Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b	ENSGT00950000182919.C #7	ENSGT00940000161892 #8	ENSGT00940000160027 #9	ENSGT00940000157270 #10	ENSGT00940000161653 #11	ENSGT00940000161503 #12	ENSGT00940000158266 #13	ENSGT00940000161308 #14	ENSGT00940000159938 #15	ENSGT00940000161457 #16	ENSGT00940000161025 #17	ENSGT00390000001859 #19	ENSGT00940000154298.a.a #20	ENSGT00940000156582 #21	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22	ENSGT00940000156851 #25	ENSGT00910000144296	ENSGT00390000004153 #27	ENSGT00390000013474.a #28	ENSGT00730000111135 #29	ENSGT00940000162304 #30	ENSGT00390000000673.b #31	ENSGT00940000155099 #33	ENSGT00940000155436 #34	ENSGT00940000161352 #37	ENSGT00940000156075.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.b	ENSGT00940000155353	ENSGT00940000160127	ENSGT00960000192081
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b	ENSGT00950000182919.C #7	ENSGT00940000161892 #8	ENSGT00940000160027 #9	ENSGT00940000157270 #10	ENSGT00940000161653 #11	ENSGT00940000161503 #12	ENSGT00940000158266 #13	ENSGT00940000161308 #14	ENSGT00940000159938 #15	ENSGT00940000161457 #16	ENSGT00940000161025 #17	ENSGT00390000001859 #19	ENSGT00940000154298.a.a #20	ENSGT00940000156582 #21	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22	ENSGT00940000156851 #25	ENSGT00910000144296	ENSGT00390000004153 #27	ENSGT00390000013474.a #28	ENSGT00730000111135 #29	ENSGT00940000162304 #30	ENSGT00390000000673.b #31	ENSGT00940000155099 #33	ENSGT00940000155436 #34	ENSGT00940000161352 #37	ENSGT00940000156075.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.b	ENSGT00940000155353	ENSGT00940000160127	ENSGT00960000192081
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182919.C #7	ENSGT00940000161892 #8	ENSGT00940000160027 #9	ENSGT00940000157270 #10	ENSGT00940000161653 #11	ENSGT00940000161503 #12	ENSGT00940000158266 #13	ENSGT00940000161308 #14	ENSGT00940000159938 #15	ENSGT00940000161457 #16	ENSGT00940000161025 #17	ENSGT00390000001859 #19	ENSGT00940000154298.a.a #20	ENSGT00940000156582 #21	ENSGT01010000228762 #24	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22	ENSGT00940000156851 #25	ENSGT00390000004153 #27	ENSGT00390000013474.a #28	ENSGT00730000111135 #29	ENSGT00940000162304 #30	ENSGT00390000000673.b #31	ENSGT00510000046986.x.b.b.c #32	ENSGT00940000155099 #33	ENSGT00940000155436 #34	ENSGT00940000161352 #37	ENSGT00940000156075.a.a	ENSGT00940000154950.l	ENSGT01030000234646.B.a.a.b	ENSGT00940000155353	ENSGT00940000160127
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	MTX2 (ENSOARG00020000188) #7	HOXD1 (ENSOARG00020000237) #8	HOXD3 (ENSOARG00020000257) #9	HOXD4 (ENSOARG00020000275) #10	HOXD8 (ENSOARG00020000297) #11	HOXD9 (ENSOARG00020000321) #12	HOXD10 (ENSOARG00020000330) #13	hoxd11 (ENSOARG00020000346) #14	HOXD12 (ENSOARG00020000357) #15	HOXD13 (ENSOARG00020000373) #16	EVX2 (ENSOARG00020000381) #17	ENSOARG00020000394 #18	LNPK (ENSOARG00020000416) #19	ATP5MC3 (ENSOARG00020000538) #20	ATF2 (ENSOARG00020000583) #21	CHN1 (ENSOARG00020000831) #22	ENSOARG00020001216 #23	ENSOARG00020001229 #24	CHRNA1 (ENSOARG00020001273) #25	ENSOARG00020001367 #26	GPR155 (ENSOARG00020001419) #27	SCRN3 (ENSOARG00020001508) #28	CIR1 (ENSOARG00020001547) #29	SP9 (ENSOARG00020001556) #30	OLA1 (ENSOARG00020001577) #31	ENSOARG00020001636 #32	SP3 (ENSOARG00020001657) #33	CDCA7 (ENSOARG00020001710) #34	ENSOARG00020001769 #35	ENSOARG00020001776 #36	MAP3K20 (ENSOARG00020001796) #37
Goat	MODERN SPECIES	11	HOXD3 (ENSCHIG00000011624) #9	HOXD4 (ENSCHIG00000019702) #10	HOXD8 (ENSCHIG00000013371) #11	HOXD9 (ENSCHIG00000023245) #12	HOXD10 (ENSCHIG00000011771) #13	HOXD11 (ENSCHIG00000026087) #14	HOXD12 (ENSCHIG00000014734) #15	HOXD13 (ENSCHIG00000009994) #16	EVX2 (ENSCHIG00000026644) #17	ENSCHIG00000004992 #18	ENSCHIG00000025787	LNPK (ENSCHIG00000012313) #19	ENSCHIG00000018041 #20	ATF2 (ENSCHIG00000011446) #21	ENSCHIG00000012635	CHN1 (ENSCHIG00000017514) #22	CHRNA1 (ENSCHIG00000018272) #25	ENSCHIG00000009043 #26	GPR155 (ENSCHIG00000024827) #27	SCRN3 (ENSCHIG00000010523) #28	CIR1 (ENSCHIG00000023936) #29	SP9 (ENSCHIG00000012561) #30	ENSCHIG00000021711 #32	OLA1 (ENSCHIG00000024019) #31	SP3 (ENSCHIG00000024420) #33	CDCA7 (ENSCHIG00000026797) #34	MAP3K20 (ENSCHIG00000015916) #37	RAPGEF4 (ENSCHIG00000014546)	ENSCHIG00000005492	PDK1 (ENSCHIG00000012161)	ITGA6 (ENSCHIG00000013031)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182919.C #7	ENSGT00940000161892 #8	ENSGT00940000160027 #9	ENSGT00940000157270 #10	ENSGT00940000161653 #11	ENSGT00940000161503 #12	ENSGT00940000158266 #13	ENSGT00940000161308 #14	ENSGT00940000159938 #15	ENSGT00940000161457 #16	ENSGT00940000161025 #17	ENSGT00390000001859 #19	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00940000154298.a.a #20	ENSGT00940000156582 #21	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22	ENSGT00940000156851 #25	ENSGT00910000144296	ENSGT00390000004153 #27	ENSGT00390000013474.a #28	ENSGT00730000111135 #29	ENSGT00940000162304 #30	ENSGT00390000000673.b #31	ENSGT00940000155099 #33	ENSGT00940000155436 #34	ENSGT00940000161352 #37	ENSGT00940000156075.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.b	ENSGT00940000155353	ENSGT00940000160127	ENSGT00960000192081
Bos	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182919.C #7	ENSGT00940000161892 #8	ENSGT00940000160027 #9	ENSGT00940000157270 #10	ENSGT00940000161653 #11	ENSGT00940000161503 #12	ENSGT00940000158266 #13	ENSGT00940000161308 #14	ENSGT00940000159938 #15	ENSGT00940000161457 #16	ENSGT00940000161025 #17	ENSGT00390000001859 #19	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00940000154298.a.a #20	ENSGT00940000156582 #21	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22	ENSGT00940000156851 #25	ENSGT00390000004153 #27	ENSGT00390000013474.a #28	ENSGT00730000111135 #29	ENSGT00940000162304 #30	ENSGT00390000000673.b.`c #31	ENSGT00940000155099 #33	ENSGT00940000155436 #34	ENSGT00940000161352 #37	ENSGT00940000156075.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.b	ENSGT00940000155353	ENSGT00940000160127	ENSGT00960000192081	ENSGT00940000160029
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182919.C #7	ENSGT00940000161892 #8	ENSGT00940000160027 #9	ENSGT00940000157270 #10	ENSGT00940000161653 #11	ENSGT00940000161503 #12	ENSGT00940000158266 #13	ENSGT00940000161308 #14	ENSGT00940000159938 #15	ENSGT00940000161457 #16	ENSGT00940000161025 #17	ENSGT01030000234916.g.b	ENSGT00390000001859 #19	ENSGT00940000154298.a.a #20	ENSGT00940000156582 #21	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22	ENSGT00940000156851 #25	ENSGT00390000004153 #27	ENSGT00390000013474.a #28	ENSGT00730000111135 #29	ENSGT00940000162304 #30	ENSGT00940000166167.b	ENSGT00390000000673.b.`c #31	ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.b.a.a.a	ENSGT00940000155099 #33	ENSGT00940000155436 #34	ENSGT00940000161352 #37	ENSGT00940000156075.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.b	ENSGT00940000155353	ENSGT00940000160127
Cow	MODERN SPECIES	11	HOXD3 (ENSBTAG00000004835) #9	HOXD4 (ENSBTAG00000039581) #10	HOXD8 (ENSBTAG00000049845) #11	HOXD9 (ENSBTAG00000016033) #12	HOXD10 (ENSBTAG00000016030) #13	HOXD11 (ENSBTAG00000033330) #14	HOXD12 (ENSBTAG00000004314) #15	HOXD13 (ENSBTAG00000004313) #16	EVX2 (ENSBTAG00000049537) #17	ENSBTAG00000002009	ENSBTAG00000050237 #18	LNPK (ENSBTAG00000018061) #19	ENSBTAG00000031711	ATP5MC3 (ENSBTAG00000002944) #20	ATF2 (ENSBTAG00000002295) #21	CHN1 (ENSBTAG00000008028) #22	CHRNA1 (ENSBTAG00000018253) #25	WIPF1 (ENSBTAG00000001585) #26	GPR155 (ENSBTAG00000021636) #27	SCRN3 (ENSBTAG00000012966) #28	CIR1 (ENSBTAG00000038620) #29	SP9 (ENSBTAG00000014949) #30	ENSBTAG00000052569	OLA1 (ENSBTAG00000006970) #31	ENSBTAG00000053359	SP3 (ENSBTAG00000000176) #33	ENSBTAG00000050579	CDCA7 (ENSBTAG00000003458) #34	MAP3K20 (ENSBTAG00000001083) #37	RAPGEF4 (ENSBTAG00000020984)	PDK1 (ENSBTAG00000016836)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	11	HOXD1 (ENSBIXG00005030413) #8	HOXD3 (ENSBIXG00005030419) #9	HOXD8 (ENSBIXG00005030431) #11	HOXD9 (ENSBIXG00005030437) #12	HOXD10 (ENSBIXG00005005289) #13	HOXD11 (ENSBIXG00005001515) #14	HOXD12 (ENSBIXG00005001517) #15	HOXD13 (ENSBIXG00005001519) #16	EVX2 (ENSBIXG00005005288) #17	ENSBIXG00005029246	ENSBIXG00005029245 #18	LNPK (ENSBIXG00005005282) #19	ENSBIXG00005029239	ATP5MC3 (ENSBIXG00005029222) #20	ATF2 (ENSBIXG00005001719) #21	CHN1 (ENSBIXG00005001962) #22	CHRNA1 (ENSBIXG00005028981) #25	ENSBIXG00005002196 #26	GPR155 (ENSBIXG00005028873) #27	SCRN3 (ENSBIXG00005028812) #28	CIR1 (ENSBIXG00005005349) #29	SP9 (ENSBIXG00005002344) #30	ENSBIXG00005004969	OLA1 (ENSBIXG00005028684) #31	ENSBIXG00005004930	SP3 (ENSBIXG00005005344) #33	ENSBIXG00005028515	CDCA7 (ENSBIXG00005028490) #34	MAP3K20 (ENSBIXG00005028315) #37	RAPGEF4 (ENSBIXG00005028149)	PDK1 (ENSBIXG00005006953)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000182919.C #7	ENSGT00940000161892 #8	ENSGT00940000160027 #9	ENSGT00940000157270 #10	ENSGT00940000161653 #11	ENSGT00940000161503 #12	ENSGT00940000158266 #13	ENSGT00940000161308 #14	ENSGT00940000159938 #15	ENSGT00940000161457 #16	ENSGT00940000161025 #17	ENSGT00390000001859 #19	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00940000154298.a.a #20	ENSGT00940000156582 #21	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #22	ENSGT00940000156851 #25	ENSGT00390000004153 #27	ENSGT00390000013474.a #28	ENSGT00730000111135 #29	ENSGT00940000162304 #30	ENSGT00390000000673.b.`c #31	ENSGT00940000155099 #33	ENSGT00940000155436 #34	ENSGT00940000161352 #37	ENSGT00940000156075.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.b	ENSGT00940000155353	ENSGT00940000160127	ENSGT00960000192081	ENSGT00940000160029
Domestic yak	MODERN SPECIES	11	MTX2 (ENSBGRG00000017363) #7	HOXD1 (ENSBGRG00000017303) #8	HOXD3 (ENSBGRG00000017255) #9	ENSBGRG00000017167 #10	HOXD8 (ENSBGRG00000017045) #11	HOXD9 (ENSBGRG00000017014) #12	HOXD10 (ENSBGRG00000016979) #13	HOXD11 (ENSBGRG00000016923) #14	HOXD12 (ENSBGRG00000016890) #15	HOXD13 (ENSBGRG00000016836) #16	EVX2 (ENSBGRG00000016780) #17	LNPK (ENSBGRG00000016182) #19	ENSBGRG00000016132	ATP5MC3 (ENSBGRG00000016024) #20	ATF2 (ENSBGRG00000015648) #21	CHN1 (ENSBGRG00000015101) #22	CHRNA1 (ENSBGRG00000014839) #25	ENSBGRG00000014699 #26	ENSBGRG00000014674	GPR155 (ENSBGRG00000014360) #27	SCRN3 (ENSBGRG00000014271) #28	CIR1 (ENSBGRG00000014162) #29	SP9 (ENSBGRG00000014139) #30	ENSBGRG00000013728 #31	ENSBGRG00000013676	SP3 (ENSBGRG00000013570) #33	ENSBGRG00000013535	ENSBGRG00000013492	CDCA7 (ENSBGRG00000013198) #34	MAP3K20 (ENSBGRG00000013013) #37	RAPGEF4 (ENSBGRG00000012108)
Wild yak	MODERN SPECIES	1426														ATP5MC3 (ENSBMUG00000024987) #20	ATF2 (ENSBMUG00000024967) #21	CHN1 (ENSBMUG00000024898) #22	CHRNA1 (ENSBMUG00000024869) #25
American bison	MODERN SPECIES	3320	ENSBBBG00000004376	HOXD1 (ENSBBBG00000017690) #8	HOXD3 (ENSBBBG00000017682) #9	HOXD4 (ENSBBBG00000017669) #10	HOXD8 (ENSBBBG00000017657) #11	HOXD9 (ENSBBBG00000017650) #12	HOXD10 (ENSBBBG00000006962) #13	HOXD12 (ENSBBBG00000017645) #15	HOXD13 (ENSBBBG00000017641) #16	ENSBBBG00000017638	ENSBBBG00000017634 #18	LNPK (ENSBBBG00000017627) #19	ENSBBBG00000017593	ATP5MC3 (ENSBBBG00000017586) #20	ATF2 (ENSBBBG00000017564) #21	CHN1 (ENSBBBG00000004302) #22	CHRNA1 (ENSBBBG00000017301) #25	WIPF1 (ENSBBBG00000017196)	GPR155 (ENSBBBG00000017134) #27	SCRN3 (ENSBBBG00000017011) #28	CIR1 (ENSBBBG00000016992) #29	SP9 (ENSBBBG00000016959) #30	ENSBBBG00000004193 #31	SP3 (ENSBBBG00000016877) #33
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	343															ENSMMSG00000008131	CHN1 (ENSMMSG00000008149) #22	CHRNA1 (ENSMMSG00000008178) #25	ENSMMSG00000008236	WIPF1 (ENSMMSG00000008255)	GPR155 (ENSMMSG00000008338) #27	SCRN3 (ENSMMSG00000008414) #28	CIR1 (ENSMMSG00000008433) #29	SP9 (ENSMMSG00000008454) #30	ENSMMSG00000008479 #31	SP3 (ENSMMSG00000008721) #33	CDCA7 (ENSMMSG00000008759) #34	MAP3K20 (ENSMMSG00000008924) #37	RAPGEF4 (ENSMMSG00000009106)	PDK1 (ENSMMSG00000010486)	ITGA6 (ENSMMSG00000010565)	DLX2 (ENSMMSG00000010774)