Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 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ENSGT00550000074898 #36 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 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#8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 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ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 46 ENSUPAG00010006195 #7 CALCOCO2 (ENSUPAG00010006243) #8 TTLL6 (ENSUPAG00010006267) #9 HOXB13 (ENSUPAG00010006301) #10 HOXB9 (ENSUPAG00010006305) #11 HOXB8 (ENSUPAG00010006310) #12 HOXB7 (ENSUPAG00010006312) #13 HOXB6 (ENSUPAG00010006317) #14 HOXB5 (ENSUPAG00010006320) #15 HOXB4 (ENSUPAG00010006325) #16 HOXB3 (ENSUPAG00010006328) #17 HOXB2 (ENSUPAG00010006336) #18 HOXB1 (ENSUPAG00010006340) #19 SKAP1 (ENSUPAG00010006345) #20 SNX11 (ENSUPAG00010006370) #21 CBX1 (ENSUPAG00010006381) #22 NFE2L1 (ENSUPAG00010006396) #23 COPZ2 (ENSUPAG00010006455) #24 CDK5RAP3 (ENSUPAG00010006466) #25 PRR15L (ENSUPAG00010006473) #26 PNPO (ENSUPAG00010006483) #27 SP2 (ENSUPAG00010006507) #28 SP6 (ENSUPAG00010006522) #29 SCRN2 (ENSUPAG00010006526) #30 LRRC46 (ENSUPAG00010006533) #31 MRPL10 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#34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Shrew mouse MODERN SPECIES 5 Atp5g1 (MGP_PahariEiJ_G0018150) #7 MGP_PahariEiJ_G0018151 #8 Ttll6 (MGP_PahariEiJ_G0018152) #9 Hoxb13 (MGP_PahariEiJ_G0018153) #10 Hoxb9 (MGP_PahariEiJ_G0018154) #11 Hoxb8 (MGP_PahariEiJ_G0018155) #12 Hoxb7 (MGP_PahariEiJ_G0018156) #13 Hoxb6 (MGP_PahariEiJ_G0018157) #14 Hoxb5 (MGP_PahariEiJ_G0018158) #15 Hoxb4 (MGP_PahariEiJ_G0018159) #16 Hoxb3 (MGP_PahariEiJ_G0018160) #17 Hoxb2 (MGP_PahariEiJ_G0018161) #18 Hoxb1 (MGP_PahariEiJ_G0018162) #19 Skap1 (MGP_PahariEiJ_G0018163) #20 Snx11 (MGP_PahariEiJ_G0018164) #21 Cbx1 (MGP_PahariEiJ_G0018165) #22 MGP_PahariEiJ_G0018166 Nfe2l1 (MGP_PahariEiJ_G0018167) #23 Copz2 (MGP_PahariEiJ_G0018168) #24 Cdk5rap3 (MGP_PahariEiJ_G0018169) #25 Prr15l (MGP_PahariEiJ_G0018170) #26 Pnpo (MGP_PahariEiJ_G0018171) #27 Sp2 (MGP_PahariEiJ_G0018172) #28 Sp6 (MGP_PahariEiJ_G0018173) #29 Scrn2 (MGP_PahariEiJ_G0018174) #30 Lrrc46 (MGP_PahariEiJ_G0018175) #31 Mrpl10 (MGP_PahariEiJ_G0018176) #32 Osbpl7 (MGP_PahariEiJ_G0018177) #33 Tbx21 (MGP_PahariEiJ_G0018178) #34 Tbkbp1 (MGP_PahariEiJ_G0018179) #35 Npepps (MGP_PahariEiJ_G0018180) #37 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159720 #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00940000153593.c.b.k ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 2 MGP_CAROLIEiJ_G0017020 #7 MGP_CAROLIEiJ_G0017021 #8 Ttll6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017022) #9 Hoxb13 (MGP_CAROLIEiJ_G0017023) #10 Hoxb9 (MGP_CAROLIEiJ_G0017024) #11 Hoxb8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017025) #12 Hoxb7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017026) #13 Hoxb6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017027) #14 Hoxb5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017028) #15 Hoxb4 (MGP_CAROLIEiJ_G0017029) #16 Hoxb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017030) #17 Hoxb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017031) #18 Hoxb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017032) #19 Skap1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017033) #20 Snx11 (MGP_CAROLIEiJ_G0017034) #21 Cbx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017035) #22 MGP_CAROLIEiJ_G0017036 Nfe2l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017037) #23 Copz2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017038) #24 Cdk5rap3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017039) #25 Prr15l (MGP_CAROLIEiJ_G0017040) #26 Pnpo (MGP_CAROLIEiJ_G0017041) #27 Sp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017042) #28 Sp6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017043) #29 MGP_CAROLIEiJ_G0017044 #30 Lrrc46 (MGP_CAROLIEiJ_G0017045) #31 Mrpl10 (MGP_CAROLIEiJ_G0017046) #32 Osbpl7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017047) #33 Tbx21 (MGP_CAROLIEiJ_G0017048) #34 Tbkbp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017049) #35 Kpnb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017050) #36 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159720 #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00940000153593.c.b.k ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Mouse MODERN SPECIES 2 Atp5g1 (ENSMUSG00000006057) #7 Calcoco2 (ENSMUSG00000006056) #8 Ttll6 (ENSMUSG00000038756) #9 Hoxb13 (ENSMUSG00000049604) #10 Hoxb9 (ENSMUSG00000020875) #11 Hoxb8 (ENSMUSG00000056648) #12 Hoxb7 (ENSMUSG00000038721) #13 Hoxb6 (ENSMUSG00000000690) #14 Hoxb5 (ENSMUSG00000038700) #15 Hoxb4 (ENSMUSG00000038692) #16 Hoxb3 (ENSMUSG00000048763) #17 Hoxb2 (ENSMUSG00000075588) #18 Hoxb1 (ENSMUSG00000018973) #19 Skap1 (ENSMUSG00000057058) #20 Snx11 (ENSMUSG00000020876) #21 Cbx1 (ENSMUSG00000018666) #22 Nfe2l1 (ENSMUSG00000038615) #23 Copz2 (ENSMUSG00000018672) #24 Cdk5rap3 (ENSMUSG00000018669) #25 Prr15l (ENSMUSG00000047040) #26 Pnpo (ENSMUSG00000018659) #27 Sp2 (ENSMUSG00000018678) #28 Sp6 (ENSMUSG00000038560) #29 Scrn2 (ENSMUSG00000020877) #30 Lrrc46 (ENSMUSG00000020878) #31 Mrpl10 (ENSMUSG00000001445) #32 Osbpl7 (ENSMUSG00000038534) #33 Tbx21 (ENSMUSG00000001444) #34 Tbkbp1 (ENSMUSG00000038517) #35 Kpnb1 (ENSMUSG00000001440) #36 Npepps (ENSMUSG00000001441) #37 Mus_C ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159720 #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00940000153593.c.b.k ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 spretus MODERN SPECIES 2 Atp5g1 (MGP_SPRETEiJ_G0017866) #7 MGP_SPRETEiJ_G0017867 #8 Ttll6 (MGP_SPRETEiJ_G0017868) #9 Hoxb13 (MGP_SPRETEiJ_G0017869) #10 Hoxb9 (MGP_SPRETEiJ_G0017870) #11 Hoxb8 (MGP_SPRETEiJ_G0017871) #12 Hoxb7 (MGP_SPRETEiJ_G0017872) #13 Hoxb6 (MGP_SPRETEiJ_G0017873) #14 Hoxb5 (MGP_SPRETEiJ_G0017874) #15 Hoxb4 (MGP_SPRETEiJ_G0017875) #16 Hoxb3 (MGP_SPRETEiJ_G0017876) #17 Hoxb2 (MGP_SPRETEiJ_G0017877) #18 Hoxb1 (MGP_SPRETEiJ_G0017878) #19 MGP_SPRETEiJ_G0017879 #20 Snx11 (MGP_SPRETEiJ_G0017880) #21 Cbx1 (MGP_SPRETEiJ_G0017881) #22 MGP_SPRETEiJ_G0017882 Nfe2l1 (MGP_SPRETEiJ_G0017883) #23 Copz2 (MGP_SPRETEiJ_G0017884) #24 Cdk5rap3 (MGP_SPRETEiJ_G0017885) #25 Prr15l (MGP_SPRETEiJ_G0017886) #26 Pnpo (MGP_SPRETEiJ_G0017887) #27 Sp2 (MGP_SPRETEiJ_G0017888) #28 Sp6 (MGP_SPRETEiJ_G0017889) #29 Scrn2 (MGP_SPRETEiJ_G0017890) #30 Lrrc46 (MGP_SPRETEiJ_G0017891) #31 Mrpl10 (MGP_SPRETEiJ_G0017892) #32 Osbpl7 (MGP_SPRETEiJ_G0017893) #33 Tbx21 (MGP_SPRETEiJ_G0017894) #34 Tbkbp1 (MGP_SPRETEiJ_G0017895) #35 Kpnb1 (MGP_SPRETEiJ_G0017896) #36 Steppe mouse MODERN SPECIES 3291 Ttll6 (ENSMSIG00000018881) #9 Hoxb13 (ENSMSIG00000018865) #10 Hoxb9 (ENSMSIG00000018823) #11 Hoxb8 (ENSMSIG00000018807) #12 Hoxb7 (ENSMSIG00000018805) #13 Hoxb6 (ENSMSIG00000018795) #14 Hoxb5 (ENSMSIG00000018787) #15 Hoxb4 (ENSMSIG00000018777) #16 ENSMSIG00000018776 Hoxb3 (ENSMSIG00000018771) #17 Hoxb2 (ENSMSIG00000018769) #18 Hoxb1 (ENSMSIG00000018752) #19 Skap1 (ENSMSIG00000018601) #20 Snx11 (ENSMSIG00000018546) #21 ENSMSIG00000018520 Cbx1 (ENSMSIG00000018447) #22 Nfe2l1 (ENSMSIG00000018374) #23 Copz2 (ENSMSIG00000018337) #24 Cdk5rap3 (ENSMSIG00000018309) #25 ENSMSIG00000018270 #26 ENSMSIG00000018267 #27 Sp2 (ENSMSIG00000018237) #28 Sp6 (ENSMSIG00000018223) #29 Scrn2 (ENSMSIG00000018202) #30 Lrrc46 (ENSMSIG00000018171) #31 Mrpl10 (ENSMSIG00000018160) #32 Osbpl7 (ENSMSIG00000018093) #33 Tbx21 (ENSMSIG00000018069) #34 Tbkbp1 (ENSMSIG00000018040) #35 Kpnb1 (ENSMSIG00000017971) #36 Npepps (ENSMSIG00000017886) #37 Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 6 INVS (ENSSVLG00005021701) TEX10 (ENSSVLG00005021757) TMEFF1 (ENSSVLG00005021870) CAVIN4 (ENSSVLG00005021929) ENSSVLG00005021949 PLPPR1 (ENSSVLG00005022005) ENSSVLG00005022075 BAAT (ENSSVLG00005022141) ENSSVLG00005022189 ZNF189 (ENSSVLG00005022220) ALDOB (ENSSVLG00005022272) ENSSVLG00005022415 PGAP4 (ENSSVLG00005022426) RNF20 (ENSSVLG00005022444) GRIN3A (ENSSVLG00005022487) ENSSVLG00005022639 ##22 ENSSVLG00005022668 SMC2 (ENSSVLG00005022706) ENSSVLG00005022873 OR13F1 (ENSSVLG00005022886) ENSSVLG00005022901 ENSSVLG00005022930 ENSSVLG00005022940 ENSSVLG00005022956 ENSSVLG00005022968 ENSSVLG00005022984 ENSSVLG00005022990 ENSSVLG00005023004 OR13D1 (ENSSVLG00005023029) NIPSNAP3A (ENSSVLG00005023053) ABCA1 (ENSSVLG00005023157) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 90 ENSJJAG00000009661 Gnat3 (ENSJJAG00000005233) Cd36 (ENSJJAG00000024337) Sema3c (ENSJJAG00000019104) ENSJJAG00000022022 Cdhr17 (ENSJJAG00000014903) ENSJJAG00000023349 Hgf (ENSJJAG00000003978) Cacna2d1 (ENSJJAG00000021230) Pclo (ENSJJAG00000007676) Sema3e (ENSJJAG00000015257) Sema3a (ENSJJAG00000021085) ENSJJAG00000012318 ENSJJAG00000000425 Sema3d (ENSJJAG00000020043) ENSJJAG00000021629 ##22 Grm3 (ENSJJAG00000019396) Elapor2 (ENSJJAG00000016327) ENSJJAG00000014144 Dmtf1 (ENSJJAG00000023859) Tmem243 (ENSJJAG00000021514) Crot (ENSJJAG00000010471) Abcb4 (ENSJJAG00000006218) ENSJJAG00000016731 ENSJJAG00000008148 ENSJJAG00000022644 Rundc3b (ENSJJAG00000011621) Slc25a40 (ENSJJAG00000018652) Dbf4 (ENSJJAG00000013663) Adam22 (ENSJJAG00000007141) Sri (ENSJJAG00000006383) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159720.`b.b #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Golden Hamster MODERN SPECIES 674 Ube2z (ENSMAUG00000007792) ENSMAUG00000021751 #7 Ttll6 (ENSMAUG00000020973) #9 Hoxb13 (ENSMAUG00000008407) #10 Hoxb9 (ENSMAUG00000017720) #11 Hoxb8 (ENSMAUG00000012636) #12 Hoxb7 (ENSMAUG00000021297) #13 Hoxb6 (ENSMAUG00000021423) #14 Hoxb5 (ENSMAUG00000021419) #15 Hoxb4 (ENSMAUG00000009367) #16 Hoxb3 (ENSMAUG00000011251) #17 Hoxb2 (ENSMAUG00000021979) #18 Hoxb1 (ENSMAUG00000013237) #19 Skap1 (ENSMAUG00000022191) #20 Snx11 (ENSMAUG00000021528) #21 ENSMAUG00000003463 ##22 Nfe2l1 (ENSMAUG00000020456) #23 Copz2 (ENSMAUG00000010560) #24 Cdk5rap3 (ENSMAUG00000007991) #25 Pnpo (ENSMAUG00000021706) #27 Sp2 (ENSMAUG00000019269) #28 Sp6 (ENSMAUG00000009667) #29 Scrn2 (ENSMAUG00000010014) #30 Lrrc46 (ENSMAUG00000019416) #31 Mrpl10 (ENSMAUG00000000820) #32 Osbpl7 (ENSMAUG00000013876) #33 Tbx21 (ENSMAUG00000017507) #34 Tbkbp1 (ENSMAUG00000018604) #35 Kpnb1 (ENSMAUG00000006211) #36 Npepps (ENSMAUG00000017383) #37 Mrpl45 (ENSMAUG00000021636) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b ##22 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 7 CCR1 (ENSSVLG00005023402) CCR3 (ENSSVLG00005023390) CCR2 (ENSSVLG00005023380) CCR5 (ENSSVLG00005023362) CCRL2 (ENSSVLG00005023356) LTF (ENSSVLG00005023125) ENSSVLG00005023076 ENSSVLG00005023044 LRRC2 (ENSSVLG00005022989) ENSSVLG00005022921 FAM240A (ENSSVLG00005022865) ALS2CL (ENSSVLG00005022812) TMIE (ENSSVLG00005022742) PRSS50 (ENSSVLG00005022696) ENSSVLG00005022652 ENSSVLG00005022619 ##22 ENSSVLG00005022586 ENSSVLG00005022474 ENSSVLG00005022421 ENSSVLG00005022314 ENSSVLG00005022233 MYL3 (ENSSVLG00005022172) PTH1R (ENSSVLG00005022129) CCDC12 (ENSSVLG00005022054) SETD2 (ENSSVLG00005020438) KIF9 (ENSSVLG00005020299) KLHL18 (ENSSVLG00005020218) ENSSVLG00005020103 ENSSVLG00005019989 SCAP (ENSSVLG00005019796) ELP6 (ENSSVLG00005019611) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 156 VAMP7 (ENSSVLG00005015109) SPRY3 (ENSSVLG00005015208) ENSSVLG00005015225 ##22 TMLHE (ENSSVLG00005015282) ENSSVLG00005015345 ENSSVLG00005015367 ENSSVLG00005015390 CLIC2 (ENSSVLG00005015403) RAB39B (ENSSVLG00005015437) ENSSVLG00005015476 ENSSVLG00005015678 MTCP1 (ENSSVLG00005016077) ENSSVLG00005016124 F8 (ENSSVLG00005016200) ENSSVLG00005016424 ENSSVLG00005016435 SMIM9 (ENSSVLG00005016452) MPP1 (ENSSVLG00005016498) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000007843 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Pika MODERN SPECIES 4733 ENSOPRG00000003732 #20 SNX11 (ENSOPRG00000003718) #21 CBX1 (ENSOPRG00000003699) #22 ENSOPRG00000003683 #23 Rabbit MODERN SPECIES 10 UBE2Z (ENSOCUG00000009159) ATP5MC1 (ENSOCUG00000016225) CALCOCO2 (ENSOCUG00000016209) #8 ENSOCUG00000038154 TTLL6 (ENSOCUG00000006289) #9 HOXB13 (ENSOCUG00000012816) #10 HOXB9 (ENSOCUG00000027316) #11 HOXB8 (ENSOCUG00000029186) #12 HOXB5 (ENSOCUG00000023093) #15 HOXB6 (ENSOCUG00000011560) #14 HOXB3 (ENSOCUG00000023337) #17 HOXB2 (ENSOCUG00000024951) #18 HOXB1 (ENSOCUG00000001720) #19 SKAP1 (ENSOCUG00000001717) #20 SNX11 (ENSOCUG00000002309) #21 CBX1 (ENSOCUG00000008021) #22 NFE2L1 (ENSOCUG00000022298) #23 COPZ2 (ENSOCUG00000001802) #24 CDK5RAP3 (ENSOCUG00000012325) #25 PRR15L (ENSOCUG00000017489) #26 PNPO (ENSOCUG00000017484) #27 SP2 (ENSOCUG00000027415) #28 SP6 (ENSOCUG00000023482) #29 SCRN2 (ENSOCUG00000009457) #30 LRRC46 (ENSOCUG00000009453) #31 MRPL10 (ENSOCUG00000009452) #32 OSBPL7 (ENSOCUG00000009447) #33 TBX21 (ENSOCUG00000012907) #34 TBKBP1 (ENSOCUG00000014771) #35 KPNB1 (ENSOCUG00000015425) #36 NPEPPS (ENSOCUG00000015748) #37 Glires DUPLICATION Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a ##22 Lesser Egyptian jerboa DUPLICATION Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 56 ENSJJAG00000003530 ENSJJAG00000010301 #7 Ttll6 (ENSJJAG00000010253) #9 Hoxb13 (ENSJJAG00000010401) #10 Hoxb9 (ENSJJAG00000009821) #11 Hoxb8 (ENSJJAG00000002398) #12 Hoxb7 (ENSJJAG00000001284) #13 Hoxb6 (ENSJJAG00000000997) #14 Hoxb5 (ENSJJAG00000000763) #15 Hoxb4 (ENSJJAG00000002642) #16 Hoxb3 (ENSJJAG00000007804) #17 Hoxb2 (ENSJJAG00000009465) #18 Hoxb1 (ENSJJAG00000001073) #19 Skap1 (ENSJJAG00000003458) #20 ENSJJAG00000005754 #21 ENSJJAG00000007753 ##22 Nfe2l1 (ENSJJAG00000006432) #23 Copz2 (ENSJJAG00000001025) #24 ENSJJAG00000002511 #25 Prr15l (ENSJJAG00000006478) #26 Pnpo (ENSJJAG00000023608) #27 Sp2 (ENSJJAG00000003061) #28 Sp6 (ENSJJAG00000006452) #29 Scrn2 (ENSJJAG00000023635) #30 Lrrc46 (ENSJJAG00000010412) #31 Mrpl10 (ENSJJAG00000004046) #32 Osbpl7 (ENSJJAG00000004477) #33 Tbx21 (ENSJJAG00000000813) #34 ENSJJAG00000010141 #35 Kpnb1 (ENSJJAG00000010909) #36 Npepps (ENSJJAG00000005423) #37 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 66 Mllt3 (ENSJJAG00000012196) ENSJJAG00000018542 Slc24a2 (ENSJJAG00000020852) Acer2 (ENSJJAG00000020889) ENSJJAG00000011871 Dennd4c (ENSJJAG00000022774) Plin2 (ENSJJAG00000014665) Haus6 (ENSJJAG00000020343) Rraga (ENSJJAG00000008212) ENSJJAG00000015289 ENSJJAG00000016096 ENSJJAG00000014571 ENSJJAG00000010272 ENSJJAG00000024102 Sh3gl2 (ENSJJAG00000017618) ENSJJAG00000011696 ##22 ENSJJAG00000008188 ENSJJAG00000022818 Bnc2 (ENSJJAG00000004324) ENSJJAG00000019056 Ccdc171 (ENSJJAG00000020916) ENSJJAG00000015360 Snapc3 (ENSJJAG00000018408) Ttc39b (ENSJJAG00000004238) ENSJJAG00000010564 ENSJJAG00000015519 Cer1 (ENSJJAG00000023511) Zdhhc21 (ENSJJAG00000002851) Nfib (ENSJJAG00000013052) ENSJJAG00000010432 Mpdz (ENSJJAG00000012097) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 14 DCAF13 (ENSOCUG00000009197) SLC25A32 (ENSOCUG00000009191) RIMS2 (ENSOCUG00000011775) ENSOCUG00000033506 ENSOCUG00000025731 ENSOCUG00000004398 DPYS (ENSOCUG00000011148) LRP12 (ENSOCUG00000002245) ZFPM2 (ENSOCUG00000005930) OXR1 (ENSOCUG00000000462) ABRA (ENSOCUG00000006570) ENSOCUG00000023959 ANGPT1 (ENSOCUG00000003722) RSPO2 (ENSOCUG00000000779) EIF3E (ENSOCUG00000008050) ENSOCUG00000027337 ##22 EMC2 (ENSOCUG00000002461) TMEM74 (ENSOCUG00000000175) ENSOCUG00000037614 ENSOCUG00000039638 TRHR (ENSOCUG00000003833) NUDCD1 (ENSOCUG00000004673) ENY2 (ENSOCUG00000030501) PKHD1L1 (ENSOCUG00000004688) EBAG9 (ENSOCUG00000004726) SYBU (ENSOCUG00000004730) ENSOCUG00000023338 KCNV1 (ENSOCUG00000017285) ENSOCUG00000031581 ENSOCUG00000022022 ENSOCUG00000021881 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 65 Prss23 (ENSJJAG00000010057) Me3 (ENSJJAG00000022815) Ccdc81 (ENSJJAG00000011496) ENSJJAG00000022293 Hikeshi (ENSJJAG00000012398) Eed (ENSJJAG00000016121) ENSJJAG00000001614 Ccdc83 (ENSJJAG00000017603) ENSJJAG00000017139 ENSJJAG00000010545 Crebzf (ENSJJAG00000010759) Tmem126a (ENSJJAG00000008852) Tmem126b (ENSJJAG00000012522) Dlg2 (ENSJJAG00000023731) ENSJJAG00000010286 ENSJJAG00000014690 ##22 ENSJJAG00000011365 ENSJJAG00000023792 Ankrd42 (ENSJJAG00000023528) ENSJJAG00000012172 Rab30 (ENSJJAG00000020064) Ddias (ENSJJAG00000009611) Prcp (ENSJJAG00000022121) ENSJJAG00000015258 Tree shrew MODERN SPECIES 88 HOXB2 (ENSTBEG00000015126) #18 SKAP1 (ENSTBEG00000015048) #20 SNX11 (ENSTBEG00000014960) #21 CBX1 (ENSTBEG00000014931) #22 Primates ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159720 #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590.h #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Bushbaby MODERN SPECIES 133 CALCOCO2 (ENSOGAG00000011709) #8 TTLL6 (ENSOGAG00000011701) #9 HOXB13 (ENSOGAG00000032643) #10 ENSOGAG00000034464 HOXB9 (ENSOGAG00000008668) #11 HOXB8 (ENSOGAG00000029480) #12 HOXB7 (ENSOGAG00000008667) #13 HOXB6 (ENSOGAG00000008661) #14 HOXB5 (ENSOGAG00000032432) #15 HOXB4 (ENSOGAG00000033709) #16 HOXB3 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ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590.h #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 7 TTLL6 (ENSMICG00000007549) #9 HOXB13 (ENSMICG00000007546) #10 HOXB9 (ENSMICG00000038413) #11 HOXB8 (ENSMICG00000045961) #12 HOXB7 (ENSMICG00000007539) #13 HOXB6 (ENSMICG00000042216) #14 HOXB5 (ENSMICG00000047139) #15 HOXB4 (ENSMICG00000043173) #16 HOXB3 (ENSMICG00000007522) #17 HOXB2 (ENSMICG00000038222) #18 HOXB1 (ENSMICG00000048152) #19 SKAP1 (ENSMICG00000047158) #20 ENSMICG00000029923 SNX11 (ENSMICG00000014741) #21 NFE2L1 (ENSMICG00000014716) #23 ENSMICG00000009510 #22 COPZ2 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Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 168 ENSPSMG00000020369 #7 CALCOCO2 (ENSPSMG00000020308) #8 ENSPSMG00000020243 #9 HOXB13 (ENSPSMG00000020237) #10 HOXB9 (ENSPSMG00000020232) #11 HOXB8 (ENSPSMG00000020227) #12 HOXB7 (ENSPSMG00000020218) #13 HOXB6 (ENSPSMG00000020209) #14 HOXB5 (ENSPSMG00000020200) #15 HOXB4 (ENSPSMG00000020187) #16 HOXB3 (ENSPSMG00000020182) #17 HOXB2 (ENSPSMG00000020176) #18 HOXB1 (ENSPSMG00000020167) #19 SKAP1 (ENSPSMG00000020161) #20 SNX11 (ENSPSMG00000020139) #21 CBX1 (ENSPSMG00000020119) #22 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 1048 IDS (ENSPCOG00000027114) ENSPCOG00000027307 ENSPCOG00000021033 AFF2 (ENSPCOG00000013963) ENSPCOG00000028627 FMR1 (ENSPCOG00000028651) ENSPCOG00000023359 ENSPCOG00000022948 ENSPCOG00000026333 SLITRK4 (ENSPCOG00000001878) ENSPCOG00000010819 ENSPCOG00000025982 #22 LDOC1 (ENSPCOG00000026405) ENSPCOG00000021671 CXorf66 (ENSPCOG00000016018) ATP11C (ENSPCOG00000016658) MCF2 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snub-nosed monkey MODERN SPECIES 585 CALCOCO2 (ENSRROG00000042598) #8 TTLL6 (ENSRROG00000044208) #9 HOXB13 (ENSRROG00000042147) #10 PRAC2 (ENSRROG00000033208) PRAC1 (ENSRROG00000039006) HOXB9 (ENSRROG00000044654) #11 HOXB8 (ENSRROG00000045349) #12 HOXB7 (ENSRROG00000035066) #13 HOXB6 (ENSRROG00000028093) #14 HOXB5 (ENSRROG00000030674) #15 HOXB3 (ENSRROG00000037630) #17 HOXB2 (ENSRROG00000044849) #18 HOXB1 (ENSRROG00000042747) #19 SKAP1 (ENSRROG00000031517) #20 SNX11 (ENSRROG00000029464) #21 CBX1 (ENSRROG00000041227) #22 NFE2L1 (ENSRROG00000044774) #23 COPZ2 (ENSRROG00000030969) #24 CDK5RAP3 (ENSRROG00000044651) #25 PRR15L (ENSRROG00000009484) #26 PNPO (ENSRROG00000044027) #27 SP2 (ENSRROG00000037481) #28 SP6 (ENSRROG00000008983) #29 SCRN2 (ENSRROG00000037252) #30 LRRC46 (ENSRROG00000039559) #31 MRPL10 (ENSRROG00000033938) #32 OSBPL7 (ENSRROG00000017659) #33 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3050 ENSRROG00000029058 AP1S3 (ENSRROG00000031051) ENSRROG00000028651 #22 WDFY1 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TXNDC2 (ENSRBIG00000040108) ENSRBIG00000040735 OCRL (ENSRBIG00000041702) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159720 #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898.a #36 ENSGT00550000074898.b #36 Mas night monkey MODERN SPECIES 349 NDUFS3 (ENSANAG00000030907) KBTBD4 (ENSANAG00000029505) ENSANAG00000033117 CELF1 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ENSGT00550000074898 #36 Pecora ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 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#29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 American bison MODERN SPECIES 2013 ENSBBBG00000004396 #22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000156741 ENSGT00940000157056 ENSGT00940000159678 ENSGT00530000063727.B ENSGT00940000157278 ENSGT00940000161669 ENSGT00940000158569 ENSGT00940000160321.d ENSGT00940000157733 ENSGT00910000144227.s.b ENSGT00910000147356 ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b ENSGT00940000163257 ENSGT00940000162029 ENSGT00940000154582 ENSGT00940000154152.d.b.h.a #22 ENSGT00390000004552.c.b ENSGT00530000063548.B ENSGT00390000006641 ENSGT00940000160647 ENSGT01030000235147 ENSGT00950000183026.A.a.a ENSGT00390000017153.a ENSGT00940000160440 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000155777 ENSGT00950000183012.B.b ENSGT00390000001455.dc.a.b 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ENSBIXG00005013692 ENSBIXG00005013660 ZFP42 (ENSBIXG00005013618) TRIML2 (ENSBIXG00005013599) TRIML1 (ENSBIXG00005001654) ENSBIXG00005013548 ENSBIXG00005013517 #22 FRG1 (ENSBIXG00005013475) ASAH1 (ENSBIXG00005013422) PCM1 (ENSBIXG00005013287) FGL1 (ENSBIXG00005013122) MTUS1 (ENSBIXG00005007709) PDGFRL (ENSBIXG00005012751) SLC7A2 (ENSBIXG00005012727) ENSBIXG00005012682 MTMR7 (ENSBIXG00005012670) VPS37A (ENSBIXG00005001394) ENSBIXG00005012572 CNOT7 (ENSBIXG00005012555) ZDHHC2 (ENSBIXG00005012521) MICU3 (ENSBIXG00005012507) ENSBIXG00005012459 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00970000193562 ENSGT00390000018003.b ENSGT00390000002793 ENSGT00940000156039 ENSGT00390000007747 ENSGT00940000161014 ENSGT00950000182839.B.a.a ENSGT00910000144343 ENSGT00530000063539.b.lb.a ENSGT00940000155871 ENSGT00390000001810 ENSGT00390000004708 ENSGT00530000063722.a ENSGT00390000009532.A.d.a.o ENSGT00940000156122 ENSGT00940000154152.d.b.h.a.b #22 ENSGT00950000182939.b.a.b ENSGT00390000000212 ENSGT01030000234535.D ENSGT00940000163137 ENSGT00390000004237 ENSGT00940000156680.b.b ENSGT00990000203615.a.a.b ENSGT00940000153525.g.b.a.m ENSGT00390000018612.a.b ENSGT00390000012501 ENSGT00390000014507.a.g ENSGT00940000157013 ENSGT00390000014894 ENSGT00510000048671 ENSGT01080000257336.b.e.b.a.b.b Cow MODERN SPECIES 24 FGFR1OP2 (ENSBTAG00000004532) ENSBTAG00000052661 INTS13 (ENSBTAG00000013515) ITPR2 (ENSBTAG00000002313) SSPN (ENSBTAG00000000393) BHLHE41 (ENSBTAG00000030575) RASSF8 (ENSBTAG00000021980) LMNTD1 (ENSBTAG00000000749) ENSBTAG00000055210 KRAS (ENSBTAG00000009778) ETFRF1 (ENSBTAG00000026624) DNAI7 (ENSBTAG00000002972) IRAG2 (ENSBTAG00000019711) BCAT1 (ENSBTAG00000013825) SOX5 (ENSBTAG00000022360) ENSBTAG00000004109 #22 ETNK1 (ENSBTAG00000005833) C2CD5 (ENSBTAG00000001673) ST8SIA1 (ENSBTAG00000000593) ENSBTAG00000026611 CMAS (ENSBTAG00000010136) ABCC9 (ENSBTAG00000019294) KCNJ8 (ENSBTAG00000002551) LDHB (ENSBTAG00000019603) GYS2 (ENSBTAG00000013333) SPX (ENSBTAG00000053951) GOLT1B (ENSBTAG00000000379) RECQL (ENSBTAG00000021083) PYROXD1 (ENSBTAG00000021078) IAPP (ENSBTAG00000010530) SLCO1A2 (ENSBTAG00000003282) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 TM7SF3 (ENSBIXG00005029713) ENSBIXG00005029705 FGFR1OP2 (ENSBIXG00005029694) INTS13 (ENSBIXG00005029676) ITPR2 (ENSBIXG00005029654) SSPN (ENSBIXG00005029617) BHLHE41 (ENSBIXG00005029600) RASSF8 (ENSBIXG00005029583) ENSBIXG00005029563 ENSBIXG00005029548 KRAS (ENSBIXG00005029534) ETFRF1 (ENSBIXG00005029501) DNAI7 (ENSBIXG00005029450) IRAG2 (ENSBIXG00005029377) ENSBIXG00005029312 ENSBIXG00005007855 #22 SOX5 (ENSBIXG00005007922) ETNK1 (ENSBIXG00005007986) C2CD5 (ENSBIXG00005008163) ST8SIA1 (ENSBIXG00005008238) ENSBIXG00005008258 CMAS (ENSBIXG00005008273) ABCC9 (ENSBIXG00005005898) KCNJ8 (ENSBIXG00005005900) ENSBIXG00005000172 GYS2 (ENSBIXG00005008369) SPX (ENSBIXG00005008381) GOLT1B (ENSBIXG00005000177) RECQL (ENSBIXG00005008417) PYROXD1 (ENSBIXG00005008427) ENSBIXG00005008439 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT01040000240629 ENSGT00940000156741 ENSGT00940000157056 ENSGT00940000159678 ENSGT00530000063727.B ENSGT00940000157278 ENSGT00940000161669 ENSGT00940000158569 ENSGT00940000160321.d ENSGT00940000157733 ENSGT00910000147356 ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b ENSGT00940000163257 ENSGT00940000162029 ENSGT00940000154582 ENSGT00940000154152.d.b.h.a #22 ENSGT00390000004552.c.b ENSGT00530000063548.B ENSGT00390000006641 ENSGT00940000160647 ENSGT00950000183026.A.a.a ENSGT00390000017153.a ENSGT00940000160440 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000155777 ENSGT00390000001455.dc.a.b ENSGT00950000183012.B.b ENSGT00390000000080.a.a ENSGT00940000153716.B ENSGT00950000183079.A.b.c.a ENSGT00940000158380 Domestic yak MODERN SPECIES 20 ENSBGRG00000018340 ENSBGRG00000018228 PDLIM3 (ENSBGRG00000017566) SORBS2 (ENSBGRG00000016942) ENSBGRG00000016502 CYP4V2 (ENSBGRG00000016397) KLKB1 (ENSBGRG00000016181) F11 (ENSBGRG00000016074) MTNR1A (ENSBGRG00000016011) FAT1 (ENSBGRG00000015602) ENSBGRG00000015554 ENSBGRG00000015512 ZFP42 (ENSBGRG00000015276) TRIML2 (ENSBGRG00000015164) TRIML1 (ENSBGRG00000014946) ENSBGRG00000014826 #22 FRG1 (ENSBGRG00000014708) ASAH1 (ENSBGRG00000013034) ENSBGRG00000012955 PCM1 (ENSBGRG00000011591) FGL1 (ENSBGRG00000011371) MTUS1 (ENSBGRG00000010499) PDGFRL (ENSBGRG00000010417) SLC7A2 (ENSBGRG00000010347) ENSBGRG00000010330 MTMR7 (ENSBGRG00000010271) ENSBGRG00000010235 VPS37A (ENSBGRG00000010032) CNOT7 (ENSBGRG00000009907) ZDHHC2 (ENSBGRG00000009790) ENSBGRG00000009755 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.h.b #22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.h.b #22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 LGSN (ENSBIXG00005007530) OCA2 (ENSBIXG00005013300) ENSBIXG00005013223 #22 HERC2 (ENSBIXG00005013173) NIPA1 (ENSBIXG00005001495) NIPA2 (ENSBIXG00005013049) CYFIP1 (ENSBIXG00005012955) TUBGCP5 (ENSBIXG00005012783) ENSBIXG00005012692 IMP4 (ENSBIXG00005012662) PTPN18 (ENSBIXG00005001393) AMER3 (ENSBIXG00005001368) ENSBIXG00005012501 ENSBIXG00005012462 ENSBIXG00005012453 PLEKHB2 (ENSBIXG00005012420) ENSBIXG00005001302 ENSBIXG00005007104 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.h.b #22 Domestic yak MODERN SPECIES 11 LGSN (ENSBGRG00000006038) ENSBGRG00000006003 #22 OCA2 (ENSBGRG00000005705) ENSBGRG00000005666 ENSBGRG00000005631 ENSBGRG00000005595 NIPA1 (ENSBGRG00000005572) NIPA2 (ENSBGRG00000005535) CYFIP1 (ENSBGRG00000005442) TUBGCP5 (ENSBGRG00000004808) ENSBGRG00000004697 IMP4 (ENSBGRG00000004594) PTPN18 (ENSBGRG00000004438) AMER3 (ENSBGRG00000004418) ENSBGRG00000004292 FAM168B (ENSBGRG00000004226) ENSBGRG00000004197 Bos ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00940000154688.b.k.a ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.i #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590.e.b #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00940000154688.b.k.a ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.i #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590.e.b #28 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yak MODERN SPECIES 1973 ENSBMUG00000016595 #22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00940000154688.b.k.a ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.i #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590.e.b #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 CALCOCO2 (ENSBIXG00005029366) #8 ENSBIXG00005029447 #9 HOXB13 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whale MODERN SPECIES 20 TMEM229A (ENSBMSG00010005860) GPR37 (ENSBMSG00010005843) POT1 (ENSBMSG00010005826) ENSBMSG00010005805 GRM8 (ENSBMSG00010005780) ZNF800 (ENSBMSG00010005758) GCC1 (ENSBMSG00010005744) ARF5 (ENSBMSG00010005732) FSCN3 (ENSBMSG00010005721) PAX4 (ENSBMSG00010005697) ENSBMSG00010005681 ENSBMSG00010005674 SND1 (ENSBMSG00010005644) LEP (ENSBMSG00010005621) RBM28 (ENSBMSG00010005595) ENSBMSG00010005580 #22 PRRT4 (ENSBMSG00010005567) IMPDH1 (ENSBMSG00010005499) GARIN1A (ENSBMSG00010005458) GARIN1B (ENSBMSG00010005451) CALU (ENSBMSG00010005429) OPN1SW (ENSBMSG00010005408) CCDC136 (ENSBMSG00010005379) FLNC (ENSBMSG00010005264) ATP6V1F (ENSBMSG00010005201) ATP6V1FNB (ENSBMSG00010005193) KCP (ENSBMSG00010005056) IRF5 (ENSBMSG00010021438) TNPO3 (ENSBMSG00010021371) TSPAN33 (ENSBMSG00010021341) SMO (ENSBMSG00010021316) Blue whale MODERN SPECIES 4 RHOB (ENSBMSG00010013496) HS1BP3 (ENSBMSG00010013470) GDF7 (ENSBMSG00010013453) LDAH (ENSBMSG00010013418) ENSBMSG00010013370 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(ENSPCTG00005004985) #20 HOXB1 (ENSPCTG00005004966) #19 HOXB2 (ENSPCTG00005004951) #18 HOXB3 (ENSPCTG00005004930) #17 HOXB4 (ENSPCTG00005004920) #16 HOXB5 (ENSPCTG00005004905) #15 HOXB6 (ENSPCTG00005004887) #14 HOXB7 (ENSPCTG00005004882) #13 HOXB8 (ENSPCTG00005004864) #12 HOXB9 (ENSPCTG00005004847) #11 HOXB13 (ENSPCTG00005004788) #10 TTLL6 (ENSPCTG00005004739) #9 CALCOCO2 (ENSPCTG00005004611) #8 ATP5MC1 (ENSPCTG00005004516) SNF8 (ENSPCTG00005004481) Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000159720.g #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 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#34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES 12 ENSPSNG00000016635 #7 CALCOCO2 (ENSPSNG00000016749) #8 TTLL6 (ENSPSNG00000017015) #9 HOXB13 (ENSPSNG00000017233) #10 HOXB9 (ENSPSNG00000017398) #11 HOXB8 (ENSPSNG00000017436) #12 HOXB7 (ENSPSNG00000017482) #13 HOXB6 (ENSPSNG00000017525) #14 HOXB5 (ENSPSNG00000017559) #15 HOXB4 (ENSPSNG00000017604) #16 HOXB3 (ENSPSNG00000017636) #17 HOXB2 (ENSPSNG00000017708) #18 HOXB1 (ENSPSNG00000017728) #19 SKAP1 (ENSPSNG00000017760) #20 SNX11 (ENSPSNG00000017889) #21 ENSPSNG00000017984 #22 NFE2L1 (ENSPSNG00000018052) #23 COPZ2 (ENSPSNG00000018262) #24 CDK5RAP3 (ENSPSNG00000018321) #25 PRR15L (ENSPSNG00000018399) #26 PNPO (ENSPSNG00000018423) #27 SP2 (ENSPSNG00000018528) #28 SP6 (ENSPSNG00000018568) #29 SCRN2 (ENSPSNG00000018588) #30 LRRC46 (ENSPSNG00000018676) #31 ENSPSNG00000018757 OSBPL7 (ENSPSNG00000018799) #33 TBX21 (ENSPSNG00000018852) #34 TBKBP1 (ENSPSNG00000018911) #35 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#20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 48 MRPS17 (ENSDLEG00000018753) NIPSNAP2 (ENSDLEG00000018757) PSPH (ENSDLEG00000018767) CCT6A (ENSDLEG00000018778) SUMF2 (ENSDLEG00000018792) PHKG1 (ENSDLEG00000018801) CHCHD2 (ENSDLEG00000018807) NUPR2 (ENSDLEG00000018811) VKORC1L1 (ENSDLEG00000018816) GUSB (ENSDLEG00000018820) CRCP (ENSDLEG00000018827) ASL (ENSDLEG00000018834) TPST1 (ENSDLEG00000018842) TMEM248 (ENSDLEG00000018849) ENSDLEG00000018883 #22 ENSDLEG00000018890 #22 SBDS (ENSDLEG00000018897) ENSDLEG00000018904 CALN1 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Narwhal MODERN SPECIES 316 ENSMMNG00015022058 #7 CALCOCO2 (ENSMMNG00015022060) #8 TTLL6 (ENSMMNG00015015987) #9 HOXB13 (ENSMMNG00015016080) #10 HOXB9 (ENSMMNG00015016160) #11 HOXB8 (ENSMMNG00015016175) #12 HOXB7 (ENSMMNG00015016197) #13 HOXB6 (ENSMMNG00015016215) #14 HOXB5 (ENSMMNG00015016235) #15 HOXB4 (ENSMMNG00015016252) #16 HOXB3 (ENSMMNG00015016287) #17 HOXB2 (ENSMMNG00015016324) #18 HOXB1 (ENSMMNG00015016356) #19 SKAP1 (ENSMMNG00015016386) #20 SNX11 (ENSMMNG00015016452) #21 CBX1 (ENSMMNG00015016582) #22 NFE2L1 (ENSMMNG00015016634) #23 COPZ2 (ENSMMNG00015016743) #24 CDK5RAP3 (ENSMMNG00015016820) #25 PRR15L (ENSMMNG00015016868) #26 PNPO (ENSMMNG00015016895) #27 SP2 (ENSMMNG00015016948) #28 SP6 (ENSMMNG00015016969) #29 SCRN2 (ENSMMNG00015016985) #30 LRRC46 (ENSMMNG00015017038) #31 MRPL10 (ENSMMNG00015017084) #32 OSBPL7 (ENSMMNG00015017115) #33 TBX21 (ENSMMNG00015017166) #34 TBKBP1 (ENSMMNG00015017190) #35 KPNB1 (ENSMMNG00015017215) #36 NPEPPS (ENSMMNG00015017277) #37 Narwhal MODERN SPECIES 299 RFC2 (ENSMMNG00015006460) CLIP2 (ENSMMNG00015006394) GTF2IRD1 (ENSMMNG00015006251) ENSMMNG00015006197 GTF2I (ENSMMNG00015005965) NCF1 (ENSMMNG00015005833) ENSMMNG00015005795 RCC1L (ENSMMNG00015005769) CASTOR2 (ENSMMNG00015005735) ENSMMNG00015005712 AUTS2 (ENSMMNG00015005460) GALNT17 (ENSMMNG00015005367) CALN1 (ENSMMNG00015005340) ENSMMNG00015005309 SBDS (ENSMMNG00015005284) ENSMMNG00015005273 #22 TMEM248 (ENSMMNG00015005259) RABGEF1 (ENSMMNG00015005238) ENSMMNG00015005221 KCTD7 (ENSMMNG00015005208) TPST1 (ENSMMNG00015009312) ASL (ENSMMNG00015009264) CRCP (ENSMMNG00015009231) GUSB (ENSMMNG00015009203) VKORC1L1 (ENSMMNG00015009195) NUPR2 (ENSMMNG00015009184) ENSMMNG00015009178 PHKG1 (ENSMMNG00015009171) SUMF2 (ENSMMNG00015009147) CCT6A (ENSMMNG00015009130) PSPH (ENSMMNG00015009110) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Chacoan peccary MODERN SPECIES 145 ATP5MC1 (ENSCWAG00000022052) CALCOCO2 (ENSCWAG00000022056) #8 TTLL6 (ENSCWAG00000022059) #9 HOXB13 (ENSCWAG00000022063) #10 HOXB9 (ENSCWAG00000022065) #11 HOXB8 (ENSCWAG00000022066) #12 HOXB7 (ENSCWAG00000022067) #13 HOXB6 (ENSCWAG00000022069) #14 HOXB5 (ENSCWAG00000022071) #15 HOXB4 (ENSCWAG00000022074) #16 HOXB3 (ENSCWAG00000022077) #17 HOXB2 (ENSCWAG00000022078) #18 HOXB1 (ENSCWAG00000022080) #19 SKAP1 (ENSCWAG00000000046) #20 SNX11 (ENSCWAG00000000070) #21 CBX1 (ENSCWAG00000000121) #22 NFE2L1 (ENSCWAG00000000185) #23 COPZ2 (ENSCWAG00000000341) #24 CDK5RAP3 (ENSCWAG00000000377) #25 PRR15L (ENSCWAG00000000410) #26 PNPO (ENSCWAG00000000427) #27 SP2 (ENSCWAG00000000474) #28 SP6 (ENSCWAG00000000502) #29 SCRN2 (ENSCWAG00000000520) #30 LRRC46 (ENSCWAG00000000570) #31 MRPL10 (ENSCWAG00000000589) #32 OSBPL7 (ENSCWAG00000000623) #33 TBX21 (ENSCWAG00000000709) #34 TBKBP1 (ENSCWAG00000000726) #35 KPNB1 (ENSCWAG00000000755) #36 NPEPPS (ENSCWAG00000000826) #37 Pig MODERN SPECIES 3 ATP5MC1 (ENSSSCG00000017544) CALCOCO2 (ENSSSCG00000017543) #8 TTLL6 (ENSSSCG00000017542) #9 HOXB13 (ENSSSCG00000017541) #10 HOXB9 (ENSSSCG00000061856) #11 HOXB8 (ENSSSCG00000017537) #12 HOXB7 (ENSSSCG00000017538) #13 HOXB6 (ENSSSCG00000017539) #14 HOXB5 (ENSSSCG00000017540) #15 HOXB4 (ENSSSCG00000017535) #16 HOXB3 (ENSSSCG00000017534) #17 HOXB2 (ENSSSCG00000017533) #18 HOXB1 (ENSSSCG00000017532) #19 SKAP1 (ENSSSCG00000017527) #20 SNX11 (ENSSSCG00000017528) #21 CBX1 (ENSSSCG00000017529) #22 NFE2L1 (ENSSSCG00000017525) #23 COPZ2 (ENSSSCG00000017526) #24 CDK5RAP3 (ENSSSCG00000017524) #25 PRR15L (ENSSSCG00000054179) #26 PNPO (ENSSSCG00000032782) #27 SP2 (ENSSSCG00000017516) #28 SP6 (ENSSSCG00000017522) #29 SCRN2 (ENSSSCG00000017521) #30 LRRC46 (ENSSSCG00000017520) #31 MRPL10 (ENSSSCG00000017519) #32 OSBPL7 (ENSSSCG00000017518) #33 TBX21 (ENSSSCG00000017517) #34 ENSSSCG00000057498 #35 KPNB1 (ENSSSCG00000017514) #36 NPEPPS (ENSSSCG00000017513) #37 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cat MODERN SPECIES 245 CALCOCO2 (ENSFCAG00000010622) #8 TTLL6 (ENSFCAG00000010617) #9 HOXB13 (ENSFCAG00000002120) #10 HOXB9 (ENSFCAG00000035234) #11 HOXB8 (ENSFCAG00000036979) #12 HOXB7 (ENSFCAG00000002118) #13 HOXB6 (ENSFCAG00000034768) #14 HOXB5 (ENSFCAG00000039068) #15 HOXB4 (ENSFCAG00000051422) #16 HOXB3 (ENSFCAG00000006408) #17 HOXB2 (ENSFCAG00000045039) #18 HOXB1 (ENSFCAG00000028151) #19 ENSFCAG00000034133 SKAP1 (ENSFCAG00000004784) #20 SNX11 (ENSFCAG00000009371) #21 CBX1 (ENSFCAG00000006056) ##22 NFE2L1 (ENSFCAG00000009369) #23 COPZ2 (ENSFCAG00000034233) #24 CDK5RAP3 (ENSFCAG00000009367) #25 PRR15L (ENSFCAG00000009366) #26 PNPO (ENSFCAG00000001300) #27 SP2 (ENSFCAG00000009365) #28 SP6 (ENSFCAG00000009363) #29 SCRN2 (ENSFCAG00000009362) #30 LRRC46 (ENSFCAG00000045119) #31 MRPL10 (ENSFCAG00000009360) #32 OSBPL7 (ENSFCAG00000009359) #33 TBX21 (ENSFCAG00000010607) #34 TBKBP1 (ENSFCAG00000010605) #35 KPNB1 (ENSFCAG00000023994) #36 NPEPPS (ENSFCAG00000027844) #37 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Tiger MODERN SPECIES 230 IGF2BP1 (ENSPTIG00000013291) GIP (ENSPTIG00000016604) SNF8 (ENSPTIG00000017017) UBE2Z (ENSPTIG00000017872) ENSPTIG00000018508 #7 CALCOCO2 (ENSPTIG00000020855) #8 TTLL6 (ENSPTIG00000010570) #9 ENSPTIG00000013326 #10 HOXB7 (ENSPTIG00000014471) #13 HOXB5 (ENSPTIG00000014877) #15 HOXB4 (ENSPTIG00000014995) #16 HOXB2 (ENSPTIG00000015306) #18 HOXB1 (ENSPTIG00000015694) #19 SKAP1 (ENSPTIG00000016493) #20 SNX11 (ENSPTIG00000018316) #21 CBX1 (ENSPTIG00000020896) ##22 NFE2L1 (ENSPTIG00000021715) #23 ENSPTIG00000007047 COPZ2 (ENSPTIG00000007508) #24 CDK5RAP3 (ENSPTIG00000009086) #25 PNPO (ENSPTIG00000012157) #27 SP2 (ENSPTIG00000014873) #28 SCRN2 (ENSPTIG00000016232) #30 LRRC46 (ENSPTIG00000018466) #31 MRPL10 (ENSPTIG00000018968) #32 ENSPTIG00000019388 #33 TBX21 (ENSPTIG00000001553) #34 ENSPTIG00000005274 #35 KPNB1 (ENSPTIG00000006870) #36 NPEPPS (ENSPTIG00000010447) #37 MRPL45 (ENSPTIG00000013013) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Ferret MODERN SPECIES 270 UBE2Z (ENSMPUG00000015342) ENSMPUG00000015341 #7 CALCOCO2 (ENSMPUG00000015338) #8 TTLL6 (ENSMPUG00000015335) #9 HOXB13 (ENSMPUG00000015332) #10 HOXB9 (ENSMPUG00000015330) #11 HOXB8 (ENSMPUG00000015329) #12 HOXB7 (ENSMPUG00000015328) #13 HOXB6 (ENSMPUG00000015322) #14 HOXB5 (ENSMPUG00000015316) #15 HOXB4 (ENSMPUG00000015310) #16 HOXB2 (ENSMPUG00000015309) #18 HOXB1 (ENSMPUG00000015307) #19 SKAP1 (ENSMPUG00000015305) #20 SNX11 (ENSMPUG00000015303) #21 CBX1 (ENSMPUG00000015302) ##22 NFE2L1 (ENSMPUG00000015301) #23 COPZ2 (ENSMPUG00000015292) #24 CDK5RAP3 (ENSMPUG00000015291) #25 PRR15L (ENSMPUG00000020087) #26 PNPO (ENSMPUG00000015290) #27 SP2 (ENSMPUG00000015289) #28 SP6 (ENSMPUG00000020086) #29 SCRN2 (ENSMPUG00000015288) #30 LRRC46 (ENSMPUG00000015287) #31 MRPL10 (ENSMPUG00000015278) #32 OSBPL7 (ENSMPUG00000015276) #33 ENSMPUG00000015275 ENSMPUG00000015273 TBX21 (ENSMPUG00000015272) #34 TBKBP1 (ENSMPUG00000015271) #35 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00940000159720 #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Arabian camel MODERN SPECIES 7 UBE2Z (ENSCDRG00005017075) ENSCDRG00005017142 #7 CALCOCO2 (ENSCDRG00005017213) #8 TTLL6 (ENSCDRG00005017585) #9 HOXB13 (ENSCDRG00005017741) #10 HOXB9 (ENSCDRG00005017862) #11 HOXB7 (ENSCDRG00005018007) #13 HOXB6 (ENSCDRG00005018029) #14 HOXB5 (ENSCDRG00005018055) #15 HOXB4 (ENSCDRG00005018079) #16 HOXB3 (ENSCDRG00005018104) #17 HOXB2 (ENSCDRG00005018121) #18 HOXB1 (ENSCDRG00005018147) #19 SKAP1 (ENSCDRG00005018166) #20 SNX11 (ENSCDRG00005018232) #21 CBX1 (ENSCDRG00005018330) ##22 NFE2L1 (ENSCDRG00005018357) #23 ENSCDRG00005018515 COPZ2 (ENSCDRG00005018538) #24 CDK5RAP3 (ENSCDRG00005018564) #25 PRR15L (ENSCDRG00005018636) #26 SP2 (ENSCDRG00005018756) #28 SP6 (ENSCDRG00005018791) #29 SCRN2 (ENSCDRG00005018805) #30 LRRC46 (ENSCDRG00005018865) #31 MRPL10 (ENSCDRG00005018906) #32 OSBPL7 (ENSCDRG00005018943) #33 TBX21 (ENSCDRG00005018980) #34 TBKBP1 (ENSCDRG00005018994) #35 KPNB1 (ENSCDRG00005019017) #36 NPEPPS (ENSCDRG00005019119) #37 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 3 C1orf112 (ENSOARG00020008897) METTL18 (ENSOARG00020008877) SELE (ENSOARG00020008826) SELL (ENSOARG00020008728) ENSOARG00020008710 SELP (ENSOARG00020008417) SLC19A2 (ENSOARG00020008147) CCDC181 (ENSOARG00020008091) BLZF1 (ENSOARG00020008036) ENSOARG00020008009 NME7 (ENSOARG00020007807) ATP1B1 (ENSOARG00020007736) DPT (ENSOARG00020007710) ENSOARG00020007688 XCL1 (ENSOARG00020007666) ENSOARG00020007655 ##22 RGS7 (ENSOARG00020006899) FH (ENSOARG00020006418) KMO (ENSOARG00020006259) WDR64 (ENSOARG00020005994) EXO1 (ENSOARG00020005940) MAP1LC3C (ENSOARG00020005910) ENSOARG00020005851 PLD5 (ENSOARG00020005705) CEP170 (ENSOARG00020005464) AKT3 (ENSOARG00020005210) ZBTB18 (ENSOARG00020005168) C1orf100 (ENSOARG00020005127) ENSOARG00020005105 ENSOARG00020005072 DESI2 (ENSOARG00020005026) Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 26 ENSCHIG00000019835 ENSCHIG00000013757 CDC34 (ENSCHIG00000025931) TPGS1 (ENSCHIG00000021977) ENSCHIG00000011093 ODF3L2 (ENSCHIG00000008700) ENSCHIG00000016980 ENSCHIG00000009666 ENSCHIG00000021094 C2CD4C (ENSCHIG00000012931) THEG (ENSCHIG00000022326) MIER2 (ENSCHIG00000018261) PLPP2 (ENSCHIG00000026941) ENSCHIG00000006176 PGBD2 (ENSCHIG00000004584) ENSCHIG00000022233 ##22 ZNF692 (ENSCHIG00000015907) ZNF672 (ENSCHIG00000007515) SH3BP5L (ENSCHIG00000009447) LYPD8 (ENSCHIG00000018982) ENSCHIG00000021690 ENSCHIG00000014028 ENSCHIG00000008999 ENSCHIG00000022428 ENSCHIG00000009490 ENSCHIG00000010616 ENSCHIG00000018731 ENSCHIG00000008431 OR2G6 (ENSCHIG00000002099) OR2T11 (ENSCHIG00000022429) ENSCHIG00000006401 Goat MODERN SPECIES 2 KYAT1 (ENSCHIG00000015959) LRRC8A (ENSCHIG00000003097) PHYHD1 (ENSCHIG00000025025) DOLK (ENSCHIG00000013790) NUP188 (ENSCHIG00000017195) SH3GLB2 (ENSCHIG00000023738) MIGA2 (ENSCHIG00000021488) DOLPP1 (ENSCHIG00000022790) CRAT (ENSCHIG00000016047) PTPA (ENSCHIG00000018428) IER5L (ENSCHIG00000007780) NTMT1 (ENSCHIG00000008995) ASB6 (ENSCHIG00000023406) PRRX2 (ENSCHIG00000024682) PTGES (ENSCHIG00000024614) ENSCHIG00000012306 ##22 TOR1B (ENSCHIG00000015527) TOR1A (ENSCHIG00000020435) C9orf78 (ENSCHIG00000027025) ENSCHIG00000024518 USP20 (ENSCHIG00000017589) FNBP1 (ENSCHIG00000027203) GPR107 (ENSCHIG00000022854) NCS1 (ENSCHIG00000017219) HMCN2 (ENSCHIG00000017573) ASS1 (ENSCHIG00000017801) FUBP3 (ENSCHIG00000027228) PRDM12 (ENSCHIG00000025005) EXOSC2 (ENSCHIG00000021398) ABL1 (ENSCHIG00000021749) QRFP (ENSCHIG00000010002) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cow MODERN SPECIES 11 LGSN (ENSBTAG00000010051) OCA2 (ENSBTAG00000009831) ENSBTAG00000040536 ##22 HERC2 (ENSBTAG00000013916) NIPA1 (ENSBTAG00000002316) NIPA2 (ENSBTAG00000016895) CYFIP1 (ENSBTAG00000016894) TUBGCP5 (ENSBTAG00000014714) CCDC115 (ENSBTAG00000015841) IMP4 (ENSBTAG00000003225) PTPN18 (ENSBTAG00000011658) AMER3 (ENSBTAG00000038318) ARHGEF4 (ENSBTAG00000015834) FAM168B (ENSBTAG00000034978) PLEKHB2 (ENSBTAG00000000941) ENSBTAG00000050302 ENSBTAG00000049385 ENSBTAG00000049463 American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 3101 UBE2Z (ENSBBBG00000021371) ATP5MC1 (ENSBBBG00000021377) CALCOCO2 (ENSBBBG00000005726) #8 TTLL6 (ENSBBBG00000021540) #9 HOXB13 (ENSBBBG00000021546) #10 HOXB9 (ENSBBBG00000021558) #11 HOXB7 (ENSBBBG00000021565) #13 HOXB6 (ENSBBBG00000021567) #14 HOXB5 (ENSBBBG00000021577) #15 HOXB4 (ENSBBBG00000021585) #16 HOXB3 (ENSBBBG00000005740) #17 HOXB2 (ENSBBBG00000021598) #18 HOXB1 (ENSBBBG00000021601) #19 SKAP1 (ENSBBBG00000021634) #20 SNX11 (ENSBBBG00000021652) #21 ENSBBBG00000021675 ##22 NFE2L1 (ENSBBBG00000021740) #23 COPZ2 (ENSBBBG00000021782) #24 CDK5RAP3 (ENSBBBG00000021808) #25 PRR15L (ENSBBBG00000021809) #26 PNPO (ENSBBBG00000021862) #27 SP2 (ENSBBBG00000021914) #28 SP6 (ENSBBBG00000021924) #29 SCRN2 (ENSBBBG00000021958) #30 LRRC46 (ENSBBBG00000021972) #31 MRPL10 (ENSBBBG00000021983) #32 OSBPL7 (ENSBBBG00000022056) #33 TBX21 (ENSBBBG00000005826) #34 ENSBBBG00000022076 #35 KPNB1 (ENSBBBG00000022131) #36 NPEPPS (ENSBBBG00000022236) #37 American bison MODERN SPECIES 3234 ENSBBBG00000008242 LGSN (ENSBBBG00000025133) ENSBBBG00000008248 ##22 OCA2 (ENSBBBG00000025260) ENSBBBG00000025275 HERC2 (ENSBBBG00000025497) NIPA1 (ENSBBBG00000010801) NIPA2 (ENSBBBG00000010831) CYFIP1 (ENSBBBG00000001913) TUBGCP5 (ENSBBBG00000001933) ENSBBBG00000010913 IMP4 (ENSBBBG00000010931) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Monodontidae DUPLICATION Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155234.b ENSGT00940000155196.n.b ENSGT00940000158205 ENSGT00940000154194.lb ENSGT00940000161376 ENSGT00390000014293.a ENSGT00390000001063 ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00940000155919 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000156773.n ENSGT00940000160278 ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160064.b ENSGT00940000154152.d.a.a.e ##22 ENSGT00940000155192 ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000160756.c.b ENSGT01030000234633.C.b ENSGT00950000183175.B.b ENSGT00390000017443.m.a ENSGT00570000079168.b.b.b ENSGT00940000162273 ENSGT00950000183033.a.b.a ENSGT00730000111564 ENSGT00940000158189 ENSGT00390000015889.o.b.a.a ENSGT00940000162703 ENSGT00940000156633 Beluga whale MODERN SPECIES 13 ADH1C (ENSDLEG00000001132) ENSDLEG00000001104 METAP1 (ENSDLEG00000001082) ENSDLEG00000001061 TSPAN5 (ENSDLEG00000001033) RAP1GDS1 (ENSDLEG00000001000) STPG2 (ENSDLEG00000000965) ENSDLEG00000000945 ENSDLEG00000000932 UNC5C (ENSDLEG00000000896) BMPR1B (ENSDLEG00000000839) PDLIM5 (ENSDLEG00000000807) HPGDS (ENSDLEG00000000785) SMARCAD1 (ENSDLEG00000000742) ATOH1 (ENSDLEG00000000728) ENSDLEG00000000719 ##22 GRID2 (ENSDLEG00000000678) ENSDLEG00000000650 CCSER1 (ENSDLEG00000000608) ENSDLEG00000000577 MMRN1 (ENSDLEG00000000553) SNCA (ENSDLEG00000000538) ENSDLEG00000000521 GPRIN3 (ENSDLEG00000000510) FAM13A (ENSDLEG00000000334) NAP1L5 (ENSDLEG00000000280) HERC3 (ENSDLEG00000000176) ENSDLEG00000004711 HERC5 (ENSDLEG00000004491) PPM1K (ENSDLEG00000004439) ABCG2 (ENSDLEG00000004291) Narwhal MODERN SPECIES 307 METAP1 (ENSMMNG00015011937) ENSMMNG00015011905 TSPAN5 (ENSMMNG00015011871) RAP1GDS1 (ENSMMNG00015011760) ENSMMNG00015011702 STPG2 (ENSMMNG00015011683) ENSMMNG00015011656 ENSMMNG00015011637 UNC5C (ENSMMNG00015011568) BMPR1B (ENSMMNG00015011501) PDLIM5 (ENSMMNG00015011438) ENSMMNG00015011412 HPGDS (ENSMMNG00015011400) SMARCAD1 (ENSMMNG00015011369) ATOH1 (ENSMMNG00015011356) ENSMMNG00015011351 ##22 GRID2 (ENSMMNG00015011268) CCSER1 (ENSMMNG00015011215) ENSMMNG00015011167 MMRN1 (ENSMMNG00015011136) SNCA (ENSMMNG00015011091) ENSMMNG00015011065 GPRIN3 (ENSMMNG00015011061) TIGD2 (ENSMMNG00015011054) ENSMMNG00015011038 FAM13A (ENSMMNG00015010904) NAP1L5 (ENSMMNG00015010819) HERC3 (ENSMMNG00015010732) ENSMMNG00015010704 HERC5 (ENSMMNG00015010595) PPM1K (ENSMMNG00015010529) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a.f ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 26 ATP5G1 (ENSDLEG00000004867) #7 CALCOCO2 (ENSDLEG00000004861) #8 TTLL6 (ENSDLEG00000004850) #9 HOXB13 (ENSDLEG00000004844) #10 HOXB9 (ENSDLEG00000004838) #11 HOXB8 (ENSDLEG00000004837) #12 HOXB7 (ENSDLEG00000004834) #13 HOXB6 (ENSDLEG00000004829) #14 HOXB5 (ENSDLEG00000004826) #15 HOXB4 (ENSDLEG00000004820) #16 HOXB3 (ENSDLEG00000004817) #17 HOXB2 (ENSDLEG00000004813) #18 HOXB1 (ENSDLEG00000004807) #19 SKAP1 (ENSDLEG00000004779) #20 SNX11 (ENSDLEG00000004765) #21 CBX1 (ENSDLEG00000004754) ##22 NFE2L1 (ENSDLEG00000004744) #23 ENSDLEG00000004734 COPZ2 (ENSDLEG00000004721) #24 CDK5RAP3 (ENSDLEG00000004709) #25 PRR15L (ENSDLEG00000004704) #26 PNPO (ENSDLEG00000004701) #27 SP2 (ENSDLEG00000004697) #28 SP6 (ENSDLEG00000004694) #29 SCRN2 (ENSDLEG00000004688) #30 ENSDLEG00000004684 MRPL10 (ENSDLEG00000004678) #32 OSBPL7 (ENSDLEG00000004366) #33 TBX21 (ENSDLEG00000004247) #34 TBKBP1 (ENSDLEG00000004240) #35 KPNB1 (ENSDLEG00000004223) #36 Vaquita MODERN SPECIES 15 KRTAP15-1 (ENSPSNG00000018174) ENSPSNG00000018158 ENSPSNG00000017997 ENSPSNG00000017975 ENSPSNG00000017921 CLDN8 (ENSPSNG00000017906) CLDN17 (ENSPSNG00000017893) GRIK1 (ENSPSNG00000016547) BACH1 (ENSPSNG00000016196) MAP3K7CL (ENSPSNG00000016152) CCT8 (ENSPSNG00000015918) USP16 (ENSPSNG00000015752) RWDD2B (ENSPSNG00000015651) LTN1 (ENSPSNG00000015262) N6AMT1 (ENSPSNG00000015154) ENSPSNG00000015081 ##22 ADAMTS5 (ENSPSNG00000015026) ADAMTS1 (ENSPSNG00000014983) CYYR1 (ENSPSNG00000014901) APP (ENSPSNG00000014377) GABPA (ENSPSNG00000014275) ATP5PF (ENSPSNG00000014129) JAM2 (ENSPSNG00000014038) MRPL39 (ENSPSNG00000013924) ENSPSNG00000013821 ENSPSNG00000013776 ENSPSNG00000013753 NCAM2 (ENSPSNG00000013317) ENSPSNG00000013261 TMPRSS15 (ENSPSNG00000012969) CHODL (ENSPSNG00000012726) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 5 EEF1E1 (ENSMICG00000012636) BLOC1S5 (ENSMICG00000036195) ENSMICG00000005966 BMP6 (ENSMICG00000005957) SNRNP48 (ENSMICG00000012497) DSP (ENSMICG00000012470) RIOK1 (ENSMICG00000044301) CAGE1 (ENSMICG00000003644) SSR1 (ENSMICG00000047142) ENSMICG00000034173 ENSMICG00000013711 ENSMICG00000004474 GCM2 (ENSMICG00000032859) SYCP2L (ENSMICG00000004241) ELOVL2 (ENSMICG00000031480) ENSMICG00000029333 ##22 SMIM13 (ENSMICG00000037605) NEDD9 (ENSMICG00000017359) TMEM170B (ENSMICG00000042371) HIVEP1 (ENSMICG00000032151) ENSMICG00000042252 EDN1 (ENSMICG00000035008) PHACTR1 (ENSMICG00000000165) TBC1D7 (ENSMICG00000000168) GFOD1 (ENSMICG00000000170) SIRT5 (ENSMICG00000000174) NOL7 (ENSMICG00000044935) RANBP9 (ENSMICG00000000179) ENSMICG00000000183 RNF182 (ENSMICG00000045818) CD83 (ENSMICG00000042608) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 564 TTLL6 (ENSCATG00000029768) #9 HOXB13 (ENSCATG00000041758) #10 PRAC1 (ENSCATG00000038550) HOXB9 (ENSCATG00000002169) #11 HOXB8 (ENSCATG00000025318) #12 HOXB7 (ENSCATG00000042829) #13 HOXB6 (ENSCATG00000043342) #14 HOXB5 (ENSCATG00000027616) #15 HOXB3 (ENSCATG00000031126) #17 HOXB4 (ENSCATG00000040704) #16 HOXB2 (ENSCATG00000035238) #18 HOXB1 (ENSCATG00000035575) #19 SKAP1 (ENSCATG00000044458) #20 ENSCATG00000019817 SNX11 (ENSCATG00000030351) #21 ENSCATG00000034735 ##22 NFE2L1 (ENSCATG00000040775) #23 COPZ2 (ENSCATG00000042708) #24 CDK5RAP3 (ENSCATG00000006699) #25 PRR15L (ENSCATG00000020186) #26 PNPO (ENSCATG00000039934) #27 ENSCATG00000003341 #28 SP6 (ENSCATG00000020123) #29 SCRN2 (ENSCATG00000038846) #30 LRRC46 (ENSCATG00000031406) #31 MRPL10 (ENSCATG00000035686) #32 OSBPL7 (ENSCATG00000033623) #33 TBX21 (ENSCATG00000010529) #34 TBKBP1 (ENSCATG00000040564) #35 KPNB1 (ENSCATG00000037124) #36 NPEPPS (ENSCATG00000011160) #37 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000158517 ENSGT00940000153336.e.a.a.a.b.a.b ENSGT00390000001432 ENSGT00940000154453.b.a.b.b ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a.c ENSGT00390000014785 ENSGT00940000159316 ENSGT00510000048363.h.b ENSGT00390000018389 ENSGT00950000182870.a.a.b.i.b ENSGT00940000162717 ENSGT00940000153902.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000154103.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000164739.b ENSGT00940000164739.a ENSGT00940000154746.h ENSGT00940000162502.c ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.b ENSGT00950000182925.D.a.a.b.b ENSGT00390000012916.h.a.a ENSGT00390000004891 ENSGT00940000162603 ENSGT00940000161062 ENSGT00950000183031.B.e.a ENSGT00940000162993 ENSGT00940000163664 ENSGT00840000130063 ENSGT00940000153097.B.a.b.e.a Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000008859.b.d.k.a.b.b ENSGT00940000158517 ENSGT00940000153336.e.a.a.a.b.a.b ENSGT00390000001432 ENSGT00940000154453.b.a.b.b ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a.c ENSGT00390000014785 ENSGT00940000159316 ENSGT00510000048363.h.b ENSGT00390000018389 ENSGT00940000162717 ENSGT00940000153902.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000154103.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000164739.b ENSGT00940000164739.a ENSGT00940000154746.h ENSGT00940000162502.c ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.b ENSGT00950000182925.D.a.a.b.b ENSGT00390000012916.h.a.a ENSGT00390000004891 ENSGT00940000162603 ENSGT00940000161062 ENSGT00950000183031.B.e.a ENSGT00940000162993 ENSGT00940000163664 ENSGT00840000130063 ENSGT00940000153097.B.a.b.e.a Pan ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153336.e.a.a.a.b.a.b ENSGT00390000001432 ENSGT00940000154453.b.a.b.b ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a.c ENSGT00530000063721.B.j ENSGT00390000014785 ENSGT00940000159316 ENSGT00510000048363.h.b ENSGT00390000018389 ENSGT00940000167416 ENSGT00940000162717 ENSGT00940000153902.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000154103.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000164739.b ENSGT00940000164739.a ENSGT00940000154746.h ENSGT00940000162502.c ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.b.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.b.a ENSGT00950000182925.D.a.a.b.b ENSGT00390000012916.h.a.a ENSGT00390000004891 ENSGT00940000162603 ENSGT00940000161062 ENSGT00950000183031.B.e.a ENSGT00510000049526 ENSGT00940000153097.A.e.a.b.a.b ENSGT00940000162993 Chimpanzee DUPLICATION Chimpanzee MODERN SPECIES 972 VSIG4 (ENSPTRG00000021973) ENSPTRG00000052470 ENSPTRG00000048378 MSN (ENSPTRG00000043871) ENSPTRG00000047745 LAS1L (ENSPTRG00000021970) ZC3H12B (ENSPTRG00000021969) ENSPTRG00000042678 ZC4H2 (ENSPTRG00000021968) ENSPTRG00000049126 MTMR8 (ENSPTRG00000021967) ASB12 (ENSPTRG00000023939) AMER1 (ENSPTRG00000028264) ARHGEF9 (ENSPTRG00000021964) SPIN4 (ENSPTRG00000021963) ENSPTRG00000046006 ##22 ENSPTRG00000021962 ZXDB (ENSPTRG00000028265) ENSPTRG00000043211 ENSPTRG00000044247 FAAH2 (ENSPTRG00000021960) ENSPTRG00000045900 ENSPTRG00000043533 ENSPTRG00000050255 ENSPTRG00000050691 NBDY (ENSPTRG00000052659) UBQLN2 (ENSPTRG00000048553) KLF8 (ENSPTRG00000021957) RRAGB (ENSPTRG00000021955) ENSPTRG00000024276 FOXR2 (ENSPTRG00000045344) Chimpanzee MODERN SPECIES 853 ENSPTRG00000050116 ENSPTRG00000044488 ##22 Bonobo MODERN SPECIES 369 VSIG4 (ENSPPAG00000033935) ENSPPAG00000031010 ENSPPAG00000033953 MSN (ENSPPAG00000034551) ENSPPAG00000029012 LAS1L (ENSPPAG00000034161) ZC3H12B (ENSPPAG00000039530) ENSPPAG00000035515 ZC4H2 (ENSPPAG00000039016) ENSPPAG00000037846 MTMR8 (ENSPPAG00000014635) ASB12 (ENSPPAG00000031745) AMER1 (ENSPPAG00000011145) ARHGEF9 (ENSPPAG00000023374) SPIN4 (ENSPPAG00000024587) ENSPPAG00000039611 ##22 ENSPPAG00000029850 FAAH2 (ENSPPAG00000039172) ENSPPAG00000014717 ENSPPAG00000036835 ENSPPAG00000010875 ENSPPAG00000028086 NBDY (ENSPPAG00000003509) UBQLN2 (ENSPPAG00000004864) KLF8 (ENSPPAG00000043222) RRAGB (ENSPPAG00000034614) ENSPPAG00000033736 FOXR2 (ENSPPAG00000023762) MAGEH1 (ENSPPAG00000021882) ENSPPAG00000041617 PAGE3 (ENSPPAG00000010656) Gorilla MODERN SPECIES 523 ENSGGOG00000037535 ENSGGOG00000041250 VSIG4 (ENSGGOG00000000336) ENSGGOG00000013331 MSN (ENSGGOG00000001823) LAS1L (ENSGGOG00000008739) ZC3H12B (ENSGGOG00000024638) ENSGGOG00000041261 ZC4H2 (ENSGGOG00000009687) ENSGGOG00000027970 MTMR8 (ENSGGOG00000015976) ASB12 (ENSGGOG00000007888) ENSGGOG00000009940 ARHGEF9 (ENSGGOG00000003158) SPIN4 (ENSGGOG00000002720) ENSGGOG00000027034 ##22 ZXDA (ENSGGOG00000040244) ZXDB (ENSGGOG00000037283) ENSGGOG00000043341 FAAH2 (ENSGGOG00000025619) ENSGGOG00000041892 ENSGGOG00000040276 ENSGGOG00000011187 ENSGGOG00000011533 NBDY (ENSGGOG00000043011) UBQLN2 (ENSGGOG00000016984) KLF8 (ENSGGOG00000008188) ENSGGOG00000037846 RRAGB (ENSGGOG00000011501) FOXR2 (ENSGGOG00000008237) ENSGGOG00000038688 Orangutan DUPLICATION Orangutan MODERN SPECIES 17 CPE (ENSPPYG00000015179) ENSPPYG00000032018 TLL1 (ENSPPYG00000015181) SPOCK3 (ENSPPYG00000015182) ANXA10 (ENSPPYG00000015183) DDX60 (ENSPPYG00000015184) DDX60L (ENSPPYG00000015185) PALLD (ENSPPYG00000015186) CBR4 (ENSPPYG00000015188) SH3RF1 (ENSPPYG00000015189) NEK1 (ENSPPYG00000015190) CLCN3 (ENSPPYG00000015192) HPF1 (ENSPPYG00000015193) MFAP3L (ENSPPYG00000015194) AADAT (ENSPPYG00000015196) ENSPPYG00000015200 ##22 GALNTL6 (ENSPPYG00000015201) ENSPPYG00000032084 GALNT7 (ENSPPYG00000015203) HMGB2 (ENSPPYG00000015204) SAP30 (ENSPPYG00000015205) SCRG1 (ENSPPYG00000015206) HAND2 (ENSPPYG00000039964) ENSPPYG00000036877 FBXO8 (ENSPPYG00000015210) CEP44 (ENSPPYG00000015211) HPGD (ENSPPYG00000015212) GLRA3 (ENSPPYG00000015213) ADAM29 (ENSPPYG00000015277) GPM6A (ENSPPYG00000015214) WDR17 (ENSPPYG00000015215) Orangutan MODERN SPECIES 8 TTLL6 (ENSPPYG00000008906) #9 HOXB13 (ENSPPYG00000008904) #10 ENSPPYG00000036609 PRAC1 (ENSPPYG00000008903) HOXB9 (ENSPPYG00000008902) #11 HOXB8 (ENSPPYG00000038542) #12 HOXB7 (ENSPPYG00000008901) #13 HOXB6 (ENSPPYG00000008899) #14 HOXB5 (ENSPPYG00000008898) #15 HOXB4 (ENSPPYG00000008897) #16 HOXB3 (ENSPPYG00000008896) #17 HOXB2 (ENSPPYG00000008895) #18 HOXB1 (ENSPPYG00000008894) #19 SKAP1 (ENSPPYG00000008893) #20 SNX11 (ENSPPYG00000008892) #21 ENSPPYG00000008891 ##22 NFE2L1 (ENSPPYG00000036998) #23 ENSPPYG00000008889 #24 CDK5RAP3 (ENSPPYG00000008888) #25 PRR15L (ENSPPYG00000008887) #26 PNPO (ENSPPYG00000040967) #27 SP2 (ENSPPYG00000008885) #28 SP6 (ENSPPYG00000008884) #29 SCRN2 (ENSPPYG00000008883) #30 LRRC46 (ENSPPYG00000032761) #31 MRPL10 (ENSPPYG00000008881) #32 OSBPL7 (ENSPPYG00000008880) #33 TBX21 (ENSPPYG00000008879) #34 TBKBP1 (ENSPPYG00000008878) #35 KPNB1 (ENSPPYG00000025935) #36 NPEPPS (ENSPPYG00000008877) #37 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 776 CROT (ENSANAG00000028065) ABCB4 (ENSANAG00000022051) ENSANAG00000028505 RUNDC3B (ENSANAG00000026218) SLC25A40 (ENSANAG00000033214) ENSANAG00000035490 ADAM22 (ENSANAG00000034950) ENSANAG00000022466 STEAP4 (ENSANAG00000037956) ZNF804B (ENSANAG00000035191) ENSANAG00000019602 ENSANAG00000023207 ##22 ENSANAG00000022768 STEAP2 (ENSANAG00000029220) CFAP69 (ENSANAG00000026248) GTPBP10 (ENSANAG00000020267) CLDN12 (ENSANAG00000019188) CDK14 (ENSANAG00000034381) MTERF1 (ENSANAG00000022640) AKAP9 (ENSANAG00000035864) CYP51A1 (ENSANAG00000036665) LRRD1 (ENSANAG00000029885) KRIT1 (ENSANAG00000034244) ANKIB1 (ENSANAG00000038408) GATAD1 (ENSANAG00000037321) PEX1 (ENSANAG00000032378) RBM48 (ENSANAG00000033815) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 86 HOXB13 (ENSSBOG00000029964) #10 PRAC2 (ENSSBOG00000032603) ENSSBOG00000030794 HOXB9 (ENSSBOG00000030218) #11 HOXB8 (ENSSBOG00000034884) #12 HOXB7 (ENSSBOG00000020028) #13 HOXB6 (ENSSBOG00000031900) #14 HOXB5 (ENSSBOG00000018198) #15 HOXB4 (ENSSBOG00000024432) #16 HOXB3 (ENSSBOG00000030844) #17 HOXB2 (ENSSBOG00000025070) #18 HOXB1 (ENSSBOG00000034875) #19 ENSSBOG00000019520 SKAP1 (ENSSBOG00000029434) #20 SNX11 (ENSSBOG00000026967) #21 ENSSBOG00000031880 ##22 NFE2L1 (ENSSBOG00000023867) #23 COPZ2 (ENSSBOG00000033633) #24 CDK5RAP3 (ENSSBOG00000033272) #25 PRR15L (ENSSBOG00000019240) #26 PNPO (ENSSBOG00000021213) #27 SP2 (ENSSBOG00000029098) #28 SP6 (ENSSBOG00000014210) #29 SCRN2 (ENSSBOG00000027391) #30 LRRC46 (ENSSBOG00000026980) #31 MRPL10 (ENSSBOG00000004214) #32 OSBPL7 (ENSSBOG00000033435) #33 TBX21 (ENSSBOG00000028744) #34 ENSSBOG00000029189 #35 ENSSBOG00000014766 KPNB1 (ENSSBOG00000030025) #36 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 5 RFC4 (ENSOCUG00000005014) ENSOCUG00000005011 ENSOCUG00000031344 KNG1 (ENSOCUG00000005003) HRG (ENSOCUG00000011687) FETUB (ENSOCUG00000001032) AHSG (ENSOCUG00000002057) DNAJB11 (ENSOCUG00000002053) TBCCD1 (ENSOCUG00000002050) CRYGS (ENSOCUG00000022375) DGKG (ENSOCUG00000005238) ETV5 (ENSOCUG00000005233) ENSOCUG00000034163 ENSOCUG00000001368 TRA2B (ENSOCUG00000008940) ENSOCUG00000026350 ##22 IGF2BP2 (ENSOCUG00000005057) SENP2 (ENSOCUG00000005048) LIPH (ENSOCUG00000005043) TMEM41A (ENSOCUG00000026127) MAP3K13 (ENSOCUG00000005035) ENSOCUG00000023997 EHHADH (ENSOCUG00000012197) ENSOCUG00000014627 VPS8 (ENSOCUG00000002059) EPHB3 (ENSOCUG00000012637) ENSOCUG00000025191 ENSOCUG00000023062 CHRD (ENSOCUG00000007084) THPO (ENSOCUG00000007080) POLR2H (ENSOCUG00000007078) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159720.ab #7 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 33 ENSCGRG00001011435 #8 Ttll6 (ENSCGRG00001018398) #9 Hoxb13 (ENSCGRG00001015060) #10 Hoxb9 (ENSCGRG00001015314) #11 Hoxb8 (ENSCGRG00001020235) #12 Hoxb7 (ENSCGRG00001021590) #13 Hoxb6 (ENSCGRG00001015674) #14 Hoxb5 (ENSCGRG00001016167) #15 Hoxb4 (ENSCGRG00001022431) #16 Hoxb3 (ENSCGRG00001016667) #17 Hoxb2 (ENSCGRG00001017587) #18 Hoxb1 (ENSCGRG00001024619) #19 ENSCGRG00001023355 #20 ENSCGRG00001020759 #20 Snx11 (ENSCGRG00001022221) #21 Cbx1 (ENSCGRG00001014799) ##22 Nfe2l1 (ENSCGRG00001015287) #23 Copz2 (ENSCGRG00001014767) #24 Cdk5rap3 (ENSCGRG00001006966) #25 Prr15l (ENSCGRG00001008926) #26 Pnpo (ENSCGRG00001018189) #27 Sp2 (ENSCGRG00001010976) #28 Sp6 (ENSCGRG00001002797) #29 Scrn2 (ENSCGRG00001022143) #30 Lrrc46 (ENSCGRG00001019758) #31 Mrpl10 (ENSCGRG00001024199) #32 Osbpl7 (ENSCGRG00001013737) #33 Tbx21 (ENSCGRG00001008276) #34 Tbkbp1 (ENSCGRG00001018526) #35 Kpnb1 (ENSCGRG00001016042) #36 Npepps (ENSCGRG00001005930) #37 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 21 Ube2z (ENSPEMG00000020953) Atp5g1 (ENSPEMG00000020590) #7 ENSPEMG00000028729 #8 ENSPEMG00000025676 #8 Ttll6 (ENSPEMG00000021918) #9 Hoxb13 (ENSPEMG00000021511) #10 Hoxb9 (ENSPEMG00000027158) #11 Hoxb5 (ENSPEMG00000030101) #15 Hoxb4 (ENSPEMG00000029805) #16 Hoxb3 (ENSPEMG00000028692) #17 Hoxb2 (ENSPEMG00000029510) #18 Hoxb1 (ENSPEMG00000023977) #19 Skap1 (ENSPEMG00000000585) #20 ENSPEMG00000020286 Snx11 (ENSPEMG00000000381) #21 Cbx1 (ENSPEMG00000020976) ##22 Nfe2l1 (ENSPEMG00000010512) #23 Copz2 (ENSPEMG00000011137) #24 Cdk5rap3 (ENSPEMG00000020712) #25 ENSPEMG00000030963 Prr15l (ENSPEMG00000024436) #26 Pnpo (ENSPEMG00000025094) #27 Sp2 (ENSPEMG00000017112) #28 Sp6 (ENSPEMG00000001231) #29 Scrn2 (ENSPEMG00000020381) #30 Lrrc46 (ENSPEMG00000020507) #31 Mrpl10 (ENSPEMG00000014613) #32 Osbpl7 (ENSPEMG00000001423) #33 Tbx21 (ENSPEMG00000010056) #34 Tbkbp1 (ENSPEMG00000027762) #35 Kpnb1 (ENSPEMG00000017783) #36 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Degu MODERN SPECIES 251 C3orf14 (ENSODEG00000000683) FEZF2 (ENSODEG00000000670) ENSODEG00000000611 ENSODEG00000018595 ENSODEG00000000529 ##22 ENSODEG00000000523 SYNPR (ENSODEG00000000498) ENSODEG00000000473 ENSODEG00000000452 THOC7 (ENSODEG00000000426) ATXN7 (ENSODEG00000000403) PSMD6 (ENSODEG00000003221) PRICKLE2 (ENSODEG00000003159) ADAMTS9 (ENSODEG00000003028) ENSODEG00000018911 MAGI1 (ENSODEG00000002366) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 16 LATS1 (ENSSVLG00005013545) KATNA1 (ENSSVLG00005013780) ENSSVLG00005013892 PPIL4 (ENSSVLG00005013984) ZC3H12D (ENSSVLG00005014060) TAB2 (ENSSVLG00005014149) ENSSVLG00005014219 UST (ENSSVLG00005014236) SASH1 (ENSSVLG00005014292) ENSSVLG00005014345 SAMD5 (ENSSVLG00005014384) STXBP5 (ENSSVLG00005014456) ADGB (ENSSVLG00005014586) ENSSVLG00005014957 GRM1 (ENSSVLG00005015002) ENSSVLG00005015257 ##22 SHPRH (ENSSVLG00005015321) FBXO30 (ENSSVLG00005016005) EPM2A (ENSSVLG00005016024) UTRN (ENSSVLG00005016150) ENSSVLG00005016411 STX11 (ENSSVLG00005016470) SF3B5 (ENSSVLG00005016490) PLAGL1 (ENSSVLG00005016506) ZC2HC1B (ENSSVLG00005016528) LTV1 (ENSSVLG00005016622) PHACTR2 (ENSSVLG00005016689) FUCA2 (ENSSVLG00005017059) PEX3 (ENSSVLG00005017100) ADAT2 (ENSSVLG00005017149) AIG1 (ENSSVLG00005017202) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 77 ZFAND2A (ENSMMMG00000009516) C7orf50 (ENSMMMG00000009537) GPER1 (ENSMMMG00000009541) ENSMMMG00000009549 GPR146 (ENSMMMG00000009564) CYP2W1 (ENSMMMG00000009569) COX19 (ENSMMMG00000009574) ADAP1 (ENSMMMG00000009595) GET4 (ENSMMMG00000009604) SUN1 (ENSMMMG00000009621) DNAAF5 (ENSMMMG00000010417) PRKAR1B (ENSMMMG00000010445) ENSMMMG00000010482 FAM20C (ENSMMMG00000010489) ENSMMMG00000010508 ENSMMMG00000010521 ##22 ENSMMMG00000010529 ENSMMMG00000010542 ENSMMMG00000010556 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Squirrel DUPLICATION Squirrel MODERN SPECIES 750 ENSSTOG00000026730 ##22 Squirrel MODERN SPECIES 354 MICALL2 (ENSSTOG00000001736) ZFAND2A (ENSSTOG00000003030) GPER1 (ENSSTOG00000034461) ENSSTOG00000031759 GPR146 (ENSSTOG00000030630) C7orf50 (ENSSTOG00000027588) CYP2W1 (ENSSTOG00000003002) COX19 (ENSSTOG00000032354) ADAP1 (ENSSTOG00000024349) GET4 (ENSSTOG00000003934) SUN1 (ENSSTOG00000003895) DNAAF5 (ENSSTOG00000003874) PRKAR1B (ENSSTOG00000003855) PDGFA (ENSSTOG00000003223) FAM20C (ENSSTOG00000019720) ENSSTOG00000034676 ##22 ENSSTOG00000024440 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 22 SPRR4 (ENSCHIG00000013052) ENSCHIG00000024891 ENSCHIG00000007657 ENSCHIG00000017937 KPRP (ENSCHIG00000023870) C1orf68 (ENSCHIG00000011620) LCE3B (ENSCHIG00000012019) CRNN (ENSCHIG00000025673) ENSCHIG00000020535 ENSCHIG00000026233 ENSCHIG00000018492 ENSCHIG00000005102 TCHHL1 (ENSCHIG00000010186) S100A11 (ENSCHIG00000009234) S100A10 (ENSCHIG00000017889) ENSCHIG00000024791 ##22 ENSCHIG00000023394 THEM4 (ENSCHIG00000015398) THEM5 (ENSCHIG00000021133) C2CD4D (ENSCHIG00000010717) RORC (ENSCHIG00000005408) LINGO4 (ENSCHIG00000010031) TDRKH (ENSCHIG00000025326) ENSCHIG00000018414 OAZ3 (ENSCHIG00000024499) MRPL9 (ENSCHIG00000011797) RIIAD1 (ENSCHIG00000025840) CELF3 (ENSCHIG00000025847) ENSCHIG00000012675 SNX27 (ENSCHIG00000021069) TUFT1 (ENSCHIG00000025397) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Vaquita MODERN SPECIES 6 ENSPSNG00000019191 GTF2I (ENSPSNG00000019075) NCF1 (ENSPSNG00000019008) ENSPSNG00000018942 RCC1L (ENSPSNG00000018853) CASTOR2 (ENSPSNG00000018797) ENSPSNG00000018777 ENSPSNG00000018766 ENSPSNG00000018750 ENSPSNG00000018713 AUTS2 (ENSPSNG00000017927) GALNT17 (ENSPSNG00000017697) CALN1 (ENSPSNG00000017600) ENSPSNG00000017350 SBDS (ENSPSNG00000017294) ENSPSNG00000017211 ##22 TMEM248 (ENSPSNG00000017186) RABGEF1 (ENSPSNG00000017123) ENSPSNG00000017096 KCTD7 (ENSPSNG00000017004) ENSPSNG00000016944 TPST1 (ENSPSNG00000016867) ASL (ENSPSNG00000016667) CRCP (ENSPSNG00000016442) GUSB (ENSPSNG00000016366) VKORC1L1 (ENSPSNG00000016290) NUPR2 (ENSPSNG00000016232) ENSPSNG00000016186 PHKG1 (ENSPSNG00000016006) ENSPSNG00000015508 PSPH (ENSPSNG00000015425) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155886 ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00540000073670 ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00910000148115 ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00540000073670 ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00910000147700 ENSGT00940000161236.a.b ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886 ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00540000073670 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a.pb.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978.m ENSGT00940000156978.n ENSGT00910000147321.a ENSGT00530000065045 ENSGT00910000147321.b Chimpanzee MODERN SPECIES 972 BCLAF3 (ENSPTRG00000021725) SH3KBP1 (ENSPTRG00000048773) MAP3K15 (ENSPTRG00000022605) PDHA1 (ENSPTRG00000021717) ADGRG2 (ENSPTRG00000021716) PHKA2 (ENSPTRG00000021715) ENSPTRG00000046843 PPEF1 (ENSPTRG00000021714) RS1 (ENSPTRG00000021713) CDKL5 (ENSPTRG00000021711) SCML2 (ENSPTRG00000021710) BEND2 (ENSPTRG00000021708) SCML1 (ENSPTRG00000021706) NHS (ENSPTRG00000021705) ENSPTRG00000047191 ENSPTRG00000052150 ##22 REPS2 (ENSPTRG00000021703) RBBP7 (ENSPTRG00000021702) TXLNG (ENSPTRG00000021701) SYAP1 (ENSPTRG00000021700) S100G (ENSPTRG00000021699) CTPS2 (ENSPTRG00000021698) MAGEB17 (ENSPTRG00000021697) GRPR (ENSPTRG00000021696) AP1S2 (ENSPTRG00000049388) ZRSR2 (ENSPTRG00000021693) CA5B (ENSPTRG00000043027) ENSPTRG00000052872 ENSPTRG00000043619 ENSPTRG00000048102 CLTRN (ENSPTRG00000047109) Bonobo MODERN SPECIES 369 BCLAF3 (ENSPPAG00000040123) SH3KBP1 (ENSPPAG00000037769) MAP3K15 (ENSPPAG00000039708) PDHA1 (ENSPPAG00000032993) ADGRG2 (ENSPPAG00000044060) PHKA2 (ENSPPAG00000036527) ENSPPAG00000027509 PPEF1 (ENSPPAG00000027881) RS1 (ENSPPAG00000040996) CDKL5 (ENSPPAG00000027668) SCML2 (ENSPPAG00000039952) BEND2 (ENSPPAG00000032642) SCML1 (ENSPPAG00000031177) NHS (ENSPPAG00000031794) ENSPPAG00000004504 ENSPPAG00000031475 ##22 REPS2 (ENSPPAG00000037795) RBBP7 (ENSPPAG00000036647) TXLNG (ENSPPAG00000034208) SYAP1 (ENSPPAG00000042206) S100G (ENSPPAG00000035686) CTPS2 (ENSPPAG00000031030) GRPR (ENSPPAG00000035890) AP1S2 (ENSPPAG00000042543) ZRSR2 (ENSPPAG00000022429) CA5B (ENSPPAG00000030955) ENSPPAG00000036333 ENSPPAG00000028785 ENSPPAG00000039307 ENSPPAG00000035025 CLTRN (ENSPPAG00000029681) Gibbon MODERN SPECIES 449 BCLAF3 (ENSNLEG00000009878) SH3KBP1 (ENSNLEG00000009860) MAP3K15 (ENSNLEG00000009849) PDHA1 (ENSNLEG00000009805) ADGRG2 (ENSNLEG00000009745) PHKA2 (ENSNLEG00000009732) ENSNLEG00000029919 PPEF1 (ENSNLEG00000009696) RS1 (ENSNLEG00000009691) CDKL5 (ENSNLEG00000009674) ENSNLEG00000027405 SCML2 (ENSNLEG00000009648) BEND2 (ENSNLEG00000009644) SCML1 (ENSNLEG00000009621) NHS (ENSNLEG00000009610) ENSNLEG00000029607 ##22 REPS2 (ENSNLEG00000009591) RBBP7 (ENSNLEG00000009557) ENSNLEG00000032743 TXLNG (ENSNLEG00000009549) SYAP1 (ENSNLEG00000009545) S100G (ENSNLEG00000009542) CTPS2 (ENSNLEG00000009514) GRPR (ENSNLEG00000009513) AP1S2 (ENSNLEG00000009511) ZRSR2 (ENSNLEG00000009496) CA5B (ENSNLEG00000009483) ENSNLEG00000034587 CLTRN (ENSNLEG00000009482) ACE2 (ENSNLEG00000009423) BMX (ENSNLEG00000009395) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00910000148115 ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00910000147700 ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000154185.l.a.a.b ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000063174.a.i.e ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000154185.l.a.a.b ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C.cb ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886 ENSGT00940000159562.f ENSGT00530000063174.a.i.e ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C.cb ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00530000064238 ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00950000182941.b.b ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886 ENSGT00940000159562.f ENSGT00530000063174.a.i.e ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C.cb ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00530000064238 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 ENSGT00940000159726 Drill MODERN SPECIES 1179 SCML1 (ENSMLEG00000036563) NHS (ENSMLEG00000028637) REPS2 (ENSMLEG00000030048) ENSMLEG00000028521 ##22 RBBP7 (ENSMLEG00000032262) TXLNG (ENSMLEG00000041875) SYAP1 (ENSMLEG00000033274) CTPS2 (ENSMLEG00000037437) S100G (ENSMLEG00000033043) GRPR (ENSMLEG00000034488) AP1S2 (ENSMLEG00000009838) ZRSR2 (ENSMLEG00000028125) CA5B (ENSMLEG00000044443) ENSMLEG00000007060 CLTRN (ENSMLEG00000027121) ACE2 (ENSMLEG00000040068) BMX (ENSMLEG00000040489) PIR (ENSMLEG00000039142) VEGFD (ENSMLEG00000043567) Sooty mangabey MODERN SPECIES 448 BCLAF3 (ENSCATG00000039065) SH3KBP1 (ENSCATG00000034119) MAP3K15 (ENSCATG00000024304) PDHA1 (ENSCATG00000044567) ADGRG2 (ENSCATG00000035439) PHKA2 (ENSCATG00000044694) ENSCATG00000037972 PPEF1 (ENSCATG00000043035) RS1 (ENSCATG00000029796) CDKL5 (ENSCATG00000041616) SCML2 (ENSCATG00000038994) BEND2 (ENSCATG00000036336) SCML1 (ENSCATG00000006222) NHS (ENSCATG00000033217) REPS2 (ENSCATG00000041359) ENSCATG00000037187 ##22 RBBP7 (ENSCATG00000042741) TXLNG (ENSCATG00000032410) SYAP1 (ENSCATG00000044882) CTPS2 (ENSCATG00000030123) S100G (ENSCATG00000035072) ENSCATG00000015601 GRPR (ENSCATG00000035466) AP1S2 (ENSCATG00000039294) ZRSR2 (ENSCATG00000034085) CA5B (ENSCATG00000032924) CLTRN (ENSCATG00000032908) ACE2 (ENSCATG00000013606) BMX (ENSCATG00000044540) PIR (ENSCATG00000017482) VEGFD (ENSCATG00000034073) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 216 ENSRBIG00000028218 ##22 ENSRBIG00000017236 REPS2 (ENSRBIG00000028939) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2718 ENSRROG00000023316 ##22 Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 481 PRAC2 (ENSANAG00000025557) HOXB13 (ENSANAG00000023991) #10 ENSANAG00000030331 HOXB9 (ENSANAG00000035156) #11 HOXB8 (ENSANAG00000028346) #12 HOXB7 (ENSANAG00000025513) #13 HOXB6 (ENSANAG00000023964) #14 HOXB5 (ENSANAG00000024299) #15 HOXB4 (ENSANAG00000024005) #16 HOXB3 (ENSANAG00000032072) #17 HOXB2 (ENSANAG00000023626) #18 HOXB1 (ENSANAG00000032306) #19 ENSANAG00000023400 SKAP1 (ENSANAG00000026853) #20 SNX11 (ENSANAG00000022588) #21 ENSANAG00000036853 ##22 NFE2L1 (ENSANAG00000027606) #23 COPZ2 (ENSANAG00000023309) #24 CDK5RAP3 (ENSANAG00000021880) #25 PNPO (ENSANAG00000026080) #27 SP2 (ENSANAG00000032738) #28 SP6 (ENSANAG00000019338) #29 SCRN2 (ENSANAG00000021482) #30 LRRC46 (ENSANAG00000028496) #31 MRPL10 (ENSANAG00000022792) #32 OSBPL7 (ENSANAG00000021406) #33 TBX21 (ENSANAG00000037999) #34 TBKBP1 (ENSANAG00000020710) #35 ENSANAG00000024932 #36 ENSANAG00000019395 NPEPPS (ENSANAG00000028371) #37 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00950000182941.b.b ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886.g ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i.a ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a.nb ENSGT00950000183152.A ENSGT00940000156978.k ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Mas night monkey MODERN SPECIES 814 ENSANAG00000034832 ENSANAG00000030233 MAP3K15 (ENSANAG00000034023) PDHA1 (ENSANAG00000030855) ADGRG2 (ENSANAG00000034597) PHKA2 (ENSANAG00000038435) PPEF1 (ENSANAG00000023404) RS1 (ENSANAG00000029033) CDKL5 (ENSANAG00000034696) SCML2 (ENSANAG00000020966) ENSANAG00000037962 ENSANAG00000019386 SCML1 (ENSANAG00000021893) NHS (ENSANAG00000033727) REPS2 (ENSANAG00000031037) ENSANAG00000022723 ##22 ENSANAG00000020664 ENSANAG00000020204 RBBP7 (ENSANAG00000037598) TXLNG (ENSANAG00000021604) SYAP1 (ENSANAG00000036135) CTPS2 (ENSANAG00000037349) S100G (ENSANAG00000021290) ENSANAG00000020103 GRPR (ENSANAG00000021906) AP1S2 (ENSANAG00000026032) ZRSR2 (ENSANAG00000019297) ENSANAG00000035485 ENSANAG00000035146 CLTRN (ENSANAG00000035573) ACE2 (ENSANAG00000029368) Cebidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000182941.b.b ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886.g ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i.a ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a.nb ENSGT00950000183152.A ENSGT00940000156978.k ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Marmoset MODERN SPECIES 20 AGAP3 (ENSCJAG00000020349) GBX1 (ENSCJAG00000076844) ASB10 (ENSCJAG00000020364) IQCA1L (ENSCJAG00000020368) H2BK1 (ENSCJAG00000066678) ABCF2 (ENSCJAG00000020371) CHPF2 (ENSCJAG00000020380) SMARCD3 (ENSCJAG00000020387) NUB1 (ENSCJAG00000020400) WDR86 (ENSCJAG00000020408) ENSCJAG00000083257 RHEB (ENSCJAG00000042669) PRKAG2 (ENSCJAG00000020422) GALNTL5 (ENSCJAG00000019740) GALNT11 (ENSCJAG00000019732) ENSCJAG00000044829 ##22 KMT2C (ENSCJAG00000019672) XRCC2 (ENSCJAG00000032080) ENSCJAG00000085430 ENSCJAG00000071228 ACTR3B (ENSCJAG00000019650) ENSCJAG00000082850 DPP6 (ENSCJAG00000000167) PAXIP1 (ENSCJAG00000000161) HTR5A (ENSCJAG00000083175) ENSCJAG00000073273 INSIG1 (ENSCJAG00000018517) EN2 (ENSCJAG00000080094) ENSCJAG00000045734 ENSCJAG00000053198 RBM33 (ENSCJAG00000020427) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886.g ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i.a ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154174.s.a.b ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b.b ##22 ENSGT00940000154748.C.eb.a ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a.nb ENSGT00950000183152.A ENSGT00940000156978.k ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 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##22 ENSJJAG00000011300 ENSJJAG00000011033 Diaph2 (ENSJJAG00000008368) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Tenrec MODERN SPECIES 1105 CBX1 (ENSETEG00000000203) #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Hyrax MODERN SPECIES 4555 CBX1 (ENSPCAG00000002381) #22 COPZ2 (ENSPCAG00000002327) #24 CDK5RAP3 (ENSPCAG00000002257) #25 PRR15L (ENSPCAG00000002248) #26 PNPO (ENSPCAG00000002196) #27 SP2 (ENSPCAG00000002140) #28 SCRN2 (ENSPCAG00000002092) #30 LRRC46 (ENSPCAG00000002042) #31 ENSPCAG00000002027 OSBPL7 (ENSPCAG00000001932) #33 Elephant MODERN SPECIES 310 TTLL6 (ENSLAFG00000003368) #9 ENSLAFG00000026602 HOXB13 (ENSLAFG00000011262) #10 HOXB9 (ENSLAFG00000013600) #11 HOXB8 (ENSLAFG00000030682) #12 HOXB7 (ENSLAFG00000030637) #13 HOXB6 (ENSLAFG00000013593) #14 HOXB5 (ENSLAFG00000013590) #15 HOXB4 (ENSLAFG00000013588) #16 HOXB3 (ENSLAFG00000030335) #17 ENSLAFG00000030505 HOXB2 (ENSLAFG00000030161) #18 ENSLAFG00000031610 #19 SKAP1 (ENSLAFG00000018530) #20 SNX11 (ENSLAFG00000018529) #21 CBX1 (ENSLAFG00000018526) #22 NFE2L1 (ENSLAFG00000018523) #23 ENSLAFG00000015209 #24 ENSLAFG00000030284 CDK5RAP3 (ENSLAFG00000000339) #25 PRR15L (ENSLAFG00000015553) #26 PNPO (ENSLAFG00000015550) #27 SP2 (ENSLAFG00000021817) #28 SP6 (ENSLAFG00000010701) #29 SCRN2 (ENSLAFG00000025964) #30 LRRC46 (ENSLAFG00000006826) #31 MRPL10 (ENSLAFG00000028127) #32 OSBPL7 (ENSLAFG00000006819) #33 TBX21 (ENSLAFG00000028463) #34 TBKBP1 (ENSLAFG00000001330) #35 KPNB1 (ENSLAFG00000001328) #36 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 258 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000157439 #33 ENSGT00940000160397 #34 Armadillo MODERN SPECIES 825 SKAP1 (ENSDNOG00000039133) #20 SNX11 (ENSDNOG00000032877) #21 CBX1 (ENSDNOG00000040249) #22 NFE2L1 (ENSDNOG00000047006) #23 COPZ2 (ENSDNOG00000037475) #24 CDK5RAP3 (ENSDNOG00000030779) #25 PRR15L (ENSDNOG00000008323) #26 PNPO (ENSDNOG00000032160) #27 SP2 (ENSDNOG00000013944) #28 SP6 (ENSDNOG00000042665) #29 SCRN2 (ENSDNOG00000034719) #30 LRRC46 (ENSDNOG00000047964) #31 MRPL10 (ENSDNOG00000024176) #32 OSBPL7 (ENSDNOG00000033308) #33 ENSDNOG00000045438 #34 Sloth MODERN SPECIES 8031 CBX1 (ENSCHOG00000011957) #22 ENSCHOG00000011948 #23 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161434 #9 ENSGT00940000159029 #10 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 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#34 TBKBP1 (ENSPMRG00000013381) #35 KPNB1 (ENSPMRG00000013395) #36 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 1362 ENSNSUG00000011566 ##22 Eastern brown snake MODERN SPECIES 250 ENSPTXG00000014286 ##18 ENSPTXG00000014288 ##22 ENSPTXG00000014291 Indian cobra MODERN SPECIES 111 ENSNNAG00000011569 ##22 tuatara MODERN SPECIES 1705 ENSSPUG00000017491 SKAP1 (ENSSPUG00000017498) #20 SNX11 (ENSSPUG00000017511) #21 CBX1 (ENSSPUG00000017523) ##22 NFE2L1 (ENSSPUG00000017549) #23 COPZ2 (ENSSPUG00000017576) #24 CDK5RAP3 (ENSSPUG00000017587) #25 PRR15L 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##22 Giant Panda MODERN SPECIES 1097 ENSAMEG00000026102 ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000005121 ENSGT00390000007843 ENSGT00940000159091 ENSGT00950000183025.a #8 ENSGT00940000161386 #11 ENSGT00940000161529 #12 ENSGT00940000161230 #13 ENSGT00940000161108 #14 ENSGT00940000158354 #15 ENSGT00940000162072 #16 ENSGT00940000159774 #17 ENSGT00940000155029.c.b #18 ENSGT00940000159503 #19 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23 ENSGT00390000004405.b #24 ENSGT00390000000713 #25 ENSGT00940000154534.a #26 ENSGT00390000011219 #27 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 #28 ENSGT00940000161498 #29 ENSGT00390000013474.b.a #30 ENSGT00940000161315 #31 ENSGT00390000000603 #32 ENSGT00940000160397 #34 ENSGT00940000153704.B #35 ENSGT00550000074898 #36 ENSGT00940000155246 #37 Frog MODERN SPECIES 1 kcnk15 (ENSXETG00000038181) gip (ENSXETG00000031431) snf8 (ENSXETG00000022819) ube2z (ENSXETG00000043685) calcoco2 (ENSXETG00000022806) 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