Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950 #22
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	558												ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	127								ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00730000111880	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000157910	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	85								ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00940000157910	ENSGT00950000182920.b.a.b.a.a	ENSGT00390000008250	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	116						ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000162423	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	385												ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000157370.a #24
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	201						ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT01030000235123	ENSGT01030000235336	ENSGT01060000248998	ENSGT00940000177950	ENSGT00940000155951.b #32	ENSGT00940000155951.a #33	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00940000160368 #35	ENSGT00940000166038
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	149	ENSGT01100000263512.a.a.b.a	ENSGT00940000155201.d #7	ENSGT00950000182936.a.a.b.b #8	ENSGT00940000155694.h #9	ENSGT00940000154895.a.a #10	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00950000183109.d.e.b #14	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT01030000235123	ENSGT01030000235336	ENSGT01060000248998	ENSGT00940000155598.b.m.b #31	ENSGT00940000155951.b #32	ENSGT00940000155951.a #33	ENSGT00390000011365.b.w.b #34	ENSGT00940000160368 #35	ENSGT00390000013285.h #36
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	164	ENSGT00940000155201.d #7	ENSGT00950000182936.a.a.b.b #8	ENSGT00940000155694.h #9	ENSGT00940000154895.a.a #10	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00950000183109.d.e.b #14	ENSGT00990000204454 #15	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00930000151042.w #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00390000005844.a.a #29	ENSGT00940000153942.b #30	ENSGT00940000155598.b.m.b #31	ENSGT00940000155951.b #32	ENSGT00940000155951.a #33	ENSGT00390000011365.b.w.b #34	ENSGT00940000160368 #35	ENSGT00390000013285.h #36	ENSGT00940000157103 #37
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	193									ENSGT00990000204454 #15	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00930000151042.w #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00390000005844.a.a #29	ENSGT00940000167699 #28
Channel catfish	MODERN SPECIES	6	ENSIPUG00000002781	rnf146 (ENSIPUG00000002813)	ENSIPUG00000002818	ENSIPUG00000002826	ELOVL4 (ENSIPUG00000002837)	tent5ab (ENSIPUG00000002850)	tcp1 (ENSIPUG00000002853)	PRSS35 (ENSIPUG00000002875)	ENSIPUG00000002888	prelid1b (ENSIPUG00000002915) #16	ENSIPUG00000002950 #17	ENSIPUG00000003098 #18	ddx58 (ENSIPUG00000003114) #19	ENSIPUG00000003179 #20	ENSIPUG00000003183 #21	AIMP1 (ENSIPUG00000003203) #22	ENSIPUG00000003218 #23	sgms2b (ENSIPUG00000003241) #24	cfi (ENSIPUG00000003259) #25	ENSIPUG00000003339 #26	ENSIPUG00000003363 #27	ENSIPUG00000003374 #29	MEPCE (ENSIPUG00000003387)	zgc:158659 (ENSIPUG00000003405)	ENSIPUG00000003441 ##31	tec (ENSIPUG00000003515) #32	ENSIPUG00000003538 #33	g3bp2 (ENSIPUG00000003561) #34	ENSIPUG00000003594 #36	ENSIPUG00000003611	CORIN (ENSIPUG00000003632) #37
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	207									ENSGT00990000204454.a #15	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00990000205111	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00930000151042.w #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00390000005844.a.a #29	ENSGT00940000167699 #28
Electric eel	MODERN SPECIES	834										ENSEEEG00000019131 #36	ENSEEEG00000018869	ENSEEEG00000018856 #15	ENSEEEG00000018854 #17	ENSEEEG00000018847 #19	ENSEEEG00000018844 #21	aimp1b (ENSEEEG00000018843) #22	ENSEEEG00000018842
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	266									ENSGT00990000204454.a #15	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT01100000263547.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00930000151042.w #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00390000005844.a.a #29	ENSGT00940000167699 #28
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	904													ENSPNAG00000003580 #20	ENSPNAG00000019181 #21	ENSPNAG00000019198	aimp1b (ENSPNAG00000003584) #22	ENSPNAG00000019247	ENSPNAG00000019265	ENSPNAG00000019280 ##25	sgms2b (ENSPNAG00000019300) #24	ENSPNAG00000019329 #25	ENSPNAG00000019456 #26
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	698									ENSAMXG00000006799 #15	prelid1b (ENSAMXG00000015346) #16	ENSAMXG00000015515 #17	ENSAMXG00000036211 #18	ENSAMXG00000015795 #19	ENSAMXG00000042472 #20	ENSAMXG00000016063 #21	aimp1b (ENSAMXG00000016160) #22	ENSAMXG00000016189	ENSAMXG00000034927	sgms2b (ENSAMXG00000037894) #24	CFI (ENSAMXG00000016365) #25	ENSAMXG00000016479 #26	ENSAMXG00000037343 #27	ENSAMXG00000040791 #29	ENSAMXG00000016573 #28	ENSAMXG00000029624
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	121	ENSGT00940000155201.d #7	ENSGT00950000182936.a.a.b.b #8	ENSGT00940000155694.h #9	ENSGT00940000154895.a.a #10	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00950000183109.d.e.b #14	ENSGT00990000204454 #15	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00930000151042.w #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT01060000248726	ENSGT01100000263547.a.a.a.d.b
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	433									ENSGT00950000183109.d.e.b.j #14	ENSGT00950000182810.B.b.a.b.h #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d.e #18	ENSGT00940000153173.a.e #19	ENSGT00940000154108.b.a.b.i.a #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000157370.a.a #24	ENSGT00930000151042.w.c #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a.i #26	ENSGT00940000154706.rb.a.b.a.a #27	ENSGT00940000153942.b.k #30	ENSGT00390000005844.a.a #29	ENSGT00940000154737.d.g.b	ENSGT00940000154466.bc.a	ENSGT00390000011553	ENSGT01030000234598.a.a.b	ENSGT01060000253730	ENSGT00940000155128.a.b.a.a	ENSGT00940000161400.o	ENSGT00940000167671.b	ENSGT01100000263484.C.b.b
Goldfish	MODERN SPECIES	42	pfn1 (ENSCARG00000045144)	trappc1 (ENSCARG00000045162)	psmb6 (ENSCARG00000045178)	ENSCARG00000045204	actl6b (ENSCARG00000046153)	ENSCARG00000046473	ENSCARG00000046517	ENSCARG00000046525	MEPCE (ENSCARG00000046539)	ENSCARG00000046556 ##31	tec (ENSCARG00000046631) #32	ENSCARG00000047154 #33	g3bp2b (ENSCARG00000047407) #34	ENSCARG00000047510 #36	CORIN (ENSCARG00000047657) #37	aimp1b (ENSCARG00000047730) #22	sgms2b (ENSCARG00000018166) #24	ENSCARG00000018179	ENSCARG00000018208 #25	ENSCARG00000018231 #26	ENSCARG00000018517 #27	ENSCARG00000018527 #29	ENSCARG00000018538	ENSCARG00000018568	ctc1 (ENSCARG00000018571)	tfr2 (ENSCARG00000018584)	ENSCARG00000018601	ENSCARG00000018621	ENSCARG00000018632	ENSCARG00000018639	ENSCARG00000018645 #25
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	235	ENSGT00940000164952	ENSGT00940000155473.c.a.e	ENSGT00940000169945.a	ENSGT00940000177895.a	ENSGT00930000151815	ENSGT00940000154895.a.a.f #10	ENSGT00530000063713.b.b.d #11	ENSGT00940000165075.b.b #12	ENSGT00950000183109.d.e.b.j #14	ENSGT00950000182810.B.b.a.b.h #16	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d.e #18	ENSGT00940000153173.a.e #19	ENSGT00940000154108.b.a.b.i.a #20	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000157370.a.a #24	ENSGT00930000151042.w.c #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a.i #26	ENSGT00940000154706.rb.a.b.a.a #27	ENSGT00390000005844.a.a.gd #29	ENSGT00940000154737.d.h	ENSGT00940000154737.d.g.b	ENSGT00940000154466.bc.a	ENSGT00390000011553	ENSGT01030000234598.a.a.b	ENSGT01060000253730	ENSGT00940000155128.a.b.a.a	ENSGT00940000165297.l	ENSGT01030000234558.A.a.a.a	ENSGT01030000234535.A.h.a.a.b
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1293															ENSSGRG00000007897 #20	aimp1b (ENSSGRG00000007898) #22	sgms2b (ENSSGRG00000007915) #24	sgms2b (ENSSGRG00000007918) #24	sgms2b (ENSSGRG00000007922) #24	ENSSGRG00000007934 #25	ENSSGRG00000007939 #25	ENSSGRG00000007941 #26	ENSSGRG00000007948 #27	ENSSGRG00000007949 #29	ENSSGRG00000007950	tfr2 (ENSSGRG00000007951)	ENSSGRG00000007953	ENSSGRG00000007954	ENSSGRG00000007955
Zebrafish	MODERN SPECIES	15	VDR (ENSDARG00000112923)	ENSDARG00000033955	ednrab (ENSDARG00000062262)	ENSDARG00000102585 #8	ENSDARG00000102845 ##10	ENSDARG00000076310 #11	egr4 (ENSDARG00000077799) #12	cyp17a2 (ENSDARG00000053966) #13	ENSDARG00000092260 #14	ENSDARG00000101212 #15	prelid1b (ENSDARG00000044169) #16	ENSDARG00000095843	ENSDARG00000095817	ccn1 (ENSDARG00000023062)	ENSDARG00000100797 #21	aimp1b (ENSDARG00000036894) #22	sgms2b (ENSDARG00000036897) #24	ENSDARG00000099425 #25	ENSDARG00000100962 #26	ENSDARG00000077405 #27	ENSDARG00000027381 #28	ENSDARG00000039900	sh3gl2b (ENSDARG00000039901)	hmgb2b (ENSDARG00000053990)	ctc1 (ENSDARG00000070119)	tfr2 (ENSDARG00000103727)	ENSDARG00000095861	ENSDARG00000095962	ENSDARG00000095963	plod3 (ENSDARG00000076317)	st8sia7.1 (ENSDARG00000054211)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	267															ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00990000205111	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000155598.b.m.a ##31	ENSGT00940000155951.b #32	ENSGT00940000155951.a #33	ENSGT00390000011365.b.w.b #34	ENSGT00940000160368 #35	ENSGT00390000013285.h #36	ENSGT00940000157103 #37	ENSGT00940000157059	ENSGT00940000156074.a.a	ENSGT01030000234598.a.a.b
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	107															ENSDCDG00000013633 #17	aimp1b (ENSDCDG00000013630) #22	CNGA1 (ENSDCDG00000013625)	NFXL1 (ENSDCDG00000013414)	CORIN (ENSDCDG00000012449) #37	f13a1b (ENSDCDG00000010893)	ENSDCDG00000010868
Denticle herring	MODERN SPECIES	287		manba (ENSDCDG00000019504)	ahi1 (ENSDCDG00000019513)	slc18b1 (ENSDCDG00000019549)	abcg2a (ENSDCDG00000019876)	anapc10 (ENSDCDG00000020530)	ENSDCDG00000020532	slc10a7 (ENSDCDG00000020537)	ednrab (ENSDCDG00000020551)	FHIP1A (ENSDCDG00000020635) #8	DCLK2 (ENSDCDG00000020638) #10	cyp17a2 (ENSDCDG00000020779) #13	egr4 (ENSDCDG00000020894) #12	ENSDCDG00000020898 #14	ENSDCDG00000020906 #17	aimp1b (ENSDCDG00000020919) #22	CNGA1 (ENSDCDG00000020923)	NFXL1 (ENSDCDG00000020927)	CORIN (ENSDCDG00000021046) #37	f13a1b (ENSDCDG00000021470)	ENSDCDG00000021679	ENSDCDG00000021681	tex261 (ENSDCDG00000021685)	ENSDCDG00000021698
Atlantic herring	MODERN SPECIES	9	ENSCHAG00000001900	ENSCHAG00000002023	ENSCHAG00000002042	ENSCHAG00000002066	ENSCHAG00000002084	ENSCHAG00000002121	ednrab (ENSCHAG00000002158)	ENSCHAG00000003316	ednrab (ENSCHAG00000003519)	ENSCHAG00000003830 #8	ENSCHAG00000003922 #10	ENSCHAG00000004264 #17	ENSCHAG00000004432 #14	cyp17a2 (ENSCHAG00000004503) #13	ENSCHAG00000007242 #21	aimp1b (ENSCHAG00000007267) #22	ENSCHAG00000007420	sgms2b (ENSCHAG00000007453) #24	ENSCHAG00000007461	ENSCHAG00000007475 #25	ENSCHAG00000007625	ENSCHAG00000007650 #26	ENSCHAG00000008213 #27	ENSCHAG00000008284	ENSCHAG00000008280	ENSCHAG00000008237	ENSCHAG00000008302 #29	ENSCHAG00000008321	ENSCHAG00000008509 ##31	ENSCHAG00000008610 #32	ENSCHAG00000009348 #33
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	217									ENSGT01060000248726	ENSGT01030000235123	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00390000013285.h #36	ENSGT00940000155512.q.b	ENSGT00940000157103 #37	ENSGT00940000157059	ENSGT00940000156074.a.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000165075.b #12
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	188			ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000156074.a.a	ENSGT00940000157059	ENSGT00940000157103 #37	ENSGT00390000013285.h #36	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00940000174394	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01030000235123	ENSGT01060000248726
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00500000046195	ENSGT00940000162467.a.b	ENSGT00940000160105	ENSGT00390000005544	ENSGT00390000005492.c	ENSGT00390000013285.h #36	ENSGT00940000157103 #37	ENSGT00940000157059	ENSGT00940000156074.a.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000167339	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00940000174394	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01030000235123	ENSGT01060000248726
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000162467.a.b	ENSGT00940000160105	ENSGT00390000005544	ENSGT00390000005492.c	ENSGT00390000013285.h #36	ENSGT00940000157103 #37	ENSGT00940000157059.x	ENSGT00940000156074.a.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000167339	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00940000174394	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01030000235123	ENSGT01060000248726
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	506	sqstm1 (ENSHCOG00000013492)	ENSHCOG00000013454	ENSHCOG00000000845	ENSHCOG00000013405	rnf130 (ENSHCOG00000013401)	F2RL3 (ENSHCOG00000013396)	exosc3 (ENSHCOG00000013389)	ENSHCOG00000000581	ENSHCOG00000013223	EBF4 (ENSHCOG00000013199)	KCNJ10 (ENSHCOG00000012863)	ENSHCOG00000012821	ENSHCOG00000012806	ENSHCOG00000012781	sgms2b (ENSHCOG00000012755) #24	aimp1b (ENSHCOG00000000370) #22	ENSHCOG00000012693 #25	ENSHCOG00000012673 #26	ENSHCOG00000012670 #27	wdr55 (ENSHCOG00000012660)	ENSHCOG00000012642	actn3a (ENSHCOG00000012609)	rbm14b (ENSHCOG00000012571)	ccs (ENSHCOG00000012499)	GAL3ST3 (ENSHCOG00000012476)	ENSHCOG00000012455	ADISSP (ENSHCOG00000012426)	vax2 (ENSHCOG00000012416)	tex261 (ENSHCOG00000012400)	f13a1b (ENSHCOG00000012373)	trmt10b (ENSHCOG00000012351)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01100000263536.B.d	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000164868.C.c.a	ENSGT00940000168653.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927
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Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	163	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000153582.a.n	ENSGT00940000164868.C.d	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000161319	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01030000235123	ENSGT01060000248726	ENSGT00390000005844.a.a #29	ENSGT01050000245532
Orange clownfish	MODERN SPECIES	15	ENSAPEG00000019632	ENSAPEG00000019613 #18	ENSAPEG00000019598 #20	prelid1b (ENSAPEG00000019575) #16	ENSAPEG00000018967	ENSAPEG00000018896 ##14	cyp17a2 (ENSAPEG00000018860) #13	ENSAPEG00000018846 #12	ENSAPEG00000018747 #11	ENSAPEG00000018715	ENSAPEG00000018703	ENSAPEG00000018689	ENSAPEG00000018660	ENSAPEG00000018595 #24	ENSAPEG00000018588	aimp1b (ENSAPEG00000018575) #22	ENSAPEG00000018553 #23	ENSAPEG00000018526	ENSAPEG00000018476 #25	ENSAPEG00000018439 #25	ENSAPEG00000018421	TTC39B (ENSAPEG00000018378) #26	ENSAPEG00000018333	wdr55 (ENSAPEG00000018301)	ENSAPEG00000018280	ENSAPEG00000018267	ENSAPEG00000018243 #29	ENSAPEG00000018225	ENSAPEG00000018216	ENSAPEG00000018200	ENSAPEG00000018185
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3465															sgms2b (ENSAOCG00000018629) #24	aimp1b (ENSAOCG00000018740) #22	ENSAOCG00000018774	ENSAOCG00000018783	ENSAOCG00000018821	ENSAOCG00000018855 #25	ENSAOCG00000018885 #25	TTC39B (ENSAOCG00000001356) #26	ENSAOCG00000018985 ##30	wdr55 (ENSAOCG00000001361)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1057			ENSSPAG00000017681 #17	ENSSPAG00000017745 #18	ENSSPAG00000017768 #20	prelid1b (ENSSPAG00000017780) #16	ENSSPAG00000017804	ENSSPAG00000017841 ##14	cyp17a2 (ENSSPAG00000017853) #13	ENSSPAG00000017884	ENSSPAG00000017901 #11	ENSSPAG00000017945	ENSSPAG00000017977	ENSSPAG00000018004	sgms2b (ENSSPAG00000018018) #24	aimp1b (ENSSPAG00000018031) #22	ENSSPAG00000018088 #23	ENSSPAG00000018117	ENSSPAG00000018136 #25	ENSSPAG00000018175 #26	ENSSPAG00000018220	wdr55 (ENSSPAG00000018248)	ENSSPAG00000018273	ENSSPAG00000018295 #29	ENSSPAG00000018329
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000176993.a.a.b	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000177560	ENSGT00940000167339	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000161319	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT01030000235336	ENSGT01030000235123	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT00940000154411.k
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.a	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.b.b	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000177560	ENSGT00940000167339	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000161319	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT01030000235336	ENSGT01030000235123	ENSGT00940000153727.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	54		ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b.b #16	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.b.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000177560	ENSGT00940000167339	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000161319	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00390000005844.a.a.k.a #29	ENSGT01060000248726	ENSGT00940000174394	ENSGT00390000005844.a.a.k.b #29	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01000000217412	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b.a #16	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.a	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.b.b	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.b.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000177560	ENSGT00940000167339.n.b	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000161319	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00390000005844.a.a.k.a #29	ENSGT01060000248726	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01000000217412	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	1070												ENSHBUG00000016893	ENSHBUG00000016927	ENSHBUG00000016957 #24	ENSHBUG00000016978	aimp1b (ENSHBUG00000016999) #22	ENSHBUG00000017063	ENSHBUG00000017074	ENSHBUG00000017100 #25	ENSHBUG00000017112 #26	ENSHBUG00000017134 #27
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b.a #16	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.a	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.b.b	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.b.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000177560	ENSGT00940000167339.n.b	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000161319	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00390000005844.a.a.k.a #29	ENSGT01060000248726	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01000000217412	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164918.d	ENSGT00940000160560.b.f.a.b.a.b.g.a.a.b.a	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	72	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b.a #16	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.a	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.b.b	ENSGT00940000156038.b.e.b.a.a	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.b.b.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000177560	ENSGT00940000167339.n.b	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000161319	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00390000005844.a.a.k.a #29	ENSGT01060000248726	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.b.a.b.c.a.b	ENSGT00950000182812.B.a.a.p.b	ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b.b.a.b	ENSGT01000000217412	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164918.d
Eastern happy	DUPLICATION
Eastern happy	MODERN SPECIES	15	ENSACLG00000019982 #20	prelid1b (ENSACLG00000019956) #16	ENSACLG00000019912	ENSACLG00000019899	ENSACLG00000019855	ENSACLG00000019847	ENSACLG00000019841 ##14	cyp17a2 (ENSACLG00000019809) #13	ENSACLG00000019802	ENSACLG00000019756 #11	ENSACLG00000019744	ENSACLG00000019719	ENSACLG00000019699	ENSACLG00000019571	ENSACLG00000019494 #24	ENSACLG00000019353 #22	ENSACLG00000019256 #23	ENSACLG00000019167	ENSACLG00000019154	ENSACLG00000019109 #24	aimp1b (ENSACLG00000018982) #22	ENSACLG00000018968	ENSACLG00000018931	ENSACLG00000018842 #25	ENSACLG00000018730 #26	ENSACLG00000018697 #27	ENSACLG00000018665 #29	ENSACLG00000018520 #28	ENSACLG00000017677	ENSACLG00000017237	wdr55 (ENSACLG00000017164)
Eastern happy	MODERN SPECIES	15	ENSACLG00000019847	ENSACLG00000019841 ##14	cyp17a2 (ENSACLG00000019809) #13	ENSACLG00000019802	ENSACLG00000019756 #11	ENSACLG00000019744	ENSACLG00000019719	ENSACLG00000019699	ENSACLG00000019571	ENSACLG00000019494 #24	ENSACLG00000019353 #22	ENSACLG00000019256 #23	ENSACLG00000019167	ENSACLG00000019154	ENSACLG00000019109 #24	aimp1b (ENSACLG00000018982) #22	ENSACLG00000018968	ENSACLG00000018931	ENSACLG00000018842 #25	ENSACLG00000018730 #26	ENSACLG00000018697 #27	ENSACLG00000018665 #29	ENSACLG00000018520 #28	ENSACLG00000017677	ENSACLG00000017237	wdr55 (ENSACLG00000017164)	ENSACLG00000017151	ENSACLG00000016829	ENSACLG00000016793	ENSACLG00000016791	ENSACLG00000016766
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1106	ENSMZEG00005027940	ENSMZEG00005027939	ENSMZEG00005027938	ENSMZEG00005027925	ENSMZEG00005027922 ##14	cyp17a2 (ENSMZEG00005027921) #13	ENSMZEG00005027919	ENSMZEG00005027917 #11	ENSMZEG00005027916	ENSMZEG00005027914	ENSMZEG00005027913	ENSMZEG00005027912	ENSMZEG00005027911	ENSMZEG00005027909	ENSMZEG00005027908 #24	aimp1b (ENSMZEG00005027905) #22	ENSMZEG00005027904	ENSMZEG00005027903 #25	ENSMZEG00005027900 #26	ENSMZEG00005027892 #27	ENSMZEG00005027890	ENSMZEG00005027887 #29	ENSMZEG00005027884	ENSMZEG00005027882 #28	wdr55 (ENSMZEG00005027881)	ENSMZEG00005027880	ENSMZEG00005027873	ENSMZEG00005027872	ENSMZEG00005027871	ENSMZEG00005027870	NXPE3 (ENSMZEG00005027868)
P. nyererei	MODERN SPECIES	660								ENSPNYG00000004631	ENSPNYG00000004670	ENSPNYG00000004695 ##14	cyp17a2 (ENSPNYG00000004804) #13	ENSPNYG00000005296	ENSPNYG00000005352	ENSPNYG00000005361	ENSPNYG00000005386 #24	aimp1b (ENSPNYG00000005407) #22	ENSPNYG00000005422 #23	ENSPNYG00000005449 #25	ENSPNYG00000005545 #26	ENSPNYG00000005582 #29	wdr55 (ENSPNYG00000005597)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	540									ENSNBRG00000024298	ENSNBRG00000024297	ENSNBRG00000024296	ENSNBRG00000024295	ENSNBRG00000024294	ENSNBRG00000024293	sgms2b (ENSNBRG00000024292) #24	aimp1b (ENSNBRG00000024291) #22	ENSNBRG00000024290	ENSNBRG00000024289 #25	ENSNBRG00000024288 #27	ENSNBRG00000024287	ENSNBRG00000024286 #29	ENSNBRG00000024285 #28	wdr55 (ENSNBRG00000024273)	ENSNBRG00000024268
Nile tilapia	MODERN SPECIES	15	ENSONIG00000028700 #20	prelid1b (ENSONIG00000013701) #16	spp120 (ENSONIG00000013697)	ENSONIG00000028868	ENSONIG00000013693 ##14	cyp17a2 (ENSONIG00000013683) #13	ENSONIG00000031946	ENSONIG00000013680 #11	ENSONIG00000039525	ENSONIG00000033823	ENSONIG00000032864	ENSONIG00000029130	ENSONIG00000027806	ENSONIG00000013676	sgms2b (ENSONIG00000013674) #24	aimp1b (ENSONIG00000013671) #22	ENSONIG00000032074	ENSONIG00000013669 #23	ENSONIG00000031296	ENSONIG00000013666 #25	ENSONIG00000013662	ENSONIG00000043091	ENSONIG00000029804	ENSONIG00000013655 #26	ENSONIG00000036426 ##30	ENSONIG00000029545 #29	ENSONIG00000041900	ENSONIG00000043000	ENSONIG00000042801	wdr55 (ENSONIG00000013649)	ENSONIG00000043228
Midas cichlid	MODERN SPECIES	626													ENSACIG00000023308	ENSACIG00000023313	ENSACIG00000023320 #24	aimp1b (ENSACIG00000023333) #22	ENSACIG00000023379
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01100000263536.B.d	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000164868.C.c.a	ENSGT00940000168653.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000240121	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000167339	ENSGT00940000168653.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01030000235123	ENSGT01060000248726	ENSGT00940000161979.B.o.cb	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	19		ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT01030000240121	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000168653.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT01100000263495.A.a.b.b.a.a.b.b.a	ENSGT00940000157467.v
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	24				ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000174394	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT00940000161437.t
Siamese fighting fish	DUPLICATION
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	29																aimp1b (ENSBSLG00000022386) #22	ENSBSLG00000022365 #23	ENSBSLG00000022318 #25	ENSBSLG00000022129	ENSBSLG00000022125	wdr55 (ENSBSLG00000022122)	ENSBSLG00000022105	ENSBSLG00000022093	ENSBSLG00000022088 #29	ENSBSLG00000022073	ENSBSLG00000022065	ENSBSLG00000022053	ENSBSLG00000022022	LRAT (ENSBSLG00000022012)	lratb.2 (ENSBSLG00000021979)	ENSBSLG00000021963
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	10	ENSBSLG00000000331	ENSBSLG00000000320	ENSBSLG00000000312	ENSBSLG00000000306	KIF1C (ENSBSLG00000000179)	ENSBSLG00000010872	ENSBSLG00000010776	ENSBSLG00000010641 #18	ENSBSLG00000010604 #20	ENSBSLG00000010574 ##14	ENSBSLG00000009932 #12	ENSBSLG00000009888	ENSBSLG00000009864	ENSBSLG00000009846	sgms2b (ENSBSLG00000009829) #24	aimp1b (ENSBSLG00000009777) #22	ENSBSLG00000009752 #23	ENSBSLG00000009698 #25	ENSBSLG00000009537 #26	ENSBSLG00000009525	ENSBSLG00000009519 ##30	wdr55 (ENSBSLG00000009514)	ENSBSLG00000009484 #28	ENSBSLG00000009473 #29	ENSBSLG00000009463	ENSBSLG00000008887	ENSBSLG00000008882	ENSBSLG00000008880	ENSBSLG00000008795	ENSBSLG00000008107	ENSBSLG00000008069
Climbing perch	MODERN SPECIES	9	ENSATEG00000026718	ENSATEG00000025679	ENSATEG00000009958 #21	ENSATEG00000010001 #17	ENSATEG00000010067 #18	ENSATEG00000028129 #20	ENSATEG00000010099 #16	ENSATEG00000010115	prelid1b (ENSATEG00000010141) #16	ENSATEG00000010147 ##14	cyp17a2 (ENSATEG00000010156) #13	ENSATEG00000028211	ENSATEG00000010211 #11	ENSATEG00000010294	ENSATEG00000010404 #24	ENSATEG00000010419 #22	ENSATEG00000010428	ENSATEG00000010437 #23	ENSATEG00000010467	ENSATEG00000010480 #25	ENSATEG00000010520 #26	ENSATEG00000010584	ENSATEG00000010596	ENSATEG00000010623 #28	ENSATEG00000010633 #29	ENSATEG00000010650	ENSATEG00000010659	LRAT (ENSATEG00000010754)	lratb.2 (ENSATEG00000010758)	rbm46 (ENSATEG00000010775)	npy2rl (ENSATEG00000010819)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	9	ENSMAMG00000024486	ENSMAMG00000027624	ENSMAMG00000025186	ENSMAMG00000009973 #20	ENSMAMG00000009968 #18	ENSMAMG00000025080 #21	ENSMAMG00000009902 ##14	cyp17a2 (ENSMAMG00000009877) #13	ENSMAMG00000027450 #12	ENSMAMG00000009855 #11	ENSMAMG00000009840	ENSMAMG00000009791	ENSMAMG00000028612	ENSMAMG00000009739	ENSMAMG00000009729 #24	ENSMAMG00000009716 #22	ENSMAMG00000009706	ENSMAMG00000009693	ENSMAMG00000009660 #25	ENSMAMG00000025333 #26	ENSMAMG00000026405 ##30	ENSMAMG00000009564	ENSMAMG00000028271	ENSMAMG00000025878	ENSMAMG00000027897	ENSMAMG00000024442	ENSMAMG00000028454	ENSMAMG00000009456	ENSMAMG00000028399	ENSMAMG00000026351	ENSMAMG00000009427
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01100000263536.B.d	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000167339	ENSGT00940000168653.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	77					ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000168653.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT01030000235123	ENSGT01060000248726	ENSGT00390000005844.a.a #29	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	108	ENSGT01100000263536.B.d	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000167339	ENSGT00940000168653.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01030000235123	ENSGT01060000248726	ENSGT00390000005844.a.a #29	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2925	ENSSLDG00000006127	ENSSLDG00000006135	ENSSLDG00000006152	prelid1b (ENSSLDG00000006176) #16	ENSSLDG00000006191 #20	ENSSLDG00000006199 #18	ENSSLDG00000006211 #17	ENSSLDG00000006277 #21	ENSSLDG00000006288	cyp17a2 (ENSSLDG00000006320) #13	ENSSLDG00000006351 #11	ENSSLDG00000006390	ENSSLDG00000006406	ENSSLDG00000006424	ENSSLDG00000006448 #24	aimp1b (ENSSLDG00000006461) #22	ENSSLDG00000006474	ENSSLDG00000006490	ENSSLDG00000006510	ENSSLDG00000006556 #25	ENSSLDG00000006618 #25	ENSSLDG00000006738 #26	ENSSLDG00000006759 ##30	wdr55 (ENSSLDG00000006781)	ENSSLDG00000006806
Greater amberjack	MODERN SPECIES	120	prelid1b (ENSSDUG00000000726) #16	ENSSDUG00000000718 #20	ENSSDUG00000000714 #18	ENSSDUG00000000629 #17	ENSSDUG00000000608 #21	ENSSDUG00000000599 ##14	ENSSDUG00000000580	cyp17a2 (ENSSDUG00000000529) #13	ENSSDUG00000000514 #11	ENSSDUG00000000507	ENSSDUG00000000496	ENSSDUG00000000394	ENSSDUG00000000315	ENSSDUG00000000291	ENSSDUG00000000284 #24	aimp1b (ENSSDUG00000000194) #22	ENSSDUG00000000181	ENSSDUG00000000175 #23
Barramundi perch	MODERN SPECIES	606															ENSLCAG00010011523	aimp1b (ENSLCAG00010011516) #22	ENSLCAG00010011513	ENSLCAG00010011511 #23	ENSLCAG00010011504	ENSLCAG00010011493 #25	ENSLCAG00010011411 #25	TTC39B (ENSLCAG00010011359) #26	ENSLCAG00010011350 ##30	ENSLCAG00010011348	ENSLCAG00010011345	ENSLCAG00010011338 #11	ENSLCAG00010011332
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000153582.a.m.a.a.a.b	ENSGT00940000165601	ENSGT00940000159295	ENSGT01100000263536.B.d	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.a.a.b.b	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000165274.a	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c
Tongue sole	MODERN SPECIES		ENSCSEG00000005239 #36	CORIN (ENSCSEG00000005246) #37	NFXL1 (ENSCSEG00000005256)	CNGA1 (ENSCSEG00000005263)	ENSCSEG00000005278	ndc80 (ENSCSEG00000005286)	KIF1C (ENSCSEG00000005292)	ENSCSEG00000005302 #18	ENSCSEG00000005306	cyp17a2 (ENSCSEG00000005313) #13	ENSCSEG00000005321 ##14	ENSCSEG00000005326 #21	ENSCSEG00000005358 #17	ENSCSEG00000005375	sgms2b (ENSCSEG00000005377) #24	aimp1b (ENSCSEG00000005388) #22	ENSCSEG00000005405	ENSCSEG00000005408 #23	ENSCSEG00000005438	ENSCSEG00000005411 #25	TTC39B (ENSCSEG00000005444) #26	ENSCSEG00000005455 #27	ENSCSEG00000005458 ##30	wdr55 (ENSCSEG00000005463)	ENSCSEG00000005468 #28	ENSCSEG00000005474 #29	ENSCSEG00000005480	ENSCSEG00000005487	LRAT (ENSCSEG00000005518)	rbm46 (ENSCSEG00000005530)	npy2rl (ENSCSEG00000005540)
Turbot	MODERN SPECIES	11	ENSSMAG00000029399	ENSSMAG00000034053	ENSSMAG00000017685	ENSSMAG00000034865 #20	ENSSMAG00000023107 #18	ENSSMAG00000017616 #17	ENSSMAG00000017584 #21	ENSSMAG00000017580 ##14	ENSSMAG00000017546 #13	ENSSMAG00000017535	ENSSMAG00000017521 #11	ENSSMAG00000017513	ENSSMAG00000017485	ENSSMAG00000017500	ENSSMAG00000017422 #24	aimp1b (ENSSMAG00000017397) #22	ENSSMAG00000017404	ENSSMAG00000017355	ENSSMAG00000017334	ENSSMAG00000017315 #25	ENSSMAG00000017260 #26	ENSSMAG00000017244 ##30	ENSSMAG00000017200	ENSSMAG00000017177 #28	ENSSMAG00000017166 #29	ENSSMAG00000034992	ENSSMAG00000035177	LRAT (ENSSMAG00000017075)	ENSSMAG00000037149	rbm46 (ENSSMAG00000017042)	npy2rl (ENSSMAG00000017038)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000018426	ENSGT01030000234558.A.a.a.a	ENSGT00440000037582	ENSGT00940000165297.a.a	ENSGT00940000165297.a.b	ENSGT00390000005094.h	ENSGT00390000017614.e.b	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000164868.C.c.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000161979.B.o.cb	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT00940000154411	ENSGT01100000263495.A.a.b.b.a.a.b.b.a
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000005492.c	ENSGT00390000018426	ENSGT01030000234558.A.a.a.a	ENSGT00440000037582	ENSGT00940000165297.a.a	ENSGT00940000165297.a.b	ENSGT00390000005094.h	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000164868.C.c.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000161979.B.o.cb	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT00940000154411	ENSGT01100000263495.A.a.b.b.a.a.b.b.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	1805																aimp1b (ENSLBEG00000023802) #22	ENSLBEG00000023779	ENSLBEG00000023743 #23	ENSLBEG00000023726
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000005492.c	ENSGT00390000018426	ENSGT01030000234558.A.a.a.a	ENSGT00440000037582	ENSGT00940000165297.a.a	ENSGT00940000165297.a.b	ENSGT00390000005094.h	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000160184.c.a	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000164868.C.c.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000161979.B.o.cb	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT00940000154411	ENSGT01100000263495.A.a.b.b.a.a.b.b.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16	ENSGT00940000175251	ENSGT00390000013285.h #36	ENSGT00940000157103 #37	ENSGT00940000157059.x	ENSGT00940000156074.a.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000164868.C.c.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00940000161979.B.o.cb	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT01100000263495.A.a.b.b.a.a.b.b.a
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	91									ENSGT00940000156074.a.a	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000177560	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	186											ENSCGOG00000009372 #11	ENSCGOG00000009405	ENSCGOG00000009409	ENSCGOG00000009415	sgms2b (ENSCGOG00000009421) #24	aimp1b (ENSCGOG00000009425) #22	ENSCGOG00000009432	ENSCGOG00000009443 #23
Pike perch	MODERN SPECIES	361									ENSSLUG00000006871	ENSSLUG00000006865	ENSSLUG00000006858	ENSSLUG00000006169 #36	ENSSLUG00000006101	ENSSLUG00000006093	ENSSLUG00000005969 #24	aimp1b (ENSSLUG00000005946) #22	ENSSLUG00000005941
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	42				ENSGT00940000175251	ENSGT00390000013285.h #36	ENSGT00940000157103 #37	ENSGT00940000157059.x	ENSGT00940000156074.a.a	ENSGT00950000183109.d.e.a ##14	ENSGT00940000155588.a #13	ENSGT00940000165075.b #12	ENSGT00530000063713.b.b #11	ENSGT00940000165048.a	ENSGT00940000164868.C.c.a	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT01060000248726	ENSGT00940000161979.B.o.cb	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT01100000263495.A.a.b.b.a.a.b.b.a	ENSGT00940000157467.v
Lumpfish	MODERN SPECIES	9	ENSCLMG00005016063	KIF1C (ENSCLMG00005016064)	ENSCLMG00005016088	ENSCLMG00005016089	ENSCLMG00005016090 #36	CORIN (ENSCLMG00005016091) #37	ENSCLMG00005016099	CNGA1 (ENSCLMG00005016108)	ENSCLMG00005016109 ##14	cyp17a2 (ENSCLMG00005016110) #13	egr4 (ENSCLMG00005016129) #12	ENSCLMG00005016132 #11	ENSCLMG00005016133	ENSCLMG00005016134	sgms2b (ENSCLMG00005016135) #24	aimp1b (ENSCLMG00005016139) #22	ENSCLMG00005016144	ENSCLMG00005016146	ENSCLMG00005016158 #25	ENSCLMG00005016278 #26	ENSCLMG00005016330	ENSCLMG00005016332 ##30	wdr55 (ENSCLMG00005016334)	ENSCLMG00005016336	ENSCLMG00005016337 #29	ENSCLMG00005016338	ENSCLMG00005016339	LRAT (ENSCLMG00005016340)	rbm46 (ENSCLMG00005016341)	ENSCLMG00005016342	npy2rl (ENSCLMG00005016343)
Stickleback	MODERN SPECIES	109	NFXL1 (ENSGACG00000000304)	ENSGACG00000000314	ENSGACG00000000318 ##14	cyp17a2 (ENSGACG00000000320) #13	ENSGACG00000000325	ENSGACG00000000328	ENSGACG00000000330	ENSGACG00000000336	ENSGACG00000000343	ENSGACG00000000344	ENSGACG00000000345	ENSGACG00000000346	ENSGACG00000000348	ENSGACG00000000350	ENSGACG00000000356 #24	ENSGACG00000000358 #22	ENSGACG00000000359 #23	ENSGACG00000000360	ENSGACG00000000362 #25	ENSGACG00000000368 #26	ENSGACG00000000369 #26	ENSGACG00000000370 ##30	wdr55 (ENSGACG00000000373)	ENSGACG00000000377 #28	ENSGACG00000000379	ENSGACG00000000380	rbm46 (ENSGACG00000000381)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	44															ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT01010000224929	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT01060000248726	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT00940000154411
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	57															ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00940000153727.a	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT01060000248726	ENSGT01100000263556.a.b.b.a	ENSGT00390000011679	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000155927	ENSGT00940000155973.b.c	ENSGT01100000263495.A.a.b.b.a.a.b.b.a	ENSGT00940000157467.v
European seabass	MODERN SPECIES	40															ENSDLAG00005011662 #24	ENSDLAG00005020216 #22	ENSDLAG00005020215	ENSDLAG00005034907 #23	ENSDLAG00005031112	ENSDLAG00005027282
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	88						CORIN (ENSLCRG00005017606) #37	ENSLCRG00005017661 #36	ENSLCRG00005018152	ENSLCRG00005018153	ENSLCRG00005018154	ENSLCRG00005018155	ENSLCRG00005018156	ENSLCRG00005018157	sgms2b (ENSLCRG00005018158) #24	ENSLCRG00005018159	aimp1b (ENSLCRG00005018160) #22	ENSLCRG00005018161	ENSLCRG00005018162 #23	ENSLCRG00005018163 #25	ENSLCRG00005018165 #26	ENSLCRG00005018279	ENSLCRG00005018280	ENSLCRG00005018283 #28
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	1	ENSSAUG00010005274	ENSSAUG00010005276	ENSSAUG00010005284	ENSSAUG00010005287	ENSSAUG00010005290	ENSSAUG00010005298	ENSSAUG00010005573	ENSSAUG00010005578	ENSSAUG00010005584	ENSSAUG00010005586	ENSSAUG00010005590	ENSSAUG00010005594	ENSSAUG00010005602	ENSSAUG00010005619	sgms2b (ENSSAUG00010005624) #24	aimp1b (ENSSAUG00010005628) #22	ENSSAUG00010005633	ENSSAUG00010005638 #23	ENSSAUG00010005641	ENSSAUG00010005644	ENSSAUG00010005656 #25	ENSSAUG00010005686 #26	ENSSAUG00010005996	ENSSAUG00010005998 ##30	wdr55 (ENSSAUG00010005999)	ENSSAUG00010006000	ENSSAUG00010006001 #29	ENSSAUG00010006002	ENSSAUG00010006003	ENSSAUG00010006004	ENSSAUG00010006005
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	275															ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000161319
Fugu	MODERN SPECIES	20	cyp17a2 (ENSTRUG00000010510) #13	ENSTRUG00000027370	ENSTRUG00000001193	ENSTRUG00000029338 #36	ENSTRUG00000031474	ENSTRUG00000032664	fgb (ENSTRUG00000002645)	tlr2 (ENSTRUG00000003176)	rnf175 (ENSTRUG00000002304)	ENSTRUG00000029299	ENSTRUG00000000833	ENSTRUG00000030295	ENSTRUG00000030741 #28	ENSTRUG00000003404	sgms2b (ENSTRUG00000024527) #24	ENSTRUG00000027990 #22	ENSTRUG00000023801	ENSTRUG00000027527	cyb5d1 (ENSTRUG00000000817)	ENSTRUG00000000855	ENSTRUG00000024623	ift46 (ENSTRUG00000026475)	ENSTRUG00000000865	ENSTRUG00000031689	ENSTRUG00000032959	zgc:85858 (ENSTRUG00000029414)	cnp-2 (ENSTRUG00000033063)	trappc1 (ENSTRUG00000032780)	eno3 (ENSTRUG00000000959)	ENSTRUG00000033334	slc25a11 (ENSTRUG00000001063)
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	ENSTNIG00000002110	tpd52 (ENSTNIG00000002111)	ENSTNIG00000002112	ENSTNIG00000002113	ENSTNIG00000002114	ap1s3b (ENSTNIG00000000365)	PLA2G12B (ENSTNIG00000002115)	bmper (ENSTNIG00000002116)	ENSTNIG00000002117	ENSTNIG00000002118	pigf (ENSTNIG00000002119)	ENSTNIG00000002120	lta4h (ENSTNIG00000000836)	ENSTNIG00000000506	wdr33 (ENSTNIG00000002122)	ENSTNIG00000002124 #22	ENSTNIG00000002125	ENSTNIG00000002126	ENSTNIG00000002127	ciao2a (ENSTNIG00000002128)	ldb3b (ENSTNIG00000002129)	ENSTNIG00000002130	znhit1 (ENSTNIG00000019748)	sars1 (ENSTNIG00000002133)	ENSTNIG00000002134	ENSTNIG00000000642	ENSTNIG00000002136	ENSTNIG00000002137	ENSTNIG00000002139	ssr1 (ENSTNIG00000002140)	ENSTNIG00000002141
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	9	ENSMMDG00005001638	ENSMMDG00005001641	ENSMMDG00005001651	ENSMMDG00005001682	ENSMMDG00005001686 #18	ENSMMDG00005001692	ENSMMDG00005001696	ENSMMDG00005001705	ENSMMDG00005001713 #20	cyp17a2 (ENSMMDG00005001721) #13	ENSMMDG00005001746	ENSMMDG00005001748	ENSMMDG00005001752	ENSMMDG00005001758	sgms2b (ENSMMDG00005001763) #24	aimp1b (ENSMMDG00005001775) #22	ENSMMDG00005001827	ENSMMDG00005001831 #23	ENSMMDG00005001836	ENSMMDG00005001838	ENSMMDG00005001840	ENSMMDG00005001844	ENSMMDG00005001847	ENSMMDG00005001850 #17	ENSMMDG00005001857 #21	ENSMMDG00005001875	ENSMMDG00005001877	ENSMMDG00005001883	slc6a22.2 (ENSMMDG00005001912)	slc6a22.2 (ENSMMDG00005001922)	ENSMMDG00005001927
Cod	MODERN SPECIES	8	ENSGMOG00000028165	acap1 (ENSGMOG00000016844)	ENSGMOG00000023958	ENSGMOG00000013899	ENSGMOG00000027757	ENSGMOG00000029597	ENSGMOG00000031769	ENSGMOG00000034256 #11	ENSGMOG00000033695	ENSGMOG00000001479 #13	ENSGMOG00000026279 ##14	ENSGMOG00000023770 #18	ENSGMOG00000001975 #17	ENSGMOG00000024114 #21	ENSGMOG00000028427 #24	ENSGMOG00000006919 #22	ENSGMOG00000030782	ENSGMOG00000034910	ENSGMOG00000000880 #26	ENSGMOG00000035516	ENSGMOG00000029605	ENSGMOG00000003749	ENSGMOG00000029063	ENSGMOG00000035846	ENSGMOG00000032312	ENSGMOG00000026409	ENSGMOG00000029512	ENSGMOG00000031926	ENSGMOG00000033373	ENSGMOG00000026061	ENSGMOG00000010298
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	139	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000159922.a.b	ENSGT00940000156063.l	ENSGT00390000011932	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b.a	ENSGT00940000154895.a.a #10	ENSGT00940000180552	ENSGT00940000153942.a.e.b ##30	ENSGT01010000224929	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00940000155140.ib	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000175283	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154108.b.a.b #20	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00950000182810.B.b.a.b #16
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	142	ENSGT00940000156063.l	ENSGT00390000011932	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b.a	ENSGT00940000154895.a.a #10	ENSGT00940000155694.h.c #9	ENSGT00940000180552	ENSGT01060000248726	ENSGT01030000235123	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00940000155140.ib	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000154108.b.a.b.g #20	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00940000160184.c.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	150	ENSGT01090000260514.b	ENSGT00940000154986.a.e.b	ENSGT00940000155128.a.b.a.a.a	ENSGT00950000183040.A.b.h	ENSGT01100000263568.b.a.c.b.a.b.e.b.b	ENSGT00940000161814.g.b.f.a.a	ENSGT00390000005844.a.a.sc #29	ENSGT01060000248726	ENSGT01030000235123	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00940000155140.ib	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000154108.b.a.b.g #20	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00940000160184.c.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	974	ENSSSAG00000082878	ENSSSAG00000091083	ENSSSAG00000102410	ENSSSAG00000116627	ENSSSAG00000112011	ENSSSAG00000105702	ENSSSAG00000121688 #29	ENSSSAG00000061229	ENSSSAG00000090532 #28	ENSSSAG00000096783 #27	ENSSSAG00000097211 #26	CFI (ENSSSAG00000092804) #25	ENSSSAG00000111483	MCUB (ENSSSAG00000097426)	sgms2b (ENSSSAG00000045360) #24	ENSSSAG00000045341 #22	ENSSSAG00000117205 #23	ENSSSAG00000100714 #20	ENSSSAG00000119673 #19	ENSSSAG00000113348 #17	ENSSSAG00000045468	ENSSSAG00000064696
River trout	MODERN SPECIES	35	ENSSTUG00000001328	ENSSTUG00000001350	ENSSTUG00000001365	ENSSTUG00000001370	ENSSTUG00000001386	ENSSTUG00000001393 #29	ENSSTUG00000001431	ENSSTUG00000001453	ENSSTUG00000001459 #27	TTC39B (ENSSTUG00000001519) #26	CFI (ENSSTUG00000001646) #25	CASP6 (ENSSTUG00000001670)	ENSSTUG00000001704	MCUB (ENSSTUG00000001707)	sgms2b (ENSSTUG00000001736) #24	aimp1b (ENSSTUG00000001743) #22	ENSSTUG00000001749 #23	ENSSTUG00000001760 #20	ENSSTUG00000001907 #19	ENSSTUG00000002335 #17	ENSSTUG00000002436	ENSSTUG00000002454	ENSSTUG00000002459	ENSSTUG00000002482	ENSSTUG00000002502	ENSSTUG00000002538	ENSSTUG00000002549	ENSSTUG00000002553	ENSSTUG00000002574	ENSSTUG00000002582	ENSSTUG00000002594
Oncorhynchus	DUPLICATION
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.y.b.g #22
Rainbow trout	DUPLICATION
Rainbow trout	MODERN SPECIES	241											CFI (ENSOMYG00000048587) #25	CASP6 (ENSOMYG00000055880)	MCUB (ENSOMYG00000068222)	ENSOMYG00000075434	ENSOMYG00000016919 #24	ENSOMYG00000054170 #22
Rainbow trout	MODERN SPECIES	125																ENSOMYG00000057975 #22	ENSOMYG00000077307	ENSOMYG00000072692	ENSOMYG00000072064 #23	ENSOMYG00000058293 #20	ENSOMYG00000075692	ENSOMYG00000057926 #19	ENSOMYG00000050311	ENSOMYG00000055790 #17	ENSOMYG00000065912	ENSOMYG00000074867	ENSOMYG00000024333
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	97	ENSGT00390000011932	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b.a	ENSGT00940000154895.a.a #10	ENSGT00940000155694.h.c #9	ENSGT00940000180552	ENSGT01060000248726	ENSGT01030000235123	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT01050000244843.d.e.a.a.a.c.b	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00940000155140.ib	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b.h #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000154108.b.a.b.g #20	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00940000160184.c.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	345																ENSOMYG00000071925 #22	ENSOMYG00000059832	ENSOMYG00000050636
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	181								ENSGT01060000248726	ENSGT01030000235123	ENSGT00940000154706.rb.a #27	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00940000155140.ib	ENSGT00940000158059.h	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000154950.y.b.h #22	ENSGT00940000164073.b #23	ENSGT00940000154108.b.a.b.g #20	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00940000160184.c.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	7	anapc10 (ENSOKIG00005013696)	ENSOKIG00005013680	ENSOKIG00005013668	ENSOKIG00005013658	ENSOKIG00005013619	ENSOKIG00005013594 #29	ENSOKIG00005013584	ENSOKIG00005013545	ENSOKIG00005013535 #27	ENSOKIG00005013331 #26	ENSOKIG00005013295	CFI (ENSOKIG00005013245) #25	CASP6 (ENSOKIG00005013126)	MCUB (ENSOKIG00005013101)	sgms2b (ENSOKIG00005013091) #24	ENSOKIG00005013038 #22	ENSOKIG00005013029 #23	ENSOKIG00005013023 #20	ENSOKIG00005012333 #19	ENSOKIG00005012274	ENSOKIG00005012264 #17	ENSOKIG00005012255	ENSOKIG00005012242	ENSOKIG00005012232	ENSOKIG00005012227	ENSOKIG00005012222	ENSOKIG00005012218	ENSOKIG00005012189	ENSOKIG00005012157	ENSOKIG00005012144	ENSOKIG00005012115
Northern pike	MODERN SPECIES	23	ENSELUG00000028164	ENSELUG00000006438	ENSELUG00000006402	ENSELUG00000006365 #29	ENSELUG00000006334	ENSELUG00000031010	ENSELUG00000006279 ##30	ENSELUG00000028652	TTC39B (ENSELUG00000006257) #26	ENSELUG00000034040	ENSELUG00000006161	ENSELUG00000032030	ENSELUG00000025288	ENSELUG00000004967 #25	sgms2b (ENSELUG00000004990) #24	aimp1b (ENSELUG00000033372) #22	ENSELUG00000005000	ENSELUG00000005058 #23	ENSELUG00000005081 #21	ENSELUG00000005089 #20	ENSELUG00000005444 #19	ENSELUG00000005549 #18	ENSELUG00000005568 #17	prelid1b (ENSELUG00000000151) #16	ENSELUG00000001593 #11	ENSELUG00000005609	ENSELUG00000032807	cyp17a2 (ENSELUG00000005627) #13	ENSELUG00000033225 ##14	ENSELUG00000005714	zgc:194221 (ENSELUG00000025869)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	148	ENSGT00950000182934.a.a	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000157511	ENSGT00940000159443	ENSGT00530000063713.b.a.s ##11	ENSGT00940000160184.c.b.f	ENSGT00390000017452	ENSGT00390000015948.a.c	ENSGT00950000183109.d #14	ENSGT00940000160120.e.a	ENSGT00940000163785.a.a.a #17	ENSGT00530000064170.d #18	ENSGT00940000153173.a #19	ENSGT00940000160003.h	ENSGT00930000150973.B.e.a #21	ENSGT00940000154950.y.b #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073.b.a #23	ENSGT00940000157370.a #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159660.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00930000151042 #25	ENSGT00940000157887.p	ENSGT00950000182917.a.a.a.a #26	ENSGT01030000235336	ENSGT01060000248998	ENSGT00940000154737.d.e	ENSGT00950000182907.a.b.b.a.b	ENSGT00940000155598.d #31	ENSGT00940000155951.b #32
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P. kingsleyae	MODERN SPECIES	234														ENSPKIG00000012637	NPNT (ENSPKIG00000012674) #21	aimp1b (ENSPKIG00000012696) #22	GIMD1 (ENSPKIG00000012707)	ENSPKIG00000012720 #23	sgms2b (ENSPKIG00000012734) #24	cyp2u1 (ENSPKIG00000012757)	LEF1 (ENSPKIG00000012779)	znf330 (ENSPKIG00000012819)	RNF150 (ENSPKIG00000012850)	TBC1D9 (ENSPKIG00000012912)	ENSPKIG00000013137	ENSPKIG00000013148	ENSPKIG00000013165	PPM1K (ENSPKIG00000013197)	abcg2a (ENSPKIG00000013249)	G3BP2 (ENSPKIG00000013310) #34	ENSPKIG00000013396 #33
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Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	79							ENSGT00940000155140.s	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000159025	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000163989.a.b	ENSGT00940000165755.b	ENSGT00940000158189	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156171.g
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Channel catfish	MODERN SPECIES	22	ENSIPUG00000009345	ENSIPUG00000009331	ENSIPUG00000009321	ENSIPUG00000009313	ENSIPUG00000009291	CASP6 (ENSIPUG00000009042)	ENSIPUG00000009010	mcub (ENSIPUG00000009001)	LEF1 (ENSIPUG00000008946)	hadh (ENSIPUG00000008863)	cyp2u1 (ENSIPUG00000008854)	sgms2 (ENSIPUG00000008837) ##24	gstcd (ENSIPUG00000008765)	npnt (ENSIPUG00000008639) ##21	TBCK (ENSIPUG00000008423)	aimp1a (ENSIPUG00000008314) ##22	dkk2 (ENSIPUG00000008298) ##23	papss1 (ENSIPUG00000008270)	pkd2 (ENSIPUG00000008177)	abcg2d (ENSIPUG00000008137)	ENSIPUG00000008124	abcg2d (ENSIPUG00000007849)	ppm1kb (ENSIPUG00000007801)	ENSIPUG00000007786	ENSIPUG00000007765	ENSIPUG00000007758	herc56.4 (ENSIPUG00000007647)	HERC3 (ENSIPUG00000007471)	FAM13A (ENSIPUG00000007390)	ENSIPUG00000006032	zgc:154142 (ENSIPUG00000005900)
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Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	389														ENSPNAG00000022566	tbck (ENSPNAG00000022599)	aimp1a (ENSPNAG00000022630) ##22	dkk2 (ENSPNAG00000022641) ##23	papss1 (ENSPNAG00000022684)	pkd2 (ENSPNAG00000005940)	abcg2d (ENSPNAG00000022826)	ppm1kb (ENSPNAG00000022860)	ENSPNAG00000022902	ENSPNAG00000022939	ENSPNAG00000003749	ENSPNAG00000022970	herc3 (ENSPNAG00000023138)	FAM13A (ENSPNAG00000023236)	zgc:154142 (ENSPNAG00000023299)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	17	ENSAMXG00000034110	ENSAMXG00000010268	ENSAMXG00000010267	ENSAMXG00000024933	CASP6 (ENSAMXG00000010264)	CASP6 (ENSAMXG00000010263)	ENSAMXG00000033159	ENSAMXG00000010258	lef1 (ENSAMXG00000038706)	hadh (ENSAMXG00000010252)	cyp2u1 (ENSAMXG00000010249)	sgms2a (ENSAMXG00000010245) ##24	gstcd (ENSAMXG00000010240)	npnta (ENSAMXG00000019000) ##21	tbck (ENSAMXG00000019079)	aimp1a (ENSAMXG00000019203) ##22	dkk2 (ENSAMXG00000030417) ##23	papss1 (ENSAMXG00000019274)	pkd2 (ENSAMXG00000019444)	abcg2d (ENSAMXG00000019573)	ppm1kb (ENSAMXG00000041919)	ENSAMXG00000019740	ENSAMXG00000019935	ENSAMXG00000036890	ENSAMXG00000031762	ENSAMXG00000035159	ENSAMXG00000037419	ENSAMXG00000034810	TCIRG1 (ENSAMXG00000031176)	kdm2aa (ENSAMXG00000009823)	stx3a (ENSAMXG00000009802)
Electric eel	MODERN SPECIES	581						f13a1b (ENSEEEG00000000565)	ENSEEEG00000000583	ENSEEEG00000000586	tex261 (ENSEEEG00000000623)	ENSEEEG00000000629	vax2 (ENSEEEG00000000638)	prrg4 (ENSEEEG00000000645)	eif3m (ENSEEEG00000000668)	wt1b (ENSEEEG00000000681)	tbck (ENSEEEG00000000707)	aimp1a (ENSEEEG00000000758) ##22	dkk2 (ENSEEEG00000000765) ##23
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	30		ENSGT01050000244827.D.b.b.b	ENSGT01030000234567.A.a.a.a.a.b.f	ENSGT00980000198902	ENSGT00940000168136	ENSGT00940000156184.a	ENSGT00940000159205	ENSGT00940000163031.b.a.a	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000159025	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000175002	ENSGT00940000165755.b.f	ENSGT00940000158189	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT00390000004396.h	ENSGT00940000156171.h	ENSGT00940000167432	ENSGT00940000153464.B.z.a
Cyprininae	DUPLICATION
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00950000183033.a.b.a.nc	ENSGT00940000158189.t.a	ENSGT00940000165755.b.e.a	ENSGT00980000198902	ENSGT00940000168136	ENSGT00940000156184.a.c	ENSGT00940000159205.db	ENSGT00940000163031.b.a.a.b	ENSGT00940000159660.j.b	ENSGT00940000159984.b	ENSGT00940000157714.l	ENSGT00940000157370.b.h ##24	ENSGT00390000004446.i.b	ENSGT00930000150973.B.e.b.a ##21	ENSGT00940000158244.f	ENSGT00940000154950.y.a.a ##22	ENSGT00940000164073.a.g ##23	ENSGT00390000009613.b.g	ENSGT00940000159025.a	ENSGT00940000166376.k	ENSGT00940000156633.d.a.a	ENSGT00940000165755.b.f.a.b.b	ENSGT01030000234567.A.a.a.a.a.b.f	ENSGT01050000244827.D.b.b.b.a	ENSGT00940000166025.a.a.a	ENSGT01030000234610.b.a.b.a.m.b	ENSGT00940000166025.a.b	ENSGT00940000166377.f.b	ENSGT00940000153342.a.c	ENSGT00520000055635.c.a.a.a.f	ENSGT00940000164716.C.c.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	22	FAM13A (ENSCCRG00000053503)	herc3 (ENSCCRG00000015479)	ENSCCRG00000037889	ENSCCRG00000037746	col17a1a (ENSCCRG00000069314)	slkb (ENSCCRG00000017145)	tsga10 (ENSCCRG00000051824)	ENSCCRG00000074534	lef1 (ENSCCRG00000054171)	hadh (ENSCCRG00000008946)	cyp2u1 (ENSCCRG00000067421)	sgms2a (ENSCCRG00000008752) ##24	gstcd (ENSCCRG00000058210)	npnta (ENSCCRG00000037685) ##21	tbck (ENSCCRG00000067399)	aimp1a (ENSCCRG00000074903) ##22	dkk2 (ENSCCRG00000056997) ##23	papss1 (ENSCCRG00000043458)	abcg2d (ENSCCRG00000047785)	pkd2 (ENSCCRG00000043486)	ENSCCRG00000021702	ENSCCRG00000021709	ENSCCRG00000061509	zp3c (ENSCCRG00000021706)	ENSCCRG00000021700	ENSCCRG00000007522	ENSCCRG00000038023	msx1b (ENSCCRG00000075887)	caly (ENSCCRG00000045194)	ENSCCRG00000076281	ENSCCRG00000028769
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00570000079168.b.b.b.bb.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a.oc	ENSGT00940000158189.t.b.a	ENSGT00940000165755.b.e.b	ENSGT00940000156184.a.d	ENSGT00940000159205.eb	ENSGT00940000163031.b.a.a.a	ENSGT00940000159660.j.a	ENSGT00940000159984.a	ENSGT00940000157714.k	ENSGT00940000157370.b.g ##24	ENSGT00390000004446.i.a	ENSGT00930000150973.B.e.b.b ##21	ENSGT00940000158244.e	ENSGT00940000154950.y.a.b ##22	ENSGT00940000164073.a.h ##23	ENSGT00390000009613.b.h	ENSGT00940000159025.b	ENSGT00940000166376.l	ENSGT00940000156633.d.a.b	ENSGT00940000165755.b.f.a.b.a
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Goldfish	DUPLICATION
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Zebrafish	MODERN SPECIES		herc56.4 (ENSDARG00000074052)	herc56.3 (ENSDARG00000074136)	herc56.2 (ENSDARG00000075389)	col17a1a (ENSDARG00000069415)	slkb (ENSDARG00000012574)	tsga10 (ENSDARG00000052512)	ENSDARG00000079501	lef1 (ENSDARG00000031894)	hadh (ENSDARG00000030765)	cyp2u1 (ENSDARG00000026548)	sgms2a (ENSDARG00000052520) ##24	gstcd (ENSDARG00000036494)	npnta (ENSDARG00000018721) ##21	ENSDARG00000114696	tbck (ENSDARG00000013667)	aimp1a (ENSDARG00000060036) ##22	dkk2 (ENSDARG00000076420) ##23	papss1 (ENSDARG00000057099)	pkd2 (ENSDARG00000014098)	abcg2d (ENSDARG00000016818)	ppm1kb (ENSDARG00000010655)	ENSDARG00000075785	herc3 (ENSDARG00000075887)	FAM13A (ENSDARG00000075564)	ENSDARG00000116732	zgc:154142 (ENSDARG00000100792)	ENSDARG00000075043	otx2a (ENSDARG00000030703)	mdh1aa (ENSDARG00000017772)	ugp2a (ENSDARG00000005578)	spast (ENSDARG00000024933)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	494												ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.h	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24
Denticle herring	MODERN SPECIES	14	mmaa (ENSDCDG00000026110)	melk (ENSDCDG00000026097)	pax5 (ENSDCDG00000026044)	zcchc7 (ENSDCDG00000026038)	WDR19 (ENSDCDG00000026000)	klhl5 (ENSDCDG00000025981)	fam114a1 (ENSDCDG00000025974)	klf3 (ENSDCDG00000025957)	TBC1D1 (ENSDCDG00000025945)	pgm2 (ENSDCDG00000024023)	gstcd (ENSDCDG00000023996)	npnta (ENSDCDG00000023908) ##21	ENSDCDG00000023894	tbck (ENSDCDG00000023851)	ENSDCDG00000023844	aimp1a (ENSDCDG00000023843) ##22	dkk2 (ENSDCDG00000023842) ##23	papss1 (ENSDCDG00000023030)	sgms2a (ENSDCDG00000023004) ##24	col11a1b (ENSDCDG00000022963)	CLDN18 (ENSDCDG00000022952)	clta (ENSDCDG00000022916)	gne (ENSDCDG00000022908)	smad1 (ENSDCDG00000022862)	abce1 (ENSDCDG00000022829)	ripk1l (ENSDCDG00000022821)	PHLPP1 (ENSDCDG00000022557)	PHACTR1 (ENSDCDG00000022508)	klhl18 (ENSDCDG00000022478)	bfsp2 (ENSDCDG00000022469)	zgc:136930 (ENSDCDG00000022460)
Atlantic herring	MODERN SPECIES		ttyh2l (ENSCHAG00000027164)	CHMP6 (ENSCHAG00000027169)	baiap2a (ENSCHAG00000027180)	ENSCHAG00000027189	AATK (ENSCHAG00000027190)	cdip1 (ENSCHAG00000027192)	ENSCHAG00000027194	septin2 (ENSCHAG00000027199)	bokb (ENSCHAG00000027232)	gstcd (ENSCHAG00000027239)	npnta (ENSCHAG00000027244) ##21	ENSCHAG00000027251	ENSCHAG00000027255	ENSCHAG00000027262	tbck (ENSCHAG00000027281)	aimp1a (ENSCHAG00000027316) ##22	papss1 (ENSCHAG00000027338)	sgms2a (ENSCHAG00000027373) ##24	gper1 (ENSCHAG00000027377)	BAIAP3 (ENSCHAG00000027381)	ENSCHAG00000027393	il21r.1 (ENSCHAG00000027395)	USP31 (ENSCHAG00000027403)	IGFALS (ENSCHAG00000027409)	ENSCHAG00000027411	hs3st4 (ENSCHAG00000027412)	ENSCHAG00000027418	ENSCHAG00000027420	dmbx1a (ENSCHAG00000027426)	ENSCHAG00000027433	cyth1a (ENSCHAG00000027463)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000156796.c.b	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000156796.c.b	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000156796.c.b	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00970000198226
Percomorphaceae	DUPLICATION
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000156796.c.b	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000156796.c.a.e.a	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.j.a	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00390000005708.i	ENSGT00940000154706.rb.b ##27
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c.d ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446.a	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.q	ENSGT00940000166257.x	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.bb	ENSGT00940000155140.cb	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00390000005708.j.a
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c.d ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446.a	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.q	ENSGT00940000166257.x	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.bb	ENSGT00940000155140.cb	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005708.j.a	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Indian medaka	MODERN SPECIES	21	ENSOMEG00000006788 ##16	ndufb6 (ENSOMEG00000006749)	toporsa (ENSOMEG00000006739) ##18	mtap (ENSOMEG00000006729)	ENSOMEG00000006698	CXXC4 (ENSOMEG00000006684) ##20	TET2 (ENSOMEG00000006676)	ppa2 (ENSOMEG00000006653)	ARHGEF38 (ENSOMEG00000006598)	ints12 (ENSOMEG00000006563)	gstcd (ENSOMEG00000006538)	npnta (ENSOMEG00000006485) ##21	ALOX15B (ENSOMEG00000006422)	tbck (ENSOMEG00000006254)	ENSOMEG00000006113	aimp1a (ENSOMEG00000006090) ##22	dkk2 (ENSOMEG00000000755) ##23	papss1 (ENSOMEG00000000132)	sgms2a (ENSOMEG00000006023) ##24	cyp2u1 (ENSOMEG00000006015)	hadh (ENSOMEG00000005991)	lef1 (ENSOMEG00000005975)	MCUB (ENSOMEG00000005947)	CASP6 (ENSOMEG00000005905)	CASP6 (ENSOMEG00000005877)	ENSOMEG00000005821	CASP6 (ENSOMEG00000005778)	pla2g12a (ENSOMEG00000005763)	dnajb14 (ENSOMEG00000005749)	ENSOMEG00000005692 ##26	ENSOMEG00000005526 ##30
Javanese ricefish	MODERN SPECIES		ENSOJAG00000005243 ##16	ndufb6 (ENSOJAG00000005232)	ENSOJAG00000005229	mtap (ENSOJAG00000005086)	ENSOJAG00000005050	LRRC18 (ENSOJAG00000004978)	CXXC4 (ENSOJAG00000004968) ##20	TET2 (ENSOJAG00000004947)	ppa2 (ENSOJAG00000004874)	ENSOJAG00000004849	ints12 (ENSOJAG00000004828)	gstcd (ENSOJAG00000004518)	npnta (ENSOJAG00000004388) ##21	ENSOJAG00000004091	tbck (ENSOJAG00000003624)	aimp1a (ENSOJAG00000003494) ##22	dkk2 (ENSOJAG00000003491) ##23	papss1 (ENSOJAG00000003251)	sgms2a (ENSOJAG00000003220) ##24	glb1 (ENSOJAG00000003192)	ENSOJAG00000003160	cyp2u1 (ENSOJAG00000003051)	ENSOJAG00000003031	lef1 (ENSOJAG00000003006)	MCUB (ENSOJAG00000002975)	CASP6 (ENSOJAG00000002964)	CASP6 (ENSOJAG00000002954)	pla2g12a (ENSOJAG00000002931)	dnajb14 (ENSOJAG00000002918)	ENSOJAG00000002829 ##26	ENSOJAG00000002795 ##27
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c.d ##18	ENSGT00950000182991.B.c	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446.a	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000178012	ENSGT00940000166257.x	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.bb	ENSGT00940000155140.cb	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00390000005708.j.a
Chinese medaka	MODERN SPECIES	431															tbck (ENSOSIG00000010522)	aimp1a (ENSOSIG00000010531) ##22	dkk2 (ENSOSIG00000010533) ##23	papss1 (ENSOSIG00000010550)	sgms2a (ENSOSIG00000012027) ##24	cyp2u1 (ENSOSIG00000012029)	lef1 (ENSOSIG00000012034)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES		ndufb6 (ENSORLG00000006463)	ENSORLG00000006467 ##18	ENSORLG00000022960 ##18	mtap (ENSORLG00000023618)	ENSORLG00000027369	ENSORLG00000027879	CXXC4 (ENSORLG00000006474) ##20	TET2 (ENSORLG00000022090)	ppa2 (ENSORLG00000006564)	ARHGEF38 (ENSORLG00000006577)	ints12 (ENSORLG00000006592)	gstcd (ENSORLG00000006613)	npnta (ENSORLG00000006656) ##21	ENSORLG00000006725	tbck (ENSORLG00000006742)	aimp1a (ENSORLG00000006773) ##22	dkk2 (ENSORLG00000006785) ##23	papss1 (ENSORLG00000006836)	sgms2a (ENSORLG00000030047) ##24	cyp2u1 (ENSORLG00000006861)	hadh (ENSORLG00000006891)	lef1 (ENSORLG00000006924)	ENSORLG00000028538	ENSORLG00000029994	ENSORLG00000019600	CASP6 (ENSORLG00000018997)	ENSORLG00000019606	dnajb14 (ENSORLG00000030029)	ENSORLG00000023797 ##26	ENSORLG00000027705	ENSORLG00000023382
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.i	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708.j.b
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000007535	ENSGT01030000235206	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000163078	ENSGT00940000162423	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.e.a	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.j.b	ENSGT00390000005708.j.a	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES		ndufb6 (ENSKMAG00000001208)	ENSKMAG00000001215	mtap (ENSKMAG00000001228)	CDKN2A (ENSKMAG00000001262)	CXXC4 (ENSKMAG00000001267) ##20	TET2 (ENSKMAG00000001281)	ppa2 (ENSKMAG00000001296)	ARHGEF38 (ENSKMAG00000001303)	ints12 (ENSKMAG00000001316)	gstcd (ENSKMAG00000001327)	ENSKMAG00000001380	npnta (ENSKMAG00000001449) ##21	ENSKMAG00000001482	ENSKMAG00000001526	tbck (ENSKMAG00000001587)	aimp1a (ENSKMAG00000001709) ##22	dkk2 (ENSKMAG00000001744) ##23	papss1 (ENSKMAG00000001759)	sgms2a (ENSKMAG00000001795) ##24	cyp2u1 (ENSKMAG00000001804)	hadh (ENSKMAG00000001893)	lef1 (ENSKMAG00000001920)	MCUB (ENSKMAG00000001979)	casp6a (ENSKMAG00000001983)	pla2g12a (ENSKMAG00000002001)	dnajb14 (ENSKMAG00000002026)	TTC39B (ENSKMAG00000002037) ##26	ENSKMAG00000002097	ENSKMAG00000002111 ##27	bnc2 (ENSKMAG00000002145) ##29	CNTLN (ENSKMAG00000002221)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1611	MXD4 (ENSNFUG00015007090)	Nfu_g_1_018443 (ENSNFUG00015007085) ##16	NDUFB6 (ENSNFUG00015007079)	ENSNFUG00015002430	mtap (ENSNFUG00015002408)	Cdkn2b (ENSNFUG00015002401)	CXXC4 (ENSNFUG00015002398) ##20	TET2 (ENSNFUG00015002392)	PPA2 (ENSNFUG00015002381)	ARHGEF38 (ENSNFUG00015002367)	INTS12 (ENSNFUG00015002357)	gstcd (ENSNFUG00015002340)	NPNT (ENSNFUG00015002304) ##21	ALOXE3 (ENSNFUG00015002270)	tbck (ENSNFUG00015002157)	AIMP1 (ENSNFUG00015002116) ##22	DKK2 (ENSNFUG00015002114) ##23	PAPSS1 (ENSNFUG00015002015)	ENSNFUG00015001979	sgms2a (ENSNFUG00015001970) ##24	CYP2U1 (ENSNFUG00015001961)	CCDC149B (ENSNFUG00015001942)	LGI2B (ENSNFUG00015001914)	C4orf54 (ENSNFUG00015001904)	ENSNFUG00015001897	MTP (ENSNFUG00015001750)	TSPAN5 (ENSNFUG00015001722)	ACER2 (ENSNFUG00015001712)	RPS6 (ENSNFUG00015001705)	PLIN1 (ENSNFUG00015001701)	SMU1 (ENSNFUG00015001675)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	24			ENSGT00940000155062.a	ENSGT00940000176858	ENSGT01030000234563.b.a.b.a.a.c.a	ENSGT01030000234563.b.a.b.a.b.a.d	ENSGT00940000156696.B	ENSGT00940000157732.f.a	ENSGT00390000000909	ENSGT00940000156184.a	ENSGT00980000198902	ENSGT00860000134050	ENSGT00940000153431.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.b.j.b	ENSGT00940000154866.B.b	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.i	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000175362	ENSGT00730000111912.A.b	ENSGT00940000155062.a	ENSGT00940000176858	ENSGT01030000234563.b.a.b.a.a.c.a	ENSGT01030000234563.b.a.b.a.b.a.d	ENSGT00940000156696.B	ENSGT00940000157732.f.a	ENSGT00390000000909	ENSGT00940000156184.a	ENSGT00980000198902	ENSGT00860000134050	ENSGT00940000153431.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.b.j.b	ENSGT00940000154866.B.b	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.i	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157122.b.b	ENSGT00940000155062.a	ENSGT00940000176858	ENSGT01030000234563.b.a.b.a.a.c.a	ENSGT01030000234563.b.a.b.a.b.a.d	ENSGT00940000156696.B	ENSGT00940000157732.f.a	ENSGT00390000000909	ENSGT00940000156184.a	ENSGT00980000198902	ENSGT00860000134050	ENSGT00940000153431.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.b.j.b	ENSGT00940000154866.B.b	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00390000002634.a.f.b.a.a.a	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.i	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27
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Platyfish	MODERN SPECIES	19	DTX4 (ENSXMAG00000028593)	RPS6KB2 (ENSXMAG00000004706)	ENSXMAG00000026114	ENSXMAG00000027118	ENSXMAG00000022733	ENSXMAG00000010459	ENSXMAG00000010410	neurl1aa (ENSXMAG00000010401)	SH3PXD2A (ENSXMAG00000010386)	stn1 (ENSXMAG00000010374)	slkb (ENSXMAG00000010323)	SMIM26 (ENSXMAG00000010293)	dtd1 (ENSXMAG00000010278)	SLC24A3 (ENSXMAG00000010863)	RIN2 (ENSXMAG00000010264)	aimp1a (ENSXMAG00000010255) ##22	dkk2 (ENSXMAG00000010254) ##23	papss1 (ENSXMAG00000021736)	sgms2a (ENSXMAG00000010246) ##24	cyp2u1 (ENSXMAG00000010239)	hadh (ENSXMAG00000010227)	lef1 (ENSXMAG00000010205)	MCUB (ENSXMAG00000010197)	casp6a (ENSXMAG00000010181)	ENSXMAG00000010190	pla2g12a (ENSXMAG00000010172)	dnajb14 (ENSXMAG00000010157)	ENSXMAG00000029669	ENSXMAG00000023520	TTC39B (ENSXMAG00000010134) ##26	snapc3 (ENSXMAG00000010120)
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Mummichog	MODERN SPECIES	504												ENSFHEG00000005986	dtd1 (ENSFHEG00000006021)	SLC24A3 (ENSFHEG00000006078)	RIN2 (ENSFHEG00000006104)	aimp1a (ENSFHEG00000006135) ##22	dkk2 (ENSFHEG00000006171) ##23	papss1 (ENSFHEG00000006224)	sgms2a (ENSFHEG00000006258) ##24	cyp2u1 (ENSFHEG00000006267)	hadh (ENSFHEG00000006300)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.db	ENSGT00940000155140.eb	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.a.a	ENSGT00940000161510.ab	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.a.b	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.db	ENSGT00940000155140.eb.a	ENSGT00940000155140.eb.b	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.a.a	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.a.b	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.db	ENSGT00940000155140.eb.a	ENSGT00940000155140.eb.b	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.ab	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.db	ENSGT00940000155140.eb.a	ENSGT00940000155140.eb.b	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	547				mtap (ENSHBUG00000014994)	ENSHBUG00000015002	CXXC4 (ENSHBUG00000015012) ##20	TET2 (ENSHBUG00000015020)	ppa2 (ENSHBUG00000015295)	ARHGEF38 (ENSHBUG00000015332)	ints12 (ENSHBUG00000015350)	gstcd (ENSHBUG00000015455)	npnta (ENSHBUG00000015574) ##21	ENSHBUG00000015592	ENSHBUG00000015611	tbck (ENSHBUG00000015730)	aimp1a (ENSHBUG00000015770) ##22	dkk2 (ENSHBUG00000015781) ##23	papss1 (ENSHBUG00000015808)	sgms2a (ENSHBUG00000015820) ##24	cyp2u1 (ENSHBUG00000015834)	ENSHBUG00000015864	lef1 (ENSHBUG00000015891)	MCUB (ENSHBUG00000015902)	CASP6 (ENSHBUG00000015932)	CASP6 (ENSHBUG00000015951)	CASP6 (ENSHBUG00000015958)	pla2g12a (ENSHBUG00000015968)	dnajb14 (ENSHBUG00000015994)	ENSHBUG00000016045 ##26
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Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000163078	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.a.a	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.a.b.a	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.db	ENSGT00940000155140.eb.a	ENSGT00940000155140.eb.b	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00940000169573	ENSGT00390000005708
Eastern happy	MODERN SPECIES	18	ndufb6 (ENSACLG00000021203)	toporsa (ENSACLG00000021216) ##18	mtap (ENSACLG00000021260)	CDKN2A (ENSACLG00000021277)	CXXC4 (ENSACLG00000021288) ##20	TET2 (ENSACLG00000021294)	ppa2 (ENSACLG00000021305)	ARHGEF38 (ENSACLG00000021358)	ints12 (ENSACLG00000021382)	gstcd (ENSACLG00000021418)	npnta (ENSACLG00000021444) ##21	ENSACLG00000021481	ENSACLG00000021529	ENSACLG00000021571	tbck (ENSACLG00000021641)	aimp1a (ENSACLG00000021930) ##22	dkk2 (ENSACLG00000021982) ##23	papss1 (ENSACLG00000021989)	sgms2a (ENSACLG00000022021) ##24	cyp2u1 (ENSACLG00000022053)	ENSACLG00000022067	lef1 (ENSACLG00000022123)	MCUB (ENSACLG00000022168)	CASP6 (ENSACLG00000022196)	CASP6 (ENSACLG00000022221)	CASP6 (ENSACLG00000022244)	ENSACLG00000022277	pla2g12a (ENSACLG00000022282)	dnajb14 (ENSACLG00000022293)	TTC39B (ENSACLG00000022346) ##26	snapc3 (ENSACLG00000022392)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1109	toporsa (ENSMZEG00005019763) ##18	mtap (ENSMZEG00005019759)	ENSMZEG00005019755	CXXC4 (ENSMZEG00005019750) ##20	TET2 (ENSMZEG00005019746)	ppa2 (ENSMZEG00005019738)	ARHGEF38 (ENSMZEG00005019722)	ints12 (ENSMZEG00005019718)	gstcd (ENSMZEG00005019714)	npnta (ENSMZEG00005019704) ##21	ENSMZEG00005019690	ENSMZEG00005019686	ENSMZEG00005019673	ENSMZEG00005019669	tbck (ENSMZEG00005019651)	aimp1a (ENSMZEG00005019638) ##22	dkk2 (ENSMZEG00005019637) ##23	papss1 (ENSMZEG00005019630)	sgms2a (ENSMZEG00005019624) ##24	cyp2u1 (ENSMZEG00005019621)	ENSMZEG00005019612	lef1 (ENSMZEG00005019602)	MCUB (ENSMZEG00005019577)	CASP6 (ENSMZEG00005019570)	CASP6 (ENSMZEG00005019564)	CASP6 (ENSMZEG00005019561)	pla2g12a (ENSMZEG00005019560)	dnajb14 (ENSMZEG00005019556)	TTC39B (ENSMZEG00005019551) ##26	ENSMZEG00005019549	ENSMZEG00005019547
P. nyererei	MODERN SPECIES	317	ENSPNYG00000009502 ##18	mtap (ENSPNYG00000009514)	ENSPNYG00000009537	CXXC4 (ENSPNYG00000009577) ##20	ENSPNYG00000009582	TET2 (ENSPNYG00000009595)	ppa2 (ENSPNYG00000009619)	ARHGEF38 (ENSPNYG00000009674)	ints12 (ENSPNYG00000009692)	gstcd (ENSPNYG00000009714)	npnta (ENSPNYG00000009737) ##21	ENSPNYG00000009785	ENSPNYG00000009825	ENSPNYG00000009869	tbck (ENSPNYG00000009915)	aimp1a (ENSPNYG00000009958) ##22	dkk2 (ENSPNYG00000009981) ##23	papss1 (ENSPNYG00000010023)	sgms2a (ENSPNYG00000010057) ##24	cyp2u1 (ENSPNYG00000010070)	ENSPNYG00000010101	lef1 (ENSPNYG00000010128)	MCUB (ENSPNYG00000010162)	CASP6 (ENSPNYG00000010178)	CASP6 (ENSPNYG00000010206)	CASP6 (ENSPNYG00000010228)	pla2g12a (ENSPNYG00000010243)	dnajb14 (ENSPNYG00000010257)	TTC39B (ENSPNYG00000010287) ##26	snapc3 (ENSPNYG00000010319)	ENSPNYG00000010337 ##27
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	301	ENSNBRG00000013068	mtap (ENSNBRG00000013040)	ENSNBRG00000013026	CXXC4 (ENSNBRG00000013019) ##20	TET2 (ENSNBRG00000012999)	ppa2 (ENSNBRG00000012976)	ARHGEF38 (ENSNBRG00000012944)	ints12 (ENSNBRG00000012937)	gstcd (ENSNBRG00000012882)	npnta (ENSNBRG00000012852) ##21	ENSNBRG00000012823	ENSNBRG00000012791	ENSNBRG00000012759	ENSNBRG00000012746	tbck (ENSNBRG00000012699)	aimp1a (ENSNBRG00000012670) ##22	dkk2 (ENSNBRG00000012636) ##23	papss1 (ENSNBRG00000012609)	sgms2a (ENSNBRG00000012579) ##24	cyp2u1 (ENSNBRG00000012526)	ENSNBRG00000012520	lef1 (ENSNBRG00000012499)	MCUB (ENSNBRG00000012487)	CASP6 (ENSNBRG00000012475)	CASP6 (ENSNBRG00000012429)	CASP6 (ENSNBRG00000012403)	pla2g12a (ENSNBRG00000012392)	dnajb14 (ENSNBRG00000012370)	TTC39B (ENSNBRG00000012328) ##26	ENSNBRG00000012312	ENSNBRG00000012300 ##27
Nile tilapia	MODERN SPECIES	18	ndufb6 (ENSONIG00000017545)	toporsa (ENSONIG00000040851) ##18	mtap (ENSONIG00000017542)	ENSONIG00000038891	CXXC4 (ENSONIG00000017539) ##20	TET2 (ENSONIG00000028706)	ppa2 (ENSONIG00000017535)	ARHGEF38 (ENSONIG00000017531)	ints12 (ENSONIG00000017530)	ENSONIG00000041364	gstcd (ENSONIG00000017528)	npnta (ENSONIG00000017524) ##21	ENSONIG00000009404	ENSONIG00000017517	tbck (ENSONIG00000017514)	aimp1a (ENSONIG00000017512) ##22	dkk2 (ENSONIG00000017511) ##23	papss1 (ENSONIG00000017508)	sgms2a (ENSONIG00000017507) ##24	cyp2u1 (ENSONIG00000017505)	ENSONIG00000017504	ENSONIG00000041268	lef1 (ENSONIG00000017499)	ST6GALNAC6 (ENSONIG00000037018)	MCUB (ENSONIG00000017498)	CASP6 (ENSONIG00000017494)	CASP6 (ENSONIG00000017493)	CASP6 (ENSONIG00000017492)	pla2g12a (ENSONIG00000017490)	dnajb14 (ENSONIG00000017488)	TTC39B (ENSONIG00000017486) ##26
Midas cichlid	MODERN SPECIES	500	ndufb6 (ENSACIG00000020527)	toporsa (ENSACIG00000020517) ##18	mtap (ENSACIG00000020505)	CDKN2B (ENSACIG00000020469)	CXXC4 (ENSACIG00000020466) ##20	TET2 (ENSACIG00000020439)	ppa2 (ENSACIG00000020415)	ENSACIG00000020407	ARHGEF38 (ENSACIG00000020379)	ints12 (ENSACIG00000020365)	gstcd (ENSACIG00000020347)	npnta (ENSACIG00000020323) ##21	ENSACIG00000020299	ENSACIG00000020266	tbck (ENSACIG00000020218)	aimp1a (ENSACIG00000020197) ##22	dkk2 (ENSACIG00000020183) ##23	papss1 (ENSACIG00000020154)	sgms2a (ENSACIG00000020126) ##24	cyp2u1 (ENSACIG00000020086)	ENSACIG00000019845	ENSACIG00000019159	hadh (ENSACIG00000019122)	lef1 (ENSACIG00000019111)	MCUB (ENSACIG00000019079)	CASP6 (ENSACIG00000019065)	CASP6 (ENSACIG00000019047)	pla2g12a (ENSACIG00000018966)	dnajb14 (ENSACIG00000018914)	ENSACIG00000018897 ##26	ENSACIG00000018890
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29	ENSGT00440000034932
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29	ENSGT00440000034932
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000166257	ENSGT00940000155191.a.b.f	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000155191.a.b.e	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29	ENSGT00940000160529
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1133														tbck (ENSAOCG00000019990)	ENSAOCG00000020054	aimp1a (ENSAOCG00000020064) ##22	dkk2 (ENSAOCG00000020085) ##23	papss1 (ENSAOCG00000020127)	sgms2a (ENSAOCG00000002342) ##24	cyp2u1 (ENSAOCG00000020142)	ENSAOCG00000002576
Orange clownfish	MODERN SPECIES	17	ENSAPEG00000014968 ##16	ndufb6 (ENSAPEG00000014933)	ENSAPEG00000014913 ##18	mtap (ENSAPEG00000014831)	ENSAPEG00000014816	CXXC4 (ENSAPEG00000014788) ##20	TET2 (ENSAPEG00000014776)	ppa2 (ENSAPEG00000014741)	ARHGEF38 (ENSAPEG00000014720)	ints12 (ENSAPEG00000014691)	gstcd (ENSAPEG00000014596)	npnta (ENSAPEG00000014564) ##21	ENSAPEG00000014507	tbck (ENSAPEG00000014390)	ENSAPEG00000014357	aimp1a (ENSAPEG00000014340) ##22	dkk2 (ENSAPEG00000014294) ##23	papss1 (ENSAPEG00000014192)	sgms2a (ENSAPEG00000014163) ##24	cyp2u1 (ENSAPEG00000014152)	hadh (ENSAPEG00000014140)	lef1 (ENSAPEG00000014112)	MCUB (ENSAPEG00000014066)	casp6a (ENSAPEG00000014029)	pla2g12a (ENSAPEG00000013988)	dnajb14 (ENSAPEG00000013959)	TTC39B (ENSAPEG00000013901) ##26	snapc3 (ENSAPEG00000013868)	PSIP1 (ENSAPEG00000013846) ##27	bnc2 (ENSAPEG00000013800) ##29	sh3gl2a (ENSAPEG00000013596)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1343														ENSAPOG00000001024	ENSAPOG00000013726	aimp1a (ENSAPOG00000013539) ##22	dkk2 (ENSAPOG00000000367) ##23	papss1 (ENSAPOG00000013468)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	247	MXD4 (ENSSPAG00000000669)	ENSSPAG00000000702 ##16	ndufb6 (ENSSPAG00000000708)	toporsa (ENSSPAG00000000710) ##18	mtap (ENSSPAG00000000720)	ENSSPAG00000000749	CXXC4 (ENSSPAG00000000755) ##20	TET2 (ENSSPAG00000000762)	ppa2 (ENSSPAG00000000769)	ARHGEF38 (ENSSPAG00000000823)	ints12 (ENSSPAG00000000842)	gstcd (ENSSPAG00000000887)	npnta (ENSSPAG00000000947) ##21	ENSSPAG00000001003	tbck (ENSSPAG00000001072)	aimp1a (ENSSPAG00000001190) ##22	dkk2 (ENSSPAG00000001202) ##23	papss1 (ENSSPAG00000001237)	sgms2a (ENSSPAG00000001299) ##24	cyp2u1 (ENSSPAG00000001313)	hadh (ENSSPAG00000001343)	lef1 (ENSSPAG00000001570)	MCUB (ENSSPAG00000001613)	casp6a (ENSSPAG00000001627)	pla2g12a (ENSSPAG00000001658)	dnajb14 (ENSSPAG00000001667)	TTC39B (ENSSPAG00000001714) ##26	snapc3 (ENSSPAG00000001746)	PSIP1 (ENSSPAG00000001767) ##27	bnc2 (ENSSPAG00000001833) ##29
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000166257.l	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000166257.l	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.f	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29	ENSGT00440000034932
Fugu	MODERN SPECIES	8	MXD4 (ENSTRUG00000003046)	ENSTRUG00000003472 ##16	ndufb6 (ENSTRUG00000003741)	toporsa (ENSTRUG00000030740) ##18	mtap (ENSTRUG00000003933)	ENSTRUG00000029442	CXXC4 (ENSTRUG00000004403) ##20	TET2 (ENSTRUG00000025759)	ppa2 (ENSTRUG00000004694)	ARHGEF38 (ENSTRUG00000021868)	ints12 (ENSTRUG00000005424)	gstcd (ENSTRUG00000005592)	npnta (ENSTRUG00000005796) ##21	ALOXE3 (ENSTRUG00000006230)	tbck (ENSTRUG00000007131)	aimp1a (ENSTRUG00000007708) ##22	dkk2 (ENSTRUG00000020351) ##23	papss1 (ENSTRUG00000007964)	sgms2a (ENSTRUG00000008227) ##24	cyp2u1 (ENSTRUG00000008392)	hadh (ENSTRUG00000025695)	lef1 (ENSTRUG00000008652)	ENSTRUG00000029025	MCUB (ENSTRUG00000020031)	casp6a (ENSTRUG00000009005)	pla2g12a (ENSTRUG00000025166)	dnajb14 (ENSTRUG00000009175)	TTC39B (ENSTRUG00000009393) ##26	snapc3 (ENSTRUG00000009904)	PSIP1 (ENSTRUG00000024353) ##27	bnc2 (ENSTRUG00000022444) ##29
Tetraodon	MODERN SPECIES	10	MXD4 (ENSTNIG00000018042)	ENSTNIG00000018041 ##16	ndufb6 (ENSTNIG00000018040)	toporsa (ENSTNIG00000018039) ##18	mtap (ENSTNIG00000018038)	CDKN2B (ENSTNIG00000018037)	CXXC4 (ENSTNIG00000018036) ##20	ENSTNIG00000018035	ppa2 (ENSTNIG00000018034)	ARHGEF38 (ENSTNIG00000018033)	ints12 (ENSTNIG00000018032)	gstcd (ENSTNIG00000018031)	npnta (ENSTNIG00000018030) ##21	ALOXE3 (ENSTNIG00000018029)	tbck (ENSTNIG00000018028)	aimp1a (ENSTNIG00000018027) ##22	dkk2 (ENSTNIG00000018026) ##23	papss1 (ENSTNIG00000018025)	cyp2u1 (ENSTNIG00000018024)	hadh (ENSTNIG00000018023)	lef1 (ENSTNIG00000018022)	MCUB (ENSTNIG00000018021)	casp6a (ENSTNIG00000018020)	pla2g12a (ENSTNIG00000018019)	dnajb14 (ENSTNIG00000018018)	TTC39B (ENSTNIG00000018017) ##26	snapc3 (ENSTNIG00000018016)	psip1a (ENSTNIG00000018015) ##27	ENSTNIG00000000563	ENSTNIG00000011036	sh3gl2a (ENSTNIG00000011037)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.bb.a	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.c.a	ENSGT00940000161510.bb.b.a	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.c.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	21															tbck (ENSLBEG00000014521)	aimp1a (ENSLBEG00000014734) ##22	dkk2 (ENSLBEG00000014786) ##23	papss1 (ENSLBEG00000014815)	sgms2a (ENSLBEG00000014865) ##24	cyp2u1 (ENSLBEG00000014883)	hadh (ENSLBEG00000014926)	lef1 (ENSLBEG00000014986)	MCUB (ENSLBEG00000015058)	CASP6 (ENSLBEG00000015108)	pla2g12a (ENSLBEG00000015228)	dnajb14 (ENSLBEG00000015455)	TTC39B (ENSLBEG00000015507) ##26	snapc3 (ENSLBEG00000015639)	ENSLBEG00000015662 ##30	ENSLBEG00000015700 ##27	bnc2 (ENSLBEG00000015768) ##29
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.bb.a	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.bb.a	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.bb.b.a	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29	ENSGT00440000034932
Lumpfish	MODERN SPECIES		MXD4 (ENSCLMG00005011094)	ENSCLMG00005011096 ##16	ndufb6 (ENSCLMG00005011099)	toporsa (ENSCLMG00005011102) ##18	mtap (ENSCLMG00005011119)	ENSCLMG00005011120	CXXC4 (ENSCLMG00005011121) ##20	TET2 (ENSCLMG00005011122)	ppa2 (ENSCLMG00005011126)	ARHGEF38 (ENSCLMG00005011127)	ints12 (ENSCLMG00005011129)	gstcd (ENSCLMG00005011131)	npnta (ENSCLMG00005011142) ##21	ENSCLMG00005011149	tbck (ENSCLMG00005011152)	aimp1a (ENSCLMG00005011257) ##22	dkk2 (ENSCLMG00005011258) ##23	papss1 (ENSCLMG00005011263)	sgms2a (ENSCLMG00005012059) ##24	cyp2u1 (ENSCLMG00005012060)	ENSCLMG00005012061	lef1 (ENSCLMG00005012062)	MCUB (ENSCLMG00005012063)	casp6a (ENSCLMG00005012064)	pla2g12a (ENSCLMG00005012065)	dnajb14 (ENSCLMG00005012067)	TTC39B (ENSCLMG00005012068) ##26	snapc3 (ENSCLMG00005012069)	ENSCLMG00005012070 ##30	sh3gl2a (ENSCLMG00005012072)	ENSCLMG00005012073
Stickleback	MODERN SPECIES	4	MXD4 (ENSGACG00000017587)	ENSGACG00000017579 ##16	ndufb6 (ENSGACG00000017573)	toporsa (ENSGACG00000017571) ##18	mtap (ENSGACG00000017558)	ENSGACG00000017556	CXXC4 (ENSGACG00000017555) ##20	ENSGACG00000017550	ppa2 (ENSGACG00000017548)	ENSGACG00000017545	ARHGEF38 (ENSGACG00000017541)	ints12 (ENSGACG00000017536)	gstcd (ENSGACG00000017529)	npnta (ENSGACG00000017519) ##21	tbck (ENSGACG00000017502)	aimp1a (ENSGACG00000017501) ##22	dkk2 (ENSGACG00000017496) ##23	papss1 (ENSGACG00000017494)	sgms2a (ENSGACG00000017492) ##24	cyp2u1 (ENSGACG00000017462)	lef1 (ENSGACG00000017458)	MCUB (ENSGACG00000017450)	casp6a (ENSGACG00000017443)	pla2g12a (ENSGACG00000017439)	dnajb14 (ENSGACG00000017429)	TTC39B (ENSGACG00000017412) ##26	snapc3 (ENSGACG00000017405)	PSIP1 (ENSGACG00000017401) ##27	bnc2 (ENSGACG00000017398) ##29	CNTLN (ENSGACG00000017390)	sh3gl2a (ENSGACG00000017387)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.bb.a	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Channel bull blenny	MODERN SPECIES		ENSCGOG00000009962	ndufb6 (ENSCGOG00000009974)	toporsa (ENSCGOG00000009987) ##18	mtap (ENSCGOG00000009991)	ENSCGOG00000010013	ENSCGOG00000010014	TET2 (ENSCGOG00000010016)	ARHGEF38 (ENSCGOG00000010026)	ints12 (ENSCGOG00000010030)	gstcd (ENSCGOG00000010034)	npnta (ENSCGOG00000010047) ##21	ENSCGOG00000010061	ENSCGOG00000010068	ENSCGOG00000010181	tbck (ENSCGOG00000010212)	aimp1a (ENSCGOG00000011329) ##22	dkk2 (ENSCGOG00000011331) ##23	papss1 (ENSCGOG00000011408)	sgms2a (ENSCGOG00000013284) ##24	cyp2u1 (ENSCGOG00000013287)	ENSCGOG00000013353	lef1 (ENSCGOG00000013599)	MCUB (ENSCGOG00000013615)	casp6a (ENSCGOG00000013620)	pla2g12a (ENSCGOG00000013622)	dnajb14 (ENSCGOG00000013623)	TTC39B (ENSCGOG00000013691) ##26	snapc3 (ENSCGOG00000014150)	ENSCGOG00000014151 ##30	ENSCGOG00000014156 ##27	bnc2 (ENSCGOG00000014160) ##29
Pike perch	MODERN SPECIES	45	ENSSLUG00000022880 #14	MXD4 (ENSSLUG00000022882)	ENSSLUG00000001552 ##16	ndufb6 (ENSSLUG00000001563)	toporsa (ENSSLUG00000001568) ##18	mtap (ENSSLUG00000001591)	ENSSLUG00000001607	CXXC4 (ENSSLUG00000001615) ##20	TET2 (ENSSLUG00000001662)	ppa2 (ENSSLUG00000001711)	ARHGEF38 (ENSSLUG00000001753)	ints12 (ENSSLUG00000001767)	gstcd (ENSSLUG00000001775)	npnta (ENSSLUG00000001853) ##21	tbck (ENSSLUG00000002020)	aimp1a (ENSSLUG00000002129) ##22	dkk2 (ENSSLUG00000002133) ##23	ENSSLUG00000002143	papss1 (ENSSLUG00000002199)	sgms2a (ENSSLUG00000002502) ##24	cyp2u1 (ENSSLUG00000002524)	hadh (ENSSLUG00000002585)	lef1 (ENSSLUG00000002593)	MCUB (ENSSLUG00000002599)	casp6a (ENSSLUG00000002604)	pla2g12a (ENSSLUG00000002613)	dnajb14 (ENSSLUG00000002624)	TTC39B (ENSSLUG00000002628) ##26	snapc3 (ENSSLUG00000002640)	ENSSLUG00000002645 ##30	ENSSLUG00000002652 ##27
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.bb.a	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.c.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Gilthead seabream	MODERN SPECIES		toporsa (ENSSAUG00010018715) ##18	mtap (ENSSAUG00010018714)	ENSSAUG00010018712	ENSSAUG00010018710	CXXC4 (ENSSAUG00010018707) ##20	TET2 (ENSSAUG00010018703)	ppa2 (ENSSAUG00010018692)	ARHGEF38 (ENSSAUG00010018687)	ints12 (ENSSAUG00010018684)	gstcd (ENSSAUG00010018641)	npnta (ENSSAUG00010018549) ##21	ENSSAUG00010018544	ENSSAUG00010018540	ENSSAUG00010018531	tbck (ENSSAUG00010018488)	aimp1a (ENSSAUG00010018483) ##22	dkk2 (ENSSAUG00010018482) ##23	papss1 (ENSSAUG00010017671)	sgms2a (ENSSAUG00010017667) ##24	cyp2u1 (ENSSAUG00010017666)	hadh (ENSSAUG00010017665)	lef1 (ENSSAUG00010017607)	MCUB (ENSSAUG00010017605)	CASP6 (ENSSAUG00010017602)	CASP6 (ENSSAUG00010017589)	PLA2G12A (ENSSAUG00010017581)	dnajb14 (ENSSAUG00010017579)	TTC39B (ENSSAUG00010017034) ##26	snapc3 (ENSSAUG00010017016)	PSIP1 (ENSSAUG00010017014) ##27	bnc2 (ENSSAUG00010017001) ##29
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510.bb.a	ENSGT00940000156796.c.a.e.b.c.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
European seabass	MODERN SPECIES	20	pdcd4a (ENSDLAG00005008050)	ENSDLAG00005008245	ENSDLAG00005008270 ##16	toporsa (ENSDLAG00005008307) ##18	mtap (ENSDLAG00005008314)	ENSDLAG00005030819	CXXC4 (ENSDLAG00005029513) ##20	TET2 (ENSDLAG00005008342)	ppa2 (ENSDLAG00005008369)	ARHGEF38 (ENSDLAG00005008659)	ints12 (ENSDLAG00005008683)	gstcd (ENSDLAG00005008704)	npnta (ENSDLAG00005008770) ##21	ENSDLAG00005008986	tbck (ENSDLAG00005009196)	aimp1a (ENSDLAG00005009303) ##22	SGMS2 (ENSDLAG00005009658) ##24	dkk2 (ENSDLAG00005009325) ##23	papss1 (ENSDLAG00005009340)	cyp2u1 (ENSDLAG00005009666)	HADH (ENSDLAG00005009678)	lef1 (ENSDLAG00005009739)	MCUB (ENSDLAG00005009854)	ENSDLAG00005009860	PLA2G12A (ENSDLAG00005009873)	ENSDLAG00005009883	TTC39B (ENSDLAG00005009905) ##26	SNAPC3 (ENSDLAG00005010205)	ENSDLAG00005030701 ##30	bnc2 (ENSDLAG00005010217) ##29	CNTLN (ENSDLAG00005029895)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	481	MTAP (ENSLCRG00005005520)	toporsa (ENSLCRG00005005521) ##18	ENSLCRG00005005522	ENSLCRG00005005525	CXXC4 (ENSLCRG00005005531) ##20	TET2 (ENSLCRG00005005534)	ppa2 (ENSLCRG00005005537)	ARHGEF38 (ENSLCRG00005005538)	ints12 (ENSLCRG00005005541)	gstcd (ENSLCRG00005005544)	npnta (ENSLCRG00005005549) ##21	ENSLCRG00005005565	ENSLCRG00005005621	ENSLCRG00005005622	tbck (ENSLCRG00005005651)	aimp1a (ENSLCRG00005005691) ##22	dkk2 (ENSLCRG00005005694) ##23	papss1 (ENSLCRG00005005706)	sgms2a (ENSLCRG00005006482) ##24	ENSLCRG00005006485	ENSLCRG00005006487	sgms2a (ENSLCRG00005006489) ##24	cyp2u1 (ENSLCRG00005006492)	hadh (ENSLCRG00005006494)	lef1 (ENSLCRG00005006498)	ENSLCRG00005006513	casp6a (ENSLCRG00005006514)	dnajb14 (ENSLCRG00005006518)	TTC39B (ENSLCRG00005006531) ##26	ENSLCRG00005006962	snapc3 (ENSLCRG00005006965)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000166257.l	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29	ENSGT00440000034932
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000156796.c.a.e.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29	ENSGT00440000034932
Climbing perch	MODERN SPECIES		CXXC4 (ENSATEG00000029220) ##20	TET2 (ENSATEG00000016078)	ppa2 (ENSATEG00000016014)	ARHGEF38 (ENSATEG00000015986)	ints12 (ENSATEG00000015968)	gstcd (ENSATEG00000015949)	npnta (ENSATEG00000015897) ##21	ENSATEG00000015877	ENSATEG00000015731	ENSATEG00000025691	ENSATEG00000026770	ENSATEG00000015847	ENSATEG00000015678	ENSATEG00000015801	tbck (ENSATEG00000015402)	aimp1a (ENSATEG00000029193) ##22	dkk2 (ENSATEG00000015345) ##23	papss1 (ENSATEG00000015312)	sgms2a (ENSATEG00000015292) ##24	CYP2U1 (ENSATEG00000015287)	ENSATEG00000029531	lef1 (ENSATEG00000015220)	MCUB (ENSATEG00000015173)	MCUB (ENSATEG00000027969)	ENSATEG00000029187	ENSATEG00000027126	CASP6 (ENSATEG00000015084)	PLA2G12A (ENSATEG00000015055)	ENSATEG00000015046	TTC39B (ENSATEG00000014953) ##26	SNAPC3 (ENSATEG00000014933)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES		herc3 (ENSBSLG00000000076)	ENSBSLG00000000075	FAM13A (ENSBSLG00000000074)	ENSBSLG00000000073	zgc:154142 (ENSBSLG00000000072)	ENSBSLG00000000071	elmod2 (ENSBSLG00000000070)	npnta (ENSBSLG00000000069) ##21	ENSBSLG00000000068	ENSBSLG00000000067	ENSBSLG00000000066	ENSBSLG00000000065	ENSBSLG00000000064	ENSBSLG00000000063	tbck (ENSBSLG00000000062)	aimp1a (ENSBSLG00000000061) ##22	dkk2 (ENSBSLG00000000060) ##23	papss1 (ENSBSLG00000000059)	sgms2a (ENSBSLG00000000058) ##24	coro2aa (ENSBSLG00000000057) ##31	anp32b (ENSBSLG00000000055)	trmo (ENSBSLG00000000054)	ENSBSLG00000000053	ENSBSLG00000000052	ENSBSLG00000000051	ENSBSLG00000000050	ENSBSLG00000000049	ENSBSLG00000000048	mttp (ENSBSLG00000000047)	lgi2b (ENSBSLG00000000046)	ccdc149b (ENSBSLG00000000045)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES		ENSMAMG00000016061	CXXC4 (ENSMAMG00000016055) ##20	TET2 (ENSMAMG00000016030)	ppa2 (ENSMAMG00000015994)	ARHGEF38 (ENSMAMG00000015977)	ints12 (ENSMAMG00000015954)	gstcd (ENSMAMG00000015934)	npnta (ENSMAMG00000015897) ##21	ENSMAMG00000026065	ENSMAMG00000015865	ENSMAMG00000015849	ENSMAMG00000015835	ENSMAMG00000015825	ENSMAMG00000015817	tbck (ENSMAMG00000015786)	aimp1a (ENSMAMG00000015765) ##22	dkk2 (ENSMAMG00000015742) ##23	papss1 (ENSMAMG00000015701)	sgms2a (ENSMAMG00000015685) ##24	cyp2u1 (ENSMAMG00000015679)	hadh (ENSMAMG00000015669)	lef1 (ENSMAMG00000015643)	MCUB (ENSMAMG00000015635)	ENSMAMG00000015607	PLA2G12A (ENSMAMG00000025639)	ENSMAMG00000015593	TTC39B (ENSMAMG00000015572) ##26	SNAPC3 (ENSMAMG00000015560)	ENSMAMG00000025762	ENSMAMG00000015548 ##30	bnc2 (ENSMAMG00000015501) ##29
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000153942.a.e.a ##30	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Greater amberjack	MODERN SPECIES	177	MXD4 (ENSSDUG00000002525)	ENSSDUG00000002503 ##16	ndufb6 (ENSSDUG00000002492)	toporsa (ENSSDUG00000002479) ##18	mtap (ENSSDUG00000002444)	ENSSDUG00000002474	CXXC4 (ENSSDUG00000002428) ##20	TET2 (ENSSDUG00000002400)	ppa2 (ENSSDUG00000002358)	ARHGEF38 (ENSSDUG00000002327)	ints12 (ENSSDUG00000002296)	gstcd (ENSSDUG00000002259)	npnta (ENSSDUG00000002246) ##21	ENSSDUG00000002209	tbck (ENSSDUG00000002100)	aimp1a (ENSSDUG00000002067) ##22	dkk2 (ENSSDUG00000002053) ##23	papss1 (ENSSDUG00000002013)	sgms2a (ENSSDUG00000001995) ##24	cyp2u1 (ENSSDUG00000001985)	hadh (ENSSDUG00000001972)	lef1 (ENSSDUG00000001937)	MCUB (ENSSDUG00000001920)	casp6a (ENSSDUG00000001890)	pla2g12a (ENSSDUG00000001867)	pla2g12a (ENSSDUG00000001850)	dnajb14 (ENSSDUG00000001838)	TTC39B (ENSSDUG00000001743) ##26	snapc3 (ENSSDUG00000001704)	ENSSDUG00000001638 ##30	bnc2 (ENSSDUG00000001612) ##29
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3166														ENSSLDG00000023640	tbck (ENSSLDG00000023574)	aimp1a (ENSSLDG00000023538) ##22	dkk2 (ENSSLDG00000023524) ##23	papss1 (ENSSLDG00000023505)	sgms2a (ENSSLDG00000023496) ##24	cyp2u1 (ENSSLDG00000023490)	hadh (ENSSLDG00000023472)	lef1 (ENSSLDG00000023447)	MCUB (ENSSLDG00000023433)	casp6a (ENSSLDG00000023413)	pla2g12a (ENSSLDG00000023403)	pla2g12a (ENSSLDG00000023397)	dnajb14 (ENSSLDG00000023379)	TTC39B (ENSSLDG00000023365) ##26	snapc3 (ENSSLDG00000023354)	ENSSLDG00000023338 ##30	ENSSLDG00000023325 ##27
Barramundi perch	MODERN SPECIES	284														ENSLCAG00010004820	tbck (ENSLCAG00010004851)	aimp1a (ENSLCAG00010004932) ##22	dkk2 (ENSLCAG00010004941) ##23	papss1 (ENSLCAG00010004973)	sgms2a (ENSLCAG00010005095) ##24	cyp2u1 (ENSLCAG00010005111)	hadh (ENSLCAG00010005167)	lef1 (ENSLCAG00010005178)	MCUB (ENSLCAG00010005181)	casp6a (ENSLCAG00010005183)	pla2g12a (ENSLCAG00010005189)	dnajb14 (ENSLCAG00010005194)	TTC39B (ENSLCAG00010005202) ##26	snapc3 (ENSLCAG00010005207)	PSIP1 (ENSLCAG00010005218) ##27	bnc2 (ENSLCAG00010005232) ##29	ENSLCAG00010005251
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000160120	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000155191.a.b	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a.c ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b ##29
Tongue sole	MODERN SPECIES	19	rnf24 (ENSCSEG00000002874)	sh3d19 (ENSCSEG00000002865) ##9	rps3a (ENSCSEG00000002859)	mab21l2 (ENSCSEG00000002857)	LRBA (ENSCSEG00000002835)	ENSCSEG00000002776 ##10	CXXC4 (ENSCSEG00000002771) ##20	TET2 (ENSCSEG00000002763)	ppa2 (ENSCSEG00000002757)	ARHGEF38 (ENSCSEG00000002751)	ints12 (ENSCSEG00000002750)	gstcd (ENSCSEG00000002732)	npnta (ENSCSEG00000002717) ##21	ENSCSEG00000002704	tbck (ENSCSEG00000002672)	aimp1a (ENSCSEG00000002665) ##22	dkk2 (ENSCSEG00000002656) ##23	papss1 (ENSCSEG00000002644)	sgms2a (ENSCSEG00000002639) ##24	ccdc86 (ENSCSEG00000002637)	glb1 (ENSCSEG00000002616)	acy3.2 (ENSCSEG00000002608)	cldnd1b (ENSCSEG00000002603)	tacr3l (ENSCSEG00000002593)	ENSCSEG00000002589	olfm2b (ENSCSEG00000002585)	MFAP4 (ENSCSEG00000002584)	TRIP10 (ENSCSEG00000002571)	ENSCSEG00000002449	VAV1 (ENSCSEG00000002409)	UBL5 (ENSCSEG00000002401)
Turbot	MODERN SPECIES	20	ENSSMAG00000021849	ENSSMAG00000021763 ##16	ndufb6 (ENSSMAG00000027350)	toporsa (ENSSMAG00000036294) ##18	ENSSMAG00000007513	MTAP (ENSSMAG00000007466)	CXXC4 (ENSSMAG00000007457) ##20	TET2 (ENSSMAG00000007440)	ppa2 (ENSSMAG00000007385)	ARHGEF38 (ENSSMAG00000007336)	ints12 (ENSSMAG00000037653)	gstcd (ENSSMAG00000007270)	npnta (ENSSMAG00000007216) ##21	ENSSMAG00000007192	tbck (ENSSMAG00000007041)	aimp1a (ENSSMAG00000007003) ##22	dkk2 (ENSSMAG00000021635) ##23	papss1 (ENSSMAG00000037785)	papss1 (ENSSMAG00000006962)	sgms2a (ENSSMAG00000006951) ##24	CYP2U1 (ENSSMAG00000006946)	ENSSMAG00000022426	lef1 (ENSSMAG00000006863)	ENSSMAG00000032699	MCUB (ENSSMAG00000025927)	ENSSMAG00000006830	PLA2G12A (ENSSMAG00000006813)	ENSSMAG00000006769	TTC39B (ENSSMAG00000006732) ##26	SNAPC3 (ENSSMAG00000006705)	ENSSMAG00000006676 ##30
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	518	ndufb6 (ENSHCOG00000003650)	toporsa (ENSHCOG00000003662) ##18	ENSHCOG00000003671 ##18	mtap (ENSHCOG00000003721)	ENSHCOG00000003726	CXXC4 (ENSHCOG00000003734) ##20	TET2 (ENSHCOG00000003746)	ppa2 (ENSHCOG00000003790)	ARHGEF38 (ENSHCOG00000004074)	ints12 (ENSHCOG00000004115)	gstcd (ENSHCOG00000004127)	npnta (ENSHCOG00000004139) ##21	ENSHCOG00000004178	ENSHCOG00000004208	tbck (ENSHCOG00000004247)	aimp1a (ENSHCOG00000004278) ##22	dkk2 (ENSHCOG00000004288) ##23	papss1 (ENSHCOG00000004311)	sgms2a (ENSHCOG00000004321) ##24	cyp2u1 (ENSHCOG00000004328)	hadh (ENSHCOG00000004334)	lef1 (ENSHCOG00000004370)	MCUB (ENSHCOG00000004388)	casp6a (ENSHCOG00000004398)	pla2g12a (ENSHCOG00000004405)	dnajb14 (ENSHCOG00000004415)	TTC39B (ENSHCOG00000004429) ##26	snapc3 (ENSHCOG00000004441)	ENSHCOG00000000120 ##27	ENSHCOG00000000121	ENSHCOG00000004478
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00940000156063.l	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.a.c.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00940000156063.l	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.a.c.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000182021	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00390000016264	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000182021	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	50							ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00390000016264	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a	ENSGT00390000004643
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160859	ENSGT00950000182787.A.a	ENSGT00940000157057.e	ENSGT00940000157889.g.b	ENSGT00390000013639	ENSGT00940000154406	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.a.a.b.b.b.g.a.a.a.a	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Orange clownfish	MODERN SPECIES	17	myom2a (ENSAPEG00000010774)	ENSAPEG00000010819	lgsn (ENSAPEG00000010837)	ptp4a1 (ENSAPEG00000010869)	ENSAPEG00000010898	ENSAPEG00000010945	frem3 (ENSAPEG00000010978)	ENSAPEG00000011084	smarca5 (ENSAPEG00000011117)	USP38 (ENSAPEG00000011231)	gab1 (ENSAPEG00000011280)	INPP4B (ENSAPEG00000011366)	ENSAPEG00000011489	znf330 (ENSAPEG00000011528)	rnf150a (ENSAPEG00000011567)	aimp1a (ENSAPEG00000011617) ##22	TBC1D9 (ENSAPEG00000011638)	ucp1 (ENSAPEG00000011739)	elmod2 (ENSAPEG00000011781)	ENSAPEG00000011829	zgc:154142 (ENSAPEG00000011841)	ENSAPEG00000011972	ENSAPEG00000012618	ENSAPEG00000012682	FAM13A (ENSAPEG00000012697)	herc3 (ENSAPEG00000012760)	ppm1kb (ENSAPEG00000012881)	abcg2d (ENSAPEG00000012923)	pkd2 (ENSAPEG00000013169)	g3bp2a (ENSAPEG00000013191) #34	uso1 (ENSAPEG00000013266)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	894												INPP4B (ENSAOCG00000013860)	ENSAOCG00000000872	znf330 (ENSAOCG00000013923)	rnf150a (ENSAOCG00000013994)	aimp1a (ENSAOCG00000014013) ##22	TBC1D9 (ENSAOCG00000000913)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	497												INPP4B (ENSAPOG00000013228)	ENSAPOG00000012922	znf330 (ENSAPOG00000012899)	rnf150a (ENSAPOG00000012797)	ENSAPOG00000012785 ##22
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	273	pou4f2 (ENSSPAG00000003264)	lsm6 (ENSSPAG00000003246)	ZNF827 (ENSSPAG00000003227)	mmaa (ENSSPAG00000003209)	smad1 (ENSSPAG00000003181)	ENSSPAG00000003148 ##21	hhip (ENSSPAG00000003111)	frem3 (ENSSPAG00000003014)	smarca5 (ENSSPAG00000002894)	USP38 (ENSSPAG00000002838)	gab1 (ENSSPAG00000002811)	INPP4B (ENSSPAG00000002647)	IL15 (ENSSPAG00000002613)	znf330 (ENSSPAG00000002574)	rnf150a (ENSSPAG00000002551)	aimp1a (ENSSPAG00000002363) ##22	TBC1D9 (ENSSPAG00000002265)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000182021	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a	ENSGT00940000176008
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a	ENSGT00940000176008
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a	ENSGT00390000004643
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a	ENSGT00390000004643
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT01020000230593.A.a.a.b.a	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a	ENSGT00390000004643
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1109	lsm6 (ENSMZEG00005009146)	ZNF827 (ENSMZEG00005009161)	mmaa (ENSMZEG00005009182)	smad1 (ENSMZEG00005009232)	ENSMZEG00005009254 ##21	hhip (ENSMZEG00005009266)	ENSMZEG00005009316	frem3 (ENSMZEG00005009329)	smarca5 (ENSMZEG00005009369)	USP38 (ENSMZEG00005009405)	gab1 (ENSMZEG00005009435)	INPP4B (ENSMZEG00005009493)	ENSMZEG00005009512	znf330 (ENSMZEG00005009522)	rnf150a (ENSMZEG00005009552)	ENSMZEG00005009578 ##22	TBC1D9 (ENSMZEG00005009608)	ucp1 (ENSMZEG00005009660)	elmod2 (ENSMZEG00005009673)	ENSMZEG00005009696	zgc:154142 (ENSMZEG00005009708)	ENSMZEG00005009833	FAM13A (ENSMZEG00005019296)	herc3 (ENSMZEG00005019314)	ppm1kb (ENSMZEG00005019331)	abcg2d (ENSMZEG00005019342)	pkd2 (ENSMZEG00005019397)	g3bp2a (ENSMZEG00005019412) #34	uso1 (ENSMZEG00005019428)	coro2aa (ENSMZEG00005019481) ##31	anp32b (ENSMZEG00005019491)
Eastern happy	MODERN SPECIES	18	pou4f2 (ENSACLG00000025642)	lsm6 (ENSACLG00000025621)	ZNF827 (ENSACLG00000025596)	mmaa (ENSACLG00000025573)	smad1 (ENSACLG00000025551)	hhip (ENSACLG00000025463)	ENSACLG00000025454	frem3 (ENSACLG00000025404)	smarca5 (ENSACLG00000025356)	USP38 (ENSACLG00000025258)	gab1 (ENSACLG00000025199)	INPP4B (ENSACLG00000025043)	ENSACLG00000024911	znf330 (ENSACLG00000024905)	rnf150a (ENSACLG00000024899)	ENSACLG00000024885 ##22	TBC1D9 (ENSACLG00000024858)	ucp1 (ENSACLG00000024214)	elmod2 (ENSACLG00000024210)	ENSACLG00000024205	zgc:154142 (ENSACLG00000024201)	ENSACLG00000023413	FAM13A (ENSACLG00000023269)	herc3 (ENSACLG00000023117)	ppm1kb (ENSACLG00000023085)	ENSACLG00000023078	abcg2d (ENSACLG00000023066)	pkd2 (ENSACLG00000023026)	g3bp2a (ENSACLG00000022950) #34	ENSACLG00000022939	uso1 (ENSACLG00000022762)
P. nyererei	MODERN SPECIES	317	pou4f2 (ENSPNYG00000012640)	lsm6 (ENSPNYG00000012614)	ZNF827 (ENSPNYG00000012573)	mmaa (ENSPNYG00000012505)	smad1 (ENSPNYG00000012479)	ENSPNYG00000012454 ##21	hhip (ENSPNYG00000012413)	frem3 (ENSPNYG00000012348)	smarca5 (ENSPNYG00000012299)	USP38 (ENSPNYG00000012254)	gab1 (ENSPNYG00000012209)	INPP4B (ENSPNYG00000012150)	ENSPNYG00000012123	znf330 (ENSPNYG00000012078)	rnf150a (ENSPNYG00000012052)	ENSPNYG00000012011 ##22	TBC1D9 (ENSPNYG00000011965)	ucp1 (ENSPNYG00000011941)	elmod2 (ENSPNYG00000011913)	ENSPNYG00000011900	zgc:154142 (ENSPNYG00000011477)	ENSPNYG00000011338	ENSPNYG00000011326	FAM13A (ENSPNYG00000011283)	herc3 (ENSPNYG00000011226)	ppm1kb (ENSPNYG00000011197)	abcg2d (ENSPNYG00000010963)	pkd2 (ENSPNYG00000010864)	g3bp2a (ENSPNYG00000010813) #34	uso1 (ENSPNYG00000010717)	coro2aa (ENSPNYG00000010586) ##31
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	301												INPP4B (ENSNBRG00000009552)	ENSNBRG00000009660	znf330 (ENSNBRG00000009682)	rnf150a (ENSNBRG00000009713)	ENSNBRG00000009760 ##22	TBC1D9 (ENSNBRG00000009805)	ucp1 (ENSNBRG00000009854)	elmod2 (ENSNBRG00000009864)	ENSNBRG00000009885	ENSNBRG00000009904	zgc:154142 (ENSNBRG00000010128)	ENSNBRG00000011650	FAM13A (ENSNBRG00000011664)	herc3 (ENSNBRG00000011703)	ppm1kb (ENSNBRG00000011755)	abcg2d (ENSNBRG00000011778)	pkd2 (ENSNBRG00000011817)	g3bp2a (ENSNBRG00000011881) #34	uso1 (ENSNBRG00000011934)	coro2aa (ENSNBRG00000011998) ##31
Nile tilapia	MODERN SPECIES	18	pou4f2 (ENSONIG00000037896)	lsm6 (ENSONIG00000010005)	ZNF827 (ENSONIG00000010003)	mmaa (ENSONIG00000010002)	smad1 (ENSONIG00000010000)	hhip (ENSONIG00000009998)	frem3 (ENSONIG00000009996)	smarca5 (ENSONIG00000009993)	USP38 (ENSONIG00000009989)	gab1 (ENSONIG00000009987)	INPP4B (ENSONIG00000017409)	ENSONIG00000025173	ENSONIG00000017414	znf330 (ENSONIG00000017416)	rnf150 (ENSONIG00000030179)	ENSONIG00000036912 ##22	TBC1D9 (ENSONIG00000017420)	ucp1 (ENSONIG00000029627)	elmod2 (ENSONIG00000017427)	ENSONIG00000017440	zgc:154142 (ENSONIG00000017438)	herc3 (ENSONIG00000017442)	ppm1k (ENSONIG00000017445)	abcg2d (ENSONIG00000017446)	pkd2 (ENSONIG00000017449)	g3bp2a (ENSONIG00000017454) #34	uso1 (ENSONIG00000017455)	coro2aa (ENSONIG00000017463) ##31	anp32b (ENSONIG00000017468)	trmo (ENSONIG00000017470)	ENSONIG00000017471
Midas cichlid	MODERN SPECIES	500	lsm6 (ENSACIG00000016711)	ZNF827 (ENSACIG00000016727)	mmaa (ENSACIG00000016787)	smad1 (ENSACIG00000016808)	ENSACIG00000016826 ##21	hhip (ENSACIG00000016839)	frem3 (ENSACIG00000016876)	ENSACIG00000016943	smarca5 (ENSACIG00000016982)	USP38 (ENSACIG00000017032)	gab1 (ENSACIG00000017106)	INPP4B (ENSACIG00000017130)	ENSACIG00000017167	znf330 (ENSACIG00000017179)	rnf150a (ENSACIG00000017204)	ENSACIG00000017258 ##22	TBC1D9 (ENSACIG00000017296)	ucp1 (ENSACIG00000017327)	elmod2 (ENSACIG00000017346)	ENSACIG00000017357	ENSACIG00000017361	zgc:154142 (ENSACIG00000017367)	ENSACIG00000017440	ENSACIG00000018084	FAM13A (ENSACIG00000018094)	ENSACIG00000018132	herc3 (ENSACIG00000018143)	ppm1kb (ENSACIG00000018202)	abcg2d (ENSACIG00000018244)	pkd2 (ENSACIG00000018464)	g3bp2a (ENSACIG00000018498) #34
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.a.c.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT01010000228726
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT01010000228726
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	21	pou4f2 (ENSLBEG00000018457)	lsm6 (ENSLBEG00000018441)	ZNF827 (ENSLBEG00000018372)	mmaa (ENSLBEG00000018336)	smad1 (ENSLBEG00000018312)	hhip (ENSLBEG00000018285)	frem3 (ENSLBEG00000018220)	smarca5 (ENSLBEG00000018112)	USP38 (ENSLBEG00000018055)	gab1 (ENSLBEG00000018005)	INPP4B (ENSLBEG00000017956)	ENSLBEG00000017906	ENSLBEG00000017877	znf330 (ENSLBEG00000017836)	rnf150a (ENSLBEG00000017809)	ENSLBEG00000017791 ##22	TBC1D9 (ENSLBEG00000017698)	ucp1 (ENSLBEG00000017630)	elmod2 (ENSLBEG00000017583)	ENSLBEG00000017556	zgc:154142 (ENSLBEG00000017494)	ENSLBEG00000017158	ENSLBEG00000016968	FAM13A (ENSLBEG00000016910)	herc3 (ENSLBEG00000016794)	ppm1kb (ENSLBEG00000016731)	abcg2d (ENSLBEG00000016644)	pkd2 (ENSLBEG00000016576)	g3bp2a (ENSLBEG00000016487) #34	uso1 (ENSLBEG00000016304)	coro2aa (ENSLBEG00000016221) ##31
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT01010000228726
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155201.c ##7	ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00940000153216.a.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
European seabass	MODERN SPECIES	20	ednraa (ENSDLAG00005018366)	pou4f2 (ENSDLAG00005026695)	ZNF827 (ENSDLAG00005018297)	lsm6 (ENSDLAG00005031332)	MMAA (ENSDLAG00005031698)	SMAD1 (ENSDLAG00005018256)	HHIP (ENSDLAG00005017875)	FREM3 (ENSDLAG00005017468)	ENSDLAG00005017062	ENSDLAG00005016953	ENSDLAG00005016900	INPP4B (ENSDLAG00005015901)	ENSDLAG00005028497	znf330 (ENSDLAG00005015792)	rnf150a (ENSDLAG00005028800)	ENSDLAG00005032230 ##22	TBC1D9 (ENSDLAG00005013887)	ucp1 (ENSDLAG00005013841)	elmod2 (ENSDLAG00005035009)	ENSDLAG00005028531	zgc:154142 (ENSDLAG00005013791)	ENSDLAG00005013770	FAM13A (ENSDLAG00005013386)	herc3 (ENSDLAG00005015150)	ppm1kb (ENSDLAG00005028505)	abcg2d (ENSDLAG00005013587)	pkd2 (ENSDLAG00005012936)	g3bp2a (ENSDLAG00005012829) #34	uso1 (ENSDLAG00005010954)	coro2aa (ENSDLAG00005010461) ##31	anp32b (ENSDLAG00005010361)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	481	ednraa (ENSLCRG00005010744)	pou4f2 (ENSLCRG00005010743)	ZNF827 (ENSLCRG00005010740)	mmaa (ENSLCRG00005010737)	smad1 (ENSLCRG00005010722)	hhip (ENSLCRG00005010299)	frem3 (ENSLCRG00005010273)	smarca5 (ENSLCRG00005009183)	USP38 (ENSLCRG00005009154)	gab1 (ENSLCRG00005009144)	INPP4B (ENSLCRG00005009113)	ENSLCRG00005009109	ENSLCRG00005009106	znf330 (ENSLCRG00005009105)	rnf150a (ENSLCRG00005009104)	ENSLCRG00005009103 ##22	TBC1D9 (ENSLCRG00005008729)	ucp1 (ENSLCRG00005008719)	ENSLCRG00005008716	ENSLCRG00005008713	zgc:154142 (ENSLCRG00005008711)	FAM13A (ENSLCRG00005008256)	herc3 (ENSLCRG00005008121)	ppm1kb (ENSLCRG00005008114)	abcg2d (ENSLCRG00005007880)	pkd2 (ENSLCRG00005007737)	g3bp2a (ENSLCRG00005007726) #34	uso1 (ENSLCRG00005007454)	coro2aa (ENSLCRG00005007439) ##31	anp32b (ENSLCRG00005007400)	ENSLCRG00005007398
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT01010000228726	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978.jb	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT01010000228726	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Lumpfish	MODERN SPECIES		ednraa (ENSCLMG00005005170)	pou4f2 (ENSCLMG00005005167)	lsm6 (ENSCLMG00005005166)	ZNF827 (ENSCLMG00005005160)	mmaa (ENSCLMG00005005153)	smad1 (ENSCLMG00005005097)	hhip (ENSCLMG00005005095)	frem3 (ENSCLMG00005005089)	smarca5 (ENSCLMG00005004849)	USP38 (ENSCLMG00005004794)	gab1 (ENSCLMG00005004785)	INPP4B (ENSCLMG00005003749)	ENSCLMG00005003737	znf330 (ENSCLMG00005003736)	rnf150a (ENSCLMG00005003709)	ENSCLMG00005003706 ##22	TBC1D9 (ENSCLMG00005002677)	ucp1 (ENSCLMG00005002673)	elmod2 (ENSCLMG00005002671)	ENSCLMG00005002669	zgc:154142 (ENSCLMG00005002668)	FAM13A (ENSCLMG00005002581)	herc3 (ENSCLMG00005002528)	ppm1kb (ENSCLMG00005002520)	abcg2d (ENSCLMG00005002135)	pkd2 (ENSCLMG00005001784)	g3bp2a (ENSCLMG00005001745) #34	uso1 (ENSCLMG00005000204)	coro2aa (ENSCLMG00005012080) ##31	ENSCLMG00005012077	anp32b (ENSCLMG00005012076)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT01030000234528.A.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT01010000228726
Pike perch	MODERN SPECIES	45	ednraa (ENSSLUG00000008237)	pou4f2 (ENSSLUG00000008234)	lsm6 (ENSSLUG00000008220)	ZNF827 (ENSSLUG00000008207)	mmaa (ENSSLUG00000008201)	smad1 (ENSSLUG00000008187)	hhip (ENSSLUG00000008057)	frem3 (ENSSLUG00000008040)	smarca5 (ENSSLUG00000007075)	USP38 (ENSSLUG00000006944)	gab1 (ENSSLUG00000006889)	INPP4B (ENSSLUG00000006676)	ENSSLUG00000006641	znf330 (ENSSLUG00000006625)	rnf150a (ENSSLUG00000006601)	aimp1a (ENSSLUG00000006579) ##22	TBC1D9 (ENSSLUG00000006319)	ucp1 (ENSSLUG00000006284)	elmod2 (ENSSLUG00000006262)	ENSSLUG00000006256	zgc:154142 (ENSSLUG00000006186)	ENSSLUG00000006172	FAM13A (ENSSLUG00000005137)	herc3 (ENSSLUG00000004909)	ppm1kb (ENSSLUG00000004881)	abcg2d (ENSSLUG00000004870)	pkd2 (ENSSLUG00000004702)	g3bp2a (ENSSLUG00000004589) #34	uso1 (ENSSLUG00000003949)	DNAH8 (ENSSLUG00000002909)	coro2aa (ENSSLUG00000002758) ##31
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.a.c.b.m.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT01010000228726
Zig-zag eel	MODERN SPECIES		ednraa (ENSMAMG00000013980)	pou4f2 (ENSMAMG00000013997)	lsm6 (ENSMAMG00000014029)	ZNF827 (ENSMAMG00000014049)	mmaa (ENSMAMG00000014087)	SMAD1 (ENSMAMG00000014098)	hhip (ENSMAMG00000014156)	ENSMAMG00000014200	ENSMAMG00000014294	ENSMAMG00000014345	ENSMAMG00000014375	INPP4B (ENSMAMG00000014457)	ENSMAMG00000014501	znf330 (ENSMAMG00000014531)	rnf150a (ENSMAMG00000014583)	ENSMAMG00000014617 ##22	TBC1D9 (ENSMAMG00000014631)	ucp1 (ENSMAMG00000027805)	elmod2 (ENSMAMG00000026353)	ENSMAMG00000024792	zgc:154142 (ENSMAMG00000014783)	ENSMAMG00000014862	FAM13A (ENSMAMG00000015006)	herc3 (ENSMAMG00000015062)	ppm1kb (ENSMAMG00000026247)	abcg2d (ENSMAMG00000015109)	pkd2 (ENSMAMG00000015146)	g3bp2a (ENSMAMG00000015188) #34	uso1 (ENSMAMG00000015241)	coro2aa (ENSMAMG00000015320) ##31	ENSMAMG00000025519
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263512.a.a.b.b	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000178904	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Climbing perch	MODERN SPECIES		ednraa (ENSATEG00000012561)	pou4f2 (ENSATEG00000012571)	lsm6 (ENSATEG00000012610)	ZNF827 (ENSATEG00000012638)	mmaa (ENSATEG00000012663)	SMAD1 (ENSATEG00000012687)	hhip (ENSATEG00000012722)	ENSATEG00000012793	ENSATEG00000012894	ENSATEG00000012992	ENSATEG00000013022	INPP4B (ENSATEG00000013142)	ENSATEG00000013177	znf330 (ENSATEG00000013192)	rnf150a (ENSATEG00000013265)	ENSATEG00000013284 ##22	TBC1D9 (ENSATEG00000013303)	ucp1 (ENSATEG00000013384)	elmod2 (ENSATEG00000013413)	ENSATEG00000026142	zgc:154142 (ENSATEG00000013459)	ENSATEG00000013545	FAM13A (ENSATEG00000013904)	herc3 (ENSATEG00000013999)	ppm1kb (ENSATEG00000014062)	abcg2d (ENSATEG00000014075)	pkd2 (ENSATEG00000014100)	g3bp2a (ENSATEG00000014140) #34	uso1 (ENSATEG00000014231)	coro2aa (ENSATEG00000027483) ##31	anp32b (ENSATEG00000014479)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.a.c.b.m.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.a.c.b.m.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Turbot	MODERN SPECIES	20	pou4f2 (ENSSMAG00000004538)	lsm6 (ENSSMAG00000004550)	ZNF827 (ENSSMAG00000004583)	mmaa (ENSSMAG00000004632)	SMAD1 (ENSSMAG00000004644)	ENSSMAG00000026272 ##21	ENSSMAG00000004670	frem3 (ENSSMAG00000004744)	ENSSMAG00000004801	ENSSMAG00000004860	ENSSMAG00000004882	INPP4B (ENSSMAG00000004999)	ENSSMAG00000032235	znf330 (ENSSMAG00000005173)	rnf150a (ENSSMAG00000005200)	ENSSMAG00000005210 ##22	TBC1D9 (ENSSMAG00000005232)	ucp1 (ENSSMAG00000005526)	elmod2 (ENSSMAG00000036172)	ENSSMAG00000005541	zgc:154142 (ENSSMAG00000005567)	FAM13A (ENSSMAG00000005633)	herc3 (ENSSMAG00000005759)	ppm1kb (ENSSMAG00000005847)	abcg2d (ENSSMAG00000005869)	pkd2 (ENSSMAG00000005899)	g3bp2a (ENSSMAG00000005956) #34	uso1 (ENSSMAG00000005986)	coro2aa (ENSSMAG00000006127) ##31	anp32b (ENSSMAG00000006150)	TRMO (ENSSMAG00000006315)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00390000016264.b	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a	ENSGT00390000004643
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000160339	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000156063.k	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00930000150973.B.f ##21	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000157297	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000156801.h	ENSGT00940000157587.k	ENSGT00490000044733	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.g	ENSGT00940000154950.y.a.d ##22	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT01030000234528.A.a.a	ENSGT01030000234528.A.b	ENSGT00950000183033.a.b.a	ENSGT00940000158189	ENSGT00940000156633.d.a	ENSGT00940000166376	ENSGT00940000159025	ENSGT00390000011365.b #34	ENSGT00390000017018.b	ENSGT00940000155598.a ##31	ENSGT00950000182907.a.b.b.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	391															rnf150a (ENSSDUG00000006699)	ENSSDUG00000006723 ##22	TBC1D9 (ENSSDUG00000006790)	ucp1 (ENSSDUG00000006854)	elmod2 (ENSSDUG00000006873)	ENSSDUG00000006910	zgc:154142 (ENSSDUG00000006919)	ENSSDUG00000007026	FAM13A (ENSSDUG00000007740)	herc3 (ENSSDUG00000007794)	ppm1kb (ENSSDUG00000007874)	abcg2d (ENSSDUG00000007902)	pkd2 (ENSSDUG00000007941)	g3bp2a (ENSSDUG00000008013) #34	uso1 (ENSSDUG00000008097)	coro2aa (ENSSDUG00000008243) ##31	anp32b (ENSSDUG00000008282)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2669				mmaa (ENSSLDG00000025241)	smad1 (ENSSLDG00000025231)	ENSSLDG00000025227 ##21	hhip (ENSSLDG00000025216)	frem3 (ENSSLDG00000025203)	smarca5 (ENSSLDG00000025190)	USP38 (ENSSLDG00000025183)	gab1 (ENSSLDG00000025161)	INPP4B (ENSSLDG00000025130)	ENSSLDG00000025119	znf330 (ENSSLDG00000025111)	rnf150a (ENSSLDG00000025109)	ENSSLDG00000025104 ##22	TBC1D9 (ENSSLDG00000025079)	ucp1 (ENSSLDG00000025071)	elmod2 (ENSSLDG00000025065)	ENSSLDG00000025062	zgc:154142 (ENSSLDG00000025047)	ENSSLDG00000024691	ENSSLDG00000024635
Barramundi perch	MODERN SPECIES	130	ednraa (ENSLCAG00010019419)	pou4f2 (ENSLCAG00010019522)	lsm6 (ENSLCAG00010019526)	ZNF827 (ENSLCAG00010019531)	mmaa (ENSLCAG00010019538)	smad1 (ENSLCAG00010019542)	hhip (ENSLCAG00010019547)	frem3 (ENSLCAG00010019552)	smarca5 (ENSLCAG00010019634)	USP38 (ENSLCAG00010019932)	gab1 (ENSLCAG00010019942)	INPP4B (ENSLCAG00010019963)	ENSLCAG00010020006	znf330 (ENSLCAG00010020011)	rnf150a (ENSLCAG00010020019)	ENSLCAG00010020024 ##22	TBC1D9 (ENSLCAG00010020049)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	518	ednraa (ENSHCOG00000005641)	pou4f2 (ENSHCOG00000005600)	lsm6 (ENSHCOG00000005591)	ZNF827 (ENSHCOG00000005579)	mmaa (ENSHCOG00000005568)	smad1 (ENSHCOG00000005551)	hhip (ENSHCOG00000005531)	frem3 (ENSHCOG00000005497)	smarca5 (ENSHCOG00000005458)	USP38 (ENSHCOG00000000169)	gab1 (ENSHCOG00000005426)	INPP4B (ENSHCOG00000005379)	ENSHCOG00000005350	znf330 (ENSHCOG00000005340)	rnf150a (ENSHCOG00000005319)	aimp1a (ENSHCOG00000005309) ##22	TBC1D9 (ENSHCOG00000000805)	ucp1 (ENSHCOG00000005249)	elmod2 (ENSHCOG00000005233)	ENSHCOG00000000143	zgc:154142 (ENSHCOG00000005194)	ENSHCOG00000005171	FAM13A (ENSHCOG00000005154)	ppm1kb (ENSHCOG00000005137)	abcg2d (ENSHCOG00000005110)	pkd2 (ENSHCOG00000004926)	g3bp2a (ENSHCOG00000004888) #34	uso1 (ENSHCOG00000004829)	coro2aa (ENSHCOG00000004682) ##31	anp32b (ENSHCOG00000004637)	trmo (ENSHCOG00000004618)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES		MXD4 (ENSMMDG00005010036)	ENSMMDG00005010033 ##16	ndufb6 (ENSMMDG00005010032)	toporsa (ENSMMDG00005010031) ##18	mtap (ENSMMDG00005010028)	ENSMMDG00005010005	CXXC4 (ENSMMDG00005009998) ##20	TET2 (ENSMMDG00005009989)	ppa2 (ENSMMDG00005009960)	ARHGEF38 (ENSMMDG00005009949)	ints12 (ENSMMDG00005009945)	gstcd (ENSMMDG00005009941)	npnta (ENSMMDG00005009661) ##21	ENSMMDG00005009508	tbck (ENSMMDG00005009260)	aimp1a (ENSMMDG00005009224) ##22	dkk2 (ENSMMDG00005009215) ##23	papss1 (ENSMMDG00005008865)	sgms2a (ENSMMDG00005008725) ##24	cyp2u1 (ENSMMDG00005008716)	hadh (ENSMMDG00005008710)	lef1 (ENSMMDG00005008705)	ENSMMDG00005008700	casp6a (ENSMMDG00005008699)	ENSMMDG00005008698	ENSMMDG00005008695	ENSMMDG00005008691	ENSMMDG00005008531	hpf1 (ENSMMDG00005008525)	ENSMMDG00005008519	ppp2r2ca (ENSMMDG00005008515)
Cod	MODERN SPECIES	16	ENSGMOG00000035845	ENSGMOG00000017872 ##16	ndufb6 (ENSGMOG00000035222)	toporsa (ENSGMOG00000033137) ##18	mtap (ENSGMOG00000017834)	ENSGMOG00000035660	CXXC4 (ENSGMOG00000019812) ##20	TET2 (ENSGMOG00000033378)	ppa2 (ENSGMOG00000017788)	ENSGMOG00000017772	ARHGEF38 (ENSGMOG00000017732)	ints12 (ENSGMOG00000017716)	gstcd (ENSGMOG00000017674)	npnta (ENSGMOG00000035197) ##21	tbck (ENSGMOG00000017587)	aimp1a (ENSGMOG00000017576) ##22	dkk2 (ENSGMOG00000032641) ##23	papss1 (ENSGMOG00000017531)	sgms2a (ENSGMOG00000017521) ##24	cyp2u1 (ENSGMOG00000017507)	hadh (ENSGMOG00000017363)	lef1 (ENSGMOG00000017345)	MCUB (ENSGMOG00000017309)	ENSGMOG00000017291	ENSGMOG00000027873	ENSGMOG00000030193	ENSGMOG00000026188	PLA2G12A (ENSGMOG00000017185)	ENSGMOG00000017162	TTC39B (ENSGMOG00000017126) ##26	SNAPC3 (ENSGMOG00000017104)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00390000006684	ENSGT00390000007535	ENSGT00530000064170.c ##18	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984.c	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g	ENSGT00940000155140.hb	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b.p ##29	ENSGT00440000034932
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	112	ENSGT00940000163496.a.u.b.b.b	ENSGT00940000163496.a.u.a.b.a.b.b.a	ENSGT00950000182991.B.i	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.a.b.b	ENSGT00940000156796.c.a.a.a	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000158244.d	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984.c	ENSGT00940000159660.i.b	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g.a.a	ENSGT00940000155140.hb	ENSGT00390000008798.c.j.b.a	ENSGT00940000157887.r	ENSGT00390000008798.c.i	ENSGT00940000157887.q	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.l
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	88	ENSGT01100000263491.a.b.b.c.a.a.g	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.a.m.b	ENSGT00950000183109.d.e.b #14	ENSGT00940000160120.h	ENSGT00940000154108.b.a.a.c ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.z	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.a.b.b	ENSGT00940000156796.c.a.a.a.b	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000158244.d	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b.d ##24	ENSGT00940000157714.o	ENSGT00940000159984.c	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g.a.a	ENSGT00940000155140.hb	ENSGT00390000008798.c.j.b.a	ENSGT00940000157887.r	ENSGT00390000008798.c.i	ENSGT00940000157887.q	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.k	ENSGT00950000182907.a.b.b.a.j.a.a.b
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01100000263491.a.b.b.c.a.a.g	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.b.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.a.m.b.a	ENSGT00950000183109.d.e.b #14	ENSGT00940000160120.h	ENSGT00940000154108.b.a.a.c ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.z	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.a.a.a	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000158244.d	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a.a.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b.d ##24	ENSGT00940000157714.o.d	ENSGT00940000157714.p	ENSGT00940000157370.b.c ##24	ENSGT00940000157714.o.c	ENSGT00940000159984.c	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g.a.a	ENSGT00940000155140.hb	ENSGT00390000008798.c.i	ENSGT00940000157887.q	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.l
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	140							ENSGT00940000154108.b.a.a.d ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.z	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000156796.c.a.a.a.a	ENSGT00940000158244.c	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.a.a.a ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b.d ##24	ENSGT00940000157714.o.d	ENSGT00940000159984.c.c	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g.a.a	ENSGT00940000155140.hb	ENSGT00390000008798.c.i	ENSGT00940000157887.q	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708.l	ENSGT00940000154706.rb.b.b ##27	ENSGT00390000005844.a.b.p ##29	ENSGT00440000034932.b
Coho salmon	DUPLICATION
Coho salmon	MODERN SPECIES	412														ENSOKIG00005047296	tbck (ENSOKIG00005047151)	AIMP1 (ENSOKIG00005047103) ##22
Coho salmon	MODERN SPECIES	36	ENSOKIG00005030106	toporsa (ENSOKIG00005030095) ##18	ndufb6 (ENSOKIG00005030085)	TMEM215 (ENSOKIG00005030080)	ENSOKIG00005030064 ##16	CXXC4 (ENSOKIG00005030041) ##20	TET2 (ENSOKIG00005030025)	ppa2 (ENSOKIG00005029716)	ARHGEF38 (ENSOKIG00005029680)	ints12 (ENSOKIG00005029672)	gstcd (ENSOKIG00005029422)	npnta (ENSOKIG00005029265) ##21	ENSOKIG00005029187	ENSOKIG00005029033	tbck (ENSOKIG00005028792)	aimp1a (ENSOKIG00005028713) ##22	dkk2 (ENSOKIG00005028704) ##23	papss1 (ENSOKIG00005027949)	sgms2a (ENSOKIG00005027899) ##24	cyp2u1 (ENSOKIG00005027886)	hadh (ENSOKIG00005027860)	lef1 (ENSOKIG00005027778)	MCUB (ENSOKIG00005027744)	ENSOKIG00005027696	CASP6 (ENSOKIG00005027676)	PLA2G12A (ENSOKIG00005027649)	dnajb14 (ENSOKIG00005027559)	TTC39B (ENSOKIG00005027397) ##26	snapc3 (ENSOKIG00005027368)	PSIP1 (ENSOKIG00005027332) ##27	ENSOKIG00005027318
Chinook salmon	MODERN SPECIES	2					ENSOTSG00005031841	slc43a3a (ENSOTSG00005031842)	ENSOTSG00005031843	ENSOTSG00005031844	ENSOTSG00005031845	ENSOTSG00005031846	cabp2a (ENSOTSG00005031847)	PTGDR2 (ENSOTSG00005031848)	mtmr7b (ENSOTSG00005031855)	vps37a (ENSOTSG00005031880)	tbck (ENSOTSG00005031897)	aimp1a (ENSOTSG00005031908) ##22	ENSOTSG00005031909	CASP6 (ENSOTSG00005031945)	ENSOTSG00005031946	dnajb14 (ENSOTSG00005031947)	ENSOTSG00005031950 ##26	snapc3 (ENSOTSG00005031952)	coro2aa (ENSOTSG00005031953) ##31	ppm1kb (ENSOTSG00005031954)	ENSOTSG00005031956	ENSOTSG00005031957	ENSOTSG00005031960	ENSOTSG00005031962	ENSOTSG00005031963	ZNF827 (ENSOTSG00005031964)	lsm6 (ENSOTSG00005031965)
Rainbow trout	DUPLICATION
Rainbow trout	MODERN SPECIES	1	ENSOMYG00000052378	mtap (ENSOMYG00000056424)	CDN2B (ENSOMYG00000025290)	CXXC4 (ENSOMYG00000070664) ##20	TET2 (ENSOMYG00000072150)	ppa2 (ENSOMYG00000065994)	ARHGEF38 (ENSOMYG00000073829)	ints12 (ENSOMYG00000051852)	gstcd (ENSOMYG00000051845)	ENSOMYG00000071531	npnta (ENSOMYG00000066555) ##21	ENSOMYG00000039022	ENSOMYG00000034047	ENSOMYG00000009546	tbck (ENSOMYG00000050930)	aimp1a (ENSOMYG00000009490) ##22	ENSOMYG00000072668	dkk2 (ENSOMYG00000054653) ##23	papss1 (ENSOMYG00000037330)	sgms2a (ENSOMYG00000037876) ##24	cyp2u1 (ENSOMYG00000061438)	hadh (ENSOMYG00000056868)	lef1 (ENSOMYG00000009410)	ENSOMYG00000052925	PLA2G12A (ENSOMYG00000037950)	pla2g12a (ENSOMYG00000038502)	ENSOMYG00000074759	TTC39B (ENSOMYG00000038393) ##26	SNAPC3 (ENSOMYG00000038620)	PSIP1 (ENSOMYG00000009399) ##27	bnc2 (ENSOMYG00000009358) ##29
Rainbow trout	MODERN SPECIES	10	ENSOMYG00000008032	ENSOMYG00000007685	ENSOMYG00000007433	mtap (ENSOMYG00000007413)	CDN2B (ENSOMYG00000033506)	CXXC4 (ENSOMYG00000033524) ##20	ENSOMYG00000056668	TET2 (ENSOMYG00000033566)	ppa2 (ENSOMYG00000033655)	ARHGEF38 (ENSOMYG00000033852)	ints12 (ENSOMYG00000033775)	gstcd (ENSOMYG00000033789)	npnta (ENSOMYG00000076789) ##21	ENSOMYG00000033919	tbck (ENSOMYG00000034169)	aimp1a (ENSOMYG00000034432) ##22	ENSOMYG00000048001	dkk2 (ENSOMYG00000051355) ##23	papss1 (ENSOMYG00000034731)	sgms2a (ENSOMYG00000037740) ##24	cyp2u1 (ENSOMYG00000037825)	hadh (ENSOMYG00000037867)	lef1 (ENSOMYG00000048732)	ENSOMYG00000037905	pla2g12a (ENSOMYG00000038124)	ENSOMYG00000038236	TTC39B (ENSOMYG00000038547) ##26	SNAPC3 (ENSOMYG00000038458)	PSIP1 (ENSOMYG00000073075) ##27	BNC2 (ENSOMYG00000068604) ##29	pcdh10a (ENSOMYG00000070001)
Salmo	DUPLICATION
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	80						ENSGT00940000154108.b.a.a.c ##20	ENSGT00940000160003.q	ENSGT00390000017004.a.a.z	ENSGT00950000183088.a.b.b.h	ENSGT00390000005218.r	ENSGT00390000004446.f	ENSGT00930000150973.B.e.b.f ##21	ENSGT00940000156796.c.a.a.a.b.a	ENSGT00940000161510.kb	ENSGT00940000158244.d.a	ENSGT00940000154950.y.a.i ##22	ENSGT00940000164073.a.d ##23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b.d ##24	ENSGT00940000157714.o	ENSGT00940000159984.c.b	ENSGT00940000159660.j	ENSGT00940000158059.g.a.a	ENSGT00940000155140.hb.b	ENSGT01010000228071	ENSGT00940000155140.hb.a	ENSGT00390000008798.c.j.b.a	ENSGT00390000008798.c.i	ENSGT00940000157887.q	ENSGT00950000182917.a.a.a.b.d ##26	ENSGT00390000005708.l
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	23	cxxc4 (ENSSSAG00000052885) ##20	TET2 (ENSSSAG00000004094)	IPYR2 (ENSSSAG00000004079)	ARHGEF38 (ENSSSAG00000052863)	ints12 (ENSSSAG00000113132)	gstcd (ENSSSAG00000108656)	npnta (ENSSSAG00000004121) ##21	ENSSSAG00000093609	ENSSSAG00000052827	ENSSSAG00000117225	ENSSSAG00000099226	ENSSSAG00000003986	ENSSSAG00000005119	ENSSSAG00000108717	tbck (ENSSSAG00000053246)	aimp1a (ENSSSAG00000004110) ##22	dkk2 (ENSSSAG00000050762) ##23	papss1 (ENSSSAG00000085906)	sgms2a (ENSSSAG00000100072) ##24	cyp2u1 (ENSSSAG00000004992)	hadh (ENSSSAG00000113995)	lef1 (ENSSSAG00000087730)	MCUB (ENSSSAG00000049114)	ENSSSAG00000110264	ENSSSAG00000083169	ENSSSAG00000104238	PG12A (ENSSSAG00000005035)	djb14 (ENSSSAG00000005051)	TTC39B (ENSSSAG00000096745) ##26	SNAPC3 (ENSSSAG00000044144)	psip1 (ENSSSAG00000106074) ##27
River trout	MODERN SPECIES	33	ENSSTUG00000000726	ENSSTUG00000000761	ENSSTUG00000000845	mtap (ENSSTUG00000000865)	ENSSTUG00000000880	CXXC4 (ENSSTUG00000000886) ##20	TET2 (ENSSTUG00000000892)	ppa2 (ENSSTUG00000000900)	ARHGEF38 (ENSSTUG00000000914)	ints12 (ENSSTUG00000000919)	gstcd (ENSSTUG00000000924)	npnta (ENSSTUG00000000934) ##21	ENSSTUG00000000992	ENSSTUG00000001071	tbck (ENSSTUG00000001185)	aimp1a (ENSSTUG00000001679) ##22	dkk2 (ENSSTUG00000001701) ##23	papss1 (ENSSTUG00000001733)	sgms2a (ENSSTUG00000001916) ##24	cyp2u1 (ENSSTUG00000001920)	hadh (ENSSTUG00000001923)	lef1 (ENSSTUG00000001973)	MCUB (ENSSTUG00000002018)	CASP6 (ENSSTUG00000002034)	pla2g12a (ENSSTUG00000002043)	DNAJB14 (ENSSTUG00000002053)	TTC39B (ENSSTUG00000002111) ##26	snapc3 (ENSSTUG00000002519)	PSIP1 (ENSSTUG00000002542) ##27	bnc2 (ENSSTUG00000002647) ##29	ENSSTUG00000002834
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	139	ENSGT00940000163496.a.u.b.b.a.b.a	ENSGT00940000163496.a.u.a.b.a.b.b.a.a	ENSGT00950000182991.B.i	ENSGT00940000159801.A	ENSGT00940000154108.b.a.a.d ##20	ENSGT00940000160003.r	ENSGT00390000017004.a.a.y	ENSGT00950000183088.a.b.b.g.a	ENSGT00390000005218.q	ENSGT00390000004446.e	ENSGT00930000150973.B.e.b.e ##21	ENSGT00940000156796.c.a.a.b.b	ENSGT00940000156796.c.a.a.a.b.b	ENSGT00940000161510.jb	ENSGT00940000158244.d.b	ENSGT00940000154950.y.a.j ##22	ENSGT00940000164073.a.c ##23
River trout	MODERN SPECIES	2	ENSSTUG00000012135	ENSSTUG00000012125	mtap (ENSSTUG00000012045)	ENSSTUG00000012032	CXXC4 (ENSSTUG00000012019) ##20	TET2 (ENSSTUG00000012007)	ppa2 (ENSSTUG00000011955)	ARHGEF38 (ENSSTUG00000011944)	ints12 (ENSSTUG00000022748)	gstcd (ENSSTUG00000022711)	npnta (ENSSTUG00000022472) ##21	ENSSTUG00000022419	ENSSTUG00000022407	ENSSTUG00000022304	tbck (ENSSTUG00000022110)	aimp1a (ENSSTUG00000022080) ##22	dkk2 (ENSSTUG00000022075) ##23	papss1 (ENSSTUG00000021727)	sgms2a (ENSSTUG00000021710) ##24	cyp2u1 (ENSSTUG00000021683)	hadh (ENSSTUG00000021565)	MCUB (ENSSTUG00000021509)	CASP6 (ENSSTUG00000021419)	ENSSTUG00000021412	PLA2G12A (ENSSTUG00000021403)	pla2g12a (ENSSTUG00000021391)	dnajb14 (ENSSTUG00000021364)	TTC39B (ENSSTUG00000021146) ##26	snapc3 (ENSSTUG00000021125)	psip1a (ENSSTUG00000021111) ##27	ENSSTUG00000021103
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	27	ENSSSAG00000082955	ENSSSAG00000059620	ENSSSAG00000105375	mtap (ENSSSAG00000059647)	CXXC4 (ENSSSAG00000053121) ##20	TET2 (ENSSSAG00000053038)	IPYR2 (ENSSSAG00000053072)	ARHGEF38 (ENSSSAG00000115773)	ints12 (ENSSSAG00000052852)	gstcd (ENSSSAG00000052843)	npnta (ENSSSAG00000084106) ##21	ENSSSAG00000004115	ENSSSAG00000092274	loxe3 (ENSSSAG00000052761)	tbck (ENSSSAG00000050819)	aimp1 (ENSSSAG00000050766) ##22	dkk2 (ENSSSAG00000090555) ##23	papss1 (ENSSSAG00000102084)	cyp2u1 (ENSSSAG00000049238)	HADH (ENSSSAG00000049172)	lef1 (ENSSSAG00000111072)	ENSSSAG00000046560	ENSSSAG00000102126	ENSSSAG00000046469	TTC39B (ENSSSAG00000113881) ##26	SNAPC3 (ENSSSAG00000046631)	ENSSSAG00000107451	PSIP1 (ENSSSAG00000082787) ##27	bnc2 (ENSSSAG00000111717) ##29	ENSSSAG00000085567	ENSSSAG00000093857 ##29
Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	950					TET2 (ENSHHUG00000014939)	ppa2 (ENSHHUG00000014952)	ARHGEF38 (ENSHHUG00000014974)	ints12 (ENSHHUG00000014977)	gstcd (ENSHHUG00000014980)	npnta (ENSHHUG00000015012) ##21	ENSHHUG00000015029	ENSHHUG00000015253	ALOX15B (ENSHHUG00000015256)	ENSHHUG00000015303	tbck (ENSHHUG00000015311)	aimp1a (ENSHHUG00000015382) ##22	dkk2 (ENSHHUG00000015409) ##23	papss1 (ENSHHUG00000015417)	sgms2a (ENSHHUG00000015551) ##24	cyp2u1 (ENSHHUG00000015557)	hadh (ENSHHUG00000015570)	LEF1 (ENSHHUG00000015624)
Huchen	MODERN SPECIES	2389															tbck (ENSHHUG00000052849)	aimp1a (ENSHHUG00000052848) ##22	dkk2 (ENSHHUG00000052847) ##23	papss1 (ENSHHUG00000052808)	sgms2a (ENSHHUG00000052807) ##24	ENSHHUG00000052806	cyp2u1 (ENSHHUG00000052805)
Northern pike	MODERN SPECIES	24	toporsa (ENSELUG00000017342) ##18	mtap (ENSELUG00000017308)	CDKN2B (ENSELUG00000017284)	CXXC4 (ENSELUG00000017249) ##20	TET2 (ENSELUG00000017237)	ppa2 (ENSELUG00000017225)	ARHGEF38 (ENSELUG00000017188)	ints12 (ENSELUG00000017146)	gstcd (ENSELUG00000017124)	npnta (ENSELUG00000017102) ##21	ENSELUG00000000638	ENSELUG00000029690	ALOX15B (ENSELUG00000028354)	ALOX15B (ENSELUG00000017066)	tbck (ENSELUG00000017041)	aimp1a (ENSELUG00000016943) ##22	dkk2 (ENSELUG00000016913) ##23	papss1 (ENSELUG00000016876)	sgms2a (ENSELUG00000016817) ##24	cyp2u1 (ENSELUG00000016801)	hadh (ENSELUG00000016785)	lef1 (ENSELUG00000016722)	MCUB (ENSELUG00000016676)	casp6a (ENSELUG00000016648)	pla2g12a (ENSELUG00000027040)	dnajb14 (ENSELUG00000016613)	TTC39B (ENSELUG00000016592) ##26	snapc3 (ENSELUG00000016520)	psip1a (ENSELUG00000016502) ##27	bnc2 (ENSELUG00000016430) ##29	ENSELUG00000000621
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	108		ENSGT00940000160120.f	ENSGT00950000182810.B.b.a.a ##16	ENSGT00390000006684	ENSGT00390000007535	ENSGT00950000182991.B	ENSGT00940000159801.A.a	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003.g	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218.k	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B.e.b ##21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.y.a ##22	ENSGT00940000164073.b.b #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370.b ##24	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.h	ENSGT00940000158059	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00940000157887.o	ENSGT00950000182917.a.a.a.b ##26	ENSGT00390000005708	ENSGT00940000154706.rb.b ##27	ENSGT00940000167699 #28	ENSGT00390000005844.a.b ##29	ENSGT00440000034932	ENSGT00940000160529
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	6	ENSPKIG00000011632	ENSPKIG00000011653 ##16	TMEM215 (ENSPKIG00000011679)	ndufb6 (ENSPKIG00000011695)	mtap (ENSPKIG00000011717)	ENSPKIG00000011762	CXXC4 (ENSPKIG00000011861) ##20	TET2 (ENSPKIG00000011904)	ppa2 (ENSPKIG00000011957)	ARHGEF38 (ENSPKIG00000012009)	ints12 (ENSPKIG00000012046)	gstcd (ENSPKIG00000012085)	npnta (ENSPKIG00000012155) ##21	tbck (ENSPKIG00000012287)	ENSPKIG00000012482	aimp1a (ENSPKIG00000012660) ##22	ENSPKIG00000012697 #23	papss1 (ENSPKIG00000012723)	sgms2a (ENSPKIG00000012756) ##24	hadh (ENSPKIG00000012813)	lef1 (ENSPKIG00000012891)	ENSPKIG00000012909	dnajb14 (ENSPKIG00000012948)	pla2g12a (ENSPKIG00000012993)	snapc3 (ENSPKIG00000013017)	PSIP1 (ENSPKIG00000013066) ##27	bnc2 (ENSPKIG00000013129) ##29	CNTLN (ENSPKIG00000013170)	ENSPKIG00000013272	ENSPKIG00000013381	ENSPKIG00000013474
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	7	ENSSFOG00015032850 #14	MXD4 (ENSSFOG00015018937)	ENSSFOG00015018921 ##16	TMEM215 (ENSSFOG00015018914)	ndufb6 (ENSSFOG00015018909)	mtap (ENSSFOG00015033003)	ENSSFOG00015032015	CXXC4 (ENSSFOG00015018857) ##20	TET2 (ENSSFOG00015018838)	ppa2 (ENSSFOG00015018820)	ARHGEF38 (ENSSFOG00015018810)	ints12 (ENSSFOG00015018796)	gstcd (ENSSFOG00015018781)	npnta (ENSSFOG00015018747) ##21	tbck (ENSSFOG00015018647)	aimp1a (ENSSFOG00015018626) ##22	ENSSFOG00015018618 #23	papss1 (ENSSFOG00015025025)	sgms2a (ENSSFOG00015018552) ##24	hadh (ENSSFOG00015018506)	lef1 (ENSSFOG00015018486)	ENSSFOG00015024817	pla2g12a (ENSSFOG00015027653)	dnajb14 (ENSSFOG00015018429)	TTC39B (ENSSFOG00015018388) ##26	snapc3 (ENSSFOG00015018372)	PSIP1 (ENSSFOG00015018274) ##27	bnc2 (ENSSFOG00015025047) ##29	CNTLN (ENSSFOG00015031410)	sh3gl2a (ENSSFOG00015018201)	ENSSFOG00015032409
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.z ##22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.z ##22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.z ##22
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.z ##22
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.z ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.z ##22
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.z ##22
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.z ##22
Chinook salmon	MODERN SPECIES	816																ENSOTSG00005017815 ##22	ENSOTSG00005017813	ENSOTSG00005017812	ENSOTSG00005017811	ENSOTSG00005017810
Spotted gar	MODERN SPECIES	670	ENSLOCG00000012794	DNAH6 (ENSLOCG00000012784)	ENSLOCG00000012772	mfap3l (ENSLOCG00000012768)	AADAT (ENSLOCG00000012761)	ino80b (ENSLOCG00000012755)	intu (ENSLOCG00000012742)	ENSLOCG00000012739	trmt10b (ENSLOCG00000012735)	tspan5b (ENSLOCG00000012728)	RAP1GDS1 (ENSLOCG00000012715)	slc1a1 (ENSLOCG00000012708)	slc1a1 (ENSLOCG00000012701)	spata6l (ENSLOCG00000012696)	ENSLOCG00000012690	aimp1a (ENSLOCG00000012682) #22	GIMD1 (ENSLOCG00000012679)	dkk2 (ENSLOCG00000012675) #23	papss1 (ENSLOCG00000012667)	sgms2b (ENSLOCG00000012660) #24	tbck (ENSLOCG00000012644)	npnta (ENSLOCG00000012639) #21	gstcd (ENSLOCG00000012628)	ints12 (ENSLOCG00000012622)	ARHGEF38 (ENSLOCG00000012616)	ppa2 (ENSLOCG00000012607)	TET2 (ENSLOCG00000012598)	CXXC4 (ENSLOCG00000012594) ##20	CDKN2B (ENSLOCG00000012588)	CAAP1 (ENSLOCG00000012584)	elavl2 (ENSLOCG00000012575)
Reedfish	MODERN SPECIES	15	H2AZ1 (ENSECRG00000011528)	DDIT4L (ENSECRG00000011559)	SLC39A8 (ENSECRG00000011574)	ENSECRG00000011595	PPP3CA (ENSECRG00000011638)	ENSECRG00000011663	rpl34 (ENSECRG00000011673)	CXXC4 (ENSECRG00000011685) ##20	TET2 (ENSECRG00000011705)	ppa2 (ENSECRG00000011746)	ARHGEF38 (ENSECRG00000011809)	ints12 (ENSECRG00000011834)	gstcd (ENSECRG00000011846)	npnta (ENSECRG00000011872) #21	tbck (ENSECRG00000011906)	aimp1a (ENSECRG00000011949) #22	GIMD1 (ENSECRG00000011971)	dkk2 (ENSECRG00000011981) #23	papss1 (ENSECRG00000012025)	sgms2b (ENSECRG00000012112) #24	ENSECRG00000012157 ##17	TMEM215 (ENSECRG00000012230)	ndufb6 (ENSECRG00000012243)	NFKB1 (ENSECRG00000012266)	manba (ENSECRG00000012336)	ube2d2l (ENSECRG00000012386)	ENSECRG00000004192 #36	cisd2 (ENSECRG00000004211)	bdh2 (ENSECRG00000004220)	ENSECRG00000004254	ENSECRG00000004335
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	156									ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Coelacanth	MODERN SPECIES	1588													ENSLACG00000004087	NPNT (ENSLACG00000005397) #21	TBCK (ENSLACG00000007884)	AIMP1 (ENSLACG00000010765) #22	GIMD1 (ENSLACG00000011319)
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000158625	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Anura	ANCESTRAL SPECIES	101	ENSGT00940000158625	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714.a	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Frog	MODERN SPECIES		cenpe (ENSXETG00000021319)	ENSXETG00000046218	tacr3 (ENSXETG00000021317)	ENSXETG00000034707	ENSXETG00000048646	cxxc4 (ENSXETG00000045455) ##20	ENSXETG00000042602	tet2 (ENSXETG00000014101)	ppa1 (ENSXETG00000014102)	arhgef38 (ENSXETG00000014106)	ints12 (ENSXETG00000014107)	gstcd (ENSXETG00000014108)	npnt (ENSXETG00000014111) #21	ENSXETG00000024523	tbck (ENSXETG00000027870)	aimp1 (ENSXETG00000019862) #22	gimd1 (ENSXETG00000039071)	ENSXETG00000039437	ENSXETG00000027875	ENSXETG00000042108	ENSXETG00000044811	dkk2 (ENSXETG00000019859) #23	papss1 (ENSXETG00000019855)	sgms2 (ENSXETG00000019854) #24	qrfpr (ENSXETG00000002104)	tnip3 (ENSXETG00000043582)	ndnf (ENSXETG00000002103)	prdm5 (ENSXETG00000002101)	mad2l1 (ENSXETG00000002100)	pde5a (ENSXETG00000004046)	fabp2 (ENSXETG00000004045)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES		ENSLLEG00000000711	ENSLLEG00000000698	TET2 (ENSLLEG00000000660)	PPA2 (ENSLLEG00000000584)	ENSLLEG00000000561	ARHGEF38 (ENSLLEG00000000536)	INTS12 (ENSLLEG00000000523)	ENSLLEG00000000508	GSTCD (ENSLLEG00000000490)	ENSLLEG00000000481	FMN2 (ENSLLEG00000000473)	ENSLLEG00000000467	NPNT (ENSLLEG00000000387) #21	ENSLLEG00000000361	TBCK (ENSLLEG00000000221)	AIMP1 (ENSLLEG00000000171) #22	GIMD1 (ENSLLEG00000000161)	ENSLLEG00000000153 #23	ENSLLEG00000000145	PAPSS1 (ENSLLEG00000004464)	SGMS2 (ENSLLEG00000004446) #24	CYP2U1 (ENSLLEG00000004438)	ENSLLEG00000004435	ENSLLEG00000004422	LEF1 (ENSLLEG00000004381)	ENSLLEG00000004366	RPL34 (ENSLLEG00000004358)	OSTC (ENSLLEG00000004348)	ETNPPL (ENSLLEG00000004323)	COL25A1 (ENSLLEG00000004258)	ENSLLEG00000004186
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000013285.d #36	ENSGT00390000013285.c #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.d #36	ENSGT00390000013285.c #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Common wall lizard	MODERN SPECIES	17	BDH2 (ENSPMRG00000010262)	ENSPMRG00000010259	ENSPMRG00000010251	TACR3 (ENSPMRG00000010244)	CXXC4 (ENSPMRG00000010237) ##20	ENSPMRG00000010230	ENSPMRG00000010229	ENSPMRG00000010222	PPA2 (ENSPMRG00000010217)	ARHGEF38 (ENSPMRG00000010211)	INTS12 (ENSPMRG00000010205)	ENSPMRG00000010200	NPNT (ENSPMRG00000010192) #21	ENSPMRG00000010190	TBCK (ENSPMRG00000010184)	AIMP1 (ENSPMRG00000010179) #22	GIMD1 (ENSPMRG00000010172)	ENSPMRG00000010164	ENSPMRG00000010155 #23	PAPSS1 (ENSPMRG00000010139)	ENSPMRG00000010132 #24	ENSPMRG00000010126 #24	CYP2U1 (ENSPMRG00000010120)	HADH (ENSPMRG00000010116)	LEF1 (ENSPMRG00000010099)	RPL34 (ENSPMRG00000010091)	OSTC (ENSPMRG00000010088)	ENSPMRG00000010084	ETNPPL (ENSPMRG00000010078)	ENSPMRG00000010073	SEC24B (ENSPMRG00000010066)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	11	ENSSMRG00000014618 #36	ENSSMRG00000014620 #36	BDH2 (ENSSMRG00000014622)	CENPE (ENSSMRG00000014623)	RSPH4A (ENSSMRG00000014624)	ENSSMRG00000014626	TACR3 (ENSSMRG00000014627)	CXXC4 (ENSSMRG00000014628) ##20	TET2 (ENSSMRG00000014629)	PPA2 (ENSSMRG00000014630)	ARHGEF38 (ENSSMRG00000014631)	INTS12 (ENSSMRG00000014633)	GSTCD (ENSSMRG00000014634)	NPNT (ENSSMRG00000014635) #21	TBCK (ENSSMRG00000014636)	AIMP1 (ENSSMRG00000014637) #22	GIMD1 (ENSSMRG00000014638)	ENSSMRG00000014639 #23	PAPSS1 (ENSSMRG00000014642)	ENSSMRG00000014644 #24	ENSSMRG00000014645 #24	CYP2U1 (ENSSMRG00000014648)	HADH (ENSSMRG00000014650)	LEF1 (ENSSMRG00000014653)	RPL34 (ENSSMRG00000014657)	OSTC (ENSSMRG00000014659)	ETNPPL (ENSSMRG00000014660)	COL25A1 (ENSSMRG00000014662)	SEC24B (ENSSMRG00000014665)	MCUB (ENSSMRG00000014666)	CASP6 (ENSSMRG00000014667)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.d #36	ENSGT00390000013285.c #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000013285.d #36	ENSGT00390000013285.c #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.d	ENSGT00390000017004.a.a.c	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013285.d #36	ENSGT00390000013285.c #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.d	ENSGT00390000017004.a.a.c	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156660.h	ENSGT00390000013285.d #36	ENSGT00390000013285.c #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000166803	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	24								CXXC4 (ENSNSUG00000003285) ##20	TET2 (ENSNSUG00000003286)	PPA2 (ENSNSUG00000003288)	ARHGEF38 (ENSNSUG00000003289)	INTS12 (ENSNSUG00000003290)	GSTCD (ENSNSUG00000003291)	NPNT (ENSNSUG00000003292) #21	TBCK (ENSNSUG00000003442)	AIMP1 (ENSNSUG00000003673) #22	GIMD1 (ENSNSUG00000003674)	ENSNSUG00000003675 #23	PAPSS1 (ENSNSUG00000003676)	SGMS2 (ENSNSUG00000003678) #24	CYP2U1 (ENSNSUG00000003680)	ENSNSUG00000003683	LEF1 (ENSNSUG00000003686)	OSTC (ENSNSUG00000003694)	ETNPPL (ENSNSUG00000003698)	SEC24B (ENSNSUG00000003701)	MCUB (ENSNSUG00000003712)	CASP6 (ENSNSUG00000003715)	PLA2G12A (ENSNSUG00000003717)	CFI (ENSNSUG00000003719) #25	GAR1 (ENSNSUG00000003730)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	9	BDH2 (ENSPTXG00000008632)	ENSPTXG00000008631	TACR3 (ENSPTXG00000008629)	ENSPTXG00000008628	ENSPTXG00000008627	CXXC4 (ENSPTXG00000008625) ##20	ENSPTXG00000008624	TET2 (ENSPTXG00000008622)	PPA2 (ENSPTXG00000008621)	ARHGEF38 (ENSPTXG00000008618)	INTS12 (ENSPTXG00000008617)	GSTCD (ENSPTXG00000008614)	NPNT (ENSPTXG00000008095) #21	TBCK (ENSPTXG00000008085)	ENSPTXG00000008082	AIMP1 (ENSPTXG00000008081) #22	GIMD1 (ENSPTXG00000008078)	ENSPTXG00000008077 #23	PAPSS1 (ENSPTXG00000008074)	SGMS2 (ENSPTXG00000008070) #24	CYP2U1 (ENSPTXG00000008068)	ENSPTXG00000008067	LEF1 (ENSPTXG00000008066)	RPL34 (ENSPTXG00000008064)	OSTC (ENSPTXG00000008062)	ETNPPL (ENSPTXG00000008058)	SEC24B (ENSPTXG00000007954)	MCUB (ENSPTXG00000007950)	CASP6 (ENSPTXG00000007949)	PLA2G12A (ENSPTXG00000007947)	CFI (ENSPTXG00000007945) #25
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	276															ENSLLTG00000018172	AIMP1 (ENSLLTG00000018171) #22	GIMD1 (ENSLLTG00000018170)
Indian cobra	MODERN SPECIES	3	UBE2D3 (ENSNNAG00000009606)	ENSNNAG00000009665	ENSNNAG00000009727 #36	CISD2 (ENSNNAG00000009897)	ENSNNAG00000009925 #36	BDH2 (ENSNNAG00000010490)	RSPH4A (ENSNNAG00000010518)	TACR3 (ENSNNAG00000003004)	CXXC4 (ENSNNAG00000003015) ##20	PPA2 (ENSNNAG00000003077)	ARHGEF38 (ENSNNAG00000003099)	INTS12 (ENSNNAG00000003130)	GSTCD (ENSNNAG00000003145)	NPNT (ENSNNAG00000003194) #21	TBCK (ENSNNAG00000003225)	AIMP1 (ENSNNAG00000003269) #22	GIMD1 (ENSNNAG00000003282)	ENSNNAG00000003290 #23	PAPSS1 (ENSNNAG00000003306)	SGMS2 (ENSNNAG00000003337) #24	CYP2U1 (ENSNNAG00000003344)	ENSNNAG00000003350	LEF1 (ENSNNAG00000003356)	RPL34 (ENSNNAG00000003366)	OSTC (ENSNNAG00000003381)	ETNPPL (ENSNNAG00000003409)	SEC24B (ENSNNAG00000003515)	MCUB (ENSNNAG00000003567)	CASP6 (ENSNNAG00000003598)	PLA2G12A (ENSNNAG00000003618)	CFI (ENSNNAG00000003639) #25
tuatara	MODERN SPECIES	1600										ENSSPUG00000006574	ARHGEF38 (ENSSPUG00000006509)	INTS12 (ENSSPUG00000006494)	GSTCD (ENSSPUG00000006461)	NPNT (ENSSPUG00000006436) #21	TBCK (ENSSPUG00000006390)	AIMP1 (ENSSPUG00000006369) #22	GIMD1 (ENSSPUG00000006363)	ENSSPUG00000006344 #23	PAPSS1 (ENSSPUG00000006249)	SGMS2 (ENSSPUG00000006211) #24	CYP2U1 (ENSSPUG00000006202)	HADH (ENSSPUG00000006189)	LEF1 (ENSSPUG00000006167)	RPL34 (ENSSPUG00000006146)	ETNPPL (ENSSPUG00000006082)
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.r.b	ENSGT00950000183088.a.b.b.r.a	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.r.a	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.r.a	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
painted turtle	MODERN SPECIES	734	MANBA (ENSCPBG00000003184)	UBE2D3 (ENSCPBG00000003253)	CISD2 (ENSCPBG00000003624)	ENSCPBG00000003633 #36	BDH2 (ENSCPBG00000003654)	CENPE (ENSCPBG00000003706)	RSPH4A (ENSCPBG00000003756)	TACR3 (ENSCPBG00000003765)	TET2 (ENSCPBG00000003794)	PPA2 (ENSCPBG00000003833)	ARHGEF38 (ENSCPBG00000003893)	INTS12 (ENSCPBG00000003933)	GSTCD (ENSCPBG00000003951)	NPNT (ENSCPBG00000003979) #21	TBCK (ENSCPBG00000004022)	AIMP1 (ENSCPBG00000004055) #22	GIMD1 (ENSCPBG00000004061)	ENSCPBG00000004086 #23	PAPSS1 (ENSCPBG00000004089)	SGMS2 (ENSCPBG00000004101) #24	CYP2U1 (ENSCPBG00000004111)	HADH (ENSCPBG00000004120)	LEF1 (ENSCPBG00000004144)	ENSCPBG00000004169	OSTC (ENSCPBG00000004175)	ETNPPL (ENSCPBG00000004186)	COL25A1 (ENSCPBG00000004206)	SEC24B (ENSCPBG00000004242)	MCUB (ENSCPBG00000004264)	CASP6 (ENSCPBG00000004284)	PLA2G12A (ENSCPBG00000004295)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	342	MANBA (ENSTMTG00000004588)	UBE2D3 (ENSTMTG00000004633)	CISD2 (ENSTMTG00000004659)	ENSTMTG00000004675 #36	BDH2 (ENSTMTG00000004717)	RSPH4A (ENSTMTG00000004748)	TACR3 (ENSTMTG00000004842)	CXXC4 (ENSTMTG00000004895) ##20	TET2 (ENSTMTG00000004910)	PPA2 (ENSTMTG00000004947)	ARHGEF38 (ENSTMTG00000004983)	INTS12 (ENSTMTG00000005095)	GSTCD (ENSTMTG00000005116)	NPNT (ENSTMTG00000005130) #21	TBCK (ENSTMTG00000005164)	AIMP1 (ENSTMTG00000005223) #22	GIMD1 (ENSTMTG00000005235)	ENSTMTG00000005248 #23	PAPSS1 (ENSTMTG00000005263)	SGMS2 (ENSTMTG00000005298) #24	CYP2U1 (ENSTMTG00000005320)	HADH (ENSTMTG00000005338)	LEF1 (ENSTMTG00000005361)	RPL34 (ENSTMTG00000005392)	OSTC (ENSTMTG00000005398)	ETNPPL (ENSTMTG00000005409)	SEC24B (ENSTMTG00000005496)	MCUB (ENSTMTG00000005556)	CASP6 (ENSTMTG00000005578)	PLA2G12A (ENSTMTG00000005595)	CFI (ENSTMTG00000005611) #25
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.r.a	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1798			ENSCABG00000011771 #36	BDH2 (ENSCABG00000011765)	RSPH4A (ENSCABG00000011758)	TACR3 (ENSCABG00000011753)	TET2 (ENSCABG00000011743)	PPA2 (ENSCABG00000011741)	ENSCABG00000011738	ENSCABG00000011735	ENSCABG00000011724	INTS12 (ENSCABG00000011716)	GSTCD (ENSCABG00000011709)	NPNT (ENSCABG00000011588) #21	TBCK (ENSCABG00000010394)	AIMP1 (ENSCABG00000010364) #22	GIMD1 (ENSCABG00000010363)	CTSH (ENSCABG00000010198)	RASGRF1 (ENSCABG00000010185)	ENSCABG00000010178	ENSCABG00000010175	TMED3 (ENSCABG00000010171)	ENSCABG00000010161	ENSCABG00000010160	ENSCABG00000010159	ANPEP (ENSCABG00000010155)	ARPIN (ENSCABG00000010154)	ZNF710 (ENSCABG00000010153)	IDH2 (ENSCABG00000010150)	ENSCABG00000010149	SEMA4B (ENSCABG00000010148)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	19	MANBA (ENSGEVG00005006160)	UBE2D3 (ENSGEVG00005006188)	CISD2 (ENSGEVG00005006228)	ENSGEVG00005006240 #36	BDH2 (ENSGEVG00005006263)	RSPH4A (ENSGEVG00005006297)	TACR3 (ENSGEVG00005006387)	CXXC4 (ENSGEVG00005006439) ##20	TET2 (ENSGEVG00005006468)	PPA2 (ENSGEVG00005006493)	ARHGEF38 (ENSGEVG00005006538)	INTS12 (ENSGEVG00005006679)	GSTCD (ENSGEVG00005006702)	NPNT (ENSGEVG00005006753) #21	TBCK (ENSGEVG00005006897)	AIMP1 (ENSGEVG00005007001) #22	GIMD1 (ENSGEVG00005007017)	ENSGEVG00005007040 #23	PAPSS1 (ENSGEVG00005007065)	ENSGEVG00005007089	SGMS2 (ENSGEVG00005007106) #24	CYP2U1 (ENSGEVG00005007136)	HADH (ENSGEVG00005007166)	LEF1 (ENSGEVG00005007186)	ENSGEVG00005007233	OSTC (ENSGEVG00005007256)	ETNPPL (ENSGEVG00005007272)	SEC24B (ENSGEVG00005007321)	MCUB (ENSGEVG00005007424)	CASP6 (ENSGEVG00005007463)	PLA2G12A (ENSGEVG00005007490)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	773							CXXC4 (ENSPSIG00000010569) ##20	TET2 (ENSPSIG00000010562)	ENSPSIG00000010263	ENSPSIG00000010260	PPA2 (ENSPSIG00000009817)	INTS12 (ENSPSIG00000009507)	GSTCD (ENSPSIG00000008410)	NPNT (ENSPSIG00000007724) #21	TBCK (ENSPSIG00000007012)	AIMP1 (ENSPSIG00000006524) #22	GIMD1 (ENSPSIG00000006519)	ENSPSIG00000006494 #23	PAPSS1 (ENSPSIG00000006485)	SGMS2 (ENSPSIG00000006475) #24	CYP2U1 (ENSPSIG00000006117)	HADH (ENSPSIG00000006107)	LEF1 (ENSPSIG00000003298)	RPL34 (ENSPSIG00000003295)	OSTC (ENSPSIG00000003294)	ETNPPL (ENSPSIG00000003262)	COL25A1 (ENSPSIG00000003115)	ENSPSIG00000003108	ENSPSIG00000003097	SEC24B (ENSPSIG00000003064)	MCUB (ENSPSIG00000003056)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Aves	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160388	ENSGT00940000154622.a.a	ENSGT00390000010356	ENSGT00950000182856.a.a.b	ENSGT00390000013490	ENSGT00940000157115	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT01100000263502.B.a.b	ENSGT00940000160278.a	ENSGT00910000144252
Japanese quail	MODERN SPECIES	22	HELT (ENSCJPG00005009600)	SLC25A4 (ENSCJPG00005009599)	CFAP97 (ENSCJPG00005009598)	SNX25 (ENSCJPG00005009597)	LRP2BP (ENSCJPG00005009596)	UFSP2 (ENSCJPG00005009595)	TACR3 (ENSCJPG00005009592)	CXXC4 (ENSCJPG00005009588) ##20	TET2 (ENSCJPG00005009585)	PPA2 (ENSCJPG00005009581)	ARHGEF38 (ENSCJPG00005009579)	INTS12 (ENSCJPG00005009577)	GSTCD (ENSCJPG00005009576)	NPNT (ENSCJPG00005009552) #21	TBCK (ENSCJPG00005009551)	AIMP1 (ENSCJPG00005009550) #22	GIMD1 (ENSCJPG00005009549)	ENSCJPG00005009546 #23	PAPSS1 (ENSCJPG00005009544)	SGMS2 (ENSCJPG00005009542) #24	CYP2U1 (ENSCJPG00005009541)	HADH (ENSCJPG00005009540)	LEF1 (ENSCJPG00005009539)	RPL34 (ENSCJPG00005009534)	OSTC (ENSCJPG00005009533)	ETNPPL (ENSCJPG00005009532)	COL25A1 (ENSCJPG00005009531)	SEC24B (ENSCJPG00005009031)	ENSCJPG00005009029	HPGDS (ENSCJPG00005009025)	SMARCAD1 (ENSCJPG00005009024)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160388	ENSGT00940000154622.a.a	ENSGT00390000010356	ENSGT00950000182856.a.a.b	ENSGT00390000013490	ENSGT00940000157115	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b.e	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT01100000263502.B.a.b	ENSGT00940000160278.a	ENSGT00910000144252	ENSGT00940000160064.b
Turkey	MODERN SPECIES	24	ENSMGAG00000005610	ENSMGAG00000005644	ENSMGAG00000005671	ENSMGAG00000005707	ENSMGAG00000005718	ENSMGAG00000016418	ENSMGAG00000002597	ENSMGAG00000018344	ENSMGAG00000005753	ENSMGAG00000005795	ENSMGAG00000005823	ENSMGAG00000005865 #24	ENSMGAG00000022454	ENSMGAG00000005884	ENSMGAG00000005911 #23	ENSMGAG00000005919 #22	ENSMGAG00000005915	ENSMGAG00000022936	ENSMGAG00000005932	ENSMGAG00000005988 #21	ENSMGAG00000006011	ENSMGAG00000017109	ENSMGAG00000006026	ENSMGAG00000016688	ENSMGAG00000006061	ENSMGAG00000006097	ENSMGAG00000006108	ENSMGAG00000006149	ENSMGAG00000006126	SLC25A4 (ENSMGAG00000006211)	ENSMGAG00000006201
Chicken	MODERN SPECIES	33	SLC25A4 (ENSGALG00010005880)	CFAP97 (ENSGALG00010005858)	SNX25 (ENSGALG00010005849)	LRP2BP (ENSGALG00010005826)	UFSP2 (ENSGALG00010005799)	TACR3 (ENSGALG00010005776)	CXXC4 (ENSGALG00010005768) ##20	TET2 (ENSGALG00010005756)	PPA2 (ENSGALG00010006259)	ARHGEF38 (ENSGALG00010006243)	INTS12 (ENSGALG00010006229)	GSTCD (ENSGALG00010006200)	NPNT (ENSGALG00010006118) #21	ENSGALG00010006082	TBCK (ENSGALG00010006077)	AIMP1 (ENSGALG00010006049) #22	GIMD1 (ENSGALG00010006011)	DKK2 (ENSGALG00010005985) #23	PAPSS1 (ENSGALG00010005915)	SGMS2 (ENSGALG00010005670) #24	CYP2U1 (ENSGALG00010005656)	HADH (ENSGALG00010005634)	LEF1 (ENSGALG00010005587)	RPL34 (ENSGALG00010005545)	ETNPPL (ENSGALG00010005743)	COL25A1 (ENSGALG00010005720)	SEC24B (ENSGALG00010005692)	OPN4-1 (ENSGALG00010005533)	HPGDS (ENSGALG00010005518)	SMARCAD1 (ENSGALG00010005512)	Atoh1 (ENSGALG00010008510)
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.a	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	100	MANBA (ENSABRG00000008313)	UBE2D3 (ENSABRG00000008201)	CISD2 (ENSABRG00000008187)	ENSABRG00000008066 #36	BDH2 (ENSABRG00000007934)	RSPH4A (ENSABRG00000007847)	TACR3 (ENSABRG00000007838)	CXXC4 (ENSABRG00000007827) ##20	TET2 (ENSABRG00000007809)	PPA2 (ENSABRG00000007797)	ARHGEF38 (ENSABRG00000007763)	INTS12 (ENSABRG00000007747)	GSTCD (ENSABRG00000007735)	NPNT (ENSABRG00000007707) #21	TBCK (ENSABRG00000007689)	AIMP1 (ENSABRG00000007685) #22	GIMD1 (ENSABRG00000007677)	ENSABRG00000007658 #23	PAPSS1 (ENSABRG00000007642)	SGMS2 (ENSABRG00000007633) #24	CYP2U1 (ENSABRG00000007628)	HADH (ENSABRG00000007612)	LEF1 (ENSABRG00000007589)	RPL34 (ENSABRG00000007557)	OSTC (ENSABRG00000007554)	ETNPPL (ENSABRG00000007533)	COL25A1 (ENSABRG00000007508)	SEC24B (ENSABRG00000007477)	MCUB (ENSABRG00000007403)	CASP6 (ENSABRG00000007392)	PLA2G12A (ENSABRG00000007378)
Duck	MODERN SPECIES	22	ENSAPLG00000002829	ENSAPLG00000002847	NKX6-1 (ENSAPLG00000029273)	CDS1 (ENSAPLG00000003109)	WDFY3 (ENSAPLG00000016174)	PPM1K (ENSAPLG00000001192)	TACR3 (ENSAPLG00000008661)	CXXC4 (ENSAPLG00000027306) ##20	TET2 (ENSAPLG00000008329)	PPA2 (ENSAPLG00000010174)	ARHGEF38 (ENSAPLG00000010561)	INTS12 (ENSAPLG00000010592)	GSTCD (ENSAPLG00000016467)	NPNT (ENSAPLG00000004656) #21	TBCK (ENSAPLG00000005181)	AIMP1 (ENSAPLG00000006022) #22	GIMD1 (ENSAPLG00000006141)	ENSAPLG00000006144 #23	PAPSS1 (ENSAPLG00000006191)	SGMS2 (ENSAPLG00000007057) #24	CYP2U1 (ENSAPLG00000007095)	HADH (ENSAPLG00000007402)	ENSAPLG00000028119	ENSAPLG00000007492	RPL34 (ENSAPLG00000008019)	OSTC (ENSAPLG00000021135)	ETNPPL (ENSAPLG00000008156)	COL25A1 (ENSAPLG00000008681)	SEC24B (ENSAPLG00000009250)	MCUB (ENSAPLG00000010215)	CASP6 (ENSAPLG00000010415)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Golden eagle	MODERN SPECIES		UBE2D3 (ENSACCG00020005847)	CISD2 (ENSACCG00020005871)	ENSACCG00020005885 #36	BDH2 (ENSACCG00020005913)	RSPH4A (ENSACCG00020005922)	ENSACCG00020005938	TACR3 (ENSACCG00020005949)	CXXC4 (ENSACCG00020005978) ##20	TET2 (ENSACCG00020005989)	PPA2 (ENSACCG00020006024)	ARHGEF38 (ENSACCG00020006057)	INTS12 (ENSACCG00020006090)	GSTCD (ENSACCG00020006099)	NPNT (ENSACCG00020006122) #21	TBCK (ENSACCG00020006148)	AIMP1 (ENSACCG00020006181) #22	GIMD1 (ENSACCG00020006194)	ENSACCG00020006201 #23	PAPSS1 (ENSACCG00020006217)	SGMS2 (ENSACCG00020006231) #24	CYP2U1 (ENSACCG00020006246)	HADH (ENSACCG00020006255)	LEF1 (ENSACCG00020006283)	RPL34 (ENSACCG00020006312)	OSTC (ENSACCG00020006320)	ETNPPL (ENSACCG00020006332)	SEC24B (ENSACCG00020006353)	MCUB (ENSACCG00020006386)	CASP6 (ENSACCG00020006394)	PLA2G12A (ENSACCG00020006404)	CFI (ENSACCG00020006407) #25
Kakapo	MODERN SPECIES	24	CISD2 (ENSSHBG00005008707)	ENSSHBG00005008717 #36	BDH2 (ENSSHBG00005008738)	ENSSHBG00005008748	RSPH4A (ENSSHBG00005008765)	TACR3 (ENSSHBG00005008784)	CXXC4 (ENSSHBG00005008801) ##20	TET2 (ENSSHBG00005000703)	PPA2 (ENSSHBG00005010232)	ARHGEF38 (ENSSHBG00005010293)	INTS12 (ENSSHBG00005010390)	GSTCD (ENSSHBG00005010413)	NPNT (ENSSHBG00005010438) #21	TBCK (ENSSHBG00005010559)	ENSSHBG00005010618	AIMP1 (ENSSHBG00005010644) #22	GIMD1 (ENSSHBG00005010674)	ENSSHBG00005010694 #23	PAPSS1 (ENSSHBG00005010739)	SGMS2 (ENSSHBG00005010783) #24	CYP2U1 (ENSSHBG00005010804)	HADH (ENSSHBG00005010832)	LEF1 (ENSSHBG00005010852)	RPL34 (ENSSHBG00005010895)	OSTC (ENSSHBG00005010930)	ETNPPL (ENSSHBG00005010971)	COL25A1 (ENSSHBG00005011021)	SEC24B (ENSSHBG00005011081)	MCUB (ENSSHBG00005011137)	CASP6 (ENSSHBG00005011178)	PLA2G12A (ENSSHBG00005011219)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Great tit	MODERN SPECIES	23	NFKB1 (ENSPMJG00000009729)	MANBA (ENSPMJG00000009731)	UBE2D3 (ENSPMJG00000009734)	CISD2 (ENSPMJG00000009736)	ENSPMJG00000009737 #36	BDH2 (ENSPMJG00000009844)	RSPH4A (ENSPMJG00000009847)	TACR3 (ENSPMJG00000009850)	TET2 (ENSPMJG00000009958)	PPA2 (ENSPMJG00000009960)	ARHGEF38 (ENSPMJG00000009963)	INTS12 (ENSPMJG00000009965)	GSTCD (ENSPMJG00000009970)	NPNT (ENSPMJG00000010003) #21	TBCK (ENSPMJG00000010004)	AIMP1 (ENSPMJG00000010006) #22	GIMD1 (ENSPMJG00000010008)	ENSPMJG00000010015 #23	PAPSS1 (ENSPMJG00000010017)	SGMS2 (ENSPMJG00000010046) #24	CYP2U1 (ENSPMJG00000010059)	ENSPMJG00000010064	LEF1 (ENSPMJG00000010067)	RPL34 (ENSPMJG00000010081)	OSTC (ENSPMJG00000010082)	ETNPPL (ENSPMJG00000010084)	COL25A1 (ENSPMJG00000010085)	SEC24B (ENSPMJG00000010105)	MCUB (ENSPMJG00000010106)	CASP6 (ENSPMJG00000010107)	PLA2G12A (ENSPMJG00000010108)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q.d	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q.d	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153169.A.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285 #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00500000044869.a.a	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.q.d	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Common canary	MODERN SPECIES	2	UBE2D3 (ENSSCAG00000013341)	CISD2 (ENSSCAG00000013330)	ENSSCAG00000013316 #36	BDH2 (ENSSCAG00000013299)	CENPE (ENSSCAG00000013268)	RSPH4A (ENSSCAG00000013234)	TACR3 (ENSSCAG00000013222)	TET2 (ENSSCAG00000013213)	PPA2 (ENSSCAG00000013205)	ENSSCAG00000013198	ENSSCAG00000013186	INTS12 (ENSSCAG00000013177)	GSTCD (ENSSCAG00000013167)	NPNT (ENSSCAG00000013160) #21	TBCK (ENSSCAG00000013134)	AIMP1 (ENSSCAG00000013125) #22	GIMD1 (ENSSCAG00000013123)	ENSSCAG00000013111 #23	PAPSS1 (ENSSCAG00000013105)	SGMS2 (ENSSCAG00000013099) #24	CYP2U1 (ENSSCAG00000013091)	LEF1 (ENSSCAG00000013077)	RPL34 (ENSSCAG00000013050)	OSTC (ENSSCAG00000013047)	ETNPPL (ENSSCAG00000013044)	SEC24B (ENSSCAG00000013014)	MCUB (ENSSCAG00000013002)	CASP6 (ENSSCAG00000012997)	PLA2G12A (ENSSCAG00000012993)	CFI (ENSSCAG00000012987) #25	GAR1 (ENSSCAG00000012982)
Zebra finch	MODERN SPECIES	25	UBE2D3 (ENSTGUG00000003687)	CISD2 (ENSTGUG00000003707)	ENSTGUG00000003710 #36	RSPH4A (ENSTGUG00000025748)	TACR3 (ENSTGUG00000003770)	CXXC4 (ENSTGUG00000003779) ##20	TET2 (ENSTGUG00000003782)	PPA2 (ENSTGUG00000025216)	ARHGEF38 (ENSTGUG00000003812)	INTS12 (ENSTGUG00000003817)	GSTCD (ENSTGUG00000003836)	ENSTGUG00000026761	ENSTGUG00000026067	NPNT (ENSTGUG00000003842) #21	TBCK (ENSTGUG00000003881)	AIMP1 (ENSTGUG00000003915) #22	GIMD1 (ENSTGUG00000003930)	ENSTGUG00000029730 #23	PAPSS1 (ENSTGUG00000003942)	SGMS2 (ENSTGUG00000003967) #24	CYP2U1 (ENSTGUG00000003983)	HADH (ENSTGUG00000004004)	LEF1 (ENSTGUG00000004013)	RPL34 (ENSTGUG00000027399)	OSTC (ENSTGUG00000004065)	ETNPPL (ENSTGUG00000004067)	COL25A1 (ENSTGUG00000004089)	SEC24B (ENSTGUG00000004095)	MCUB (ENSTGUG00000004134)	CASP6 (ENSTGUG00000004148)	PLA2G12A (ENSTGUG00000004164)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	7	MANBA (ENSGFOG00000003070)	UBE2D3 (ENSGFOG00000003043)	CISD2 (ENSGFOG00000003033)	ENSGFOG00000002992 #36	ENSGFOG00000002948	ENSGFOG00000002856	RSPH4A (ENSGFOG00000002828)	TACR3 (ENSGFOG00000002819)	TET2 (ENSGFOG00000002809)	PPA2 (ENSGFOG00000002788)	ARHGEF38 (ENSGFOG00000002702)	INTS12 (ENSGFOG00000002668)	GSTCD (ENSGFOG00000002645)	NPNT (ENSGFOG00000002601) #21	TBCK (ENSGFOG00000002555)	AIMP1 (ENSGFOG00000002541) #22	GIMD1 (ENSGFOG00000012254)	ENSGFOG00000012253 #23	PAPSS1 (ENSGFOG00000012235)	SGMS2 (ENSGFOG00000012216) #24	CYP2U1 (ENSGFOG00000012213)	HADH (ENSGFOG00000012208)	LEF1 (ENSGFOG00000012203)	RPL34 (ENSGFOG00000012200)	OSTC (ENSGFOG00000012196)	ETNPPL (ENSGFOG00000012184)	SEC24B (ENSGFOG00000012147)	MCUB (ENSGFOG00000012138)	CASP6 (ENSGFOG00000012134)	PLA2G12A (ENSGFOG00000012129)	CFI (ENSGFOG00000012121) #25
Flycatcher	MODERN SPECIES	22	FAM241A (ENSFALG00000006495)	ENSFALG00000006490	ENPEP (ENSFALG00000006488)	ELOVL6 (ENSFALG00000006485)	EGF (ENSFALG00000006468)	LRIT3 (ENSFALG00000024429)	RRH (ENSFALG00000006451)	GAR1 (ENSFALG00000024007)	CFI (ENSFALG00000006443) #25	PLA2G12A (ENSFALG00000023889)	CASP6 (ENSFALG00000025277)	MCUB (ENSFALG00000024811)	SEC24B (ENSFALG00000006389)	NPNT (ENSFALG00000012382) #21	TBCK (ENSFALG00000012364)	AIMP1 (ENSFALG00000012349) #22	GIMD1 (ENSFALG00000012345)	ENSFALG00000026925 #23	PAPSS1 (ENSFALG00000012333)	SGMS2 (ENSFALG00000012322) #24	HADH (ENSFALG00000012296)	LEF1 (ENSFALG00000012250)	RPL34 (ENSFALG00000012235)	OSTC (ENSFALG00000012230)	ETNPPL (ENSFALG00000012226)	COL25A1 (ENSFALG00000012208)	GSTCD (ENSFALG00000008271)	INTS12 (ENSFALG00000008263)	ARHGEF38 (ENSFALG00000008256)	PPA2 (ENSFALG00000008246)	TET2 (ENSFALG00000008241)
African ostrich	MODERN SPECIES	1080	NFKB1 (ENSSCUG00000015192)	MANBA (ENSSCUG00000015195)	UBE2D3 (ENSSCUG00000015197)	CISD2 (ENSSCUG00000015204)	ENSSCUG00000015206 #36	BDH2 (ENSSCUG00000015212)	RSPH4A (ENSSCUG00000015221)	TACR3 (ENSSCUG00000015225)	TET2 (ENSSCUG00000015236)	PPA2 (ENSSCUG00000015240)	ARHGEF38 (ENSSCUG00000015247)	INTS12 (ENSSCUG00000015251)	GSTCD (ENSSCUG00000015252)	NPNT (ENSSCUG00000015257) #21	TBCK (ENSSCUG00000015266)	AIMP1 (ENSSCUG00000015278) #22	GIMD1 (ENSSCUG00000015282)	ENSSCUG00000015290 #23	PAPSS1 (ENSSCUG00000015430)	SGMS2 (ENSSCUG00000015538) #24	CYP2U1 (ENSSCUG00000015541)	HADH (ENSSCUG00000015545)	LEF1 (ENSSCUG00000015548)	RPL34 (ENSSCUG00000015556)	OSTC (ENSSCUG00000015564)	ETNPPL (ENSSCUG00000015569)	COL25A1 (ENSSCUG00000015582)	SEC24B (ENSSCUG00000015606)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	32	HGSNAT (ENSCPRG00005006213)	INTS10 (ENSCPRG00005006186)	CSGALNACT1 (ENSCPRG00005006170)	SH2D4A (ENSCPRG00005006162)	ENSCPRG00005006159	ENSCPRG00005006150	TET2 (ENSCPRG00005006139)	PPA2 (ENSCPRG00005006128)	ENSCPRG00005006121	ENSCPRG00005006102	INTS12 (ENSCPRG00005006095)	GSTCD (ENSCPRG00005006089)	NPNT (ENSCPRG00005006009) #21	TBCK (ENSCPRG00005005950)	ENSCPRG00005005945	AIMP1 (ENSCPRG00005005940) #22	GIMD1 (ENSCPRG00005005926)	ENSCPRG00005005914 #23	PAPSS1 (ENSCPRG00005005895)	SGMS2 (ENSCPRG00005005872) #24	CYP2U1 (ENSCPRG00005005868)	HADH (ENSCPRG00005005866)	LEF1 (ENSCPRG00005005834)	RPL34 (ENSCPRG00005005811)	OSTC (ENSCPRG00005005807)	ETNPPL (ENSCPRG00005005724)	SEC24B (ENSCPRG00005005675)	MCUB (ENSCPRG00005005669)	CASP6 (ENSCPRG00005005656)	PLA2G12A (ENSCPRG00005005654)	CFI (ENSCPRG00005005629) #25
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Platypus	MODERN SPECIES	3	ENSOANG00000013028	ORNANAV1R3113 (ENSOANG00000048588)	ENSOANG00000007169	ORNANAV1R3112 (ENSOANG00000046453)	ENSOANG00000020451	ENSOANG00000004493	ENSOANG00000029349	CXXC4 (ENSOANG00000037582) ##20	TET2 (ENSOANG00000045723)	PPA2 (ENSOANG00000050616)	ARHGEF38 (ENSOANG00000008038)	INTS12 (ENSOANG00000048873)	GSTCD (ENSOANG00000036596)	NPNT (ENSOANG00000002771) #21	TBCK (ENSOANG00000002772)	ENSOANG00000002774 #22	DKK2 (ENSOANG00000043883)	PAPSS1 (ENSOANG00000007746)	SGMS2 (ENSOANG00000037567) #24	CYP2U1 (ENSOANG00000047928)	HADH (ENSOANG00000007748)	LEF1 (ENSOANG00000002638)	RPL34 (ENSOANG00000007856)	OSTC (ENSOANG00000000770)	ETNPPL (ENSOANG00000009959)	SEC24B (ENSOANG00000013878)	MCUB (ENSOANG00000003662)	CASP6 (ENSOANG00000003663)	PLA2G12A (ENSOANG00000039200)	CFI (ENSOANG00000003664) #25	GAR1 (ENSOANG00000003665)
Theria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153169.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153169.A.b.b.b.a.a	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000153169.A.b.b.b.a.a	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000153169.A.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.cc	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
koala	MODERN SPECIES	258				CXXC4 (ENSPCIG00000031593) ##20	ENSPCIG00000029758	ENSPCIG00000000618	TET2 (ENSPCIG00000000570)	PPA2 (ENSPCIG00000000509)	ENSPCIG00000000541	ARHGEF38 (ENSPCIG00000030643)	INTS12 (ENSPCIG00000000458)	GSTCD (ENSPCIG00000000415)	NPNT (ENSPCIG00000000294) #21	ENSPCIG00000033056	TBCK (ENSPCIG00000000191)	AIMP1 (ENSPCIG00000000116) #22
Common wonbat	MODERN SPECIES	1057	SLC9B2 (ENSVURG00010003036) #36	BDH2 (ENSVURG00010003055)	ENSVURG00010003102	ENSVURG00010003151	TACR3 (ENSVURG00010003214)	CXXC4 (ENSVURG00010003259) ##20	TET2 (ENSVURG00010003300)	PPA2 (ENSVURG00010003352)	ENSVURG00010003395	ENSVURG00010003405	INTS12 (ENSVURG00010003413)	GSTCD (ENSVURG00010003450)	NPNT (ENSVURG00010003491) #21	ENSVURG00010003557	TBCK (ENSVURG00010003587)	AIMP1 (ENSVURG00010003631) #22	GIMD1 (ENSVURG00010003641)	DKK2 (ENSVURG00010003692)	PAPSS1 (ENSVURG00010003718)	SGMS2 (ENSVURG00010003757) #24	ENSVURG00010003762	HADH (ENSVURG00010003794)	LEF1 (ENSVURG00010003819)	ENSVURG00010004007	ENSVURG00010004018	ETNPPL (ENSVURG00010004034)	COL25A1 (ENSVURG00010004195)	SEC24B (ENSVURG00010004919)	MCUB (ENSVURG00010004957)	CASP6 (ENSVURG00010004981)	PLA2G12A (ENSVURG00010005003)
Wallaby	MODERN SPECIES	6910																ENSMEUG00000007107 #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	5	ENSSHAG00000031711 #36	BDH2 (ENSSHAG00000000467)	ENSSHAG00000003188	TACR3 (ENSSHAG00000000949)	CXXC4 (ENSSHAG00000026585) ##20	ENSSHAG00000026442	ENSSHAG00000004722	ENSSHAG00000030304	TET2 (ENSSHAG00000008753)	PPA2 (ENSSHAG00000032314)	ARHGEF38 (ENSSHAG00000004498)	INTS12 (ENSSHAG00000003546)	GSTCD (ENSSHAG00000000922)	NPNT (ENSSHAG00000001094) #21	TBCK (ENSSHAG00000008473)	AIMP1 (ENSSHAG00000000796) #22	GIMD1 (ENSSHAG00000008117)	ENSSHAG00000013376 #23	ENSSHAG00000024554	PAPSS1 (ENSSHAG00000009182)	SGMS2 (ENSSHAG00000006786) #24	CYP2U1 (ENSSHAG00000005871)	HADH (ENSSHAG00000004987)	LEF1 (ENSSHAG00000028814)	ENSSHAG00000027242	ENSSHAG00000002342	ENSSHAG00000025927	ENSSHAG00000026968	ENSSHAG00000027128	ENSSHAG00000008658	ENSSHAG00000008320
Opossum	MODERN SPECIES	4	ENSMODG00000020658 #36	BDH2 (ENSMODG00000020657)	ENSMODG00000020656	TACR3 (ENSMODG00000020652)	CXXC4 (ENSMODG00000050644) ##20	ENSMODG00000037933	TET2 (ENSMODG00000020637)	PPA2 (ENSMODG00000020635)	ENSMODG00000044974	ARHGEF38 (ENSMODG00000020629)	INTS12 (ENSMODG00000020627)	ENSMODG00000051211	GSTCD (ENSMODG00000020626)	NPNT (ENSMODG00000020620) #21	TBCK (ENSMODG00000020615)	AIMP1 (ENSMODG00000020613) #22	GIMD1 (ENSMODG00000029257)	DKK2 (ENSMODG00000020612)	PAPSS1 (ENSMODG00000020610)	SGMS2 (ENSMODG00000047692) #24	CYP2U1 (ENSMODG00000020607)	HADH (ENSMODG00000020605)	LEF1 (ENSMODG00000020603)	ENSMODG00000049572	RPL34 (ENSMODG00000020601)	OSTC (ENSMODG00000038026)	ENSMODG00000020597	COL25A1 (ENSMODG00000020594)	SEC24B (ENSMODG00000020587)	SEC31A (ENSMODG00000012053)	SCD5 (ENSMODG00000011983)
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Elephant	MODERN SPECIES	95	ENSLAFG00000026776	ENSLAFG00000029669	ENSLAFG00000013097	ENSLAFG00000026993 #36	CENPE (ENSLAFG00000017915)	TACR3 (ENSLAFG00000009702)	ENSLAFG00000030798	CXXC4 (ENSLAFG00000030012) ##20	ENSLAFG00000026913	ENSLAFG00000012329	ENSLAFG00000031287	INTS12 (ENSLAFG00000010076)	GSTCD (ENSLAFG00000021544)	NPNT (ENSLAFG00000005763) #21	TBCK (ENSLAFG00000018410)	AIMP1 (ENSLAFG00000012639) #22	GIMD1 (ENSLAFG00000027733)	DKK2 (ENSLAFG00000007133)	PAPSS1 (ENSLAFG00000018426)	SGMS2 (ENSLAFG00000016422) #24	CYP2U1 (ENSLAFG00000016424)	HADH (ENSLAFG00000016430)	LEF1 (ENSLAFG00000016434)	ENSLAFG00000025607	RPL34 (ENSLAFG00000032615)	OSTC (ENSLAFG00000026381)	ETNPPL (ENSLAFG00000008666)	ENSLAFG00000008674	SEC24B (ENSLAFG00000013688)	MCUB (ENSLAFG00000002726)	CASP6 (ENSLAFG00000002727)
Hyrax	MODERN SPECIES	4697																ENSPCAG00000015480 #22
Tenrec	MODERN SPECIES	4073															TBCK (ENSETEG00000000285)	AIMP1 (ENSETEG00000000289) #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	55									ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Armadillo	MODERN SPECIES	3508							ENSDNOG00000041521	ENSDNOG00000012327	ENSDNOG00000031837	ARHGEF38 (ENSDNOG00000031825)	INTS12 (ENSDNOG00000041045)	GSTCD (ENSDNOG00000010872)	NPNT (ENSDNOG00000047147) #21	ENSDNOG00000033067	TBCK (ENSDNOG00000010062)	AIMP1 (ENSDNOG00000039310) #22	GIMD1 (ENSDNOG00000037621)	ENSDNOG00000035061	DKK2 (ENSDNOG00000039230)	PAPSS1 (ENSDNOG00000003032)	ENSDNOG00000044160	SGMS2 (ENSDNOG00000048393) #24	CYP2U1 (ENSDNOG00000000863)	HADH (ENSDNOG00000000868)	LEF1 (ENSDNOG00000019529)	ENSDNOG00000011179	OSTC (ENSDNOG00000011172)	ETNPPL (ENSDNOG00000014825)	COL25A1 (ENSDNOG00000016800)	ENSDNOG00000048517	SEC24B (ENSDNOG00000012980)
Sloth	MODERN SPECIES	5084																AIMP1 (ENSCHOG00000000619) #22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Tree shrew	MODERN SPECIES	1881												INTS12 (ENSTBEG00000009559)	GSTCD (ENSTBEG00000001421)	NPNT (ENSTBEG00000002734) #21	TBCK (ENSTBEG00000003132)	AIMP1 (ENSTBEG00000004412) #22	DKK2 (ENSTBEG00000004691)
Glires	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000158625	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Pika	DUPLICATION
Pika	MODERN SPECIES	2827																ENSOPRG00000010434 #22
Pika	MODERN SPECIES	4839																ENSOPRG00000016210 #22
Rabbit	MODERN SPECIES	6	ENSOCUG00000023919	TACR3 (ENSOCUG00000009581)	ENSOCUG00000015536 ##20	ENSOCUG00000034203	ENSOCUG00000037821	ENSOCUG00000026448	ENSOCUG00000021908	TET2 (ENSOCUG00000007098)	PPA2 (ENSOCUG00000005941)	ARHGEF38 (ENSOCUG00000027996)	INTS12 (ENSOCUG00000011321)	GSTCD (ENSOCUG00000003884)	NPNT (ENSOCUG00000012530) #21	ENSOCUG00000032155	TBCK (ENSOCUG00000008514)	AIMP1 (ENSOCUG00000002043) #22	GIMD1 (ENSOCUG00000026543)	DKK2 (ENSOCUG00000001765)	PAPSS1 (ENSOCUG00000004622)	SGMS2 (ENSOCUG00000009998) #24	CYP2U1 (ENSOCUG00000002281)	HADH (ENSOCUG00000014271)	LEF1 (ENSOCUG00000010436)	ENSOCUG00000024066	ENSOCUG00000021006	ENSOCUG00000029357	ENSOCUG00000011056	ETNPPL (ENSOCUG00000015610)	COL25A1 (ENSOCUG00000000201)	ENSOCUG00000035839	ENSOCUG00000031162
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714.h	ENSGT00940000157714.g	ENSGT00940000159984.e	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	199							ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714.h	ENSGT00940000157714.g	ENSGT00940000159984.e	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	286													ENSUPAG00010009407	NPNT (ENSUPAG00010009088) #21	TBCK (ENSUPAG00010009048)	AIMP1 (ENSUPAG00010009041) #22	GIMD1 (ENSUPAG00010009027)	DKK2 (ENSUPAG00010009013)	PAPSS1 (ENSUPAG00010008992)	SGMS2 (ENSUPAG00010008979) #24	CYP2U1 (ENSUPAG00010008973)	ENSUPAG00010008957	LEF1 (ENSUPAG00010008645)	ENSUPAG00010008601
Squirrel	MODERN SPECIES	414													ENSSTOG00000031612	NPNT (ENSSTOG00000000885) #21	TBCK (ENSSTOG00000000893)	AIMP1 (ENSSTOG00000008178) #22	GIMD1 (ENSSTOG00000026704)	DKK2 (ENSSTOG00000020324)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	14	MANBA (ENSMMMG00000008744)	ENSMMMG00000008780	CISD2 (ENSMMMG00000008837)	SLC9B1 (ENSMMMG00000008845) #36	SLC9B2 (ENSMMMG00000008890) #36	BDH2 (ENSMMMG00000008917)	TACR3 (ENSMMMG00000008938)	CXXC4 (ENSMMMG00000008981) ##20	TET2 (ENSMMMG00000008999)	PPA2 (ENSMMMG00000009033)	ARHGEF38 (ENSMMMG00000009110)	ENSMMMG00000009146	GSTCD (ENSMMMG00000009168)	NPNT (ENSMMMG00000009207) #21	TBCK (ENSMMMG00000009872)	AIMP1 (ENSMMMG00000009938) #22	GIMD1 (ENSMMMG00000009944)	ENSMMMG00000009991	DKK2 (ENSMMMG00000010025)	PAPSS1 (ENSMMMG00000010079)	SGMS2 (ENSMMMG00000010143) #24	ENSMMMG00000010155	ENSMMMG00000010161	ENSMMMG00000010164	LEF1 (ENSMMMG00000010193)	RPL34 (ENSMMMG00000010314)	OSTC (ENSMMMG00000010326)	ETNPPL (ENSMMMG00000010343)	COL25A1 (ENSMMMG00000010402)	SEC24B (ENSMMMG00000010546)	CASP6 (ENSMMMG00000010597)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	18	SLC9B2 (ENSSVLG00005007129) #36	BDH2 (ENSSVLG00005007067)	CENPE (ENSSVLG00005006634)	TACR3 (ENSSVLG00005006543)	ENSSVLG00005006523	CXXC4 (ENSSVLG00005006498) ##20	ENSSVLG00005005853	PPA2 (ENSSVLG00005005595)	ENSSVLG00005005487	ENSSVLG00005005442	ENSSVLG00005005384	ENSSVLG00005005324	GSTCD (ENSSVLG00005005238)	NPNT (ENSSVLG00005004815) #21	TBCK (ENSSVLG00005004638)	AIMP1 (ENSSVLG00005004580) #22	GIMD1 (ENSSVLG00005004555)	DKK2 (ENSSVLG00005026018)	PAPSS1 (ENSSVLG00005026017)	SGMS2 (ENSSVLG00005026015) #24	CYP2U1 (ENSSVLG00005026014)	HADH (ENSSVLG00005026013)	ENSSVLG00005026012	ENSSVLG00005026011	RPL34 (ENSSVLG00005026009)	OSTC (ENSSVLG00005026008)	ETNPPL (ENSSVLG00005026007)	ENSSVLG00005026006	COL25A1 (ENSSVLG00005026005)	ENSSVLG00005026004	SEC24B (ENSSVLG00005026003)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b.h	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b.h	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b.h	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	57				ENSODEG00000011668 ##20	ENSODEG00000011599	TET2 (ENSODEG00000011623)	PPA2 (ENSODEG00000012171)	ENSODEG00000012068	ENSODEG00000011526	ENSODEG00000010989	ENSODEG00000011418	INTS12 (ENSODEG00000010716)	GSTCD (ENSODEG00000011298)	NPNT (ENSODEG00000012616) #21	ENSODEG00000011791	ENSODEG00000010617 #22	GIMD1 (ENSODEG00000011081)	DKK2 (ENSODEG00000013005)	PAPSS1 (ENSODEG00000012464)	SGMS2 (ENSODEG00000010387) #24	CYP2U1 (ENSODEG00000010344)	HADH (ENSODEG00000011168)	LEF1 (ENSODEG00000010436)	ENSODEG00000019987	ENSODEG00000012716	OSTC (ENSODEG00000011874)	ETNPPL (ENSODEG00000011007)	COL25A1 (ENSODEG00000011565)	ENSODEG00000011204	ENSODEG00000019962	SEC24B (ENSODEG00000011940)
Degu	MODERN SPECIES	149	PTPN12 (ENSODEG00000007326)	RSBN1L (ENSODEG00000006196)	ENSODEG00000019377	PHTF2 (ENSODEG00000007039)	MAGI2 (ENSODEG00000007551)	GNAI1 (ENSODEG00000008540)	GNAT3 (ENSODEG00000007421)	CD36 (ENSODEG00000007161)	SEMA3C (ENSODEG00000006685)	ENSODEG00000007412	HGF (ENSODEG00000008277)	CACNA2D1 (ENSODEG00000009374)	PCLO (ENSODEG00000007259)	ENSODEG00000007059	SEMA3E (ENSODEG00000007213)	ENSODEG00000008317 #22	SEMA3A (ENSODEG00000008194)	SEMA3D (ENSODEG00000009195)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	203	ENSCLAG00000001951	CISD2 (ENSCLAG00000001906)	SLC9B1 (ENSCLAG00000001893) #36	SLC9B2 (ENSCLAG00000001811) #36	BDH2 (ENSCLAG00000007330)	CENPE (ENSCLAG00000006287)	TACR3 (ENSCLAG00000005677)	ENSCLAG00000005638 ##20	TET2 (ENSCLAG00000005412)	PPA2 (ENSCLAG00000004964)	ARHGEF38 (ENSCLAG00000003103)	INTS12 (ENSCLAG00000003066)	GSTCD (ENSCLAG00000002751)	NPNT (ENSCLAG00000002301) #21	TBCK (ENSCLAG00000004392)	AIMP1 (ENSCLAG00000003954) #22	GIMD1 (ENSCLAG00000003485)	DKK2 (ENSCLAG00000002881)	PAPSS1 (ENSCLAG00000002840)	SGMS2 (ENSCLAG00000002723) #24	CYP2U1 (ENSCLAG00000002674)	HADH (ENSCLAG00000003966)	LEF1 (ENSCLAG00000003044)	ENSCLAG00000003911	OSTC (ENSCLAG00000003790)	ETNPPL (ENSCLAG00000002982)	COL25A1 (ENSCLAG00000002719)	ENSCLAG00000002421	SEC24B (ENSCLAG00000004027)	MCUB (ENSCLAG00000003597)	CASP6 (ENSCLAG00000003293)
Guinea pig	MODERN SPECIES	43	ENSCPOG00000040789	CISD2 (ENSCPOG00000037595)	SLC9B1 (ENSCPOG00000015650) #36	SLC9B2 (ENSCPOG00000010368) #36	BDH2 (ENSCPOG00000010376)	TACR3 (ENSCPOG00000010746)	TET2 (ENSCPOG00000005784)	PPA2 (ENSCPOG00000012683)	ENSCPOG00000023083	ENSCPOG00000024558	ENSCPOG00000039865	INTS12 (ENSCPOG00000009129)	GSTCD (ENSCPOG00000008688)	NPNT (ENSCPOG00000006697) #21	TBCK (ENSCPOG00000006708)	AIMP1 (ENSCPOG00000006734) #22	DKK2 (ENSCPOG00000030616)	PAPSS1 (ENSCPOG00000011505)	SGMS2 (ENSCPOG00000032233) #24	CYP2U1 (ENSCPOG00000011750)	HADH (ENSCPOG00000024229)	LEF1 (ENSCPOG00000013758)	ENSCPOG00000037181	OSTC (ENSCPOG00000039456)	ETNPPL (ENSCPOG00000015368)	COL25A1 (ENSCPOG00000012595)	SEC24B (ENSCPOG00000009212)	ENSCPOG00000022594	ENSCPOG00000002110	CASP6 (ENSCPOG00000031434)	PLA2G12A (ENSCPOG00000004212)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	19	SLC9B2 (ENSHGLG00000034315) #36	ENSHGLG00000000542	ENSHGLG00000020122	ENSHGLG00000001051	ENSHGLG00000000800	ENSHGLG00000037331 ##20	PPA2 (ENSHGLG00000001457)	ENSHGLG00000001427	ARHGEF38 (ENSHGLG00000034470)	INTS12 (ENSHGLG00000002096)	ENSHGLG00000050195	GSTCD (ENSHGLG00000001718)	NPNT (ENSHGLG00000001987) #21	ENSHGLG00000034242	TBCK (ENSHGLG00000008209)	AIMP1 (ENSHGLG00000003860) #22	GIMD1 (ENSHGLG00000003404)	DKK2 (ENSHGLG00000032510)	ENSHGLG00000044153	PAPSS1 (ENSHGLG00000001783)	ENSHGLG00000038714	HADH (ENSHGLG00000032988)	LEF1 (ENSHGLG00000046551)	RPL34 (ENSHGLG00000050296)	ENSHGLG00000001959	ENSHGLG00000004469	ENSHGLG00000047113	ENPEP (ENSHGLG00000002965)	ELOVL6 (ENSHGLG00000037368)	ENSHGLG00000034086	ENSHGLG00000002404
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	66	Cisd2 (ENSCGRG00001009884)	Slc9b1 (ENSCGRG00001019186) #36	Slc9b2 (ENSCGRG00001013085) #36	ENSCGRG00001008342	ENSCGRG00001000064	Cenpe (ENSCGRG00001024643)	Tacr3 (ENSCGRG00001001027)	Cxxc4 (ENSCGRG00001012155) ##20	ENSCGRG00001016201	Ppa2 (ENSCGRG00001013135)	Arhgef38 (ENSCGRG00001012615)	Ints12 (ENSCGRG00001017648)	Gstcd (ENSCGRG00001013678)	Npnt (ENSCGRG00001011234) #21	Tbck (ENSCGRG00001014137)	Aimp1 (ENSCGRG00001012622) #22	Gimd1 (ENSCGRG00001011642)	Dkk2 (ENSCGRG00001015913)	Papss1 (ENSCGRG00001022641)	Sgms2 (ENSCGRG00001022561) #24	Cyp2u1 (ENSCGRG00001000440)	Hadh (ENSCGRG00001022551)	Lef1 (ENSCGRG00001022697)	Rpl34 (ENSCGRG00001011923)	ENSCGRG00001012885	Etnppl (ENSCGRG00001001866)	Col25a1 (ENSCGRG00001016091)	Sec24b (ENSCGRG00001011377)	Mcub (ENSCGRG00001013554)	ENSCGRG00001021697	Pla2g12a (ENSCGRG00001020911)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	8	Slc9b1 (ENSMOCG00000020773) #36	Slc9b2 (ENSMOCG00000010054) #36	Bdh2 (ENSMOCG00000006266)	Cenpe (ENSMOCG00000017832)	ENSMOCG00000008569	Tacr3 (ENSMOCG00000010143)	Cxxc4 (ENSMOCG00000003388) ##20	Tet2 (ENSMOCG00000019397)	Ppa2 (ENSMOCG00000021031)	ENSMOCG00000010005	Arhgef38 (ENSMOCG00000000958)	Ints12 (ENSMOCG00000014627)	Gstcd (ENSMOCG00000012500)	Npnt (ENSMOCG00000016277) #21	Tbck (ENSMOCG00000000214)	ENSMOCG00000001103 #22	Gimd1 (ENSMOCG00000017308)	Dkk2 (ENSMOCG00000016432)	ENSMOCG00000013454	Papss1 (ENSMOCG00000012328)	Sgms2 (ENSMOCG00000008205) #24	Cyp2u1 (ENSMOCG00000012427)	Hadh (ENSMOCG00000002166)	Lef1 (ENSMOCG00000017897)	ENSMOCG00000012371	Ostc (ENSMOCG00000003130)	Etnppl (ENSMOCG00000013627)	Col25a1 (ENSMOCG00000005127)	Sec24b (ENSMOCG00000010749)	Mcub (ENSMOCG00000001391)	Casp6 (ENSMOCG00000019140)
Prairie vole	MODERN SPECIES	117														Lhfpl1 (ENSMOCG00000011160)	Amot (ENSMOCG00000007506)	ENSMOCG00000003749 #22	Htr2c (ENSMOCG00000002901)	Il13ra2 (ENSMOCG00000001933)	Lrch2 (ENSMOCG00000000896)	ENSMOCG00000000168	Pls3 (ENSMOCG00000000114)	ENSMOCG00000000044
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	19	Slc9b1 (ENSPEMG00000015739) #36	Slc9b2 (ENSPEMG00000018580) #36	Bdh2 (ENSPEMG00000008358)	Cenpe (ENSPEMG00000003135)	ENSPEMG00000025985	Tacr3 (ENSPEMG00000026875)	Cxxc4 (ENSPEMG00000024400) ##20	Tet2 (ENSPEMG00000003379)	ENSPEMG00000014121	Ppa2 (ENSPEMG00000015922)	Arhgef38 (ENSPEMG00000008305)	Ints12 (ENSPEMG00000005181)	Gstcd (ENSPEMG00000007441)	Npnt (ENSPEMG00000008059) #21	Tbck (ENSPEMG00000008071)	Aimp1 (ENSPEMG00000003730) #22	Gimd1 (ENSPEMG00000010104)	Dkk2 (ENSPEMG00000024321)	Papss1 (ENSPEMG00000008733)	Sgms2 (ENSPEMG00000027110) #24	Cyp2u1 (ENSPEMG00000012213)	Hadh (ENSPEMG00000020330)	Lef1 (ENSPEMG00000011796)	ENSPEMG00000010540	Ostc (ENSPEMG00000001349)	Etnppl (ENSPEMG00000009696)	Col25a1 (ENSPEMG00000000474)	Sec24b (ENSPEMG00000016956)	Mcub (ENSPEMG00000008411)	ENSPEMG00000011964	Pla2g12a (ENSPEMG00000014433)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Mus	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
spretus	MODERN SPECIES	12	MGP_SPRETEiJ_G0026613	Cisd2 (MGP_SPRETEiJ_G0026612)	Slc9b1 (MGP_SPRETEiJ_G0026611) #36	Slc9b2 (MGP_SPRETEiJ_G0026610) #36	Bdh2 (MGP_SPRETEiJ_G0026609)	Cenpe (MGP_SPRETEiJ_G0026608)	Tacr3 (MGP_SPRETEiJ_G0026607)	MGP_SPRETEiJ_G0026606 ##20	Tet2 (MGP_SPRETEiJ_G0026604)	Ppa2 (MGP_SPRETEiJ_G0026603)	Arhgef38 (MGP_SPRETEiJ_G0026602)	Ints12 (MGP_SPRETEiJ_G0026601)	Gstcd (MGP_SPRETEiJ_G0026600)	Npnt (MGP_SPRETEiJ_G0026599) #21	Tbck (MGP_SPRETEiJ_G0026598)	Aimp1 (MGP_SPRETEiJ_G0026597) #22	Gimd1 (MGP_SPRETEiJ_G0026596)	Dkk2 (MGP_SPRETEiJ_G0026595)	Papss1 (MGP_SPRETEiJ_G0026594)	Sgms2 (MGP_SPRETEiJ_G0026593) #24	Cyp2u1 (MGP_SPRETEiJ_G0026592)	Hadh (MGP_SPRETEiJ_G0026591)	Lef1 (MGP_SPRETEiJ_G0026590)	Rpl34 (MGP_SPRETEiJ_G0026589)	Ostc (MGP_SPRETEiJ_G0026588)	Etnppl (MGP_SPRETEiJ_G0026587)	Col25a1 (MGP_SPRETEiJ_G0026586)	Sec24b (MGP_SPRETEiJ_G0026585)	Mcub (MGP_SPRETEiJ_G0026584)	Casp6 (MGP_SPRETEiJ_G0026583)	Pla2g12a (MGP_SPRETEiJ_G0026582)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3018								ENSMSIG00000031848	Tet2 (ENSMSIG00000031845)	Ppa2 (ENSMSIG00000031843)	Arhgef38 (ENSMSIG00000031842)	Ints12 (ENSMSIG00000031838)	Gstcd (ENSMSIG00000031836)	Npnt (ENSMSIG00000031811) #21	Tbck (ENSMSIG00000031809)	Aimp1 (ENSMSIG00000031808) #22	Gimd1 (ENSMSIG00000031807)	Dkk2 (ENSMSIG00000031805)
Mouse	MODERN SPECIES	12	Ube2d3 (ENSMUSG00000078578)	Cisd2 (ENSMUSG00000028165)	Slc9b1 (ENSMUSG00000050150) #36	Slc9b2 (ENSMUSG00000037994) #36	Bdh2 (ENSMUSG00000028167)	Cenpe (ENSMUSG00000045328)	Tacr3 (ENSMUSG00000028172)	Cxxc4 (ENSMUSG00000044365) ##20	Tet2 (ENSMUSG00000040943)	Ppa2 (ENSMUSG00000028013)	Arhgef38 (ENSMUSG00000040969)	Ints12 (ENSMUSG00000028016)	Gstcd (ENSMUSG00000028018)	Npnt (ENSMUSG00000040998) #21	Tbck (ENSMUSG00000028030)	Aimp1 (ENSMUSG00000028029) #22	Gimd1 (ENSMUSG00000091721)	Dkk2 (ENSMUSG00000028031)	Papss1 (ENSMUSG00000028032)	Sgms2 (ENSMUSG00000050931) #24	Cyp2u1 (ENSMUSG00000027983)	Hadh (ENSMUSG00000027984)	Lef1 (ENSMUSG00000027985)	Rpl34 (ENSMUSG00000062006)	Ostc (ENSMUSG00000041084)	Etnppl (ENSMUSG00000019232)	Col25a1 (ENSMUSG00000058897)	Sec24b (ENSMUSG00000001052)	Mcub (ENSMUSG00000027994)	Casp6 (ENSMUSG00000027997)	Pla2g12a (ENSMUSG00000027999)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	12	MGP_CAROLIEiJ_G0025659	Cisd2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025658)	Slc9b1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025657) #36	Slc9b2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025656) #36	Bdh2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025655)	Cenpe (MGP_CAROLIEiJ_G0025654)	Tacr3 (MGP_CAROLIEiJ_G0025653)	Cxxc4 (MGP_CAROLIEiJ_G0025652) ##20	Tet2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025651)	Ppa2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025650)	Arhgef38 (MGP_CAROLIEiJ_G0025649)	Ints12 (MGP_CAROLIEiJ_G0025648)	Gstcd (MGP_CAROLIEiJ_G0025647)	Npnt (MGP_CAROLIEiJ_G0025646) #21	Tbck (MGP_CAROLIEiJ_G0025645)	Aimp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025644) #22	Gimd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025643)	Dkk2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025642)	Papss1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025641)	Sgms2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025640) #24	Cyp2u1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025639)	Hadh (MGP_CAROLIEiJ_G0025638)	Lef1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025637)	Rpl34 (MGP_CAROLIEiJ_G0025636)	Ostc (MGP_CAROLIEiJ_G0025635)	Etnppl (MGP_CAROLIEiJ_G0025634)	Col25a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025633)	Sec24b (MGP_CAROLIEiJ_G0025632)	Mcub (MGP_CAROLIEiJ_G0025631)	Casp6 (MGP_CAROLIEiJ_G0025630)	Pla2g12a (MGP_CAROLIEiJ_G0025629)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	17	MGP_PahariEiJ_G0027108	Cisd2 (MGP_PahariEiJ_G0027107)	Slc9b1 (MGP_PahariEiJ_G0027106) #36	Slc9b2 (MGP_PahariEiJ_G0027105) #36	Bdh2 (MGP_PahariEiJ_G0027104)	Cenpe (MGP_PahariEiJ_G0027103)	Tacr3 (MGP_PahariEiJ_G0027102)	Cxxc4 (MGP_PahariEiJ_G0027101) ##20	Tet2 (MGP_PahariEiJ_G0027100)	Ppa2 (MGP_PahariEiJ_G0027099)	Arhgef38 (MGP_PahariEiJ_G0027098)	Ints12 (MGP_PahariEiJ_G0027097)	Gstcd (MGP_PahariEiJ_G0027096)	Npnt (MGP_PahariEiJ_G0027095) #21	Tbck (MGP_PahariEiJ_G0027094)	Aimp1 (MGP_PahariEiJ_G0027093) #22	Gimd1 (MGP_PahariEiJ_G0027092)	Dkk2 (MGP_PahariEiJ_G0027091)	Papss1 (MGP_PahariEiJ_G0027090)	Sgms2 (MGP_PahariEiJ_G0027089) #24	Cyp2u1 (MGP_PahariEiJ_G0027088)	Hadh (MGP_PahariEiJ_G0027087)	Lef1 (MGP_PahariEiJ_G0027086)	Rpl34 (MGP_PahariEiJ_G0027085)	Ostc (MGP_PahariEiJ_G0027084)	Etnppl (MGP_PahariEiJ_G0027083)	Col25a1 (MGP_PahariEiJ_G0027082)	Sec24b (MGP_PahariEiJ_G0027081)	Mcub (MGP_PahariEiJ_G0027080)	Casp6 (MGP_PahariEiJ_G0027079)	Pla2g12a (MGP_PahariEiJ_G0027078)
Rat	MODERN SPECIES	11	Cisd2 (ENSRNOG00000048258)	Bdh2 (ENSRNOG00000014490)	Cenpe (ENSRNOG00000009339)	Tacr3 (ENSRNOG00000009372)	Cxxc4 (ENSRNOG00000045764) ##20	ENSRNOG00000065234	ENSRNOG00000067100	Tet2 (ENSRNOG00000023579)	Gpbp1l2 (ENSRNOG00000016336)	Ppa2 (ENSRNOG00000012091)	Arhgef38 (ENSRNOG00000023965)	Ints12 (ENSRNOG00000011844)	Gstcd (ENSRNOG00000011669)	Npnt (ENSRNOG00000052873) #21	Tbck (ENSRNOG00000011454)	Aimp1 (ENSRNOG00000011384) #22	Gimd1 (ENSRNOG00000042721)	ENSRNOG00000066474	Dkk2 (ENSRNOG00000011360)	Papss1 (ENSRNOG00000011311)	Sgms2 (ENSRNOG00000011284) #24	Cyp2u1 (ENSRNOG00000011053)	Hadh (ENSRNOG00000010697)	Lef1 (ENSRNOG00000010121)	AABR07013412.1 (ENSRNOG00000055035)	LOC108350290 (ENSRNOG00000069431)	Rpl34 (ENSRNOG00000016387)	Ostc (ENSRNOG00000023322)	Etnppl (ENSRNOG00000045743)	Col25a1 (ENSRNOG00000050706)	Sec24b (ENSRNOG00000023373)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	96	Cisd2 (ENSJJAG00000005022)	ENSJJAG00000014490	Slc9b2 (ENSJJAG00000008729) #36	Bdh2 (ENSJJAG00000014275)	ENSJJAG00000015412	Tacr3 (ENSJJAG00000023236)	Cxxc4 (ENSJJAG00000011738) ##20	ENSJJAG00000017297	Tet2 (ENSJJAG00000019545)	Ppa2 (ENSJJAG00000001408)	Arhgef38 (ENSJJAG00000014797)	ENSJJAG00000015299	Gstcd (ENSJJAG00000021904)	Npnt (ENSJJAG00000007539) #21	ENSJJAG00000014460	Aimp1 (ENSJJAG00000016873) #22	Gimd1 (ENSJJAG00000017692)	Lrp12 (ENSJJAG00000020477)	Dpys (ENSJJAG00000008928)	Dcstamp (ENSJJAG00000011201)	Rims2 (ENSJJAG00000013990)	ENSJJAG00000000607	ENSJJAG00000001990	Slc25a32 (ENSJJAG00000001066)	ENSJJAG00000007630	ENSJJAG00000009949	Fzd6 (ENSJJAG00000012386)	Baalc (ENSJJAG00000016925)	Atp6v1c1 (ENSJJAG00000016526)	Azin1 (ENSJJAG00000020420)	Klf10 (ENSJJAG00000002095)
Kangaroo rat	DUPLICATION
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	389	Ube2d3 (ENSDORG00000028574)	Cisd2 (ENSDORG00000029271)	Slc9b1 (ENSDORG00000023799) #36	Slc9b2 (ENSDORG00000000659) #36	Bdh2 (ENSDORG00000029728)	Cenpe (ENSDORG00000002271)	Tacr3 (ENSDORG00000010681)	ENSDORG00000003728 ##20	Ppa2 (ENSDORG00000013455)	ENSDORG00000027089	Arhgef38 (ENSDORG00000029430)	Ints12 (ENSDORG00000023765)	Gstcd (ENSDORG00000009964)	Npnt (ENSDORG00000009968) #21	ENSDORG00000012577	ENSDORG00000005018 #22	Gimd1 (ENSDORG00000026034)	Dkk2 (ENSDORG00000025181)	Papss1 (ENSDORG00000010043)	Sgms2 (ENSDORG00000010107) #24	Cyp2u1 (ENSDORG00000010109)	Hadh (ENSDORG00000015829)	Lef1 (ENSDORG00000007694)	Rpl34 (ENSDORG00000025054)	Ostc (ENSDORG00000027386)	Etnppl (ENSDORG00000004115)	Col25a1 (ENSDORG00000004118)	ENSDORG00000024600	Sec24b (ENSDORG00000003039)	Mcub (ENSDORG00000012992)	Casp6 (ENSDORG00000012993)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	353	ENSDORG00000025771	ENSDORG00000025851	ENSDORG00000023710	Slc25a16 (ENSDORG00000008871)	Dna2 (ENSDORG00000008959)	ENSDORG00000011475	Hnrnph3 (ENSDORG00000011470)	ENSDORG00000015811	ENSDORG00000026237	Mypn (ENSDORG00000016435)	Herc4 (ENSDORG00000005214)	Sirt1 (ENSDORG00000005213)	Dnajc12 (ENSDORG00000025373)	Lrrtm3 (ENSDORG00000007563)	Ctnna3 (ENSDORG00000009638)	ENSDORG00000027118 #22	Reep3 (ENSDORG00000006066)	Jmjd1c (ENSDORG00000013963)	Nrbf2 (ENSDORG00000013962)	ENSDORG00000027652	Ado (ENSDORG00000002221)	Zfp365 (ENSDORG00000024597) ##11	ENSDORG00000014351	Arid5b (ENSDORG00000028134)	Cabcoco1 (ENSDORG00000013475)	Tmem26 (ENSDORG00000011158)	ENSDORG00000027083	ENSDORG00000016300	ENSDORG00000016299	ENSDORG00000024201	ENSDORG00000025134
Primates	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.b.a.b.b	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.a.a	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00910000147632	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.a.a	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00390000005727.a.b.a.b.c.a.a.f	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00980000202103.B.a.a.a	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT01030000240089	ENSGT00390000008294.e.b.a.b.a.b	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000166143.A.a.a.a.a	ENSGT00940000159823
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	15	SLC9B1 (ENSMFAG00000042668) #36	SLC9B2 (ENSMFAG00000046399) #36	BDH2 (ENSMFAG00000036890)	CENPE (ENSMFAG00000039560)	TACR3 (ENSMFAG00000061984)	ENSMFAG00000026620	ENSMFAG00000036512	ENSMFAG00000054373	TET2 (ENSMFAG00000043744)	PPA2 (ENSMFAG00000040113)	ARHGEF38 (ENSMFAG00000041172)	INTS12 (ENSMFAG00000042815)	GSTCD (ENSMFAG00000000581)	NPNT (ENSMFAG00000045955) #21	TBCK (ENSMFAG00000034054)	AIMP1 (ENSMFAG00000044822) #22	GIMD1 (ENSMFAG00000007005)	DKK2 (ENSMFAG00000032422)	ENSMFAG00000054818	ENSMFAG00000003949	PAPSS1 (ENSMFAG00000032785)	SGMS2 (ENSMFAG00000041579) #24	CYP2U1 (ENSMFAG00000003841)	HADH (ENSMFAG00000033488)	ENSMFAG00000002923	LEF1 (ENSMFAG00000037201)	ENSMFAG00000062885	ENSMFAG00000034368	ENSMFAG00000034553	ETNPPL (ENSMFAG00000031575)	ENSMFAG00000062873
Rhesus	MODERN SPECIES	15	CISD2 (ENSMMUG00000061265)	SLC9B1 (ENSMMUG00000011206) #36	SLC9B2 (ENSMMUG00000019083) #36	BDH2 (ENSMMUG00000019085)	CENPE (ENSMMUG00000019089)	TACR3 (ENSMMUG00000049998)	CXXC4 (ENSMMUG00000051649) ##20	ENSMMUG00000007216	TET2 (ENSMMUG00000017831)	PPA2 (ENSMMUG00000017004)	ARHGEF38 (ENSMMUG00000010941)	INTS12 (ENSMMUG00000011722)	GSTCD (ENSMMUG00000018811)	NPNT (ENSMMUG00000023428) #21	TBCK (ENSMMUG00000015756)	AIMP1 (ENSMMUG00000015759) #22	GIMD1 (ENSMMUG00000047132)	DKK2 (ENSMMUG00000051654)	ENSMMUG00000063746	ENSMMUG00000058075	PAPSS1 (ENSMMUG00000019907)	SGMS2 (ENSMMUG00000017834) #24	CYP2U1 (ENSMMUG00000058349)	HADH (ENSMMUG00000023254)	LEF1 (ENSMMUG00000023256)	ENSMMUG00000009066	ENSMMUG00000060432	RPL34 (ENSMMUG00000052609)	OSTC (ENSMMUG00000011902)	ETNPPL (ENSMMUG00000011903)	ENSMMUG00000051110
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	126	SLC9B2 (ENSMNEG00000044785) #36	BDH2 (ENSMNEG00000029165)	CENPE (ENSMNEG00000040148)	ENSMNEG00000018206	TACR3 (ENSMNEG00000033579)	CXXC4 (ENSMNEG00000038974) ##20	ENSMNEG00000016504	TET2 (ENSMNEG00000032282)	PPA2 (ENSMNEG00000043169)	ENSMNEG00000028407	ARHGEF38 (ENSMNEG00000029734)	INTS12 (ENSMNEG00000043289)	GSTCD (ENSMNEG00000032450)	NPNT (ENSMNEG00000030807) #21	TBCK (ENSMNEG00000044135)	AIMP1 (ENSMNEG00000030181) #22	GIMD1 (ENSMNEG00000032315)	DKK2 (ENSMNEG00000034817)	ENSMNEG00000037880	ENSMNEG00000044748	PAPSS1 (ENSMNEG00000030623)	SGMS2 (ENSMNEG00000034744) #24	CYP2U1 (ENSMNEG00000030586)	HADH (ENSMNEG00000031684)	LEF1 (ENSMNEG00000043505)	ENSMNEG00000042248	ENSMNEG00000030618	ETNPPL (ENSMNEG00000040127)	COL25A1 (ENSMNEG00000032070)	ENSMNEG00000040914	SEC24B (ENSMNEG00000039207)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.a.a	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Olive baboon	MODERN SPECIES	13	TACR3 (ENSPANG00000009532)	ENSPANG00000038729	CXXC4 (ENSPANG00000043014) ##20	ENSPANG00000042158	TET2 (ENSPANG00000005238)	ENSPANG00000050354	ENSPANG00000044728	PPA2 (ENSPANG00000001031)	ENSPANG00000044802	ARHGEF38 (ENSPANG00000033804)	INTS12 (ENSPANG00000005635)	GSTCD (ENSPANG00000015065)	NPNT (ENSPANG00000012406) #21	TBCK (ENSPANG00000010441)	ENSPANG00000051168	AIMP1 (ENSPANG00000024758) #22	GIMD1 (ENSPANG00000046883)	DKK2 (ENSPANG00000040092)	PAPSS1 (ENSPANG00000015660)	SGMS2 (ENSPANG00000024436) #24	CYP2U1 (ENSPANG00000011417)	HADH (ENSPANG00000009529)	LEF1 (ENSPANG00000020598)	ENSPANG00000030212	ENSPANG00000016693	ETNPPL (ENSPANG00000026027)	COL25A1 (ENSPANG00000007137)	SEC24B (ENSPANG00000018888)	CASP6 (ENSPANG00000020178)	PLA2G12A (ENSPANG00000035993)	CFI (ENSPANG00000019215) #25
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.a.a	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	348	CISD2 (ENSCATG00000040750)	SLC9B1 (ENSCATG00000022744) #36	SLC9B2 (ENSCATG00000035468) #36	BDH2 (ENSCATG00000012596)	CENPE (ENSCATG00000038459)	TACR3 (ENSCATG00000036705)	CXXC4 (ENSCATG00000036439) ##20	TET2 (ENSCATG00000044104)	PPA2 (ENSCATG00000016898)	ENSCATG00000028897	ARHGEF38 (ENSCATG00000043411)	INTS12 (ENSCATG00000029222)	GSTCD (ENSCATG00000010872)	NPNT (ENSCATG00000029952) #21	TBCK (ENSCATG00000038155)	AIMP1 (ENSCATG00000034569) #22	GIMD1 (ENSCATG00000039819)	DKK2 (ENSCATG00000042474)	ENSCATG00000043463	PAPSS1 (ENSCATG00000028277)	SGMS2 (ENSCATG00000044120) #24	CYP2U1 (ENSCATG00000035461)	HADH (ENSCATG00000040474)	LEF1 (ENSCATG00000035015)	ENSCATG00000042942	ENSCATG00000035272	ETNPPL (ENSCATG00000032306)	COL25A1 (ENSCATG00000031315)	ENSCATG00000031369	SEC24B (ENSCATG00000032434)	MCUB (ENSCATG00000033302)
Drill	MODERN SPECIES	1491							TET2 (ENSMLEG00000027747)	PPA2 (ENSMLEG00000027295)	ENSMLEG00000039453	ENSMLEG00000030978	ARHGEF38 (ENSMLEG00000039831)	INTS12 (ENSMLEG00000039747)	GSTCD (ENSMLEG00000038302)	NPNT (ENSMLEG00000040714) #21	TBCK (ENSMLEG00000000098)	AIMP1 (ENSMLEG00000040650) #22	GIMD1 (ENSMLEG00000035992)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	26	SLC9B1 (ENSCSAG00000004042) #36	SLC9B2 (ENSCSAG00000004039) #36	BDH2 (ENSCSAG00000004035)	ENSCSAG00000004023	ENSCSAG00000004017	TACR3 (ENSCSAG00000004016)	CXXC4 (ENSCSAG00000004010) ##20	TET2 (ENSCSAG00000004006)	PPA2 (ENSCSAG00000004005)	ENSCSAG00000004002	ENSCSAG00000003997	INTS12 (ENSCSAG00000003995)	GSTCD (ENSCSAG00000003991)	NPNT (ENSCSAG00000003989) #21	TBCK (ENSCSAG00000003984)	AIMP1 (ENSCSAG00000003982) #22	GIMD1 (ENSCSAG00000003981)	DKK2 (ENSCSAG00000003978)	PAPSS1 (ENSCSAG00000003977)	ENSCSAG00000000403	SGMS2 (ENSCSAG00000003975) #24	CYP2U1 (ENSCSAG00000003974)	HADH (ENSCSAG00000003972)	LEF1 (ENSCSAG00000003970)	ETNPPL (ENSCSAG00000003965)	COL25A1 (ENSCSAG00000003955)	SEC24B (ENSCSAG00000003940)	MCUB (ENSCSAG00000003935)	CASP6 (ENSCSAG00000003933)	PLA2G12A (ENSCSAG00000003928)	CFI (ENSCSAG00000003926) #25
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	773															ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000164073 #23
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1573															ENSRBIG00000032224	AIMP1 (ENSRBIG00000028882) #22	GIMD1 (ENSRBIG00000028531)	ENSRBIG00000032719
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3071															ENSRROG00000029200	AIMP1 (ENSRROG00000031776) #22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00910000147167	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.b	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00910000147167	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.b	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00910000147167	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00940000154037.A.n.b.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.b	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00910000147167	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00940000154037.A.n.b.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.b	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Pan	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00910000147167	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00940000154037.A.n.b.a	ENSGT00390000008128.d	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164870	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.b	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000154891.h
Bonobo	MODERN SPECIES	17	BDH2 (ENSPPAG00000039330)	CENPE (ENSPPAG00000034329)	TACR3 (ENSPPAG00000030652)	ENSPPAG00000029579	ENSPPAG00000035902 ##20	TET2 (ENSPPAG00000033942)	PPA2 (ENSPPAG00000042637)	ENSPPAG00000039681	ENSPPAG00000034893	ENSPPAG00000037290	ENSPPAG00000027311	INTS12 (ENSPPAG00000040304)	GSTCD (ENSPPAG00000039286)	NPNT (ENSPPAG00000034385) #21	TBCK (ENSPPAG00000043246)	AIMP1 (ENSPPAG00000038355) #22	GIMD1 (ENSPPAG00000034688)	DKK2 (ENSPPAG00000038306)	ENSPPAG00000042562	PAPSS1 (ENSPPAG00000031578)	SGMS2 (ENSPPAG00000041148) #24	CYP2U1 (ENSPPAG00000043345)	ENSPPAG00000034253	LEF1 (ENSPPAG00000042910)	ENSPPAG00000036097	ENSPPAG00000043858	ETNPPL (ENSPPAG00000031593)	COL25A1 (ENSPPAG00000027300)	ENSPPAG00000034006	SEC24B (ENSPPAG00000037815)	ENSPPAG00000033317
Chimpanzee	MODERN SPECIES	17	CENPE (ENSPTRG00000016330)	TACR3 (ENSPTRG00000016331)	ENSPTRG00000043104	CXXC4 (ENSPTRG00000016332) ##20	ENSPTRG00000050676	TET2 (ENSPTRG00000016334)	PPA2 (ENSPTRG00000016335)	ENSPTRG00000048890	ENSPTRG00000047902	ENSPTRG00000045122	ARHGEF38 (ENSPTRG00000016338)	INTS12 (ENSPTRG00000016340)	GSTCD (ENSPTRG00000016341)	NPNT (ENSPTRG00000016343) #21	TBCK (ENSPTRG00000016344)	AIMP1 (ENSPTRG00000016345) #22	GIMD1 (ENSPTRG00000049713)	DKK2 (ENSPTRG00000016346)	ENSPTRG00000040502	PAPSS1 (ENSPTRG00000016347)	SGMS2 (ENSPTRG00000048675) #24	CYP2U1 (ENSPTRG00000016349)	HADH (ENSPTRG00000016351)	LEF1 (ENSPTRG00000016352)	RPL34 (ENSPTRG00000016353)	OSTC (ENSPTRG00000024222)	ETNPPL (ENSPTRG00000016355)	COL25A1 (ENSPTRG00000016356)	ENSPTRG00000052216	SEC24B (ENSPTRG00000016359)	ENSPTRG00000043489
Human	MODERN SPECIES	16	UBE2D3 (ENSG00000109332)	CISD2 (ENSG00000145354)	SLC9B1 (ENSG00000164037) #36	SLC9B2 (ENSG00000164038) #36	BDH2 (ENSG00000164039)	CENPE (ENSG00000138778)	TACR3 (ENSG00000169836)	CXXC4 (ENSG00000168772) ##20	TET2 (ENSG00000168769)	PPA2 (ENSG00000138777)	ARHGEF38 (ENSG00000236699)	INTS12 (ENSG00000138785)	GSTCD (ENSG00000138780)	NPNT (ENSG00000168743) #21	TBCK (ENSG00000145348)	AIMP1 (ENSG00000164022) #22	GIMD1 (ENSG00000250298)	DKK2 (ENSG00000155011)	PAPSS1 (ENSG00000138801)	SGMS2 (ENSG00000164023) #24	CYP2U1 (ENSG00000155016)	HADH (ENSG00000138796)	LEF1 (ENSG00000138795)	RPL34 (ENSG00000109475)	OSTC (ENSG00000198856)	ETNPPL (ENSG00000164089)	COL25A1 (ENSG00000188517)	SEC24B (ENSG00000138802)	MCUB (ENSG00000005059)	CASP6 (ENSG00000138794)	PLA2G12A (ENSG00000123739)
Gorilla	MODERN SPECIES	17	CENPE (ENSGGOG00000015064)	ENSGGOG00000043280	TACR3 (ENSGGOG00000002584)	ENSGGOG00000036842	ENSGGOG00000028495 ##20	TET2 (ENSGGOG00000024687)	PPA2 (ENSGGOG00000002175)	ENSGGOG00000037035	ENSGGOG00000040418	ENSGGOG00000011388	ENSGGOG00000027331	INTS12 (ENSGGOG00000013501)	GSTCD (ENSGGOG00000017102)	NPNT (ENSGGOG00000013715) #21	TBCK (ENSGGOG00000005116)	AIMP1 (ENSGGOG00000004226) #22	GIMD1 (ENSGGOG00000024079)	DKK2 (ENSGGOG00000027525)	ENSGGOG00000011380	PAPSS1 (ENSGGOG00000014736)	SGMS2 (ENSGGOG00000012598) #24	CYP2U1 (ENSGGOG00000014716)	ENSGGOG00000004423	LEF1 (ENSGGOG00000010692)	ENSGGOG00000007650	ENSGGOG00000026873	ETNPPL (ENSGGOG00000012323)	COL25A1 (ENSGGOG00000005574)	SEC24B (ENSGGOG00000006806)	ENSGGOG00000041678	ENSGGOG00000038002
Orangutan	MODERN SPECIES	17	SLC9B1 (ENSPPYG00000014969) #36	ENSPPYG00000014968	SLC9B2 (ENSPPYG00000014970) #36	BDH2 (ENSPPYG00000025868)	CENPE (ENSPPYG00000014971)	TACR3 (ENSPPYG00000014972)	CXXC4 (ENSPPYG00000014973) ##20	TET2 (ENSPPYG00000014974)	PPA2 (ENSPPYG00000014975)	ENSPPYG00000016915	ENSPPYG00000014976	INTS12 (ENSPPYG00000014977)	GSTCD (ENSPPYG00000014978)	NPNT (ENSPPYG00000014979) #21	TBCK (ENSPPYG00000014980)	AIMP1 (ENSPPYG00000014981) #22	GIMD1 (ENSPPYG00000035934)	DKK2 (ENSPPYG00000014982)	PAPSS1 (ENSPPYG00000014983)	SGMS2 (ENSPPYG00000014984) #24	CYP2U1 (ENSPPYG00000014985)	ENSPPYG00000014986	LEF1 (ENSPPYG00000014987)	ENSPPYG00000032263	ENSPPYG00000014988	ENSPPYG00000030600	ETNPPL (ENSPPYG00000014989)	COL25A1 (ENSPPYG00000014990)	ENSPPYG00000039944	SEC24B (ENSPPYG00000029772)	MCUB (ENSPPYG00000037615)
Gibbon	MODERN SPECIES	24	SLC9B2 (ENSNLEG00000026685) #36	BDH2 (ENSNLEG00000026601)	CENPE (ENSNLEG00000026953)	TACR3 (ENSNLEG00000013312)	CXXC4 (ENSNLEG00000013306) ##20	ENSNLEG00000028470	TET2 (ENSNLEG00000013289)	PPA2 (ENSNLEG00000013175)	ENSNLEG00000018619	ENSNLEG00000013162	ENSNLEG00000034939	INTS12 (ENSNLEG00000013144)	GSTCD (ENSNLEG00000013117)	NPNT (ENSNLEG00000013090) #21	TBCK (ENSNLEG00000013047)	AIMP1 (ENSNLEG00000033706) #22	GIMD1 (ENSNLEG00000013029)	DKK2 (ENSNLEG00000030139)	ENSNLEG00000031216	PAPSS1 (ENSNLEG00000034537)	SGMS2 (ENSNLEG00000012986) #24	ENSNLEG00000012977	ENSNLEG00000012951	LEF1 (ENSNLEG00000012942)	ENSNLEG00000012934	ENSNLEG00000012929	ETNPPL (ENSNLEG00000012907)	COL25A1 (ENSNLEG00000012906)	ENSNLEG00000033361	ENSNLEG00000031365	C10orf67 (ENSNLEG00000012904)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218.g	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140.n
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00910000147632	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218.g	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140.n
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00910000147632	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218.g	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.ab.b.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000153425.a.a.a.b	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Capuchin	MODERN SPECIES	17															ENSCCAG00000024667	AIMP1 (ENSCCAG00000031943) #22	GIMD1 (ENSCCAG00000008247)	ENSCCAG00000002308	DKK2 (ENSCCAG00000034380)	PAPSS1 (ENSCCAG00000028083)	SGMS2 (ENSCCAG00000030558) #24	CYP2U1 (ENSCCAG00000026790)	HADH (ENSCCAG00000036897)	LEF1 (ENSCCAG00000023501)	ENSCCAG00000026254	OSTC (ENSCCAG00000023668)	ETNPPL (ENSCCAG00000030276)	COL25A1 (ENSCCAG00000027492)	EIF3L (ENSCCAG00000034054)	SEC24B (ENSCCAG00000005066)	MCUB (ENSCCAG00000025789)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	75	ENSSBOG00000024929	ENSSBOG00000020945	ENSSBOG00000020829	ENSSBOG00000031964	TACR3 (ENSSBOG00000012204)	CXXC4 (ENSSBOG00000027167) ##20	ENSSBOG00000018487	TET2 (ENSSBOG00000023723)	PPA2 (ENSSBOG00000027994)	ENSSBOG00000025203	ARHGEF38 (ENSSBOG00000030065)	ENSSBOG00000026514	GSTCD (ENSSBOG00000028318)	NPNT (ENSSBOG00000003943) #21	TBCK (ENSSBOG00000031928)	AIMP1 (ENSSBOG00000035710) #22	GIMD1 (ENSSBOG00000033555)	DKK2 (ENSSBOG00000019910)	ENSSBOG00000024743	PAPSS1 (ENSSBOG00000002114)	SGMS2 (ENSSBOG00000025320) #24	CYP2U1 (ENSSBOG00000030554)	ENSSBOG00000015235	HADH (ENSSBOG00000021987)	LEF1 (ENSSBOG00000028826)	ENSSBOG00000026498	ENSSBOG00000033335	ENSSBOG00000036162	ETNPPL (ENSSBOG00000036171)	ENSSBOG00000035051	COL25A1 (ENSSBOG00000025557)
Marmoset	MODERN SPECIES	15	SLC9B2 (ENSCJAG00000015568) #36	BDH2 (ENSCJAG00000039643)	CENPE (ENSCJAG00000015594)	ENSCJAG00000064372	TACR3 (ENSCJAG00000072109)	CXXC4 (ENSCJAG00000047711) ##20	ENSCJAG00000072461	TET2 (ENSCJAG00000015737)	PPA2 (ENSCJAG00000015715)	ENSCJAG00000015747	INTS12 (ENSCJAG00000015751)	GSTCD (ENSCJAG00000015763)	NPNT (ENSCJAG00000015795) #21	ENSCJAG00000081165	TBCK (ENSCJAG00000015822)	AIMP1 (ENSCJAG00000015885) #22	GIMD1 (ENSCJAG00000015900)	ENSCJAG00000079824	DKK2 (ENSCJAG00000057432)	ENSCJAG00000065541	ENSCJAG00000070747	PAPSS1 (ENSCJAG00000015905)	ENSCJAG00000079677	SGMS2 (ENSCJAG00000015928) #24	ENSCJAG00000052711	HADH (ENSCJAG00000015938)	CYP2U1 (ENSCJAG00000019545)	ENSCJAG00000082049	LEF1 (ENSCJAG00000015947)	ENSCJAG00000086893	ENSCJAG00000070564
Mas night monkey	MODERN SPECIES	922	SLC9B1 (ENSANAG00000035905) #36	SLC9B2 (ENSANAG00000021471) #36	BDH2 (ENSANAG00000037831)	CENPE (ENSANAG00000029689)	TACR3 (ENSANAG00000026054)	ENSANAG00000033428	CXXC4 (ENSANAG00000028359) ##20	TET2 (ENSANAG00000031123)	PPA2 (ENSANAG00000026334)	ARHGEF38 (ENSANAG00000032882)	INTS12 (ENSANAG00000036142)	ENSANAG00000030991	GSTCD (ENSANAG00000037477)	NPNT (ENSANAG00000019828) #21	TBCK (ENSANAG00000028672)	AIMP1 (ENSANAG00000033416) #22	GIMD1 (ENSANAG00000034671)	DKK2 (ENSANAG00000036052)	PAPSS1 (ENSANAG00000030435)	SGMS2 (ENSANAG00000031769) #24	CYP2U1 (ENSANAG00000021010)	HADH (ENSANAG00000024891)	LEF1 (ENSANAG00000031040)	ENSANAG00000026768	ENSANAG00000024765	ETNPPL (ENSANAG00000020605)	COL25A1 (ENSANAG00000019852)	SEC24B (ENSANAG00000030045)	ENSANAG00000027362	ENSANAG00000035982	CASP6 (ENSANAG00000027635)
Tarsier	MODERN SPECIES	3931														NPNT (ENSTSYG00000012250) #21	TBCK (ENSTSYG00000004103)	AIMP1 (ENSTSYG00000013788) #22	GIMD1 (ENSTSYG00000036691)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.z	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	22						ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.z	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Mouse lemur	MODERN SPECIES	20				CENPE (ENSMICG00000005101)	TACR3 (ENSMICG00000046253)	ENSMICG00000042331	CXXC4 (ENSMICG00000045183) ##20	TET2 (ENSMICG00000035595)	ENSMICG00000013570	ENSMICG00000047313	ENSMICG00000010754	INTS12 (ENSMICG00000010760)	GSTCD (ENSMICG00000030887)	NPNT (ENSMICG00000010776) #21	TBCK (ENSMICG00000010786)	AIMP1 (ENSMICG00000010202) #22	GIMD1 (ENSMICG00000045116)	DKK2 (ENSMICG00000027157)	ENSMICG00000017692	PAPSS1 (ENSMICG00000016262)	SGMS2 (ENSMICG00000008740) #24	CYP2U1 (ENSMICG00000012817)	HADH (ENSMICG00000012822)	LEF1 (ENSMICG00000012833)	ENSMICG00000041882	OSTC (ENSMICG00000002182)	ENSMICG00000002187	ENSMICG00000037629	COL25A1 (ENSMICG00000002737)	ENSMICG00000036525	SEC24B (ENSMICG00000010277)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	108							ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b.z	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	612						TACR3 (ENSPCOG00000023839)	CXXC4 (ENSPCOG00000018137) ##20	TET2 (ENSPCOG00000024542)	ENSPCOG00000016895	ENSPCOG00000021618	ENSPCOG00000028147	INTS12 (ENSPCOG00000018476)	GSTCD (ENSPCOG00000010589)	NPNT (ENSPCOG00000028528) #21	TBCK (ENSPCOG00000017320)	AIMP1 (ENSPCOG00000001426) #22	GIMD1 (ENSPCOG00000012757)	DKK2 (ENSPCOG00000016835)	PAPSS1 (ENSPCOG00000022421)	SGMS2 (ENSPCOG00000002586) #24	CYP2U1 (ENSPCOG00000027221)	HADH (ENSPCOG00000010610)	LEF1 (ENSPCOG00000012815)	ENSPCOG00000010384	OSTC (ENSPCOG00000014109)	ETNPPL (ENSPCOG00000007840)	COL25A1 (ENSPCOG00000016653)	SEC24B (ENSPCOG00000015907)	MCUB (ENSPCOG00000021218)	CASP6 (ENSPCOG00000017154)	ENSPCOG00000025332
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	41							ENSPSMG00000008033 ##20	TET2 (ENSPSMG00000008057)	PPA2 (ENSPSMG00000008130)	ENSPSMG00000008154	ENSPSMG00000008160	INTS12 (ENSPSMG00000008195)	GSTCD (ENSPSMG00000008240)	NPNT (ENSPSMG00000008414) #21	TBCK (ENSPSMG00000008659)	AIMP1 (ENSPSMG00000008692) #22	DKK2 (ENSPSMG00000008696)	PAPSS1 (ENSPSMG00000008731)	ENSPSMG00000008741 #24	CYP2U1 (ENSPSMG00000008757)	HADH (ENSPSMG00000008870)	LEF1 (ENSPSMG00000009019)	ENSPSMG00000009043	OSTC (ENSPSMG00000009069)	COL25A1 (ENSPSMG00000009240)	ETNPPL (ENSPSMG00000009391)	SEC24B (ENSPSMG00000009514)	MCUB (ENSPSMG00000009554)	CASP6 (ENSPSMG00000009580)	PLA2G12A (ENSPSMG00000009589)	ENSPSMG00000009600 #25
Bushbaby	MODERN SPECIES	218	ENSOGAG00000012860	CISD2 (ENSOGAG00000012865)	ENSOGAG00000031776	SLC9B1 (ENSOGAG00000001454) #36	SLC9B2 (ENSOGAG00000001456) #36	BDH2 (ENSOGAG00000001458)	TACR3 (ENSOGAG00000001467)	CXXC4 (ENSOGAG00000026362) ##20	TET2 (ENSOGAG00000003213)	PPA2 (ENSOGAG00000003361)	ARHGEF38 (ENSOGAG00000005499)	INTS12 (ENSOGAG00000005500)	GSTCD (ENSOGAG00000005503)	NPNT (ENSOGAG00000005507) #21	TBCK (ENSOGAG00000005510)	AIMP1 (ENSOGAG00000002089) #22	GIMD1 (ENSOGAG00000026809)	DKK2 (ENSOGAG00000000287)	PAPSS1 (ENSOGAG00000013080)	SGMS2 (ENSOGAG00000004363) #24	CYP2U1 (ENSOGAG00000015840)	HADH (ENSOGAG00000004364)	LEF1 (ENSOGAG00000004368)	ENSOGAG00000006774	OSTC (ENSOGAG00000033684)	ETNPPL (ENSOGAG00000006777)	COL25A1 (ENSOGAG00000006779)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950 #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	14162																AIMP1 (ENSEEUG00000005268) #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Suina	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	117	CISD2 (ENSCWAG00000010449)	SLC9B1 (ENSCWAG00000010503) #36	SLC9B2 (ENSCWAG00000010687) #36	BDH2 (ENSCWAG00000010787)	CENPE (ENSCWAG00000010844)	TACR3 (ENSCWAG00000011213)	CXXC4 (ENSCWAG00000011291) ##20	TET2 (ENSCWAG00000011335)	PPA2 (ENSCWAG00000011521)	ENSCWAG00000012339	ENSCWAG00000012382	INTS12 (ENSCWAG00000012476)	GSTCD (ENSCWAG00000012515)	NPNT (ENSCWAG00000012655) #21	TBCK (ENSCWAG00000013024)	AIMP1 (ENSCWAG00000013148) #22	GIMD1 (ENSCWAG00000013232)	DKK2 (ENSCWAG00000013256)	PAPSS1 (ENSCWAG00000013320)	SGMS2 (ENSCWAG00000013366) #24	CYP2U1 (ENSCWAG00000013408)	HADH (ENSCWAG00000013471)	LEF1 (ENSCWAG00000013569)	ENSCWAG00000013949	OSTC (ENSCWAG00000013983)	ETNPPL (ENSCWAG00000014038)	COL25A1 (ENSCWAG00000014445)	SEC24B (ENSCWAG00000015663)	MCUB (ENSCWAG00000015844)
Pig	MODERN SPECIES	16	UBE2D3 (ENSSSCG00000035622)	CISD2 (ENSSSCG00000009164)	SLC9B1 (ENSSSCG00000009162) #36	SLC9B2 (ENSSSCG00000028101) #36	BDH2 (ENSSSCG00000022282)	CENPE (ENSSSCG00000023296)	TACR3 (ENSSSCG00000009160)	CXXC4 (ENSSSCG00000062602) ##20	ENSSSCG00000009157	PPA2 (ENSSSCG00000022788)	ARHGEF38 (ENSSSCG00000021764)	INTS12 (ENSSSCG00000030617)	GSTCD (ENSSSCG00000023548)	NPNT (ENSSSCG00000038801) #21	TBCK (ENSSSCG00000021784)	AIMP1 (ENSSSCG00000024168) #22	GIMD1 (ENSSSCG00000039563)	DKK2 (ENSSSCG00000032094)	PAPSS1 (ENSSSCG00000031901)	SGMS2 (ENSSSCG00000009152) #24	CYP2U1 (ENSSSCG00000009151)	HADH (ENSSSCG00000009150)	LEF1 (ENSSSCG00000009148)	ENSSSCG00000044193	ENSSSCG00000009146	OSTC (ENSSSCG00000009145)	ETNPPL (ENSSSCG00000009144)	COL25A1 (ENSSSCG00000039813)	SEC24B (ENSSSCG00000009142)	MCUB (ENSSSCG00000009141)	CASP6 (ENSSSCG00000009140)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000003220	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.k	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT01010000228945	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000003220	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.k	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT01010000228945	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00730000111029.h	ENSGT00940000158059
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000003220	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.k	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT01010000228945	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00730000111029.h	ENSGT00940000158059
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000003220	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.k	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT01010000228945	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00610000087446.e	ENSGT00390000015889.o.b.a.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000003220	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.k	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT01010000228945	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00610000087446.e	ENSGT00390000015889.o.b.a.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a
Beluga whale	MODERN SPECIES	77	C4orf50 (ENSDLEG00000017808)	JAKMIP1 (ENSDLEG00000017874)	ENSDLEG00000018020 #36	SLC9B2 (ENSDLEG00000018032) #36	BDH2 (ENSDLEG00000016235)	CENPE (ENSDLEG00000016283)	TACR3 (ENSDLEG00000016577)	CXXC4 (ENSDLEG00000016604) ##20	ENSDLEG00000016614	ENSDLEG00000016623	ARHGEF38 (ENSDLEG00000016642)	INTS12 (ENSDLEG00000016671)	GSTCD (ENSDLEG00000016682)	NPNT (ENSDLEG00000016711) #21	TBCK (ENSDLEG00000016743)	AIMP1 (ENSDLEG00000016772) #22	GIMD1 (ENSDLEG00000016786)	ENSDLEG00000016794	DKK2 (ENSDLEG00000016802)	PAPSS1 (ENSDLEG00000016819)	PIGY (ENSDLEG00000016856)	ENSDLEG00000016862	SGMS2 (ENSDLEG00000016878) #24	CYP2U1 (ENSDLEG00000016894)	HADH (ENSDLEG00000016907)	LEF1 (ENSDLEG00000016934)	RPL34 (ENSDLEG00000016949)	OSTC (ENSDLEG00000016962)	ETNPPL (ENSDLEG00000016984)	SEC24B (ENSDLEG00000017023)	MCUB (ENSDLEG00000017145)
Narwhal	MODERN SPECIES	307	ENSMMNG00015008860	JAKMIP1 (ENSMMNG00015008903)	SLC9B2 (ENSMMNG00015009008) #36	BDH2 (ENSMMNG00015009054)	CENPE (ENSMMNG00015009075)	TACR3 (ENSMMNG00015009099)	CXXC4 (ENSMMNG00015009116) ##20	TET2 (ENSMMNG00015009126)	ENSMMNG00015009168	ENSMMNG00015009223	ARHGEF38 (ENSMMNG00015009239)	INTS12 (ENSMMNG00015009253)	GSTCD (ENSMMNG00015009272)	NPNT (ENSMMNG00015009318) #21	TBCK (ENSMMNG00015009409)	AIMP1 (ENSMMNG00015009440) #22	GIMD1 (ENSMMNG00015009450)	DKK2 (ENSMMNG00015009459)	PAPSS1 (ENSMMNG00015009486)	PIGY (ENSMMNG00015009502)	ENSMMNG00015009508	SGMS2 (ENSMMNG00015009514) #24	CYP2U1 (ENSMMNG00015009524)	HADH (ENSMMNG00015009539)	LEF1 (ENSMMNG00015009575)	ENSMMNG00015009622	ENSMMNG00015009632	ETNPPL (ENSMMNG00015009644)	COL25A1 (ENSMMNG00015009795)	SEC24B (ENSMMNG00015010228)	ENSMMNG00015010407
Vaquita	MODERN SPECIES	16	SLC9B2 (ENSPSNG00000008637) #36	BDH2 (ENSPSNG00000008551)	CENPE (ENSPSNG00000007761)	TACR3 (ENSPSNG00000007560)	ENSPSNG00000007526	CXXC4 (ENSPSNG00000007410) ##20	TET2 (ENSPSNG00000007329)	ENSPSNG00000007267	ENSPSNG00000007089	ENSPSNG00000007024	ENSPSNG00000006969	INTS12 (ENSPSNG00000006928)	GSTCD (ENSPSNG00000006855)	NPNT (ENSPSNG00000009533) #21	TBCK (ENSPSNG00000009128)	AIMP1 (ENSPSNG00000009062) #22	GIMD1 (ENSPSNG00000009033)	ENSPSNG00000009014	DKK2 (ENSPSNG00000008969)	PAPSS1 (ENSPSNG00000008923)	ENSPSNG00000008882	SGMS2 (ENSPSNG00000008846) #24	CYP2U1 (ENSPSNG00000008786)	HADH (ENSPSNG00000008706)	LEF1 (ENSPSNG00000008457)	ENSPSNG00000008387	ENSPSNG00000008254	ETNPPL (ENSPSNG00000007968)	COL25A1 (ENSPSNG00000006689)	SEC24B (ENSPSNG00000006099)	ENSPSNG00000006059
Dolphin	MODERN SPECIES	858															TBCK (ENSTTRG00000007754)	AIMP1 (ENSTTRG00000007791) #22
Sperm whale	MODERN SPECIES	18	SLC9B1 (ENSPCTG00005021085) #36	SLC9B2 (ENSPCTG00005021171) #36	BDH2 (ENSPCTG00005021203)	CENPE (ENSPCTG00005021229)	TACR3 (ENSPCTG00005021531)	CXXC4 (ENSPCTG00005021547) ##20	TET2 (ENSPCTG00005021562)	ENSPCTG00005000292	ENSPCTG00005000344	ENSPCTG00005000365	ENSPCTG00005000394	INTS12 (ENSPCTG00005000413)	GSTCD (ENSPCTG00005000434)	NPNT (ENSPCTG00005000534) #21	TBCK (ENSPCTG00005001017)	AIMP1 (ENSPCTG00005001065) #22	GIMD1 (ENSPCTG00005001086)	DKK2 (ENSPCTG00005001096)	PAPSS1 (ENSPCTG00005001117)	ENSPCTG00005001147	ENSPCTG00005001150	SGMS2 (ENSPCTG00005001158) #24	CYP2U1 (ENSPCTG00005001173)	HADH (ENSPCTG00005001187)	LEF1 (ENSPCTG00005001263)	RPL34 (ENSPCTG00005001492)	OSTC (ENSPCTG00005001507)	ETNPPL (ENSPCTG00005001536)	COL25A1 (ENSPCTG00005001710)	SEC24B (ENSPCTG00005002490)	ENSPCTG00005002564
Blue whale	MODERN SPECIES	16	SLC9B2 (ENSBMSG00010007996) #36	BDH2 (ENSBMSG00010008025)	CENPE (ENSBMSG00010008068)	TACR3 (ENSBMSG00010008106)	ENSBMSG00010008116	CXXC4 (ENSBMSG00010008131) ##20	TET2 (ENSBMSG00010008147)	PPA2 (ENSBMSG00010008199)	ENSBMSG00010008529	ENSBMSG00010008552	ARHGEF38 (ENSBMSG00010008571)	INTS12 (ENSBMSG00010008596)	GSTCD (ENSBMSG00010008619)	NPNT (ENSBMSG00010008674) #21	TBCK (ENSBMSG00010008825)	AIMP1 (ENSBMSG00010008873) #22	GIMD1 (ENSBMSG00010008886)	ENSBMSG00010008901	DKK2 (ENSBMSG00010008913)	PAPSS1 (ENSBMSG00010008949)	CYP2U1 (ENSBMSG00010008999)	HADH (ENSBMSG00010009016)	LEF1 (ENSBMSG00010009062)	ENSBMSG00010009129	ENSBMSG00010009146	ETNPPL (ENSBMSG00010009166)	COL25A1 (ENSBMSG00010009308)	SEC24B (ENSBMSG00010010015)	MCUB (ENSBMSG00010010120)	CASP6 (ENSBMSG00010010157)	ENSBMSG00010010200
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.gb.a	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376.gb.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376.gb.b.a	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Caprinae	DUPLICATION
Caprinae	DUPLICATION
Caprinae	DUPLICATION
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.n	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.k.a.a #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984.i	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.gb.a	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	22	ENSOARG00020010643	CISD2 (ENSOARG00020010587)	SLC9B2 (ENSOARG00020010274) #36	BDH2 (ENSOARG00020009969)	ENSOARG00020009536	CXXC4 (ENSOARG00020009502) ##20	TET2 (ENSOARG00020009309)	ENSOARG00020009270	ENSOARG00020008734	ENSOARG00020008686	ENSOARG00020025875	INTS12 (ENSOARG00020025864)	GSTCD (ENSOARG00020025853)	NPNT (ENSOARG00020025758) #21	TBCK (ENSOARG00020025643)	ENSOARG00020025630 #22	GIMD1 (ENSOARG00020025626)	ENSOARG00020025618	DKK2 (ENSOARG00020025615)	ENSOARG00020025611	ENSOARG00020025608	PAPSS1 (ENSOARG00020025599)	SGMS2 (ENSOARG00020025595) #24	CYP2U1 (ENSOARG00020025587)	HADH (ENSOARG00020025577)	LEF1 (ENSOARG00020025493)	ENSOARG00020025464	ENSOARG00020025453	ENSOARG00020025445	ENSOARG00020025438	ENSOARG00020025433
Goat	MODERN SPECIES	25	SLC9B1 (ENSCHIG00000019723) #36	ENSCHIG00000010225	SLC9B2 (ENSCHIG00000013323) #36	BDH2 (ENSCHIG00000019185)	CENPE (ENSCHIG00000018049)	ENSCHIG00000020080	TACR3 (ENSCHIG00000020386)	CXXC4 (ENSCHIG00000010456) ##20	TET2 (ENSCHIG00000019979)	PPA2 (ENSCHIG00000008289)	ARHGEF38 (ENSCHIG00000012264)	INTS12 (ENSCHIG00000022093)	GSTCD (ENSCHIG00000018039)	NPNT (ENSCHIG00000019044) #21	TBCK (ENSCHIG00000014456)	ENSCHIG00000019094 #22	ENSCHIG00000021709	DKK2 (ENSCHIG00000026036)	PAPSS1 (ENSCHIG00000007800)	SGMS2 (ENSCHIG00000017842) #24	CYP2U1 (ENSCHIG00000026026)	ENSCHIG00000013637	LEF1 (ENSCHIG00000025316)	ENSCHIG00000013243	ENSCHIG00000015972	ETNPPL (ENSCHIG00000015229)	COL25A1 (ENSCHIG00000016113)	SEC24B (ENSCHIG00000018301)	MCUB (ENSCHIG00000011971)	CASP6 (ENSCHIG00000011955)	PLA2G12A (ENSCHIG00000026641)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00390000006633.b	ENSGT00940000154466.q.a.a	ENSGT00940000158105	ENSGT00940000155038	ENSGT00390000004594.f	ENSGT00390000004594.e	ENSGT00390000011576.a	ENSGT00390000014876	ENSGT00940000153763.b	ENSGT00940000158460	ENSGT00940000155875	ENSGT00940000157620	ENSGT00940000153441.a.a	ENSGT00940000160623	ENSGT00940000156081	ENSGT00940000154950.k.a.b #22
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	ENSOARG00020010317	GALNTL6 (ENSOARG00020010374)	ENSOARG00020010526	ENSOARG00020010640	ENSOARG00020010802	ENSOARG00020010854	MFAP3L (ENSOARG00020011097)	HPF1 (ENSOARG00020011167)	CLCN3 (ENSOARG00020011269)	NEK1 (ENSOARG00020011937)	SH3RF1 (ENSOARG00020013929)	CBR4 (ENSOARG00020014077)	PALLD (ENSOARG00020014210)	ANXA10 (ENSOARG00020015044)	MFSD14B (ENSOARG00020015113)	ENSOARG00020015375 #22	ENSOARG00020015399	ENSOARG00020015411	LGSN (ENSOARG00020015419)	OCA2 (ENSOARG00020015487)	HERC2 (ENSOARG00020015875)	NIPA1 (ENSOARG00020020224)	NIPA2 (ENSOARG00020020302)	CYFIP1 (ENSOARG00020020376)	ENSOARG00020020815	TUBGCP5 (ENSOARG00020020859)	ENSOARG00020021205	IMP4 (ENSOARG00020021252)	ENSOARG00020021317	FAM168B (ENSOARG00020021435)	PLEKHB2 (ENSOARG00020021480)
Goat	MODERN SPECIES	27	GALNT7 (ENSCHIG00000010238)	GALNTL6 (ENSCHIG00000010541)	ENSCHIG00000026171	ENSCHIG00000010341	ENSCHIG00000009448	ENSCHIG00000025032	MFAP3L (ENSCHIG00000012062)	HPF1 (ENSCHIG00000011299)	CLCN3 (ENSCHIG00000019301)	NEK1 (ENSCHIG00000021097)	SH3RF1 (ENSCHIG00000023360)	CBR4 (ENSCHIG00000026304)	PALLD (ENSCHIG00000026232)	ANXA10 (ENSCHIG00000014729)	MFSD14B (ENSCHIG00000015957)	ENSCHIG00000008407 #22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.k.b #22
Goat	MODERN SPECIES	27	NTRK2 (ENSCHIG00000023122)	ENSCHIG00000003210	AGTPBP1 (ENSCHIG00000014953)	ENSCHIG00000023349	NAA35 (ENSCHIG00000013884)	GOLM1 (ENSCHIG00000022785)	ENSCHIG00000026206	ISCA1 (ENSCHIG00000015646)	TUT7 (ENSCHIG00000017690)	GAS1 (ENSCHIG00000007592)	DAPK1 (ENSCHIG00000013443)	CTSL (ENSCHIG00000020875)	FBP2 (ENSCHIG00000017472)	AOPEP (ENSCHIG00000011940)	FANCC (ENSCHIG00000021780)	ENSCHIG00000022324 #22	PTCH1 (ENSCHIG00000013837)	ERCC6L2 (ENSCHIG00000020777)	ENSCHIG00000016622	HSD17B3 (ENSCHIG00000027090)	SLC35D2 (ENSCHIG00000020406)	ZNF367 (ENSCHIG00000020288)	HABP4 (ENSCHIG00000018392)	ENSCHIG00000009780	PRXL2C (ENSCHIG00000023456)	ZNF782 (ENSCHIG00000016455)	CTSV (ENSCHIG00000008805)	FAM240B (ENSCHIG00000017288)	ENSCHIG00000025319	ZNF484 (ENSCHIG00000010357)	IARS1 (ENSCHIG00000023719)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154298.a.a	ENSGT00940000156582	ENSGT01010000228762	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000156851	ENSGT00390000004153	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00730000111135	ENSGT00940000162304	ENSGT00390000000673.b	ENSGT00510000046986.x.b.b.c	ENSGT00940000155099	ENSGT00940000155436	ENSGT00940000161352	ENSGT00940000156075.a.a	ENSGT00940000154950.l #22	ENSGT01030000234646.B.a.a.b	ENSGT00940000155353	ENSGT00940000160127	ENSGT00940000160029	ENSGT00940000157735	ENSGT00390000007069	ENSGT00940000155963	ENSGT00940000155442	ENSGT00950000183197.b.b	ENSGT01090000260519	ENSGT00390000012728	ENSGT00940000159683	ENSGT00940000165895	ENSGT00950000182984.b.a.b	ENSGT00390000008686.d
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	ENSOARG00020001229	CHRNA1 (ENSOARG00020001273)	ENSOARG00020001367	GPR155 (ENSOARG00020001419)	SCRN3 (ENSOARG00020001508)	CIR1 (ENSOARG00020001547)	SP9 (ENSOARG00020001556)	OLA1 (ENSOARG00020001577)	ENSOARG00020001636	SP3 (ENSOARG00020001657)	CDCA7 (ENSOARG00020001710)	ENSOARG00020001769	ENSOARG00020001776	MAP3K20 (ENSOARG00020001796)	RAPGEF4 (ENSOARG00020001967)	ENSOARG00020002317 #22	PDK1 (ENSOARG00020002345)	ITGA6 (ENSOARG00020002418)	DLX2 (ENSOARG00020002518)	DLX1 (ENSOARG00020002540)	METAP1D (ENSOARG00020002564)	HAT1 (ENSOARG00020002601)	SLC25A12 (ENSOARG00020002650)	DYNC1I2 (ENSOARG00020002718)	CYBRD1 (ENSOARG00020002781)	ENSOARG00020002789	DCAF17 (ENSOARG00020002807)	METTL8 (ENSOARG00020002838)	TLK1 (ENSOARG00020002959)	GORASP2 (ENSOARG00020003212)	GAD1 (ENSOARG00020003295)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	67																ENSOARG00020018184 #22
Goat	MODERN SPECIES	11	ATF2 (ENSCHIG00000011446)	ENSCHIG00000012635	CHN1 (ENSCHIG00000017514)	CHRNA1 (ENSCHIG00000018272)	ENSCHIG00000009043	GPR155 (ENSCHIG00000024827)	SCRN3 (ENSCHIG00000010523)	CIR1 (ENSCHIG00000023936)	SP9 (ENSCHIG00000012561)	ENSCHIG00000021711	OLA1 (ENSCHIG00000024019)	SP3 (ENSCHIG00000024420)	CDCA7 (ENSCHIG00000026797)	MAP3K20 (ENSCHIG00000015916)	RAPGEF4 (ENSCHIG00000014546)	ENSCHIG00000005492 #22	PDK1 (ENSCHIG00000012161)	ITGA6 (ENSCHIG00000013031)	ENSCHIG00000010611	DLX2 (ENSCHIG00000024864)	DLX1 (ENSCHIG00000014218)	METAP1D (ENSCHIG00000005762)	HAT1 (ENSCHIG00000010250)	SLC25A12 (ENSCHIG00000007337)	DYNC1I2 (ENSCHIG00000025418)	ENSCHIG00000011187	CYBRD1 (ENSCHIG00000010133)	ENSCHIG00000017874	DCAF17 (ENSCHIG00000016595)	METTL8 (ENSCHIG00000014911)	ENSCHIG00000013276
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984.h	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.a	ENSGT00390000001376.hb	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.gb.b.a	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000165227.b	ENSGT00950000182924.B.a.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.k.a.a	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984.h	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.a	ENSGT00390000001376.hb	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376.gb.b.a	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000165227.b	ENSGT00950000182924.B.a.a
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.k.a.a	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984.h	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00390000001376.gb.b.a	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000165227.b	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Cow	MODERN SPECIES	25	SLC9B1 (ENSBTAG00000009673) #36	SLC9B2 (ENSBTAG00000040088) #36	BDH2 (ENSBTAG00000002526)	CENPE (ENSBTAG00000009035)	TACR3 (ENSBTAG00000016247)	CXXC4 (ENSBTAG00000001751) ##20	TET2 (ENSBTAG00000017682)	PPA2 (ENSBTAG00000002428)	ARHGEF38 (ENSBTAG00000008797)	INTS12 (ENSBTAG00000033648)	GSTCD (ENSBTAG00000013927)	NPNT (ENSBTAG00000006686) #21	ENSBTAG00000046270	ENSBTAG00000054813	TBCK (ENSBTAG00000004227)	AIMP1 (ENSBTAG00000004230) #22	GIMD1 (ENSBTAG00000047891)	ENSBTAG00000054885	DKK2 (ENSBTAG00000012969)	PAPSS1 (ENSBTAG00000012961)	SGMS2 (ENSBTAG00000016805) #24	CYP2U1 (ENSBTAG00000012972)	HADH (ENSBTAG00000002049)	LEF1 (ENSBTAG00000006844)	RPL34 (ENSBTAG00000014226)	OSTC (ENSBTAG00000011611)	ETNPPL (ENSBTAG00000010284)	ENSBTAG00000049691	SEC24B (ENSBTAG00000010945)	MCUB (ENSBTAG00000012995)	CASP6 (ENSBTAG00000012537)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	25	ENSBIXG00005022459	SLC9B2 (ENSBIXG00005022532) #36	BDH2 (ENSBIXG00005003847)	CENPE (ENSBIXG00005023145)	TACR3 (ENSBIXG00005003965)	CXXC4 (ENSBIXG00005006473) ##20	TET2 (ENSBIXG00005023404)	PPA2 (ENSBIXG00005023652)	ARHGEF38 (ENSBIXG00005023707)	INTS12 (ENSBIXG00005023740)	GSTCD (ENSBIXG00005023858)	NPNT (ENSBIXG00005004120) #21	ENSBIXG00005024147	ENSBIXG00005024159	TBCK (ENSBIXG00005024271)	AIMP1 (ENSBIXG00005024391) #22	GIMD1 (ENSBIXG00005024421)	ENSBIXG00005024432	DKK2 (ENSBIXG00005024455)	ENSBIXG00005004183	PAPSS1 (ENSBIXG00005024610)	SGMS2 (ENSBIXG00005024656) #24	CYP2U1 (ENSBIXG00005024695)	HADH (ENSBIXG00005024749)	LEF1 (ENSBIXG00005024848)	ENSBIXG00005004244	ENSBIXG00005024929	ENSBIXG00005005563	ETNPPL (ENSBIXG00005025104)	COL25A1 (ENSBIXG00005025230)	ENSBIXG00005007629
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.k.a.a	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984.h	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.a	ENSGT00390000001376.hb	ENSGT00390000001376.gb.b.a	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00940000165227.b	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Wild yak	MODERN SPECIES	71														ENSBMUG00000016629	TBCK (ENSBMUG00000016574)	AIMP1 (ENSBMUG00000016505) #22	GIMD1 (ENSBMUG00000016477)	DKK2 (ENSBMUG00000016469)	PAPSS1 (ENSBMUG00000016458)
Domestic yak	MODERN SPECIES	25	SLC9B2 (ENSBGRG00000003559) #36	BDH2 (ENSBGRG00000003634)	CENPE (ENSBGRG00000003703)	TACR3 (ENSBGRG00000004143)	CXXC4 (ENSBGRG00000004201) ##20	ENSBGRG00000004252	ENSBGRG00000004264	PPA2 (ENSBGRG00000004326)	ENSBGRG00000004739	ARHGEF38 (ENSBGRG00000004759)	INTS12 (ENSBGRG00000004828)	GSTCD (ENSBGRG00000004892)	NPNT (ENSBGRG00000005082) #21	ENSBGRG00000005997	TBCK (ENSBGRG00000006065)	AIMP1 (ENSBGRG00000006343) #22	ENSBGRG00000006455	GIMD1 (ENSBGRG00000006470)	DKK2 (ENSBGRG00000006499)	PAPSS1 (ENSBGRG00000006562)	SGMS2 (ENSBGRG00000006674) #24	CYP2U1 (ENSBGRG00000006714)	HADH (ENSBGRG00000006801)	LEF1 (ENSBGRG00000006944)	ENSBGRG00000000373	ENSBGRG00000000413	ETNPPL (ENSBGRG00000000493)	COL25A1 (ENSBGRG00000000622)	SEC24B (ENSBGRG00000001484)	MCUB (ENSBGRG00000001558)	CASP6 (ENSBGRG00000001666)
American bison	MODERN SPECIES	3179	SLC9B2 (ENSBBBG00000023217) #36	BDH2 (ENSBBBG00000023239)	CENPE (ENSBBBG00000023492)	TACR3 (ENSBBBG00000023533)	CXXC4 (ENSBBBG00000023543) ##20	TET2 (ENSBBBG00000023584)	ENSBBBG00000023593	PPA2 (ENSBBBG00000023722)	ENSBBBG00000023735	ENSBBBG00000023754	INTS12 (ENSBBBG00000023775)	GSTCD (ENSBBBG00000023812)	NPNT (ENSBBBG00000024092) #21	ENSBBBG00000006275	TBCK (ENSBBBG00000024428)	AIMP1 (ENSBBBG00000006380) #22	GIMD1 (ENSBBBG00000024493)	DKK2 (ENSBBBG00000006389)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1271	CISD2 (ENSMMSG00000022259)	SLC9B1 (ENSMMSG00000022269) #36	SLC9B2 (ENSMMSG00000022300) #36	BDH2 (ENSMMSG00000022337)	CENPE (ENSMMSG00000022396)	TACR3 (ENSMMSG00000022619)	CXXC4 (ENSMMSG00000022630) ##20	TET2 (ENSMMSG00000022639)	PPA2 (ENSMMSG00000022699)	ENSMMSG00000022844	ENSMMSG00000022850	INTS12 (ENSMMSG00000022865)	GSTCD (ENSMMSG00000022879)	NPNT (ENSMMSG00000022907) #21	TBCK (ENSMMSG00000022970)	AIMP1 (ENSMMSG00000023001) #22	GIMD1 (ENSMMSG00000023007)	DKK2 (ENSMMSG00000023012)	ENSMMSG00000023019	PAPSS1 (ENSMMSG00000023028)	SGMS2 (ENSMMSG00000023045) #24	CYP2U1 (ENSMMSG00000023053)	HADH (ENSMMSG00000023062)	LEF1 (ENSMMSG00000023098)	ENSMMSG00000023187	ENSMMSG00000023201	ETNPPL (ENSMMSG00000023216)	COL25A1 (ENSMMSG00000023350)	ENSMMSG00000023809	SEC24B (ENSMMSG00000023830)	MCUB (ENSMMSG00000023886)
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	8	ENSCHYG00000025066	ENSCHYG00000025081	LEF1 (ENSCHYG00000025171)	HADH (ENSCHYG00000025336)	CYP2U1 (ENSCHYG00000025388)	ENSCHYG00000025488	ENSCHYG00000025558	ENSCHYG00000025585	ENSCHYG00000025597 #22	ENSCHYG00000025630	ENSCHYG00000025656	ENSCHYG00000025703 #21	ENSCHYG00000025833	ENSCHYG00000025860	ENSCHYG00000025869	ENSCHYG00000025878 #22	ENSCHYG00000025908	ENSCHYG00000025921	ENSCHYG00000025950	ENSCHYG00000025992	ENSCHYG00000026020 #21	ENSCHYG00000026120	INTS12 (ENSCHYG00000026129)	ENSCHYG00000026139	ENSCHYG00000026162	PPA2 (ENSCHYG00000026198)	ENSCHYG00000026368	TET2 (ENSCHYG00000026386)	CXXC4 (ENSCHYG00000026410) ##20	ENSCHYG00000026424	TACR3 (ENSCHYG00000026435)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	8	ENSCHYG00000026139	INTS12 (ENSCHYG00000026129)	ENSCHYG00000026120	ENSCHYG00000026020 #21	ENSCHYG00000025992	ENSCHYG00000025950	ENSCHYG00000025921	ENSCHYG00000025908	ENSCHYG00000025878 #22	ENSCHYG00000025869	ENSCHYG00000025860	ENSCHYG00000025833	ENSCHYG00000025703 #21	ENSCHYG00000025656	ENSCHYG00000025630	ENSCHYG00000025597 #22	ENSCHYG00000025585	ENSCHYG00000025558	ENSCHYG00000025488	CYP2U1 (ENSCHYG00000025388)	HADH (ENSCHYG00000025336)	LEF1 (ENSCHYG00000025171)	ENSCHYG00000025081	ENSCHYG00000025066	OSTC (ENSCHYG00000025020)	ETNPPL (ENSCHYG00000024949)	COL25A1 (ENSCHYG00000023049)	SEC24B (ENSCHYG00000021070)	MCUB (ENSCHYG00000020811)	CASP6 (ENSCHYG00000020581)	ENSCHYG00000020524
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.a.b.k.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.a	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Arabian camel	MODERN SPECIES	11	ENSCDRG00005016130	SLC9B1 (ENSCDRG00005016066) #36	SLC9B2 (ENSCDRG00005015736) #36	BDH2 (ENSCDRG00005015643)	CENPE (ENSCDRG00005014722)	TACR3 (ENSCDRG00005014652)	CXXC4 (ENSCDRG00005014613) ##20	TET2 (ENSCDRG00005014485)	PPA2 (ENSCDRG00005014375)	ENSCDRG00005014335	ARHGEF38 (ENSCDRG00005014226)	INTS12 (ENSCDRG00005014189)	GSTCD (ENSCDRG00005014076)	NPNT (ENSCDRG00005013395) #21	TBCK (ENSCDRG00005013156)	AIMP1 (ENSCDRG00005013076) #22	GIMD1 (ENSCDRG00005013046)	DKK2 (ENSCDRG00005012999)	PAPSS1 (ENSCDRG00005012902)	SGMS2 (ENSCDRG00005012842) #24	CYP2U1 (ENSCDRG00005012785)	HADH (ENSCDRG00005012655)	LEF1 (ENSCDRG00005012067)	ENSCDRG00005012022	ENSCDRG00005011976	OSTC (ENSCDRG00005011891)	ETNPPL (ENSCDRG00005011685)	COL25A1 (ENSCDRG00005010697)	SEC24B (ENSCDRG00005010364)	MCUB (ENSCDRG00005010226)	CASP6 (ENSCDRG00005010019)
Alpaca	MODERN SPECIES	715											ENSVPAG00000003918	INTS12 (ENSVPAG00000003921)	GSTCD (ENSVPAG00000003923)	NPNT (ENSVPAG00000003927) #21	TBCK (ENSVPAG00000003932)	AIMP1 (ENSVPAG00000003941) #22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Panthera	DUPLICATION
Panthera	DUPLICATION
Panthera	DUPLICATION
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.o.a.a #22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.o.a.a #22
leopard	DUPLICATION
leopard	MODERN SPECIES	49	ENSPPRG00000007165	ENSPPRG00000007370	MBOAT4 (ENSPPRG00000007461)	LEPROTL1 (ENSPPRG00000007710)	SARAF (ENSPPRG00000008259)	DUSP4 (ENSPPRG00000009209)	TNKS (ENSPPRG00000009656)	PPP1R3B (ENSPPRG00000018694)	ERI1 (ENSPPRG00000009881)	MFHAS1 (ENSPPRG00000010068)	CLDN23 (ENSPPRG00000018870)	PRAG1 (ENSPPRG00000011236)	LONRF1 (ENSPPRG00000011958)	TRMT9B (ENSPPRG00000012143)	DLC1 (ENSPPRG00000014514)	ENSPPRG00000019279 #22	ENSPPRG00000015179	SGCZ (ENSPPRG00000017796)	TUSC3 (ENSPPRG00000024305)	MSR1 (ENSPPRG00000023821)	FGF20 (ENSPPRG00000023486)	ENSPPRG00000023092	MICU3 (ENSPPRG00000022637)	ZDHHC2 (ENSPPRG00000000377)	CNOT7 (ENSPPRG00000000823)	ENSPPRG00000001018	VPS37A (ENSPPRG00000002396)	MTMR7 (ENSPPRG00000003427)	SLC7A2 (ENSPPRG00000004370)	PDGFRL (ENSPPRG00000004795)	ENSPPRG00000005229
leopard	MODERN SPECIES	535																ENSPPRG00000011212 #22
Tiger	MODERN SPECIES	446	SMIM18 (ENSPTIG00000005316)	RBPMS (ENSPTIG00000015964)	DCTN6 (ENSPTIG00000018684)	MBOAT4 (ENSPTIG00000019802)	LEPROTL1 (ENSPTIG00000020373)	SARAF (ENSPTIG00000020500)	DUSP4 (ENSPTIG00000020987)	TNKS (ENSPTIG00000021233)	PPP1R3B (ENSPTIG00000005382)	ERI1 (ENSPTIG00000021778)	MFHAS1 (ENSPTIG00000021899)	PRAG1 (ENSPTIG00000021942)	LONRF1 (ENSPTIG00000022026)	TRMT9B (ENSPTIG00000001444)	DLC1 (ENSPTIG00000002544)	ENSPTIG00000005433 #22	ENSPTIG00000006610	SGCZ (ENSPTIG00000007722)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.o.a.b #22
Tiger	MODERN SPECIES	153	SLC9B1 (ENSPTIG00000021212) #36	SLC9B2 (ENSPTIG00000016010) #36	BDH2 (ENSPTIG00000014878)	CENPE (ENSPTIG00000022071)	TACR3 (ENSPTIG00000022047)	ENSPTIG00000022032	CXXC4 (ENSPTIG00000021964) ##20	TET2 (ENSPTIG00000021334)	PPA2 (ENSPTIG00000017640)	ENSPTIG00000017051	ENSPTIG00000015847	INTS12 (ENSPTIG00000008665)	GSTCD (ENSPTIG00000006784)	NPNT (ENSPTIG00000017103) #21	TBCK (ENSPTIG00000011334)	ENSPTIG00000008163 #22	GIMD1 (ENSPTIG00000007315)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.o.b #22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.o.b #22
leopard	MODERN SPECIES	3	SLC9B1 (ENSPPRG00000024578) #36	SLC9B2 (ENSPPRG00000018446) #36	BDH2 (ENSPPRG00000013357)	CENPE (ENSPPRG00000012778)	TACR3 (ENSPPRG00000003966)	ENSPPRG00000003687	CXXC4 (ENSPPRG00000002765) ##20	TET2 (ENSPPRG00000002345)	PPA2 (ENSPPRG00000000625)	ENSPPRG00000016640	ENSPPRG00000015602	INTS12 (ENSPPRG00000014557)	GSTCD (ENSPPRG00000012754)	NPNT (ENSPPRG00000010205) #21	TBCK (ENSPPRG00000006296)	ENSPPRG00000003078 #22	GIMD1 (ENSPPRG00000002041)	DKK2 (ENSPPRG00000001046)	ENSPPRG00000000898	PAPSS1 (ENSPPRG00000022612)	ENSPPRG00000022924	SGMS2 (ENSPPRG00000023391) #24	CYP2U1 (ENSPPRG00000022125)	HADH (ENSPPRG00000020822)	LEF1 (ENSPPRG00000015396)	ENSPPRG00000013513	ENSPPRG00000012933	ETNPPL (ENSPPRG00000012486)	COL25A1 (ENSPPRG00000010801)	SEC24B (ENSPPRG00000004492)	MCUB (ENSPPRG00000002855)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.p #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.p #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
lion	MODERN SPECIES	4	SLC9B2 (ENSPLOG00000010338) #36	ENSPLOG00000010277	ENSPLOG00000010240	CENPE (ENSPLOG00000009681)	TACR3 (ENSPLOG00000009533)	CXXC4 (ENSPLOG00000009493) ##20	TET2 (ENSPLOG00000009422)	PPA2 (ENSPLOG00000009179)	ENSPLOG00000009093	ENSPLOG00000009051	ENSPLOG00000008987	INTS12 (ENSPLOG00000008950)	GSTCD (ENSPLOG00000008867)	NPNT (ENSPLOG00000008713) #21	TBCK (ENSPLOG00000008554)	AIMP1 (ENSPLOG00000008460) #22	GIMD1 (ENSPLOG00000008434)	DKK2 (ENSPLOG00000008392)	ENSPLOG00000008380	PAPSS1 (ENSPLOG00000008350)	SGMS2 (ENSPLOG00000008317) #24	CYP2U1 (ENSPLOG00000008280)	HADH (ENSPLOG00000008215)	LEF1 (ENSPLOG00000007905)	ENSPLOG00000007832	OSTC (ENSPLOG00000007801)	ETNPPL (ENSPLOG00000007649)	COL25A1 (ENSPLOG00000005916)	SEC24B (ENSPLOG00000005625)	MCUB (ENSPLOG00000005572)	CASP6 (ENSPLOG00000005535)
Cat	MODERN SPECIES	235	CISD2 (ENSFCAG00000028054)	SLC9B2 (ENSFCAG00000022518) #36	BDH2 (ENSFCAG00000024693)	CENPE (ENSFCAG00000003525)	TACR3 (ENSFCAG00000038901)	CXXC4 (ENSFCAG00000044981) ##20	TET2 (ENSFCAG00000029436)	ENSFCAG00000051746	PPA2 (ENSFCAG00000028660)	ENSFCAG00000044090	ENSFCAG00000026961	INTS12 (ENSFCAG00000027227)	GSTCD (ENSFCAG00000024646)	NPNT (ENSFCAG00000023889) #21	TBCK (ENSFCAG00000014486)	AIMP1 (ENSFCAG00000012896) #22	GIMD1 (ENSFCAG00000036567)	DKK2 (ENSFCAG00000043481)	ENSFCAG00000034912	SGMS2 (ENSFCAG00000012289) #24	PAPSS1 (ENSFCAG00000007221)	CYP2U1 (ENSFCAG00000015335)	HADH (ENSFCAG00000022260)	LEF1 (ENSFCAG00000027039)	RPL34 (ENSFCAG00000015502)	OSTC (ENSFCAG00000040199)	ETNPPL (ENSFCAG00000002319)	ENSFCAG00000050516	COL25A1 (ENSFCAG00000041813)	SEC24B (ENSFCAG00000000069)	MCUB (ENSFCAG00000018997)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000001376.db.g	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.r	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950.q #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000001376.cb.a	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00390000000360.r.c.b	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000155098.ib.a	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.r	ENSGT00390000017004.a.a.q.b	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950.q #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000015789.c.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c	ENSGT00930000151042 #25
Dingo	MODERN SPECIES	308										ARHGEF38 (ENSCAFG00020009907)	INTS12 (ENSCAFG00020009912)	GSTCD (ENSCAFG00020009920)	NPNT (ENSCAFG00020009929) #21	ENSCAFG00020009967	ENSCAFG00020009987	AIMP1 (ENSCAFG00020009990) #22	GIMD1 (ENSCAFG00020009998)	ENSCAFG00020010004	ENSCAFG00020010008	DKK2 (ENSCAFG00020010010)	ENSCAFG00020010027	SGMS2 (ENSCAFG00020010038) #24	CYP2U1 (ENSCAFG00020010041)	HADH (ENSCAFG00020010045)	LEF1 (ENSCAFG00020010052)	ENSCAFG00020010057	ENSCAFG00020010061	ENSCAFG00020010062	ENSCAFG00020010068	SEC24B (ENSCAFG00020010198)	MCUB (ENSCAFG00020015544)
Dog	MODERN SPECIES	25	BDH2 (ENSCAFG00845026813)	CENPE (ENSCAFG00845026923)	ENSCAFG00845027250	ENSCAFG00845027271	TACR3 (ENSCAFG00845027311)	ENSCAFG00845027379	CXXC4 (ENSCAFG00845027434) ##20	TET2 (ENSCAFG00845027576)	ENSCAFG00845027670	ARHGEF38 (ENSCAFG00845027848)	INTS12 (ENSCAFG00845028090)	GSTCD (ENSCAFG00845028155)	ENSCAFG00845028217	NPNT (ENSCAFG00845028293) #21	TBCK (ENSCAFG00845028525)	AIMP1 (ENSCAFG00845028734) #22	GIMD1 (ENSCAFG00845028766)	DKK2 (ENSCAFG00845028785)	PAPSS1 (ENSCAFG00845028839)	SGMS2 (ENSCAFG00845028905) #24	ENSCAFG00845028935	HADH (ENSCAFG00845029127)	LEF1 (ENSCAFG00845029249)	ENSCAFG00845029318	RPL34 (ENSCAFG00845029396)	OSTC (ENSCAFG00845029437)	ETNPPL (ENSCAFG00845029485)	COL25A1 (ENSCAFG00845029602)	SEC24B (ENSCAFG00845029793)	MCUB (ENSCAFG00845029908)	CASP6 (ENSCAFG00845029938)
Red fox	MODERN SPECIES	137							ENSVVUG00000017126	CXXC4 (ENSVVUG00000017137) ##20	TET2 (ENSVVUG00000017141)	PPA2 (ENSVVUG00000017145)	ARHGEF38 (ENSVVUG00000017158)	INTS12 (ENSVVUG00000017161)	GSTCD (ENSVVUG00000017171)	NPNT (ENSVVUG00000017188) #21	TBCK (ENSVVUG00000017257)	AIMP1 (ENSVVUG00000017317) #22	GIMD1 (ENSVVUG00000017326)	DKK2 (ENSVVUG00000017331)	ENSVVUG00000017338	PAPSS1 (ENSVVUG00000017360)	SGMS2 (ENSVVUG00000017400) #24	CYP2U1 (ENSVVUG00000017417)	HADH (ENSVVUG00000017423)	LEF1 (ENSVVUG00000017446)	ENSVVUG00000017498	ENSVVUG00000017509	ETNPPL (ENSVVUG00000017512)	SEC24B (ENSVVUG00000017541)	PLA2G12A (ENSVVUG00000017587)	CFI (ENSVVUG00000017596) #25	GAR1 (ENSVVUG00000017612)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.r #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154950.r #22
Dog	MODERN SPECIES	12	LMOD3 (ENSCAFG00845010392)	FRMD4B (ENSCAFG00845010033)	MITF (ENSCAFG00845009666)	MDFIC2 (ENSCAFG00845009570)	FOXP1 (ENSCAFG00845008552)	ENSCAFG00845007732	GPR27 (ENSCAFG00845007528)	PROK2 (ENSCAFG00845007491)	ENSCAFG00845007398	SHQ1 (ENSCAFG00845007261)	GXYLT2 (ENSCAFG00845007149)	PPP4R2 (ENSCAFG00845007022)	PDZRN3 (ENSCAFG00845006843)	CNTN3 (ENSCAFG00845006575)	ENSCAFG00845006474	ENSCAFG00845006445 #22	ENSCAFG00845006097	CNTN6 (ENSCAFG00845005936)	CNTN4 (ENSCAFG00845012710)	IL5RA (ENSCAFG00845012603)	TRNT1 (ENSCAFG00845012496)	CRBN (ENSCAFG00845012410)	ENSCAFG00845012385	LRRN1 (ENSCAFG00845012344)	SETMAR (ENSCAFG00845012243)	ENSCAFG00845012212	SUMF1 (ENSCAFG00845012121)	ITPR1 (ENSCAFG00845011583)	BHLHE40 (ENSCAFG00845011295)	ARL8B (ENSCAFG00845011245)	EDEM1 (ENSCAFG00845011142)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db.g	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db.g	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	74						ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000169429	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660.e	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db.g	ENSGT00940000157910	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
American black bear	MODERN SPECIES	1526													NPNT (ENSUAMG00000024665) #21	ENSUAMG00000024669	ENSUAMG00000024675	AIMP1 (ENSUAMG00000024676) #22	GIMD1 (ENSUAMG00000024677)
Polar bear	MODERN SPECIES	159				ENSUMAG00000022552	ENSUMAG00000022584	TACR3 (ENSUMAG00000022594)	ENSUMAG00000022604	CXXC4 (ENSUMAG00000022608) ##20	TET2 (ENSUMAG00000022620)	PPA2 (ENSUMAG00000022641)	ARHGEF38 (ENSUMAG00000022647)	INTS12 (ENSUMAG00000022654)	GSTCD (ENSUMAG00000022658)	NPNT (ENSUMAG00000022667) #21	TBCK (ENSUMAG00000000081)	AIMP1 (ENSUMAG00000000180) #22	GIMD1 (ENSUMAG00000000374)	DKK2 (ENSUMAG00000000387)	PAPSS1 (ENSUMAG00000000397)	SGMS2 (ENSUMAG00000000407) #24	CYP2U1 (ENSUMAG00000000418)	HADH (ENSUMAG00000000448)	LEF1 (ENSUMAG00000000609)	ENSUMAG00000000631	OSTC (ENSUMAG00000000640)	ETNPPL (ENSUMAG00000000654)	SEC24B (ENSUMAG00000000694)	MCUB (ENSUMAG00000000708)	ENSUMAG00000000755	PLA2G12A (ENSUMAG00000000760)	CFI (ENSUMAG00000000770) #25
Giant Panda	MODERN SPECIES	2	ENSAMEG00000008948	ENSAMEG00000024813	ENSAMEG00000008999	ENSAMEG00000009001 #36	ENSAMEG00000031215	CENPE (ENSAMEG00000026415)	ENSAMEG00000024936	CXXC4 (ENSAMEG00000011282) ##20	TET2 (ENSAMEG00000006878)	PPA2 (ENSAMEG00000006850)	ARHGEF38 (ENSAMEG00000017435)	INTS12 (ENSAMEG00000017448)	GSTCD (ENSAMEG00000017457)	NPNT (ENSAMEG00000017465) #21	TBCK (ENSAMEG00000017479)	AIMP1 (ENSAMEG00000017499) #22	GIMD1 (ENSAMEG00000017505)	DKK2 (ENSAMEG00000024962)	PAPSS1 (ENSAMEG00000001893)	SGMS2 (ENSAMEG00000001890) #24	CYP2U1 (ENSAMEG00000001857)	HADH (ENSAMEG00000001814)	LEF1 (ENSAMEG00000001768)	RPL34 (ENSAMEG00000001758)	OSTC (ENSAMEG00000001753)	ETNPPL (ENSAMEG00000001726)	COL25A1 (ENSAMEG00000001701)	SEC24B (ENSAMEG00000001636)	MCUB (ENSAMEG00000004507)	CASP6 (ENSAMEG00000004526)	PLA2G12A (ENSAMEG00000004540)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a.o	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db.f.b	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00730000111880	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
American mink	MODERN SPECIES	23	CISD2 (ENSNVIG00000005264)	SLC9B1 (ENSNVIG00000005277) #36	SLC9B2 (ENSNVIG00000005327) #36	BDH2 (ENSNVIG00000005439)	CENPE (ENSNVIG00000005466)	TACR3 (ENSNVIG00000005688)	ENSNVIG00000005696	TET2 (ENSNVIG00000005706)	ENSNVIG00000005750	ENSNVIG00000005869	ENSNVIG00000005878	INT12 (ENSNVIG00000005902)	GSTCD (ENSNVIG00000005920)	NPNT (ENSNVIG00000005955) #21	TBCK (ENSNVIG00000006152)	AIMP1 (ENSNVIG00000006299) #22	GIMD1 (ENSNVIG00000006313)	DKK2 (ENSNVIG00000006330)	PAPSS1 (ENSNVIG00000006373)	SGMS2 (ENSNVIG00000006393) #24	ENSNVIG00000006431	ENSNVIG00000006446	CYP2U1 (ENSNVIG00000006464)	ENSNVIG00000006476	Lef-1 (ENSNVIG00000006522)	ENSNVIG00000006689	OSTC (ENSNVIG00000006710)	ETNPPL (ENSNVIG00000006726)	COL25A1 (ENSNVIG00000006813)	SEC24B (ENSNVIG00000007302)	MCUB (ENSNVIG00000008506)
Ferret	DUPLICATION
Ferret	MODERN SPECIES	184	UBE2D3 (ENSMPUG00000009395)	CISD2 (ENSMPUG00000009365)	SLC9B1 (ENSMPUG00000009323) #36	SLC9B2 (ENSMPUG00000009252) #36	BDH2 (ENSMPUG00000009245)	CENPE (ENSMPUG00000009191)	TACR3 (ENSMPUG00000009183)	CXXC4 (ENSMPUG00000009175) ##20	TET2 (ENSMPUG00000009162)	PPA2 (ENSMPUG00000009047)	ARHGEF38 (ENSMPUG00000009003)	INTS12 (ENSMPUG00000008999)	GSTCD (ENSMPUG00000008991)	NPNT (ENSMPUG00000008978) #21	TBCK (ENSMPUG00000008962)	AIMP1 (ENSMPUG00000008952) #22	GIMD1 (ENSMPUG00000008944)	DKK2 (ENSMPUG00000008937)	PAPSS1 (ENSMPUG00000008920)	ENSMPUG00000008916	SGMS2 (ENSMPUG00000008910) #24	CYP2U1 (ENSMPUG00000008902)	HADH (ENSMPUG00000008891)	LEF1 (ENSMPUG00000008884)	ENSMPUG00000008873	OSTC (ENSMPUG00000008869)	ETNPPL (ENSMPUG00000008782)	COL25A1 (ENSMPUG00000008679)	ENSMPUG00000008674	ENSMPUG00000008670	SEC24B (ENSMPUG00000008650)
Ferret	MODERN SPECIES	167	HMGB4 (ENSMPUG00000018611)	CSMD2 (ENSMPUG00000014956)	ZSCAN20 (ENSMPUG00000015035)	PHC2 (ENSMPUG00000015039)	A3GALT2 (ENSMPUG00000015083)	ZNF362 (ENSMPUG00000015089)	TRIM62 (ENSMPUG00000015091)	AZIN2 (ENSMPUG00000015093)	ENSMPUG00000015160	RNF19B (ENSMPUG00000015179)	TMEM54 (ENSMPUG00000015191)	HPCA (ENSMPUG00000015200)	FNDC5 (ENSMPUG00000015203)	S100PBP (ENSMPUG00000015205)	ENSMPUG00000015207	ENSMPUG00000015208 #22	KIAA1522 (ENSMPUG00000015210)	SYNC (ENSMPUG00000015212)	RBBP4 (ENSMPUG00000015214)	ZBTB8OS (ENSMPUG00000015222)	ZBTB8A (ENSMPUG00000015223)	ZBTB8B (ENSMPUG00000015225)	BSDC1 (ENSMPUG00000015227)	TSSK3 (ENSMPUG00000015228)	MARCKSL1 (ENSMPUG00000015229)	HDAC1 (ENSMPUG00000015231)	LCK (ENSMPUG00000015261)	FAM167B (ENSMPUG00000015268)	ENSMPUG00000015269	EIF3I (ENSMPUG00000015286)	DCDC2B (ENSMPUG00000015293)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140	ENSGT00390000008798.c
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000160597	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000156660	ENSGT00390000013285.b #36	ENSGT00390000013285.a #36	ENSGT00940000156721	ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950 #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00940000164073 #23	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.e.b.a.a	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	23	SLC9B1 (ENSRFEG00010002407) #36	SLC9B2 (ENSRFEG00010002465) #36	BDH2 (ENSRFEG00010002530)	TACR3 (ENSRFEG00010002586)	CXXC4 (ENSRFEG00010002603) ##20	ENSRFEG00010002626	TET2 (ENSRFEG00010002647)	PPA2 (ENSRFEG00010002712)	ENSRFEG00010002822	ENSRFEG00010002834	ENSRFEG00010002852	INTS12 (ENSRFEG00010002886)	GSTCD (ENSRFEG00010002920)	NPNT (ENSRFEG00010003048) #21	TBCK (ENSRFEG00010003168)	ENSRFEG00010003218 #22	GIMD1 (ENSRFEG00010003248)	DKK2 (ENSRFEG00010003271)	PAPSS1 (ENSRFEG00010003368)	SGMS2 (ENSRFEG00010003389) #24	ENSRFEG00010003401	CYP2U1 (ENSRFEG00010003430)	LEF1 (ENSRFEG00010003558)	ENSRFEG00010003676	ENSRFEG00010003688	OSTC (ENSRFEG00010003698)	ETNPPL (ENSRFEG00010003723)	COL25A1 (ENSRFEG00010003938)	SEC24B (ENSRFEG00010004287)	MCUB (ENSRFEG00010004308)	CASP6 (ENSRFEG00010004339)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	15	ABHD12 (ENSRFEG00010011429)	GINS1 (ENSRFEG00010011337)	NINL (ENSRFEG00010011279)	NANP (ENSRFEG00010011232)	CST3 (ENSRFEG00010011121)	CST9L (ENSRFEG00010011055)	ENSRFEG00010011001	ENSRFEG00010010952	CST11 (ENSRFEG00010010901)	CSTL1 (ENSRFEG00010010843)	NAPB (ENSRFEG00010010719)	GZF1 (ENSRFEG00010010618)	NXT1 (ENSRFEG00010010600)	CD93 (ENSRFEG00010010553)	THBD (ENSRFEG00010010533)	ENSRFEG00010010499 #22	ENSRFEG00010010431	FOXA2 (ENSRFEG00010010354)	ENSRFEG00010010271	PAX1 (ENSRFEG00010010205)	NKX2-2 (ENSRFEG00010010185)	NKX2-4 (ENSRFEG00010010146)	XRN2 (ENSRFEG00010010058)	ENSRFEG00010010021	KIZ (ENSRFEG00010009832)	ENSRFEG00010009788	RALGAPA2 (ENSRFEG00010009655)	INSM1 (ENSRFEG00010009617)	CFAP61 (ENSRFEG00010009533)	CRNKL1 (ENSRFEG00010009485)	NAA20 (ENSRFEG00010009410)
Microbat	MODERN SPECIES	1119						PPA2 (ENSMLUG00000005152)	ENSMLUG00000030260	ENSMLUG00000011747	ENSMLUG00000023068	ENSMLUG00000025094	ENSMLUG00000011757	GSTCD (ENSMLUG00000007230)	NPNT (ENSMLUG00000016107) #21	ENSMLUG00000027019	TBCK (ENSMLUG00000012409)	AIMP1 (ENSMLUG00000009560) #22	GIMD1 (ENSMLUG00000029629)	ENSMLUG00000002976 #23	PAPSS1 (ENSMLUG00000000837)	SGMS2 (ENSMLUG00000000844) #24	CYP2U1 (ENSMLUG00000008831)	HADH (ENSMLUG00000008844)	LEF1 (ENSMLUG00000008891)	ENSMLUG00000025715
Megabat	MODERN SPECIES	1134															TBCK (ENSPVAG00000010640)	AIMP1 (ENSPVAG00000010642) #22
Equus	DUPLICATION
Equus	ANCESTRAL SPECIES	24							ENSGT00940000153745.b	ENSGT00940000154108.b.a.a ##20	ENSGT00940000160003	ENSGT00390000017004.a.a	ENSGT00950000183088.a.b.b	ENSGT00390000005218	ENSGT00390000004446	ENSGT00930000150973.B #21	ENSGT00940000158244	ENSGT00940000154950.w #22	ENSGT00530000069080	ENSGT00940000162188	ENSGT00390000009613.b	ENSGT00390000012976.c.a.a	ENSGT00940000157370 #24	ENSGT00940000157714	ENSGT00940000159984	ENSGT00940000159660	ENSGT00390000008294.f	ENSGT00390000001376.db	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823	ENSGT00950000182924.B.a.a	ENSGT00940000158059	ENSGT00940000155140
Donkey	MODERN SPECIES	22	ENSEASG00005030321	ENSEASG00005030723	ENSEASG00005033165	ENSEASG00005024192	ENSEASG00005037471	ENSEASG00005004456	CXXC4 (ENSEASG00005024013) ##20	TET2 (ENSEASG00005004466)	PPA2 (ENSEASG00005004477)	ENSEASG00005033358	ARHGEF38 (ENSEASG00005004487)	INTS12 (ENSEASG00005004498)	GSTCD (ENSEASG00005004503)	NPNT (ENSEASG00005004514) #21	TBCK (ENSEASG00005004526)	ENSEASG00005004535 #22	ENSEASG00005004539	DKK2 (ENSEASG00005028714)	PAPSS1 (ENSEASG00005004544)	ENSEASG00005033971	SGMS2 (ENSEASG00005004553) #24	CYP2U1 (ENSEASG00005004558)	HADH (ENSEASG00005004564)	LEF1 (ENSEASG00005004575)	ENSEASG00005004585	OSTC (ENSEASG00005034695)	ETNPPL (ENSEASG00005004593)	COL25A1 (ENSEASG00005036242)	SEC24B (ENSEASG00005004609)	MCUB (ENSEASG00005004625)	CASP6 (ENSEASG00005004631)
Horse	MODERN SPECIES	11							TACR3 (ENSECAG00000012284)	CXXC4 (ENSECAG00000030032) ##20	TET2 (ENSECAG00000004773)	PPA2 (ENSECAG00000011236)	INTS12 (ENSECAG00000010911)	ARHGEF38 (ENSECAG00000011171)	GSTCD (ENSECAG00000009590)	NPNT (ENSECAG00000008518) #21	TBCK (ENSECAG00000006577)	AIMP1 (ENSECAG00000006138) #22	DKK2 (ENSECAG00000032911)	PAPSS1 (ENSECAG00000021678)	ENSECAG00000032757	SGMS2 (ENSECAG00000021665) #24	CYP2U1 (ENSECAG00000048143)	CYP2U1 (ENSECAG00000021232)	ENSECAG00000057434	LEF1 (ENSECAG00000019975)	RPL34 (ENSECAG00000019719)	OSTC (ENSECAG00000019709)	ETNPPL (ENSECAG00000018724)	COL25A1 (ENSECAG00000017518)	SEC24B (ENSECAG00000016518)	MCUB (ENSECAG00000016301)	CASP6 (ENSECAG00000015479)
Equus	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000004624.a.a	ENSGT00940000158907	ENSGT00390000001442	ENSGT00940000158207	ENSGT00940000158944	ENSGT00950000183129.b.a	ENSGT00940000153731.a.a	ENSGT00940000157646	ENSGT00390000016326	ENSGT00940000156303	ENSGT00510000047669	ENSGT00910000148656	ENSGT00940000157072	ENSGT00390000013835	ENSGT00940000156244	ENSGT00940000154950.x #22	ENSGT00940000161247	ENSGT00940000157724	ENSGT00390000018810	ENSGT00940000161886	ENSGT00940000167010	ENSGT00940000159928	ENSGT00950000183104.A.a.b	ENSGT00940000159371	ENSGT00940000153270.b.a	ENSGT00940000155998	ENSGT00940000157286	ENSGT00940000156183	ENSGT00940000156730	ENSGT00390000005646	ENSGT00940000157507
Donkey	MODERN SPECIES		PURB (ENSEASG00005033772)	MYO1G (ENSEASG00005017831)	CCM2 (ENSEASG00005017834)	ENSEASG00005027726	ENSEASG00005034463	TBRG4 (ENSEASG00005017915)	ENSEASG00005032920	ENSEASG00005013347	ENSEASG00005013348	ITGA2 (ENSEASG00005013338)	MOCS2 (ENSEASG00005013334)	ENSEASG00005013332	FST (ENSEASG00005013329)	NDUFS4 (ENSEASG00005013326)	ARL15 (ENSEASG00005013324)	ENSEASG00005013322 #22	HSPB3 (ENSEASG00005037524)	SNX18 (ENSEASG00005013319)	ESM1 (ENSEASG00005013315)	GZMK (ENSEASG00005013311)	ENSEASG00005030700	GZMA (ENSEASG00005013309)	CDC20B (ENSEASG00005033033)	GPX8 (ENSEASG00005034141)	MCIDAS (ENSEASG00005013298)	CCNO (ENSEASG00005025483)	DHX29 (ENSEASG00005013287)	MTREX (ENSEASG00005013270)	PLPP1 (ENSEASG00005013261)	SLC38A9 (ENSEASG00005013258)	DDX4 (ENSEASG00005012143)
Horse	MODERN SPECIES	13	C21H5orf34 (ENSECAG00000021912)	PAIP1 (ENSECAG00000015245)	NNT (ENSECAG00000016077)	FGF10 (ENSECAG00000014361)	MRPS30 (ENSECAG00000009350)	HCN1 (ENSECAG00000007584)	EMB (ENSECAG00000000794)	PARP8 (ENSECAG00000011108)	ISL1 (ENSECAG00000002264)	ITGA1 (ENSECAG00000017386)	ITGA2 (ENSECAG00000010739)	MOCS2 (ENSECAG00000005243)	FST (ENSECAG00000017783)	NDUFS4 (ENSECAG00000017188)	ARL15 (ENSECAG00000014970)	ENSECAG00000001942 #22	HSPB3 (ENSECAG00000004498)	SNX18 (ENSECAG00000014364)	ESM1 (ENSECAG00000013106)	GZMK (ENSECAG00000008606)	ENSECAG00000035511	GZMA (ENSECAG00000023330)	GPX8 (ENSECAG00000023301)	CDC20B (ENSECAG00000016777)	MCIDAS (ENSECAG00000016538)	CCNO (ENSECAG00000016023)	DHX29 (ENSECAG00000024365)	MTREX (ENSECAG00000023723)	PLPP1 (ENSECAG00000023296)	SLC38A9 (ENSECAG00000014116)	DDX4 (ENSECAG00000023616)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1715					ugt8 (ENSCMIG00000007765)	ENSCMIG00000007769	adh5 (ENSCMIG00000007822)	trmt10a (ENSCMIG00000007970)	mttp (ENSCMIG00000008003)	ENSCMIG00000008136	ppm1kb (ENSCMIG00000008139)	ints12 (ENSCMIG00000008141)	gstcd (ENSCMIG00000008155)	ENSCMIG00000008176 #21	tbck (ENSCMIG00000008180)	aimp1a (ENSCMIG00000008215) #22	ENSCMIG00000008218
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES	575															ENSGT00940000162067	ENSGT00940000154950 #22
Hagfish	MODERN SPECIES	227				ENSEBUG00000009643	ENSEBUG00000015605	alg12 (ENSEBUG00000003648)	pdhb (ENSEBUG00000008001)	ube2h (ENSEBUG00000001102)	ENSEBUG00000005005	uba3 (ENSEBUG00000004905)	ENSEBUG00000010652	ENSEBUG00000015485	ENSEBUG00000015768 #33	ENSEBUG00000006625	ENSEBUG00000013938	aimp1a (ENSEBUG00000004401) #22	ENSEBUG00000013278	FAT1 (ENSEBUG00000001668)	ENSEBUG00000003376	slc10a7 (ENSEBUG00000008751)	pou4f1 (ENSEBUG00000013310)
Lamprey	DUPLICATION
Lamprey	MODERN SPECIES	396														ENSPMAG00000008676 #21	ENSPMAG00000008672	aimp1a (ENSPMAG00000008660) #22	mtnr1aa (ENSPMAG00000008658)	ENSPMAG00000008649	ENSPMAG00000008644
Lamprey	MODERN SPECIES	5456																ENSPMAG00000007796 #22