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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161569	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b	ENSGT00940000163180	ENSGT00940000160240 #12	ENSGT00390000007512 #13	ENSGT00390000002226 #14	ENSGT00940000156555 #15	ENSGT00940000157428 #16	ENSGT00980000198588 #17	ENSGT00940000154322.A #18	ENSGT00940000156843 #19	ENSGT00940000159856 #20	ENSGT00940000163071 #21	ENSGT00390000006009.a.a.a #22	ENSGT00390000006555 #23	ENSGT00940000158604 #24	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161569	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b	ENSGT00940000163180	ENSGT00940000160240 #12	ENSGT00390000007512 #13	ENSGT00390000002226 #14	ENSGT00940000156555 #15	ENSGT00940000157428 #16	ENSGT00980000198588 #17	ENSGT00940000154322.A #18	ENSGT00940000156843 #19	ENSGT00940000159856 #20	ENSGT00940000163071 #21	ENSGT00390000006009.a.a.a #22	ENSGT00390000006555 #23	ENSGT00940000158604 #24	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	371						TOM1L1 (ENSUPAG00010008153) #12	COX11 (ENSUPAG00010008234) #13	STXBP4 (ENSUPAG00010008243) #14	HLF (ENSUPAG00010008275) #15	MMD (ENSUPAG00010008300) #16	SMIM36 (ENSUPAG00010008327) #17	TMEM100 (ENSUPAG00010008335) #18	PCTP (ENSUPAG00010008342) #19	ANKFN1 (ENSUPAG00010008349) #20	ENSUPAG00010008371 #21	NOG (ENSUPAG00010008381) #22	C17orf67 (ENSUPAG00010008382) #23	DGKE (ENSUPAG00010008387) #24
Squirrel	MODERN SPECIES	90	NME1 (ENSSTOG00000032316)	NME2 (ENSSTOG00000001230)	MBTD1 (ENSSTOG00000001234)	UTP18 (ENSSTOG00000004212)	CA10 (ENSSTOG00000016378)	KIF2B (ENSSTOG00000011516)	ENSSTOG00000012160 #12	STXBP4 (ENSSTOG00000012175) #14	HLF (ENSSTOG00000029018) #15	MMD (ENSSTOG00000016227) #16	SMIM36 (ENSSTOG00000032016) #17	TMEM100 (ENSSTOG00000012336) #18	PCTP (ENSSTOG00000008053) #19	ANKFN1 (ENSSTOG00000010280) #20	ENSSTOG00000019503 #21	NOG (ENSSTOG00000024922) #22	C17orf67 (ENSSTOG00000025271) #23	TRIM25 (ENSSTOG00000009323)	COIL (ENSSTOG00000012512)	SCPEP1 (ENSSTOG00000009343)	AKAP1 (ENSSTOG00000022206)	MSI2 (ENSSTOG00000007884)	CCDC182 (ENSSTOG00000020529)	MRPS23 (ENSSTOG00000006711)	CUEDC1 (ENSSTOG00000002920)	VEZF1 (ENSSTOG00000000239)	SRSF1 (ENSSTOG00000000243)	DYNLL2 (ENSSTOG00000024818)	OR4D2 (ENSSTOG00000024883)	EPX (ENSSTOG00000009987)	MKS1 (ENSSTOG00000009991)
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Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	UTP18 (ENSSVLG00005007967)	ENSSVLG00005007983	CA10 (ENSSVLG00005008014)	KIF2B (ENSSVLG00005008107)	ENSSVLG00005008126	TOM1L1 (ENSSVLG00005008148) #12	COX11 (ENSSVLG00005008220) #13	STXBP4 (ENSSVLG00005008281) #14	HLF (ENSSVLG00005008325) #15	ENSSVLG00005008375	MMD (ENSSVLG00005008382) #16	SMIM36 (ENSSVLG00005008407) #17	TMEM100 (ENSSVLG00005008462) #18	PCTP (ENSSVLG00005008497) #19	ANKFN1 (ENSSVLG00005008633) #20	NOG (ENSSVLG00005008960) #22	C17orf67 (ENSSVLG00005008977) #23	DGKE (ENSSVLG00005009005) #24	TRIM25 (ENSSVLG00005009042)	ENSSVLG00005009077	ENSSVLG00005009156	ENSSVLG00005009268	AKAP1 (ENSSVLG00005009345)	MSI2 (ENSSVLG00005009431)	CCDC182 (ENSSVLG00005009670)	MRPS23 (ENSSVLG00005009697)	CUEDC1 (ENSSVLG00005009757)	VEZF1 (ENSSVLG00005009804)	SRSF1 (ENSSVLG00005009909)	DYNLL2 (ENSSVLG00005009962)	ENSSVLG00005009988
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161569	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b	ENSGT00940000163180	ENSGT00940000160240 #12	ENSGT00390000007512 #13	ENSGT00390000002226 #14	ENSGT00940000156555 #15	ENSGT00940000157428 #16	ENSGT00980000198588 #17	ENSGT00940000154322.A #18	ENSGT00940000156843 #19	ENSGT00940000159856 #20	ENSGT00940000163071 #21	ENSGT00390000006009.a.a.a #22	ENSGT00390000006555 #23	ENSGT00940000158604 #24	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	CA10 (ENSHGLG00000012469)	ENSHGLG00000020500	ENSHGLG00000020791	ENSHGLG00000039703	TOM1L1 (ENSHGLG00000016187) #12	COX11 (ENSHGLG00000012128) #13	STXBP4 (ENSHGLG00000012455) #14	ENSHGLG00000039115	HLF (ENSHGLG00000031895) #15	MMD (ENSHGLG00000011695) #16	SMIM36 (ENSHGLG00000047421) #17	TMEM100 (ENSHGLG00000049459) #18	PCTP (ENSHGLG00000013528) #19	ENSHGLG00000001904	ANKFN1 (ENSHGLG00000016659) #20	NOG (ENSHGLG00000048920) #22	C17orf67 (ENSHGLG00000050116) #23	DGKE (ENSHGLG00000014836) #24	ENSHGLG00000033692	ENSHGLG00000036551	TRIM25 (ENSHGLG00000011477)	ENSHGLG00000012113	ENSHGLG00000012440	AKAP1 (ENSHGLG00000014384)	MSI2 (ENSHGLG00000012444)	CCDC182 (ENSHGLG00000037062)	ENSHGLG00000041008	MRPS23 (ENSHGLG00000012208)	ENSHGLG00000044611	ENSHGLG00000042495	ENSHGLG00000039867
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161569	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b	ENSGT00940000163180	ENSGT00940000160240 #12	ENSGT00390000007512 #13	ENSGT00390000002226 #14	ENSGT00940000156555 #15	ENSGT00940000157428 #16	ENSGT00980000198588 #17	ENSGT00940000154322.A #18	ENSGT00940000156843 #19	ENSGT00940000159856 #20	ENSGT00940000163071 #21	ENSGT00390000006009.a.a.a #22	ENSGT00390000006555 #23	ENSGT00940000158604 #24	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a
Guinea pig	MODERN SPECIES	53	NME1 (ENSCPOG00000033542)	NME2 (ENSCPOG00000008413)	MBTD1 (ENSCPOG00000002995)	UTP18 (ENSCPOG00000001477)	CA10 (ENSCPOG00000015491)	KIF2B (ENSCPOG00000026487)	TOM1L1 (ENSCPOG00000023145) #12	COX11 (ENSCPOG00000008482) #13	STXBP4 (ENSCPOG00000011602) #14	HLF (ENSCPOG00000032087) #15	MMD (ENSCPOG00000039747) #16	SMIM36 (ENSCPOG00000032031) #17	TMEM100 (ENSCPOG00000040096) #18	PCTP (ENSCPOG00000013507) #19	ANKFN1 (ENSCPOG00000004925) #20	NOG (ENSCPOG00000004932) #22	C17orf67 (ENSCPOG00000022723) #23	DGKE (ENSCPOG00000011459) #24	ENSCPOG00000009078	TRIM25 (ENSCPOG00000013452)	COIL (ENSCPOG00000001284)	SCPEP1 (ENSCPOG00000002870)	AKAP1 (ENSCPOG00000013327)	MSI2 (ENSCPOG00000034042)	CCDC182 (ENSCPOG00000008757)	MRPS23 (ENSCPOG00000008761)	CUEDC1 (ENSCPOG00000022982)	VEZF1 (ENSCPOG00000002637)	SRSF1 (ENSCPOG00000032681)	DYNLL2 (ENSCPOG00000039544)	OR4D1 (ENSCPOG00000030997)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162213	ENSGT00940000161569	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b	ENSGT00940000160240 #12	ENSGT00390000007512 #13	ENSGT00390000002226 #14	ENSGT00940000156555 #15	ENSGT00940000157428 #16	ENSGT00980000198588 #17	ENSGT00940000154322.A #18	ENSGT00940000156843 #19	ENSGT00940000159856 #20	ENSGT00940000163071 #21	ENSGT00390000006009.a.a.a #22	ENSGT00390000006555 #23	ENSGT00940000158604 #24	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	SPAG9 (ENSCLAG00000015982)	NME2 (ENSCLAG00000013895)	MBTD1 (ENSCLAG00000011590)	UTP18 (ENSCLAG00000012603)	CA10 (ENSCLAG00000014796)	TOM1L1 (ENSCLAG00000012206) #12	COX11 (ENSCLAG00000013909) #13	STXBP4 (ENSCLAG00000011711) #14	HLF (ENSCLAG00000013244) #15	MMD (ENSCLAG00000016458) #16	SMIM36 (ENSCLAG00000018044) #17	TMEM100 (ENSCLAG00000014942) #18	PCTP (ENSCLAG00000012326) #19	ANKFN1 (ENSCLAG00000015690) #20	ENSCLAG00000013710 #21	NOG (ENSCLAG00000017798) #22	C17orf67 (ENSCLAG00000015852) #23	DGKE (ENSCLAG00000012917) #24	TRIM25 (ENSCLAG00000017035)	ENSCLAG00000014496	SCPEP1 (ENSCLAG00000015159)	AKAP1 (ENSCLAG00000015261)	MSI2 (ENSCLAG00000014325)	MRPS23 (ENSCLAG00000013109)	CUEDC1 (ENSCLAG00000012560)	VEZF1 (ENSCLAG00000011306)	SRSF1 (ENSCLAG00000014707)	DYNLL2 (ENSCLAG00000014096)	ENSCLAG00000017831	ENSCLAG00000015179	OR4D2 (ENSCLAG00000017866)
Degu	MODERN SPECIES	263								ENSODEG00000011833 #13	STXBP4 (ENSODEG00000011379) #14	HLF (ENSODEG00000011608) #15	MMD (ENSODEG00000013055) #16	TMEM100 (ENSODEG00000019916) #18	PCTP (ENSODEG00000014619) #19	ANKFN1 (ENSODEG00000012115) #20	ENSODEG00000012707 #21	NOG (ENSODEG00000020232) #22	C17orf67 (ENSODEG00000013079) #23	DGKE (ENSODEG00000012600) #24	TRIM25 (ENSODEG00000011829)	ENSODEG00000012139	COIL (ENSODEG00000012389)	SCPEP1 (ENSODEG00000010769)	ENSODEG00000011240	TMEM238 (ENSODEG00000011450)	MSI2 (ENSODEG00000011974)	ENSODEG00000011449	MRPS23 (ENSODEG00000011027)	CUEDC1 (ENSODEG00000011861)	VEZF1 (ENSODEG00000011127)	SRSF1 (ENSODEG00000011481)	DYNLL2 (ENSODEG00000013208)