Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152 #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000165065 ENSGT00940000157981.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000161087 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534 ENSGT00390000011219 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000172406 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 ENSGT00950000184771 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000172404 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Theria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000172404 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Tree shrew MODERN SPECIES 88 HOXB2 (ENSTBEG00000015126) #19 SKAP1 (ENSTBEG00000015048) #20 SNX11 (ENSTBEG00000014960) #21 CBX1 (ENSTBEG00000014931) #22 Glires DUPLICATION Glires DUPLICATION Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a #22 Lesser Egyptian jerboa DUPLICATION Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 56 ENSJJAG00000003530 ENSJJAG00000010301 Ttll6 (ENSJJAG00000010253) Hoxb13 (ENSJJAG00000010401) Hoxb9 (ENSJJAG00000009821) Hoxb8 (ENSJJAG00000002398) Hoxb7 (ENSJJAG00000001284) Hoxb6 (ENSJJAG00000000997) Hoxb5 (ENSJJAG00000000763) Hoxb4 (ENSJJAG00000002642) Hoxb3 (ENSJJAG00000007804) Hoxb2 (ENSJJAG00000009465) #19 Hoxb1 (ENSJJAG00000001073) Skap1 (ENSJJAG00000003458) #20 ENSJJAG00000005754 #21 ENSJJAG00000007753 #22 Nfe2l1 (ENSJJAG00000006432) Copz2 (ENSJJAG00000001025) ENSJJAG00000002511 Prr15l (ENSJJAG00000006478) Pnpo (ENSJJAG00000023608) Sp2 (ENSJJAG00000003061) Sp6 (ENSJJAG00000006452) Scrn2 (ENSJJAG00000023635) Lrrc46 (ENSJJAG00000010412) Mrpl10 (ENSJJAG00000004046) Osbpl7 (ENSJJAG00000004477) Tbx21 (ENSJJAG00000000813) ENSJJAG00000010141 Kpnb1 (ENSJJAG00000010909) Npepps (ENSJJAG00000005423) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 66 Mllt3 (ENSJJAG00000012196) ENSJJAG00000018542 Slc24a2 (ENSJJAG00000020852) Acer2 (ENSJJAG00000020889) ENSJJAG00000011871 Dennd4c (ENSJJAG00000022774) Plin2 (ENSJJAG00000014665) Haus6 (ENSJJAG00000020343) Rraga (ENSJJAG00000008212) ENSJJAG00000015289 ENSJJAG00000016096 ENSJJAG00000014571 ENSJJAG00000010272 ENSJJAG00000024102 Sh3gl2 (ENSJJAG00000017618) ENSJJAG00000011696 #22 ENSJJAG00000008188 ENSJJAG00000022818 Bnc2 (ENSJJAG00000004324) ENSJJAG00000019056 Ccdc171 (ENSJJAG00000020916) ENSJJAG00000015360 Snapc3 (ENSJJAG00000018408) Ttc39b (ENSJJAG00000004238) ENSJJAG00000010564 ENSJJAG00000015519 Cer1 (ENSJJAG00000023511) Zdhhc21 (ENSJJAG00000002851) Nfib (ENSJJAG00000013052) ENSJJAG00000010432 Mpdz (ENSJJAG00000012097) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.a #22 Rabbit MODERN SPECIES 14 DCAF13 (ENSOCUG00000009197) SLC25A32 (ENSOCUG00000009191) RIMS2 (ENSOCUG00000011775) ENSOCUG00000033506 ENSOCUG00000025731 ENSOCUG00000004398 DPYS (ENSOCUG00000011148) LRP12 (ENSOCUG00000002245) ZFPM2 (ENSOCUG00000005930) OXR1 (ENSOCUG00000000462) ABRA (ENSOCUG00000006570) ENSOCUG00000023959 ANGPT1 (ENSOCUG00000003722) RSPO2 (ENSOCUG00000000779) EIF3E (ENSOCUG00000008050) ENSOCUG00000027337 #22 EMC2 (ENSOCUG00000002461) TMEM74 (ENSOCUG00000000175) ENSOCUG00000037614 ENSOCUG00000039638 TRHR (ENSOCUG00000003833) NUDCD1 (ENSOCUG00000004673) ENY2 (ENSOCUG00000030501) PKHD1L1 (ENSOCUG00000004688) EBAG9 (ENSOCUG00000004726) SYBU (ENSOCUG00000004730) ENSOCUG00000023338 KCNV1 (ENSOCUG00000017285) ENSOCUG00000031581 ENSOCUG00000022022 ENSOCUG00000021881 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.b #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.b #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.b #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.cc.b #22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 65 Prss23 (ENSJJAG00000010057) Me3 (ENSJJAG00000022815) Ccdc81 (ENSJJAG00000011496) ENSJJAG00000022293 Hikeshi (ENSJJAG00000012398) Eed (ENSJJAG00000016121) ENSJJAG00000001614 Ccdc83 (ENSJJAG00000017603) ENSJJAG00000017139 ENSJJAG00000010545 Crebzf (ENSJJAG00000010759) Tmem126a (ENSJJAG00000008852) Tmem126b (ENSJJAG00000012522) Dlg2 (ENSJJAG00000023731) ENSJJAG00000010286 ENSJJAG00000014690 #22 ENSJJAG00000011365 ENSJJAG00000023792 Ankrd42 (ENSJJAG00000023528) ENSJJAG00000012172 Rab30 (ENSJJAG00000020064) Ddias (ENSJJAG00000009611) Prcp (ENSJJAG00000022121) ENSJJAG00000015258 Glires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000007843 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Pika MODERN SPECIES 4733 ENSOPRG00000003732 #20 SNX11 (ENSOPRG00000003718) #21 CBX1 (ENSOPRG00000003699) #22 ENSOPRG00000003683 Rabbit MODERN SPECIES 10 UBE2Z (ENSOCUG00000009159) ATP5MC1 (ENSOCUG00000016225) CALCOCO2 (ENSOCUG00000016209) ENSOCUG00000038154 TTLL6 (ENSOCUG00000006289) HOXB13 (ENSOCUG00000012816) HOXB9 (ENSOCUG00000027316) HOXB8 (ENSOCUG00000029186) HOXB5 (ENSOCUG00000023093) HOXB6 (ENSOCUG00000011560) HOXB3 (ENSOCUG00000023337) HOXB2 (ENSOCUG00000024951) #19 HOXB1 (ENSOCUG00000001720) SKAP1 (ENSOCUG00000001717) #20 SNX11 (ENSOCUG00000002309) #21 CBX1 (ENSOCUG00000008021) #22 NFE2L1 (ENSOCUG00000022298) COPZ2 (ENSOCUG00000001802) CDK5RAP3 (ENSOCUG00000012325) PRR15L (ENSOCUG00000017489) PNPO (ENSOCUG00000017484) SP2 (ENSOCUG00000027415) SP6 (ENSOCUG00000023482) SCRN2 (ENSOCUG00000009457) LRRC46 (ENSOCUG00000009453) MRPL10 (ENSOCUG00000009452) OSBPL7 (ENSOCUG00000009447) TBX21 (ENSOCUG00000012907) TBKBP1 (ENSOCUG00000014771) KPNB1 (ENSOCUG00000015425) NPEPPS (ENSOCUG00000015748) Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a #22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 6 INVS (ENSSVLG00005021701) TEX10 (ENSSVLG00005021757) TMEFF1 (ENSSVLG00005021870) CAVIN4 (ENSSVLG00005021929) ENSSVLG00005021949 PLPPR1 (ENSSVLG00005022005) ENSSVLG00005022075 BAAT (ENSSVLG00005022141) ENSSVLG00005022189 ZNF189 (ENSSVLG00005022220) ALDOB (ENSSVLG00005022272) ENSSVLG00005022415 PGAP4 (ENSSVLG00005022426) RNF20 (ENSSVLG00005022444) GRIN3A (ENSSVLG00005022487) ENSSVLG00005022639 #22 ENSSVLG00005022668 SMC2 (ENSSVLG00005022706) ENSSVLG00005022873 OR13F1 (ENSSVLG00005022886) ENSSVLG00005022901 ENSSVLG00005022930 ENSSVLG00005022940 ENSSVLG00005022956 ENSSVLG00005022968 ENSSVLG00005022984 ENSSVLG00005022990 ENSSVLG00005023004 OR13D1 (ENSSVLG00005023029) NIPSNAP3A (ENSSVLG00005023053) ABCA1 (ENSSVLG00005023157) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.a #22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 90 ENSJJAG00000009661 Gnat3 (ENSJJAG00000005233) Cd36 (ENSJJAG00000024337) Sema3c (ENSJJAG00000019104) ENSJJAG00000022022 Cdhr17 (ENSJJAG00000014903) ENSJJAG00000023349 Hgf (ENSJJAG00000003978) Cacna2d1 (ENSJJAG00000021230) Pclo (ENSJJAG00000007676) Sema3e (ENSJJAG00000015257) Sema3a (ENSJJAG00000021085) ENSJJAG00000012318 ENSJJAG00000000425 Sema3d (ENSJJAG00000020043) ENSJJAG00000021629 #22 Grm3 (ENSJJAG00000019396) Elapor2 (ENSJJAG00000016327) ENSJJAG00000014144 Dmtf1 (ENSJJAG00000023859) Tmem243 (ENSJJAG00000021514) Crot (ENSJJAG00000010471) Abcb4 (ENSJJAG00000006218) ENSJJAG00000016731 ENSJJAG00000008148 ENSJJAG00000022644 Rundc3b (ENSJJAG00000011621) Slc25a40 (ENSJJAG00000018652) Dbf4 (ENSJJAG00000013663) Adam22 (ENSJJAG00000007141) Sri (ENSJJAG00000006383) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159720.`b.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Golden Hamster MODERN SPECIES 674 Ube2z (ENSMAUG00000007792) ENSMAUG00000021751 Ttll6 (ENSMAUG00000020973) Hoxb13 (ENSMAUG00000008407) Hoxb9 (ENSMAUG00000017720) Hoxb8 (ENSMAUG00000012636) Hoxb7 (ENSMAUG00000021297) Hoxb6 (ENSMAUG00000021423) Hoxb5 (ENSMAUG00000021419) Hoxb4 (ENSMAUG00000009367) Hoxb3 (ENSMAUG00000011251) Hoxb2 (ENSMAUG00000021979) #19 Hoxb1 (ENSMAUG00000013237) Skap1 (ENSMAUG00000022191) #20 Snx11 (ENSMAUG00000021528) #21 ENSMAUG00000003463 #22 Nfe2l1 (ENSMAUG00000020456) Copz2 (ENSMAUG00000010560) Cdk5rap3 (ENSMAUG00000007991) Pnpo (ENSMAUG00000021706) Sp2 (ENSMAUG00000019269) Sp6 (ENSMAUG00000009667) Scrn2 (ENSMAUG00000010014) Lrrc46 (ENSMAUG00000019416) Mrpl10 (ENSMAUG00000000820) Osbpl7 (ENSMAUG00000013876) Tbx21 (ENSMAUG00000017507) Tbkbp1 (ENSMAUG00000018604) Kpnb1 (ENSMAUG00000006211) Npepps (ENSMAUG00000017383) Mrpl45 (ENSMAUG00000021636) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #22 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 7 CCR1 (ENSSVLG00005023402) CCR3 (ENSSVLG00005023390) CCR2 (ENSSVLG00005023380) CCR5 (ENSSVLG00005023362) CCRL2 (ENSSVLG00005023356) LTF (ENSSVLG00005023125) ENSSVLG00005023076 ENSSVLG00005023044 LRRC2 (ENSSVLG00005022989) ENSSVLG00005022921 FAM240A (ENSSVLG00005022865) ALS2CL (ENSSVLG00005022812) TMIE (ENSSVLG00005022742) PRSS50 (ENSSVLG00005022696) ENSSVLG00005022652 ENSSVLG00005022619 #22 ENSSVLG00005022586 ENSSVLG00005022474 ENSSVLG00005022421 ENSSVLG00005022314 ENSSVLG00005022233 MYL3 (ENSSVLG00005022172) PTH1R (ENSSVLG00005022129) CCDC12 (ENSSVLG00005022054) SETD2 (ENSSVLG00005020438) KIF9 (ENSSVLG00005020299) KLHL18 (ENSSVLG00005020218) ENSSVLG00005020103 ENSSVLG00005019989 SCAP (ENSSVLG00005019796) ELP6 (ENSSVLG00005019611) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 156 VAMP7 (ENSSVLG00005015109) SPRY3 (ENSSVLG00005015208) ENSSVLG00005015225 #22 TMLHE (ENSSVLG00005015282) ENSSVLG00005015345 ENSSVLG00005015367 ENSSVLG00005015390 CLIC2 (ENSSVLG00005015403) RAB39B (ENSSVLG00005015437) ENSSVLG00005015476 ENSSVLG00005015678 MTCP1 (ENSSVLG00005016077) ENSSVLG00005016124 F8 (ENSSVLG00005016200) ENSSVLG00005016424 ENSSVLG00005016435 SMIM9 (ENSSVLG00005016452) MPP1 (ENSSVLG00005016498) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Kangaroo rat DUPLICATION Kangaroo rat MODERN SPECIES 326 Ube2z (ENSDORG00000009258) ENSDORG00000008511 ENSDORG00000028385 ENSDORG00000024585 Hoxb13 (ENSDORG00000008369) Hoxb9 (ENSDORG00000027423) Hoxb8 (ENSDORG00000007906) Hoxb7 (ENSDORG00000007905) Hoxb6 (ENSDORG00000023877) Hoxb5 (ENSDORG00000007900) Hoxb4 (ENSDORG00000007899) Hoxb3 (ENSDORG00000007898) Hoxb2 (ENSDORG00000007897) #19 Hoxb1 (ENSDORG00000007896) Snx11 (ENSDORG00000029078) #21 Cbx1 (ENSDORG00000026399) #22 Nfe2l1 (ENSDORG00000000715) Copz2 (ENSDORG00000013441) Prr15l (ENSDORG00000027427) Pnpo (ENSDORG00000014110) Sp2 (ENSDORG00000014109) Sp6 (ENSDORG00000026201) Scrn2 (ENSDORG00000002361) Osbpl7 (ENSDORG00000002354) Tbx21 (ENSDORG00000013302) Npepps (ENSDORG00000009627) Socs7 (ENSDORG00000028979) ENSDORG00000007713 Srcin1 (ENSDORG00000007714) Mllt6 (ENSDORG00000016578) Cisd3 (ENSDORG00000029439) Kangaroo rat MODERN SPECIES 518 ENSDORG00000030029 ENSDORG00000007256 ENSDORG00000000716 #22 Fbp2 (ENSDORG00000006615) Fbp1 (ENSDORG00000005283) Aopep (ENSDORG00000011343) Fancc (ENSDORG00000011345) Ptch1 (ENSDORG00000001320) ENSDORG00000010788 Hsd17b3 (ENSDORG00000015937) ENSDORG00000030053 Slc35d2 (ENSDORG00000010744) Zfp367 (ENSDORG00000027565) ENSDORG00000023928 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 44 Zbtb2 (ENSJJAG00000016308) Rmnd1 (ENSJJAG00000008798) ENSJJAG00000015720 ENSJJAG00000011473 Esr1 (ENSJJAG00000015406) ENSJJAG00000010411 Syne1 (ENSJJAG00000014032) Myct1 (ENSJJAG00000022731) Vip (ENSJJAG00000018682) ENSJJAG00000005271 Fbxo5 (ENSJJAG00000006490) Mtrf1l (ENSJJAG00000024141) Rgs17 (ENSJJAG00000009873) Ipcef1 (ENSJJAG00000001014) Oprm1 (ENSJJAG00000024159) ENSJJAG00000012246 #22 Cnksr3 (ENSJJAG00000023905) ENSJJAG00000012164 Scaf8 (ENSJJAG00000020480) Tiam2 (ENSJJAG00000022310) Tfb1m (ENSJJAG00000022171) Nox3 (ENSJJAG00000020165) Arid1b (ENSJJAG00000023167) Tmem242 (ENSJJAG00000010583) Zdhhc14 (ENSJJAG00000010246) Snx9 (ENSJJAG00000022587) Synj2 (ENSJJAG00000014436) Serac1 (ENSJJAG00000008471) Gtf2h5 (ENSJJAG00000014212) ENSJJAG00000018115 ENSJJAG00000007576 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1028 ENSNGAG00000024212 ENSNGAG00000023585 Ttll6 (ENSNGAG00000011763) Hoxb13 (ENSNGAG00000011053) Hoxb9 (ENSNGAG00000010851) Hoxb8 (ENSNGAG00000010647) Hoxb7 (ENSNGAG00000010205) Hoxb6 (ENSNGAG00000000973) Hoxb5 (ENSNGAG00000023238) Hoxb4 (ENSNGAG00000021768) Hoxb3 (ENSNGAG00000020227) Hoxb2 (ENSNGAG00000019089) #19 Hoxb1 (ENSNGAG00000018593) Skap1 (ENSNGAG00000012571) #20 Snx11 (ENSNGAG00000010446) #21 Cbx1 (ENSNGAG00000006760) #22 Nfe2l1 (ENSNGAG00000000736) Copz2 (ENSNGAG00000023713) ENSNGAG00000000747 ENSNGAG00000022529 Prr15l (ENSNGAG00000021432) Pnpo (ENSNGAG00000020016) Sp2 (ENSNGAG00000017612) Sp6 (ENSNGAG00000015868) Scrn2 (ENSNGAG00000023806) Lrrc46 (ENSNGAG00000022557) Mrpl10 (ENSNGAG00000022195) Osbpl7 (ENSNGAG00000019382) Tbx21 (ENSNGAG00000002476) Tbkbp1 (ENSNGAG00000021163) Kpnb1 (ENSNGAG00000017610) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 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ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Prairie vole MODERN SPECIES 114 Ube2z (ENSMOCG00000018241) ENSMOCG00000013163 Ttll6 (ENSMOCG00000021089) Hoxb13 (ENSMOCG00000021389) Hoxb9 (ENSMOCG00000020312) Hoxb8 (ENSMOCG00000018435) Hoxb7 (ENSMOCG00000020820) Hoxb6 (ENSMOCG00000020355) Hoxb5 (ENSMOCG00000014523) Hoxb4 (ENSMOCG00000022964) Hoxb3 (ENSMOCG00000020739) Hoxb2 (ENSMOCG00000014846) #19 Hoxb1 (ENSMOCG00000002452) Skap1 (ENSMOCG00000018431) #20 Snx11 (ENSMOCG00000019303) #21 Cbx1 (ENSMOCG00000001520) #22 Nfe2l1 (ENSMOCG00000016002) Copz2 (ENSMOCG00000022427) Cdk5rap3 (ENSMOCG00000019534) Prr15l (ENSMOCG00000006695) Pnpo (ENSMOCG00000011655) Sp2 (ENSMOCG00000020935) Sp6 (ENSMOCG00000007065) Scrn2 (ENSMOCG00000019511) Lrrc46 (ENSMOCG00000016707) Mrpl10 (ENSMOCG00000019451) Osbpl7 (ENSMOCG00000021054) Tbx21 (ENSMOCG00000004097) Tbkbp1 (ENSMOCG00000017020) Kpnb1 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ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00940000153593.c.b.k ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Shrew mouse MODERN SPECIES 5 Atp5g1 (MGP_PahariEiJ_G0018150) MGP_PahariEiJ_G0018151 Ttll6 (MGP_PahariEiJ_G0018152) Hoxb13 (MGP_PahariEiJ_G0018153) Hoxb9 (MGP_PahariEiJ_G0018154) Hoxb8 (MGP_PahariEiJ_G0018155) Hoxb7 (MGP_PahariEiJ_G0018156) Hoxb6 (MGP_PahariEiJ_G0018157) Hoxb5 (MGP_PahariEiJ_G0018158) Hoxb4 (MGP_PahariEiJ_G0018159) Hoxb3 (MGP_PahariEiJ_G0018160) Hoxb2 (MGP_PahariEiJ_G0018161) #19 Hoxb1 (MGP_PahariEiJ_G0018162) Skap1 (MGP_PahariEiJ_G0018163) #20 Snx11 (MGP_PahariEiJ_G0018164) #21 Cbx1 (MGP_PahariEiJ_G0018165) #22 MGP_PahariEiJ_G0018166 Nfe2l1 (MGP_PahariEiJ_G0018167) Copz2 (MGP_PahariEiJ_G0018168) Cdk5rap3 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ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 2 MGP_CAROLIEiJ_G0017020 MGP_CAROLIEiJ_G0017021 Ttll6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017022) Hoxb13 (MGP_CAROLIEiJ_G0017023) Hoxb9 (MGP_CAROLIEiJ_G0017024) Hoxb8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017025) Hoxb7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017026) Hoxb6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017027) Hoxb5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017028) Hoxb4 (MGP_CAROLIEiJ_G0017029) Hoxb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017030) Hoxb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017031) #19 Hoxb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017032) Skap1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017033) #20 Snx11 (MGP_CAROLIEiJ_G0017034) #21 Cbx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017035) #22 MGP_CAROLIEiJ_G0017036 Nfe2l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017037) Copz2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017038) Cdk5rap3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017039) Prr15l (MGP_CAROLIEiJ_G0017040) Pnpo (MGP_CAROLIEiJ_G0017041) Sp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017042) Sp6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017043) MGP_CAROLIEiJ_G0017044 Lrrc46 (MGP_CAROLIEiJ_G0017045) Mrpl10 (MGP_CAROLIEiJ_G0017046) Osbpl7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017047) Tbx21 (MGP_CAROLIEiJ_G0017048) 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ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 ATP5MC1 (ENSSVLG00005020344) CALCOCO2 (ENSSVLG00005020296) TTLL6 (ENSSVLG00005020005) HOXB13 (ENSSVLG00005019820) HOXB9 (ENSSVLG00005019725) HOXB8 (ENSSVLG00005019675) HOXB7 (ENSSVLG00005019618) HOXB6 (ENSSVLG00005019586) HOXB5 (ENSSVLG00005019546) HOXB4 (ENSSVLG00005019455) HOXB3 (ENSSVLG00005019421) HOXB2 (ENSSVLG00005019378) #19 HOXB1 (ENSSVLG00005019304) SKAP1 (ENSSVLG00005019232) #20 SNX11 (ENSSVLG00005019122) #21 CBX1 (ENSSVLG00005019034) #22 NFE2L1 (ENSSVLG00005018798) COPZ2 (ENSSVLG00005018641) CDK5RAP3 (ENSSVLG00005018459) PRR15L (ENSSVLG00005018399) PNPO (ENSSVLG00005018295) ENSSVLG00005018218 SP6 (ENSSVLG00005018194) SCRN2 (ENSSVLG00005018077) LRRC46 (ENSSVLG00005018036) MRPL10 (ENSSVLG00005017985) OSBPL7 (ENSSVLG00005017757) TBX21 (ENSSVLG00005017653) TBKBP1 (ENSSVLG00005017602) KPNB1 (ENSSVLG00005017557) NPEPPS (ENSSVLG00005017198) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Alpin marmot MODERN SPECIES 42 GIP (ENSMMMG00000000652) SNF8 (ENSMMMG00000000680) UBE2Z (ENSMMMG00000000717) ATP5MC1 (ENSMMMG00000000731) ENSMMMG00000000759 TTLL6 (ENSMMMG00000001013) HOXB13 (ENSMMMG00000001064) HOXB7 (ENSMMMG00000001087) HOXB6 (ENSMMMG00000001098) HOXB5 (ENSMMMG00000001112) HOXB4 (ENSMMMG00000001129) HOXB3 (ENSMMMG00000001139) HOXB1 (ENSMMMG00000001151) SKAP1 (ENSMMMG00000001168) #20 SNX11 (ENSMMMG00000001243) #21 CBX1 (ENSMMMG00000001254) #22 NFE2L1 (ENSMMMG00000001284) COPZ2 (ENSMMMG00000001352) CDK5RAP3 (ENSMMMG00000001404) GOSR2 (ENSMMMG00000001471) RPRML (ENSMMMG00000001486) LYZL6 (ENSMMMG00000001501) ENSMMMG00000001520 ENSMMMG00000001551 ENSMMMG00000001756 ENSMMMG00000001792 MAP3K14 (ENSMMMG00000002213) ENSMMMG00000002245 FMNL1 (ENSMMMG00000002279) HEXIM2 (ENSMMMG00000002534) HEXIM1 (ENSMMMG00000002544) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Squirrel MODERN SPECIES 90 ENSSTOG00000013395 TTLL6 (ENSSTOG00000006016) ENSSTOG00000025444 HOXB13 (ENSSTOG00000014942) HOXB9 (ENSSTOG00000009741) HOXB8 (ENSSTOG00000028337) HOXB7 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ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 12 CALCOCO2 (ENSHGLG00000012114) TTLL6 (ENSHGLG00000019187) HOXB13 (ENSHGLG00000014634) ENSHGLG00000048296 HOXB9 (ENSHGLG00000014731) HOXB8 (ENSHGLG00000038380) HOXB7 (ENSHGLG00000045318) HOXB6 (ENSHGLG00000012400) HOXB5 (ENSHGLG00000039265) HOXB4 (ENSHGLG00000034075) HOXB3 (ENSHGLG00000010686) HOXB2 (ENSHGLG00000010090) #19 HOXB1 (ENSHGLG00000009781) SKAP1 (ENSHGLG00000014563) #20 SNX11 (ENSHGLG00000016837) #21 CBX1 (ENSHGLG00000013574) #22 NFE2L1 (ENSHGLG00000012592) COPZ2 (ENSHGLG00000018543) CDK5RAP3 (ENSHGLG00000019464) PRR15L (ENSHGLG00000014696) PNPO (ENSHGLG00000013159) SP2 (ENSHGLG00000009902) SP6 (ENSHGLG00000021113) SCRN2 (ENSHGLG00000041375) LRRC46 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ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590.h ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Bushbaby MODERN SPECIES 133 CALCOCO2 (ENSOGAG00000011709) TTLL6 (ENSOGAG00000011701) HOXB13 (ENSOGAG00000032643) ENSOGAG00000034464 HOXB9 (ENSOGAG00000008668) HOXB8 (ENSOGAG00000029480) HOXB7 (ENSOGAG00000008667) HOXB6 (ENSOGAG00000008661) HOXB5 (ENSOGAG00000032432) HOXB4 (ENSOGAG00000033709) HOXB3 (ENSOGAG00000032090) HOXB2 (ENSOGAG00000029280) #19 HOXB1 (ENSOGAG00000031645) SKAP1 (ENSOGAG00000015855) #20 SNX11 (ENSOGAG00000015854) #21 CBX1 (ENSOGAG00000005658) #22 NFE2L1 (ENSOGAG00000025191) COPZ2 (ENSOGAG00000004954) CDK5RAP3 (ENSOGAG00000004951) PRR15L (ENSOGAG00000006187) PNPO (ENSOGAG00000006186) SP2 (ENSOGAG00000030380) SP6 (ENSOGAG00000030282) SCRN2 (ENSOGAG00000006181) LRRC46 (ENSOGAG00000006177) MRPL10 (ENSOGAG00000006173) OSBPL7 (ENSOGAG00000006166) TBX21 (ENSOGAG00000006160) TBKBP1 (ENSOGAG00000032523) KPNB1 (ENSOGAG00000006153) NPEPPS (ENSOGAG00000006365) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590.h ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 7 TTLL6 (ENSMICG00000007549) HOXB13 (ENSMICG00000007546) HOXB9 (ENSMICG00000038413) HOXB8 (ENSMICG00000045961) HOXB7 (ENSMICG00000007539) HOXB6 (ENSMICG00000042216) HOXB5 (ENSMICG00000047139) HOXB4 (ENSMICG00000043173) HOXB3 (ENSMICG00000007522) HOXB2 (ENSMICG00000038222) #19 HOXB1 (ENSMICG00000048152) SKAP1 (ENSMICG00000047158) #20 ENSMICG00000029923 SNX11 (ENSMICG00000014741) #21 NFE2L1 (ENSMICG00000014716) ENSMICG00000009510 #22 COPZ2 (ENSMICG00000014097) CDK5RAP3 (ENSMICG00000014077) ENSMICG00000014065 SP2 (ENSMICG00000036051) SP6 (ENSMICG00000047695) SCRN2 (ENSMICG00000004823) LRRC46 (ENSMICG00000004816) MRPL10 (ENSMICG00000048091) OSBPL7 (ENSMICG00000004799) TBX21 (ENSMICG00000035345) TBKBP1 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ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590.h ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 168 ENSPSMG00000020369 CALCOCO2 (ENSPSMG00000020308) ENSPSMG00000020243 HOXB13 (ENSPSMG00000020237) HOXB9 (ENSPSMG00000020232) HOXB8 (ENSPSMG00000020227) HOXB7 (ENSPSMG00000020218) HOXB6 (ENSPSMG00000020209) HOXB5 (ENSPSMG00000020200) HOXB4 (ENSPSMG00000020187) HOXB3 (ENSPSMG00000020182) HOXB2 (ENSPSMG00000020176) #19 HOXB1 (ENSPSMG00000020167) SKAP1 (ENSPSMG00000020161) #20 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CBX1 (ENSTSYG00000034806) #22 NFE2L1 (ENSTSYG00000011468) COPZ2 (ENSTSYG00000030074) CDK5RAP3 (ENSTSYG00000010313) PNPO (ENSTSYG00000002012) SP2 (ENSTSYG00000013766) SP6 (ENSTSYG00000031192) SCRN2 (ENSTSYG00000003730) LRRC46 (ENSTSYG00000003710) MRPL10 (ENSTSYG00000034759) OSBPL7 (ENSTSYG00000014378) Tarsier MODERN SPECIES 6671 MINPP1 (ENSTSYG00000001663) ENSTSYG00000004769 #22 ENSTSYG00000037067 ASAH2 (ENSTSYG00000036300) A1CF (ENSTSYG00000001755) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603.b ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000161386 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Gorilla MODERN SPECIES 18 CALCOCO2 (ENSGGOG00000005537) TTLL6 (ENSGGOG00000001947) HOXB13 (ENSGGOG00000001945) ENSGGOG00000042122 PRAC1 (ENSGGOG00000027105) ENSGGOG00000036688 HOXB8 (ENSGGOG00000039810) HOXB7 (ENSGGOG00000002637) HOXB6 (ENSGGOG00000002634) HOXB5 (ENSGGOG00000023582) HOXB3 (ENSGGOG00000012838) HOXB2 (ENSGGOG00000009910) #19 HOXB1 (ENSGGOG00000009904) SKAP1 (ENSGGOG00000012624) #20 ENSGGOG00000025896 CBX1 (ENSGGOG00000024063) #22 NFE2L1 (ENSGGOG00000002268) COPZ2 (ENSGGOG00000002264) ENSGGOG00000022994 PRR15L (ENSGGOG00000037816) PNPO (ENSGGOG00000003786) SP2 (ENSGGOG00000005330) SP6 (ENSGGOG00000036261) SCRN2 (ENSGGOG00000004547) LRRC46 (ENSGGOG00000012667) MRPL10 (ENSGGOG00000015353) OSBPL7 (ENSGGOG00000015344) TBX21 (ENSGGOG00000002208) TBKBP1 (ENSGGOG00000002206) KPNB1 (ENSGGOG00000008089) ENSGGOG00000022991 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 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ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246.j.b.a Bonobo MODERN SPECIES 8 CALCOCO2 (ENSPPAG00000037813) TTLL6 (ENSPPAG00000036197) HOXB13 (ENSPPAG00000027794) PRAC1 (ENSPPAG00000014004) HOXB9 (ENSPPAG00000028486) HOXB8 (ENSPPAG00000034804) HOXB7 (ENSPPAG00000010963) HOXB6 (ENSPPAG00000032229) HOXB5 (ENSPPAG00000039181) HOXB4 (ENSPPAG00000040659) HOXB3 (ENSPPAG00000032630) HOXB2 (ENSPPAG00000027417) #19 HOXB1 (ENSPPAG00000039129) SKAP1 (ENSPPAG00000039277) #20 SNX11 (ENSPPAG00000033185) #21 ENSPPAG00000030413 #22 NFE2L1 (ENSPPAG00000031737) COPZ2 (ENSPPAG00000043351) ENSPPAG00000029145 PRR15L (ENSPPAG00000003316) PNPO (ENSPPAG00000038148) SP2 (ENSPPAG00000027065) SP6 (ENSPPAG00000026169) SCRN2 (ENSPPAG00000028214) LRRC46 (ENSPPAG00000038983) MRPL10 (ENSPPAG00000034452) OSBPL7 (ENSPPAG00000027887) TBX21 (ENSPPAG00000033988) ENSPPAG00000040088 KPNB1 (ENSPPAG00000028842) ENSPPAG00000041383 Chimpanzee DUPLICATION Chimpanzee MODERN SPECIES 3 C12H12orf56 (ENSPTRG00000005172) 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(ENSNLEG00000002062) ENSNLEG00000002058 SP6 (ENSNLEG00000002050) SCRN2 (ENSNLEG00000001940) LRRC46 (ENSNLEG00000001902) MRPL10 (ENSNLEG00000001803) OSBPL7 (ENSNLEG00000001657) ENSNLEG00000001655 ENSNLEG00000032565 KPNB1 (ENSNLEG00000001446) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603.b ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161434 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#19 HOXB1 (ENSMMUG00000022212) SKAP1 (ENSMMUG00000050742) #20 SNX11 (ENSMMUG00000020658) #21 CBX1 (ENSMMUG00000019882) #22 NFE2L1 (ENSMMUG00000021935) COPZ2 (ENSMMUG00000021934) CDK5RAP3 (ENSMMUG00000004760) PRR15L (ENSMMUG00000050551) PNPO (ENSMMUG00000003325) SP2 (ENSMMUG00000004765) ENSMMUG00000053935 SP6 (ENSMMUG00000061952) MRPL10 (ENSMMUG00000021486) LRRC46 (ENSMMUG00000061605) OSBPL7 (ENSMMUG00000019039) TBX21 (ENSMMUG00000057231) TBKBP1 (ENSMMUG00000019762) KPNB1 (ENSMMUG00000019760) NPEPPS (ENSMMUG00000005869) Pig-tailed macaque DUPLICATION Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 494 HOXB13 (ENSMNEG00000036275) PRAC2 (ENSMNEG00000038796) PRAC1 (ENSMNEG00000045191) HOXB9 (ENSMNEG00000045476) HOXB8 (ENSMNEG00000034944) HOXB7 (ENSMNEG00000040001) HOXB6 (ENSMNEG00000042554) HOXB5 (ENSMNEG00000039003) HOXB4 (ENSMNEG00000032435) HOXB3 (ENSMNEG00000032425) HOXB2 (ENSMNEG00000043416) #19 HOXB1 (ENSMNEG00000036848) ENSMNEG00000033446 SKAP1 (ENSMNEG00000015541) #20 SNX11 (ENSMNEG00000034920) #21 CBX1 (ENSMNEG00000039720) #22 NFE2L1 (ENSMNEG00000037921) COPZ2 (ENSMNEG00000038720) CDK5RAP3 (ENSMNEG00000029039) PRR15L (ENSMNEG00000028174) PNPO (ENSMNEG00000037010) SP2 (ENSMNEG00000029577) SP6 (ENSMNEG00000023861) SCRN2 (ENSMNEG00000031786) LRRC46 (ENSMNEG00000037035) MRPL10 (ENSMNEG00000030905) OSBPL7 (ENSMNEG00000042829) TBX21 (ENSMNEG00000036627) TBKBP1 (ENSMNEG00000039009) KPNB1 (ENSMNEG00000040927) NPEPPS (ENSMNEG00000000757) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 485 KIF18A (ENSMNEG00000036550) METTL15 (ENSMNEG00000037173) ENSMNEG00000007805 ENSMNEG00000032978 #22 FSHB (ENSMNEG00000009932) ARL14EP (ENSMNEG00000027874) MPPED2 (ENSMNEG00000033181) DCDC1 (ENSMNEG00000028720) DNAJC24 (ENSMNEG00000038746) IMMP1L (ENSMNEG00000002551) ELP4 (ENSMNEG00000044060) PAX6 (ENSMNEG00000035602) RCN1 (ENSMNEG00000032501) ENSMNEG00000036921 WT1 (ENSMNEG00000010071) EIF3M (ENSMNEG00000002856) CCDC73 (ENSMNEG00000037225) PRRG4 (ENSMNEG00000035106) QSER1 (ENSMNEG00000038918) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603.b ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 585 CALCOCO2 (ENSRROG00000042598) TTLL6 (ENSRROG00000044208) HOXB13 (ENSRROG00000042147) PRAC2 (ENSRROG00000033208) PRAC1 (ENSRROG00000039006) HOXB9 (ENSRROG00000044654) HOXB8 (ENSRROG00000045349) HOXB7 (ENSRROG00000035066) HOXB6 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(ENSRBIG00000035598) PRAC2 (ENSRBIG00000032698) PRAC1 (ENSRBIG00000041996) HOXB9 (ENSRBIG00000035654) HOXB8 (ENSRBIG00000043329) HOXB7 (ENSRBIG00000039896) HOXB6 (ENSRBIG00000029050) HOXB5 (ENSRBIG00000015821) HOXB4 (ENSRBIG00000036141) HOXB3 (ENSRBIG00000036705) HOXB2 (ENSRBIG00000029105) #19 HOXB1 (ENSRBIG00000041849) SKAP1 (ENSRBIG00000042563) #20 SNX11 (ENSRBIG00000030129) #21 ENSRBIG00000027048 #22 NFE2L1 (ENSRBIG00000034817) COPZ2 (ENSRBIG00000038810) CDK5RAP3 (ENSRBIG00000039441) PRR15L (ENSRBIG00000030176) PNPO (ENSRBIG00000042160) SP2 (ENSRBIG00000032526) ENSRBIG00000039530 TXNDC2 (ENSRBIG00000040108) ENSRBIG00000040735 OCRL (ENSRBIG00000041702) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898.a ENSGT00550000074898.b Mas night monkey MODERN SPECIES 349 NDUFS3 (ENSANAG00000030907) KBTBD4 (ENSANAG00000029505) ENSANAG00000033117 CELF1 (ENSANAG00000031770) RAPSN (ENSANAG00000022248) ENSANAG00000037076 SLC39A13 (ENSANAG00000027448) SPI1 (ENSANAG00000029485) MYBPC3 (ENSANAG00000023289) MADD (ENSANAG00000024603) NR1H3 (ENSANAG00000037990) ACP2 (ENSANAG00000032696) DDB2 (ENSANAG00000036510) PACSIN3 (ENSANAG00000030038) ARFGAP2 (ENSANAG00000031850) ENSANAG00000026796 #22 CSTPP1 (ENSANAG00000037882) LRP4 (ENSANAG00000038492) ENSANAG00000038320 CKAP5 (ENSANAG00000031236) F2 (ENSANAG00000036904) ZNF408 (ENSANAG00000036294) ARHGAP1 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Ursus ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 American black bear MODERN SPECIES 1414 SNX11 (ENSUAMG00000017102) #21 CBX1 (ENSUAMG00000017105) #22 NFE2L1 (ENSUAMG00000017111) ENSUAMG00000017113 COPZ2 (ENSUAMG00000017115) CDK5RAP3 (ENSUAMG00000017117) PRR15L (ENSUAMG00000017119) PNPO (ENSUAMG00000017122) SP2 (ENSUAMG00000017127) SP6 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ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000013771.p ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 lion MODERN SPECIES 14 TTLL6 (ENSPLOG00000021506) HOXB13 (ENSPLOG00000021590) ENSPLOG00000021606 HOXB9 (ENSPLOG00000021630) HOXB8 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(ENSECAG00000002707) HOXB2 (ENSECAG00000012423) #19 HOXB1 (ENSECAG00000011628) SKAP1 (ENSECAG00000010544) #20 SNX11 (ENSECAG00000008117) #21 CBX1 (ENSECAG00000008048) #22 NFE2L1 (ENSECAG00000007777) COPZ2 (ENSECAG00000024471) CDK5RAP3 (ENSECAG00000018688) PRR15L (ENSECAG00000002658) PNPO (ENSECAG00000014995) SP2 (ENSECAG00000012859) SP6 (ENSECAG00000012853) SCRN2 (ENSECAG00000009826) LRRC46 (ENSECAG00000007543) OSBPL7 (ENSECAG00000019067) TBX21 (ENSECAG00000018160) TBKBP1 (ENSECAG00000016107) KPNB1 (ENSECAG00000014560) NPEPPS (ENSECAG00000007392) MRPL45 (ENSECAG00000000590) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a 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ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Microbat MODERN SPECIES 1191 SNF8 (ENSMLUG00000011769) UBE2Z (ENSMLUG00000011750) ENSMLUG00000011738 CALCOCO2 (ENSMLUG00000014073) TTLL6 (ENSMLUG00000014065) ENSMLUG00000029480 HOXB9 (ENSMLUG00000011677) HOXB7 (ENSMLUG00000002609) HOXB6 (ENSMLUG00000010649) ENSMLUG00000014513 ENSMLUG00000027291 HOXB3 (ENSMLUG00000008445) HOXB1 (ENSMLUG00000008429) SKAP1 (ENSMLUG00000005037) #20 SNX11 (ENSMLUG00000005033) #21 CBX1 (ENSMLUG00000005030) #22 NFE2L1 (ENSMLUG00000005024) CDK5RAP3 (ENSMLUG00000005014) PRR15L (ENSMLUG00000005012) PNPO (ENSMLUG00000005003) SP2 (ENSMLUG00000005000) SCRN2 (ENSMLUG00000006417) LRRC46 (ENSMLUG00000006409) MRPL10 (ENSMLUG00000006405) OSBPL7 (ENSMLUG00000006392) TBX21 (ENSMLUG00000014542) TBKBP1 (ENSMLUG00000014537) KPNB1 (ENSMLUG00000014522) NPEPPS (ENSMLUG00000013342) MRPL45 (ENSMLUG00000002863) GPR179 (ENSMLUG00000002866) Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 13 ENSRFEG00010021798 TTLL6 (ENSRFEG00010021801) HOXB13 (ENSRFEG00010021808) HOXB9 (ENSRFEG00010021814) HOXB8 (ENSRFEG00010021818) HOXB7 (ENSRFEG00010021823) HOXB6 (ENSRFEG00010021831) HOXB5 (ENSRFEG00010021836) HOXB4 (ENSRFEG00010021844) ENSRFEG00010021849 HOXB3 (ENSRFEG00010021853) HOXB2 (ENSRFEG00010021859) #19 HOXB1 (ENSRFEG00010021864) SKAP1 (ENSRFEG00010021866) #20 SNX11 (ENSRFEG00010021879) #21 CBX1 (ENSRFEG00010021893) #22 NFE2L1 (ENSRFEG00010021900) COPZ2 (ENSRFEG00010021918) CDK5RAP3 (ENSRFEG00010021928) PRR15L (ENSRFEG00010021936) PNPO (ENSRFEG00010021942) SP2 (ENSRFEG00010021950) SP6 (ENSRFEG00010021957) SCRN2 (ENSRFEG00010021961) LRRC46 (ENSRFEG00010008197) MRPL10 (ENSRFEG00010008230) OSBPL7 (ENSRFEG00010008272) TBX21 (ENSRFEG00010008382) TBKBP1 (ENSRFEG00010008412) KPNB1 (ENSRFEG00010008460) NPEPPS (ENSRFEG00010008553) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 6 GARIN5B (ENSRFEG00010018399) COX6B2 (ENSRFEG00010018344) KMT5C (ENSRFEG00010018293) ENSRFEG00010018253 BRSK1 (ENSRFEG00010017988) HSPBP1 (ENSRFEG00010017938) PPP6R1 (ENSRFEG00010017867) TMEM86B (ENSRFEG00010017826) PTPRH (ENSRFEG00010017321) SYT5 (ENSRFEG00010017140) DNAAF3 (ENSRFEG00010016317) TNNI3 (ENSRFEG00010016024) TNNT1 (ENSRFEG00010015784) PPP1R12C (ENSRFEG00010015728) EPS8L1 (ENSRFEG00010015399) ENSRFEG00010015343 #22 RDH13 (ENSRFEG00010015233) ENSRFEG00010015159 NLRP2 (ENSRFEG00010014517) ENSRFEG00010014486 ENSRFEG00010014407 ENSRFEG00010013450 NCR1 (ENSRFEG00010013100) FCAR (ENSRFEG00010012892) ENSRFEG00010011766 ENSRFEG00010011275 CDC42EP5 (ENSRFEG00010011252) LENG9 (ENSRFEG00010011236) LENG8 (ENSRFEG00010011172) TTYH1 (ENSRFEG00010011026) ENSRFEG00010010964 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Alpaca MODERN SPECIES 3027 HOXB2 (ENSVPAG00000010121) #19 SKAP1 (ENSVPAG00000010119) #20 CBX1 (ENSVPAG00000010117) #22 NFE2L1 (ENSVPAG00000010116) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Pecora ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 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ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1210 TTLL6 (ENSMMSG00000024514) HOXB13 (ENSMMSG00000024516) HOXB9 (ENSMMSG00000024520) HOXB8 (ENSMMSG00000024522) HOXB7 (ENSMMSG00000024523) HOXB6 (ENSMMSG00000024525) HOXB5 (ENSMMSG00000024526) HOXB4 (ENSMMSG00000024528) ENSMMSG00000024530 HOXB3 (ENSMMSG00000024531) HOXB2 (ENSMMSG00000024532) #19 HOXB1 (ENSMMSG00000024533) ENSMMSG00000024535 SKAP1 (ENSMMSG00000024536) #20 SNX11 (ENSMMSG00000024538) #21 CBX1 (ENSMMSG00000024540) #22 NFE2L1 (ENSMMSG00000024541) COPZ2 (ENSMMSG00000024546) CDK5RAP3 (ENSMMSG00000024548) PRR15L (ENSMMSG00000024549) PNPO (ENSMMSG00000024550) SP2 (ENSMMSG00000024551) SP6 (ENSMMSG00000018224) SCRN2 (ENSMMSG00000018238) LRRC46 (ENSMMSG00000018351) MRPL10 (ENSMMSG00000018396) OSBPL7 (ENSMMSG00000018422) ENSMMSG00000018451 TBX21 (ENSMMSG00000018475) TBKBP1 (ENSMMSG00000018512) KPNB1 (ENSMMSG00000018546) Bovidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 American bison MODERN SPECIES 2013 ENSBBBG00000004396 #22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000156741 ENSGT00940000157056 ENSGT00940000159678 ENSGT00530000063727.B ENSGT00940000157278 ENSGT00940000161669 ENSGT00940000158569 ENSGT00940000160321.d ENSGT00940000157733 ENSGT00910000144227.s.b ENSGT00910000147356 ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b ENSGT00940000163257 ENSGT00940000162029 ENSGT00940000154582 ENSGT00940000154152.d.b.h.a #22 ENSGT00390000004552.c.b ENSGT00530000063548.B ENSGT00390000006641 ENSGT00940000160647 ENSGT01030000235147 ENSGT00950000183026.A.a.a ENSGT00390000017153.a 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ENSGT00950000183079.A.b.c.a Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 UGCG (ENSBIXG00005001120) ENSBIXG00005006108 SHOC1 (ENSBIXG00005011749) GNG10 (ENSBIXG00005001165) DNAJC25 (ENSBIXG00005001169) ENSBIXG00005006998 PTGR1 (ENSBIXG00005011852) ENSBIXG00005011867 ENSBIXG00005011890 ECPAS (ENSBIXG00005012002) OR2K2 (ENSBIXG00005001240) ENSBIXG00005012056 ENSBIXG00005001251 LPAR1 (ENSBIXG00005012112) MUSK (ENSBIXG00005012161) ENSBIXG00005012228 #22 SVEP1 (ENSBIXG00005012398) ENSBIXG00005001334 TXN (ENSBIXG00005012502) C9orf152 (ENSBIXG00005006606) PALM2AKAP2 (ENSBIXG00005001386) PTPN3 (ENSBIXG00005012694) ENSBIXG00005012733 EPB41L4B (ENSBIXG00005012891) FRRS1L (ENSBIXG00005001465) TMEM245 (ENSBIXG00005007480) CTNNAL1 (ENSBIXG00005013056) ABITRAM (ENSBIXG00005006334) ELP1 (ENSBIXG00005013130) ACTL7A (ENSBIXG00005001506) ACTL7B (ENSBIXG00005013150) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 19 PDLIM3 (ENSBIXG00005014632) SORBS2 (ENSBIXG00005006225) ENSBIXG00005000249 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ENSGT00530000063722.a ENSGT00390000009532.A.d.a.o ENSGT00940000156122 ENSGT00940000154152.d.b.h.a.b #22 ENSGT00950000182939.b.a.b ENSGT00390000000212 ENSGT01030000234535.D ENSGT00940000163137 ENSGT00390000004237 ENSGT00940000156680.b.b ENSGT00990000203615.a.a.b ENSGT00940000153525.g.b.a.m ENSGT00390000018612.a.b ENSGT00390000012501 ENSGT00390000014507.a.g ENSGT00940000157013 ENSGT00390000014894 ENSGT00510000048671 ENSGT01080000257336.b.e.b.a.b.b Cow MODERN SPECIES 24 FGFR1OP2 (ENSBTAG00000004532) ENSBTAG00000052661 INTS13 (ENSBTAG00000013515) ITPR2 (ENSBTAG00000002313) SSPN (ENSBTAG00000000393) BHLHE41 (ENSBTAG00000030575) RASSF8 (ENSBTAG00000021980) LMNTD1 (ENSBTAG00000000749) ENSBTAG00000055210 KRAS (ENSBTAG00000009778) ETFRF1 (ENSBTAG00000026624) DNAI7 (ENSBTAG00000002972) IRAG2 (ENSBTAG00000019711) BCAT1 (ENSBTAG00000013825) SOX5 (ENSBTAG00000022360) ENSBTAG00000004109 #22 ETNK1 (ENSBTAG00000005833) C2CD5 (ENSBTAG00000001673) ST8SIA1 (ENSBTAG00000000593) ENSBTAG00000026611 CMAS 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ENSGT00940000159590.e.b ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Domestic yak MODERN SPECIES 10 UBE2Z (ENSBGRG00000022223) ENSBGRG00000022156 CALCOCO2 (ENSBGRG00000021810) TTLL6 (ENSBGRG00000021744) HOXB13 (ENSBGRG00000021718) HOXB9 (ENSBGRG00000021683) HOXB8 (ENSBGRG00000021618) HOXB6 (ENSBGRG00000021579) HOXB5 (ENSBGRG00000021555) HOXB4 (ENSBGRG00000021501) HOXB3 (ENSBGRG00000021464) HOXB2 (ENSBGRG00000021425) #19 HOXB1 (ENSBGRG00000021404) SKAP1 (ENSBGRG00000021202) #20 SNX11 (ENSBGRG00000021141) #21 CBX1 (ENSBGRG00000021062) #22 NFE2L1 (ENSBGRG00000020783) COPZ2 (ENSBGRG00000020574) CDK5RAP3 (ENSBGRG00000020283) ENSBGRG00000020194 PNPO (ENSBGRG00000019898) ENSBGRG00000019774 SP6 (ENSBGRG00000019744) SCRN2 (ENSBGRG00000019672) LRRC46 (ENSBGRG00000019490) MRPL10 (ENSBGRG00000019422) OSBPL7 (ENSBGRG00000019260) TBX21 (ENSBGRG00000019171) 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SPECIES 20 TMEM229A (ENSBMSG00010005860) GPR37 (ENSBMSG00010005843) POT1 (ENSBMSG00010005826) ENSBMSG00010005805 GRM8 (ENSBMSG00010005780) ZNF800 (ENSBMSG00010005758) GCC1 (ENSBMSG00010005744) ARF5 (ENSBMSG00010005732) FSCN3 (ENSBMSG00010005721) PAX4 (ENSBMSG00010005697) ENSBMSG00010005681 ENSBMSG00010005674 SND1 (ENSBMSG00010005644) LEP (ENSBMSG00010005621) RBM28 (ENSBMSG00010005595) ENSBMSG00010005580 #22 PRRT4 (ENSBMSG00010005567) IMPDH1 (ENSBMSG00010005499) GARIN1A (ENSBMSG00010005458) GARIN1B (ENSBMSG00010005451) CALU (ENSBMSG00010005429) OPN1SW (ENSBMSG00010005408) CCDC136 (ENSBMSG00010005379) FLNC (ENSBMSG00010005264) ATP6V1F (ENSBMSG00010005201) ATP6V1FNB (ENSBMSG00010005193) KCP (ENSBMSG00010005056) IRF5 (ENSBMSG00010021438) TNPO3 (ENSBMSG00010021371) TSPAN33 (ENSBMSG00010021341) SMO (ENSBMSG00010021316) Blue whale MODERN SPECIES 4 RHOB (ENSBMSG00010013496) HS1BP3 (ENSBMSG00010013470) GDF7 (ENSBMSG00010013453) LDAH (ENSBMSG00010013418) ENSBMSG00010013370 ENSBMSG00010013332 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SPECIES 16 ENSGT00940000159720.g ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES 12 ENSPSNG00000016635 CALCOCO2 (ENSPSNG00000016749) TTLL6 (ENSPSNG00000017015) HOXB13 (ENSPSNG00000017233) HOXB9 (ENSPSNG00000017398) HOXB8 (ENSPSNG00000017436) HOXB7 (ENSPSNG00000017482) HOXB6 (ENSPSNG00000017525) HOXB5 (ENSPSNG00000017559) HOXB4 (ENSPSNG00000017604) HOXB3 (ENSPSNG00000017636) HOXB2 (ENSPSNG00000017708) #19 HOXB1 (ENSPSNG00000017728) SKAP1 (ENSPSNG00000017760) #20 SNX11 (ENSPSNG00000017889) #21 ENSPSNG00000017984 #22 NFE2L1 (ENSPSNG00000018052) COPZ2 (ENSPSNG00000018262) CDK5RAP3 (ENSPSNG00000018321) PRR15L (ENSPSNG00000018399) PNPO (ENSPSNG00000018423) SP2 (ENSPSNG00000018528) SP6 (ENSPSNG00000018568) SCRN2 (ENSPSNG00000018588) LRRC46 (ENSPSNG00000018676) ENSPSNG00000018757 OSBPL7 (ENSPSNG00000018799) TBX21 (ENSPSNG00000018852) TBKBP1 (ENSPSNG00000018911) KPNB1 (ENSPSNG00000018946) NPEPPS (ENSPSNG00000019016) Vaquita MODERN SPECIES 4 ENSPSNG00000011021 ENSPSNG00000011057 ENSPSNG00000011132 TPRKB (ENSPSNG00000011166) DUSP11 (ENSPSNG00000011224) ENSPSNG00000011335 STAMBP (ENSPSNG00000011437) ENSPSNG00000011509 ACTG2 (ENSPSNG00000011617) DGUOK (ENSPSNG00000011764) TET3 (ENSPSNG00000011888) ENSPSNG00000012096 MOB1A (ENSPSNG00000012154) MTHFD2 (ENSPSNG00000012222) SLC4A5 (ENSPSNG00000012412) ENSPSNG00000013284 #22 DCTN1 (ENSPSNG00000013430) ENSPSNG00000013891 C2orf81 (ENSPSNG00000014012) WDR54 (ENSPSNG00000014132) RTKN (ENSPSNG00000014321) INO80B (ENSPSNG00000014626) WBP1 (ENSPSNG00000014679) MOGS (ENSPSNG00000014780) MRPL53 (ENSPSNG00000014967) CCDC142 (ENSPSNG00000015097) ENSPSNG00000015157 LBX2 (ENSPSNG00000015226) PCGF1 (ENSPSNG00000015284) TLX2 (ENSPSNG00000015428) DQX1 (ENSPSNG00000015484) Vaquita MODERN SPECIES 16 RAP1GDS1 (ENSPSNG00000019622) ENSPSNG00000019683 STPG2 (ENSPSNG00000019716) ENSPSNG00000000067 ENSPSNG00000000084 ENSPSNG00000000127 UNC5C (ENSPSNG00000000234) BMPR1B (ENSPSNG00000000365) ENSPSNG00000000403 PDLIM5 (ENSPSNG00000000459) ENSPSNG00000000500 HPGDS (ENSPSNG00000000516) SMARCAD1 (ENSPSNG00000000554) ATOH1 (ENSPSNG00000000586) GRID2 (ENSPSNG00000000655) ENSPSNG00000000737 #22 ENSPSNG00000000773 CCSER1 (ENSPSNG00000000825) MMRN1 (ENSPSNG00000000870) ENSPSNG00000000893 SNCA (ENSPSNG00000000929) ENSPSNG00000000968 GPRIN3 (ENSPSNG00000000984) FAM13A (ENSPSNG00000001226) HERC3 (ENSPSNG00000001484) NAP1L5 (ENSPSNG00000001558) ENSPSNG00000001581 ENSPSNG00000001604 ENSPSNG00000001627 PPM1K (ENSPSNG00000001678) ENSPSNG00000001718 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000159720.g ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 48 MRPS17 (ENSDLEG00000018753) NIPSNAP2 (ENSDLEG00000018757) PSPH (ENSDLEG00000018767) 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GALNT17 (ENSDLEG00000018932) CALN1 (ENSDLEG00000018928) ENSDLEG00000018904 SBDS (ENSDLEG00000018897) ENSDLEG00000018890 #22 ENSDLEG00000018883 #22 TMEM248 (ENSDLEG00000018849) TPST1 (ENSDLEG00000018842) ASL (ENSDLEG00000018834) CRCP (ENSDLEG00000018827) GUSB (ENSDLEG00000018820) VKORC1L1 (ENSDLEG00000018816) NUPR2 (ENSDLEG00000018811) CHCHD2 (ENSDLEG00000018807) PHKG1 (ENSDLEG00000018801) SUMF2 (ENSDLEG00000018792) CCT6A (ENSDLEG00000018778) PSPH (ENSDLEG00000018767) NIPSNAP2 (ENSDLEG00000018757) MRPS17 (ENSDLEG00000018753) ENSDLEG00000018747 Beluga whale MODERN SPECIES 72 GPR37 (ENSDLEG00000012949) POT1 (ENSDLEG00000012924) ENSDLEG00000012914 ENSDLEG00000012896 GRM8 (ENSDLEG00000012885) ZNF800 (ENSDLEG00000012873) GCC1 (ENSDLEG00000012860) ARF5 (ENSDLEG00000012847) FSCN3 (ENSDLEG00000012802) ENSDLEG00000012789 ENSDLEG00000012774 LRRC4 (ENSDLEG00000012769) SND1 (ENSDLEG00000012684) Ob (ENSDLEG00000012664) RBM28 (ENSDLEG00000012635) ENSDLEG00000012621 #22 PRRT4 (ENSDLEG00000012610) 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(ENSMMNG00015016895) SP2 (ENSMMNG00015016948) SP6 (ENSMMNG00015016969) SCRN2 (ENSMMNG00015016985) LRRC46 (ENSMMNG00015017038) MRPL10 (ENSMMNG00015017084) OSBPL7 (ENSMMNG00015017115) TBX21 (ENSMMNG00015017166) TBKBP1 (ENSMMNG00015017190) KPNB1 (ENSMMNG00015017215) NPEPPS (ENSMMNG00015017277) Narwhal MODERN SPECIES 299 RFC2 (ENSMMNG00015006460) CLIP2 (ENSMMNG00015006394) GTF2IRD1 (ENSMMNG00015006251) ENSMMNG00015006197 GTF2I (ENSMMNG00015005965) NCF1 (ENSMMNG00015005833) ENSMMNG00015005795 RCC1L (ENSMMNG00015005769) CASTOR2 (ENSMMNG00015005735) ENSMMNG00015005712 AUTS2 (ENSMMNG00015005460) GALNT17 (ENSMMNG00015005367) CALN1 (ENSMMNG00015005340) ENSMMNG00015005309 SBDS (ENSMMNG00015005284) ENSMMNG00015005273 #22 TMEM248 (ENSMMNG00015005259) RABGEF1 (ENSMMNG00015005238) ENSMMNG00015005221 KCTD7 (ENSMMNG00015005208) TPST1 (ENSMMNG00015009312) ASL (ENSMMNG00015009264) CRCP (ENSMMNG00015009231) GUSB (ENSMMNG00015009203) VKORC1L1 (ENSMMNG00015009195) NUPR2 (ENSMMNG00015009184) ENSMMNG00015009178 PHKG1 (ENSMMNG00015009171) SUMF2 (ENSMMNG00015009147) CCT6A (ENSMMNG00015009130) PSPH (ENSMMNG00015009110) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Chacoan peccary MODERN SPECIES 145 ATP5MC1 (ENSCWAG00000022052) CALCOCO2 (ENSCWAG00000022056) TTLL6 (ENSCWAG00000022059) HOXB13 (ENSCWAG00000022063) HOXB9 (ENSCWAG00000022065) HOXB8 (ENSCWAG00000022066) HOXB7 (ENSCWAG00000022067) HOXB6 (ENSCWAG00000022069) HOXB5 (ENSCWAG00000022071) HOXB4 (ENSCWAG00000022074) HOXB3 (ENSCWAG00000022077) HOXB2 (ENSCWAG00000022078) #19 HOXB1 (ENSCWAG00000022080) SKAP1 (ENSCWAG00000000046) #20 SNX11 (ENSCWAG00000000070) #21 CBX1 (ENSCWAG00000000121) #22 NFE2L1 (ENSCWAG00000000185) COPZ2 (ENSCWAG00000000341) CDK5RAP3 (ENSCWAG00000000377) PRR15L (ENSCWAG00000000410) PNPO (ENSCWAG00000000427) SP2 (ENSCWAG00000000474) SP6 (ENSCWAG00000000502) SCRN2 (ENSCWAG00000000520) LRRC46 (ENSCWAG00000000570) MRPL10 (ENSCWAG00000000589) OSBPL7 (ENSCWAG00000000623) TBX21 (ENSCWAG00000000709) TBKBP1 (ENSCWAG00000000726) KPNB1 (ENSCWAG00000000755) NPEPPS (ENSCWAG00000000826) Pig MODERN SPECIES 3 ATP5MC1 (ENSSSCG00000017544) CALCOCO2 (ENSSSCG00000017543) TTLL6 (ENSSSCG00000017542) HOXB13 (ENSSSCG00000017541) HOXB9 (ENSSSCG00000061856) HOXB8 (ENSSSCG00000017537) HOXB7 (ENSSSCG00000017538) HOXB6 (ENSSSCG00000017539) HOXB5 (ENSSSCG00000017540) HOXB4 (ENSSSCG00000017535) HOXB3 (ENSSSCG00000017534) HOXB2 (ENSSSCG00000017533) #19 HOXB1 (ENSSSCG00000017532) SKAP1 (ENSSSCG00000017527) #20 SNX11 (ENSSSCG00000017528) #21 CBX1 (ENSSSCG00000017529) #22 NFE2L1 (ENSSSCG00000017525) COPZ2 (ENSSSCG00000017526) CDK5RAP3 (ENSSSCG00000017524) PRR15L (ENSSSCG00000054179) PNPO (ENSSSCG00000032782) SP2 (ENSSSCG00000017516) SP6 (ENSSSCG00000017522) SCRN2 (ENSSSCG00000017521) LRRC46 (ENSSSCG00000017520) MRPL10 (ENSSSCG00000017519) OSBPL7 (ENSSSCG00000017518) TBX21 (ENSSSCG00000017517) ENSSSCG00000057498 KPNB1 (ENSSSCG00000017514) NPEPPS (ENSSSCG00000017513) Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cat MODERN SPECIES 245 CALCOCO2 (ENSFCAG00000010622) TTLL6 (ENSFCAG00000010617) HOXB13 (ENSFCAG00000002120) HOXB9 (ENSFCAG00000035234) HOXB8 (ENSFCAG00000036979) HOXB7 (ENSFCAG00000002118) HOXB6 (ENSFCAG00000034768) HOXB5 (ENSFCAG00000039068) HOXB4 (ENSFCAG00000051422) HOXB3 (ENSFCAG00000006408) HOXB2 (ENSFCAG00000045039) #19 HOXB1 (ENSFCAG00000028151) ENSFCAG00000034133 SKAP1 (ENSFCAG00000004784) #20 SNX11 (ENSFCAG00000009371) #21 CBX1 (ENSFCAG00000006056) ##22 NFE2L1 (ENSFCAG00000009369) COPZ2 (ENSFCAG00000034233) CDK5RAP3 (ENSFCAG00000009367) PRR15L (ENSFCAG00000009366) PNPO (ENSFCAG00000001300) SP2 (ENSFCAG00000009365) SP6 (ENSFCAG00000009363) SCRN2 (ENSFCAG00000009362) LRRC46 (ENSFCAG00000045119) MRPL10 (ENSFCAG00000009360) OSBPL7 (ENSFCAG00000009359) TBX21 (ENSFCAG00000010607) TBKBP1 (ENSFCAG00000010605) KPNB1 (ENSFCAG00000023994) NPEPPS (ENSFCAG00000027844) Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Tiger MODERN SPECIES 230 IGF2BP1 (ENSPTIG00000013291) GIP (ENSPTIG00000016604) SNF8 (ENSPTIG00000017017) UBE2Z (ENSPTIG00000017872) ENSPTIG00000018508 CALCOCO2 (ENSPTIG00000020855) TTLL6 (ENSPTIG00000010570) ENSPTIG00000013326 HOXB7 (ENSPTIG00000014471) HOXB5 (ENSPTIG00000014877) HOXB4 (ENSPTIG00000014995) HOXB2 (ENSPTIG00000015306) #19 HOXB1 (ENSPTIG00000015694) SKAP1 (ENSPTIG00000016493) #20 SNX11 (ENSPTIG00000018316) #21 CBX1 (ENSPTIG00000020896) ##22 NFE2L1 (ENSPTIG00000021715) ENSPTIG00000007047 COPZ2 (ENSPTIG00000007508) CDK5RAP3 (ENSPTIG00000009086) PNPO (ENSPTIG00000012157) SP2 (ENSPTIG00000014873) SCRN2 (ENSPTIG00000016232) LRRC46 (ENSPTIG00000018466) MRPL10 (ENSPTIG00000018968) ENSPTIG00000019388 TBX21 (ENSPTIG00000001553) ENSPTIG00000005274 KPNB1 (ENSPTIG00000006870) NPEPPS (ENSPTIG00000010447) MRPL45 (ENSPTIG00000013013) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Ferret MODERN SPECIES 270 UBE2Z (ENSMPUG00000015342) ENSMPUG00000015341 CALCOCO2 (ENSMPUG00000015338) TTLL6 (ENSMPUG00000015335) HOXB13 (ENSMPUG00000015332) HOXB9 (ENSMPUG00000015330) HOXB8 (ENSMPUG00000015329) HOXB7 (ENSMPUG00000015328) HOXB6 (ENSMPUG00000015322) HOXB5 (ENSMPUG00000015316) HOXB4 (ENSMPUG00000015310) HOXB2 (ENSMPUG00000015309) #19 HOXB1 (ENSMPUG00000015307) SKAP1 (ENSMPUG00000015305) #20 SNX11 (ENSMPUG00000015303) #21 CBX1 (ENSMPUG00000015302) ##22 NFE2L1 (ENSMPUG00000015301) COPZ2 (ENSMPUG00000015292) CDK5RAP3 (ENSMPUG00000015291) PRR15L (ENSMPUG00000020087) PNPO (ENSMPUG00000015290) SP2 (ENSMPUG00000015289) SP6 (ENSMPUG00000020086) SCRN2 (ENSMPUG00000015288) LRRC46 (ENSMPUG00000015287) MRPL10 (ENSMPUG00000015278) OSBPL7 (ENSMPUG00000015276) ENSMPUG00000015275 ENSMPUG00000015273 TBX21 (ENSMPUG00000015272) TBKBP1 (ENSMPUG00000015271) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Arabian camel MODERN SPECIES 7 UBE2Z (ENSCDRG00005017075) ENSCDRG00005017142 CALCOCO2 (ENSCDRG00005017213) TTLL6 (ENSCDRG00005017585) HOXB13 (ENSCDRG00005017741) HOXB9 (ENSCDRG00005017862) HOXB7 (ENSCDRG00005018007) HOXB6 (ENSCDRG00005018029) HOXB5 (ENSCDRG00005018055) HOXB4 (ENSCDRG00005018079) HOXB3 (ENSCDRG00005018104) HOXB2 (ENSCDRG00005018121) #19 HOXB1 (ENSCDRG00005018147) SKAP1 (ENSCDRG00005018166) #20 SNX11 (ENSCDRG00005018232) #21 CBX1 (ENSCDRG00005018330) ##22 NFE2L1 (ENSCDRG00005018357) ENSCDRG00005018515 COPZ2 (ENSCDRG00005018538) CDK5RAP3 (ENSCDRG00005018564) PRR15L (ENSCDRG00005018636) SP2 (ENSCDRG00005018756) SP6 (ENSCDRG00005018791) SCRN2 (ENSCDRG00005018805) LRRC46 (ENSCDRG00005018865) MRPL10 (ENSCDRG00005018906) OSBPL7 (ENSCDRG00005018943) TBX21 (ENSCDRG00005018980) TBKBP1 (ENSCDRG00005018994) KPNB1 (ENSCDRG00005019017) NPEPPS (ENSCDRG00005019119) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 3 C1orf112 (ENSOARG00020008897) METTL18 (ENSOARG00020008877) SELE (ENSOARG00020008826) SELL (ENSOARG00020008728) ENSOARG00020008710 SELP (ENSOARG00020008417) SLC19A2 (ENSOARG00020008147) CCDC181 (ENSOARG00020008091) BLZF1 (ENSOARG00020008036) ENSOARG00020008009 NME7 (ENSOARG00020007807) ATP1B1 (ENSOARG00020007736) DPT (ENSOARG00020007710) ENSOARG00020007688 XCL1 (ENSOARG00020007666) ENSOARG00020007655 ##22 RGS7 (ENSOARG00020006899) FH (ENSOARG00020006418) KMO (ENSOARG00020006259) WDR64 (ENSOARG00020005994) EXO1 (ENSOARG00020005940) MAP1LC3C (ENSOARG00020005910) ENSOARG00020005851 PLD5 (ENSOARG00020005705) CEP170 (ENSOARG00020005464) AKT3 (ENSOARG00020005210) ZBTB18 (ENSOARG00020005168) C1orf100 (ENSOARG00020005127) ENSOARG00020005105 ENSOARG00020005072 DESI2 (ENSOARG00020005026) Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 26 ENSCHIG00000019835 ENSCHIG00000013757 CDC34 (ENSCHIG00000025931) TPGS1 (ENSCHIG00000021977) ENSCHIG00000011093 ODF3L2 (ENSCHIG00000008700) ENSCHIG00000016980 ENSCHIG00000009666 ENSCHIG00000021094 C2CD4C (ENSCHIG00000012931) THEG (ENSCHIG00000022326) MIER2 (ENSCHIG00000018261) PLPP2 (ENSCHIG00000026941) ENSCHIG00000006176 PGBD2 (ENSCHIG00000004584) ENSCHIG00000022233 ##22 ZNF692 (ENSCHIG00000015907) ZNF672 (ENSCHIG00000007515) SH3BP5L (ENSCHIG00000009447) LYPD8 (ENSCHIG00000018982) ENSCHIG00000021690 ENSCHIG00000014028 ENSCHIG00000008999 ENSCHIG00000022428 ENSCHIG00000009490 ENSCHIG00000010616 ENSCHIG00000018731 ENSCHIG00000008431 OR2G6 (ENSCHIG00000002099) OR2T11 (ENSCHIG00000022429) ENSCHIG00000006401 Goat MODERN SPECIES 2 KYAT1 (ENSCHIG00000015959) LRRC8A (ENSCHIG00000003097) PHYHD1 (ENSCHIG00000025025) DOLK (ENSCHIG00000013790) NUP188 (ENSCHIG00000017195) SH3GLB2 (ENSCHIG00000023738) MIGA2 (ENSCHIG00000021488) DOLPP1 (ENSCHIG00000022790) CRAT (ENSCHIG00000016047) PTPA (ENSCHIG00000018428) IER5L (ENSCHIG00000007780) NTMT1 (ENSCHIG00000008995) ASB6 (ENSCHIG00000023406) PRRX2 (ENSCHIG00000024682) PTGES (ENSCHIG00000024614) ENSCHIG00000012306 ##22 TOR1B (ENSCHIG00000015527) TOR1A (ENSCHIG00000020435) C9orf78 (ENSCHIG00000027025) ENSCHIG00000024518 USP20 (ENSCHIG00000017589) FNBP1 (ENSCHIG00000027203) GPR107 (ENSCHIG00000022854) NCS1 (ENSCHIG00000017219) HMCN2 (ENSCHIG00000017573) ASS1 (ENSCHIG00000017801) FUBP3 (ENSCHIG00000027228) PRDM12 (ENSCHIG00000025005) EXOSC2 (ENSCHIG00000021398) ABL1 (ENSCHIG00000021749) QRFP (ENSCHIG00000010002) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cow MODERN SPECIES 11 LGSN (ENSBTAG00000010051) OCA2 (ENSBTAG00000009831) ENSBTAG00000040536 ##22 HERC2 (ENSBTAG00000013916) NIPA1 (ENSBTAG00000002316) NIPA2 (ENSBTAG00000016895) CYFIP1 (ENSBTAG00000016894) TUBGCP5 (ENSBTAG00000014714) CCDC115 (ENSBTAG00000015841) IMP4 (ENSBTAG00000003225) PTPN18 (ENSBTAG00000011658) AMER3 (ENSBTAG00000038318) ARHGEF4 (ENSBTAG00000015834) FAM168B (ENSBTAG00000034978) PLEKHB2 (ENSBTAG00000000941) ENSBTAG00000050302 ENSBTAG00000049385 ENSBTAG00000049463 American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 3101 UBE2Z (ENSBBBG00000021371) ATP5MC1 (ENSBBBG00000021377) CALCOCO2 (ENSBBBG00000005726) TTLL6 (ENSBBBG00000021540) HOXB13 (ENSBBBG00000021546) HOXB9 (ENSBBBG00000021558) HOXB7 (ENSBBBG00000021565) HOXB6 (ENSBBBG00000021567) HOXB5 (ENSBBBG00000021577) HOXB4 (ENSBBBG00000021585) HOXB3 (ENSBBBG00000005740) HOXB2 (ENSBBBG00000021598) #19 HOXB1 (ENSBBBG00000021601) SKAP1 (ENSBBBG00000021634) #20 SNX11 (ENSBBBG00000021652) #21 ENSBBBG00000021675 ##22 NFE2L1 (ENSBBBG00000021740) COPZ2 (ENSBBBG00000021782) CDK5RAP3 (ENSBBBG00000021808) PRR15L (ENSBBBG00000021809) PNPO (ENSBBBG00000021862) SP2 (ENSBBBG00000021914) SP6 (ENSBBBG00000021924) SCRN2 (ENSBBBG00000021958) LRRC46 (ENSBBBG00000021972) MRPL10 (ENSBBBG00000021983) OSBPL7 (ENSBBBG00000022056) TBX21 (ENSBBBG00000005826) ENSBBBG00000022076 KPNB1 (ENSBBBG00000022131) NPEPPS (ENSBBBG00000022236) American bison MODERN SPECIES 3234 ENSBBBG00000008242 LGSN (ENSBBBG00000025133) ENSBBBG00000008248 ##22 OCA2 (ENSBBBG00000025260) ENSBBBG00000025275 HERC2 (ENSBBBG00000025497) NIPA1 (ENSBBBG00000010801) NIPA2 (ENSBBBG00000010831) CYFIP1 (ENSBBBG00000001913) TUBGCP5 (ENSBBBG00000001933) ENSBBBG00000010913 IMP4 (ENSBBBG00000010931) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Monodontidae DUPLICATION Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155234.b ENSGT00940000155196.n.b ENSGT00940000158205 ENSGT00940000154194.lb ENSGT00940000161376 ENSGT00390000014293.a ENSGT00390000001063 ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00940000155919 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000156773.n ENSGT00940000160278 ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160064.b ENSGT00940000154152.d.a.a.e ##22 ENSGT00940000155192 ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000160756.c.b ENSGT01030000234633.C.b ENSGT00950000183175.B.b ENSGT00390000017443.m.a ENSGT00570000079168.b.b.b ENSGT00940000162273 ENSGT00950000183033.a.b.a ENSGT00730000111564 ENSGT00940000158189 ENSGT00390000015889.o.b.a.a ENSGT00940000162703 ENSGT00940000156633 Beluga whale MODERN SPECIES 13 ADH1C (ENSDLEG00000001132) ENSDLEG00000001104 METAP1 (ENSDLEG00000001082) ENSDLEG00000001061 TSPAN5 (ENSDLEG00000001033) RAP1GDS1 (ENSDLEG00000001000) STPG2 (ENSDLEG00000000965) ENSDLEG00000000945 ENSDLEG00000000932 UNC5C (ENSDLEG00000000896) BMPR1B (ENSDLEG00000000839) PDLIM5 (ENSDLEG00000000807) HPGDS (ENSDLEG00000000785) SMARCAD1 (ENSDLEG00000000742) ATOH1 (ENSDLEG00000000728) ENSDLEG00000000719 ##22 GRID2 (ENSDLEG00000000678) ENSDLEG00000000650 CCSER1 (ENSDLEG00000000608) ENSDLEG00000000577 MMRN1 (ENSDLEG00000000553) SNCA (ENSDLEG00000000538) ENSDLEG00000000521 GPRIN3 (ENSDLEG00000000510) FAM13A (ENSDLEG00000000334) NAP1L5 (ENSDLEG00000000280) HERC3 (ENSDLEG00000000176) ENSDLEG00000004711 HERC5 (ENSDLEG00000004491) PPM1K (ENSDLEG00000004439) ABCG2 (ENSDLEG00000004291) Narwhal MODERN SPECIES 307 METAP1 (ENSMMNG00015011937) ENSMMNG00015011905 TSPAN5 (ENSMMNG00015011871) RAP1GDS1 (ENSMMNG00015011760) ENSMMNG00015011702 STPG2 (ENSMMNG00015011683) ENSMMNG00015011656 ENSMMNG00015011637 UNC5C (ENSMMNG00015011568) BMPR1B (ENSMMNG00015011501) PDLIM5 (ENSMMNG00015011438) ENSMMNG00015011412 HPGDS (ENSMMNG00015011400) SMARCAD1 (ENSMMNG00015011369) ATOH1 (ENSMMNG00015011356) ENSMMNG00015011351 ##22 GRID2 (ENSMMNG00015011268) CCSER1 (ENSMMNG00015011215) ENSMMNG00015011167 MMRN1 (ENSMMNG00015011136) SNCA (ENSMMNG00015011091) ENSMMNG00015011065 GPRIN3 (ENSMMNG00015011061) TIGD2 (ENSMMNG00015011054) ENSMMNG00015011038 FAM13A (ENSMMNG00015010904) NAP1L5 (ENSMMNG00015010819) HERC3 (ENSMMNG00015010732) ENSMMNG00015010704 HERC5 (ENSMMNG00015010595) PPM1K (ENSMMNG00015010529) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a.f ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 26 ATP5G1 (ENSDLEG00000004867) CALCOCO2 (ENSDLEG00000004861) TTLL6 (ENSDLEG00000004850) HOXB13 (ENSDLEG00000004844) HOXB9 (ENSDLEG00000004838) HOXB8 (ENSDLEG00000004837) HOXB7 (ENSDLEG00000004834) HOXB6 (ENSDLEG00000004829) HOXB5 (ENSDLEG00000004826) HOXB4 (ENSDLEG00000004820) HOXB3 (ENSDLEG00000004817) HOXB2 (ENSDLEG00000004813) #19 HOXB1 (ENSDLEG00000004807) SKAP1 (ENSDLEG00000004779) #20 SNX11 (ENSDLEG00000004765) #21 CBX1 (ENSDLEG00000004754) ##22 NFE2L1 (ENSDLEG00000004744) ENSDLEG00000004734 COPZ2 (ENSDLEG00000004721) CDK5RAP3 (ENSDLEG00000004709) PRR15L (ENSDLEG00000004704) PNPO (ENSDLEG00000004701) SP2 (ENSDLEG00000004697) SP6 (ENSDLEG00000004694) SCRN2 (ENSDLEG00000004688) ENSDLEG00000004684 MRPL10 (ENSDLEG00000004678) OSBPL7 (ENSDLEG00000004366) TBX21 (ENSDLEG00000004247) TBKBP1 (ENSDLEG00000004240) KPNB1 (ENSDLEG00000004223) Vaquita MODERN SPECIES 15 KRTAP15-1 (ENSPSNG00000018174) ENSPSNG00000018158 ENSPSNG00000017997 ENSPSNG00000017975 ENSPSNG00000017921 CLDN8 (ENSPSNG00000017906) CLDN17 (ENSPSNG00000017893) GRIK1 (ENSPSNG00000016547) BACH1 (ENSPSNG00000016196) MAP3K7CL (ENSPSNG00000016152) CCT8 (ENSPSNG00000015918) USP16 (ENSPSNG00000015752) RWDD2B (ENSPSNG00000015651) LTN1 (ENSPSNG00000015262) N6AMT1 (ENSPSNG00000015154) ENSPSNG00000015081 ##22 ADAMTS5 (ENSPSNG00000015026) ADAMTS1 (ENSPSNG00000014983) CYYR1 (ENSPSNG00000014901) APP (ENSPSNG00000014377) GABPA (ENSPSNG00000014275) ATP5PF (ENSPSNG00000014129) JAM2 (ENSPSNG00000014038) MRPL39 (ENSPSNG00000013924) ENSPSNG00000013821 ENSPSNG00000013776 ENSPSNG00000013753 NCAM2 (ENSPSNG00000013317) ENSPSNG00000013261 TMPRSS15 (ENSPSNG00000012969) CHODL (ENSPSNG00000012726) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 5 EEF1E1 (ENSMICG00000012636) BLOC1S5 (ENSMICG00000036195) ENSMICG00000005966 BMP6 (ENSMICG00000005957) SNRNP48 (ENSMICG00000012497) DSP (ENSMICG00000012470) RIOK1 (ENSMICG00000044301) CAGE1 (ENSMICG00000003644) SSR1 (ENSMICG00000047142) ENSMICG00000034173 ENSMICG00000013711 ENSMICG00000004474 GCM2 (ENSMICG00000032859) SYCP2L (ENSMICG00000004241) ELOVL2 (ENSMICG00000031480) ENSMICG00000029333 ##22 SMIM13 (ENSMICG00000037605) NEDD9 (ENSMICG00000017359) TMEM170B (ENSMICG00000042371) HIVEP1 (ENSMICG00000032151) ENSMICG00000042252 EDN1 (ENSMICG00000035008) PHACTR1 (ENSMICG00000000165) TBC1D7 (ENSMICG00000000168) GFOD1 (ENSMICG00000000170) SIRT5 (ENSMICG00000000174) NOL7 (ENSMICG00000044935) RANBP9 (ENSMICG00000000179) ENSMICG00000000183 RNF182 (ENSMICG00000045818) CD83 (ENSMICG00000042608) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 564 TTLL6 (ENSCATG00000029768) HOXB13 (ENSCATG00000041758) PRAC1 (ENSCATG00000038550) HOXB9 (ENSCATG00000002169) HOXB8 (ENSCATG00000025318) HOXB7 (ENSCATG00000042829) HOXB6 (ENSCATG00000043342) HOXB5 (ENSCATG00000027616) HOXB3 (ENSCATG00000031126) HOXB4 (ENSCATG00000040704) HOXB2 (ENSCATG00000035238) #19 HOXB1 (ENSCATG00000035575) SKAP1 (ENSCATG00000044458) #20 ENSCATG00000019817 SNX11 (ENSCATG00000030351) #21 ENSCATG00000034735 ##22 NFE2L1 (ENSCATG00000040775) COPZ2 (ENSCATG00000042708) CDK5RAP3 (ENSCATG00000006699) PRR15L (ENSCATG00000020186) PNPO (ENSCATG00000039934) ENSCATG00000003341 SP6 (ENSCATG00000020123) SCRN2 (ENSCATG00000038846) LRRC46 (ENSCATG00000031406) MRPL10 (ENSCATG00000035686) OSBPL7 (ENSCATG00000033623) TBX21 (ENSCATG00000010529) TBKBP1 (ENSCATG00000040564) KPNB1 (ENSCATG00000037124) NPEPPS (ENSCATG00000011160) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000158517 ENSGT00940000153336.e.a.a.a.b.a.b ENSGT00390000001432 ENSGT00940000154453.b.a.b.b ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a.c ENSGT00390000014785 ENSGT00940000159316 ENSGT00510000048363.h.b ENSGT00390000018389 ENSGT00950000182870.a.a.b.i.b ENSGT00940000162717 ENSGT00940000153902.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000154103.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000164739.b ENSGT00940000164739.a ENSGT00940000154746.h ENSGT00940000162502.c ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.b ENSGT00950000182925.D.a.a.b.b ENSGT00390000012916.h.a.a ENSGT00390000004891 ENSGT00940000162603 ENSGT00940000161062 ENSGT00950000183031.B.e.a ENSGT00940000162993 ENSGT00940000163664 ENSGT00840000130063 ENSGT00940000153097.B.a.b.e.a Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000008859.b.d.k.a.b.b ENSGT00940000158517 ENSGT00940000153336.e.a.a.a.b.a.b ENSGT00390000001432 ENSGT00940000154453.b.a.b.b ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a.c ENSGT00390000014785 ENSGT00940000159316 ENSGT00510000048363.h.b ENSGT00390000018389 ENSGT00940000162717 ENSGT00940000153902.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000154103.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000164739.b ENSGT00940000164739.a ENSGT00940000154746.h ENSGT00940000162502.c ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.b ENSGT00950000182925.D.a.a.b.b ENSGT00390000012916.h.a.a ENSGT00390000004891 ENSGT00940000162603 ENSGT00940000161062 ENSGT00950000183031.B.e.a ENSGT00940000162993 ENSGT00940000163664 ENSGT00840000130063 ENSGT00940000153097.B.a.b.e.a Pan ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153336.e.a.a.a.b.a.b ENSGT00390000001432 ENSGT00940000154453.b.a.b.b ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a.c ENSGT00530000063721.B.j ENSGT00390000014785 ENSGT00940000159316 ENSGT00510000048363.h.b ENSGT00390000018389 ENSGT00940000167416 ENSGT00940000162717 ENSGT00940000153902.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000154103.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000164739.b ENSGT00940000164739.a ENSGT00940000154746.h ENSGT00940000162502.c ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.b.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.a.b.a ENSGT00950000182925.D.a.a.b.b ENSGT00390000012916.h.a.a ENSGT00390000004891 ENSGT00940000162603 ENSGT00940000161062 ENSGT00950000183031.B.e.a ENSGT00510000049526 ENSGT00940000153097.A.e.a.b.a.b ENSGT00940000162993 Chimpanzee DUPLICATION Chimpanzee MODERN SPECIES 972 VSIG4 (ENSPTRG00000021973) ENSPTRG00000052470 ENSPTRG00000048378 MSN (ENSPTRG00000043871) ENSPTRG00000047745 LAS1L (ENSPTRG00000021970) ZC3H12B (ENSPTRG00000021969) ENSPTRG00000042678 ZC4H2 (ENSPTRG00000021968) ENSPTRG00000049126 MTMR8 (ENSPTRG00000021967) ASB12 (ENSPTRG00000023939) AMER1 (ENSPTRG00000028264) ARHGEF9 (ENSPTRG00000021964) SPIN4 (ENSPTRG00000021963) ENSPTRG00000046006 ##22 ENSPTRG00000021962 ZXDB (ENSPTRG00000028265) ENSPTRG00000043211 ENSPTRG00000044247 FAAH2 (ENSPTRG00000021960) ENSPTRG00000045900 ENSPTRG00000043533 ENSPTRG00000050255 ENSPTRG00000050691 NBDY (ENSPTRG00000052659) UBQLN2 (ENSPTRG00000048553) KLF8 (ENSPTRG00000021957) RRAGB (ENSPTRG00000021955) ENSPTRG00000024276 FOXR2 (ENSPTRG00000045344) Chimpanzee MODERN SPECIES 853 ENSPTRG00000050116 ENSPTRG00000044488 ##22 Bonobo MODERN SPECIES 369 VSIG4 (ENSPPAG00000033935) ENSPPAG00000031010 ENSPPAG00000033953 MSN (ENSPPAG00000034551) ENSPPAG00000029012 LAS1L (ENSPPAG00000034161) ZC3H12B (ENSPPAG00000039530) ENSPPAG00000035515 ZC4H2 (ENSPPAG00000039016) ENSPPAG00000037846 MTMR8 (ENSPPAG00000014635) ASB12 (ENSPPAG00000031745) AMER1 (ENSPPAG00000011145) ARHGEF9 (ENSPPAG00000023374) SPIN4 (ENSPPAG00000024587) ENSPPAG00000039611 ##22 ENSPPAG00000029850 FAAH2 (ENSPPAG00000039172) ENSPPAG00000014717 ENSPPAG00000036835 ENSPPAG00000010875 ENSPPAG00000028086 NBDY (ENSPPAG00000003509) UBQLN2 (ENSPPAG00000004864) KLF8 (ENSPPAG00000043222) RRAGB (ENSPPAG00000034614) ENSPPAG00000033736 FOXR2 (ENSPPAG00000023762) MAGEH1 (ENSPPAG00000021882) ENSPPAG00000041617 PAGE3 (ENSPPAG00000010656) Gorilla MODERN SPECIES 523 ENSGGOG00000037535 ENSGGOG00000041250 VSIG4 (ENSGGOG00000000336) ENSGGOG00000013331 MSN (ENSGGOG00000001823) LAS1L (ENSGGOG00000008739) ZC3H12B (ENSGGOG00000024638) ENSGGOG00000041261 ZC4H2 (ENSGGOG00000009687) ENSGGOG00000027970 MTMR8 (ENSGGOG00000015976) ASB12 (ENSGGOG00000007888) ENSGGOG00000009940 ARHGEF9 (ENSGGOG00000003158) SPIN4 (ENSGGOG00000002720) ENSGGOG00000027034 ##22 ZXDA (ENSGGOG00000040244) ZXDB (ENSGGOG00000037283) ENSGGOG00000043341 FAAH2 (ENSGGOG00000025619) ENSGGOG00000041892 ENSGGOG00000040276 ENSGGOG00000011187 ENSGGOG00000011533 NBDY (ENSGGOG00000043011) UBQLN2 (ENSGGOG00000016984) KLF8 (ENSGGOG00000008188) ENSGGOG00000037846 RRAGB (ENSGGOG00000011501) FOXR2 (ENSGGOG00000008237) ENSGGOG00000038688 Orangutan DUPLICATION Orangutan MODERN SPECIES 17 CPE (ENSPPYG00000015179) ENSPPYG00000032018 TLL1 (ENSPPYG00000015181) SPOCK3 (ENSPPYG00000015182) ANXA10 (ENSPPYG00000015183) DDX60 (ENSPPYG00000015184) DDX60L (ENSPPYG00000015185) PALLD (ENSPPYG00000015186) CBR4 (ENSPPYG00000015188) SH3RF1 (ENSPPYG00000015189) NEK1 (ENSPPYG00000015190) CLCN3 (ENSPPYG00000015192) HPF1 (ENSPPYG00000015193) MFAP3L (ENSPPYG00000015194) AADAT (ENSPPYG00000015196) ENSPPYG00000015200 ##22 GALNTL6 (ENSPPYG00000015201) ENSPPYG00000032084 GALNT7 (ENSPPYG00000015203) HMGB2 (ENSPPYG00000015204) SAP30 (ENSPPYG00000015205) SCRG1 (ENSPPYG00000015206) HAND2 (ENSPPYG00000039964) ENSPPYG00000036877 FBXO8 (ENSPPYG00000015210) CEP44 (ENSPPYG00000015211) HPGD (ENSPPYG00000015212) GLRA3 (ENSPPYG00000015213) ADAM29 (ENSPPYG00000015277) GPM6A (ENSPPYG00000015214) WDR17 (ENSPPYG00000015215) Orangutan MODERN SPECIES 8 TTLL6 (ENSPPYG00000008906) HOXB13 (ENSPPYG00000008904) ENSPPYG00000036609 PRAC1 (ENSPPYG00000008903) HOXB9 (ENSPPYG00000008902) HOXB8 (ENSPPYG00000038542) HOXB7 (ENSPPYG00000008901) HOXB6 (ENSPPYG00000008899) HOXB5 (ENSPPYG00000008898) HOXB4 (ENSPPYG00000008897) HOXB3 (ENSPPYG00000008896) HOXB2 (ENSPPYG00000008895) #19 HOXB1 (ENSPPYG00000008894) SKAP1 (ENSPPYG00000008893) #20 SNX11 (ENSPPYG00000008892) #21 ENSPPYG00000008891 ##22 NFE2L1 (ENSPPYG00000036998) ENSPPYG00000008889 CDK5RAP3 (ENSPPYG00000008888) PRR15L (ENSPPYG00000008887) PNPO (ENSPPYG00000040967) SP2 (ENSPPYG00000008885) SP6 (ENSPPYG00000008884) SCRN2 (ENSPPYG00000008883) LRRC46 (ENSPPYG00000032761) MRPL10 (ENSPPYG00000008881) OSBPL7 (ENSPPYG00000008880) TBX21 (ENSPPYG00000008879) TBKBP1 (ENSPPYG00000008878) KPNB1 (ENSPPYG00000025935) NPEPPS (ENSPPYG00000008877) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 776 CROT (ENSANAG00000028065) ABCB4 (ENSANAG00000022051) ENSANAG00000028505 RUNDC3B (ENSANAG00000026218) SLC25A40 (ENSANAG00000033214) ENSANAG00000035490 ADAM22 (ENSANAG00000034950) ENSANAG00000022466 STEAP4 (ENSANAG00000037956) ZNF804B (ENSANAG00000035191) ENSANAG00000019602 ENSANAG00000023207 ##22 ENSANAG00000022768 STEAP2 (ENSANAG00000029220) CFAP69 (ENSANAG00000026248) GTPBP10 (ENSANAG00000020267) CLDN12 (ENSANAG00000019188) CDK14 (ENSANAG00000034381) MTERF1 (ENSANAG00000022640) AKAP9 (ENSANAG00000035864) CYP51A1 (ENSANAG00000036665) LRRD1 (ENSANAG00000029885) KRIT1 (ENSANAG00000034244) ANKIB1 (ENSANAG00000038408) GATAD1 (ENSANAG00000037321) PEX1 (ENSANAG00000032378) RBM48 (ENSANAG00000033815) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 86 HOXB13 (ENSSBOG00000029964) PRAC2 (ENSSBOG00000032603) ENSSBOG00000030794 HOXB9 (ENSSBOG00000030218) HOXB8 (ENSSBOG00000034884) HOXB7 (ENSSBOG00000020028) HOXB6 (ENSSBOG00000031900) HOXB5 (ENSSBOG00000018198) HOXB4 (ENSSBOG00000024432) HOXB3 (ENSSBOG00000030844) HOXB2 (ENSSBOG00000025070) #19 HOXB1 (ENSSBOG00000034875) ENSSBOG00000019520 SKAP1 (ENSSBOG00000029434) #20 SNX11 (ENSSBOG00000026967) #21 ENSSBOG00000031880 ##22 NFE2L1 (ENSSBOG00000023867) COPZ2 (ENSSBOG00000033633) CDK5RAP3 (ENSSBOG00000033272) PRR15L (ENSSBOG00000019240) PNPO (ENSSBOG00000021213) SP2 (ENSSBOG00000029098) SP6 (ENSSBOG00000014210) SCRN2 (ENSSBOG00000027391) LRRC46 (ENSSBOG00000026980) MRPL10 (ENSSBOG00000004214) OSBPL7 (ENSSBOG00000033435) TBX21 (ENSSBOG00000028744) ENSSBOG00000029189 ENSSBOG00000014766 KPNB1 (ENSSBOG00000030025) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 5 RFC4 (ENSOCUG00000005014) ENSOCUG00000005011 ENSOCUG00000031344 KNG1 (ENSOCUG00000005003) HRG (ENSOCUG00000011687) FETUB (ENSOCUG00000001032) AHSG (ENSOCUG00000002057) DNAJB11 (ENSOCUG00000002053) TBCCD1 (ENSOCUG00000002050) CRYGS (ENSOCUG00000022375) DGKG (ENSOCUG00000005238) ETV5 (ENSOCUG00000005233) ENSOCUG00000034163 ENSOCUG00000001368 TRA2B (ENSOCUG00000008940) ENSOCUG00000026350 ##22 IGF2BP2 (ENSOCUG00000005057) SENP2 (ENSOCUG00000005048) LIPH (ENSOCUG00000005043) TMEM41A (ENSOCUG00000026127) MAP3K13 (ENSOCUG00000005035) ENSOCUG00000023997 EHHADH (ENSOCUG00000012197) ENSOCUG00000014627 VPS8 (ENSOCUG00000002059) EPHB3 (ENSOCUG00000012637) ENSOCUG00000025191 ENSOCUG00000023062 CHRD (ENSOCUG00000007084) THPO (ENSOCUG00000007080) POLR2H (ENSOCUG00000007078) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159720.ab ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 33 ENSCGRG00001011435 Ttll6 (ENSCGRG00001018398) Hoxb13 (ENSCGRG00001015060) Hoxb9 (ENSCGRG00001015314) Hoxb8 (ENSCGRG00001020235) Hoxb7 (ENSCGRG00001021590) Hoxb6 (ENSCGRG00001015674) Hoxb5 (ENSCGRG00001016167) Hoxb4 (ENSCGRG00001022431) Hoxb3 (ENSCGRG00001016667) Hoxb2 (ENSCGRG00001017587) #19 Hoxb1 (ENSCGRG00001024619) ENSCGRG00001023355 #20 ENSCGRG00001020759 #20 Snx11 (ENSCGRG00001022221) #21 Cbx1 (ENSCGRG00001014799) ##22 Nfe2l1 (ENSCGRG00001015287) Copz2 (ENSCGRG00001014767) Cdk5rap3 (ENSCGRG00001006966) Prr15l (ENSCGRG00001008926) Pnpo (ENSCGRG00001018189) Sp2 (ENSCGRG00001010976) Sp6 (ENSCGRG00001002797) Scrn2 (ENSCGRG00001022143) Lrrc46 (ENSCGRG00001019758) Mrpl10 (ENSCGRG00001024199) Osbpl7 (ENSCGRG00001013737) Tbx21 (ENSCGRG00001008276) Tbkbp1 (ENSCGRG00001018526) Kpnb1 (ENSCGRG00001016042) Npepps (ENSCGRG00001005930) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 21 Ube2z (ENSPEMG00000020953) Atp5g1 (ENSPEMG00000020590) ENSPEMG00000028729 ENSPEMG00000025676 Ttll6 (ENSPEMG00000021918) Hoxb13 (ENSPEMG00000021511) Hoxb9 (ENSPEMG00000027158) Hoxb5 (ENSPEMG00000030101) Hoxb4 (ENSPEMG00000029805) Hoxb3 (ENSPEMG00000028692) Hoxb2 (ENSPEMG00000029510) #19 Hoxb1 (ENSPEMG00000023977) Skap1 (ENSPEMG00000000585) #20 ENSPEMG00000020286 Snx11 (ENSPEMG00000000381) #21 Cbx1 (ENSPEMG00000020976) ##22 Nfe2l1 (ENSPEMG00000010512) Copz2 (ENSPEMG00000011137) Cdk5rap3 (ENSPEMG00000020712) ENSPEMG00000030963 Prr15l (ENSPEMG00000024436) Pnpo (ENSPEMG00000025094) Sp2 (ENSPEMG00000017112) Sp6 (ENSPEMG00000001231) Scrn2 (ENSPEMG00000020381) Lrrc46 (ENSPEMG00000020507) Mrpl10 (ENSPEMG00000014613) Osbpl7 (ENSPEMG00000001423) Tbx21 (ENSPEMG00000010056) Tbkbp1 (ENSPEMG00000027762) Kpnb1 (ENSPEMG00000017783) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Degu MODERN SPECIES 251 C3orf14 (ENSODEG00000000683) FEZF2 (ENSODEG00000000670) ENSODEG00000000611 ENSODEG00000018595 ENSODEG00000000529 ##22 ENSODEG00000000523 SYNPR (ENSODEG00000000498) ENSODEG00000000473 ENSODEG00000000452 THOC7 (ENSODEG00000000426) ATXN7 (ENSODEG00000000403) PSMD6 (ENSODEG00000003221) PRICKLE2 (ENSODEG00000003159) ADAMTS9 (ENSODEG00000003028) ENSODEG00000018911 MAGI1 (ENSODEG00000002366) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 16 LATS1 (ENSSVLG00005013545) KATNA1 (ENSSVLG00005013780) ENSSVLG00005013892 PPIL4 (ENSSVLG00005013984) ZC3H12D (ENSSVLG00005014060) TAB2 (ENSSVLG00005014149) ENSSVLG00005014219 UST (ENSSVLG00005014236) SASH1 (ENSSVLG00005014292) ENSSVLG00005014345 SAMD5 (ENSSVLG00005014384) STXBP5 (ENSSVLG00005014456) ADGB (ENSSVLG00005014586) ENSSVLG00005014957 GRM1 (ENSSVLG00005015002) ENSSVLG00005015257 ##22 SHPRH (ENSSVLG00005015321) FBXO30 (ENSSVLG00005016005) EPM2A (ENSSVLG00005016024) UTRN (ENSSVLG00005016150) ENSSVLG00005016411 STX11 (ENSSVLG00005016470) SF3B5 (ENSSVLG00005016490) PLAGL1 (ENSSVLG00005016506) ZC2HC1B (ENSSVLG00005016528) LTV1 (ENSSVLG00005016622) PHACTR2 (ENSSVLG00005016689) FUCA2 (ENSSVLG00005017059) PEX3 (ENSSVLG00005017100) ADAT2 (ENSSVLG00005017149) AIG1 (ENSSVLG00005017202) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 77 ZFAND2A (ENSMMMG00000009516) C7orf50 (ENSMMMG00000009537) GPER1 (ENSMMMG00000009541) ENSMMMG00000009549 GPR146 (ENSMMMG00000009564) CYP2W1 (ENSMMMG00000009569) COX19 (ENSMMMG00000009574) ADAP1 (ENSMMMG00000009595) GET4 (ENSMMMG00000009604) SUN1 (ENSMMMG00000009621) DNAAF5 (ENSMMMG00000010417) PRKAR1B (ENSMMMG00000010445) ENSMMMG00000010482 FAM20C (ENSMMMG00000010489) ENSMMMG00000010508 ENSMMMG00000010521 ##22 ENSMMMG00000010529 ENSMMMG00000010542 ENSMMMG00000010556 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.a ##22 Squirrel DUPLICATION Squirrel MODERN SPECIES 750 ENSSTOG00000026730 ##22 Squirrel MODERN SPECIES 354 MICALL2 (ENSSTOG00000001736) ZFAND2A (ENSSTOG00000003030) GPER1 (ENSSTOG00000034461) ENSSTOG00000031759 GPR146 (ENSSTOG00000030630) C7orf50 (ENSSTOG00000027588) CYP2W1 (ENSSTOG00000003002) COX19 (ENSSTOG00000032354) ADAP1 (ENSSTOG00000024349) GET4 (ENSSTOG00000003934) SUN1 (ENSSTOG00000003895) DNAAF5 (ENSSTOG00000003874) PRKAR1B (ENSSTOG00000003855) PDGFA (ENSSTOG00000003223) FAM20C (ENSSTOG00000019720) ENSSTOG00000034676 ##22 ENSSTOG00000024440 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 22 SPRR4 (ENSCHIG00000013052) ENSCHIG00000024891 ENSCHIG00000007657 ENSCHIG00000017937 KPRP (ENSCHIG00000023870) C1orf68 (ENSCHIG00000011620) LCE3B (ENSCHIG00000012019) CRNN (ENSCHIG00000025673) ENSCHIG00000020535 ENSCHIG00000026233 ENSCHIG00000018492 ENSCHIG00000005102 TCHHL1 (ENSCHIG00000010186) S100A11 (ENSCHIG00000009234) S100A10 (ENSCHIG00000017889) ENSCHIG00000024791 ##22 ENSCHIG00000023394 THEM4 (ENSCHIG00000015398) THEM5 (ENSCHIG00000021133) C2CD4D (ENSCHIG00000010717) RORC (ENSCHIG00000005408) LINGO4 (ENSCHIG00000010031) TDRKH (ENSCHIG00000025326) ENSCHIG00000018414 OAZ3 (ENSCHIG00000024499) MRPL9 (ENSCHIG00000011797) RIIAD1 (ENSCHIG00000025840) CELF3 (ENSCHIG00000025847) ENSCHIG00000012675 SNX27 (ENSCHIG00000021069) TUFT1 (ENSCHIG00000025397) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Vaquita MODERN SPECIES 6 ENSPSNG00000019191 GTF2I (ENSPSNG00000019075) NCF1 (ENSPSNG00000019008) ENSPSNG00000018942 RCC1L (ENSPSNG00000018853) CASTOR2 (ENSPSNG00000018797) ENSPSNG00000018777 ENSPSNG00000018766 ENSPSNG00000018750 ENSPSNG00000018713 AUTS2 (ENSPSNG00000017927) GALNT17 (ENSPSNG00000017697) CALN1 (ENSPSNG00000017600) ENSPSNG00000017350 SBDS (ENSPSNG00000017294) ENSPSNG00000017211 ##22 TMEM248 (ENSPSNG00000017186) RABGEF1 (ENSPSNG00000017123) ENSPSNG00000017096 KCTD7 (ENSPSNG00000017004) ENSPSNG00000016944 TPST1 (ENSPSNG00000016867) ASL (ENSPSNG00000016667) CRCP (ENSPSNG00000016442) GUSB (ENSPSNG00000016366) VKORC1L1 (ENSPSNG00000016290) NUPR2 (ENSPSNG00000016232) ENSPSNG00000016186 PHKG1 (ENSPSNG00000016006) ENSPSNG00000015508 PSPH (ENSPSNG00000015425) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155886 ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00540000073670 ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00910000148115 ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00540000073670 ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00910000147700 ENSGT00940000161236.a.b ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886 ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00540000073670 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a.pb.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978.m ENSGT00940000156978.n ENSGT00910000147321.a ENSGT00530000065045 ENSGT00910000147321.b Chimpanzee MODERN SPECIES 972 BCLAF3 (ENSPTRG00000021725) SH3KBP1 (ENSPTRG00000048773) MAP3K15 (ENSPTRG00000022605) PDHA1 (ENSPTRG00000021717) ADGRG2 (ENSPTRG00000021716) PHKA2 (ENSPTRG00000021715) ENSPTRG00000046843 PPEF1 (ENSPTRG00000021714) RS1 (ENSPTRG00000021713) CDKL5 (ENSPTRG00000021711) SCML2 (ENSPTRG00000021710) BEND2 (ENSPTRG00000021708) SCML1 (ENSPTRG00000021706) NHS (ENSPTRG00000021705) ENSPTRG00000047191 ENSPTRG00000052150 ##22 REPS2 (ENSPTRG00000021703) RBBP7 (ENSPTRG00000021702) TXLNG (ENSPTRG00000021701) SYAP1 (ENSPTRG00000021700) S100G (ENSPTRG00000021699) CTPS2 (ENSPTRG00000021698) MAGEB17 (ENSPTRG00000021697) GRPR (ENSPTRG00000021696) AP1S2 (ENSPTRG00000049388) ZRSR2 (ENSPTRG00000021693) CA5B (ENSPTRG00000043027) ENSPTRG00000052872 ENSPTRG00000043619 ENSPTRG00000048102 CLTRN (ENSPTRG00000047109) Bonobo MODERN SPECIES 369 BCLAF3 (ENSPPAG00000040123) SH3KBP1 (ENSPPAG00000037769) MAP3K15 (ENSPPAG00000039708) PDHA1 (ENSPPAG00000032993) ADGRG2 (ENSPPAG00000044060) PHKA2 (ENSPPAG00000036527) ENSPPAG00000027509 PPEF1 (ENSPPAG00000027881) RS1 (ENSPPAG00000040996) CDKL5 (ENSPPAG00000027668) SCML2 (ENSPPAG00000039952) BEND2 (ENSPPAG00000032642) SCML1 (ENSPPAG00000031177) NHS (ENSPPAG00000031794) ENSPPAG00000004504 ENSPPAG00000031475 ##22 REPS2 (ENSPPAG00000037795) RBBP7 (ENSPPAG00000036647) TXLNG (ENSPPAG00000034208) SYAP1 (ENSPPAG00000042206) S100G (ENSPPAG00000035686) CTPS2 (ENSPPAG00000031030) GRPR (ENSPPAG00000035890) AP1S2 (ENSPPAG00000042543) ZRSR2 (ENSPPAG00000022429) CA5B (ENSPPAG00000030955) ENSPPAG00000036333 ENSPPAG00000028785 ENSPPAG00000039307 ENSPPAG00000035025 CLTRN (ENSPPAG00000029681) Gibbon MODERN SPECIES 449 BCLAF3 (ENSNLEG00000009878) SH3KBP1 (ENSNLEG00000009860) MAP3K15 (ENSNLEG00000009849) PDHA1 (ENSNLEG00000009805) ADGRG2 (ENSNLEG00000009745) PHKA2 (ENSNLEG00000009732) ENSNLEG00000029919 PPEF1 (ENSNLEG00000009696) RS1 (ENSNLEG00000009691) CDKL5 (ENSNLEG00000009674) ENSNLEG00000027405 SCML2 (ENSNLEG00000009648) BEND2 (ENSNLEG00000009644) SCML1 (ENSNLEG00000009621) NHS (ENSNLEG00000009610) ENSNLEG00000029607 ##22 REPS2 (ENSNLEG00000009591) RBBP7 (ENSNLEG00000009557) ENSNLEG00000032743 TXLNG (ENSNLEG00000009549) SYAP1 (ENSNLEG00000009545) S100G (ENSNLEG00000009542) CTPS2 (ENSNLEG00000009514) GRPR (ENSNLEG00000009513) AP1S2 (ENSNLEG00000009511) ZRSR2 (ENSNLEG00000009496) CA5B (ENSNLEG00000009483) ENSNLEG00000034587 CLTRN (ENSNLEG00000009482) ACE2 (ENSNLEG00000009423) BMX (ENSNLEG00000009395) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00910000148115 ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00910000147700 ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000154185.l.a.a.b ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000063174.a.i.e ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000154185.l.a.a.b ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C.cb ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886 ENSGT00940000159562.f ENSGT00530000063174.a.i.e ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C.cb ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00530000064238 ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00950000182941.b.b ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886 ENSGT00940000159562.f ENSGT00530000063174.a.i.e ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000167769 ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 ENSGT00940000154748.C.cb ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00530000064238 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a ENSGT00950000183152.A.q.a ENSGT00940000156978 ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 ENSGT00940000159726 Drill MODERN SPECIES 1179 SCML1 (ENSMLEG00000036563) NHS (ENSMLEG00000028637) REPS2 (ENSMLEG00000030048) ENSMLEG00000028521 ##22 RBBP7 (ENSMLEG00000032262) TXLNG (ENSMLEG00000041875) SYAP1 (ENSMLEG00000033274) CTPS2 (ENSMLEG00000037437) S100G (ENSMLEG00000033043) GRPR (ENSMLEG00000034488) AP1S2 (ENSMLEG00000009838) ZRSR2 (ENSMLEG00000028125) CA5B (ENSMLEG00000044443) ENSMLEG00000007060 CLTRN (ENSMLEG00000027121) ACE2 (ENSMLEG00000040068) BMX (ENSMLEG00000040489) PIR (ENSMLEG00000039142) VEGFD (ENSMLEG00000043567) Sooty mangabey MODERN SPECIES 448 BCLAF3 (ENSCATG00000039065) SH3KBP1 (ENSCATG00000034119) MAP3K15 (ENSCATG00000024304) PDHA1 (ENSCATG00000044567) ADGRG2 (ENSCATG00000035439) PHKA2 (ENSCATG00000044694) ENSCATG00000037972 PPEF1 (ENSCATG00000043035) RS1 (ENSCATG00000029796) CDKL5 (ENSCATG00000041616) SCML2 (ENSCATG00000038994) BEND2 (ENSCATG00000036336) SCML1 (ENSCATG00000006222) NHS (ENSCATG00000033217) REPS2 (ENSCATG00000041359) ENSCATG00000037187 ##22 RBBP7 (ENSCATG00000042741) TXLNG (ENSCATG00000032410) SYAP1 (ENSCATG00000044882) CTPS2 (ENSCATG00000030123) S100G (ENSCATG00000035072) ENSCATG00000015601 GRPR (ENSCATG00000035466) AP1S2 (ENSCATG00000039294) ZRSR2 (ENSCATG00000034085) CA5B (ENSCATG00000032924) CLTRN (ENSCATG00000032908) ACE2 (ENSCATG00000013606) BMX (ENSCATG00000044540) PIR (ENSCATG00000017482) VEGFD (ENSCATG00000034073) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 216 ENSRBIG00000028218 ##22 ENSRBIG00000017236 REPS2 (ENSRBIG00000028939) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2718 ENSRROG00000023316 ##22 Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 481 PRAC2 (ENSANAG00000025557) HOXB13 (ENSANAG00000023991) ENSANAG00000030331 HOXB9 (ENSANAG00000035156) HOXB8 (ENSANAG00000028346) HOXB7 (ENSANAG00000025513) HOXB6 (ENSANAG00000023964) HOXB5 (ENSANAG00000024299) HOXB4 (ENSANAG00000024005) HOXB3 (ENSANAG00000032072) HOXB2 (ENSANAG00000023626) #19 HOXB1 (ENSANAG00000032306) ENSANAG00000023400 SKAP1 (ENSANAG00000026853) #20 SNX11 (ENSANAG00000022588) #21 ENSANAG00000036853 ##22 NFE2L1 (ENSANAG00000027606) COPZ2 (ENSANAG00000023309) CDK5RAP3 (ENSANAG00000021880) PNPO (ENSANAG00000026080) SP2 (ENSANAG00000032738) SP6 (ENSANAG00000019338) SCRN2 (ENSANAG00000021482) LRRC46 (ENSANAG00000028496) MRPL10 (ENSANAG00000022792) OSBPL7 (ENSANAG00000021406) TBX21 (ENSANAG00000037999) TBKBP1 (ENSANAG00000020710) ENSANAG00000024932 ENSANAG00000019395 NPEPPS (ENSANAG00000028371) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00950000182941.b.b ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886.g ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i.a ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a.nb ENSGT00950000183152.A ENSGT00940000156978.k ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Mas night monkey MODERN SPECIES 814 ENSANAG00000034832 ENSANAG00000030233 MAP3K15 (ENSANAG00000034023) PDHA1 (ENSANAG00000030855) ADGRG2 (ENSANAG00000034597) PHKA2 (ENSANAG00000038435) PPEF1 (ENSANAG00000023404) RS1 (ENSANAG00000029033) CDKL5 (ENSANAG00000034696) SCML2 (ENSANAG00000020966) ENSANAG00000037962 ENSANAG00000019386 SCML1 (ENSANAG00000021893) NHS (ENSANAG00000033727) REPS2 (ENSANAG00000031037) ENSANAG00000022723 ##22 ENSANAG00000020664 ENSANAG00000020204 RBBP7 (ENSANAG00000037598) TXLNG (ENSANAG00000021604) SYAP1 (ENSANAG00000036135) CTPS2 (ENSANAG00000037349) S100G (ENSANAG00000021290) ENSANAG00000020103 GRPR (ENSANAG00000021906) AP1S2 (ENSANAG00000026032) ZRSR2 (ENSANAG00000019297) ENSANAG00000035485 ENSANAG00000035146 CLTRN (ENSANAG00000035573) ACE2 (ENSANAG00000029368) Cebidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000182941.b.b ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886.g ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i.a ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b.b ##22 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00940000166998 ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a.nb ENSGT00950000183152.A ENSGT00940000156978.k ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 Marmoset MODERN SPECIES 20 AGAP3 (ENSCJAG00000020349) GBX1 (ENSCJAG00000076844) ASB10 (ENSCJAG00000020364) IQCA1L (ENSCJAG00000020368) H2BK1 (ENSCJAG00000066678) ABCF2 (ENSCJAG00000020371) CHPF2 (ENSCJAG00000020380) SMARCD3 (ENSCJAG00000020387) NUB1 (ENSCJAG00000020400) WDR86 (ENSCJAG00000020408) ENSCJAG00000083257 RHEB (ENSCJAG00000042669) PRKAG2 (ENSCJAG00000020422) GALNTL5 (ENSCJAG00000019740) GALNT11 (ENSCJAG00000019732) ENSCJAG00000044829 ##22 KMT2C (ENSCJAG00000019672) XRCC2 (ENSCJAG00000032080) ENSCJAG00000085430 ENSCJAG00000071228 ACTR3B (ENSCJAG00000019650) ENSCJAG00000082850 DPP6 (ENSCJAG00000000167) PAXIP1 (ENSCJAG00000000161) HTR5A (ENSCJAG00000083175) ENSCJAG00000073273 INSIG1 (ENSCJAG00000018517) EN2 (ENSCJAG00000080094) ENSCJAG00000045734 ENSCJAG00000053198 RBM33 (ENSCJAG00000020427) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183163.b ENSGT00940000155886.g ENSGT00940000159562 ENSGT00530000063174.a.i.a ENSGT00940000156341 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000159830 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000164688 ENSGT00940000154174.s.a.b ENSGT00940000164589 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000154152.d.a.b.b ##22 ENSGT00940000154748.C.eb.a ENSGT00940000155463 ENSGT00390000007662 ENSGT00530000064238 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00970000193372.a.a.nb ENSGT00950000183152.A ENSGT00940000156978.k ENSGT00530000065045 ENSGT00940000160862 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000161172 ENSGT00390000008044 ENSGT00940000159726 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 51 ENSSBOG00000036210 ENSSBOG00000026951 MAP3K15 (ENSSBOG00000023444) PDHA1 (ENSSBOG00000021023) ADGRG2 (ENSSBOG00000036029) PHKA2 (ENSSBOG00000028848) PPEF1 (ENSSBOG00000025564) RS1 (ENSSBOG00000022074) CDKL5 (ENSSBOG00000034927) SCML2 (ENSSBOG00000023475) BEND2 (ENSSBOG00000034571) ENSSBOG00000032775 SCML1 (ENSSBOG00000025279) NHS (ENSSBOG00000032082) REPS2 (ENSSBOG00000018047) ENSSBOG00000030543 ##22 RBBP7 (ENSSBOG00000033728) ENSSBOG00000036156 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Rabbit MODERN SPECIES 1401 ENSOCUG00000006592 ENSOCUG00000003815 ENSOCUG00000021737 ENSOCUG00000024600 ENSOCUG00000033283 PDK3 (ENSOCUG00000007418) PCYT1B (ENSOCUG00000007424) ENSOCUG00000021995 POLA1 (ENSOCUG00000015209) ARX (ENSOCUG00000022180) ENSOCUG00000006236 ENSOCUG00000036870 ENSOCUG00000025944 ENSOCUG00000027612 ENSOCUG00000029666 ENSOCUG00000023111 ##22 ENSOCUG00000026167 ENSOCUG00000035781 PPP4R3C (ENSOCUG00000006805) ENSOCUG00000023630 ENSOCUG00000027776 MAGEB10 (ENSOCUG00000004193) ENSOCUG00000029452 ENSOCUG00000016444 ENSOCUG00000012965 IL1RAPL1 (ENSOCUG00000016512) ENSOCUG00000025464 ENSOCUG00000034438 ENSOCUG00000005944 MAGEB3 (ENSOCUG00000034396) ENSOCUG00000022750 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 135 ENSJJAG00000016944 ENSJJAG00000016315 ENSJJAG00000000889 ENSJJAG00000000451 Pabpc5 (ENSJJAG00000011960) ENSJJAG00000000309 Pcdh11x (ENSJJAG00000018102) ENSJJAG00000011816 Nap1l3 (ENSJJAG00000016020) ENSJJAG00000015860 ENSJJAG00000015282 ENSJJAG00000013712 ENSJJAG00000013070 ENSJJAG00000011791 ENSJJAG00000011556 ##22 ENSJJAG00000011300 ENSJJAG00000011033 Diaph2 (ENSJJAG00000008368) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Tenrec MODERN SPECIES 1105 CBX1 (ENSETEG00000000203) #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Hyrax MODERN SPECIES 4555 CBX1 (ENSPCAG00000002381) #22 COPZ2 (ENSPCAG00000002327) CDK5RAP3 (ENSPCAG00000002257) PRR15L (ENSPCAG00000002248) PNPO (ENSPCAG00000002196) SP2 (ENSPCAG00000002140) SCRN2 (ENSPCAG00000002092) LRRC46 (ENSPCAG00000002042) ENSPCAG00000002027 OSBPL7 (ENSPCAG00000001932) Elephant MODERN SPECIES 310 TTLL6 (ENSLAFG00000003368) ENSLAFG00000026602 HOXB13 (ENSLAFG00000011262) HOXB9 (ENSLAFG00000013600) HOXB8 (ENSLAFG00000030682) HOXB7 (ENSLAFG00000030637) HOXB6 (ENSLAFG00000013593) HOXB5 (ENSLAFG00000013590) HOXB4 (ENSLAFG00000013588) HOXB3 (ENSLAFG00000030335) ENSLAFG00000030505 HOXB2 (ENSLAFG00000030161) #19 ENSLAFG00000031610 SKAP1 (ENSLAFG00000018530) #20 SNX11 (ENSLAFG00000018529) #21 CBX1 (ENSLAFG00000018526) #22 NFE2L1 (ENSLAFG00000018523) ENSLAFG00000015209 ENSLAFG00000030284 CDK5RAP3 (ENSLAFG00000000339) PRR15L (ENSLAFG00000015553) PNPO (ENSLAFG00000015550) SP2 (ENSLAFG00000021817) SP6 (ENSLAFG00000010701) SCRN2 (ENSLAFG00000025964) LRRC46 (ENSLAFG00000006826) MRPL10 (ENSLAFG00000028127) OSBPL7 (ENSLAFG00000006819) TBX21 (ENSLAFG00000028463) TBKBP1 (ENSLAFG00000001330) KPNB1 (ENSLAFG00000001328) Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 258 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 Armadillo MODERN SPECIES 825 SKAP1 (ENSDNOG00000039133) #20 SNX11 (ENSDNOG00000032877) #21 CBX1 (ENSDNOG00000040249) #22 NFE2L1 (ENSDNOG00000047006) COPZ2 (ENSDNOG00000037475) CDK5RAP3 (ENSDNOG00000030779) PRR15L (ENSDNOG00000008323) PNPO (ENSDNOG00000032160) SP2 (ENSDNOG00000013944) SP6 (ENSDNOG00000042665) SCRN2 (ENSDNOG00000034719) LRRC46 (ENSDNOG00000047964) MRPL10 (ENSDNOG00000024176) OSBPL7 (ENSDNOG00000033308) ENSDNOG00000045438 Sloth MODERN SPECIES 8031 CBX1 (ENSCHOG00000011957) #22 ENSCHOG00000011948 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397.b ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a 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Wallaby MODERN SPECIES 12221 CBX1 (ENSMEUG00000004895) #22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397.b ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Common wonbat MODERN SPECIES 1037 SNF8 (ENSVURG00010007691) ENSVURG00010007663 CALCOCO2 (ENSVURG00010007642) HOXB13 (ENSVURG00010007629) HOXB9 (ENSVURG00010007619) HOXB8 (ENSVURG00010007609) HOXB7 (ENSVURG00010007606) HOXB6 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ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d #22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d #22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.d #22 Lizard MODERN SPECIES 854 ENSACAG00000011390 ENSACAG00000044130 ENSACAG00000035891 ENSACAG00000042215 ENSACAG00000040423 ENSACAG00000037330 #22 ENSACAG00000041494 BBOX1 (ENSACAG00000004751) FIBIN (ENSACAG00000004747) ENSACAG00000037388 SLC5A12 (ENSACAG00000004670) ENSACAG00000004666 ANO3 (ENSACAG00000004571) ENSACAG00000042268 ENSACAG00000039207 LUZP2 (ENSACAG00000035517) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1609 ATP5MC1 (ENSCABG00000002763) CALCOCO2 (ENSCABG00000002761) TTLL6 (ENSCABG00000002759) HOXB13 (ENSCABG00000002758) HOXB9 (ENSCABG00000002754) HOXB8 (ENSCABG00000002750) HOXB7 (ENSCABG00000002742) HOXB6 (ENSCABG00000002738) HOXB5 (ENSCABG00000002737) HOXB4 (ENSCABG00000002736) HOXB3 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ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 91 ATP5MC1 (ENSTMTG00000007797) CALCOCO2 (ENSTMTG00000007745) ENSTMTG00000007723 HOXB13 (ENSTMTG00000007711) HOXB9 (ENSTMTG00000007702) HOXB8 (ENSTMTG00000007693) HOXB7 (ENSTMTG00000007684) HOXB6 (ENSTMTG00000007672) HOXB5 (ENSTMTG00000007666) HOXB4 (ENSTMTG00000007660) HOXB3 (ENSTMTG00000007653) HOXB2 (ENSTMTG00000007640) #19 HOXB1 (ENSTMTG00000007622) SKAP1 (ENSTMTG00000007393) #20 SNX11 (ENSTMTG00000007347) #21 CBX1 (ENSTMTG00000007333) #22 NFE2L1 (ENSTMTG00000007320) COPZ2 (ENSTMTG00000007271) CDK5RAP3 (ENSTMTG00000007229) PRR15L (ENSTMTG00000007217) PNPO (ENSTMTG00000007206) ENSTMTG00000007188 SP2 (ENSTMTG00000007171) ENSTMTG00000007161 SCRN2 (ENSTMTG00000007144) ENSTMTG00000007129 MRPL10 (ENSTMTG00000007114) ENSTMTG00000007063 ENSTMTG00000007028 TBX21 (ENSTMTG00000007000) TBKBP1 (ENSTMTG00000006974) painted turtle MODERN SPECIES 2394 ATP5MC1 (ENSCPBG00000027327) CALCOCO2 (ENSCPBG00000027328) TTLL6 (ENSCPBG00000027332) HOXB13 (ENSCPBG00000027335) HOXB9 (ENSCPBG00000027339) HOXB8 (ENSCPBG00000027340) HOXB7 (ENSCPBG00000027341) HOXB3 (ENSCPBG00000027344) HOXB6 (ENSCPBG00000027348) HOXB5 (ENSCPBG00000027349) ENSCPBG00000027351 HOXB2 (ENSCPBG00000027352) #19 HOXB1 (ENSCPBG00000027354) SKAP1 (ENSCPBG00000027357) #20 SNX11 (ENSCPBG00000027362) #21 CBX1 (ENSCPBG00000027366) #22 NFE2L1 (ENSCPBG00000027369) COPZ2 (ENSCPBG00000027373) CDK5RAP3 (ENSCPBG00000027376) PRR15L (ENSCPBG00000027380) PNPO (ENSCPBG00000027382) ENSCPBG00000027388 SP2 (ENSCPBG00000027391) SP6 (ENSCPBG00000027395) SCRN2 (ENSCPBG00000027397) LRRC46 (ENSCPBG00000027399) MRPL10 (ENSCPBG00000027401) OSBPL7 (ENSCPBG00000027405) TBX21 (ENSCPBG00000027414) ENSCPBG00000027421 KPNB1 (ENSCPBG00000027423) Chinese turtle MODERN SPECIES 873 ENSPSIG00000005879 CALCOCO2 (ENSPSIG00000006041) ENSPSIG00000006373 TTLL6 (ENSPSIG00000006379) 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SPECIES 19 ENSFALG00000000493 GRB7 (ENSFALG00000000495) ERBB2 (ENSFALG00000000513) ENSFALG00000000535 PNMT (ENSFALG00000000536) ENSFALG00000023757 STARD3 (ENSFALG00000000541) PPP1R1B (ENSFALG00000024719) CDK12 (ENSFALG00000000553) MED1 (ENSFALG00000000555) FBXL20 (ENSFALG00000000557) ENSFALG00000000558 ENSFALG00000025142 ENSFALG00000028803 ENSFALG00000007898 CBX1 (ENSFALG00000011444) #22 ENSFALG00000011429 ENSFALG00000024750 ENSFALG00000011396 ENSFALG00000011385 ENSFALG00000025620 ENSFALG00000011366 ENSFALG00000025055 ENSFALG00000011344 PHOSPHO1 (ENSFALG00000014803) ZNF652 (ENSFALG00000007003) PHB1 (ENSFALG00000006992) ENSFALG00000025180 ENSFALG00000028717 ENSFALG00000026685 NGFR (ENSFALG00000006987) Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.i ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.i ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 ENSGT00390000012679 Japanese quail MODERN SPECIES 19 UBE2Z (ENSCJPG00005019360) ENSCJPG00005019361 ENSCJPG00005019362 HOXB13 (ENSCJPG00005019363) HOXB9 (ENSCJPG00005019365) HOXB8 (ENSCJPG00005019366) HOXB7 (ENSCJPG00005019367) HOXB6 (ENSCJPG00005019368) HOXB5 (ENSCJPG00005019369) HOXB4 (ENSCJPG00005019371) HOXB3 (ENSCJPG00005019372) HOXB2 (ENSCJPG00005019373) #19 HOXB1 (ENSCJPG00005019374) SKAP1 (ENSCJPG00005019375) #20 SNX11 (ENSCJPG00005019376) #21 CBX1 (ENSCJPG00005019377) #22 NFE2L1 (ENSCJPG00005019378) CDK5RAP3 (ENSCJPG00005019379) PRR15L (ENSCJPG00005019386) SP2 (ENSCJPG00005019387) SP6 (ENSCJPG00005019388) SCRN2 (ENSCJPG00005019389) LRRC46 (ENSCJPG00005019390) MRPL10 (ENSCJPG00005019391) TBX21 (ENSCJPG00005019401) KPNB1 (ENSCJPG00005000892) NPEPPS (ENSCJPG00005000955) MRPL45 (ENSCJPG00005000986) ENSCJPG00005001001 SOCS7 (ENSCJPG00005001011) ARHGAP23 (ENSCJPG00005001122) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.i ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246.c.a ENSGT00940000155246.c.b Turkey MODERN SPECIES 21 DHX8 (ENSMGAG00000002343) PHB1 (ENSMGAG00000002414) ZNF652 (ENSMGAG00000002434) PHOSPHO1 (ENSMGAG00000002447) ENSMGAG00000002455 GNGT2 (ENSMGAG00000022172) IGF2BP1 (ENSMGAG00000002497) ENSMGAG00000007094 SNF8 (ENSMGAG00000007078) UBE2Z (ENSMGAG00000007071) ENSMGAG00000007047 ENSMGAG00000002528 ENSMGAG00000017883 ENSMGAG00000018145 ENSMGAG00000001269 ENSMGAG00000001238 #22 ENSMGAG00000005549 #21 ENSMGAG00000002604 #20 ENSMGAG00000002567 ENSMGAG00000019576 #19 ENSMGAG00000002541 ENSMGAG00000007152 ENSMGAG00000007146 ENSMGAG00000002914 ENSMGAG00000017567 ENSMGAG00000017244 ENSMGAG00000002870 ENSMGAG00000002864 ENSMGAG00000019329 ENSMGAG00000022574 ENSMGAG00000015993 Chicken MODERN SPECIES 19 ATP5MC1 (ENSGALG00010026305) ENSGALG00010026334 HOXB13 (ENSGALG00010026052) HOXB9 (ENSGALG00010026782) ENSGALG00010023374 HOXB8 (ENSGALG00010021446) HOXB7 (ENSGALG00010023381) HOXB6 (ENSGALG00010023383) HOXB5 (ENSGALG00010023394) HOXB4 (ENSGALG00010023415) HOXB3 (ENSGALG00010023428) HOXB2 (ENSGALG00010023438) #19 HOXB1 (ENSGALG00010023454) SKAP1 (ENSGALG00010021479) #20 SNX11 (ENSGALG00010021554) #21 CBX1 (ENSGALG00010021565) #22 NFE2L1 (ENSGALG00010021583) CDK5RAP3 (ENSGALG00010023706) PRR15L (ENSGALG00010023722) PNPO (ENSGALG00010023726) SP2 (ENSGALG00010023730) SP6 (ENSGALG00010023742) SCRN2 (ENSGALG00010023770) LRRC46 (ENSGALG00010023784) MRPL10 (ENSGALG00010023807) OSBPL7 (ENSGALG00010023841) TBX21 (ENSGALG00010023883) TBKBP1 (ENSGALG00010023903) KPNB1 (ENSGALG00010023927) ENSGALG00010024010 ENSGALG00010021150 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00940000159720 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.d #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.i Duck MODERN SPECIES 3975 CBX1 (ENSAPLG00000007894) #22 NFE2L1 (ENSAPLG00000029042) CDK5RAP3 (ENSAPLG00000018896) ENSAPLG00000024106 PNPO (ENSAPLG00000029709) Pink-footed goose MODERN SPECIES 305 UBE2Z (ENSABRG00000000335) ATP5MC1 (ENSABRG00000000359) CALCOCO2 (ENSABRG00000000383) HOXB13 (ENSABRG00000000421) HOXB9 (ENSABRG00000000456) HOXB8 (ENSABRG00000000461) HOXB7 (ENSABRG00000000473) HOXB6 (ENSABRG00000000480) HOXB5 (ENSABRG00000000485) HOXB4 (ENSABRG00000000495) HOXB3 (ENSABRG00000000506) HOXB2 (ENSABRG00000000517) #19 HOXB1 (ENSABRG00000000522) SKAP1 (ENSABRG00000000558) #20 SNX11 (ENSABRG00000000576) #21 CBX1 (ENSABRG00000000584) #22 NFE2L1 (ENSABRG00000000594) ENSABRG00000000606 CDK5RAP3 (ENSABRG00000000636) PNPO (ENSABRG00000000676) SP2 (ENSABRG00000001034) SP6 (ENSABRG00000001100) SCRN2 (ENSABRG00000001107) LRRC46 (ENSABRG00000001138) MRPL10 (ENSABRG00000001154) ENSABRG00000001168 Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.a ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.a ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000154298.a.b 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ENSGT00940000154152.c.a ##22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165938 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.c.a ##22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00960000192469 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439 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(ENSPMRG00000013357) TBX21 (ENSPMRG00000013375) TBKBP1 (ENSPMRG00000013381) KPNB1 (ENSPMRG00000013395) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 1362 ENSNSUG00000011566 ##22 Eastern brown snake MODERN SPECIES 250 ENSPTXG00000014286 ##19 ENSPTXG00000014288 ##22 ENSPTXG00000014291 Indian cobra MODERN SPECIES 111 ENSNNAG00000011569 ##22 tuatara MODERN SPECIES 1705 ENSSPUG00000017491 SKAP1 (ENSSPUG00000017498) #20 SNX11 (ENSSPUG00000017511) #21 CBX1 (ENSSPUG00000017523) ##22 NFE2L1 (ENSSPUG00000017549) COPZ2 (ENSSPUG00000017576) CDK5RAP3 (ENSSPUG00000017587) PRR15L (ENSSPUG00000017603) ENSSPUG00000017635 SP2 (ENSSPUG00000017648) SP6 (ENSSPUG00000017659) SCRN2 (ENSSPUG00000017669) LRRC46 (ENSSPUG00000017689) MRPL10 (ENSSPUG00000017695) OSBPL7 (ENSSPUG00000017709) TBX21 (ENSSPUG00000017746) TBKBP1 (ENSSPUG00000017792) KPNB1 (ENSSPUG00000017799) NPEPPS (ENSSPUG00000017816) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.c.b ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 1097 ENSAMEG00000026102 ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000005121 ENSGT00390000007843 ENSGT00940000159091 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000011219 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000161498 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161315 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000160397 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 Frog MODERN SPECIES 1 kcnk15 (ENSXETG00000038181) gip (ENSXETG00000031431) snf8 (ENSXETG00000022819) ube2z (ENSXETG00000043685) calcoco2 (ENSXETG00000022806) hoxb9 (ENSXETG00000043711) hoxb8 (ENSXETG00000021993) hoxb6 (ENSXETG00000021987) hoxb5 (ENSXETG00000021978) hoxb4 (ENSXETG00000021973) hoxb3 (ENSXETG00000021967) hoxb2 (ENSXETG00000027353) #19 hoxb1 (ENSXETG00000049208) skap1 (ENSXETG00000027357) #20 snx11 (ENSXETG00000038807) #21 cbx1 (ENSXETG00000021962) #22 nfe2l1 (ENSXETG00000021958) copz2 (ENSXETG00000021957) prr15l (ENSXETG00000032726) cdk5rap3 (ENSXETG00000027359) XB5788060 [provisional] (ENSXETG00000027360) sp2 (ENSXETG00000021952) ENSXETG00000043506 sp6 (ENSXETG00000048156) scrn2 (ENSXETG00000021947) lrrc46 (ENSXETG00000045741) tbx21 (ENSXETG00000041059) mrpl10 (ENSXETG00000014749) ENSXETG00000047787 pcgf2 (ENSXETG00000014746) mllt6 (ENSXETG00000014744) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 3 ENSLLEG00000024142 SNF8 (ENSLLEG00000023829) UBE2Z (ENSLLEG00000023729) ENSLLEG00000023455 HOXB9 (ENSLLEG00000023395) HOXB8 (ENSLLEG00000023318) HOXB7 (ENSLLEG00000023272) HOXB6 (ENSLLEG00000023245) HOXB5 (ENSLLEG00000023222) ENSLLEG00000023190 HOXB3 (ENSLLEG00000023143) HOXB2 (ENSLLEG00000023108) #19 HOXB1 (ENSLLEG00000023048) SKAP1 (ENSLLEG00000022705) #20 SNX11 (ENSLLEG00000022564) #21 CBX1 (ENSLLEG00000022470) #22 NFE2L1 (ENSLLEG00000022364) COPZ2 (ENSLLEG00000022282) CDK5RAP3 (ENSLLEG00000022067) PRR15L (ENSLLEG00000022006) PNPO (ENSLLEG00000021591) ENSLLEG00000021466 SP2 (ENSLLEG00000021414) ENSLLEG00000021350 SP6 (ENSLLEG00000021323) SCRN2 (ENSLLEG00000021262) ENSLLEG00000024888 TBX21 (ENSLLEG00000024840) ENSLLEG00000024817 TBKBP1 (ENSLLEG00000024678) ENSLLEG00000024653 Coelacanth MODERN SPECIES 278 ATP5MC1 (ENSLACG00000016305) ENSLACG00000016150 TTLL6 (ENSLACG00000015912) ENSLACG00000015759 HOXB13 (ENSLACG00000015543) hoxb10a (ENSLACG00000015207) HOXB9 (ENSLACG00000015129) HOXB8 (ENSLACG00000015099) HOXB7 (ENSLACG00000015078) HOXB6 (ENSLACG00000014999) ENSLACG00000014942 HOXB3 (ENSLACG00000014824) HOXB2 (ENSLACG00000014790) #19 HOXB1 (ENSLACG00000014698) SNX11 (ENSLACG00000011068) #21 CBX1 (ENSLACG00000010753) #22 NFE2L1 (ENSLACG00000009960) COPZ2 (ENSLACG00000009416) CDK5RAP3 (ENSLACG00000007698) ENSLACG00000007611 ENSLACG00000007610 PRR15L (ENSLACG00000007448) PNPO (ENSLACG00000007066) SP2 (ENSLACG00000006434) SP6 (ENSLACG00000004875) SCRN2 (ENSLACG00000004181) CHCHD10 (ENSLACG00000001878) aspdh (ENSLACG00000001117) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00940000159590 ENSGT00940000156314 ENSGT00940000160776 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439 Reedfish MODERN SPECIES 5 ttll6 (ENSECRG00000022344) ENSECRG00000022338 hoxb13a (ENSECRG00000022331) hoxb10a (ENSECRG00000022327) hoxb9a (ENSECRG00000022323) hoxb8a (ENSECRG00000022316) hoxb7a (ENSECRG00000022310) hoxb6a (ENSECRG00000022304) hoxb5b (ENSECRG00000022297) hoxb4a (ENSECRG00000022286) hoxb3a (ENSECRG00000022280) hoxb2a (ENSECRG00000022274) #19 hoxb1b (ENSECRG00000022268) skap1 (ENSECRG00000022254) #20 SNX11 (ENSECRG00000022243) #21 cbx1b (ENSECRG00000022234) #22 NFE2L1 (ENSECRG00000022225) copz2 (ENSECRG00000022208) ENSECRG00000022194 CDK5RAP3 (ENSECRG00000022184) prr15la (ENSECRG00000022170) pnpo (ENSECRG00000022161) sp2 (ENSECRG00000022144) socs7 (ENSECRG00000022134) ENSECRG00000022119 mrpl45 (ENSECRG00000022099) ENSECRG00000022093 ENSECRG00000022086 npepps (ENSECRG00000022066) kpnb1 (ENSECRG00000021968) TBKBP1 (ENSECRG00000021849) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152 #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 Spotted gar MODERN SPECIES 653 atp5mc1 (ENSLOCG00000013484) ENSLOCG00000013473 ENSLOCG00000013466 ENSLOCG00000013460 hoxb13a (ENSLOCG00000013457) hoxb10a (ENSLOCG00000013455) hoxb9a (ENSLOCG00000013453) hoxb8a (ENSLOCG00000013451) hoxb7a (ENSLOCG00000013448) hoxb6a (ENSLOCG00000013443) hoxb5b (ENSLOCG00000013440) hoxb3a (ENSLOCG00000013436) HOXB1 (ENSLOCG00000013432) skap1 (ENSLOCG00000013427) #20 snx11 (ENSLOCG00000013423) #21 cbx1b (ENSLOCG00000013417) #22 NFE2L1 (ENSLOCG00000013411) copz2 (ENSLOCG00000013403) cdk5rap3 (ENSLOCG00000013394) pnpo (ENSLOCG00000013387) mrpl10 (ENSLOCG00000013385) osbpl7 (ENSLOCG00000013354) pdk2b 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ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000165637 ENSGT00950000182844.b.b.b.b ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00750000118756.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c Euteleosteomorpha DUPLICATION Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00940000157296.o.a ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018292.c ENSGT00940000177404 ENSGT00390000005121 ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00750000118756.a 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ENSGT00390000008812.b.b.a.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 299 ENSGT00940000157296.o.a.h ENSGT01030000234627.a.b.b.e ENSGT00940000157457.f ENSGT00940000161032.h ENSGT00950000182832.A.c ENSGT00390000018292.c.c ENSGT00390000005121 ENSGT00390000007843.d ENSGT00950000183025.a.db ENSGT00940000161434 ENSGT00940000165065.b.c ENSGT00940000158354.c.a.c ENSGT01000000220463 ENSGT00390000017856.b.c #20 ENSGT00940000160113.k #21 ENSGT00940000154152.a.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a.c ENSGT00390000011219.m.b ENSGT00940000172406 ENSGT00940000157439.b.c ENSGT00940000166447.d ENSGT00940000153704.B.c.d ENSGT00940000157411.i ENSGT00390000008812.b.b.a.a.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a.e Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000157296.o.a.h ENSGT01030000234627.a.b.b.e ENSGT00940000157457.f ENSGT00940000161032.h ENSGT00950000182832.A.c ENSGT00390000018292.c.c ENSGT00390000005121.e ENSGT00390000007843.d ENSGT00950000183025.a.db 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ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a.c ENSGT00390000011219.m.b ENSGT00940000172406 ENSGT00940000157439.b.c ENSGT00940000166447.d ENSGT00940000153704.B.c.d ENSGT00940000157411.i ENSGT00390000008812.b.b.a.a.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a.e ENSGT00530000064085.c.c ENSGT00940000157854.w.a ENSGT00950000183178.b.b.b.c.b ENSGT00940000157917.a.a.a.b ENSGT00940000155510.u.a.a ENSGT00940000155510.u.a.b Atlantic salmon MODERN SPECIES 20 ENSSSAG00000064957 chad (ENSSSAG00000101094) ENSSSAG00000065145 ENSSSAG00000065227 ENSSSAG00000065326 ENSSSAG00000041484 ENSSSAG00000066449 ENSSSAG00000066478 chmp2a (ENSSSAG00000066490) Hampin (ENSSSAG00000066494) ENSSSAG00000101753 ENSSSAG00000066515 ENSSSAG00000085163 SKAP1 (ENSSSAG00000066533) #20 ENSSSAG00000066541 #21 ENSSSAG00000066552 #22 NFE2L1 (ENSSSAG00000095440) pnpo (ENSSSAG00000066572) ENSSSAG00000066622 osbpl7 (ENSSSAG00000066660) tbx21 (ENSSSAG00000067359) TBKBP1 (ENSSSAG00000015313) ENSSSAG00000067488 ENSSSAG00000096896 cdk5r1b (ENSSSAG00000102378) 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ENSGT00530000063301.a.a.c.a.f ENSGT00530000064085.c.d Salmo ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157457.e ENSGT00940000161032.g ENSGT00950000182832.A.d ENSGT00390000018292.c.d ENSGT00390000005121.f ENSGT00390000007843.c ENSGT00950000183025.a.eb ENSGT00940000165637 ENSGT00940000161529.x ENSGT00940000161108.f ENSGT00940000158354.c.a.d ENSGT00940000159774.d.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b.d #20 ENSGT00940000160113.l #21 ENSGT00940000154152.a.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a.d ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219.m.a ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b.d ENSGT00940000166447.c ENSGT00940000153704.B.c.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT00940000157411.j ENSGT00390000008812.b.b.a.a.b ENSGT00530000063301.a.a.c.a.f ENSGT00530000064085.c.d ENSGT00940000157854.w.b River trout MODERN SPECIES 11 SRCAP (ENSSTUG00000038679) ENSSTUG00000038515 chmp2a (ENSSTUG00000038508) MSL1 (ENSSTUG00000038414) gip (ENSSTUG00000038402) snf8 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ENSGT00390000008812.b.b.a.a.b ENSGT00530000063301.a.a.c.a.f ENSGT00530000064085.c.d ENSGT00940000157854.w.b Chinook salmon MODERN SPECIES 16 SRCAP (ENSOTSG00005035863) ENSOTSG00005035828 chmp2a (ENSOTSG00005035827) MSL1 (ENSOTSG00005035826) ENSOTSG00005035824 snf8 (ENSOTSG00005035823) calcoco2 (ENSOTSG00005035821) ttll6 (ENSOTSG00005035818) hoxb8b (ENSOTSG00005035817) hoxb6b (ENSOTSG00005035816) hoxb5b (ENSOTSG00005035815) ENSOTSG00005035814 hoxb1b (ENSOTSG00005035813) skap1 (ENSOTSG00005035812) #20 SNX11 (ENSOTSG00005035810) #21 ENSOTSG00005035809 #22 NFE2L1 (ENSOTSG00005035808) ENSOTSG00005035807 cdk5rap3 (ENSOTSG00005035804) prr15lb (ENSOTSG00005035803) pnpo (ENSOTSG00005035801) mrpl10 (ENSOTSG00005035800) osbpl7 (ENSOTSG00005035132) tbx21 (ENSOTSG00005035126) ENSOTSG00005035125 ENSOTSG00005035124 ENSOTSG00005035123 akap17a (ENSOTSG00005035121) ENSOTSG00005035120 ARSD (ENSOTSG00005035118) ENSOTSG00005035117 Coho salmon MODERN SPECIES 12 ENSOKIG00005012827 chmp2a (ENSOKIG00005012799) MSL1 (ENSOKIG00005012768) gip (ENSOKIG00005012759) ENSOKIG00005012753 snf8 (ENSOKIG00005012719) calcoco2 (ENSOKIG00005012687) ttll6 (ENSOKIG00005012645) hoxb8b (ENSOKIG00005012631) hoxb6b (ENSOKIG00005012621) hoxb5b (ENSOKIG00005012615) ENSOKIG00005012606 hoxb1b (ENSOKIG00005012579) skap1 (ENSOKIG00005012565) #20 SNX11 (ENSOKIG00005012548) #21 ENSOKIG00005012530 #22 NFE2L1 (ENSOKIG00005012519) cdk5rap3 (ENSOKIG00005012472) prr15lb (ENSOKIG00005012462) pnpo (ENSOKIG00005012392) mrpl10 (ENSOKIG00005012380) osbpl7 (ENSOKIG00005012334) tbx21 (ENSOKIG00005012316) TBKBP1 (ENSOKIG00005012307) PDK2 (ENSOKIG00005012119) ENSOKIG00005011062 cdk5r1b (ENSOKIG00005011007) psmd11b (ENSOKIG00005010937) nsfb (ENSOKIG00005008716) wnt3 (ENSOKIG00005008567) ormdl3 (ENSOKIG00005008553) Rainbow trout MODERN SPECIES 7 ENSOMYG00000043826 ENSOMYG00000043781 chmp2a (ENSOMYG00000043771) ENSOMYG00000043763 ENSOMYG00000043748 ENSOMYG00000043726 ENSOMYG00000043692 ttll6 (ENSOMYG00000060738) hoxb8b (ENSOMYG00000043684) hoxb6b (ENSOMYG00000043680) hoxb5b (ENSOMYG00000043678) ENSOMYG00000043673 hoxb1b (ENSOMYG00000057636) skap1 (ENSOMYG00000043667) #20 SNX11 (ENSOMYG00000043658) #21 ENSOMYG00000043649 #22 NFE2L1 (ENSOMYG00000043639) ENSOMYG00000043634 cdk5rap3 (ENSOMYG00000043627) prr15lb (ENSOMYG00000043621) pnpo (ENSOMYG00000043606) mrpl10 (ENSOMYG00000043590) osbpl7 (ENSOMYG00000043504) tbx21 (ENSOMYG00000043454) TBKBP1 (ENSOMYG00000043446) ENSOMYG00000043255 ENSOMYG00000043223 ENSOMYG00000065805 ENSOMYG00000042956 cdk5r1b (ENSOMYG00000042908) psmd11b (ENSOMYG00000042895) Northern pike MODERN SPECIES 4 ARHGAP44 (ENSELUG00000009260) stx4 (ENSELUG00000009200) ENSELUG00000009092 chmp2a (ENSELUG00000009057) MSL1 (ENSELUG00000008996) ENSELUG00000008959 snf8 (ENSELUG00000008940) ENSELUG00000008892 ttll6 (ENSELUG00000008833) hoxb5b (ENSELUG00000008806) hoxb6b (ENSELUG00000025410) ENSELUG00000008764 ENSELUG00000008758 skap1 (ENSELUG00000001494) #20 ENSELUG00000008701 #21 ENSELUG00000000330 #22 NFE2L1 (ENSELUG00000008672) cdk5rap3 (ENSELUG00000008635) mrpl10 (ENSELUG00000008599) pnpo (ENSELUG00000008568) osbpl7 (ENSELUG00000008527) tbx21 (ENSELUG00000001384) ENSELUG00000027949 TBKBP1 (ENSELUG00000008379) PDK2 (ENSELUG00000008326) ENSELUG00000008271 MYO1D (ENSELUG00000008245) cdk5r1b (ENSELUG00000008224) psmd11b (ENSELUG00000008204) nsfb (ENSELUG00000008162) wnt3 (ENSELUG00000008126) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018292.c ENSGT00940000177404 ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 Cod MODERN SPECIES 9 ENSGMOG00000007726 ENSGMOG00000007709 ENSGMOG00000003499 ENSGMOG00000034695 ENSGMOG00000003314 chmp2a (ENSGMOG00000003295) ENSGMOG00000003261 ENSGMOG00000003246 ENSGMOG00000003213 hoxb6b (ENSGMOG00000025558) hoxb5b (ENSGMOG00000026296) ENSGMOG00000027605 hoxb1b (ENSGMOG00000025533) skap1 (ENSGMOG00000003134) #20 ENSGMOG00000024709 #21 CBX1 (ENSGMOG00000003101) #22 NFE2L1 (ENSGMOG00000022643) cdk5rap3 (ENSGMOG00000003054) ENSGMOG00000020150 pnpo (ENSGMOG00000003037) mrpl10 (ENSGMOG00000003023) ENSGMOG00000002841 ENSGMOG00000002812 ENSGMOG00000025608 ENSGMOG00000028389 ENSGMOG00000032746 ENSGMOG00000028175 ENSGMOG00000004560 ENSGMOG00000004534 ENSGMOG00000027386 ENSGMOG00000027135 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 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tilapia MODERN SPECIES 20 stx4 (ENSONIG00000018193) SRCAP (ENSONIG00000018197) MRM1 (ENSONIG00000021236) chmp2a (ENSONIG00000018198) ENSONIG00000028875 ENSONIG00000031164 snf8 (ENSONIG00000018202) ENSONIG00000018204 ttll6 (ENSONIG00000018205) hoxb6b (ENSONIG00000036813) hoxb5b (ENSONIG00000034578) ENSONIG00000032613 hoxb1b (ENSONIG00000018209) skap1 (ENSONIG00000018210) #20 ENSONIG00000027588 #21 cbx1 (ENSONIG00000032457) #22 NFE2L1 (ENSONIG00000018214) cdk5rap3 (ENSONIG00000018216) prr15lb (ENSONIG00000021237) pnpo (ENSONIG00000018219) mrpl10 (ENSONIG00000038469) osbpl7 (ENSONIG00000018222) tbx21 (ENSONIG00000018223) PDK2 (ENSONIG00000018225) MYO1D (ENSONIG00000018232) ENSONIG00000032662 cdk5r1b (ENSONIG00000018237) psmd11b (ENSONIG00000018238) nsfb (ENSONIG00000018240) wnt3 (ENSONIG00000027851) ormdl3 (ENSONIG00000041840) Midas cichlid MODERN SPECIES 113 ENSACIG00000012184 ENSACIG00000012206 MRM1 (ENSACIG00000012244) ENSACIG00000012251 MSL1 (ENSACIG00000012261) ENSACIG00000012280 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hoxb5b (ENSOJAG00000016856) ENSOJAG00000016852 hoxb1b (ENSOJAG00000016844) skap1 (ENSOJAG00000016831) #20 ENSOJAG00000016824 #21 CBX1 (ENSOJAG00000016801) #22 NFE2L1 (ENSOJAG00000016786) cdk5rap3 (ENSOJAG00000016281) prr15lb (ENSOJAG00000016240) pnpo (ENSOJAG00000016222) mrpl10 (ENSOJAG00000016212) osbpl7 (ENSOJAG00000015460) tbx21 (ENSOJAG00000015381) PDK2 (ENSOJAG00000014953) MYO1D (ENSOJAG00000014526) cdk5r1b (ENSOJAG00000014476) psmd11b (ENSOJAG00000014369) nsfb (ENSOJAG00000012430) wnt3 (ENSOJAG00000012236) ormdl3 (ENSOJAG00000012215) ENSOJAG00000021568 Indian medaka MODERN SPECIES 17 stx4 (ENSOMEG00000003432) ENSOMEG00000003475 ENSOMEG00000003498 ENSOMEG00000003504 chmp2a (ENSOMEG00000003522) MSL1 (ENSOMEG00000003539) snf8 (ENSOMEG00000003554) ENSOMEG00000003579 ttll6 (ENSOMEG00000003603) hoxb6b (ENSOMEG00000003618) hoxb5b (ENSOMEG00000003624) hoxb1b (ENSOMEG00000003629) ENSOMEG00000003640 skap1 (ENSOMEG00000003668) #20 ENSOMEG00000003715 #21 CBX1 (ENSOMEG00000003749) #22 NFE2L1 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ormdl3 (ENSOSIG00000015780) Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 10 stx4 (ENSORLG00000012520) ENSORLG00000012491 ENSORLG00000024419 ENSORLG00000025876 chmp2a (ENSORLG00000012466) MSL1 (ENSORLG00000012451) snf8 (ENSORLG00000012436) ENSORLG00000012415 ttll6 (ENSORLG00000012392) hoxb6b (ENSORLG00000012387) hoxb5b (ENSORLG00000022001) hoxb1b (ENSORLG00000012369) ENSORLG00000012375 skap1 (ENSORLG00000026407) #20 ENSORLG00000022773 #21 CBX1 (ENSORLG00000022226) #22 NFE2L1 (ENSORLG00000028161) cdk5rap3 (ENSORLG00000012325) prr15lb (ENSORLG00000012296) pnpo (ENSORLG00000029321) mrpl10 (ENSORLG00000025561) osbpl7 (ENSORLG00000012241) tbx21 (ENSORLG00000026554) ENSORLG00000024271 ENSORLG00000030262 PDK2 (ENSORLG00000012173) ENSORLG00000023453 MYO1D (ENSORLG00000012150) cdk5r1b (ENSORLG00000012086) psmd11b (ENSORLG00000012079) nsfb (ENSORLG00000012044) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157457 ENSGT00940000178941 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A 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(ENSSMAG00000009508) skap1 (ENSSMAG00000009479) #20 ENSSMAG00000009467 #21 CBX1 (ENSSMAG00000009453) #22 NFE2L1 (ENSSMAG00000009430) cdk5rap3 (ENSSMAG00000009389) prr15lb (ENSSMAG00000009371) pnpo (ENSSMAG00000009382) mrpl10 (ENSSMAG00000009358) osbpl7 (ENSSMAG00000009287) tbx21 (ENSSMAG00000009189) TBKBP1 (ENSSMAG00000009169) ENSSMAG00000009151 ENSSMAG00000034152 ENSSMAG00000009144 ENSSMAG00000035920 ENSSMAG00000009096 cdk5r1b (ENSSMAG00000009091) psmd11b (ENSSMAG00000009060) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018292.c ENSGT00940000177404 ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.b.j ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 Barramundi perch MODERN SPECIES 143 ENSLCAG00010014613 ENSLCAG00010014580 ENSLCAG00010014567 chmp2a (ENSLCAG00010014564) ENSLCAG00010014560 ENSLCAG00010014556 snf8 (ENSLCAG00010014551) ENSLCAG00010014542 ttll6 (ENSLCAG00010014537) hoxb6b (ENSLCAG00010014534) hoxb5b (ENSLCAG00010014531) ENSLCAG00010014527 hoxb1b (ENSLCAG00010014523) skap1 (ENSLCAG00010014518) #20 ENSLCAG00010014509 #21 CBX1 (ENSLCAG00010014494) #22 NFE2L1 (ENSLCAG00010014488) cdk5rap3 (ENSLCAG00010014478) prr15lb (ENSLCAG00010014473) pnpo (ENSLCAG00010014463) mrpl10 (ENSLCAG00010014459) osbpl7 (ENSLCAG00010014350) tbx21 (ENSLCAG00010014324) ENSLCAG00010014321 PDK2 (ENSLCAG00010014074) ENSLCAG00010014039 MYO1D (ENSLCAG00010014023) cdk5r1b (ENSLCAG00010014014) psmd11b (ENSLCAG00010013998) nsfb (ENSLCAG00010013227) wnt3 (ENSLCAG00010013080) Seriola ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157296.o.a ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A.a ENSGT00390000018292.c ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000159842.pc.a.a.b.a.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 Greater amberjack MODERN SPECIES 27 ENSSDUG00000008801 ENSSDUG00000009008 ENSSDUG00000009089 chmp2a (ENSSDUG00000009093) ENSSDUG00000009112 ENSSDUG00000009133 snf8 (ENSSDUG00000009165) ENSSDUG00000009198 ttll6 (ENSSDUG00000009245) hoxb6b (ENSSDUG00000009288) hoxb5b (ENSSDUG00000009329) ENSSDUG00000009341 hoxb1b (ENSSDUG00000009350) skap1 (ENSSDUG00000009365) #20 ENSSDUG00000009484 #21 CBX1 (ENSSDUG00000009538) #22 NFE2L1 (ENSSDUG00000010077) cdk5rap3 (ENSSDUG00000010099) prr15lb (ENSSDUG00000010143) pnpo (ENSSDUG00000010163) mrpl10 (ENSSDUG00000010218) osbpl7 (ENSSDUG00000010251) tbx21 (ENSSDUG00000010318) TBKBP1 (ENSSDUG00000010348) ENSSDUG00000010427 PDK2 (ENSSDUG00000010444) MYO1D (ENSSDUG00000010486) cdk5r1b (ENSSDUG00000010547) psmd11b (ENSSDUG00000010564) nsfb (ENSSDUG00000010622) wnt3 (ENSSDUG00000010720) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2745 stx4 (ENSSLDG00000000166) ENSSLDG00000000077 ENSSLDG00000024146 ENSSLDG00000024141 chmp2a (ENSSLDG00000024123) ENSSLDG00000024113 snf8 (ENSSLDG00000024098) ENSSLDG00000024087 ENSSLDG00000024068 hoxb6b (ENSSLDG00000024060) hoxb5b (ENSSLDG00000024056) hoxb1b (ENSSLDG00000024047) ENSSLDG00000024036 skap1 (ENSSLDG00000023996) #20 ENSSLDG00000023984 #21 CBX1 (ENSSLDG00000023975) #22 NFE2L1 (ENSSLDG00000023957) cdk5rap3 (ENSSLDG00000023933) prr15lb (ENSSLDG00000023922) pnpo (ENSSLDG00000023906) mrpl10 (ENSSLDG00000023900) osbpl7 (ENSSLDG00000023859) tbx21 (ENSSLDG00000023842) TBKBP1 (ENSSLDG00000023814) mibp2 (ENSSLDG00000023804) PDK2 (ENSSLDG00000023784) MYO1D (ENSSLDG00000023744) cdk5r1b (ENSSLDG00000023731) psmd11b (ENSSLDG00000023708) nsfb (ENSSLDG00000023659) wnt3 (ENSSLDG00000023653) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018292.c ENSGT00940000177404 ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 ENSGT00950000183178.b.b.b Zig-zag eel MODERN SPECIES 10 ENSMAMG00000007069 ENSMAMG00000007023 ENSMAMG00000007018 chmp2a (ENSMAMG00000006998) ENSMAMG00000006985 ENSMAMG00000006961 ENSMAMG00000006922 ENSMAMG00000006906 ttll6 (ENSMAMG00000006872) hoxb6b (ENSMAMG00000006860) hoxb5b (ENSMAMG00000006854) ENSMAMG00000006846 hoxb1b (ENSMAMG00000006840) skap1 (ENSMAMG00000006775) #20 ENSMAMG00000026591 #21 CBX1 (ENSMAMG00000006734) #22 NFE2L1 (ENSMAMG00000006690) cdk5rap3 (ENSMAMG00000006672) prr15lb (ENSMAMG00000006652) pnpo (ENSMAMG00000006642) mrpl10 (ENSMAMG00000028052) osbpl7 (ENSMAMG00000006572) tbx21 (ENSMAMG00000024359) TBKBP1 (ENSMAMG00000027920) ENSMAMG00000006476 ENSMAMG00000006436 cdk5r1b (ENSMAMG00000006430) psmd11b (ENSMAMG00000006403) nsfb (ENSMAMG00000006372) ENSMAMG00000006359 ormdl3 (ENSMAMG00000025248) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018292.c ENSGT00940000177404 ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 ENSGT00950000183178.b.b.b Siamese fighting fish MODERN SPECIES 9 stx4 (ENSBSLG00000021372) ENSBSLG00000021139 ENSBSLG00000020021 MRM1 (ENSBSLG00000019997) chmp2a (ENSBSLG00000019984) MSL1 (ENSBSLG00000019972) snf8 (ENSBSLG00000019958) 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#20 ENSATEG00000028495 #21 CBX1 (ENSATEG00000027720) #22 NFE2L1 (ENSATEG00000008441) cdk5rap3 (ENSATEG00000008382) prr15lb (ENSATEG00000008355) pnpo (ENSATEG00000008296) mrpl10 (ENSATEG00000008279) osbpl7 (ENSATEG00000008218) tbx21 (ENSATEG00000026567) TBKBP1 (ENSATEG00000008182) ENSATEG00000008138 ENSATEG00000008024 cdk5r1b (ENSATEG00000007987) psmd11b (ENSATEG00000007920) nsfb (ENSATEG00000007835) ENSATEG00000007808 ormdl3 (ENSATEG00000026887) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000157457 ENSGT00940000178941 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018292.c ENSGT00940000177404 ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 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(ENSCGOG00000021819) Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000157296.o.a ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018292.c ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 ENSGT00950000183178.b.b.b Lumpfish MODERN SPECIES 10 stx4 (ENSCLMG00005023016) ENSCLMG00005023015 ENSCLMG00005023012 MRM1 (ENSCLMG00005023010) chmp2a (ENSCLMG00005023008) ENSCLMG00005023007 snf8 (ENSCLMG00005023006) ENSCLMG00005023005 ENSCLMG00005023004 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ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 ENSGT00950000183178.b.b.b Gilthead seabream MODERN SPECIES 12 ENSSAUG00010016770 ENSSAUG00010016844 ENSSAUG00010016845 chmp2a (ENSSAUG00010016846) ENSSAUG00010016849 ENSSAUG00010016852 snf8 (ENSSAUG00010016854) ENSSAUG00010016858 ttll6 (ENSSAUG00010016862) hoxb6b (ENSSAUG00010016881) hoxb5b (ENSSAUG00010016882) ENSSAUG00010016884 hoxb1b (ENSSAUG00010016886) skap1 (ENSSAUG00010016888) #20 ENSSAUG00010016891 #21 CBX1 (ENSSAUG00010016894) #22 NFE2L1 (ENSSAUG00010016897) cdk5rap3 (ENSSAUG00010016901) prr15lb (ENSSAUG00010017220) pnpo (ENSSAUG00010017223) mrpl10 (ENSSAUG00010017224) osbpl7 (ENSSAUG00010017241) tbx21 (ENSSAUG00010017639) TBKBP1 (ENSSAUG00010017641) PDK2 (ENSSAUG00010017649) MYO1D (ENSSAUG00010018393) psmd11b (ENSSAUG00010021008) nsfb (ENSSAUG00010021013) wnt3 (ENSSAUG00010021075) ormdl3 (ENSSAUG00010021079) ENSSAUG00010021095 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT01030000234627.a.b.b ENSGT00940000157457 ENSGT00940000161032 ENSGT00390000018761 ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018292.c ENSGT00940000177404 ENSGT00390000007843 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000165637 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000159503 ENSGT00390000017856.b #20 ENSGT00940000160113 #21 ENSGT00940000154152.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 ENSGT00950000183178.b.b.b European seabass MODERN SPECIES 11 ENSDLAG00005024456 STX4 (ENSDLAG00005028603) ENSDLAG00005024445 ENSDLAG00005024443 ENSDLAG00005031067 ENSDLAG00005024423 ENSDLAG00005028069 ENSDLAG00005031472 ENSDLAG00005024408 ttll6 (ENSDLAG00005024402) hoxb6b (ENSDLAG00005024398) hoxb5b (ENSDLAG00005024397) HOXB1B (ENSDLAG00005027264) skap1 (ENSDLAG00005024386) #20 ENSDLAG00005024382 #21 CBX1 (ENSDLAG00005032953) #22 NFE2L1 (ENSDLAG00005024374) cdk5rap3 (ENSDLAG00005024327) prr15lb (ENSDLAG00005024323) PNPO (ENSDLAG00005028589) mrpl10 (ENSDLAG00005024317) osbpl7 (ENSDLAG00005023883) tbx21 (ENSDLAG00005028790) TBKBP1 (ENSDLAG00005023823) PDK2 (ENSDLAG00005023763) ENSDLAG00005023075 cdk5r1b (ENSDLAG00005033472) psmd11b (ENSDLAG00005023007) nsfb (ENSDLAG00005022119) ENSDLAG00005022067 ORMDL3 (ENSDLAG00005028232) Large yellow croaker DUPLICATION Large yellow croaker MODERN SPECIES 278 ENSLCRG00005001836 #22 Large yellow croaker MODERN SPECIES 488 SRCAP (ENSLCRG00005021654) ENSLCRG00005021642 ENSLCRG00005021641 chmp2a (ENSLCRG00005021639) ENSLCRG00005021633 ENSLCRG00005021632 snf8 (ENSLCRG00005021629) ENSLCRG00005021627 ttll6 (ENSLCRG00005021621) hoxb6b (ENSLCRG00005021618) hoxb5b 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(ENSAPOG00000007825) slc16a3b (ENSAPOG00000007850) dus1l (ENSAPOG00000007899) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1013 ENSSPAG00000021404 CBX1 (ENSSPAG00000021360) #22 nfe2l1a (ENSSPAG00000021340) praf2 (ENSSPAG00000021332) copz2 (ENSSPAG00000021283) prr15la (ENSSPAG00000021260) smurf1 (ENSSPAG00000021197) ENSSPAG00000021173 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a ENSGT00390000003249.j Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160972 ENSGT00940000158268.b ENSGT00440000037417.B.a ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a ENSGT00390000003249.j Nile tilapia MODERN SPECIES 16 ENSONIG00000036089 ENSONIG00000007789 ENSONIG00000033598 ENSONIG00000007787 ENSONIG00000030377 eve1 (ENSONIG00000006175) hoxb13a (ENSONIG00000006178) hoxb9a 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ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a ENSGT00390000003249.j Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a.k ENSGT00940000163009.a.l Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 976 CBX1 (ENSHBUG00000018500) #22 nfe2l1a (ENSHBUG00000018520) praf2 (ENSHBUG00000018542) copz2 (ENSHBUG00000018595) prr15la (ENSHBUG00000018611) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a.k ENSGT00390000003249.i P. nyererei MODERN SPECIES 488 hoxb9a (ENSPNYG00000022874) hoxb8a (ENSPNYG00000022869) ENSPNYG00000022864 ENSPNYG00000022859 HOXB5 (ENSPNYG00000022852) hoxb2a (ENSPNYG00000022841) #19 hoxb3a (ENSPNYG00000022832) hoxb1a (ENSPNYG00000022787) CBX1 (ENSPNYG00000022772) #22 nfe2l1a (ENSPNYG00000022769) praf2 (ENSPNYG00000022767) copz2 (ENSPNYG00000022748) prr15la (ENSPNYG00000022742) igf2bp1 (ENSPNYG00000022740) ENSPNYG00000022738 rab11fip4a (ENSPNYG00000022732) coil (ENSPNYG00000022723) scpep1 (ENSPNYG00000022713) engase (ENSPNYG00000022705) CSNK1D (ENSPNYG00000022671) slc16a3b (ENSPNYG00000022646) dus1l (ENSPNYG00000022627) ENSPNYG00000022595 ENSPNYG00000022593 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564.c ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a.k ENSGT00390000003249.i Zebra mbuna MODERN SPECIES 1107 ENSMZEG00005023033 ENSMZEG00005023034 ENSMZEG00005023035 eve1 (ENSMZEG00005023036) hoxb13a (ENSMZEG00005023039) hoxb9a (ENSMZEG00005023042) hoxb8a (ENSMZEG00005023045) hoxb7a (ENSMZEG00005023050) ENSMZEG00005023053 HOXB5 (ENSMZEG00005023055) hoxb4a (ENSMZEG00005023060) hoxb3a (ENSMZEG00005023064) hoxb2a (ENSMZEG00005023068) #19 hoxb1a (ENSMZEG00005023072) ENSMZEG00005023088 CBX1 (ENSMZEG00005023093) #22 nfe2l1a (ENSMZEG00005023096) praf2 (ENSMZEG00005023100) copz2 (ENSMZEG00005023106) prr15la (ENSMZEG00005023123) igf2bp1 (ENSMZEG00005023128) ENSMZEG00005023131 rab11fip4a (ENSMZEG00005023135) coil (ENSMZEG00005023140) scpep1 (ENSMZEG00005023142) engase (ENSMZEG00005023147) CSNK1D (ENSMZEG00005023154) slc16a3b (ENSMZEG00005023159) dus1l (ENSMZEG00005023163) cln3 (ENSMZEG00005000063) ENSMZEG00005000152 Eastern happy MODERN SPECIES 16 ENSACLG00000003164 ENSACLG00000003361 eve1 (ENSACLG00000003367) ENSACLG00000003399 hoxb13a (ENSACLG00000003412) hoxb9a (ENSACLG00000003422) hoxb8a (ENSACLG00000003429) hoxb7a (ENSACLG00000003441) ENSACLG00000003444 HOXB5 (ENSACLG00000003462) hoxb4a (ENSACLG00000003470) hoxb3a (ENSACLG00000003477) hoxb2a (ENSACLG00000003504) #19 hoxb1a (ENSACLG00000003508) ENSACLG00000003517 CBX1 (ENSACLG00000003536) #22 nfe2l1a (ENSACLG00000003558) praf2 (ENSACLG00000003574) copz2 (ENSACLG00000003587) prr15la (ENSACLG00000003630) igf2bp1 (ENSACLG00000003652) ENSACLG00000003715 ENSACLG00000003722 rab11fip4a (ENSACLG00000003730) coil (ENSACLG00000003803) scpep1 (ENSACLG00000003826) engase (ENSACLG00000004178) CSNK1D (ENSACLG00000004191) slc16a3b (ENSACLG00000004288) dus1l (ENSACLG00000004307) ENSACLG00000004330 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 445 ENSNBRG00000009977 eve1 (ENSNBRG00000009971) hoxb13a 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Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000174909 ENSGT00940000156584.e.b ENSGT00940000164903.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b.c ENSGT00390000004405.b.f ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00910000147748 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT01020000230389.a.a.a ENSGT00390000003249.g Javanese ricefish MODERN SPECIES 22 pex12 (ENSOJAG00000014515) ENSOJAG00000014499 kcnc3a (ENSOJAG00000007326) ube2z (ENSOJAG00000007274) atp5mc1 (ENSOJAG00000007185) eve1 (ENSOJAG00000007159) hoxb13a (ENSOJAG00000007146) hoxb9a (ENSOJAG00000007135) hoxb8a 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ENSGT00940000163009.a.h ENSGT00390000003249 Poecilia ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00440000037417.B.a ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a ENSGT00950000183207.b.ab ENSGT00940000164903.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a.g ENSGT00940000163009.a.h ENSGT00390000003249 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 522 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b Sailfin molly MODERN SPECIES 3226 CBX1 (ENSPLAG00000007189) #22 ENSPLAG00000007202 Amazon molly MODERN SPECIES 1019 CBX1 (ENSPFOG00000008219) #22 nfe2l1a (ENSPFOG00000008177) praf2 (ENSPFOG00000008153) copz2 (ENSPFOG00000008028) Guppy MODERN SPECIES 460 ENSPREG00000006487 aoc2 (ENSPREG00000006533) kcnc3a (ENSPREG00000006583) ube2z (ENSPREG00000006600) eve1 (ENSPREG00000006631) hoxb13a (ENSPREG00000006660) hoxb9a (ENSPREG00000006716) ENSPREG00000006728 hoxb8a (ENSPREG00000006767) ENSPREG00000006777 HOXB5 (ENSPREG00000006787) hoxb4a (ENSPREG00000006796) hoxb3a (ENSPREG00000006806) hoxb2a (ENSPREG00000006819) #19 hoxb1a (ENSPREG00000006830) CBX1 (ENSPREG00000006880) #22 ENSPREG00000006898 praf2 (ENSPREG00000006928) copz2 (ENSPREG00000006966) igf2bp1 (ENSPREG00000007009) rab11fip4a (ENSPREG00000007093) scpep1 (ENSPREG00000007119) ENSPREG00000007173 engase (ENSPREG00000007188) csnk1db (ENSPREG00000007219) slc16a3b (ENSPREG00000007241) dus1l (ENSPREG00000007263) ENSPREG00000007308 ENSPREG00000007321 cln3 (ENSPREG00000007334) ppp4cb (ENSPREG00000007370) Platyfish MODERN SPECIES 7 PRR12 (ENSXMAG00000027073) ENSXMAG00000021756 aoc2 (ENSXMAG00000002813) kcnc3a (ENSXMAG00000002823) ube2z (ENSXMAG00000002829) eve1 (ENSXMAG00000002833) hoxb13a (ENSXMAG00000002835) hoxb9a (ENSXMAG00000002838) hoxb8a (ENSXMAG00000027358) ENSXMAG00000002841 HOXB5 (ENSXMAG00000023952) hoxb4a (ENSXMAG00000023849) hoxb3a (ENSXMAG00000022738) hoxb2a (ENSXMAG00000030079) #19 hoxb1a (ENSXMAG00000013632) CBX1 (ENSXMAG00000003552) #22 nfe2l1a (ENSXMAG00000003544) praf2 (ENSXMAG00000027862) copz2 (ENSXMAG00000003541) igf2bp1 (ENSXMAG00000003513) rab11fip4a (ENSXMAG00000003503) ENSXMAG00000026861 scpep1 (ENSXMAG00000003463) engase (ENSXMAG00000003449) csnk1db (ENSXMAG00000003430) slc16a3b (ENSXMAG00000023181) dus1l (ENSXMAG00000005147) ENSXMAG00000005166 ENSXMAG00000005168 cln3 (ENSXMAG00000005186) ppp4cb (ENSXMAG00000002510) NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 518 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000004405.b Sheepshead minnow MODERN SPECIES 2150 ENSCVAG00000014410 #22 ENSCVAG00000014429 Mummichog MODERN SPECIES 1777 CBX1 (ENSFHEG00000007418) #22 ENSFHEG00000007349 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 180 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b Mangrove rivulus MODERN SPECIES 232 eve1 (ENSKMAG00000020125) hoxb13a (ENSKMAG00000020130) hoxb9a (ENSKMAG00000020136) hoxb8a (ENSKMAG00000020145) ENSKMAG00000020153 HOXB5 (ENSKMAG00000020163) hoxb4a (ENSKMAG00000020174) hoxb3a (ENSKMAG00000020193) hoxb2a (ENSKMAG00000020219) #19 hoxb1a (ENSKMAG00000020236) ENSKMAG00000020252 CBX1 (ENSKMAG00000020265) #22 nfe2l1a (ENSKMAG00000020289) praf2 (ENSKMAG00000000153) copz2 (ENSKMAG00000000212) Turquoise killifish MODERN SPECIES 72 CBX1 (ENSNFUG00015016306) #22 ENSNFUG00015016314 copz2 (ENSNFUG00015016319) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT01090000261037 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00910000147748 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT01090000261037 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00910000147748 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000154957.A ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000163009.a ENSGT00390000003249 ENSGT00930000151040.b Fugu MODERN SPECIES 17 ENSTRUG00000020745 ENSTRUG00000008690 ube2z (ENSTRUG00000032441) atp5mc1 (ENSTRUG00000009147) eve1 (ENSTRUG00000009382) hoxb13a (ENSTRUG00000023485) hoxb9a (ENSTRUG00000002255) hoxb8a (ENSTRUG00000028207) ENSTRUG00000033087 ENSTRUG00000001069 HOXB5 (ENSTRUG00000021471) hoxb3a (ENSTRUG00000009707) hoxb4a (ENSTRUG00000021234) hoxb2a (ENSTRUG00000009966) #19 hoxb1a (ENSTRUG00000010036) CBX1 (ENSTRUG00000020253) #22 nfe2l1a (ENSTRUG00000010088) praf2 (ENSTRUG00000022698) copz2 (ENSTRUG00000023775) prr15la (ENSTRUG00000001285) igf2bp1 (ENSTRUG00000033287) ENSTRUG00000021403 rab11fip4a (ENSTRUG00000010508) coil (ENSTRUG00000027855) scpep1 (ENSTRUG00000010828) engase (ENSTRUG00000010987) csnk1db (ENSTRUG00000011074) slc16a3b (ENSTRUG00000011141) dus1l (ENSTRUG00000011243) ENSTRUG00000011393 cln3 (ENSTRUG00000020567) Tetraodon MODERN SPECIES 26 sox10 (ENSTNIG00000010828) polr2f (ENSTNIG00000010827) TBKBP1 (ENSTNIG00000010826) ENSTNIG00000010825 ube2z (ENSTNIG00000010824) atp5mc1 (ENSTNIG00000010823) eve1 (ENSTNIG00000000716) hoxb13a (ENSTNIG00000000761) hoxb9a (ENSTNIG00000010822) HOXB5 (ENSTNIG00000000158) hoxb4a (ENSTNIG00000001757) ENSTNIG00000001758 hoxb3a (ENSTNIG00000010821) hoxb2a (ENSTNIG00000000338) #19 hoxb1a (ENSTNIG00000003341) CBX1 (ENSTNIG00000003151) #22 nfe2l1a (ENSTNIG00000003150) praf2 (ENSTNIG00000003149) copz2 (ENSTNIG00000019641) igf2bp1 (ENSTNIG00000013986) ENSTNIG00000013987 rab11fip4a (ENSTNIG00000013988) coil (ENSTNIG00000013989) scpep1 (ENSTNIG00000000412) scpep1 (ENSTNIG00000013990) engase (ENSTNIG00000013991) csnk1db (ENSTNIG00000013992) slc16a3b (ENSTNIG00000013993) dus1l (ENSTNIG00000013994) ENSTNIG00000013995 cln3 (ENSTNIG00000013996) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b 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DUPLICATION Pike perch MODERN SPECIES 524 CBX1 (ENSSLUG00000018741) #22 ENSSLUG00000018744 CBX1 (ENSSLUG00000018751) #22 Pike perch MODERN SPECIES 414 ENSSLUG00000004833 CBX1 (ENSSLUG00000004829) #22 Pike perch MODERN SPECIES 592 ENSSLUG00000017547 ENSSLUG00000017560 CBX1 (ENSSLUG00000017569) #22 Pike perch MODERN SPECIES 505 CBX1 (ENSSLUG00000004413) #22 ENSSLUG00000004408 ENSSLUG00000004398 ENSSLUG00000004381 Pike perch MODERN SPECIES 524 CBX1 (ENSSLUG00000018751) #22 ENSSLUG00000018744 CBX1 (ENSSLUG00000018741) #22 Pike perch DUPLICATION Pike perch MODERN SPECIES 137 zgc:113176 (ENSSLUG00000016380) CBX1 (ENSSLUG00000016375) #22 limk1a (ENSSLUG00000014278) ENSSLUG00000014176 NIPSNAP2 (ENSSLUG00000013875) psph (ENSSLUG00000013834) phkg1a (ENSSLUG00000013712) chchd2 (ENSSLUG00000013686) im:7138535 (ENSSLUG00000013677) ENSSLUG00000013666 UBE4A (ENSSLUG00000012816) c1qtnf5 (ENSSLUG00000012747) RNF26 (ENSSLUG00000012743) mcamb (ENSSLUG00000012699) cbl (ENSSLUG00000012670) ccdc153 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#19 hoxb1a (ENSMMDG00005000621) ENSMMDG00005000614 ENSMMDG00005000609 CBX1 (ENSMMDG00005000606) #22 nfe2l1a (ENSMMDG00005000602) praf2 (ENSMMDG00005000597) copz2 (ENSMMDG00005000593) prr15la (ENSMMDG00005000591) ENSMMDG00005000585 ENSMMDG00005000582 ENSMMDG00005000579 ENSMMDG00005000551 ENSMMDG00005000543 ENSMMDG00005000539 ENSMMDG00005000535 ENSMMDG00005000532 ENSMMDG00005000503 ENSMMDG00005000479 pdk2b (ENSMMDG00005000434) Cod MODERN SPECIES 11 hoxb13a (ENSGMOG00000015284) hoxb9a (ENSGMOG00000033079) hoxb8a (ENSGMOG00000035281) hoxb7a (ENSGMOG00000024089) ENSGMOG00000027090 HOXB5 (ENSGMOG00000031372) hoxb4a (ENSGMOG00000009880) hoxb3a (ENSGMOG00000024004) hoxb2a (ENSGMOG00000024154) #19 hoxb1a (ENSGMOG00000030229) ENSGMOG00000027442 ENSGMOG00000027289 ENSGMOG00000030519 ENSGMOG00000032198 ENSGMOG00000035523 CBX1 (ENSGMOG00000009322) #22 nfe2l1a (ENSGMOG00000027608) ENSGMOG00000035621 copz2 (ENSGMOG00000004484) prr15la (ENSGMOG00000028853) ENSGMOG00000019381 ENSGMOG00000034869 ENSGMOG00000025703 eif1 (ENSGMOG00000029255) ENSGMOG00000028806 ENSGMOG00000011411 ENSGMOG00000017336 krtt1c19e (ENSGMOG00000011417) si:dkeyp-113d7.1 (ENSGMOG00000023517) ENSGMOG00000022651 stx1b (ENSGMOG00000011458) Osteoglossocephalai DUPLICATION Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 686 ENSGT00940000154152.b.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000004405.b Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000175578 ENSGT00940000160279 ENSGT00940000156314.a ENSGT00550000074898 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ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000155029.c.b.d #19 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ENSGT00390000004405.b.d.a ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000153704.B.d.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b.k ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00390000017328.a.a.k ENSGT00940000153653.a.a.p ENSGT00940000154360.B.a ENSGT00950000183145.A.b.a River trout MODERN SPECIES ENSSTUG00000000822 igf2bp1 (ENSSTUG00000000765) ube2z (ENSSTUG00000000705) atp5mc1 (ENSSTUG00000000702) eve1 (ENSSTUG00000000697) hoxb13a (ENSSTUG00000000696) 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1 igf2bp1 (ENSOKIG00005009099) ube2z (ENSOKIG00005009047) atp5mc1 (ENSOKIG00005009030) eve1 (ENSOKIG00005009021) hoxb13a (ENSOKIG00005009014) ENSOKIG00005009013 hoxb9a (ENSOKIG00005009004) hoxb8a (ENSOKIG00005008994) hoxb7a (ENSOKIG00005008982) hoxb6a (ENSOKIG00005008972) hoxb5a (ENSOKIG00005008959) hoxb4a (ENSOKIG00005008942) hoxb3a (ENSOKIG00005008933) hoxb2a (ENSOKIG00005008923) #19 hoxb1a (ENSOKIG00005008918) cbx1a (ENSOKIG00005008868) #22 nfe2l1a (ENSOKIG00005008857) copz2 (ENSOKIG00005008689) prr15la (ENSOKIG00005008658) ENSOKIG00005008464 PDK2 (ENSOKIG00005008185) nags (ENSOKIG00005008137) ENSOKIG00005008125 ENSOKIG00005008117 col1a1a (ENSOKIG00005007949) PPP1R9B (ENSOKIG00005007824) ENSOKIG00005007804 psmd3 (ENSOKIG00005007721) ENSOKIG00005007707 ENSOKIG00005007652 rarab (ENSOKIG00005007304) Rainbow trout MODERN SPECIES 4 ube2z (ENSOMYG00000003985) atp5mc1 (ENSOMYG00000003918) ENSOMYG00000077801 eve1 (ENSOMYG00000003885) hoxb13a (ENSOMYG00000003865) hoxb10a (ENSOMYG00000003832) 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(ENSHHUG00000029715) copz2 (ENSHHUG00000029680) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 917 ENSGT00940000154152.b.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ENSGT00390000004405.b.c ENSGT00940000154534.b.a.j ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000154957.A.c ENSGT00940000159091.a ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000159029.c ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000161386.c ENSGT00940000161529.w.a ENSGT00940000161230.d ENSGT00940000161108.e.a ENSGT00940000158354.d.e ENSGT00940000162072.b ENSGT00940000159774.c.a ENSGT00940000155029.c.b.c #19 ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000154152.b.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ENSGT00390000004405.b.c ENSGT00940000154534.b.a.j ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00390000006679.b.l ENSGT01100000263525.b.a.l ENSGT00940000156584.e.b.d.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000175578.a.a 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ENSOMYG00000059908 ENSOMYG00000021165 ENSOMYG00000077184 ENSOMYG00000021069 ENSOMYG00000052424 ENSOMYG00000055738 ENSOMYG00000021024 ENSOMYG00000055072 col1a1 (ENSOMYG00000020647) ENSOMYG00000020551 ENSOMYG00000020541 ENSOMYG00000020511 Salmo ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000154957.A.c ENSGT00940000159091.a ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000159029.c ENSGT00940000158266.g.a ENSGT00940000161386.c ENSGT00940000161529.w.a ENSGT00940000161230.d ENSGT00940000161108.e.a ENSGT00940000158354.d.e ENSGT00940000162072.b ENSGT00940000159774.c.a ENSGT00940000155029.c.b.c #19 ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000154152.b.a.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ENSGT00390000004405.b.c ENSGT00940000154534.b.a.j ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000153704.B.d.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00390000006679.b.l ENSGT01100000263525.b.a.l ENSGT00940000156584.e.b.d.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000175578.a.a ENSGT00940000175578.a.b.b ENSGT00940000153653.a.a.o ENSGT00940000154360.B.b ENSGT00950000183145.A.a.n Atlantic salmon MODERN SPECIES 22 msl1a (ENSSSAG00000007838) nr1d1 (ENSSSAG00000007825) ENSSSAG00000007818 igf2bp1 (ENSSSAG00000004886) ube2z (ENSSSAG00000004597) ENSSSAG00000004542 eve1 (ENSSSAG00000004524) hoxb13aa (ENSSSAG00000004515) ENSSSAG00000004507 HoxB9aa (ENSSSAG00000121194) hxb7a (ENSSSAG00000004471) hoxb5a (ENSSSAG00000004441) hoxb3a (ENSSSAG00000004371) hoxb2a (ENSSSAG00000111200) #19 hoxb1aa (ENSSSAG00000004337) cbx1a (ENSSSAG00000091490) #22 nfe2l1a (ENSSSAG00000004277) copz2 (ENSSSAG00000096429) prr15la (ENSSSAG00000109719) ENSSSAG00000004103 ENSSSAG00000002431 ENSSSAG00000097020 ENSSSAG00000003916 ENSSSAG00000089054 ENSSSAG00000085080 ENSSSAG00000003820 ENSSSAG00000006759 ENSSSAG00000109575 ENSSSAG00000003600 ENSSSAG00000096416 psd3 (ENSSSAG00000003553) River trout MODERN SPECIES 25 igf2bp1 (ENSSTUG00000044083) ube2z (ENSSTUG00000044068) atp5mc1 (ENSSTUG00000044047) eve1 (ENSSTUG00000044042) hoxb13a (ENSSTUG00000044039) 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ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a ENSGT01090000260030.a.b.b.b ENSGT01030000235009 ENSGT00940000164067.A ENSGT01030000234627.a.a.d.b Otophysi ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00750000118756.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00530000063801.a.b ENSGT00940000166816 ENSGT00940000162556.D.a ENSGT00950000183122.C ENSGT01030000234578.A.b.b ENSGT00940000157367.a.a ENSGT00940000178227.a ENSGT00940000159653.g.a ENSGT00940000153560.b.b.b.g Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e 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RAPGEFL1 (ENSCCRG00000006218) casc3 (ENSCCRG00000005666) msl1a (ENSCCRG00000006194) nr1d1 (ENSCCRG00000006204) igf2bp1 (ENSCCRG00000055861) ube2z (ENSCCRG00000045808) atp5mc1 (ENSCCRG00000062850) eve1 (ENSCCRG00000074310) hoxb13a (ENSCCRG00000066654) hoxb10a (ENSCCRG00000031188) hoxb9a (ENSCCRG00000056274) hoxb8a (ENSCCRG00000060406) hoxb6a (ENSCCRG00000014689) hoxb5a (ENSCCRG00000014717) hoxb1a (ENSCCRG00000074754) cbx1a (ENSCCRG00000055885) #22 nfe2l1a (ENSCCRG00000065851) copz2 (ENSCCRG00000023103) prr15la (ENSCCRG00000072432) atf4b (ENSCCRG00000038852) ENSCCRG00000038834 tmem150b (ENSCCRG00000028470) ENSCCRG00000064343 ENSCCRG00000055397 csf2rb (ENSCCRG00000038862) ENSCCRG00000078838 csf2rb (ENSCCRG00000024018) pvalb6 (ENSCCRG00000012986) ENSCCRG00000063554 ENSCCRG00000037000 ENSCCRG00000000363 Golden-line barbel MODERN SPECIES 47 msl1a (ENSSGRG00000049488) nr1d1 (ENSSGRG00000049489) igf2bp1 (ENSSGRG00000049513) ube2z (ENSSGRG00000049690) atp5mc1 (ENSSGRG00000049691) eve1 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cbx1a (ENSDARG00000004189) #22 nfe2l1a (ENSDARG00000030616) copz2 (ENSDARG00000006786) ENSDARG00000097637 prr15la (ENSDARG00000025615) atf4b (ENSDARG00000038141) ENSDARG00000074773 adsl (ENSDARG00000017049) tmem150b (ENSDARG00000056144) ENSDARG00000038139 pvalb6 (ENSDARG00000009311) csf2rb (ENSDARG00000076586) ENSDARG00000016483 CBX6 (ENSDARG00000097543) ENSDARG00000040430 dnal4a (ENSDARG00000031116) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b #19 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000155557.jc.a ENSGT00940000156395.f ENSGT00390000015789 ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.x ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.w ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a ENSGT01090000260030.a.b.b.b ENSGT01030000235009 ENSGT00940000164067.A Atlantic herring MODERN SPECIES ube2z (ENSCHAG00000012169) atp5mc1 (ENSCHAG00000012097) ttll6 (ENSCHAG00000012024) eve1 (ENSCHAG00000012005) hoxb13a (ENSCHAG00000011984) ENSCHAG00000011977 hoxb9a (ENSCHAG00000011972) hoxb8a (ENSCHAG00000011949) hoxb7a (ENSCHAG00000011939) hoxb6a (ENSCHAG00000011924) hoxb5a (ENSCHAG00000011908) hoxb4a (ENSCHAG00000011877) hoxb3a (ENSCHAG00000011846) hoxb2a (ENSCHAG00000011811) #19 hoxb1a (ENSCHAG00000011778) cbx1a (ENSCHAG00000011737) #22 nfe2l1a (ENSCHAG00000011681) copz2 (ENSCHAG00000011583) prr15la (ENSCHAG00000011558) OSBPL7 (ENSCHAG00000011405) TBKBP1 (ENSCHAG00000011348) pdk2b (ENSCHAG00000011260) ENSCHAG00000011156 ENSCHAG00000010973 ENSCHAG00000010960 ENSCHAG00000010718 ENSCHAG00000010475 ENSCHAG00000010106 ENSCHAG00000010033 ENSCHAG00000009982 eps8l1a (ENSCHAG00000009860) Denticle herring MODERN SPECIES 17 hoxb13a (ENSDCDG00000023866) igf2bp1 (ENSDCDG00000023853) ube2z (ENSDCDG00000023849) atp5mc1 (ENSDCDG00000023750) eve1 (ENSDCDG00000023747) hoxb13a (ENSDCDG00000023744) hoxb9a (ENSDCDG00000023741) hoxb8a (ENSDCDG00000023738) hoxb7a (ENSDCDG00000023736) hoxb6a (ENSDCDG00000023730) hoxb5a (ENSDCDG00000023726) hoxb4a (ENSDCDG00000023723) hoxb3a (ENSDCDG00000023705) hoxb2a (ENSDCDG00000023696) #19 hoxb1a (ENSDCDG00000023691) cbx1a (ENSDCDG00000023683) #22 nfe2l1a (ENSDCDG00000023673) copz2 (ENSDCDG00000023665) prr15la (ENSDCDG00000023656) ENSDCDG00000023398 TBKBP1 (ENSDCDG00000023381) pdk2b (ENSDCDG00000022777) wipf2b (ENSDCDG00000022755) JUP (ENSDCDG00000020697) eif1 (ENSDCDG00000020640) krt91 (ENSDCDG00000020639) ENSDCDG00000020275 krtt1c19e (ENSDCDG00000019925) si:dkeyp-113d7.1 (ENSDCDG00000019912) ENSDCDG00000019910 stx1b (ENSDCDG00000019314) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.b.a #22 Asian bonytongue MODERN SPECIES 23 psmd11a (ENSSFOG00015005378) cdk5r1a (ENSSFOG00015005367) RAPGEFL1 (ENSSFOG00015005308) nr1d1 (ENSSFOG00015005263) ENSSFOG00015005236 igf2bp1 (ENSSFOG00015005197) atp5mc1 (ENSSFOG00015005177) ENSSFOG00015005153 hoxb13a (ENSSFOG00015005110) hoxb9a (ENSSFOG00015005102) hoxb8a (ENSSFOG00015005069) hoxb6a (ENSSFOG00015005084) hoxb5a (ENSSFOG00015005053) ENSSFOG00015004928 hoxb2a (ENSSFOG00015030727) #19 cbx1a (ENSSFOG00015029174) #22 copz2 (ENSSFOG00015004826) OSBPL7 (ENSSFOG00015004752) ENSSFOG00015004737 RBFOX3 (ENSSFOG00015004716) engase (ENSSFOG00015004631) ENSSFOG00015027385 ENSSFOG00015029183 PRKAR1A (ENSSFOG00015004495) zgc:86896 (ENSSFOG00015004463) SLC16A6 (ENSSFOG00015004447) ENSSFOG00015031359 rgs9a (ENSSFOG00015004379) COG1 (ENSSFOG00015004261) GRIN2C (ENSSFOG00015004179) TMEM104 (ENSSFOG00015004109) P. kingsleyae MODERN SPECIES 389 KCNJ2 (ENSPKIG00000014089) MAP2K6 (ENSPKIG00000014126) BTBD17 (ENSPKIG00000014185) nsfa (ENSPKIG00000014245) ENSPKIG00000014351 ENSPKIG00000014367 nr1d1 (ENSPKIG00000014394) cbx1a (ENSPKIG00000014496) #22 ENSPKIG00000014600 ENSPKIG00000014764 ENSPKIG00000014778 ENSPKIG00000014786 ENSPKIG00000014797 stx1b (ENSPKIG00000014816) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 919 ENSGT00940000154152.b.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a ENSGT00530000064085.c ENSGT00940000157854 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157917.a.b ENSGT00940000155510 ENSGT00940000158142 ENSGT00940000154018.a ENSGT00390000014900.b.b.b ENSGT00940000162682.B ENSGT00940000154152.b.b #22 ENSGT00940000161341.a.a ENSGT00940000166248.a ENSGT00390000016335.h ENSGT00950000183098.a.b ENSGT00950000183207.b ENSGT00950000183150.a.a.b ENSGT00950000183150.a.a.a.c ENSGT00940000156241 ENSGT00940000163448 ENSGT00940000157744 ENSGT00650000094974 ENSGT00940000165079 ENSGT00940000158951.e ENSGT00940000157746.e ENSGT00940000163600 Asian bonytongue MODERN SPECIES 17 ENSSFOG00015030303 INKA2 (ENSSFOG00015008343) ddx20 (ENSSFOG00015008354) kcnd3 (ENSSFOG00015008373) CTTNBP2NL (ENSSFOG00015030821) ENSSFOG00015031536 ENSSFOG00015008443 st7l (ENSSFOG00015008506) mov10b.1 (ENSSFOG00015008568) ENSSFOG00015027788 ENSSFOG00015008625 ENSSFOG00015025644 SLC16A1 (ENSSFOG00015008659) ap4b1 (ENSSFOG00015008677) ENSSFOG00015008693 ENSSFOG00015026663 #22 arl4d (ENSSFOG00015008747) tmem106a (ENSSFOG00015008781) nbr1a (ENSSFOG00015008795) psme3 (ENSSFOG00015026184) aoc2 (ENSSFOG00015008829) ENSSFOG00015024966 g6pc1a.2 (ENSSFOG00015027300) g6pc1a.1 (ENSSFOG00015008872) aarsd1 (ENSSFOG00015008880) ptges3l (ENSSFOG00015008932) kat7b (ENSSFOG00015008976) ENSSFOG00015009093 dlx4b (ENSSFOG00015009114) dlx3b (ENSSFOG00015030338) ENSSFOG00015032201 P. kingsleyae MODERN SPECIES 140 ENSPKIG00000000901 PDK2 (ENSPKIG00000000931) ENSPKIG00000000976 MYO1D (ENSPKIG00000000999) cdk5r1b (ENSPKIG00000001019) psmd11b (ENSPKIG00000001035) nsfb (ENSPKIG00000001091) wnt3 (ENSPKIG00000001145) ormdl3 (ENSPKIG00000001166) thraa (ENSPKIG00000001202) DHX8 (ENSPKIG00000001290) etv4 (ENSPKIG00000001383) meox1 (ENSPKIG00000001445) SOST (ENSPKIG00000001485) dusp3b (ENSPKIG00000001501) cbx1b (ENSPKIG00000001532) #22 ENSPKIG00000001572 arl4d (ENSPKIG00000001594) tmem106a (ENSPKIG00000001622) ENSPKIG00000001637 nbr1a (ENSPKIG00000001662) psme3 (ENSPKIG00000001731) aoc2 (ENSPKIG00000001770) g6pc1a.1 (ENSPKIG00000001796) g6pc1a.2 (ENSPKIG00000001818) aarsd1 (ENSPKIG00000001834) ptges3l (ENSPKIG00000001885) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.b.b #22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156754.a.b.b ENSGT00940000159732.a ENSGT00940000153195.B ENSGT00940000154537.kb ENSGT00940000160595.a.b ENSGT00940000160175.a ENSGT00990000204711 ENSGT00940000161485 ENSGT00600000085580 ENSGT00940000165156 ENSGT00940000177683 ENSGT00940000164729.a.b ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00940000154152.b.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00750000118756.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00530000064085.c Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159732.a ENSGT00940000153195.B ENSGT00940000154537.kb ENSGT00940000160595.a.b ENSGT00940000160175.a ENSGT00990000204711 ENSGT00940000161485 ENSGT00940000178773 ENSGT00600000085580 ENSGT00940000165156 ENSGT00530000067530 ENSGT00940000164729.a.b ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00940000154152.b.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00750000118756.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000005895 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156754.a.b.b ENSGT00940000159732.a ENSGT00940000153195.B ENSGT00940000154537.kb ENSGT00940000160595.a.b ENSGT00940000160175.a ENSGT00990000204711 ENSGT00940000161485 ENSGT00940000178773 ENSGT00600000085580 ENSGT00940000165156 ENSGT00940000164729.a.b ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00940000154152.b.b #22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00750000118756.a ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT00940000157411 ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000005895 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 172 ENSGT00940000155560.k.a 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MODERN SPECIES 144 Hox11V (ENSEBUG00000006366) ENSEBUG00000012642 hoxd3a (ENSEBUG00000005902) SMUG1 (ENSEBUG00000014960) ENSEBUG00000005023 #22 ENSEBUG00000008843 ENSEBUG00000006384 ENSEBUG00000004952 ENSEBUG00000007683 ENSEBUG00000001097 TMEM104 (ENSEBUG00000001484) ENSEBUG00000003658 ENSEBUG00000005015 ENSEBUG00000016495 ENSEBUG00000003629 ENSEBUG00000010303 ENSEBUG00000009943 ENSEBUG00000009831 ENSEBUG00000003828 Cyclostomata DUPLICATION Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES 587 ENSGT00940000154808.b ENSGT00940000154152.f.b.a #22 Lamprey MODERN SPECIES 2351 ENSPMAG00000004449 ENSPMAG00000004452 #22 ENSPMAG00000004467 Hagfish MODERN SPECIES 1466 ENSEBUG00000002959 ENSEBUG00000001964 chrna1 (ENSEBUG00000013820) ENSEBUG00000002639 chrna1 (ENSEBUG00000004044) CHN2 (ENSEBUG00000008560) ENSEBUG00000009180 ENSEBUG00000010342 ENSEBUG00000003124 cycsb (ENSEBUG00000008634) ENSEBUG00000010908 ENSEBUG00000007989 ENSEBUG00000007114 #22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154152.f.b.b #22 Lamprey MODERN SPECIES 3582 ENSPMAG00000006891 #22 Hagfish MODERN SPECIES 1496 agps (ENSEBUG00000012054) ENSEBUG00000011968 #22