00000010170 ENSAPOG00000010181 ENSAPOG00000010206 ENSAPOG00000010232 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 237 ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B.g ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000153695.B ENSGT01000000214434.B.a.b.h ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543 ENSGT00940000156365 ENSGT00940000157860 ENSGT00390000000292.B.h Clown anemonefish MODERN SPECIES 3263 n6amt1 (ENSAOCG00000002525) gart (ENSAOCG00000002838) ENSAOCG00000002837 jagn1b (ENSAOCG00000000040) ENSAOCG00000002549 ENSAOCG00000002836 chn1 (ENSAOCG00000002835) ##22 zgc:65895 (ENSAOCG00000002834) ENSAOCG00000002833 ENSAOCG00000002832 ENSAOCG00000002831 FARP1 (ENSAOCG00000002830) ggact.3 (ENSAOCG00000002829) arl13b (ENSAOCG00000002828) ENSAOCG00000000039 pskh1 (ENSAOCG00000022203) mbtps1 (ENSAOCG00000001608) Orange clownfish MODERN SPECIES 16 HDAC4 (ENSAPEG00000015500) aamp (ENSAPEG00000015476) ENSAPEG00000015469 ENSAPEG00000015455 ENSAPEG00000015446 arpc2 (ENSAPEG00000015419) ENSAPEG00000015412 SLC19A1 (ENSAPEG00000015397) ENSAPEG00000015384 cyp4f3 (ENSAPEG00000015277) n6amt1 (ENSAPEG00000015144) gart (ENSAPEG00000015076) jagn1b (ENSAPEG00000015055) ENSAPEG00000015009 ENSAPEG00000014954 chn1 (ENSAPEG00000014893) ##22 zgc:65895 (ENSAPEG00000014874) ENSAPEG00000014854 ENSAPEG00000014844 ENSAPEG00000014824 FARP1 (ENSAPEG00000014702) ggact.3 (ENSAPEG00000014676) arl13b (ENSAPEG00000014654) NCAM2 (ENSAPEG00000014541) ENSAPEG00000014463 inha (ENSAPEG00000014437) spega (ENSAPEG00000014333) CTDSP1 (ENSAPEG00000014300) obsl1a (ENSAPEG00000014228) ENSAPEG00000014141 ENSAPEG00000014118 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000007055 ENSGT00940000155502 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000160883.a ENSGT00940000155021 ENSGT00610000086518.b.b ENSGT00950000183022.b ENSGT01050000244848.A.b.b Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000007055 ENSGT00940000155502 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163254 ENSGT00940000179057 ENSGT00940000165189 ENSGT00610000086518.b.b ENSGT00950000183022.b ENSGT01050000244848.A.b.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 11 ENSORLG00000006146 zgc:172122 (ENSORLG00000006159) ENSORLG00000025289 ENSORLG00000006182 cbsa (ENSORLG00000006194) ENSORLG00000024129 ENSORLG00000006210 ENSORLG00000006216 ENSORLG00000028237 gart (ENSORLG00000006275) NCAM2 (ENSORLG00000006321) ENSORLG00000025415 arl13b (ENSORLG00000006350) ggact.3 (ENSORLG00000026452) FARP1 (ENSORLG00000006374) ENSORLG00000006397 ##22 ENSORLG00000029425 ENSORLG00000006418 cyp4f3 (ENSORLG00000006454) ENSORLG00000025970 SLC19A1 (ENSORLG00000006475) ENSORLG00000006480 ENSORLG00000029743 arpc2 (ENSORLG00000006502) ENSORLG00000022214 ENSORLG00000002122 ENSORLG00000029156 ENSORLG00000025191 ENSORLG00000022465 ENSORLG00000029925 ENSORLG00000029417 Chinese medaka MODERN SPECIES 962 arl13b (ENSOSIG00000008658) ggact.3 (ENSOSIG00000008660) FARP1 (ENSOSIG00000008661) chn1 (ENSOSIG00000008663) ##22 ENSOSIG00000008665 ENSOSIG00000008667 SLC19A1 (ENSOSIG00000008668) ENSOSIG00000008670 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00390000007055 ENSGT00940000155502 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000160883.a ENSGT00940000155021 ENSGT00610000086518.b.b ENSGT00950000183022.b ENSGT01050000244848.A.b.b Javanese ricefish MODERN SPECIES 11 kpnb3 (ENSOJAG00000004960) ENSOJAG00000005024 zgc:172122 (ENSOJAG00000005034) ENSOJAG00000005053 u2af1 (ENSOJAG00000005070) cbsa (ENSOJAG00000005110) ENSOJAG00000005689 ENSOJAG00000005714 ENSOJAG00000005811 gart (ENSOJAG00000005857) NCAM2 (ENSOJAG00000005974) arl13b (ENSOJAG00000006254) ENSOJAG00000006272 ggact.3 (ENSOJAG00000006282) FARP1 (ENSOJAG00000006308) chn1 (ENSOJAG00000006429) ##22 ENSOJAG00000007131 ENSOJAG00000007141 CYP4F8 (ENSOJAG00000007175) ENSOJAG00000007356 SLC19A1 (ENSOJAG00000007390) ENSOJAG00000007400 ENSOJAG00000007408 acsbg2 (ENSOJAG00000007657) MLLT1 (ENSOJAG00000009064) rgn (ENSOJAG00000009097) ENSOJAG00000009115 ENSOJAG00000009137 ENSOJAG00000009266 dph3 (ENSOJAG00000009278) ENSOJAG00000009300 Indian medaka MODERN SPECIES 24 ENSOMEG00000009715 ENSOMEG00000009728 PRPS2 (ENSOMEG00000009817) HDAC4 (ENSOMEG00000009954) aamp (ENSOMEG00000010020) ENSOMEG00000010031 ENSOMEG00000010055 ENSOMEG00000010069 ENSOMEG00000010090 ENSOMEG00000010103 arpc2 (ENSOMEG00000010163) arl13b (ENSOMEG00000010187) ENSOMEG00000010193 ggact.3 (ENSOMEG00000010198) FARP1 (ENSOMEG00000010264) chn1 (ENSOMEG00000010327) ##22 ENSOMEG00000010360 ENSOMEG00000010379 ENSOMEG00000010408 CYP4F8 (ENSOMEG00000010429) ENSOMEG00000010482 SLC19A1 (ENSOMEG00000010528) ENSOMEG00000010536 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT01060000248713 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00530000063970.f.db.b ENSGT00530000063970.f.db.a.e.b ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000009178 ENSGT00940000164246.C.d.b ENSGT00940000164480.a.b ENSGT00390000012496.a.c ENSGT00390000019377.b.e ENSGT00940000158283 ENSGT00390000013817 ENSGT00940000153931.b.b.d ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.u ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543.v ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00610000086518.b.a.h.a ENSGT00610000086518.b.a.h.b ENSGT00940000165423.a.b ENSGT00940000161625.m ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b ENSGT00390000014376.c.b ENSGT00940000178373 ENSGT00940000155773.a ENSGT00940000158539.b ENSGT00530000064137.a.b ENSGT00390000016542 ENSGT00940000157233.c ENSGT00950000183208.A.c.a ENSGT00390000008033 ENSGT00940000167103 Poecilia ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000009178 ENSGT00940000164246.C.d.b ENSGT00940000164480.a.b ENSGT00390000012496.a.c ENSGT00390000019377.b.e ENSGT00940000158283 ENSGT00390000013817 ENSGT00940000153931.b.b.d ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.u ENSGT00390000010543.v ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00610000086518.b.a.h.a ENSGT00610000086518.b.a.h.b ENSGT00940000165423.a.b ENSGT00940000161625.m ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b ENSGT00390000014376.c.b ENSGT00940000178373 ENSGT00940000155773.a ENSGT00940000158539.b ENSGT00530000064137.a.b ENSGT00390000016542 ENSGT00940000157233.c ENSGT00950000183208.A.c.a.q ENSGT00390000008033 ENSGT00940000167103 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 314 ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.u ENSGT00390000010543.v ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00610000086518.b.a.h.a ENSGT00610000086518.b.a.h.b ENSGT00940000165423.a.b ENSGT00940000161625.m ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b.e ENSGT00390000014376.c.b ENSGT00940000178373 ENSGT00940000155773.a Sailfin molly MODERN SPECIES 1656 chn1 (ENSPLAG00000004913) ##22 Amazon molly MODERN SPECIES 551 NCAM2 (ENSPFOG00000005477) arl13b (ENSPFOG00000005379) ENSPFOG00000024673 ENSPFOG00000005361 ENSPFOG00000019910 ENSPFOG00000005357 FARP1 (ENSPFOG00000004570) chn1 (ENSPFOG00000004209) ##22 ENSPFOG00000019909 ENSPFOG00000004174 ENSPFOG00000022142 ENSPFOG00000003583 ENSPFOG00000003333 ENSPFOG00000003291 ENSPFOG00000023993 ENSPFOG00000022124 ENSPFOG00000003258 ENSPFOG00000003023 Guppy MODERN SPECIES 63 ENSPREG00000008768 FARP1 (ENSPREG00000008697) chn1 (ENSPREG00000008659) ##22 Platyfish MODERN SPECIES 16 VANGL1 (ENSXMAG00000002790) ENSXMAG00000002800 poglut1 (ENSXMAG00000002810) timmdc1 (ENSXMAG00000027990) abcc4 (ENSXMAG00000002832) n6amt1 (ENSXMAG00000002875) gart (ENSXMAG00000002877) ENSXMAG00000027926 ENSXMAG00000025308 GPR180 (ENSXMAG00000029125) ENSXMAG00000002065 arl13b (ENSXMAG00000002089) ENSXMAG00000002094 FARP1 (ENSXMAG00000002095) ENSXMAG00000002116 chn1 (ENSXMAG00000002118) ##22 ENSXMAG00000023795 ENSXMAG00000028622 ENSXMAG00000008811 ENSXMAG00000002142 ENSXMAG00000026901 ENSXMAG00000020912 ENSXMAG00000002166 si:dkey-276j7.1 (ENSXMAG00000029107) ENSXMAG00000002174 ENSXMAG00000029440 ENSXMAG00000005175 ENSXMAG00000029571 ENSXMAG00000025243 KIF5C (ENSXMAG00000010638) kif5c (ENSXMAG00000027692) NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 430 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 651 ggact.3 (ENSCVAG00000017110) FARP1 (ENSCVAG00000017140) ENSCVAG00000017159 chn1 (ENSCVAG00000017196) ##22 tmem47 (ENSCVAG00000017217) ENSCVAG00000017365 ENSCVAG00000017397 dmd (ENSCVAG00000017467) Mummichog MODERN SPECIES 958 ENSFHEG00000004177 ENSFHEG00000004143 ENSFHEG00000004112 chn1 (ENSFHEG00000004094) ##22 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00530000063970.e ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00530000063970.f.db.b ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 157 dapp1 (ENSKMAG00000000532) ENSKMAG00000000586 sc:d189 (ENSKMAG00000000615) ENSKMAG00000000626 u2af1 (ENSKMAG00000000639) cbsa (ENSKMAG00000000697) ENSKMAG00000000774 ENSKMAG00000000861 ENSKMAG00000000870 n6amt1 (ENSKMAG00000000880) gart (ENSKMAG00000000925) NCAM2 (ENSKMAG00000001037) arl13b (ENSKMAG00000001122) ggact.3 (ENSKMAG00000001131) FARP1 (ENSKMAG00000001141) chn1 (ENSKMAG00000001169) ##22 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1615 MPI (ENSNFUG00015007687) WDR61 (ENSNFUG00015007653) crabp1a (ENSNFUG00015007647) ENSNFUG00015007638 sin3aa (ENSNFUG00015007374) PTPN9A (ENSNFUG00015007230) FMNL2B (ENSNFUG00015006506) RGN (ENSNFUG00015006400) cavin2b (ENSNFUG00015006380) dmd (ENSNFUG00015006213) ENSNFUG00015006174 tmem47 (ENSNFUG00015006165) ENSNFUG00015006160 ENSNFUG00015006157 FARP1 (ENSNFUG00015006103) CHN1 (ENSNFUG00015005845) ##22 ggact.3 (ENSNFUG00015005825) arl13b (ENSNFUG00015005821) ENSNFUG00015005819 ENSNFUG00015005815 ENSNFUG00015005814 ENSNFUG00015005808 NCAM2 (ENSNFUG00015005740) ENSNFUG00015024739 gart (ENSNFUG00015024733) n6amt1 (ENSNFUG00015024729) ENSNFUG00015024724 ccng1 (ENSNFUG00015024718) ENSNFUG00015024716 CBS (ENSNFUG00015024685) U2AF1 (ENSNFUG00015024683) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 11 ENSMMDG00005001003 ENSMMDG00005001010 zgc:172122 (ENSMMDG00005001014) u2af1 (ENSMMDG00005001018) cbsa (ENSMMDG00005001061) ENSMMDG00005005078 ENSMMDG00005005088 stoml2 (ENSMMDG00005005130) ENSMMDG00005006262 n6amt1 (ENSMMDG00005006265) gart (ENSMMDG00005006281) NCAM2 (ENSMMDG00005006348) arl13b (ENSMMDG00005006351) ggact.3 (ENSMMDG00005006356) FARP1 (ENSMMDG00005006372) chn1 (ENSMMDG00005006516) ##22 ENSMMDG00005006891 ENSMMDG00005006894 ENSMMDG00005006895 ENSMMDG00005006897 ENSMMDG00005006907 ENSMMDG00005007497 jagn1b (ENSMMDG00005007646) ENSMMDG00005007647 ENSMMDG00005007649 ENSMMDG00005007651 FILIP1L (ENSMMDG00005007656) ENSMMDG00005007661 ccdc28a (ENSMMDG00005007667) ENSMMDG00005007670 atp1a1a.2 (ENSMMDG00005007789) Cod MODERN SPECIES 17 ENSGMOG00000016074 ENSGMOG00000030898 ENSGMOG00000036611 arpc2 (ENSGMOG00000008637) ENSGMOG00000008652 ENSGMOG00000008665 ENSGMOG00000022787 ENSGMOG00000025990 ENSGMOG00000036127 ENSGMOG00000036155 ENSGMOG00000013495 ENSGMOG00000013476 ENSGMOG00000013404 ENSGMOG00000031218 ENSGMOG00000000400 ENSGMOG00000003613 ##22 ENSGMOG00000033890 ENSGMOG00000024975 ENSGMOG00000022383 ENSGMOG00000034512 ENSGMOG00000033653 ENSGMOG00000030974 ENSGMOG00000026798 ENSGMOG00000032936 ENSGMOG00000024530 ENSGMOG00000035295 ENSGMOG00000032492 ENSGMOG00000033123 ENSGMOG00000032010 ENSGMOG00000036354 ENSGMOG00000014408 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156851.d.d #23 ENSGT00910000144296.c #24 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000155099.k.a #30 ENSGT00940000155436 #31 ENSGT00940000161352.f.a #32 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT00940000155353.a.a.a ENSGT00940000160127.g ENSGT00940000160029 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b.f ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 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(ENSDCDG00000034143) #21 chn1 (ENSDCDG00000034125) ##22 CHRNA1 (ENSDCDG00000034017) #23 ENSDCDG00000034006 GPR155 (ENSDCDG00000034002) #25 scrn3 (ENSDCDG00000033997) #26 CIR1 (ENSDCDG00000033993) #27 sp9 (ENSDCDG00000033992) #28 sp3a (ENSDCDG00000033982) #30 cdca7a (ENSDCDG00000033979) #31 ENSDCDG00000033913 RAPGEF4 (ENSDCDG00000033884) #34 ENSDCDG00000033861 PDK1 (ENSDCDG00000033841) ITGA6 (ENSDCDG00000033824) dlx2a (ENSDCDG00000033820) dlx1a (ENSDCDG00000033819) Atlantic herring MODERN SPECIES 11 nfe2l2a (ENSCHAG00000026474) hnrnpa3 (ENSCHAG00000026478) ENSCHAG00000026496 hoxd3a (ENSCHAG00000026497) #8 hoxd4a (ENSCHAG00000026499) #9 hoxd9a (ENSCHAG00000026501) #11 hoxd10a (ENSCHAG00000026503) #12 hoxd11a (ENSCHAG00000026505) #13 hoxd12a (ENSCHAG00000026507) #14 HOXD13 (ENSCHAG00000026513) #15 evx2 (ENSCHAG00000026552) #16 lnpa (ENSCHAG00000026554) #17 atp5mc3a (ENSCHAG00000026561) ##20 ATF2 (ENSCHAG00000026576) #21 ENSCHAG00000026584 chn1 (ENSCHAG00000026589) ##22 CHRNA1 (ENSCHAG00000026594) #23 ENSCHAG00000026608 GPR155 (ENSCHAG00000026613) #25 ENSCHAG00000026617 PDK1 (ENSCHAG00000026633) ITGA6 (ENSCHAG00000026661) dlx2a (ENSCHAG00000026770) dlx1a (ENSCHAG00000026772) hat1 (ENSCHAG00000026776) SLC25A12 (ENSCHAG00000026856) dync1i2a (ENSCHAG00000027302) ENSCHAG00000027540 BZW1 (ENSCHAG00000027546) DHDH (ENSCHAG00000027552) MYO1B (ENSCHAG00000027596) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b.f ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308 #13 ENSGT00940000159938 #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00940000161025 #16 ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156851.d.d #23 ENSGT00910000144296.c #24 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000155099.k.a #30 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ENSGT00390000007069 Channel catfish MODERN SPECIES 25 AGPS (ENSIPUG00000019647) nfe2l2 (ENSIPUG00000019775) RO32 (ENSIPUG00000019815) ENSIPUG00000019858 hoxd3 (ENSIPUG00000019869) #8 hoxd4 (ENSIPUG00000019877) #9 hoxd9 (ENSIPUG00000019882) #11 hoxd10a (ENSIPUG00000019897) #12 hoxd11a (ENSIPUG00000019900) #13 hoxd12a (ENSIPUG00000019903) #14 HOXD13 (ENSIPUG00000019917) #15 evx2 (ENSIPUG00000019922) #16 kiaa1715 (ENSIPUG00000019939) #17 AT5G3 (ENSIPUG00000019955) atf2 (ENSIPUG00000019996) #21 chn1 (ENSIPUG00000020028) ##22 CHRNA1 (ENSIPUG00000020045) #23 wipf1a (ENSIPUG00000020061) #24 gpr155 (ENSIPUG00000020087) #25 scrn3 (ENSIPUG00000020115) #26 CIR1 (ENSIPUG00000020130) #27 sp9 (ENSIPUG00000020158) #28 sp3 (ENSIPUG00000020163) #30 cdca7 (ENSIPUG00000020194) #31 ENSIPUG00000020210 rapgef4 (ENSIPUG00000020303) #34 ENSIPUG00000020424 PDK1 (ENSIPUG00000020464) SLC25A12 (ENSIPUG00000020486) Dync1i2 (ENSIPUG00000020518) hat1 (ENSIPUG00000020597) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 11 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(ENSCCRG00000032601) dlx1a (ENSCCRG00000081573) dlx2a (ENSCCRG00000070912) Goldfish MODERN SPECIES 49 ENSCARG00000052770 ENSCARG00000052801 agps (ENSCARG00000052897) nfe2l2a (ENSCARG00000053298) hnrnpa3 (ENSCARG00000053330) hoxd3a (ENSCARG00000053452) #8 hoxd4a (ENSCARG00000053463) #9 hoxd9a (ENSCARG00000053478) #11 hoxd10a (ENSCARG00000053495) #12 hoxd11a (ENSCARG00000053512) #13 hoxd12a (ENSCARG00000053524) #14 evx2 (ENSCARG00000053531) #16 lnpa (ENSCARG00000053555) #17 ENSCARG00000053591 ATF2 (ENSCARG00000053707) #21 chn1 (ENSCARG00000053986) ##22 wipf1a (ENSCARG00000054142) #24 GPR155 (ENSCARG00000054194) #25 scrn3 (ENSCARG00000054593) #26 CIR1 (ENSCARG00000054627) #27 sp9 (ENSCARG00000054640) #28 sp3a (ENSCARG00000054660) #30 cdca7a (ENSCARG00000054678) #31 MAP3K20 (ENSCARG00000054704) #32 RAPGEF4 (ENSCARG00000054818) #34 ENSCARG00000055334 dync1i2a (ENSCARG00000055508) hat1 (ENSCARG00000056171) dlx1a (ENSCARG00000056451) dlx2a (ENSCARG00000056463) ITGA6 (ENSCARG00000056600) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 210 ENSGT00940000156112.a ENSGT00950000182892.a.a.b.f.a ENSGT00940000156112.b ENSGT00950000182892.a.a.b.f.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #8 ENSGT00940000157270 #9 ENSGT00940000161503.a.b #11 ENSGT00940000158266 #12 ENSGT00940000161308.a.a #13 ENSGT00940000159938.d #14 ENSGT00940000161457 #15 ENSGT00390000001859.e.a #17 ENSGT00940000154298.b.b ##20 ENSGT00940000156582.o.a #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a.a.b ##22 ENSGT00910000144296.c.a #24 ENSGT00390000004153.c.a #25 ENSGT00390000013474.a.k #26 ENSGT00730000111135.n #27 ENSGT00940000162304.d #28 ENSGT00940000155436.u #31 ENSGT00940000161352.f.a.b #32 ENSGT00940000156075.a.a.f #34 ENSGT00940000164127.a.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.b.b.a.b ENSGT00390000007069.b ENSGT00940000160029 ENSGT00940000160127.g.b ENSGT00940000155353.a.a.a.a Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 391 ENSGT00390000001859.e.a #17 ENSGT00940000154298.b.b ##20 ENSGT00940000156582.o.a #21 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a.a.b ##22 ENSGT00910000144296.c.a #24 ENSGT00390000004153.c.a #25 ENSGT00390000013474.a.k #26 ENSGT00730000111135.n #27 ENSGT00940000162304.d #28 ENSGT00940000155099.k.a.b #30 ENSGT00940000155436.u #31 ENSGT00940000161352.f.a.b #32 ENSGT00940000156075.a.a.f #34 ENSGT00940000164127.a.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.b.b.a.a.b ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.b.b.a.b ENSGT00940000155442.o.e.b ENSGT00390000007069.b Common carp reference MODERN SPECIES 41 ENSCCRG00000045287 rbm45 (ENSCCRG00000024120) ENSCCRG00000064769 nfe2l2a (ENSCCRG00000048803) AGPS (ENSCCRG00000015291) hoxd3a (ENSCCRG00000002183) #8 hoxd9a (ENSCCRG00000044522) #11 hoxd10a (ENSCCRG00000055507) #12 hoxd11a (ENSCCRG00000044502) #13 hoxd12a (ENSCCRG00000044499) #14 hoxd13a (ENSCCRG00000044492) evx2 (ENSCCRG00000074291) #16 lnpa (ENSCCRG00000040872) #17 atp5mc3a (ENSCCRG00000076700) ##20 ATF2 (ENSCCRG00000074915) #21 chn1 (ENSCCRG00000035748) ##22 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(ENSCARG00000043082) #28 sp3a (ENSCARG00000043040) #30 cdca7a (ENSCARG00000042997) #31 ENSCARG00000042987 MAP3K20 (ENSCARG00000042934) #32 RAPGEF4 (ENSCARG00000039080) #34 ENSCARG00000038901 PDK1 (ENSCARG00000035315) ENSCARG00000035254 ENSCARG00000035250 ENSCARG00000035246 ENSCARG00000035242 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a.b ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a.b ##22 Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 99 hoxd3a (ENSSGRG00000049117) #8 hoxd4a (ENSSGRG00000049118) #9 hoxd9a (ENSSGRG00000049119) #11 hoxd10a (ENSSGRG00000049120) #12 hoxd11a (ENSSGRG00000049121) #13 hoxd12a (ENSSGRG00000049122) #14 ENSSGRG00000049123 #15 lnpa (ENSSGRG00000049124) #17 ENSSGRG00000049125 atp5mc3a (ENSSGRG00000049126) ##20 ATF2 (ENSSGRG00000049146) #21 chn1 (ENSSGRG00000049155) ##22 ENSSGRG00000049158 GPR155 (ENSSGRG00000049159) #25 scrn3 (ENSSGRG00000049160) #26 sp9 (ENSSGRG00000049162) #28 sp3a (ENSSGRG00000049164) #30 MAP3K20 (ENSSGRG00000049167) #32 RAPGEF4 (ENSSGRG00000049190) #34 ENSSGRG00000049191 PDK1 (ENSSGRG00000049204) ENSSGRG00000049249 ENSSGRG00000049282 dync1i2a (ENSSGRG00000049528) hat1 (ENSSGRG00000049874) dlx1a (ENSSGRG00000049968) dlx2a (ENSSGRG00000049970) Golden-line barbel MODERN SPECIES 289 ENSSGRG00000039623 agps (ENSSGRG00000039571) nfe2l2a (ENSSGRG00000039415) hnrnpa3 (ENSSGRG00000039410) hoxd3a (ENSSGRG00000039408) #8 hoxd4a (ENSSGRG00000039405) #9 hoxd9a (ENSSGRG00000039404) #11 ENSSGRG00000039402 hoxd11a (ENSSGRG00000039401) #13 hoxd12a (ENSSGRG00000039400) #14 hoxd13a (ENSSGRG00000039398) lnpa (ENSSGRG00000039397) #17 ENSSGRG00000039396 ENSSGRG00000039395 #21 ATF2 (ENSSGRG00000039394) #21 chn1 (ENSSGRG00000039383) ##22 wipf1a (ENSSGRG00000039382) #24 GPR155 (ENSSGRG00000039376) #25 scrn3 (ENSSGRG00000039363) #26 CIR1 (ENSSGRG00000039355) #27 sp9 (ENSSGRG00000039353) #28 sp3a (ENSSGRG00000039325) #30 cdca7a (ENSSGRG00000039321) #31 ENSSGRG00000039319 Zebrafish MODERN SPECIES 24 agps (ENSDARG00000042821) nfe2l2a (ENSDARG00000042824) hnrnpa3 (ENSDARG00000059351) hoxd3a (ENSDARG00000059280) #8 hoxd4a (ENSDARG00000059276) #9 hoxd9a (ENSDARG00000059274) #11 hoxd10a (ENSDARG00000057859) #12 hoxd11a (ENSDARG00000059267) #13 hoxd12a (ENSDARG00000059263) #14 hoxd13a (ENSDARG00000059256) evx2 (ENSDARG00000059255) #16 lnpa (ENSDARG00000115902) #17 ENSDARG00000063646 #17 atp5mc3a (ENSDARG00000017775) ##20 ATF2 (ENSDARG00000023903) #21 chn1 (ENSDARG00000101735) ##22 wipf1a (ENSDARG00000104300) #24 GPR155 (ENSDARG00000090804) #25 scrn3 (ENSDARG00000016611) #26 CIR1 (ENSDARG00000099733) #27 sp9 (ENSDARG00000099374) #28 sp3a (ENSDARG00000001549) #30 cdca7a (ENSDARG00000077620) #31 map3k20a (ENSDARG00000006978) #32 RAPGEF4 (ENSDARG00000079872) #34 ENSDARG00000093284 ENSDARG00000063580 PDK1 (ENSDARG00000013128) ftr52p (ENSDARG00000011652) dync1i2a (ENSDARG00000078386) hat1 (ENSDARG00000034916) Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 79 ENSCING00000015951 ENSCING00000000533 ENSCING00000015947 ##22 ENSCING00000015943 ENSCING00000015940 ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Lamprey MODERN SPECIES 2074 CHN2 (ENSPMAG00000006151) ##22 Hagfish MODERN SPECIES 1466 ENSEBUG00000007114 ENSEBUG00000007989 ENSEBUG00000010908 cycsb (ENSEBUG00000008634) ENSEBUG00000003124 ENSEBUG00000010342 ENSEBUG00000009180 CHN2 (ENSEBUG00000008560) ##22 chrna1 (ENSEBUG00000004044) #23 ENSEBUG00000002639 chrna1 (ENSEBUG00000013820) #23 ENSEBUG00000001964 ENSEBUG00000002959 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 Elephant shark MODERN SPECIES 1564 hoxa5a (ENSCMIG00000006838) HOXA6 (ENSCMIG00000006837) HOXA7 (ENSCMIG00000006836) ENSCMIG00000006832 hoxa10b (ENSCMIG00000006830) hoxa13b (ENSCMIG00000006824) evx1 (ENSCMIG00000006819) ENSCMIG00000006816 hibadhb (ENSCMIG00000006809) tax1bp1b (ENSCMIG00000006795) JAZF1 (ENSCMIG00000006787) ENSCMIG00000006783 CREB5 (ENSCMIG00000006781) TRIL (ENSCMIG00000006779) cpvl (ENSCMIG00000006765) CHN2 (ENSCMIG00000006752) ##22 prr15 (ENSCMIG00000006743) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000155261 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000009313 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000156458 ENSGT00940000164283.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000009313 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000009313 Spotted gar MODERN SPECIES 649 satb1a (ENSLOCG00000006524) tbc1d5 (ENSLOCG00000006501) PLCL2 (ENSLOCG00000006475) dazl (ENSLOCG00000006452) RFTN1 (ENSLOCG00000006436) oxnad1 (ENSLOCG00000006425) ints8 (ENSLOCG00000006404) ccne2 (ENSLOCG00000006388) tp53inp1 (ENSLOCG00000006359) nagpa (ENSLOCG00000006341) ENSLOCG00000006333 ENSLOCG00000006314 ENSLOCG00000006294 ENSLOCG00000006274 rbm24b (ENSLOCG00000006244) CHN2 (ENSLOCG00000006208) ##22 ENSLOCG00000018331 WIPF3 (ENSLOCG00000006162) fkbp14 (ENSLOCG00000006139) plekha8 (ENSLOCG00000006111) COLQ (ENSLOCG00000006099) hacl1 (ENSLOCG00000006085) btd (ENSLOCG00000006069) ANKRD28 (ENSLOCG00000006030) GALNT15 (ENSLOCG00000006018) ENSLOCG00000006002 ENSLOCG00000005972 DPY19L4 (ENSLOCG00000005956) gbp (ENSLOCG00000018330) KCNV1 (ENSLOCG00000005940) dek (ENSLOCG00000005923) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.a ENSGT00390000001859.e #17 ENSGT00940000154298.b.b ##20 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.a ENSGT00950000182856.a.a.a ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000161409 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157858.i ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00940000163428.b.b ENSGT00940000163281.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000155287 ENSGT00390000010355 ENSGT00940000182167 ENSGT00980000198774 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.a ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00940000163428.b.b ENSGT00940000163281.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000155287 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 166 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.b ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.a ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 Denticle herring MODERN SPECIES 15 gsdmeb (ENSDCDG00000001683) OSBPL3 (ENSDCDG00000001362) C7orf31 (ENSDCDG00000001314) ENSDCDG00000001310 cbx3b (ENSDCDG00000001306) snx10b (ENSDCDG00000001291) skap2 (ENSDCDG00000001259) ENSDCDG00000001250 hoxa11b (ENSDCDG00000001236) hoxa13b (ENSDCDG00000001227) hibadhb (ENSDCDG00000001155) tax1bp1b (ENSDCDG00000001131) JAZF1 (ENSDCDG00000001120) CREB5 (ENSDCDG00000001114) cpvl (ENSDCDG00000001071) CHN2 (ENSDCDG00000000940) ##22 ENSDCDG00000000907 fkbp14 (ENSDCDG00000000901) plekha8 (ENSDCDG00000000889) COLQ (ENSDCDG00000000876) hacl1 (ENSDCDG00000000855) DNAH5 (ENSDCDG00000000794) TMEM14C (ENSDCDG00000000765) mboat1 (ENSDCDG00000000702) ENSDCDG00000000680 ENSDCDG00000000676 CDKAL1 (ENSDCDG00000000592) sox4b (ENSDCDG00000000547) nrsn1 (ENSDCDG00000000539) DCDC2 (ENSDCDG00000000532) slc6a3 (ENSDCDG00000000384) Atlantic herring MODERN SPECIES 2 snx10b (ENSCHAG00000014363) skap2 (ENSCHAG00000014226) ENSCHAG00000014202 hoxa9b (ENSCHAG00000014197) hoxa10b (ENSCHAG00000014186) hoxa11b (ENSCHAG00000014172) hoxa13b (ENSCHAG00000014169) hibadhb (ENSCHAG00000014145) HIBADH (ENSCHAG00000014100) ENSCHAG00000014085 tax1bp1b (ENSCHAG00000014048) JAZF1 (ENSCHAG00000014005) JAZF1 (ENSCHAG00000013929) CREB5 (ENSCHAG00000013853) cpvl (ENSCHAG00000013681) CHN2 (ENSCHAG00000013577) ##22 ENSCHAG00000013561 fkbp14 (ENSCHAG00000013529) ENSCHAG00000013504 ENSCHAG00000013499 hacl1 (ENSCHAG00000012728) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.a ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT01060000253044 ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000166052 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(ENSIPUG00000003129) hoxa2 (ENSIPUG00000003104) hoxa9b (ENSIPUG00000003099) hoxa10 (ENSIPUG00000003081) hoxa11 (ENSIPUG00000003074) hoxa13b (ENSIPUG00000003037) hibadh (ENSIPUG00000003016) tax1bp1 (ENSIPUG00000002965) jazf1 (ENSIPUG00000002919) ENSIPUG00000002901 creb5 (ENSIPUG00000002879) CPVL (ENSIPUG00000002845) chn2 (ENSIPUG00000002792) ##22 ENSIPUG00000002780 FKBP14 (ENSIPUG00000002766) plekha8 (ENSIPUG00000002723) colq (ENSIPUG00000002698) hacl1 (ENSIPUG00000002681) ENSIPUG00000002675 ankrd28 (ENSIPUG00000002544) ahr (ENSIPUG00000002501) hdac9b (ENSIPUG00000002452) twist1 (ENSIPUG00000002432) hbae (ENSIPUG00000002404) hbb (ENSIPUG00000002316) ENSIPUG00000002297 macc1 (ENSIPUG00000002290) ENSIPUG00000002262 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.a ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 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ENSGT00940000154022.a.b ENSGT00390000011619 ENSGT00940000158454 ENSGT00940000165573 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT00940000155957.a.a ENSGT00940000165630.c ENSGT00940000166701.b ENSGT00940000156007.l.h ENSGT00390000017856.a.l ENSGT00940000155029.c.a.e.a.a ENSGT00940000164628.s ENSGT00940000163268.d.a.a ENSGT00940000158311.b.b ENSGT00940000164071.b.a.a ENSGT00940000155255.bb ENSGT00950000183025.b.a.`b.a ENSGT00390000003635.h.c ENSGT00940000156420.a.a.g ENSGT00940000159498.a ENSGT01030000234635.a.b.a.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b.a.a ENSGT00940000157858.i.b ENSGT00940000157288.n ENSGT00940000157248.c.a.a ENSGT00940000156802 ENSGT00940000178869 ENSGT00950000182908.C.b.b ENSGT00940000154486.b.a.b.b ENSGT00940000166341.v.b ENSGT00940000163428.b.a.i.a ENSGT00940000163281.a.a ENSGT00390000013151.a.b.i ENSGT00940000155287 ENSGT00940000162033.a.a.b ENSGT00940000158880 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155957.a.a ENSGT00940000165630.c 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ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000166052 ENSGT00940000162033.a.a.c ENSGT00940000161340 Atlantic salmon MODERN SPECIES 11 ENSSSAG00000097995 ENSSSAG00000015454 skap2 (ENSSSAG00000009565) ENSSSAG00000085203 hoxa2b (ENSSSAG00000002095) hoxa9b (ENSSSAG00000109601) ENSSSAG00000091880 hoxa13b (ENSSSAG00000085061) TAX1BP1 (ENSSSAG00000047203) hibadhb (ENSSSAG00000120765) JAZF1 (ENSSSAG00000099095) ENSSSAG00000093041 ENSSSAG00000068078 CREB5 (ENSSSAG00000120433) cpvl (ENSSSAG00000061125) CHN2 (ENSSSAG00000042862) ##22 ENSSSAG00000121332 plekha8 (ENSSSAG00000004260) ENSSSAG00000083007 hacl1 (ENSSSAG00000093636) ENSSSAG00000096834 ENSSSAG00000088450 ENSSSAG00000003783 hdac9b (ENSSSAG00000102432) ENSSSAG00000112961 ENSSSAG00000117057 twst2 (ENSSSAG00000094926) macc1 (ENSSSAG00000083782) ABCB5 (ENSSSAG00000060932) sp8b (ENSSSAG00000061738) ENSSSAG00000090477 River trout MODERN SPECIES 420 cbx3b (ENSSTUG00000034690) ENSSTUG00000034696 skap2 (ENSSTUG00000034707) hoxa2b (ENSSTUG00000034732) hoxa9b 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ENSGT00390000003368 ENSGT00940000156420.a.a.c ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000157858.i.i ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341.f ENSGT00940000163428.b.a.a ENSGT00940000163281.a.c ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000166052 ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000155137.a.a Oncorhynchus_a DUPLICATION Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a.c ##22 Coho salmon DUPLICATION Coho salmon MODERN SPECIES 31 ENSOKIG00005050381 skap2 (ENSOKIG00005050372) hoxa2b (ENSOKIG00005050366) hoxa9b (ENSOKIG00005050361) ENSOKIG00005050359 hoxa11b (ENSOKIG00005050356) hoxa13b (ENSOKIG00005050354) hibadhb (ENSOKIG00005050338) JAZF1 (ENSOKIG00005050330) tax1bp1b (ENSOKIG00005050315) sycp1 (ENSOKIG00005050301) CREB5 (ENSOKIG00005050290) ENSOKIG00005050281 ##22 CREB5 (ENSOKIG00005050277) cpvl (ENSOKIG00005050225) CHN2 (ENSOKIG00005050170) ##22 ENSOKIG00005050152 ENSOKIG00005050149 fkbp14 (ENSOKIG00005050143) ENSOKIG00005050140 plekha8 (ENSOKIG00005050128) hacl1 (ENSOKIG00005050053) ANKRD28 (ENSOKIG00005049730) ahr1a (ENSOKIG00005049511) hdac9b (ENSOKIG00005049459) ENSOKIG00005049443 ENSOKIG00005049434 macc1 (ENSOKIG00005049429) ENSOKIG00005048046 sp8b (ENSOKIG00005047774) ENSOKIG00005047762 Coho salmon MODERN SPECIES 31 cbx3b (ENSOKIG00005050391) snx10b (ENSOKIG00005050387) ENSOKIG00005050383 ENSOKIG00005050381 skap2 (ENSOKIG00005050372) hoxa2b (ENSOKIG00005050366) hoxa9b (ENSOKIG00005050361) ENSOKIG00005050359 hoxa11b (ENSOKIG00005050356) hoxa13b (ENSOKIG00005050354) hibadhb (ENSOKIG00005050338) JAZF1 (ENSOKIG00005050330) tax1bp1b (ENSOKIG00005050315) sycp1 (ENSOKIG00005050301) CREB5 (ENSOKIG00005050290) ENSOKIG00005050281 ##22 CREB5 (ENSOKIG00005050277) cpvl (ENSOKIG00005050225) CHN2 (ENSOKIG00005050170) ##22 ENSOKIG00005050152 ENSOKIG00005050149 fkbp14 (ENSOKIG00005050143) ENSOKIG00005050140 plekha8 (ENSOKIG00005050128) hacl1 (ENSOKIG00005050053) ANKRD28 (ENSOKIG00005049730) ahr1a (ENSOKIG00005049511) hdac9b (ENSOKIG00005049459) ENSOKIG00005049443 ENSOKIG00005049434 macc1 (ENSOKIG00005049429) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b.c ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.g.d ENSGT00390000003368 ENSGT00940000156420.a.a.c ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a.d ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000157858.i.j ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858.i.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341.e Chinook salmon MODERN SPECIES 22 ccn4b (ENSOTSG00005005245) ccn4b (ENSOTSG00005005258) ENSOTSG00005005260 ENSOTSG00005005262 dync1i1 (ENSOTSG00005005265) ZFAT (ENSOTSG00005005272) rbfa (ENSOTSG00005005322) adnp2a (ENSOTSG00005005325) ENSOTSG00005005326 zgc:136493 (ENSOTSG00005005327) ENSOTSG00005005329 has2 (ENSOTSG00005005330) ENSOTSG00005005333 ENSOTSG00005000221 cpvl (ENSOTSG00005000262) CHN2 (ENSOTSG00005000314) ##22 ENSOTSG00005000326 ENSOTSG00005000327 fkbp14 (ENSOTSG00005000331) plekha8 (ENSOTSG00005000337) COLQ (ENSOTSG00005000342) hacl1 (ENSOTSG00005000344) ENSOTSG00005000346 ENSOTSG00005000349 ENSOTSG00005000350 ENSOTSG00005000352 ENSOTSG00005000354 ANKRD28 (ENSOTSG00005000358) twist1a (ENSOTSG00005000366) ENSOTSG00005000369 macc1 (ENSOTSG00005000374) Coho salmon MODERN SPECIES 668 ENSOKIG00005039550 ##22 ENSOKIG00005039514 fkbp14 (ENSOKIG00005039492) ENSOKIG00005039475 plekha8 (ENSOKIG00005039454) Rainbow trout MODERN SPECIES 11 ENSOMYG00000056728 ENSOMYG00000029171 cbx3b (ENSOMYG00000071084) ENSOMYG00000053803 skap2 (ENSOMYG00000029647) hoxa2b (ENSOMYG00000029726) hoxa9b (ENSOMYG00000025017) ENSOMYG00000028157 hoxa11b 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ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B ENSGT01100000263473.b.a.a.a Oryzias ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b 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ENSGT01100000263473.b.a.a.a Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000155957.a ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B ENSGT01100000263473.b.a.a.a Mangrove rivulus MODERN SPECIES 92 OSBPL3 (ENSKMAG00000014680) ENSKMAG00000014733 cbx3b (ENSKMAG00000014869) snx10b (ENSKMAG00000014891) skap2 (ENSKMAG00000014915) hoxa2b (ENSKMAG00000014967) hoxa9b (ENSKMAG00000014986) 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ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B ENSGT01100000263473.b.a.a.a Sheepshead minnow MODERN SPECIES 114 ENSCVAG00000012030 ENSCVAG00000012089 cbx3b (ENSCVAG00000012103) snx10b (ENSCVAG00000012117) skap2 (ENSCVAG00000012131) hoxa2b (ENSCVAG00000012133) hoxa9b (ENSCVAG00000012142) ENSCVAG00000012147 hoxa11b (ENSCVAG00000012150) hoxa13b (ENSCVAG00000012158) hibadhb (ENSCVAG00000012164) tax1bp1b (ENSCVAG00000012188) JAZF1 (ENSCVAG00000012204) CREB5 (ENSCVAG00000012236) cpvl (ENSCVAG00000012267) CHN2 (ENSCVAG00000012319) ##22 fkbp14 (ENSCVAG00000012339) plekha8 (ENSCVAG00000012388) COLQ (ENSCVAG00000012396) hacl1 (ENSCVAG00000012437) ANKRD28 (ENSCVAG00000012490) hdac9b (ENSCVAG00000012568) twist1b (ENSCVAG00000012651) 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rxrbb (ENSFHEG00000014238) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.b ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.b Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a 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Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 444 ENSHBUG00000017494 ENSHBUG00000017501 cbx3b (ENSHBUG00000017511) snx10b (ENSHBUG00000017519) skap2 (ENSHBUG00000017527) hoxa2b (ENSHBUG00000017536) hoxa9b (ENSHBUG00000017541) ENSHBUG00000017556 hoxa11b (ENSHBUG00000017560) 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ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B P. nyererei MODERN SPECIES 379 ENSPNYG00000015501 ENSPNYG00000015381 cbx3b (ENSPNYG00000015359) snx10b (ENSPNYG00000015345) skap2 (ENSPNYG00000015241) hoxa2b (ENSPNYG00000015186) hoxa9b (ENSPNYG00000015171) ENSPNYG00000015144 hoxa11b (ENSPNYG00000015136) hoxa13b (ENSPNYG00000015087) hibadhb (ENSPNYG00000015054) tax1bp1b (ENSPNYG00000014959) JAZF1 (ENSPNYG00000014932) CREB5 (ENSPNYG00000014903) cpvl (ENSPNYG00000014875) CHN2 (ENSPNYG00000014857) ##22 fkbp14 (ENSPNYG00000014830) plekha8 (ENSPNYG00000014782) COLQ (ENSPNYG00000014683) hacl1 (ENSPNYG00000014606) ANKRD28 (ENSPNYG00000014481) hdac9b (ENSPNYG00000014404) twist1b (ENSPNYG00000014358) macc1 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ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Orange clownfish MODERN SPECIES 21 ENSAPEG00000010406 ENSAPEG00000010467 cbx3b (ENSAPEG00000010544) snx10b (ENSAPEG00000010549) skap2 (ENSAPEG00000010559) hoxa2b (ENSAPEG00000010631) ENSAPEG00000010652 hoxa11b (ENSAPEG00000010686) hoxa13b (ENSAPEG00000010694) hibadhb (ENSAPEG00000010821) tax1bp1b (ENSAPEG00000010863) JAZF1 (ENSAPEG00000010953) ENSAPEG00000010975 CREB5 (ENSAPEG00000010990) cpvl (ENSAPEG00000011142) CHN2 (ENSAPEG00000011217) ##22 fkbp14 (ENSAPEG00000011268) plekha8 (ENSAPEG00000011298) COLQ (ENSAPEG00000011370) hacl1 (ENSAPEG00000011431) ANKRD28 (ENSAPEG00000011524) hdac9b 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SLC6A18 (ENSAOCG00000004542) slc6a19b (ENSAOCG00000004568) ENSAOCG00000004580 Spiny chromis MODERN SPECIES 194 ENSAPOG00000017983 cbx3b (ENSAPOG00000017883) snx10b (ENSAPOG00000017871) skap2 (ENSAPOG00000017825) hoxa2b (ENSAPOG00000017752) hoxa9b (ENSAPOG00000017744) ENSAPOG00000017706 hoxa11b (ENSAPOG00000017683) hoxa13b (ENSAPOG00000017602) hibadhb (ENSAPOG00000017541) tax1bp1b (ENSAPOG00000017500) JAZF1 (ENSAPOG00000017474) CREB5 (ENSAPOG00000017445) cpvl (ENSAPOG00000000472) cpvl (ENSAPOG00000017366) CHN2 (ENSAPOG00000017355) ##22 fkbp14 (ENSAPOG00000017291) plekha8 (ENSAPOG00000017273) COLQ (ENSAPOG00000017255) hacl1 (ENSAPOG00000017232) ANKRD28 (ENSAPOG00000017221) hdac9b (ENSAPOG00000017075) twist1b (ENSAPOG00000016998) macc1 (ENSAPOG00000016938) sp8b (ENSAPOG00000016930) ENSAPOG00000016913 DNAH11 (ENSAPOG00000016847) RAPGEF5 (ENSAPOG00000016598) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 945 ENSSPAG00000012509 ENSSPAG00000012543 cbx3b (ENSSPAG00000012709) snx10b (ENSSPAG00000012728) 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ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.b Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Carangaria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l 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ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802.q ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Seriola ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000178953 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802.q ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 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amberjack MODERN SPECIES 2583 ENSSLDG00000015068 ENSSLDG00000015024 cbx3b (ENSSLDG00000015003) snx10b (ENSSLDG00000014993) skap2 (ENSSLDG00000014966) hoxa2b (ENSSLDG00000014909) hoxa9b (ENSSLDG00000014900) ENSSLDG00000014879 hoxa11b (ENSSLDG00000014872) hoxa13b (ENSSLDG00000014863) hibadhb (ENSSLDG00000014828) tax1bp1b (ENSSLDG00000014804) JAZF1 (ENSSLDG00000014789) CREB5 (ENSSLDG00000014760) cpvl (ENSSLDG00000014724) CHN2 (ENSSLDG00000014703) ##22 fkbp14 (ENSSLDG00000014589) plekha8 (ENSSLDG00000014564) COLQ (ENSSLDG00000014536) hacl1 (ENSSLDG00000014503) ENSSLDG00000014484 Barramundi perch MODERN SPECIES 17 ENSLCAG00010011822 ENSLCAG00010011810 cbx3b (ENSLCAG00010011802) snx10b (ENSLCAG00010011798) skap2 (ENSLCAG00010011794) hoxa2b (ENSLCAG00010011791) hoxa9b (ENSLCAG00010011789) ENSLCAG00010011786 hoxa11b (ENSLCAG00010011784) hoxa13b (ENSLCAG00010011777) hibadhb (ENSLCAG00010011766) tax1bp1b (ENSLCAG00010011753) JAZF1 (ENSLCAG00010011748) CREB5 (ENSLCAG00010011737) cpvl (ENSLCAG00010011717) CHN2 (ENSLCAG00010011703) ##22 fkbp14 (ENSLCAG00010011697) plekha8 (ENSLCAG00010011690) COLQ (ENSLCAG00010011685) hacl1 (ENSLCAG00010011623) ANKRD28 (ENSLCAG00010010440) hdac9b (ENSLCAG00010010199) twist1b (ENSLCAG00010010187) macc1 (ENSLCAG00010010184) sp8b (ENSLCAG00010010178) DNAH11 (ENSLCAG00010009391) RAPGEF5 (ENSLCAG00010009115) ENSLCAG00010009105 ENSLCAG00010009103 SLC6A18 (ENSLCAG00010009083) slc6a19b (ENSLCAG00010009062) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B Turbot MODERN SPECIES ENSSMAG00000020269 ENSSMAG00000020274 cbx3b (ENSSMAG00000029813) skap2 (ENSSMAG00000020291) snx10b (ENSSMAG00000020285) hoxa2b (ENSSMAG00000020316) hoxa9b (ENSSMAG00000000069) ENSSMAG00000000071 hoxa11b (ENSSMAG00000000072) hoxa13b (ENSSMAG00000000073) hibadhb (ENSSMAG00000000075) tax1bp1b (ENSSMAG00000000076) JAZF1 (ENSSMAG00000000079) CREB5 (ENSSMAG00000000081) cpvl (ENSSMAG00000000083) CHN2 (ENSSMAG00000000085) ##22 fkbp14 (ENSSMAG00000000089) plekha8 (ENSSMAG00000000090) COLQ (ENSSMAG00000000096) hacl1 (ENSSMAG00000000099) ANKRD28 (ENSSMAG00000000101) hdac9b (ENSSMAG00000000130) twist1b (ENSSMAG00000000162) macc1 (ENSSMAG00000000165) sp8b (ENSSMAG00000000167) DNAH11 (ENSSMAG00000000170) ENSSMAG00000000208 ENSSMAG00000036567 ENSSMAG00000035029 ENSSMAG00000000224 ENSSMAG00000000234 Tongue sole MODERN SPECIES 4 ENSCSEG00000004746 ENSCSEG00000004752 cbx3b (ENSCSEG00000004761) snx10b (ENSCSEG00000004763) skap2 (ENSCSEG00000004771) hoxa2b (ENSCSEG00000004781) hoxa9b (ENSCSEG00000004783) ENSCSEG00000004785 hoxa11b (ENSCSEG00000004788) hoxa13b (ENSCSEG00000004792) hibadhb (ENSCSEG00000004801) tax1bp1b (ENSCSEG00000004813) JAZF1 (ENSCSEG00000004836) CREB5 (ENSCSEG00000004842) cpvl (ENSCSEG00000004857) CHN2 (ENSCSEG00000004861) ##22 fkbp14 (ENSCSEG00000004873) plekha8 (ENSCSEG00000004876) COLQ (ENSCSEG00000004880) hacl1 (ENSCSEG00000004885) ANKRD28 (ENSCSEG00000004894) hdac9b (ENSCSEG00000004911) twist1b (ENSCSEG00000004923) macc1 (ENSCSEG00000004928) sp8b (ENSCSEG00000004940) ENSCSEG00000004949 ENSCSEG00000004986 ENSCSEG00000004997 ENSCSEG00000004998 slc6a19b (ENSCSEG00000004999) FHOD3 (ENSCSEG00000005007) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B Zig-zag eel MODERN SPECIES 7 ENSMAMG00000013119 ENSMAMG00000013143 cbx3b (ENSMAMG00000028713) snx10b (ENSMAMG00000013344) skap2 (ENSMAMG00000013360) hoxa2b (ENSMAMG00000013414) hoxa9b (ENSMAMG00000013458) ENSMAMG00000013470 hoxa11b (ENSMAMG00000013483) hoxa13b (ENSMAMG00000013489) hibadhb (ENSMAMG00000013563) tax1bp1b (ENSMAMG00000013585) JAZF1 (ENSMAMG00000013626) CREB5 (ENSMAMG00000013658) cpvl (ENSMAMG00000013747) CHN2 (ENSMAMG00000013775) ##22 fkbp14 (ENSMAMG00000024896) plekha8 (ENSMAMG00000013833) COLQ (ENSMAMG00000013993) hacl1 (ENSMAMG00000014027) ANKRD28 (ENSMAMG00000014112) hdac9b (ENSMAMG00000014205) twist1b (ENSMAMG00000014267) macc1 (ENSMAMG00000014319) sp8b (ENSMAMG00000014328) DNAH11 (ENSMAMG00000014344) ENSMAMG00000014490 ENSMAMG00000014575 ENSMAMG00000014586 ENSMAMG00000014726 rxrbb (ENSMAMG00000014664) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B ENSGT00940000155739 Climbing perch MODERN SPECIES 7 ENSATEG00000027748 ENSATEG00000005781 cbx3b (ENSATEG00000005871) snx10b (ENSATEG00000005877) skap2 (ENSATEG00000005895) hoxa2b (ENSATEG00000005962) hoxa9b (ENSATEG00000005978) ENSATEG00000006005 hoxa11b (ENSATEG00000006040) hoxa13b (ENSATEG00000006127) hibadhb (ENSATEG00000006226) tax1bp1b (ENSATEG00000006270) JAZF1 (ENSATEG00000006282) CREB5 (ENSATEG00000006306) cpvl (ENSATEG00000006320) CHN2 (ENSATEG00000006387) ##22 fkbp14 (ENSATEG00000006455) plekha8 (ENSATEG00000006488) COLQ (ENSATEG00000025574) hacl1 (ENSATEG00000006565) ANKRD28 (ENSATEG00000006576) hdac9b (ENSATEG00000006720) twist1b (ENSATEG00000006779) macc1 (ENSATEG00000006829) sp8b (ENSATEG00000006843) DNAH11 (ENSATEG00000006948) ENSATEG00000007586 ENSATEG00000007695 ENSATEG00000007774 rxrbb (ENSATEG00000007788) c4b (ENSATEG00000007852) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 7 ENSBSLG00000022161 ENSBSLG00000022363 cbx3b (ENSBSLG00000022798) snx10b (ENSBSLG00000022820) skap2 (ENSBSLG00000022877) hoxa2b (ENSBSLG00000023087) hoxa9b (ENSBSLG00000023091) ENSBSLG00000023098 hoxa11b (ENSBSLG00000023103) hoxa13b (ENSBSLG00000023107) hibadhb (ENSBSLG00000023113) tax1bp1b (ENSBSLG00000023142) JAZF1 (ENSBSLG00000023176) CREB5 (ENSBSLG00000023199) cpvl (ENSBSLG00000023204) CHN2 (ENSBSLG00000023238) ##22 fkbp14 (ENSBSLG00000023475) plekha8 (ENSBSLG00000023540) COLQ (ENSBSLG00000023554) hacl1 (ENSBSLG00000023602) ANKRD28 (ENSBSLG00000023994) hdac9b (ENSBSLG00000024733) twist1b (ENSBSLG00000024765) macc1 (ENSBSLG00000024774) sp8b (ENSBSLG00000024778) DNAH11 (ENSBSLG00000024801) ENSBSLG00000025395 ENSBSLG00000025413 SLC6A19 (ENSBSLG00000025442) FHOD3 (ENSBSLG00000025484) rxrbb (ENSBSLG00000025583) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 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ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.b Ballan wrasse MODERN SPECIES 101 ENSLBEG00000009699 ENSLBEG00000009627 cbx3b (ENSLBEG00000009482) snx10b (ENSLBEG00000009434) skap2 (ENSLBEG00000009365) hoxa2b (ENSLBEG00000009277) hoxa9b (ENSLBEG00000009261) ENSLBEG00000009239 hoxa11b (ENSLBEG00000009228) hoxa13b (ENSLBEG00000009213) hibadhb (ENSLBEG00000009177) tax1bp1b (ENSLBEG00000009134) JAZF1 (ENSLBEG00000009100) CREB5 (ENSLBEG00000009016) cpvl (ENSLBEG00000008956) CHN2 (ENSLBEG00000008860) ##22 fkbp14 (ENSLBEG00000008801) plekha8 (ENSLBEG00000008747) COLQ (ENSLBEG00000008704) hacl1 (ENSLBEG00000008593) ANKRD28 (ENSLBEG00000008448) hdac9b (ENSLBEG00000008357) twist1b (ENSLBEG00000008337) macc1 (ENSLBEG00000008327) sp8b (ENSLBEG00000008311) DNAH11 (ENSLBEG00000008100) RAPGEF5 (ENSLBEG00000008014) ENSLBEG00000007896 slc6a19b (ENSLBEG00000007772) ENSLBEG00000007744 ENSLBEG00000007721 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Perciformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000154076.A ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l Channel bull blenny MODERN SPECIES 7 ENSCGOG00000024252 ENSCGOG00000024253 cbx3b (ENSCGOG00000024254) snx10b (ENSCGOG00000024257) skap2 (ENSCGOG00000024261) hoxa2b (ENSCGOG00000024268) hoxa9b (ENSCGOG00000024270) ENSCGOG00000001598 hoxa11b (ENSCGOG00000001607) hoxa13b (ENSCGOG00000001628) hibadhb (ENSCGOG00000001639) tax1bp1b (ENSCGOG00000001686) JAZF1 (ENSCGOG00000001692) CREB5 (ENSCGOG00000001700) cpvl (ENSCGOG00000001746) CHN2 (ENSCGOG00000001775) ##22 ENSCGOG00000002023 fkbp14 (ENSCGOG00000002025) plekha8 (ENSCGOG00000002029) COLQ 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ENSSLUG00000000817 ENSSLUG00000000813 ENSSLUG00000000810 RAPGEF5 (ENSSLUG00000000802) ENSSLUG00000000796 SLC6A18 (ENSSLUG00000000785) Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Lumpfish MODERN SPECIES 7 OSBPL3 (ENSCLMG00005008379) ENSCLMG00005008361 ENSCLMG00005008355 cbx3b (ENSCLMG00005008353) snx10b 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ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a European seabass MODERN SPECIES 6 pals2a (ENSDLAG00005013839) OSBPL3 (ENSDLAG00005014842) ENSDLAG00005015884 C7orf31 (ENSDLAG00005015785) snx10b (ENSDLAG00005015985) skap2 (ENSDLAG00005016010) hoxa9b (ENSDLAG00005016040) ENSDLAG00005016047 hoxa11b (ENSDLAG00005034243) hoxa13b (ENSDLAG00005016052) hibadhb (ENSDLAG00005016058) tax1bp1b (ENSDLAG00005016113) JAZF1 (ENSDLAG00005016165) CREB5 (ENSDLAG00005016181) cpvl (ENSDLAG00005016207) CHN2 (ENSDLAG00005016963) ##22 fkbp14 (ENSDLAG00005027101) plekha8 (ENSDLAG00005017284) hacl1 (ENSDLAG00005017349) ENSDLAG00005017437 hdac9b (ENSDLAG00005019085) twist1b (ENSDLAG00005027630) macc1 (ENSDLAG00005019153) sp8b (ENSDLAG00005032957) DNAH11 (ENSDLAG00005004445) ENSDLAG00005005661 ENSDLAG00005006103 ENSDLAG00005006119 slc6a19b (ENSDLAG00005006402) ENSDLAG00005007838 rxrbb (ENSDLAG00005009170) Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 ENSLCRG00005009704 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ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B ENSGT01100000263473.b.a.a.a ENSGT00940000155739.fb Fugu MODERN SPECIES 19 OSBPL3 (ENSTRUG00000014932) ENSTRUG00000028441 ENSTRUG00000015113 cbx3b (ENSTRUG00000015222) snx10b (ENSTRUG00000020672) skap2 (ENSTRUG00000015267) hoxa2b (ENSTRUG00000015327) hoxa9b (ENSTRUG00000021837) hoxa11b (ENSTRUG00000029803) ENSTRUG00000015364 hibadhb (ENSTRUG00000015370) tax1bp1b (ENSTRUG00000015394) JAZF1 (ENSTRUG00000018220) CREB5 (ENSTRUG00000015448) cpvl (ENSTRUG00000015515) CHN2 (ENSTRUG00000015557) ##22 fkbp14 (ENSTRUG00000015596) plekha8 (ENSTRUG00000015600) COLQ (ENSTRUG00000015630) hacl1 (ENSTRUG00000015648) ANKRD28 (ENSTRUG00000015695) hdac9b (ENSTRUG00000015773) ENSTRUG00000028716 twist1 (ENSTRUG00000015797) macc1 (ENSTRUG00000015804) sp8b (ENSTRUG00000015810) RAPGEF5 (ENSTRUG00000015817) ENSTRUG00000015834 FHOD3 (ENSTRUG00000015843) rxrbb (ENSTRUG00000015903) ENSTRUG00000022460 Tetraodon MODERN SPECIES 23 OSBPL3 (ENSTNIG00000018423) ENSTNIG00000018424 cbx3b (ENSTNIG00000018425) snx10b (ENSTNIG00000018426) skap2 (ENSTNIG00000018427) hoxa2b (ENSTNIG00000001768) hoxa9b (ENSTNIG00000001769) ENSTNIG00000001780 hoxa11b (ENSTNIG00000000494) hoxa13b (ENSTNIG00000001781) hibadhb (ENSTNIG00000018428) tax1bp1b (ENSTNIG00000018429) JAZF1 (ENSTNIG00000018430) CREB5 (ENSTNIG00000018431) cpvl (ENSTNIG00000018432) CHN2 (ENSTNIG00000018433) ##22 fkbp14 (ENSTNIG00000018434) plekha8 (ENSTNIG00000018435) COLQ (ENSTNIG00000018436) hacl1 (ENSTNIG00000018437) ANKRD28 (ENSTNIG00000018438) hdac9b (ENSTNIG00000018439) twist1b (ENSTNIG00000018440) macc1 (ENSTNIG00000018441) sp8b (ENSTNIG00000018442) RAPGEF5 (ENSTNIG00000018443) ENSTNIG00000018444 FHOD3 (ENSTNIG00000018445) rxrbb (ENSTNIG00000018446) ENSTNIG00000018447 ENSTNIG00000018448 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 7 ENSMMDG00005019971 ENSMMDG00005019965 cbx3b (ENSMMDG00005019960) snx10b (ENSMMDG00005019958) skap2 (ENSMMDG00005019954) hoxa2b (ENSMMDG00005019951) hoxa9b (ENSMMDG00005019947) ENSMMDG00005019946 hoxa11b (ENSMMDG00005019940) hoxa13b (ENSMMDG00005019936) hibadhb (ENSMMDG00005019882) tax1bp1b (ENSMMDG00005019874) JAZF1 (ENSMMDG00005019868) CREB5 (ENSMMDG00005019865) cpvl (ENSMMDG00005019447) CHN2 (ENSMMDG00005019442) ##22 fkbp14 (ENSMMDG00005019440) plekha8 (ENSMMDG00005019413) COLQ (ENSMMDG00005019402) hacl1 (ENSMMDG00005019372) ANKRD28 (ENSMMDG00005012342) hdac9b (ENSMMDG00005012223) twist1b (ENSMMDG00005012221) macc1 (ENSMMDG00005012219) sp8b (ENSMMDG00005012218) DNAH11 (ENSMMDG00005012062) RAPGEF5 (ENSMMDG00005012031) ENSMMDG00005012023 ENSMMDG00005011770 ENSMMDG00005011757 ENSMMDG00005011756 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.d ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a.f ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255.db ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h.a ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00990000208316 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b.m ENSGT00940000163428.b.b ENSGT00940000163281.a ENSGT00390000013151.a.b.e ENSGT00940000155287 ENSGT00940000166052 ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000157827.h ENSGT00940000158880 P. kingsleyae DUPLICATION P. kingsleyae MODERN SPECIES 161 hoxa2b (ENSPKIG00000000322) HOXA4 (ENSPKIG00000000314) hoxa3a (ENSPKIG00000000306) hoxa5a (ENSPKIG00000000291) HOXA7 (ENSPKIG00000000233) hoxa9a (ENSPKIG00000000219) hoxa10b (ENSPKIG00000000211) hoxa11a 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ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888.b ENSGT00940000157337 ENSGT00390000007888.a ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 Opossum MODERN SPECIES 7 HOXA5 (ENSMODG00000000483) HOXA6 (ENSMODG00000000472) HOXA7 (ENSMODG00000038697) ENSMODG00000051224 HOXA10 (ENSMODG00000000463) HOXA11 (ENSMODG00000000453) HOXA13 (ENSMODG00000000449) EVX1 (ENSMODG00000000447) HIBADH (ENSMODG00000000340) ENSMODG00000000315 JAZF1 (ENSMODG00000000289) ENSMODG00000047548 CREB5 (ENSMODG00000015335) TRIL (ENSMODG00000023951) CPVL (ENSMODG00000015330) CHN2 (ENSMODG00000015321) ##22 ENSMODG00000039368 ENSMODG00000037541 SCRN1 (ENSMODG00000015310) ##26 FKBP14 (ENSMODG00000015306) 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SPECIES 18 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888.b ENSGT00940000157337 ENSGT00390000007888.a ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585.a ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888.b.b ENSGT00940000157337 ENSGT00390000007888.a.a ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1036 ENSVURG00010019706 ENSVURG00010019698 ENSVURG00010019692 ENSVURG00010019687 ENSVURG00010019686 HOXA10 (ENSVURG00010019671) ENSVURG00010019662 ENSVURG00010019656 ENSVURG00010019653 ENSVURG00010019606 ENSVURG00010019563 ENSVURG00010019555 ENSVURG00010019547 ENSVURG00010019537 ENSVURG00010019508 ENSVURG00010018812 ##22 ENSVURG00010018779 ENSVURG00010018768 ENSVURG00010018761 ##26 ENSVURG00010018752 ENSVURG00010018740 ENSVURG00010018732 ENSVURG00010018714 ENSVURG00010018701 ENSVURG00010018692 ENSVURG00010018618 ENSVURG00010018602 ENSVURG00010018595 ENSVURG00010018588 ENSVURG00010018580 ENSVURG00010018578 Common wonbat MODERN SPECIES 1036 ENSVURG00010000272 ENSVURG00010000263 ENSVURG00010000256 ENSVURG00010000250 ENSVURG00010000241 ENSVURG00010000225 ENSVURG00010000215 ENSVURG00010000199 ENSVURG00010000187 ENSVURG00010000176 ENSVURG00010000109 ENSVURG00010000094 ENSVURG00010023109 ENSVURG00010023105 ENSVURG00010023103 ENSVURG00010023062 ##22 ENSVURG00010023054 ENSVURG00010023046 ENSVURG00010023039 ##26 ENSVURG00010023036 ENSVURG00010023031 ENSVURG00010023026 ENSVURG00010023021 ENSVURG00010023007 ENSVURG00010022994 ENSVURG00010022986 ENSVURG00010022980 ENSVURG00010022973 ENSVURG00010022965 ENSVURG00010022957 ENSVURG00010022950 koala MODERN SPECIES 50 HOXA3 (ENSPCIG00000013705) ENSPCIG00000013701 HOXA5 (ENSPCIG00000013698) HOXA6 (ENSPCIG00000037246) HOXA7 (ENSPCIG00000013692) HOXA9 (ENSPCIG00000013689) ENSPCIG00000033721 HOXA11 (ENSPCIG00000013678) HOXA13 (ENSPCIG00000013657) EVX1 (ENSPCIG00000013640) HIBADH 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(ENSMICG00000012974) Bushbaby MODERN SPECIES 143 HOXA4 (ENSOGAG00000028670) HOXA5 (ENSOGAG00000031153) HOXA6 (ENSOGAG00000012384) HOXA7 (ENSOGAG00000032482) HOXA9 (ENSOGAG00000015000) HOXA10 (ENSOGAG00000012385) HOXA11 (ENSOGAG00000012389) HOXA13 (ENSOGAG00000028983) EVX1 (ENSOGAG00000031221) HIBADH (ENSOGAG00000000425) TAX1BP1 (ENSOGAG00000000427) JAZF1 (ENSOGAG00000029759) CREB5 (ENSOGAG00000010246) TRIL (ENSOGAG00000033323) CPVL (ENSOGAG00000000026) CHN2 (ENSOGAG00000005418) ##22 PRR15 (ENSOGAG00000026096) WIPF3 (ENSOGAG00000028020) SCRN1 (ENSOGAG00000011046) ##26 FKBP14 (ENSOGAG00000011049) PLEKHA8 (ENSOGAG00000011052) MTURN (ENSOGAG00000031721) ZNRF2 (ENSOGAG00000033366) ENSOGAG00000027182 NOD1 (ENSOGAG00000031455) GGCT (ENSOGAG00000013316) GARS1 (ENSOGAG00000013321) CRHR2 (ENSOGAG00000013333) INMT (ENSOGAG00000013337) MINDY4 (ENSOGAG00000013343) AQP1 (ENSOGAG00000001908) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 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ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00860000135709 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00860000135709 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288.g ENSGT00940000157288.h ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00860000135709 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288.g ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288.g ENSGT00940000157288.h ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 112 HOXA5 (ENSSBOG00000027127) HOXA6 (ENSSBOG00000026859) HOXA7 (ENSSBOG00000023282) HOXA9 (ENSSBOG00000033572) HOXA10 (ENSSBOG00000033844) HOXA11 (ENSSBOG00000020434) HOXA13 (ENSSBOG00000024071) EVX1 (ENSSBOG00000017478) HIBADH (ENSSBOG00000032980) TAX1BP1 (ENSSBOG00000021153) JAZF1 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ENSGT00940000163338.b.b.c ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00390000016384.f.j.b ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.o ENSGT00390000003635 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00410000028196 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288.e ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 Gorilla MODERN SPECIES 20 HOXA7 (ENSGGOG00000002220) HOXA9 (ENSGGOG00000002222) HOXA10 (ENSGGOG00000002225) HOXA11 (ENSGGOG00000002226) ENSGGOG00000005309 EVX1 (ENSGGOG00000016143) 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ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288.e ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Human MODERN SPECIES 19 HOXA5 (ENSG00000106004) HOXA6 (ENSG00000106006) HOXA7 (ENSG00000122592) HOXA9 (ENSG00000078399) ENSG00000257184 HOXA10 (ENSG00000253293) HOXA11 (ENSG00000005073) HOXA13 (ENSG00000106031) EVX1 (ENSG00000106038) HIBADH (ENSG00000106049) TAX1BP1 (ENSG00000106052) JAZF1 (ENSG00000153814) CREB5 (ENSG00000146592) TRIL (ENSG00000255690) CPVL (ENSG00000106066) CHN2 (ENSG00000106069) ##22 PRR15 (ENSG00000176532) WIPF3 (ENSG00000122574) SCRN1 (ENSG00000136193) ##26 FKBP14 (ENSG00000106080) PLEKHA8 (ENSG00000106086) MTURN (ENSG00000180354) ZNRF2 (ENSG00000180233) NOD1 (ENSG00000106100) GGCT (ENSG00000006625) ENSG00000281039 GARS1 (ENSG00000106105) CRHR2 (ENSG00000106113) INMT (ENSG00000241644) MINDY4 (ENSG00000106125) ENSG00000250424 Pan ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00390000016384.f.j.b ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.o ENSGT00390000003635 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00410000028196 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288.e ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Chimpanzee MODERN SPECIES 20 HOXA7 (ENSPTRG00000019017) ENSPTRG00000049485 HOXA10 (ENSPTRG00000019019) HOXA11 (ENSPTRG00000019020) HOXA13 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ENSPPAG00000038768 CREB5 (ENSPPAG00000030641) ENSPPAG00000037283 TRIL (ENSPPAG00000024310) CPVL (ENSPPAG00000039137) CHN2 (ENSPPAG00000031517) ##22 PRR15 (ENSPPAG00000002015) ENSPPAG00000005671 ENSPPAG00000024726 WIPF3 (ENSPPAG00000005537) SCRN1 (ENSPPAG00000020473) ##26 FKBP14 (ENSPPAG00000019048) PLEKHA8 (ENSPPAG00000037728) ENSPPAG00000039934 ENSPPAG00000037281 NOD1 (ENSPPAG00000028538) GGCT (ENSPPAG00000031715) GARS1 (ENSPPAG00000037266) CRHR2 (ENSPPAG00000039407) INMT (ENSPPAG00000040014) MINDY4 (ENSPPAG00000012354) Orangutan MODERN SPECIES 20 HOXA5 (ENSPPYG00000017703) HOXA6 (ENSPPYG00000017702) HOXA7 (ENSPPYG00000017701) HOXA9 (ENSPPYG00000032755) ENSPPYG00000039324 HOXA11 (ENSPPYG00000017698) HOXA13 (ENSPPYG00000017697) EVX1 (ENSPPYG00000017696) HIBADH (ENSPPYG00000017693) TAX1BP1 (ENSPPYG00000017692) ENSPPYG00000034672 JAZF1 (ENSPPYG00000017691) CREB5 (ENSPPYG00000017688) TRIL (ENSPPYG00000032123) CPVL (ENSPPYG00000017687) CHN2 (ENSPPYG00000017686) ##22 PRR15 (ENSPPYG00000017685) ENSPPYG00000032931 WIPF3 (ENSPPYG00000038632) SCRN1 (ENSPPYG00000017684) ##26 ENSPPYG00000031497 FKBP14 (ENSPPYG00000039452) PLEKHA8 (ENSPPYG00000017682) ENSPPYG00000032107 ZNRF2 (ENSPPYG00000017680) ENSPPYG00000040771 NOD1 (ENSPPYG00000017678) ENSPPYG00000036154 GGCT (ENSPPYG00000017676) ENSPPYG00000006845 GARS1 (ENSPPYG00000017673) Gibbon MODERN SPECIES 7 ENSNLEG00000018316 HOXA11 (ENSNLEG00000014994) ENSNLEG00000014997 ENSNLEG00000035447 EVX1 (ENSNLEG00000015000) HIBADH (ENSNLEG00000015003) ENSNLEG00000031715 TAX1BP1 (ENSNLEG00000015015) JAZF1 (ENSNLEG00000015052) ENSNLEG00000033766 ENSNLEG00000031446 CREB5 (ENSNLEG00000015057) TRIL (ENSNLEG00000031765) CPVL (ENSNLEG00000015062) ENSNLEG00000005359 CHN2 (ENSNLEG00000015081) ##22 PRR15 (ENSNLEG00000034928) ENSNLEG00000015096 SCRN1 (ENSNLEG00000035744) ##26 FKBP14 (ENSNLEG00000029878) PLEKHA8 (ENSNLEG00000015111) ZNRF2 (ENSNLEG00000027608) ENSNLEG00000027614 ENSNLEG00000015141 NOD1 (ENSNLEG00000015142) GGCT (ENSNLEG00000015148) GARS1 (ENSNLEG00000015152) CRHR2 (ENSNLEG00000015171) INMT (ENSNLEG00000015185) MINDY4 (ENSNLEG00000015188) AQP1 (ENSNLEG00000035862) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000163122 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00530000062932.c.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 752 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 676 TRIL (ENSRBIG00000008971) CPVL (ENSRBIG00000038382) CHN2 (ENSRBIG00000044305) ##22 PRR15 (ENSRBIG00000018504) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1588 TRIL (ENSRROG00000011019) CPVL (ENSRROG00000042100) CHN2 (ENSRROG00000040229) ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00420000029792.r ENSGT00940000155255 ENSGT00940000163122 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00530000062932.c.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a Vervet Monkey MODERN SPECIES 13 HOXA4 (ENSCSAG00000014273) HOXA5 (ENSCSAG00000014278) HOXA6 (ENSCSAG00000014287) HOXA7 (ENSCSAG00000014292) HOXA9 (ENSCSAG00000014297) ENSCSAG00000014302 HOXA11 (ENSCSAG00000014310) HOXA13 (ENSCSAG00000014315) EVX1 (ENSCSAG00000014325) ENSCSAG00000019607 HIBADH (ENSCSAG00000014337) TAX1BP1 (ENSCSAG00000014348) JAZF1 (ENSCSAG00000014355) CREB5 (ENSCSAG00000014360) CPVL (ENSCSAG00000014372) CHN2 (ENSCSAG00000014413) ##22 PRR15 (ENSCSAG00000019606) WIPF3 (ENSCSAG00000014442) SCRN1 (ENSCSAG00000014463) ##26 FKBP14 (ENSCSAG00000014478) PLEKHA8 (ENSCSAG00000014494) MTURN (ENSCSAG00000014501) ZNRF2 (ENSCSAG00000014505) NOD1 (ENSCSAG00000014514) GGCT (ENSCSAG00000014526) ENSCSAG00000014560 GARS1 (ENSCSAG00000014588) CRHR2 (ENSCSAG00000014665) INMT (ENSCSAG00000014685) MINDY4 (ENSCSAG00000014753) AQP1 (ENSCSAG00000014769) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00420000029792.r ENSGT00940000155255 ENSGT00940000163122 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00860000135709 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b.a.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 Macaca ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000163122 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00860000135709 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b 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ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 Rhesus MODERN SPECIES 13 HOXA9 (ENSMMUG00000013459) HOXA10 (ENSMMUG00000051571) HOXA11 (ENSMMUG00000055708) HOXA13 (ENSMMUG00000013463) EVX1 (ENSMMUG00000056313) ENSMMUG00000037517 HIBADH (ENSMMUG00000023134) TAX1BP1 (ENSMMUG00000022454) JAZF1 (ENSMMUG00000042360) ENSMMUG00000046993 CREB5 (ENSMMUG00000039317) TRIL (ENSMMUG00000020183) CPVL (ENSMMUG00000020184) ENSMMUG00000059764 ENSMMUG00000053302 CHN2 (ENSMMUG00000008329) ##22 PRR15 (ENSMMUG00000064213) ENSMMUG00000062652 ENSMMUG00000050459 ENSMMUG00000065141 WIPF3 (ENSMMUG00000045852) SCRN1 (ENSMMUG00000016803) ##26 FKBP14 (ENSMMUG00000012528) PLEKHA8 (ENSMMUG00000012529) MTURN (ENSMMUG00000012539) ZNRF2 (ENSMMUG00000012541) NOD1 (ENSMMUG00000012547) GGCT (ENSMMUG00000012550) GARS1 (ENSMMUG00000004719) CRHR2 (ENSMMUG00000011758) INMT (ENSMMUG00000064085) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 13 HOXA9 (ENSMFAG00000041407) HOXA10 (ENSMFAG00000000953) HOXA11 (ENSMFAG00000044467) HOXA13 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mangabey MODERN SPECIES 98 HOXA6 (ENSCATG00000035243) HOXA9 (ENSCATG00000042075) HOXA10 (ENSCATG00000044959) HOXA11 (ENSCATG00000001552) ENSCATG00000034918 HOXA13 (ENSCATG00000037385) EVX1 (ENSCATG00000040260) ENSCATG00000000896 HIBADH (ENSCATG00000041726) ENSCATG00000040606 TAX1BP1 (ENSCATG00000040940) JAZF1 (ENSCATG00000039839) CREB5 (ENSCATG00000039237) TRIL (ENSCATG00000017105) CPVL (ENSCATG00000000641) CHN2 (ENSCATG00000038903) ##22 PRR15 (ENSCATG00000017757) ENSCATG00000044464 WIPF3 (ENSCATG00000040321) SCRN1 (ENSCATG00000043113) ##26 PLEKHA8 (ENSCATG00000029385) FKBP14 (ENSCATG00000031169) MTURN (ENSCATG00000029991) ZNRF2 (ENSCATG00000043935) ENSCATG00000031305 NOD1 (ENSCATG00000038597) GGCT (ENSCATG00000024129) GARS1 (ENSCATG00000036699) CRHR2 (ENSCATG00000044419) INMT (ENSCATG00000032476) MINDY4 (ENSCATG00000005966) Olive baboon MODERN SPECIES 14 HOXA9 (ENSPANG00000025913) HOXA10 (ENSPANG00000021024) HOXA11 (ENSPANG00000026298) HOXA13 (ENSPANG00000030952) EVX1 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ENSGT00940000159858 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 Pika MODERN SPECIES 32 CHN2 (ENSOPRG00000015290) ##22 ENSOPRG00000019168 SCRN1 (ENSOPRG00000015308) ##26 FKBP14 (ENSOPRG00000015316) PLEKHA8 (ENSOPRG00000015322) Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 1 ENSOCUG00000015190 HOXA5 (ENSOCUG00000029580) HOXA7 (ENSOCUG00000015183) HOXA9 (ENSOCUG00000020585) HOXA10 (ENSOCUG00000029439) HOXA11 (ENSOCUG00000015170) HOXA13 (ENSOCUG00000024694) EVX1 (ENSOCUG00000015159) HIBADH (ENSOCUG00000010349) TAX1BP1 (ENSOCUG00000012730) JAZF1 (ENSOCUG00000012738) ENSOCUG00000026115 CREB5 (ENSOCUG00000003639) ENSOCUG00000026897 CPVL (ENSOCUG00000016573) ENSOCUG00000009401 ##22 PRR15 (ENSOCUG00000009403) WIPF3 (ENSOCUG00000000802) SCRN1 (ENSOCUG00000000804) ##26 FKBP14 (ENSOCUG00000000805) PLEKHA8 (ENSOCUG00000000807) ENSOCUG00000036408 ENSOCUG00000036913 ENSOCUG00000039679 NOD1 (ENSOCUG00000005277) GGCT (ENSOCUG00000005280) GARS1 (ENSOCUG00000005295) CRHR2 (ENSOCUG00000024444) ENSOCUG00000023063 INMT (ENSOCUG00000024221) MINDY4 (ENSOCUG00000006022) Rabbit MODERN SPECIES 2 ENSOCUG00000039253 RASA1 (ENSOCUG00000004646) CCNH (ENSOCUG00000004659) ENSOCUG00000035816 ENSOCUG00000033164 TMEM161B (ENSOCUG00000005147) MEF2C (ENSOCUG00000029354) CETN3 (ENSOCUG00000005711) MBLAC2 (ENSOCUG00000026716) ENSOCUG00000010624 LYSMD3 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SPECIES 15 Hoxa4 (MGP_SPRETEiJ_G0029387) Hoxa5 (MGP_SPRETEiJ_G0029388) Hoxa6 (MGP_SPRETEiJ_G0029389) Hoxa7 (MGP_SPRETEiJ_G0029390) Hoxa9 (MGP_SPRETEiJ_G0029391) Hoxa10 (MGP_SPRETEiJ_G0029392) Hoxa11 (MGP_SPRETEiJ_G0029393) MGP_SPRETEiJ_G0029394 Evx1 (MGP_SPRETEiJ_G0029395) Hibadh (MGP_SPRETEiJ_G0029396) Tax1bp1 (MGP_SPRETEiJ_G0029397) Jazf1 (MGP_SPRETEiJ_G0029398) Creb5 (MGP_SPRETEiJ_G0029399) Tril (MGP_SPRETEiJ_G0029400) Cpvl (MGP_SPRETEiJ_G0029401) Chn2 (MGP_SPRETEiJ_G0029402) ##22 Prr15 (MGP_SPRETEiJ_G0029403) MGP_SPRETEiJ_G0029404 Scrn1 (MGP_SPRETEiJ_G0029405) ##26 Plekha8 (MGP_SPRETEiJ_G0029407) Mturn (MGP_SPRETEiJ_G0029408) Znrf2 (MGP_SPRETEiJ_G0029409) Nod1 (MGP_SPRETEiJ_G0029410) Ggct (MGP_SPRETEiJ_G0029411) Gars (MGP_SPRETEiJ_G0029412) Crhr2 (MGP_SPRETEiJ_G0029413) Inmt (MGP_SPRETEiJ_G0029414) Mindy4 (MGP_SPRETEiJ_G0029415) Aqp1 (MGP_SPRETEiJ_G0029416) Ghrhr (MGP_SPRETEiJ_G0029417) Adcyap1r1 (MGP_SPRETEiJ_G0029418) Steppe mouse MODERN SPECIES 267 ENSMSIG00000023644 Tril 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Hoxa6 (ENSDORG00000006319) Hoxa7 (ENSDORG00000006321) Hoxa9 (ENSDORG00000006323) ENSDORG00000029112 ENSDORG00000028643 Hoxa11 (ENSDORG00000006326) Hoxa13 (ENSDORG00000006328) Evx1 (ENSDORG00000024747) Hibadh (ENSDORG00000002792) ENSDORG00000030184 Jazf1 (ENSDORG00000029172) Creb5 (ENSDORG00000010434) Tril (ENSDORG00000025363) Cpvl (ENSDORG00000012786) Chn2 (ENSDORG00000003980) ##22 Prr15 (ENSDORG00000028597) Wipf3 (ENSDORG00000004081) ENSDORG00000028313 Scrn1 (ENSDORG00000004083) ##26 Fkbp14 (ENSDORG00000013417) Plekha8 (ENSDORG00000013418) Mturn (ENSDORG00000029215) ENSDORG00000023424 Vwc2 (ENSDORG00000007769) Zpbp (ENSDORG00000007772) Spata48 (ENSDORG00000027397) ENSDORG00000010394 Fignl1 (ENSDORG00000015500) Ddc (ENSDORG00000015502) Grb10 (ENSDORG00000015505) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 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ENSGT00460000041667 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00460000041667 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Guinea pig MODERN SPECIES 44 HOXA3 (ENSCPOG00000030159) ENSCPOG00000032985 HOXA5 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ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00460000041667 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Degu MODERN SPECIES 56 ENSODEG00000009545 ENSODEG00000009794 HOXA11 (ENSODEG00000010282) HOXA13 (ENSODEG00000007693) EVX1 (ENSODEG00000007853) HIBADH (ENSODEG00000010442) ENSODEG00000007935 ENSODEG00000019519 ENSODEG00000011639 ENSODEG00000011321 JAZF1 (ENSODEG00000009398) CREB5 (ENSODEG00000008640) TRIL (ENSODEG00000019862) ENSODEG00000009470 ENSODEG00000008241 CHN2 (ENSODEG00000008637) ##22 PRR15 (ENSODEG00000019540) ENSODEG00000019511 WIPF3 (ENSODEG00000007842) SCRN1 (ENSODEG00000008733) ##26 FKBP14 (ENSODEG00000009158) PLEKHA8 (ENSODEG00000010642) MTURN (ENSODEG00000008081) ENSODEG00000009309 NOD1 (ENSODEG00000008060) GGCT (ENSODEG00000008799) GARS1 (ENSODEG00000008246) CRHR2 (ENSODEG00000013231) INMT (ENSODEG00000009377) MINDY4 (ENSODEG00000010027) AQP1 (ENSODEG00000010019) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 117 ENSCLAG00000008251 HOXA5 (ENSCLAG00000004908) HOXA6 (ENSCLAG00000006012) HOXA7 (ENSCLAG00000008671) HOXA9 (ENSCLAG00000010294) HOXA10 (ENSCLAG00000015066) HOXA11 (ENSCLAG00000009905) HOXA13 (ENSCLAG00000010361) EVX1 (ENSCLAG00000010646) HIBADH (ENSCLAG00000010236) TAX1BP1 (ENSCLAG00000013263) JAZF1 (ENSCLAG00000009988) CREB5 (ENSCLAG00000011091) TRIL (ENSCLAG00000018111) CPVL (ENSCLAG00000009635) CHN2 (ENSCLAG00000014307) ##22 PRR15 (ENSCLAG00000010326) WIPF3 (ENSCLAG00000011493) SCRN1 (ENSCLAG00000010543) ##26 FKBP14 (ENSCLAG00000010774) PLEKHA8 (ENSCLAG00000011413) MTURN (ENSCLAG00000011854) ENSCLAG00000016063 ENSCLAG00000010973 NOD1 (ENSCLAG00000011448) GGCT 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ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 17 HOXA9 (ENSSVLG00005012091) HOXA10 (ENSSVLG00005012252) HOXA11 (ENSSVLG00005012306) ENSSVLG00005012350 HOXA13 (ENSSVLG00005012374) EVX1 (ENSSVLG00005012472) HIBADH (ENSSVLG00005012541) TAX1BP1 (ENSSVLG00005012659) JAZF1 (ENSSVLG00005012816) ENSSVLG00005012873 ENSSVLG00005012905 ENSSVLG00005012960 CREB5 (ENSSVLG00005013014) TRIL (ENSSVLG00005013079) CPVL (ENSSVLG00005013200) CHN2 (ENSSVLG00005013621) ##22 PRR15 (ENSSVLG00005013762) WIPF3 (ENSSVLG00005013843) SCRN1 (ENSSVLG00005013986) ##26 FKBP14 (ENSSVLG00005014087) PLEKHA8 (ENSSVLG00005014153) MTURN (ENSSVLG00005014224) ENSSVLG00005014275 ZNRF2 (ENSSVLG00005014320) NOD1 (ENSSVLG00005014361) GGCT (ENSSVLG00005014411) GARS1 (ENSSVLG00005014500) CRHR2 (ENSSVLG00005014654) INMT (ENSSVLG00005015252) MINDY4 (ENSSVLG00005015309) AQP1 (ENSSVLG00005015339) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.m ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000165512 ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Alpin marmot MODERN SPECIES 26 ENSMMMG00000006511 HOXA5 (ENSMMMG00000006523) HOXA6 (ENSMMMG00000006535) HOXA7 (ENSMMMG00000006545) HOXA9 (ENSMMMG00000006550) ENSMMMG00000006561 HOXA11 (ENSMMMG00000006566) HOXA13 (ENSMMMG00000006593) EVX1 (ENSMMMG00000006623) HIBADH (ENSMMMG00000006642) TAX1BP1 (ENSMMMG00000006653) JAZF1 (ENSMMMG00000006695) CREB5 (ENSMMMG00000006736) TRIL (ENSMMMG00000006835) CPVL (ENSMMMG00000006841) CHN2 (ENSMMMG00000006900) ##22 PRR15 (ENSMMMG00000007372) WIPF3 (ENSMMMG00000007380) SCRN1 (ENSMMMG00000007428) ##26 FKBP14 (ENSMMMG00000007497) ENSMMMG00000007508 PLEKHA8 (ENSMMMG00000007517) MTURN (ENSMMMG00000007542) ENSMMMG00000007598 ENSMMMG00000007602 NOD1 (ENSMMMG00000007605) GGCT (ENSMMMG00000007652) GARS1 (ENSMMMG00000007668) CRHR2 (ENSMMMG00000007864) INMT (ENSMMMG00000008027) MINDY4 (ENSMMMG00000008032) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.n ENSGT00940000155255.m ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000165512 ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Squirrel MODERN SPECIES 78 HOXA3 (ENSSTOG00000021230) ENSSTOG00000024606 HOXA5 (ENSSTOG00000011206) HOXA6 (ENSSTOG00000022675) HOXA7 (ENSSTOG00000011208) HOXA9 (ENSSTOG00000028613) ENSSTOG00000021212 HOXA11 (ENSSTOG00000022674) HOXA13 (ENSSTOG00000029157) EVX1 (ENSSTOG00000025642) ENSSTOG00000004108 TAX1BP1 (ENSSTOG00000003056) JAZF1 (ENSSTOG00000005946) CREB5 (ENSSTOG00000013279) CPVL (ENSSTOG00000010505) CHN2 (ENSSTOG00000002346) ##22 PRR15 (ENSSTOG00000020339) WIPF3 (ENSSTOG00000009012) SCRN1 (ENSSTOG00000009029) ##26 FKBP14 (ENSSTOG00000005235) PLEKHA8 (ENSSTOG00000009052) MTURN (ENSSTOG00000021099) ENSSTOG00000034241 ENSSTOG00000033923 NOD1 (ENSSTOG00000022644) GGCT (ENSSTOG00000015484) GARS1 (ENSSTOG00000015493) CRHR2 (ENSSTOG00000015502) INMT (ENSSTOG00000027441) MINDY4 (ENSSTOG00000022279) AQP1 (ENSSTOG00000015517) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 1353 ENSUPAG00010008676 ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 952 CHN2 (ENSEEUG00000006940) ##22 Common shrew MODERN SPECIES 12137 CHN2 (ENSSARG00000013437) ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.q ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.q ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00930000152153 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.q ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Arabian camel MODERN SPECIES 33 HOXA5 (ENSCDRG00005001022) HOXA6 (ENSCDRG00005001033) HOXA7 (ENSCDRG00005001043) HOXA9 (ENSCDRG00005001067) HOXA10 (ENSCDRG00005001092) HOXA11 (ENSCDRG00005001112) HOXA13 (ENSCDRG00005001129) ENSCDRG00005001165 ENSCDRG00005001177 HIBADH (ENSCDRG00005001193) TAX1BP1 (ENSCDRG00005001239) JAZF1 (ENSCDRG00005001369) CREB5 (ENSCDRG00005001440) TRIL (ENSCDRG00005001580) CPVL (ENSCDRG00005001591) CHN2 (ENSCDRG00005001695) ##22 PRR15 (ENSCDRG00005002120) SCRN1 (ENSCDRG00005002180) ##26 FKBP14 (ENSCDRG00005002197) PLEKHA8 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SPECIES 7804 CHN2 (ENSPVAG00000003747) ##22 PRR15 (ENSPVAG00000003749) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 989 HOXA3 (ENSMLUG00000014502) ENSMLUG00000022220 HOXA5 (ENSMLUG00000028593) HOXA6 (ENSMLUG00000014517) HOXA7 (ENSMLUG00000008289) ENSMLUG00000027272 HOXA11 (ENSMLUG00000008300) 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TAX1BP1 (ENSRFEG00010021292) JAZF1 (ENSRFEG00010021278) CREB5 (ENSRFEG00010021242) TRIL (ENSRFEG00010021231) CPVL (ENSRFEG00010021218) CHN2 (ENSRFEG00010021162) ##22 ENSRFEG00010021129 WIPF3 (ENSRFEG00010021120) SCRN1 (ENSRFEG00010021103) ##26 FKBP14 (ENSRFEG00010021084) PLEKHA8 (ENSRFEG00010021060) ENSRFEG00010021050 MTURN (ENSRFEG00010021039) ZNRF2 (ENSRFEG00010021012) NOD1 (ENSRFEG00010020992) GGCT (ENSRFEG00010020972) GARS1 (ENSRFEG00010020949) CRHR2 (ENSRFEG00010020901) MINDY4 (ENSRFEG00010020856) AQP1 (ENSRFEG00010020837) GHRHR (ENSRFEG00010020794) Carnivora ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000186003 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b 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(ENSAMEG00000024900) HOXA6 (ENSAMEG00000005892) HOXA7 (ENSAMEG00000005891) HOXA9 (ENSAMEG00000005885) HOXA10 (ENSAMEG00000031295) HOXA11 (ENSAMEG00000027072) HOXA13 (ENSAMEG00000024587) ENSAMEG00000031450 HIBADH (ENSAMEG00000005849) TAX1BP1 (ENSAMEG00000005802) JAZF1 (ENSAMEG00000005798) CREB5 (ENSAMEG00000005779) CPVL (ENSAMEG00000005728) CHN2 (ENSAMEG00000005686) ##22 PRR15 (ENSAMEG00000018679) WIPF3 (ENSAMEG00000027321) SCRN1 (ENSAMEG00000005663) ##26 FKBP14 (ENSAMEG00000006603) PLEKHA8 (ENSAMEG00000006614) ENSAMEG00000006628 NOD1 (ENSAMEG00000006630) GARS1 (ENSAMEG00000006652) GGCT (ENSAMEG00000006649) CRHR2 (ENSAMEG00000006692) MINDY4 (ENSAMEG00000006726) AQP1 (ENSAMEG00000029142) GHRHR (ENSAMEG00000006760) ADCYAP1R1 (ENSAMEG00000006834) NEUROD6 (ENSAMEG00000019439) Ursus ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000186003 ENSGT00950000183025.b.a.l ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015.b ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 ENSGT00940000159827 Polar bear MODERN SPECIES 133 SKAP2 (ENSUMAG00000001740) ENSUMAG00000001750 HOXA1 (ENSUMAG00000001758) ENSUMAG00000001784 HOXA6 (ENSUMAG00000001790) HOXA9 (ENSUMAG00000001801) ENSUMAG00000001810 ENSUMAG00000001814 ENSUMAG00000001853 HIBADH (ENSUMAG00000001860) ENSUMAG00000001866 ENSUMAG00000001876 JAZF1 (ENSUMAG00000001899) CREB5 (ENSUMAG00000001930) CPVL (ENSUMAG00000001960) CHN2 (ENSUMAG00000001969) ##22 PRR15 (ENSUMAG00000001973) WIPF3 (ENSUMAG00000001992) SCRN1 (ENSUMAG00000002056) ##26 FKBP14 (ENSUMAG00000002067) PLEKHA8 (ENSUMAG00000002071) ENSUMAG00000002092 ENSUMAG00000002104 GGCT (ENSUMAG00000002110) GARS1 (ENSUMAG00000002158) CRHR2 (ENSUMAG00000002417) MINDY4 (ENSUMAG00000002463) AQP1 (ENSUMAG00000002481) GHRHR (ENSUMAG00000002490) ADCYAP1R1 (ENSUMAG00000002510) NEUROD6 (ENSUMAG00000002538) American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 1679 CHN2 (ENSUAMG00000019576) ##22 PRR15 (ENSUAMG00000019577) American black bear MODERN SPECIES 3861 ENSUAMG00000017963 ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 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ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 Tenrec MODERN SPECIES 921 CHN2 (ENSETEG00000002730) ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 Elephant MODERN SPECIES 428 HOXA5 (ENSLAFG00000026981) HOXA6 (ENSLAFG00000006281) HOXA7 (ENSLAFG00000002101) HOXA9 (ENSLAFG00000008970) HOXA10 (ENSLAFG00000030920) HOXA11 (ENSLAFG00000005482) HOXA13 (ENSLAFG00000000738) EVX1 (ENSLAFG00000001942) HIBADH (ENSLAFG00000013650) TAX1BP1 (ENSLAFG00000006940) JAZF1 (ENSLAFG00000006942) ENSLAFG00000027732 CREB5 (ENSLAFG00000029453) TRIL (ENSLAFG00000029935) CPVL (ENSLAFG00000002811) CHN2 (ENSLAFG00000002595) ##22 PRR15 (ENSLAFG00000002598) ENSLAFG00000030264 SCRN1 (ENSLAFG00000017504) ##26 FKBP14 (ENSLAFG00000007038) PLEKHA8 (ENSLAFG00000007041) ZNRF2 (ENSLAFG00000023370) NOD1 (ENSLAFG00000011290) GGCT (ENSLAFG00000031681) GARS1 (ENSLAFG00000002496) CRHR2 (ENSLAFG00000002500) INMT (ENSLAFG00000005251) AQP1 (ENSLAFG00000010172) GHRHR (ENSLAFG00000016825) ADCYAP1R1 (ENSLAFG00000016428) NEUROD6 (ENSLAFG00000018034) Hyrax MODERN SPECIES 669 CHN2 (ENSPCAG00000004516) ##22 PRR15 (ENSPCAG00000004583) Sauria ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000164628 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ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000009313.h.b ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Elapidae ANCESTRAL SPECIES 5 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ENSNNAG00000015323 OXNAD1 (ENSNNAG00000015333) ENSNNAG00000015354 ENSNNAG00000015382 ENSNNAG00000015397 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159894.a ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000156802.v ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00390000009313.h.b.b ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b ENSGT00940000157121 ENSGT00390000008096.D Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 9091 CHN2 (ENSLLTG00000013251) ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159894.a ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013.e ENSGT00940000161864 ENSGT00940000164628.cb ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000156802.v ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00390000009313.h.b.b ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b ENSGT00940000157121 ENSGT00390000008096.D Eastern brown snake MODERN SPECIES 38 HOXA5 (ENSPTXG00000004496) HOXA6 (ENSPTXG00000004495) ENSPTXG00000004494 HOXA9 (ENSPTXG00000004493) ENSPTXG00000004491 ENSPTXG00000004489 HOXA11 (ENSPTXG00000004488) ENSPTXG00000004487 EVX1 (ENSPTXG00000004485) HIBADH (ENSPTXG00000004483) TAX1BP1 (ENSPTXG00000004481) JAZF1 (ENSPTXG00000004479) CREB5 (ENSPTXG00000004478) TRIL (ENSPTXG00000004476) CPVL (ENSPTXG00000004473) 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Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000235471 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Golden eagle MODERN SPECIES 19 HOXA3 (ENSACCG00020008232) HOXA4 (ENSACCG00020008227) HOXA5 (ENSACCG00020008211) HOXA6 (ENSACCG00020008199) HOXA7 (ENSACCG00020008192) ENSACCG00020008184 HOXA10 (ENSACCG00020008172) HOXA11 (ENSACCG00020008165) ENSACCG00020013635 EVX1 (ENSACCG00020013622) HIBADH 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(ENSABRG00000009959) ##26 FKBP14 (ENSABRG00000009950) PLEKHA8 (ENSABRG00000009927) COLQ (ENSABRG00000009915) HACL1 (ENSABRG00000008288) BTD (ENSABRG00000008195) ANKRD28 (ENSABRG00000007037) GALNT15 (ENSABRG00000006903) DPH3 (ENSABRG00000006895) OXNAD1 (ENSABRG00000006891) RFTN1 (ENSABRG00000006885) ENSABRG00000006879 PLCL2 (ENSABRG00000006870) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000235471 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Japanese quail MODERN SPECIES 11 HOXA5 (ENSCJPG00005012529) HOXA6 (ENSCJPG00005012530) HOXA7 (ENSCJPG00005012531) ENSCJPG00005012532 HOXA10 (ENSCJPG00005012534) HOXA11 (ENSCJPG00005012535) ENSCJPG00005012539 ENSCJPG00005012542 EVX1 (ENSCJPG00005012544) HIBADH (ENSCJPG00005012548) TAX1BP1 (ENSCJPG00005012549) JAZF1 (ENSCJPG00005012550) ENSCJPG00005012552 CREB5 (ENSCJPG00005012554) TRIL (ENSCJPG00005012555) CHN2 (ENSCJPG00005012556) ##22 ENSCJPG00005012557 WIPF3 (ENSCJPG00005012560) SCRN1 (ENSCJPG00005012561) ##26 FKBP14 (ENSCJPG00005012562) PLEKHA8 (ENSCJPG00005012563) COLQ (ENSCJPG00005012564) HACL1 (ENSCJPG00005012565) BTD (ENSCJPG00005012566) ANKRD28 (ENSCJPG00005012567) GALNT15 (ENSCJPG00005012568) ENSCJPG00005012569 OXNAD1 (ENSCJPG00005012570) RFTN1 (ENSCJPG00005012571) ENSCJPG00005012572 PLCL2 (ENSCJPG00005012574) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000235471 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Chicken DUPLICATION Chicken MODERN SPECIES 11 HOXA4 (ENSGALG00010001808) HOXA5 (ENSGALG00010001813) HOXA6 (ENSGALG00010001819) HOXA7 (ENSGALG00010001826) HOXA9 (ENSGALG00010001840) HOXA10 (ENSGALG00010001844) HOXA11 (ENSGALG00010001848) HOXA13 (ENSGALG00010001321) EVX1 (ENSGALG00010001589) HIBADH (ENSGALG00010001363) TAX1BP1 (ENSGALG00010001453) JAZF1 (ENSGALG00010001458) CREB5 (ENSGALG00010001711) TRIL (ENSGALG00010001716) CHN2 (ENSGALG00010002992) ##22 CHN2 (ENSGALG00010001585) ##22 ENSGALG00010002631 WIPF3 (ENSGALG00010001368) SCRN1 (ENSGALG00010001380) ##26 FKBP14 (ENSGALG00010001386) PLEKHA8 (ENSGALG00010001969) COLQ (ENSGALG00010002005) HACL1 (ENSGALG00010002084) BTD (ENSGALG00010002100) ANKRD28 (ENSGALG00010002134) GALNT15 (ENSGALG00010002159) DPH3P1 (ENSGALG00010002206) OXNAD1 (ENSGALG00010002226) RFTN1 (ENSGALG00010002247) DAZL (ENSGALG00010002294) PLCL2 (ENSGALG00010001512) Chicken MODERN SPECIES 11 HOXA3 (ENSGALG00010001801) HOXA4 (ENSGALG00010001808) HOXA5 (ENSGALG00010001813) HOXA6 (ENSGALG00010001819) HOXA7 (ENSGALG00010001826) HOXA9 (ENSGALG00010001840) HOXA10 (ENSGALG00010001844) HOXA11 (ENSGALG00010001848) HOXA13 (ENSGALG00010001321) EVX1 (ENSGALG00010001589) HIBADH (ENSGALG00010001363) TAX1BP1 (ENSGALG00010001453) JAZF1 (ENSGALG00010001458) CREB5 (ENSGALG00010001711) TRIL (ENSGALG00010001716) CHN2 (ENSGALG00010002992) ##22 CHN2 (ENSGALG00010001585) ##22 ENSGALG00010002631 WIPF3 (ENSGALG00010001368) SCRN1 (ENSGALG00010001380) ##26 FKBP14 (ENSGALG00010001386) PLEKHA8 (ENSGALG00010001969) COLQ (ENSGALG00010002005) HACL1 (ENSGALG00010002084) BTD (ENSGALG00010002100) ANKRD28 (ENSGALG00010002134) GALNT15 (ENSGALG00010002159) DPH3P1 (ENSGALG00010002206) OXNAD1 (ENSGALG00010002226) RFTN1 (ENSGALG00010002247) DAZL (ENSGALG00010002294) Turkey DUPLICATION Turkey MODERN SPECIES 26 ENSMGAG00000010925 ENSMGAG00000010878 ENSMGAG00000021001 GALNT15 (ENSMGAG00000010891) ENSMGAG00000020455 OXNAD1 (ENSMGAG00000010908) ENSMGAG00000019530 HACL1 (ENSMGAG00000010817) ENSMGAG00000010836 ANKRD28 (ENSMGAG00000010846) ENSMGAG00000010790 ENSMGAG00000010801 FKBP14 (ENSMGAG00000010782) ENSMGAG00000010766 ENSMGAG00000010774 ##26 CHN2 (ENSMGAG00000010748) ##22 ENSMGAG00000019537 ##22 ENSMGAG00000010740 ENSMGAG00000010729 ENSMGAG00000017596 ENSMGAG00000020612 ENSMGAG00000010713 ENSMGAG00000019096 ENSMGAG00000010706 ENSMGAG00000010703 ENSMGAG00000020364 ENSMGAG00000016085 ENSMGAG00000017085 ENSMGAG00000017923 ENSMGAG00000022722 ENSMGAG00000021315 Turkey MODERN SPECIES 26 ENSMGAG00000010878 ENSMGAG00000021001 GALNT15 (ENSMGAG00000010891) ENSMGAG00000020455 OXNAD1 (ENSMGAG00000010908) ENSMGAG00000019530 HACL1 (ENSMGAG00000010817) ENSMGAG00000010836 ANKRD28 (ENSMGAG00000010846) ENSMGAG00000010790 ENSMGAG00000010801 FKBP14 (ENSMGAG00000010782) ENSMGAG00000010766 ENSMGAG00000010774 ##26 CHN2 (ENSMGAG00000010748) ##22 ENSMGAG00000019537 ##22 ENSMGAG00000010740 ENSMGAG00000010729 ENSMGAG00000017596 ENSMGAG00000020612 ENSMGAG00000010713 ENSMGAG00000019096 ENSMGAG00000010706 ENSMGAG00000010703 ENSMGAG00000020364 ENSMGAG00000016085 ENSMGAG00000017085 ENSMGAG00000017923 ENSMGAG00000022722 ENSMGAG00000021315 UBE2E2 (ENSMGAG00000010994) Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 272 TGFBR1 (ENSPMAG00000003465) aamp (ENSPMAG00000003504) ENSPMAG00000003540 ENSPMAG00000003613 ENSPMAG00000003630 ENSPMAG00000003647 ENSPMAG00000003650 ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 490 HOXC12 (ENSLACG00000016761) HOXC11 (ENSLACG00000016719) HOXC10 (ENSLACG00000016699) HOXC9 (ENSLACG00000016678) HOXC8 (ENSLACG00000016658) HOXC6 (ENSLACG00000016619) HOXC4 (ENSLACG00000016556) ENSLACG00000016502 #8 ENSLACG00000016368 SMUG1 (ENSLACG00000015958) CBX5 (ENSLACG00000013947) ENSLACG00000013754 #33 NFE2 (ENSLACG00000013191) COPZ1 (ENSLACG00000012488) ENSLACG00000012321 ENSLACG00000008910 ##22 ENSLACG00000008091 ZNF385A (ENSLACG00000003097) Ciona ANCESTRAL SPECIES 1205 ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 ENSGT00440000039914 Ciona savignyi MODERN SPECIES 281 ENSCSAVG00000005640 ENSCSAVG00000005830 ENSCSAVG00000005834 ENSCSAVG00000005838 ENSCSAVG00000005841 ENSCSAVG00000005849 ENSCSAVG00000005979 ENSCSAVG00000005986 ENSCSAVG00000006000 ENSCSAVG00000006008 ENSCSAVG00000006011 ENSCSAVG00000006019 ENSCSAVG00000006197 ENSCSAVG00000006217 ENSCSAVG00000006218 ENSCSAVG00000006219 ##22 ENSCSAVG00000006264 ENSCSAVG00000006268 ENSCSAVG00000006270 ENSCSAVG00000006332 ENSCSAVG00000006343 ENSCSAVG00000006346 ENSCSAVG00000006348 ENSCSAVG00000006349 ENSCSAVG00000006467 ENSCSAVG00000006498 ENSCSAVG00000006499 ENSCSAVG00000006508 ENSCSAVG00000006510 ENSCSAVG00000006513 ENSCSAVG00000006838 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 79 ENSCING00000015940 ##22 ENSCING00000015943 ENSCING00000015947 ##22 ENSCING00000000533 ENSCING00000015951