Bilateria DUPLICATION Bilateria DUPLICATION Bilateria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b #22 Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Amniota ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Theria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153147.m.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Pecora ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01010000228762 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00510000046986.x.b.b.c #29 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000154950.l #35 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 Goat MODERN SPECIES 11 HOXD3 (ENSCHIG00000011624) #7 HOXD4 (ENSCHIG00000019702) #8 HOXD8 (ENSCHIG00000013371) #9 HOXD9 (ENSCHIG00000023245) #10 HOXD10 (ENSCHIG00000011771) #11 HOXD11 (ENSCHIG00000026087) #12 HOXD12 (ENSCHIG00000014734) #13 HOXD13 (ENSCHIG00000009994) #14 EVX2 (ENSCHIG00000026644) #15 ENSCHIG00000004992 #16 ENSCHIG00000025787 #17 LNPK (ENSCHIG00000012313) #18 ENSCHIG00000018041 #19 ATF2 (ENSCHIG00000011446) #20 ENSCHIG00000012635 #21 CHN1 (ENSCHIG00000017514) #22 CHRNA1 (ENSCHIG00000018272) #23 ENSCHIG00000009043 #24 GPR155 (ENSCHIG00000024827) #25 SCRN3 (ENSCHIG00000010523) #26 CIR1 (ENSCHIG00000023936) #27 SP9 (ENSCHIG00000012561) #28 ENSCHIG00000021711 #29 OLA1 (ENSCHIG00000024019) #30 SP3 (ENSCHIG00000024420) #31 CDCA7 (ENSCHIG00000026797) #32 MAP3K20 (ENSCHIG00000015916) #33 RAPGEF4 (ENSCHIG00000014546) #34 ENSCHIG00000005492 #35 PDK1 (ENSCHIG00000012161) #36 ITGA6 (ENSCHIG00000013031) #37 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 MTX2 (ENSOARG00020000188) HOXD1 (ENSOARG00020000237) HOXD3 (ENSOARG00020000257) #7 HOXD4 (ENSOARG00020000275) #8 HOXD8 (ENSOARG00020000297) #9 HOXD9 (ENSOARG00020000321) #10 HOXD10 (ENSOARG00020000330) #11 hoxd11 (ENSOARG00020000346) #12 HOXD12 (ENSOARG00020000357) #13 HOXD13 (ENSOARG00020000373) #14 EVX2 (ENSOARG00020000381) #15 ENSOARG00020000394 #16 LNPK (ENSOARG00020000416) #18 ATP5MC3 (ENSOARG00020000538) #19 ATF2 (ENSOARG00020000583) #20 CHN1 (ENSOARG00020000831) #22 ENSOARG00020001216 ENSOARG00020001229 CHRNA1 (ENSOARG00020001273) #23 ENSOARG00020001367 #24 GPR155 (ENSOARG00020001419) #25 SCRN3 (ENSOARG00020001508) #26 CIR1 (ENSOARG00020001547) #27 SP9 (ENSOARG00020001556) #28 OLA1 (ENSOARG00020001577) #30 ENSOARG00020001636 #29 SP3 (ENSOARG00020001657) #31 CDCA7 (ENSOARG00020001710) #32 ENSOARG00020001769 ENSOARG00020001776 MAP3K20 (ENSOARG00020001796) #33 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Bos ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.`c #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 ENSGT00940000160029 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT01030000234916.g.b #17 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000166167.b ENSGT00390000000673.b.`c #30 ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.b.a.a.a ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 Cow MODERN SPECIES 11 HOXD3 (ENSBTAG00000004835) #7 HOXD4 (ENSBTAG00000039581) #8 HOXD8 (ENSBTAG00000049845) #9 HOXD9 (ENSBTAG00000016033) #10 HOXD10 (ENSBTAG00000016030) #11 HOXD11 (ENSBTAG00000033330) #12 HOXD12 (ENSBTAG00000004314) #13 HOXD13 (ENSBTAG00000004313) #14 EVX2 (ENSBTAG00000049537) #15 ENSBTAG00000002009 #17 ENSBTAG00000050237 #16 LNPK (ENSBTAG00000018061) #18 ENSBTAG00000031711 ATP5MC3 (ENSBTAG00000002944) #19 ATF2 (ENSBTAG00000002295) #20 CHN1 (ENSBTAG00000008028) #22 CHRNA1 (ENSBTAG00000018253) #23 WIPF1 (ENSBTAG00000001585) #24 GPR155 (ENSBTAG00000021636) #25 SCRN3 (ENSBTAG00000012966) #26 CIR1 (ENSBTAG00000038620) #27 SP9 (ENSBTAG00000014949) #28 ENSBTAG00000052569 OLA1 (ENSBTAG00000006970) #30 ENSBTAG00000053359 SP3 (ENSBTAG00000000176) #31 ENSBTAG00000050579 CDCA7 (ENSBTAG00000003458) #32 MAP3K20 (ENSBTAG00000001083) #33 RAPGEF4 (ENSBTAG00000020984) #34 PDK1 (ENSBTAG00000016836) #36 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 HOXD1 (ENSBIXG00005030413) HOXD3 (ENSBIXG00005030419) #7 HOXD8 (ENSBIXG00005030431) #9 HOXD9 (ENSBIXG00005030437) #10 HOXD10 (ENSBIXG00005005289) #11 HOXD11 (ENSBIXG00005001515) #12 HOXD12 (ENSBIXG00005001517) #13 HOXD13 (ENSBIXG00005001519) #14 EVX2 (ENSBIXG00005005288) #15 ENSBIXG00005029246 #17 ENSBIXG00005029245 #16 LNPK (ENSBIXG00005005282) #18 ENSBIXG00005029239 ATP5MC3 (ENSBIXG00005029222) #19 ATF2 (ENSBIXG00005001719) #20 CHN1 (ENSBIXG00005001962) #22 CHRNA1 (ENSBIXG00005028981) #23 ENSBIXG00005002196 #24 GPR155 (ENSBIXG00005028873) #25 SCRN3 (ENSBIXG00005028812) #26 CIR1 (ENSBIXG00005005349) #27 SP9 (ENSBIXG00005002344) #28 ENSBIXG00005004969 OLA1 (ENSBIXG00005028684) #30 ENSBIXG00005004930 SP3 (ENSBIXG00005005344) #31 ENSBIXG00005028515 CDCA7 (ENSBIXG00005028490) #32 MAP3K20 (ENSBIXG00005028315) #33 RAPGEF4 (ENSBIXG00005028149) #34 PDK1 (ENSBIXG00005006953) #36 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 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ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 Beluga whale MODERN SPECIES 84 HOXD1 (ENSDLEG00000009181) HOXD3 (ENSDLEG00000009171) #7 HOXD4 (ENSDLEG00000009166) #8 HOXD8 (ENSDLEG00000009104) #9 HOXD9 (ENSDLEG00000009091) #10 HOXD10 (ENSDLEG00000009076) #11 ENSDLEG00000009052 #12 HOXD12 (ENSDLEG00000009038) #13 HOXD13 (ENSDLEG00000009014) #14 EVX2 (ENSDLEG00000008943) #15 LNPK (ENSDLEG00000008885) #18 ENSDLEG00000008854 ENSDLEG00000008837 ATP5G3 (ENSDLEG00000008800) #19 ATF2 (ENSDLEG00000008726) #20 CHN1 (ENSDLEG00000008654) #22 CHRNA1 (ENSDLEG00000008433) #23 ENSDLEG00000008360 WIPF1 (ENSDLEG00000008289) #24 GPR155 (ENSDLEG00000008209) #25 SCRN3 (ENSDLEG00000008164) #26 CIR1 (ENSDLEG00000008125) #27 SP9 (ENSDLEG00000008102) #28 OLA1 (ENSDLEG00000018856) #30 SP3 (ENSDLEG00000018847) #31 CDCA7 (ENSDLEG00000018739) #32 MAP3K20 (ENSDLEG00000018716) #33 RAPGEF4 (ENSDLEG00000018653) #34 PDK1 (ENSDLEG00000018634) #36 ITGA6 (ENSDLEG00000018571) #37 DLX2 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SPECIES 11 ENSPCTG00005003466 MTX2 (ENSPCTG00005007528) HOXD1 (ENSPCTG00005007516) HOXD3 (ENSPCTG00005007508) #7 HOXD4 (ENSPCTG00005007493) #8 HOXD8 (ENSPCTG00005007418) #9 HOXD9 (ENSPCTG00005007399) #10 HOXD10 (ENSPCTG00005007393) #11 ENSPCTG00005007381 #12 HOXD12 (ENSPCTG00005007367) #13 HOXD13 (ENSPCTG00005007354) #14 EVX2 (ENSPCTG00005007330) #15 LNPK (ENSPCTG00005007293) #18 ATP5MC3 (ENSPCTG00005007202) #19 ATF2 (ENSPCTG00005007004) #20 CHN1 (ENSPCTG00005006263) #22 CHRNA1 (ENSPCTG00005005965) #23 ENSPCTG00005005929 WIPF1 (ENSPCTG00005005895) #24 GPR155 (ENSPCTG00005005831) #25 SCRN3 (ENSPCTG00005005779) #26 CIR1 (ENSPCTG00005005746) #27 SP9 (ENSPCTG00005005728) #28 OLA1 (ENSPCTG00005005654) #30 ENSPCTG00005005615 SP3 (ENSPCTG00005005593) #31 ENSPCTG00005005461 #32 MAP3K20 (ENSPCTG00005005354) #33 RAPGEF4 (ENSPCTG00005004714) #34 PDK1 (ENSPCTG00005004583) #36 ITGA6 (ENSPCTG00005004439) #37 Blue whale MODERN SPECIES 18 ENSBMSG00010006149 MTX2 (ENSBMSG00010006100) HOXD1 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ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000010491.kb.a ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.e #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Pig MODERN SPECIES 6 HOXD1 (ENSSSCG00000015986) HOXD3 (ENSSSCG00000015985) #7 HOXD4 (ENSSSCG00000015984) #8 HOXD8 (ENSSSCG00000040349) #9 HOXD9 (ENSSSCG00000015982) #10 HOXD10 (ENSSSCG00000015981) #11 HOXD11 (ENSSSCG00000034741) #12 HOXD12 (ENSSSCG00000015980) #13 HOXD13 (ENSSSCG00000057890) #14 EVX2 (ENSSSCG00000023146) #15 ENSSSCG00000053760 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#19 ATF2 (ENSCWAG00000000507) #20 CHN1 (ENSCWAG00000000417) #22 CHRNA1 (ENSCWAG00000000173) #23 WIPF1 (ENSCWAG00000000086) GPR155 (ENSCWAG00000015434) #25 SCRN3 (ENSCWAG00000015324) #26 CIR1 (ENSCWAG00000015285) #27 SP9 (ENSCWAG00000015261) #28 ENSCWAG00000015225 OLA1 (ENSCWAG00000015018) #30 SP3 (ENSCWAG00000014875) #31 CDCA7 (ENSCWAG00000014474) #32 MAP3K20 (ENSCWAG00000014376) #33 RAPGEF4 (ENSCWAG00000011603) #34 PDK1 (ENSCWAG00000011376) #36 ITGA6 (ENSCWAG00000009945) #37 DLX2 (ENSCWAG00000009801) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.f #22 Pig MODERN SPECIES 15 ULK3 (ENSSSCG00000001898) SCAMP2 (ENSSSCG00000001892) MPI (ENSSSCG00000024990) FAM219B (ENSSSCG00000029776) COX5A (ENSSSCG00000024316) RPP25 (ENSSSCG00000001888) SCAMP5 (ENSSSCG00000001887) PPCDC (ENSSSCG00000027478) ENSSSCG00000061937 C15orf39 (ENSSSCG00000001885) ENSSSCG00000041453 COMMD4 (ENSSSCG00000001884) NEIL1 (ENSSSCG00000001882) MAN2C1 (ENSSSCG00000001881) SIN3A (ENSSSCG00000001880) ENSSSCG00000032951 #22 PTPN9 (ENSSSCG00000001878) SNUPN (ENSSSCG00000001877) IMP3 (ENSSSCG00000042572) SNX33 (ENSSSCG00000001875) CSPG4 (ENSSSCG00000001873) ODF3L1 (ENSSSCG00000001879) LINGO1 (ENSSSCG00000001872) HMG20A (ENSSSCG00000001871) PEAK1 (ENSSSCG00000001869) TSPAN3 (ENSSSCG00000001868) PSTPIP1 (ENSSSCG00000001867) RCN2 (ENSSSCG00000001866) ENSSSCG00000048453 SCAPER (ENSSSCG00000001865) ISL2 (ENSSSCG00000033348) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 Felidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.mb.a #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 Panthera ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.mb.a #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 Tiger MODERN SPECIES 43 NFE2L2 (ENSPTIG00000007874) HNRNPA3 (ENSPTIG00000008598) MTX2 (ENSPTIG00000011503) ENSPTIG00000013485 HOXD4 (ENSPTIG00000015199) #8 ENSPTIG00000015581 #9 ENSPTIG00000006835 #10 HOXD10 (ENSPTIG00000015771) #11 HOXD13 (ENSPTIG00000016212) #14 LNPK (ENSPTIG00000016532) #18 ATP5MC3 (ENSPTIG00000016881) #19 ATF2 (ENSPTIG00000017517) #20 CHN1 (ENSPTIG00000006887) #22 CHRNA1 (ENSPTIG00000012090) #23 WIPF1 (ENSPTIG00000016801) GPR155 (ENSPTIG00000018965) #25 SCRN3 (ENSPTIG00000003437) #26 CIR1 (ENSPTIG00000008708) #27 ENSPTIG00000009967 ENSPTIG00000011872 #30 SP3 (ENSPTIG00000014294) #31 CDCA7 (ENSPTIG00000016039) #32 ENSPTIG00000019347 RAPGEF4 (ENSPTIG00000021652) #34 PDK1 (ENSPTIG00000017044) #36 ITGA6 (ENSPTIG00000019962) #37 ENSPTIG00000017154 METAP1D (ENSPTIG00000017545) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.mb.a #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 lion MODERN SPECIES 8 ENSPLOG00000022134 MTX2 (ENSPLOG00000022148) HOXD1 (ENSPLOG00000022171) HOXD3 (ENSPLOG00000022176) #7 HOXD4 (ENSPLOG00000022180) #8 HOXD8 (ENSPLOG00000022192) #9 HOXD9 (ENSPLOG00000022195) #10 HOXD10 (ENSPLOG00000022198) #11 HOXD11 (ENSPLOG00000022202) #12 HOXD12 (ENSPLOG00000022207) #13 HOXD13 (ENSPLOG00000022213) #14 EVX2 (ENSPLOG00000022219) #15 LNPK (ENSPLOG00000022229) #18 ATP5MC3 (ENSPLOG00000022249) #19 ATF2 (ENSPLOG00000022276) #20 CHN1 (ENSPLOG00000022311) #22 CHRNA1 (ENSPLOG00000022353) #23 WIPF1 (ENSPLOG00000022385) ENSPLOG00000022399 ENSPLOG00000022404 GPR155 (ENSPLOG00000022420) #25 SCRN3 (ENSPLOG00000022426) #26 CIR1 (ENSPLOG00000022436) #27 ENSPLOG00000022440 SP9 (ENSPLOG00000022443) #28 ENSPLOG00000022450 #30 SP3 (ENSPLOG00000022461) #31 CDCA7 (ENSPLOG00000022466) #32 ENSPLOG00000022477 RAPGEF4 (ENSPLOG00000022513) #34 PDK1 (ENSPLOG00000022560) #36 leopard MODERN SPECIES 1 ENSPPRG00000022322 MTX2 (ENSPPRG00000022475) HOXD1 (ENSPPRG00000023009) HOXD3 (ENSPPRG00000022847) #7 HOXD4 (ENSPPRG00000022845) #8 HOXD8 (ENSPPRG00000022672) #9 HOXD9 (ENSPPRG00000000084) #10 HOXD10 (ENSPPRG00000000139) #11 HOXD11 (ENSPPRG00000000168) #12 HOXD12 (ENSPPRG00000000300) #13 HOXD13 (ENSPPRG00000000349) #14 EVX2 (ENSPPRG00000000389) #15 LNPK (ENSPPRG00000000436) #18 ATP5MC3 (ENSPPRG00000000490) #19 ATF2 (ENSPPRG00000001271) #20 CHN1 (ENSPPRG00000001854) #22 CHRNA1 (ENSPPRG00000002357) #23 WIPF1 (ENSPPRG00000002779) ENSPPRG00000002818 GPR155 (ENSPPRG00000003324) #25 SCRN3 (ENSPPRG00000003477) #26 CIR1 (ENSPPRG00000003553) #27 SP9 (ENSPPRG00000003658) #28 ENSPPRG00000004233 #30 ENSPPRG00000004311 SP3 (ENSPPRG00000004464) #31 CDCA7 (ENSPPRG00000005021) #32 MAP3K20 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(ENSFCAG00000000430) #37 DLX2 (ENSFCAG00000038170) Caniformia ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 Canidae DUPLICATION Canidae DUPLICATION Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.g.a #22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 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ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a.i #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.g.b #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Red fox DUPLICATION Red fox MODERN SPECIES 15 NFE2L2 (ENSVVUG00000012641) ENSVVUG00000012651 ENSVVUG00000012682 ENSVVUG00000012694 HOXD3 (ENSVVUG00000012700) #7 HOXD8 (ENSVVUG00000012714) #9 ENSVVUG00000012717 #10 HOXD10 (ENSVVUG00000012722) #11 ENSVVUG00000012726 #12 HOXD12 (ENSVVUG00000012731) #13 HOXD13 (ENSVVUG00000012734) #14 EVX2 (ENSVVUG00000012735) #15 LNPK (ENSVVUG00000012737) #18 ATP5MC3 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ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a.i #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.g.b #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Dingo DUPLICATION Dingo MODERN SPECIES 339 HOXD1 (ENSCAFG00020006270) HOXD3 (ENSCAFG00020006263) #7 HOXD4 (ENSCAFG00020006256) #8 HOXD8 (ENSCAFG00020006244) #9 HOXD10 (ENSCAFG00020006239) #11 HOXD11 (ENSCAFG00020006229) #12 HOXD9 (ENSCAFG00020006227) #10 HOXD12 (ENSCAFG00020006216) #13 HOXD13 (ENSCAFG00020006212) #14 EVX2 (ENSCAFG00020006206) #15 LNPK (ENSCAFG00020006192) #18 ENSCAFG00020006176 ENSCAFG00020006151 #19 ATF2 (ENSCAFG00020006131) #20 ENSCAFG00020006118 #22 ENSCAFG00020006110 #22 CHRNA1 (ENSCAFG00020006081) #23 ENSCAFG00020006077 WIPF1 (ENSCAFG00020006074) ENSCAFG00020006068 GPR155 (ENSCAFG00020005897) #25 SCRN3 (ENSCAFG00020005876) #26 CIR1 (ENSCAFG00020005869) #27 SP9 (ENSCAFG00020005867) #28 OLA1 (ENSCAFG00020005038) #30 SP3 (ENSCAFG00020004982) #31 CDCA7 (ENSCAFG00020004971) #32 ENSCAFG00020004969 ENSCAFG00020004961 RAPGEF4 (ENSCAFG00020004415) #34 PDK1 (ENSCAFG00020004348) #36 Dingo MODERN SPECIES 339 MTX2 (ENSCAFG00020006273) HOXD1 (ENSCAFG00020006270) HOXD3 (ENSCAFG00020006263) #7 HOXD4 (ENSCAFG00020006256) #8 HOXD8 (ENSCAFG00020006244) #9 HOXD10 (ENSCAFG00020006239) #11 HOXD11 (ENSCAFG00020006229) #12 HOXD9 (ENSCAFG00020006227) #10 HOXD12 (ENSCAFG00020006216) #13 HOXD13 (ENSCAFG00020006212) #14 EVX2 (ENSCAFG00020006206) #15 LNPK (ENSCAFG00020006192) #18 ENSCAFG00020006176 ENSCAFG00020006151 #19 ATF2 (ENSCAFG00020006131) #20 ENSCAFG00020006118 #22 ENSCAFG00020006110 #22 CHRNA1 (ENSCAFG00020006081) #23 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ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00570000080031 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 American mink MODERN SPECIES 106 ENSNVIG00000009098 ENSNVIG00000009049 #19 ENSNVIG00000009030 ATF2 (ENSNVIG00000008881) #20 ENSNVIG00000008866 CHN1 (ENSNVIG00000008762) #22 CHRNA1 (ENSNVIG00000008699) #23 ENSNVIG00000008567 #24 GPR155 (ENSNVIG00000008500) #25 SCRN3 (ENSNVIG00000008489) #26 CIR1 (ENSNVIG00000008463) #27 SP9 (ENSNVIG00000008457) #28 OLA1 (ENSNVIG00000008347) #30 SP3 (ENSNVIG00000008326) #31 ENSNVIG00000008301 CDCA7 (ENSNVIG00000008173) #32 ENSNVIG00000008110 RAPGEF4 (ENSNVIG00000007561) #34 PDK1 (ENSNVIG00000007527) #36 ITGA6 (ENSNVIG00000007078) #37 DLX2 (ENSNVIG00000007019) Ferret MODERN SPECIES 359 HOXD1 (ENSMPUG00000014084) ENSMPUG00000014080 HOXD3 (ENSMPUG00000014072) #7 HOXD4 (ENSMPUG00000014070) #8 ENSMPUG00000014067 ENSMPUG00000014060 #9 HOXD9 (ENSMPUG00000014053) #10 HOXD10 (ENSMPUG00000014049) #11 HOXD11 (ENSMPUG00000014029) #12 HOXD12 (ENSMPUG00000014025) #13 HOXD13 (ENSMPUG00000014022) #14 EVX2 (ENSMPUG00000014012) #15 LNPK (ENSMPUG00000014007) #18 ATP5MC3 (ENSMPUG00000013986) #19 ATF2 (ENSMPUG00000013983) #20 CHN1 (ENSMPUG00000013977) #22 CHRNA1 (ENSMPUG00000013974) #23 ENSMPUG00000013967 #24 GPR155 (ENSMPUG00000013963) #25 SCRN3 (ENSMPUG00000013961) #26 ENSMPUG00000013943 #27 ENSMPUG00000013940 ENSMPUG00000013934 SP9 (ENSMPUG00000013931) #28 OLA1 (ENSMPUG00000013906) #30 SP3 (ENSMPUG00000013903) #31 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a.m.b #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000005254.i.a.b ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 Giant Panda MODERN SPECIES 11 ENSAMEG00000019906 MTX2 (ENSAMEG00000001799) HOXD1 (ENSAMEG00000028345) HOXD3 (ENSAMEG00000026957) #7 HOXD4 (ENSAMEG00000025663) #8 HOXD8 (ENSAMEG00000023565) #9 HOXD9 (ENSAMEG00000029987) #10 HOXD10 (ENSAMEG00000001849) #11 ENSAMEG00000025193 #12 HOXD12 (ENSAMEG00000023609) #13 HOXD13 (ENSAMEG00000001865) #14 EVX2 (ENSAMEG00000001868) #15 LNPK (ENSAMEG00000001869) #18 ATP5MC3 (ENSAMEG00000012367) #19 ATF2 (ENSAMEG00000012333) #20 CHN1 (ENSAMEG00000012304) #22 CHRNA1 (ENSAMEG00000012277) #23 WIPF1 (ENSAMEG00000012269) ENSAMEG00000027164 GPR155 (ENSAMEG00000012251) #25 SCRN3 (ENSAMEG00000012230) #26 CIR1 (ENSAMEG00000012211) #27 SP9 (ENSAMEG00000028382) #28 ENSAMEG00000025792 OLA1 (ENSAMEG00000012204) #30 ENSAMEG00000024507 SP3 (ENSAMEG00000000258) #31 ENSAMEG00000028241 ENSAMEG00000000267 #32 ENSAMEG00000000282 RAPGEF4 (ENSAMEG00000000315) #34 Ursus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a.m.b #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00910000147479.a.b ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000005254.i.a.b ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 Polar bear MODERN SPECIES 142 OSBPL6 (ENSUMAG00000016519) RBM45 (ENSUMAG00000016503) PDE11A (ENSUMAG00000016414) ENSUMAG00000016390 AGPS (ENSUMAG00000015781) NFE2L2 (ENSUMAG00000015689) ENSUMAG00000015686 MTX2 (ENSUMAG00000015662) HOXD4 (ENSUMAG00000015658) #8 ENSUMAG00000015653 #9 HOXD10 (ENSUMAG00000015650) #11 ENSUMAG00000015649 #12 LNPK (ENSUMAG00000015613) #18 ATP5MC3 (ENSUMAG00000015579) #19 ATF2 (ENSUMAG00000015564) #20 CHN1 (ENSUMAG00000015511) #22 CHRNA1 (ENSUMAG00000015480) #23 ENSUMAG00000015473 ENSUMAG00000015461 GPR155 (ENSUMAG00000015425) #25 SCRN3 (ENSUMAG00000015422) #26 CIR1 (ENSUMAG00000015415) #27 ENSUMAG00000015413 OLA1 (ENSUMAG00000015410) #30 SP3 (ENSUMAG00000015395) #31 ENSUMAG00000015375 CDCA7 (ENSUMAG00000015367) #32 ENSUMAG00000015337 #33 RAPGEF4 (ENSUMAG00000015328) #34 PDK1 (ENSUMAG00000015250) #36 ITGA6 (ENSUMAG00000014604) #37 American black bear MODERN SPECIES 1124 CHN1 (ENSUAMG00000006177) #22 ENSUAMG00000006180 CHRNA1 (ENSUAMG00000006186) #23 WIPF1 (ENSUAMG00000006198) ENSUAMG00000006207 GPR155 (ENSUAMG00000006210) #25 SCRN3 (ENSUAMG00000006214) #26 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 Equus ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000005569.x.a.a.b ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 Donkey MODERN SPECIES 24 MTX2 (ENSEASG00005022537) HOXD1 (ENSEASG00005030887) HOXD3 (ENSEASG00005022544) #7 HOXD4 (ENSEASG00005024806) #8 HOXD8 (ENSEASG00005033905) #9 HOXD9 (ENSEASG00005023994) #10 HOXD10 (ENSEASG00005022552) #11 HOXD11 (ENSEASG00005030904) #12 HOXD12 (ENSEASG00005022555) #13 HOXD13 (ENSEASG00005029242) #14 EVX2 (ENSEASG00005022562) #15 ENSEASG00005022564 LNPK (ENSEASG00005022567) #18 ATP5MC3 (ENSEASG00005022573) #19 ATF2 (ENSEASG00005022575) #20 CHN1 (ENSEASG00005022579) #22 CHRNA1 (ENSEASG00005022581) #23 WIPF1 (ENSEASG00005022583) GPR155 (ENSEASG00005022591) #25 SCRN3 (ENSEASG00005022597) #26 CIR1 (ENSEASG00005022598) #27 SP9 (ENSEASG00005022600) #28 OLA1 (ENSEASG00005022603) #30 SP3 (ENSEASG00005022608) #31 CDCA7 (ENSEASG00005022615) #32 ENSEASG00005034775 ENSEASG00005022618 #33 RAPGEF4 (ENSEASG00005022625) #34 PDK1 (ENSEASG00005022633) #36 ITGA6 (ENSEASG00005022636) #37 DLX2 (ENSEASG00005022641) Horse MODERN SPECIES 9 HNRNPA3 (ENSECAG00000059976) MTX2 (ENSECAG00000022464) HOXD1 (ENSECAG00000035437) HOXD3 (ENSECAG00000022129) #7 HOXD4 (ENSECAG00000038429) #8 HOXD8 (ENSECAG00000021980) #9 HOXD9 (ENSECAG00000021845) #10 HOXD10 (ENSECAG00000020599) #11 HOXD11 (ENSECAG00000003045) #12 HOXD13 (ENSECAG00000020388) #14 EVX2 (ENSECAG00000019796) #15 ENSECAG00000043913 LNPK (ENSECAG00000008534) #18 ATP5MC3 (ENSECAG00000008514) #19 ATF2 (ENSECAG00000018723) #20 CHN1 (ENSECAG00000008277) #22 CHRNA1 (ENSECAG00000019649) #23 WIPF1 (ENSECAG00000015984) #24 GPR155 (ENSECAG00000008471) #25 SCRN3 (ENSECAG00000018530) #26 CIR1 (ENSECAG00000006773) #27 SP9 (ENSECAG00000028902) #28 OLA1 (ENSECAG00000016353) #30 SP3 (ENSECAG00000013930) #31 CDCA7 (ENSECAG00000011492) #32 ENSECAG00000000477 RAPGEF4 (ENSECAG00000017755) #34 PDK1 (ENSECAG00000006213) #36 ITGA6 (ENSECAG00000001652) #37 DLX2 (ENSECAG00000000452) DLX1 (ENSECAG00000024861) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Megabat MODERN SPECIES 854 CHN1 (ENSPVAG00000004165) #22 CHRNA1 (ENSPVAG00000004164) #23 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 26 ENSRFEG00010022161 MTX2 (ENSRFEG00010022163) HOXD1 (ENSRFEG00010022164) HOXD3 (ENSRFEG00010022165) #7 HOXD4 (ENSRFEG00010022166) #8 HOXD8 (ENSRFEG00010022168) #9 HOXD9 (ENSRFEG00010022169) #10 HOXD10 (ENSRFEG00010022170) #11 HOXD11 (ENSRFEG00010022171) #12 HOXD12 (ENSRFEG00010022172) #13 HOXD13 (ENSRFEG00010022173) #14 EVX2 (ENSRFEG00010000230) #15 LNPK (ENSRFEG00010000270) #18 ENSRFEG00010000353 #19 ATF2 (ENSRFEG00010000479) #20 CHN1 (ENSRFEG00010000595) #22 CHRNA1 (ENSRFEG00010000686) #23 WIPF1 (ENSRFEG00010000762) GPR155 (ENSRFEG00010000805) #25 SCRN3 (ENSRFEG00010000835) #26 CIR1 (ENSRFEG00010000863) #27 SP9 (ENSRFEG00010000885) #28 ENSRFEG00010000897 OLA1 (ENSRFEG00010000935) #30 SP3 (ENSRFEG00010000991) #31 CDCA7 (ENSRFEG00010001045) #32 ENSRFEG00010001183 RAPGEF4 (ENSRFEG00010001360) #34 ENSRFEG00010001688 PDK1 (ENSRFEG00010001709) #36 ITGA6 (ENSRFEG00010001783) #37 Microbat MODERN SPECIES 942 ENSMLUG00000003906 MTX2 (ENSMLUG00000015966) ENSMLUG00000029447 HOXD3 (ENSMLUG00000012510) #7 HOXD4 (ENSMLUG00000012508) #8 HOXD8 (ENSMLUG00000028864) #9 HOXD10 (ENSMLUG00000007048) #11 HOXD11 (ENSMLUG00000007030) #12 HOXD12 (ENSMLUG00000007009) #13 HOXD13 (ENSMLUG00000006997) #14 EVX2 (ENSMLUG00000006989) #15 ENSMLUG00000022478 LNPK (ENSMLUG00000006972) #18 ENSMLUG00000012822 #19 ATF2 (ENSMLUG00000015718) #20 CHN1 (ENSMLUG00000015709) #22 CHRNA1 (ENSMLUG00000015698) #23 WIPF1 (ENSMLUG00000022385) GPR155 (ENSMLUG00000013828) #25 SCRN3 (ENSMLUG00000013823) #26 CIR1 (ENSMLUG00000013807) #27 ENSMLUG00000025196 #30 SP3 (ENSMLUG00000006791) #31 CDCA7 (ENSMLUG00000006634) #32 ENSMLUG00000006601 ENSMLUG00000005569 #34 ENSMLUG00000030219 #34 PDK1 (ENSMLUG00000005562) #36 ITGA6 (ENSMLUG00000005550) #37 HAT1 (ENSMLUG00000017163) DLX2 (ENSMLUG00000025271) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Common shrew MODERN SPECIES 1973 CHN1 (ENSSARG00000010374) #22 Hedgehog MODERN SPECIES 2653 ENSEEUG00000010428 #22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Primates ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.v.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Mouse lemur MODERN SPECIES 30 ENSMICG00000027841 MTX2 (ENSMICG00000004295) HOXD1 (ENSMICG00000044650) HOXD3 (ENSMICG00000004286) #7 HOXD4 (ENSMICG00000043209) #8 HOXD8 (ENSMICG00000004277) #9 HOXD9 (ENSMICG00000031229) #10 HOXD10 (ENSMICG00000028373) #11 HOXD11 (ENSMICG00000048033) #12 HOXD12 (ENSMICG00000002172) #13 HOXD13 (ENSMICG00000002170) #14 EVX2 (ENSMICG00000035343) #15 LNPK (ENSMICG00000027707) #18 ATP5MC3 (ENSMICG00000006421) #19 ATF2 (ENSMICG00000006417) #20 CHN1 (ENSMICG00000014292) #22 ENSMICG00000038672 CHRNA1 (ENSMICG00000014284) #23 ENSMICG00000031974 #24 GPR155 (ENSMICG00000000369) #25 SCRN3 (ENSMICG00000000366) #26 CIR1 (ENSMICG00000026886) #27 SP9 (ENSMICG00000031506) #28 ENSMICG00000007356 ENSMICG00000000354 #30 SP3 (ENSMICG00000014796) #31 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243 HOXD1 (ENSPSMG00000024516) ENSPSMG00000024512 HOXD3 (ENSPSMG00000024507) #7 HOXD4 (ENSPSMG00000024504) #8 HOXD8 (ENSPSMG00000024501) #9 HOXD9 (ENSPSMG00000024487) #10 HOXD10 (ENSPSMG00000024482) #11 HOXD11 (ENSPSMG00000024479) #12 HOXD12 (ENSPSMG00000024476) #13 HOXD13 (ENSPSMG00000024474) #14 EVX2 (ENSPSMG00000024469) #15 ENSPSMG00000024465 LNPK (ENSPSMG00000024460) #18 ATP5MC3 (ENSPSMG00000024446) #19 ATF2 (ENSPSMG00000024416) #20 CHN1 (ENSPSMG00000024301) #22 CHRNA1 (ENSPSMG00000024264) #23 WIPF1 (ENSPSMG00000024219) GPR155 (ENSPSMG00000024199) #25 SCRN3 (ENSPSMG00000024170) #26 CIR1 (ENSPSMG00000024153) #27 SP9 (ENSPSMG00000024136) #28 OLA1 (ENSPSMG00000024129) #30 SP3 (ENSPSMG00000024117) #31 CDCA7 (ENSPSMG00000024083) #32 ENSPSMG00000024060 MAP3K20 (ENSPSMG00000024048) #33 RAPGEF4 (ENSPSMG00000023978) #34 PDK1 (ENSPSMG00000023879) #36 ITGA6 (ENSPSMG00000023755) #37 DLX2 (ENSPSMG00000023598) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 478 NFE2L2 (ENSPCOG00000007362) MTX2 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ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Tarsier MODERN SPECIES 5208 GAL3ST4 (ENSTSYG00000036714) GPC2 (ENSTSYG00000025495) ATF2 (ENSTSYG00000002606) #20 CHN1 (ENSTSYG00000004837) #22 CHRNA1 (ENSTSYG00000005526) #23 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099.a #31 ENSGT00940000155436.o.a.b #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099.a #31 ENSGT00940000155436.o.a.a #32 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ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000008029.v ENSGT00940000167313 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.a.a #30 ENSGT00940000155099.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00910000146880 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Gibbon MODERN SPECIES 14 MTX2 (ENSNLEG00000006020) HOXD1 (ENSNLEG00000006019) ENSNLEG00000027160 HOXD3 (ENSNLEG00000006018) #7 HOXD4 (ENSNLEG00000006014) #8 ENSNLEG00000006003 #9 HOXD9 (ENSNLEG00000006011) #10 HOXD10 (ENSNLEG00000006010) #11 HOXD12 (ENSNLEG00000006006) #13 HOXD13 (ENSNLEG00000029303) #14 EVX2 (ENSNLEG00000005999) #15 LNPK (ENSNLEG00000005977) #18 ATP5MC3 (ENSNLEG00000005971) #19 ATF2 (ENSNLEG00000005938) #20 ENSNLEG00000028605 CHN1 (ENSNLEG00000005923) #22 CHRNA1 (ENSNLEG00000005914) #23 WIPF1 (ENSNLEG00000005907) ENSNLEG00000033625 GPR155 (ENSNLEG00000005896) #25 SCRN3 (ENSNLEG00000005880) #26 ENSNLEG00000005869 #27 ENSNLEG00000033171 ENSNLEG00000030268 OLA1 (ENSNLEG00000005817) #30 SP3 (ENSNLEG00000005812) #31 ENSNLEG00000036050 ENSNLEG00000031261 CDCA7 (ENSNLEG00000005787) #32 MAP3K20 (ENSNLEG00000005760) #33 ENSNLEG00000033045 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00910000147400 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000008029.v ENSGT00940000167313 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.a.a #30 ENSGT00940000155099.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00910000146880 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Orangutan MODERN SPECIES 15 ENSPPYG00000037565 HOXD1 (ENSPPYG00000012964) HOXD3 (ENSPPYG00000012963) #7 HOXD4 (ENSPPYG00000034536) #8 HOXD8 (ENSPPYG00000037201) #9 HOXD9 (ENSPPYG00000012959) #10 HOXD10 (ENSPPYG00000012958) #11 HOXD11 (ENSPPYG00000031598) #12 HOXD12 (ENSPPYG00000012957) #13 HOXD13 (ENSPPYG00000012956) #14 EVX2 (ENSPPYG00000012955) #15 LNPK (ENSPPYG00000032630) #18 ATP5MC3 (ENSPPYG00000037033) #19 ENSPPYG00000041465 ATF2 (ENSPPYG00000012951) #20 CHN1 (ENSPPYG00000012950) #22 CHRNA1 (ENSPPYG00000012949) #23 WIPF1 (ENSPPYG00000012948) GPR155 (ENSPPYG00000012947) #25 ENSPPYG00000012946 #26 ENSPPYG00000012945 #27 SP9 (ENSPPYG00000033437) #28 OLA1 (ENSPPYG00000012943) #30 SP3 (ENSPPYG00000012941) #31 CDCA7 (ENSPPYG00000012940) #32 MAP3K20 (ENSPPYG00000012939) #33 RAPGEF4 (ENSPPYG00000012938) #34 PDK1 (ENSPPYG00000012937) #36 ITGA6 (ENSPPYG00000012936) #37 DLX2 (ENSPPYG00000012935) DLX1 (ENSPPYG00000035109) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00910000147400 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000008029.v ENSGT00940000167313 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b.a.a #30 ENSGT00940000155099.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00910000146880 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Gorilla MODERN SPECIES 15 ENSGGOG00000041480 HOXD1 (ENSGGOG00000001348) ENSGGOG00000037792 HOXD3 (ENSGGOG00000037089) #7 HOXD4 (ENSGGOG00000042533) #8 ENSGGOG00000009898 #9 HOXD9 (ENSGGOG00000001343) #10 HOXD10 (ENSGGOG00000001341) #11 ENSGGOG00000044084 ENSGGOG00000038035 #13 ENSGGOG00000041387 #14 EVX2 (ENSGGOG00000001335) #15 LNPK (ENSGGOG00000007852) #18 ATP5MC3 (ENSGGOG00000036796) #19 ATF2 (ENSGGOG00000027461) #20 CHN1 (ENSGGOG00000002177) #22 CHRNA1 (ENSGGOG00000008036) #23 WIPF1 (ENSGGOG00000016773) ENSGGOG00000005480 GPR155 (ENSGGOG00000004876) #25 SCRN3 (ENSGGOG00000034896) #26 SP9 (ENSGGOG00000007345) #28 OLA1 (ENSGGOG00000022215) #30 SP3 (ENSGGOG00000011699) #31 ENSGGOG00000041228 ENSGGOG00000041018 ENSGGOG00000042056 CDCA7 (ENSGGOG00000024973) #32 MAP3K20 (ENSGGOG00000005714) #33 ENSGGOG00000038487 RAPGEF4 (ENSGGOG00000009121) #34 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00910000147400 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00940000165163 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135.g #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00950000183198.c.b.a ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099.a #31 ENSGT00940000162422.d ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00910000146880 Olive baboon MODERN SPECIES 1 MTX2 (ENSPANG00000013333) HOXD1 (ENSPANG00000009593) HOXD3 (ENSPANG00000000543) #7 HOXD4 (ENSPANG00000000542) #8 HOXD8 (ENSPANG00000049199) #9 HOXD9 (ENSPANG00000001061) #10 HOXD10 (ENSPANG00000050198) #11 HOXD11 (ENSPANG00000049530) #12 ENSPANG00000044332 #13 ENSPANG00000044695 #14 ENSPANG00000039545 #15 LNPK (ENSPANG00000011787) #18 ATP5MC3 (ENSPANG00000031591) #19 ATF2 (ENSPANG00000004806) #20 ENSPANG00000005473 CHN1 (ENSPANG00000008236) #22 CHRNA1 (ENSPANG00000007790) #23 WIPF1 (ENSPANG00000019541) GPR155 (ENSPANG00000006559) #25 SCRN3 (ENSPANG00000001316) #26 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ENSGT00940000162422.d ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00910000146880 Drill MODERN SPECIES 1072 MTX2 (ENSMLEG00000002029) HOXD1 (ENSMLEG00000035890) HOXD3 (ENSMLEG00000037278) #7 HOXD4 (ENSMLEG00000024188) #8 ENSMLEG00000042507 #9 HOXD9 (ENSMLEG00000025695) #10 HOXD10 (ENSMLEG00000044067) #11 ENSMLEG00000030792 #12 HOXD12 (ENSMLEG00000032533) #13 HOXD13 (ENSMLEG00000031532) #14 EVX2 (ENSMLEG00000035528) #15 LNPK (ENSMLEG00000033659) #18 ENSMLEG00000001270 ATP5MC3 (ENSMLEG00000043816) #19 ATF2 (ENSMLEG00000035167) #20 CHN1 (ENSMLEG00000032406) #22 ENSMLEG00000000615 CHRNA1 (ENSMLEG00000043089) #23 WIPF1 (ENSMLEG00000001484) ENSMLEG00000029654 GPR155 (ENSMLEG00000027961) #25 SCRN3 (ENSMLEG00000043626) #26 CIR1 (ENSMLEG00000009014) #27 OLA1 (ENSMLEG00000040175) #30 ENSMLEG00000042096 SP3 (ENSMLEG00000022357) #31 CDCA7 (ENSMLEG00000036199) #32 MAP3K20 (ENSMLEG00000035407) #33 RAPGEF4 (ENSMLEG00000043070) #34 ENSMLEG00000036771 PDK1 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ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160029 ENSGT00940000157735 ENSGT00390000007069 ENSGT00940000155963 Rabbit MODERN SPECIES 18 ENSOCUG00000025666 MTX2 (ENSOCUG00000008760) HOXD1 (ENSOCUG00000015582) HOXD3 (ENSOCUG00000014119) #7 HOXD4 (ENSOCUG00000002413) #8 ENSOCUG00000035940 #9 HOXD9 (ENSOCUG00000023956) #10 HOXD10 (ENSOCUG00000008964) #11 HOXD11 (ENSOCUG00000013942) #12 HOXD12 (ENSOCUG00000002412) #13 HOXD13 (ENSOCUG00000029547) #14 EVX2 (ENSOCUG00000032776) #15 LNPK (ENSOCUG00000008962) #18 ATP5MC3 (ENSOCUG00000012164) #19 ATF2 (ENSOCUG00000012156) #20 CHN1 (ENSOCUG00000008134) #22 CHRNA1 (ENSOCUG00000024814) #23 ENSOCUG00000005696 #24 ENSOCUG00000036607 GPR155 (ENSOCUG00000003683) #25 SCRN3 (ENSOCUG00000011499) #26 CIR1 (ENSOCUG00000029298) #27 ENSOCUG00000037146 OLA1 (ENSOCUG00000003574) #30 SP3 (ENSOCUG00000026678) #31 ENSOCUG00000030823 CDCA7 (ENSOCUG00000001759) #32 ENSOCUG00000030479 MAP3K20 (ENSOCUG00000015053) #33 ENSOCUG00000020911 RAPGEF4 (ENSOCUG00000015032) #34 Pika MODERN SPECIES 958 ATF2 (ENSOPRG00000003853) #20 CHN1 (ENSOPRG00000003821) #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a.xb #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 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ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a.xb.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Squirrel MODERN SPECIES 109 HNRNPA3 (ENSSTOG00000025125) ENSSTOG00000030884 MTX2 (ENSSTOG00000014688) HOXD1 (ENSSTOG00000012230) HOXD3 (ENSSTOG00000014680) #7 HOXD4 (ENSSTOG00000029055) #8 ENSSTOG00000023453 #9 HOXD9 (ENSSTOG00000026761) #10 HOXD10 (ENSSTOG00000003935) #11 HOXD12 (ENSSTOG00000004918) #13 HOXD13 (ENSSTOG00000004117) #14 EVX2 (ENSSTOG00000014512) #15 LNPK (ENSSTOG00000014498) #18 ENSSTOG00000013572 #19 ATF2 (ENSSTOG00000014079) #20 CHN1 (ENSSTOG00000004301) #22 CHRNA1 (ENSSTOG00000004281) #23 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ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 75 Agps (ENSJJAG00000016720) Nfe2l2 (ENSJJAG00000019899) ENSJJAG00000000149 ENSJJAG00000013228 ENSJJAG00000019952 Hoxd1 (ENSJJAG00000019059) Hoxd10 (ENSJJAG00000011932) #11 Hoxd11 (ENSJJAG00000012344) #12 Hoxd12 (ENSJJAG00000016261) #13 Hoxd13 (ENSJJAG00000016388) #14 Evx2 (ENSJJAG00000017484) #15 Lnpk (ENSJJAG00000011710) #18 ENSJJAG00000013766 Atp5g3 (ENSJJAG00000022403) #19 Atf2 (ENSJJAG00000015836) #20 Chn1 (ENSJJAG00000015001) #22 ENSJJAG00000014124 Chrna1 (ENSJJAG00000018710) #23 Scrn3 (ENSJJAG00000021027) #26 Cir1 (ENSJJAG00000010849) #27 Sp9 (ENSJJAG00000020056) #28 ENSJJAG00000022958 #30 Sp3 (ENSJJAG00000011138) #31 Cdca7 (ENSJJAG00000014387) #32 ENSJJAG00000016192 #33 Rapgef4 (ENSJJAG00000009830) #34 ENSJJAG00000015889 Pdk1 (ENSJJAG00000020102) #36 Itga6 (ENSJJAG00000012292) #37 Dlx2 (ENSJJAG00000019163) Dlx1 (ENSJJAG00000008558) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.p ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1735 ENSNGAG00000021745 Mtx2 (ENSNGAG00000020555) Hoxd1 (ENSNGAG00000021714) Hoxd3 (ENSNGAG00000021055) #7 Hoxd4 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#11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.p ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00940000171387 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 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(ENSMAUG00000020187) #37 Dlx2 (ENSMAUG00000021831) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.p ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Prairie vole MODERN SPECIES 12 ENSMOCG00000019409 Mtx2 (ENSMOCG00000017110) Hoxd1 (ENSMOCG00000014086) Hoxd4 (ENSMOCG00000013646) #8 Hoxd3 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ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 13 Hoxd1 (ENSRNOG00000001572) Hoxd3 (ENSRNOG00000001577) #7 AABR07052559.1 (ENSRNOG00000053144) Hoxd4 (ENSRNOG00000001578) #8 Hoxd8 (ENSRNOG00000071108) #9 Hoxd9 (ENSRNOG00000001580) #10 Hoxd10 (ENSRNOG00000001581) #11 Hoxd11 (ENSRNOG00000069591) #12 Hoxd12 (ENSRNOG00000001587) #13 Hoxd13 (ENSRNOG00000001588) #14 Evx2 (ENSRNOG00000001589) #15 Lnpk (ENSRNOG00000001593) #18 Atp5mc3 (ENSRNOG00000001596) #19 Atf2 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ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436.k #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 Mouse MODERN SPECIES 11 Hnrnpa3 (ENSMUSG00000059005) Mtx2 (ENSMUSG00000027099) Hoxd1 (ENSMUSG00000042448) Hoxd4 (ENSMUSG00000101174) #8 Hoxd3 (ENSMUSG00000079277) #7 Hoxd8 (ENSMUSG00000027102) #9 Hoxd9 (ENSMUSG00000043342) #10 Hoxd10 (ENSMUSG00000050368) #11 Hoxd11 (ENSMUSG00000042499) #12 Hoxd12 (ENSMUSG00000001823) #13 Hoxd13 (ENSMUSG00000001819) #14 Evx2 (ENSMUSG00000001815) #15 Lnpk (ENSMUSG00000009207) #18 Atp5g3 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ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436.k #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00960000192081 spretus MODERN SPECIES 11 Mtx2 (MGP_SPRETEiJ_G0024600) Hoxd1 (MGP_SPRETEiJ_G0024599) MGP_SPRETEiJ_G0024598 #8 Hoxd4 (MGP_SPRETEiJ_G0024597) #8 Hoxd3 (MGP_SPRETEiJ_G0024596) #7 Hoxd8 (MGP_SPRETEiJ_G0024595) #9 Hoxd9 (MGP_SPRETEiJ_G0024594) #10 Hoxd10 (MGP_SPRETEiJ_G0024593) #11 Hoxd11 (MGP_SPRETEiJ_G0024592) #12 Hoxd12 (MGP_SPRETEiJ_G0024591) #13 Hoxd13 (MGP_SPRETEiJ_G0024590) #14 Evx2 (MGP_SPRETEiJ_G0024589) #15 Lnpk (MGP_SPRETEiJ_G0024588) #18 Atp5g3 (MGP_SPRETEiJ_G0024587) #19 Atf2 (MGP_SPRETEiJ_G0024586) #20 Chn1 (MGP_SPRETEiJ_G0024585) #22 Chrna1 (MGP_SPRETEiJ_G0024584) #23 Wipf1 (MGP_SPRETEiJ_G0024583) Gpr155 (MGP_SPRETEiJ_G0024582) #25 Scrn3 (MGP_SPRETEiJ_G0024581) #26 Cir1 (MGP_SPRETEiJ_G0024580) #27 Sp9 (MGP_SPRETEiJ_G0024579) #28 Ola1 (MGP_SPRETEiJ_G0024578) #30 MGP_SPRETEiJ_G0024577 Sp3 (MGP_SPRETEiJ_G0024576) #31 Cdca7 (MGP_SPRETEiJ_G0024575) #32 Map3k20 (MGP_SPRETEiJ_G0024574) #33 Rapgef4 (MGP_SPRETEiJ_G0024573) #34 Pdk1 (MGP_SPRETEiJ_G0024572) #36 Itga6 (MGP_SPRETEiJ_G0024571) #37 Dlx2 (MGP_SPRETEiJ_G0024570) Steppe mouse MODERN SPECIES 3326 Hoxd1 (ENSMSIG00000006137) Hoxd3 (ENSMSIG00000006158) #7 ENSMSIG00000006186 #8 Hoxd8 (ENSMSIG00000006283) #9 Hoxd9 (ENSMSIG00000006304) #10 Hoxd10 (ENSMSIG00000006313) #11 Hoxd11 (ENSMSIG00000006326) #12 Hoxd12 (ENSMSIG00000006333) #13 Hoxd13 (ENSMSIG00000006348) #14 Evx2 (ENSMSIG00000006361) #15 Lnpk (ENSMSIG00000006386) #18 ENSMSIG00000006495 Atp5g3 (ENSMSIG00000006512) #19 Atf2 (ENSMSIG00000006546) #20 ENSMSIG00000006659 Chn1 (ENSMSIG00000006692) #22 Chrna1 (ENSMSIG00000006852) #23 Wipf1 (ENSMSIG00000006899) Gpr155 (ENSMSIG00000006975) #25 Scrn3 (ENSMSIG00000007111) #26 Cir1 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(MGP_PahariEiJ_G0025112) Gpr155 (MGP_PahariEiJ_G0025111) #25 Scrn3 (MGP_PahariEiJ_G0025110) #26 MGP_PahariEiJ_G0025109 #27 Sp9 (MGP_PahariEiJ_G0025108) #28 Ola1 (MGP_PahariEiJ_G0025107) #30 MGP_PahariEiJ_G0025106 Sp3 (MGP_PahariEiJ_G0025105) #31 Cdca7 (MGP_PahariEiJ_G0025104) #32 Map3k20 (MGP_PahariEiJ_G0025103) #33 Rapgef4 (MGP_PahariEiJ_G0025102) #34 Pdk1 (MGP_PahariEiJ_G0025101) #36 Itga6 (MGP_PahariEiJ_G0025100) #37 Dlx2 (MGP_PahariEiJ_G0025099) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000153147.m.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.m.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 Sloth MODERN SPECIES 2277 CHN1 (ENSCHOG00000003425) #22 Armadillo MODERN SPECIES 3580 HNRNPA3 (ENSDNOG00000019022) MTX2 (ENSDNOG00000034659) HOXD1 (ENSDNOG00000019807) HOXD3 (ENSDNOG00000035593) #7 HOXD4 (ENSDNOG00000019805) #8 HOXD8 (ENSDNOG00000036145) #9 HOXD10 (ENSDNOG00000034389) #11 HOXD11 (ENSDNOG00000044260) #12 HOXD12 (ENSDNOG00000047700) #13 HOXD13 (ENSDNOG00000019799) #14 EVX2 (ENSDNOG00000019797) #15 ENSDNOG00000045361 LNPK (ENSDNOG00000039308) #18 ENSDNOG00000044678 #19 ATF2 (ENSDNOG00000015229) #20 CHN1 (ENSDNOG00000037568) #22 CHRNA1 (ENSDNOG00000016153) #23 ENSDNOG00000033898 ENSDNOG00000041872 #24 GPR155 (ENSDNOG00000007590) #25 SCRN3 (ENSDNOG00000035179) #26 CIR1 (ENSDNOG00000033913) #27 SP9 (ENSDNOG00000019150) #28 OLA1 (ENSDNOG00000010630) #30 ENSDNOG00000044516 SP3 (ENSDNOG00000048996) #31 CDCA7 (ENSDNOG00000019442) #32 MAP3K20 (ENSDNOG00000006902) #33 RAPGEF4 (ENSDNOG00000006875) #34 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 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ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000153147 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 6 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ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000175090 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153147 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 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ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1035 MTX2 (ENSCABG00000005448) HOXD1 (ENSCABG00000005451) HOXD3 (ENSCABG00000005452) #7 HOXD4 (ENSCABG00000005454) #8 HOXD8 (ENSCABG00000005456) #9 ENSCABG00000005458 HOXD10 (ENSCABG00000005460) #11 HOXD11 (ENSCABG00000005462) #12 HOXD12 (ENSCABG00000005463) #13 HOXD13 (ENSCABG00000005464) #14 EVX2 (ENSCABG00000005465) #15 LNPK (ENSCABG00000005471) #18 ATP5MC3 (ENSCABG00000005827) #19 ATF2 (ENSCABG00000005829) #20 ENSCABG00000005833 CHN1 (ENSCABG00000005836) #22 CHRNA1 (ENSCABG00000005846) #23 WIPF1 (ENSCABG00000005855) GPR155 (ENSCABG00000005860) #25 SCRN3 (ENSCABG00000005868) #26 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#26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 ENSGT00940000160127 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.c #22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 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#20 CHN1 (ENSNSUG00000011448) #22 CHRNA1 (ENSNSUG00000011450) #23 ENSNSUG00000011452 #24 GPR155 (ENSNSUG00000011455) #25 ENSNSUG00000011458 #26 CIR1 (ENSNSUG00000011459) #27 SP9 (ENSNSUG00000011499) #28 OLA1 (ENSNSUG00000011501) #30 SP3 (ENSNSUG00000011503) #31 CDCA7 (ENSNSUG00000011545) #32 MAP3K20 (ENSNSUG00000011551) #33 RAPGEF4 (ENSNSUG00000011574) #34 ENSNSUG00000011582 PDK1 (ENSNSUG00000011584) #36 ITGA6 (ENSNSUG00000011670) #37 DLX2 (ENSNSUG00000011797) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 284 ENSGT01010000228762 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.d #22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 259 ENSGT01010000228762 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.d #22 Indian cobra MODERN SPECIES HOXD1 (ENSNNAG00000000092) HOXD3 (ENSNNAG00000000093) #7 HOXD4 (ENSNNAG00000000094) #8 HOXD8 (ENSNNAG00000000096) #9 HOXD9 (ENSNNAG00000000098) #10 HOXD10 (ENSNNAG00000000100) #11 HOXD11 (ENSNNAG00000000101) #12 HOXD13 (ENSNNAG00000000102) #14 EVX2 (ENSNNAG00000000104) #15 LNPK (ENSNNAG00000000108) #18 ATP5MC3 (ENSNNAG00000000110) #19 ATF2 (ENSNNAG00000000112) #20 ENSNNAG00000000114 #22 ENSNNAG00000000117 ENSNNAG00000000119 ENSNNAG00000000121 #22 CHRNA1 (ENSNNAG00000000125) #23 ENSNNAG00000000127 #24 GPR155 (ENSNNAG00000000128) #25 SCRN3 (ENSNNAG00000000130) #26 CIR1 (ENSNNAG00000000133) #27 SP9 (ENSNNAG00000000135) #28 OLA1 (ENSNNAG00000000137) #30 SP3 (ENSNNAG00000000138) #31 CDCA7 (ENSNNAG00000000139) #32 MAP3K20 (ENSNNAG00000000140) #33 RAPGEF4 (ENSNNAG00000000144) #34 ENSNNAG00000000147 PDK1 (ENSNNAG00000000150) #36 ITGA6 (ENSNNAG00000000157) #37 ENSNNAG00000000187 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.d #22 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 5152 ENSLLTG00000009172 #22 Lizard MODERN SPECIES 990 ENSACAG00000038540 ATP5MC3 (ENSACAG00000011295) #19 ATF2 (ENSACAG00000011326) #20 CHN1 (ENSACAG00000009221) #22 ENSACAG00000037465 CHRNA1 (ENSACAG00000005293) #23 WIPF1 (ENSACAG00000005402) GPR155 (ENSACAG00000005449) #25 SCRN3 (ENSACAG00000005474) #26 CIR1 (ENSACAG00000044316) #27 SP9 (ENSACAG00000005550) #28 tuatara MODERN SPECIES 1141 ENSSPUG00000002686 #19 ATF2 (ENSSPUG00000002668) #20 CHN1 (ENSSPUG00000002634) #22 CHRNA1 (ENSSPUG00000002611) #23 WIPF1 (ENSSPUG00000002581) GPR155 (ENSSPUG00000002480) #25 SCRN3 (ENSSPUG00000002468) #26 CIR1 (ENSSPUG00000002452) #27 SP9 (ENSSPUG00000002442) #28 OLA1 (ENSSPUG00000002409) #30 SP3 (ENSSPUG00000002382) #31 ENSSPUG00000002171 ENSSPUG00000002114 #32 ENSSPUG00000002104 ENSSPUG00000002098 MAP3K20 (ENSSPUG00000002092) #33 RAPGEF4 (ENSSPUG00000001476) #34 Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 10 MTX2 (ENSLLEG00000028232) HOXD1 (ENSLLEG00000028203) HOXD3 (ENSLLEG00000028179) #7 HOXD4 (ENSLLEG00000028161) #8 ENSLLEG00000028121 HOXD9 (ENSLLEG00000028108) #10 HOXD10 (ENSLLEG00000028079) #11 HOXD11 (ENSLLEG00000028065) #12 HOXD13 (ENSLLEG00000028045) #14 EVX2 (ENSLLEG00000028026) #15 LNPK (ENSLLEG00000027978) #18 ATP5MC3 (ENSLLEG00000027926) #19 ENSLLEG00000027903 ATF2 (ENSLLEG00000027780) #20 ENSLLEG00000027748 CHN1 (ENSLLEG00000027124) #22 ENSLLEG00000026724 ENSLLEG00000026332 #23 ENSLLEG00000025568 #23 WIPF1 (ENSLLEG00000025429) ENSLLEG00000025402 GPR155 (ENSLLEG00000025094) #25 ENSLLEG00000024926 #26 CIR1 (ENSLLEG00000024815) #27 SP9 (ENSLLEG00000024755) #28 OLA1 (ENSLLEG00000024413) #30 SP3 (ENSLLEG00000024312) #31 ENSLLEG00000022292 CDCA7 (ENSLLEG00000021778) #32 ENSLLEG00000021098 ENSLLEG00000019579 #34 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22 Hagfish MODERN SPECIES 898 ENSEBUG00000007854 ENSEBUG00000016480 ENSEBUG00000006500 ENSEBUG00000010646 #22 clstn1 (ENSEBUG00000005642) pik3cd (ENSEBUG00000013272) ENSEBUG00000007792 ENSEBUG00000011269 ENSEBUG00000015372 ENSEBUG00000016815 ENSEBUG00000005302 ENSEBUG00000000541 ENSEBUG00000001729 Chordata ANCESTRAL SPECIES 117 ENSGT00940000154553 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Ciona ANCESTRAL SPECIES 1247 ENSGT00940000154553 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 21 ENSCING00000021845 ENSCING00000023216 ##22 ENSCING00000021861 Ciona savignyi MODERN SPECIES 183 ENSCSAVG00000002013 ENSCSAVG00000002017 ENSCSAVG00000002021 ##22 ENSCSAVG00000002023 ENSCSAVG00000002025 ENSCSAVG00000002028 ENSCSAVG00000002034 ENSCSAVG00000002045 ENSCSAVG00000002057 ENSCSAVG00000002159 ENSCSAVG00000002653 ENSCSAVG00000002737 ENSCSAVG00000002758 ENSCSAVG00000002761 ENSCSAVG00000002765 ENSCSAVG00000002769 ENSCSAVG00000002789 ENSCSAVG00000002804 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES 997 ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 4382 ENSPMAG00000008104 ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 1107 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Elephant shark MODERN SPECIES 1499 hoxd4a (ENSCMIG00000012892) #8 hoxd3a (ENSCMIG00000012890) #7 ENSCMIG00000012888 hoxd8 (ENSCMIG00000012886) ENSCMIG00000012881 hoxd10a (ENSCMIG00000012878) #11 hoxd11a (ENSCMIG00000012876) #12 hoxd12a (ENSCMIG00000012873) #13 HOXD13 (ENSCMIG00000012869) #14 ENSCMIG00000012868 evx2 (ENSCMIG00000012866) #15 lnpk (ENSCMIG00000012861) #18 ENSCMIG00000012857 ATF2 (ENSCMIG00000012818) #20 ENSCMIG00000012801 ENSCMIG00000012784 ##22 chrna1 (ENSCMIG00000012709) #23 wipf1a (ENSCMIG00000012690) GPR155 (ENSCMIG00000012683) #25 scrn3 (ENSCMIG00000012676) #26 CIR1 (ENSCMIG00000012674) #27 sp9 (ENSCMIG00000012670) #28 ola1 (ENSCMIG00000012650) #30 SP3 (ENSCMIG00000012643) #31 ENSCMIG00000012639 ENSCMIG00000012635 ENSCMIG00000012631 ENSCMIG00000012629 ENSCMIG00000012627 ENSCMIG00000012621 cdca7a (ENSCMIG00000012616) #32 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 673 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 437 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 167 ENSGT00940000156119 ENSGT01080000257562 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.a.b.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000164695 ENSGT00940000160599 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 82 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000162930 ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 ENSGT01030000234556.b.b.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a.b Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 117 ENSGT00940000166238.a ENSGT00940000156119 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.a.b.a.a.e.b.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000162008 ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000162930 ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000162008 ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT01100000263714 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063461.B 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(ENSSTUG00000002226) il10ra (ENSSTUG00000002238) Atlantic salmon MODERN SPECIES 28 tbcb (ENSSSAG00000005371) clptm1 (ENSSSAG00000005391) relb (ENSSSAG00000052551) mrpl28 (ENSSSAG00000052408) ppp1r37 (ENSSSAG00000050748) ENSSSAG00000101396 gemin7 (ENSSSAG00000050696) ptgir (ENSSSAG00000050308) calm2a (ENSSSAG00000100630) ENSSSAG00000098660 ppm1na (ENSSSAG00000114761) rtn2 (ENSSSAG00000050238) rhoub (ENSSSAG00000093611) rab4b (ENSSSAG00000112839) AP2S1 (ENSSSAG00000049632) ARHGAP35 (ENSSSAG00000088356) ##22 NPAS1 (ENSSSAG00000052649) tmem160 (ENSSSAG00000105319) egln2 (ENSSSAG00000052632) slc1a5 (ENSSSAG00000106214) fkrp (ENSSSAG00000112023) STRN4 (ENSSSAG00000089805) ENSSSAG00000099064 PRKD2 (ENSSSAG00000002560) gpr184 (ENSSSAG00000090885) si:dkey-202l22.3 (ENSSSAG00000002189) ENSSSAG00000109627 ENSSSAG00000052680 ENSSSAG00000100830 il10ra (ENSSSAG00000086953) TMPRSS13 (ENSSSAG00000005506) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000166238.a.c ENSGT00940000156119 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ENSGT00530000063461.B.a ENSGT00940000160230.m.a.a ENSGT00390000017359.k ENSGT00940000156484.a.c ENSGT00940000157454.rc.b ENSGT00940000155666.d.a ENSGT00390000018039.p ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.c.b ENSGT01050000244902.b.d.e ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.g ENSGT00940000167260.c ENSGT00940000165900.d ENSGT00940000159399.c.b.b ENSGT00970000193421.A.cb ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.b ##22 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000161295.n.a ENSGT00390000012863.c ENSGT00940000160655.w.b ENSGT00940000159485.j ENSGT00390000017583.e ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.q ENSGT00950000183024.a.b.b.i ENSGT01100000263537.b.b.c.b.g ENSGT00940000162008.e.a.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a.c Coho salmon MODERN SPECIES 6 ENSOKIG00005010103 mrpl28 (ENSOKIG00005010118) ENSOKIG00005010132 ppp1r37 (ENSOKIG00005010148) bmp16 (ENSOKIG00005010205) gemin7 (ENSOKIG00005010213) ENSOKIG00005010216 ENSOKIG00005010225 PTGIR (ENSOKIG00005010261) ENSOKIG00005010262 ppm1na 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ENSMZEG00005016247 ENSMZEG00005016239 ENSMZEG00005016235 DSCAML1 (ENSMZEG00005016225) ENSMZEG00005016217 fxyd6 (ENSMZEG00005016211) tmprss13b (ENSMZEG00005016202) Lyretail cichlid MODERN SPECIES 327 ENSNBRG00000005366 gemin7 (ENSNBRG00000005377) bmp16 (ENSNBRG00000005399) ENSNBRG00000005415 ppp1r37 (ENSNBRG00000005527) mrpl28 (ENSNBRG00000005544) ENSNBRG00000005576 PTGIR (ENSNBRG00000005586) ENSNBRG00000005603 ppm1na (ENSNBRG00000005618) ENSNBRG00000005646 rtn2a (ENSNBRG00000005652) rhoub (ENSNBRG00000005685) rab4b (ENSNBRG00000005698) ap2s1 (ENSNBRG00000005730) ARHGAP35 (ENSNBRG00000005754) ##22 NPAS1 (ENSNBRG00000005778) tmem160 (ENSNBRG00000005848) EGLN2 (ENSNBRG00000005857) slc1a5 (ENSNBRG00000005904) fkrp (ENSNBRG00000006122) STRN4 (ENSNBRG00000006138) PRKD2 (ENSNBRG00000006238) gpr184 (ENSNBRG00000006299) ENSNBRG00000006311 ENSNBRG00000006331 ENSNBRG00000006343 DSCAML1 (ENSNBRG00000006374) ENSNBRG00000006499 ENSNBRG00000006509 tmprss13b (ENSNBRG00000006533) Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000177307 ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164214.l ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295.s ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.x ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164214.l ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295.s ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.x ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00980000202353 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 ENSGT00510000054245 ENSGT00940000155207.a.a Indian medaka MODERN SPECIES 12 clptm1 (ENSOMEG00000013516) ENSOMEG00000013536 mrpl28 (ENSOMEG00000013553) ENSOMEG00000013567 ppp1r37 (ENSOMEG00000013594) ENSOMEG00000013642 bmp16 (ENSOMEG00000013665) calm3a (ENSOMEG00000013695) PTGIR (ENSOMEG00000013711) ENSOMEG00000013732 ppm1na (ENSOMEG00000013743) rtn2a (ENSOMEG00000000735) rhoub (ENSOMEG00000013845) rab4b (ENSOMEG00000013881) ap2s1 (ENSOMEG00000000353) ARHGAP35 (ENSOMEG00000013962) ##22 NPAS1 (ENSOMEG00000013988) tmem160 (ENSOMEG00000014008) EGLN2 (ENSOMEG00000014031) slc1a5 (ENSOMEG00000014071) fkrp (ENSOMEG00000014092) STRN4 (ENSOMEG00000014165) PRKD2 (ENSOMEG00000014217) gpr184 (ENSOMEG00000014227) si:dkey-202l22.3 (ENSOMEG00000014239) ENSOMEG00000014275 ENSOMEG00000014301 DSCAML1 (ENSOMEG00000014421) ENSOMEG00000014469 fxyd6 (ENSOMEG00000014490) tmprss13b (ENSOMEG00000014523) Javanese ricefish MODERN SPECIES 4 ENSOJAG00000002987 mrpl28 (ENSOJAG00000002974) ENSOJAG00000002968 ppp1r37 (ENSOJAG00000002937) ENSOJAG00000002927 bmp16 (ENSOJAG00000002922) gemin7 (ENSOJAG00000002917) ENSOJAG00000002765 PTGIR (ENSOJAG00000002721) ENSOJAG00000002717 ppm1na (ENSOJAG00000002711) rtn2a (ENSOJAG00000002700) rhoub (ENSOJAG00000002693) rab4b (ENSOJAG00000002672) ap2s1 (ENSOJAG00000002643) ARHGAP35 (ENSOJAG00000002635) ##22 NPAS1 (ENSOJAG00000002620) tmem160 (ENSOJAG00000002613) EGLN2 (ENSOJAG00000002604) slc1a5 (ENSOJAG00000002585) fkrp (ENSOJAG00000002572) STRN4 (ENSOJAG00000002540) PRKD2 (ENSOJAG00000001882) gpr184 (ENSOJAG00000019253) si:dkey-202l22.3 (ENSOJAG00000019242) ENSOJAG00000019228 DSCAML1 (ENSOJAG00000017785) ENSOJAG00000017617 fxyd6 (ENSOJAG00000017609) tmprss13b (ENSOJAG00000017600) il10ra (ENSOJAG00000017591) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Poecilia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Sailfin molly MODERN SPECIES 3733 ENSPLAG00000001727 ##22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 310 ENSCVAG00000022622 ##22 DSCAML1 (ENSCVAG00000022579) scn4bb (ENSCVAG00000022329) ENSCVAG00000022299 pafah1b2 (ENSCVAG00000022288) TAGLN (ENSCVAG00000022274) gjd1a (ENSCVAG00000022256) rab6a (ENSCVAG00000022249) dnajb13 (ENSCVAG00000022210) ucp2 (ENSCVAG00000022181) ucp3 (ENSCVAG00000022170) ppme1 (ENSCVAG00000022154) ENSCVAG00000022131 nectin3b (ENSCVAG00000022118) rtn2b (ENSCVAG00000022112) ppm1nb (ENSCVAG00000022080) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 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ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000177307 ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000177307 ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b 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ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000159197 ENSGT00510000054245 ENSGT00940000155418.a.a.c Lumpfish MODERN SPECIES 4 ENSCLMG00005015546 mrpl28 (ENSCLMG00005015544) ppp1r37 (ENSCLMG00005015351) ENSCLMG00005015349 bmp16 (ENSCLMG00005015348) gemin7 (ENSCLMG00005015347) ENSCLMG00005015346 calm3a (ENSCLMG00005015297) PTGIR (ENSCLMG00005015296) ENSCLMG00005015295 ppm1na (ENSCLMG00005015264) rtn2a (ENSCLMG00005015244) rhoub (ENSCLMG00005015243) rab4b (ENSCLMG00005015242) ap2s1 (ENSCLMG00005015240) ENSCLMG00005015236 ##22 NPAS1 (ENSCLMG00005015233) tmem160 (ENSCLMG00005015230) ENSCLMG00005015228 slc1a5 (ENSCLMG00005015226) fkrp (ENSCLMG00005015224) STRN4 (ENSCLMG00005015102) PRKD2 (ENSCLMG00005012032) gpr184 (ENSCLMG00005012014) prlh2r (ENSCLMG00005012013) DSCAML1 (ENSCLMG00005011621) ENSCLMG00005011617 tmprss13b (ENSCLMG00005011616) ENSCLMG00005011613 mre11a (ENSCLMG00005010477) DOCK10 (ENSCLMG00005005453) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Large yellow croaker MODERN SPECIES 479 ENSLCRG00005002964 ppp1r37 (ENSLCRG00005002828) ENSLCRG00005002809 bmp16 (ENSLCRG00005002805) gemin7 (ENSLCRG00005002804) ENSLCRG00005002799 calm3a (ENSLCRG00005002706) PTGIR (ENSLCRG00005002699) ENSLCRG00005002691 ENSLCRG00005002688 ppm1na (ENSLCRG00005002684) rtn2a (ENSLCRG00005002680) rhoub (ENSLCRG00005002675) rab4b (ENSLCRG00005002663) ap2s1 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(ENSSAUG00010014285) ENSSAUG00010014729 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Tetraodon MODERN SPECIES 22 trpc2b (ENSTNIG00000011784) rb1 (ENSTNIG00000011786) LPAR6 (ENSTNIG00000011785) slc6a7 (ENSTNIG00000011787) taf1 (ENSTNIG00000011788) fam76b (ENSTNIG00000011789) mtmr2 (ENSTNIG00000004380) cwc15 (ENSTNIG00000011790) plp1b (ENSTNIG00000011791) nlgn3b (ENSTNIG00000011792) gria3a (ENSTNIG00000011793) thoc2 (ENSTNIG00000011794) stag2a (ENSTNIG00000011795) epd (ENSTNIG00000011796) myo1ca (ENSTNIG00000011797) ARHGAP35 (ENSTNIG00000011798) ##22 DSCAML1 (ENSTNIG00000011799) mpzl2b (ENSTNIG00000002462) pafah1b2 (ENSTNIG00000011800) gjd1a (ENSTNIG00000011801) dnajb13 (ENSTNIG00000011802) ucp2 (ENSTNIG00000011803) ucp3 (ENSTNIG00000011804) ppme1 (ENSTNIG00000011805) nectin3b (ENSTNIG00000011806) rtn2b (ENSTNIG00000011807) ppm1nb (ENSTNIG00000011808) ENSTNIG00000001363 ENSTNIG00000011809 ccdc61 (ENSTNIG00000011810) ENSTNIG00000011811 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000160230 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT01030000234872 ENSGT00940000153062.B Climbing perch MODERN SPECIES 4 ENSATEG00000013107 mrpl28 (ENSATEG00000013085) ENSATEG00000013073 ppp1r37 (ENSATEG00000013054) ENSATEG00000013043 bmp16 (ENSATEG00000013021) gemin7 (ENSATEG00000012989) ENSATEG00000012960 ENSATEG00000012953 ENSATEG00000012941 ppm1na (ENSATEG00000012925) rtn2a (ENSATEG00000026895) rhoub (ENSATEG00000026799) rab4b (ENSATEG00000012855) ap2s1 (ENSATEG00000012831) ARHGAP35 (ENSATEG00000012799) ##22 NPAS1 (ENSATEG00000012695) tmem160 (ENSATEG00000012679) ENSATEG00000012670 slc1a5 (ENSATEG00000012644) fkrp (ENSATEG00000012629) STRN4 (ENSATEG00000012485) PRKD2 (ENSATEG00000012391) gpr184 (ENSATEG00000012382) si:dkey-202l22.3 (ENSATEG00000012365) ENSATEG00000012353 ENSATEG00000012345 ENSATEG00000012199 ENSATEG00000012179 ENSATEG00000012161 ENSATEG00000012152 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 4 mrpl28 (ENSBSLG00000005893) ENSBSLG00000005898 ppp1r37 (ENSBSLG00000006589) ENSBSLG00000007081 bmp16 (ENSBSLG00000007088) gemin7 (ENSBSLG00000007092) ENSBSLG00000007117 PTGIR (ENSBSLG00000007204) ENSBSLG00000007206 ppm1na (ENSBSLG00000007209) rtn2a (ENSBSLG00000007224) rhoub (ENSBSLG00000007238) gemin7 (ENSBSLG00000007242) rab4b (ENSBSLG00000007254) ap2s1 (ENSBSLG00000007305) ARHGAP35 (ENSBSLG00000007336) ##22 NPAS1 (ENSBSLG00000007346) tmem160 (ENSBSLG00000007376) ENSBSLG00000007382 slc1a5 (ENSBSLG00000007391) fkrp (ENSBSLG00000007406) STRN4 (ENSBSLG00000007435) PRKD2 (ENSBSLG00000008049) gpr184 (ENSBSLG00000010243) ENSBSLG00000010246 ENSBSLG00000010258 ENSBSLG00000010264 DSCAML1 (ENSBSLG00000010302) ENSBSLG00000012325 ENSBSLG00000012331 fxyd6 (ENSBSLG00000012337) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164214.l ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 Seriola ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00970000195560 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00390000009562 ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT00940000153062.B ENSGT00940000159197 ENSGT00510000054245 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2765 mrpl28 (ENSSLDG00000000409) ENSSLDG00000000398 ENSSLDG00000000394 ENSSLDG00000000257 bmp16 (ENSSLDG00000000217) gemin7 (ENSSLDG00000000173) ENSSLDG00000000157 calm3a (ENSSLDG00000000103) PTGIR (ENSSLDG00000022322) ENSSLDG00000022309 ppm1na (ENSSLDG00000022294) rtn2a (ENSSLDG00000022267) rhoub (ENSSLDG00000022253) rab4b (ENSSLDG00000022231) ap2s1 (ENSSLDG00000022219) ARHGAP35 (ENSSLDG00000022208) ##22 NPAS1 (ENSSLDG00000022197) tmem160 (ENSSLDG00000022177) ENSSLDG00000022164 slc1a5 (ENSSLDG00000022155) fkrp (ENSSLDG00000022150) STRN4 (ENSSLDG00000022100) PRKD2 (ENSSLDG00000022017) gpr184 (ENSSLDG00000022007) si:dkey-202l22.3 (ENSSLDG00000021994) ENSSLDG00000021987 ENSSLDG00000021983 ENSSLDG00000021976 DSCAML1 (ENSSLDG00000021929) ENSSLDG00000021918 fxyd6 (ENSSLDG00000021910) Greater amberjack MODERN SPECIES 256 mrpl28 (ENSSDUG00000005764) ENSSDUG00000005754 ppp1r37 (ENSSDUG00000005737) ENSSDUG00000005700 bmp16 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##22 NPAS1 (ENSLCAG00010018893) tmem160 (ENSLCAG00010018884) ENSLCAG00010018876 slc1a5 (ENSLCAG00010018862) fkrp (ENSLCAG00010018855) STRN4 (ENSLCAG00010018847) PRKD2 (ENSLCAG00010018759) gpr184 (ENSLCAG00010018742) ENSLCAG00010018735 ENSLCAG00010018731 ENSLCAG00010018729 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000156484.a ENSGT00940000157454 ENSGT00940000153118 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00940000164128.b ENSGT00940000154390.B ENSGT00940000155354.a ENSGT00940000176207 ENSGT01030000234872 ENSGT00940000159197 ENSGT00510000054245 Turbot MODERN SPECIES 15 mrpl28 (ENSSMAG00000013912) ENSSMAG00000013935 ppp1r37 (ENSSMAG00000013943) ENSSMAG00000013968 bmp16 (ENSSMAG00000014001) gemin7 (ENSSMAG00000014017) ENSSMAG00000032057 calm3a (ENSSMAG00000034840) ENSSMAG00000014044 ENSSMAG00000023018 ENSSMAG00000014108 ppm1na (ENSSMAG00000014095) rhoub (ENSSMAG00000035260) rab4b (ENSSMAG00000014221) ap2s1 (ENSSMAG00000014249) ARHGAP35 (ENSSMAG00000014276) ##22 NPAS1 (ENSSMAG00000014307) tmem160 (ENSSMAG00000014348) ENSSMAG00000014356 slc1a5 (ENSSMAG00000014367) fkrp (ENSSMAG00000014389) STRN4 (ENSSMAG00000014394) PRKD2 (ENSSMAG00000014413) gpr184 (ENSSMAG00000014491) ENSSMAG00000014495 ENSSMAG00000014511 ENSSMAG00000014562 ENSSMAG00000014784 ENSSMAG00000014796 ENSSMAG00000029322 il10ra (ENSSMAG00000014842) Tongue sole MODERN SPECIES 14 mrpl28 (ENSCSEG00000008095) ENSCSEG00000008107 ppp1r37 (ENSCSEG00000008118) ENSCSEG00000008130 bmp16 (ENSCSEG00000008137) gemin7 (ENSCSEG00000008152) ENSCSEG00000008160 calm3a (ENSCSEG00000008164) PTGIR (ENSCSEG00000008173) ENSCSEG00000008188 ppm1na (ENSCSEG00000008195) rtn2a (ENSCSEG00000008206) rhoub (ENSCSEG00000008236) rab4b (ENSCSEG00000008253) ap2s1 (ENSCSEG00000008268) ARHGAP35 (ENSCSEG00000008279) ##22 ENSCSEG00000008286 NPAS1 (ENSCSEG00000008295) tmem160 (ENSCSEG00000008300) ENSCSEG00000008308 slc1a5 (ENSCSEG00000008312) fkrp (ENSCSEG00000008321) STRN4 (ENSCSEG00000008326) PRKD2 (ENSCSEG00000008371) schip1 (ENSCSEG00000008410) MFSD1 (ENSCSEG00000008489) ENSCSEG00000008553 ENSCSEG00000008561 ENSCSEG00000008571 p2ry12 (ENSCSEG00000008584) ENSCSEG00000008606 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 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ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000153259.a.a.b ENSGT00390000016695 ENSGT00940000159187 ENSGT00390000004856 ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00940000157960.j ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000157119.a ENSGT00940000153576.c.b.w ENSGT01100000263573.a.b ENSGT00940000157915 ENSGT00390000015210 ENSGT00940000161117 ENSGT00950000183101.a.a ENSGT00530000063751.b.j ENSGT00390000004155 ENSGT00950000183096.a.a.c.a ENSGT00940000158029 ENSGT00390000014595.a.a.a Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 38 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ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000157119.a ENSGT00940000153576.c.b.w ENSGT01100000263573.a.b ENSGT00940000157915 ENSGT00390000015210 ENSGT00940000161117 ENSGT00950000183101.a.a ENSGT00530000063751.b.j ENSGT00390000004155 ENSGT00950000183096.a.a.c.a ENSGT00940000158029 ENSGT00390000014595.a.a.a Red-bellied piranha MODERN SPECIES 46 bach1a (ENSPNAG00000009992) ENSPNAG00000009973 MIPEP (ENSPNAG00000009947) SACS (ENSPNAG00000009883) sgcg (ENSPNAG00000009834) RPS25 (ENSPNAG00000009781) trappc4 (ENSPNAG00000009737) slc37a4a (ENSPNAG00000009765) PTGIR (ENSPNAG00000009713) ENSPNAG00000009702 ppm1na (ENSPNAG00000009674) rtn2a (ENSPNAG00000009651) rhoub (ENSPNAG00000009625) rab4b (ENSPNAG00000009616) ap2s1 (ENSPNAG00000009596) ARHGAP35 (ENSPNAG00000009576) ##22 NPAS1 (ENSPNAG00000009545) tmem160 (ENSPNAG00000009494) EGLN2 (ENSPNAG00000009484) pitpnaa (ENSPNAG00000009460) SLC43A2 (ENSPNAG00000009438) ENSPNAG00000009368 myo1cb (ENSPNAG00000009340) prpf8 (ENSPNAG00000009247) ENSPNAG00000009147 SCARF1 (ENSPNAG00000009134) vtna (ENSPNAG00000009118) sarm1 (ENSPNAG00000009102) slc46a1 (ENSPNAG00000001284) foxn1 (ENSPNAG00000009071) UNC119 (ENSPNAG00000009021) Electric eel MODERN SPECIES 1429 ENSEEEG00000006453 ##22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT01030000234618.D ENSGT00940000157792 ENSGT00390000016695 ENSGT00940000159187 ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00940000166868.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a ENSGT00940000167260 ENSGT00940000165900 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655 ENSGT00940000153259.a.a.b ENSGT00950000183171.B ENSGT00940000158923.f ENSGT00940000167916 ENSGT00940000155947.a ENSGT00390000017040.n ENSGT00940000155349.c Zebrafish MODERN SPECIES 6 GAB2 (ENSDARG00000105120) ENSDARG00000116297 SACS (ENSDARG00000091042) sgcg (ENSDARG00000038107) trappc4 (ENSDARG00000027418) slc37a4a (ENSDARG00000038106) ENSDARG00000097085 calm3a (ENSDARG00000100825) PTGIR (ENSDARG00000038278) ENSDARG00000057504 ppm1na (ENSDARG00000010231) rtn2a (ENSDARG00000016088) rhoub (ENSDARG00000012968) rab4b (ENSDARG00000012177) ap2s1 (ENSDARG00000026967) ARHGAP35 (ENSDARG00000062577) ##22 npas1 (ENSDARG00000015876) tmem160 (ENSDARG00000069649) EGLN2 (ENSDARG00000062562) ENSDARG00000087835 tnfrsf19 (ENSDARG00000041869) MIPEP (ENSDARG00000055344) bach1a (ENSDARG00000062553) cadm2b (ENSDARG00000062633) GBE1 (ENSDARG00000099524) SLC7A1 (ENSDARG00000100227) her13 (ENSDARG00000007097) her8.2 (ENSDARG00000069675) PIK3CB (ENSDARG00000075253) foxl2a (ENSDARG00000042180) si:ch73-311h14.2 (ENSDARG00000098999) Cyprininae DUPLICATION Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT01030000234566.e.b.b.a.i.b ENSGT01030000234618.D ENSGT00950000182996.b.a.a.b.d.a.f.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000157792.k ENSGT00390000016695.t ENSGT00940000159187.d ENSGT00730000111086.a ENSGT00940000157960.j ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a.a ENSGT01050000244902.b.d.c ENSGT00940000164695.a.i ENSGT00940000167260.b ENSGT00940000165900.f ENSGT00940000159399.b ENSGT00970000193421.A.z ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.e.a ##22 ENSGT00940000161295.cb ENSGT00390000012863.a ENSGT00940000160655.fb.b.a ENSGT00940000153259.a.a.b.e ENSGT00950000183171.B.x.b ENSGT00940000158923.f.a.a ENSGT00940000167916.b.b ENSGT00940000158923.f.b ENSGT00940000155947.a.c ENSGT00390000017040.n.b ENSGT00940000155349.c.b ENSGT00940000159485.d ENSGT00390000017583.h ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.z.a ENSGT00950000183024.a.b.b.e Goldfish MODERN SPECIES 6 nars2 (ENSCARG00000061831) ENSCARG00000061816 GAB2 (ENSCARG00000061806) SACS (ENSCARG00000061790) sgcg (ENSCARG00000061753) ENSCARG00000061750 slc37a4a (ENSCARG00000061723) ENSCARG00000061709 calm3a (ENSCARG00000061657) PTGIR (ENSCARG00000061645) ppm1na (ENSCARG00000061639) rtn2a (ENSCARG00000061609) rhoub (ENSCARG00000061608) rab4b (ENSCARG00000061561) ap2s1 (ENSCARG00000061326) ARHGAP35 (ENSCARG00000061274) ##22 NPAS1 (ENSCARG00000061204) tmem160 (ENSCARG00000061174) ENSCARG00000061139 tnfrsf19 (ENSCARG00000061108) ENSCARG00000060939 ENSCARG00000060916 ENSCARG00000060898 cadm2b (ENSCARG00000060168) GBE1 (ENSCARG00000059079) SLC7A1 (ENSCARG00000058903) ENSCARG00000058879 slc1a5 (ENSCARG00000058834) fkrp (ENSCARG00000058824) STRN4 (ENSCARG00000058769) PRKD2 (ENSCARG00000056289) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT01030000234566.e.b.b.a.i.b ENSGT01030000234618.D.a ENSGT00950000182996.b.a.a.b.d.a.f.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000157792.k ENSGT00390000016695.t ENSGT00940000159187.d ENSGT00730000111086.a ENSGT00940000157960.j ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a.a ENSGT01050000244902.b.d.c ENSGT00940000164695.a.i ENSGT00940000167260.b ENSGT00940000165900.f ENSGT00940000159399.b ENSGT00970000193421.A.z ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.e.a ##22 ENSGT00940000161295.cb ENSGT00390000012863.a ENSGT00940000160655.fb.b.a ENSGT00940000153259.a.a.b.e ENSGT00950000183171.B.x.b ENSGT00940000158923.f.b ENSGT00940000155947.a.c ENSGT00390000017040.n.b ENSGT00940000155349.c.b ENSGT00940000159485.d ENSGT00390000017583.h ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.z.a ENSGT00950000183024.a.b.b.e ENSGT01100000263537.b.b.c.b.l.b ENSGT00940000162008.c Common carp reference MODERN SPECIES 26 nars2 (ENSCCRG00000081751) ENSCCRG00000052500 GAB2 (ENSCCRG00000077537) ENSCCRG00000073630 sgcg (ENSCCRG00000081030) ENSCCRG00000025092 slc37a4a (ENSCCRG00000025085) ENSCCRG00000074284 calm3a (ENSCCRG00000077426) ENSCCRG00000044563 ppm1na (ENSCCRG00000016244) rtn2a (ENSCCRG00000016248) rhoub (ENSCCRG00000016251) rab4b (ENSCCRG00000016263) ap2s1 (ENSCCRG00000016318) ARHGAP35 (ENSCCRG00000067045) ##22 NPAS1 (ENSCCRG00000049191) tmem160 (ENSCCRG00000080603) ENSCCRG00000029313 tnfrsf19 (ENSCCRG00000029306) ENSCCRG00000063070 bach1a (ENSCCRG00000042110) ENSCCRG00000074872 cadm2b (ENSCCRG00000001774) ENSCCRG00000066952 ENSCCRG00000047980 ENSCCRG00000069438 ENSCCRG00000080308 slc1a5 (ENSCCRG00000063552) fkrp (ENSCCRG00000065093) STRN4 (ENSCCRG00000029640) Golden-line barbel MODERN SPECIES 2141 ARHGAP35 (ENSSGRG00000018721) ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 340 ENSGT00940000154730.b.a.b ENSGT01030000234566.e.b.b.a.i.a ENSGT00940000157792.l ENSGT00390000016695.s ENSGT00940000159187.c ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a.b ENSGT01050000244902.b.d.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.j ENSGT00940000167260.a ENSGT00940000165900.e ENSGT00940000159399.a ENSGT00970000193421.A.y ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.e.b ##22 ENSGT00940000161295.db ENSGT00390000012863.b ENSGT00940000160655.fb.b.b Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 153 ENSGT00990000210146 ENSGT01030000234618.D.b ENSGT00940000157792.l ENSGT00390000016695.s ENSGT00940000159187.c ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086.b ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b.a.b ENSGT01050000244902.b.d.d ENSGT00940000167255 ENSGT00940000164695.a.j ENSGT00940000167260.a ENSGT00940000165900.e ENSGT00940000159399.a ENSGT00970000193421.A.y ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.e.b ##22 ENSGT00390000012863.b ENSGT00940000160655.fb.a ENSGT00940000153259.a.a.b.f ENSGT00950000183171.B.x.a ENSGT00940000158923.f.a.b ENSGT00940000155947.a.d ENSGT00390000017040.n.a ENSGT00940000155349.c.a ENSGT00940000159485.c ENSGT00390000017583.g ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.z.b ENSGT00950000183024.a.b.b.f ENSGT01100000263537.b.b.c.b.l.a ENSGT00940000162008.d ENSGT00940000154390.B.b Common carp reference MODERN SPECIES 39 ENSCCRG00000079602 nars2 (ENSCCRG00000058508) GAB2 (ENSCCRG00000025102) ENSCCRG00000068170 sgcg (ENSCCRG00000025095) trappc4 (ENSCCRG00000048708) slc37a4a (ENSCCRG00000048695) calm3a (ENSCCRG00000017811) ENSCCRG00000074361 ENSCCRG00000035232 ppm1na (ENSCCRG00000074336) rtn2a (ENSCCRG00000035237) rhoub (ENSCCRG00000035240) rab4b (ENSCCRG00000065295) ap2s1 (ENSCCRG00000082233) ENSCCRG00000071465 ##22 tmem160 (ENSCCRG00000070899) ENSCCRG00000002499 tnfrsf19 (ENSCCRG00000033192) ENSCCRG00000033211 ENSCCRG00000033193 cadm2b (ENSCCRG00000033042) ENSCCRG00000061767 ENSCCRG00000018082 ENSCCRG00000017517 fkrp (ENSCCRG00000074412) slc1a5 (ENSCCRG00000066758) STRN4 (ENSCCRG00000029620) PRKD2 (ENSCCRG00000011423) ENSCCRG00000074595 si:dkey-202l22.3 (ENSCCRG00000001684) Golden-line barbel MODERN SPECIES 155 rab4b (ENSSGRG00000052651) ap2s1 (ENSSGRG00000052653) ap2s1 (ENSSGRG00000052659) ARHGAP35 (ENSSGRG00000052661) ##22 NPAS1 (ENSSGRG00000052662) ENSSGRG00000052664 tnfrsf19 (ENSSGRG00000052665) MIPEP (ENSSGRG00000052667) ENSSGRG00000052668 cadm2b (ENSSGRG00000052669) GBE1 (ENSSGRG00000052680) SLC7A1 (ENSSGRG00000052914) slc1a5 (ENSSGRG00000052945) fkrp (ENSSGRG00000052949) STRN4 (ENSSGRG00000052955) PRKD2 (ENSSGRG00000052975) gpr184 (ENSSGRG00000053131) si:dkey-202l22.3 (ENSSGRG00000053132) ENSSGRG00000053133 Goldfish MODERN SPECIES 34 tenm4 (ENSCARG00000060411) ENSCARG00000061613 GAB2 (ENSCARG00000061619) sgcg (ENSCARG00000061671) trappc4 (ENSCARG00000061749) slc37a4a (ENSCARG00000061823) calm3a (ENSCARG00000061836) PTGIR (ENSCARG00000061886) ENSCARG00000061894 ppm1na (ENSCARG00000061911) rtn2a (ENSCARG00000061932) rhoub (ENSCARG00000061958) rab4b (ENSCARG00000061971) ENSCARG00000062033 ap2s1 (ENSCARG00000062039) ARHGAP35 (ENSCARG00000062124) ##22 NPAS1 (ENSCARG00000062140) tmem160 (ENSCARG00000062186) ENSCARG00000062213 timd4 (ENSCARG00000062260) trmt9b (ENSCARG00000062269) PDS5B (ENSCARG00000062370) ENSCARG00000064804 ENSCARG00000064820 inpp5ka (ENSCARG00000064935) tekt1 (ENSCARG00000065187) mag (ENSCARG00000065202) ENSCARG00000065222 tmem106ba (ENSCARG00000065226) arl4aa (ENSCARG00000065233) etv1 (ENSCARG00000065257) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.f ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 233 ENSGT00940000159400.l ENSGT00940000163913.k ENSGT00990000204023.d.b ENSGT00990000204023.c.d ENSGT00940000164853.a.a.b ENSGT01100000263491.a.b.b.c.a.b.b.a ENSGT00940000166953.a ENSGT00940000177976.c ENSGT00940000159470.e.b ENSGT00950000182929.A.db.b ENSGT00950000183199.a.a.w.a ENSGT01030000234556.a.a.a.b.b ENSGT01030000234556.b.b.a.b.d ENSGT00940000155418.a.a.b ENSGT00940000159197.j.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.f ##22 Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 261 ENSSGRG00000045793 ENSSGRG00000045794 slc12a9 (ENSSGRG00000045798) ENSSGRG00000045833 gucy2d (ENSSGRG00000045848) si:ch211-284e13.5 (ENSSGRG00000045955) ENSSGRG00000045956 ENSSGRG00000045957 ENSSGRG00000045960 apoa1a (ENSSGRG00000045962) pafah1b2 (ENSSGRG00000045963) mpzl2b (ENSSGRG00000045964) scn4bb (ENSSGRG00000045965) ENSSGRG00000045966 tmprss13b (ENSSGRG00000045967) ARHGAP35 (ENSSGRG00000045968) ##22 ins (ENSSGRG00000045969) Golden-line barbel MODERN SPECIES 5167 ENSSGRG00000004313 ##22 Common carp reference MODERN SPECIES 15 slc12a9 (ENSCCRG00000001111) ENSCCRG00000074565 si:ch211-284e13.9 (ENSCCRG00000082512) ENSCCRG00000060995 gucy2d (ENSCCRG00000019714) si:ch211-284e13.5 (ENSCCRG00000077563) ENSCCRG00000053747 si:dkey-111e8.4 (ENSCCRG00000030059) ENSCCRG00000072044 apoa1a (ENSCCRG00000062651) pafah1b2 (ENSCCRG00000049154) mpzl2b (ENSCCRG00000049152) scn4bb (ENSCCRG00000062966) tmprss4b (ENSCCRG00000078189) tmprss13b (ENSCCRG00000073102) ENSCCRG00000082853 ##22 ENSCCRG00000075444 panx1b (ENSCCRG00000023474) myo1ca (ENSCCRG00000051374) ENSCCRG00000051682 ENSCCRG00000026948 dpf2 (ENSCCRG00000051324) cdc42ep2 (ENSCCRG00000056427) ENSCCRG00000050514 ENSCCRG00000050725 ENSCCRG00000062177 ENSCCRG00000007695 ENSCCRG00000058781 ENSCCRG00000007998 zgc:163098 (ENSCCRG00000066974) ENSCCRG00000060651 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00940000166868 ENSGT00950000182980.a.b.b.a.b.b ENSGT00940000164695.b ENSGT00940000160599 ENSGT00940000159399 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160655.kb ENSGT00940000160655.jb ENSGT00940000159485 ENSGT00390000017583 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00950000183024.a.b.b.k ENSGT01100000263537.b.b.c.b ENSGT00530000063867.a.b ENSGT00530000063867.a.a ENSGT00940000162008 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00940000164834.a ENSGT01030000234613.b.a.b P. kingsleyae MODERN SPECIES 139 ENSPKIG00000010483 ENSPKIG00000010447 RELB (ENSPKIG00000010400) mrpl28 (ENSPKIG00000010370) gemin7 (ENSPKIG00000010356) bmp16 (ENSPKIG00000010340) ppp1r37 (ENSPKIG00000010325) CALM3 (ENSPKIG00000010298) PTGIR (ENSPKIG00000010282) ENSPKIG00000010248 ppm1na (ENSPKIG00000010212) rtn2a (ENSPKIG00000010174) rhoub (ENSPKIG00000010162) rab4b (ENSPKIG00000010138) ap2s1 (ENSPKIG00000010112) ARHGAP35 (ENSPKIG00000010061) ##22 NPAS1 (ENSPKIG00000009969) tmem160 (ENSPKIG00000009924) ENSPKIG00000009905 slc1a5 (ENSPKIG00000009870) fkrp (ENSPKIG00000009846) PRKD2 (ENSPKIG00000009768) gpr184 (ENSPKIG00000009735) si:dkey-202l22.3 (ENSPKIG00000009725) Asian bonytongue MODERN SPECIES 19 ENSSFOG00015030568 OGT (ENSSFOG00015004499) plp1b (ENSSFOG00015004596) nlgn3a (ENSSFOG00015004656) GRIA3 (ENSSFOG00015004701) THOC2 (ENSSFOG00015004767) STAG2 (ENSSFOG00015004879) acsl4b (ENSSFOG00015004988) MID2 (ENSSFOG00015005025) ENSSFOG00015029870 ENSSFOG00015005072 ENSSFOG00015005100 ppm1nb (ENSSFOG00015005140) rtn2b (ENSSFOG00015032049) RAB4B (ENSSFOG00015005173) ARHGAP35 (ENSSFOG00015005210) ##22 ENSSFOG00015026092 slc1a5 (ENSSFOG00015005253) PRKD2 (ENSSFOG00015005283) DSCAML1 (ENSSFOG00015005337) ENSSFOG00015005441 scn4bb (ENSSFOG00015005459) zgc:153990 (ENSSFOG00015005526) ENSSFOG00015005535 alkbh6 (ENSSFOG00015005576) ENSSFOG00015029428 fpgt (ENSSFOG00015005604) tppp2 (ENSSFOG00015032320) TAGLN (ENSSFOG00015005647) ENSSFOG00015005665 ENSSFOG00015005699 Reedfish MODERN SPECIES socs9 (ENSECRG00000000013) SAMD4B (ENSECRG00000000014) GMFG (ENSECRG00000000015) ENSECRG00000000016 lrfn1 (ENSECRG00000000017) zgc:172282 (ENSECRG00000000018) ENSECRG00000000019 ENSECRG00000000020 ppp5c (ENSECRG00000000021) ENSECRG00000000022 ENSECRG00000000023 dhx34 (ENSECRG00000000024) si:dkey-202l22.3 (ENSECRG00000000026) rab4b (ENSECRG00000000027) ap2s1 (ENSECRG00000000028) ARHGAP35 (ENSECRG00000000029) ##22 NPAS1 (ENSECRG00000000030) ENSECRG00000000031 tmem160 (ENSECRG00000000032) ENSECRG00000000033 ppm1nb (ENSECRG00000000034) ENSECRG00000000035 ENSECRG00000000036 PTGIR (ENSECRG00000000037) bmp16 (ENSECRG00000000038) gemin7 (ENSECRG00000000039) SYMPK (ENSECRG00000000040) RSPH4A (ENSECRG00000000041) ENSECRG00000000042 ENSECRG00000000043 tbcb (ENSECRG00000000044) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 598 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00940000153887.B ENSGT00940000177245 ENSGT00530000064222.a ENSGT00390000003107.b ENSGT00940000161006 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00390000012948.a ENSGT00390000008756 ENSGT00650000093443 ENSGT00940000156119 Anura ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00940000156765 ENSGT00390000009795 ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a ENSGT00940000153887.B ENSGT00530000064222.a ENSGT00390000003107.b ENSGT00940000161006.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000175813 ENSGT00940000158785 ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Frog MODERN SPECIES 8 vasp (ENSXETG00000018239) eml1 (ENSXETG00000018242) gipr (ENSXETG00000018255) fbxo46 (ENSXETG00000047788) qpctl (ENSXETG00000018261) pglyrp1 (ENSXETG00000018262) snrpd2 (ENSXETG00000002173) ENSXETG00000018263 meiosin (ENSXETG00000048668) ppp5c (ENSXETG00000018265) ptgir (ENSXETG00000018270) dact3 (ENSXETG00000037153) fkrp (ENSXETG00000018274) slc1a5 (ENSXETG00000018275) ap2s1 (ENSXETG00000018283) arhgap35 (ENSXETG00000018284) ##22 atp11c (ENSXETG00000018290) mcf2 (ENSXETG00000018322) f9 (ENSXETG00000003472) fgf13 (ENSXETG00000037165) ENSXETG00000041730 zic3 (ENSXETG00000024458) gpr101 (ENSXETG00000048252) ENSXETG00000037129 ENSXETG00000003479 rbmx (ENSXETG00000003481) arhgef6 (ENSXETG00000017497) cd40lg (ENSXETG00000044841) ENSXETG00000043654 tmtops (ENSXETG00000017493) vgll1 (ENSXETG00000019748) Amniota ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00940000160667 ENSGT00940000155666.d ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00390000012948.a ENSGT00390000008756 ENSGT00940000163913 Sauria ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 ENSGT01040000240503.C ENSGT00440000037640 ENSGT00970000194069 ENSGT00730000111686 ENSGT00940000165970 tuatara MODERN SPECIES 1028 ENSSPUG00000002682 SYMPK (ENSSPUG00000002789) DMWD (ENSSPUG00000002869) DMPK (ENSSPUG00000002917) SIX5 (ENSSPUG00000002955) ENSSPUG00000002994 SNRPD2 (ENSSPUG00000003011) HIF3A (ENSSPUG00000003020) PPP5C (ENSSPUG00000003033) ENSSPUG00000003046 PTGIR (ENSSPUG00000003066) STRN4 (ENSSPUG00000003253) FKRP (ENSSPUG00000003278) SLC1A5 (ENSSPUG00000003287) AP2S1 (ENSSPUG00000003316) ARHGAP35 (ENSSPUG00000003327) ##22 NPAS1 (ENSSPUG00000003351) TMEM160 (ENSSPUG00000003376) Episquamata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 Laterata ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000165739 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478 ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000175315 ENSGT00640000091563.b Common wall lizard MODERN SPECIES 16 ENSPMRG00000008617 ENSPMRG00000008624 ENSPMRG00000008628 HIF3A (ENSPMRG00000008634) PPP5C (ENSPMRG00000008661) ENSPMRG00000008686 CALM3 (ENSPMRG00000008690) PTGIR (ENSPMRG00000008692) GNG8 (ENSPMRG00000008695) DACT3 (ENSPMRG00000008698) PRKD2 (ENSPMRG00000008708) STRN4 (ENSPMRG00000008722) FKRP (ENSPMRG00000008731) SLC1A5 (ENSPMRG00000008739) AP2S1 (ENSPMRG00000008748) ARHGAP35 (ENSPMRG00000008755) ##22 ENSPMRG00000008759 TMEM160 (ENSPMRG00000008765) ENSPMRG00000008769 ENSPMRG00000008772 EHD2 (ENSPMRG00000008778) NOP53 (ENSPMRG00000008785) ENSPMRG00000008791 ENSPMRG00000008794 SELENOW (ENSPMRG00000008798) ENSPMRG00000008802 CRX (ENSPMRG00000008809) ENSPMRG00000008813 DMAC2 (ENSPMRG00000008823) B3GNT8 (ENSPMRG00000008827) ENSPMRG00000008833 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 59 ENSSMRG00000015316 SNRPD2 (ENSSMRG00000015318) ENSSMRG00000015320 HIF3A (ENSSMRG00000015322) PPP5C (ENSSMRG00000015324) ENSSMRG00000015326 CALM3 (ENSSMRG00000015327) PTGIR (ENSSMRG00000015328) GNG8 (ENSSMRG00000015330) DACT3 (ENSSMRG00000015331) PRKD2 (ENSSMRG00000015332) STRN4 (ENSSMRG00000015333) FKRP (ENSSMRG00000015334) SLC1A5 (ENSSMRG00000015335) AP2S1 (ENSSMRG00000015336) ARHGAP35 (ENSSMRG00000015337) ##22 ENSSMRG00000015338 TMEM160 (ENSSMRG00000015339) ENSSMRG00000015340 ENSSMRG00000015341 TBCB (ENSSMRG00000015342) ENSSMRG00000015343 POLR2I (ENSSMRG00000015344) ENSSMRG00000015345 WDR62 (ENSSMRG00000015346) ENSSMRG00000015370 CLIP3 (ENSSMRG00000015371) ALKBH6 (ENSSMRG00000015372) ENSSMRG00000015373 ENSSMRG00000015376 CAPNS1 (ENSSMRG00000015377) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000161745.c ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 ENSGT01040000240503.C ENSGT00440000037640 ENSGT00940000165970 ENSGT00390000010899.a.b.a.b Lizard MODERN SPECIES 1177 ENSACAG00000035878 STRN4 (ENSACAG00000011808) FKRP (ENSACAG00000011805) SLC1A5 (ENSACAG00000011724) AP2S1 (ENSACAG00000011682) ENSACAG00000035417 ARHGAP35 (ENSACAG00000011599) ##22 ENSACAG00000042379 ENSACAG00000011553 ENSACAG00000034878 ENSACAG00000043130 Elapidae DUPLICATION Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.g ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.g ##22 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 2073 ENSLLTG00000001408 ENSLLTG00000001400 ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00570000080851 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.h ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00960000190608 ENSGT00940000159359 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 ENSGT01040000240503.C ENSGT00440000037640 ENSGT00940000165970 ENSGT00390000010899.a.b.a.a.b Indian cobra MODERN SPECIES 11 ENSNNAG00000016590 ENSNNAG00000016595 ENSNNAG00000016598 SNRPD2 (ENSNNAG00000016603) HIF3A (ENSNNAG00000016614) PPP5C (ENSNNAG00000016638) CALM3 (ENSNNAG00000016648) PTGIR (ENSNNAG00000016669) GNG8 (ENSNNAG00000016675) DACT3 (ENSNNAG00000016684) ENSNNAG00000016692 STRN4 (ENSNNAG00000016700) FKRP (ENSNNAG00000016704) SLC1A5 (ENSNNAG00000016706) AP2S1 (ENSNNAG00000016712) ARHGAP35 (ENSNNAG00000016715) ##22 TBCB (ENSNNAG00000016719) ENSNNAG00000016728 POLR2I (ENSNNAG00000016734) ENSNNAG00000016741 ENSNNAG00000016752 CLIP3 (ENSNNAG00000016768) ALKBH6 (ENSNNAG00000016788) CAPNS1 (ENSNNAG00000016820) ENSNNAG00000017001 ENSNNAG00000017011 ENSNNAG00000017021 ENSNNAG00000017030 CHP2 (ENSNNAG00000017039) ENSNNAG00000017056 TIMM50 (ENSNNAG00000017061) Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00570000080851 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.h ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000159359 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000162237.a ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000161745.d ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.h ##22 ENSGT00390000012863 ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000159359 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 838 ARHGAP35 (ENSNSUG00000005198) ##22 Eastern brown snake MODERN SPECIES 77 SIX5 (ENSPTXG00000016732) ENSPTXG00000016729 ENSPTXG00000016727 SNRPD2 (ENSPTXG00000016725) HIF3A (ENSPTXG00000016722) PPP5C (ENSPTXG00000016719) ENSPTXG00000016715 CALM3 (ENSPTXG00000016713) PTGIR (ENSPTXG00000016711) GNG8 (ENSPTXG00000016708) PRKD2 (ENSPTXG00000016695) ENSPTXG00000016693 FKRP (ENSPTXG00000016691) SLC1A5 (ENSPTXG00000016684) AP2S1 (ENSPTXG00000016680) ARHGAP35 (ENSPTXG00000016676) ##22 TMEM160 (ENSPTXG00000016674) ENSPTXG00000016669 ENSPTXG00000016667 TBCB (ENSPTXG00000016663) ENSPTXG00000016660 ENSPTXG00000016657 ENSPTXG00000016654 ENSPTXG00000016653 CLIP3 (ENSPTXG00000016650) ALKBH6 (ENSPTXG00000016647) CAPNS1 (ENSPTXG00000016644) ENSPTXG00000016642 CHP2 (ENSPTXG00000016638) ENSPTXG00000016634 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 2475 ARHGAP35 (ENSLLTG00000007655) ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478 ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154550.b ENSGT00640000091563.b Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00960000193250 ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478 ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154550.b ENSGT00640000091563.b Chinese turtle MODERN SPECIES 787 PRKD2 (ENSPSIG00000016551) STRN4 (ENSPSIG00000017359) FKRP (ENSPSIG00000005846) SLC1A5 (ENSPSIG00000006408) AP2S1 (ENSPSIG00000007321) ARHGAP35 (ENSPSIG00000007433) ##22 TMEM160 (ENSPSIG00000008093) ENSPSIG00000001108 Testudinoidea DUPLICATION Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.i ##22 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.i ##22 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1173 AP2S1 (ENSCABG00000002477) ARHGAP35 (ENSCABG00000002479) ##22 ENSCABG00000002480 ENSCABG00000002481 ENSCABG00000002482 ATF1 (ENSCABG00000002483) Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604.d ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183136.a.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485.m ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.j ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478.n ENSGT00940000161957 ENSGT00940000164418 ENSGT01040000240503.C Emydidae ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604.d ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000164310 ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183136.a.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485.m ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.j ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478.n ENSGT00940000161957 ENSGT00940000155478.m.a ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154550.b ENSGT00640000091563.b painted turtle MODERN SPECIES 879 AP2S1 (ENSCPBG00000005245) ARHGAP35 (ENSCPBG00000005254) ##22 NPAS1 (ENSCPBG00000005264) TMEM160 (ENSCPBG00000005281) ENSCPBG00000005289 TBCB (ENSCPBG00000005327) ENSCPBG00000006709 POLR2I (ENSCPBG00000006726) ENSCPBG00000006734 WDR62 (ENSCPBG00000006762) ENSCPBG00000006808 ENSCPBG00000006820 ALKBH6 (ENSCPBG00000006841) ENSCPBG00000006852 ENSCPBG00000006859 ENSCPBG00000006865 ENSCPBG00000006872 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 252 ENSTMTG00000007873 SNRPD2 (ENSTMTG00000007862) ENSTMTG00000007849 HIF3A (ENSTMTG00000007833) PPP5C (ENSTMTG00000007809) PTGIR (ENSTMTG00000007799) GNG8 (ENSTMTG00000007787) ENSTMTG00000007764 ENSTMTG00000007750 PRKD2 (ENSTMTG00000007272) STRN4 (ENSTMTG00000006957) FKRP (ENSTMTG00000006927) ENSTMTG00000006909 ENSTMTG00000006896 AP2S1 (ENSTMTG00000006878) ARHGAP35 (ENSTMTG00000006861) ##22 ENSTMTG00000006847 ENSTMTG00000006831 ENSTMTG00000006820 ENSTMTG00000006812 TBCB (ENSTMTG00000006797) ENSTMTG00000006777 POLR2I (ENSTMTG00000006766) ENSTMTG00000006749 ENSTMTG00000006713 ENSTMTG00000006693 ENSTMTG00000006564 ALKBH6 (ENSTMTG00000006538) ENSTMTG00000006514 ENSTMTG00000006498 ENSTMTG00000006479 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00390000017608 ENSGT00940000167604.d ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000166445 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183136.a.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485.m ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b.j ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00650000093443.w.a ENSGT01090000260345 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000159557 ENSGT00510000048626 ENSGT00940000156844.a ENSGT00940000155478.m.a ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154550.b ENSGT00940000161957 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 464 ENSCABG00000007731 ##22 NPAS1 (ENSCABG00000007735) ENSCABG00000007738 ENSCABG00000007739 TBCB (ENSCABG00000007740) ENSCABG00000007742 POLR2I (ENSCABG00000007746) ENSCABG00000007749 ENSCABG00000007751 CLIP3 (ENSCABG00000007752) ALKBH6 (ENSCABG00000007802) ENSCABG00000007804 ENSCABG00000007807 ENSCABG00000007809 ENSCABG00000007815 ENSCABG00000007825 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 134 SNRPD2 (ENSGEVG00005008411) ENSGEVG00005008379 ENSGEVG00005008365 PPP5C (ENSGEVG00005007903) ENSGEVG00005007705 CALM3 (ENSGEVG00005007668) PTGIR (ENSGEVG00005007642) GNG8 (ENSGEVG00005007618) DACT3 (ENSGEVG00005007584) ENSGEVG00005007568 PRKD2 (ENSGEVG00005007536) STRN4 (ENSGEVG00005006716) FKRP (ENSGEVG00005006541) SLC1A5 (ENSGEVG00005006522) AP2S1 (ENSGEVG00005006508) ARHGAP35 (ENSGEVG00005006490) ##22 ENSGEVG00005006465 TMEM160 (ENSGEVG00005006452) ENSGEVG00005006429 ENSGEVG00005006415 TBCB (ENSGEVG00005006394) ENSGEVG00005006349 ENSGEVG00005006319 ENSGEVG00005006247 ENSGEVG00005006193 ENSGEVG00005006178 CLIP3 (ENSGEVG00005006093) ALKBH6 (ENSGEVG00005006054) ENSGEVG00005005983 ENSGEVG00005005946 ENSGEVG00005005915 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 90 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 Aves ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119 ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 African ostrich MODERN SPECIES 784 ARHGAP35 (ENSSCUG00000011624) ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00940000162258.z ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C ENSGT00950000182772.A.a.a.b Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00940000162258.z ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C ENSGT00950000182772.A.a.a.b Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 76 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00970000193421.A ENSGT00940000154553.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 ENSGT00940000153892.A ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00390000011275 ENSGT00940000160551 ENSGT00950000182970.C Zebra finch MODERN SPECIES 80 ENSTGUG00000018785 AP2S1 (ENSTGUG00000027482) ENSTGUG00000022958 B9D2 (ENSTGUG00000027327) ENSTGUG00000021836 ENSTGUG00000022450 ENSTGUG00000024439 ENSTGUG00000022549 ENSTGUG00000019851 ENSTGUG00000021426 SPTBN4 (ENSTGUG00000026942) ENSTGUG00000019327 ENSTGUG00000023435 ENSTGUG00000015127 ENSTGUG00000017067 ENSTGUG00000000642 ##22 ENSTGUG00000025223 ENSTGUG00000027729 ENSTGUG00000024195 ENSTGUG00000026453 ENSTGUG00000021279 ENSTGUG00000025049 ENSTGUG00000025743 CLASRP (ENSTGUG00000026126) ENSTGUG00000029551 ENSTGUG00000024482 ENSTGUG00000022148 ERCC1 (ENSTGUG00000026421) PPP1R13L (ENSTGUG00000029072) SNRPD2 (ENSTGUG00000028090) ERCC2 (ENSTGUG00000027406) Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00550000075063 ENSGT00940000160719 ENSGT00940000163335 Kakapo MODERN SPECIES 68 ENSSHBG00005013034 DMAC2 (ENSSHBG00005013024) BCKDHA (ENSSHBG00005013007) EXOSC5 (ENSSHBG00005012977) B9D2 (ENSSHBG00005012949) TGFB1 (ENSSHBG00005001122) CCDC97 (ENSSHBG00005001120) HNRNPUL1 (ENSSHBG00005001118) ENSSHBG00005014950 AXL (ENSSHBG00005014939) RAB4B (ENSSHBG00005014929) SNRPA (ENSSHBG00005014922) ACTMAP (ENSSHBG00005014916) FKRP (ENSSHBG00005014911) AP2S1 (ENSSHBG00005014905) ARHGAP35 (ENSSHBG00005014898) ##22 TBCB (ENSSHBG00005014890) POLR2I (ENSSHBG00005014879) THAP8 (ENSSHBG00005014874) Golden eagle DUPLICATION Golden eagle MODERN SPECIES 60 ENSACCG00020016906 THAP8 (ENSACCG00020016903) ENSACCG00020016901 POLR2I (ENSACCG00020016900) TBCB (ENSACCG00020016897) TMEM160 (ENSACCG00020016895) STRN4 (ENSACCG00020016893) AP2S1 (ENSACCG00020016889) ARHGAP35 (ENSACCG00020016888) ##22 ENSACCG00020016886 ##22 Golden eagle MODERN SPECIES 60 ENSACCG00020016906 THAP8 (ENSACCG00020016903) ENSACCG00020016901 POLR2I (ENSACCG00020016900) TBCB (ENSACCG00020016897) TMEM160 (ENSACCG00020016895) STRN4 (ENSACCG00020016893) AP2S1 (ENSACCG00020016889) ARHGAP35 (ENSACCG00020016888) ##22 ENSACCG00020016886 ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00940000156765 ENSGT00390000009795 ENSGT00530000064222.a ENSGT00940000164973 ENSGT00900000142292 ENSGT00940000158721 ENSGT01100000263564.a ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000075007 ENSGT00940000160011.h ENSGT00940000160348 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 ENSGT00650000093443.x ENSGT00940000156765 ENSGT00390000009795 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000161850 ENSGT00530000064222.a ENSGT00940000164973.b ENSGT00940000158721 ENSGT01100000263564.a ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000075007 ENSGT00940000160011.h Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000156119.v ENSGT00390000018039 ENSGT00940000157454 Chicken MODERN SPECIES 31 SNRPD2 (ENSGALG00010010885) ENSGALG00010010869 STRN4 (ENSGALG00010010862) FKRP (ENSGALG00010010845) AP2S1 (ENSGALG00010010816) ARHGAP35 (ENSGALG00010009020) ##22 ENSGALG00010008991 ENSGALG00010008983 PPP1R37 (ENSGALG00010008969) ENSGALG00010008952 ENSGALG00010008943 VASP (ENSGALG00010008932) OPA3 (ENSGALG00010008921) ENSGALG00010008903 FBXO46 (ENSGALG00010008888) LRFN3 (ENSGALG00010008859) DHX34 (ENSGALG00010008830) ENSGALG00010008814 CCDC9 (ENSGALG00010008782) SAE1 (ENSGALG00010008762) ZC3H4 (ENSGALG00010008708) Japanese quail MODERN SPECIES 67 ARHGAP35 (ENSCJPG00005003496) ##22 ENSCJPG00005003495 ENSCJPG00005003490 PPP1R37 (ENSCJPG00005003489) ENSCJPG00005003488 Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 Duck MODERN SPECIES 1821 ARHGAP35 (ENSAPLG00000002888) ##22 Pink-footed goose MODERN SPECIES 689 ARHGAP35 (ENSABRG00000005455) ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT00950000183135.A.a ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000161006 ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 Platypus MODERN SPECIES 16 FOXA3 (ENSOANG00000042207) ENSOANG00000042668 NOVA2 (ENSOANG00000040576) ENSOANG00000049441 ENSOANG00000038949 PPP5C (ENSOANG00000011946) ENSOANG00000036554 ENSOANG00000049385 ENSOANG00000041777 ENSOANG00000046092 PRKD2 (ENSOANG00000049147) STRN4 (ENSOANG00000049730) FKRP (ENSOANG00000039322) SLC1A5 (ENSOANG00000048663) AP2S1 (ENSOANG00000047764) ARHGAP35 (ENSOANG00000003425) ##22 ENSOANG00000040596 TMEM160 (ENSOANG00000048641) ENSOANG00000037686 DHX34 (ENSOANG00000000569) ENSOANG00000037837 ENSOANG00000012979 CCDC9 (ENSOANG00000049974) ENSOANG00000039018 SAE1 (ENSOANG00000004331) ENSOANG00000044784 PPP1R14A (ENSOANG00000049843) ENSOANG00000045122 YIF1B (ENSOANG00000042948) KCNK6 (ENSOANG00000040689) LTBP4 (ENSOANG00000015106) Theria ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000161740 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Opossum MODERN SPECIES 3 ENSMODG00000002366 ENSMODG00000028671 ENSMODG00000002387 ENSMODG00000002676 ENSMODG00000006074 ENSMODG00000021137 PPP5C (ENSMODG00000009228) ENSMODG00000009222 PTGIR (ENSMODG00000009211) GNG8 (ENSMODG00000009206) DACT3 (ENSMODG00000047059) STRN4 (ENSMODG00000009136) FKRP (ENSMODG00000023714) SLC1A5 (ENSMODG00000009108) AP2S1 (ENSMODG00000009083) ARHGAP35 (ENSMODG00000009066) ##22 NPAS1 (ENSMODG00000009053) TMEM160 (ENSMODG00000047936) ZC3H4 (ENSMODG00000008978) SAE1 (ENSMODG00000008952) ENSMODG00000008934 CCDC9 (ENSMODG00000008926) ENSMODG00000008857 C5AR2 (ENSMODG00000007252) DHX34 (ENSMODG00000008850) SELENOW (ENSMODG00000023715) ENSMODG00000023716 KPTN (ENSMODG00000008827) NAPA (ENSMODG00000008817) ZNF541 (ENSMODG00000008779) NOP53 (ENSMODG00000008721) Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 ENSSHAG00000016613 ENSSHAG00000022799 ENSSHAG00000028193 ENSSHAG00000025662 ENSSHAG00000024489 ENSSHAG00000003533 ENSSHAG00000004128 ENSSHAG00000028119 ENSSHAG00000030771 DACT3 (ENSSHAG00000031611) ENSSHAG00000020505 ENSSHAG00000025928 PRKD2 (ENSSHAG00000021404) SLC1A5 (ENSSHAG00000026042) AP2S1 (ENSSHAG00000026500) ARHGAP35 (ENSSHAG00000006639) ##22 NPAS1 (ENSSHAG00000024261) ZC3H4 (ENSSHAG00000028166) SAE1 (ENSSHAG00000002813) ENSSHAG00000001420 C5AR2 (ENSSHAG00000027588) ENSSHAG00000029825 ENSSHAG00000030420 MEIS3 (ENSSHAG00000021311) ENSSHAG00000024846 NAPA (ENSSHAG00000022077) ZNF541 (ENSSHAG00000003056) ENSSHAG00000026122 NOP53 (ENSSHAG00000023645) ENSSHAG00000002757 ENSSHAG00000003069 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000171396 ENSGT00940000161006 ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1158 ENSVURG00010021538 ENSVURG00010021540 ENSVURG00010021545 ENSVURG00010021566 ENSVURG00010021638 ENSVURG00010021653 ENSVURG00010021665 ENSVURG00010021676 ENSVURG00010021679 ENSVURG00010021686 ENSVURG00010021751 ENSVURG00010022263 ENSVURG00010022272 ENSVURG00010022289 ENSVURG00010022632 ENSVURG00010022649 ##22 ENSVURG00010022660 ENSVURG00010022668 ENSVURG00010022671 ENSVURG00010022683 ENSVURG00010022689 CCDC9 (ENSVURG00010022694) ENSVURG00010022698 C5AR2 (ENSVURG00010022700) DHX34 (ENSVURG00010022703) MEIS3 (ENSVURG00010022726) SLC8A2 (ENSVURG00010002773) ENSVURG00010002786 NAPA (ENSVURG00010002799) ZNF541 (ENSVURG00010002837) BICRA (ENSVURG00010002965) Common wonbat MODERN SPECIES 1158 ENSVURG00010004231 ENSVURG00010004241 ENSVURG00010004245 ENSVURG00010004291 ENSVURG00010004727 ENSVURG00010004809 ENSVURG00010005854 ENSVURG00010005861 ENSVURG00010005864 ENSVURG00010005880 ENSVURG00010006016 ENSVURG00010007823 ENSVURG00010010327 ENSVURG00010010368 ENSVURG00010011314 ENSVURG00010011318 ##22 ENSVURG00010011325 ENSVURG00010011344 ENSVURG00010011360 ENSVURG00010011397 koala MODERN SPECIES 345 ENSPCIG00000023945 ENSPCIG00000009955 HIF3A (ENSPCIG00000006138) PPP5C (ENSPCIG00000006141) CALM3 (ENSPCIG00000009353) PTGIR (ENSPCIG00000009351) GNG8 (ENSPCIG00000009350) DACT3 (ENSPCIG00000009348) PRKD2 (ENSPCIG00000025780) STRN4 (ENSPCIG00000025779) FKRP (ENSPCIG00000025778) SLC1A5 (ENSPCIG00000025777) ENSPCIG00000025776 ARHGAP35 (ENSPCIG00000025775) ##22 NPAS1 (ENSPCIG00000032390) TMEM160 (ENSPCIG00000028139) ZC3H4 (ENSPCIG00000028138) SAE1 (ENSPCIG00000028135) ENSPCIG00000028133 CCDC9 (ENSPCIG00000028131) C5AR1 (ENSPCIG00000000822) ENSPCIG00000000869 DHX34 (ENSPCIG00000000889) MEIS3 (ENSPCIG00000016488) SLC8A2 (ENSPCIG00000016491) KPTN (ENSPCIG00000016494) NAPA (ENSPCIG00000016508) ZNF541 (ENSPCIG00000007543) BICRA (ENSPCIG00000016713) Wallaby MODERN SPECIES 6451 ARHGAP35 (ENSMEUG00000013621) ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Primates ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Tarsier MODERN SPECIES 5492 AP2S1 (ENSTSYG00000008474) ARHGAP35 (ENSTSYG00000006365) ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00910000148361 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b 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ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 Capuchin MODERN SPECIES 266 ENSCCAG00000033630 PTGIR (ENSCCAG00000021110) GNG8 (ENSCCAG00000029845) DACT3 (ENSCCAG00000008006) PRKD2 (ENSCCAG00000032043) STRN4 (ENSCCAG00000034066) FKRP (ENSCCAG00000015087) SLC1A5 (ENSCCAG00000033717) AP2S1 (ENSCCAG00000028431) ARHGAP35 (ENSCCAG00000022601) ##22 ENSCCAG00000021097 NPAS1 (ENSCCAG00000032406) TMEM160 (ENSCCAG00000031011) ZC3H4 (ENSCCAG00000037597) SAE1 (ENSCCAG00000031780) ENSCCAG00000026596 CCDC9 (ENSCCAG00000028908) C5AR1 (ENSCCAG00000035091) DHX34 (ENSCCAG00000028675) MEIS3 (ENSCCAG00000003816) SLC8A2 (ENSCCAG00000014965) KPTN (ENSCCAG00000027753) NAPA (ENSCCAG00000033321) ZNF541 (ENSCCAG00000037140) BICRA (ENSCCAG00000026467) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 169 IGFL1 (ENSSBOG00000027173) ENSSBOG00000034581 ENSSBOG00000025247 HIF3A (ENSSBOG00000032075) PPP5C (ENSSBOG00000034724) PNMA8A (ENSSBOG00000010196) CALM3 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ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.j ENSGT00550000075007.i.b.b ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Vervet Monkey MODERN SPECIES 25 ENSCSAG00000019630 ENSCSAG00000019631 CCDC8 (ENSCSAG00000019632) PNMA8A (ENSCSAG00000003053) PNMA8B (ENSCSAG00000019633) ENSCSAG00000019634 CALM3 (ENSCSAG00000003050) PTGIR (ENSCSAG00000003043) GNG8 (ENSCSAG00000003040) DACT3 (ENSCSAG00000003035) PRKD2 (ENSCSAG00000003028) STRN4 (ENSCSAG00000003022) FKRP (ENSCSAG00000019635) ENSCSAG00000003016 ENSCSAG00000019636 ARHGAP35 (ENSCSAG00000003015) ##22 NPAS1 (ENSCSAG00000003006) TMEM160 (ENSCSAG00000002993) ZC3H4 (ENSCSAG00000002989) SAE1 (ENSCSAG00000002984) BBC3 (ENSCSAG00000002981) CCDC9 (ENSCSAG00000002974) ENSCSAG00000019637 C5AR1 (ENSCSAG00000002973) C5AR2 (ENSCSAG00000019638) DHX34 (ENSCSAG00000002965) MEIS3 (ENSCSAG00000002950) SLC8A2 (ENSCSAG00000002946) KPTN (ENSCSAG00000002944) NAPA (ENSCSAG00000002939) ENSCSAG00000002936 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.j ENSGT00390000002767 ENSGT00550000075007.i.b.a ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.i.b.a ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Olive baboon MODERN SPECIES 12 PPP5C (ENSPANG00000002966) ENSPANG00000029483 CCDC8 (ENSPANG00000020252) PNMA8C (ENSPANG00000033741) PNMA8A (ENSPANG00000018286) PNMA8B (ENSPANG00000039504) ENSPANG00000015474 PTGIR (ENSPANG00000019287) GNG8 (ENSPANG00000029260) DACT3 (ENSPANG00000021672) PRKD2 (ENSPANG00000008367) STRN4 (ENSPANG00000017664) FKRP (ENSPANG00000003944) SLC1A5 (ENSPANG00000024227) AP2S1 (ENSPANG00000031161) ARHGAP35 (ENSPANG00000018862) ##22 NPAS1 (ENSPANG00000014704) TMEM160 (ENSPANG00000004010) ZC3H4 (ENSPANG00000021115) ENSPANG00000005314 ENSPANG00000014625 CCDC9 (ENSPANG00000014927) INAFM1 (ENSPANG00000044654) C5AR1 (ENSPANG00000035543) C5AR2 (ENSPANG00000038913) DHX34 (ENSPANG00000011774) ENSPANG00000049850 ZNF541 (ENSPANG00000009364) NAPA (ENSPANG00000023325) KPTN (ENSPANG00000018368) SLC8A2 (ENSPANG00000012944) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.i.b.a ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 Sooty mangabey MODERN SPECIES 228 PPP5C (ENSCATG00000031479) ENSCATG00000021418 CCDC8 (ENSCATG00000030098) PNMA8C (ENSCATG00000016093) PNMA8A (ENSCATG00000037135) ENSCATG00000011877 CALM3 (ENSCATG00000036622) PTGIR (ENSCATG00000044691) GNG8 (ENSCATG00000038798) DACT3 (ENSCATG00000028958) PRKD2 (ENSCATG00000012657) STRN4 (ENSCATG00000041998) FKRP (ENSCATG00000015421) SLC1A5 (ENSCATG00000041986) AP2S1 (ENSCATG00000030501) ARHGAP35 (ENSCATG00000025751) ##22 NPAS1 (ENSCATG00000044490) TMEM160 (ENSCATG00000017019) ZC3H4 (ENSCATG00000039046) SAE1 (ENSCATG00000041175) ENSCATG00000044506 CCDC9 (ENSCATG00000023465) C5AR1 (ENSCATG00000032999) DHX34 (ENSCATG00000032316) MEIS3 (ENSCATG00000044534) SLC8A2 (ENSCATG00000019815) KPTN (ENSCATG00000031555) NAPA (ENSCATG00000039365) ZNF541 (ENSCATG00000036460) BICRA (ENSCATG00000043087) EHD2 (ENSCATG00000013287) Drill MODERN SPECIES 254 HIF3A (ENSMLEG00000030835) PPP5C (ENSMLEG00000043928) ENSMLEG00000029399 CCDC8 (ENSMLEG00000038841) PNMA8C (ENSMLEG00000012922) PNMA8A (ENSMLEG00000037418) ENSMLEG00000038995 CALM3 (ENSMLEG00000040728) PTGIR (ENSMLEG00000039111) GNG8 (ENSMLEG00000041963) ENSMLEG00000042860 PRKD2 (ENSMLEG00000041161) STRN4 (ENSMLEG00000039813) SLC1A5 (ENSMLEG00000039768) AP2S1 (ENSMLEG00000034145) ARHGAP35 (ENSMLEG00000042586) ##22 ENSMLEG00000038871 ZC3H4 (ENSMLEG00000007946) ENSMLEG00000042254 ENSMLEG00000038746 CCDC9 (ENSMLEG00000042193) C5AR1 (ENSMLEG00000034392) DHX34 (ENSMLEG00000041860) MEIS3 (ENSMLEG00000034525) SLC8A2 (ENSMLEG00000041982) KPTN (ENSMLEG00000038643) NAPA (ENSMLEG00000044028) ZNF541 (ENSMLEG00000029328) BICRA (ENSMLEG00000030433) EHD2 (ENSMLEG00000044265) ENSMLEG00000032475 Macaca ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.j ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 551 PPP5C (ENSMNEG00000029801) ENSMNEG00000039917 CCDC8 (ENSMNEG00000035328) PNMA8C (ENSMNEG00000013860) PNMA8A (ENSMNEG00000028579) ENSMNEG00000035646 CALM3 (ENSMNEG00000038313) PTGIR (ENSMNEG00000037044) GNG8 (ENSMNEG00000029400) DACT3 (ENSMNEG00000005969) PRKD2 (ENSMNEG00000038676) STRN4 (ENSMNEG00000042544) FKRP (ENSMNEG00000013306) SLC1A5 (ENSMNEG00000040803) AP2S1 (ENSMNEG00000036216) ARHGAP35 (ENSMNEG00000029940) ##22 NPAS1 (ENSMNEG00000038438) TMEM160 (ENSMNEG00000026327) ZC3H4 (ENSMNEG00000039406) ENSMNEG00000024262 ENSMNEG00000009958 CCDC9 (ENSMNEG00000029240) C5AR1 (ENSMNEG00000040235) DHX34 (ENSMNEG00000038649) MEIS3 (ENSMNEG00000045404) SLC8A2 (ENSMNEG00000032344) KPTN (ENSMNEG00000035130) NAPA (ENSMNEG00000033334) ZNF541 (ENSMNEG00000031984) BICRA (ENSMNEG00000045550) EHD2 (ENSMNEG00000029528) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158785 ENSGT00390000015797.c.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.j ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Rhesus MODERN SPECIES 10 PPP5C (ENSMMUG00000000217) ENSMMUG00000000218 CCDC8 (ENSMMUG00000003190) PNMA8C (ENSMMUG00000061795) PNMA8A (ENSMMUG00000005827) ENSMMUG00000053552 CALM3 (ENSMMUG00000017921) PTGIR (ENSMMUG00000017922) DACT3 (ENSMMUG00000017924) ENSMMUG00000051115 PRKD2 (ENSMMUG00000017927) STRN4 (ENSMMUG00000017930) FKRP (ENSMMUG00000028743) SLC1A5 (ENSMMUG00000022163) AP2S1 (ENSMMUG00000000833) ARHGAP35 (ENSMMUG00000011332) ##22 NPAS1 (ENSMMUG00000011330) TMEM160 (ENSMMUG00000057454) ZC3H4 (ENSMMUG00000014709) SAE1 (ENSMMUG00000009506) ENSMMUG00000055893 ENSMMUG00000012466 CCDC9 (ENSMMUG00000003075) C5AR1 (ENSMMUG00000009278) C5AR2 (ENSMMUG00000009277) DHX34 (ENSMMUG00000009275) MEIS3 (ENSMMUG00000013009) SLC8A2 (ENSMMUG00000014718) KPTN (ENSMMUG00000014723) NAPA (ENSMMUG00000014727) ZNF541 (ENSMMUG00000014729) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 10 HIF3A (ENSMFAG00000025583) PPP5C (ENSMFAG00000034179) ENSMFAG00000036651 CCDC8 (ENSMFAG00000041847) PNMA8C (ENSMFAG00000029984) PNMA8A (ENSMFAG00000006014) ENSMFAG00000035539 CALM3 (ENSMFAG00000036156) ENSMFAG00000002915 ENSMFAG00000044510 ENSMFAG00000030779 PRKD2 (ENSMFAG00000045883) STRN4 (ENSMFAG00000035843) SLC1A5 (ENSMFAG00000044927) AP2S1 (ENSMFAG00000022670) ARHGAP35 (ENSMFAG00000041192) ##22 NPAS1 (ENSMFAG00000018045) ENSMFAG00000001653 ENSMFAG00000048737 SAE1 (ENSMFAG00000046126) BBC3 (ENSMFAG00000033464) CCDC9 (ENSMFAG00000002381) C5AR1 (ENSMFAG00000064601) C5AR2 (ENSMFAG00000064310) MEIS3 (ENSMFAG00000034069) SLC8A2 (ENSMFAG00000037527) KPTN (ENSMFAG00000039746) NAPA (ENSMFAG00000000053) ZNF541 (ENSMFAG00000008705) EHD2 (ENSMFAG00000045476) NOP53 (ENSMFAG00000045103) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000158785 ENSGT00390000015797.c.b.d ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT01100000263497.B.f ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007.i.b ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2027 HIF3A (ENSRROG00000032780) PPP5C (ENSRROG00000027318) ENSRROG00000038440 PNMA8C (ENSRROG00000027253) PNMA8A (ENSRROG00000013610) ENSRROG00000035990 CALM3 (ENSRROG00000033594) PTGIR (ENSRROG00000035701) ENSRROG00000045208 DACT3 (ENSRROG00000044269) PRKD2 (ENSRROG00000034944) STRN4 (ENSRROG00000042099) FKRP (ENSRROG00000007497) SLC1A5 (ENSRROG00000038480) AP2S1 (ENSRROG00000045451) ARHGAP35 (ENSRROG00000035853) ##22 NPAS1 (ENSRROG00000043828) TMEM160 (ENSRROG00000043669) ZC3H4 (ENSRROG00000032920) SAE1 (ENSRROG00000031746) ENSRROG00000040712 CCDC9 (ENSRROG00000025974) INAFM1 (ENSRROG00000036821) C5AR1 (ENSRROG00000034629) DHX34 (ENSRROG00000042872) MEIS3 (ENSRROG00000029017) SLC8A2 (ENSRROG00000045566) KPTN (ENSRROG00000036495) NAPA (ENSRROG00000037389) ZNF541 (ENSRROG00000044146) BICRA (ENSRROG00000026604) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 477 IGFL1 (ENSRBIG00000041594) HIF3A (ENSRBIG00000037340) PPP5C (ENSRBIG00000043486) ENSRBIG00000041650 PNMA8C (ENSRBIG00000007752) PNMA8A (ENSRBIG00000032652) PNMA8B (ENSRBIG00000043852) ENSRBIG00000040350 PTGIR (ENSRBIG00000039814) GNG8 (ENSRBIG00000040120) ENSRBIG00000037645 PRKD2 (ENSRBIG00000002509) STRN4 (ENSRBIG00000030977) SLC1A5 (ENSRBIG00000032793) AP2S1 (ENSRBIG00000041720) ARHGAP35 (ENSRBIG00000030306) ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT00940000170636 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Bushbaby MODERN SPECIES 267 ENSOGAG00000032211 HIF3A (ENSOGAG00000008187) PPP5C (ENSOGAG00000015987) ENSOGAG00000031114 CCDC8 (ENSOGAG00000007549) PNMA8B (ENSOGAG00000028036) CALM3 (ENSOGAG00000014764) PTGIR (ENSOGAG00000030472) GNG8 (ENSOGAG00000029514) DACT3 (ENSOGAG00000030948) PRKD2 (ENSOGAG00000007550) STRN4 (ENSOGAG00000015276) FKRP (ENSOGAG00000026248) SLC1A5 (ENSOGAG00000033704) AP2S1 (ENSOGAG00000033467) ARHGAP35 (ENSOGAG00000033334) ##22 NPAS1 (ENSOGAG00000012829) TMEM160 (ENSOGAG00000033520) ZC3H4 (ENSOGAG00000031123) SAE1 (ENSOGAG00000007650) BBC3 (ENSOGAG00000034738) CCDC9 (ENSOGAG00000015701) INAFM1 (ENSOGAG00000029523) C5AR1 (ENSOGAG00000000133) C5AR2 (ENSOGAG00000033946) DHX34 (ENSOGAG00000002061) MEIS3 (ENSOGAG00000002063) SLC8A2 (ENSOGAG00000029237) KPTN (ENSOGAG00000009999) NAPA (ENSOGAG00000032621) ZNF541 (ENSOGAG00000002397) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Mouse lemur MODERN SPECIES 14 CCDC61 (ENSMICG00000003511) PGLYRP1 (ENSMICG00000033644) IGFL1 (ENSMICG00000028260) HIF3A (ENSMICG00000016033) PPP5C (ENSMICG00000031666) PNMA8A (ENSMICG00000008321) CALM3 (ENSMICG00000028969) PTGIR (ENSMICG00000029447) GNG8 (ENSMICG00000011920) DACT3 (ENSMICG00000042964) PRKD2 (ENSMICG00000015377) STRN4 (ENSMICG00000015400) FKRP (ENSMICG00000043598) SLC1A5 (ENSMICG00000000030) AP2S1 (ENSMICG00000038528) ARHGAP35 (ENSMICG00000037921) ##22 NPAS1 (ENSMICG00000006346) TMEM160 (ENSMICG00000035539) ZC3H4 (ENSMICG00000008786) SAE1 (ENSMICG00000008807) ENSMICG00000008820 CCDC9 (ENSMICG00000008823) C5AR1 (ENSMICG00000045174) DHX34 (ENSMICG00000011585) MEIS3 (ENSMICG00000031566) SLC8A2 (ENSMICG00000030836) KPTN (ENSMICG00000026946) NAPA (ENSMICG00000011599) ZNF541 (ENSMICG00000017737) BICRA (ENSMICG00000028080) EHD2 (ENSMICG00000005571) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 568 IGFL1 (ENSPCOG00000013757) HIF3A (ENSPCOG00000022775) ENSPCOG00000019586 PNMA8A (ENSPCOG00000025636) ENSPCOG00000021687 PNMA8B (ENSPCOG00000020660) CALM3 (ENSPCOG00000017236) PTGIR (ENSPCOG00000022780) GNG8 (ENSPCOG00000014293) DACT3 (ENSPCOG00000024045) PRKD2 (ENSPCOG00000018544) STRN4 (ENSPCOG00000028165) FKRP (ENSPCOG00000008360) SLC1A5 (ENSPCOG00000024625) AP2S1 (ENSPCOG00000022192) ARHGAP35 (ENSPCOG00000015788) ##22 NPAS1 (ENSPCOG00000017882) TMEM160 (ENSPCOG00000028665) ZC3H4 (ENSPCOG00000017169) SAE1 (ENSPCOG00000018619) ENSPCOG00000019970 CCDC9 (ENSPCOG00000020816) DHX34 (ENSPCOG00000027801) MEIS3 (ENSPCOG00000024690) SLC8A2 (ENSPCOG00000023795) KPTN (ENSPCOG00000022678) NAPA (ENSPCOG00000014946) ZNF541 (ENSPCOG00000006138) BICRA (ENSPCOG00000017166) EHD2 (ENSPCOG00000010027) NOP53 (ENSPCOG00000016124) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 967 IGFL1 (ENSPSMG00000006068) HIF3A (ENSPSMG00000006129) PPP5C (ENSPSMG00000006234) PNMA8A (ENSPSMG00000006391) PNMA8C (ENSPSMG00000006395) PNMA8B (ENSPSMG00000006398) CALM3 (ENSPSMG00000006412) PTGIR (ENSPSMG00000006434) GNG8 (ENSPSMG00000006435) DACT3 (ENSPSMG00000006455) PRKD2 (ENSPSMG00000006485) STRN4 (ENSPSMG00000006556) FKRP (ENSPSMG00000006706) SLC1A5 (ENSPSMG00000006768) AP2S1 (ENSPSMG00000006938) ARHGAP35 (ENSPSMG00000007009) ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Tree shrew MODERN SPECIES 2902 ARHGAP35 (ENSTBEG00000007281) ##22 ZC3H4 (ENSTBEG00000007530) SAE1 (ENSTBEG00000007969) Glires ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000161745 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ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00940000167173 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a 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ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Golden Hamster MODERN SPECIES 836 ENSMAUG00000012799 Hif3a (ENSMAUG00000011784) Ppp5c (ENSMAUG00000015105) Pnma8c (ENSMAUG00000014466) Pnma8b (ENSMAUG00000016505) Calm3 (ENSMAUG00000011584) Ptgir (ENSMAUG00000011407) ENSMAUG00000017644 Prkd2 (ENSMAUG00000005652) Strn4 (ENSMAUG00000016627) Fkrp (ENSMAUG00000018831) Slc1a5 (ENSMAUG00000017083) Ap2s1 (ENSMAUG00000019505) ENSMAUG00000008055 ENSMAUG00000009227 Arhgap35 (ENSMAUG00000000172) ##22 Npas1 (ENSMAUG00000001894) Tmem160 (ENSMAUG00000000893) Zc3h4 (ENSMAUG00000000068) ENSMAUG00000000957 Sae1 (ENSMAUG00000007765) Bbc3 (ENSMAUG00000009202) ENSMAUG00000003963 C5ar1 (ENSMAUG00000003322) C5ar2 (ENSMAUG00000006533) Dhx34 (ENSMAUG00000013394) Meis3 (ENSMAUG00000014202) Slc8a2 (ENSMAUG00000010121) ENSMAUG00000000883 Napa (ENSMAUG00000008333) Zfp541 (ENSMAUG00000012586) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 341 Ppp5c (ENSCGRG00001011160) Ccdc8 (ENSCGRG00001014782) Pnma8c (ENSCGRG00001014071) Pnma8a (ENSCGRG00001015613) Pnma8b (ENSCGRG00001016482) Calm3 (ENSCGRG00001016779) Ptgir (ENSCGRG00001018220) Gng8 (ENSCGRG00001018981) Dact3 (ENSCGRG00001000117) Prkd2 (ENSCGRG00001010601) Strn4 (ENSCGRG00001002623) Slc1a5 (ENSCGRG00001014742) Ap2s1 (ENSCGRG00001015937) Ceacam9 (ENSCGRG00001017245) Ceacam15 (ENSCGRG00001017353) Arhgap35 (ENSCGRG00001013301) ##22 Npas1 (ENSCGRG00001013611) Tmem160 (ENSCGRG00001014723) Zc3h4 (ENSCGRG00001016116) Sae1 (ENSCGRG00001016314) Bbc3 (ENSCGRG00001017224) Ccdc9 (ENSCGRG00001007536) Inafm1 (ENSCGRG00001010104) C5ar1 (ENSCGRG00001012882) C5ar2 (ENSCGRG00001013288) Dhx34 (ENSCGRG00001014694) ENSCGRG00001017077 Meis3 (ENSCGRG00001010748) Slc8a2 (ENSCGRG00001013525) Kptn (ENSCGRG00001017146) Napa (ENSCGRG00001004279) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Northern American deer mouse MODERN SPECIES Pnma8a (ENSPEMG00000006770) Pnma8b (ENSPEMG00000025557) Calm3 (ENSPEMG00000027101) Ptgir (ENSPEMG00000016407) Gng8 (ENSPEMG00000015160) Dact3 (ENSPEMG00000016882) Prkd2 (ENSPEMG00000016539) Strn4 (ENSPEMG00000008347) Fkrp (ENSPEMG00000018445) Slc1a5 (ENSPEMG00000013763) Ap2s1 (ENSPEMG00000018089) Ceacam9 (ENSPEMG00000003127) ENSPEMG00000008534 Ceacam15 (ENSPEMG00000016683) ENSPEMG00000031358 Arhgap35 (ENSPEMG00000017349) ##22 Npas1 (ENSPEMG00000014696) Tmem160 (ENSPEMG00000012479) Zc3h4 (ENSPEMG00000009762) Sae1 (ENSPEMG00000012499) Bbc3 (ENSPEMG00000014228) Ccdc9 (ENSPEMG00000015166) Inafm1 (ENSPEMG00000009541) C5ar1 (ENSPEMG00000001838) C5ar2 (ENSPEMG00000010321) Dhx34 (ENSPEMG00000017613) Meis3 (ENSPEMG00000005978) Slc8a2 (ENSPEMG00000002691) Kptn (ENSPEMG00000000792) Napa (ENSPEMG00000009721) Zfp541 (ENSPEMG00000015026) Prairie vole MODERN SPECIES 354 Stxbp5 (ENSMOCG00000020656) Samd5 (ENSMOCG00000000312) Hif3a (ENSMOCG00000019473) Ppp5c (ENSMOCG00000014089) Ccdc8 (ENSMOCG00000020660) Pnma8a (ENSMOCG00000007034) Calm3 (ENSMOCG00000008052) Ptgir (ENSMOCG00000002747) Dact3 (ENSMOCG00000013361) Prkd2 (ENSMOCG00000004684) Strn4 (ENSMOCG00000000602) Fkrp (ENSMOCG00000022172) Slc1a5 (ENSMOCG00000009762) Ap2s1 (ENSMOCG00000019574) Ceacam9 (ENSMOCG00000018285) Arhgap35 (ENSMOCG00000015867) ##22 Npas1 (ENSMOCG00000014578) Tmem160 (ENSMOCG00000016966) Zc3h4 (ENSMOCG00000006492) ENSMOCG00000016346 Bbc3 (ENSMOCG00000017283) Ccdc9 (ENSMOCG00000020124) C5ar2 (ENSMOCG00000004764) Dhx34 (ENSMOCG00000016843) Meis3 (ENSMOCG00000008970) Slc8a2 (ENSMOCG00000005717) ENSMOCG00000013711 Napa (ENSMOCG00000006244) Zfp541 (ENSMOCG00000021811) Bicra (ENSMOCG00000019348) Ehd2 (ENSMOCG00000007010) Murinae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F.c ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a 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(ENSMUSG00000008036) Ceacam9 (ENSMUSG00000007209) Ceacam15 (ENSMUSG00000078795) Arhgap35 (ENSMUSG00000058230) ##22 Npas1 (ENSMUSG00000001988) Tmem160 (ENSMUSG00000019158) Zc3h4 (ENSMUSG00000059273) Sae1 (ENSMUSG00000052833) Bbc3 (ENSMUSG00000002083) Ccdc9 (ENSMUSG00000041375) Inafm1 (ENSMUSG00000091811) C5ar1 (ENSMUSG00000049130) C5ar2 (ENSMUSG00000074361) Dhx34 (ENSMUSG00000006019) Meis3 (ENSMUSG00000041420) Slc8a2 (ENSMUSG00000030376) Kptn (ENSMUSG00000006021) Napa (ENSMUSG00000006024) Zfp541 (ENSMUSG00000078796) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01100000263479.F.c ENSGT01100000263479.D.a.d.a.b ENSGT01100000263479.D.a.d.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Steppe mouse MODERN SPECIES 2772 ENSMSIG00000017638 ENSMSIG00000017649 Ceacam15 (ENSMSIG00000017658) ENSMSIG00000017666 Arhgap35 (ENSMSIG00000017677) ##22 Npas1 (ENSMSIG00000017698) Tmem160 (ENSMSIG00000017740) Zc3h4 (ENSMSIG00000017751) Sae1 (ENSMSIG00000017811) ENSMSIG00000017856 Ccdc9 (ENSMSIG00000017868) C5ar1 (ENSMSIG00000017926) C5ar2 (ENSMSIG00000017934) Dhx34 (ENSMSIG00000017946) Meis3 (ENSMSIG00000018072) Slc8a2 (ENSMSIG00000018129) Kptn (ENSMSIG00000018154) Napa (ENSMSIG00000018190) Zfp541 (ENSMSIG00000018222) Bicra (ENSMSIG00000018350) spretus MODERN SPECIES 16 Ppp5c (MGP_SPRETEiJ_G0030330) Ccdc8 (MGP_SPRETEiJ_G0030329) Pnma8a (MGP_SPRETEiJ_G0030328) Pnma8b 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ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000161006 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00390000007074 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 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Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 281 ENSCLAG00000001044 PGLYRP1 (ENSCLAG00000001072) HIF3A (ENSCLAG00000001139) PPP5C (ENSCLAG00000001548) ENSCLAG00000002763 ENSCLAG00000003395 CALM3 (ENSCLAG00000003822) PTGIR (ENSCLAG00000004207) GNG8 (ENSCLAG00000004399) ENSCLAG00000001276 PRKD2 (ENSCLAG00000001395) STRN4 (ENSCLAG00000001542) FKRP (ENSCLAG00000001845) ENSCLAG00000002077 AP2S1 (ENSCLAG00000002250) ARHGAP35 (ENSCLAG00000002385) ##22 NPAS1 (ENSCLAG00000000717) TMEM160 (ENSCLAG00000000918) ZC3H4 (ENSCLAG00000001032) ENSCLAG00000000483 SAE1 (ENSCLAG00000000507) BBC3 (ENSCLAG00000000578) ENSCLAG00000000680 C5AR1 (ENSCLAG00000001064) DHX34 (ENSCLAG00000000906) MEIS3 (ENSCLAG00000000719) SLC8A2 (ENSCLAG00000000972) KPTN (ENSCLAG00000001346) NAPA (ENSCLAG00000001379) ZNF541 (ENSCLAG00000001489) BICRA (ENSCLAG00000000673) Degu MODERN SPECIES 238 PGLYRP1 (ENSODEG00000006980) HIF3A (ENSODEG00000007136) PPP5C (ENSODEG00000008796) GPATCH1 (ENSODEG00000007103) ENSODEG00000006634 PNMA8A 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##22 NPAS1 (ENSSTOG00000003396) TMEM160 (ENSSTOG00000024623) ZC3H4 (ENSSTOG00000016249) SAE1 (ENSSTOG00000016251) ENSSTOG00000005813 C5AR1 (ENSSTOG00000026678) C5AR2 (ENSSTOG00000023346) DHX34 (ENSSTOG00000015831) MEIS3 (ENSSTOG00000028182) SLC8A2 (ENSSTOG00000020165) KPTN (ENSSTOG00000006963) NAPA (ENSSTOG00000006983) ZNF541 (ENSSTOG00000026879) BICRA (ENSSTOG00000028398) ENSSTOG00000011087 Alpin marmot MODERN SPECIES 45 ENSMMMG00000013847 HIF3A (ENSMMMG00000013829) PPP5C (ENSMMMG00000013822) PNMA8A (ENSMMMG00000013817) PNMA8C (ENSMMMG00000013814) CCDC8 (ENSMMMG00000013809) CALM3 (ENSMMMG00000013799) PTGIR (ENSMMMG00000013798) GNG8 (ENSMMMG00000013789) ENSMMMG00000013782 PRKD2 (ENSMMMG00000013741) STRN4 (ENSMMMG00000013698) FKRP (ENSMMMG00000013696) SLC1A5 (ENSMMMG00000013678) AP2S1 (ENSMMMG00000013659) ARHGAP35 (ENSMMMG00000013646) ##22 NPAS1 (ENSMMMG00000013606) ENSMMMG00000013602 ZC3H4 (ENSMMMG00000013587) SAE1 (ENSMMMG00000013566) CCDC9 (ENSMMMG00000013499) C5AR1 (ENSMMMG00000013493) C5AR2 (ENSMMMG00000013488) DHX34 (ENSMMMG00000013402) MEIS3 (ENSMMMG00000013369) SLC8A2 (ENSMMMG00000013339) KPTN (ENSMMMG00000013277) NAPA (ENSMMMG00000013273) ZNF541 (ENSMMMG00000013251) BICRA (ENSMMMG00000013156) EHD2 (ENSMMMG00000013147) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 8 HIF3A (ENSSVLG00005024854) PPP5C (ENSSVLG00005024922) CCDC8 (ENSSVLG00005024952) PNMA8C (ENSSVLG00005024965) PNMA8A (ENSSVLG00005024983) CALM3 (ENSSVLG00005025029) PTGIR (ENSSVLG00005010260) GNG8 (ENSSVLG00005010305) DACT3 (ENSSVLG00005010336) PRKD2 (ENSSVLG00005010378) STRN4 (ENSSVLG00005010641) FKRP (ENSSVLG00005010926) SLC1A5 (ENSSVLG00005010966) ENSSVLG00005011219 AP2S1 (ENSSVLG00005011272) ARHGAP35 (ENSSVLG00005011555) ##22 NPAS1 (ENSSVLG00005011606) TMEM160 (ENSSVLG00005011672) ZC3H4 (ENSSVLG00005011727) SAE1 (ENSSVLG00005011951) BBC3 (ENSSVLG00005012098) CCDC9 (ENSSVLG00005012213) ENSSVLG00005012324 C5AR1 (ENSSVLG00005012437) C5AR2 (ENSSVLG00005012478) DHX34 (ENSSVLG00005012498) MEIS3 (ENSSVLG00005012542) SLC8A2 (ENSSVLG00005012674) KPTN (ENSSVLG00005012899) NAPA (ENSSVLG00005012991) ZNF541 (ENSSVLG00005013491) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 135 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT00940000164310.e ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Pika MODERN SPECIES 2569 ARHGAP35 (ENSOPRG00000014834) ##22 ENSOPRG00000014860 ZC3H4 (ENSOPRG00000014889) SAE1 (ENSOPRG00000014929) ENSOPRG00000014952 Rabbit MODERN SPECIES 568 PPP5C (ENSOCUG00000021025) CCDC8 (ENSOCUG00000023898) PNMA8A (ENSOCUG00000003756) ENSOCUG00000037591 PTGIR (ENSOCUG00000026915) GNG8 (ENSOCUG00000003974) ENSOCUG00000030033 PRKD2 (ENSOCUG00000026784) STRN4 (ENSOCUG00000021418) FKRP (ENSOCUG00000000122) SLC1A5 (ENSOCUG00000009144) ENSOCUG00000039332 ARHGAP35 (ENSOCUG00000017126) ##22 NPAS1 (ENSOCUG00000016061) TMEM160 (ENSOCUG00000023097) ZC3H4 (ENSOCUG00000026069) SAE1 (ENSOCUG00000024320) BBC3 (ENSOCUG00000037839) CCDC9 (ENSOCUG00000013560) C5AR1 (ENSOCUG00000022167) C5AR2 (ENSOCUG00000025530) DHX34 (ENSOCUG00000014005) MEIS3 (ENSOCUG00000025760) ENSOCUG00000031820 KPTN (ENSOCUG00000024733) NAPA (ENSOCUG00000000967) ZNF541 (ENSOCUG00000000969) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 Common shrew MODERN SPECIES 5767 FKRP (ENSSARG00000014111) SLC1A5 (ENSSARG00000014113) ARHGAP35 (ENSSARG00000014120) ##22 NPAS1 (ENSSARG00000014127) TMEM160 (ENSSARG00000014133) ZC3H4 (ENSSARG00000014146) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Suina ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000161006 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT00940000170636 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Chacoan peccary MODERN SPECIES 799 NANOS2 (ENSCWAG00000008461) NOVA2 (ENSCWAG00000008485) CCDC61 (ENSCWAG00000008530) PGLYRP1 (ENSCWAG00000008579) HIF3A (ENSCWAG00000008758) PPP5C (ENSCWAG00000010062) CALM3 (ENSCWAG00000010293) PTGIR (ENSCWAG00000010365) GNG8 (ENSCWAG00000010405) DACT3 (ENSCWAG00000010426) PRKD2 (ENSCWAG00000010476) STRN4 (ENSCWAG00000010545) FKRP (ENSCWAG00000010618) SLC1A5 (ENSCWAG00000010631) AP2S1 (ENSCWAG00000010683) ARHGAP35 (ENSCWAG00000010834) ##22 NPAS1 (ENSCWAG00000010905) TMEM160 (ENSCWAG00000011029) ZC3H4 (ENSCWAG00000011062) SAE1 (ENSCWAG00000011191) BBC3 (ENSCWAG00000011285) CCDC9 (ENSCWAG00000011355) INAFM1 (ENSCWAG00000011443) C5AR1 (ENSCWAG00000011461) C5AR2 (ENSCWAG00000011520) DHX34 (ENSCWAG00000011536) MEIS3 (ENSCWAG00000011591) ENSCWAG00000011922 SLC8A2 (ENSCWAG00000011951) KPTN (ENSCWAG00000012157) NAPA (ENSCWAG00000012199) Pig MODERN SPECIES 14 PGLYRP1 (ENSSSCG00000038688) ENSSSCG00000046511 HIF3A (ENSSSCG00000003101) PPP5C (ENSSSCG00000003098) ENSSSCG00000003102 CCDC8 (ENSSSCG00000033830) CALM3 (ENSSSCG00000022545) PTGIR (ENSSSCG00000026602) GNG8 (ENSSSCG00000022068) DACT3 (ENSSSCG00000022280) PRKD2 (ENSSSCG00000026152) STRN4 (ENSSSCG00000003104) FKRP (ENSSSCG00000003103) SLC1A5 (ENSSSCG00000003105) AP2S1 (ENSSSCG00000003106) ARHGAP35 (ENSSSCG00000003107) ##22 NPAS1 (ENSSSCG00000003108) TMEM160 (ENSSSCG00000003109) ZC3H4 (ENSSSCG00000003110) SAE1 (ENSSSCG00000003111) BBC3 (ENSSSCG00000003112) CCDC9 (ENSSSCG00000024240) C5AR1 (ENSSSCG00000056729) C5AR2 (ENSSSCG00000003113) DHX34 (ENSSSCG00000003114) MEIS3 (ENSSSCG00000003115) SLC8A2 (ENSSSCG00000029567) KPTN (ENSSSCG00000003121) NAPA (ENSSSCG00000003120) ZNF541 (ENSSSCG00000003119) BICRA (ENSSSCG00000022302) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a.d ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Dolphin MODERN SPECIES 1318 ARHGAP35 (ENSTTRG00000011403) ##22 NPAS1 (ENSTTRG00000011416) TMEM160 (ENSTTRG00000011428) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a.d ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154133.B ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a.d ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a 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(ENSCDRG00005001100) ZNF541 (ENSCDRG00005001169) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Carnivora ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Caniformia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g 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NAPA (ENSPTIG00000012945) ZNF541 (ENSPTIG00000014919) EHD2 (ENSPTIG00000018608) ENSPTIG00000018779 ENSPTIG00000021571 ENSPTIG00000021675 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000009557.B.a.b ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 lion MODERN SPECIES 15 ENSPLOG00000021927 ENSPLOG00000005466 HIF3A (ENSPLOG00000005534) PPP5C (ENSPLOG00000005583) PNMA8A (ENSPLOG00000005626) PNMA8C (ENSPLOG00000005649) CALM3 (ENSPLOG00000005689) PTGIR (ENSPLOG00000005755) GNG8 (ENSPLOG00000005773) DACT3 (ENSPLOG00000005799) PRKD2 (ENSPLOG00000005850) STRN4 (ENSPLOG00000006025) FKRP (ENSPLOG00000006088) ENSPLOG00000006107 AP2S1 (ENSPLOG00000006172) ARHGAP35 (ENSPLOG00000006320) ##22 NPAS1 (ENSPLOG00000006360) ENSPLOG00000006416 ZC3H4 (ENSPLOG00000006441) SAE1 (ENSPLOG00000006483) BBC3 (ENSPLOG00000006527) CCDC9 (ENSPLOG00000006569) INAFM1 (ENSPLOG00000006630) C5AR1 (ENSPLOG00000006646) C5AR2 (ENSPLOG00000006656) DHX34 (ENSPLOG00000006682) MEIS3 (ENSPLOG00000006810) SLC8A2 (ENSPLOG00000006887) KPTN (ENSPLOG00000006920) NAPA (ENSPLOG00000006967) ZNF541 (ENSPLOG00000007040) leopard MODERN SPECIES 103 HIF3A (ENSPPRG00000008307) PPP5C (ENSPPRG00000009086) ENSPPRG00000010075 PNMA8C (ENSPPRG00000015301) CCDC8 (ENSPPRG00000015314) CALM3 (ENSPPRG00000012684) PTGIR (ENSPPRG00000013057) GNG8 (ENSPPRG00000013229) DACT3 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AP2S1 (ENSFCAG00000031554) ARHGAP35 (ENSFCAG00000004831) ##22 NPAS1 (ENSFCAG00000004833) ENSFCAG00000032417 ZC3H4 (ENSFCAG00000004835) SAE1 (ENSFCAG00000027112) BBC3 (ENSFCAG00000040792) CCDC9 (ENSFCAG00000004837) C5AR1 (ENSFCAG00000046725) C5AR2 (ENSFCAG00000043336) DHX34 (ENSFCAG00000006144) MEIS3 (ENSFCAG00000006146) SLC8A2 (ENSFCAG00000029230) KPTN (ENSFCAG00000006149) NAPA (ENSFCAG00000006151) ZNF541 (ENSFCAG00000028959) BICRA (ENSFCAG00000027050) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Equus ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT00550000076229 ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Donkey MODERN SPECIES 18 HIF3A (ENSEASG00005003993) PPP5C (ENSEASG00005003995) PNMA8C (ENSEASG00005004006) CCDC8 (ENSEASG00005031475) ENSEASG00005024649 ENSEASG00005036842 CALM3 (ENSEASG00005004012) ENSEASG00005004013 ENSEASG00005004015 DACT3 (ENSEASG00005033792) PRKD2 (ENSEASG00005004020) STRN4 (ENSEASG00005004043) FKRP (ENSEASG00005024317) SLC1A5 (ENSEASG00005004062) ENSEASG00005032304 ARHGAP35 (ENSEASG00005004087) ##22 ENSEASG00005032745 ENSEASG00005004094 ENSEASG00005038114 TMEM160 (ENSEASG00005023909) ZC3H4 (ENSEASG00005004107) SAE1 (ENSEASG00005004124) ENSEASG00005035087 CCDC9 (ENSEASG00005004139) INAFM1 (ENSEASG00005030427) C5AR1 (ENSEASG00005026249) C5AR2 (ENSEASG00005025956) DHX34 (ENSEASG00005004155) MEIS3 (ENSEASG00005004166) ENSEASG00005028907 ENSEASG00005004177 Horse MODERN SPECIES 1 ENSECAG00000012503 HIF3A (ENSECAG00000020693) PPP5C (ENSECAG00000056298) CCDC8 (ENSECAG00000056835) PNMA8C (ENSECAG00000034552) PNMA8A (ENSECAG00000006115) ENSECAG00000060028 CALM3 (ENSECAG00000022442) PTGIR (ENSECAG00000023626) DACT3 (ENSECAG00000026972) PRKD2 (ENSECAG00000024775) STRN4 (ENSECAG00000002830) FKRP (ENSECAG00000010652) SLC1A5 (ENSECAG00000011637) AP2S1 (ENSECAG00000016403) ARHGAP35 (ENSECAG00000017712) ##22 NPAS1 (ENSECAG00000022513) ZC3H4 (ENSECAG00000024342) SAE1 (ENSECAG00000002087) ENSECAG00000031168 CCDC9 (ENSECAG00000008559) C5AR1 (ENSECAG00000006153) C5AR2 (ENSECAG00000006218) DHX34 (ENSECAG00000011354) MEIS3 (ENSECAG00000016791) SLC8A2 (ENSECAG00000008392) KPTN (ENSECAG00000018392) NAPA (ENSECAG00000006959) ZNF541 (ENSECAG00000019417) BICRA (ENSECAG00000030809) EHD2 (ENSECAG00000028265) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011.c ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 Megabat MODERN SPECIES 668 AP2S1 (ENSPVAG00000005675) ARHGAP35 (ENSPVAG00000005679) ##22 NPAS1 (ENSPVAG00000005682) TMEM160 (ENSPVAG00000005685) ZC3H4 (ENSPVAG00000005687) SAE1 (ENSPVAG00000005690) BBC3 (ENSPVAG00000005692) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000009557.B ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.b ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011.c ENSGT00550000075007 ENSGT00710000107236 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Microbat MODERN SPECIES 1672 ENSMLUG00000022578 ENSMLUG00000027160 ARHGAP35 (ENSMLUG00000003739) ##22 TMEM160 (ENSMLUG00000023661) ENSMLUG00000003474 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 6 ENSRFEG00010010556 IGFL1 (ENSRFEG00010010615) HIF3A (ENSRFEG00010010703) PPP5C (ENSRFEG00010011335) PNMA8C (ENSRFEG00010011452) PNMA8B (ENSRFEG00010011467) CALM3 (ENSRFEG00010011490) PTGIR (ENSRFEG00010011682) ENSRFEG00010011776 DACT3 (ENSRFEG00010011826) PRKD2 (ENSRFEG00010011924) STRN4 (ENSRFEG00010012035) FKRP (ENSRFEG00010012506) SLC1A5 (ENSRFEG00010012525) AP2S1 (ENSRFEG00010012755) ARHGAP35 (ENSRFEG00010013104) ##22 NPAS1 (ENSRFEG00010013143) TMEM160 (ENSRFEG00010013212) ZC3H4 (ENSRFEG00010013266) SAE1 (ENSRFEG00010013378) ENSRFEG00010013509 CCDC9 (ENSRFEG00010013812) ENSRFEG00010013918 C5AR1 (ENSRFEG00010013939) ENSRFEG00010013958 C5AR2 (ENSRFEG00010013977) DHX34 (ENSRFEG00010014000) MEIS3 (ENSRFEG00010014079) SLC8A2 (ENSRFEG00010014268) KPTN (ENSRFEG00010014307) NAPA (ENSRFEG00010014363) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 1229 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 Sloth MODERN SPECIES 4731 ENSCHOG00000013442 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 3940 AP2S1 (ENSDNOG00000046653) ARHGAP35 (ENSDNOG00000007757) ##22 NPAS1 (ENSDNOG00000035321) TMEM160 (ENSDNOG00000045086) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000009557.B ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000009557.B ENSGT00390000009557.C ENSGT00940000161745 ENSGT00940000158785 ENSGT01030000234522.C.b.f.a ENSGT01030000234522.C.b.f.b.b ENSGT00950000182980.a.b.a.a.a ENSGT01050000244902.b.d ENSGT01100000263497.D ENSGT00950000183181.B.b ENSGT00950000183024.a.b.b ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a ENSGT00390000017583 ENSGT00940000159485 ENSGT00970000193421.A ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000161295 ENSGT00390000012863 ENSGT00940000160011 ENSGT00550000075007 ENSGT00390000002767 ENSGT00530000063950.a.b ENSGT01100000263564.a.g ENSGT01100000263564.a.h ENSGT00940000158721 ENSGT00940000161057 ENSGT00940000158344.b ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b Elephant MODERN SPECIES 375 IGFL1 (ENSLAFG00000030746) HIF3A (ENSLAFG00000017230) PPP5C (ENSLAFG00000006728) CCDC8 (ENSLAFG00000003049) ENSLAFG00000030061 ENSLAFG00000029507 ENSLAFG00000009288 CALM3 (ENSLAFG00000001155) PTGIR (ENSLAFG00000021881) DACT3 (ENSLAFG00000000449) PRKD2 (ENSLAFG00000021718) STRN4 (ENSLAFG00000004220) FKRP (ENSLAFG00000025662) SLC1A5 (ENSLAFG00000000671) ENSLAFG00000026512 ARHGAP35 (ENSLAFG00000018311) ##22 TMEM160 (ENSLAFG00000014543) ZC3H4 (ENSLAFG00000001586) SAE1 (ENSLAFG00000001593) BBC3 (ENSLAFG00000008852) CCDC9 (ENSLAFG00000026191) C5AR1 (ENSLAFG00000023333) DHX34 (ENSLAFG00000003186) MEIS3 (ENSLAFG00000031905) KPTN (ENSLAFG00000009281) NAPA (ENSLAFG00000009284) ZNF541 (ENSLAFG00000009287) ENSLAFG00000015647 ENSLAFG00000023304 EHD2 (ENSLAFG00000029346) CRX (ENSLAFG00000007254) Hyrax MODERN SPECIES 4358 ARHGAP35 (ENSPCAG00000000715) ##22 ENSPCAG00000000784 TMEM160 (ENSPCAG00000000847) Tenrec MODERN SPECIES 5106 ARHGAP35 (ENSETEG00000009197) ##22 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 4284 ENSPMAG00000001725 ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153147 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161653 #9 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000175090 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 342 ENSMMSG00000007068 MTX2 (ENSMMSG00000007226) HOXD1 (ENSMMSG00000007322) HOXD3 (ENSMMSG00000007343) #7 HOXD4 (ENSMMSG00000007365) #8 HOXD8 (ENSMMSG00000007407) #9 HOXD9 (ENSMMSG00000007480) #10 HOXD10 (ENSMMSG00000007495) #11 HOXD11 (ENSMMSG00000007513) #12 HOXD12 (ENSMMSG00000007530) #13 HOXD13 (ENSMMSG00000007541) #14 EVX2 (ENSMMSG00000007555) #15 LNPK (ENSMMSG00000007582) #18 ENSMMSG00000007642 #19 ATF2 (ENSMMSG00000007713) #20 ENSMMSG00000008102 ##22 ENSMMSG00000008116 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 American black bear MODERN SPECIES 5634 ENSUAMG00000026272 ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 2 TRPC4 (ENSHGLG00000000330) ENSHGLG00000000363 FREM2 (ENSHGLG00000000398) STOML3 (ENSHGLG00000000438) PROSER1 (ENSHGLG00000000463) ENSHGLG00000000513 ENSHGLG00000020548 ENSHGLG00000003042 ENSHGLG00000003091 ENSHGLG00000003368 ENSHGLG00000003733 FOXO1 (ENSHGLG00000003833) ENSHGLG00000038776 ENSHGLG00000006949 SLC25A15 (ENSHGLG00000040919) ENSHGLG00000034671 ##22 ENSHGLG00000009975 VPS36 (ENSHGLG00000041622) ENSHGLG00000048252 NEK3 (ENSHGLG00000011968) ENSHGLG00000007869 ENSHGLG00000033374 ALG11 (ENSHGLG00000009232) ATP7B (ENSHGLG00000010526) ENSHGLG00000050649 ENSHGLG00000048901 CCDC70 (ENSHGLG00000019810) ENSHGLG00000039522 WDFY2 (ENSHGLG00000002396) ENSHGLG00000003056 ENSHGLG00000003862 Coelacanth MODERN SPECIES 2741 ATP5MC3 (ENSLACG00000006963) #19 ENSLACG00000004713 #20 ENSLACG00000002234 ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000154298.a.a #19 ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353 #37 Reedfish MODERN SPECIES 16 agps (ENSECRG00000007162) nfe2l2a (ENSECRG00000007884) hnrnpa3 (ENSECRG00000007907) mtx2 (ENSECRG00000007929) ENSECRG00000007947 ENSECRG00000007959 hoxd3a (ENSECRG00000007970) #7 hoxd4a (ENSECRG00000007976) #8 ENSECRG00000007986 ENSECRG00000008002 ENSECRG00000008011 hoxd11a (ENSECRG00000008022) #12 lnpa (ENSECRG00000008030) #18 atp5mc3a (ENSECRG00000008050) #19 ATF2 (ENSECRG00000008091) #20 ENSECRG00000008152 ##22 chrna1 (ENSECRG00000008273) #23 chrna1 (ENSECRG00000008656) #23 wipf1a (ENSECRG00000008869) GPR155 (ENSECRG00000008887) #25 scrn3 (ENSECRG00000008922) #26 CIR1 (ENSECRG00000008941) #27 ola1 (ENSECRG00000008966) #30 sp3a (ENSECRG00000008995) #31 ENSECRG00000009009 ENSECRG00000009023 cdca7a (ENSECRG00000009042) #32 ENSECRG00000009066 RAPGEF4 (ENSECRG00000009096) #34 ENSECRG00000009131 PDK1 (ENSECRG00000009187) #36 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503 #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859 #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.b #30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352 #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127 ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353.a #37 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.f #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296 ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352.f.a #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00940000159606 ENSGT00940000158239.a.b.a ENSGT00940000172395 ENSGT00940000154319.c.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00390000013916 ENSGT00390000005530.a.a.l ENSGT00950000183046.a.a.gb ENSGT00940000156449.d ENSGT00980000199010 ENSGT00510000047718.c.a ENSGT00950000182895.a.b.u.a ENSGT00390000004977.d.b ENSGT00940000164909.d ENSGT00950000182942.a.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851 #23 ENSGT00910000144296.b ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304.b #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a.k #34 ENSGT00940000164127.b ENSGT01030000234646.B.a.a.b.f #36 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127.e ENSGT00940000160029.b ENSGT00940000157735 ENSGT00940000155963.e.a Asian bonytongue MODERN SPECIES 13 cycsb (ENSSFOG00015001939) ENSSFOG00015001871 agps (ENSSFOG00015028351) nfe2l2a (ENSSFOG00015001827) hnrnpa3 (ENSSFOG00015001814) hoxd3a (ENSSFOG00015001794) #7 hoxd4a (ENSSFOG00015001803) #8 hoxd9a (ENSSFOG00015001780) #10 hoxd10a (ENSSFOG00015001740) #11 hoxd11a (ENSSFOG00015001728) #12 hoxd12a (ENSSFOG00015030881) #13 evx2 (ENSSFOG00015026350) #15 LNPK (ENSSFOG00015027388) #18 atp5mc3a (ENSSFOG00015001666) ##19 ATF2 (ENSSFOG00015001611) #20 ENSSFOG00015001599 ##22 chrna1 (ENSSFOG00015001557) #23 wipf1a (ENSSFOG00015001460) GPR155 (ENSSFOG00015001445) #25 scrn3 (ENSSFOG00015001436) #26 sp9 (ENSSFOG00015032507) #28 SP3 (ENSSFOG00015001390) #31 cdca7a (ENSSFOG00015001326) #32 ENSSFOG00015001261 RAPGEF4 (ENSSFOG00015001161) #34 ENSSFOG00015001152 ITGA6 (ENSSFOG00015001051) #37 DLX2 (ENSSFOG00015032680) dlx1a (ENSSFOG00015030518) hat1 (ENSSFOG00015000974) slc25a12 (ENSSFOG00015000885) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 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ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 ENSGT00940000160029 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 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ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 495 agps (ENSHCOG00000000795) nfe2l2a (ENSHCOG00000009951) HNRNPA3 (ENSHCOG00000000313) hoxd3a (ENSHCOG00000009973) #7 hoxd4a (ENSHCOG00000009984) #8 hoxd9a (ENSHCOG00000009986) #10 hoxd10a (ENSHCOG00000009994) #11 hoxd11a (ENSHCOG00000009999) #12 hoxd12a (ENSHCOG00000010003) #13 evx2 (ENSHCOG00000010011) #15 lnpa (ENSHCOG00000010016) #18 ENSHCOG00000010035 ATF2 (ENSHCOG00000010063) #20 CHN1 (ENSHCOG00000010081) ##22 CHRNA1 (ENSHCOG00000010102) #23 GPR155 (ENSHCOG00000010153) #25 scrn3 (ENSHCOG00000010226) #26 CIR1 (ENSHCOG00000010261) #27 sp9 (ENSHCOG00000010277) #28 sp3a (ENSHCOG00000010295) #31 cdca7a (ENSHCOG00000010316) #32 ENSHCOG00000010364 RAPGEF4 (ENSHCOG00000010417) #34 ENSHCOG00000010435 PDK1 (ENSHCOG00000010494) #36 ENSHCOG00000010505 ENSHCOG00000010525 #37 dlx2b (ENSHCOG00000010542) dlx1a (ENSHCOG00000010561) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b 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#28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000157883.a.b.f.qb ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 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ENSNFUG00015023304 HOXD3A (ENSNFUG00015023307) #7 hoxd4a (ENSNFUG00015023309) #8 hoxd9a (ENSNFUG00015023312) #10 hoxd10a (ENSNFUG00015023313) #11 hoxd11a (ENSNFUG00015023314) #12 hoxd12a (ENSNFUG00015023315) #13 EVX2 (ENSNFUG00015023319) #15 LNPA (ENSNFUG00015023321) #18 ENSNFUG00015023348 ATP5G3A (ENSNFUG00015023349) ATF2 (ENSNFUG00015023352) #20 ENSNFUG00015023356 CHN1 (ENSNFUG00015023359) ##22 GPR155A (ENSNFUG00015023367) #25 SCRN3 (ENSNFUG00015023388) #26 CIR1 (ENSNFUG00015023391) #27 SP9 (ENSNFUG00015023394) #28 OLA1 (ENSNFUG00015023399) ##30 SP3A (ENSNFUG00015023413) #31 CDCA7A (ENSNFUG00015023419) #32 ENSNFUG00015023422 RAPGEF4 (ENSNFUG00015023430) #34 Nfu_g_1_017731 (ENSNFUG00015023483) NUP62L (ENSNFUG00015023502) ITGA6A (ENSNFUG00015023504) #37 DLX2A (ENSNFUG00015023590) DLX1A (ENSNFUG00015023592) HAT1 (ENSNFUG00015023596) Mangrove rivulus MODERN SPECIES 66 OSBPL6 (ENSKMAG00000016168) cycsb (ENSKMAG00000016145) ENSKMAG00000016087 agps (ENSKMAG00000016024) nfe2l2a 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ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352.f.a #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 Mummichog MODERN SPECIES 464 ENSFHEG00000005471 ATF2 (ENSFHEG00000005400) #20 CHN1 (ENSFHEG00000005348) ##22 GPR155 (ENSFHEG00000000139) #25 scrn3 (ENSFHEG00000005309) #26 CIR1 (ENSFHEG00000005291) #27 sp9 (ENSFHEG00000005267) #28 OLA1 (ENSFHEG00000000700) ##30 sp3a (ENSFHEG00000005193) #31 cdca7a (ENSFHEG00000005158) #32 ENSFHEG00000005149 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 244 nfe2l2a (ENSCVAG00000019007) hnrnpa3 (ENSCVAG00000018995) hoxd3a (ENSCVAG00000018985) #7 hoxd4a (ENSCVAG00000018975) #8 hoxd9a (ENSCVAG00000018964) #10 hoxd10a (ENSCVAG00000018959) #11 hoxd11a (ENSCVAG00000018956) #12 hoxd12a (ENSCVAG00000000494) #13 evx2 (ENSCVAG00000018947) #15 lnpa (ENSCVAG00000018936) #18 ENSCVAG00000018929 ATF2 (ENSCVAG00000018917) #20 ENSCVAG00000018858 ##22 GPR155 (ENSCVAG00000018822) #25 scrn3 (ENSCVAG00000000491) #26 CIR1 (ENSCVAG00000018732) #27 sp9 (ENSCVAG00000018687) #28 OLA1 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Indian medaka MODERN SPECIES 18 cycsb (ENSOMEG00000005020) ENSOMEG00000004995 agps (ENSOMEG00000004912) nfe2l2a (ENSOMEG00000004847) hnrnpa3 (ENSOMEG00000004838) hoxd3a (ENSOMEG00000004819) #7 hoxd4a (ENSOMEG00000004802) #8 hoxd9a (ENSOMEG00000004787) #10 hoxd10a (ENSOMEG00000004774) #11 hoxd11a (ENSOMEG00000004768) #12 hoxd12a (ENSOMEG00000004758) #13 evx2 (ENSOMEG00000004750) #15 lnpa (ENSOMEG00000004732) #18 ENSOMEG00000004706 ATF2 (ENSOMEG00000004661) #20 ENSOMEG00000000749 ##22 CHRNA1 (ENSOMEG00000004572) #23 GPR155 (ENSOMEG00000004547) #25 scrn3 (ENSOMEG00000004529) #26 CIR1 (ENSOMEG00000004511) #27 sp9 (ENSOMEG00000004478) #28 OLA1 (ENSOMEG00000004469) ##30 sp3a (ENSOMEG00000004413) #31 cdca7a (ENSOMEG00000004393) #32 ENSOMEG00000004356 RAPGEF4 (ENSOMEG00000004290) #34 ENSOMEG00000004239 PDK1 (ENSOMEG00000004194) #36 NUP62 (ENSOMEG00000004153) ITGA6 (ENSOMEG00000004142) #37 dlx2b (ENSOMEG00000004095) Javanese ricefish MODERN SPECIES 13 cycsb (ENSOJAG00000023613) ENSOJAG00000023620 agps (ENSOJAG00000023690) nfe2l2a (ENSOJAG00000023772) hnrnpa3 (ENSOJAG00000023773) hoxd3a (ENSOJAG00000023775) #7 hoxd4a (ENSOJAG00000023776) #8 hoxd9a (ENSOJAG00000023777) #10 hoxd10a (ENSOJAG00000023778) #11 hoxd11a (ENSOJAG00000023779) #12 hoxd12a (ENSOJAG00000023780) #13 evx2 (ENSOJAG00000023781) #15 lnpa (ENSOJAG00000023782) #18 ENSOJAG00000023788 ATF2 (ENSOJAG00000023791) #20 ENSOJAG00000023792 ##22 CHRNA1 (ENSOJAG00000023796) #23 ENSOJAG00000023799 GPR155 (ENSOJAG00000023801) #25 scrn3 (ENSOJAG00000023807) #26 CIR1 (ENSOJAG00000023810) #27 sp9 (ENSOJAG00000023819) #28 OLA1 (ENSOJAG00000023824) ##30 sp3a (ENSOJAG00000023832) #31 cdca7a (ENSOJAG00000023834) #32 ENSOJAG00000023836 ENSOJAG00000023850 PDK1 (ENSOJAG00000023861) #36 ENSOJAG00000023864 ENSOJAG00000023866 #37 ENSOJAG00000023868 #37 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000167119 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ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c 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ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Clown anemonefish DUPLICATION Clown anemonefish MODERN SPECIES 692 ENSAOCG00000019956 ##22 tpd52l1 (ENSAOCG00000019901) rnf217 (ENSAOCG00000019870) nkain2 (ENSAOCG00000019855) Clown anemonefish MODERN SPECIES 1671 cycsb (ENSAOCG00000000127) ENSAOCG00000000142 agps (ENSAOCG00000004061) nfe2l2a (ENSAOCG00000004080) hnrnpa3 (ENSAOCG00000004095) hoxd3a (ENSAOCG00000004108) #7 hoxd4a (ENSAOCG00000004119) #8 hoxd9a (ENSAOCG00000004139) #10 hoxd10a (ENSAOCG00000000148) #11 hoxd11a (ENSAOCG00000004171) #12 hoxd12a (ENSAOCG00000004179) #13 evx2 (ENSAOCG00000004188) #15 lnpa (ENSAOCG00000004196) #18 ENSAOCG00000004206 ATF2 (ENSAOCG00000004218) #20 ENSAOCG00000004256 ##22 CHRNA1 (ENSAOCG00000000151) #23 Orange clownfish MODERN SPECIES 3 cycsb (ENSAPEG00000022678) ENSAPEG00000022643 agps (ENSAPEG00000022568) nfe2l2a 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#12 hoxd12a (ENSAPOG00000015474) #13 evx2 (ENSAPOG00000015487) #15 lnpa (ENSAPOG00000015543) #18 ENSAPOG00000015576 ATF2 (ENSAPOG00000015649) #20 ENSAPOG00000000432 ##22 CHRNA1 (ENSAPOG00000015749) #23 GPR155 (ENSAPOG00000015767) #25 scrn3 (ENSAPOG00000015800) #26 CIR1 (ENSAPOG00000015805) #27 sp9 (ENSAPOG00000015813) #28 OLA1 (ENSAPOG00000015861) ##30 sp3a (ENSAPOG00000015875) #31 cdca7a (ENSAPOG00000015891) #32 ENSAPOG00000015981 RAPGEF4 (ENSAPOG00000016100) #34 ENSAPOG00000016122 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1569 CHN1 (ENSSPAG00000000280) ##22 CHRNA1 (ENSSPAG00000000316) #23 GPR155 (ENSSPAG00000000364) #25 scrn3 (ENSSPAG00000000374) #26 CIR1 (ENSSPAG00000000400) #27 sp9 (ENSSPAG00000000406) #28 OLA1 (ENSSPAG00000000415) ##30 sp3a (ENSSPAG00000000481) #31 cdca7a (ENSSPAG00000000499) #32 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 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ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 311 cycsb (ENSHBUG00000019969) ENSHBUG00000019959 agps (ENSHBUG00000019890) nfe2l2a (ENSHBUG00000019783) hnrnpa3 (ENSHBUG00000019734) hoxd3a (ENSHBUG00000019721) #7 hoxd4a (ENSHBUG00000019706) #8 hoxd9a (ENSHBUG00000019700) #10 hoxd10a (ENSHBUG00000019695) #11 hoxd11a (ENSHBUG00000019686) #12 hoxd12a (ENSHBUG00000019677) #13 evx2 (ENSHBUG00000019668) #15 lnpa (ENSHBUG00000019639) #18 ENSHBUG00000019616 ATF2 (ENSHBUG00000019585) #20 CHN1 (ENSHBUG00000019527) ##22 CHRNA1 (ENSHBUG00000019492) #23 GPR155 (ENSHBUG00000019481) #25 scrn3 (ENSHBUG00000019469) #26 CIR1 (ENSHBUG00000019451) #27 sp9 (ENSHBUG00000019442) #28 OLA1 (ENSHBUG00000019432) ##30 sp3a (ENSHBUG00000019358) #31 cdca7a (ENSHBUG00000019346) #32 ENSHBUG00000000572 RAPGEF4 (ENSHBUG00000019169) #34 ENSHBUG00000019008 PDK1 (ENSHBUG00000018972) #36 NUP62 (ENSHBUG00000018934) ITGA6 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ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c.d #25 ENSGT00390000004153.c.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 Eastern happy MODERN SPECIES 7 ENSACLG00000008429 ENSACLG00000008459 agps (ENSACLG00000008469) nfe2l2a (ENSACLG00000008524) hnrnpa3 (ENSACLG00000008532) hoxd3a (ENSACLG00000009027) #7 hoxd4a (ENSACLG00000009044) #8 hoxd9a (ENSACLG00000009056) #10 hoxd10a (ENSACLG00000009061) #11 hoxd11a (ENSACLG00000009065) #12 hoxd12a (ENSACLG00000009072) #13 evx2 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ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Seriola ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Greater amberjack MODERN SPECIES 21 cycsb (ENSSDUG00000000582) ENSSDUG00000000510 agps (ENSSDUG00000000434) nfe2l2a (ENSSDUG00000000407) hnrnpa3 (ENSSDUG00000000381) hoxd3a (ENSSDUG00000000363) #7 hoxd4a (ENSSDUG00000000306) #8 hoxd9a (ENSSDUG00000000299) #10 hoxd10a (ENSSDUG00000000236) #11 hoxd11a (ENSSDUG00000000198) #12 evx2 (ENSSDUG00000000177) #15 hoxd12a (ENSSDUG00000000155) #13 lnpa (ENSSDUG00000000147) #18 ENSSDUG00000000095 ATF2 (ENSSDUG00000021617) #20 ENSSDUG00000021597 ##22 CHRNA1 (ENSSDUG00000021553) #23 GPR155 (ENSSDUG00000021535) #25 scrn3 (ENSSDUG00000021519) #26 CIR1 (ENSSDUG00000021504) #27 sp9 (ENSSDUG00000021497) #28 OLA1 (ENSSDUG00000021482) ##30 sp3a (ENSSDUG00000021469) #31 cdca7a (ENSSDUG00000021460) #32 ENSSDUG00000021404 RAPGEF4 (ENSSDUG00000021283) #34 ENSSDUG00000021136 PDK1 (ENSSDUG00000021107) #36 NUP62 (ENSSDUG00000021072) ITGA6 (ENSSDUG00000020979) #37 dlx2b (ENSSDUG00000020939) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2712 agps (ENSSLDG00000019037) nfe2l2a (ENSSLDG00000019015) HNRNPA3 (ENSSLDG00000018999) hoxd4a (ENSSLDG00000018988) #8 hoxd3a (ENSSLDG00000018953) #7 hoxd9a (ENSSLDG00000018936) #10 hoxd10a (ENSSLDG00000018926) #11 hoxd11a (ENSSLDG00000018913) #12 hoxd12a (ENSSLDG00000018902) #13 evx2 (ENSSLDG00000018892) #15 lnpa (ENSSLDG00000018850) #18 ENSSLDG00000018828 ATF2 (ENSSLDG00000018768) #20 ENSSLDG00000018722 ##22 CHRNA1 (ENSSLDG00000018697) #23 GPR155 (ENSSLDG00000018668) #25 scrn3 (ENSSLDG00000018646) #26 CIR1 (ENSSLDG00000018620) #27 sp9 (ENSSLDG00000018604) #28 OLA1 (ENSSLDG00000018580) ##30 sp3a (ENSSLDG00000018541) #31 Barramundi perch DUPLICATION Barramundi perch MODERN SPECIES 64 cycsb (ENSLCAG00010016816) ENSLCAG00010016753 agps (ENSLCAG00010016351) nfe2l2a (ENSLCAG00010016249) HNRNPA3 (ENSLCAG00010016245) hoxd3a (ENSLCAG00010016238) #7 hoxd4a (ENSLCAG00010016232) #8 hoxd9a (ENSLCAG00010016229) #10 hoxd10a (ENSLCAG00010016226) #11 hoxd11a (ENSLCAG00010016223) #12 hoxd12a (ENSLCAG00010016220) #13 evx2 (ENSLCAG00010016217) #15 lnpa (ENSLCAG00010016215) #18 ENSLCAG00010016190 ATF2 (ENSLCAG00010016171) #20 ENSLCAG00010016163 ##22 CHRNA1 (ENSLCAG00010016148) #23 GPR155 (ENSLCAG00010016029) #25 scrn3 (ENSLCAG00010015988) #26 CIR1 (ENSLCAG00010015983) #27 sp9 (ENSLCAG00010015980) #28 OLA1 (ENSLCAG00010015840) ##30 sp3a (ENSLCAG00010015799) #31 Barramundi perch MODERN SPECIES 1739 ENSLCAG00010025454 ##22 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 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ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Climbing perch MODERN SPECIES 12 ENSATEG00000015064 ENSATEG00000015193 agps (ENSATEG00000015253) nfe2l2a (ENSATEG00000015291) hnrnpa3 (ENSATEG00000015304) hoxd3a (ENSATEG00000015328) #7 hoxd4a (ENSATEG00000026293) #8 hoxd9a (ENSATEG00000015352) #10 hoxd10a (ENSATEG00000015361) #11 hoxd11a (ENSATEG00000015366) #12 hoxd12a (ENSATEG00000015376) #13 evx2 (ENSATEG00000015390) #15 lnpa (ENSATEG00000015400) #18 ENSATEG00000029057 ATF2 (ENSATEG00000015430) #20 ENSATEG00000026639 ##22 CHRNA1 (ENSATEG00000015509) #23 GPR155 (ENSATEG00000015655) #25 scrn3 (ENSATEG00000015681) #26 CIR1 (ENSATEG00000015707) #27 sp9 (ENSATEG00000015749) #28 OLA1 (ENSATEG00000015763) ##30 sp3a (ENSATEG00000015786) #31 cdca7a (ENSATEG00000015798) #32 ENSATEG00000015817 RAPGEF4 (ENSATEG00000015921) #34 ENSATEG00000015976 PDK1 (ENSATEG00000016030) #36 ENSATEG00000016102 ITGA6 (ENSATEG00000016058) #37 DLX2 (ENSATEG00000016108) Siamese fighting fish 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#13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 European seabass MODERN SPECIES 5 ENSDLAG00005029869 ENSDLAG00005006250 agps (ENSDLAG00005004780) nfe2l2a (ENSDLAG00005004683) hnrnpa3 (ENSDLAG00005004602) hoxd3a (ENSDLAG00005004581) #7 hoxd4a (ENSDLAG00005031082) #8 hoxd9a (ENSDLAG00005034881) #10 hoxd10a (ENSDLAG00005004554) #11 hoxd11a (ENSDLAG00005004534) #12 hoxd12a (ENSDLAG00005004530) #13 evx2 (ENSDLAG00005004514) #15 lnpa (ENSDLAG00005004438) #18 ENSDLAG00005029965 ATF2 (ENSDLAG00005026266) #20 ENSDLAG00005026265 ##22 CHRNA1 (ENSDLAG00005026264) #23 GPR155 (ENSDLAG00005026260) #25 scrn3 (ENSDLAG00005026258) #26 ENSDLAG00005028412 sp9 (ENSDLAG00005026255) #28 OLA1 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PDK1 (ENSSAUG00010025367) #36 NUP62 (ENSSAUG00010025610) ITGA6 (ENSSAUG00010025621) #37 dlx2b (ENSSAUG00010026077) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Stickleback MODERN SPECIES 16 OSBPL6 (ENSGACG00000004410) ENSGACG00000004421 agps (ENSGACG00000004444) nfe2l2a (ENSGACG00000004470) hnrnpa3 (ENSGACG00000004477) hoxd3a (ENSGACG00000004548) #7 hoxd4a (ENSGACG00000004551) #8 hoxd9a (ENSGACG00000004556) #10 hoxd10a (ENSGACG00000004564) #11 hoxd11a (ENSGACG00000004569) #12 hoxd12a (ENSGACG00000004574) #13 evx2 (ENSGACG00000004579) #15 lnpa (ENSGACG00000004584) #18 ENSGACG00000004591 ATF2 (ENSGACG00000004600) #20 CHN1 (ENSGACG00000004616) ##22 CHRNA1 (ENSGACG00000004638) #23 GPR155 (ENSGACG00000004687) #25 scrn3 (ENSGACG00000004721) #26 CIR1 (ENSGACG00000004749) #27 sp9 (ENSGACG00000004757) #28 OLA1 (ENSGACG00000004760) ##30 sp3a (ENSGACG00000004770) #31 cdca7a (ENSGACG00000004774) #32 ENSGACG00000004790 RAPGEF4 (ENSGACG00000004808) #34 ENSGACG00000004831 PDK1 (ENSGACG00000004843) #36 NUP62 (ENSGACG00000004883) ITGA6 (ENSGACG00000004887) #37 dlx2b (ENSGACG00000004914) Lumpfish MODERN SPECIES 13 ENSCLMG00005021004 ENSCLMG00005021005 agps (ENSCLMG00005021014) nfe2l2a (ENSCLMG00005021034) hnrnpa3 (ENSCLMG00005021035) hoxd3a (ENSCLMG00005021036) #7 hoxd4a (ENSCLMG00005021037) #8 hoxd9a (ENSCLMG00005021038) #10 hoxd10a (ENSCLMG00005021039) #11 hoxd11a (ENSCLMG00005021040) #12 hoxd12a (ENSCLMG00005021041) #13 evx2 (ENSCLMG00005021042) #15 lnpa (ENSCLMG00005021044) #18 ENSCLMG00005021047 ATF2 (ENSCLMG00005021049) #20 ENSCLMG00005021050 ##22 CHRNA1 (ENSCLMG00005021051) #23 GPR155 (ENSCLMG00005021053) #25 scrn3 (ENSCLMG00005021066) #26 CIR1 (ENSCLMG00005021067) #27 sp9 (ENSCLMG00005021068) #28 OLA1 (ENSCLMG00005021069) ##30 sp3a (ENSCLMG00005021071) #31 ENSCLMG00005021072 cdca7a (ENSCLMG00005021073) #32 ENSCLMG00005021075 RAPGEF4 (ENSCLMG00005021079) #34 ENSCLMG00005021084 PDK1 (ENSCLMG00005021092) #36 NUP62 (ENSCLMG00005021120) ENSCLMG00005021121 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00390000000673.a.a ##30 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000161737 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127 Pike perch MODERN SPECIES 1 cycsb (ENSSLUG00000010048) ENSSLUG00000010056 agps (ENSSLUG00000010199) nfe2l2a (ENSSLUG00000013061) HNRNPA1L3 (ENSSLUG00000013067) hoxd3a (ENSSLUG00000013082) #7 hoxd4a (ENSSLUG00000013085) #8 hoxd9a (ENSSLUG00000013092) #10 hoxd10a (ENSSLUG00000013095) #11 hoxd11a (ENSSLUG00000013098) #12 hoxd12a (ENSSLUG00000013103) #13 evx2 (ENSSLUG00000013108) #15 lnpa (ENSSLUG00000013118) #18 atp5mc3a (ENSSLUG00000013135) ##19 ATF2 (ENSSLUG00000013155) #20 CHN1 (ENSSLUG00000013159) ##22 CHRNA1 (ENSSLUG00000013170) #23 GPR155 (ENSSLUG00000013387) #25 scrn3 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(ENSCGOG00000012811) #28 OLA1 (ENSCGOG00000012817) ##30 sp3a (ENSCGOG00000012843) #31 cdca7a (ENSCGOG00000012852) #32 ENSCGOG00000012861 RAPGEF4 (ENSCGOG00000013211) #34 ENSCGOG00000013637 PDK1 (ENSCGOG00000013729) #36 NUP62 (ENSCGOG00000015449) ITGA6 (ENSCGOG00000015454) #37 dlx2b (ENSCGOG00000015533) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 13 cycsb (ENSMMDG00005021133) ENSMMDG00005021126 agps (ENSMMDG00005018127) nfe2l2a (ENSMMDG00005018097) hnrnpa3 (ENSMMDG00005018093) hoxd3a (ENSMMDG00005018092) #7 hoxd4a (ENSMMDG00005018091) #8 hoxd9a (ENSMMDG00005018089) #10 hoxd10a (ENSMMDG00005018088) #11 hoxd11a (ENSMMDG00005018087) #12 hoxd12a (ENSMMDG00005018086) #13 evx2 (ENSMMDG00005018084) #15 lnpa (ENSMMDG00005018082) #18 ENSMMDG00005018076 ATF2 (ENSMMDG00005018070) #20 ENSMMDG00005018052 ##22 CHRNA1 (ENSMMDG00005018050) #23 GPR155 (ENSMMDG00005018047) #25 scrn3 (ENSMMDG00005018044) #26 CIR1 (ENSMMDG00005018042) #27 sp9 (ENSMMDG00005018039) #28 OLA1 (ENSMMDG00005017812) ##30 sp3a (ENSMMDG00005017809) #31 cdca7a (ENSMMDG00005017808) #32 ENSMMDG00005017779 RAPGEF4 (ENSMMDG00005017775) #34 ENSMMDG00005017773 PDK1 (ENSMMDG00005017644) #36 ENSMMDG00005017639 ITGA6 (ENSMMDG00005017274) #37 dlx2b (ENSMMDG00005017250) Cod MODERN SPECIES 12 ENSGMOG00000004113 agps (ENSGMOG00000004161) ENSGMOG00000030426 nfe2l2a (ENSGMOG00000004196) HNRNPA3 (ENSGMOG00000004230) hoxd3a (ENSGMOG00000037192) #7 hoxd4a (ENSGMOG00000023531) #8 hoxd9a (ENSGMOG00000024253) #10 hoxd10a (ENSGMOG00000028708) #11 hoxd11a (ENSGMOG00000004301) #12 hoxd12a (ENSGMOG00000024373) #13 evx2 (ENSGMOG00000036423) #15 lnpa (ENSGMOG00000004346) #18 atp5mc3a (ENSGMOG00000004380) ##19 ATF2 (ENSGMOG00000004396) #20 CHN1 (ENSGMOG00000036951) ##22 CHRNA1 (ENSGMOG00000004453) #23 GPR155 (ENSGMOG00000004473) #25 scrn3 (ENSGMOG00000004519) #26 CIR1 (ENSGMOG00000004548) #27 sp9 (ENSGMOG00000004590) #28 ENSGMOG00000027673 ##34 ENSGMOG00000002065 PDK1 (ENSGMOG00000002103) #36 ENSGMOG00000031661 ITGA6 (ENSGMOG00000002164) #37 DLX2 (ENSGMOG00000037166) dlx1a (ENSGMOG00000002250) hat1 (ENSGMOG00000002262) ENSGMOG00000029758 ENSGMOG00000023386 Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a ##22 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 449 ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.b ENSGT00950000182892.a.a.b.d ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f #18 ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ##22 ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.vb.a ENSGT00940000156564.b.c.b ENSGT00390000006347.b ENSGT00940000161024.b ENSGT00940000161407.b.c ENSGT00860000133881.l ENSGT00940000155696.ub.e ENSGT01100000263563.c.a.b.f Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i 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ENSGT00390000006347.b.a ENSGT00940000161024.b ENSGT00940000161407.b.c ENSGT00860000133881.k.b ENSGT00940000155696.ub.e ENSGT01100000263563.c.a.b.f River trout MODERN SPECIES 32 zc3h15 (ENSSTUG00000042106) rbm45 (ENSSTUG00000042057) cycsb (ENSSTUG00000042031) nfe2l2a (ENSSTUG00000042007) mtx2 (ENSSTUG00000041772) ENSSTUG00000041751 lnpk (ENSSTUG00000041618) #18 atp5mc3b (ENSSTUG00000041583) ENSSTUG00000041302 ##22 ENSSTUG00000041279 nckap1 (ENSSTUG00000039584) dusp19b (ENSSTUG00000039510) ppp1r1c (ENSSTUG00000039496) neurod1 (ENSSTUG00000039485) ENSSTUG00000039453 znf385b (ENSSTUG00000039440) plekha3 (ENSSTUG00000049416) ankrd10a (ENSSTUG00000049413) CARS2 (ENSSTUG00000049001) rab20 (ENSSTUG00000048977) irs2a (ENSSTUG00000048974) lig4 (ENSSTUG00000048970) NALF1 (ENSSTUG00000048968) cckbra (ENSSTUG00000048965) Atlantic salmon MODERN SPECIES 8 ENSSSAG00000083616 sema3e (ENSSSAG00000093380) sema3ab (ENSSSAG00000088799) zc3hf (ENSSSAG00000056593) ENSSSAG00000096560 ENSSSAG00000104947 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SPECIES 77 ENSGT00940000162179.e.a.a.i.b.b.b.a.b.a.a.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153582.a.m.a.a.b.b.b.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000153582.a.m.a.a.b.b.b.b.b.a.b.a.a.a.a.b.b.a.b.b.b ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.b ENSGT00950000182892.a.a.b.d ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f.c.a #18 ENSGT00940000154298.b.a.b ##19 ENSGT00390000001859.f.d #18 ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ##22 ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.wb.a ENSGT00940000156564.b.c.b ENSGT00390000006347.b.a ENSGT00940000161024.b ENSGT00940000161407.b.c ENSGT00860000133881.l ENSGT00940000155696.ub.e ENSGT01100000263563.c.a.b.f Coho salmon MODERN SPECIES 25 ENSOKIG00005020290 ENSOKIG00005029795 ENSOKIG00005029784 ENSOKIG00005029775 ENSOKIG00005029769 ENSOKIG00005029756 ENSOKIG00005029746 ENSOKIG00005029719 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(ENSOTSG00005037417) ppp1r1c (ENSOTSG00005037418) neurod1 (ENSOTSG00005037420) ENSOTSG00005037421 znf385b (ENSOTSG00005037424) plekha3 (ENSOTSG00005037426) ankrd10a (ENSOTSG00005037430) CARS2 (ENSOTSG00005037450) rab20 (ENSOTSG00005040160) irs2a (ENSOTSG00005040162) lig4 (ENSOTSG00005040164) NALF1 (ENSOTSG00005040165) cckbra (ENSOTSG00005040166) Chinook salmon MODERN SPECIES 31 ENSOTSG00005031001 ENSOTSG00005031000 ENSOTSG00005030999 ENSOTSG00005030998 ENSOTSG00005030997 ENSOTSG00005030996 ENSOTSG00005030995 ENSOTSG00005030992 ENSOTSG00005030982 zc3h15 (ENSOTSG00005030980) rbm45 (ENSOTSG00005030964) nfe2l2a (ENSOTSG00005030963) mtx2 (ENSOTSG00005030960) ENSOTSG00005030957 #18 ENSOTSG00005030936 ##19 ENSOTSG00005030931 ##22 ENSOTSG00005030929 nckap1 (ENSOTSG00005030733) dusp19b (ENSOTSG00005030708) ppp1r1c (ENSOTSG00005030707) neurod1 (ENSOTSG00005030706) ENSOTSG00005030702 znf385b (ENSOTSG00005030701) plekha3 (ENSOTSG00005030700) ankrd10a (ENSOTSG00005030699) CARS2 (ENSOTSG00005030503) rab20 (ENSOTSG00005030492) irs2a (ENSOTSG00005030491) lig4 (ENSOTSG00005030490) NALF1 (ENSOTSG00005030489) cckbra (ENSOTSG00005030422) Chinook salmon MODERN SPECIES 31 ENSOTSG00005030418 ENSOTSG00005030416 ENSOTSG00005030414 ENSOTSG00005030413 ENSOTSG00005030411 ENSOTSG00005030410 ENSOTSG00005030409 ENSOTSG00005030407 ENSOTSG00005030400 zc3h15 (ENSOTSG00005030399) rbm45 (ENSOTSG00005030397) nfe2l2a (ENSOTSG00005030391) mtx2 (ENSOTSG00005030387) ENSOTSG00005030385 #18 ENSOTSG00005030357 ##19 ENSOTSG00005030355 ##22 nckap1 (ENSOTSG00005029523) dusp19b (ENSOTSG00005029436) ppp1r1c (ENSOTSG00005029396) neurod1 (ENSOTSG00005029395) ENSOTSG00005029393 znf385b (ENSOTSG00005029392) plekha3 (ENSOTSG00005029391) ankrd10a (ENSOTSG00005029390) CARS2 (ENSOTSG00005046070) rab20 (ENSOTSG00005046069) irs2a (ENSOTSG00005046068) lig4 (ENSOTSG00005046067) NALF1 (ENSOTSG00005046066) cckbra (ENSOTSG00005046050) ENSOTSG00005046049 Chinook salmon MODERN SPECIES 36 ENSOTSG00005022576 ENSOTSG00005022575 ENSOTSG00005022572 ENSOTSG00005022570 ENSOTSG00005022569 ENSOTSG00005022568 ENSOTSG00005022567 ENSOTSG00005022565 ENSOTSG00005022564 zc3h15 (ENSOTSG00005022563) rbm45 (ENSOTSG00005022562) nfe2l2a (ENSOTSG00005022553) mtx2 (ENSOTSG00005022552) ENSOTSG00005022551 #18 ENSOTSG00005022546 ##19 ENSOTSG00005022469 ##22 ENSOTSG00005022466 nckap1 (ENSOTSG00005020380) dusp19b (ENSOTSG00005020328) ppp1r1c (ENSOTSG00005020325) neurod1 (ENSOTSG00005020322) ENSOTSG00005020316 znf385b (ENSOTSG00005020315) plekha3 (ENSOTSG00005020284) ankrd10a (ENSOTSG00005020281) CARS2 (ENSOTSG00005020049) rab20 (ENSOTSG00005020008) irs2a (ENSOTSG00005019989) lig4 (ENSOTSG00005021962) NALF1 (ENSOTSG00005021961) cckbra (ENSOTSG00005021960) Huchen MODERN SPECIES 707 nfe2l2a (ENSHHUG00000051940) mtx2 (ENSHHUG00000051932) lnpk (ENSHHUG00000051902) #18 atp5mc3b (ENSHHUG00000051887) ENSHHUG00000051881 ##22 ENSHHUG00000051878 nckap1 (ENSHHUG00000051808) dusp19b (ENSHHUG00000051805) zc3h15 (ENSHHUG00000051802) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1918 ENSGT00940000157981.a.a.a.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00390000015818.g.b ENSGT00940000161025.n #15 ENSGT00940000173501 ENSGT00940000154298.b.a.b ##19 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 ENSGT00940000154101.b.d.b ENSGT00440000037780.a.w ENSGT00940000156232.b.e.b ENSGT00940000156625.f ENSGT00940000156227.f.h ENSGT00940000164184.c.a ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.b ENSGT00940000157169.c.b ENSGT00940000154926.c ENSGT00940000158085.b.a.g ENSGT00940000158806.p ENSGT00940000158582.m ENSGT00940000166891.a.e ENSGT00940000154653.fb.b.b ENSGT00950000183208.B.f.a.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000015818.g.b ENSGT00940000161025.n #15 ENSGT00940000173501 ENSGT00940000154298.b.a.b ##19 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 ENSGT00940000154101.b.d.b ENSGT00440000037780.a.w ENSGT00940000156232.b.e.b ENSGT00940000156625.f ENSGT00940000156227.f.h ENSGT00940000164184.c.a ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.b ENSGT00940000157169.c.b ENSGT00940000154926.c ENSGT00940000158085.b.a.g ENSGT00940000158806.p ENSGT00940000182537.c ENSGT00940000166891.a.e ENSGT00940000154653.fb.b.b ENSGT00950000183208.B.f.a.a Atlantic salmon MODERN SPECIES 21 ENSSSAG00000008838 ENSSSAG00000085486 ENSSSAG00000055586 #15 ENSSSAG00000086439 AT5G3 (ENSSSAG00000055558) ##19 ENSSSAG00000116644 ##22 BAMBI (ENSSSAG00000109871) waca (ENSSSAG00000055114) ENSSSAG00000096292 mpp7a (ENSSSAG00000080707) ODAD2 (ENSSSAG00000118770) mkxa (ENSSSAG00000050783) rab18a (ENSSSAG00000094107) itgb1a (ENSSSAG00000039442) nrp1a (ENSSSAG00000015164) CUL2 (ENSSSAG00000012342) ENSSSAG00000012040 m3k8 (ENSSSAG00000011939) ENSSSAG00000085460 ENSSSAG00000008891 ENSSSAG00000009399 River trout MODERN SPECIES 36 gart (ENSSTUG00000005597) NCAM2 (ENSSTUG00000004313) ENSSTUG00000003998 NALF1 (ENSSTUG00000003936) irs2a (ENSSTUG00000003833) rab20 (ENSSTUG00000003818) ENSSTUG00000003801 ENSSTUG00000003762 ENSSTUG00000003733 plekha3 (ENSSTUG00000003699) neurod1 (ENSSTUG00000003679) zc3h15 (ENSSTUG00000003639) ENSSTUG00000003571 #15 ENSSTUG00000025750 atp5mc3b (ENSSTUG00000025722) ENSSTUG00000025567 ##22 BAMBI (ENSSTUG00000025519) waca (ENSSTUG00000024929) mpp7a (ENSSTUG00000023155) ODAD2 (ENSSTUG00000022963) mkxa (ENSSTUG00000022929) rab18a (ENSSTUG00000022866) itgb1a (ENSSTUG00000020085) nrp1a (ENSSTUG00000016876) CUL2 (ENSSTUG00000016548) klf6a (ENSSTUG00000016520) MAP3K8 (ENSSTUG00000016509) ENSSTUG00000016503 ENSSTUG00000016499 ENSSTUG00000013252 zeb1b (ENSSTUG00000012968) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00390000015818.g.b ENSGT00940000157981.a.a.a.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 ENSGT00940000154101.b.d.b ENSGT00440000037780.a.w ENSGT00940000156232.b.e.b ENSGT00940000156625.f ENSGT00940000156227.f.h ENSGT00940000164184.c.a ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.b ENSGT00940000157169.c.b ENSGT00940000154926.c ENSGT00940000158806.p ENSGT00940000158582.m ENSGT00940000166891.a.e ENSGT00940000154653.fb.b.b ENSGT00950000183208.B.f.a.a ENSGT00390000014526.a Rainbow trout MODERN SPECIES 6 ENSOMYG00000048927 ENSOMYG00000048502 ENSOMYG00000045483 cldn15lb (ENSOMYG00000045479) ENSOMYG00000045473 ENSOMYG00000053478 ENSOMYG00000044110 ENSOMYG00000043835 ENSOMYG00000063213 ENSOMYG00000043819 ENSOMYG00000023852 ENSOMYG00000074878 ENSOMYG00000064338 ENSOMYG00000043804 ENSOMYG00000043795 ENSOMYG00000043713 ##22 ENSOMYG00000043670 ENSOMYG00000058291 BAMBI (ENSOMYG00000043656) waca (ENSOMYG00000043597) mpp7a (ENSOMYG00000043561) ODAD2 (ENSOMYG00000065877) mkxa (ENSOMYG00000043537) rab18a (ENSOMYG00000043516) itgb1a (ENSOMYG00000040711) nrp1a (ENSOMYG00000039540) ENSOMYG00000057173 ENSOMYG00000071814 CUL2 (ENSOMYG00000039019) MAP3K8 (ENSOMYG00000038819) ENSOMYG00000054712 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00390000015818.g.b ENSGT00940000157981.a.a.a.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.b ##22 ENSGT00940000154101.b.d.b ENSGT00440000037780.a.w ENSGT00940000156232.b.e.b ENSGT00940000156625.f ENSGT00940000156227.f.h ENSGT00940000164184.c.a ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.b ENSGT00940000157169.c.b ENSGT00940000154926.c ENSGT00940000158806.p ENSGT00940000158582.m ENSGT00940000166891.a.e ENSGT00940000154653.fb.b.b ENSGT00950000183208.B.f.a.a ENSGT00390000014526.a Coho salmon MODERN SPECIES 2 CDH18 (ENSOKIG00005045744) EPC1 (ENSOKIG00005045007) ENSOKIG00005044949 KIF5B (ENSOKIG00005044683) ENSOKIG00005044643 ARHGAP12 (ENSOKIG00005044073) znf438 (ENSOKIG00005043989) ZEB1 (ENSOKIG00005043958) ENSOKIG00005042887 ENSOKIG00005042712 ENSOKIG00005042699 ENSOKIG00005042609 MAP3K8 (ENSOKIG00005042568) zc3h15 (ENSOKIG00005042546) ATP5MC3 (ENSOKIG00005042507) ##19 ENSOKIG00005042299 ##22 ENSOKIG00005042238 BAMBI (ENSOKIG00005042201) waca (ENSOKIG00005042001) mpp7a (ENSOKIG00005040769) ODAD2 (ENSOKIG00005040553) mkxa (ENSOKIG00005040523) rab18a (ENSOKIG00005040468) itgb1a (ENSOKIG00005035587) nrp1a (ENSOKIG00005032201) CUL2 (ENSOKIG00005031779) ENSOKIG00005031750 ENSOKIG00005031733 KLF6 (ENSOKIG00005031715) vcla (ENSOKIG00005031605) ap3m1 (ENSOKIG00005031551) Chinook salmon MODERN SPECIES 21 ENSOTSG00005041961 CUL2 (ENSOTSG00005041916) zc3h15 (ENSOTSG00005041911) atp5mc3b (ENSOTSG00005041910) ENSOTSG00005041799 ##22 BAMBI (ENSOTSG00005041792) waca (ENSOTSG00005041777) mpp7a (ENSOTSG00005040724) ENSOTSG00005040723 mkxa (ENSOTSG00005040722) rab18a (ENSOTSG00005040696) itgb1a (ENSOTSG00005035895) nrp1a (ENSOTSG00005035226) MAP3K8 (ENSOTSG00005035222) ENSOTSG00005035218 ENSOTSG00005025983 zeb1b (ENSOTSG00005025939) znf438 (ENSOTSG00005025936) ARHGAP12 (ENSOTSG00005019848) KIF5B (ENSOTSG00005019345) Huchen MODERN SPECIES 1771 atp5mc3b (ENSHHUG00000051574) ENSHHUG00000051558 ##22 ENSHHUG00000051549 ENSHHUG00000051547 ENSHHUG00000051540 Northern pike MODERN SPECIES 21 irs2a (ENSELUG00000006821) ENSELUG00000006838 ube2a (ENSELUG00000006879) plekha3 (ENSELUG00000006911) znf385b (ENSELUG00000006932) ENSELUG00000020387 ENSELUG00000007006 neurod1 (ENSELUG00000026028) ppp1r1c (ENSELUG00000004286) PDE1A (ENSELUG00000004269) ENSELUG00000031879 dusp19b (ENSELUG00000004223) nckap1 (ENSELUG00000024037) ENSELUG00000001751 ENSELUG00000021589 #18 ENSELUG00000021531 ##22 ENSELUG00000028600 mtx2 (ENSELUG00000021475) ENSELUG00000031174 nfe2l2a (ENSELUG00000023412) cyc (ENSELUG00000031437) rbm45 (ENSELUG00000020878) zc3h15 (ENSELUG00000000912) ENSELUG00000030988 APP (ENSELUG00000001674) cyyr1 (ENSELUG00000027401) ADAMTS1 (ENSELUG00000001676) ADAMTS5 (ENSELUG00000001677) ENSELUG00000033526 gart (ENSELUG00000001749) n6amt1 (ENSELUG00000001748) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b.c ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266.h #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e.c #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01000000221798 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ENSHHUG00000033170 ##30 cdk5r2b (ENSHHUG00000033164) fev (ENSHHUG00000033153) CRYBA2 (ENSHHUG00000033142) umps (ENSHHUG00000033133) ENSHHUG00000033131 KALRN (ENSHHUG00000032444) MYLK (ENSHHUG00000032376) FMNL2 (ENSHHUG00000031728) prpf40a (ENSHHUG00000031683) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.b.c.b ENSGT00940000154808.a.a.o.b ENSGT00940000160027.c #7 ENSGT00940000157270.s #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266.h.a #11 ENSGT00940000161308.c #12 ENSGT00940000159938.a #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025.m.a #15 ENSGT00390000001859.e.c #18 ENSGT00940000157981.a.a.b.a ENSGT00940000156582.m #20 ENSGT00940000161826.C.bb ENSGT01000000221798 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.b.a ##22 ENSGT00940000156851.c.c #23 ENSGT00390000004153.c.f #25 ENSGT00390000013474.a.n #26 ENSGT00940000162304.f #28 ENSGT00390000000673.a.a.b ##30 ENSGT00940000155099.k.a.e #31 ENSGT00940000155436.w #32 ENSGT00940000161352.f.a #33 ENSGT00940000156075.a.a.h #34 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ENSGT00940000160029.d ENSGT00390000007069.d River trout MODERN SPECIES 16 nfe2l2a (ENSSTUG00000043132) hnrnpa3 (ENSSTUG00000043022) ENSSTUG00000043006 hoxd3a (ENSSTUG00000042989) #7 hoxd4a (ENSSTUG00000042983) #8 hoxd9a (ENSSTUG00000042958) #10 hoxd10a (ENSSTUG00000042936) #11 hoxd11a (ENSSTUG00000042899) #12 hoxd12a (ENSSTUG00000042891) #13 HOXD13 (ENSSTUG00000042876) #14 evx2 (ENSSTUG00000042848) #15 lnpa (ENSSTUG00000042723) #18 ENSSTUG00000042498 ATF2 (ENSSTUG00000042386) #20 ENSSTUG00000041985 ENSSTUG00000041810 ##22 CHRNA1 (ENSSTUG00000041417) #23 GPR155 (ENSSTUG00000041338) #25 scrn3 (ENSSTUG00000041300) #26 sp9 (ENSSTUG00000041289) #28 OLA1 (ENSSTUG00000040949) ##30 sp3a (ENSSTUG00000040885) #31 cdca7a (ENSSTUG00000040869) #32 ENSSTUG00000040680 RAPGEF4 (ENSSTUG00000039779) #34 ENSSTUG00000039667 PDK1 (ENSSTUG00000039387) #36 ITGA6 (ENSSTUG00000038783) #37 DLX2 (ENSSTUG00000038709) dlx1a (ENSSTUG00000038703) hat1 (ENSSTUG00000038587) Atlantic salmon MODERN SPECIES 17 nfe2l2a 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ENSSSAG00000104882 ENSSSAG00000103096 ENSSSAG00000109671 ARGLU1 (ENSSSAG00000104605) efnb2a (ENSSSAG00000111771) gtpbp8 (ENSSSAG00000074736) slc10a2 (ENSSSAG00000074732) nepro (ENSSSAG00000074722) poglut2 (ENSSSAG00000074689) stxbp5l (ENSSSAG00000072675) gtf2e1 (ENSSSAG00000072598) rabl3 (ENSSSAG00000072566) ENSSSAG00000072542 ##22 CHRNA1 (ENSSSAG00000071774) #23 GPR155 (ENSSSAG00000120061) #25 scrn3 (ENSSSAG00000071689) #26 CIR1 (ENSSSAG00000108398) #27 sp9 (ENSSSAG00000062710) #28 OLA1 (ENSSSAG00000071631) ##30 sp3a (ENSSSAG00000103117) #31 cdca7a (ENSSSAG00000071616) #32 ENSSSAG00000070783 RAPGEF4 (ENSSSAG00000070225) #34 ENSSSAG00000070061 PDK1 (ENSSSAG00000070045) #36 ENSSSAG00000096355 ITGA6 (ENSSSAG00000069787) #37 DLX2 (ENSSSAG00000110538) River trout MODERN SPECIES 12 ENSSTUG00000011365 C21orf62 (ENSSTUG00000011378) ENSSTUG00000011384 ENSSTUG00000011387 ENSSTUG00000011399 ARGLU1 (ENSSTUG00000011486) efnb2a (ENSSTUG00000011493) gtpbp8 (ENSSTUG00000011512) slc10a2 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Rainbow trout MODERN SPECIES 14 ENSOMYG00000048979 ENSOMYG00000047771 ENSOMYG00000047773 ENSOMYG00000047774 ARGLU1 (ENSOMYG00000047777) efnb2a (ENSOMYG00000047778) gtpbp8 (ENSOMYG00000047779) slc10a2 (ENSOMYG00000047780) nepro (ENSOMYG00000052566) ENSOMYG00000047781 poglut2 (ENSOMYG00000047782) stxbp5l (ENSOMYG00000047791) ENSOMYG00000071401 gtf2e1 (ENSOMYG00000047805) RABL3 (ENSOMYG00000047806) ENSOMYG00000009674 ##22 CHRNA1 (ENSOMYG00000009765) #23 GPR155 (ENSOMYG00000009883) #25 scrn3 (ENSOMYG00000009924) #26 CIR1 (ENSOMYG00000009976) #27 sp9 (ENSOMYG00000009998) #28 OLA1 (ENSOMYG00000010011) ##30 ENSOMYG00000061276 sp3a (ENSOMYG00000010098) #31 cdca7a (ENSOMYG00000010126) #32 ENSOMYG00000010273 RAPGEF4 (ENSOMYG00000010612) #34 ENSOMYG00000011497 ENSOMYG00000011587 ITGA6 (ENSOMYG00000011949) #37 DLX2 (ENSOMYG00000017658) Huchen MODERN SPECIES 34 RASA1 (ENSHHUG00000009231) tmem161b (ENSHHUG00000009522) mef2cb (ENSHHUG00000009562) ENSHHUG00000009734 olfm1a (ENSHHUG00000009845) gtpbp8 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(ENSELUG00000022576) #27 sp9 (ENSELUG00000022563) #28 OLA1 (ENSELUG00000022548) ##30 sp3a (ENSELUG00000022482) #31 cdca7a (ENSELUG00000022459) #32 ENSELUG00000022432 RAPGEF4 (ENSELUG00000022308) #34 ENSELUG00000022118 PDK1 (ENSELUG00000021984) #36 ITGA6 (ENSELUG00000021960) #37 DLX2 (ENSELUG00000021798) dlx1a (ENSELUG00000021775) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.f ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.f ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.f ##22 Salmo ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.f ##22 Atlantic salmon MODERN SPECIES 8 CACNA2D1 (ENSSSAG00000040218) ENSSSAG00000083616 sema3e (ENSSSAG00000093380) sema3ab (ENSSSAG00000088799) zc3hf (ENSSSAG00000056593) ENSSSAG00000096560 ENSSSAG00000104947 ENSSSAG00000099826 ENSSSAG00000094195 ENSSSAG00000113645 cycsb (ENSSSAG00000007248) ENSSSAG00000007251 mtx2 (ENSSSAG00000007259) lnpk (ENSSSAG00000007280) #18 AT5G3 (ENSSSAG00000007320) ENSSSAG00000055202 ##22 ENSSSAG00000007345 ##22 ENSSSAG00000007417 ENSSSAG00000007488 ENSSSAG00000108732 ENSSSAG00000107573 ENSSSAG00000101890 ENSSSAG00000025750 ENSSSAG00000026988 ENSSSAG00000027337 ankrd10a (ENSSSAG00000111913) ENSSSAG00000028027 irs2a (ENSSSAG00000038669) lig4 (ENSSSAG00000038712) fam155a (ENSSSAG00000038793) ENSSSAG00000085820 Spotted gar MODERN SPECIES 650 ENSLOCG00000007019 ENSLOCG00000007028 hoxd3a (ENSLOCG00000007043) #7 hoxd4a (ENSLOCG00000007074) #8 ENSLOCG00000007085 ENSLOCG00000007106 hoxd10a (ENSLOCG00000007118) #11 hoxd11a (ENSLOCG00000007133) #12 hoxd12a (ENSLOCG00000007146) #13 HOXD13 (ENSLOCG00000007161) #14 evx2 (ENSLOCG00000007179) #15 lnpk (ENSLOCG00000007190) #18 ENSLOCG00000007211 ATF2 (ENSLOCG00000007222) #20 ENSLOCG00000007244 CHN1 (ENSLOCG00000007269) ##22 chrna1 (ENSLOCG00000007282) #23 wipf1a (ENSLOCG00000007291) GPR155 (ENSLOCG00000007323) #25 scrn3 (ENSLOCG00000007349) #26 CIR1 (ENSLOCG00000007371) #27 sp9 (ENSLOCG00000007391) #28 ola1 (ENSLOCG00000007399) #30 sp3a (ENSLOCG00000007414) #31 ENSLOCG00000007428 cdca7a (ENSLOCG00000007465) #32 ENSLOCG00000007479 RAPGEF4 (ENSLOCG00000007495) #34 ENSLOCG00000007524 PDK1 (ENSLOCG00000007542) #36 itga6b (ENSLOCG00000007555) #37 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112.h.b ENSGT00950000182892.a.a.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.f #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00910000144296.a ENSGT00390000004153 #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00940000155099 #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.b ENSGT00940000156075.a.a.l #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b.e #36 ENSGT00940000155353.a.b #37 ENSGT00940000160127.f ENSGT00940000160029.a ENSGT00390000007069 ENSGT00940000155963.e.b ENSGT00940000155442.r P. kingsleyae MODERN SPECIES 66 ENSPKIG00000022607 agps (ENSPKIG00000022723) nfe2l2a (ENSPKIG00000022873) hnrnpa3 (ENSPKIG00000022916) hoxd3a (ENSPKIG00000022968) #7 hoxd4a (ENSPKIG00000022999) #8 ENSPKIG00000023010 hoxd10a (ENSPKIG00000023022) #11 hoxd11a (ENSPKIG00000023029) #12 hoxd12a (ENSPKIG00000023038) #13 HOXD13 (ENSPKIG00000023045) #14 evx2 (ENSPKIG00000023055) #15 lnpk (ENSPKIG00000023083) #18 ENSPKIG00000023124 ATF2 (ENSPKIG00000023136) #20 chn1 (ENSPKIG00000023161) ##22 wipf1a (ENSPKIG00000023181) GPR155 (ENSPKIG00000023215) #25 ENSPKIG00000023253 #26 SP9 (ENSPKIG00000023266) #28 ENSPKIG00000023323 #31 cdca7a (ENSPKIG00000023393) #32 ENSPKIG00000023424 ENSPKIG00000023449 ##34 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00530000063970.e ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000000447 ENSGT00940000159255 ENSGT00690000103830 ENSGT00940000159602 ENSGT00940000159870 ENSGT01030000234765 ENSGT00940000164013 ENSGT00390000001225.s.b ENSGT00940000156180.e ENSGT00390000015709 ENSGT00940000155992.c.b ENSGT00390000009029 ENSGT00950000183003.a.a.b.c.a ENSGT00940000164022 ENSGT00940000154344.b Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00530000063970.e ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000000447 ENSGT00940000159255 ENSGT00690000103830 ENSGT00940000159602 ENSGT00940000159870 ENSGT00940000164013 ENSGT00390000001225.s.b ENSGT00940000156180.e ENSGT00390000015709 ENSGT00940000155992.c.b ENSGT00390000009029 ENSGT00950000183003.a.a.b.c.a ENSGT00940000164022 ENSGT00940000154344.b ENSGT00940000161628 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 366 ENSHCOG00000009585 chn1 (ENSHCOG00000009625) ##22 ABTB1 (ENSHCOG00000009675) SLC6A6 (ENSHCOG00000000790) grip2a (ENSHCOG00000009751) rpl32 (ENSHCOG00000009763) ssuh2rs1 (ENSHCOG00000009775) DCAF1 (ENSHCOG00000009880) CABLES2 (ENSHCOG00000009915) xkr7a (ENSHCOG00000009928) rap1aa (ENSHCOG00000009953) KDM5B (ENSHCOG00000010033) KLHL12 (ENSHCOG00000010053) ptpn1 (ENSHCOG00000010108) cebpb (ENSHCOG00000010134) peds1 (ENSHCOG00000010162) ube2v1 (ENSHCOG00000010187) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000159144.A.f ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01060000248909 ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01060000248909 ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.f ENSGT00940000154840.b.f.c.b Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01060000248909 ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000005130 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585.f ENSGT00940000154840.b.f.c.b Zig-zag eel MODERN SPECIES 11 ENSMAMG00000021991 ENSMAMG00000021992 ENSMAMG00000026683 ENSMAMG00000021995 ENSMAMG00000021999 ENSMAMG00000022001 ENSMAMG00000022007 ENSMAMG00000022014 ENSMAMG00000022018 ENSMAMG00000022022 ENSMAMG00000022029 ENSMAMG00000026122 ENSMAMG00000022028 ENSMAMG00000026438 ENSMAMG00000022027 ENSMAMG00000022033 ##22 ENSMAMG00000022041 ENSMAMG00000024548 ENSMAMG00000022048 ENSMAMG00000022052 ENSMAMG00000022055 ENSMAMG00000022065 ENSMAMG00000022070 ENSMAMG00000022082 ENSMAMG00000022092 ENSMAMG00000028432 ENSMAMG00000022115 ENSMAMG00000022119 ENSMAMG00000022130 cyyr1 (ENSMAMG00000022132) APP (ENSMAMG00000022137) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01060000248909 ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.c ENSGT01050000244823.d.b.a.b.d ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000005130 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585.f ENSGT00940000154840.b.f.c.b Siamese fighting fish MODERN SPECIES 10 ENSBSLG00000002649 ENSBSLG00000002641 ENSBSLG00000002631 ENSBSLG00000002621 ENSBSLG00000002614 ENSBSLG00000002606 ENSBSLG00000002600 ENSBSLG00000002596 ENSBSLG00000002591 n6amt1 (ENSBSLG00000002587) gart (ENSBSLG00000002276) ENSBSLG00000001576 arl13b (ENSBSLG00000001516) ggact.3 (ENSBSLG00000001512) FARP1 (ENSBSLG00000001406) chn1 (ENSBSLG00000001277) ##22 ENSBSLG00000001209 ENSBSLG00000001189 ENSBSLG00000000916 ENSBSLG00000000912 ENSBSLG00000000907 ENSBSLG00000000871 ENSBSLG00000000839 jagn1b (ENSBSLG00000000831) ENSBSLG00000000829 FILIP1L (ENSBSLG00000000822) ENSBSLG00000000818 ENSBSLG00000000806 ccdc28a (ENSBSLG00000000804) ENSBSLG00000000800 ATP1A1 (ENSBSLG00000000739) Climbing perch MODERN SPECIES 11 ENSATEG00000017936 ENSATEG00000017931 ENSATEG00000017884 ENSATEG00000026286 ENSATEG00000017868 ENSATEG00000017845 ENSATEG00000017836 ENSATEG00000017804 ENSATEG00000017819 ENSATEG00000029365 ENSATEG00000017677 ENSATEG00000017631 ENSATEG00000017586 ENSATEG00000017576 ENSATEG00000017546 ENSATEG00000017488 ##22 ENSATEG00000017469 ENSATEG00000017447 ENSATEG00000027904 ENSATEG00000028401 ENSATEG00000026081 ENSATEG00000017314 ENSATEG00000017276 jagn1b (ENSATEG00000025315) ENSATEG00000017259 ENSATEG00000029263 ENSATEG00000017244 ENSATEG00000017222 ENSATEG00000028636 ENSATEG00000017165 ENSATEG00000017119 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585.e.a Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00390000013608 ENSGT00530000063970.e ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000005130 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.f ENSGT00940000154840.b.f.c.b ENSGT00940000156702.a.b.b Turbot MODERN SPECIES ENSSMAG00000013955 ENSSMAG00000013923 ENSSMAG00000037353 ENSSMAG00000013890 ENSSMAG00000013849 ENSSMAG00000013794 ENSSMAG00000015146 ENSSMAG00000015150 ENSSMAG00000015160 ENSSMAG00000015250 ENSSMAG00000015184 ENSSMAG00000015271 ENSSMAG00000015450 ENSSMAG00000015508 ENSSMAG00000015522 ENSSMAG00000015648 ##22 ENSSMAG00000015691 ENSSMAG00000015699 ENSSMAG00000028514 ENSSMAG00000015740 ENSSMAG00000015714 ENSSMAG00000015752 ENSSMAG00000036569 jagn1b (ENSSMAG00000015803) ENSSMAG00000015817 ENSSMAG00000015826 ENSSMAG00000015838 ENSSMAG00000015855 ENSSMAG00000015876 ENSSMAG00000015891 ENSSMAG00000000767 Tongue sole MODERN SPECIES 5 aamp (ENSCSEG00000005371) ENSCSEG00000005387 sh3bp4a (ENSCSEG00000005392) s100b (ENSCSEG00000005398) ENSCSEG00000005400 ahr1b (ENSCSEG00000005412) ENSCSEG00000005416 mfsd6a (ENSCSEG00000005417) nab1a (ENSCSEG00000005426) glsa (ENSCSEG00000005440) ENSCSEG00000005461 mstna (ENSCSEG00000005465) stat1a (ENSCSEG00000005471) ENSCSEG00000005526 ENSCSEG00000005550 chn1 (ENSCSEG00000005559) ##22 FARP1 (ENSCSEG00000005575) ggact.3 (ENSCSEG00000005617) MAP3K2 (ENSCSEG00000005627) sumo1 (ENSCSEG00000005654) ENSCSEG00000005660 ENSCSEG00000005664 ENSCSEG00000005667 ENSCSEG00000005673 ENSCSEG00000005680 dynlt3 (ENSCSEG00000005704) ENSCSEG00000005712 CTDSP1 (ENSCSEG00000005719) ENSCSEG00000005724 ENSCSEG00000005732 inha (ENSCSEG00000005738) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f.g ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.B ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Seriola ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00530000063970.f.h ENSGT00530000063970.f.g.a.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.e.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Greater amberjack MODERN SPECIES 180 ENSSDUG00000005133 ENSSDUG00000005140 zgc:172122 (ENSSDUG00000005152) ENSSDUG00000005165 u2af1 (ENSSDUG00000005186) cbsa (ENSSDUG00000005197) ENSSDUG00000005242 ENSSDUG00000005283 stoml2 (ENSSDUG00000005298) n6amt1 (ENSSDUG00000005324) gart (ENSSDUG00000005374) NCAM2 (ENSSDUG00000005493) arl13b (ENSSDUG00000005560) ggact.3 (ENSSDUG00000005580) FARP1 (ENSSDUG00000005596) chn1 (ENSSDUG00000005739) ##22 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3221 nrp2a (ENSSLDG00000013049) ENSSLDG00000013100 ENSSLDG00000013129 mbnl2 (ENSSLDG00000013155) rap2ab (ENSSLDG00000013167) mrpl39 (ENSSLDG00000013175) jam2a (ENSSLDG00000013189) atp5pf (ENSSLDG00000013207) n6amt1 (ENSSLDG00000013280) gart (ENSSLDG00000013225) NCAM2 (ENSSLDG00000013314) arl13b (ENSSLDG00000013361) ggact.3 (ENSSLDG00000013514) FARP1 (ENSSLDG00000013411) ENSSLDG00000013526 chn1 (ENSSLDG00000013541) ##22 zgc:65895 (ENSSLDG00000013567) ENSSLDG00000013584 ENSSLDG00000013599 ENSSLDG00000013621 ENSSLDG00000013676 jagn1b (ENSSLDG00000013700) Barramundi perch MODERN SPECIES 289 gart (ENSLCAG00010011527) NCAM2 (ENSLCAG00010011573) ggact.3 (ENSLCAG00010011636) arl13b (ENSLCAG00010011641) FARP1 (ENSLCAG00010011721) chn1 (ENSLCAG00010011876) ##22 ENSLCAG00010011898 zgc:65895 (ENSLCAG00010011901) ENSLCAG00010011909 ENSLCAG00010011917 ENSLCAG00010011927 ENSLCAG00010012040 ENSLCAG00010012261 jagn1b (ENSLCAG00010012281) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000154840.b.f.c.b Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158619.p ENSGT00390000006915.c.c.a ENSGT00390000013608 ENSGT00530000063970.e ENSGT00940000164706.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365.k ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000000447 ENSGT00940000159255 ENSGT00690000103830 ENSGT00940000159602 ENSGT00940000159870 ENSGT00940000155466.e.a ENSGT00390000016929 ENSGT00940000166422 ENSGT00940000155232.t.a.b.b ENSGT00940000156862.z ENSGT00950000183071.a.a.a.e.b ENSGT01030000234621.F.c ENSGT00940000158859.f ENSGT00940000163195.B.a ENSGT00550000074800.a.b Fugu MODERN SPECIES 20 ENSTRUG00000013871 u2af1 (ENSTRUG00000013815) cbsa (ENSTRUG00000013728) ENSTRUG00000013705 ENSTRUG00000013644 ENSTRUG00000023883 ENSTRUG00000032340 ENSTRUG00000028009 ENSTRUG00000013620 n6amt1 (ENSTRUG00000013586) NCAM2 (ENSTRUG00000013097) ENSTRUG00000027813 arl13b (ENSTRUG00000013035) ggact.3 (ENSTRUG00000013029) FARP1 (ENSTRUG00000012915) chn1 (ENSTRUG00000012830) ##22 ENSTRUG00000012751 runx1 (ENSTRUG00000012611) ENSTRUG00000033438 ENSTRUG00000012478 ENSTRUG00000022697 cldn10e (ENSTRUG00000025760) gtf3c3 (ENSTRUG00000012073) CLDN10 (ENSTRUG00000020918) dzip1 (ENSTRUG00000011852) ENSTRUG00000030771 oxgr1a.2 (ENSTRUG00000011768) klhl41b (ENSTRUG00000011704) atp5f1b (ENSTRUG00000020643) ENSTRUG00000011228 ABCB11 (ENSTRUG00000010768) Tetraodon MODERN SPECIES 18 gemin8 (ENSTNIG00000001453) ENSTNIG00000001234 zgc:172122 (ENSTNIG00000008312) u2af1 (ENSTNIG00000008311) cbsa (ENSTNIG00000008310) ENSTNIG00000001430 ENSTNIG00000001235 ENSTNIG00000001311 n6amt1 (ENSTNIG00000008309) gart (ENSTNIG00000008308) NCAM2 (ENSTNIG00000008307) arl13b (ENSTNIG00000008306) ggact.3 (ENSTNIG00000000384) FARP1 (ENSTNIG00000008305) ENSTNIG00000008304 chn1 (ENSTNIG00000008303) ##22 ENSTNIG00000008302 runx1 (ENSTNIG00000018690) ENSTNIG00000013255 ENSTNIG00000013256 HECW2 (ENSTNIG00000013257) gtf3c3 (ENSTNIG00000013258) ENSTNIG00000013259 CLDN10 (ENSTNIG00000013260) dzip1 (ENSTNIG00000013261) ENSTNIG00000013262 oxgr1a.2 (ENSTNIG00000013263) klhl41b (ENSTNIG00000013264) ENSTNIG00000013265 atp5f1b (ENSTNIG00000013266) DHRS9 (ENSTNIG00000013267) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a.t ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000154840.b.f.c.b Ballan wrasse MODERN SPECIES 617 arl13b (ENSLBEG00000014612) ggact.3 (ENSLBEG00000014594) FARP1 (ENSLBEG00000014286) chn1 (ENSLBEG00000014165) ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a.t ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.f ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000154840.b.f.c.b Perciformes ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000011204 ENSGT00940000164385.a.a.a.b ENSGT00390000017581.b.b ENSGT00940000155065.xb.a ENSGT00390000002215.i.b ENSGT00530000063607.b.j.b ENSGT00390000003114.e.b.a ENSGT00940000158398 ENSGT00940000163454.a.a.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Pike perch MODERN SPECIES 9 mrps9 (ENSSLUG00000025888) pou3f3b (ENSSLUG00000025885) ENSSLUG00000025884 actr3 (ENSSLUG00000025880) LYPD1 (ENSSLUG00000025873) NCKAP5 (ENSSLUG00000025867) gpd1c (ENSSLUG00000025864) OSBPL11 (ENSSLUG00000025859) n6amt1 (ENSSLUG00000025852) gart (ENSSLUG00000025845) ENSSLUG00000025834 NCAM2 (ENSSLUG00000025829) arl13b (ENSSLUG00000025823) ggact.3 (ENSSLUG00000025819) FARP1 (ENSSLUG00000025804) chn1 (ENSSLUG00000025763) ##22 ENSSLUG00000025754 nop58 (ENSSLUG00000025745) wdr12 (ENSSLUG00000025741) ical1 (ENSSLUG00000025737) ENSSLUG00000025734 bmpr2a (ENSSLUG00000025709) ENSSLUG00000025068 slc15a1b (ENSSLUG00000024795) stk24b (ENSSLUG00000024774) ENSSLUG00000023255 gcga (ENSSLUG00000023076) dpp4 (ENSSLUG00000020282) gca (ENSSLUG00000020151) ENSSLUG00000020150 ENSSLUG00000020149 Channel bull blenny MODERN SPECIES 11 ENSCGOG00000013928 actr3 (ENSCGOG00000013242) LYPD1 (ENSCGOG00000013222) NCKAP5 (ENSCGOG00000013216) gpd1c (ENSCGOG00000012810) OSBPL11 (ENSCGOG00000012722) ENSCGOG00000012716 n6amt1 (ENSCGOG00000012715) gart (ENSCGOG00000011590) ENSCGOG00000011561 ENSCGOG00000011560 NCAM2 (ENSCGOG00000010755) arl13b (ENSCGOG00000010733) ggact.3 (ENSCGOG00000010730) FARP1 (ENSCGOG00000008418) chn1 (ENSCGOG00000007702) ##22 ENSCGOG00000007678 TRAK2 (ENSCGOG00000006521) STRADB (ENSCGOG00000005981) NBEAL1 (ENSCGOG00000004321) ENSCGOG00000004213 FDX1 (ENSCGOG00000004206) ENSCGOG00000004196 pspc1 (ENSCGOG00000004178) lypd6 (ENSCGOG00000004167) mmadhca (ENSCGOG00000004164) rnd3a (ENSCGOG00000004129) ENSCGOG00000004104 ZRANB3 (ENSCGOG00000003816) ccnt2b (ENSCGOG00000003577) TMEM163 (ENSCGOG00000003568) Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00940000158398 ENSGT00390000003114.e.b.a ENSGT00530000063607.b.j.b ENSGT00390000002215.i.b ENSGT00940000155065.xb.a ENSGT00390000017581.b.b ENSGT00940000164385.a.a.a.b ENSGT00390000011204 ENSGT00390000017860.a.b.f ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Stickleback MODERN SPECIES ENSGACG00000014294 stk11ip (ENSGACG00000014289) igfbp2a (ENSGACG00000014280) igfbp5a (ENSGACG00000014275) ENSGACG00000014274 ENSGACG00000014268 jagn1b (ENSGACG00000014256) n6amt1 (ENSGACG00000014248) gart (ENSGACG00000014244) ENSGACG00000014241 NCAM2 (ENSGACG00000014231) ENSGACG00000014230 arl13b (ENSGACG00000014228) ggact.3 (ENSGACG00000014225) FARP1 (ENSGACG00000014216) chn1 (ENSGACG00000014203) ##22 ENSGACG00000014201 FDX1 (ENSGACG00000014198) ENSGACG00000014196 ENSGACG00000014174 STRADB (ENSGACG00000014167) ENSGACG00000014166 TRAK2 (ENSGACG00000014156) ENSGACG00000014150 nudt15 (ENSGACG00000014147) cpo (ENSGACG00000014144) cckbra (ENSGACG00000014143) NALF1 (ENSGACG00000014137) lig4 (ENSGACG00000014135) irs2a (ENSGACG00000014133) acp2 (ENSGACG00000014119) Lumpfish MODERN SPECIES 11 ENSCLMG00005005457 ccdc28a (ENSCLMG00005005458) ENSCLMG00005005465 FILIP1L (ENSCLMG00005005481) ENSCLMG00005005492 COL8A1 (ENSCLMG00005005494) jagn1b (ENSCLMG00005005495) ENSCLMG00005005497 ENSCLMG00005005499 ENSCLMG00005005501 NCAM2 (ENSCLMG00005005502) ENSCLMG00005005503 arl13b (ENSCLMG00005005504) ggact.3 (ENSCLMG00005005507) FARP1 (ENSCLMG00005005518) ENSCLMG00005006496 ##22 ENSCLMG00005006503 ENSCLMG00005006512 ENSCLMG00005006514 ENSCLMG00005006519 ENSCLMG00005006522 ENSCLMG00005006523 dhrsx (ENSCLMG00005006524) sowahcb (ENSCLMG00005006526) cep70 (ENSCLMG00005006534) adarb1a (ENSCLMG00005006588) ENSCLMG00005006591 slx9 (ENSCLMG00005006594) ENSCLMG00005006597 ENSCLMG00005006598 ENSCLMG00005006601 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a.t ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000154840.b.f.c.b Gilthead seabream MODERN SPECIES 16 u2af1 (ENSSAUG00010020404) cbsa (ENSSAUG00010020410) ENSSAUG00010020492 ENSSAUG00010020496 ENSSAUG00010020497 ENSSAUG00010020499 ENSSAUG00010020500 ENSSAUG00010020502 ENSSAUG00010020505 n6amt1 (ENSSAUG00010020507) gart (ENSSAUG00010020550) NCAM2 (ENSSAUG00010022207) arl13b (ENSSAUG00010022298) ggact.3 (ENSSAUG00010022301) FARP1 (ENSSAUG00010022320) chn1 (ENSSAUG00010022436) ##22 ENSSAUG00010023249 abi2b (ENSSAUG00010023257) cyp20a1 (ENSSAUG00010023306) tmem237b (ENSSAUG00010023302) MPP4 (ENSSAUG00010023327) ALS2 (ENSSAUG00010023701) CHRNA2 (ENSSAUG00010023915) zgc:113142 (ENSSAUG00010023917) INPP4A (ENSSAUG00010023931) ENSSAUG00010024145 ENSSAUG00010024176 ENSSAUG00010025045 ENSSAUG00010025046 TUBA4A (ENSSAUG00010025048) nr4a2b (ENSSAUG00010025050) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00530000063970.f ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a.t ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01030000234614.A.l.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.f ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000158272.c.a ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a ENSGT01100000263585 ENSGT00940000156702.a.b.b European seabass MODERN SPECIES 15 ENSDLAG00005027696 ENSDLAG00005011736 ENSDLAG00005011723 ENSDLAG00005011704 ENSDLAG00005011180 ENSDLAG00005011150 ENSDLAG00005033045 ENSDLAG00005011017 ENSDLAG00005011003 ENSDLAG00005033305 ENSDLAG00005033679 ENSDLAG00005010799 ENSDLAG00005009709 ENSDLAG00005031513 ENSDLAG00005009274 ENSDLAG00005008916 ##22 ENSDLAG00005034796 ENSDLAG00005033899 ENSDLAG00005008866 ENSDLAG00005008856 ENSDLAG00005008723 jagn1b (ENSDLAG00005008710) ENSDLAG00005034157 ENSDLAG00005008697 ENSDLAG00005008692 ENSDLAG00005008587 ENSDLAG00005008623 ENSDLAG00005008580 ENSDLAG00005001937 ENSDLAG00005008575 obsl1a (ENSDLAG00005001666) Large yellow croaker MODERN SPECIES 486 ENSLCRG00005016210 ENSLCRG00005016329 ENSLCRG00005016387 sumo1 (ENSLCRG00005016398) ENSLCRG00005016404 MAP3K2 (ENSLCRG00005016498) ENSLCRG00005016526 tmem198b (ENSLCRG00005016541) desmb (ENSLCRG00005016581) dnpep (ENSLCRG00005016773) gart (ENSLCRG00005017321) NCAM2 (ENSLCRG00005017384) arl13b (ENSLCRG00005017496) ggact.3 (ENSLCRG00005017504) FARP1 (ENSLCRG00005017744) chn1 (ENSLCRG00005018606) ##22 ENSLCRG00005018733 ENSLCRG00005019662 tmem47 (ENSLCRG00005019669) ENSLCRG00005019671 ENSLCRG00005019687 nop58 (ENSLCRG00005019750) WDR12 (ENSLCRG00005019850) ical1 (ENSLCRG00005019864) FAM117B (ENSLCRG00005019899) bmpr2a (ENSLCRG00005020044) ENSLCRG00005020761 slc15a1b (ENSLCRG00005021459) stk24b (ENSLCRG00005021773) SLC4A10 (ENSLCRG00005022904) gcga (ENSLCRG00005023679) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063970.f.db.a 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ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000154317.b ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT00940000154840.b.f.c.a Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00530000063970.f.eb.a.a.b ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000175375 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b 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ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.w ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000175375 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000154317.b ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000154790.a.a.a ENSGT01100000263585.l Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B 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Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b.b ENSGT01050000244823.d.b.a.b.a.b.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000178792 ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.w.b ENSGT00940000177017 ENSGT00390000010543.w.a.a.b ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543.w.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163647 ENSGT00940000175375 ENSGT00940000178584 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000154317.b ENSGT00940000169105 ENSGT00950000182852.A.a.b.c ENSGT00940000158839 ENSGT00500000044870.a ENSGT00530000064692.B.b.b.d.a ENSGT00940000154790.a.a.a P. nyererei MODERN SPECIES 822 GGACT (ENSPNYG00000013499) ENSPNYG00000013477 GGACT (ENSPNYG00000013465) GGACT (ENSPNYG00000013457) FARP1 (ENSPNYG00000013241) chn1 (ENSPNYG00000013145) ##22 Haplochromini_B ANCESTRAL 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(ENSNBRG00000004921) ENSNBRG00000004998 Nile tilapia MODERN SPECIES 14 ENSONIG00000039398 ENSONIG00000033380 ENSONIG00000032743 n6amt1 (ENSONIG00000001882) gart (ENSONIG00000001876) NCAM2 (ENSONIG00000001866) ENSONIG00000034246 arl13b (ENSONIG00000001864) ENSONIG00000042078 GGACT (ENSONIG00000033044) GGACT (ENSONIG00000020836) GGACT (ENSONIG00000035702) GGACT (ENSONIG00000033293) FARP1 (ENSONIG00000001858) ENSONIG00000030387 chn1 (ENSONIG00000001851) ##22 ENSONIG00000012479 ENSONIG00000030511 ENSONIG00000012478 ENSONIG00000012476 ENSONIG00000012474 ENSONIG00000012473 ENSONIG00000029298 ENSONIG00000030870 ENSONIG00000013857 ENSONIG00000040193 ENSONIG00000029071 ENSONIG00000028996 ENSONIG00000025979 ENSONIG00000039414 ENSONIG00000032946 Midas cichlid MODERN SPECIES 1059 ENSACIG00000016810 zgc:172122 (ENSACIG00000016822) ENSACIG00000016847 u2af1 (ENSACIG00000016862) cbsa (ENSACIG00000016875) ENSACIG00000016914 ENSACIG00000016950 stoml2 (ENSACIG00000016978) n6amt1 (ENSACIG00000017021) gart (ENSACIG00000017036) NCAM2 (ENSACIG00000017103) arl13b (ENSACIG00000017582) ggact.3 (ENSACIG00000017606) FARP1 (ENSACIG00000017615) ENSACIG00000017657 chn1 (ENSACIG00000017667) ##22 ENSACIG00000017699 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 177 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT01000000214434.B.a.b.h ENSGT00940000153695.B ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000155318.a.a ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543 ENSGT00940000156365 ENSGT00940000157860 ENSGT00390000000292.B ENSGT00390000013073 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1907 ENSSPAG00000000992 chn1 (ENSSPAG00000000944) ##22 zgc:65895 (ENSSPAG00000000928) ENSSPAG00000000909 ENSSPAG00000000892 ENSSPAG00000000881 ENSSPAG00000000884 ENSSPAG00000000859 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 244 ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000153695.B ENSGT01000000214434.B.a.b.h ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 Spiny chromis MODERN SPECIES 988 n6amt1 (ENSAPOG00000009868) gart (ENSAPOG00000009958) jagn1b (ENSAPOG00000009974) ENSAPOG00000010016 ENSAPOG00000010093 chn1 (ENSAPOG00000010159) ##22 ENSAPOG00000010170 ENSAPOG00000010181 ENSAPOG00000010206 ENSAPOG00000010232 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 237 ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B.g ENSGT00390000005596.a ENSGT00940000153695.B ENSGT01000000214434.B.a.b.h ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159144.A.e.a ENSGT00940000175375 ENSGT00940000156877 ENSGT00390000013956 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543 ENSGT00940000156365 ENSGT00940000157860 ENSGT00390000000292.B.h Clown anemonefish MODERN SPECIES 3263 n6amt1 (ENSAOCG00000002525) gart (ENSAOCG00000002838) ENSAOCG00000002837 jagn1b (ENSAOCG00000000040) ENSAOCG00000002549 ENSAOCG00000002836 chn1 (ENSAOCG00000002835) ##22 zgc:65895 (ENSAOCG00000002834) ENSAOCG00000002833 ENSAOCG00000002832 ENSAOCG00000002831 FARP1 (ENSAOCG00000002830) ggact.3 (ENSAOCG00000002829) arl13b (ENSAOCG00000002828) ENSAOCG00000000039 pskh1 (ENSAOCG00000022203) mbtps1 (ENSAOCG00000001608) Orange clownfish MODERN SPECIES 16 HDAC4 (ENSAPEG00000015500) aamp (ENSAPEG00000015476) ENSAPEG00000015469 ENSAPEG00000015455 ENSAPEG00000015446 arpc2 (ENSAPEG00000015419) ENSAPEG00000015412 SLC19A1 (ENSAPEG00000015397) ENSAPEG00000015384 cyp4f3 (ENSAPEG00000015277) n6amt1 (ENSAPEG00000015144) gart (ENSAPEG00000015076) jagn1b (ENSAPEG00000015055) ENSAPEG00000015009 ENSAPEG00000014954 chn1 (ENSAPEG00000014893) ##22 zgc:65895 (ENSAPEG00000014874) ENSAPEG00000014854 ENSAPEG00000014844 ENSAPEG00000014824 FARP1 (ENSAPEG00000014702) ggact.3 (ENSAPEG00000014676) arl13b (ENSAPEG00000014654) NCAM2 (ENSAPEG00000014541) ENSAPEG00000014463 inha (ENSAPEG00000014437) spega (ENSAPEG00000014333) CTDSP1 (ENSAPEG00000014300) obsl1a (ENSAPEG00000014228) ENSAPEG00000014141 ENSAPEG00000014118 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000007055 ENSGT00940000155502 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000160883.a ENSGT00940000155021 ENSGT00610000086518.b.b ENSGT00950000183022.b ENSGT01050000244848.A.b.b Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000007055 ENSGT00940000155502 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000163254 ENSGT00940000179057 ENSGT00940000165189 ENSGT00610000086518.b.b ENSGT00950000183022.b ENSGT01050000244848.A.b.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 11 ENSORLG00000006146 zgc:172122 (ENSORLG00000006159) ENSORLG00000025289 ENSORLG00000006182 cbsa (ENSORLG00000006194) ENSORLG00000024129 ENSORLG00000006210 ENSORLG00000006216 ENSORLG00000028237 gart (ENSORLG00000006275) NCAM2 (ENSORLG00000006321) ENSORLG00000025415 arl13b (ENSORLG00000006350) ggact.3 (ENSORLG00000026452) FARP1 (ENSORLG00000006374) ENSORLG00000006397 ##22 ENSORLG00000029425 ENSORLG00000006418 cyp4f3 (ENSORLG00000006454) ENSORLG00000025970 SLC19A1 (ENSORLG00000006475) ENSORLG00000006480 ENSORLG00000029743 arpc2 (ENSORLG00000006502) ENSORLG00000022214 ENSORLG00000002122 ENSORLG00000029156 ENSORLG00000025191 ENSORLG00000022465 ENSORLG00000029925 ENSORLG00000029417 Chinese medaka MODERN SPECIES 962 arl13b (ENSOSIG00000008658) ggact.3 (ENSOSIG00000008660) FARP1 (ENSOSIG00000008661) chn1 (ENSOSIG00000008663) ##22 ENSOSIG00000008665 ENSOSIG00000008667 SLC19A1 (ENSOSIG00000008668) ENSOSIG00000008670 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00390000007055 ENSGT00940000155502 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000160883.a ENSGT00940000155021 ENSGT00610000086518.b.b ENSGT00950000183022.b ENSGT01050000244848.A.b.b Javanese ricefish MODERN SPECIES 11 kpnb3 (ENSOJAG00000004960) ENSOJAG00000005024 zgc:172122 (ENSOJAG00000005034) ENSOJAG00000005053 u2af1 (ENSOJAG00000005070) cbsa (ENSOJAG00000005110) ENSOJAG00000005689 ENSOJAG00000005714 ENSOJAG00000005811 gart (ENSOJAG00000005857) NCAM2 (ENSOJAG00000005974) arl13b (ENSOJAG00000006254) ENSOJAG00000006272 ggact.3 (ENSOJAG00000006282) FARP1 (ENSOJAG00000006308) chn1 (ENSOJAG00000006429) ##22 ENSOJAG00000007131 ENSOJAG00000007141 CYP4F8 (ENSOJAG00000007175) ENSOJAG00000007356 SLC19A1 (ENSOJAG00000007390) ENSOJAG00000007400 ENSOJAG00000007408 acsbg2 (ENSOJAG00000007657) MLLT1 (ENSOJAG00000009064) rgn (ENSOJAG00000009097) ENSOJAG00000009115 ENSOJAG00000009137 ENSOJAG00000009266 dph3 (ENSOJAG00000009278) ENSOJAG00000009300 Indian medaka MODERN SPECIES 24 ENSOMEG00000009715 ENSOMEG00000009728 PRPS2 (ENSOMEG00000009817) HDAC4 (ENSOMEG00000009954) aamp (ENSOMEG00000010020) ENSOMEG00000010031 ENSOMEG00000010055 ENSOMEG00000010069 ENSOMEG00000010090 ENSOMEG00000010103 arpc2 (ENSOMEG00000010163) arl13b (ENSOMEG00000010187) ENSOMEG00000010193 ggact.3 (ENSOMEG00000010198) FARP1 (ENSOMEG00000010264) chn1 (ENSOMEG00000010327) ##22 ENSOMEG00000010360 ENSOMEG00000010379 ENSOMEG00000010408 CYP4F8 (ENSOMEG00000010429) ENSOMEG00000010482 SLC19A1 (ENSOMEG00000010528) ENSOMEG00000010536 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT01060000248713 ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00530000063970.f.db.b ENSGT00530000063970.f.db.a.e.b ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT01050000244823.d.b.a.b ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000009178 ENSGT00940000164246.C.d.b ENSGT00940000164480.a.b ENSGT00390000012496.a.c ENSGT00390000019377.b.e ENSGT00940000158283 ENSGT00390000013817 ENSGT00940000153931.b.b.d ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.u ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00390000010543.v ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00610000086518.b.a.h.a ENSGT00610000086518.b.a.h.b ENSGT00940000165423.a.b ENSGT00940000161625.m ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b ENSGT00390000014376.c.b ENSGT00940000178373 ENSGT00940000155773.a ENSGT00940000158539.b ENSGT00530000064137.a.b ENSGT00390000016542 ENSGT00940000157233.c ENSGT00950000183208.A.c.a ENSGT00390000008033 ENSGT00940000167103 Poecilia ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000009178 ENSGT00940000164246.C.d.b ENSGT00940000164480.a.b ENSGT00390000012496.a.c ENSGT00390000019377.b.e ENSGT00940000158283 ENSGT00390000013817 ENSGT00940000153931.b.b.d ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.u ENSGT00390000010543.v ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00610000086518.b.a.h.a ENSGT00610000086518.b.a.h.b ENSGT00940000165423.a.b ENSGT00940000161625.m ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b ENSGT00390000014376.c.b ENSGT00940000178373 ENSGT00940000155773.a ENSGT00940000158539.b ENSGT00530000064137.a.b ENSGT00390000016542 ENSGT00940000157233.c ENSGT00950000183208.A.c.a.q ENSGT00390000008033 ENSGT00940000167103 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 314 ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543.u ENSGT00390000010543.v ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00610000086518.b.a.h.a ENSGT00610000086518.b.a.h.b ENSGT00940000165423.a.b ENSGT00940000161625.m ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b.e ENSGT00390000014376.c.b ENSGT00940000178373 ENSGT00940000155773.a Sailfin molly MODERN SPECIES 1656 chn1 (ENSPLAG00000004913) ##22 Amazon molly MODERN SPECIES 551 NCAM2 (ENSPFOG00000005477) arl13b (ENSPFOG00000005379) ENSPFOG00000024673 ENSPFOG00000005361 ENSPFOG00000019910 ENSPFOG00000005357 FARP1 (ENSPFOG00000004570) chn1 (ENSPFOG00000004209) ##22 ENSPFOG00000019909 ENSPFOG00000004174 ENSPFOG00000022142 ENSPFOG00000003583 ENSPFOG00000003333 ENSPFOG00000003291 ENSPFOG00000023993 ENSPFOG00000022124 ENSPFOG00000003258 ENSPFOG00000003023 Guppy MODERN SPECIES 63 ENSPREG00000008768 FARP1 (ENSPREG00000008697) chn1 (ENSPREG00000008659) ##22 Platyfish MODERN SPECIES 16 VANGL1 (ENSXMAG00000002790) ENSXMAG00000002800 poglut1 (ENSXMAG00000002810) timmdc1 (ENSXMAG00000027990) abcc4 (ENSXMAG00000002832) n6amt1 (ENSXMAG00000002875) gart (ENSXMAG00000002877) ENSXMAG00000027926 ENSXMAG00000025308 GPR180 (ENSXMAG00000029125) ENSXMAG00000002065 arl13b (ENSXMAG00000002089) ENSXMAG00000002094 FARP1 (ENSXMAG00000002095) ENSXMAG00000002116 chn1 (ENSXMAG00000002118) ##22 ENSXMAG00000023795 ENSXMAG00000028622 ENSXMAG00000008811 ENSXMAG00000002142 ENSXMAG00000026901 ENSXMAG00000020912 ENSXMAG00000002166 si:dkey-276j7.1 (ENSXMAG00000029107) ENSXMAG00000002174 ENSXMAG00000029440 ENSXMAG00000005175 ENSXMAG00000029571 ENSXMAG00000025243 KIF5C (ENSXMAG00000010638) kif5c (ENSXMAG00000027692) NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 430 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 651 ggact.3 (ENSCVAG00000017110) FARP1 (ENSCVAG00000017140) ENSCVAG00000017159 chn1 (ENSCVAG00000017196) ##22 tmem47 (ENSCVAG00000017217) ENSCVAG00000017365 ENSCVAG00000017397 dmd (ENSCVAG00000017467) Mummichog MODERN SPECIES 958 ENSFHEG00000004177 ENSFHEG00000004143 ENSFHEG00000004112 chn1 (ENSFHEG00000004094) ##22 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00530000063970.e ENSGT00530000063970.f.db.a ENSGT00530000063970.f.db.b ENSGT00940000164706.a ENSGT00940000171594 ENSGT00950000183152.B.c.a ENSGT00510000047027.c.a ENSGT00950000183034.A.g ENSGT00940000156167.a ENSGT00390000013073 ENSGT00390000000292.B ENSGT00940000157860 ENSGT00940000156365 ENSGT00390000010543 ENSGT00940000155318.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 157 dapp1 (ENSKMAG00000000532) ENSKMAG00000000586 sc:d189 (ENSKMAG00000000615) ENSKMAG00000000626 u2af1 (ENSKMAG00000000639) cbsa (ENSKMAG00000000697) ENSKMAG00000000774 ENSKMAG00000000861 ENSKMAG00000000870 n6amt1 (ENSKMAG00000000880) gart (ENSKMAG00000000925) NCAM2 (ENSKMAG00000001037) arl13b (ENSKMAG00000001122) ggact.3 (ENSKMAG00000001131) FARP1 (ENSKMAG00000001141) chn1 (ENSKMAG00000001169) ##22 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1615 MPI (ENSNFUG00015007687) WDR61 (ENSNFUG00015007653) crabp1a (ENSNFUG00015007647) ENSNFUG00015007638 sin3aa (ENSNFUG00015007374) PTPN9A (ENSNFUG00015007230) FMNL2B (ENSNFUG00015006506) RGN (ENSNFUG00015006400) cavin2b (ENSNFUG00015006380) dmd (ENSNFUG00015006213) ENSNFUG00015006174 tmem47 (ENSNFUG00015006165) ENSNFUG00015006160 ENSNFUG00015006157 FARP1 (ENSNFUG00015006103) CHN1 (ENSNFUG00015005845) ##22 ggact.3 (ENSNFUG00015005825) arl13b (ENSNFUG00015005821) ENSNFUG00015005819 ENSNFUG00015005815 ENSNFUG00015005814 ENSNFUG00015005808 NCAM2 (ENSNFUG00015005740) ENSNFUG00015024739 gart (ENSNFUG00015024733) n6amt1 (ENSNFUG00015024729) ENSNFUG00015024724 ccng1 (ENSNFUG00015024718) ENSNFUG00015024716 CBS (ENSNFUG00015024685) U2AF1 (ENSNFUG00015024683) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 11 ENSMMDG00005001003 ENSMMDG00005001010 zgc:172122 (ENSMMDG00005001014) u2af1 (ENSMMDG00005001018) cbsa (ENSMMDG00005001061) ENSMMDG00005005078 ENSMMDG00005005088 stoml2 (ENSMMDG00005005130) ENSMMDG00005006262 n6amt1 (ENSMMDG00005006265) gart (ENSMMDG00005006281) NCAM2 (ENSMMDG00005006348) arl13b (ENSMMDG00005006351) ggact.3 (ENSMMDG00005006356) FARP1 (ENSMMDG00005006372) chn1 (ENSMMDG00005006516) ##22 ENSMMDG00005006891 ENSMMDG00005006894 ENSMMDG00005006895 ENSMMDG00005006897 ENSMMDG00005006907 ENSMMDG00005007497 jagn1b (ENSMMDG00005007646) ENSMMDG00005007647 ENSMMDG00005007649 ENSMMDG00005007651 FILIP1L (ENSMMDG00005007656) ENSMMDG00005007661 ccdc28a (ENSMMDG00005007667) ENSMMDG00005007670 atp1a1a.2 (ENSMMDG00005007789) Cod MODERN SPECIES 17 ENSGMOG00000016074 ENSGMOG00000030898 ENSGMOG00000036611 arpc2 (ENSGMOG00000008637) ENSGMOG00000008652 ENSGMOG00000008665 ENSGMOG00000022787 ENSGMOG00000025990 ENSGMOG00000036127 ENSGMOG00000036155 ENSGMOG00000013495 ENSGMOG00000013476 ENSGMOG00000013404 ENSGMOG00000031218 ENSGMOG00000000400 ENSGMOG00000003613 ##22 ENSGMOG00000033890 ENSGMOG00000024975 ENSGMOG00000022383 ENSGMOG00000034512 ENSGMOG00000033653 ENSGMOG00000030974 ENSGMOG00000026798 ENSGMOG00000032936 ENSGMOG00000024530 ENSGMOG00000035295 ENSGMOG00000032492 ENSGMOG00000033123 ENSGMOG00000032010 ENSGMOG00000036354 ENSGMOG00000014408 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156851.d.d #23 ENSGT00910000144296.c ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352.f.a #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127.g ENSGT00940000160029 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b.f ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156851.c #23 ENSGT00980000202773 ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155353.a.a.a #37 ENSGT00940000160127.g ENSGT00940000160029.k Denticle herring MODERN SPECIES 19 ENSDCDG00000034193 nfe2l2a (ENSDCDG00000034191) hnrnpa3 (ENSDCDG00000034186) hoxb1b (ENSDCDG00000034179) hoxd3a (ENSDCDG00000034175) #7 hoxd4a (ENSDCDG00000034170) #8 hoxd9a (ENSDCDG00000034167) #10 hoxd10a (ENSDCDG00000034164) #11 hoxd11a (ENSDCDG00000034163) #12 hoxd12a (ENSDCDG00000034161) #13 ENSDCDG00000034159 evx2 (ENSDCDG00000034157) #15 lnpa (ENSDCDG00000034155) #18 ENSDCDG00000034148 ATF2 (ENSDCDG00000034143) #20 chn1 (ENSDCDG00000034125) ##22 CHRNA1 (ENSDCDG00000034017) #23 ENSDCDG00000034006 GPR155 (ENSDCDG00000034002) #25 scrn3 (ENSDCDG00000033997) #26 CIR1 (ENSDCDG00000033993) #27 sp9 (ENSDCDG00000033992) #28 sp3a (ENSDCDG00000033982) #31 cdca7a (ENSDCDG00000033979) #32 ENSDCDG00000033913 RAPGEF4 (ENSDCDG00000033884) #34 ENSDCDG00000033861 PDK1 (ENSDCDG00000033841) #36 ITGA6 (ENSDCDG00000033824) #37 dlx2a (ENSDCDG00000033820) dlx1a (ENSDCDG00000033819) Atlantic herring MODERN SPECIES 11 nfe2l2a (ENSCHAG00000026474) hnrnpa3 (ENSCHAG00000026478) ENSCHAG00000026496 hoxd3a (ENSCHAG00000026497) #7 hoxd4a (ENSCHAG00000026499) #8 hoxd9a (ENSCHAG00000026501) #10 hoxd10a (ENSCHAG00000026503) #11 hoxd11a (ENSCHAG00000026505) #12 hoxd12a (ENSCHAG00000026507) #13 HOXD13 (ENSCHAG00000026513) #14 evx2 (ENSCHAG00000026552) #15 lnpa (ENSCHAG00000026554) #18 atp5mc3a (ENSCHAG00000026561) ##19 ATF2 (ENSCHAG00000026576) #20 ENSCHAG00000026584 chn1 (ENSCHAG00000026589) ##22 CHRNA1 (ENSCHAG00000026594) #23 ENSCHAG00000026608 GPR155 (ENSCHAG00000026613) #25 ENSCHAG00000026617 PDK1 (ENSCHAG00000026633) #36 ITGA6 (ENSCHAG00000026661) #37 dlx2a (ENSCHAG00000026770) dlx1a (ENSCHAG00000026772) hat1 (ENSCHAG00000026776) SLC25A12 (ENSCHAG00000026856) dync1i2a (ENSCHAG00000027302) ENSCHAG00000027540 BZW1 (ENSCHAG00000027546) DHDH (ENSCHAG00000027552) MYO1B (ENSCHAG00000027596) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b.f ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156851.d.d #23 ENSGT00910000144296.c ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000161352.f.a #33 ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155442.o.e ENSGT00940000155963.e.c ENSGT00390000007069 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156112 ENSGT00950000182892.a.a.b.f ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156851.d.d #23 ENSGT00910000144296.c ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155442.o.e ENSGT00940000155963.e.c ENSGT00390000007069 Channel catfish MODERN SPECIES 25 AGPS (ENSIPUG00000019647) nfe2l2 (ENSIPUG00000019775) RO32 (ENSIPUG00000019815) ENSIPUG00000019858 hoxd3 (ENSIPUG00000019869) #7 hoxd4 (ENSIPUG00000019877) #8 hoxd9 (ENSIPUG00000019882) #10 hoxd10a (ENSIPUG00000019897) #11 hoxd11a (ENSIPUG00000019900) #12 hoxd12a (ENSIPUG00000019903) #13 HOXD13 (ENSIPUG00000019917) #14 evx2 (ENSIPUG00000019922) #15 kiaa1715 (ENSIPUG00000019939) #18 AT5G3 (ENSIPUG00000019955) atf2 (ENSIPUG00000019996) #20 chn1 (ENSIPUG00000020028) ##22 CHRNA1 (ENSIPUG00000020045) #23 wipf1a (ENSIPUG00000020061) gpr155 (ENSIPUG00000020087) #25 scrn3 (ENSIPUG00000020115) #26 CIR1 (ENSIPUG00000020130) #27 sp9 (ENSIPUG00000020158) #28 sp3 (ENSIPUG00000020163) #31 cdca7 (ENSIPUG00000020194) #32 ENSIPUG00000020210 rapgef4 (ENSIPUG00000020303) #34 ENSIPUG00000020424 PDK1 (ENSIPUG00000020464) #36 SLC25A12 (ENSIPUG00000020486) Dync1i2 (ENSIPUG00000020518) hat1 (ENSIPUG00000020597) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000182892.a.a.b.f ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156851.d.d #23 ENSGT00910000144296.c ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155442.o.e ENSGT00940000155963.e.c ENSGT00390000007069 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000153147.b ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160027 #7 ENSGT00940000157270 #8 ENSGT00940000161503.a #10 ENSGT00940000158266 #11 ENSGT00940000161308 #12 ENSGT00940000159938 #13 ENSGT00940000161457 #14 ENSGT00940000161025 #15 ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 #20 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156851.d.d #23 ENSGT00910000144296.c ENSGT00390000004153.c #25 ENSGT00390000013474.a #26 ENSGT00730000111135 #27 ENSGT00940000162304 #28 ENSGT00940000155099.k.a #31 ENSGT00940000155436 #32 ENSGT00940000163262.a ENSGT00940000156075.a.a #34 ENSGT00940000164127.a ENSGT01030000234646.B.a.a.b #36 ENSGT00940000155442.o.e ENSGT00940000155963.e.c ENSGT00390000007069 Mexicana tetra MODERN SPECIES 10 nfe2l2a (ENSAMXG00000007122) hnrnpa3 (ENSAMXG00000007065) ENSAMXG00000033411 hoxd3a (ENSAMXG00000007001) #7 hoxd4a (ENSAMXG00000007015) #8 hoxd9a (ENSAMXG00000040540) #10 hoxd10a (ENSAMXG00000006948) #11 hoxd11a (ENSAMXG00000006918) #12 hoxd12a (ENSAMXG00000006895) #13 HOXD13 (ENSAMXG00000033966) #14 evx2 (ENSAMXG00000042739) #15 lnpa (ENSAMXG00000006653) #18 ENSAMXG00000042778 ATF2 (ENSAMXG00000034168) #20 ENSAMXG00000032309 chn1 (ENSAMXG00000043182) ##22 ENSAMXG00000040560 CHRNA1 (ENSAMXG00000015151) #23 wipf1a (ENSAMXG00000015175) GPR155 (ENSAMXG00000015191) #25 scrn3 (ENSAMXG00000015218) #26 CIR1 (ENSAMXG00000035213) #27 sp9 (ENSAMXG00000015246) #28 sp3a (ENSAMXG00000015260) #31 cdca7a (ENSAMXG00000015274) #32 ENSAMXG00000015301 RAPGEF4 (ENSAMXG00000011563) #34 ENSAMXG00000011536 PDK1 (ENSAMXG00000039808) #36 dync1i2a (ENSAMXG00000011514) SLC25A12 (ENSAMXG00000011447) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 22 nfe2l2a (ENSPNAG00000021429) HNRNPA3 (ENSPNAG00000021384) ENSPNAG00000003677 hoxd3a (ENSPNAG00000021306) #7 hoxd4a (ENSPNAG00000021286) #8 hoxd9a (ENSPNAG00000021281) #10 hoxd10a (ENSPNAG00000021276) #11 hoxd11a (ENSPNAG00000021265) #12 hoxd12a (ENSPNAG00000003676) #13 HOXD13 (ENSPNAG00000021245) #14 evx2 (ENSPNAG00000021237) #15 lnpa (ENSPNAG00000021198) #18 ENSPNAG00000021145 ATF2 (ENSPNAG00000021135) #20 ENSPNAG00000006188 chn1 (ENSPNAG00000021005) ##22 CHRNA1 (ENSPNAG00000020926) #23 wipf1a 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MAP3K20 (ENSSGRG00000049167) #33 RAPGEF4 (ENSSGRG00000049190) #34 ENSSGRG00000049191 PDK1 (ENSSGRG00000049204) #36 ENSSGRG00000049249 ENSSGRG00000049282 dync1i2a (ENSSGRG00000049528) hat1 (ENSSGRG00000049874) dlx1a (ENSSGRG00000049968) dlx2a (ENSSGRG00000049970) Golden-line barbel MODERN SPECIES 289 ENSSGRG00000039623 agps (ENSSGRG00000039571) nfe2l2a (ENSSGRG00000039415) hnrnpa3 (ENSSGRG00000039410) hoxd3a (ENSSGRG00000039408) #7 hoxd4a (ENSSGRG00000039405) #8 hoxd9a (ENSSGRG00000039404) #10 ENSSGRG00000039402 hoxd11a (ENSSGRG00000039401) #12 hoxd12a (ENSSGRG00000039400) #13 hoxd13a (ENSSGRG00000039398) lnpa (ENSSGRG00000039397) #18 ENSSGRG00000039396 ENSSGRG00000039395 #20 ATF2 (ENSSGRG00000039394) #20 chn1 (ENSSGRG00000039383) ##22 wipf1a (ENSSGRG00000039382) GPR155 (ENSSGRG00000039376) #25 scrn3 (ENSSGRG00000039363) #26 CIR1 (ENSSGRG00000039355) #27 sp9 (ENSSGRG00000039353) #28 sp3a (ENSSGRG00000039325) #31 cdca7a (ENSSGRG00000039321) #32 ENSSGRG00000039319 Zebrafish MODERN SPECIES 24 agps (ENSDARG00000042821) nfe2l2a (ENSDARG00000042824) hnrnpa3 (ENSDARG00000059351) hoxd3a (ENSDARG00000059280) #7 hoxd4a (ENSDARG00000059276) #8 hoxd9a (ENSDARG00000059274) #10 hoxd10a (ENSDARG00000057859) #11 hoxd11a (ENSDARG00000059267) #12 hoxd12a (ENSDARG00000059263) #13 hoxd13a (ENSDARG00000059256) evx2 (ENSDARG00000059255) #15 lnpa (ENSDARG00000115902) #18 ENSDARG00000063646 #18 atp5mc3a (ENSDARG00000017775) ##19 ATF2 (ENSDARG00000023903) #20 chn1 (ENSDARG00000101735) ##22 wipf1a (ENSDARG00000104300) GPR155 (ENSDARG00000090804) #25 scrn3 (ENSDARG00000016611) #26 CIR1 (ENSDARG00000099733) #27 sp9 (ENSDARG00000099374) #28 sp3a (ENSDARG00000001549) #31 cdca7a (ENSDARG00000077620) #32 map3k20a (ENSDARG00000006978) #33 RAPGEF4 (ENSDARG00000079872) #34 ENSDARG00000093284 ENSDARG00000063580 PDK1 (ENSDARG00000013128) #36 ftr52p (ENSDARG00000011652) dync1i2a (ENSDARG00000078386) hat1 (ENSDARG00000034916) Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 79 ENSCING00000015951 ENSCING00000000533 ENSCING00000015947 ##22 ENSCING00000015943 ENSCING00000015940 ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 Lamprey MODERN SPECIES 2074 CHN2 (ENSPMAG00000006151) ##22 Hagfish MODERN SPECIES 1466 ENSEBUG00000007114 ENSEBUG00000007989 ENSEBUG00000010908 cycsb (ENSEBUG00000008634) ENSEBUG00000003124 ENSEBUG00000010342 ENSEBUG00000009180 CHN2 (ENSEBUG00000008560) ##22 chrna1 (ENSEBUG00000004044) #23 ENSEBUG00000002639 chrna1 (ENSEBUG00000013820) #23 ENSEBUG00000001964 ENSEBUG00000002959 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 Elephant shark MODERN SPECIES 1564 hoxa5a (ENSCMIG00000006838) HOXA6 (ENSCMIG00000006837) HOXA7 (ENSCMIG00000006836) ENSCMIG00000006832 hoxa10b (ENSCMIG00000006830) hoxa13b (ENSCMIG00000006824) evx1 (ENSCMIG00000006819) ENSCMIG00000006816 hibadhb (ENSCMIG00000006809) tax1bp1b (ENSCMIG00000006795) JAZF1 (ENSCMIG00000006787) ENSCMIG00000006783 CREB5 (ENSCMIG00000006781) TRIL (ENSCMIG00000006779) cpvl (ENSCMIG00000006765) CHN2 (ENSCMIG00000006752) ##22 prr15 (ENSCMIG00000006743) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000155261 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000009313 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000156458 ENSGT00940000164283.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000009313 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT00940000178886 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000009313 Spotted gar MODERN SPECIES 649 satb1a (ENSLOCG00000006524) tbc1d5 (ENSLOCG00000006501) PLCL2 (ENSLOCG00000006475) dazl (ENSLOCG00000006452) RFTN1 (ENSLOCG00000006436) oxnad1 (ENSLOCG00000006425) ints8 (ENSLOCG00000006404) ccne2 (ENSLOCG00000006388) tp53inp1 (ENSLOCG00000006359) nagpa (ENSLOCG00000006341) ENSLOCG00000006333 ENSLOCG00000006314 ENSLOCG00000006294 ENSLOCG00000006274 rbm24b (ENSLOCG00000006244) CHN2 (ENSLOCG00000006208) ##22 ENSLOCG00000018331 WIPF3 (ENSLOCG00000006162) fkbp14 (ENSLOCG00000006139) plekha8 (ENSLOCG00000006111) COLQ (ENSLOCG00000006099) hacl1 (ENSLOCG00000006085) btd (ENSLOCG00000006069) ANKRD28 (ENSLOCG00000006030) GALNT15 (ENSLOCG00000006018) ENSLOCG00000006002 ENSLOCG00000005972 DPY19L4 (ENSLOCG00000005956) gbp (ENSLOCG00000018330) KCNV1 (ENSLOCG00000005940) dek (ENSLOCG00000005923) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.a ENSGT00390000001859.e #18 ENSGT00940000154298.b.b ##19 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.a ENSGT00950000182856.a.a.a ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000161409 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157858.i ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00940000163428.b.b ENSGT00940000163281.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000155287 ENSGT00390000010355 ENSGT00940000182167 ENSGT00980000198774 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.a ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00940000163428.b.b ENSGT00940000163281.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000155287 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 166 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.b ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.a ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 Denticle herring MODERN SPECIES 15 gsdmeb (ENSDCDG00000001683) OSBPL3 (ENSDCDG00000001362) C7orf31 (ENSDCDG00000001314) ENSDCDG00000001310 cbx3b (ENSDCDG00000001306) snx10b (ENSDCDG00000001291) skap2 (ENSDCDG00000001259) ENSDCDG00000001250 hoxa11b (ENSDCDG00000001236) hoxa13b (ENSDCDG00000001227) hibadhb (ENSDCDG00000001155) tax1bp1b (ENSDCDG00000001131) JAZF1 (ENSDCDG00000001120) CREB5 (ENSDCDG00000001114) cpvl (ENSDCDG00000001071) CHN2 (ENSDCDG00000000940) ##22 ENSDCDG00000000907 fkbp14 (ENSDCDG00000000901) plekha8 (ENSDCDG00000000889) COLQ (ENSDCDG00000000876) hacl1 (ENSDCDG00000000855) DNAH5 (ENSDCDG00000000794) TMEM14C (ENSDCDG00000000765) mboat1 (ENSDCDG00000000702) ENSDCDG00000000680 ENSDCDG00000000676 CDKAL1 (ENSDCDG00000000592) sox4b (ENSDCDG00000000547) nrsn1 (ENSDCDG00000000539) DCDC2 (ENSDCDG00000000532) slc6a3 (ENSDCDG00000000384) Atlantic herring MODERN SPECIES 2 snx10b (ENSCHAG00000014363) skap2 (ENSCHAG00000014226) ENSCHAG00000014202 hoxa9b (ENSCHAG00000014197) hoxa10b (ENSCHAG00000014186) hoxa11b (ENSCHAG00000014172) hoxa13b (ENSCHAG00000014169) hibadhb (ENSCHAG00000014145) HIBADH (ENSCHAG00000014100) ENSCHAG00000014085 tax1bp1b (ENSCHAG00000014048) JAZF1 (ENSCHAG00000014005) JAZF1 (ENSCHAG00000013929) CREB5 (ENSCHAG00000013853) cpvl (ENSCHAG00000013681) CHN2 (ENSCHAG00000013577) ##22 ENSCHAG00000013561 fkbp14 (ENSCHAG00000013529) ENSCHAG00000013504 ENSCHAG00000013499 hacl1 (ENSCHAG00000012728) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.a ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT01060000253044 ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000166052 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ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT01060000253044 ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000155287 ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000155137.b.d Characoidei ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.a ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 409 ENSPNAG00000008888 ENSPNAG00000001247 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(ENSEEEG00000014686) plekha8 (ENSEEEG00000014685) COLQ (ENSEEEG00000014684) hacl1 (ENSEEEG00000014667) ANKRD28 (ENSEEEG00000014197) hdac9b (ENSEEEG00000014099) twist1b (ENSEEEG00000014093) ENSEEEG00000014091 macc1 (ENSEEEG00000014089) ENSEEEG00000014088 ENSEEEG00000013867 sp8b (ENSEEEG00000013842) DNAH11 (ENSEEEG00000013712) ENSEEEG00000013689 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000155957.a ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e.a ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT01060000253044 ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000155287 ENSGT00940000155565.a ENSGT00940000158338 ENSGT00940000177026 ENSGT00940000154022.a.b ENSGT00390000011619 ENSGT00940000158454 ENSGT00940000165573 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT00940000155957.a.a ENSGT00940000165630.c ENSGT00940000166701.b ENSGT00940000156007.l.h ENSGT00390000017856.a.l ENSGT00940000155029.c.a.e.a.a ENSGT00940000164628.s ENSGT00940000163268.d.a.a ENSGT00940000158311.b.b ENSGT00940000164071.b.a.a ENSGT00940000155255.bb ENSGT00950000183025.b.a.`b.a ENSGT00390000003635.h.c ENSGT00940000156420.a.a.g ENSGT00940000159498.a ENSGT01030000234635.a.b.a.a.a ##22 ENSGT00760000119737.b.a.a ENSGT00940000157858.i.b ENSGT00940000157288.n ENSGT00940000157248.c.a.a ENSGT00940000156802 ENSGT00940000178869 ENSGT00950000182908.C.b.b ENSGT00940000154486.b.a.b.b ENSGT00940000166341.v.b ENSGT00940000163428.b.a.i.a ENSGT00940000163281.a.a ENSGT00390000013151.a.b.i ENSGT00940000155287 ENSGT00940000162033.a.a.b ENSGT00940000158880 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155957.a.a ENSGT00940000165630.c 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ENSGT00760000119737 ENSGT00940000157858.i ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a.a ENSGT00940000163281.a.c ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000166052 ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000155137.a.a Huchen MODERN SPECIES 3791 ENSHHUG00000042619 CHN2 (ENSHHUG00000042577) ##22 ENSHHUG00000042571 fkbp14 (ENSHHUG00000042544) ENSHHUG00000042543 ENSHHUG00000042541 COLQ (ENSHHUG00000042536) hacl1 (ENSHHUG00000042516) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.g.d ENSGT00390000003368 ENSGT00940000156420.b ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000157858.i.j ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858.i.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a.a ENSGT00940000163281.a.c ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000166052 ENSGT00940000162033.a.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 87 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255.y.a ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.g.d ENSGT00390000003368 ENSGT00940000156420.b ENSGT00940000156420.a.a.f ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157288.s ENSGT00760000119737 ENSGT00940000157858.i.j ENSGT00940000157288.t ENSGT00940000157248.c.a.d ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a.a ENSGT00940000163281.a.d ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000166052 ENSGT00940000162033.a.a.c ENSGT00940000161340 Atlantic salmon MODERN SPECIES 11 ENSSSAG00000097995 ENSSSAG00000015454 skap2 (ENSSSAG00000009565) ENSSSAG00000085203 hoxa2b (ENSSSAG00000002095) hoxa9b (ENSSSAG00000109601) ENSSSAG00000091880 hoxa13b (ENSSSAG00000085061) TAX1BP1 (ENSSSAG00000047203) hibadhb (ENSSSAG00000120765) JAZF1 (ENSSSAG00000099095) ENSSSAG00000093041 ENSSSAG00000068078 CREB5 (ENSSSAG00000120433) cpvl (ENSSSAG00000061125) CHN2 (ENSSSAG00000042862) ##22 ENSSSAG00000121332 plekha8 (ENSSSAG00000004260) ENSSSAG00000083007 hacl1 (ENSSSAG00000093636) ENSSSAG00000096834 ENSSSAG00000088450 ENSSSAG00000003783 hdac9b (ENSSSAG00000102432) ENSSSAG00000112961 ENSSSAG00000117057 twst2 (ENSSSAG00000094926) macc1 (ENSSSAG00000083782) ABCB5 (ENSSSAG00000060932) sp8b (ENSSSAG00000061738) ENSSSAG00000090477 River trout MODERN SPECIES 420 cbx3b (ENSSTUG00000034690) ENSSTUG00000034696 skap2 (ENSSTUG00000034707) hoxa2b (ENSSTUG00000034732) hoxa9b (ENSSTUG00000034742) ENSSTUG00000034750 hoxa11b (ENSSTUG00000034756) hoxa13b (ENSSTUG00000034766) hibadhb (ENSSTUG00000034781) tax1bp1b (ENSSTUG00000034854) JAZF1 (ENSSTUG00000034893) sycp1 (ENSSTUG00000034926) ENSSTUG00000034991 CREB5 (ENSSTUG00000035004) cpvl (ENSSTUG00000035015) CHN2 (ENSSTUG00000035172) ##22 ENSSTUG00000035921 ENSSTUG00000035925 fkbp14 (ENSSTUG00000035930) plekha8 (ENSSTUG00000035945) COLQ (ENSSTUG00000036110) hacl1 (ENSSTUG00000036156) ENSSTUG00000036897 OSBPL3 (ENSSTUG00000036904) gsdmeb (ENSSTUG00000036991) gsdmeb (ENSSTUG00000037044) pals2a (ENSSTUG00000035547) NPY (ENSSTUG00000035566) ENSSTUG00000035571 ENSSTUG00000035579 malsu1 (ENSSTUG00000035588) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b.c ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.g.d ENSGT00390000003368 ENSGT00940000156420.a.a.c ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000157858.i.i ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341.f ENSGT00940000163428.b.a.a ENSGT00940000163281.a.c ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000166052 ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000155137.a.a Oncorhynchus_a DUPLICATION Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a.c ##22 Coho salmon DUPLICATION Coho salmon MODERN SPECIES 31 ENSOKIG00005050381 skap2 (ENSOKIG00005050372) hoxa2b (ENSOKIG00005050366) hoxa9b (ENSOKIG00005050361) ENSOKIG00005050359 hoxa11b (ENSOKIG00005050356) hoxa13b (ENSOKIG00005050354) hibadhb (ENSOKIG00005050338) JAZF1 (ENSOKIG00005050330) tax1bp1b (ENSOKIG00005050315) sycp1 (ENSOKIG00005050301) CREB5 (ENSOKIG00005050290) ENSOKIG00005050281 ##22 CREB5 (ENSOKIG00005050277) cpvl (ENSOKIG00005050225) CHN2 (ENSOKIG00005050170) ##22 ENSOKIG00005050152 ENSOKIG00005050149 fkbp14 (ENSOKIG00005050143) ENSOKIG00005050140 plekha8 (ENSOKIG00005050128) hacl1 (ENSOKIG00005050053) ANKRD28 (ENSOKIG00005049730) ahr1a (ENSOKIG00005049511) hdac9b (ENSOKIG00005049459) ENSOKIG00005049443 ENSOKIG00005049434 macc1 (ENSOKIG00005049429) ENSOKIG00005048046 sp8b (ENSOKIG00005047774) ENSOKIG00005047762 Coho salmon MODERN SPECIES 31 cbx3b (ENSOKIG00005050391) snx10b (ENSOKIG00005050387) ENSOKIG00005050383 ENSOKIG00005050381 skap2 (ENSOKIG00005050372) hoxa2b (ENSOKIG00005050366) hoxa9b (ENSOKIG00005050361) ENSOKIG00005050359 hoxa11b (ENSOKIG00005050356) hoxa13b (ENSOKIG00005050354) hibadhb (ENSOKIG00005050338) JAZF1 (ENSOKIG00005050330) tax1bp1b (ENSOKIG00005050315) sycp1 (ENSOKIG00005050301) CREB5 (ENSOKIG00005050290) ENSOKIG00005050281 ##22 CREB5 (ENSOKIG00005050277) cpvl (ENSOKIG00005050225) CHN2 (ENSOKIG00005050170) ##22 ENSOKIG00005050152 ENSOKIG00005050149 fkbp14 (ENSOKIG00005050143) ENSOKIG00005050140 plekha8 (ENSOKIG00005050128) hacl1 (ENSOKIG00005050053) ANKRD28 (ENSOKIG00005049730) ahr1a (ENSOKIG00005049511) hdac9b (ENSOKIG00005049459) ENSOKIG00005049443 ENSOKIG00005049434 macc1 (ENSOKIG00005049429) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b.c ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.g.d ENSGT00390000003368 ENSGT00940000156420.a.a.c ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a.d ##22 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000157858.i.j ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858.i.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00940000166341.e Chinook salmon MODERN SPECIES 22 ccn4b (ENSOTSG00005005245) ccn4b (ENSOTSG00005005258) ENSOTSG00005005260 ENSOTSG00005005262 dync1i1 (ENSOTSG00005005265) ZFAT (ENSOTSG00005005272) rbfa (ENSOTSG00005005322) adnp2a (ENSOTSG00005005325) ENSOTSG00005005326 zgc:136493 (ENSOTSG00005005327) ENSOTSG00005005329 has2 (ENSOTSG00005005330) ENSOTSG00005005333 ENSOTSG00005000221 cpvl (ENSOTSG00005000262) CHN2 (ENSOTSG00005000314) ##22 ENSOTSG00005000326 ENSOTSG00005000327 fkbp14 (ENSOTSG00005000331) plekha8 (ENSOTSG00005000337) COLQ (ENSOTSG00005000342) hacl1 (ENSOTSG00005000344) ENSOTSG00005000346 ENSOTSG00005000349 ENSOTSG00005000350 ENSOTSG00005000352 ENSOTSG00005000354 ANKRD28 (ENSOTSG00005000358) twist1a (ENSOTSG00005000366) ENSOTSG00005000369 macc1 (ENSOTSG00005000374) Coho salmon MODERN SPECIES 668 ENSOKIG00005039550 ##22 ENSOKIG00005039514 fkbp14 (ENSOKIG00005039492) ENSOKIG00005039475 plekha8 (ENSOKIG00005039454) Rainbow trout MODERN SPECIES 11 ENSOMYG00000056728 ENSOMYG00000029171 cbx3b (ENSOMYG00000071084) ENSOMYG00000053803 skap2 (ENSOMYG00000029647) hoxa2b (ENSOMYG00000029726) hoxa9b (ENSOMYG00000025017) ENSOMYG00000028157 hoxa11b 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ENSELUG00000007457 fkbp14 (ENSELUG00000033081) plekha8 (ENSELUG00000007445) COLQ (ENSELUG00000007408) hacl1 (ENSELUG00000007356) ANKRD28 (ENSELUG00000007253) ENSELUG00000027964 ahr1a (ENSELUG00000007172) hdac9b (ENSELUG00000007075) twist1a (ENSELUG00000007017) ENSELUG00000007010 macc1 (ENSELUG00000006998) ENSELUG00000006975 sp8b (ENSELUG00000006950) ENSELUG00000034021 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.b ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 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csnk2b (ENSOJAG00000010906) Indian medaka MODERN SPECIES 5 ENSOMEG00000021121 ENSOMEG00000021098 cbx3b (ENSOMEG00000021045) snx10b (ENSOMEG00000021014) skap2 (ENSOMEG00000020980) hoxa2b (ENSOMEG00000020935) hoxa9b (ENSOMEG00000020924) ENSOMEG00000020917 hoxa11b (ENSOMEG00000020907) hoxa13b (ENSOMEG00000020887) hibadhb (ENSOMEG00000020876) tax1bp1b (ENSOMEG00000020843) JAZF1 (ENSOMEG00000020759) CREB5 (ENSOMEG00000020734) cpvl (ENSOMEG00000020677) CHN2 (ENSOMEG00000020636) ##22 fkbp14 (ENSOMEG00000020616) plekha8 (ENSOMEG00000020599) COLQ (ENSOMEG00000020557) hacl1 (ENSOMEG00000020529) ANKRD28 (ENSOMEG00000020476) hdac9b (ENSOMEG00000020371) twist1b (ENSOMEG00000020301) macc1 (ENSOMEG00000020293) sp8b (ENSOMEG00000020278) ENSOMEG00000020267 ENSOMEG00000020255 ENSOMEG00000020238 ENSOMEG00000020223 ENSOMEG00000020189 ENSOMEG00000020136 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a 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ENSGT01100000263473.b.a.a.a Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000155957.a ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B ENSGT01100000263473.b.a.a.a Mangrove rivulus MODERN SPECIES 92 OSBPL3 (ENSKMAG00000014680) ENSKMAG00000014733 cbx3b (ENSKMAG00000014869) snx10b (ENSKMAG00000014891) skap2 (ENSKMAG00000014915) hoxa2b (ENSKMAG00000014967) hoxa9b (ENSKMAG00000014986) 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(ENSNFUG00015000650) ccdc12 (ENSNFUG00015000660) CHN2 (ENSNFUG00015000744) ##22 FKBP14 (ENSNFUG00015000869) PLEKHA8 (ENSNFUG00015000887) COLQ (ENSNFUG00015000936) hacl1 (ENSNFUG00015000945) ENSNFUG00015000965 ANKRD28 (ENSNFUG00015001085) ENSNFUG00015001412 hdac9b (ENSNFUG00015001430) TWIST1 (ENSNFUG00015001445) macc1 (ENSNFUG00015001453) ENSNFUG00015001462 ENSNFUG00015001653 ENSNFUG00015001687 FHOD3 (ENSNFUG00015001811) RXRBB (ENSNFUG00015002175) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 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rxrbb (ENSFHEG00000014238) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.b ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.b Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a 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Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 444 ENSHBUG00000017494 ENSHBUG00000017501 cbx3b (ENSHBUG00000017511) snx10b (ENSHBUG00000017519) skap2 (ENSHBUG00000017527) hoxa2b (ENSHBUG00000017536) hoxa9b (ENSHBUG00000017541) ENSHBUG00000017556 hoxa11b (ENSHBUG00000017560) 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ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B P. nyererei MODERN SPECIES 379 ENSPNYG00000015501 ENSPNYG00000015381 cbx3b (ENSPNYG00000015359) snx10b (ENSPNYG00000015345) skap2 (ENSPNYG00000015241) hoxa2b (ENSPNYG00000015186) hoxa9b (ENSPNYG00000015171) ENSPNYG00000015144 hoxa11b (ENSPNYG00000015136) hoxa13b (ENSPNYG00000015087) hibadhb (ENSPNYG00000015054) tax1bp1b (ENSPNYG00000014959) JAZF1 (ENSPNYG00000014932) CREB5 (ENSPNYG00000014903) cpvl (ENSPNYG00000014875) CHN2 (ENSPNYG00000014857) ##22 fkbp14 (ENSPNYG00000014830) plekha8 (ENSPNYG00000014782) COLQ (ENSPNYG00000014683) hacl1 (ENSPNYG00000014606) ANKRD28 (ENSPNYG00000014481) hdac9b (ENSPNYG00000014404) twist1b (ENSPNYG00000014358) macc1 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ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.b ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.b ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Orange clownfish MODERN SPECIES 21 ENSAPEG00000010406 ENSAPEG00000010467 cbx3b (ENSAPEG00000010544) snx10b (ENSAPEG00000010549) skap2 (ENSAPEG00000010559) hoxa2b (ENSAPEG00000010631) ENSAPEG00000010652 hoxa11b (ENSAPEG00000010686) hoxa13b (ENSAPEG00000010694) hibadhb (ENSAPEG00000010821) tax1bp1b (ENSAPEG00000010863) JAZF1 (ENSAPEG00000010953) ENSAPEG00000010975 CREB5 (ENSAPEG00000010990) cpvl (ENSAPEG00000011142) CHN2 (ENSAPEG00000011217) ##22 fkbp14 (ENSAPEG00000011268) plekha8 (ENSAPEG00000011298) COLQ (ENSAPEG00000011370) hacl1 (ENSAPEG00000011431) ANKRD28 (ENSAPEG00000011524) hdac9b 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SLC6A18 (ENSAOCG00000004542) slc6a19b (ENSAOCG00000004568) ENSAOCG00000004580 Spiny chromis MODERN SPECIES 194 ENSAPOG00000017983 cbx3b (ENSAPOG00000017883) snx10b (ENSAPOG00000017871) skap2 (ENSAPOG00000017825) hoxa2b (ENSAPOG00000017752) hoxa9b (ENSAPOG00000017744) ENSAPOG00000017706 hoxa11b (ENSAPOG00000017683) hoxa13b (ENSAPOG00000017602) hibadhb (ENSAPOG00000017541) tax1bp1b (ENSAPOG00000017500) JAZF1 (ENSAPOG00000017474) CREB5 (ENSAPOG00000017445) cpvl (ENSAPOG00000000472) cpvl (ENSAPOG00000017366) CHN2 (ENSAPOG00000017355) ##22 fkbp14 (ENSAPOG00000017291) plekha8 (ENSAPOG00000017273) COLQ (ENSAPOG00000017255) hacl1 (ENSAPOG00000017232) ANKRD28 (ENSAPOG00000017221) hdac9b (ENSAPOG00000017075) twist1b (ENSAPOG00000016998) macc1 (ENSAPOG00000016938) sp8b (ENSAPOG00000016930) ENSAPOG00000016913 DNAH11 (ENSAPOG00000016847) RAPGEF5 (ENSAPOG00000016598) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 945 ENSSPAG00000012509 ENSSPAG00000012543 cbx3b (ENSSPAG00000012709) snx10b (ENSSPAG00000012728) 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ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802.q ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Seriola ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000178953 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802.q ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Greater amberjack MODERN SPECIES 250 ENSSDUG00000000814 ENSSDUG00000000856 cbx3b (ENSSDUG00000001063) snx10b (ENSSDUG00000001069) skap2 (ENSSDUG00000001074) hoxa2b (ENSSDUG00000001084) hoxa9b (ENSSDUG00000001099) ENSSDUG00000001112 hoxa11b (ENSSDUG00000001124) hoxa13b (ENSSDUG00000001137) hibadhb (ENSSDUG00000001170) tax1bp1b (ENSSDUG00000001177) JAZF1 (ENSSDUG00000001189) CREB5 (ENSSDUG00000001228) cpvl (ENSSDUG00000001270) CHN2 (ENSSDUG00000001322) ##22 fkbp14 (ENSSDUG00000001345) plekha8 (ENSSDUG00000001363) COLQ (ENSSDUG00000001385) hacl1 (ENSSDUG00000001427) ANKRD28 (ENSSDUG00000001509) hdac9b (ENSSDUG00000001605) twist1b (ENSSDUG00000001670) macc1 (ENSSDUG00000001682) sp8b (ENSSDUG00000001699) DNAH11 (ENSSDUG00000001754) RAPGEF5 (ENSSDUG00000001955) ENSSDUG00000001992 SLC6A18 (ENSSDUG00000002006) slc6a19b (ENSSDUG00000002036) FHOD3 (ENSSDUG00000002070) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2583 ENSSLDG00000015068 ENSSLDG00000015024 cbx3b (ENSSLDG00000015003) snx10b (ENSSLDG00000014993) skap2 (ENSSLDG00000014966) hoxa2b (ENSSLDG00000014909) hoxa9b (ENSSLDG00000014900) ENSSLDG00000014879 hoxa11b (ENSSLDG00000014872) hoxa13b (ENSSLDG00000014863) hibadhb (ENSSLDG00000014828) tax1bp1b (ENSSLDG00000014804) JAZF1 (ENSSLDG00000014789) CREB5 (ENSSLDG00000014760) cpvl (ENSSLDG00000014724) CHN2 (ENSSLDG00000014703) ##22 fkbp14 (ENSSLDG00000014589) plekha8 (ENSSLDG00000014564) COLQ (ENSSLDG00000014536) hacl1 (ENSSLDG00000014503) ENSSLDG00000014484 Barramundi perch MODERN SPECIES 17 ENSLCAG00010011822 ENSLCAG00010011810 cbx3b (ENSLCAG00010011802) snx10b (ENSLCAG00010011798) skap2 (ENSLCAG00010011794) hoxa2b (ENSLCAG00010011791) hoxa9b (ENSLCAG00010011789) ENSLCAG00010011786 hoxa11b (ENSLCAG00010011784) hoxa13b (ENSLCAG00010011777) hibadhb (ENSLCAG00010011766) tax1bp1b (ENSLCAG00010011753) JAZF1 (ENSLCAG00010011748) CREB5 (ENSLCAG00010011737) cpvl (ENSLCAG00010011717) CHN2 (ENSLCAG00010011703) ##22 fkbp14 (ENSLCAG00010011697) plekha8 (ENSLCAG00010011690) COLQ (ENSLCAG00010011685) hacl1 (ENSLCAG00010011623) ANKRD28 (ENSLCAG00010010440) hdac9b (ENSLCAG00010010199) twist1b (ENSLCAG00010010187) macc1 (ENSLCAG00010010184) sp8b (ENSLCAG00010010178) DNAH11 (ENSLCAG00010009391) RAPGEF5 (ENSLCAG00010009115) ENSLCAG00010009105 ENSLCAG00010009103 SLC6A18 (ENSLCAG00010009083) slc6a19b (ENSLCAG00010009062) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B Turbot MODERN SPECIES ENSSMAG00000020269 ENSSMAG00000020274 cbx3b (ENSSMAG00000029813) skap2 (ENSSMAG00000020291) snx10b (ENSSMAG00000020285) hoxa2b (ENSSMAG00000020316) hoxa9b (ENSSMAG00000000069) ENSSMAG00000000071 hoxa11b (ENSSMAG00000000072) hoxa13b (ENSSMAG00000000073) hibadhb (ENSSMAG00000000075) tax1bp1b (ENSSMAG00000000076) JAZF1 (ENSSMAG00000000079) CREB5 (ENSSMAG00000000081) cpvl (ENSSMAG00000000083) CHN2 (ENSSMAG00000000085) ##22 fkbp14 (ENSSMAG00000000089) plekha8 (ENSSMAG00000000090) COLQ (ENSSMAG00000000096) hacl1 (ENSSMAG00000000099) ANKRD28 (ENSSMAG00000000101) hdac9b (ENSSMAG00000000130) twist1b (ENSSMAG00000000162) macc1 (ENSSMAG00000000165) sp8b (ENSSMAG00000000167) DNAH11 (ENSSMAG00000000170) ENSSMAG00000000208 ENSSMAG00000036567 ENSSMAG00000035029 ENSSMAG00000000224 ENSSMAG00000000234 Tongue sole MODERN SPECIES 4 ENSCSEG00000004746 ENSCSEG00000004752 cbx3b (ENSCSEG00000004761) snx10b (ENSCSEG00000004763) skap2 (ENSCSEG00000004771) hoxa2b (ENSCSEG00000004781) hoxa9b (ENSCSEG00000004783) ENSCSEG00000004785 hoxa11b (ENSCSEG00000004788) hoxa13b (ENSCSEG00000004792) hibadhb (ENSCSEG00000004801) tax1bp1b (ENSCSEG00000004813) JAZF1 (ENSCSEG00000004836) CREB5 (ENSCSEG00000004842) cpvl (ENSCSEG00000004857) CHN2 (ENSCSEG00000004861) ##22 fkbp14 (ENSCSEG00000004873) plekha8 (ENSCSEG00000004876) COLQ (ENSCSEG00000004880) hacl1 (ENSCSEG00000004885) ANKRD28 (ENSCSEG00000004894) hdac9b (ENSCSEG00000004911) twist1b (ENSCSEG00000004923) macc1 (ENSCSEG00000004928) sp8b (ENSCSEG00000004940) ENSCSEG00000004949 ENSCSEG00000004986 ENSCSEG00000004997 ENSCSEG00000004998 slc6a19b (ENSCSEG00000004999) FHOD3 (ENSCSEG00000005007) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l 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ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000154807.a.a ENSGT00940000159208.B ENSGT00940000155739 Climbing perch MODERN SPECIES 7 ENSATEG00000027748 ENSATEG00000005781 cbx3b (ENSATEG00000005871) snx10b (ENSATEG00000005877) skap2 (ENSATEG00000005895) hoxa2b (ENSATEG00000005962) hoxa9b (ENSATEG00000005978) ENSATEG00000006005 hoxa11b (ENSATEG00000006040) hoxa13b (ENSATEG00000006127) hibadhb (ENSATEG00000006226) tax1bp1b (ENSATEG00000006270) JAZF1 (ENSATEG00000006282) CREB5 (ENSATEG00000006306) cpvl (ENSATEG00000006320) CHN2 (ENSATEG00000006387) ##22 fkbp14 (ENSATEG00000006455) plekha8 (ENSATEG00000006488) COLQ (ENSATEG00000025574) hacl1 (ENSATEG00000006565) ANKRD28 (ENSATEG00000006576) hdac9b (ENSATEG00000006720) twist1b (ENSATEG00000006779) macc1 (ENSATEG00000006829) sp8b (ENSATEG00000006843) DNAH11 (ENSATEG00000006948) ENSATEG00000007586 ENSATEG00000007695 ENSATEG00000007774 rxrbb (ENSATEG00000007788) c4b (ENSATEG00000007852) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 7 ENSBSLG00000022161 ENSBSLG00000022363 cbx3b (ENSBSLG00000022798) snx10b (ENSBSLG00000022820) skap2 (ENSBSLG00000022877) hoxa2b (ENSBSLG00000023087) hoxa9b (ENSBSLG00000023091) ENSBSLG00000023098 hoxa11b (ENSBSLG00000023103) hoxa13b (ENSBSLG00000023107) hibadhb (ENSBSLG00000023113) tax1bp1b (ENSBSLG00000023142) JAZF1 (ENSBSLG00000023176) CREB5 (ENSBSLG00000023199) cpvl (ENSBSLG00000023204) CHN2 (ENSBSLG00000023238) ##22 fkbp14 (ENSBSLG00000023475) plekha8 (ENSBSLG00000023540) COLQ (ENSBSLG00000023554) hacl1 (ENSBSLG00000023602) ANKRD28 (ENSBSLG00000023994) hdac9b (ENSBSLG00000024733) twist1b (ENSBSLG00000024765) macc1 (ENSBSLG00000024774) sp8b (ENSBSLG00000024778) DNAH11 (ENSBSLG00000024801) ENSBSLG00000025395 ENSBSLG00000025413 SLC6A19 (ENSBSLG00000025442) FHOD3 (ENSBSLG00000025484) rxrbb (ENSBSLG00000025583) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.b Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.b Ballan wrasse MODERN SPECIES 101 ENSLBEG00000009699 ENSLBEG00000009627 cbx3b (ENSLBEG00000009482) snx10b (ENSLBEG00000009434) skap2 (ENSLBEG00000009365) hoxa2b (ENSLBEG00000009277) hoxa9b (ENSLBEG00000009261) ENSLBEG00000009239 hoxa11b (ENSLBEG00000009228) hoxa13b (ENSLBEG00000009213) hibadhb (ENSLBEG00000009177) tax1bp1b (ENSLBEG00000009134) JAZF1 (ENSLBEG00000009100) CREB5 (ENSLBEG00000009016) cpvl (ENSLBEG00000008956) CHN2 (ENSLBEG00000008860) ##22 fkbp14 (ENSLBEG00000008801) plekha8 (ENSLBEG00000008747) COLQ (ENSLBEG00000008704) hacl1 (ENSLBEG00000008593) ANKRD28 (ENSLBEG00000008448) hdac9b 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SPECIES 3 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000157858.i ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000166341 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00390000013151.a.b ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000158880 ENSGT00940000155137.a.a ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.e ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255 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ENSGT00940000164650 ENSGT00940000158906.i ENSGT00940000154896.l ENSGT00940000154807.a.a European seabass MODERN SPECIES 6 pals2a (ENSDLAG00005013839) OSBPL3 (ENSDLAG00005014842) ENSDLAG00005015884 C7orf31 (ENSDLAG00005015785) snx10b (ENSDLAG00005015985) skap2 (ENSDLAG00005016010) hoxa9b (ENSDLAG00005016040) ENSDLAG00005016047 hoxa11b (ENSDLAG00005034243) hoxa13b (ENSDLAG00005016052) hibadhb (ENSDLAG00005016058) tax1bp1b (ENSDLAG00005016113) JAZF1 (ENSDLAG00005016165) CREB5 (ENSDLAG00005016181) cpvl (ENSDLAG00005016207) CHN2 (ENSDLAG00005016963) ##22 fkbp14 (ENSDLAG00005027101) plekha8 (ENSDLAG00005017284) hacl1 (ENSDLAG00005017349) ENSDLAG00005017437 hdac9b (ENSDLAG00005019085) twist1b (ENSDLAG00005027630) macc1 (ENSDLAG00005019153) sp8b (ENSDLAG00005032957) DNAH11 (ENSDLAG00005004445) ENSDLAG00005005661 ENSDLAG00005006103 ENSDLAG00005006119 slc6a19b (ENSDLAG00005006402) ENSDLAG00005007838 rxrbb (ENSDLAG00005009170) Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 ENSLCRG00005009704 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ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000156007.l ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000155029.c.a.d ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a.f ENSGT00940000158311.b ENSGT00940000164071.b.a ENSGT00940000155255.db ENSGT00950000183025.b.a.`b ENSGT00390000003635.h.a ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00990000208316 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248.c.a ENSGT00940000156802 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000154486.b.a.b.m ENSGT00940000163428.b.b ENSGT00940000163281.a ENSGT00390000013151.a.b.e ENSGT00940000155287 ENSGT00940000166052 ENSGT00940000162033.a.a ENSGT00940000157827.h ENSGT00940000158880 P. kingsleyae DUPLICATION P. kingsleyae MODERN SPECIES 161 hoxa2b (ENSPKIG00000000322) HOXA4 (ENSPKIG00000000314) hoxa3a (ENSPKIG00000000306) hoxa5a (ENSPKIG00000000291) HOXA7 (ENSPKIG00000000233) hoxa9a (ENSPKIG00000000219) hoxa10b (ENSPKIG00000000211) hoxa11a 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dazl (ENSECRG00000020678) Reedfish MODERN SPECIES 4 hoxa3a (ENSECRG00000021756) HOXA4 (ENSECRG00000021734) hoxa5a (ENSECRG00000021709) hoxa9a (ENSECRG00000021687) ENSECRG00000021680 hoxa11a (ENSECRG00000021670) hoxa13b (ENSECRG00000021658) evx1 (ENSECRG00000021649) hibadhb (ENSECRG00000021631) TAX1BP1 (ENSECRG00000021604) jazf1a (ENSECRG00000021586) CREB5 (ENSECRG00000021562) TRIL (ENSECRG00000021548) ENSECRG00000021534 cpvl (ENSECRG00000021266) CHN2 (ENSECRG00000021158) ##22 ENSECRG00000021118 ##22 ENSECRG00000021076 WIPF3 (ENSECRG00000021065) SCRN1 (ENSECRG00000021054) ##26 fkbp14 (ENSECRG00000021041) plekha8 (ENSECRG00000021010) COLQ (ENSECRG00000020973) hacl1 (ENSECRG00000020942) btd (ENSECRG00000020919) ANKRD28 (ENSECRG00000020828) ENSECRG00000020785 GALNT15 (ENSECRG00000020760) ENSECRG00000020745 oxnad1 (ENSECRG00000020731) RFTN1 (ENSECRG00000020704) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 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(ENSXETG00000009047) satb1 (ENSXETG00000009045) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 8 HOXA11 (ENSLLEG00000008872) ENSLLEG00000008907 ENSLLEG00000008964 EVX1 (ENSLLEG00000009012) HIBADH (ENSLLEG00000009078) ENSLLEG00000009342 JAZF1 (ENSLLEG00000009536) ENSLLEG00000009572 ENSLLEG00000009612 ENSLLEG00000009632 ENSLLEG00000009644 CREB5 (ENSLLEG00000009663) TRIL (ENSLLEG00000009710) CPVL (ENSLLEG00000009838) ENSLLEG00000010320 CHN2 (ENSLLEG00000010376) ##22 PRR15 (ENSLLEG00000010846) WIPF3 (ENSLLEG00000010864) SCRN1 (ENSLLEG00000011017) ##26 FKBP14 (ENSLLEG00000011179) PLEKHA8 (ENSLLEG00000011242) COLQ (ENSLLEG00000011444) HACL1 (ENSLLEG00000011774) ENSLLEG00000012262 BTD (ENSLLEG00000012283) ANKRD28 (ENSLLEG00000012335) ENSLLEG00000012662 GALNT15 (ENSLLEG00000012781) OXNAD1 (ENSLLEG00000012884) ENSLLEG00000012981 RFTN1 (ENSLLEG00000013002) Amniota ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000014721 ENSGT00390000009664 ENSGT00940000155191.b ENSGT00730000111225 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888 ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 ENSGT00940000155365.a.a ENSGT00940000176159 Platypus MODERN SPECIES 19 ENSOANG00000048692 HOXA5 (ENSOANG00000009167) HOXA6 (ENSOANG00000009168) HOXA7 (ENSOANG00000046422) ENSOANG00000046469 HOXA10 (ENSOANG00000045760) HOXA11 (ENSOANG00000045981) HOXA13 (ENSOANG00000040975) ENSOANG00000009174 HIBADH (ENSOANG00000044957) TAX1BP1 (ENSOANG00000009176) JAZF1 (ENSOANG00000049457) CREB5 (ENSOANG00000009178) TRIL (ENSOANG00000044975) CPVL (ENSOANG00000009179) ENSOANG00000009180 ##22 ENSOANG00000008899 ENSOANG00000050716 SCRN1 (ENSOANG00000035998) ##26 FKBP14 (ENSOANG00000010833) PLEKHA8 (ENSOANG00000010831) ZNRF2 (ENSOANG00000048565) NOD1 (ENSOANG00000010829) GGCT (ENSOANG00000036522) ENTPD3 (ENSOANG00000010089) RPL14 (ENSOANG00000036456) ENSOANG00000037840 ENSOANG00000010086 POMGNT2 (ENSOANG00000010085) SNRK (ENSOANG00000039434) ANO10 (ENSOANG00000010082) Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888 ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 ENSGT00940000155365.a.a ENSGT00940000176159 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888.b ENSGT00940000157337 ENSGT00390000007888.a ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 Opossum MODERN SPECIES 7 HOXA5 (ENSMODG00000000483) HOXA6 (ENSMODG00000000472) HOXA7 (ENSMODG00000038697) ENSMODG00000051224 HOXA10 (ENSMODG00000000463) HOXA11 (ENSMODG00000000453) HOXA13 (ENSMODG00000000449) EVX1 (ENSMODG00000000447) HIBADH (ENSMODG00000000340) ENSMODG00000000315 JAZF1 (ENSMODG00000000289) ENSMODG00000047548 CREB5 (ENSMODG00000015335) TRIL (ENSMODG00000023951) CPVL (ENSMODG00000015330) CHN2 (ENSMODG00000015321) ##22 ENSMODG00000039368 ENSMODG00000037541 SCRN1 (ENSMODG00000015310) ##26 FKBP14 (ENSMODG00000015306) PLEKHA8 (ENSMODG00000015303) MTURN (ENSMODG00000015290) ZNRF2 (ENSMODG00000015284) NOD1 (ENSMODG00000015275) ENSMODG00000015273 ENTPD3 (ENSMODG00000015270) ENSMODG00000027811 ENSMODG00000015262 GASK1A (ENSMODG00000015255) POMGNT2 (ENSMODG00000015250) ENSMODG00000015248 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888.b ENSGT00940000157337 ENSGT00390000007888.a ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888.b ENSGT00940000157337 ENSGT00390000007888.a ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585.a ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT01100000263542.A ENSGT00390000007888.b.b ENSGT00940000157337 ENSGT00390000007888.a.a ENSGT00420000029769.a ENSGT00940000160695 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1036 ENSVURG00010019706 ENSVURG00010019698 ENSVURG00010019692 ENSVURG00010019687 ENSVURG00010019686 HOXA10 (ENSVURG00010019671) ENSVURG00010019662 ENSVURG00010019656 ENSVURG00010019653 ENSVURG00010019606 ENSVURG00010019563 ENSVURG00010019555 ENSVURG00010019547 ENSVURG00010019537 ENSVURG00010019508 ENSVURG00010018812 ##22 ENSVURG00010018779 ENSVURG00010018768 ENSVURG00010018761 ##26 ENSVURG00010018752 ENSVURG00010018740 ENSVURG00010018732 ENSVURG00010018714 ENSVURG00010018701 ENSVURG00010018692 ENSVURG00010018618 ENSVURG00010018602 ENSVURG00010018595 ENSVURG00010018588 ENSVURG00010018580 ENSVURG00010018578 Common wonbat MODERN SPECIES 1036 ENSVURG00010000272 ENSVURG00010000263 ENSVURG00010000256 ENSVURG00010000250 ENSVURG00010000241 ENSVURG00010000225 ENSVURG00010000215 ENSVURG00010000199 ENSVURG00010000187 ENSVURG00010000176 ENSVURG00010000109 ENSVURG00010000094 ENSVURG00010023109 ENSVURG00010023105 ENSVURG00010023103 ENSVURG00010023062 ##22 ENSVURG00010023054 ENSVURG00010023046 ENSVURG00010023039 ##26 ENSVURG00010023036 ENSVURG00010023031 ENSVURG00010023026 ENSVURG00010023021 ENSVURG00010023007 ENSVURG00010022994 ENSVURG00010022986 ENSVURG00010022980 ENSVURG00010022973 ENSVURG00010022965 ENSVURG00010022957 ENSVURG00010022950 koala MODERN SPECIES 50 HOXA3 (ENSPCIG00000013705) ENSPCIG00000013701 HOXA5 (ENSPCIG00000013698) HOXA6 (ENSPCIG00000037246) HOXA7 (ENSPCIG00000013692) HOXA9 (ENSPCIG00000013689) ENSPCIG00000033721 HOXA11 (ENSPCIG00000013678) HOXA13 (ENSPCIG00000013657) EVX1 (ENSPCIG00000013640) HIBADH 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ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Primates ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 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(ENSNLEG00000015148) GARS1 (ENSNLEG00000015152) CRHR2 (ENSNLEG00000015171) INMT (ENSNLEG00000015185) MINDY4 (ENSNLEG00000015188) AQP1 (ENSNLEG00000035862) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000163122 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00530000062932.c.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 752 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 676 TRIL (ENSRBIG00000008971) CPVL (ENSRBIG00000038382) CHN2 (ENSRBIG00000044305) ##22 PRR15 (ENSRBIG00000018504) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1588 TRIL (ENSRROG00000011019) CPVL (ENSRROG00000042100) CHN2 (ENSRROG00000040229) ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00420000029792.r ENSGT00940000155255 ENSGT00940000163122 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00530000062932.c.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a Vervet Monkey MODERN SPECIES 13 HOXA4 (ENSCSAG00000014273) HOXA5 (ENSCSAG00000014278) HOXA6 (ENSCSAG00000014287) HOXA7 (ENSCSAG00000014292) HOXA9 (ENSCSAG00000014297) ENSCSAG00000014302 HOXA11 (ENSCSAG00000014310) HOXA13 (ENSCSAG00000014315) EVX1 (ENSCSAG00000014325) ENSCSAG00000019607 HIBADH (ENSCSAG00000014337) TAX1BP1 (ENSCSAG00000014348) JAZF1 (ENSCSAG00000014355) CREB5 (ENSCSAG00000014360) CPVL (ENSCSAG00000014372) CHN2 (ENSCSAG00000014413) ##22 PRR15 (ENSCSAG00000019606) WIPF3 (ENSCSAG00000014442) SCRN1 (ENSCSAG00000014463) ##26 FKBP14 (ENSCSAG00000014478) PLEKHA8 (ENSCSAG00000014494) MTURN (ENSCSAG00000014501) ZNRF2 (ENSCSAG00000014505) NOD1 (ENSCSAG00000014514) GGCT (ENSCSAG00000014526) ENSCSAG00000014560 GARS1 (ENSCSAG00000014588) CRHR2 (ENSCSAG00000014665) INMT (ENSCSAG00000014685) MINDY4 (ENSCSAG00000014753) AQP1 (ENSCSAG00000014769) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00420000029792.r ENSGT00940000155255 ENSGT00940000163122 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00860000135709 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b.a.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 Macaca ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000163122 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00860000135709 ENSGT00950000183087.A.a.b.a.g.b.b ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b.a.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 534 HOXA6 (ENSMNEG00000013443) HOXA7 (ENSMNEG00000013840) HOXA9 (ENSMNEG00000035910) HOXA10 (ENSMNEG00000032276) HOXA11 (ENSMNEG00000030730) HOXA13 (ENSMNEG00000043469) EVX1 (ENSMNEG00000029237) HIBADH (ENSMNEG00000031307) ENSMNEG00000043622 TAX1BP1 (ENSMNEG00000030958) JAZF1 (ENSMNEG00000035073) ENSMNEG00000028508 CREB5 (ENSMNEG00000034055) TRIL (ENSMNEG00000004465) CPVL (ENSMNEG00000031185) CHN2 (ENSMNEG00000034226) ##22 PRR15 (ENSMNEG00000011732) ENSMNEG00000000853 WIPF3 (ENSMNEG00000028373) SCRN1 (ENSMNEG00000002956) ##26 PLEKHA8 (ENSMNEG00000010179) FKBP14 (ENSMNEG00000038941) MTURN (ENSMNEG00000040559) ZNRF2 (ENSMNEG00000042979) ENSMNEG00000043468 NOD1 (ENSMNEG00000036753) GGCT (ENSMNEG00000029761) GARS1 (ENSMNEG00000043203) CRHR2 (ENSMNEG00000040298) INMT (ENSMNEG00000036731) MINDY4 (ENSMNEG00000022974) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00860000135709 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01100000263493.a.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.b.b ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000159017.a.b ENSGT00910000147051 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b.a.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 Rhesus MODERN SPECIES 13 HOXA9 (ENSMMUG00000013459) HOXA10 (ENSMMUG00000051571) HOXA11 (ENSMMUG00000055708) HOXA13 (ENSMMUG00000013463) EVX1 (ENSMMUG00000056313) ENSMMUG00000037517 HIBADH (ENSMMUG00000023134) TAX1BP1 (ENSMMUG00000022454) JAZF1 (ENSMMUG00000042360) ENSMMUG00000046993 CREB5 (ENSMMUG00000039317) TRIL (ENSMMUG00000020183) CPVL (ENSMMUG00000020184) ENSMMUG00000059764 ENSMMUG00000053302 CHN2 (ENSMMUG00000008329) ##22 PRR15 (ENSMMUG00000064213) ENSMMUG00000062652 ENSMMUG00000050459 ENSMMUG00000065141 WIPF3 (ENSMMUG00000045852) SCRN1 (ENSMMUG00000016803) ##26 FKBP14 (ENSMMUG00000012528) PLEKHA8 (ENSMMUG00000012529) MTURN (ENSMMUG00000012539) ZNRF2 (ENSMMUG00000012541) NOD1 (ENSMMUG00000012547) GGCT (ENSMMUG00000012550) GARS1 (ENSMMUG00000004719) CRHR2 (ENSMMUG00000011758) INMT (ENSMMUG00000064085) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 13 HOXA9 (ENSMFAG00000041407) HOXA10 (ENSMFAG00000000953) HOXA11 (ENSMFAG00000044467) HOXA13 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ENSGT00940000159017.a.a ENSGT01020000230346.F.t ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 Drill MODERN SPECIES 322 HOXA6 (ENSMLEG00000043981) HOXA7 (ENSMLEG00000043725) HOXA9 (ENSMLEG00000044371) HOXA10 (ENSMLEG00000040709) HOXA11 (ENSMLEG00000036444) ENSMLEG00000005797 EVX1 (ENSMLEG00000036235) ENSMLEG00000015804 HIBADH (ENSMLEG00000029648) ENSMLEG00000035158 TAX1BP1 (ENSMLEG00000014126) JAZF1 (ENSMLEG00000036373) CREB5 (ENSMLEG00000039039) TRIL (ENSMLEG00000032070) CPVL (ENSMLEG00000041505) CHN2 (ENSMLEG00000038612) ##22 PRR15 (ENSMLEG00000025853) ENSMLEG00000030247 ENSMLEG00000009545 WIPF3 (ENSMLEG00000043804) SCRN1 (ENSMLEG00000037891) ##26 FKBP14 (ENSMLEG00000033829) PLEKHA8 (ENSMLEG00000033247) MTURN (ENSMLEG00000043599) ENSMLEG00000008978 ENSMLEG00000042553 ENSMLEG00000043389 NOD1 (ENSMLEG00000035081) GGCT (ENSMLEG00000031112) GARS1 (ENSMLEG00000044430) CRHR2 (ENSMLEG00000043615) Sooty mangabey MODERN SPECIES 98 HOXA6 (ENSCATG00000035243) HOXA9 (ENSCATG00000042075) HOXA10 (ENSCATG00000044959) HOXA11 (ENSCATG00000001552) ENSCATG00000034918 HOXA13 (ENSCATG00000037385) EVX1 (ENSCATG00000040260) ENSCATG00000000896 HIBADH (ENSCATG00000041726) ENSCATG00000040606 TAX1BP1 (ENSCATG00000040940) JAZF1 (ENSCATG00000039839) CREB5 (ENSCATG00000039237) TRIL (ENSCATG00000017105) CPVL (ENSCATG00000000641) CHN2 (ENSCATG00000038903) ##22 PRR15 (ENSCATG00000017757) ENSCATG00000044464 WIPF3 (ENSCATG00000040321) SCRN1 (ENSCATG00000043113) ##26 PLEKHA8 (ENSCATG00000029385) FKBP14 (ENSCATG00000031169) MTURN (ENSCATG00000029991) ZNRF2 (ENSCATG00000043935) ENSCATG00000031305 NOD1 (ENSCATG00000038597) GGCT (ENSCATG00000024129) GARS1 (ENSCATG00000036699) CRHR2 (ENSCATG00000044419) INMT (ENSCATG00000032476) MINDY4 (ENSCATG00000005966) Olive baboon MODERN SPECIES 14 HOXA9 (ENSPANG00000025913) HOXA10 (ENSPANG00000021024) HOXA11 (ENSPANG00000026298) HOXA13 (ENSPANG00000030952) EVX1 (ENSPANG00000010753) SNX6 (ENSPANG00000045776) ENSPANG00000037608 HIBADH (ENSPANG00000007147) TAX1BP1 (ENSPANG00000025183) JAZF1 (ENSPANG00000006254) ENSPANG00000044199 ENSPANG00000045027 CREB5 (ENSPANG00000025914) TRIL (ENSPANG00000034493) CPVL (ENSPANG00000006146) CHN2 (ENSPANG00000023717) ##22 ENSPANG00000045790 ENSPANG00000046085 ##22 PRR15 (ENSPANG00000005817) ENSPANG00000015023 ENSPANG00000006256 ##26 PLEKHA8 (ENSPANG00000008058) ENSPANG00000006298 ZNRF2 (ENSPANG00000015176) NOD1 (ENSPANG00000010449) GGCT (ENSPANG00000019769) GARS1 (ENSPANG00000026231) ENSPANG00000020688 INMT (ENSPANG00000023384) MINDY4 (ENSPANG00000017321) AQP1 (ENSPANG00000029920) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.a.a.p ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 14 HOXA11 (ENSPANG00000026298) HOXA13 (ENSPANG00000030952) EVX1 (ENSPANG00000010753) SNX6 (ENSPANG00000045776) ENSPANG00000037608 HIBADH (ENSPANG00000007147) TAX1BP1 (ENSPANG00000025183) JAZF1 (ENSPANG00000006254) ENSPANG00000044199 ENSPANG00000045027 CREB5 (ENSPANG00000025914) TRIL (ENSPANG00000034493) CPVL (ENSPANG00000006146) CHN2 (ENSPANG00000023717) ##22 ENSPANG00000045790 ENSPANG00000046085 ##22 PRR15 (ENSPANG00000005817) ENSPANG00000015023 ENSPANG00000006256 ##26 PLEKHA8 (ENSPANG00000008058) ENSPANG00000006298 ZNRF2 (ENSPANG00000015176) NOD1 (ENSPANG00000010449) GGCT (ENSPANG00000019769) GARS1 (ENSPANG00000026231) ENSPANG00000020688 INMT (ENSPANG00000023384) MINDY4 (ENSPANG00000017321) AQP1 (ENSPANG00000029920) GHRHR (ENSPANG00000019771) ADCYAP1R1 (ENSPANG00000000646) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Tree shrew MODERN SPECIES 145 CHN2 (ENSTBEG00000017337) ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 Pika MODERN SPECIES 32 CHN2 (ENSOPRG00000015290) ##22 ENSOPRG00000019168 SCRN1 (ENSOPRG00000015308) ##26 FKBP14 (ENSOPRG00000015316) PLEKHA8 (ENSOPRG00000015322) Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 1 ENSOCUG00000015190 HOXA5 (ENSOCUG00000029580) HOXA7 (ENSOCUG00000015183) HOXA9 (ENSOCUG00000020585) HOXA10 (ENSOCUG00000029439) HOXA11 (ENSOCUG00000015170) HOXA13 (ENSOCUG00000024694) EVX1 (ENSOCUG00000015159) HIBADH (ENSOCUG00000010349) TAX1BP1 (ENSOCUG00000012730) JAZF1 (ENSOCUG00000012738) ENSOCUG00000026115 CREB5 (ENSOCUG00000003639) ENSOCUG00000026897 CPVL (ENSOCUG00000016573) ENSOCUG00000009401 ##22 PRR15 (ENSOCUG00000009403) WIPF3 (ENSOCUG00000000802) SCRN1 (ENSOCUG00000000804) ##26 FKBP14 (ENSOCUG00000000805) PLEKHA8 (ENSOCUG00000000807) ENSOCUG00000036408 ENSOCUG00000036913 ENSOCUG00000039679 NOD1 (ENSOCUG00000005277) GGCT (ENSOCUG00000005280) GARS1 (ENSOCUG00000005295) CRHR2 (ENSOCUG00000024444) ENSOCUG00000023063 INMT (ENSOCUG00000024221) MINDY4 (ENSOCUG00000006022) Rabbit MODERN SPECIES 2 ENSOCUG00000039253 RASA1 (ENSOCUG00000004646) CCNH (ENSOCUG00000004659) ENSOCUG00000035816 ENSOCUG00000033164 TMEM161B (ENSOCUG00000005147) MEF2C (ENSOCUG00000029354) CETN3 (ENSOCUG00000005711) MBLAC2 (ENSOCUG00000026716) ENSOCUG00000010624 LYSMD3 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SPECIES 15 Hoxa4 (MGP_SPRETEiJ_G0029387) Hoxa5 (MGP_SPRETEiJ_G0029388) Hoxa6 (MGP_SPRETEiJ_G0029389) Hoxa7 (MGP_SPRETEiJ_G0029390) Hoxa9 (MGP_SPRETEiJ_G0029391) Hoxa10 (MGP_SPRETEiJ_G0029392) Hoxa11 (MGP_SPRETEiJ_G0029393) MGP_SPRETEiJ_G0029394 Evx1 (MGP_SPRETEiJ_G0029395) Hibadh (MGP_SPRETEiJ_G0029396) Tax1bp1 (MGP_SPRETEiJ_G0029397) Jazf1 (MGP_SPRETEiJ_G0029398) Creb5 (MGP_SPRETEiJ_G0029399) Tril (MGP_SPRETEiJ_G0029400) Cpvl (MGP_SPRETEiJ_G0029401) Chn2 (MGP_SPRETEiJ_G0029402) ##22 Prr15 (MGP_SPRETEiJ_G0029403) MGP_SPRETEiJ_G0029404 Scrn1 (MGP_SPRETEiJ_G0029405) ##26 Plekha8 (MGP_SPRETEiJ_G0029407) Mturn (MGP_SPRETEiJ_G0029408) Znrf2 (MGP_SPRETEiJ_G0029409) Nod1 (MGP_SPRETEiJ_G0029410) Ggct (MGP_SPRETEiJ_G0029411) Gars (MGP_SPRETEiJ_G0029412) Crhr2 (MGP_SPRETEiJ_G0029413) Inmt (MGP_SPRETEiJ_G0029414) Mindy4 (MGP_SPRETEiJ_G0029415) Aqp1 (MGP_SPRETEiJ_G0029416) Ghrhr (MGP_SPRETEiJ_G0029417) Adcyap1r1 (MGP_SPRETEiJ_G0029418) Steppe mouse MODERN SPECIES 267 ENSMSIG00000023644 Tril 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Hoxa6 (ENSDORG00000006319) Hoxa7 (ENSDORG00000006321) Hoxa9 (ENSDORG00000006323) ENSDORG00000029112 ENSDORG00000028643 Hoxa11 (ENSDORG00000006326) Hoxa13 (ENSDORG00000006328) Evx1 (ENSDORG00000024747) Hibadh (ENSDORG00000002792) ENSDORG00000030184 Jazf1 (ENSDORG00000029172) Creb5 (ENSDORG00000010434) Tril (ENSDORG00000025363) Cpvl (ENSDORG00000012786) Chn2 (ENSDORG00000003980) ##22 Prr15 (ENSDORG00000028597) Wipf3 (ENSDORG00000004081) ENSDORG00000028313 Scrn1 (ENSDORG00000004083) ##26 Fkbp14 (ENSDORG00000013417) Plekha8 (ENSDORG00000013418) Mturn (ENSDORG00000029215) ENSDORG00000023424 Vwc2 (ENSDORG00000007769) Zpbp (ENSDORG00000007772) Spata48 (ENSDORG00000027397) ENSDORG00000010394 Fignl1 (ENSDORG00000015500) Ddc (ENSDORG00000015502) Grb10 (ENSDORG00000015505) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00460000041667 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00460000041667 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Guinea pig MODERN SPECIES 44 HOXA3 (ENSCPOG00000030159) ENSCPOG00000032985 HOXA5 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ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00460000041667 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Degu MODERN SPECIES 56 ENSODEG00000009545 ENSODEG00000009794 HOXA11 (ENSODEG00000010282) HOXA13 (ENSODEG00000007693) EVX1 (ENSODEG00000007853) HIBADH (ENSODEG00000010442) ENSODEG00000007935 ENSODEG00000019519 ENSODEG00000011639 ENSODEG00000011321 JAZF1 (ENSODEG00000009398) CREB5 (ENSODEG00000008640) TRIL (ENSODEG00000019862) ENSODEG00000009470 ENSODEG00000008241 CHN2 (ENSODEG00000008637) ##22 PRR15 (ENSODEG00000019540) ENSODEG00000019511 WIPF3 (ENSODEG00000007842) SCRN1 (ENSODEG00000008733) ##26 FKBP14 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ENSSVLG00005012960 CREB5 (ENSSVLG00005013014) TRIL (ENSSVLG00005013079) CPVL (ENSSVLG00005013200) CHN2 (ENSSVLG00005013621) ##22 PRR15 (ENSSVLG00005013762) WIPF3 (ENSSVLG00005013843) SCRN1 (ENSSVLG00005013986) ##26 FKBP14 (ENSSVLG00005014087) PLEKHA8 (ENSSVLG00005014153) MTURN (ENSSVLG00005014224) ENSSVLG00005014275 ZNRF2 (ENSSVLG00005014320) NOD1 (ENSSVLG00005014361) GGCT (ENSSVLG00005014411) GARS1 (ENSSVLG00005014500) CRHR2 (ENSSVLG00005014654) INMT (ENSSVLG00005015252) MINDY4 (ENSSVLG00005015309) AQP1 (ENSSVLG00005015339) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.m ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000165512 ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Alpin marmot MODERN SPECIES 26 ENSMMMG00000006511 HOXA5 (ENSMMMG00000006523) HOXA6 (ENSMMMG00000006535) HOXA7 (ENSMMMG00000006545) HOXA9 (ENSMMMG00000006550) ENSMMMG00000006561 HOXA11 (ENSMMMG00000006566) HOXA13 (ENSMMMG00000006593) EVX1 (ENSMMMG00000006623) HIBADH (ENSMMMG00000006642) TAX1BP1 (ENSMMMG00000006653) JAZF1 (ENSMMMG00000006695) CREB5 (ENSMMMG00000006736) TRIL (ENSMMMG00000006835) CPVL (ENSMMMG00000006841) CHN2 (ENSMMMG00000006900) ##22 PRR15 (ENSMMMG00000007372) WIPF3 (ENSMMMG00000007380) SCRN1 (ENSMMMG00000007428) ##26 FKBP14 (ENSMMMG00000007497) ENSMMMG00000007508 PLEKHA8 (ENSMMMG00000007517) MTURN (ENSMMMG00000007542) ENSMMMG00000007598 ENSMMMG00000007602 NOD1 (ENSMMMG00000007605) GGCT (ENSMMMG00000007652) GARS1 (ENSMMMG00000007668) CRHR2 (ENSMMMG00000007864) INMT (ENSMMMG00000008027) MINDY4 (ENSMMMG00000008032) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.n ENSGT00940000155255.m ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000165512 ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Squirrel MODERN SPECIES 78 HOXA3 (ENSSTOG00000021230) ENSSTOG00000024606 HOXA5 (ENSSTOG00000011206) HOXA6 (ENSSTOG00000022675) HOXA7 (ENSSTOG00000011208) HOXA9 (ENSSTOG00000028613) ENSSTOG00000021212 HOXA11 (ENSSTOG00000022674) HOXA13 (ENSSTOG00000029157) EVX1 (ENSSTOG00000025642) ENSSTOG00000004108 TAX1BP1 (ENSSTOG00000003056) JAZF1 (ENSSTOG00000005946) CREB5 (ENSSTOG00000013279) CPVL (ENSSTOG00000010505) CHN2 (ENSSTOG00000002346) ##22 PRR15 (ENSSTOG00000020339) WIPF3 (ENSSTOG00000009012) SCRN1 (ENSSTOG00000009029) ##26 FKBP14 (ENSSTOG00000005235) PLEKHA8 (ENSSTOG00000009052) MTURN (ENSSTOG00000021099) ENSSTOG00000034241 ENSSTOG00000033923 NOD1 (ENSSTOG00000022644) GGCT (ENSSTOG00000015484) GARS1 (ENSSTOG00000015493) CRHR2 (ENSSTOG00000015502) INMT (ENSSTOG00000027441) MINDY4 (ENSSTOG00000022279) AQP1 (ENSSTOG00000015517) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 1353 ENSUPAG00010008676 ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 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ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.q ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.q ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00930000152153 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.q ENSGT00950000183025.b.a 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ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.q.a ENSGT01000000219565 ENSGT00950000183025.b.a.h ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Narwhal MODERN SPECIES 306 HOXA4 (ENSMMNG00015006236) HOXA5 (ENSMMNG00015006249) HOXA6 (ENSMMNG00015006261) HOXA7 (ENSMMNG00015006271) HOXA9 (ENSMMNG00015006287) ENSMMNG00015006310 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ENSBIXG00005013961 NOD1 (ENSBIXG00005013922) GGCT (ENSBIXG00005013875) GARS1 (ENSBIXG00005001725) CRHR2 (ENSBIXG00005013749) ENSBIXG00005013636 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00700000106050 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.q ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00970000197801 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 Domestic yak MODERN SPECIES 23 HOXA4 (ENSBGRG00000002016) HOXA5 (ENSBGRG00000002031) HOXA6 (ENSBGRG00000002039) HOXA7 (ENSBGRG00000002048) HOXA9 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HOXA11 (ENSCWAG00000010061) HOXA13 (ENSCWAG00000010027) EVX1 (ENSCWAG00000009983) HIBADH (ENSCWAG00000009934) TAX1BP1 (ENSCWAG00000009701) JAZF1 (ENSCWAG00000009634) CREB5 (ENSCWAG00000009365) TRIL (ENSCWAG00000009328) CPVL (ENSCWAG00000009183) ENSCWAG00000009158 CHN2 (ENSCWAG00000007934) ##22 SCRN1 (ENSCWAG00000007734) ##26 FKBP14 (ENSCWAG00000007700) PLEKHA8 (ENSCWAG00000007664) MTURN (ENSCWAG00000007643) ZNRF2 (ENSCWAG00000007613) NOD1 (ENSCWAG00000007590) GGCT (ENSCWAG00000007523) GARS1 (ENSCWAG00000007474) CRHR2 (ENSCWAG00000007212) ENSCWAG00000007178 MINDY4 (ENSCWAG00000007149) AQP1 (ENSCWAG00000007098) GHRHR (ENSCWAG00000007024) ADCYAP1R1 (ENSCWAG00000006449) NEUROD6 (ENSCWAG00000006371) Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 9 HOXA3 (ENSSSCG00000016705) ENSSSCG00000016704 HOXA5 (ENSSSCG00000016703) HOXA7 (ENSSSCG00000016701) HOXA9 (ENSSSCG00000028997) HOXA10 (ENSSSCG00000021204) HOXA11 (ENSSSCG00000016698) HOXA13 (ENSSSCG00000062559) EVX1 (ENSSSCG00000016696) HIBADH 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(ENSSSCG00000016688) ENSSSCG00000060851 ##22 CHN2 (ENSSSCG00000016687) ##22 PRR15 (ENSSSCG00000016686) WIPF3 (ENSSSCG00000016685) SCRN1 (ENSSSCG00000016684) ##26 FKBP14 (ENSSSCG00000037575) PLEKHA8 (ENSSSCG00000016682) MTURN (ENSSSCG00000037158) ENSSSCG00000054340 ZNRF2 (ENSSSCG00000037116) GGCT (ENSSSCG00000016679) GARS1 (ENSSSCG00000016677) CRHR2 (ENSSSCG00000033514) INMT (ENSSSCG00000016676) MINDY4 (ENSSSCG00000016674) AQP1 (ENSSSCG00000033190) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a 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ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a.b ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Donkey MODERN SPECIES HOXA3 (ENSEASG00005035791) HOXA5 (ENSEASG00005034554) ENSEASG00005028567 ENSEASG00005022172 HOXA10 (ENSEASG00005022176) HOXA11 (ENSEASG00005022180) HOXA13 (ENSEASG00005022194) EVX1 (ENSEASG00005000033) HIBADH (ENSEASG00005000063) ENSEASG00005000084 ENSEASG00005000155 JAZF1 (ENSEASG00005024824) CREB5 (ENSEASG00005000178) TRIL (ENSEASG00005026075) CPVL (ENSEASG00005000218) CHN2 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SPECIES 7804 CHN2 (ENSPVAG00000003747) ##22 PRR15 (ENSPVAG00000003749) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 989 HOXA3 (ENSMLUG00000014502) ENSMLUG00000022220 HOXA5 (ENSMLUG00000028593) HOXA6 (ENSMLUG00000014517) HOXA7 (ENSMLUG00000008289) ENSMLUG00000027272 HOXA11 (ENSMLUG00000008300) 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TAX1BP1 (ENSRFEG00010021292) JAZF1 (ENSRFEG00010021278) CREB5 (ENSRFEG00010021242) TRIL (ENSRFEG00010021231) CPVL (ENSRFEG00010021218) CHN2 (ENSRFEG00010021162) ##22 ENSRFEG00010021129 WIPF3 (ENSRFEG00010021120) SCRN1 (ENSRFEG00010021103) ##26 FKBP14 (ENSRFEG00010021084) PLEKHA8 (ENSRFEG00010021060) ENSRFEG00010021050 MTURN (ENSRFEG00010021039) ZNRF2 (ENSRFEG00010021012) NOD1 (ENSRFEG00010020992) GGCT (ENSRFEG00010020972) GARS1 (ENSRFEG00010020949) CRHR2 (ENSRFEG00010020901) MINDY4 (ENSRFEG00010020856) AQP1 (ENSRFEG00010020837) GHRHR (ENSRFEG00010020794) Carnivora ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000186003 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b 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ENSGT00950000186003 ENSGT00950000183025.b.a.l ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015.b ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 ENSGT00940000159827 Polar bear MODERN SPECIES 133 SKAP2 (ENSUMAG00000001740) ENSUMAG00000001750 HOXA1 (ENSUMAG00000001758) ENSUMAG00000001784 HOXA6 (ENSUMAG00000001790) HOXA9 (ENSUMAG00000001801) ENSUMAG00000001810 ENSUMAG00000001814 ENSUMAG00000001853 HIBADH (ENSUMAG00000001860) ENSUMAG00000001866 ENSUMAG00000001876 JAZF1 (ENSUMAG00000001899) CREB5 (ENSUMAG00000001930) CPVL (ENSUMAG00000001960) CHN2 (ENSUMAG00000001969) ##22 PRR15 (ENSUMAG00000001973) WIPF3 (ENSUMAG00000001992) SCRN1 (ENSUMAG00000002056) ##26 FKBP14 (ENSUMAG00000002067) PLEKHA8 (ENSUMAG00000002071) ENSUMAG00000002092 ENSUMAG00000002104 GGCT (ENSUMAG00000002110) GARS1 (ENSUMAG00000002158) CRHR2 (ENSUMAG00000002417) MINDY4 (ENSUMAG00000002463) AQP1 (ENSUMAG00000002481) GHRHR (ENSUMAG00000002490) ADCYAP1R1 (ENSUMAG00000002510) NEUROD6 (ENSUMAG00000002538) American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 1679 CHN2 (ENSUAMG00000019576) ##22 PRR15 (ENSUAMG00000019577) American black bear MODERN SPECIES 3861 ENSUAMG00000017963 ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 767 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00500000045044 ENSGT00940000159017.a.a Armadillo MODERN SPECIES 1386 CHN2 (ENSDNOG00000000404) ##22 WIPF3 (ENSDNOG00000010077) SCRN1 (ENSDNOG00000035864) ##26 FKBP14 (ENSDNOG00000040923) PLEKHA8 (ENSDNOG00000047754) MTURN (ENSDNOG00000009770) ZNRF2 (ENSDNOG00000007138) HNF4G (ENSDNOG00000035639) ENSDNOG00000045014 ENSDNOG00000042329 Sloth MODERN SPECIES 729 CHN2 (ENSCHOG00000011162) ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 Tenrec MODERN SPECIES 921 CHN2 (ENSETEG00000002730) ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000159017.a.a ENSGT00940000157845 ENSGT00500000044921.b ENSGT00940000153759.a.a ENSGT00940000156795 ENSGT00390000011708.a.k.a ENSGT00940000159600 ENSGT00940000157015 ENSGT00940000159858 ENSGT00940000157362 Elephant MODERN SPECIES 428 HOXA5 (ENSLAFG00000026981) HOXA6 (ENSLAFG00000006281) HOXA7 (ENSLAFG00000002101) HOXA9 (ENSLAFG00000008970) HOXA10 (ENSLAFG00000030920) HOXA11 (ENSLAFG00000005482) HOXA13 (ENSLAFG00000000738) EVX1 (ENSLAFG00000001942) HIBADH (ENSLAFG00000013650) TAX1BP1 (ENSLAFG00000006940) JAZF1 (ENSLAFG00000006942) ENSLAFG00000027732 CREB5 (ENSLAFG00000029453) TRIL (ENSLAFG00000029935) CPVL (ENSLAFG00000002811) CHN2 (ENSLAFG00000002595) ##22 PRR15 (ENSLAFG00000002598) ENSLAFG00000030264 SCRN1 (ENSLAFG00000017504) ##26 FKBP14 (ENSLAFG00000007038) PLEKHA8 (ENSLAFG00000007041) ZNRF2 (ENSLAFG00000023370) NOD1 (ENSLAFG00000011290) GGCT (ENSLAFG00000031681) GARS1 (ENSLAFG00000002496) CRHR2 (ENSLAFG00000002500) INMT (ENSLAFG00000005251) AQP1 (ENSLAFG00000010172) GHRHR (ENSLAFG00000016825) ADCYAP1R1 (ENSLAFG00000016428) NEUROD6 (ENSLAFG00000018034) Hyrax MODERN SPECIES 669 CHN2 (ENSPCAG00000004516) ##22 PRR15 (ENSPCAG00000004583) Sauria ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Episquamata ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000235471 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000009313.h.b ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Elapidae ANCESTRAL SPECIES 5 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ENSNNAG00000015323 OXNAD1 (ENSNNAG00000015333) ENSNNAG00000015354 ENSNNAG00000015382 ENSNNAG00000015397 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159894.a ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT00940000159498 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000156802.v ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00390000009313.h.b.b ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b ENSGT00940000157121 ENSGT00390000008096.D Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 9091 CHN2 (ENSLLTG00000013251) ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159894.a ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013.e ENSGT00940000161864 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(ENSFALG00000009249) ENSFALG00000009245 RAB5A (ENSFALG00000009239) Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000235471 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Medium ground finch MODERN SPECIES 36 HOXA4 (ENSGFOG00000009507) HOXA5 (ENSGFOG00000009501) HOXA6 (ENSGFOG00000009499) HOXA7 (ENSGFOG00000009495) ENSGFOG00000009491 ENSGFOG00000009481 ENSGFOG00000009475 HOXA11 (ENSGFOG00000009470) EVX1 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ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Common canary MODERN SPECIES 5 HOXA3 (ENSSCAG00000015039) HOXA4 (ENSSCAG00000015041) HOXA7 (ENSSCAG00000015045) HOXA5 (ENSSCAG00000015048) HOXA6 (ENSSCAG00000015051) ENSSCAG00000015054 HOXA10 (ENSSCAG00000015059) HOXA11 (ENSSCAG00000015063) HOXA13 (ENSSCAG00000015071) EVX1 (ENSSCAG00000015076) HIBADH (ENSSCAG00000015082) TAX1BP1 (ENSSCAG00000015090) JAZF1 (ENSSCAG00000015103) CREB5 (ENSSCAG00000015109) ENSSCAG00000015114 CHN2 (ENSSCAG00000015120) ##22 ENSSCAG00000015122 WIPF3 (ENSSCAG00000015128) SCRN1 (ENSSCAG00000015131) ##26 FKBP14 (ENSSCAG00000015135) PLEKHA8 (ENSSCAG00000015137) HACL1 (ENSSCAG00000015140) BTD (ENSSCAG00000015144) ANKRD28 (ENSSCAG00000015148) GALNT15 (ENSSCAG00000015152) 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Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000235471 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Golden eagle MODERN SPECIES 19 HOXA3 (ENSACCG00020008232) HOXA4 (ENSACCG00020008227) HOXA5 (ENSACCG00020008211) HOXA6 (ENSACCG00020008199) HOXA7 (ENSACCG00020008192) ENSACCG00020008184 HOXA10 (ENSACCG00020008172) HOXA11 (ENSACCG00020008165) ENSACCG00020013635 EVX1 (ENSACCG00020013622) HIBADH 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ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000235471 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Duck MODERN SPECIES 10 HOXA3 (ENSAPLG00000022676) HOXA4 (ENSAPLG00000011410) HOXA5 (ENSAPLG00000022394) HOXA6 (ENSAPLG00000011384) HOXA7 (ENSAPLG00000011313) ENSAPLG00000027301 ENSAPLG00000011292 ENSAPLG00000026443 HOXA11 (ENSAPLG00000011282) EVX1 (ENSAPLG00000020631) HIBADH (ENSAPLG00000010878) TAX1BP1 (ENSAPLG00000010659) JAZF1 (ENSAPLG00000014482) CREB5 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ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Japanese quail MODERN SPECIES 11 HOXA5 (ENSCJPG00005012529) HOXA6 (ENSCJPG00005012530) HOXA7 (ENSCJPG00005012531) ENSCJPG00005012532 HOXA10 (ENSCJPG00005012534) HOXA11 (ENSCJPG00005012535) ENSCJPG00005012539 ENSCJPG00005012542 EVX1 (ENSCJPG00005012544) HIBADH (ENSCJPG00005012548) TAX1BP1 (ENSCJPG00005012549) JAZF1 (ENSCJPG00005012550) ENSCJPG00005012552 CREB5 (ENSCJPG00005012554) TRIL (ENSCJPG00005012555) CHN2 (ENSCJPG00005012556) ##22 ENSCJPG00005012557 WIPF3 (ENSCJPG00005012560) SCRN1 (ENSCJPG00005012561) ##26 FKBP14 (ENSCJPG00005012562) PLEKHA8 (ENSCJPG00005012563) COLQ (ENSCJPG00005012564) HACL1 (ENSCJPG00005012565) BTD (ENSCJPG00005012566) ANKRD28 (ENSCJPG00005012567) GALNT15 (ENSCJPG00005012568) ENSCJPG00005012569 OXNAD1 (ENSCJPG00005012570) RFTN1 (ENSCJPG00005012571) ENSCJPG00005012572 PLCL2 (ENSCJPG00005012574) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000161975 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000235471 ENSGT00940000160267 ENSGT00390000013474.b.b ##26 ENSGT00940000157858 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157248 ENSGT00940000156802 ENSGT00390000013823.a ENSGT00950000182908.C ENSGT00940000160808 ENSGT00390000007225 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.b Chicken DUPLICATION Chicken MODERN SPECIES 11 HOXA4 (ENSGALG00010001808) HOXA5 (ENSGALG00010001813) HOXA6 (ENSGALG00010001819) HOXA7 (ENSGALG00010001826) HOXA9 (ENSGALG00010001840) HOXA10 (ENSGALG00010001844) HOXA11 (ENSGALG00010001848) HOXA13 (ENSGALG00010001321) EVX1 (ENSGALG00010001589) HIBADH (ENSGALG00010001363) TAX1BP1 (ENSGALG00010001453) JAZF1 (ENSGALG00010001458) CREB5 (ENSGALG00010001711) TRIL (ENSGALG00010001716) CHN2 (ENSGALG00010002992) ##22 CHN2 (ENSGALG00010001585) ##22 ENSGALG00010002631 WIPF3 (ENSGALG00010001368) SCRN1 (ENSGALG00010001380) ##26 FKBP14 (ENSGALG00010001386) PLEKHA8 (ENSGALG00010001969) COLQ (ENSGALG00010002005) HACL1 (ENSGALG00010002084) BTD (ENSGALG00010002100) ANKRD28 (ENSGALG00010002134) GALNT15 (ENSGALG00010002159) DPH3P1 (ENSGALG00010002206) OXNAD1 (ENSGALG00010002226) RFTN1 (ENSGALG00010002247) DAZL (ENSGALG00010002294) PLCL2 (ENSGALG00010001512) Chicken MODERN SPECIES 11 HOXA3 (ENSGALG00010001801) HOXA4 (ENSGALG00010001808) HOXA5 (ENSGALG00010001813) HOXA6 (ENSGALG00010001819) HOXA7 (ENSGALG00010001826) HOXA9 (ENSGALG00010001840) HOXA10 (ENSGALG00010001844) HOXA11 (ENSGALG00010001848) HOXA13 (ENSGALG00010001321) EVX1 (ENSGALG00010001589) HIBADH (ENSGALG00010001363) TAX1BP1 (ENSGALG00010001453) JAZF1 (ENSGALG00010001458) CREB5 (ENSGALG00010001711) TRIL (ENSGALG00010001716) CHN2 (ENSGALG00010002992) ##22 CHN2 (ENSGALG00010001585) ##22 ENSGALG00010002631 WIPF3 (ENSGALG00010001368) SCRN1 (ENSGALG00010001380) ##26 FKBP14 (ENSGALG00010001386) PLEKHA8 (ENSGALG00010001969) COLQ (ENSGALG00010002005) HACL1 (ENSGALG00010002084) BTD (ENSGALG00010002100) ANKRD28 (ENSGALG00010002134) GALNT15 (ENSGALG00010002159) DPH3P1 (ENSGALG00010002206) OXNAD1 (ENSGALG00010002226) RFTN1 (ENSGALG00010002247) DAZL (ENSGALG00010002294) Turkey DUPLICATION Turkey MODERN SPECIES 26 ENSMGAG00000010925 ENSMGAG00000010878 ENSMGAG00000021001 GALNT15 (ENSMGAG00000010891) ENSMGAG00000020455 OXNAD1 (ENSMGAG00000010908) ENSMGAG00000019530 HACL1 (ENSMGAG00000010817) ENSMGAG00000010836 ANKRD28 (ENSMGAG00000010846) ENSMGAG00000010790 ENSMGAG00000010801 FKBP14 (ENSMGAG00000010782) ENSMGAG00000010766 ENSMGAG00000010774 ##26 CHN2 (ENSMGAG00000010748) ##22 ENSMGAG00000019537 ##22 ENSMGAG00000010740 ENSMGAG00000010729 ENSMGAG00000017596 ENSMGAG00000020612 ENSMGAG00000010713 ENSMGAG00000019096 ENSMGAG00000010706 ENSMGAG00000010703 ENSMGAG00000020364 ENSMGAG00000016085 ENSMGAG00000017085 ENSMGAG00000017923 ENSMGAG00000022722 ENSMGAG00000021315 Turkey MODERN SPECIES 26 ENSMGAG00000010878 ENSMGAG00000021001 GALNT15 (ENSMGAG00000010891) ENSMGAG00000020455 OXNAD1 (ENSMGAG00000010908) ENSMGAG00000019530 HACL1 (ENSMGAG00000010817) ENSMGAG00000010836 ANKRD28 (ENSMGAG00000010846) ENSMGAG00000010790 ENSMGAG00000010801 FKBP14 (ENSMGAG00000010782) ENSMGAG00000010766 ENSMGAG00000010774 ##26 CHN2 (ENSMGAG00000010748) ##22 ENSMGAG00000019537 ##22 ENSMGAG00000010740 ENSMGAG00000010729 ENSMGAG00000017596 ENSMGAG00000020612 ENSMGAG00000010713 ENSMGAG00000019096 ENSMGAG00000010706 ENSMGAG00000010703 ENSMGAG00000020364 ENSMGAG00000016085 ENSMGAG00000017085 ENSMGAG00000017923 ENSMGAG00000022722 ENSMGAG00000021315 UBE2E2 (ENSMGAG00000010994) Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 272 TGFBR1 (ENSPMAG00000003465) aamp (ENSPMAG00000003504) ENSPMAG00000003540 ENSPMAG00000003613 ENSPMAG00000003630 ENSPMAG00000003647 ENSPMAG00000003650 ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 490 HOXC12 (ENSLACG00000016761) HOXC11 (ENSLACG00000016719) HOXC10 (ENSLACG00000016699) HOXC9 (ENSLACG00000016678) HOXC8 (ENSLACG00000016658) HOXC6 (ENSLACG00000016619) HOXC4 (ENSLACG00000016556) ENSLACG00000016502 #7 ENSLACG00000016368 SMUG1 (ENSLACG00000015958) CBX5 (ENSLACG00000013947) ENSLACG00000013754 NFE2 (ENSLACG00000013191) COPZ1 (ENSLACG00000012488) ENSLACG00000012321 ENSLACG00000008910 ##22 ENSLACG00000008091 ZNF385A (ENSLACG00000003097) Ciona ANCESTRAL SPECIES 1205 ENSGT01030000234635.a.b.b ##22 ENSGT00440000039914 Ciona savignyi MODERN SPECIES 281 ENSCSAVG00000005640 ENSCSAVG00000005830 ENSCSAVG00000005834 ENSCSAVG00000005838 ENSCSAVG00000005841 ENSCSAVG00000005849 ENSCSAVG00000005979 ENSCSAVG00000005986 ENSCSAVG00000006000 ENSCSAVG00000006008 ENSCSAVG00000006011 ENSCSAVG00000006019 ENSCSAVG00000006197 ENSCSAVG00000006217 ENSCSAVG00000006218 ENSCSAVG00000006219 ##22 ENSCSAVG00000006264 ENSCSAVG00000006268 ENSCSAVG00000006270 ENSCSAVG00000006332 ENSCSAVG00000006343 ENSCSAVG00000006346 ENSCSAVG00000006348 ENSCSAVG00000006349 ENSCSAVG00000006467 ENSCSAVG00000006498 ENSCSAVG00000006499 ENSCSAVG00000006508 ENSCSAVG00000006510 ENSCSAVG00000006513 ENSCSAVG00000006838 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 79 ENSCING00000015940 ##22 ENSCING00000015943 ENSCING00000015947 ##22 ENSCING00000000533 ENSCING00000015951 Ecdysozoa ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.b #22 Fruitfly MODERN SPECIES 26 AdamTS-B (FBgn0029791) CG3149 (FBgn0027564) cv (FBgn0000394) PGAP1 (FBgn0029789) CG42449 (FBgn0259926) Gr5a (FBgn0003747) Tre1 (FBgn0046687) RpL35 (FBgn0029785) Rab18 (FBgn0015794) CG4119 (FBgn0028474) Sirt4 (FBgn0029783) OtopLc (FBgn0259150) OtopLa (FBgn0259994) Pop1 (FBgn0026702) Mlc-c (FBgn0004687) RhoGAP5A (FBgn0029778) #22 CG34434 (FBgn0250904) CG34435 (FBgn0085464) Vsx1 (FBgn0263511) Vsx2 (FBgn0263512) CG12730 (FBgn0029771) CG4151 (FBgn0029770) CG32762 (FBgn0052762) frma (FBgn0029769) SPR (FBgn0029768) CG15784 (FBgn0029766) CG16756 (FBgn0029765) Usp16-45 (FBgn0029763) spoon (FBgn0263987) NAAT1 (FBgn0029762) SK (FBgn0029761) Caenorhabditis elegans MODERN SPECIES 2 nspg-8 (WBGene00022490) eak-3 (WBGene00022356) cdh-12 (WBGene00022103) smr-1 (WBGene00004891) lgc-46 (WBGene00022106) acsd-1 (WBGene00022104) F58B6.1 (WBGene00019029) exc-6 (WBGene00019030) par-2 (WBGene00003917) kbp-4 (WBGene00022357) rab-18 (WBGene00004277) uaf-1 (WBGene00006697) BE0003N10.6 (WBGene00255598) BE0003N10.3 (WBGene00015268) BE0003N10.1 (WBGene00015266) chin-1 (WBGene00015267) #22 E_BE45912.2 (WBGene00017153) Y34F4.5 (WBGene00021340) Y34F4.4 (WBGene00021339) Y34F4.1 (WBGene00021336) Y34F4.3 (WBGene00021338) 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ENSCING00000001558 Vertebrata DUPLICATION Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000006671 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.b ENSGT00940000154495.b.b ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000167622 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00940000163785.b ENSGT00390000007688 ENSGT00530000064273.a.b ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163111.a.b ENSGT00390000004692.d.a Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000167622 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00940000165852 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00940000163785.b ENSGT00390000007688 ENSGT00530000064273.a.b ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163111.a.b Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000167622 ENSGT00940000162727 ENSGT00940000163466 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00940000165852 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00940000163785.b ENSGT00390000007688 ENSGT00530000064273.a.b ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163111.a.b.b Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155827 ENSGT00390000006671 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00530000064273.a.b ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163111.a.b.b ENSGT00940000159078 Amniota ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006671 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00530000064273.a.b ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT00940000165410 ENSGT00940000153231.B ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00940000163788 ENSGT00530000063936.b Sauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006671 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00940000167202 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ENSGT00390000006671 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.b ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00940000167202 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00530000064273.a.b.d ENSGT00530000064273.a.b.c ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163111.a.b.b Pink-footed goose MODERN SPECIES 1 PKN2 (ENSABRG00000019497) LMO4 (ENSABRG00000019475) HS2ST1 (ENSABRG00000019463) ENSABRG00000019458 SH3GLB1 (ENSABRG00000019451) CLCA1 (ENSABRG00000018789) CLCA2 (ENSABRG00000018718) ODF2L (ENSABRG00000018706) ENSABRG00000018651 ENSABRG00000018648 ZNHIT6 (ENSABRG00000018645) 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(ENSAPLG00000003113) SSX2IP (ENSAPLG00000002969) ENSAPLG00000016418 ENSAPLG00000021250 CTBS (ENSAPLG00000016415) SPATA1 (ENSAPLG00000016401) ENSAPLG00000000630 RPF1 (ENSAPLG00000016382) ENSAPLG00000016344 DNASE2B (ENSAPLG00000026479) SAMD13 (ENSAPLG00000016342) ENSAPLG00000029314 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006671 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00940000167202 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00530000064273.a.b.d ENSGT00530000064273.a.b.c ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163111.a.b.b Japanese quail MODERN SPECIES 26 PKN2 (ENSCJPG00005008247) LMO4 (ENSCJPG00005008250) HS2ST1 (ENSCJPG00005008267) ENSCJPG00005008274 SH3GLB1 (ENSCJPG00005008275) CLCA1 (ENSCJPG00005008279) CLCA2 (ENSCJPG00005008282) ODF2L (ENSCJPG00005008286) ENSCJPG00005008293 ENSCJPG00005008294 ZNHIT6 (ENSCJPG00005008295) CCN1 (ENSCJPG00005008310) DDAH1 (ENSCJPG00005008314) ENSCJPG00005008315 C1orf52 (ENSCJPG00005008317) SYDE2 (ENSCJPG00005008320) ##22 DNAI3 (ENSCJPG00005008321) MCOLN3 (ENSCJPG00005008324) MCOLN2 (ENSCJPG00005008325) LPAR3 (ENSCJPG00005008331) SSX2IP (ENSCJPG00005008332) ENSCJPG00005008333 ENSCJPG00005008334 CTBS (ENSCJPG00005008336) SPATA1 (ENSCJPG00005008337) ENSCJPG00005008338 RPF1 (ENSCJPG00005008339) ENSCJPG00005008342 DNASE2B (ENSCJPG00005008343) ENSCJPG00005008346 SAMD13 (ENSCJPG00005008347) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006671 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00940000167202 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00530000064273.a.b.d ENSGT00530000064273.a.b.c ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT00940000165410 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b Turkey MODERN SPECIES 1 KYAT3 (ENSMGAG00000008515) GTF2B (ENSMGAG00000008534) PKN2 (ENSMGAG00000008542) HS2ST1 (ENSMGAG00000008617) SELENOF (ENSMGAG00000008630) SH3GLB1 (ENSMGAG00000008633) CLCA1 (ENSMGAG00000008656) CLCA2 (ENSMGAG00000017045) ODF2L (ENSMGAG00000008713) ENSMGAG00000018110 ZNHIT6 (ENSMGAG00000008891) CCN1 (ENSMGAG00000008895) DDAH1 (ENSMGAG00000008919) ENSMGAG00000008930 C1orf52 (ENSMGAG00000019997) SYDE2 (ENSMGAG00000008940) ##22 DNAI3 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crocodile MODERN SPECIES 28 KYAT3 (ENSCPRG00005016865) GTF2B (ENSCPRG00005016872) PKN2 (ENSCPRG00005016876) ENSCPRG00005016895 HS2ST1 (ENSCPRG00005016903) ENSCPRG00005016908 SH3GLB1 (ENSCPRG00005016918) CLCA2 (ENSCPRG00005016929) ODF2L (ENSCPRG00005016938) ENSCPRG00005016951 ENSCPRG00005016956 CCN1 (ENSCPRG00005016962) DDAH1 (ENSCPRG00005016967) ENSCPRG00005016978 C1orf52 (ENSCPRG00005016982) SYDE2 (ENSCPRG00005016985) ##22 DNAI3 (ENSCPRG00005016988) MCOLN3 (ENSCPRG00005016998) MCOLN2 (ENSCPRG00005017018) LPAR3 (ENSCPRG00005017021) SSX2IP (ENSCPRG00005017026) ENSCPRG00005017034 ENSCPRG00005017056 CTBS (ENSCPRG00005017066) SPATA1 (ENSCPRG00005017072) ENSCPRG00005017090 RPF1 (ENSCPRG00005017093) DNASE2B (ENSCPRG00005017097) ENSCPRG00005017105 SAMD13 (ENSCPRG00005017120) ENSCPRG00005017121 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000154284.b ENSGT00940000161655 ENSGT00940000155667 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 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thornscrub tortoise MODERN SPECIES 22 HS2ST1 (ENSGEVG00005006085) ENSGEVG00005006103 ENSGEVG00005006119 SH3GLB1 (ENSGEVG00005006135) ENSGEVG00005006157 ENSGEVG00005006251 ENSGEVG00005006344 CLCA2 (ENSGEVG00005006894) ODF2L (ENSGEVG00005008710) ENSGEVG00005008763 ZNHIT6 (ENSGEVG00005008780) CCN1 (ENSGEVG00005008830) DDAH1 (ENSGEVG00005008857) ENSGEVG00005008877 C1orf52 (ENSGEVG00005008893) SYDE2 (ENSGEVG00005008926) ##22 DNAI3 (ENSGEVG00005009007) MCOLN3 (ENSGEVG00005009204) MCOLN2 (ENSGEVG00005009299) LPAR3 (ENSGEVG00005009383) SSX2IP (ENSGEVG00005009418) ENSGEVG00005009529 ENSGEVG00005010203 CTBS (ENSGEVG00005010771) SPATA1 (ENSGEVG00005010819) ENSGEVG00005010887 RPF1 (ENSGEVG00005010919) ENSGEVG00005010973 DNASE2B (ENSGEVG00005011013) ENSGEVG00005011038 ENSGEVG00005011057 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 2065 DDAH1 (ENSCABG00000000262) ENSCABG00000000289 C1orf52 (ENSCABG00000000299) SYDE2 (ENSCABG00000000305) ##22 DNAI3 (ENSCABG00000000313) MCOLN3 (ENSCABG00000000330) 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ENSMODG00000000609 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT00940000165410 ENSGT00940000153231.B ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 194 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 Sloth MODERN SPECIES 197 SYDE2 (ENSCHOG00000003686) ##22 Armadillo MODERN SPECIES 4216 HS2ST1 (ENSDNOG00000049698) SELENOF (ENSDNOG00000004701) SH3GLB1 (ENSDNOG00000039119) ENSDNOG00000040224 CLCA4 (ENSDNOG00000001159) CLCA1 (ENSDNOG00000001155) CLCA2 (ENSDNOG00000001152) ODF2L (ENSDNOG00000010680) ENSDNOG00000044659 COL24A1 (ENSDNOG00000016150) ZNHIT6 (ENSDNOG00000044251) CCN1 (ENSDNOG00000002945) DDAH1 (ENSDNOG00000035701) ENSDNOG00000010048 C1orf52 (ENSDNOG00000031696) SYDE2 (ENSDNOG00000017951) ##22 DNAI3 (ENSDNOG00000017947) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 ENSGT00940000156348.C Tenrec MODERN SPECIES 5299 SYDE2 (ENSETEG00000012978) ##22 DNAI3 (ENSETEG00000012974) Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154339 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 ENSGT00940000156348.C Hyrax MODERN SPECIES 11358 SYDE2 (ENSPCAG00000005689) ##22 Elephant MODERN SPECIES 145 PKN2 (ENSLAFG00000010893) LMO4 (ENSLAFG00000017723) HS2ST1 (ENSLAFG00000011894) SH3GLB1 (ENSLAFG00000017719) ENSLAFG00000007726 CLCA4 (ENSLAFG00000014375) CLCA1 (ENSLAFG00000006917) CLCA2 (ENSLAFG00000006916) ODF2L (ENSLAFG00000010775) ENSLAFG00000012889 ZNHIT6 (ENSLAFG00000032483) CCN1 (ENSLAFG00000022979) DDAH1 (ENSLAFG00000010363) BCL10 (ENSLAFG00000003648) C1orf52 (ENSLAFG00000007499) SYDE2 (ENSLAFG00000016031) ##22 DNAI3 (ENSLAFG00000016022) MCOLN3 (ENSLAFG00000016018) MCOLN2 (ENSLAFG00000029928) LPAR3 (ENSLAFG00000010892) SSX2IP (ENSLAFG00000013496) CTBS (ENSLAFG00000011739) SPATA1 (ENSLAFG00000013256) ENSLAFG00000007034 RPF1 (ENSLAFG00000007031) DNASE2B (ENSLAFG00000031438) ENSLAFG00000026431 ENSLAFG00000031962 PRKACB (ENSLAFG00000006544) TTLL7 (ENSLAFG00000022500) ADGRL2 (ENSLAFG00000013215) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 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ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186836 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00910000147782 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186836 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 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ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 ENSGT00940000156348.C Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01040000240503.C.m.b ENSGT01040000240503.C.n ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00910000147782 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186836 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398.m ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 ENSGT00940000156348.C Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155667 ENSGT01040000240503.C.m.b ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00910000147782 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186836 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398.m ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 ENSGT00910000147474 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 582 ENSMNEG00000038414 ENSMNEG00000011468 ENSMNEG00000028586 CLCA4 (ENSMNEG00000028107) CLCA1 (ENSMNEG00000041265) CLCA2 (ENSMNEG00000019614) ODF2L (ENSMNEG00000043756) COL24A1 (ENSMNEG00000038307) ZNHIT6 (ENSMNEG00000040791) ENSMNEG00000028396 CCN1 (ENSMNEG00000044316) ENSMNEG00000027123 DDAH1 (ENSMNEG00000044101) BCL10 (ENSMNEG00000041167) ENSMNEG00000038949 SYDE2 (ENSMNEG00000041819) ##22 DNAI3 (ENSMNEG00000038794) MCOLN3 (ENSMNEG00000041473) MCOLN2 (ENSMNEG00000031675) 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ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 ENSGT01050000245180.a.d Rhesus MODERN SPECIES SELENOF (ENSMMUG00000016554) SH3GLB1 (ENSMMUG00000013487) ENSMMUG00000031997 ENSMMUG00000000813 CLCA4 (ENSMMUG00000010306) CLCA1 (ENSMMUG00000006836) ODF2L (ENSMMUG00000001380) COL24A1 (ENSMMUG00000056386) ZNHIT6 (ENSMMUG00000013203) CCN1 (ENSMMUG00000013197) DDAH1 (ENSMMUG00000014573) ENSMMUG00000063360 BCL10 (ENSMMUG00000005720) C1H1orf52 (ENSMMUG00000010020) ENSMMUG00000053858 SYDE2 (ENSMMUG00000062232) ##22 DNAI3 (ENSMMUG00000008932) MCOLN3 (ENSMMUG00000005361) MCOLN2 (ENSMMUG00000015403) LPAR3 (ENSMMUG00000015402) SSX2IP (ENSMMUG00000006203) CTBS (ENSMMUG00000010127) SPATA1 (ENSMMUG00000022183) GNG5 (ENSMMUG00000022182) DNASE2B (ENSMMUG00000000406) UOX (ENSMMUG00000000404) SAMD13 (ENSMMUG00000000402) PRKACB (ENSMMUG00000003457) TTLL7 (ENSMMUG00000016591) ENSMMUG00000057763 ENSMMUG00000057772 Crab-eating macaque MODERN SPECIES SELENOF (ENSMFAG00000064219) SH3GLB1 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(ENSOGAG00000004650) CTBS (ENSOGAG00000004649) SPATA1 (ENSOGAG00000004646) GNG5 (ENSOGAG00000004645) RPF1 (ENSOGAG00000004642) DNASE2B (ENSOGAG00000005849) ENSOGAG00000028035 SAMD13 (ENSOGAG00000005845) PRKACB (ENSOGAG00000005838) TTLL7 (ENSOGAG00000005832) ADGRL2 (ENSOGAG00000009602) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Tree shrew MODERN SPECIES 2644 SYDE2 (ENSTBEG00000013121) ##22 DNAI3 (ENSTBEG00000012846) MCOLN3 (ENSTBEG00000012593) ENSTBEG00000012413 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 73 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00960000193082 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00940000163788 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000161169 Rabbit MODERN SPECIES 4 ENSOCUG00000025724 ENSOCUG00000015437 ENSOCUG00000033661 CLCA1 (ENSOCUG00000004736) CLCA2 (ENSOCUG00000004727) ODF2L (ENSOCUG00000001834) ENSOCUG00000036832 COL24A1 (ENSOCUG00000003917) ZNHIT6 (ENSOCUG00000003910) CCN1 (ENSOCUG00000003905) ENSOCUG00000026503 DDAH1 (ENSOCUG00000005249) BCL10 (ENSOCUG00000016199) ENSOCUG00000035286 C1orf52 (ENSOCUG00000002803) SYDE2 (ENSOCUG00000022246) ##22 DNAI3 (ENSOCUG00000010160) MCOLN3 (ENSOCUG00000009332) MCOLN2 (ENSOCUG00000009322) ENSOCUG00000027616 LPAR3 (ENSOCUG00000024789) SSX2IP (ENSOCUG00000015685) ENSOCUG00000032268 CTBS (ENSOCUG00000003059) SPATA1 (ENSOCUG00000006613) GNG5 (ENSOCUG00000036571) ENSOCUG00000014803 ENSOCUG00000027397 ENSOCUG00000029744 ENSOCUG00000023908 PRKACB (ENSOCUG00000012937) Pika MODERN SPECIES 5185 SYDE2 (ENSOPRG00000005495) ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Kangaroo rat MODERN SPECIES 358 ENSDORG00000024515 Sec22b (ENSDORG00000023311) Notch2 (ENSDORG00000001171) Reg4 (ENSDORG00000009271) Hmgcs2 (ENSDORG00000008532) Phgdh (ENSDORG00000008531) Clca1 (ENSDORG00000008434) Clca2 (ENSDORG00000009200) Odf2l (ENSDORG00000009195) ENSDORG00000015616 Znhit6 (ENSDORG00000029755) Ccn1 (ENSDORG00000005602) Ddah1 (ENSDORG00000013259) ENSDORG00000028780 2410004B18Rik (ENSDORG00000012509) Syde2 (ENSDORG00000005799) ##22 Dnai3 (ENSDORG00000015030) Mcoln3 (ENSDORG00000014635) Mcoln2 (ENSDORG00000014631) Lpar3 (ENSDORG00000014630) Ssx2ip (ENSDORG00000015060) Ctbs (ENSDORG00000015059) ENSDORG00000029065 ENSDORG00000029873 ENSDORG00000024192 Rpf1 (ENSDORG00000000607) Dnase2b (ENSDORG00000000604) Uox (ENSDORG00000027583) 4930503B20Rik (ENSDORG00000029007) Samd13 (ENSDORG00000026931) Prkacb (ENSDORG00000004341) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 52 Hs2st1 (ENSJJAG00000000519) ENSJJAG00000009914 Sh3glb1 (ENSJJAG00000018470) ENSJJAG00000018844 ENSJJAG00000023348 Clca1 (ENSJJAG00000008764) Clca2 (ENSJJAG00000012700) Odf2l (ENSJJAG00000007954) ENSJJAG00000020958 Znhit6 (ENSJJAG00000021153) Ccn1 (ENSJJAG00000018163) ENSJJAG00000012670 Ddah1 (ENSJJAG00000016256) Bcl10 (ENSJJAG00000001473) 2410004B18Rik (ENSJJAG00000011597) Syde2 (ENSJJAG00000018610) ##22 Dnai3 (ENSJJAG00000023564) Mcoln3 (ENSJJAG00000023078) Mcoln2 (ENSJJAG00000014832) Lpar3 (ENSJJAG00000021688) Ssx2ip (ENSJJAG00000010467) Ctbs (ENSJJAG00000018386) ENSJJAG00000006619 ENSJJAG00000014898 ENSJJAG00000011539 Rpf1 (ENSJJAG00000018873) Dnase2b (ENSJJAG00000009922) Uox (ENSJJAG00000008960) 4930503B20Rik (ENSJJAG00000022696) Samd13 (ENSJJAG00000021117) Prkacb (ENSJJAG00000011827) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555.g.a ENSGT00940000157555.h ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a 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ENSGT00940000153229.B ENSGT00940000163788 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 219 Selenof (ENSCGRG00001004806) Sh3glb1 (ENSCGRG00001002284) ENSCGRG00001022589 ENSCGRG00001018022 ENSCGRG00001017040 Clca1 (ENSCGRG00001016411) Clca2 (ENSCGRG00001014297) Odf2l (ENSCGRG00001012670) Col24a1 (ENSCGRG00001021909) Znhit6 (ENSCGRG00001018263) Ccn1 (ENSCGRG00001017662) ENSCGRG00001016514 Ddah1 (ENSCGRG00001019335) Bcl10 (ENSCGRG00001018169) 2410004B18Rik (ENSCGRG00001015888) Syde2 (ENSCGRG00001014086) ##22 ENSCGRG00001011030 Mcoln3 (ENSCGRG00001004877) Mcoln2 (ENSCGRG00001001707) Lpar3 (ENSCGRG00001024413) Ssx2ip (ENSCGRG00001019268) Ctbs (ENSCGRG00001014407) Spata1 (ENSCGRG00001008771) ENSCGRG00001011533 Rpf1 (ENSCGRG00001001189) Dnase2b (ENSCGRG00001000256) Uox (ENSCGRG00001021254) 4930503B20Rik (ENSCGRG00001018506) Samd13 (ENSCGRG00001015430) PRKACB (ENSCGRG00001022775) Ttll7 (ENSCGRG00001012935) Golden Hamster MODERN SPECIES 735 Selenof (ENSMAUG00000002011) ENSMAUG00000008381 ENSMAUG00000018947 ENSMAUG00000017339 ENSMAUG00000014124 Clca1 (ENSMAUG00000020334) Clca2 (ENSMAUG00000020634) Odf2l (ENSMAUG00000001252) Col24a1 (ENSMAUG00000010161) ENSMAUG00000020898 Ccn1 (ENSMAUG00000006075) ENSMAUG00000017168 Ddah1 (ENSMAUG00000012623) ENSMAUG00000011334 2410004B18Rik (ENSMAUG00000019352) Syde2 (ENSMAUG00000017505) ##22 Dnai3 (ENSMAUG00000005774) Mcoln3 (ENSMAUG00000018992) Mcoln2 (ENSMAUG00000006761) Ssx2ip (ENSMAUG00000013155) ENSMAUG00000008498 Spata1 (ENSMAUG00000008313) ENSMAUG00000019525 Rpf1 (ENSMAUG00000006030) Dnase2b (ENSMAUG00000019185) Uox (ENSMAUG00000014563) ENSMAUG00000019018 Prkacb (ENSMAUG00000002887) ENSMAUG00000011447 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555.g.a ENSGT00940000157555.g.b ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b 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(ENSMOCG00000000354) Uox (ENSMOCG00000016256) Samd13 (ENSMOCG00000010216) Prkacb (ENSMOCG00000001336) ENSMOCG00000014236 Murinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555.h.a ENSGT00940000157555.h.b ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Mus ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555.h.a ENSGT00940000157555.h.b ENSGT00940000160416.m ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555.h.a ENSGT00940000157555.h.b ENSGT00940000160416.m ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555.h.a.a ENSGT00940000157555.h.b ENSGT00940000160416.n ENSGT00940000160416.m ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.a ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Mouse MODERN SPECIES 12 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ENSGT00940000160416.m ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B.w ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 Steppe mouse MODERN SPECIES 3408 ENSMSIG00000006728 Znhit6 (ENSMSIG00000006758) Ccn1 (ENSMSIG00000006855) ENSMSIG00000006885 Ddah1 (ENSMSIG00000006895) Bcl10 (ENSMSIG00000006967) 2410004B18Rik (ENSMSIG00000006989) Syde2 (ENSMSIG00000006994) ##22 Dnai3 (ENSMSIG00000007023) Mcoln3 (ENSMSIG00000007086) Mcoln2 (ENSMSIG00000007140) Lpar3 (ENSMSIG00000007212) ENSMSIG00000007226 Ssx2ip (ENSMSIG00000007247) Ctbs 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(MGP_SPRETEiJ_G0026680) Dnase2b (MGP_SPRETEiJ_G0026681) 4930503B20Rik (MGP_SPRETEiJ_G0026682) Samd13 (MGP_SPRETEiJ_G0026683) Prkacb (MGP_SPRETEiJ_G0026684) Ttll7 (MGP_SPRETEiJ_G0026685) Ryukyu mouse MODERN SPECIES 12 MGP_CAROLIEiJ_G0025702 Sh3glb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025703) MGP_CAROLIEiJ_G0025704 MGP_CAROLIEiJ_G0025705 Clca3b (MGP_CAROLIEiJ_G0025706) MGP_CAROLIEiJ_G0025707 MGP_CAROLIEiJ_G0025708 Clca1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025709) Clca2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025710) Odf2l (MGP_CAROLIEiJ_G0025711) Col24a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025712) Znhit6 (MGP_CAROLIEiJ_G0025713) Ccn1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025714) Ddah1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025715) 2410004B18Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0025716) Syde2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025717) ##22 Dnai3 (MGP_CAROLIEiJ_G0025718) Mcoln3 (MGP_CAROLIEiJ_G0025719) Mcoln2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025720) Lpar3 (MGP_CAROLIEiJ_G0025721) Ssx2ip (MGP_CAROLIEiJ_G0025722) Ctbs (MGP_CAROLIEiJ_G0025723) Spata1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025724) MGP_CAROLIEiJ_G0025725 Rpf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025726) Uox (MGP_CAROLIEiJ_G0025727) Dnase2b (MGP_CAROLIEiJ_G0025728) 4930503B20Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0025729) Samd13 (MGP_CAROLIEiJ_G0025730) Prkacb (MGP_CAROLIEiJ_G0025731) Ttll7 (MGP_CAROLIEiJ_G0025732) Shrew mouse MODERN SPECIES 17 Sh3glb1 (MGP_PahariEiJ_G0027153) MGP_PahariEiJ_G0027154 MGP_PahariEiJ_G0027155 Clca3b (MGP_PahariEiJ_G0027156) MGP_PahariEiJ_G0027157 MGP_PahariEiJ_G0027158 Clca1 (MGP_PahariEiJ_G0027159) Clca2 (MGP_PahariEiJ_G0027160) Odf2l (MGP_PahariEiJ_G0027161) Col24a1 (MGP_PahariEiJ_G0027162) Znhit6 (MGP_PahariEiJ_G0027163) Ccn1 (MGP_PahariEiJ_G0027164) Ddah1 (MGP_PahariEiJ_G0027165) Bcl10 (MGP_PahariEiJ_G0027166) 2410004B18Rik (MGP_PahariEiJ_G0027167) Syde2 (MGP_PahariEiJ_G0027168) ##22 Dnai3 (MGP_PahariEiJ_G0027169) Mcoln3 (MGP_PahariEiJ_G0027170) Mcoln2 (MGP_PahariEiJ_G0027171) Lpar3 (MGP_PahariEiJ_G0027172) Ssx2ip (MGP_PahariEiJ_G0027173) Ctbs (MGP_PahariEiJ_G0027174) Spata1 (MGP_PahariEiJ_G0027175) MGP_PahariEiJ_G0027176 MGP_PahariEiJ_G0027177 Uox (MGP_PahariEiJ_G0027178) Dnase2b (MGP_PahariEiJ_G0027179) 4930503B20Rik (MGP_PahariEiJ_G0027180) Samd13 (MGP_PahariEiJ_G0027181) Prkacb (MGP_PahariEiJ_G0027182) Ttll7 (MGP_PahariEiJ_G0027183) Rat MODERN SPECIES 11 Hs2st1 (ENSRNOG00000012549) Selenof (ENSRNOG00000055257) Sh3glb1 (ENSRNOG00000012957) Clca5 (ENSRNOG00000013334) Clca4l (ENSRNOG00000036877) Clca4 (ENSRNOG00000029889) Clca1 (ENSRNOG00000060831) Clca2 (ENSRNOG00000013771) Odf2l (ENSRNOG00000014059) Col24a1 (ENSRNOG00000014143) Znhit6 (ENSRNOG00000030049) Ccn1 (ENSRNOG00000014350) Ddah1 (ENSRNOG00000014613) Bcl10 (ENSRNOG00000042389) C2h1orf52 (ENSRNOG00000014857) Syde2 (ENSRNOG00000026186) ##22 Dnai3 (ENSRNOG00000014893) Mcoln3 (ENSRNOG00000015024) Mcoln2 (ENSRNOG00000015089) Lpar3 (ENSRNOG00000064204) Ssx2ip (ENSRNOG00000015425) Ctbs (ENSRNOG00000015573) Spata1 (ENSRNOG00000015678) ENSRNOG00000068715 Rpf1 (ENSRNOG00000015969) Uox (ENSRNOG00000016339) Dnase2b (ENSRNOG00000016262) Samd13 (ENSRNOG00000016432) Prkacb (ENSRNOG00000004978) Ttll7 (ENSRNOG00000031997) Adgrl2 (ENSRNOG00000065347) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1893 ENSNGAG00000011552 Sh3glb1 (ENSNGAG00000008323) ENSNGAG00000022151 ENSNGAG00000020840 ENSNGAG00000021773 Clca1 (ENSNGAG00000020353) Clca2 (ENSNGAG00000017320) Odf2l (ENSNGAG00000018510) ENSNGAG00000015725 Znhit6 (ENSNGAG00000007630) Ccn1 (ENSNGAG00000001335) ENSNGAG00000003738 Ddah1 (ENSNGAG00000018033) Bcl10 (ENSNGAG00000015335) 2410004B18Rik (ENSNGAG00000014421) Syde2 (ENSNGAG00000012962) ##22 Dnai3 (ENSNGAG00000011144) Mcoln3 (ENSNGAG00000018883) Mcoln2 (ENSNGAG00000016270) Lpar3 (ENSNGAG00000020209) Ssx2ip (ENSNGAG00000001910) Ctbs (ENSNGAG00000008828) Spata1 (ENSNGAG00000019652) ENSNGAG00000018264 Rpf1 (ENSNGAG00000018028) Dnase2b (ENSNGAG00000011775) Uox (ENSNGAG00000022385) 4930503B20Rik (ENSNGAG00000021614) Samd13 (ENSNGAG00000013463) Prkacb (ENSNGAG00000023069) ENSNGAG00000010900 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416.p 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ENSGT00940000159078 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 330 CLCA1 (ENSUPAG00010012033) CLCA2 (ENSUPAG00010011985) ODF2L (ENSUPAG00010011819) ENSUPAG00010011804 ZNHIT6 (ENSUPAG00010011778) CCN1 (ENSUPAG00010011774) ENSUPAG00010011773 DDAH1 (ENSUPAG00010011761) BCL10 (ENSUPAG00010011755) ENSUPAG00010011746 ENSUPAG00010011740 SYDE2 (ENSUPAG00010011732) ##22 DNAI3 (ENSUPAG00010011711) MCOLN3 (ENSUPAG00010011700) MCOLN2 (ENSUPAG00010011678) LPAR3 (ENSUPAG00010011664) SSX2IP (ENSUPAG00010011627) CTBS (ENSUPAG00010011611) ENSUPAG00010011599 ENSUPAG00010011592 RPF1 (ENSUPAG00010011580) DNASE2B (ENSUPAG00010011561) ENSUPAG00010011547 ENSUPAG00010011541 SAMD13 (ENSUPAG00010011529) PRKACB (ENSUPAG00010011454) Squirrel MODERN SPECIES 208 ENSSTOG00000031983 ZNHIT6 (ENSSTOG00000024455) CCN1 (ENSSTOG00000019882) ENSSTOG00000031250 DDAH1 (ENSSTOG00000012594) BCL10 (ENSSTOG00000027214) C1orf52 (ENSSTOG00000010698) SYDE2 (ENSSTOG00000012586) ##22 DNAI3 (ENSSTOG00000012564) MCOLN3 (ENSSTOG00000011310) 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ENSMMMG00000009120 SAMD13 (ENSMMMG00000009129) ENSMMMG00000009152 ENSMMMG00000009169 ENSMMMG00000009232 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES ENSSVLG00005000969 ENSSVLG00005000957 COL24A1 (ENSSVLG00005000916) ENSSVLG00005000886 ZNHIT6 (ENSSVLG00005000846) ENSSVLG00005000810 CCN1 (ENSSVLG00005000795) ENSSVLG00005000783 ENSSVLG00005000769 DDAH1 (ENSSVLG00005000747) ENSSVLG00005000713 ENSSVLG00005000702 BCL10 (ENSSVLG00005000684) C1orf52 (ENSSVLG00005000674) GABARAP (ENSSVLG00005000657) SYDE2 (ENSSVLG00005000635) ##22 DNAI3 (ENSSVLG00005000535) MCOLN3 (ENSSVLG00005000388) MCOLN2 (ENSSVLG00005000331) LPAR3 (ENSSVLG00005000296) SSX2IP (ENSSVLG00005000274) CTBS (ENSSVLG00005000249) SPATA1 (ENSSVLG00005000234) ENSSVLG00005000219 RPF1 (ENSSVLG00005000206) DNASE2B (ENSSVLG00005000189) ENSSVLG00005000176 SAMD13 (ENSSVLG00005000161) PRKACB (ENSSVLG00005023190) TTLL7 (ENSSVLG00005022891) ADGRL2 (ENSSVLG00005022731) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 1118 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 Common shrew MODERN SPECIES 4243 SYDE2 (ENSSARG00000001468) ##22 DNAI3 (ENSSARG00000001410) Hedgehog MODERN SPECIES 304 SYDE2 (ENSEEUG00000015170) ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00940000163788 ENSGT00530000063936.b ENSGT00990000205119 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00990000205119 Caniformia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00990000205119 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.i ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.d Ursus ANCESTRAL SPECIES 139 ENSGT00390000009268.y.a ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.i ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.d American black bear MODERN SPECIES 1481 DDAH1 (ENSUAMG00000019285) BCL10 (ENSUAMG00000019286) C1orf52 (ENSUAMG00000019287) SYDE2 (ENSUAMG00000019288) ##22 Polar bear MODERN SPECIES 170 ENSUMAG00000001654 HS2ST1 (ENSUMAG00000001671) SELENOF (ENSUMAG00000001679) SH3GLB1 (ENSUMAG00000001715) ENSUMAG00000001751 CLCA4 (ENSUMAG00000001934) CLCA1 (ENSUMAG00000002319) CLCA2 (ENSUMAG00000002415) ODF2L (ENSUMAG00000002451) ENSUMAG00000002474 ZNHIT6 (ENSUMAG00000002478) CCN1 (ENSUMAG00000002488) DDAH1 (ENSUMAG00000002499) BCL10 (ENSUMAG00000002502) C1orf52 (ENSUMAG00000002504) SYDE2 (ENSUMAG00000002509) ##22 DNAI3 (ENSUMAG00000002541) MCOLN3 (ENSUMAG00000002560) MCOLN2 (ENSUMAG00000002572) LPAR3 (ENSUMAG00000002579) SSX2IP (ENSUMAG00000002601) CTBS (ENSUMAG00000002608) SPATA1 (ENSUMAG00000002623) ENSUMAG00000002631 RPF1 (ENSUMAG00000002636) DNASE2B (ENSUMAG00000002646) ENSUMAG00000002660 SAMD13 (ENSUMAG00000002672) ENSUMAG00000002678 ENSUMAG00000002683 PRKACB (ENSUMAG00000002686) Giant Panda MODERN SPECIES 11 HS2ST1 (ENSAMEG00000016204) SELENOF (ENSAMEG00000027639) SH3GLB1 (ENSAMEG00000016222) ENSAMEG00000015592 CLCA4 (ENSAMEG00000017158) CLCA1 (ENSAMEG00000017170) CLCA2 (ENSAMEG00000017197) ODF2L (ENSAMEG00000017198) COL24A1 (ENSAMEG00000017218) ZNHIT6 (ENSAMEG00000017224) CCN1 (ENSAMEG00000017235) ENSAMEG00000023476 DDAH1 (ENSAMEG00000017246) BCL10 (ENSAMEG00000026623) C1orf52 (ENSAMEG00000023530) SYDE2 (ENSAMEG00000017261) ##22 DNAI3 (ENSAMEG00000017265) MCOLN3 (ENSAMEG00000017280) MCOLN2 (ENSAMEG00000017295) SSX2IP (ENSAMEG00000006467) CTBS (ENSAMEG00000000372) SPATA1 (ENSAMEG00000000388) ENSAMEG00000029878 RPF1 (ENSAMEG00000008531) DNASE2B (ENSAMEG00000013581) ENSAMEG00000013543 ENSAMEG00000031257 SAMD13 (ENSAMEG00000026469) PRKACB (ENSAMEG00000013506) TTLL7 (ENSAMEG00000014783) ADGRL2 (ENSAMEG00000006030) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b 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ENSGT00940000161169 Tiger MODERN SPECIES 126 SELENOF (ENSPTIG00000011115) SH3GLB1 (ENSPTIG00000011684) ENSPTIG00000012017 ENSPTIG00000012116 CLCA4 (ENSPTIG00000012168) CLCA1 (ENSPTIG00000012542) CLCA2 (ENSPTIG00000012779) ODF2L (ENSPTIG00000013135) COL24A1 (ENSPTIG00000013808) ZNHIT6 (ENSPTIG00000014171) CCN1 (ENSPTIG00000014498) ENSPTIG00000010331 DDAH1 (ENSPTIG00000014695) BCL10 (ENSPTIG00000015138) C1orf52 (ENSPTIG00000015690) SYDE2 (ENSPTIG00000015910) ##22 DNAI3 (ENSPTIG00000016214) MCOLN3 (ENSPTIG00000016693) MCOLN2 (ENSPTIG00000017601) LPAR3 (ENSPTIG00000017836) SSX2IP (ENSPTIG00000017936) CTBS (ENSPTIG00000018263) SPATA1 (ENSPTIG00000019012) GNG5 (ENSPTIG00000019098) RPF1 (ENSPTIG00000019164) DNASE2B (ENSPTIG00000019401) ENSPTIG00000019546 SAMD13 (ENSPTIG00000019707) ENSPTIG00000019784 PRKACB (ENSPTIG00000020230) TTLL7 (ENSPTIG00000007891) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 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ENSPPRG00000008708 CTBS (ENSPPRG00000008795) SPATA1 (ENSPPRG00000009258) GNG5 (ENSPPRG00000009563) RPF1 (ENSPPRG00000009777) ENSPPRG00000009883 ENSPPRG00000010218 ENSPPRG00000010285 ENSPPRG00000010565 ENSPPRG00000021431 Cat MODERN SPECIES 239 HS2ST1 (ENSFCAG00000008006) SELENOF (ENSFCAG00000005249) SH3GLB1 (ENSFCAG00000028517) ENSFCAG00000028907 ENSFCAG00000030426 CLCA4 (ENSFCAG00000018343) CLCA1 (ENSFCAG00000031867) CLCA2 (ENSFCAG00000008210) ODF2L (ENSFCAG00000019281) COL24A1 (ENSFCAG00000033986) ZNHIT6 (ENSFCAG00000027469) CCN1 (ENSFCAG00000031965) DDAH1 (ENSFCAG00000029407) BCL10 (ENSFCAG00000036364) CC1H1orf52 (ENSFCAG00000035401) SYDE2 (ENSFCAG00000027468) ##22 DNAI3 (ENSFCAG00000011197) MCOLN3 (ENSFCAG00000011196) MCOLN2 (ENSFCAG00000011193) LPAR3 (ENSFCAG00000008799) SSX2IP (ENSFCAG00000023838) CTBS (ENSFCAG00000046319) SPATA1 (ENSFCAG00000022598) GNG5 (ENSFCAG00000038836) RPF1 (ENSFCAG00000025546) DNASE2B (ENSFCAG00000008789) UOX (ENSFCAG00000024210) ENSFCAG00000050042 SAMD13 (ENSFCAG00000045569) ENSFCAG00000049478 PRKACB (ENSFCAG00000027890) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00940000163788 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000161169 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00940000163788 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000161169 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00940000163788 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000161169 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 27 HS2ST1 (ENSRFEG00010010982) SELENOF (ENSRFEG00010010937) SH3GLB1 (ENSRFEG00010010748) ENSRFEG00010010677 CLCA4 (ENSRFEG00010010608) CLCA1 (ENSRFEG00010010535) CLCA2 (ENSRFEG00010010308) ODF2L (ENSRFEG00010010033) ENSRFEG00010009977 COL24A1 (ENSRFEG00010009929) ZNHIT6 (ENSRFEG00010009748) CCN1 (ENSRFEG00010009708) DDAH1 (ENSRFEG00010009596) BCL10 (ENSRFEG00010009517) ENSRFEG00010009469 SYDE2 (ENSRFEG00010009428) ##22 DNAI3 (ENSRFEG00010009062) MCOLN3 (ENSRFEG00010008879) MCOLN2 (ENSRFEG00010008712) LPAR3 (ENSRFEG00010008696) SSX2IP (ENSRFEG00010008650) ENSRFEG00010008577 ENSRFEG00010008537 SPATA1 (ENSRFEG00010008499) GNG5 (ENSRFEG00010008455) ENSRFEG00010008327 DNASE2B (ENSRFEG00010008256) ENSRFEG00010008224 ENSRFEG00010008199 ENSRFEG00010008163 SAMD13 (ENSRFEG00010008128) Microbat MODERN SPECIES 962 DDAH1 (ENSMLUG00000015884) BCL10 (ENSMLUG00000016961) SYDE2 (ENSMLUG00000010817) ##22 DNAI3 (ENSMLUG00000010769) MCOLN3 (ENSMLUG00000003333) MCOLN2 (ENSMLUG00000013082) LPAR3 (ENSMLUG00000012725) SSX2IP (ENSMLUG00000015867) CTBS (ENSMLUG00000016039) ENSMLUG00000016038 RPF1 (ENSMLUG00000016028) DNASE2B (ENSMLUG00000016019) ENSMLUG00000025448 ENSMLUG00000026964 PRKACB (ENSMLUG00000003326) TTLL7 (ENSMLUG00000009405) ENSMLUG00000028126 ADGRL2 (ENSMLUG00000014302) Megabat MODERN SPECIES 1462 SYDE2 (ENSPVAG00000000711) ##22 DNAI3 (ENSPVAG00000000710) MCOLN3 (ENSPVAG00000000709) MCOLN2 (ENSPVAG00000000708) Equus ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416.j ENSGT00940000160416.i.b ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 ENSGT00940000159078 ENSGT00940000156348.C Horse MODERN SPECIES 26 LMO4 (ENSECAG00000025150) HS2ST1 (ENSECAG00000000800) SH3GLB1 (ENSECAG00000009160) ENSECAG00000014656 ENSECAG00000017843 ENSECAG00000035060 CLCA1 (ENSECAG00000057201) CLCA2 (ENSECAG00000020901) ODF2L (ENSECAG00000022058) COL24A1 (ENSECAG00000023199) ZNHIT6 (ENSECAG00000024978) CCN1 (ENSECAG00000024993) DDAH1 (ENSECAG00000024997) BCL10 (ENSECAG00000025005) C5H1orf52 (ENSECAG00000025029) SYDE2 (ENSECAG00000025133) ##22 DNAI3 (ENSECAG00000000764) MCOLN3 (ENSECAG00000007249) MCOLN2 (ENSECAG00000011008) LPAR3 (ENSECAG00000049816) SSX2IP (ENSECAG00000012872) ENSECAG00000048925 ENSECAG00000056260 CTBS 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(ENSEASG00005014270) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 Suina ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000157730 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a Pig MODERN SPECIES 12 HS2ST1 (ENSSSCG00000022032) SELENOF (ENSSSCG00000030125) SH3GLB1 (ENSSSCG00000006930) ENSSSCG00000059930 ENSSSCG00000006932 CLCA1 (ENSSSCG00000006933) CLCA2 (ENSSSCG00000006935) ODF2L (ENSSSCG00000006936) COL24A1 (ENSSSCG00000031738) ZNHIT6 (ENSSSCG00000006939) CCN1 (ENSSSCG00000006940) ENSSSCG00000056532 DDAH1 (ENSSSCG00000040735) BCL10 (ENSSSCG00000025691) C1orf52 (ENSSSCG00000026772) SYDE2 (ENSSSCG00000006947) ##22 DNAI3 (ENSSSCG00000006950) MCOLN3 (ENSSSCG00000023745) Chacoan peccary MODERN SPECIES 216 ENSCWAG00000014846 HS2ST1 (ENSCWAG00000014885) SELENOF (ENSCWAG00000014949) SH3GLB1 (ENSCWAG00000015014) ENSCWAG00000015195 ENSCWAG00000015913 CLCA1 (ENSCWAG00000016019) CLCA2 (ENSCWAG00000016125) ODF2L (ENSCWAG00000016227) COL24A1 (ENSCWAG00000016291) ZNHIT6 (ENSCWAG00000016707) CCN1 (ENSCWAG00000016845) 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(ENSVPAG00000007104) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555 ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b ENSGT00960000186747 ENSGT00940000157892 ENSGT00490000043442 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a ENSGT00950000183036.a.b ENSGT01050000244941.B.d ENSGT00390000007688 ENSGT00390000012891 ENSGT00390000003298 ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b ENSGT00940000153231.B ENSGT00390000002634.b ENSGT00940000153229.B ENSGT00910000147804 ENSGT00530000063936.b ENSGT00940000163788 ENSGT00940000161169 Pecora ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154284.a ENSGT00940000155667 ENSGT00940000157555.a ENSGT00940000157555.b ENSGT00940000160416 ENSGT00940000154682.C ENSGT00940000161548 ENSGT00530000063497.b ENSGT00940000162448 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b 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ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000156282.a.b ENSGT00390000006224 ENSGT00390000014984 ENSGT00390000003015.c ENSGT01030000235036 ENSGT00940000166725 ENSGT01030000234931 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000166530 ENSGT00940000157892 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00390000017201 ENSGT00940000163583 ENSGT00940000163514.C ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000161257 ENSGT00950000182930.D ENSGT00940000155297.hb.b.f ENSGT01050000244897.a.a.b.b ENSGT01050000244955.b.c ENSGT00390000016650.c.a ENSGT00940000156262 ENSGT00940000164867.b ENSGT00940000159265 ENSGT00390000001143 ENSGT00940000157074 ENSGT00390000003197 ENSGT00940000160228.i.a.b Fugu MODERN SPECIES 12 dmrt2b (ENSTRUG00000018484) ENSTRUG00000021155 ebna1bp2 (ENSTRUG00000018483) TMEM125 (ENSTRUG00000018482) ENSTRUG00000020153 ap1m3 (ENSTRUG00000018481) ENSTRUG00000021015 tie1 (ENSTRUG00000018474) mpl (ENSTRUG00000018473) DDAH1 (ENSTRUG00000033362) ZNHIT6 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(ENSTNIG00000018081) gpsm2 (ENSTNIG00000018080) si:ch211-262h13.5 (ENSTNIG00000018079) ENSTNIG00000018078 gpc1a (ENSTNIG00000018077) gpc5b (ENSTNIG00000018076) nasp (ENSTNIG00000018075) LRRC7 (ENSTNIG00000018074) ENSTNIG00000018073 MELTF (ENSTNIG00000006064) fkbp2 (ENSTNIG00000001553) ncbp2 (ENSTNIG00000006065) ENSTNIG00000006066 cp (ENSTNIG00000003319) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154819.a.a.a ENSGT00940000156282.a.b ENSGT00390000006224 ENSGT00390000014984 ENSGT01030000235036 ENSGT00390000003015.c ENSGT00940000166725 ENSGT01030000234931 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000166530 ENSGT00940000157892 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00390000017201 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000154667.b.a ENSGT00950000182930.D ENSGT00940000155297.hb.b.f ENSGT01050000244897.a.a.b.b ENSGT01050000244955.b.c ENSGT00390000016650.c.a ENSGT00940000167241 ENSGT00940000156262 ENSGT00940000164867.b ENSGT00940000159265 ENSGT00390000001143 ENSGT00940000157074 ENSGT00390000003197 Ballan wrasse MODERN SPECIES 60 dmrt2b (ENSLBEG00000014310) cfap144 (ENSLBEG00000014289) ebna1bp2 (ENSLBEG00000014254) TMEM125 (ENSLBEG00000014238) ap1m3 (ENSLBEG00000014192) ENSLBEG00000014162 tie1 (ENSLBEG00000014097) mpl (ENSLBEG00000013944) DDAH1 (ENSLBEG00000013865) ccn1 (ENSLBEG00000013824) ZNHIT6 (ENSLBEG00000013799) ENSLBEG00000013780 ENSLBEG00000013753 ENSLBEG00000013735 zgc:65873 (ENSLBEG00000013724) SYDE2 (ENSLBEG00000013673) ##22 DNAI3 (ENSLBEG00000013594) MCOLN3 (ENSLBEG00000013519) ENSLBEG00000013434 si:ch211-262h13.5 (ENSLBEG00000013394) EPHB1 (ENSLBEG00000013357) gpc1a (ENSLBEG00000013321) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000154819.a.a.a ENSGT00940000156282.a.b ENSGT00390000006224 ENSGT00390000014984 ENSGT01030000235036 ENSGT00390000003015.c ENSGT00940000166725 ENSGT01030000234931 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000166530 ENSGT00940000157892 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00390000017201 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000154667.b.a ENSGT00950000182930.D ENSGT00940000155297.hb.b.f ENSGT01050000244897.a.a.b.b ENSGT01050000244955.b.c ENSGT00390000016650.c.a ENSGT00940000167241 ENSGT00940000156262 ENSGT00940000164867.b ENSGT00940000159265 ENSGT00390000001143 ENSGT00940000157074 ENSGT00390000003197 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000156282.a.b ENSGT00390000006224 ENSGT00390000014984 ENSGT00390000003015.c ENSGT01030000235036 ENSGT00940000166725 ENSGT01030000234931 ENSGT00510000048988 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000166530 ENSGT00940000157892 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00390000017201 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000154667.b.a ENSGT00950000182930.D ENSGT00940000155297.hb.b.f ENSGT01050000244897.a.a.b.b ENSGT01050000244955.b.c ENSGT00390000016650.c.a ENSGT00940000156262 ENSGT00940000164867.b ENSGT00940000159265 ENSGT00390000001143 ENSGT00940000157074 ENSGT00390000003197 ENSGT00940000160228.i.a.b Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154819.a.a.a ENSGT00940000156282.a.b ENSGT00390000006224 ENSGT00390000014984 ENSGT00390000003015.c ENSGT01030000235036 ENSGT00940000166725 ENSGT01030000234931 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000166530 ENSGT00940000157892 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00390000017201 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000154667.b.a ENSGT00950000182930.D ENSGT00940000155297.hb.b.f ENSGT01050000244897.a.a.b.b ENSGT01050000244955.b.c ENSGT00390000016650.c.a ENSGT00940000156262 ENSGT00940000164867.b ENSGT00940000159265 ENSGT00390000001143 ENSGT00940000157074 ENSGT00390000003197 ENSGT00940000160228.i.a.b Channel bull blenny MODERN SPECIES 18 ENSCGOG00000019731 lrp8 (ENSCGOG00000019708) dmrt2b (ENSCGOG00000019704) cfap144 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ENSATEG00000021638 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000014984 ENSGT01030000235036 ENSGT00390000003015.c ENSGT00940000166725 ENSGT01030000234931 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000166530 ENSGT00940000157892 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00390000017201 ENSGT00940000163583 ENSGT00940000177205 ENSGT00940000163514.C ENSGT00390000017398 ENSGT00990000211775 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000154667.b.a ENSGT00950000182930.D ENSGT00940000155297.hb.b.f ENSGT01050000244897.a.a.b.b ENSGT01050000244955.b.c ENSGT00390000016650.c.a ENSGT00940000156262 ENSGT00960000186843 ENSGT00960000186833 ENSGT01060000249321 ENSGT00940000164867.b ENSGT00940000159265 ENSGT00390000001143 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000014984 ENSGT01030000235036 ENSGT00390000003015.c ENSGT00940000166725 ENSGT01030000234931 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000166530 ENSGT00940000157892 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00390000017201 ENSGT00940000163583 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(ENSORLG00000011095) LRRC7 (ENSORLG00000011122) ENSORLG00000011180 MELTF (ENSORLG00000011217) Chinese medaka MODERN SPECIES 41 ENSOSIG00000022519 cfap144 (ENSOSIG00000022521) ap1m3 (ENSOSIG00000022524) TMEM125 (ENSOSIG00000022527) ENSOSIG00000022528 ENSOSIG00000022530 ENSOSIG00000022533 ENSOSIG00000022534 DDAH1 (ENSOSIG00000022536) ccn1 (ENSOSIG00000022537) ZNHIT6 (ENSOSIG00000001876) ENSOSIG00000001896 ENSOSIG00000001918 ENSOSIG00000001948 zgc:65873 (ENSOSIG00000001969) SYDE2 (ENSOSIG00000001983) ##22 ENSOSIG00000002002 MCOLN3 (ENSOSIG00000002012) ENSOSIG00000002082 si:ch211-262h13.5 (ENSOSIG00000002195) ENSOSIG00000002233 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006224 ENSGT00390000014984 ENSGT01030000235036 ENSGT00390000003015.c ENSGT00940000166725 ENSGT01030000234931 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000166530 ENSGT00940000157892 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00390000017201 ENSGT00940000163583 ENSGT00940000163514.C ENSGT00390000017398 ENSGT00990000211775 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ENSSSAG00000113270 ZC3H3 (ENSSSAG00000010148) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157092.v.a.a ENSGT00940000154568.hb ENSGT00940000158755.i ENSGT00730000111209.q ENSGT00940000155190.bb.a.g ENSGT00940000156301.a.a.c.b ENSGT00940000174981 ENSGT00390000010922.j ENSGT00510000049371.m ENSGT00530000063790.a.a.c ENSGT00940000163583.y.a ENSGT00940000155151.b.d.f ENSGT00940000157892.n ENSGT00390000017398.z ENSGT00990000211775 ENSGT01030000234635.a.a.a.a.e ##22 ENSGT00940000154667.b.a.e ENSGT00940000157607.l ENSGT00390000004674.i.b ENSGT01010000224837 ENSGT00390000016650.c.a.c ENSGT00940000156539.x ENSGT01020000230412.A.c.b.c.a.c ENSGT00390000003156.b.e ENSGT00940000154327.b.f.d ENSGT00940000160740.f ENSGT00940000156988.i ENSGT00950000182879.a.b.b ENSGT00940000166873.f ENSGT00940000161068.f ENSGT00940000162747.e Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154568.hb ENSGT00940000158755.i ENSGT00730000111209.q ENSGT00940000155190.bb.a.g ENSGT00940000156301.a.a.c.b ENSGT00940000174981 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ENSELUG00000023609 akr1a1 (ENSELUG00000023830) nasp (ENSELUG00000023668) TMCO1 (ENSELUG00000028911) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 375 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00950000182879.a.a ENSGT00950000182879.b ENSGT00940000156988 ENSGT00940000159127 ENSGT00940000161304.a.a ENSGT00940000156073.c.b ENSGT00940000160740 ENSGT00940000154327.b.f Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 132 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000156988 ENSGT00940000159127 ENSGT00940000161304.b ENSGT00940000156073.c.b ENSGT00940000160740 ENSGT00940000154327.b.f ENSGT00940000157285.f ENSGT00950000182993.B.a.d ENSGT00940000156897 ENSGT00390000015908 ENSGT00960000186850 ENSGT00940000163316 ENSGT00940000155505.a.b Atlantic herring MODERN SPECIES 1 ENSCHAG00000006946 ENSCHAG00000006552 sft2d2a (ENSCHAG00000006485) tmem45a (ENSCHAG00000006462) sin3b (ENSCHAG00000003941) ENSCHAG00000003826 ENSCHAG00000003613 ENSCHAG00000003558 ENSCHAG00000003528 ENSCHAG00000003466 ENSCHAG00000003450 ZNHIT6 (ENSCHAG00000003417) ccn1 (ENSCHAG00000003344) DDAH1 (ENSCHAG00000003298) zgc:65873 (ENSCHAG00000003283) SYDE2 (ENSCHAG00000003262) ##22 DNAI3 (ENSCHAG00000002741) MCOLN3 (ENSCHAG00000002573) ENSCHAG00000002365 ENSCHAG00000002339 ENSCHAG00000027331 ENSCHAG00000027326 mafaa (ENSCHAG00000027323) ENSCHAG00000027319 ENSCHAG00000027315 rnf2 (ENSCHAG00000027312) ENSCHAG00000027309 PRRX1 (ENSCHAG00000027306) mysm1 (ENSCHAG00000027300) OMA1 (ENSCHAG00000027297) dab1a (ENSCHAG00000027288) Denticle herring MODERN SPECIES 4 tmem38a (ENSDCDG00000028424) smim7 (ENSDCDG00000028425) MED26 (ENSDCDG00000028428) slc35e1 (ENSDCDG00000028431) mknk2b (ENSDCDG00000028441) mob3a (ENSDCDG00000028460) zap70 (ENSDCDG00000028469) adamts10 (ENSDCDG00000028512) shc2 (ENSDCDG00000028791) ENSDCDG00000028796 ENSDCDG00000028797 ENSDCDG00000028801 ccn1 (ENSDCDG00000028805) DDAH1 (ENSDCDG00000028808) zgc:65873 (ENSDCDG00000028809) ENSDCDG00000028810 ##22 DNAI3 (ENSDCDG00000028812) MCOLN3 (ENSDCDG00000028814) ENSDCDG00000028827 TUT4 (ENSDCDG00000028878) gpx7 (ENSDCDG00000029788) slc1a7b (ENSDCDG00000029790) PODN (ENSDCDG00000029798) scp2b (ENSDCDG00000029799) st3gal3a (ENSDCDG00000029808) ENSDCDG00000029836 rad54l (ENSDCDG00000029850) ENSDCDG00000029894 ENSDCDG00000029900 uqcrh (ENSDCDG00000029902) ENSDCDG00000029914 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 307 ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00950000182879.a.a ENSGT00950000182879.b ENSGT00940000156988 ENSGT00940000159127 ENSGT00940000161304.a.a ENSGT00940000156073.c.b ENSGT00940000160740 ENSGT00940000154327.b.f Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00970000193390.c.a.a.a.a.a.b ENSGT00420000030545.f ENSGT00390000011932 ENSGT00940000163277 ENSGT00940000159922.a.b ENSGT00390000015089.cb.a ENSGT00390000013722 ENSGT00940000156171.h.f ENSGT00390000004396.h ENSGT00940000156633.d.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00950000182879.a.a ENSGT00950000182879.b ENSGT00940000156988 ENSGT00940000159127 ENSGT00940000161304.a.a ENSGT00940000156073.c.b ENSGT00940000160740 ENSGT00940000154327.b.f ENSGT00940000163807 ENSGT00950000182963.b.a.c ENSGT00940000158080 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000165797 Channel catfish MODERN SPECIES 6 abce1 (ENSIPUG00000002215) ENSIPUG00000002283 ANAPC10 (ENSIPUG00000002302) rnf150 (ENSIPUG00000002313) ENSIPUG00000002326 ENSIPUG00000002359 PPM1K (ENSIPUG00000002362) ENSIPUG00000002386 ENSIPUG00000002422 ENSIPUG00000002435 ENSIPUG00000002450 ENSIPUG00000002457 CYR61 (ENSIPUG00000002490) DDAH1 (ENSIPUG00000002503) c15h1orf52 (ENSIPUG00000002520) syde2 (ENSIPUG00000002528) ##22 DNAI3 (ENSIPUG00000002543) mcoln3 (ENSIPUG00000002593) cyp2aa4 (ENSIPUG00000002621) zcchc11 (ENSIPUG00000002638) GPX7 (ENSIPUG00000002659) SHISAL2A (ENSIPUG00000002668) slc1a7b (ENSIPUG00000002676) podn (ENSIPUG00000002686) scp2b (ENSIPUG00000002702) ENSIPUG00000002714 NHS (ENSIPUG00000002726) ENSIPUG00000002736 tmem27 (ENSIPUG00000002753) Mdp1 (ENSIPUG00000002764) ENSIPUG00000002781 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 192 ENSGT00970000193390.c.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00420000030545.f ENSGT00390000011932 ENSGT00940000163277 ENSGT00940000159922.a.b ENSGT00390000015089.cb.a ENSGT00390000013722 ENSGT00940000156171.h.f ENSGT00390000004396.h ENSGT00940000156633.d.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g Characoidei ANCESTRAL SPECIES 254 ENSGT00390000011932 ENSGT00940000163277 ENSGT00940000159922.a.b ENSGT00390000015089.cb.a ENSGT00390000013722 ENSGT00940000156171.h.f ENSGT00390000004396.h ENSGT00940000156633.d.b ENSGT00940000163583 ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g Mexicana tetra MODERN SPECIES 6 abce1 (ENSAMXG00000005866) anapc10 (ENSAMXG00000005332) rnf150b (ENSAMXG00000037968) ENSAMXG00000029406 ENSAMXG00000025919 PPM1K (ENSAMXG00000043893) ENSAMXG00000033462 ENSAMXG00000036248 ENSAMXG00000005211 ENSAMXG00000036259 ENSAMXG00000032393 ENSAMXG00000038881 ccn1 (ENSAMXG00000018010) DDAH1 (ENSAMXG00000004248) zgc:65873 (ENSAMXG00000031697) SYDE2 (ENSAMXG00000004233) ##22 DNAI3 (ENSAMXG00000004204) MCOLN3 (ENSAMXG00000004172) ENSAMXG00000037527 PLXNA1 (ENSAMXG00000004133) chchd6a (ENSAMXG00000038765) sars1 (ENSAMXG00000016507) ENSAMXG00000039581 fam50a (ENSAMXG00000016532) 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ENSGT00940000155151.b.d ENSGT00940000157892 ENSGT00390000017398 ENSGT01030000234635.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000166038 ENSGT01100000263516.a.b.b.b.a.a.a.b.b.a.b.e.a ENSGT00390000006172 ENSGT00390000007662.d.a ENSGT00940000164952 ENSGT00940000155473.c.a.e ENSGT00940000155473.c.a.f ENSGT00940000169945 ENSGT00940000177895.a ENSGT01100000263512.a.a.b.a ENSGT00940000155201.d ENSGT00950000182936.a.a.b.b ENSGT00940000155694.h Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 653 ENSGT00940000163583.fc.b ENSGT00390000017201 ENSGT00940000155151.b.d.c ENSGT00940000155151.b.d.d ENSGT00940000157892.k ENSGT00390000017398.`b ENSGT01030000234635.a.a.a.a.g ##22 ENSGT00940000166038.b ENSGT00390000006172.b ENSGT00390000007662.d.a.b ENSGT00940000164952 ENSGT00940000155473.c.a.e ENSGT00940000169945.a ENSGT00940000177895.a Goldfish MODERN SPECIES 42 klf15 (ENSCARG00000041882) ENSCARG00000041918 ENSCARG00000042298 COPZ1 (ENSCARG00000042312) nfe2 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ENSGT00940000169945.a ENSGT00940000177895.a ENSGT00930000151815 ENSGT00940000154895.a.a.f ENSGT00530000063713.b.b.d ENSGT00940000165075.b.b ENSGT00950000183109.d.e.b.j ENSGT00950000182810.B.b.a.b.h ENSGT00940000163785.a.a.a ENSGT00530000064170.d.e Common carp reference MODERN SPECIES 11 anapc10 (ENSCCRG00000078687) rnf150b (ENSCCRG00000036451) ENSCCRG00000057574 ENSCCRG00000063803 ENSCCRG00000036444 ENSCCRG00000036867 ENSCCRG00000060490 ENSCCRG00000055491 ENSCCRG00000031145 ENSCCRG00000057677 ENSCCRG00000013448 ENSCCRG00000058887 CCN1 (ENSCCRG00000063925) DDAH1 (ENSCCRG00000079519) C1orf52 (ENSCCRG00000069135) SYDE2 (ENSCCRG00000063985) ##22 abcg2a (ENSCCRG00000054299) fbxl5 (ENSCCRG00000032202) syap1 (ENSCCRG00000039646) lmnl3 (ENSCCRG00000039638) ENSCCRG00000060405 ENSCCRG00000058211 ENSCCRG00000072607 ENSCCRG00000029897 ENSCCRG00000080711 egr4 (ENSCCRG00000054665) ENSCCRG00000074710 ENSCCRG00000048551 ENSCCRG00000055026 ENSCCRG00000057075 ENSCCRG00000048558 Golden-line barbel MODERN SPECIES 1420 ENSSGRG00000021515 ##22 ENSSGRG00000021514 abcg2a (ENSSGRG00000021513) fbxl5 (ENSSGRG00000021370) lmnl3 (ENSSGRG00000021209) VDR (ENSSGRG00000021207) ENSSGRG00000021206 ENSSGRG00000021205 ednrab (ENSSGRG00000021203) DCLK2 (ENSSGRG00000021042) ENSSGRG00000021041 egr4 (ENSSGRG00000021040) ENSSGRG00000021038 prelid1b (ENSSGRG00000021037) ENSSGRG00000021035 ENSSGRG00000021033 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 375 ENSGT00940000157892.l ENSGT00390000017398.ab ENSGT01030000234635.a.a.a.a.h ##22 ENSGT00940000156924 ENSGT00950000183036.a.a.g ENSGT00940000166038.a.a.a ENSGT00940000166038.a.b ENSGT01100000263516.a.b.b.b.a.a.a.b.b.a.b.e.a.d ENSGT00940000166038.a.a.b ENSGT00940000155473.c.a.f ENSGT00940000169945.b ENSGT01100000263512.a.a.b.a ENSGT00940000155201.d ENSGT00950000182936.a.a.b.b ENSGT00940000155694.h ENSGT00940000154895.a.a.e ENSGT00530000063713.b.b ENSGT00940000165075.b.a.a Goldfish MODERN SPECIES 15 ENSCARG00000005636 DLG4 (ENSCARG00000004441) ephb4b (ENSCARG00000004058) 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##22 DNAI3 (ENSECRG00000010367) MCOLN3 (ENSECRG00000010401) mcoln2 (ENSECRG00000010417) ssx2ipa (ENSECRG00000010431) ENSECRG00000010454 ENSECRG00000010519 ENSECRG00000010620 ctbs (ENSECRG00000010655) SPATA1 (ENSECRG00000010664) gng5 (ENSECRG00000010670) rpf1 (ENSECRG00000010678) ENSECRG00000010687 DNASE2B (ENSECRG00000010698) uox (ENSECRG00000010715) samd13 (ENSECRG00000010732) Elephant shark MODERN SPECIES 1492 hs2st1a (ENSCMIG00000008142) ENSCMIG00000008146 ENSCMIG00000008148 sh3glb1a (ENSCMIG00000008163) CLCA1 (ENSCMIG00000008194) ENSCMIG00000008248 ENSCMIG00000008253 ENSCMIG00000008256 ENSCMIG00000008260 ENSCMIG00000008263 ENSCMIG00000008265 ENSCMIG00000008267 ccn1 (ENSCMIG00000008269) DDAH1 (ENSCMIG00000008274) zgc:65873 (ENSCMIG00000008275) SYDE2 (ENSCMIG00000008277) ##22 DNAI3 (ENSCMIG00000008279) MCOLN3 (ENSCMIG00000008299) mcoln2 (ENSCMIG00000008343) lpar3 (ENSCMIG00000008360) ENSCMIG00000008366 ssx2ipa (ENSCMIG00000008382) ENSCMIG00000008446 ctbs (ENSCMIG00000008497) ENSCMIG00000008509 ENSCMIG00000008513 rpf1 (ENSCMIG00000008516) DNASE2B (ENSCMIG00000008519) uox (ENSCMIG00000008523) ENSCMIG00000008525 prkacbb (ENSCMIG00000008615) Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Hagfish MODERN SPECIES 1336 ENSEBUG00000011636 ENSEBUG00000014478 ENSEBUG00000014932 ENSEBUG00000012767 ##22 ENSEBUG00000013401 ENSEBUG00000006182 ENSEBUG00000006259 ENSEBUG00000015149 golga7ba (ENSEBUG00000003829) ENSEBUG00000003181 nudt2 (ENSEBUG00000013534) pycr3 (ENSEBUG00000001276) ears2 (ENSEBUG00000004342) ENSEBUG00000017047 ENSEBUG00000001904 ENSEBUG00000016238 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Elephant shark MODERN SPECIES 1171 ENSCMIG00000001395 ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 725 ENSGT00940000159130 ENSGT00940000155021 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 574 ENSGT00940000159130 ENSGT00940000155021 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 469 ENSGT00390000003582.d ENSGT00940000159130 ENSGT00970000193390.c.b.b.b.b ENSGT00940000155021 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 120 ENSGT00940000158045.b ENSGT00940000154430.c.b ENSGT00940000175884 ENSGT00390000014797 ENSGT00940000156570.b ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00970000193390.c.b.b.b.b.b ENSGT00940000155021 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000154974 ENSGT00530000063787.B.d.a ENSGT00940000161176 ENSGT00940000164576.a ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a.d ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00970000193390.c.b.b.b.b.b ENSGT00940000155021 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT00940000153123.C ENSGT00530000063787.B.d.a ENSGT00940000154974 ENSGT00940000164576.a ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a.d ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00970000193390.c.b.b.b.b.b ENSGT00940000155021 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT01030000234586.A.a.a.a ENSGT00940000154959 ENSGT00390000006695 ENSGT00940000154944 ENSGT00390000004566 ENSGT00940000164148.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00930000151045.f ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.h ENSGT00530000063870.b ENSGT00390000001390.b ENSGT00390000013678 ENSGT00940000160069 ENSGT00390000015528 Atlantic herring DUPLICATION Atlantic herring MODERN SPECIES 15 INSYN2A (ENSCHAG00000025102) dock1 (ENSCHAG00000018532) foxi1 (ENSCHAG00000018241) CLRN3 (ENSCHAG00000018229) PTPRE (ENSCHAG00000015648) ENSCHAG00000015542 ebf3a (ENSCHAG00000014216) glrx3 (ENSCHAG00000014174) TCERG1L (ENSCHAG00000014167) ppp2r2d (ENSCHAG00000013972) bnip3 (ENSCHAG00000013935) ENSCHAG00000013863 dpysl4 (ENSCHAG00000010372) ENSCHAG00000010275 cyp4f3 (ENSCHAG00000009659) SYDE1 (ENSCHAG00000009650) ##22 SYDE1 (ENSCHAG00000009642) ##22 ENSCHAG00000009640 ENSCHAG00000009600 ENSCHAG00000009570 ENSCHAG00000009523 lyrm1 (ENSCHAG00000009470) dcun1d3 (ENSCHAG00000009465) KATNIP (ENSCHAG00000009451) cox6b1 (ENSCHAG00000009430) ENSCHAG00000009385 luc7l (ENSCHAG00000009359) stub1 (ENSCHAG00000009336) crp2 (ENSCHAG00000009304) PRR35 (ENSCHAG00000009285) metrn (ENSCHAG00000009278) Atlantic herring MODERN SPECIES 15 dock1 (ENSCHAG00000018532) foxi1 (ENSCHAG00000018241) CLRN3 (ENSCHAG00000018229) PTPRE (ENSCHAG00000015648) ENSCHAG00000015542 ebf3a (ENSCHAG00000014216) glrx3 (ENSCHAG00000014174) TCERG1L (ENSCHAG00000014167) ppp2r2d (ENSCHAG00000013972) bnip3 (ENSCHAG00000013935) ENSCHAG00000013863 dpysl4 (ENSCHAG00000010372) ENSCHAG00000010275 cyp4f3 (ENSCHAG00000009659) SYDE1 (ENSCHAG00000009650) ##22 SYDE1 (ENSCHAG00000009642) ##22 ENSCHAG00000009640 ENSCHAG00000009600 ENSCHAG00000009570 ENSCHAG00000009523 lyrm1 (ENSCHAG00000009470) dcun1d3 (ENSCHAG00000009465) KATNIP (ENSCHAG00000009451) cox6b1 (ENSCHAG00000009430) ENSCHAG00000009385 luc7l (ENSCHAG00000009359) stub1 (ENSCHAG00000009336) crp2 (ENSCHAG00000009304) PRR35 (ENSCHAG00000009285) metrn (ENSCHAG00000009278) ENSCHAG00000009268 Denticle herring MODERN SPECIES 11 DNAH7 (ENSDCDG00000023756) slka (ENSDCDG00000023363) PTPRE (ENSDCDG00000022163) ENSDCDG00000022154 ebf3a (ENSDCDG00000022048) glrx3 (ENSDCDG00000021987) ENSDCDG00000021984 TCERG1L (ENSDCDG00000021980) ENSDCDG00000021979 ppp2r2d (ENSDCDG00000021031) bnip3 (ENSDCDG00000021012) ENSDCDG00000020971 dpysl4 (ENSDCDG00000019336) ENSDCDG00000019307 CYP4F8 (ENSDCDG00000016203) SYDE1 (ENSDCDG00000016110) ##22 ENSDCDG00000016106 lyrm1 (ENSDCDG00000016104) dcun1d3 (ENSDCDG00000016101) ENSDCDG00000016089 vcla (ENSDCDG00000016061) ENSDCDG00000016054 plaua (ENSDCDG00000016049) chuk (ENSDCDG00000015908) erlin1 (ENSDCDG00000015880) spef1 (ENSDCDG00000015855) adam8a (ENSDCDG00000015842) znf511 (ENSDCDG00000015833) msx3 (ENSDCDG00000015829) echs1 (ENSDCDG00000015797) sprn (ENSDCDG00000015792) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 407 ENSGT00940000154289.B.e.b ENSGT01030000235112.a ENSGT00940000160084.h ENSGT00420000029824 ENSGT00940000153968.b ENSGT00940000165189 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 194 ENSGT00940000154078.a.a.a ENSGT00940000167571 ENSGT00940000161748 ENSGT00950000183122.A ENSGT00940000156661.b ENSGT00940000154209.a.b.a ENSGT00940000154289.B.e.b ENSGT01030000235112.a ENSGT00940000161899 ENSGT00940000160084.h ENSGT00940000154906.C.d ENSGT00420000029824 ENSGT00940000153968.b ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Channel catfish MODERN SPECIES 4 eme1 (ENSIPUG00000003807) mrpl27 (ENSIPUG00000003799) ENSIPUG00000003671 ENSIPUG00000003636 ENSIPUG00000003625 THRA (ENSIPUG00000003596) ENSIPUG00000003588 ormdl3 (ENSIPUG00000003569) wnt3 (ENSIPUG00000003560) ENSIPUG00000003547 nsfb (ENSIPUG00000003446) ENSIPUG00000003416 HDLBP (ENSIPUG00000003291) ENSIPUG00000003274 neurl4 (ENSIPUG00000003190) SYDE1 (ENSIPUG00000003163) ##22 ENSIPUG00000003142 ENSIPUG00000003119 ENSIPUG00000003108 ENSIPUG00000003093 ENSIPUG00000003039 mpp7a (ENSIPUG00000003014) ODAD2 (ENSIPUG00000002969) MKX (ENSIPUG00000002944) ENSIPUG00000002933 afap1 (ENSIPUG00000002861) ENSIPUG00000002851 ABLIM2 (ENSIPUG00000002827) ENSIPUG00000002825 ENSIPUG00000002802 zcchc4 (ENSIPUG00000002789) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 237 ENSGT00940000166815 ENSGT00950000183122.A ENSGT00940000156661.b ENSGT00940000154209.a.b.a ENSGT00940000154289.B.e.b ENSGT01030000235112.a ENSGT00940000161899 ENSGT00940000160084.h ENSGT00420000029824 ENSGT00940000153968.b ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 355 ENSGT00940000160638.n ENSGT00390000017548.b.b ENSGT00940000169341 ENSGT00940000165336.a.a.a ENSGT00940000164872.a ENSGT00950000183002.B.b ENSGT00940000155021 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 442 USH1G (ENSPNAG00000008735) ENSPNAG00000008725 selenou1b (ENSPNAG00000001168) ENSPNAG00000001154 ENSPNAG00000008647 CYP4F8 (ENSPNAG00000008561) SYDE1 (ENSPNAG00000001079) ##22 ENSPNAG00000008518 ENSPNAG00000008491 ENSPNAG00000008480 ENSPNAG00000008475 SDK2 (ENSPNAG00000001023) Mexicana tetra MODERN SPECIES 21 zcchc4 (ENSAMXG00000031395) ABLIM2 (ENSAMXG00000042957) ENSAMXG00000033954 AFAP1 (ENSAMXG00000030633) mkxa (ENSAMXG00000013305) ENSAMXG00000038824 mpp7a (ENSAMXG00000030959) ENSAMXG00000032016 USH1G (ENSAMXG00000020117) selenou1b (ENSAMXG00000020069) ENSAMXG00000029160 ENSAMXG00000040221 ENSAMXG00000032450 CYP4F8 (ENSAMXG00000039116) ENSAMXG00000041298 SYDE1 (ENSAMXG00000038498) ##22 ENSAMXG00000025794 ENSAMXG00000025018 ENSAMXG00000029778 mtr (ENSAMXG00000004301) ENSAMXG00000042327 ENSAMXG00000033750 ENSAMXG00000036487 CHRM3 (ENSAMXG00000039331) FMN2 (ENSAMXG00000001131) grem2b (ENSAMXG00000026021) lrrc59 (ENSAMXG00000032220) nat9 (ENSAMXG00000001206) ndel1a (ENSAMXG00000030193) itgb3b (ENSAMXG00000001361) SYNPO2L (ENSAMXG00000032916) Electric eel MODERN SPECIES 871 mtr (ENSEEEG00000015234) ENSEEEG00000016090 ENSEEEG00000016093 cyp4f3 (ENSEEEG00000016095) SYDE1 (ENSEEEG00000016099) ##22 ENSEEEG00000016102 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 365 ENSGT00940000155021 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000153968.b Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 496 ENSGT00730000111199 ENSGT01070000253744.b.a.b.a.a ENSGT00390000017004.a.b.z ENSGT00940000164397.a ENSGT00940000157107.a.a.a ENSGT00390000018119 ENSGT00390000018109 ENSGT00530000063652.b.a ENSGT00940000155590.i.b ENSGT00940000154908.b.c ENSGT00390000003175.a.a ENSGT00390000000628 ENSGT00940000157296.o.a.a ENSGT00390000005565 ENSGT00940000165189 ENSGT01030000234635.a.a.a.b.c ##22 ENSGT00940000153968.b ENSGT00940000171352.f.a Goldfish MODERN SPECIES 30 ADAMTS14 (ENSCARG00000006323) ENSCARG00000007047 TBATA (ENSCARG00000007051) QRFPR (ENSCARG00000007067) ZMIZ1 (ENSCARG00000007083) ascc1 (ENSCARG00000007165) anapc16 (ENSCARG00000007219) ddit4 (ENSCARG00000007230) dnajb12b (ENSCARG00000007244) ENSCARG00000007254 scd (ENSCARG00000007258) ARHGAP44 (ENSCARG00000007302) ENSCARG00000008351 ENSCARG00000008361 CYP4F8 (ENSCARG00000008394) SYDE1 (ENSCARG00000008785) ##22 ENSCARG00000008793 ENSCARG00000008828 ENSCARG00000008944 ZNF503 (ENSCARG00000009096) VDAC2 (ENSCARG00000009120) SAMD8 (ENSCARG00000009138) ENSCARG00000009151 DUSP13 (ENSCARG00000009155) adkb (ENSCARG00000009220) vclb (ENSCARG00000011285) hid1b (ENSCARG00000011299) USH1G (ENSCARG00000011398) FADS6 (ENSCARG00000011403) ENSCARG00000011432 trim16 (ENSCARG00000011439) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 597 ENSGT00940000155590.i.b ENSGT00940000154908.b.c ENSGT00390000003175.a.a ENSGT00390000000628 ENSGT00940000157296.o.a.a ENSGT00390000005565 ENSGT00940000165189 ENSGT01030000234635.a.a.a.b.c ##22 ENSGT00940000153968.b ENSGT00940000171352.f.a Common carp reference MODERN SPECIES 44 ndr2 (ENSCCRG00000006674) lrrc20 (ENSCCRG00000074649) NPFFR1 (ENSCCRG00000040565) ENSCCRG00000076951 SPOCK2 (ENSCCRG00000056160) ascc1 (ENSCCRG00000071724) anapc16 (ENSCCRG00000066700) ddit4 (ENSCCRG00000081869) dnajb12b (ENSCCRG00000064243) scd (ENSCCRG00000074888) ENSCCRG00000052916 ENSCCRG00000008191 ENSCCRG00000026415 ENSCCRG00000008213 ENSCCRG00000008232 ENSCCRG00000011243 ##22 ENSCCRG00000011241 ENSCCRG00000078420 ENSCCRG00000041646 ENSCCRG00000081297 ENSCCRG00000053645 ENSCCRG00000066645 ENSCCRG00000057738 ENSCCRG00000018319 fh (ENSCCRG00000069250) RGS7 (ENSCCRG00000042793) grem2b (ENSCCRG00000063882) ENSCCRG00000028502 CHRM3 (ENSCCRG00000062872) ENSCCRG00000037939 ENSCCRG00000073577 Golden-line barbel MODERN SPECIES 235 pald1a (ENSSGRG00000031753) ENSSGRG00000032016 lrrc20 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(ENSSGRG00000033289) Goldfish MODERN SPECIES 3 rgrb (ENSCARG00000011564) GHITM (ENSCARG00000011598) chst3b (ENSCARG00000011634) ENSCARG00000011639 PTPRE (ENSCARG00000011706) ENSCARG00000014272 ndufb8 (ENSCARG00000014276) SEC31B (ENSCARG00000014278) ddit4 (ENSCARG00000014285) dnajb12b (ENSCARG00000014290) scd (ENSCARG00000014293) SEC31B (ENSCARG00000014331) ndufb8 (ENSCARG00000014559) ENSCARG00000014609 ENSCARG00000014614 SYDE1 (ENSCARG00000014619) ##22 ENSCARG00000014638 uros (ENSCARG00000014685) zgc:92749 (ENSCARG00000014702) CHRM3 (ENSCARG00000014708) FDXR (ENSCARG00000014739) mrpl38 (ENSCARG00000015424) ENSCARG00000015450 wbp2 (ENSCARG00000015452) bccip (ENSCARG00000015457) dhx32a (ENSCARG00000015464) ADAM12 (ENSCARG00000015601) ENSCARG00000017276 ENSCARG00000017298 ENSCARG00000017307 ENSCARG00000017330 Zebrafish MODERN SPECIES 3 pald1a (ENSDARG00000098946) NPFFR1 (ENSDARG00000111997) ndr2 (ENSDARG00000101279) lrrc20 (ENSDARG00000105018) ppa1a (ENSDARG00000099933) ascc1 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ENSGT00940000167479.c.a Salmo DUPLICATION Salmo ANCESTRAL SPECIES 134 ENSGT00530000063371.B.e ENSGT00940000159002.a.b ENSGT00630000089895.e ENSGT00390000004719.b ENSGT00940000156414 ENSGT00950000183091.A.a.y ENSGT00950000183001.a.a.c ENSGT00950000183091.A.a.z ENSGT00940000160392.d ENSGT00940000158286.e.b ENSGT00940000156525 ENSGT00940000155035.n.b ENSGT00390000017554 ENSGT00940000166115.h ENSGT00420000029824.h ENSGT01030000234635.a.a.a.b.e ##22 ENSGT00940000153968.b.c.a ENSGT00420000029824.g ENSGT00940000154906.C.d.w.b ENSGT00940000160084.h.b ENSGT01030000235112 River trout DUPLICATION River trout MODERN SPECIES 590 HMX3 (ENSSTUG00000037214) ENSSTUG00000037211 ACADSB (ENSSTUG00000037153) IKZF5 (ENSSTUG00000037122) PSTK (ENSSTUG00000037104) zgc:174164 (ENSSTUG00000036981) ENSSTUG00000036965 bub3 (ENSSTUG00000036930) HMX2 (ENSSTUG00000036925) HMX3 (ENSSTUG00000036918) ENSSTUG00000036914 ACADSB (ENSSTUG00000036888) IKZF5 (ENSSTUG00000036882) PSTK (ENSSTUG00000036874) zgc:174164 (ENSSTUG00000036794) SYDE1 (ENSSTUG00000036742) ##22 ENSSTUG00000036709 ENSSTUG00000036700 mtr (ENSSTUG00000034942) ENSSTUG00000034872 mtr (ENSSTUG00000034844) ENSSTUG00000034023 ENSSTUG00000033958 ENSSTUG00000033948 mtr (ENSSTUG00000031677) River trout MODERN SPECIES 589 ENSSTUG00000031579 ENSSTUG00000031568 ##22 Atlantic salmon MODERN SPECIES ENSSSAG00000010431 CHST15 (ENSSSAG00000001170) ENSSSAG00000121150 ENSSSAG00000089060 ENSSSAG00000088336 ENSSSAG00000114544 ENSSSAG00000104504 bub3 (ENSSSAG00000115825) HMX2 (ENSSSAG00000104322) HMX3 (ENSSSAG00000069042) ACADSB (ENSSSAG00000068986) IKZF5 (ENSSSAG00000068982) PSTK (ENSSSAG00000068978) ENSSSAG00000087513 ENSSSAG00000105738 ENSSSAG00000113300 ##22 ENSSSAG00000107457 mtr (ENSSSAG00000088743) ENSSSAG00000094559 ENSSSAG00000093603 ENSSSAG00000117214 ENSSSAG00000121509 ENSSSAG00000040023 ENSSSAG00000000600 ENSSSAG00000000145 ENSSSAG00000098473 ENSSSAG00000000130 ENSSSAG00000033265 ENSSSAG00000031542 ENSSSAG00000031281 ENSSSAG00000031178 Salmo ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.a.b.f ##22 Atlantic salmon MODERN SPECIES 9 ENSSSAG00000104982 ENSSSAG00000111786 fam53b (ENSSSAG00000084921) lhpp (ENSSSAG00000006753) oat (ENSSSAG00000006861) CHST15 (ENSSSAG00000115827) CPXM2 (ENSSSAG00000044099) GPR26 (ENSSSAG00000068320) bub3 (ENSSSAG00000039728) HMX2 (ENSSSAG00000069043) HMX3 (ENSSSAG00000103220) ACADSB (ENSSSAG00000039884) IKZF5 (ENSSSAG00000098119) PSTK (ENSSSAG00000040262) ENSSSAG00000040087 ENSSSAG00000083976 ##22 ENSSSAG00000111551 ENSSSAG00000104679 ENSSSAG00000100171 ENSSSAG00000084605 ENSSSAG00000083154 ENSSSAG00000011817 ENSSSAG00000102140 ENSSSAG00000101061 ENSSSAG00000122057 ENSSSAG00000045076 ENSSSAG00000015943 ENSSSAG00000045385 ENSSSAG00000092143 ENSSSAG00000086983 ENSSSAG00000108584 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 257 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000160084.h.a ENSGT00940000165811 ENSGT00940000154209.a.b.a.g.b Rainbow trout DUPLICATION Rainbow trout MODERN SPECIES 15 ENSOMYG00000067227 ENSOMYG00000024547 ##22 ENSOMYG00000070097 mtr (ENSOMYG00000054685) ENSOMYG00000068946 ENSOMYG00000067279 ENSOMYG00000061822 ENSOMYG00000072095 ENSOMYG00000049968 grem2b (ENSOMYG00000069554) ENSOMYG00000059947 FH (ENSOMYG00000058207) ENSOMYG00000073867 hhex (ENSOMYG00000051660) exoc6 (ENSOMYG00000058516) ENSOMYG00000076418 cyp26a1 (ENSOMYG00000039042) Rainbow trout MODERN SPECIES ENSOMYG00000030733 dhx32a (ENSOMYG00000048987) bccip (ENSOMYG00000022621) UROS (ENSOMYG00000022570) ENSOMYG00000077443 bub3 (ENSOMYG00000069949) HMX2 (ENSOMYG00000025022) HMX3 (ENSOMYG00000055890) ENSOMYG00000059877 IKZF5 (ENSOMYG00000077434) ENSOMYG00000001087 ENSOMYG00000058098 ENSOMYG00000077826 ENSOMYG00000060316 ENSOMYG00000051804 ENSOMYG00000051216 ##22 ENSOMYG00000051567 mtr (ENSOMYG00000070737) ENSOMYG00000052284 CHRM3 (ENSOMYG00000031062) FMN2 (ENSOMYG00000056470) grem2b (ENSOMYG00000048422) ENSOMYG00000063842 RGS7 (ENSOMYG00000066166) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 558 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000160084.h.a Coho salmon DUPLICATION Coho salmon DUPLICATION Coho salmon MODERN SPECIES 33 oat (ENSOKIG00005048618) CHST15 (ENSOKIG00005048643) CPXM2 (ENSOKIG00005048676) ENSOKIG00005048865 ENSOKIG00005048868 GPR26 (ENSOKIG00005048878) bub3 (ENSOKIG00005048894) HMX2 (ENSOKIG00005048914) HMX3 (ENSOKIG00005048918) ENSOKIG00005048922 ACADSB (ENSOKIG00005048931) IKZF5 (ENSOKIG00005048941) PSTK (ENSOKIG00005048944) ENSOKIG00005048946 ENSOKIG00005048957 ENSOKIG00005048989 ##22 CHRM3 (ENSOKIG00005048997) ENSOKIG00005049001 FMN2 (ENSOKIG00005049005) ENSOKIG00005049012 grem2b (ENSOKIG00005033680) RGS7 (ENSOKIG00005033689) ENSOKIG00005033898 ENSOKIG00005038318 mtr (ENSOKIG00005038377) ENSOKIG00005038903 ENSOKIG00005039094 MFAP4 (ENSOKIG00005039190) RHOBTB1 (ENSOKIG00005039212) tmem26b (ENSOKIG00005039416) ENSOKIG00005039435 Coho salmon MODERN SPECIES 937 ENSOKIG00005038714 ##22 ENSOKIG00005038721 Coho salmon MODERN SPECIES 1045 ENSOKIG00005035495 ##22 ENSOKIG00005035528 Huchen MODERN SPECIES 12379 ENSHHUG00000015602 ##22 Northern pike MODERN SPECIES 5 reep3b (ENSELUG00000017168) cyp26a1 (ENSELUG00000017140) ENSELUG00000029644 exoc6 (ENSELUG00000017100) HHEX (ENSELUG00000017028) fh (ENSELUG00000001150) RGS7 (ENSELUG00000016972) grem2b (ENSELUG00000016885) FMN2 (ENSELUG00000016861) CHRM3 (ENSELUG00000016733) ENSELUG00000027566 ENSELUG00000016641 mtr (ENSELUG00000016443) ENSELUG00000016255 ENSELUG00000015737 SYDE1 (ENSELUG00000015698) ##22 zgc:174164 (ENSELUG00000032296) zgc:174164 (ENSELUG00000015648) pstk (ENSELUG00000015486) IKZF5 (ENSELUG00000015447) ACADSB (ENSELUG00000015403) HMX3 (ENSELUG00000015386) HMX2 (ENSELUG00000015370) bub3 (ENSELUG00000015355) ENSELUG00000015338 GPR26 (ENSELUG00000015333) CPXM2 (ENSELUG00000000559) CHST15 (ENSELUG00000015303) oat (ENSELUG00000015274) lhpp (ENSELUG00000015266) fam53b (ENSELUG00000015234) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a ENSGT00940000159911 ENSGT00940000157037.b.b.a ENSGT00940000156410.g ENSGT00390000008540 ENSGT00940000155989.d ENSGT00390000000883 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000153713.A Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 173 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000153713.A Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 88 ENSGT00390000018409.g ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT00960000186734 ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000154610.e.a Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00960000186734 ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT00940000154610.e.a ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000153713.A ENSGT00940000160593 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000163053.c.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00960000186734 ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000154610.e.a Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000163053.c.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i.a.b ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT00960000186734 ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000154610.e.a Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000163053.c.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i.a.b ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT00960000186734 ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000154610.e.a Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000163053.c.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i.a.b ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT00960000186734 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dpysl4 (ENSSPAG00000020115) ENSSPAG00000020111 ENSSPAG00000020095 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT00960000186734 ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT00940000158879 ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00960000186734 ENSGT00390000008540 ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00940000162142.d ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000153710.b ENSGT00390000009005 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154335.b ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00390000018409.g ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000153713.A 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(ENSOMEG00000014849) Javanese ricefish MODERN SPECIES 10 ENSOJAG00000002105 ENSOJAG00000002061 ENSOJAG00000002041 ENSOJAG00000002033 ENSOJAG00000002026 slc16a12b (ENSOJAG00000002013) bbs1 (ENSOJAG00000015127) MFAP4 (ENSOJAG00000015118) MFAP4 (ENSOJAG00000015106) MFAP4 (ENSOJAG00000015044) MFAP4 (ENSOJAG00000014981) nudt13 (ENSOJAG00000014946) rpp30 (ENSOJAG00000014911) ENSOJAG00000014300 ENSOJAG00000014237 SYDE1 (ENSOJAG00000014233) ##22 ENSOJAG00000014223 ENSOJAG00000014185 MFAP4 (ENSOJAG00000014169) MFAP4 (ENSOJAG00000014090) ENSOJAG00000014072 ENSOJAG00000014059 MFAP4 (ENSOJAG00000014053) ENSOJAG00000014011 ENSOJAG00000013934 AATK (ENSOJAG00000013848) BAIAP2 (ENSOJAG00000013767) CHMP6 (ENSOJAG00000013727) ENSOJAG00000013716 minpp1b (ENSOJAG00000013206) ENSOJAG00000013006 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 73 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00390000018409.g ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b 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ENSORLG00000029308 Chinese medaka MODERN SPECIES 806 ENSOSIG00000006644 SYDE1 (ENSOSIG00000008287) ##22 ENSOSIG00000008288 ENSOSIG00000008293 ENSOSIG00000008290 asah2 (ENSOSIG00000008307) slc16a12b (ENSOSIG00000008780) ENSOSIG00000008782 bbs1 (ENSOSIG00000008785) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000160593 ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000154610.e.a ENSGT00940000153956.a.a Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT00940000154610.e.a ENSGT00940000160593 ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b Carangaria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000163053.c.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT00940000154610.e.a ENSGT00940000160593 ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000015484.i ENSGT00390000018409.g ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00390000008540 ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000160593 ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000154610.e.a Tongue sole MODERN SPECIES 18 dhrs7cb (ENSCSEG00000001536) ENSCSEG00000001540 bsk146 (ENSCSEG00000001543) ENSCSEG00000001547 sult2st2 (ENSCSEG00000001558) ENSCSEG00000001573 ENSCSEG00000001729 WFIKKN2 (ENSCSEG00000001741) tob1b (ENSCSEG00000001742) ENSCSEG00000001748 ENSCSEG00000001767 ENSCSEG00000001771 nudt13 (ENSCSEG00000001773) rpp30 (ENSCSEG00000001779) ENSCSEG00000001786 SYDE1 (ENSCSEG00000001799) ##22 ENSCSEG00000001807 ENSCSEG00000001809 ENSCSEG00000001814 dpysl4 (ENSCSEG00000001843) cox11 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(ENSSDUG00000014813) ch25h (ENSSDUG00000014857) ENSSDUG00000014866 ENSSDUG00000014880 noc3l (ENSSDUG00000014905) ENSSDUG00000014984 ENSSDUG00000015013 nudt13 (ENSSDUG00000015025) dnajc9 (ENSSDUG00000015037) rpp30 (ENSSDUG00000015086) ENSSDUG00000015123 SYDE1 (ENSSDUG00000015154) ##22 ENSSDUG00000015173 ankrd1b (ENSSDUG00000015181) ENSSDUG00000015200 dpysl4 (ENSSDUG00000015227) ENSSDUG00000015276 ENSSDUG00000015331 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3016 ENSSLDG00000011832 ##22 ENSSLDG00000011840 ENSSLDG00000011850 ENSSLDG00000011881 dpysl4 (ENSSLDG00000011907) ENSSLDG00000011969 Barramundi perch MODERN SPECIES 494 rpp30 (ENSLCAG00010017149) ENSLCAG00010017146 ENSLCAG00010017145 ENSLCAG00010017134 SYDE1 (ENSLCAG00010017121) ##22 ENSLCAG00010017117 ENSLCAG00010017115 ENSLCAG00010017101 dpysl4 (ENSLCAG00010015809) ENSLCAG00010015532 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00940000153710.b 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ENSGT00940000154696 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00390000008540 ENSGT00950000182946.lb.a.j ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000154610.e.a ENSGT00940000153713.A Siamese fighting fish MODERN SPECIES 9 asah2 (ENSBSLG00000021504) FAM13C (ENSBSLG00000021540) bbs1 (ENSBSLG00000021559) minpp1b (ENSBSLG00000021574) atad1b (ENSBSLG00000021734) ptena (ENSBSLG00000021820) rnls (ENSBSLG00000021895) lipf (ENSBSLG00000021967) STAMBPL1 (ENSBSLG00000022475) acta2 (ENSBSLG00000022501) ch25h (ENSBSLG00000022799) ENSBSLG00000022816 noc3l (ENSBSLG00000022854) nudt13 (ENSBSLG00000022985) ENSBSLG00000023044 SYDE1 (ENSBSLG00000023242) ##22 ENSBSLG00000023267 dpysl4 (ENSBSLG00000023369) ENSBSLG00000024899 ENSBSLG00000024913 Climbing perch MODERN SPECIES 10 lipf (ENSATEG00000014782) STAMBPL1 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ENSGT00940000154610.e.a ENSGT00390000018409.g ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154148.b ENSGT00390000008540 ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b Fugu MODERN SPECIES ENSTRUG00000026288 DHX8 (ENSTRUG00000002454) STAMBPL1 (ENSTRUG00000031314) ACTA2 (ENSTRUG00000000885) noc3l (ENSTRUG00000003582) ENSTRUG00000024073 ENSTRUG00000024717 ENSTRUG00000019501 rpp30 (ENSTRUG00000030466) ENSTRUG00000028148 ENSTRUG00000027409 nudt13 (ENSTRUG00000029716) ENSTRUG00000028457 ENSTRUG00000032599 ENSTRUG00000026702 SYDE1 (ENSTRUG00000027971) ##22 ENSTRUG00000024355 Tetraodon MODERN SPECIES 26 dkc1 (ENSTNIG00000002582) acap3b (ENSTNIG00000002581) ube2j2 (ENSTNIG00000002580) HIPK1 (ENSTNIG00000002579) plcb3 (ENSTNIG00000002568) st14b (ENSTNIG00000002566) kcnd1 (ENSTNIG00000002565) BCL6B (ENSTNIG00000002560) ENSTNIG00000002559 ENSTNIG00000000008 ENSTNIG00000002558 ENSTNIG00000002557 ENSTNIG00000002556 ENSTNIG00000002555 ENSTNIG00000001261 SYDE1 (ENSTNIG00000002546) ##22 ENSTNIG00000002545 TECTA (ENSTNIG00000002539) naif1 (ENSTNIG00000002538) ENSTNIG00000002208 txnl1 (ENSTNIG00000002537) ATP8B1 (ENSTNIG00000002536) PDZD8 (ENSTNIG00000000196) slc18a2 (ENSTNIG00000002535) HCK (ENSTNIG00000002534) ENSTNIG00000002471 ENSTNIG00000002470 ENSTNIG00000002469 ENSTNIG00000002468 ENSTNIG00000000880 ENSTNIG00000001271 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000154335.b ENSGT00940000163053.c.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT00940000154610.e.a ENSGT00940000160593 ENSGT00940000153713.A ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b Ballan wrasse MODERN SPECIES 675 ENSLBEG00000011041 SYDE1 (ENSLBEG00000011087) ##22 ENSLBEG00000011123 ENSLBEG00000011163 dpysl4 (ENSLBEG00000011252) ENSLBEG00000011316 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000154335.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT00940000156169.a.a ENSGT00940000155989.d ENSGT00390000005232 ENSGT00390000015484.i ENSGT00940000156416.c ENSGT00940000154615.i.a.a.c.b ENSGT00390000015792 ENSGT00950000183033.a.a.c.b ENSGT00940000154704.d.a ENSGT00940000158678 ENSGT00390000014563.a.a.a ENSGT00940000155830.e.a ENSGT00390000015845 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000163053.c.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT00940000156169.a.a ENSGT00940000155989.d ENSGT00390000005232 ENSGT00390000015484.i ENSGT00940000156416.c ENSGT00940000154615.i.a.a.c.b.h.a ENSGT00390000015792 ENSGT00950000183033.a.a.c.b ENSGT00940000154704.d.a ENSGT00940000158678 ENSGT00390000014563.a.a.a Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00550000074823.b.a ENSGT00940000163053.c.b ENSGT00390000016052 ENSGT00940000154696 ENSGT00390000009005 ENSGT00940000153710.b ENSGT00940000154710.a.a ENSGT00940000162142.d ENSGT00950000182946.lb.a.i ENSGT00390000008540 ENSGT00940000156410.g ENSGT01100000263507.E.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158879 ENSGT00390000000883 ENSGT00950000182859.B ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155648.A.b ENSGT00940000153956.a.a ENSGT00940000156169.a.a ENSGT00940000155989.d ENSGT00390000005232 ENSGT00390000015484.i ENSGT00940000154615.i.a.a.c.b.h.a ENSGT00390000015792 ENSGT00950000183033.a.a.c.b ENSGT00940000154704.d.a ENSGT00940000158678 ENSGT00390000014563.a.a.a Large yellow croaker MODERN SPECIES 13 rnls (ENSLCRG00005003296) lipf (ENSLCRG00005003164) ankrd22 (ENSLCRG00005003142) STAMBPL1 (ENSLCRG00005003135) ENSLCRG00005003131 acta2 (ENSLCRG00005003126) ENSLCRG00005003121 ch25h (ENSLCRG00005003112) ifit10 (ENSLCRG00005003110) noc3l (ENSLCRG00005003046) ENSLCRG00005002998 ENSLCRG00005002991 nudt13 (ENSLCRG00005002988) rpp30 (ENSLCRG00005002983) ENSLCRG00005002902 SYDE1 (ENSLCRG00005002894) ##22 ENSLCRG00005002893 ankrd1b (ENSLCRG00005002880) slc16a12b (ENSLCRG00005002873) bbs1 (ENSLCRG00005002870) lect2.1 (ENSLCRG00005002866) 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SPECIES 216 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 Theria ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000159684 ENSGT00940000160578 ENSGT00940000154912 ENSGT00940000154990 ENSGT01030000234559.a.a.b.a ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00940000160312 ENSGT00950000182886.a.a.b ENSGT00390000018759 ENSGT00940000163153 ENSGT00940000163037 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C ENSGT00940000162906.c.a ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT01090000260395 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT01060000248544.a.a.b.a.a ENSGT00940000154063.C.a.b ENSGT00940000160446 ENSGT00950000183047.c.a ENSGT00940000154130.a.a.a ENSGT00940000159125 ENSGT00940000161354 ENSGT00940000162163 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ENSGT00940000162597 ENSGT00950000183216.d ENSGT00940000153523 ENSGT00940000164424 ENSGT00950000183069.b ENSGT00940000162163 ENSGT00940000161354 ENSGT00940000164720 ENSGT00950000183216.c.b.a ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C Tree shrew MODERN SPECIES 69 SYDE1 (ENSTBEG00000009061) ##22 ILVBL (ENSTBEG00000009349) Glires ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000018759 ENSGT00940000163153 ENSGT00940000163037 ENSGT00940000163161.h ENSGT00940000162597 ENSGT00950000183216.d.k ENSGT00940000153523.a ENSGT00950000183216.d.j.a ENSGT00940000153523.b ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 179 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00800000125293 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 Rabbit MODERN SPECIES 562 SLC1A6 (ENSOCUG00000013354) CCDC105 (ENSOCUG00000024181) CASP14 (ENSOCUG00000002710) OR1I1 (ENSOCUG00000024852) SYDE1 (ENSOCUG00000002705) ##22 ILVBL (ENSOCUG00000002715) ENSOCUG00000025407 ENSOCUG00000035283 NOTCH3 (ENSOCUG00000022014) EPHX3 (ENSOCUG00000012997) ENSOCUG00000013002 AKAP8 (ENSOCUG00000004051) AKAP8L (ENSOCUG00000011417) WIZ (ENSOCUG00000004063) PGLYRP2 (ENSOCUG00000007555) CYP4F22 (ENSOCUG00000017247) ENSOCUG00000029480 ENSOCUG00000026416 ENSOCUG00000028100 ENSOCUG00000026901 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000018759 ENSGT00940000163037 ENSGT00940000163161.h ENSGT00940000162597 ENSGT00950000183216.d.j.a.a.b.a.a ENSGT00950000183216.d.j.a.a.b.a.b ENSGT00940000153523.a ENSGT00950000183216.d.j.a.a.a ENSGT00940000153523.b ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00940000153523.b ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000155021.m.a ENSGT00940000154646.C Kangaroo rat MODERN SPECIES 427 Slc1a6 (ENSDORG00000003912) Casp14 (ENSDORG00000011308) ENSDORG00000025379 ##22 Ilvbl (ENSDORG00000023570) Notch3 (ENSDORG00000014382) Ephx3 (ENSDORG00000002211) ENSDORG00000026409 ENSDORG00000025260 ENSDORG00000027410 ENSDORG00000013070 Wiz (ENSDORG00000001773) Rasal3 (ENSDORG00000007490) Pglyrp2 (ENSDORG00000023745) Cyp4f39 (ENSDORG00000014108) ENSDORG00000028575 ENSDORG00000026497 ENSDORG00000009450 Use1 (ENSDORG00000027734) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00940000153523.b ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000155021.m.a ENSGT00940000154646.C Muroidea ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00940000153523.b ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 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ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT01030000234573.A.b.b.a ENSGT00900000143418 ENSGT00940000155885 ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b ENSGT00940000153505.a.a.c.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000163952.b ENSGT00940000163952.a ENSGT00940000153523.b.a ENSGT00950000183216.d.j.b.a ENSGT00940000153523.b.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.m.a.a ENSGT00940000155021.m.b.b ENSGT00940000155021.m.b.a Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01030000234573.A.b.b.a ENSGT00900000143418 ENSGT00940000155885 ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b ENSGT00940000153505.a.a.c.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000163952.b ENSGT00940000163952.a ENSGT00940000153523.b.a 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(ENSMAUG00000013267) Cyp4f39 (ENSMAUG00000021470) ENSMAUG00000002860 ENSMAUG00000021406 ENSMAUG00000009024 Cyp4f40 (ENSMAUG00000002140) Zfp871 (ENSMAUG00000019949) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b ENSGT00940000153505.a.a.c.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000163952.b ENSGT00940000163952.a ENSGT00940000153523.b.a ENSGT00940000153523.b.b ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.m.a.a ENSGT00940000155021.m.b.b ENSGT00940000155021.m.b.a Prairie vole MODERN SPECIES 353 Zfp36l2 (ENSMOCG00000011066) ENSMOCG00000021185 ENSMOCG00000014683 ENSMOCG00000011429 ENSMOCG00000011467 ENSMOCG00000007015 ENSMOCG00000021154 ENSMOCG00000020687 ENSMOCG00000017805 2610008E11Rik (ENSMOCG00000008949) ENSMOCG00000008222 Or7a36 (ENSMOCG00000002619) Slc1a6 (ENSMOCG00000020405) Ccdc105 (ENSMOCG00000013529) Casp14 (ENSMOCG00000013844) Syde1 (ENSMOCG00000010233) ##22 Ilvbl (ENSMOCG00000007265) Notch3 (ENSMOCG00000001344) Ephx3 (ENSMOCG00000016735) Brd4 (ENSMOCG00000019710) Akap8 (ENSMOCG00000001588) Akap8l (ENSMOCG00000017098) Wiz (ENSMOCG00000004182) Rasal3 (ENSMOCG00000000323) Pglyrp2 (ENSMOCG00000012093) Cyp4f39 (ENSMOCG00000008129) Cyp4f17 (ENSMOCG00000000767) ENSMOCG00000016388 ENSMOCG00000005787 Cyp4f40 (ENSMOCG00000003798) Cyp4f15 (ENSMOCG00000008767) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 14 ENSPEMG00000031058 Vav1 (ENSPEMG00000015943) Adgre1 (ENSPEMG00000013357) ENSPEMG00000008525 ENSPEMG00000028855 ENSPEMG00000030002 2610008E11Rik (ENSPEMG00000029764) ENSPEMG00000008518 ENSPEMG00000008828 Or7a36 (ENSPEMG00000011041) ENSPEMG00000009495 ENSPEMG00000015450 Ccdc105 (ENSPEMG00000008931) Casp14 (ENSPEMG00000003806) Or1i2 (ENSPEMG00000002732) Syde1 (ENSPEMG00000017967) ##22 Ilvbl (ENSPEMG00000016636) Or10b1 (ENSPEMG00000031391) Notch3 (ENSPEMG00000003368) ENSPEMG00000026978 Ephx3 (ENSPEMG00000001114) Brd4 (ENSPEMG00000015342) Akap8 (ENSPEMG00000016622) Akap8l (ENSPEMG00000008156) ENSPEMG00000014668 Rasal3 (ENSPEMG00000008310) Pglyrp2 (ENSPEMG00000007236) ENSPEMG00000020195 ENSPEMG00000004681 ENSPEMG00000024877 ENSPEMG00000025671 Murinae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000155885 ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b ENSGT00940000153505.a.a.c.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000163952.b ENSGT00940000163952.a.c ENSGT00940000163952.a.d ENSGT00940000153523.b.a ENSGT00950000183216.d.j.b.a ENSGT00940000153523.b.b ENSGT00950000183216.d.j.b.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C.s.b Mus ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT01030000234573.A.b.b.a ENSGT00940000155885 ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b.c ENSGT00940000153505.a.a.c.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000163952.a.c ENSGT00940000163952.a.d ENSGT00940000153523.b.a ENSGT00950000183216.d.j.b.a ENSGT00940000153523.b.b ENSGT00950000183216.d.j.b.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00390000003874 ENSGT00940000154826 ENSGT00390000011821.b ENSGT01050000248522 ENSGT00950000182836.b.b.b.a ENSGT00390000003873 ENSGT00550000074981 ENSGT00390000003706.a.a ENSGT00940000161590 ENSGT00940000162228 ENSGT00940000161104 ENSGT00940000159292 ENSGT00390000018807 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT01030000234573.A.b.b.a ENSGT00940000155885 ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b.c ENSGT00940000153505.a.a.c.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000163952.a.c ENSGT00940000163952.a.d ENSGT00940000153523.b.a ENSGT00950000183216.d.j.b.a ENSGT00940000153523.b.b ENSGT00950000183216.d.j.b.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00390000003874 ENSGT00940000154826 ENSGT00390000011821.b ENSGT01050000248522 ENSGT00950000182836.b.b.b.a ENSGT00390000003873 ENSGT00550000074981 ENSGT00390000003706.a.a ENSGT00940000161590 ENSGT00940000162228 ENSGT00940000161104 ENSGT00940000159292 ENSGT00390000018807 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000155885 ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b.d ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b.c.a.b ENSGT00940000153505.a.a.c.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000163952.a.c ENSGT00940000163952.a.d ENSGT00940000153523.b.a ENSGT00950000183216.d.j.b.a ENSGT00940000153523.b.b ENSGT00950000183216.d.j.b.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00390000003874 ENSGT00940000154826 ENSGT00390000011821.b ENSGT01050000248522 ENSGT00950000182836.b.b.b.a ENSGT00390000003873 ENSGT00550000074981 ENSGT00390000003706.a.a ENSGT00940000161590 ENSGT00940000162228 ENSGT00940000161104 ENSGT00940000159292 ENSGT00390000018807 Mouse MODERN SPECIES 1 Vmn2r81 (ENSMUSG00000055515) Vmn2r80 (ENSMUSG00000091888) 2610008E11Rik (ENSMUSG00000060301) Or7a41 (ENSMUSG00000060205) Or7a35 (ENSMUSG00000063216) Or7a36 (ENSMUSG00000046493) Or7a37 (ENSMUSG00000042774) Or7a42 (ENSMUSG00000094080) Or7a38 (ENSMUSG00000094673) Or7a39 (ENSMUSG00000062873) Or7c70 (ENSMUSG00000051190) Slc1a6 (ENSMUSG00000005357) Ccdc105 (ENSMUSG00000078442) Casp14 (ENSMUSG00000005355) Or1i2 (ENSMUSG00000071185) Syde1 (ENSMUSG00000032714) ##22 Ilvbl (ENSMUSG00000032763) Or10b1 (ENSMUSG00000107822) Pdxk (ENSMUSG00000032788) Cstb (ENSMUSG00000005054) Rrp1 (ENSMUSG00000061032) Gm56820 (ENSMUSG00000118646) Agpat3 (ENSMUSG00000001211) Trappc10 (ENSMUSG00000000374) Pwp2 (ENSMUSG00000032834) Gatd3a (ENSMUSG00000053329) Icosl (ENSMUSG00000000732) Dnmt3l (ENSMUSG00000000730) Aire (ENSMUSG00000000731) Pfkl (ENSMUSG00000020277) Cfap410 (ENSMUSG00000020284) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01030000234573.A.b.b.a ENSGT00940000155885 ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b.d ENSGT00950000183069.b.b.a.a.e.b.b.c.a.b ENSGT00940000153505.a.a.c.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000163952.a.c ENSGT00940000163952.a.d ENSGT00940000153523.b.a ENSGT00950000183216.d.j.b.a ENSGT00940000153523.b.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00390000003874 ENSGT00940000154826 ENSGT00390000011821.b ENSGT00950000182836.b.b.b.a ENSGT00390000003873 ENSGT00550000074981 ENSGT00390000003706.a.a ENSGT00940000161590 ENSGT00940000162228 ENSGT00940000161104 ENSGT00940000159292 ENSGT00390000018807 ENSGT00940000156404 Steppe mouse MODERN SPECIES 3068 Plpp2 (ENSMSIG00000000794) Vmn2r83 (ENSMSIG00000000740) Vmn2r81 (ENSMSIG00000000704) 2610008E11Rik (ENSMSIG00000000653) Or7a41 (ENSMSIG00000000636) Or7a35 (ENSMSIG00000000621) Or7a36 (ENSMSIG00000000611) Or7a37 (ENSMSIG00000000592) ENSMSIG00000000580 Or7c70 (ENSMSIG00000000575) Slc1a6 (ENSMSIG00000000543) Ccdc105 (ENSMSIG00000000509) Casp14 (ENSMSIG00000000458) ENSMSIG00000000436 Or1i2 (ENSMSIG00000000403) Syde1 (ENSMSIG00000000382) ##22 Ilvbl (ENSMSIG00000000223) Or10b1 (ENSMSIG00000000154) Pdxk (ENSMSIG00000000114) Cstb (ENSMSIG00000026515) Rrp1 (ENSMSIG00000026489) Agpat3 (ENSMSIG00000026402) Trappc10 (ENSMSIG00000026358) Pwp2 (ENSMSIG00000026339) Gatd3a (ENSMSIG00000026316) Icosl (ENSMSIG00000026290) Dnmt3l (ENSMSIG00000026239) Aire (ENSMSIG00000025315) Pfkl (ENSMSIG00000025294) ENSMSIG00000025258 Trpm2 (ENSMSIG00000025139) spretus MODERN SPECIES 1 MGP_SPRETEiJ_G0016341 MGP_SPRETEiJ_G0016340 2610008E11Rik (MGP_SPRETEiJ_G0016339) Or7a41 (MGP_SPRETEiJ_G0016338) MGP_SPRETEiJ_G0016337 Or7a36 (MGP_SPRETEiJ_G0016336) Or7a37 (MGP_SPRETEiJ_G0016335) Or7a39 (MGP_SPRETEiJ_G0016334) MGP_SPRETEiJ_G0016332 MGP_SPRETEiJ_G0016333 Or7c70 (MGP_SPRETEiJ_G0016331) Slc1a6 (MGP_SPRETEiJ_G0016330) Ccdc105 (MGP_SPRETEiJ_G0016329) Casp14 (MGP_SPRETEiJ_G0016328) Or1i2 (MGP_SPRETEiJ_G0016327) Syde1 (MGP_SPRETEiJ_G0016326) ##22 Ilvbl (MGP_SPRETEiJ_G0016325) MGP_SPRETEiJ_G0016324 Pdxk (MGP_SPRETEiJ_G0016323) Cstb (MGP_SPRETEiJ_G0016322) Rrp1 (MGP_SPRETEiJ_G0016321) Agpat3 (MGP_SPRETEiJ_G0016320) Trappc10 (MGP_SPRETEiJ_G0016319) Pwp2 (MGP_SPRETEiJ_G0016318) Gatd3a (MGP_SPRETEiJ_G0016317) Icosl (MGP_SPRETEiJ_G0016316) Dnmt3l (MGP_SPRETEiJ_G0016315) Aire (MGP_SPRETEiJ_G0016314) Pfkl (MGP_SPRETEiJ_G0016313) Cfap410 (MGP_SPRETEiJ_G0016312) Trpm2 (MGP_SPRETEiJ_G0016311) Ryukyu mouse MODERN SPECIES 1 Theg (MGP_CAROLIEiJ_G0015528) Mier2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015527) Plpp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015526) 2610008E11Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0015525) Or7a41 (MGP_CAROLIEiJ_G0015524) Or7a35 (MGP_CAROLIEiJ_G0015523) Or7a36 (MGP_CAROLIEiJ_G0015522) Or7a37 (MGP_CAROLIEiJ_G0015521) MGP_CAROLIEiJ_G0015519 Or7a39 (MGP_CAROLIEiJ_G0015520) Or7c70 (MGP_CAROLIEiJ_G0015518) Slc1a6 (MGP_CAROLIEiJ_G0015517) Ccdc105 (MGP_CAROLIEiJ_G0015516) Casp14 (MGP_CAROLIEiJ_G0015515) Or1i2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015514) Syde1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015513) ##22 Ilvbl (MGP_CAROLIEiJ_G0015512) MGP_CAROLIEiJ_G0015511 Pdxk (MGP_CAROLIEiJ_G0015510) Cstb (MGP_CAROLIEiJ_G0015509) Rrp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015508) Agpat3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015507) Trappc10 (MGP_CAROLIEiJ_G0015506) Pwp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015505) Gatd3a (MGP_CAROLIEiJ_G0015504) Icosl (MGP_CAROLIEiJ_G0015503) Dnmt3l (MGP_CAROLIEiJ_G0015502) Aire (MGP_CAROLIEiJ_G0015501) Pfkl (MGP_CAROLIEiJ_G0015500) Cfap410 (MGP_CAROLIEiJ_G0015499) MGP_CAROLIEiJ_G0015498 Shrew mouse MODERN SPECIES 22 Mier2 (MGP_PahariEiJ_G0030940) Plpp2 (MGP_PahariEiJ_G0030939) MGP_PahariEiJ_G0030937 MGP_PahariEiJ_G0030938 2610008E11Rik (MGP_PahariEiJ_G0030936) Or7a36 (MGP_PahariEiJ_G0030935) Or7a37 (MGP_PahariEiJ_G0030934) MGP_PahariEiJ_G0030932 Or7a39 (MGP_PahariEiJ_G0030933) Or7c70 (MGP_PahariEiJ_G0030931) MGP_PahariEiJ_G0030930 Slc1a6 (MGP_PahariEiJ_G0030929) Ccdc105 (MGP_PahariEiJ_G0030928) Casp14 (MGP_PahariEiJ_G0030927) Or1i2 (MGP_PahariEiJ_G0030926) Syde1 (MGP_PahariEiJ_G0030925) ##22 Ilvbl (MGP_PahariEiJ_G0030924) Pdxk (MGP_PahariEiJ_G0030923) Cstb (MGP_PahariEiJ_G0030922) Rrp1 (MGP_PahariEiJ_G0030921) Agpat3 (MGP_PahariEiJ_G0030920) Trappc10 (MGP_PahariEiJ_G0030919) Pwp2 (MGP_PahariEiJ_G0030918) Gatd3a (MGP_PahariEiJ_G0030917) MGP_PahariEiJ_G0030916 Dnmt3l (MGP_PahariEiJ_G0030915) Aire (MGP_PahariEiJ_G0030914) Pfkl (MGP_PahariEiJ_G0030913) Cfap410 (MGP_PahariEiJ_G0030912) MGP_PahariEiJ_G0030911 Lrrc3 (MGP_PahariEiJ_G0030910) Rat MODERN SPECIES 17 Or7a41 (ENSRNOG00000039449) Or7a35 (ENSRNOG00000039448) Or7a36 (ENSRNOG00000067424) Or7a36 (ENSRNOG00000062310) Or7a38d (ENSRNOG00000069189) Or7a38b (ENSRNOG00000065304) Or7a38c (ENSRNOG00000064163) Or7a38 (ENSRNOG00000062903) Or7a39 (ENSRNOG00000065533) Or7a38e (ENSRNOG00000062508) Or7c70 (ENSRNOG00000042262) Slc1a6 (ENSRNOG00000007509) Ccdc105 (ENSRNOG00000007375) Casp14 (ENSRNOG00000007352) Or1i2 (ENSRNOG00000007348) Syde1 (ENSRNOG00000007307) ##22 Ilvbl (ENSRNOG00000028512) AABR07055861.1 (ENSRNOG00000028146) Notch3 (ENSRNOG00000004346) AABR07055864.2 (ENSRNOG00000060598) Ephx3 (ENSRNOG00000027319) Brd4 (ENSRNOG00000006770) Akap8 (ENSRNOG00000006559) Akap8l (ENSRNOG00000006355) Wiz (ENSRNOG00000006217) Rasal3 (ENSRNOG00000006167) Pglyrp2 (ENSRNOG00000042318) Cyp4f39 (ENSRNOG00000029478) Cyp4f5 (ENSRNOG00000042496) Cyp4f37 (ENSRNOG00000048450) ENSRNOG00000068651 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 781 Syde1 (ENSNGAG00000021937) ##22 Ilvbl (ENSNGAG00000019495) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 256 Or7a40 (ENSJJAG00000008810) Slc1a6 (ENSJJAG00000009089) Ccdc105 (ENSJJAG00000009592) Casp14 (ENSJJAG00000009615) ENSJJAG00000009634 Syde1 (ENSJJAG00000009758) ##22 Ilvbl (ENSJJAG00000010226) Notch3 (ENSJJAG00000012676) Ephx3 (ENSJJAG00000009549) Brd4 (ENSJJAG00000010157) Akap8 (ENSJJAG00000011639) Akap8l (ENSJJAG00000012334) Wiz (ENSJJAG00000013018) Rasal3 (ENSJJAG00000014593) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000162597 ENSGT00950000183216.d.j.a.a.b.a.a ENSGT00950000183216.d.j.a.a.a.a.b ENSGT00940000153523.a.a ENSGT00950000183216.d.j.a.a.b.a.b ENSGT00940000163952 ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000153523.a.b ENSGT00950000183216.d.j.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000153523.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT01100000263561.C.d.b.b Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000160578 ENSGT00940000154912 ENSGT00940000154990 ENSGT01030000234559.a.a.b.a ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00940000160312 ENSGT00950000182886.a.a.b ENSGT00390000018759 ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.a.b.d.b ENSGT00940000163952 ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.m.a ENSGT00940000154646.C Naked mole-rat female MODERN SPECIES 21 ENSHGLG00000036859 ENSHGLG00000041413 ENSHGLG00000048956 ENSHGLG00000038574 ENSHGLG00000037347 ENSHGLG00000034158 ENSHGLG00000020237 ENSHGLG00000043939 ENSHGLG00000005565 ENSHGLG00000020442 SLC1A6 (ENSHGLG00000044141) CCDC105 (ENSHGLG00000009025) ENSHGLG00000011020 CASP14 (ENSHGLG00000003676) OR1I1 (ENSHGLG00000020056) SYDE1 (ENSHGLG00000004301) ##22 ILVBL (ENSHGLG00000006099) ENSHGLG00000003524 ENSHGLG00000046535 NOTCH3 (ENSHGLG00000006380) ENSHGLG00000004261 EPHX3 (ENSHGLG00000050720) BRD4 (ENSHGLG00000004103) AKAP8 (ENSHGLG00000006879) AKAP8L (ENSHGLG00000019540) ENSHGLG00000015009 RASAL3 (ENSHGLG00000014513) PGLYRP2 (ENSHGLG00000006376) CYP4F22 (ENSHGLG00000007762) ENSHGLG00000010876 CYP4F3 (ENSHGLG00000005064) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000160578 ENSGT00940000154912 ENSGT00940000154990 ENSGT01030000234559.a.a.b.a ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00940000160312 ENSGT00950000182886.a.a.b ENSGT00390000018759 ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.a.b.d.b ENSGT00940000163952 ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.m.a ENSGT00940000154646.C ENSGT00940000155885 ENSGT01030000234573.A.b.b.a Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000153523.b ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.m.a ENSGT00940000154646.C ENSGT00940000155885 ENSGT01030000234573.A.b.b.a ENSGT00940000154630.a Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 202 ENSCLAG00000017888 SLC1A6 (ENSCLAG00000013046) CCDC105 (ENSCLAG00000016660) CASP14 (ENSCLAG00000016922) OR1I1 (ENSCLAG00000018035) SYDE1 (ENSCLAG00000012531) ##22 ILVBL (ENSCLAG00000009795) NOTCH3 (ENSCLAG00000010364) EPHX3 (ENSCLAG00000007405) BRD4 (ENSCLAG00000008703) AKAP8 (ENSCLAG00000008154) AKAP8L (ENSCLAG00000008083) ENSCLAG00000013723 RASAL3 (ENSCLAG00000011595) PGLYRP2 (ENSCLAG00000008866) CYP4F22 (ENSCLAG00000011778) ENSCLAG00000008878 CYP4F2 (ENSCLAG00000009909) ENSCLAG00000010747 ENSCLAG00000010066 ENSCLAG00000017709 Degu MODERN SPECIES 91 DYNC1I1 (ENSODEG00000010855) PDK4 (ENSODEG00000010586) ##36 ASB4 (ENSODEG00000010657) PON2 (ENSODEG00000010755) PON3 (ENSODEG00000011235) PON1 (ENSODEG00000009868) PPP1R9A (ENSODEG00000010739) PEG10 (ENSODEG00000009969) ENSODEG00000009551 CASD1 (ENSODEG00000010520) COL1A2 (ENSODEG00000010146) ENSODEG00000010232 SLC1A6 (ENSODEG00000011064) CCDC105 (ENSODEG00000011650) CASP14 (ENSODEG00000010016) SYDE1 (ENSODEG00000010751) ##22 ILVBL (ENSODEG00000011511) NOTCH3 (ENSODEG00000011730) EPHX3 (ENSODEG00000010791) BRD4 (ENSODEG00000011937) ENSODEG00000010978 AKAP8 (ENSODEG00000011314) AKAP8L (ENSODEG00000010840) WIZ (ENSODEG00000011172) ENSODEG00000011358 PGLYRP2 (ENSODEG00000010857) ENSODEG00000019784 CYP4F22 (ENSODEG00000011011) CYP4F8 (ENSODEG00000012418) ENSODEG00000019982 ENSODEG00000011468 Guinea pig MODERN SPECIES 168 ENSCPOG00000022332 ENSCPOG00000031116 ENSCPOG00000030591 ENSCPOG00000031371 ENSCPOG00000038355 ENSCPOG00000015657 ENSCPOG00000030751 ENSCPOG00000007338 ENSCPOG00000032536 ENSCPOG00000039012 ENSCPOG00000035987 SLC1A6 (ENSCPOG00000002093) CCDC105 (ENSCPOG00000023751) CASP14 (ENSCPOG00000025545) OR1I1 (ENSCPOG00000024305) SYDE1 (ENSCPOG00000027188) ##22 ILVBL (ENSCPOG00000005321) ENSCPOG00000021238 NOTCH3 (ENSCPOG00000022014) EPHX3 (ENSCPOG00000006950) BRD4 (ENSCPOG00000001410) AKAP8 (ENSCPOG00000009712) AKAP8L (ENSCPOG00000036348) ENSCPOG00000009735 RASAL3 (ENSCPOG00000003039) PGLYRP2 (ENSCPOG00000024218) CYP4F22 (ENSCPOG00000039309) CYP4F8 (ENSCPOG00000010488) ENSCPOG00000033269 ENSCPOG00000022613 ENSCPOG00000038272 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000163161.h ENSGT00940000162597 ENSGT00950000183216.d.j.a.a.b.a.a ENSGT00950000183216.d.j.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000153523.a.a ENSGT00950000183216.d.j.a.a.b.a.b ENSGT00950000183216.d.j.b ENSGT00940000153523.a.b ENSGT00950000183216.d.j.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000153523.b ENSGT00940000162084.a ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT01100000263561.C.d.b.b Marmotini ANCESTRAL SPECIES 12 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ENSGT00940000161507 ENSGT00940000163407 ENSGT01100000263561.C.d.a.j ENSGT01100000263561.C.d.a.i ENSGT00950000182755.b.a.a.b.a.b.a.a.b Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 73 SLC1A6 (ENSUPAG00010001271) CCDC105 (ENSUPAG00010001244) CASP14 (ENSUPAG00010001230) OR1I1 (ENSUPAG00010001223) SYDE1 (ENSUPAG00010001206) ##22 ILVBL (ENSUPAG00010001107) NOTCH3 (ENSUPAG00010001075) EPHX3 (ENSUPAG00010001059) BRD4 (ENSUPAG00010000930) AKAP8 (ENSUPAG00010000900) AKAP8L (ENSUPAG00010000867) WIZ (ENSUPAG00010000750) RASAL3 (ENSUPAG00010000678) PGLYRP2 (ENSUPAG00010000648) CYP4F22 (ENSUPAG00010000617) CYP4F3 (ENSUPAG00010000077) ENSUPAG00010000051 ENSUPAG00010000031 ENSUPAG00010021764 ENSUPAG00010021748 Squirrel MODERN SPECIES 196 ENSSTOG00000020413 ENSSTOG00000020401 ENSSTOG00000025841 SLC1A6 (ENSSTOG00000020911) CCDC105 (ENSSTOG00000023699) CASP14 (ENSSTOG00000030614) OR1I1 (ENSSTOG00000012066) SYDE1 (ENSSTOG00000022732) ##22 ILVBL (ENSSTOG00000012069) ENSSTOG00000019789 NOTCH3 (ENSSTOG00000003378) 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CYP4F2 (ENSMMMG00000022533) ENSMMMG00000022557 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 7 ENSSVLG00005025847 ENSSVLG00005025850 ENSSVLG00005025854 ENSSVLG00005025860 ENSSVLG00005025864 ENSSVLG00005025866 ENSSVLG00005025867 ENSSVLG00005025869 ENSSVLG00005025870 ENSSVLG00005025872 SLC1A6 (ENSSVLG00005025880) CCDC105 (ENSSVLG00005025891) CASP14 (ENSSVLG00005025896) ENSSVLG00005025898 OR1I1 (ENSSVLG00005025901) SYDE1 (ENSSVLG00005025903) ##22 ILVBL (ENSSVLG00005025905) NOTCH3 (ENSSVLG00005025909) ENSSVLG00005025912 EPHX3 (ENSSVLG00005025914) BRD4 (ENSSVLG00005025918) AKAP8 (ENSSVLG00005015317) AKAP8L (ENSSVLG00005015355) WIZ (ENSSVLG00005015495) RASAL3 (ENSSVLG00005016079) PGLYRP2 (ENSSVLG00005016234) CYP4F22 (ENSSVLG00005016293) ENSSVLG00005016389 ENSSVLG00005016546 ENSSVLG00005016604 CYP4F3 (ENSSVLG00005016688) Primates ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00940000160312 ENSGT00950000182886.a.a.b ENSGT00390000018759 ENSGT00940000163153 ENSGT00940000163037 ENSGT00940000163161 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ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00900000143687 ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00390000009210.j ENSGT00940000163407 ENSGT00940000163718.a.a Chimpanzee MODERN SPECIES 10 TECR (ENSPTRG00000010595) NDUFB7 (ENSPTRG00000010596) CLEC17A (ENSPTRG00000010597) ADGRE3 (ENSPTRG00000010598) ZNF333 (ENSPTRG00000010599) ADGRE2 (ENSPTRG00000010601) OR7C1 (ENSPTRG00000048237) OR7A5 (ENSPTRG00000045068) OR7A10 (ENSPTRG00000010604) ENSPTRG00000049200 ENSPTRG00000010605 OR7C2 (ENSPTRG00000046680) SLC1A6 (ENSPTRG00000010609) CCDC105 (ENSPTRG00000010610) CASP14 (ENSPTRG00000039410) SYDE1 (ENSPTRG00000010613) ##22 ILVBL (ENSPTRG00000010614) NOTCH3 (ENSPTRG00000010617) EPHX3 (ENSPTRG00000010618) BRD4 (ENSPTRG00000010619) AKAP8 (ENSPTRG00000010620) AKAP8L (ENSPTRG00000010621) ENSPTRG00000010622 RASAL3 (ENSPTRG00000033776) PGLYRP2 (ENSPTRG00000010624) CYP4F22 (ENSPTRG00000010625) ENSPTRG00000051034 CYP4F8 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ENSGT00940000164421.d ENSGT01100000263561.C.d.a.b.a Rhesus MODERN SPECIES 10 NDUFB7 (ENSMMUG00000050251) CLEC17A (ENSMMUG00000021892) ADGRE2 (ENSMMUG00000018932) ZNF333 (ENSMMUG00000020653) ENSMMUG00000060289 OR7C1 (ENSMMUG00000053889) OR7A10 (ENSMMUG00000050032) ENSMMUG00000063342 ENSMMUG00000064639 ENSMMUG00000058217 OR7C2 (ENSMMUG00000059377) SLC1A6 (ENSMMUG00000001735) ENSMMUG00000013758 CASP14 (ENSMMUG00000053457) OR1I1 (ENSMMUG00000053220) SYDE1 (ENSMMUG00000007726) ##22 ILVBL (ENSMMUG00000007729) NOTCH3 (ENSMMUG00000013637) EPHX3 (ENSMMUG00000021384) BRD4 (ENSMMUG00000021382) ENSMMUG00000062848 AKAP8 (ENSMMUG00000051452) AKAP8L (ENSMMUG00000017984) WIZ (ENSMMUG00000028863) ENSMMUG00000017989 ENSMMUG00000053190 RASAL3 (ENSMMUG00000003030) PGLYRP2 (ENSMMUG00000003031) CYP4F22 (ENSMMUG00000016996) CYP4F8 (ENSMMUG00000010734) ENSMMUG00000028859 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 10 GIPC1 (ENSMFAG00000042501) DNAJB1 (ENSMFAG00000042314) CALR3 (ENSMFAG00000049437) NDUFB7 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ENSGT00940000163718.a.a.b ENSGT00940000163718.a.a.a.a.b Drill MODERN SPECIES 794 ENSMLEG00000022381 ENSMLEG00000018854 ENSMLEG00000030038 SLC1A6 (ENSMLEG00000000068) CCDC105 (ENSMLEG00000042868) CASP14 (ENSMLEG00000041460) SYDE1 (ENSMLEG00000042744) ##22 ILVBL (ENSMLEG00000043182) NOTCH3 (ENSMLEG00000030516) EPHX3 (ENSMLEG00000043638) BRD4 (ENSMLEG00000040205) AKAP8 (ENSMLEG00000034735) AKAP8L (ENSMLEG00000035928) ENSMLEG00000026487 WIZ (ENSMLEG00000039726) RASAL3 (ENSMLEG00000040923) PGLYRP2 (ENSMLEG00000043385) CYP4F22 (ENSMLEG00000035331) CYP4F8 (ENSMLEG00000038600) CYP4F3 (ENSMLEG00000036348) CYP4F57 (ENSMLEG00000042467) ENSMLEG00000030773 Sooty mangabey MODERN SPECIES 347 PKN1 (ENSCATG00000031225) PTGER1 (ENSCATG00000040988) GIPC1 (ENSCATG00000041252) DNAJB1 (ENSCATG00000042394) ENSCATG00000043025 NDUFB7 (ENSCATG00000033707) CLEC17A (ENSCATG00000033974) ADGRE3 (ENSCATG00000032364) ZNF333 (ENSCATG00000038104) ADGRE2 (ENSCATG00000031382) ENSCATG00000022243 ENSCATG00000006773 SLC1A6 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(ENSCSAG00000006077) PGLYRP2 (ENSCSAG00000006074) CYP4F22 (ENSCSAG00000006063) CYP4F23 (ENSCSAG00000006040) CYP4F8 (ENSCSAG00000006000) CYP4F3 (ENSCSAG00000005964) CYP4F57 (ENSCSAG00000005936) CYP4F12 (ENSCSAG00000005864) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160578 ENSGT00940000154912 ENSGT00940000154990 ENSGT01030000234559.a.a.b.a ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00940000160312.e ENSGT00950000182886.a.a.b.p ENSGT00390000018759 ENSGT00940000163153 ENSGT00940000163037 ENSGT00940000163161 ENSGT00940000162597 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00900000143687 ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n.f ENSGT00940000155021.n.e ENSGT00940000154646.C.n.a ENSGT00940000154646.C.n.b Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2467 ADGRE2 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ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n Marmoset MODERN SPECIES 14 EPS15L1 (ENSCJAG00000013985) KLF2 (ENSCJAG00000045561) AP1M1 (ENSCJAG00000014070) FAM32A (ENSCJAG00000014097) CIB3 (ENSCJAG00000014103) HSH2D (ENSCJAG00000044690) RAB8A (ENSCJAG00000039886) ENSCJAG00000014135 CYP4F2 (ENSCJAG00000042753) ENSCJAG00000023177 ENSCJAG00000039185 ENSCJAG00000023176 CYP4F12 (ENSCJAG00000075042) ENSCJAG00000070632 ENSCJAG00000009484 SYDE1 (ENSCJAG00000002073) ##22 ILVBL (ENSCJAG00000002096) NOTCH3 (ENSCJAG00000002121) EPHX3 (ENSCJAG00000002169) BRD4 (ENSCJAG00000002178) AKAP8 (ENSCJAG00000002212) AKAP8L (ENSCJAG00000002227) RASAL3 (ENSCJAG00000002291) WIZ (ENSCJAG00000002265) CYP4F22 (ENSCJAG00000041905) CASP14 (ENSCJAG00000004476) CCDC105 (ENSCJAG00000004489) SLC1A6 (ENSCJAG00000004498) OR7C2 (ENSCJAG00000046592) ENSCJAG00000054592 ENSCJAG00000004537 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 134 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 276 SYDE1 (ENSSBOG00000012923) ##22 ILVBL (ENSSBOG00000013158) NOTCH3 (ENSSBOG00000024679) EPHX3 (ENSSBOG00000021961) BRD4 (ENSSBOG00000027916) AKAP8 (ENSSBOG00000022494) AKAP8L (ENSSBOG00000031029) WIZ (ENSSBOG00000019267) RASAL3 (ENSSBOG00000002508) PGLYRP2 (ENSSBOG00000024600) CYP4F22 (ENSSBOG00000026724) ENSSBOG00000030963 Capuchin MODERN SPECIES 720 SYDE1 (ENSCCAG00000026405) ##22 ILVBL (ENSCCAG00000026617) NOTCH3 (ENSCCAG00000037400) EPHX3 (ENSCCAG00000027530) BRD4 (ENSCCAG00000028099) AKAP8 (ENSCCAG00000037134) AKAP8L (ENSCCAG00000036248) WIZ (ENSCCAG00000026732) RASAL3 (ENSCCAG00000029864) PGLYRP2 (ENSCCAG00000021927) CYP4F22 (ENSCCAG00000019711) Mas night monkey MODERN SPECIES 251 ADGRE5 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ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n.g.b ENSGT00940000154646.C.p ENSGT01100000263561.C.d.b.b ENSGT00940000154646.C.o.a Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 319 EIF4B (ENSPSMG00000010432) ENSPSMG00000010227 CPNE8 (ENSPSMG00000010217) KIF21A (ENSPSMG00000009951) ABCD2 (ENSPSMG00000009693) C12orf40 (ENSPSMG00000009671) ENSPSMG00000009655 CASP14 (ENSPSMG00000009650) OR1I1 (ENSPSMG00000009643) ENSPSMG00000009621 SYDE1 (ENSPSMG00000009583) ##22 ILVBL (ENSPSMG00000009515) ENSPSMG00000009436 NOTCH3 (ENSPSMG00000009419) EPHX3 (ENSPSMG00000009354) ENSPSMG00000009336 AKAP8 (ENSPSMG00000009285) AKAP8L (ENSPSMG00000009226) WIZ (ENSPSMG00000009151) RASAL3 (ENSPSMG00000009096) PGLYRP2 (ENSPSMG00000009065) CYP4F22 (ENSPSMG00000009052) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 906 ENSPCOG00000026311 ENSPCOG00000026195 SLC1A6 (ENSPCOG00000022533) CCDC105 (ENSPCOG00000022745) CASP14 (ENSPCOG00000021676) OR1I1 (ENSPCOG00000017887) SYDE1 (ENSPCOG00000022945) ##22 ILVBL (ENSPCOG00000015792) Mouse lemur MODERN SPECIES 20 GTPBP3 (ENSMICG00000028047) ANO8 (ENSMICG00000033075) DDA1 (ENSMICG00000001763) MRPL34 (ENSMICG00000043112) ABHD8 (ENSMICG00000031476) ANKLE1 (ENSMICG00000032095) BABAM1 (ENSMICG00000034679) USHBP1 (ENSMICG00000008197) NR2F6 (ENSMICG00000032394) OCEL1 (ENSMICG00000045602) USE1 (ENSMICG00000014011) MYO9B (ENSMICG00000013974) SLC1A6 (ENSMICG00000037299) CCDC105 (ENSMICG00000032296) CASP14 (ENSMICG00000044736) SYDE1 (ENSMICG00000047920) ##22 ILVBL (ENSMICG00000005896) NOTCH3 (ENSMICG00000014208) EPHX3 (ENSMICG00000014256) ENSMICG00000014267 AKAP8 (ENSMICG00000012702) AKAP8L (ENSMICG00000027945) ENSMICG00000012764 RASAL3 (ENSMICG00000032437) PGLYRP2 (ENSMICG00000012782) CYP4F22 (ENSMICG00000026659) CYP4F152 (ENSMICG00000030878) ENSMICG00000017526 ENSMICG00000007563 CYP4F168 (ENSMICG00000027403) ENSMICG00000033202 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000168162 ENSGT00940000163153 ENSGT00940000163037 ENSGT00940000163161 ENSGT00940000162597 ENSGT00940000164424 ENSGT00950000183216.d.a.a.b ENSGT00940000153523 ENSGT00950000183216.d.a.a.a.b ENSGT00940000162084 ENSGT00950000183216.d.a.a.a.a ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000163407 ENSGT00940000164421 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 1730 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 Common shrew MODERN SPECIES 462 SYDE1 (ENSSARG00000007386) ##22 ILVBL (ENSSARG00000007423) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.a ENSGT00940000153523.m.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000153523.m.a.b ENSGT00950000183216.d.a.b.b.b 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ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT01100000263561.C.d.a.w.b Suina ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000160312 ENSGT00950000182886.a.a.b ENSGT00390000018759 ENSGT00940000163153 ENSGT00940000163037 ENSGT00940000163161 ENSGT00950000183216.d.a.b.b.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.b.a ENSGT00950000183216.d.a.b.b.a.e ENSGT00940000163967.a ENSGT00940000162084.cb.b ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT00940000163407 ENSGT01100000263561.C.d.a.x Chacoan peccary MODERN SPECIES 769 ENSCWAG00000007696 OR7C1 (ENSCWAG00000007736) ENSCWAG00000007763 ENSCWAG00000007788 ENSCWAG00000007822 ENSCWAG00000007881 ENSCWAG00000007935 ENSCWAG00000007986 ENSCWAG00000007999 ENSCWAG00000008055 ENSCWAG00000008078 SLC1A6 (ENSCWAG00000008123) CCDC105 (ENSCWAG00000008495) CASP14 (ENSCWAG00000008585) OR1I1 (ENSCWAG00000008665) SYDE1 (ENSCWAG00000008680) ##22 ILVBL (ENSCWAG00000008774) NOTCH3 (ENSCWAG00000008816) ENSCWAG00000008892 EPHX3 (ENSCWAG00000008924) ENSCWAG00000008990 ENSCWAG00000009037 AKAP8 (ENSCWAG00000009086) AKAP8L (ENSCWAG00000009126) WIZ (ENSCWAG00000009199) RASAL3 (ENSCWAG00000009433) PGLYRP2 (ENSCWAG00000009528) CYP4F22 (ENSCWAG00000009588) ENSCWAG00000009689 ENSCWAG00000009707 CYP4F3 (ENSCWAG00000007816) Pig MODERN SPECIES 10 ENSSSCG00000054561 ENSSSCG00000046196 ENSSSCG00000063508 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ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT01100000263561.C.d.a.w.b ENSGT01060000248581.A.b.h Cetacea ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161967 ENSGT00950000183007.a.b.g.a.a ENSGT01100000263517.b.d.m.a.b ENSGT00940000154294.k.b ENSGT00940000154461 ENSGT00940000154294.k.a.b ENSGT01030000234669.A ENSGT01090000260018.D.d.a ENSGT01090000259995.b.a.a.b ENSGT00940000160338 ENSGT00940000162750 ENSGT00530000063632.B ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT01100000263561.C.d.a.w.a.b ENSGT00940000162704 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161967 ENSGT00950000183007.a.b.g.a.a 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ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT00940000162704 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000162415 ENSGT00940000161967 ENSGT00950000183007.a.b.g.a.a ENSGT01100000263517.b.d.m.a.b ENSGT00940000154294.k.b ENSGT00940000154461 ENSGT00940000154294.k.a.b ENSGT01030000234669.A ENSGT01090000260018.D.d.a ENSGT01090000259995.b.a.a.b ENSGT00940000160338 ENSGT00940000162750 ENSGT00530000063632.B ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT00940000162704 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b Beluga whale MODERN SPECIES 27 ZNF496 (ENSDLEG00000006189) ENSDLEG00000006198 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(ENSBMSG00010001655) ENSBMSG00010001680 ENSBMSG00010001707 ENSBMSG00010001762 ENSBMSG00010001771 TMEM183A (ENSBMSG00010001791) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162597.f.a ENSGT00940000164113 ENSGT00950000183216.d.a.b.b.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.b.b.a.b ENSGT00950000183216.d.a.b.b.a.c.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.a.b.b.a.a ENSGT00940000164217.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.b.b.a.a ENSGT00940000164424 ENSGT00940000162084.ab.a ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a.h ENSGT00940000162852.a.g ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000154646.C.j.a.a ENSGT00940000163407 ENSGT00940000154646.C.j.a.b ENSGT00940000155021.n Yarkand deer MODERN SPECIES 32 ENSCHYG00000005680 ENSCHYG00000003738 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SPECIES 34 ENSGT00940000164217.a.b.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.b.b.b.d ENSGT00950000183216.d.a.a.b.b.c.a ENSGT00940000163881.b ENSGT00940000164217.a.a.b ENSGT00940000163967.b.a.a ENSGT00940000164424 ENSGT00940000162084.ab.a ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a.h ENSGT00940000162852.a.g.d ENSGT00940000162852.a.g.c ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000163407.j ENSGT00940000154646.C.j.a.b ENSGT00940000154646.C.j.a.a.b Bos ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000164217.a.b.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.b.b.b.d ENSGT00950000183216.d.a.a.b.b.c.a ENSGT00940000163881.b ENSGT00940000164217.a.a.b ENSGT00940000163967.b.a.a ENSGT00940000164424 ENSGT00940000162084.ab.a ENSGT00940000159972.b ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a.h ENSGT00940000162852.a.g.d ENSGT00940000162852.a.g.c ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT01090000260395 ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000163407.j ENSGT00940000154646.C.j.a.b Bos_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000164217.a.a.a ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.a.b.b.b ENSGT00940000163881.a.a ENSGT00940000163881.a.b ENSGT00940000164217.a.b.b ENSGT00940000164217.a.a.b ENSGT00940000163967.b.a.a ENSGT00940000164424 ENSGT00940000159972.b ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a.h ENSGT00940000162852.a.g.d ENSGT00940000162852.a.g.c ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160625.k.a.a.a ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000163407.j ENSGT00940000154646.C.j.a.b ENSGT00940000154646.C.j.b.b Domestic yak MODERN SPECIES 27 ENSBGRG00000016307 ENSBGRG00000016338 ENSBGRG00000016361 ENSBGRG00000016374 ENSBGRG00000016482 ENSBGRG00000016543 ENSBGRG00000016595 ENSBGRG00000016606 ENSBGRG00000016627 ENSBGRG00000016668 SLC1A6 (ENSBGRG00000016741) CCDC105 (ENSBGRG00000017152) CASP14 (ENSBGRG00000017337) ENSBGRG00000017455 ENSBGRG00000017568 SYDE1 (ENSBGRG00000017591) ##22 ILVBL (ENSBGRG00000017727) ENSBGRG00000017844 NOTCH3 (ENSBGRG00000018066) EPHX3 (ENSBGRG00000021673) ENSBGRG00000021799 ENSBGRG00000021854 AKAP8 (ENSBGRG00000021898) AKAP8L (ENSBGRG00000022043) WIZ (ENSBGRG00000022240) RASAL3 (ENSBGRG00000022665) PGLYRP2 (ENSBGRG00000022693) CYP4F22 (ENSBGRG00000022745) ENSBGRG00000022876 ENSBGRG00000023633 ENSBGRG00000023854 Wild yak MODERN SPECIES 1619 ENSBMUG00000013451 ENSBMUG00000013439 ENSBMUG00000013424 ENSBMUG00000013410 ENSBMUG00000013377 ENSBMUG00000013368 ENSBMUG00000013356 CCDC105 (ENSBMUG00000013339) CASP14 (ENSBMUG00000013317) ENSBMUG00000013302 ENSBMUG00000013277 ENSBMUG00000013258 ENSBMUG00000013242 ##22 ILVBL (ENSBMUG00000013223) ENSBMUG00000013201 NOTCH3 (ENSBMUG00000013018) EPHX3 (ENSBMUG00000012149) ENSBMUG00000012143 ENSBMUG00000012134 AKAP8 (ENSBMUG00000012119) AKAP8L (ENSBMUG00000012103) WIZ (ENSBMUG00000012029) RASAL3 (ENSBMUG00000011972) PGLYRP2 (ENSBMUG00000011932) CYP4F22 (ENSBMUG00000011890) ENSBMUG00000011875 ENSBMUG00000011822 ENSBMUG00000011774 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.b.b.b.d ENSGT00950000183216.d.a.a.b.b.c.a.a ENSGT00940000163881.a.a ENSGT00950000183216.d.a.a.b.b.c.a.b ENSGT00940000163881.b ENSGT00940000164217.a.a.b ENSGT00940000163967.b.a.a ENSGT00940000164424 ENSGT00940000162084.ab.a ENSGT00940000159972.b ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a.h ENSGT00940000162852.a.g.d ENSGT00940000162852.a.g.c ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035.i ENSGT00940000160625.k.a.a.a ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT01090000260395 ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000154646.C.j.a.a.a ENSGT00940000154646.C.j.a.b ENSGT00940000154646.C.j.a.a.b ENSGT00940000154646.C.j.b.b Cow MODERN SPECIES 26 OR7A120 (ENSBTAG00000034909) OR7A76 (ENSBTAG00000052216) OR7A93 (ENSBTAG00000051313) OR7A100 (ENSBTAG00000036175) OR7A65 (ENSBTAG00000049846) ENSBTAG00000051946 OR7A85 (ENSBTAG00000055037) OR7C19 (ENSBTAG00000039533) ENSBTAG00000053903 SLC1A6 (ENSBTAG00000013502) CCDC105 (ENSBTAG00000020615) CASP14 (ENSBTAG00000021106) OR1I3 (ENSBTAG00000011496) OR1I1 (ENSBTAG00000053862) OR1I4 (ENSBTAG00000054699) SYDE1 (ENSBTAG00000015184) ##22 ILVBL (ENSBTAG00000015186) OR10B1P (ENSBTAG00000040305) NOTCH3 (ENSBTAG00000043971) EPHX3 (ENSBTAG00000020090) ENSBTAG00000054865 BRD4 (ENSBTAG00000002495) AKAP8 (ENSBTAG00000001807) AKAP8L (ENSBTAG00000010439) WIZ (ENSBTAG00000010450) RASAL3 (ENSBTAG00000011602) PGLYRP2 (ENSBTAG00000012280) ENSBTAG00000048257 CYP4F2 (ENSBTAG00000025748) ENSBTAG00000039337 CYP4F47 (ENSBTAG00000038549) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 ENSBIXG00005003039 ENSBIXG00005018726 ENSBIXG00005018715 ENSBIXG00005018699 ENSBIXG00005006588 ENSBIXG00005003027 ENSBIXG00005018652 ENSBIXG00005003016 ENSBIXG00005018622 SLC1A6 (ENSBIXG00005005854) CCDC105 (ENSBIXG00005018555) CASP14 (ENSBIXG00005007720) ENSBIXG00005018514 ENSBIXG00005018505 ENSBIXG00005018496 SYDE1 (ENSBIXG00005018485) ##22 ILVBL (ENSBIXG00005018455) ENSBIXG00005018407 NOTCH3 (ENSBIXG00005018312) EPHX3 (ENSBIXG00005017692) ENSBIXG00005005428 ENSBIXG00005017556 AKAP8L (ENSBIXG00005017527) WIZ 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OR10H1E (ENSCAFG00845015463) OR10H4C (ENSCAFG00845015442) Red fox MODERN SPECIES 5 ENSVVUG00000021475 ENSVVUG00000021473 ENSVVUG00000021472 ENSVVUG00000021471 ENSVVUG00000021470 ENSVVUG00000021469 ENSVVUG00000021468 ENSVVUG00000021467 ENSVVUG00000021466 ENSVVUG00000021464 OR7C2 (ENSVVUG00000021463) SLC1A6 (ENSVVUG00000021456) CCDC105 (ENSVVUG00000021459) CASP14 (ENSVVUG00000021454) ENSVVUG00000021453 SYDE1 (ENSVVUG00000021449) ##22 ILVBL (ENSVVUG00000021444) NOTCH3 (ENSVVUG00000020620) EPHX3 (ENSVVUG00000020533) ENSVVUG00000020467 AKAP8 (ENSVVUG00000020457) AKAP8L (ENSVVUG00000020394) WIZ (ENSVVUG00000020383) RASAL3 (ENSVVUG00000020370) PGLYRP2 (ENSVVUG00000020368) CYP4F22 (ENSVVUG00000020345) CYP4F8 (ENSVVUG00000020339) CYP4F2 (ENSVVUG00000020330) ENSVVUG00000020329 ENSVVUG00000020325 ENSVVUG00000020324 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000183216.d.a.a.a.a.f.b ENSGT00940000153523.m.b.c.b.a ENSGT00950000183216.d.a.b.b.b.c ENSGT00940000153523.m.a.a.a.b.b ENSGT00950000183216.d.a.a.a.a.f.a.a.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000153523.m.a.a.a.a.b.a.d.a ENSGT00950000183216.d.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000163407 ENSGT00940000154646.C ENSGT00940000162906.c.a.f Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153523.m.a.a.a.b.b ENSGT00950000183216.d.a.a.a.a.f.a.a.b ENSGT00940000162084.`b ENSGT00940000153523.m.a.a.a.a.b.a.d.a ENSGT00940000162084.z.b ENSGT00940000163881.f.b.a ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 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ENSMPUG00000016172 ENSMPUG00000016171 ENSMPUG00000019683 ENSMPUG00000019682 ENSMPUG00000016169 OR7C2 (ENSMPUG00000019681) SLC1A6 (ENSMPUG00000016168) CCDC105 (ENSMPUG00000016166) CASP14 (ENSMPUG00000016163) OR1I1 (ENSMPUG00000019680) SYDE1 (ENSMPUG00000016160) ##22 ILVBL (ENSMPUG00000016157) ENSMPUG00000019679 NOTCH3 (ENSMPUG00000016090) EPHX3 (ENSMPUG00000016089) BRD4 (ENSMPUG00000016088) AKAP8 (ENSMPUG00000016081) AKAP8L (ENSMPUG00000016078) WIZ (ENSMPUG00000016070) RASAL3 (ENSMPUG00000016066) PGLYRP2 (ENSMPUG00000016064) CYP4F22 (ENSMPUG00000016061) CYP4F8 (ENSMPUG00000016059) ENSMPUG00000016058 ENSMPUG00000019678 ENSMPUG00000019677 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000183216.d.a.a.a.a.f.b ENSGT00940000153523.m.b.c.b.a ENSGT00950000183216.d.a.b.b.b.c ENSGT00950000183216.d.a.a.a.a.f.a.a.b ENSGT00940000164217.d.a.b ENSGT00940000162084 ENSGT00940000153523.m.a.a.a.a.b.a.d.a ENSGT00950000183216.d.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000163407 ENSGT00940000154646.C ENSGT00940000162906.c.a.f ENSGT01100000263561.C.d.a.q Giant Panda MODERN SPECIES 14 ENSAMEG00000025245 ENSAMEG00000024078 ENSAMEG00000028843 ENSAMEG00000019090 ENSAMEG00000026321 ENSAMEG00000024874 OR7C1 (ENSAMEG00000025106) ENSAMEG00000027750 ENSAMEG00000024391 ENSAMEG00000030924 ENSAMEG00000028890 OR7C2 (ENSAMEG00000025951) ENSAMEG00000002521 CCDC105 (ENSAMEG00000024872) CASP14 (ENSAMEG00000002496) SYDE1 (ENSAMEG00000024049) ##22 ILVBL (ENSAMEG00000002455) NOTCH3 (ENSAMEG00000002344) EPHX3 (ENSAMEG00000002340) BRD4 (ENSAMEG00000002297) AKAP8L (ENSAMEG00000002248) AKAP8 (ENSAMEG00000002281) ENSAMEG00000002239 RASAL3 (ENSAMEG00000002217) PGLYRP2 (ENSAMEG00000024564) ENSAMEG00000002157 ENSAMEG00000013908 ENSAMEG00000025157 ENSAMEG00000018734 ENSAMEG00000019504 ENSAMEG00000029539 Ursus ANCESTRAL SPECIES 200 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000163407 ENSGT00940000162906.c.a.f ENSGT01100000263561.C.d.a.q ENSGT01100000263561.C.d.a.r.a American black bear MODERN SPECIES 1564 SLC1A6 (ENSUAMG00000027707) CCDC105 (ENSUAMG00000027706) CASP14 (ENSUAMG00000027705) OR1I1 (ENSUAMG00000027704) SYDE1 (ENSUAMG00000027703) ##22 ILVBL (ENSUAMG00000027702) Felidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163881.h ENSGT00950000183216.d.a.b.b.a.a ENSGT00940000153523.m.a.a.b ENSGT00950000183216.d.a.b.b.b.e ENSGT00940000153523.m.a.b.c.a 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ENSGT00940000162117 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000163407 ENSGT01100000263561.C.d.a.o.a ENSGT01060000248581.A.b.c.b ENSGT00940000154227.b ENSGT01060000248581.A.b.c.a.a Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163881.h ENSGT00950000183216.d.a.b.b.a.a ENSGT00950000183216.d.a.a.a.a.c ENSGT00940000162084 ENSGT00950000183216.d.a.a.a.b ENSGT00940000153523.m.a.a.b ENSGT00950000183216.d.a.b.b.b.e ENSGT00940000153523.m.a.b.c.a ENSGT00940000153523.m.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000164217.d ENSGT00940000153523.m.b.a ENSGT00940000164424 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718.g ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT00940000162906.c.a.f ENSGT01100000263561.C.d.a.p ENSGT01100000263561.C.d.a.o.a leopard MODERN SPECIES 68 ENSPPRG00000022031 ENSPPRG00000000384 ENSPPRG00000021810 ENSPPRG00000021791 ENSPPRG00000023036 ENSPPRG00000023301 ENSPPRG00000024155 ENSPPRG00000021739 ENSPPRG00000021727 ENSPPRG00000021715 ENSPPRG00000021692 ENSPPRG00000021678 SLC1A6 (ENSPPRG00000024748) CCDC105 (ENSPPRG00000022023) CASP14 (ENSPPRG00000021751) SYDE1 (ENSPPRG00000017777) ##22 ILVBL (ENSPPRG00000014803) NOTCH3 (ENSPPRG00000014001) EPHX3 (ENSPPRG00000012477) ENSPPRG00000011126 ENSPPRG00000010955 AKAP8 (ENSPPRG00000010081) AKAP8L (ENSPPRG00000009539) ENSPPRG00000006238 RASAL3 (ENSPPRG00000004906) ENSPPRG00000003320 CYP4F22 (ENSPPRG00000002745) ENSPPRG00000002620 ENSPPRG00000002280 CYP4F3 (ENSPPRG00000001769) ENSPPRG00000000160 lion MODERN SPECIES 2 NDUFB7 (ENSPLOG00000022618) CLEC17A (ENSPLOG00000022623) ADGRE3 (ENSPLOG00000022632) ZNF333 (ENSPLOG00000022645) ENSPLOG00000000036 ENSPLOG00000000064 ENSPLOG00000000082 OR7C1 (ENSPLOG00000000087) ENSPLOG00000000090 ENSPLOG00000000099 ENSPLOG00000000103 ENSPLOG00000000117 SLC1A6 (ENSPLOG00000000144) CCDC105 (ENSPLOG00000000174) CASP14 (ENSPLOG00000000190) SYDE1 (ENSPLOG00000000218) ##22 ILVBL (ENSPLOG00000000240) NOTCH3 (ENSPLOG00000000296) EPHX3 (ENSPLOG00000000351) ENSPLOG00000000383 ENSPLOG00000000417 AKAP8 (ENSPLOG00000000489) AKAP8L (ENSPLOG00000000459) WIZ (ENSPLOG00000000541) RASAL3 (ENSPLOG00000000606) PGLYRP2 (ENSPLOG00000000711) CYP4F22 (ENSPLOG00000000828) ENSPLOG00000000847 ENSPLOG00000000866 ENSPLOG00000000908 ENSPLOG00000000957 Cat MODERN SPECIES 1 ENSFCAG00000048819 ENSFCAG00000043478 ENSFCAG00000042891 OR7C1 (ENSFCAG00000032648) ENSFCAG00000046417 ENSFCAG00000035954 ENSFCAG00000045491 ENSFCAG00000040947 ENSFCAG00000047130 ENSFCAG00000034190 ENSFCAG00000051426 OR7C2 (ENSFCAG00000052184) SLC1A6 (ENSFCAG00000007501) CCDC105 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ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.c ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000154646.C ENSGT01090000260018.B.a.a ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 9 MAN2B1 (ENSRFEG00010021563) ENSRFEG00010021582 ENSRFEG00010021592 ENSRFEG00010021596 ENSRFEG00010021603 ENSRFEG00010021607 ENSRFEG00010021611 ENSRFEG00010021615 ENSRFEG00010021618 ENSRFEG00010021628 ENSRFEG00010021633 ENSRFEG00010021638 SLC1A6 (ENSRFEG00010021657) CCDC105 (ENSRFEG00010021677) CASP14 (ENSRFEG00010021690) SYDE1 (ENSRFEG00010021702) ##22 ILVBL (ENSRFEG00010021714) ENSRFEG00010021724 NOTCH3 (ENSRFEG00010010386) EPHX3 (ENSRFEG00010010444) BRD4 (ENSRFEG00010010523) AKAP8 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(ENSPVAG00000007777) NOTCH3 (ENSPVAG00000007778) EPHX3 (ENSPVAG00000007782) Equus ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000153301.b.a.a.r.a.b ENSGT00950000183216.d.a.a.b.a.b.b.b.a ENSGT00940000164217 ENSGT00940000164424 ENSGT00940000162084 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT01060000248581.A.b ENSGT00940000160234 ENSGT00800000125293 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT00940000163407.b Horse MODERN SPECIES 13 ENSECAG00000048621 ENSECAG00000040574 ENSECAG00000055033 ENSECAG00000054217 CYP4F126P (ENSECAG00000017014) ENSECAG00000032551 ENSECAG00000059591 OR5T40 (ENSECAG00000030841) ENSECAG00000056254 ENSECAG00000047702 OR7A188 (ENSECAG00000037266) SLC1A6 (ENSECAG00000018959) CCDC105 (ENSECAG00000008463) CASP14 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ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT01100000263561.C.d.a ENSGT00940000165043 ENSGT00940000162704 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154227.b ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n ENSGT01100000263561.C.d.a ENSGT00940000165043 ENSGT00940000162704 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b Elephant MODERN SPECIES 270 ENSLAFG00000028764 ENSLAFG00000025860 ENSLAFG00000028379 ENSLAFG00000027590 ENSLAFG00000026005 ENSLAFG00000025813 ENSLAFG00000029250 ENSLAFG00000026701 ENSLAFG00000027481 ENSLAFG00000002220 ENSLAFG00000032506 SLC1A6 (ENSLAFG00000011311) CCDC105 (ENSLAFG00000000999) CASP14 (ENSLAFG00000031913) OR1I1 (ENSLAFG00000032391) ENSLAFG00000030501 ##22 ILVBL (ENSLAFG00000003259) ENSLAFG00000025846 ENSLAFG00000031179 NOTCH3 (ENSLAFG00000031040) EPHX3 (ENSLAFG00000000695) ENSLAFG00000030134 AKAP8 (ENSLAFG00000026120) AKAP8L (ENSLAFG00000004599) WIZ (ENSLAFG00000004604) RASAL3 (ENSLAFG00000020948) ENSLAFG00000008772 CYP4F22 (ENSLAFG00000023092) ENSLAFG00000030083 ENSLAFG00000029960 ENSLAFG00000029003 Hyrax MODERN SPECIES 84 ENSPCAG00000016786 ##22 ILVBL (ENSPCAG00000016841) Tenrec MODERN SPECIES 800 SYDE1 (ENSETEG00000010597) ##22 ILVBL (ENSETEG00000010600) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00410000025695.a ENSGT00390000012198 ENSGT00390000004097.a ENSGT00940000160464 ENSGT00390000000719 ENSGT00390000007227.b ENSGT00390000008152.B.a ENSGT00940000162014.e.a.b ENSGT00940000162014.e.a.a ENSGT00940000162014.e.b.a.a ENSGT00940000162014.f ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.e ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n.w.b ENSGT00940000155021.n.w.a.a ENSGT00940000155021.n.w.a.b Opossum MODERN SPECIES 2 CCDC124 (ENSMODG00000042946) KCNN1 (ENSMODG00000019170) ENSMODG00000014682 ENSMODG00000041250 ENSMODG00000050288 ENSMODG00000023842 ENSMODG00000039698 ENSMODG00000044017 ENSMODG00000036910 ENSMODG00000014469 SLC1A6 (ENSMODG00000014481) ENSMODG00000014485 CASP14 (ENSMODG00000039253) OR1I1 (ENSMODG00000014497) ENSMODG00000048274 SYDE1 (ENSMODG00000014508) ##22 ILVBL (ENSMODG00000014519) ENSMODG00000050252 NOTCH3 (ENSMODG00000014540) EPHX3 (ENSMODG00000041517) ENSMODG00000014558 ENSMODG00000040284 AKAP8 (ENSMODG00000014573) AKAP8L (ENSMODG00000014581) WIZ (ENSMODG00000014589) PGLYRP2 (ENSMODG00000014610) CYP4F22 (ENSMODG00000014622) ENSMODG00000014425 ENSMODG00000014674 ENSMODG00000023822 ENSMODG00000014717 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00410000025695.a ENSGT00390000012198 ENSGT00390000004097.a ENSGT00940000160464 ENSGT00390000000719 ENSGT00390000007227.b ENSGT00390000008152.B.a ENSGT00940000162014.e.a.b ENSGT00940000162014.e.a.a ENSGT00940000162014.e.b.a.a ENSGT00940000162014.f.b.a ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.e ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n.w.b ENSGT00940000155021.n.w.a.a ENSGT00940000155021.n.w.a.b Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000012913.a ENSGT00410000025695.a ENSGT00390000012198 ENSGT00390000004097.a ENSGT00940000160464 ENSGT00390000000719 ENSGT00390000007227.b ENSGT00390000008152.B.a ENSGT00940000162014.e.a.a ENSGT00940000162014.e.b.a.a ENSGT00940000162014.f.b.a ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.e ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n.w.b ENSGT00940000155021.n.w.a.a ENSGT00940000162906.c.a ENSGT01100000263561.C.f.a.a Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000012913.a ENSGT00410000025695.a ENSGT00390000012198 ENSGT00390000004097.a ENSGT00940000160464 ENSGT00390000000719 ENSGT00390000007227.b ENSGT00390000008152.B.a ENSGT00940000162014.e.a.a ENSGT00940000162014.e.b.a.a ENSGT00940000162014.f.b.a ENSGT00940000159972 ENSGT00390000003207 ENSGT00940000162117 ENSGT00940000162852.a ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01100000263561.C.e ENSGT00940000160234 ENSGT00940000162086 ENSGT00940000162790.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161507 ENSGT00940000155021.n.w.b ENSGT00940000155021.n.w.a.a ENSGT00940000162906.c.a ENSGT01100000263561.C.f.a.a koala MODERN SPECIES 190 SUGP1 (ENSPCIG00000031015) MAU2 (ENSPCIG00000024186) GATAD2A (ENSPCIG00000024189) NDUFA13 (ENSPCIG00000024191) YJEFN3 (ENSPCIG00000024192) CILP2 (ENSPCIG00000024194) ENSPCIG00000027489 ENSPCIG00000032437 ENSPCIG00000031404 ENSPCIG00000011974 SLC1A6 (ENSPCIG00000003178) CCDC105 (ENSPCIG00000003198) ENSPCIG00000003213 CASP14 (ENSPCIG00000003224) OR1I1 (ENSPCIG00000003241) SYDE1 (ENSPCIG00000003261) ##22 ILVBL (ENSPCIG00000003271) 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RASAL3 (ENSVURG00010024888) PGLYRP2 (ENSVURG00010024892) CYP4F22 (ENSVURG00010024894) ENSVURG00010024897 ENSVURG00010024909 Wallaby MODERN SPECIES 1435 SYDE1 (ENSMEUG00000009691) ##22 ILVBL (ENSMEUG00000009724) Tasmanian devil MODERN SPECIES ENSSHAG00000029122 ENSSHAG00000026661 ENSSHAG00000027731 ENSSHAG00000030409 ENSSHAG00000025895 ENSSHAG00000029707 ENSSHAG00000021504 ENSSHAG00000021019 ENSSHAG00000021932 ENSSHAG00000030674 ENSSHAG00000030371 ENSSHAG00000005674 ENSSHAG00000006176 CASP14 (ENSSHAG00000006793) OR1I1 (ENSSHAG00000007285) SYDE1 (ENSSHAG00000007646) ##22 ILVBL (ENSSHAG00000007682) ENSSHAG00000030842 ENSSHAG00000022612 NOTCH3 (ENSSHAG00000008456) BRD4 (ENSSHAG00000009124) AKAP8 (ENSSHAG00000023419) AKAP8L (ENSSHAG00000022803) ENSSHAG00000010834 RASAL3 (ENSSHAG00000011132) PGLYRP2 (ENSSHAG00000011443) CYP4F22 (ENSSHAG00000006919) ENSSHAG00000001890 ENSSHAG00000002575 ENSSHAG00000003263 CYP4F8 (ENSSHAG00000005841) Sauria ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00830000128645.a 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ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 Aves ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000000976 ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00940000160312 ENSGT00940000167422 ENSGT00940000162025 ENSGT00390000016884 ENSGT00550000075140 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01060000248544.a.a.b.a.a ENSGT00940000154063.C.a.b ENSGT00940000159125 ENSGT00940000162163 ENSGT00940000163334 ENSGT00940000162906.d ENSGT00940000164508 ENSGT01030000234575.c.a.b ENSGT00940000153846.a.b ENSGT00940000158914 ENSGT01030000234558.D.b ENSGT00940000154149.b.b ENSGT00550000075110 ENSGT00940000159323 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00940000160312 ENSGT00940000167422 ENSGT00940000162025 ENSGT00390000016884 ENSGT00550000075140 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000155021 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01060000248544.a.a.b.a.a ENSGT00940000154063.C.a.b ENSGT00940000159125 ENSGT00940000162163 ENSGT00940000163334 ENSGT00940000162906.d ENSGT00940000164508 ENSGT01030000234575.c.a.b.c ENSGT00940000153846.a.b ENSGT00940000158914 ENSGT01030000234558.D.b ENSGT00940000154149.b.b ENSGT00550000075110 ENSGT00940000159323 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00530000063615.b ENSGT00390000013732 ENSGT00950000183135.A.b ENSGT00390000018759 ENSGT00940000160312 ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000155021 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154063.C.a.b ENSGT00940000159125 ENSGT00940000162163 ENSGT01030000234575.c.a.b.c ENSGT00940000153846.a.b Anatidae ANCESTRAL SPECIES 98 ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000155021 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01100000263552.g.b.b.b.c ENSGT01030000234575.c.b ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154063.C.a.b ENSGT00940000159125 ENSGT00940000162163 ENSGT01030000234575.c.a.b.c ENSGT00940000153846.a.b Pink-footed goose MODERN SPECIES 436 AKAP8L (ENSABRG00000016279) WIZ (ENSABRG00000016351) RASAL3 (ENSABRG00000016362) PGLYRP2 (ENSABRG00000016369) CYP4F8 (ENSABRG00000016371) MCOLN1 (ENSABRG00000016386) PNPLA6 (ENSABRG00000016402) ENSABRG00000016456 ENSABRG00000016459 SYDE1 (ENSABRG00000016461) ##22 ILVBL (ENSABRG00000016466) C3 (ENSABRG00000016580) VAV1 (ENSABRG00000017285) ENSABRG00000017667 ENSABRG00000017676 ENSABRG00000017679 EVI5L (ENSABRG00000017689) Duck MODERN SPECIES 2127 SYDE1 (ENSAPLG00000030638) ##22 ILVBL (ENSAPLG00000026632) C3 (ENSAPLG00000015159) ENSAPLG00000029214 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00530000063615.b ENSGT00390000013732 ENSGT00950000183135.A.b ENSGT00390000018759 ENSGT00940000160312 ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000156787.v ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000155021 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154063.C.a.b ENSGT00940000159125 ENSGT01030000234575.c.a.b.c ENSGT00940000153846.a.b Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00530000063615.b ENSGT00390000013732 ENSGT00950000183135.A.b ENSGT00390000018759 ENSGT00940000160312 ENSGT00390000003420.a.a ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000156787.v ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000155021 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000154063.C.a.b ENSGT00940000159125 ENSGT00940000153846.a.b ENSGT00390000013443.c ENSGT00940000159869 ENSGT00940000160550 ENSGT00940000161143 Chicken MODERN SPECIES 23 ENSGALG00010003211 ENSGALG00010003208 CC2D1A (ENSGALG00010003191) DCAF15 (ENSGALG00010002857) TECR (ENSGALG00010003933) DNAJB1 (ENSGALG00010003909) GIPC1 (ENSGALG00010003887) AKAP8 (ENSGALG00010003875) AKAP8L (ENSGALG00010003865) RASAL3 (ENSGALG00010003842) RASAL3 (ENSGALG00010003815) PGLYRP2 (ENSGALG00010003811) CYP4F11 (ENSGALG00010003634) MCOLN1 (ENSGALG00010003627) PNPLA6 (ENSGALG00010003585) SYDE1 (ENSGALG00010003479) ##22 ENSGALG00010003476 ILVBL (ENSGALG00010003468) C3 (ENSGALG00010003164) ENSGALG00010003158 VAV1 (ENSGALG00010003064) ENSGALG00010003774 EVI5L (ENSGALG00010003762) ENSGALG00010003724 TRAPPC5 (ENSGALG00010003680) CDC37 (ENSGALG00010002472) ENSGALG00010002450 TYK2 (ENSGALG00010002443) RAVER1 (ENSGALG00010002432) FDX2 (ENSGALG00010002425) Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 10 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ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT01060000248544.a.a.b.a.a ENSGT00940000154063.C.a.b ENSGT00940000159125 ENSGT00940000163334 ENSGT00940000164508 ENSGT01030000234575.c.a.b.c ENSGT00940000153846.a.b ENSGT00940000158914 Golden eagle MODERN SPECIES 2 GBP6 (ENSACCG00020002983) ENSACCG00020002999 GIPC1 (ENSACCG00020003020) DNAJB1 (ENSACCG00020003032) ENSACCG00020003044 TECR (ENSACCG00020003055) BRD4 (ENSACCG00020003099) AKAP8 (ENSACCG00020003131) AKAP8L (ENSACCG00020003203) WIZ (ENSACCG00020003274) ENSACCG00020003295 PGLYRP2 (ENSACCG00020003313) MCOLN1 (ENSACCG00020003343) ENSACCG00020003543 ENSACCG00020003551 SYDE1 (ENSACCG00020003564) ##22 ILVBL (ENSACCG00020003587) TNFSF14 (ENSACCG00020003613) C3 (ENSACCG00020004493) VAV1 (ENSACCG00020005288) ENSACCG00020005481 ENSACCG00020005507 ENSACCG00020005563 EVI5L (ENSACCG00020005636) MAP2K7 (ENSACCG00020005715) COLGALT1 (ENSACCG00020005751) NIBAN3 (ENSACCG00020005766) PGLS (ENSACCG00020005808) SLC27A1 (ENSACCG00020005825) NXNL1 (ENSACCG00020005843) GMIP (ENSACCG00020005892) Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00390000016884 ENSGT00550000075140 ENSGT00950000182975.a.b ENSGT00980000198723 ENSGT00940000160234 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01100000263519.A.a.a.a.a.a.b.b ENSGT01030000234575.c.b ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 Chinese turtle MODERN SPECIES 1430 ENSPSIG00000010843 ##22 ILVBL (ENSPSIG00000008159) Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000162025 ENSGT00390000016884 ENSGT00550000075140 ENSGT00950000182975.a.b.o ENSGT00940000160234 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01100000263519.A.a.a.a.a.a.b.b.b ENSGT01030000234575.c.b ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000159065 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931.k ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01000000221715 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b.e.a ENSGT00940000156784.hb Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 97 ENSGT01030000234575.c.b ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000159065 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931.k ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01000000221715 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b.e.a ENSGT00940000156784.hb Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 154 ENSGEVG00005015513 ENSGEVG00005015532 SYDE1 (ENSGEVG00005015565) ##22 ILVBL (ENSGEVG00005015645) HDAC7 (ENSGEVG00005015687) ENSGEVG00005015792 SLC48A1 (ENSGEVG00005015802) RAPGEF3 (ENSGEVG00005015822) ENSGEVG00005015985 ENDOU (ENSGEVG00005016017) NEUROD4 (ENSGEVG00005016078) TESPA1 (ENSGEVG00005016090) ENSGEVG00005016120 PDE1B (ENSGEVG00005016166) ENSGEVG00005016246 ENSGEVG00005016297 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1006 ENSCABG00000015216 ENSCABG00000015215 SYDE1 (ENSCABG00000015212) ##22 ILVBL (ENSCABG00000015206) HDAC7 (ENSCABG00000015071) ENSCABG00000015065 SLC48A1 (ENSCABG00000015061) RAPGEF3 (ENSCABG00000015045) Emydidae ANCESTRAL SPECIES 90 ENSGT00390000000976 ENSGT00940000162025 ENSGT00390000016884 ENSGT00550000075140 ENSGT00950000182975.a.b.o ENSGT00940000160234 ENSGT00940000154549.b ENSGT00530000063777.a.a.b ENSGT00530000063777.a.a.a ENSGT00940000159979 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000158718 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000159130 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000158035 ENSGT00940000159065 ENSGT00940000162831 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931.k ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00530000063825.B painted turtle MODERN SPECIES 1141 PNPLA6 (ENSCPBG00000012819) MCOLN1 (ENSCPBG00000012786) SYDE1 (ENSCPBG00000012782) ##22 ILVBL (ENSCPBG00000012780) ENSCPBG00000012777 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 360 TRAPPC5 (ENSTMTG00000004671) PCP2 (ENSTMTG00000004689) PET100 (ENSTMTG00000004709) XAB2 (ENSTMTG00000004727) CAMSAP3 (ENSTMTG00000004789) ENSTMTG00000004934 BRD4 (ENSTMTG00000004955) AKAP8 (ENSTMTG00000005000) AKAP8L (ENSTMTG00000005045) WIZ (ENSTMTG00000005122) ENSTMTG00000005140 PGLYRP2 (ENSTMTG00000005177) MCOLN1 (ENSTMTG00000005194) ENSTMTG00000005225 SYDE1 (ENSTMTG00000005250) ##22 ILVBL (ENSTMTG00000005303) ENSTMTG00000005552 SLC48A1 (ENSTMTG00000005558) ENSTMTG00000005573 ENSTMTG00000005589 ASF1B (ENSTMTG00000005617) ENSTMTG00000005819 ENSTMTG00000008377 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 tuatara MODERN SPECIES 313 SYDE1 (ENSSPUG00000001900) ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000010157.b ENSGT00940000160377 ENSGT00940000158445 ENSGT00940000155764.C ENSGT00530000063679.B ENSGT00940000163421 ENSGT00940000156719 ENSGT00940000158178 ENSGT00940000159089 ENSGT00940000159801.B ENSGT00390000005605 ENSGT00950000182923.A ENSGT00530000063000.a.a.b ENSGT01050000244887.A.a.a.a ENSGT00940000158035 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT01030000234575.c.b ENSGT00940000159130 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000161507 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000161046 ENSGT00940000161012 ENSGT00940000159313 ENSGT00940000164506 ENSGT00940000157552 ENSGT00390000016298.a ENSGT00390000008201 ENSGT00940000158145 ENSGT00390000007170 Laterata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000010157.b ENSGT00940000160377 ENSGT00940000158445 ENSGT00940000155764.C ENSGT00530000063679.B ENSGT00940000163421 ENSGT00940000156719 ENSGT00940000158178 ENSGT00940000159089 ENSGT00940000159801.B ENSGT00390000005605 ENSGT00950000182923.A ENSGT00530000063000.a.a.b ENSGT01050000244887.A.a.a.a ENSGT00940000158035 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT01030000234575.c.b ENSGT00940000159130 ENSGT00950000183036.b.c ENSGT00940000161507 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000161046 ENSGT00940000161012 ENSGT00940000159313 ENSGT00940000164506 ENSGT00940000157552 ENSGT00940000158145 ENSGT00390000007170 ENSGT00940000160315 ENSGT00940000161935 Common wall lizard MODERN SPECIES 8 ENSPMRG00000022383 ENSPMRG00000022385 ENSPMRG00000022392 ENSPMRG00000022395 ILF3 (ENSPMRG00000022429) SLC44A2 (ENSPMRG00000017149) AP1M2 (ENSPMRG00000017933) CDKN2D (ENSPMRG00000017968) KRI1 (ENSPMRG00000017975) GAL3ST3 (ENSPMRG00000017991) ATG4D (ENSPMRG00000018001) ENSPMRG00000018037 ENSPMRG00000018045 ENSPMRG00000018058 ILVBL (ENSPMRG00000018146) SYDE1 (ENSPMRG00000018494) ##22 PNPLA6 (ENSPMRG00000019012) MCOLN1 (ENSPMRG00000022249) CYP4F22 (ENSPMRG00000022362) ENSPMRG00000022591 PGLYRP2 (ENSPMRG00000022596) RASAL3 (ENSPMRG00000022609) ENSPMRG00000022644 LDLR (ENSPMRG00000022649) KANK2 (ENSPMRG00000022667) DOCK6 (ENSPMRG00000023028) ENSPMRG00000023582 RAB3D (ENSPMRG00000023586) TMEM205 (ENSPMRG00000023589) CCDC159 (ENSPMRG00000023594) PLPPR2 (ENSPMRG00000023599) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 45 CARM1 (ENSSMRG00000004619) TMED1 (ENSSMRG00000004629) DNM2 (ENSSMRG00000004636) QTRT1 (ENSSMRG00000004655) ENSSMRG00000004662 ENSSMRG00000004663 ILF3 (ENSSMRG00000004665) SLC44A2 (ENSSMRG00000004687) AP1M2 (ENSSMRG00000004709) CDKN2D (ENSSMRG00000004717) KRI1 (ENSSMRG00000004719) ENSSMRG00000004733 ATG4D (ENSSMRG00000004737) S1PR5 (ENSSMRG00000004740) ILVBL (ENSSMRG00000004757) SYDE1 (ENSSMRG00000004759) ##22 ENSSMRG00000004761 PNPLA6 (ENSSMRG00000004764) ENSSMRG00000004785 ENSSMRG00000004792 PLA1A (ENSSMRG00000004830) POPDC2 (ENSSMRG00000004843) CFAP91 (ENSSMRG00000004857) GSK3B (ENSSMRG00000004891) ENSSMRG00000004908 LRRC58 (ENSSMRG00000004920) FSTL1 (ENSSMRG00000004922) NDUFB4 (ENSSMRG00000004928) HGD (ENSSMRG00000004933) RABL3 (ENSSMRG00000004953) GTF2E1 (ENSSMRG00000004962) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000010157.b ENSGT00940000160377 ENSGT00940000158445 ENSGT00940000155764.C ENSGT00530000063679.B ENSGT00940000163421 ENSGT00940000156719 ENSGT00940000158178 ENSGT00940000159089.u ENSGT00940000159801.B ENSGT00390000005605 ENSGT00950000182923.A ENSGT00530000063000.a.a.b ENSGT01050000244887.A.a.a.a ENSGT00940000158035 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT01030000234575.c.b ENSGT00940000159130 ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000161507 ENSGT00940000158718 ENSGT00940000161423 ENSGT00940000161046 ENSGT00940000161012 ENSGT00940000159313 ENSGT00940000157552 ENSGT00390000016298.a ENSGT00390000008201 ENSGT00940000158145 ENSGT00390000007170 ENSGT00940000160315 Lizard MODERN SPECIES 1 YIPF2 (ENSACAG00000015324) CARM1 (ENSACAG00000015347) TMED1 (ENSACAG00000015386) DNM2 (ENSACAG00000015436) ENSACAG00000015590 ENSACAG00000015630 ILF3 (ENSACAG00000015632) SLC44A2 (ENSACAG00000015726) AP1M2 (ENSACAG00000015870) CDKN2D (ENSACAG00000015955) KRI1 (ENSACAG00000015966) ENSACAG00000026255 ATG4D (ENSACAG00000015993) S1PR5 (ENSACAG00000016058) ENSACAG00000016064 ENSACAG00000016096 ##22 ENSACAG00000016113 ENSACAG00000016134 ENSACAG00000016313 ENSACAG00000039153 ENSACAG00000043906 ENSACAG00000016354 ENSACAG00000041676 ENSACAG00000016557 RASAL3 (ENSACAG00000016567) LDLR (ENSACAG00000016589) ENSACAG00000042311 KANK2 (ENSACAG00000016624) ENSACAG00000036635 DOCK6 (ENSACAG00000016655) RAB3D (ENSACAG00000016810) Elapidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000155764.C ENSGT00530000063679.B ENSGT00940000156719 ENSGT00940000158178 ENSGT00940000159089.u ENSGT00940000159801.B ENSGT00390000005605 ENSGT00530000063000.a.a.b ENSGT00940000158035 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000159130.q.b ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000158718.c ENSGT00940000161423 ENSGT00940000161046 ENSGT00940000161012 ENSGT00940000159313 ENSGT00940000157552 ENSGT00390000016298.a ENSGT00390000008201 ENSGT00940000158145 ENSGT00390000007170 ENSGT00940000160315 ENSGT00940000161935 ENSGT00940000153116.C.b Indian cobra MODERN SPECIES 1 PHC1 (ENSNNAG00000017781) AICDA (ENSNNAG00000017776) ENSNNAG00000017771 RIMKLB (ENSNNAG00000017768) DNM2 (ENSNNAG00000017762) QTRT1 (ENSNNAG00000017754) ILF3 (ENSNNAG00000017729) SLC44A2 (ENSNNAG00000017481) ENSNNAG00000017404 AP1M2 (ENSNNAG00000017398) CDKN2D (ENSNNAG00000017393) KRI1 (ENSNNAG00000017375) ATG4D (ENSNNAG00000017364) ILVBL (ENSNNAG00000017276) ENSNNAG00000017248 SYDE1 (ENSNNAG00000017236) ##22 ENSNNAG00000017220 ENSNNAG00000017217 ENSNNAG00000017204 MCOLN1 (ENSNNAG00000017190) ENSNNAG00000017181 ENSNNAG00000017174 ENSNNAG00000017167 KANK2 (ENSNNAG00000017122) DOCK6 (ENSNNAG00000013566) RAB3D (ENSNNAG00000013132) CCDC159 (ENSNNAG00000013098) PLPPR2 (ENSNNAG00000013090) SWSAP1 (ENSNNAG00000013068) EPOR (ENSNNAG00000013044) RGL3 (ENSNNAG00000012994) Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000155764.C ENSGT00530000063679.B ENSGT00940000156719 ENSGT00940000158178 ENSGT00940000159089.u ENSGT00940000159801.B ENSGT00390000005605 ENSGT00530000063000.a.a.b.b ENSGT00530000063000.a.a.b.a ENSGT00940000158035 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000159130.q.b ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000158718.c ENSGT00940000161046 ENSGT00940000161012 ENSGT00940000159313 ENSGT00940000157552 ENSGT00390000016298.a ENSGT00390000008201 ENSGT00940000158145 ENSGT00390000007170 ENSGT00940000160315 ENSGT00940000161935 ENSGT00940000153116.C.b ENSGT00510000047770.c.a Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 1929 ENSLLTG00000014293 ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000155764.C ENSGT00530000063679.B ENSGT00940000156719 ENSGT00940000158178 ENSGT00940000159089.u ENSGT00940000159801.B ENSGT00390000005605 ENSGT00530000063000.a.a.b.a ENSGT00940000158035 ENSGT01030000234635.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000159130.q.b ENSGT00950000183036.b ENSGT00940000158718.c ENSGT00940000155853 ENSGT00940000156689 ENSGT00940000164999 ENSGT00390000008938 ENSGT00390000018089 ENSGT00940000156868 ENSGT00390000013765 ENSGT00390000005084 ENSGT00940000159734 ENSGT00940000160316 ENSGT00560000078707 ENSGT00940000159244 Eastern brown snake MODERN SPECIES 87 DNM2 (ENSPTXG00000011145) QTRT1 (ENSPTXG00000011149) ILF3 (ENSPTXG00000011150) SLC44A2 (ENSPTXG00000011151) ENSPTXG00000011152 ENSPTXG00000011153 CDKN2D (ENSPTXG00000011154) KRI1 (ENSPTXG00000011155) ATG4D (ENSPTXG00000011156) ENSPTXG00000011157 ILVBL (ENSPTXG00000011158) SYDE1 (ENSPTXG00000011159) ##22 PNPLA6 (ENSPTXG00000011193) MCOLN1 (ENSPTXG00000017319) ENSPTXG00000017320 ENSPTXG00000017321 LDLR (ENSPTXG00000017322) KANK2 (ENSPTXG00000017323) DOCK6 (ENSPTXG00000017433) RAB3D (ENSPTXG00000018875) TMEM205 (ENSPTXG00000018876) PLPPR2 (ENSPTXG00000018877) SWSAP1 (ENSPTXG00000018879) EPOR (ENSPTXG00000018880) RGL3 (ENSPTXG00000018882) ODAD3 (ENSPTXG00000018886) PRKCSH (ENSPTXG00000018890) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 119 ILF3 (ENSNSUG00000016259) SLC44A2 (ENSNSUG00000016258) ENSNSUG00000016257 CDKN2D (ENSNSUG00000016256) KRI1 (ENSNSUG00000016249) ATG4D (ENSNSUG00000016248) ILVBL (ENSNSUG00000016247) SYDE1 (ENSNSUG00000016244) ##22 PNPLA6 (ENSNSUG00000016242) MCOLN1 (ENSNSUG00000016239) ENSNSUG00000016237 ENSNSUG00000016236 LDLR (ENSNSUG00000016078) KANK2 (ENSNSUG00000016045) ENSNSUG00000016044 ENSNSUG00000016042 ENSNSUG00000016041 ENSNSUG00000016039 ENSNSUG00000016038 RAB3D (ENSNSUG00000016037) TMEM205 (ENSNSUG00000016036) PLPPR2 (ENSNSUG00000016034) ENSNSUG00000016032 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.a.a.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 164 Zfp868 (ENSMOCG00000002776) Zfp964 (ENSMOCG00000003187) Zfp869 (ENSMOCG00000001013) Zfp963 (ENSMOCG00000016227) Zfp866 (ENSMOCG00000007573) Atp13a1 (ENSMOCG00000001496) ENSMOCG00000019025 ##22 Lpar2 (ENSMOCG00000014804) Pbx4 (ENSMOCG00000001326) Cilp2 (ENSMOCG00000018051) Yjefn3 (ENSMOCG00000019664) Ndufa13 (ENSMOCG00000015070) Tssk6 (ENSMOCG00000007466) Gatad2a (ENSMOCG00000001060) Mau2 (ENSMOCG00000003213) Sugp1 (ENSMOCG00000014670) Tm6sf2 (ENSMOCG00000018885) Hapln4 (ENSMOCG00000000353) Ncan (ENSMOCG00000020207) Nr2c2ap (ENSMOCG00000003423) Rfxank (ENSMOCG00000021751) ENSMOCG00000008996 Bilateria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.b ##22 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.b ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234635.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 4048 ENSPMAG00000005952 ##22