Eutheria	DUPLICATION
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Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Primates	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00950000184824	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00950000184824	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000155657.db.a.b
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00390000006095.t #25	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	100											ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778.t #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00390000006095.t #25	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000168500 #34	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	358												MAB21L2 (ENSRBIG00000024882) #18	ENSRBIG00000016420 #19	ENSRBIG00000044387 #20	ENSRBIG00000039102 #21	RPS3A (ENSRBIG00000031506) #22	SH3D19 (ENSRBIG00000043149) #23	PRSS48 (ENSRBIG00000035216) #24	ENSRBIG00000039614 #25	FHIP1A (ENSRBIG00000032166) #26	GATB (ENSRBIG00000006453) #27	FBXW7 (ENSRBIG00000035783) #28	TMEM154 (ENSRBIG00000039822) #29	TIGD4 (ENSRBIG00000014613) #30	ARFIP1 (ENSRBIG00000027072) #31	ENSRBIG00000043174 #32	FHDC1 (ENSRBIG00000012007) #33	ENSRBIG00000038361 #34	ENSRBIG00000041487 #35	TRIM2 (ENSRBIG00000032464) #36	MND1 (ENSRBIG00000036568) #37
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1678										DCLK2 (ENSRROG00000009020)	MAB21L2 (ENSRROG00000005152) #18	ENSRROG00000024313 #19	ENSRROG00000037134	LRBA (ENSRROG00000039728) #20	ENSRROG00000030795 #21	RPS3A (ENSRROG00000041672) #22	PRSS48 (ENSRROG00000035004) #24	SH3D19 (ENSRROG00000031648) #23	ENSRROG00000043903 #25	FHIP1A (ENSRROG00000031149) #26	GATB (ENSRROG00000041575) #27
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00390000006095.t #25	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000153377.B.f	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	26	ENSCSAG00000003416	SLC10A7 (ENSCSAG00000003414)	POU4F2 (ENSCSAG00000003411)	TTC29 (ENSCSAG00000003409)	EDNRA (ENSCSAG00000003394)	TMEM184C (ENSCSAG00000003385)	PRMT9 (ENSCSAG00000003376)	ARHGAP10 (ENSCSAG00000003372)	ENSCSAG00000003366	DCLK2 (ENSCSAG00000003362)	ENSCSAG00000003358	MAB21L2 (ENSCSAG00000000389) #18	LRBA (ENSCSAG00000003355) #20	ENSCSAG00000003348	ENSCSAG00000000388	RPS3A (ENSCSAG00000003344) #22	SH3D19 (ENSCSAG00000003339) #23	PRSS48 (ENSCSAG00000003331) #24	FHIP1A (ENSCSAG00000003322) #26	GATB (ENSCSAG00000003318) #27	FBXW7 (ENSCSAG00000003313) #28	TMEM154 (ENSCSAG00000003309) #29	ENSCSAG00000000387	TIGD4 (ENSCSAG00000000386) #30	ARFIP1 (ENSCSAG00000003306) #31	FHDC1 (ENSCSAG00000003305) #33	ENSCSAG00000003303	TRIM2 (ENSCSAG00000003302) #36	MND1 (ENSCSAG00000003300) #37	TMEM131L (ENSCSAG00000003293)	TLR2 (ENSCSAG00000000385)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT00940000153314.a.a.l.b	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00390000006095.t #25	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000153377.B.f	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT00940000153314.a.a.l.b	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154568.q.a.a.b.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000153311.a.b.a.fb.a.a.a	ENSGT00940000153377.B.f	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b
Pig-tailed macaque	DUPLICATION
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	152		RIC1 (ENSMNEG00000022609)	ERMP1 (ENSMNEG00000028561)	MLANA (ENSMNEG00000031276)	ENSMNEG00000038006	IL33 (ENSMNEG00000041999)	TPD52L3 (ENSMNEG00000033267)	UHRF2 (ENSMNEG00000034080)	GLDC (ENSMNEG00000032546)	ENSMNEG00000033793	ENSMNEG00000031093	KDM4C (ENSMNEG00000029324)	DMAC1 (ENSMNEG00000044495)	ENSMNEG00000030132	PTPRD (ENSMNEG00000036506)	ENSMNEG00000036773 #22	TYRP1 (ENSMNEG00000035543)	LURAP1L (ENSMNEG00000029041)	ENSMNEG00000035930	MPDZ (ENSMNEG00000040228)	ENSMNEG00000035388	NFIB (ENSMNEG00000039065)	ENSMNEG00000005084	ZDHHC21 (ENSMNEG00000033895)	CER1 (ENSMNEG00000034249)	FREM1 (ENSMNEG00000034773)	TTC39B (ENSMNEG00000029192)	SNAPC3 (ENSMNEG00000002686)	ENSMNEG00000014509	PSIP1 (ENSMNEG00000030633)	CCDC171 (ENSMNEG00000042615)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	306	REELD1 (ENSMNEG00000028815)	SLC10A7 (ENSMNEG00000033881)	POU4F2 (ENSMNEG00000036356)	TTC29 (ENSMNEG00000034118)	ENSMNEG00000025155	EDNRA (ENSMNEG00000002624)	TMEM184C (ENSMNEG00000029579)	PRMT9 (ENSMNEG00000031467)	ARHGAP10 (ENSMNEG00000045536)	NR3C2 (ENSMNEG00000042813)	IQCM (ENSMNEG00000034863)	DCLK2 (ENSMNEG00000020553)	LRBA (ENSMNEG00000021813) #20	MAB21L2 (ENSMNEG00000002873) #18	ENSMNEG00000008812 #21	ENSMNEG00000037276 #22	SH3D19 (ENSMNEG00000039541) #23	PRSS48 (ENSMNEG00000041329) #24	FHIP1A (ENSMNEG00000036401) #26	GATB (ENSMNEG00000040147) #27	FBXW7 (ENSMNEG00000034815) #28	TMEM154 (ENSMNEG00000043952) #29	TIGD4 (ENSMNEG00000019365) #30	ARFIP1 (ENSMNEG00000032244) #31	FHDC1 (ENSMNEG00000041726) #33	ENSMNEG00000028849	ENSMNEG00000020352	TRIM2 (ENSMNEG00000045339) #36	ENSMNEG00000028298 #35	MND1 (ENSMNEG00000045163) #37	TMEM131L (ENSMNEG00000032766)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT00940000153314.a.a.l.b	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154568.q.a.a.b.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT01100000263493.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.a.b.a.b.d.b	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000161627.a.b.b.b.b.a.b.b	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000153311.a.b.a.fb.a.a.a	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b
Rhesus	MODERN SPECIES	15	ENSMMUG00000062288	EDNRA (ENSMMUG00000003659)	ENSMMUG00000063624	TMEM184C (ENSMMUG00000004977)	PRMT9 (ENSMMUG00000004979)	ARHGAP10 (ENSMMUG00000014953)	NR3C2 (ENSMMUG00000014955)	ENSMMUG00000056077	ENSMMUG00000062670	IQCM (ENSMMUG00000047563)	DCLK2 (ENSMMUG00000002211)	LRBA (ENSMMUG00000002212) #20	MAB21L2 (ENSMMUG00000039441) #18	ENSMMUG00000059101	ENSMMUG00000030101 #21	RPS3A (ENSMMUG00000002676) #22	ENSMMUG00000059421	SH3D19 (ENSMMUG00000006026) #23	PRSS48 (ENSMMUG00000009680) #24	FHIP1A (ENSMMUG00000041800) #26	GATB (ENSMMUG00000011048) #27	FBXW7 (ENSMMUG00000020330) #28	ENSMMUG00000064587	ENSMMUG00000050880	TMEM154 (ENSMMUG00000039094) #29	ENSMMUG00000063665	ARFIP1 (ENSMMUG00000018490) #31	FHDC1 (ENSMMUG00000018493) #33	ENSMMUG00000065105	ENSMMUG00000039869	TMEM131L (ENSMMUG00000009001)
Crab-eating macaque	DUPLICATION
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES		ENSMFAG00000049451	RPL5 (ENSMFAG00000033619)	EVI5 (ENSMFAG00000003592)	ENSMFAG00000044701	ENSMFAG00000061073	GFI1 (ENSMFAG00000045801)	RPAP2 (ENSMFAG00000031837)	GLMN (ENSMFAG00000035560)	BTBD8 (ENSMFAG00000003189)	EPHX4 (ENSMFAG00000035355)	BRDT (ENSMFAG00000044939)	ENSMFAG00000047645	TGFBR3 (ENSMFAG00000002239)	ENSMFAG00000000474	ENSMFAG00000003649	ENSMFAG00000048501 #22	ENSMFAG00000060879	ENSMFAG00000062421	ZNF644 (ENSMFAG00000033902)	ENSMFAG00000047958	ENSMFAG00000064076	ENSMFAG00000062129	BARHL2 (ENSMFAG00000051984)	ENSMFAG00000062941	ENSMFAG00000057050	ZNF326 (ENSMFAG00000044308)	LRRC8D (ENSMFAG00000062678)	ENSMFAG00000051015	LRRC8C (ENSMFAG00000031732)	LRRC8B (ENSMFAG00000026599)	ENSMFAG00000035480
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	15	TTC29 (ENSMFAG00000046354)	ENSMFAG00000059767	EDNRA (ENSMFAG00000033903)	TMEM184C (ENSMFAG00000039107)	PRMT9 (ENSMFAG00000033194)	ARHGAP10 (ENSMFAG00000039963)	NR3C2 (ENSMFAG00000033681)	IQCM (ENSMFAG00000045917)	ENSMFAG00000049000	ENSMFAG00000057521	DCLK2 (ENSMFAG00000001654)	ENSMFAG00000053094	LRBA (ENSMFAG00000003797) #20	MAB21L2 (ENSMFAG00000015102) #18	ENSMFAG00000038836 #21	ENSMFAG00000037658 #22	ENSMFAG00000062741	SH3D19 (ENSMFAG00000032402) #23	PRSS48 (ENSMFAG00000041886) #24	FHIP1A (ENSMFAG00000035212) #26	GATB (ENSMFAG00000045472) #27	FBXW7 (ENSMFAG00000045981) #28	TMEM154 (ENSMFAG00000003415) #29	ENSMFAG00000061648	TIGD4 (ENSMFAG00000007745) #30	ARFIP1 (ENSMFAG00000003342) #31	FHDC1 (ENSMFAG00000040830) #33	FKBP1C (ENSMFAG00000029622)	TRIM2 (ENSMFAG00000033003) #36	MND1 (ENSMFAG00000037778) #37	TMEM131L (ENSMFAG00000002070)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT00940000153314.a.a.l.b	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00390000006095.t #25	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000153377.B.f	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37
Olive baboon	MODERN SPECIES	13	REELD1 (ENSPANG00000019816)	SLC10A7 (ENSPANG00000019495)	POU4F2 (ENSPANG00000045314)	TTC29 (ENSPANG00000004758)	ENSPANG00000038735	EDNRA (ENSPANG00000006372)	TMEM184C (ENSPANG00000005233)	PRMT9 (ENSPANG00000019539)	ARHGAP10 (ENSPANG00000025442)	NR3C2 (ENSPANG00000004756)	IQCM (ENSPANG00000008512)	ENSPANG00000019538	MAB21L2 (ENSPANG00000044410) #18	LRBA (ENSPANG00000018911) #20	ENSPANG00000032704 #21	RPS3A (ENSPANG00000030994) #22	PRSS48 (ENSPANG00000021582) #24	ENSPANG00000041232	SH3D19 (ENSPANG00000013406) #23	FHIP1A (ENSPANG00000017864) #26	GATB (ENSPANG00000024036) #27	FBXW7 (ENSPANG00000025492) #28	ENSPANG00000049897	TMEM154 (ENSPANG00000016249) #29	TIGD4 (ENSPANG00000002290) #30	ARFIP1 (ENSPANG00000018884) #31	FHDC1 (ENSPANG00000008667) #33	ENSPANG00000043803	TRIM2 (ENSPANG00000023881) #36	MND1 (ENSPANG00000006139) #37	TMEM131L (ENSPANG00000006232)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT00940000153314.a.a.l.b	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00910000148727	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00390000006095.t #25	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000153377.B.f	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37
Drill	MODERN SPECIES	391			TTC29 (ENSMLEG00000029380)	ENSMLEG00000026540	EDNRA (ENSMLEG00000032003)	TMEM184C (ENSMLEG00000040036)	PRMT9 (ENSMLEG00000042508)	ARHGAP10 (ENSMLEG00000038597)	ENSMLEG00000035174	NR3C2 (ENSMLEG00000032090)	IQCM (ENSMLEG00000036248)	DCLK2 (ENSMLEG00000032964)	MAB21L2 (ENSMLEG00000001807) #18	LRBA (ENSMLEG00000029030) #20	ENSMLEG00000043812 #21	RPS3A (ENSMLEG00000044224) #22	SH3D19 (ENSMLEG00000042981) #23	PRSS48 (ENSMLEG00000031832) #24	ENSMLEG00000042885 #25	FHIP1A (ENSMLEG00000043501) #26	GATB (ENSMLEG00000042135) #27	FBXW7 (ENSMLEG00000035509) #28	TMEM154 (ENSMLEG00000042299) #29	TIGD4 (ENSMLEG00000008774) #30	ARFIP1 (ENSMLEG00000040124) #31	ENSMLEG00000043684 #32	FHDC1 (ENSMLEG00000033276) #33	ENSMLEG00000004649
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	575	SLC10A7 (ENSCATG00000038830)	POU4F2 (ENSCATG00000035415)	TTC29 (ENSCATG00000021611)	EDNRA (ENSCATG00000041941)	TMEM184C (ENSCATG00000044287)	PRMT9 (ENSCATG00000025314)	ARHGAP10 (ENSCATG00000029679)	ENSCATG00000029475	NR3C2 (ENSCATG00000031040)	IQCM (ENSCATG00000039219)	DCLK2 (ENSCATG00000034887)	MAB21L2 (ENSCATG00000015705) #18	ENSCATG00000035565 #19	LRBA (ENSCATG00000036910) #20	ENSCATG00000009094 #21	RPS3A (ENSCATG00000029484) #22	PRSS48 (ENSCATG00000033095) #24	SH3D19 (ENSCATG00000040234) #23	ENSCATG00000016011 #25	FHIP1A (ENSCATG00000043916) #26	GATB (ENSCATG00000034281) #27	FBXW7 (ENSCATG00000040206) #28	TMEM154 (ENSCATG00000034714) #29	TIGD4 (ENSCATG00000023010) #30	ARFIP1 (ENSCATG00000036832) #31	ENSCATG00000025962 #32	FHDC1 (ENSCATG00000041321) #33	ENSCATG00000022750	ENSCATG00000040320 #35	TRIM2 (ENSCATG00000040189) #36	MND1 (ENSCATG00000041976) #37
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Gibbon	DUPLICATION
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Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000155657.db.a.b
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Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b #21	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000155657.db.a.b
Human	MODERN SPECIES	16	ZNF827 (ENSG00000151612)	LSM6 (ENSG00000164167)	REELD1 (ENSG00000250673)	SLC10A7 (ENSG00000120519)	POU4F2 (ENSG00000151615)	TTC29 (ENSG00000137473)	EDNRA (ENSG00000151617)	TMEM184C (ENSG00000164168)	PRMT9 (ENSG00000164169)	ARHGAP10 (ENSG00000071205)	NR3C2 (ENSG00000151623)	IQCM (ENSG00000234828)	DCLK2 (ENSG00000170390)	LRBA (ENSG00000198589) #20	MAB21L2 (ENSG00000181541) #18	RPS3A (ENSG00000145425) #22	SH3D19 (ENSG00000109686) #23	PRSS48 (ENSG00000189099) #24	FHIP1A (ENSG00000164142) #26	GATB (ENSG00000059691) #27	FBXW7 (ENSG00000109670) #28	TMEM154 (ENSG00000170006) #29	TIGD4 (ENSG00000169989) #30	ARFIP1 (ENSG00000164144) #31	FHDC1 (ENSG00000137460) #33	TRIM2 (ENSG00000109654) #36	ENSG00000288637	MND1 (ENSG00000121211) #37	TMEM131L (ENSG00000121210)	TLR2 (ENSG00000137462)	RNF175 (ENSG00000145428)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000153230.B.b	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000003245.i.a #19	ENSGT00940000154568.q.a.a.b #21	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00500000044916.g.b #32	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000155657.db.a.b
Bonobo	MODERN SPECIES	18	KCNN2 (ENSPPAG00000043586)	ENSPPAG00000012064	YTHDC2 (ENSPPAG00000018854)	MCC (ENSPPAG00000001501)	DCP2 (ENSPPAG00000042108)	ENSPPAG00000008683	ENSPPAG00000026840	SRP19 (ENSPPAG00000037062)	APC (ENSPPAG00000032467)	EPB41L4A (ENSPPAG00000040652)	ENSPPAG00000042559	ENSPPAG00000039695	ENSPPAG00000031387	STARD4 (ENSPPAG00000039524)	CAMK4 (ENSPPAG00000041231)	ENSPPAG00000029092 #22	WDR36 (ENSPPAG00000023560)	ENSPPAG00000043068	TSLP (ENSPPAG00000037495)	ENSPPAG00000029536	SLC25A46 (ENSPPAG00000042617)	TMEM232 (ENSPPAG00000039615)	ENSPPAG00000001922	ENSPPAG00000036482	MAN2A1 (ENSPPAG00000037961)	PJA2 (ENSPPAG00000039234)	ENSPPAG00000035716	ENSPPAG00000043941	FER (ENSPPAG00000039597)	ENSPPAG00000035591	ENSPPAG00000028652
Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	MODERN SPECIES	17	EDNRA (ENSPTRG00000016494)	TMEM184C (ENSPTRG00000016495)	PRMT9 (ENSPTRG00000016496)	ENSPTRG00000045979	ARHGAP10 (ENSPTRG00000016497)	NR3C2 (ENSPTRG00000016499)	IQCM (ENSPTRG00000046099)	DCLK2 (ENSPTRG00000016504)	LRBA (ENSPTRG00000023095) #20	ENSPTRG00000043716	MAB21L2 (ENSPTRG00000038821) #18	ENSPTRG00000049102 #19	ENSPTRG00000047882 #20	ENSPTRG00000052157 #20	ENSPTRG00000044700 #20	RPS3A (ENSPTRG00000046168) #22	SH3D19 (ENSPTRG00000016509) #23	PRSS48 (ENSPTRG00000016510) #24	FHIP1A (ENSPTRG00000016512) #26	GATB (ENSPTRG00000016513) #27	FBXW7 (ENSPTRG00000016514) #28	TIGD4 (ENSPTRG00000016518) #30	ARFIP1 (ENSPTRG00000016519) #31	ENSPTRG00000016520 #32	FHDC1 (ENSPTRG00000016521) #33	TRIM2 (ENSPTRG00000016522) #36	ENSPTRG00000043478 #35	MND1 (ENSPTRG00000016524) #37	TMEM131L (ENSPTRG00000016527)	ENSPTRG00000052408	TLR2 (ENSPTRG00000016528)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	18	KCNN2 (ENSPTRG00000017144)	YTHDC2 (ENSPTRG00000017143)	MCC (ENSPTRG00000017140)	DCP2 (ENSPTRG00000050185)	ENSPTRG00000017138	REEP5 (ENSPTRG00000017137)	SRP19 (ENSPTRG00000017136)	ENSPTRG00000049857	APC (ENSPTRG00000017135)	ENSPTRG00000046651	EPB41L4A (ENSPTRG00000017133)	ENSPTRG00000050776	NREP (ENSPTRG00000017131)	STARD4 (ENSPTRG00000047777)	CAMK4 (ENSPTRG00000017129)	ENSPTRG00000046092 #22	WDR36 (ENSPTRG00000017128)	ENSPTRG00000044276	TSLP (ENSPTRG00000043950)	ENSPTRG00000049886	SLC25A46 (ENSPTRG00000017126)	TMEM232 (ENSPTRG00000017123)	ENSPTRG00000046139	ENSPTRG00000042761	MAN2A1 (ENSPTRG00000017122)	PJA2 (ENSPTRG00000022820)	ENSPTRG00000051898	FER (ENSPTRG00000017117)	ENSPTRG00000052594	FBXL17 (ENSPTRG00000017116)	ENSPTRG00000051006
Gorilla	DUPLICATION
Gorilla	MODERN SPECIES	17	ENSGGOG00000034808	POU4F2 (ENSGGOG00000001836)	TTC29 (ENSGGOG00000004691)	EDNRA (ENSGGOG00000000619)	ENSGGOG00000038929	TMEM184C (ENSGGOG00000013660)	PRMT9 (ENSGGOG00000013668)	ARHGAP10 (ENSGGOG00000014936)	NR3C2 (ENSGGOG00000001102)	IQCM (ENSGGOG00000025100)	DCLK2 (ENSGGOG00000014019)	LRBA (ENSGGOG00000014034) #20	MAB21L2 (ENSGGOG00000014090) #18	ENSGGOG00000011073 #19	ENSGGOG00000043224 #21	RPS3A (ENSGGOG00000003182) #22	SH3D19 (ENSGGOG00000010733) #23	PRSS48 (ENSGGOG00000008111) #24	FHIP1A (ENSGGOG00000016578) #26	GATB (ENSGGOG00000011099) #27	FBXW7 (ENSGGOG00000024434) #28	TMEM154 (ENSGGOG00000024800) #29	TIGD4 (ENSGGOG00000011836) #30	ARFIP1 (ENSGGOG00000008153) #31	ENSGGOG00000043918 ##32	FHDC1 (ENSGGOG00000006436) #33	TRIM2 (ENSGGOG00000007303) #36	ENSGGOG00000027243 #35	MND1 (ENSGGOG00000023104) #37	TMEM131L (ENSGGOG00000003778)	ENSGGOG00000043385
Gorilla	MODERN SPECIES	18	TRIM36 (ENSGGOG00000016765)	ENSGGOG00000039744	ENSGGOG00000015564	YTHDC2 (ENSGGOG00000014407)	MCC (ENSGGOG00000001631)	DCP2 (ENSGGOG00000014412)	REEP5 (ENSGGOG00000037456)	ENSGGOG00000027482	ENSGGOG00000038397	APC (ENSGGOG00000005972)	EPB41L4A (ENSGGOG00000011203)	ENSGGOG00000036761	ENSGGOG00000003725	STARD4 (ENSGGOG00000040002)	CAMK4 (ENSGGOG00000007589)	RPS3A (ENSGGOG00000002161) #22	WDR36 (ENSGGOG00000026914)	TSLP (ENSGGOG00000038272)	ENSGGOG00000042018	SLC25A46 (ENSGGOG00000024980)	TMEM232 (ENSGGOG00000005241)	MAN2A1 (ENSGGOG00000001547)	ENSGGOG00000010526	FER (ENSGGOG00000010028)	FBXL17 (ENSGGOG00000015039)	ENSGGOG00000042159	EFNA5 (ENSGGOG00000000371)	ENSGGOG00000027503	NUDT12 (ENSGGOG00000023955)	MACIR (ENSGGOG00000040406)	PPIP5K2 (ENSGGOG00000012250)
Gorilla	MODERN SPECIES	9	ENSGGOG00000013730	ALPK2 (ENSGGOG00000013746)	MALT1 (ENSGGOG00000023405)	ZNF532 (ENSGGOG00000026498)	SEC11C (ENSGGOG00000007358)	ENSGGOG00000038737	GRP (ENSGGOG00000002670)	RAX (ENSGGOG00000006747)	CPLX4 (ENSGGOG00000006750)	LMAN1 (ENSGGOG00000006753)	CCBE1 (ENSGGOG00000016394)	ENSGGOG00000005394	ENSGGOG00000007170	ENSGGOG00000023935	ENSGGOG00000040955	RPS3A (ENSGGOG00000027455) #22	MC4R (ENSGGOG00000015011)	CDH20 (ENSGGOG00000006915)	ENSGGOG00000041434	ENSGGOG00000026693	PIGN (ENSGGOG00000005051)	RELCH (ENSGGOG00000015020)	TNFRSF11A (ENSGGOG00000004309)	ZCCHC2 (ENSGGOG00000002966)	PHLPP1 (ENSGGOG00000005176)	ENSGGOG00000024193	BCL2 (ENSGGOG00000037403)	KDSR (ENSGGOG00000013317)	VPS4B (ENSGGOG00000006727)	SERPINB5 (ENSGGOG00000025505)	ENSGGOG00000041777
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	269									ENSANAG00000025883	NR3C2 (ENSANAG00000021076)	IQCM (ENSANAG00000036171)	DCLK2 (ENSANAG00000037979)	LRBA (ENSANAG00000036178) #20	MAB21L2 (ENSANAG00000031618) #18	ENSANAG00000026622	RPS3A (ENSANAG00000022955) #22	SH3D19 (ENSANAG00000025505) #23	ENSANAG00000020141	PRSS48 (ENSANAG00000023765) #24	FHIP1A (ENSANAG00000031939) #26	GATB (ENSANAG00000020953) #27
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1074		SLC25A38 (ENSANAG00000032913)	CX3CR1 (ENSANAG00000035425)	XIRP1 (ENSANAG00000023033)	CSRNP1 (ENSANAG00000031114)	TTC21A (ENSANAG00000035657)	GORASP1 (ENSANAG00000025911)	WDR48 (ENSANAG00000001805)	SCN11A (ENSANAG00000021625)	SCN10A (ENSANAG00000031852)	SCN5A (ENSANAG00000028084)	EXOG (ENSANAG00000025128)	ACVR2B (ENSANAG00000034446)	XYLB (ENSANAG00000033524)	ENSANAG00000031540	ENSANAG00000008213 #22	SLC22A13 (ENSANAG00000029827)	OXSR1 (ENSANAG00000021659)	MYD88 (ENSANAG00000023716)	ENSANAG00000021999	ACAA1 (ENSANAG00000023775)	DLEC1 (ENSANAG00000026994)	ENSANAG00000025014	PLCD1 (ENSANAG00000034450)	VILL (ENSANAG00000023408)	CTDSPL (ENSANAG00000029412)	ITGA9 (ENSANAG00000031547)	GOLGA4 (ENSANAG00000023104)	LRRFIP2 (ENSANAG00000020666)	ENSANAG00000028316	EPM2AIP1 (ENSANAG00000031695)
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	624	ZP2 (ENSANAG00000034351)	ENSANAG00000022920	DNAH3 (ENSANAG00000035723)	LYRM1 (ENSANAG00000019455)	DCUN1D3 (ENSANAG00000022919)	REXO5 (ENSANAG00000034379)	ERI2 (ENSANAG00000035452)	ACSM3 (ENSANAG00000032099)	ENSANAG00000026882	ENSANAG00000022834	ACSM5 (ENSANAG00000032548)	PDILT (ENSANAG00000037890)	UMOD (ENSANAG00000028906)	GP2 (ENSANAG00000035235)	GPR139 (ENSANAG00000025906)	ENSANAG00000003708 #22	GPRC5B (ENSANAG00000030958)	IQCK (ENSANAG00000035421)	ENSANAG00000034483	VPS35L (ENSANAG00000028975)	CCP110 (ENSANAG00000020487)	GDE1 (ENSANAG00000033564)	TMC5 (ENSANAG00000033685)	CLEC19A (ENSANAG00000022307)	ENSANAG00000025959	SYT17 (ENSANAG00000035664)	ITPRIPL2 (ENSANAG00000007478) ##18	COQ7 (ENSANAG00000023469)	TMC7 (ENSANAG00000035990)	ENSANAG00000033039	SMG1 (ENSANAG00000035898)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	273	TIMM9 (ENSANAG00000024267)	TOMM20L (ENSANAG00000022063)	ARID4A (ENSANAG00000037559)	PSMA3 (ENSANAG00000034210)	ACTR10 (ENSANAG00000036574)	ARMH4 (ENSANAG00000028979)	SLC35F4 (ENSANAG00000023234)	ENSANAG00000036820	CCDC198 (ENSANAG00000022556)	ENSANAG00000011004	NAA30 (ENSANAG00000025690)	ENSANAG00000019497	AP5M1 (ENSANAG00000027663)	EXOC5 (ENSANAG00000038073)	OTX2 (ENSANAG00000032626)	ENSANAG00000030036 #22	TMEM260 (ENSANAG00000038375)	ENSANAG00000016925	PELI2 (ENSANAG00000022899)	KTN1 (ENSANAG00000031174)	TBPL2 (ENSANAG00000023060)	ATG14 (ENSANAG00000024345)	DLGAP5 (ENSANAG00000035817)	LGALS3 (ENSANAG00000020743)	ENSANAG00000037823	SOCS4 (ENSANAG00000004973)	WDHD1 (ENSANAG00000033347)	GCH1 (ENSANAG00000026548)	SAMD4A (ENSANAG00000036651)	CGRRF1 (ENSANAG00000036449)	GMFB (ENSANAG00000033336)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	MODERN SPECIES	21	ANO2 (ENSCJAG00000000606)	NTF3 (ENSCJAG00000000605)	KCNA5 (ENSCJAG00000068399)	KCNA1 (ENSCJAG00000068371)	KCNA6 (ENSCJAG00000061475)	ENSCJAG00000075610	ENSCJAG00000001647	ENSCJAG00000001628	FGF6 (ENSCJAG00000001613)	FGF23 (ENSCJAG00000069632)	TIGAR (ENSCJAG00000040111)	CCND2 (ENSCJAG00000001593)	ENSCJAG00000001586	ENSCJAG00000021822	PARP11 (ENSCJAG00000001570)	ENSCJAG00000082222 #22	CRACR2A (ENSCJAG00000018917)	ENSCJAG00000063173	PRMT8 (ENSCJAG00000018891)	ENSCJAG00000018882	TEAD4 (ENSCJAG00000018796)	ENSCJAG00000085073	FOXM1 (ENSCJAG00000018781)	RHNO1 (ENSCJAG00000018790)	TEX52 (ENSCJAG00000018779)	NRIP2 (ENSCJAG00000083523)	ITFG2 (ENSCJAG00000018765)	FKBP4 (ENSCJAG00000018746)	ENSCJAG00000006744	ENSCJAG00000076932	ENSCJAG00000064493
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Marmoset	MODERN SPECIES	15	SLC10A7 (ENSCJAG00000034934)	TTC29 (ENSCJAG00000002445)	ENSCJAG00000079464	EDNRA (ENSCJAG00000002424)	TMEM184C (ENSCJAG00000002418)	PRMT9 (ENSCJAG00000002411)	ENSCJAG00000085835	ARHGAP10 (ENSCJAG00000002375)	NR3C2 (ENSCJAG00000002360)	IQCM (ENSCJAG00000002355)	DCLK2 (ENSCJAG00000002343)	MAB21L2 (ENSCJAG00000077403) #18	LRBA (ENSCJAG00000002279) #20	ENSCJAG00000021814	ENSCJAG00000044805	ENSCJAG00000002268 #22	PRSS48 (ENSCJAG00000002204) #24	SH3D19 (ENSCJAG00000002215) #23	ENSCJAG00000070360	ENSCJAG00000072258	FHIP1A (ENSCJAG00000002164) #26	GATB (ENSCJAG00000002147) #27	FBXW7 (ENSCJAG00000002101) #28	ENSCJAG00000063252	TMEM154 (ENSCJAG00000043561) #29	TIGD4 (ENSCJAG00000021812) #30	ENSCJAG00000002085	ARFIP1 (ENSCJAG00000002029) #31	FHDC1 (ENSCJAG00000075233) #33	ENSCJAG00000002016	TRIM2 (ENSCJAG00000002004) #36
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000154978.h.a	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201.g.b	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00950000184824	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00950000182987.c.a.a.u.a.b	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413.a.a.a #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323
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Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	73	SPATA5L1 (ENSSBOG00000022681)	C15orf48 (ENSSBOG00000032988)	SLC30A4 (ENSSBOG00000022298)	BLOC1S6 (ENSSBOG00000030222)	SQOR (ENSSBOG00000027259)	SEMA6D (ENSSBOG00000028001)	ENSSBOG00000022686	SLC24A5 (ENSSBOG00000023885)	MYEF2 (ENSSBOG00000029634)	CTXN2 (ENSSBOG00000013318)	SLC12A1 (ENSSBOG00000022213)	ENSSBOG00000034018	FBN1 (ENSSBOG00000024272)	CEP152 (ENSSBOG00000031306)	ENSSBOG00000036086	ENSSBOG00000011389 #22	SHC4 (ENSSBOG00000011457)	SECISBP2L (ENSSBOG00000024354)	COPS2 (ENSSBOG00000024019)	GALK2 (ENSSBOG00000025258)	FGF7 (ENSSBOG00000029304)	FAM227B (ENSSBOG00000021531)	DTWD1 (ENSSBOG00000009376)	ENSSBOG00000020229	ATP8B4 (ENSSBOG00000034767)	ENSSBOG00000033334	SLC27A2 (ENSSBOG00000018319)	HDC (ENSSBOG00000029959)	GABPB1 (ENSSBOG00000023162)	USP8 (ENSSBOG00000028249)	USP50 (ENSSBOG00000023047)
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Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	68	POU4F2 (ENSSBOG00000029758)	TTC29 (ENSSBOG00000018366)	EDNRA (ENSSBOG00000034230)	ENSSBOG00000024941	PRMT9 (ENSSBOG00000030455)	ARHGAP10 (ENSSBOG00000026002)	NR3C2 (ENSSBOG00000020377)	ENSSBOG00000023349	IQCM (ENSSBOG00000032471)	DCLK2 (ENSSBOG00000032668)	MAB21L2 (ENSSBOG00000013535) #18	ENSSBOG00000032936	ENSSBOG00000031656	ENSSBOG00000034372	LRBA (ENSSBOG00000032154) #20	ENSSBOG00000023852 #22	PRSS48 (ENSSBOG00000035708) #24	SH3D19 (ENSSBOG00000029208) #23	FHIP1A (ENSSBOG00000025309) #26	GATB (ENSSBOG00000022495) #27	ENSSBOG00000013483	FBXW7 (ENSSBOG00000028715) #28	TMEM154 (ENSSBOG00000020640) #29	TIGD4 (ENSSBOG00000019445) #30	ENSSBOG00000034828	ARFIP1 (ENSSBOG00000029200) #31	ENSSBOG00000022577	FHDC1 (ENSSBOG00000032341) #33	ENSSBOG00000019364	ENSSBOG00000019005 #35	TRIM2 (ENSSBOG00000008537) #36
Tarsier	MODERN SPECIES	2125															ENSTSYG00000035569	RPS3A (ENSTSYG00000031843) #22	SH3D19 (ENSTSYG00000003764) #23
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000154978.n	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413.c.a #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES	27	TMEM109 (ENSMICG00000037640)	TMEM132A (ENSMICG00000042560)	SLC15A3 (ENSMICG00000027981)	CD6 (ENSMICG00000011288)	CD5 (ENSMICG00000013628)	VPS37C (ENSMICG00000034100)	ENSMICG00000013645	VWCE (ENSMICG00000013662)	DDB1 (ENSMICG00000013703)	TKFC (ENSMICG00000013737)	CYB561A3 (ENSMICG00000013766)	TMEM138 (ENSMICG00000047581)	TMEM216 (ENSMICG00000013785)	CPSF7 (ENSMICG00000013788)	SDHAF2 (ENSMICG00000013808)	ENSMICG00000027025 #22	PPP1R32 (ENSMICG00000012749)	LRRC10B (ENSMICG00000030558)	SYT7 (ENSMICG00000013836)	DAGLA (ENSMICG00000013847)	MYRF (ENSMICG00000013870)	TMEM258 (ENSMICG00000013894)	ENSMICG00000029413	FADS1 (ENSMICG00000013915)	FADS2 (ENSMICG00000004145)	FADS3 (ENSMICG00000032887)	RAB3IL1 (ENSMICG00000005824)	BEST1 (ENSMICG00000005843)	ENSMICG00000035165	ENSMICG00000031901	ENSMICG00000044535
Mouse lemur	MODERN SPECIES	5	POU4F2 (ENSMICG00000034755)	TTC29 (ENSMICG00000036587)	EDNRA (ENSMICG00000000581)	TMEM184C (ENSMICG00000000582)	PRMT9 (ENSMICG00000000584)	ARHGAP10 (ENSMICG00000000588)	NR3C2 (ENSMICG00000041449)	ENSMICG00000027816	IQCM (ENSMICG00000039098)	ENSMICG00000036842	DCLK2 (ENSMICG00000006224)	MAB21L2 (ENSMICG00000045967) #18	ENSMICG00000044938	LRBA (ENSMICG00000006230) #20	ENSMICG00000045323	ENSMICG00000004921 #22	SH3D19 (ENSMICG00000004926) #23	FHIP1A (ENSMICG00000027501) #26	GATB (ENSMICG00000004311) #27	FBXW7 (ENSMICG00000012171) #28	TMEM154 (ENSMICG00000012190) #29	ENSMICG00000045022	ARFIP1 (ENSMICG00000009047) #31	FHDC1 (ENSMICG00000031284) #33	ENSMICG00000028535	TRIM2 (ENSMICG00000005722) #36	ENSMICG00000038652 #37	TMEM131L (ENSMICG00000003179)	RNF175 (ENSMICG00000003199)	SFRP2 (ENSMICG00000038719)	DCHS2 (ENSMICG00000038569)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Glires	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	69										ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	22	ENSHGLG00000000816	ENSHGLG00000039844	ENSHGLG00000000948	FNIP2 (ENSHGLG00000001014)	C4orf45 (ENSHGLG00000001205)	ENSHGLG00000001470	ENSHGLG00000002047	ENSHGLG00000007247	ENSHGLG00000042019	ENSHGLG00000026449	ENSHGLG00000050368	ENSHGLG00000003164	LRBA (ENSHGLG00000000609) #20	ENSHGLG00000050059	MAB21L2 (ENSHGLG00000036891) #18	RPS3A (ENSHGLG00000000392) #22	SH3D19 (ENSHGLG00000003213) #23	ENSHGLG00000050936	PRSS48 (ENSHGLG00000033152) #24	FHIP1A (ENSHGLG00000000533) #26	GATB (ENSHGLG00000001316) #27	ENSHGLG00000032169	ENSHGLG00000046788	FBXW7 (ENSHGLG00000003387) #28	TMEM154 (ENSHGLG00000049888) #29	TIGD4 (ENSHGLG00000040305) #30	ARFIP1 (ENSHGLG00000033720) #31	FHDC1 (ENSHGLG00000001200) #33	ENSHGLG00000001732	TRIM2 (ENSHGLG00000003722) #36	ENSHGLG00000000557 #37
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	1	PRKDC (ENSHGLG00000013287)	MCM4 (ENSHGLG00000018964)	UBE2V2 (ENSHGLG00000038834)	ENSHGLG00000034089	ENSHGLG00000034668	CLXN (ENSHGLG00000010454)	ENSHGLG00000009439	PPDPFL (ENSHGLG00000032230)	ENSHGLG00000050331	SNTG1 (ENSHGLG00000005037)	ENSHGLG00000044626	ENSHGLG00000048304	ENSHGLG00000045690	PCMTD1 (ENSHGLG00000045944)	ENSHGLG00000014452	ENSHGLG00000016233 #22	ALKAL1 (ENSHGLG00000038780)	RB1CC1 (ENSHGLG00000018518)	ENSHGLG00000013146	NPBWR1 (ENSHGLG00000021373)	ENSHGLG00000015610	ENSHGLG00000003564	ENSHGLG00000046007	Oprk1 (ENSHGLG00000038296)	ATP6V1H (ENSHGLG00000018810)	ENSHGLG00000050091	ENSHGLG00000045461	ENSHGLG00000043019	TCEA1 (ENSHGLG00000036590)	ENSHGLG00000015507	MRPL15 (ENSHGLG00000038800)
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000162501	ENSGT00510000047351.b	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Guinea pig	MODERN SPECIES	7	FREM3 (ENSCPOG00000038428)	LRAT (ENSCPOG00000034177)	GAB1 (ENSCPOG00000031770)	USP38 (ENSCPOG00000008971)	INPP4B (ENSCPOG00000026234)	IL15 (ENSCPOG00000008232)	ZNF330 (ENSCPOG00000011875)	RNF150 (ENSCPOG00000004096)	TBC1D9 (ENSCPOG00000007373)	ARHGAP10 (ENSCPOG00000007759)	NR3C2 (ENSCPOG00000007770)	IQCM (ENSCPOG00000022670)	DCLK2 (ENSCPOG00000008193)	LRBA (ENSCPOG00000008202) #20	MAB21L2 (ENSCPOG00000034419) #18	RPS3A (ENSCPOG00000015569) #22	SH3D19 (ENSCPOG00000008883) #23	PRSS48 (ENSCPOG00000000281) #24	FHIP1A (ENSCPOG00000005019) #26	GATB (ENSCPOG00000005023) #27	FBXW7 (ENSCPOG00000003804) #28	TMEM154 (ENSCPOG00000009024) #29	TIGD4 (ENSCPOG00000038321) #30	ARFIP1 (ENSCPOG00000010487) #31	FHDC1 (ENSCPOG00000038337) #33	TRIM2 (ENSCPOG00000006108) #36	MND1 (ENSCPOG00000013275) #37	TMEM131L (ENSCPOG00000000629)	TLR2 (ENSCPOG00000025374)	SFRP2 (ENSCPOG00000012235)	DCHS2 (ENSCPOG00000005282)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	89			ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	178	USP38 (ENSCLAG00000014109)	INPP4B (ENSCLAG00000007216)	IL15 (ENSCLAG00000004056)	ZNF330 (ENSCLAG00000004258)	RNF150 (ENSCLAG00000004503)	TBC1D9 (ENSCLAG00000005220)	ENSCLAG00000005907	LRAT (ENSCLAG00000006584)	ENSCLAG00000006732	ARHGAP10 (ENSCLAG00000007081)	NR3C2 (ENSCLAG00000007723)	IQCM (ENSCLAG00000008040)	DCLK2 (ENSCLAG00000009217)	LRBA (ENSCLAG00000009578) #20	MAB21L2 (ENSCLAG00000017837) #18	RPS3A (ENSCLAG00000008053) #22	SH3D19 (ENSCLAG00000008133) #23	PRSS48 (ENSCLAG00000008636) #24	ENSCLAG00000015260	FHIP1A (ENSCLAG00000017338) #26	GATB (ENSCLAG00000005772) #27	FBXW7 (ENSCLAG00000006777) #28	TMEM154 (ENSCLAG00000004220) #29	TIGD4 (ENSCLAG00000004949) #30	ARFIP1 (ENSCLAG00000005358) #31	ENSCLAG00000006256 #33	TRIM2 (ENSCLAG00000006548) #36	MND1 (ENSCLAG00000013599) #37	TMEM131L (ENSCLAG00000011814)	TLR2 (ENSCLAG00000017621)	RNF175 (ENSCLAG00000004608)
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	113	TMEM97 (ENSODEG00000016145)	ENSODEG00000015253	TNFAIP1 (ENSODEG00000011070)	ENSODEG00000011713	TMEM199 (ENSODEG00000011129)	SEBOX (ENSODEG00000010900)	VTN (ENSODEG00000011194)	SARM1 (ENSODEG00000010810)	SLC46A1 (ENSODEG00000010157)	ENSODEG00000012254	SLC13A2 (ENSODEG00000011361)	FOXN1 (ENSODEG00000010852)	UNC119 (ENSODEG00000010971)	PIGS (ENSODEG00000012021)	ENSODEG00000010148	ENSODEG00000020008 #22	SPAG5 (ENSODEG00000010862)	RSKR (ENSODEG00000011417)	BLTP2 (ENSODEG00000014063)	SDF2 (ENSODEG00000011998)	SUPT6H (ENSODEG00000011930)	PROCA1 (ENSODEG00000011263)	RAB34 (ENSODEG00000012270)	ENSODEG00000014995	TLCD1 (ENSODEG00000014753)	NEK8 (ENSODEG00000010036)	TRAF4 (ENSODEG00000011454)	FAM222B (ENSODEG00000010451)	ENSODEG00000019697	ERAL1 (ENSODEG00000011337)	FLOT2 (ENSODEG00000011801)
Degu	MODERN SPECIES	245	ENSODEG00000018660	ENSODEG00000000841	ACP1 (ENSODEG00000000890)	ALKAL2 (ENSODEG00000000931)	TMEM18 (ENSODEG00000000266)	TPO (ENSODEG00000000292)	SNTG2 (ENSODEG00000000324)	MBOAT2 (ENSODEG00000000353)	KIDINS220 (ENSODEG00000000415)	ID2 (ENSODEG00000000480)	RNF144A (ENSODEG00000000489)	RSAD2 (ENSODEG00000000506)	CMPK2 (ENSODEG00000000539)	SOX11 (ENSODEG00000000568)	ENSODEG00000000593	ENSODEG00000018607 #22
Degu	MODERN SPECIES	275															NXPH1 (ENSODEG00000001425)	ENSODEG00000018727 #22	ENSODEG00000001385	ENSODEG00000001364	ENSODEG00000001744	UMAD1 (ENSODEG00000001683)	RPA3 (ENSODEG00000001607)	ENSODEG00000001526	ENSODEG00000001473	ENSODEG00000001444	COL28A1 (ENSODEG00000000965)	C1GALT1 (ENSODEG00000000888)	ENSODEG00000000873	ENSODEG00000000860	ENSODEG00000000846	TAC1 (ENSODEG00000000835)
Degu	MODERN SPECIES	94	TRMT9B (ENSODEG00000004422)	ENSODEG00000004736	LONRF1 (ENSODEG00000004254)	PRAG1 (ENSODEG00000004326)	CLDN23 (ENSODEG00000019489)	MFHAS1 (ENSODEG00000004525)	ERI1 (ENSODEG00000004586)	PPP1R3B (ENSODEG00000019115)	ENSODEG00000005017	TNKS (ENSODEG00000004893)	DUSP4 (ENSODEG00000005526)	SARAF (ENSODEG00000005565)	LEPROTL1 (ENSODEG00000005881)	MBOAT4 (ENSODEG00000006303)	ENSODEG00000006428	ENSODEG00000019309 #22	RBPMS (ENSODEG00000006700)	GTF2E2 (ENSODEG00000006742)	ENSODEG00000008593	GSR (ENSODEG00000008858)	UBXN8 (ENSODEG00000004381)	ENSODEG00000004425	ENSODEG00000004553	PURG (ENSODEG00000019280)	WRN (ENSODEG00000004076)	ENSODEG00000004757	ENSODEG00000005162	ENSODEG00000005245	ENSODEG00000018985	BOC (ENSODEG00000004266)	ENSODEG00000004506
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	18	LSM6 (ENSSVLG00005009971)	REELD1 (ENSSVLG00005010007)	SLC10A7 (ENSSVLG00005010105)	POU4F2 (ENSSVLG00005010171)	TTC29 (ENSSVLG00005010213)	EDNRA (ENSSVLG00005010545)	TMEM184C (ENSSVLG00005010646)	PRMT9 (ENSSVLG00005010674)	ARHGAP10 (ENSSVLG00005010815)	NR3C2 (ENSSVLG00005010872)	ENSSVLG00005011096	DCLK2 (ENSSVLG00005011376)	LRBA (ENSSVLG00005012409) #20	ENSSVLG00005013232	ENSSVLG00005013273 #20	RPS3A (ENSSVLG00005013409) #22	SH3D19 (ENSSVLG00005013694) #23	ENSSVLG00005013874	ENSSVLG00005013994	FHIP1A (ENSSVLG00005014177) #26	GATB (ENSSVLG00005014243) #27	FBXW7 (ENSSVLG00005014357) #28	ENSSVLG00005014649	TMEM154 (ENSSVLG00005014705) #29	TIGD4 (ENSSVLG00005014754) #30	ARFIP1 (ENSSVLG00005014796) #31	FHDC1 (ENSSVLG00005014939) #33	TRIM2 (ENSSVLG00005014985) #36	ENSSVLG00005015249	ENSSVLG00005015369 #37	TMEM131L (ENSSVLG00005015633)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Alpin marmot	MODERN SPECIES	14	MMAA (ENSMMMG00000001552)	ZNF827 (ENSMMMG00000001587)	LSM6 (ENSMMMG00000001638)	REELD1 (ENSMMMG00000001660)	SLC10A7 (ENSMMMG00000001688)	ENSMMMG00000001799	ENSMMMG00000001810	EDNRA (ENSMMMG00000001819)	TMEM184C (ENSMMMG00000001829)	PRMT9 (ENSMMMG00000001857)	ARHGAP10 (ENSMMMG00000001915)	NR3C2 (ENSMMMG00000002054)	DCLK2 (ENSMMMG00000002234)	LRBA (ENSMMMG00000002285) #20	MAB21L2 (ENSMMMG00000002553) #18	RPS3A (ENSMMMG00000002563) #22	ENSMMMG00000002583	PRSS48 (ENSMMMG00000002611) #24	ENSMMMG00000002661	FHIP1A (ENSMMMG00000002679) #26	GATB (ENSMMMG00000002702) #27	FBXW7 (ENSMMMG00000002767) #28	ENSMMMG00000002965	TIGD4 (ENSMMMG00000002976) #30	ARFIP1 (ENSMMMG00000002979) #31	FHDC1 (ENSMMMG00000003033) #33	TRIM2 (ENSMMMG00000003057) #36	MND1 (ENSMMMG00000003217) #37	TMEM131L (ENSMMMG00000003263)	TLR2 (ENSMMMG00000003813)	RNF175 (ENSMMMG00000003821)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	119													ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	32													DCLK2 (ENSUPAG00010018923)	MAB21L2 (ENSUPAG00010018918) #18	LRBA (ENSUPAG00010018745) #20	RPS3A (ENSUPAG00010018732) #22	PRSS48 (ENSUPAG00010018630) #24	ENSUPAG00010018617	SH3D19 (ENSUPAG00010018552) #23	ENSUPAG00010018537	FHIP1A (ENSUPAG00010018526) #26	GATB (ENSUPAG00010018482) #27	FBXW7 (ENSUPAG00010018370) #28	TMEM154 (ENSUPAG00010018356) #29	TIGD4 (ENSUPAG00010018343) #30	ARFIP1 (ENSUPAG00010018283) #31	ENSUPAG00010018268 #33	ENSUPAG00010018263	TRIM2 (ENSUPAG00010018052) #36	MND1 (ENSUPAG00010018038) #37	TMEM131L (ENSUPAG00010017965)
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	MODERN SPECIES	289													DCLK2 (ENSSTOG00000009551)	LRBA (ENSSTOG00000009572) #20	MAB21L2 (ENSSTOG00000012240) #18	RPS3A (ENSSTOG00000024203) #22	SH3D19 (ENSSTOG00000009638) #23	PRSS48 (ENSSTOG00000012642) #24	FHIP1A (ENSSTOG00000026038) #26	GATB (ENSSTOG00000005689) #27	FBXW7 (ENSSTOG00000021503) #28	TMEM154 (ENSSTOG00000030085) #29	TIGD4 (ENSSTOG00000020903) #30	ARFIP1 (ENSSTOG00000025144) #31	ENSSTOG00000025555	FHDC1 (ENSSTOG00000026663) #33
Squirrel	MODERN SPECIES	73	GALNT15 (ENSSTOG00000021175)	ENSSTOG00000033525	OXNAD1 (ENSSTOG00000000071)	RFTN1 (ENSSTOG00000000072)	ENSSTOG00000022122	PLCL2 (ENSSTOG00000000749)	TBC1D5 (ENSSTOG00000028034)	SATB1 (ENSSTOG00000010856)	KCNH8 (ENSSTOG00000023006)	RAB5A (ENSSTOG00000026229)	PP2D1 (ENSSTOG00000012388)	KAT2B (ENSSTOG00000002904)	SGO1 (ENSSTOG00000003766)	ENSSTOG00000031366	ZNF385D (ENSSTOG00000005742)	ENSSTOG00000028898 #22	ENSSTOG00000034552	UBE2E1 (ENSSTOG00000025799)	NKIRAS1 (ENSSTOG00000010538)	ENSSTOG00000011153	ENSSTOG00000022967	ENSSTOG00000002444	THRB (ENSSTOG00000005197)	RARB (ENSSTOG00000007994)	TOP2B (ENSSTOG00000008012)	NGLY1 (ENSSTOG00000000939)	OXSM (ENSSTOG00000004977)	LRRC3B (ENSSTOG00000010920)	NEK10 (ENSSTOG00000012142)	SLC4A7 (ENSSTOG00000012151)	ENSSTOG00000023565
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	322	ENSDORG00000001441	Mdm1 (ENSDORG00000001536)	Rap1b (ENSDORG00000001086)	Nup107 (ENSDORG00000005178)	Slc35e3 (ENSDORG00000029538)	Mdm2 (ENSDORG00000007222)	Cpm (ENSDORG00000008071)	Cpsf6 (ENSDORG00000002950)	ENSDORG00000004525	ENSDORG00000029604	Yeats4 (ENSDORG00000004942)	Frs2 (ENSDORG00000026974)	Cct2 (ENSDORG00000010325)	Lrrc10 (ENSDORG00000010326)	Best3 (ENSDORG00000010327)	ENSDORG00000029506 #22	ENSDORG00000024631	ENSDORG00000027759	Myrfl (ENSDORG00000000849)	ENSDORG00000026732	Cnot2 (ENSDORG00000011201)	Kcnmb4 (ENSDORG00000027718)	Ptprb (ENSDORG00000011204)	Ptprr (ENSDORG00000000928)	Tspan8 (ENSDORG00000003043)	Lgr5 (ENSDORG00000006266)	ENSDORG00000028010	ENSDORG00000028837	Thap2 (ENSDORG00000006270)	Tmem19 (ENSDORG00000001530)	ENSDORG00000004732
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	57	ENSJJAG00000013845	ENSJJAG00000019609	Mmaa (ENSJJAG00000012406)	ENSJJAG00000019141	Otud4 (ENSJJAG00000011777)	Hhip (ENSJJAG00000012058)	Prmt9 (ENSJJAG00000022258)	Arhgap10 (ENSJJAG00000024127)	Nr3c2 (ENSJJAG00000014359)	Iqcm (ENSJJAG00000001722)	Dclk2 (ENSJJAG00000021674)	ENSJJAG00000023104 #20	Mab21l2 (ENSJJAG00000009027) #18	ENSJJAG00000023999	ENSJJAG00000009645 #20	Rps3a1 (ENSJJAG00000021259) #22	Sh3d19 (ENSJJAG00000022007) #23	Fhip1a (ENSJJAG00000012235) #26	Gatb (ENSJJAG00000016979) #27	Fbxw7 (ENSJJAG00000014251) #28	Tmem154 (ENSJJAG00000022208) #29	Tigd4 (ENSJJAG00000006232) #30	Arfip1 (ENSJJAG00000023351) #31	Fhdc1 (ENSJJAG00000018260) #33	Trim2 (ENSJJAG00000023567) #36	Mnd1 (ENSJJAG00000012078) #37	Tmem131l (ENSJJAG00000023952)	Sfrp2 (ENSJJAG00000016453)	Dchs2 (ENSJJAG00000022152)	ENSJJAG00000023587	Plrg1 (ENSJJAG00000015731)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	67													ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1683												Dclk2 (ENSNGAG00000018789)	ENSNGAG00000016914 #20	Mab21l2 (ENSNGAG00000005574) #18	ENSNGAG00000022194 #20	Rps3a1 (ENSNGAG00000007978) #22	Sh3d19 (ENSNGAG00000022677) #23	Fhip1a (ENSNGAG00000020022) #26	Gatb (ENSNGAG00000002152) #27	ENSNGAG00000008115	Fbxw7 (ENSNGAG00000014171) #28	Tmem154 (ENSNGAG00000021478) #29	Tigd4 (ENSNGAG00000007390) #30	Arfip1 (ENSNGAG00000023842) #31	Fhdc1 (ENSNGAG00000006851) #33	Trim2 (ENSNGAG00000012398) #36	Mnd1 (ENSNGAG00000013459) #37	Tmem131l (ENSNGAG00000017189)	Tlr2 (ENSNGAG00000010468)	Sfrp2 (ENSNGAG00000018279)	Dchs2 (ENSNGAG00000019461)
Muroidea_A	DUPLICATION
Muroidea_A	DUPLICATION
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.h.a #22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.h.a #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.h.a #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Prairie vole	MODERN SPECIES													Dclk2 (ENSMOCG00000013147)	ENSMOCG00000013544 #20	Mab21l2 (ENSMOCG00000008360) #18	ENSMOCG00000006642 #20	ENSMOCG00000020260 #22	Sh3d19 (ENSMOCG00000012871) #23	Prss48 (ENSMOCG00000020724) #24	Fhip1a (ENSMOCG00000018759) #26	Gatb (ENSMOCG00000017566) #27	Fbxw7 (ENSMOCG00000002987) #28	Tmem154 (ENSMOCG00000014987) #29	Tigd4 (ENSMOCG00000007422) #30	Arfip1 (ENSMOCG00000016057) #31	Fhdc1 (ENSMOCG00000022338) #33	Trim2 (ENSMOCG00000015197) #36	ENSMOCG00000015791	Mnd1 (ENSMOCG00000013449) #37	Tmem131l (ENSMOCG00000013745)	Tlr2 (ENSMOCG00000004015)	Sfrp2 (ENSMOCG00000006475)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.h.a #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	352	Arhgef11 (ENSCGRG00001018844)	ENSCGRG00001022805	Etv3 (ENSCGRG00001023444)	Fcrl5 (ENSCGRG00001024696)	Fcrl1 (ENSCGRG00001002734)	Cd5l (ENSCGRG00001024433)	ENSCGRG00001010645	Fcrls (ENSCGRG00001023718)	Kirrel (ENSCGRG00001019106)	ENSCGRG00001024546	ENSCGRG00001001996	Dclk2 (ENSCGRG00001024523)	Lrba (ENSCGRG00001011663) #20	Mab21l2 (ENSCGRG00001011307) #18	ENSCGRG00001019518	Rps3a1 (ENSCGRG00001017462) #22	Sh3d19 (ENSCGRG00001000110) #23	Prss48 (ENSCGRG00001016837) #24	ENSCGRG00001000269	Fhip1a (ENSCGRG00001016327) #26	GATB (ENSCGRG00001024051) #27	Fbxw7 (ENSCGRG00001024605) #28	Tmem154 (ENSCGRG00001020221) #29	Tigd4 (ENSCGRG00001012439) #30	Arfip1 (ENSCGRG00001022813) #31	Fhdc1 (ENSCGRG00001002573) #33	Trim2 (ENSCGRG00001007113) #36	ENSCGRG00001024742 #37	Tmem131l (ENSCGRG00001007404)	Tlr2 (ENSCGRG00001013303)	Sfrp2 (ENSCGRG00001014141)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.h.a #22
Rat	MODERN SPECIES	2	Mb21d2 (ENSRNOG00000024040)	Fgf12 (ENSRNOG00000001931)	ENSRNOG00000067098	Ccdc50 (ENSRNOG00000001930)	Uts2b (ENSRNOG00000038512)	Ostn (ENSRNOG00000030462)	Gmnc (ENSRNOG00000038505)	Il1rap (ENSRNOG00000001928)	Tmem207 (ENSRNOG00000064931)	Cldn16 (ENSRNOG00000055138)	Cldn1 (ENSRNOG00000001926)	P3h2 (ENSRNOG00000055751)	Tp63 (ENSRNOG00000001924)	Tprg1 (ENSRNOG00000063970)	Lpp (ENSRNOG00000031669)	LOC100365839 (ENSRNOG00000048109) #22	Bcl6 (ENSRNOG00000001843)	Gm37419 (ENSRNOG00000069169)	Rtp2 (ENSRNOG00000022160)	Sst (ENSRNOG00000001837)	Rtp4 (ENSRNOG00000066242)	Masp1 (ENSRNOG00000001827)	Rtp1 (ENSRNOG00000021992)	St6gal1 (ENSRNOG00000001823)	Adipoq (ENSRNOG00000001821)	Rfc4 (ENSRNOG00000001816)	Eif4a2 (ENSRNOG00000001815)	Kng1 (ENSRNOG00000030387)	Kng2 (ENSRNOG00000065935)	LOC681544 (ENSRNOG00000070559)	LOC681544 (ENSRNOG00000001809)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.h.b #22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.h.b #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.h.b #22
Prairie vole	MODERN SPECIES	15	Dbil5 (ENSMOCG00000004108)	Gemin4 (ENSMOCG00000016454)	Mrm3 (ENSMOCG00000018749)	Nxn (ENSMOCG00000014329)	Timm22 (ENSMOCG00000021862)	Abr (ENSMOCG00000017665)	ENSMOCG00000004581	Bhlha9 (ENSMOCG00000002327)	Trarg1 (ENSMOCG00000020924)	Gosr1 (ENSMOCG00000011008)	Cpd (ENSMOCG00000011977)	ENSMOCG00000008686	Blmh (ENSMOCG00000007175)	Slc6a4 (ENSMOCG00000004407)	Nsrp1 (ENSMOCG00000019716)	ENSMOCG00000016597 #22	Efcab5 (ENSMOCG00000006093)	ENSMOCG00000006899	Coro6 (ENSMOCG00000013111)	Ankrd13b (ENSMOCG00000008806)	Git1 (ENSMOCG00000011144)	Trp53i13 (ENSMOCG00000006130)	ENSMOCG00000012497	Abhd15 (ENSMOCG00000020292)	ENSMOCG00000002833	Taok1 (ENSMOCG00000007289)	Nufip2 (ENSMOCG00000022086)	Cryba1 (ENSMOCG00000009961)	ENSMOCG00000002378	Myo18a (ENSMOCG00000022942)	Pipox (ENSMOCG00000020266)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.h.b #22
Rat	MODERN SPECIES	11	Pear1 (ENSRNOG00000014243)	Lrrc71 (ENSRNOG00000014937)	Arhgef11 (ENSRNOG00000015026)	Etv3l (ENSRNOG00000043511)	Etv3 (ENSRNOG00000043095)	Fcrl5 (ENSRNOG00000043414)	Fcrl1 (ENSRNOG00000034230)	Elp4-ps1 (ENSRNOG00000016146)	Fcrl2 (ENSRNOG00000016164)	Kirrel1 (ENSRNOG00000016408)	ENSRNOG00000064959	Cd1d1 (ENSRNOG00000016451)	Dclk2 (ENSRNOG00000016550)	Mab21l2 (ENSRNOG00000031398) #18	Lrba (ENSRNOG00000023453) #20	Rps3a (ENSRNOG00000011893) #22	Prss48 (ENSRNOG00000024208) #24	Sh3d19 (ENSRNOG00000011752) #23	Fhip1a (ENSRNOG00000048256) #26	Gatb (ENSRNOG00000037655) #27	ENSRNOG00000070421	AABR07012054.1 (ENSRNOG00000049530)	Dear (ENSRNOG00000033147)	Fbxw7 (ENSRNOG00000010889) #28	Tmem154 (ENSRNOG00000010866) #29	Tigd4 (ENSRNOG00000010741) #30	Arfip1 (ENSRNOG00000010533) #31	Fhdc1 (ENSRNOG00000024594) #33	Trim2 (ENSRNOG00000010124) #36	Mnd1 (ENSRNOG00000024733) #37	Tmem131l (ENSRNOG00000009837)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.i #22
Golden Hamster	MODERN SPECIES	621	Adat2 (ENSMAUG00000013019)	Pex3 (ENSMAUG00000010762)	Fuca2 (ENSMAUG00000021938)	Phactr2 (ENSMAUG00000022240)	Ltv1 (ENSMAUG00000021486)	Zc2hc1b (ENSMAUG00000019428)	ENSMAUG00000002849	Sf3b5 (ENSMAUG00000008283)	Stx11 (ENSMAUG00000002127)	ENSMAUG00000006284	Epm2a (ENSMAUG00000020519)	Fbxo30 (ENSMAUG00000005075)	ENSMAUG00000018968	ENSMAUG00000004780	Grm1 (ENSMAUG00000003741)	ENSMAUG00000007708 #22	ENSMAUG00000012160	Adgb (ENSMAUG00000018683)	Stxbp5 (ENSMAUG00000021149)	Samd5 (ENSMAUG00000011794)	ENSMAUG00000001554	ENSMAUG00000020795	ENSMAUG00000008799	Tab2 (ENSMAUG00000011287)	Zc3h12d (ENSMAUG00000015783)	Ppil4 (ENSMAUG00000015059)	Ginm1 (ENSMAUG00000008067)	ENSMAUG00000016471	ENSMAUG00000012301	Lats1 (ENSMAUG00000020092)	Nup43 (ENSMAUG00000018659)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160437	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.h.a #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	19	Ntrk1 (ENSPEMG00000002759)	Pear1 (ENSPEMG00000009313)	Lrrc71 (ENSPEMG00000018998)	Arhgef11 (ENSPEMG00000029720)	ENSPEMG00000018038	Etv3 (ENSPEMG00000029165)	Fcrl5 (ENSPEMG00000007612)	Fcrl1 (ENSPEMG00000014268)	Fcrls (ENSPEMG00000011018)	Kirrel (ENSPEMG00000004718)	ENSPEMG00000006771	ENSPEMG00000013831	Dclk2 (ENSPEMG00000011194)	Mab21l2 (ENSPEMG00000027560) #18	Lrba (ENSPEMG00000001439) #20	Rps3a1 (ENSPEMG00000002589) #22	Sh3d19 (ENSPEMG00000012766) #23	Prss48 (ENSPEMG00000016792) #24	Fhip1a (ENSPEMG00000015915) #26	Gatb (ENSPEMG00000011096) #27	Fbxw7 (ENSPEMG00000009071) #28	Tmem154 (ENSPEMG00000027778) #29	Tigd4 (ENSPEMG00000000747) #30	Arfip1 (ENSPEMG00000010707) #31	Fhdc1 (ENSPEMG00000017047) #33	Trim2 (ENSPEMG00000011256) #36	Mnd1 (ENSPEMG00000010374) #37	Tmem131l (ENSPEMG00000027757)	Tlr2 (ENSPEMG00000009603)	Sfrp2 (ENSPEMG00000005587)	Dchs2 (ENSPEMG00000000300)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Mus	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00510000047493.f	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b.a #31	ENSGT00950000183040.A.b.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000161656	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b
Shrew mouse	MODERN SPECIES	17	Ntrk1 (MGP_PahariEiJ_G0026583)	MGP_PahariEiJ_G0026582	Lrrc71 (MGP_PahariEiJ_G0026581)	Arhgef11 (MGP_PahariEiJ_G0026580)	Etv3 (MGP_PahariEiJ_G0026579)	Fcrl5 (MGP_PahariEiJ_G0026578)	Fcrl1 (MGP_PahariEiJ_G0026577)	Cd5l (MGP_PahariEiJ_G0026576)	Fcrls (MGP_PahariEiJ_G0026575)	Kirrel (MGP_PahariEiJ_G0026574)	MGP_PahariEiJ_G0026573	MGP_PahariEiJ_G0026572	Dclk2 (MGP_PahariEiJ_G0026571)	Mab21l2 (MGP_PahariEiJ_G0026570) #18	Lrba (MGP_PahariEiJ_G0026569) #20	Rps3a1 (MGP_PahariEiJ_G0026568) #22	Prss48 (MGP_PahariEiJ_G0026567) #24	MGP_PahariEiJ_G0026566 #23	Glt28d2 (MGP_PahariEiJ_G0026565)	Fhip1a (MGP_PahariEiJ_G0026564) #26	Gatb (MGP_PahariEiJ_G0026563) #27	Fbxw7 (MGP_PahariEiJ_G0026562) #28	Tmem154 (MGP_PahariEiJ_G0026561) #29	Tigd4 (MGP_PahariEiJ_G0026560) #30	MGP_PahariEiJ_G0026559 #31	Arfip1 (MGP_PahariEiJ_G0026558) #31	Fhdc1 (MGP_PahariEiJ_G0026557) #33	MGP_PahariEiJ_G0026556	Trim2 (MGP_PahariEiJ_G0026555) #36	Mnd1 (MGP_PahariEiJ_G0026554) #37	Tmem131l (MGP_PahariEiJ_G0026553)
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00510000047493.f	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b.a #31	ENSGT00950000183040.A.b.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000161656	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00510000047493.f	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b.a #31	ENSGT00950000183040.A.b.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000161656	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159412	ENSGT00940000154225.a	ENSGT00440000034367	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244808.D.fb.b.a.b	ENSGT00940000161974	ENSGT01050000244808.D.fb.b.b.a	ENSGT00940000155795	ENSGT01100000263475.d.a.h	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.i #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00510000047493.f	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b.a #31	ENSGT00950000183040.A.b.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000161656	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3301	Arhgef11 (ENSMSIG00000022032)	ENSMSIG00000022013	Etv3 (ENSMSIG00000021999)	Fcrl5 (ENSMSIG00000021749)	Fcrl1 (ENSMSIG00000021600)	Cd5l (ENSMSIG00000021580)	Fcrls (ENSMSIG00000021565)	Kirrel (ENSMSIG00000021460)	ENSMSIG00000021446	ENSMSIG00000021403	ENSMSIG00000021384	ENSMSIG00000021374	Dclk2 (ENSMSIG00000021032)	Mab21l2 (ENSMSIG00000021015) #18	Lrba (ENSMSIG00000020600) #20	Rps3a1 (ENSMSIG00000020554) #22	Prss48 (ENSMSIG00000020531) #24	Sh3d19 (ENSMSIG00000020467) #23	Glt28d2 (ENSMSIG00000020437)	Fhip1a (ENSMSIG00000020416) #26	ENSMSIG00000020354 #27	ENSMSIG00000020319	ENSMSIG00000020316	Fbxw7 (ENSMSIG00000020233) #28	Tmem154 (ENSMSIG00000020217) #29	Tigd4 (ENSMSIG00000020213) #30	Arfip1 (ENSMSIG00000020145) #31	Fhdc1 (ENSMSIG00000020098) #33	ENSMSIG00000020078	Gm6525 (ENSMSIG00000020071)	Trim2 (ENSMSIG00000020008) #36
spretus	MODERN SPECIES	12	Insrr (MGP_SPRETEiJ_G0026082)	Ntrk1 (MGP_SPRETEiJ_G0026081)	MGP_SPRETEiJ_G0026080	Lrrc71 (MGP_SPRETEiJ_G0026079)	Arhgef11 (MGP_SPRETEiJ_G0026078)	Etv3 (MGP_SPRETEiJ_G0026077)	Fcrl5 (MGP_SPRETEiJ_G0026076)	Fcrl1 (MGP_SPRETEiJ_G0026075)	Cd5l (MGP_SPRETEiJ_G0026074)	Fcrls (MGP_SPRETEiJ_G0026073)	Kirrel (MGP_SPRETEiJ_G0026072)	MGP_SPRETEiJ_G0026071	Dclk2 (MGP_SPRETEiJ_G0026070)	Mab21l2 (MGP_SPRETEiJ_G0026069) #18	Lrba (MGP_SPRETEiJ_G0026068) #20	Rps3a1 (MGP_SPRETEiJ_G0026067) #22	Prss48 (MGP_SPRETEiJ_G0026066) #24	MGP_SPRETEiJ_G0026065 #23	Glt28d2 (MGP_SPRETEiJ_G0026064)	Fhip1a (MGP_SPRETEiJ_G0026063) #26	Gatb (MGP_SPRETEiJ_G0026062) #27	Fbxw7 (MGP_SPRETEiJ_G0026061) #28	Tmem154 (MGP_SPRETEiJ_G0026060) #29	Tigd4 (MGP_SPRETEiJ_G0026059) #30	MGP_SPRETEiJ_G0026058 #31	Arfip1 (MGP_SPRETEiJ_G0026057) #31	Fhdc1 (MGP_SPRETEiJ_G0026056) #33	Gm6525 (MGP_SPRETEiJ_G0026055)	Trim2 (MGP_SPRETEiJ_G0026054) #36	Mnd1 (MGP_SPRETEiJ_G0026053) #37	Tmem131l (MGP_SPRETEiJ_G0026052)
Mouse	MODERN SPECIES	12	Pear1 (ENSMUSG00000028073)	Lrrc71 (ENSMUSG00000023084)	Arhgef11 (ENSMUSG00000041977)	Etv3l (ENSMUSG00000118505)	Etv3 (ENSMUSG00000003382)	Fcrl5 (ENSMUSG00000048031)	Fcrl1 (ENSMUSG00000059994)	Cd5l (ENSMUSG00000015854)	Fcrls (ENSMUSG00000015852)	Kirrel (ENSMUSG00000041734)	Cd1d1 (ENSMUSG00000028076)	Cd1d2 (ENSMUSG00000041750)	Dclk2 (ENSMUSG00000028078)	Mab21l2 (ENSMUSG00000057777) #18	Lrba (ENSMUSG00000028080) #20	Rps3a1 (ENSMUSG00000028081) #22	Prss48 (ENSMUSG00000049013) #24	Sh3d19 (ENSMUSG00000028082) #23	Glt28d2 (ENSMUSG00000031286)	Fhip1a (ENSMUSG00000051000) #26	Gatb (ENSMUSG00000028085) #27	Fbxw7 (ENSMUSG00000028086) #28	Tmem154 (ENSMUSG00000056498) #29	Tigd4 (ENSMUSG00000047819) #30	Gm37240 (ENSMUSG00000102805)	Arfip1 (ENSMUSG00000074513) #31	Fhdc1 (ENSMUSG00000041842) #33	Gm6525 (ENSMUSG00000104043)	Trim2 (ENSMUSG00000027993) #36	Mnd1 (ENSMUSG00000033752) #37	Tmem131l (ENSMUSG00000033767)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	523														ENSOCUG00000037540	ENSOCUG00000032330	ENSOCUG00000024968 #22	ENSOCUG00000021516	ENSOCUG00000036669
Rabbit	MODERN SPECIES	6											PCDH10 (ENSOCUG00000005826)	ENSOCUG00000005258	ENSOCUG00000021328	ENSOCUG00000030410	ENSOCUG00000038573	ENSOCUG00000027214 #22	ENSOCUG00000036708	C4orf33 (ENSOCUG00000015092)	SCLT1 (ENSOCUG00000015077)	JADE1 (ENSOCUG00000004521)	PGRMC2 (ENSOCUG00000002372)	LARP1B (ENSOCUG00000013330)	ABHD18 (ENSOCUG00000005526)	MFSD8 (ENSOCUG00000015003)	PLK4 (ENSOCUG00000005009)	ENSOCUG00000035820	HSPA4L (ENSOCUG00000027940)	SLC25A31 (ENSOCUG00000015617)	INTU (ENSOCUG00000001278)	FAT4 (ENSOCUG00000008710)	ANKRD50 (ENSOCUG00000006096)
Rabbit	MODERN SPECIES	15	TIMP3 (ENSOCUG00000008310)	FBXO7 (ENSOCUG00000008289)	ENSOCUG00000008280	PRDM4 (ENSOCUG00000012859)	PWP1 (ENSOCUG00000002724)	ABTB3 (ENSOCUG00000002716)	CRY1 (ENSOCUG00000013721)	MTERF2 (ENSOCUG00000009560)	TMEM263 (ENSOCUG00000009563)	RIC8B (ENSOCUG00000006126)	RFX4 (ENSOCUG00000028228)	POLR3B (ENSOCUG00000000884)	ENSOCUG00000034904	CKAP4 (ENSOCUG00000000187)	NUAK1 (ENSOCUG00000004958)	ENSOCUG00000022751 #22	ENSOCUG00000034454	APPL2 (ENSOCUG00000005042)	WASHC4 (ENSOCUG00000005030)	ALDH1L2 (ENSOCUG00000006962)	NOPCHAP1 (ENSOCUG00000006960)
Rabbit	MODERN SPECIES	1401	ENSOCUG00000010629	ENSOCUG00000010859	ENSOCUG00000010855	BTK (ENSOCUG00000010621)	ENSOCUG00000027477	TAF7L (ENSOCUG00000004497)	DRP2 (ENSOCUG00000004487)	CENPI (ENSOCUG00000011953)	TMEM35A (ENSOCUG00000011961)	TRMT2B (ENSOCUG00000011945)	ENSOCUG00000023605	ENSOCUG00000005963	XKRX (ENSOCUG00000005661)	NOX1 (ENSOCUG00000005652)	CSTF2 (ENSOCUG00000010468)	ENSOCUG00000023695 #22	SYTL4 (ENSOCUG00000011193)	SRPX2 (ENSOCUG00000011186)	TSPAN6 (ENSOCUG00000011184)	TNMD (ENSOCUG00000011179)	PCDH19 (ENSOCUG00000015865)	ENSOCUG00000003552	DIAPH2 (ENSOCUG00000007109)	ENSOCUG00000038471	ENSOCUG00000030699	ENSOCUG00000033765	ENSOCUG00000025252	ENSOCUG00000013944	ENSOCUG00000029262	ZBTB33 (ENSOCUG00000004331)	TMEM255A (ENSOCUG00000004334)
Rabbit	MODERN SPECIES	14	CA3 (ENSOCUG00000011736)	CA2 (ENSOCUG00000011742)	ATP6V0D2 (ENSOCUG00000010247)	PSKH2 (ENSOCUG00000003992)	ENSOCUG00000026370	SLC7A13 (ENSOCUG00000017971)	WWP1 (ENSOCUG00000001081)	RMDN1 (ENSOCUG00000001086)	CPNE3 (ENSOCUG00000017961)	CNGB3 (ENSOCUG00000017962)	CNBD1 (ENSOCUG00000029386)	MMP16 (ENSOCUG00000011230)	ENSOCUG00000032504	ENSOCUG00000016091	RIPK2 (ENSOCUG00000001542)	ENSOCUG00000025532 #22	ENSOCUG00000030509	OSGIN2 (ENSOCUG00000009931)	NBN (ENSOCUG00000009935)	ENSOCUG00000006333	ENSOCUG00000006341	ENSOCUG00000021479	ENSOCUG00000006890	NECAB1 (ENSOCUG00000001277)	ENSOCUG00000023574	ENSOCUG00000030280	ENSOCUG00000000723	OTUD6B (ENSOCUG00000000218)	LRRC69 (ENSOCUG00000028994)	SLC26A7 (ENSOCUG00000012527)	ENSOCUG00000027627
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	6034															LPIN2 (ENSTBEG00000009160)	ENSTBEG00000009032 #22	EMILIN2 (ENSTBEG00000008658)	ENSTBEG00000006736
Tree shrew	MODERN SPECIES	313																ENSTBEG00000002963 #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	12209																RPS3A (ENSEEUG00000004994) #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.a.b.l	ENSGT00940000159336	ENSGT00550000074855	ENSGT00390000005270	ENSGT00940000155328.cb	ENSGT00940000154910.b.b	ENSGT00390000006367.d	ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.b.a.b.a	ENSGT00390000018603	ENSGT00390000007975.a	ENSGT00940000157523	ENSGT00950000182839.A.d	ENSGT00950000182956.b.b.a.a.c.a.l.a	ENSGT00950000183194.a.b	ENSGT00940000158780	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00390000000221.A	ENSGT00940000157223	ENSGT00940000155456	ENSGT00940000162521	ENSGT00940000154675	ENSGT00390000005097	ENSGT00940000154429.w.b	ENSGT00530000063722.b	ENSGT00530000063822.a.b	ENSGT00390000003145	ENSGT00950000183011.c.a.b	ENSGT00940000154380.b	ENSGT00940000155385	ENSGT00950000183017.b.a	ENSGT00940000157939
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.a.b.l	ENSGT00940000159336	ENSGT00550000074855	ENSGT00390000005270	ENSGT00940000155328.cb	ENSGT00940000154910.b.b	ENSGT00390000006367.d	ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.b.a.b.a	ENSGT00390000018603	ENSGT00390000007975.a	ENSGT00940000157523	ENSGT00950000182839.A.d	ENSGT00950000182956.b.b.a.a.c.a.l.a	ENSGT00950000183194.a.b	ENSGT00940000158780	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00390000000221.A	ENSGT00940000157223	ENSGT00940000155456	ENSGT00940000162521	ENSGT00940000154675	ENSGT00390000005097	ENSGT00940000154429.w.b	ENSGT00530000063722.b	ENSGT00530000063822.a.b	ENSGT00390000003145	ENSGT00950000183011.c.a.b	ENSGT00940000154380.b	ENSGT00940000155385	ENSGT00950000183017.b.a	ENSGT00940000157939
Narwhal	MODERN SPECIES	314	ENSMMNG00015021034	PDE3B (ENSMMNG00015020953)	PSMA1 (ENSMMNG00015020868)	COPB1 (ENSMMNG00015020824)	ENSMMNG00015020802	SPON1 (ENSMMNG00015020782)	FAR1 (ENSMMNG00015020761)	ENSMMNG00015020752	PTH (ENSMMNG00015020742)	BTBD10 (ENSMMNG00015020698)	BMAL1 (ENSMMNG00015020613)	RASSF10 (ENSMMNG00015020589)	TEAD1 (ENSMMNG00015020545)	PARVA (ENSMMNG00015020501)	MICAL2 (ENSMMNG00015020388)	ENSMMNG00015020342 #22	DKK3 (ENSMMNG00015020327)	USP47 (ENSMMNG00015020112)	ENSMMNG00015020000	ENSMMNG00015019981	GALNT18 (ENSMMNG00015019950)	ZBED5 (ENSMMNG00015019924)	EIF4G2 (ENSMMNG00015019778)	CTR9 (ENSMMNG00015019690)	ENSMMNG00015019676	IRAG1 (ENSMMNG00015019550)	LYVE1 (ENSMMNG00015019456)	RNF141 (ENSMMNG00015019418)	AMPD3 (ENSMMNG00015019282)	ADM (ENSMMNG00015019215)	SBF2 (ENSMMNG00015019075)
Vaquita	MODERN SPECIES	19	ENSPSNG00000005706	PDE3B (ENSPSNG00000005620)	PSMA1 (ENSPSNG00000005548)	COPB1 (ENSPSNG00000005475)	ENSPSNG00000005427	SPON1 (ENSPSNG00000005398)	FAR1 (ENSPSNG00000005352)	ENSPSNG00000005319	PTH (ENSPSNG00000005298)	BTBD10 (ENSPSNG00000005248)	BMAL1 (ENSPSNG00000005165)	RASSF10 (ENSPSNG00000005115)	ENSPSNG00000005077	PARVA (ENSPSNG00000005015)	MICAL2 (ENSPSNG00000004843)	ENSPSNG00000004681 #22	DKK3 (ENSPSNG00000004657)	USP47 (ENSPSNG00000004502)	ENSPSNG00000004358	GALNT18 (ENSPSNG00000004318)	ZBED5 (ENSPSNG00000004281)	EIF4G2 (ENSPSNG00000004235)	CTR9 (ENSPSNG00000004180)	ENSPSNG00000004144	IRAG1 (ENSPSNG00000004067)	LYVE1 (ENSPSNG00000017631)	RNF141 (ENSPSNG00000017558)	AMPD3 (ENSPSNG00000017522)	ADM (ENSPSNG00000017463)	SBF2 (ENSPSNG00000017404)	SWAP70 (ENSPSNG00000017297)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Yarkand deer	MODERN SPECIES	19	APCDD1 (ENSCHYG00000022475)	ENSCHYG00000022539	VAPA (ENSCHYG00000022578)	PPP4R1 (ENSCHYG00000022849)	RALBP1 (ENSCHYG00000022911)	TWSG1 (ENSCHYG00000022972)	ANKRD12 (ENSCHYG00000023012)	ENSCHYG00000023192	MTCL1 (ENSCHYG00000023220)	RAB12 (ENSCHYG00000023329)	PTPRM (ENSCHYG00000023397)	LRRC30 (ENSCHYG00000024222)	LAMA1 (ENSCHYG00000024245)	ARHGAP28 (ENSCHYG00000024509)	EPB41L3 (ENSCHYG00000024994)	ENSCHYG00000025521 #22	ZBTB14 (ENSCHYG00000025527)	AKAIN1 (ENSCHYG00000025549)	ENSCHYG00000025565	ENSCHYG00000025583	ENSCHYG00000025600	DLGAP1 (ENSCHYG00000025662)	TGIF1 (ENSCHYG00000025940)	MYL12B (ENSCHYG00000025995)	ENSCHYG00000026009	MYOM1 (ENSCHYG00000014067)	ENSCHYG00000014825	ENSCHYG00000014880	EMILIN2 (ENSCHYG00000015216)	SMCHD1 (ENSCHYG00000015325)	NDC80 (ENSCHYG00000016070)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Bovidae	DUPLICATION
Bovidae	DUPLICATION
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.jb.a #22	ENSGT00390000018433.s.b.jb.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978.w.a	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.jb.a #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978.w.a	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.jb.a #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978.x	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.jb.a #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Wild yak	MODERN SPECIES	1411													DCLK2 (ENSBMUG00000020272)	LRBA (ENSBMUG00000020346) #20	MAB21L2 (ENSBMUG00000020365) #18	RPS3A (ENSBMUG00000020374) #22	SH3D19 (ENSBMUG00000020463) #23	PRSS48 (ENSBMUG00000020508) #24
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154978.w.a	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b.kb #22	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.jb.a #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	8	ENSBIXG00005008414	POU4F2 (ENSBIXG00005008406)	TTC29 (ENSBIXG00005008379)	EDNRA (ENSBIXG00005008325)	TMEM184C (ENSBIXG00005008291)	PRMT9 (ENSBIXG00005008281)	ARHGAP10 (ENSBIXG00005008218)	ENSBIXG00005008146	NR3C2 (ENSBIXG00005008106)	ENSBIXG00005008005	ENSBIXG00005007998	IQCM (ENSBIXG00005029236)	DCLK2 (ENSBIXG00005029213)	LRBA (ENSBIXG00005001814) #20	MAB21L2 (ENSBIXG00005005193) #18	RPS3A (ENSBIXG00005005190) #22	SH3D19 (ENSBIXG00005029087) #23	ENSBIXG00005028995 #24	PRSS48 (ENSBIXG00005028978) #24	FHIP1A (ENSBIXG00005002163) #26	GATB (ENSBIXG00005005051) #27	FBXW7 (ENSBIXG00005002309) #28	ENSBIXG00005002357	ENSBIXG00005028668 #29	TIGD4 (ENSBIXG00005002381) #30	ARFIP1 (ENSBIXG00005004937) #31	ENSBIXG00005007791	FHDC1 (ENSBIXG00005028377) #33	TRIM2 (ENSBIXG00005028287) #36	TMEM131L (ENSBIXG00005028029)	TLR2 (ENSBIXG00005027951)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.jb.a #22
Goat	MODERN SPECIES	9	ENSCHIG00000018879	ENSCHIG00000025874	TEX101 (ENSCHIG00000003537)	CD177 (ENSCHIG00000018582)	ENSCHIG00000023941	ENSCHIG00000021407	ENSCHIG00000012997	ENSCHIG00000015831	ENSCHIG00000006753	LYPD4 (ENSCHIG00000022395)	DMRTC2 (ENSCHIG00000020158)	ENSCHIG00000025321	CD79A (ENSCHIG00000013630)	ARHGEF1 (ENSCHIG00000022244)	ENSCHIG00000027270	ENSCHIG00000008355 #22	RABAC1 (ENSCHIG00000023419)	ATP1A3 (ENSCHIG00000020539)	GRIK5 (ENSCHIG00000025382)	ZNF574 (ENSCHIG00000009605)	POU2F2 (ENSCHIG00000025522)	DEDD2 (ENSCHIG00000020747)	ZNF526 (ENSCHIG00000018756)	GSK3A (ENSCHIG00000027180)	ERF (ENSCHIG00000019624)	CIC (ENSCHIG00000015534)	PAFAH1B3 (ENSCHIG00000019643)	ENSCHIG00000007871	PRR19 (ENSCHIG00000022284)	TMEM145 (ENSCHIG00000003376)	MEGF8 (ENSCHIG00000015019)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.jb.a #22	ENSGT00390000018433.s.b.jb.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.jb.b #22
American bison	MODERN SPECIES	3069				TLN2 (ENSBBBG00000007650)	VPS13C (ENSBBBG00000002901)	RORA (ENSBBBG00000013770)	ICE2 (ENSBBBG00000013793)	ENSBBBG00000008447 ##35	FOXB1 (ENSBBBG00000002959)	ENSBBBG00000013838	NR3C2 (ENSBBBG00000002997)	IQCM (ENSBBBG00000003010)	DCLK2 (ENSBBBG00000003070)	MAB21L2 (ENSBBBG00000002892) #18	LRBA (ENSBBBG00000003153) #20	RPS3A (ENSBBBG00000003169) #22	ENSBBBG00000003199 #24	SH3D19 (ENSBBBG00000003232) #23	FHIP1A (ENSBBBG00000014291) #26	GATB (ENSBBBG00000014330) #27	FBXW7 (ENSBBBG00000003325) #28	TMEM154 (ENSBBBG00000014446) #29	TIGD4 (ENSBBBG00000014451) #30	ARFIP1 (ENSBBBG00000014497) #31	FHDC1 (ENSBBBG00000014518) #33	TRIM2 (ENSBBBG00000007493) #36	MND1 (ENSBBBG00000014564) #37	TMEM131L (ENSBBBG00000003574)	TLR2 (ENSBBBG00000014757)	RNF175 (ENSBBBG00000003583)	SFRP2 (ENSBBBG00000014774)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978.y.b	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000167877	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.jb.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000164895
Goat	MODERN SPECIES	8	ZNF827 (ENSCHIG00000023405)	ENSCHIG00000010334	SLC10A7 (ENSCHIG00000008543)	POU4F2 (ENSCHIG00000012332)	TTC29 (ENSCHIG00000025715)	EDNRA (ENSCHIG00000019737)	ENSCHIG00000008113	PRMT9 (ENSCHIG00000011275)	ARHGAP10 (ENSCHIG00000002829)	ENSCHIG00000021047	ENSCHIG00000024151	IQCM (ENSCHIG00000023127)	DCLK2 (ENSCHIG00000010393)	LRBA (ENSCHIG00000020734) #20	MAB21L2 (ENSCHIG00000007330) #18	ENSCHIG00000016445 #22	SH3D19 (ENSCHIG00000011594) #23	FHIP1A (ENSCHIG00000011836) #26	GATB (ENSCHIG00000020111) #27	FBXW7 (ENSCHIG00000024373) #28	TMEM154 (ENSCHIG00000026757) #29	TIGD4 (ENSCHIG00000022621) #30	ARFIP1 (ENSCHIG00000015084) #31	FHDC1 (ENSCHIG00000011413) #33	TRIM2 (ENSCHIG00000020210) #36	MND1 (ENSCHIG00000016830) #37	TMEM131L (ENSCHIG00000020096)	TLR2 (ENSCHIG00000025899)	RNF175 (ENSCHIG00000021987)	SFRP2 (ENSCHIG00000022955)	PLRG1 (ENSCHIG00000014074)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.kb #22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.kb #22
Goat	MODERN SPECIES	23	FEZF1 (ENSCHIG00000012204)	CADPS2 (ENSCHIG00000022820)	SLC13A1 (ENSCHIG00000014530)	IQUB (ENSCHIG00000021401)	NDUFA5 (ENSCHIG00000014906)	ASB15 (ENSCHIG00000018758)	LMOD2 (ENSCHIG00000023924)	WASL (ENSCHIG00000016281)	HYAL4 (ENSCHIG00000003866)	ENSCHIG00000020009	ENSCHIG00000020486	ENSCHIG00000015094	TMEM229A (ENSCHIG00000011201)	GPR37 (ENSCHIG00000020618)	POT1 (ENSCHIG00000014866)	ENSCHIG00000011972 #22	ENSCHIG00000021887	ENSCHIG00000009077	ZNF800 (ENSCHIG00000018562)	GCC1 (ENSCHIG00000013724)	ARF5 (ENSCHIG00000018906)	FSCN3 (ENSCHIG00000011966)	PAX4 (ENSCHIG00000014419)	LRRC4 (ENSCHIG00000006081)	SND1 (ENSCHIG00000023390)	LEP (ENSCHIG00000019616)	RBM28 (ENSCHIG00000014146)	PRRT4 (ENSCHIG00000019622)	ENSCHIG00000017791	IMPDH1 (ENSCHIG00000017941)	HILPDA (ENSCHIG00000009991)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.kb #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.kb #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978.w.a	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b.kb #22	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b.jb.a #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323
Cow	MODERN SPECIES	8	ZNF827 (ENSBTAG00000012738)	LSM6 (ENSBTAG00000014060)	REELD1 (ENSBTAG00000054105)	SLC10A7 (ENSBTAG00000034522)	POU4F2 (ENSBTAG00000005648)	TTC29 (ENSBTAG00000004167)	ENSBTAG00000049121	EDNRA (ENSBTAG00000013674)	TMEM184C (ENSBTAG00000010376)	PRMT9 (ENSBTAG00000010381)	ARHGAP10 (ENSBTAG00000002531)	NR3C2 (ENSBTAG00000027182)	DCLK2 (ENSBTAG00000008098)	MAB21L2 (ENSBTAG00000047924) #18	LRBA (ENSBTAG00000018546) #20	RPS3A (ENSBTAG00000009908) #22	PRSS48 (ENSBTAG00000004633) #24	SH3D19 (ENSBTAG00000016813) #23	FHIP1A (ENSBTAG00000025263) #26	GATB (ENSBTAG00000013914) #27	FBXW7 (ENSBTAG00000007953) #28	ENSBTAG00000048983 #29	ARFIP1 (ENSBTAG00000008438) #31	FHDC1 (ENSBTAG00000043963) #33	TRIM2 (ENSBTAG00000008816) #36	MND1 (ENSBTAG00000000281) #37	TMEM131L (ENSBTAG00000016625)	TLR2 (ENSBTAG00000008008)	RNF175 (ENSBTAG00000019426)	SFRP2 (ENSBTAG00000018563)	DCHS2 (ENSBTAG00000024545)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b.kb #22
Domestic yak	DUPLICATION
Domestic yak	MODERN SPECIES	69	ENSBGRG00000010944	IL1RAPL1 (ENSBGRG00000011049)	ENSBGRG00000011327	ENSBGRG00000011440	PPP4R3C (ENSBGRG00000011595)	ENSBGRG00000011648	MAGEB18 (ENSBGRG00000011730)	ENSBGRG00000011753	ENSBGRG00000011790	ARX (ENSBGRG00000011822)	POLA1 (ENSBGRG00000011903)	ENSBGRG00000012409	PCYT1B (ENSBGRG00000012447)	PDK3 (ENSBGRG00000012643)	ENSBGRG00000013003	ENSBGRG00000013035 #22	ENSBGRG00000013049	ENSBGRG00000013098	ENSBGRG00000013130	ENSBGRG00000013264	EIF2S3B (ENSBGRG00000013285)	KLHL15 (ENSBGRG00000007139)	CXorf58 (ENSBGRG00000007185)	APOO (ENSBGRG00000007291)	SAT1 (ENSBGRG00000007508)	ACOT9 (ENSBGRG00000007829)	PRDX4 (ENSBGRG00000008322)	PTCHD1 (ENSBGRG00000008455)	ENSBGRG00000008530	ENSBGRG00000008641	PHEX (ENSBGRG00000008681)
Domestic yak	MODERN SPECIES	7	POU4F2 (ENSBGRG00000008809)	TTC29 (ENSBGRG00000008877)	ENSBGRG00000009257	EDNRA (ENSBGRG00000009303)	ENSBGRG00000009466	TMEM184C (ENSBGRG00000010666)	PRMT9 (ENSBGRG00000010736)	ENSBGRG00000010968	ARHGAP10 (ENSBGRG00000011004)	NR3C2 (ENSBGRG00000011166)	IQCM (ENSBGRG00000011758)	DCLK2 (ENSBGRG00000011859)	LRBA (ENSBGRG00000012411) #20	ENSBGRG00000012712	MAB21L2 (ENSBGRG00000012737) #18	ENSBGRG00000012777 #22	ENSBGRG00000012970	SH3D19 (ENSBGRG00000013051) #23	ENSBGRG00000014152 #24	PRSS48 (ENSBGRG00000014226) #24	FHIP1A (ENSBGRG00000014393) #26	GATB (ENSBGRG00000014535) #27	FBXW7 (ENSBGRG00000015456) #28	TMEM154 (ENSBGRG00000015831) #29	TIGD4 (ENSBGRG00000015927) #30	ARFIP1 (ENSBGRG00000015983) #31	FHDC1 (ENSBGRG00000016413) #33	TRIM2 (ENSBGRG00000016560) #36	MND1 (ENSBGRG00000016798) #37	TMEM131L (ENSBGRG00000017247)	TLR2 (ENSBGRG00000017549)
Suina	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Pig	MODERN SPECIES	16	ENSSSCG00000062405	TTC29 (ENSSSCG00000040272)	EDNRA (ENSSSCG00000009031)	TMEM184C (ENSSSCG00000030044)	PRMT9 (ENSSSCG00000009030)	ARHGAP10 (ENSSSCG00000009029)	ENSSSCG00000043522	NR3C2 (ENSSSCG00000037766)	ENSSSCG00000040704	IQCM (ENSSSCG00000035623)	DCLK2 (ENSSSCG00000009023)	MAB21L2 (ENSSSCG00000052676) #18	ENSSSCG00000058219	LRBA (ENSSSCG00000009021) #20	ENSSSCG00000048819	RPS3A (ENSSSCG00000009019) #22	PRSS48 (ENSSSCG00000009017) #24	SH3D19 (ENSSSCG00000009018) #23	ENSSSCG00000057111	ENSSSCG00000053923	FHIP1A (ENSSSCG00000020717) #26	ENSSSCG00000009015 #27	ENSSSCG00000054992 #27	ENSSSCG00000056838	FBXW7 (ENSSSCG00000020879) #28	TMEM154 (ENSSSCG00000009012) #29	TIGD4 (ENSSSCG00000038186) #30	ARFIP1 (ENSSSCG00000009010) #31	FHDC1 (ENSSSCG00000009011) #33	TRIM2 (ENSSSCG00000029200) #36	MND1 (ENSSSCG00000009009) #37
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	120	C4orf51 (ENSCWAG00000010248)	ZNF827 (ENSCWAG00000010322)	LSM6 (ENSCWAG00000010564)	REELD1 (ENSCWAG00000010608)	SLC10A7 (ENSCWAG00000010694)	POU4F2 (ENSCWAG00000011402)	TTC29 (ENSCWAG00000011446)	EDNRA (ENSCWAG00000011919)	TMEM184C (ENSCWAG00000012073)	PRMT9 (ENSCWAG00000012146)	ARHGAP10 (ENSCWAG00000012206)	NR3C2 (ENSCWAG00000012270)	DCLK2 (ENSCWAG00000012779)	LRBA (ENSCWAG00000013328) #20	MAB21L2 (ENSCWAG00000013479) #18	RPS3A (ENSCWAG00000013495) #22	SH3D19 (ENSCWAG00000013644) #23	PRSS48 (ENSCWAG00000014066) #24	FHIP1A (ENSCWAG00000014155) #26	GATB (ENSCWAG00000014317) #27	FBXW7 (ENSCWAG00000014450) #28	TMEM154 (ENSCWAG00000014757) #29	TIGD4 (ENSCWAG00000014819) #30	ARFIP1 (ENSCWAG00000014843) #31	FHDC1 (ENSCWAG00000014936) #33	TRIM2 (ENSCWAG00000015057) #36	MND1 (ENSCWAG00000015242) #37	TMEM131L (ENSCWAG00000015375)	TLR2 (ENSCWAG00000015442)	SFRP2 (ENSCWAG00000015456)	DCHS2 (ENSCWAG00000015498)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Equus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Horse	MODERN SPECIES	11	C4orf51 (ENSECAG00000034055)	ZNF827 (ENSECAG00000021655)	REELD1 (ENSECAG00000033467)	SLC10A7 (ENSECAG00000026901)	POU4F2 (ENSECAG00000020754)	TTC29 (ENSECAG00000020287)	EDNRA (ENSECAG00000019798)	TMEM184C (ENSECAG00000019574)	PRMT9 (ENSECAG00000018097)	ARHGAP10 (ENSECAG00000016629)	NR3C2 (ENSECAG00000016605)	IQCM (ENSECAG00000033875)	DCLK2 (ENSECAG00000014313)	MAB21L2 (ENSECAG00000005046) #18	LRBA (ENSECAG00000010768) #20	RPS3A (ENSECAG00000009573) #22	ENSECAG00000035042 #24	PRSS48 (ENSECAG00000007494) #24	SH3D19 (ENSECAG00000007542) #23	FHIP1A (ENSECAG00000007395) #26	GATB (ENSECAG00000003539) #27	FBXW7 (ENSECAG00000022582) #28	TMEM154 (ENSECAG00000022568) #29	TIGD4 (ENSECAG00000004395) #30	ARFIP1 (ENSECAG00000022286) #31	FHDC1 (ENSECAG00000021646) #33	TRIM2 (ENSECAG00000020605) #36	MND1 (ENSECAG00000020362) #37	TMEM131L (ENSECAG00000018035)	ENSECAG00000033827	TLR2 (ENSECAG00000018028)
Donkey	MODERN SPECIES	22	ZNF827 (ENSEASG00005001543)	LSM6 (ENSEASG00005001533)	REELD1 (ENSEASG00005001529)	SLC10A7 (ENSEASG00005001510)	POU4F2 (ENSEASG00005001506)	TTC29 (ENSEASG00005001491)	EDNRA (ENSEASG00005001483)	TMEM184C (ENSEASG00005001471)	PRMT9 (ENSEASG00005001405)	ARHGAP10 (ENSEASG00005001168)	NR3C2 (ENSEASG00005000984)	IQCM (ENSEASG00005028644)	DCLK2 (ENSEASG00005000953)	MAB21L2 (ENSEASG00005036829) #18	LRBA (ENSEASG00005000458) #20	ENSEASG00005000256 #22	ENSEASG00005029135 #24	SH3D19 (ENSEASG00005000236) #23	FHIP1A (ENSEASG00005000086) #26	GATB (ENSEASG00005015868) #27	FBXW7 (ENSEASG00005015861) #28	ENSEASG00005026801	TMEM154 (ENSEASG00005015856) #29	TIGD4 (ENSEASG00005015855) #30	ARFIP1 (ENSEASG00005015853) #31	FHDC1 (ENSEASG00005015851) #33	TRIM2 (ENSEASG00005015849) #36	MND1 (ENSEASG00005015846) #37	TMEM131L (ENSEASG00005015844)	TLR2 (ENSEASG00005015843)	RNF175 (ENSEASG00005015842)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	9	ZNF827 (ENSRFEG00010014952)	LSM6 (ENSRFEG00010015332)	SLC10A7 (ENSRFEG00010015418)	POU4F2 (ENSRFEG00010015642)	TTC29 (ENSRFEG00010015692)	EDNRA (ENSRFEG00010016295)	TMEM184C (ENSRFEG00010016470)	PRMT9 (ENSRFEG00010016544)	ARHGAP10 (ENSRFEG00010016589)	NR3C2 (ENSRFEG00010016644)	IQCM (ENSRFEG00010005407)	ENSRFEG00010005448	DCLK2 (ENSRFEG00010005563)	LRBA (ENSRFEG00010005750) #20	MAB21L2 (ENSRFEG00010005946) #18	RPS3A (ENSRFEG00010005967) #22	SH3D19 (ENSRFEG00010006184) #23	PRSS48 (ENSRFEG00010006450) #24	FHIP1A (ENSRFEG00010006614) #26	GATB (ENSRFEG00010006680) #27	ENSRFEG00010006737	FBXW7 (ENSRFEG00010006812) #28	TMEM154 (ENSRFEG00010007089) #29	TIGD4 (ENSRFEG00010007111) #30	ENSRFEG00010007138 #31	FHDC1 (ENSRFEG00010007242) #33	TRIM2 (ENSRFEG00010007313) #36	MND1 (ENSRFEG00010007455) #37	TMEM131L (ENSRFEG00010007681)	RNF175 (ENSRFEG00010007818)	SFRP2 (ENSRFEG00010007919)
Microbat	MODERN SPECIES	938	ZNF827 (ENSMLUG00000008100)	LSM6 (ENSMLUG00000026355)	ENSMLUG00000022646	ENSMLUG00000015165	POU4F2 (ENSMLUG00000015174)	TTC29 (ENSMLUG00000015176)	EDNRA (ENSMLUG00000002880)	TMEM184C (ENSMLUG00000014055)	PRMT9 (ENSMLUG00000014060)	ARHGAP10 (ENSMLUG00000008067)	NR3C2 (ENSMLUG00000008108)	DCLK2 (ENSMLUG00000016144)	ENSMLUG00000016161 #20	MAB21L2 (ENSMLUG00000016197) #18	ENSMLUG00000024397 #20	RPS3A (ENSMLUG00000014788) #22	SH3D19 (ENSMLUG00000001478) #23	PRSS48 (ENSMLUG00000002370) #24	FHIP1A (ENSMLUG00000008164) #26	GATB (ENSMLUG00000008194) #27	ENSMLUG00000027201	FBXW7 (ENSMLUG00000014672) #28	TIGD4 (ENSMLUG00000028008) #30	ARFIP1 (ENSMLUG00000002725) #31	FHDC1 (ENSMLUG00000002735) #33	TRIM2 (ENSMLUG00000002195) #36	MND1 (ENSMLUG00000002215) #37	TMEM131L (ENSMLUG00000010411)	TLR2 (ENSMLUG00000012813)	RNF175 (ENSMLUG00000012819)	ENSMLUG00000030163
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.c	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182980.a.a.p	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Cat	MODERN SPECIES	235	REELD1 (ENSFCAG00000046759)	ENSFCAG00000028577	SLC10A7 (ENSFCAG00000003048)	POU4F2 (ENSFCAG00000003049)	TTC29 (ENSFCAG00000012370)	EDNRA (ENSFCAG00000045372)	TMEM184C (ENSFCAG00000015410)	PRMT9 (ENSFCAG00000008695)	ARHGAP10 (ENSFCAG00000001820)	NR3C2 (ENSFCAG00000027453)	IQCM (ENSFCAG00000022342)	DCLK2 (ENSFCAG00000009915)	MAB21L2 (ENSFCAG00000025743) #18	LRBA (ENSFCAG00000025294) #20	ENSFCAG00000024391	RPS3A (ENSFCAG00000031288) #22	ENSFCAG00000050463 #24	SH3D19 (ENSFCAG00000011212) #23	ENSFCAG00000039669	FHIP1A (ENSFCAG00000025713) #26	GATB (ENSFCAG00000003207) #27	FBXW7 (ENSFCAG00000000620) #28	TMEM154 (ENSFCAG00000035945) #29	TIGD4 (ENSFCAG00000028877) #30	ENSFCAG00000002796	ARFIP1 (ENSFCAG00000026832) #31	FHDC1 (ENSFCAG00000046337) #33	TRIM2 (ENSFCAG00000031235) #36	MND1 (ENSFCAG00000022084) #37	TMEM131L (ENSFCAG00000003011)	TLR2 (ENSFCAG00000029293)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.c	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182980.a.a.p	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Tiger	MODERN SPECIES	197											IQCM (ENSPTIG00000020620)	DCLK2 (ENSPTIG00000021475)	LRBA (ENSPTIG00000006996) #20	MAB21L2 (ENSPTIG00000005332) #18	ENSPTIG00000015637	RPS3A (ENSPTIG00000015777) #22	SH3D19 (ENSPTIG00000016330) #23	ENSPTIG00000020404	FHIP1A (ENSPTIG00000020718) #26	GATB (ENSPTIG00000021433) #27	FBXW7 (ENSPTIG00000007915) #28	TMEM154 (ENSPTIG00000011311) #29	TIGD4 (ENSPTIG00000005744) #30	ARFIP1 (ENSPTIG00000013262) #31	FHDC1 (ENSPTIG00000017129) #33	TRIM2 (ENSPTIG00000019257) #36	MND1 (ENSPTIG00000020282) #37	TMEM131L (ENSPTIG00000021150)	TLR2 (ENSPTIG00000005924)	RNF175 (ENSPTIG00000006866)	SFRP2 (ENSPTIG00000007692)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.c	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182980.a.a.p	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
leopard	MODERN SPECIES	6							ENSPPRG00000023608	NR3C2 (ENSPPRG00000000130)	ENSPPRG00000000395 ##22	IQCM (ENSPPRG00000001385)	DCLK2 (ENSPPRG00000003879)	MAB21L2 (ENSPPRG00000017133) #18	ENSPPRG00000004503	LRBA (ENSPPRG00000012725) #20	ENSPPRG00000013249	RPS3A (ENSPPRG00000013732) #22	SH3D19 (ENSPPRG00000001261) #23	ENSPPRG00000017765	FHIP1A (ENSPPRG00000002729) #26	GATB (ENSPPRG00000004993) #27	FBXW7 (ENSPPRG00000006952) #28	TMEM154 (ENSPPRG00000009481) #29	TIGD4 (ENSPPRG00000017931) #30	ARFIP1 (ENSPPRG00000013285) #31	TRIM2 (ENSPPRG00000023428) #36	MND1 (ENSPPRG00000022675) #37	TMEM131L (ENSPPRG00000001439)	TLR2 (ENSPPRG00000018231)	RNF175 (ENSPPRG00000001999)	SFRP2 (ENSPPRG00000002110)	PLRG1 (ENSPPRG00000003918)
lion	MODERN SPECIES	4	LSM6 (ENSPLOG00000011387)	REELD1 (ENSPLOG00000011324)	SLC10A7 (ENSPLOG00000011188)	POU4F2 (ENSPLOG00000011107)	TTC29 (ENSPLOG00000010821)	EDNRA (ENSPLOG00000010653)	TMEM184C (ENSPLOG00000010571)	PRMT9 (ENSPLOG00000010474)	ARHGAP10 (ENSPLOG00000010380)	NR3C2 (ENSPLOG00000010318)	IQCM (ENSPLOG00000010221)	DCLK2 (ENSPLOG00000009806)	MAB21L2 (ENSPLOG00000009738) #18	LRBA (ENSPLOG00000009669) #20	ENSPLOG00000009622	RPS3A (ENSPLOG00000009578) #22	ENSPLOG00000009537 #24	SH3D19 (ENSPLOG00000009405) #23	ENSPLOG00000009336	FHIP1A (ENSPLOG00000009264) #26	GATB (ENSPLOG00000009163) #27	FBXW7 (ENSPLOG00000008895) #28	TMEM154 (ENSPLOG00000008799) #29	TIGD4 (ENSPLOG00000008774) #30	ENSPLOG00000008744	ARFIP1 (ENSPLOG00000008654) #31	FHDC1 (ENSPLOG00000008607) #33	TRIM2 (ENSPLOG00000008469) #36	ENSPLOG00000008449	MND1 (ENSPLOG00000008331) #37	TMEM131L (ENSPLOG00000007965)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	3											ENSGT00510000049125	ENSGT00550000075071	ENSGT00390000002628	ENSGT00940000156278	ENSGT00390000009825	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00390000015916	ENSGT00940000158623	ENSGT00940000163447	ENSGT00940000154590	ENSGT00940000162598	ENSGT00950000183213.a.a.b	ENSGT00530000063694.a	ENSGT00940000160198	ENSGT00390000006233.c.a.a	ENSGT00940000161859	ENSGT00940000156947	ENSGT00390000017359	ENSGT00940000160060	ENSGT00940000160286.n	ENSGT00940000153801.a
Red fox	MODERN SPECIES	200											ENSVVUG00000013640	POLR3K (ENSVVUG00000013638)	SNRNP25 (ENSVVUG00000013635)	RHBDF1 (ENSVVUG00000013624)	MPG (ENSVVUG00000013618)	ENSVVUG00000013617 #22	NPRL3 (ENSVVUG00000013503)	HBZ (ENSVVUG00000013485)	HBM (ENSVVUG00000013480)	ENSVVUG00000013465	LUC7L (ENSVVUG00000013448)	FAM234A (ENSVVUG00000013441)	ENSVVUG00000013438	ARHGDIG (ENSVVUG00000013427)	PDIA2 (ENSVVUG00000013425)	AXIN1 (ENSVVUG00000013419)	MRPL28 (ENSVVUG00000013414)	PGAP6 (ENSVVUG00000013413)	ENSVVUG00000013410	DECR2 (ENSVVUG00000013404)	ENSVVUG00000013356
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000017353	ENSGT01030000234578.B.b	ENSGT00950000183117.a.b	ENSGT00950000182931.A	ENSGT00940000154557.c.a	ENSGT00390000001017.g	ENSGT00940000163644.g.b	ENSGT00940000163644.g.a.b	ENSGT00390000010711.j	ENSGT00390000001958.f	ENSGT00510000049125	ENSGT00550000075071	ENSGT00390000002628	ENSGT00940000156278	ENSGT00390000009825	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00390000015916	ENSGT00940000158623.p	ENSGT00940000158623.o	ENSGT00940000163447	ENSGT00940000154590	ENSGT00940000162598	ENSGT00950000183213.a.a.b	ENSGT01090000260046.e.b.b.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT00530000063694.a	ENSGT00940000160198	ENSGT00390000006233.c.a.a	ENSGT00940000161859	ENSGT00940000156947	ENSGT00390000017359	ENSGT00940000160060
Dog	DUPLICATION
Dog	MODERN SPECIES	6	SLC10A7 (ENSCAFG00845012862)	POU4F2 (ENSCAFG00845013080)	TTC29 (ENSCAFG00845013144)	EDNRA (ENSCAFG00845013340)	TMEM184C (ENSCAFG00845013383)	PRMT9 (ENSCAFG00845013422)	ARHGAP10 (ENSCAFG00845013505)	NR3C2 (ENSCAFG00845013694)	IQCM (ENSCAFG00845013775)	ENSCAFG00845013810	DCLK2 (ENSCAFG00845013901)	LRBA (ENSCAFG00845014163) #20	ENSCAFG00845014213	MAB21L2 (ENSCAFG00845005729) #18	ENSCAFG00845005741	RPS3A (ENSCAFG00845005765) #22	SH3D19 (ENSCAFG00845005957) #23	PRSS48 (ENSCAFG00845006205) #24	ENSCAFG00845006404	FAM160A1 (ENSCAFG00845006461) #26	ATP5J2 (ENSCAFG00845006554)	GATB (ENSCAFG00845006707) #27	ENSCAFG00845006957	FBXW7 (ENSCAFG00845007020) #28	ENSCAFG00845007288	TMEM154 (ENSCAFG00845007673) #29	TIGD4 (ENSCAFG00845007856) #30	ARFIP1 (ENSCAFG00845007940) #31	ENSCAFG00845008099	FHDC1 (ENSCAFG00845008193) #33	TRIM2 (ENSCAFG00845008493) #36
Dog	MODERN SPECIES	22	WDR19 (ENSCAFG00845004729)	KLHL5 (ENSCAFG00845004801)	TMEM156 (ENSCAFG00845004925)	FAM114A1 (ENSCAFG00845004930)	TLR1 (ENSCAFG00845004950)	KLF3 (ENSCAFG00845004980)	TBC1D1 (ENSCAFG00845005015)	ENSCAFG00845005098	PGM2 (ENSCAFG00845005108)	RELL1 (ENSCAFG00845005126)	ENSCAFG00845005184	NWD2 (ENSCAFG00845005206)	ENSCAFG00845005226	DTHD1 (ENSCAFG00845005244)	ARAP2 (ENSCAFG00845005336)	ENSCAFG00845005487 #22	PCDH7 (ENSCAFG00845005515)	ENSCAFG00845005559	ENSCAFG00845005572	ENSCAFG00845005634	STIM2 (ENSCAFG00845005670)	TBC1D19 (ENSCAFG00845005743)	CAR1 (ENSCAFG00845005825)	CCKAR (ENSCAFG00845005880)	RBPJ (ENSCAFG00845005977)	ENSCAFG00845006105	SMIM20 (ENSCAFG00845006127)	SEL1L3 (ENSCAFG00845006276)	SLC34A2 (ENSCAFG00845006845)	ANAPC4 (ENSCAFG00845007014)	ZCCHC4 (ENSCAFG00845007308)
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	342	ENSCAFG00020011681	ENSCAFG00020011679	CDKL2 (ENSCAFG00020011668)	G3BP2 (ENSCAFG00020011645)	USO1 (ENSCAFG00020011626)	PPEF2 (ENSCAFG00020011617)	ENSCAFG00020011610	SDAD1 (ENSCAFG00020011582)	CXCL10 (ENSCAFG00020011575)	ENSCAFG00020011570	ART3 (ENSCAFG00020011569)	NUP54 (ENSCAFG00020011564)	SCARB2 (ENSCAFG00020011560)	STBD1 (ENSCAFG00020011558)	CCDC158 (ENSCAFG00020011548)	ENSCAFG00020011546 #22	SHROOM3 (ENSCAFG00020011481)	SOWAHB (ENSCAFG00020011471)	SEPTIN11 (ENSCAFG00020011148)	CCNI (ENSCAFG00020011143)	AHCY (ENSCAFG00020011137)	CCNG2 (ENSCAFG00020011134)	ENSCAFG00020011129	ENSCAFG00020011123	CNOT6L (ENSCAFG00020011108)	ENSCAFG00020011079	ENSCAFG00020011074	FRAS1 (ENSCAFG00020011017)	ANXA3 (ENSCAFG00020010989)	ENSCAFG00020010985	BMP2K (ENSCAFG00020010964)
Dingo	MODERN SPECIES	172	LRIF1 (ENSCAFG00020009548)	DRAM2 (ENSCAFG00020009546)	CEPT1 (ENSCAFG00020009537)	DENND2D (ENSCAFG00020009529)	CHIA (ENSCAFG00020009486)	ENSCAFG00020009479	ENSCAFG00020009467	ENSCAFG00020009433	ENSCAFG00020009413	ATP5PB (ENSCAFG00020009409)	ENSCAFG00020009357	POLR3K (ENSCAFG00020009353)	SNRNP25 (ENSCAFG00020009344)	RHBDF1 (ENSCAFG00020009330)	MPG (ENSCAFG00020009328)	ENSCAFG00020009323 #22	NPRL3 (ENSCAFG00020009316)	ENSCAFG00020009312	ENSCAFG00020009310	HBM (ENSCAFG00020009308)	ENSCAFG00020009307	ENSCAFG00020009306	HBQ1 (ENSCAFG00020009300)	LUC7L (ENSCAFG00020009297)	ENSCAFG00020009273	FAM234A (ENSCAFG00020009271)	ENSCAFG00020009264	ARHGDIG (ENSCAFG00020009256)	PDIA2 (ENSCAFG00020009242)	AXIN1 (ENSCAFG00020009229)	MRPL28 (ENSCAFG00020009225)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.b #22
Ferret	MODERN SPECIES	224	SLC10A7 (ENSMPUG00000006955)	POU4F2 (ENSMPUG00000006963)	TTC29 (ENSMPUG00000006968)	ENSMPUG00000006979	EDNRA (ENSMPUG00000006985)	TMEM184C (ENSMPUG00000006995)	PRMT9 (ENSMPUG00000007003)	ARHGAP10 (ENSMPUG00000007012)	NR3C2 (ENSMPUG00000007025)	ENSMPUG00000007034	ENSMPUG00000007041 ##22	DCLK2 (ENSMPUG00000007082)	LRBA (ENSMPUG00000007098) #20	MAB21L2 (ENSMPUG00000019989) #18	ENSMPUG00000019992	RPS3A (ENSMPUG00000007139) #22	ENSMPUG00000019994	SH3D19 (ENSMPUG00000007143) #23	ENSMPUG00000007291 #24	PRSS48 (ENSMPUG00000007310) #24	FHIP1A (ENSMPUG00000007380) #26	GATB (ENSMPUG00000007394) #27	FBXW7 (ENSMPUG00000007404) #28	ENSMPUG00000007417	TMEM154 (ENSMPUG00000007425) #29	TIGD4 (ENSMPUG00000019997) #30	ARFIP1 (ENSMPUG00000007441) #31	FHDC1 (ENSMPUG00000007505) #33	TRIM2 (ENSMPUG00000007517) #36	MFAP3L (ENSMPUG00000007527)	ENSMPUG00000007531
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559.y.b	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Giant Panda	MODERN SPECIES	15	C4orf51 (ENSAMEG00000024155)	ZNF827 (ENSAMEG00000016667)	LSM6 (ENSAMEG00000016671)	REELD1 (ENSAMEG00000028424)	SLC10A7 (ENSAMEG00000016674)	POU4F2 (ENSAMEG00000016679)	TTC29 (ENSAMEG00000016681)	EDNRA (ENSAMEG00000002011)	TMEM184C (ENSAMEG00000002013)	PRMT9 (ENSAMEG00000002035)	ARHGAP10 (ENSAMEG00000002057)	NR3C2 (ENSAMEG00000002068)	DCLK2 (ENSAMEG00000009231)	MAB21L2 (ENSAMEG00000030266) #18	LRBA (ENSAMEG00000018421) #20	RPS3A (ENSAMEG00000018425) #22	PRSS48 (ENSAMEG00000018430) #24	SH3D19 (ENSAMEG00000018427) #23	FHIP1A (ENSAMEG00000018431) #26	GATB (ENSAMEG00000018434) #27	ENSAMEG00000025136	FBXW7 (ENSAMEG00000018436) #28	ENSAMEG00000029248	TIGD4 (ENSAMEG00000019149) #30	ARFIP1 (ENSAMEG00000023903) #31	FHDC1 (ENSAMEG00000023933) #33	TRIM2 (ENSAMEG00000018443) #36	MND1 (ENSAMEG00000018446) #37	TMEM131L (ENSAMEG00000018447)	TLR2 (ENSAMEG00000018451)	RNF175 (ENSAMEG00000018453)
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559.y.b	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
American black bear	MODERN SPECIES	7979																RPS3A (ENSUAMG00000007965) #22
Polar bear	MODERN SPECIES	122	SMAD1 (ENSUMAG00000015575)	MMAA (ENSUMAG00000015592)	ZNF827 (ENSUMAG00000015618)	LSM6 (ENSUMAG00000015727)	REELD1 (ENSUMAG00000015729)	SLC10A7 (ENSUMAG00000015740)	TTC29 (ENSUMAG00000015756)	EDNRA (ENSUMAG00000015775)	TMEM184C (ENSUMAG00000015782)	PRMT9 (ENSUMAG00000015791)	ARHGAP10 (ENSUMAG00000015810)	NR3C2 (ENSUMAG00000015845)	DCLK2 (ENSUMAG00000015931)	LRBA (ENSUMAG00000015985) #20	MAB21L2 (ENSUMAG00000016054) #18	RPS3A (ENSUMAG00000016064) #22	SH3D19 (ENSUMAG00000016073) #23	ENSUMAG00000016093	PRSS48 (ENSUMAG00000016100) #24	ENSUMAG00000016113	FHIP1A (ENSUMAG00000016125) #26	GATB (ENSUMAG00000016157) #27	FBXW7 (ENSUMAG00000016196) #28	ENSUMAG00000016214 #29	TIGD4 (ENSUMAG00000016226) #30	ARFIP1 (ENSUMAG00000016232) #31	FHDC1 (ENSUMAG00000016238) #33	TRIM2 (ENSUMAG00000016262) #36	MND1 (ENSUMAG00000016272) #37	TMEM131L (ENSUMAG00000016274)	TLR2 (ENSUMAG00000016289)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	93	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	9036															POLG (ENSETEG00000012332)	ENSETEG00000012331 #22	FANCI (ENSETEG00000012325)	RLBP1 (ENSETEG00000012324)	ENSETEG00000012322	ABHD2 (ENSETEG00000012320)
Tenrec	MODERN SPECIES	15920															ZNF112 (ENSETEG00000003213)	ENSETEG00000003211 #22	ENSETEG00000003206	ENSETEG00000003203	ENSETEG00000003195
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	97	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Elephant	DUPLICATION
Elephant	MODERN SPECIES	1	RFX6 (ENSLAFG00000003465)	GPRC6A (ENSLAFG00000003462)	FAM162B (ENSLAFG00000003827)	KPNA5 (ENSLAFG00000003824)	ZUP1 (ENSLAFG00000017345)	RSPH4A (ENSLAFG00000003514)	ENSLAFG00000028750	ENSLAFG00000026707	ENSLAFG00000008170	CALHM4 (ENSLAFG00000027569)	TRAPPC3L (ENSLAFG00000008487)	CALHM5 (ENSLAFG00000008490)	ENSLAFG00000017416	ENSLAFG00000012702	DSE (ENSLAFG00000009134)	ENSLAFG00000027418 #22	TSPYL4 (ENSLAFG00000010254)	COL10A1 (ENSLAFG00000022123)	FRK (ENSLAFG00000005589)	HS3ST5 (ENSLAFG00000010686)	HDAC2 (ENSLAFG00000005566)	RFPL4B (ENSLAFG00000021578)	ENSLAFG00000029012	LAMA4 (ENSLAFG00000004076)	FAM229B (ENSLAFG00000030627)	TUBE1 (ENSLAFG00000004073)	CCN6 (ENSLAFG00000004071)	FYN (ENSLAFG00000002604)	TRAF3IP2 (ENSLAFG00000004974)	REV3L (ENSLAFG00000005929)	ENSLAFG00000015255
Elephant	MODERN SPECIES	436	ZNF827 (ENSLAFG00000029831)	LSM6 (ENSLAFG00000001952)	SLC10A7 (ENSLAFG00000000502)	POU4F2 (ENSLAFG00000001505)	TTC29 (ENSLAFG00000007613)	ENSLAFG00000026497	EDNRA (ENSLAFG00000008408)	TMEM184C (ENSLAFG00000030924)	PRMT9 (ENSLAFG00000010140)	ARHGAP10 (ENSLAFG00000002896)	NR3C2 (ENSLAFG00000022550)	ENSLAFG00000006909	DCLK2 (ENSLAFG00000014123)	MAB21L2 (ENSLAFG00000014147) #18	LRBA (ENSLAFG00000014125) #20	ENSLAFG00000017660 #22	SH3D19 (ENSLAFG00000017374) #23	PRSS48 (ENSLAFG00000006167) #24	ENSLAFG00000027939	GATB (ENSLAFG00000022607) #27	FBXW7 (ENSLAFG00000016940) #28	TMEM154 (ENSLAFG00000000854) #29	TIGD4 (ENSLAFG00000028471) #30	ARFIP1 (ENSLAFG00000006802) #31	FHDC1 (ENSLAFG00000026101) #33	TRIM2 (ENSLAFG00000018230) #36	MND1 (ENSLAFG00000018238) #37	TMEM131L (ENSLAFG00000005057)	TLR2 (ENSLAFG00000005069)	RNF175 (ENSLAFG00000005074)	SFRP2 (ENSLAFG00000028981)
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	348													ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	2701													DCLK2 (ENSDNOG00000008298)	MAB21L2 (ENSDNOG00000039997) #18	LRBA (ENSDNOG00000008322) #20	ENSDNOG00000003380 #22	ENSDNOG00000017179	SH3D19 (ENSDNOG00000019582) #23	ENSDNOG00000045337 #24	FHIP1A (ENSDNOG00000034950) #26	GATB (ENSDNOG00000012683) #27	FBXW7 (ENSDNOG00000049649) #28	TMEM154 (ENSDNOG00000030901) #29	TIGD4 (ENSDNOG00000006525) #30
Armadillo	MODERN SPECIES	3684																ENSDNOG00000038540 #22
Eutheria	DUPLICATION
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Artiodactyla_b	DUPLICATION
Artiodactyla_b	DUPLICATION
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.a ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.a ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.a ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.a ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.a ##22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.a ##22
Beluga whale	MODERN SPECIES	53	SLC10A7 (ENSDLEG00000015846)	POU4F2 (ENSDLEG00000015837)	TTC29 (ENSDLEG00000015814)	EDNRA (ENSDLEG00000015808)	ENSDLEG00000015796	ENSDLEG00000015792	TMEM184C (ENSDLEG00000015783)	PRMT9 (ENSDLEG00000015745)	ENSDLEG00000015737	ARHGAP10 (ENSDLEG00000015639)	NR3C2 (ENSDLEG00000015618)	DCLK2 (ENSDLEG00000015561)	MAB21L2 (ENSDLEG00000015547) #18	LRBA (ENSDLEG00000015473) #20	ENSDLEG00000015456	ENSDLEG00000015435 ##22	ENSDLEG00000015422	SH3D19 (ENSDLEG00000015331) #23	FHIP1A (ENSDLEG00000015284) #26	GATB (ENSDLEG00000015234) #27	FBXW7 (ENSDLEG00000015186) #28	ENSDLEG00000015165 #29	TIGD4 (ENSDLEG00000015161) #30	ARFIP1 (ENSDLEG00000015132) #31	FHDC1 (ENSDLEG00000015095) #33	TRIM2 (ENSDLEG00000015055) #36	MND1 (ENSDLEG00000014994) #37	TMEM131L (ENSDLEG00000014921)	TLR2 (ENSDLEG00000014910)	SFRP2 (ENSDLEG00000014900)	ENSDLEG00000014886
Narwhal	MODERN SPECIES	307	REELD1 (ENSMMNG00015016914)	SLC10A7 (ENSMMNG00015016983)	POU4F2 (ENSMMNG00015017044)	TTC29 (ENSMMNG00015017062)	EDNRA (ENSMMNG00015017085)	ENSMMNG00015017155	TMEM184C (ENSMMNG00015017180)	PRMT9 (ENSMMNG00015017236)	ARHGAP10 (ENSMMNG00015017349)	NR3C2 (ENSMMNG00015017740)	DCLK2 (ENSMMNG00015017930)	LRBA (ENSMMNG00015018026) #20	MAB21L2 (ENSMMNG00015018109) #18	ENSMMNG00015018125	ENSMMNG00015018150	ENSMMNG00015018175 ##22	SH3D19 (ENSMMNG00015018299) #23	ENSMMNG00015018587	FHIP1A (ENSMMNG00015018610) #26	GATB (ENSMMNG00015018644) #27	FBXW7 (ENSMMNG00015018727) #28	TMEM154 (ENSMMNG00015018865) #29	ARFIP1 (ENSMMNG00015018903) #31	FHDC1 (ENSMMNG00015018979) #33	TRIM2 (ENSMMNG00015019031) #36	MND1 (ENSMMNG00015019145) #37	TMEM131L (ENSMMNG00015019219)	TLR2 (ENSMMNG00015019314)	RNF175 (ENSMMNG00015019342)	SFRP2 (ENSMMNG00015019388)	ENSMMNG00015019414
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.a ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.a ##22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	33																ENSMMSG00000016109 ##22	PRSS48 (ENSMMSG00000015964) #24	SH3D19 (ENSMMSG00000015636) #23	FHIP1A (ENSMMSG00000015562) #26	GATB (ENSMMSG00000015487) #27	ENSMMSG00000015447	FBXW7 (ENSMMSG00000015345) #28
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.b ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00910000148620.c.b	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Dolphin	MODERN SPECIES	5268																ENSTTRG00000013094 ##22	SH3D19 (ENSTTRG00000013099) #23
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.b ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.a.b ##22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1202	ENSMMSG00000021528	NAXE (ENSMMSG00000021541)	IQGAP3 (ENSMMSG00000021624)	MEF2D (ENSMMSG00000021733)	RHBG (ENSMMSG00000021854)	TSACC (ENSMMSG00000021888)	CCT3 (ENSMMSG00000021905)	GLMP (ENSMMSG00000021977)	TMEM79 (ENSMMSG00000022007)	SMG5 (ENSMMSG00000022024)	PAQR6 (ENSMMSG00000022081)	BGLAP (ENSMMSG00000022141)	PMF1 (ENSMMSG00000022165)	SLC25A44 (ENSMMSG00000022189)	SEMA4A (ENSMMSG00000022204)	ENSMMSG00000022232 ##22	LMNA (ENSMMSG00000022290)	MEX3A (ENSMMSG00000022428)	RAB25 (ENSMMSG00000022435)	LAMTOR2 (ENSMMSG00000022447)	UBQLN4 (ENSMMSG00000022457)	SSR2 (ENSMMSG00000022486)	ARHGEF2 (ENSMMSG00000022532)	RXFP4 (ENSMMSG00000022594)	KHDC4 (ENSMMSG00000022609)	RIT1 (ENSMMSG00000004820)	SYT11 (ENSMMSG00000004948)	ENSMMSG00000005075	ENSMMSG00000006603	MSTO1 (ENSMMSG00000006647)	DAP3 (ENSMMSG00000006783)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	XKRX (ENSCHYG00000024532)	NOX1 (ENSCHYG00000024449)	CSTF2 (ENSCHYG00000024275)	SYTL4 (ENSCHYG00000024186)	ENSCHYG00000024160	SERPINA7 (ENSCHYG00000024130)	NRK (ENSCHYG00000023940)	ENSCHYG00000023902	IL1RAPL2 (ENSCHYG00000023820)	ENSCHYG00000023788	FAM199X (ENSCHYG00000023762)	ENSCHYG00000023748	ENSCHYG00000023725	ENSCHYG00000023695	ZNF185 (ENSCHYG00000023363)	ENSCHYG00000023322 ##22	NSDHL (ENSCHYG00000023286)	CETN2 (ENSCHYG00000023256)	ENSCHYG00000023224	GABRQ (ENSCHYG00000023094)	ENSCHYG00000023057	GABRA3 (ENSCHYG00000022962)	MAGEA10 (ENSCHYG00000022936)	GABRE (ENSCHYG00000022888)	ENSCHYG00000022871	CNGA2 (ENSCHYG00000022833)	ENSCHYG00000022815	PRRG3 (ENSCHYG00000022752)	VMA21 (ENSCHYG00000022693)	GPR50 (ENSCHYG00000022662)	CD99L2 (ENSCHYG00000022547)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Wild yak	MODERN SPECIES	19																ENSBMUG00000011065 ##22	ENSBMUG00000011087	ENSBMUG00000011112	ENSBMUG00000011121
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000153335.a.b	ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.a.b.n.a.a.b.b	ENSGT00940000159995	ENSGT00390000014794.b	ENSGT00390000004181	ENSGT00940000161078	ENSGT00940000157470	ENSGT00530000063713.a	ENSGT00390000014082.b	ENSGT00940000158394	ENSGT00390000000984	ENSGT00940000158210	ENSGT00940000158794	ENSGT01030000234543.B.f	ENSGT00940000160543	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22	ENSGT00940000159378	ENSGT00940000159406	ENSGT00940000158924	ENSGT00940000153441.a.b	ENSGT00940000161556	ENSGT00390000017595	ENSGT00940000157720	ENSGT00940000155595	ENSGT00780000122010	ENSGT00940000157520	ENSGT00940000158935	ENSGT00530000063672.a	ENSGT00520000055589.c	ENSGT00940000155901.b	ENSGT00940000155043.bb.a.a
Goat	MODERN SPECIES	20	ARID5B (ENSCHIG00000019296)	RTKN2 (ENSCHIG00000011108)	ZNF365 (ENSCHIG00000024289)	ENSCHIG00000010161	ADO (ENSCHIG00000026433)	EGR2 (ENSCHIG00000018766)	ENSCHIG00000007340	ENSCHIG00000010873	JMJD1C (ENSCHIG00000022251)	ENSCHIG00000010880	REEP3 (ENSCHIG00000015558)	ENSCHIG00000016083	LRRTM3 (ENSCHIG00000023535)	ENSCHIG00000010807	ENSCHIG00000019480	ENSCHIG00000008056 ##22	DNAJC12 (ENSCHIG00000024728)	ENSCHIG00000015880	ENSCHIG00000010127	SIRT1 (ENSCHIG00000011027)	HERC4 (ENSCHIG00000012304)	MYPN (ENSCHIG00000015250)	ATOH7 (ENSCHIG00000019874)	PBLD (ENSCHIG00000013854)	ENSCHIG00000026467	RUFY2 (ENSCHIG00000010345)	DNA2 (ENSCHIG00000018956)	SLC25A16 (ENSCHIG00000013881)	TET1 (ENSCHIG00000009920)	CCAR1 (ENSCHIG00000000354)	STOX1 (ENSCHIG00000000317)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	17	CDK1 (ENSOARG00020024130)	RHOBTB1 (ENSOARG00020024171)	TMEM26 (ENSOARG00020024213)	CABCOCO1 (ENSOARG00020024239)	ARID5B (ENSOARG00020024263)	RTKN2 (ENSOARG00020024459)	ZNF365 (ENSOARG00020024513)	ADO (ENSOARG00020024530)	EGR2 (ENSOARG00020024540)	NRBF2 (ENSOARG00020024553)	JMJD1C (ENSOARG00020024597)	REEP3 (ENSOARG00020024896)	CTNNA3 (ENSOARG00020006501)	ENSOARG00020006636	LRRTM3 (ENSOARG00020006696)	ENSOARG00020006759 ##22	ENSOARG00020006783	SIRT1 (ENSOARG00020006830)	HERC4 (ENSOARG00020007038)	MYPN (ENSOARG00020007679)	ATOH7 (ENSOARG00020007963)	PBLD (ENSOARG00020007987)	ENSOARG00020008090	HNRNPH3 (ENSOARG00020008115)	RUFY2 (ENSOARG00020008371)	DNA2 (ENSOARG00020009086)	SLC25A16 (ENSOARG00020009295)	TET1 (ENSOARG00020009369)	CCAR1 (ENSOARG00020009447)	STOX1 (ENSOARG00020009603)	DDX50 (ENSOARG00020009681)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Blue whale	MODERN SPECIES	40	ENSBMSG00010021649	ENSBMSG00010021625	MAGEB1 (ENSBMSG00010021617)	ENSBMSG00010021614	IL1RAPL1 (ENSBMSG00010021606)	ENSBMSG00010021594	ENSBMSG00010021587	ENSBMSG00010021580	ENSBMSG00010021571	PPP4R3C (ENSBMSG00010021567)	ENSBMSG00010021566	MAGEB5 (ENSBMSG00010021560)	MAGEB18 (ENSBMSG00010021557)	ENSBMSG00010021551	ENSBMSG00010021547	ENSBMSG00010021542 ##22	ENSBMSG00010021537	ARX (ENSBMSG00010021534)	POLA1 (ENSBMSG00010021507)	PCYT1B (ENSBMSG00010021451)	PDK3 (ENSBMSG00010021431)	ENSBMSG00010021424	ENSBMSG00010021421	ENSBMSG00010021408	EIF2S3 (ENSBMSG00010021391)	ENSBMSG00010021384	KLHL15 (ENSBMSG00010021380)	CXorf58 (ENSBMSG00010021372)	ENSBMSG00010021365	APOO (ENSBMSG00010021360)	SAT1 (ENSBMSG00010021343)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Vaquita	MODERN SPECIES	5	KDSR (ENSPSNG00000018828)	VPS4B (ENSPSNG00000018789)	SERPINB5 (ENSPSNG00000018661)	ENSPSNG00000018474	SERPINB2 (ENSPSNG00000018420)	SERPINB10 (ENSPSNG00000018388)	SERPINB8 (ENSPSNG00000018298)	CDH7 (ENSPSNG00000018107)	CDH19 (ENSPSNG00000017916)	ENSPSNG00000017890	DSEL (ENSPSNG00000017875)	TMX3 (ENSPSNG00000017796)	CCDC102B (ENSPSNG00000017671)	DOK6 (ENSPSNG00000017574)	CD226 (ENSPSNG00000017461)	ENSPSNG00000017429 ##22	RTTN (ENSPSNG00000016449)	SOCS6 (ENSPSNG00000016372)	CBLN2 (ENSPSNG00000016259)	NETO1 (ENSPSNG00000016051)	FBXO15 (ENSPSNG00000016021)	TIMM21 (ENSPSNG00000015973)	ENSPSNG00000015834	C18orf63 (ENSPSNG00000015663)	DIPK1C (ENSPSNG00000015542)	CNDP2 (ENSPSNG00000015447)	CNDP1 (ENSPSNG00000015211)	ZNF407 (ENSPSNG00000015129)	PTGR3 (ENSPSNG00000015074)	TSHZ1 (ENSPSNG00000015019)	ZNF516 (ENSPSNG00000014900)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.b ##22
Narwhal	MODERN SPECIES	302	TMEFF2 (ENSMMNG00015005588)	SLC39A10 (ENSMMNG00015005544)	DNAH7 (ENSMMNG00015005467)	STK17B (ENSMMNG00015005421)	HECW2 (ENSMMNG00015005408)	ENSMMNG00015005381	GTF3C3 (ENSMMNG00015005350)	C2orf66 (ENSMMNG00015005331)	PGAP1 (ENSMMNG00015005302)	ANKRD44 (ENSMMNG00015005236)	SF3B1 (ENSMMNG00015005194)	COQ10B (ENSMMNG00015005170)	ENSMMNG00015005160	ENSMMNG00015005152	MOB4 (ENSMMNG00015005131)	ENSMMNG00015005118 ##22	RFTN2 (ENSMMNG00015009156)	MARS2 (ENSMMNG00015009149)	ENSMMNG00015009146	PLCL1 (ENSMMNG00015009132)	ENSMMNG00015009121	SATB2 (ENSMMNG00015009088)	FTCDNL1 (ENSMMNG00015009064)	C2orf69 (ENSMMNG00015009051)	TYW5 (ENSMMNG00015009041)	MAIP1 (ENSMMNG00015009034)	SPATS2L (ENSMMNG00015008966)	KCTD18 (ENSMMNG00015008930)	ENSMMNG00015008923	ENSMMNG00015008917	AOX1 (ENSMMNG00015008883)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Microbat	DUPLICATION
Microbat	MODERN SPECIES	986	ENSMLUG00000010141	GLRA2 (ENSMLUG00000015270)	ENSMLUG00000015275	MOSPD2 (ENSMLUG00000015281)	ASB9 (ENSMLUG00000017696)	ASB11 (ENSMLUG00000017697)	PIGA (ENSMLUG00000017698)	VEGFD (ENSMLUG00000017699)	PIR (ENSMLUG00000017700)	BMX (ENSMLUG00000017701)	ACE2 (ENSMLUG00000017702)	ENSMLUG00000025064	CA5B (ENSMLUG00000009760)	ENSMLUG00000009780	AP1S2 (ENSMLUG00000009794)	ENSMLUG00000025644 ##22	GRPR (ENSMLUG00000007561)	ENSMLUG00000010201	ENSMLUG00000027452	S100G (ENSMLUG00000006174)	CTPS2 (ENSMLUG00000006158)	SYAP1 (ENSMLUG00000006176)	TXLNG (ENSMLUG00000006186)	RBBP7 (ENSMLUG00000006194)	ENSMLUG00000028073	REPS2 (ENSMLUG00000008125)	NHS (ENSMLUG00000015408)	ENSMLUG00000029397	RAI2 (ENSMLUG00000015416)	SCML2 (ENSMLUG00000015450)	CDKL5 (ENSMLUG00000006808)
Microbat	MODERN SPECIES	963	STAR (ENSMLUG00000003732)	ASH2L (ENSMLUG00000003723)	EIF4EBP1 (ENSMLUG00000007526)	ADRB3 (ENSMLUG00000007514)	GOT1L1 (ENSMLUG00000007485)	RAB11FIP1 (ENSMLUG00000007472)	BRF2 (ENSMLUG00000030280)	ADGRA2 (ENSMLUG00000022283)	PLPBP (ENSMLUG00000007448)	ERLIN2 (ENSMLUG00000011778)	ZNF703 (ENSMLUG00000011770)	ENSMLUG00000025710	ENSMLUG00000026031	ENSMLUG00000028845	UNC5D (ENSMLUG00000005073)	ENSMLUG00000024514 ##22	ENSMLUG00000027529	DUSP26 (ENSMLUG00000002772)	RNF122 (ENSMLUG00000012520)	TTI2 (ENSMLUG00000002764)	MAK16 (ENSMLUG00000002758)	FUT10 (ENSMLUG00000002754)	ENSMLUG00000025759	ENSMLUG00000010211	ENSMLUG00000013804	WRN (ENSMLUG00000005863)	PURG (ENSMLUG00000024424)	ENSMLUG00000024122	ENSMLUG00000016793	ENSMLUG00000008035	TEX15 (ENSMLUG00000014276)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00920000150804	ENSGT00390000008828.k	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a.d #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323
Red fox	MODERN SPECIES	26	TBPL1 (ENSVVUG00000019078)	SLC2A12 (ENSVVUG00000000065)	SGK1 (ENSVVUG00000000114)	ENSVVUG00000000216	ALDH8A1 (ENSVVUG00000000258)	HBS1L (ENSVVUG00000000295)	MYB (ENSVVUG00000000361)	AHI1 (ENSVVUG00000000451)	ENSVVUG00000000569	PDE7B (ENSVVUG00000000584)	MTFR2 (ENSVVUG00000000593)	ENSVVUG00000000603	ENSVVUG00000000623	MAP7 (ENSVVUG00000000652)	MAP3K5 (ENSVVUG00000000760)	ENSVVUG00000002154 ##22	PEX7 (ENSVVUG00000002175)	SLC35D3 (ENSVVUG00000002202)	IL20RA (ENSVVUG00000002217)	IL22RA2 (ENSVVUG00000002229)	IFNGR1 (ENSVVUG00000002286)	ENSVVUG00000002326	ENSVVUG00000002335	OLIG3 (ENSVVUG00000002352)	ENSVVUG00000002359	TNFAIP3 (ENSVVUG00000002369)	ENSVVUG00000002382	ARFGEF3 (ENSVVUG00000002408)	HEBP2 (ENSVVUG00000002586)	NHSL1 (ENSVVUG00000002603)	CCDC28A (ENSVVUG00000002636)
Canis_lupus	DUPLICATION
Canis_lupus	DUPLICATION
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157028	ENSGT01050000244864.B.b	ENSGT01030000234513.B.b.i	ENSGT01030000234513.B.b.j	ENSGT00390000007182	ENSGT00390000015473	ENSGT00940000161739	ENSGT00390000016366	ENSGT00940000153139.A	ENSGT00940000159161	ENSGT00390000003152.j	ENSGT00500000045005	ENSGT00390000008171	ENSGT00940000153716.A	ENSGT00950000183079.A.b.c.b	ENSGT00390000018433.s.a.a.e.a ##22	ENSGT00940000160956	ENSGT00940000159187	ENSGT00390000016695	ENSGT00940000153259.a.a.b	ENSGT00510000047137.i	ENSGT00950000183171.B	ENSGT00730000111659	ENSGT00940000154936.qb	ENSGT00940000154103.a	ENSGT00530000063529.A	ENSGT00940000158055	ENSGT00730000111111	ENSGT00940000157332	ENSGT00940000157443	ENSGT00940000165049
Dingo	MODERN SPECIES	304	ENSCAFG00020001972	ZMYM2 (ENSCAFG00020001106)	GJB2 (ENSCAFG00020000961)	GJB6 (ENSCAFG00020000958)	CRYL1 (ENSCAFG00020000954)	IFT88 (ENSCAFG00020000222)	IL17D (ENSCAFG00020000155)	EEF1AKMT1 (ENSCAFG00020025480)	XPO4 (ENSCAFG00020025455)	LATS2 (ENSCAFG00020025447)	ENSCAFG00020025445	SKA3 (ENSCAFG00020025442)	MRPL57 (ENSCAFG00020025438)	ZDHHC20 (ENSCAFG00020025434)	MICU2 (ENSCAFG00020025432)	ENSCAFG00020025430 ##22	FGF9 (ENSCAFG00020025429)	SGCG (ENSCAFG00020025426)	SACS (ENSCAFG00020025414)	TNFRSF19 (ENSCAFG00020025407)	ENSCAFG00020025406	MIPEP (ENSCAFG00020025404)	ENSCAFG00020025402	ENSCAFG00020025398	ENSCAFG00020025393	ENSCAFG00020025389	AMER2 (ENSCAFG00020025387)	MTMR6 (ENSCAFG00020025382)	ENSCAFG00020025380	NUP58 (ENSCAFG00020025357)	ATP8A2 (ENSCAFG00020025331)
Dog	MODERN SPECIES	17	ZMYM2 (ENSCAFG00845023531)	GJA3 (ENSCAFG00845023462)	GJB2 (ENSCAFG00845023429)	GJB6 (ENSCAFG00845023360)	CRYL1 (ENSCAFG00845023166)	IFT88 (ENSCAFG00845022012)	IL17D (ENSCAFG00845021741)	EEF1AKMT1 (ENSCAFG00845021658)	XPO4 (ENSCAFG00845021422)	LATS2 (ENSCAFG00845021300)	SAP18 (ENSCAFG00845021235)	SKA3 (ENSCAFG00845021073)	MRPL57 (ENSCAFG00845021002)	ZDHHC20 (ENSCAFG00845020710)	MICU2 (ENSCAFG00845020415)	ENSCAFG00845020344 ##22	FGF9 (ENSCAFG00845020297)	SGCG (ENSCAFG00845020198)	SACS (ENSCAFG00845020013)	TNFRSF19 (ENSCAFG00845019643)	ENSCAFG00845019573	MIPEP (ENSCAFG00845019295)	ENSCAFG00845019187	ENSCAFG00845018985	ENSCAFG00845018801	ENSCAFG00845018627	ENSCAFG00845018528	ENSCAFG00845018481	MTMR6 (ENSCAFG00845018288)	NUP58 (ENSCAFG00845017878)	ATP8A2 (ENSCAFG00845017077)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00950000182869.e.b.b.o.b	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000003248.a.a.b	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000162325.B.l	ENSGT00390000018433.s.a.a.e.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00950000183198.c.b.b.g.a.a	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000008828.k.a	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a.d #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00940000154770.ib	ENSGT00530000063614.a.b
Dingo	MODERN SPECIES	277	SLC10A7 (ENSCAFG00020025908)	POU4F2 (ENSCAFG00020025916)	TTC29 (ENSCAFG00020025920)	EDNRA (ENSCAFG00020025935)	TMEM184C (ENSCAFG00020025936)	PRMT9 (ENSCAFG00020025939)	ENSCAFG00020025962	ARHGAP10 (ENSCAFG00020025975)	NR3C2 (ENSCAFG00020025992)	ENSCAFG00020026009	DCLK2 (ENSCAFG00020026012)	LRBA (ENSCAFG00020026144) #20	ENSCAFG00020026662	MAB21L2 (ENSCAFG00020026663) #18	ENSCAFG00020026664	ENSCAFG00020026665 ##22	SH3D19 (ENSCAFG00020026668) #23	PRSS48 (ENSCAFG00020026672) #24	ENSCAFG00020026675	FHIP1A (ENSCAFG00020026678) #26	GATB (ENSCAFG00020026686) #27	ENSCAFG00020026719	FBXW7 (ENSCAFG00020026731) #28	ENSCAFG00020026769	ENSCAFG00020026770	TIGD4 (ENSCAFG00020001422) #30	ARFIP1 (ENSCAFG00020001430) #31	FHDC1 (ENSCAFG00020001445) #33	ENSCAFG00020001503 #36	TRIM2 (ENSCAFG00020001512) #36	MND1 (ENSCAFG00020001543) #37
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000159675	ENSGT00940000160165	ENSGT00900000141083.d	ENSGT00390000006095 #25	ENSGT00390000007772.y.a	ENSGT00390000007772.z	ENSGT00390000007772.y.b	ENSGT00940000157522	ENSGT00390000007364	ENSGT00390000009029	ENSGT00940000161072	ENSGT00940000156353	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00390000018433.s.a.a.f ##22	ENSGT00510000047981.d	ENSGT00940000160898	ENSGT00940000158655	ENSGT00940000160749.b	ENSGT00940000170852	ENSGT00510000048354	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.b	ENSGT00940000156601	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00390000016814	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00940000155297	ENSGT00390000002887
Dingo	MODERN SPECIES	80	ENSCAFG00020008237 #25	ENSCAFG00020008235	ENSCAFG00020008234	ENSCAFG00020008230	ENSCAFG00020008227	PIK3CB (ENSCAFG00020008199)	FAIM (ENSCAFG00020008189)	ENSCAFG00020008186	CEP70 (ENSCAFG00020008176)	ESYT3 (ENSCAFG00020008113)	ENSCAFG00020008091	MRAS (ENSCAFG00020008087)	ENSCAFG00020008081	ARMC8 (ENSCAFG00020008068)	DBR1 (ENSCAFG00020008060)	ENSCAFG00020008057 ##22	A4GNT (ENSCAFG00020008054)	CLDN18 (ENSCAFG00020008047)	SOX14 (ENSCAFG00020008039)	ENSCAFG00020008023	IL20RB (ENSCAFG00020008018)	ENSCAFG00020008010	NCK1 (ENSCAFG00020007999)	SLC35G2 (ENSCAFG00020007989)	STAG1 (ENSCAFG00020002071)	PCCB (ENSCAFG00020001466)	MSL2 (ENSCAFG00020027583)	PPP2R3A (ENSCAFG00020027582)	EPHB1 (ENSCAFG00020027580)	KY (ENSCAFG00020027578)	CEP63 (ENSCAFG00020027577)
Dog	DUPLICATION
Dog	MODERN SPECIES	15	MRPS22 (ENSCAFG00845027000) #25	ENSCAFG00845026965	ENSCAFG00845026940	ENSCAFG00845026883	PRR23A (ENSCAFG00845026853)	PIK3CB (ENSCAFG00845025921)	FAIM (ENSCAFG00845025733)	ENSCAFG00845025691	ENSCAFG00845025659	CEP70 (ENSCAFG00845025346)	ESYT3 (ENSCAFG00845024743)	MRAS (ENSCAFG00845024583)	NME9 (ENSCAFG00845024321)	ARMC8 (ENSCAFG00845023706)	DBR1 (ENSCAFG00845023502)	ENSCAFG00845023449 ##22	A4GNT (ENSCAFG00845023425)	ENSCAFG00845023325	CLDN18 (ENSCAFG00845023238)	SOX14 (ENSCAFG00845023200)	ENSCAFG00845022964	IL20RB (ENSCAFG00845022899)	ENSCAFG00845022866	NCK1 (ENSCAFG00845022785)	SLC35G2 (ENSCAFG00845022747)	ENSCAFG00845022720	STAG1 (ENSCAFG00845021253)	PCCB (ENSCAFG00845020335)	MSL2 (ENSCAFG00845020138)	PPP2R3A (ENSCAFG00845019705)	EPHB1 (ENSCAFG00845019520)
Dog	MODERN SPECIES	15	TBC1D5 (ENSCAFG00845021936)	ENSCAFG00845022287	PLCL2 (ENSCAFG00845022325)	DAZL (ENSCAFG00845022414)	RFTN1 (ENSCAFG00845022667)	OXNAD1 (ENSCAFG00845022998)	DPH3 (ENSCAFG00845023089)	GALNT15 (ENSCAFG00845023124)	ANKRD28 (ENSCAFG00845023341)	BTD (ENSCAFG00845024081)	ENSCAFG00845024606	EAF1 (ENSCAFG00845026720)	SH3BP5 (ENSCAFG00845026935)	ENSCAFG00845027174	ENSCAFG00845027371	ENSCAFG00845027616 ##22	COL6A5 (ENSCAFG00845027693)	COL6A6 (ENSCAFG00845027892)	PIK3R4 (ENSCAFG00845028045)	ATP2C1 (ENSCAFG00845028382)	ASTE1 (ENSCAFG00845028741)	NEK11 (ENSCAFG00845028794)	NUDT16 (ENSCAFG00845028871)	MRPL3 (ENSCAFG00845028932)	CPNE4 (ENSCAFG00845029026)	ACP3 (ENSCAFG00845029185)	DNAJC13 (ENSCAFG00845029276)	ACAD11 (ENSCAFG00845029398)	ACKR4 (ENSCAFG00845029452)	UBA5 (ENSCAFG00845029497)	NPHP3 (ENSCAFG00845029572)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	1596																ENSAMEG00000024814 ##22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
American mink	MODERN SPECIES	83				SLITRK4 (ENSNVIG00000022627)	ENSNVIG00000022631	LDOC1 (ENSNVIG00000022636)	ENSNVIG00000022637	SOX3 (ENSNVIG00000022644)	ENSNVIG00000000062	ENSNVIG00000000077	ATP11C (ENSNVIG00000000083)	MCF2 (ENSNVIG00000000331)	FA9 (ENSNVIG00000000999)	FGF13 (ENSNVIG00000001046)	ENSNVIG00000001107	ENSNVIG00000001135 ##22	ZIC3 (ENSNVIG00000001184)	GPR101 (ENSNVIG00000001200)	ENSNVIG00000001206	RBMX (ENSNVIG00000001236)	ARHGEF6 (ENSNVIG00000001293)	CD40LG (ENSNVIG00000001334)	ENSNVIG00000001366	HTATSF1 (ENSNVIG00000001372)	BRS3 (ENSNVIG00000001386)	ADGRG4 (ENSNVIG00000001403)	ENSNVIG00000001467	FHL1 (ENSNVIG00000001503)	SLC9A6 (ENSNVIG00000001615)	MMGT1 (ENSNVIG00000001915)
Ferret	MODERN SPECIES	224	MMAA (ENSMPUG00000006877)	C4orf51 (ENSMPUG00000006910)	ZNF827 (ENSMPUG00000006921)	LSM6 (ENSMPUG00000006936)	ENSMPUG00000006949	SLC10A7 (ENSMPUG00000006955)	POU4F2 (ENSMPUG00000006963)	TTC29 (ENSMPUG00000006968)	ENSMPUG00000006979	EDNRA (ENSMPUG00000006985)	TMEM184C (ENSMPUG00000006995)	PRMT9 (ENSMPUG00000007003)	ARHGAP10 (ENSMPUG00000007012)	NR3C2 (ENSMPUG00000007025)	ENSMPUG00000007034	ENSMPUG00000007041 ##22	DCLK2 (ENSMPUG00000007082)	LRBA (ENSMPUG00000007098) #20	MAB21L2 (ENSMPUG00000019989) #18	ENSMPUG00000019992	RPS3A (ENSMPUG00000007139) #22	ENSMPUG00000019994	SH3D19 (ENSMPUG00000007143) #23	ENSMPUG00000007291 #24	PRSS48 (ENSMPUG00000007310) #24	FHIP1A (ENSMPUG00000007380) #26	GATB (ENSMPUG00000007394) #27	FBXW7 (ENSMPUG00000007404) #28	ENSMPUG00000007417	TMEM154 (ENSMPUG00000007425) #29	TIGD4 (ENSMPUG00000019997) #30
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Cat	MODERN SPECIES		ENSFCAG00000045423	XRCC4 (ENSFCAG00000029944)	VCAN (ENSFCAG00000023191)	HAPLN1 (ENSFCAG00000037432)	EDIL3 (ENSFCAG00000002497)	ENSFCAG00000050071	ENSFCAG00000022528	COX7C (ENSFCAG00000034705)	RASA1 (ENSFCAG00000004825)	CCNH (ENSFCAG00000004828)	ENSFCAG00000048547	ENSFCAG00000050982	TMEM161B (ENSFCAG00000031564)	MEF2C (ENSFCAG00000011595)	CETN3 (ENSFCAG00000022808)	ENSFCAG00000024204 ##22	MBLAC2 (ENSFCAG00000029005)	ENSFCAG00000032444	LYSMD3 (ENSFCAG00000029406)	ADGRV1 (ENSFCAG00000012405)	ARRDC3 (ENSFCAG00000019203)	ENSFCAG00000024804	NR2F1 (ENSFCAG00000034642)	FAM172A (ENSFCAG00000025443)	KIAA0825 (ENSFCAG00000028992)	SLF1 (ENSFCAG00000024671)	MCTP1 (ENSFCAG00000014397)	FAM81B (ENSFCAG00000013183)	SKIC3 (ENSFCAG00000010817)	ARSK (ENSFCAG00000022411)	GPR150 (ENSFCAG00000041866)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
leopard	MODERN SPECIES	6														ENSPPRG00000023608	NR3C2 (ENSPPRG00000000130)	ENSPPRG00000000395 ##22	IQCM (ENSPPRG00000001385)	DCLK2 (ENSPPRG00000003879)	MAB21L2 (ENSPPRG00000017133) #18	ENSPPRG00000004503	LRBA (ENSPPRG00000012725) #20	ENSPPRG00000013249	RPS3A (ENSPPRG00000013732) #22	SH3D19 (ENSPPRG00000001261) #23	ENSPPRG00000017765	FHIP1A (ENSPPRG00000002729) #26	GATB (ENSPPRG00000004993) #27	FBXW7 (ENSPPRG00000006952) #28	TMEM154 (ENSPPRG00000009481) #29	TIGD4 (ENSPPRG00000017931) #30	ARFIP1 (ENSPPRG00000013285) #31
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	6242																ENSTBEG00000008523 ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES		MRE11 (ENSOCUG00000014899)	GPR83 (ENSOCUG00000015502)	IZUMO1R (ENSOCUG00000013431)	PANX1 (ENSOCUG00000009473)	HEPHL1 (ENSOCUG00000009466)	ENSOCUG00000029520	VSTM5 (ENSOCUG00000026554)	MED17 (ENSOCUG00000012818)	C11orf54 (ENSOCUG00000012810)	ENSOCUG00000001096	CEP295 (ENSOCUG00000029678)	DEUP1 (ENSOCUG00000000199)	SLC36A4 (ENSOCUG00000000649)	MTNR1B (ENSOCUG00000008196)	FAT3 (ENSOCUG00000007427)	ENSOCUG00000023399 ##22	ENSOCUG00000014147	NAALAD2 (ENSOCUG00000014137)	ENSOCUG00000036248	ENSOCUG00000011049	ENSOCUG00000027036	ENSOCUG00000008705	TRIM77 (ENSOCUG00000026390)	FOLH1 (ENSOCUG00000026120)	NOX4 (ENSOCUG00000016685)	TYR (ENSOCUG00000009965)	ENSOCUG00000029319	ENSOCUG00000012817	CTSC (ENSOCUG00000014527)	ENSOCUG00000014522	ENSOCUG00000032429
Rabbit	MODERN SPECIES	5	ENSOCUG00000003966	IFT57 (ENSOCUG00000003973)	ENSOCUG00000001452	ENSOCUG00000024027	ENSOCUG00000006159	ENSOCUG00000031726	CIP2A (ENSOCUG00000003095)	DZIP3 (ENSOCUG00000003105)	ENSOCUG00000026237	TRAT1 (ENSOCUG00000002916)	ENSOCUG00000029310	ENSOCUG00000032539	MORC1 (ENSOCUG00000008369)	ENSOCUG00000003175	ENSOCUG00000003051	ENSOCUG00000022089 ##22	ENSOCUG00000029031	NECTIN3 (ENSOCUG00000000727)	ENSOCUG00000017796	ZBED2 (ENSOCUG00000029023)	CD96 (ENSOCUG00000001351)	PHLDB2 (ENSOCUG00000003962)	ABHD10 (ENSOCUG00000003969)	TAGLN3 (ENSOCUG00000003970)	TMPRSS7 (ENSOCUG00000009920)	C3orf52 (ENSOCUG00000009929)	GCSAM (ENSOCUG00000009933)	SLC9C1 (ENSOCUG00000009937)	ENSOCUG00000029264	CD200 (ENSOCUG00000009949)	ENSOCUG00000033491
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	142										NR3C2 (ENSODEG00000003225)	ENSODEG00000003336	DCLK2 (ENSODEG00000003440)	ENSODEG00000004657 #20	MAB21L2 (ENSODEG00000019067) #18	ENSODEG00000004828 #20	ENSODEG00000004947 ##22	SH3D19 (ENSODEG00000005021) #23	PRSS48 (ENSODEG00000005073) #24	ENSODEG00000019141	FHIP1A (ENSODEG00000005324) #26	GATB (ENSODEG00000005429) #27	FBXW7 (ENSODEG00000003259) #28	ENSODEG00000003371	TMEM154 (ENSODEG00000003532) #29	TIGD4 (ENSODEG00000018999) #30	ARFIP1 (ENSODEG00000003601) #31	FHDC1 (ENSODEG00000003809) #33	TRIM2 (ENSODEG00000003924) #36	MND1 (ENSODEG00000004042) #37	TMEM131L (ENSODEG00000004133)	SFRP2 (ENSODEG00000004384)
Degu	MODERN SPECIES	161	ENSODEG00000003181	KCNG2 (ENSODEG00000003142)	CTDP1 (ENSODEG00000003029)	ENSODEG00000002960	NFATC1 (ENSODEG00000002866)	ATP9B (ENSODEG00000002792)	SALL3 (ENSODEG00000002692)	GALR1 (ENSODEG00000002674)	MBP (ENSODEG00000002651)	ZNF236 (ENSODEG00000003041)	ZNF516 (ENSODEG00000002971)	ENSODEG00000002953	ENSODEG00000002943	PTGR3 (ENSODEG00000002932)	ENSODEG00000002919	ENSODEG00000018901 ##22	ENSODEG00000002905	CNDP1 (ENSODEG00000002852)	CNDP2 (ENSODEG00000002825)	DIPK1C (ENSODEG00000002789)	ENSODEG00000002757	ENSODEG00000018841	ENSODEG00000002747	TIMM21 (ENSODEG00000002726)	FBXO15 (ENSODEG00000002700)	ENSODEG00000002681
Degu	MODERN SPECIES	65	HBS1L (ENSODEG00000008959)	ENSODEG00000008684	ENSODEG00000019597	ENSODEG00000006953	ENSODEG00000007137	PDE7B (ENSODEG00000007023)	MTFR2 (ENSODEG00000006976)	ENSODEG00000006806	MAP7 (ENSODEG00000008448)	ENSODEG00000008040	ENSODEG00000008240	SLC35D3 (ENSODEG00000006620)	IL20RA (ENSODEG00000006756)	IL22RA2 (ENSODEG00000007775)	ENSODEG00000008408	ENSODEG00000019506 ##22	OLIG3 (ENSODEG00000019534)	ENSODEG00000019565	TNFAIP3 (ENSODEG00000008925)	ENSODEG00000008459	ARFGEF3 (ENSODEG00000008382)	ENSODEG00000009708	HEBP2 (ENSODEG00000007586)	NHSL1 (ENSODEG00000008039)	ENSODEG00000007997	ENSODEG00000009059	ENSODEG00000009581	ENSODEG00000009856	ECT2L (ENSODEG00000011163)	REPS1 (ENSODEG00000007604)	ENSODEG00000008655
Degu	MODERN SPECIES	91	ENSODEG00000019836	PLPP2 (ENSODEG00000011021)	ENSODEG00000012210	ENSODEG00000010516	ENSODEG00000012644	ENSODEG00000011468	ENSODEG00000019982	CYP4F8 (ENSODEG00000012418)	CYP4F22 (ENSODEG00000011011)	ENSODEG00000019784	PGLYRP2 (ENSODEG00000010857)	ENSODEG00000011358	WIZ (ENSODEG00000011172)	AKAP8L (ENSODEG00000010840)	AKAP8 (ENSODEG00000011314)	ENSODEG00000010978 ##22	BRD4 (ENSODEG00000011937)	EPHX3 (ENSODEG00000010791)	NOTCH3 (ENSODEG00000011730)	ILVBL (ENSODEG00000011511)	SYDE1 (ENSODEG00000010751)	CASP14 (ENSODEG00000010016)	CCDC105 (ENSODEG00000011650)	SLC1A6 (ENSODEG00000011064)	ENSODEG00000010232	COL1A2 (ENSODEG00000010146)	CASD1 (ENSODEG00000010520)	ENSODEG00000009551	PEG10 (ENSODEG00000009969)	PPP1R9A (ENSODEG00000010739)	PON1 (ENSODEG00000009868)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Squirrel	MODERN SPECIES	508												ZSCAN23 (ENSSTOG00000004477)	ENSSTOG00000025625	GPX6 (ENSSTOG00000015419)	ENSSTOG00000015422	ENSSTOG00000022052 ##22	TRIM27 (ENSSTOG00000000235)	ZNF311 (ENSSTOG00000032887)	ENSSTOG00000022034	ENSSTOG00000032966
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	44	Taar5 (ENSJJAG00000017753)	Taar4 (ENSJJAG00000002217)	Taar3 (ENSJJAG00000003037)	Taar2 (ENSJJAG00000022531)	ENSJJAG00000002766	Vnn1 (ENSJJAG00000023296)	Vnn3 (ENSJJAG00000013692)	Slc18b1 (ENSJJAG00000012667)	ENSJJAG00000004347	ENSJJAG00000006059	Eya4 (ENSJJAG00000012851)	Tcf21 (ENSJJAG00000010513)	ENSJJAG00000007350	Slc2a12 (ENSJJAG00000003595)	Sgk1 (ENSJJAG00000003911)	ENSJJAG00000009072 ##22	Aldh8a1 (ENSJJAG00000014136)	ENSJJAG00000017024	Myb (ENSJJAG00000023989)	Ahi1 (ENSJJAG00000010372)	Pde7b (ENSJJAG00000001518)	Bclaf1 (ENSJJAG00000011803)	Map7 (ENSJJAG00000023344)	ENSJJAG00000012639	Pex7 (ENSJJAG00000016195)	Slc35d3 (ENSJJAG00000014674)	Il20ra (ENSJJAG00000019171)	Il22ra2 (ENSJJAG00000007140)	Olig3 (ENSJJAG00000001512)	ENSJJAG00000020726	Perp (ENSJJAG00000021130)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	910		Spata2 (ENSNGAG00000018425)	Rnf114 (ENSNGAG00000017673)	Snai1 (ENSNGAG00000017185)	Ube2v1 (ENSNGAG00000015973)	ENSNGAG00000013302	Cebpb (ENSNGAG00000012015)	Ptpn1 (ENSNGAG00000010216)	Ripor3 (ENSNGAG00000013334)	Pard6b (ENSNGAG00000013685)	ENSNGAG00000011839	ENSNGAG00000001117	Mocs3 (ENSNGAG00000011771)	Kcng1 (ENSNGAG00000022351)	Nfatc2 (ENSNGAG00000010940)	ENSNGAG00000006990 ##22	Atp9a (ENSNGAG00000000818)	Sall4 (ENSNGAG00000017833)	Zfp64 (ENSNGAG00000018331)	ENSNGAG00000016474	Zfp217 (ENSNGAG00000016391)	Bcas1 (ENSNGAG00000015655)	Cyp24a1 (ENSNGAG00000013537)	Pfdn4 (ENSNGAG00000001025)	Dok5 (ENSNGAG00000013135)	Cbln4 (ENSNGAG00000000535)	Mc3r (ENSNGAG00000002843)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	Scly (ENSCGRG00001024710)	ENSCGRG00001010672	Ramp1 (ENSCGRG00001024580)	Rbm44 (ENSCGRG00001001293)	ENSCGRG00001024654	Col6a3 (ENSCGRG00001024539)	Cops8 (ENSCGRG00001024515)	Ackr3 (ENSCGRG00001010122)	Iqca (ENSCGRG00001024459)	Asb18 (ENSCGRG00001024506)	Gbx2 (ENSCGRG00001024158)	Agap1 (ENSCGRG00001001480)	ENSCGRG00001009648	ENSCGRG00001024137	Sh3bp4 (ENSCGRG00001009956)	ENSCGRG00001024628 ##22	Arl4c (ENSCGRG00001010866)	Spp2 (ENSCGRG00001024730)	Trpm8 (ENSCGRG00001024258)	Hjurp (ENSCGRG00001024392)	Mroh2a (ENSCGRG00001000590)	Dnajb3 (ENSCGRG00001009691)	ENSCGRG00001000882	Usp40 (ENSCGRG00001007804)	Dgkd (ENSCGRG00001024793)	Sag (ENSCGRG00001024487)	Atg16l1 (ENSCGRG00001024596)	Inpp5d (ENSCGRG00001023640)	NEU2 (ENSCGRG00001023529)	Ngef (ENSCGRG00001001643)	Snorc (ENSCGRG00001000683)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	226	Rnf150 (ENSCGRG00001022877)	ENSCGRG00001023417	ENSCGRG00001014103	Zfp330 (ENSCGRG00001001331)	Il15 (ENSCGRG00001010668)	Inpp4b (ENSCGRG00001016742)	Usp38 (ENSCGRG00001008922)	Gab1 (ENSCGRG00001010681)	Smarca5 (ENSCGRG00001012719)	Hhip (ENSCGRG00001017452)	ENSCGRG00001017973	Abce1 (ENSCGRG00001000394)	Otud4 (ENSCGRG00001004451)	ENSCGRG00001006596	Mmaa (ENSCGRG00001013056)	ENSCGRG00001014492 ##22	1700011L22Rik (ENSCGRG00001015849)	Zfp827 (ENSCGRG00001020514)	Lsm6 (ENSCGRG00001017142)	Slc10a7 (ENSCGRG00001018803)	ENSCGRG00001013716	Pou4f2 (ENSCGRG00001001534)	Ttc29 (ENSCGRG00001003512)	Ednra (ENSCGRG00001005013)	ENSCGRG00001005844	Prmt9 (ENSCGRG00001012400)	Arhgap10 (ENSCGRG00001015571)	Nr3c2 (ENSCGRG00001008894)	Iqcm (ENSCGRG00001013562)	Rasd2 (ENSCGRG00001006448)	Mcm5 (ENSCGRG00001009878)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Prairie vole	MODERN SPECIES	13	Opcml (ENSMOCG00000019238)	Spata19 (ENSMOCG00000007560)	Igsf9b (ENSMOCG00000019146)	Jam3 (ENSMOCG00000000897)	Ncapd3 (ENSMOCG00000001819)	Vps26b (ENSMOCG00000015004)	Thyn1 (ENSMOCG00000010854)	Acad8 (ENSMOCG00000021466)	Gm1110 (ENSMOCG00000008188)	Glb1l2 (ENSMOCG00000020254)	B3gat1 (ENSMOCG00000022917)	Eepd1 (ENSMOCG00000020176)	Septin7 (ENSMOCG00000013002)	Herpud2 (ENSMOCG00000014682)	ENSMOCG00000005080	ENSMOCG00000005481 ##22	Tbx20 (ENSMOCG00000016154)	Dpy19l2 (ENSMOCG00000003608)	Dpy19l1 (ENSMOCG00000009241)	Npsr1 (ENSMOCG00000011218)	Bmper (ENSMOCG00000021320)	Bbs9 (ENSMOCG00000014729)	Rp9 (ENSMOCG00000020161)	9530077C05Rik (ENSMOCG00000017716)	Anln (ENSMOCG00000013010)	Zfp810 (ENSMOCG00000002039)	Zfp599 (ENSMOCG00000023026)	ENSMOCG00000022973	ENSMOCG00000018031	Pigyl (ENSMOCG00000017172)	Acp5 (ENSMOCG00000015161)
Kangaroo rat	DUPLICATION
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	326	Akap1 (ENSDORG00000030157)	Scpep1 (ENSDORG00000003013)	Coil (ENSDORG00000027289)	Trim25 (ENSDORG00000012159)	Dgke (ENSDORG00000004135)	Gm525 (ENSDORG00000000733)	Nog (ENSDORG00000029051)	ENSDORG00000028536	Ankfn1 (ENSDORG00000007824)	Pctp (ENSDORG00000012691)	Tmem100 (ENSDORG00000028016)	Mmd (ENSDORG00000026049)	Hlf (ENSDORG00000026285)	Stxbp4 (ENSDORG00000015457)	Tom1l1 (ENSDORG00000001206)	ENSDORG00000029230 ##22	Car10 (ENSDORG00000011701)	ENSDORG00000029998	Utp18 (ENSDORG00000005965)	ENSDORG00000005964	Nme2 (ENSDORG00000005962)	Nme1 (ENSDORG00000029493)	Spag9 (ENSDORG00000005649)	Tob1 (ENSDORG00000013844)	Wfikkn2 (ENSDORG00000027958)	Luc7l3 (ENSDORG00000001260)	Ankrd40 (ENSDORG00000026320)	Abcc3 (ENSDORG00000004963)	Cacna1g (ENSDORG00000009130)	Spata20 (ENSDORG00000009128)	Epn3 (ENSDORG00000009127)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	441												Dclk2 (ENSDORG00000001007)	ENSDORG00000024190 #20	Mab21l2 (ENSDORG00000028902) #18	ENSDORG00000005601 #20	ENSDORG00000024347 ##22	Sh3d19 (ENSDORG00000002251) #23	Prss48 (ENSDORG00000010411) #24	Fhip1a (ENSDORG00000010240) #26	Gatb (ENSDORG00000010241) #27	Fbxw7 (ENSDORG00000007531) #28	Tmem154 (ENSDORG00000013371) #29	Tigd4 (ENSDORG00000008170) #30	Arfip1 (ENSDORG00000024563) #31	Fhdc1 (ENSDORG00000015867) #33	Trim2 (ENSDORG00000004512) #36	Mnd1 (ENSDORG00000004514) #37	ENSDORG00000027965	Sfrp2 (ENSDORG00000028019)	Dchs2 (ENSDORG00000014105)	Plrg1 (ENSDORG00000016294)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Coquerels sifaka	DUPLICATION
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	812	TBCE (ENSPCOG00000021439)	B3GALNT2 (ENSPCOG00000023952)	GNG4 (ENSPCOG00000004047)	LYST (ENSPCOG00000019565)	NID1 (ENSPCOG00000009614)	GPR137B (ENSPCOG00000016957)	ERO1B (ENSPCOG00000006144)	EDARADD (ENSPCOG00000024505)	LGALS8 (ENSPCOG00000028427)	HEATR1 (ENSPCOG00000018534)	ACTN2 (ENSPCOG00000026369)	MTR (ENSPCOG00000027883)	ENSPCOG00000003558	RYR2 (ENSPCOG00000016610)	ZP4 (ENSPCOG00000024830)	ENSPCOG00000027601 ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	162	CACHD1 (ENSPCOG00000018645)	RAVER2 (ENSPCOG00000028379)	JAK1 (ENSPCOG00000018189)	ENSPCOG00000025120 #21	DNAJC6 (ENSPCOG00000021196)	LEPROT (ENSPCOG00000027148)	LEPR (ENSPCOG00000017023)	ENSPCOG00000016467	KCNMB2 (ENSPCOG00000021563)	ZMAT3 (ENSPCOG00000022835)	PIK3CA (ENSPCOG00000019539)	KCNMB3 (ENSPCOG00000006968)	ZNF639 (ENSPCOG00000025183)	MFN1 (ENSPCOG00000018204)	GNB4 (ENSPCOG00000023050)	ENSPCOG00000023805 ##22	ACTL6A (ENSPCOG00000027739)	MRPL47 (ENSPCOG00000019367)	ENSPCOG00000025389	ENSPCOG00000023588	USP13 (ENSPCOG00000000179)	ENSPCOG00000028880	PEX5L (ENSPCOG00000002922)	TTC14 (ENSPCOG00000027629)	CCDC39 (ENSPCOG00000018971)	ENSPCOG00000026996	ENSPCOG00000025037	FXR1 (ENSPCOG00000020057)	DNAJC19 (ENSPCOG00000022644)
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	389														NPY2R (ENSOGAG00000001832)	MAP9 (ENSOGAG00000001837)	ENSOGAG00000026965 ##22	GUCY1A1 (ENSOGAG00000017072)	GUCY1B1 (ENSOGAG00000004323)	ASIC5 (ENSOGAG00000004325)	TDO2 (ENSOGAG00000004327)	CTSO (ENSOGAG00000004328)
Bushbaby	MODERN SPECIES	271	PAFAH2 (ENSOGAG00000000574)	STMN1 (ENSOGAG00000002109)	PAQR7 (ENSOGAG00000024814)	AUNIP (ENSOGAG00000034108)	MTFR1L (ENSOGAG00000002104)	ENSOGAG00000024972	MAN1C1 (ENSOGAG00000002102)	LDLRAP1 (ENSOGAG00000002101)	MACO1 (ENSOGAG00000033230)	ENSOGAG00000011983	TMEM50A (ENSOGAG00000028512)	RSRP1 (ENSOGAG00000011942)	SYF2 (ENSOGAG00000009962)	RUNX3 (ENSOGAG00000025633)	CLIC4 (ENSOGAG00000014620)	ENSOGAG00000025062 ##22	ENSOGAG00000030641	SRRM1 (ENSOGAG00000010210)	NCMAP (ENSOGAG00000008361)	RCAN3 (ENSOGAG00000015460)	NIPAL3 (ENSOGAG00000011036)	STPG1 (ENSOGAG00000011033)	GRHL3 (ENSOGAG00000011027)	ENSOGAG00000010712	IL22RA1 (ENSOGAG00000024442)	MYOM3 (ENSOGAG00000010702)	SRSF10 (ENSOGAG00000015374)	PNRC2 (ENSOGAG00000024747)	CNR2 (ENSOGAG00000011818)	FUCA1 (ENSOGAG00000009383)	HMGCL (ENSOGAG00000009381)
Bushbaby	MODERN SPECIES	231	PRR14L (ENSOGAG00000007564)	PISD (ENSOGAG00000034158)	ABHD14B (ENSOGAG00000012132)	SFI1 (ENSOGAG00000007556)	EIF4ENIF1 (ENSOGAG00000012272)	DRG1 (ENSOGAG00000012268)	ENSOGAG00000030736	ERO1B (ENSOGAG00000015531)	GPR137B (ENSOGAG00000027989)	NID1 (ENSOGAG00000014737)	LYST (ENSOGAG00000000135)	GNG4 (ENSOGAG00000007427)	B3GALNT2 (ENSOGAG00000007425)	TBCE (ENSOGAG00000007422)	GGPS1 (ENSOGAG00000013760)	ENSOGAG00000006640 ##22	ARID4B (ENSOGAG00000012476)	RBM34 (ENSOGAG00000012470)	TOMM20 (ENSOGAG00000032693)	IRF2BP2 (ENSOGAG00000002391)	TARBP1 (ENSOGAG00000002379)	SLC35F3 (ENSOGAG00000002376)	KCNK1 (ENSOGAG00000002272)	MAP3K21 (ENSOGAG00000010128)	PCNX2 (ENSOGAG00000004635)	NTPCR (ENSOGAG00000004633)	MAP10 (ENSOGAG00000024613)	SIPA1L2 (ENSOGAG00000007607)	DISC1 (ENSOGAG00000009237)	ENSOGAG00000005575	EGLN1 (ENSOGAG00000033024)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	18	SCTR (ENSCJAG00000021438)	CFAP221 (ENSCJAG00000021440)	TMEM177 (ENSCJAG00000080051)	PTPN4 (ENSCJAG00000013214)	ENSCJAG00000073015	ENSCJAG00000082465	EPB41L5 (ENSCJAG00000013283)	TMEM185B (ENSCJAG00000004108)	ENSCJAG00000013326	ENSCJAG00000074220	INHBB (ENSCJAG00000048402)	GLI2 (ENSCJAG00000013342)	TFCP2L1 (ENSCJAG00000013356)	ENSCJAG00000082293	CLASP1 (ENSCJAG00000013398)	ENSCJAG00000081768 ##22	ENSCJAG00000023039	ENSCJAG00000041121	NIFK (ENSCJAG00000013386)	ENSCJAG00000071090	CNTNAP5 (ENSCJAG00000018447)	GYPC (ENSCJAG00000084616)	TEX51 (ENSCJAG00000041118)	ENSCJAG00000047222	ENSCJAG00000083000	ENSCJAG00000015271	ENSCJAG00000064504	MYO1B (ENSCJAG00000003380)	NABP1 (ENSCJAG00000082844)	CAVIN2 (ENSCJAG00000065456)	TMEFF2 (ENSCJAG00000003484)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	48	CLHC1 (ENSSBOG00000031988)	RTN4 (ENSSBOG00000032024)	EML6 (ENSSBOG00000024484)	SPTBN1 (ENSSBOG00000027662)	C2orf73 (ENSSBOG00000033884)	ACYP2 (ENSSBOG00000030505)	ENSSBOG00000021730	GPR75 (ENSSBOG00000019537)	ERLEC1 (ENSSBOG00000022814)	ASB3 (ENSSBOG00000034288)	CHAC2 (ENSSBOG00000030058)	NRXN1 (ENSSBOG00000026811)	ENSSBOG00000034030	ENSSBOG00000028134	FSHR (ENSSBOG00000033299)	ENSSBOG00000020971 ##22	LHCGR (ENSSBOG00000019216)	GTF2A1L (ENSSBOG00000023060)	STON1 (ENSSBOG00000034719)	ENSSBOG00000036123	FOXN2 (ENSSBOG00000025167)	ENSSBOG00000032584	FBXO11 (ENSSBOG00000027980)	MSH6 (ENSSBOG00000011609)	KCNK12 (ENSSBOG00000000094)	MSH2 (ENSSBOG00000027484)	ENSSBOG00000021194	SOWAHC (ENSSBOG00000020617)	ENSSBOG00000027814	SH3RF3 (ENSSBOG00000019575)	EDAR (ENSSBOG00000029515)
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1281	PLEKHM2 (ENSANAG00000037103)	SLC25A34 (ENSANAG00000036756)	TMEM82 (ENSANAG00000026990)	FBLIM1 (ENSANAG00000032942)	SPEN (ENSANAG00000034428)	ZBTB17 (ENSANAG00000027752)	ENSANAG00000018563	SRARP (ENSANAG00000030546)	HSPB7 (ENSANAG00000020521)	ENSANAG00000023434	FAM131C (ENSANAG00000026130)	EPHA2 (ENSANAG00000037528)	ARHGEF19 (ENSANAG00000038160)	CPLANE2 (ENSANAG00000032645)	FBXO42 (ENSANAG00000022274)	ENSANAG00000005361 ##22	SZRD1 (ENSANAG00000031853)	ENSANAG00000029564	CROCC (ENSANAG00000026909)	MFAP2 (ENSANAG00000025087)	ATP13A2 (ENSANAG00000022398)	SDHB (ENSANAG00000037432)	PADI2 (ENSANAG00000027403)	ENSANAG00000036441	PADI1 (ENSANAG00000000052)	PADI3 (ENSANAG00000037603)	PADI4 (ENSANAG00000038460)	PADI6 (ENSANAG00000033689)	RCC2 (ENSANAG00000024788)	ARHGEF10L (ENSANAG00000030027)	ACTL8 (ENSANAG00000011638)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	658	ZFYVE27 (ENSANAG00000038112)	MARVELD1 (ENSANAG00000031120)	AVPI1 (ENSANAG00000029881)	MORN4 (ENSANAG00000023217)	PI4K2A (ENSANAG00000019727)	ANKRD2 (ENSANAG00000038359)	UBTD1 (ENSANAG00000035205)	MMS19 (ENSANAG00000023237)	ZDHHC16 (ENSANAG00000032609)	EXOSC1 (ENSANAG00000034669)	PGAM1 (ENSANAG00000023598)	RRP12 (ENSANAG00000037485)	ARHGAP19 (ENSANAG00000003403)	ENSANAG00000021580	SLIT1 (ENSANAG00000033563)	ENSANAG00000037982 ##22	LCOR (ENSANAG00000033126)	ENSANAG00000033782	PIK3AP1 (ENSANAG00000008972)	TM9SF3 (ENSANAG00000028656)	TLL2 (ENSANAG00000037945)	OPALIN (ENSANAG00000038093)	DNTT (ENSANAG00000037070)	BLNK (ENSANAG00000027173)	ZNF518A (ENSANAG00000037819)	ENSANAG00000037354	ENSANAG00000026742	ENSANAG00000019403	ENSANAG00000024392	ENTPD1 (ENSANAG00000029369)	TCTN3 (ENSANAG00000030005)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	814	CDKL5 (ENSANAG00000034696)	RS1 (ENSANAG00000029033)	PPEF1 (ENSANAG00000023404)	PHKA2 (ENSANAG00000038435)	ADGRG2 (ENSANAG00000034597)	PDHA1 (ENSANAG00000030855)	MAP3K15 (ENSANAG00000034023)	ENSANAG00000030233	ENSANAG00000034832	ENSANAG00000026646	MAP7D2 (ENSANAG00000037417)	ENSANAG00000030856	ENSANAG00000025820	RPS6KA3 (ENSANAG00000026591)	ENSANAG00000000067	ENSANAG00000019923 ##22	CNKSR2 (ENSANAG00000030385)	KLHL34 (ENSANAG00000020210)	SMPX (ENSANAG00000035900)	ENSANAG00000034743	MBTPS2 (ENSANAG00000022738)	SMS (ENSANAG00000031156)	ENSANAG00000032026	ENSANAG00000030126	PHEX (ENSANAG00000021236)	CBLL2 (ENSANAG00000024818)	ENSANAG00000023417
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Cercopithecidae	DUPLICATION
Cercopithecidae	DUPLICATION
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.v.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.v.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.v.a ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.v.a ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.v.a ##22
Drill	MODERN SPECIES	871												DDX18 (ENSMLEG00000038065)	ENSMLEG00000035866	CCDC93 (ENSMLEG00000029873)	INSIG2 (ENSMLEG00000031649)	ENSMLEG00000035636 ##22	MARCO (ENSMLEG00000034132)	C1QL2 (ENSMLEG00000033421)	STEAP3 (ENSMLEG00000037794)	C2orf76 (ENSMLEG00000039378)	DBI (ENSMLEG00000001896)	TMEM37 (ENSMLEG00000033060)	SCTR (ENSMLEG00000029227)	CFAP221 (ENSMLEG00000042134)	ENSMLEG00000041704	PTPN4 (ENSMLEG00000040178)	ENSMLEG00000039838	EPB41L5 (ENSMLEG00000032344)	ENSMLEG00000027991	RALB (ENSMLEG00000008823)	ENSMLEG00000042162
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.v.a ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2438														CCDC93 (ENSRBIG00000043000)	INSIG2 (ENSRBIG00000029052)	ENSRBIG00000038781 ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.v.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.v.b ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1359		RNF149 (ENSRBIG00000042294)	CNOT11 (ENSRBIG00000006823)	TBC1D8 (ENSRBIG00000044656)	ENSRBIG00000035177	NPAS2 (ENSRBIG00000014017)	ENSRBIG00000028100	ENSRBIG00000028051	NMS (ENSRBIG00000037420)	ENSRBIG00000041087	CHST10 (ENSRBIG00000039203)	LONRF2 (ENSRBIG00000037046)	AFF3 (ENSRBIG00000029993)	ENSRBIG00000042889	RGS7 (ENSRBIG00000041312)	ENSRBIG00000038076 ##22	ENSRBIG00000032971	KMO (ENSRBIG00000041269)	OPN3 (ENSRBIG00000034420)	WDR64 (ENSRBIG00000007151)	EXO1 (ENSRBIG00000036604)	MAP1LC3C (ENSRBIG00000027745)	PLD5 (ENSRBIG00000032911)	CEP170 (ENSRBIG00000037096)	SDCCAG8 (ENSRBIG00000031769)	AKT3 (ENSRBIG00000040845)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.w ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000014349	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000007883	ENSGT00730000111142	ENSGT00390000011475	ENSGT00940000155122.a	ENSGT00940000155165.a	ENSGT01100000264463	ENSGT00390000007237	ENSGT00940000162236	ENSGT00390000008994	ENSGT00390000018074	ENSGT00940000158691	ENSGT00390000002172.B	ENSGT00390000018433.s.a.a.w ##22	ENSGT00390000013370	ENSGT00390000004147	ENSGT00530000063474.B.e.a	ENSGT00940000154575.a	ENSGT00940000158903	ENSGT00390000007848.b	ENSGT00940000159285	ENSGT00390000015354.d	ENSGT00940000154717	ENSGT00390000012719.b	ENSGT00390000018674	ENSGT00940000161828	ENSGT01020000230351.D.b	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l	ENSGT00510000046406.f.a.b
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	2	CCDC62 (ENSCSAG00000002091)	DENR (ENSCSAG00000002095)	HCAR1 (ENSCSAG00000018949)	ENSCSAG00000018948	KNTC1 (ENSCSAG00000002105)	RSRC2 (ENSCSAG00000002113)	ZCCHC8 (ENSCSAG00000002121)	CLIP1 (ENSCSAG00000002132)	VPS33A (ENSCSAG00000002138)	B3GNT4 (ENSCSAG00000002141)	DIABLO (ENSCSAG00000002145)	LRRC43 (ENSCSAG00000002152)	IL31 (ENSCSAG00000002153)	MLXIP (ENSCSAG00000002159)	BCL7A (ENSCSAG00000002164)	ENSCSAG00000018947 ##22	CFAP251 (ENSCSAG00000002175)	PSMD9 (ENSCSAG00000002179)	HPD (ENSCSAG00000002182)	SETD1B (ENSCSAG00000002187)	RHOF (ENSCSAG00000002190)	TMEM120B (ENSCSAG00000002193)	MORN3 (ENSCSAG00000002195)	ORAI1 (ENSCSAG00000002198)	KDM2B (ENSCSAG00000002201)	RNF34 (ENSCSAG00000002204)	ANAPC5 (ENSCSAG00000002207)	CAMKK2 (ENSCSAG00000002211)	P2RX4 (ENSCSAG00000002217)	P2RX7 (ENSCSAG00000002219)	OASL (ENSCSAG00000002221)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000014349	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000007883	ENSGT00730000111142	ENSGT00390000011475	ENSGT00940000155122.a	ENSGT00940000155165.a	ENSGT01100000264463	ENSGT00390000007237	ENSGT00940000162236	ENSGT00390000008994	ENSGT00390000018074	ENSGT00940000158691	ENSGT00390000002172.B	ENSGT00390000018433.s.a.a.w ##22	ENSGT00390000013370	ENSGT00390000004147	ENSGT00530000063474.B.e.a	ENSGT00940000154575.a	ENSGT00940000158903	ENSGT00390000007848.b	ENSGT00940000159285	ENSGT00390000015354.d	ENSGT00940000154717	ENSGT00390000012719.b	ENSGT00390000018674	ENSGT00940000161828	ENSGT01020000230351.D.b	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l	ENSGT00510000046406.f.a.b
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	56								ENSGT00940000156227.f	ENSGT00940000156625	ENSGT00940000156232.b	ENSGT00390000001376.bb.b.a.b	ENSGT00440000037780.a	ENSGT00940000154101.b	ENSGT00390000003031	ENSGT00910000147147	ENSGT00390000018433.s.a.a.w ##22	ENSGT00940000159227.l	ENSGT01050000248507	ENSGT00940000154653.oe.a.c	ENSGT00390000015348	ENSGT00940000158582	ENSGT00940000158806	ENSGT00940000159227.k	ENSGT00940000154653.oe.a.d	ENSGT00390000014526	ENSGT00950000183123.g.b.b.j	ENSGT00950000183208.B	ENSGT00950000182860.a.a.b	ENSGT00940000154801	ENSGT00510000047537.g.b	ENSGT00940000155003.e.a
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	173												ENSGT00440000037780.a	ENSGT00940000154101.b	ENSGT00390000003031	ENSGT00910000147147	ENSGT00390000018433.s.a.a.w ##22	ENSGT00940000159227.l	ENSGT00940000154653.oe.a.c	ENSGT00740000115534.a.b.f.a.b.n.a	ENSGT00390000015348	ENSGT00940000158582	ENSGT00940000158806	ENSGT00940000159227.k	ENSGT00940000154653.oe.a.d	ENSGT00390000014526	ENSGT00950000183123.g.b.b.j	ENSGT00950000183208.B	ENSGT00950000182860.a.a.b	ENSGT00940000154801	ENSGT00510000047537.g.b	ENSGT00940000155003.e.a
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	253															ENSCATG00000031712	ENSCATG00000019296 ##22	ENSCATG00000035171	SVIL (ENSCATG00000021892)	ENSCATG00000020748	JCAD (ENSCATG00000036286)	MTPAP (ENSCATG00000035677)	MAP3K8 (ENSCATG00000035664)	ENSCATG00000028858	ENSCATG00000023564	ZNF438 (ENSCATG00000019097)	ENSCATG00000001588	ZEB1 (ENSCATG00000017202)	ARHGAP12 (ENSCATG00000016616)	KIF5B (ENSCATG00000007099)	ENSCATG00000009794	EPC1 (ENSCATG00000004828)
Drill	MODERN SPECIES	1270							ENSMLEG00000027071	WAC (ENSMLEG00000037194)	ENSMLEG00000041735	BAMBI (ENSMLEG00000030277)	ENSMLEG00000027765	ENSMLEG00000031493	ENSMLEG00000031895	ENSMLEG00000036774	ENSMLEG00000037497	ENSMLEG00000027128 ##22	ENSMLEG00000033813
Olive baboon	MODERN SPECIES	2	ENSPANG00000047067	PTCHD3 (ENSPANG00000030115)	MKX (ENSPANG00000022998)	ODAD2 (ENSPANG00000022989)	MPP7 (ENSPANG00000022992)	ENSPANG00000048963	ENSPANG00000050280	ENSPANG00000017854	ENSPANG00000041254	WAC (ENSPANG00000022987)	ENSPANG00000048040	ENSPANG00000047231	ENSPANG00000050196	BAMBI (ENSPANG00000042499)	ENSPANG00000048136	ENSPANG00000009635 ##22	ENSPANG00000022984	ENSPANG00000040042	SVIL (ENSPANG00000022931)	ENSPANG00000018403	ENSPANG00000038549	JCAD (ENSPANG00000022942)	MTPAP (ENSPANG00000022927)	MAP3K8 (ENSPANG00000022919)	ENSPANG00000022921	ZNF438 (ENSPANG00000022917)	ZEB1 (ENSPANG00000022899)	ARHGAP12 (ENSPANG00000022901)	KIF5B (ENSPANG00000022905)	ENSPANG00000037456	ENSPANG00000044355
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00400000022269	ENSGT00390000014349	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000007883	ENSGT00730000111142	ENSGT00390000011475	ENSGT00940000155122.a	ENSGT00940000155165.a	ENSGT00390000007237	ENSGT00940000162236	ENSGT00390000008994	ENSGT00390000018074	ENSGT00940000158691	ENSGT00390000002172.B	ENSGT00390000018433.s.a.a.w ##22	ENSGT00390000013370	ENSGT00390000004147	ENSGT00530000063474.B.e.a	ENSGT00940000154575.a	ENSGT00940000158903	ENSGT00390000007848.b	ENSGT00940000159285	ENSGT00390000015354.d	ENSGT00940000154717	ENSGT00390000012719.b	ENSGT00390000018674	ENSGT00940000161828	ENSGT01020000230351.D.b	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l	ENSGT00510000046406.f.a.b
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	562	ACBD5 (ENSMNEG00000035816)	ENSMNEG00000039132	PTCHD3 (ENSMNEG00000015528)	RAB18 (ENSMNEG00000038180)	MKX (ENSMNEG00000039776)	ODAD2 (ENSMNEG00000022625)	ENSMNEG00000029878	MPP7 (ENSMNEG00000042436)	ENSMNEG00000029850	WAC (ENSMNEG00000032060)	BAMBI (ENSMNEG00000035278)	ENSMNEG00000025322	ENSMNEG00000040949	ENSMNEG00000000290	ENSMNEG00000045334	ENSMNEG00000040731 ##22	ENSMNEG00000040316	ENSMNEG00000031013	JCAD (ENSMNEG00000018085)	MTPAP (ENSMNEG00000039635)	MAP3K8 (ENSMNEG00000032888)	ENSMNEG00000028826	ENSMNEG00000041348	ZNF438 (ENSMNEG00000033720)	ENSMNEG00000038566	ZEB1 (ENSMNEG00000034471)	ARHGAP12 (ENSMNEG00000004167)	KIF5B (ENSMNEG00000040057)	ENSMNEG00000009982	EPC1 (ENSMNEG00000021935)	ENSMNEG00000035008
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000007883	ENSGT00730000111142	ENSGT00390000011475	ENSGT00940000161627.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a.c	ENSGT00940000155122.a	ENSGT00940000155165.a	ENSGT00390000007237	ENSGT00940000162236	ENSGT00390000008994	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.a.b.a.a.b.b.a.b.a.b.b.d.b	ENSGT00390000018074	ENSGT00940000158691	ENSGT00390000002172.B	ENSGT00390000018433.s.a.a.w ##22	ENSGT00390000013370	ENSGT00390000004147	ENSGT00530000063474.B.e.a	ENSGT00940000154575.a	ENSGT00940000158903	ENSGT00390000007848.b	ENSGT00940000159285	ENSGT00390000015354.d	ENSGT01100000263493.a.b.a.b.a.a.b.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000167556.b.b.a.b.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000154717	ENSGT00390000012719.b	ENSGT00390000018674	ENSGT00940000161828	ENSGT01020000230351.D.b
Crab-eating macaque	DUPLICATION
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	2	HCAR1 (ENSMFAG00000028540)	ENSMFAG00000036514	KNTC1 (ENSMFAG00000045398)	RSRC2 (ENSMFAG00000036398)	ZCCHC8 (ENSMFAG00000045203)	ENSMFAG00000060843	CLIP1 (ENSMFAG00000043612)	VPS33A (ENSMFAG00000019477)	DIABLO (ENSMFAG00000002957)	B3GNT4 (ENSMFAG00000032438)	LRRC43 (ENSMFAG00000038285)	ENSMFAG00000060500	IL31 (ENSMFAG00000040210)	MLXIP (ENSMFAG00000030662)	BCL7A (ENSMFAG00000045274)	ENSMFAG00000043535 ##22	CFAP251 (ENSMFAG00000025564)	PSMD9 (ENSMFAG00000037177)	HPD (ENSMFAG00000046346)	ENSMFAG00000059943	RHOF (ENSMFAG00000032227)	TMEM120B (ENSMFAG00000003634)	MORN3 (ENSMFAG00000045300)	ORAI1 (ENSMFAG00000036297)	ENSMFAG00000055002	ENSMFAG00000058549	ENSMFAG00000047469	ENSMFAG00000037613	RNF34 (ENSMFAG00000037026)	ANAPC5 (ENSMFAG00000038352)	CAMKK2 (ENSMFAG00000045272)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	19	FRA10AC1 (ENSMFAG00000045302)	LGI1 (ENSMFAG00000037131)	SLC35G1 (ENSMFAG00000039807)	PLCE1 (ENSMFAG00000020572)	NOC3L (ENSMFAG00000032429)	HELLS (ENSMFAG00000044053)	CYP2C18 (ENSMFAG00000058429)	H2AZ1 (ENSMFAG00000001222)	CYP2C9 (ENSMFAG00000005983)	CYP2C8 (ENSMFAG00000034299)	ENSMFAG00000041843	CYP2C93 (ENSMFAG00000032581)	ENSMFAG00000055400	PDLIM1 (ENSMFAG00000030298)	SORBS1 (ENSMFAG00000030641)	ENSMFAG00000050945 ##22	ALDH18A1 (ENSMFAG00000001272)	TCTN3 (ENSMFAG00000001575)	CC2D2B (ENSMFAG00000038060)	ENSMFAG00000045985	CCNJ (ENSMFAG00000037933)	BLNK (ENSMFAG00000043139)	DNTT (ENSMFAG00000034600)	OPALIN (ENSMFAG00000043114)	TLL2 (ENSMFAG00000002794)	TM9SF3 (ENSMFAG00000002926)	PIK3AP1 (ENSMFAG00000046259)	ENSMFAG00000050833	ENSMFAG00000060072	LCOR (ENSMFAG00000039632)	SLIT1 (ENSMFAG00000045033)
Hominoidea	DUPLICATION
Hominoidea	DUPLICATION
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.x.a ##22
Gibbon	MODERN SPECIES		ENSNLEG00000005835	NTN4 (ENSNLEG00000005820)	USP44 (ENSNLEG00000005816)	METAP2 (ENSNLEG00000005813)	VEZT (ENSNLEG00000005798)	ENSNLEG00000032922	ENSNLEG00000032302	FGD6 (ENSNLEG00000005781)	ENSNLEG00000032465	NR2C1 (ENSNLEG00000005775)	NDUFA12 (ENSNLEG00000005766)	TMCC3 (ENSNLEG00000005764)	ENSNLEG00000005763	CEP83 (ENSNLEG00000005742)	PLXNC1 (ENSNLEG00000005722)	ENSNLEG00000034769 ##22	ENSNLEG00000030035	CRADD (ENSNLEG00000005714)	SOCS2 (ENSNLEG00000005710)	MRPL42 (ENSNLEG00000005699)	ENSNLEG00000005695	ENSNLEG00000005674	EEA1 (ENSNLEG00000005649)	ENSNLEG00000029636	ENSNLEG00000005642	ENSNLEG00000005638	ENSNLEG00000005634	ENSNLEG00000005637	BTG1 (ENSNLEG00000029316)	DCN (ENSNLEG00000005597)	LUM (ENSNLEG00000005594)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.x.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.x.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00950000183254	ENSGT00940000158701	ENSGT00390000011891	ENSGT00940000156677	ENSGT00940000161523	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000162599	ENSGT01050000244866.A.a.b.b	ENSGT00390000003582.e.d.a	ENSGT01050000244866.A.a.b.a	ENSGT01050000244866.A.b	ENSGT00390000018016.c	ENSGT00900000141074.e.a.b.b.b.a	ENSGT00390000016216	ENSGT00440000038181.eb.a.b	ENSGT00390000018433.s.a.a.x.b ##22	ENSGT00950000183075.a.a.a.b	ENSGT00900000141074.e.a.b.b.b.b	ENSGT00940000160367	ENSGT00390000000491	ENSGT00940000155342.l	ENSGT00940000164290	ENSGT00390000004927	ENSGT00940000157393	ENSGT00950000182843.a.a.a.a	ENSGT00940000157336	ENSGT00940000156092	ENSGT00940000159230	ENSGT00940000159481	ENSGT00530000063596.B	ENSGT01030000234606.a.a.a.a
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000183254	ENSGT00940000158701	ENSGT00390000011891	ENSGT00940000156677	ENSGT00940000161523	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000162599	ENSGT01050000244866.A.a.b.b	ENSGT00390000003582.e.d.a	ENSGT01050000244866.A.a.b.a	ENSGT01050000244866.A.b	ENSGT00390000018016.c	ENSGT00900000141074.e.a.b.b.b.a	ENSGT00390000016216	ENSGT00440000038181.eb.a.b	ENSGT00390000018433.s.a.a.x.b ##22	ENSGT00950000183075.a.a.a.b	ENSGT00940000160367	ENSGT00390000000491	ENSGT00940000155342.l	ENSGT00940000164290	ENSGT00390000004927	ENSGT00940000157393	ENSGT00950000182843.a.a.a.a	ENSGT00940000157336	ENSGT00940000156092	ENSGT00940000159230	ENSGT00940000159481	ENSGT00530000063596.B	ENSGT01030000234606.a.a.a.a	ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a
Pan	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000009048.a.a.c	ENSGT00940000158701	ENSGT00390000011891	ENSGT00940000156677	ENSGT00940000161523	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00940000162599	ENSGT01050000244866.A.a.b.b	ENSGT00390000003582.e.d.a	ENSGT01050000244866.A.a.b.a	ENSGT01050000244866.A.b	ENSGT00390000018016.c	ENSGT00900000141074.e.a.b.b.b.a	ENSGT00390000016216	ENSGT00440000038181.eb.a.b	ENSGT00390000018433.s.a.a.x.b ##22	ENSGT00950000183075.a.a.a.b	ENSGT00940000160367	ENSGT00390000000491	ENSGT00940000155342.l	ENSGT00940000164290	ENSGT00390000004927	ENSGT00940000157393	ENSGT00950000182843.a.a.a.a	ENSGT00940000157336	ENSGT00940000156092	ENSGT00940000159230	ENSGT00940000159481	ENSGT00530000063596.B	ENSGT01030000234606.a.a.a.a	ENSGT01030000234606.a.a.a.b.a.a
Chimpanzee	MODERN SPECIES	6	ENSPTRG00000006998	ENSPTRG00000052429	PPIP5K1 (ENSPTRG00000022996)	MAP1A (ENSPTRG00000006995)	TP53BP1 (ENSPTRG00000006994)	TUBGCP4 (ENSPTRG00000006993)	ZSCAN29 (ENSPTRG00000006992)	ADAL (ENSPTRG00000006991)	TGM7 (ENSPTRG00000006990)	ENSPTRG00000052524	TGM5 (ENSPTRG00000006989)	EPB42 (ENSPTRG00000006988)	CCNDBP1 (ENSPTRG00000006987)	TMEM62 (ENSPTRG00000006986)	ENSPTRG00000044632	ENSPTRG00000052090 ##22	UBR1 (ENSPTRG00000006985)	TTBK2 (ENSPTRG00000006982)	CDAN1 (ENSPTRG00000006981)	ENSPTRG00000048274	STARD9 (ENSPTRG00000006980)	HAUS2 (ENSPTRG00000006977)	LRRC57 (ENSPTRG00000006976)	SNAP23 (ENSPTRG00000006975)	ZNF106 (ENSPTRG00000006974)	CAPN3 (ENSPTRG00000034200)	GANC (ENSPTRG00000006973)	TMEM87A (ENSPTRG00000006972)	VPS39 (ENSPTRG00000006971)	PLA2G4F (ENSPTRG00000006970)	PLA2G4D (ENSPTRG00000006969)
Gorilla	MODERN SPECIES	6	ENSGGOG00000004651	ENSGGOG00000039820	MAP1A (ENSGGOG00000004634)	TP53BP1 (ENSGGOG00000002588)	TUBGCP4 (ENSGGOG00000002882)	ZSCAN29 (ENSGGOG00000002879)	ADAL (ENSGGOG00000015145)	TGM7 (ENSGGOG00000007605)	TGM5 (ENSGGOG00000006555)	EPB42 (ENSGGOG00000006553)	ENSGGOG00000006546	CCNDBP1 (ENSGGOG00000028557)	ENSGGOG00000036568	TMEM62 (ENSGGOG00000006542)	ENSGGOG00000038492	RPS3A (ENSGGOG00000022640) ##22	ENSGGOG00000009724	ENSGGOG00000041967	ENSGGOG00000014329	CDAN1 (ENSGGOG00000014297)	ENSGGOG00000041553	STARD9 (ENSGGOG00000006926)	HAUS2 (ENSGGOG00000036248)	LRRC57 (ENSGGOG00000009597)	SNAP23 (ENSGGOG00000015801)	ZNF106 (ENSGGOG00000007774)	CAPN3 (ENSGGOG00000012597)	GANC (ENSGGOG00000010835)	TMEM87A (ENSGGOG00000000376)	VPS39 (ENSGGOG00000000372)	PLA2G4F (ENSGGOG00000000369)
Gibbon	MODERN SPECIES	449	ATRX (ENSNLEG00000001144)	MAGT1 (ENSNLEG00000001330)	ATP7A (ENSNLEG00000001351)	ENSNLEG00000001423	TAF9B (ENSNLEG00000001378)	CYSLTR1 (ENSNLEG00000002067)	ENSNLEG00000002074	LPAR4 (ENSNLEG00000019046)	P2RY10 (ENSNLEG00000002088)	ENSNLEG00000034148	GPR174 (ENSNLEG00000019047)	TBX22 (ENSNLEG00000002116)	ENSNLEG00000029546	BRWD3 (ENSNLEG00000002210)	ENSNLEG00000034470	ENSNLEG00000034864 ##22	HMGN5 (ENSNLEG00000034708)	SH3BGRL (ENSNLEG00000002464)	ENSNLEG00000028823	ENSNLEG00000032492	CYLC1 (ENSNLEG00000002527)	RPS6KA6 (ENSNLEG00000002544)	HDX (ENSNLEG00000002624)	APOOL (ENSNLEG00000002634)	ZNF711 (ENSNLEG00000002656)	POF1B (ENSNLEG00000002694)	ENSNLEG00000032608	CHM (ENSNLEG00000002762)	ENSNLEG00000027890	DACH2 (ENSNLEG00000002793)	ENSNLEG00000002822
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.y ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.y ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.y ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.y ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a.y ##22
Chimpanzee	MODERN SPECIES	18	ANKRD34B (ENSPTRG00000049125)	FAM151B (ENSPTRG00000017039)	ENSPTRG00000051397	ZFYVE16 (ENSPTRG00000017038)	ENSPTRG00000040617	ENSPTRG00000042769	SERINC5 (ENSPTRG00000017032)	THBS4 (ENSPTRG00000017031)	MTX3 (ENSPTRG00000051488)	ENSPTRG00000039087	CMYA5 (ENSPTRG00000023686)	TENT2 (ENSPTRG00000017028)	HOMER1 (ENSPTRG00000017026)	ENSPTRG00000048128	JMY (ENSPTRG00000017025)	ENSPTRG00000043319 ##22	BHMT2 (ENSPTRG00000017022)	DMGDH (ENSPTRG00000017020)	ARSB (ENSPTRG00000017019)	LHFPL2 (ENSPTRG00000045309)	SCAMP1 (ENSPTRG00000047664)	AP3B1 (ENSPTRG00000017015)	TBCA (ENSPTRG00000017013)	OTP (ENSPTRG00000017012)	ENSPTRG00000023613	WDR41 (ENSPTRG00000017011)	PDE8B (ENSPTRG00000017010)	ENSPTRG00000042930	ENSPTRG00000046179	ZBED3 (ENSPTRG00000050050)	AGGF1 (ENSPTRG00000017008)
Gorilla	MODERN SPECIES	1	DYDC1 (ENSGGOG00000002717)	DYDC2 (ENSGGOG00000003755)	PRXL2A (ENSGGOG00000013246)	TSPAN14 (ENSGGOG00000005770)	ENSGGOG00000006297	ENSGGOG00000024160	ENSGGOG00000036412	NRG3 (ENSGGOG00000011517)	GHITM (ENSGGOG00000011008)	C10orf99 (ENSGGOG00000012510)	CDHR1 (ENSGGOG00000012764)	LRIT2 (ENSGGOG00000012781)	LRIT1 (ENSGGOG00000012795)	RGR (ENSGGOG00000012798)	CCSER2 (ENSGGOG00000003034)	RPS3A (ENSGGOG00000027203) ##22	GRID1 (ENSGGOG00000012289)	ENSGGOG00000038056	WAPL (ENSGGOG00000015781)	OPN4 (ENSGGOG00000013063)	LDB3 (ENSGGOG00000013070)	BMPR1A (ENSGGOG00000003720)	MMRN2 (ENSGGOG00000009082)	ENSGGOG00000009093	ADIRF (ENSGGOG00000024607)	ENSGGOG00000042297	ENSGGOG00000036535	ENSGGOG00000015764	GLUD1 (ENSGGOG00000015770)	ENSGGOG00000043476	ENSGGOG00000042516
Tarsier	DUPLICATION
Tarsier	MODERN SPECIES	4445																ENSTSYG00000035467 ##22	GALNTL6 (ENSTSYG00000033426)
Tarsier	MODERN SPECIES	3899																ENSTSYG00000033581 ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22
Elephant	DUPLICATION
Elephant	MODERN SPECIES	325	RAB4A (ENSLAFG00000000757)	CCSAP (ENSLAFG00000003975)	ACTA1 (ENSLAFG00000006306)	NUP133 (ENSLAFG00000006310)	ABCB10 (ENSLAFG00000006318)	TAF5L (ENSLAFG00000012480)	URB2 (ENSLAFG00000012484)	FASLG (ENSLAFG00000013064)	SUCO (ENSLAFG00000016383)	PIGC (ENSLAFG00000026118)	DNM3 (ENSLAFG00000013295)	METTL13 (ENSLAFG00000008601)	VAMP4 (ENSLAFG00000004038)	MYOC (ENSLAFG00000017243)	PRRC2C (ENSLAFG00000017227)	ENSLAFG00000031524 ##22	FMO4 (ENSLAFG00000005836)	FMO1 (ENSLAFG00000022265)	FMO2 (ENSLAFG00000016530)	ENSLAFG00000009092	MROH9 (ENSLAFG00000006740)	PRRX1 (ENSLAFG00000007385)	GORAB (ENSLAFG00000029502)	NTMT2 (ENSLAFG00000001800)	KIFAP3 (ENSLAFG00000018434)	SCYL3 (ENSLAFG00000018090)	C1orf112 (ENSLAFG00000014427)	METTL18 (ENSLAFG00000014426)	SELE (ENSLAFG00000007166)	SELL (ENSLAFG00000007162)	SELP (ENSLAFG00000014536)
Elephant	MODERN SPECIES	388	SAMD7 (ENSLAFG00000006504)	SEC62 (ENSLAFG00000006508)	PHC3 (ENSLAFG00000013315)	PRKCI (ENSLAFG00000004925)	SKIL (ENSLAFG00000023277)	CLDN11 (ENSLAFG00000011475)	SLC7A14 (ENSLAFG00000006924)	RPL22L1 (ENSLAFG00000013220)	EIF5A2 (ENSLAFG00000013225)	SLC2A2 (ENSLAFG00000012114)	TNIK (ENSLAFG00000017445)	PLD1 (ENSLAFG00000000014)	FNDC3B (ENSLAFG00000017259)	GHSR (ENSLAFG00000017284)	TNFSF10 (ENSLAFG00000014313)	ENSLAFG00000026187 ##22	NCEH1 (ENSLAFG00000010083)	ECT2 (ENSLAFG00000007798)	SPATA16 (ENSLAFG00000009211)	ENSLAFG00000025798	NLGN1 (ENSLAFG00000010162)	TBL1XR1 (ENSLAFG00000021750)	KCNMB2 (ENSLAFG00000004923)	ZMAT3 (ENSLAFG00000000897)	PIK3CA (ENSLAFG00000003071)	KCNMB3 (ENSLAFG00000003072)	ZNF639 (ENSLAFG00000001733)
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	18511																ENSETEG00000009996 ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	4083																ENSETEG00000017902 ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	8851															TOP3A (ENSETEG00000004392)	ENSETEG00000004398 ##22	SMCR8 (ENSETEG00000004404)	SHMT1 (ENSETEG00000004407)
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	348												ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00390000018433.s.a.a ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30
Sloth	MODERN SPECIES	3735																ENSCHOG00000007238 ##22	SH3D19 (ENSCHOG00000007244) #23
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	2027	ENSDNOG00000043976	RC3H2 (ENSDNOG00000014557)	ZBTB6 (ENSDNOG00000014591)	ZBTB26 (ENSDNOG00000045813)	ENSDNOG00000037259	RABGAP1 (ENSDNOG00000013366)	STRBP (ENSDNOG00000043330)	CRB2 (ENSDNOG00000038587)	DENND1A (ENSDNOG00000034926)	ENSDNOG00000045998	LHX2 (ENSDNOG00000000465)	NEK6 (ENSDNOG00000015320)	PSMB7 (ENSDNOG00000015332)	ADGRD2 (ENSDNOG00000015410)	NR5A1 (ENSDNOG00000040922)	ENSDNOG00000032252 ##22	NR6A1 (ENSDNOG00000017832)	ENSDNOG00000033680	OLFML2A (ENSDNOG00000040474)	WDR38 (ENSDNOG00000046480)	ENSDNOG00000033968	GOLGA1 (ENSDNOG00000000005)	SCAI (ENSDNOG00000000007)	PPP6C (ENSDNOG00000045474)	RABEPK (ENSDNOG00000015327)	HSPA5 (ENSDNOG00000031601)	GAPVD1 (ENSDNOG00000009683)	MAPKAP1 (ENSDNOG00000038808)	PBX3 (ENSDNOG00000043756)
Armadillo	MODERN SPECIES	1097										SPHKAP (ENSDNOG00000013373)	DAW1 (ENSDNOG00000001360)	CCL20 (ENSDNOG00000039621)	ENSDNOG00000031125	ENSDNOG00000036199	ENSDNOG00000039100	ENSDNOG00000034281 ##22	AGFG1 (ENSDNOG00000016360)	TM4SF20 (ENSDNOG00000008559)	ENSDNOG00000008541	COL4A3 (ENSDNOG00000014502)	COL4A4 (ENSDNOG00000000093)	RHBDD1 (ENSDNOG00000039149)	IRS1 (ENSDNOG00000031407)	ENSDNOG00000035388
Eutheria	DUPLICATION
Eutheria	DUPLICATION
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	12451																ENSETEG00000001788 ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Goat	MODERN SPECIES	30	ENSCHIG00000018808	CD40LG (ENSCHIG00000000168)	ARHGEF6 (ENSCHIG00000000132)	ENSCHIG00000000095	ENSCHIG00000000060	ENSCHIG00000009593	ENSCHIG00000007648	ZIC3 (ENSCHIG00000021756)	ENSCHIG00000018935	FGF13 (ENSCHIG00000016286)	F9 (ENSCHIG00000013903)	MCF2 (ENSCHIG00000009737)	ATP11C (ENSCHIG00000009648)	ENSCHIG00000000404	SOX3 (ENSCHIG00000000368)	ENSCHIG00000000337 ##22	LDOC1 (ENSCHIG00000019266)	ENSCHIG00000000231	ENSCHIG00000000195	ENSCHIG00000018613	SLITRK4 (ENSCHIG00000019228)	ENSCHIG00000000062	IGSF1 (ENSCHIG00000008777)	ENSCHIG00000024386	ENSCHIG00000020888	ENSCHIG00000018529	OR13H1 (ENSCHIG00000019695)	ENSCHIG00000019833	ENOX2 (ENSCHIG00000009635)	ENSCHIG00000009925	ENSCHIG00000000453
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	210													ZNF622 (ENSSBOG00000026590)	RETREG1 (ENSSBOG00000015734)	MYO10 (ENSSBOG00000028705)	ENSSBOG00000008808 ##22	ENSSBOG00000029272	CDH18 (ENSSBOG00000020211)
Tarsier	MODERN SPECIES	5629								CASP12 (ENSTSYG00000003898)	ENSTSYG00000011687	ENSTSYG00000009588	ENSTSYG00000030707	GRIA4 (ENSTSYG00000009882)	MSANTD4 (ENSTSYG00000029032)	KBTBD3 (ENSTSYG00000011191)	AASDHPPT (ENSTSYG00000005102)	ENSTSYG00000026481 ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	100	ENSJJAG00000000352	ENSJJAG00000020322	ENSJJAG00000020138	ENSJJAG00000019717	Alkbh3 (ENSJJAG00000018577)	ENSJJAG00000017944	Hsd17b12 (ENSJJAG00000016592)	Ttc17 (ENSJJAG00000015016)	ENSJJAG00000012684	ENSJJAG00000011016	ENSJJAG00000013372	ENSJJAG00000007632	ENSJJAG00000017160	ENSJJAG00000017063	Lrrc4c (ENSJJAG00000013472)	ENSJJAG00000014713 ##22	ENSJJAG00000013563	ENSJJAG00000013437	ENSJJAG00000013448	ENSJJAG00000012660	ENSJJAG00000012569	ENSJJAG00000011964	ENSJJAG00000011770	ENSJJAG00000013751
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.a ##22
Guinea pig	MODERN SPECIES	165														ENSCPOG00000010355	ENSCPOG00000024703	ENSCPOG00000022971 ##22	ZSWIM5 (ENSCPOG00000012994)	UROD (ENSCPOG00000024542)	HECTD3 (ENSCPOG00000012988)	ENSCPOG00000035741	EIF2B3 (ENSCPOG00000002171)	PTCH2 (ENSCPOG00000012790)	BTBD19 (ENSCPOG00000036128)	DYNLT4 (ENSCPOG00000025746)	PLK3 (ENSCPOG00000002167)	BEST4 (ENSCPOG00000023264)	RPS8 (ENSCPOG00000000723)	KIF2C (ENSCPOG00000002161)	ARMH1 (ENSCPOG00000002158)	TMEM53 (ENSCPOG00000012006)	RNF220 (ENSCPOG00000011998)
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Sperm whale	MODERN SPECIES	6	ZNF696 (ENSPCTG00005014299)	GLI4 (ENSPCTG00005014326)	ZFP41 (ENSPCTG00005014395)	LY6H (ENSPCTG00005014505)	LY6E (ENSPCTG00005014593)	ENSPCTG00005014680	ENSPCTG00005014909	ENSPCTG00005014963	TSNARE1 (ENSPCTG00005014986)	ADGRB1 (ENSPCTG00005015167)	ARC (ENSPCTG00005015916)	JRK (ENSPCTG00005015935)	PSCA (ENSPCTG00005015964)	THEM6 (ENSPCTG00005015996)	SLC45A4 (ENSPCTG00005016157)	ENSPCTG00005016197 ##22	ENSPCTG00005016216	PTK2 (ENSPCTG00005016344)	AGO2 (ENSPCTG00005017440)	ENSPCTG00005017514	CHRAC1 (ENSPCTG00005017581)	TRAPPC9 (ENSPCTG00005017633)	ENSPCTG00005017670	COL22A1 (ENSPCTG00005017754)	FAM135B (ENSPCTG00005018956)	KHDRBS3 (ENSPCTG00005019130)	ZFAT (ENSPCTG00005019229)	TG (ENSPCTG00005019930)	PHF20L1 (ENSPCTG00005020226)	TMEM71 (ENSPCTG00005020318)	LRRC6 (ENSPCTG00005020472)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Tarsier	MODERN SPECIES	232																ENSTSYG00000034069 ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.a.b ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	10414																ENSETEG00000013950 ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Hyrax	MODERN SPECIES	11519																ENSPCAG00000015040 ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	3215																ENSSARG00000000717 ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Megabat	MODERN SPECIES	6817																ENSPVAG00000015406 ##22	SH3D19 (ENSPVAG00000015408) #23
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Dog	MODERN SPECIES	29	GPD2 (ENSCAFG00845025352)	ENSCAFG00845025564	ENSCAFG00845025578	GALNT5 (ENSCAFG00845025607)	ERMN (ENSCAFG00845025677)	CYTIP (ENSCAFG00845025755)	ACVR1C (ENSCAFG00845026018)	ACVR1 (ENSCAFG00845026311)	CCDC148 (ENSCAFG00845026619)	PKP4 (ENSCAFG00845026973)	DAPL1 (ENSCAFG00845027456)	ENSCAFG00845027531	ENSCAFG00845027802	WDSUB1 (ENSCAFG00845027961)	BAZ2B (ENSCAFG00845028154)	ENSCAFG00845028381 ##22	ENSCAFG00845028418	ENSCAFG00845028511	MARCHF7 (ENSCAFG00845028624)	CD302 (ENSCAFG00845028722)	LY75 (ENSCAFG00845028773)	PLA2R1 (ENSCAFG00845028931)	ITGB6 (ENSCAFG00845029158)	RBMS1 (ENSCAFG00845029501)	TANK (ENSCAFG00845029606)	ENSCAFG00845029635	PSMD14 (ENSCAFG00845029657)	TBR1 (ENSCAFG00845029675)	SLC4A10 (ENSCAFG00845029772)	ENSCAFG00845029990	DPP4 (ENSCAFG00845030056)
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	52	CTC1 (ENSVVUG00000028125)	PFAS (ENSVVUG00000028138)	SLC25A35 (ENSVVUG00000028153)	RANGRF (ENSVVUG00000028160)	ENSVVUG00000028168	ENSVVUG00000028180	KRBA2 (ENSVVUG00000028186)	RPL26 (ENSVVUG00000028189)	RNF222 (ENSVVUG00000028195)	NDEL1 (ENSVVUG00000028199)	MYH10 (ENSVVUG00000028322)	CCDC42 (ENSVVUG00000028872)	MFSD6L (ENSVVUG00000028874)	PIK3R6 (ENSVVUG00000028876)	PIK3R5 (ENSVVUG00000028888)	ENSVVUG00000028892 ##22	NTN1 (ENSVVUG00000028894)	STX8 (ENSVVUG00000028896)	USP43 (ENSVVUG00000028904)	DHRS7C (ENSVVUG00000028908)	ENSVVUG00000028911	GLP2R (ENSVVUG00000028914)	RCVRN (ENSVVUG00000028918)	GAS7 (ENSVVUG00000028920)	MYH13 (ENSVVUG00000029033)	ENSVVUG00000029387	ENSVVUG00000029396	ENSVVUG00000029408	ENSVVUG00000029445	MYH1 (ENSVVUG00000029610)	ENSVVUG00000029624
Red fox	MODERN SPECIES	66	SERPINI1 (ENSVVUG00000000154)	ENSVVUG00000000200	ENSVVUG00000000244	GOLIM4 (ENSVVUG00000000297)	MECOM (ENSVVUG00000000408)	ENSVVUG00000000467	ACTRT3 (ENSVVUG00000000497)	MYNN (ENSVVUG00000000510)	LRRC34 (ENSVVUG00000000575)	LRRIQ4 (ENSVVUG00000000662)	LRRC31 (ENSVVUG00000000681)	ENSVVUG00000000692	SAMD7 (ENSVVUG00000000702)	SEC62 (ENSVVUG00000000766)	PHC3 (ENSVVUG00000000912)	ENSVVUG00000001040 ##22	PRKCI (ENSVVUG00000001057)	SKIL (ENSVVUG00000001083)	CLDN11 (ENSVVUG00000001091)	SLC7A14 (ENSVVUG00000001102)	ENSVVUG00000001121	RPL22L1 (ENSVVUG00000001132)	EIF5A2 (ENSVVUG00000001140)	ENSVVUG00000001154	SLC2A2 (ENSVVUG00000001163)	ENSVVUG00000001177	TNIK (ENSVVUG00000001221)	PLD1 (ENSVVUG00000001416)	TMEM212 (ENSVVUG00000001592)	FNDC3B (ENSVVUG00000001630)	GHSR (ENSVVUG00000001716)
Red fox	MODERN SPECIES	32															TMTC1 (ENSVVUG00000007025)	ENSVVUG00000007116 ##22	IPO8 (ENSVVUG00000007129)	CAPRIN2 (ENSVVUG00000007217)	SINHCAF (ENSVVUG00000007293)	DENND5B (ENSVVUG00000007385)	ETFBKMT (ENSVVUG00000012506)	AMN1 (ENSVVUG00000012511)	KIAA1551 (ENSVVUG00000012517)	BICD1 (ENSVVUG00000012549)	FGD4 (ENSVVUG00000012593)	DNM1L (ENSVVUG00000012652)	YARS2 (ENSVVUG00000012736)	PKP2 (ENSVVUG00000012741)	SYT10 (ENSVVUG00000012752)	ENSVVUG00000012762	ENSVVUG00000012767
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	82	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00390000011576.a	ENSGT00390000014876	ENSGT00940000153763.b	ENSGT00940000158460	ENSGT00940000155875
American mink	MODERN SPECIES	266																ENSNVIG00000009740 ##22	ENSNVIG00000009616 #24	PRSS48 (ENSNVIG00000009457) #24	SH3D19 (ENSNVIG00000009212) #23	FHIP1A (ENSNVIG00000009145) #26	GATB (ENSNVIG00000009094) #27	FBXW7 (ENSNVIG00000008986) #28	TM154 (ENSNVIG00000008959) #29	TIGD4 (ENSNVIG00000008950) #30	ARFIP1 (ENSNVIG00000008921) #31	FHDC1 (ENSNVIG00000008899) #33	TRIM2 (ENSNVIG00000008862) #36	MFAP3L (ENSNVIG00000008842)	ENSNVIG00000008836	ENSNVIG00000008830
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Ursus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
American black bear	DUPLICATION
American black bear	MODERN SPECIES	8911																ENSUAMG00000001612 ##22
American black bear	MODERN SPECIES	133																ENSUAMG00000002113 ##22	TBX5 (ENSUAMG00000002094)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	11	C4orf51 (ENSCDRG00005020225)	ZNF827 (ENSCDRG00005020126)	LSM6 (ENSCDRG00005020097)	REELD1 (ENSCDRG00005020091)	SLC10A7 (ENSCDRG00005020015)	POU4F2 (ENSCDRG00005019973)	TTC29 (ENSCDRG00005019850)	EDNRA (ENSCDRG00005019808)	TMEM184C (ENSCDRG00005019797)	PRMT9 (ENSCDRG00005019766)	ARHGAP10 (ENSCDRG00005019732)	NR3C2 (ENSCDRG00005019699)	DCLK2 (ENSCDRG00005019609)	MAB21L2 (ENSCDRG00005019587) #18	LRBA (ENSCDRG00005019229) #20	RPS3A (ENSCDRG00005019167) ##22	SH3D19 (ENSCDRG00005018965) #23	PRSS48 (ENSCDRG00005018930) #24	FHIP1A (ENSCDRG00005018885) #26	GATB (ENSCDRG00005018830) #27	FBXW7 (ENSCDRG00005018704) #28	TMEM154 (ENSCDRG00005018674) #29	TIGD4 (ENSCDRG00005018659) #30	ARFIP1 (ENSCDRG00005018580) #31	FHDC1 (ENSCDRG00005018522) #33	TRIM2 (ENSCDRG00005018429) #36	MND1 (ENSCDRG00005018329) #37	TMEM131L (ENSCDRG00005016677)	RNF175 (ENSCDRG00005016510)	SFRP2 (ENSCDRG00005016484)	ENSCDRG00005016436
Alpaca	MODERN SPECIES	1904														ENSVPAG00000004226	LRBA (ENSVPAG00000004227) #20	ENSVPAG00000004235 ##22	SH3D19 (ENSVPAG00000004238) #23
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Blue whale	DUPLICATION
Blue whale	MODERN SPECIES	16	ZNF827 (ENSBMSG00010002746)	LSM6 (ENSBMSG00010003073)	REELD1 (ENSBMSG00010003085)	SLC10A7 (ENSBMSG00010003119)	POU4F2 (ENSBMSG00010003153)	TTC29 (ENSBMSG00010003177)	EDNRA (ENSBMSG00010003277)	TMEM184C (ENSBMSG00010003315)	PRMT9 (ENSBMSG00010003326)	ARHGAP10 (ENSBMSG00010003339)	NR3C2 (ENSBMSG00010000098)	DCLK2 (ENSBMSG00010000211)	LRBA (ENSBMSG00010000269) #20	MAB21L2 (ENSBMSG00010000320) #18	ENSBMSG00010000334	ENSBMSG00010000355 ##22	SH3D19 (ENSBMSG00010000484) #23	ENSBMSG00010000685	PRSS48 (ENSBMSG00010000700) #24	FHIP1A (ENSBMSG00010000741) #26	GATB (ENSBMSG00010000775) #27	FBXW7 (ENSBMSG00010000836) #28	ENSBMSG00010000895	TMEM154 (ENSBMSG00010000916) #29	ARFIP1 (ENSBMSG00010000954) #31	FHDC1 (ENSBMSG00010001001) #33	TRIM2 (ENSBMSG00010001046) #36	MND1 (ENSBMSG00010001093) #37	TMEM131L (ENSBMSG00010001155)	TLR2 (ENSBMSG00010001186)	SFRP2 (ENSBMSG00010001204)
Blue whale	MODERN SPECIES	7	ENTPD1 (ENSBMSG00010017599)	TCTN3 (ENSBMSG00010017781)	ALDH18A1 (ENSBMSG00010017908)	SORBS1 (ENSBMSG00010018518)	ENSBMSG00010021832	ENSBMSG00010021844	HELLS (ENSBMSG00010021861)	TBC1D12 (ENSBMSG00010021878)	NOC3L (ENSBMSG00010021889)	SLC35G1 (ENSBMSG00010021974)	LGI1 (ENSBMSG00010021984)	FRA10AC1 (ENSBMSG00010022001)	PDE6C (ENSBMSG00010022010)	RBP4 (ENSBMSG00010022013)	ENSBMSG00010022016	ENSBMSG00010022018 ##22	CEP55 (ENSBMSG00010022021)	MYOF (ENSBMSG00010022038)	CYP26A1 (ENSBMSG00010022052)	CYP26C1 (ENSBMSG00010022056)	EXOC6 (ENSBMSG00010022075)	HHEX (ENSBMSG00010022091)	KIF11 (ENSBMSG00010022092)	IDE (ENSBMSG00010022094)	MARCHF5 (ENSBMSG00010022096)	CPEB3 (ENSBMSG00010022099)	BTAF1 (ENSBMSG00010022106)	FGFBP3 (ENSBMSG00010022112)	TNKS2 (ENSBMSG00010022115)	PPP1R3C (ENSBMSG00010022118)	HECTD2 (ENSBMSG00010022121)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183123.g.b.b.g.a	ENSGT00940000154684	ENSGT00940000162275	ENSGT00500000044936	ENSGT00530000063692.a	ENSGT00390000008918.a.b	ENSGT00940000154697.a.b	ENSGT00940000158703	ENSGT00940000155384.a.h	ENSGT00940000157094	ENSGT01060000248806.b	ENSGT00950000183212.A	ENSGT00940000153773.a.b	ENSGT01090000260040.a.a.a	ENSGT00390000003465.b.b	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00980000199387.d.b	ENSGT00940000155788	ENSGT00940000158862	ENSGT00390000013305.a.b	ENSGT00940000156357	ENSGT00440000038909	ENSGT00940000159405	ENSGT00950000182995.e.b.c.a	ENSGT00390000004263.a	ENSGT00390000013853	ENSGT00940000158485	ENSGT00390000018094	ENSGT01030000234881	ENSGT00390000012436.d	ENSGT00920000149145
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Vaquita	MODERN SPECIES	16	MMAA (ENSPSNG00000014172)	ZNF827 (ENSPSNG00000013982)	LSM6 (ENSPSNG00000013905)	SLC10A7 (ENSPSNG00000013581)	POU4F2 (ENSPSNG00000013436)	TTC29 (ENSPSNG00000013058)	EDNRA (ENSPSNG00000012879)	TMEM184C (ENSPSNG00000012807)	PRMT9 (ENSPSNG00000012767)	ARHGAP10 (ENSPSNG00000012644)	NR3C2 (ENSPSNG00000012520)	DCLK2 (ENSPSNG00000012086)	MAB21L2 (ENSPSNG00000012010) #18	LRBA (ENSPSNG00000011879) #20	ENSPSNG00000011823	ENSPSNG00000011717 ##22	ENSPSNG00000011692	SH3D19 (ENSPSNG00000011168) #23	FHIP1A (ENSPSNG00000010974) #26	GATB (ENSPSNG00000010878) #27	ENSPSNG00000010818	FBXW7 (ENSPSNG00000010559) #28	TMEM154 (ENSPSNG00000010480) #29	TIGD4 (ENSPSNG00000010453) #30	ARFIP1 (ENSPSNG00000010310) #31	FHDC1 (ENSPSNG00000010257) #33	TRIM2 (ENSPSNG00000010022) #36	MND1 (ENSPSNG00000009919) #37	TMEM131L (ENSPSNG00000009760)	TLR2 (ENSPSNG00000006991)	RNF175 (ENSPSNG00000006939)
Sperm whale	MODERN SPECIES	18	LSM6 (ENSPCTG00005001901)	SLC10A7 (ENSPCTG00005001951)	POU4F2 (ENSPCTG00005002032)	TTC29 (ENSPCTG00005002054)	ENSPCTG00005002142	EDNRA (ENSPCTG00005002154)	TMEM184C (ENSPCTG00005002203)	PRMT9 (ENSPCTG00005002225)	ARHGAP10 (ENSPCTG00005002260)	NR3C2 (ENSPCTG00005002287)	ENSPCTG00005002306	DCLK2 (ENSPCTG00005002361)	LRBA (ENSPCTG00005002441) #20	MAB21L2 (ENSPCTG00005002519) #18	ENSPCTG00005002525	ENSPCTG00005002537 ##22	SH3D19 (ENSPCTG00005002589) #23	PRSS48 (ENSPCTG00005002685) #24	FHIP1A (ENSPCTG00005002716) #26	GATB (ENSPCTG00005002750) #27	FBXW7 (ENSPCTG00005002824) #28	ENSPCTG00005002861	TMEM154 (ENSPCTG00005002881) #29	ENSPCTG00005002902 #33	ARFIP1 (ENSPCTG00005002925) #31	TIGD4 (ENSPCTG00005002959) #30	TRIM2 (ENSPCTG00005003026) #36	TMEM131L (ENSPCTG00005003230)	TLR2 (ENSPCTG00005003249)	SFRP2 (ENSPCTG00005003256)	ENSPCTG00005003270
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1247	WNT5B (ENSMMSG00000014636)	ADIPOR2 (ENSMMSG00000014605)	ENSMMSG00000014517	LRTM2 (ENSMMSG00000014502)	ENSMMSG00000014466	DCP1B (ENSMMSG00000014448)	ENSMMSG00000014423	ENSMMSG00000014345	IL17RA (ENSMMSG00000014317)	ENSMMSG00000014301	HDHD5 (ENSMMSG00000014272)	ADA2 (ENSMMSG00000014193)	ATP6V1E1 (ENSMMSG00000013750)	ENSMMSG00000013663	BID (ENSMMSG00000013621)	ENSMMSG00000018983 ##22	MICAL3 (ENSMMSG00000018708)	PEX26 (ENSMMSG00000018617)	TUBA8 (ENSMMSG00000018574)	CDC42EP1 (ENSMMSG00000018551)	LGALS2 (ENSMMSG00000018515)	GGA1 (ENSMMSG00000018276)	SH3BP1 (ENSMMSG00000018209)	PDXP (ENSMMSG00000018187)	ENSMMSG00000018156	NOL12 (ENSMMSG00000018131)	ENSMMSG00000018107	ENSMMSG00000018048	H1-0 (ENSMMSG00000018029)	GCAT (ENSMMSG00000017960)	GALR3 (ENSMMSG00000017921)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000155485.a.a.a.b.g.a	ENSGT01090000260076.b.b	ENSGT00390000013549.a.b.b.o.b	ENSGT00940000167876	ENSGT00950000182900.D.d.b	ENSGT00390000018199.b.b.b	ENSGT00940000163449	ENSGT00950000183066.a.a.a.d.c	ENSGT00950000183066.a.a.a.d.d	ENSGT01030000235726	ENSGT00940000160633	ENSGT00550000074891	ENSGT00940000156040	ENSGT01030000234646.B.a.b	ENSGT00390000013549.a.b.b.o.a.g.a	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00390000013549.a.b.b.o.a.g.b	ENSGT00940000158684	ENSGT00550000074801.g.b.b	ENSGT00940000159116	ENSGT00510000048637	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00390000005330	ENSGT00940000153430.a.a	ENSGT00940000157080	ENSGT00940000164183	ENSGT00950000185346	ENSGT00940000157313	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000167584
Cow	MODERN SPECIES	177	IL1RAPL1 (ENSBTAG00000053869)	ENSBTAG00000050834	ENSBTAG00000011750	ENSBTAG00000054034	ENSBTAG00000052068	PPP4R3C (ENSBTAG00000008511)	ENSBTAG00000053213	ENSBTAG00000018583	ENSBTAG00000053624	ENSBTAG00000048848	ARX (ENSBTAG00000050504)	POLA1 (ENSBTAG00000008170)	PCYT1B (ENSBTAG00000016107)	PDK3 (ENSBTAG00000017832)	ENSBTAG00000006384	ENSBTAG00000006383 ##22	ZFX (ENSBTAG00000007730)	EIF2S3 (ENSBTAG00000014337)	KLHL15 (ENSBTAG00000020561)	CXHXorf58 (ENSBTAG00000010939)	APOO (ENSBTAG00000010937)	SAT1 (ENSBTAG00000017363)	ACOT9 (ENSBTAG00000011258)	PRDX4 (ENSBTAG00000006165)	PTCHD1 (ENSBTAG00000020987)	ENSBTAG00000046635	ENSBTAG00000049480	PHEX (ENSBTAG00000000419)	ENSBTAG00000052700	SMS (ENSBTAG00000018382)	MBTPS2 (ENSBTAG00000008183)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	315	ENSBIXG00005022231	ENSBIXG00005022260	ENSBIXG00005022280	ENSBIXG00005003800	ENSBIXG00005022382	MAGEB18 (ENSBIXG00005022439)	ENSBIXG00005022466	ENSBIXG00005022474	ENSBIXG00005022491	ARX (ENSBIXG00005022524)	ENSBIXG00005003841	POLA1 (ENSBIXG00005022900)	PCYT1B (ENSBIXG00005023067)	PDK3 (ENSBIXG00005023130)	ENSBIXG00005003945	ENSBIXG00005023185 ##22	ENSBIXG00005023233	ENSBIXG00005023490	ENSBIXG00005004027	KLHL15 (ENSBIXG00005023551)	CXorf58 (ENSBIXG00005023583)	APOO (ENSBIXG00005023656)	ENSBIXG00005006902	SAT1 (ENSBIXG00005023734)	ACOT9 (ENSBIXG00005023796)	PRDX4 (ENSBIXG00005023849)	PTCHD1 (ENSBIXG00005023943)	ENSBIXG00005024020	ENSBIXG00005024079	ENSBIXG00005024121	PHEX (ENSBIXG00005024241)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Domestic yak	MODERN SPECIES	8	SYNM (ENSBGRG00000005981)	TTC23 (ENSBGRG00000005798)	LRRC28 (ENSBGRG00000005615)	MEF2A (ENSBGRG00000005494)	LYSMD4 (ENSBGRG00000005456)	ADAMTS17 (ENSBGRG00000004987)	CERS3 (ENSBGRG00000004770)	LINS1 (ENSBGRG00000004716)	ASB7 (ENSBGRG00000004639)	ENSBGRG00000004632	ALDH1A3 (ENSBGRG00000004521)	LRRK1 (ENSBGRG00000004461)	CHSY1 (ENSBGRG00000004426)	SELENOS (ENSBGRG00000004321)	ENSBGRG00000004294	ENSBGRG00000004250 ##22	GABRG3 (ENSBGRG00000004154)	GABRA5 (ENSBGRG00000004069)	ENSBGRG00000004040	GABRB3 (ENSBGRG00000003940)	ENSBGRG00000003908	ATP10A (ENSBGRG00000003850)	UBE3A (ENSBGRG00000003821)	SNRPN (ENSBGRG00000023848)	SNURF (ENSBGRG00000023752)	ENSBGRG00000023739
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	8	MMAA (ENSOARG00020024857)	C4orf51 (ENSOARG00020024840)	ZNF827 (ENSOARG00020024616)	POU4F2 (ENSOARG00020024207)	TTC29 (ENSOARG00020024092)	EDNRA (ENSOARG00020024024)	TMEM184C (ENSOARG00020023997)	PRMT9 (ENSOARG00020023961)	ARHGAP10 (ENSOARG00020023485)	NR3C2 (ENSOARG00020023338)	ENSOARG00020023315	IQCM (ENSOARG00020023274)	DCLK2 (ENSOARG00020022528)	MAB21L2 (ENSOARG00020022453) #18	LRBA (ENSOARG00020021581) #20	ENSOARG00020021320 ##22	PRSS48 (ENSOARG00020021133) #24	FHIP1A (ENSOARG00020021013) #26	GATB (ENSOARG00020020844) #27	FBXW7 (ENSOARG00020020349) #28	TMEM154 (ENSOARG00020020174) #29	TIGD4 (ENSOARG00020020159) #30	ARFIP1 (ENSOARG00020019865) #31	FHDC1 (ENSOARG00020019747) #33	ENSOARG00020019717	TRIM2 (ENSOARG00020019393) #36	MND1 (ENSOARG00020019027) #37	TMEM131L (ENSOARG00020017957)	RNF175 (ENSOARG00020017703)	SFRP2 (ENSOARG00020017587)	ENSOARG00020017458
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	REELD1 (ENSCHYG00000001740)	SLC10A7 (ENSCHYG00000001854)	POU4F2 (ENSCHYG00000002171)	TTC29 (ENSCHYG00000002186)	EDNRA (ENSCHYG00000002219)	ENSCHYG00000002240	ENSCHYG00000002250	TMEM184C (ENSCHYG00000002271)	PRMT9 (ENSCHYG00000002291)	ARHGAP10 (ENSCHYG00000002323)	NR3C2 (ENSCHYG00000002397)	DCLK2 (ENSCHYG00000002537)	LRBA (ENSCHYG00000002706) #20	MAB21L2 (ENSCHYG00000002890) #18	ENSCHYG00000002898	ENSCHYG00000002911 ##22	ENSCHYG00000002979 #23	ENSCHYG00000003142 #24	PRSS48 (ENSCHYG00000003160) #24	ENSCHYG00000003187	FHIP1A (ENSCHYG00000003200) #26	GATB (ENSCHYG00000003235) #27	FBXW7 (ENSCHYG00000003330) #28	TMEM154 (ENSCHYG00000003416) #29	TIGD4 (ENSCHYG00000003442) #30	ENSCHYG00000003448	ARFIP1 (ENSCHYG00000003479) #31	FHDC1 (ENSCHYG00000003520) #33	TRIM2 (ENSCHYG00000003564) #36	MND1 (ENSCHYG00000003669) #37	ENSCHYG00000003717
Yarkand deer	MODERN SPECIES	26	MAP3K20 (ENSCHYG00000019464)	ENSCHYG00000019193	SP3 (ENSCHYG00000019030)	ENSCHYG00000018536	SP9 (ENSCHYG00000018463)	CIR1 (ENSCHYG00000018323)	ENSCHYG00000018263	GPR155 (ENSCHYG00000018083)	ENSCHYG00000017877	CHRNA1 (ENSCHYG00000017619)	ENSCHYG00000017575	CHN1 (ENSCHYG00000017015)	ATF2 (ENSCHYG00000016575)	ATP5MC3 (ENSCHYG00000016464)	ENSCHYG00000016417	ENSCHYG00000016391 ##22	LNPK (ENSCHYG00000016125)	HOXD13 (ENSCHYG00000015985)	HOXD12 (ENSCHYG00000015954)	ENSCHYG00000015846	HOXD10 (ENSCHYG00000015831)	HOXD9 (ENSCHYG00000015808)	HOXD8 (ENSCHYG00000015741)	HOXD4 (ENSCHYG00000015683)	HOXD3 (ENSCHYG00000015650)	HOXD1 (ENSCHYG00000015562)	MTX2 (ENSCHYG00000015392)	ENSCHYG00000015305	ENSCHYG00000015038	NFE2L2 (ENSCHYG00000024719)	AGPS (ENSCHYG00000024578)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	6	LSM6 (ENSOCUG00000017495)	REELD1 (ENSOCUG00000034608)	SLC10A7 (ENSOCUG00000012552)	POU4F2 (ENSOCUG00000012636)	TTC29 (ENSOCUG00000021290)	ENSOCUG00000031243	EDNRA (ENSOCUG00000001250)	TMEM184C (ENSOCUG00000001732)	PRMT9 (ENSOCUG00000003110)	ARHGAP10 (ENSOCUG00000003124)	NR3C2 (ENSOCUG00000003137)	ENSOCUG00000025176	IQCM (ENSOCUG00000027563)	DCLK2 (ENSOCUG00000008443)	LRBA (ENSOCUG00000008453) #20	ENSOCUG00000007011 ##22	ENSOCUG00000022119	PRSS48 (ENSOCUG00000021850) #24	SH3D19 (ENSOCUG00000007014) #23	FHIP1A (ENSOCUG00000002636) #26	GATB (ENSOCUG00000016875) #27	FBXW7 (ENSOCUG00000008440) #28	TMEM154 (ENSOCUG00000029467) #29	TIGD4 (ENSOCUG00000012496) #30	ARFIP1 (ENSOCUG00000014132) #31	FHDC1 (ENSOCUG00000003876) #33	ENSOCUG00000037579	RBM46 (ENSOCUG00000017859)	LRAT (ENSOCUG00000017861)	ENSOCUG00000011239	FGB (ENSOCUG00000011235)
Rabbit	MODERN SPECIES	4	NGF (ENSOCUG00000000659)	VANGL1 (ENSOCUG00000016240)	CASQ2 (ENSOCUG00000010594)	SLC22A15 (ENSOCUG00000015370)	MAB21L3 (ENSOCUG00000015382) ##18	ATP1A1 (ENSOCUG00000001324)	IGSF3 (ENSOCUG00000005284)	CD2 (ENSOCUG00000008474)	PTGFRN (ENSOCUG00000000608)	CD101 (ENSOCUG00000000612)	TTF2 (ENSOCUG00000000613)	TRIM45 (ENSOCUG00000000237)	VTCN1 (ENSOCUG00000026343)	MAN1A2 (ENSOCUG00000012648)	ENSOCUG00000026654	ENSOCUG00000027717 ##22	GDAP2 (ENSOCUG00000007568)	WDR3 (ENSOCUG00000007572)	SPAG17 (ENSOCUG00000007586)	TBX15 (ENSOCUG00000012320)	WARS2 (ENSOCUG00000012330)	HAO2 (ENSOCUG00000017949)	ENSOCUG00000004132	ZNF697 (ENSOCUG00000014070)	PHGDH (ENSOCUG00000005759)	HMGCS2 (ENSOCUG00000005767)	ENSOCUG00000005773	ADAM30 (ENSOCUG00000013791)	PDE4DIP (ENSOCUG00000011228)	SEC22B (ENSOCUG00000026877)	NOTCH2 (ENSOCUG00000016565)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Golden Hamster	MODERN SPECIES	665	Ptpn2 (ENSMAUG00000012805)	Psmg2 (ENSMAUG00000008209)	Cep76 (ENSMAUG00000011313)	Spire1 (ENSMAUG00000012928)	Prelid3a (ENSMAUG00000017262)	ENSMAUG00000017978	Tubb6 (ENSMAUG00000000304)	Cidea (ENSMAUG00000012752)	Impa2 (ENSMAUG00000016787)	ENSMAUG00000017689	Chmp1b (ENSMAUG00000016862)	ENSMAUG00000011645	Mc4r (ENSMAUG00000016776)	ENSMAUG00000017277	Pmaip1 (ENSMAUG00000011163)	ENSMAUG00000017643 ##22	Ccbe1 (ENSMAUG00000019440)	Lman1 (ENSMAUG00000012020)	Cplx4 (ENSMAUG00000014766)	Rax (ENSMAUG00000016678)	Sec11c (ENSMAUG00000019336)	Oacyl (ENSMAUG00000007635)	Zfp532 (ENSMAUG00000014049)	Malt1 (ENSMAUG00000003952)	Alpk2 (ENSMAUG00000011821)	Nedd4l (ENSMAUG00000013017)	Atp8b1 (ENSMAUG00000008405)	Nars (ENSMAUG00000016087)	Fech (ENSMAUG00000001873)	Onecut2 (ENSMAUG00000009580)	St8sia3 (ENSMAUG00000000556)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	14	ENSHGLG00000021239	PRIM2 (ENSHGLG00000017861)	ENSHGLG00000045680	ENSHGLG00000033625	RAB23 (ENSHGLG00000013030)	ENSHGLG00000018722	ZNF451 (ENSHGLG00000018721)	ENSHGLG00000044728	ENSHGLG00000016807	ENSHGLG00000015021	ENSHGLG00000042791	ENSHGLG00000049299	ENSHGLG00000017371	ENSHGLG00000039205	ENSHGLG00000043295	ENSHGLG00000021000 ##22	ENSHGLG00000041746	ENSHGLG00000016044	ENSHGLG00000016555	ENSHGLG00000045218	ENSHGLG00000016253	ENSHGLG00000047769	ENSHGLG00000009668	ENSHGLG00000009488	ENSHGLG00000032934	ENSHGLG00000009673	ENSHGLG00000039274	ENSHGLG00000005827	FANCC (ENSHGLG00000013830)	ENSHGLG00000044815	ENSHGLG00000012042
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES		CCR6 (ENSHGLG00000050244)	ENSHGLG00000003848	ENSHGLG00000002675	RPS6KA2 (ENSHGLG00000003392)	MPC1 (ENSHGLG00000034371)	SFT2D1 (ENSHGLG00000002919)	ENSHGLG00000049190	ENSHGLG00000032835	ENSHGLG00000040761	ENSHGLG00000041990	TBXT (ENSHGLG00000002638)	PDE10A (ENSHGLG00000003609)	C6orf118 (ENSHGLG00000040311)	ENSHGLG00000002800	ENSHGLG00000033943	ENSHGLG00000020018 ##22	QKI (ENSHGLG00000003074)	ENSHGLG00000040590	PACRG (ENSHGLG00000048524)	ENSHGLG00000041594	ENSHGLG00000050950	PRKN (ENSHGLG00000006873)	ENSHGLG00000034284	AGPAT4 (ENSHGLG00000008163)	MAP3K4 (ENSHGLG00000011068)	ENSHGLG00000017452	ENSHGLG00000017477	ENSHGLG00000050994	ENSHGLG00000034005	ENSHGLG00000017482	ENSHGLG00000014427
Primates	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413.c.b #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	156	ZNF827 (ENSOGAG00000005635)	ENSOGAG00000026665	SLC10A7 (ENSOGAG00000008690)	POU4F2 (ENSOGAG00000028626)	TTC29 (ENSOGAG00000010351)	EDNRA (ENSOGAG00000015817)	TMEM184C (ENSOGAG00000015819)	PRMT9 (ENSOGAG00000015825)	ENSOGAG00000014000	NR3C2 (ENSOGAG00000014008)	ENSOGAG00000033581	DCLK2 (ENSOGAG00000003223)	ENSOGAG00000003228 #20	MAB21L2 (ENSOGAG00000029639) #18	ENSOGAG00000031521 #20	ENSOGAG00000007634 ##22	SH3D19 (ENSOGAG00000012447) #23	ENSOGAG00000024160 #24	FHIP1A (ENSOGAG00000032830) #26	GATB (ENSOGAG00000014181) #27	FBXW7 (ENSOGAG00000011827) #28	TMEM154 (ENSOGAG00000013516) #29	ENSOGAG00000026906	TIGD4 (ENSOGAG00000005277) #30	ARFIP1 (ENSOGAG00000005278) #31	FHDC1 (ENSOGAG00000032525) #33	TRIM2 (ENSOGAG00000013235) #36	ENSOGAG00000011987 #37	TMEM131L (ENSOGAG00000000832)	ENSOGAG00000032650	TLR2 (ENSOGAG00000027703)
Bushbaby	MODERN SPECIES	224	ENOX2 (ENSOGAG00000003494)	ARHGAP36 (ENSOGAG00000000291)	IGSF1 (ENSOGAG00000013044)	ENSOGAG00000025500	ENSOGAG00000026712	OR13H1 (ENSOGAG00000026372)	ENSOGAG00000027130	STK26 (ENSOGAG00000002621)	FRMD7 (ENSOGAG00000002622)	RAP2C (ENSOGAG00000003141)	MBNL3 (ENSOGAG00000003143)	HS6ST2 (ENSOGAG00000006658)	ENSOGAG00000029621	GPC4 (ENSOGAG00000007022)	ENSOGAG00000007481	ENSOGAG00000027754 ##22	ENSOGAG00000033085	ENSOGAG00000028310	CCDC160 (ENSOGAG00000032387)	PHF6 (ENSOGAG00000003877)	HPRT1 (ENSOGAG00000003881)	PLAC1 (ENSOGAG00000013655)	PABIR2 (ENSOGAG00000005733)	MOSPD1 (ENSOGAG00000005739)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978.n	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413.c.a #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978.n	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413.c.b #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a	ENSGT00940000162999
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	330		AKAP1 (ENSPSMG00000020414)	SCPEP1 (ENSPSMG00000020459)	COIL (ENSPSMG00000020468)	TRIM25 (ENSPSMG00000020499)	DGKE (ENSPSMG00000020514)	ENSPSMG00000020520	C17orf67 (ENSPSMG00000020529)	ENSPSMG00000020534	NOG (ENSPSMG00000020542)	ANKFN1 (ENSPSMG00000020557)	IQCM (ENSPSMG00000020578)	DCLK2 (ENSPSMG00000020757)	LRBA (ENSPSMG00000021044) #20	MAB21L2 (ENSPSMG00000021119) #18	ENSPSMG00000021150 ##22	SH3D19 (ENSPSMG00000021327) #23	ENSPSMG00000021366	FHIP1A (ENSPSMG00000021372) #26	GATB (ENSPSMG00000021442) #27	FBXW7 (ENSPSMG00000021518) #28	TMEM154 (ENSPSMG00000021541) #29	TIGD4 (ENSPSMG00000021545) #30	ARFIP1 (ENSPSMG00000021599) #31	FHDC1 (ENSPSMG00000021613) #33	TRIM2 (ENSPSMG00000021653) #36	MND1 (ENSPSMG00000021692) #37	TMEM131L (ENSPSMG00000021736)	TLR2 (ENSPSMG00000021752)	RNF175 (ENSPSMG00000021767)	SFRP2 (ENSPSMG00000021778)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	951	ABHD12B (ENSPCOG00000024199)	NIN (ENSPCOG00000008345)	SAV1 (ENSPCOG00000017075)	ATL1 (ENSPCOG00000015429)	MAP4K5 (ENSPCOG00000016345)	CDKL1 (ENSPCOG00000023543)	DMAC2L (ENSPCOG00000014032)	L2HGDH (ENSPCOG00000028342)	SOS2 (ENSPCOG00000016272)	VCPKMT (ENSPCOG00000020609)	ARF6 (ENSPCOG00000000684)	NEMF (ENSPCOG00000013328)	KLHDC2 (ENSPCOG00000027810)	ENSPCOG00000013951	POLE2 (ENSPCOG00000027285)	ENSPCOG00000008650 ##22	DNAAF2 (ENSPCOG00000022293)	ENSPCOG00000012793	LRR1 (ENSPCOG00000026498)	ENSPCOG00000024671
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b	ENSGT00940000156432.a
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00950000184824	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413 #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154978.h.a	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201.g.b	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00950000184824	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413.a.a.a #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154978.h.a	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201.g.b	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT00950000184824	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #18	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #33	ENSGT00940000155905.a #36	ENSGT00940000154257.i.a.a #35	ENSGT00490000043413.a.a.a #37	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323	ENSGT00390000013075.b
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	812						ZNF16 (ENSCCAG00000020536)	ENSCCAG00000020238	ZNF250 (ENSCCAG00000029410)	COMMD5 (ENSCCAG00000013590)	ENSCCAG00000025292	ZNF7 (ENSCCAG00000024294)	ZNF517 (ENSCCAG00000019662)	ENSCCAG00000032759	ENSCCAG00000023353	ENSCCAG00000018165	RPS3A (ENSCCAG00000023774) ##22	PRSS48 (ENSCCAG00000025335) #24	SH3D19 (ENSCCAG00000021260) #23
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Drill	MODERN SPECIES	1565						ENSMLEG00000016739	CAMK1D (ENSMLEG00000003491)	CCDC3 (ENSMLEG00000030418)	ENSMLEG00000035233	OPTN (ENSMLEG00000026081)	ENSMLEG00000037306	MCM10 (ENSMLEG00000037584)	UCMA (ENSMLEG00000034904)	PHYH (ENSMLEG00000032777)	ENSMLEG00000041585	ENSMLEG00000005976 ##22	ENSMLEG00000016771	PRPF18 (ENSMLEG00000031715)	ENSMLEG00000038593	ENSMLEG00000042543	ENSMLEG00000004764	FAM107B (ENSMLEG00000041121)	CDNF (ENSMLEG00000032491)	HSPA14 (ENSMLEG00000039837)	ENSMLEG00000044215	DCLRE1C (ENSMLEG00000044355)	ENSMLEG00000008746	ACBD7 (ENSMLEG00000027471)	ENSMLEG00000039491	NMT2 (ENSMLEG00000041367)	FAM171A1 (ENSMLEG00000034787)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000018433.s.a.b.b ##22
Bonobo	MODERN SPECIES	17	POU4F2 (ENSPPAG00000035263)	TTC29 (ENSPPAG00000039325)	ENSPPAG00000027341	EDNRA (ENSPPAG00000037609)	TMEM184C (ENSPPAG00000032567)	PRMT9 (ENSPPAG00000043067)	ARHGAP10 (ENSPPAG00000003388)	NR3C2 (ENSPPAG00000031751)	IQCM (ENSPPAG00000041665)	DCLK2 (ENSPPAG00000041046)	LRBA (ENSPPAG00000042647) #20	ENSPPAG00000044104	MAB21L2 (ENSPPAG00000024444) #18	ENSPPAG00000044106 #19	ENSPPAG00000044108 #21	ENSPPAG00000044109 ##22	ENSPPAG00000044129 #23	PRSS48 (ENSPPAG00000037675) #24	FHIP1A (ENSPPAG00000032398) #26	GATB (ENSPPAG00000041690) #27	FBXW7 (ENSPPAG00000035178) #28	TMEM154 (ENSPPAG00000036040) #29	TIGD4 (ENSPPAG00000012681) #30	ARFIP1 (ENSPPAG00000031157) #31	ENSPPAG00000043551 ##32	FHDC1 (ENSPPAG00000028121) #33	TRIM2 (ENSPPAG00000038637) #36	ENSPPAG00000040974 #35	MND1 (ENSPPAG00000032409) #37	TMEM131L (ENSPPAG00000035999)	ENSPPAG00000043739
Orangutan	MODERN SPECIES	17	REELD1 (ENSPPYG00000038439)	SLC10A7 (ENSPPYG00000015106)	POU4F2 (ENSPPYG00000015107)	TTC29 (ENSPPYG00000015108)	EDNRA (ENSPPYG00000015109)	TMEM184C (ENSPPYG00000034968)	PRMT9 (ENSPPYG00000015111)	ARHGAP10 (ENSPPYG00000015112)	NR3C2 (ENSPPYG00000015113)	IQCM (ENSPPYG00000015114)	DCLK2 (ENSPPYG00000015115)	LRBA (ENSPPYG00000015116) #20	MAB21L2 (ENSPPYG00000015117) #18	ENSPPYG00000031388 #19	ENSPPYG00000035707 ##21	RPS3A (ENSPPYG00000025869) ##22	SH3D19 (ENSPPYG00000015118) #23	PRSS48 (ENSPPYG00000015119) #24	FHIP1A (ENSPPYG00000015120) #26	GATB (ENSPPYG00000015121) #27	FBXW7 (ENSPPYG00000015122) #28	TMEM154 (ENSPPYG00000015124) #29	TIGD4 (ENSPPYG00000015125) #30	ARFIP1 (ENSPPYG00000015126) #31	ENSPPYG00000039750 #32	FHDC1 (ENSPPYG00000015127) #33	TRIM2 (ENSPPYG00000015128) #36	ENSPPYG00000039576 #35	MND1 (ENSPPYG00000015129) #37	TMEM131L (ENSPPYG00000015130)	ENSPPYG00000036033