Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000164045 ENSGT00390000003256 ENSGT00940000153766.A ENSGT00950000183100.B ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00940000157865 ENSGT00440000037341.a ENSGT00940000158843 ENSGT00940000155823.B ENSGT00500000044929 ENSGT00940000156126 ENSGT00940000153168.B ENSGT00510000047676 ENSGT00940000154902 #22 ENSGT00940000165200 ENSGT00390000008848 ENSGT00390000014512 ENSGT00950000183195.b.b ENSGT00390000015845 ENSGT00940000153968.a.b.a ENSGT00420000029824 ENSGT00940000154906.C.d ENSGT00940000160084 ENSGT01030000235112 ENSGT00940000154289.B ENSGT00940000154209.a.b ENSGT00940000156661 ENSGT00950000183122.A ENSGT00390000000747 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 96 ENSGT00940000164045 ENSGT00390000003256 ENSGT00940000153766.A ENSGT00950000183100.B ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00940000157865 ENSGT00440000037341.a ENSGT00940000158843 ENSGT00940000155823.B ENSGT00500000044929 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ENSGT00940000164006 #36 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155484.a #9 ENSGT00950000182928.A.a.b.b #10 ENSGT00530000063841.a ENSGT00940000165812 #11 ENSGT00950000183041.B.h #12 ENSGT00940000156228.o #13 ENSGT00940000158417.a #14 ENSGT00940000158062.f.b #15 ENSGT00940000156892.a #16 ENSGT01030000234788 #17 ENSGT00940000154617.A.a.b #18 ENSGT00390000015138 #19 ENSGT00390000008975 #20 ENSGT00390000007552 #21 ENSGT00940000165073.a.a ENSGT00940000154902 #22 ENSGT00940000159818 #23 ENSGT00940000175287 ENSGT00940000158335 #24 ENSGT00940000156656 #25 ENSGT00940000159460 #26 ENSGT00390000000610 #27 ENSGT00940000166590 #28 ENSGT00940000157994 #29 ENSGT00940000160294 ENSGT00940000159450 #30 ENSGT00940000162696.c.a #33 ENSGT00940000161394 #32 ENSGT00390000009327 ENSGT00390000016784 #35 ENSGT00940000164006 #36 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000155484.a #9 ENSGT00950000182928.A.a.b.b #10 ENSGT00530000063841.a ENSGT00940000165812 #11 ENSGT00950000183041.B.h #12 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#34 ENSGT00390000009327 ENSGT00390000016784 #35 ENSGT00940000164006 #36 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000155484.a #9 ENSGT00950000182928.A.a.b.b #10 ENSGT00530000063841.a ENSGT00940000165812 #11 ENSGT00950000183041.B.h #12 ENSGT00940000156228.o #13 ENSGT00940000158417.a #14 ENSGT00940000158062.f.b #15 ENSGT00940000156892.a #16 ENSGT01030000234788 #17 ENSGT00940000154617.A.a.b #18 ENSGT00390000015138 #19 ENSGT00390000008975 #20 ENSGT00390000007552 #21 ENSGT00940000165073.a.a ENSGT00940000154902 #22 ENSGT00940000159818 #23 ENSGT00940000158335 #24 ENSGT00940000156656 #25 ENSGT00940000159460 #26 ENSGT00390000000610 #27 ENSGT00940000166590 #28 ENSGT00940000157994 #29 ENSGT00940000160294 ENSGT00940000159450 #30 ENSGT00940000162696.c.a #33 ENSGT00940000161394 #32 ENSGT00940000163155.h #34 ENSGT00390000009327 ENSGT00390000016784 #35 ENSGT00940000164006 #36 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155484.a #9 ENSGT00950000182928.A.a.b.b #10 ENSGT00530000063841.a 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medaka MODERN SPECIES 3119 ENSOSIG00000009543 #22 Japanese Medaka HdrR DUPLICATION Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES cdc6 (ENSORLG00000000130) ENSORLG00000030207 ENSORLG00000025152 ENSORLG00000030263 ENSORLG00000030145 ENSORLG00000000122 MRPL21 (ENSORLG00000000120) zgc:77929 (ENSORLG00000000119) npepps (ENSORLG00000000111) mrpl45 (ENSORLG00000000106) ENSORLG00000025721 ENSORLG00000030230 ENSORLG00000027954 sp2 (ENSORLG00000000102) ENSORLG00000000094 ENSORLG00000000089 #22 mrpl4 (ENSORLG00000000085) ENSORLG00000000083 col9a1a (ENSORLG00000028143) ptp4a1 (ENSORLG00000000081) lgsn (ENSORLG00000000080) ENSORLG00000000078 myom2a (ENSORLG00000000075) HK1 (ENSORLG00000000069) ENSORLG00000026423 dla (ENSORLG00000027625) ENSORLG00000000064 ARHGAP19 (ENSORLG00000000062) ENSORLG00000000055 ENSORLG00000027690 ENSORLG00000027792 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 6 ENSORLG00000029783 ENSORLG00000020326 ENSORLG00000020295 ENSORLG00000024344 ENSORLG00000023128 ENSORLG00000029459 ENSORLG00000024925 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(ENSORLG00000003130) #21 AHNAK (ENSORLG00000028884) #22 klhl4 (ENSORLG00000003079) #23 PCDH11Y (ENSORLG00000003051) #24 ENSORLG00000030496 ENSORLG00000021952 TSC22D3 (ENSORLG00000025379) #25 MID2 (ENSORLG00000002994) #26 pmt (ENSORLG00000002980) #27 zgc:152774 (ENSORLG00000002973) #28 ENSORLG00000002966 #29 ENSORLG00000002925 #30 ENSORLG00000002917 #33 ENSORLG00000022743 #34 ENSORLG00000002911 #32 ENSORLG00000024657 pola2 (ENSORLG00000002903) #35 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155484.a #9 ENSGT00950000182928.A.a.b.b #10 ENSGT00530000063841.a ENSGT00940000165812 #11 ENSGT00950000183041.B.h #12 ENSGT00940000156228.o #13 ENSGT00940000158417.a #14 ENSGT00940000158062.f.b #15 ENSGT00940000156892.a #16 ENSGT01030000234788 #17 ENSGT00940000154617.A.a.b #18 ENSGT00390000015138 #19 ENSGT00390000008975 #20 ENSGT00390000007552 #21 ENSGT00940000165073.a.a ENSGT00940000154902 #22 ENSGT00940000159818 #23 ENSGT00940000158335 #24 ENSGT00940000156656 #25 ENSGT00940000159460 #26 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ENSGT00940000164006 #36 ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.b #37 ENSGT00940000155070.a.b.a ENSGT00940000161805 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1428 ENSNFUG00015016204 #22 Mangrove rivulus DUPLICATION Mangrove rivulus MODERN SPECIES 168 SEPTIN9 (ENSKMAG00000013474) ENSKMAG00000013418 ENSKMAG00000013346 ENSKMAG00000013314 znf207b (ENSKMAG00000013273) rhbdl3 (ENSKMAG00000013213) RHOT1 (ENSKMAG00000013102) ENSKMAG00000013053 tefm (ENSKMAG00000013028) ENSKMAG00000013011 socs7 (ENSKMAG00000012966) sp2 (ENSKMAG00000012908) ENSKMAG00000012832 ENSKMAG00000012788 #22 mrpl4 (ENSKMAG00000012769) ENSKMAG00000012724 ptp4a1 (ENSKMAG00000012677) lgsn (ENSKMAG00000012662) ENSKMAG00000012648 myom2a (ENSKMAG00000012595) hk1 (ENSKMAG00000012525) ENSKMAG00000012472 dla (ENSKMAG00000012416) ENSKMAG00000012396 ARHGAP19 (ENSKMAG00000012374) ENSKMAG00000012355 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 3 degs1 (ENSKMAG00000014382) fbxo28 (ENSKMAG00000014349) polr1c (ENSKMAG00000014305) zswim8 (ENSKMAG00000014137) NDST2 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ENSSSAG00000120680 ENSSSAG00000094621 ENSSSAG00000007744 myom2a (ENSSSAG00000119139) ENSSSAG00000083618 dla (ENSSSAG00000007717) RHOU (ENSSSAG00000007710) CCSAP (ENSSSAG00000007704) Salmoninae DUPLICATION Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 243 ENSGT00390000013448.a.a.b ENSGT00570000079239.f ENSGT00440000037341.a.z.a ENSGT00440000037341.a.y ENSGT00940000158843.g ENSGT00940000155823.B.f ENSGT00500000044929.c.a ENSGT00940000156126.b ENSGT00940000153168.B.b ENSGT00510000047676 ENSGT00940000154902.tb.a.a #22 ENSGT00940000165200.e ENSGT00390000017746.k ENSGT00940000157593.t ENSGT00700000104522.c ENSGT01030000234606.a.a.a.b.i ENSGT00940000161152.c ENSGT00940000155068.a.b.c ENSGT00510000048167.a ENSGT00940000154551.b.l.b ENSGT00940000154518.b.c ENSGT00940000156925.v.k.b ENSGT00940000158120.j ENSGT00940000158302.d.a.j.b ENSGT00940000167270.f ENSGT00740000115593.c Huchen MODERN SPECIES 245 degs1 (ENSHHUG00000047864) nvl (ENSHHUG00000047868) FAM98A (ENSHHUG00000047902) rasgrp3 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anxa6 (ENSOKIG00005038415) ENSOKIG00005040827 Rainbow trout MODERN SPECIES 23 ENSOMYG00000071989 sncb (ENSOMYG00000053227) ENSOMYG00000058589 ENSOMYG00000072172 ENSOMYG00000051680 ENSOMYG00000033550 ENSOMYG00000035573 ENSOMYG00000050988 tspan17 (ENSOMYG00000035548) ENSOMYG00000035579 dctn4 (ENSOMYG00000065333) ENSOMYG00000069580 polr2g (ENSOMYG00000035649) #20 eef1g (ENSOMYG00000035715) #21 ENSOMYG00000072753 ENSOMYG00000075133 #22 klhl4 (ENSOMYG00000075939) #23 ENSOMYG00000036109 #24 ENSOMYG00000059674 ENSOMYG00000072740 ENSOMYG00000060088 ENSOMYG00000050052 ENSOMYG00000073997 ENSOMYG00000062245 ENSOMYG00000058976 ENSOMYG00000063835 ENSOMYG00000070666 #25 ENSOMYG00000037572 #25 ENSOMYG00000050338 #26 ENSOMYG00000065547 ENSOMYG00000033703 #27 Huchen MODERN SPECIES 5148 ENSHHUG00000017936 ENSHHUG00000017930 #22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 583 ENSGT00390000008975.w #20 ENSGT00390000007552.r #21 ENSGT00940000165073.a.a.i.b ENSGT00940000154902.tb.b.a.b #22 ENSGT00970000197172 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#27 ENSGT00970000193390.c.a.a.b.b.a.a.b ENSGT00390000017153.b ENSGT00940000164978.a.f ENSGT00940000158770.e ENSGT00510000046908.a.a.a.i ENSGT00940000165034.f ENSGT00940000176927 ENSGT00940000153986.b.b ENSGT00940000157743.i ENSGT00530000063860.a.h Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 470 ENSGT00940000154902.tb.b.b #22 ENSGT00940000159818.g.a #23 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00910000144291 ENSGT00940000157197.e ENSGT00940000158553.b.b.f ENSGT00940000158553.b.b.e.a ENSGT01090000261123 ENSGT00950000183175.B.a ENSGT00940000166166.g.b ENSGT00940000155429.b.b ENSGT00950000183054.a.a.b.c.b ENSGT00390000006954.g ENSGT00390000006954.h ENSGT00950000183059.a ENSGT00390000008975.x #20 ENSGT00390000007552.r.b #21 ENSGT00940000165073.a.a.i.b.a ENSGT00940000154902.tb.b.b #22 ENSGT00940000159818.g.a #23 ENSGT00940000158335.k #24 ENSGT00940000156656.lb.b #25 ENSGT00940000159460.e.b #26 ENSGT00940000176927 ENSGT00940000157743.j ENSGT00940000155437.e ENSGT00530000063860.a.g ENSGT00940000164810.h.a 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ENSGT00940000155555.c.b ENSGT00940000159639.c ENSGT00940000155720.c.b.a ENSGT00390000010349.a.b.b River trout MODERN SPECIES 26 eif4eb (ENSSTUG00000038374) lingo2b (ENSSTUG00000038387) zgc:100846 (ENSSTUG00000038395) kiaa1109 (ENSSTUG00000038447) XKR6 (ENSSTUG00000038780) enpp4 (ENSSTUG00000038900) cdc5l (ENSSTUG00000038926) ENSSTUG00000039392 ENSSTUG00000039394 napba (ENSSTUG00000039410) MCM8 (ENSSTUG00000039950) crls1 (ENSSTUG00000040021) ENSSTUG00000040046 ENSSTUG00000040119 CDCA4 (ENSSTUG00000042266) ENSSTUG00000042277 #22 ENSSTUG00000042292 ENSSTUG00000042307 ENSSTUG00000042366 eif5 (ENSSTUG00000042464) mark3a (ENSSTUG00000042605) ckba (ENSSTUG00000043847) ENSSTUG00000043864 trmt61a (ENSSTUG00000043870) bag5 (ENSSTUG00000043899) coa8 (ENSSTUG00000043911) klc1a (ENSSTUG00000043936) ENSSTUG00000044923 brf1a (ENSSTUG00000044935) BTBD6 (ENSSTUG00000045054) ENSSTUG00000045078 Huchen MODERN SPECIES 77 ENSHHUG00000042893 enpp4 (ENSHHUG00000043005) CLIC5 (ENSHHUG00000043007) cdc5l 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ENSELUG00000032851 ckb (ENSELUG00000000464) trmt61a (ENSELUG00000012611) ENSELUG00000030755 bag5 (ENSELUG00000024943) apopt1 (ENSELUG00000012568) klc1a (ENSELUG00000012511) zfyve21 (ENSELUG00000012406) brf1a (ENSELUG00000012342) BTBD6 (ENSELUG00000012265) ENSELUG00000012210 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000153899.a.a ENSGT01030000235165 ENSGT00940000153322.B.d.a ENSGT00390000017284.b ENSGT00940000167363 ENSGT00940000158869 ENSGT00940000164810 ENSGT00530000063860.a ENSGT00940000155437 ENSGT00940000157743 ENSGT00940000153986.b.b ENSGT00950000183059.a ENSGT00390000008975 #20 ENSGT00390000007552 #21 ENSGT00940000165073.a.a ENSGT00940000154902 #22 ENSGT00940000159818 #23 ENSGT00940000158335 #24 ENSGT00940000156656 #25 ENSGT00940000159460 #26 ENSGT00940000165959 ENSGT00510000047029 ENSGT00940000157427.j ENSGT00940000156381 ENSGT00940000153404.a ENSGT00390000010669 ENSGT00940000166874 ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a.e ENSGT00710000106792 ENSGT00940000156123.b.b ENSGT00940000159580 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 192 ENSGT01030000235165 ENSGT00940000153322.B.d.a ENSGT00390000017284.b ENSGT00940000167363 ENSGT00940000158869 ENSGT00940000164810 ENSGT00530000063860.a ENSGT00940000155437 ENSGT00940000157743 ENSGT00940000153986.b.b ENSGT00950000183059.a ENSGT00390000008975 #20 ENSGT00390000007552 #21 ENSGT00940000165073.a.a ENSGT00940000154902 #22 ENSGT00940000159818 #23 ENSGT00940000158335 #24 ENSGT00940000156656 #25 ENSGT00940000159460 #26 ENSGT00940000165959 ENSGT00510000047029 ENSGT00940000157427.j ENSGT00940000156381 ENSGT00940000153404.a ENSGT00390000010669 ENSGT00940000166874 ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a.e ENSGT00710000106792 ENSGT00940000156123.b.b ENSGT00940000159580 Atlantic herring MODERN SPECIES 12 ENSCHAG00000002357 ENSCHAG00000002321 ENSCHAG00000002265 ENSCHAG00000002243 neurog1 (ENSCHAG00000002230) ARAP3 (ENSCHAG00000001152) ENSCHAG00000000554 tgfbi (ENSCHAG00000023860) smad5 (ENSCHAG00000023838) syvn1 (ENSCHAG00000023821) gpr137 (ENSCHAG00000023814) 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#26 ENSGT00940000165959 ENSGT00510000047029 ENSGT00940000157427.j ENSGT00940000156381 ENSGT00940000153404.a ENSGT00940000166874 ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a.e ENSGT00390000008104 ENSGT00510000048574 ENSGT00940000166453.b ENSGT01000000214440.C Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157712 ENSGT00940000159747.eb.b ENSGT00940000159747.eb.a ENSGT00940000158355 ENSGT00950000183059.a ENSGT00940000153986.b.b ENSGT00940000157743 ENSGT00940000155437.ib.b ENSGT00530000063860.a ENSGT00940000164810 ENSGT00940000158869 ENSGT00940000167363 ENSGT00390000008975 #20 ENSGT00390000007552 #21 ENSGT00940000165073.a.a ENSGT00940000154902 #22 ENSGT00940000159818 #23 ENSGT00940000158335 #24 ENSGT00940000156656 #25 ENSGT00940000159460 #26 ENSGT00940000165959 ENSGT00510000047029 ENSGT00940000157427.j ENSGT00940000156381 ENSGT00940000153404.a ENSGT00940000166874 ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a.e ENSGT00390000007135 ENSGT00940000164327.b ENSGT01030000234566.e.b.a.b.c.a ENSGT00940000161394 #32 Zebrafish MODERN SPECIES 2 ENSDARG00000115384 ENSDARG00000116818 ENSDARG00000116455 ENSDARG00000112443 ENSDARG00000110460 ENSDARG00000070812 krt95 (ENSDARG00000014356) ENSDARG00000022334 npepps (ENSDARG00000044943) mrpl45 (ENSDARG00000044942) ENSDARG00000102310 socs7 (ENSDARG00000077018) sp2 (ENSDARG00000076763) zgc:64002 (ENSDARG00000086998) ENSDARG00000077988 ENSDARG00000102146 #22 WIPF2 (ENSDARG00000045298) ENSDARG00000058663 ENSDARG00000056838 cdc6 (ENSDARG00000009942) jupa (ENSDARG00000070787) ENSDARG00000074508 krt99 (ENSDARG00000019365) krt15 (ENSDARG00000036840) krt98 (ENSDARG00000044973) krt94 (ENSDARG00000044975) krt93 (ENSDARG00000044976) ENSDARG00000112873 ENSDARG00000088552 ENSDARG00000094335 ENSDARG00000116521 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00940000153986.b.b.a ENSGT00940000157743.p ENSGT00940000155437.ib.b ENSGT00530000063860.a.j ENSGT00940000164810.b ENSGT00940000158869.o.b ENSGT00940000167363.a ENSGT00530000063860.a.i ENSGT00940000164810.a ENSGT00940000158869.o.a 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