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Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161569	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b #8	ENSGT00940000163180 #9	ENSGT00940000160240 #10	ENSGT00390000007512 #11	ENSGT00390000002226 #12	ENSGT00940000156555 #13	ENSGT00940000157428 #16	ENSGT00980000198588 #17	ENSGT00940000154322.A #18	ENSGT00940000156843 #19	ENSGT00940000159856 #20	ENSGT00940000163071 #21	ENSGT00390000006009.a.a.a #22	ENSGT00390000006555 #23	ENSGT00940000158604 #24	ENSGT00940000160741 #25	ENSGT00390000004832 #26	ENSGT00940000156193 #27	ENSGT00390000001360 #29	ENSGT00940000155420.b #31	ENSGT00390000014787 #32	ENSGT00390000009030 #33	ENSGT00390000006762 #34	ENSGT00940000155932 #35	ENSGT00940000155585 #36	ENSGT00390000000378.d.a #37	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a
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Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	UTP18 (ENSSVLG00005007967)	ENSSVLG00005007983	CA10 (ENSSVLG00005008014) #8	KIF2B (ENSSVLG00005008107) #9	ENSSVLG00005008126	TOM1L1 (ENSSVLG00005008148) #10	COX11 (ENSSVLG00005008220) #11	STXBP4 (ENSSVLG00005008281) #12	HLF (ENSSVLG00005008325) #13	ENSSVLG00005008375 #14	MMD (ENSSVLG00005008382) #16	SMIM36 (ENSSVLG00005008407) #17	TMEM100 (ENSSVLG00005008462) #18	PCTP (ENSSVLG00005008497) #19	ANKFN1 (ENSSVLG00005008633) #20	NOG (ENSSVLG00005008960) #22	C17orf67 (ENSSVLG00005008977) #23	DGKE (ENSSVLG00005009005) #24	TRIM25 (ENSSVLG00005009042) #25	ENSSVLG00005009077 #26	ENSSVLG00005009156 #27	ENSSVLG00005009268 #27	AKAP1 (ENSSVLG00005009345) #29	MSI2 (ENSSVLG00005009431) #31	CCDC182 (ENSSVLG00005009670) #32	MRPS23 (ENSSVLG00005009697) #33	CUEDC1 (ENSSVLG00005009757) #34	VEZF1 (ENSSVLG00005009804) #35	SRSF1 (ENSSVLG00005009909) #36	DYNLL2 (ENSSVLG00005009962) #37	ENSSVLG00005009988
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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161569	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b #8	ENSGT00940000163180 #9	ENSGT00940000160240 #10	ENSGT00390000007512 #11	ENSGT00390000002226 #12	ENSGT00940000156555 #13	ENSGT00940000157428 #16	ENSGT00980000198588 #17	ENSGT00940000154322.A #18	ENSGT00940000156843 #19	ENSGT00940000159856 #20	ENSGT00940000163071 #21	ENSGT00390000006009.a.a.a #22	ENSGT00390000006555 #23	ENSGT00940000158604 #24	ENSGT00940000160741 #25	ENSGT00390000004832 #26	ENSGT00940000156193 #27	ENSGT00390000001360 #29	ENSGT00940000155420.b #31	ENSGT00390000014787 #32	ENSGT00390000009030 #33	ENSGT00390000006762 #34	ENSGT00940000155932 #35	ENSGT00940000155585 #36	ENSGT00390000000378.d.a #37	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a
Guinea pig	MODERN SPECIES	53	NME1 (ENSCPOG00000033542)	NME2 (ENSCPOG00000008413)	MBTD1 (ENSCPOG00000002995)	UTP18 (ENSCPOG00000001477)	CA10 (ENSCPOG00000015491) #8	KIF2B (ENSCPOG00000026487) #9	TOM1L1 (ENSCPOG00000023145) #10	COX11 (ENSCPOG00000008482) #11	STXBP4 (ENSCPOG00000011602) #12	HLF (ENSCPOG00000032087) #13	MMD (ENSCPOG00000039747) #16	SMIM36 (ENSCPOG00000032031) #17	TMEM100 (ENSCPOG00000040096) #18	PCTP (ENSCPOG00000013507) #19	ANKFN1 (ENSCPOG00000004925) #20	NOG (ENSCPOG00000004932) #22	C17orf67 (ENSCPOG00000022723) #23	DGKE (ENSCPOG00000011459) #24	ENSCPOG00000009078	TRIM25 (ENSCPOG00000013452) #25	COIL (ENSCPOG00000001284) #26	SCPEP1 (ENSCPOG00000002870) #27	AKAP1 (ENSCPOG00000013327) #29	MSI2 (ENSCPOG00000034042) #31	CCDC182 (ENSCPOG00000008757) #32	MRPS23 (ENSCPOG00000008761) #33	CUEDC1 (ENSCPOG00000022982) #34	VEZF1 (ENSCPOG00000002637) #35	SRSF1 (ENSCPOG00000032681) #36	DYNLL2 (ENSCPOG00000039544) #37	OR4D1 (ENSCPOG00000030997)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162213	ENSGT00940000161569	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b #8	ENSGT00940000160240 #10	ENSGT00390000007512 #11	ENSGT00390000002226 #12	ENSGT00940000156555 #13	ENSGT00940000157428 #16	ENSGT00980000198588 #17	ENSGT00940000154322.A #18	ENSGT00940000156843 #19	ENSGT00940000159856 #20	ENSGT00940000163071 #21	ENSGT00390000006009.a.a.a #22	ENSGT00390000006555 #23	ENSGT00940000158604 #24	ENSGT00940000160741 #25	ENSGT00390000004832 #26	ENSGT00940000156193 #27	ENSGT00390000001360 #29	ENSGT00940000155420.b #31	ENSGT00390000009030 #33	ENSGT00390000006762 #34	ENSGT00940000155932 #35	ENSGT00940000155585 #36	ENSGT00390000000378.d.a #37	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	SPAG9 (ENSCLAG00000015982)	NME2 (ENSCLAG00000013895)	MBTD1 (ENSCLAG00000011590)	UTP18 (ENSCLAG00000012603)	CA10 (ENSCLAG00000014796) #8	TOM1L1 (ENSCLAG00000012206) #10	COX11 (ENSCLAG00000013909) #11	STXBP4 (ENSCLAG00000011711) #12	HLF (ENSCLAG00000013244) #13	MMD (ENSCLAG00000016458) #16	SMIM36 (ENSCLAG00000018044) #17	TMEM100 (ENSCLAG00000014942) #18	PCTP (ENSCLAG00000012326) #19	ANKFN1 (ENSCLAG00000015690) #20	ENSCLAG00000013710 #21	NOG (ENSCLAG00000017798) #22	C17orf67 (ENSCLAG00000015852) #23	DGKE (ENSCLAG00000012917) #24	TRIM25 (ENSCLAG00000017035) #25	ENSCLAG00000014496 #26	SCPEP1 (ENSCLAG00000015159) #27	AKAP1 (ENSCLAG00000015261) #29	MSI2 (ENSCLAG00000014325) #31	MRPS23 (ENSCLAG00000013109) #33	CUEDC1 (ENSCLAG00000012560) #34	VEZF1 (ENSCLAG00000011306) #35	SRSF1 (ENSCLAG00000014707) #36	DYNLL2 (ENSCLAG00000014096) #37	ENSCLAG00000017831	ENSCLAG00000015179	OR4D2 (ENSCLAG00000017866)
Degu	MODERN SPECIES	263								ENSODEG00000011833 #11	STXBP4 (ENSODEG00000011379) #12	HLF (ENSODEG00000011608) #13	MMD (ENSODEG00000013055) #16	TMEM100 (ENSODEG00000019916) #18	PCTP (ENSODEG00000014619) #19	ANKFN1 (ENSODEG00000012115) #20	ENSODEG00000012707 #21	NOG (ENSODEG00000020232) #22	C17orf67 (ENSODEG00000013079) #23	DGKE (ENSODEG00000012600) #24	TRIM25 (ENSODEG00000011829) #25	ENSODEG00000012139	COIL (ENSODEG00000012389) #26	SCPEP1 (ENSODEG00000010769) #27	ENSODEG00000011240 #29	TMEM238 (ENSODEG00000011450)	MSI2 (ENSODEG00000011974) #31	ENSODEG00000011449	MRPS23 (ENSODEG00000011027) #33	CUEDC1 (ENSODEG00000011861) #34	VEZF1 (ENSODEG00000011127) #35	SRSF1 (ENSODEG00000011481) #36	DYNLL2 (ENSODEG00000013208) #37