Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a #17 ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a ##22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #28 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #29 ENSGT00940000159976 #30 ENSGT00940000160710 #31 ENSGT00940000159447 #32 ENSGT00940000159387 #33 ENSGT00530000063085.B #34 ENSGT00940000157589 #35 ENSGT00940000159718 #36 ENSGT00940000153385.b.a.a #37 Glires ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a #17 ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a ##22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #28 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #29 ENSGT00940000159976 #30 ENSGT00940000160710 #31 ENSGT00940000159447 #32 ENSGT00940000159387 #33 ENSGT00530000063085.B #34 ENSGT00940000157589 #35 ENSGT00940000159718 #36 ENSGT00940000153385.b.a.a #37 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00950000182858.A.a.a #17 ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a ##22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 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ENSGT00940000159447 #32 ENSGT00940000159387 #33 ENSGT00530000063085.B #34 ENSGT00940000157589 #35 ENSGT00940000159718 #36 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000008220 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ENSGT00950000182858.A.a.a #17 ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #28 ENSGT00390000000529 #29 ENSGT00940000159976 #30 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #31 ENSGT00940000159447 #32 ENSGT00940000159387 #33 ENSGT00530000063085.B #34 ENSGT00940000157589 #35 ENSGT00940000159718 #36 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 53 Gtf3c4 (ENSJJAG00000017992) #7 Ak8 (ENSJJAG00000002840) #8 Spaca9 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Adamts13 (ENSNGAG00000006298) #28 Cacfd1 (ENSNGAG00000016762) #29 Slc2a6 (ENSNGAG00000002630) #30 Mymk (ENSNGAG00000010978) #31 ENSNGAG00000004227 #32 Fam163b (ENSNGAG00000019126) #33 Dbh (ENSNGAG00000021288) #34 Sardh (ENSNGAG00000010560) #35 Vav2 (ENSNGAG00000016873) #36 Brd3 (ENSNGAG00000013052) #37 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1148 ENSNGAG00000017875 ENSNGAG00000020002 #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT01050000244868.a.a.a.a.a.b.h ENSGT00950000182858.A.a.a #17 ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.a ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #28 ENSGT00390000000529 #29 ENSGT00940000159976 #30 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #31 ENSGT00940000159447 #32 ENSGT00940000159387 #33 ENSGT00530000063085.B #34 ENSGT00940000157589 #35 ENSGT00940000159718 #36 ENSGT01020000230782 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Rat MODERN SPECIES 17 Gm6569 (ENSRNOG00000065138) Mroh5 (ENSRNOG00000032827) Ptp4a3 (ENSRNOG00000007628) Slc45a4 (ENSRNOG00000007818) Dennd3 (ENSRNOG00000010794) RGD1564268 (ENSRNOG00000059955) Ptk2 (ENSRNOG00000007916) Ago2 (ENSRNOG00000008533) Chrac1 (ENSRNOG00000009103) Trappc9 (ENSRNOG00000027569) Kcnk9 (ENSRNOG00000009265) Col22a1 (ENSRNOG00000024824) Fam135b (ENSRNOG00000005159) Rps19l1 (ENSRNOG00000031474) Khdrbs3 (ENSRNOG00000009539) ENSRNOG00000070681 #22 Zfat (ENSRNOG00000025140) ENSRNOG00000067606 AABR07058284.1 (ENSRNOG00000062233) St3gal1 (ENSRNOG00000008209) Ndrg1 (ENSRNOG00000007393) Ccn4 (ENSRNOG00000007078) Sla (ENSRNOG00000056714) Tg (ENSRNOG00000006104) Phf20l1 (ENSRNOG00000005486) Tmem71 (ENSRNOG00000025460) ENSRNOG00000070626 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ENSMSIG00000004766 #22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3078 Eln (ENSMSIG00000017355) Limk1 (ENSMSIG00000017536) ENSMSIG00000017688 Lat2 (ENSMSIG00000017724) Rfc2 (ENSMSIG00000017808) ENSMSIG00000017829 #22 Syna (ENSMSIG00000017841) Clip2 (ENSMSIG00000017848) ENSMSIG00000017890 Gtf2ird1 (ENSMSIG00000017905) Gtf2i (ENSMSIG00000018304) Ncf1 (ENSMSIG00000019838) Gtf2ird2 (ENSMSIG00000019862) Rcc1l (ENSMSIG00000019888) ENSMSIG00000019903 Castor2 (ENSMSIG00000019905) Steppe mouse MODERN SPECIES 2666 Rtp2 (ENSMSIG00000026292) Sst (ENSMSIG00000026310) Rtp4 (ENSMSIG00000026325) Masp1 (ENSMSIG00000026344) Rtp1 (ENSMSIG00000026405) St6gal1 (ENSMSIG00000026429) ENSMSIG00000026450 #22 Adipoq (ENSMSIG00000026459) Rfc4 (ENSMSIG00000026466) Eif4a2 (ENSMSIG00000026500) ENSMSIG00000026633 Steppe mouse MODERN SPECIES 2854 Serpina3m (ENSMSIG00000011868) Serpina3a (ENSMSIG00000011911) Serpina3b (ENSMSIG00000011927) ENSMSIG00000011934 ENSMSIG00000011942 Serpina3i (ENSMSIG00000011979) Serpina3j 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(ENSPEMG00000021621) Neu3 (ENSPEMG00000022579) Or2at1 (ENSPEMG00000001658) Or2at4 (ENSPEMG00000023224) Slco2b1 (ENSPEMG00000022027) Arrb1 (ENSPEMG00000024170) ENSPEMG00000027335 Rps3 (ENSPEMG00000021741) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000065015 ENSGT00940000154667.a ENSGT00390000008220 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #28 ENSGT00940000178229 ENSGT00390000000529 #29 ENSGT00940000159976 #30 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #31 ENSGT00940000159447 #32 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000065015 ENSGT00940000154667.a ENSGT00390000008220 ENSGT00940000160570 ENSGT00940000160404 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000156724 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000159324 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000160015 ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00390000006980 #20 ENSGT00390000004339 #21 ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 ENSGT00940000155193.a.a.f ENSGT00390000014818 ENSGT00940000153294.m.b ##22 ENSGT00530000064194 #23 ENSGT00390000016800 #24 ENSGT00530000064123 #25 ENSGT00390000018038 #26 ENSGT00940000159607 #27 ENSGT00940000158379 #28 ENSGT00390000000529 #29 ENSGT00940000159976 #30 ENSGT01050000248521 ENSGT00940000160710 #31 ENSGT00940000159447 #32 ENSGT00940000159387 #33 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Guinea pig MODERN SPECIES 18 ENSCPOG00000035077 GPSM1 (ENSCPOG00000027604) DNLZ (ENSCPOG00000022063) CARD9 (ENSCPOG00000015152) SNAPC4 (ENSCPOG00000006211) ENTR1 (ENSCPOG00000007252) PMPCA (ENSCPOG00000007258) INPP5E (ENSCPOG00000009596) SEC16A (ENSCPOG00000013586) NOTCH1 (ENSCPOG00000012958) ENSCPOG00000033928 AGPAT2 (ENSCPOG00000019769) DIPK1B (ENSCPOG00000025816) SURF6 (ENSCPOG00000030454) #20 MED22 (ENSCPOG00000001326) #21 RPL7A (ENSCPOG00000032895) #22 SURF1 (ENSCPOG00000001328) #23 SURF2 (ENSCPOG00000037286) #24 SURF4 (ENSCPOG00000035717) #25 STKLD1 (ENSCPOG00000021170) #26 REXO4 (ENSCPOG00000001386) #27 ADAMTS13 (ENSCPOG00000010285) #28 CACFD1 (ENSCPOG00000033970) #29 SLC2A6 (ENSCPOG00000011691) #30 MYMK (ENSCPOG00000021725) #31 ADAMTSL2 (ENSCPOG00000008139) #32 FAM163B (ENSCPOG00000035078) #33 DBH (ENSCPOG00000024518) #34 SARDH (ENSCPOG00000012251) #35 VAV2 (ENSCPOG00000000086) #36 ENSCPOG00000037823 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 43 ENSODEG00000016919 ENSODEG00000016623 ENSODEG00000016643 ENSODEG00000020344 ENSODEG00000016557 CAPN3 (ENSODEG00000017103) ENSODEG00000017288 GANC (ENSODEG00000016815) TMEM87A (ENSODEG00000016556) VPS39 (ENSODEG00000016980) PLA2G4F (ENSODEG00000016568) EHD4 (ENSODEG00000016665) JMJD7 (ENSODEG00000016738) ENSODEG00000016967 MGA (ENSODEG00000017016) ENSODEG00000020390 #22 ENSODEG00000020489 ENSODEG00000017041 ITPKA (ENSODEG00000016760) RTF1 (ENSODEG00000016921) CHP1 (ENSODEG00000016900) ENSODEG00000020443 ENSODEG00000017132 INO80 (ENSODEG00000016734) ENSODEG00000020409 CHAC1 (ENSODEG00000017045) DLL4 (ENSODEG00000017129) VPS18 (ENSODEG00000017271) ENSODEG00000016940 RHOV (ENSODEG00000017121) SPINT1 (ENSODEG00000017254) Degu MODERN SPECIES 54 ENSODEG00000006083 DNAJC3 (ENSODEG00000006169) DZIP1 (ENSODEG00000004942) ENSODEG00000005054 ABCC4 (ENSODEG00000005168) SOX21 (ENSODEG00000019452) GPR180 (ENSODEG00000007113) TGDS (ENSODEG00000005158) DCT (ENSODEG00000005228) GPC6 (ENSODEG00000005614) ENSODEG00000004646 #22 ENSODEG00000004771 ENSODEG00000004500 SLITRK5 (ENSODEG00000019086) ENSODEG00000019180 ENSODEG00000019443 SLITRK6 (ENSODEG00000007665) ENSODEG00000007865 ENSODEG00000019492 SLITRK1 (ENSODEG00000019121) ENSODEG00000019094 ENSODEG00000004945 SPRY2 (ENSODEG00000005276) NDFIP2 (ENSODEG00000005509) RBM26 (ENSODEG00000004663) OBI1 (ENSODEG00000005579) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 13 ENSSVLG00005003412 ENSSVLG00005003392 PCDH9 (ENSSVLG00005003324) ENSSVLG00005003304 ENSSVLG00005003295 ENSSVLG00005003280 ENSSVLG00005003268 ENSSVLG00005003249 ENSSVLG00005003235 ENSSVLG00005003218 TDRD3 (ENSSVLG00005003165) ENSSVLG00005003137 ENSSVLG00005003113 ENSSVLG00005003096 KLHL1 (ENSSVLG00005003019) ENSSVLG00005002970 #22 DACH1 (ENSSVLG00005002829) ENSSVLG00005002762 ENSSVLG00005002737 BORA (ENSSVLG00005002693) ENSSVLG00005002668 DIS3 (ENSSVLG00005002586) PIBF1 (ENSSVLG00005002538) KLF5 (ENSSVLG00005002517) KLF12 (ENSSVLG00005002485) TBC1D4 (ENSSVLG00005002276) ENSSVLG00005002138 COMMD6 (ENSSVLG00005002122) ENSSVLG00005002091 LMO7 (ENSSVLG00005001917) KCTD12 (ENSSVLG00005001791) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 265 ENSUPAG00010004229 VWC2L (ENSUPAG00010004248) BARD1 (ENSUPAG00010004260) ENSUPAG00010004290 ABCA12 (ENSUPAG00010004294) ATIC (ENSUPAG00010004349) FN1 (ENSUPAG00010004397) MREG (ENSUPAG00010005248) PECR (ENSUPAG00010005257) TMEM169 (ENSUPAG00010005270) XRCC5 (ENSUPAG00010005275) MARCHF4 (ENSUPAG00010005287) ENSUPAG00010005289 #22 SMARCAL1 (ENSUPAG00010005292) RPL37A (ENSUPAG00010005317) Alpin marmot MODERN SPECIES 31 GABRP (ENSMMMG00000010504) KCNIP1 (ENSMMMG00000010524) ENSMMMG00000010588 KCNMB1 (ENSMMMG00000010599) LCP2 (ENSMMMG00000010608) C5orf58 (ENSMMMG00000010701) FOXI1 (ENSMMMG00000010708) DOCK2 (ENSMMMG00000010732) INSYN2B (ENSMMMG00000010818) SPDL1 (ENSMMMG00000010830) SLIT3 (ENSMMMG00000010861) ENSMMMG00000010921 RARS1 (ENSMMMG00000010943) WWC1 (ENSMMMG00000011450) TENM2 (ENSMMMG00000012441) ENSMMMG00000012514 #22 MAT2B (ENSMMMG00000012522) HMMR (ENSMMMG00000012544) ENSMMMG00000012622 NUDCD2 (ENSMMMG00000012628) CCNG1 (ENSMMMG00000012636) GABRG2 (ENSMMMG00000012646) GABRA1 (ENSMMMG00000012690) GABRA6 (ENSMMMG00000012710) GABRB2 (ENSMMMG00000012737) ATP10B (ENSMMMG00000012800) ENSMMMG00000012834 ENSMMMG00000012841 C1QTNF2 (ENSMMMG00000012860) CCNJL (ENSMMMG00000012864) FABP6 (ENSMMMG00000012902) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153294.m.a.c.b #22 Pika MODERN SPECIES 5608 RPL7A (ENSOPRG00000005726) #22 Rabbit MODERN SPECIES 473 ENSOCUG00000037091 ENSOCUG00000037026 ENSOCUG00000026761 ENSOCUG00000029177 ENSOCUG00000017014 #17 ENSOCUG00000027911 ENSOCUG00000038941 ENSOCUG00000004760 ENSOCUG00000029529 ENSOCUG00000036317 ARL4A (ENSOCUG00000000108) ENSOCUG00000023854 ENSOCUG00000023576 ENSOCUG00000029686 ENSOCUG00000000307 ENSOCUG00000007825 #22 ENSOCUG00000039255 ENSOCUG00000013157 BRD3 (ENSOCUG00000005097) #37 Tree shrew MODERN SPECIES 2393 RPL7A (ENSTBEG00000008595) #22 MED22 (ENSTBEG00000000920) #21 SURF1 (ENSTBEG00000001205) #23 ENSTBEG00000002156 #24 SURF4 (ENSTBEG00000002959) #25 ENSTBEG00000003367 ENSTBEG00000004466 #28