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Glires	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35
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Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489.u #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489.u #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
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Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	7	PLVAP (ENSSVLG00005024254)	CCDC194 (ENSSVLG00005024294) #7	MVB12A (ENSSVLG00005024325) #9	TMEM221 (ENSSVLG00005024354) #10	NXNL1 (ENSSVLG00005024380) #11	SLC27A1 (ENSSVLG00005024395) #12	PGLS (ENSSVLG00005024422) #13	NIBAN3 (ENSSVLG00005024462) #14	COLGALT1 (ENSSVLG00005024596) #15	ENSSVLG00005024786	MAP1S (ENSSVLG00005024937) #17	FCHO1 (ENSSVLG00005025009) #18	B3GNT3 (ENSSVLG00005025078) #19	INSL3 (ENSSVLG00005025086) #20	JAK3 (ENSSVLG00005025159) #21	RPL18A (ENSSVLG00005025287) #22	SLC5A5 (ENSSVLG00005025310) #23	CCDC124 (ENSSVLG00005025323) #24	KCNN1 (ENSSVLG00005025333) #25	ARRDC2 (ENSSVLG00005025348) #26	IL12RB1 (ENSSVLG00005025373) #27	MAST3 (ENSSVLG00005025404) #28	PIK3R2 (ENSSVLG00005025434) #29	IFI30 (ENSSVLG00005025456) #30	MPV17L2 (ENSSVLG00005025463) #31	RAB3A (ENSSVLG00005025472) #32	PDE4C (ENSSVLG00005025492) #33	ENSSVLG00005025525 #34	JUND (ENSSVLG00005025531) #35	LSM4 (ENSSVLG00005025539) #36	PGPEP1 (ENSSVLG00005025546) #37
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00730000111147	ENSGT00390000002505	ENSGT00950000182915.b.b.b.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00940000163163	ENSGT00940000157924	ENSGT00390000013811	ENSGT00940000160466	ENSGT00940000161678	ENSGT00940000157246	ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00390000015797.d ##22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	55												ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36	ENSGT00390000015368.a.a #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	66												ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36	ENSGT00390000015368.a.a #37	ENSGT00940000161872
Degu	MODERN SPECIES	78	PABPC1L (ENSODEG00000015482)	ENSODEG00000015183	RIMS4 (ENSODEG00000015319)	KCNK15 (ENSODEG00000015091)	ADA (ENSODEG00000015048)	PKIG (ENSODEG00000016126)	ENSODEG00000020242	SERINC3 (ENSODEG00000015456)	TTPAL (ENSODEG00000014738)	HNF4A (ENSODEG00000015535)	R3HDML (ENSODEG00000015328)	FITM2 (ENSODEG00000014756)	GDAP1L1 (ENSODEG00000014582)	OSER1 (ENSODEG00000014978)	JPH2 (ENSODEG00000014658)	ENSODEG00000020224 #22	TOX2 (ENSODEG00000015129)	MYBL2 (ENSODEG00000014783)	ENSODEG00000014562	SGK2 (ENSODEG00000014377)	ENSODEG00000015466	L3MBTL1 (ENSODEG00000014727)	ENSODEG00000016510	PTPRT (ENSODEG00000015540)	ENSODEG00000015100	ENSODEG00000016376	ENSODEG00000015660	ENSODEG00000014457	ENSODEG00000015358	EMILIN3 (ENSODEG00000014427)	LPIN3 (ENSODEG00000014914)
Long-tailed chinchilla	DUPLICATION
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	166	UGGT1 (ENSCLAG00000004844)	SAP130 (ENSCLAG00000002622)	AMMECR1L (ENSCLAG00000004252)	POLR2D (ENSCLAG00000004449)	WDR33 (ENSCLAG00000005199)	LIMS2 (ENSCLAG00000005260)	GPR17 (ENSCLAG00000005855)	MYO7B (ENSCLAG00000006979)	IWS1 (ENSCLAG00000008232)	PROC (ENSCLAG00000002690)	MAP3K2 (ENSCLAG00000002850)	ERCC3 (ENSCLAG00000002965)	BIN1 (ENSCLAG00000003943)	ENSCLAG00000004213	ENSCLAG00000002170	ENSCLAG00000002210 #22	CNTNAP5 (ENSCLAG00000002809)	ENSCLAG00000004414	TSN (ENSCLAG00000006171)	NIFK (ENSCLAG00000006296)	CLASP1 (ENSCLAG00000003845)	TFCP2L1 (ENSCLAG00000003321)	GLI2 (ENSCLAG00000003886)	INHBB (ENSCLAG00000002594)	RALB (ENSCLAG00000002612)	ENSCLAG00000002685	EPB41L5 (ENSCLAG00000002942)	PTPN4 (ENSCLAG00000002781)	TMEM177 (ENSCLAG00000002898)	CFAP221 (ENSCLAG00000003127)	SCTR (ENSCLAG00000003965)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	231										ENSCLAG00000008768	ENSCLAG00000010339	FCHO1 (ENSCLAG00000008754) #18	B3GNT3 (ENSCLAG00000007898) #19	ENSCLAG00000007832 #20	JAK3 (ENSCLAG00000012380) #21	RPL18A (ENSCLAG00000010952) #22	ENSCLAG00000007225 #23	CCDC124 (ENSCLAG00000007029) #24	KCNN1 (ENSCLAG00000006176) #25	ARRDC2 (ENSCLAG00000005752) #26	MAST3 (ENSCLAG00000012903) #28	PIK3R2 (ENSCLAG00000014107) #29	IFI30 (ENSCLAG00000016108) #30	MPV17L2 (ENSCLAG00000015953) #31	RAB3A (ENSCLAG00000015642) #32	PDE4C (ENSCLAG00000016330) #33	LSM4 (ENSCLAG00000010828) #36	PGPEP1 (ENSCLAG00000010542) #37	GDF15 (ENSCLAG00000010045)	ENSCLAG00000009618	SSBP4 (ENSCLAG00000013009)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000154929.B	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	427			Abhd8 (ENSDORG00000012739)	Mrpl34 (ENSDORG00000025245)	Dda1 (ENSDORG00000012740)	Ano8 (ENSDORG00000012741)	ENSDORG00000012745	Mvb12a (ENSDORG00000003275) #9	Nxnl1 (ENSDORG00000028217) #11	Slc27a1 (ENSDORG00000007675) #12	Pgls (ENSDORG00000007681) #13	ENSDORG00000026507 #15	Unc13a (ENSDORG00000015298) #16	Fcho1 (ENSDORG00000007853) #18	Jak3 (ENSDORG00000012761) #21	ENSDORG00000012479 #22	Slc5a5 (ENSDORG00000012480) #23	Ccdc124 (ENSDORG00000029588) #24	Kcnn1 (ENSDORG00000028845) #25	ENSDORG00000028690 #28	ENSDORG00000004244 #29	Mpv17l2 (ENSDORG00000009072) #31	Rab3a (ENSDORG00000009070) #32	Lsm4 (ENSDORG00000024225) #36	ENSDORG00000014394	Isyna1 (ENSDORG00000025359)	Fkbp8 (ENSDORG00000010135)	ENSDORG00000025514	Gm11808 (ENSDORG00000026093)	Tmem59l (ENSDORG00000024894)	Klhl26 (ENSDORG00000000436)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000154929.B	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.d ##22	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1870	Gtpbp3 (ENSNGAG00000017920)	Ccdc194 (ENSNGAG00000012696) #7	Mvb12a (ENSNGAG00000023447) #9	Tmem221 (ENSNGAG00000020235) #10	ENSNGAG00000012171 #11	Slc27a1 (ENSNGAG00000024289) #12	Pgls (ENSNGAG00000019777) #13	Niban3 (ENSNGAG00000007663) #14	Colgalt1 (ENSNGAG00000019615) #15	Unc13a (ENSNGAG00000022176) #16	Jak3 (ENSNGAG00000018897) #21	Insl3 (ENSNGAG00000014732) #20	B3gnt3 (ENSNGAG00000002028) #19	Fcho1 (ENSNGAG00000013678) #18	Map1s (ENSNGAG00000003824) #17	Rpl18a (ENSNGAG00000024087) #22	Slc5a5 (ENSNGAG00000001506) #23	Ccdc124 (ENSNGAG00000015814) #24	Kcnn1 (ENSNGAG00000021945) #25	ENSNGAG00000021441 #26	Il12rb1 (ENSNGAG00000005757) #27	ENSNGAG00000014676 #28	ENSNGAG00000022605 #29	ENSNGAG00000019677 #29	Ifi30 (ENSNGAG00000022275) #30	Mpv17l2 (ENSNGAG00000012070) #31	Rab3a (ENSNGAG00000020872) #32	Pde4c (ENSNGAG00000004214) #33	ENSNGAG00000014618	Iqcn (ENSNGAG00000014525) #34	Jund (ENSNGAG00000010099) #35
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00900000143617	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00900000143617	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35
Mus	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000006166	ENSGT00390000016851	ENSGT00940000157019	ENSGT00390000007029.j	ENSGT00390000012240	ENSGT00390000007336	ENSGT00510000049316	ENSGT00390000016934	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00940000160748	ENSGT00940000162475	ENSGT00390000014361	ENSGT00940000156845	ENSGT00390000010974	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00900000143617	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000006166	ENSGT00390000016851	ENSGT00940000157019	ENSGT00390000007029.j	ENSGT00390000012240	ENSGT00390000007336	ENSGT00510000049316	ENSGT00390000016934	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00940000160748	ENSGT00940000162475	ENSGT00390000014361	ENSGT00940000156845	ENSGT00390000010974	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00900000143617	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	17	Gtpbp3 (MGP_CAROLIEiJ_G0031188)	Ano8 (MGP_CAROLIEiJ_G0031187)	Dda1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031186)	Mrpl34 (MGP_CAROLIEiJ_G0031185)	Abhd8 (MGP_CAROLIEiJ_G0031184)	Ankle1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031183)	Babam1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031182)	Ushbp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031181)	Nr2f6 (MGP_CAROLIEiJ_G0031180)	Ocel1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031179)	Use1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031178)	Myo9b (MGP_CAROLIEiJ_G0031177)	Haus8 (MGP_CAROLIEiJ_G0031176)	MGP_CAROLIEiJ_G0031175	Map1s (MGP_CAROLIEiJ_G0031174) #17	MGP_CAROLIEiJ_G0031173 #22	Slc5a5 (MGP_CAROLIEiJ_G0031172) #23	Ccdc124 (MGP_CAROLIEiJ_G0031171) #24	Kcnn1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031170) #25	Arrdc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0031169) #26	Il12rb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031168) #27	Mast3 (MGP_CAROLIEiJ_G0031167) #28	Pik3r2 (MGP_CAROLIEiJ_G0031166) #29	Ifi30 (MGP_CAROLIEiJ_G0031165) #30	Mpv17l2 (MGP_CAROLIEiJ_G0031164) #31	Rab3a (MGP_CAROLIEiJ_G0031163) #32	Pde4c (MGP_CAROLIEiJ_G0031162) #33	Gm3336 (MGP_CAROLIEiJ_G0031161)	MGP_CAROLIEiJ_G0031160	Jund (MGP_CAROLIEiJ_G0031159) #35	Lsm4 (MGP_CAROLIEiJ_G0031158) #36
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000006166	ENSGT00390000016851	ENSGT00940000157019	ENSGT00390000007029.j	ENSGT00390000012240	ENSGT00390000007336	ENSGT00510000049316	ENSGT00390000016934	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00940000160748	ENSGT00940000162475	ENSGT00390000014361	ENSGT00940000156845	ENSGT00390000010974	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00390000015797.d ##22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00900000143617	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000006166	ENSGT00390000016851	ENSGT00940000157019	ENSGT00390000007029.j	ENSGT00390000012240	ENSGT00390000007336	ENSGT00510000049316	ENSGT00390000016934	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00940000160748	ENSGT00940000162475	ENSGT00390000014361	ENSGT00940000156845	ENSGT00390000010974	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00900000143617	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00680000100785
spretus	MODERN SPECIES	17	Gtpbp3 (MGP_SPRETEiJ_G0032307)	Ano8 (MGP_SPRETEiJ_G0032306)	Dda1 (MGP_SPRETEiJ_G0032305)	Mrpl34 (MGP_SPRETEiJ_G0032304)	Abhd8 (MGP_SPRETEiJ_G0032303)	Ankle1 (MGP_SPRETEiJ_G0032302)	Babam1 (MGP_SPRETEiJ_G0032301)	Ushbp1 (MGP_SPRETEiJ_G0032300)	Nr2f6 (MGP_SPRETEiJ_G0032299)	Ocel1 (MGP_SPRETEiJ_G0032298)	Use1 (MGP_SPRETEiJ_G0032297)	Myo9b (MGP_SPRETEiJ_G0032296)	Haus8 (MGP_SPRETEiJ_G0032295)	MGP_SPRETEiJ_G0032294	Map1s (MGP_SPRETEiJ_G0032293) #17	MGP_SPRETEiJ_G0032292 #22	Slc5a5 (MGP_SPRETEiJ_G0032291) #23	Ccdc124 (MGP_SPRETEiJ_G0032290) #24	MGP_SPRETEiJ_G0032289	Kcnn1 (MGP_SPRETEiJ_G0032288) #25	Arrdc2 (MGP_SPRETEiJ_G0032287) #26	Il12rb1 (MGP_SPRETEiJ_G0032286) #27	Mast3 (MGP_SPRETEiJ_G0032285) #28	Pik3r2 (MGP_SPRETEiJ_G0032284) #29	Ifi30 (MGP_SPRETEiJ_G0032283) #30	Mpv17l2 (MGP_SPRETEiJ_G0032282) #31	Rab3a (MGP_SPRETEiJ_G0032281) #32	Pde4c (MGP_SPRETEiJ_G0032280) #33	Gm3336 (MGP_SPRETEiJ_G0032279)	MGP_SPRETEiJ_G0032278	Jund (MGP_SPRETEiJ_G0032277) #35
Shrew mouse	MODERN SPECIES	10	Plvap (MGP_PahariEiJ_G0021654)	Gtpbp3 (MGP_PahariEiJ_G0021653)	Ano8 (MGP_PahariEiJ_G0021652)	Dda1 (MGP_PahariEiJ_G0021651)	Mrpl34 (MGP_PahariEiJ_G0021650)	Abhd8 (MGP_PahariEiJ_G0021649)	Ankle1 (MGP_PahariEiJ_G0021648)	Babam1 (MGP_PahariEiJ_G0021647)	Ushbp1 (MGP_PahariEiJ_G0021646)	Nr2f6 (MGP_PahariEiJ_G0021645)	Ocel1 (MGP_PahariEiJ_G0021644)	Use1 (MGP_PahariEiJ_G0021643)	Myo9b (MGP_PahariEiJ_G0021642)	MGP_PahariEiJ_G0021641	Map1s (MGP_PahariEiJ_G0021640) #17	MGP_PahariEiJ_G0021639 #22	Slc5a5 (MGP_PahariEiJ_G0021638) #23	Ccdc124 (MGP_PahariEiJ_G0021637) #24	MGP_PahariEiJ_G0021636	Kcnn1 (MGP_PahariEiJ_G0021635) #25	Arrdc2 (MGP_PahariEiJ_G0021634) #26	Il12rb1 (MGP_PahariEiJ_G0021633) #27	Mast3 (MGP_PahariEiJ_G0021632) #28	Pik3r2 (MGP_PahariEiJ_G0021631) #29	Ifi30 (MGP_PahariEiJ_G0021630) #30	Mpv17l2 (MGP_PahariEiJ_G0021629) #31	Rab3a (MGP_PahariEiJ_G0021628) #32	Pde4c (MGP_PahariEiJ_G0021627) #33	MGP_PahariEiJ_G0021626	MGP_PahariEiJ_G0021625	Jund (MGP_PahariEiJ_G0021624) #35
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00900000143617	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Golden Hamster	MODERN SPECIES	790									Tmem114 (ENSMAUG00000004886)	Mettl22 (ENSMAUG00000005394)	Abat (ENSMAUG00000006912)	Pmm2 (ENSMAUG00000008157)	Carhsp1 (ENSMAUG00000008339)	Litafd (ENSMAUG00000008595)	ENSMAUG00000008233	ENSMAUG00000008889 #22	Hapstr1 (ENSMAUG00000009053)	Grin2a (ENSMAUG00000009472)	Rpl39l (ENSMAUG00000015776)	Atf7ip2 (ENSMAUG00000010757)	Emp2 (ENSMAUG00000011940)	Tekt5 (ENSMAUG00000009817)	Nubp1 (ENSMAUG00000012383)	Tvp23a (ENSMAUG00000013344)	Ciita (ENSMAUG00000011847)	Dexi (ENSMAUG00000013713)	Clec16a (ENSMAUG00000015162)	Socs1 (ENSMAUG00000015623)	Tnp2 (ENSMAUG00000017042)	Prm3 (ENSMAUG00000015919)	Prm2 (ENSMAUG00000018158)
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
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Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	8	Ccdc194 (ENSPEMG00000010170) #7	Bst2 (ENSPEMG00000011254) #8	Mvb12a (ENSPEMG00000011177) #9	Tmem221 (ENSPEMG00000010509) #10	Nxnl1 (ENSPEMG00000008351) #11	Pgls (ENSPEMG00000013774) #13	Niban3 (ENSPEMG00000009042) #14	Colgalt1 (ENSPEMG00000010115) #15	ENSPEMG00000027274	Unc13a (ENSPEMG00000012160) #16	Jak3 (ENSPEMG00000010889) #21	ENSPEMG00000014585	B3gnt3 (ENSPEMG00000013579) #19	Fcho1 (ENSPEMG00000014923) #18	Map1s (ENSPEMG00000029387) #17	ENSPEMG00000014060 #22	Slc5a5 (ENSPEMG00000009527) #23	Ccdc124 (ENSPEMG00000018475) #24	ENSPEMG00000025541	Kcnn1 (ENSPEMG00000011392) #25	ENSPEMG00000005917 #26	Il12rb1 (ENSPEMG00000004871) #27	ENSPEMG00000018323 #28	ENSPEMG00000029300	Pik3r2 (ENSPEMG00000013483) #29	Ifi30 (ENSPEMG00000016976) #30	Rab3a (ENSPEMG00000021028) #32	ENSPEMG00000008172 #33	ENSPEMG00000010765	ENSPEMG00000025156 #34	Jund (ENSPEMG00000005556) #35
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	7	Fam162a (ENSMOCG00000000950)	Abi3bp (ENSMOCG00000017744)	Impg2 (ENSMOCG00000012977)	ENSMOCG00000001541	Senp7 (ENSMOCG00000014396)	Trmt10c (ENSMOCG00000020572)	ENSMOCG00000019825	Zbtb11 (ENSMOCG00000020592)	Rpl24 (ENSMOCG00000018924)	Cep97 (ENSMOCG00000006949)	Nxpe3 (ENSMOCG00000021355)	Nfkbiz (ENSMOCG00000001612)	Zpld1 (ENSMOCG00000021963)	ENSMOCG00000008717	ENSMOCG00000022599	ENSMOCG00000008918 #22	Alcam (ENSMOCG00000002858)	Cblb (ENSMOCG00000020762)	ENSMOCG00000011608	ENSMOCG00000009635	Bbx (ENSMOCG00000020041)	Cd47 (ENSMOCG00000020195)	Ift57 (ENSMOCG00000010591)	Myh15 (ENSMOCG00000006530)	Cip2a (ENSMOCG00000002988)	Dzip3 (ENSMOCG00000018620)	ENSMOCG00000016936	Trat1 (ENSMOCG00000012939)	Morc1 (ENSMOCG00000021646)	Gm5485 (ENSMOCG00000015659)	Dppa2 (ENSMOCG00000015361)
Prairie vole	MODERN SPECIES	16	Jak2 (ENSMOCG00000013580)	Insl6 (ENSMOCG00000015208)	Rln1 (ENSMOCG00000012108)	Plgrkt (ENSMOCG00000013870)	Cd274 (ENSMOCG00000016738)	Pdcd1lg2 (ENSMOCG00000002927)	Ric1 (ENSMOCG00000018339)	ENSMOCG00000019292	Mlana (ENSMOCG00000005161)	9930021J03Rik (ENSMOCG00000020946)	Ranbp6 (ENSMOCG00000010374)	Il33 (ENSMOCG00000012740)	Uhrf2 (ENSMOCG00000000695)	Gldc (ENSMOCG00000010831)	Mbl2 (ENSMOCG00000022089)	ENSMOCG00000000632 #22	Dkk1 (ENSMOCG00000003507)	Prkg1 (ENSMOCG00000008936)	Cstf2t (ENSMOCG00000020428)	A1cf (ENSMOCG00000021536)	Asah2 (ENSMOCG00000003980)	Sgms1 (ENSMOCG00000021620)	Minpp1 (ENSMOCG00000003112)	ENSMOCG00000001064	Papss2 (ENSMOCG00000001274)	Atad1 (ENSMOCG00000013771)	ENSMOCG00000002138	ENSMOCG00000002723	Rnls (ENSMOCG00000004956)	Lipf (ENSMOCG00000013237)	Lipk (ENSMOCG00000015423)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000015797.c.b #22
Rabbit	MODERN SPECIES	435	STARD13 (ENSOCUG00000011808)	RFC3 (ENSOCUG00000003624)	ENSOCUG00000021047	ENSOCUG00000032178	NBEA (ENSOCUG00000017834)	MAB21L1 (ENSOCUG00000017845)	DCLK1 (ENSOCUG00000017848)	ENSOCUG00000039614	SOHLH2 (ENSOCUG00000017853)	CCDC169 (ENSOCUG00000026427)	SPART (ENSOCUG00000017748)	ENSOCUG00000025281	ENSOCUG00000022169	CCNA1 (ENSOCUG00000015876)	SERTM1 (ENSOCUG00000012125)	RPL18A (ENSOCUG00000024833) #22	ENSOCUG00000038429	ENSOCUG00000000059	RFXAP (ENSOCUG00000014234)	SMAD9 (ENSOCUG00000007453)	ALG5 (ENSOCUG00000007458)	EXOSC8 (ENSOCUG00000007465)	SUPT20H (ENSOCUG00000008436)
Primates	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Tarsier	MODERN SPECIES	4137												DCTN6 (ENSTSYG00000013306)	MBOAT4 (ENSTSYG00000006418)	LEPROTL1 (ENSTSYG00000026663)	SARAF (ENSTSYG00000003935)	ENSTSYG00000028226 #22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00910000147458	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Hominoidea	DUPLICATION
Hominoidea	DUPLICATION
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT00910000146711	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a	ENSGT00390000005979.a	ENSGT00390000008686.c	ENSGT00910000148110	ENSGT00920000149157	ENSGT00940000161553	ENSGT00940000154992.b	ENSGT00940000161691	ENSGT00390000015797.c.b.a.a #22	ENSGT00940000160677	ENSGT00940000156210	ENSGT01000000214434.D	ENSGT00940000162395	ENSGT00940000154607.b.a	ENSGT00940000162134	ENSGT00510000048324	ENSGT01070000253936	ENSGT01030000234626.C	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00390000001627.f.a	ENSGT00940000156503
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT00910000146711	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a	ENSGT00390000005979.a	ENSGT00390000008686.c	ENSGT00910000148110	ENSGT00920000149157	ENSGT00940000161553	ENSGT00940000154992.b	ENSGT00940000161691	ENSGT00390000015797.c.b.a.a #22	ENSGT00940000160677	ENSGT00940000156210	ENSGT01000000214434.D	ENSGT00940000162395	ENSGT00940000154607.b.a	ENSGT00940000162134	ENSGT00510000048324	ENSGT01070000253936	ENSGT01030000234626.C	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00390000001627.f.a	ENSGT00940000156503
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT00910000146711	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00950000183000.c.a.b.r.a.a	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a	ENSGT00390000005979.a	ENSGT00390000008686.c	ENSGT00910000148110	ENSGT00920000149157	ENSGT00940000161553	ENSGT00940000154992.b	ENSGT00940000161691	ENSGT00390000015797.c.b.a.a #22	ENSGT00940000160677	ENSGT00940000156210	ENSGT01000000214434.D	ENSGT00940000162395	ENSGT00940000154607.b.a	ENSGT00940000162134	ENSGT00510000048324	ENSGT01070000253936	ENSGT01030000234626.C	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00390000001627.f.a	ENSGT00940000156503
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00910000147527	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a	ENSGT00390000005979.a	ENSGT00390000008686.c	ENSGT00920000149157	ENSGT00940000161553	ENSGT00940000154992.b	ENSGT00940000161691	ENSGT00390000015797.c.b.a.a #22	ENSGT00940000160677	ENSGT00940000156210	ENSGT01000000214434.D	ENSGT00940000162395	ENSGT00940000154607.b.a	ENSGT00940000162134	ENSGT00510000048324	ENSGT01070000253936	ENSGT01030000234626.C	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00390000001627.f.a	ENSGT00940000156503
Pan	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00910000147527	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT00910000146711	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a	ENSGT00390000005979.a	ENSGT00390000008686.c	ENSGT00920000149157	ENSGT00940000161553	ENSGT00940000154992.b	ENSGT00940000161691	ENSGT00390000015797.c.b.a.a #22	ENSGT00940000160677	ENSGT00940000156210	ENSGT01000000214434.D	ENSGT00940000162395	ENSGT00940000154607.b.a	ENSGT00940000162134	ENSGT00510000048324	ENSGT01070000253936	ENSGT01030000234626.C	ENSGT00390000006098	ENSGT00940000158392	ENSGT00940000160253	ENSGT01040000240451.a.b.b.d	ENSGT00390000001627.f.a	ENSGT00940000156503
Chimpanzee	MODERN SPECIES	16	EIF1B (ENSPTRG00000014776)	MYRIP (ENSPTRG00000014775)	ENSPTRG00000048405	MOBP (ENSPTRG00000034021)	ENSPTRG00000022841	SLC25A38 (ENSPTRG00000014772)	CX3CR1 (ENSPTRG00000014771)	XIRP1 (ENSPTRG00000014770)	CSRNP1 (ENSPTRG00000014768)	TTC21A (ENSPTRG00000014767)	GORASP1 (ENSPTRG00000014766)	WDR48 (ENSPTRG00000014765)	SCN11A (ENSPTRG00000014764)	SCN10A (ENSPTRG00000014763)	SCN5A (ENSPTRG00000014762)	ENSPTRG00000048292 #22	EXOG (ENSPTRG00000014761)	ACVR2B (ENSPTRG00000014760)	XYLB (ENSPTRG00000014758)	SLC22A14 (ENSPTRG00000014757)	SLC22A13 (ENSPTRG00000014756)	OXSR1 (ENSPTRG00000014755)	ENSPTRG00000050479	MYD88 (ENSPTRG00000014754)	ACAA1 (ENSPTRG00000014753)	DLEC1 (ENSPTRG00000014752)	PLCD1 (ENSPTRG00000014751)	VILL (ENSPTRG00000014750)	CTDSPL (ENSPTRG00000014749)	ENSPTRG00000045219	ITGA9 (ENSPTRG00000014748)
Bonobo	MODERN SPECIES	16	MYRIP (ENSPPAG00000043257)	ENSPPAG00000040906	MOBP (ENSPPAG00000029626)	ENSPPAG00000040786	SLC25A38 (ENSPPAG00000030662)	ENSPPAG00000030080	CX3CR1 (ENSPPAG00000033528)	ENSPPAG00000030043	CSRNP1 (ENSPPAG00000040920)	TTC21A (ENSPPAG00000038751)	GORASP1 (ENSPPAG00000037140)	WDR48 (ENSPPAG00000029758)	SCN11A (ENSPPAG00000029217)	SCN10A (ENSPPAG00000042803)	SCN5A (ENSPPAG00000036665)	ENSPPAG00000022727 #22	EXOG (ENSPPAG00000032881)	ACVR2B (ENSPPAG00000043096)	XYLB (ENSPPAG00000024504)	SLC22A14 (ENSPPAG00000039391)	OXSR1 (ENSPPAG00000028571)	MYD88 (ENSPPAG00000037521)	ENSPPAG00000041044	ENSPPAG00000040424	ENSPPAG00000043368	DLEC1 (ENSPPAG00000041933)	PLCD1 (ENSPPAG00000026688)	VILL (ENSPPAG00000041495)	CTDSPL (ENSPPAG00000004964)	ENSPPAG00000037199	ITGA9 (ENSPPAG00000027284)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000017996.a	ENSGT00940000161490	ENSGT00390000009361	ENSGT00940000154994.a	ENSGT00940000157491	ENSGT00390000003245.i.b	ENSGT00940000153375.lb.qb	ENSGT00390000018108	ENSGT00950000182963.a.b	ENSGT00940000156949	ENSGT00390000007209	ENSGT00390000004923.A	ENSGT00940000158110	ENSGT00390000004700.a	ENSGT00940000158451	ENSGT00390000015797.c.b.a.b #22	ENSGT00940000154576.k.a	ENSGT00950000182995.e.a.a.b	ENSGT00940000158433	ENSGT00940000156275	ENSGT00950000182858.C	ENSGT00940000160840	ENSGT00940000161580	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000162735	ENSGT00390000017672	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01090000260070.B	ENSGT00390000009435
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000017996.a	ENSGT00940000161490	ENSGT00390000009361	ENSGT00940000154994.a	ENSGT00940000157491	ENSGT00390000003245.i.b	ENSGT00940000153375.lb.qb	ENSGT00390000018108	ENSGT00950000182963.a.b	ENSGT00940000156949	ENSGT00390000007209	ENSGT00390000004923.A	ENSGT00940000158110	ENSGT00390000004700.a	ENSGT00940000158451	ENSGT00390000015797.c.b.a.b #22	ENSGT00940000154576.k.a	ENSGT00950000182995.e.a.a.b	ENSGT00940000158433	ENSGT00940000156275	ENSGT00950000182858.C	ENSGT00940000160840	ENSGT00940000161580	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000162735	ENSGT00390000017672	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01090000260070.B	ENSGT00390000009435
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Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000017996.a	ENSGT00940000161490	ENSGT00390000009361	ENSGT00940000154994.a	ENSGT00940000157491	ENSGT00390000003245.i.b.c.a	ENSGT00940000153375.lb.qb	ENSGT00390000018108	ENSGT00950000182963.a.b	ENSGT00940000156949	ENSGT00390000007209	ENSGT00390000004923.A	ENSGT00940000158110	ENSGT00390000004700.a	ENSGT00940000158451	ENSGT00390000015797.c.b.a.b #22	ENSGT00940000154576.k.a	ENSGT00950000182995.e.a.a.b	ENSGT00940000158433	ENSGT00940000156275	ENSGT00950000182858.C	ENSGT00940000160840	ENSGT00940000161580	ENSGT00940000159768	ENSGT00940000162735	ENSGT00390000017672	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a	ENSGT01090000260070.B	ENSGT00390000009435
Pan	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000017996.a	ENSGT00940000161490	ENSGT00390000009361	ENSGT00940000154994.a	ENSGT00940000157491	ENSGT00390000003245.i.b.c.a	ENSGT00940000153375.lb.qb	ENSGT00390000018108	ENSGT00950000182963.a.b	ENSGT00940000156949	ENSGT00390000007209	ENSGT00390000004923.A	ENSGT00940000158110	ENSGT00390000004700.a	ENSGT00940000158451	ENSGT00390000015797.c.b.a.b #22	ENSGT00940000154576.k.a	ENSGT00950000182995.e.a.a.b	ENSGT00940000158433	ENSGT00940000156275	ENSGT00950000182858.C	ENSGT00940000160840	ENSGT00940000161580	ENSGT00940000159768	ENSGT00390000017672	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a	ENSGT00390000002480	ENSGT00390000009435	ENSGT00940000159513	ENSGT00650000093733
Chimpanzee	MODERN SPECIES		FAM229A (ENSPTRG00000049104)	TSSK3 (ENSPTRG00000000483)	BSDC1 (ENSPTRG00000000484)	ZBTB8B (ENSPTRG00000000485)	ZBTB8A (ENSPTRG00000034505)	ZBTB8OS (ENSPTRG00000044760)	RBBP4 (ENSPTRG00000050153)	SYNC (ENSPTRG00000000489)	KIAA1522 (ENSPTRG00000000490)	YARS1 (ENSPTRG00000000491)	S100PBP (ENSPTRG00000000492)	FNDC5 (ENSPTRG00000000493)	HPCA (ENSPTRG00000000494)	TMEM54 (ENSPTRG00000000495)	RNF19B (ENSPTRG00000000496)	ENSPTRG00000047651 #22	AK2 (ENSPTRG00000000499)	AZIN2 (ENSPTRG00000000501)	TRIM62 (ENSPTRG00000000502)	ZNF362 (ENSPTRG00000000503)	A3GALT2 (ENSPTRG00000051813)	PHC2 (ENSPTRG00000000505)	ZSCAN20 (ENSPTRG00000000506)	CSMD2 (ENSPTRG00000000507)	C1H1orf94 (ENSPTRG00000000512)	GJB5 (ENSPTRG00000023267)	GJB4 (ENSPTRG00000022950)	ENSPTRG00000000513	SMIM12 (ENSPTRG00000052685)	DLGAP3 (ENSPTRG00000000514)	ENSPTRG00000050496
Gibbon	MODERN SPECIES	2	FAM229A (ENSNLEG00000002630)	TSSK3 (ENSNLEG00000002640)	BSDC1 (ENSNLEG00000002642)	ZBTB8A (ENSNLEG00000002769)	ZBTB8OS (ENSNLEG00000033285)	ENSNLEG00000002805	SYNC (ENSNLEG00000002901)	KIAA1522 (ENSNLEG00000002918)	YARS1 (ENSNLEG00000002922)	S100PBP (ENSNLEG00000003023)	FNDC5 (ENSNLEG00000003033)	HPCA (ENSNLEG00000003047)	TMEM54 (ENSNLEG00000003054)	ENSNLEG00000003081	ENSNLEG00000029000	ENSNLEG00000028216 #22	AK2 (ENSNLEG00000003152)	ENSNLEG00000003217	TRIM62 (ENSNLEG00000003249)	ZNF362 (ENSNLEG00000003263)	A3GALT2 (ENSNLEG00000035336)	PHC2 (ENSNLEG00000003267)	ZSCAN20 (ENSNLEG00000003289)	CSMD2 (ENSNLEG00000003311)	HMGB4 (ENSNLEG00000018198)	C1orf94 (ENSNLEG00000003476)	GJB5 (ENSNLEG00000003498)	GJB4 (ENSNLEG00000018199)	ENSNLEG00000018200	SMIM12 (ENSNLEG00000018201)	DLGAP3 (ENSNLEG00000003515)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00910000147458	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Gibbon	DUPLICATION
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Gibbon	MODERN SPECIES	13	CHMP2B (ENSNLEG00000027188)	POU1F1 (ENSNLEG00000011761)	ENSNLEG00000033668	HTR1F (ENSNLEG00000018632)	ZNF654 (ENSNLEG00000011749)	C3orf38 (ENSNLEG00000011744)	ENSNLEG00000034037	EPHA3 (ENSNLEG00000011707)	PROS1 (ENSNLEG00000001695)	STX19 (ENSNLEG00000001932)	ARL13B (ENSNLEG00000001772)	ENSNLEG00000031524	NSUN3 (ENSNLEG00000028997)	ENSNLEG00000031526	ENSNLEG00000031075	ENSNLEG00000033949 #22	ENSNLEG00000030210	EPHA6 (ENSNLEG00000001969)	ARL6 (ENSNLEG00000027577)	CRYBG3 (ENSNLEG00000002034)	RIOX2 (ENSNLEG00000002054)	GABRR3 (ENSNLEG00000002140)	ENSNLEG00000035793	ENSNLEG00000018430	OR5H2 (ENSNLEG00000018431)	ENSNLEG00000018429	OR5K4 (ENSNLEG00000002165)	OR5K1 (ENSNLEG00000018433)	CLDND1 (ENSNLEG00000002167)	GPR15 (ENSNLEG00000018436)	CPOX (ENSNLEG00000031110)
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Orangutan	MODERN SPECIES	10	CCDC194 (ENSPPYG00000035415) #7	BST2 (ENSPPYG00000029692) #8	MVB12A (ENSPPYG00000009713) #9	TMEM221 (ENSPPYG00000009714) #10	NXNL1 (ENSPPYG00000009715) #11	SLC27A1 (ENSPPYG00000009716) #12	PGLS (ENSPPYG00000009717) #13	NIBAN3 (ENSPPYG00000009718) #14	COLGALT1 (ENSPPYG00000009719) #15	UNC13A (ENSPPYG00000009720) #16	MAP1S (ENSPPYG00000009721) #17	FCHO1 (ENSPPYG00000009722) #18	B3GNT3 (ENSPPYG00000009723) #19	INSL3 (ENSPPYG00000036188) #20	JAK3 (ENSPPYG00000009724) #21	RPL18A (ENSPPYG00000009725) #22	SLC5A5 (ENSPPYG00000009726) #23	CCDC124 (ENSPPYG00000009727) #24	KCNN1 (ENSPPYG00000010554) #25	ARRDC2 (ENSPPYG00000009728) #26	IL12RB1 (ENSPPYG00000009729) #27	MAST3 (ENSPPYG00000009730) #28	PIK3R2 (ENSPPYG00000009731) #29	IFI30 (ENSPPYG00000034245) #30	ENSPPYG00000009732 #31	RAB3A (ENSPPYG00000009575) #32	PDE4C (ENSPPYG00000009734) #33	ENSPPYG00000029846	IQCN (ENSPPYG00000009735) #34	JUND (ENSPPYG00000030870) #35	LSM4 (ENSPPYG00000009736) #36
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00910000147458	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00940000161158.e.a	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35
Gorilla	DUPLICATION
Gorilla	MODERN SPECIES	10	PLVAP (ENSGGOG00000006691)	CCDC194 (ENSGGOG00000043328) #7	BST2 (ENSGGOG00000015278) #8	MVB12A (ENSGGOG00000027234) #9	ENSGGOG00000002347 #11	SLC27A1 (ENSGGOG00000004966) #12	ENSGGOG00000003926 #13	NIBAN3 (ENSGGOG00000011785) #14	COLGALT1 (ENSGGOG00000008031) #15	UNC13A (ENSGGOG00000009113) #16	MAP1S (ENSGGOG00000007237) #17	FCHO1 (ENSGGOG00000011134) #18	B3GNT3 (ENSGGOG00000009249) #19	ENSGGOG00000037078	JAK3 (ENSGGOG00000005727) #21	RPL18A (ENSGGOG00000002870) #22	SLC5A5 (ENSGGOG00000005541) #23	CCDC124 (ENSGGOG00000004373) #24	ENSGGOG00000005791 #25	ARRDC2 (ENSGGOG00000005798) #26	ENSGGOG00000042605	IL12RB1 (ENSGGOG00000003006) #27	MAST3 (ENSGGOG00000016175) #28	ENSGGOG00000016197 #29	IFI30 (ENSGGOG00000012247) #30	MPV17L2 (ENSGGOG00000008883) #31	RAB3A (ENSGGOG00000008890) #32	PDE4C (ENSGGOG00000010732) #33	IQCN (ENSGGOG00000015207) #34	ENSGGOG00000028553 #35	LSM4 (ENSGGOG00000012914) #36
Gorilla	MODERN SPECIES	218																ENSGGOG00000000067 #22
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Bonobo	DUPLICATION
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Rhinopithecus	DUPLICATION
Rhinopithecus	DUPLICATION
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000164830	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b.c.a #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00610000086173 #36	ENSGT00390000015368.a.a #37	ENSGT00940000161872
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Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00910000147458	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00910000147458	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36	ENSGT00390000015368.a.a #37
Sooty mangabey	DUPLICATION
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Sooty mangabey	MODERN SPECIES	228	RSPH6A (ENSCATG00000031236)	SYMPK (ENSCATG00000045107)	FOXA3 (ENSCATG00000040589)	IRF2BP1 (ENSCATG00000019478)	MYPOP (ENSCATG00000044811)	NANOS2 (ENSCATG00000018951)	NOVA2 (ENSCATG00000045122)	CCDC61 (ENSCATG00000033104)	PGLYRP1 (ENSCATG00000018338)	IGFL4 (ENSCATG00000019969)	ENSCATG00000032983	IGFL3 (ENSCATG00000018431)	IGFL1 (ENSCATG00000040141)	HIF3A (ENSCATG00000013440)	PPP5C (ENSCATG00000031479)	ENSCATG00000021418 #22	CCDC8 (ENSCATG00000030098)	PNMA8C (ENSCATG00000016093)	PNMA8A (ENSCATG00000037135)	ENSCATG00000011877	CALM3 (ENSCATG00000036622)	PTGIR (ENSCATG00000044691)	GNG8 (ENSCATG00000038798)	DACT3 (ENSCATG00000028958)	PRKD2 (ENSCATG00000012657)	STRN4 (ENSCATG00000041998)	FKRP (ENSCATG00000015421)	SLC1A5 (ENSCATG00000041986)	AP2S1 (ENSCATG00000030501)	ARHGAP35 (ENSCATG00000025751)	NPAS1 (ENSCATG00000044490)
Drill	DUPLICATION
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Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	12	RSPH6A (ENSPANG00000011597)	SYMPK (ENSPANG00000019930)	FOXA3 (ENSPANG00000034535)	IRF2BP1 (ENSPANG00000002641)	MYPOP (ENSPANG00000046784)	NANOS2 (ENSPANG00000009327)	NOVA2 (ENSPANG00000023868)	CCDC61 (ENSPANG00000009365)	PGLYRP1 (ENSPANG00000048485)	IGFL3 (ENSPANG00000019926)	ENSPANG00000038110	ENSPANG00000039314	ENSPANG00000044504	HIF3A (ENSPANG00000014598)	PPP5C (ENSPANG00000002966)	ENSPANG00000029483 #22	CCDC8 (ENSPANG00000020252)	PNMA8C (ENSPANG00000033741)	PNMA8A (ENSPANG00000018286)	PNMA8B (ENSPANG00000039504)	ENSPANG00000015474	PTGIR (ENSPANG00000019287)	GNG8 (ENSPANG00000029260)	DACT3 (ENSPANG00000021672)	PRKD2 (ENSPANG00000008367)	STRN4 (ENSPANG00000017664)	FKRP (ENSPANG00000003944)	SLC1A5 (ENSPANG00000024227)	AP2S1 (ENSPANG00000031161)	ARHGAP35 (ENSPANG00000018862)	NPAS1 (ENSPANG00000014704)
Olive baboon	MODERN SPECIES	12	BST2 (ENSPANG00000001190) #8	MVB12A (ENSPANG00000032663) #9	TMEM221 (ENSPANG00000029265) #10	NXNL1 (ENSPANG00000001191) #11	SLC27A1 (ENSPANG00000002670) #12	PGLS (ENSPANG00000004444) #13	NIBAN3 (ENSPANG00000004465) #14	COLGALT1 (ENSPANG00000017401) #15	ENSPANG00000042606	UNC13A (ENSPANG00000002534) #16	MAP1S (ENSPANG00000019796) #17	FCHO1 (ENSPANG00000015033) #18	B3GNT3 (ENSPANG00000038135) #19	INSL3 (ENSPANG00000008848) #20	JAK3 (ENSPANG00000004912) #21	RPL18A (ENSPANG00000033114) #22	SLC5A5 (ENSPANG00000023922) #23	ENSPANG00000037095	CCDC124 (ENSPANG00000004464) #24	KCNN1 (ENSPANG00000010107) #25	ARRDC2 (ENSPANG00000001630) #26	IL12RB1 (ENSPANG00000031075) #27	MAST3 (ENSPANG00000004443) #28	PIK3R2 (ENSPANG00000002533) #29	IFI30 (ENSPANG00000034060) #30	MPV17L2 (ENSPANG00000013957) #31	RAB3A (ENSPANG00000009376) #32	PDE4C (ENSPANG00000004911) #33	ENSPANG00000048218	IQCN (ENSPANG00000015622) #34	LSM4 (ENSPANG00000014399) #36
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT01030000234883	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36
Pig-tailed macaque	DUPLICATION
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Rhesus	DUPLICATION
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Crab-eating macaque	DUPLICATION
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Vervet Monkey	DUPLICATION
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Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00390000013782 #8	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36	ENSGT00390000015368.a.a #37
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Marmoset	MODERN SPECIES	14	ENSCJAG00000009764 #8	ENSCJAG00000078412	MVB12A (ENSCJAG00000013764) #9	TMEM221 (ENSCJAG00000036544) #10	NXNL1 (ENSCJAG00000013780) #11	SLC27A1 (ENSCJAG00000013783) #12	PGLS (ENSCJAG00000013798) #13	NIBAN3 (ENSCJAG00000013801) #14	COLGALT1 (ENSCJAG00000013838) #15	UNC13A (ENSCJAG00000013861) #16	MAP1S (ENSCJAG00000013920) #17	FCHO1 (ENSCJAG00000013943) #18	B3GNT3 (ENSCJAG00000011816) #19	INSL3 (ENSCJAG00000074898) #20	JAK3 (ENSCJAG00000038589) #21	RPL18A (ENSCJAG00000040183) #22	SLC5A5 (ENSCJAG00000014011) #23	CCDC124 (ENSCJAG00000039582) #24	KCNN1 (ENSCJAG00000014026) #25	ARRDC2 (ENSCJAG00000036002) #26	IL12RB1 (ENSCJAG00000014045) #27	ENSCJAG00000072185 #32	MAST3 (ENSCJAG00000014057) #28	PIK3R2 (ENSCJAG00000014073) #29	IFI30 (ENSCJAG00000014094) #30	MPV17L2 (ENSCJAG00000014104) #31	PDE4C (ENSCJAG00000042536) #33	ENSCJAG00000071787	ENSCJAG00000065876	IQCN (ENSCJAG00000014148) #34	JUND (ENSCJAG00000059058) #35
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Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
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Capuchin	DUPLICATION
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Mas night monkey	DUPLICATION
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Mas night monkey	MODERN SPECIES	1353	CCDC194 (ENSANAG00000022098) #7	BST2 (ENSANAG00000027867) #8	MVB12A (ENSANAG00000034548) #9	TMEM221 (ENSANAG00000038451) #10	NXNL1 (ENSANAG00000022891) #11	SLC27A1 (ENSANAG00000029973) #12	PGLS (ENSANAG00000029756) #13	NIBAN3 (ENSANAG00000034531) #14	COLGALT1 (ENSANAG00000023930) #15	UNC13A (ENSANAG00000030873) #16	MAP1S (ENSANAG00000032114) #17	FCHO1 (ENSANAG00000027781) #18	B3GNT3 (ENSANAG00000005235) #19	INSL3 (ENSANAG00000016622) #20	JAK3 (ENSANAG00000010485) #21	ENSANAG00000037640 #22	SLC5A5 (ENSANAG00000031185) #23	CCDC124 (ENSANAG00000020604) #24	KCNN1 (ENSANAG00000037378) #25	ARRDC2 (ENSANAG00000036755) #26	IL12RB1 (ENSANAG00000020938) #27	MAST3 (ENSANAG00000030335) #28	PIK3R2 (ENSANAG00000001008) #29	IFI30 (ENSANAG00000032341) #30	MPV17L2 (ENSANAG00000008820) #31	RAB3A (ENSANAG00000030989) #32	PDE4C (ENSANAG00000020146) #33	IQCN (ENSANAG00000024831) #34	LSM4 (ENSANAG00000034659) #36	PGPEP1 (ENSANAG00000025508) #37	GDF15 (ENSANAG00000030690)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00390000006166	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36	ENSGT00390000015368.a.a #37
Bushbaby	MODERN SPECIES	220	PLVAP (ENSOGAG00000032556)	MVB12A (ENSOGAG00000030761) #9	ENSOGAG00000027569	TMEM221 (ENSOGAG00000003706) #10	NXNL1 (ENSOGAG00000031624) #11	SLC27A1 (ENSOGAG00000000089) #12	PGLS (ENSOGAG00000000091) #13	NIBAN3 (ENSOGAG00000000092) #14	COLGALT1 (ENSOGAG00000000093) #15	UNC13A (ENSOGAG00000027473) #16	MAP1S (ENSOGAG00000025035) #17	FCHO1 (ENSOGAG00000006490) #18	B3GNT3 (ENSOGAG00000001205) #19	ENSOGAG00000029158	JAK3 (ENSOGAG00000009777) #21	RPL18A (ENSOGAG00000031828) #22	SLC5A5 (ENSOGAG00000012290) #23	CCDC124 (ENSOGAG00000012293) #24	KCNN1 (ENSOGAG00000012295) #25	ARRDC2 (ENSOGAG00000001138) #26	IL12RB1 (ENSOGAG00000001139) #27	MAST3 (ENSOGAG00000001141) #28	PIK3R2 (ENSOGAG00000001143) #29	IFI30 (ENSOGAG00000024708) #30	RAB3A (ENSOGAG00000010208) #32	PDE4C (ENSOGAG00000014301) #33	IQCN (ENSOGAG00000033156) #34	JUND (ENSOGAG00000025346) #35	LSM4 (ENSOGAG00000027992) #36	PGPEP1 (ENSOGAG00000014833) #37	ENSOGAG00000033959
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00390000006166	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000161905 #16	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36	ENSGT00390000015368.a.a #37
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00390000006166	ENSGT00850000133633 #7	ENSGT00940000160542 #9	ENSGT00390000001907 #10	ENSGT00940000161246 #11	ENSGT00940000159323 #12	ENSGT00550000075110 #13	ENSGT00940000154149.b.b #14	ENSGT01030000234558.D.b #15	ENSGT00940000154929.B	ENSGT00940000160221 #17	ENSGT00940000160489 #18	ENSGT00940000159134 #19	ENSGT00940000163613 #20	ENSGT00940000161827 #21	ENSGT00390000015797.c.b #22	ENSGT00940000159489 #23	ENSGT00390000012482 #24	ENSGT00950000182904.a.b.b #25	ENSGT00940000159994 #26	ENSGT00390000012431 #27	ENSGT00940000157166 #28	ENSGT00940000157050 #29	ENSGT00390000010450 #30	ENSGT00940000160620 #31	ENSGT00940000158959.b #32	ENSGT00940000162285 #33	ENSGT00940000156018.A #34	ENSGT00940000162806 #35	ENSGT00610000086173 #36	ENSGT00390000015368.a.a #37
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	589	PLVAP (ENSPCOG00000025460)	CCDC194 (ENSPCOG00000017156) #7	MVB12A (ENSPCOG00000017574) #9	TMEM221 (ENSPCOG00000028289) #10	NXNL1 (ENSPCOG00000018562) #11	SLC27A1 (ENSPCOG00000015072) #12	PGLS (ENSPCOG00000028323) #13	NIBAN3 (ENSPCOG00000015603) #14	COLGALT1 (ENSPCOG00000020663) #15	ENSPCOG00000013636	MAP1S (ENSPCOG00000017046) #17	FCHO1 (ENSPCOG00000023365) #18	B3GNT3 (ENSPCOG00000023429) #19	INSL3 (ENSPCOG00000027154) #20	JAK3 (ENSPCOG00000012079) #21	RPL18A (ENSPCOG00000024822) #22	SLC5A5 (ENSPCOG00000003964) #23	CCDC124 (ENSPCOG00000019143) #24	KCNN1 (ENSPCOG00000012840) #25	ARRDC2 (ENSPCOG00000013771) #26	IL12RB1 (ENSPCOG00000014526) #27	MAST3 (ENSPCOG00000013135) #28	PIK3R2 (ENSPCOG00000021064) #29	IFI30 (ENSPCOG00000015786) #30	MPV17L2 (ENSPCOG00000003636) #31	RAB3A (ENSPCOG00000013539) #32	PDE4C (ENSPCOG00000014383) #33	IQCN (ENSPCOG00000025626) #34	JUND (ENSPCOG00000014234) #35	LSM4 (ENSPCOG00000019837) #36	PGPEP1 (ENSPCOG00000022097) #37
Mouse lemur	MODERN SPECIES	16	NANOS3 (ENSMICG00000030950)	ZSWIM4 (ENSMICG00000037649)	ENSMICG00000033146	CCDC194 (ENSMICG00000045403) #7	MVB12A (ENSMICG00000043858) #9	SLC27A1 (ENSMICG00000003391) #12	PGLS (ENSMICG00000037868) #13	NIBAN3 (ENSMICG00000045861) #14	COLGALT1 (ENSMICG00000037557) #15	UNC13A (ENSMICG00000036952) #16	MAP1S (ENSMICG00000041940) #17	FCHO1 (ENSMICG00000028462) #18	B3GNT3 (ENSMICG00000031110) #19	ENSMICG00000045535	JAK3 (ENSMICG00000034333) #21	RPL18A (ENSMICG00000029204) #22	SLC5A5 (ENSMICG00000031990) #23	CCDC124 (ENSMICG00000008707) #24	KCNN1 (ENSMICG00000000005) #25	ARRDC2 (ENSMICG00000048039) #26	MAST3 (ENSMICG00000034292) #28	PIK3R2 (ENSMICG00000028339) #29	MPV17L2 (ENSMICG00000044224) #31	RAB3A (ENSMICG00000047037) #32	PDE4C (ENSMICG00000037741) #33	IQCN (ENSMICG00000044860) #34	ENSMICG00000032841 #35	LSM4 (ENSMICG00000000222) #36	ENSMICG00000043044	ENSMICG00000034758	ISYNA1 (ENSMICG00000017023)