Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159720 #8	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159720 #8	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Bos	DUPLICATION
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b.i #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590.e.b #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b.i #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590.e.b #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	UBE2Z (ENSBGRG00000022223) #7	ENSBGRG00000022156 #8	CALCOCO2 (ENSBGRG00000021810) #9	TTLL6 (ENSBGRG00000021744) #10	HOXB13 (ENSBGRG00000021718) #11	HOXB9 (ENSBGRG00000021683) #12	HOXB8 (ENSBGRG00000021618) #13	HOXB6 (ENSBGRG00000021579) #14	HOXB5 (ENSBGRG00000021555) #15	HOXB4 (ENSBGRG00000021501) #16	HOXB3 (ENSBGRG00000021464) #17	HOXB2 (ENSBGRG00000021425) #18	HOXB1 (ENSBGRG00000021404) #19	SKAP1 (ENSBGRG00000021202) #20	SNX11 (ENSBGRG00000021141) #21	CBX1 (ENSBGRG00000021062) #22	NFE2L1 (ENSBGRG00000020783) #23	COPZ2 (ENSBGRG00000020574) #24	CDK5RAP3 (ENSBGRG00000020283) #25	ENSBGRG00000020194 #26	PNPO (ENSBGRG00000019898) #27	ENSBGRG00000019774 #28	SP6 (ENSBGRG00000019744) #29	SCRN2 (ENSBGRG00000019672) #30	LRRC46 (ENSBGRG00000019490) #31	MRPL10 (ENSBGRG00000019422) #32	OSBPL7 (ENSBGRG00000019260) #33	TBX21 (ENSBGRG00000019171) #34	TBKBP1 (ENSBGRG00000019067) #35	KPNB1 (ENSBGRG00000018571) #36	NPEPPS (ENSBGRG00000018276) #37
Wild yak	DUPLICATION
Wild yak	MODERN SPECIES	1936														ENSBMUG00000006318	LGSN (ENSBMUG00000006325)	ENSBMUG00000006350 #22
Wild yak	MODERN SPECIES	319	CALCOCO2 (ENSBMUG00000000720) #9	ENSBMUG00000000753 #10	HOXB13 (ENSBMUG00000000770) #11	HOXB9 (ENSBMUG00000000804) #12	HOXB8 (ENSBMUG00000000824) #13	HOXB7 (ENSBMUG00000000832)	HOXB6 (ENSBMUG00000000839) #14	HOXB5 (ENSBMUG00000000849) #15	HOXB4 (ENSBMUG00000000867) #16	HOXB3 (ENSBMUG00000000876) #17	HOXB2 (ENSBMUG00000000885) #18	HOXB1 (ENSBMUG00000000891) #19	ENSBMUG00000000901	SKAP1 (ENSBMUG00000000925) #20	SNX11 (ENSBMUG00000000953) #21	CBX1 (ENSBMUG00000000974) #22	NFE2L1 (ENSBMUG00000001054) #23	COPZ2 (ENSBMUG00000001081) #24	CDK5RAP3 (ENSBMUG00000001110) #25	ENSBMUG00000001125 #26	PNPO (ENSBMUG00000001160) #27	SP2 (ENSBMUG00000001179) ##28
Wild yak	MODERN SPECIES	1973																ENSBMUG00000016595 #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b.i #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590.e.b #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Hybrid Bos Indicus	DUPLICATION
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	CALCOCO2 (ENSBIXG00005029366) #9	ENSBIXG00005029447 #10	HOXB13 (ENSBIXG00005029474) #11	HOXB9 (ENSBIXG00005029519) #12	HOXB8 (ENSBIXG00005029530) #13	HOXB7 (ENSBIXG00005029546)	HOXB6 (ENSBIXG00005029554) #14	HOXB5 (ENSBIXG00005029559) #15	HOXB4 (ENSBIXG00005029577) #16	HOXB3 (ENSBIXG00005029591) #17	HOXB2 (ENSBIXG00005029607) #18	HOXB1 (ENSBIXG00005029618) #19	ENSBIXG00005029636	SKAP1 (ENSBIXG00005029657) #20	SNX11 (ENSBIXG00005029679) #21	CBX1 (ENSBIXG00005029691) #22	NFE2L1 (ENSBIXG00005029748) #23	COPZ2 (ENSBIXG00005029862) #24	CDK5RAP3 (ENSBIXG00005029886) #25	PRR15L (ENSBIXG00005029905) #26	PNPO (ENSBIXG00005029918) #27	ENSBIXG00005029934 ##28	SP6 (ENSBIXG00005029948) #29	SCRN2 (ENSBIXG00005029976) #30	LRRC46 (ENSBIXG00005030008) #31	MRPL10 (ENSBIXG00005030023) #32	OSBPL7 (ENSBIXG00005030039) #33	TBX21 (ENSBIXG00005030084) #34	TBKBP1 (ENSBIXG00005030097) #35	KPNB1 (ENSBIXG00005030131) #36	NPEPPS (ENSBIXG00005030159) #37
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	9	ENSBIXG00005010161	FBXO31 (ENSBIXG00005010145)	FOXL1 (ENSBIXG00005009998)	FOXC2 (ENSBIXG00005009988)	MTHFSD (ENSBIXG00005000729)	FOXF1 (ENSBIXG00005009962)	IRF8 (ENSBIXG00005000680)	COX4I1 (ENSBIXG00005000673)	EMC8 (ENSBIXG00005006101)	ENSBIXG00005000642	GINS2 (ENSBIXG00005009840)	GSE1 (ENSBIXG00005009803)	CIBAR2 (ENSBIXG00005009663)	KIAA0513 (ENSBIXG00005005913)	ZDHHC7 (ENSBIXG00005009575)	ENSBIXG00005009543 #22	CRISPLD2 (ENSBIXG00005009518)	USP10 (ENSBIXG00005000501)	KLHL36 (ENSBIXG00005009403)	ENSBIXG00005009383	MEAK7 (ENSBIXG00005009358)	ATP2C2 (ENSBIXG00005000481)	WFDC1 (ENSBIXG00005009273)	KCNG4 (ENSBIXG00005009246)	ADAD2 (ENSBIXG00005009226)	TAF1C (ENSBIXG00005009142)	ENSBIXG00005000397	HSDL1 (ENSBIXG00005009109)	MBTPS1 (ENSBIXG00005009072)	SLC38A8 (ENSBIXG00005008993)	ENSBIXG00005008933
Cow	DUPLICATION
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Cow	MODERN SPECIES	19	TLR3 (ENSBTAG00000008682)	FAM149A (ENSBTAG00000034393)	CYP4V2 (ENSBTAG00000021263)	KLKB1 (ENSBTAG00000009501)	F11 (ENSBTAG00000003572)	MTNR1A (ENSBTAG00000046938)	FAT1 (ENSBTAG00000020657)	ENSBTAG00000050498	ENSBTAG00000050692	ENSBTAG00000050561	ZFP42 (ENSBTAG00000044139)	TRIML2 (ENSBTAG00000008637)	TRIML1 (ENSBTAG00000008639)	ENSBTAG00000045531	ENSBTAG00000047159	ENSBTAG00000005559 #22	FRG1 (ENSBTAG00000007089)	ASAH1 (ENSBTAG00000011257)	PCM1 (ENSBTAG00000007236)	FGL1 (ENSBTAG00000016177)	ENSBTAG00000055214	MTUS1 (ENSBTAG00000039682)	PDGFRL (ENSBTAG00000001966)	SLC7A2 (ENSBTAG00000010085)	MTMR7 (ENSBTAG00000010372)	VPS37A (ENSBTAG00000010355)	CNOT7 (ENSBTAG00000018036)	ZDHHC2 (ENSBTAG00000044194)	MICU3 (ENSBTAG00000020468)	FGF20 (ENSBTAG00000044043)	MSR1 (ENSBTAG00000002885)
Bos	DUPLICATION
Bos	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000156741	ENSGT00940000157056	ENSGT00940000159678	ENSGT00530000063727.B	ENSGT00940000157278	ENSGT00940000161669	ENSGT00940000158569	ENSGT00940000160321.d	ENSGT00940000157733	ENSGT00910000144227.s.b	ENSGT00910000147356	ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163257	ENSGT00940000162029	ENSGT00940000154582	ENSGT00940000154152.d.b.h.a ##22	ENSGT00390000004552.c.b	ENSGT00530000063548.B	ENSGT00390000006641	ENSGT00940000160647	ENSGT01030000235147	ENSGT00950000183026.A.a.a	ENSGT00390000017153.a	ENSGT00940000160440	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000155777	ENSGT00950000183012.B.b	ENSGT00390000001455.dc.a.b	ENSGT00390000000080.a.a	ENSGT00940000153716.B	ENSGT00950000183079.A.b.c.a
Bos_b	DUPLICATION
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000156741	ENSGT00940000157056	ENSGT00940000159678	ENSGT00530000063727.B	ENSGT00940000157278	ENSGT00940000161669	ENSGT00940000158569	ENSGT00940000160321.d	ENSGT00940000157733	ENSGT00910000147356	ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163257	ENSGT00940000162029	ENSGT00940000154582	ENSGT00940000162267.d	ENSGT00940000154152.d.b.h.a.a ##22	ENSGT00390000004552.c.b	ENSGT00530000063548.B	ENSGT00390000006641	ENSGT00940000160647	ENSGT01030000235147	ENSGT00950000183026.A.a.a	ENSGT00390000017153.a	ENSGT00940000160440	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000155777	ENSGT00950000183012.B.b	ENSGT00390000001455.dc.a.b	ENSGT00390000000080.a.a	ENSGT00940000153716.B	ENSGT00950000183079.A.b.c.a
Hybrid Bos Indicus	DUPLICATION
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	27	UGCG (ENSBIXG00005001120)	ENSBIXG00005006108	SHOC1 (ENSBIXG00005011749)	GNG10 (ENSBIXG00005001165)	DNAJC25 (ENSBIXG00005001169)	ENSBIXG00005006998	PTGR1 (ENSBIXG00005011852)	ENSBIXG00005011867	ENSBIXG00005011890	ECPAS (ENSBIXG00005012002)	OR2K2 (ENSBIXG00005001240)	ENSBIXG00005012056	ENSBIXG00005001251	LPAR1 (ENSBIXG00005012112)	MUSK (ENSBIXG00005012161)	ENSBIXG00005012228 ##22	SVEP1 (ENSBIXG00005012398)	ENSBIXG00005001334	TXN (ENSBIXG00005012502)	C9orf152 (ENSBIXG00005006606)	PALM2AKAP2 (ENSBIXG00005001386)	PTPN3 (ENSBIXG00005012694)	ENSBIXG00005012733	EPB41L4B (ENSBIXG00005012891)	FRRS1L (ENSBIXG00005001465)	TMEM245 (ENSBIXG00005007480)	CTNNAL1 (ENSBIXG00005013056)	ABITRAM (ENSBIXG00005006334)	ELP1 (ENSBIXG00005013130)	ACTL7A (ENSBIXG00005001506)	ACTL7B (ENSBIXG00005013150)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	19	PDLIM3 (ENSBIXG00005014632)	SORBS2 (ENSBIXG00005006225)	ENSBIXG00005000249	ENSBIXG00005001846	CYP4V2 (ENSBIXG00005014153)	KLKB1 (ENSBIXG00005006923)	F11 (ENSBIXG00005014086)	MTNR1A (ENSBIXG00005014018)	FAT1 (ENSBIXG00005013930)	ENSBIXG00005013692	ENSBIXG00005013660	ZFP42 (ENSBIXG00005013618)	TRIML2 (ENSBIXG00005013599)	TRIML1 (ENSBIXG00005001654)	ENSBIXG00005013548	ENSBIXG00005013517 ##22	FRG1 (ENSBIXG00005013475)	ASAH1 (ENSBIXG00005013422)	PCM1 (ENSBIXG00005013287)	FGL1 (ENSBIXG00005013122)	MTUS1 (ENSBIXG00005007709)	PDGFRL (ENSBIXG00005012751)	SLC7A2 (ENSBIXG00005012727)	ENSBIXG00005012682	MTMR7 (ENSBIXG00005012670)	VPS37A (ENSBIXG00005001394)	ENSBIXG00005012572	CNOT7 (ENSBIXG00005012555)	ZDHHC2 (ENSBIXG00005012521)	MICU3 (ENSBIXG00005012507)	ENSBIXG00005012459
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00970000193562	ENSGT00390000018003.b	ENSGT00390000002793	ENSGT00940000156039	ENSGT00390000007747	ENSGT00940000161014	ENSGT00950000182839.B.a.a	ENSGT00910000144343	ENSGT00530000063539.b.lb.a	ENSGT00940000155871	ENSGT00390000001810	ENSGT00390000004708	ENSGT00530000063722.a	ENSGT00390000009532.A.d.a.o	ENSGT00940000156122	ENSGT00940000154152.d.b.h.a.b ##22	ENSGT00950000182939.b.a.b	ENSGT00390000000212	ENSGT01030000234535.D	ENSGT00940000163137	ENSGT00390000004237	ENSGT00940000156680.b.b	ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT00940000153525.g.b.a.m	ENSGT00390000018612.a.b	ENSGT00390000012501	ENSGT00390000014507.a.g	ENSGT00940000157013	ENSGT00390000014894	ENSGT00510000048671	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.b.b
Cow	MODERN SPECIES	24	FGFR1OP2 (ENSBTAG00000004532)	ENSBTAG00000052661	INTS13 (ENSBTAG00000013515)	ITPR2 (ENSBTAG00000002313)	SSPN (ENSBTAG00000000393)	BHLHE41 (ENSBTAG00000030575)	RASSF8 (ENSBTAG00000021980)	LMNTD1 (ENSBTAG00000000749)	ENSBTAG00000055210	KRAS (ENSBTAG00000009778)	ETFRF1 (ENSBTAG00000026624)	DNAI7 (ENSBTAG00000002972)	IRAG2 (ENSBTAG00000019711)	BCAT1 (ENSBTAG00000013825)	SOX5 (ENSBTAG00000022360)	ENSBTAG00000004109 ##22	ETNK1 (ENSBTAG00000005833)	C2CD5 (ENSBTAG00000001673)	ST8SIA1 (ENSBTAG00000000593)	ENSBTAG00000026611	CMAS (ENSBTAG00000010136)	ABCC9 (ENSBTAG00000019294)	KCNJ8 (ENSBTAG00000002551)	LDHB (ENSBTAG00000019603)	GYS2 (ENSBTAG00000013333)	SPX (ENSBTAG00000053951)	GOLT1B (ENSBTAG00000000379)	RECQL (ENSBTAG00000021083)	PYROXD1 (ENSBTAG00000021078)	IAPP (ENSBTAG00000010530)	SLCO1A2 (ENSBTAG00000003282)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	TM7SF3 (ENSBIXG00005029713)	ENSBIXG00005029705	FGFR1OP2 (ENSBIXG00005029694)	INTS13 (ENSBIXG00005029676)	ITPR2 (ENSBIXG00005029654)	SSPN (ENSBIXG00005029617)	BHLHE41 (ENSBIXG00005029600)	RASSF8 (ENSBIXG00005029583)	ENSBIXG00005029563	ENSBIXG00005029548	KRAS (ENSBIXG00005029534)	ETFRF1 (ENSBIXG00005029501)	DNAI7 (ENSBIXG00005029450)	IRAG2 (ENSBIXG00005029377)	ENSBIXG00005029312	ENSBIXG00005007855 ##22	SOX5 (ENSBIXG00005007922)	ETNK1 (ENSBIXG00005007986)	C2CD5 (ENSBIXG00005008163)	ST8SIA1 (ENSBIXG00005008238)	ENSBIXG00005008258	CMAS (ENSBIXG00005008273)	ABCC9 (ENSBIXG00005005898)	KCNJ8 (ENSBIXG00005005900)	ENSBIXG00005000172	GYS2 (ENSBIXG00005008369)	SPX (ENSBIXG00005008381)	GOLT1B (ENSBIXG00005000177)	RECQL (ENSBIXG00005008417)	PYROXD1 (ENSBIXG00005008427)	ENSBIXG00005008439
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT01040000240629	ENSGT00940000156741	ENSGT00940000157056	ENSGT00940000159678	ENSGT00530000063727.B	ENSGT00940000157278	ENSGT00940000161669	ENSGT00940000158569	ENSGT00940000160321.d	ENSGT00940000157733	ENSGT00910000147356	ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163257	ENSGT00940000162029	ENSGT00940000154582	ENSGT00940000154152.d.b.h.a ##22	ENSGT00390000004552.c.b	ENSGT00530000063548.B	ENSGT00390000006641	ENSGT00940000160647	ENSGT00950000183026.A.a.a	ENSGT00390000017153.a	ENSGT00940000160440	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000155777	ENSGT00390000001455.dc.a.b	ENSGT00950000183012.B.b	ENSGT00390000000080.a.a	ENSGT00940000153716.B	ENSGT00950000183079.A.b.c.a	ENSGT00940000158380
Domestic yak	MODERN SPECIES	20	ENSBGRG00000018340	ENSBGRG00000018228	PDLIM3 (ENSBGRG00000017566)	SORBS2 (ENSBGRG00000016942)	ENSBGRG00000016502	CYP4V2 (ENSBGRG00000016397)	KLKB1 (ENSBGRG00000016181)	F11 (ENSBGRG00000016074)	MTNR1A (ENSBGRG00000016011)	FAT1 (ENSBGRG00000015602)	ENSBGRG00000015554	ENSBGRG00000015512	ZFP42 (ENSBGRG00000015276)	TRIML2 (ENSBGRG00000015164)	TRIML1 (ENSBGRG00000014946)	ENSBGRG00000014826 ##22	FRG1 (ENSBGRG00000014708)	ASAH1 (ENSBGRG00000013034)	ENSBGRG00000012955	PCM1 (ENSBGRG00000011591)	FGL1 (ENSBGRG00000011371)	MTUS1 (ENSBGRG00000010499)	PDGFRL (ENSBGRG00000010417)	SLC7A2 (ENSBGRG00000010347)	ENSBGRG00000010330	MTMR7 (ENSBGRG00000010271)	ENSBGRG00000010235	VPS37A (ENSBGRG00000010032)	CNOT7 (ENSBGRG00000009907)	ZDHHC2 (ENSBGRG00000009790)	ENSBGRG00000009755
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154152.d.b.h.b ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154152.d.b.h.b ##22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	11														LGSN (ENSBIXG00005007530)	OCA2 (ENSBIXG00005013300)	ENSBIXG00005013223 ##22	HERC2 (ENSBIXG00005013173)	NIPA1 (ENSBIXG00005001495)	NIPA2 (ENSBIXG00005013049)	CYFIP1 (ENSBIXG00005012955)	TUBGCP5 (ENSBIXG00005012783)	ENSBIXG00005012692	IMP4 (ENSBIXG00005012662)	PTPN18 (ENSBIXG00005001393)	AMER3 (ENSBIXG00005001368)	ENSBIXG00005012501	ENSBIXG00005012462	ENSBIXG00005012453	PLEKHB2 (ENSBIXG00005012420)	ENSBIXG00005001302	ENSBIXG00005007104
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154152.d.b.h.b ##22
Domestic yak	MODERN SPECIES	11															LGSN (ENSBGRG00000006038)	ENSBGRG00000006003 ##22	OCA2 (ENSBGRG00000005705)	ENSBGRG00000005666	ENSBGRG00000005631	ENSBGRG00000005595	NIPA1 (ENSBGRG00000005572)	NIPA2 (ENSBGRG00000005535)	CYFIP1 (ENSBGRG00000005442)	TUBGCP5 (ENSBGRG00000004808)	ENSBGRG00000004697	IMP4 (ENSBGRG00000004594)	PTPN18 (ENSBGRG00000004438)	AMER3 (ENSBGRG00000004418)	ENSBGRG00000004292	FAM168B (ENSBGRG00000004226)	ENSBGRG00000004197
American bison	MODERN SPECIES	2013																ENSBBBG00000004396 #22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00940000154688.b.j	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	2	CALCOCO2 (ENSOARG00020022295) #9	ENSOARG00020022258 #10	SNF8 (ENSOARG00020022227)	HOXB13 (ENSOARG00020022195) #11	HOXB9 (ENSOARG00020022138) #12	HOXB8 (ENSOARG00020022064) #13	HOXB7 (ENSOARG00020022042)	HOXB6 (ENSOARG00020022021) #14	HOXB5 (ENSOARG00020022004) #15	HOXB4 (ENSOARG00020021954) #16	HOXB3 (ENSOARG00020021943) #17	HOXB2 (ENSOARG00020021907) #18	HOXB1 (ENSOARG00020021886) #19	SKAP1 (ENSOARG00020021817) #20	SNX11 (ENSOARG00020021783) #21	CBX1 (ENSOARG00020021741) #22	NFE2L1 (ENSOARG00020021460) #23	COPZ2 (ENSOARG00020021377) #24	CDK5RAP3 (ENSOARG00020021339) #25	PRR15L (ENSOARG00020021319) #26	PNPO (ENSOARG00020021017) #27	SP2 (ENSOARG00020020972) #28	SP6 (ENSOARG00020020944) #29	SCRN2 (ENSOARG00020020770) #30	LRRC46 (ENSOARG00020020663) #31	MRPL10 (ENSOARG00020020614) #32	OSBPL7 (ENSOARG00020020494) #33	TBX21 (ENSOARG00020020433) #34	TBKBP1 (ENSOARG00020020372) #35	KPNB1 (ENSOARG00020020287) #36	NPEPPS (ENSOARG00020020009) #37
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	SHROOM4 (ENSOARG00020012479)	BMP15 (ENSOARG00020012408)	NUDT10 (ENSOARG00020012367)	ENSOARG00020012280	NUDT11 (ENSOARG00020012251)	GSPT2 (ENSOARG00020012218)	ENSOARG00020012125	MAGED1 (ENSOARG00020012029)	GPR173 (ENSOARG00020011993)	KANTR (ENSOARG00020011854)	KDM5C (ENSOARG00020010636)	IQSEC2 (ENSOARG00020009706)	SMC1A (ENSOARG00020009423)	RIBC1 (ENSOARG00020009197)	HSD17B10 (ENSOARG00020009062)	ENSOARG00020009018 #22	HUWE1 (ENSOARG00020006767)	ENSOARG00020006494	ENSOARG00020006481	ENSOARG00020006463	ENSOARG00020006441	PHF8 (ENSOARG00020024344)	ENSOARG00020024314	WNK3 (ENSOARG00020024240)	WNK3 (ENSOARG00020024139)	TSR2 (ENSOARG00020024077)	FGD1 (ENSOARG00020024044)	ENSOARG00020024031	MAGED2 (ENSOARG00020023984)	PFKFB1 (ENSOARG00020023816)	APEX2 (ENSOARG00020023778)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	4	ENSOARG00020006250	ENSOARG00020006227	ENSOARG00020006194	UCN3 (ENSOARG00020006175)	TUBAL3 (ENSOARG00020006156)	NET1 (ENSOARG00020006077)	CALML5 (ENSOARG00020006064)	ASB13 (ENSOARG00020006045)	ENSOARG00020006036	GDI2 (ENSOARG00020005916)	ANKRD16 (ENSOARG00020005867)	ABHD12 (ENSOARG00020005815)	PYGB (ENSOARG00020005729)	ENTPD6 (ENSOARG00020005662)	VSX1 (ENSOARG00020005586)	ENSOARG00020005565 #22	ACSS1 (ENSOARG00020005434)	APMAP (ENSOARG00020005374)	SYNDIG1 (ENSOARG00020005336)	CST3 (ENSOARG00020005311)	ENSOARG00020005305	ENSOARG00020005290	ENSOARG00020005269	ENSOARG00020005253	ENSOARG00020005233	ENSOARG00020005223	ENSOARG00020005206	ENSOARG00020005178	CSTL1 (ENSOARG00020005157)	NAPB (ENSOARG00020004860)	GZF1 (ENSOARG00020004766)
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	10	TTLL6 (ENSCHIG00000022654) #10	HOXB13 (ENSCHIG00000026703) #11	HOXB9 (ENSCHIG00000022791) #12	HOXB8 (ENSCHIG00000015504) #13	HOXB7 (ENSCHIG00000017532)	HOXB6 (ENSCHIG00000008881) #14	HOXB5 (ENSCHIG00000023147) #15	HOXB4 (ENSCHIG00000025323) #16	HOXB3 (ENSCHIG00000013978) #17	HOXB2 (ENSCHIG00000025836) #18	HOXB1 (ENSCHIG00000017872) #19	ENSCHIG00000010180	ENSCHIG00000015920 #20	ENSCHIG00000026878 #20	SNX11 (ENSCHIG00000017547) #21	CBX1 (ENSCHIG00000010985) #22	NFE2L1 (ENSCHIG00000015427) #23	COPZ2 (ENSCHIG00000026544) #24	CDK5RAP3 (ENSCHIG00000025420) #25	PRR15L (ENSCHIG00000008261) #26	PNPO (ENSCHIG00000004606) #27	SP2 (ENSCHIG00000018648) #28	SP6 (ENSCHIG00000009897) #29	SCRN2 (ENSCHIG00000026802) #30	LRRC46 (ENSCHIG00000015497) #31	MRPL10 (ENSCHIG00000027033) #32	OSBPL7 (ENSCHIG00000023060) #33	TBX21 (ENSCHIG00000021993) #34	TBKBP1 (ENSCHIG00000016860) #35	KPNB1 (ENSCHIG00000014896) #36	NPEPPS (ENSCHIG00000022782) #37
Goat	MODERN SPECIES	18	CALHM1 (ENSCHIG00000000587)	CALHM3 (ENSCHIG00000019527)	NEURL1 (ENSCHIG00000021908)	SH3PXD2A (ENSCHIG00000012501)	ENSCHIG00000019425	SLK (ENSCHIG00000017273)	COL17A1 (ENSCHIG00000013715)	SFR1 (ENSCHIG00000020297)	ENSCHIG00000019373	CFAP43 (ENSCHIG00000019392)	ENSCHIG00000010963	GSTO2 (ENSCHIG00000003139)	ITPRIP (ENSCHIG00000020814)	CFAP58 (ENSCHIG00000016727)	SORCS3 (ENSCHIG00000004540)	ENSCHIG00000020054 #22	SORCS1 (ENSCHIG00000024779)	ENSCHIG00000023508	XPNPEP1 (ENSCHIG00000013554)	ADD3 (ENSCHIG00000020008)	MXI1 (ENSCHIG00000014736)	SMNDC1 (ENSCHIG00000010604)	DUSP5 (ENSCHIG00000012922)	SMC3 (ENSCHIG00000011397)	RBM20 (ENSCHIG00000017120)	PDCD4 (ENSCHIG00000022248)	BBIP1 (ENSCHIG00000016220)	SHOC2 (ENSCHIG00000013132)	ADRA2A (ENSCHIG00000002663)	GPAM (ENSCHIG00000020572)	TECTB (ENSCHIG00000015123)
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Yarkand deer	DUPLICATION
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Blue whale	DUPLICATION
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Sperm whale	MODERN SPECIES	5	LASP1 (ENSPCTG00005006383)	C14H17orf98 (ENSPCTG00005006357)	CWC25 (ENSPCTG00005006298)	PIP4K2B (ENSPCTG00005006258)	PSMB3 (ENSPCTG00005006224)	ENSPCTG00005006189	SRCIN1 (ENSPCTG00005005823)	ARHGAP23 (ENSPCTG00005005753)	SOCS7 (ENSPCTG00005005634)	GPR179 (ENSPCTG00005005545)	NPEPPS (ENSPCTG00005005245) #37	KPNB1 (ENSPCTG00005005195) #36	TBKBP1 (ENSPCTG00005005144) #35	TBX21 (ENSPCTG00005005105) #34	ENSPCTG00005005083 #28	CBX1 (ENSPCTG00005005034) #22	SKAP1 (ENSPCTG00005004985) #20	HOXB1 (ENSPCTG00005004966) #19	HOXB2 (ENSPCTG00005004951) #18	HOXB3 (ENSPCTG00005004930) #17	HOXB4 (ENSPCTG00005004920) #16	HOXB5 (ENSPCTG00005004905) #15	HOXB6 (ENSPCTG00005004887) #14	HOXB7 (ENSPCTG00005004882)	HOXB8 (ENSPCTG00005004864) #13	HOXB9 (ENSPCTG00005004847) #12	HOXB13 (ENSPCTG00005004788) #11	TTLL6 (ENSPCTG00005004739) #10	CALCOCO2 (ENSPCTG00005004611) #9	ATP5MC1 (ENSPCTG00005004516) #7	SNF8 (ENSPCTG00005004481)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159720.g #8	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159720.g #8	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Vaquita	DUPLICATION
Vaquita	MODERN SPECIES	12	ENSPSNG00000016635 #8	CALCOCO2 (ENSPSNG00000016749) #9	TTLL6 (ENSPSNG00000017015) #10	HOXB13 (ENSPSNG00000017233) #11	HOXB9 (ENSPSNG00000017398) #12	HOXB8 (ENSPSNG00000017436) #13	HOXB7 (ENSPSNG00000017482)	HOXB6 (ENSPSNG00000017525) #14	HOXB5 (ENSPSNG00000017559) #15	HOXB4 (ENSPSNG00000017604) #16	HOXB3 (ENSPSNG00000017636) #17	HOXB2 (ENSPSNG00000017708) #18	HOXB1 (ENSPSNG00000017728) #19	SKAP1 (ENSPSNG00000017760) #20	SNX11 (ENSPSNG00000017889) #21	ENSPSNG00000017984 #22	NFE2L1 (ENSPSNG00000018052) #23	COPZ2 (ENSPSNG00000018262) #24	CDK5RAP3 (ENSPSNG00000018321) #25	PRR15L (ENSPSNG00000018399) #26	PNPO (ENSPSNG00000018423) #27	SP2 (ENSPSNG00000018528) #28	SP6 (ENSPSNG00000018568) #29	SCRN2 (ENSPSNG00000018588) #30	LRRC46 (ENSPSNG00000018676) #31	ENSPSNG00000018757	OSBPL7 (ENSPSNG00000018799) #33	TBX21 (ENSPSNG00000018852) #34	TBKBP1 (ENSPSNG00000018911) #35	KPNB1 (ENSPSNG00000018946) #36	NPEPPS (ENSPSNG00000019016) #37
Vaquita	MODERN SPECIES	4	ENSPSNG00000011021	ENSPSNG00000011057	ENSPSNG00000011132	TPRKB (ENSPSNG00000011166)	DUSP11 (ENSPSNG00000011224)	ENSPSNG00000011335	STAMBP (ENSPSNG00000011437)	ENSPSNG00000011509	ACTG2 (ENSPSNG00000011617)	DGUOK (ENSPSNG00000011764)	TET3 (ENSPSNG00000011888)	ENSPSNG00000012096	MOB1A (ENSPSNG00000012154)	MTHFD2 (ENSPSNG00000012222)	SLC4A5 (ENSPSNG00000012412)	ENSPSNG00000013284 #22	DCTN1 (ENSPSNG00000013430)	ENSPSNG00000013891	C2orf81 (ENSPSNG00000014012)	WDR54 (ENSPSNG00000014132)	RTKN (ENSPSNG00000014321)	INO80B (ENSPSNG00000014626)	WBP1 (ENSPSNG00000014679)	MOGS (ENSPSNG00000014780)	MRPL53 (ENSPSNG00000014967)	CCDC142 (ENSPSNG00000015097)	ENSPSNG00000015157	LBX2 (ENSPSNG00000015226)	PCGF1 (ENSPSNG00000015284)	TLX2 (ENSPSNG00000015428)	DQX1 (ENSPSNG00000015484)
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Beluga whale	DUPLICATION
Beluga whale	DUPLICATION
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Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	316	ENSMMNG00015022058 #8	CALCOCO2 (ENSMMNG00015022060) #9	TTLL6 (ENSMMNG00015015987) #10	HOXB13 (ENSMMNG00015016080) #11	HOXB9 (ENSMMNG00015016160) #12	HOXB8 (ENSMMNG00015016175) #13	HOXB7 (ENSMMNG00015016197)	HOXB6 (ENSMMNG00015016215) #14	HOXB5 (ENSMMNG00015016235) #15	HOXB4 (ENSMMNG00015016252) #16	HOXB3 (ENSMMNG00015016287) #17	HOXB2 (ENSMMNG00015016324) #18	HOXB1 (ENSMMNG00015016356) #19	SKAP1 (ENSMMNG00015016386) #20	SNX11 (ENSMMNG00015016452) #21	CBX1 (ENSMMNG00015016582) #22	NFE2L1 (ENSMMNG00015016634) #23	COPZ2 (ENSMMNG00015016743) #24	CDK5RAP3 (ENSMMNG00015016820) #25	PRR15L (ENSMMNG00015016868) #26	PNPO (ENSMMNG00015016895) #27	SP2 (ENSMMNG00015016948) #28	SP6 (ENSMMNG00015016969) #29	SCRN2 (ENSMMNG00015016985) #30	LRRC46 (ENSMMNG00015017038) #31	MRPL10 (ENSMMNG00015017084) #32	OSBPL7 (ENSMMNG00015017115) #33	TBX21 (ENSMMNG00015017166) #34	TBKBP1 (ENSMMNG00015017190) #35	KPNB1 (ENSMMNG00015017215) #36	NPEPPS (ENSMMNG00015017277) #37
Narwhal	MODERN SPECIES	299	RFC2 (ENSMMNG00015006460)	CLIP2 (ENSMMNG00015006394)	GTF2IRD1 (ENSMMNG00015006251)	ENSMMNG00015006197	GTF2I (ENSMMNG00015005965)	NCF1 (ENSMMNG00015005833)	ENSMMNG00015005795	RCC1L (ENSMMNG00015005769)	CASTOR2 (ENSMMNG00015005735)	ENSMMNG00015005712	AUTS2 (ENSMMNG00015005460)	GALNT17 (ENSMMNG00015005367)	CALN1 (ENSMMNG00015005340)	ENSMMNG00015005309	SBDS (ENSMMNG00015005284)	ENSMMNG00015005273 #22	TMEM248 (ENSMMNG00015005259)	RABGEF1 (ENSMMNG00015005238)	ENSMMNG00015005221	KCTD7 (ENSMMNG00015005208)	TPST1 (ENSMMNG00015009312)	ASL (ENSMMNG00015009264)	CRCP (ENSMMNG00015009231)	GUSB (ENSMMNG00015009203)	VKORC1L1 (ENSMMNG00015009195)	NUPR2 (ENSMMNG00015009184)	ENSMMNG00015009178	PHKG1 (ENSMMNG00015009171)	SUMF2 (ENSMMNG00015009147)	CCT6A (ENSMMNG00015009130)	PSPH (ENSMMNG00015009110)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000159720 #8	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.a.a ##22	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Alpaca	MODERN SPECIES	3027														HOXB2 (ENSVPAG00000010121) #18	SKAP1 (ENSVPAG00000010119) #20	CBX1 (ENSVPAG00000010117) #22	NFE2L1 (ENSVPAG00000010116) #23
Suina	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a #9	ENSGT00940000161434 #10	ENSGT00940000159029 #11	ENSGT00940000161386 #12	ENSGT00940000161529 #13	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #14	ENSGT00940000158354 #15	ENSGT00940000162072 #16	ENSGT00940000159774 #17	ENSGT00940000155029.c.b #18	ENSGT00940000159503 #19	ENSGT00390000017856.b #20	ENSGT00940000160113 #21	ENSGT00940000154152.d.b #22	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #23	ENSGT00390000004405.b #24	ENSGT00390000000713 #25	ENSGT00940000154534.a #26	ENSGT00390000011219 #27	ENSGT00940000159590 #28	ENSGT00940000161498 #29	ENSGT00390000013474.b.a #30	ENSGT00940000161315 #31	ENSGT00390000000603 #32	ENSGT00940000157439 #33	ENSGT00940000160397 #34	ENSGT00940000153704.B #35	ENSGT00550000074898 #36	ENSGT00940000155246 #37
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	145	ATP5MC1 (ENSCWAG00000022052)	CALCOCO2 (ENSCWAG00000022056) #9	TTLL6 (ENSCWAG00000022059) #10	HOXB13 (ENSCWAG00000022063) #11	HOXB9 (ENSCWAG00000022065) #12	HOXB8 (ENSCWAG00000022066) #13	HOXB7 (ENSCWAG00000022067)	HOXB6 (ENSCWAG00000022069) #14	HOXB5 (ENSCWAG00000022071) #15	HOXB4 (ENSCWAG00000022074) #16	HOXB3 (ENSCWAG00000022077) #17	HOXB2 (ENSCWAG00000022078) #18	HOXB1 (ENSCWAG00000022080) #19	SKAP1 (ENSCWAG00000000046) #20	SNX11 (ENSCWAG00000000070) #21	CBX1 (ENSCWAG00000000121) #22	NFE2L1 (ENSCWAG00000000185) #23	COPZ2 (ENSCWAG00000000341) #24	CDK5RAP3 (ENSCWAG00000000377) #25	PRR15L (ENSCWAG00000000410) #26	PNPO (ENSCWAG00000000427) #27	SP2 (ENSCWAG00000000474) #28	SP6 (ENSCWAG00000000502) #29	SCRN2 (ENSCWAG00000000520) #30	LRRC46 (ENSCWAG00000000570) #31	MRPL10 (ENSCWAG00000000589) #32	OSBPL7 (ENSCWAG00000000623) #33	TBX21 (ENSCWAG00000000709) #34	TBKBP1 (ENSCWAG00000000726) #35	KPNB1 (ENSCWAG00000000755) #36	NPEPPS (ENSCWAG00000000826) #37
Pig	MODERN SPECIES	3	ATP5MC1 (ENSSSCG00000017544)	CALCOCO2 (ENSSSCG00000017543) #9	TTLL6 (ENSSSCG00000017542) #10	HOXB13 (ENSSSCG00000017541) #11	HOXB9 (ENSSSCG00000061856) #12	HOXB8 (ENSSSCG00000017537) #13	HOXB7 (ENSSSCG00000017538)	HOXB6 (ENSSSCG00000017539) #14	HOXB5 (ENSSSCG00000017540) #15	HOXB4 (ENSSSCG00000017535) #16	HOXB3 (ENSSSCG00000017534) #17	HOXB2 (ENSSSCG00000017533) #18	HOXB1 (ENSSSCG00000017532) #19	SKAP1 (ENSSSCG00000017527) #20	SNX11 (ENSSSCG00000017528) #21	CBX1 (ENSSSCG00000017529) #22	NFE2L1 (ENSSSCG00000017525) #23	COPZ2 (ENSSSCG00000017526) #24	CDK5RAP3 (ENSSSCG00000017524) #25	PRR15L (ENSSSCG00000054179) #26	PNPO (ENSSSCG00000032782) #27	SP2 (ENSSSCG00000017516) #28	SP6 (ENSSSCG00000017522) #29	SCRN2 (ENSSSCG00000017521) #30	LRRC46 (ENSSSCG00000017520) #31	MRPL10 (ENSSSCG00000017519) #32	OSBPL7 (ENSSSCG00000017518) #33	TBX21 (ENSSSCG00000017517) #34	ENSSSCG00000057498 #35	KPNB1 (ENSSSCG00000017514) #36	NPEPPS (ENSSSCG00000017513) #37