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Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160427 #9	ENSGT00390000005121 #10	ENSGT00390000007843 #11	ENSGT00940000159091 #12	ENSGT00940000154298.a.b #13	ENSGT00950000183025.a #14	ENSGT00940000161434 #15	ENSGT00940000159029 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #18	ENSGT00940000158354 #19	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503 #23	ENSGT00390000017856.b #24	ENSGT00940000160113 #25	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #26	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #27	ENSGT00390000004405.b #28	ENSGT00390000000713 #29	ENSGT00940000154534.a #30	ENSGT00390000011219 #31	ENSGT00940000159590 #32	ENSGT00940000161498 #33	ENSGT00390000013474.b.a #34	ENSGT00940000161315 #35	ENSGT00390000000603 #36	ENSGT00940000157439 #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160427 #9	ENSGT00390000005121 #10	ENSGT00390000007843 #11	ENSGT00940000159091 #12	ENSGT00940000154298.a.b #13	ENSGT00950000183025.a #14	ENSGT00940000161434 #15	ENSGT00940000159029 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #18	ENSGT00940000158354 #19	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503 #23	ENSGT00390000017856.b #24	ENSGT00940000160113 #25	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #26	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #27	ENSGT00390000004405.b #28	ENSGT00390000000713 #29	ENSGT00940000154534.a #30	ENSGT00390000011219 #31	ENSGT00940000159590 #32	ENSGT00940000161498 #33	ENSGT00390000013474.b.a #34	ENSGT00940000161315 #35	ENSGT00390000000603 #36	ENSGT00940000157439 #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	53	GNGT2 (ENSCPOG00000030054) #7	B4GALNT2 (ENSCPOG00000006191) #8	IGF2BP1 (ENSCPOG00000020174) #9	GIP (ENSCPOG00000023966) #10	SNF8 (ENSCPOG00000020610) #11	UBE2Z (ENSCPOG00000024416) #12	ENSCPOG00000009017 #13	CALCOCO2 (ENSCPOG00000021273) #14	TTLL6 (ENSCPOG00000012509) #15	HOXB13 (ENSCPOG00000013509) #16	HOXB9 (ENSCPOG00000037597) #17	HOXB6 (ENSCPOG00000040707) #18	HOXB5 (ENSCPOG00000030746) #19	ENSCPOG00000010105 #20	ENSCPOG00000010107 #21	HOXB2 (ENSCPOG00000035468) #22	HOXB1 (ENSCPOG00000022183) #23	SKAP1 (ENSCPOG00000022118) #24	SNX11 (ENSCPOG00000020234) #25	CBX1 (ENSCPOG00000034435) #26	NFE2L1 (ENSCPOG00000030805) #27	COPZ2 (ENSCPOG00000019500) #28	CDK5RAP3 (ENSCPOG00000007275) #29	PRR15L (ENSCPOG00000035567) #30	PNPO (ENSCPOG00000003187) #31	SP2 (ENSCPOG00000014943) #32	SP6 (ENSCPOG00000007638) #33	SCRN2 (ENSCPOG00000006929) #34	LRRC46 (ENSCPOG00000006925) #35	MRPL10 (ENSCPOG00000037104) #36	OSBPL7 (ENSCPOG00000006914) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160427 #9	ENSGT00390000005121 #10	ENSGT00390000007843 #11	ENSGT00940000159091 #12	ENSGT00940000154298.a.b #13	ENSGT00950000183025.a #14	ENSGT00940000161434 #15	ENSGT00940000159029 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #18	ENSGT00940000158354 #19	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503 #23	ENSGT00390000017856.b #24	ENSGT00940000160113 #25	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #26	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #27	ENSGT00390000004405.b #28	ENSGT00390000000713 #29	ENSGT00940000154534.a #30	ENSGT00390000011219 #31	ENSGT00940000159590 #32	ENSGT00940000161498 #33	ENSGT00390000013474.b.a #34	ENSGT00940000161315 #35	ENSGT00390000000603 #36	ENSGT00940000157439 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	B4GALNT2 (ENSCLAG00000016224) #8	IGF2BP1 (ENSCLAG00000015853) #9	ENSCLAG00000014301 #10	SNF8 (ENSCLAG00000013387) #11	UBE2Z (ENSCLAG00000016068) #12	ATP5MC1 (ENSCLAG00000015723) #13	CALCOCO2 (ENSCLAG00000015881) #14	TTLL6 (ENSCLAG00000013529) #15	HOXB13 (ENSCLAG00000014855) #16	ENSCLAG00000015198 #17	HOXB7 (ENSCLAG00000014906)	HOXB6 (ENSCLAG00000015524) #18	HOXB5 (ENSCLAG00000014374) #19	HOXB4 (ENSCLAG00000014725)	HOXB3 (ENSCLAG00000015322) #21	HOXB2 (ENSCLAG00000015271) #22	HOXB1 (ENSCLAG00000013047) #23	SKAP1 (ENSCLAG00000015423) #24	SNX11 (ENSCLAG00000015837) #25	CBX1 (ENSCLAG00000013587) #26	NFE2L1 (ENSCLAG00000014836) #27	COPZ2 (ENSCLAG00000013544) #28	CDK5RAP3 (ENSCLAG00000012292) #29	PRR15L (ENSCLAG00000017903) #30	PNPO (ENSCLAG00000013871) #31	SP2 (ENSCLAG00000014115) #32	SP6 (ENSCLAG00000016276) #33	LRRC46 (ENSCLAG00000016713) #35	SCRN2 (ENSCLAG00000013965) #34	MRPL10 (ENSCLAG00000015400) #36	OSBPL7 (ENSCLAG00000014839) #37
Degu	MODERN SPECIES	97	B4GALNT2 (ENSODEG00000018456) #8	ENSODEG00000016991 #9	ENSODEG00000017109	GIP (ENSODEG00000017003) #10	ENSODEG00000017032 #11	UBE2Z (ENSODEG00000017306) #12	ATP5MC1 (ENSODEG00000017366) #13	TTLL6 (ENSODEG00000017145) #15	HOXB13 (ENSODEG00000017199) #16	HOXB9 (ENSODEG00000017293) #17	HOXB8 (ENSODEG00000017119)	HOXB6 (ENSODEG00000016988) #18	HOXB5 (ENSODEG00000017253) #19	HOXB4 (ENSODEG00000017038)	HOXB3 (ENSODEG00000017116) #21	HOXB2 (ENSODEG00000017153) #22	HOXB1 (ENSODEG00000017050) #23	SKAP1 (ENSODEG00000017533) #24	SNX11 (ENSODEG00000017458) #25	CBX1 (ENSODEG00000017272) #26	NFE2L1 (ENSODEG00000017348) #27	ENSODEG00000020421	COPZ2 (ENSODEG00000017565) #28	ENSODEG00000017229 #29	PNPO (ENSODEG00000017424) #31	SP2 (ENSODEG00000017126) #32	SP6 (ENSODEG00000017625) #33	SCRN2 (ENSODEG00000017395) #34	LRRC46 (ENSODEG00000017367) #35	MRPL10 (ENSODEG00000017536) #36	OSBPL7 (ENSODEG00000017364) #37
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	ENSHGLG00000010703 #10	SNF8 (ENSHGLG00000011519) #11	UBE2Z (ENSHGLG00000016280) #12	ATP5MC1 (ENSHGLG00000035460) #13	CALCOCO2 (ENSHGLG00000012114) #14	TTLL6 (ENSHGLG00000019187) #15	HOXB13 (ENSHGLG00000014634) #16	ENSHGLG00000048296	HOXB9 (ENSHGLG00000014731) #17	HOXB8 (ENSHGLG00000038380)	HOXB7 (ENSHGLG00000045318)	HOXB6 (ENSHGLG00000012400) #18	HOXB5 (ENSHGLG00000039265) #19	HOXB4 (ENSHGLG00000034075)	HOXB3 (ENSHGLG00000010686) #21	HOXB2 (ENSHGLG00000010090) #22	HOXB1 (ENSHGLG00000009781) #23	SKAP1 (ENSHGLG00000014563) #24	SNX11 (ENSHGLG00000016837) #25	CBX1 (ENSHGLG00000013574) #26	NFE2L1 (ENSHGLG00000012592) #27	COPZ2 (ENSHGLG00000018543) #28	CDK5RAP3 (ENSHGLG00000019464) #29	PRR15L (ENSHGLG00000014696) #30	PNPO (ENSHGLG00000013159) #31	SP2 (ENSHGLG00000009902) #32	SP6 (ENSHGLG00000021113) #33	SCRN2 (ENSHGLG00000041375) #34	LRRC46 (ENSHGLG00000035931) #35	MRPL10 (ENSHGLG00000048399) #36	OSBPL7 (ENSHGLG00000012525) #37
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000005121 #10	ENSGT00390000007843 #11	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #12	ENSGT00940000154298.a.b #13	ENSGT00950000183025.a #14	ENSGT00940000161434 #15	ENSGT00940000159029 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #18	ENSGT00940000158354 #19	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503 #23	ENSGT00390000017856.b #24	ENSGT00940000160113 #25	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #26	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #27	ENSGT00390000004405.b #28	ENSGT00390000000713 #29	ENSGT00940000154534.a #30	ENSGT00390000011219 #31	ENSGT00940000159590 #32	ENSGT00940000161498 #33	ENSGT00390000013474.b.a #34	ENSGT00940000161315 #35	ENSGT00390000000603 #36	ENSGT00940000157439 #37
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