Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000006522 #22 Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES 1122 ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00930000151022 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 1721 ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00930000151022 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 179 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00930000151022 ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554 ENSGT00390000000724.c.b ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686 ENSGT00390000018415 ENSGT00390000000781 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 91 ENSGT00940000156446 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000165015 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00940000171800 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 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SPECIES 122 Serpinb5 (ENSMOCG00000001882) #36 Serpinb12 (ENSMOCG00000003241) #35 Serpinb13 (ENSMOCG00000000222) #34 ENSMOCG00000000546 #30 Serpinb11 (ENSMOCG00000012888) #29 Serpinb7 (ENSMOCG00000016598) #28 Serpinb2 (ENSMOCG00000000526) #27 Serpinb10 (ENSMOCG00000012072) #26 Serpinb8 (ENSMOCG00000000101) #25 Cdh7 (ENSMOCG00000000608) #24 Cdh19 (ENSMOCG00000017732) #23 Dsel (ENSMOCG00000017956) #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000010498 ENSGT00940000157675 ENSGT00390000015500 ENSGT00940000161584 ENSGT00390000013008 ENSGT01030000234573.B.c.b.a ENSGT00940000159658 ENSGT00940000154815.a ENSGT00940000158434 ENSGT00390000001205.a ENSGT00940000155129.B ENSGT00530000063557.b ENSGT00390000015299.a.b.b.b ENSGT00940000155483 ENSGT00940000161857 ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00940000154835.C #25 ENSGT00940000161205 #26 ENSGT00940000161637 #27 ENSGT00940000161520 #28 ENSGT00940000161560 #29 ENSGT00940000154520 #30 ENSGT00940000162214 #34 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31 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00730000110960.a.b ENSGT00930000151022.d ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00940000154835.C #25 ENSGT00940000161205 #26 ENSGT00940000161637 #27 ENSGT00940000161520 #28 ENSGT00940000161560 #29 ENSGT00940000154520 #30 ENSGT00940000162214 #34 ENSGT00940000161829 #35 ENSGT00940000160674 #36 ENSGT00940000154973 #37 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00940000158137.c.a Marmotini ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00730000110960.a.b ENSGT00930000151022.d ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00940000154835.C #25 ENSGT00940000161205 #26 ENSGT00940000161637 #27 ENSGT00940000161520 #28 ENSGT00940000161560 #29 ENSGT00940000154520 #30 ENSGT00940000162214 #34 ENSGT00940000161829 #35 ENSGT00940000160674 #36 ENSGT00940000154973 #37 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00940000158137.c.a Alpin marmot MODERN SPECIES 62 CNDP1 (ENSMMMG00000018749) CNDP2 (ENSMMMG00000018737) DIPK1C (ENSMMMG00000018726) C18orf63 (ENSMMMG00000018708) CYB5A (ENSMMMG00000018693) TIMM21 (ENSMMMG00000018686) FBXO15 (ENSMMMG00000018675) NETO1 (ENSMMMG00000018657) CBLN2 (ENSMMMG00000018641) SOCS6 (ENSMMMG00000018573) RTTN (ENSMMMG00000018533) ENSMMMG00000018526 DOK6 (ENSMMMG00000018509) ENSMMMG00000018461 TMX3 (ENSMMMG00000018431) DSEL (ENSMMMG00000018420) #22 CDH19 (ENSMMMG00000018404) #23 CDH7 (ENSMMMG00000018362) #24 ENSMMMG00000018352 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 4 CNDP1 (ENSSVLG00005009579) CNDP2 (ENSSVLG00005009505) DIPK1C (ENSSVLG00005009432) C18orf63 (ENSSVLG00005009351) CYB5A (ENSSVLG00005009233) TIMM21 (ENSSVLG00005009130) FBXO15 (ENSSVLG00005009033) NETO1 (ENSSVLG00005008955) CBLN2 (ENSSVLG00005008889) SOCS6 (ENSSVLG00005008849) RTTN (ENSSVLG00005008360) CD226 (ENSSVLG00005008245) DOK6 (ENSSVLG00005008178) CCDC102B (ENSSVLG00005008117) TMX3 (ENSSVLG00005008051) DSEL (ENSSVLG00005008021) #22 CDH19 (ENSSVLG00005007898) #23 ENSSVLG00005007845 CDH7 (ENSSVLG00005007708) #24 ENSSVLG00005007639 SERPINB8 (ENSSVLG00005007536) #25 SERPINB10 (ENSSVLG00005007481) #26 SERPINB2 (ENSSVLG00005007425) #27 SERPINB7 (ENSSVLG00005007358) #28 SERPINB11 (ENSSVLG00005007244) #29 ENSSVLG00005006246 #30 SERPINB13 (ENSSVLG00005005921) #34 SERPINB12 (ENSSVLG00005005864) #35 SERPINB5 (ENSSVLG00005005814) #36 VPS4B (ENSSVLG00005005723) #37 KDSR (ENSSVLG00005005623) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00940000163731 ENSGT00930000151022.d ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00940000154835.C #25 ENSGT00940000161637 #27 ENSGT00940000161520 #28 ENSGT00940000161560 #29 ENSGT00940000154520 #30 ENSGT00940000162214 #34 ENSGT00940000161829 #35 ENSGT00940000160674 #36 ENSGT00940000154973 #37 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00940000158137.c.a ENSGT00520000055637.A.a Naked mole-rat female MODERN SPECIES 9 ENSHGLG00000000688 ENSHGLG00000047507 ENSHGLG00000045873 ENSHGLG00000047504 RTTN (ENSHGLG00000017738) ENSHGLG00000000780 ENSHGLG00000048215 ENSHGLG00000046795 ENSHGLG00000000334 ENSHGLG00000000388 ENSHGLG00000045031 ENSHGLG00000025635 ENSHGLG00000002454 ENSHGLG00000049270 ENSHGLG00000044324 DSEL (ENSHGLG00000001302) #22 ENSHGLG00000035367 ENSHGLG00000044063 CDH19 (ENSHGLG00000001249) #23 CDH7 (ENSHGLG00000001169) #24 SERPINB8 (ENSHGLG00000050036) #25 SERPINB2 (ENSHGLG00000001127) #27 SERPINB7 (ENSHGLG00000002536) #28 SERPINB11 (ENSHGLG00000002502) #29 ENSHGLG00000002364 #30 SERPINB4 (ENSHGLG00000035185) #30 SERPINB13 (ENSHGLG00000002083) #34 SERPINB12 (ENSHGLG00000002022) #35 SERPINB5 (ENSHGLG00000050355) #36 ENSHGLG00000001894 #37 KDSR (ENSHGLG00000038343) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000156446 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00930000151022.d ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00940000154835.C #25 ENSGT00940000161637 #27 ENSGT00940000161520 #28 ENSGT00940000161560 #29 ENSGT00940000154520 #30 ENSGT00940000162214 #34 ENSGT00940000161829 #35 ENSGT00940000160674 #36 ENSGT00940000154973 #37 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00940000158137.c.a ENSGT00520000055637.A.a Guinea pig MODERN SPECIES 57 PTGR3 (ENSCPOG00000024070) ENSCPOG00000026737 CNDP1 (ENSCPOG00000038292) CNDP2 (ENSCPOG00000004578) ENSCPOG00000002230 CYB5A (ENSCPOG00000012111) TIMM21 (ENSCPOG00000011226) FBXO15 (ENSCPOG00000006644) NETO1 (ENSCPOG00000009520) CBLN2 (ENSCPOG00000002004) SOCS6 (ENSCPOG00000039204) RTTN (ENSCPOG00000002661) CD226 (ENSCPOG00000039994) DOK6 (ENSCPOG00000003225) TMX3 (ENSCPOG00000010485) DSEL (ENSCPOG00000009231) #22 CDH19 (ENSCPOG00000000563) #23 CDH7 (ENSCPOG00000001747) #24 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156446 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 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ENSOPRG00000013138 #22 Tree shrew MODERN SPECIES 3797 DSEL (ENSTBEG00000000227) #22 Primates ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847.a ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00940000163731 ENSGT00930000151022.d ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00940000154835.C #25 ENSGT00940000154519.g.a ENSGT00940000161205 #26 ENSGT00940000161637 #27 ENSGT00940000161520 #28 ENSGT00940000161560 #29 ENSGT00940000154520 #30 ENSGT00940000162214 #34 ENSGT00940000161829 #35 ENSGT00940000160674 #36 ENSGT00940000154973 #37 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 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ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00940000172154 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00940000163731 ENSGT00930000151022 ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00940000154835.C #25 ENSGT00940000161205.i #26 ENSGT00940000161637 #27 ENSGT00940000161520 #28 ENSGT00940000161560 #29 ENSGT00940000154520 #30 ENSGT00940000162214 #34 ENSGT00940000161829 #35 ENSGT00940000160674 #36 ENSGT00940000154973 #37 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00940000158137.c.a Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 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(ENSMLUG00000000120) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 10 CNDP1 (ENSRFEG00010018609) CNDP2 (ENSRFEG00010018518) DIPK1C (ENSRFEG00010018462) C18orf63 (ENSRFEG00010018438) CYB5A (ENSRFEG00010018285) TIMM21 (ENSRFEG00010018249) FBXO15 (ENSRFEG00010018221) NETO1 (ENSRFEG00010018182) CBLN2 (ENSRFEG00010018116) SOCS6 (ENSRFEG00010018100) RTTN (ENSRFEG00010017950) CD226 (ENSRFEG00010017901) DOK6 (ENSRFEG00010017854) CCDC102B (ENSRFEG00010017705) TMX3 (ENSRFEG00010017615) DSEL (ENSRFEG00010017584) #22 CDH19 (ENSRFEG00010017501) #23 CDH7 (ENSRFEG00010017438) #24 SERPINB8 (ENSRFEG00010017345) #25 SERPINB10 (ENSRFEG00010017293) #26 SERPINB2 (ENSRFEG00010017243) #27 SERPINB7 (ENSRFEG00010017039) #28 SERPINB11 (ENSRFEG00010016857) #29 ENSRFEG00010016667 #30 SERPINB13 (ENSRFEG00010016562) #34 SERPINB12 (ENSRFEG00010016495) #35 SERPINB5 (ENSRFEG00010016422) #36 VPS4B (ENSRFEG00010016326) #37 KDSR (ENSRFEG00010016204) BCL2 (ENSRFEG00010016165) PHLPP1 (ENSRFEG00010013788) Megabat MODERN SPECIES 4486 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Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00730000110960.a.b ENSGT00930000151022 ENSGT01050000244866.A.a.a.b ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554 ENSGT00390000000724.c.b ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686 ENSGT00390000018415 ENSGT00390000000781 ENSGT00390000003058.b.a.a.b ENSGT00390000003058.a ENSGT00950000182810.A.a.b Aves ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 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MODERN SPECIES 11 DIPK1C (ENSPMJG00000014322) C18orf63 (ENSPMJG00000014323) CYB5A (ENSPMJG00000014324) TIMM21 (ENSPMJG00000014325) FBXO15 (ENSPMJG00000014326) NETO1 (ENSPMJG00000014329) CBLN2 (ENSPMJG00000014331) SOCS6 (ENSPMJG00000014334) RTTN (ENSPMJG00000014336) ENSPMJG00000014337 DOK6 (ENSPMJG00000014338) ENSPMJG00000014339 ENSPMJG00000014340 TMX3 (ENSPMJG00000014341) ENSPMJG00000014342 DSEL (ENSPMJG00000014344) #22 CDH19 (ENSPMJG00000014349) #23 CDH7 (ENSPMJG00000014350) #24 MC2R (ENSPMJG00000014352) MC5R (ENSPMJG00000014353) RNMT (ENSPMJG00000014354) FAM210A (ENSPMJG00000014355) LDLRAD4 (ENSPMJG00000014356) CEP192 (ENSPMJG00000014357) SEH1L (ENSPMJG00000014358) PTPN2 (ENSPMJG00000014359) PSMG2 (ENSPMJG00000014360) SPIRE1 (ENSPMJG00000014361) PRELID3A (ENSPMJG00000014362) AFG3L2 (ENSPMJG00000014363) TUBB6 (ENSPMJG00000014364) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 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Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993.a ENSGT00940000158760 ENSGT00730000110960.a.b ENSGT00940000163731 ENSGT00930000151022 ENSGT01050000244866.A.a.a.b ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000160137 #23 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554 ENSGT00390000000724.c.b ENSGT00510000048187.h ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686 ENSGT00390000018415 ENSGT00390000000781 ENSGT00390000003058.a ENSGT00950000182810.A.a.b ENSGT00940000159566 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993.a ENSGT00940000158760 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ENSGT00940000159566 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 4 CNDP1 (ENSSMRG00000004094) ENSSMRG00000004092 CNDP2 (ENSSMRG00000004084) DIPK1C (ENSSMRG00000004073) C18orf63 (ENSSMRG00000004070) CYB5A (ENSSMRG00000004067) TIMM21 (ENSSMRG00000004064) FBXO15 (ENSSMRG00000004054) NETO1 (ENSSMRG00000004045) CBLN2 (ENSSMRG00000004042) ENSSMRG00000004035 SOCS6 (ENSSMRG00000004025) RTTN (ENSSMRG00000004003) DOK6 (ENSSMRG00000003995) ENSSMRG00000003617 DSEL (ENSSMRG00000003609) #22 ENSSMRG00000003602 #23 CDH7 (ENSSMRG00000003587) #24 MC2R (ENSSMRG00000003572) MC5R (ENSSMRG00000003571) RNMT (ENSSMRG00000003568) FAM210A (ENSSMRG00000003557) ENSSMRG00000003553 LDLRAD4 (ENSSMRG00000003542) CEP192 (ENSSMRG00000003503) SEH1L (ENSSMRG00000003499) PTPN2 (ENSSMRG00000003491) PSMG2 (ENSSMRG00000003487) CEP76 (ENSSMRG00000003479) SPIRE1 (ENSSMRG00000003454) PRELID3A (ENSSMRG00000003427) Common wall lizard MODERN SPECIES 15 C18orf63 (ENSPMRG00000005600) DIPK1C (ENSPMRG00000005580) TIMM21 (ENSPMRG00000005564) FBXO15 (ENSPMRG00000005551) ENSPMRG00000005546 ENSPMRG00000005545 NETO1 (ENSPMRG00000005537) CBLN2 (ENSPMRG00000005526) ENSPMRG00000005523 RTTN (ENSPMRG00000005202) ENSPMRG00000005172 DOK6 (ENSPMRG00000008432) ENSPMRG00000008418 TMX3 (ENSPMRG00000008384) ENSPMRG00000008362 DSEL (ENSPMRG00000008350) #22 ENSPMRG00000008343 CDH19 (ENSPMRG00000008333) #23 ENSPMRG00000008323 CDH7 (ENSPMRG00000008291) #24 ENSPMRG00000008277 ENSPMRG00000008275 ENSPMRG00000008266 MC5R (ENSPMRG00000008262) RNMT (ENSPMRG00000008247) FAM210A (ENSPMRG00000008210) ENSPMRG00000008204 ENSPMRG00000008199 ENSPMRG00000008190 LDLRAD4 (ENSPMRG00000008181) ENSPMRG00000008158 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000156446 ENSGT00940000160484 ENSGT00940000156500 ENSGT00390000006452.a ENSGT00390000007627 ENSGT00940000156770 ENSGT00390000011552 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000156700 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00930000151022 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SPECIES 464 DSEL (ENSLLTG00000001340) #22 Indian cobra MODERN SPECIES 2 CNDP1 (ENSNNAG00000009992) CNDP2 (ENSNNAG00000010123) DIPK1C (ENSNNAG00000011900) CYB5A (ENSNNAG00000011918) TIMM21 (ENSNNAG00000011964) FBXO15 (ENSNNAG00000011984) NETO1 (ENSNNAG00000012046) CBLN2 (ENSNNAG00000012087) ENSNNAG00000012098 SOCS6 (ENSNNAG00000012131) ENSNNAG00000012142 ENSNNAG00000012198 ENSNNAG00000012228 DOK6 (ENSNNAG00000012250) TMX3 (ENSNNAG00000012273) DSEL (ENSNNAG00000012302) #22 CDH19 (ENSNNAG00000012338) #23 ENSNNAG00000012394 #24 ENSNNAG00000012400 #24 ENSNNAG00000012423 MC2R (ENSNNAG00000012449) MC5R (ENSNNAG00000012468) RNMT (ENSNNAG00000012478) FAM210A (ENSNNAG00000012497) LDLRAD4 (ENSNNAG00000012511) CEP192 (ENSNNAG00000012554) SEH1L (ENSNNAG00000012840) PTPN2 (ENSNNAG00000012898) PSMG2 (ENSNNAG00000012943) CEP76 (ENSNNAG00000012983) SPIRE1 (ENSNNAG00000013012) Lizard MODERN SPECIES 3 CYB5A (ENSACAG00000034676) TIMM21 (ENSACAG00000003778) FBXO15 (ENSACAG00000003780) ENSACAG00000042139 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MODERN SPECIES 1835 DSEL (ENSLACG00000008686) #22 ENSLACG00000006636 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 154 ENSGT00940000158036 ENSGT00390000014771.a ENSGT00650000094897 ENSGT00940000159376 ENSGT00940000155154.b ENSGT00550000074997 ENSGT00390000011552 ENSGT00940000156700 ENSGT00390000017498 ENSGT00940000159988 ENSGT00940000154847 ENSGT00640000091535 ENSGT00500000044993 ENSGT00940000158760 ENSGT00930000151022 ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00530000064112.a ENSGT00940000154634.c.mb Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 292 ENSGT00940000155105 ENSGT00940000155562 ENSGT00910000144592 ENSGT00390000009209 ENSGT01100000263502.B.a.a.c ENSGT00930000151022 ENSGT00390000006522.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031 #24 ENSGT00530000064112.a ENSGT00940000154634.d ENSGT00940000154634.c.lb.b Osteoglossocephalai DUPLICATION Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00940000154025.a ENSGT00940000158533 ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 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prpf4bb (ENSDCDG00000001596) PXDC1 (ENSDCDG00000001602) TMX3 (ENSDCDG00000001619) ENSDCDG00000001728 ENSDCDG00000001730 ENSDCDG00000001737 ENSDCDG00000001739 ENSDCDG00000001741 DSEL (ENSDCDG00000001750) #22 ENSDCDG00000001752 CDH7 (ENSDCDG00000001755) #24 IMPA1 (ENSDCDG00000001759) ENSDCDG00000001761 ENSDCDG00000001763 ENSDCDG00000001768 wdr37 (ENSDCDG00000001789) ENSDCDG00000002021 ENSDCDG00000002024 ENSDCDG00000002026 ENSDCDG00000002029 ENSDCDG00000002035 ENSDCDG00000002041 ENSDCDG00000002048 ENSDCDG00000002054 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 402 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 230 ENSGT00930000151022.a.f ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT00930000151022.a.f 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ENSCARG00000055255 ENSCARG00000055279 ENSCARG00000055290 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 312 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00930000151022.a.c ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.b.a.b.b ENSGT00940000158212.A ENSGT00390000018540 ENSGT00950000182977.B.b.a.d.d.b ENSGT00390000017582 ENSGT00940000169918.i ENSGT00940000156394.j ENSGT00530000063186.b.a ENSGT00390000015821.n.a.b ENSGT00940000164076.b ENSGT01090000260052.b.b.b ENSGT00940000160556.a.b ENSGT00940000158294.g.a.a ENSGT00940000154014.a.a.b ENSGT00940000160536 Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES 14 ENSCCRG00000081124 ENSCCRG00000069443 CDH7 (ENSCCRG00000072970) #24 ENSCCRG00000028258 ENSCCRG00000040475 #22 ENSCCRG00000059991 ENSCCRG00000058718 ENSCCRG00000021532 ENSCCRG00000030979 ENSCCRG00000030977 ENSCCRG00000030975 tgfbr1b (ENSCCRG00000062889) lancl2 (ENSCCRG00000004580) ENSCCRG00000057333 ENSCCRG00000011659 ENSCCRG00000003074 vstm2a (ENSCCRG00000025109) ENSCCRG00000068885 ENSCCRG00000058825 stk17a (ENSCCRG00000030463) Common carp reference MODERN SPECIES 40 ENSCCRG00000020130 ENSCCRG00000049930 #22 ENSCCRG00000076268 ENSCCRG00000078762 ENSCCRG00000077234 ENSCCRG00000021336 ENSCCRG00000070888 ENSCCRG00000072531 lancl2 (ENSCCRG00000060890) ENSCCRG00000004488 ENSCCRG00000075201 ENSCCRG00000069390 vstm2a (ENSCCRG00000046136) ENSCCRG00000055578 ENSCCRG00000077907 ENSCCRG00000056024 ENSCCRG00000067580 Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 798 ENSSGRG00000026116 ENSSGRG00000026113 TMX3 (ENSSGRG00000026105) DSEL (ENSSGRG00000026101) #22 ENSSGRG00000025290 RECK (ENSSGRG00000025031) ENSSGRG00000025028 ENSSGRG00000025026 TGFBR1 (ENSSGRG00000025022) lancl2 (ENSSGRG00000024931) ENSSGRG00000024928 Golden-line barbel MODERN SPECIES 1484 CDH7 (ENSSGRG00000010347) #24 TMX3 (ENSSGRG00000010492) DSEL (ENSSGRG00000010911) #22 ENSSGRG00000010919 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000160430 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ENSATEG00000025856 TMX3 (ENSATEG00000026110) ENSATEG00000000054 #22 ENSATEG00000023505 ENSATEG00000023502 CDH7 (ENSATEG00000023496) #24 ENSATEG00000023483 ENSATEG00000023488 ENSATEG00000023480 ENSATEG00000023474 ENSATEG00000023457 ENSATEG00000023441 ENSATEG00000027197 ENSATEG00000025214 zgc:111976 (ENSATEG00000023426) ralaa (ENSATEG00000023391) ENSATEG00000023372 ENSATEG00000025833 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00940000158533 ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 ENSGT01030000234667.a.a.b.e ENSGT00940000178137 ENSGT00940000155925 ENSGT00940000155562.l.b ENSGT00390000009209 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.d.a ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e ENSGT00760000120378 ENSGT00940000158009.a ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000156907.p.a.b ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000015564 ENSGT00940000167726 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000004989.a.b.b ENSGT00390000004989.a.b.a ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 ENSGT01030000234667.a.a.b.e ENSGT00940000155925 ENSGT00940000155562.l.b ENSGT00390000009209 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.d.a ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00940000162058 ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e ENSGT00940000158009.a ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000015564 ENSGT00940000167726 ENSGT00940000166120 Tetraodon MODERN SPECIES 21 ENSTNIG00000017144 slc4a2b (ENSTNIG00000017145) ENSTNIG00000017146 nrbp2b (ENSTNIG00000013676) puf60b (ENSTNIG00000013675) scrib (ENSTNIG00000013674) cdv3 (ENSTNIG00000013673) topbp1 (ENSTNIG00000013672) DNAJC13 (ENSTNIG00000013671) lztfl1 (ENSTNIG00000013670) CCR9 (ENSTNIG00000013669) gli3 (ENSTNIG00000013668) prpf4bb (ENSTNIG00000013667) PXDC1 (ENSTNIG00000013666) TMX3 (ENSTNIG00000013665) DSEL (ENSTNIG00000013664) #22 ENSTNIG00000013663 CDH7 (ENSTNIG00000013662) #24 ENSTNIG00000013661 IMPA1 (ENSTNIG00000013660) tbcc (ENSTNIG00000013659) ENSTNIG00000013658 ENSTNIG00000013657 FBXL7 (ENSTNIG00000013656) ENSTNIG00000000348 ralaa (ENSTNIG00000013655) ENSTNIG00000013654 ENSTNIG00000013653 ca2 (ENSTNIG00000013652) rdh12l (ENSTNIG00000013651) ENSTNIG00000013650 Fugu MODERN SPECIES 1 ENSTRUG00000024352 ENSTRUG00000024686 ENSTRUG00000032484 nrbp2b (ENSTRUG00000004607) puf60b (ENSTRUG00000005420) scrib (ENSTRUG00000005856) cdv3 (ENSTRUG00000006425) ENSTRUG00000022607 topbp1 (ENSTRUG00000006528) DNAJC13 (ENSTRUG00000006944) lztfl1 (ENSTRUG00000007474) CCR9 (ENSTRUG00000023885) gli3 (ENSTRUG00000007692) prpf4bb 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(ENSSAUG00010022377) PXDC1 (ENSSAUG00010022569) TMX3 (ENSSAUG00010022579) DSEL (ENSSAUG00010022808) #22 ENSSAUG00010022809 CDH7 (ENSSAUG00010022823) #24 ENSSAUG00010015644 IMPA1 (ENSSAUG00010015647) ENSSAUG00010015650 ENSSAUG00010015655 ENSSAUG00010015658 ENSSAUG00010015662 ENSSAUG00010015665 FBXL7 (ENSSAUG00010015667) zgc:111976 (ENSSAUG00010015669) ralaa (ENSSAUG00010015673) ENSSAUG00010015683 ENSSAUG00010015711 ca2 (ENSSAUG00010015717) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000004989.a.b ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 ENSGT01030000234667.a.a.b.e ENSGT00940000178137 ENSGT00940000155925 ENSGT00940000155562.l.b ENSGT00390000009209 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.d.a ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e ENSGT00760000120378 ENSGT00940000158009.a ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000156907.p.a.b ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000015564 ENSGT00940000167726 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00400000024709.j ENSGT00390000004989.a.b ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 ENSGT01030000234667.a.a.b.e ENSGT00940000155925 ENSGT00940000155562.l.b ENSGT00390000009209 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.d.a ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e ENSGT00760000120378 ENSGT00940000158009.a ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000156907.p.a.b ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000015564 ENSGT00940000167726 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00400000024709.i ENSGT00400000024709.j ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 ENSGT01030000234667.a.a.b.e ENSGT00940000155925 ENSGT00940000155562.l.b ENSGT00390000009209 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.d.a ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e ENSGT00760000120378 ENSGT00940000158009.a ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000015564 ENSGT00940000167726 ENSGT00940000166120 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00400000024709.i ENSGT00400000024709.j ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 ENSGT01030000234667.a.a.b.e ENSGT00940000155925 ENSGT00940000155562.l.b ENSGT00390000009209 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.d.a ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e ENSGT00760000120378 ENSGT00940000158009.a ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000015564 ENSGT00940000166120 ENSGT00940000164060.n.k Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 12 nrbp2b (ENSORLG00000012200) puf60b (ENSORLG00000012279) ENSORLG00000012302 cdv3 (ENSORLG00000012313) ENSORLG00000022317 ENSORLG00000027623 topbp1 (ENSORLG00000012344) DNAJC13 (ENSORLG00000012388) lztfl1 (ENSORLG00000012427) CCR9 (ENSORLG00000027812) gli3 (ENSORLG00000012490) prpf4bb (ENSORLG00000012529) PXDC1 (ENSORLG00000030516) TMX3 (ENSORLG00000012557) ENSORLG00000026104 DSEL (ENSORLG00000012566) #22 ENSORLG00000012613 CDH7 (ENSORLG00000012632) #24 ENSORLG00000012644 ENSORLG00000012664 ENSORLG00000030203 ENSORLG00000029660 ENSORLG00000022217 ENSORLG00000012671 ENSORLG00000012675 FBXL7 (ENSORLG00000012685) zgc:111976 (ENSORLG00000023485) ralaa (ENSORLG00000012700) ENSORLG00000026480 ENSORLG00000023346 ENSORLG00000024416 Chinese medaka MODERN SPECIES 71 CHPF2 (ENSOSIG00000020619) slc4a2b (ENSOSIG00000020668) ENSOSIG00000021264 ENSOSIG00000021265 ENSOSIG00000021266 nrbp2b (ENSOSIG00000021289) ENSOSIG00000021677 ENSOSIG00000021936 topbp1 (ENSOSIG00000021984) lztfl1 (ENSOSIG00000022171) CCR9 (ENSOSIG00000022174) gli3 (ENSOSIG00000022232) prpf4bb (ENSOSIG00000022278) PXDC1 (ENSOSIG00000022311) TMX3 (ENSOSIG00000022344) DSEL (ENSOSIG00000022466) #22 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00400000024709.j ENSGT01000000221249 ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 ENSGT01030000234667.a.a.b.e ENSGT00940000155925 ENSGT00940000155562.l.b ENSGT00390000009209 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.d.a ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e ENSGT00940000158009.a ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000015564 ENSGT00940000167726 ENSGT00940000166120 ENSGT00940000164060.n.k Indian medaka MODERN SPECIES 14 puf60b (ENSOMEG00000001643) scrib (ENSOMEG00000001582) ENSOMEG00000001575 cdv3 (ENSOMEG00000001568) ENSOMEG00000001561 topbp1 (ENSOMEG00000001551) DNAJC13 (ENSOMEG00000001398) lztfl1 (ENSOMEG00000001260) CCR9 (ENSOMEG00000001256) gli3 (ENSOMEG00000001241) prpf4bb (ENSOMEG00000001222) PXDC1 (ENSOMEG00000001218) TMX3 (ENSOMEG00000001215) ENSOMEG00000001210 ENSOMEG00000001206 DSEL (ENSOMEG00000001204) #22 ENSOMEG00000001202 ENSOMEG00000001200 CDH7 (ENSOMEG00000001196) #24 ENSOMEG00000001195 IMPA1 (ENSOMEG00000001192) ENSOMEG00000001190 ENSOMEG00000001189 FBXL7 (ENSOMEG00000001188) zgc:111976 (ENSOMEG00000001184) ralaa (ENSOMEG00000001176) ENSOMEG00000001174 ENSOMEG00000001170 ENSOMEG00000001166 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Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00400000024709.j ENSGT00390000004989.a.b ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 ENSGT01030000234667.a.a.b.e ENSGT00940000155925 ENSGT00940000155562.l.b ENSGT00390000009209 ENSGT00930000151022.a ENSGT00390000006522.a.a #22 ENSGT00940000166818 ENSGT00940000157031.k #24 ENSGT00940000154634.d.a ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00390000017291.a.f ENSGT00390000017291.a.e ENSGT00940000158009.a ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000156907.p.a.b ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000015564 ENSGT00940000167726 ENSGT00940000166120 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00400000024709.j ENSGT00390000004989.a.b ENSGT00940000160430 ENSGT00940000155594.c.b ENSGT00940000154025.a ENSGT00390000000805 ENSGT00390000000626 ENSGT00940000157001 ENSGT00390000017582 ENSGT00390000016415 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ralaa (ENSHHUG00000021831) ENSHHUG00000021821 ENSHHUG00000021808 ENSHHUG00000021804 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1250 ENSGT00390000006522.a.a.j #22 ENSGT00940000157031.k.d #24 ENSGT00940000154634.c.lb.a Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00390000006522.a.a.j #22 ENSGT00940000157031.k.d #24 ENSGT00940000154634.c.lb.a ENSGT00940000154648.a.a.o.b.a ENSGT00940000157852.a.b ENSGT00940000155562.l.b.d ENSGT00940000155925.j.a.b ENSGT01030000234667.a.a.b.e.d ENSGT00390000016415.d ENSGT00390000017582.h ENSGT00940000157001.f ENSGT00390000000626.e ENSGT00390000000805.hb ENSGT00940000154025.a.h ENSGT00940000155594.c.b.a ENSGT00940000160430.nb.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263497.A.e.a ENSGT00940000156359 ENSGT00940000156318.b.a ENSGT00940000153986.b.a.u.a ENSGT00940000157388.b.a.d ENSGT00390000008459 ENSGT00390000018683 ENSGT00530000069620 ENSGT00940000157952.e.b ENSGT00940000175152 ENSGT00530000064165.b ENSGT00940000155540.b.a ENSGT00940000163461.a.a.a.b.c.b.b.b.a.b.b 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(ENSCHAG00000005737) ENSCHAG00000005768 tmem68 (ENSCHAG00000005822) ENSCHAG00000005851 lyn (ENSCHAG00000005961) urod (ENSCHAG00000008435) zswim5 (ENSCHAG00000008925) elovl8a (ENSCHAG00000009284) selenop2 (ENSCHAG00000009911) toe1 (ENSCHAG00000009957) tesk2 (ENSCHAG00000010014) ENSCHAG00000010074 DSEL (ENSCHAG00000010091) #22 cdh7a (ENSCHAG00000010112) #24 ENSCHAG00000011020 ENSCHAG00000011052 impa1 (ENSCHAG00000011071) IMPA1 (ENSCHAG00000011116) fbxl7 (ENSCHAG00000011154) zgc:55781 (ENSCHAG00000011175) ENSCHAG00000011182 ralab (ENSCHAG00000011185) mplkip (ENSCHAG00000011202) TMEM70 (ENSCHAG00000011211) jph1b (ENSCHAG00000011219) PI15 (ENSCHAG00000011235) crispld1b (ENSCHAG00000011250) socs6b (ENSCHAG00000011384) Denticle herring MODERN SPECIES 14 mc4r (ENSDCDG00000001145) ENSDCDG00000001146 buc (ENSDCDG00000001147) ENSDCDG00000001151 xkr4 (ENSDCDG00000001160) tmem68 (ENSDCDG00000001163) ENSDCDG00000001167 lyn (ENSDCDG00000001389) urod (ENSDCDG00000003844) zswim5 (ENSDCDG00000003868) 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ENSGT00390000006522.a.b #22 ENSGT00940000157031.l #24 ENSGT00530000064112.a ENSGT00940000154634.d.b ENSGT00940000158009.b ENSGT00390000014722 ENSGT00390000002582 ENSGT00940000157116.e ENSGT00940000159566 ENSGT00940000158392.e.a ENSGT01040000240451.a.b.b.a.a ENSGT00530000063629.b.d ENSGT00940000156360.d ENSGT00940000160089.i ENSGT00940000180074.a ENSGT00940000166630 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 115 RNF152 (ENSPNAG00000022381) buc (ENSPNAG00000022369) ENSPNAG00000022336 xkr4 (ENSPNAG00000022298) tmem68 (ENSPNAG00000022283) ENSPNAG00000022249 lyn (ENSPNAG00000022232) urod (ENSPNAG00000022207) zswim5 (ENSPNAG00000022161) elovl8a (ENSPNAG00000003707) ENSPNAG00000021958 si:ch73-382f3.1 (ENSPNAG00000021950) toe1 (ENSPNAG00000021933) tesk2 (ENSPNAG00000021906) tmx3a (ENSPNAG00000021837) DSEL (ENSPNAG00000021804) #22 cdh7a (ENSPNAG00000021796) #24 Mexicana tetra MODERN SPECIES 8 ENSAMXG00000030902 buc (ENSAMXG00000041250) RNF31 (ENSAMXG00000014043) ENSAMXG00000038652 xkr4 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ENSGT00940000166547 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 789 ENSGT00940000158011.i ENSGT00390000018302.a.a ENSGT00940000158362.c ENSGT00510000049326.b.a.b ENSGT00940000167820 ENSGT00940000153167.B.b ENSGT00940000158765.k ENSGT00930000151022.b.a ENSGT00390000006522.a.b.a #22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00530000064112.b.a.b.b ENSGT01070000253766.A.a.a.a.i ENSGT00390000011782.f ENSGT00390000018056.d ENSGT00940000158011.j.b ENSGT00390000018302.b ENSGT00940000158011.i ENSGT00390000018302.a.a ENSGT00940000158362.c ENSGT01050000244838.B.a.l.b ENSGT00510000049326.b.a.b ENSGT00940000167820 ENSGT00940000153167.B.b ENSGT00940000158765.k ENSGT00930000151022.b.a ENSGT00390000006522.a.b.a #22 ENSGT00940000157031.l.a #24 ENSGT00530000064112.a.a ENSGT00940000154634.d.b.n ENSGT00940000166547 ENSGT00940000159203.f ENSGT00390000010687.a.a.c ENSGT00390000008279.a.p ENSGT00390000002727 ENSGT00390000010157.a ENSGT00520000060044 ENSGT00390000014590.f ENSGT00940000159218.a.a 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ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00990000213455 ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000163953 ENSGT00960000188119 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT01010000228913 ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000163953 ENSGT00960000188119 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT01010000228913 ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Suina ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000161944 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00960000188119 ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000013639 ENSGT00940000161538 ENSGT00950000183068.b ENSGT00390000000155.b ENSGT00950000183134.c.a.b ENSGT00390000007224.a ENSGT00390000000509 ENSGT00390000016421.b.b ENSGT00390000003986 ENSGT00940000154868.a.a ENSGT00940000156277 Pig MODERN SPECIES FAM229B (ENSSSCG00000036621) LAMA4 (ENSSSCG00000004425) ENSSSCG00000062211 RFPL4B (ENSSSCG00000050324) ENSSSCG00000043946 ENSSSCG00000047473 MARCKS (ENSSSCG00000037803) HDAC2 (ENSSSCG00000004432) HS3ST5 (ENSSSCG00000004433) ENSSSCG00000042456 FRK (ENSSSCG00000004434) NT5DC1 (ENSSSCG00000004435) COL10A1 (ENSSSCG00000004436) TSPYL4 (ENSSSCG00000047800) TSPYL1 (ENSSSCG00000004438) DSE (ENSSSCG00000004441) ##22 CALHM6 (ENSSSCG00000036064) TRAPPC3L (ENSSSCG00000040660) CALHM5 (ENSSSCG00000031898) CALHM4 (ENSSSCG00000004445) 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ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161944 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161944 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 21 TRAF3IP2 (ENSRFEG00010016167) ENSRFEG00010016261 FYN (ENSRFEG00010016290) CCN6 (ENSRFEG00010016469) TUBE1 (ENSRFEG00010016655) FAM229B (ENSRFEG00010016724) LAMA4 (ENSRFEG00010016795) RFPL4B (ENSRFEG00010016880) MARCKS (ENSRFEG00010016931) HDAC2 (ENSRFEG00010016988) HS3ST5 (ENSRFEG00010017069) ENSRFEG00010017121 FRK (ENSRFEG00010017139) NT5DC1 (ENSRFEG00010017166) COL10A1 (ENSRFEG00010017207) DSE (ENSRFEG00010017346) ##22 CALHM6 (ENSRFEG00010017443) TRAPPC3L (ENSRFEG00010017466) CALHM5 (ENSRFEG00010017554) CALHM4 (ENSRFEG00010017600) ENSRFEG00010017650 ENSRFEG00010017720 ENSRFEG00010017788 ENSRFEG00010017801 RSPH4A (ENSRFEG00010017838) ZUP1 (ENSRFEG00010018008) KPNA5 (ENSRFEG00010018178) FAM162B (ENSRFEG00010018217) RFX6 (ENSRFEG00010018276) VGLL2 (ENSRFEG00010018446) ROS1 (ENSRFEG00010018524) Microbat MODERN SPECIES 994 ENSMLUG00000002390 PCMT1 (ENSMLUG00000002385) NUP43 (ENSMLUG00000002078) LATS1 (ENSMLUG00000002070) KATNA1 (ENSMLUG00000002062) GINM1 (ENSMLUG00000002059) PPIL4 (ENSMLUG00000002766) ZC3H12D (ENSMLUG00000029238) TAB2 (ENSMLUG00000005344) ENSMLUG00000023007 UST (ENSMLUG00000005127) ENSMLUG00000008313 COL10A1 (ENSMLUG00000008338) TSPYL4 (ENSMLUG00000015727) TSPYL1 (ENSMLUG00000008370) DSE (ENSMLUG00000002926) ##22 CALHM6 (ENSMLUG00000002931) TRAPPC3L (ENSMLUG00000002941) CALHM5 (ENSMLUG00000029405) CALHM4 (ENSMLUG00000011357) RWDD1 (ENSMLUG00000030427) ENSMLUG00000024652 ENSMLUG00000028869 ENSMLUG00000030160 ENSMLUG00000029713 RSPH4A (ENSMLUG00000015892) ZUP1 (ENSMLUG00000015906) KPNA5 (ENSMLUG00000010070) FAM162B (ENSMLUG00000010100) GPRC6A (ENSMLUG00000010115) RFX6 (ENSMLUG00000006665) Megabat MODERN SPECIES 6986 DSE (ENSPVAG00000001002) ##22 CALHM6 (ENSPVAG00000001004) Equus ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT01010000228913 ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772.o ENSGT00940000156772.p.a ENSGT00940000156772.p.b ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a Horse MODERN SPECIES 1 FYN (ENSECAG00000008319) CCN6 (ENSECAG00000013347) TUBE1 (ENSECAG00000013843) LAMA4 (ENSECAG00000018584) RFPL4B (ENSECAG00000041082) MARCKS (ENSECAG00000003398) ENSECAG00000055511 HDAC2 (ENSECAG00000013577) HS3ST5 (ENSECAG00000018033) FRK (ENSECAG00000018039) NT5DC1 (ENSECAG00000019833) COL10A1 (ENSECAG00000020826) TSPYL1 (ENSECAG00000003736) TSPYL4 (ENSECAG00000030611) ENSECAG00000031694 DSE (ENSECAG00000020975) ##22 ENSECAG00000021708 ENSECAG00000051818 TRAPPC3L (ENSECAG00000021978) CALHM5 (ENSECAG00000023268) CALHM4 (ENSECAG00000000714) RWDD1 (ENSECAG00000006587) ENSECAG00000051393 ENSECAG00000010770 ENSECAG00000044333 RSPH4A (ENSECAG00000012533) ZUP1 (ENSECAG00000013523) KPNA5 (ENSECAG00000014734) FAM162B (ENSECAG00000019150) GPRC6A (ENSECAG00000019182) RFX6 (ENSECAG00000019804) Donkey MODERN SPECIES 16 FYN (ENSEASG00005007033) CCN6 (ENSEASG00005008053) TUBE1 (ENSEASG00005008069) FAM229B (ENSEASG00005028359) LAMA4 (ENSEASG00005008172) RFPL4B (ENSEASG00005038508) MARCKS (ENSEASG00005008354) HDAC2 (ENSEASG00005008358) ENSEASG00005029672 HS3ST5 (ENSEASG00005033931) FRK (ENSEASG00005008367) NT5DC1 (ENSEASG00005008369) COL10A1 (ENSEASG00005008370) TSPYL4 (ENSEASG00005008371) TSPYL1 (ENSEASG00005032253) DSE (ENSEASG00005008373) ##22 ENSEASG00005008375 TRAPPC3L (ENSEASG00005029591) CALHM5 (ENSEASG00005008378) CALHM4 (ENSEASG00005008379) RWDD1 (ENSEASG00005008380) ENSEASG00005008382 ENSEASG00005031003 ENSEASG00005028545 ENSEASG00005009048 RSPH4A (ENSEASG00005009050) ZUP1 (ENSEASG00005009054) KPNA5 (ENSEASG00005009059) FAM162B (ENSEASG00005034252) GPRC6A (ENSEASG00005009064) RFX6 (ENSEASG00005009070) Carnivora ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT01050000247848 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00960000188119 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772.i ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Caniformia ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00960000188119 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772.i ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b 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ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 Panthera ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT01050000247848 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00960000188119 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000166162 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772.i.a.a ENSGT00940000156772.i.b ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT01050000247848 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00960000188119 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000166162 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772.i.a.a ENSGT00940000156772.i.b ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 leopard MODERN SPECIES 246 NT5DC1 (ENSPPRG00000022632) COL10A1 (ENSPPRG00000022643) TSPYL4 (ENSPPRG00000011586) DSE (ENSPPRG00000022657) ##22 ENSPPRG00000022667 TRAPPC3L (ENSPPRG00000022673) CALHM5 (ENSPPRG00000022680) CALHM4 (ENSPPRG00000022718) RWDD1 (ENSPPRG00000022725) ENSPPRG00000022751 lion MODERN SPECIES 5 CCN6 (ENSPLOG00000003072) TUBE1 (ENSPLOG00000003122) FAM229B (ENSPLOG00000003138) LAMA4 (ENSPLOG00000003185) ENSPLOG00000003271 MARCKS (ENSPLOG00000003280) ENSPLOG00000003352 HDAC2 (ENSPLOG00000003360) HS3ST5 (ENSPLOG00000003442) FRK (ENSPLOG00000003455) NT5DC1 (ENSPLOG00000003475) ENSPLOG00000003489 COL10A1 (ENSPLOG00000003502) TSPYL4 (ENSPLOG00000003518) ENSPLOG00000003526 DSE (ENSPLOG00000003558) ##22 CALHM6 (ENSPLOG00000003580) TRAPPC3L (ENSPLOG00000003593) CALHM5 (ENSPLOG00000003609) CALHM4 (ENSPLOG00000003619) RWDD1 (ENSPLOG00000003637) ENSPLOG00000003653 RSPH4A (ENSPLOG00000003687) ZUP1 (ENSPLOG00000003730) KPNA5 (ENSPLOG00000003759) FAM162B (ENSPLOG00000003773) GPRC6A (ENSPLOG00000003804) RFX6 (ENSPLOG00000003852) VGLL2 (ENSPLOG00000010770) ROS1 (ENSPLOG00000011040) DCBLD1 (ENSPLOG00000011135) Tiger MODERN SPECIES 120 TRAF3IP2 (ENSPTIG00000020472) FYN (ENSPTIG00000019895) ENSPTIG00000006415 CCN6 (ENSPTIG00000019399) TUBE1 (ENSPTIG00000019262) FAM229B (ENSPTIG00000019248) LAMA4 (ENSPTIG00000017802) RFPL4B (ENSPTIG00000006386) ENSPTIG00000006376 HDAC2 (ENSPTIG00000017437) HS3ST5 (ENSPTIG00000017379) FRK (ENSPTIG00000017241) COL10A1 (ENSPTIG00000016999) NT5DC1 (ENSPTIG00000016386) TSPYL4 (ENSPTIG00000006365) DSE (ENSPTIG00000015410) ##22 ENSPTIG00000015377 CALHM5 (ENSPTIG00000015346) TRAPPC3L (ENSPTIG00000015246) CALHM4 (ENSPTIG00000015112) RWDD1 (ENSPTIG00000014973) ENSPTIG00000014688 ENSPTIG00000014529 RSPH4A (ENSPTIG00000014297) ZUP1 (ENSPTIG00000013533) KPNA5 (ENSPTIG00000013503) FAM162B (ENSPTIG00000013420) GPRC6A (ENSPTIG00000013115) RFX6 (ENSPTIG00000012468) ENSPTIG00000012308 ROS1 (ENSPTIG00000011449) Cat MODERN SPECIES 236 REV3L (ENSFCAG00000028995) TRAF3IP2 (ENSFCAG00000000667) FYN (ENSFCAG00000023350) CCN6 (ENSFCAG00000006305) TUBE1 (ENSFCAG00000026151) FAM229B (ENSFCAG00000030116) LAMA4 (ENSFCAG00000006308) MARCKS (ENSFCAG00000042952) ENSFCAG00000051478 HDAC2 (ENSFCAG00000018836) HS3ST5 (ENSFCAG00000000523) FRK (ENSFCAG00000004043) NT5DC1 (ENSFCAG00000013415) COL10A1 (ENSFCAG00000040804) TSPYL4 (ENSFCAG00000013418) DSE (ENSFCAG00000023622) ##22 ENSFCAG00000029592 TRAPPC3L (ENSFCAG00000021987) CALHM5 (ENSFCAG00000033745) CALHM4 (ENSFCAG00000040211) RWDD1 (ENSFCAG00000025905) ENSFCAG00000034736 ENSFCAG00000047240 ENSFCAG00000052457 RSPH4A (ENSFCAG00000027641) ZUP1 (ENSFCAG00000031494) KPNA5 (ENSFCAG00000023588) FAM162B (ENSFCAG00000037427) GPRC6A (ENSFCAG00000044183) RFX6 (ENSFCAG00000018903) VGLL2 (ENSFCAG00000043286) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000006522.b ##22 Common shrew MODERN SPECIES 911 DSE (ENSSARG00000010799) ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 1395 DSE (ENSEEUG00000004504) ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000163953 ENSGT00960000188119 ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Primates ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161944.a.a ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Mouse lemur MODERN SPECIES 28 REV3L (ENSMICG00000030163) ENSMICG00000008708 ENSMICG00000042685 FYN (ENSMICG00000008716) CCN6 (ENSMICG00000008735) TUBE1 (ENSMICG00000047219) FAM229B (ENSMICG00000043291) LAMA4 (ENSMICG00000008751) MARCKS (ENSMICG00000026883) HDAC2 (ENSMICG00000000261) HS3ST5 (ENSMICG00000027940) FRK (ENSMICG00000003603) ENSMICG00000046212 NT5DC1 (ENSMICG00000003606) TSPYL1 (ENSMICG00000044487) DSE (ENSMICG00000008111) ##22 CALHM6 (ENSMICG00000032074) CALHM5 (ENSMICG00000008119) TRAPPC3L (ENSMICG00000008115) CALHM4 (ENSMICG00000008123) ENSMICG00000036368 ENSMICG00000032805 MMUT (ENSMICG00000008076) CENPQ (ENSMICG00000042405) GLYATL3 (ENSMICG00000002636) ENSMICG00000046680 RHAG (ENSMICG00000008366) CRISP2 (ENSMICG00000014964) CRISP3 (ENSMICG00000002617) CRISP1 (ENSMICG00000002786) DEFB114 (ENSMICG00000044264) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 63 ENSGT00940000161944.a.a ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 445 FRK (ENSPCOG00000016754) ENSPCOG00000017572 NT5DC1 (ENSPCOG00000019513) TSPYL1 (ENSPCOG00000020616) DSE (ENSPCOG00000017942) ##22 CALHM6 (ENSPCOG00000015099) CALHM5 (ENSPCOG00000020027) TRAPPC3L (ENSPCOG00000018449) CALHM4 (ENSPCOG00000027369) RSPH4A (ENSPCOG00000006824) ZUP1 (ENSPCOG00000021558) KPNA5 (ENSPCOG00000016943) GPRC6A (ENSPCOG00000013226) ENSPCOG00000024330 RFX6 (ENSPCOG00000024904) VGLL2 (ENSPCOG00000017437) ROS1 (ENSPCOG00000018293) DCBLD1 (ENSPCOG00000023692) GOPC (ENSPCOG00000028025) ENSPCOG00000019234 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 117 CCN6 (ENSPSMG00000024981) TUBE1 (ENSPSMG00000025000) FAM229B (ENSPSMG00000025004) LAMA4 (ENSPSMG00000025055) ENSPSMG00000025088 MARCKS (ENSPSMG00000025094) ENSPSMG00000025097 HDAC2 (ENSPSMG00000025136) HS3ST5 (ENSPSMG00000025147) FRK (ENSPSMG00000025161) NT5DC1 (ENSPSMG00000025168) ENSPSMG00000025170 TSPYL4 (ENSPSMG00000025171) ENSPSMG00000025176 ENSPSMG00000025178 DSE (ENSPSMG00000025197) ##22 CALHM6 (ENSPSMG00000025201) TRAPPC3L (ENSPSMG00000025203) CALHM5 (ENSPSMG00000025204) CALHM4 (ENSPSMG00000025205) RWDD1 (ENSPSMG00000025211) ENSPSMG00000025216 ENSPSMG00000025223 RSPH4A (ENSPSMG00000025239) ZUP1 (ENSPSMG00000025258) KPNA5 (ENSPSMG00000025274) FAM162B (ENSPSMG00000025283) GPRC6A (ENSPSMG00000025285) RFX6 (ENSPSMG00000025293) Bushbaby MODERN SPECIES 117 FAM229B (ENSOGAG00000025096) ENSOGAG00000033832 ENSOGAG00000011203 LAMA4 (ENSOGAG00000011205) ENSOGAG00000031703 ENSOGAG00000025253 ENSOGAG00000028073 HDAC2 (ENSOGAG00000011016) HS3ST5 (ENSOGAG00000011023) FRK (ENSOGAG00000009140) NT5DC1 (ENSOGAG00000009142) COL10A1 (ENSOGAG00000024717) TSPYL4 (ENSOGAG00000031495) TSPYL1 (ENSOGAG00000001189) ENSOGAG00000025070 DSE (ENSOGAG00000001191) ##22 CALHM6 (ENSOGAG00000032372) TRAPPC3L (ENSOGAG00000014677) CALHM5 (ENSOGAG00000014679) CALHM4 (ENSOGAG00000014682) RWDD1 (ENSOGAG00000014683) ENSOGAG00000025916 ENSOGAG00000030595 RSPH4A (ENSOGAG00000011917) ZUP1 (ENSOGAG00000011921) KPNA5 (ENSOGAG00000011924) FAM162B (ENSOGAG00000011931) GPRC6A (ENSOGAG00000011933) RFX6 (ENSOGAG00000011937) VGLL2 (ENSOGAG00000031570) ROS1 (ENSOGAG00000005027) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Tarsier MODERN SPECIES 3809 FRK (ENSTSYG00000006421) ENSTSYG00000012714 COL10A1 (ENSTSYG00000035031) DSE (ENSTSYG00000009566) ##22 FAM26F (ENSTSYG00000036009) TRAPPC3L (ENSTSYG00000006716) FAM26E (ENSTSYG00000006740) FAM26D (ENSTSYG00000006743) RWDD1 (ENSTSYG00000008636) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00910000147939 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000155676.q ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00910000147939 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000154281.m.b.a.a.a.a ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00910000147939 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000154281.m.b.a.a.a.a ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00910000147939 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000154281.m.b.a.a.a.a ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00910000147939 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000154281.m.b.a.a.a.a ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00910000147939 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00860000136122 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Olive baboon MODERN SPECIES 16 LAMA4 (ENSPANG00000012999) ENSPANG00000032439 ENSPANG00000040680 ENSPANG00000049180 MARCKS (ENSPANG00000023060) HDAC2 (ENSPANG00000004969) HS3ST5 (ENSPANG00000020863) ENSPANG00000039146 ENSPANG00000045691 FRK (ENSPANG00000015735) COL10A1 (ENSPANG00000022055) NT5DC1 (ENSPANG00000024103) TSPYL4 (ENSPANG00000035333) TSPYL1 (ENSPANG00000007994) ENSPANG00000044294 DSE (ENSPANG00000000826) ##22 ENSPANG00000044624 CALHM6 (ENSPANG00000038049) CALHM5 (ENSPANG00000006250) TRAPPC3L (ENSPANG00000024071) CALHM4 (ENSPANG00000013290) RWDD1 (ENSPANG00000008148) RSPH4A (ENSPANG00000006886) ZUP1 (ENSPANG00000021725) KPNA5 (ENSPANG00000008670) FAM162B (ENSPANG00000022513) GPRC6A (ENSPANG00000024072) RFX6 (ENSPANG00000008240) VGLL2 (ENSPANG00000016788) ROS1 (ENSPANG00000022514) ENSPANG00000049743 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000154281.m.b.a.a.a.a ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00910000147939 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00860000136122 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Sooty mangabey MODERN SPECIES 590 CCN6 (ENSCATG00000028548) TUBE1 (ENSCATG00000036781) FAM229B (ENSCATG00000033467) LAMA4 (ENSCATG00000035013) ENSCATG00000002853 ENSCATG00000033527 ENSCATG00000023134 MARCKS (ENSCATG00000009912) HDAC2 (ENSCATG00000042591) HS3ST5 (ENSCATG00000028503) FRK (ENSCATG00000039585) NT5DC1 (ENSCATG00000021794) COL10A1 (ENSCATG00000019945) TSPYL4 (ENSCATG00000041203) ENSCATG00000043899 DSE (ENSCATG00000039900) ##22 CALHM6 (ENSCATG00000041474) TRAPPC3L (ENSCATG00000039208) CALHM5 (ENSCATG00000013734) CALHM4 (ENSCATG00000022187) RWDD1 (ENSCATG00000030010) RSPH4A (ENSCATG00000031193) ZUP1 (ENSCATG00000042362) KPNA5 (ENSCATG00000034707) FAM162B (ENSCATG00000031733) GPRC6A (ENSCATG00000038791) RFX6 (ENSCATG00000034545) VGLL2 (ENSCATG00000038510) ROS1 (ENSCATG00000021312) ENSCATG00000022159 DCBLD1 (ENSCATG00000033783) Drill MODERN SPECIES 1413 NT5DC1 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ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 342 FRK (ENSMNEG00000042618) NT5DC1 (ENSMNEG00000029093) COL10A1 (ENSMNEG00000021680) TSPYL4 (ENSMNEG00000028445) ENSMNEG00000031556 DSE (ENSMNEG00000028181) ##22 CALHM6 (ENSMNEG00000044903) TRAPPC3L (ENSMNEG00000045331) CALHM5 (ENSMNEG00000044741) CALHM4 (ENSMNEG00000029150) RWDD1 (ENSMNEG00000045094) RSPH4A (ENSMNEG00000038377) ZUP1 (ENSMNEG00000031978) KPNA5 (ENSMNEG00000033544) FAM162B (ENSMNEG00000032267) GPRC6A (ENSMNEG00000035336) RFX6 (ENSMNEG00000037412) VGLL2 (ENSMNEG00000034485) ROS1 (ENSMNEG00000044781) DCBLD1 (ENSMNEG00000045089) GOPC (ENSMNEG00000041231) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00960000190362.E.b ENSGT00950000183105.A.m.a.r.j.a ENSGT00390000012138.a.a.j.b ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Rhesus MODERN SPECIES 14 FAM229B (ENSMMUG00000052965) ENSMMUG00000061978 LAMA4 (ENSMMUG00000013782) ENSMMUG00000061031 ENSMMUG00000001200 MARCKS (ENSMMUG00000008934) HDAC2 (ENSMMUG00000008937) HS3ST5 (ENSMMUG00000050295) ENSMMUG00000057271 FRK (ENSMMUG00000014635) NT5DC1 (ENSMMUG00000014638) COL10A1 (ENSMMUG00000063074) TSPYL4 (ENSMMUG00000014643) ENSMMUG00000054037 TSPYL1 (ENSMMUG00000061148) DSE (ENSMMUG00000007409) ##22 TRAPPC3L (ENSMMUG00000007413) CALHM5 (ENSMMUG00000007412) CALHM4 (ENSMMUG00000007414) RWDD1 (ENSMMUG00000007415) RSPH4A (ENSMMUG00000001805) ZUP1 (ENSMMUG00000001806) KPNA5 (ENSMMUG00000048955) FAM162B (ENSMMUG00000050688) GPRC6A (ENSMMUG00000003072) RFX6 (ENSMMUG00000017189) VGLL2 (ENSMMUG00000023737) ROS1 (ENSMMUG00000023738) DCBLD1 (ENSMMUG00000017558) NUS1 (ENSMMUG00000059327) ENSMMUG00000053187 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 14 TUBE1 (ENSMFAG00000043188) FAM229B (ENSMFAG00000045226) ENSMFAG00000056511 LAMA4 (ENSMFAG00000037073) ENSMFAG00000064818 ENSMFAG00000031632 ENSMFAG00000018794 ENSMFAG00000052224 HDAC2 (ENSMFAG00000040542) HS3ST5 (ENSMFAG00000061930) ENSMFAG00000063529 ENSMFAG00000047737 FRK (ENSMFAG00000000665) NT5DC1 (ENSMFAG00000038038) COL10A1 (ENSMFAG00000038014) DSE (ENSMFAG00000033289) ##22 CALHM6 (ENSMFAG00000041853) TRAPPC3L (ENSMFAG00000055248) CALHM5 (ENSMFAG00000052041) ENSMFAG00000033309 RWDD1 (ENSMFAG00000042598) RSPH4A 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SPECIES 4 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000163194 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00910000148903 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ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000155676.q ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.eb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000155676.q ENSGT00940000170327 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.eb ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Capuchin MODERN SPECIES 11 ENSCCAG00000001468 FRK (ENSCCAG00000025087) COL10A1 (ENSCCAG00000032758) NT5DC1 (ENSCCAG00000024638) EIF3H (ENSCCAG00000033678) DSE (ENSCCAG00000030876) ##22 CALHM6 (ENSCCAG00000029008) CALHM5 (ENSCCAG00000021913) TRAPPC3L (ENSCCAG00000035786) CALHM4 (ENSCCAG00000029702) RWDD1 (ENSCCAG00000027935) RSPH4A (ENSCCAG00000007275) ZUP1 (ENSCCAG00000025061) KPNA5 (ENSCCAG00000022746) FAM162B (ENSCCAG00000031118) GPRC6A (ENSCCAG00000030003) RFX6 (ENSCCAG00000019715) VGLL2 (ENSCCAG00000028036) ROS1 (ENSCCAG00000033956) ENSCCAG00000027081 DCBLD1 (ENSCCAG00000025349) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 145 ENSSBOG00000027906 ENSSBOG00000027531 ENSSBOG00000036394 ENSSBOG00000026123 HS3ST5 (ENSSBOG00000025511) ENSSBOG00000025026 FRK (ENSSBOG00000024353) COL10A1 (ENSSBOG00000022558) ENSSBOG00000022050 ENSSBOG00000020743 ENSSBOG00000020332 DSE (ENSSBOG00000019590) ##22 CALHM6 (ENSSBOG00000018753) CALHM5 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160 ENSCGRG00001012299 ENSCGRG00001014335 Ccn6 (ENSCGRG00001011722) Tube1 (ENSCGRG00001012631) Fam229b (ENSCGRG00001012149) Lama4 (ENSCGRG00001023009) Marcks (ENSCGRG00001020371) Hdac2 (ENSCGRG00001016612) Hs3st5 (ENSCGRG00001015101) ENSCGRG00001014662 Frk (ENSCGRG00001012098) Col10a1 (ENSCGRG00001011438) Nt5dc1 (ENSCGRG00001019057) Tspyl4 (ENSCGRG00001015452) Tspyl1 (ENSCGRG00001016055) Dse (ENSCGRG00001016755) ##22 Calhm6 (ENSCGRG00001016166) Calhm5 (ENSCGRG00001015860) Trappc3l (ENSCGRG00001001357) Calhm4 (ENSCGRG00001000585) Rwdd1 (ENSCGRG00001000262) ENSCGRG00001022958 ENSCGRG00001022688 Rsph4a (ENSCGRG00001022255) Zup1 (ENSCGRG00001019649) ENSCGRG00001017023 Fam162b (ENSCGRG00001013690) Gprc6a (ENSCGRG00001019351) Rfx6 (ENSCGRG00001013519) ENSCGRG00001016423 Vgll2 (ENSCGRG00001012605) Golden Hamster MODERN SPECIES 655 ENSMAUG00000019138 Fyn (ENSMAUG00000008178) Ccn6 (ENSMAUG00000021485) Tube1 (ENSMAUG00000008915) Fam229b (ENSMAUG00000019053) Lama4 (ENSMAUG00000008791) Marcks 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ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 121 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 233 CCN6 (ENSCLAG00000000109) TUBE1 (ENSCLAG00000000067) FAM229B (ENSCLAG00000000365) LAMA4 (ENSCLAG00000000130) ENSCLAG00000000080 ENSCLAG00000000058 ENSCLAG00000017382 ENSCLAG00000000824 HDAC2 (ENSCLAG00000000749) ENSCLAG00000000682 HS3ST5 (ENSCLAG00000000666) FRK (ENSCLAG00000000628) ENSCLAG00000000565 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##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772.w ENSGT00940000156772.x ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 230 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772.w Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 641 FRK (ENSUPAG00010000456) ENSUPAG00010000440 NT5DC1 (ENSUPAG00010000422) TSPYL4 (ENSUPAG00010000416) DSE (ENSUPAG00010000398) ##22 CALHM6 (ENSUPAG00010000391) CALHM5 (ENSUPAG00010000386) TRAPPC3L (ENSUPAG00010000373) CALHM4 (ENSUPAG00010000356) RWDD1 (ENSUPAG00010000317) 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Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000161944 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000163953 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a.m ENSGT01030000234610.a.a.n ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00940000160861.a ENSGT00390000009168 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000063320.B.eb ENSGT00530000063320.B.db ENSGT00940000156226 ENSGT00940000161944 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000163953 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a.m ENSGT01030000234610.a.a.n ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00940000160861.a ENSGT00390000009168 ENSGT00500000044869.a.a ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 koala MODERN SPECIES 216 FRK (ENSPCIG00000008683) NT5DC1 (ENSPCIG00000008684) ENSPCIG00000034146 DSE (ENSPCIG00000008687) ##22 ENSPCIG00000008688 ENSPCIG00000008689 ENSPCIG00000008693 TRAPPC3L (ENSPCIG00000008694) CALHM5 (ENSPCIG00000031293) CALHM4 (ENSPCIG00000008698) ENSPCIG00000023060 ENSPCIG00000023063 RSPH4A (ENSPCIG00000023064) ZUP1 (ENSPCIG00000023066) KPNA5 (ENSPCIG00000023067) ENSPCIG00000009100 RFX6 (ENSPCIG00000023071) ENSPCIG00000031623 DCBLD1 (ENSPCIG00000023078) Common wonbat MODERN SPECIES 426 REV3L (ENSVURG00010022785) 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ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00940000157797 ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 Aves ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000164855 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119.a ENSGT00940000160119.b ENSGT00940000155723 ENSGT00940000159970 ENSGT00960000189563 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b 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ENSGT00960000189563 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000164855 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119.b ENSGT00940000155723 ENSGT00940000159970 ENSGT00960000189563 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Duck DUPLICATION Duck MODERN SPECIES 21 ENSAPLG00000028742 ENSAPLG00000018317 ENSAPLG00000025315 ENSAPLG00000015277 FYN (ENSAPLG00000014917) CCN6 (ENSAPLG00000014838) TUBE1 (ENSAPLG00000014557) LAMA4 (ENSAPLG00000013937) ENSAPLG00000021734 MARCKS (ENSAPLG00000030242) HDAC2 (ENSAPLG00000006926) HS3ST5 (ENSAPLG00000006908) FRK (ENSAPLG00000009906) ENSAPLG00000010244 NT5DC1 (ENSAPLG00000010010) ENSAPLG00000010250 ##22 CALHM6 (ENSAPLG00000010323) ENSAPLG00000030127 ##22 TRAPPC3L (ENSAPLG00000010373) CALHM4 (ENSAPLG00000010403) RWDD1 (ENSAPLG00000010404) ENSAPLG00000004407 ZUP1 (ENSAPLG00000004367) KPNA5 (ENSAPLG00000003395) FAM162B (ENSAPLG00000025053) ENSAPLG00000003079 ENSAPLG00000024644 RFX6 (ENSAPLG00000002929) VGLL2 (ENSAPLG00000027398) ROS1 (ENSAPLG00000002159) DCBLD1 (ENSAPLG00000001269) Duck MODERN SPECIES 21 ENSAPLG00000000593 GOPC (ENSAPLG00000000612) DCBLD1 (ENSAPLG00000001269) ROS1 (ENSAPLG00000002159) VGLL2 (ENSAPLG00000027398) RFX6 (ENSAPLG00000002929) ENSAPLG00000024644 ENSAPLG00000003079 FAM162B (ENSAPLG00000025053) KPNA5 (ENSAPLG00000003395) ZUP1 (ENSAPLG00000004367) ENSAPLG00000004407 RWDD1 (ENSAPLG00000010404) CALHM4 (ENSAPLG00000010403) TRAPPC3L (ENSAPLG00000010373) ENSAPLG00000030127 ##22 CALHM6 (ENSAPLG00000010323) ENSAPLG00000010250 ##22 NT5DC1 (ENSAPLG00000010010) ENSAPLG00000010244 FRK (ENSAPLG00000009906) HS3ST5 (ENSAPLG00000006908) HDAC2 (ENSAPLG00000006926) MARCKS (ENSAPLG00000030242) ENSAPLG00000021734 LAMA4 (ENSAPLG00000013937) TUBE1 (ENSAPLG00000014557) CCN6 (ENSAPLG00000014838) FYN (ENSAPLG00000014917) ENSAPLG00000015277 ENSAPLG00000025315 Pink-footed goose MODERN SPECIES 43 RPF2 (ENSABRG00000000989) SLC16A10 (ENSABRG00000000975) MFSD4B (ENSABRG00000000920) REV3L (ENSABRG00000000848) ENSABRG00000000776 FYN (ENSABRG00000000747) CCN6 (ENSABRG00000000698) TUBE1 (ENSABRG00000000661) LAMA4 (ENSABRG00000000629) MARCKS (ENSABRG00000000577) HDAC2 (ENSABRG00000000551) HS3ST5 (ENSABRG00000000532) FRK (ENSABRG00000000463) ENSABRG00000000444 NT5DC1 (ENSABRG00000000333) DSE (ENSABRG00000000313) ##22 CALHM6 (ENSABRG00000000306) CALHM5 (ENSABRG00000000291) TRAPPC3L (ENSABRG00000000277) CALHM4 (ENSABRG00000000249) RWDD1 (ENSABRG00000000238) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157966.a ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000164855 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119.a ENSGT00940000160119.b ENSGT00940000155723.g ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000163953 ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT01030000234610.a.a ENSGT01030000234610.a.b ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168 ENSGT00940000156772 ENSGT00390000008232 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 Japanese quail MODERN SPECIES 21 SLC16A10 (ENSCJPG00005009241) MFSD4B (ENSCJPG00005009240) REV3L (ENSCJPG00005009239) ENSCJPG00005009238 FYN (ENSCJPG00005009237) CCN6 (ENSCJPG00005009235) TUBE1 (ENSCJPG00005009234) LAMA4 (ENSCJPG00005009233) MARCKS (ENSCJPG00005009226) ENSCJPG00005009224 HDAC2 (ENSCJPG00005009223) HS3ST5 (ENSCJPG00005009222) FRK (ENSCJPG00005009218) ENSCJPG00005009217 NT5DC1 (ENSCJPG00005009216) DSE (ENSCJPG00005009215) ##22 CALHM6 (ENSCJPG00005009214) CALHM5 (ENSCJPG00005009213) TRAPPC3L (ENSCJPG00005009212) CALHM4 (ENSCJPG00005009211) RWDD1 (ENSCJPG00005009210) ENSCJPG00005009209 ENSCJPG00005009208 ZUP1 (ENSCJPG00005009207) FAM162B (ENSCJPG00005009206) KPNA5 (ENSCJPG00005009205) GPRC6A (ENSCJPG00005009204) RFX6 (ENSCJPG00005009203) VGLL2 (ENSCJPG00005009201) ENSCJPG00005009200 ROS1 (ENSCJPG00005009199) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 2 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(ENSLLEG00000014981) ENSLLEG00000014949 FAM162B (ENSLLEG00000014905) GPRC6A (ENSLLEG00000014835) ENSLLEG00000014772 ENSLLEG00000014686 ENSLLEG00000014658 ENSLLEG00000014601 Coelacanth MODERN SPECIES 2078 DSE (ENSLACG00000008481) ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000164855 ENSGT00940000159402 ENSGT00940000160000 ENSGT00940000170463 ENSGT00940000164609 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000160189 ENSGT00940000163438 ENSGT01100000263543.c ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000167916 ENSGT01090000260070.D ENSGT01030000235133 ENSGT00620000088063 Reedfish MODERN SPECIES 11 mfsd4b (ENSECRG00000006286) REV3L (ENSECRG00000006193) ENSECRG00000006164 ENSECRG00000006110 fynb (ENSECRG00000006091) ccn6 (ENSECRG00000005939) tube1 (ENSECRG00000005898) LAMA4 (ENSECRG00000004788) marcksa (ENSECRG00000004573) HDAC2 (ENSECRG00000004542) HS3ST5 (ENSECRG00000004527) FRK (ENSECRG00000004132) ENSECRG00000004061 col10a1a (ENSECRG00000004051) nt5dc1 (ENSECRG00000003803) dse (ENSECRG00000003776) ##22 NDUFAF4 (ENSECRG00000003771) GPR63 (ENSECRG00000003767) fhl5 (ENSECRG00000003760) ufl1 (ENSECRG00000003751) fut9a (ENSECRG00000003744) manea (ENSECRG00000003736) EPHA7 (ENSECRG00000003713) ENSECRG00000003696 ENSECRG00000003692 map3k7 (ENSECRG00000003677) BACH2 (ENSECRG00000003666) ankrd6b (ENSECRG00000003656) rragd (ENSECRG00000003644) ube2j1 (ENSECRG00000003639) gabrr2a (ENSECRG00000003631) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000170463 ENSGT00940000164609 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000164843.b ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000160189 ENSGT01100000263543.c ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000167916 ENSGT01090000260070.D ENSGT01030000235133 ENSGT00620000088063 Spotted gar MODERN SPECIES 647 REV3L (ENSLOCG00000016989) ENSLOCG00000016988 ENSLOCG00000018016 fynb (ENSLOCG00000016987) ENSLOCG00000016985 ccn6 (ENSLOCG00000016984) tube1 (ENSLOCG00000016981) LAMA4 (ENSLOCG00000016979) marcksa (ENSLOCG00000016978) HDAC2 (ENSLOCG00000016977) HS3ST5 (ENSLOCG00000016976) FRK (ENSLOCG00000016973) ENSLOCG00000016972 col10a1a (ENSLOCG00000016970) nt5dc1 (ENSLOCG00000016969) dse (ENSLOCG00000016968) ##22 ENSLOCG00000018015 ENSLOCG00000016967 GPR63 (ENSLOCG00000016966) ENSLOCG00000016965 fhl5 (ENSLOCG00000016962) ufl1 (ENSLOCG00000016960) FUT9 (ENSLOCG00000018014) manea (ENSLOCG00000016959) EPHA7 (ENSLOCG00000016956) ENSLOCG00000016955 map3k7 (ENSLOCG00000016953) BACH2 (ENSLOCG00000016952) gja10a (ENSLOCG00000016951) casp8ap2 (ENSLOCG00000016949) ENSLOCG00000016948 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164609 ENSGT00940000155462.`b.a ENSGT00940000166133 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.b ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000159970 ENSGT00730000111419.a ENSGT00990000210177 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095.j ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00940000155887.a ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00940000167916 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT01030000235133 ENSGT00620000088063 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000007279 ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000155462.`b.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424 ENSGT00730000111419.a ENSGT00990000210177 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095.j ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a.s ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000158591.f Asian bonytongue MODERN SPECIES slc16a10 (ENSSFOG00015020930) mfsd4b (ENSSFOG00015020952) REV3L (ENSSFOG00015020961) FYN (ENSSFOG00015021008) ENSSFOG00015024953 ccn6 (ENSSFOG00015021113) tube1 (ENSSFOG00015021118) lama4 (ENSSFOG00015021131) marcksa (ENSSFOG00015031065) ENSSFOG00015029402 HDAC2 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ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 177 ENSGT00940000170463 ENSGT00940000164609.a ENSGT00940000166133 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.b ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT01030000234896 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095.j ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT01090000260070.D.a ENSGT01030000235133.d.b ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000165360 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156652 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 206 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT01030000234896 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095.j ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT01090000260070.D.a ENSGT01030000235133.d.b ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d Atlantic herring MODERN SPECIES 6 rpf2 (ENSCHAG00000016229) slc16a10 (ENSCHAG00000016384) mfsd4b (ENSCHAG00000016397) REV3L (ENSCHAG00000016422) ENSCHAG00000016494 fynb (ENSCHAG00000016571) HDAC2 (ENSCHAG00000018215) marcksa (ENSCHAG00000018501) lama4 (ENSCHAG00000018566) tube1 (ENSCHAG00000020558) ccn6 (ENSCHAG00000020693) HS3ST5 (ENSCHAG00000020819) FRK (ENSCHAG00000020829) nt5dc1 (ENSCHAG00000020849) COL10A1 (ENSCHAG00000021020) dse (ENSCHAG00000021023) ##22 NDUFAF4 (ENSCHAG00000021029) GPR63 (ENSCHAG00000021032) ufl1 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ENSDCDG00000021045 epha7 (ENSDCDG00000019788) map3k7 (ENSDCDG00000019660) BACH2 (ENSDCDG00000019646) GJA10 (ENSDCDG00000019642) ENSDCDG00000019640 casp8ap2 (ENSDCDG00000023769) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000156226 ENSGT00940000170463 ENSGT00940000164609.a ENSGT00940000166133 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.b ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095.j Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 145 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000170463 ENSGT00940000164609.a ENSGT00940000166133 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095.j Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 97 ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000164609.a ENSGT00940000166133 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000155095.j Characoidei ANCESTRAL SPECIES 89 ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000164609.a ENSGT00940000166133 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 1680 dse (ENSPNAG00000023021) ##22 NDUFAF4 (ENSPNAG00000023040) GPR63 (ENSPNAG00000023053) ufl1 (ENSPNAG00000023127) Mexicana tetra MODERN SPECIES 18 fynb (ENSAMXG00000014156) si:dkey-119m7.4 (ENSAMXG00000033550) ccn6 (ENSAMXG00000042271) tube1 (ENSAMXG00000014226) ENSAMXG00000030992 lama4 (ENSAMXG00000014261) marcksa (ENSAMXG00000034538) ENSAMXG00000032323 HDAC2 (ENSAMXG00000014325) HS3ST5 (ENSAMXG00000014338) FRK (ENSAMXG00000041389) FRK (ENSAMXG00000034064) ENSAMXG00000032943 ENSAMXG00000035187 nt5dc1 (ENSAMXG00000003910) dse (ENSAMXG00000003932) ##22 ENSAMXG00000044045 GPR63 (ENSAMXG00000025575) ufl1 (ENSAMXG00000031423) ercc6l (ENSAMXG00000004780) ENSAMXG00000004781 rnf128a (ENSAMXG00000004783) tbc1d8b (ENSAMXG00000004784) gja2 (ENSAMXG00000004785) gjb1a (ENSAMXG00000033103) mtmr2 (ENSAMXG00000004788) fam76b (ENSAMXG00000038899) cwc15 (ENSAMXG00000007538) acsl4b (ENSAMXG00000007542) stag2a 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ENSIPUG00000001755 ENSIPUG00000001759 ENSIPUG00000001762 ENSIPUG00000001773 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 202 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000165424.a.a ENSGT00940000155723 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 924 ENSGT00940000166832.a ENSGT00940000164115.C.a.a.a ENSGT00940000156987.d ENSGT00940000155676.h ENSGT00940000154317.a.b.b.a ENSGT00390000006522.b.i ##22 Goldfish MODERN SPECIES 39 CDK19 (ENSCARG00000056233) ENSCARG00000056325 amd1 (ENSCARG00000056360) ppil4 (ENSCARG00000056648) map3k5 (ENSCARG00000057161) ENSCARG00000057574 nrl (ENSCARG00000057581) ENSCARG00000057593 ENSCARG00000057602 smyd2b (ENSCARG00000057617) ENSCARG00000057741 FRK (ENSCARG00000057792) nt5dc1 (ENSCARG00000057982) COL10A1 (ENSCARG00000058052) ENSCARG00000058062 dse (ENSCARG00000058071) ##22 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ENSSGRG00000053015 ccn6 (ENSSGRG00000053016) TUBE1 (ENSSGRG00000053017) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 259 ENSGT01060000248564.a.a.a.a.h.a.a ENSGT00950000182856.a.b.b.c ENSGT00530000063775.a.a.d ENSGT00390000013856 ENSGT00530000063503.a.b.g.a.b ENSGT00940000156078.d.b ENSGT00940000155724.r.c ENSGT00940000166379.d ENSGT00940000165510 ENSGT00940000156560.h ENSGT00940000154790.a.a.b.g.a ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987.c ENSGT00940000155676.g ENSGT00940000154317.a.b.b.b ENSGT00390000006522.b.j ##22 ENSGT00390000002112.a ENSGT00950000183001.a.b.a.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000155462.`b.b.a ENSGT00940000164843.b.g.b ENSGT00940000155462.`b.b.b ENSGT00940000164843.b.g.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.a.a.a.a ENSGT00730000111419.a.c ENSGT00390000006395 ENSGT00390000001588 ENSGT00940000155656.w ENSGT00940000164935.b.k.a Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 345 ENSGT00950000182856.a.b.b.c ENSGT00530000063775.a.a.d ENSGT00390000013856 ENSGT00530000063503.a.b.g.a.b ENSGT00940000156078.d.b ENSGT00940000155724.r.c ENSGT00940000166379.d ENSGT00940000165510 ENSGT00940000156560.h.a ENSGT00940000154790.a.a.b.g.a ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987.c ENSGT00940000155676.g ENSGT00940000154317.a.b.b.b ENSGT00940000155676.h ENSGT00390000006522.b.j ##22 ENSGT00390000002112.a ENSGT00950000183001.a.b.a.a ENSGT00390000001627.o ENSGT00940000155462.`b.b.a ENSGT00940000164843.b.g.b Common carp reference MODERN SPECIES 34 nt5e (ENSCCRG00000022848) ENSCCRG00000033059 myo6a (ENSCCRG00000022500) SENP6 (ENSCCRG00000065270) nrl (ENSCCRG00000002835) ENSCCRG00000054712 kcnk2b (ENSCCRG00000057872) ENSCCRG00000053911 ENSCCRG00000080108 ENSCCRG00000056967 ENSCCRG00000059646 ENSCCRG00000070369 ENSCCRG00000040581 COL10A1 (ENSCCRG00000074688) ENSCCRG00000073500 ENSCCRG00000027697 ##22 ufl1 (ENSCCRG00000079835) GPR63 (ENSCCRG00000015550) NDUFAF4 (ENSCCRG00000015546) fynb (ENSCCRG00000015327) ENSCCRG00000015289 ccn6 (ENSCCRG00000003023) tube1 (ENSCCRG00000037750) lama4 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ENSGT00940000156864.d.a ENSGT00940000158591.g.a.d Atlantic salmon MODERN SPECIES 25 ENSSSAG00000116387 fynb (ENSSSAG00000064455) ENSSSAG00000097403 ENSSSAG00000064350 wisp3 (ENSSSAG00000064347) tube1 (ENSSSAG00000064333) ENSSSAG00000055127 ENSSSAG00000095441 MARCS (ENSSSAG00000054925) hdac2 (ENSSSAG00000054858) ENSSSAG00000054837 HS3ST5 (ENSSSAG00000098424) FRK (ENSSSAG00000054820) COL10A1 (ENSSSAG00000067854) NT5DC1 (ENSSSAG00000054551) ENSSSAG00000054520 ##22 NDUFAF4 (ENSSSAG00000105786) GPR63 (ENSSSAG00000054512) ufl1 (ENSSSAG00000054425) FUT9 (ENSSSAG00000104394) epha7 (ENSSSAG00000053507) ENSSSAG00000118879 map3k7 (ENSSSAG00000042466) BACH2 (ENSSSAG00000042426) GJA10 (ENSSSAG00000042422) ENSSSAG00000101584 MDN1 (ENSSSAG00000040753) ANKRD6 (ENSSSAG00000039729) ube2j1 (ENSSSAG00000039558) gabrr2 (ENSSSAG00000039249) gabrr1 (ENSSSAG00000009452) River trout MODERN SPECIES REV3L (ENSSTUG00000036803) ENSSTUG00000037565 fynb (ENSSTUG00000037621) ENSSTUG00000038930 ccn6 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ENSGT00940000158991.a ENSGT00940000156987.i.a ENSGT00940000154317.a.b.b.f ENSGT00940000155676.b ENSGT00390000006522.b.k ##22 ENSGT00390000001627.k ENSGT00950000183001.a.b.a.c ENSGT00390000002112.e ENSGT00940000155095.j ENSGT00940000167164.g ENSGT00940000157785.f.a ENSGT00940000158228.a.q ENSGT01090000260070.D.a.c ENSGT00620000088063.i.a ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b.c ENSGT00940000156652.p ENSGT00940000156864.d.a ENSGT00940000158591.g.a.d ENSGT00390000003365.a Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156226.r.a ENSGT00940000164609.a ENSGT00940000155462.`b.b.c.b ENSGT00940000164843.b.e.b ENSGT00940000160119.n ENSGT00940000155723.o ENSGT00940000165424.b.a ENSGT00730000111419.a.a ENSGT00990000210177.a ENSGT00940000155725 ENSGT00940000163852.c.a.b.b.a.b ENSGT00940000158991.a ENSGT00940000156987.i.a ENSGT00940000154317.a.b.b.f ENSGT00940000155676.b ENSGT00390000006522.b.k ##22 ENSGT00390000001627.k ENSGT00950000183001.a.b.a.c ENSGT00390000002112.e ENSGT00940000155095.j ENSGT00940000167164.g ENSGT00940000157785.f.a ENSGT00940000158228.a.q ENSGT01090000260070.D.a.c ENSGT00620000088063.i.a ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b.c ENSGT00940000156652.p ENSGT00940000156864.d.a ENSGT00940000158591.g.a.d ENSGT00390000003365.a Chinook salmon MODERN SPECIES 9 REV3L (ENSOTSG00005016492) ENSOTSG00005016476 fynb (ENSOTSG00005016411) ENSOTSG00005016408 ccn6 (ENSOTSG00005016407) TUBE1 (ENSOTSG00005016405) ENSOTSG00005014712 marcksa (ENSOTSG00005031499) ENSOTSG00005031498 HDAC2 (ENSOTSG00005031434) ENSOTSG00005031430 HS3ST5 (ENSOTSG00005031429) FRK (ENSOTSG00005031428) COL10A1 (ENSOTSG00005031427) nt5dc1 (ENSOTSG00005031425) dse (ENSOTSG00005031424) ##22 NDUFAF4 (ENSOTSG00005031423) GPR63 (ENSOTSG00005031422) ufl1 (ENSOTSG00005031418) FUT9 (ENSOTSG00005031416) epha7 (ENSOTSG00005026547) MAP3K7 (ENSOTSG00005022541) BACH2 (ENSOTSG00005022536) GJA10 (ENSOTSG00005022534) ENSOTSG00005022532 LYRM2 (ENSOTSG00005022523) ankrd6b (ENSOTSG00005022484) ube2j1 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Rainbow trout MODERN SPECIES 29 SLC16A10 (ENSOMYG00000043735) MFSD4B (ENSOMYG00000043723) REV3L (ENSOMYG00000043668) ENSOMYG00000061277 FYN (ENSOMYG00000043614) ENSOMYG00000043586 ENSOMYG00000043576 ENSOMYG00000058404 ENSOMYG00000041714 MARCKS (ENSOMYG00000041542) HS3ST5 (ENSOMYG00000041534) FRK (ENSOMYG00000041527) COL10A1 (ENSOMYG00000041520) NT5DC1 (ENSOMYG00000041488) ENSOMYG00000056638 ENSOMYG00000041480 ##22 NDUFAF4 (ENSOMYG00000041476) GPR63 (ENSOMYG00000041471) ufl1 (ENSOMYG00000041405) epha7 (ENSOMYG00000038386) map3k7 (ENSOMYG00000034262) BACH2 (ENSOMYG00000033945) GJA10 (ENSOMYG00000033942) casp8ap2 (ENSOMYG00000033939) ENSOMYG00000033931 ANKRD6 (ENSOMYG00000033879) ube2j1 (ENSOMYG00000033801) GABRR2 (ENSOMYG00000033767) gabrr1 (ENSOMYG00000033634) pnrc1 (ENSOMYG00000033629) ENSOMYG00000056689 Huchen MODERN SPECIES 68 slc16a10 (ENSHHUG00000026380) mfsd4b (ENSHHUG00000026392) REV3L (ENSHHUG00000026399) ENSHHUG00000026411 fynb (ENSHHUG00000026432) ENSHHUG00000028089 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ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000155723 Lumpfish MODERN SPECIES 16 igf2r (ENSCLMG00005003732) ENSCLMG00005012636 ttll2 (ENSCLMG00005012637) GPR31 (ENSCLMG00005012642) ENSCLMG00005012643 msraa (ENSCLMG00005012644) ift172 (ENSCLMG00005012648) cad (ENSCLMG00005012859) dnajc5ga (ENSCLMG00005017743) trim54 (ENSCLMG00005017749) uts1 (ENSCLMG00005017821) mpv17 (ENSCLMG00005017824) ENSCLMG00005017833 nt5dc1 (ENSCLMG00005017839) COL10A1 (ENSCLMG00005017840) dse (ENSCLMG00005017841) ##22 ENSCLMG00005017842 GPR63 (ENSCLMG00005017843) MDN1 (ENSCLMG00005017846) ENSCLMG00005017851 GJA10 (ENSCLMG00005017852) BACH2 (ENSCLMG00005017853) map3k7 (ENSCLMG00005017854) ENSCLMG00005017864 epha7 (ENSCLMG00005017869) ufl1 (ENSCLMG00005018328) lyrm2 (ENSCLMG00005018343) FRK (ENSCLMG00005018344) HS3ST5 (ENSCLMG00005018345) ENSCLMG00005018347 ENSCLMG00005018348 Stickleback MODERN SPECIES 18 slc22a2 (ENSGACG00000005916) slc22a2 (ENSGACG00000005924) igf2r (ENSGACG00000005960) ENSGACG00000005977 GPR31 (ENSGACG00000005987) msraa (ENSGACG00000005989) ift172 (ENSGACG00000006020) cad (ENSGACG00000006047) dnajc5ga (ENSGACG00000006091) trim54 (ENSGACG00000006098) uts1 (ENSGACG00000006113) mpv17 (ENSGACG00000006119) papola (ENSGACG00000006142) nt5dc1 (ENSGACG00000006155) COL10A1 (ENSGACG00000006168) dse (ENSGACG00000006171) ##22 ENSGACG00000006177 GPR63 (ENSGACG00000006185) MDN1 (ENSGACG00000006188) ENSGACG00000006239 GJA10 (ENSGACG00000006243) BACH2 (ENSGACG00000006245) map3k7 (ENSGACG00000006251) ENSGACG00000006261 epha7 (ENSGACG00000006268) ufl1 (ENSGACG00000006287) FRK (ENSGACG00000006319) HS3ST5 (ENSGACG00000006332) marcksa (ENSGACG00000006334) ENSGACG00000006336 ENSGACG00000006339 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000164609.a ENSGT00940000166133 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000167916 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000003365.a ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000164609.a ENSGT00940000166133 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00390000003365.a Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000180297 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.e ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676.f ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00390000003365.a Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000180297 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.e ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676.f ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a.c ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a.d ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000180297 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b 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ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000167916 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT01030000235133.a.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00900000141110 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00940000167177 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000167916 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT01030000235133.a.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000153635.B ENSGT00900000141110 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00940000167177 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000167916 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT01030000235133.a.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000158591.g.a Indian medaka MODERN SPECIES 22 vps18 (ENSOMEG00000003811) ino80 (ENSOMEG00000003791) chac1 (ENSOMEG00000003717) dll4 (ENSOMEG00000003701) fynb (ENSOMEG00000003649) ENSOMEG00000003626 ccn6 (ENSOMEG00000003611) tube1 (ENSOMEG00000003592) ENSOMEG00000003553 marcksa (ENSOMEG00000003511) HDAC2 (ENSOMEG00000003501) HS3ST5 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(ENSOJAG00000017271) ##22 ENSOJAG00000017266 GPR63 (ENSOJAG00000017255) ENSOJAG00000017232 ENSOJAG00000017103 ENSOJAG00000017079 epha7 (ENSOJAG00000014690) map3k7 (ENSOJAG00000014402) ENSOJAG00000014396 ENSOJAG00000014381 GJA10 (ENSOJAG00000014372) ENSOJAG00000014333 LYRM2 (ENSOJAG00000018070) ankrd6b (ENSOJAG00000018034) ENSOJAG00000018030 GABRR2 (ENSOJAG00000017969) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00900000141110 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00940000167177 ENSGT00940000155462.`b.b ENSGT00940000164843.a ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00950000182892.b.b ENSGT00940000158228.a ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000158591.g.a Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 16 ino80 (ENSORLG00000018028) chac1 (ENSORLG00000023085) dll4 (ENSORLG00000018020) fynb (ENSORLG00000018018) ENSORLG00000018016 ccn6 (ENSORLG00000018013) tube1 (ENSORLG00000018008) ENSORLG00000017997 marcksa (ENSORLG00000017991) ENSORLG00000026848 HDAC2 (ENSORLG00000017990) HS3ST5 (ENSORLG00000024718) FRK (ENSORLG00000017982) COL10A1 (ENSORLG00000027315) nt5dc1 (ENSORLG00000017979) dse (ENSORLG00000021842) ##22 NDUFAF4 (ENSORLG00000017975) GPR63 (ENSORLG00000017974) ufl1 (ENSORLG00000017971) epha7 (ENSORLG00000017959) map3k7 (ENSORLG00000017940) ENSORLG00000029360 BACH2 (ENSORLG00000017926) GJA10 (ENSORLG00000017923) casp8ap2 (ENSORLG00000017922) MDN1 (ENSORLG00000017913) LYRM2 (ENSORLG00000017896) ankrd6b (ENSORLG00000025812) ENSORLG00000017892 ube2j1 (ENSORLG00000017888) gabrr1 (ENSORLG00000017884) Chinese medaka MODERN SPECIES 242 FRK (ENSOSIG00000019135) COL10A1 (ENSOSIG00000019130) nt5dc1 (ENSOSIG00000019127) dse (ENSOSIG00000019126) ##22 ENSOSIG00000019124 GPR63 (ENSOSIG00000019121) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00940000156535 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 269 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 182 psmc6 (ENSKMAG00000003814) cgrrf1 (ENSKMAG00000003867) hsf2 (ENSKMAG00000003877) ENSKMAG00000003890 ENSKMAG00000003903 gja1b (ENSKMAG00000003917) ENSKMAG00000003928 ENSKMAG00000003945 mcm9 (ENSKMAG00000003963) ENSKMAG00000003993 gopc (ENSKMAG00000004021) nt5dc1 (ENSKMAG00000004061) COL10A1 (ENSKMAG00000004096) dse (ENSKMAG00000004110) ##22 ENSKMAG00000004134 ENSKMAG00000004145 GPR63 (ENSKMAG00000004155) ENSKMAG00000004182 ufl1 (ENSKMAG00000004199) Turquoise killifish MODERN SPECIES 52 DSE (ENSNFUG00015019504) ##22 ENSNFUG00015019507 NDUFAF4 (ENSNFUG00015019509) GPR63 (ENSNFUG00015019512) ufl1 (ENSNFUG00015019516) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 84 ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 387 ENSGT00940000156987.g ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 Mummichog MODERN SPECIES 605 FRK (ENSFHEG00000005504) COL10A1 (ENSFHEG00000005519) nt5dc1 (ENSFHEG00000005562) dse (ENSFHEG00000005600) ##22 NDUFAF4 (ENSFHEG00000000145) GPR63 (ENSFHEG00000005638) ufl1 (ENSFHEG00000005782) Sheepshead minnow MODERN SPECIES 1057 FRK (ENSCVAG00000006163) FRK (ENSCVAG00000006807) ENSCVAG00000006827 COL10A1 (ENSCVAG00000006836) nt5dc1 (ENSCVAG00000006946) dse (ENSCVAG00000006960) ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 Platyfish MODERN SPECIES 6 MDN1 (ENSXMAG00000014394) casp8ap2 (ENSXMAG00000014426) GJA10 (ENSXMAG00000014427) BACH2 (ENSXMAG00000028595) map3k7 (ENSXMAG00000004986) ENSXMAG00000022453 ENSXMAG00000023649 epha7 (ENSXMAG00000025190) ENSXMAG00000023935 ENSXMAG00000023207 ENSXMAG00000029228 nt5dc1 (ENSXMAG00000004762) COL10A1 (ENSXMAG00000004766) ENSXMAG00000028087 ENSXMAG00000024473 dse (ENSXMAG00000009005) ##22 GPR63 (ENSXMAG00000018550) ufl1 (ENSXMAG00000025685) Poecilia ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00940000158228.a ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 Guppy MODERN SPECIES 452 GABRR2 (ENSPREG00000001261) ankrd6b (ENSPREG00000001342) ENSPREG00000001352 LYRM2 (ENSPREG00000001357) MDN1 (ENSPREG00000001387) ENSPREG00000001435 casp8ap2 (ENSPREG00000001480) GJA10 (ENSPREG00000001496) BACH2 (ENSPREG00000001540) map3k7 (ENSPREG00000001558) ENSPREG00000001651 epha7 (ENSPREG00000001707) ENSPREG00000001860 nt5dc1 (ENSPREG00000001894) COL10A1 (ENSPREG00000001967) dse (ENSPREG00000001989) ##22 NDUFAF4 (ENSPREG00000002024) GPR63 (ENSPREG00000002036) ufl1 (ENSPREG00000002073) CD2AP (ENSPREG00000002184) tnfrsf21 (ENSPREG00000002219) ENSPREG00000002230 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 503 ENSGT00390000006522.b ##22 ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 Amazon molly DUPLICATION Amazon molly DUPLICATION Amazon molly MODERN SPECIES 964 dse (ENSPFOG00000022383) ##22 dse (ENSPFOG00000013729) ##22 ENSPFOG00000013704 ctns (ENSPFOG00000013618) GPR63 (ENSPFOG00000020929) ufl1 (ENSPFOG00000013460) Amazon molly MODERN SPECIES 964 dse (ENSPFOG00000022383) ##22 dse (ENSPFOG00000013729) ##22 ENSPFOG00000013704 ctns (ENSPFOG00000013618) GPR63 (ENSPFOG00000020929) ufl1 (ENSPFOG00000013460) Amazon molly MODERN SPECIES 1161 ENSPFOG00000024037 ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES 201 ENSGT00940000156949 ENSGT00940000154317 ENSGT00390000006522.b ##22 Hagfish MODERN SPECIES 1525 ENSEBUG00000005922 ENSEBUG00000011818 ENSEBUG00000016729 ENSEBUG00000015934 ENSEBUG00000015762 ENSEBUG00000017004 ENSEBUG00000014091 ENSEBUG00000015624 TMEM47 (ENSEBUG00000011164) ENSEBUG00000005107 ENSEBUG00000016389 ENSEBUG00000003499 ENSEBUG00000002436 ENSEBUG00000011862 ENSEBUG00000005718 dse (ENSEBUG00000004698) ##22 ENSEBUG00000012150 ENSEBUG00000003171 Lamprey MODERN SPECIES 4901 ENSPMAG00000005767 ##22 Ciona ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00390000000159.y ENSGT00940000168776 ENSGT00390000006522 #22 ENSGT00940000163377.c ENSGT00390000008502 ENSGT00390000009842 ENSGT00940000155646.r Ciona intestinalis MODERN SPECIES 7 ENSCING00000009017 ENSCING00000009016 ENSCING00000012460 ENSCING00000012461 ENSCING00000009015 ENSCING00000009013 ENSCING00000022973 ENSCING00000019058 ENSCING00000023943 ENSCING00000023794 ENSCING00000009019 ENSCING00000012443 ENSCING00000018656 ENSCING00000009023 smad6/7 (ENSCING00000009022) ENSCING00000009021 #22 ENSCING00000009859 ENSCING00000023609 ENSCING00000012449 ENSCING00000009020 ENSCING00000012450 ENSCING00000012452 ENSCING00000009025 ENSCING00000019502 ENSCING00000009024 ENSCING00000009032 ENSCING00000009028 ENSCING00000009026 ENSCING00000024144 ENSCING00000009034 ENSCING00000023099 Ciona savignyi MODERN SPECIES 2 ENSCSAVG00000011017 ENSCSAVG00000011025 ENSCSAVG00000011027 ENSCSAVG00000011028 ENSCSAVG00000011030 ENSCSAVG00000011032 ENSCSAVG00000011033 ENSCSAVG00000011034 ENSCSAVG00000011036 ENSCSAVG00000011037 ENSCSAVG00000011049 ENSCSAVG00000011051 ENSCSAVG00000011086 ENSCSAVG00000011087 ENSCSAVG00000011118 ENSCSAVG00000011122 #22 ENSCSAVG00000011124 ENSCSAVG00000011125 ENSCSAVG00000011127 ENSCSAVG00000011128 ENSCSAVG00000011129 ENSCSAVG00000011130 ENSCSAVG00000011131 ENSCSAVG00000011132 ENSCSAVG00000011133 ENSCSAVG00000011135 ENSCSAVG00000011147 ENSCSAVG00000011151 ENSCSAVG00000011159 ENSCSAVG00000011160 ENSCSAVG00000011163