Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.n ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000166736 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00940000170286 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.n ##22 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000160428 ENSGT00550000075041 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.n ##22 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.b ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.b.d #19 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.b.c #18 ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 84 ENSGT00390000004339.e.a #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00390000004339.e.a #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00390000004339.e.a #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00390000004339.e.a #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT00390000004339.e.a #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00390000004339.e.a #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00390000004339.e.a #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 Beluga whale MODERN SPECIES 19 DNLZ (ENSDLEG00000019697) #7 GPSM1 (ENSDLEG00000019707) #8 ENSDLEG00000000142 #9 QSOX2 (ENSDLEG00000000181) #10 LHX3 (ENSDLEG00000000268) #11 TMEM250 (ENSDLEG00000000366) #12 NACC2 (ENSDLEG00000000381) #13 UBAC1 (ENSDLEG00000000420) #14 CAMSAP1 (ENSDLEG00000000466) #15 KCNT1 (ENSDLEG00000001178) #16 ENSDLEG00000003306 #17 PAEP (ENSDLEG00000003315) #18 ENSDLEG00000003325 #19 SURF6 (ENSDLEG00000003331) #20 MED22 (ENSDLEG00000003336) #21 RPL7A (ENSDLEG00000003348) #22 SURF1 (ENSDLEG00000003370) #23 ENSDLEG00000003378 #24 SURF4 (ENSDLEG00000003390) #25 STKLD1 (ENSDLEG00000003398) #26 REXO4 (ENSDLEG00000003409) #27 ENSDLEG00000003420 #28 ENSDLEG00000003507 #29 CACFD1 (ENSDLEG00000003629) #30 SLC2A6 (ENSDLEG00000003650) #31 MYMK (ENSDLEG00000003677) #32 ENSDLEG00000003687 #33 FAM163B (ENSDLEG00000003690) #34 DBH (ENSDLEG00000003721) #35 SARDH (ENSDLEG00000003809) #36 VAV2 (ENSDLEG00000004207) #37 Blue whale MODERN SPECIES 17 QSOX2 (ENSBMSG00010005791) #10 LHX3 (ENSBMSG00010005757) #11 NACC2 (ENSBMSG00010005731) #13 UBAC1 (ENSBMSG00010005712) #14 CAMSAP1 (ENSBMSG00010005670) #15 KCNT1 (ENSBMSG00010005085) #16 ENSBMSG00010004933 #17 ENSBMSG00010004929 ##19 ENSBMSG00010004919 ##19 GLT6D1 (ENSBMSG00010004903) ENSBMSG00010004895 #18 ENSBMSG00010004853 #19 ENSBMSG00010004815 SURF6 (ENSBMSG00010004805) #20 MED22 (ENSBMSG00010004800) ##21 RPL7A (ENSBMSG00010004777) #22 SURF1 (ENSBMSG00010004767) #23 SURF2 (ENSBMSG00010004758) #24 SURF4 (ENSBMSG00010004748) #25 STKLD1 (ENSBMSG00010004727) #26 REXO4 (ENSBMSG00010004713) #27 ENSBMSG00010004701 #29 ENSBMSG00010004693 CACFD1 (ENSBMSG00010004685) #30 SLC2A6 (ENSBMSG00010004654) #31 MYMK (ENSBMSG00010004632) #32 ADAMTSL2 (ENSBMSG00010004607) #33 FAM163B (ENSBMSG00010004588) #34 DBH (ENSBMSG00010004568) #35 SARDH (ENSBMSG00010004514) #36 VAV2 (ENSBMSG00010004367) #37 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Yarkand deer MODERN SPECIES 28 MTMR4 (ENSCHYG00000017458) ENSCHYG00000018090 TEX14 (ENSCHYG00000019472) ENSCHYG00000020119 RAD51C (ENSCHYG00000020230) PPM1E (ENSCHYG00000020517) ENSCHYG00000020667 TRIM37 (ENSCHYG00000020755) ENSCHYG00000021645 SKA2 (ENSCHYG00000021682) SMG8 (ENSCHYG00000000079) ENSCHYG00000000124 ENSCHYG00000000162 ENSCHYG00000000189 DHX40 (ENSCHYG00000000218) ENSCHYG00000000301 #22 CLTC (ENSCHYG00000000331) ENSCHYG00000000393 PTRH2 (ENSCHYG00000000401) VMP1 (ENSCHYG00000000409) TUBD1 (ENSCHYG00000000462) RPS6KB1 (ENSCHYG00000000572) RNFT1 (ENSCHYG00000000823) MED13 (ENSCHYG00000000865) INTS2 (ENSCHYG00000000949) BRIP1 (ENSCHYG00000001042) TBX4 (ENSCHYG00000001113) BCAS3 (ENSCHYG00000001231) ENSCHYG00000001424 PPM1D (ENSCHYG00000001443) APPBP2 (ENSCHYG00000001468) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 225 ENSMMSG00000001531 WDR36 (ENSMMSG00000001488) ENSMMSG00000001469 SLC25A46 (ENSMMSG00000001425) ENSMMSG00000001388 MAN2A1 (ENSMMSG00000001351) PJA2 (ENSMMSG00000001324) FER (ENSMMSG00000001272) ENSMMSG00000001245 #22 FBXL17 (ENSMMSG00000001183) EFNA5 (ENSMMSG00000001141) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 4 ENSOARG00020021476 RAB18 (ENSOARG00020021246) ENSOARG00020021206 MKX (ENSOARG00020021159) ENSOARG00020021134 ARMC4 (ENSOARG00020020913) MPP7 (ENSOARG00020020800) ENSOARG00020020767 ENSOARG00020020742 WAC (ENSOARG00020020370) BAMBI (ENSOARG00020020313) ENSOARG00020020264 MAP3K8 (ENSOARG00020020195) MTPAP (ENSOARG00020020144) JCAD (ENSOARG00020020123) ENSOARG00020020101 #22 SVIL (ENSOARG00020018385) ZEB1 (ENSOARG00020017442) ARHGAP12 (ENSOARG00020015348) ENSOARG00020015209 KIF5B (ENSOARG00020014964) ENSOARG00020014851 EPC1 (ENSOARG00020014149) NSUN6 (ENSOARG00020013758) ENSOARG00020013702 CACNB2 (ENSOARG00020006219) SLC39A12 (ENSOARG00020005721) ENSOARG00020005707 STAM (ENSOARG00020005528) HACD1 (ENSOARG00020005459) ST8SIA6 (ENSOARG00020005407) Goat MODERN SPECIES 23 COG5 (ENSCHIG00000025416) GPR22 (ENSCHIG00000010247) HBP1 (ENSCHIG00000024405) PRKAR2B (ENSCHIG00000025667) PIK3CG (ENSCHIG00000010589) CCDC71L (ENSCHIG00000008047) NAMPT (ENSCHIG00000013574) ENSCHIG00000011071 SYPL1 (ENSCHIG00000006812) CDHR3 (ENSCHIG00000018239) ATXN7L1 (ENSCHIG00000016671) ENSCHIG00000009454 RINT1 (ENSCHIG00000010078) PUS7 (ENSCHIG00000021531) SRPK2 (ENSCHIG00000023372) ENSCHIG00000017505 #22 KMT2E (ENSCHIG00000024475) ENSCHIG00000009888 ENSCHIG00000017227 ENSCHIG00000025671 ORC5 (ENSCHIG00000016864) RELN (ENSCHIG00000016204) ENSCHIG00000014617 SLC26A5 (ENSCHIG00000023772) PSMC2 (ENSCHIG00000015309) DNAJC2 (ENSCHIG00000021376) PMPCB (ENSCHIG00000018035) NAPEPLD (ENSCHIG00000024375) ARMC10 (ENSCHIG00000019474) FBXL13 (ENSCHIG00000005856) LRRC17 (ENSCHIG00000020461) Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Arabian camel MODERN SPECIES 204 DDX3X (ENSCDRG00005020330) NYX (ENSCDRG00005020391) CASK (ENSCDRG00005020425) GPR34 (ENSCDRG00005020516) GPR82 (ENSCDRG00005020521) ENSCDRG00005020530 MAOA (ENSCDRG00005020544) MAOB (ENSCDRG00005020569) NDP (ENSCDRG00005020582) EFHC2 (ENSCDRG00005020588) ENSCDRG00005020594 FUNDC1 (ENSCDRG00005020600) ENSCDRG00005020602 KDM6A (ENSCDRG00005020633) DIPK2B (ENSCDRG00005020807) ENSCDRG00005020818 #22 ENSCDRG00005020827 ENSCDRG00005020859 SLC9A7 (ENSCDRG00005020882) RP2 (ENSCDRG00005020995) JADE3 (ENSCDRG00005020999) RGN (ENSCDRG00005008042) ENSCDRG00005008112 RBM10 (ENSCDRG00005008222) UBA1 (ENSCDRG00005008450) CDK16 (ENSCDRG00005009201) USP11 (ENSCDRG00005010058) ENSCDRG00005015734 ZNF41 (ENSCDRG00005015786) ARAF (ENSCDRG00005015814) SYN1 (ENSCDRG00005015880) Suina ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000014818 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 Chacoan peccary MODERN SPECIES 7 SLC45A2 (ENSCWAG00000000739) RXFP3 (ENSCWAG00000000719) ADAMTS12 (ENSCWAG00000000649) TARS1 (ENSCWAG00000000587) NPR3 (ENSCWAG00000000551) SUB1 (ENSCWAG00000000538) ZFR (ENSCWAG00000000487) MTMR12 (ENSCWAG00000000239) ENSCWAG00000000166 ENSCWAG00000000142 ENSCWAG00000000090 ENSCWAG00000015411 C5orf22 (ENSCWAG00000015377) DROSHA (ENSCWAG00000014864) CDH6 (ENSCWAG00000014802) ENSCWAG00000014766 #22 CDH9 (ENSCWAG00000014600) CDH10 (ENSCWAG00000014498) ENSCWAG00000014481 Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES BARHL1 (ENSSSCG00000005730) DDX31 (ENSSSCG00000005729) GTF3C4 (ENSSSCG00000005731) AK8 (ENSSSCG00000039188) SPACA9 (ENSSSCG00000022250) TSC1 (ENSSSCG00000046003) GFI1B (ENSSSCG00000005737) ENSSSCG00000032110 CEL (ENSSSCG00000028671) RALGDS 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ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.b.b.b.a ##19 ENSGT01050000244868.a.a.b.b.b.b ##19 ENSGT01050000244868.a.a.b.b.a.b ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a.m ENSGT00950000182858.A.a.a.n ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.n ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 leopard MODERN SPECIES 9 GLCCI1 (ENSPPRG00000010852) UMAD1 (ENSPPRG00000011362) RPA3 (ENSPPRG00000011518) MIOS (ENSPPRG00000012147) COL28A1 (ENSPPRG00000013113) C1GALT1 (ENSPPRG00000014040) ASNS (ENSPPRG00000018642) TAC1 (ENSPPRG00000019181) ENSPPRG00000020877 SDHAF3 (ENSPPRG00000023385) DLX5 (ENSPPRG00000023013) DLX6 (ENSPPRG00000022762) ENSPPRG00000015965 SEM1 (ENSPPRG00000000502) SLC25A13 (ENSPPRG00000001937) ENSPPRG00000002150 #22 DYNC1I1 (ENSPPRG00000006550) PDK4 (ENSPPRG00000006772) ASB4 (ENSPPRG00000007721) PON2 (ENSPPRG00000008699) PON3 (ENSPPRG00000009646) PON1 (ENSPPRG00000009771) PPP1R9A (ENSPPRG00000020457) ENSPPRG00000000292 SGCE (ENSPPRG00000002186) CASD1 (ENSPPRG00000002948) COL1A2 (ENSPPRG00000007258) BET1 (ENSPPRG00000007981) GNG11 (ENSPPRG00000008116) GNGT1 (ENSPPRG00000008508) TFPI2 (ENSPPRG00000008666) Caniformia ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000000656 #17 ENSGT00940000173695 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.a.a.a ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.B.a.c ENSGT00850000133605 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.b.c #18 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.b.d #19 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.a ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a.m ENSGT00950000182858.A.a.a.n ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.n ##22 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000014818.o.b ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 Canidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000014658 #14 ENSGT00950000182975.a.a.b #15 ENSGT00940000156880 #16 ENSGT00390000000656 #17 ENSGT00940000173695 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.a.a.a ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.B.a.c ENSGT00850000133605 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.b.c #18 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a.m ENSGT00950000182858.A.a.a.n ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000014818.o.b ENSGT00940000153294.m.b.w ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159244 #13 ENSGT00390000014658 #14 ENSGT00950000182975.a.a.b #15 ENSGT00940000156880 #16 ENSGT00390000000656 #17 ENSGT00940000173695 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.a.a.a ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.B.a.c ENSGT00850000133605 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.b.c #18 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a.m ENSGT00390000006980.g #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00390000014818.o.b ENSGT00940000153294.m.b.w ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 Dog MODERN SPECIES 25 ENSCAFG00845023892 ENSCAFG00845023741 TSPAN5 (ENSCAFG00845023493) ENSCAFG00845023076 STPG2 (ENSCAFG00845022552) UNC5C (ENSCAFG00845022086) BMPR1B (ENSCAFG00845021570) PDLIM5 (ENSCAFG00845020888) HPGDS (ENSCAFG00845020740) SMARCAD1 (ENSCAFG00845020527) ATOH1 (ENSCAFG00845020445) ENSCAFG00845020406 GRID2 (ENSCAFG00845020151) ENSCAFG00845020051 CCSER1 (ENSCAFG00845019822) ENSCAFG00845019768 #22 MMRN1 (ENSCAFG00845019689) SNCA (ENSCAFG00845019506) ENSCAFG00845019370 ENSCAFG00845019332 GPRIN3 (ENSCAFG00845019318) ENSCAFG00845019296 TIGD2 (ENSCAFG00845019271) FAM13A (ENSCAFG00845018414) NAP1L5 (ENSCAFG00845018141) HERC3 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(ENSVVUG00000027237) #17 ENSVVUG00000027244 ##19 ENSVVUG00000027250 ##19 ENSVVUG00000027256 ENSVVUG00000027261 #18 ENSVVUG00000027266 #19 ENSVVUG00000027268 LCN1 (ENSVVUG00000027273) ##19 ABO (ENSVVUG00000027281) ENSVVUG00000027283 SURF6 (ENSVVUG00000027289) #20 MED22 (ENSVVUG00000027291) #21 ENSVVUG00000027293 #22 SURF1 (ENSVVUG00000027318) #23 SURF2 (ENSVVUG00000027329) #24 SURF4 (ENSVVUG00000027330) #25 STKLD1 (ENSVVUG00000027333) #26 REXO4 (ENSVVUG00000027337) #27 ADAMTS13 (ENSVVUG00000027342) #29 CACFD1 (ENSVVUG00000027429) #30 SLC2A6 (ENSVVUG00000027433) #31 MYMK (ENSVVUG00000027436) #32 ADAMTSL2 (ENSVVUG00000027440) #33 FAM163B (ENSVVUG00000027454) #34 DBH (ENSVVUG00000027455) #35 SARDH (ENSVVUG00000027460) #36 VAV2 (ENSVVUG00000027474) #37 BRD3 (ENSVVUG00000027497) Red fox MODERN SPECIES 27 CCSER1 (ENSVVUG00000007605) ENSVVUG00000007663 #22 MMRN1 (ENSVVUG00000007677) SNCA (ENSVVUG00000007697) ENSVVUG00000007712 ENSVVUG00000007725 GPRIN3 (ENSVVUG00000007735) ENSVVUG00000007738 TIGD2 (ENSVVUG00000007747) FAM13A (ENSVVUG00000007768) HERC3 (ENSVVUG00000007845) NAP1L5 (ENSVVUG00000007916) ENSVVUG00000007920 ENSVVUG00000007923 HERC5 (ENSVVUG00000007941) HERC6 (ENSVVUG00000008207) PPM1K (ENSVVUG00000008232) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Polar bear MODERN SPECIES 117 COX7A2 (ENSUMAG00000013642) COL12A1 (ENSUMAG00000012583) CD109 (ENSUMAG00000012341) SLC17A5 (ENSUMAG00000012317) ENSUMAG00000012312 MTO1 (ENSUMAG00000012307) ENSUMAG00000012301 ENSUMAG00000012291 OOEP (ENSUMAG00000012283) KHDC3L (ENSUMAG00000012278) DPPA5 (ENSUMAG00000012276) ENSUMAG00000012267 ENSUMAG00000012265 ENSUMAG00000012262 RIMS1 (ENSUMAG00000011970) ENSUMAG00000011923 #22 ENSUMAG00000011919 OGFRL1 (ENSUMAG00000011900) SMAP1 (ENSUMAG00000011886) SDHAF4 (ENSUMAG00000011880) FAM135A (ENSUMAG00000011293) ENSUMAG00000011261 LMBRD1 (ENSUMAG00000010942) ENSUMAG00000010904 ENSUMAG00000010900 ENSUMAG00000010892 ENSUMAG00000010884 PHF3 (ENSUMAG00000010700) PTP4A1 (ENSUMAG00000010680) LGSN (ENSUMAG00000010664) ENSUMAG00000010659 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a #22 Ferret DUPLICATION Ferret MODERN SPECIES 170 RAB12 (ENSMPUG00000004836) ENSMPUG00000004833 ENSMPUG00000004794 MTCL1 (ENSMPUG00000004784) NDUFV2 (ENSMPUG00000004710) ANKRD12 (ENSMPUG00000004696) TWSG1 (ENSMPUG00000004674) RALBP1 (ENSMPUG00000004662) PPP4R1 (ENSMPUG00000004641) RAB31 (ENSMPUG00000004630) ENSMPUG00000004625 VAPA (ENSMPUG00000004616) APCDD1 (ENSMPUG00000004609) NAPG (ENSMPUG00000004599) PIEZO2 (ENSMPUG00000004574) ENSMPUG00000004561 #22 GNAL (ENSMPUG00000004545) MPPE1 (ENSMPUG00000004533) IMPA2 (ENSMPUG00000004520) CIDEA (ENSMPUG00000004512) TUBB6 (ENSMPUG00000004505) AFG3L2 (ENSMPUG00000004490) PRELID3A (ENSMPUG00000004452) SPIRE1 (ENSMPUG00000004443) CEP76 (ENSMPUG00000004435) PSMG2 (ENSMPUG00000004387) PTPN2 (ENSMPUG00000004378) SEH1L (ENSMPUG00000004371) CEP192 (ENSMPUG00000004343) LDLRAD4 (ENSMPUG00000004333) FAM210A (ENSMPUG00000004324) Ferret MODERN SPECIES 176 TMEM44 (ENSMPUG00000003726) ATP13A3 (ENSMPUG00000003671) GP5 (ENSMPUG00000003662) LRRC15 (ENSMPUG00000018888) CPN2 (ENSMPUG00000018885) HES1 (ENSMPUG00000003643) OPA1 (ENSMPUG00000003627) ATP13A4 (ENSMPUG00000003595) ATP13A5 (ENSMPUG00000003578) PLAAT1 (ENSMPUG00000003572) MB21D2 (ENSMPUG00000003566) ENSMPUG00000018878 FGF12 (ENSMPUG00000003559) ENSMPUG00000003555 CCDC50 (ENSMPUG00000003543) ENSMPUG00000003503 #22 OSTN (ENSMPUG00000003495) ENSMPUG00000003491 IL1RAP (ENSMPUG00000003482) TMEM207 (ENSMPUG00000003478) CLDN16 (ENSMPUG00000003460) CLDN1 (ENSMPUG00000003456) P3H2 (ENSMPUG00000003446) TP63 (ENSMPUG00000003438) ENSMPUG00000003435 TPRG1 (ENSMPUG00000003430) LPP (ENSMPUG00000003425) ENSMPUG00000003420 BCL6 (ENSMPUG00000003415) RTP2 (ENSMPUG00000003405) SST (ENSMPUG00000003389) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 647 ENSGT00940000153294.m.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 Hedgehog MODERN SPECIES 4464 RPL7A (ENSEEUG00000000203) #22 SURF1 (ENSEEUG00000000207) #23 SURF2 (ENSEEUG00000000212) #24 ENSEEUG00000000221 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00850000133605 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.b #19 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000154667.a #8 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 Glires ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000154667.a #8 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000154667.a #8 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 Murinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 Mus ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 11 Card9 (MGP_CAROLIEiJ_G0023312) Snapc4 (MGP_CAROLIEiJ_G0023313) Entr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0023314) Pmpca (MGP_CAROLIEiJ_G0023315) Inpp5e (MGP_CAROLIEiJ_G0023316) Sec16a (MGP_CAROLIEiJ_G0023317) Notch1 (MGP_CAROLIEiJ_G0023318) Egfl7 (MGP_CAROLIEiJ_G0023319) MGP_CAROLIEiJ_G0023320 Agpat2 (MGP_CAROLIEiJ_G0023321) Dipk1b (MGP_CAROLIEiJ_G0023322) Lcn4 (MGP_CAROLIEiJ_G0023323) ##19 Abo (MGP_CAROLIEiJ_G0023324) Surf6 (MGP_CAROLIEiJ_G0023325) #20 Med22 (MGP_CAROLIEiJ_G0023326) #21 Rpl7a (MGP_CAROLIEiJ_G0023327) #22 Surf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0023328) #23 Surf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0023329) #24 Surf4 (MGP_CAROLIEiJ_G0023330) #25 Stkld1 (MGP_CAROLIEiJ_G0023331) #26 MGP_CAROLIEiJ_G0023332 #27 Adamts13 (MGP_CAROLIEiJ_G0023333) #29 Cacfd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0023334) #30 Slc2a6 (MGP_CAROLIEiJ_G0023335) #31 Mymk (MGP_CAROLIEiJ_G0023336) #32 Adamtsl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0023337) #33 Fam163b (MGP_CAROLIEiJ_G0023338) #34 Dbh (MGP_CAROLIEiJ_G0023339) #35 Sardh (MGP_CAROLIEiJ_G0023340) #36 Vav2 (MGP_CAROLIEiJ_G0023341) #37 Brd3 (MGP_CAROLIEiJ_G0023342) Mus_B ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607.e #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 Mouse MODERN SPECIES 11 Dnlz (ENSMUSG00000075467) #7 Card9 (ENSMUSG00000026928) Snapc4 (ENSMUSG00000036281) Entr1 (ENSMUSG00000026927) Pmpca (ENSMUSG00000026926) Inpp5e (ENSMUSG00000026925) Sec16a (ENSMUSG00000026924) Notch1 (ENSMUSG00000026923) Egfl7 (ENSMUSG00000026921) Agpat2 (ENSMUSG00000026922) Dipk1b (ENSMUSG00000036186) Lcn4 (ENSMUSG00000026919) ##19 Abo (ENSMUSG00000015787) Surf6 (ENSMUSG00000036160) #20 Med22 (ENSMUSG00000015776) #21 Rpl7a (ENSMUSG00000062647) #22 Surf1 (ENSMUSG00000015790) #23 Surf2 (ENSMUSG00000014873) #24 Surf4 (ENSMUSG00000014867) #25 Stkld1 (ENSMUSG00000049897) #26 Rexo4 (ENSMUSG00000052406) #27 Adamts13 (ENSMUSG00000014852) #29 Cacfd1 (ENSMUSG00000015488) #30 Slc2a6 (ENSMUSG00000036067) #31 Gm13398 (ENSMUSG00000087364) Mymk (ENSMUSG00000009214) #32 Adamtsl2 (ENSMUSG00000036040) #33 Fam163b (ENSMUSG00000009216) #34 Dbh (ENSMUSG00000000889) #35 Sardh (ENSMUSG00000009614) #36 Vav2 (ENSMUSG00000009621) #37 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607.e #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 ENSGT00940000153385.b.a.a Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3038 Surf6 (ENSMSIG00000019134) #20 Med22 (ENSMSIG00000019178) #21 ENSMSIG00000019201 #22 Surf1 (ENSMSIG00000019244) #23 Surf2 (ENSMSIG00000019274) #24 Surf4 (ENSMSIG00000019301) #25 Stkld1 (ENSMSIG00000019317) #26 Rexo4 (ENSMSIG00000019342) #27 Adamts13 (ENSMSIG00000019355) #29 Slc2a6 (ENSMSIG00000019487) #31 Mymk (ENSMSIG00000019546) #32 Adamtsl2 (ENSMSIG00000019588) #33 Fam163b (ENSMSIG00000019629) #34 Dbh (ENSMSIG00000019654) #35 Sardh (ENSMSIG00000019693) #36 Vav2 (ENSMSIG00000019732) #37 Brd3 (ENSMSIG00000019895) Wdr5 (ENSMSIG00000019932) Steppe mouse MODERN SPECIES 3109 ENSMSIG00000025603 ENSMSIG00000025679 ENSMSIG00000025698 #22 Pcdh7 (ENSMSIG00000025700) spretus MODERN SPECIES 11 Card9 (MGP_SPRETEiJ_G0024229) Snapc4 (MGP_SPRETEiJ_G0024230) Entr1 (MGP_SPRETEiJ_G0024231) Pmpca (MGP_SPRETEiJ_G0024232) Inpp5e (MGP_SPRETEiJ_G0024233) Sec16a (MGP_SPRETEiJ_G0024234) Notch1 (MGP_SPRETEiJ_G0024235) Egfl7 (MGP_SPRETEiJ_G0024236) MGP_SPRETEiJ_G0024237 MGP_SPRETEiJ_G0024238 Dipk1b (MGP_SPRETEiJ_G0024239) Lcn4 (MGP_SPRETEiJ_G0024240) ##19 Abo (MGP_SPRETEiJ_G0024241) Surf6 (MGP_SPRETEiJ_G0024242) #20 Med22 (MGP_SPRETEiJ_G0024243) #21 Rpl7a (MGP_SPRETEiJ_G0024244) #22 Surf1 (MGP_SPRETEiJ_G0024245) #23 Surf2 (MGP_SPRETEiJ_G0024246) #24 Surf4 (MGP_SPRETEiJ_G0024247) #25 Stkld1 (MGP_SPRETEiJ_G0024248) #26 MGP_SPRETEiJ_G0024249 #27 Adamts13 (MGP_SPRETEiJ_G0024250) #29 Cacfd1 (MGP_SPRETEiJ_G0024251) #30 Slc2a6 (MGP_SPRETEiJ_G0024252) #31 Mymk (MGP_SPRETEiJ_G0024253) #32 Adamtsl2 (MGP_SPRETEiJ_G0024254) #33 Fam163b (MGP_SPRETEiJ_G0024255) #34 Dbh (MGP_SPRETEiJ_G0024256) #35 Sardh (MGP_SPRETEiJ_G0024257) #36 Vav2 (MGP_SPRETEiJ_G0024258) #37 Brd3 (MGP_SPRETEiJ_G0024259) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Golden Hamster MODERN SPECIES 736 Ppp3ca (ENSMAUG00000012231) ENSMAUG00000017864 Bank1 (ENSMAUG00000015303) Slc39a8 (ENSMAUG00000015194) Nfkb1 (ENSMAUG00000017915) Manba (ENSMAUG00000018036) Ube2d3 (ENSMAUG00000008002) Cisd2 (ENSMAUG00000018110) ENSMAUG00000018374 Slc9b1 (ENSMAUG00000000272) Slc9b2 (ENSMAUG00000000640) Bdh2 (ENSMAUG00000002880) Cenpe (ENSMAUG00000009004) Tacr3 (ENSMAUG00000004511) Cxxc4 (ENSMAUG00000007790) ENSMAUG00000016150 #22 Tet2 (ENSMAUG00000009273) Ppa2 (ENSMAUG00000011715) Arhgef38 (ENSMAUG00000000124) ENSMAUG00000015392 Gstcd (ENSMAUG00000012628) Npnt (ENSMAUG00000007621) Tbck (ENSMAUG00000014349) ENSMAUG00000018723 Gimd1 (ENSMAUG00000019274) Dkk2 (ENSMAUG00000000149) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 57 FAM241A (ENSODEG00000011489) ENSODEG00000019979 PITX2 (ENSODEG00000010082) ENSODEG00000010195 ENSODEG00000011196 ENSODEG00000009818 ENSODEG00000010355 LRIT3 (ENSODEG00000014302) RRH (ENSODEG00000010773) GAR1 (ENSODEG00000011083) CFI (ENSODEG00000010069) ENSODEG00000011603 CASP6 (ENSODEG00000010252) MCUB (ENSODEG00000010641) SEC24B (ENSODEG00000011940) ENSODEG00000019962 #22 ENSODEG00000011204 COL25A1 (ENSODEG00000011565) ETNPPL (ENSODEG00000011007) OSTC (ENSODEG00000011874) ENSODEG00000012716 ENSODEG00000019987 LEF1 (ENSODEG00000010436) HADH (ENSODEG00000011168) CYP2U1 (ENSODEG00000010344) SGMS2 (ENSODEG00000010387) PAPSS1 (ENSODEG00000012464) DKK2 (ENSODEG00000013005) GIMD1 (ENSODEG00000011081) ENSODEG00000010617 ENSODEG00000011791 Degu MODERN SPECIES 178 ASTN2 (ENSODEG00000004514) TRIM32 (ENSODEG00000004805) TLR4 (ENSODEG00000004825) ENSODEG00000004845 BRINP1 (ENSODEG00000004869) ENSODEG00000019092 #22 ENSODEG00000004888 MEGF9 (ENSODEG00000002350) ENSODEG00000002402 PSMD5 (ENSODEG00000002717) ENSODEG00000002750 PHF19 (ENSODEG00000002818) TRAF1 (ENSODEG00000002897) ENSODEG00000003068 ENSODEG00000003083 ENSODEG00000003105 ENSODEG00000003131 ENSODEG00000001878 ENSODEG00000001909 ENSODEG00000001951 RAB14 (ENSODEG00000002013) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Tarsier MODERN SPECIES 6695 MED22 (ENSTSYG00000005458) #21 RPL7A (ENSTSYG00000005467) #22 SURF1 (ENSTSYG00000030961) #23 SURF2 (ENSTSYG00000028568) #24 SURF4 (ENSTSYG00000003687) #25 STKLD1 (ENSTSYG00000035804) #26 REXO4 (ENSTSYG00000027492) #27 ADAMTS13 (ENSTSYG00000025904) #29 CACFD1 (ENSTSYG00000025459) #30 SLC2A6 (ENSTSYG00000035226) #31 MYMK (ENSTSYG00000026409) #32 ADAMTSL2 (ENSTSYG00000029031) #33 FAM163B (ENSTSYG00000030139) #34 DBH (ENSTSYG00000030149) #35 SARDH (ENSTSYG00000000865) #36 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a.e.a #22 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 286 NCF1 (ENSANAG00000036351) ENSANAG00000032621 RCC1L (ENSANAG00000037463) CASTOR2 (ENSANAG00000036952) AUTS2 (ENSANAG00000037515) GALNT17 (ENSANAG00000028781) CALN1 (ENSANAG00000036563) ENSANAG00000037907 ENSANAG00000037051 ENSANAG00000037501 TMEM248 (ENSANAG00000037972) RABGEF1 (ENSANAG00000037696) ENSANAG00000025794 VKORC1L1 (ENSANAG00000029402) GUSB (ENSANAG00000038082) ENSANAG00000016752 #22 CRCP (ENSANAG00000032466) TPST1 (ENSANAG00000030983) ENSANAG00000029742 ENSANAG00000037573 ENSANAG00000034561 ENSANAG00000037164 ENSANAG00000030302 NIPSNAP2 (ENSANAG00000028277) PSPH (ENSANAG00000034046) CCT6A (ENSANAG00000023339) SUMF2 (ENSANAG00000022277) PHKG1 (ENSANAG00000031084) ENSANAG00000033157 ENSANAG00000030289 SEPTIN14 (ENSANAG00000036051) Mas night monkey MODERN SPECIES 902 CAB39L (ENSANAG00000024473) CDADC1 (ENSANAG00000024556) MLNR (ENSANAG00000037292) FNDC3A (ENSANAG00000029046) CYSLTR2 (ENSANAG00000024658) ENSANAG00000013536 RCBTB2 (ENSANAG00000023045) ENSANAG00000031593 RB1 (ENSANAG00000022056) LPAR6 (ENSANAG00000016578) ENSANAG00000011241 #22 ITM2B (ENSANAG00000029180) ENSANAG00000026714 ENSANAG00000027167 NUDT15 (ENSANAG00000023666) ENSANAG00000025311 ENSANAG00000028654 ENSANAG00000029501 HTR2A (ENSANAG00000032310) ENSANAG00000033549 LRCH1 (ENSANAG00000032605) ENSANAG00000021038 RUBCNL (ENSANAG00000025520) LRRC63 (ENSANAG00000029208) LCP1 (ENSANAG00000028550) CPB2 (ENSANAG00000024089) Mas night monkey MODERN SPECIES 309 ENSANAG00000009168 EIF5A2 (ENSANAG00000020961) SLC2A2 (ENSANAG00000032556) TNIK (ENSANAG00000030180) PLD1 (ENSANAG00000027126) ENSANAG00000021644 TMEM212 (ENSANAG00000022568) FNDC3B (ENSANAG00000030044) GHSR (ENSANAG00000020011) TNFSF10 (ENSANAG00000030305) NCEH1 (ENSANAG00000011252) ECT2 (ENSANAG00000030197) SPATA16 (ENSANAG00000025131) NLGN1 (ENSANAG00000008187) ENSANAG00000021108 ENSANAG00000002410 #22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a.e.a #22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a.e.a #22 Capuchin DUPLICATION Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 162 PPP4R1 (ENSCCAG00000023335) ENSCCAG00000037472 RALBP1 (ENSCCAG00000023709) TWSG1 (ENSCCAG00000015677) ANKRD12 (ENSCCAG00000027145) NDUFV2 (ENSCCAG00000025556) ENSCCAG00000032300 #22 MTCL1 (ENSCCAG00000034435) RAB12 (ENSCCAG00000022862) PTPRM (ENSCCAG00000030484) LRRC30 (ENSCCAG00000032058) LAMA1 (ENSCCAG00000024596) ARHGAP28 (ENSCCAG00000020308) L3MBTL4 (ENSCCAG00000022099) ENSCCAG00000037663 EPB41L3 (ENSCCAG00000009201) ENSCCAG00000035725 AKAIN1 (ENSCCAG00000026295) Capuchin MODERN SPECIES 38 BTG2 (ENSCCAG00000021623) FMOD (ENSCCAG00000024613) PRELP (ENSCCAG00000025891) OPTC (ENSCCAG00000033174) ATP2B4 (ENSCCAG00000027026) LAX1 (ENSCCAG00000000404) ZBED6 (ENSCCAG00000019665) ENSCCAG00000023466 ENSCCAG00000036323 SNRPE (ENSCCAG00000020762) SOX13 (ENSCCAG00000030362) ETNK2 (ENSCCAG00000018349) REN (ENSCCAG00000022988) ENSCCAG00000036523 PLEKHA6 (ENSCCAG00000035972) ENSCCAG00000016957 #22 ENSCCAG00000034479 ENSCCAG00000020348 PPP1R15B (ENSCCAG00000023930) PIK3C2B (ENSCCAG00000025647) ENSCCAG00000031000 ENSCCAG00000036368 LRRN2 (ENSCCAG00000011141) ENSCCAG00000031530 NFASC (ENSCCAG00000030860) CNTN2 (ENSCCAG00000034308) RBBP5 (ENSCCAG00000020690) DSTYK (ENSCCAG00000029780) TMCC2 (ENSCCAG00000021393) NUAK2 (ENSCCAG00000019631) KLHDC8A (ENSCCAG00000033611) Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 686 ENSCCAG00000031266 #22 Capuchin MODERN SPECIES 57 ENSCCAG00000030051 SCYGR2 (ENSCCAG00000026033) AGFG1 (ENSCCAG00000023417) ENSCCAG00000034889 SCYGR1 (ENSCCAG00000023586) TM4SF20 (ENSCCAG00000021870) MFF (ENSCCAG00000022226) COL4A3 (ENSCCAG00000037014) COL4A4 (ENSCCAG00000022574) RHBDD1 (ENSCCAG00000024670) NYAP2 (ENSCCAG00000029882) DOCK10 (ENSCCAG00000035037) CCDC195 (ENSCCAG00000035815) CUL3 (ENSCCAG00000027321) FAM124B (ENSCCAG00000023822) ENSCCAG00000004166 #22 SERPINE2 (ENSCCAG00000028898) MRPL44 (ENSCCAG00000035165) WDFY1 (ENSCCAG00000024205) AP1S3 (ENSCCAG00000021901) KCNE4 (ENSCCAG00000021872) ACSL3 (ENSCCAG00000035070) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000014476 ENSGT00940000160428 ENSGT00550000075041 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a.e.b #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123.xd.b #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 ENSGT01030000235088 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000160428 ENSGT00550000075041 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00940000153294.m.a.c.a.e.b #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123.xd.b #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 ENSGT01030000235088 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000155816.b ENSGT00940000159393 ENSGT00940000159775 ENSGT00390000016547 ENSGT00940000158449 ENSGT00890000139463.b.b.b ENSGT00940000156320 ENSGT00940000155291 ENSGT00940000157548 ENSGT00950000183120.e.b.a.b ENSGT00940000159174 ENSGT00940000162130 ENSGT00940000163699 ENSGT00940000157298 ENSGT00530000064292 ENSGT00940000153294.m.a.c.a.e.b #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 ENSGT00940000156423 ENSGT00940000154827 ENSGT00940000160196 ENSGT00910000147465 ENSGT00940000157778 ENSGT00950000182895.a.a.a.a.b.k.w.b.a ENSGT00940000153402.d ENSGT00390000013339 ENSGT00390000007731 ENSGT00940000162425 ENSGT00940000153372.A.e.a.a ENSGT00390000013620 ENSGT01030000234601.c.b.a Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 78 METTL9 (ENSSBOG00000019938) CDR2 (ENSSBOG00000017515) POLR3E (ENSSBOG00000034476) EEF2K (ENSSBOG00000031730) SDR42E2 (ENSSBOG00000033852) VWA3A (ENSSBOG00000031744) ENSSBOG00000021739 PDZD9 (ENSSBOG00000029567) ENSSBOG00000020131 ENSSBOG00000023019 ENSSBOG00000023424 CRYM (ENSSBOG00000019009) ANKS4B (ENSSBOG00000034265) ZP2 (ENSSBOG00000035893) LDAF1 (ENSSBOG00000028979) ENSSBOG00000020391 #22 DNAH3 (ENSSBOG00000027950) LYRM1 (ENSSBOG00000034352) DCUN1D3 (ENSSBOG00000025261) REXO5 (ENSSBOG00000029650) ERI2 (ENSSBOG00000000052) ACSM3 (ENSSBOG00000034541) THUMPD1 (ENSSBOG00000034246) 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squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 67 ADCY6 (ENSSBOG00000027625) TEX49 (ENSSBOG00000031888) CCNT1 (ENSSBOG00000025980) KANSL2 (ENSSBOG00000021002) ENSSBOG00000025003 LALBA (ENSSBOG00000033801) C12orf54 (ENSSBOG00000027705) ENSSBOG00000031633 ZNF641 (ENSSBOG00000031895) ENSSBOG00000026398 ENSSBOG00000022530 CPM (ENSSBOG00000030586) ENSSBOG00000024835 CPSF6 (ENSSBOG00000010652) ENSSBOG00000014619 #22 LYZ (ENSSBOG00000009999) ENSSBOG00000034002 FRS2 (ENSSBOG00000021639) CCT2 (ENSSBOG00000035092) BEST3 (ENSSBOG00000022085) RAB3IP (ENSSBOG00000028522) MYRFL (ENSSBOG00000025354) CNOT2 (ENSSBOG00000026423) KCNMB4 (ENSSBOG00000033502) PTPRB (ENSSBOG00000033915) PTPRR (ENSSBOG00000030410) ENSSBOG00000027225 TSPAN8 (ENSSBOG00000034444) LGR5 (ENSSBOG00000021612) ZFC3H1 (ENSSBOG00000032676) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 51 BMP3 (ENSSBOG00000034127) CFAP299 (ENSSBOG00000020874) FGF5 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(ENSCJAG00000084530) ANKRD13A (ENSCJAG00000009560) GIT2 (ENSCJAG00000009631) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Gibbon MODERN SPECIES 13 DPPA2 (ENSNLEG00000004020) DPPA4 (ENSNLEG00000004030) ENSNLEG00000033612 ENSNLEG00000004045 NECTIN3 (ENSNLEG00000004049) ZBED2 (ENSNLEG00000031824) CD96 (ENSNLEG00000004063) PHLDB2 (ENSNLEG00000004093) ABHD10 (ENSNLEG00000032524) TAGLN3 (ENSNLEG00000029148) TMPRSS7 (ENSNLEG00000004193) ENSNLEG00000004210 GCSAM (ENSNLEG00000032500) SLC9C1 (ENSNLEG00000004233) CD200 (ENSNLEG00000028309) ENSNLEG00000032777 #22 ENSNLEG00000031410 BTLA (ENSNLEG00000028065) ENSNLEG00000033602 ENSNLEG00000004302 SLC35A5 (ENSNLEG00000027874) CCDC80 (ENSNLEG00000004375) CD200R1 (ENSNLEG00000004401) GTPBP8 (ENSNLEG00000004407) NEPRO (ENSNLEG00000028945) BOC (ENSNLEG00000004455) CFAP44 (ENSNLEG00000004487) SPICE1 (ENSNLEG00000004564) SIDT1 (ENSNLEG00000004593) ENSNLEG00000034262 USF3 (ENSNLEG00000004615) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 Vervet Monkey DUPLICATION Vervet Monkey MODERN SPECIES 21 FANCI (ENSCSAG00000017169) RLBP1 (ENSCSAG00000017173) ABHD2 (ENSCSAG00000017178) MFGE8 (ENSCSAG00000017181) HAPLN3 (ENSCSAG00000017182) ENSCSAG00000017184 ENSCSAG00000017186 ISG20 (ENSCSAG00000017194) AEN (ENSCSAG00000017196) DET1 (ENSCSAG00000017198) MRPS11 (ENSCSAG00000017199) MRPL46 (ENSCSAG00000017201) NTRK3 (ENSCSAG00000017205) AGBL1 (ENSCSAG00000017210) KLHL25 (ENSCSAG00000000368) ENSCSAG00000000369 #22 AKAP13 (ENSCSAG00000017226) ENSCSAG00000017231 ZSCAN2 (ENSCSAG00000017237) WDR73 (ENSCSAG00000017238) NMB (ENSCSAG00000017240) SEC11A (ENSCSAG00000017241) ZNF592 (ENSCSAG00000017243) ALPK3 (ENSCSAG00000017246) SLC28A1 (ENSCSAG00000017257) PDE8A (ENSCSAG00000017271) ENSCSAG00000017277 ENSCSAG00000017280 CPEB1 (ENSCSAG00000017282) AP3B2 (ENSCSAG00000017286) FSD2 (ENSCSAG00000017289) Vervet Monkey MODERN SPECIES 4 ENSCSAG00000017264 ENSCSAG00000017261 ENSCSAG00000017258 ENSCSAG00000017254 ENSCSAG00000017253 RAET1E (ENSCSAG00000017250) LRP11 (ENSCSAG00000017247) PCMT1 (ENSCSAG00000017244) NUP43 (ENSCSAG00000017234) LATS1 (ENSCSAG00000017228) KATNA1 (ENSCSAG00000017225) GINM1 (ENSCSAG00000017223) PPIL4 (ENSCSAG00000017219) ZC3H12D (ENSCSAG00000017217) TAB2 (ENSCSAG00000017214) ENSCSAG00000017207 #22 UST (ENSCSAG00000017203) SASH1 (ENSCSAG00000017197) SAMD5 (ENSCSAG00000000190) STXBP5 (ENSCSAG00000017192) ADGB (ENSCSAG00000017175) ENSCSAG00000017145 ENSCSAG00000017140 ENSCSAG00000017129 SHPRH (ENSCSAG00000017126) FBXO30 (ENSCSAG00000017120) EPM2A (ENSCSAG00000017119) ENSCSAG00000000189 UTRN (ENSCSAG00000017106) STX11 (ENSCSAG00000000188) SF3B5 (ENSCSAG00000000187) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00850000133605 ENSGT01050000244868.a.a.a.b.b #19 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b ##19 ENSGT01050000244868.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 ENSGT01030000235088 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 ENSGT00940000153385.b.a.a Tree shrew MODERN SPECIES 2393 RPL7A (ENSTBEG00000008595) #22 MED22 (ENSTBEG00000000920) #21 SURF1 (ENSTBEG00000001205) #23 ENSTBEG00000002156 #24 SURF4 (ENSTBEG00000002959) #25 ENSTBEG00000003367 ENSTBEG00000004466 #29 Glires ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 ENSGT00940000153385.b.a.a Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Pika MODERN SPECIES 5608 RPL7A (ENSOPRG00000005726) #22 Rabbit MODERN SPECIES 473 ENSOCUG00000037091 ENSOCUG00000037026 ENSOCUG00000026761 ENSOCUG00000029177 ENSOCUG00000017014 ENSOCUG00000027911 ENSOCUG00000038941 ENSOCUG00000004760 ENSOCUG00000029529 ENSOCUG00000036317 ARL4A (ENSOCUG00000000108) ENSOCUG00000023854 ENSOCUG00000023576 ENSOCUG00000029686 ENSOCUG00000000307 ENSOCUG00000007825 #22 ENSOCUG00000039255 ENSOCUG00000013157 BRD3 (ENSOCUG00000005097) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000065015 #9 ENSGT00940000154667.a #8 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000065015 #9 ENSGT00940000154667.a #8 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Guinea pig MODERN SPECIES 18 ENSCPOG00000035077 #9 GPSM1 (ENSCPOG00000027604) #8 DNLZ (ENSCPOG00000022063) #7 CARD9 (ENSCPOG00000015152) SNAPC4 (ENSCPOG00000006211) ENTR1 (ENSCPOG00000007252) PMPCA (ENSCPOG00000007258) INPP5E (ENSCPOG00000009596) SEC16A (ENSCPOG00000013586) NOTCH1 (ENSCPOG00000012958) ENSCPOG00000033928 AGPAT2 (ENSCPOG00000019769) DIPK1B (ENSCPOG00000025816) SURF6 (ENSCPOG00000030454) #20 MED22 (ENSCPOG00000001326) #21 RPL7A (ENSCPOG00000032895) #22 SURF1 (ENSCPOG00000001328) #23 SURF2 (ENSCPOG00000037286) #24 SURF4 (ENSCPOG00000035717) #25 STKLD1 (ENSCPOG00000021170) #26 REXO4 (ENSCPOG00000001386) #27 ADAMTS13 (ENSCPOG00000010285) #29 CACFD1 (ENSCPOG00000033970) #30 SLC2A6 (ENSCPOG00000011691) #31 MYMK (ENSCPOG00000021725) #32 ADAMTSL2 (ENSCPOG00000008139) #33 FAM163B (ENSCPOG00000035078) #34 DBH (ENSCPOG00000024518) #35 SARDH (ENSCPOG00000012251) #36 VAV2 (ENSCPOG00000000086) #37 ENSCPOG00000037823 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 43 ENSODEG00000016919 ENSODEG00000016623 ENSODEG00000016643 ENSODEG00000020344 ENSODEG00000016557 CAPN3 (ENSODEG00000017103) ENSODEG00000017288 GANC (ENSODEG00000016815) TMEM87A (ENSODEG00000016556) VPS39 (ENSODEG00000016980) PLA2G4F (ENSODEG00000016568) EHD4 (ENSODEG00000016665) JMJD7 (ENSODEG00000016738) ENSODEG00000016967 MGA (ENSODEG00000017016) ENSODEG00000020390 #22 ENSODEG00000020489 ENSODEG00000017041 ITPKA (ENSODEG00000016760) RTF1 (ENSODEG00000016921) CHP1 (ENSODEG00000016900) ENSODEG00000020443 ENSODEG00000017132 INO80 (ENSODEG00000016734) ENSODEG00000020409 CHAC1 (ENSODEG00000017045) DLL4 (ENSODEG00000017129) VPS18 (ENSODEG00000017271) ENSODEG00000016940 RHOV (ENSODEG00000017121) SPINT1 (ENSODEG00000017254) Degu MODERN SPECIES 54 ENSODEG00000006083 DNAJC3 (ENSODEG00000006169) DZIP1 (ENSODEG00000004942) ENSODEG00000005054 ABCC4 (ENSODEG00000005168) SOX21 (ENSODEG00000019452) GPR180 (ENSODEG00000007113) TGDS (ENSODEG00000005158) DCT (ENSODEG00000005228) GPC6 (ENSODEG00000005614) ENSODEG00000004646 #22 ENSODEG00000004771 ENSODEG00000004500 SLITRK5 (ENSODEG00000019086) ENSODEG00000019180 ENSODEG00000019443 SLITRK6 (ENSODEG00000007665) ENSODEG00000007865 ENSODEG00000019492 SLITRK1 (ENSODEG00000019121) ENSODEG00000019094 ENSODEG00000004945 SPRY2 (ENSODEG00000005276) NDFIP2 (ENSODEG00000005509) RBM26 (ENSODEG00000004663) OBI1 (ENSODEG00000005579) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 13 ENSSVLG00005003412 ENSSVLG00005003392 PCDH9 (ENSSVLG00005003324) ENSSVLG00005003304 ENSSVLG00005003295 ENSSVLG00005003280 ENSSVLG00005003268 ENSSVLG00005003249 ENSSVLG00005003235 ENSSVLG00005003218 TDRD3 (ENSSVLG00005003165) ENSSVLG00005003137 ENSSVLG00005003113 ENSSVLG00005003096 KLHL1 (ENSSVLG00005003019) ENSSVLG00005002970 #22 DACH1 (ENSSVLG00005002829) ENSSVLG00005002762 ENSSVLG00005002737 BORA (ENSSVLG00005002693) ENSSVLG00005002668 DIS3 (ENSSVLG00005002586) PIBF1 (ENSSVLG00005002538) KLF5 (ENSSVLG00005002517) KLF12 (ENSSVLG00005002485) TBC1D4 (ENSSVLG00005002276) ENSSVLG00005002138 COMMD6 (ENSSVLG00005002122) ENSSVLG00005002091 LMO7 (ENSSVLG00005001917) KCTD12 (ENSSVLG00005001791) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 265 ENSUPAG00010004229 VWC2L (ENSUPAG00010004248) BARD1 (ENSUPAG00010004260) ENSUPAG00010004290 ABCA12 (ENSUPAG00010004294) ATIC (ENSUPAG00010004349) FN1 (ENSUPAG00010004397) MREG (ENSUPAG00010005248) PECR (ENSUPAG00010005257) TMEM169 (ENSUPAG00010005270) XRCC5 (ENSUPAG00010005275) MARCHF4 (ENSUPAG00010005287) ENSUPAG00010005289 #22 SMARCAL1 (ENSUPAG00010005292) RPL37A (ENSUPAG00010005317) Alpin marmot MODERN SPECIES 31 GABRP (ENSMMMG00000010504) KCNIP1 (ENSMMMG00000010524) ENSMMMG00000010588 KCNMB1 (ENSMMMG00000010599) LCP2 (ENSMMMG00000010608) C5orf58 (ENSMMMG00000010701) FOXI1 (ENSMMMG00000010708) DOCK2 (ENSMMMG00000010732) INSYN2B (ENSMMMG00000010818) SPDL1 (ENSMMMG00000010830) SLIT3 (ENSMMMG00000010861) ENSMMMG00000010921 RARS1 (ENSMMMG00000010943) WWC1 (ENSMMMG00000011450) TENM2 (ENSMMMG00000012441) ENSMMMG00000012514 #22 MAT2B (ENSMMMG00000012522) HMMR (ENSMMMG00000012544) ENSMMMG00000012622 NUDCD2 (ENSMMMG00000012628) CCNG1 (ENSMMMG00000012636) GABRG2 (ENSMMMG00000012646) GABRA1 (ENSMMMG00000012690) GABRA6 (ENSMMMG00000012710) GABRB2 (ENSMMMG00000012737) ATP10B (ENSMMMG00000012800) ENSMMMG00000012834 ENSMMMG00000012841 C1QTNF2 (ENSMMMG00000012860) CCNJL (ENSMMMG00000012864) FABP6 (ENSMMMG00000012902) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154667.a #8 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000008220 #7 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 53 Gtf3c4 (ENSJJAG00000017992) Ak8 (ENSJJAG00000002840) Spaca9 (ENSJJAG00000000472) Tsc1 (ENSJJAG00000021403) Gfi1b (ENSJJAG00000016355) Gtf3c5 (ENSJJAG00000024195) Cel (ENSJJAG00000022364) Ralgds (ENSJJAG00000000521) Gbgt1 (ENSJJAG00000023443) ENSJJAG00000017040 Abo (ENSJJAG00000018846) ENSJJAG00000015760 ENSJJAG00000019000 Surf6 (ENSJJAG00000016287) #20 Med22 (ENSJJAG00000009802) #21 Rpl7a (ENSJJAG00000021747) #22 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ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 ENSGT01020000230782 Upper Galilee mountains blind mole rat DUPLICATION Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1249 Surf6 (ENSNGAG00000015358) #20 Med22 (ENSNGAG00000016629) #21 ENSNGAG00000018013 #22 Surf1 (ENSNGAG00000010694) #23 Surf2 (ENSNGAG00000013897) #24 Surf4 (ENSNGAG00000000231) #25 Stkld1 (ENSNGAG00000004625) #26 Rexo4 (ENSNGAG00000010700) #27 Adamts13 (ENSNGAG00000006298) #29 Cacfd1 (ENSNGAG00000016762) #30 Slc2a6 (ENSNGAG00000002630) #31 Mymk (ENSNGAG00000010978) #32 ENSNGAG00000004227 #33 Fam163b (ENSNGAG00000019126) #34 Dbh (ENSNGAG00000021288) #35 Sardh (ENSNGAG00000010560) #36 Vav2 (ENSNGAG00000016873) #37 Brd3 (ENSNGAG00000013052) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1148 ENSNGAG00000017875 ENSNGAG00000020002 #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ##19 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 ENSGT00940000159718 #37 ENSGT01020000230782 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Rat MODERN SPECIES 17 Gm6569 (ENSRNOG00000065138) Mroh5 (ENSRNOG00000032827) Ptp4a3 (ENSRNOG00000007628) Slc45a4 (ENSRNOG00000007818) Dennd3 (ENSRNOG00000010794) RGD1564268 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Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 2727 Ascc3 (ENSMSIG00000031949) ENSMSIG00000031947 Sim1 (ENSMSIG00000031945) ENSMSIG00000031943 #22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3314 Coch (ENSMSIG00000003151) Strn3 (ENSMSIG00000003232) Ap4s1 (ENSMSIG00000003653) Hectd1 (ENSMSIG00000003683) ENSMSIG00000003791 Heatr5a (ENSMSIG00000003804) Dtd2 (ENSMSIG00000003964) Gpr33 (ENSMSIG00000003989) Nubpl (ENSMSIG00000004004) Arhgap5 (ENSMSIG00000004050) Akap6 (ENSMSIG00000004164) Npas3 (ENSMSIG00000004473) ENSMSIG00000004706 ENSMSIG00000004720 Egln3 (ENSMSIG00000004731) ENSMSIG00000004766 #22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3078 Eln (ENSMSIG00000017355) Limk1 (ENSMSIG00000017536) ENSMSIG00000017688 Lat2 (ENSMSIG00000017724) Rfc2 (ENSMSIG00000017808) ENSMSIG00000017829 #22 Syna (ENSMSIG00000017841) Clip2 (ENSMSIG00000017848) ENSMSIG00000017890 Gtf2ird1 (ENSMSIG00000017905) Gtf2i (ENSMSIG00000018304) Ncf1 (ENSMSIG00000019838) Gtf2ird2 (ENSMSIG00000019862) Rcc1l (ENSMSIG00000019888) 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#37 Brd3os (ENSPEMG00000003927) Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 2 ENSPEMG00000024636 Or6y1 (ENSPEMG00000005776) ENSPEMG00000027517 ENSPEMG00000024888 Or10z1 (ENSPEMG00000006013) Spta1 (ENSPEMG00000022812) Or6k2 (ENSPEMG00000007620) Or6k8-ps1 (ENSPEMG00000030969) Or6k4 (ENSPEMG00000006930) Or6k6 (ENSPEMG00000006375) Or6k14 (ENSPEMG00000025902) Or6n1 (ENSPEMG00000025007) Or6n2 (ENSPEMG00000003303) Or10aa3 (ENSPEMG00000025482) Or10aa1 (ENSPEMG00000029871) ENSPEMG00000026137 #22 ENSPEMG00000021482 ENSPEMG00000009093 ENSPEMG00000028701 ENSPEMG00000005047 ENSPEMG00000017606 Cadm3 (ENSPEMG00000003579) Ackr1 (ENSPEMG00000017601) ENSPEMG00000013567 Or10j2 (ENSPEMG00000001739) Fcer1a (ENSPEMG00000016296) Or10j3b (ENSPEMG00000024812) Or10j3 (ENSPEMG00000029514) ENSPEMG00000014050 ENSPEMG00000002551 Or10j5 (ENSPEMG00000001889) Northern American deer mouse MODERN SPECIES P2ry2 (ENSPEMG00000031410) P2ry6 (ENSPEMG00000021012) Arhgef17 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ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Mouse lemur MODERN SPECIES 2 NOM1 (ENSMICG00000017531) LMBR1 (ENSMICG00000015471) ENSMICG00000044577 RNF32 (ENSMICG00000015458) SHH (ENSMICG00000027721) RBM33 (ENSMICG00000037987) ENSMICG00000028627 EN2 (ENSMICG00000036243) INSIG1 (ENSMICG00000031879) ENSMICG00000030603 PAXIP1 (ENSMICG00000014321) DPP6 (ENSMICG00000017845) ENSMICG00000026837 ENSMICG00000031851 XRCC2 (ENSMICG00000032376) ENSMICG00000012707 #22 KMT2C (ENSMICG00000001060) ENSMICG00000001057 GALNTL5 (ENSMICG00000046553) PRKAG2 (ENSMICG00000008109) RHEB (ENSMICG00000033790) ENSMICG00000031581 CRYGN (ENSMICG00000008093) WDR86 (ENSMICG00000035281) NUB1 (ENSMICG00000004796) SMARCD3 (ENSMICG00000004795) CHPF2 (ENSMICG00000031520) ABCF2 (ENSMICG00000004786) IQCA1L (ENSMICG00000004778) ASB10 (ENSMICG00000036188) GBX1 (ENSMICG00000038356) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000014476 ENSGT00940000160428 ENSGT00550000075041 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b ##19 ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 Tarsier MODERN SPECIES 5822 CELF3 (ENSTSYG00000033066) SNX27 (ENSTSYG00000008074) TUFT1 (ENSTSYG00000008414) CGN (ENSTSYG00000012029) ENSTSYG00000028013 PARD3 (ENSTSYG00000009870) ENSTSYG00000026187 #22 Simiiformes DUPLICATION Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.a #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.a #22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.a #22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.a #22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.a #22 Gorilla MODERN SPECIES 13 TSSK2 (ENSGGOG00000006183) ESS2 (ENSGGOG00000006187) GSC2 (ENSGGOG00000022383) ENSGGOG00000036832 SLC25A1 (ENSGGOG00000006198) CLTCL1 (ENSGGOG00000006207) HIRA (ENSGGOG00000000992) MRPL40 (ENSGGOG00000012336) ENSGGOG00000004101 UFD1 (ENSGGOG00000004104) CDC45 (ENSGGOG00000004116) SEPTIN5 (ENSGGOG00000016545) GP1BB (ENSGGOG00000025760) ENSGGOG00000009181 GNB1L (ENSGGOG00000039800) ENSGGOG00000038673 #22 ENSGGOG00000001980 COMT (ENSGGOG00000006699) ARVCF (ENSGGOG00000006706) TANGO2 (ENSGGOG00000004830) DGCR8 (ENSGGOG00000000780) TRMT2A (ENSGGOG00000000783) RANBP1 (ENSGGOG00000000784) ZDHHC8 (ENSGGOG00000000785) CCDC188 (ENSGGOG00000022917) RTN4R (ENSGGOG00000006055) DGCR6L (ENSGGOG00000006060) ENSGGOG00000015940 ENSGGOG00000015817 ZNF74 (ENSGGOG00000015829) SCARF2 (ENSGGOG00000015838) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.a #22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.a #22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.a #22 Capuchin MODERN SPECIES 209 NRXN1 (ENSCCAG00000035100) ENSCCAG00000036676 FSHR (ENSCCAG00000027381) LHCGR (ENSCCAG00000021729) GTF2A1L (ENSCCAG00000025702) STON1 (ENSCCAG00000025357) PPP1R21 (ENSCCAG00000032998) ENSCCAG00000027252 FOXN2 (ENSCCAG00000031206) ENSCCAG00000035618 FBXO11 (ENSCCAG00000030714) MSH6 (ENSCCAG00000032532) ENSCCAG00000025169 ENSCCAG00000035979 #22 KCNK12 (ENSCCAG00000018060) MSH2 (ENSCCAG00000018888) ENSCCAG00000006246 EPCAM (ENSCCAG00000021912) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.b #22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.b #22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.b #22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.o.b #22 Capuchin MODERN SPECIES 252 ENSCCAG00000026543 #22 OBI1 (ENSCCAG00000012651) POU4F1 (ENSCCAG00000027186) EDNRB (ENSCCAG00000023599) SLAIN1 (ENSCCAG00000005198) SCEL (ENSCCAG00000023597) MYCBP2 (ENSCCAG00000030797) FBXL3 (ENSCCAG00000036339) CLN5 (ENSCCAG00000029705) ACOD1 (ENSCCAG00000034149) ENSCCAG00000024251 Marmoset MODERN SPECIES 4 DOCK5 (ENSCJAG00000019986) NEFL (ENSCJAG00000020035) ENSCJAG00000010608 ENSCJAG00000082023 NEFM (ENSCJAG00000020047) ENSCJAG00000076019 ENSCJAG00000070069 ADAM7 (ENSCJAG00000020053) ADAMDEC1 (ENSCJAG00000020062) ADAM28 (ENSCJAG00000020075) ENSCJAG00000064111 ENSCJAG00000082609 STC1 (ENSCJAG00000081929) NKX2-6 (ENSCJAG00000085390) NKX3-1 (ENSCJAG00000060555) ENSCJAG00000061125 #22 SLC25A37 (ENSCJAG00000076826) LOXL2 (ENSCJAG00000020099) R3HCC1 (ENSCJAG00000020118) CHMP7 (ENSCJAG00000020123) TNFRSF10A (ENSCJAG00000041514) TNFRSF10B (ENSCJAG00000020135) RHOBTB2 (ENSCJAG00000020143) PEBP4 (ENSCJAG00000020158) EGR3 (ENSCJAG00000059573) ENSCJAG00000020166 CCAR2 (ENSCJAG00000020174) C8orf58 (ENSCJAG00000020218) PDLIM2 (ENSCJAG00000020226) SORBS3 (ENSCJAG00000020235) PPP3CC (ENSCJAG00000020251) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000014476 ENSGT00940000160428 ENSGT00550000075041 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000160428 ENSGT00550000075041 ENSGT00390000011873 ENSGT00940000161613 ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.b.r.b ##22 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b.s ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #29 ENSGT00390000000529 #30 ENSGT00940000159976 #31 ENSGT00940000160710 #32 ENSGT00940000159447 #33 ENSGT00940000159387 #34 ENSGT00530000063085.B #35 ENSGT00940000157589 #36 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 ENSGT00390000014818.i.b.a Gibbon DUPLICATION Gibbon MODERN SPECIES 23 CFAP77 (ENSNLEG00000012857) BARHL1 (ENSNLEG00000012866) DDX31 (ENSNLEG00000012870) GTF3C4 (ENSNLEG00000012911) AK8 (ENSNLEG00000012917) SPACA9 (ENSNLEG00000012923) TSC1 (ENSNLEG00000012928) GFI1B (ENSNLEG00000012963) GTF3C5 (ENSNLEG00000012972) CEL (ENSNLEG00000012996) RALGDS (ENSNLEG00000013013) GBGT1 (ENSNLEG00000028325) SURF6 (ENSNLEG00000013079) #20 MED22 (ENSNLEG00000028828) #21 ENSNLEG00000035888 RPL7A (ENSNLEG00000013068) #22 SURF1 (ENSNLEG00000013086) #23 SURF2 (ENSNLEG00000031716) #24 SURF4 (ENSNLEG00000013096) #25 STKLD1 (ENSNLEG00000013124) #26 ENSNLEG00000013130 #27 ADAMTS13 (ENSNLEG00000013159) #29 ENSNLEG00000013216 #30 SLC2A6 (ENSNLEG00000013263) #31 ENSNLEG00000013310 #32 DBH (ENSNLEG00000013317) #35 SARDH (ENSNLEG00000013366) #36 VAV2 (ENSNLEG00000013392) #37 BRD3OS (ENSNLEG00000033990) ENSNLEG00000032159 BRD3 (ENSNLEG00000013441) Gibbon MODERN SPECIES 4 MRPS9 (ENSNLEG00000032880) ENSNLEG00000029090 TMEM182 (ENSNLEG00000014717) MFSD9 (ENSNLEG00000014709) SLC9A2 (ENSNLEG00000014699) SLC9A4 (ENSNLEG00000014687) IL18RAP (ENSNLEG00000014668) IL18R1 (ENSNLEG00000014646) ENSNLEG00000014642 IL1RL2 (ENSNLEG00000014624) IL1R1 (ENSNLEG00000014597) ENSNLEG00000031543 IL1R2 (ENSNLEG00000014582) MAP4K4 (ENSNLEG00000014520) RFX8 (ENSNLEG00000014506) ENSNLEG00000030602 #22 RNF149 (ENSNLEG00000014483) CNOT11 (ENSNLEG00000014472) TBC1D8 (ENSNLEG00000014456) ENSNLEG00000014444 ENSNLEG00000028663 NPAS2 (ENSNLEG00000014404) ENSNLEG00000014393 NMS (ENSNLEG00000014380) ENSNLEG00000034460 CHST10 (ENSNLEG00000014368) LONRF2 (ENSNLEG00000014343) AFF3 (ENSNLEG00000014317) REV1 (ENSNLEG00000014240) EIF5B (ENSNLEG00000014172) TXNDC9 (ENSNLEG00000014159) Hominidae ANCESTRAL SPECIES 83 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 ENSGT00390000014818.i.b.a Orangutan MODERN SPECIES 1 CCAR1 (ENSPPYG00000002392) TET1 (ENSPPYG00000002393) SLC25A16 (ENSPPYG00000002394) DNA2 (ENSPPYG00000002395) RUFY2 (ENSPPYG00000002396) HNRNPH3 (ENSPPYG00000002397) PBLD (ENSPPYG00000002398) ATOH7 (ENSPPYG00000030559) MYPN (ENSPPYG00000002399) HERC4 (ENSPPYG00000002400) SIRT1 (ENSPPYG00000002401) DNAJC12 (ENSPPYG00000002402) CTNNA3 (ENSPPYG00000002404) LRRTM3 (ENSPPYG00000002405) ENSPPYG00000002406 ENSPPYG00000040675 #22 ENSPPYG00000030513 REEP3 (ENSPPYG00000035618) JMJD1C (ENSPPYG00000002410) ENSPPYG00000035029 NRBF2 (ENSPPYG00000002411) EGR2 (ENSPPYG00000002412) ADO (ENSPPYG00000002413) ENSPPYG00000002414 ZNF365 (ENSPPYG00000002415) RTKN2 (ENSPPYG00000002416) ARID5B (ENSPPYG00000002417) CABCOCO1 (ENSPPYG00000002418) TMEM26 (ENSPPYG00000002419) RHOBTB1 (ENSPPYG00000002420) CDK1 (ENSPPYG00000002421) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 ENSGT00390000014818.i.b.a Gorilla MODERN SPECIES 16 POPDC2 (ENSGGOG00000004357) ENSGGOG00000005152 CFAP91 (ENSGGOG00000009828) NR1I2 (ENSGGOG00000007361) GSK3B (ENSGGOG00000007367) GPR156 (ENSGGOG00000005597) LRRC58 (ENSGGOG00000006581) ENSGGOG00000002305 ENSGGOG00000036304 NDUFB4 (ENSGGOG00000013923) HGD (ENSGGOG00000009039) RABL3 (ENSGGOG00000006059) GTF2E1 (ENSGGOG00000022773) STXBP5L (ENSGGOG00000034916) POLQ (ENSGGOG00000011565) ENSGGOG00000038094 #22 ARGFX (ENSGGOG00000005362) FBXO40 (ENSGGOG00000016785) HCLS1 (ENSGGOG00000016791) GOLGB1 (ENSGGOG00000010257) IQCB1 (ENSGGOG00000028124) EAF2 (ENSGGOG00000011594) SLC15A2 (ENSGGOG00000011601) ILDR1 (ENSGGOG00000002958) CD86 (ENSGGOG00000008578) CASR (ENSGGOG00000002159) CSTA (ENSGGOG00000024959) MIX23 (ENSGGOG00000001964) FAM162A (ENSGGOG00000022758) WDR5B (ENSGGOG00000003266) KPNA1 (ENSGGOG00000015957) Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 99 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 ENSGT00390000014818.i.b.a Human MODERN SPECIES 21 DDX31 (ENSG00000125485) GTF3C4 (ENSG00000125484) AK8 (ENSG00000165695) SPACA9 (ENSG00000165698) TSC1 (ENSG00000165699) GFI1B (ENSG00000165702) GTF3C5 (ENSG00000148308) CEL (ENSG00000170835) RALGDS (ENSG00000160271) ENSG00000285245 GBGT1 (ENSG00000148288) OBP2B (ENSG00000171102) ##19 ABO (ENSG00000175164) SURF6 (ENSG00000148296) #20 MED22 (ENSG00000148297) #21 RPL7A (ENSG00000148303) #22 SURF1 (ENSG00000148290) #23 SURF2 (ENSG00000148291) #24 SURF4 (ENSG00000148248) #25 STKLD1 (ENSG00000198870) #26 REXO4 (ENSG00000148300) #27 ADAMTS13 (ENSG00000160323) #29 CACFD1 (ENSG00000160325) #30 SLC2A6 (ENSG00000160326) #31 MYMK (ENSG00000187616) #32 ADAMTSL2 (ENSG00000197859) #33 FAM163B (ENSG00000196990) #34 DBH (ENSG00000123454) #35 SARDH (ENSG00000123453) #36 VAV2 (ENSG00000160293) #37 BRD3OS (ENSG00000235106) Pan ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000162699 ENSGT00940000159843 ENSGT00940000157722.d ENSGT00950000183187.A ENSGT00530000063301.a.b ENSGT00490000043356.a ENSGT00950000182870.a.b ENSGT00950000182870.b ENSGT00950000183158.D.b.f ENSGT00390000018390.jc ENSGT00940000158030 ENSGT00940000154412.B.b ENSGT00940000157397 ENSGT01030000234532.A.b ENSGT00940000159303 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 ENSGT00390000014818.i.b.a ENSGT00390000019406 ENSGT00510000047812 ENSGT00940000157545 ENSGT00390000009277 ENSGT00940000160700 ENSGT00390000011613 ENSGT00390000016025.b.h ENSGT00940000159452 ENSGT00940000161792 ENSGT00390000008240.m ENSGT00390000008240.n ENSGT00940000160291 ENSGT00550000074781.m.a ENSGT00550000074781.m.b Bonobo MODERN SPECIES 6 DTWD1 (ENSPPAG00000036510) FGF7 (ENSPPAG00000037132) ENSPPAG00000032776 FAM227B (ENSPPAG00000039634) GALK2 (ENSPPAG00000039106) COPS2 (ENSPPAG00000029471) SECISBP2L (ENSPPAG00000036433) SHC4 (ENSPPAG00000041946) CEP152 (ENSPPAG00000040355) FBN1 (ENSPPAG00000042323) DUT (ENSPPAG00000029777) SLC12A1 (ENSPPAG00000002733) CTXN2 (ENSPPAG00000016328) MYEF2 (ENSPPAG00000041556) SLC24A5 (ENSPPAG00000041586) ENSPPAG00000040924 #22 SEMA6D (ENSPPAG00000030511) SQOR (ENSPPAG00000044142) BLOC1S6 (ENSPPAG00000001302) SLC30A4 (ENSPPAG00000044143) ENSPPAG00000044140 SPATA5L1 (ENSPPAG00000044139) GATM (ENSPPAG00000044131) SLC28A2 (ENSPPAG00000039174) ENSPPAG00000019951 DUOX1 (ENSPPAG00000040927) ENSPPAG00000029567 DUOXA2 (ENSPPAG00000033072) DUOX2 (ENSPPAG00000041951) ENSPPAG00000010693 ENSPPAG00000042707 Chimpanzee MODERN SPECIES 6 FGF7 (ENSPTRG00000007057) ENSPTRG00000048941 FAM227B (ENSPTRG00000007055) GALK2 (ENSPTRG00000007052) COPS2 (ENSPTRG00000007051) SECISBP2L (ENSPTRG00000007050) SHC4 (ENSPTRG00000007048) CEP152 (ENSPTRG00000007047) ENSPTRG00000049195 FBN1 (ENSPTRG00000007046) DUT (ENSPTRG00000007044) SLC12A1 (ENSPTRG00000007043) CTXN2 (ENSPTRG00000042182) MYEF2 (ENSPTRG00000007042) SLC24A5 (ENSPTRG00000007041) ENSPTRG00000050173 #22 ENSPTRG00000043448 SEMA6D (ENSPTRG00000007040) SQOR (ENSPTRG00000007039) BLOC1S6 (ENSPTRG00000007038) SLC30A4 (ENSPTRG00000007036) C15H15orf48 (ENSPTRG00000007035) SPATA5L1 (ENSPTRG00000007034) GATM (ENSPTRG00000007033) SLC28A2 (ENSPTRG00000007031) SHF (ENSPTRG00000007030) DUOX1 (ENSPTRG00000007029) DUOXA1 (ENSPTRG00000007028) DUOXA2 (ENSPTRG00000007027) DUOX2 (ENSPTRG00000007026) SORD (ENSPTRG00000007025) Cercopithecidae DUPLICATION Cercopithecidae DUPLICATION Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 131 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.a #22 ENSGT00390000014818.g.b.b Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.a #22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.a #22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.a #22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.a #22 Sooty mangabey DUPLICATION Sooty mangabey MODERN SPECIES 494 ENSCATG00000042953 CD207 (ENSCATG00000031165) ATP6V1B1 (ENSCATG00000032260) ANKRD53 (ENSCATG00000024083) TEX261 (ENSCATG00000028617) NAGK (ENSCATG00000040675) ENSCATG00000033210 MPHOSPH10 (ENSCATG00000034155) PAIP2B (ENSCATG00000033205) ZNF638 (ENSCATG00000032207) DYSF (ENSCATG00000007511) ENSCATG00000015448 ENSCATG00000015118 CYP26B1 (ENSCATG00000034632) EXOC6B (ENSCATG00000033450) ENSCATG00000028328 #22 ENSCATG00000038635 SPR (ENSCATG00000040755) EMX1 (ENSCATG00000031824) SFXN5 (ENSCATG00000034111) RAB11FIP5 (ENSCATG00000008095) NOTO (ENSCATG00000023664) SMYD5 (ENSCATG00000041216) PRADC1 (ENSCATG00000029853) ENSCATG00000041777 FBXO41 (ENSCATG00000045372) EGR4 (ENSCATG00000041090) ALMS1 (ENSCATG00000042992) ENSCATG00000037583 ENSCATG00000018308 TPRKB (ENSCATG00000038145) Sooty mangabey MODERN SPECIES 149 PDIA5 (ENSCATG00000041167) SEC22A (ENSCATG00000032303) ADCY5 (ENSCATG00000036726) HACD2 (ENSCATG00000027580) MYLK (ENSCATG00000041417) CCDC14 (ENSCATG00000042244) ENSCATG00000034888 KALRN (ENSCATG00000029527) UMPS (ENSCATG00000034479) ITGB5 (ENSCATG00000036722) MUC13 (ENSCATG00000010943) HEG1 (ENSCATG00000035383) ENSCATG00000038752 SLC12A8 (ENSCATG00000041565) ZNF148 (ENSCATG00000032676) ENSCATG00000041681 #22 SNX4 (ENSCATG00000039545) OSBPL11 (ENSCATG00000039022) ENSCATG00000009859 SLC41A3 (ENSCATG00000037455) ALDH1L1 (ENSCATG00000016625) KLF15 (ENSCATG00000040226) CFAP100 (ENSCATG00000018692) ZXDC (ENSCATG00000034628) UROC1 (ENSCATG00000038674) CHST13 (ENSCATG00000043948) C3orf22 (ENSCATG00000044733) ENSCATG00000024835 TXNRD3 (ENSCATG00000039687) CHCHD6 (ENSCATG00000043823) PLXNA1 (ENSCATG00000036814) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 315 ENSGT00490000043976 ENSGT00940000161558 ENSGT00390000010017 ENSGT00730000110966 ENSGT00940000157039.b ENSGT00390000013956 ENSGT00940000155175.B ENSGT00940000166676 ENSGT00940000155175.A ENSGT00940000156877 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.a #22 ENSGT00390000014818.g.b.b ENSGT00950000183174.B.b ENSGT00390000011709 ENSGT00390000006601 ENSGT00940000158106 ENSGT00940000153313.B Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1793 ENSRROG00000032615 FOXO1 (ENSRROG00000041784) MRPS31 (ENSRROG00000040313) SLC25A15 (ENSRROG00000041123) ENSRROG00000043031 ELF1 (ENSRROG00000037511) WBP4 (ENSRROG00000044405) KBTBD6 (ENSRROG00000026268) ENSRROG00000037292 KBTBD7 (ENSRROG00000028641) MTRF1 (ENSRROG00000035345) ENSRROG00000015827 #22 ENSRROG00000024797 NAA16 (ENSRROG00000031116) RGCC (ENSRROG00000029679) VWA8 (ENSRROG00000043191) DGKH (ENSRROG00000030004) AKAP11 (ENSRROG00000030390) ENSRROG00000025518 TNFSF11 (ENSRROG00000028662) FAM216B (ENSRROG00000003798) ENSRROG00000034426 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.b #22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.b #22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 961 NPR3 (ENSRBIG00000032259) SUB1 (ENSRBIG00000031233) ENSRBIG00000032826 #22 ENSRBIG00000038722 #22 ENSRBIG00000019767 ENSRBIG00000001348 ENSRBIG00000032790 ZFR (ENSRBIG00000041561) MTMR12 (ENSRBIG00000021462) ENSRBIG00000043463 GOLPH3 (ENSRBIG00000010997) PDZD2 (ENSRBIG00000041700) ENSRBIG00000037141 ENSRBIG00000031548 C5orf22 (ENSRBIG00000042796) DROSHA (ENSRBIG00000032786) CDH6 (ENSRBIG00000030412) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1362 GATD3 (ENSRROG00000034542) PWP2 (ENSRROG00000031946) TRAPPC10 (ENSRROG00000043895) ENSRROG00000032758 #22 AGPAT3 (ENSRROG00000031040) RRP1 (ENSRROG00000039799) CSTB (ENSRROG00000038574) ENSRROG00000042411 ENSRROG00000030459 PDXK (ENSRROG00000044416) RRP1B (ENSRROG00000031499) HSF2BP (ENSRROG00000032823) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.b #22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.b #22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.b #22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.c.b #22 Rhesus MODERN SPECIES 19 ENSMMUG00000002711 ENSMMUG00000063444 ZNF33B (ENSMMUG00000010528) ENSMMUG00000005404 ENSMMUG00000047658 ANKRD30BL (ENSMMUG00000004397) ENSMMUG00000040267 ENSMMUG00000055704 BMS1 (ENSMMUG00000007426) ENSMMUG00000051698 ENSMMUG00000059272 ENSMMUG00000039818 RET (ENSMMUG00000015400) CSGALNACT2 (ENSMMUG00000015405) RASGEF1A (ENSMMUG00000015406) ENSMMUG00000044393 #22 FXYD4 (ENSMMUG00000050889) HNRNPF (ENSMMUG00000020982) ENSMMUG00000050447 ENSMMUG00000060451 ZNF487 (ENSMMUG00000064260) ENSMMUG00000059075 ZNF239 (ENSMMUG00000054392) ZNF485 (ENSMMUG00000061713) ZNF32 (ENSMMUG00000062844) ENSMMUG00000053760 CXCL12 (ENSMMUG00000012181) TMEM72 (ENSMMUG00000056582) RASSF4 (ENSMMUG00000017489) DEPP1 (ENSMMUG00000055586) ZNF22 (ENSMMUG00000017492) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 98 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d #22 ENSGT00390000014818.g.b.a.b Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 971 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d #22 ENSGT00390000014818.g.b.a.b Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1129 ENSRROG00000019622 #22 ENSRROG00000027102 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2238 ENSRROG00000038593 LGALS14 (ENSRROG00000038984) ENSRROG00000013132 LEUTX (ENSRROG00000039693) DYRK1B (ENSRROG00000035989) FBL (ENSRROG00000012374) ENSRROG00000034526 ENSRROG00000045327 PSMC4 (ENSRROG00000037105) ZNF546 (ENSRROG00000020484) ZNF780B (ENSRROG00000037216) ZNF780A (ENSRROG00000043418) MAP3K10 (ENSRROG00000039515) TTC9B (ENSRROG00000033407) CCNP (ENSRROG00000037151) ENSRROG00000030325 #22 AKT2 (ENSRROG00000043558) C19orf47 (ENSRROG00000030785) PLD3 (ENSRROG00000041287) HIPK4 (ENSRROG00000003245) PRX (ENSRROG00000030389) SERTAD1 (ENSRROG00000024643) SERTAD3 (ENSRROG00000010371) BLVRB (ENSRROG00000041386) SPTBN4 (ENSRROG00000032479) SHKBP1 (ENSRROG00000044422) LTBP4 (ENSRROG00000029262) NUMBL (ENSRROG00000041681) COQ8B (ENSRROG00000040191) ITPKC (ENSRROG00000045379) ACTMAP (ENSRROG00000030071) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3188 VWC2 (ENSRROG00000039188) ZPBP (ENSRROG00000037785) SPATA48 (ENSRROG00000029531) IKZF1 (ENSRROG00000038938) DDC (ENSRROG00000038098) GRB10 (ENSRROG00000039828) ENSRROG00000003479 #22 ENSRROG00000032094 COBL (ENSRROG00000025226) ENSRROG00000037436 ENSRROG00000034801 Black snub-nosed monkey DUPLICATION Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 961 NPR3 (ENSRBIG00000032259) SUB1 (ENSRBIG00000031233) ENSRBIG00000032826 #22 ENSRBIG00000038722 #22 ENSRBIG00000019767 ENSRBIG00000001348 ENSRBIG00000032790 ZFR (ENSRBIG00000041561) MTMR12 (ENSRBIG00000021462) ENSRBIG00000043463 GOLPH3 (ENSRBIG00000010997) PDZD2 (ENSRBIG00000041700) ENSRBIG00000037141 ENSRBIG00000031548 C5orf22 (ENSRBIG00000042796) DROSHA (ENSRBIG00000032786) CDH6 (ENSRBIG00000030412) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1507 ENSRBIG00000000400 FOXO1 (ENSRBIG00000026765) MRPS31 (ENSRBIG00000034673) SLC25A15 (ENSRBIG00000037546) ENSRBIG00000000771 ELF1 (ENSRBIG00000028865) WBP4 (ENSRBIG00000041962) KBTBD6 (ENSRBIG00000037297) ENSRBIG00000035054 ENSRBIG00000030206 MTRF1 (ENSRBIG00000007069) ENSRBIG00000043748 #22 ENSRBIG00000026954 NAA16 (ENSRBIG00000037675) RGCC (ENSRBIG00000031991) VWA8 (ENSRBIG00000034278) DGKH (ENSRBIG00000030309) AKAP11 (ENSRBIG00000036023) ENSRBIG00000037894 TNFSF11 (ENSRBIG00000036386) NDN (ENSRBIG00000009280) MAGEL2 (ENSRBIG00000007801) ENSRBIG00000028379 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 97 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d #22 ENSGT00390000014818.g.b.a.b Vervet Monkey MODERN SPECIES 8 ENSCSAG00000013909 KCNQ5 (ENSCSAG00000013904) RIMS1 (ENSCSAG00000013893) OGFRL1 (ENSCSAG00000013882) B3GAT2 (ENSCSAG00000013881) SMAP1 (ENSCSAG00000013875) SDHAF4 (ENSCSAG00000013870) FAM135A (ENSCSAG00000013861) COL9A1 (ENSCSAG00000013786) ENSCSAG00000013634 LMBRD1 (ENSCSAG00000013548) ENSCSAG00000013541 ADGRB3 (ENSCSAG00000013526) PHF3 (ENSCSAG00000013501) PTP4A1 (ENSCSAG00000013493) ENSCSAG00000013484 #22 LGSN (ENSCSAG00000013469) KHDRBS2 (ENSCSAG00000013462) PRIM2 (ENSCSAG00000013452) RAB23 (ENSCSAG00000013438) BAG2 (ENSCSAG00000013425) ZNF451 (ENSCSAG00000013418) KIAA1586 (ENSCSAG00000013408) BEND6 (ENSCSAG00000013396) DST (ENSCSAG00000013375) COL21A1 (ENSCSAG00000013320) BMP5 (ENSCSAG00000013256) HMGCLL1 (ENSCSAG00000013243) GFRAL (ENSCSAG00000013236) HCRTR2 (ENSCSAG00000013222) FAM83B (ENSCSAG00000013206) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 113 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d #22 ENSGT00390000014818.g.b.a.b Cercopithecinae_b DUPLICATION Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 154 ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d.f #22 ENSGT00390000014818.g.a Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d.f #22 Drill DUPLICATION Drill MODERN SPECIES 133 RELN (ENSMLEG00000044412) ENSMLEG00000042107 ENSMLEG00000044018 #22 SLC26A5 (ENSMLEG00000035060) PSMC2 (ENSMLEG00000040494) DNAJC2 (ENSMLEG00000024782) PMPCB (ENSMLEG00000005693) NAPEPLD (ENSMLEG00000040979) ARMC10 (ENSMLEG00000042392) Drill MODERN SPECIES 494 NANOS2 (ENSMLEG00000001810) MYPOP (ENSMLEG00000034017) FOXA3 (ENSMLEG00000036460) SYMPK (ENSMLEG00000040508) RSPH6A (ENSMLEG00000038849) DMWD (ENSMLEG00000020384) DMPK (ENSMLEG00000039408) ENSMLEG00000037131 MEIOSIN (ENSMLEG00000038011) ENSMLEG00000038790 QPCTL (ENSMLEG00000013540) SNRPD2 (ENSMLEG00000033961) GIPR (ENSMLEG00000043576) ENSMLEG00000030229 GPR4 (ENSMLEG00000003807) ENSMLEG00000031803 #22 OPA3 (ENSMLEG00000040108) VASP (ENSMLEG00000041511) ENSMLEG00000013387 RTN2 (ENSMLEG00000031919) FOSB (ENSMLEG00000033569) ERCC1 (ENSMLEG00000029656) POLR1G (ENSMLEG00000043530) ENSMLEG00000031086 ERCC2 (ENSMLEG00000043492) KLC3 (ENSMLEG00000040381) ENSMLEG00000028116 CKM (ENSMLEG00000037963) MARK4 (ENSMLEG00000043604) EXOC3L2 (ENSMLEG00000043963) TRAPPC6A (ENSMLEG00000030819) Olive baboon MODERN SPECIES 5 FAM136A (ENSPANG00000007488) SNRPG (ENSPANG00000029931) PCYOX1 (ENSPANG00000018472) ENSPANG00000025129 C2orf42 (ENSPANG00000024173) PCBP1 (ENSPANG00000011314) ASPRV1 (ENSPANG00000004410) MXD1 (ENSPANG00000000314) ENSPANG00000007752 GMCL1 (ENSPANG00000007995) ANXA4 (ENSPANG00000006090) AAK1 (ENSPANG00000021878) NFU1 (ENSPANG00000019904) GFPT1 (ENSPANG00000006255) ANTXR1 (ENSPANG00000022518) ENSPANG00000034498 #22 ENSPANG00000047885 GKN1 (ENSPANG00000008629) GKN2 (ENSPANG00000020409) BMP10 (ENSPANG00000049229) ARHGAP25 (ENSPANG00000010754) PROKR1 (ENSPANG00000048102) APLF (ENSPANG00000010484) FBXO48 (ENSPANG00000019905) PLEK (ENSPANG00000005755) CNRIP1 (ENSPANG00000029881) PPP3R1 (ENSPANG00000024026) ENSPANG00000031684 DNAAF10 (ENSPANG00000011915) C1D (ENSPANG00000002886) ETAA1 (ENSPANG00000007449) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d.g #22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d.g #22 Drill MODERN SPECIES 253 C15orf61 (ENSMLEG00000044432) IQCH (ENSMLEG00000008461) AAGAB (ENSMLEG00000042581) SMAD3 (ENSMLEG00000032633) ENSMLEG00000039372 ENSMLEG00000033311 ENSMLEG00000039010 ENSMLEG00000036582 LCTL (ENSMLEG00000011538) ZWILCH (ENSMLEG00000031789) ENSMLEG00000043250 SNAPC5 (ENSMLEG00000044262) MAP2K1 (ENSMLEG00000034124) TIPIN (ENSMLEG00000031419) DIS3L (ENSMLEG00000034558) ENSMLEG00000039621 #22 MEGF11 (ENSMLEG00000042443) RAB11A (ENSMLEG00000032505) DENND4A (ENSMLEG00000041101) SLC24A1 (ENSMLEG00000039031) INTS14 (ENSMLEG00000027622) HACD3 (ENSMLEG00000005763) DPP8 (ENSMLEG00000039474) IGDCC4 (ENSMLEG00000028139) IGDCC3 (ENSMLEG00000038371) PARP16 (ENSMLEG00000035171) ENSMLEG00000027861 CILP (ENSMLEG00000042537) ENSMLEG00000029629 UBAP1L (ENSMLEG00000037677) KBTBD13 (ENSMLEG00000023512) Olive baboon MODERN SPECIES 19 CHST11 (ENSPANG00000012280) TXNRD1 (ENSPANG00000012060) NFYB (ENSPANG00000022085) HCFC2 (ENSPANG00000018237) GLT8D2 (ENSPANG00000012281) TDG (ENSPANG00000016817) UQCC6 (ENSPANG00000048898) HSP90B1 (ENSPANG00000018017) ENSPANG00000047864 NT5DC3 (ENSPANG00000019453) STAB2 (ENSPANG00000021932) C12orf42 (ENSPANG00000022132) ASCL1 (ENSPANG00000006618) ENSPANG00000038866 PAH (ENSPANG00000004048) ENSPANG00000020657 #22 IGF1 (ENSPANG00000004450) PMCH (ENSPANG00000015925) PARPBP (ENSPANG00000000345) NUP37 (ENSPANG00000000344) WASHC3 (ENSPANG00000003603) DRAM1 (ENSPANG00000018238) ENSPANG00000043079 ENSPANG00000049661 GNPTAB (ENSPANG00000000420) SYCP3 (ENSPANG00000000419) CHPT1 (ENSPANG00000004451) MYBPC1 (ENSPANG00000009790) ENSPANG00000045377 ENSPANG00000018239 UTP20 (ENSPANG00000020388) Macaca ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000014031 ENSGT00940000158515 ENSGT00940000159672 ENSGT00940000161756 ENSGT00940000158698 ENSGT00530000063555.B ENSGT01030000234641.b.a.b.a.a.m ENSGT00950000183002.C ENSGT00990000203892 ENSGT00940000154078.a.a ENSGT00390000004495 ENSGT00390000015375 ENSGT00940000157186 ENSGT00530000064017.a ENSGT00940000157412.b ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p.d #22 ENSGT00390000014818.g.b.a.b ENSGT00940000157409 ENSGT00390000000628.w.a.a.a ENSGT00390000003175.a.a ENSGT00940000160584 ENSGT00910000147853 ENSGT00940000154908.g ENSGT00940000157274 ENSGT00390000005889 ENSGT00940000156000.o.a ENSGT00950000182937.A.a ENSGT00390000014666.b ENSGT00940000158235 ENSGT00950000183088.a.b.a ENSGT00940000161741 Pig-tailed macaque DUPLICATION Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 562 NRP1 (ENSMNEG00000038208) ENSMNEG00000032512 #22 ITGB1 (ENSMNEG00000019994) CCDC7 (ENSMNEG00000030140) ENSMNEG00000035008 EPC1 (ENSMNEG00000021935) ENSMNEG00000009982 KIF5B (ENSMNEG00000040057) ARHGAP12 (ENSMNEG00000004167) ZEB1 (ENSMNEG00000034471) ENSMNEG00000038566 ZNF438 (ENSMNEG00000033720) ENSMNEG00000041348 ENSMNEG00000028826 MAP3K8 (ENSMNEG00000032888) MTPAP (ENSMNEG00000039635) JCAD (ENSMNEG00000018085) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 166 ACAD11 (ENSMNEG00000036743) ACKR4 (ENSMNEG00000012537) DNAJC13 (ENSMNEG00000043555) ACP3 (ENSMNEG00000032728) ENSMNEG00000042444 CPNE4 (ENSMNEG00000028840) MRPL3 (ENSMNEG00000042711) NUDT16 (ENSMNEG00000036049) NEK11 (ENSMNEG00000028580) ASTE1 (ENSMNEG00000026345) ATP2C1 (ENSMNEG00000031332) PIK3R4 (ENSMNEG00000037454) COL6A6 (ENSMNEG00000028497) COL6A5 (ENSMNEG00000044376) ENSMNEG00000031713 ENSMNEG00000039989 #22 CAPN7 (ENSMNEG00000037304) SH3BP5 (ENSMNEG00000032860) METTL6 (ENSMNEG00000035936) EAF1 (ENSMNEG00000037473) COLQ (ENSMNEG00000040862) HACL1 (ENSMNEG00000039568) BTD (ENSMNEG00000029578) ANKRD28 (ENSMNEG00000041096) GALNT15 (ENSMNEG00000029389) DPH3 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SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b.p #22 Marmoset MODERN SPECIES 5 FOXN2 (ENSCJAG00000010894) ENSCJAG00000085256 ENSCJAG00000068888 FBXO11 (ENSCJAG00000010907) MSH6 (ENSCJAG00000011019) KCNK12 (ENSCJAG00000060645) ENSCJAG00000072740 MSH2 (ENSCJAG00000000620) EPCAM (ENSCJAG00000000624) ENSCJAG00000000635 CALM2 (ENSCJAG00000000638) STPG4 (ENSCJAG00000000655) TTC7A (ENSCJAG00000000656) ENSCJAG00000077083 MCFD2 (ENSCJAG00000044202) ENSCJAG00000077795 #22 SOCS5 (ENSCJAG00000042287) CRIPT (ENSCJAG00000043662) PIGF (ENSCJAG00000000680) RHOQ (ENSCJAG00000044422) ATP6V1E2 (ENSCJAG00000002587) TMEM247 (ENSCJAG00000000699) EPAS1 (ENSCJAG00000000700) PRKCE (ENSCJAG00000000724) SRBD1 (ENSCJAG00000000727) ENSCJAG00000071312 SIX2 (ENSCJAG00000039065) SIX3 (ENSCJAG00000000736) CAMKMT (ENSCJAG00000000749) PREPL (ENSCJAG00000000754) SLC3A1 (ENSCJAG00000000766) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159775 ENSGT00390000016547 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(ENSCCAG00000034935) Capuchin MODERN SPECIES 5 ENSCCAG00000019850 ENSCCAG00000013675 #22 ZMAT4 (ENSCCAG00000027437) TCIM (ENSCCAG00000017909) IDO2 (ENSCCAG00000035831) IDO1 (ENSCCAG00000029005) ENSCCAG00000002586 ADAM2 (ENSCCAG00000025618) ADAM18 (ENSCCAG00000035919) ENSCCAG00000004846 ADAM32 (ENSCCAG00000023633) ENSCCAG00000030856 ADAM9 (ENSCCAG00000030787) TM2D2 (ENSCCAG00000030141) HTRA4 (ENSCCAG00000008963) PLEKHA2 (ENSCCAG00000033235) TACC1 (ENSCCAG00000036680) Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 51 FGF5 (ENSSBOG00000020601) ENSSBOG00000027768 ANTXR2 (ENSSBOG00000028910) ENSSBOG00000026056 PAQR3 (ENSSBOG00000018736) BMP2K (ENSSBOG00000026807) ANXA3 (ENSSBOG00000035199) ENSSBOG00000033139 FRAS1 (ENSSBOG00000034612) ENSSBOG00000020474 ENSSBOG00000005784 CNOT6L (ENSSBOG00000028521) CXCL13 (ENSSBOG00000027580) ENSSBOG00000034318 #22 ENSSBOG00000020463 #23 ENSSBOG00000020872 #22 CCNG2 (ENSSBOG00000020531) ENSSBOG00000017033 ENSSBOG00000035303 CCNI (ENSSBOG00000035507) ENSSBOG00000025539 SEPTIN11 (ENSSBOG00000020488) SHROOM3 (ENSSBOG00000018112) ENSSBOG00000033914 ENSSBOG00000021934 CCDC158 (ENSSBOG00000033721) STBD1 (ENSSBOG00000030295) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 42 ENSSBOG00000014231 FRY (ENSSBOG00000024918) RXFP2 (ENSSBOG00000014035) ENSSBOG00000024650 B3GLCT (ENSSBOG00000027304) HSPH1 (ENSSBOG00000021221) ENSSBOG00000023117 ##22 TEX26 (ENSSBOG00000029547) MEDAG (ENSSBOG00000014983) ALOX5AP (ENSSBOG00000035529) USPL1 (ENSSBOG00000028053) ENSSBOG00000024496 ENSSBOG00000023208 KATNAL1 (ENSSBOG00000009792) ENSSBOG00000020013 #22 UBL3 (ENSSBOG00000009211) ENSSBOG00000028866 SLC7A1 (ENSSBOG00000020061) MTUS2 (ENSSBOG00000026505) ENSSBOG00000019071 SLC46A3 (ENSSBOG00000025396) POMP (ENSSBOG00000032229) FLT1 (ENSSBOG00000015766) ENSSBOG00000020899 PAN3 (ENSSBOG00000020298) ENSSBOG00000032374 FLT3 (ENSSBOG00000026666) ENSSBOG00000020835 ENSSBOG00000027743 CDX2 (ENSSBOG00000031573) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 45 VPS33B (ENSSBOG00000015264) NGRN (ENSSBOG00000029844) TTLL13 (ENSSBOG00000030893) CIB1 (ENSSBOG00000008160) SEMA4B (ENSSBOG00000028869) IDH2 (ENSSBOG00000021665) ZNF710 (ENSSBOG00000031952) ENSSBOG00000035698 ARPIN (ENSSBOG00000018686) ANPEP (ENSSBOG00000024297) MESP2 (ENSSBOG00000033873) MESP1 (ENSSBOG00000000188) WDR93 (ENSSBOG00000027681) PEX11A (ENSSBOG00000031420) PLIN1 (ENSSBOG00000034579) ENSSBOG00000022131 #22 KIF7 (ENSSBOG00000025528) TICRR (ENSSBOG00000035734) RHCG (ENSSBOG00000035536) POLG (ENSSBOG00000034032) FANCI (ENSSBOG00000031461) RLBP1 (ENSSBOG00000033372) ABHD2 (ENSSBOG00000020238) MFGE8 (ENSSBOG00000020877) HAPLN3 (ENSSBOG00000025420) ACAN (ENSSBOG00000027640) ISG20 (ENSSBOG00000031539) AEN (ENSSBOG00000021857) DET1 (ENSSBOG00000022107) MRPS11 (ENSSBOG00000032874) ENSSBOG00000032094 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 1372 LPXN (ENSANAG00000028686) ZFP91 (ENSANAG00000030875) CNTF (ENSANAG00000000749) GLYAT (ENSANAG00000020887) GLYATL2 (ENSANAG00000021633) ENSANAG00000027757 FAM111B (ENSANAG00000021230) ENSANAG00000027914 ENSANAG00000032314 DTX4 (ENSANAG00000025159) MPEG1 (ENSANAG00000026671) ENSANAG00000017434 ENSANAG00000026952 #22 OR5A2 (ENSANAG00000005217) LARGE1 (ENSANAG00000020353) TIMP3 (ENSANAG00000023639) SYN3 (ENSANAG00000028182) ENSANAG00000022065 BPIFC (ENSANAG00000005622) ENSANAG00000023724 Mas night monkey MODERN SPECIES 678 ENSANAG00000037312 ENSANAG00000030504 ENSANAG00000035295 SLC9A7 (ENSANAG00000031432) ENSANAG00000029593 CHST7 (ENSANAG00000019874) ENSANAG00000027915 ENSANAG00000027185 ENSANAG00000027302 ENSANAG00000026212 #22 ENSANAG00000025977 DIPK2B (ENSANAG00000021306) ENSANAG00000002274 KDM6A (ENSANAG00000027908) ENSANAG00000025278 FUNDC1 (ENSANAG00000035033) EFHC2 (ENSANAG00000026366) ENSANAG00000038387 NDP (ENSANAG00000023159) MAOB (ENSANAG00000034907) MAOA (ENSANAG00000031969) ENSANAG00000031554 ENSANAG00000033764 ENSANAG00000025353 GPR34 (ENSANAG00000019752) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Bushbaby MODERN SPECIES 167 NOVA1 (ENSOGAG00000025938) FOXG1 (ENSOGAG00000029149) PRKD1 (ENSOGAG00000002966) G2E3 (ENSOGAG00000017094) SCFD1 (ENSOGAG00000017096) COCH (ENSOGAG00000004695) STRN3 (ENSOGAG00000004698) AP4S1 (ENSOGAG00000004703) HEATR5A (ENSOGAG00000013052) DTD2 (ENSOGAG00000013060) NUBPL (ENSOGAG00000011550) ARHGAP5 (ENSOGAG00000029734) AKAP6 (ENSOGAG00000001808) NPAS3 (ENSOGAG00000014886) EGLN3 (ENSOGAG00000014893) ENSOGAG00000001254 #22 SPTSSA (ENSOGAG00000030285) EAPP (ENSOGAG00000012492) SNX6 (ENSOGAG00000008020) CFL2 (ENSOGAG00000032321) BAZ1A (ENSOGAG00000002234) ENSOGAG00000031729 SRP54 (ENSOGAG00000012188) FAM177A1 (ENSOGAG00000008488) PPP2R3C (ENSOGAG00000008489) PRORP (ENSOGAG00000024550) PSMA6 (ENSOGAG00000008492) NFKBIA (ENSOGAG00000003716) INSM2 (ENSOGAG00000024855) RALGAPA1 (ENSOGAG00000014961) BRMS1L (ENSOGAG00000016974) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 344 PTPRU (ENSPCOG00000025974) MECR (ENSPCOG00000018330) SRSF4 (ENSPCOG00000027341) EPB41 (ENSPCOG00000021118) OPRD1 (ENSPCOG00000018592) ENSPCOG00000020601 #22 YTHDF2 (ENSPCOG00000010131) GMEB1 (ENSPCOG00000028438) TAF12 (ENSPCOG00000017974) RAB42 (ENSPCOG00000008605) ENSPCOG00000027712 RCC1 (ENSPCOG00000015509) PHACTR4 (ENSPCOG00000015433) MED18 (ENSPCOG00000022541) SESN2 (ENSPCOG00000023322) ATP5IF1 (ENSPCOG00000028473) EYA3 (ENSPCOG00000009524) XKR8 (ENSPCOG00000009916) SMPDL3B (ENSPCOG00000026165) RPA2 (ENSPCOG00000023673) THEMIS2 (ENSPCOG00000002667) Mouse lemur MODERN SPECIES 28 TFEB (ENSMICG00000015674) ENSMICG00000041517 FRS3 (ENSMICG00000006286) PRICKLE4 (ENSMICG00000015699) TOMM6 (ENSMICG00000047932) USP49 (ENSMICG00000033911) BYSL (ENSMICG00000011347) CCND3 (ENSMICG00000027138) ENSMICG00000011353 ENSMICG00000044021 GUCA1ANB (ENSMICG00000029430) GUCA1A (ENSMICG00000011368) GUCA1B (ENSMICG00000047497) MRPS10 (ENSMICG00000011379) TRERF1 (ENSMICG00000011387) ENSMICG00000044890 #22 UBR2 (ENSMICG00000003745) PRPH2 (ENSMICG00000044138) BICRAL (ENSMICG00000003774) ENSMICG00000047101 ENSMICG00000003791 PTCRA (ENSMICG00000008212) ENSMICG00000036185 CNPY3 (ENSMICG00000042564) GNMT (ENSMICG00000008225) PEX6 (ENSMICG00000008232) ENSMICG00000008241 MEA1 (ENSMICG00000032911) KLHDC3 (ENSMICG00000008298) RRP36 (ENSMICG00000045230) CUL7 (ENSMICG00000008269) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 7049 CERS6 (ENSTSYG00000003214) NOSTRIN (ENSTSYG00000013119) ENSTSYG00000036208 #22 SPC25 (ENSTSYG00000008593) G6PC2 (ENSTSYG00000008603) ABCB11 (ENSTSYG00000008998) DHRS9 (ENSTSYG00000004865) Tarsier MODERN SPECIES 3215 CD47 (ENSTSYG00000008899) BBX (ENSTSYG00000000857) ENSTSYG00000031575 #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Marmoset MODERN SPECIES 78 ZNF711 (ENSCJAG00000010311) POF1B (ENSCJAG00000010342) ENSCJAG00000080789 CHM (ENSCJAG00000010392) DACH2 (ENSCJAG00000010422) KLHL4 (ENSCJAG00000010479) ENSCJAG00000073801 ENSCJAG00000076138 ENSCJAG00000080852 ENSCJAG00000077709 ENSCJAG00000041536 ENSCJAG00000087079 ENSCJAG00000061435 ENSCJAG00000081922 ENSCJAG00000060149 ENSCJAG00000057658 #22 ENSCJAG00000077358 PABPC5 (ENSCJAG00000003665) ENSCJAG00000003672 ENSCJAG00000054882 NAP1L3 (ENSCJAG00000072661) ENSCJAG00000042402 ENSCJAG00000069593 ENSCJAG00000069701 ENSCJAG00000022740 ENSCJAG00000084273 ENSCJAG00000079221 ENSCJAG00000059284 ENSCJAG00000079555 ENSCJAG00000084942 DIAPH2 (ENSCJAG00000013479) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Gibbon DUPLICATION Gibbon MODERN SPECIES 8 HNRNPH3 (ENSNLEG00000011843) PBLD (ENSNLEG00000011858) ATOH7 (ENSNLEG00000030262) ENSNLEG00000011872 ENSNLEG00000034531 HERC4 (ENSNLEG00000011935) SIRT1 (ENSNLEG00000012003) ENSNLEG00000030601 DNAJC12 (ENSNLEG00000012018) ENSNLEG00000012033 LRRTM3 (ENSNLEG00000012035) CTNNA3 (ENSNLEG00000012042) ENSNLEG00000035775 ENSNLEG00000027335 ENSNLEG00000018641 ENSNLEG00000031459 #22 ENSNLEG00000028410 REEP3 (ENSNLEG00000027332) ENSNLEG00000031005 JMJD1C (ENSNLEG00000012049) ENSNLEG00000028047 EGR2 (ENSNLEG00000027205) ENSNLEG00000033805 ENSNLEG00000030111 ZNF365 (ENSNLEG00000012085) RTKN2 (ENSNLEG00000012090) ARID5B (ENSNLEG00000012110) ENSNLEG00000012116 TMEM26 (ENSNLEG00000029233) RHOBTB1 (ENSNLEG00000012126) CDK1 (ENSNLEG00000012138) Gibbon MODERN SPECIES 8 ZNF248 (ENSNLEG00000008682) ZNF25 (ENSNLEG00000008708) ZNF33A (ENSNLEG00000008714) ENSNLEG00000031406 ENSNLEG00000028063 ZNF37A (ENSNLEG00000008727) ENSNLEG00000028827 ENSNLEG00000030954 ENSNLEG00000030274 ADIRF (ENSNLEG00000002549) ENSNLEG00000002548 MMRN2 (ENSNLEG00000002500) BMPR1A (ENSNLEG00000002425) LDB3 (ENSNLEG00000002380) OPN4 (ENSNLEG00000002362) ENSNLEG00000029687 #22 WAPL (ENSNLEG00000002188) ENSNLEG00000029226 GRID1 (ENSNLEG00000002153) ENSNLEG00000031627 CCSER2 (ENSNLEG00000010963) RGR (ENSNLEG00000010947) LRIT1 (ENSNLEG00000010940) LRIT2 (ENSNLEG00000010938) CDHR1 (ENSNLEG00000010912) GPR15LG (ENSNLEG00000010905) GHITM (ENSNLEG00000031807) ENSNLEG00000033385 ENSNLEG00000033654 NRG3 (ENSNLEG00000010762) ENSNLEG00000032276 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Vervet Monkey MODERN SPECIES 12 DMBX1 (ENSCSAG00000001235) ENSCSAG00000001234 FAAH (ENSCSAG00000001233) NSUN4 (ENSCSAG00000001232) ENSCSAG00000001231 LRRC41 (ENSCSAG00000001230) RAD54L (ENSCSAG00000001229) LURAP1 (ENSCSAG00000001228) POMGNT1 (ENSCSAG00000001227) TSPAN1 (ENSCSAG00000001226) PIK3R3 (ENSCSAG00000001225) MAST2 (ENSCSAG00000001224) IPP (ENSCSAG00000001223) TMEM69 (ENSCSAG00000001222) GPBP1L1 (ENSCSAG00000001221) ENSCSAG00000001220 #22 CCDC17 (ENSCSAG00000001219) NASP (ENSCSAG00000001218) AKR1A1 (ENSCSAG00000001217) PRDX1 (ENSCSAG00000001216) MMACHC (ENSCSAG00000001215) TESK2 (ENSCSAG00000001214) TOE1 (ENSCSAG00000001213) MUTYH (ENSCSAG00000001212) HPDL (ENSCSAG00000000141) ZSWIM5 (ENSCSAG00000001211) UROD (ENSCSAG00000001210) HECTD3 (ENSCSAG00000001209) EIF2B3 (ENSCSAG00000001208) PTCH2 (ENSCSAG00000001207) BTBD19 (ENSCSAG00000001206) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Macaca_a DUPLICATION Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000161171 ENSGT00940000153446.b ENSGT00940000157581 ENSGT00940000155745 ENSGT00390000011905 ENSGT00940000158993 ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000155979 ENSGT00530000063712.a.b ENSGT00940000159266 ENSGT00550000074816.A.a ENSGT00940000156513 ENSGT00470000042500 ENSGT00390000015159.a.b ENSGT00940000158432 ENSGT00940000153294.m.a.d.e #22 ENSGT00940000155678 ENSGT00390000012474 ENSGT00940000161165 ENSGT00950000182986.a.b.a ENSGT00940000157219 ENSGT01100000263518.A.a.a.b ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D ENSGT00940000153916.B ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 ENSGT00940000155646 ENSGT00390000004263.b ENSGT00390000007900 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 4 TTC32 (ENSMFAG00000040343) OSR1 (ENSMFAG00000039189) ENSMFAG00000059615 ENSMFAG00000065687 ENSMFAG00000051219 ENSMFAG00000064231 NT5C1B (ENSMFAG00000002988) KCNS3 (ENSMFAG00000007411) MSGN1 (ENSMFAG00000007491) GEN1 (ENSMFAG00000002080) SMC6 (ENSMFAG00000033284) VSNL1 (ENSMFAG00000063922) RAD51AP2 (ENSMFAG00000002803) CYRIA (ENSMFAG00000030486) MYCN (ENSMFAG00000032784) ENSMFAG00000052602 #22 DDX1 (ENSMFAG00000033987) NBAS (ENSMFAG00000003823) LRATD1 (ENSMFAG00000027588) ENSMFAG00000047890 TRIB2 (ENSMFAG00000042686) LPIN1 (ENSMFAG00000035872) ENSMFAG00000064291 NTSR2 (ENSMFAG00000043071) ENSMFAG00000044386 ENSMFAG00000050503 E2F6 (ENSMFAG00000044687) ROCK2 (ENSMFAG00000043366) SLC66A3 (ENSMFAG00000034193) C2orf50 (ENSMFAG00000032471) KCNF1 (ENSMFAG00000041973) Rhesus MODERN SPECIES 4 LAPTM4A (ENSMMUG00000001582) MATN3 (ENSMMUG00000001579) WDR35 (ENSMMUG00000001575) TTC32 (ENSMMUG00000001570) ENSMMUG00000056023 OSR1 (ENSMMUG00000037622) NT5C1B (ENSMMUG00000014083) KCNS3 (ENSMMUG00000017198) MSGN1 (ENSMMUG00000008141) GEN1 (ENSMMUG00000012058) SMC6 (ENSMMUG00000012056) VSNL1 (ENSMMUG00000040529) RAD51AP2 (ENSMMUG00000058011) CYRIA (ENSMMUG00000020385) MYCN (ENSMMUG00000052363) ENSMMUG00000052644 #22 DDX1 (ENSMMUG00000023437) NBAS (ENSMMUG00000023434) LRATD1 (ENSMMUG00000004215) ENSMMUG00000059746 ENSMMUG00000060624 TRIB2 (ENSMMUG00000038615) ENSMMUG00000062508 LPIN1 (ENSMMUG00000021672) NTSR2 (ENSMMUG00000020250) GREB1 (ENSMMUG00000020249) E2F6 (ENSMMUG00000023225) ROCK2 (ENSMMUG00000016678) SLC66A3 (ENSMMUG00000022785) C13H2orf50 (ENSMMUG00000064867) ENSMMUG00000059454 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d.f #22 Rhesus MODERN SPECIES 11 ACKR4 (ENSMMUG00000051713) ACAD11 (ENSMMUG00000054158) DNAJC13 (ENSMMUG00000016005) ACP3 (ENSMMUG00000016004) CPNE4 (ENSMMUG00000003277) MRPL3 (ENSMMUG00000000220) NUDT16 (ENSMMUG00000001154) ENSMMUG00000059947 ASTE1 (ENSMMUG00000005142) ATP2C1 (ENSMMUG00000005137) PIK3R4 (ENSMMUG00000020294) COL6A6 (ENSMMUG00000040631) COL6A5 (ENSMMUG00000020377) ENSMMUG00000065285 ENSMMUG00000002827 ENSMMUG00000031489 #22 CAPN7 (ENSMMUG00000006658) SH3BP5 (ENSMMUG00000006661) METTL6 (ENSMMUG00000004933) EAF1 (ENSMMUG00000020761) HACL1 (ENSMMUG00000022519) BTD (ENSMMUG00000020762) ANKRD28 (ENSMMUG00000021288) GALNT15 (ENSMMUG00000022690) DPH3 (ENSMMUG00000022692) OXNAD1 (ENSMMUG00000022693) RFTN1 (ENSMMUG00000022694) DAZL (ENSMMUG00000011361) PLCL2 (ENSMMUG00000023775) TBC1D5 (ENSMMUG00000023776) SATB1 (ENSMMUG00000019009) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 123 ENSCLAG00000009718 RLBP1 (ENSCLAG00000010583) ABHD2 (ENSCLAG00000014471) MFGE8 (ENSCLAG00000009989) HAPLN3 (ENSCLAG00000010136) ENSCLAG00000010954 ISG20 (ENSCLAG00000008100) AEN (ENSCLAG00000008791) DET1 (ENSCLAG00000007938) MRPS11 (ENSCLAG00000017346) MRPL46 (ENSCLAG00000017048) NTRK3 (ENSCLAG00000013822) AGBL1 (ENSCLAG00000014777) KLHL25 (ENSCLAG00000012252) AKAP13 (ENSCLAG00000009112) ENSCLAG00000012777 #22 SV2B (ENSCLAG00000011664) SLCO3A1 (ENSCLAG00000012887) ST8SIA2 (ENSCLAG00000017062) FAM174B (ENSCLAG00000017030) CHD2 (ENSCLAG00000016269) RGMA (ENSCLAG00000012655) MCTP2 (ENSCLAG00000014312) NR2F2 (ENSCLAG00000010451) ARRDC4 (ENSCLAG00000009891) ENSCLAG00000008778 PGPEP1L (ENSCLAG00000012011) IGF1R (ENSCLAG00000012853) SYNM (ENSCLAG00000012214) TTC23 (ENSCLAG00000013426) LRRC28 (ENSCLAG00000010143) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Squirrel MODERN SPECIES 174 FZD8 (ENSSTOG00000022665) GJD4 (ENSSTOG00000010981) CCNY (ENSSTOG00000010974) ENSSTOG00000005403 ENSSTOG00000033476 CUL2 (ENSSTOG00000014730) PARD3 (ENSSTOG00000015301) NRP1 (ENSSTOG00000013476) ITGB1 (ENSSTOG00000013459) ENSSTOG00000022870 ENSSTOG00000019715 ENSSTOG00000032005 EPC1 (ENSSTOG00000011902) KIF5B (ENSSTOG00000029259) ARHGAP12 (ENSSTOG00000003596) ENSSTOG00000032875 #22 ZEB1 (ENSSTOG00000016404) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 15 ENSSVLG00005010536 ENSSVLG00005010505 CDH9 (ENSSVLG00005010433) ENSSVLG00005010365 ENSSVLG00005010345 CDH6 (ENSSVLG00005010203) DROSHA (ENSSVLG00005010155) C5orf22 (ENSSVLG00005010112) ENSSVLG00005010088 ENSSVLG00005010049 ENSSVLG00005009985 ENSSVLG00005009950 ENSSVLG00005009918 MTMR12 (ENSSVLG00005009608) ZFR (ENSSVLG00005009522) ENSSVLG00005009490 #22 ENSSVLG00005009460 NPR3 (ENSSVLG00005009377) TARS1 (ENSSVLG00005009327) ADAMTS12 (ENSSVLG00005009291) RXFP3 (ENSSVLG00005009262) SLC45A2 (ENSSVLG00005009173) AMACR (ENSSVLG00005009103) C1QTNF3 (ENSSVLG00005009022) RAI14 (ENSSVLG00005008981) TTC23L (ENSSVLG00005008797) RAD1 (ENSSVLG00005008756) BRIX1 (ENSSVLG00005008728) DNAJC21 (ENSSVLG00005008691) ENSSVLG00005008670 AGXT2 (ENSSVLG00005008530) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 spretus MODERN SPECIES 11 Trpc4ap (MGP_SPRETEiJ_G0025455) Myh7b (MGP_SPRETEiJ_G0025454) Gss (MGP_SPRETEiJ_G0025453) Acss2 (MGP_SPRETEiJ_G0025452) Ggt7 (MGP_SPRETEiJ_G0025451) Ncoa6 (MGP_SPRETEiJ_G0025450) Trp53inp2 (MGP_SPRETEiJ_G0025449) Pigu (MGP_SPRETEiJ_G0025448) Map1lc3a (MGP_SPRETEiJ_G0025447) Dynlrb1 (MGP_SPRETEiJ_G0025446) Itch (MGP_SPRETEiJ_G0025445) MGP_SPRETEiJ_G0025444 Eif2s2 (MGP_SPRETEiJ_G0025443) a (MGP_SPRETEiJ_G0025442) Raly (MGP_SPRETEiJ_G0025441) MGP_SPRETEiJ_G0025440 #22 Chmp4b (MGP_SPRETEiJ_G0025439) MGP_SPRETEiJ_G0025438 MGP_SPRETEiJ_G0025437 Pxmp4 (MGP_SPRETEiJ_G0025436) E2f1 (MGP_SPRETEiJ_G0025435) Actl10 (MGP_SPRETEiJ_G0025434) 1700003F12Rik (MGP_SPRETEiJ_G0025433) Necab3 (MGP_SPRETEiJ_G0025432) Cbfa2t2 (MGP_SPRETEiJ_G0025431) Snta1 (MGP_SPRETEiJ_G0025430) Cdk5rap1 (MGP_SPRETEiJ_G0025429) MGP_SPRETEiJ_G0025428 MGP_SPRETEiJ_G0025427 Bpifb5 (MGP_SPRETEiJ_G0025426) Bpifb1 (MGP_SPRETEiJ_G0025425) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.d #22 Prairie vole MODERN SPECIES 353 Ggct (ENSMOCG00000001055) Gars (ENSMOCG00000017680) Crhr2 (ENSMOCG00000019712) Inmt (ENSMOCG00000015765) Mindy4 (ENSMOCG00000006426) Aqp1 (ENSMOCG00000016051) Ghrhr (ENSMOCG00000001328) Adcyap1r1 (ENSMOCG00000006639) Neurod6 (ENSMOCG00000012184) Itprid1 (ENSMOCG00000019267) Ppp1r17 (ENSMOCG00000007423) Pde1c (ENSMOCG00000005504) Lsm5 (ENSMOCG00000012018) ENSMOCG00000002649 ENSMOCG00000016027 ENSMOCG00000009452 #22 Crim1 (ENSMOCG00000019306) ENSMOCG00000012236 Vit (ENSMOCG00000017868) Strn (ENSMOCG00000009885) Heatr5b (ENSMOCG00000018243) Gpatch11 (ENSMOCG00000012750) ENSMOCG00000021613 Sult6b1 (ENSMOCG00000005446) Cebpzos (ENSMOCG00000020860) Cebpz (ENSMOCG00000018640) Ndufaf7 (ENSMOCG00000009739) Prkd3 (ENSMOCG00000017105) Qpct (ENSMOCG00000001148) Cdc42ep3 (ENSMOCG00000021989) ENSMOCG00000014341