Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000162501	ENSGT00510000047351.b #14	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403 #7	ENSGT00940000157587 #8	ENSGT00390000016264 #9	ENSGT00390000017043 #10	ENSGT00940000156171 #11	ENSGT00940000157878 #12	ENSGT00940000159559 #16	ENSGT00940000159333 #17	ENSGT00390000010038 #18	ENSGT00940000154895.a.a #19	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #32	ENSGT00940000155905.a #33	ENSGT00490000043413 #34	ENSGT00530000063614.a.b #35	ENSGT00940000156323 #36	ENSGT00390000013075.b #37	ENSGT00940000156432.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	89			ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403 #7	ENSGT00940000157587 #8	ENSGT00390000016264 #9	ENSGT00390000017043 #10	ENSGT00940000156171 #11	ENSGT00940000157878 #12	ENSGT00940000159559 #16	ENSGT00940000159333 #17	ENSGT00390000010038 #18	ENSGT00940000154895.a.a #19	ENSGT00940000154778 #20	ENSGT01050000244827.C.c.a.a #21	ENSGT00390000018433.s.b #22	ENSGT00940000155694 #23	ENSGT00940000160791.A #24	ENSGT00950000182936.a.a.b #26	ENSGT00390000016644 #27	ENSGT00940000154986 #28	ENSGT00390000016183 #29	ENSGT00940000160195.b.b #30	ENSGT00950000183040.A.b #31	ENSGT00940000155128.a.b #32	ENSGT00940000155905.a #33	ENSGT00490000043413 #34	ENSGT00530000063614.a.b #35	ENSGT00940000156323 #36	ENSGT00390000013075.b #37	ENSGT00940000156432.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	178	USP38 (ENSCLAG00000014109) #7	INPP4B (ENSCLAG00000007216) #8	IL15 (ENSCLAG00000004056) #9	ZNF330 (ENSCLAG00000004258) #10	RNF150 (ENSCLAG00000004503) #11	TBC1D9 (ENSCLAG00000005220) #12	ENSCLAG00000005907 #13	LRAT (ENSCLAG00000006584) #14	ENSCLAG00000006732 #15	ARHGAP10 (ENSCLAG00000007081) #16	NR3C2 (ENSCLAG00000007723) #17	IQCM (ENSCLAG00000008040) #18	DCLK2 (ENSCLAG00000009217) #19	LRBA (ENSCLAG00000009578) #20	MAB21L2 (ENSCLAG00000017837) #21	RPS3A (ENSCLAG00000008053) #22	SH3D19 (ENSCLAG00000008133) #23	PRSS48 (ENSCLAG00000008636) #24	ENSCLAG00000015260 #25	FHIP1A (ENSCLAG00000017338) #26	GATB (ENSCLAG00000005772) #27	FBXW7 (ENSCLAG00000006777) #28	TMEM154 (ENSCLAG00000004220) #29	TIGD4 (ENSCLAG00000004949) #30	ARFIP1 (ENSCLAG00000005358) #31	ENSCLAG00000006256 #32	TRIM2 (ENSCLAG00000006548) #33	MND1 (ENSCLAG00000013599) #34	TMEM131L (ENSCLAG00000011814) #35	TLR2 (ENSCLAG00000017621) #36	RNF175 (ENSCLAG00000004608) #37
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	113	TMEM97 (ENSODEG00000016145)	ENSODEG00000015253	TNFAIP1 (ENSODEG00000011070)	ENSODEG00000011713	TMEM199 (ENSODEG00000011129)	SEBOX (ENSODEG00000010900)	VTN (ENSODEG00000011194)	SARM1 (ENSODEG00000010810)	SLC46A1 (ENSODEG00000010157)	ENSODEG00000012254	SLC13A2 (ENSODEG00000011361)	FOXN1 (ENSODEG00000010852)	UNC119 (ENSODEG00000010971)	PIGS (ENSODEG00000012021)	ENSODEG00000010148	ENSODEG00000020008 #22	SPAG5 (ENSODEG00000010862)	RSKR (ENSODEG00000011417)	BLTP2 (ENSODEG00000014063)	SDF2 (ENSODEG00000011998)	SUPT6H (ENSODEG00000011930)	PROCA1 (ENSODEG00000011263)	RAB34 (ENSODEG00000012270)	ENSODEG00000014995	TLCD1 (ENSODEG00000014753)	NEK8 (ENSODEG00000010036)	TRAF4 (ENSODEG00000011454)	FAM222B (ENSODEG00000010451)	ENSODEG00000019697	ERAL1 (ENSODEG00000011337)	FLOT2 (ENSODEG00000011801)
Degu	MODERN SPECIES	245	ENSODEG00000018660	ENSODEG00000000841	ACP1 (ENSODEG00000000890)	ALKAL2 (ENSODEG00000000931)	TMEM18 (ENSODEG00000000266)	TPO (ENSODEG00000000292)	SNTG2 (ENSODEG00000000324)	MBOAT2 (ENSODEG00000000353)	KIDINS220 (ENSODEG00000000415)	ID2 (ENSODEG00000000480)	RNF144A (ENSODEG00000000489)	RSAD2 (ENSODEG00000000506)	CMPK2 (ENSODEG00000000539)	SOX11 (ENSODEG00000000568)	ENSODEG00000000593	ENSODEG00000018607 #22
Degu	MODERN SPECIES	275															NXPH1 (ENSODEG00000001425)	ENSODEG00000018727 #22	ENSODEG00000001385	ENSODEG00000001364	ENSODEG00000001744	UMAD1 (ENSODEG00000001683)	RPA3 (ENSODEG00000001607)	ENSODEG00000001526	ENSODEG00000001473	ENSODEG00000001444	COL28A1 (ENSODEG00000000965)	C1GALT1 (ENSODEG00000000888)	ENSODEG00000000873	ENSODEG00000000860	ENSODEG00000000846	TAC1 (ENSODEG00000000835)
Degu	MODERN SPECIES	94	TRMT9B (ENSODEG00000004422)	ENSODEG00000004736	LONRF1 (ENSODEG00000004254)	PRAG1 (ENSODEG00000004326)	CLDN23 (ENSODEG00000019489)	MFHAS1 (ENSODEG00000004525)	ERI1 (ENSODEG00000004586)	PPP1R3B (ENSODEG00000019115)	ENSODEG00000005017	TNKS (ENSODEG00000004893)	DUSP4 (ENSODEG00000005526)	SARAF (ENSODEG00000005565)	LEPROTL1 (ENSODEG00000005881)	MBOAT4 (ENSODEG00000006303)	ENSODEG00000006428	ENSODEG00000019309 #22	RBPMS (ENSODEG00000006700)	GTF2E2 (ENSODEG00000006742)	ENSODEG00000008593	GSR (ENSODEG00000008858)	UBXN8 (ENSODEG00000004381)	ENSODEG00000004425	ENSODEG00000004553	PURG (ENSODEG00000019280)	WRN (ENSODEG00000004076)	ENSODEG00000004757	ENSODEG00000005162	ENSODEG00000005245	ENSODEG00000018985	BOC (ENSODEG00000004266)	ENSODEG00000004506
Guinea pig	MODERN SPECIES	7	FREM3 (ENSCPOG00000038428)	LRAT (ENSCPOG00000034177) #14	GAB1 (ENSCPOG00000031770)	USP38 (ENSCPOG00000008971) #7	INPP4B (ENSCPOG00000026234) #8	IL15 (ENSCPOG00000008232) #9	ZNF330 (ENSCPOG00000011875) #10	RNF150 (ENSCPOG00000004096) #11	TBC1D9 (ENSCPOG00000007373) #12	ARHGAP10 (ENSCPOG00000007759) #16	NR3C2 (ENSCPOG00000007770) #17	IQCM (ENSCPOG00000022670) #18	DCLK2 (ENSCPOG00000008193) #19	LRBA (ENSCPOG00000008202) #20	MAB21L2 (ENSCPOG00000034419) #21	RPS3A (ENSCPOG00000015569) #22	SH3D19 (ENSCPOG00000008883) #23	PRSS48 (ENSCPOG00000000281) #24	FHIP1A (ENSCPOG00000005019) #26	GATB (ENSCPOG00000005023) #27	FBXW7 (ENSCPOG00000003804) #28	TMEM154 (ENSCPOG00000009024) #29	TIGD4 (ENSCPOG00000038321) #30	ARFIP1 (ENSCPOG00000010487) #31	FHDC1 (ENSCPOG00000038337) #32	TRIM2 (ENSCPOG00000006108) #33	MND1 (ENSCPOG00000013275) #34	TMEM131L (ENSCPOG00000000629) #35	TLR2 (ENSCPOG00000025374) #36	SFRP2 (ENSCPOG00000012235)	DCHS2 (ENSCPOG00000005282)