Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT01050000244939.a.a.a #10	ENSGT00530000063853.a.a.b #11	ENSGT00940000158071 #12	ENSGT00940000157289.a #13	ENSGT00940000163747	ENSGT00390000014167 #14	ENSGT00940000155106 #15	ENSGT00940000155105 #16	ENSGT00390000008360	ENSGT00940000154543.b	ENSGT00940000155562 #17	ENSGT00390000004735.B.b #18	ENSGT00390000009209 #19	ENSGT00940000157354 #20	ENSGT00390000011804 #21	ENSGT00940000154150 #22	ENSGT00390000004746 #23	ENSGT00940000159347 #24	ENSGT00940000156563 #25	ENSGT00940000154519.g.b #26	ENSGT00940000154931.d #27	ENSGT00940000154573	ENSGT00390000008538	ENSGT01000000215059	ENSGT00940000156211.b	ENSGT00440000033640	ENSGT00940000162303.b	ENSGT00940000162527	ENSGT00940000162937.b	ENSGT00390000010872	ENSGT00940000159059
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT01050000244939.a.a.a #10	ENSGT00530000063853.a.a.b #11	ENSGT00940000158071 #12	ENSGT00940000157289.a #13	ENSGT00940000163747	ENSGT00390000014167 #14	ENSGT00940000155106 #15	ENSGT00940000155105 #16	ENSGT00390000008360	ENSGT00940000154543.b	ENSGT00940000155562 #17	ENSGT00390000004735.B.b #18	ENSGT00390000009209 #19	ENSGT00940000157354 #20	ENSGT00390000011804 #21	ENSGT00940000154150 #22	ENSGT00390000004746 #23	ENSGT00940000159347 #24	ENSGT00940000156563 #25	ENSGT00940000154519.g.b #26	ENSGT00940000154931.d #27	ENSGT00940000154573	ENSGT00390000008538	ENSGT00940000156211.b	ENSGT00440000033640	ENSGT00940000162303.b	ENSGT00940000162527	ENSGT00390000010872	ENSGT00940000159059	ENSGT00940000157153	ENSGT01100000263474.a.b.b.f
Guinea pig	MODERN SPECIES	38	SSR1 (ENSCPOG00000039953) #7	RREB1 (ENSCPOG00000014380) #8	LY86 (ENSCPOG00000012001) #9	F13A1 (ENSCPOG00000005276) #10	NRN1 (ENSCPOG00000021547) #11	FARS2 (ENSCPOG00000003994) #12	LYRM4 (ENSCPOG00000038899) #13	RPP40 (ENSCPOG00000005855) #14	CDYL (ENSCPOG00000005847) #15	ECI2 (ENSCPOG00000004788) #16	PRPF4B (ENSCPOG00000004775) #17	FAM50B (ENSCPOG00000000148) #18	PXDC1 (ENSCPOG00000038768) #19	SLC22A23 (ENSCPOG00000010470) #20	PSMG4 (ENSCPOG00000026747) #21	TUBB2B (ENSCPOG00000039814) #22	BPHL (ENSCPOG00000036729) #23	RIPK1 (ENSCPOG00000005195) #24	NQO2 (ENSCPOG00000033205) #25	SERPINB6 (ENSCPOG00000008254) #26	ENSCPOG00000024499 #27	ENSCPOG00000040114 #28	ENSCPOG00000037377 #29	ENSCPOG00000021276 #30	ENSCPOG00000030607 #31
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00390000018605 #9	ENSGT01050000244939.a.a.a #10	ENSGT00530000063853.a.a.b #11	ENSGT00940000158071 #12	ENSGT00940000170978	ENSGT00940000157289.a #13	ENSGT00390000014167 #14	ENSGT00940000155106 #15	ENSGT00940000155105 #16	ENSGT00390000008360	ENSGT00940000154543.b	ENSGT00940000155562 #17	ENSGT00390000009209 #19	ENSGT00940000157354 #20	ENSGT00390000011804 #21	ENSGT00940000154150 #22	ENSGT00390000004746 #23	ENSGT00940000159347 #24	ENSGT00940000156563 #25	ENSGT00940000154519.g.b #26	ENSGT00940000154931.d #27	ENSGT00940000154573	ENSGT00390000008538	ENSGT00940000156211.b	ENSGT00440000033640	ENSGT00940000162303.b	ENSGT00940000162527	ENSGT00390000010872	ENSGT00940000159059	ENSGT00940000157153
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	61	ENSODEG00000010547	PLEKHH2 (ENSODEG00000012982)	DYNC2LI1 (ENSODEG00000011054)	ABCG5 (ENSODEG00000010535)	ABCG8 (ENSODEG00000012555)	LRPPRC (ENSODEG00000011211)	ENSODEG00000019947	ENSODEG00000020039	ENSODEG00000011737	PPM1B (ENSODEG00000012106)	SLC3A1 (ENSODEG00000011768)	PREPL (ENSODEG00000012834)	ENSODEG00000019894	ENSODEG00000019899	CAMKMT (ENSODEG00000013111)	ENSODEG00000019927 #22	ENSODEG00000019924	SIX3 (ENSODEG00000011611)	SIX2 (ENSODEG00000011970)	ENSODEG00000012336	SRBD1 (ENSODEG00000012095)	PRKCE (ENSODEG00000011779)	EPAS1 (ENSODEG00000011675)	RHOQ (ENSODEG00000012565)	ENSODEG00000013963	ENSODEG00000011714	SOCS5 (ENSODEG00000019978)	ENSODEG00000011724	TTC7A (ENSODEG00000011584)	STPG4 (ENSODEG00000012221)	CALM2 (ENSODEG00000013273)
Degu	MODERN SPECIES	64	NRN1 (ENSODEG00000006426) #11	FARS2 (ENSODEG00000006881) #12	ENSODEG00000019555	LYRM4 (ENSODEG00000005678) #13	ENSODEG00000006170 #14	CDYL (ENSODEG00000006073) #15	ENSODEG00000019345	ECI2 (ENSODEG00000007068) #16	FAM217A (ENSODEG00000006489)	PRPF4B (ENSODEG00000006156) #17	PXDC1 (ENSODEG00000006864) #19	SLC22A23 (ENSODEG00000007173) #20	PSMG4 (ENSODEG00000006109) #21	ENSODEG00000006987 #22	ENSODEG00000006037	TUBB2A (ENSODEG00000006689) #22	BPHL (ENSODEG00000008397) #23	RIPK1 (ENSODEG00000007668) #24	NQO2 (ENSODEG00000006400) #25	SERPINB6 (ENSODEG00000008291) #26	ENSODEG00000006244 #27	ENSODEG00000006648	ENSODEG00000006906 #27	SERPINB1 (ENSODEG00000010241)	WRNIP1 (ENSODEG00000006805)	MYLK4 (ENSODEG00000006897)	GMDS (ENSODEG00000009960)	ENSODEG00000007557	FOXC1 (ENSODEG00000006912)	FOXF2 (ENSODEG00000007607)	EXOC2 (ENSODEG00000006797)
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	64	LY86 (ENSODEG00000005843) #9	F13A1 (ENSODEG00000006301) #10	NRN1 (ENSODEG00000006426) #11	FARS2 (ENSODEG00000006881) #12	ENSODEG00000019555	LYRM4 (ENSODEG00000005678) #13	ENSODEG00000006170 #14	CDYL (ENSODEG00000006073) #15	ENSODEG00000019345	ECI2 (ENSODEG00000007068) #16	FAM217A (ENSODEG00000006489)	PRPF4B (ENSODEG00000006156) #17	PXDC1 (ENSODEG00000006864) #19	SLC22A23 (ENSODEG00000007173) #20	PSMG4 (ENSODEG00000006109) #21	ENSODEG00000006987 #22	ENSODEG00000006037	TUBB2A (ENSODEG00000006689) #22	BPHL (ENSODEG00000008397) #23	RIPK1 (ENSODEG00000007668) #24	NQO2 (ENSODEG00000006400) #25	SERPINB6 (ENSODEG00000008291) #26	ENSODEG00000006244 #27	ENSODEG00000006648	ENSODEG00000006906 #27	SERPINB1 (ENSODEG00000010241)	WRNIP1 (ENSODEG00000006805)	MYLK4 (ENSODEG00000006897)	GMDS (ENSODEG00000009960)	ENSODEG00000007557	FOXC1 (ENSODEG00000006912)
Degu	MODERN SPECIES	62	HSCB (ENSODEG00000017352)	XBP1 (ENSODEG00000017362)	ZNRF3 (ENSODEG00000017168)	KREMEN1 (ENSODEG00000017265)	ENSODEG00000020526	EMID1 (ENSODEG00000017465)	ENSODEG00000017244	RHBDD3 (ENSODEG00000017373)	ENSODEG00000017496	GAS2L1 (ENSODEG00000017194)	RASL10A (ENSODEG00000017393)	AP1B1 (ENSODEG00000017338)	NEFH (ENSODEG00000017433)	ENSODEG00000017650	NIPSNAP1 (ENSODEG00000017189)	ENSODEG00000017494 #22	NF2 (ENSODEG00000017517)	CABP7 (ENSODEG00000017415)	ZMAT5 (ENSODEG00000017389)	ENSODEG00000017651	ASCC2 (ENSODEG00000017546)	ENSODEG00000017520	ENSODEG00000017459	KIF21A (ENSODEG00000017431)	ENSODEG00000017452	CPNE8 (ENSODEG00000017711)	ENSODEG00000020455	ENSODEG00000017594	SYT10 (ENSODEG00000017446)
Long-tailed chinchilla	DUPLICATION
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Naked mole-rat female	DUPLICATION
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