Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860 #22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860 #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860 #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860 #22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860 #22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 123 ENSGT00940000155860 #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00650000094724 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT00940000158663 #34 ENSGT00950000183082.b.a #35 ENSGT00940000164214 Amniota ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000003246 #9 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000175215 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000164380.b ENSGT00940000161015 #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000160760.b #19 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chinchilla MODERN SPECIES 170 ADAM9 (ENSCLAG00000000971) #17 TM2D2 (ENSCLAG00000002270) #18 HTRA4 (ENSCLAG00000001919) #19 PLEKHA2 (ENSCLAG00000001808) #20 TACC1 (ENSCLAG00000001653) #21 ENSCLAG00000001595 FGFR1 (ENSCLAG00000002395) #22 LETM2 (ENSCLAG00000001771) #23 NSD3 (ENSCLAG00000001493) #25 PLPP5 (ENSCLAG00000001265) #26 DDHD2 (ENSCLAG00000001288) #27 BAG4 (ENSCLAG00000001230) #28 LSM1 (ENSCLAG00000001137) #29 STAR (ENSCLAG00000006577) #30 ASH2L (ENSCLAG00000005615) #31 EIF4EBP1 (ENSCLAG00000005481) #33 ADRB3 (ENSCLAG00000005285) #34 GOT1L1 (ENSCLAG00000004452) #35 RAB11FIP1 (ENSCLAG00000003452) #36 BRF2 (ENSCLAG00000003351) #37 ADGRA2 (ENSCLAG00000002684) PLPBP (ENSCLAG00000001126) Degu MODERN SPECIES 129 FGL1 (ENSODEG00000004248) ENSODEG00000004576 ENSODEG00000004010 ENSODEG00000004191 PDGFRL (ENSODEG00000004304) SLC7A2 (ENSODEG00000004488) ENSODEG00000004682 MTMR7 (ENSODEG00000005203) ENSODEG00000019024 ADAM9 (ENSODEG00000004493) #17 TM2D2 (ENSODEG00000005946) #18 HTRA4 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ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00650000094724 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000157176.e.a ENSGT00390000014563.b ENSGT00390000013948.a ENSGT00940000153664.A.b.a ENSGT00550000074823.b.b ENSGT00950000183200.B ENSGT00940000157986.m ENSGT00940000154115.c.a ENSGT00940000160558 ENSGT00940000160418 Eastern brown snake DUPLICATION Eastern brown snake MODERN SPECIES 74 ENSPTXG00000011748 NKX3-1 (ENSPTXG00000011750) ENSPTXG00000011751 ENSPTXG00000011752 ENSPTXG00000011756 ENSPTXG00000011854 ENSPTXG00000011857 ENSPTXG00000011858 ENSPTXG00000011860 ENSPTXG00000011862 ENSPTXG00000011864 #19 ENSPTXG00000011866 #20 ENSPTXG00000011881 #21 ENSPTXG00000011882 #21 ENSPTXG00000011883 #22 ENSPTXG00000011884 #22 ENSPTXG00000011885 #23 ENSPTXG00000011886 #25 ENSPTXG00000012184 ENSPTXG00000014481 ENSPTXG00000014482 ENSPTXG00000014483 ENSPTXG00000014490 ENSPTXG00000014499 ENSPTXG00000014776 ENSPTXG00000014777 Eastern brown snake MODERN SPECIES 74 ENSPTXG00000011746 ENSPTXG00000011748 NKX3-1 (ENSPTXG00000011750) ENSPTXG00000011751 ENSPTXG00000011752 ENSPTXG00000011756 ENSPTXG00000011854 ENSPTXG00000011857 ENSPTXG00000011858 ENSPTXG00000011860 ENSPTXG00000011862 ENSPTXG00000011864 #19 ENSPTXG00000011866 #20 ENSPTXG00000011881 #21 ENSPTXG00000011882 #21 ENSPTXG00000011883 #22 ENSPTXG00000011884 #22 ENSPTXG00000011885 #23 ENSPTXG00000011886 #25 ENSPTXG00000012184 ENSPTXG00000014481 ENSPTXG00000014482 ENSPTXG00000014483 ENSPTXG00000014490 ENSPTXG00000014499 ENSPTXG00000014776 ENSPTXG00000014777 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 145 ENSNSUG00000008553 STC1 (ENSNSUG00000008554) NKX3-1 (ENSNSUG00000008555) ENSNSUG00000008556 ENSNSUG00000008557 ENTPD4 (ENSNSUG00000008559) LOXL2 (ENSNSUG00000008560) ENSNSUG00000008561 ENSNSUG00000008562 CHMP7 (ENSNSUG00000008563) ENSNSUG00000008570 RHOBTB2 (ENSNSUG00000008571) HTRA4 (ENSNSUG00000008572) #19 PLEKHA2 (ENSNSUG00000008573) #20 TACC1 (ENSNSUG00000008574) #21 FGFR1 (ENSNSUG00000008575) #22 LETM2 (ENSNSUG00000008576) #23 NSD3 (ENSNSUG00000008577) #25 BMP1 (ENSNSUG00000008585) PHYHIP (ENSNSUG00000008677) POLR3D (ENSNSUG00000008678) ENSNSUG00000008679 ENSNSUG00000008680 PIWIL2 (ENSNSUG00000008746) SLC39A14 (ENSNSUG00000008748) PPP3CC (ENSNSUG00000008761) SORBS3 (ENSNSUG00000008767) PDLIM2 (ENSNSUG00000008768) Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 2492 ENSLLTG00000008649 #22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.c.b #22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.c.b #22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.c.b #22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.c.b #22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 157 ENSGT00940000156991.o #21 ENSGT00940000155860.c.b #22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 310 ENSGT00940000156991.o #21 ENSGT00940000155860.c.b #22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 296 ENSGT00940000156991.o #21 ENSGT00940000155860.c.b #22 Eastern brown snake DUPLICATION Eastern brown snake MODERN SPECIES 73 ENSPTXG00000009164 ENSPTXG00000009165 ENSPTXG00000009167 ENSPTXG00000009172 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ENSPTXG00000011077 ENSPTXG00000011116 ENSPTXG00000011181 ENSPTXG00000011282 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 2493 ENSLLTG00000008705 #22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000175215 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000164380.b ENSGT00940000161015.b #16 ENSGT00940000161015.a.b.b #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000160760.b #19 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00390000010398.B ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.c.b #22 ENSGT01030000236496 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00980000199378 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT01070000253744.b.a.a.a Archosauria ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000167325 ENSGT00390000003246 #9 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000175215 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000161015.a.a #16 ENSGT00940000161015.a.b.b #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00390000010398.B ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.c.b #22 ENSGT01030000236496 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00980000199378 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT00940000158663 #34 Aves ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000167325 ENSGT00390000003246 #9 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000175215 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000161015.a.a #16 ENSGT00940000161015.a.b.b #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00390000010398.B ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.c.b #22 ENSGT01030000236496 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00980000199378 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT00940000158663 #34 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT01030000234574.B.c.b.b #8 ENSGT00940000167325 ENSGT00390000003246 #9 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000161015.a.a #16 ENSGT00940000161015.a.b.b #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00390000010398.B ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.c.b #22 ENSGT01030000236496 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00980000199378 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT00940000158663 #34 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.c.b #22 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.c.b #22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.c.b #22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.c.b #22 Medium ground finch MODERN SPECIES 237 KAT6A (ENSGFOG00000010092) ANK1 (ENSGFOG00000010275) NKX6-3 (ENSGFOG00000011730) #7 GPAT4 (ENSGFOG00000011739) #8 ENSGFOG00000011751 GINS4 (ENSGFOG00000011754) #9 GOLGA7 (ENSGFOG00000011761) #10 SFRP1 (ENSGFOG00000011774) #11 ZMAT4 (ENSGFOG00000011778) #12 ENSGFOG00000011819 ADAM32 (ENSGFOG00000012111) #16 ADAM9 (ENSGFOG00000012125) #17 TM2D2 (ENSGFOG00000012142) #18 PLEKHA2 (ENSGFOG00000012149) #20 TACC1 (ENSGFOG00000012158) #21 ENSGFOG00000012166 #22 Sauria ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000175215 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000164380.b ENSGT00940000161015.b #16 ENSGT00940000161015.a.b.b #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000160760.b #19 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00390000010398.B ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00650000094724 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00980000199378 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT01070000253744.b.a.a.a ENSGT00940000158663 #34 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT01030000234574.B.c.b.b #8 ENSGT00940000167325 ENSGT00390000003246 #9 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000161015.a.a #16 ENSGT00940000161015.b #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000160760.b #19 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00940000155860.c.a #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00650000094724 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00980000199378 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT01070000253744.b.a.a.a tuatara MODERN SPECIES 1278 FGFR1 (ENSSPUG00000005439) #22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01030000234574.B.c.b.b #8 ENSGT00940000167325 ENSGT00390000003246 #9 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000161015.a.a #16 ENSGT00940000161015.a.b.a.a #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000160760.b #19 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00940000155860.c.a #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00650000094724 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000157176 ENSGT00390000014563.b ENSGT00390000013948.a ENSGT00940000153664.A.b.a ENSGT00550000074823.b.b ENSGT00950000183200.B ENSGT00940000157986 ENSGT00940000154115.c.a ENSGT00940000160558 ENSGT00940000160418 ENSGT00950000185549 Laterata ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000155760 ENSGT00940000160545 #7 ENSGT01030000234574.B.c.b.b #8 ENSGT00940000167325 ENSGT00390000003246 #9 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT01050000246142 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000160760.b #19 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000157176 ENSGT00390000014563.b ENSGT00390000013948.a ENSGT00940000153664.A.b.a ENSGT00960000192404 ENSGT00550000074823.b.b ENSGT00950000183200.B ENSGT00940000157986 ENSGT00940000154115.c.a ENSGT00940000160558 ENSGT00940000160418 ENSGT00950000185549 ENSGT00530000063672.b Common wall lizard MODERN SPECIES 6 ENSPMRG00000020170 ENSPMRG00000020168 ENSPMRG00000020161 ENSPMRG00000020160 ENSPMRG00000020155 ENSPMRG00000020152 TM2D2 (ENSPMRG00000017781) #18 HTRA4 (ENSPMRG00000017776) #19 PLEKHA2 (ENSPMRG00000017770) #20 TACC1 (ENSPMRG00000017752) #21 ENSPMRG00000017741 ENSPMRG00000017729 FGFR1 (ENSPMRG00000017710) #22 ENSPMRG00000017703 LETM2 (ENSPMRG00000017693) #23 NSD3 (ENSPMRG00000017677) #25 BMP1 (ENSPMRG00000017663) ENSPMRG00000017655 PHYHIP (ENSPMRG00000017653) POLR3D (ENSPMRG00000017642) ENSPMRG00000017635 ENSPMRG00000017631 ATAD1 (ENSPMRG00000017622) ENSPMRG00000017614 ENSPMRG00000017608 ENSPMRG00000017602 PIWIL2 (ENSPMRG00000017581) SLC39A14 (ENSPMRG00000017563) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 87 ANK1 (ENSSMRG00000019153) NKX6-3 (ENSSMRG00000019152) #7 GPAT4 (ENSSMRG00000019151) #8 ENSSMRG00000019150 GINS4 (ENSSMRG00000019149) #9 GOLGA7 (ENSSMRG00000019148) #10 SFRP1 (ENSSMRG00000019145) #11 ZMAT4 (ENSSMRG00000019144) #12 TCIM (ENSSMRG00000019143) #13 ENSSMRG00000019142 ADAM9 (ENSSMRG00000019140) #17 TM2D2 (ENSSMRG00000019139) #18 HTRA4 (ENSSMRG00000019138) #19 PLEKHA2 (ENSSMRG00000019137) #20 TACC1 (ENSSMRG00000019136) #21 FGFR1 (ENSSMRG00000019121) #22 LETM2 (ENSSMRG00000019108) #23 NSD3 (ENSSMRG00000019100) #25 BMP1 (ENSSMRG00000017312) PHYHIP (ENSSMRG00000017296) POLR3D (ENSSMRG00000017294) ENSSMRG00000017293 ENSSMRG00000017291 PIWIL2 (ENSSMRG00000017286) SLC39A14 (ENSSMRG00000017285) PPP3CC (ENSSMRG00000017276) SORBS3 (ENSSMRG00000017270) PDLIM2 (ENSSMRG00000017269) ENSSMRG00000017267 CCAR2 (ENSSMRG00000017265) BIN3 (ENSSMRG00000017262) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.d #22 Lizard MODERN SPECIES 1030 ENSACAG00000044139 TCIM (ENSACAG00000009515) #13 ENSACAG00000009473 ENSACAG00000029425 #16 ENSACAG00000009283 #16 ADAM9 (ENSACAG00000009144) #17 TM2D2 (ENSACAG00000040227) #18 HTRA4 (ENSACAG00000009013) #19 TACC1 (ENSACAG00000008857) #21 FGFR1 (ENSACAG00000018003) #22 LETM2 (ENSACAG00000018000) #23 NSD3 (ENSACAG00000017999) #25 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000175215 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000164380.b ENSGT00940000161015.b #16 ENSGT00940000161015.a.b.b #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000160760.b #19 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00390000010398.B ENSGT00940000156991 #21 ENSGT00940000155860.c.b #22 ENSGT01030000236496 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00980000199378 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT01070000253744.b.a.a.a ENSGT00940000158663 #34 ENSGT00950000183082.b.a #35 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000003246 #9 ENSGT00390000000134.b #10 ENSGT00940000159875 #11 ENSGT00940000156888 #12 ENSGT00390000003458 #13 ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000164380.b ENSGT00940000161015.b #16 ENSGT00940000156239 #17 ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00940000160760.b #19 ENSGT00940000158064 #20 ENSGT00390000010398.B ENSGT00940000156991 #21 ENSGT01030000236496 ENSGT00940000155860.d #22 ENSGT00950000183167.a.b.b.a #23 ENSGT00940000155355 #25 ENSGT00940000159772 #26 ENSGT00940000156808 #27 ENSGT00940000158936 #28 ENSGT00730000111133 #29 ENSGT00940000164321 ENSGT00940000155477 #30 ENSGT00390000010474 #31 ENSGT00940000163919 ENSGT00940000159932 #33 ENSGT01070000253744.b.a.a.a ENSGT00940000158663 #34 ENSGT00950000183082.b.a #35 ENSGT00940000164214 Chinese turtle MODERN SPECIES 1928 FGFR1 (ENSPSIG00000006400) #22 LETM2 (ENSPSIG00000009394) #23 NSD3 (ENSPSIG00000010362) #25 PLPP5 (ENSPSIG00000010633) #26 DDHD2 (ENSPSIG00000011144) #27 BAG4 (ENSPSIG00000012400) #28 LSM1 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ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000164235.a ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000017892 ENSGT00940000156117.e.a ENSGT00940000155290.C ENSGT01030000234773 ENSGT00940000155596.q ENSGT00940000158066.o ENSGT00730000111181 #18 ENSGT00950000182815.a.a.b.h ENSGT00940000165531.b.a ENSGT00950000183197.b.a.a ENSGT00940000155874.a ENSGT00940000159875 #11 Fugu MODERN SPECIES 13 LRRTM4 (ENSTRUG00000016366) ENSTRUG00000031193 ENSTRUG00000024568 vsig8b (ENSTRUG00000016370) ENSTRUG00000032097 ENSTRUG00000030902 dock5 (ENSTRUG00000016389) NEFL (ENSTRUG00000016436) CABIN1 (ENSTRUG00000016442) tbx16 (ENSTRUG00000016468) KLHL22 (ENSTRUG00000016481) npy8br (ENSTRUG00000016504) ENSTRUG00000016506 kctd9a (ENSTRUG00000016510) ankrd39 (ENSTRUG00000016523) fgfr1a (ENSTRUG00000016527) #22 lgi3 (ENSTRUG00000016585) chmp7 (ENSTRUG00000016602) ccdc92 (ENSTRUG00000031979) ptar1 (ENSTRUG00000029822) mamdc2a (ENSTRUG00000016613) zfr (ENSTRUG00000016620) ENSTRUG00000030419 lman2lb (ENSTRUG00000016637) ENSTRUG00000021387 tm2d2 (ENSTRUG00000016646) #18 KCNIP3 (ENSTRUG00000016652) SLC23A2 (ENSTRUG00000016666) rassf2a (ENSTRUG00000021635) ENSTRUG00000016699 prp2 (ENSTRUG00000016701) Tetraodon MODERN SPECIES 3 ENSTNIG00000011478 ggt1a (ENSTNIG00000011479) anapc5 (ENSTNIG00000011480) LRRTM4 (ENSTNIG00000011481) ENSTNIG00000011482 vsig8b (ENSTNIG00000011483) dock5 (ENSTNIG00000011484) NEFL (ENSTNIG00000011485) CABIN1 (ENSTNIG00000011486) tbx16 (ENSTNIG00000011487) KLHL22 (ENSTNIG00000011488) npy8br (ENSTNIG00000011489) ENSTNIG00000001458 kctd9a (ENSTNIG00000011490) ankrd39 (ENSTNIG00000011491) fgfr1a (ENSTNIG00000018850) #22 lgi3 (ENSTNIG00000018851) chmp7 (ENSTNIG00000018852) ccdc92 (ENSTNIG00000018853) ptar1 (ENSTNIG00000018854) mamdc2a (ENSTNIG00000018855) zfr (ENSTNIG00000018856) lman2lb (ENSTNIG00000018857) ENSTNIG00000018858 tm2d2 (ENSTNIG00000018859) #18 loxl2b (ENSTNIG00000018860) ENSTNIG00000018861 sfrp1a (ENSTNIG00000018862) #11 ZMAT4 (ENSTNIG00000018863) #12 tcima (ENSTNIG00000000600) #13 adam28 (ENSTNIG00000018864) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Ballan wrasse MODERN SPECIES 38 kcnv2b (ENSLBEG00000008331) ENSLBEG00000008310 rbp4l (ENSLBEG00000008293) IDUA (ENSLBEG00000008270) tnksb (ENSLBEG00000008123) piwil2 (ENSLBEG00000008001) ENSLBEG00000007959 atad1a (ENSLBEG00000007909) GALNT9 (ENSLBEG00000007861) ENSLBEG00000007692 chfr (ENSLBEG00000007551) ENSLBEG00000007529 ENSLBEG00000007479 kctd9a (ENSLBEG00000007415) ankrd39 (ENSLBEG00000007391) fgfr1a (ENSLBEG00000007287) #22 lgi3 (ENSLBEG00000007234) chmp7 (ENSLBEG00000007216) ccdc92 (ENSLBEG00000007191) rflna (ENSLBEG00000007163) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 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ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Stickleback MODERN SPECIES 12 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ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Channel bull blenny MODERN SPECIES 23 ggt1a (ENSCGOG00000007135) anapc5 (ENSCGOG00000007157) LRRTM4 (ENSCGOG00000008173) LRRTM4 (ENSCGOG00000008176) vsig8b (ENSCGOG00000008179) ENSCGOG00000008184 dock5 (ENSCGOG00000008360) NEFL (ENSCGOG00000013681) CABIN1 (ENSCGOG00000013797) tbx16 (ENSCGOG00000014725) KLHL22 (ENSCGOG00000014737) npy8br (ENSCGOG00000014739) ENSCGOG00000014744 kctd9a (ENSCGOG00000014797) ankrd39 (ENSCGOG00000014928) fgfr1a (ENSCGOG00000014985) #22 lgi3 (ENSCGOG00000018300) chmp7 (ENSCGOG00000018302) ccdc92 (ENSCGOG00000018349) rflna 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ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Zig-zag eel MODERN SPECIES 23 ENSMAMG00000002852 ENSMAMG00000002872 ENSMAMG00000002942 ENSMAMG00000002952 vsig8b (ENSMAMG00000002994) ENSMAMG00000027522 dock5 (ENSMAMG00000003021) ENSMAMG00000003167 ENSMAMG00000003186 tbx16 (ENSMAMG00000003434) ENSMAMG00000003584 npy8br (ENSMAMG00000003589) ENSMAMG00000003606 ENSMAMG00000004486 ankrd39 (ENSMAMG00000027035) fgfr1a (ENSMAMG00000004588) #22 lgi3 (ENSMAMG00000004718) chmp7 (ENSMAMG00000004807) ccdc92 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ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Siamese fighting fish MODERN SPECIES 20 ggt1a (ENSBSLG00000025528) anapc5 (ENSBSLG00000025650) LRRTM4 (ENSBSLG00000025681) LRRTM4 (ENSBSLG00000025683) vsig8b (ENSBSLG00000025692) ENSBSLG00000025709 dock5 (ENSBSLG00000025838) NEFL (ENSBSLG00000025905) CABIN1 (ENSBSLG00000025908) tbx16 (ENSBSLG00000025909) KLHL22 (ENSBSLG00000025910) npy8br (ENSBSLG00000025911) ENSBSLG00000025912 kctd9a (ENSBSLG00000025914) ankrd39 (ENSBSLG00000025916) fgfr1a (ENSBSLG00000025926) #22 lgi3 (ENSBSLG00000025930) chmp7 (ENSBSLG00000025931) ccdc92 (ENSBSLG00000008252) rflna (ENSBSLG00000008266) ncor2 (ENSBSLG00000008569) EP400 (ENSBSLG00000013308) ulk1a (ENSBSLG00000013869) ADGRD1 (ENSBSLG00000014021) STX2 (ENSBSLG00000015023) RIMBP2 (ENSBSLG00000015282) piwil1 (ENSBSLG00000016056) fzd10 (ENSBSLG00000019273) TMEM132D (ENSBSLG00000019408) GLT1D1 (ENSBSLG00000019450) slc15a4 (ENSBSLG00000019530) Climbing perch MODERN SPECIES 22 ENSATEG00000017820 ENSATEG00000017851 ENSATEG00000017897 ENSATEG00000017910 vsig8b (ENSATEG00000017917) ENSATEG00000017952 dock5 (ENSATEG00000017970) ENSATEG00000018071 ENSATEG00000018221 ENSATEG00000018389 ENSATEG00000018474 ENSATEG00000018512 ENSATEG00000018528 ENSATEG00000018756 ankrd39 (ENSATEG00000018794) fgfr1a (ENSATEG00000018809) #22 lgi3 (ENSATEG00000018884) chmp7 (ENSATEG00000018951) ccdc92 (ENSATEG00000019027) rflna (ENSATEG00000026338) ncor2 (ENSATEG00000019049) ENSATEG00000019450 ulk1a (ENSATEG00000019628) ADGRD1 (ENSATEG00000019647) STX2 (ENSATEG00000019684) RIMBP2 (ENSATEG00000019740) PIWIL1 (ENSATEG00000019796) FZD10 (ENSATEG00000019846) TMEM132D (ENSATEG00000019857) GLT1D1 (ENSATEG00000019887) slc15a4 (ENSATEG00000019963) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 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(ENSLCAG00010024214) slc15a4 (ENSLCAG00010024227) Seriola ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000164235.a ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Greater amberjack MODERN SPECIES 6 ENSSDUG00000000295 ggt1a (ENSSDUG00000000245) anapc5 (ENSSDUG00000000138) LRRTM4 (ENSSDUG00000000127) LRRTM4 (ENSSDUG00000000113) vsig8b (ENSSDUG00000000087) dock5 (ENSSDUG00000022898) NEFL 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ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Tongue sole MODERN SPECIES 39 tbx16 (ENSCSEG00000016357) KLHL22 (ENSCSEG00000016351) kctd9a (ENSCSEG00000016328) ENSCSEG00000016320 ENSCSEG00000016314 fgfr1a (ENSCSEG00000016296) #22 Turbot MODERN SPECIES 21 ENSSMAG00000033897 ENSSMAG00000001688 ENSSMAG00000023254 ENSSMAG00000027447 vsig8b (ENSSMAG00000001710) ENSSMAG00000001727 dock5 (ENSSMAG00000001743) ENSSMAG00000001834 ENSSMAG00000001868 tbx16 (ENSSMAG00000002027) ENSSMAG00000002096 npy8br (ENSSMAG00000002112) ENSSMAG00000002139 ENSSMAG00000021703 ankrd39 (ENSSMAG00000002194) fgfr1a (ENSSMAG00000002217) #22 lgi3 (ENSSMAG00000002330) chmp7 (ENSSMAG00000002398) ccdc92 (ENSSMAG00000002415) ENSSMAG00000032644 rflna (ENSSMAG00000002438) ncor2 (ENSSMAG00000002444) ENSSMAG00000037278 ENSSMAG00000002585 ulk1a (ENSSMAG00000002711) ADGRD1 (ENSSMAG00000002736) STX2 (ENSSMAG00000002818) RIMBP2 (ENSSMAG00000002869) PIWIL1 (ENSSMAG00000002912) FZD10 (ENSSMAG00000003086) TMEM132D (ENSSMAG00000003098) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00940000174698 ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b.f ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Mangrove rivulus MODERN SPECIES 263 fgfr1a (ENSKMAG00000019703) #22 lgi3 (ENSKMAG00000019735) chmp7 (ENSKMAG00000019749) ccdc92 (ENSKMAG00000019759) rflna (ENSKMAG00000019773) ncor2 (ENSKMAG00000019788) EP400 (ENSKMAG00000019861) ulk1a (ENSKMAG00000019915) ADGRD1 (ENSKMAG00000019962) STX2 (ENSKMAG00000020023) RIMBP2 (ENSKMAG00000020108) piwil1 (ENSKMAG00000020353) fzd10 (ENSKMAG00000020386) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1627 ENSNFUG00015008155 ENSNFUG00015008157 LRRTM4 (ENSNFUG00015008159) LRRTM4 (ENSNFUG00015008161) vsig8b (ENSNFUG00015008164) ENSNFUG00015008165 dock5 (ENSNFUG00015008503) NEFL (ENSNFUG00015015786) CABIN1 (ENSNFUG00015015814) tbx16 (ENSNFUG00015015907) KLHL22 (ENSNFUG00015015916) NPY8BR (ENSNFUG00015015934) ENSNFUG00015015945 KCTD9 (ENSNFUG00015016038) ankrd39 (ENSNFUG00015016140) fgfr1a 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ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Mummichog MODERN SPECIES 2230 fgfr1a (ENSFHEG00000001221) #22 lgi3 (ENSFHEG00000001234) chmp7 (ENSFHEG00000001240) ccdc92 (ENSFHEG00000001244) rflna (ENSFHEG00000001249) ncor2 (ENSFHEG00000001295) EP400 (ENSFHEG00000001346) ulk1a (ENSFHEG00000001374) ENSFHEG00000001384 STX2 (ENSFHEG00000001394) RIMBP2 (ENSFHEG00000001406) piwil1 (ENSFHEG00000001418) fzd10 (ENSFHEG00000001422) TMEM132D (ENSFHEG00000001430) GLT1D1 (ENSFHEG00000001438) slc15a4 (ENSFHEG00000001449) Sheepshead minnow MODERN SPECIES 153 rpl22l1 (ENSCVAG00000015479) anapc5 (ENSCVAG00000015468) ENSCVAG00000015401 LRRTM4 (ENSCVAG00000015393) ENSCVAG00000015386 vsig8b (ENSCVAG00000015358) dock5 (ENSCVAG00000015344) NEFL (ENSCVAG00000015247) CABIN1 (ENSCVAG00000015216) tbx16 (ENSCVAG00000015048) KLHL22 (ENSCVAG00000014922) npy8br (ENSCVAG00000014913) ENSCVAG00000014902 kctd9a (ENSCVAG00000014873) ankrd39 (ENSCVAG00000014845) fgfr1a (ENSCVAG00000014827) #22 lgi3 (ENSCVAG00000014752) chmp7 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6 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674.o ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Indian medaka MODERN SPECIES 11 ENSOMEG00000017017 ggt1a (ENSOMEG00000017001) anapc5 (ENSOMEG00000016975) LRRTM4 (ENSOMEG00000016896) LRRTM4 (ENSOMEG00000016871) vsig8b (ENSOMEG00000016857) dock5 (ENSOMEG00000016830) NEFL (ENSOMEG00000016730) CABIN1 (ENSOMEG00000016707) tbx16 (ENSOMEG00000016649) KLHL22 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ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00940000174698 ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 Chinese medaka MODERN SPECIES 866 LRRTM4 (ENSOSIG00000005786) LRRTM4 (ENSOSIG00000005788) vsig8b (ENSOSIG00000005790) ENSOSIG00000005793 dock5 (ENSOSIG00000005946) NEFL (ENSOSIG00000018152) CABIN1 (ENSOSIG00000018242) tbx16 (ENSOSIG00000018251) KLHL22 (ENSOSIG00000018253) npy8br (ENSOSIG00000018255) ENSOSIG00000018258 kctd9a (ENSOSIG00000018265) ankrd39 (ENSOSIG00000018422) fgfr1a (ENSOSIG00000018836) #22 lgi3 (ENSOSIG00000023435) chmp7 (ENSOSIG00000023440) ccdc92 (ENSOSIG00000023441) rflna (ENSOSIG00000023442) ncor2 (ENSOSIG00000023480) EP400 (ENSOSIG00000023562) ulk1a (ENSOSIG00000023573) ADGRD1 (ENSOSIG00000023587) ENSOSIG00000023599 STX2 (ENSOSIG00000023604) piwil1 (ENSOSIG00000023676) fzd10 (ENSOSIG00000023781) TMEM132D (ENSOSIG00000023782) GLT1D1 (ENSOSIG00000023783) slc15a4 (ENSOSIG00000023786) Japanese Medaka HdrR 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ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00940000174698 ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00730000113357 ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00940000174698 ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 315 ggt1a (ENSSPAG00000014420) anapc5 (ENSSPAG00000014460) LRRTM4 (ENSSPAG00000014545) LRRTM4 (ENSSPAG00000014557) vsig8b (ENSSPAG00000014571) ENSSPAG00000014578 dock5 (ENSSPAG00000014603) NEFL (ENSSPAG00000014717) CABIN1 (ENSSPAG00000014893) tbx16 (ENSSPAG00000015152) KLHL22 (ENSSPAG00000015258) npy8br (ENSSPAG00000015277) ENSSPAG00000015285 kctd9a (ENSSPAG00000015297) ankrd39 (ENSSPAG00000015329) fgfr1a (ENSSPAG00000015365) #22 lgi3 (ENSSPAG00000015431) chmp7 (ENSSPAG00000015498) ccdc92 (ENSSPAG00000015513) rflna (ENSSPAG00000015525) ncor2 (ENSSPAG00000015547) EP400 (ENSSPAG00000015645) ulk1a (ENSSPAG00000015744) ADGRD1 (ENSSPAG00000015792) ENSSPAG00000015826 ENSSPAG00000015841 RIMBP2 (ENSSPAG00000015853) Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000164235.a ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000164235.a ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 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ENSGT00390000008529 ENSGT00960000186932 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Nile tilapia MODERN SPECIES 3 ggt1a (ENSONIG00000011059) anapc5 (ENSONIG00000011055) LRRTM4 (ENSONIG00000011054) LRRTM4 (ENSONIG00000011053) vsig8b (ENSONIG00000011049) dock5 (ENSONIG00000011039) NEFL (ENSONIG00000011038) CABIN1 (ENSONIG00000011034) ENSONIG00000040320 tbx16 (ENSONIG00000011030) KLHL22 (ENSONIG00000011025) npy8br (ENSONIG00000011024) ENSONIG00000011023 kctd9a (ENSONIG00000011021) ankrd39 (ENSONIG00000031133) fgfr1a (ENSONIG00000011012) #22 lgi3 (ENSONIG00000011011) chmp7 (ENSONIG00000011006) ccdc92 (ENSONIG00000029079) rflna (ENSONIG00000011004) ncor2 (ENSONIG00000010992) ENSONIG00000029516 EP400 (ENSONIG00000010987) ENSONIG00000042117 ulk1a (ENSONIG00000010980) ADGRD1 (ENSONIG00000010972) STX2 (ENSONIG00000010966) RIMBP2 (ENSONIG00000010961) piwil1 (ENSONIG00000010951) fzd10 (ENSONIG00000020501) TMEM132D (ENSONIG00000010945) Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00390000008529 ENSGT00960000186932 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Lyretail cichlid MODERN SPECIES 388 anapc5 (ENSNBRG00000010415) LRRTM4 (ENSNBRG00000010339) LRRTM4 (ENSNBRG00000010294) vsig8b (ENSNBRG00000010266) dock5 (ENSNBRG00000010146) NEFL (ENSNBRG00000010119) ENSNBRG00000010109 CABIN1 (ENSNBRG00000010032) ENSNBRG00000010011 tbx16 (ENSNBRG00000009933) KLHL22 (ENSNBRG00000009911) npy8br (ENSNBRG00000009895) ENSNBRG00000009732 kctd9a (ENSNBRG00000009699) ankrd39 (ENSNBRG00000009691) fgfr1a (ENSNBRG00000009641) #22 lgi3 (ENSNBRG00000009562) chmp7 (ENSNBRG00000009539) ccdc92 (ENSNBRG00000009528) rflna (ENSNBRG00000009518) ncor2 (ENSNBRG00000009390) EP400 (ENSNBRG00000009241) ulk1a (ENSNBRG00000009197) ADGRD1 (ENSNBRG00000009078) STX2 (ENSNBRG00000009033) ENSNBRG00000009019 RIMBP2 (ENSNBRG00000008964) piwil1 (ENSNBRG00000008895) fzd10 (ENSNBRG00000008863) TMEM132D (ENSNBRG00000008788) GLT1D1 (ENSNBRG00000008752) Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154601.h.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000154909.a.a ENSGT00940000154909.b.b ENSGT00940000165076.a ENSGT00940000157734 ENSGT00940000156208.j ENSGT00960000186932 ENSGT00390000008529 ENSGT00940000164254.a.a ENSGT00940000159598 ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00760000119772 ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296 ENSGT00720000108860 ENSGT00430000031027.a ENSGT00390000016836.a ENSGT00940000159022 ENSGT00940000154764 ENSGT00940000156664.d ENSGT00940000159783 ENSGT01030000234627.a.b.a.b.a ENSGT00950000183203.c.b ENSGT00950000183200.A.a.b.b.n ENSGT00940000161861 ENSGT00940000158942.b ENSGT00390000016790 ENSGT00940000159361.g Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 352 ENSHBUG00000012712 ggt1a (ENSHBUG00000000961) anapc5 (ENSHBUG00000012865) LRRTM4 (ENSHBUG00000012881) LRRTM4 (ENSHBUG00000012888) vsig8b (ENSHBUG00000012897) dock5 (ENSHBUG00000013052) NEFL (ENSHBUG00000013079) CABIN1 (ENSHBUG00000013184) 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(ENSACLG00000017010) NEFL (ENSACLG00000016995) ENSACLG00000016968 CABIN1 (ENSACLG00000016503) tbx16 (ENSACLG00000016470) KLHL22 (ENSACLG00000016409) npy8br (ENSACLG00000016398) ENSACLG00000016383 kctd9a (ENSACLG00000016310) ankrd39 (ENSACLG00000016291) fgfr1a (ENSACLG00000016179) #22 lgi3 (ENSACLG00000016099) chmp7 (ENSACLG00000016059) ccdc92 (ENSACLG00000016033) rflna (ENSACLG00000016022) ncor2 (ENSACLG00000015909) EP400 (ENSACLG00000015556) ulk1a (ENSACLG00000015460) ADGRD1 (ENSACLG00000015263) STX2 (ENSACLG00000015171) RIMBP2 (ENSACLG00000014685) piwil1 (ENSACLG00000014540) fzd10 (ENSACLG00000014530) TMEM132D (ENSACLG00000014437) GLT1D1 (ENSACLG00000014419) slc15a4 (ENSACLG00000014395) Cod MODERN SPECIES 19 ENSGMOG00000012158 ENSGMOG00000012156 mob1a (ENSGMOG00000003937) mthfd2 (ENSGMOG00000012153) arl6ip4 (ENSGMOG00000012151) ENSGMOG00000012144 mtrfr (ENSGMOG00000029974) kmt5ab (ENSGMOG00000012138) rilpl2 (ENSGMOG00000012135) ENSGMOG00000022518 ENSGMOG00000012128 ENSGMOG00000034588 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ENSGT00940000160296.g ENSGT00720000108860.h ENSGT01100000263540.B.d.i ENSGT00940000158607.s ENSGT00940000165452.b.b ENSGT00940000158996.n ENSGT00390000005989.b.a.e ENSGT00940000164380.a.f ENSGT00940000158918.b ENSGT00940000160355.g ENSGT00950000182882.B.d ENSGT00940000166050.j ENSGT00730000111022.u ENSGT00940000155864.b.c.b ENSGT00940000165180.e Atlantic salmon MODERN SPECIES 12 ENSSSAG00000096919 ENSSSAG00000073439 ENSSSAG00000073454 ddx51 (ENSSSAG00000073541) ENSSSAG00000073563 ENSSSAG00000092050 dock5 (ENSSSAG00000073704) nefl (ENSSSAG00000078107) ENSSSAG00000078116 ENSSSAG00000078132 tbx16 (ENSSSAG00000118384) npy8br (ENSSSAG00000121556) ENSSSAG00000078142 kctd9a (ENSSSAG00000078159) ankrd39 (ENSSSAG00000078173) fgfr1a (ENSSSAG00000078471) #22 lgi3 (ENSSSAG00000057910) chmp7 (ENSSSAG00000057812) entpd4 (ENSSSAG00000097847) slc25a37 (ENSSSAG00000112058) nkx3-1 (ENSSSAG00000045126) nkx2-6 (ENSSSAG00000045151) stc1 (ENSSSAG00000117825) ido1 (ENSSSAG00000045206) ENSSSAG00000045317 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(ENSHHUG00000015706) ENSHHUG00000015700 Northern pike MODERN SPECIES 12 snrnp200 (ENSELUG00000018948) ciao1 (ENSELUG00000018850) tmem127 (ENSELUG00000018809) ENSELUG00000018757 ENSELUG00000018721 LRRTM4 (ENSELUG00000018682) ENSELUG00000018658 ddx51 (ENSELUG00000018602) vsig8b (ENSELUG00000018546) dock5 (ENSELUG00000018531) CABIN1 (ENSELUG00000018444) tbx16 (ENSELUG00000018328) KLHL22 (ENSELUG00000018232) kctd9a (ENSELUG00000018210) ankrd39 (ENSELUG00000028202) fgfr1a (ENSELUG00000018128) #22 lgi3 (ENSELUG00000032426) chmp7 (ENSELUG00000017987) entpd4 (ENSELUG00000017970) slc25a37 (ENSELUG00000017941) nkx3-1 (ENSELUG00000017923) stc1 (ENSELUG00000017908) ido1 (ENSELUG00000017850) RHOBTB2 (ENSELUG00000017879) egr3 (ENSELUG00000026022) BIN3 (ENSELUG00000017826) ubl4a (ENSELUG00000001164) ENSELUG00000017713 ENSELUG00000024642 bmp1a (ENSELUG00000017644) kansl3 (ENSELUG00000017603) Otomorpha DUPLICATION Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 240 ENSGT00550000075141 ENSGT00390000008529 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(ENSDARG00000068516) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 73 ENSGT00950000182936.a.b.b ENSGT00950000182850.a.b.b.b.a ENSGT00940000167390 ENSGT00940000154078.a.b ENSGT00940000155068.b ENSGT00940000153710.a ENSGT00530000064712 ENSGT00940000157038.b ENSGT00940000160915 ENSGT00940000156732.a.b.f ENSGT00940000163584.b.b ENSGT00940000164226.a.a ENSGT00940000155782.e ENSGT00940000154314.b ENSGT00940000160547 ENSGT00940000155860.a #22 ENSGT00940000160296.i ENSGT00720000108860 ENSGT01100000263540.B.d ENSGT00940000158607 ENSGT00940000160930 ENSGT00940000157556.b ENSGT00390000005989.b.a ENSGT00940000164380.a ENSGT00940000158918 ENSGT00940000162387 ENSGT00940000160355.i ENSGT00950000182882.B ENSGT00940000166050 ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00730000111022 Asian bonytongue MODERN SPECIES 3 fgf17 (ENSSFOG00015028120) kazald3 (ENSSFOG00015012677) DOK2 (ENSSFOG00015012656) GFRA2 (ENSSFOG00015025997) LZTS1 (ENSSFOG00015012625) atp6v1b2 (ENSSFOG00015012573) stambpa (ENSSFOG00015012531) ENSSFOG00015012518 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ENSGT00940000158144.b.b ENSGT00940000157492.a.d River trout MODERN SPECIES 3 ARSB (ENSSTUG00000007026) bhmt (ENSSTUG00000006978) JMY (ENSSTUG00000006925) HOMER1 (ENSSTUG00000006894) tia1 (ENSSTUG00000006490) ZNF703 (ENSSTUG00000006469) GFRA2 (ENSSTUG00000006440) ENSSTUG00000006301 dusp11 (ENSSTUG00000006269) ENSSTUG00000006244 tcf7l1a (ENSSTUG00000006221) ENSSTUG00000006194 npy8ar (ENSSTUG00000006187) actr1b (ENSSTUG00000005819) marchf5l (ENSSTUG00000005777) FGFR1 (ENSSTUG00000005535) #22 stc1l (ENSSTUG00000005489) ENSSTUG00000005265 ENSSTUG00000005248 ENSSTUG00000005240 ENSSTUG00000005232 wdr45 (ENSSTUG00000005122) adra2b (ENSSTUG00000005098) zcchc9 (ENSSTUG00000005085) ENSSTUG00000005062 atg10 (ENSSTUG00000005057) tmem167a (ENSSTUG00000005008) xrcc4 (ENSSTUG00000005004) ENSSTUG00000004946 HAPLN1 (ENSSTUG00000004934) EDIL3 (ENSSTUG00000004912) Atlantic salmon MODERN SPECIES 2 ENSSSAG00000075527 ENSSSAG00000112628 ENSSSAG00000103514 ENSSSAG00000116632 ENSSSAG00000075429 dusp11 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tmem167a (ENSOMYG00000027678) xrcc4 (ENSOMYG00000027632) vcanb (ENSOMYG00000051559) HAPLN1 (ENSOMYG00000027602) EDIL3 (ENSOMYG00000027595) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00940000158270 ENSGT00390000003122.a.a.a.e ENSGT00510000046704.b.a.c.g ENSGT00940000156354.p.b ENSGT00940000154962.A.a.b.a.b ENSGT00390000014618.b.c.d ENSGT00940000156168.B.z ENSGT00940000155068.a.a.a ENSGT00940000155847 ENSGT00940000164699.v ENSGT00940000157038.a.b.eb ENSGT00390000011010.a.a.q ENSGT00940000164226.a.b.c ENSGT00940000155782.i.b ENSGT00390000009948.d.j ENSGT00940000155860.b.b #22 ENSGT00390000005989.b.b.e ENSGT00940000154704.c.c.l ENSGT00410000025802.a ENSGT00940000155864.b.c.a.b ENSGT00940000155657.e ENSGT00940000161915.b.a ENSGT00950000183041.C ENSGT00390000000924 ENSGT00940000155186.i.b ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r.x ENSGT00940000159267 ENSGT00940000158144.b.b ENSGT00940000157492.a.d ENSGT00940000157995.k Coho salmon MODERN SPECIES 21 ARSB (ENSOKIG00005038211) bhmt (ENSOKIG00005039211) JMY (ENSOKIG00005039343) HOMER1 (ENSOKIG00005039439) ENSOKIG00005039711 ENSOKIG00005040965 ZNF703 (ENSOKIG00005040977) GFRA2 (ENSOKIG00005040990) ATP6V1B2 (ENSOKIG00005041039) ENSOKIG00005041468 TCF7L1 (ENSOKIG00005041482) COX5B (ENSOKIG00005041507) npy8ar (ENSOKIG00005041585) ACTR1A (ENSOKIG00005041614) ENSOKIG00005041858 FGFR1 (ENSOKIG00005041930) #22 stc1l (ENSOKIG00005041995) ENSOKIG00005042083 LAGE3 (ENSOKIG00005042705) ENSOKIG00005042716 wdr45 (ENSOKIG00005042848) ENSOKIG00005043013 zcchc9 (ENSOKIG00005043031) atg10 (ENSOKIG00005043045) ENSOKIG00005043057 tmem167a (ENSOKIG00005043068) xrcc4 (ENSOKIG00005043127) vcanb (ENSOKIG00005043160) HAPLN1 (ENSOKIG00005043241) EDIL3 (ENSOKIG00005043265) mef2ca (ENSOKIG00005043339) Chinook salmon MODERN SPECIES 26 bhmt (ENSOTSG00005011972) JMY (ENSOTSG00005012074) HOMER1 (ENSOTSG00005012085) ENSOTSG00005012183 ENSOTSG00005013031 ZNF703 (ENSOTSG00005013033) GFRA2 (ENSOTSG00005013034) ENSOTSG00005013042 dusp11 (ENSOTSG00005013179) ENSOTSG00005013181 tcf7l1a (ENSOTSG00005013182) COX5B (ENSOTSG00005013183) npy8ar (ENSOTSG00005013184) actr1b (ENSOTSG00005013187) marchf5l (ENSOTSG00005013403) FGFR1 (ENSOTSG00005013520) #22 stc1l (ENSOTSG00005015169) ENSOTSG00005015170 LAGE3 (ENSOTSG00005015171) wdr45 (ENSOTSG00005015172) adra2b (ENSOTSG00005015189) zcchc9 (ENSOTSG00005015191) atg10 (ENSOTSG00005015192) tmem167a (ENSOTSG00005015193) xrcc4 (ENSOTSG00005015194) vcanb (ENSOTSG00005015195) HAPLN1 (ENSOTSG00005015196) EDIL3 (ENSOTSG00005015197) cetn3 (ENSOTSG00005015199) ENSOTSG00005015200 TLR8 (ENSOTSG00005015202) Huchen MODERN SPECIES 1360 FGFR1 (ENSHHUG00000032973) #22 stc1l (ENSHHUG00000032963) ENSHHUG00000032960 ENSHHUG00000032956 ENSHHUG00000032919 wdr45 (ENSHHUG00000032915) adra2b (ENSHHUG00000032897) ENSHHUG00000032893 zcchc9 (ENSHHUG00000032891) tmem167a (ENSHHUG00000032879) xrcc4 (ENSHHUG00000032871) ENSHHUG00000032867 Northern pike MODERN SPECIES 13 DTWD2 (ENSELUG00000006394) tia1 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ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000158144.b ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000159913.a.b Cod MODERN SPECIES 17 ENSGMOG00000012980 ENSGMOG00000000016 dmtn (ENSGMOG00000025083) pbdc1 (ENSGMOG00000019503) xpo7 (ENSGMOG00000019505) ENSGMOG00000008712 dusp11 (ENSGMOG00000028702) ENSGMOG00000034173 tcf7l1a (ENSGMOG00000006333) dbnla (ENSGMOG00000027970) ENSGMOG00000030473 npy8ar (ENSGMOG00000017513) ENSGMOG00000017491 ENSGMOG00000028456 kctd9b (ENSGMOG00000014201) ENSGMOG00000012944 #22 stc1l (ENSGMOG00000030223) ENSGMOG00000026568 ENSGMOG00000033980 ENSGMOG00000033649 wdr45 (ENSGMOG00000016140) ENSGMOG00000016274 ENSGMOG00000030610 vcanb (ENSGMOG00000027164) ENSGMOG00000000804 EDIL3 (ENSGMOG00000025048) ENSGMOG00000009774 ENSGMOG00000032647 ENSGMOG00000017202 ENSGMOG00000017226 ENSGMOG00000026956 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000158144.b ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 3 pbdc1 (ENSMMDG00005021844) xpo7 (ENSMMDG00005021048) GFRA2 (ENSMMDG00005021022) ENSMMDG00005021018 ENSMMDG00005021017 ATP6V1B2 (ENSMMDG00005020967) dusp11 (ENSMMDG00005020958) ENSMMDG00005020957 tcf7l1a (ENSMMDG00005020954) ENSMMDG00005020953 COX5B (ENSMMDG00005020951) npy8ar (ENSMMDG00005020758) ACTR1B (ENSMMDG00005020749) marchf5l (ENSMMDG00005020746) kctd9b (ENSMMDG00005020743) FGFR1 (ENSMMDG00005009617) #22 stc1l (ENSMMDG00005009482) ENSMMDG00005009317 ENSMMDG00005009308 wdr45 (ENSMMDG00005009282) adra2b (ENSMMDG00005009275) ENSMMDG00005009272 zcchc9 (ENSMMDG00005009269) xrcc4 (ENSMMDG00005009267) vcanb (ENSMMDG00005009264) HAPLN1 (ENSMMDG00005009243) EDIL3 (ENSMMDG00005009239) ENSMMDG00005009236 ENSMMDG00005009233 ENSMMDG00005009231 MCTP1 (ENSMMDG00005008961) Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c 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#22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Cichlidae DUPLICATION Cichlidae DUPLICATION Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT00440000033609.w ENSGT00940000155464.a.a ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000155860.b.c.a #22 ENSGT00940000155860.b.c.b #22 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(ENSMZEG00005023171) ythdc1 (ENSMZEG00005023173) ENSMZEG00005023182 Eastern happy MODERN SPECIES 19 ENSACLG00000020499 COX5B (ENSACLG00000020335) COX5B (ENSACLG00000020310) ENSACLG00000020270 ENSACLG00000020254 dusp11 (ENSACLG00000020194) ENSACLG00000020175 ENSACLG00000020165 COX5B (ENSACLG00000020026) COX5B (ENSACLG00000020003) npy8ar (ENSACLG00000019990) ENSACLG00000019989 actr1b (ENSACLG00000019928) marchf5l (ENSACLG00000019906) kctd9b (ENSACLG00000019852) FGFR1 (ENSACLG00000019797) #22 ENSACLG00000019783 #22 ENSACLG00000019712 #22 stc1l (ENSACLG00000019673) slc1a3b (ENSACLG00000019650) ENSACLG00000019611 ENSACLG00000019596 spra (ENSACLG00000019589) slc31a1 (ENSACLG00000019552) atp6v1g1 (ENSACLG00000019532) ENSACLG00000019513 ENSACLG00000019480 apc (ENSACLG00000019466) ENSACLG00000019443 UFC1 (ENSACLG00000019438) fktn (ENSACLG00000019429) Nile tilapia MODERN SPECIES 19 ENSONIG00000019086 ENSONIG00000003620 GFRA2 (ENSONIG00000012573) ATP6V1B2 (ENSONIG00000012574) TCF7L1 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ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00390000008371.b ENSGT00900000141021.b.a.d ENSGT00390000011500 ENSGT01060000248556.A.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000165259.a ENSGT00940000165922 ENSGT00940000159383 ENSGT00390000001566 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 2064 actr1b (ENSSPAG00000009162) marchf5l (ENSSPAG00000009207) ENSSPAG00000009233 kctd9b (ENSSPAG00000009242) FGFR1 (ENSSPAG00000009253) #22 stc1l (ENSSPAG00000009294) ENSSPAG00000009332 ENSSPAG00000009532 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a.j ENSGT00390000011010.a.a.i ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00390000008371.b ENSGT00900000141021.b.a.d ENSGT00390000011500 ENSGT01060000248556.A.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000165259.a ENSGT00940000165922 ENSGT00940000159383 ENSGT00390000001566 Spiny chromis MODERN SPECIES 852 npy8ar (ENSAPOG00000010064) actr1b (ENSAPOG00000010128) marchf5l (ENSAPOG00000010165) kctd9b (ENSAPOG00000010277) FGFR1 (ENSAPOG00000010367) #22 stc1l (ENSAPOG00000010391) ENSAPOG00000010453 ENSAPOG00000010470 ENSAPOG00000010485 wdr45 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ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00390000002172.B ENSGT00550000074853 ENSGT00550000074969 ENSGT00580000081898.b ENSGT00940000165179.a ENSGT00940000157468.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r.g.b ENSGT00940000156102.r.g.a ENSGT00390000002172.B ENSGT00550000074853 ENSGT00550000074969 ENSGT00580000081898.b ENSGT00940000165179.a Indian medaka MODERN SPECIES 30 ENSOMEG00000004783 GFRA2 (ENSOMEG00000004769) ENSOMEG00000000874 ATP6V1B2 (ENSOMEG00000004736) ENSOMEG00000004713 dusp11 (ENSOMEG00000004705) ENSOMEG00000004697 tcf7l1a (ENSOMEG00000004675) ENSOMEG00000004663 COX5B (ENSOMEG00000004641) ENSOMEG00000004632 npy8ar (ENSOMEG00000004622) actr1b (ENSOMEG00000004609) marchf5l (ENSOMEG00000004594) ENSOMEG00000000104 ENSOMEG00000004559 #22 stc1l (ENSOMEG00000004537) ENSOMEG00000004517 ENSOMEG00000004479 wdr45 (ENSOMEG00000004467) ENSOMEG00000000103 ENSOMEG00000004447 ENSOMEG00000004440 zcchc9 (ENSOMEG00000004423) xrcc4 (ENSOMEG00000004410) ENSOMEG00000004396 ENSOMEG00000004387 ENSOMEG00000004373 bcl7a (ENSOMEG00000004363) eif2b1 (ENSOMEG00000004349) ddx55 (ENSOMEG00000023619) Javanese ricefish MODERN SPECIES 3 ppp3ccb (ENSOJAG00000012553) dmtn (ENSOJAG00000012376) pbdc1 (ENSOJAG00000012370) ENSOJAG00000012326 GFRA2 (ENSOJAG00000012287) dusp11 (ENSOJAG00000012276) ENSOJAG00000012269 tcf7l1a (ENSOJAG00000012257) ENSOJAG00000012239 ENSOJAG00000012228 COX5B (ENSOJAG00000012217) npy8ar (ENSOJAG00000012195) actr1b (ENSOJAG00000012118) marchf5l (ENSOJAG00000012113) kctd9b (ENSOJAG00000012023) ENSOJAG00000007653 #22 stc1l (ENSOJAG00000007558) ENSOJAG00000007519 adra2b (ENSOJAG00000007446) ENSOJAG00000007434 zcchc9 (ENSOJAG00000007426) ENSOJAG00000007350 ENSOJAG00000007302 ENSOJAG00000007265 ENSOJAG00000007232 bcl7a (ENSOJAG00000006572) eif2b1 (ENSOJAG00000006446) pla2g3 (ENSOJAG00000005515) ptpn11a (ENSOJAG00000004911) tmed2 (ENSOJAG00000004834) ENSOJAG00000004792 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00390000002172.B ENSGT00550000074853 ENSGT00550000074969 ENSGT00940000165179.a ENSGT00940000157468.b ENSGT00940000153876.B Chinese medaka MODERN SPECIES 1225 kctd9b (ENSOSIG00000022580) ENSOSIG00000022515 #22 stc1l (ENSOSIG00000022485) ENSOSIG00000022480 ENSOSIG00000022477 ENSOSIG00000022474 wdr45 (ENSOSIG00000022467) adra2b (ENSOSIG00000022458) ENSOSIG00000022452 zcchc9 (ENSOSIG00000022448) Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 3 xpo7 (ENSORLG00000025259) GFRA2 (ENSORLG00000029388) ENSORLG00000022641 ATP6V1B2 (ENSORLG00000029718) dusp11 (ENSORLG00000023976) ENSORLG00000023584 tcf7l1a (ENSORLG00000022421) ENSORLG00000026012 ENSORLG00000022498 COX5B (ENSORLG00000019521) ENSORLG00000024890 npy8ar (ENSORLG00000000273) actr1b (ENSORLG00000025734) marchf5l (ENSORLG00000000280) kctd9b (ENSORLG00000000294) ENSORLG00000000321 #22 stc1l (ENSORLG00000000328) ENSORLG00000000364 wdr45 (ENSORLG00000000386) ENSORLG00000023258 ENSORLG00000024105 zcchc9 (ENSORLG00000020135) xrcc4 (ENSORLG00000022728) vcanb (ENSORLG00000027367) bcl7a (ENSORLG00000000400) eif2b1 (ENSORLG00000000423) ddx55 (ENSORLG00000029482) ENSORLG00000030205 pla2g3 (ENSORLG00000023342) ENSORLG00000030597 ENSORLG00000000462 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00390000016333 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 175 ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 9 npy8ar (ENSKMAG00000008470) actr1b (ENSKMAG00000008496) marchf5l (ENSKMAG00000008560) kctd9b (ENSKMAG00000008599) FGFR1 (ENSKMAG00000008646) #22 stc1l (ENSKMAG00000008695) ENSKMAG00000008733 ENSKMAG00000008833 wdr45 (ENSKMAG00000008876) adra2b (ENSKMAG00000008927) ENSKMAG00000008934 zcchc9 (ENSKMAG00000008955) xrcc4 (ENSKMAG00000008977) vcanb (ENSKMAG00000009006) HAPLN1 (ENSKMAG00000009085) fbxw2 (ENSKMAG00000009106) zgc:63972 (ENSKMAG00000009133) fibcd1b (ENSKMAG00000009145) ENSKMAG00000009192 aif1l (ENSKMAG00000009221) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1611 ENSNFUG00015002174 ENSNFUG00015002179 Nfu_g_1_015751 (ENSNFUG00015002183) Nfu_g_1_015848 (ENSNFUG00015002188) ENSNFUG00015002198 ENSNFUG00015002216 cryba4 (ENSNFUG00015002222) crybb1 (ENSNFUG00015002228) ACADS (ENSNFUG00015002283) CLDN5B (ENSNFUG00015002406) ENSNFUG00015002407 MCTP1 (ENSNFUG00015002453) ARRDC3B (ENSNFUG00015002643) ENSNFUG00015002658 CETN3 (ENSNFUG00015002676) FGFR1 (ENSNFUG00015002730) #22 stc1l (ENSNFUG00015002825) CABZ01063556.1 (ENSNFUG00015002830) WDR45 (ENSNFUG00015002846) ENSNFUG00015002867 ENSNFUG00015002870 ENSNFUG00015002876 zcchc9 (ENSNFUG00015002885) XRCC4 (ENSNFUG00015002897) ENSNFUG00015002903 HAPLN1B (ENSNFUG00015002911) ENSNFUG00015000170 ENSNFUG00015000202 MARCH5L (ENSNFUG00015000239) MVB12BA (ENSNFUG00015000254) LMX1B (ENSNFUG00015000264) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00390000016333 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00390000004874.a.b 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ENSGT00940000156369 ENSGT00940000165329 ENSGT00950000183101.a.b.b.a.b ENSGT00930000151016 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r Poecilia ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00390000016333 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a.n ENSGT00390000011010.a.a.m ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d.g ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00410000025802 ENSGT00940000157873 ENSGT00530000064469 ENSGT00940000156510.h ENSGT00390000004945 ENSGT00940000156369 ENSGT00940000165329 ENSGT00950000183101.a.b.b.a.b ENSGT00930000151016 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 111 ENSGT00940000164699 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ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158633.a ENSGT00390000001098 ENSGT00940000156811.b ENSGT00450000040324.b.n ENSGT00940000177772 ENSGT00940000157207.a.a ENSGT00940000153464.A.a ENSGT00940000156902.b ENSGT00940000164790.a ENSGT00940000153877.a.a.b ENSGT00940000158483 ENSGT00940000156662.d.f ENSGT00530000063497.a.a ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000164699 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#22 Tongue sole MODERN SPECIES 5 unc50 (ENSCSEG00000002219) kpnb3 (ENSCSEG00000002177) ENSCSEG00000002163 ENSCSEG00000002156 tdgf1 (ENSCSEG00000002152) zgc:113625 (ENSCSEG00000002150) ENSCSEG00000002148 dnajc25 (ENSCSEG00000002144) ENSCSEG00000002141 ENSCSEG00000002134 dync2i2 (ENSCSEG00000002119) sptan1 (ENSCSEG00000001900) ODF2 (ENSCSEG00000001866) marchf5l (ENSCSEG00000001860) kctd9b (ENSCSEG00000001850) FGFR1 (ENSCSEG00000001694) #22 stc1l (ENSCSEG00000001669) ENSCSEG00000001664 ENSCSEG00000001661 wdr45 (ENSCSEG00000001652) adra2b (ENSCSEG00000001650) dbnla (ENSCSEG00000001644) tcf7l1a (ENSCSEG00000001637) ENSCSEG00000001635 ENSCSEG00000001617 ENSCSEG00000001602 ENSCSEG00000001595 ccni (ENSCSEG00000001583) ccng2 (ENSCSEG00000001579) ENSCSEG00000001571 pum3 (ENSCSEG00000001565) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c 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ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Greater amberjack MODERN SPECIES 56 pbdc1 (ENSSDUG00000005565) xpo7 (ENSSDUG00000005593) GFRA2 (ENSSDUG00000005698) ATP6V1B2 (ENSSDUG00000005723) dusp11 (ENSSDUG00000005769) ENSSDUG00000005783 tcf7l1a (ENSSDUG00000005791) ENSSDUG00000005814 COX5B (ENSSDUG00000005836) npy8ar (ENSSDUG00000005843) actr1b (ENSSDUG00000005857) marchf5l (ENSSDUG00000005901) kctd9b (ENSSDUG00000005927) FGFR1 (ENSSDUG00000006005) #22 stc1l (ENSSDUG00000006072) ENSSDUG00000006098 ENSSDUG00000006258 wdr45 (ENSSDUG00000006281) adra2b (ENSSDUG00000006330) ENSSDUG00000006336 zcchc9 (ENSSDUG00000006368) xrcc4 (ENSSDUG00000006407) vcanb (ENSSDUG00000006416) HAPLN1 (ENSSDUG00000006443) cetn3 (ENSSDUG00000006474) ENSSDUG00000006512 ENSSDUG00000006524 ENSSDUG00000006553 MCTP1 (ENSSDUG00000006563) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2981 pbdc1 (ENSSLDG00000023500) xpo7 (ENSSLDG00000023456) GFRA2 (ENSSLDG00000023415) ATP6V1B2 (ENSSLDG00000023386) dusp11 (ENSSLDG00000023362) ENSSLDG00000023353 tcf7l1a (ENSSLDG00000022990) ENSSLDG00000022942 COX5B (ENSSLDG00000022937) npy8ar (ENSSLDG00000022933) actr1b (ENSSLDG00000022912) marchf5l (ENSSLDG00000022900) kctd9b (ENSSLDG00000022883) FGFR1 (ENSSLDG00000022856) #22 stc1l (ENSSLDG00000022843) ENSSLDG00000022813 ENSSLDG00000022800 wdr45 (ENSSLDG00000022765) adra2b (ENSSLDG00000022710) ENSSLDG00000022685 zcchc9 (ENSSLDG00000022676) xrcc4 (ENSSLDG00000022642) ENSSLDG00000022623 ENSSLDG00000022608 HAPLN1 (ENSSLDG00000022599) ENSSLDG00000022583 cetn3 (ENSSLDG00000022563) ENSSLDG00000022531 Barramundi perch MODERN SPECIES 20 SEPTIN5 (ENSLCAG00010021983) MCTP1 (ENSLCAG00010022036) ENSLCAG00010022055 ENSLCAG00010022066 cetn3 (ENSLCAG00010022082) ENSLCAG00010022091 HAPLN1 (ENSLCAG00010022094) vcanb (ENSLCAG00010022103) xrcc4 (ENSLCAG00010022123) dbnla 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ENSGT00550000074853 Climbing perch MODERN SPECIES 3 grk3 (ENSATEG00000005908) ENSATEG00000005483 ENSATEG00000005472 ENSATEG00000005397 ENSATEG00000005387 scarb1 (ENSATEG00000005361) grk5 (ENSATEG00000005347) ash2l (ENSATEG00000005338) #31 pnx (ENSATEG00000029170) aebp1a (ENSATEG00000005321) ddx56 (ENSATEG00000005279) ENSATEG00000029543 ENSATEG00000005097 ENSATEG00000005060 kctd9b (ENSATEG00000005017) ENSATEG00000004876 #22 stc1l (ENSATEG00000004849) ENSATEG00000004589 ENSATEG00000029244 wdr45 (ENSATEG00000004492) ENSATEG00000004483 zcchc9 (ENSATEG00000004480) ENSATEG00000025737 ENSATEG00000029687 ENSATEG00000004254 ENSATEG00000004231 ENSATEG00000004198 ENSATEG00000004189 ENSATEG00000004167 ENSATEG00000004144 ENSATEG00000026352 Zig-zag eel MODERN SPECIES 3 ENSMAMG00000012284 dmtn (ENSMAMG00000012271) pbdc1 (ENSMAMG00000012250) xpo7 (ENSMAMG00000012156) GFRA2 (ENSMAMG00000012126) ENSMAMG00000012090 ENSMAMG00000012062 ENSMAMG00000012036 tcf7l1a (ENSMAMG00000012013) dbnla (ENSMAMG00000011997) ENSMAMG00000011987 npy8ar (ENSMAMG00000011965) ENSMAMG00000011939 ENSMAMG00000011920 kctd9b (ENSMAMG00000011867) ENSMAMG00000011845 #22 stc1l (ENSMAMG00000011830) ENSMAMG00000011745 ENSMAMG00000011730 wdr45 (ENSMAMG00000011692) ENSMAMG00000011688 zcchc9 (ENSMAMG00000011669) ENSMAMG00000027573 ENSMAMG00000011638 ENSMAMG00000011624 ENSMAMG00000011609 ENSMAMG00000026801 ENSMAMG00000011595 ENSMAMG00000026904 ENSMAMG00000011413 ENSMAMG00000011400 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b 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ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f ENSGT00940000177258 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00940000161587 ENSGT00940000155782 ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000154704.c.c.j ENSGT00940000154704.c.c.i.b ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155657 ENSGT00940000161915.b ENSGT00940000154856.B.c ENSGT00950000183041.C ENSGT00940000166544.a ENSGT00940000156102.r ENSGT00940000159267 ENSGT00940000157995 ENSGT00940000157492.a ENSGT00940000155411.d ENSGT00940000156031.f Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00390000015874 ENSGT00940000155147 ENSGT00940000154399 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SPECIES 14 ENSDARG00000071629 ENSDARG00000099364 cela1.5 (ENSDARG00000043168) cela1.4 (ENSDARG00000043171) cela1.3 (ENSDARG00000043173) cela1.2 (ENSDARG00000095462) cela1.1 (ENSDARG00000043175) ENSDARG00000104176 ENSDARG00000071636 cela1.6 (ENSDARG00000017314) ENSDARG00000114939 ENSDARG00000105115 asic1b (ENSDARG00000101866) smarcd1 (ENSDARG00000019004) gpd1b (ENSDARG00000043180) ENSDARG00000104015 #22 ENSDARG00000075027 ENSDARG00000058753 zgc:171500 (ENSDARG00000071553) ENSDARG00000090310 ENSDARG00000100301 ENSDARG00000092230 ENSDARG00000090869 ENSDARG00000090601 ENSDARG00000090612 ENSDARG00000090167 ENSDARG00000074085 ENSDARG00000110288 ENSDARG00000093788 ENSDARG00000094770 ENSDARG00000115732 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.b #22 Channel catfish DUPLICATION Channel catfish MODERN SPECIES 24 pabpc1l (ENSIPUG00000012602) FMOD (ENSIPUG00000012434) eif2d (ENSIPUG00000012330) ENSIPUG00000012303 ENSIPUG00000012294 ENSIPUG00000012243 rh50 (ENSIPUG00000012228) rbm39b 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kdm5c (ENSIPUG00000011859) ENSIPUG00000011840 #22 ENSIPUG00000011790 #22 ENSIPUG00000011736 KCTD9 (ENSIPUG00000011636) Npy1r (ENSIPUG00000011623) klhl22 (ENSIPUG00000011577) tbx16 (ENSIPUG00000011441) asb4 (ENSIPUG00000011415) cabin1 (ENSIPUG00000011197) cep78 (ENSIPUG00000011146) gna14 (ENSIPUG00000011128) vps13a (ENSIPUG00000010219) adrb3a (ENSIPUG00000010110) #34 npm2a (ENSIPUG00000010101) got1l1 (ENSIPUG00000010086) #35 prlhr2a (ENSIPUG00000010082) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860.b #22 Atlantic herring MODERN SPECIES 23 adra2b (ENSCHAG00000015103) gpat2 (ENSCHAG00000015126) FAHD2A (ENSCHAG00000015404) zgc:152830 (ENSCHAG00000015420) ddx51 (ENSCHAG00000015605) CABIN1 (ENSCHAG00000015888) tbx16 (ENSCHAG00000016138) KLHL22 (ENSCHAG00000016230) npy8br (ENSCHAG00000016242) kctd9a (ENSCHAG00000016250) ENSCHAG00000016357 ENSCHAG00000016369 ENSCHAG00000016375 ENSCHAG00000016404 ankrd39 (ENSCHAG00000016411) FGFR1 (ENSCHAG00000016543) #22 lgi3 (ENSCHAG00000020747) chmp7 (ENSCHAG00000020843) ENSCHAG00000020865 ENSCHAG00000020887 BIN3 (ENSCHAG00000021460) egr3 (ENSCHAG00000000895) PEBP4 (ENSCHAG00000000968) RHOBTB2 (ENSCHAG00000001173) ido1 (ENSCHAG00000001312) stc1 (ENSCHAG00000001364) ENSCHAG00000001375 zgc:56596 (ENSCHAG00000001392) RAB7A (ENSCHAG00000001427) ENSCHAG00000001596 DISP3 (ENSCHAG00000002226) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 188 ENSGT00940000156239.f #17 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000159868.b ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155847 ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.b.e ENSGT00390000011010.a.a ENSGT00940000164226.a.b ENSGT00390000009948.d ENSGT00940000155782.f ENSGT00940000154314.a ENSGT00940000155860.b #22 ENSGT00940000160296.j ENSGT00390000005989.b.b ENSGT00940000160355.j ENSGT00410000025802 ENSGT00940000155864.b.c.b.b ENSGT00940000155657 ENSGT00940000167013 ENSGT00940000157176.b ENSGT01070000253744.b.a.a.b ENSGT00390000007636 ENSGT00940000156522.c.b ENSGT00940000155968.d.a ENSGT00940000156575.q ENSGT00940000158663.d #34 ENSGT00940000164214.j Asian bonytongue MODERN SPECIES 21 pbdc1 (ENSSFOG00015015830) xpo7 (ENSSFOG00015015859) GFRA2 (ENSSFOG00015015943) dusp11 (ENSSFOG00015025576) ENSSFOG00015004317 ENSSFOG00015025286 ENSSFOG00015004391 tcf7l1a (ENSSFOG00015004425) ENSSFOG00015026787 DBNL (ENSSFOG00015004574) cox5ba (ENSSFOG00015004590) npy8ar (ENSSFOG00015004598) marchf5l (ENSSFOG00015004657) actr1b (ENSSFOG00015004696) kctd9b (ENSSFOG00015027589) FGFR1 (ENSSFOG00015004798) #22 LGI3 (ENSSFOG00015004854) stc1l (ENSSFOG00015004886) EGR3 (ENSSFOG00015005057) ENSSFOG00015005099 ENSSFOG00015027500 wdr45 (ENSSFOG00015005109) trim69 (ENSSFOG00015005155) bmp1b (ENSSFOG00015005207) npffr1l1 (ENSSFOG00015005257) kansl3 (ENSSFOG00015005292) ANTXR1 (ENSSFOG00015005385) ENSSFOG00015032766 AAK1 (ENSSFOG00015005439) anxa4 (ENSSFOG00015005468) adrb3b (ENSSFOG00015005507) #34 P. kingsleyae MODERN SPECIES 129 ENSPKIG00000014981 ENSPKIG00000015028 ENSPKIG00000015052 cox5ba (ENSPKIG00000015071) npy8ar (ENSPKIG00000015090) marchf5l (ENSPKIG00000015119) ENSPKIG00000015151 actr1b (ENSPKIG00000015184) kctd9b (ENSPKIG00000015238) FGFR1 (ENSPKIG00000015297) #22 LGI3 (ENSPKIG00000015401) TCF4 (ENSPKIG00000015474) RAB27B (ENSPKIG00000015589) wdr91 (ENSPKIG00000015624) ENSPKIG00000015668 DEPDC1B (ENSPKIG00000015689) mbd2 (ENSPKIG00000015756) ENSPKIG00000015812 MCC (ENSPKIG00000015886) YTHDC2 (ENSPKIG00000016010) FASTKD5 (ENSPKIG00000016079) LZTS3 (ENSPKIG00000016094) ENSPKIG00000016108 ENSPKIG00000016121 sprb (ENSPKIG00000016133) Spotted gar MODERN SPECIES 647 pdlim2 (ENSLOCG00000014946) adgra2 (ENSLOCG00000014947) ENSLOCG00000014952 prlhr2b (ENSLOCG00000014955) got1l1 (ENSLOCG00000014957) #35 ENSLOCG00000014960 adrb3a (ENSLOCG00000014961) #34 anxa4 (ENSLOCG00000014962) AAK1 (ENSLOCG00000014966) nfu1 (ENSLOCG00000014968) gfpt1 (ENSLOCG00000014971) ANTXR1 (ENSLOCG00000014974) actr1b 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ENSECRG00000000300 gatd3l (ENSECRG00000000301) gins4 (ENSECRG00000000302) #9 ppp1r3c2b (ENSECRG00000000303) ENSECRG00000000304 POLR3D (ENSECRG00000000305) ank1a (ENSECRG00000000306) ebf2 (ENSECRG00000000307) mpx (ENSECRG00000000308) mpx (ENSECRG00000000309) ENSECRG00000000310 usp39 (ENSECRG00000000311) si:ch211-283h6.4 (ENSECRG00000000312) Elephant shark DUPLICATION Elephant shark MODERN SPECIES 2817 ENSCMIG00000005123 #22 Elephant shark MODERN SPECIES 1970 ENSCMIG00000017258 #22 ENSCMIG00000017211 Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155860 #22 Ciona savignyi MODERN SPECIES 214 ENSCSAVG00000007729 ENSCSAVG00000007687 ENSCSAVG00000007685 ENSCSAVG00000007672 ENSCSAVG00000007671 ENSCSAVG00000007668 ENSCSAVG00000007664 ENSCSAVG00000007660 ENSCSAVG00000007655 ENSCSAVG00000007652 ENSCSAVG00000007649 ENSCSAVG00000007642 ENSCSAVG00000007640 ENSCSAVG00000007636 ENSCSAVG00000007589 ENSCSAVG00000007558 #22 ENSCSAVG00000007553 ENSCSAVG00000007426 ENSCSAVG00000007422 ENSCSAVG00000007418 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