Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Glires	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Pika	MODERN SPECIES	3527												ENSOPRG00000000402 #18	HOXB6 (ENSOPRG00000000399) #19	HOXB5 (ENSOPRG00000000394) #20	HOXB3 (ENSOPRG00000000392) #21	HOXB2 (ENSOPRG00000000389) #22
Rabbit	MODERN SPECIES	10	B4GALNT2 (ENSOCUG00000003531)	IGF2BP1 (ENSOCUG00000004411)	GIP (ENSOCUG00000004410)	SNF8 (ENSOCUG00000009156)	UBE2Z (ENSOCUG00000009159)	ATP5MC1 (ENSOCUG00000016225)	CALCOCO2 (ENSOCUG00000016209)	ENSOCUG00000038154	TTLL6 (ENSOCUG00000006289)	HOXB13 (ENSOCUG00000012816)	HOXB9 (ENSOCUG00000027316)	HOXB8 (ENSOCUG00000029186)	HOXB5 (ENSOCUG00000023093) #20	HOXB6 (ENSOCUG00000011560) #19	HOXB3 (ENSOCUG00000023337) #21	HOXB2 (ENSOCUG00000024951) #22	HOXB1 (ENSOCUG00000001720)	SKAP1 (ENSOCUG00000001717)	SNX11 (ENSOCUG00000002309)	CBX1 (ENSOCUG00000008021)	NFE2L1 (ENSOCUG00000022298)	COPZ2 (ENSOCUG00000001802)	CDK5RAP3 (ENSOCUG00000012325)	PRR15L (ENSOCUG00000017489)	PNPO (ENSOCUG00000017484)	SP2 (ENSOCUG00000027415)	SP6 (ENSOCUG00000023482)	SCRN2 (ENSOCUG00000009457)	LRRC46 (ENSOCUG00000009453)	MRPL10 (ENSOCUG00000009452)	OSBPL7 (ENSOCUG00000009447)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.ab	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.a.a	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.ab	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Gngt2 (ENSPEMG00000027491)	B4galnt2 (ENSPEMG00000020717)	Igf2bp1 (ENSPEMG00000021974)	Gip (ENSPEMG00000021184)	Snf8 (ENSPEMG00000022229)	Ube2z (ENSPEMG00000020953)	Atp5g1 (ENSPEMG00000020590)	ENSPEMG00000028729	ENSPEMG00000025676	Ttll6 (ENSPEMG00000021918)	Hoxb13 (ENSPEMG00000021511)	Hoxb9 (ENSPEMG00000027158)	Hoxb5 (ENSPEMG00000030101) #20	Hoxb4 (ENSPEMG00000029805)	Hoxb3 (ENSPEMG00000028692) #21	Hoxb2 (ENSPEMG00000029510) #22	Hoxb1 (ENSPEMG00000023977)	Skap1 (ENSPEMG00000000585)	ENSPEMG00000020286	Snx11 (ENSPEMG00000000381)	Cbx1 (ENSPEMG00000020976)	Nfe2l1 (ENSPEMG00000010512)	Copz2 (ENSPEMG00000011137)	Cdk5rap3 (ENSPEMG00000020712)	ENSPEMG00000030963	Prr15l (ENSPEMG00000024436)	Pnpo (ENSPEMG00000025094)	Sp2 (ENSPEMG00000017112)	Sp6 (ENSPEMG00000001231)	Scrn2 (ENSPEMG00000020381)	Lrrc46 (ENSPEMG00000020507)
Prairie vole	MODERN SPECIES	114		ENSMOCG00000004266	ENSMOCG00000021226	Snf8 (ENSMOCG00000016684)	Ube2z (ENSMOCG00000018241)	ENSMOCG00000013163	Ttll6 (ENSMOCG00000021089)	Hoxb13 (ENSMOCG00000021389)	Hoxb9 (ENSMOCG00000020312)	Hoxb8 (ENSMOCG00000018435)	Hoxb7 (ENSMOCG00000020820)	Hoxb6 (ENSMOCG00000020355) #19	Hoxb5 (ENSMOCG00000014523) #20	Hoxb4 (ENSMOCG00000022964)	Hoxb3 (ENSMOCG00000020739) #21	Hoxb2 (ENSMOCG00000014846) #22	Hoxb1 (ENSMOCG00000002452)	Skap1 (ENSMOCG00000018431)	Snx11 (ENSMOCG00000019303)	Cbx1 (ENSMOCG00000001520)	Nfe2l1 (ENSMOCG00000016002)	Copz2 (ENSMOCG00000022427)	Cdk5rap3 (ENSMOCG00000019534)	Prr15l (ENSMOCG00000006695)	Pnpo (ENSMOCG00000011655)	Sp2 (ENSMOCG00000020935)	Sp6 (ENSMOCG00000007065)	Scrn2 (ENSMOCG00000019511)	Lrrc46 (ENSMOCG00000016707)	Mrpl10 (ENSMOCG00000019451)	Osbpl7 (ENSMOCG00000021054)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.`b.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Golden Hamster	MODERN SPECIES	674	Gngt2 (ENSMAUG00000019144)	B4galnt2 (ENSMAUG00000007916)	Gip (ENSMAUG00000009238)	Snf8 (ENSMAUG00000001857)	Ube2z (ENSMAUG00000007792)	ENSMAUG00000021751	Ttll6 (ENSMAUG00000020973)	Hoxb13 (ENSMAUG00000008407)	Hoxb9 (ENSMAUG00000017720)	Hoxb8 (ENSMAUG00000012636)	Hoxb7 (ENSMAUG00000021297)	Hoxb6 (ENSMAUG00000021423) #19	Hoxb5 (ENSMAUG00000021419) #20	Hoxb4 (ENSMAUG00000009367)	Hoxb3 (ENSMAUG00000011251) #21	Hoxb2 (ENSMAUG00000021979) #22	Hoxb1 (ENSMAUG00000013237)	Skap1 (ENSMAUG00000022191)	Snx11 (ENSMAUG00000021528)	ENSMAUG00000003463	Nfe2l1 (ENSMAUG00000020456)	Copz2 (ENSMAUG00000010560)	Cdk5rap3 (ENSMAUG00000007991)	Pnpo (ENSMAUG00000021706)	Sp2 (ENSMAUG00000019269)	Sp6 (ENSMAUG00000009667)	Scrn2 (ENSMAUG00000010014)	Lrrc46 (ENSMAUG00000019416)	Mrpl10 (ENSMAUG00000000820)	Osbpl7 (ENSMAUG00000013876)	Tbx21 (ENSMAUG00000017507)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	33	Gip (ENSCGRG00001021533)	Snf8 (ENSCGRG00001000737)	Ube2z (ENSCGRG00001019150)	ENSCGRG00001022606	ENSCGRG00001010560	ENSCGRG00001011435	Ttll6 (ENSCGRG00001018398)	Hoxb13 (ENSCGRG00001015060)	Hoxb9 (ENSCGRG00001015314)	Hoxb8 (ENSCGRG00001020235)	Hoxb7 (ENSCGRG00001021590)	Hoxb6 (ENSCGRG00001015674) #19	Hoxb5 (ENSCGRG00001016167) #20	Hoxb4 (ENSCGRG00001022431)	Hoxb3 (ENSCGRG00001016667) #21	Hoxb2 (ENSCGRG00001017587) #22	Hoxb1 (ENSCGRG00001024619)	ENSCGRG00001023355	ENSCGRG00001020759	Snx11 (ENSCGRG00001022221)	Cbx1 (ENSCGRG00001014799)	Nfe2l1 (ENSCGRG00001015287)	Copz2 (ENSCGRG00001014767)	Cdk5rap3 (ENSCGRG00001006966)	Prr15l (ENSCGRG00001008926)	Pnpo (ENSCGRG00001018189)	Sp2 (ENSCGRG00001010976)	Sp6 (ENSCGRG00001002797)	Scrn2 (ENSCGRG00001022143)	Lrrc46 (ENSCGRG00001019758)	Mrpl10 (ENSCGRG00001024199)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603
Mouse	MODERN SPECIES	2	Igf2bp1 (ENSMUSG00000013415)	Gip (ENSMUSG00000014351)	Snf8 (ENSMUSG00000006058)	Ube2z (ENSMUSG00000014349)	Atp5g1 (ENSMUSG00000006057)	Calcoco2 (ENSMUSG00000006056)	Ttll6 (ENSMUSG00000038756)	Hoxb13 (ENSMUSG00000049604)	Hoxb9 (ENSMUSG00000020875)	Hoxb8 (ENSMUSG00000056648)	Hoxb7 (ENSMUSG00000038721)	Hoxb6 (ENSMUSG00000000690) #19	Hoxb5 (ENSMUSG00000038700) #20	Hoxb4 (ENSMUSG00000038692)	Hoxb3 (ENSMUSG00000048763) #21	Hoxb2 (ENSMUSG00000075588) #22	Hoxb1 (ENSMUSG00000018973)	Skap1 (ENSMUSG00000057058)	Snx11 (ENSMUSG00000020876)	Cbx1 (ENSMUSG00000018666)	Nfe2l1 (ENSMUSG00000038615)	Copz2 (ENSMUSG00000018672)	Cdk5rap3 (ENSMUSG00000018669)	Prr15l (ENSMUSG00000047040)	Pnpo (ENSMUSG00000018659)	Sp2 (ENSMUSG00000018678)	Sp6 (ENSMUSG00000038560)	Scrn2 (ENSMUSG00000020877)	Lrrc46 (ENSMUSG00000020878)	Mrpl10 (ENSMUSG00000001445)	Osbpl7 (ENSMUSG00000038534)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3291	Gip (ENSMSIG00000019162)	Snf8 (ENSMSIG00000019072)	Ube2z (ENSMSIG00000019038)	Atp5g1 (ENSMSIG00000018986)	ENSMSIG00000018956	Ttll6 (ENSMSIG00000018881)	Hoxb13 (ENSMSIG00000018865)	Hoxb9 (ENSMSIG00000018823)	Hoxb8 (ENSMSIG00000018807)	Hoxb7 (ENSMSIG00000018805)	Hoxb6 (ENSMSIG00000018795) #19	Hoxb5 (ENSMSIG00000018787) #20	Hoxb4 (ENSMSIG00000018777)	ENSMSIG00000018776	Hoxb3 (ENSMSIG00000018771) #21	Hoxb2 (ENSMSIG00000018769) #22	Hoxb1 (ENSMSIG00000018752)	Skap1 (ENSMSIG00000018601)	Snx11 (ENSMSIG00000018546)	ENSMSIG00000018520	Cbx1 (ENSMSIG00000018447)	Nfe2l1 (ENSMSIG00000018374)	Copz2 (ENSMSIG00000018337)	Cdk5rap3 (ENSMSIG00000018309)	ENSMSIG00000018270	ENSMSIG00000018267	Sp2 (ENSMSIG00000018237)	Sp6 (ENSMSIG00000018223)	Scrn2 (ENSMSIG00000018202)	Lrrc46 (ENSMSIG00000018171)	Mrpl10 (ENSMSIG00000018160)
spretus	MODERN SPECIES	2	Igf2bp1 (MGP_SPRETEiJ_G0017862)	Gip (MGP_SPRETEiJ_G0017863)	Snf8 (MGP_SPRETEiJ_G0017864)	Ube2z (MGP_SPRETEiJ_G0017865)	Atp5g1 (MGP_SPRETEiJ_G0017866)	MGP_SPRETEiJ_G0017867	Ttll6 (MGP_SPRETEiJ_G0017868)	Hoxb13 (MGP_SPRETEiJ_G0017869)	Hoxb9 (MGP_SPRETEiJ_G0017870)	Hoxb8 (MGP_SPRETEiJ_G0017871)	Hoxb7 (MGP_SPRETEiJ_G0017872)	Hoxb6 (MGP_SPRETEiJ_G0017873) #19	Hoxb5 (MGP_SPRETEiJ_G0017874) #20	Hoxb4 (MGP_SPRETEiJ_G0017875)	Hoxb3 (MGP_SPRETEiJ_G0017876) #21	Hoxb2 (MGP_SPRETEiJ_G0017877) #22	Hoxb1 (MGP_SPRETEiJ_G0017878)	MGP_SPRETEiJ_G0017879	Snx11 (MGP_SPRETEiJ_G0017880)	Cbx1 (MGP_SPRETEiJ_G0017881)	MGP_SPRETEiJ_G0017882	Nfe2l1 (MGP_SPRETEiJ_G0017883)	Copz2 (MGP_SPRETEiJ_G0017884)	Cdk5rap3 (MGP_SPRETEiJ_G0017885)	Prr15l (MGP_SPRETEiJ_G0017886)	Pnpo (MGP_SPRETEiJ_G0017887)	Sp2 (MGP_SPRETEiJ_G0017888)	Sp6 (MGP_SPRETEiJ_G0017889)	Scrn2 (MGP_SPRETEiJ_G0017890)	Lrrc46 (MGP_SPRETEiJ_G0017891)	Mrpl10 (MGP_SPRETEiJ_G0017892)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	Igf2bp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017016)	Gip (MGP_CAROLIEiJ_G0017017)	Snf8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017018)	MGP_CAROLIEiJ_G0017019	MGP_CAROLIEiJ_G0017020	MGP_CAROLIEiJ_G0017021	Ttll6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017022)	Hoxb13 (MGP_CAROLIEiJ_G0017023)	Hoxb9 (MGP_CAROLIEiJ_G0017024)	Hoxb8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017025)	Hoxb7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017026)	Hoxb6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017027) #19	Hoxb5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017028) #20	Hoxb4 (MGP_CAROLIEiJ_G0017029)	Hoxb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017030) #21	Hoxb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017031) #22	Hoxb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017032)	Skap1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017033)	Snx11 (MGP_CAROLIEiJ_G0017034)	Cbx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017035)	MGP_CAROLIEiJ_G0017036	Nfe2l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017037)	Copz2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017038)	Cdk5rap3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017039)	Prr15l (MGP_CAROLIEiJ_G0017040)	Pnpo (MGP_CAROLIEiJ_G0017041)	Sp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017042)	Sp6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017043)	MGP_CAROLIEiJ_G0017044	Lrrc46 (MGP_CAROLIEiJ_G0017045)	Mrpl10 (MGP_CAROLIEiJ_G0017046)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	MGP_PahariEiJ_G0018146	Gip (MGP_PahariEiJ_G0018147)	Snf8 (MGP_PahariEiJ_G0018148)	Ube2z (MGP_PahariEiJ_G0018149)	Atp5g1 (MGP_PahariEiJ_G0018150)	MGP_PahariEiJ_G0018151	Ttll6 (MGP_PahariEiJ_G0018152)	Hoxb13 (MGP_PahariEiJ_G0018153)	Hoxb9 (MGP_PahariEiJ_G0018154)	Hoxb8 (MGP_PahariEiJ_G0018155)	Hoxb7 (MGP_PahariEiJ_G0018156)	Hoxb6 (MGP_PahariEiJ_G0018157) #19	Hoxb5 (MGP_PahariEiJ_G0018158) #20	Hoxb4 (MGP_PahariEiJ_G0018159)	Hoxb3 (MGP_PahariEiJ_G0018160) #21	Hoxb2 (MGP_PahariEiJ_G0018161) #22	Hoxb1 (MGP_PahariEiJ_G0018162)	Skap1 (MGP_PahariEiJ_G0018163)	Snx11 (MGP_PahariEiJ_G0018164)	Cbx1 (MGP_PahariEiJ_G0018165)	MGP_PahariEiJ_G0018166	Nfe2l1 (MGP_PahariEiJ_G0018167)	Copz2 (MGP_PahariEiJ_G0018168)	Cdk5rap3 (MGP_PahariEiJ_G0018169)	Prr15l (MGP_PahariEiJ_G0018170)	Pnpo (MGP_PahariEiJ_G0018171)	Sp2 (MGP_PahariEiJ_G0018172)	Sp6 (MGP_PahariEiJ_G0018173)	Scrn2 (MGP_PahariEiJ_G0018174)	Lrrc46 (MGP_PahariEiJ_G0018175)	Mrpl10 (MGP_PahariEiJ_G0018176)
Rat	MODERN SPECIES	1	B4galnt2 (ENSRNOG00000067203)	Igf2bp1 (ENSRNOG00000006122)	Gip (ENSRNOG00000006306)	Snf8 (ENSRNOG00000006500)	Ube2z (ENSRNOG00000006868)	ENSRNOG00000066153	Ttll6 (ENSRNOG00000004939)	Hoxb13 (ENSRNOG00000007491)	Hoxb9 (ENSRNOG00000007573)	Hoxb8 (ENSRNOG00000007585)	Hoxb7 (ENSRNOG00000007611)	Hoxb6 (ENSRNOG00000007823) #19	Hoxb5 (ENSRNOG00000008010) #20	Hoxb4 (ENSRNOG00000008191)	Hoxb3 (ENSRNOG00000008313) #21	Hoxb2 (ENSRNOG00000008365) #22	Hoxb1 (ENSRNOG00000008506)	Skap1 (ENSRNOG00000023881)	Snx11 (ENSRNOG00000008642)	Cbx1 (ENSRNOG00000008689)	Nfe2l1 (ENSRNOG00000008830)	Copz2 (ENSRNOG00000009225)	Cdk5rap3 (ENSRNOG00000048747)	Prr15l (ENSRNOG00000049162)	Pnpo (ENSRNOG00000046493)	Sp2 (ENSRNOG00000010492)	Sp6 (ENSRNOG00000023551)	Scrn2 (ENSRNOG00000010214)	Lrrc46 (ENSRNOG00000009902)	Mrpl10 (ENSRNOG00000009567)	Osbpl7 (ENSRNOG00000009473)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1028	Igf2bp1 (ENSNGAG00000015679)	Gip (ENSNGAG00000020354)	Snf8 (ENSNGAG00000001366)	Ube2z (ENSNGAG00000024296)	ENSNGAG00000024212	ENSNGAG00000023585	Ttll6 (ENSNGAG00000011763)	Hoxb13 (ENSNGAG00000011053)	Hoxb9 (ENSNGAG00000010851)	Hoxb8 (ENSNGAG00000010647)	Hoxb7 (ENSNGAG00000010205)	Hoxb6 (ENSNGAG00000000973) #19	Hoxb5 (ENSNGAG00000023238) #20	Hoxb4 (ENSNGAG00000021768)	Hoxb3 (ENSNGAG00000020227) #21	Hoxb2 (ENSNGAG00000019089) #22	Hoxb1 (ENSNGAG00000018593)	Skap1 (ENSNGAG00000012571)	Snx11 (ENSNGAG00000010446)	Cbx1 (ENSNGAG00000006760)	Nfe2l1 (ENSNGAG00000000736)	Copz2 (ENSNGAG00000023713)	ENSNGAG00000000747	ENSNGAG00000022529	Prr15l (ENSNGAG00000021432)	Pnpo (ENSNGAG00000020016)	Sp2 (ENSNGAG00000017612)	Sp6 (ENSNGAG00000015868)	Scrn2 (ENSNGAG00000023806)	Lrrc46 (ENSNGAG00000022557)	Mrpl10 (ENSNGAG00000022195)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	56	B4galnt2 (ENSJJAG00000006322)	Igf2bp1 (ENSJJAG00000002687)	Gip (ENSJJAG00000010688)	Snf8 (ENSJJAG00000006012)	ENSJJAG00000003530	ENSJJAG00000010301	Ttll6 (ENSJJAG00000010253)	Hoxb13 (ENSJJAG00000010401)	Hoxb9 (ENSJJAG00000009821)	Hoxb8 (ENSJJAG00000002398)	Hoxb7 (ENSJJAG00000001284)	Hoxb6 (ENSJJAG00000000997) #19	Hoxb5 (ENSJJAG00000000763) #20	Hoxb4 (ENSJJAG00000002642)	Hoxb3 (ENSJJAG00000007804) #21	Hoxb2 (ENSJJAG00000009465) #22	Hoxb1 (ENSJJAG00000001073)	Skap1 (ENSJJAG00000003458)	ENSJJAG00000005754	ENSJJAG00000007753	Nfe2l1 (ENSJJAG00000006432)	Copz2 (ENSJJAG00000001025)	ENSJJAG00000002511	Prr15l (ENSJJAG00000006478)	Pnpo (ENSJJAG00000023608)	Sp2 (ENSJJAG00000003061)	Sp6 (ENSJJAG00000006452)	Scrn2 (ENSJJAG00000023635)	Lrrc46 (ENSJJAG00000010412)	Mrpl10 (ENSJJAG00000004046)	Osbpl7 (ENSJJAG00000004477)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	326	Gngt2 (ENSDORG00000023588)	Igf2bp1 (ENSDORG00000014371)	Snf8 (ENSDORG00000009262)	Ube2z (ENSDORG00000009258)	ENSDORG00000008511	ENSDORG00000028385	ENSDORG00000024585	Hoxb13 (ENSDORG00000008369)	Hoxb9 (ENSDORG00000027423)	Hoxb8 (ENSDORG00000007906)	Hoxb7 (ENSDORG00000007905)	Hoxb6 (ENSDORG00000023877) #19	Hoxb5 (ENSDORG00000007900) #20	Hoxb4 (ENSDORG00000007899)	Hoxb3 (ENSDORG00000007898) #21	Hoxb2 (ENSDORG00000007897) #22	Hoxb1 (ENSDORG00000007896)	Snx11 (ENSDORG00000029078)	Cbx1 (ENSDORG00000026399)	Nfe2l1 (ENSDORG00000000715)	Copz2 (ENSDORG00000013441)	Prr15l (ENSDORG00000027427)	Pnpo (ENSDORG00000014110)	Sp2 (ENSDORG00000014109)	Sp6 (ENSDORG00000026201)	Scrn2 (ENSDORG00000002361)	Osbpl7 (ENSDORG00000002354)	Tbx21 (ENSDORG00000013302)	Npepps (ENSDORG00000009627)	Socs7 (ENSDORG00000028979)	ENSDORG00000007713
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	ENSHGLG00000010703	SNF8 (ENSHGLG00000011519)	UBE2Z (ENSHGLG00000016280)	ATP5MC1 (ENSHGLG00000035460)	CALCOCO2 (ENSHGLG00000012114)	TTLL6 (ENSHGLG00000019187)	HOXB13 (ENSHGLG00000014634)	ENSHGLG00000048296	HOXB9 (ENSHGLG00000014731)	HOXB8 (ENSHGLG00000038380)	HOXB7 (ENSHGLG00000045318)	HOXB6 (ENSHGLG00000012400) #19	HOXB5 (ENSHGLG00000039265) #20	HOXB4 (ENSHGLG00000034075)	HOXB3 (ENSHGLG00000010686) #21	HOXB2 (ENSHGLG00000010090) #22	HOXB1 (ENSHGLG00000009781)	SKAP1 (ENSHGLG00000014563)	SNX11 (ENSHGLG00000016837)	CBX1 (ENSHGLG00000013574)	NFE2L1 (ENSHGLG00000012592)	COPZ2 (ENSHGLG00000018543)	CDK5RAP3 (ENSHGLG00000019464)	PRR15L (ENSHGLG00000014696)	PNPO (ENSHGLG00000013159)	SP2 (ENSHGLG00000009902)	SP6 (ENSHGLG00000021113)	SCRN2 (ENSHGLG00000041375)	LRRC46 (ENSHGLG00000035931)	MRPL10 (ENSHGLG00000048399)	OSBPL7 (ENSHGLG00000012525)
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Guinea pig	MODERN SPECIES	53	GNGT2 (ENSCPOG00000030054)	B4GALNT2 (ENSCPOG00000006191)	IGF2BP1 (ENSCPOG00000020174)	GIP (ENSCPOG00000023966)	SNF8 (ENSCPOG00000020610)	UBE2Z (ENSCPOG00000024416)	ENSCPOG00000009017	CALCOCO2 (ENSCPOG00000021273)	TTLL6 (ENSCPOG00000012509)	HOXB13 (ENSCPOG00000013509)	HOXB9 (ENSCPOG00000037597)	HOXB6 (ENSCPOG00000040707) #19	HOXB5 (ENSCPOG00000030746) #20	ENSCPOG00000010105	ENSCPOG00000010107 #21	HOXB2 (ENSCPOG00000035468) #22	HOXB1 (ENSCPOG00000022183)	SKAP1 (ENSCPOG00000022118)	SNX11 (ENSCPOG00000020234)	CBX1 (ENSCPOG00000034435)	NFE2L1 (ENSCPOG00000030805)	COPZ2 (ENSCPOG00000019500)	CDK5RAP3 (ENSCPOG00000007275)	PRR15L (ENSCPOG00000035567)	PNPO (ENSCPOG00000003187)	SP2 (ENSCPOG00000014943)	SP6 (ENSCPOG00000007638)	SCRN2 (ENSCPOG00000006929)	LRRC46 (ENSCPOG00000006925)	MRPL10 (ENSCPOG00000037104)	OSBPL7 (ENSCPOG00000006914)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	B4GALNT2 (ENSCLAG00000016224)	IGF2BP1 (ENSCLAG00000015853)	ENSCLAG00000014301	SNF8 (ENSCLAG00000013387)	UBE2Z (ENSCLAG00000016068)	ATP5MC1 (ENSCLAG00000015723)	CALCOCO2 (ENSCLAG00000015881)	TTLL6 (ENSCLAG00000013529)	HOXB13 (ENSCLAG00000014855)	ENSCLAG00000015198	HOXB7 (ENSCLAG00000014906)	HOXB6 (ENSCLAG00000015524) #19	HOXB5 (ENSCLAG00000014374) #20	HOXB4 (ENSCLAG00000014725)	HOXB3 (ENSCLAG00000015322) #21	HOXB2 (ENSCLAG00000015271) #22	HOXB1 (ENSCLAG00000013047)	SKAP1 (ENSCLAG00000015423)	SNX11 (ENSCLAG00000015837)	CBX1 (ENSCLAG00000013587)	NFE2L1 (ENSCLAG00000014836)	COPZ2 (ENSCLAG00000013544)	CDK5RAP3 (ENSCLAG00000012292)	PRR15L (ENSCLAG00000017903)	PNPO (ENSCLAG00000013871)	SP2 (ENSCLAG00000014115)	SP6 (ENSCLAG00000016276)	LRRC46 (ENSCLAG00000016713)	SCRN2 (ENSCLAG00000013965)	MRPL10 (ENSCLAG00000015400)	OSBPL7 (ENSCLAG00000014839)
Degu	MODERN SPECIES	97	B4GALNT2 (ENSODEG00000018456)	ENSODEG00000016991	ENSODEG00000017109	GIP (ENSODEG00000017003)	ENSODEG00000017032	UBE2Z (ENSODEG00000017306)	ATP5MC1 (ENSODEG00000017366)	TTLL6 (ENSODEG00000017145)	HOXB13 (ENSODEG00000017199)	HOXB9 (ENSODEG00000017293)	HOXB8 (ENSODEG00000017119)	HOXB6 (ENSODEG00000016988) #19	HOXB5 (ENSODEG00000017253) #20	HOXB4 (ENSODEG00000017038)	HOXB3 (ENSODEG00000017116) #21	HOXB2 (ENSODEG00000017153) #22	HOXB1 (ENSODEG00000017050)	SKAP1 (ENSODEG00000017533)	SNX11 (ENSODEG00000017458)	CBX1 (ENSODEG00000017272)	NFE2L1 (ENSODEG00000017348)	ENSODEG00000020421	COPZ2 (ENSODEG00000017565)	ENSODEG00000017229	PNPO (ENSODEG00000017424)	SP2 (ENSODEG00000017126)	SP6 (ENSODEG00000017625)	SCRN2 (ENSODEG00000017395)	LRRC46 (ENSODEG00000017367)	MRPL10 (ENSODEG00000017536)	OSBPL7 (ENSODEG00000017364)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #19	ENSGT00940000158354 #20	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774 #21	ENSGT00940000155029.c.b #22	ENSGT00940000159503	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000160113	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.a	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00390000000713	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219	ENSGT00940000159590	ENSGT00940000161498	ENSGT00390000013474.b.a	ENSGT00940000161315	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439
Squirrel	MODERN SPECIES	90	GIP (ENSSTOG00000004043)	SNF8 (ENSSTOG00000004023)	UBE2Z (ENSSTOG00000000796)	ATP5MC1 (ENSSTOG00000013404)	ENSSTOG00000013395	TTLL6 (ENSSTOG00000006016)	ENSSTOG00000025444	HOXB13 (ENSSTOG00000014942)	HOXB9 (ENSSTOG00000009741)	HOXB8 (ENSSTOG00000028337)	HOXB7 (ENSSTOG00000025657)	HOXB6 (ENSSTOG00000020303) #19	HOXB5 (ENSSTOG00000009740) #20	HOXB4 (ENSSTOG00000009734)	HOXB3 (ENSSTOG00000025093) #21	HOXB2 (ENSSTOG00000023586) #22	HOXB1 (ENSSTOG00000028630)	SKAP1 (ENSSTOG00000013692)	SNX11 (ENSSTOG00000013684)	CBX1 (ENSSTOG00000023986)	NFE2L1 (ENSSTOG00000013664)	ENSSTOG00000027550	CDK5RAP3 (ENSSTOG00000006244)	PRR15L (ENSSTOG00000006235)	PNPO (ENSSTOG00000006221)	SP2 (ENSSTOG00000015926)	SP6 (ENSSTOG00000001607)	SCRN2 (ENSSTOG00000027108)	LRRC46 (ENSSTOG00000002068)	MRPL10 (ENSSTOG00000024617)	OSBPL7 (ENSSTOG00000001636)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	46	IGF2BP1 (ENSUPAG00010006100)	GIP (ENSUPAG00010006136)	SNF8 (ENSUPAG00010006148)	UBE2Z (ENSUPAG00010006178)	ENSUPAG00010006195	CALCOCO2 (ENSUPAG00010006243)	TTLL6 (ENSUPAG00010006267)	HOXB13 (ENSUPAG00010006301)	HOXB9 (ENSUPAG00010006305)	HOXB8 (ENSUPAG00010006310)	HOXB7 (ENSUPAG00010006312)	HOXB6 (ENSUPAG00010006317) #19	HOXB5 (ENSUPAG00010006320) #20	HOXB4 (ENSUPAG00010006325)	HOXB3 (ENSUPAG00010006328) #21	HOXB2 (ENSUPAG00010006336) #22	HOXB1 (ENSUPAG00010006340)	SKAP1 (ENSUPAG00010006345)	SNX11 (ENSUPAG00010006370)	CBX1 (ENSUPAG00010006381)	NFE2L1 (ENSUPAG00010006396)	COPZ2 (ENSUPAG00010006455)	CDK5RAP3 (ENSUPAG00010006466)	PRR15L (ENSUPAG00010006473)	PNPO (ENSUPAG00010006483)	SP2 (ENSUPAG00010006507)	SP6 (ENSUPAG00010006522)	SCRN2 (ENSUPAG00010006526)	LRRC46 (ENSUPAG00010006533)	MRPL10 (ENSUPAG00010006539)	OSBPL7 (ENSUPAG00010006545)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	GIP (ENSSVLG00005020522)	SNF8 (ENSSVLG00005020472)	ENSSVLG00005020450	UBE2Z (ENSSVLG00005020428)	ATP5MC1 (ENSSVLG00005020344)	CALCOCO2 (ENSSVLG00005020296)	TTLL6 (ENSSVLG00005020005)	HOXB13 (ENSSVLG00005019820)	HOXB9 (ENSSVLG00005019725)	HOXB8 (ENSSVLG00005019675)	HOXB7 (ENSSVLG00005019618)	HOXB6 (ENSSVLG00005019586) #19	HOXB5 (ENSSVLG00005019546) #20	HOXB4 (ENSSVLG00005019455)	HOXB3 (ENSSVLG00005019421) #21	HOXB2 (ENSSVLG00005019378) #22	HOXB1 (ENSSVLG00005019304)	SKAP1 (ENSSVLG00005019232)	SNX11 (ENSSVLG00005019122)	CBX1 (ENSSVLG00005019034)	NFE2L1 (ENSSVLG00005018798)	COPZ2 (ENSSVLG00005018641)	CDK5RAP3 (ENSSVLG00005018459)	PRR15L (ENSSVLG00005018399)	PNPO (ENSSVLG00005018295)	ENSSVLG00005018218	SP6 (ENSSVLG00005018194)	SCRN2 (ENSSVLG00005018077)	LRRC46 (ENSSVLG00005018036)	MRPL10 (ENSSVLG00005017985)	OSBPL7 (ENSSVLG00005017757)
Tree shrew	MODERN SPECIES	88																HOXB2 (ENSTBEG00000015126) #22	SKAP1 (ENSTBEG00000015048)	SNX11 (ENSTBEG00000014960)	CBX1 (ENSTBEG00000014931)