Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000156820.a.a #8 ENSGT00530000063335.B.a.b #9 ENSGT00940000158634 #10 ENSGT00390000005811 #11 ENSGT00940000156639 #12 ENSGT00390000015476.d.b #13 ENSGT00390000005250 #14 ENSGT00940000158126 #15 ENSGT00940000163353 ENSGT00640000091523 #16 ENSGT00940000155876 #17 ENSGT00940000154886.a.a #18 ENSGT00940000156489.n #19 ENSGT00940000160420 #20 ENSGT00940000156282.a.a #21 ENSGT00940000154821.b #22 ENSGT00520000061590 ENSGT00940000155460 #23 ENSGT00940000157438 #24 ENSGT00390000015757 #25 ENSGT01050000244879.a.a.b #26 ENSGT00940000156896 #27 ENSGT00940000155397.b #29 ENSGT00900000143153 #28 ENSGT00530000063821.b.b #31 ENSGT00940000160907 #30 ENSGT00390000013443.d #32 ENSGT00940000155120 #33 ENSGT00530000063404.a.c.a #34 ENSGT00940000155640 #35 ENSGT00940000154434.b #36 Hystricomorpha_a DUPLICATION Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00940000156820.a.a #8 ENSGT00530000063335.B.a.b #9 ENSGT00940000158634 #10 ENSGT00390000005811 #11 ENSGT00940000156639 #12 ENSGT00390000015476.d.b #13 ENSGT00390000005250 #14 ENSGT00940000158126 #15 ENSGT00940000163353 ENSGT00640000091523 #16 ENSGT00940000155876 #17 ENSGT00940000154886.a.a #18 ENSGT00940000156489.n #19 ENSGT00940000160420 #20 ENSGT00940000156282.a.a #21 ENSGT00940000154821.b.d #22 ENSGT00520000061590 ENSGT00940000155460 #23 ENSGT00940000157438 #24 ENSGT00390000015757 #25 ENSGT01050000244879.a.a.b #26 ENSGT00940000156896 #27 ENSGT00900000143153 #28 ENSGT00940000155397.b #29 ENSGT00530000063821.b.b #31 ENSGT00940000160907 #30 ENSGT00390000013443.d #32 ENSGT00940000155120 #33 ENSGT00530000063404.a.c.a #34 ENSGT00940000155640 #35 ENSGT00940000154434.b #36 Guinea pig MODERN SPECIES 21 PTAR1 (ENSCPOG00000008368) #7 APBA1 (ENSCPOG00000032780) #8 ENTREP1 (ENSCPOG00000003236) #9 TJP2 (ENSCPOG00000021062) #10 FXN (ENSCPOG00000004293) #11 PIP5K1B (ENSCPOG00000004288) #12 PABIR1 (ENSCPOG00000003280) #13 TMEM252 (ENSCPOG00000013771) #14 PGM5 (ENSCPOG00000015031) #15 ENSCPOG00000019718 #16 DOCK8 (ENSCPOG00000008366) #17 KANK1 (ENSCPOG00000008389) #18 DMRT1 (ENSCPOG00000005909) #19 DMRT3 (ENSCPOG00000005912) #20 DMRT2 (ENSCPOG00000008452) #21 SMARCA2 (ENSCPOG00000005475) #22 VLDLR (ENSCPOG00000007685) #23 KCNV2 (ENSCPOG00000032893) #24 ENSCPOG00000008552 #25 RFX3 (ENSCPOG00000000900) #26 GLIS3 (ENSCPOG00000005523) #27 ENSCPOG00000030794 #28 SLC1A1 (ENSCPOG00000011151) #29 PLPP6 (ENSCPOG00000012931) #30 SPATA6L (ENSCPOG00000012925) #31 CDC37L1 (ENSCPOG00000030938) #32 AK3 (ENSCPOG00000011927) #33 RCL1 (ENSCPOG00000015354) #34 JAK2 (ENSCPOG00000014653) #35 INSL6 (ENSCPOG00000002694) #36 ENSCPOG00000001365 #37 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00940000156820.a.a #8 ENSGT00530000063335.B.a.b #9 ENSGT00940000158634 #10 ENSGT00390000005811 #11 ENSGT00940000156639 #12 ENSGT00390000015476.d.b #13 ENSGT00390000005250 #14 ENSGT00940000158126 #15 ENSGT00940000163353 ENSGT00640000091523 #16 ENSGT00940000155876 #17 ENSGT00940000154886.a.a #18 ENSGT00940000156489.n #19 ENSGT00940000160420 #20 ENSGT00940000156282.a.a #21 ENSGT00940000154821.b.d #22 ENSGT00520000061590 ENSGT00940000155460 #23 ENSGT00940000157438 #24 ENSGT00390000015757 #25 ENSGT01050000244879.a.a.b #26 ENSGT00940000156896 #27 ENSGT00940000155397.b #29 ENSGT00900000143153 #28 ENSGT00530000063821.b.b #31 ENSGT00940000160907 #30 ENSGT00390000013443.d #32 ENSGT00940000155120 #33 ENSGT00530000063404.a.c.a #34 ENSGT00940000155640 #35 ENSGT00940000154434.b #36 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 141 PTAR1 (ENSCLAG00000008830) #7 APBA1 (ENSCLAG00000006043) #8 ENTREP1 (ENSCLAG00000007506) #9 TJP2 (ENSCLAG00000012841) #10 FXN (ENSCLAG00000009225) #11 PIP5K1B (ENSCLAG00000011292) #12 TMEM252 (ENSCLAG00000005523) #14 PGM5 (ENSCLAG00000005854) #15 ENSCLAG00000006762 ENSCLAG00000005076 #16 DOCK8 (ENSCLAG00000005204) #17 KANK1 (ENSCLAG00000015509) #18 DMRT1 (ENSCLAG00000015238) #19 DMRT3 (ENSCLAG00000015537) #20 DMRT2 (ENSCLAG00000006168) #21 SMARCA2 (ENSCLAG00000014484) #22 VLDLR (ENSCLAG00000007543) #23 KCNV2 (ENSCLAG00000013226) #24 PUM3 (ENSCLAG00000011892) #25 RFX3 (ENSCLAG00000009044) #26 GLIS3 (ENSCLAG00000008116) #27 ENSCLAG00000009238 SLC1A1 (ENSCLAG00000009832) #29 ENSCLAG00000009476 #28 SPATA6L (ENSCLAG00000010497) #31 PLPP6 (ENSCLAG00000017735) #30 CDC37L1 (ENSCLAG00000005805) #32 AK3 (ENSCLAG00000006329) #33 RCL1 (ENSCLAG00000007445) #34 JAK2 (ENSCLAG00000005091) #35 INSL6 (ENSCLAG00000007423) #36 Degu MODERN SPECIES 128 FXN (ENSODEG00000003413) #11 PIP5K1B (ENSODEG00000003585) #12 ENSODEG00000003739 PABIR1 (ENSODEG00000019013) #13 TMEM252 (ENSODEG00000003841) #14 PGM5 (ENSODEG00000003917) #15 ENSODEG00000003983 #16 ENSODEG00000004467 #17 ENSODEG00000004602 #17 ENSODEG00000004711 #17 ENSODEG00000004719 KANK1 (ENSODEG00000004766) #18 DMRT1 (ENSODEG00000004898) #19 DMRT3 (ENSODEG00000004984) #20 DMRT2 (ENSODEG00000004992) #21 SMARCA2 (ENSODEG00000005452) #22 ENSODEG00000006378 ENSODEG00000003492 #23 KCNV2 (ENSODEG00000003536) #24 ENSODEG00000003625 #25 RFX3 (ENSODEG00000003682) #26 GLIS3 (ENSODEG00000003731) #27 SLC1A1 (ENSODEG00000003884) #29 ENSODEG00000003949 #28 SPATA6L (ENSODEG00000004066) #31 PLPP6 (ENSODEG00000019026) #30 CDC37L1 (ENSODEG00000004185) #32 ENSODEG00000004121 #33 RCL1 (ENSODEG00000004151) ##34 JAK2 (ENSODEG00000004208) #35 ENSODEG00000004220 Hystricomorpha_a DUPLICATION Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154821.b.c.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154821.b.c.a ##22 Degu MODERN SPECIES 257 NEK3 (ENSODEG00000001087) CKAP2 (ENSODEG00000001025) VPS36 (ENSODEG00000000909) THSD1 (ENSODEG00000000849) ENSODEG00000000791 ENSODEG00000000772 ENSODEG00000000759 ENSODEG00000000752 FOXO1 (ENSODEG00000000747) ENSODEG00000000728 ENSODEG00000000717 ##22 COG6 (ENSODEG00000003859) LHFPL6 (ENSODEG00000003836) ENSODEG00000003473 PROSER1 (ENSODEG00000003365) ENSODEG00000003312 ENSODEG00000003298 ENSODEG00000003236 TWSG1 (ENSODEG00000003220) RALBP1 (ENSODEG00000001763) PPP4R1 (ENSODEG00000001319) RAB31 (ENSODEG00000001085) VAPA (ENSODEG00000001065) APCDD1 (ENSODEG00000001023) ENSODEG00000000963 PIEZO2 (ENSODEG00000000546) Guinea pig MODERN SPECIES 13 ENSCPOG00000031141 ENSCPOG00000034500 TRDC (ENSCPOG00000000844) ENSCPOG00000033000 ENSCPOG00000040263 OR4E2 (ENSCPOG00000026054) OR10G2 (ENSCPOG00000039240) SALL2 (ENSCPOG00000040220) METTL3 (ENSCPOG00000002545) TOX4 (ENSCPOG00000025504) RAB2B (ENSCPOG00000026575) CHD8 (ENSCPOG00000002538) SUPT16H (ENSCPOG00000002534) RPGRIP1 (ENSCPOG00000002526) ENSCPOG00000001474 ENSCPOG00000035385 ##22 TMEM253 (ENSCPOG00000031716) ZNF219 (ENSCPOG00000022085) ARHGEF40 (ENSCPOG00000012862) ENSCPOG00000034881 RNASE13 (ENSCPOG00000019970) TPPP2 (ENSCPOG00000023279) NDRG2 (ENSCPOG00000002625) ENSCPOG00000031550 ENSCPOG00000027335 ENSCPOG00000035683 ENSCPOG00000031798 ENSCPOG00000038384 ENSCPOG00000026584 ENSCPOG00000036707 OR6S1 (ENSCPOG00000011915) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154821.b.c.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154821.b.c.b ##22 Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 76 ENSODEG00000015493 UPK3B (ENSODEG00000015729) DTX2 (ENSODEG00000015332) ENSODEG00000016251 SSC4D (ENSODEG00000015613) YWHAG (ENSODEG00000016579) HSPB1 (ENSODEG00000015698) ENSODEG00000016162 SRRM3 (ENSODEG00000015988) ENSODEG00000015859 ENSODEG00000020351 STYXL1 (ENSODEG00000015904) TMEM120A (ENSODEG00000015559) POR (ENSODEG00000015517) RHBDD2 (ENSODEG00000016225) ENSODEG00000015918 ##22 ENSODEG00000015707 ENSODEG00000020305 CCL24 (ENSODEG00000015142) HIP1 (ENSODEG00000016265) ENSODEG00000015346 NSUN5 (ENSODEG00000015132) TRIM50 (ENSODEG00000015712) FKBP6 (ENSODEG00000016257) FZD9 (ENSODEG00000020544) BAZ1B (ENSODEG00000015361) BCL7B (ENSODEG00000015813) TBL2 (ENSODEG00000016440) MLXIPL (ENSODEG00000015218) ENSODEG00000015421 DNAJC30 (ENSODEG00000015782) Degu MODERN SPECIES 53 CDKN1B (ENSODEG00000012537) GPR19 (ENSODEG00000013191) CREBL2 (ENSODEG00000009860) ENSODEG00000019647 DUSP16 (ENSODEG00000009500) ENSODEG00000008969 MANSC1 (ENSODEG00000009259) LRP6 (ENSODEG00000008930) BCL2L14 (ENSODEG00000008991) ETV6 (ENSODEG00000009759) ENSODEG00000009522 ENSODEG00000008835 ENSODEG00000010368 ENSODEG00000009595 ENSODEG00000010351 ENSODEG00000009496 ##22 ENSODEG00000009605 ENSODEG00000009202 CLEC12B (ENSODEG00000009413) CLEC1B (ENSODEG00000009886) CLEC1A (ENSODEG00000009200) CLEC7A (ENSODEG00000008833) TMEM52B (ENSODEG00000010426) GABARAPL1 (ENSODEG00000010037) ENSODEG00000009587 KLRD1 (ENSODEG00000010635) Degu MODERN SPECIES 47 ENSODEG00000007912 CC2D2A (ENSODEG00000008363) FBXL5 (ENSODEG00000009798) BST1 (ENSODEG00000008525) CD38 (ENSODEG00000008127) PROM1 (ENSODEG00000011756) TAPT1 (ENSODEG00000007601) LDB2 (ENSODEG00000010335) QDPR (ENSODEG00000009810) CLRN2 (ENSODEG00000009531) ENSODEG00000008724 MED28 (ENSODEG00000010235) FAM184B (ENSODEG00000008017) NCAPG (ENSODEG00000007988) ENSODEG00000007625 ENSODEG00000007550 ##22 SLIT2 (ENSODEG00000011554) ENSODEG00000009142 KCNIP4 (ENSODEG00000009132) ADGRA3 (ENSODEG00000008912) GBA3 (ENSODEG00000007983) ENSODEG00000008409 ENSODEG00000008891 ENSODEG00000008421 LGI2 (ENSODEG00000009206) SEPSECS (ENSODEG00000010607) PI4K2B (ENSODEG00000008999) ENSODEG00000007449 ENSODEG00000006972 ENSODEG00000019525 SLC34A2 (ENSODEG00000010839) Degu MODERN SPECIES 48 ENSODEG00000013469 SLC10A1 (ENSODEG00000013278) ENSODEG00000014061 SMOC1 (ENSODEG00000012836) ENSODEG00000014278 SLC8A3 (ENSODEG00000013865) SYNJ2BP (ENSODEG00000014092) FLVCR2 (ENSODEG00000013854) ERG28 (ENSODEG00000013861) ENSODEG00000012504 ENSODEG00000013591 TGFB3 (ENSODEG00000013103) IFT43 (ENSODEG00000013768) ENSODEG00000012743 GPATCH2L (ENSODEG00000013474) ENSODEG00000013347 ##22 ESRRB (ENSODEG00000013419) VASH1 (ENSODEG00000012506) ENSODEG00000019977 ANGEL1 (ENSODEG00000012416) LRRC74A (ENSODEG00000013756) CIPC (ENSODEG00000012302) ZDHHC22 (ENSODEG00000016163) TMEM63C (ENSODEG00000013078) ENSODEG00000011875 ENSODEG00000014820 POMT2 (ENSODEG00000012188) GSTZ1 (ENSODEG00000012019) TMED8 (ENSODEG00000012850) NOXRED1 (ENSODEG00000013652) VIPAS39 (ENSODEG00000013197) Degu MODERN SPECIES 173 ENSODEG00000019887 PRXL2A (ENSODEG00000012446) TSPAN14 (ENSODEG00000010478) SH2D4B (ENSODEG00000013141) NRG3 (ENSODEG00000011562) ENSODEG00000012959 ENSODEG00000011340 ENSODEG00000012481 CDHR1 (ENSODEG00000010766) LRIT2 (ENSODEG00000011609) LRIT1 (ENSODEG00000012611) RGR (ENSODEG00000011393) CCSER2 (ENSODEG00000010793) GRID1 (ENSODEG00000011958) ENSODEG00000011516 ENSODEG00000019892 ##22 ENSODEG00000011721 OPN4 (ENSODEG00000011887) ENSODEG00000011383 ENSODEG00000019882 BMPR1A (ENSODEG00000011436) ENSODEG00000012425 SNCG (ENSODEG00000012548) ENSODEG00000012123 ENSODEG00000011593 SHLD2 (ENSODEG00000012114) ENSODEG00000020251 ENSODEG00000011514 ZNF488 (ENSODEG00000011943) RBP3 (ENSODEG00000012586) GDF2 (ENSODEG00000012030) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 3 TMEM252 (ENSHGLG00000033131) 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