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Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	280													ENSGT00940000164651	ENSGT00950000183046.a.b #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00940000154376.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974 #25	ENSGT00710000106813.B.a	ENSGT00940000161586	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b	ENSGT00390000017613
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	182	ENSGT00390000006939	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00470000042293.a.b.a.a	ENSGT00940000164651.b	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00940000154268.l ##22	ENSGT00940000154376.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25
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Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000160724 #10	ENSGT00390000012014.B #12	ENSGT00940000163160.b.d.a.b.a ##15	ENSGT00940000163160.b.d.a.b.b #14	ENSGT00940000163160.b.d.a.a #15	ENSGT00940000159991.A.a #16	ENSGT00940000154169.A.h	ENSGT00940000158525.u #17	ENSGT00940000165613 #18	ENSGT01010000222313.A.b.b.a.a.b.a	ENSGT00990000204783	ENSGT00960000187164	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00390000010440.g.a #26	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00940000154578.A.c.b.d #33	ENSGT00940000157579.a #34	ENSGT00940000157020.g.a #36	ENSGT01050000244842.a.b.b.b #37	ENSGT00950000182984.b.a.a.c.a #35
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
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Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000160492	ENSGT00950000183143.c.b	ENSGT00390000014062	ENSGT00940000163160.b.e.a #15	ENSGT00940000159991.A.a #16	ENSGT00940000154169.A.h	ENSGT00940000158525.u #17	ENSGT00940000165613 #18	ENSGT01010000222313.A.b.b.a.a.b.a	ENSGT00990000204783	ENSGT00940000177150	ENSGT00960000187164	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00390000010440.g.a #26	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT01090000260029.a.a.b.a.b	ENSGT00940000157579.a #34	ENSGT00940000157020.g.a #36	ENSGT01050000244842.a.b.b.b #37	ENSGT00950000182984.b.a.a.c.a #35	ENSGT00940000156059
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	45															slc35b1 (ENSAMXG00000032034) #21	ndufa4a (ENSAMXG00000002982) #22	spop (ENSAMXG00000003082) #23	NXPH3 (ENSAMXG00000041514) #24	NGFR (ENSAMXG00000040581) #25	selenow2a (ENSAMXG00000033118) #26	ENSAMXG00000030771	slc4a1a (ENSAMXG00000015300) #28	ubtf (ENSAMXG00000035871) #29	atxn7l3a (ENSAMXG00000038051) #30	tmub2 (ENSAMXG00000043336) #31	asb16 (ENSAMXG00000015407) #32	ENSAMXG00000032402 #33	vat1 (ENSAMXG00000036949) #34	ENSAMXG00000036024	rnd2 (ENSAMXG00000031503) #36	MRC2 (ENSAMXG00000010776) #37
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	12	ENSPNAG00000003251	ENSPNAG00000003243	ENSPNAG00000014709	DOC2A (ENSPNAG00000014692)	nupr1b (ENSPNAG00000014664)	sgf29 (ENSPNAG00000014651)	nfatc2ip (ENSPNAG00000014624)	spns1 (ENSPNAG00000003183)	atxn2l (ENSPNAG00000014538)	RUNDC3A (ENSPNAG00000003123) #19	ENSPNAG00000003106	ENSPNAG00000003101	ENSPNAG00000003099	FAM117A (ENSPNAG00000014371) #20	slc35b1 (ENSPNAG00000014346) #21	ndufa4a (ENSPNAG00000014314) #22	spop (ENSPNAG00000014291) #23	NXPH3 (ENSPNAG00000003045) #24	NGFR (ENSPNAG00000014190) #25	ENSPNAG00000003042	selenow2a (ENSPNAG00000014155) #26	slc4a1a (ENSPNAG00000014118) #28	ubtf (ENSPNAG00000013986) #29	atxn7l3a (ENSPNAG00000013956) #30	tmub2 (ENSPNAG00000002993) #31	asb16 (ENSPNAG00000013926) #32	ENSPNAG00000002988 #33	ENSPNAG00000002987	vat1 (ENSPNAG00000013902) #34	rnd2 (ENSPNAG00000002981) #36	MRC2 (ENSPNAG00000002977) #37
Electric eel	MODERN SPECIES	26	ENSEEEG00000002850	SEZ6L2 (ENSEEEG00000002847)	kctd13 (ENSEEEG00000002845)	hirip3 (ENSEEEG00000002844)	ENSEEEG00000002044 #15	ENSEEEG00000002034 #16	cdipt (ENSEEEG00000002032)	ENSEEEG00000002031 #17	nlk1 (ENSEEEG00000001941) #18	tlcd3ba (ENSEEEG00000001936)	ENSEEEG00000001935	ENSEEEG00000001934	RUNDC3A (ENSEEEG00000001933) #19	FAM117A (ENSEEEG00000001932) #20	slc35b1 (ENSEEEG00000001929) #21	ndufa4a (ENSEEEG00000001922) #22	spop (ENSEEEG00000001915) #23	NXPH3 (ENSEEEG00000001914) #24	NGFR (ENSEEEG00000001912) #25	ENSEEEG00000001911	slc4a1a (ENSEEEG00000001340) #28	ubtf (ENSEEEG00000001321) #29	atxn7l3a (ENSEEEG00000001319) #30	tmub2 (ENSEEEG00000001315) #31	asb16 (ENSEEEG00000001314) #32	ENSEEEG00000001312 #33	vat1 (ENSEEEG00000001311) #34	kcnc3a (ENSEEEG00000001309)	zgc:193811 (ENSEEEG00000001308)	lin7b (ENSEEEG00000001296)	snrnp70 (ENSEEEG00000001295)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	155	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.a.f.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00990000204783	ENSGT00940000177150	ENSGT00960000187164	ENSGT00950000183046.a.b.l.d #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154268.l ##22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00390000010440.g.a #26	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253.t.b #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Denticle herring	MODERN SPECIES	17	ccdc47 (ENSDCDG00000004736)	dcaf7 (ENSDCDG00000004761)	kcnh6a (ENSDCDG00000004768)	gfap (ENSDCDG00000004783)	MAP3K3 (ENSDCDG00000004796)	ENSDCDG00000004824	limd2 (ENSDCDG00000004827)	ddx42 (ENSDCDG00000004861)	rnf113a (ENSDCDG00000004923)	RUNDC3A (ENSDCDG00000004935) #19	ENSDCDG00000004970	ENSDCDG00000004971	ENSDCDG00000004972	ENSDCDG00000004973 #20	slc35b1 (ENSDCDG00000004974) #21	ndufa4a (ENSDCDG00000004976) #22	spop (ENSDCDG00000004979) #23	NXPH3 (ENSDCDG00000004980) #24	NXPH3 (ENSDCDG00000004981) #24	NGFR (ENSDCDG00000004984) #25	selenow2a (ENSDCDG00000004988) #26	ENSDCDG00000004992	slc4a1a (ENSDCDG00000004996) #28	ubtf (ENSDCDG00000005186) #29	ENSDCDG00000005213	ENSDCDG00000005216	MCOLN1 (ENSDCDG00000005225)	ENSDCDG00000005316	pkn1b (ENSDCDG00000005321)	ENSDCDG00000005425	ENSDCDG00000013934
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00980000200496	ENSGT01090000260346	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00940000164651.b	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00940000162556.A.a.b	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00980000200496	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
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Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000179983	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000174710	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000179983	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000174710	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000179983	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000174710	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000179983	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000174710	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	314	ccdc47 (ENSHBUG00000008881)	DCAF7 (ENSHBUG00000008851)	kcnh6a (ENSHBUG00000008811)	gfap (ENSHBUG00000008793)	MAP3K3 (ENSHBUG00000008757)	limd2 (ENSHBUG00000008715)	ddx42 (ENSHBUG00000008705)	strada (ENSHBUG00000008691)	rnf113a (ENSHBUG00000008626)	RUNDC3A (ENSHBUG00000008611) #19	ENSHBUG00000008602	ENSHBUG00000008593	ENSHBUG00000008586	FAM117A (ENSHBUG00000008573) #20	slc35b1 (ENSHBUG00000008561) #21	ndufa4a (ENSHBUG00000008529) #22	ENSHBUG00000008421	spop (ENSHBUG00000008411) #23	NXPH3 (ENSHBUG00000008374) #24	NGFR (ENSHBUG00000008364) #25	ENSHBUG00000008326	selenow2b (ENSHBUG00000008305) #27	slc4a1a (ENSHBUG00000008288) #28	ubtf (ENSHBUG00000008228) #29	ENSHBUG00000008136	tmub2 (ENSHBUG00000008032) #31	asb16 (ENSHBUG00000008023) #32	ENSHBUG00000008014	ENSHBUG00000008005	asic2 (ENSHBUG00000007991)	MPP3 (ENSHBUG00000007938)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000179983	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000174710	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00950000182812.B.a.a.o.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
P. nyererei	MODERN SPECIES	313	kcnh6a (ENSPNYG00000014064)	gfap (ENSPNYG00000014037)	ENSPNYG00000014020	MAP3K3 (ENSPNYG00000013989)	limd2 (ENSPNYG00000013976)	ddx42 (ENSPNYG00000013954)	ENSPNYG00000013940	strada (ENSPNYG00000013907)	rnf113a (ENSPNYG00000013863)	ENSPNYG00000013843	ENSPNYG00000013835	ENSPNYG00000013828	RUNDC3A (ENSPNYG00000013759) #19	FAM117A (ENSPNYG00000013696) #20	slc35b1 (ENSPNYG00000013642) #21	ndufa4a (ENSPNYG00000013603) #22	spop (ENSPNYG00000013554) #23	NXPH3 (ENSPNYG00000013519) #24	NGFR (ENSPNYG00000013507) #25	ENSPNYG00000013502	selenow2b (ENSPNYG00000013474) #27	slc4a1a (ENSPNYG00000013439) #28	ubtf (ENSPNYG00000013380) #29	ENSPNYG00000013327	tmub2 (ENSPNYG00000013305) #31	asb16 (ENSPNYG00000013298) #32	ENSPNYG00000013279	ENSPNYG00000013269	ENSPNYG00000013257	asic2 (ENSPNYG00000013229)	MPP3 (ENSPNYG00000013196)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000160236.p	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00950000182812.B.a.a.o.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Eastern happy	MODERN SPECIES	16	DCAF7 (ENSACLG00000024810)	kcnh6a (ENSACLG00000024824)	gfap (ENSACLG00000024861)	MAP3K3 (ENSACLG00000025034)	ENSACLG00000025088	limd2 (ENSACLG00000025096)	ddx42 (ENSACLG00000025113)	strada (ENSACLG00000025184)	rnf113a (ENSACLG00000025256)	RUNDC3A (ENSACLG00000025385) #19	ENSACLG00000025400	ENSACLG00000025402	ENSACLG00000025403	FAM117A (ENSACLG00000025413) #20	slc35b1 (ENSACLG00000025420) #21	ndufa4a (ENSACLG00000025435) #22	spop (ENSACLG00000025444) #23	NXPH3 (ENSACLG00000025484) #24	NGFR (ENSACLG00000025495) #25	ENSACLG00000025507	ENSACLG00000025511	selenow2b (ENSACLG00000025513) #27	slc4a1a (ENSACLG00000025519) #28	ubtf (ENSACLG00000025572) #29	ENSACLG00000025625	tmub2 (ENSACLG00000025653) #31	asb16 (ENSACLG00000025656) #32	ENSACLG00000025662	ENSACLG00000025668	ENSACLG00000025677	asic2 (ENSACLG00000000027)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1107	ccdc47 (ENSMZEG00005023138)	ENSMZEG00005023136	DCAF7 (ENSMZEG00005023134)	kcnh6a (ENSMZEG00005023130)	gfap (ENSMZEG00005023127)	MAP3K3 (ENSMZEG00005023117)	limd2 (ENSMZEG00005023112)	ddx42 (ENSMZEG00005023103)	strada (ENSMZEG00005023094)	rnf113a (ENSMZEG00005023086)	ENSMZEG00005023082	ENSMZEG00005023079	RUNDC3A (ENSMZEG00005023078) #19	FAM117A (ENSMZEG00005023074) #20	slc35b1 (ENSMZEG00005023070) #21	ndufa4a (ENSMZEG00005023067) #22	spop (ENSMZEG00005023062) #23	NXPH3 (ENSMZEG00005023056) #24	NGFR (ENSMZEG00005023052) #25	ENSMZEG00005023049	selenow2b (ENSMZEG00005023047) #27	slc4a1a (ENSMZEG00005023040) #28	ubtf (ENSMZEG00005023031) #29	ENSMZEG00005023025	tmub2 (ENSMZEG00005023020) #31	asb16 (ENSMZEG00005023018) #32	ENSMZEG00005023016	ENSMZEG00005023014	ENSMZEG00005023010	asic2 (ENSMZEG00005023005)	MPP3 (ENSMZEG00005023002)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	387	ccdc47 (ENSNBRG00000004698)	DCAF7 (ENSNBRG00000004665)	kcnh6a (ENSNBRG00000004618)	gfap (ENSNBRG00000004584)	MAP3K3 (ENSNBRG00000004526)	limd2 (ENSNBRG00000004508)	ddx42 (ENSNBRG00000004466)	strada (ENSNBRG00000004338)	rnf113a (ENSNBRG00000004314)	ENSNBRG00000004305	ENSNBRG00000004298	ENSNBRG00000004295	RUNDC3A (ENSNBRG00000004167) #19	ENSNBRG00000004146 #20	slc35b1 (ENSNBRG00000004123) #21	ndufa4a (ENSNBRG00000004018) #22	spop (ENSNBRG00000003973) #23	NXPH3 (ENSNBRG00000003957) #24	ENSNBRG00000003938 #25	ENSNBRG00000003923	selenow2b (ENSNBRG00000003909) #27	ENSNBRG00000003894	slc4a1a (ENSNBRG00000003876) #28	ubtf (ENSNBRG00000003814) #29	atxn7l3a (ENSNBRG00000003768) #30	tmub2 (ENSNBRG00000003750) #31	asb16 (ENSNBRG00000003724) #32	ENSNBRG00000003660	ENSNBRG00000003635	asic2 (ENSNBRG00000003595)	MPP3 (ENSNBRG00000003561)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	16	ENSONIG00000032123	DCAF7 (ENSONIG00000030039)	kcnh6a (ENSONIG00000000710)	gfap (ENSONIG00000000724)	MAP3K3 (ENSONIG00000000728)	limd2 (ENSONIG00000031796)	ddx42 (ENSONIG00000000734)	strada (ENSONIG00000000738)	rnf113a (ENSONIG00000042350)	ENSONIG00000037829	ENSONIG00000027590	ENSONIG00000037074	RUNDC3A (ENSONIG00000000748) #19	FAM117A (ENSONIG00000000757) #20	slc35b1 (ENSONIG00000000758) #21	NDUFA4 (ENSONIG00000042265) #22	spop (ENSONIG00000000767) #23	NXPH3 (ENSONIG00000034515) #24	NGFR (ENSONIG00000028321) #25	ENSONIG00000027117	ENSONIG00000032741	ENSONIG00000000776	selenow2b (ENSONIG00000039635) #27	slc4a1a (ENSONIG00000000778) #28	ubtf (ENSONIG00000000796) #29	atxn7l3a (ENSONIG00000000812) #30	tmub2 (ENSONIG00000000814) #31	asb16 (ENSONIG00000000816) #32	ENSONIG00000000821	ENSONIG00000030325	ENSONIG00000035362
Midas cichlid	MODERN SPECIES	550	ccdc47 (ENSACIG00000007221)	DCAF7 (ENSACIG00000007243)	kcnh6a (ENSACIG00000007268)	gfap (ENSACIG00000007312)	MAP3K3 (ENSACIG00000007336)	limd2 (ENSACIG00000007363)	ddx42 (ENSACIG00000007376)	ENSACIG00000007408	strada (ENSACIG00000007423)	rnf113a (ENSACIG00000007458)	RUNDC3A (ENSACIG00000007483) #19	ENSACIG00000007506	ENSACIG00000007510	FAM117A (ENSACIG00000007517) #20	slc35b1 (ENSACIG00000007536) #21	ndufa4a (ENSACIG00000007557) #22	spop (ENSACIG00000007656) #23	NXPH3 (ENSACIG00000007686) #24	NGFR (ENSACIG00000007695) #25	ENSACIG00000007725	ENSACIG00000007737	selenow2b (ENSACIG00000007747) #27	slc4a1a (ENSACIG00000007777) #28	ubtf (ENSACIG00000007826) #29	atxn7l3a (ENSACIG00000007998) #30	tmub2 (ENSACIG00000008030) #31	asb16 (ENSACIG00000008051) #32	ENSACIG00000008083	ENSACIG00000008095	asic2 (ENSACIG00000008109)	MPP3 (ENSACIG00000008139)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263981	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263981	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT01100000263981	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Orange clownfish	MODERN SPECIES	5	ENSAPEG00000000661	ccdc47 (ENSAPEG00000000668)	DCAF7 (ENSAPEG00000000722)	kcnh6a (ENSAPEG00000000747)	gfap (ENSAPEG00000000842)	MAP3K3 (ENSAPEG00000000898)	limd2 (ENSAPEG00000000969)	ddx42 (ENSAPEG00000000984)	strada (ENSAPEG00000001041)	rnf113a (ENSAPEG00000001084)	RUNDC3A (ENSAPEG00000001102) #19	ENSAPEG00000001279	ENSAPEG00000001288	FAM117A (ENSAPEG00000001298) #20	slc35b1 (ENSAPEG00000001343) #21	ndufa4a (ENSAPEG00000001384) #22	spop (ENSAPEG00000001406) #23	NXPH3 (ENSAPEG00000001445) #24	NGFR (ENSAPEG00000001456) #25	ENSAPEG00000001491	selenow2b (ENSAPEG00000001497) #27	slc4a1a (ENSAPEG00000001508) #28	ubtf (ENSAPEG00000001545) #29	atxn7l3a (ENSAPEG00000001614) #30	tmub2 (ENSAPEG00000001658) #31	asb16 (ENSAPEG00000001675) #32	ENSAPEG00000001708	ENSAPEG00000001787	asic2 (ENSAPEG00000001805)	MPP3 (ENSAPEG00000001839)	ENSAPEG00000001915
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3408	ccdc47 (ENSAOCG00000003642)	DCAF7 (ENSAOCG00000003621)	ENSAOCG00000003610	kcnh6a (ENSAOCG00000003592)	gfap (ENSAOCG00000003566)	MAP3K3 (ENSAOCG00000003550)	limd2 (ENSAOCG00000003530)	ddx42 (ENSAOCG00000003520)	strada (ENSAOCG00000003498)	rnf113a (ENSAOCG00000003485)	RUNDC3A (ENSAOCG00000003476) #19	ENSAOCG00000003474	ENSAOCG00000003470	FAM117A (ENSAOCG00000002296) #20	slc35b1 (ENSAOCG00000003459) #21	ndufa4a (ENSAOCG00000003450) #22	spop (ENSAOCG00000003449) #23	NXPH3 (ENSAOCG00000003444) #24	ENSAOCG00000003439	NGFR (ENSAOCG00000003435) #25	ENSAOCG00000003427	ENSAOCG00000003425	selenow2b (ENSAOCG00000003420) #27	slc4a1a (ENSAOCG00000003417) #28	ubtf (ENSAOCG00000003404) #29	atxn7l3a (ENSAOCG00000003384) #30	tmub2 (ENSAOCG00000003373) #31	asb16 (ENSAOCG00000003372) #32	ENSAOCG00000003365	ENSAOCG00000003359	asic2 (ENSAOCG00000003355)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	11	ccdc47 (ENSAPOG00000001124)	DCAF7 (ENSAPOG00000017915)	kcnh6a (ENSAPOG00000017876)	gfap (ENSAPOG00000017868)	MAP3K3 (ENSAPOG00000017794)	limd2 (ENSAPOG00000017696)	ddx42 (ENSAPOG00000017675)	strada (ENSAPOG00000017564)	rnf113a (ENSAPOG00000017510)	RUNDC3A (ENSAPOG00000017501) #19	ENSAPOG00000017494	ENSAPOG00000017491	ENSAPOG00000017478	FAM117A (ENSAPOG00000017470) #20	slc35b1 (ENSAPOG00000017434) #21	ndufa4a (ENSAPOG00000017370) #22	spop (ENSAPOG00000017175) #23	NXPH3 (ENSAPOG00000017155) #24
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	487					gfap (ENSSPAG00000012986)	MAP3K3 (ENSSPAG00000013010)	limd2 (ENSSPAG00000013041)	ddx42 (ENSSPAG00000013055)	strada (ENSSPAG00000013122)	rnf113a (ENSSPAG00000013187)	RUNDC3A (ENSSPAG00000013207) #19	ENSSPAG00000013224	ENSSPAG00000013231	FAM117A (ENSSPAG00000013238) #20	slc35b1 (ENSSPAG00000013252) #21	ndufa4a (ENSSPAG00000013285) #22	spop (ENSSPAG00000013300) #23	ENSSPAG00000013335	NXPH3 (ENSSPAG00000013341) #24	NGFR (ENSSPAG00000013348) #25
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263981	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00940000162556.A.a.b	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263981	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000177451	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT01100000263610	ENSGT01100000263643	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00390000013997	ENSGT00940000162290	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000159038.a.b	ENSGT00940000164923.a.b	ENSGT00390000012483	ENSGT00520000055626.b	ENSGT00390000000050	ENSGT00940000166194	ENSGT00390000018316.a.f
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Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1614	ubtf (ENSNFUG00015002045) #29	slc4a1a (ENSNFUG00015001398) #28	selenow2b (ENSNFUG00015001263) #27	kcnh6a (ENSNFUG00015001250)	GFAP (ENSNFUG00015001229)	MAP3K3 (ENSNFUG00015001184)	limd2 (ENSNFUG00015001158)	ddx42 (ENSNFUG00015001120)	STRADA (ENSNFUG00015001034)	RNF113A (ENSNFUG00015000993)	ENSNFUG00015000981	ENSNFUG00015000975	RUNDC3A (ENSNFUG00015000950) #19	FAM117A (ENSNFUG00015000930) #20	slc35b1 (ENSNFUG00015000882) #21	NDUFA4 (ENSNFUG00015000864) #22	ENSNFUG00015000861	ENSNFUG00015000858	ENSNFUG00015000854	ENSNFUG00015000850	ENSNFUG00015000846	ENSNFUG00015000844 #24	NGFR (ENSNFUG00015000837) #25	ENSNFUG00015000832	DCAF7 (ENSNFUG00015000829)	ccdc47 (ENSNFUG00015000813)	ENSNFUG00015000804	SETD1A (ENSNFUG00015000799)	HSD3B7 (ENSNFUG00015000796)	TBC1D10B (ENSNFUG00015000755)	mylpfa (ENSNFUG00015000710)
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Guppy	MODERN SPECIES	460	DCAF7 (ENSPREG00000010157)	ENSPREG00000010120	kcnh6a (ENSPREG00000010079)	gfap (ENSPREG00000010040)	MAP3K3 (ENSPREG00000009969)	limd2 (ENSPREG00000009948)	ddx42 (ENSPREG00000009926)	strada (ENSPREG00000009916)	rnf113a (ENSPREG00000009900)	ENSPREG00000009896	ENSPREG00000009889	ENSPREG00000009881	RUNDC3A (ENSPREG00000009836) #19	ENSPREG00000009824 #20	slc35b1 (ENSPREG00000009804) #21	ndufa4a (ENSPREG00000009800) #22	ENSPREG00000009786 #24	ENSPREG00000009778	NGFR (ENSPREG00000009763) #25	ENSPREG00000009756	ENSPREG00000009746	selenow2b (ENSPREG00000009740) #27	slc4a1a (ENSPREG00000009682) #28	ubtf (ENSPREG00000009616) #29	atxn7l3a (ENSPREG00000009586) #30	tmub2 (ENSPREG00000009572) #31	asb16 (ENSPREG00000009560) #32	ENSPREG00000009541	ENSPREG00000009532	ENSPREG00000009467	EZH1 (ENSPREG00000009410)
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Mummichog	MODERN SPECIES	2412	ENSFHEG00000023258	ccdc47 (ENSFHEG00000023264)	ENSFHEG00000023267	kcnh6a (ENSFHEG00000023270)	gfap (ENSFHEG00000023273)	MAP3K3 (ENSFHEG00000023280)	limd2 (ENSFHEG00000023286)	ddx42 (ENSFHEG00000023290)	strada (ENSFHEG00000023296)	rnf113a (ENSFHEG00000023305)	RUNDC3A (ENSFHEG00000023307) #19	ENSFHEG00000023309	ENSFHEG00000023311	FAM117A (ENSFHEG00000023313) #20	slc35b1 (ENSFHEG00000023322) #21	ndufa4a (ENSFHEG00000023324) #22	spop (ENSFHEG00000023327) #23	NXPH3 (ENSFHEG00000023329) #24	NGFR (ENSFHEG00000023332) #25	ENSFHEG00000023334	ENSFHEG00000023337	slc4a1a (ENSFHEG00000023339) #28	ubtf (ENSFHEG00000023343) #29	atxn7l3a (ENSFHEG00000023357) #30	tmub2 (ENSFHEG00000023366) #31	asb16 (ENSFHEG00000023368) #32	ENSFHEG00000023371	ENSFHEG00000023373
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	1219															slc35b1 (ENSCVAG00000022428) #21	ndufa4a (ENSCVAG00000022410) #22
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159805	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00940000162556.A.a.b	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT01100000263610	ENSGT01100000264505	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00940000162556.A.a.b	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Chinese medaka	MODERN SPECIES	723	ENSOSIG00000006127	ccdc47 (ENSOSIG00000006110)	DCAF7 (ENSOSIG00000006109)	kcnh6a (ENSOSIG00000006108)	gfap (ENSOSIG00000006009)	MAP3K3 (ENSOSIG00000005883)	limd2 (ENSOSIG00000005868)	ddx42 (ENSOSIG00000004163)	strada (ENSOSIG00000004079)	rnf113a (ENSOSIG00000004025)	ENSOSIG00000004012	ENSOSIG00000004008	RUNDC3A (ENSOSIG00000004001) #19	ENSOSIG00000003994 #20	slc35b1 (ENSOSIG00000003878) #21	ndufa4a (ENSOSIG00000011648) #22	ENSOSIG00000011643
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	22	hsd3b7 (ENSORLG00000025667)	ccdc47 (ENSORLG00000002246)	DCAF7 (ENSORLG00000002269)	kcnh6a (ENSORLG00000002317)	gfap (ENSORLG00000002346)	MAP3K3 (ENSORLG00000002357)	limd2 (ENSORLG00000023454)	ddx42 (ENSORLG00000002395)	strada (ENSORLG00000002426)	rnf113a (ENSORLG00000002442)	RUNDC3A (ENSORLG00000002487) #19	ENSORLG00000022546	ENSORLG00000024605	ENSORLG00000002499 #20	slc35b1 (ENSORLG00000002514) #21	ndufa4a (ENSORLG00000002522) #22	NXPH3 (ENSORLG00000027745) #24	ENSORLG00000002533 #25	ENSORLG00000002537	selenow2b (ENSORLG00000022585) #27	slc4a1a (ENSORLG00000002557) #28	ubtf (ENSORLG00000002593) #29	ENSORLG00000002605	tmub2 (ENSORLG00000002612) #31	asb16 (ENSORLG00000002620) #32	ENSORLG00000029612	ENSORLG00000002626	asic2 (ENSORLG00000002768)	MPP3 (ENSORLG00000002793)	ENSORLG00000024122	ZNF281 (ENSORLG00000002799)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00980000200496	ENSGT01100000264505	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a	ENSGT00940000161586.c
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	22	ENSOJAG00000014791	ccdc47 (ENSOJAG00000014553)	DCAF7 (ENSOJAG00000014528)	kcnh6a (ENSOJAG00000014494)	gfap (ENSOJAG00000014458)	MAP3K3 (ENSOJAG00000014122)	limd2 (ENSOJAG00000014089)	ddx42 (ENSOJAG00000013862)	strada (ENSOJAG00000013385)	rnf113a (ENSOJAG00000013338)	ENSOJAG00000013331	ENSOJAG00000013328	RUNDC3A (ENSOJAG00000013280) #19	ENSOJAG00000013271 #20	slc35b1 (ENSOJAG00000013159) #21	ndufa4a (ENSOJAG00000013130) #22	NXPH3 (ENSOJAG00000013124) #24	NGFR (ENSOJAG00000013065) #25	ENSOJAG00000013060	selenow2b (ENSOJAG00000013038) #27	slc4a1a (ENSOJAG00000012115) #28	ubtf (ENSOJAG00000012079) #29	ENSOJAG00000012046	ENSOJAG00000012037	asb16 (ENSOJAG00000012029) #32	ENSOJAG00000012006	ENSOJAG00000012000	ENSOJAG00000011985	asic2 (ENSOJAG00000011839)	MPP3 (ENSOJAG00000011690)	ENSOJAG00000011658
Indian medaka	MODERN SPECIES	9	ENSOMEG00000019732	ccdc47 (ENSOMEG00000019796)	DCAF7 (ENSOMEG00000019835)	kcnh6a (ENSOMEG00000019871)	gfap (ENSOMEG00000019912)	MAP3K3 (ENSOMEG00000020000)	limd2 (ENSOMEG00000020039)	ddx42 (ENSOMEG00000020093)	strada (ENSOMEG00000020155)	rnf113a (ENSOMEG00000020197)	ENSOMEG00000020212	ENSOMEG00000020221	RUNDC3A (ENSOMEG00000020257) #19	ENSOMEG00000020276 #20	slc35b1 (ENSOMEG00000020317) #21	ndufa4a (ENSOMEG00000020343) #22	NXPH3 (ENSOMEG00000020355) #24	ENSOMEG00000020420 #25	ENSOMEG00000020433	selenow2b (ENSOMEG00000020458) #27	slc4a1a (ENSOMEG00000020519) #28	ubtf (ENSOMEG00000020580) #29	tmub2 (ENSOMEG00000020595) #31	ENSOMEG00000020693	asb16 (ENSOMEG00000020735) #32	ENSOMEG00000020806	ENSOMEG00000020825	asic2 (ENSOMEG00000020866)	MPP3 (ENSOMEG00000020973)	ENSOMEG00000021099	ENSOMEG00000000555
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.D.a.b	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.D.a.b	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.D.a.b	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00940000161586.c	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.f
Fugu	MODERN SPECIES	17	ENSTRUG00000008953	ccdc47 (ENSTRUG00000009192)	DCAF7 (ENSTRUG00000009387)	kcnh6a (ENSTRUG00000009514)	gfap (ENSTRUG00000009954)	MAP3K3 (ENSTRUG00000010417)	limd2 (ENSTRUG00000022099)	ddx42 (ENSTRUG00000010711)	strada (ENSTRUG00000011020)	rnf113a (ENSTRUG00000011142)	ENSTRUG00000020260	ENSTRUG00000024206	RUNDC3A (ENSTRUG00000011302) #19	ENSTRUG00000011482 #20	slc35b1 (ENSTRUG00000011550) #21	ndufa4a (ENSTRUG00000001634) #22	ENSTRUG00000028936	NXPH3 (ENSTRUG00000029641) #24	NGFR (ENSTRUG00000026109) #25	ENSTRUG00000031484	ENSTRUG00000020422	selenow2b (ENSTRUG00000023497) #27	slc4a1a (ENSTRUG00000016704) #28	ubtf (ENSTRUG00000016692) #29	ENSTRUG00000016684	asb16 (ENSTRUG00000016674) #32	ENSTRUG00000024866	asic2 (ENSTRUG00000016649)	MPP3 (ENSTRUG00000016624)	ENSTRUG00000031279	ENSTRUG00000027431
Tetraodon	MODERN SPECIES	18	mylpfa (ENSTNIG00000014927)	tbc1d10b (ENSTNIG00000014928)	hsd3b7 (ENSTNIG00000014929)	ENSTNIG00000014930	ccdc47 (ENSTNIG00000014931)	DCAF7 (ENSTNIG00000014932)	kcnh6a (ENSTNIG00000014933)	gfap (ENSTNIG00000014934)	MAP3K3 (ENSTNIG00000014935)	ddx42 (ENSTNIG00000014936)	strada (ENSTNIG00000014937)	rnf113a (ENSTNIG00000014938)	RUNDC3A (ENSTNIG00000014939) #19	FAM117A (ENSTNIG00000014940) #20	slc35b1 (ENSTNIG00000014941) #21	ndufa4a (ENSTNIG00000014942) #22	NXPH3 (ENSTNIG00000000954) #24	NGFR (ENSTNIG00000001010) #25	ENSTNIG00000014943	asic2 (ENSTNIG00000014944)	MPP3 (ENSTNIG00000014945)	ZNF281 (ENSTNIG00000016430)	ENSTNIG00000014946	tmem98 (ENSTNIG00000014947)	ENSTNIG00000014948	ENSTNIG00000014949	retsat.2 (ENSTNIG00000014950)	nmt1a (ENSTNIG00000014951)	plcd3a (ENSTNIG00000014952)	hexim1 (ENSTNIG00000000815)	ARHGAP23 (ENSTNIG00000005877)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.D.a.b	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	650						emc10 (ENSLBEG00000001036)	zgc:195001 (ENSLBEG00000001005)	ENSLBEG00000000992	ENSLBEG00000000979	tbc1d17 (ENSLBEG00000000966)	ccndx (ENSLBEG00000000929)	nucb1 (ENSLBEG00000000856)	GFAP (ENSLBEG00000000796)	kcnh6a (ENSLBEG00000000735)	slc35b1 (ENSLBEG00000000681) #21	ndufa4a (ENSLBEG00000000533) #22
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Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a.d #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT01010000228294	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
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Lumpfish	MODERN SPECIES	23	ENSCLMG00005015209	angptl6 (ENSCLMG00005015121)	DCAF7 (ENSCLMG00005015120)	kcnh6a (ENSCLMG00005015117)	gfap (ENSCLMG00005015113)	MAP3K3 (ENSCLMG00005015096)	limd2 (ENSCLMG00005015095)	ddx42 (ENSCLMG00005014996)	strada (ENSCLMG00005014983)	rnf113a (ENSCLMG00005014930)	ENSCLMG00005014929	ENSCLMG00005014928	RUNDC3A (ENSCLMG00005014927) #19	FAM117A (ENSCLMG00005014915) #20	slc35b1 (ENSCLMG00005014726) #21	ndufa4a (ENSCLMG00005014720) #22	SPOP (ENSCLMG00005014718) #23	spop (ENSCLMG00005014716) #23	NXPH3 (ENSCLMG00005014715) #24	NGFR (ENSCLMG00005014714) #25	ENSCLMG00005014711	ENSCLMG00005014709	slc4a1a (ENSCLMG00005013342) #28	ubtf (ENSCLMG00005013023) #29	ENSCLMG00005013020	tmub2 (ENSCLMG00005013018) #31	asb16 (ENSCLMG00005013016) #32	ENSCLMG00005013013	ENSCLMG00005013012	asic2 (ENSCLMG00005013010)	MPP3 (ENSCLMG00005012989)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a.d #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT01010000228294	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	22	ccdc47 (ENSCGOG00000004687)	DCAF7 (ENSCGOG00000004624)	kcnh6a (ENSCGOG00000004617)	gfap (ENSCGOG00000004614)	ENSCGOG00000004612	limd2 (ENSCGOG00000004609)	ddx42 (ENSCGOG00000004012)	strada (ENSCGOG00000003854)	rnf113a (ENSCGOG00000023457)	ENSCGOG00000023450	ENSCGOG00000023449	ENSCGOG00000023448	RUNDC3A (ENSCGOG00000023413) #19	FAM117A (ENSCGOG00000023408) #20	slc35b1 (ENSCGOG00000023354) #21	ndufa4a (ENSCGOG00000023344) #22	spop (ENSCGOG00000023334) #23	NXPH3 (ENSCGOG00000023332) #24	NGFR (ENSCGOG00000023326) #25	slc4a1a (ENSCGOG00000023201) #28	ubtf (ENSCGOG00000023089) #29	ENSCGOG00000023085	tmub2 (ENSCGOG00000023084) #31	asb16 (ENSCGOG00000023082) #32	ENSCGOG00000023079	ENSCGOG00000023077	asic2 (ENSCGOG00000023060)	MPP3 (ENSCGOG00000022997)	ZNF281 (ENSCGOG00000022991)	ENSCGOG00000022989	tmem98 (ENSCGOG00000022986)
Pike perch	MODERN SPECIES	35	ENSSLUG00000019723	ccdc47 (ENSSLUG00000019745)	DCAF7 (ENSSLUG00000019921)	kcnh6a (ENSSLUG00000019924)	gfap (ENSSLUG00000019933)	MAP3K3 (ENSSLUG00000020016)	limd2 (ENSSLUG00000020066)	ddx42 (ENSSLUG00000020081)	strada (ENSSLUG00000020115)	rnf113a (ENSSLUG00000020241)	RUNDC3A (ENSSLUG00000020264) #19	ENSSLUG00000020302	ENSSLUG00000020304	FAM117A (ENSSLUG00000005353) #20	slc35b1 (ENSSLUG00000005412) #21	ndufa4a (ENSSLUG00000005761) #22	spop (ENSSLUG00000005769) #23	NXPH3 (ENSSLUG00000005780) #24	NGFR (ENSSLUG00000005786) #25	ENSSLUG00000005801	ENSSLUG00000005814	selenow2b (ENSSLUG00000005817) #27	slc4a1a (ENSSLUG00000005887) #28	ubtf (ENSSLUG00000006660) #29	atxn7l3a (ENSSLUG00000008615) #30	tmub2 (ENSSLUG00000008624) #31	asb16 (ENSSLUG00000008631) #32	ENSSLUG00000008643	asic2 (ENSSLUG00000008655)	MPP3 (ENSSLUG00000008728)	ZNF281 (ENSSLUG00000009419)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.D.a.b	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	15	tbc1d10b (ENSSAUG00010024483)	hsd3b7 (ENSSAUG00010024486)	ENSSAUG00010024488	ccdc47 (ENSSAUG00010024494)	DCAF7 (ENSSAUG00010024537)	kcnh6a (ENSSAUG00010024541)	gfap (ENSSAUG00010024635)	MAP3K3 (ENSSAUG00010024637)	limd2 (ENSSAUG00010024673)	ddx42 (ENSSAUG00010024680)	strada (ENSSAUG00010024692)	rnf113a (ENSSAUG00010024843)	RUNDC3A (ENSSAUG00010024854) #19	FAM117A (ENSSAUG00010024859) #20	slc35b1 (ENSSAUG00010024861) #21	NDUFA4 (ENSSAUG00010024913) #22	spop (ENSSAUG00010024916) #23	NXPH3 (ENSSAUG00010024922) #24	ENSSAUG00010024923 #25	ENSSAUG00010024925	selenow2b (ENSSAUG00010024926) #27	slc4a1a (ENSSAUG00010024983) #28	ubtf (ENSSAUG00010026035) #29	ENSSAUG00010026044	tmub2 (ENSSAUG00010011994) #31	asb16 (ENSSAUG00010011996) #32	ENSSAUG00010011999	asic2 (ENSSAUG00010012013)	MPP3 (ENSSAUG00010012740)	ENSSAUG00010013575	ZNF281 (ENSSAUG00010013577)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.D.a.b	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	483	ENSLCRG00005002997	ccdc47 (ENSLCRG00005003015)	DCAF7 (ENSLCRG00005003584)	kcnh6a (ENSLCRG00005003592)	gfap (ENSLCRG00005003602)	MAP3K3 (ENSLCRG00005003683)	limd2 (ENSLCRG00005003687)	ddx42 (ENSLCRG00005003693)	strada (ENSLCRG00005003724)	rnf113a (ENSLCRG00005003735)	RUNDC3A (ENSLCRG00005003918) #19	ENSLCRG00005004082	ENSLCRG00005004083	FAM117A (ENSLCRG00005004085) #20	slc35b1 (ENSLCRG00005004094) #21	ndufa4a (ENSLCRG00005004097) #22	spop (ENSLCRG00005004099) #23	NXPH3 (ENSLCRG00005004113) #24	NGFR (ENSLCRG00005004114) #25	ENSLCRG00005004115	ENSLCRG00005004116	selenow2b (ENSLCRG00005004118) #27	slc4a1a (ENSLCRG00005004134) #28	ubtf (ENSLCRG00005007204) #29	ENSLCRG00005007268	ENSLCRG00005007269	tmub2 (ENSLCRG00005007274) #31	asb16 (ENSLCRG00005007277) #32	ENSLCRG00005007280	ENSLCRG00005007285	asic2 (ENSLCRG00005007289)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.D.a.b	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.D.a.b	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	22	hsd3b7 (ENSMAMG00000026639)	ENSMAMG00000026851	ccdc47 (ENSMAMG00000021865)	ENSMAMG00000021872	kcnh6a (ENSMAMG00000021877)	gfap (ENSMAMG00000021880)	ENSMAMG00000021883	limd2 (ENSMAMG00000027978)	ddx42 (ENSMAMG00000021888)	strada (ENSMAMG00000021891)	rnf113a (ENSMAMG00000021895)	ENSMAMG00000021900 #19	ENSMAMG00000021902	ENSMAMG00000021903	FAM117A (ENSMAMG00000021905) #20	ndufa4a (ENSMAMG00000027103) #22	spop (ENSMAMG00000024435) #23	NXPH3 (ENSMAMG00000025415) #24	NGFR (ENSMAMG00000021967) #25	ENSMAMG00000021969	ENSMAMG00000028409	selenow2b (ENSMAMG00000021973) #27	slc4a1a (ENSMAMG00000021975) #28	ubtf (ENSMAMG00000021978) #29	atxn7l3a (ENSMAMG00000021987) #30	tmub2 (ENSMAMG00000022000) #31	asb16 (ENSMAMG00000022002) #32	ENSMAMG00000022005	ENSMAMG00000022009	ENSMAMG00000022010	asic2 (ENSMAMG00000022013)
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a	ENSGT00940000161586.c
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	19	hsd3b7 (ENSBSLG00000004134)	ENSBSLG00000004123	ccdc47 (ENSBSLG00000003952)	DCAF7 (ENSBSLG00000003896)	kcnh6a (ENSBSLG00000003761)	limd2 (ENSBSLG00000002990)	ddx42 (ENSBSLG00000002910)	strada (ENSBSLG00000002552)	rnf113a (ENSBSLG00000002381)	ENSBSLG00000002343	ENSBSLG00000002328	ENSBSLG00000002317	RUNDC3A (ENSBSLG00000002252) #19	ENSBSLG00000002163 #20	slc35b1 (ENSBSLG00000001723) #21	ndufa4a (ENSBSLG00000001686) #22	ENSBSLG00000019771 #24	selenow2b (ENSBSLG00000019649) #27	slc4a1a (ENSBSLG00000019645) #28	ENSBSLG00000019639 #28	NGFR (ENSBSLG00000019634) #25	NGFR (ENSBSLG00000019630) #25	ENSBSLG00000019621	selenow2b (ENSBSLG00000019617) #27	slc4a1a (ENSBSLG00000018726) #28	ubtf (ENSBSLG00000017490) #29	atxn7l3a (ENSBSLG00000017326) #30	tmub2 (ENSBSLG00000017318) #31	asb16 (ENSBSLG00000017302) #32	ENSBSLG00000017248	asic2 (ENSBSLG00000016744)
Climbing perch	MODERN SPECIES	21	ccdc47 (ENSATEG00000022816)	ENSATEG00000022830	kcnh6a (ENSATEG00000022847)	gfap (ENSATEG00000022863)	ENSATEG00000029387	limd2 (ENSATEG00000027118)	ddx42 (ENSATEG00000022920)	strada (ENSATEG00000029681)	rnf113a (ENSATEG00000022950)	ENSATEG00000022967 #19	ENSATEG00000022989	ENSATEG00000022992	ENSATEG00000022994	FAM117A (ENSATEG00000022997) #20	slc35b1 (ENSATEG00000023006) #21	ndufa4a (ENSATEG00000025791) #22	spop (ENSATEG00000026627) #23	NXPH3 (ENSATEG00000029156) #24	NGFR (ENSATEG00000023041) #25	ENSATEG00000029254	selenow2b (ENSATEG00000023056) #27	slc4a1a (ENSATEG00000023071) #28	ubtf (ENSATEG00000023156) #29	ATXN7L3 (ENSATEG00000027229)	tmub2 (ENSATEG00000023276) #31	asb16 (ENSATEG00000023280) #32	ENSATEG00000023285	asic2 (ENSATEG00000023292)	ENSATEG00000023295	ENSATEG00000023305	ENSATEG00000023310
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000179983	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT01010000228294	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263643	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT01010000228294	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00940000162556.A.a.b.a	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b.g	ENSGT00940000154991.a.a
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT01100000263610	ENSGT00940000177150	ENSGT01100000263981	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT01010000228294	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00940000162556.A.a.b.a	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b.g	ENSGT00940000154991.a.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	17	ccdc47 (ENSSDUG00000022154)	DCAF7 (ENSSDUG00000022173)	kcnh6a (ENSSDUG00000022184)	gfap (ENSSDUG00000022194)	MAP3K3 (ENSSDUG00000022201)	limd2 (ENSSDUG00000022217)	ddx42 (ENSSDUG00000022221)	strada (ENSSDUG00000022236)	rnf113a (ENSSDUG00000022244)	RUNDC3A (ENSSDUG00000022256) #19	ENSSDUG00000022261	ENSSDUG00000022264	ENSSDUG00000022266	FAM117A (ENSSDUG00000022268) #20	slc35b1 (ENSSDUG00000022272) #21	ndufa4a (ENSSDUG00000022275) #22	spop (ENSSDUG00000022277) #23	NXPH3 (ENSSDUG00000022289) #24	NGFR (ENSSDUG00000022292) #25	ENSSDUG00000022294	ENSSDUG00000022296	ENSSDUG00000022299	selenow2b (ENSSDUG00000022302) #27	slc4a1a (ENSSDUG00000022306) #28	ubtf (ENSSDUG00000022331) #29	atxn7l3a (ENSSDUG00000022355) #30	tmub2 (ENSSDUG00000022375) #31	asb16 (ENSSDUG00000022376) #32	ENSSDUG00000022381	ENSSDUG00000022393	asic2 (ENSSDUG00000022395)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2918	ccdc47 (ENSSLDG00000018287)	DCAF7 (ENSSLDG00000018322)	kcnh6a (ENSSLDG00000018349)	gfap (ENSSLDG00000018376)	MAP3K3 (ENSSLDG00000018411)	limd2 (ENSSLDG00000018468)	ddx42 (ENSSLDG00000018483)	strada (ENSSLDG00000018525)	rnf113a (ENSSLDG00000018582)	RUNDC3A (ENSSLDG00000018597) #19	ENSSLDG00000018613	ENSSLDG00000018619	ENSSLDG00000018628	FAM117A (ENSSLDG00000018636) #20	slc35b1 (ENSSLDG00000018647) #21	ndufa4a (ENSSLDG00000018674) #22	spop (ENSSLDG00000018685) #23
Barramundi perch	MODERN SPECIES	152	ccdc47 (ENSLCAG00010005802)	DCAF7 (ENSLCAG00010005906)	kcnh6a (ENSLCAG00010005917)	gfap (ENSLCAG00010005943)	MAP3K3 (ENSLCAG00010005970)	limd2 (ENSLCAG00010005992)	ddx42 (ENSLCAG00010006017)	strada (ENSLCAG00010006108)	rnf113a (ENSLCAG00010006145)	RUNDC3A (ENSLCAG00010006173) #19	ENSLCAG00010006190	ENSLCAG00010006193	ENSLCAG00010006196	ENSLCAG00010006199 #20	slc35b1 (ENSLCAG00010006204) #21	ndufa4a (ENSLCAG00010006209) #22	spop (ENSLCAG00010006224) #23	NXPH3 (ENSLCAG00010006245) #24	NGFR (ENSLCAG00010006249) #25	ENSLCAG00010006257	selenow2b (ENSLCAG00010006266) #27	slc4a1a (ENSLCAG00010006298) #28	ubtf (ENSLCAG00010006392) #29	ENSLCAG00010006414	tmub2 (ENSLCAG00010006418) #31	asb16 (ENSLCAG00010006422) #32	ENSLCAG00010006427	ENSLCAG00010006432	asic2 (ENSLCAG00010006437)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000160236	ENSGT00940000162290	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d	ENSGT00390000010440.h #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000167574	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00940000161586.c	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.f
Tongue sole	MODERN SPECIES	8	ccdc47 (ENSCSEG00000021603)	DCAF7 (ENSCSEG00000021602)	kcnh6a (ENSCSEG00000021601)	gfap (ENSCSEG00000021600)	MAP3K3 (ENSCSEG00000021599)	limd2 (ENSCSEG00000021581)	ddx42 (ENSCSEG00000021574)	strada (ENSCSEG00000021572)	rnf113a (ENSCSEG00000021570)	ENSCSEG00000021569	ENSCSEG00000021568	ENSCSEG00000021567	RUNDC3A (ENSCSEG00000021566) #19	ENSCSEG00000021564 #20	slc35b1 (ENSCSEG00000021562) #21	ndufa4a (ENSCSEG00000021561) #22	ENSCSEG00000021559 #24	NGFR (ENSCSEG00000021522) #25	ENSCSEG00000021519	selenow2b (ENSCSEG00000021516) #27	slc4a1a (ENSCSEG00000021512) #28	ubtf (ENSCSEG00000021498) #29	ENSCSEG00000021494	tmub2 (ENSCSEG00000021492) #31	asb16 (ENSCSEG00000021489) #32	ENSCSEG00000021486	ENSCSEG00000021483	olfm2a (ENSCSEG00000021480)	ZNF385C (ENSCSEG00000021383)	dhx58 (ENSCSEG00000021382)	mlx (ENSCSEG00000021380)
Turbot	MODERN SPECIES	10	ENSSMAG00000012820	HLF (ENSSMAG00000012803)	mmd (ENSSMAG00000012759)	TMEM100 (ENSSMAG00000012748)	PCTP (ENSSMAG00000012721)	CBX2 (ENSSMAG00000022066)	ENSSMAG00000012689	RBFOX3 (ENSSMAG00000012618)	ENSSMAG00000012597	ENSSMAG00000012518	ENSSMAG00000012442	ENSSMAG00000012449	ENSSMAG00000023265	FAM117A (ENSSMAG00000012429) #20	slc35b1 (ENSSMAG00000012406) #21	ndufa4a (ENSSMAG00000018128) #22	spop (ENSSMAG00000012241) #23	ENSSMAG00000025110	NXPH3 (ENSSMAG00000012235) #24	NGFR (ENSSMAG00000012202) #25	ENSSMAG00000012187	selenow2b (ENSSMAG00000012167) #27	slc4a1a (ENSSMAG00000012131) #28	ubtf (ENSSMAG00000012016) #29	ENSSMAG00000011961	tmub2 (ENSSMAG00000012009) #31	asb16 (ENSSMAG00000011943) #32	ENSSMAG00000011904	asic2 (ENSSMAG00000011371)	ENSSMAG00000011253	ENSSMAG00000022986
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	251														ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00390000010440 #27	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000165535
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	233	ENSGT00940000159805.c	ENSGT00940000160236.b	ENSGT00990000206702	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232.a	ENSGT00390000006939.h	ENSGT00940000157790	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000158377.a.b	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	606								gfap (ENSPKIG00000002738)	MAP3K3 (ENSPKIG00000002762)	TACO1 (ENSPKIG00000002814)	limd2 (ENSPKIG00000002830)	pth3r (ENSPKIG00000002847)	ddx42 (ENSPKIG00000002901)	rundc3ab (ENSPKIG00000002984) ##19	fam117ab (ENSPKIG00000003060) ##20	ndufa4b (ENSPKIG00000003130) ##22
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	12	tbc1d10b (ENSSFOG00015013650)	hsd3b7 (ENSSFOG00015013685)	ENSSFOG00015013711	pgap3 (ENSSFOG00015013733)	erbb2 (ENSSFOG00015013756)	dcaf7 (ENSSFOG00015032214)	ENSSFOG00015013817	gfap (ENSSFOG00015013855)	MAP3K3 (ENSSFOG00015013876)	TACO1 (ENSSFOG00015013916)	limd2 (ENSSFOG00015016642)	pth3r (ENSSFOG00015013985)	ddx42 (ENSSFOG00015014064)	rundc3ab (ENSSFOG00015014128) ##19	ENSSFOG00015014184 ##20	ndufa4b (ENSSFOG00015027987) ##22	spop (ENSSFOG00015014233) ##23	ENSSFOG00015014253 #24	ENSSFOG00015027842	ENSSFOG00015023195	ENSSFOG00015033179	ENSSFOG00015032144	NGFR (ENSSFOG00015021410) ##25	selenow2a (ENSSFOG00015028894) #27	KLHL10 (ENSSFOG00015021431)	KLHL10 (ENSSFOG00015021446)	slc4a1b (ENSSFOG00015021462) ##28	ubtf (ENSSFOG00015021525) #29	ATXN7L3 (ENSSFOG00015030337) #30	ENSSFOG00015021588	adprh (ENSSFOG00015030953)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e	ENSGT00940000166361	ENSGT00390000017837.a.w	ENSGT00940000156993.c
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Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e
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Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00980000202790	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156038.a.b.b.j	ENSGT00940000164679	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d
Tongue sole	MODERN SPECIES	18	plce1 (ENSCSEG00000006500)	pcdh15b (ENSCSEG00000006467)	ENSCSEG00000006459	ENSCSEG00000006445	ENSCSEG00000006443	znf281b (ENSCSEG00000006427)	ENSCSEG00000006417	ENSCSEG00000006400	ENSCSEG00000006332	ENSCSEG00000006323	psmc5 (ENSCSEG00000006318)	SMARCD2 (ENSCSEG00000006246)	psmc5 (ENSCSEG00000006228)	SMARCD2 (ENSCSEG00000006220)	atxn7l3b (ENSCSEG00000006212) #30	ndufa4b (ENSCSEG00000006204) ##22	ENSCSEG00000006199	SPOP (ENSCSEG00000006193) ##23	ENSCSEG00000006189
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d
Barramundi perch	MODERN SPECIES	525										dcaf7 (ENSLCAG00010014416)	ENSLCAG00010014414	TACO1 (ENSLCAG00010014413)	pth3r (ENSLCAG00010014411)	rundc3ab (ENSLCAG00010014409) ##19	ENSLCAG00010014408 ##20	ndufa4b (ENSLCAG00010014407) ##22	ENSLCAG00010014403	SPOP (ENSLCAG00010014399) ##23	ENSLCAG00010014396 ##24	ENSLCAG00010014395	ENSLCAG00010014392	ENSLCAG00010014367	ENSLCAG00010014361	ENSLCAG00010014358	ngfrb (ENSLCAG00010014352) ##25	slc4a1b (ENSLCAG00010014348) ##28	ENSLCAG00010014346	atxn7l3b (ENSLCAG00010014342) #30	ENSLCAG00010013976
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e
Greater amberjack	MODERN SPECIES	27	PAQR4 (ENSSDUG00000022934)	ENSSDUG00000022927	TGFB1I1 (ENSSDUG00000022922)	ELOB (ENSSDUG00000022919)	pkmyt1 (ENSSDUG00000022916)	ENSSDUG00000022914	mylpfb (ENSSDUG00000022903)	pgap3 (ENSSDUG00000022901)	erbb2 (ENSSDUG00000022891)	dcaf7 (ENSSDUG00000022887)	ENSSDUG00000022883	TACO1 (ENSSDUG00000022880)	pth3r (ENSSDUG00000022857)	rundc3ab (ENSSDUG00000022848) ##19	ENSSDUG00000022845 ##20	ndufa4b (ENSSDUG00000022841) ##22	ENSSDUG00000022836	SPOP (ENSSDUG00000022832) ##23	ENSSDUG00000022827 ##24	ENSSDUG00000022823	ENSSDUG00000022778	ENSSDUG00000022766	ENSSDUG00000022749	ngfrb (ENSSDUG00000022748) ##25	slc4a1b (ENSSDUG00000022741) ##28	ENSSDUG00000022735	atxn7l3b (ENSSDUG00000022728) #30	SMARCD2 (ENSSDUG00000022719)	psmc5 (ENSSDUG00000022708)	MPP3 (ENSSDUG00000022679)	ENSSDUG00000022655
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2524	ENSSLDG00000017922	TGFB1I1 (ENSSLDG00000017965)	ENSSLDG00000017998	pkmyt1 (ENSSLDG00000018021)	ENSSLDG00000018033	ENSSLDG00000018048	mylpfb (ENSSLDG00000018056)	pgap3 (ENSSLDG00000018066)	erbb2 (ENSSLDG00000018095)	dcaf7 (ENSSLDG00000018199)	ENSSLDG00000018215	TACO1 (ENSSLDG00000018233)	pth3r (ENSSLDG00000018240)	rundc3ab (ENSSLDG00000018257) ##19	ENSSLDG00000018289 ##20	ndufa4b (ENSSLDG00000018301) ##22	ENSSLDG00000018310	SPOP (ENSSLDG00000018331) ##23	ENSSLDG00000018345 ##24	ENSSLDG00000018363	ngfrb (ENSSLDG00000018405) ##25	slc4a1b (ENSSLDG00000018419) ##28	ENSSLDG00000018481	atxn7l3b (ENSSLDG00000018574) #30	SMARCD2 (ENSSLDG00000018584)	psmc5 (ENSSLDG00000018602)	MPP3 (ENSSLDG00000018653)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	10	ENSMAMG00000013417	ENSMAMG00000013438	ENSMAMG00000013454	ENSMAMG00000013466	ENSMAMG00000013484	ENSMAMG00000013488	ENSMAMG00000013497	pgap3 (ENSMAMG00000013504)	erbb2 (ENSMAMG00000013531)	ENSMAMG00000013636	ENSMAMG00000013656	ENSMAMG00000013684	pth3r (ENSMAMG00000013726)	rundc3ab (ENSMAMG00000013812) ##19	ENSMAMG00000013934 ##20	ndufa4b (ENSMAMG00000013949) ##22	ENSMAMG00000013961	SPOP (ENSMAMG00000021915) ##23	ENSMAMG00000013998 ##24	ENSMAMG00000014020	ngfrb (ENSMAMG00000014053) ##25	slc4a1b (ENSMAMG00000014062) ##28	ENSMAMG00000014097	atxn7l3b (ENSMAMG00000014126) #30	ENSMAMG00000014154	psmc5 (ENSMAMG00000014203)	ENSMAMG00000014251	ENSMAMG00000014304	ENSMAMG00000014486	znf281b (ENSMAMG00000014508)	ENSMAMG00000014516
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e	ENSGT00940000166361
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	9	PAQR4 (ENSBSLG00000018353)	ENSBSLG00000018382	TGFB1I1 (ENSBSLG00000018442)	ELOB (ENSBSLG00000018487)	pkmyt1 (ENSBSLG00000018496)	ENSBSLG00000018505	ENSBSLG00000018512	ENSBSLG00000018515	mylpfb (ENSBSLG00000004909)	pgap3 (ENSBSLG00000005006)	erbb2 (ENSBSLG00000005326)	ENSBSLG00000006169	TACO1 (ENSBSLG00000006171)	rundc3ab (ENSBSLG00000006177) ##19	fam117ab (ENSBSLG00000006227) ##20	ndufa4b (ENSBSLG00000006230) ##22	ENSBSLG00000006350	SPOP (ENSBSLG00000006511) ##23	NXPH3 (ENSBSLG00000006615) ##24	ngfrb (ENSBSLG00000006635) ##25	slc4a1b (ENSBSLG00000006778) ##28	ENSBSLG00000007745	atxn7l3b (ENSBSLG00000007801) #30	SMARCD2 (ENSBSLG00000007933)	psmc5 (ENSBSLG00000008596)	MPP3 (ENSBSLG00000008760)	muc13b (ENSBSLG00000008961)	znf281b (ENSBSLG00000009071)	ENSBSLG00000009085	ENSBSLG00000009158	nmt1b (ENSBSLG00000009590)
Climbing perch	MODERN SPECIES	10	ENSATEG00000019609	ENSATEG00000019654	ENSATEG00000019662	ENSATEG00000019691	ENSATEG00000019706	ENSATEG00000019748	ENSATEG00000019753	ENSATEG00000019764	ENSATEG00000019808	ENSATEG00000019890	ENSATEG00000019921	ENSATEG00000019980	ENSATEG00000019992	rundc3ab (ENSATEG00000020006) ##19	ENSATEG00000025270 ##20	ndufa4b (ENSATEG00000020044) ##22	ENSATEG00000020061	SPOP (ENSATEG00000020080) ##23	ENSATEG00000020098 ##24	ENSATEG00000020157	ENSATEG00000020572	ENSATEG00000020644	ngfrb (ENSATEG00000020725) ##25	slc4a1b (ENSATEG00000020739) ##28	ENSATEG00000028197	atxn7l3b (ENSATEG00000020765) #30	ENSATEG00000020779	psmc5 (ENSATEG00000020792)	ENSATEG00000020833	ENSATEG00000020855	znf281b (ENSATEG00000020866)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000182154	ENSGT00940000165769
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000016326	ENSGT00940000157978.b	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e	ENSGT00940000166361
Tetraodon	MODERN SPECIES	13	ppp1cab (ENSTNIG00000018938)	pelo (ENSTNIG00000018937)	PAQR4 (ENSTNIG00000000846)	TGFB1I1 (ENSTNIG00000018936)	ENSTNIG00000018935	pkmyt1 (ENSTNIG00000018934)	ENSTNIG00000000722	mylpfb (ENSTNIG00000000835)	pgap3 (ENSTNIG00000018933)	erbb2 (ENSTNIG00000018932)	KCNH2 (ENSTNIG00000018931)	TACO1 (ENSTNIG00000018930)	pth3r (ENSTNIG00000018929)	rundc3ab (ENSTNIG00000018928) ##19	fam117ab (ENSTNIG00000018927) ##20	ndufa4b (ENSTNIG00000018926) ##22	SPOP (ENSTNIG00000018925) ##23	ngfrb (ENSTNIG00000018924) ##25	slc4a1b (ENSTNIG00000018923) ##28	atxn7l3b (ENSTNIG00000018922) #30	SMARCD2 (ENSTNIG00000018921)	psmc5 (ENSTNIG00000018920)	MPP3 (ENSTNIG00000018919)	ENSTNIG00000018918	ENSTNIG00000001290	znf281b (ENSTNIG00000018917)	ENSTNIG00000018916	ENSTNIG00000018915	nmt1b (ENSTNIG00000018914)	pcdh15b (ENSTNIG00000018912)	plce1 (ENSTNIG00000018911)
Fugu	MODERN SPECIES		PAQR4 (ENSTRUG00000005707)	ENSTRUG00000021798	ENSTRUG00000005647	TGFB1I1 (ENSTRUG00000005520)	ENSTRUG00000021422	pkmyt1 (ENSTRUG00000024878)	ENSTRUG00000024642	mylpfb (ENSTRUG00000004965)	pgap3 (ENSTRUG00000004859)	erbb2 (ENSTRUG00000004330)	KCNH2 (ENSTRUG00000031535)	TACO1 (ENSTRUG00000004051)	pth3r (ENSTRUG00000002272)	rundc3ab (ENSTRUG00000001646) ##19	fam117ab (ENSTRUG00000019601) ##20	ndufa4b (ENSTRUG00000021066) ##22	ENSTRUG00000019665	SPOP (ENSTRUG00000001512) ##23	ngfrb (ENSTRUG00000022461) ##25	NXPH3 (ENSTRUG00000027658) ##24	slc4a1b (ENSTRUG00000002827) ##28	ENSTRUG00000022626	atxn7l3b (ENSTRUG00000025133) #30	SMARCD2 (ENSTRUG00000005247)	psmc5 (ENSTRUG00000005619)	MPP3 (ENSTRUG00000005965)	slc4a1b (ENSTRUG00000026909) ##28	atxn7l3b (ENSTRUG00000030636) #30	SMARCD2 (ENSTRUG00000030431)	MPP3 (ENSTRUG00000026528)	ENSTRUG00000006253
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000182154
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	5	ENSLBEG00000022344	TGFB1I1 (ENSLBEG00000022275)	ELOB (ENSLBEG00000022223)	pkmyt1 (ENSLBEG00000022199)	ENSLBEG00000022092	ENSLBEG00000022059	ENSLBEG00000022038	mylpfb (ENSLBEG00000022011)	pgap3 (ENSLBEG00000021980)	erbb2 (ENSLBEG00000021858)	ENSLBEG00000021796	TACO1 (ENSLBEG00000021786)	pth3r (ENSLBEG00000021706)	rundc3ab (ENSLBEG00000021683) ##19	ENSLBEG00000021662 ##20	ndufa4b (ENSLBEG00000021652) ##22	ENSLBEG00000021626	SPOP (ENSLBEG00000021598) ##23	ENSLBEG00000021575 ##24	ENSLBEG00000021511	ENSLBEG00000021463	ngfrb (ENSLBEG00000021441) ##25	slc4a1b (ENSLBEG00000020948) ##28	ENSLBEG00000020716	atxn7l3b (ENSLBEG00000020685) #30	SMARCD2 (ENSLBEG00000020464)	psmc5 (ENSLBEG00000020388)	MPP3 (ENSLBEG00000020280)	ENSLBEG00000020229	ENSLBEG00000019672	ENSLBEG00000019580
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT01030000235331
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT01030000235331	ENSGT00940000161586.d
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT01030000235331	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e
Stickleback	MODERN SPECIES	5	PAQR4 (ENSGACG00000007239)	TGFB1I1 (ENSGACG00000007235)	ELOB (ENSGACG00000007227)	pkmyt1 (ENSGACG00000007222)	ENSGACG00000007220	ENSGACG00000007217	mylpfb (ENSGACG00000007182)	pgap3 (ENSGACG00000007172)	erbb2 (ENSGACG00000007160)	dcaf7 (ENSGACG00000007116)	ENSGACG00000007113	TACO1 (ENSGACG00000007104)	pth3r (ENSGACG00000007096)	rundc3ab (ENSGACG00000007088) ##19	fam117ab (ENSGACG00000007083) ##20	ndufa4b (ENSGACG00000007080) ##22	ENSGACG00000007076	ENSGACG00000007075	SPOP (ENSGACG00000007059) ##23	NXPH3 (ENSGACG00000007057) ##24	ENSGACG00000007050	ngfrb (ENSGACG00000007042) ##25	slc4a1b (ENSGACG00000007018) ##28	ENSGACG00000007007	atxn7l3b (ENSGACG00000007000) #30	SMARCD2 (ENSGACG00000006989)	psmc5 (ENSGACG00000006910)	MPP3 (ENSGACG00000006899)	ENSGACG00000006895	ENSGACG00000006865	ENSGACG00000006864
Lumpfish	MODERN SPECIES	10	TGFB1I1 (ENSCLMG00005003846)	ELOB (ENSCLMG00005003894)	pkmyt1 (ENSCLMG00005003898)	ENSCLMG00005003899	ENSCLMG00005003900	ENSCLMG00005003901	mylpfb (ENSCLMG00005003903)	pgap3 (ENSCLMG00005003938)	erbb2 (ENSCLMG00005004004)	DCAF7 (ENSCLMG00005012678)	ENSCLMG00005012680	TACO1 (ENSCLMG00005012681)	pth3r (ENSCLMG00005012682)	rundc3ab (ENSCLMG00005012683) ##19	fam117ab (ENSCLMG00005012685) ##20	ndufa4b (ENSCLMG00005012686) ##22	ENSCLMG00005012687	SPOP (ENSCLMG00005012688) ##23	ENSCLMG00005012689 ##24	ngfrb (ENSCLMG00005012690) ##25	slc4a1b (ENSCLMG00005012693) ##28	ENSCLMG00005013911	atxn7l3b (ENSCLMG00005013912) #30	SMARCD2 (ENSCLMG00005013932)	psmc5 (ENSCLMG00005015987)	MPP3 (ENSCLMG00005016020)	ENSCLMG00005016031	ENSCLMG00005016074	ENSCLMG00005016076	ENSCLMG00005016078	ENSCLMG00005016106
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT01030000235331	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	10	pelo (ENSCGOG00000010254)	PAQR4 (ENSCGOG00000010246)	TGFB1I1 (ENSCGOG00000010228)	ELOB (ENSCGOG00000010225)	pkmyt1 (ENSCGOG00000010224)	ENSCGOG00000010222	mylpfb (ENSCGOG00000010095)	pgap3 (ENSCGOG00000010087)	erbb2 (ENSCGOG00000008638)	dcaf7 (ENSCGOG00000008523)	ENSCGOG00000008519	TACO1 (ENSCGOG00000008518)	pth3r (ENSCGOG00000008516)	rundc3ab (ENSCGOG00000019834) ##19	ENSCGOG00000019830 ##20	ndufa4b (ENSCGOG00000019827) ##22	SPOP (ENSCGOG00000019771) ##23	ENSCGOG00000019770 ##24	ENSCGOG00000019769	ENSCGOG00000019744	ENSCGOG00000019737	ENSCGOG00000019736	ENSCGOG00000019713	ENSCGOG00000019711	ENSCGOG00000019690	ngfrb (ENSCGOG00000019685) ##25	slc4a1b (ENSCGOG00000019646) ##28	ENSCGOG00000019645	atxn7l3b (ENSCGOG00000019642) #30	SMARCD2 (ENSCGOG00000018497)	psmc5 (ENSCGOG00000017692)
Pike perch	MODERN SPECIES	3	TGFB1I1 (ENSSLUG00000020631)	ELOB (ENSSLUG00000020628)	pkmyt1 (ENSSLUG00000020626)	ENSSLUG00000020622	ENSSLUG00000020620	ENSSLUG00000020617	ENSSLUG00000020610	pgap3 (ENSSLUG00000020593)	erbb2 (ENSSLUG00000011455)	dcaf7 (ENSSLUG00000011091)	KCNH2 (ENSSLUG00000011040)	TACO1 (ENSSLUG00000011036)	pth3r (ENSSLUG00000010855)	rundc3ab (ENSSLUG00000010810) ##19	ENSSLUG00000010795 ##20	ndufa4b (ENSSLUG00000010789) ##22	ENSSLUG00000010779	SPOP (ENSSLUG00000010764) ##23	ENSSLUG00000010757 ##24	ENSSLUG00000010753	ENSSLUG00000010747	ENSSLUG00000010648	ENSSLUG00000010624	ngfrb (ENSSLUG00000010602) ##25	slc4a1b (ENSSLUG00000010500) ##28	ENSSLUG00000010468	atxn7l3b (ENSSLUG00000010460) #30	SMARCD2 (ENSSLUG00000008881)	psmc5 (ENSSLUG00000007878)	MPP3 (ENSSLUG00000007476)	ENSSLUG00000007412
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.s	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	12	PAQR4 (ENSSAUG00010025708)	ENSSAUG00010025713	TGFB1I1 (ENSSAUG00010025718)	ELOB (ENSSAUG00010025733)	pkmyt1 (ENSSAUG00010025735)	ENSSAUG00010025736	ENSSAUG00010025738	mylpfb (ENSSAUG00010025741)	pgap3 (ENSSAUG00010025745)	erbb2 (ENSSAUG00010025759)	KCNH2 (ENSSAUG00010025877)	TACO1 (ENSSAUG00010025878)	pth3r (ENSSAUG00010025885)	rundc3ab (ENSSAUG00010025979) ##19	ENSSAUG00010025982 ##20	ndufa4b (ENSSAUG00010025985) ##22	ENSSAUG00010002622	SPOP (ENSSAUG00010002640) ##23	ENSSAUG00010002657 ##24	ENSSAUG00010002661	ENSSAUG00010002688	ENSSAUG00010002757	ENSSAUG00010002971	ENSSAUG00010002990	ENSSAUG00010003119	ngfrb (ENSSAUG00010003121) ##25	slc4a1b (ENSSAUG00010003202) ##28	ENSSAUG00010004942	atxn7l3b (ENSSAUG00010004946) #30	SMARCD2 (ENSSAUG00010004972)	psmc5 (ENSSAUG00010006373)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.t.a	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.s	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT01030000235331
European seabass	MODERN SPECIES	11	ENSDLAG00005007289	ENSDLAG00005007319	ENSDLAG00005007498	ENSDLAG00005007502	ENSDLAG00005026794	ENSDLAG00005007525	pgap3 (ENSDLAG00005007633)	erbb2 (ENSDLAG00005007841)	ENSDLAG00005012196	ENSDLAG00005012200	ENSDLAG00005012218	pth3r (ENSDLAG00005012235)	rundc3ab (ENSDLAG00005012756) ##19	ENSDLAG00005012843 ##20	ENSDLAG00005013020 ##24	ndufa4b (ENSDLAG00005012859) ##22	ENSDLAG00005012916	ENSDLAG00005013004 ##23	ENSDLAG00005034472	ENSDLAG00005013022	ENSDLAG00005029060	ENSDLAG00005013039	ENSDLAG00005003795	ENSDLAG00005013082	ENSDLAG00005031240	ENSDLAG00005013164	ngfrb (ENSDLAG00005013172) ##25	slc4a1b (ENSDLAG00005013213) ##28	SMARCD2 (ENSDLAG00005026806)	psmc5 (ENSDLAG00005014093)	ENSDLAG00005014419
Large yellow croaker	MODERN SPECIES		ENSLCRG00005016358	adad1 (ENSLCRG00005016359)	tlx2 (ENSLCRG00005016361)	npm1b (ENSLCRG00005016362)	fgf24 (ENSLCRG00005016366)	pcgf1 (ENSLCRG00005016372)	lbx2 (ENSLCRG00005016380)	nanos1 (ENSLCRG00005016382)	ctsz (ENSLCRG00005016384)	dcaf7 (ENSLCRG00005016386)	KCNH2 (ENSLCRG00005016392)	TACO1 (ENSLCRG00005016394)	pth3r (ENSLCRG00005016399)	rundc3ab (ENSLCRG00005016409) ##19	ENSLCRG00005016416 ##20	ndufa4b (ENSLCRG00005016421) ##22	ENSLCRG00005016422	SPOP (ENSLCRG00005016426) ##23	ENSLCRG00005016460 ##24	ENSLCRG00005000066	ENSLCRG00005000070	ENSLCRG00005000072	ENSLCRG00005000076	RNF157 (ENSLCRG00005000115)	srsf2a (ENSLCRG00005000152)	st6galnac1.1 (ENSLCRG00005000155)	ENSLCRG00005000162	st6galnac1.1 (ENSLCRG00005000168)	olig2 (ENSLCRG00005000176)	ENSLCRG00005000179	olig1 (ENSLCRG00005000184)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000182154	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156038.a.b.b.j	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000182154	ENSGT00940000165769
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Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.j	ENSGT00940000157790.sb.a	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450.b	ENSGT00940000169450.a	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT01030000235331	ENSGT00710000106813.B.b
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Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000157790.sb.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00940000173105	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.cb.a	ENSGT00940000164679.n.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679.n.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.cb.b	ENSGT00940000156038.a.b.b.j	ENSGT00940000164679.n.a.a	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.bb	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450.b
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	137	ENSGT00940000157978.b	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00940000173105
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Platyfish	MODERN SPECIES	1	pelo (ENSXMAG00000018474)	PAQR4 (ENSXMAG00000023650)	ENSXMAG00000018464	TGFB1I1 (ENSXMAG00000018458)	ELOB (ENSXMAG00000018454)	pkmyt1 (ENSXMAG00000018446)	ENSXMAG00000024731	mylpfb (ENSXMAG00000021883)	pgap3 (ENSXMAG00000026396)	erbb2 (ENSXMAG00000018390)	ENSXMAG00000018383	TACO1 (ENSXMAG00000029575)	pth3r (ENSXMAG00000025154)	rundc3ab (ENSXMAG00000018332) ##19	ENSXMAG00000018330 ##20	ndufa4b (ENSXMAG00000018329) ##22	ENSXMAG00000029816	SPOP (ENSXMAG00000018312) ##23	ENSXMAG00000024772 ##24	ENSXMAG00000028846	ENSXMAG00000028139	ENSXMAG00000029419	ENSXMAG00000026541	ENSXMAG00000023801	ngfrb (ENSXMAG00000017049) ##25	slc4a1b (ENSXMAG00000017002) ##28	ENSXMAG00000016991	ENSXMAG00000024453	atxn7l3b (ENSXMAG00000016988) #30	SMARCD2 (ENSXMAG00000016961)	psmc5 (ENSXMAG00000016945)
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Mummichog	MODERN SPECIES	397	TGFB1I1 (ENSFHEG00000009650)	ELOB (ENSFHEG00000009631)	pkmyt1 (ENSFHEG00000009609)	ENSFHEG00000009606	ENSFHEG00000009599	mylpfb (ENSFHEG00000009584)	pgap3 (ENSFHEG00000009553)	erbb2 (ENSFHEG00000009522)	erbb2 (ENSFHEG00000009288)	DCAF7 (ENSFHEG00000009224)	KCNH6 (ENSFHEG00000009215)	ENSFHEG00000009201	pth3r (ENSFHEG00000009189)	rundc3ab (ENSFHEG00000009117) ##19	ENSFHEG00000008921 ##20	ndufa4b (ENSFHEG00000008915) ##22	ENSFHEG00000008887	ENSFHEG00000008833 ##23	ENSFHEG00000008805 ##24
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	240		ELOB (ENSCVAG00000005500)	pkmyt1 (ENSCVAG00000005491)	ENSCVAG00000005485	mylpfb (ENSCVAG00000005476)	ENSCVAG00000000988	pgap3 (ENSCVAG00000005452)	erbb2 (ENSCVAG00000005423)	ENSCVAG00000005403	dcaf7 (ENSCVAG00000000155)	ENSCVAG00000005374	TACO1 (ENSCVAG00000005360)	pth3r (ENSCVAG00000005352)	rundc3ab (ENSCVAG00000005322) ##19	ENSCVAG00000000933 ##20	ndufa4b (ENSCVAG00000005279) ##22	ENSCVAG00000005267	ext2 (ENSCVAG00000005242)	ALX4 (ENSCVAG00000005157)	caprin1a (ENSCVAG00000005129)	nucb2a (ENSCVAG00000005024)	PLEKHA7 (ENSCVAG00000005004)	sox6 (ENSCVAG00000004943)	ENSCVAG00000004905	CYP2R1 (ENSCVAG00000004875)	PDE3B (ENSCVAG00000004812)	copb1 (ENSCVAG00000000142)	rras2 (ENSCVAG00000004694)	TUB (ENSCVAG00000004646)	ENSCVAG00000004626	lmo1 (ENSCVAG00000004614)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157978.b	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00940000156038.a.b.b.j	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000182154	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	4	PAQR4 (ENSKMAG00000021290)	ENSKMAG00000021275	TGFB1I1 (ENSKMAG00000021260)	ELOB (ENSKMAG00000021249)	pkmyt1 (ENSKMAG00000021235)	ENSKMAG00000021227	ENSKMAG00000021219	mylpfb (ENSKMAG00000021210)	pgap3 (ENSKMAG00000021195)	erbb2 (ENSKMAG00000021178)	ENSKMAG00000021161	TACO1 (ENSKMAG00000021152)	pth3r (ENSKMAG00000021140)	rundc3ab (ENSKMAG00000021114) ##19	ENSKMAG00000021098 ##20	ndufa4b (ENSKMAG00000021090) ##22	ENSKMAG00000021077	ENSKMAG00000021068	SPOP (ENSKMAG00000021057) ##23	NXPH3 (ENSKMAG00000021048) ##24	ENSKMAG00000021044	ENSKMAG00000021031	ENSKMAG00000021018	ENSKMAG00000021005	ENSKMAG00000020995	ENSKMAG00000020976	ENSKMAG00000020959	ENSKMAG00000020942	ENSKMAG00000020868	ngfrb (ENSKMAG00000020839) ##25	slc4a1b (ENSKMAG00000020820) ##28
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1621	ENSNFUG00015018803	ENSNFUG00015018844	MPP3 (ENSNFUG00015018854)	PSMC5 (ENSNFUG00015018990)	SMARCD2 (ENSNFUG00015019172)	atxn7l3b (ENSNFUG00015020980) #30	slc4a1b (ENSNFUG00015021007) ##28	NGFR (ENSNFUG00015021859) ##25	ENSNFUG00015021861	ENSNFUG00015021864	ENSNFUG00015021881	NXPH4 (ENSNFUG00015021883) ##24	SPOP (ENSNFUG00015021887) ##23	RAP2IP (ENSNFUG00015021901) ##19	ENSNFUG00015021999 ##20	NDUFA4 (ENSNFUG00015022001) ##22	ENSNFUG00015022004	pth3r (ENSNFUG00015022023)	TACO1 (ENSNFUG00015022273)	ENSNFUG00015022275	DCAF7 (ENSNFUG00015022279)	ERBB2 (ENSNFUG00015022315)	ENSNFUG00015023037	PGAP3 (ENSNFUG00015023043)	mylpfb (ENSNFUG00015023064)	ENSNFUG00015023071	OLA.27416 (ENSNFUG00015023073)	PKMYT1 (ENSNFUG00015023077)	ELOB (ENSNFUG00015023079)	TGFB1I1 (ENSNFUG00015023082)	ENSNFUG00015023086
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000016326	ENSGT00940000157978.b	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679.r.a.a	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.fb	ENSGT00940000164679.r.a.b.a	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.gb	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000164512.d
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000016326	ENSGT00940000157978.b	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.fb	ENSGT00940000164679.r.a.b.a	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.gb	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT01030000235331
Indian medaka	MODERN SPECIES	17	PAQR4 (ENSOMEG00000021594)	ENSOMEG00000021628	TGFB1I1 (ENSOMEG00000021704)	ELOB (ENSOMEG00000021737)	pkmyt1 (ENSOMEG00000021762)	ENSOMEG00000021769	ENSOMEG00000021785	mylpfb (ENSOMEG00000021803)	pgap3 (ENSOMEG00000021848)	erbb2 (ENSOMEG00000021935)	ENSOMEG00000021954	TACO1 (ENSOMEG00000021984)	pth3r (ENSOMEG00000022022)	rundc3ab (ENSOMEG00000022064) ##19	ENSOMEG00000022080 ##20	ndufa4b (ENSOMEG00000022090) ##22	ENSOMEG00000022139	SPOP (ENSOMEG00000022194) ##23	ENSOMEG00000022203 ##24	ENSOMEG00000022350	ENSOMEG00000022399	ENSOMEG00000022439	ENSOMEG00000022458	ENSOMEG00000022469	ENSOMEG00000022482	ENSOMEG00000022584	ngfrb (ENSOMEG00000022613) ##25	slc4a1b (ENSOMEG00000000599) ##28	ENSOMEG00000022642	atxn7l3b (ENSOMEG00000022658) #30	SMARCD2 (ENSOMEG00000022684)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	10	pelo (ENSOJAG00000023604)	PAQR4 (ENSOJAG00000023594)	ENSOJAG00000023589	TGFB1I1 (ENSOJAG00000023561)	ELOB (ENSOJAG00000023551)	pkmyt1 (ENSOJAG00000023546)	ENSOJAG00000023542	mylpfb (ENSOJAG00000023531)	pgap3 (ENSOJAG00000023525)	erbb2 (ENSOJAG00000022944)	kcnh2a (ENSOJAG00000022755)	TACO1 (ENSOJAG00000022744)	pth3r (ENSOJAG00000022691)	rundc3ab (ENSOJAG00000022673) ##19	ENSOJAG00000022666 ##20	ndufa4b (ENSOJAG00000022664) ##22	ENSOJAG00000022662	SPOP (ENSOJAG00000022636) ##23	ENSOJAG00000022634 ##24	ENSOJAG00000022630	ENSOJAG00000022623	ENSOJAG00000022610	ENSOJAG00000022602	ENSOJAG00000022581	ENSOJAG00000022529	ENSOJAG00000022507	ENSOJAG00000022499	ngfrb (ENSOJAG00000022492) ##25	slc4a1b (ENSOJAG00000022453) ##28	ENSOJAG00000022442	atxn7l3b (ENSOJAG00000022437) #30
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000016326	ENSGT00940000157978.b	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.fb.b	ENSGT00940000164679.r.a.b.a	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.fb.a.b	ENSGT00940000156038.a.b.b.j	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.gb	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1248	pelo (ENSOSIG00000014434)	PAQR4 (ENSOSIG00000014439)	ENSOSIG00000014440	TGFB1I1 (ENSOSIG00000014446)	ELOB (ENSOSIG00000014448)	pkmyt1 (ENSOSIG00000014449)	ENSOSIG00000014450	mylpfb (ENSOSIG00000014452)	pgap3 (ENSOSIG00000014497)	erbb2 (ENSOSIG00000014515)	KCNH2 (ENSOSIG00000016332)	TACO1 (ENSOSIG00000016333)	pth3r (ENSOSIG00000016334)	rundc3ab (ENSOSIG00000016335) ##19	ENSOSIG00000016336 ##20	ndufa4b (ENSOSIG00000016339) ##22	SPOP (ENSOSIG00000016343) ##23	ENSOSIG00000016348
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	10	ppp1cab (ENSORLG00000005854)	pelo (ENSORLG00000005827)	PAQR4 (ENSORLG00000005803)	ENSORLG00000005780	TGFB1I1 (ENSORLG00000005775)	ELOB (ENSORLG00000030015)	pkmyt1 (ENSORLG00000005741)	ENSORLG00000005738	pgap3 (ENSORLG00000005720)	erbb2 (ENSORLG00000005702)	ENSORLG00000005659	TACO1 (ENSORLG00000005652)	pth3r (ENSORLG00000005645)	rundc3ab (ENSORLG00000005637) ##19	ENSORLG00000005608 ##20	ndufa4b (ENSORLG00000025082) ##22	ENSORLG00000005597	SPOP (ENSORLG00000005591) ##23	ENSORLG00000005557 ##24	ENSORLG00000005533	ENSORLG00000024647	ENSORLG00000022165	ENSORLG00000030359	ENSORLG00000022011	ENSORLG00000028292	ngfrb (ENSORLG00000027270) ##25	slc4a1b (ENSORLG00000005495) ##28	ENSORLG00000005485	atxn7l3b (ENSORLG00000005478) #30	SMARCD2 (ENSORLG00000005467)	psmc5 (ENSORLG00000005441)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000164512.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT01030000235331
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679.t	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.mb	ENSGT01030000236274	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.lb	ENSGT00940000164679.s	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k.d ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679.t	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.mb	ENSGT01030000236274	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.lb	ENSGT00940000164679.s	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841.e.b	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k.d ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679.t	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.mb	ENSGT01030000236274	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.lb	ENSGT00940000164679.s	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	810	ENSHBUG00000005929	TGFB1I1 (ENSHBUG00000005958)	ENSHBUG00000005976	pkmyt1 (ENSHBUG00000006044)	ENSHBUG00000006057	ENSHBUG00000006072	ENSHBUG00000006090	mylpfb (ENSHBUG00000006128)	pgap3 (ENSHBUG00000006153)	erbb2 (ENSHBUG00000006177)	ENSHBUG00000006213	TACO1 (ENSHBUG00000006221)	pth3r (ENSHBUG00000006384)	rundc3ab (ENSHBUG00000006419) ##19	ENSHBUG00000006446 ##20	ndufa4b (ENSHBUG00000006459) ##22	ENSHBUG00000000749	SPOP (ENSHBUG00000006480) ##23	ENSHBUG00000006487 ##24
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841.e.b	ENSGT00940000164841.e.a	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k.d ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679.t	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.mb	ENSGT01030000236274	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841.e.b	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k.d ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679.t	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.mb	ENSGT00530000064692.B.a.a.b.a.c.b.c.a	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.lb.a.a	ENSGT00940000164679.s.a	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b.lb.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F
Eastern happy	MODERN SPECIES	15	ENSACLG00000010326	TGFB1I1 (ENSACLG00000010336)	ENSACLG00000010350	pkmyt1 (ENSACLG00000010357)	ENSACLG00000010360	ENSACLG00000010373	mylpfb (ENSACLG00000010379)	pgap3 (ENSACLG00000010390)	erbb2 (ENSACLG00000010392)	dcaf7 (ENSACLG00000010462)	ENSACLG00000010527	TACO1 (ENSACLG00000010544)	pth3r (ENSACLG00000010562)	rundc3ab (ENSACLG00000010574) ##19	ENSACLG00000010599 ##20	ndufa4b (ENSACLG00000010626) ##22	ENSACLG00000010638	SPOP (ENSACLG00000010661) ##23	ENSACLG00000010676 ##24	ENSACLG00000010778	ENSACLG00000011265	ENSACLG00000011366	ENSACLG00000011416	ngfrb (ENSACLG00000011419) ##25	slc4a1b (ENSACLG00000011432) ##28	ENSACLG00000011456	atxn7l3b (ENSACLG00000011477) #30	SMARCD2 (ENSACLG00000011493)	psmc5 (ENSACLG00000011499)	MPP3 (ENSACLG00000011529)	ENSACLG00000011619
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1111	cep55l (ENSMZEG00005015154)	ENSMZEG00005015110	ENSMZEG00005015102	ENSMZEG00005015032	MPP3 (ENSMZEG00005014985)	psmc5 (ENSMZEG00005014956)	SMARCD2 (ENSMZEG00005014945)	atxn7l3b (ENSMZEG00005014933) #30	ENSMZEG00005014921	slc4a1b (ENSMZEG00005014912) ##28	ngfrb (ENSMZEG00005014900) ##25	pth3r (ENSMZEG00005014890)	rundc3ab (ENSMZEG00005014869) ##19	ENSMZEG00005014858	ENSMZEG00005014848 ##20	ndufa4b (ENSMZEG00005014842) ##22	ENSMZEG00005014828	SPOP (ENSMZEG00005014808) ##23	ENSMZEG00005014797 ##24	ENSMZEG00005014769	ENSMZEG00005014744	ENSMZEG00005014730	ENSMZEG00005014720	ENSMZEG00005014702	ENSMZEG00005014693	NXPH3 (ENSMZEG00005014690) ##24	SPOP (ENSMZEG00005014681) ##23	ENSMZEG00005014654	FAM117A (ENSMZEG00005014647) ##20	rundc3ab (ENSMZEG00005014584) ##19	pth3r (ENSMZEG00005014515)
P. nyererei	MODERN SPECIES	535	pelo (ENSPNYG00000017325)	PAQR4 (ENSPNYG00000017362)	ENSPNYG00000017381	TGFB1I1 (ENSPNYG00000017436)	ENSPNYG00000017484	pkmyt1 (ENSPNYG00000017506)	ENSPNYG00000017574	mylpfb (ENSPNYG00000017583)	pgap3 (ENSPNYG00000017590)	erbb2 (ENSPNYG00000017639)	ENSPNYG00000017782	TACO1 (ENSPNYG00000017801)	pth3r (ENSPNYG00000017830)	rundc3ab (ENSPNYG00000017950) ##19	ENSPNYG00000018087	ndufa4b (ENSPNYG00000018094) ##22	SPOP (ENSPNYG00000018135) ##23	ENSPNYG00000018292 ##24
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	436	PAQR4 (ENSNBRG00000011793)	ENSNBRG00000011745	TGFB1I1 (ENSNBRG00000011639)	ENSNBRG00000011604	pkmyt1 (ENSNBRG00000011577)	ENSNBRG00000011566	ENSNBRG00000011548	mylpfb (ENSNBRG00000011528)	pgap3 (ENSNBRG00000011491)	erbb2 (ENSNBRG00000011460)	ENSNBRG00000011139	TACO1 (ENSNBRG00000011026)	pth3r (ENSNBRG00000010880)	rundc3ab (ENSNBRG00000010786) ##19	ENSNBRG00000010761 ##20	ndufa4b (ENSNBRG00000010686) ##22	ENSNBRG00000010666	SPOP (ENSNBRG00000010651) ##23	ENSNBRG00000010634 ##24	ENSNBRG00000010597	ENSNBRG00000010570
Nile tilapia	MODERN SPECIES	20	ENSONIG00000011519	TGFB1I1 (ENSONIG00000011521)	ENSONIG00000011524	pkmyt1 (ENSONIG00000011527)	ENSONIG00000039985	ENSONIG00000011530	mylpfb (ENSONIG00000011532)	pgap3 (ENSONIG00000011535)	erbb2 (ENSONIG00000011537)	dcaf7 (ENSONIG00000011567)	ENSONIG00000011568	TACO1 (ENSONIG00000011570)	pth3r (ENSONIG00000011572)	rundc3ab (ENSONIG00000011581) ##19	ENSONIG00000011585 ##20	ndufa4b (ENSONIG00000031058) ##22	ENSONIG00000011586	SPOP (ENSONIG00000011587) ##23	ENSONIG00000011590 ##24	ENSONIG00000027714	ENSONIG00000038239	ENSONIG00000016477	ENSONIG00000028852	ngfrb (ENSONIG00000031781) ##25	slc4a1b (ENSONIG00000016469) ##28	ENSONIG00000016468	atxn7l3b (ENSONIG00000036417) #30	SMARCD2 (ENSONIG00000016465)	psmc5 (ENSONIG00000035978)	MPP3 (ENSONIG00000016460)	ENSONIG00000016455
Midas cichlid	MODERN SPECIES	71	PAQR4 (ENSACIG00000014371)	ENSACIG00000014355	TGFB1I1 (ENSACIG00000014337)	ENSACIG00000014326	pkmyt1 (ENSACIG00000014312)	ENSACIG00000014292	ENSACIG00000014280	pgap3 (ENSACIG00000014254)	erbb2 (ENSACIG00000014118)	dcaf7 (ENSACIG00000014092)	KCNH2 (ENSACIG00000014075)	TACO1 (ENSACIG00000014052)	pth3r (ENSACIG00000014009)	rundc3ab (ENSACIG00000013902) ##19	ENSACIG00000013882 ##20	ndufa4b (ENSACIG00000013800) ##22	ENSACIG00000013788	SPOP (ENSACIG00000013766) ##23	ENSACIG00000013753 ##24	ENSACIG00000013745	ENSACIG00000013730	ENSACIG00000013714	ENSACIG00000013697	ngfrb (ENSACIG00000013690) ##25	slc4a1b (ENSACIG00000013654) ##28	atxn7l3b (ENSACIG00000013637) #30	SMARCD2 (ENSACIG00000013435)	psmc5 (ENSACIG00000013393)	MPP3 (ENSACIG00000013248)	ENSACIG00000013220	ENSACIG00000013206
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679	ENSGT00940000177899	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000169450	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00520000055649.b	ENSGT00940000160447	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000155158.q.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000159846.a.a.d	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00390000003044	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164679
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1665						ENSAOCG00000005624	mylpfb (ENSAOCG00000005637)	pgap3 (ENSAOCG00000005663)	erbb2 (ENSAOCG00000005685)	dcaf7 (ENSAOCG00000005728)	KCNH2 (ENSAOCG00000006042)	TACO1 (ENSAOCG00000006109)	pth3r (ENSAOCG00000006126)	rundc3ab (ENSAOCG00000002346) ##19	ENSAOCG00000002203 ##20	ndufa4b (ENSAOCG00000006205) ##22	ENSAOCG00000006230	SPOP (ENSAOCG00000006266) ##23	NXPH3 (ENSAOCG00000000297) ##24	ENSAOCG00000006427	tmigd1 (ENSAOCG00000006460)	ENSAOCG00000006480	cct8 (ENSAOCG00000006551)	ENSAOCG00000006575	aldocb (ENSAOCG00000006588)	pigs (ENSAOCG00000000331)	srsf1b (ENSAOCG00000000337)	dynll2b (ENSAOCG00000000341)	ENSAOCG00000006775	heatr6 (ENSAOCG00000006882)	ddx52 (ENSAOCG00000000356)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	10	ENSAPEG00000011299	TGFB1I1 (ENSAPEG00000011357)	ENSAPEG00000011413	pkmyt1 (ENSAPEG00000011438)	RHOG (ENSAPEG00000011455)	ENSAPEG00000011559	mylpfb (ENSAPEG00000011641)	pgap3 (ENSAPEG00000012807)	erbb2 (ENSAPEG00000012879)	dcaf7 (ENSAPEG00000012985)	ENSAPEG00000013007	TACO1 (ENSAPEG00000013022)	pth3r (ENSAPEG00000013042)	rundc3ab (ENSAPEG00000013139) ##19	ENSAPEG00000013151 ##20	ndufa4b (ENSAPEG00000013164) ##22	ENSAPEG00000013182	SPOP (ENSAPEG00000013194) ##23	NXPH3 (ENSAPEG00000013244) ##24	ENSAPEG00000013248	ENSAPEG00000013269	ENSAPEG00000013294	QRFPR (ENSAPEG00000013309)	polr3a (ENSAPEG00000013351)	ZMIZ1 (ENSAPEG00000013474)	PPIF (ENSAPEG00000013551)	ZCCHC24 (ENSAPEG00000013587)	ENSAPEG00000013594	DLG5 (ENSAPEG00000013628)	KCNMA1 (ENSAPEG00000013824)	ZNF503 (ENSAPEG00000014033)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	402	ENSAPOG00000022988	TGFB1I1 (ENSAPOG00000022933)	ELOB (ENSAPOG00000022871)	pkmyt1 (ENSAPOG00000022863)	ENSAPOG00000022850	ENSAPOG00000022804	mylpfb (ENSAPOG00000022794)	pgap3 (ENSAPOG00000000649)	erbb2 (ENSAPOG00000022725)	dcaf7 (ENSAPOG00000022618)	ENSAPOG00000022597	TACO1 (ENSAPOG00000022562)	pth3r (ENSAPOG00000022539)	rundc3ab (ENSAPOG00000022350) ##19	ENSAPOG00000022310 ##20	ndufa4b (ENSAPOG00000022293) ##22	ENSAPOG00000000633	SPOP (ENSAPOG00000022249) ##23	NXPH3 (ENSAPOG00000022238) ##24	ENSAPOG00000022229	ENSAPOG00000022210	ENSAPOG00000022201	ngfrb (ENSAPOG00000022183) ##25	slc4a1b (ENSAPOG00000022140) ##28	ENSAPOG00000021727	atxn7l3b (ENSAPOG00000021683) #30	SMARCD2 (ENSAPOG00000021653)	psmc5 (ENSAPOG00000021593)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	556				SLC45A4 (ENSSPAG00000015134)	ENSSPAG00000015102	cfap20 (ENSSPAG00000015090)	dgat1a (ENSSPAG00000015022)	zgc:63863 (ENSSPAG00000014986)	pgap3 (ENSSPAG00000014967)	erbb2 (ENSSPAG00000014915)	ENSSPAG00000014887	TACO1 (ENSSPAG00000014875)	pth3r (ENSSPAG00000014705)	rundc3ab (ENSSPAG00000014585) ##19	ENSSPAG00000014555 ##20	ndufa4b (ENSSPAG00000014529) ##22	ENSSPAG00000014509	SPOP (ENSSPAG00000014477) ##23	NXPH3 (ENSSPAG00000014470) ##24	ENSSPAG00000014404	ngfrb (ENSSPAG00000014389) ##25	slc4a1b (ENSSPAG00000013930) ##28	ENSSPAG00000013674	atxn7l3b (ENSSPAG00000013652) #30	SMARCD2 (ENSSPAG00000013616)	psmc5 (ENSSPAG00000013577)	ENSSPAG00000013524
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	10	ELOB (ENSMMDG00005024353)	pkmyt1 (ENSMMDG00005024351)	RHOG (ENSMMDG00005024350)	ENSMMDG00005024349	ENSMMDG00005024348	ENSMMDG00005024346	mylpfb (ENSMMDG00005024344)	pgap3 (ENSMMDG00005024338)	erbb2 (ENSMMDG00005024319)	dcaf7 (ENSMMDG00005024313)	ENSMMDG00005024311	TACO1 (ENSMMDG00005024310)	pth3r (ENSMMDG00005024308)	rundc3ab (ENSMMDG00005024305) ##19	ENSMMDG00005024304 ##20	ndufa4b (ENSMMDG00005024302) ##22	ENSMMDG00005024301	SPOP (ENSMMDG00005024296) ##23	ENSMMDG00005024292 ##24	ENSMMDG00005024283	ENSMMDG00005024271	ENSMMDG00005024265	ngfrb (ENSMMDG00005024262) ##25	slc4a1b (ENSMMDG00005024239) ##28	ENSMMDG00005024237 #29	atxn7l3b (ENSMMDG00005024235) #30	SMARCD2 (ENSMMDG00005024054)	psmc5 (ENSMMDG00005023958)	MPP3 (ENSMMDG00005023854)	ENSMMDG00005023811	ENSMMDG00005023804
Cod	MODERN SPECIES	9	ENSGMOG00000031818	ENSGMOG00000001605	ENSGMOG00000027670	ENSGMOG00000034461	ENSGMOG00000036498	ENSGMOG00000014387	ENSGMOG00000025596	map2k4b (ENSGMOG00000008589)	adprm (ENSGMOG00000019361)	ENSGMOG00000024566	ENSGMOG00000019360	ENSGMOG00000024505	ENSGMOG00000019351	ENSGMOG00000019347	ENSGMOG00000022721	ENSGMOG00000004451 ##22	ENSGMOG00000028370	ENSGMOG00000036863	ENSGMOG00000018186 ##23	ENSGMOG00000005140 ##25	ENSGMOG00000025496	slc16a12b (ENSGMOG00000005222)	PANK1 (ENSGMOG00000029465)	ENSGMOG00000035176	rpp30 (ENSGMOG00000005379)	ENSGMOG00000010461	ENSGMOG00000031214	ENSGMOG00000011719	ENSGMOG00000022630	ENSGMOG00000014001	ENSGMOG00000014033
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00390000018316.a.e	ENSGT00940000159427	ENSGT01100000263491.a.a.c.a	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a	ENSGT00940000157790	ENSGT00940000159665.p	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00940000154376.a.b ##23	ENSGT00940000164679	ENSGT00950000183155.a.a.a.a.b	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000167603	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000157190.d	ENSGT00940000165769	ENSGT00710000106813.B.b	ENSGT00940000161586.d	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.b.e.d	ENSGT00940000166361	ENSGT00940000164099.b
Northern pike	MODERN SPECIES	4	ENSELUG00000023244	TGFB1I1 (ENSELUG00000023328)	pkmyt1 (ENSELUG00000023367)	ENSELUG00000000991	ENSELUG00000023405	mylpfb (ENSELUG00000023430)	pgap3 (ENSELUG00000023501)	erbb2 (ENSELUG00000023565)	dcaf7 (ENSELUG00000023589)	ENSELUG00000023610	ENSELUG00000023623	ENSELUG00000023640	pth3r (ENSELUG00000023655)	rundc3ab (ENSELUG00000001556) ##19	ENSELUG00000023781 ##20	ndufa4b (ENSELUG00000001001) ##22	SPOP (ENSELUG00000023946) ##23	ENSELUG00000028413	ENSELUG00000024005	ngfrb (ENSELUG00000024059) ##25	slc4a1b (ENSELUG00000001882) ##28	ENSELUG00000001839	ATXN7L3 (ENSELUG00000032089) #30	SMARCD2 (ENSELUG00000001803)	psmc5 (ENSELUG00000001785)	MPP3 (ENSELUG00000004710)	ENSELUG00000004836	muc13b (ENSELUG00000028180)	znf281b (ENSELUG00000004876)	ENSELUG00000004891	ENSELUG00000005007
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00570000079101.a.a	ENSGT00390000011297	ENSGT00940000157795.g.a	ENSGT00530000063627.b	ENSGT00940000159141.j.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a.h	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000155348.B.d	ENSGT00940000160643.j	ENSGT00940000159914	ENSGT00940000154352.A	ENSGT00940000165576.b.b.b	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000164208	ENSGT00390000017328.a.b
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	82	ENSGT00390000011297	ENSGT00940000157795.g.a	ENSGT00530000063627.b	ENSGT00940000159141.j.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a.h	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a.d.b	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00940000164679.db	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000155348.B.d	ENSGT00940000160643.j	ENSGT00940000159914	ENSGT00940000154352.A	ENSGT00940000165576.b.b.b	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000160279.g	ENSGT00390000016438
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00390000011297	ENSGT00940000157795.g.a	ENSGT00530000063627.b	ENSGT00940000159141.j.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a.h	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304.c	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a.d.b	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT01060000248786.a	ENSGT00940000164679.db	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000155348.B.d	ENSGT00940000160643.j	ENSGT00940000159914	ENSGT00940000154352.A	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00940000165576.b.b.b	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000157539
Channel catfish	MODERN SPECIES	4	adprh (ENSIPUG00000020384)	adprh (ENSIPUG00000020338)	DOC2A (ENSIPUG00000020318)	sult1st6 (ENSIPUG00000020306)	sult1st6 (ENSIPUG00000020293)	ENSIPUG00000020287	ENSIPUG00000020285	ENSIPUG00000020270	mylpfb (ENSIPUG00000020240)	pgap3 (ENSIPUG00000020224)	ERBB2 (ENSIPUG00000020034)	KCNH6 (ENSIPUG00000020019)	ENSIPUG00000020014	pth3r (ENSIPUG00000019944)	rundc3ab (ENSIPUG00000019926) ##19	ndufa4b (ENSIPUG00000019890) ##22	ENSIPUG00000017734	mki67 (ENSIPUG00000017711)	tut1 (ENSIPUG00000017671)	pyyb (ENSIPUG00000017640)	mpp2b (ENSIPUG00000017578)	psmc5 (ENSIPUG00000017518)	Smarcd2 (ENSIPUG00000017435)	atxn7l3b (ENSIPUG00000017418) #30	slc4a1b (ENSIPUG00000017400) ##28	NGFR (ENSIPUG00000017383) ##25	ENSIPUG00000017366	ENSIPUG00000017348	ENSIPUG00000017321	ENSIPUG00000017287	rfng (ENSIPUG00000017242)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00570000079101.a.a	ENSGT00390000011297	ENSGT00940000157795.h	ENSGT00940000159141.j.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a.h	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304.c	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a.d.b	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT01060000248786.a	ENSGT00940000164679.db	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000155348.B.d	ENSGT00940000160643.j	ENSGT00940000159914	ENSGT00940000154352.A	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00940000165576.b.b.b	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000157539
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00940000157795.g.a	ENSGT00530000063627.b	ENSGT00940000174866	ENSGT00940000159141.j.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a.h	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304.c	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a.d.b	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT01060000248786.a.d	ENSGT01060000248786.a.c	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000155348.B.d	ENSGT00940000160643.j	ENSGT00940000159914	ENSGT00940000154352.A	ENSGT00940000165576.b.b.b	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000160279.g
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	19	ENSAMXG00000042008	ENSAMXG00000038557	exoc6 (ENSAMXG00000011954)	cyp26a1 (ENSAMXG00000011960)	reep3b (ENSAMXG00000040684)	JMJD1C (ENSAMXG00000011988)	egr2b (ENSAMXG00000039367)	nrbf2b (ENSAMXG00000032436)	ENSAMXG00000040739	ENSAMXG00000041834	cabcoco1 (ENSAMXG00000012013)	tmem26b (ENSAMXG00000034287)	RHOBTB1 (ENSAMXG00000040637)	ANK3 (ENSAMXG00000012035)	fam117ab (ENSAMXG00000012089) ##20	ndufa4b (ENSAMXG00000012092) ##22	ENSAMXG00000042147 ##24	ENSAMXG00000012094	ENSAMXG00000043846	ngfrb (ENSAMXG00000012101) ##25	slc4a1b (ENSAMXG00000012104) ##28	atxn7l3b (ENSAMXG00000012107) #30	SMARCD2 (ENSAMXG00000012109)	psmc5 (ENSAMXG00000012111)	mpp2b (ENSAMXG00000012112)	pyyb (ENSAMXG00000012114)	tut1 (ENSAMXG00000042139)	ENSAMXG00000043023	ENSAMXG00000042888	GJD3 (ENSAMXG00000025621)	top2a (ENSAMXG00000012125)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	528			ENSPNAG00000001301	ENSPNAG00000009146	ENSPNAG00000009156	mylpfb (ENSPNAG00000009183)	pgap3 (ENSPNAG00000009226)	ENSPNAG00000009272	erbb2 (ENSPNAG00000009391)	DCAF7 (ENSPNAG00000009434)	ENSPNAG00000009454	TACO1 (ENSPNAG00000009464)	pth3r (ENSPNAG00000009539)	rundc3ab (ENSPNAG00000009595) ##19	fam117ab (ENSPNAG00000009612) ##20	ndufa4b (ENSPNAG00000009640) ##22	ENSPNAG00000009649 ##24	ENSPNAG00000009668	ENSPNAG00000009684
Electric eel	MODERN SPECIES	132	adprh (ENSEEEG00000022690)	ENSEEEG00000022691	ENSEEEG00000022698	ENSEEEG00000022701	ENSEEEG00000022702	ENSEEEG00000022703	ENSEEEG00000022704	mylpfb (ENSEEEG00000022708)	pgap3 (ENSEEEG00000022771)	erbb2 (ENSEEEG00000022773)	DCAF7 (ENSEEEG00000022802)	ENSEEEG00000022806	pth3r (ENSEEEG00000022808)	rundc3ab (ENSEEEG00000022810) ##19	fam117ab (ENSEEEG00000022811) ##20	ndufa4b (ENSEEEG00000022813) ##22	NXPH3 (ENSEEEG00000022814) ##24	ENSEEEG00000022815	ENSEEEG00000022816	ENSEEEG00000022854	ENSEEEG00000022856	ngfrb (ENSEEEG00000022859) ##25	slc4a1b (ENSEEEG00000022871) ##28	atxn7l3b (ENSEEEG00000022887) #30	SMARCD2 (ENSEEEG00000022935)	psmc5 (ENSEEEG00000023161)	mpp2b (ENSEEEG00000023191)	pyyb (ENSEEEG00000023193)	tut1 (ENSEEEG00000023196)	mki67 (ENSEEEG00000023197)	ENSEEEG00000023198
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	29								ENSGT00940000153582.b.b.a.b.b	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00730000110974.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b ##28	ENSGT00940000158654	ENSGT01020000230346.F	ENSGT00940000155348.B.d	ENSGT00940000160643.j	ENSGT00940000159914	ENSGT00390000018386	ENSGT00940000157839	ENSGT00390000018266	ENSGT00940000154915	ENSGT00550000074840	ENSGT00390000000237	ENSGT00940000153500.a.a.w.b.h	ENSGT00940000155830.e.a
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	178	ENSGT00940000167583.a	ENSGT00940000158833.a.b.a.a.b.a	ENSGT00390000015845.e	ENSGT00950000183195.b.b.j	ENSGT00940000166406.j	ENSGT00940000158879	ENSGT01000000215509.b.a.a.a.a	ENSGT00390000014549.db	ENSGT00390000001304.b	ENSGT00940000158232.f	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820.b	ENSGT00940000164841.b	ENSGT00940000158922.c.a ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k.f ##20	ENSGT00940000154268.k.b.a ##22	ENSGT00730000110974.b.a ##25	ENSGT00940000157423.a.b.b ##28	ENSGT00940000158253.eb.a ##30	ENSGT00940000158654.k	ENSGT01020000230346.F.y	ENSGT00940000155348.B.d.e	ENSGT00940000160643.j.c	ENSGT00940000159914.b	ENSGT00940000154352.A.e.b	ENSGT00940000157839.c	ENSGT00390000018266.x.a	ENSGT00940000154915.vb	ENSGT00550000074840	ENSGT00390000000237	ENSGT00940000153500.a.a.w.b.h.d
Goldfish	MODERN SPECIES	3	PPP1R9B (ENSCARG00000007864)	ENSCARG00000007919	arg1 (ENSCARG00000007937)	p4ha1a (ENSCARG00000007970)	ENSCARG00000008504	ENSCARG00000008507	nudt13 (ENSCARG00000008512)	ENSCARG00000008514	dnajc9 (ENSCARG00000008523)	pgap3 (ENSCARG00000008528)	erbb2 (ENSCARG00000008719)	ENSCARG00000013887	pth3r (ENSCARG00000013930)	rundc3ab (ENSCARG00000014663) ##19	fam117ab (ENSCARG00000014688) ##20	ndufa4b (ENSCARG00000014701) ##22	ngfrb (ENSCARG00000014719) ##25	slc4a1b (ENSCARG00000014732) ##28	atxn7l3b (ENSCARG00000014790) ##30	SMARCD2 (ENSCARG00000014806)	psmc5 (ENSCARG00000015460)	mpp2b (ENSCARG00000015550)	pyyb (ENSCARG00000015600)	mki67 (ENSCARG00000015604)	eef2k (ENSCARG00000015629)	mosmob (ENSCARG00000016330)	uqcrc2b (ENSCARG00000016422)	snu13b (ENSCARG00000019018)	crym (ENSCARG00000019036)	rac1a (ENSCARG00000019053)	ENSCARG00000019081
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	292	ENSGT00940000167583.a	ENSGT00940000158833.a.b.a.a.b.a	ENSGT00390000015845.e	ENSGT00950000183195.b.b.j	ENSGT00940000166406.j	ENSGT00940000158879	ENSGT01000000215509.b.a.a.a.a	ENSGT00390000014549.db	ENSGT00390000001304.b	ENSGT00940000158232.f	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820.b	ENSGT00940000164841.b	ENSGT00940000158922.c.a ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k.f ##20	ENSGT00940000154268.k.b.a ##22	ENSGT00730000110974.b.a ##25	ENSGT00940000157423.a.b.b ##28	ENSGT00940000158253.eb.a ##30	ENSGT00940000158654.k	ENSGT01020000230346.F.y	ENSGT00940000155348.B.d.e	ENSGT00940000160643.j.c	ENSGT00940000159914.b	ENSGT00940000154352.A.e.b	ENSGT00940000157839.c	ENSGT00390000018266.x.a	ENSGT00940000154915.vb	ENSGT00550000074840.o.b	ENSGT00550000074840.o.a	ENSGT00390000000237
Common carp reference	MODERN SPECIES	25	ENSCCRG00000004257	heatr1 (ENSCCRG00000004291)	arg1 (ENSCCRG00000069343)	p4ha1a (ENSCCRG00000025795)	nudt13 (ENSCCRG00000026759)	ENSCCRG00000001907	dnajc9 (ENSCCRG00000026775)	ENSCCRG00000026784	pgap3 (ENSCCRG00000056148)	erbb2 (ENSCCRG00000048529)	ENSCCRG00000002486	ENSCCRG00000002494	pth3r (ENSCCRG00000002505)	rundc3ab (ENSCCRG00000039006) ##19	fam117ab (ENSCCRG00000039001) ##20	ndufa4b (ENSCCRG00000038996) ##22	ngfrb (ENSCCRG00000071358) ##25	slc4a1b (ENSCCRG00000017289) ##28	ENSCCRG00000072232	psmc5 (ENSCCRG00000081360)	mpp2b (ENSCCRG00000028656)	pyyb (ENSCCRG00000050944)	tut1 (ENSCCRG00000080917)	ndc80 (ENSCCRG00000050957)	ENSCCRG00000073241	mki67 (ENSCCRG00000028641)	eef2k (ENSCCRG00000028638)	mosmob (ENSCCRG00000028636)	snu13b (ENSCCRG00000059367)	uqcrc2b (ENSCCRG00000022474)	crym (ENSCCRG00000055391)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	5						ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00390000014549.eb	ENSGT00940000153582.b.b.a.b.b	ENSGT00390000001304.a	ENSGT00940000158232.e	ENSGT00940000165921.f	ENSGT00390000012820.a	ENSGT00940000164841.a	ENSGT00940000158922.c.b ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k.e ##20	ENSGT00940000154268.k.b.b ##22	ENSGT00730000110974.b.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b.a ##28	ENSGT00940000158253.eb.b ##30	ENSGT00940000158654.l	ENSGT01020000230346.F.z	ENSGT00940000155348.B.d.f	ENSGT00940000160643.j.d	ENSGT00940000159914.a	ENSGT00390000018386.`b	ENSGT00940000154352.A.e.a	ENSGT00940000157839.d	ENSGT00390000018266.x.b	ENSGT00940000154915.wb	ENSGT00940000153500.a.a.w.b.h.c	ENSGT00940000155830.e.a.c
Goldfish	MODERN SPECIES	30	ENSCARG00000006879	prdm9 (ENSCARG00000006886)	PPP1R9B (ENSCARG00000006906)	heatr1 (ENSCARG00000007191)	arg1 (ENSCARG00000011074)	p4ha1a (ENSCARG00000011144)	ENSCARG00000012735	dnajc9 (ENSCARG00000012747)	si:ch211-207i20.2 (ENSCARG00000012760)	pgap3 (ENSCARG00000012771)	erbb2 (ENSCARG00000012928)	ENSCARG00000016896	pth3r (ENSCARG00000016920)	rundc3ab (ENSCARG00000017119) ##19	fam117ab (ENSCARG00000017171) ##20	ndufa4b (ENSCARG00000017190) ##22	ngfrb (ENSCARG00000017208) ##25	slc4a1b (ENSCARG00000017230) ##28	atxn7l3b (ENSCARG00000017293) ##30	SMARCD2 (ENSCARG00000017314)	psmc5 (ENSCARG00000017411)	mpp2b (ENSCARG00000017735)	pyyb (ENSCARG00000017847)	tut1 (ENSCARG00000017854)	ndc80 (ENSCARG00000017879)	mki67 (ENSCARG00000017959)	eef2k (ENSCARG00000018019)	mosmob (ENSCARG00000018376)	uqcrc2b (ENSCARG00000018423)	snu13b (ENSCARG00000018707)	ENSCARG00000018730
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	14						ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00390000014549.eb	ENSGT00940000153582.b.b.a.b.b	ENSGT00390000001304.a	ENSGT00940000158232.e	ENSGT00940000165921.f	ENSGT00390000012820.a	ENSGT00940000164841.a	ENSGT00940000158922.c.b ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k.e ##20	ENSGT00940000154268.k.b.b ##22	ENSGT00730000110974.b.b ##25	ENSGT00940000157423.a.b.a ##28	ENSGT00940000158253.eb.b ##30	ENSGT00940000158654.l	ENSGT01020000230346.F.z	ENSGT00940000155348.B.d.f	ENSGT00940000160643.j.d	ENSGT00940000159914.a	ENSGT00390000018386.`b	ENSGT00940000154352.A.e.a	ENSGT00940000157839.d	ENSGT00940000154915.wb	ENSGT00940000153500.a.a.w.b.h.c	ENSGT00940000155830.e.a.c	ENSGT00940000154741.d.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	44	ENSCCRG00000079880	prdm9 (ENSCCRG00000031677)	ENSCCRG00000026712	heatr1 (ENSCCRG00000026734)	arg1 (ENSCCRG00000073828)	p4ha1a (ENSCCRG00000001633)	ENSCCRG00000026766	si:ch211-207i20.2 (ENSCCRG00000001922)	pgap3 (ENSCCRG00000026788)	erbb2 (ENSCCRG00000001972)	ENSCCRG00000007630	ENSCCRG00000007634	pth3r (ENSCCRG00000007645)	rundc3ab (ENSCCRG00000007734) ##19	fam117ab (ENSCCRG00000007777) ##20	ndufa4b (ENSCCRG00000007780) ##22	ngfrb (ENSCCRG00000064907) ##25	slc4a1b (ENSCCRG00000010681) ##28	atxn7l3b (ENSCCRG00000031286) ##30	ENSCCRG00000020106	psmc5 (ENSCCRG00000064132)	mpp2b (ENSCCRG00000076080)	pyyb (ENSCCRG00000054435)	tut1 (ENSCCRG00000028651)	ndc80 (ENSCCRG00000028648)	mki67 (ENSCCRG00000060335)	eef2k (ENSCCRG00000070112)	uqcrc2b (ENSCCRG00000079971)	snu13b (ENSCCRG00000077601)	rac1a (ENSCCRG00000076289)	ENSCCRG00000022645
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1318												ENSSGRG00000023848	pth3r (ENSSGRG00000023850)	rundc3ab (ENSSGRG00000023854) ##19	fam117ab (ENSSGRG00000023861) ##20	ndufa4b (ENSSGRG00000023863) ##22	ngfrb (ENSSGRG00000023868) ##25	slc4a1b (ENSSGRG00000023872) ##28	atxn7l3b (ENSSGRG00000023874) ##30	SMARCD2 (ENSSGRG00000023892)	psmc5 (ENSSGRG00000024276)	mpp2b (ENSSGRG00000024282)	pyyb (ENSSGRG00000024617)	tut1 (ENSSGRG00000024618)	mki67 (ENSSGRG00000024619)	eef2k (ENSSGRG00000024621)	mosmob (ENSSGRG00000024969)	ndc80 (ENSSGRG00000024974)	uqcrc2b (ENSSGRG00000024994)	snu13b (ENSSGRG00000026243)	crym (ENSSGRG00000026249)
Zebrafish	MODERN SPECIES	3	taco1 (ENSDARG00000062943)	ENSDARG00000010296	erbb2 (ENSDARG00000026294)	pgap3 (ENSDARG00000057531)	si:ch211-207i20.2 (ENSDARG00000099986)	dnajc9 (ENSDARG00000031293)	ENSDARG00000071733	nudt13 (ENSDARG00000057417)	p4ha1a (ENSDARG00000033537)	arg1 (ENSDARG00000057429)	heatr1 (ENSDARG00000099742)	PPP1R9B (ENSDARG00000071709)	prdm9 (ENSDARG00000005382)	rundc3ab (ENSDARG00000002546) ##19	fam117ab (ENSDARG00000079252) ##20	ndufa4b (ENSDARG00000056108) ##22	ngfrb (ENSDARG00000089223) ##25	slc4a1b (ENSDARG00000024560) ##28	atxn7l3b (ENSDARG00000079131) #30	SMARCD2 (ENSDARG00000088877)	psmc5 (ENSDARG00000015315)	ENSDARG00000096505	mpp2b (ENSDARG00000010957)	pyyb (ENSDARG00000035832)	tut1 (ENSDARG00000057321)	ndc80 (ENSDARG00000071694)	mki67 (ENSDARG00000091150)	eef2k (ENSDARG00000035835)	mosmob (ENSDARG00000035837)	uqcrc2b (ENSDARG00000071691)	snu13b (ENSDARG00000023299)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	196	ENSGT00940000157795.h	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b	ENSGT00530000063627.b	ENSGT00940000159141.j.b	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.b.b.a.h	ENSGT00940000164923.a.a	ENSGT00940000159038.a.a	ENSGT00390000001304	ENSGT00940000158232	ENSGT00390000006939.i.a.f.a	ENSGT00940000157790	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000158922.c ##19	ENSGT00950000183046.a.b.k ##20	ENSGT00940000154268.k.b ##22	ENSGT00950000182883.a.a.b ##24	ENSGT00950000182937.A.a.o.e	ENSGT00940000155061.a.b.k.b	ENSGT01050000244965.a.a	ENSGT01030000234578.A.b.a.a.a.a.a	ENSGT00950000183185.c.a.b.a.b	ENSGT00940000169341
Denticle herring	MODERN SPECIES	11	ENSDCDG00000002436	ENSDCDG00000013234	mylpfb (ENSDCDG00000013182)	pgap3 (ENSDCDG00000013162)	erbb2 (ENSDCDG00000006021)	dcaf7 (ENSDCDG00000005630)	ENSDCDG00000005624	TACO1 (ENSDCDG00000005619)	pth3r (ENSDCDG00000005586)	rundc3ab (ENSDCDG00000005567) ##19	ENSDCDG00000005564	ENSDCDG00000005562	ENSDCDG00000005561	ENSDCDG00000005560	ENSDCDG00000005558	ndufa4b (ENSDCDG00000005557) ##22	NXPH3 (ENSDCDG00000005555) ##24	ENSDCDG00000005506	ENSDCDG00000005036	zgc:92749 (ENSDCDG00000005004)	ENSDCDG00000005001	ENSDCDG00000004934	ENSDCDG00000004921	ENSDCDG00000004920	ENSDCDG00000004916	ENSDCDG00000004913	ENSDCDG00000004911	ENSDCDG00000004910	ENSDCDG00000004909	ENSDCDG00000004907	ENSDCDG00000004904
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	182	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00390000012820	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000164841	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00470000042293.a.b.a.a	ENSGT00940000164651.b	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00940000154268.l ##22	ENSGT00940000154376.b ##23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	182	ENSGT00940000161435.a.b	ENSGT00940000155761.d	ENSGT00950000183060.a.b.a.a	ENSGT00720000108863.l	ENSGT00940000153560.b.a.a.n.a	ENSGT00940000154244.A.a.a.k	ENSGT00940000158767.c	ENSGT00940000158377.a.a	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00960000187164.a	ENSGT00960000187164.b	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.l ##22	ENSGT00940000154376.b.a ##23	ENSGT00950000182883.a.a.a.l #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00390000010440 #27	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349.b #29	ENSGT00940000158253.q #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	247	SDK2 (ENSPKIG00000017502)	ttyh2l (ENSPKIG00000017373)	CHMP6 (ENSPKIG00000017298)	baiap2a (ENSPKIG00000017185)	AATK (ENSPKIG00000017088)	ENSPKIG00000017043	MAP3K3 (ENSPKIG00000016969)	limd2 (ENSPKIG00000016934)	strada (ENSPKIG00000016871)	rnf113a (ENSPKIG00000016796)	ENSPKIG00000016774	ENSPKIG00000016766	RUNDC3A (ENSPKIG00000016735) #19	FAM117A (ENSPKIG00000016710) #20	slc35b1 (ENSPKIG00000016666) #21	NDUFA4 (ENSPKIG00000016641) ##22	spop (ENSPKIG00000016581) ##23	NXPH3 (ENSPKIG00000016538) #24	ENSPKIG00000016524	NGFR (ENSPKIG00000016506) #25	selenow2b (ENSPKIG00000016480) #27	slc4a1a (ENSPKIG00000016452) #28	ENSPKIG00000016436	ubtf (ENSPKIG00000016332) #29	atxn7l3a (ENSPKIG00000016201) #30	tmub2 (ENSPKIG00000016147) #31	asb16 (ENSPKIG00000016135) #32	ENSPKIG00000016113	ENSPKIG00000016098
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	23	ttyh2l (ENSSFOG00015016972)	chmp6b (ENSSFOG00015016941)	baiap2a (ENSSFOG00015016793)	ENSSFOG00015016933	AATK (ENSSFOG00015016763)	ENSSFOG00015029648	MAP3K3 (ENSSFOG00015016689)	limd2 (ENSSFOG00015016703)	strada (ENSSFOG00015025923)	rnf113a (ENSSFOG00015016567)	RUNDC3A (ENSSFOG00015016499) #19	ENSSFOG00015016552	ENSSFOG00015016544	FAM117A (ENSSFOG00015016478) #20	slc35b1 (ENSSFOG00015016456) #21	ENSSFOG00015027801 ##22	spop (ENSSFOG00015016399) ##23	NXPH3 (ENSSFOG00015016381) #24	NGFR (ENSSFOG00015016350) #25	ENSSFOG00015026652	slc4a1a (ENSSFOG00015015889) #28	ubtf (ENSSFOG00015015780) #29	atxn7l3a (ENSSFOG00015029661) #30	tmub2 (ENSSFOG00015032013) #31	asb16 (ENSSFOG00015015656) #32	ENSSFOG00015015608	asic2 (ENSSFOG00015015505)	MPP3 (ENSSFOG00015015439)	xylt1 (ENSSFOG00015015407)	rps15a (ENSSFOG00015032835)	arl6ip1 (ENSSFOG00015015380)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.l ##22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.l ##22
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013997	ENSGT00390000006939.i.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00980000200496	ENSGT01090000260346	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00940000164651.b	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.l ##22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d.h	ENSGT00390000010440.g.b ##27	ENSGT00390000010440.g.a #26	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00390000001488
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	1737															ENSGT00940000157900.n #21	ENSGT00940000154268.l.a ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	347														ENSGT00950000183046.a.b.l.g #20	ENSGT00940000157900.n #21	ENSGT00940000154268.l.a ##22
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00940000165921.g.a.a	ENSGT00940000159539.m	ENSGT00940000158767.g.a.a.b	ENSGT00940000158377.a.c	ENSGT00940000156559.o	ENSGT00940000158827.cb	ENSGT00390000016292.c.b	ENSGT00940000158922.d.g.a #19	ENSGT00940000164651.b.b	ENSGT00950000183046.a.b.l.h #20	ENSGT00940000157900.m #21	ENSGT00940000154268.l.b ##22	ENSGT00940000164651.b.a	ENSGT00950000183046.a.b.l.g #20	ENSGT00940000157900.n #21	ENSGT00940000154268.l.a ##22	ENSGT00940000154376.a.a.g.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a.i #25	ENSGT00940000162556.G.d.h	ENSGT00390000010440.g.b.a.a ##27	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a.o #28	ENSGT00940000166349.i.b #29	ENSGT00940000158253.yc.b #30	ENSGT00390000014069.b.f #31	ENSGT00940000160773.f.b #32	ENSGT00400000022305.g.a	ENSGT00940000154991.a.b.d	ENSGT00940000154991.a.a.e.a	ENSGT00390000001488
Rainbow trout	MODERN SPECIES	3	ccdc47 (ENSOMYG00000004797)	ENSOMYG00000004972	kcnh2 (ENSOMYG00000004984)	gfap (ENSOMYG00000005249)	ENSOMYG00000005900	limd2 (ENSOMYG00000006198)	ddx42 (ENSOMYG00000006634)	rnf113a (ENSOMYG00000007366)	strada (ENSOMYG00000007099)	ENSOMYG00000007417 #19	ENSOMYG00000007446	ENSOMYG00000007469	ENSOMYG00000007481	ENSOMYG00000007511	slc35b1 (ENSOMYG00000007708) #21	ENSOMYG00000065517 ##22	spop (ENSOMYG00000007883) #23	NXPH3 (ENSOMYG00000007928) #24	NGFR (ENSOMYG00000007962) #25	ENSOMYG00000008010 ##27	selenow2a (ENSOMYG00000069176) #26	slc4a1a (ENSOMYG00000008303) #28	ubtf (ENSOMYG00000008651) #29	atxn7l3a (ENSOMYG00000008839) #30	tmub2 (ENSOMYG00000054590) #31	asb16 (ENSOMYG00000008866) #32	ENSOMYG00000008901	ENSOMYG00000075912	ENSOMYG00000071360	ENSOMYG00000009033	ENSOMYG00000009127
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00390000013997.o.b	ENSGT00390000006939.i.b.a.a	ENSGT00940000165921.g.a.b	ENSGT00940000159539.n	ENSGT00940000158767.g.a.a.a	ENSGT00940000158377.a.d	ENSGT00940000156559.p	ENSGT00940000158827.bb	ENSGT00390000016292.c.a.b	ENSGT00940000158922.d.h #19	ENSGT00980000200496.b	ENSGT01090000260346.b.a.b	ENSGT00940000164651.b.a	ENSGT00950000183046.a.b.l.h #20	ENSGT00940000157900.n.a #21	ENSGT00940000154268.l.a ##22
Chinook salmon	MODERN SPECIES	33	ENSOTSG00005008262	ccdc47 (ENSOTSG00005008268)	DCAF7 (ENSOTSG00005008485)	kcnh6a (ENSOTSG00005008487)	gfap (ENSOTSG00005008489)	MAP3K3 (ENSOTSG00005008494)	limd2 (ENSOTSG00005008504)	ddx42 (ENSOTSG00005008506)	strada (ENSOTSG00005008876)	RUNDC3A (ENSOTSG00005008877) #19	ENSOTSG00005008883	ENSOTSG00005008884	ENSOTSG00005008885	FAM117A (ENSOTSG00005008887) #20	slc35b1 (ENSOTSG00005008888) #21	NDUFA4 (ENSOTSG00005008928) ##22	spop (ENSOTSG00005008929) #23	NXPH3 (ENSOTSG00005008971) #24	asic2 (ENSOTSG00005008972)	trpm4a (ENSOTSG00005008975)	ENSOTSG00005009009	ENSOTSG00005009029	ENSOTSG00005009030	ENSOTSG00005009032	ENSOTSG00005009033	crb3a (ENSOTSG00005009034)	asf1ba (ENSOTSG00005009035)	prkacaa (ENSOTSG00005009038)	TECR (ENSOTSG00005009329)	ENSOTSG00005009332	ENSOTSG00005009335
Coho salmon	MODERN SPECIES	26	ccdc47 (ENSOKIG00005031385)	DCAF7 (ENSOKIG00005031521)	kcnh6a (ENSOKIG00005031550)	gfap (ENSOKIG00005031825)	MAP3K3 (ENSOKIG00005031851)	limd2 (ENSOKIG00005031978)	ddx42 (ENSOKIG00005032022)	strada (ENSOKIG00005032199)	rnf113a (ENSOKIG00005033056)	RUNDC3A (ENSOKIG00005033098) #19	ENSOKIG00005033537	ENSOKIG00005033543	ENSOKIG00005033550	FAM117A (ENSOKIG00005033565) #20	slc35b1 (ENSOKIG00005033631) #21	ENSOKIG00005033755 ##22	spop (ENSOKIG00005033765) #23	NGFR (ENSOKIG00005033821) #25	ENSOKIG00005033847	ENSOKIG00005033854	ENSOKIG00005033869	MIEN1 (ENSOKIG00005033874) ##27	selenow2a (ENSOKIG00005033900) #26	slc4a1a (ENSOKIG00005033939) #28	ubtf (ENSOKIG00005034233) #29	ENSOKIG00005034716	atxn7l3a (ENSOKIG00005034724) #30	tmub2 (ENSOKIG00005034749) #31	asb16 (ENSOKIG00005034758) #32	ENSOKIG00005034763	ENSOKIG00005034772
Huchen	MODERN SPECIES	622	kcnh6a (ENSHHUG00000040267)	gfap (ENSHHUG00000040235)	ENSHHUG00000040228	MAP3K3 (ENSHHUG00000040212)	ENSHHUG00000040208	limd2 (ENSHHUG00000040206)	ddx42 (ENSHHUG00000040165)	strada (ENSHHUG00000040154)	rnf113a (ENSHHUG00000040122)	ENSHHUG00000040120	ENSHHUG00000040116	RUNDC3A (ENSHHUG00000040094) #19	ENSHHUG00000040086	ENSHHUG00000040072 #20	slc35b1 (ENSHHUG00000039966) #21	ENSHHUG00000039951 ##22
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158377.a.c	ENSGT00940000158767.g.a.a.a	ENSGT00940000158377.a.d	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827.cb	ENSGT00390000016292.c.b	ENSGT00390000016292.d	ENSGT00940000158827.bb	ENSGT00390000016292.c.a	ENSGT00980000200496.b	ENSGT01090000260346.b.b	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00940000164651.b	ENSGT00950000183046.a.b.l #20	ENSGT00940000157900.m #21	ENSGT00940000154268.l.b ##22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00940000162556.G.d.h	ENSGT00390000010440.g.b.a.b ##27	ENSGT00390000010440.g.a #26	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773.f.a #32	ENSGT00400000022305.g.b	ENSGT00940000160773.f.b #32	ENSGT00400000022305.g.a	ENSGT00940000154991.a.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000158767.g.b	ENSGT00940000158377.a.d	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827.cb	ENSGT00390000016292.c.b	ENSGT00390000016292.d	ENSGT00940000158767.g.a.a.b	ENSGT00940000158377.a.c	ENSGT00940000158827.bb	ENSGT00390000016292.c.a	ENSGT00980000200496.b	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00940000164651.b	ENSGT00950000183046.a.b.l.h #20	ENSGT00940000157900.m #21	ENSGT00940000154268.l.b ##22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a.i #25	ENSGT00940000162556.G.d.h	ENSGT00390000010440.g.b.a.a ##27	ENSGT00390000010440.g.b.a.b ##27	ENSGT00390000010440.g.a #26	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253 #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773.f.a #32	ENSGT00400000022305.g.b	ENSGT00940000160773.f.b #32	ENSGT00400000022305.g.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00940000160236.h	ENSGT00940000162290.w	ENSGT00390000013997.o.a	ENSGT00390000006939.i.b.a.b	ENSGT00940000165921.g.a.a	ENSGT00940000159539.m	ENSGT00940000158767.g.a.a.b	ENSGT00940000158377.a.c	ENSGT00940000156559.o	ENSGT00940000158827.cb	ENSGT00390000016292.c.b	ENSGT00940000158922.d.g.a #19	ENSGT00940000164651.b.b	ENSGT00950000183046.a.b.l.h #20	ENSGT00940000157900.m #21	ENSGT00940000154268.l.b ##22	ENSGT00940000164651.b.a	ENSGT00950000183046.a.b.l.g #20	ENSGT00940000157900.n #21	ENSGT00940000154268.l.a ##22	ENSGT00940000154376.a.a.g.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a.i #25	ENSGT00940000162556.G.d.h	ENSGT00390000010440.g.b.a.a ##27	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a.o #28	ENSGT00940000166349.i.b #29	ENSGT00940000158253.yc.b #30	ENSGT00390000014069.b.f #31	ENSGT00940000160773.f.b #32
Rainbow trout	MODERN SPECIES	4	ENSOMYG00000004171	kcnh6a (ENSOMYG00000004255)	gfap (ENSOMYG00000004442)	ENSOMYG00000004693	limd2 (ENSOMYG00000004841)	ENSOMYG00000067518	ddx42 (ENSOMYG00000004937)	strada (ENSOMYG00000005612)	rnf113a (ENSOMYG00000004364)	ENSOMYG00000005959 #19	ENSOMYG00000006091	ENSOMYG00000006102	ENSOMYG00000006123	FAM117A (ENSOMYG00000006145) #20	slc35b1 (ENSOMYG00000006195) #21	ndua4 (ENSOMYG00000007771) ##22	spop (ENSOMYG00000006388) #23	ENSOMYG00000057878	NXPH3 (ENSOMYG00000006479) #24	ENSOMYG00000077469	NGFR (ENSOMYG00000006619) #25	ENSOMYG00000070398	ENSOMYG00000006655	ENSOMYG00000051649 ##27	selenow2a (ENSOMYG00000006692) #26	slc4a1a (ENSOMYG00000006966) #28	ubtf (ENSOMYG00000007387) #29	atxn7l3a (ENSOMYG00000007563) #30	tmub2 (ENSOMYG00000007616) #31	asb16 (ENSOMYG00000007634) #32	ENSOMYG00000007658
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00390000013997.o.a	ENSGT00390000006939.i.b.a.b	ENSGT00940000165921.g.a.a.a	ENSGT00940000159539.m	ENSGT00940000158767.g.a.a.b	ENSGT00940000158377.a.c	ENSGT00940000156559.o	ENSGT00940000158827.cb	ENSGT00390000016292.c.a.a	ENSGT00980000200496.a	ENSGT01090000260346.b.a.a.a	ENSGT00940000158922.d.g.a #19	ENSGT00940000164651.b.b	ENSGT00950000183046.a.b.l.g #20	ENSGT00940000157900.n.b #21	ENSGT00940000154268.l.b ##22	ENSGT00940000154376.a.a.g.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a.i.b #25	ENSGT00940000162556.G.d.h.b.b	ENSGT00390000010440.g.b.a.a ##27	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a.o #28	ENSGT00940000166349.i.b #29	ENSGT00940000158253.yc.b #30	ENSGT00390000014069.b.f #31	ENSGT00940000160773.f.b #32	ENSGT00400000022305.g.a.a	ENSGT00940000154991.a.b.d	ENSGT00940000154991.a.a.e.a	ENSGT00940000154991.a.a.f
Chinook salmon	MODERN SPECIES	23	emc6 (ENSOTSG00005025427)	p2rx5 (ENSOTSG00005025428)	ENSOTSG00005025429	ENSOTSG00005025430	ENSOTSG00005025432	ncor1 (ENSOTSG00005025454)	zswim7 (ENSOTSG00005026972)	adora2b (ENSOTSG00005026974)	SPECC1 (ENSOTSG00005026978)	TIMM22 (ENSOTSG00005026981)	ABR (ENSOTSG00005026985)	RUNDC3A (ENSOTSG00005027003) #19	ENSOTSG00005027402	FAM117A (ENSOTSG00005027407) #20	slc35b1 (ENSOTSG00005027416) #21	ENSOTSG00005027423 ##22	spop (ENSOTSG00005027424) #23	aspa (ENSOTSG00005027425)	AKAP10 (ENSOTSG00005027429)	ENSOTSG00005027472	ENSOTSG00005027473	cltca (ENSOTSG00005027499)	ENSOTSG00005028946	rnft1 (ENSOTSG00005029055)	med13a (ENSOTSG00005029059)	ENSOTSG00005029413	ENSOTSG00005029416	samsn1b (ENSOTSG00005029419)	GDPD5 (ENSOTSG00005029422)	serpinh1a (ENSOTSG00005029441)	acer3 (ENSOTSG00005029442)
Coho salmon	MODERN SPECIES	1	ccdc47 (ENSOKIG00005008561)	DCAF7 (ENSOKIG00005008713)	kcnh6a (ENSOKIG00005008746)	gfap (ENSOKIG00005008782)	MAP3K3 (ENSOKIG00005008809)	limd2 (ENSOKIG00005009066)	ddx42 (ENSOKIG00005009092)	strada (ENSOKIG00005009172)	rnf113a (ENSOKIG00005009328)	RUNDC3A (ENSOKIG00005009517) #19	ENSOKIG00005010175	ENSOKIG00005010180	ENSOKIG00005010190 #20	ENSOKIG00005010196	slc35b1 (ENSOKIG00005010217) #21	NDUFA4 (ENSOKIG00005010275) ##22	spop (ENSOKIG00005010306) #23	NXPH3 (ENSOKIG00005010350) #24	ENSOKIG00005010354	NGFR (ENSOKIG00005010367) #25	ENSOKIG00005010413	MIEN1 (ENSOKIG00005010420) ##27	ENSOKIG00005010436	slc4a1a (ENSOKIG00005010463) #28	ubtf (ENSOKIG00005031963) #29	atxn7l3a (ENSOKIG00005032153) #30	tmub2 (ENSOKIG00005032181) #31	asb16 (ENSOKIG00005032194) #32	ENSOKIG00005032219	ENSOKIG00005032227	ENSOKIG00005032232
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River trout	DUPLICATION
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River trout	MODERN SPECIES		ENSSTUG00000000163	ccdc47 (ENSSTUG00000000168)	DCAF7 (ENSSTUG00000000184)	kcnh6a (ENSSTUG00000000205)	gfap (ENSSTUG00000000241)	MAP3K3 (ENSSTUG00000000257)	limd2 (ENSSTUG00000000292)	ddx42 (ENSSTUG00000000304)	strada (ENSSTUG00000000336)	rnf113a (ENSSTUG00000000386)	RUNDC3A (ENSSTUG00000000407) #19	ENSSTUG00000000426	ENSSTUG00000000428	ENSSTUG00000000434 #20	slc35b1 (ENSSTUG00000000456) #21	ENSSTUG00000000464 ##22	NGFR (ENSSTUG00000000477) #25	ENSSTUG00000000489	MIEN1 (ENSSTUG00000000493) ##27	ENSSTUG00000000499	slc4a1a (ENSSTUG00000000511) #28	ENSSTUG00000000594	ubtf (ENSSTUG00000000628) #29	atxn7l3a (ENSSTUG00000000755) #30	tmub2 (ENSSTUG00000000771) #31	asb16 (ENSSTUG00000000778) #32	ENSSTUG00000000781	ENSSTUG00000000787	asic2 (ENSSTUG00000000790)	trpm4a (ENSSTUG00000000814)	RRN3 (ENSSTUG00000000879)
Huchen	MODERN SPECIES	2490					MAP3K3 (ENSHHUG00000036289)	limd2 (ENSHHUG00000036273)	ddx42 (ENSHHUG00000036235)	strada (ENSHHUG00000036202)	rnf113a (ENSHHUG00000036166)	ENSHHUG00000036161	ENSHHUG00000036154	RUNDC3A (ENSHHUG00000035895) #19	ENSHHUG00000035865	ENSHHUG00000035841 #20	slc35b1 (ENSHHUG00000035724) #21	NDUFA4 (ENSHHUG00000035697) ##22
Northern pike	MODERN SPECIES	10	ENSELUG00000020261	ccdc47 (ENSELUG00000020298)	DCAF7 (ENSELUG00000020329)	kcnh6a (ENSELUG00000020445)	gfap (ENSELUG00000020482)	MAP3K3 (ENSELUG00000000898)	limd2 (ENSELUG00000020528)	ddx42 (ENSELUG00000020593)	strada (ENSELUG00000020637)	rnf113a (ENSELUG00000020657)	ENSELUG00000020665	ENSELUG00000020675	RUNDC3A (ENSELUG00000020709) #19	ENSELUG00000020723 #20	slc35b1 (ENSELUG00000020756) #21	ENSELUG00000020792 ##22	spop (ENSELUG00000021725) #23	NXPH3 (ENSELUG00000021845) #24	ENSELUG00000021850	NGFR (ENSELUG00000021915) #25	ENSELUG00000021930	MIEN1 (ENSELUG00000021956) ##27	selenow2a (ENSELUG00000021964) #26	slc4a1a (ENSELUG00000021990) #28	ubtf (ENSELUG00000022011) #29	atxn7l3a (ENSELUG00000022068) #30	tmub2 (ENSELUG00000022078) #31	asb16 (ENSELUG00000022103) #32	ENSELUG00000022131	ENSELUG00000022146	asic2 (ENSELUG00000022180)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.l ##22
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	155	ENSGT00390000006939.i.a.f.b	ENSGT00940000165921	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000158767	ENSGT00940000158377.a	ENSGT00940000156559	ENSGT00940000158827	ENSGT00390000016292	ENSGT00940000158922.d #19	ENSGT00990000204783	ENSGT00940000177150	ENSGT00960000187164	ENSGT00950000183046.a.b.l.d #20	ENSGT00940000157900 #21	ENSGT00940000154268.k.a #22	ENSGT00940000154268.l ##22	ENSGT00940000154376.a.a #23	ENSGT00950000182883.a.a.a #24	ENSGT00730000110974.a #25	ENSGT00390000010440.g.a #26	ENSGT00940000177451	ENSGT00940000157423.a.a #28	ENSGT00940000166349 #29	ENSGT00940000158253.t.b #30	ENSGT00390000014069.b #31	ENSGT00940000160773 #32	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000154991.a.b	ENSGT00940000154991.a.a	ENSGT00940000157190.c	ENSGT00710000106813.B.a
Atlantic herring	MODERN SPECIES		ccdc47 (ENSCHAG00000010602)	dcaf7 (ENSCHAG00000010570)	kcnh6a (ENSCHAG00000010459)	gfap (ENSCHAG00000010212)	MAP3K3 (ENSCHAG00000009572)	limd2 (ENSCHAG00000009547)	ddx42 (ENSCHAG00000009427)	strada (ENSCHAG00000009246)	rnf113a (ENSCHAG00000009175)	ENSCHAG00000009169	ENSCHAG00000009140	ENSCHAG00000009129	RUNDC3A (ENSCHAG00000009114) #19	FAM117A (ENSCHAG00000009073) #20	slc35b1 (ENSCHAG00000008733) #21	ndufa4a (ENSCHAG00000008704) ##22	spop (ENSCHAG00000008557) #23	NXPH3 (ENSCHAG00000008546) #24	atp5mc3b (ENSCHAG00000008535)	NGFR (ENSCHAG00000008413) #25	ENSCHAG00000008385	suz12a (ENSCHAG00000008173)	crlf3 (ENSCHAG00000008063)	ENSCHAG00000007989	ADAP2 (ENSCHAG00000007891)	rhot1a (ENSCHAG00000007314)	zgc:153240 (ENSCHAG00000007254)	znf207a (ENSCHAG00000007220)	TNRC6C (ENSCHAG00000006628)	septin9a (ENSCHAG00000006275)	KHSRP (ENSCHAG00000006158)
Spotted gar	MODERN SPECIES	653	FMNL1 (ENSLOCG00000011862)	ccdc47 (ENSLOCG00000011851)	dcaf7 (ENSLOCG00000011848)	kcnh6a (ENSLOCG00000011829)	gfap (ENSLOCG00000011811)	rnf113a (ENSLOCG00000011785)	strada (ENSLOCG00000011776)	ddx42 (ENSLOCG00000011764)	pth3r (ENSLOCG00000011754)	limd2 (ENSLOCG00000011746)	TACO1 (ENSLOCG00000011738)	MAP3K3 (ENSLOCG00000011723)	rundc3ab (ENSLOCG00000011714) #19	FAM117A (ENSLOCG00000011707) #20	slc35b1 (ENSLOCG00000011700) #21	ndufa4b (ENSLOCG00000011696) #22	spop (ENSLOCG00000011688) ##23	NXPH3 (ENSLOCG00000011674) #24	ngfrb (ENSLOCG00000011662) #25	MPP3 (ENSLOCG00000011654)	ENSLOCG00000011603	ENSLOCG00000011590	znf281b (ENSLOCG00000011584)	ENSLOCG00000011580	retsat.2 (ENSLOCG00000011569)	ENSLOCG00000011559	tmem98 (ENSLOCG00000011552)	ENSLOCG00000011546	hexim1 (ENSLOCG00000017511)	acbd4 (ENSLOCG00000011535)	plcd3a (ENSLOCG00000011522)
Reedfish	MODERN SPECIES	5	itgb3b (ENSECRG00000021901)	rprml (ENSECRG00000021887)	ENSECRG00000021875	psmc5 (ENSECRG00000021848)	SMARCD2 (ENSECRG00000021816)	asic2 (ENSECRG00000021783)	ENSECRG00000021754	asb16 (ENSECRG00000021732) #32	tmub2 (ENSECRG00000021676) #31	atxn7l3a (ENSECRG00000021648) #30	ubtf (ENSECRG00000021612) #29	slc4a1a (ENSECRG00000021539) #28	rundc3ab (ENSECRG00000021507) #19	ENSECRG00000021490	slc35b1 (ENSECRG00000021470) #21	ndufa4a (ENSECRG00000021454) #22	spop (ENSECRG00000021415) ##23	NXPH3 (ENSECRG00000021404) #24	ngfrb (ENSECRG00000021264) #25	fzd2 (ENSECRG00000021211)	pus3 (ENSECRG00000021194)	ENSECRG00000021179	ccdc43 (ENSECRG00000021170)	dcakd (ENSECRG00000021159)	C1QL1 (ENSECRG00000021144)	krt98 (ENSECRG00000013370)	ENSECRG00000012840	eftud2 (ENSECRG00000012768)	phospho1 (ENSECRG00000012712)	ZNF652 (ENSECRG00000012694)	phb (ENSECRG00000012685)
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268 #22
Coelacanth	MODERN SPECIES	2906																NDUFA4 (ENSLACG00000006385) #22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268 #22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000163195.A	ENSGT00940000161647	ENSGT01090000260278	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Platypus	MODERN SPECIES	19	TSPAN13 (ENSOANG00000013497)	BZW2 (ENSOANG00000020501)	ANKMY2 (ENSOANG00000012340)	ENSOANG00000028622	SOSTDC1 (ENSOANG00000007457)	CRPPA (ENSOANG00000050636)	MEOX2 (ENSOANG00000050568)	AGMO (ENSOANG00000029831)	DGKB (ENSOANG00000008788)	ETV1 (ENSOANG00000005765)	ARL4A (ENSOANG00000011765)	SCIN (ENSOANG00000005761)	TMEM106B (ENSOANG00000010645)	THSD7A (ENSOANG00000006331)	ENSOANG00000048822	ENSOANG00000037100 #22	ICA1 (ENSOANG00000005251)	ENSOANG00000046547 ##20	UMAD1 (ENSOANG00000038240)	RPA3 (ENSOANG00000041840)	MIOS (ENSOANG00000050544)	C1GALT1 (ENSOANG00000037417)	ENSOANG00000030126	ENSOANG00000042416	ENSOANG00000039867	ENSOANG00000047770	TAC1 (ENSOANG00000042300)	DLX5 (ENSOANG00000039263)	ENSOANG00000045107	ENSOANG00000012499	SLC25A13 (ENSOANG00000048992)
Theria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000163568	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000163568	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000163568	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Diprotodontia_a	DUPLICATION
Diprotodontia_a	DUPLICATION
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.c.a #22
Common wonbat	MODERN SPECIES	1036	ANKMY2 (ENSVURG00010021174)	SOSTDC1 (ENSVURG00010021178)	CRPPA (ENSVURG00010021184)	MEOX2 (ENSVURG00010021194)	AGMO (ENSVURG00010021205)	DGKB (ENSVURG00010021236)	ETV1 (ENSVURG00010021326)	ENSVURG00010021392	ARL4A (ENSVURG00010021402)	SCIN (ENSVURG00010021404)	ENSVURG00010021413	ENSVURG00010021418	TMEM106B (ENSVURG00010021442)	THSD7A (ENSVURG00010021468)	PHF14 (ENSVURG00010021579)	ENSVURG00010021587 #22	ENSVURG00010021591	NXPH1 (ENSVURG00010021601) ##24	ENSVURG00010021604	ICA1 (ENSVURG00010021609)	GLCCI1 (ENSVURG00010021614) ##20	UMAD1 (ENSVURG00010021617)	RPA3 (ENSVURG00010021622)	MIOS (ENSVURG00010021627)	MYRIP (ENSVURG00010021639)	ENSVURG00010021645	CCK (ENSVURG00010021649)	TRAK1 (ENSVURG00010021658)	ULK4 (ENSVURG00010021709)	CTNNB1 (ENSVURG00010021756)	KIAA1143 (ENSVURG00010021764)
koala	MODERN SPECIES	8	DISP3 (ENSPCIG00000015681)	UBIAD1 (ENSPCIG00000003181)	ENSPCIG00000003308	ANGPTL7 (ENSPCIG00000004252)	ENSPCIG00000035829	EXOSC10 (ENSPCIG00000004840)	SRM (ENSPCIG00000007936)	MASP2 (ENSPCIG00000007942)	TARDBP (ENSPCIG00000007956)	ENSPCIG00000037214	ENSPCIG00000025473	PEX14 (ENSPCIG00000008019)	DFFA (ENSPCIG00000008026)	ENSPCIG00000008027	CENPS (ENSPCIG00000008030)	ENSPCIG00000008033 #22	PGD (ENSPCIG00000008036)	KIF1B (ENSPCIG00000008194)	UBE4B (ENSPCIG00000018460)	RBP7 (ENSPCIG00000018463)	NMNAT1 (ENSPCIG00000018464)	LZIC (ENSPCIG00000018466)	CTNNBIP1 (ENSPCIG00000035084)	CLSTN1 (ENSPCIG00000018467)	PIK3CD (ENSPCIG00000018468)	ENSPCIG00000018472	SLC25A33 (ENSPCIG00000018475)	ENSPCIG00000033852	SPSB1 (ENSPCIG00000018477)	H6PD (ENSPCIG00000018478)	GPR157 (ENSPCIG00000035302)
Diprotodontia_a	DUPLICATION
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.c.b.a #22
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	MODERN SPECIES	581	ENSVURG00010025034	ENSVURG00010025035	ENSVURG00010025036	ADRA2A (ENSVURG00010025037)	SHOC2 (ENSVURG00010025039)	PDCD4 (ENSVURG00010025041)	RBM20 (ENSVURG00010025042)	ENSVURG00010025043	SMC3 (ENSVURG00010025044)	DUSP5 (ENSVURG00010025045)	SMNDC1 (ENSVURG00010025047)	MXI1 (ENSVURG00010025048)	ADD3 (ENSVURG00010025049)	XPNPEP1 (ENSVURG00010025050)	SORCS1 (ENSVURG00010025051)	ENSVURG00010025052 #22	SORCS3 (ENSVURG00010025053)	CFAP58 (ENSVURG00010025055)	ITPRIP (ENSVURG00010025056)	ENSVURG00010025057	ENSVURG00010025058	ENSVURG00010025059	ENSVURG00010025060	ENSVURG00010000168	ENSVURG00010000325	ENSVURG00010000337	SLK (ENSVURG00010000384)	STN1 (ENSVURG00010000526)	SH3PXD2A (ENSVURG00010000566)	NEURL1 (ENSVURG00010000653)	CALHM3 (ENSVURG00010000669)
Common wonbat	MODERN SPECIES	486					CNTN5 (ENSVURG00010012213)	ARHGAP42 (ENSVURG00010012829)	PGR (ENSVURG00010012885)	TRPC6 (ENSVURG00010013047)	ENSVURG00010013069	ANGPTL5 (ENSVURG00010013075)	ENSVURG00010013081	CFAP300 (ENSVURG00010013089)	YAP1 (ENSVURG00010013100)	ENSVURG00010013133	ENSVURG00010013150	ENSVURG00010013157 #22	ENSVURG00010013167	MMP20 (ENSVURG00010013183)	ENSVURG00010013210	MMP27 (ENSVURG00010013217)	MMP8 (ENSVURG00010013224)	MMP1 (ENSVURG00010013247)	MMP3 (ENSVURG00010013258)	ENSVURG00010013278	MMP13 (ENSVURG00010013285)	DCUN1D5 (ENSVURG00010013299)	DYNC2H1 (ENSVURG00010013327)	PDGFD (ENSVURG00010013466)	ENSVURG00010013816	ENSVURG00010013820	ENSVURG00010013823
koala	MODERN SPECIES	107						KCTD16 (ENSPCIG00000016358)	YIPF5 (ENSPCIG00000029154)	ENSPCIG00000029155	ENSPCIG00000029156	ENSPCIG00000029905	NR3C1 (ENSPCIG00000029903)	ARHGAP26 (ENSPCIG00000029894)	FGF1 (ENSPCIG00000029890)	SPRY4 (ENSPCIG00000029884)	NDFIP1 (ENSPCIG00000029878)	ENSPCIG00000029880 #22	ENSPCIG00000029876	RNF14 (ENSPCIG00000029875)	DELE1 (ENSPCIG00000029872)	PCDH12 (ENSPCIG00000029873)	PCDH1 (ENSPCIG00000029870)	ARAP3 (ENSPCIG00000029861)	FCHSD1 (ENSPCIG00000029858)	RELL2 (ENSPCIG00000029856)	HDAC3 (ENSPCIG00000029855)	ENSPCIG00000012530	ENSPCIG00000032309	ENSPCIG00000032427	ENSPCIG00000033515	ENSPCIG00000004793	ENSPCIG00000021037
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.c.b.b #22
Common wonbat	MODERN SPECIES	636	IBSP (ENSVURG00010021299)	ENSVURG00010021293	SPP1 (ENSVURG00010021292)	PKD2 (ENSVURG00010021285)	ABCG2 (ENSVURG00010021278)	PPM1K (ENSVURG00010021265)	HERC6 (ENSVURG00010021233)	PYURF (ENSVURG00010021223)	HERC3 (ENSVURG00010021199)	FAM13A (ENSVURG00010021156)	TIGD2 (ENSVURG00010021145)	ENSVURG00010021143	NFKB1 (ENSVURG00010021120)	SLC39A8 (ENSVURG00010021108)	BANK1 (ENSVURG00010021100)	ENSVURG00010021095 #22	PPP3CA (ENSVURG00010021086)	ENSVURG00010021070	DDIT4L (ENSVURG00010021061)	ENSVURG00010021060	ENSVURG00010021057	ENSVURG00010021054	ENSVURG00010021050	ENSVURG00010021045	LAMTOR3 (ENSVURG00010021042)	DAPP1 (ENSVURG00010021036)	C4orf54 (ENSVURG00010021035)	MTTP (ENSVURG00010021030)	TRMT10A (ENSVURG00010021028)	ENSVURG00010021026	ENSVURG00010020999
koala	MODERN SPECIES	62			CNTN5 (ENSPCIG00000019220)	ENSPCIG00000034103	ARHGAP42 (ENSPCIG00000010806)	ENSPCIG00000036784	TRPC6 (ENSPCIG00000012333)	ENSPCIG00000015913	ANGPTL5 (ENSPCIG00000015911)	ENSPCIG00000015909	ENSPCIG00000024466	YAP1 (ENSPCIG00000000622)	ENSPCIG00000000593	ENSPCIG00000000555	ENSPCIG00000000538	ENSPCIG00000000519 #22	ENSPCIG00000000404	MMP20 (ENSPCIG00000000326)	MMP27 (ENSPCIG00000000304)	MMP8 (ENSPCIG00000000259)	MMP1 (ENSPCIG00000000229)	MMP3 (ENSPCIG00000000208)	ENSPCIG00000000181	MMP13 (ENSPCIG00000031091)	DCUN1D5 (ENSPCIG00000028494)	DYNC2H1 (ENSPCIG00000024886)	PDGFD (ENSPCIG00000030112)	ENSPCIG00000014109	ENSPCIG00000033610	ENSPCIG00000019980	ENSPCIG00000019977
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000163568	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.d #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
koala	MODERN SPECIES	80	ENSPCIG00000014218	SOSTDC1 (ENSPCIG00000014214)	CRPPA (ENSPCIG00000014211)	MEOX2 (ENSPCIG00000032235)	AGMO (ENSPCIG00000027388)	DGKB (ENSPCIG00000023495)	ETV1 (ENSPCIG00000026655)	ENSPCIG00000033907	ARL4A (ENSPCIG00000029346)	SCIN (ENSPCIG00000029348)	ENSPCIG00000011698	ENSPCIG00000011694	TMEM106B (ENSPCIG00000011692)	THSD7A (ENSPCIG00000025228)	PHF14 (ENSPCIG00000025221)	ENSPCIG00000037019 #22	NXPH1 (ENSPCIG00000010638) ##24	ICA1 (ENSPCIG00000020818)	GLCCI1 (ENSPCIG00000020819) ##20	UMAD1 (ENSPCIG00000020820)	RPA3 (ENSPCIG00000020822)	MIOS (ENSPCIG00000020823)	COL28A1 (ENSPCIG00000032724)	C1GALT1 (ENSPCIG00000020829)	ASNS (ENSPCIG00000020832)	TAC1 (ENSPCIG00000020833)	SDHAF3 (ENSPCIG00000002889)	DLX5 (ENSPCIG00000002894)	DLX6 (ENSPCIG00000037141)	SEM1 (ENSPCIG00000028955)	SLC25A13 (ENSPCIG00000028956)
Opossum	MODERN SPECIES	7				ENSMODG00000014265	ETV1 (ENSMODG00000014261)	ENSMODG00000014223	ARL4A (ENSMODG00000014219)	ENSMODG00000014211	ENSMODG00000037868	T2R2 (ENSMODG00000014188)	ENSMODG00000014184	ENSMODG00000014182	ENSMODG00000048483	THSD7A (ENSMODG00000014167)	ENSMODG00000014114	NDUFA4 (ENSMODG00000014107) #22	ENSMODG00000029746	ENSMODG00000039331	ENSMODG00000044464	AGMO (ENSMODG00000001700)	MEOX2 (ENSMODG00000050465)	CRPPA (ENSMODG00000001646)	SOSTDC1 (ENSMODG00000001607)	ENSMODG00000027605	ANKMY2 (ENSMODG00000001600)	BZW2 (ENSMODG00000001582)	ENSMODG00000001551	ENSMODG00000001544	AGR3 (ENSMODG00000043280)	AHR (ENSMODG00000001528)	ENSMODG00000001503
Eutheria	DUPLICATION
Eutheria	DUPLICATION
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2025																ENSMSIG00000009475 #22	ENSMSIG00000009490
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3367	ENSMSIG00000024708	ENSMSIG00000024703	1110032F04Rik (ENSMSIG00000024688)	Ift80 (ENSMSIG00000024555)	Smc4 (ENSMSIG00000024496)	Trim59 (ENSMSIG00000024491)	Kpna4 (ENSMSIG00000024438)	Arl14 (ENSMSIG00000024430)	Ppm1l (ENSMSIG00000024416)	B3galnt1 (ENSMSIG00000024414)	ENSMSIG00000024398	Nmd3 (ENSMSIG00000024384)	Sptssb (ENSMSIG00000024375)	Otol1 (ENSMSIG00000024353)	ENSMSIG00000024347	ENSMSIG00000024336 #22	Sis (ENSMSIG00000024177)	Slitrk3 (ENSMSIG00000024168)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Guinea pig	MODERN SPECIES	11	ENSCPOG00000031628	TES (ENSCPOG00000008823)	TFEC (ENSCPOG00000012369)	MDFIC (ENSCPOG00000034814)	FOXP2 (ENSCPOG00000000938)	PPP1R3A (ENSCPOG00000012124)	SMIM30 (ENSCPOG00000033718)	GPR85 (ENSCPOG00000031444)	BMT2 (ENSCPOG00000014132)	TMEM168 (ENSCPOG00000011647)	VWDE (ENSCPOG00000005082)	TMEM106B (ENSCPOG00000038943)	THSD7A (ENSCPOG00000000279)	ENSCPOG00000040423	PHF14 (ENSCPOG00000002218)	NDUFA4 (ENSCPOG00000036788) #22	NXPH1 (ENSCPOG00000006994) ##24	ICA1 (ENSCPOG00000021862)	GLCCI1 (ENSCPOG00000037962) ##20	UMAD1 (ENSCPOG00000030933)	RPA3 (ENSCPOG00000036936)	MIOS (ENSCPOG00000011743)	COL28A1 (ENSCPOG00000021196)	ENSCPOG00000033504	ENSCPOG00000009841	TAC1 (ENSCPOG00000011245)	SDHAF3 (ENSCPOG00000014057)	DLX5 (ENSCPOG00000001796)	DLX6 (ENSCPOG00000001795)	SEM1 (ENSCPOG00000035520)	SLC25A13 (ENSCPOG00000013200)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183093.C	ENSGT00940000162410	ENSGT00940000159665	ENSGT00390000004585	ENSGT00940000157560.e	ENSGT00390000005794	ENSGT00550000074910	ENSGT00940000157359	ENSGT00550000074815	ENSGT00940000159967	ENSGT00940000159171	ENSGT00940000157390	ENSGT00390000001960	ENSGT00390000011270	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000153433.B.a.b	ENSGT00940000158456	ENSGT00940000153881.a	ENSGT00940000156560	ENSGT00730000111187.b	ENSGT00940000156874	ENSGT00940000157082	ENSGT00940000154790.a.a.b	ENSGT00940000155656	ENSGT00940000157391	ENSGT00390000012703.a	ENSGT01030000234625.B.c	ENSGT00390000018676	ENSGT00720000108846.a	ENSGT00390000001374
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000183093.C	ENSGT00940000162410	ENSGT00940000159665	ENSGT00390000004585	ENSGT00940000157560.e	ENSGT00390000005794	ENSGT00550000074910	ENSGT00940000157359	ENSGT00550000074815	ENSGT00940000159967	ENSGT00940000159171	ENSGT00940000157390	ENSGT00390000001960	ENSGT00390000011270	ENSGT00410000025698.a	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000153433.B.a.b	ENSGT00940000158456	ENSGT00940000153881.a	ENSGT00940000156560	ENSGT00900000143015.b	ENSGT00730000111187.b	ENSGT00940000156874	ENSGT00940000157082	ENSGT00940000154790.a.a.b	ENSGT00940000155656	ENSGT00940000157391	ENSGT00390000012703.a	ENSGT01030000234625.B.c	ENSGT00390000018676	ENSGT00720000108846.a
Alpin marmot	MODERN SPECIES	12	MTARC2 (ENSMMMG00000024184)	C1orf115 (ENSMMMG00000024185)	MARK1 (ENSMMMG00000024186)	ENSMMMG00000024187	RAB3GAP2 (ENSMMMG00000024188)	IARS2 (ENSMMMG00000024190)	ENSMMMG00000024191	BPNT1 (ENSMMMG00000024192)	EPRS1 (ENSMMMG00000024193)	SLC30A10 (ENSMMMG00000024195)	LYPLAL1 (ENSMMMG00000024196)	TGFB2 (ENSMMMG00000024197)	RRP15 (ENSMMMG00000024199)	SPATA17 (ENSMMMG00000024201)	GPATCH2 (ENSMMMG00000024202)	ENSMMMG00000024203 #22	ESRRG (ENSMMMG00000024205)	USH2A (ENSMMMG00000024206)	KCTD3 (ENSMMMG00000024208)	KCNK2 (ENSMMMG00000024209)	ENSMMMG00000024210	CENPF (ENSMMMG00000024211)	PTPN14 (ENSMMMG00000024212)	ENSMMMG00000024213	PROX1 (ENSMMMG00000024214)	RPS6KC1 (ENSMMMG00000000125)	ENSMMMG00000000164	ANGEL2 (ENSMMMG00000000181)	VASH2 (ENSMMMG00000000245)	FLVCR1 (ENSMMMG00000000275)	ENSMMMG00000000314
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	3	MTARC2 (ENSSVLG00005018561)	C1orf115 (ENSSVLG00005018598)	MARK1 (ENSSVLG00005018649)	RAB3GAP2 (ENSSVLG00005018763)	IARS2 (ENSSVLG00005019124)	BPNT1 (ENSSVLG00005019226)	EPRS1 (ENSSVLG00005019363)	SLC30A10 (ENSSVLG00005019457)	ENSSVLG00005019505	LYPLAL1 (ENSSVLG00005019579)	TGFB2 (ENSSVLG00005019711)	RRP15 (ENSSVLG00005019888)	ENSSVLG00005019966	SPATA17 (ENSSVLG00005020029)	GPATCH2 (ENSSVLG00005020165)	ENSSVLG00005020247 #22	ESRRG (ENSSVLG00005020291)	USH2A (ENSSVLG00005020592)	ENSSVLG00005021878	KCTD3 (ENSSVLG00005014023)	KCNK2 (ENSSVLG00005014267)	ENSSVLG00005014446	CENPF (ENSSVLG00005014494)	PTPN14 (ENSSVLG00005014690)	SMYD2 (ENSSVLG00005014781)	PROX1 (ENSSVLG00005015139)	RPS6KC1 (ENSSVLG00005015251)	ANGEL2 (ENSSVLG00005015787)	VASH2 (ENSSVLG00005015835)	FLVCR1 (ENSSVLG00005015972)	ENSSVLG00005016057
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	2	UCP3 (ENSSVLG00005018661)	C2CD3 (ENSSVLG00005018889)	ENSSVLG00005019484	PPME1 (ENSSVLG00005019535)	P4HA3 (ENSSVLG00005019682)	PGM2L1 (ENSSVLG00005019813)	ENSSVLG00005019955	KCNE3 (ENSSVLG00005019987)	LIPT2 (ENSSVLG00005020012)	ENSSVLG00005020056	ENSSVLG00005020086	ENSSVLG00005020230	ENSSVLG00005020246	ENSSVLG00005020262	CHRDL2 (ENSSVLG00005020306)	ENSSVLG00005020360 #22	XRRA1 (ENSSVLG00005020739)	ENSSVLG00005021124	ENSSVLG00005021188	ENSSVLG00005021281	OR2AT4 (ENSSVLG00005021320)	SLCO2B1 (ENSSVLG00005021400)	TPBGL (ENSSVLG00005021827)	ENSSVLG00005021867	ENSSVLG00005022121	KLHL35 (ENSSVLG00005022223)	GDPD5 (ENSSVLG00005022336)	SERPINH1 (ENSSVLG00005022497)	MAP6 (ENSSVLG00005022557)	MOGAT2 (ENSSVLG00005022595)	DGAT2 (ENSSVLG00005022688)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	11	TP53INP2 (ENSSVLG00005003481)	PIGU (ENSSVLG00005003450)	ENSSVLG00005003409	ENSSVLG00005003389	ENSSVLG00005003373	ITCH (ENSSVLG00005003277)	ENSSVLG00005003215	AHCY (ENSSVLG00005003186)	ASIP (ENSSVLG00005003171)	ENSSVLG00005003157	ENSSVLG00005003145	ENSSVLG00005003129	EIF2S2 (ENSSVLG00005003099)	ENSSVLG00005003066	CHMP4B (ENSSVLG00005003046)	ENSSVLG00005003036 #22	ZNF341 (ENSSVLG00005003010)	PXMP4 (ENSSVLG00005002986)	E2F1 (ENSSVLG00005002971)	ACTL10 (ENSSVLG00005002962)	ENSSVLG00005002949	NECAB3 (ENSSVLG00005002907)	ENSSVLG00005002886	CBFA2T2 (ENSSVLG00005002847)	SNTA1 (ENSSVLG00005002824)	CDK5RAP1 (ENSSVLG00005002783)	ENSSVLG00005002725	BPIFB1 (ENSSVLG00005002680)	BPIFA1 (ENSSVLG00005002640)	BPIFA3 (ENSSVLG00005002605)	BPIFB4 (ENSSVLG00005002569)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Pika	MODERN SPECIES	10857																NDUFA4 (ENSOPRG00000014186) #22
Rabbit	MODERN SPECIES	19	CD163 (ENSOCUG00000003958)	ENSOCUG00000022788	CLEC4E (ENSOCUG00000009195)	CLEC4D (ENSOCUG00000012312)	CLEC4A (ENSOCUG00000010935)	NECAP1 (ENSOCUG00000004309)	C3AR1 (ENSOCUG00000007438)	FOXJ2 (ENSOCUG00000004313)	ENSOCUG00000008575	ENSOCUG00000013783	ENSOCUG00000022961	GDF3 (ENSOCUG00000013747)	APOBEC1 (ENSOCUG00000025736)	AICDA (ENSOCUG00000023739)	MFAP5 (ENSOCUG00000002407)	ENSOCUG00000035657 #22	RIMKLB (ENSOCUG00000013997)	A2ML1 (ENSOCUG00000014012)	PHC1 (ENSOCUG00000003600)	M6PR (ENSOCUG00000017823)	KLRG1 (ENSOCUG00000017827)	CD69 (ENSOCUG00000009055)	ENSOCUG00000026970	ENSOCUG00000029599	ENSOCUG00000000313	ENSOCUG00000027871	A2M (ENSOCUG00000006029)	ENSOCUG00000031638	ENSOCUG00000036451	ENSOCUG00000029352	ENSOCUG00000023170
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Mouse lemur	MODERN SPECIES	12	SLC39A14 (ENSMICG00000001076)	PIWIL2 (ENSMICG00000001062)	POLR3D (ENSMICG00000001049)	PHYHIP (ENSMICG00000001045)	BMP1 (ENSMICG00000031636)	SFTPC (ENSMICG00000001027)	LGI3 (ENSMICG00000001018)	REEP4 (ENSMICG00000001013)	HR (ENSMICG00000001003)	NUDT18 (ENSMICG00000000990)	FHIP2B (ENSMICG00000000981)	DMTN (ENSMICG00000036651)	FGF17 (ENSMICG00000029135)	ENSMICG00000030722	XPO7 (ENSMICG00000011573)	ENSMICG00000032260 #22	DOK2 (ENSMICG00000011568)	GFRA2 (ENSMICG00000047452)	LZTS1 (ENSMICG00000001804)	ENSMICG00000001791	SLC18A1 (ENSMICG00000011689)	LPL (ENSMICG00000010245)	INTS10 (ENSMICG00000010227)	CSGALNACT1 (ENSMICG00000010223)	SH2D4A (ENSMICG00000010215)	PSD3 (ENSMICG00000005387)	ASAH1 (ENSMICG00000006697)	PCM1 (ENSMICG00000006678)	FGL1 (ENSMICG00000006669)	MTUS1 (ENSMICG00000037083)	PDGFRL (ENSMICG00000013175)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	145								ENSPCOG00000024652	ENSPCOG00000024405	SCIN (ENSPCOG00000015873)	ENSPCOG00000021736	VWDE (ENSPCOG00000019980)	TMEM106B (ENSPCOG00000015649)	THSD7A (ENSPCOG00000022074)	ENSPCOG00000012269	ENSPCOG00000017457 #22
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	439															RREB1 (ENSPSMG00000024217)	ENSPSMG00000024245 #22	LY86 (ENSPSMG00000024247)	F13A1 (ENSPSMG00000024259)	NRN1 (ENSPSMG00000024262)	FARS2 (ENSPSMG00000024274)	ENSPSMG00000024281	PPP1R3G (ENSPSMG00000024286)	GMDS (ENSPSMG00000024292)	MOSPD2 (ENSPSMG00000024341)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	669						AGBL4 (ENSPSMG00000002663)	BEND5 (ENSPSMG00000002676)	ELAVL4 (ENSPSMG00000002850)	DMRTA2 (ENSPSMG00000003033)	FAF1 (ENSPSMG00000003116)	CDKN2C (ENSPSMG00000003155)	C1orf185 (ENSPSMG00000003162)	RNF11 (ENSPSMG00000003177)	TTC39A (ENSPSMG00000003263)	EPS15 (ENSPSMG00000003371)	ENSPSMG00000003543 #22	ENSPSMG00000003562	ENSPSMG00000003628
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	96																ENSOGAG00000028198 #22
Bushbaby	MODERN SPECIES	120	CRPPA (ENSOGAG00000033583)	ENSOGAG00000031760	MEOX2 (ENSOGAG00000014555)	AGMO (ENSOGAG00000015425)	ENSOGAG00000030491	DGKB (ENSOGAG00000003013)	ETV1 (ENSOGAG00000016429)	ENSOGAG00000027057	ARL4A (ENSOGAG00000007283)	SCIN (ENSOGAG00000007275)	ENSOGAG00000026613	VWDE (ENSOGAG00000009730)	TMEM106B (ENSOGAG00000009729)	THSD7A (ENSOGAG00000012804)	PHF14 (ENSOGAG00000000467)	ENSOGAG00000000358 #22	ENSOGAG00000026515	ENSOGAG00000004543	NXPH1 (ENSOGAG00000007543) ##24	ICA1 (ENSOGAG00000000042)	GLCCI1 (ENSOGAG00000000041) ##20	ENSOGAG00000001018	MIOS (ENSOGAG00000008217)	COL28A1 (ENSOGAG00000030386)	ENSOGAG00000012847	ASNS (ENSOGAG00000002404)	TAC1 (ENSOGAG00000006461)	ENSOGAG00000026923	ENSOGAG00000009141	DLX5 (ENSOGAG00000034605)	DLX6 (ENSOGAG00000014300)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Tarsier	MODERN SPECIES	1764															ENSTSYG00000032088	NDUFA4 (ENSTSYG00000030779) #22	ENSTSYG00000030014
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008285	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00530000063965.o.a	ENSGT00550000075011	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000164661	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00500000046198	ENSGT00530000063408.B
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000164497	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00530000063965.o.a	ENSGT00550000075011.c	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000154265.c	ENSGT00940000154265.d	ENSGT00950000182989.A.j	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00500000046198	ENSGT00940000164507
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008285	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00530000063965.o.a	ENSGT00550000075011.c	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703.g	ENSGT00950000182989.A.j	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000154265.d	ENSGT00940000154265.c	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00940000164507	ENSGT00530000063408.B
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00530000063965.o.a	ENSGT00550000075011.c	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00910000147262	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703.g	ENSGT00950000182989.A.j	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000154265.d	ENSGT00940000154265.c	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00940000164507	ENSGT00530000063408.B
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154891.g.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00530000063965.o.a	ENSGT00550000075011.c	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00910000147262	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703.g	ENSGT00940000154265.c	ENSGT00940000154265.d	ENSGT00950000182989.A.j	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00940000164507	ENSGT00530000063408.B	ENSGT00940000154284.a
Olive baboon	MODERN SPECIES		ENSPANG00000038317	BRDT (ENSPANG00000007564)	TGFBR3 (ENSPANG00000016898)	ENSPANG00000042933	CDC7 (ENSPANG00000010804)	HFM1 (ENSPANG00000009838)	ENSPANG00000050646	ENSPANG00000047029	ZNF644 (ENSPANG00000004612)	ENSPANG00000045826	BARHL2 (ENSPANG00000006243)	ENSPANG00000051153	ZNF326 (ENSPANG00000023228)	LRRC8D (ENSPANG00000040886)	LRRC8C (ENSPANG00000021912)	ENSPANG00000045495 #22	LRRC8B (ENSPANG00000012682)	ENSPANG00000039355	ENSPANG00000035950	GBP7 (ENSPANG00000009839)	GBP3 (ENSPANG00000035606)	KYAT3 (ENSPANG00000007504)	ENSPANG00000044649	GTF2B (ENSPANG00000009177)	PKN2 (ENSPANG00000007565)	ENSPANG00000041848	LMO4 (ENSPANG00000010805)	HS2ST1 (ENSPANG00000007566)	SELENOF (ENSPANG00000016208)	SH3GLB1 (ENSPANG00000022726)	ENSPANG00000029610
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008285	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00530000063965.o.a	ENSGT00550000075011	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000156840.b.r	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000164661	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000156840.b.q	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00500000046198
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008285	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00530000063965.o.a	ENSGT00550000075011	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000156840.b.r	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000164661	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000156840.b.q	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00500000046198
Orangutan	MODERN SPECIES		C1orf146 (ENSPPYG00000001156)	BTBD8 (ENSPPYG00000029907)	EPHX4 (ENSPPYG00000001158)	BRDT (ENSPPYG00000001159)	TGFBR3 (ENSPPYG00000001160)	ENSPPYG00000001161	ENSPPYG00000039807	CDC7 (ENSPPYG00000001162)	HFM1 (ENSPPYG00000001163)	ENSPPYG00000034790	ZNF644 (ENSPPYG00000001164)	BARHL2 (ENSPPYG00000001165)	ZNF326 (ENSPPYG00000001166)	LRRC8D (ENSPPYG00000001167)	LRRC8C (ENSPPYG00000001168)	ENSPPYG00000041504 #22	ENSPPYG00000032402	ENSPPYG00000001169	GBP6 (ENSPPYG00000029526)	GBP5 (ENSPPYG00000029531)	GBP4 (ENSPPYG00000001171)	GBP7 (ENSPPYG00000001170)	GBP2 (ENSPPYG00000001172)	ENSPPYG00000001173	GBP1 (ENSPPYG00000001174)	GBP3 (ENSPPYG00000001175)	ENSPPYG00000001176	GTF2B (ENSPPYG00000001178)	ENSPPYG00000001179	PKN2 (ENSPPYG00000001180)	LMO4 (ENSPPYG00000035178)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00530000063965.o.a	ENSGT00550000075011	ENSGT00940000155807.a.b	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000156840.b.r	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000164661	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000156840.b.q	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00500000046198
Gorilla	DUPLICATION
Gorilla	MODERN SPECIES	21	ENSGGOG00000027432	ENSGGOG00000025260	VCPIP1 (ENSGGOG00000003899)	MYBL1 (ENSGGOG00000003892)	VXN (ENSGGOG00000008516)	ADHFE1 (ENSGGOG00000000157)	RRS1 (ENSGGOG00000026663)	CRH (ENSGGOG00000009636)	TRIM55 (ENSGGOG00000009631)	DNAJC5B (ENSGGOG00000014595)	ENSGGOG00000043501	PDE7A (ENSGGOG00000007354)	MTFR1 (ENSGGOG00000007473)	ARMC1 (ENSGGOG00000022803)	CYP7B1 (ENSGGOG00000009662)	ENSGGOG00000037514 #22	ENSGGOG00000039770	ENSGGOG00000039212	YTHDF3 (ENSGGOG00000027681)	ENSGGOG00000004878	GGH (ENSGGOG00000007739)	NKAIN3 (ENSGGOG00000034874)	ENSGGOG00000024136	ASPH (ENSGGOG00000008863)	CLVS1 (ENSGGOG00000007625)	ENSGGOG00000028098	ENSGGOG00000023384	ENSGGOG00000041942	CHD7 (ENSGGOG00000012224)	ENSGGOG00000043906	RAB2A (ENSGGOG00000043049)
Gorilla	MODERN SPECIES		ENSGGOG00000000596	ENSGGOG00000013288	EPHX4 (ENSGGOG00000000116)	BRDT (ENSGGOG00000022996)	TGFBR3 (ENSGGOG00000000922)	ENSGGOG00000003216	ENSGGOG00000041760	CDC7 (ENSGGOG00000007545)	FEN1 (ENSGGOG00000022237)	HFM1 (ENSGGOG00000038524)	ZNF644 (ENSGGOG00000004186)	ENSGGOG00000008873	ZNF326 (ENSGGOG00000015528)	LRRC8D (ENSGGOG00000025079)	LRRC8C (ENSGGOG00000023228)	ENSGGOG00000038190 #22	LRRC8B (ENSGGOG00000006067)	ENSGGOG00000015555	GBP6 (ENSGGOG00000010782)	GBP5 (ENSGGOG00000007171)	GBP4 (ENSGGOG00000013428)	GBP7 (ENSGGOG00000007695)	GBP2 (ENSGGOG00000001719)	GBP1 (ENSGGOG00000041335)	GBP3 (ENSGGOG00000002661)	KYAT3 (ENSGGOG00000012016)	GTF2B (ENSGGOG00000015017)	PKN2 (ENSGGOG00000008937)	LMO4 (ENSGGOG00000000364)	ENSGGOG00000036389	ENSGGOG00000042624
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000008285	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00550000075011	ENSGT00940000155807.a.b	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000156840.b.r	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000164661	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000156840.b.q	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00500000046198
Pan	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000018446	ENSGT00390000008285	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT01020000230401.b.a.m.b	ENSGT00550000075011	ENSGT00940000155807.a.b	ENSGT00550000074822	ENSGT00940000158258	ENSGT00940000158611	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000156840.b.r	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000164661	ENSGT00940000164365	ENSGT00940000162297	ENSGT00940000156840.b.q	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000155827	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000154339	ENSGT00940000157730	ENSGT00500000046198	ENSGT00530000063408.B
Bonobo	DUPLICATION
Bonobo	MODERN SPECIES	21	SGK3 (ENSPPAG00000037172)	ENSPPAG00000039360	ENSPPAG00000041765	VCPIP1 (ENSPPAG00000028693)	MYBL1 (ENSPPAG00000031091)	VXN (ENSPPAG00000042638)	ADHFE1 (ENSPPAG00000043914)	RRS1 (ENSPPAG00000024378)	CRH (ENSPPAG00000020093)	TRIM55 (ENSPPAG00000028998)	DNAJC5B (ENSPPAG00000042664)	PDE7A (ENSPPAG00000037038)	MTFR1 (ENSPPAG00000030706)	ARMC1 (ENSPPAG00000041437)	CYP7B1 (ENSPPAG00000038686)	ENSPPAG00000032908 #22	ENSPPAG00000032241	ENSPPAG00000041014	YTHDF3 (ENSPPAG00000043483)	ENSPPAG00000001547	TTPA (ENSPPAG00000039436)	GGH (ENSPPAG00000036800)	ENSPPAG00000032702	ENSPPAG00000035311	NKAIN3 (ENSPPAG00000034556)	ENSPPAG00000029474	ASPH (ENSPPAG00000036467)	ENSPPAG00000028711	CLVS1 (ENSPPAG00000033393)	ENSPPAG00000036715	CHD7 (ENSPPAG00000033330)
Bonobo	MODERN SPECIES		GLMN (ENSPPAG00000039704)	C1orf146 (ENSPPAG00000034258)	ENSPPAG00000004959	ENSPPAG00000025213	EPHX4 (ENSPPAG00000040443)	BRDT (ENSPPAG00000033868)	TGFBR3 (ENSPPAG00000027020)	ENSPPAG00000035448	CDC7 (ENSPPAG00000024798)	ENSPPAG00000042415	HFM1 (ENSPPAG00000024582)	ZNF644 (ENSPPAG00000039400)	BARHL2 (ENSPPAG00000034283)	ZNF326 (ENSPPAG00000014161)	LRRC8C (ENSPPAG00000034868)	ENSPPAG00000043397 #22	LRRC8B (ENSPPAG00000027112)	ENSPPAG00000041602	GBP6 (ENSPPAG00000034509)	GBP5 (ENSPPAG00000038209)	GBP4 (ENSPPAG00000028237)	GBP2 (ENSPPAG00000039559)	GBP3 (ENSPPAG00000030124)	ENSPPAG00000026662	KYAT3 (ENSPPAG00000036230)	GTF2B (ENSPPAG00000040245)	PKN2 (ENSPPAG00000029657)	LMO4 (ENSPPAG00000039370)	ENSPPAG00000007461	ENSPPAG00000032573	HS2ST1 (ENSPPAG00000039539)
Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	MODERN SPECIES	21	SGK3 (ENSPTRG00000020312)	ENSPTRG00000052460	C8H8orf44 (ENSPTRG00000020310)	VCPIP1 (ENSPTRG00000020309)	MYBL1 (ENSPTRG00000020308)	VXN (ENSPTRG00000045591)	ADHFE1 (ENSPTRG00000045798)	RRS1 (ENSPTRG00000030988)	CRH (ENSPTRG00000020304)	TRIM55 (ENSPTRG00000020302)	DNAJC5B (ENSPTRG00000020301)	PDE7A (ENSPTRG00000030991)	MTFR1 (ENSPTRG00000020299)	ARMC1 (ENSPTRG00000020298)	CYP7B1 (ENSPTRG00000020297)	ENSPTRG00000022575 #22	ENSPTRG00000050724	ENSPTRG00000048438	YTHDF3 (ENSPTRG00000049135)	TTPA (ENSPTRG00000020294)	GGH (ENSPTRG00000020293)	ENSPTRG00000043036	ENSPTRG00000046745	NKAIN3 (ENSPTRG00000020292)	ENSPTRG00000042694	ASPH (ENSPTRG00000020289)	ENSPTRG00000052386	CLVS1 (ENSPTRG00000020288)	ENSPTRG00000048385	CHD7 (ENSPTRG00000020286)	RAB2A (ENSPTRG00000020284)
Chimpanzee	MODERN SPECIES		C1H1orf146 (ENSPTRG00000030530)	KIAA1107 (ENSPTRG00000000958)	BTBD8 (ENSPTRG00000000956)	SETSIP (ENSPTRG00000052188)	EPHX4 (ENSPTRG00000000955)	BRDT (ENSPTRG00000000954)	TGFBR3 (ENSPTRG00000000952)	ENSPTRG00000046708	CDC7 (ENSPTRG00000043247)	ENSPTRG00000046089	HFM1 (ENSPTRG00000000948)	ZNF644 (ENSPTRG00000000947)	BARHL2 (ENSPTRG00000000946)	ZNF326 (ENSPTRG00000000945)	LRRC8C (ENSPTRG00000000942)	ENSPTRG00000047787 #22	LRRC8B (ENSPTRG00000022980)	ENSPTRG00000048580	GBP6 (ENSPTRG00000000940)	GBP5 (ENSPTRG00000000939)	GBP4 (ENSPTRG00000000938)	GBP7 (ENSPTRG00000034354)	GBP2 (ENSPTRG00000000937)	ENSPTRG00000040440	GBP1 (ENSPTRG00000000935)	GBP3 (ENSPTRG00000000934)	KYAT3 (ENSPTRG00000041247)	GTF2B (ENSPTRG00000000932)	PKN2 (ENSPTRG00000000931)	LMO4 (ENSPTRG00000000929)	ENSPTRG00000050797
Gibbon	DUPLICATION
Gibbon	MODERN SPECIES	6	SGK3 (ENSNLEG00000010743)	ENSNLEG00000029586	VCPIP1 (ENSNLEG00000010732)	VXN (ENSNLEG00000010728)	ADHFE1 (ENSNLEG00000010666)	RRS1 (ENSNLEG00000027730)	CRH (ENSNLEG00000034419)	TRIM55 (ENSNLEG00000010586)	DNAJC5B (ENSNLEG00000010568)	ENSNLEG00000028763	PDE7A (ENSNLEG00000003962)	MTFR1 (ENSNLEG00000003936)	ARMC1 (ENSNLEG00000003916)	CYP7B1 (ENSNLEG00000003905)	ENSNLEG00000034961	ENSNLEG00000029731 #22	ENSNLEG00000028285	ENSNLEG00000033907	YTHDF3 (ENSNLEG00000003872)	TTPA (ENSNLEG00000003861)	GGH (ENSNLEG00000003849)	NKAIN3 (ENSNLEG00000003847)	ENSNLEG00000033181	ENSNLEG00000031246	ENSNLEG00000029861	RPL30 (ENSNLEG00000029825)	MATN2 (ENSNLEG00000003768)	ENSNLEG00000035130	ENSNLEG00000034969	ENSNLEG00000003756	MTDH (ENSNLEG00000003705)
Gibbon	MODERN SPECIES	14	MDH1B (ENSNLEG00000007114)	DYTN (ENSNLEG00000007113)	FAM237A (ENSNLEG00000007112)	ADAM23 (ENSNLEG00000007102)	ZDBF2 (ENSNLEG00000007100)	ENSNLEG00000033131	ENSNLEG00000007098	NDUFS1 (ENSNLEG00000007090)	INO80D (ENSNLEG00000032256)	NRP2 (ENSNLEG00000007071)	ENSNLEG00000036209	ENSNLEG00000007066	ICOS (ENSNLEG00000007065)	CTLA4 (ENSNLEG00000007059)	CD28 (ENSNLEG00000007057)	ENSNLEG00000029125 #22	ENSNLEG00000035533	ENSNLEG00000030127	RAPH1 (ENSNLEG00000007048)	ENSNLEG00000007043	CYP20A1 (ENSNLEG00000035097)	ENSNLEG00000029450	NBEAL1 (ENSNLEG00000007032)	CARF (ENSNLEG00000007026)	WDR12 (ENSNLEG00000007018)	ICA1L (ENSNLEG00000007012)	ENSNLEG00000027717	ENSNLEG00000029928 ##20	ENSNLEG00000007009	BMPR2 (ENSNLEG00000007004)	ENSNLEG00000031345
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	883	CYP11A1 (ENSCWAG00000006969)	ENSCWAG00000006873	STRA6 (ENSCWAG00000006608)	ISLR (ENSCWAG00000006589)	ISLR2 (ENSCWAG00000006577)	PML (ENSCWAG00000005849)	STOML1 (ENSCWAG00000005713)	LOXL1 (ENSCWAG00000005657)	TBC1D21 (ENSCWAG00000005471)	INSYN1 (ENSCWAG00000005432)	ENSCWAG00000005389	NPTN (ENSCWAG00000005268)	REC114 (ENSCWAG00000005167)	HCN4 (ENSCWAG00000005117)	NEO1 (ENSCWAG00000005000)	ENSCWAG00000004964 #22	ENSCWAG00000004949	BBS4 (ENSCWAG00000004917)	ARIH1 (ENSCWAG00000004850)	TMEM202 (ENSCWAG00000004795)	HEXA (ENSCWAG00000004709)	CELF6 (ENSCWAG00000004457)	PARP6 (ENSCWAG00000004381)	PKM (ENSCWAG00000004296)	ENSCWAG00000004230	SEC23A (ENSCWAG00000004148)	CLEC14A (ENSCWAG00000004118)	SSTR1 (ENSCWAG00000004108)	TTC6 (ENSCWAG00000003844)	FOXA1 (ENSCWAG00000003793)	ENSCWAG00000021845
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b #22	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1																ENSMMSG00000003349 #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a.e	ENSGT00940000157317	ENSGT00940000162266	ENSGT00940000160014	ENSGT00940000160349	ENSGT00940000159414	ENSGT00940000159426	ENSGT00550000075050	ENSGT00390000006821	ENSGT00940000155414	ENSGT00940000156345	ENSGT00730000111510	ENSGT00390000009243	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00530000063975	ENSGT00940000154762.a.b	ENSGT00940000162095	ENSGT00390000015880	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00940000159210	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000002172.A.a	ENSGT00940000156831	ENSGT00940000161226	ENSGT00940000158514	ENSGT00940000161467
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a.e	ENSGT00940000157317	ENSGT00940000162266	ENSGT00940000160014	ENSGT00940000160349	ENSGT00940000159414	ENSGT00940000159426	ENSGT00550000075050	ENSGT00390000006821	ENSGT00940000155414	ENSGT00940000156345	ENSGT00730000111510	ENSGT00390000009243	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00530000063975	ENSGT00940000154762.a.b	ENSGT00940000162095	ENSGT00390000015880	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00940000159210	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000002172.A.a	ENSGT00940000156831	ENSGT00940000161226	ENSGT00940000158514	ENSGT00940000161467
American bison	MODERN SPECIES	3254	GALNT17 (ENSBBBG00000014771)	AUTS2 (ENSBBBG00000014700)	ENSBBBG00000003394	RCC1L (ENSBBBG00000014512)	ENSBBBG00000003371	NCF1 (ENSBBBG00000014482)	GTF2I (ENSBBBG00000014455)	GTF2IRD1 (ENSBBBG00000014254)	CLIP2 (ENSBBBG00000014174)	RFC2 (ENSBBBG00000007550)	LAT2 (ENSBBBG00000014081)	EIF4H (ENSBBBG00000003126)	LIMK1 (ENSBBBG00000014034)	ELN (ENSBBBG00000003006)	TMEM270 (ENSBBBG00000011925)	ENSBBBG00000011916 #22	METTL27 (ENSBBBG00000011912)	CLDN4 (ENSBBBG00000011897)	CLDN3 (ENSBBBG00000002216)	ABHD11 (ENSBBBG00000011889)	STX1A (ENSBBBG00000011868)	BUD23 (ENSBBBG00000011856)	DNAJC30 (ENSBBBG00000011847)	VPS37D (ENSBBBG00000011842)	MLXIPL (ENSBBBG00000002199)	TBL2 (ENSBBBG00000011767)	BCL7B (ENSBBBG00000002182)	BAZ1B (ENSBBBG00000011741)	FZD9 (ENSBBBG00000011718)	FKBP6 (ENSBBBG00000011713)	TRIM50 (ENSBBBG00000002156)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a.e	ENSGT00940000157317	ENSGT00940000162266	ENSGT00940000160014	ENSGT00940000160349	ENSGT00940000159414	ENSGT00940000159426	ENSGT00550000075050	ENSGT00390000006821	ENSGT00940000155414	ENSGT00940000156345	ENSGT00730000111510	ENSGT00390000009243	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00530000063975	ENSGT00940000154762.a.b	ENSGT00940000162095	ENSGT00390000015880	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00940000159210	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000002172.A.a	ENSGT00940000156831	ENSGT00940000161226	ENSGT00940000158514	ENSGT00940000161467
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a.e	ENSGT00940000157317	ENSGT00940000162266	ENSGT00940000160014	ENSGT00940000160349	ENSGT00940000159414	ENSGT00940000159426	ENSGT00550000075050	ENSGT00390000006821	ENSGT00940000155414	ENSGT00940000156345	ENSGT00730000111510	ENSGT00390000009243	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00530000063975	ENSGT00940000154762.a.b	ENSGT00940000162095	ENSGT00390000015880	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00940000159210	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000002172.A.a	ENSGT00940000156831	ENSGT00940000161226	ENSGT00940000158514	ENSGT00940000161467
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	17	ENSBIXG00005008556	ENSBIXG00005008573	RCC1L (ENSBIXG00005000231)	ENSBIXG00005008649	NCF1 (ENSBIXG00005008664)	GTF2I (ENSBIXG00005008700)	ENSBIXG00005008743	GTF2IRD1 (ENSBIXG00005008846)	CLIP2 (ENSBIXG00005000321)	RFC2 (ENSBIXG00005008986)	LAT2 (ENSBIXG00005009055)	EIF4H (ENSBIXG00005005364)	LIMK1 (ENSBIXG00005000407)	ELN (ENSBIXG00005009230)	TMEM270 (ENSBIXG00005009256)	ENSBIXG00005009270 #22	METTL27 (ENSBIXG00005009281)	CLDN4 (ENSBIXG00005000455)	CLDN3 (ENSBIXG00005006308)	ABHD11 (ENSBIXG00005000489)	ENSBIXG00005009465	BUD23 (ENSBIXG00005009530)	DNAJC30 (ENSBIXG00005009554)	VPS37D (ENSBIXG00005009567)	MLXIPL (ENSBIXG00005006983)	TBL2 (ENSBIXG00005009654)	BCL7B (ENSBIXG00005009697)	BAZ1B (ENSBIXG00005009733)	FKBP6 (ENSBIXG00005009809)	TRIM50 (ENSBIXG00005009839)	NSUN5 (ENSBIXG00005000641)
Cow	MODERN SPECIES	17	GALNT17 (ENSBTAG00000008718)	AUTS2 (ENSBTAG00000002083)	ENSBTAG00000014417	RCC1L (ENSBTAG00000011753)	GTF2IRD2 (ENSBTAG00000026286)	NCF1 (ENSBTAG00000003305)	GTF2I (ENSBTAG00000009780)	GTF2IRD1 (ENSBTAG00000006212)	CLIP2 (ENSBTAG00000011875)	RFC2 (ENSBTAG00000018589)	LAT2 (ENSBTAG00000045767)	EIF4H (ENSBTAG00000047249)	LIMK1 (ENSBTAG00000044083)	ELN (ENSBTAG00000019517)	TMEM270 (ENSBTAG00000014810)	ENSBTAG00000051532 #22	METTL27 (ENSBTAG00000001374)	CLDN4 (ENSBTAG00000026278)	CLDN3 (ENSBTAG00000040432)	ABHD11 (ENSBTAG00000010339)	STX1A (ENSBTAG00000017075)	BUD23 (ENSBTAG00000017067)	DNAJC30 (ENSBTAG00000009022)	VPS37D (ENSBTAG00000008487)	MLXIPL (ENSBTAG00000009153)	TBL2 (ENSBTAG00000000321)	BCL7B (ENSBTAG00000020544)	BAZ1B (ENSBTAG00000005197)	FZD9 (ENSBTAG00000051341)	FKBP6 (ENSBTAG00000002253)	TRIM50 (ENSBTAG00000005798)
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Domestic yak	MODERN SPECIES	18	ENSBGRG00000022128	ENSBGRG00000022117	CASTOR2 (ENSBGRG00000021809)	RCC1L (ENSBGRG00000021587)	ENSBGRG00000021552	NCF1 (ENSBGRG00000021502)	GTF2I (ENSBGRG00000021271)	GTF2IRD1 (ENSBGRG00000020750)	CLIP2 (ENSBGRG00000020435)	RFC2 (ENSBGRG00000020073)	LAT2 (ENSBGRG00000019878)	ENSBGRG00000019729	LIMK1 (ENSBGRG00000019391)	ELN (ENSBGRG00000013383)	TMEM270 (ENSBGRG00000013209)	ENSBGRG00000013166 #22	METTL27 (ENSBGRG00000013126)	CLDN4 (ENSBGRG00000013079)	ENSBGRG00000013047	ABHD11 (ENSBGRG00000012769)	STX1A (ENSBGRG00000012465)	BUD23 (ENSBGRG00000012417)	DNAJC30 (ENSBGRG00000012375)	VPS37D (ENSBGRG00000012322)	ENSBGRG00000012296	MLXIPL (ENSBGRG00000011880)	TBL2 (ENSBGRG00000011658)	BCL7B (ENSBGRG00000011398)	BAZ1B (ENSBGRG00000011085)	FZD9 (ENSBGRG00000010984)	FKBP6 (ENSBGRG00000010618)
Wild yak	DUPLICATION
Wild yak	MODERN SPECIES	558			SMYD3 (ENSBMUG00000010340)	TFB2M (ENSBMUG00000010320)	CNST (ENSBMUG00000010296)	ENSBMUG00000010281	ENSBMUG00000010258	SCCPDH (ENSBMUG00000010247)	ENSBMUG00000010228	AHCTF1 (ENSBMUG00000010205)	CDC42BPA (ENSBMUG00000009791)	COQ8A (ENSBMUG00000009311)	PSEN2 (ENSBMUG00000009285)	ITPKB (ENSBMUG00000009271)	STUM (ENSBMUG00000009216)	ENSBMUG00000009041 #22	ENSBMUG00000009031	ENSBMUG00000009023
Wild yak	MODERN SPECIES	514		CASTOR2 (ENSBMUG00000011693)	RCC1L (ENSBMUG00000011658)	ENSBMUG00000011592	NCF1 (ENSBMUG00000011510)	GTF2I (ENSBMUG00000011362)	GTF2IRD1 (ENSBMUG00000011059)	ENSBMUG00000010973	CLIP2 (ENSBMUG00000010933)	RFC2 (ENSBMUG00000010871)	LAT2 (ENSBMUG00000010806)	EIF4H (ENSBMUG00000010773)	LIMK1 (ENSBMUG00000010736)	ELN (ENSBMUG00000009116)	TMEM270 (ENSBMUG00000008323)	ENSBMUG00000008318 #22	METTL27 (ENSBMUG00000008303)	CLDN4 (ENSBMUG00000008293)	CLDN3 (ENSBMUG00000008285)	ABHD11 (ENSBMUG00000008278)	STX1A (ENSBMUG00000008255)	BUD23 (ENSBMUG00000008222)	DNAJC30 (ENSBMUG00000008208)	VPS37D (ENSBMUG00000008199)	MLXIPL (ENSBMUG00000008169)	TBL2 (ENSBMUG00000008042)	BCL7B (ENSBMUG00000008030)	BAZ1B (ENSBMUG00000008011)	FZD9 (ENSBMUG00000007985)	FKBP6 (ENSBMUG00000007971)	TRIM50 (ENSBMUG00000007919)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a.e	ENSGT00940000157317	ENSGT00940000162266	ENSGT00940000160014	ENSGT00940000160349	ENSGT00940000159414	ENSGT00940000159426	ENSGT00550000075050	ENSGT00390000006821	ENSGT00940000155414	ENSGT00940000156345	ENSGT00730000111510	ENSGT00390000009243	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00530000063975	ENSGT00940000154762.a.b	ENSGT00940000162095	ENSGT00390000015880	ENSGT01030000234627.a.a.c	ENSGT00390000014737	ENSGT00510000048685	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00940000159210	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000002172.A.a	ENSGT00940000156831	ENSGT00940000161226	ENSGT00940000158514	ENSGT00940000161467
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	16	ENSOARG00020017893	ENSOARG00020017933	ENSOARG00020017977	RCC1L (ENSOARG00020018061)	ENSOARG00020018229	NCF1 (ENSOARG00020018390)	GTF2I (ENSOARG00020018473)	GTF2IRD1 (ENSOARG00020018854)	CLIP2 (ENSOARG00020020096)	RFC2 (ENSOARG00020020256)	LAT2 (ENSOARG00020020452)	EIF4H (ENSOARG00020020498)	LIMK1 (ENSOARG00020020624)	ELN (ENSOARG00020020966)	TMEM270 (ENSOARG00020021023)	ENSOARG00020021057 #22	METTL27 (ENSOARG00020021083)	CLDN4 (ENSOARG00020021120)	CLDN3 (ENSOARG00020021144)	ABHD11 (ENSOARG00020021169)	STX1A (ENSOARG00020021444)	BUD23 (ENSOARG00020021497)	DNAJC30 (ENSOARG00020021550)	VPS37D (ENSOARG00020021561)	MLXIPL (ENSOARG00020021665)	TBL2 (ENSOARG00020022353)	BCL7B (ENSOARG00020022401)	BAZ1B (ENSOARG00020022456)	FZD9 (ENSOARG00020022514)	FKBP6 (ENSOARG00020022533)	TRIM50 (ENSOARG00020022634)
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	24	SENP1 (ENSCHIG00000021315)	COL2A1 (ENSCHIG00000009616)	TMEM106C (ENSCHIG00000025500)	VDR (ENSCHIG00000023586)	HDAC7 (ENSCHIG00000012597)	SLC48A1 (ENSCHIG00000012327)	RAPGEF3 (ENSCHIG00000010621)	ENSCHIG00000018045	RPAP3 (ENSCHIG00000011915)	ENSCHIG00000013454	PCED1B (ENSCHIG00000003911)	AMIGO2 (ENSCHIG00000013658)	SLC38A4 (ENSCHIG00000016540)	SLC38A2 (ENSCHIG00000010302)	SLC38A1 (ENSCHIG00000001165)	ENSCHIG00000011733 #22	SCAF11 (ENSCHIG00000016618)	ARID2 (ENSCHIG00000010883)	ANO6 (ENSCHIG00000000850)	ENSCHIG00000023172	DBX2 (ENSCHIG00000022598)	NELL2 (ENSCHIG00000010725)	TMEM117 (ENSCHIG00000007627)	TWF1 (ENSCHIG00000023302)	IRAK4 (ENSCHIG00000017984)	PUS7L (ENSCHIG00000011359)	ADAMTS20 (ENSCHIG00000027074)	PRICKLE1 (ENSCHIG00000012537)	PPHLN1 (ENSCHIG00000010242)	ENSCHIG00000010312	YAF2 (ENSCHIG00000025941)
Goat	MODERN SPECIES	17	ENSCHIG00000026324	ENSCHIG00000019190	RCC1L (ENSCHIG00000019471)	ENSCHIG00000006082	ENSCHIG00000011875	NCF1 (ENSCHIG00000022178)	GTF2I (ENSCHIG00000008326)	GTF2IRD1 (ENSCHIG00000020027)	CLIP2 (ENSCHIG00000020974)	RFC2 (ENSCHIG00000009030)	ENSCHIG00000020053	EIF4H (ENSCHIG00000020637)	LIMK1 (ENSCHIG00000027103)	ENSCHIG00000018073	TMEM270 (ENSCHIG00000018876)	ENSCHIG00000006172 #22	METTL27 (ENSCHIG00000020950)	CLDN4 (ENSCHIG00000004293)	CLDN3 (ENSCHIG00000004105)	ABHD11 (ENSCHIG00000022708)	STX1A (ENSCHIG00000011358)	BUD23 (ENSCHIG00000020261)	DNAJC30 (ENSCHIG00000010092)	VPS37D (ENSCHIG00000011091)	MLXIPL (ENSCHIG00000020795)	TBL2 (ENSCHIG00000015142)	BCL7B (ENSCHIG00000001747)	BAZ1B (ENSCHIG00000019115)	FZD9 (ENSCHIG00000001027)	FKBP6 (ENSCHIG00000007658)	TRIM50 (ENSCHIG00000018300)
Cetacea	DUPLICATION
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.v #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.v #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.v #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161820	ENSGT00390000018040	ENSGT01050000246114	ENSGT00940000164345.a	ENSGT00940000161335.a.b.a.b.b	ENSGT00940000161684.b.a.a.a.c.b.b	ENSGT00390000013224.j	ENSGT01100000263552.g.a.a.b	ENSGT00940000161335.a.b.a.b.a	ENSGT00940000161684.b.a.a.a.c.a.a	ENSGT00940000154693.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154734.B.c.b	ENSGT00940000156866.eb	ENSGT00940000154693.b.b.a	ENSGT00940000154268.e.a.v #22	ENSGT00940000164210	ENSGT00940000161684.b.a.b.f	ENSGT00940000161684.b.a.b.e	ENSGT00940000154693.b.a.a.b	ENSGT00940000161684.b.a.a.b	ENSGT01060000248806.a.b	ENSGT00940000163313	ENSGT00950000182890.D.c.b.a.b.b.b.d.f.a.a	ENSGT00940000163779	ENSGT00940000154734.A	ENSGT00940000163677.a.a.d.a.b.a.b	ENSGT00940000161016.A.b	ENSGT00940000166082.a.a	ENSGT00940000163177.s.b	ENSGT00940000163048.j
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01010000222906.b.b.a	ENSGT00940000161820	ENSGT00390000018040	ENSGT01050000246114	ENSGT00940000164345.a	ENSGT00940000161335.a.b.a.b.b	ENSGT00940000161684.b.a.a.a.c.b.b	ENSGT00390000013224.j	ENSGT01100000263552.g.a.a.b	ENSGT00940000161335.a.b.a.b.a	ENSGT00940000161684.b.a.a.a.c.a.a	ENSGT00940000154693.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154734.B.c.b	ENSGT00940000156866.eb	ENSGT00940000154693.b.b.a	ENSGT00940000154268.e.a.v #22	ENSGT00940000164210	ENSGT00940000161684.b.a.b.f	ENSGT00940000161684.b.a.b.e	ENSGT00940000154693.b.a.a.b	ENSGT00940000161684.b.a.a.b	ENSGT01060000248806.a.b	ENSGT00940000163313	ENSGT00950000182890.D.c.b.a.b.b.b.d.f.a.a	ENSGT00940000163779	ENSGT00940000154734.A	ENSGT00940000163677.a.a.d.a.b.a.b	ENSGT00940000161016.A.b	ENSGT00940000166082.a.a	ENSGT00940000163177.s.b	ENSGT00940000163048.j
Narwhal	MODERN SPECIES	296	ZNF606 (ENSMMNG00015001430)	C19orf18 (ENSMMNG00015001409)	ENSMMNG00015001389	ENSMMNG00015001379	ENSMMNG00015001353	ENSMMNG00015001333	ENSMMNG00015001310	ENSMMNG00015001243	ENSMMNG00015001172	ENSMMNG00015001147	ENSMMNG00015001140	ENSMMNG00015001116	ENSMMNG00015001077	ENSMMNG00015001051	ZNF551 (ENSMMNG00015001043)	ENSMMNG00015001028 #22	ZSCAN4 (ENSMMNG00015001017)	ENSMMNG00015000984	ENSMMNG00015000967	ENSMMNG00015000952	ENSMMNG00015000937	ENSMMNG00015000909	ZNF134 (ENSMMNG00015000897)	ENSMMNG00015000880	ZIK1 (ENSMMNG00015000859)	ENSMMNG00015000829	ENSMMNG00015000807	ENSMMNG00015000793	ENSMMNG00015000775	ENSMMNG00015000751	ZNF550 (ENSMMNG00015000737)
Beluga whale	MODERN SPECIES	14	ENSDLEG00000000162	ZNF606 (ENSDLEG00000000187)	C19orf18 (ENSDLEG00000000196)	ENSDLEG00000000213	ENSDLEG00000000234	ENSDLEG00000000248	ENSDLEG00000000269	ENSDLEG00000000282	ENSDLEG00000000433	ENSDLEG00000000597	ENSDLEG00000000786	ENSDLEG00000000797	ENSDLEG00000000803	ZNF551 (ENSDLEG00000000810)	ENSDLEG00000000823	ENSDLEG00000000848 #22	ENSDLEG00000000864	ENSDLEG00000000875	ENSDLEG00000000894	ENSDLEG00000000917	ENSDLEG00000001002	ENSDLEG00000001027	ENSDLEG00000001074	ENSDLEG00000001089	ENSDLEG00000001102	ENSDLEG00000001120	ZNF550 (ENSDLEG00000001133)	ZNF773 (ENSDLEG00000001156)	ENSDLEG00000001188	ENSDLEG00000001202	ENSDLEG00000001208
Vaquita	MODERN SPECIES	10	ENSPSNG00000022196	ENSPSNG00000022209	ENSPSNG00000022218	ENSPSNG00000012337	ENSPSNG00000012366	ENSPSNG00000012414	ENSPSNG00000012464	ENSPSNG00000012525	ENSPSNG00000012561	ENSPSNG00000012613	ENSPSNG00000012641	ENSPSNG00000012702	ENSPSNG00000013121	ENSPSNG00000013171	ENSPSNG00000013211	ENSPSNG00000013231 #22	ZSCAN4 (ENSPSNG00000013282)	ENSPSNG00000013344	ENSPSNG00000013365	ENSPSNG00000013394	ENSPSNG00000013450	ENSPSNG00000013485	ENSPSNG00000013506	ZNF134 (ENSPSNG00000013552)	ENSPSNG00000013616	ENSPSNG00000013743	ENSPSNG00000013808	ENSPSNG00000013828	ENSPSNG00000013850	ZNF550 (ENSPSNG00000013886)	ENSPSNG00000013940
Cetacea	DUPLICATION
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.a.w.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.xb.a	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000153524.b.a.a	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.a.w.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003721.d.b.h	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.xb.a	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000153524.b.a.a	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.a.w.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003721.d.b.h	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236.a.a	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Dolphin	MODERN SPECIES	5892																NDUFA4 (ENSTTRG00000013045) #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.xb.a	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000153524.b.a.a	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.a.w.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003721.d.b.h	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236.a.a	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.yb	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.a.w.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003721.d.b.h	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236.a.b	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Narwhal	MODERN SPECIES	306	SOSTDC1 (ENSMMNG00015006107)	CRPPA (ENSMMNG00015006144)	ENSMMNG00015006167	MEOX2 (ENSMMNG00015006189)	AGMO (ENSMMNG00015006211)	DGKB (ENSMMNG00015006317)	ETV1 (ENSMMNG00015006539)	ENSMMNG00015006592	ENSMMNG00015006607	SCIN (ENSMMNG00015006636)	TMEM106B (ENSMMNG00015006772)	ENSMMNG00015006801	THSD7A (ENSMMNG00015006836)	ENSMMNG00015006863	PHF14 (ENSMMNG00015006883)	ENSMMNG00015006925 #22	NXPH1 (ENSMMNG00015006936) ##24	ICA1 (ENSMMNG00015006974)	GLCCI1 (ENSMMNG00015007056) ##20	UMAD1 (ENSMMNG00015007081)	ENSMMNG00015007099	ENSMMNG00015007125	MIOS (ENSMMNG00015007154)	C1GALT1 (ENSMMNG00015007175)	ASNS (ENSMMNG00015007216)	TAC1 (ENSMMNG00015007275)	ENSMMNG00015007300	SDHAF3 (ENSMMNG00015007315)	DLX5 (ENSMMNG00015007328)	DLX6 (ENSMMNG00015007350)	ENSMMNG00015007364
Beluga whale	MODERN SPECIES	72	SOSTDC1 (ENSDLEG00000019661)	ENSDLEG00000019659	ISPD (ENSDLEG00000019640)	MEOX2 (ENSDLEG00000019630)	AGMO (ENSDLEG00000019622)	DGKB (ENSDLEG00000019611)	ETV1 (ENSDLEG00000019595)	ENSDLEG00000019590	ENSDLEG00000019581	SCIN (ENSDLEG00000019567)	TMEM106B (ENSDLEG00000019559)	ENSDLEG00000019556	ENSDLEG00000019551	THSD7A (ENSDLEG00000019254)	PHF14 (ENSDLEG00000019163)	NDUFA4 (ENSDLEG00000019143) #22	NXPH1 (ENSDLEG00000019138) ##24	ICA1 (ENSDLEG00000019086)	GLCCI1 (ENSDLEG00000019073) ##20	ENSDLEG00000019059	UMAD1 (ENSDLEG00000019054)	RPA3 (ENSDLEG00000019052)	MIOS (ENSDLEG00000019046)	C1GALT1 (ENSDLEG00000019036)	ASNS (ENSDLEG00000019032)	TAC1 (ENSDLEG00000019029)	ENSDLEG00000019024	SDHAF3 (ENSDLEG00000019017)	DLX5 (ENSDLEG00000019015)	DLX6 (ENSDLEG00000019005)	ENSDLEG00000018995
Vaquita	MODERN SPECIES	20	CRPPA (ENSPSNG00000008145)	ENSPSNG00000008118	MEOX2 (ENSPSNG00000008095)	AGMO (ENSPSNG00000008013)	ENSPSNG00000007994	ENSPSNG00000007963	DGKB (ENSPSNG00000007909)	ETV1 (ENSPSNG00000007817)	ENSPSNG00000007786	SCIN (ENSPSNG00000007549)	TMEM106B (ENSPSNG00000007412)	RBM3 (ENSPSNG00000007383)	ENSPSNG00000007362	THSD7A (ENSPSNG00000007114)	PHF14 (ENSPSNG00000006873)	ENSPSNG00000006754 #22	NXPH1 (ENSPSNG00000006723) ##24	ICA1 (ENSPSNG00000006670)	GLCCI1 (ENSPSNG00000006591) ##20	ENSPSNG00000006546	UMAD1 (ENSPSNG00000006522)	RPA3 (ENSPSNG00000006394)	MIOS (ENSPSNG00000006353)	C1GALT1 (ENSPSNG00000006313)	ASNS (ENSPSNG00000006229)	TAC1 (ENSPSNG00000006155)	ENSPSNG00000006117	ENSPSNG00000006103	DLX5 (ENSPSNG00000006083)	DLX6 (ENSPSNG00000006068)	ENSPSNG00000006051
Sperm whale	MODERN SPECIES	16	ENSPCTG00005001152	ENSPCTG00005001136	CRPPA (ENSPCTG00005001089)	MEOX2 (ENSPCTG00005001060)	AGMO (ENSPCTG00005001051)	ENSPCTG00005001037	DGKB (ENSPCTG00005000963)	ETV1 (ENSPCTG00005000890)	ENSPCTG00005000845	ARL4A (ENSPCTG00005000841)	SCIN (ENSPCTG00005000815)	TMEM106B (ENSPCTG00005000721)	ENSPCTG00005000703	THSD7A (ENSPCTG00005000630)	PHF14 (ENSPCTG00005000457)	NDUFA4 (ENSPCTG00005000370) #22	NXPH1 (ENSPCTG00005000346) ##24	ICA1 (ENSPCTG00005000295)	GLCCI1 (ENSPCTG00005000236) ##20	ENSPCTG00005000222	UMAD1 (ENSPCTG00005004533)	RPA3 (ENSPCTG00005004499)	MIOS (ENSPCTG00005004472)	C1GALT1 (ENSPCTG00005004436)	ASNS (ENSPCTG00005004342)	TAC1 (ENSPCTG00005004242)	SDHAF3 (ENSPCTG00005004214)	DLX5 (ENSPCTG00005004189)	DLX6 (ENSPCTG00005004174)	ENSPCTG00005004168	SEM1 (ENSPCTG00005004135)
Blue whale	MODERN SPECIES	20	CRPPA (ENSBMSG00010005928)	MEOX2 (ENSBMSG00010005896)	AGMO (ENSBMSG00010005878)	DGKB (ENSBMSG00010005756)	ETV1 (ENSBMSG00010005654)	ENSBMSG00010010822	ARL4A (ENSBMSG00010010815)	SCIN (ENSBMSG00010010783)	ENSBMSG00010010723	TMEM106B (ENSBMSG00010010694)	ENSBMSG00010010686	ENSBMSG00010010662	ENSBMSG00010010647	THSD7A (ENSBMSG00010010586)	PHF14 (ENSBMSG00010010545)	ENSBMSG00010010526 #22	ENSBMSG00010010516	NXPH1 (ENSBMSG00010010502) ##24	ICA1 (ENSBMSG00010010462)	GLCCI1 (ENSBMSG00010010429) ##20	ENSBMSG00010010413	UMAD1 (ENSBMSG00010010406)	RPA3 (ENSBMSG00010010396)	MIOS (ENSBMSG00010010390)	C1GALT1 (ENSBMSG00010010380)	ASNS (ENSBMSG00010010358)	TAC1 (ENSBMSG00010010326)	ENSBMSG00010010303	SDHAF3 (ENSBMSG00010010295)	DLX5 (ENSBMSG00010010283)	DLX6 (ENSBMSG00010010273)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.w.b #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.w.b #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.w.b #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000015892	ENSGT00950000182933.A.a.a	ENSGT00950000183044.a.a.a.d	ENSGT00940000160070	ENSGT00940000159703	ENSGT00550000075065	ENSGT00940000158204.a	ENSGT00550000075186.j	ENSGT00950000184814	ENSGT00410000025615	ENSGT00390000006233.c.b	ENSGT00940000157351	ENSGT00940000159603	ENSGT00940000161850	ENSGT00940000157969	ENSGT00940000154268.e.a.w.b #22	ENSGT00940000156783	ENSGT00390000000190	ENSGT00940000158297	ENSGT00730000111327.a	ENSGT00390000004169	ENSGT00390000003596	ENSGT00390000013260.B	ENSGT00940000160874	ENSGT00390000018731	ENSGT00390000016682	ENSGT00950000183157.a.a.a	ENSGT00950000182960.a.a.a.b	ENSGT00940000160116	ENSGT00940000159369	ENSGT00520000061927.f.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000182933.A.a.a	ENSGT00950000183044.a.a.a.d	ENSGT00940000160070	ENSGT00940000159703	ENSGT00550000075065	ENSGT00940000158204.a	ENSGT00550000075186.i.b	ENSGT00950000184814	ENSGT00550000075186.j	ENSGT00410000025615	ENSGT00390000006233.c.b	ENSGT00940000157351	ENSGT00940000159603	ENSGT00940000161850	ENSGT00940000157969	ENSGT00940000154268.e.a.w.b #22	ENSGT00940000156783	ENSGT00390000000190	ENSGT00940000158297	ENSGT00730000111327.a	ENSGT00390000004169	ENSGT00390000003596	ENSGT00390000013260.B	ENSGT00940000160874	ENSGT00390000018731	ENSGT00390000016682	ENSGT00950000183157.a.a.a	ENSGT00950000182960.a.a.a.b	ENSGT00940000160116	ENSGT00940000159369	ENSGT00520000061927.f.a
Beluga whale	MODERN SPECIES	26	PYCR1 (ENSDLEG00000003233)	MAFG (ENSDLEG00000003244)	SIRT7 (ENSDLEG00000003254)	PCYT2 (ENSDLEG00000003270)	ENSDLEG00000003287	ENSDLEG00000003289	ENSDLEG00000003295	ANAPC11 (ENSDLEG00000003304)	ENSDLEG00000003312	ALYREF (ENSDLEG00000003322)	ARHGDIA (ENSDLEG00000003332)	P4HB (ENSDLEG00000003338)	PPP1R27 (ENSDLEG00000003347)	ENSDLEG00000003358	GCGR (ENSDLEG00000003371)	ENSDLEG00000003375 #22	SLC25A10 (ENSDLEG00000003389)	MRPL12 (ENSDLEG00000003392)	HGS (ENSDLEG00000003399)	ARL16 (ENSDLEG00000003423)	CCDC137 (ENSDLEG00000003427)	ENSDLEG00000003430	PDE6G (ENSDLEG00000003433)	TSPAN10 (ENSDLEG00000003436)	NPLOC4 (ENSDLEG00000003440)	FAAP100 (ENSDLEG00000003454)	FSCN2 (ENSDLEG00000003461)	ACTG1 (ENSDLEG00000003467)	BAHCC1 (ENSDLEG00000003483)	SLC38A10 (ENSDLEG00000003527)	NDUFAF8 (ENSDLEG00000003551)
Narwhal	MODERN SPECIES	316	CENPX (ENSMMNG00015018739)	ASPSCR1 (ENSMMNG00015018793)	NOTUM (ENSMMNG00015018857)	PYCR1 (ENSMMNG00015018894)	MAFG (ENSMMNG00015018924)	SIRT7 (ENSMMNG00015018944)	PCYT2 (ENSMMNG00015019018)	NPB (ENSMMNG00015019234)	ENSMMNG00015019254	ALYREF (ENSMMNG00015019283)	ARHGDIA (ENSMMNG00015019312)	P4HB (ENSMMNG00015019364)	PPP1R27 (ENSMMNG00015019423)	ENSMMNG00015019450	GCGR (ENSMMNG00015019507)	ENSMMNG00015019554 #22	SLC25A10 (ENSMMNG00015019574)	MRPL12 (ENSMMNG00015019602)	HGS (ENSMMNG00015019629)	ENSMMNG00015019647	CCDC137 (ENSMMNG00015019664)	ENSMMNG00015019695	PDE6G (ENSMMNG00015019707)	ENSMMNG00015019722	NPLOC4 (ENSMMNG00015019752)	FAAP100 (ENSMMNG00015019858)	FSCN2 (ENSMMNG00015019897)	ACTG1 (ENSMMNG00015019925)	BAHCC1 (ENSMMNG00015019961)	SLC38A10 (ENSMMNG00015020036)	NDUFAF8 (ENSMMNG00015020093)
Vaquita	MODERN SPECIES	12	ASPSCR1 (ENSPSNG00000021675)	NOTUM (ENSPSNG00000021747)	MYADML2 (ENSPSNG00000021769)	PYCR1 (ENSPSNG00000021790)	MAFG (ENSPSNG00000021813)	SIRT7 (ENSPSNG00000013257)	PCYT2 (ENSPSNG00000013326)	ENSPSNG00000013701	ENSPSNG00000013766	ALYREF (ENSPSNG00000013832)	ARHGDIA (ENSPSNG00000013962)	P4HB (ENSPSNG00000014031)	PPP1R27 (ENSPSNG00000014100)	MCRIP1 (ENSPSNG00000014195)	GCGR (ENSPSNG00000014383)	ENSPSNG00000014572 #22	SLC25A10 (ENSPSNG00000014601)	MRPL12 (ENSPSNG00000014673)	HGS (ENSPSNG00000014734)	ENSPSNG00000014786	CCDC137 (ENSPSNG00000014847)	OXLD1 (ENSPSNG00000014909)	PDE6G (ENSPSNG00000014939)	TSPAN10 (ENSPSNG00000015042)	NPLOC4 (ENSPSNG00000015436)	FAAP100 (ENSPSNG00000015599)	FSCN2 (ENSPSNG00000015630)	ACTG1 (ENSPSNG00000015703)	BAHCC1 (ENSPSNG00000015818)	SLC38A10 (ENSPSNG00000016962)	ENSPSNG00000017052
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Equus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Donkey	MODERN SPECIES	13	GHRL (ENSEASG00005014290)	SEC13 (ENSEASG00005014291)	ATP2B2 (ENSEASG00005014293)	ENSEASG00005034257	SLC6A11 (ENSEASG00005014295)	SLC6A1 (ENSEASG00005014296)	HRH1 (ENSEASG00005025266)	ATG7 (ENSEASG00005014298)	ENSEASG00005027051	VGLL4 (ENSEASG00005014301)	TAMM41 (ENSEASG00005014302)	SYN2 (ENSEASG00005014311)	TIMP4 (ENSEASG00005030754)	PPARG (ENSEASG00005014732)	TSEN2 (ENSEASG00005014763)	ENSEASG00005014772 #22	MKRN2OS (ENSEASG00005035083)	MKRN2 (ENSEASG00005014776)	ENSEASG00005014777	TMEM40 (ENSEASG00005033260)	ENSEASG00005025405	CAND2 (ENSEASG00005014788)	ENSEASG00005014792	MBD4 (ENSEASG00005014800)	IFT122 (ENSEASG00005014840)	RHO (ENSEASG00005015347)	H1-8 (ENSEASG00005025925)	PLXND1 (ENSEASG00005015351)	TMCC1 (ENSEASG00005015373)	ENSEASG00005015376	ENSEASG00005015384
Horse	DUPLICATION
Horse	MODERN SPECIES	25	LRRC72 (ENSECAG00000013150)	SOSTDC1 (ENSECAG00000012109)	CRPPA (ENSECAG00000036217)	AGMO (ENSECAG00000009353)	DGKB (ENSECAG00000000310)	ETV1 (ENSECAG00000020251)	ARL4A (ENSECAG00000019333)	SCIN (ENSECAG00000023149)	ENSECAG00000042008	ENSECAG00000031477	VWDE (ENSECAG00000021577)	ENSECAG00000059695	TMEM106B (ENSECAG00000014967)	THSD7A (ENSECAG00000000292)	PHF14 (ENSECAG00000016040)	ENSECAG00000026987 #22	NXPH1 (ENSECAG00000037686) ##24	ICA1 (ENSECAG00000011651)	GLCCI1 (ENSECAG00000009379) ##20	ENSECAG00000052905	ENSECAG00000056496	UMAD1 (ENSECAG00000040063)	RPA3 (ENSECAG00000054203)	ENSECAG00000046902	MIOS (ENSECAG00000021834)	COL28A1 (ENSECAG00000013598)	C1GALT1 (ENSECAG00000013002)	ENSECAG00000029294	ASNS (ENSECAG00000012134)	TAC1 (ENSECAG00000002538)	SDHAF3 (ENSECAG00000000424)
Horse	MODERN SPECIES	7	TATDN2 (ENSECAG00000010589)	GHRL (ENSECAG00000025073)	SEC13 (ENSECAG00000020459)	ATP2B2 (ENSECAG00000023528)	SLC6A11 (ENSECAG00000004220)	SLC6A1 (ENSECAG00000000699)	HRH1 (ENSECAG00000004544)	ENSECAG00000057850	ENSECAG00000048096	ATG7 (ENSECAG00000022756)	VGLL4 (ENSECAG00000039947)	TAMM41 (ENSECAG00000013860)	TIMP4 (ENSECAG00000011609)	SYN2 (ENSECAG00000049642)	PPARG (ENSECAG00000016664)	ENSECAG00000039510 #22	TSEN2 (ENSECAG00000012813)	MKRN2OS (ENSECAG00000012416)	MKRN2 (ENSECAG00000024404)	RAF1 (ENSECAG00000011807)	ENSECAG00000033555	TMEM40 (ENSECAG00000008940)	RPL32 (ENSECAG00000049946)	CAND2 (ENSECAG00000010515)	MBD4 (ENSECAG00000022106)	IFT122 (ENSECAG00000015360)	RHO (ENSECAG00000013709)	H1-8 (ENSECAG00000013614)	PLXND1 (ENSECAG00000009159)	TMCC1 (ENSECAG00000006725)	TRH (ENSECAG00000006178)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	11	ENSRFEG00010010686	C3orf85 (ENSRFEG00010010632)	GUCA1C (ENSRFEG00010009919)	TRAT1 (ENSRFEG00010009896)	ENSRFEG00010009859	DZIP3 (ENSRFEG00010009819)	CIP2A (ENSRFEG00010009298)	ENSRFEG00010009263	IFT57 (ENSRFEG00010009221)	CD47 (ENSRFEG00010009154)	ENSRFEG00010009130	BBX (ENSRFEG00010008999)	CBLB (ENSRFEG00010008884)	ALCAM (ENSRFEG00010008572)	ENSRFEG00010008533	ENSRFEG00010008514 #22	ZPLD1 (ENSRFEG00010008304)	NFKBIZ (ENSRFEG00010008219)	NXPE3 (ENSRFEG00010008146)	CEP97 (ENSRFEG00010007929)	ENSRFEG00010007848	ZBTB11 (ENSRFEG00010007730)	ENSRFEG00010007685	TRMT10C (ENSRFEG00010007670)	ENSRFEG00010007631	ENSRFEG00010007592	SENP7 (ENSRFEG00010007032)	IMPG2 (ENSRFEG00010006776)	TFG (ENSRFEG00010006677)	ADGRG7 (ENSRFEG00010006561)	TMEM45A (ENSRFEG00010006497)
Microbat	MODERN SPECIES	938	ARFIP1 (ENSMLUG00000002725)	FHDC1 (ENSMLUG00000002735)	TRIM2 (ENSMLUG00000002195)	MND1 (ENSMLUG00000002215)	TMEM131L (ENSMLUG00000010411)	TLR2 (ENSMLUG00000012813)	RNF175 (ENSMLUG00000012819)	ENSMLUG00000030163	SFRP2 (ENSMLUG00000012827)	DCHS2 (ENSMLUG00000008273)	ENSMLUG00000024184	ENSMLUG00000008318	FGB (ENSMLUG00000007690)	ENSMLUG00000005537	FGG (ENSMLUG00000005542)	ENSMLUG00000024636 #22	LRAT (ENSMLUG00000027595)	RBM46 (ENSMLUG00000003221)	ENSMLUG00000022847	NPY2R (ENSMLUG00000010894)	ENSMLUG00000012832	TLL1 (ENSMLUG00000011094)	CPE (ENSMLUG00000014038)	MSMO1 (ENSMLUG00000014033)	KLHL2 (ENSMLUG00000014026)	TMEM192 (ENSMLUG00000014023)	ENSMLUG00000027802	ENSMLUG00000024057	ENSMLUG00000002174	ENSMLUG00000028427	ENSMLUG00000029949
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Cat	DUPLICATION
Cat	MODERN SPECIES	1	LRRC72 (ENSFCAG00000022872)	SOSTDC1 (ENSFCAG00000032850)	ENSFCAG00000048074	CRPPA (ENSFCAG00000035418)	AGMO (ENSFCAG00000018846)	DGKB (ENSFCAG00000034879)	ETV1 (ENSFCAG00000029278)	ARL4A (ENSFCAG00000052104)	SCIN (ENSFCAG00000005088)	ENSFCAG00000044238	ENSFCAG00000034795	VWDE (ENSFCAG00000024923)	TMEM106B (ENSFCAG00000045115)	THSD7A (ENSFCAG00000012989)	PHF14 (ENSFCAG00000032020)	ENSFCAG00000039840 #22	NXPH1 (ENSFCAG00000006670) ##24	ICA1 (ENSFCAG00000013009)	GLCCI1 (ENSFCAG00000044916) ##20	UMAD1 (ENSFCAG00000039038)	RPA3 (ENSFCAG00000037352)	MIOS (ENSFCAG00000012070)	COL28A1 (ENSFCAG00000018957)	C1GALT1 (ENSFCAG00000029442)	ASNS (ENSFCAG00000022830)	TAC1 (ENSFCAG00000027120)	SDHAF3 (ENSFCAG00000023112)	DLX5 (ENSFCAG00000045842)	ENSFCAG00000033780	DLX6 (ENSFCAG00000026168)	ENSFCAG00000037742
Cat	MODERN SPECIES	237	TMCO5B (ENSFCAG00000019134)	ENSFCAG00000028731	FMN1 (ENSFCAG00000009143)	SCG5 (ENSFCAG00000009419)	ENSFCAG00000026103	GJD2 (ENSFCAG00000034474)	ACTC1 (ENSFCAG00000014067)	AQR (ENSFCAG00000014069)	ZNF770 (ENSFCAG00000047011)	DPH6 (ENSFCAG00000009863)	CB3H15orf41 (ENSFCAG00000025092)	ENSFCAG00000038402	MEIS2 (ENSFCAG00000037224)	ENSFCAG00000029681	TMCO5A (ENSFCAG00000014523)	ENSFCAG00000022883 #22	SPRED1 (ENSFCAG00000012379)	FAM98B (ENSFCAG00000041077)	RASGRP1 (ENSFCAG00000000022)	THBS1 (ENSFCAG00000011449)	FSIP1 (ENSFCAG00000011450)	ENSFCAG00000030192	GPR176 (ENSFCAG00000038334)	EIF2AK4 (ENSFCAG00000008980)	SRP14 (ENSFCAG00000039018)	BMF (ENSFCAG00000028694)	BUB1B (ENSFCAG00000013063)	PAK6 (ENSFCAG00000013067)	ANKRD63 (ENSFCAG00000029579)	PLCB2 (ENSFCAG00000001138)	INAFM2 (ENSFCAG00000046057)
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lion	DUPLICATION
lion	MODERN SPECIES	2	CRPPA (ENSPLOG00000021148)	MEOX2 (ENSPLOG00000021107)	AGMO (ENSPLOG00000021051)	ENSPLOG00000021015	DGKB (ENSPLOG00000020672)	ETV1 (ENSPLOG00000020495)	ARL4A (ENSPLOG00000020466)	SCIN (ENSPLOG00000020369)	ENSPLOG00000020306	ENSPLOG00000020288	VWDE (ENSPLOG00000020102)	TMEM106B (ENSPLOG00000020063)	THSD7A (ENSPLOG00000019788)	PHF14 (ENSPLOG00000019605)	ENSPLOG00000019529	ENSPLOG00000019496 #22	NXPH1 (ENSPLOG00000019464) ##24	ICA1 (ENSPLOG00000019284)	GLCCI1 (ENSPLOG00000019253) ##20	UMAD1 (ENSPLOG00000019213)	RPA3 (ENSPLOG00000019171)	MIOS (ENSPLOG00000019131)	COL28A1 (ENSPLOG00000018923)	C1GALT1 (ENSPLOG00000018883)	ASNS (ENSPLOG00000018770)	TAC1 (ENSPLOG00000018609)	SDHAF3 (ENSPLOG00000018540)	DLX5 (ENSPLOG00000018485)	ENSPLOG00000018456	DLX6 (ENSPLOG00000018415)	ENSPLOG00000018395
lion	MODERN SPECIES	6	AVEN (ENSPLOG00000002982)	RYR3 (ENSPLOG00000002912)	FMN1 (ENSPLOG00000002642)	GREM1 (ENSPLOG00000002513)	SCG5 (ENSPLOG00000002486)	ENSPLOG00000002446	GJD2 (ENSPLOG00000002415)	ACTC1 (ENSPLOG00000002393)	AQR (ENSPLOG00000002331)	ZNF770 (ENSPLOG00000002293)	DPH6 (ENSPLOG00000002255)	CDIN1 (ENSPLOG00000002203)	ENSPLOG00000002166	MEIS2 (ENSPLOG00000002046)	TMCO5A (ENSPLOG00000001932)	ENSPLOG00000001921 #22	SPRED1 (ENSPLOG00000001910)	FAM98B (ENSPLOG00000001891)	RASGRP1 (ENSPLOG00000001706)	THBS1 (ENSPLOG00000001562)	FSIP1 (ENSPLOG00000001515)	ENSPLOG00000001471	GPR176 (ENSPLOG00000001442)	EIF2AK4 (ENSPLOG00000001369)	SRP14 (ENSPLOG00000001306)	BMF (ENSPLOG00000001270)	BUB1B (ENSPLOG00000001226)	PAK6 (ENSPLOG00000001175)	ANKRD63 (ENSPLOG00000001151)	PLCB2 (ENSPLOG00000001014)	INAFM2 (ENSPLOG00000000945)
leopard	DUPLICATION
leopard	MODERN SPECIES	22	C12orf71 (ENSPPRG00000006577)	PPFIBP1 (ENSPPRG00000006483)	REP15 (ENSPPRG00000020751)	MRPS35 (ENSPPRG00000022747)	MANSC4 (ENSPPRG00000023400)	KLHL42 (ENSPPRG00000023573)	PTHLH (ENSPPRG00000023622)	CCDC91 (ENSPPRG00000024057)	FAR2 (ENSPPRG00000024441)	ERGIC2 (ENSPPRG00000024764)	OVCH1 (ENSPPRG00000024854)	TMTC1 (ENSPPRG00000024999)	IPO8 (ENSPPRG00000015678)	CAPRIN2 (ENSPPRG00000013738)	ENSPPRG00000009581	ENSPPRG00000009291 #22	DENND5B (ENSPPRG00000009050)	ENSPPRG00000006982	ETFBKMT (ENSPPRG00000006704)	AMN1 (ENSPPRG00000006230)	RESF1 (ENSPPRG00000004313)	BICD1 (ENSPPRG00000004034)	FGD4 (ENSPPRG00000001490)	DNM1L (ENSPPRG00000023244)	YARS2 (ENSPPRG00000011306)	PKP2 (ENSPPRG00000011075)	SYT10 (ENSPPRG00000010094)	ENSPPRG00000018821	ENSPPRG00000009217	ENSPPRG00000008453	CPNE8 (ENSPPRG00000007422)
leopard	MODERN SPECIES	9	CRPPA (ENSPPRG00000004544)	MEOX2 (ENSPPRG00000004613)	AGMO (ENSPPRG00000005722)	DGKB (ENSPPRG00000013076)	ETV1 (ENSPPRG00000019222)	ENSPPRG00000021760	ARL4A (ENSPPRG00000015025)	SCIN (ENSPPRG00000023646)	ENSPPRG00000023589	ENSPPRG00000015033	VWDE (ENSPPRG00000022687)	TMEM106B (ENSPPRG00000000247)	ENSPPRG00000000847	THSD7A (ENSPPRG00000003281)	PHF14 (ENSPPRG00000005010)	ENSPPRG00000005600 #22	NXPH1 (ENSPPRG00000005930) ##24	ICA1 (ENSPPRG00000010134)	GLCCI1 (ENSPPRG00000010852) ##20	UMAD1 (ENSPPRG00000011362)	RPA3 (ENSPPRG00000011518)	MIOS (ENSPPRG00000012147)	COL28A1 (ENSPPRG00000013113)	C1GALT1 (ENSPPRG00000014040)	ASNS (ENSPPRG00000018642)	TAC1 (ENSPPRG00000019181)	ENSPPRG00000020877	SDHAF3 (ENSPPRG00000023385)	DLX5 (ENSPPRG00000023013)	DLX6 (ENSPPRG00000022762)	ENSPPRG00000015965
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Tiger	DUPLICATION
Tiger	MODERN SPECIES	86														THSD7A (ENSPTIG00000008613)	PHF14 (ENSPTIG00000013018)	ENSPTIG00000016258 #22	NXPH1 (ENSPTIG00000016592) ##24	ICA1 (ENSPTIG00000016701)	ENSPTIG00000020014 ##20	UMAD1 (ENSPTIG00000020441)	RPA3 (ENSPTIG00000020731)	MIOS (ENSPTIG00000020989)	COL28A1 (ENSPTIG00000003687)	C1GALT1 (ENSPTIG00000009676)	ASNS (ENSPTIG00000010610)	TAC1 (ENSPTIG00000012039)	SDHAF3 (ENSPTIG00000014702)	DLX5 (ENSPTIG00000015406)	DLX6 (ENSPTIG00000015917)	ENSPTIG00000005830	SEM1 (ENSPTIG00000016399)
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Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Canidae	DUPLICATION
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00960000190422	ENSGT00940000155347.a.b	ENSGT00940000157971	ENSGT01000000214413.a	ENSGT00940000154351	ENSGT00550000074952	ENSGT00940000158280	ENSGT00940000160631	ENSGT00940000160054	ENSGT00390000005488	ENSGT00390000000096.b.a	ENSGT00940000158020	ENSGT00840000129915	ENSGT00390000003488.a.a	ENSGT00950000182838.C	ENSGT00940000154268.e.a.hb.a #22	ENSGT00940000157722	ENSGT00940000157091	ENSGT00940000160441	ENSGT00940000157542	ENSGT00940000157875	ENSGT00940000157938	ENSGT00940000161137	ENSGT00940000160101	ENSGT00940000153766.B	ENSGT00940000162699	ENSGT00940000159843	ENSGT00950000183187.A	ENSGT00530000063301.a.b	ENSGT00490000043356.a	ENSGT00940000154796.C
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000155347.a.b	ENSGT00940000157971	ENSGT01000000214413.a	ENSGT00940000158012.c.a.b	ENSGT00940000154351	ENSGT00550000074952	ENSGT00940000158280	ENSGT00940000160631	ENSGT00940000160054	ENSGT00390000005488	ENSGT00390000000096.b.a	ENSGT00940000158020	ENSGT00840000129915	ENSGT00390000003488.a.a	ENSGT00950000182838.C	ENSGT00940000154268.e.a.hb.a #22	ENSGT00940000157722	ENSGT00940000157091	ENSGT00940000160441	ENSGT00940000157542	ENSGT00940000157875	ENSGT00940000157938	ENSGT00940000161137	ENSGT00940000160101	ENSGT00940000153766.B	ENSGT00940000162699	ENSGT00940000159843	ENSGT00950000183187.A	ENSGT00530000063301.a.b	ENSGT00490000043356.a	ENSGT00940000154796.C
Dog	MODERN SPECIES	23	ARPP19 (ENSCAFG00845027754)	MYO5A (ENSCAFG00845027428)	MYO5C (ENSCAFG00845027198)	GNB5 (ENSCAFG00845026999)	ENSCAFG00845026960	MAPK6 (ENSCAFG00845026900)	LEO1 (ENSCAFG00845026719)	TMOD2 (ENSCAFG00845026270)	ENSCAFG00845026097	SCG3 (ENSCAFG00845025888)	DMXL2 (ENSCAFG00845025245)	GLDN (ENSCAFG00845025056)	CYP19A1 (ENSCAFG00845024965)	TNFAIP8L3 (ENSCAFG00845024928)	AP4E1 (ENSCAFG00845024763)	ENSCAFG00845024711 #22	SPPL2A (ENSCAFG00845024415)	TRPM7 (ENSCAFG00845024080)	USP50 (ENSCAFG00845023997)	USP8 (ENSCAFG00845023888)	GABPB1 (ENSCAFG00845023655)	HDC (ENSCAFG00845023453)	SLC27A2 (ENSCAFG00845023230)	ATP8B4 (ENSCAFG00845022807)	DTWD1 (ENSCAFG00845022680)	FAM227B (ENSCAFG00845022301)	FGF7 (ENSCAFG00845022021)	COPS2 (ENSCAFG00845021829)	SECISBP2L (ENSCAFG00845021603)	ENSCAFG00845021520	SHC4 (ENSCAFG00845021323)
Dingo	MODERN SPECIES	205	GNB5 (ENSCAFG00020018956)	ENSCAFG00020018967	MAPK6 (ENSCAFG00020018994)	LEO1 (ENSCAFG00020018998)	TMOD3 (ENSCAFG00020019011)	ENSCAFG00020019022	TMOD2 (ENSCAFG00020019033)	ENSCAFG00020019036	ENSCAFG00020019039	SCG3 (ENSCAFG00020019040)	DMXL2 (ENSCAFG00020019070)	GLDN (ENSCAFG00020019134)	CYP19A1 (ENSCAFG00020019162)	TNFAIP8L3 (ENSCAFG00020019185)	AP4E1 (ENSCAFG00020019190)	ENSCAFG00020019217 #22	SPPL2A (ENSCAFG00020019219)	TRPM7 (ENSCAFG00020019231)	USP50 (ENSCAFG00020019320)	USP8 (ENSCAFG00020019330)	GABPB1 (ENSCAFG00020019337)	HDC (ENSCAFG00020019342)	SLC27A2 (ENSCAFG00020019360)	ATP8B4 (ENSCAFG00020019375)	DTWD1 (ENSCAFG00020019410)	FAM227B (ENSCAFG00020019412)	FGF7 (ENSCAFG00020019413)	GALK2 (ENSCAFG00020019416)	COPS2 (ENSCAFG00020019420)	ENSCAFG00020019424	ENSCAFG00020019427
Red fox	MODERN SPECIES	28	SYS1 (ENSVVUG00000018817)	TP53TG5 (ENSVVUG00000018813)	DBNDD2 (ENSVVUG00000018809)	PIGT (ENSVVUG00000018801)	SPINT3 (ENSVVUG00000018799)	WFDC2 (ENSVVUG00000018792)	ENSVVUG00000018783	ENSVVUG00000018776	WFDC8 (ENSVVUG00000018753)	ENSVVUG00000018747	ENSVVUG00000018744	ENSVVUG00000018741	CYP19A1 (ENSVVUG00000018740)	TNFAIP8L3 (ENSVVUG00000018736)	AP4E1 (ENSVVUG00000018715)	ENSVVUG00000018709 #22	SPPL2A (ENSVVUG00000018696)	ENSVVUG00000018693	TRPM7 (ENSVVUG00000016973)	USP50 (ENSVVUG00000016749)	USP8 (ENSVVUG00000016731)	GABPB1 (ENSVVUG00000016725)	HDC (ENSVVUG00000016631)	SLC27A2 (ENSVVUG00000016617)	ATP8B4 (ENSVVUG00000016597)	DTWD1 (ENSVVUG00000016581)	FGF7 (ENSVVUG00000016575)	FAM227B (ENSVVUG00000016558)	GALK2 (ENSVVUG00000016538)	COPS2 (ENSVVUG00000016395)	SECISBP2L (ENSVVUG00000016354)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.hb.b #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.hb.b #22
Dog	MODERN SPECIES	9	ENSCAFG00845017172	SCT (ENSCAFG00845017312)	DRD4 (ENSCAFG00845017368)	DEAF1 (ENSCAFG00845017450)	ENSCAFG00845017667	EPS8L2 (ENSCAFG00845017767)	TALDO1 (ENSCAFG00845018137)	GATD1 (ENSCAFG00845018290)	CEND1 (ENSCAFG00845018474)	ENSCAFG00845018530	ENSCAFG00845018740	HSD17B12 (ENSCAFG00845018875)	TTC17 (ENSCAFG00845019080)	API5 (ENSCAFG00845019464)	ENSCAFG00845019746	ENSCAFG00845019858 #22	ENSCAFG00845019880	ENSCAFG00845019925	SRP14 (ENSCAFG00845020059)	ENSCAFG00845020075	C18H11orf74 (ENSCAFG00845020128)	RAG2 (ENSCAFG00845020240)	RAG1 (ENSCAFG00845020263)	TRAF6 (ENSCAFG00845020292)	PRR5L (ENSCAFG00845020467)	COMMD9 (ENSCAFG00845020681)	LDLRAD3 (ENSCAFG00845020785)	TRIM44 (ENSCAFG00845020854)	PAMR1 (ENSCAFG00845020986)	FJX1 (ENSCAFG00845021321)	SLC1A2 (ENSCAFG00845021493)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.ib #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.ib #22
Dog	MODERN SPECIES	2	ENSCAFG00845010314	ENSCAFG00845010393	ENSCAFG00845010459	KCNN2 (ENSCAFG00845010795)	TRIM36 (ENSCAFG00845010936)	ENSCAFG00845011189	PGGT1B (ENSCAFG00845011236)	CCDC112 (ENSCAFG00845011347)	ENSCAFG00845011455	ENSCAFG00845011485	FEM1C (ENSCAFG00845011535)	ENSCAFG00845005298	TICAM2 (ENSCAFG00845005311)	TMED7 (ENSCAFG00845005331)	CDO1 (ENSCAFG00845005340)	ENSCAFG00845005354 #22	ATG12 (ENSCAFG00845005357)	AP3S1 (ENSCAFG00845005379)	ENSCAFG00845005391	LVRN (ENSCAFG00845005410)	ARL14EPL (ENSCAFG00845005437)	COMMD10 (ENSCAFG00845005464)	SEMA6A (ENSCAFG00845005513)	ENSCAFG00845005748	ENSCAFG00845005791	DTWD2 (ENSCAFG00845005903)	DMXL1 (ENSCAFG00845006156)	TNFAIP8 (ENSCAFG00845006569)	HSD17B4 (ENSCAFG00845006702)	ENSCAFG00845006896	ENSCAFG00845006930
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	307	ENSCAFG00020025193	ENSCAFG00020025188	CNGA3 (ENSCAFG00020025184)	INPP4A (ENSCAFG00020025042)	COA5 (ENSCAFG00020025007)	UNC50 (ENSCAFG00020025006)	MGAT4A (ENSCAFG00020025003)	CRACDL (ENSCAFG00020024994)	TSGA10 (ENSCAFG00020024982)	C2orf15 (ENSCAFG00020024979)	ENSCAFG00020024978	LIPT1 (ENSCAFG00020024977)	MITD1 (ENSCAFG00020024971)	ENSCAFG00020024970	MRPL30 (ENSCAFG00020024965)	ENSCAFG00020024963 #22	LYG2 (ENSCAFG00020024959)	LYG1 (ENSCAFG00020024957)	TXNDC9 (ENSCAFG00020024954)	EIF5B (ENSCAFG00020024623)	REV1 (ENSCAFG00020024602)	ENSCAFG00020024596	LONRF2 (ENSCAFG00020024592)	CHST10 (ENSCAFG00020024588)	ENSCAFG00020024586	PDCL3 (ENSCAFG00020024584)	ENSCAFG00020024580	ENSCAFG00020024578	ENSCAFG00020024576	TBC1D8 (ENSCAFG00020024570)	CNOT11 (ENSCAFG00020024562)
Dingo	MODERN SPECIES	238	RMND5B (ENSCAFG00020003651)	N4BP3 (ENSCAFG00020003655)	B4GALT7 (ENSCAFG00020003660)	TMED9 (ENSCAFG00020003663)	ENSCAFG00020003665	YTHDC2 (ENSCAFG00020003668)	KCNN2 (ENSCAFG00020003886)	TRIM36 (ENSCAFG00020003966)	PGGT1B (ENSCAFG00020003990)	CCDC112 (ENSCAFG00020003999)	ENSCAFG00020004008	ENSCAFG00020004013	FEM1C (ENSCAFG00020004021)	ENSCAFG00020004023	TMED7 (ENSCAFG00020004025)	ENSCAFG00020004028 #22	CDO1 (ENSCAFG00020004035)	ATG12 (ENSCAFG00020004037)	AP3S1 (ENSCAFG00020004039)	ENSCAFG00020004047	LVRN (ENSCAFG00020004057)	ARL14EPL (ENSCAFG00020004094)	COMMD10 (ENSCAFG00020004104)	ENSCAFG00020004122	ENSCAFG00020004131	ENSCAFG00020004183	ENSCAFG00020004192	DTWD2 (ENSCAFG00020004203)	DMXL1 (ENSCAFG00020004223)	TNFAIP8 (ENSCAFG00020004646)	HSD17B4 (ENSCAFG00020004649)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Ursidae	DUPLICATION
Ursidae	DUPLICATION
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00550000075100	ENSGT00940000153110.D	ENSGT00940000158715	ENSGT00940000160943	ENSGT00510000046406.f.b.a.a.d	ENSGT00510000046406.f.b.a.a.c	ENSGT00510000046406.f.b.a.b	ENSGT00940000157468.a.b	ENSGT01100000265499	ENSGT00940000153876.B	ENSGT00390000003682	ENSGT00910000144226	ENSGT00530000063869.B	ENSGT00950000183174.A	ENSGT00390000018566	ENSGT00940000154268.e.a.jb.a #22	ENSGT00390000003209	ENSGT00940000161891.n	ENSGT00940000161891.m	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000164635	ENSGT00500000044909	ENSGT00940000156812	ENSGT00950000183191.b	ENSGT00940000162791	ENSGT00940000160241	ENSGT00940000155578	ENSGT00940000153116.B	ENSGT00940000153472.a.a.d	ENSGT00940000159403
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00550000075100	ENSGT00940000153110.D	ENSGT00940000158715	ENSGT00940000160943	ENSGT00510000046406.f.b.a.a.d	ENSGT00510000046406.f.b.a.a.c	ENSGT00510000046406.f.b.a.b	ENSGT00940000157468.a.b	ENSGT01100000265499	ENSGT00940000153876.B	ENSGT00390000003682	ENSGT00910000144226	ENSGT00530000063869.B	ENSGT00950000183174.A	ENSGT00390000018566	ENSGT00940000154268.e.a.jb.a #22	ENSGT00390000003209	ENSGT00940000161891.n	ENSGT00940000161891.m	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000164635	ENSGT00500000044909.g	ENSGT00940000156812	ENSGT00950000183191.b	ENSGT00940000162791	ENSGT00940000160241	ENSGT00940000155578	ENSGT00940000153116.B	ENSGT00940000153472.a.a.d	ENSGT00940000159403
Polar bear	MODERN SPECIES	153	DDX54 (ENSUMAG00000010245)	CFAP73 (ENSUMAG00000010182)	RASAL1 (ENSUMAG00000010173)	ENSUMAG00000010156	OAS2 (ENSUMAG00000010148)	OAS3 (ENSUMAG00000009998)	OAS1 (ENSUMAG00000009975)	RPH3A (ENSUMAG00000009947)	ENSUMAG00000009936	PTPN11 (ENSUMAG00000009833)	RPL6 (ENSUMAG00000009812)	HECTD4 (ENSUMAG00000009100)	TRAFD1 (ENSUMAG00000009035)	NAA25 (ENSUMAG00000008494)	ERP29 (ENSUMAG00000008426)	ENSUMAG00000008425 #22	ENSUMAG00000008418	TMEM116 (ENSUMAG00000008407)	ENSUMAG00000008399	ENSUMAG00000008395	MAPKAPK5 (ENSUMAG00000008383)	ALDH2 (ENSUMAG00000007438)	ENSUMAG00000007336	BRAP (ENSUMAG00000007332)	ATXN2 (ENSUMAG00000007315)	SH2B3 (ENSUMAG00000007306)	CUX2 (ENSUMAG00000007274)	MYL2 (ENSUMAG00000007233)	CCDC63 (ENSUMAG00000007214)	PPP1CC (ENSUMAG00000007204)	HVCN1 (ENSUMAG00000007195)
Giant Panda	MODERN SPECIES	3	DDX54 (ENSAMEG00000008775)	CFAP73 (ENSAMEG00000008813)	RASAL1 (ENSAMEG00000008818)	DTX1 (ENSAMEG00000008870)	OAS2 (ENSAMEG00000008674)	ENSAMEG00000024758	ENSAMEG00000026721	OAS1 (ENSAMEG00000008654)	RPH3A (ENSAMEG00000008603)	PTPN11 (ENSAMEG00000008525)	RPL6 (ENSAMEG00000008510)	HECTD4 (ENSAMEG00000008442)	TRAFD1 (ENSAMEG00000008421)	NAA25 (ENSAMEG00000008360)	ERP29 (ENSAMEG00000008356)	ENSAMEG00000028635 #22	TMEM116 (ENSAMEG00000004674)	ENSAMEG00000019590	MAPKAPK5 (ENSAMEG00000013638)	ALDH2 (ENSAMEG00000013664)	BRAP (ENSAMEG00000013719)	ENSAMEG00000013696	ATXN2 (ENSAMEG00000013747)	SH2B3 (ENSAMEG00000013785)	PHETA1 (ENSAMEG00000028369)	CUX2 (ENSAMEG00000013799)	MYL2 (ENSAMEG00000013825)	CCDC63 (ENSAMEG00000013845)	PPP1CC (ENSAMEG00000013861)	HVCN1 (ENSAMEG00000013876)	TCTN1 (ENSAMEG00000013882)
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155931	ENSGT00940000157401	ENSGT00390000009980.z	ENSGT00390000002837	ENSGT00940000156305	ENSGT01000000214413.b.a.a	ENSGT00390000013727.d	ENSGT00940000156335	ENSGT00950000183039.B.a	ENSGT00940000155531.b	ENSGT00730000111202	ENSGT00950000183039.B.b.a	ENSGT00950000185097.a	ENSGT00940000153421.a.b	ENSGT00860000135711	ENSGT00940000154268.e.a.jb.b #22	ENSGT01030000234598.a.b	ENSGT00940000155789	ENSGT00390000005534.b.b.d	ENSGT00390000015332	ENSGT00940000156299	ENSGT00940000156699	ENSGT01070000253816.b	ENSGT01100000263484.C.b.a	ENSGT00940000157005	ENSGT00390000016029	ENSGT00940000155015	ENSGT01010000223088	ENSGT00950000183196.B	ENSGT00940000155708	ENSGT00390000003738.a.b.d
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000155931	ENSGT00940000157401	ENSGT00390000009980.z	ENSGT00390000002837	ENSGT00940000156305	ENSGT01000000214413.b.a.a	ENSGT00390000013727.d	ENSGT00940000156335	ENSGT00950000183039.B.a	ENSGT00940000155531.b	ENSGT00730000111202	ENSGT00950000183039.B.b.a	ENSGT00950000185097.a	ENSGT00940000153421.a.b	ENSGT00860000135711	ENSGT00940000154268.e.a.jb.b #22	ENSGT01030000234598.a.b	ENSGT00940000155789	ENSGT00390000005534.b.b.d	ENSGT00390000015332	ENSGT00940000156299	ENSGT00940000156699	ENSGT01070000253816.b	ENSGT01100000263484.C.b.a	ENSGT00940000157005	ENSGT00390000016029	ENSGT00940000155015	ENSGT01010000223088	ENSGT00950000183196.B	ENSGT00940000155708	ENSGT00390000003738.a.b.d
Polar bear	MODERN SPECIES	270	PEX5L (ENSUMAG00000007206)	USP13 (ENSUMAG00000007534)	NDUFB5 (ENSUMAG00000007550)	MRPL47 (ENSUMAG00000007554)	ACTL6A (ENSUMAG00000007556)	GNB4 (ENSUMAG00000007558)	MFN1 (ENSUMAG00000007570)	ZNF639 (ENSUMAG00000007588)	KCNMB3 (ENSUMAG00000007593)	PIK3CA (ENSUMAG00000007616)	ZMAT3 (ENSUMAG00000007847)	KCNMB2 (ENSUMAG00000007875)	ENSUMAG00000007876	TBL1XR1 (ENSUMAG00000007886)	ENSUMAG00000007898	ENSUMAG00000007910 #22	NAALADL2 (ENSUMAG00000007923)	NLGN1 (ENSUMAG00000007957)	ENSUMAG00000007969	SPATA16 (ENSUMAG00000008006)	ENSUMAG00000008026	ENSUMAG00000008030	NCEH1 (ENSUMAG00000008062)	TNFSF10 (ENSUMAG00000008069)	GHSR (ENSUMAG00000008081)	FNDC3B (ENSUMAG00000008283)	TMEM212 (ENSUMAG00000009254)	PLD1 (ENSUMAG00000009364)	ENSUMAG00000010372	TNIK (ENSUMAG00000010387)	SLC2A2 (ENSUMAG00000010439)
American black bear	MODERN SPECIES	4779																ENSUAMG00000025914 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES		PEX5L (ENSAMEG00000010981)	USP13 (ENSAMEG00000010896)	NDUFB5 (ENSAMEG00000023963)	MRPL47 (ENSAMEG00000010876)	ACTL6A (ENSAMEG00000010856)	GNB4 (ENSAMEG00000010842)	MFN1 (ENSAMEG00000010816)	ZNF639 (ENSAMEG00000010809)	KCNMB3 (ENSAMEG00000010807)	PIK3CA (ENSAMEG00000010753)	ZMAT3 (ENSAMEG00000010742)	KCNMB2 (ENSAMEG00000010737)	ENSAMEG00000028254	TBL1XR1 (ENSAMEG00000010711)	ENSAMEG00000031369	ENSAMEG00000029929 #22	NAALADL2 (ENSAMEG00000010705)	NLGN1 (ENSAMEG00000001461)	SPATA16 (ENSAMEG00000001100)	ECT2 (ENSAMEG00000001035)	NCEH1 (ENSAMEG00000026170)	TNFSF10 (ENSAMEG00000000999)	GHSR (ENSAMEG00000000992)	FNDC3B (ENSAMEG00000000947)	TMEM212 (ENSAMEG00000000944)	PLD1 (ENSAMEG00000000864)	TNIK (ENSAMEG00000004798)	SLC2A2 (ENSAMEG00000004758)	EIF5A2 (ENSAMEG00000025642)	ENSAMEG00000004730	SLC7A14 (ENSAMEG00000004703)
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a.kb #22
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004454	ENSGT00940000154170.A	ENSGT00950000182901.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000156667	ENSGT00940000155123.b	ENSGT00940000155305	ENSGT00950000182967.a.a.a.a.a.a.d	ENSGT00940000162618	ENSGT00940000159721	ENSGT00510000048902.a	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000008107.c.a.t	ENSGT00950000182983.B.a.b	ENSGT00940000155831	ENSGT00940000154268.e.a.kb #22	ENSGT00390000004228	ENSGT00940000157156	ENSGT00940000153288.a.b.a.b	ENSGT00390000004161	ENSGT00390000017024	ENSGT00940000157105	ENSGT00940000155389	ENSGT01100000263506.b.b	ENSGT00940000155498	ENSGT00390000009329.b	ENSGT00390000007246	ENSGT00940000155897	ENSGT00390000018319.a.b.a	ENSGT00940000155949	ENSGT00390000012762
Polar bear	MODERN SPECIES	173	POC5 (ENSUMAG00000007198)	ANKDD1B (ENSUMAG00000007210)	ENSUMAG00000007224	POLK (ENSUMAG00000007228)	CERT1 (ENSUMAG00000007238)	HMGCR (ENSUMAG00000007258)	ENSUMAG00000007271	ENSUMAG00000007284	GCNT4 (ENSUMAG00000007290)	FAM169A (ENSUMAG00000007308)	ENSUMAG00000007325	GFM2 (ENSUMAG00000007328)	HEXB (ENSUMAG00000007343)	ENC1 (ENSUMAG00000007465)	ARHGEF28 (ENSUMAG00000007500)	ENSUMAG00000007565 #22	UTP15 (ENSUMAG00000007568)	ANKRA2 (ENSUMAG00000007571)	ENSUMAG00000007580	TMEM174 (ENSUMAG00000007599)	TMEM171 (ENSUMAG00000007617)	ENSUMAG00000007619	FCHO2 (ENSUMAG00000007628)	TNPO1 (ENSUMAG00000007635)	ENSUMAG00000007646	ZNF366 (ENSUMAG00000007660)	PTCD2 (ENSUMAG00000007666)	MRPS27 (ENSUMAG00000007672)	MAP1B (ENSUMAG00000007688)	CARTPT (ENSUMAG00000007727)	MCCC2 (ENSUMAG00000007759)
American black bear	MODERN SPECIES	3073														ENSUAMG00000026008	ENSUAMG00000026018	ENSUAMG00000026023 #22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
American mink	MODERN SPECIES	46	METTL3 (ENSNVIG00000015402)	SALL2 (ENSNVIG00000015420)	OR10G3 (ENSNVIG00000015421)	ENSNVIG00000015424	ENSNVIG00000015428	OR4E2 (ENSNVIG00000015433)	OR4E1 (ENSNVIG00000015435)	ENSNVIG00000015440	PAQR5 (ENSNVIG00000015474)	GLCE (ENSNVIG00000015508)	NOX5 (ENSNVIG00000015522)	SPESP1 (ENSNVIG00000015552)	ENSNVIG00000015562	ENSNVIG00000015596	CORO2B (ENSNVIG00000015623)	ENSNVIG00000015659 #22	ITGA11 (ENSNVIG00000015665)	FEM1B (ENSNVIG00000015730)	CLN6 (ENSNVIG00000015741)	CALML4 (ENSNVIG00000015844)	PIAS1 (ENSNVIG00000015868)	SKOR1 (ENSNVIG00000015923)	MP2K5 (ENSNVIG00000015958)	IQCH (ENSNVIG00000016136)	AAGAB (ENSNVIG00000016212)	SMAD3 (ENSNVIG00000016249)	SMAD6 (ENSNVIG00000016271)	LCTL (ENSNVIG00000016282)	ZWILC (ENSNVIG00000016326)	RPL4 (ENSNVIG00000016412)	SNAPC5 (ENSNVIG00000016483)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Tenrec	MODERN SPECIES	18463																ENSETEG00000001046 #22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.a #22
Elephant	MODERN SPECIES	526								MEF2C (ENSLAFG00000013761)	TMEM161B (ENSLAFG00000011097)	CCNH (ENSLAFG00000028032)	RASA1 (ENSLAFG00000011060)	COX7C (ENSLAFG00000017502)	EDIL3 (ENSLAFG00000017730)	HAPLN1 (ENSLAFG00000010769)	VCAN (ENSLAFG00000002716)	ENSLAFG00000011855 #22	TMEM167A (ENSLAFG00000009206)	ENSLAFG00000013186	RPS23 (ENSLAFG00000031506)	ATG10 (ENSLAFG00000013183)	SSBP2 (ENSLAFG00000012776)	ACOT12 (ENSLAFG00000012765)	ZCCHC9 (ENSLAFG00000012763)	CKMT2 (ENSLAFG00000011587)	ENSLAFG00000028067	RASGRF2 (ENSLAFG00000011576)	ENSLAFG00000029236	ENSLAFG00000015797	ENSLAFG00000029028	ANKRD34B (ENSLAFG00000010904)	FAM151B (ENSLAFG00000017619)
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b #22	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Pecora	DUPLICATION
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.a #22
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES		C11orf42 (ENSCHYG00000017270)	OR52W1 (ENSCHYG00000017322)	OR56B4 (ENSCHYG00000017349)	ENSCHYG00000017435	ENSCHYG00000017478	OR56A1 (ENSCHYG00000017523)	ENSCHYG00000017627	OR56A5 (ENSCHYG00000017648)	ENSCHYG00000017674	ENSCHYG00000017685	ENSCHYG00000017702	ENSCHYG00000017718	ENSCHYG00000017751	OR52E4 (ENSCHYG00000017804)	ENSCHYG00000017839	ENSCHYG00000017867 #22	ENSCHYG00000017905	ENSCHYG00000017972	ENSCHYG00000017998	ENSCHYG00000018026	OR52N1 (ENSCHYG00000018051)	OR52N5 (ENSCHYG00000018087)	ENSCHYG00000018115	ENSCHYG00000018175	ENSCHYG00000018205	ENSCHYG00000018222	ENSCHYG00000018243	ENSCHYG00000018269	ENSCHYG00000018293	ENSCHYG00000018339	ENSCHYG00000018355
Yarkand deer	MODERN SPECIES	25	TCIM (ENSCHYG00000025468)	IDO2 (ENSCHYG00000025384)	IDO1 (ENSCHYG00000025341)	ENSCHYG00000025331	ADAM18 (ENSCHYG00000025144)	ENSCHYG00000025030	ADAM2 (ENSCHYG00000024967)	ENSCHYG00000024870	ENSCHYG00000024847	ADAM32 (ENSCHYG00000024624)	ADAM9 (ENSCHYG00000024538)	TM2D2 (ENSCHYG00000024462)	HTRA4 (ENSCHYG00000024394)	PLEKHA2 (ENSCHYG00000024297)	TACC1 (ENSCHYG00000024013)	ENSCHYG00000023973 #22	FGFR1 (ENSCHYG00000023184)	LETM2 (ENSCHYG00000023062)	NSD3 (ENSCHYG00000022872)	PLPP5 (ENSCHYG00000022838)	DDHD2 (ENSCHYG00000022769)	BAG4 (ENSCHYG00000022682)	LSM1 (ENSCHYG00000022614)	STAR (ENSCHYG00000022561)	ASH2L (ENSCHYG00000022353)	EIF4EBP1 (ENSCHYG00000022296)	ADRB3 (ENSCHYG00000022213)	GOT1L1 (ENSCHYG00000022122)	RAB11FIP1 (ENSCHYG00000022023)	BRF2 (ENSCHYG00000021983)	ADGRA2 (ENSCHYG00000021519)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.a #22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	353	ITM2C (ENSMMSG00000009765)	GPR55 (ENSMMSG00000009994)	ENSMMSG00000010028	C2orf72 (ENSMMSG00000010077)	ENSMMSG00000010102	PSMD1 (ENSMMSG00000010125)	HTR2B (ENSMMSG00000010245)	ARMC9 (ENSMMSG00000010272)	B3GNT7 (ENSMMSG00000010494)	ENSMMSG00000010521	ENSMMSG00000010637	NMUR1 (ENSMMSG00000010684)	ENSMMSG00000010724	PDE6D (ENSMMSG00000010813)	COPS7B (ENSMMSG00000010858)	ENSMMSG00000010908 #22	NPPC (ENSMMSG00000010923)	DIS3L2 (ENSMMSG00000010947)	ENSMMSG00000011007	ENSMMSG00000011032	ENSMMSG00000011054	ENSMMSG00000011102	ENSMMSG00000011117	ENSMMSG00000011160	ENSMMSG00000011207	ENSMMSG00000011259	ECEL1 (ENSMMSG00000011315)	PRSS56 (ENSMMSG00000011453)	CHRND (ENSMMSG00000011577)	CHRNG (ENSMMSG00000011693)	EIF4E2 (ENSMMSG00000011842)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161855	ENSGT00940000159382	ENSGT00940000160849	ENSGT00940000162192	ENSGT00940000161982	ENSGT00940000161950	ENSGT00940000161994	ENSGT00940000161783	ENSGT00940000159655	ENSGT00940000164415	ENSGT00390000003628.b	ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160142	ENSGT00940000159647	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000154268.e.b.a #22	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000159997	ENSGT00530000063498.A	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292	ENSGT00940000160548	ENSGT00940000157917	ENSGT00390000016438	ENSGT00390000017328	ENSGT00940000153653.a.b.a.a	ENSGT00950000183140.a.a.n	ENSGT00940000154360.B	ENSGT00950000183178.b.b.b
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161855	ENSGT00940000159382	ENSGT00940000160849	ENSGT00940000162192	ENSGT00940000161982	ENSGT00940000161950	ENSGT00940000161994	ENSGT00940000161783	ENSGT00940000159655	ENSGT00940000164415	ENSGT00390000003628.b	ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160142	ENSGT00940000159647	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000154268.e.b.a #22	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000159997	ENSGT00530000063498.A	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292	ENSGT00940000160548	ENSGT00940000157917	ENSGT00390000016438	ENSGT00390000017328	ENSGT00940000153653.a.b.a.a	ENSGT00950000183140.a.a.n	ENSGT00940000154360.B	ENSGT00950000183178.b.b.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161077	ENSGT00940000161855	ENSGT00940000159382	ENSGT00940000160849	ENSGT00940000162192	ENSGT00940000161982	ENSGT00940000161950	ENSGT00940000161994	ENSGT00940000161783	ENSGT00940000159655	ENSGT00390000003628.b	ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160142	ENSGT00940000159647	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000154268.e.b.a #22	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000159997	ENSGT00530000063498.A	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292	ENSGT00940000160548	ENSGT00940000157917	ENSGT00390000016438	ENSGT00390000017328	ENSGT00940000153653.a.b.a.a	ENSGT00950000183140.a.a.n	ENSGT00940000154360.B	ENSGT00950000183178.b.b.b
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000161077	ENSGT00940000161855	ENSGT00940000159382	ENSGT00940000160849	ENSGT00940000162192	ENSGT00940000161982	ENSGT00940000161950	ENSGT00940000161994	ENSGT00940000161783	ENSGT00940000159655	ENSGT00390000003628.b	ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160142	ENSGT00940000159647	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000154268.e.b.a #22	ENSGT00940000159997	ENSGT00530000063498.A	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292	ENSGT00940000160548	ENSGT00940000157917	ENSGT00390000016438	ENSGT00390000017328	ENSGT00940000153653.a.b.a.a	ENSGT00950000183140.a.a.n	ENSGT00940000154360.B	ENSGT00950000183178.b.b.b	ENSGT00950000183140.a.a.m.b
Cow	MODERN SPECIES	10	KRT23 (ENSBTAG00000040460)	KRT20 (ENSBTAG00000007794)	KRT12 (ENSBTAG00000015518)	KRT10 (ENSBTAG00000020824)	KRT28 (ENSBTAG00000030555)	KRT27 (ENSBTAG00000030548)	KRT26 (ENSBTAG00000030546)	KRT25 (ENSBTAG00000030542)	KRT24 (ENSBTAG00000040279)	KRT222 (ENSBTAG00000030539)	SMARCE1 (ENSBTAG00000015308)	CCR7 (ENSBTAG00000015133)	TNS4 (ENSBTAG00000007958)	IGFBP4 (ENSBTAG00000008611)	TOP2A (ENSBTAG00000019262)	ENSBTAG00000052844 #22	RARA (ENSBTAG00000012500)	CDC6 (ENSBTAG00000010384)	WIPF2 (ENSBTAG00000038126)	RAPGEFL1 (ENSBTAG00000015232)	CASC3 (ENSBTAG00000006250)	MSL1 (ENSBTAG00000010375)	NR1D1 (ENSBTAG00000012178)	THRA (ENSBTAG00000010745)	MED24 (ENSBTAG00000021468)	CSF3 (ENSBTAG00000021462)	PSMD3 (ENSBTAG00000021461)	GSDMA (ENSBTAG00000010070)	LRRC3C (ENSBTAG00000039933)	ORMDL3 (ENSBTAG00000013855)	GSDMB (ENSBTAG00000012854)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	ENSBIXG00005031329	KRT40 (ENSBIXG00005031328)	KRT39 (ENSBIXG00005031324)	KRT23 (ENSBIXG00005031323)	KRT20 (ENSBIXG00005031321)	KRT12 (ENSBIXG00005031316)	KRT26 (ENSBIXG00005031310)	KRT28 (ENSBIXG00005031306)	KRT24 (ENSBIXG00005031302)	KRT222 (ENSBIXG00005031299)	SMARCE1 (ENSBIXG00005031296)	CCR7 (ENSBIXG00005031295)	TNS4 (ENSBIXG00005031291)	IGFBP4 (ENSBIXG00005031288)	TOP2A (ENSBIXG00005031281)	ENSBIXG00005031277 #22	RARA (ENSBIXG00005031268)	CDC6 (ENSBIXG00005031258)	WIPF2 (ENSBIXG00005031247)	RAPGEFL1 (ENSBIXG00005031234)	CASC3 (ENSBIXG00005031226)	MSL1 (ENSBIXG00005031217)	NR1D1 (ENSBIXG00005031215)	THRA (ENSBIXG00005031210)	MED24 (ENSBIXG00005031199)	CSF3 (ENSBIXG00005031195)	PSMD3 (ENSBIXG00005031192)	GSDMA (ENSBIXG00005031187)	LRRC3C (ENSBIXG00005031185)	ORMDL3 (ENSBIXG00005031184)	ENSBIXG00005031177
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161077	ENSGT00940000161855	ENSGT00940000159382	ENSGT00940000160849	ENSGT00940000162192	ENSGT00940000161982	ENSGT00940000161950	ENSGT00940000161994	ENSGT00940000161783	ENSGT00940000159655	ENSGT00390000003628.b	ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160142	ENSGT00940000159647	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000154268.e.b.a #22	ENSGT01090000260005.a.b.a.a	ENSGT00940000159997	ENSGT00530000063498.A	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292	ENSGT00940000160548	ENSGT00940000157917	ENSGT00390000016438	ENSGT00390000017328	ENSGT00940000153653.a.b.a.a	ENSGT00950000183140.a.a.n	ENSGT00940000154360.B	ENSGT00950000183178.b.b.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	KRT23 (ENSBGRG00000015492)	KRT20 (ENSBGRG00000016100)	KRT12 (ENSBGRG00000016211)	KRT10 (ENSBGRG00000016347)	KRT28 (ENSBGRG00000016455)	KRT27 (ENSBGRG00000016581)	KRT26 (ENSBGRG00000016662)	KRT25 (ENSBGRG00000016734)	KRT24 (ENSBGRG00000016783)	KRT222 (ENSBGRG00000016889)	SMARCE1 (ENSBGRG00000016928)	CCR7 (ENSBGRG00000017039)	TNS4 (ENSBGRG00000017101)	IGFBP4 (ENSBGRG00000017437)	TOP2A (ENSBGRG00000017633)	ENSBGRG00000019354 #22	ENSBGRG00000019366	RARA (ENSBGRG00000019399)	CDC6 (ENSBGRG00000019575)	WIPF2 (ENSBGRG00000019646)	RAPGEFL1 (ENSBGRG00000019801)	CASC3 (ENSBGRG00000020098)	MSL1 (ENSBGRG00000020198)	NR1D1 (ENSBGRG00000020463)	THRA (ENSBGRG00000020538)	MED24 (ENSBGRG00000020615)	CSF3 (ENSBGRG00000020779)	PSMD3 (ENSBGRG00000020866)	GSDMA (ENSBGRG00000020953)	LRRC3C (ENSBGRG00000021041)	ORMDL3 (ENSBGRG00000021074)
Wild yak	MODERN SPECIES	953									KRT24 (ENSBMUG00000004210)	KRT222 (ENSBMUG00000004192)	SMARCE1 (ENSBMUG00000004175)	CCR7 (ENSBMUG00000004105)	TNS4 (ENSBMUG00000004092)	IGFBP4 (ENSBMUG00000004073)	TOP2A (ENSBMUG00000004056)	ENSBMUG00000004022 #22	RARA (ENSBMUG00000003995)	CDC6 (ENSBMUG00000003888)	WIPF2 (ENSBMUG00000003849)	RAPGEFL1 (ENSBMUG00000003757)	CASC3 (ENSBMUG00000003724)	MSL1 (ENSBMUG00000003698)	NR1D1 (ENSBMUG00000003624)	THRA (ENSBMUG00000003605)	MED24 (ENSBMUG00000003525)	CSF3 (ENSBMUG00000003253)	PSMD3 (ENSBMUG00000003142)	GSDMA (ENSBMUG00000003104)	LRRC3C (ENSBMUG00000002994)	ORMDL3 (ENSBMUG00000002966)	GSDMB (ENSBMUG00000002954)
American bison	MODERN SPECIES	3101	KRT20 (ENSBBBG00000025144)	KRT12 (ENSBBBG00000025119)	KRT10 (ENSBBBG00000006646)	KRT28 (ENSBBBG00000007843)	KRT27 (ENSBBBG00000025042)	KRT26 (ENSBBBG00000006612)	KRT25 (ENSBBBG00000025011)	KRT24 (ENSBBBG00000024991)	KRT222 (ENSBBBG00000024971)	ENSBBBG00000007827	SMARCE1 (ENSBBBG00000024947)	CCR7 (ENSBBBG00000024903)	TNS4 (ENSBBBG00000024883)	IGFBP4 (ENSBBBG00000024848)	TOP2A (ENSBBBG00000024833)	ENSBBBG00000007723 #22	RARA (ENSBBBG00000024732)	CDC6 (ENSBBBG00000024684)	WIPF2 (ENSBBBG00000024657)	RAPGEFL1 (ENSBBBG00000006436)	CASC3 (ENSBBBG00000024628)	MSL1 (ENSBBBG00000024607)	NR1D1 (ENSBBBG00000024591)	THRA (ENSBBBG00000006399)	MED24 (ENSBBBG00000008032)	CSF3 (ENSBBBG00000024148)	PSMD3 (ENSBBBG00000024101)	GSDMA (ENSBBBG00000024086)	LRRC3C (ENSBBBG00000024056)	ORMDL3 (ENSBBBG00000024054)	GSDMB (ENSBBBG00000008867)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161077	ENSGT00940000161855	ENSGT00940000159382	ENSGT00940000160849	ENSGT00940000162192	ENSGT00940000161982	ENSGT00940000161950	ENSGT00940000161994	ENSGT00940000161783	ENSGT00940000159655	ENSGT00390000003628.b	ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160142	ENSGT00940000159647	ENSGT00940000157539	ENSGT00940000154268.e.b.a #22	ENSGT00940000159997	ENSGT00530000063498.A	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292	ENSGT00940000160548	ENSGT00940000157917	ENSGT00390000016438	ENSGT00390000017328	ENSGT00940000153653.a.b.a.a	ENSGT00950000183140.a.a.n	ENSGT00940000154360.B	ENSGT00950000183178.b.b.b	ENSGT00950000183140.a.a.m.b
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	CNR2 (ENSOARG00020012960)	FUCA1 (ENSOARG00020012979)	HMGCL (ENSOARG00020013128)	GALE (ENSOARG00020013234)	LYPLA2 (ENSOARG00020013314)	PITHD1 (ENSOARG00020013515)	ELOA (ENSOARG00020013593)	RPL11 (ENSOARG00020013779)	ID3 (ENSOARG00020013911)	E2F2 (ENSOARG00020013979)	ASAP3 (ENSOARG00020014082)	TCEA3 (ENSOARG00020014896)	ZNF436 (ENSOARG00020014925)	HNRNPR (ENSOARG00020014959)	ENSOARG00020015124	ENSOARG00020015143 #22	LUZP1 (ENSOARG00020015164)	KDM1A (ENSOARG00020015208)	TEX46 (ENSOARG00020016013)	LACTBL1 (ENSOARG00020016054)	EPHB2 (ENSOARG00020016163)	C1QB (ENSOARG00020016982)	ENSOARG00020017024	C1QC (ENSOARG00020017086)	C1QA (ENSOARG00020017135)	EPHA8 (ENSOARG00020017175)	ZBTB40 (ENSOARG00020017357)	WNT4 (ENSOARG00020017488)	ENSOARG00020017583	ENSOARG00020017679	ENSOARG00020017750
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	10	KRT23 (ENSCHIG00000013100)	KRT20 (ENSCHIG00000013291)	KRT12 (ENSCHIG00000018097)	KRT10 (ENSCHIG00000025099)	KRT28 (ENSCHIG00000015839)	KRT27 (ENSCHIG00000024470)	KRT26 (ENSCHIG00000011943)	KRT25 (ENSCHIG00000015383)	KRT24 (ENSCHIG00000012661)	KRT222 (ENSCHIG00000023613)	SMARCE1 (ENSCHIG00000012322)	CCR7 (ENSCHIG00000019145)	TNS4 (ENSCHIG00000026674)	IGFBP4 (ENSCHIG00000014813)	TOP2A (ENSCHIG00000012498)	ENSCHIG00000003132 #22	RARA (ENSCHIG00000014719)	CDC6 (ENSCHIG00000009302)	WIPF2 (ENSCHIG00000018859)	RAPGEFL1 (ENSCHIG00000014593)	CASC3 (ENSCHIG00000006338)	MSL1 (ENSCHIG00000013161)	NR1D1 (ENSCHIG00000017450)	THRA (ENSCHIG00000011223)	MED24 (ENSCHIG00000019800)	CSF3 (ENSCHIG00000014962)	PSMD3 (ENSCHIG00000003582)	GSDMA (ENSCHIG00000015223)	LRRC3C (ENSCHIG00000011252)	ORMDL3 (ENSCHIG00000026679)	GSDMB (ENSCHIG00000022167)
Goat	MODERN SPECIES	11	CNR2 (ENSCHIG00000001088)	FUCA1 (ENSCHIG00000005760)	HMGCL (ENSCHIG00000026977)	GALE (ENSCHIG00000014259)	ENSCHIG00000027165	ENSCHIG00000011374	ELOA (ENSCHIG00000020842)	RPL11 (ENSCHIG00000020543)	ID3 (ENSCHIG00000024360)	E2F2 (ENSCHIG00000007326)	ASAP3 (ENSCHIG00000014521)	TCEA3 (ENSCHIG00000016911)	ENSCHIG00000023575	HNRNPR (ENSCHIG00000024030)	ENSCHIG00000011193	ENSCHIG00000009762 #22	LUZP1 (ENSCHIG00000026939)	KDM1A (ENSCHIG00000009169)	TEX46 (ENSCHIG00000008997)	LACTBL1 (ENSCHIG00000024958)	EPHB2 (ENSCHIG00000022795)	C1QB (ENSCHIG00000017414)	ENSCHIG00000015804	C1QC (ENSCHIG00000011222)	C1QA (ENSCHIG00000024710)	EPHA8 (ENSCHIG00000023334)	ZBTB40 (ENSCHIG00000007943)	WNT4 (ENSCHIG00000026576)	ENSCHIG00000013977	ENSCHIG00000011827	ENSCHIG00000026534
Pecora	DUPLICATION
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.b.a #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.b.a #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.b.a #22
Caprinae	DUPLICATION
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00960000188264.A	ENSGT00940000154665.g.a.l	ENSGT00940000154665.g.a.k.a.b	ENSGT01090000260123	ENSGT00390000014547.d.a.a.b.b	ENSGT00940000162817	ENSGT00940000160108	ENSGT00940000157318.h.b.a.b	ENSGT00390000016655.a.b	ENSGT00510000047104.pb.b	ENSGT00940000153460.c.b	ENSGT00940000154833	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT01100000263512.b.b.b	ENSGT00390000009902.o	ENSGT00940000154268.e.b.b.a.a #22	ENSGT01070000253816.a.b	ENSGT00940000158723	ENSGT00940000153425.a.a.b.a	ENSGT00940000163390	ENSGT00940000162539	ENSGT00390000005569.x.a.a.a.a.b.h	ENSGT00940000160788	ENSGT00940000162864.b	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000162313	ENSGT00940000159516	ENSGT00940000156974	ENSGT00940000158878	ENSGT00390000004226.b.b	ENSGT00390000004226.a
Goat	MODERN SPECIES	30	ENSCHIG00000020224	ENSCHIG00000008922	GPC4 (ENSCHIG00000020871)	GPC3 (ENSCHIG00000018483)	HPRT1 (ENSCHIG00000015745)	PHF6 (ENSCHIG00000012946)	PLAC1 (ENSCHIG00000019311)	PABIR2 (ENSCHIG00000009443)	ENSCHIG00000000449	MOSPD1 (ENSCHIG00000000414)	ENSCHIG00000000379	ENSCHIG00000000348	HTATSF1 (ENSCHIG00000000312)	BRS3 (ENSCHIG00000000280)	ENSCHIG00000000243	ENSCHIG00000018808 #22	CD40LG (ENSCHIG00000000168)	ARHGEF6 (ENSCHIG00000000132)	ENSCHIG00000000095	ENSCHIG00000000060	ENSCHIG00000009593	ENSCHIG00000007648	ZIC3 (ENSCHIG00000021756)	ENSCHIG00000018935	FGF13 (ENSCHIG00000016286)	F9 (ENSCHIG00000013903)	MCF2 (ENSCHIG00000009737)	ATP11C (ENSCHIG00000009648)	ENSCHIG00000000404	SOX3 (ENSCHIG00000000368)	ENSCHIG00000000337
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	ENSOARG00020019199	ENSOARG00020019182	ENSOARG00020019157	ZNF75D (ENSOARG00020019077)	ZNF449 (ENSOARG00020019024)	ENSOARG00020018980	ENSOARG00020018948	INTS6L (ENSOARG00020018368)	ENSOARG00020018230	SLC9A6 (ENSOARG00020017982)	FHL1 (ENSOARG00020017576)	ENSOARG00020017126	ENSOARG00020017051	BRS3 (ENSOARG00020016958)	HTATSF1 (ENSOARG00020016901)	ENSOARG00020016841 #22	CD40LG (ENSOARG00020016701)	ARHGEF6 (ENSOARG00020016000)	RBMXL1 (ENSOARG00020015834)	ENSOARG00020015520	GPR101 (ENSOARG00020019945)	ENSOARG00020019925	ZIC3 (ENSOARG00020019828)	ENSOARG00020019758	FGF13 (ENSOARG00020019237)	ENSOARG00020019170	F9 (ENSOARG00020018941)	MCF2 (ENSOARG00020014791)	ATP11C (ENSOARG00020013602)	ENSOARG00020013521	ENSOARG00020013459
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b.b.a.b #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00950000183014.f.a.h.v	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029.a	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994.q	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029.a	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000163409
Goat	MODERN SPECIES	23	CRPPA (ENSCHIG00000025120)	MEOX2 (ENSCHIG00000014002)	AGMO (ENSCHIG00000014570)	ENSCHIG00000013216	DGKB (ENSCHIG00000020976)	ETV1 (ENSCHIG00000012179)	ARL4A (ENSCHIG00000011984)	SCIN (ENSCHIG00000014472)	ENSCHIG00000012097	ENSCHIG00000014812	ENSCHIG00000023500	TMEM106B (ENSCHIG00000020985)	ENSCHIG00000022399	THSD7A (ENSCHIG00000009207)	PHF14 (ENSCHIG00000027088)	ENSCHIG00000014929 #22	ENSCHIG00000013651	ENSCHIG00000008770	NXPH1 (ENSCHIG00000010196) ##24	ENSCHIG00000014633	ICA1 (ENSCHIG00000025576)	GLCCI1 (ENSCHIG00000022941) ##20	UMAD1 (ENSCHIG00000017252)	ENSCHIG00000023481	MIOS (ENSCHIG00000011181)	COL28A1 (ENSCHIG00000015742)	C1GALT1 (ENSCHIG00000025282)	ENSCHIG00000013950	TAC1 (ENSCHIG00000022845)	ENSCHIG00000008860	DLX5 (ENSCHIG00000009075)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00960000192577	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT01100000263514.B.m.a.a.a.b	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b.b.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00950000183014.f.a.h.v	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029.a.a	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00960000191016
Bos	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00960000192577	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807.i	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT01100000263514.B.m.a.a.a.b	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b.b.a #22	ENSGT00390000015564.s.b	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a	ENSGT00950000183014.f.a.h.v	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029.a.a	ENSGT00940000159188
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807.i	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT01100000263514.B.m.a.a.a.b	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b.b.a #22	ENSGT00390000015564.s.b	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a	ENSGT00950000183014.f.a.h.v	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236.a.b	ENSGT01090000260575
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	23	CRPPA (ENSBIXG00005018443)	MEOX2 (ENSBIXG00005018318)	AGMO (ENSBIXG00005018278)	ENSBIXG00005018209	DGKB (ENSBIXG00005018128)	ENSBIXG00005018043	ETV1 (ENSBIXG00005002920)	ARL4A (ENSBIXG00005017612)	ENSBIXG00005017580	SCIN (ENSBIXG00005017553)	ENSBIXG00005017514	ENSBIXG00005017487	TMEM106B (ENSBIXG00005017459)	THSD7A (ENSBIXG00005017371)	PHF14 (ENSBIXG00005006867)	ENSBIXG00005017089 #22	ENSBIXG00005017031	ENSBIXG00005017011	NXPH1 (ENSBIXG00005016983) ##24	ENSBIXG00005016894	ICA1 (ENSBIXG00005016867)	GLCCI1 (ENSBIXG00005016804) ##20	UMAD1 (ENSBIXG00005005510)	RPA3 (ENSBIXG00005016720)	MIOS (ENSBIXG00005016685)	COL28A1 (ENSBIXG00005016589)	C1GALT1 (ENSBIXG00005016418)	ENSBIXG00005016397	ASNS (ENSBIXG00005016374)	ENSBIXG00005016310	ENSBIXG00005016262
Cow	MODERN SPECIES	23	LRRC72 (ENSBTAG00000034091)	SOSTDC1 (ENSBTAG00000005377)	CRPPA (ENSBTAG00000015073)	MEOX2 (ENSBTAG00000003238)	AGMO (ENSBTAG00000034154)	ENSBTAG00000054772	DGKB (ENSBTAG00000021905)	ETV1 (ENSBTAG00000015981)	ARL4A (ENSBTAG00000002869)	ENSBTAG00000053466	SCIN (ENSBTAG00000009786)	ENSBTAG00000051912	TMEM106B (ENSBTAG00000019750)	THSD7A (ENSBTAG00000007680)	PHF14 (ENSBTAG00000011819)	NDUFA4 (ENSBTAG00000011145) #22	ENSBTAG00000038527	ENSBTAG00000049682	NXPH1 (ENSBTAG00000006924) ##24	ENSBTAG00000045937	ENSBTAG00000055236	ICA1 (ENSBTAG00000000799)	GLCCI1 (ENSBTAG00000008533) ##20	UMAD1 (ENSBTAG00000047004)	RPA3 (ENSBTAG00000013168)	MIOS (ENSBTAG00000013781)	COL28A1 (ENSBTAG00000024420)	C1GALT1 (ENSBTAG00000004995)	ASNS (ENSBTAG00000003222)	TAC1 (ENSBTAG00000015356)	SDHAF3 (ENSBTAG00000015925)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00960000192577	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807.i	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT01100000263514.B.m.a.a.a.b	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b.b.a #22	ENSGT00390000015564.s.b	ENSGT00970000193372.a.a	ENSGT01100000263512.b.b.a	ENSGT00940000153342.b.i.b	ENSGT00910000144179.b.a	ENSGT00530000064238	ENSGT00390000007662	ENSGT00940000155463	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000158080	ENSGT00900000141068.e.a.e.a.a	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000164165	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00940000159407
Domestic yak	MODERN SPECIES	23	ENSBGRG00000002730	ENSBGRG00000002738	AGMO (ENSBGRG00000002772)	DGKB (ENSBGRG00000002870)	ETV1 (ENSBGRG00000003054)	ARL4A (ENSBGRG00000003203)	ENSBGRG00000003207	SCIN (ENSBGRG00000003224)	ENSBGRG00000003239	ENSBGRG00000003252	ENSBGRG00000003254	TMEM106B (ENSBGRG00000003262)	ENSBGRG00000003275	THSD7A (ENSBGRG00000003304)	PHF14 (ENSBGRG00000003530)	ENSBGRG00000003880 #22	ENSBGRG00000003919	ENSBGRG00000003955	ENSBGRG00000003982	NXPH1 (ENSBGRG00000003991) ##24	ENSBGRG00000004021	ICA1 (ENSBGRG00000006607)	GLCCI1 (ENSBGRG00000006968) ##20	MIOS (ENSBGRG00000007029)	RPA3 (ENSBGRG00000007219)	COL28A1 (ENSBGRG00000007346)	C1GALT1 (ENSBGRG00000007477)	ASNS (ENSBGRG00000007541)	TAC1 (ENSBGRG00000007816)	ENSBGRG00000007971	ENSBGRG00000007996
Wild yak	MODERN SPECIES	2391															PHF14 (ENSBMUG00000008299)	ENSBMUG00000008195 #22
American bison	MODERN SPECIES	3133														THSD7A (ENSBBBG00000015175)	PHF14 (ENSBBBG00000015143)	ENSBBBG00000003734 #22	ENSBBBG00000015031
Pecora	DUPLICATION
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.b.b.a #22
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	ENSCHYG00000001424	BCAS3 (ENSCHYG00000001231)	TBX4 (ENSCHYG00000001113)	BRIP1 (ENSCHYG00000001042)	INTS2 (ENSCHYG00000000949)	MED13 (ENSCHYG00000000865)	RNFT1 (ENSCHYG00000000823)	RPS6KB1 (ENSCHYG00000000572)	TUBD1 (ENSCHYG00000000462)	VMP1 (ENSCHYG00000000409)	PTRH2 (ENSCHYG00000000401)	ENSCHYG00000000393	CLTC (ENSCHYG00000000331)	ENSCHYG00000000301	DHX40 (ENSCHYG00000000218)	ENSCHYG00000000189 #22	ENSCHYG00000000162	ENSCHYG00000000124	SMG8 (ENSCHYG00000000079)	SKA2 (ENSCHYG00000021682)	ENSCHYG00000021645	TRIM37 (ENSCHYG00000020755)	ENSCHYG00000020667	PPM1E (ENSCHYG00000020517)	RAD51C (ENSCHYG00000020230)	ENSCHYG00000020119	TEX14 (ENSCHYG00000019472)	ENSCHYG00000018090	MTMR4 (ENSCHYG00000017458)	HSF5 (ENSCHYG00000017382)	RNF43 (ENSCHYG00000017240)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.b.b.a #22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	100								ENSMMSG00000003422	LYRM7 (ENSMMSG00000003395)	ENSMMSG00000003380	CDC42SE2 (ENSMMSG00000003364)	RAPGEF6 (ENSMMSG00000003258)	FNIP1 (ENSMMSG00000003137)	MEIKIN (ENSMMSG00000003090)	ACSL6 (ENSMMSG00000002292)	ENSMMSG00000002205 #22	ENSMMSG00000002193	CSF2 (ENSMMSG00000002179)	ENSMMSG00000002166
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b.b.b.b #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.b	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b.b.b.b #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.b	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029.a	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	89				DGKB (ENSMMSG00000024502)	ETV1 (ENSMMSG00000024507)	ENSMMSG00000024512	SCIN (ENSMMSG00000024513)	ENSMMSG00000024515	ENSMMSG00000024517	ENSMMSG00000024519	TMEM106B (ENSMMSG00000024521)	ENSMMSG00000024524	THSD7A (ENSMMSG00000024529)	ENSMMSG00000024534	PHF14 (ENSMMSG00000024539)	ENSMMSG00000024543 #22	ENSMMSG00000024544	ENSMMSG00000004934
Yarkand deer	MODERN SPECIES	9	LRRC72 (ENSCHYG00000008016)	SOSTDC1 (ENSCHYG00000007954)	CRPPA (ENSCHYG00000007914)	MEOX2 (ENSCHYG00000007874)	AGMO (ENSCHYG00000007704)	ENSCHYG00000007684	DGKB (ENSCHYG00000007559)	ETV1 (ENSCHYG00000007428)	ENSCHYG00000007388	ARL4A (ENSCHYG00000007375)	SCIN (ENSCHYG00000007252)	ENSCHYG00000007190	TMEM106B (ENSCHYG00000006970)	THSD7A (ENSCHYG00000006932)	PHF14 (ENSCHYG00000006312)	ENSCHYG00000006195 #22	ENSCHYG00000006164	ENSCHYG00000006144	ENSCHYG00000006128	NXPH1 (ENSCHYG00000006108) ##24	ENSCHYG00000006079	ENSCHYG00000005872	ENSCHYG00000005812 ##20	ENSCHYG00000005763	RPA3 (ENSCHYG00000005704)	MIOS (ENSCHYG00000005648)	ENSCHYG00000005629	COL28A1 (ENSCHYG00000005593)	C1GALT1 (ENSCHYG00000005547)	ASNS (ENSCHYG00000005413)	ENSCHYG00000005370
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156726	ENSGT00940000159392	ENSGT00940000156671	ENSGT00940000158937	ENSGT00950000183157.a.a.b.v	ENSGT00390000003303	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.b	ENSGT00940000156147	ENSGT00390000014113	ENSGT00940000155613	ENSGT00440000038430	ENSGT00940000156613	ENSGT00940000156816.i	ENSGT00910000146847	ENSGT00940000155937	ENSGT00940000154268.e.b #22	ENSGT00390000004917	ENSGT00390000002211	ENSGT00940000157960	ENSGT01020000230346.C	ENSGT00390000005524	ENSGT00950000182980.a.a	ENSGT00940000158474	ENSGT00910000147873	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00390000002237	ENSGT00950000183136.a.a	ENSGT00940000154785.A	ENSGT00390000018199.a	ENSGT00390000008198	ENSGT00390000009196
Blue whale	DUPLICATION
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Blue whale	MODERN SPECIES	40	GLOD5 (ENSBMSG00010014293)	GATA1 (ENSBMSG00010014317)	HDAC6 (ENSBMSG00010014376)	ERAS (ENSBMSG00010014416)	PCSK1N (ENSBMSG00010014426)	TIMM17B (ENSBMSG00010014450)	PQBP1 (ENSBMSG00010014494)	SLC35A2 (ENSBMSG00010014560)	PIM2 (ENSBMSG00010014679)	ENSBMSG00010014732	KCND1 (ENSBMSG00010014802)	GRIPAP1 (ENSBMSG00010014874)	TFE3 (ENSBMSG00010014969)	CCDC120 (ENSBMSG00010015009)	WDR45 (ENSBMSG00010015179)	ENSBMSG00010015345 #22	GPKOW (ENSBMSG00010015358)	MAGIX (ENSBMSG00010015396)	ENSBMSG00010015523	PRICKLE3 (ENSBMSG00010015558)	SYP (ENSBMSG00010015586)	CACNA1F (ENSBMSG00010015662)	CCDC22 (ENSBMSG00010015947)	FOXP3 (ENSBMSG00010015999)	PPP1R3F (ENSBMSG00010016545)	ENSBMSG00010016596	PAGE4 (ENSBMSG00010016617)	USP27X (ENSBMSG00010016629)	CLCN5 (ENSBMSG00010016654)	ENSBMSG00010016740	ENSBMSG00010016758
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Sperm whale	DUPLICATION
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Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156726	ENSGT00940000159392	ENSGT00940000159541.e.a	ENSGT00940000156671	ENSGT00940000158937	ENSGT00390000003303	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.b	ENSGT00940000156147	ENSGT00390000014113	ENSGT00940000155613	ENSGT00440000038430	ENSGT00940000156613	ENSGT00940000156816.i	ENSGT00910000146847	ENSGT00940000155937	ENSGT00940000154268.e.b #22	ENSGT00390000004917	ENSGT00390000002211	ENSGT00940000157960	ENSGT01020000230346.C	ENSGT00390000005524	ENSGT00950000182980.a.a	ENSGT00940000158474	ENSGT00940000156886.D	ENSGT00390000002237	ENSGT00950000183136.a.a	ENSGT00940000154785.A	ENSGT00390000018199.a.k	ENSGT00390000008198	ENSGT01000000218258	ENSGT00390000009196
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Beluga whale	MODERN SPECIES	24	SEL1L (ENSDLEG00000013330)	ENSDLEG00000013315	FLRT2 (ENSDLEG00000013290)	GALC (ENSDLEG00000013255)	GPR65 (ENSDLEG00000013248)	KCNK10 (ENSDLEG00000013231)	SPATA7 (ENSDLEG00000013115)	PTPN21 (ENSDLEG00000013072)	ZC3H14 (ENSDLEG00000012938)	EML5 (ENSDLEG00000012887)	ENSDLEG00000012876	ENSDLEG00000012861	ENSDLEG00000012834	ENSDLEG00000012828	FOXN3 (ENSDLEG00000012805)	ENSDLEG00000012793 #22	EFCAB11 (ENSDLEG00000012738)	TDP1 (ENSDLEG00000012680)	KCNK13 (ENSDLEG00000012669)	PSMC1 (ENSDLEG00000012654)	NRDE2 (ENSDLEG00000012630)	CALM1 (ENSDLEG00000012617)	TTC7B (ENSDLEG00000012570)	RPS6KA5 (ENSDLEG00000010389)	DGLUCY (ENSDLEG00000010034)	GPR68 (ENSDLEG00000010011)	ENSDLEG00000009979	ENSDLEG00000009944	ENSDLEG00000009830	ENSDLEG00000009810	CATSPERB (ENSDLEG00000009732)
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Vaquita	DUPLICATION
Vaquita	MODERN SPECIES	11	STON2 (ENSPSNG00000018543)	ENSPSNG00000018578	SEL1L (ENSPSNG00000018743)	FLRT2 (ENSPSNG00000018890)	GALC (ENSPSNG00000018967)	GPR65 (ENSPSNG00000019259)	KCNK10 (ENSPSNG00000019315)	SPATA7 (ENSPSNG00000019491)	PTPN21 (ENSPSNG00000019560)	ZC3H14 (ENSPSNG00000019695)	EML5 (ENSPSNG00000020093)	ENSPSNG00000020565	ENSPSNG00000020663	ENSPSNG00000020868	FOXN3 (ENSPSNG00000020889)	ENSPSNG00000020928 #22	EFCAB11 (ENSPSNG00000020958)	TDP1 (ENSPSNG00000021010)	KCNK13 (ENSPSNG00000021041)	PSMC1 (ENSPSNG00000021061)	NRDE2 (ENSPSNG00000021107)	CALM1 (ENSPSNG00000021158)	TTC7B (ENSPSNG00000021228)	RPS6KA5 (ENSPSNG00000021269)	ENSPSNG00000021300	GPR68 (ENSPSNG00000021318)	CCDC88C (ENSPSNG00000021352)	ENSPSNG00000021501	CATSPERB (ENSPSNG00000021634)	ENSPSNG00000021701	TC2N (ENSPSNG00000021723)
Vaquita	MODERN SPECIES	34	GLOD5 (ENSPSNG00000021717)	GATA1 (ENSPSNG00000021730)	HDAC6 (ENSPSNG00000021767)	ERAS (ENSPSNG00000021824)	PCSK1N (ENSPSNG00000021831)	ENSPSNG00000021876	PQBP1 (ENSPSNG00000021929)	PIM2 (ENSPSNG00000021950)	OTUD5 (ENSPSNG00000021991)	KCND1 (ENSPSNG00000022071)	GRIPAP1 (ENSPSNG00000022119)	TFE3 (ENSPSNG00000022162)	CCDC120 (ENSPSNG00000022188)	PRAF2 (ENSPSNG00000022219)	WDR45 (ENSPSNG00000022244)	ENSPSNG00000022259 #22	ENSPSNG00000022263	MAGIX (ENSPSNG00000022275)	PLP2 (ENSPSNG00000022296)	PRICKLE3 (ENSPSNG00000022303)	SYP (ENSPSNG00000022310)	CACNA1F (ENSPSNG00000022325)	CCDC22 (ENSPSNG00000022356)	FOXP3 (ENSPSNG00000022372)	PPP1R3F (ENSPSNG00000022388)	ENSPSNG00000022391	PAGE4 (ENSPSNG00000022396)	USP27X (ENSPSNG00000022400)	CLCN5 (ENSPSNG00000022408)	ENSPSNG00000013401	ENSPSNG00000013438
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.i #22
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	149																ENSVVUG00000012119 #22	TRIML1 (ENSVVUG00000012138)	TRIML2 (ENSVVUG00000012152)	ZFP42 (ENSVVUG00000012161)	FAT1 (ENSVVUG00000012180)	MTNR1A (ENSVVUG00000012211)	F11 (ENSVVUG00000012227)	KLKB1 (ENSVVUG00000012628)	CYP4V2 (ENSVVUG00000012645)	FAM149A (ENSVVUG00000012658)	TLR3 (ENSVVUG00000012689)	SORBS2 (ENSVVUG00000012709)	PDLIM3 (ENSVVUG00000012815)	ENSVVUG00000012827	CUNH4orf47 (ENSVVUG00000012844)	UFSP2 (ENSVVUG00000012849)
Red fox	MODERN SPECIES	35	ZBTB37 (ENSVVUG00000014354)	SERPINC1 (ENSVVUG00000014351)	RC3H1 (ENSVVUG00000014201)	ENSVVUG00000014170	ENSVVUG00000014168	ENSVVUG00000014147	RABGAP1L (ENSVVUG00000014118)	CACYBP (ENSVVUG00000014105)	MRPS14 (ENSVVUG00000014099)	ENSVVUG00000014092	TNN (ENSVVUG00000014054)	KIAA0040 (ENSVVUG00000014048)	ENSVVUG00000014045	TNR (ENSVVUG00000013486)	ENSVVUG00000013439	ENSVVUG00000013436 #22	COP1 (ENSVVUG00000013056)	ENSVVUG00000013030	PAPPA2 (ENSVVUG00000013016)	ASTN1 (ENSVVUG00000012941)	BRINP2 (ENSVVUG00000012922)	SEC16B (ENSVVUG00000012877)	ENSVVUG00000012856	RASAL2 (ENSVVUG00000012744)	ENSVVUG00000012730	ENSVVUG00000012721	ANGPTL1 (ENSVVUG00000012713)	RALGPS2 (ENSVVUG00000012679)	FAM20B (ENSVVUG00000012653)	TOR3A (ENSVVUG00000012639)	ABL2 (ENSVVUG00000012583)
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b.j.a #22
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	98	ENSVVUG00000005739	ENSVVUG00000002513	LARP7 (ENSVVUG00000002274)	ZGRF1 (ENSVVUG00000002203)	ENSVVUG00000002181	ENSVVUG00000002176	NDUFA1 (ENSVVUG00000002163)	ALPK1 (ENSVVUG00000002069)	TIFA (ENSVVUG00000002050)	AP1AR (ENSVVUG00000002032)	ENSVVUG00000002024	ENSVVUG00000001983	PITX2 (ENSVVUG00000001959)	ENSVVUG00000001947	ENPEP (ENSVVUG00000001907)	ENSVVUG00000001891 #22
Red fox	MODERN SPECIES	48		ENSVVUG00000022696	ENSVVUG00000022693	ENSVVUG00000022691	ETV1 (ENSVVUG00000022596)	ARL4A (ENSVVUG00000022573)	SCIN (ENSVVUG00000016544)	ENSVVUG00000016252	ENSVVUG00000016247	VWDE (ENSVVUG00000016207)	TMEM106B (ENSVVUG00000016203)	ENSVVUG00000016199	THSD7A (ENSVVUG00000016151)	PHF14 (ENSVVUG00000016098)	ENSVVUG00000016088	ENSVVUG00000016084 #22	ENSVVUG00000016064	NXPH1 (ENSVVUG00000016058) ##24	ICA1 (ENSVVUG00000015987)	ENSVVUG00000015981 ##20	ENSVVUG00000015971	ENSVVUG00000015968	MIOS (ENSVVUG00000015960)	COL28A1 (ENSVVUG00000015891)	C1GALT1 (ENSVVUG00000015871)	ASNS (ENSVVUG00000015859)	ENSVVUG00000015848	TAC1 (ENSVVUG00000015838)	ENSVVUG00000015821	DLX5 (ENSVVUG00000015813)	DLX6 (ENSVVUG00000015777)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013440.c	ENSGT00390000003800	ENSGT01030000234601.c.a.b	ENSGT00390000003753.b	ENSGT00930000151058	ENSGT00390000006233.c.a.b	ENSGT00390000013260.C	ENSGT00940000159750	ENSGT00940000154814.b	ENSGT00940000156403.b	ENSGT00940000155197	ENSGT00390000007878	ENSGT00940000158916	ENSGT00390000011980.a	ENSGT00940000153908.a	ENSGT00940000154268.e.b.j.b #22	ENSGT00940000154846.b.s.a.b.b	ENSGT00940000161146	ENSGT00940000159982	ENSGT00940000159950	ENSGT00950000183119.b	ENSGT00940000155728	ENSGT00510000048519	ENSGT01030000234874	ENSGT00940000156628	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.a	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.b.a	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.b.b	ENSGT00510000048671	ENSGT00390000014894	ENSGT00940000154651.j.a.b.b
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000013440.c	ENSGT00390000003800	ENSGT01030000234601.c.a.b	ENSGT00390000003753.b	ENSGT00930000151058	ENSGT00390000006233.c.a.b	ENSGT00390000013260.C	ENSGT00940000159750	ENSGT00940000154814.b	ENSGT00940000156403.b	ENSGT00940000155197	ENSGT00390000007878	ENSGT00940000158916	ENSGT00390000011980.a	ENSGT00940000153908.a	ENSGT00940000154268.e.b.j.b #22	ENSGT00940000154846.b.s.a.b.b	ENSGT00940000161146	ENSGT00940000159982	ENSGT00940000159950	ENSGT00950000183119.b	ENSGT00940000155728	ENSGT00510000048519	ENSGT01030000234874	ENSGT00940000156628	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.a	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.b.a	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.b.b	ENSGT00510000048671	ENSGT00940000155120.lb.a.b.a	ENSGT00390000014894
Dingo	MODERN SPECIES	295	ENSCAFG00020007004	C12orf60 (ENSCAFG00020007007)	ART4 (ENSCAFG00020007010)	ENSCAFG00020007015	ERP27 (ENSCAFG00020007021)	ARHGDIB (ENSCAFG00020007030)	PDE6H (ENSCAFG00020007035)	RERG (ENSCAFG00020007046)	PTPRO (ENSCAFG00020007055)	EPS8 (ENSCAFG00020007234)	STRAP (ENSCAFG00020007238)	DERA (ENSCAFG00020007246)	SLC15A5 (ENSCAFG00020007259)	MGST1 (ENSCAFG00020007270)	LMO3 (ENSCAFG00020007274)	ENSCAFG00020007290 #22	ENSCAFG00020007299	RERGL (ENSCAFG00020007310)	ENSCAFG00020007327	PLCZ1 (ENSCAFG00020007462)	CAPZA3 (ENSCAFG00020007482)	ENSCAFG00020007493	PLEKHA5 (ENSCAFG00020007510)	AEBP2 (ENSCAFG00020007550)	ENSCAFG00020007595	PDE3A (ENSCAFG00020007608)	SLCO1C1 (ENSCAFG00020007627)	ENSCAFG00020007680	SLCO1A2 (ENSCAFG00020007708)	IAPP (ENSCAFG00020007750)	ENSCAFG00020007752
Dog	MODERN SPECIES	19	SMCO3 (ENSCAFG00845021280)	C12orf60 (ENSCAFG00845021256)	ART4 (ENSCAFG00845021196)	MGP (ENSCAFG00845021156)	ERP27 (ENSCAFG00845021072)	ARHGDIB (ENSCAFG00845021007)	PDE6H (ENSCAFG00845020918)	RERG (ENSCAFG00845020837)	PTPRO (ENSCAFG00845020349)	EPS8 (ENSCAFG00845019921)	STRAP (ENSCAFG00845019758)	DERA (ENSCAFG00845019634)	SLC15A5 (ENSCAFG00845019545)	MGST1 (ENSCAFG00845019512)	ENSCAFG00845019272	ENSCAFG00845019143 #22	ENSCAFG00845019111	RERGL (ENSCAFG00845019040)	PIK3C2G (ENSCAFG00845018749)	PLCZ1 (ENSCAFG00845018516)	CAPZA3 (ENSCAFG00845018431)	PLEKHA5 (ENSCAFG00845017260)	AEBP2 (ENSCAFG00845016290)	PDE3A (ENSCAFG00845015831)	SLCO1C1 (ENSCAFG00845015737)	SLCO1B3 (ENSCAFG00845015602)	IAPP (ENSCAFG00845015514)	SLCO1A2 (ENSCAFG00845015426)	ENSCAFG00845015368	ENSCAFG00845015294	ENSCAFG00845015216
Red fox	MODERN SPECIES	18	C12orf60 (ENSVVUG00000004421)	ART4 (ENSVVUG00000004416)	MGP (ENSVVUG00000004413)	ERP27 (ENSVVUG00000004404)	ARHGDIB (ENSVVUG00000004395)	PDE6H (ENSVVUG00000004388)	RERG (ENSVVUG00000004380)	PTPRO (ENSVVUG00000003341)	EPS8 (ENSVVUG00000003264)	STRAP (ENSVVUG00000003244)	ENSVVUG00000003237	ENSVVUG00000003225	SLC15A5 (ENSVVUG00000003172)	MGST1 (ENSVVUG00000003157)	LMO3 (ENSVVUG00000003122)	ENSVVUG00000003113 #22	ENSVVUG00000003103	RERGL (ENSVVUG00000003088)	ENSVVUG00000003080	PIK3C2G (ENSVVUG00000002309)	PLCZ1 (ENSVVUG00000002147)	CAPZA3 (ENSVVUG00000002130)	PLEKHA5 (ENSVVUG00000002046)	AEBP2 (ENSVVUG00000001990)	ENSVVUG00000001908	ENSVVUG00000001895	PDE3A (ENSVVUG00000001456)	SLCO1C1 (ENSVVUG00000001393)	SLCO1B3 (ENSVVUG00000001373)	SLCO1A2 (ENSVVUG00000001359)	IAPP (ENSVVUG00000001343)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1000										ENSANAG00000020120	ENSANAG00000026556	ENSANAG00000031158	ENSANAG00000024811	GRIN3A (ENSANAG00000026840)	RNF20 (ENSANAG00000024286)	ENSANAG00000031119 #22	ENSANAG00000001240	PGAP4 (ENSANAG00000021602)	ALDOB (ENSANAG00000022230)	ZNF189 (ENSANAG00000019063)	ENSANAG00000000786	BAAT (ENSANAG00000030257)	PLPPR1 (ENSANAG00000026880)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	50													ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.e.b #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000163409	ENSGT00940000159344
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	1	PSMA2 (ENSOCUG00000012092)	ENSOCUG00000012098	HECW1 (ENSOCUG00000007994)	STK17A (ENSOCUG00000015953)	BLVRA (ENSOCUG00000006916)	ENSOCUG00000008172	SCIN (ENSOCUG00000006986)	ENSOCUG00000029493	ENSOCUG00000033293	ENSOCUG00000029201	TMEM106B (ENSOCUG00000010288)	THSD7A (ENSOCUG00000008865)	ENSOCUG00000031107	ENSOCUG00000034975	PHF14 (ENSOCUG00000004678)	ENSOCUG00000029372 #22	ENSOCUG00000009140	ENSOCUG00000030563	ENSOCUG00000035586	NXPH1 (ENSOCUG00000012983) ##24	ENSOCUG00000027084	ICA1 (ENSOCUG00000016815)	ENSOCUG00000016806 ##20	UMAD1 (ENSOCUG00000035573)	ENSOCUG00000034765	RPA3 (ENSOCUG00000000467)	MIOS (ENSOCUG00000000466)	ENSOCUG00000000464	COL28A1 (ENSOCUG00000024805)	ENSOCUG00000026002	ASNS (ENSOCUG00000022945)
Rabbit	MODERN SPECIES	1401	ENSOCUG00000025426	ENSOCUG00000036844	CHM (ENSOCUG00000012819)	DACH2 (ENSOCUG00000004513)	ENSOCUG00000023763	ENSOCUG00000001826	ENSOCUG00000029146	ENSOCUG00000032789	ENSOCUG00000035409	ENSOCUG00000005772	ENSOCUG00000014565	ENSOCUG00000032103	ENSOCUG00000001978	ENSOCUG00000009298	ENSOCUG00000010616	ENSOCUG00000014194 #22	ENSOCUG00000027741	ENSOCUG00000023356	ENSOCUG00000035263	ENSOCUG00000010894	ENSOCUG00000031835	PABPC5 (ENSOCUG00000010919)	ENSOCUG00000003437	ENSOCUG00000039408	NAP1L3 (ENSOCUG00000025516)	FAM133A (ENSOCUG00000010073)	ENSOCUG00000027425	PLP1 (ENSOCUG00000014800)	ENSOCUG00000014781	MORF4L2 (ENSOCUG00000014778)	TCEAL1 (ENSOCUG00000000553)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	SERPINB6 (ENSSVLG00005007395)	ENSSVLG00005007366	ENSSVLG00005006719	ENSSVLG00005006449	SERPINB1 (ENSSVLG00005006417)	WRNIP1 (ENSSVLG00005006348)	ENSSVLG00005006323	MYLK4 (ENSSVLG00005006200)	ENSSVLG00005006132	GMDS (ENSSVLG00005014861)	FOXC1 (ENSSVLG00005014837)	FOXF2 (ENSSVLG00005014790)	FOXQ1 (ENSSVLG00005014773)	ENSSVLG00005014724	ENSSVLG00005014698	ENSSVLG00005014684 #22	HUS1B (ENSSVLG00005014653)	EXOC2 (ENSSVLG00005014600)	IRF4 (ENSSVLG00005014508)	ENSSVLG00005014463	ENSSVLG00005014442	ENSSVLG00005014389	ENSSVLG00005014343	ENSSVLG00005014308	ENSSVLG00005014265	ENSSVLG00005014208	ENSSVLG00005014088	ENSSVLG00005013996	ENSSVLG00005013958	ZSCAN16 (ENSSVLG00005013915)	ZKSCAN8 (ENSSVLG00005013855)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	19	ENSHGLG00000001860	ENSHGLG00000001747	CHRNA3 (ENSHGLG00000001506)	ENSHGLG00000001406	ENSHGLG00000001918	ENSHGLG00000001317	NRG4 (ENSHGLG00000001083)	ENSHGLG00000033513	TMEM266 (ENSHGLG00000039361)	ETFA (ENSHGLG00000001775)	ISL2 (ENSHGLG00000001431)	SCAPER (ENSHGLG00000001955)	RCN2 (ENSHGLG00000040045)	PSTPIP1 (ENSHGLG00000002685)	TSPAN3 (ENSHGLG00000048829)	ENSHGLG00000020096 #22	PEAK1 (ENSHGLG00000001872)	HMG20A (ENSHGLG00000000560)	ENSHGLG00000001339	ENSHGLG00000002838	CSPG4 (ENSHGLG00000000788)	SNX33 (ENSHGLG00000032746)	IMP3 (ENSHGLG00000047594)	ENSHGLG00000036416	PTPN9 (ENSHGLG00000001900)	ENSHGLG00000042955	SIN3A (ENSHGLG00000015595)	MAN2C1 (ENSHGLG00000000690)	NEIL1 (ENSHGLG00000043720)	COMMD4 (ENSHGLG00000002044)	C15orf39 (ENSHGLG00000033459)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.e.b #22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	212						Gpr85 (ENSJJAG00000018636)	Bmt2 (ENSJJAG00000018789)	ENSJJAG00000011908	Tmem168 (ENSJJAG00000019830)	ENSJJAG00000019869	Vwde (ENSJJAG00000010406)	ENSJJAG00000012032	Thsd7a (ENSJJAG00000013811)	Phf14 (ENSJJAG00000016257)	ENSJJAG00000011830	Ndufa4 (ENSJJAG00000016866) #22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000164009	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Tenrec	MODERN SPECIES	960																NDUFA4 (ENSETEG00000008480) #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	1037												ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	1619										SCIN (ENSDNOG00000007307)	ENSDNOG00000041748	VWDE (ENSDNOG00000007033)	TMEM106B (ENSDNOG00000041226)	THSD7A (ENSDNOG00000013096)	PHF14 (ENSDNOG00000004814)	ENSDNOG00000011217 #22	ENSDNOG00000037991
Armadillo	MODERN SPECIES	3323															MEAK7 (ENSDNOG00000010234)	ENSDNOG00000035543 #22	ENSDNOG00000048466	ENSDNOG00000047610
Sloth	MODERN SPECIES	13119																NDUFA4 (ENSCHOG00000012330) #22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	17											ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Tree shrew	MODERN SPECIES	4825															PHF14 (ENSTBEG00000016690)	NDUFA4 (ENSTBEG00000016629) #22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	18											ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT00940000163868	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	367	Cav2 (ENSDORG00000023298)	ENSDORG00000016725	ENSDORG00000029823	Tfec (ENSDORG00000004403)	Mdfic (ENSDORG00000001488)	Foxp2 (ENSDORG00000007040)	Ppp1r3a (ENSDORG00000023629)	Gpr85 (ENSDORG00000025306)	Bmt2 (ENSDORG00000024427)	Tmem168 (ENSDORG00000024855)	ENSDORG00000012385	Tmem106b (ENSDORG00000007476)	Thsd7a (ENSDORG00000010842)	Phf14 (ENSDORG00000015520)	ENSDORG00000023739	Ndufa4 (ENSDORG00000026556) #22	Nxph1 (ENSDORG00000011457) ##24	Ica1 (ENSDORG00000006045)	ENSDORG00000006043 ##20	Mios (ENSDORG00000008159)	C1galt1 (ENSDORG00000000105)	Asns (ENSDORG00000000408)	Tac1 (ENSDORG00000002115)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT00940000163868	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1689								Gpr85 (ENSNGAG00000021386)	Bmt2 (ENSNGAG00000021320)	Tmem168 (ENSNGAG00000009620)	ENSNGAG00000018212	ENSNGAG00000019332	Tmem106b (ENSNGAG00000017770)	Thsd7a (ENSNGAG00000005903)	Phf14 (ENSNGAG00000013745)	Ndufa4 (ENSNGAG00000023500) #22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	16	Tfec (ENSPEMG00000016053)	Mdfic (ENSPEMG00000000955)	Foxp2 (ENSPEMG00000017097)	Ppp1r3a (ENSPEMG00000011327)	Smim30 (ENSPEMG00000015135)	Gpr85 (ENSPEMG00000025083)	ENSPEMG00000024703 ##23	Bmt2 (ENSPEMG00000021873)	Tmem168 (ENSPEMG00000000238)	ENSPEMG00000004158	ENSPEMG00000030634	Vwde (ENSPEMG00000021059)	Tmem106b (ENSPEMG00000010222)	Thsd7a (ENSPEMG00000011896)	Phf14 (ENSPEMG00000013539)	Ndufa4 (ENSPEMG00000013663) #22	ENSPEMG00000002763	Nxph1 (ENSPEMG00000006871) ##24	Ica1 (ENSPEMG00000011992)	Glcci1 (ENSPEMG00000006869) ##20	ENSPEMG00000025657	Rpa3 (ENSPEMG00000028617)	Mios (ENSPEMG00000014859)	Col28a1 (ENSPEMG00000018994)	C1galt1 (ENSPEMG00000001879)	Asns (ENSPEMG00000024254)	Tac1 (ENSPEMG00000023534)	Sdhaf3 (ENSPEMG00000025504)	Dlx5 (ENSPEMG00000010445)	Dlx6 (ENSPEMG00000003902)	Sem1 (ENSPEMG00000023151)
Prairie vole	MODERN SPECIES	350	ENSMOCG00000018404	Mdfic (ENSMOCG00000014159)	Foxp2 (ENSMOCG00000018674)	Ppp1r3a (ENSMOCG00000007450)	Gpr85 (ENSMOCG00000007052)	Bmt2 (ENSMOCG00000003495)	Tmem168 (ENSMOCG00000016323)	ENSMOCG00000014014	ENSMOCG00000010148	ENSMOCG00000008088	Tmem106b (ENSMOCG00000019810)	ENSMOCG00000019332	Thsd7a (ENSMOCG00000019383)	ENSMOCG00000008159	Phf14 (ENSMOCG00000016636)	Ndufa4 (ENSMOCG00000021704) #22	Nxph1 (ENSMOCG00000015073) ##24	ENSMOCG00000008517	ENSMOCG00000019705	Glcci1 (ENSMOCG00000011098) ##20	Umad1 (ENSMOCG00000016635)	Rpa3 (ENSMOCG00000011090)	Mios (ENSMOCG00000017559)	Col28a1 (ENSMOCG00000012197)	C1galt1 (ENSMOCG00000009499)	Asns (ENSMOCG00000011530)	Tac1 (ENSMOCG00000014686)	Sdhaf3 (ENSMOCG00000004621)	Dlx5 (ENSMOCG00000021591)	Dlx6 (ENSMOCG00000010083)	Sem1 (ENSMOCG00000001349)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	54	Cav2 (ENSCGRG00001020610)	ENSCGRG00001023123	Tfec (ENSCGRG00001017234)	Mdfic (ENSCGRG00001017688)	Foxp2 (ENSCGRG00001011096)	Ppp1r3a (ENSCGRG00001019903)	Smim30 (ENSCGRG00001006732)	Gpr85 (ENSCGRG00001001502)	Bmt2 (ENSCGRG00001002593)	Tmem168 (ENSCGRG00001018555)	ENSCGRG00001002512	ENSCGRG00001008481	Tmem106b (ENSCGRG00001001564)	Thsd7a (ENSCGRG00001021435)	Phf14 (ENSCGRG00001004536)	Ndufa4 (ENSCGRG00001012421) #22	ENSCGRG00001013970	ENSCGRG00001004842	Nxph1 (ENSCGRG00001017708) ##24	Ica1 (ENSCGRG00001013759)	Glcci1 (ENSCGRG00001020867) ##20	Umad1 (ENSCGRG00001019337)	Rpa3 (ENSCGRG00001004183)	Mios (ENSCGRG00001022654)	Col28a1 (ENSCGRG00001018669)	ENSCGRG00001016873	ASNS (ENSCGRG00001015428)	Tac1 (ENSCGRG00001020738)	Sdhaf3 (ENSCGRG00001012553)	Dlx5 (ENSCGRG00001001362)	Dlx6 (ENSCGRG00001015244)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	724	Met (ENSMAUG00000012960)	Cav1 (ENSMAUG00000005941)	Cav2 (ENSMAUG00000007439)	ENSMAUG00000001763	Tfec (ENSMAUG00000001990)	Mdfic (ENSMAUG00000015022)	Foxp2 (ENSMAUG00000016128)	Ppp1r3a (ENSMAUG00000018440)	Gpr85 (ENSMAUG00000015334)	Bmt2 (ENSMAUG00000019868)	Tmem168 (ENSMAUG00000014941)	ENSMAUG00000009860	Tmem106b (ENSMAUG00000017350)	Thsd7a (ENSMAUG00000015901)	Phf14 (ENSMAUG00000015385)	Ndufa4 (ENSMAUG00000017004) #22	ENSMAUG00000020191
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Rat	MODERN SPECIES	14	Ppp1r3a (ENSRNOG00000059350)	Gpr85 (ENSRNOG00000024636)	ENSRNOG00000031207	Bmt2 (ENSRNOG00000007224)	Tmem168 (ENSRNOG00000057290)	LOC100911252 (ENSRNOG00000062896)	ENSRNOG00000064825	Tas2r7l (ENSRNOG00000024685)	AABR07059877.1 (ENSRNOG00000039626)	Vwde (ENSRNOG00000024709)	Tmem106b (ENSRNOG00000006206)	ENSRNOG00000069963	ENSRNOG00000068666	Thsd7a (ENSRNOG00000030151)	Phf14 (ENSRNOG00000005775)	Ndufa4 (ENSRNOG00000005512) #22	ENSRNOG00000066267	LOC680964 (ENSRNOG00000047566)	ENSRNOG00000065391	LOC500028 (ENSRNOG00000008962)	Rps4x-ps9 (ENSRNOG00000029574)	Nxph1 (ENSRNOG00000008939) ##24	Ica1 (ENSRNOG00000008628)	Glcci1 (ENSRNOG00000008524) ##20	Rpa3 (ENSRNOG00000008309)	Mios (ENSRNOG00000007924)	Col28a1 (ENSRNOG00000033618)	C1galt1 (ENSRNOG00000007804)	Polr1d-ps1 (ENSRNOG00000065557)	Asns (ENSRNOG00000007546)	Sdhaf3 (ENSRNOG00000011283)
Mus	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Shrew mouse	MODERN SPECIES	11	Cav1 (MGP_PahariEiJ_G0021873)	Cav2 (MGP_PahariEiJ_G0021872)	Tes (MGP_PahariEiJ_G0021871)	Tfec (MGP_PahariEiJ_G0021870)	MGP_PahariEiJ_G0021869	Foxp2 (MGP_PahariEiJ_G0021868)	Ppp1r3a (MGP_PahariEiJ_G0021867)	Smim30 (MGP_PahariEiJ_G0021866)	Gpr85 (MGP_PahariEiJ_G0021865)	Bmt2 (MGP_PahariEiJ_G0021864)	MGP_PahariEiJ_G0021863	Vwde (MGP_PahariEiJ_G0021862)	Tmem106b (MGP_PahariEiJ_G0021861)	Thsd7a (MGP_PahariEiJ_G0021860)	MGP_PahariEiJ_G0021859	Ndufa4 (MGP_PahariEiJ_G0021858) #22	Nxph1 (MGP_PahariEiJ_G0021857) ##24	Ica1 (MGP_PahariEiJ_G0021856)	Glcci1 (MGP_PahariEiJ_G0021855) ##20	MGP_PahariEiJ_G0021854	MGP_PahariEiJ_G0021853	Rpa3 (MGP_PahariEiJ_G0021852)	Mios (MGP_PahariEiJ_G0021851)	Col28a1 (MGP_PahariEiJ_G0021850)	C1galt1 (MGP_PahariEiJ_G0021849)	Asns (MGP_PahariEiJ_G0021848)	Tac1 (MGP_PahariEiJ_G0021847)	Dlx5 (MGP_PahariEiJ_G0021845)	Dlx6 (MGP_PahariEiJ_G0021844)	Sem1 (MGP_PahariEiJ_G0021843)	Slc25a13 (MGP_PahariEiJ_G0021842)
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b.n ##20	ENSGT00390000003051.c	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	15	Cav1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028117)	Cav2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028116)	Tes (MGP_CAROLIEiJ_G0028115)	Tfec (MGP_CAROLIEiJ_G0028114)	MGP_CAROLIEiJ_G0028113	Foxp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028112)	Ppp1r3a (MGP_CAROLIEiJ_G0028111)	Smim30 (MGP_CAROLIEiJ_G0028110)	Gpr85 (MGP_CAROLIEiJ_G0028109)	Bmt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028108)	MGP_CAROLIEiJ_G0028107	Vwde (MGP_CAROLIEiJ_G0028106)	Tmem106b (MGP_CAROLIEiJ_G0028105)	MGP_CAROLIEiJ_G0028104	MGP_CAROLIEiJ_G0028103	Ndufa4 (MGP_CAROLIEiJ_G0028102) #22	Nxph1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028101) ##24	Ica1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028100)	Glcci1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028099) ##20	MGP_CAROLIEiJ_G0028098	Umad1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028097)	Rpa3 (MGP_CAROLIEiJ_G0028096)	Mios (MGP_CAROLIEiJ_G0028095)	Col28a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028094)	C1galt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028093)	Asns (MGP_CAROLIEiJ_G0028092)	Tac1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028091)	Sdhaf3 (MGP_CAROLIEiJ_G0028090)	Dlx5 (MGP_CAROLIEiJ_G0028089)	Dlx6 (MGP_CAROLIEiJ_G0028088)	Sem1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028087)
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b.n ##20	ENSGT00390000003051.c	ENSGT00390000008029.k	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Mouse	MODERN SPECIES	15	Cav1 (ENSMUSG00000007655)	Cav2 (ENSMUSG00000000058)	Tes (ENSMUSG00000029552)	Tfec (ENSMUSG00000029553)	Mdfic (ENSMUSG00000041390)	Foxp2 (ENSMUSG00000029563)	Ppp1r3a (ENSMUSG00000042717)	Smim30 (ENSMUSG00000052419)	Gpr85 (ENSMUSG00000048216)	Bmt2 (ENSMUSG00000042742)	Tmem168 (ENSMUSG00000029569)	Vwde (ENSMUSG00000079679)	Tmem106b (ENSMUSG00000029571)	Thsd7a (ENSMUSG00000032625)	Phf14 (ENSMUSG00000029629)	Ndufa4 (ENSMUSG00000029632) #22	Nxph1 (ENSMUSG00000046178) ##24	Ica1 (ENSMUSG00000062995)	Glcci1 (ENSMUSG00000029638) ##20	Umad1 (ENSMUSG00000089862)	Rpa3 (ENSMUSG00000012483)	Mios (ENSMUSG00000042447)	Col28a1 (ENSMUSG00000068794)	C1galt1 (ENSMUSG00000042460)	Asns (ENSMUSG00000029752)	Tac1 (ENSMUSG00000061762)	Sdhaf3 (ENSMUSG00000042505)	Dlx5 (ENSMUSG00000029755)	Dlx6 (ENSMUSG00000029754)	Sem1 (ENSMUSG00000042541)	Slc25a13 (ENSMUSG00000015112)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b.n ##20	ENSGT00390000003051.c	ENSGT00390000008029.k	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
spretus	MODERN SPECIES	15	Cav1 (MGP_SPRETEiJ_G0029117)	Cav2 (MGP_SPRETEiJ_G0029116)	Tes (MGP_SPRETEiJ_G0029115)	Tfec (MGP_SPRETEiJ_G0029114)	MGP_SPRETEiJ_G0029113	Foxp2 (MGP_SPRETEiJ_G0029112)	Ppp1r3a (MGP_SPRETEiJ_G0029111)	Smim30 (MGP_SPRETEiJ_G0029110)	Gpr85 (MGP_SPRETEiJ_G0029109)	Bmt2 (MGP_SPRETEiJ_G0029108)	Tmem168 (MGP_SPRETEiJ_G0029107)	Vwde (MGP_SPRETEiJ_G0029106)	Tmem106b (MGP_SPRETEiJ_G0029105)	Thsd7a (MGP_SPRETEiJ_G0029104)	MGP_SPRETEiJ_G0029103	Ndufa4 (MGP_SPRETEiJ_G0029102) #22	Nxph1 (MGP_SPRETEiJ_G0029101) ##24	Ica1 (MGP_SPRETEiJ_G0029100)	Glcci1 (MGP_SPRETEiJ_G0029099) ##20	MGP_SPRETEiJ_G0029098	Umad1 (MGP_SPRETEiJ_G0029097)	Rpa3 (MGP_SPRETEiJ_G0029096)	Mios (MGP_SPRETEiJ_G0029095)	Col28a1 (MGP_SPRETEiJ_G0029094)	C1galt1 (MGP_SPRETEiJ_G0029093)	Asns (MGP_SPRETEiJ_G0029092)	Tac1 (MGP_SPRETEiJ_G0029091)	Sdhaf3 (MGP_SPRETEiJ_G0029090)	Dlx5 (MGP_SPRETEiJ_G0029089)	Dlx6 (MGP_SPRETEiJ_G0029088)	Sem1 (MGP_SPRETEiJ_G0029087)
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3283															Phf14 (ENSMSIG00000002959)	Ndufa4 (ENSMSIG00000003100) #22	Nxph1 (ENSMSIG00000003152) ##24	Ica1 (ENSMSIG00000003216)	Glcci1 (ENSMSIG00000003405) ##20	Umad1 (ENSMSIG00000003477)	Rpa3 (ENSMSIG00000003582)	Mios (ENSMSIG00000003604)	Col28a1 (ENSMSIG00000003650)	C1galt1 (ENSMSIG00000003793)	ENSMSIG00000003812
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2478															Zic3 (ENSMSIG00000027240)	ENSMSIG00000027238 #22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00840000131243	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b.l ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	5	FOXP2 (ENSHGLG00000019590)	ENSHGLG00000047898	ENSHGLG00000046698	PPP1R3A (ENSHGLG00000043566)	SMIM30 (ENSHGLG00000021399)	GPR85 (ENSHGLG00000033932)	ENSHGLG00000048859	BMT2 (ENSHGLG00000019466)	ENSHGLG00000048293	ENSHGLG00000045821	ENSHGLG00000006962	ENSHGLG00000049294	ENSHGLG00000007000	THSD7A (ENSHGLG00000007329)	ENSHGLG00000007659	NDUFA4 (ENSHGLG00000043173) #22	ENSHGLG00000003236	ENSHGLG00000048374	ENSHGLG00000033082 ##24	ENSHGLG00000045635	ENSHGLG00000036107	ENSHGLG00000038096	ICA1 (ENSHGLG00000003048)	GLCCI1 (ENSHGLG00000002931) ##20	ENSHGLG00000002785	ENSHGLG00000034935	ENSHGLG00000037539	ENSHGLG00000039732	MIOS (ENSHGLG00000001710)	ENSHGLG00000001680	ENSHGLG00000001565
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00840000131243	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b.l ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00950000183006.B.f.b.a	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b.l ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	139	CAV1 (ENSCLAG00000005371)	TES (ENSCLAG00000005324)	TFEC (ENSCLAG00000005114)	MDFIC (ENSCLAG00000005069)	FOXP2 (ENSCLAG00000004387)	PPP1R3A (ENSCLAG00000004128)	SMIM30 (ENSCLAG00000004060)	GPR85 (ENSCLAG00000004007)	ENSCLAG00000003944	BMT2 (ENSCLAG00000003902)	ENSCLAG00000003855	ENSCLAG00000003804	TMEM106B (ENSCLAG00000003761)	THSD7A (ENSCLAG00000003554)	PHF14 (ENSCLAG00000004153)	NDUFA4 (ENSCLAG00000004050) #22	NXPH1 (ENSCLAG00000003986) ##24	ICA1 (ENSCLAG00000003729)	GLCCI1 (ENSCLAG00000003639) ##20	UMAD1 (ENSCLAG00000003569)	RPA3 (ENSCLAG00000003500)	MIOS (ENSCLAG00000003461)	COL28A1 (ENSCLAG00000003344)	C1GALT1 (ENSCLAG00000003286)	ENSCLAG00000003237	ENSCLAG00000003157	TAC1 (ENSCLAG00000003086)	SDHAF3 (ENSCLAG00000003011)	DLX5 (ENSCLAG00000002987)	DLX6 (ENSCLAG00000002971)	SEM1 (ENSCLAG00000002949)
Degu	MODERN SPECIES	176	GPBAR1 (ENSODEG00000020087)	AAMP (ENSODEG00000011651)	ENSODEG00000011159	TMBIM1 (ENSODEG00000011332)	PPP1R3A (ENSODEG00000013488)	ENSODEG00000010937	GPR85 (ENSODEG00000010134)	BMT2 (ENSODEG00000010702)	TMEM168 (ENSODEG00000011318)	ENSODEG00000010834	VWDE (ENSODEG00000010334)	TMEM106B (ENSODEG00000012282)	THSD7A (ENSODEG00000014410)	ENSODEG00000011078	ENSODEG00000020088	NDUFA4 (ENSODEG00000011364) #22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	17	TFEC (ENSSVLG00005018526)	MDFIC (ENSSVLG00005018724)	ENSSVLG00005018881	ENSSVLG00005019641	PPP1R3A (ENSSVLG00005004322)	SMIM30 (ENSSVLG00005004347)	GPR85 (ENSSVLG00005004361)	BMT2 (ENSSVLG00005004404)	ENSSVLG00005004429	TMEM168 (ENSSVLG00005004449)	ENSSVLG00005004482	VWDE (ENSSVLG00005004522)	TMEM106B (ENSSVLG00005004591)	THSD7A (ENSSVLG00005004648)	PHF14 (ENSSVLG00005004805)	ENSSVLG00005004917 #22	ENSSVLG00005004936	NXPH1 (ENSSVLG00005004963) ##24	ICA1 (ENSSVLG00005005008)	GLCCI1 (ENSSVLG00005005120) ##20	UMAD1 (ENSSVLG00005005159)	ENSSVLG00005005197	MIOS (ENSSVLG00005005256)	COL28A1 (ENSSVLG00005005316)	ENSSVLG00005005474	ASNS (ENSSVLG00005005522)	TAC1 (ENSSVLG00005005619)	ENSSVLG00005005692	SDHAF3 (ENSSVLG00005005726)	DLX5 (ENSSVLG00005005760)	DLX6 (ENSSVLG00005005785)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	2	SLC35C1 (ENSSVLG00005016968)	CHST1 (ENSSVLG00005017036)	SYT13 (ENSSVLG00005017054)	PRDM11 (ENSSVLG00005017126)	TP53I11 (ENSSVLG00005017174)	TSPAN18 (ENSSVLG00005017248)	CD82 (ENSSVLG00005017346)	ENSSVLG00005017405	ALX4 (ENSSVLG00005017428)	EXT2 (ENSSVLG00005017472)	ACCS (ENSSVLG00005017673)	ACCSL (ENSSVLG00005017862)	C11orf96 (ENSSVLG00005018003)	ALKBH3 (ENSSVLG00005018027)	HSD17B12 (ENSSVLG00005018072)	ENSSVLG00005018129 #22	TTC17 (ENSSVLG00005018176)	ENSSVLG00005018298	LRRC4C (ENSSVLG00005018979)	ENSSVLG00005019010	ENSSVLG00005019047	RAG2 (ENSSVLG00005019171)	RAG1 (ENSSVLG00005019195)	TRAF6 (ENSSVLG00005019219)	PRR5L (ENSSVLG00005019340)	COMMD9 (ENSSVLG00005019522)	LDLRAD3 (ENSSVLG00005019672)	ENSSVLG00005019782	ENSSVLG00005019851	FJX1 (ENSSVLG00005019889)	PAMR1 (ENSSVLG00005019988)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	11	ENSSVLG00005017686	VPS13C (ENSSVLG00005014425)	RORA (ENSSVLG00005013514)	ICE2 (ENSSVLG00005013300)	ENSSVLG00005013204	FOXB1 (ENSSVLG00005013050)	BNIP2 (ENSSVLG00005012971)	GTF2A2 (ENSSVLG00005012828)	GCNT3 (ENSSVLG00005012791)	ENSSVLG00005012768	FAM81A (ENSSVLG00005012717)	MYO1E (ENSSVLG00005012637)	ENSSVLG00005012381	RNF111 (ENSSVLG00005012286)	SLTM (ENSSVLG00005012027)	ENSSVLG00005011970 #22	MINDY2 (ENSSVLG00005011765)	ENSSVLG00005011609	LIPC (ENSSVLG00005011202)	AQP9 (ENSSVLG00005011049)	ALDH1A2 (ENSSVLG00005010692)	ENSSVLG00005010581	MYZAP (ENSSVLG00005010520)	CGNL1 (ENSSVLG00005010468)	TCF12 (ENSSVLG00005010240)	ZNF280D (ENSSVLG00005010148)	MNS1 (ENSSVLG00005010076)	TEX9 (ENSSVLG00005009884)	ENSSVLG00005009847	ENSSVLG00005009806	RFX7 (ENSSVLG00005009779)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00950000183006.A.b	ENSGT00940000155993	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00400000023684	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Alpin marmot	MODERN SPECIES	22	TES (ENSMMMG00000014318)	TFEC (ENSMMMG00000014310)	ENSMMMG00000014306	MDFIC (ENSMMMG00000014295)	FOXP2 (ENSMMMG00000014150)	PPP1R3A (ENSMMMG00000014132)	SMIM30 (ENSMMMG00000014120)	GPR85 (ENSMMMG00000014112)	BMT2 (ENSMMMG00000014094)	TMEM168 (ENSMMMG00000014072)	ENSMMMG00000014069	ENSMMMG00000014055	TMEM106B (ENSMMMG00000014045)	THSD7A (ENSMMMG00000013947)	PHF14 (ENSMMMG00000013854)	NDUFA4 (ENSMMMG00000013836) #22	NXPH1 (ENSMMMG00000013827) ##24	ICA1 (ENSMMMG00000013715)	GLCCI1 (ENSMMMG00000013684) ##20	UMAD1 (ENSMMMG00000013672)	RPA3 (ENSMMMG00000013664)	MIOS (ENSMMMG00000013649)	ENSMMMG00000013638	COL28A1 (ENSMMMG00000013600)	C1GALT1 (ENSMMMG00000013591)	ASNS (ENSMMMG00000013577)	TAC1 (ENSMMMG00000013539)	SDHAF3 (ENSMMMG00000013528)	ENSMMMG00000013521	DLX5 (ENSMMMG00000013512)	DLX6 (ENSMMMG00000013501)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	66										ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00510000047602.k.c	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00390000009212.i.a.a	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Squirrel	MODERN SPECIES	361											ENSSTOG00000003203	TMEM106B (ENSSTOG00000003186)	ENSSTOG00000020241	THSD7A (ENSSTOG00000023289)	PHF14 (ENSSTOG00000003954)	NDUFA4 (ENSSTOG00000034965) #22
Arctic ground squirrel	DUPLICATION
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	64									TMEFF2 (ENSUPAG00010023178)	CAVIN2 (ENSUPAG00010023177)	NABP1 (ENSUPAG00010023175)	MYO1B (ENSUPAG00010023164)	STAT4 (ENSUPAG00010023161)	STAT1 (ENSUPAG00010023148)	GLS (ENSUPAG00010023138)	ENSUPAG00010023137 #22	NAB1 (ENSUPAG00010023136)	NEMP2 (ENSUPAG00010023135)	MFSD6 (ENSUPAG00010023133)	INPP1 (ENSUPAG00010023129)	HIBCH (ENSUPAG00010023128)	C2orf88 (ENSUPAG00010023127)	MSTN (ENSUPAG00010023125)	ENSUPAG00010023123	PMS1 (ENSUPAG00010023120)	ORMDL1 (ENSUPAG00010023119)	OSGEPL1 (ENSUPAG00010023116)	ANKAR (ENSUPAG00010023110)	ASNSD1 (ENSUPAG00010023108)	ENSUPAG00010023107	SLC40A1 (ENSUPAG00010023106)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	182										ENSUPAG00010010672	ENSUPAG00010010662	TMEM106B (ENSUPAG00010010656)	ENSUPAG00010010640	THSD7A (ENSUPAG00010010558)	PHF14 (ENSUPAG00010010518)	ENSUPAG00010010500 #22	NXPH1 (ENSUPAG00010010492) ##24
Primates	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f.i.a.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f.i.a.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Cebidae_a	DUPLICATION
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f.i.a.a.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029.w	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00940000155984.b	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	44	SLC9A1 (ENSSBOG00000034296)	TENT5B (ENSSBOG00000023376)	KDF1 (ENSSBOG00000022048)	NUDC (ENSSBOG00000035376)	NR0B2 (ENSSBOG00000026068)	GPATCH3 (ENSSBOG00000019680)	GPN2 (ENSSBOG00000031587)	ENSSBOG00000021731	SFN (ENSSBOG00000010021)	ZDHHC18 (ENSSBOG00000027289)	PIGV (ENSSBOG00000031404)	ARID1A (ENSSBOG00000021791)	THSD7A (ENSSBOG00000022829)	ENSSBOG00000027959	PHF14 (ENSSBOG00000033689)	ENSSBOG00000019517 #22	ENSSBOG00000015022	NXPH1 (ENSSBOG00000033774) ##24	ICA1 (ENSSBOG00000031664)	GLCCI1 (ENSSBOG00000032440) ##20	UMAD1 (ENSSBOG00000029436)	RPA3 (ENSSBOG00000019538)	ENSSBOG00000027188	MIOS (ENSSBOG00000017338)	COL28A1 (ENSSBOG00000035682)	ENSSBOG00000032452	C1GALT1 (ENSSBOG00000026512)	ENSSBOG00000019705	ASNS (ENSSBOG00000031816)	TAC1 (ENSSBOG00000031415)	SDHAF3 (ENSSBOG00000031188)
Capuchin	MODERN SPECIES	37										SCIN (ENSCCAG00000023458)	ENSCCAG00000035440	VWDE (ENSCCAG00000035843)	TMEM106B (ENSCCAG00000027244)	THSD7A (ENSCCAG00000028361)	PHF14 (ENSCCAG00000021944)	ENSCCAG00000007645 #22	NXPH1 (ENSCCAG00000001523) ##24	ICA1 (ENSCCAG00000024119)	GLCCI1 (ENSCCAG00000021860) ##20	UMAD1 (ENSCCAG00000028681)	ENSCCAG00000025095	ENSCCAG00000021943	MIOS (ENSCCAG00000033208)	COL28A1 (ENSCCAG00000034062)	C1GALT1 (ENSCCAG00000037539)	ENSCCAG00000008594	ENSCCAG00000032950	TAC1 (ENSCCAG00000022732)	SDHAF3 (ENSCCAG00000029465)	ENSCCAG00000019570	DLX5 (ENSCCAG00000018356)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f.i.a.a.b #22
Capuchin	MODERN SPECIES	144									STPG2 (ENSCCAG00000033222)	UNC5C (ENSCCAG00000021342)	BMPR1B (ENSCCAG00000026229)	PDLIM5 (ENSCCAG00000021552)	HPGDS (ENSCCAG00000028311)	SMARCAD1 (ENSCCAG00000022264)	ENSCCAG00000025960	ENSCCAG00000020949 #22	ATOH1 (ENSCCAG00000005361)	GRID2 (ENSCCAG00000024729)
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	MODERN SPECIES	20	AGMO (ENSCJAG00000000927)	DGKB (ENSCJAG00000000897)	ETV1 (ENSCJAG00000000857)	ENSCJAG00000066025	ENSCJAG00000073594	ENSCJAG00000071863	ARL4A (ENSCJAG00000066925)	SCIN (ENSCJAG00000000815)	ENSCJAG00000038392	VWDE (ENSCJAG00000000800)	TMEM106B (ENSCJAG00000000792)	ENSCJAG00000082612	THSD7A (ENSCJAG00000000774)	ENSCJAG00000054247	PHF14 (ENSCJAG00000000753)	NDUFA4 (ENSCJAG00000045950) #22	ENSCJAG00000084879	ENSCJAG00000072011	ENSCJAG00000054982	ENSCJAG00000055817	NXPH1 (ENSCJAG00000000746) ##24	ENSCJAG00000070029	ENSCJAG00000086236	ICA1 (ENSCJAG00000000720)	GLCCI1 (ENSCJAG00000047899) ##20	UMAD1 (ENSCJAG00000087186)	ENSCJAG00000083800	RPA3 (ENSCJAG00000085113)	MIOS (ENSCJAG00000000686)	COL28A1 (ENSCJAG00000000636)	C1GALT1 (ENSCJAG00000057327)
Marmoset	MODERN SPECIES		PES1 (ENSCJAG00000010617)	TCN2 (ENSCJAG00000010645)	SLC35E4 (ENSCJAG00000010663)	ENSCJAG00000039119	OSBP2 (ENSCJAG00000010679)	MORC2 (ENSCJAG00000010729)	TUG1 (ENSCJAG00000069916)	SMTN (ENSCJAG00000010736)	ENSCJAG00000061186	SELENOM (ENSCJAG00000010769)	INPP5J (ENSCJAG00000010779)	PLA2G3 (ENSCJAG00000010853)	RNF185 (ENSCJAG00000010869)	LIMK2 (ENSCJAG00000010908)	PIK3IP1 (ENSCJAG00000010973)	ENSCJAG00000080208 #22	PATZ1 (ENSCJAG00000010978)	DRG1 (ENSCJAG00000011009)	EIF4ENIF1 (ENSCJAG00000011034)	SFI1 (ENSCJAG00000011107)	PISD (ENSCJAG00000011154)	PRR14L (ENSCJAG00000011163)	DEPDC5 (ENSCJAG00000011169)	YWHAH (ENSCJAG00000055488)	SLC5A1 (ENSCJAG00000011369)	ENSCJAG00000004900	MLC1 (ENSCJAG00000003866)	SYN3 (ENSCJAG00000006266)	TIMP3 (ENSCJAG00000044183)	FBXO7 (ENSCJAG00000006238)	BPIFC (ENSCJAG00000006209)
Marmoset	MODERN SPECIES		ENSCJAG00000081668	TDRD3 (ENSCJAG00000003853)	ENSCJAG00000076988	PCDH20 (ENSCJAG00000016415)	ENSCJAG00000075877	ENSCJAG00000085595	ENSCJAG00000078229	ENSCJAG00000078739	PCDH9 (ENSCJAG00000016402)	ENSCJAG00000062136	ENSCJAG00000075923	ENSCJAG00000021951	ENSCJAG00000079366	KLHL1 (ENSCJAG00000016532)	ENSCJAG00000081793	ENSCJAG00000070122 #22	DACH1 (ENSCJAG00000021093)	ENSCJAG00000077790	ENSCJAG00000070126	ENSCJAG00000021107	MZT1 (ENSCJAG00000079180)	BORA (ENSCJAG00000021112)	DIS3 (ENSCJAG00000021117)	ENSCJAG00000074439	PIBF1 (ENSCJAG00000021133)	KLF5 (ENSCJAG00000021146)	KLF12 (ENSCJAG00000021151)	ENSCJAG00000079669	ENSCJAG00000054156	TBC1D4 (ENSCJAG00000021156)	COMMD6 (ENSCJAG00000040016)
Marmoset	MODERN SPECIES		SHANK3 (ENSCJAG00000018406)	ARSA (ENSCJAG00000003186)	MAPK8IP2 (ENSCJAG00000018368)	CHKB (ENSCJAG00000018358)	CPT1B (ENSCJAG00000018317)	SYCE3 (ENSCJAG00000041610)	KLHDC7B (ENSCJAG00000073214)	ODF3B (ENSCJAG00000019177)	TYMP (ENSCJAG00000037938)	SCO2 (ENSCJAG00000019173)	NCAPH2 (ENSCJAG00000019155)	LMF2 (ENSCJAG00000019135)	MIOX (ENSCJAG00000019118)	ENSCJAG00000041530	SBF1 (ENSCJAG00000019051)	NDUFA4 (ENSCJAG00000086289) #22	PPP6R2 (ENSCJAG00000019031)	DENND6B (ENSCJAG00000077008)	PLXNB2 (ENSCJAG00000003197)	MAPK11 (ENSCJAG00000078559)	MAPK12 (ENSCJAG00000003322)	HDAC10 (ENSCJAG00000003337)	TUBGCP6 (ENSCJAG00000003351)	SELENOO (ENSCJAG00000003360)	TRABD (ENSCJAG00000003384)	PANX2 (ENSCJAG00000003392)	ENSCJAG00000073587	MOV10L1 (ENSCJAG00000003399)	PIM3 (ENSCJAG00000044399)	CRELD2 (ENSCJAG00000016693)	ALG12 (ENSCJAG00000016677)
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	776	CRPPA (ENSANAG00000034796)	MEOX2 (ENSANAG00000026696)	AGMO (ENSANAG00000029663)	DGKB (ENSANAG00000033587)	ENSANAG00000022964	ETV1 (ENSANAG00000036115)	ENSANAG00000030559	ENSANAG00000029590	ENSANAG00000031522	SCIN (ENSANAG00000029754)	ENSANAG00000000032	VWDE (ENSANAG00000019499)	TMEM106B (ENSANAG00000018667)	THSD7A (ENSANAG00000022340)	PHF14 (ENSANAG00000037061)	ENSANAG00000038257 #22	NXPH1 (ENSANAG00000021516) ##24	ICA1 (ENSANAG00000037411)	GLCCI1 (ENSANAG00000022639) ##20	UMAD1 (ENSANAG00000035021)	RPA3 (ENSANAG00000021050)	MIOS (ENSANAG00000031901)	ENSANAG00000037952	COL28A1 (ENSANAG00000031546)	C1GALT1 (ENSANAG00000024885)	ENSANAG00000030964	TAC1 (ENSANAG00000020783)	SDHAF3 (ENSANAG00000037083)	DLX5 (ENSANAG00000024128)	ENSANAG00000021116	DLX6 (ENSANAG00000003767)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	473		ENSANAG00000033940	ENSANAG00000010174	ENSANAG00000020268	ENSANAG00000022173	ENSANAG00000037606	ENSANAG00000025878	TAB3 (ENSANAG00000014169)	ENSANAG00000027889	TASL (ENSANAG00000005937)	NR0B1 (ENSANAG00000030329)	IL1RAPL1 (ENSANAG00000030221)	ENSANAG00000033283	ENSANAG00000020287	DCAF8L1 (ENSANAG00000027940)	ENSANAG00000001214 #22	ENSANAG00000007375	ENSANAG00000037197	ENSANAG00000035782	ARX (ENSANAG00000030082)	POLA1 (ENSANAG00000031620)	PCYT1B (ENSANAG00000022820)	ENSANAG00000020726	PDK3 (ENSANAG00000019128)	ENSANAG00000004074	ZFX (ENSANAG00000027404)	EIF2S3 (ENSANAG00000032604)	KLHL15 (ENSANAG00000028322)	CXorf58 (ENSANAG00000024246)	APOO (ENSANAG00000030748)	SAT1 (ENSANAG00000015939)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160487	ENSGT00940000160541	ENSGT00510000046732.B	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000155521	ENSGT00390000002137	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000154507.h	ENSGT00390000014316.c.b	ENSGT00390000012721.a	ENSGT00950000183055.b.b	ENSGT00940000160557	ENSGT00940000157254	ENSGT00940000156385	ENSGT00980000200893	ENSGT00940000154268.f.i.a.b #22	ENSGT00390000009781	ENSGT00940000153168.C.a.a	ENSGT00940000156071	ENSGT00910000146907	ENSGT00950000182810.A.b	ENSGT00940000158849	ENSGT00940000160067	ENSGT00940000160864	ENSGT00390000012163	ENSGT00510000046929.b	ENSGT00940000160880	ENSGT00940000157770	ENSGT01030000234518.A.a.b	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000158185
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160487	ENSGT00940000160541	ENSGT00510000046732.B	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000155521	ENSGT00390000002137	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000154507.h	ENSGT00390000014316.c.b	ENSGT00390000012721.a	ENSGT00950000183055.b.b	ENSGT00940000160557	ENSGT00940000157254	ENSGT00940000156385	ENSGT00980000200893	ENSGT00940000154268.f.i.a.b #22	ENSGT00390000009781	ENSGT00940000153168.C.a.a	ENSGT00940000156071	ENSGT00910000146907	ENSGT00950000182810.A.b	ENSGT00940000158849	ENSGT00940000160067	ENSGT00940000160864	ENSGT00390000012163	ENSGT00510000046929.b	ENSGT00940000160880	ENSGT00940000157770	ENSGT01030000234518.A.a.b	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000158185
Marmoset	MODERN SPECIES	11	DELE1 (ENSCJAG00000018193)	PCDH12 (ENSCJAG00000043015)	RNF14 (ENSCJAG00000018220)	GNPDA1 (ENSCJAG00000018247)	ENSCJAG00000012264	NDFIP1 (ENSCJAG00000018271)	ENSCJAG00000062359	SPRY4 (ENSCJAG00000044286)	ENSCJAG00000075128	ARHGAP26 (ENSCJAG00000018315)	ENSCJAG00000046005	NR3C1 (ENSCJAG00000018337)	ENSCJAG00000086268	ENSCJAG00000085779	ENSCJAG00000084331	ENSCJAG00000082836 #22	YIPF5 (ENSCJAG00000021347)	KCTD16 (ENSCJAG00000021346)	ENSCJAG00000085996	ENSCJAG00000086865	ENSCJAG00000084165	GRXCR2 (ENSCJAG00000047925)	SH3RF2 (ENSCJAG00000021336)	PLAC8L1 (ENSCJAG00000021335)	LARS1 (ENSCJAG00000021314)	ENSCJAG00000080022	RBM27 (ENSCJAG00000021308)	POU4F3 (ENSCJAG00000081093)	ENSCJAG00000080213	TCERG1 (ENSCJAG00000021301)	GPR151 (ENSCJAG00000021711)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	966	DELE1 (ENSANAG00000025276)	PCDH12 (ENSANAG00000026229)	ENSANAG00000037813	ENSANAG00000021387	RNF14 (ENSANAG00000025736)	GNPDA1 (ENSANAG00000032432)	NDFIP1 (ENSANAG00000028423)	ENSANAG00000024141	SPRY4 (ENSANAG00000029641)	ENSANAG00000032884	ENSANAG00000037720	FGF1 (ENSANAG00000030014)	ENSANAG00000029175	NR3C1 (ENSANAG00000027316)	ENSANAG00000021549	ENSANAG00000020874 #22	YIPF5 (ENSANAG00000036994)	KCTD16 (ENSANAG00000026211)	ENSANAG00000037716	PRELID2 (ENSANAG00000037895)	GRXCR2 (ENSANAG00000029301)	SH3RF2 (ENSANAG00000037988)	PLAC8L1 (ENSANAG00000037249)	ENSANAG00000015519	LARS1 (ENSANAG00000014375)	RBM27 (ENSANAG00000034039)	ENSANAG00000029729	POU4F3 (ENSANAG00000037628)	TCERG1 (ENSANAG00000028973)	PPP2R2B (ENSANAG00000034965)	STK32A (ENSANAG00000026412)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f.i.b #22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f.i.b #22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f.i.b #22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	45	ST6GALNAC5 (ENSSBOG00000031638)	PIGK (ENSSBOG00000028435)	ENSSBOG00000031945	AK5 (ENSSBOG00000031653)	ENSSBOG00000022561	USP33 (ENSSBOG00000022851)	MIGA1 (ENSSBOG00000023052)	NEXN (ENSSBOG00000032826)	FUBP1 (ENSSBOG00000027299)	DNAJB4 (ENSSBOG00000029922)	GIPC2 (ENSSBOG00000026116)	PTGFR (ENSSBOG00000023342)	IFI44L (ENSSBOG00000005268)	IFI44 (ENSSBOG00000027429)	ADGRL4 (ENSSBOG00000023665)	ENSSBOG00000021965 #22	ENSSBOG00000035750	ADGRL2 (ENSSBOG00000032564)	TTLL7 (ENSSBOG00000022154)	PRKACB (ENSSBOG00000032735)	ENSSBOG00000026089	SAMD13 (ENSSBOG00000035540)	ENSSBOG00000023319	DNASE2B (ENSSBOG00000036044)	ENSSBOG00000029709	RPF1 (ENSSBOG00000020439)	ENSSBOG00000025678	SPATA1 (ENSSBOG00000032732)	CTBS (ENSSBOG00000029974)	SSX2IP (ENSSBOG00000030187)	LPAR3 (ENSSBOG00000022469)
Capuchin	MODERN SPECIES	3	MIGA1 (ENSCCAG00000036798)	NEXN (ENSCCAG00000037450)	ENSCCAG00000023340	FUBP1 (ENSCCAG00000036537)	DNAJB4 (ENSCCAG00000025488)	GIPC2 (ENSCCAG00000036013)	PTGFR (ENSCCAG00000032144)	IFI44L (ENSCCAG00000034830)	IFI44 (ENSCCAG00000025901)	ENSCCAG00000022401	ADGRL4 (ENSCCAG00000036750)	ENSCCAG00000020900	ENSCCAG00000009909	SERF1B (ENSCCAG00000016705)	ENSCCAG00000010507	ENSCCAG00000021648 #22	ENSCCAG00000028673	ENSCCAG00000011359	ADGRL2 (ENSCCAG00000022704)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f.j #22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f.j #22
Marmoset	MODERN SPECIES	78	LHFPL1 (ENSCJAG00000070219)	AMOT (ENSCJAG00000007004)	ENSCJAG00000023432	ENSCJAG00000066287	ENSCJAG00000076352	HTR2C (ENSCJAG00000006967)	IL13RA2 (ENSCJAG00000006949)	ENSCJAG00000070981	ENSCJAG00000001968	ENSCJAG00000077783	PLS3 (ENSCJAG00000001982)	AGTR2 (ENSCJAG00000002516)	SLC6A14 (ENSCJAG00000043509)	ENSCJAG00000002485	ENSCJAG00000074258	ENSCJAG00000078021 #22	ENSCJAG00000053773	ENSCJAG00000083115	KLHL13 (ENSCJAG00000002447)	WDR44 (ENSCJAG00000002408)	DOCK11 (ENSCJAG00000002281)	ENSCJAG00000064943	ENSCJAG00000086389	IL13RA1 (ENSCJAG00000040932)	ZCCHC12 (ENSCJAG00000039059)	LONRF3 (ENSCJAG00000005189)	ENSCJAG00000064726	KIAA1210 (ENSCJAG00000050075)	PGRMC1 (ENSCJAG00000044658)	SLC25A43 (ENSCJAG00000005140)	ENSCJAG00000073014
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00830000128380.q.a	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.a.b	ENSGT00850000133584	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.b	ENSGT00830000128380.q.a.a	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000153375.lb.pb.a	ENSGT00940000156923	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039
Cercopithecinae	DUPLICATION
Cercopithecinae	DUPLICATION
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.gb	ENSGT00940000159083	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.a.b.b	ENSGT00850000133584	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.b	ENSGT00830000128380.q.a.a	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000153375.lb.pb.a	ENSGT00940000156923	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	13	CRPPA (ENSCSAG00000013420)	MEOX2 (ENSCSAG00000013409)	AGMO (ENSCSAG00000013403)	ENSCSAG00000013389	DGKB (ENSCSAG00000013378)	ETV1 (ENSCSAG00000013365)	ENSCSAG00000019115	ENSCSAG00000019116	SCIN (ENSCSAG00000013357)	ENSCSAG00000019117	VWDE (ENSCSAG00000013340)	TMEM106B (ENSCSAG00000013296)	THSD7A (ENSCSAG00000013288)	PHF14 (ENSCSAG00000013274)	ENSCSAG00000019118	NDUFA4 (ENSCSAG00000013267) #22	NXPH1 (ENSCSAG00000019119) ##24	ICA1 (ENSCSAG00000013228)	GLCCI1 (ENSCSAG00000013152) ##20	UMAD1 (ENSCSAG00000013129)	RPA3 (ENSCSAG00000013124)	MIOS (ENSCSAG00000013106)	COL28A1 (ENSCSAG00000013070)	C1GALT1 (ENSCSAG00000013042)	ASNS (ENSCSAG00000013037)	TAC1 (ENSCSAG00000013031)	ENSCSAG00000013025	DLX5 (ENSCSAG00000013019)	DLX6 (ENSCSAG00000013014)	SEM1 (ENSCSAG00000013008)	ENSCSAG00000013000
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.gb	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.b	ENSGT00830000128380.q.a.a	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000153375.lb.pb.a	ENSGT00940000156923	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.fb.a.b	ENSGT00940000159083	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.a.b.b	ENSGT00850000133584	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.b	ENSGT00830000128380.q.a.a	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000153375.lb.pb.a	ENSGT00940000156923	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.fb.a.b	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.b	ENSGT00830000128380.q.a.a	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000153375.lb.pb.a	ENSGT00940000156923	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.k.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Drill	MODERN SPECIES	1052												THSD7A (ENSMLEG00000034480)	ENSMLEG00000033314	PHF14 (ENSMLEG00000036858)	ENSMLEG00000028385	NDUFA4 (ENSMLEG00000029948) #22	NXPH1 (ENSMLEG00000021421) ##24
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	147	MEOX2 (ENSCATG00000033530)	AGMO (ENSCATG00000033798)	DGKB (ENSCATG00000005426)	ETV1 (ENSCATG00000002351)	ENSCATG00000022471	SCIN (ENSCATG00000033590)	ENSCATG00000034921	ENSCATG00000030867	ENSCATG00000042909	VWDE (ENSCATG00000039197)	TMEM106B (ENSCATG00000039918)	THSD7A (ENSCATG00000032585)	ENSCATG00000038987	PHF14 (ENSCATG00000036768)	ENSCATG00000001922	NDUFA4 (ENSCATG00000030514) #22
Olive baboon	MODERN SPECIES	14	ENSPANG00000047565	ENSPANG00000042259	SCIN (ENSPANG00000023059)	ENSPANG00000039895	ENSPANG00000033761	ENSPANG00000040233	ENSPANG00000044677	VWDE (ENSPANG00000006249)	TMEM106B (ENSPANG00000020862)	ENSPANG00000049001	ENSPANG00000037720	ENSPANG00000044976	THSD7A (ENSPANG00000006922)	ENSPANG00000038105	PHF14 (ENSPANG00000007146)	ENSPANG00000030392 #22	ENSPANG00000049975	ENSPANG00000044896	ENSPANG00000049328	NXPH1 (ENSPANG00000010257) ##24	ICA1 (ENSPANG00000012997)	GLCCI1 (ENSPANG00000005680) ##20	UMAD1 (ENSPANG00000004767)	ENSPANG00000044583	RPA3 (ENSPANG00000050012)	MIOS (ENSPANG00000022010)	COL28A1 (ENSPANG00000022688)	C1GALT1 (ENSPANG00000003401)	ENSPANG00000045543	ASNS (ENSPANG00000020860)	TAC1 (ENSPANG00000005012)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.gb	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00390000005569.x.a.a.b	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.k.a #22	ENSGT00940000153095.g.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00510000046985.h.b.a.b
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	534	AGMO (ENSMNEG00000032983)	DGKB (ENSMNEG00000032853)	ETV1 (ENSMNEG00000032710)	ENSMNEG00000027845	SCIN (ENSMNEG00000041934)	ENSMNEG00000042009	ENSMNEG00000044560	ENSMNEG00000017088	ENSMNEG00000026112	VWDE (ENSMNEG00000026368)	TMEM106B (ENSMNEG00000030547)	THSD7A (ENSMNEG00000044846)	ENSMNEG00000033652	ENSMNEG00000041084	PHF14 (ENSMNEG00000031850)	ENSMNEG00000030955 #22	ENSMNEG00000029668	NXPH1 (ENSMNEG00000039744) ##24	ICA1 (ENSMNEG00000044278)	GLCCI1 (ENSMNEG00000040369) ##20	ENSMNEG00000032658	UMAD1 (ENSMNEG00000044071)	RPA3 (ENSMNEG00000044584)	MIOS (ENSMNEG00000036023)	COL28A1 (ENSMNEG00000035662)	C1GALT1 (ENSMNEG00000029681)	ENSMNEG00000031471	ASNS (ENSMNEG00000043217)	TAC1 (ENSMNEG00000040665)	ENSMNEG00000030799	ENSMNEG00000031425
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546.gb	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.b.a.b.a.b	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00390000005569.x.a.a.b	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.k.a #22	ENSGT00940000153095.g.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000008610.a.b.a.b	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Rhesus	MODERN SPECIES	13	DGKB (ENSMMUG00000020418)	ENSMMUG00000054636	ENSMMUG00000008632	ETV1 (ENSMMUG00000039167)	ARL4A (ENSMMUG00000010846)	SCIN (ENSMMUG00000000880)	ENSMMUG00000055790	ENSMMUG00000047410	ENSMMUG00000022130	VWDE (ENSMMUG00000030278)	TMEM106B (ENSMMUG00000005159)	ENSMMUG00000050638	THSD7A (ENSMMUG00000012694)	ENSMMUG00000063606	PHF14 (ENSMMUG00000020895)	NDUFA4 (ENSMMUG00000020894) #22	ENSMMUG00000053010	NXPH1 (ENSMMUG00000009711) ##24	ICA1 (ENSMMUG00000005435)	GLCCI1 (ENSMMUG00000045449) ##20	UMAD1 (ENSMMUG00000042110)	RPA3 (ENSMMUG00000000854)	MIOS (ENSMMUG00000000853)	COL28A1 (ENSMMUG00000040123)	C1GALT1 (ENSMMUG00000054913)	ASNS (ENSMMUG00000019157)	TAC1 (ENSMMUG00000014823)	SDHAF3 (ENSMMUG00000014920)	DLX5 (ENSMMUG00000054481)	DLX6 (ENSMMUG00000049169)	ENSMMUG00000055860
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	13	ENSMFAG00000042596	ENSMFAG00000051485	SCIN (ENSMFAG00000028723)	ENSMFAG00000036671	ENSMFAG00000034889	ENSMFAG00000061167	ENSMFAG00000001668	VWDE (ENSMFAG00000040971)	TMEM106B (ENSMFAG00000037023)	ENSMFAG00000056213	THSD7A (ENSMFAG00000042978)	ENSMFAG00000063959	PHF14 (ENSMFAG00000002668)	ENSMFAG00000061241	ENSMFAG00000052316	NDUFA4 (ENSMFAG00000043193) #22	ENSMFAG00000057376	ENSMFAG00000053842	ENSMFAG00000050405	ENSMFAG00000040646	NXPH1 (ENSMFAG00000032515) ##24	ICA1 (ENSMFAG00000046093)	GLCCI1 (ENSMFAG00000038435) ##20	UMAD1 (ENSMFAG00000052878)	ENSMFAG00000042056	MIOS (ENSMFAG00000034560)	COL28A1 (ENSMFAG00000000186)	ENSMFAG00000053535	C1GALT1 (ENSMFAG00000031532)	ENSMFAG00000055818	ASNS (ENSMFAG00000041092)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f.k.b #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183152.B.c.a.fe.b	ENSGT00910000147536	ENSGT00950000182810.B.a.x.a.b	ENSGT00420000029820	ENSGT00940000154409.d	ENSGT00390000018465.f	ENSGT00940000153700.kb.b	ENSGT00860000136167	ENSGT00940000155643	ENSGT00940000153380.C	ENSGT00940000159180	ENSGT00440000037341.b.a.k	ENSGT00940000158910	ENSGT00530000065235	ENSGT00940000155832	ENSGT00940000154268.f.k.b #22	ENSGT00390000013879	ENSGT00950000182998.B	ENSGT00940000156798	ENSGT00390000008496.db.a	ENSGT00390000017896	ENSGT00940000158912	ENSGT00940000156528	ENSGT00940000163025.a	ENSGT00940000159326	ENSGT00390000005766	ENSGT00530000063950.a.a	ENSGT00840000132153	ENSGT00940000159551	ENSGT00940000165919.d	ENSGT00390000010376
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154349.m.a.d	ENSGT00950000183152.B.c.a.fe.b	ENSGT00910000147536	ENSGT00950000182810.B.a.x.a.b	ENSGT00420000029820	ENSGT00390000018465.f	ENSGT00940000153700.kb.b	ENSGT00860000136167	ENSGT00940000155643	ENSGT00940000153380.C	ENSGT00940000159180	ENSGT00440000037341.b.a.k	ENSGT00940000158910	ENSGT00530000065235	ENSGT00940000155832	ENSGT00940000154268.f.k.b #22	ENSGT00390000013879	ENSGT00950000182998.B	ENSGT00940000156798	ENSGT00390000008496.db.a	ENSGT00390000017896	ENSGT00940000158912	ENSGT00940000156528	ENSGT00940000163025.a	ENSGT00940000159326	ENSGT00390000005766	ENSGT00530000063950.a.a	ENSGT00840000132153	ENSGT00940000159551	ENSGT00390000010376	ENSGT00940000158100
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	77	ENSMNEG00000024678	ENSMNEG00000022204	DPH6 (ENSMNEG00000034223)	ENSMNEG00000022153	ENSMNEG00000037799	CDIN1 (ENSMNEG00000039269)	ENSMNEG00000032606	ENSMNEG00000009122	MEIS2 (ENSMNEG00000029349)	TMCO5A (ENSMNEG00000035220)	SPRED1 (ENSMNEG00000035881)	FAM98B (ENSMNEG00000023526)	RASGRP1 (ENSMNEG00000033029)	ENSMNEG00000034537	THBS1 (ENSMNEG00000042520)	ENSMNEG00000043817 #22	FSIP1 (ENSMNEG00000032009)	GPR176 (ENSMNEG00000043795)	EIF2AK4 (ENSMNEG00000022967)	SRP14 (ENSMNEG00000031339)	BMF (ENSMNEG00000027714)	BUB1B (ENSMNEG00000002963)	PAK6 (ENSMNEG00000045071)	ANKRD63 (ENSMNEG00000008224)	PLCB2 (ENSMNEG00000028423)	INAFM2 (ENSMNEG00000011190)	CCDC9B (ENSMNEG00000024163)	PHGR1 (ENSMNEG00000031788)	DISP2 (ENSMNEG00000020466)	KNSTRN (ENSMNEG00000041049)	ENSMNEG00000015270
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00950000183152.B.c.a.fe.b	ENSGT00910000147536	ENSGT00950000182810.B.a.x.a.b	ENSGT00420000029820	ENSGT00940000154409.d	ENSGT00390000018465.f	ENSGT00940000153700.kb.b	ENSGT00860000136167	ENSGT00940000155643	ENSGT00940000153380.C	ENSGT00940000159180	ENSGT00440000037341.b.a.k	ENSGT00940000158910	ENSGT00530000065235	ENSGT00940000155832	ENSGT00940000154268.f.k.b #22	ENSGT00390000013879	ENSGT00950000182998.B	ENSGT00940000156798	ENSGT00390000008496.db.a	ENSGT00390000017896	ENSGT00940000158912	ENSGT00940000156528	ENSGT00940000163025.a	ENSGT00940000159326	ENSGT00390000005766	ENSGT00530000063950.a.a	ENSGT00840000132153	ENSGT00940000159551	ENSGT00940000165919.d	ENSGT00390000010376
Olive baboon	MODERN SPECIES	17	ACTC1 (ENSPANG00000019679)	AQR (ENSPANG00000019671)	ZNF770 (ENSPANG00000025699)	ENSPANG00000049704	DPH6 (ENSPANG00000019657)	ENSPANG00000033330	CDIN1 (ENSPANG00000019620)	ENSPANG00000019597	ENSPANG00000030111	MEIS2 (ENSPANG00000019600)	TMCO5A (ENSPANG00000019603)	SPRED1 (ENSPANG00000037287)	FAM98B (ENSPANG00000019500)	RASGRP1 (ENSPANG00000019501)	THBS1 (ENSPANG00000019502)	ENSPANG00000003483 #22	FSIP1 (ENSPANG00000019504)	GPR176 (ENSPANG00000019506)	ENSPANG00000038318	EIF2AK4 (ENSPANG00000019508)	SRP14 (ENSPANG00000019490)	BMF (ENSPANG00000019492)	BUB1B (ENSPANG00000019488)	PAK6 (ENSPANG00000019484)	ANKRD63 (ENSPANG00000011548)	PLCB2 (ENSPANG00000019485)	INAFM2 (ENSPANG00000030543)	CCDC9B (ENSPANG00000019420)	DISP2 (ENSPANG00000019421)	ENSPANG00000029430	KNSTRN (ENSPANG00000019422)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000166268	ENSGT00940000156288	ENSGT00390000016991	ENSGT00390000018781	ENSGT00390000003225	ENSGT00390000013108	ENSGT00940000156386	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156068	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160656	ENSGT00940000159784	ENSGT00390000004029	ENSGT00390000013467	ENSGT00950000182974.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.l #22	ENSGT00730000111200.y	ENSGT00940000156067	ENSGT00940000154875.k.b	ENSGT00940000158076	ENSGT00440000037499.m	ENSGT00950000182869.e.a.b.tb	ENSGT00940000159831	ENSGT00390000012652.ab.b	ENSGT00550000074618.a.a	ENSGT00940000161317	ENSGT00940000156580	ENSGT00940000157177.j	ENSGT00940000158570	ENSGT00940000160154	ENSGT00950000182924.B.a.b
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000166268	ENSGT00940000156288	ENSGT00390000016991	ENSGT00390000018781	ENSGT00390000003225	ENSGT00390000013108	ENSGT00940000156386	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156068	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160656	ENSGT00940000159784	ENSGT00390000004029	ENSGT00390000013467	ENSGT00950000182974.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.l #22	ENSGT00730000111200.y	ENSGT00940000156067	ENSGT00940000154875.k.b	ENSGT00940000158076	ENSGT00440000037499.m	ENSGT00950000182869.e.a.b.tb	ENSGT00940000159831	ENSGT00390000012652.ab.b	ENSGT00550000074618.a.a	ENSGT00940000161317	ENSGT00940000156580	ENSGT00940000157177.j	ENSGT00940000158570	ENSGT00940000160154	ENSGT00950000182924.B.a.b
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000166958	ENSGT00940000156288	ENSGT00390000016991	ENSGT00390000018781	ENSGT00390000003225	ENSGT00390000013108	ENSGT00940000156386	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156068	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160656	ENSGT00940000159784	ENSGT00390000004029	ENSGT00390000013467	ENSGT00950000182974.a.a.b	ENSGT00940000154268.f.l #22	ENSGT00730000111200.y	ENSGT00940000156067	ENSGT00940000154875.k.b	ENSGT00940000158076	ENSGT00440000037499.m	ENSGT00950000182869.e.a.b.sb.a	ENSGT00940000159831	ENSGT00390000012652.ab.b	ENSGT00550000074618.a.a	ENSGT00940000161317	ENSGT00940000156580	ENSGT00940000157177.j	ENSGT00940000158570	ENSGT00940000160154	ENSGT00950000182924.B.a.b
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	15	IRF1 (ENSPANG00000014875)	IL5 (ENSPANG00000018674)	RAD50 (ENSPANG00000003668)	IL13 (ENSPANG00000005704)	IL4 (ENSPANG00000004677)	KIF3A (ENSPANG00000003996)	CCNI2 (ENSPANG00000009548)	SEPTIN8 (ENSPANG00000010836)	SOWAHA (ENSPANG00000007085)	SHROOM1 (ENSPANG00000010941)	GDF9 (ENSPANG00000004785)	ENSPANG00000032662	LEAP2 (ENSPANG00000003279)	AFF4 (ENSPANG00000007039)	ZCCHC10 (ENSPANG00000003667)	ENSPANG00000050065 #22	HSPA4 (ENSPANG00000020837)	ENSPANG00000042341	FSTL4 (ENSPANG00000003666)	ENSPANG00000047174	C5orf15 (ENSPANG00000006159)	VDAC1 (ENSPANG00000006997)	TCF7 (ENSPANG00000025085)	SKP1 (ENSPANG00000008618)	PPP2CA (ENSPANG00000010835)	CDKL3 (ENSPANG00000010940)	UBE2B (ENSPANG00000010163)	CDKN2AIPNL (ENSPANG00000008879)	JADE2 (ENSPANG00000003278)	ENSPANG00000051335	ENSPANG00000041180
Olive baboon	MODERN SPECIES	2	ENSPANG00000045774	ENSPANG00000040536	VIM (ENSPANG00000008760)	TRDMT1 (ENSPANG00000024541)	CUBN (ENSPANG00000006876)	RSU1 (ENSPANG00000023150)	PTER (ENSPANG00000023147)	C1QL3 (ENSPANG00000023149)	ENSPANG00000037380	ENSPANG00000037265	ENSPANG00000045077	MINDY3 (ENSPANG00000023144)	ENSPANG00000042984	ITGA8 (ENSPANG00000023187)	FAM171A1 (ENSPANG00000023183) ##11	ENSPANG00000040355 #22	NMT2 (ENSPANG00000023274)	ENSPANG00000043806	RPP38 (ENSPANG00000050774)	ACBD7 (ENSPANG00000045704)	OLAH (ENSPANG00000023281)	MEIG1 (ENSPANG00000023279)	DCLRE1C (ENSPANG00000023291)	SUV39H2 (ENSPANG00000023298)	MSANTD7 (ENSPANG00000023296)	CDNF (ENSPANG00000023295)	FAM107B (ENSPANG00000023294)	ENSPANG00000044010	FRMD4A (ENSPANG00000023342)	ENSPANG00000023341	PRPF18 (ENSPANG00000023346)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	712												ENSGT00940000155427	ENSGT00940000153375.lb.pb.a	ENSGT00940000156923	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154268.f #22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1313												THSD7A (ENSRBIG00000023438)	ENSRBIG00000039625	PHF14 (ENSRBIG00000040397)	ENSRBIG00000014377	NDUFA4 (ENSRBIG00000028073) #22
Golden snub-nosed monkey	DUPLICATION
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2926													THSD7A (ENSRROG00000034787)	ENSRROG00000041240	PHF14 (ENSRROG00000035425)	NDUFA4 (ENSRROG00000034438) #22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	854	ENSRROG00000030714	IRF1 (ENSRROG00000041744)	IL5 (ENSRROG00000025726)	RAD50 (ENSRROG00000038469)	IL13 (ENSRROG00000038522)	IL4 (ENSRROG00000042664)	KIF3A (ENSRROG00000031372)	CCNI2 (ENSRROG00000037110)	SEPTIN8 (ENSRROG00000032709)	SOWAHA (ENSRROG00000021650)	SHROOM1 (ENSRROG00000029747)	GDF9 (ENSRROG00000034493)	UQCRQ (ENSRROG00000035832)	LEAP2 (ENSRROG00000042130)	AFF4 (ENSRROG00000033812)	ENSRROG00000032317 #22	ENSRROG00000034804	ENSRROG00000022780	HSPA4 (ENSRROG00000038754)	ENSRROG00000030119	FSTL4 (ENSRROG00000042283)	C5orf15 (ENSRROG00000039514)	VDAC1 (ENSRROG00000025787)	TCF7 (ENSRROG00000042564)	ENSRROG00000044330	PPP2CA (ENSRROG00000036242)	CDKL3 (ENSRROG00000036347)	UBE2B (ENSRROG00000041544)	ENSRROG00000012329	JADE2 (ENSRROG00000032987)	SAR1B (ENSRROG00000028843)
Hominoidea	DUPLICATION
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00830000128380.q.a	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f.o #22	ENSGT00940000154268.f.p.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029.u	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT00390000001994.u	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f.o #22	ENSGT00940000154268.f.p.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029.u	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00390000001994.u	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
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Human	MODERN SPECIES	19	ANKMY2 (ENSG00000106524)	LRRC72 (ENSG00000205858)	SOSTDC1 (ENSG00000171243)	CRPPA (ENSG00000214960)	MEOX2 (ENSG00000106511)	AGMO (ENSG00000187546)	DGKB (ENSG00000136267)	ETV1 (ENSG00000006468)	ARL4A (ENSG00000122644)	SCIN (ENSG00000006747)	ENSG00000226690	VWDE (ENSG00000146530)	TMEM106B (ENSG00000106460)	THSD7A (ENSG00000005108)	PHF14 (ENSG00000106443)	NDUFA4 (ENSG00000189043) #22	NXPH1 (ENSG00000122584) ##24	ICA1 (ENSG00000003147)	GLCCI1 (ENSG00000106415) ##20	UMAD1 (ENSG00000219545)	RPA3 (ENSG00000106399)	MIOS (ENSG00000164654)	COL28A1 (ENSG00000215018)	C1GALT1 (ENSG00000106392)	CCZ1B (ENSG00000146574)	RSPH10B2 (ENSG00000169402)	ZNF12 (ENSG00000164631)	ZNF316 (ENSG00000205903)	ZNF853 (ENSG00000236609)	INTS15 (ENSG00000146576)	ZDHHC4 (ENSG00000136247)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f.o #22	ENSGT00950000183206.b.c.a.b.a.b.c.b	ENSGT00940000162399.d	ENSGT00950000182883.a.b.a.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029.u	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00760000119441.b	ENSGT01060000248928.A.b
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Gorilla	MODERN SPECIES	20	CRPPA (ENSGGOG00000039817)	ENSGGOG00000025024	MEOX2 (ENSGGOG00000006252)	AGMO (ENSGGOG00000007049)	DGKB (ENSGGOG00000013766)	ETV1 (ENSGGOG00000005918)	ENSGGOG00000044019	ENSGGOG00000039058	SCIN (ENSGGOG00000015597)	ENSGGOG00000036373	VWDE (ENSGGOG00000006434)	TMEM106B (ENSGGOG00000040053)	ENSGGOG00000036858	THSD7A (ENSGGOG00000008011)	PHF14 (ENSGGOG00000006206)	NDUFA4 (ENSGGOG00000001437) #22	ENSGGOG00000041547	NXPH1 (ENSGGOG00000012360) ##24	ICA1 (ENSGGOG00000007090)	ENSGGOG00000011819 ##20	ENSGGOG00000024483	UMAD1 (ENSGGOG00000008291)	RPA3 (ENSGGOG00000022464)	MIOS (ENSGGOG00000000652)	COL28A1 (ENSGGOG00000010238)	C1GALT1 (ENSGGOG00000036533)	ENSGGOG00000037468	ENSGGOG00000036515	ENSGGOG00000002464	ENSGGOG00000043211	ENSGGOG00000036794
Hominoidea	DUPLICATION
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Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f.o #22	ENSGT00940000154268.f.p.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00940000155405.kb	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029.u	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000.u	ENSGT00390000001994.u	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Orangutan	MODERN SPECIES	20	ANKMY2 (ENSPPYG00000017764)	LRRC72 (ENSPPYG00000035210)	SOSTDC1 (ENSPPYG00000017767)	CRPPA (ENSPPYG00000017768)	MEOX2 (ENSPPYG00000017769)	AGMO (ENSPPYG00000017770)	DGKB (ENSPPYG00000017771)	ETV1 (ENSPPYG00000017772)	ENSPPYG00000025824	SCIN (ENSPPYG00000017773)	ENSPPYG00000035665	VWDE (ENSPPYG00000017776)	TMEM106B (ENSPPYG00000017777)	THSD7A (ENSPPYG00000017778)	PHF14 (ENSPPYG00000017779)	ENSPPYG00000030557 #22	NXPH1 (ENSPPYG00000017782) ##24	ICA1 (ENSPPYG00000017783)	GLCCI1 (ENSPPYG00000017784) ##20	UMAD1 (ENSPPYG00000029638)	RPA3 (ENSPPYG00000030236)	MIOS (ENSPPYG00000017788)	COL28A1 (ENSPPYG00000017789)	C1GALT1 (ENSPPYG00000030593)	ASNS (ENSPPYG00000017790)	TAC1 (ENSPPYG00000017791)	SDHAF3 (ENSPPYG00000017792)	DLX5 (ENSPPYG00000017793)	DLX6 (ENSPPYG00000017794)	ENSPPYG00000017795	ENSPPYG00000017796
Gibbon	MODERN SPECIES	1	SOSTDC1 (ENSNLEG00000016384)	ENSNLEG00000031958	CRPPA (ENSNLEG00000016377)	MEOX2 (ENSNLEG00000016373)	AGMO (ENSNLEG00000016359)	DGKB (ENSNLEG00000016331)	ETV1 (ENSNLEG00000016296)	ARL4A (ENSNLEG00000016295)	SCIN (ENSNLEG00000016265)	ENSNLEG00000035206	ENSNLEG00000028754	VWDE (ENSNLEG00000016235)	TMEM106B (ENSNLEG00000016225)	THSD7A (ENSNLEG00000016197)	PHF14 (ENSNLEG00000016184)	ENSNLEG00000033241 #22	ENSNLEG00000032207	NXPH1 (ENSNLEG00000016182) ##24	ICA1 (ENSNLEG00000016162)	ENSNLEG00000016158 ##20	ENSNLEG00000035067	UMAD1 (ENSNLEG00000016155)	RPA3 (ENSNLEG00000033298)	MIOS (ENSNLEG00000016134)	COL28A1 (ENSNLEG00000016093)	C1GALT1 (ENSNLEG00000016087)	ENSNLEG00000033587	ASNS (ENSNLEG00000016044)	TAC1 (ENSNLEG00000016015)	SDHAF3 (ENSNLEG00000016014)	ENSNLEG00000016010
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155899	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000156511	ENSGT00940000158820	ENSGT00940000159571	ENSGT00390000010568	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00940000156998	ENSGT00940000170640	ENSGT00940000154535.D	ENSGT00530000063786.a.n	ENSGT00940000154802.i	ENSGT00940000154802.j.b	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b	ENSGT00940000154268.f.p.b #22	ENSGT00940000155252	ENSGT00940000158786	ENSGT00420000029746.e.a.a.b	ENSGT00940000164117	ENSGT00940000156132	ENSGT00390000004798	ENSGT01100000263606	ENSGT00390000004674	ENSGT00940000157607	ENSGT00940000154254.b	ENSGT00940000161257	ENSGT00390000016611	ENSGT00940000155561	ENSGT00390000012981	ENSGT00940000162196
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155899	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000156511	ENSGT00940000158820	ENSGT00940000159571	ENSGT00390000010568	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00940000156998	ENSGT00940000154535.D	ENSGT00530000063786.a.n	ENSGT00940000154802.i	ENSGT00940000154802.j.a	ENSGT00940000154802.j.b	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b	ENSGT00940000154268.f.p.b #22	ENSGT00940000155252	ENSGT00940000158786	ENSGT00420000029746.e.a.a.b	ENSGT00940000164117	ENSGT00940000156132	ENSGT00390000004798	ENSGT01100000263606	ENSGT00390000004674	ENSGT00940000157607	ENSGT00940000154254.b	ENSGT00940000161257	ENSGT00390000016611	ENSGT00940000155561	ENSGT00390000012981	ENSGT00940000162196
Orangutan	MODERN SPECIES		CDC14A (ENSPPYG00000001114)	GPR88 (ENSPPYG00000033742)	ENSPPYG00000039010	VCAM1 (ENSPPYG00000001112)	EXTL2 (ENSPPYG00000001111)	SLC30A7 (ENSPPYG00000001109)	DPH5 (ENSPPYG00000001107)	S1PR1 (ENSPPYG00000001106)	OLFM3 (ENSPPYG00000001104)	COL11A1 (ENSPPYG00000001103)	RNPC3 (ENSPPYG00000001102)	AMY2B (ENSPPYG00000040910)	ENSPPYG00000032266	ENSPPYG00000037333	NTNG1 (ENSPPYG00000001100)	ENSPPYG00000001099 #22	VAV3 (ENSPPYG00000001098)	SLC25A24 (ENSPPYG00000001097)	ENSPPYG00000001096	ENSPPYG00000035937	EEIG2 (ENSPPYG00000001094)	HENMT1 (ENSPPYG00000001093)	FNDC7 (ENSPPYG00000001091)	STXBP3 (ENSPPYG00000001090)	AKNAD1 (ENSPPYG00000001089)	GPSM2 (ENSPPYG00000001087)	CLCC1 (ENSPPYG00000001086)	WDR47 (ENSPPYG00000001085)	ENSPPYG00000033198	TAF13 (ENSPPYG00000001084)	TMEM167B (ENSPPYG00000039113)
Gibbon	MODERN SPECIES	2	ENSNLEG00000033226	VCAM1 (ENSNLEG00000011881)	EXTL2 (ENSNLEG00000011908)	SLC30A7 (ENSNLEG00000027129)	DPH5 (ENSNLEG00000011940)	S1PR1 (ENSNLEG00000028300)	ENSNLEG00000030537	OLFM3 (ENSNLEG00000011986)	COL11A1 (ENSNLEG00000012002)	RNPC3 (ENSNLEG00000012013)	ENSNLEG00000015516	ENSNLEG00000029283	ENSNLEG00000029306	PRMT6 (ENSNLEG00000032446)	NTNG1 (ENSNLEG00000035165)	ENSNLEG00000001244 #22	VAV3 (ENSNLEG00000001245)	SLC25A24 (ENSNLEG00000001473)	EEIG2 (ENSNLEG00000001561)	HENMT1 (ENSNLEG00000001592)	PRPF38B (ENSNLEG00000001645)	FNDC7 (ENSNLEG00000001701)	STXBP3 (ENSNLEG00000001729)	AKNAD1 (ENSNLEG00000001967)	GPSM2 (ENSNLEG00000002053)	CLCC1 (ENSNLEG00000002166)	WDR47 (ENSNLEG00000002226)	ENSNLEG00000002350	ELAPOR1 (ENSNLEG00000002358)	SARS1 (ENSNLEG00000002430)	CELSR2 (ENSNLEG00000002653)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Mouse lemur	MODERN SPECIES	2	ENSMICG00000036491	SOSTDC1 (ENSMICG00000015715)	CRPPA (ENSMICG00000047544)	MEOX2 (ENSMICG00000033516)	AGMO (ENSMICG00000033056)	DGKB (ENSMICG00000006113)	ETV1 (ENSMICG00000006101)	ARL4A (ENSMICG00000044178)	ENSMICG00000029946	SCIN (ENSMICG00000029127)	ENSMICG00000039717	VWDE (ENSMICG00000011837)	TMEM106B (ENSMICG00000011835)	THSD7A (ENSMICG00000014021)	PHF14 (ENSMICG00000014004)	ENSMICG00000013999 #22	ENSMICG00000047415	NXPH1 (ENSMICG00000017518) ##24	ICA1 (ENSMICG00000017517)	GLCCI1 (ENSMICG00000017516) ##20	UMAD1 (ENSMICG00000035355)	RPA3 (ENSMICG00000000741)	MIOS (ENSMICG00000017738)	COL28A1 (ENSMICG00000032566)	C1GALT1 (ENSMICG00000011894)	ASNS (ENSMICG00000016357)	TAC1 (ENSMICG00000033534)	ENSMICG00000028247	ENSMICG00000036645	DLX5 (ENSMICG00000035433)	ENSMICG00000047116
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	109	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	322							ENSPCOG00000013149	ENSPCOG00000015179	ENSPCOG00000013395	TMEM225 (ENSPCOG00000025543)	ZNF202 (ENSPCOG00000021665)	ENSPCOG00000005658	ENSPCOG00000003859	SCN3B (ENSPCOG00000021142)	GRAMD1B (ENSPCOG00000017678)	ENSPCOG00000009328 #22	CLMP (ENSPCOG00000024309)	ENSPCOG00000015088	BSX (ENSPCOG00000018472)	JHY (ENSPCOG00000022404)	CRTAM (ENSPCOG00000026180)	UBASH3B (ENSPCOG00000018026)	SORL1 (ENSPCOG00000007331)	SC5D (ENSPCOG00000022863)	TECTA (ENSPCOG00000015732)	TBCEL (ENSPCOG00000027242)	GRIK4 (ENSPCOG00000027128)	ARHGEF12 (ENSPCOG00000001476)	TLCD5 (ENSPCOG00000027456)	POU2F3 (ENSPCOG00000009066)	OAF (ENSPCOG00000020839)
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	678	ADIPOR2 (ENSPSMG00000018810)	LRTM2 (ENSPSMG00000018806)	CACNA2D4 (ENSPSMG00000018786)	DCP1B (ENSPSMG00000018718)	CACNA1C (ENSPSMG00000016852)	IL17RA (ENSPSMG00000015196)	ENSPSMG00000015186	HDHD5 (ENSPSMG00000015170)	ADA2 (ENSPSMG00000015137)	CECR2 (ENSPSMG00000015103)	SLC25A18 (ENSPSMG00000015059)	ATP6V1E1 (ENSPSMG00000015022)	BCL2L13 (ENSPSMG00000014956)	BID (ENSPSMG00000014892)	MICAL3 (ENSPSMG00000014856)	ENSPSMG00000014749 #22	TUBA8 (ENSPSMG00000014571)	USP18 (ENSPSMG00000014398)	ENSPSMG00000014387	FKBP4 (ENSPSMG00000014379)	ITFG2 (ENSPSMG00000014367)	ENSPSMG00000014320	TEX52 (ENSPSMG00000014317)	FOXM1 (ENSPSMG00000014271)	ENSPSMG00000014175	TULP3 (ENSPSMG00000014167)	TEAD4 (ENSPSMG00000014109)	TSPAN9 (ENSPSMG00000013998)	TSPAN11 (ENSPSMG00000013981)	PRMT8 (ENSPSMG00000013857)	CRACR2A (ENSPSMG00000013766)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1441														THSD7A (ENSPSMG00000009805)	PHF14 (ENSPSMG00000009855)	ENSPSMG00000009872 #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	2346															ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22
Common shrew	MODERN SPECIES	6219															PHF14 (ENSSARG00000011130)	NDUFA4 (ENSSARG00000011125) #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Suina	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236.a.b	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Pig	MODERN SPECIES	17	SOSTDC1 (ENSSSCG00000021126)	ENSSSCG00000032864	CRPPA (ENSSSCG00000015358)	MEOX2 (ENSSSCG00000015357)	ENSSSCG00000043100	AGMO (ENSSSCG00000015356)	DGKB (ENSSSCG00000015355)	ETV1 (ENSSSCG00000024591)	ARL4A (ENSSSCG00000032709)	SCIN (ENSSSCG00000015353)	ENSSSCG00000049585	VWDE (ENSSSCG00000022543)	TMEM106B (ENSSSCG00000032740)	THSD7A (ENSSSCG00000015350)	PHF14 (ENSSSCG00000026722)	NDUFA4 (ENSSSCG00000024313) #22	ENSSSCG00000051543	NXPH1 (ENSSSCG00000037207) ##24	ICA1 (ENSSSCG00000015346)	GLCCI1 (ENSSSCG00000015345) ##20	UMAD1 (ENSSSCG00000036169)	RPA3 (ENSSSCG00000023886)	MIOS (ENSSSCG00000015343)	COL28A1 (ENSSSCG00000015342)	ENSSSCG00000049770	ENSSSCG00000038187	ASNS (ENSSSCG00000015340)	TAC1 (ENSSSCG00000023592)	ENSSSCG00000057777	ENSSSCG00000023850	DLX5 (ENSSSCG00000038838)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	101															PHF14 (ENSCWAG00000003543)	NDUFA4 (ENSCWAG00000003561) #22	ENSCWAG00000003568	NXPH1 (ENSCWAG00000003572) ##24	ICA1 (ENSCWAG00000003594)	GLCCI1 (ENSCWAG00000003628) ##20	UMAD1 (ENSCWAG00000003639)	RPA3 (ENSCWAG00000003646)	MIOS (ENSCWAG00000003656)	COL28A1 (ENSCWAG00000003705)	C1GALT1 (ENSCWAG00000003792)	ASNS (ENSCWAG00000003824)	TAC1 (ENSCWAG00000003905)	ENSCWAG00000004034	ENSCWAG00000004069	DLX5 (ENSCWAG00000004090)	DLX6 (ENSCWAG00000004117)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00950000183014.f.a.h.v	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029.a	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000163409
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	20	LRRC72 (ENSOARG00020002072)	SOSTDC1 (ENSOARG00020002050)	MEOX2 (ENSOARG00020001990)	AGMO (ENSOARG00020001908)	ENSOARG00020001861	ENSOARG00020001821	ENSOARG00020001805	ETV1 (ENSOARG00020001782)	ARL4A (ENSOARG00020001774)	SCIN (ENSOARG00020001751)	ENSOARG00020001736	ENSOARG00020001715	TMEM106B (ENSOARG00020001680)	THSD7A (ENSOARG00020001568)	PHF14 (ENSOARG00020001319)	NDUFA4 (ENSOARG00020001248) #22	ENSOARG00020001210	NXPH1 (ENSOARG00020001196) ##24	ENSOARG00020001186	ICA1 (ENSOARG00020001005)	GLCCI1 (ENSOARG00020000930) ##20	UMAD1 (ENSOARG00020000913)	ENSOARG00020000903	MIOS (ENSOARG00020000878)	COL28A1 (ENSOARG00020000523)	C1GALT1 (ENSOARG00020000380)	ASNS (ENSOARG00020000318)	TAC1 (ENSOARG00020000198)	SDHAF3 (ENSOARG00020000120)	DLX5 (ENSOARG00020021833)	DLX6 (ENSOARG00020021810)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000163409	ENSGT00940000159344
Alpaca	MODERN SPECIES	2557															PHF14 (ENSVPAG00000010005)	NDUFA4 (ENSVPAG00000010003) #22
Arabian camel	DUPLICATION
Arabian camel	MODERN SPECIES	31	ENSCDRG00005004921	SLC38A11 (ENSCDRG00005004992)	SCN3A (ENSCDRG00005005187)	SCN2A (ENSCDRG00005005280)	CSRNP3 (ENSCDRG00005005352)	GALNT3 (ENSCDRG00005005405)	TTC21B (ENSCDRG00005005476)	SCN1A (ENSCDRG00005005683)	SCN9A (ENSCDRG00005005799)	SCN7A (ENSCDRG00005005949)	XIRP2 (ENSCDRG00005006018)	ENSCDRG00005006448	B3GALT1 (ENSCDRG00005006502)	STK39 (ENSCDRG00005006583)	CERS6 (ENSCDRG00005008362)	ENSCDRG00005008467 #22	NOSTRIN (ENSCDRG00005008531)	SPC25 (ENSCDRG00005008810)	G6PC2 (ENSCDRG00005008892)	ABCB11 (ENSCDRG00005009134)	ENSCDRG00005009463	DHRS9 (ENSCDRG00005009499)	LRP2 (ENSCDRG00005009576)	BBS5 (ENSCDRG00005009994)	KLHL41 (ENSCDRG00005010163)	FASTKD1 (ENSCDRG00005010233)	ENSCDRG00005010602	PPIG (ENSCDRG00005010622)	CFAP210 (ENSCDRG00005010734)	PHOSPHO2 (ENSCDRG00005010770)	KLHL23 (ENSCDRG00005010790)
Arabian camel	MODERN SPECIES	33	SOSTDC1 (ENSCDRG00005005171)	CRPPA (ENSCDRG00005005144)	MEOX2 (ENSCDRG00005005125)	AGMO (ENSCDRG00005005044)	ENSCDRG00005005022	DGKB (ENSCDRG00005004931)	ETV1 (ENSCDRG00005004851)	ENSCDRG00005004823	ARL4A (ENSCDRG00005004807)	SCIN (ENSCDRG00005004736)	ENSCDRG00005004720	VWDE (ENSCDRG00005004582)	TMEM106B (ENSCDRG00005004538)	THSD7A (ENSCDRG00005004035)	PHF14 (ENSCDRG00005003597)	ENSCDRG00005003437 #22	NXPH1 (ENSCDRG00005003418) ##24	ICA1 (ENSCDRG00005003204)	ENSCDRG00005003161 ##20	UMAD1 (ENSCDRG00005003150)	RPA3 (ENSCDRG00005003135)	MIOS (ENSCDRG00005003114)	COL28A1 (ENSCDRG00005003074)	C1GALT1 (ENSCDRG00005003044)	ASNS (ENSCDRG00005002993)	TAC1 (ENSCDRG00005002949)	SDHAF3 (ENSCDRG00005002930)	DLX5 (ENSCDRG00005002916)	ENSCDRG00005002902	DLX6 (ENSCDRG00005002890)	ENSCDRG00005002860
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Equus	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Donkey	MODERN SPECIES		SOSTDC1 (ENSEASG00005038104)	CRPPA (ENSEASG00005021603)	MEOX2 (ENSEASG00005021594)	AGMO (ENSEASG00005021590)	DGKB (ENSEASG00005021585)	ETV1 (ENSEASG00005021582)	ARL4A (ENSEASG00005034250)	SCIN (ENSEASG00005021220)	ENSEASG00005031273	ENSEASG00005021104	VWDE (ENSEASG00005021097)	TMEM106B (ENSEASG00005021093)	THSD7A (ENSEASG00005021079)	ENSEASG00005021067	ENSEASG00005026321	ENSEASG00005031867 #22	NXPH1 (ENSEASG00005027831) ##24	ICA1 (ENSEASG00005021047)	GLCCI1 (ENSEASG00005021039) ##20	UMAD1 (ENSEASG00005032980)	RPA3 (ENSEASG00005030958)	MIOS (ENSEASG00005021021)	COL28A1 (ENSEASG00005021002)	ENSEASG00005027814	ENSEASG00005020977	ENSEASG00005020972	ENSEASG00005032200	ENSEASG00005020961	ENSEASG00005024327	ENSEASG00005020955	DLX5 (ENSEASG00005020950)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Megabat	MODERN SPECIES	7750															PHF14 (ENSPVAG00000006663)	NDUFA4 (ENSPVAG00000006660) #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930	ENSGT00940000162732
Microbat	MODERN SPECIES	952	LRRC72 (ENSMLUG00000014931)	SOSTDC1 (ENSMLUG00000014930)	CRPPA (ENSMLUG00000027807)	MEOX2 (ENSMLUG00000022218)	AGMO (ENSMLUG00000016620)	DGKB (ENSMLUG00000011308)	ENSMLUG00000025406	ETV1 (ENSMLUG00000013778)	ENSMLUG00000026120	ARL4A (ENSMLUG00000006004)	SCIN (ENSMLUG00000009565)	ENSMLUG00000024334	TMEM106B (ENSMLUG00000003287)	THSD7A (ENSMLUG00000007494)	PHF14 (ENSMLUG00000010669)	NDUFA4 (ENSMLUG00000006470) #22	NXPH1 (ENSMLUG00000003339) ##24	ICA1 (ENSMLUG00000016801)	GLCCI1 (ENSMLUG00000016797) ##20	RPA3 (ENSMLUG00000007421)	MIOS (ENSMLUG00000007258)	COL28A1 (ENSMLUG00000030093)	C1GALT1 (ENSMLUG00000014789)	ASNS (ENSMLUG00000006832)	TAC1 (ENSMLUG00000002327)	SDHAF3 (ENSMLUG00000016914)	DLX5 (ENSMLUG00000028784)	DLX6 (ENSMLUG00000016909)	SEM1 (ENSMLUG00000014208)	SLC25A13 (ENSMLUG00000013686)	DYNC1I1 (ENSMLUG00000013664)
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	4	QPCT (ENSRFEG00010011392)	CDC42EP3 (ENSRFEG00010011369)	ENSRFEG00010010805	CYP1B1 (ENSRFEG00010010685)	ATL2 (ENSRFEG00010010336)	HNRNPLL (ENSRFEG00010010059)	GALM (ENSRFEG00010009968)	SRSF7 (ENSRFEG00010009906)	ENSRFEG00010009882	GEMIN6 (ENSRFEG00010009869)	DHX57 (ENSRFEG00010009807)	MORN2 (ENSRFEG00010009742)	ARHGEF33 (ENSRFEG00010009590)	SOS1 (ENSRFEG00010009402)	CDKL4 (ENSRFEG00010009332)	ENSRFEG00010009318 #22	MAP4K3 (ENSRFEG00010009173)	TMEM178A (ENSRFEG00010009092)	THUMPD2 (ENSRFEG00010008973)	SLC8A1 (ENSRFEG00010008597)	PKDCC (ENSRFEG00010008290)	ENSRFEG00010008274	EML4 (ENSRFEG00010008143)	COX7A2L (ENSRFEG00010008076)	KCNG3 (ENSRFEG00010008028)	MTA3 (ENSRFEG00010007909)	OXER1 (ENSRFEG00010007880)	HAAO (ENSRFEG00010007769)	ZFP36L2 (ENSRFEG00010007723)	THADA (ENSRFEG00010007646)	PLEKHH2 (ENSRFEG00010007012)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	17	UBASH3B (ENSRFEG00010012940)	CRTAM (ENSRFEG00010012798)	JHY (ENSRFEG00010012752)	BSX (ENSRFEG00010012685)	ENSRFEG00010012665	CLMP (ENSRFEG00010012631)	ENSRFEG00010012617	GRAMD1B (ENSRFEG00010012293)	SCN3B (ENSRFEG00010012233)	ZNF202 (ENSRFEG00010012147)	ENSRFEG00010012125	OR10G6 (ENSRFEG00010012096)	ENSRFEG00010011960	ENSRFEG00010011938	ENSRFEG00010011919	ENSRFEG00010011891 #22	VWA5A (ENSRFEG00010011790)	ENSRFEG00010016576	B3GAT1 (ENSRFEG00010016373)	ENSRFEG00010016307	GLB1L2 (ENSRFEG00010016040)	ENSRFEG00010015956	GLB1L3 (ENSRFEG00010015484)	THYN1 (ENSRFEG00010015232)	ACAD8 (ENSRFEG00010015117)	VPS26B (ENSRFEG00010015072)	NCAPD3 (ENSRFEG00010014962)	JAM3 (ENSRFEG00010014863)	IGSF9B (ENSRFEG00010014759)	SPATA19 (ENSRFEG00010014631)	OPCML (ENSRFEG00010014281)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	6	TEPP (ENSRFEG00010009138)	ENSRFEG00010008461	KIFC3 (ENSRFEG00010008081)	KATNB1 (ENSRFEG00010008011)	DRC7 (ENSRFEG00010007657)	ADGRG3 (ENSRFEG00010007599)	ADGRG1 (ENSRFEG00010007425)	ADGRG5 (ENSRFEG00010007345)	CCDC102A (ENSRFEG00010007311)	DOK4 (ENSRFEG00010007266)	POLR2C (ENSRFEG00010007222)	COQ9 (ENSRFEG00010007135)	CIAPIN1 (ENSRFEG00010007021)	ENSRFEG00010006940	CCL22 (ENSRFEG00010006888)	ENSRFEG00010006869 #22	PLLP (ENSRFEG00010006838)	ENSRFEG00010020712	RSPRY1 (ENSRFEG00010020659)	PSME3IP1 (ENSRFEG00010020623)	CPNE2 (ENSRFEG00010020578)	NLRC5 (ENSRFEG00010020054)	HERPUD1 (ENSRFEG00010019899)	SLC12A3 (ENSRFEG00010019301)	NUP93 (ENSRFEG00010019201)	ENSRFEG00010019142	ENSRFEG00010019103	ENSRFEG00010019040	MT3 (ENSRFEG00010019085)	MT4 (ENSRFEG00010019007)	BBS2 (ENSRFEG00010018931)
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	30	TUBAL3 (ENSRFEG00010014890)	UCN3 (ENSRFEG00010014868)	ENSRFEG00010014813	ENSRFEG00010014792	ENSRFEG00010014711	YME1L1 (ENSRFEG00010014574)	MASTL (ENSRFEG00010013997)	ACBD5 (ENSRFEG00010013312)	ABI1 (ENSRFEG00010012869)	PDSS1 (ENSRFEG00010012655)	ENSRFEG00010012518	APBB1IP (ENSRFEG00010012424)	GAD2 (ENSRFEG00010012347)	MYO3A (ENSRFEG00010011683)	GPR158 (ENSRFEG00010011440)	ENSRFEG00010011414 #22	THNSL1 (ENSRFEG00010011393)	ENKUR (ENSRFEG00010011340)	PRTFDC1 (ENSRFEG00010011247)	ARHGAP21 (ENSRFEG00010011157)	ENSRFEG00010011089	ENSRFEG00010011032	KIAA1217 (ENSRFEG00010010439)	OTUD1 (ENSRFEG00010010260)	PTF1A (ENSRFEG00010009952)	ENSRFEG00010009887	ENSRFEG00010009810	ARMC3 (ENSRFEG00010009262)	ENSRFEG00010009171	ENSRFEG00010009143	ENSRFEG00010009094
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	21	ADAT2 (ENSRFEG00010011481)	AIG1 (ENSRFEG00010011301)	HIVEP2 (ENSRFEG00010011238)	ENSRFEG00010011218	ADGRG6 (ENSRFEG00010011095)	VTA1 (ENSRFEG00010010808)	GJE1 (ENSRFEG00010010668)	NMBR (ENSRFEG00010010601)	CITED2 (ENSRFEG00010010559)	TXLNB (ENSRFEG00010010511)	HECA (ENSRFEG00010010416)	ABRACL (ENSRFEG00010010361)	ENSRFEG00010010302	ECT2L (ENSRFEG00010004905)	ENSRFEG00010004891	ENSRFEG00010004883 #22	ENSRFEG00010004877	NHSL1 (ENSRFEG00010004837)	HEBP2 (ENSRFEG00010004794)	SMIM28 (ENSRFEG00010004786)	ARFGEF3 (ENSRFEG00010004768)	PERP (ENSRFEG00010004754)	TNFAIP3 (ENSRFEG00010004741)	OLIG3 (ENSRFEG00010004731)	IFNGR1 (ENSRFEG00010004717)	IL22RA2 (ENSRFEG00010004706)	IL20RA (ENSRFEG00010004692)	ENSRFEG00010004684	SLC35D3 (ENSRFEG00010004673)	PEX7 (ENSRFEG00010004663)	ENSRFEG00010004658
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Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT01010000228879	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00940000154268.e.a #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268.f #22
Dingo	MODERN SPECIES	308	ENSCAFG00020017332	ENSCAFG00020017278	ENSCAFG00020017243	LARP7 (ENSCAFG00020017225)	ENSCAFG00020017220	ENSCAFG00020017208	NEUROG2 (ENSCAFG00020017205)	ALPK1 (ENSCAFG00020017196)	TIFA (ENSCAFG00020017192)	AP1AR (ENSCAFG00020017172)	FAM241A (ENSCAFG00020017167)	ENSCAFG00020017152	ENSCAFG00020017149	ENSCAFG00020017147	ENPEP (ENSCAFG00020015734)	ENSCAFG00020015727 #22	ELOVL6 (ENSCAFG00020015726)	ENSCAFG00020015724	EGF (ENSCAFG00020015579)	LRIT3 (ENSCAFG00020015570)	RRH (ENSCAFG00020015567)	GAR1 (ENSCAFG00020015566)	CFI (ENSCAFG00020015559)	PLA2G12A (ENSCAFG00020015557)	CASP6 (ENSCAFG00020015552)	MCUB (ENSCAFG00020015544)	SEC24B (ENSCAFG00020010198)	ENSCAFG00020010068	ENSCAFG00020010062	ENSCAFG00020010061	ENSCAFG00020010057
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00910000147039	ENSGT00940000157683	ENSGT00910000146930
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000163868	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051
Polar bear	MODERN SPECIES	133	ENSUMAG00000022031	CRPPA (ENSUMAG00000022026)	MEOX2 (ENSUMAG00000022017)	AGMO (ENSUMAG00000022006)	DGKB (ENSUMAG00000021949)	ETV1 (ENSUMAG00000021935)	ENSUMAG00000021933	SCIN (ENSUMAG00000021896)	ENSUMAG00000021874	ENSUMAG00000021871	ENSUMAG00000021866	TMEM106B (ENSUMAG00000021859)	THSD7A (ENSUMAG00000021807)	ENSUMAG00000021791	PHF14 (ENSUMAG00000021668)	NDUFA4 (ENSUMAG00000021647) #22	NXPH1 (ENSUMAG00000021639) ##24	ENSUMAG00000021629	ICA1 (ENSUMAG00000021575)	ENSUMAG00000021562 ##20	ENSUMAG00000021558
American black bear	MODERN SPECIES	3406															PHF14 (ENSUAMG00000001141)	ENSUAMG00000001161 #22
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	1121																ENSAMEG00000024446 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	990																ENSAMEG00000025261 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES		SOSTDC1 (ENSAMEG00000025181)	ENSAMEG00000024532	CRPPA (ENSAMEG00000010429)	MEOX2 (ENSAMEG00000028891)	AGMO (ENSAMEG00000013900)	DGKB (ENSAMEG00000016332)	ETV1 (ENSAMEG00000016305)	ARL4A (ENSAMEG00000019250)	SCIN (ENSAMEG00000009826)	ENSAMEG00000027686	ENSAMEG00000019235	VWDE (ENSAMEG00000009806)	TMEM106B (ENSAMEG00000009789)	THSD7A (ENSAMEG00000010568)	PHF14 (ENSAMEG00000002497)	NDUFA4 (ENSAMEG00000002493) #22	NXPH1 (ENSAMEG00000014288) ##24	ICA1 (ENSAMEG00000016413)	RPA3 (ENSAMEG00000016401)	MIOS (ENSAMEG00000016383)	ENSAMEG00000016366	ENSAMEG00000016360	ENSAMEG00000016335	TAC1 (ENSAMEG00000016330)	SDHAF3 (ENSAMEG00000005591)	DLX5 (ENSAMEG00000025315)	ENSAMEG00000023534	DLX6 (ENSAMEG00000030077)	SEM1 (ENSAMEG00000010434)	SLC25A13 (ENSAMEG00000010393)	DYNC1I1 (ENSAMEG00000010340)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00910000147441	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00850000133584	ENSGT01100000263477.F	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268.f #22
Ferret	MODERN SPECIES	171	ANKMY2 (ENSMPUG00000014010)	ENSMPUG00000014014	SOSTDC1 (ENSMPUG00000014023)	CRPPA (ENSMPUG00000014028)	MEOX2 (ENSMPUG00000014031)	AGMO (ENSMPUG00000014034)	DGKB (ENSMPUG00000014037)	ETV1 (ENSMPUG00000014043)	ARL4A (ENSMPUG00000019302)	SCIN (ENSMPUG00000014051)	VWDE (ENSMPUG00000014061)	ENSMPUG00000014079	ENSMPUG00000019305	THSD7A (ENSMPUG00000014130)	PHF14 (ENSMPUG00000014144)	NDUFA4 (ENSMPUG00000014152) #22
American mink	MODERN SPECIES	368													THSD7A (ENSNVIG00000002491)	PHF14 (ENSNVIG00000002124)	ENSNVIG00000002072	ENSNVIG00000002022 #22
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000163195.A	ENSGT00940000161647	ENSGT01090000260278	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000163195.A	ENSGT00940000161647	ENSGT01090000260278	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Chinese turtle	MODERN SPECIES	414											SCIN (ENSPSIG00000009157)	TMEM106B (ENSPSIG00000006544)	ENSPSIG00000001699	THSD7A (ENSPSIG00000006100)	PHF14 (ENSPSIG00000005120)	NDUFA4 (ENSPSIG00000005020) #22	ENSPSIG00000004964	NXPH1 (ENSPSIG00000004912) ##24	ICA1 (ENSPSIG00000004836)	GLCCI1 (ENSPSIG00000004769) ##20	UMAD1 (ENSPSIG00000004745)	RPA3 (ENSPSIG00000004581)	MIOS (ENSPSIG00000004559)	ENSPSIG00000004348	ENSPSIG00000001690	C1GALT1 (ENSPSIG00000004260)	ASNS (ENSPSIG00000004206)	TAC1 (ENSPSIG00000004143)	SDHAF3 (ENSPSIG00000004136)	DLX5 (ENSPSIG00000004086)	DLX6 (ENSPSIG00000018257)
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012561.a.q	ENSGT00390000016820	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	11	ENSGEVG00005011416	ENSGEVG00005011387	ANKMY2 (ENSGEVG00005011366)	SOSTDC1 (ENSGEVG00005011342)	CRPPA (ENSGEVG00005011317)	MEOX2 (ENSGEVG00005011277)	AGMO (ENSGEVG00005011022)	DGKB (ENSGEVG00005010311)	ETV1 (ENSGEVG00005009909)	ARL4A (ENSGEVG00005009866)	SCIN (ENSGEVG00005009819)	ENSGEVG00005009713	TMEM106B (ENSGEVG00005009672)	THSD7A (ENSGEVG00005009420)	PHF14 (ENSGEVG00005009261)	NDUFA4 (ENSGEVG00005009177) #22	ENSGEVG00005009145	NXPH1 (ENSGEVG00005009132) ##24	ICA1 (ENSGEVG00005009067)	ENSGEVG00005009040 ##20	ENSGEVG00005009017 ##20	UMAD1 (ENSGEVG00005008972)	ENSGEVG00005008918	RPA3 (ENSGEVG00005008892)	MIOS (ENSGEVG00005008836)	ENSGEVG00005008812	C1GALT1 (ENSGEVG00005008793)	ASNS (ENSGEVG00005018836)	TAC1 (ENSGEVG00005018815)	SDHAF3 (ENSGEVG00005018801)	DLX5 (ENSGEVG00005018783)
Abingdon island giant tortoise	DUPLICATION
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	779															ENSCABG00000006554	ENSCABG00000006552 #22	ENSCABG00000006550
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1111														R3HDM2 (ENSCABG00000003354)	STAC3 (ENSCABG00000004572)	ENSCABG00000004599 #22	SHMT2 (ENSCABG00000004600)	NXPH4 (ENSCABG00000004603) ##24	ENSCABG00000004617	ENSCABG00000004652	ENSCABG00000004653	ENSCABG00000004655	ENSCABG00000004658	STAT6 (ENSCABG00000004685)	NAB2 (ENSCABG00000005187)	NEMP1 (ENSCABG00000005194)	MYO1A (ENSCABG00000005283)	TAC3 (ENSCABG00000005361)	ZBTB39 (ENSCABG00000005364)	GPR182 (ENSCABG00000005367)	ENSCABG00000005371
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	30	ENSTMTG00000004665	SOSTDC1 (ENSTMTG00000004694)	CRPPA (ENSTMTG00000004712)	ENSTMTG00000004736	MEOX2 (ENSTMTG00000004741)	AGMO (ENSTMTG00000004760)	DGKB (ENSTMTG00000004856)	ENSTMTG00000005131	ETV1 (ENSTMTG00000005144)	ENSTMTG00000005174	SCIN (ENSTMTG00000005205)	ENSTMTG00000005374	TMEM106B (ENSTMTG00000005490)	THSD7A (ENSTMTG00000005525)	PHF14 (ENSTMTG00000005623)	NDUFA4 (ENSTMTG00000005699) #22	NXPH1 (ENSTMTG00000005721) ##24	ICA1 (ENSTMTG00000005727)	GLCCI1 (ENSTMTG00000005752) ##20	UMAD1 (ENSTMTG00000005771)	RPA3 (ENSTMTG00000005792)	MIOS (ENSTMTG00000005807)	ENSTMTG00000005840	C1GALT1 (ENSTMTG00000005848)	ASNS (ENSTMTG00000005883)	TAC1 (ENSTMTG00000005910)	SDHAF3 (ENSTMTG00000005925)	DLX5 (ENSTMTG00000005931)	DLX6 (ENSTMTG00000005944)	SEM1 (ENSTMTG00000005962)	SLC25A13 (ENSTMTG00000005981)
painted turtle	MODERN SPECIES	2405							HDAC4 (ENSCPBG00000024299)	TWIST2 (ENSCPBG00000024317)	ENSCPBG00000024318	ENSCPBG00000024323	TMEM106B (ENSCPBG00000024327)	THSD7A (ENSCPBG00000024332)	ENSCPBG00000024339	PHF14 (ENSCPBG00000024347)	ENSCPBG00000024353	NDUFA4 (ENSCPBG00000024355) #22	ENSCPBG00000024357	NXPH1 (ENSCPBG00000024366) ##24	ICA1 (ENSCPBG00000024369)	GLCCI1 (ENSCPBG00000024373) ##20	UMAD1 (ENSCPBG00000024376)	RPA3 (ENSCPBG00000024377)	MIOS (ENSCPBG00000024381)	COL28A1 (ENSCPBG00000024395)	C1GALT1 (ENSCPBG00000024397)	ASNS (ENSCPBG00000024398)	TAC1 (ENSCPBG00000024399)	SDHAF3 (ENSCPBG00000024400)	DLX5 (ENSCPBG00000024401)	DLX6 (ENSCPBG00000024402)	ENSCPBG00000024403
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT01090000260278	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Aves	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT01090000260278	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
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Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
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Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000166910	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
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Kakapo	MODERN SPECIES		ANKMY2 (ENSSHBG00005002661)	SOSTDC1 (ENSSHBG00005002650)	CRPPA (ENSSHBG00005002643)	MEOX2 (ENSSHBG00005002628)	AGMO (ENSSHBG00005002611)	DGKB (ENSSHBG00005002572)	ETV1 (ENSSHBG00005002535)	ARL4A (ENSSHBG00005002520)	SCIN (ENSSHBG00005002072)	ENSSHBG00005001869	ENSSHBG00005001778	ENSSHBG00005001720	TMEM106B (ENSSHBG00005001699)	THSD7A (ENSSHBG00005001460)	PHF14 (ENSSHBG00005001278)	NDUFA4 (ENSSHBG00005000472) #22	NXPH1 (ENSSHBG00005015803) ##24	ICA1 (ENSSHBG00005015798)	GLCCI1 (ENSSHBG00005015789) ##20	UMAD1 (ENSSHBG00005015781)	RPA3 (ENSSHBG00005015776)	MIOS (ENSSHBG00005015771)	C1GALT1 (ENSSHBG00005015747)	ASNS (ENSSHBG00005015739)	ENSSHBG00005015729	DLX5 (ENSSHBG00005015726)	DLX6 (ENSSHBG00005015722)	SEM1 (ENSSHBG00005015718)	SLC25A13 (ENSSHBG00005015712)	DYNC1I1 (ENSSHBG00005015696)	PDK4 (ENSSHBG00005015690)
Golden eagle	MODERN SPECIES	19	ANKMY2 (ENSACCG00020009615)	ENSACCG00020009649	SOSTDC1 (ENSACCG00020009676)	CRPPA (ENSACCG00020009691)	MEOX2 (ENSACCG00020009705)	AGMO (ENSACCG00020009730)	DGKB (ENSACCG00020009784)	ETV1 (ENSACCG00020009837)	ARL4A (ENSACCG00020009854)	SCIN (ENSACCG00020010112)	ENSACCG00020010340	ENSACCG00020010372	TMEM106B (ENSACCG00020010387)	THSD7A (ENSACCG00020010523)	PHF14 (ENSACCG00020010677)	NDUFA4 (ENSACCG00020010730) #22	NXPH1 (ENSACCG00020010742) ##24	ICA1 (ENSACCG00020010768)	GLCCI1 (ENSACCG00020010798) ##20	UMAD1 (ENSACCG00020010808)	RPA3 (ENSACCG00020010817)	MIOS (ENSACCG00020010836)	C1GALT1 (ENSACCG00020010856)	ASNS (ENSACCG00020010865)	TAC1 (ENSACCG00020010882)	ENSACCG00020010893	ENSACCG00020010901	DLX5 (ENSACCG00020010911)	DLX6 (ENSACCG00020010921)	SEM1 (ENSACCG00020010928)	SLC25A13 (ENSACCG00020010955)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083.j	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083.j	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00940000165163	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000175476	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344
Chicken	MODERN SPECIES	11	ANKMY2 (ENSGALG00010004355)	ENSGALG00010004336	SOSTDC1 (ENSGALG00010004344)	CRPPA (ENSGALG00010004302)	MEOX2 (ENSGALG00010004247)	AGMO (ENSGALG00010004109)	DGKB (ENSGALG00010004094)	ETV1 (ENSGALG00010004060)	ARL4A (ENSGALG00010004029)	SCIN (ENSGALG00010003027)	VWDE (ENSGALG00010002934)	ENSGALG00010002930	TMEM106B (ENSGALG00010002922)	THSD7A (ENSGALG00010003895)	PHF14 (ENSGALG00010003851)	NDUFA4 (ENSGALG00010002752) #22	NXPH1 (ENSGALG00010002824) ##24	ICA1 (ENSGALG00010003990)	GLCCI1 (ENSGALG00010003982) ##20	UMAD1 (ENSGALG00010003962)	RPA3 (ENSGALG00010003923)	MIOS (ENSGALG00010003915)	COL28A1 (ENSGALG00010003903)	C1GALT1 (ENSGALG00010003406)	ASNS (ENSGALG00010003382)	TAC1 (ENSGALG00010003334)	ENSGALG00010002838	DLX5 (ENSGALG00010002959)	DLX6 (ENSGALG00010002948)	ENSGALG00010002944	SHFM1 (ENSGALG00010002817)
Turkey	MODERN SPECIES	26	ENSMGAG00000009657	ENSMGAG00000009695	ENSMGAG00000016039	ENSMGAG00000021462	ENSMGAG00000009738	ENSMGAG00000019622	ENSMGAG00000009740	ENSMGAG00000009747	ENSMGAG00000009768	ENSMGAG00000009765	MIOS (ENSMGAG00000009808)	ENSMGAG00000022836	ENSMGAG00000009821 ##20	ENSMGAG00000020961	ENSMGAG00000009840 ##24	ENSMGAG00000009843 #22	ENSMGAG00000009846	ENSMGAG00000009862	ENSMGAG00000009883	ENSMGAG00000010005	ENSMGAG00000009979	ENSMGAG00000019635	ENSMGAG00000009895	ENSMGAG00000021576	ENSMGAG00000005583	ENSMGAG00000005693	ENSMGAG00000017572	KLF6 (ENSMGAG00000005794)	ENSMGAG00000005805	ENSMGAG00000005809	ENSMGAG00000005821
Japanese quail	MODERN SPECIES	11	ENSCJPG00005011857	SOSTDC1 (ENSCJPG00005011854)	CRPPA (ENSCJPG00005011853)	MEOX2 (ENSCJPG00005011822)	AGMO (ENSCJPG00005011810)	DGKB (ENSCJPG00005011806)	ETV1 (ENSCJPG00005011801)	ENSCJPG00005011788	ARL4A (ENSCJPG00005011786)	SCIN (ENSCJPG00005011785)	VWDE (ENSCJPG00005011777)	ENSCJPG00005011768	TMEM106B (ENSCJPG00005011767)	THSD7A (ENSCJPG00005011603)	PHF14 (ENSCJPG00005011597)	NDUFA4 (ENSCJPG00005011574) #22	ENSCJPG00005011556	NXPH1 (ENSCJPG00005011550) ##24	ICA1 (ENSCJPG00005011548)	GLCCI1 (ENSCJPG00005011533) ##20	UMAD1 (ENSCJPG00005011535)	RPA3 (ENSCJPG00005011530)	MIOS (ENSCJPG00005011529)	COL28A1 (ENSCJPG00005011528)	C1GALT1 (ENSCJPG00005011527)	ASNS (ENSCJPG00005011523)	TAC1 (ENSCJPG00005011522)	ENSCJPG00005011519	DLX5 (ENSCJPG00005011516)	DLX6 (ENSCJPG00005011514)	ENSCJPG00005011510
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b	ENSGT00440000033807	ENSGT00940000159770	ENSGT00940000157123	ENSGT00940000154546	ENSGT00940000159083	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000165119	ENSGT00940000158360	ENSGT00940000155427	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00950000182883.a.b.a ##24	ENSGT00390000005530.a.b	ENSGT00950000183046.b ##20	ENSGT00390000003051	ENSGT00390000008029	ENSGT00390000015038	ENSGT00940000163195.A	ENSGT00940000161647	ENSGT00940000155000	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT00940000164236	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000162732
Pink-footed goose	MODERN SPECIES		ENSABRG00000011091	SOSTDC1 (ENSABRG00000011094)	CRPPA (ENSABRG00000011103)	MEOX2 (ENSABRG00000011148)	AGMO (ENSABRG00000011156)	DGKB (ENSABRG00000011191)	ETV1 (ENSABRG00000011288)	ARL4A (ENSABRG00000011301)	SCIN (ENSABRG00000011309)	VWDE (ENSABRG00000000536)	ENSABRG00000000738	TMEM106B (ENSABRG00000000832)	ENSABRG00000000971	THSD7A (ENSABRG00000001172)	PHF14 (ENSABRG00000002155)	NDUFA4 (ENSABRG00000002660) #22	ENSABRG00000002814	NXPH1 (ENSABRG00000002853) ##24	ENSABRG00000002883	ICA1 (ENSABRG00000002965)	GLCCI1 (ENSABRG00000003079) ##20	UMAD1 (ENSABRG00000003104)	RPA3 (ENSABRG00000003123)	MIOS (ENSABRG00000003185)	C1GALT1 (ENSABRG00000003357)	ASNS (ENSABRG00000003387)	TAC1 (ENSABRG00000003448)	ENSABRG00000003501	ENSABRG00000003628	DLX5 (ENSABRG00000003682)	DLX6 (ENSABRG00000003722)
Duck	MODERN SPECIES	10	ENSAPLG00000020922	ENSAPLG00000007758	SOSTDC1 (ENSAPLG00000007744)	CRPPA (ENSAPLG00000007572)	MEOX2 (ENSAPLG00000007517)	AGMO (ENSAPLG00000007511)	DGKB (ENSAPLG00000007337)	ETV1 (ENSAPLG00000007011)	ARL4A (ENSAPLG00000001404)	SCIN (ENSAPLG00000006129)	VWDE (ENSAPLG00000005813)	ENSAPLG00000005807	TMEM106B (ENSAPLG00000005362)	THSD7A (ENSAPLG00000005027)	PHF14 (ENSAPLG00000016105)	NDUFA4 (ENSAPLG00000016250) #22	NXPH1 (ENSAPLG00000024881) ##24	ICA1 (ENSAPLG00000003010)	GLCCI1 (ENSAPLG00000002840) ##20	UMAD1 (ENSAPLG00000002260)	RPA3 (ENSAPLG00000027160)	MIOS (ENSAPLG00000002570)	ENSAPLG00000030634	ENSAPLG00000001777	ENSAPLG00000031039	C1GALT1 (ENSAPLG00000029207)	ASNS (ENSAPLG00000016311)	ENSAPLG00000016294	ENSAPLG00000002256	DLX5 (ENSAPLG00000024281)	DLX6 (ENSAPLG00000016266)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES		ENSCPRG00005015189	SOSTDC1 (ENSCPRG00005015173)	CRPPA (ENSCPRG00005015162)	MEOX2 (ENSCPRG00005015135)	AGMO (ENSCPRG00005015123)	DGKB (ENSCPRG00005014724)	ETV1 (ENSCPRG00005014679)	ARL4A (ENSCPRG00005014674)	SCIN (ENSCPRG00005014672)	ENSCPRG00005014664	VWDE (ENSCPRG00005014660)	ENSCPRG00005014652	THSD7A (ENSCPRG00005014643)	PHF14 (ENSCPRG00005014612)	ENSCPRG00005014591	NDUFA4 (ENSCPRG00005014588) #22	NXPH1 (ENSCPRG00005014567) ##24	ICA1 (ENSCPRG00005014542)	GLCCI1 (ENSCPRG00005014511) ##20	UMAD1 (ENSCPRG00005014510)	RPA3 (ENSCPRG00005014491)	MIOS (ENSCPRG00005014456)	C1GALT1 (ENSCPRG00005014427)	ASNS (ENSCPRG00005014419)	TAC1 (ENSCPRG00005014416)	ENSCPRG00005014395	DLX5 (ENSCPRG00005014391)	ENSCPRG00005014382	DLX6 (ENSCPRG00005014378)	SEM1 (ENSCPRG00005014353)	SLC25A13 (ENSCPRG00005014321)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268 #22
tuatara	DUPLICATION
tuatara	MODERN SPECIES	289													TMEM106B (ENSSPUG00000016970)	THSD7A (ENSSPUG00000016986)	PHF14 (ENSSPUG00000017019)	ENSSPUG00000017070 #22
tuatara	MODERN SPECIES	424	CTSD (ENSSPUG00000002475)	ENSSPUG00000002481	SYT8 (ENSSPUG00000002491)	TNNI2 (ENSSPUG00000002534)	LSP1 (ENSSPUG00000002572)	TNNT3 (ENSSPUG00000002592)	ENSSPUG00000002656	IGF2 (ENSSPUG00000002683)	ENSSPUG00000002701	TH (ENSSPUG00000002721)	ENSSPUG00000002743	TSPAN32 (ENSSPUG00000002748)	CD81 (ENSSPUG00000002760)	TSSC4 (ENSSPUG00000002796)	TRPM5 (ENSSPUG00000002822)	ENSSPUG00000003038 #22	KCNQ1 (ENSSPUG00000003050)	CDKN1C (ENSSPUG00000003090)	SLC22A18 (ENSSPUG00000003103)	ENSSPUG00000003174	NAP1L4 (ENSSPUG00000003180)	CARS1 (ENSSPUG00000003209)	ENSSPUG00000003240	OSBPL5 (ENSSPUG00000003246)	ENSSPUG00000003345	ENSSPUG00000003631	PTPN5 (ENSSPUG00000003636)	TMEM86A (ENSSPUG00000003647)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268 #22
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268 #22
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	75								ENSGT00940000161885	ENSGT00940000162364.b	ENSGT00940000159742	ENSGT00940000160737	ENSGT00940000160216	ENSGT00940000163607	ENSGT00940000154276	ENSGT00940000159274	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00390000013284
Indian cobra	MODERN SPECIES	337	ARF1 (ENSNNAG00000008988)	ENSNNAG00000008905	SNAP47 (ENSNNAG00000008865)	JMJD4 (ENSNNAG00000008825)	MYL3 (ENSNNAG00000008789)	NBEAL2 (ENSNNAG00000008452)	ENSNNAG00000008353	ENSNNAG00000008332	ENSNNAG00000008302	ENSNNAG00000008281	ENSNNAG00000008261	BPNT2 (ENSNNAG00000008231)	GALNT4 (ENSNNAG00000008216)	ENSNNAG00000008191	EHD3 (ENSNNAG00000008108)	NDUFA4 (ENSNNAG00000008090) #22	ENSNNAG00000008084	SMARCC1 (ENSNNAG00000008002)	DHX30 (ENSNNAG00000007665)	ENSNNAG00000007618	ENSNNAG00000007606	ENSNNAG00000018827	ENSNNAG00000018822	ENSNNAG00000018810	ENSNNAG00000018805	ELP6 (ENSNNAG00000018801)	ENSNNAG00000018798	ENSNNAG00000018791	ENSNNAG00000018787	ENSNNAG00000018784	CCDC12 (ENSNNAG00000018781)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	166								ENSGT00940000161885	ENSGT00940000162364.b	ENSGT00940000159742	ENSGT00940000160737	ENSGT00940000160216	ENSGT00940000163607	ENSGT00940000154276	ENSGT00940000159274	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00390000013284
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	137								ENSGT00940000161885	ENSGT00940000162364.b	ENSGT00940000159742	ENSGT00940000160737	ENSGT00940000160216	ENSGT00940000163607	ENSGT00940000154276	ENSGT00940000159274	ENSGT00940000154268 #22	ENSGT00390000013284	ENSGT00940000154563	ENSGT01030000234607.A.a.b.a	ENSGT00440000033468.d
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	232							ENSPTXG00000018695	ENSPTXG00000018694	ENSPTXG00000018692	ENSPTXG00000018690	CDC25A (ENSPTXG00000018689)	BPNT2 (ENSPTXG00000018688)	GALNT4 (ENSPTXG00000018687)	HIGD1A (ENSPTXG00000018686)	EHD3 (ENSPTXG00000018685)	NDUFA4 (ENSPTXG00000018684) #22	TMEM129 (ENSPTXG00000018683)	ADIPOR1 (ENSPTXG00000018682)	TBRG4 (ENSPTXG00000018681)
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	493												BPNT2 (ENSNSUG00000007723)	GALNT4 (ENSNSUG00000007719)	HIGD1A (ENSNSUG00000007718)	ENSNSUG00000007717	NDUFA4 (ENSNSUG00000007716) #22	TMEM129 (ENSNSUG00000007715)	ADIPOR1 (ENSNSUG00000007713)	TBRG4 (ENSNSUG00000007712)	ENSNSUG00000007710
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	9807															EHD3 (ENSLLTG00000010898)	NDUFA4 (ENSLLTG00000010888) #22
Laterata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154268 #22
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	5	ENSSMRG00000017026	ENSSMRG00000017037	ENSSMRG00000017053	ENSSMRG00000017058	ENSSMRG00000017059	ENSSMRG00000017062	ENSSMRG00000017063	ENSSMRG00000017064	ENSSMRG00000017067	ENSSMRG00000017084	CDC25A (ENSSMRG00000017116)	BPNT2 (ENSSMRG00000017119)	GALNT4 (ENSSMRG00000017122)	ENSSMRG00000017128	SDHAF4 (ENSSMRG00000017131)	NDUFA4 (ENSSMRG00000017133) #22	ADIPOR1 (ENSSMRG00000017136)	BCDIN3D (ENSSMRG00000017138)	ENSSMRG00000017140	SNRNP48 (ENSSMRG00000017177)	KCNA5 (ENSSMRG00000017181)	GHITM (ENSSMRG00000017189)	ENSSMRG00000017190	TBRG4 (ENSSMRG00000017193)	ENSSMRG00000017194	CCM2 (ENSSMRG00000017195)	ENSSMRG00000017198	ENSSMRG00000017213	ENSSMRG00000017216	PTPN23 (ENSSMRG00000017218)	SCAP (ENSSMRG00000017220)
Common wall lizard	MODERN SPECIES	3	SCAP (ENSPMRG00000015376)	PTPN23 (ENSPMRG00000015818)	ENSPMRG00000015920	MYO1G (ENSPMRG00000015935)	ENSPMRG00000015987	ENSPMRG00000015989	TBRG4 (ENSPMRG00000015994)	TRDMT1 (ENSPMRG00000016003)	ZNF653 (ENSPMRG00000016013)	ENSPMRG00000016018	ENSPMRG00000016023	CCDC13 (ENSPMRG00000016037)	C5orf15 (ENSPMRG00000016073)	SRI (ENSPMRG00000016078)	ENSPMRG00000016086	ENSPMRG00000016089 #22	ENSPMRG00000016095	ENSPMRG00000016104	ENSPMRG00000016115	ENSPMRG00000016133	BPNT2 (ENSPMRG00000016138)	ENSPMRG00000016145	ENSPMRG00000016154	ENSPMRG00000016160	ENSPMRG00000016163	ENSPMRG00000016170	ENSPMRG00000016177	ENSPMRG00000016188	ENSPMRG00000016193	ENSPMRG00000016199	ENSPMRG00000016204