Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064 #22 Theria DUPLICATION Theria DUPLICATION Theria DUPLICATION Theria DUPLICATION Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.a #22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.a #22 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 3 ENSMODG00000047195 #7 COL8A1 (ENSMODG00000046046) #8 ENSMODG00000048675 #9 FILIP1L (ENSMODG00000002287) #10 CMSS1 (ENSMODG00000002275) #11 ENSMODG00000002224 #12 TBC1D23 (ENSMODG00000002218) #13 NIT2 (ENSMODG00000002171) #14 TOMM70 (ENSMODG00000002158) #15 ENSMODG00000028846 #16 TMEM45A (ENSMODG00000025555) #17 ENSMODG00000002093 #18 TFG (ENSMODG00000002082) #19 ENSMODG00000002010 #20 IMPG2 (ENSMODG00000001983) #21 ENSMODG00000037791 #22 SENP7 (ENSMODG00000001964) #23 ENSMODG00000001947 #24 PCNP (ENSMODG00000001943) #25 ZBTB11 (ENSMODG00000001927) #26 RPL24 (ENSMODG00000001916) #27 CEP97 (ENSMODG00000001903) #28 NXPE3 (ENSMODG00000001891) #29 NFKBIZ (ENSMODG00000001888) #30 ENSMODG00000025182 #31 ZPLD1 (ENSMODG00000001877) #32 ENSMODG00000042278 #33 ENSMODG00000037530 #34 ENSMODG00000039570 #35 ENSMODG00000043822 #36 ALCAM (ENSMODG00000001829) #37 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES ENSMODG00000043880 ##22 ENSMODG00000003679 ENSMODG00000003695 GPCPD1 (ENSMODG00000003735) ENSMODG00000003742 ENSMODG00000003761 TRMT6 (ENSMODG00000003784) MCM8 (ENSMODG00000003865) CRLS1 (ENSMODG00000003883) ENSMODG00000003898 ENSMODG00000023129 FERMT1 (ENSMODG00000003919) ENSMODG00000039202 BMP2 (ENSMODG00000003928) ENSMODG00000038694 ##22 ENSMODG00000036821 ##22 ENSMODG00000042070 HAO1 (ENSMODG00000004027) ENSMODG00000004035 ENSMODG00000036743 ENSMODG00000050401 ##7 PLCB1 (ENSMODG00000004415) PLCB4 (ENSMODG00000004697) LAMP5 (ENSMODG00000004711) PAK5 (ENSMODG00000004734) ENSMODG00000041990 ##22 ENSMODG00000049357 ANKEF1 (ENSMODG00000004764) SNAP25 (ENSMODG00000004799) MKKS (ENSMODG00000004860) JAG1 (ENSMODG00000004910) Opossum MODERN SPECIES 2 CALB1 (ENSMODG00000007628) ENSMODG00000007612 ENSMODG00000047647 ##7 TMEM64 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DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000028801 ENSMODG00000010835 ENSMODG00000010850 RNF125 (ENSMODG00000010864) TRAPPC8 (ENSMODG00000010874) B4GALT6 (ENSMODG00000038728) TTR (ENSMODG00000010932) DSG2 (ENSMODG00000010945) DSG3 (ENSMODG00000011018) DSG4 (ENSMODG00000038707) DSG1 (ENSMODG00000011042) DSC1 (ENSMODG00000011082) DSC2 (ENSMODG00000011103) DSC3 (ENSMODG00000011124) ENSMODG00000011133 ENSMODG00000048348 ##22 ERAP1 (ENSMODG00000020072) ENSMODG00000020075 PCSK1 (ENSMODG00000020079) ENSMODG00000020082 ENSMODG00000049853 ##7 ENSMODG00000046286 ELL2 (ENSMODG00000020086) ENSMODG00000039521 ##22 GLRX (ENSMODG00000045828) RHOBTB3 (ENSMODG00000020089) ENSMODG00000020090 SPATA9 (ENSMODG00000020092) RFESD (ENSMODG00000020093) GPR150 (ENSMODG00000036931) ARSK (ENSMODG00000020099) Opossum MODERN SPECIES 2 UBXN2B (ENSMODG00000008866) CYP7A1 (ENSMODG00000008855) SDCBP (ENSMODG00000008819) NSMAF (ENSMODG00000008797) TOX (ENSMODG00000008712) CA8 (ENSMODG00000008571) ENSMODG00000040169 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DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 2 NARS1 (ENSMODG00000020445) ATP8B1 (ENSMODG00000020443) NEDD4L (ENSMODG00000020439) ENSMODG00000020435 MALT1 (ENSMODG00000020434) ZNF532 (ENSMODG00000020433) ENSMODG00000020430 ENSMODG00000050501 ##7 ENSMODG00000020427 ENSMODG00000025618 RAX (ENSMODG00000020429) CPLX4 (ENSMODG00000043324) LMAN1 (ENSMODG00000020424) CCBE1 (ENSMODG00000020423) ENSMODG00000049502 ##22 ENSMODG00000051497 ##22 ENSMODG00000020420 ENSMODG00000020419 GOLPH3 (ENSMODG00000044606) MTMR12 (ENSMODG00000020416) ZFR (ENSMODG00000020412) SUB1 (ENSMODG00000045848) NPR3 (ENSMODG00000020407) TARS1 (ENSMODG00000020405) ENSMODG00000020404 ENSMODG00000048668 RXFP3 (ENSMODG00000020402) SLC45A2 (ENSMODG00000020400) ENSMODG00000047671 AMACR (ENSMODG00000020398) C1QTNF3 (ENSMODG00000037900) Opossum MODERN SPECIES FRMD6 (ENSMODG00000013207) ENSMODG00000013198 TMX1 (ENSMODG00000013196) ENSMODG00000038734 ##7 ENSMODG00000023910 TRIM9 (ENSMODG00000013160) 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DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 1 CALHM4 (ENSMODG00000017838) CALHM5 (ENSMODG00000017840) TRAPPC3L (ENSMODG00000023338) ENSMODG00000017841 ENSMODG00000017842 DSE (ENSMODG00000017846) ENSMODG00000017850 ENSMODG00000050348 NT5DC1 (ENSMODG00000017849) FRK (ENSMODG00000017852) ENSMODG00000038439 ##22 ENSMODG00000028476 ##7 ENSMODG00000042919 ENSMODG00000016446 HS3ST5 (ENSMODG00000036869) ENSMODG00000037190 ##22 HDAC2 (ENSMODG00000017860) MARCKS (ENSMODG00000045740) LAMA4 (ENSMODG00000017881) FAM229B (ENSMODG00000017886) TUBE1 (ENSMODG00000017887) ENSMODG00000017891 FYN (ENSMODG00000017905) TRAF3IP2 (ENSMODG00000017907) REV3L (ENSMODG00000017910) ENSMODG00000023350 SLC16A10 (ENSMODG00000017914) RPF2 (ENSMODG00000017919) GTF3C6 (ENSMODG00000042333) AMD1 (ENSMODG00000017924) ENSMODG00000042473 Opossum MODERN SPECIES 9 ENSMODG00000038197 ##22 ENSMODG00000046773 Opossum MODERN SPECIES 4 IL15 (ENSMODG00000041399) INPP4B (ENSMODG00000000308) ENSMODG00000029399 ##7 USP38 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Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 1 ENSMODG00000013983 ENSMODG00000027450 ##7 GRM4 (ENSMODG00000013970) ENSMODG00000013940 SMIM29 (ENSMODG00000013938) NUDT3 (ENSMODG00000048086) RPS10 (ENSMODG00000013929) ENSMODG00000049383 SPDEF (ENSMODG00000013916) ILRUN (ENSMODG00000013910) ENSMODG00000013904 BLTP3A (ENSMODG00000013895) TAF11 (ENSMODG00000051190) ANKS1A (ENSMODG00000013855) ENSMODG00000013839 ENSMODG00000027808 ##22 SCUBE3 (ENSMODG00000013831) ZNF76 (ENSMODG00000013806) DEF6 (ENSMODG00000013789) PPARD (ENSMODG00000013778) ENSMODG00000050582 ENSMODG00000013771 ENSMODG00000013766 TEAD3 (ENSMODG00000013762) TULP1 (ENSMODG00000013758) FKBP5 (ENSMODG00000013757) ARMC12 (ENSMODG00000013752) CLPS (ENSMODG00000013747) ENSMODG00000046296 ENSMODG00000028226 LHFPL5 (ENSMODG00000013743) Opossum MODERN SPECIES DICER1 (ENSMODG00000012624) ENSMODG00000038756 ENSMODG00000028041 GSC (ENSMODG00000012586) ENSMODG00000012575 ENSMODG00000012542 ENSMODG00000049818 ##7 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DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 7 TMEM243 (ENSMODG00000016937) DMTF1 (ENSMODG00000016953) ELAPOR2 (ENSMODG00000016956) GRM3 (ENSMODG00000016960) ENSMODG00000049637 ##7 ENSMODG00000044151 SEMA3D (ENSMODG00000016975) ENSMODG00000011856 SEMA3A (ENSMODG00000016983) SEMA3E (ENSMODG00000016990) ENSMODG00000051548 ENSMODG00000050932 ENSMODG00000017000 ENSMODG00000047087 ENSMODG00000040682 ENSMODG00000028339 ##22 CACNA2D1 (ENSMODG00000017022) HGF (ENSMODG00000017029) ENSMODG00000028126 ##22 SEMA3C (ENSMODG00000017075) CD36 (ENSMODG00000017083) ENSMODG00000024616 GNAT3 (ENSMODG00000017088) GNAI1 (ENSMODG00000017116) ENSMODG00000024611 ENSMODG00000045171 ##22 ENSMODG00000049843 ##22 ENSMODG00000043916 ##7 MAGI2 (ENSMODG00000017143) PHTF2 (ENSMODG00000017151) TMEM60 (ENSMODG00000024603) Opossum MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000039509 ENSMODG00000028918 ##22 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DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 1 ACBD3 (ENSMODG00000005990) H3F3B (ENSMODG00000045947) SDE2 (ENSMODG00000005979) ENSMODG00000050067 ##22 ENSMODG00000005964 ENSMODG00000005956 TMEM63A (ENSMODG00000005934) EPHX1 (ENSMODG00000005882) SRP9 (ENSMODG00000038570) ENAH (ENSMODG00000005856) ENSMODG00000005848 ENSMODG00000043253 ##7 ENSMODG00000005822 ENSMODG00000005248 CNIH3 (ENSMODG00000038171) ENSMODG00000040191 ##22 WDR26 (ENSMODG00000005227) ENSMODG00000005180 NVL (ENSMODG00000005163) DEGS1 (ENSMODG00000005128) TP53BP2 (ENSMODG00000005115) CAPN2 (ENSMODG00000005094) CAPN8 (ENSMODG00000005003) ENSMODG00000004964 ENSMODG00000048264 ##22 SUSD4 (ENSMODG00000004959) TLR5 (ENSMODG00000024704) DISP1 (ENSMODG00000042419) FAM177B (ENSMODG00000041971) BROX (ENSMODG00000004803) AIDA (ENSMODG00000004774) Opossum MODERN SPECIES 4 SCARB2 (ENSMODG00000019298) ENSMODG00000019294 STBD1 (ENSMODG00000041735) CCDC158 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Opossum MODERN SPECIES 287 ENSMODG00000041176 ##22 Opossum MODERN SPECIES 3 ACMSD (ENSMODG00000000715) CCNT2 (ENSMODG00000000727) ENSMODG00000000785 RAB3GAP1 (ENSMODG00000000835) ENSMODG00000038786 ##7 ZRANB3 (ENSMODG00000000848) R3HDM1 (ENSMODG00000000923) ENSMODG00000000944 ENSMODG00000000972 ENSMODG00000051171 ENSMODG00000044474 MCM6 (ENSMODG00000000989) DARS1 (ENSMODG00000001056) CXCR4 (ENSMODG00000040906) ENSMODG00000042094 ENSMODG00000047561 ##22 THSD7B (ENSMODG00000001131) ENSMODG00000036842 ENSMODG00000027661 SPOPL (ENSMODG00000001195) NXPH2 (ENSMODG00000001201) ENSMODG00000043501 ENSMODG00000050463 LRP1B (ENSMODG00000002847) ENSMODG00000042134 ##7 KYNU (ENSMODG00000002997) ARHGAP15 (ENSMODG00000003016) GTDC1 (ENSMODG00000003084) ENSMODG00000039463 ZEB2 (ENSMODG00000003112) ENSMODG00000038179 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 6 RBM26 (ENSMODG00000001574) OBI1 (ENSMODG00000001525) POU4F1 (ENSMODG00000001515) EDNRB (ENSMODG00000001507) SLAIN1 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ENSMODG00000037856 ENSMODG00000015454 ENSMODG00000029272 ##22 ZKSCAN2 (ENSMODG00000015452) ENSMODG00000043808 ZNF316 (ENSMODG00000015447) ENSMODG00000028791 AMDHD2 (ENSMODG00000015443) ENSMODG00000042495 TBC1D24 (ENSMODG00000015436) NTN3 (ENSMODG00000015434) ENSMODG00000015432 ENSMODG00000015420 PBK (ENSMODG00000015425) PUM3 (ENSMODG00000015417) ENSMODG00000015412 RFX3 (ENSMODG00000015410) ENSMODG00000039449 Opossum MODERN SPECIES MMP2 (ENSMODG00000013214) IRX6 (ENSMODG00000013210) IRX5 (ENSMODG00000013202) ENSMODG00000013200 ENSMODG00000047345 ##22 IRX3 (ENSMODG00000013192) FTO (ENSMODG00000009684) RPGRIP1L (ENSMODG00000013180) AKTIP (ENSMODG00000025788) RBL2 (ENSMODG00000013167) ENSMODG00000028845 ##22 CHD9 (ENSMODG00000013142) ENSMODG00000023478 TOX3 (ENSMODG00000043801) ENSMODG00000048280 ##7 ENSMODG00000046352 ##22 ENSMODG00000043097 ##22 SALL1 (ENSMODG00000013114) CYLD (ENSMODG00000013111) NOD2 (ENSMODG00000013087) SNX20 (ENSMODG00000013071) NKD1 (ENSMODG00000013068) 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Opossum MODERN SPECIES 5 ZFAND5 (ENSMODG00000045347) GDA (ENSMODG00000002641) ENSMODG00000037680 ENSMODG00000042729 ABHD17B (ENSMODG00000002658) ENSMODG00000039345 ##7 CEMIP2 (ENSMODG00000002710) ENSMODG00000044608 TRPM3 (ENSMODG00000002750) KLF9 (ENSMODG00000002760) SMC5 (ENSMODG00000002801) ENSMODG00000024862 ENSMODG00000028650 MAMDC2 (ENSMODG00000002812) CFAP95 (ENSMODG00000024861) ENSMODG00000037614 ##22 ENSMODG00000027611 ##22 PTAR1 (ENSMODG00000002821) APBA1 (ENSMODG00000002848) ENTREP1 (ENSMODG00000002869) ENSMODG00000002938 ENSMODG00000002952 PIP5K1B (ENSMODG00000003063) TMEM252 (ENSMODG00000003092) PGM5 (ENSMODG00000003131) ENSMODG00000024854 ENSMODG00000044468 ENSMODG00000039961 ENSMODG00000044962 ENSMODG00000045417 ENSMODG00000003306 Opossum MODERN SPECIES ACTR2 (ENSMODG00000003364) ENSMODG00000047741 RAB1A (ENSMODG00000003340) ENSMODG00000003315 SLC1A4 (ENSMODG00000003310) SERTAD2 (ENSMODG00000023126) AFTPH (ENSMODG00000003235) ENSMODG00000047159 ENSMODG00000003226 PELI1 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ENSMODG00000051061 ##22 Opossum MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000042266 RNF139 (ENSMODG00000001847) TATDN1 (ENSMODG00000001840) NDUFB9 (ENSMODG00000049785) MTSS1 (ENSMODG00000001828) ZNF572 (ENSMODG00000001814) SQLE (ENSMODG00000001811) WASHC5 (ENSMODG00000001800) NSMCE2 (ENSMODG00000027668) ENSMODG00000051380 ##22 ENSMODG00000047243 TRIB1 (ENSMODG00000001741) ENSMODG00000039491 LRATD2 (ENSMODG00000024442) MYC (ENSMODG00000001735) ENSMODG00000040938 ##22 ENSMODG00000001653 ENSMODG00000001689 ENSMODG00000001632 CYRIB (ENSMODG00000001594) ASAP1 (ENSMODG00000001522) ENSMODG00000044456 ENSMODG00000029213 ##22 ADCY8 (ENSMODG00000001430) ENSMODG00000041290 ENSMODG00000038218 ENSMODG00000048352 ENSMODG00000047684 ENSMODG00000050129 EFR3A (ENSMODG00000001307) ENSMODG00000001231 Opossum MODERN SPECIES 7 UBA5 (ENSMODG00000011657) ACAD11 (ENSMODG00000011696) ACKR4 (ENSMODG00000024022) DNAJC13 (ENSMODG00000011724) ACP3 (ENSMODG00000011756) CPNE4 (ENSMODG00000011830) MRPL3 (ENSMODG00000011873) NEK11 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Opossum MODERN SPECIES NOD2 (ENSMODG00000013087) CYLD (ENSMODG00000013111) SALL1 (ENSMODG00000013114) ENSMODG00000043097 ##22 ENSMODG00000046352 ##22 ENSMODG00000048280 ##7 TOX3 (ENSMODG00000043801) ENSMODG00000023478 CHD9 (ENSMODG00000013142) ENSMODG00000028845 ##22 RBL2 (ENSMODG00000013167) AKTIP (ENSMODG00000025788) RPGRIP1L (ENSMODG00000013180) FTO (ENSMODG00000009684) IRX3 (ENSMODG00000013192) ENSMODG00000047345 ##22 ENSMODG00000013200 IRX5 (ENSMODG00000013202) IRX6 (ENSMODG00000013210) MMP2 (ENSMODG00000013214) SLC6A2 (ENSMODG00000013227) ENSMODG00000025750 ENSMODG00000013345 ENSMODG00000023448 GNAO1 (ENSMODG00000013359) AMFR (ENSMODG00000013364) NUDT21 (ENSMODG00000013371) OGFOD1 (ENSMODG00000013378) BBS2 (ENSMODG00000013389) MT4 (ENSMODG00000050434) ENSMODG00000046448 Opossum MODERN SPECIES 3 GULP1 (ENSMODG00000010712) TFPI (ENSMODG00000010692) CALCRL (ENSMODG00000010687) ZSWIM2 (ENSMODG00000010674) FAM171B (ENSMODG00000010665) ITGAV (ENSMODG00000010653) ENSMODG00000027565 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Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000041290 ADCY8 (ENSMODG00000001430) ENSMODG00000029213 ##22 ENSMODG00000044456 ASAP1 (ENSMODG00000001522) CYRIB (ENSMODG00000001594) ENSMODG00000001632 ENSMODG00000001689 ENSMODG00000001653 ENSMODG00000040938 ##22 MYC (ENSMODG00000001735) LRATD2 (ENSMODG00000024442) ENSMODG00000039491 TRIB1 (ENSMODG00000001741) ENSMODG00000047243 ENSMODG00000051380 ##22 NSMCE2 (ENSMODG00000027668) WASHC5 (ENSMODG00000001800) SQLE (ENSMODG00000001811) ZNF572 (ENSMODG00000001814) MTSS1 (ENSMODG00000001828) NDUFB9 (ENSMODG00000049785) TATDN1 (ENSMODG00000001840) RNF139 (ENSMODG00000001847) ENSMODG00000042266 ENSMODG00000001863 TMEM65 (ENSMODG00000001868) FER1L6 (ENSMODG00000001897) FAM91A1 (ENSMODG00000001919) ENSMODG00000040302 ANXA13 (ENSMODG00000001929) Opossum MODERN SPECIES 4 LGR4 (ENSMODG00000009446) LIN7C (ENSMODG00000009456) BDNF (ENSMODG00000009461) KIF18A (ENSMODG00000009475) METTL15 (ENSMODG00000009478) 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Opossum MODERN SPECIES 1 ENSMODG00000023350 REV3L (ENSMODG00000017910) TRAF3IP2 (ENSMODG00000017907) FYN (ENSMODG00000017905) ENSMODG00000017891 TUBE1 (ENSMODG00000017887) FAM229B (ENSMODG00000017886) LAMA4 (ENSMODG00000017881) MARCKS (ENSMODG00000045740) HDAC2 (ENSMODG00000017860) ENSMODG00000037190 ##22 HS3ST5 (ENSMODG00000036869) ENSMODG00000016446 ENSMODG00000042919 ENSMODG00000028476 ##7 ENSMODG00000038439 ##22 FRK (ENSMODG00000017852) NT5DC1 (ENSMODG00000017849) ENSMODG00000050348 ENSMODG00000017850 DSE (ENSMODG00000017846) ENSMODG00000017842 ENSMODG00000017841 TRAPPC3L (ENSMODG00000023338) CALHM5 (ENSMODG00000017840) CALHM4 (ENSMODG00000017838) ENSMODG00000005764 RWDD1 (ENSMODG00000036601) RSPH4A (ENSMODG00000017836) ZUP1 (ENSMODG00000017831) KPNA5 (ENSMODG00000017826) Opossum MODERN SPECIES MSH6 (ENSMODG00000001129) FBXO11 (ENSMODG00000001160) ENSMODG00000051547 FOXN2 (ENSMODG00000001169) PPP1R21 (ENSMODG00000001186) STON1 (ENSMODG00000001190) ENSMODG00000043681 LHCGR 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MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000024927 ENSMODG00000027805 ENSMODG00000009188 ENSMODG00000044310 XKR4 (ENSMODG00000025611) TMEM68 (ENSMODG00000009183) TGS1 (ENSMODG00000009174) LYN (ENSMODG00000009142) RPS20 (ENSMODG00000045434) MOS (ENSMODG00000024929) PLAG1 (ENSMODG00000043175) ENSMODG00000024930 SDR16C5 (ENSMODG00000009095) ENSMODG00000009075 PENK (ENSMODG00000049693) ENSMODG00000038941 ##22 BPNT2 (ENSMODG00000008961) FAM110B (ENSMODG00000008907) UBXN2B (ENSMODG00000008866) CYP7A1 (ENSMODG00000008855) SDCBP (ENSMODG00000008819) NSMAF (ENSMODG00000008797) TOX (ENSMODG00000008712) CA8 (ENSMODG00000008571) ENSMODG00000040169 RAB2A (ENSMODG00000008556) CHD7 (ENSMODG00000008488) CLVS1 (ENSMODG00000008372) ASPH (ENSMODG00000008351) NKAIN3 (ENSMODG00000008298) ENSMODG00000040439 ##7 Opossum MODERN SPECIES 6 PIKFYVE (ENSMODG00000015918) PTH2R (ENSMODG00000015872) ENSMODG00000049580 UNC80 (ENSMODG00000015849) ENSMODG00000015827 KANSL1L (ENSMODG00000015823) ACADL (ENSMODG00000015819) MYL1 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ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.b ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.b.b.b ##22 Donkey MODERN SPECIES 12 ENSEASG00005029807 ENSEASG00005001826 ENSEASG00005001831 ENSEASG00005001837 ENSEASG00005001821 PATE1 (ENSEASG00005029891) PATE2 (ENSEASG00005034862) ENSEASG00005031413 ENSEASG00005027879 ENSEASG00005001784 ENSEASG00005031700 ENSEASG00005027342 ENSEASG00005028844 ENSEASG00005023004 ENSEASG00005036826 ENSEASG00005027056 ##22 PUS3 (ENSEASG00005023003) HYLS1 (ENSEASG00005032143) DDX25 (ENSEASG00005023001) VSIG10L2 (ENSEASG00005033108) CDON (ENSEASG00005022988) RPUSD4 (ENSEASG00005022982) FAM118B (ENSEASG00005022981) SRPRA 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devil MODERN SPECIES SLC5A2 (ENSSHAG00000013984) RUSF1 (ENSSHAG00000013948) ENSSHAG00000013925 ENSSHAG00000013840 MFAP4 (ENSSHAG00000028914) MAPK7 (ENSSHAG00000013583) B9D1 (ENSSHAG00000013260) EPN2 (ENSSHAG00000012797) ENSSHAG00000011903 SLC5A10 (ENSSHAG00000010732) FAM83G (ENSSHAG00000027616) ENSSHAG00000024541 ENSSHAG00000009592 ENSSHAG00000028252 ENSSHAG00000002005 ENSSHAG00000031187 ##22 ENSSHAG00000003296 ENSSHAG00000031933 ENSSHAG00000010551 ENSSHAG00000009715 HABP4 (ENSSHAG00000009392) ZNF367 (ENSSHAG00000031979) HSD17B3 (ENSSHAG00000007500) ENSSHAG00000031181 PTCH1 (ENSSHAG00000014543) FANCC (ENSSHAG00000013222) AOPEP (ENSSHAG00000010555) ENSSHAG00000030168 ENSSHAG00000030991 ENSSHAG00000025516 ENSSHAG00000008692 Tasmanian devil MODERN SPECIES 3 CEP162 (ENSSHAG00000000828) MRAP2 (ENSSHAG00000009737) CYB5R4 (ENSSHAG00000027037) SNAP91 (ENSSHAG00000003714) PRSS35 (ENSSHAG00000021888) ME1 (ENSSHAG00000022508) RWDD2A (ENSSHAG00000025857) PGM3 (ENSSHAG00000016091) DOP1A 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(ENSMODG00000049005) ifn7 (ENSMODG00000038103) Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a ##22 Marsupialia DUPLICATION Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.a ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010007185 ENSVURG00010007331 ENSVURG00010007345 ENSVURG00010007372 ENSVURG00010007423 ENSVURG00010007516 ENSVURG00010007529 ENSVURG00010007551 ENSVURG00010007584 ENSVURG00010007635 ENSVURG00010007701 ENSVURG00010007733 ENSVURG00010007765 ENSVURG00010007786 ENSVURG00010007837 ENSVURG00010007884 ##22 ENSVURG00010007891 ENSVURG00010007907 ENSVURG00010008004 ENSVURG00010008115 ENSVURG00010008148 ENSVURG00010008261 ##22 ENSVURG00010008263 ENSVURG00010008267 ##22 ENSVURG00010008296 ##22 ENSVURG00010008362 ENSVURG00010008373 ENSVURG00010008421 ENSVURG00010008436 ENSVURG00010008553 ENSVURG00010008694 Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 COQ10B (ENSSHAG00000017719) SF3B1 (ENSSHAG00000017564) ANKRD44 (ENSSHAG00000016824) PGAP1 (ENSSHAG00000016631) C2orf66 (ENSSHAG00000029653) GTF3C3 (ENSSHAG00000016483) CCDC150 (ENSSHAG00000016389) HECW2 (ENSSHAG00000015049) STK17B (ENSSHAG00000014825) ENSSHAG00000013382 ENSSHAG00000013144 ENSSHAG00000010445 ENSSHAG00000002184 ENSSHAG00000020735 ENSSHAG00000020882 ENSSHAG00000030374 ##22 ENSSHAG00000025067 CAVIN2 (ENSSHAG00000023028) NABP1 (ENSSHAG00000021070) MYO1B (ENSSHAG00000017456) STAT4 (ENSSHAG00000022399) STAT1 (ENSSHAG00000016913) GLS (ENSSHAG00000016650) NAB1 (ENSSHAG00000016153) NEMP2 (ENSSHAG00000015600) MFSD6 (ENSSHAG00000015290) INPP1 (ENSSHAG00000023119) HIBCH (ENSSHAG00000014635) ENSSHAG00000031296 MSTN (ENSSHAG00000014173) ENSSHAG00000013617 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 313 ENSMODG00000044708 ##22 Opossum MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000003833 ENSMODG00000037484 ENSMODG00000025604 STARD6 (ENSMODG00000011055) POLI (ENSMODG00000011046) MBD2 (ENSMODG00000011041) DCC (ENSMODG00000011028) MEX3C (ENSMODG00000011001) SMAD4 (ENSMODG00000010995) ELAC1 (ENSMODG00000010972) ME2 (ENSMODG00000010968) SYT4 (ENSMODG00000000187) RIT2 (ENSMODG00000000206) ENSMODG00000044611 ENSMODG00000036517 ##22 ENSMODG00000045630 ##22 PIK3C3 (ENSMODG00000000219) ENSMODG00000049107 ##22 ENSMODG00000000306 ENSMODG00000050985 ENSMODG00000047873 ##22 ENSMODG00000045710 ENSMODG00000000317 FHOD3 (ENSMODG00000000359) ENSMODG00000000373 MOCOS (ENSMODG00000000387) ELP2 (ENSMODG00000000436) ENSMODG00000000455 SLC39A6 (ENSMODG00000000476) RPRD1A (ENSMODG00000000399) ENSMODG00000025605 Opossum MODERN SPECIES 209 ENSMODG00000036623 ##22 Opossum MODERN SPECIES 5 GSPT1 (ENSMODG00000004728) ENSMODG00000029494 RRN3 (ENSMODG00000004597) NTAN1 (ENSMODG00000004568) PDXDC1 (ENSMODG00000004563) MPV17L (ENSMODG00000004486) BMERB1 (ENSMODG00000004450) MARF1 (ENSMODG00000004423) NDE1 (ENSMODG00000004385) MYH11 (ENSMODG00000004360) ENSMODG00000004204 ENSMODG00000024730 ENSMODG00000040466 ABCC1 (ENSMODG00000004194) SMC2 (ENSMODG00000004036) ENSMODG00000048116 ##22 LPAR1 (ENSMODG00000003999) MUSK (ENSMODG00000003983) SVEP1 (ENSMODG00000003939) ENSMODG00000003635 ENSMODG00000049910 KCNV2 (ENSMODG00000003631) VLDLR (ENSMODG00000003620) ENSMODG00000041801 SMARCA2 (ENSMODG00000003578) ENSMODG00000024839 ENSMODG00000024673 ##7 DMRT2 (ENSMODG00000003430) DMRT3 (ENSMODG00000003407) DMRT1 (ENSMODG00000003401) KANK1 (ENSMODG00000003387) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b ##22 Marsupialia_b DUPLICATION Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.a ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 186 ENSVURG00010019066 ENSVURG00010019058 ##22 ENSVURG00010019054 ##22 ENSVURG00010019050 ##22 ENSVURG00010019045 Tasmanian devil MODERN SPECIES RCL1 (ENSSHAG00000014086) JAK2 (ENSSHAG00000014900) ENSSHAG00000015262 PLGRKT (ENSSHAG00000001757) CD274 (ENSSHAG00000002682) ENSSHAG00000004176 RIC1 (ENSSHAG00000000924) ERMP1 (ENSSHAG00000004720) MLANA (ENSSHAG00000006138) KIAA2026 (ENSSHAG00000030776) ENSSHAG00000031943 UHRF2 (ENSSHAG00000023237) GLDC (ENSSHAG00000005373) KDM4C (ENSSHAG00000008668) ENSSHAG00000027331 ENSSHAG00000026724 ##22 PTPRD (ENSSHAG00000026330) ENSSHAG00000022556 TYRP1 (ENSSHAG00000007505) LURAP1L (ENSSHAG00000008457) MPDZ (ENSSHAG00000010824) NFIB (ENSSHAG00000030287) ZDHHC21 (ENSSHAG00000021164) CER1 (ENSSHAG00000017268) FREM1 (ENSSHAG00000017309) ENSSHAG00000017713 SNAPC3 (ENSSHAG00000030080) ENSSHAG00000018023 CCDC171 (ENSSHAG00000018094) BNC2 (ENSSHAG00000030577) ENSSHAG00000013537 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b ##22 Diprotodontia_a DUPLICATION Diprotodontia_a DUPLICATION Diprotodontia_a DUPLICATION Diprotodontia_a DUPLICATION Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b.a.a.a.a ##22 koala DUPLICATION koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES GALK2 (ENSPCIG00000018043) COPS2 (ENSPCIG00000018046) SECISBP2L (ENSPCIG00000018047) SHC4 (ENSPCIG00000018049) CEP152 (ENSPCIG00000018054) FBN1 (ENSPCIG00000022869) ENSPCIG00000022883 SLC12A1 (ENSPCIG00000022889) CTXN2 (ENSPCIG00000022900) MYEF2 (ENSPCIG00000022902) SLC24A5 (ENSPCIG00000022914) ENSPCIG00000036053 ENSPCIG00000030465 SEMA6D (ENSPCIG00000022047) CMA1 (ENSPCIG00000010370) ENSPCIG00000035028 ##22 SDR39U1 (ENSPCIG00000010371) ENSPCIG00000010373 CBLN3 (ENSPCIG00000010375) ENSPCIG00000010380 NFATC4 (ENSPCIG00000010381) ADCY4 (ENSPCIG00000010387) LTB4R (ENSPCIG00000010394) LTB4R2 (ENSPCIG00000010396) CIDEB (ENSPCIG00000002131) NOP9 (ENSPCIG00000002112) DHRS1 (ENSPCIG00000002082) RABGGTA (ENSPCIG00000010409) TGM1 (ENSPCIG00000010693) ENSPCIG00000010697 GMPR2 (ENSPCIG00000010700) koala MODERN SPECIES 23 SLC49A4 (ENSPCIG00000015612) HSPBAP1 (ENSPCIG00000015608) ENSPCIG00000013374 ENSPCIG00000001679 ENSPCIG00000001736 KPNA1 (ENSPCIG00000025751) FAM162A (ENSPCIG00000025717) MIX23 (ENSPCIG00000025713) ENSPCIG00000025712 CASR (ENSPCIG00000025703) ENSPCIG00000025695 ILDR1 (ENSPCIG00000014527) FBXO40 (ENSPCIG00000002235) HCLS1 (ENSPCIG00000002239) GOLGB1 (ENSPCIG00000004508) ENSPCIG00000034216 ##22 IQCB1 (ENSPCIG00000004475) EAF2 (ENSPCIG00000004463) SLC15A2 (ENSPCIG00000004444) ENSPCIG00000004424 ENSPCIG00000028379 STXBP5L (ENSPCIG00000031798) ENSPCIG00000018915 GTF2E1 (ENSPCIG00000018918) RABL3 (ENSPCIG00000018922) HGD (ENSPCIG00000018926) NDUFB4 (ENSPCIG00000018934) FSTL1 (ENSPCIG00000018936) ENSPCIG00000018939 LRRC58 (ENSPCIG00000018940) GPR156 (ENSPCIG00000006168) koala MODERN SPECIES 4 RTCA (ENSPCIG00000007684) CDC14A (ENSPCIG00000007674) ENSPCIG00000007681 GPR88 (ENSPCIG00000007670) VCAM1 (ENSPCIG00000011732) EXTL2 (ENSPCIG00000011837) SLC30A7 (ENSPCIG00000011839) DPH5 (ENSPCIG00000011843) S1PR1 (ENSPCIG00000012131) OLFM3 (ENSPCIG00000004585) COL11A1 (ENSPCIG00000032063) ENSPCIG00000004415 ENSPCIG00000004389 ENSPCIG00000004403 ENSPCIG00000016770 ENSPCIG00000009071 ##22 ENSPCIG00000010180 PRMT6 (ENSPCIG00000010181) NTNG1 (ENSPCIG00000035083) VAV3 (ENSPCIG00000024806) ENSPCIG00000024812 ENSPCIG00000024821 ENSPCIG00000001795 EEIG2 (ENSPCIG00000024824) ENSPCIG00000024835 ENSPCIG00000024841 FNDC7 (ENSPCIG00000024844) STXBP3 (ENSPCIG00000024849) ENSPCIG00000024855 GPSM2 (ENSPCIG00000024864) CLCC1 (ENSPCIG00000024866) Common wonbat MODERN SPECIES 191 ENSVURG00010019194 ENSVURG00010019167 ENSVURG00010019161 ENSVURG00010019157 ##22 ENSVURG00010019154 Diprotodontia_a DUPLICATION Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b.a.a.a.b.a ##22 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 123 ENSPCIG00000032808 IRF2 (ENSPCIG00000021142) ENPP6 (ENSPCIG00000031713) STOX2 (ENSPCIG00000010837) TRAPPC11 (ENSPCIG00000010834) ENSPCIG00000010836 RWDD4 (ENSPCIG00000010832) ING2 (ENSPCIG00000010828) CDKN2AIP (ENSPCIG00000010826) ENSPCIG00000013384 WWC2 (ENSPCIG00000010902) DCTD (ENSPCIG00000013744) ENSPCIG00000013700 ENSPCIG00000013679 ENSPCIG00000016947 ENSPCIG00000032523 ##22 koala MODERN SPECIES 109 ADIPOQ (ENSPCIG00000025906) ST6GAL1 (ENSPCIG00000025903) DNAJB11 (ENSPCIG00000001393) TBCCD1 (ENSPCIG00000025901) CRYGS (ENSPCIG00000025898) ENSPCIG00000025897 ENSPCIG00000025896 ENSPCIG00000025890 ENSPCIG00000036362 ETV5 (ENSPCIG00000025881) ENSPCIG00000036870 ENSPCIG00000037087 TRA2B (ENSPCIG00000008592) IGF2BP2 (ENSPCIG00000023547) SENP2 (ENSPCIG00000002272) ENSPCIG00000002267 ##22 LIPH (ENSPCIG00000035364) MAP3K13 (ENSPCIG00000002208) ENSPCIG00000003983 EHHADH (ENSPCIG00000032050) C3orf70 (ENSPCIG00000036991) VPS8 (ENSPCIG00000006665) EPHB3 (ENSPCIG00000025660) ENSPCIG00000022806 CHRD (ENSPCIG00000025657) ENSPCIG00000025656 POLR2H (ENSPCIG00000033131) CLCN2 (ENSPCIG00000025653) FAM131A (ENSPCIG00000031283) EIF4G1 (ENSPCIG00000025644) PSMD2 (ENSPCIG00000025643) Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010016188 ENSVURG00010016172 ENSVURG00010016163 ENSVURG00010016150 ENSVURG00010016145 ENSVURG00010016132 ENSVURG00010016121 ENSVURG00010016107 ENSVURG00010016090 ENSVURG00010016076 ENSVURG00010016001 ENSVURG00010015965 ENSVURG00010015938 ENSVURG00010015925 ENSVURG00010015915 ENSVURG00010015901 ##22 ENSVURG00010015887 ENSVURG00010015854 ENSVURG00010015829 ENSVURG00010015813 ENSVURG00010015810 ENSVURG00010015784 ENSVURG00010015758 ENSVURG00010015741 ENSVURG00010015721 ENSVURG00010015704 ENSVURG00010015668 ENSVURG00010015620 ENSVURG00010015591 ENSVURG00010015571 ENSVURG00010015550 Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010009034 H3-3A (ENSVURG00010009028) ENSVURG00010008978 ENSVURG00010008959 ENSVURG00010008938 ENSVURG00010008888 ENSVURG00010008845 ENSVURG00010008828 ENSVURG00010008755 ENSVURG00010008694 ENSVURG00010008553 ENSVURG00010008436 ENSVURG00010008421 ENSVURG00010008373 ENSVURG00010008362 ENSVURG00010008296 ##22 ENSVURG00010008267 ##22 ENSVURG00010008263 ENSVURG00010008261 ##22 ENSVURG00010008148 ENSVURG00010008115 ENSVURG00010008004 ENSVURG00010007907 ENSVURG00010007891 ENSVURG00010007884 ##22 ENSVURG00010007837 ENSVURG00010007786 ENSVURG00010007765 ENSVURG00010007733 ENSVURG00010007701 ENSVURG00010007635 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b.a.a.a.b.b ##22 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 17 GPR22 (ENSPCIG00000000727) DUS4L (ENSPCIG00000005163) BCAP29 (ENSPCIG00000005154) SLC26A4 (ENSPCIG00000005103) ENSPCIG00000005088 SLC26A3 (ENSPCIG00000004999) ENSPCIG00000004956 DLD (ENSPCIG00000004942) LAMB1 (ENSPCIG00000004921) LAMB4 (ENSPCIG00000004798) ENSPCIG00000032859 NRCAM (ENSPCIG00000004601) PNPLA8 (ENSPCIG00000004574) THAP5 (ENSPCIG00000004547) DNAJB9 (ENSPCIG00000004541) ENSPCIG00000032940 ##22 ENSPCIG00000024439 LRRN3 (ENSPCIG00000027522) ENSPCIG00000005882 ENSPCIG00000005884 DOCK4 (ENSPCIG00000012501) ZNF277 (ENSPCIG00000012500) ENSPCIG00000012499 IFRD1 (ENSPCIG00000012498) LSMEM1 (ENSPCIG00000012497) TMEM168 (ENSPCIG00000026584) BMT2 (ENSPCIG00000026582) GPR85 (ENSPCIG00000031556) ENSPCIG00000026573 PPP1R3A (ENSPCIG00000027578) FOXP2 (ENSPCIG00000027582) koala MODERN SPECIES 46 ASXL3 (ENSPCIG00000023859) ENSPCIG00000032672 KLHL14 (ENSPCIG00000006391) GAREM1 (ENSPCIG00000016380) MEP1B (ENSPCIG00000016385) RNF138 (ENSPCIG00000016421) RNF125 (ENSPCIG00000016424) TRAPPC8 (ENSPCIG00000016426) B4GALT6 (ENSPCIG00000016435) ENSPCIG00000016438 TTR (ENSPCIG00000017504) DSG2 (ENSPCIG00000017506) DSG3 (ENSPCIG00000017508) DSG4 (ENSPCIG00000017513) DSG1 (ENSPCIG00000017585) ENSPCIG00000031279 ##22 DSC1 (ENSPCIG00000009197) DSC3 (ENSPCIG00000009189) ENSPCIG00000035777 ENSPCIG00000024284 ENSPCIG00000034965 CDH2 (ENSPCIG00000008059) ENSPCIG00000032826 Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010003872 ENSVURG00010003841 ENSVURG00010003768 ENSVURG00010003749 ENSVURG00010003743 ENSVURG00010003528 ENSVURG00010003503 ENSVURG00010003478 ENSVURG00010003421 ENSVURG00010002876 ENSVURG00010002819 ENSVURG00010002804 ENSVURG00010002732 ENSVURG00010002679 ##22 ENSVURG00010002671 ENSVURG00010002619 ##22 ENSVURG00010001863 ENSVURG00010001773 ENSVURG00010001630 ENSVURG00010001543 ENSVURG00010001534 ENSVURG00010001357 ENSVURG00010001230 ENSVURG00010001208 ENSVURG00010001158 ENSVURG00010001145 ENSVURG00010001136 ENSVURG00010001094 ENSVURG00010001008 ENSVURG00010000915 ENSVURG00010000907 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b.a.a.b ##22 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 186 ENSVURG00010019066 ENSVURG00010019058 ##22 ENSVURG00010019054 ##22 ENSVURG00010019050 ##22 ENSVURG00010019045 Common wonbat MODERN SPECIES 186 ENSVURG00010019066 ENSVURG00010019058 ##22 ENSVURG00010019054 ##22 ENSVURG00010019050 ##22 ENSVURG00010019045 Common wonbat MODERN SPECIES 195 ENSVURG00010019289 MTMR8 (ENSVURG00010019280) ENSVURG00010019275 ENSVURG00010019271 ##22 Diprotodontia_a DUPLICATION Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b.a.b.a ##22 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat DUPLICATION Common wonbat DUPLICATION Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010007584 ENSVURG00010007635 ENSVURG00010007701 ENSVURG00010007733 ENSVURG00010007765 ENSVURG00010007786 ENSVURG00010007837 ENSVURG00010007884 ##22 ENSVURG00010007891 ENSVURG00010007907 ENSVURG00010008004 ENSVURG00010008115 ENSVURG00010008148 ENSVURG00010008261 ##22 ENSVURG00010008263 ENSVURG00010008267 ##22 ENSVURG00010008296 ##22 ENSVURG00010008362 ENSVURG00010008373 ENSVURG00010008421 ENSVURG00010008436 ENSVURG00010008553 ENSVURG00010008694 ENSVURG00010008755 ENSVURG00010008828 ENSVURG00010008845 ENSVURG00010008888 ENSVURG00010008938 ENSVURG00010008959 ENSVURG00010008978 H3-3A (ENSVURG00010009028) Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010007529 ENSVURG00010007551 ENSVURG00010007584 ENSVURG00010007635 ENSVURG00010007701 ENSVURG00010007733 ENSVURG00010007765 ENSVURG00010007786 ENSVURG00010007837 ENSVURG00010007884 ##22 ENSVURG00010007891 ENSVURG00010007907 ENSVURG00010008004 ENSVURG00010008115 ENSVURG00010008148 ENSVURG00010008261 ##22 ENSVURG00010008263 ENSVURG00010008267 ##22 ENSVURG00010008296 ##22 ENSVURG00010008362 ENSVURG00010008373 ENSVURG00010008421 ENSVURG00010008436 ENSVURG00010008553 ENSVURG00010008694 ENSVURG00010008755 ENSVURG00010008828 ENSVURG00010008845 ENSVURG00010008888 ENSVURG00010008938 ENSVURG00010008959 Common wonbat MODERN SPECIES 1095 ENSVURG00010001581 SYT1 (ENSVURG00010001565) PAWR (ENSVURG00010001479) PPP1R12A (ENSVURG00010001421) OTOGL (ENSVURG00010001281) PTPRQ (ENSVURG00010001162) MYF6 (ENSVURG00010001122) MYF5 (ENSVURG00010001088) LIN7A (ENSVURG00010001078) ACSS3 (ENSVURG00010000986) PPFIA2 (ENSVURG00010000931) CCDC59 (ENSVURG00010000865) METTL25 (ENSVURG00010000829) TMTC2 (ENSVURG00010000692) ENSVURG00010000644 ENSVURG00010000614 ##22 ENSVURG00010000610 SLC6A15 (ENSVURG00010000556) ENSVURG00010000506 ALX1 (ENSVURG00010000474) RASSF9 (ENSVURG00010000436) NTS (ENSVURG00010015898) MGAT4C (ENSVURG00010015889) C12orf50 (ENSVURG00010015858) C12orf29 (ENSVURG00010015845) CEP290 (ENSVURG00010015792) TMTC3 (ENSVURG00010015606) KITLG (ENSVURG00010015559) DUSP6 (ENSVURG00010015543) GALNT4 (ENSVURG00010015516) POC1B (ENSVURG00010015496) Common wonbat MODERN SPECIES 1216 ENSVURG00010018651 ENSVURG00010018645 ENSVURG00010018642 OR51A7 (ENSVURG00010018638) OR51G2 (ENSVURG00010018637) OR51G1 (ENSVURG00010018635) ENSVURG00010018630 ENSVURG00010018626 ENSVURG00010018622 ENSVURG00010018619 ENSVURG00010018615 ENSVURG00010018612 ENSVURG00010018609 ENSVURG00010018607 OR52E2 (ENSVURG00010018606) ENSVURG00010018600 ##22 ENSVURG00010018592 ENSVURG00010018590 ENSVURG00010018586 ENSVURG00010018579 ENSVURG00010018574 Common wonbat MODERN SPECIES 1048 ENSVURG00010015202 ENSVURG00010015268 ENSVURG00010015321 ENSVURG00010015335 ENSVURG00010015344 ENSVURG00010015416 ENSVURG00010016602 ENSVURG00010016644 KCNB2 (ENSVURG00010016734) ENSVURG00010016736 ENSVURG00010016745 ENSVURG00010016765 ENSVURG00010016774 ENSVURG00010016778 ENSVURG00010016796 ENSVURG00010016820 ##22 ENSVURG00010016823 ##22 ENSVURG00010016826 ##22 ENSVURG00010016838 ENSVURG00010016846 ENSVURG00010016854 ENSVURG00010016860 ENSVURG00010016871 ENSVURG00010016887 ENSVURG00010016909 ENSVURG00010016918 ENSVURG00010016982 ENSVURG00010016995 ENSVURG00010017013 ENSVURG00010017063 ENSVURG00010017068 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b.a.b.b ##22 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 102 ENSPCIG00000027008 ANKLE2 (ENSPCIG00000027005) GOLGA3 (ENSPCIG00000027001) CHFR (ENSPCIG00000026999) FBRSL1 (ENSPCIG00000026990) GALNT9 (ENSPCIG00000016683) NOC4L (ENSPCIG00000004756) DDX51 (ENSPCIG00000005052) EP400 (ENSPCIG00000005158) PUS1 (ENSPCIG00000022609) ULK1 (ENSPCIG00000006060) MMP17 (ENSPCIG00000006061) SFSWAP (ENSPCIG00000006062) ENSPCIG00000006066 ENSPCIG00000032496 ##22 ENSPCIG00000017330 ##22 ADGRD1 (ENSPCIG00000021641) ENSPCIG00000021645 STX2 (ENSPCIG00000021650) RIMBP2 (ENSPCIG00000021060) ENSPCIG00000021061 PIWIL1 (ENSPCIG00000021062) FZD10 (ENSPCIG00000021064) ENSPCIG00000023865 ENSPCIG00000023863 GLT1D1 (ENSPCIG00000003245) SLC15A4 (ENSPCIG00000003264) TMEM132C (ENSPCIG00000030934) TMEM132B (ENSPCIG00000021721) AACS (ENSPCIG00000021722) DHX37 (ENSPCIG00000019185) koala MODERN SPECIES 102 PGAM5 (ENSPCIG00000027007) ENSPCIG00000027008 ANKLE2 (ENSPCIG00000027005) GOLGA3 (ENSPCIG00000027001) CHFR (ENSPCIG00000026999) FBRSL1 (ENSPCIG00000026990) GALNT9 (ENSPCIG00000016683) NOC4L (ENSPCIG00000004756) DDX51 (ENSPCIG00000005052) EP400 (ENSPCIG00000005158) PUS1 (ENSPCIG00000022609) ULK1 (ENSPCIG00000006060) MMP17 (ENSPCIG00000006061) SFSWAP (ENSPCIG00000006062) ENSPCIG00000006066 ENSPCIG00000032496 ##22 ENSPCIG00000017330 ##22 ADGRD1 (ENSPCIG00000021641) ENSPCIG00000021645 STX2 (ENSPCIG00000021650) RIMBP2 (ENSPCIG00000021060) ENSPCIG00000021061 PIWIL1 (ENSPCIG00000021062) FZD10 (ENSPCIG00000021064) ENSPCIG00000023865 ENSPCIG00000023863 GLT1D1 (ENSPCIG00000003245) SLC15A4 (ENSPCIG00000003264) TMEM132C (ENSPCIG00000030934) TMEM132B (ENSPCIG00000021721) AACS (ENSPCIG00000021722) Common wonbat MODERN SPECIES 1068 ENSVURG00010020153 ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.a.a.b.b.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1048 ENSVURG00010015321 ENSVURG00010015335 ENSVURG00010015344 ENSVURG00010015416 ENSVURG00010016602 ENSVURG00010016644 KCNB2 (ENSVURG00010016734) ENSVURG00010016736 ENSVURG00010016745 ENSVURG00010016765 ENSVURG00010016774 ENSVURG00010016778 ENSVURG00010016796 ENSVURG00010016820 ##22 ENSVURG00010016823 ##22 ENSVURG00010016826 ##22 ENSVURG00010016838 ENSVURG00010016846 ENSVURG00010016854 ENSVURG00010016860 ENSVURG00010016871 ENSVURG00010016887 ENSVURG00010016909 ENSVURG00010016918 ENSVURG00010016982 ENSVURG00010016995 ENSVURG00010017013 ENSVURG00010017063 ENSVURG00010017068 ENSVURG00010017087 ENSVURG00010017113 Theria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000005727.b ENSGT00940000155367 ENSGT00390000018393 ENSGT00950000182908.D ENSGT00390000016484 ENSGT00390000009468 ENSGT00390000016929 ENSGT00390000005285 ENSGT00940000167666 ENSGT00940000155466 ENSGT00940000154014.b.b ENSGT00940000155282 ENSGT00940000160335 ENSGT00940000165788 ENSGT01050000244818 #7 ENSGT00940000153064.b ##22 ENSGT00940000156056.A ENSGT00950000182910.a.a.a ENSGT00940000155812 ENSGT00940000155752 ENSGT01050000244905.D ENSGT01050000244905.E ENSGT00390000010463.a.b ENSGT01020000230389.b.a.a.b ENSGT00390000006330.a.a ENSGT00390000002174.b ENSGT00530000063599.B ENSGT00940000156785 ENSGT00890000139491 ENSGT00390000011537 ENSGT00940000160657 Marsupialia DUPLICATION Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00530000063558.A #20 ENSGT00530000063503.a.a #21 ENSGT00940000157308 #23 ENSGT00530000063907.d #24 ENSGT00530000063169.b.b ENSGT00390000010218 #25 ENSGT00900000141090 #26 ENSGT00950000183105.A.m.b ##27 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ENSVURG00010006790 ENSVURG00010006797 ENSVURG00010006806 ENSVURG00010007085 ENSVURG00010014124 ENSVURG00010014136 ENSVURG00010014170 koala MODERN SPECIES 183 CA12 (ENSPCIG00000003761) APH1B (ENSPCIG00000003765) RAB8B (ENSPCIG00000003767) ENSPCIG00000032134 LACTB (ENSPCIG00000003775) TPM1 (ENSPCIG00000003784) TLN2 (ENSPCIG00000002281) ENSPCIG00000033264 ENSPCIG00000032015 VPS13C (ENSPCIG00000017458) ENSPCIG00000025908 ##22 RORA (ENSPCIG00000013544) ICE2 (ENSPCIG00000013541) ENSPCIG00000013536 FOXB1 (ENSPCIG00000013532) BNIP2 (ENSPCIG00000023082) GTF2A2 (ENSPCIG00000033224) GCNT3 (ENSPCIG00000004630) OTUD7A (ENSPCIG00000001985) KLF13 (ENSPCIG00000034957) TRPM1 (ENSPCIG00000027244) MTMR10 (ENSPCIG00000027284) FAN1 (ENSPCIG00000027285) MPHOSPH10 (ENSPCIG00000027286) MCEE (ENSPCIG00000027287) ENSPCIG00000027289 Tasmanian devil MODERN SPECIES 1 MBOAT2 (ENSSHAG00000012144) ASAP2 (ENSSHAG00000008132) ITGB1BP1 (ENSSHAG00000007675) CPSF3 (ENSSHAG00000007024) IAH1 (ENSSHAG00000006790) ADAM17 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devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil MODERN SPECIES 1 RD3L (ENSSHAG00000014495) ATP5MJ (ENSSHAG00000014580) PPP1R13B (ENSSHAG00000015159) ZFYVE21 (ENSSHAG00000015314) XRCC3 (ENSSHAG00000015422) KLC1 (ENSSHAG00000015545) COA8 (ENSSHAG00000028665) BAG5 (ENSSHAG00000028616) TRMT61A (ENSSHAG00000029389) ENSSHAG00000016459 MARK3 (ENSSHAG00000016567) EIF5 (ENSSHAG00000017066) ENSSHAG00000001873 ENSSHAG00000029726 ENSSHAG00000001823 ENSSHAG00000028259 ##22 ENSSHAG00000022704 CDC42BPB (ENSSHAG00000006579) ENSSHAG00000008188 TRAF3 (ENSSHAG00000009189) RCOR1 (ENSSHAG00000005101) ANKRD9 (ENSSHAG00000028717) TECPR2 (ENSSHAG00000006435) CINP (ENSSHAG00000023361) 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ENSVURG00010009362 ENSVURG00010009330 ENSVURG00010009318 ENSVURG00010009303 ENSVURG00010009284 ENSVURG00010009246 ENSVURG00010009226 ENSVURG00010009206 ENSVURG00010009183 Common wonbat MODERN SPECIES 1048 ENSVURG00010015268 ENSVURG00010015321 ENSVURG00010015335 ENSVURG00010015344 ENSVURG00010015416 ENSVURG00010016602 ENSVURG00010016644 KCNB2 (ENSVURG00010016734) ENSVURG00010016736 ENSVURG00010016745 ENSVURG00010016765 ENSVURG00010016774 ENSVURG00010016778 ENSVURG00010016796 ENSVURG00010016820 ##22 ENSVURG00010016823 ##22 ENSVURG00010016826 ##22 ENSVURG00010016838 ENSVURG00010016846 ENSVURG00010016854 ENSVURG00010016860 ENSVURG00010016871 ENSVURG00010016887 ENSVURG00010016909 ENSVURG00010016918 ENSVURG00010016982 ENSVURG00010016995 ENSVURG00010017013 ENSVURG00010017063 ENSVURG00010017068 ENSVURG00010017087 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.a.a.a.b ##22 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 627 ENSMODG00000049990 ENSMODG00000049021 ##22 ENSMODG00000014364 POF1B (ENSMODG00000014360) ZNF711 (ENSMODG00000014346) ENSMODG00000047591 ENSMODG00000014335 ENSMODG00000027748 ENSMODG00000014330 ENSMODG00000047117 ENSMODG00000014317 HDX (ENSMODG00000014307) RPS6KA6 (ENSMODG00000014302) ENSMODG00000014280 POU3F4 (ENSMODG00000014279) ENSMODG00000039381 ##22 ENSMODG00000043366 ENSMODG00000029108 SLITRK2 (ENSMODG00000013898) ENSMODG00000025197 ENSMODG00000013901 ENSMODG00000013907 ENSMODG00000013912 SLITRK4 (ENSMODG00000013917) ENSMODG00000041855 ##7 ENSMODG00000025204 SOX3 (ENSMODG00000013932) ENSMODG00000025205 ATP11C (ENSMODG00000013991) MCF2 (ENSMODG00000014008) F9 (ENSMODG00000014012) Opossum MODERN SPECIES ENSMODG00000013148 ENSMODG00000028536 ##7 WARS1 (ENSMODG00000013146) SLC25A47 (ENSMODG00000013139) SLC25A29 (ENSMODG00000036728) YY1 (ENSMODG00000013124) DEGS2 (ENSMODG00000044302) EVL (ENSMODG00000013104) EML1 (ENSMODG00000013095) ENSMODG00000028869 ##22 HHIPL1 (ENSMODG00000013069) CCDC85C (ENSMODG00000023818) ENSMODG00000013066 CCNK (ENSMODG00000013056) SETD3 (ENSMODG00000012975) ENSMODG00000027750 ##22 BCL11B (ENSMODG00000012964) VRK1 (ENSMODG00000012904) ENSMODG00000012897 ENSMODG00000012887 AK7 (ENSMODG00000012835) GSKIP (ENSMODG00000037732) ATG2B (ENSMODG00000012812) BDKRB1 (ENSMODG00000012747) BDKRB2 (ENSMODG00000048621) ENSMODG00000041567 ##7 ENSMODG00000037225 CATSPER3 (ENSMODG00000012720) ENSMODG00000039542 GLRX5 (ENSMODG00000012658) SYNE3 (ENSMODG00000012654) Opossum MODERN SPECIES 5 ENSMODG00000024137 HUS1 (ENSMODG00000009441) SUN3 (ENSMODG00000009429) C7orf57 (ENSMODG00000009422) UPP1 (ENSMODG00000009417) ABCA13 (ENSMODG00000009406) ENSMODG00000024142 ENSMODG00000009325 VWC2 (ENSMODG00000046131) ZPBP (ENSMODG00000009302) SPATA48 (ENSMODG00000028255) IKZF1 (ENSMODG00000009274) ENSMODG00000044243 FIGNL1 (ENSMODG00000024147) DDC (ENSMODG00000009255) ENSMODG00000037779 ##22 GRB10 (ENSMODG00000009212) ENSMODG00000009205 ENSMODG00000051593 ENSMODG00000009148 ENSMODG00000029195 ENSMODG00000009113 VSTM2A (ENSMODG00000009103) SEC61G (ENSMODG00000037009) ENSMODG00000009039 EGFR (ENSMODG00000009033) LANCL2 (ENSMODG00000008968) VOPP1 (ENSMODG00000029263) ENSMODG00000008902 ACVR2B (ENSMODG00000008889) XYLB (ENSMODG00000008877) Opossum MODERN SPECIES 1 ENSMODG00000041553 ENSMODG00000006171 ENSMODG00000004474 ENSMODG00000045246 ENSMODG00000004465 PRKAR1A (ENSMODG00000004452) ENSMODG00000036919 ##7 WIPI1 (ENSMODG00000004418) ARSG (ENSMODG00000004404) SLC16A6 (ENSMODG00000004376) GNA13 (ENSMODG00000004352) ENSMODG00000004332 ENSMODG00000043494 AXIN2 (ENSMODG00000004260) CEP112 (ENSMODG00000023922) ENSMODG00000041213 ##22 APOH (ENSMODG00000004169) PRKCA (ENSMODG00000004147) ENSMODG00000048375 CACNG4 (ENSMODG00000041560) CACNG1 (ENSMODG00000004045) HELZ (ENSMODG00000004034) PSMD12 (ENSMODG00000003986) PITPNC1 (ENSMODG00000003961) ENSMODG00000041640 NOL11 (ENSMODG00000003956) ENSMODG00000037884 ##7 BPTF (ENSMODG00000003866) ENSMODG00000046267 ENSMODG00000038752 ENSMODG00000003897 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.a.a.a.b ##22 Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil MODERN SPECIES PPL (ENSSHAG00000005158) UBN1 (ENSSHAG00000005893) GLYR1 (ENSSHAG00000006361) SMIM22 (ENSSHAG00000024014) SEPTIN12 (ENSSHAG00000007036) ZNF500 (ENSSHAG00000007447) ENSSHAG00000007628 ANKS3 (ENSSHAG00000007924) NUDT16L1 (ENSSHAG00000024919) MGRN1 (ENSSHAG00000008445) UBALD1 (ENSSHAG00000020838) ENSSHAG00000030747 CDIP1 (ENSSHAG00000023192) ENSSHAG00000002517 ENSSHAG00000003810 ENSSHAG00000025282 ##22 ENSSHAG00000003604 ENSSHAG00000026691 PLK1 (ENSSHAG00000020975) ENSSHAG00000005538 ENSSHAG00000006106 COG7 (ENSSHAG00000029299) GGA2 (ENSSHAG00000006650) SCNN1B (ENSSHAG00000008006) ENSSHAG00000022970 SCNN1G (ENSSHAG00000009422) USP31 (ENSSHAG00000026034) ENSSHAG00000020916 ENSSHAG00000024328 TMEM8B (ENSSHAG00000013422) ENSSHAG00000016152 Tasmanian devil MODERN SPECIES 3 NT5E (ENSSHAG00000015093) TBX18 (ENSSHAG00000010820) 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ENSVURG00010003743 ENSVURG00010003528 ENSVURG00010003503 ENSVURG00010003478 ENSVURG00010003421 ENSVURG00010002876 ENSVURG00010002819 ENSVURG00010002804 ENSVURG00010002732 ENSVURG00010002679 ##22 ENSVURG00010002671 ENSVURG00010002619 ##22 ENSVURG00010001863 ENSVURG00010001773 ENSVURG00010001630 ENSVURG00010001543 ENSVURG00010001534 ENSVURG00010001357 ENSVURG00010001230 ENSVURG00010001208 ENSVURG00010001158 ENSVURG00010001145 ENSVURG00010001136 ENSVURG00010001094 ENSVURG00010001008 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.a.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.a.a.b ##22 Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 ENSSHAG00000031166 ENSSHAG00000030601 ENSSHAG00000004699 ENSSHAG00000005539 ENSSHAG00000006099 ENSSHAG00000002109 ENSSHAG00000031403 ENSSHAG00000006975 ENSSHAG00000028124 ENSSHAG00000008651 ZCCHC17 (ENSSHAG00000020544) SNRNP40 (ENSSHAG00000027894) PUM1 (ENSSHAG00000010918) SDC3 (ENSSHAG00000028518) LAPTM5 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NAPRT (ENSSHAG00000024279) ENSSHAG00000008292 ENSSHAG00000008453 ENSSHAG00000022962 ENSSHAG00000027837 ENSSHAG00000025210 MAFA (ENSSHAG00000029071) Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.a.a.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.a.a.b ##22 koala MODERN SPECIES 38 ENSPCIG00000028565 ENSPCIG00000035492 PFKP (ENSPCIG00000029839) PITRM1 (ENSPCIG00000029829) KLF6 (ENSPCIG00000029814) MAD2L1 (ENSPCIG00000011256) FZD8 (ENSPCIG00000030914) GJD4 (ENSPCIG00000007153) CCNY (ENSPCIG00000007147) ENSPCIG00000035090 CREM (ENSPCIG00000007139) CUL2 (ENSPCIG00000016089) ENSPCIG00000016087 ENSPCIG00000016086 PARD3 (ENSPCIG00000016072) ENSPCIG00000031890 ##22 NRP1 (ENSPCIG00000015535) ITGB1 (ENSPCIG00000015501) ENSPCIG00000036745 ENSPCIG00000025558 EPC1 (ENSPCIG00000020008) KIF5B (ENSPCIG00000020005) ARHGAP12 (ENSPCIG00000020000) ZEB1 (ENSPCIG00000011050) ENSPCIG00000032227 SVIL (ENSPCIG00000017018) ENSPCIG00000017033 ENSPCIG00000036832 MTPAP (ENSPCIG00000018263) MAP3K8 (ENSPCIG00000018262) BAMBI (ENSPCIG00000028689) Opossum MODERN SPECIES 1 NVL (ENSMODG00000005163) ENSMODG00000005180 WDR26 (ENSMODG00000005227) ENSMODG00000040191 ##22 CNIH3 (ENSMODG00000038171) ENSMODG00000005248 ENSMODG00000005822 ENSMODG00000043253 ##7 ENSMODG00000005848 ENAH (ENSMODG00000005856) SRP9 (ENSMODG00000038570) EPHX1 (ENSMODG00000005882) TMEM63A (ENSMODG00000005934) ENSMODG00000005956 ENSMODG00000005964 ENSMODG00000050067 ##22 SDE2 (ENSMODG00000005979) H3F3B (ENSMODG00000045947) ACBD3 (ENSMODG00000005990) MIXL1 (ENSMODG00000005994) LIN9 (ENSMODG00000006033) PARP1 (ENSMODG00000006076) STUM (ENSMODG00000027423) ITPKB (ENSMODG00000006095) PSEN2 (ENSMODG00000006114) COQ8A (ENSMODG00000006151) CDC42BPA (ENSMODG00000006246) AHCTF1 (ENSMODG00000006310) ENSMODG00000024676 SCCPDH (ENSMODG00000006356) CNST (ENSMODG00000006372) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00990000203769 ENSGT00390000013956 ENSGT00940000157039.b ENSGT00390000013700 ENSGT00480000042679.b.b ENSGT00940000155219 ENSGT00940000155454 ENSGT00940000156894 ENSGT00900000143582 ENSGT00940000157843 ENSGT00940000157767 ENSGT00940000181563 ENSGT00940000155487 ENSGT00940000156743 ENSGT00940000155079.b ENSGT00940000153064.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000160425 ENSGT00390000001134.a.a ENSGT00390000005954 ENSGT00390000013790 ENSGT00530000063106.C ENSGT00390000015293 ENSGT00940000156711 ENSGT00940000158108 ENSGT00940000158486 ENSGT00960000186835 ENSGT00390000018369 ENSGT00940000154925 ENSGT00950000183159.b ENSGT00940000161074.a ENSGT00390000015700.a Opossum MODERN SPECIES 6 FBXL3 (ENSMODG00000001143) CLN5 (ENSMODG00000040189) ENSMODG00000037716 MYCBP2 (ENSMODG00000001380) SCEL (ENSMODG00000001434) SLAIN1 (ENSMODG00000001481) EDNRB (ENSMODG00000001507) POU4F1 (ENSMODG00000001515) OBI1 (ENSMODG00000001525) RBM26 (ENSMODG00000001574) ENSMODG00000001586 SPRY2 (ENSMODG00000001592) ENSMODG00000041893 ENSMODG00000024965 ENSMODG00000038503 ENSMODG00000029077 ##22 ENSMODG00000043469 ENSMODG00000006268 ENSMODG00000029389 PCDH20 (ENSMODG00000006279) ENSMODG00000024918 ENSMODG00000006329 DIAPH3 (ENSMODG00000006363) ENSMODG00000047947 ##7 HDAC8 (ENSMODG00000024915) PCDH17 (ENSMODG00000006409) ENSMODG00000006412 ENSMODG00000044149 ENSMODG00000048827 ENSMODG00000028702 ENSMODG00000044832 ##22 Marsupialia DUPLICATION Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.b.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.b.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.b.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.b.b.a ##22 koala MODERN SPECIES 113 ENSPCIG00000031802 ENSPCIG00000030542 ENSPCIG00000030541 ENSPCIG00000030632 ENSPCIG00000032703 ENSPCIG00000032081 ENSPCIG00000020457 KDM8 (ENSPCIG00000020455) ENSPCIG00000020451 ENSPCIG00000023720 ENSPCIG00000023723 ENSPCIG00000035315 GTF3C1 (ENSPCIG00000020429) KATNIP (ENSPCIG00000020403) GSG1L (ENSPCIG00000016516) ENSPCIG00000030773 ##22 XPO6 (ENSPCIG00000003863) Opossum MODERN SPECIES 3 ENSMODG00000047057 GAP43 (ENSMODG00000018184) ZBTB20 (ENSMODG00000018181) ENSMODG00000025557 DRD3 (ENSMODG00000018173) QTRT2 (ENSMODG00000036587) CCDC191 (ENSMODG00000018169) ZDHHC23 (ENSMODG00000018168) GRAMD1C (ENSMODG00000018166) ATP6V1A (ENSMODG00000018164) NAA50 (ENSMODG00000018160) USF3 (ENSMODG00000018158) SIDT1 (ENSMODG00000018157) SPICE1 (ENSMODG00000018152) CFAP44 (ENSMODG00000018147) ENSMODG00000029673 ##22 NEPRO (ENSMODG00000018133) GTPBP8 (ENSMODG00000018130) ENSMODG00000036491 ENSMODG00000018120 CCDC80 (ENSMODG00000018118) ENSMODG00000018117 SLC35A5 (ENSMODG00000018114) ATG3 (ENSMODG00000018112) CD200 (ENSMODG00000043948) ENSMODG00000028977 ENSMODG00000048738 ##22 SLC9C1 (ENSMODG00000018104) TMPRSS7 (ENSMODG00000018097) TAGLN3 (ENSMODG00000018096) ABHD10 (ENSMODG00000018095) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000012248 ENSGT00390000010591 ENSGT00940000154544 ENSGT00440000033970 ENSGT00390000014969 ENSGT00940000154206.b ENSGT00390000008327 ENSGT01090000260080.a ENSGT00390000001607 ENSGT00940000161448 ENSGT00390000013444.a.b.a ENSGT00940000155666.c ENSGT00390000018717.b.a.a ENSGT00940000160301 ENSGT01050000244818.d.a #7 ENSGT00940000153064.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000155428 ENSGT00940000156426 ENSGT00950000182899.A ENSGT00940000158656 ENSGT00940000156852 ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.a ENSGT00390000007214 ENSGT00940000160148 ENSGT00940000156461 ENSGT00940000158513 ENSGT00940000159062 ENSGT00950000183045.B ENSGT00390000004881 ENSGT00390000014687 ENSGT00940000161298 Opossum MODERN SPECIES 5 TRPM3 (ENSMODG00000002750) ENSMODG00000044608 CEMIP2 (ENSMODG00000002710) ENSMODG00000039345 ##7 ABHD17B (ENSMODG00000002658) ENSMODG00000042729 ENSMODG00000037680 GDA (ENSMODG00000002641) ZFAND5 (ENSMODG00000045347) TMC1 (ENSMODG00000002591) ALDH1A1 (ENSMODG00000002501) ENSMODG00000044158 ##7 ENSMODG00000002241 ANXA1 (ENSMODG00000002183) ENSMODG00000042964 ##7 ENSMODG00000049746 ##22 ENSMODG00000002076 RORB (ENSMODG00000002046) TRPM6 (ENSMODG00000002031) ENSMODG00000001995 CARNMT1 (ENSMODG00000001990) ENSMODG00000024888 NMRK1 (ENSMODG00000001966) OSTF1 (ENSMODG00000001955) ENSMODG00000040645 ENSMODG00000044770 PCSK5 (ENSMODG00000001932) ENSMODG00000036477 GABBR2 (ENSMODG00000001896) FUS (ENSMODG00000001889) LYRM7 (ENSMODG00000024890) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b ##22 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 470 ENSCWAG00000006697 ##22 Pig MODERN SPECIES 5 RAB4A (ENSSSCG00000036039) RHOU (ENSSSCG00000024418) ZNF37A (ENSSSCG00000031589) ENSSSCG00000028345 ZNF25 (ENSSSCG00000010196) ENSSSCG00000023596 ZNF248 (ENSSSCG00000037204) BMS1 (ENSSSCG00000010198) RET (ENSSSCG00000010199) CSGALNACT2 (ENSSSCG00000010200) RASGEF1A (ENSSSCG00000010201) ENSSSCG00000044108 ENSSSCG00000010203 BICC1 (ENSSSCG00000010204) ENSSSCG00000042520 ##22 ENSSSCG00000049004 ##22 ENSSSCG00000041686 PHYHIPL (ENSSSCG00000039215) ENSSSCG00000061874 FAM13C (ENSSSCG00000010209) SLC16A9 (ENSSSCG00000010210) ENSSSCG00000032953 CCDC6 (ENSSSCG00000010211) ENSSSCG00000010212 CDK1 (ENSSSCG00000010214) RHOBTB1 (ENSSSCG00000028327) ENSSSCG00000058274 TMEM26 (ENSSSCG00000023525) CABCOCO1 (ENSSSCG00000033268) ARID5B (ENSSSCG00000010219) RTKN2 (ENSSSCG00000039707) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.a ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 832 ENSMMSG00000016864 ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.a ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.a ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 48 TUFM (ENSDLEG00000013889) SH2B1 (ENSDLEG00000013846) ATP2A1 (ENSDLEG00000012109) RABEP2 (ENSDLEG00000011958) CD19 (ENSDLEG00000011894) NFATC2IP (ENSDLEG00000011870) SPNS1 (ENSDLEG00000011836) LAT (ENSDLEG00000011800) ENSDLEG00000011792 SBK1 (ENSDLEG00000011782) XPO6 (ENSDLEG00000011668) GSG1L (ENSDLEG00000011645) KIAA0556 (ENSDLEG00000011590) GTF3C1 (ENSDLEG00000011508) IL21R (ENSDLEG00000011488) ENSDLEG00000011482 ##22 IL4R (ENSDLEG00000011463) NSMCE1 (ENSDLEG00000011431) KDM8 (ENSDLEG00000011399) ENSDLEG00000011390 ZKSCAN2 (ENSDLEG00000011375) AQP8 (ENSDLEG00000011323) LCMT1 (ENSDLEG00000011238) ARHGAP17 (ENSDLEG00000011040) ENSDLEG00000011019 SLC5A11 (ENSDLEG00000010893) TNRC6A (ENSDLEG00000010613) RBBP6 (ENSDLEG00000010447) CACNG3 (ENSDLEG00000010423) ENSDLEG00000010410 PRKCB (ENSDLEG00000010361) Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.a ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 729 ENSMMSG00000005793 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 518 ENSMMSG00000005474 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 720 ENSMMSG00000005692 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 949 ENSMMSG00000004910 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 899 ENSMMSG00000016613 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 923 ENSMMSG00000016944 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 778 ENSMMSG00000016281 ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 677 ENSMMSG00000005137 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 825 ENSMMSG00000016754 ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 674 ENSMMSG00000005108 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 763 ENSMMSG00000016131 ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 791 ENSMMSG00000016401 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 717 ENSMMSG00000005663 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 771 ENSMMSG00000016219 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 672 ENSMMSG00000005071 ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 761 ENSMMSG00000016111 ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.a.b.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 298 SPEF2 (ENSMMNG00015001621) IL7R (ENSMMNG00015001861) CAPSL (ENSMMNG00015001898) LMBRD2 (ENSMMNG00015001929) SKP2 (ENSMMNG00015002022) RANBP3L (ENSMMNG00015002191) SLC1A3 (ENSMMNG00015002486) NIPBL (ENSMMNG00015002616) CPLANE1 (ENSMMNG00015002752) NUP155 (ENSMMNG00015002811) WDR70 (ENSMMNG00015002899) GDNF (ENSMMNG00015003016) ENSMMNG00015003038 EGFLAM (ENSMMNG00015003099) LIFR (ENSMMNG00015003256) ENSMMNG00015003285 ##22 ENSMMNG00015003299 OSMR (ENSMMNG00015003314) RICTOR (ENSMMNG00015003392) ENSMMNG00015003438 FYB1 (ENSMMNG00015003499) ENSMMNG00015003575 C9 (ENSMMNG00015003592) DAB2 (ENSMMNG00015003683) PTGER4 (ENSMMNG00015003808) TTC33 (ENSMMNG00015003825) PRKAA1 (ENSMMNG00015003860) RPL37 (ENSMMNG00015003911) ENSMMNG00015003941 C7 (ENSMMNG00015003958) MROH2B (ENSMMNG00015003995) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b ##22 Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.a ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 2154 ENSBMUG00000004042 FHL1 (ENSBMUG00000004151) ENSBMUG00000004189 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1073 NALCN (ENSBMUG00000018865) TMTC4 (ENSBMUG00000018813) ENSBMUG00000018740 PCCA (ENSBMUG00000018636) ENSBMUG00000018541 ZIC2 (ENSBMUG00000018533) ENSBMUG00000018528 CLYBL (ENSBMUG00000018475) TM9SF2 (ENSBMUG00000018434) ENSBMUG00000018415 ##22 ENSBMUG00000018395 GPR183 (ENSBMUG00000018391) GPR18 (ENSBMUG00000018382) UBAC2 (ENSBMUG00000018355) DOCK9 (ENSBMUG00000018226) Wild yak MODERN SPECIES 2525 ENSBMUG00000026662 ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 6 ENSBIXG00005020780 ENSBIXG00005020789 ENSBIXG00005007157 OR4X1 (ENSBIXG00005020818) OR4S1 (ENSBIXG00005020821) ENSBIXG00005020828 ENSBIXG00005020846 ENSBIXG00005020852 ENSBIXG00005020861 ENSBIXG00005005744 ENSBIXG00005020960 ENSBIXG00005020971 ENSBIXG00005020983 ENSBIXG00005020991 ENSBIXG00005020999 ENSBIXG00005021014 ##22 ENSBIXG00005003552 ENSBIXG00005003558 ENSBIXG00005021063 ENSBIXG00005021123 ENSBIXG00005021237 ENSBIXG00005021268 ENSBIXG00005021305 ENSBIXG00005003598 ENSBIXG00005021371 ENSBIXG00005021381 ENSBIXG00005021405 ENSBIXG00005021423 OR5I1 (ENSBIXG00005021430) OR10AG1 (ENSBIXG00005021469) ENSBIXG00005003620 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.a ##22 Goat MODERN SPECIES 11 ANKAR (ENSCHIG00000010609) ENSCHIG00000023155 ASDURF (ENSCHIG00000010415) SLC40A1 (ENSCHIG00000019342) WDR75 (ENSCHIG00000016603) COL5A2 (ENSCHIG00000012434) GULP1 (ENSCHIG00000021523) TFPI (ENSCHIG00000007459) CALCRL (ENSCHIG00000012190) ZSWIM2 (ENSCHIG00000011312) FAM171B (ENSCHIG00000010992) ITGAV (ENSCHIG00000009619) ZC3H15 (ENSCHIG00000026136) ENSCHIG00000011847 ENSCHIG00000018197 ENSCHIG00000003238 ##22 FSIP2 (ENSCHIG00000016003) ZNF804A (ENSCHIG00000013519) ENSCHIG00000010879 NUP35 (ENSCHIG00000023148) DUSP19 (ENSCHIG00000011127) NCKAP1 (ENSCHIG00000009748) FRZB (ENSCHIG00000021563) DNAJC10 (ENSCHIG00000003443) PDE1A (ENSCHIG00000024041) ENSCHIG00000012129 PPP1R1C (ENSCHIG00000022279) ITPRID2 (ENSCHIG00000012758) NEUROD1 (ENSCHIG00000013471) CERKL (ENSCHIG00000025973) ITGA4 (ENSCHIG00000019338) Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 270 ENSMMSG00000013693 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 296 ENSMMSG00000005486 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 167 OLFML2B (ENSMMSG00000000781) SPATA46 (ENSMMSG00000000755) ENSMMSG00000000662 SH2D1B (ENSMMSG00000000630) UHMK1 (ENSMMSG00000000594) UAP1 (ENSMMSG00000000525) DDR2 (ENSMMSG00000000474) HSD17B7 (ENSMMSG00000000442) CCDC190 (ENSMMSG00000000408) RGS4 (ENSMMSG00000000380) RGS5 (ENSMMSG00000000360) ENSMMSG00000000335 NUF2 (ENSMMSG00000000308) ENSMMSG00000000290 ENSMMSG00000000280 ENSMMSG00000000264 ##22 ENSMMSG00000000243 ENSMMSG00000000231 Siberian musk deer MODERN SPECIES 312 ENSMMSG00000012671 ##22 Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a ##22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.a.a ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 273 ENSBMUG00000026540 ZC3H12C (ENSBMUG00000026539) RDX (ENSBMUG00000026537) ENSBMUG00000026536 FDX1 (ENSBMUG00000026535) ENSBMUG00000026534 ##22 ARHGAP20 (ENSBMUG00000026533) ENSBMUG00000026531 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1271 ENSBMUG00000003312 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 253 ENSBMUG00000024060 ENSBMUG00000024079 ENSBMUG00000024113 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 262 ABCB6 (ENSBMUG00000026082) ZFAND2B (ENSBMUG00000026079) RETREG2 (ENSBMUG00000026075) CNPPD1 (ENSBMUG00000026070) SLC23A3 (ENSBMUG00000026064) NHEJ1 (ENSBMUG00000026054) IHH (ENSBMUG00000026052) CFAP65 (ENSBMUG00000026047) CRYBA2 (ENSBMUG00000026021) FEV (ENSBMUG00000026019) ENSBMUG00000026015 WNT10A (ENSBMUG00000026013) WNT6 (ENSBMUG00000026009) PRKAG3 (ENSBMUG00000026007) CYP27A1 (ENSBMUG00000026005) ENSBMUG00000025993 ##22 TTLL4 (ENSBMUG00000025991) STK36 (ENSBMUG00000025981) RNF25 (ENSBMUG00000025976) BCS1L (ENSBMUG00000025973) ENSBMUG00000025970 PLCD4 (ENSBMUG00000025954) CNOT9 (ENSBMUG00000025942) USP37 (ENSBMUG00000025936) VIL1 (ENSBMUG00000025916) CTDSP1 (ENSBMUG00000025903) SLC11A1 (ENSBMUG00000025898) CATIP (ENSBMUG00000025893) ENSBMUG00000025887 TMBIM1 (ENSBMUG00000025882) PNKD (ENSBMUG00000025880) Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1555 ENSBMUG00000007634 EDIL3 (ENSBMUG00000007651) ENSBMUG00000007659 ##22 HAPLN1 (ENSBMUG00000007663) VCAN (ENSBMUG00000007694) XRCC4 (ENSBMUG00000007761) ENSBMUG00000007771 ##22 ENSBMUG00000007780 ENSBMUG00000007795 RPS23 (ENSBMUG00000007812) ATG10 (ENSBMUG00000007821) Wild yak MODERN SPECIES 304 ENSBMUG00000015419 ##22 HDX (ENSBMUG00000015463) Wild yak MODERN SPECIES 2615 ENSBMUG00000006084 ##22 TBC1D19 (ENSBMUG00000006046) Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1555 ENSBMUG00000007634 EDIL3 (ENSBMUG00000007651) ENSBMUG00000007659 ##22 HAPLN1 (ENSBMUG00000007663) VCAN (ENSBMUG00000007694) XRCC4 (ENSBMUG00000007761) ENSBMUG00000007771 ##22 ENSBMUG00000007780 ENSBMUG00000007795 RPS23 (ENSBMUG00000007812) ATG10 (ENSBMUG00000007821) Wild yak MODERN SPECIES 527 PSAT1 (ENSBMUG00000017264) CEP78 (ENSBMUG00000017026) GNAQ (ENSBMUG00000016719) GNA14 (ENSBMUG00000016710) VPS13A (ENSBMUG00000016513) ENSBMUG00000016024 ENSBMUG00000016005 ENSBMUG00000015977 ENSBMUG00000015952 GCNT1 (ENSBMUG00000015908) RFK (ENSBMUG00000015895) ENSBMUG00000015883 PCSK5 (ENSBMUG00000015866) ENSBMUG00000015810 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 677 ENSBMUG00000018321 ##22 XPNPEP1 (ENSBMUG00000018231) ENSBMUG00000018076 ADD3 (ENSBMUG00000018010) MXI1 (ENSBMUG00000017880) SMNDC1 (ENSBMUG00000017809) DUSP5 (ENSBMUG00000017786) SMC3 (ENSBMUG00000017756) RBM20 (ENSBMUG00000017705) PDCD4 (ENSBMUG00000017672) BBIP1 (ENSBMUG00000017649) SHOC2 (ENSBMUG00000017602) Domestic yak MODERN SPECIES 10 ENSBGRG00000021491 ENSBGRG00000021412 ENSBGRG00000021390 ENSBGRG00000021375 ENSBGRG00000021260 CA10 (ENSBGRG00000021027) ENSBGRG00000021003 ENSBGRG00000020996 ##22 ENSBGRG00000020961 KIF2B (ENSBGRG00000020913) ENSBGRG00000020870 TOM1L1 (ENSBGRG00000020515) ENSBGRG00000020446 ENSBGRG00000020438 ENSBGRG00000020211 ENSBGRG00000020189 HLF (ENSBGRG00000020094) MMD (ENSBGRG00000019889) SMIM36 (ENSBGRG00000019859) TMEM100 (ENSBGRG00000019828) ENSBGRG00000019800 ENSBGRG00000019761 ENSBGRG00000019687 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 15 ENSBIXG00005000816 ENSBIXG00005010217 ENSBIXG00005006714 ENSBIXG00005010175 ENSBIXG00005010157 ENSBIXG00005010135 ENSBIXG00005000781 ENSBIXG00005010096 ENSBIXG00005009981 ##22 SOX4 (ENSBIXG00005009960) ENSBIXG00005007422 CDKAL1 (ENSBIXG00005009927) ENSBIXG00005006412 MBOAT1 (ENSBIXG00005009813) ID4 (ENSBIXG00005009689) ENSBIXG00005009642 ##22 RNF144B (ENSBIXG00005009620) ENSBIXG00005009607 ENSBIXG00005009597 DEK (ENSBIXG00005009572) KDM1B (ENSBIXG00005005465) TPMT (ENSBIXG00005006310) ENSBIXG00005009424 NHLRC1 (ENSBIXG00005009409) KIF13A (ENSBIXG00005009343) ENSBIXG00005009152 NUP153 (ENSBIXG00005005155) FAM8A1 (ENSBIXG00005001959) CAP2 (ENSBIXG00005001999) RBM24 (ENSBIXG00005028998) STMND1 (ENSBIXG00005028968) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.a.b ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 531 ENSBMUG00000019452 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1079 ERAP2 (ENSBMUG00000020532) ERAP1 (ENSBMUG00000020593) CAST (ENSBMUG00000020822) PCSK1 (ENSBMUG00000020957) ELL2 (ENSBMUG00000020982) RHOBTB3 (ENSBMUG00000021003) SPATA9 (ENSBMUG00000021013) RFESD (ENSBMUG00000021023) ARSK (ENSBMUG00000021052) ENSBMUG00000021084 ##22 ENSBMUG00000021100 SKIC3 (ENSBMUG00000021124) FAM81B (ENSBMUG00000021148) Wild yak MODERN SPECIES 872 BARX2 (ENSBMUG00000005092) ENSBMUG00000005108 ENSBMUG00000005128 KCNJ5 (ENSBMUG00000005143) KCNJ1 (ENSBMUG00000005157) FLI1 (ENSBMUG00000005250) ETS1 (ENSBMUG00000005346) ENSBMUG00000005393 ENSBMUG00000005395 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 117 CSMD3 (ENSBMUG00000013917) ENSBMUG00000013698 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 273 ENSBMUG00000026540 ZC3H12C (ENSBMUG00000026539) RDX (ENSBMUG00000026537) ENSBMUG00000026536 FDX1 (ENSBMUG00000026535) ENSBMUG00000026534 ##22 ARHGAP20 (ENSBMUG00000026533) ENSBMUG00000026531 ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 TRPC5OS (ENSBIXG00005021048) TRPC5 (ENSBIXG00005021071) LHFPL1 (ENSBIXG00005021192) AMOT (ENSBIXG00005021243) ENSBIXG00005007729 HTR2C (ENSBIXG00005021329) ENSBIXG00005007160 ENSBIXG00005005873 ENSBIXG00005021395 IL13RA2 (ENSBIXG00005007068) LRCH2 (ENSBIXG00005021533) ENSBIXG00005021585 PLS3 (ENSBIXG00005003665) ENSBIXG00005007070 DACH2 (ENSBIXG00005003727) ENSBIXG00005022091 ##22 CHM (ENSBIXG00005022182) ENSBIXG00005022230 POF1B (ENSBIXG00005022276) ZNF711 (ENSBIXG00005003824) ENSBIXG00005022499 APOOL (ENSBIXG00005022564) ENSBIXG00005022647 HDX (ENSBIXG00005022875) ENSBIXG00005022936 ENSBIXG00005005756 ENSBIXG00005022974 ENSBIXG00005022982 RPS6KA6 (ENSBIXG00005004019) ENSBIXG00005023627 CYLC1 (ENSBIXG00005023648) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.b ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 696 ENSBMUG00000003839 RND3 (ENSBMUG00000003872) ENSBMUG00000003887 ##22 MMADHC (ENSBMUG00000003907) LYPD6 (ENSBMUG00000003931) LYPD6B (ENSBMUG00000003956) ENSBMUG00000003968 ##22 KIF5C (ENSBMUG00000004035) EPC2 (ENSBMUG00000004075) MBD5 (ENSBMUG00000004107) Wild yak MODERN SPECIES 2755 ENSBMUG00000009703 ##22 ENSBMUG00000009700 Wild yak MODERN SPECIES 1619 ENSBMUG00000011418 ENSBMUG00000011439 ENSBMUG00000011458 ENSBMUG00000011482 ENSBMUG00000011515 ##22 ENSBMUG00000011552 ENSBMUG00000011627 ENSBMUG00000011731 ENSBMUG00000011774 ENSBMUG00000011822 ENSBMUG00000011875 CYP4F22 (ENSBMUG00000011890) PGLYRP2 (ENSBMUG00000011932) RASAL3 (ENSBMUG00000011972) WIZ (ENSBMUG00000012029) AKAP8L (ENSBMUG00000012103) AKAP8 (ENSBMUG00000012119) ENSBMUG00000012134 ENSBMUG00000012143 EPHX3 (ENSBMUG00000012149) Domestic yak MODERN SPECIES 6 ENSBGRG00000004884 USP12 (ENSBGRG00000004775) ENSBGRG00000004746 ENSBGRG00000004721 GPR12 (ENSBGRG00000004706) WASF3 (ENSBGRG00000004578) CDK8 (ENSBGRG00000004492) RNF6 (ENSBGRG00000004463) ENSBGRG00000003811 SHISA2 (ENSBGRG00000017087) ENSBGRG00000017047 ENSBGRG00000017006 ENSBGRG00000016937 ENSBGRG00000016897 ENSBGRG00000016865 ENSBGRG00000016808 ##22 ATP8A2 (ENSBGRG00000016115) NUP58 (ENSBGRG00000015980) MTMR6 (ENSBGRG00000015826) AMER2 (ENSBGRG00000015755) ENSBGRG00000015382 ENSBGRG00000015156 ENSBGRG00000015093 MIPEP (ENSBGRG00000014831) TNFRSF19 (ENSBGRG00000014716) ENSBGRG00000014659 ENSBGRG00000014596 SGCG (ENSBGRG00000014518) ENSBGRG00000014493 ENSBGRG00000014473 MICU2 (ENSBGRG00000014230) Bos_b DUPLICATION Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.b.c.a ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 3 ENSBIXG00005021411 LPAR6 (ENSBIXG00005021400) RCBTB2 (ENSBIXG00005021378) ENSBIXG00005003584 ENSBIXG00005021203 FNDC3A (ENSBIXG00005021155) MLNR (ENSBIXG00005005745) CDADC1 (ENSBIXG00005020968) CAB39L (ENSBIXG00005020883) SETDB2 (ENSBIXG00005020628) PHF11 (ENSBIXG00005020432) RCBTB1 (ENSBIXG00005003427) ARL11 (ENSBIXG00005020314) EBPL (ENSBIXG00005007836) KPNA3 (ENSBIXG00005020259) ENSBIXG00005020218 ##22 SPRYD7 (ENSBIXG00005020199) TRIM13 (ENSBIXG00005003326) DLEU7 (ENSBIXG00005020068) ENSBIXG00005003277 ENSBIXG00005019941 C13orf42 (ENSBIXG00005019922) ENSBIXG00005019899 ENSBIXG00005019894 FAM124A (ENSBIXG00005019877) SERPINE3 (ENSBIXG00005003247) ENSBIXG00005019826 INTS6 (ENSBIXG00005019800) ENSBIXG00005003216 WDFY2 (ENSBIXG00005019675) ENSBIXG00005019649 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 ECE1 (ENSBIXG00005005026) EIF4G3 (ENSBIXG00005004936) ENSBIXG00005004846 HP1BP3 (ENSBIXG00005028160) SH2D5 (ENSBIXG00005004839) KIF17 (ENSBIXG00005004827) DDOST (ENSBIXG00005028060) PINK1 (ENSBIXG00005028009) ENSBIXG00005027984 CDA (ENSBIXG00005027969) ENSBIXG00005027952 FAM43B (ENSBIXG00005027942) ENSBIXG00005027934 ENSBIXG00005027914 VWA5B1 (ENSBIXG00005027856) ENSBIXG00005027840 ##22 UBXN10 (ENSBIXG00005027831) ENSBIXG00005007594 PLA2G2F (ENSBIXG00005027786) ENSBIXG00005027743 PLA2G5 (ENSBIXG00005027676) ENSBIXG00005004752 ENSBIXG00005027651 ENSBIXG00005027622 ENSBIXG00005027569 PLA2G2E (ENSBIXG00005027550) OTUD3 (ENSBIXG00005004738) RNF186 (ENSBIXG00005027524) TMCO4 (ENSBIXG00005027502) HTR6 (ENSBIXG00005027471) NBL1 (ENSBIXG00005027455) Cow MODERN SPECIES 1 PAK6 (ENSBTAG00000019076) BUB1B (ENSBTAG00000007237) BMF (ENSBTAG00000012180) SRP14 (ENSBTAG00000014353) EIF2AK4 (ENSBTAG00000014351) ENSBTAG00000054650 GPR176 (ENSBTAG00000016826) FSIP1 (ENSBTAG00000012015) THBS1 (ENSBTAG00000002006) RASGRP1 (ENSBTAG00000021872) FAM98B (ENSBTAG00000021870) SPRED1 (ENSBTAG00000032518) TMCO5A (ENSBTAG00000027162) MEIS2 (ENSBTAG00000003172) CDIN1 (ENSBTAG00000002179) ENSBTAG00000050159 ##22 DPH6 (ENSBTAG00000001364) ZNF770 (ENSBTAG00000040206) AQR (ENSBTAG00000012712) ACTC1 (ENSBTAG00000005714) GJD2 (ENSBTAG00000021730) ENSBTAG00000020100 SCG5 (ENSBTAG00000032613) GREM1 (ENSBTAG00000050495) FMN1 (ENSBTAG00000025634) TMCO5B (ENSBTAG00000021414) ENSBTAG00000053901 AVEN (ENSBTAG00000044029) CHRM5 (ENSBTAG00000037985) EMC7 (ENSBTAG00000007385) KATNBL1 (ENSBTAG00000006413) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.b.c.b ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 CPA4 (ENSBIXG00005025635) CPA5 (ENSBIXG00005025741) CPA1 (ENSBIXG00005025764) CEP41 (ENSBIXG00005025834) MEST (ENSBIXG00005025986) COPG2 (ENSBIXG00005026018) TSGA13 (ENSBIXG00005026056) KLF14 (ENSBIXG00005005784) ENSBIXG00005026093 ENSBIXG00005004457 MKLN1 (ENSBIXG00005026160) ENSBIXG00005026196 ENSBIXG00005026220 ENSBIXG00005026238 PLXNA4 (ENSBIXG00005026315) ENSBIXG00005026343 ##22 CHCHD3 (ENSBIXG00005004506) ENSBIXG00005026405 EXOC4 (ENSBIXG00005026482) LRGUK (ENSBIXG00005026545) SLC35B4 (ENSBIXG00005026563) ENSBIXG00005026604 ENSBIXG00005026612 ENSBIXG00005026632 ENSBIXG00005007644 ENSBIXG00005004556 ENSBIXG00005026696 CALD1 (ENSBIXG00005007412) AGBL3 (ENSBIXG00005026807) TMEM140 (ENSBIXG00005026827) CYREN (ENSBIXG00005026852) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 184 ENSBIXG00005020490 ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 8 EWSR1 (ENSBIXG00005029512) RASL10A (ENSBIXG00005029593) GAS2L1 (ENSBIXG00005029605) RHBDD3 (ENSBIXG00005029622) EMID1 (ENSBIXG00005029656) KREMEN1 (ENSBIXG00005029695) C22orf31 (ENSBIXG00005029738) ZNRF3 (ENSBIXG00005029754) ENSBIXG00005029805 CCDC117 (ENSBIXG00005029842) HSCB (ENSBIXG00005029856) CHEK2 (ENSBIXG00005029873) TTC28 (ENSBIXG00005029942) ENSBIXG00005029956 ENSBIXG00005029962 ENSBIXG00005029972 ##22 PITPNB (ENSBIXG00005029995) MN1 (ENSBIXG00005030015) ENSBIXG00005030067 CRYBA4 (ENSBIXG00005030101) CRYBB1 (ENSBIXG00005030108) TPST2 (ENSBIXG00005030140) TFIP11 (ENSBIXG00005030169) SRRD (ENSBIXG00005030186) HPS4 (ENSBIXG00005030212) ASPHD2 (ENSBIXG00005030261) SEZ6L (ENSBIXG00005030289) MYO18B (ENSBIXG00005030334) ENSBIXG00005030342 ENSBIXG00005030350 GRK3 (ENSBIXG00005030369) Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 8 INTU (ENSBIXG00005011331) FAT4 (ENSBIXG00005011392) ENSBIXG00005011439 ANKRD50 (ENSBIXG00005011489) SPRY1 (ENSBIXG00005011604) SPATA5 (ENSBIXG00005011714) NUDT6 (ENSBIXG00005011757) FGF2 (ENSBIXG00005011786) BBS12 (ENSBIXG00005011807) ENSBIXG00005011814 IL21 (ENSBIXG00005011875) IL2 (ENSBIXG00005007574) ADAD1 (ENSBIXG00005001203) BLTP1 (ENSBIXG00005001213) ENSBIXG00005011987 ENSBIXG00005001224 ##22 TRPC3 (ENSBIXG00005001244) FSTL5 (ENSBIXG00005005480) ENSBIXG00005012252 RAPGEF2 (ENSBIXG00005012665) C4orf45 (ENSBIXG00005012784) FNIP2 (ENSBIXG00005012898) PPID (ENSBIXG00005012952) ENSBIXG00005001471 ETFDH (ENSBIXG00005013105) C4orf46 (ENSBIXG00005013145) RXFP1 (ENSBIXG00005013443) ENSBIXG00005013513 TMEM144 (ENSBIXG00005013550) ENSBIXG00005013576 GASK1B (ENSBIXG00005013608) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 28 PGM3 (ENSBIXG00005007443) RWDD2A (ENSBIXG00005013182) ME1 (ENSBIXG00005005837) PRSS35 (ENSBIXG00005013106) SNAP91 (ENSBIXG00005012993) C6orf58 (ENSBIXG00005012644) SOGA3 (ENSBIXG00005012632) KIAA0408 (ENSBIXG00005000317) ECHDC1 (ENSBIXG00005001376) RNF146 (ENSBIXG00005012486) ENSBIXG00005012445 RSPO3 (ENSBIXG00005000344) ENSBIXG00005012423 CENPW (ENSBIXG00005012376) TRMT11 (ENSBIXG00005012320) ENSBIXG00005007261 ##22 HINT3 (ENSBIXG00005012194) NCOA7 (ENSBIXG00005001254) ENSBIXG00005012079 HEY2 (ENSBIXG00005012072) HDDC2 (ENSBIXG00005001234) TPD52L1 (ENSBIXG00005000415) RNF217 (ENSBIXG00005011850) NKAIN2 (ENSBIXG00005001158) ENSBIXG00005011667 ENSBIXG00005001145 ENSBIXG00005001132 ENSBIXG00005011574 TRDN (ENSBIXG00005001117) CLVS2 (ENSBIXG00005011460) SMPDL3A (ENSBIXG00005011419) Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 5 DCSTAMP (ENSBIXG00005001851) RIMS2 (ENSBIXG00005014041) DCAF13 (ENSBIXG00005013107) SLC25A32 (ENSBIXG00005013054) ENSBIXG00005001481 CTHRC1 (ENSBIXG00005013017) FZD6 (ENSBIXG00005012995) ENSBIXG00005001470 ATP6V1C1 (ENSBIXG00005012954) ENSBIXG00005012917 AZIN1 (ENSBIXG00005012889) KLF10 (ENSBIXG00005012828) ODF1 (ENSBIXG00005012795) UBR5 (ENSBIXG00005001403) RRM2B (ENSBIXG00005012510) ENSBIXG00005012396 ##22 NCALD (ENSBIXG00005012381) ENSBIXG00005001314 GRHL2 (ENSBIXG00005012342) ENSBIXG00005012298 ENSBIXG00005001276 PABPC1 (ENSBIXG00005005823) SNX31 (ENSBIXG00005012055) ENSBIXG00005012042 ANKRD46 (ENSBIXG00005001241) ENSBIXG00005011975 RNF19A (ENSBIXG00005001214) SPAG1 (ENSBIXG00005011906) POLR2K (ENSBIXG00005011816) FBXO43 (ENSBIXG00005011794) ENSBIXG00005011746 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 5 FER1L6 (ENSBIXG00005007781) TMEM65 (ENSBIXG00005004765) ENSBIXG00005027769 ENSBIXG00005027775 TRMT12 (ENSBIXG00005027811) RNF139 (ENSBIXG00005027832) TATDN1 (ENSBIXG00005027923) NDUFB9 (ENSBIXG00005027977) MTSS1 (ENSBIXG00005004825) ZNF572 (ENSBIXG00005028142) SQLE (ENSBIXG00005028246) WASHC5 (ENSBIXG00005028371) NSMCE2 (ENSBIXG00005028462) TRIB1 (ENSBIXG00005028498) LRATD2 (ENSBIXG00005028575) ENSBIXG00005006639 ##22 ENSBIXG00005028619 ENSBIXG00005002377 ENSBIXG00005004951 ENSBIXG00005004952 MYC (ENSBIXG00005028785) ENSBIXG00005005029 GSDMC (ENSBIXG00005028921) ENSBIXG00005005063 CYRIB (ENSBIXG00005002096) ENSBIXG00005029009 ASAP1 (ENSBIXG00005005233) ADCY8 (ENSBIXG00005031309) ENSBIXG00005031307 EFR3A (ENSBIXG00005031297) ENSBIXG00005031289 Cow MODERN SPECIES 6 MRE11 (ENSBTAG00000008925) ANKRD49 (ENSBTAG00000009176) AASDHPPT (ENSBTAG00000012279) KBTBD3 (ENSBTAG00000005392) MSANTD4 (ENSBTAG00000023989) GRIA4 (ENSBTAG00000006176) ENSBTAG00000055258 CASP1 (ENSBTAG00000050239) CASP4 (ENSBTAG00000020884) ENSBTAG00000053811 ENSBTAG00000051613 ENSBTAG00000052675 PDGFD (ENSBTAG00000034827) DDI1 (ENSBTAG00000002887) ENSBTAG00000049312 ENSBTAG00000051741 ##22 ENSBTAG00000047461 ENSBTAG00000048939 ENSBTAG00000019309 DCUN1D5 (ENSBTAG00000003087) ENSBTAG00000050505 MMP13 (ENSBTAG00000015059) MMP12 (ENSBTAG00000053542) MMP3 (ENSBTAG00000037768) MMP1 (ENSBTAG00000048029) ENSBTAG00000015818 MMP8 (ENSBTAG00000046732) MMP27 (ENSBTAG00000040567) MMP20 (ENSBTAG00000014251) MMP7 (ENSBTAG00000004594) ENSBTAG00000049233 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.a.b.d ##22 Cow MODERN SPECIES 19 SLC7A2 (ENSBTAG00000010085) PDGFRL (ENSBTAG00000001966) MTUS1 (ENSBTAG00000039682) ENSBTAG00000055214 FGL1 (ENSBTAG00000016177) PCM1 (ENSBTAG00000007236) ASAH1 (ENSBTAG00000011257) FRG1 (ENSBTAG00000007089) ENSBTAG00000005559 ENSBTAG00000047159 ENSBTAG00000045531 TRIML1 (ENSBTAG00000008639) TRIML2 (ENSBTAG00000008637) ZFP42 (ENSBTAG00000044139) ENSBTAG00000050561 ENSBTAG00000050692 ##22 ENSBTAG00000050498 FAT1 (ENSBTAG00000020657) MTNR1A (ENSBTAG00000046938) F11 (ENSBTAG00000003572) KLKB1 (ENSBTAG00000009501) CYP4V2 (ENSBTAG00000021263) FAM149A (ENSBTAG00000034393) TLR3 (ENSBTAG00000008682) SORBS2 (ENSBTAG00000016486) PDLIM3 (ENSBTAG00000017183) CCDC110 (ENSBTAG00000017157) C27H4orf47 (ENSBTAG00000034430) UFSP2 (ENSBTAG00000018454) ANKRD37 (ENSBTAG00000018453) LRP2BP (ENSBTAG00000005094) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 15 NHLRC1 (ENSBIXG00005009409) ENSBIXG00005009424 TPMT (ENSBIXG00005006310) KDM1B (ENSBIXG00005005465) DEK (ENSBIXG00005009572) ENSBIXG00005009597 ENSBIXG00005009607 RNF144B (ENSBIXG00005009620) ENSBIXG00005009642 ##22 ID4 (ENSBIXG00005009689) MBOAT1 (ENSBIXG00005009813) ENSBIXG00005006412 CDKAL1 (ENSBIXG00005009927) ENSBIXG00005007422 SOX4 (ENSBIXG00005009960) ENSBIXG00005009981 ##22 ENSBIXG00005010096 ENSBIXG00005000781 ENSBIXG00005010135 ENSBIXG00005010157 ENSBIXG00005010175 ENSBIXG00005006714 ENSBIXG00005010217 ENSBIXG00005000816 ENSBIXG00005010376 ENSBIXG00005010414 NRSN1 (ENSBIXG00005010458) DCDC2 (ENSBIXG00005010487) ENSBIXG00005010498 ENSBIXG00005010505 MRS2 (ENSBIXG00005010580) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 19 ENSCHYG00000024044 ENSCHYG00000023799 TMX3 (ENSCHYG00000023681) ENSCHYG00000023651 DSEL (ENSCHYG00000023633) CDH19 (ENSCHYG00000023563) ENSCHYG00000023543 ENSCHYG00000023529 CDH7 (ENSCHYG00000023426) SERPINB8 (ENSCHYG00000023353) ENSCHYG00000023325 ENSCHYG00000023275 SYT4 (ENSCHYG00000023253) PIK3C3 (ENSCHYG00000022452) CELF4 (ENSCHYG00000022121) ENSCHYG00000022088 ##22 ENSCHYG00000022059 KIAA1328 (ENSCHYG00000021992) TPGS2 (ENSCHYG00000021806) FHOD3 (ENSCHYG00000020663) MOCOS (ENSCHYG00000020478) ELP2 (ENSCHYG00000019094) SLC39A6 (ENSCHYG00000018931) RPRD1A (ENSCHYG00000018735) ENSCHYG00000018675 C18orf21 (ENSCHYG00000018586) ENSCHYG00000018558 ENSCHYG00000018508 GALNT1 (ENSCHYG00000018348) INO80C (ENSCHYG00000018185) ZNF24 (ENSCHYG00000018141) Yarkand deer MODERN SPECIES 1068 ENSCHYG00000009599 ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 13 FABP4 (ENSCHYG00000012700) PMP2 (ENSCHYG00000012498) FABP5 (ENSCHYG00000012376) PAG1 (ENSCHYG00000012288) ENSCHYG00000012254 ZNF704 (ENSCHYG00000012170) ZBTB10 (ENSCHYG00000011967) TPD52 (ENSCHYG00000011705) MRPS28 (ENSCHYG00000011656) HEY1 (ENSCHYG00000011611) STMN2 (ENSCHYG00000011553) IL7 (ENSCHYG00000011249) ZC2HC1A (ENSCHYG00000011118) PKIA (ENSCHYG00000011022) ENSCHYG00000010953 ENSCHYG00000010917 ##22 PEX2 (ENSCHYG00000010856) ENSCHYG00000010831 ZFHX4 (ENSCHYG00000010700) ENSCHYG00000010646 HNF4G (ENSCHYG00000010531) CRISPLD1 (ENSCHYG00000010262) PI15 (ENSCHYG00000010209) GDAP1 (ENSCHYG00000010142) JPH1 (ENSCHYG00000010044) ENSCHYG00000010001 ENSCHYG00000009963 LY96 (ENSCHYG00000009842) ENSCHYG00000009778 ELOC (ENSCHYG00000009736) ENSCHYG00000009717 Yarkand deer MODERN SPECIES 2 ENSCHYG00000018581 RTN4 (ENSCHYG00000018275) EML6 (ENSCHYG00000017556) SPTBN1 (ENSCHYG00000016452) ENSCHYG00000016372 C2orf73 (ENSCHYG00000016294) ENSCHYG00000016240 ENSCHYG00000016207 ENSCHYG00000016000 PSME4 (ENSCHYG00000015425) ERLEC1 (ENSCHYG00000014797) CHAC2 (ENSCHYG00000014670) ASB3 (ENSCHYG00000014492) ENSCHYG00000014456 NRXN1 (ENSCHYG00000011322) ENSCHYG00000011174 ##22 FSHR (ENSCHYG00000010939) LHCGR (ENSCHYG00000010738) GTF2A1L (ENSCHYG00000010466) ENSCHYG00000010413 PPP1R21 (ENSCHYG00000010072) FOXN2 (ENSCHYG00000009915) ENSCHYG00000009840 FBXO11 (ENSCHYG00000009476) MSH6 (ENSCHYG00000009226) KCNK12 (ENSCHYG00000009154) MSH2 (ENSCHYG00000018673) EPCAM (ENSCHYG00000018529) STPG4 (ENSCHYG00000018178) TTC7A (ENSCHYG00000017758) ENSCHYG00000017629 Yarkand deer MODERN SPECIES 28 FAT4 (ENSCHYG00000001903) ANKRD50 (ENSCHYG00000001838) ENSCHYG00000001825 SPRY1 (ENSCHYG00000001819) SPATA5 (ENSCHYG00000001765) NUDT6 (ENSCHYG00000001727) FGF2 (ENSCHYG00000001709) ENSCHYG00000001694 IL21 (ENSCHYG00000001661) ENSCHYG00000001637 IL2 (ENSCHYG00000001617) ADAD1 (ENSCHYG00000001565) BLTP1 (ENSCHYG00000001500) TRPC3 (ENSCHYG00000001387) ENSCHYG00000001342 ENSCHYG00000001335 ##22 FSTL5 (ENSCHYG00000001241) ENSCHYG00000001203 RAPGEF2 (ENSCHYG00000000924) C4orf45 (ENSCHYG00000000841) FNIP2 (ENSCHYG00000000712) PPID (ENSCHYG00000000648) ETFDH (ENSCHYG00000000582) C4orf46 (ENSCHYG00000000542) RXFP1 (ENSCHYG00000000431) TMEM144 (ENSCHYG00000000356) ENSCHYG00000000340 GASK1B (ENSCHYG00000000322) GRIA2 (ENSCHYG00000000264) ENSCHYG00000000231 GLRB (ENSCHYG00000000214) Yarkand deer MODERN SPECIES 989 ENSCHYG00000020207 ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 9 NFE2L3 (ENSCHYG00000008565) NPVF (ENSCHYG00000008663) C7orf31 (ENSCHYG00000008694) ENSCHYG00000008826 OSBPL3 (ENSCHYG00000008908) GSDME (ENSCHYG00000009207) PALS2 (ENSCHYG00000009307) ENSCHYG00000009467 STK31 (ENSCHYG00000009576) FAM221A (ENSCHYG00000010664) ADAM22 (ENSCHYG00000010910) SRI (ENSCHYG00000012106) STEAP4 (ENSCHYG00000012322) ZNF804B (ENSCHYG00000012375) TEX47 (ENSCHYG00000012413) ENSCHYG00000012457 ##22 ENSCHYG00000012562 CFAP69 (ENSCHYG00000012652) FAM237B (ENSCHYG00000013618) ENSCHYG00000013655 ENSCHYG00000013766 TNS3 (ENSCHYG00000013890) ENSCHYG00000014970 ENSCHYG00000014992 IGFBP3 (ENSCHYG00000015073) IGFBP1 (ENSCHYG00000015230) CCDC201 (ENSCHYG00000015343) ADCY1 (ENSCHYG00000015446) RAMP3 (ENSCHYG00000015625) TBRG4 (ENSCHYG00000015655) ENSCHYG00000016122 Yarkand deer MODERN SPECIES 15 ENSCHYG00000018002 ENSCHYG00000017814 ENSCHYG00000017744 NANP (ENSCHYG00000017705) OTOR (ENSCHYG00000017639) SNRPB2 (ENSCHYG00000017566) KIF16B (ENSCHYG00000016386) ENSCHYG00000016295 FLRT3 (ENSCHYG00000016270) MACROD2 (ENSCHYG00000015960) SEL1L2 (ENSCHYG00000015635) NDUFAF5 (ENSCHYG00000015321) ESF1 (ENSCHYG00000015179) TASP1 (ENSCHYG00000014901) ISM1 (ENSCHYG00000014788) ENSCHYG00000014761 ##22 SPTLC3 (ENSCHYG00000014454) ENSCHYG00000014419 BTBD3 (ENSCHYG00000014298) ENSCHYG00000014252 JAG1 (ENSCHYG00000013721) ENSCHYG00000026432 ENSCHYG00000026412 ENSCHYG00000026407 ENSCHYG00000026398 SNAP25 (ENSCHYG00000026376) ENSCHYG00000026363 ANKEF1 (ENSCHYG00000026347) PAK5 (ENSCHYG00000026329) LAMP5 (ENSCHYG00000026301) PLCB4 (ENSCHYG00000026256) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b ##22 Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.c ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.c ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.c ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.c ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 ENSBIXG00005026078 ENSBIXG00005026062 ELOVL6 (ENSBIXG00005026027) ENSBIXG00005005779 ENSBIXG00005025927 LRIT3 (ENSBIXG00005025878) MCUB (ENSBIXG00005025807) CFI (ENSBIXG00005005775) CASP6 (ENSBIXG00005007241) SEC24B (ENSBIXG00005006858) ENSBIXG00005007629 COL25A1 (ENSBIXG00005025230) ETNPPL (ENSBIXG00005025104) ENSBIXG00005005563 ENSBIXG00005024929 ENSBIXG00005004244 ##22 LEF1 (ENSBIXG00005024848) HADH (ENSBIXG00005024749) CYP2U1 (ENSBIXG00005024695) SGMS2 (ENSBIXG00005024656) PAPSS1 (ENSBIXG00005024610) ENSBIXG00005004183 DKK2 (ENSBIXG00005024455) ENSBIXG00005024432 GIMD1 (ENSBIXG00005024421) AIMP1 (ENSBIXG00005024391) TBCK (ENSBIXG00005024271) ENSBIXG00005024159 ENSBIXG00005024147 NPNT (ENSBIXG00005004120) GSTCD (ENSBIXG00005023858) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 PLEKHH2 (ENSBIXG00005022963) DYNC2LI1 (ENSBIXG00005022758) ABCG5 (ENSBIXG00005022716) ABCG8 (ENSBIXG00005007691) LRPPRC (ENSBIXG00005007378) PPM1B (ENSBIXG00005022600) SLC3A1 (ENSBIXG00005022554) PREPL (ENSBIXG00005022460) CAMKMT (ENSBIXG00005022237) SIX3 (ENSBIXG00005003768) SIX2 (ENSBIXG00005022129) ENSBIXG00005003749 SRBD1 (ENSBIXG00005006888) ENSBIXG00005022043 ENSBIXG00005022031 ENSBIXG00005022019 ##22 PRKCE (ENSBIXG00005021984) ENSBIXG00005021886 EPAS1 (ENSBIXG00005021871) TMEM247 (ENSBIXG00005021810) RHOQ (ENSBIXG00005007308) PIGF (ENSBIXG00005021758) CRIPT (ENSBIXG00005021712) SOCS5 (ENSBIXG00005021677) ENSBIXG00005021629 TTC7A (ENSBIXG00005021493) STPG4 (ENSBIXG00005021460) CALM2 (ENSBIXG00005021412) EPCAM (ENSBIXG00005003602) MSH2 (ENSBIXG00005021319) KCNK12 (ENSBIXG00005021241) Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 8 PUS1 (ENSBIXG00005016019) ULK1 (ENSBIXG00005006510) MMP17 (ENSBIXG00005016111) SFSWAP (ENSBIXG00005016190) ADGRD1 (ENSBIXG00005016329) ENSBIXG00005016370 STX2 (ENSBIXG00005016420) ENSBIXG00005016432 RIMBP2 (ENSBIXG00005002663) PIWIL1 (ENSBIXG00005016568) FZD10 (ENSBIXG00005016588) ENSBIXG00005016601 TMEM132D (ENSBIXG00005016628) GLT1D1 (ENSBIXG00005016747) SLC15A4 (ENSBIXG00005005508) ENSBIXG00005016848 ##22 TMEM132C (ENSBIXG00005007554) ENSBIXG00005016880 ENSBIXG00005005590 TMEM132B (ENSBIXG00005002749) AACS (ENSBIXG00005017021) BRI3BP (ENSBIXG00005017054) DHX37 (ENSBIXG00005017114) ENSBIXG00005006021 SCARB1 (ENSBIXG00005017215) ENSBIXG00005017246 NCOR2 (ENSBIXG00005017313) RFLNA (ENSBIXG00005017354) ZNF664 (ENSBIXG00005017417) CCDC92 (ENSBIXG00005017440) DNAH10 (ENSBIXG00005017801) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 20 RET (ENSBIXG00005003688) CSGALNACT2 (ENSBIXG00005021839) RASGEF1A (ENSBIXG00005003663) ENSBIXG00005021653 ENSBIXG00005021603 BICC1 (ENSBIXG00005021440) ENSBIXG00005021372 PHYHIPL (ENSBIXG00005021342) FAM13C (ENSBIXG00005021219) ENSBIXG00005021087 SLC16A9 (ENSBIXG00005021062) ENSBIXG00005021008 ENSBIXG00005020984 CCDC6 (ENSBIXG00005020961) ANK3 (ENSBIXG00005020866) ENSBIXG00005020706 ##22 CDK1 (ENSBIXG00005020665) ENSBIXG00005020597 ENSBIXG00005020589 RHOBTB1 (ENSBIXG00005020581) TMEM26 (ENSBIXG00005020543) CABCOCO1 (ENSBIXG00005020497) ARID5B (ENSBIXG00005020443) RTKN2 (ENSBIXG00005007064) ENSBIXG00005006257 ZNF365 (ENSBIXG00005020318) ENSBIXG00005020285 ADO (ENSBIXG00005020283) EGR2 (ENSBIXG00005020273) NRBF2 (ENSBIXG00005020254) JMJD1C (ENSBIXG00005020204) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 CEP120 (ENSBIXG00005003563) PRDM6 (ENSBIXG00005021169) PPIC (ENSBIXG00005021210) SNX2 (ENSBIXG00005021360) SNCAIP (ENSBIXG00005000013) ENSBIXG00005007161 ENSBIXG00005021623 LOX (ENSBIXG00005021644) SRFBP1 (ENSBIXG00005021661) FTMT (ENSBIXG00005021697) ENSBIXG00005021719 PRR16 (ENSBIXG00005021746) ENSBIXG00005003670 FAM170A (ENSBIXG00005021812) HSD17B4 (ENSBIXG00005022565) ENSBIXG00005003869 ##22 TNFAIP8 (ENSBIXG00005003881) DMXL1 (ENSBIXG00005023009) DTWD2 (ENSBIXG00005023135) SEMA6A (ENSBIXG00005023264) COMMD10 (ENSBIXG00005023331) ARL10 (ENSBIXG00005023352) NOP16 (ENSBIXG00005023388) ENSBIXG00005023415 CLTB (ENSBIXG00005006474) FAF2 (ENSBIXG00005023506) RNF44 (ENSBIXG00005005881) CDHR2 (ENSBIXG00005023591) GPRIN1 (ENSBIXG00005023604) ENSBIXG00005023678 EIF4E1B (ENSBIXG00005023696) Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.a ##22 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.a.a ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 4 ENSBGRG00000008087 ENSBGRG00000008052 NCAM1 (ENSBGRG00000006946) TTC12 (ENSBGRG00000006752) DRD2 (ENSBGRG00000006710) TMPRSS5 (ENSBGRG00000006680) ZW10 (ENSBGRG00000006589) CLDN25 (ENSBGRG00000006567) USP28 (ENSBGRG00000005908) HTR3B (ENSBGRG00000005842) HTR3A (ENSBGRG00000005742) ZBTB16 (ENSBGRG00000005665) C11orf71 (ENSBGRG00000005639) RBM7 (ENSBGRG00000005606) REXO2 (ENSBGRG00000005503) ENSBGRG00000005477 ##22 NXPE4 (ENSBGRG00000005398) ##29 NXPE2 (ENSBGRG00000005371) ##29 ENSBGRG00000005355 CADM1 (ENSBGRG00000004215) ENSBGRG00000004097 ENSBGRG00000004083 ENSBGRG00000004077 BUD13 (ENSBGRG00000004009) ZPR1 (ENSBGRG00000003833) APOA5 (ENSBGRG00000003796) ENSBGRG00000003763 APOA4 (ENSBGRG00000003731) APOC3 (ENSBGRG00000003718) APOA1 (ENSBGRG00000003668) SIK3 (ENSBGRG00000025547) Domestic yak MODERN SPECIES 23 PHF14 (ENSBGRG00000003530) THSD7A (ENSBGRG00000003304) ENSBGRG00000003275 TMEM106B (ENSBGRG00000003262) ENSBGRG00000003254 ENSBGRG00000003252 ENSBGRG00000003239 SCIN (ENSBGRG00000003224) ENSBGRG00000003207 ARL4A (ENSBGRG00000003203) ETV1 (ENSBGRG00000003054) DGKB (ENSBGRG00000002870) AGMO (ENSBGRG00000002772) ENSBGRG00000002738 ENSBGRG00000002730 ENSBGRG00000002723 ##22 CRPPA (ENSBGRG00000002586) SOSTDC1 (ENSBGRG00000002543) LRRC72 (ENSBGRG00000002501) ANKMY2 (ENSBGRG00000002430) BZW2 (ENSBGRG00000002382) AGR2 (ENSBGRG00000002340) TSPAN13 (ENSBGRG00000002298) AGR3 (ENSBGRG00000002262) AHR (ENSBGRG00000002193) SNX13 (ENSBGRG00000002167) PRPS1L1 (ENSBGRG00000002154) ENSBGRG00000002126 HDAC9 (ENSBGRG00000001751) TWIST1 (ENSBGRG00000001656) ENSBGRG00000001648 Domestic yak MODERN SPECIES 3 ENSBGRG00000008527 ENSBGRG00000008551 ENSBGRG00000008562 FLRT3 (ENSBGRG00000008572) ENSBGRG00000008582 SEL1L2 (ENSBGRG00000008607) NDUFAF5 (ENSBGRG00000009078) ESF1 (ENSBGRG00000009325) ENSBGRG00000009410 TASP1 (ENSBGRG00000009435) ENSBGRG00000009597 ISM1 (ENSBGRG00000009625) SPTLC3 (ENSBGRG00000009715) ENSBGRG00000009811 BTBD3 (ENSBGRG00000009832) ENSBGRG00000009898 ##22 JAG1 (ENSBGRG00000009959) ENSBGRG00000010216 ENSBGRG00000010280 ENSBGRG00000010510 ENSBGRG00000010527 MKKS (ENSBGRG00000010545) SNAP25 (ENSBGRG00000010735) ANKEF1 (ENSBGRG00000010960) ENSBGRG00000011235 PAK5 (ENSBGRG00000011285) ENSBGRG00000011509 LAMP5 (ENSBGRG00000011548) PLCB4 (ENSBGRG00000011732) PLCB1 (ENSBGRG00000012346) TMX4 (ENSBGRG00000013738) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 6 ELF1 (ENSBGRG00000006174) WBP4 (ENSBGRG00000006089) KBTBD6 (ENSBGRG00000006050) KBTBD7 (ENSBGRG00000006036) MTRF1 (ENSBGRG00000006009) NAA16 (ENSBGRG00000005856) RGCC (ENSBGRG00000005828) VWA8 (ENSBGRG00000005506) ENSBGRG00000005473 DGKH (ENSBGRG00000005383) AKAP11 (ENSBGRG00000005093) TNFSF11 (ENSBGRG00000005035) FAM216B (ENSBGRG00000004982) EPSTI1 (ENSBGRG00000004611) DNAJC15 (ENSBGRG00000004544) ENSBGRG00000004533 ##22 ENOX1 (ENSBGRG00000004490) CCDC122 (ENSBGRG00000004429) LACC1 (ENSBGRG00000004396) SMIM2 (ENSBGRG00000004347) ENSBGRG00000004322 TSC22D1 (ENSBGRG00000004147) ENSBGRG00000004099 NUFIP1 (ENSBGRG00000004055) ENSBGRG00000003939 ENSBGRG00000003862 KCTD4 (ENSBGRG00000003842) GTF2F2 (ENSBGRG00000003757) ENSBGRG00000023216 ENSBGRG00000023179 SLC25A30 (ENSBGRG00000023058) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 3 KBTBD7 (ENSBIXG00005024104) MTRF1 (ENSBIXG00005024075) NAA16 (ENSBIXG00005024029) ENSBIXG00005023942 ENSBIXG00005006058 VWA8 (ENSBIXG00005023867) ENSBIXG00005006905 DGKH (ENSBIXG00005023801) AKAP11 (ENSBIXG00005023417) TNFSF11 (ENSBIXG00005004003) FAM216B (ENSBIXG00005023313) EPSTI1 (ENSBIXG00005003975) DNAJC15 (ENSBIXG00005023206) ENSBIXG00005023187 ENOX1 (ENSBIXG00005023147) ENSBIXG00005023104 ##22 CCDC122 (ENSBIXG00005003936) LACC1 (ENSBIXG00005023079) SMIM2 (ENSBIXG00005003927) ENSBIXG00005023019 ENSBIXG00005022931 TSC22D1 (ENSBIXG00005022881) NUFIP1 (ENSBIXG00005022767) ENSBIXG00005022737 ENSBIXG00005022705 GTF2F2 (ENSBIXG00005003886) KCTD4 (ENSBIXG00005003883) ENSBIXG00005007690 COG3 (ENSBIXG00005022513) ENSBIXG00005022372 CBY2 (ENSBIXG00005022348) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.a ##22 Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 27 ATP6V1G1 (ENSCHIG00000015713) TMEM268 (ENSCHIG00000026416) TNFSF15 (ENSCHIG00000024052) TNFSF8 (ENSCHIG00000020113) TNC (ENSCHIG00000020744) ENSCHIG00000024042 PAPPA (ENSCHIG00000016958) ENSCHIG00000021499 ASTN2 (ENSCHIG00000000737) TRIM32 (ENSCHIG00000009811) ENSCHIG00000010833 ENSCHIG00000016022 TLR4 (ENSCHIG00000018498) BRINP1 (ENSCHIG00000010799) CDK5RAP2 (ENSCHIG00000013746) ENSCHIG00000004959 ##22 MEGF9 (ENSCHIG00000027246) FBXW2 (ENSCHIG00000020458) PSMD5 (ENSCHIG00000021228) ENSCHIG00000017934 PHF19 (ENSCHIG00000021247) TRAF1 (ENSCHIG00000019383) C5 (ENSCHIG00000011041) CNTRL (ENSCHIG00000017058) ENSCHIG00000023328 RAB14 (ENSCHIG00000026983) GSN (ENSCHIG00000021305) STOM (ENSCHIG00000011802) DCDC2C (ENSCHIG00000025436) ALLC (ENSCHIG00000021445) COLEC11 (ENSCHIG00000015672) Goat MODERN SPECIES 29 APOO (ENSCHIG00000012782) CXorf58 (ENSCHIG00000003756) KLHL15 (ENSCHIG00000021632) ENSCHIG00000003159 ENSCHIG00000012263 ENSCHIG00000006725 ENSCHIG00000011069 PCYT1B (ENSCHIG00000011725) ENSCHIG00000019937 POLA1 (ENSCHIG00000016890) ARX (ENSCHIG00000007687) ENSCHIG00000011833 ENSCHIG00000003458 ENSCHIG00000009810 ENSCHIG00000017424 ENSCHIG00000003856 ##22 NR0B1 (ENSCHIG00000013592) ENSCHIG00000014295 ENSCHIG00000011478 ENSCHIG00000018364 ENSCHIG00000011313 ENSCHIG00000004621 ENSCHIG00000023429 IL1RAPL1 (ENSCHIG00000014833) TASL (ENSCHIG00000019394) ENSCHIG00000020917 TAB3 (ENSCHIG00000002896) ENSCHIG00000007883 ENSCHIG00000015130 ENSCHIG00000024249 ENSCHIG00000015615 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.a.b.d.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 STK32A (ENSBIXG00005002966) PPP2R2B (ENSBIXG00005018253) GPR151 (ENSBIXG00005002943) TCERG1 (ENSBIXG00005018130) POU4F3 (ENSBIXG00005017969) RBM27 (ENSBIXG00005017931) LARS1 (ENSBIXG00005017859) PLAC8L1 (ENSBIXG00005017814) SH3RF2 (ENSBIXG00005017791) GRXCR2 (ENSBIXG00005017736) PRELID2 (ENSBIXG00005017702) KCTD16 (ENSBIXG00005017615) YIPF5 (ENSBIXG00005017589) NR3C1 (ENSBIXG00005017508) ARHGAP26 (ENSBIXG00005017277) ENSBIXG00005002750 ##22 ENSBIXG00005016954 FGF1 (ENSBIXG00005016877) SPRY4 (ENSBIXG00005016759) NDFIP1 (ENSBIXG00005016690) ENSBIXG00005016650 GNPDA1 (ENSBIXG00005016638) RNF14 (ENSBIXG00005006352) PCDH12 (ENSBIXG00005016404) DELE1 (ENSBIXG00005016389) PCDH1 (ENSBIXG00005016354) ARAP3 (ENSBIXG00005007324) FCHSD1 (ENSBIXG00005016185) RELL2 (ENSBIXG00005016160) HDAC3 (ENSBIXG00005016120) DIAPH1 (ENSBIXG00005016069) Cow MODERN SPECIES 177 ENSBTAG00000054899 MAP7D3 (ENSBTAG00000014170) BRS3 (ENSBTAG00000005616) ENSBTAG00000054942 CD40LG (ENSBTAG00000017843) ARHGEF6 (ENSBTAG00000017850) GPR101 (ENSBTAG00000039388) ENSBTAG00000051480 ENSBTAG00000019221 MCF2 (ENSBTAG00000004007) ATP11C (ENSBTAG00000016484) ENSBTAG00000051471 ENSBTAG00000047089 ENSBTAG00000047819 ENSBTAG00000036144 ENSBTAG00000052701 ##22 ENSBTAG00000049311 SLITRK4 (ENSBTAG00000011780) ENSBTAG00000000997 ENSBTAG00000019009 MGC148328 (ENSBTAG00000045940) SLITRK2 (ENSBTAG00000039377) ENSBTAG00000016940 ENSBTAG00000045773 FMR1 (ENSBTAG00000012552) FMR1NB (ENSBTAG00000034045) AFF2 (ENSBTAG00000020750) ENSBTAG00000018311 IDS (ENSBTAG00000011056) ENSBTAG00000049027 ENSBTAG00000050778 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.a.b ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 443 ENSMMSG00000019135 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 468 ENSMMSG00000004881 ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 606 ENSMMSG00000005520 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 455 ENSMMSG00000004669 ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 461 ENSMMSG00000004776 ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 201 ENSGT00940000155079.b.`c ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 239 ENSGT00940000155079.b.`c ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES 274 ENSGT00940000155079.b.`c ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 306 ENSGT00940000155079.b.`c ENSGT00940000153064.b.c.a.b.a.b.b ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 223 ENSBMUG00000024315 ##22 ENSBMUG00000024311 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 940 TMEM26 (ENSBMUG00000020988) ENSBMUG00000020983 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1029 ENSBMUG00000010284 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 476 ENSBMUG00000003084 ENSBMUG00000003089 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1316 ENSBMUG00000000531 ##22 TRHDE (ENSBMUG00000000518) Wild yak MODERN SPECIES 1061 ENSBMUG00000012023 ##22 SYNCRIP (ENSBMUG00000011990) SNX14 (ENSBMUG00000011857) NT5E (ENSBMUG00000011523) ENSBMUG00000011468 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 223 ENSBMUG00000024315 ##22 ENSBMUG00000024311 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2535 ENSBMUG00000026695 ##22 ENSBMUG00000026694 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 2112 CBS (ENSBMUG00000012649) U2AF1 (ENSBMUG00000012755) CRYAA (ENSBMUG00000012764) SIK1 (ENSBMUG00000012772) HSF2BP (ENSBMUG00000012808) RRP1B (ENSBMUG00000012932) PDXK (ENSBMUG00000013006) ENSBMUG00000013071 RRP1 (ENSBMUG00000013086) AGPAT3 (ENSBMUG00000013195) TRAPPC10 (ENSBMUG00000013261) PWP2 (ENSBMUG00000013296) GATD3 (ENSBMUG00000013327) ENSBMUG00000013354 DNMT3L (ENSBMUG00000013391) ENSBMUG00000013414 ##22 AIRE (ENSBMUG00000013435) PFKL (ENSBMUG00000013472) CFAP410 (ENSBMUG00000013489) TRPM2 (ENSBMUG00000013655) LRRC3 (ENSBMUG00000013743) Wild yak MODERN SPECIES 966 CTH (ENSBMUG00000009540) ANKRD13C (ENSBMUG00000009465) SRSF11 (ENSBMUG00000009427) LRRC40 (ENSBMUG00000009398) ENSBMUG00000009386 ##22 LRRC7 (ENSBMUG00000009353) Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1021 PKIA (ENSBMUG00000009046) ZC2HC1A (ENSBMUG00000009038) IL7 (ENSBMUG00000008994) ENSBMUG00000008944 ##22 STMN2 (ENSBMUG00000008928) HEY1 (ENSBMUG00000008917) MRPS28 (ENSBMUG00000008913) TPD52 (ENSBMUG00000008817) ZBTB10 (ENSBMUG00000008714) ENSBMUG00000008692 ZNF704 (ENSBMUG00000008683) PAG1 (ENSBMUG00000008679) Wild yak MODERN SPECIES 731 ENSBMUG00000001595 MSANTD4 (ENSBMUG00000001605) ENSBMUG00000001622 ##22 GRIA4 (ENSBMUG00000001686) Wild yak MODERN SPECIES 278 ENSBMUG00000002757 ##22 ENSBMUG00000002741 TSN (ENSBMUG00000002706) NIFK (ENSBMUG00000002668) ENSBMUG00000002661 ENSBMUG00000002653 CLASP1 (ENSBMUG00000002182) TFCP2L1 (ENSBMUG00000001255) Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 2458 ENSBMUG00000023603 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 742 ENSBMUG00000004512 ENSBMUG00000004498 FSHB (ENSBMUG00000004490) KCNA4 (ENSBMUG00000004485) ENSBMUG00000004472 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 293 ENSBMUG00000009503 TBC1D23 (ENSBMUG00000009559) #13 NIT2 (ENSBMUG00000009585) #14 TOMM70 (ENSBMUG00000009593) #15 LNP1 (ENSBMUG00000009603) #16 ENSBMUG00000009614 #17 ENSBMUG00000009618 ##22 ENSBMUG00000009633 #17 ADGRG7 (ENSBMUG00000009656) #18 ENSBMUG00000009737 #19 ABI3BP (ENSBMUG00000009873) #20 IMPG2 (ENSBMUG00000009911) #21 SENP7 (ENSBMUG00000010085) #23 ENSBMUG00000010303 #24 TRMT10C (ENSBMUG00000010311) PCNP (ENSBMUG00000010325) #25 ZBTB11 (ENSBMUG00000010346) #26 RPL24 (ENSBMUG00000010391) #27 CEP97 (ENSBMUG00000010424) #28 NXPE3 (ENSBMUG00000010441) #29 NFKBIZ (ENSBMUG00000010460) #30 Wild yak MODERN SPECIES 1153 ENSBMUG00000010472 ##22 ENSBMUG00000010464 ROS1 (ENSBMUG00000010405) ENSBMUG00000010293 DCBLD1 (ENSBMUG00000010253) GOPC (ENSBMUG00000010173) ENSBMUG00000010125 NUS1 (ENSBMUG00000010113) Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 281 SOX14 (ENSBMUG00000003559) IL20RB (ENSBMUG00000003602) NCK1 (ENSBMUG00000003632) SLC35G2 (ENSBMUG00000003686) ENSBMUG00000003713 STAG1 (ENSBMUG00000003853) PCCB (ENSBMUG00000004071) MSL2 (ENSBMUG00000004104) PPP2R3A (ENSBMUG00000004176) ENSBMUG00000004205 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1840 ENSBMUG00000018854 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1392 ENSBMUG00000015139 ENSBMUG00000015128 ENSBMUG00000015124 ENSBMUG00000015120 ENSBMUG00000015114 ENSBMUG00000015099 ENSBMUG00000015092 ENSBMUG00000015082 ENSBMUG00000015070 ENSBMUG00000015060 NOBOX (ENSBMUG00000015043) ENSBMUG00000015032 TPK1 (ENSBMUG00000015020) ENSBMUG00000014993 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2037 ENSBMUG00000015353 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 344 ENSBMUG00000025354 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2628 ENSBMUG00000007834 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 864 LCA5 (ENSBMUG00000003893) HMGN3 (ENSBMUG00000003819) PHIP (ENSBMUG00000002682) IRAK1BP1 (ENSBMUG00000000401) ENSBMUG00000000383 MEI4 (ENSBMUG00000000283) HTR1B (ENSBMUG00000000210) ENSBMUG00000000193 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2651 ENSBMUG00000012161 ENSBMUG00000012166 ##22 ENSBMUG00000012174 ##22 ENSBMUG00000012189 Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 2318 ENSBMUG00000006821 ##22 ENSBMUG00000006816 ENSBMUG00000006812 ENSBMUG00000006806 ENSBMUG00000006797 ENSBMUG00000006794 ENSBMUG00000006791 PIK3CB (ENSBMUG00000006779) FAIM (ENSBMUG00000006765) ENSBMUG00000006754 CEP70 (ENSBMUG00000006732) ESYT3 (ENSBMUG00000006702) MRAS (ENSBMUG00000006667) NME9 (ENSBMUG00000006611) ARMC8 (ENSBMUG00000006446) DBR1 (ENSBMUG00000006278) Wild yak MODERN SPECIES 823 ENSBMUG00000007020 ENSBMUG00000007029 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1770 ENSBMUG00000025126 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2535 ENSBMUG00000026695 ##22 ENSBMUG00000026694 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1248 ENSBMUG00000016918 GPR37 (ENSBMUG00000016931) POT1 (ENSBMUG00000016987) ENSBMUG00000017004 ENSBMUG00000017007 ENSBMUG00000017024 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1353 ENSBMUG00000016878 ENSBMUG00000016862 ENSBMUG00000016859 ENSBMUG00000016847 ##22 ENSBMUG00000016835 ENSBMUG00000016821 ENSBMUG00000016815 INSC (ENSBMUG00000016750) Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1778 ENSBMUG00000002230 ENSBMUG00000002218 CCDC184 (ENSBMUG00000002197) ASB8 (ENSBMUG00000002154) PFKM (ENSBMUG00000002064) SENP1 (ENSBMUG00000001912) COL2A1 (ENSBMUG00000001852) TMEM106C (ENSBMUG00000001676) VDR (ENSBMUG00000001652) HDAC7 (ENSBMUG00000001600) SLC48A1 (ENSBMUG00000001456) RAPGEF3 (ENSBMUG00000001404) ENSBMUG00000000854 ENDOU (ENSBMUG00000000833) RPAP3 (ENSBMUG00000000725) ENSBMUG00000000628 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2651 ENSBMUG00000012189 ENSBMUG00000012174 ##22 ENSBMUG00000012166 ##22 ENSBMUG00000012161 Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 482 ENSBMUG00000004445 FASLG (ENSBMUG00000004449) SUCO (ENSBMUG00000004508) DHX40 (ENSBMUG00000004576) CLTC (ENSBMUG00000004781) PTRH2 (ENSBMUG00000004849) VMP1 (ENSBMUG00000004857) TUBD1 (ENSBMUG00000005013) RPS6KB1 (ENSBMUG00000005153) RNFT1 (ENSBMUG00000005201) MED13 (ENSBMUG00000005293) INTS2 (ENSBMUG00000005370) BRIP1 (ENSBMUG00000005448) ENSBMUG00000005455 ##22 TBX4 (ENSBMUG00000005499) TBX2 (ENSBMUG00000005516) BCAS3 (ENSBMUG00000005625) ENSBMUG00000005716 ENSBMUG00000005734 APPBP2 (ENSBMUG00000005818) CHCT1 (ENSBMUG00000005851) ENSBMUG00000005884 CA4 (ENSBMUG00000005918) ZNHIT3 (ENSBMUG00000005931) MYO19 (ENSBMUG00000006048) PIGW (ENSBMUG00000006081) GGNBP2 (ENSBMUG00000006117) DHRS11 (ENSBMUG00000006133) ENSBMUG00000006137 Wild yak MODERN SPECIES 1714 ENSBMUG00000023806 ENSBMUG00000023781 ENSBMUG00000023761 ##22 ENSBMUG00000023753 SLC22A8 (ENSBMUG00000023746) SLC22A6 (ENSBMUG00000023728) ENSBMUG00000023697 CHRM1 (ENSBMUG00000023670) SLC3A2 (ENSBMUG00000023664) WDR74 (ENSBMUG00000023565) STX5 (ENSBMUG00000023529) NXF1 (ENSBMUG00000023515) TMEM223 (ENSBMUG00000023496) TMEM179B (ENSBMUG00000023489) TAF6L (ENSBMUG00000023469) POLR2G (ENSBMUG00000023457) ZBTB3 (ENSBMUG00000023437) TTC9C (ENSBMUG00000023431) Wild yak MODERN SPECIES 98 ENSBMUG00000003675 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 669 ENSBMUG00000010557 ANGPT1 (ENSBMUG00000010535) ABRA (ENSBMUG00000010499) ENSBMUG00000010487 ##22 OXR1 (ENSBMUG00000010447) ZFPM2 (ENSBMUG00000010335) LRP12 (ENSBMUG00000010306) DPYS (ENSBMUG00000010275) ENSBMUG00000010240 ENSBMUG00000010217 Wild yak MODERN SPECIES 883 NCAPG (ENSBMUG00000007457) DCAF16 (ENSBMUG00000007469) LCORL (ENSBMUG00000007513) ENSBMUG00000007576 ##22 SLIT2 (ENSBMUG00000007699) PACRGL (ENSBMUG00000008109) KCNIP4 (ENSBMUG00000008314) ADGRA3 (ENSBMUG00000008551) GBA3 (ENSBMUG00000008806) PPARGC1A (ENSBMUG00000008896) DHX15 (ENSBMUG00000008926) SOD3 (ENSBMUG00000008945) CCDC149 (ENSBMUG00000009015) LGI2 (ENSBMUG00000009065) ENSBMUG00000009078 ENSBMUG00000009090 PI4K2B (ENSBMUG00000009097) ZCCHC4 (ENSBMUG00000009112) ANAPC4 (ENSBMUG00000009147) Wild yak MODERN SPECIES 312 DDO (ENSBMUG00000017315) SLC22A16 (ENSBMUG00000017295) CDK19 (ENSBMUG00000017203) ENSBMUG00000017148 GTF3C6 (ENSBMUG00000017111) ENSBMUG00000017100 ENSBMUG00000017082 SLC16A10 (ENSBMUG00000017065) MFSD4B (ENSBMUG00000017053) REV3L (ENSBMUG00000017019) TRAF3IP2 (ENSBMUG00000016956) FYN (ENSBMUG00000016879) CCN6 (ENSBMUG00000016761) TUBE1 (ENSBMUG00000016731) FAM229B (ENSBMUG00000016691) ENSBMUG00000016670 ##22 LAMA4 (ENSBMUG00000016642) Wild yak MODERN SPECIES 239 CCDC85A (ENSBMUG00000015870) ENSBMUG00000015887 ENSBMUG00000015904 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1352 ENSBMUG00000016613 ##22 Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1990 ENSBMUG00000019455 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1102 GPC5 (ENSBMUG00000005821) ENSBMUG00000005792 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 307 ENSBMUG00000016055 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 818 UTP4 (ENSBMUG00000001655) SNTB2 (ENSBMUG00000001564) VPS4A (ENSBMUG00000001543) PDF (ENSBMUG00000001518) COG8 (ENSBMUG00000001497) TMED6 (ENSBMUG00000001475) NIP7 (ENSBMUG00000001462) TERF2 (ENSBMUG00000001411) CYB5B (ENSBMUG00000001375) NFAT5 (ENSBMUG00000001335) NQO1 (ENSBMUG00000001233) NOB1 (ENSBMUG00000001196) WWP2 (ENSBMUG00000001173) PSMD7 (ENSBMUG00000001155) ZFHX3 (ENSBMUG00000001139) ENSBMUG00000001129 ##22 PMFBP1 (ENSBMUG00000001111) DHX38 (ENSBMUG00000001072) TXNL4B (ENSBMUG00000001048) ENSBMUG00000001030 DHODH (ENSBMUG00000000982) PKD1L3 (ENSBMUG00000000962) IST1 (ENSBMUG00000000914) ZNF821 (ENSBMUG00000000890) ATXN1L (ENSBMUG00000000827) Wild yak MODERN SPECIES 696 ENSBMUG00000003839 RND3 (ENSBMUG00000003872) ENSBMUG00000003887 ##22 MMADHC (ENSBMUG00000003907) LYPD6 (ENSBMUG00000003931) LYPD6B (ENSBMUG00000003956) ENSBMUG00000003968 ##22 KIF5C (ENSBMUG00000004035) EPC2 (ENSBMUG00000004075) MBD5 (ENSBMUG00000004107) Wild yak MODERN SPECIES 2238 ENSBMUG00000017078 ##22 ITGB8 (ENSBMUG00000017068) MACC1 (ENSBMUG00000017054) Siberian musk deer MODERN SPECIES 607 ENSMMSG00000005540 ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a.b.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 450 ENSMMSG00000004570 ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Horse MODERN SPECIES 30 ENSECAG00000000401 ENSECAG00000056104 ENSECAG00000051290 #7 PPDPFL (ENSECAG00000040755) SNAI2 (ENSECAG00000010120) CLXN (ENSECAG00000014162) UBE2V2 (ENSECAG00000027910) MCM4 (ENSECAG00000019276) PRKDC (ENSECAG00000020168) ENSECAG00000051008 ENSECAG00000056081 ENSECAG00000046405 ENSECAG00000049708 CEBPD (ENSECAG00000039817) SPIDR (ENSECAG00000026935) ENSECAG00000058632 ##22 ENSECAG00000044755 ENSECAG00000052913 RIPK2 (ENSECAG00000023011) NBN (ENSECAG00000013889) OSGIN2 (ENSECAG00000013560) ENSECAG00000037667 DECR1 (ENSECAG00000022113) ENSECAG00000056912 CALB1 (ENSECAG00000000058) TMEM64 (ENSECAG00000008174) NECAB1 (ENSECAG00000009384) C8orf88 (ENSECAG00000050360) ENSECAG00000029843 PIP4P2 (ENSECAG00000012004) OTUD6B (ENSECAG00000018205) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.a ##22 Dingo MODERN SPECIES 51 ENSCAFG00020002023 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 9 CNGA1 (ENSMMMG00000019576) NFXL1 (ENSMMMG00000019525) CORIN (ENSMMMG00000019455) ENSMMMG00000019438 ENSMMMG00000019428 COMMD8 (ENSMMMG00000019422) GABRB1 (ENSMMMG00000019411) GABRA4 (ENSMMMG00000019399) COX7B2 (ENSMMMG00000019389) GABRA2 (ENSMMMG00000019373) GABRG1 (ENSMMMG00000019360) ENSMMMG00000019343 ENSMMMG00000019324 GUF1 (ENSMMMG00000019298) YIPF7 (ENSMMMG00000019289) ENSMMMG00000019277 ##22 GRXCR1 (ENSMMMG00000019269) ATP8A1 (ENSMMMG00000019070) SHISA3 (ENSMMMG00000019019) BEND4 (ENSMMMG00000018996) SLC30A9 (ENSMMMG00000018947) TMEM33 (ENSMMMG00000018883) ENSMMMG00000018876 LIMCH1 (ENSMMMG00000018696) UCHL1 (ENSMMMG00000018648) APBB2 (ENSMMMG00000018359) NSUN7 (ENSMMMG00000018316) RBM47 (ENSMMMG00000018293) CHRNA9 (ENSMMMG00000018273) RHOH (ENSMMMG00000018265) N4BP2 (ENSMMMG00000018187) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b ##22 Percora_a DUPLICATION Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 20 VSTM4 (ENSBIXG00005031238) LRRC18 (ENSBIXG00005031236) ENSBIXG00005031235 ENSBIXG00005031218 ARHGAP22 (ENSBIXG00005031214) ENSBIXG00005031211 MAPK8 (ENSBIXG00005031206) FRMPD2 (ENSBIXG00005031189) PTPN20 (ENSBIXG00005031178) GDF10 (ENSBIXG00005031174) GDF2 (ENSBIXG00005031173) RBP3 (ENSBIXG00005031171) ENSBIXG00005031168 ENSBIXG00005031161 ENSBIXG00005031141 ENSBIXG00005031127 ##22 GPRIN2 (ENSBIXG00005031126) ENSBIXG00005031122 SHLD2 (ENSBIXG00005031116) ENSBIXG00005031111 ENSBIXG00005031107 ENSBIXG00005031106 ENSBIXG00005031104 MMRN2 (ENSBIXG00005031095) ENSBIXG00005031091 BMPR1A (ENSBIXG00005031085) LDB3 (ENSBIXG00005031036) OPN4 (ENSBIXG00005031011) WAPL (ENSBIXG00005031003) GRID1 (ENSBIXG00005030992) ENSBIXG00005030980 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 ENSBIXG00005006525 ATP10B (ENSBIXG00005025407) ENSBIXG00005025242 SLU7 (ENSBIXG00005025207) FAM200C (ENSBIXG00005025174) C1QTNF2 (ENSBIXG00005025150) PWWP2A (ENSBIXG00005025120) FABP6 (ENSBIXG00005025033) ENSBIXG00005024988 TTC1 (ENSBIXG00005024975) ADRA1B (ENSBIXG00005007707) IL12B (ENSBIXG00005024914) UBLCP1 (ENSBIXG00005024893) RNF145 (ENSBIXG00005024872) EBF1 (ENSBIXG00005024791) ENSBIXG00005004219 ##22 CLINT1 (ENSBIXG00005024646) LSM11 (ENSBIXG00005024573) THG1L (ENSBIXG00005024532) SOX30 (ENSBIXG00005024495) ADAM19 (ENSBIXG00005004170) NIPAL4 (ENSBIXG00005024348) CYFIP2 (ENSBIXG00005024265) FNDC9 (ENSBIXG00005024046) ITK (ENSBIXG00005006285) GARIN3 (ENSBIXG00005023992) MED7 (ENSBIXG00005023975) HAVCR2 (ENSBIXG00005005560) ENSBIXG00005023705 ENSBIXG00005023584 ENSBIXG00005004035 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 ANLN (ENSBIXG00005011260) AOAH (ENSBIXG00005011153) ELMO1 (ENSBIXG00005010974) ENSBIXG00005005812 ENSBIXG00005010903 GPR141 (ENSBIXG00005000602) THAP5 (ENSBIXG00005010872) DNAJB9 (ENSBIXG00005010838) ENSBIXG00005010817 ENSBIXG00005010797 IMMP2L (ENSBIXG00005010758) LRRN3 (ENSBIXG00005010699) ENSBIXG00005010691 DOCK4 (ENSBIXG00005010646) ZNF277 (ENSBIXG00005010603) ENSBIXG00005010570 ##22 IFRD1 (ENSBIXG00005000897) LSMEM1 (ENSBIXG00005000893) ENSBIXG00005000889 TMEM168 (ENSBIXG00005005951) BMT2 (ENSBIXG00005010418) GPR85 (ENSBIXG00005000762) SMIM30 (ENSBIXG00005010364) PPP1R3A (ENSBIXG00005010352) FOXP2 (ENSBIXG00005010281) MDFIC (ENSBIXG00005006771) TFEC (ENSBIXG00005010074) TES (ENSBIXG00005010013) ENSBIXG00005000753 CAV2 (ENSBIXG00005009987) CAV1 (ENSBIXG00005009977) Siberian musk deer MODERN SPECIES 346 ARL5A (ENSMMSG00000016042) CACNB4 (ENSMMSG00000005906) STAM2 (ENSMMSG00000005295) FMNL2 (ENSMMSG00000005210) PRPF40A (ENSMMSG00000004797) ARL6IP6 (ENSMMSG00000004675) RPRM (ENSMMSG00000004641) GALNT13 (ENSMMSG00000004530) ENSMMSG00000004501 ENSMMSG00000004482 KCNJ3 (ENSMMSG00000004451) ENSMMSG00000004429 ENSMMSG00000004407 ENSMMSG00000004390 ENSMMSG00000004382 ENSMMSG00000004345 ##22 ENSMMSG00000024261 NR4A2 (ENSMMSG00000024259) GPD2 (ENSMMSG00000024256) ENSMMSG00000024254 GALNT5 (ENSMMSG00000024250) ERMN (ENSMMSG00000024248) CYTIP (ENSMMSG00000024245) ACVR1C (ENSMMSG00000024240) ACVR1 (ENSMMSG00000024225) UPP2 (ENSMMSG00000024217) CCDC148 (ENSMMSG00000024199) PKP4 (ENSMMSG00000024173) ENSMMSG00000024171 DAPL1 (ENSMMSG00000024170) TANC1 (ENSMMSG00000024160) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES 1 ENSBTAG00000017396 MCC (ENSBTAG00000035858) ENSBTAG00000051800 ENSBTAG00000050598 DCP2 (ENSBTAG00000000767) REEP5 (ENSBTAG00000012804) SRP19 (ENSBTAG00000012803) APC (ENSBTAG00000018852) EPB41L4A (ENSBTAG00000014750) ENSBTAG00000055244 ENSBTAG00000050601 ##22 ENSBTAG00000051430 NREP (ENSBTAG00000011338) YTHDC2 (ENSBTAG00000014099) ENSBTAG00000052874 KCNN2 (ENSBTAG00000011076) ENSBTAG00000023186 ENSBTAG00000053655 TRIM36 (ENSBTAG00000014027) PGGT1B (ENSBTAG00000001895) CCDC112 (ENSBTAG00000001898) ENSBTAG00000053987 ENSBTAG00000049873 FEM1C (ENSBTAG00000008699) TICAM2 (ENSBTAG00000002357) TMED7 (ENSBTAG00000035030) Siberian musk deer MODERN SPECIES 416 ENSMMSG00000018784 ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.c.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ENSBGRG00000005432 ENSBGRG00000005402 FAM78B (ENSBGRG00000003426) UCK2 (ENSBGRG00000003397) TMCO1 (ENSBGRG00000003360) ENSBGRG00000003345 ENSBGRG00000003312 MGST3 (ENSBGRG00000003295) LRRC52 (ENSBGRG00000003288) RXRG (ENSBGRG00000003237) LMX1A (ENSBGRG00000003204) PBX1 (ENSBGRG00000003094) ENSBGRG00000003072 ENSBGRG00000003069 ENSBGRG00000003036 ENSBGRG00000003026 ##22 ENSBGRG00000002996 ENSBGRG00000002974 ENSBGRG00000002961 ENSBGRG00000002956 ENSBGRG00000002948 ENSBGRG00000002940 ENSBGRG00000002921 ENSBGRG00000002909 ENSBGRG00000002902 ENSBGRG00000002888 ENSBGRG00000002877 ENSBGRG00000002867 ENSBGRG00000002853 ENSBGRG00000002836 NUF2 (ENSBGRG00000002820) American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 3238 ENSBBBG00000005107 ENSBBBG00000008607 ENSBBBG00000019383 ENSBBBG00000019394 ##22 ENSBBBG00000009184 ENSBBBG00000019405 ENSBBBG00000008363 ENSBBBG00000019411 ENSBBBG00000019416 ENSBBBG00000019420 ENSBBBG00000009189 ENSBBBG00000019429 ENSBBBG00000019447 ENSBBBG00000007381 ENSBBBG00000005229 ENSBBBG00000019456 ##22 ENSBBBG00000005232 ENSBBBG00000019461 ENSBBBG00000019469 ENSBBBG00000019471 ##22 ENSBBBG00000005243 ENSBBBG00000019482 ENSBBBG00000019483 ENSBBBG00000005254 ENSBBBG00000019490 ENSBBBG00000005259 PRCP (ENSBBBG00000019504) DDIAS (ENSBBBG00000007233) RAB30 (ENSBBBG00000019557) PCF11 (ENSBBBG00000007044) ANKRD42 (ENSBBBG00000019636) American bison DUPLICATION American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 3238 ENSBBBG00000009184 ENSBBBG00000019405 ENSBBBG00000008363 ENSBBBG00000019411 ENSBBBG00000019416 ENSBBBG00000019420 ENSBBBG00000009189 ENSBBBG00000019429 ENSBBBG00000019447 ENSBBBG00000007381 ENSBBBG00000005229 ENSBBBG00000019456 ##22 ENSBBBG00000005232 ENSBBBG00000019461 ENSBBBG00000019469 ENSBBBG00000019471 ##22 ENSBBBG00000005243 ENSBBBG00000019482 ENSBBBG00000019483 ENSBBBG00000005254 ENSBBBG00000019490 ENSBBBG00000005259 PRCP (ENSBBBG00000019504) DDIAS (ENSBBBG00000007233) RAB30 (ENSBBBG00000019557) PCF11 (ENSBBBG00000007044) ANKRD42 (ENSBBBG00000019636) CCDC90B (ENSBBBG00000019665) DLG2 (ENSBBBG00000007047) ENSBBBG00000008368 ENSBBBG00000008951 American bison MODERN SPECIES 3238 ENSBBBG00000019469 ENSBBBG00000019461 ENSBBBG00000005232 ENSBBBG00000019456 ##22 ENSBBBG00000005229 ENSBBBG00000007381 ENSBBBG00000019447 ENSBBBG00000019429 ENSBBBG00000009189 ENSBBBG00000019420 ENSBBBG00000019416 ENSBBBG00000019411 ENSBBBG00000008363 ENSBBBG00000019405 ENSBBBG00000009184 ENSBBBG00000019394 ##22 ENSBBBG00000019383 ENSBBBG00000008607 ENSBBBG00000005107 ENSBBBG00000008360 ENSBBBG00000008172 ENSBBBG00000019366 ENSBBBG00000019359 ENSBBBG00000007231 ENSBBBG00000019346 ENSBBBG00000005059 ENSBBBG00000019340 ENSBBBG00000005049 ENSBBBG00000009174 ENSBBBG00000019325 ENSBBBG00000019319 American bison MODERN SPECIES 2892 ENSBBBG00000015488 ENSBBBG00000002698 ENSBBBG00000015492 ENSBBBG00000007414 ##22 ENSBBBG00000003860 ENSBBBG00000015505 ENSBBBG00000015511 ENSBBBG00000015518 RBM12B (ENSBBBG00000015521) ENSBBBG00000015527 TMEM67 (ENSBBBG00000015579) PDP1 (ENSBBBG00000015585) CDH17 (ENSBBBG00000003449) GEM (ENSBBBG00000003433) RAD54B (ENSBBBG00000015642) VIRMA (ENSBBBG00000015671) ESRP1 (ENSBBBG00000015792) DPY19L4 (ENSBBBG00000007456) INTS8 (ENSBBBG00000003945) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160549 ENSGT00390000008593.a ENSGT00940000159253 ENSGT00940000158645 ENSGT00940000156344 ENSGT00940000156950 ENSGT00420000029769.b ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125 ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000153064.b.d ##22 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT00770000121728 ENSGT00980000198737 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.a ENSGT00940000162839.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000160549 ENSGT00390000008593.a ENSGT00940000159253 ENSGT00940000158645 ENSGT00940000156344 ENSGT00940000156950 ENSGT00420000029769.b ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125 ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000153064.b.d ##22 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT00770000121728 ENSGT00980000198737 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.a ENSGT00940000162839.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000008593.a ENSGT00940000159253 ENSGT00940000158645 ENSGT00940000156344 ENSGT00940000156950 ENSGT00420000029769.b ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125 ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT01050000244986.b.b.b.a ENSGT00940000153064.b.d ##22 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT00770000121728 ENSGT00980000198737 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.a ENSGT00940000162839.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00530000063410.b ENSGT00940000162403 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000158781 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000160642 ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000153514.b ENSGT00940000157974 ENSGT00940000155270 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ENSGT00390000000801 ENSGT00530000063873.B ENSGT01090000260046 ENSGT01050000244818.s.a #7 ENSGT00940000153064.b.d ##22 ENSGT00530000063873.A ENSGT00940000156552 ENSGT00940000156089 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000013916 ENSGT00930000150950.b ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT01090000263468 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000154319.v ENSGT00860000133854 ENSGT00940000158239.b Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Horse MODERN SPECIES 287 ENSECAG00000040009 ENSECAG00000044822 #7 ENSECAG00000058272 ##22 Donkey MODERN SPECIES 27 ERH (ENSEASG00005035648) SLC39A9 (ENSEASG00005016597) PLEKHD1 (ENSEASG00005016603) CCDC177 (ENSEASG00005016610) SUSD6 (ENSEASG00005016613) SRSF5 (ENSEASG00005016615) SLC10A1 (ENSEASG00005016616) SMOC1 (ENSEASG00005016617) SLC8A3 (ENSEASG00005016620) ENSEASG00005034639 ENSEASG00005033803 ENSEASG00005004827 ENSEASG00005034533 ENSEASG00005004358 MED6 (ENSEASG00005004056) ENSEASG00005024391 ##22 ENSEASG00005028455 TTC9 (ENSEASG00005023953) MAP3K9 (ENSEASG00005004074) PCNX1 (ENSEASG00005004120) SIPA1L1 (ENSEASG00005004694) RGS6 (ENSEASG00005004707) DPF3 (ENSEASG00005004725) ENSEASG00005004728 ZFYVE1 (ENSEASG00005004734) RBM25 (ENSEASG00005004739) PSEN1 (ENSEASG00005004749) PAPLN (ENSEASG00005004755) NUMB (ENSEASG00005004756) HEATR4 (ENSEASG00005004763) ENSEASG00005035022 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 24 SLC25A21 (ENSRFEG00010003365) MIPOL1 (ENSRFEG00010003421) FOXA1 (ENSRFEG00010003493) ENSRFEG00010003507 ENSRFEG00010003538 ENSRFEG00010003598 SSTR1 (ENSRFEG00010003612) CLEC14A (ENSRFEG00010003621) SEC23A (ENSRFEG00010003653) GEMIN2 (ENSRFEG00010003744) TRAPPC6B (ENSRFEG00010003856) PNN (ENSRFEG00010003899) ENSRFEG00010003990 FBXO33 (ENSRFEG00010004166) ENSRFEG00010004175 ENSRFEG00010004186 ##22 ENSRFEG00010004195 LRFN5 (ENSRFEG00010004202) ENSRFEG00010006875 ENSRFEG00010006889 ENSRFEG00010006909 C14orf28 (ENSRFEG00010006989) KLHL28 (ENSRFEG00010007068) TOGARAM1 (ENSRFEG00010007154) PRPF39 (ENSRFEG00010007319) ENSRFEG00010007384 FANCM (ENSRFEG00010007420) MIS18BP1 (ENSRFEG00010007507) ENSRFEG00010007654 MDGA2 (ENSRFEG00010007738) ENSRFEG00010008061 #7 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 14 VAV3 (ENSRFEG00010016572) NTNG1 (ENSRFEG00010016421) PRMT6 (ENSRFEG00010016394) ENSRFEG00010016333 RNPC3 (ENSRFEG00010016250) COL11A1 (ENSRFEG00010015997) OLFM3 (ENSRFEG00010015862) ENSRFEG00010015836 S1PR1 (ENSRFEG00010015818) ENSRFEG00010015759 DPH5 (ENSRFEG00010015664) SLC30A7 (ENSRFEG00010015610) EXTL2 (ENSRFEG00010015523) VCAM1 (ENSRFEG00010015274) ENSRFEG00010015244 ENSRFEG00010015212 ##22 CDC14A (ENSRFEG00010014799) RTCA (ENSRFEG00010014672) DBT (ENSRFEG00010014585) LRRC39 (ENSRFEG00010014535) TRMT13 (ENSRFEG00010014448) SASS6 (ENSRFEG00010014191) MFSD14A (ENSRFEG00010013748) AGL (ENSRFEG00010013139) ENSRFEG00010013117 FRRS1 (ENSRFEG00010013043) PALMD (ENSRFEG00010012941) PLPPR4 (ENSRFEG00010012804) PLPPR5 (ENSRFEG00010012607) SNX7 (ENSRFEG00010012379) DPYD (ENSRFEG00010012313) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 13 APOH (ENSRFEG00010005909) PRKCA (ENSRFEG00010005867) CACNG5 (ENSRFEG00010005828) CACNG4 (ENSRFEG00010005798) CACNG1 (ENSRFEG00010005775) HELZ (ENSRFEG00010005738) PSMD12 (ENSRFEG00010005661) PITPNC1 (ENSRFEG00010005476) NOL11 (ENSRFEG00010005395) BPTF (ENSRFEG00010016666) C17orf58 (ENSRFEG00010016585) KPNA2 (ENSRFEG00010016425) SMURF2 (ENSRFEG00010016363) CEP95 (ENSRFEG00010016046) DDX5 (ENSRFEG00010015738) ENSRFEG00010015686 ##22 MILR1 (ENSRFEG00010015672) PECAM1 (ENSRFEG00010015600) TEX2 (ENSRFEG00010015495) ERN1 (ENSRFEG00010015422) ICAM2 (ENSRFEG00010015391) PRR29 (ENSRFEG00010015192) SCN4A (ENSRFEG00010014783) CD79B (ENSRFEG00010014492) ENSRFEG00010014139 ENSRFEG00010013994 SMARCD2 (ENSRFEG00010012902) PSMC5 (ENSRFEG00010012523) FTSJ3 (ENSRFEG00010012469) DDX42 (ENSRFEG00010012371) CCDC47 (ENSRFEG00010012226) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 17 MYO18B (ENSRFEG00010020719) ENSRFEG00010020785 SEZ6L (ENSRFEG00010020885) ASPHD2 (ENSRFEG00010021223) HPS4 (ENSRFEG00010021246) SRRD (ENSRFEG00010021295) TFIP11 (ENSRFEG00010021304) TPST2 (ENSRFEG00010021325) CRYBA4 (ENSRFEG00010021348) CRYBB1 (ENSRFEG00010021359) MN1 (ENSRFEG00010021364) PITPNB (ENSRFEG00010021383) TTC28 (ENSRFEG00010021409) ENSRFEG00010021419 ENSRFEG00010021422 #7 ENSRFEG00010021427 ##22 CHEK2 (ENSRFEG00010021440) HSCB (ENSRFEG00010021486) CCDC117 (ENSRFEG00010021506) ENSRFEG00010021524 ZNRF3 (ENSRFEG00010021551) C22orf31 (ENSRFEG00010021567) KREMEN1 (ENSRFEG00010021581) ENSRFEG00010021613 EMID1 (ENSRFEG00010021646) RHBDD3 (ENSRFEG00010021713) EWSR1 (ENSRFEG00010021777) GAS2L1 (ENSRFEG00010021883) RASL10A (ENSRFEG00010021890) AP1B1 (ENSRFEG00010021905) NEFH (ENSRFEG00010021925) Carnivora ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263873 ENSGT00550000074784.a.a ENSGT00940000158156 ENSGT00940000155186.q.b ENSGT00390000017079 ENSGT00940000156102 ENSGT00940000159267 ENSGT01010000224334 ENSGT00940000158144 ENSGT00390000018086.z.j.b ENSGT00990000209137 ENSGT00390000018086.z.k ENSGT00940000155846 ENSGT00390000008634 ENSGT00950000183016.E.b.b.b ENSGT00940000153064.b.d ##22 ENSGT00390000000672.a.b ENSGT00940000157492.b ENSGT00940000157995 ENSGT00390000017819 ENSGT01090000260129 ENSGT00940000158711 ENSGT00940000154880 ENSGT00940000155411.c ENSGT00940000157876 ENSGT00940000164293 ENSGT00530000063907.c ##24 ENSGT00610000086112 ENSGT00390000006564 ENSGT00940000165983 ENSGT00940000165033 Caniformia DUPLICATION Caniformia DUPLICATION Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.a ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.a ##22 Canis_lupus DUPLICATION Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.a.a ##22 Dingo MODERN SPECIES 41 ENSCAFG00020019429 MAST4 (ENSCAFG00020019435) ENSCAFG00020019444 ENSCAFG00020019448 ENSCAFG00020019449 ERBIN (ENSCAFG00020019534) NLN (ENSCAFG00020021772) SGTB (ENSCAFG00020022636) TRAPPC13 (ENSCAFG00020022648) SHLD3 (ENSCAFG00020022667) TRIM23 (ENSCAFG00020022672) PPWD1 (ENSCAFG00020022688) CENPK (ENSCAFG00020022691) ADAMTS6 (ENSCAFG00020022699) CWC27 (ENSCAFG00020022711) ENSCAFG00020022726 ##22 SHISAL2B (ENSCAFG00020022729) RGS7BP (ENSCAFG00020022730) RNF180 (ENSCAFG00020022731) ENSCAFG00020022736 ENSCAFG00020022740 ENSCAFG00020022746 ENSCAFG00020022750 ENSCAFG00020022776 ENSCAFG00020022808 KIF2A (ENSCAFG00020022848) ENSCAFG00020023812 ZSWIM6 (ENSCAFG00020023815) ENSCAFG00020023816 NDUFAF2 (ENSCAFG00020023818) ERCC8 (ENSCAFG00020023820) Dog MODERN SPECIES 30 PECR (ENSCAFG00845023539) MREG (ENSCAFG00845023465) FN1 (ENSCAFG00845021985) ATIC (ENSCAFG00845021597) ABCA12 (ENSCAFG00845020774) ENSCAFG00845020407 VWC2L (ENSCAFG00845020176) SPAG16 (ENSCAFG00845020068) IKZF2 (ENSCAFG00845019777) ERBB4 (ENSCAFG00845018700) ENSCAFG00845018409 ENSCAFG00845018381 LANCL1 (ENSCAFG00845018274) CPS1 (ENSCAFG00845017752) MYL1 (ENSCAFG00845017241) ENSCAFG00845017145 ##22 ACADL (ENSCAFG00845017093) KANSL1L (ENSCAFG00845016965) RPE (ENSCAFG00845016841) ENSCAFG00845026723 UNC80 (ENSCAFG00845024595) MAP2 (ENSCAFG00845024022) ENSCAFG00845023938 ENSCAFG00845023908 PTH2R (ENSCAFG00845023795) PIKFYVE (ENSCAFG00845023569) IDH1 (ENSCAFG00845023478) C37H2orf80 (ENSCAFG00845023251) CRYGA (ENSCAFG00845023182) CRYGB (ENSCAFG00845023028) CRYGD (ENSCAFG00845022754) Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.a.b ##22 Dingo DUPLICATION Dingo MODERN SPECIES 161 ENSCAFG00020006800 ENSCAFG00020006802 ENSCAFG00020006805 ENSCAFG00020006809 ENSCAFG00020006812 ENSCAFG00020006813 ENSCAFG00020006816 ENSCAFG00020006837 ENSCAFG00020006839 ENSCAFG00020006844 ENSCAFG00020006846 ENSCAFG00020006849 ENSCAFG00020006851 ENSCAFG00020006855 ENSCAFG00020006860 ENSCAFG00020006866 ##22 ENSCAFG00020006900 ENSCAFG00020006901 ENSCAFG00020006904 ENSCAFG00020006906 ENSCAFG00020006909 ENSCAFG00020006917 ENSCAFG00020006931 ENSCAFG00020006933 IGHM (ENSCAFG00020006953) ENSCAFG00020006960 ENSCAFG00020006973 ENSCAFG00020007254 ENSCAFG00020007302 ENSCAFG00020007363 ENSCAFG00020007433 Dingo MODERN SPECIES 138 MKRN3 (ENSCAFG00020024058) CHRNA7 (ENSCAFG00020024042) ENSCAFG00020024032 OTUD7A (ENSCAFG00020024024) KLF13 (ENSCAFG00020024015) ENSCAFG00020024010 ENSCAFG00020024007 TRPM1 (ENSCAFG00020023986) ENSCAFG00020023965 MTMR10 (ENSCAFG00020023862) FAN1 (ENSCAFG00020023840) MPHOSPH10 (ENSCAFG00020023836) MCEE (ENSCAFG00020023834) ENSCAFG00020023833 APBA2 (ENSCAFG00020023828) ENSCAFG00020023827 ##22 ENTREP2 (ENSCAFG00020023826) ENSCAFG00020023821 TJP1 (ENSCAFG00020021329) TARS3 (ENSCAFG00020020868) TM2D3 (ENSCAFG00020020812) PCSK6 (ENSCAFG00020020483) ENSCAFG00020020462 SELENOS (ENSCAFG00020020453) 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(ENSVVUG00000011390) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.a ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.a ##22 American black bear MODERN SPECIES 5119 ENSUAMG00000014636 ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.b ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.c.b ##22 American black bear MODERN SPECIES 9382 ENSUAMG00000002924 ##22 Polar bear MODERN SPECIES 282 ZNF280D (ENSUMAG00000023594) MNS1 (ENSUMAG00000023585) TEX9 (ENSUMAG00000023578) RFX7 (ENSUMAG00000023577) NEDD4 (ENSUMAG00000023487) PRTG (ENSUMAG00000023474) PYGO1 (ENSUMAG00000023471) DNAAF4 (ENSUMAG00000023467) PIERCE2 (ENSUMAG00000023462) CCPG1 (ENSUMAG00000023459) PIGB (ENSUMAG00000023451) RAB27A (ENSUMAG00000023439) RSL24D1 (ENSUMAG00000023425) ##27 UNC13C (ENSUMAG00000023410) ENSUMAG00000023407 ENSUMAG00000023405 ##22 WDR72 (ENSUMAG00000023398) ATOSA (ENSUMAG00000023390) ENSUMAG00000023388 MYO5A (ENSUMAG00000020539) MYO5C (ENSUMAG00000019644) GNB5 (ENSUMAG00000019214) MAPK6 (ENSUMAG00000019164) LEO1 (ENSUMAG00000019156) TMOD3 (ENSUMAG00000019150) TMOD2 (ENSUMAG00000019149) LYSMD2 (ENSUMAG00000019144) SCG3 (ENSUMAG00000019142) DMXL2 (ENSUMAG00000017518) GLDN (ENSUMAG00000017168) CYP19A1 (ENSUMAG00000017122) Giant Panda MODERN SPECIES 4 SHPK (ENSAMEG00000009204) TRPV1 (ENSAMEG00000009133) TRPV3 (ENSAMEG00000009086) ASPA (ENSAMEG00000009066) SPATA22 (ENSAMEG00000009064) ENSAMEG00000028444 ENSAMEG00000004711 ENSAMEG00000006362 ENSAMEG00000024803 OR3A1 (ENSAMEG00000027998) ENSAMEG00000030940 ENSAMEG00000018470 ENSAMEG00000019580 ENSAMEG00000025416 ENSAMEG00000028317 ENSAMEG00000030558 ##22 ENSAMEG00000006358 RAP1GAP2 (ENSAMEG00000007412) ENSAMEG00000025428 CLUH (ENSAMEG00000007458) PAFAH1B1 (ENSAMEG00000007485) METTL16 (ENSAMEG00000007516) ENSAMEG00000027637 MNT 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ENSCAFG00020008461 ENSCAFG00020008484 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.d ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.d ##22 Red fox MODERN SPECIES 654 ENSVVUG00000004213 ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.d ##22 Dog MODERN SPECIES 22 UBE3A (ENSCAFG00845018724) ATP10A (ENSCAFG00845018321) ENSCAFG00845018217 GABRB3 (ENSCAFG00845018027) GABRA5 (ENSCAFG00845017763) ENSCAFG00845017711 #7 ENSCAFG00845017687 GABRG3 (ENSCAFG00845017588) OCA2 (ENSCAFG00845016997) ENSCAFG00845016648 ENSCAFG00845016369 NIPA1 (ENSCAFG00845016196) NIPA2 (ENSCAFG00845016134) CYFIP1 (ENSCAFG00845015950) ENSCAFG00845015855 ENSCAFG00845015830 ##22 ENSCAFG00845015740 ENSCAFG00845012581 ENSCAFG00845012563 OR6C2H (ENSCAFG00845012503) OR6C89 (ENSCAFG00845012490) ENSCAFG00845012478 OR6C2G (ENSCAFG00845012459) ENSCAFG00845012430 OR6C1K (ENSCAFG00845012419) OR6C85 (ENSCAFG00845012411) OR6C63 (ENSCAFG00845012396) ENSCAFG00845012365 ENSCAFG00845012043 HMGCR (ENSCAFG00845011849) CERT1 (ENSCAFG00845011641) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.d ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000153064.b.d.d ##22 ENSGT00940000156881 #37 ENSGT00940000156631.B ENSGT00390000008948 ENSGT00940000158592 ENSGT00390000007697 ENSGT00390000006307 ENSGT00940000162944 ENSGT00940000160318 ENSGT00940000153251.a ENSGT00940000161692 ENSGT00390000016177.f ENSGT00390000004910 ENSGT00940000162847 ENSGT00940000153998.a ENSGT00390000004871.b Ferret MODERN SPECIES 305 ENSMPUG00000018641 ##22 ENSMPUG00000009873 ALCAM (ENSMPUG00000009876) #37 CBLB (ENSMPUG00000009887) ENSMPUG00000009899 ENSMPUG00000009904 CCDC54 (ENSMPUG00000018645) BBX (ENSMPUG00000009907) CD47 (ENSMPUG00000009914) ENSMPUG00000009964 IFT57 (ENSMPUG00000009971) HHLA2 (ENSMPUG00000009979) ENSMPUG00000009985 ENSMPUG00000009990 ENSMPUG00000009995 ENSMPUG00000010001 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.d ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.d ##22 American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 8866 ENSUAMG00000000901 ##22 American black bear MODERN SPECIES 9283 ENSUAMG00000002075 ##22 Felidae DUPLICATION Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.e ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.e ##22 Tiger MODERN SPECIES 106 HNF4A (ENSPTIG00000012260) R3HDML (ENSPTIG00000011573) FITM2 (ENSPTIG00000010767) GDAP1L1 (ENSPTIG00000004614) OSER1 (ENSPTIG00000021536) ENSPTIG00000021031 TOX2 (ENSPTIG00000017893) GTSF1L (ENSPTIG00000017302) MYBL2 (ENSPTIG00000013164) IFT52 (ENSPTIG00000012311) SGK2 (ENSPTIG00000008876) L3MBTL1 (ENSPTIG00000019723) SRSF6 (ENSPTIG00000019153) ENSPTIG00000018550 ENSPTIG00000016538 ENSPTIG00000006826 ##22 CHD6 (ENSPTIG00000011094) LPIN3 (ENSPTIG00000008580) ENSPTIG00000008184 TOP1 (ENSPTIG00000017003) DHX35 (ENSPTIG00000009935) FAM83D (ENSPTIG00000007307) PPP1R16B (ENSPTIG00000001218) ACTR5 (ENSPTIG00000021181) SLC32A1 (ENSPTIG00000021029) ADIG (ENSPTIG00000020713) RALGAPB (ENSPTIG00000016817) LBP (ENSPTIG00000015902) BPI (ENSPTIG00000014588) KIAA1755 (ENSPTIG00000012264) TGM2 (ENSPTIG00000010867) Felidae DUPLICATION Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.f.a ##22 Cat DUPLICATION Cat MODERN SPECIES 235 GSTCD (ENSFCAG00000024646) NPNT (ENSFCAG00000023889) TBCK (ENSFCAG00000014486) AIMP1 (ENSFCAG00000012896) GIMD1 (ENSFCAG00000036567) DKK2 (ENSFCAG00000043481) ENSFCAG00000034912 SGMS2 (ENSFCAG00000012289) PAPSS1 (ENSFCAG00000007221) CYP2U1 (ENSFCAG00000015335) HADH (ENSFCAG00000022260) LEF1 (ENSFCAG00000027039) RPL34 (ENSFCAG00000015502) OSTC (ENSFCAG00000040199) ETNPPL (ENSFCAG00000002319) ENSFCAG00000050516 ##22 COL25A1 (ENSFCAG00000041813) SEC24B (ENSFCAG00000000069) MCUB (ENSFCAG00000018997) CASP6 (ENSFCAG00000003400) ENSFCAG00000034487 CFI (ENSFCAG00000000105) ENSFCAG00000040791 RRH (ENSFCAG00000005461) LRIT3 (ENSFCAG00000035670) EGF (ENSFCAG00000000506) ELOVL6 (ENSFCAG00000039104) ENPEP (ENSFCAG00000000075) PITX2 (ENSFCAG00000007195) ENSFCAG00000029403 FAM241A (ENSFCAG00000043632) Cat MODERN SPECIES 252 ENSFCAG00000039079 PRPS2 (ENSFCAG00000026323) TLR7 (ENSFCAG00000007242) TLR8 (ENSFCAG00000027513) EGFL6 (ENSFCAG00000012437) RAB9A (ENSFCAG00000023992) ENSFCAG00000023912 ENSFCAG00000048718 OFD1 (ENSFCAG00000014870) GPM6B (ENSFCAG00000014877) GEMIN8 (ENSFCAG00000014428) GLRA2 (ENSFCAG00000011448) ENSFCAG00000036533 FANCB (ENSFCAG00000029176) MOSPD2 (ENSFCAG00000022388) ENSFCAG00000047752 ##22 ASB9 (ENSFCAG00000010484) ASB11 (ENSFCAG00000022236) PIGA (ENSFCAG00000010727) PIR (ENSFCAG00000010486) BMX (ENSFCAG00000010487) ACE2 (ENSFCAG00000009320) CLTRN (ENSFCAG00000036385) CA5B (ENSFCAG00000031216) AP1S2 (ENSFCAG00000045977) GRPR (ENSFCAG00000001733) ENSFCAG00000040841 ENSFCAG00000033472 ENSFCAG00000013713 CTPS2 (ENSFCAG00000006519) S100G (ENSFCAG00000042272) Felidae DUPLICATION Felidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000183049.A ENSGT00390000000924 ENSGT01100000263873 ENSGT00550000074784.a.a ENSGT00940000158156 ENSGT00940000155186.q.b ENSGT00390000017079 ENSGT00940000156102 ENSGT00940000159267 ENSGT00940000158144 ENSGT00990000209137 ENSGT00390000018086.z.k.f ENSGT00940000155846 ENSGT00390000008634 ENSGT00950000183016.E.b.b.b.o ENSGT00940000153064.b.d.f.b.a ##22 ENSGT00390000000672.a.b ENSGT00940000157492.b ENSGT00940000157995 ENSGT00390000017819 ENSGT01090000260129 ENSGT00940000158711 ENSGT00940000154880 ENSGT00940000155411.c ENSGT00910000147795 ENSGT00940000157876 ENSGT00940000164293 ENSGT00530000063907.c ##24 ENSGT00610000086112 ENSGT00390000006564 ENSGT00940000158953 Cat DUPLICATION Cat MODERN SPECIES CARTPT (ENSFCAG00000003084) ENSFCAG00000013911 BDP1 (ENSFCAG00000031814) ENSFCAG00000039482 SMN2 (ENSFCAG00000028292) ENSFCAG00000026006 ENSFCAG00000028495 OCLN (ENSFCAG00000007708) MARVELD2 (ENSFCAG00000022414) RAD17 (ENSFCAG00000002487) AK6 (ENSFCAG00000031227) CCDC125 (ENSFCAG00000002485) CDK7 (ENSFCAG00000004827) CENPH (ENSFCAG00000037516) CCNB1 (ENSFCAG00000001572) ENSFCAG00000047158 ##22 SLC30A5 (ENSFCAG00000008198) PIK3R1 (ENSFCAG00000011030) CD180 (ENSFCAG00000004753) MAST4 (ENSFCAG00000025450) SREK1 (ENSFCAG00000036884) ERBIN (ENSFCAG00000024125) NLN (ENSFCAG00000024818) SGTB (ENSFCAG00000002440) TRAPPC13 (ENSFCAG00000022097) TRIM23 (ENSFCAG00000024511) PPWD1 (ENSFCAG00000009056) CENPK (ENSFCAG00000029334) ADAMTS6 (ENSFCAG00000039772) ENSFCAG00000047838 CWC27 (ENSFCAG00000029156) Cat MODERN SPECIES ATG10 (ENSFCAG00000036397) ENSFCAG00000022315 RPS23 (ENSFCAG00000008839) ENSFCAG00000046011 ENSFCAG00000045423 XRCC4 (ENSFCAG00000029944) VCAN (ENSFCAG00000023191) HAPLN1 (ENSFCAG00000037432) EDIL3 (ENSFCAG00000002497) ENSFCAG00000050071 ENSFCAG00000022528 COX7C (ENSFCAG00000034705) RASA1 (ENSFCAG00000004825) CCNH (ENSFCAG00000004828) ENSFCAG00000048547 ENSFCAG00000050982 ##22 TMEM161B (ENSFCAG00000031564) MEF2C (ENSFCAG00000011595) CETN3 (ENSFCAG00000022808) ENSFCAG00000024204 MBLAC2 (ENSFCAG00000029005) ENSFCAG00000032444 LYSMD3 (ENSFCAG00000029406) ADGRV1 (ENSFCAG00000012405) ARRDC3 (ENSFCAG00000019203) ENSFCAG00000024804 NR2F1 (ENSFCAG00000034642) FAM172A (ENSFCAG00000025443) ##24 KIAA0825 (ENSFCAG00000028992) SLF1 (ENSFCAG00000024671) MCTP1 (ENSFCAG00000014397) Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.f.b.a ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.f.b.a ##22 lion MODERN SPECIES 5 GFRAL (ENSPLOG00000006100) HMGCLL1 (ENSPLOG00000006191) BMP5 (ENSPLOG00000006334) ENSPLOG00000006363 COL21A1 (ENSPLOG00000006412) DST (ENSPLOG00000006730) BEND6 (ENSPLOG00000007281) KIAA1586 (ENSPLOG00000007341) ZNF451 (ENSPLOG00000007397) BAG2 (ENSPLOG00000007479) RAB23 (ENSPLOG00000007511) PRIM2 (ENSPLOG00000007536) ENSPLOG00000007575 ENSPLOG00000007594 KHDRBS2 (ENSPLOG00000007607) ENSPLOG00000007641 ##22 LGSN (ENSPLOG00000007674) ENSPLOG00000007739 PTP4A1 (ENSPLOG00000007765) PHF3 (ENSPLOG00000007803) ENSPLOG00000007839 ENSPLOG00000007863 ADGRB3 (ENSPLOG00000007947) ENSPLOG00000008174 LMBRD1 (ENSPLOG00000008224) COL19A1 (ENSPLOG00000008321) ENSPLOG00000008632 COL9A1 (ENSPLOG00000008829) FAM135A (ENSPLOG00000009519) SDHAF4 (ENSPLOG00000009984) SMAP1 (ENSPLOG00000010021) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.f.b.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.f.b.b ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.f.b.b ##22 lion DUPLICATION lion MODERN SPECIES ACSL6 (ENSPLOG00000002288) MEIKIN (ENSPLOG00000002154) FNIP1 (ENSPLOG00000001986) RAPGEF6 (ENSPLOG00000001531) CDC42SE2 (ENSPLOG00000001394) LYRM7 (ENSPLOG00000001376) ENSPLOG00000001359 CHSY3 (ENSPLOG00000001342) MINAR2 (ENSPLOG00000001326) ADAMTS19 (ENSPLOG00000001294) ISOC1 (ENSPLOG00000001271) SLC27A6 (ENSPLOG00000001256) FBN2 (ENSPLOG00000001013) SLC12A2 (ENSPLOG00000000694) CTXN3 (ENSPLOG00000000556) ENSPLOG00000000550 ##22 PRRC1 (ENSPLOG00000000528) MEGF10 (ENSPLOG00000000476) C5orf63 (ENSPLOG00000000442) MARCHF3 (ENSPLOG00000000432) LMNB1 (ENSPLOG00000000402) TEX43 (ENSPLOG00000000306) PHAX (ENSPLOG00000000284) ALDH7A1 (ENSPLOG00000000210) GRAMD2B (ENSPLOG00000000105) ENSPLOG00000000072 ZNF608 (ENSPLOG00000000060) CSNK1G3 (ENSPLOG00000000041) CEP120 (ENSPLOG00000000022) PRDM6 (ENSPLOG00000002242) PPIC (ENSPLOG00000002229) lion MODERN SPECIES 11 ANXA11 (ENSPLOG00000009306) ENSPLOG00000009261 TMEM254 (ENSPLOG00000009112) SFTPD (ENSPLOG00000008966) ENSPLOG00000008931 ENSPLOG00000008891 MAT1A (ENSPLOG00000008835) DYDC1 (ENSPLOG00000008784) DYDC2 (ENSPLOG00000008760) PRXL2A (ENSPLOG00000008707) TSPAN14 (ENSPLOG00000008575) SH2D4B (ENSPLOG00000008503) ENSPLOG00000008484 ENSPLOG00000008457 NRG3 (ENSPLOG00000008323) ENSPLOG00000008300 ##22 ENSPLOG00000008255 ENSPLOG00000008234 GHITM (ENSPLOG00000008205) GPR15LG (ENSPLOG00000008181) CDHR1 (ENSPLOG00000008089) LRIT2 (ENSPLOG00000008047) LRIT1 (ENSPLOG00000008018) RGR (ENSPLOG00000007861) CCSER2 (ENSPLOG00000007805) GRID1 (ENSPLOG00000007714) WAPL (ENSPLOG00000022015) OPN4 (ENSPLOG00000021883) LDB3 (ENSPLOG00000021595) BMPR1A (ENSPLOG00000021503) MMRN2 (ENSPLOG00000021472) Cat MODERN SPECIES 247 KAT8 (ENSFCAG00000002605) PRSS8 (ENSFCAG00000002606) PRSS36 (ENSFCAG00000002607) FUS (ENSFCAG00000027928) PYCARD (ENSFCAG00000002608) ENSFCAG00000053703 TRIM72 (ENSFCAG00000006398) ENSFCAG00000041514 ENSFCAG00000046212 ITGAM (ENSFCAG00000005205) ARMC5 (ENSFCAG00000006342) TGFB1I1 (ENSFCAG00000008945) SLC5A2 (ENSFCAG00000001380) CE3H16orf58 (ENSFCAG00000029973) AHSP (ENSFCAG00000007857) ENSFCAG00000048033 ##22 SEPTIN14 (ENSFCAG00000022958) ZNF713 (ENSFCAG00000038789) MRPS17 (ENSFCAG00000041039) NIPSNAP2 (ENSFCAG00000002977) ENSFCAG00000026551 PSPH (ENSFCAG00000021883) CCT6A (ENSFCAG00000027654) PHKG1 (ENSFCAG00000002982) CHCHD2 (ENSFCAG00000036807) NUPR2 (ENSFCAG00000025675) VKORC1L1 (ENSFCAG00000037314) GUSB (ENSFCAG00000006928) SUMF2 (ENSFCAG00000002981) ASL (ENSFCAG00000006929) CRCP (ENSFCAG00000022099) Artiodactyla DUPLICATION Artiodactyla DUPLICATION Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 146 ENSGT01050000244986.b.b.b.a ENSGT00940000153064.b.d.g.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 154 ENSGT01050000244986.b.b.b.a ENSGT00940000153064.b.d.g.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 139 ENSGT01050000244986.b.b.b.a ENSGT00940000153064.b.d.g.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 89 ENSGT01050000244986.b.b.b.a ENSGT00940000153064.b.d.g.a ##22 Odontoceti DUPLICATION Odontoceti DUPLICATION Odontoceti DUPLICATION Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.a ##22 Monodontidae DUPLICATION Monodontidae DUPLICATION Monodontidae DUPLICATION Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.a.a.a.a ##22 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 52 ENSDLEG00000006204 KLHL25 (ENSDLEG00000006214) AKAP13 (ENSDLEG00000006222) ENSDLEG00000006254 SV2B (ENSDLEG00000006261) ENSDLEG00000006266 SLCO3A1 (ENSDLEG00000006270) ST8SIA2 (ENSDLEG00000006280) FAM174B (ENSDLEG00000006291) CHD2 (ENSDLEG00000006361) RGMA (ENSDLEG00000006705) SLC25A30 (ENSDLEG00000006711) ENSDLEG00000006716 MCTP2 (ENSDLEG00000006742) NR2F2 (ENSDLEG00000006824) ENSDLEG00000006828 ##22 ENSDLEG00000006833 ARRDC4 (ENSDLEG00000006837) ENSDLEG00000006848 ENSDLEG00000006861 IGF1R (ENSDLEG00000006865) SYNM (ENSDLEG00000006876) TTC23 (ENSDLEG00000006882) LRRC28 (ENSDLEG00000006888) MEF2A (ENSDLEG00000006900) LYSMD4 (ENSDLEG00000006906) ADAMTS17 (ENSDLEG00000006922) CERS3 (ENSDLEG00000006971) LINS1 (ENSDLEG00000006980) ASB7 (ENSDLEG00000006990) ALDH1A3 (ENSDLEG00000006994) Beluga whale MODERN SPECIES 47 ENSDLEG00000014564 CA8 (ENSDLEG00000014524) ENSDLEG00000014356 CHD7 (ENSDLEG00000014252) CLVS1 (ENSDLEG00000014225) ASPH (ENSDLEG00000013927) NKAIN3 (ENSDLEG00000013867) GGH (ENSDLEG00000013842) TTPA (ENSDLEG00000013829) YTHDF3 (ENSDLEG00000013813) ENSDLEG00000013804 ENSDLEG00000013798 ENSDLEG00000013782 ENSDLEG00000013768 BHLHE22 (ENSDLEG00000013759) ENSDLEG00000013748 ##22 CYP7B1 (ENSDLEG00000013719) ARMC1 (ENSDLEG00000013690) MTFR1 (ENSDLEG00000013658) ENSDLEG00000013648 DNAJC5B (ENSDLEG00000013633) PDE7A (ENSDLEG00000013570) TRIM55 (ENSDLEG00000013551) CRH (ENSDLEG00000013545) RRS1 (ENSDLEG00000014102) ADHFE1 (ENSDLEG00000014067) CUNH8orf46 (ENSDLEG00000014052) MYBL1 (ENSDLEG00000013961) VCPIP1 (ENSDLEG00000013944) SGK3 (ENSDLEG00000013898) MCMDC2 (ENSDLEG00000013877) Beluga whale DUPLICATION Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 52 RPS17 (ENSDLEG00000007470) CPEB1 (ENSDLEG00000007340) AP3B2 (ENSDLEG00000007293) FSD2 (ENSDLEG00000007263) WHAMM (ENSDLEG00000007245) HOMER2 (ENSDLEG00000007224) FAM103A1 (ENSDLEG00000007216) ENSDLEG00000007211 ENSDLEG00000007204 BTBD1 (ENSDLEG00000007193) TM6SF1 (ENSDLEG00000007180) HDGFL3 (ENSDLEG00000007164) BNC1 (ENSDLEG00000007155) ENSDLEG00000007146 SH3GL3 (ENSDLEG00000007052) ENSDLEG00000007043 ##22 ENSDLEG00000007040 EFL1 (ENSDLEG00000007032) MEX3B (ENSDLEG00000007028) ENSDLEG00000007024 ENSDLEG00000007017 TMC3 (ENSDLEG00000006989) STARD5 (ENSDLEG00000006976) IL16 (ENSDLEG00000006947) CFAP161 (ENSDLEG00000006940) TLNRD1 (ENSDLEG00000006937) MESD (ENSDLEG00000006934) CEMIP (ENSDLEG00000006917) ABHD17C (ENSDLEG00000006910) ARNT2 (ENSDLEG00000006890) ENSDLEG00000006886 Beluga whale MODERN SPECIES 16 ENSDLEG00000002924 MARCHF11 (ENSDLEG00000002915) FBXL7 (ENSDLEG00000002908) ENSDLEG00000002904 ENSDLEG00000002893 ANKH (ENSDLEG00000002865) OTULIN (ENSDLEG00000002839) FAM105A (ENSDLEG00000002824) TRIO (ENSDLEG00000001825) ENSDLEG00000001564 DNAH5 (ENSDLEG00000001370) ENSDLEG00000001339 ENSDLEG00000001324 ENSDLEG00000001313 CTNND2 (ENSDLEG00000001157) ENSDLEG00000001124 ##22 DAP (ENSDLEG00000001108) ANKRD33B (ENSDLEG00000001095) ROPN1L (ENSDLEG00000001073) MARCH6 (ENSDLEG00000000992) CMBL (ENSDLEG00000000961) CCT5 (ENSDLEG00000000940) ATPSCKMT (ENSDLEG00000000926) SEMA5A (ENSDLEG00000000752) MTRR (ENSDLEG00000000694) FASTKD3 (ENSDLEG00000000670) CUNH5orf49 (ENSDLEG00000000660) ADCY2 (ENSDLEG00000000578) PAPD7 (ENSDLEG00000000536) SRD5A1 (ENSDLEG00000000513) NSUN2 (ENSDLEG00000000437) Beluga whale DUPLICATION Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 17 CACNA2D1 (ENSDLEG00000003232) HGF (ENSDLEG00000003291) ENSDLEG00000003307 ##22 ENSDLEG00000003310 ENSDLEG00000003316 SEMA3C (ENSDLEG00000003352) CD36 (ENSDLEG00000003388) ENSDLEG00000003455 ENSDLEG00000003459 GNAI1 (ENSDLEG00000003464) ENSDLEG00000003473 ENSDLEG00000003479 ENSDLEG00000003499 ENSDLEG00000003502 PHTF2 (ENSDLEG00000003565) TMEM60 (ENSDLEG00000003627) RSBN1L (ENSDLEG00000003635) ENSDLEG00000003641 Beluga whale MODERN SPECIES 44 TIMM9 (ENSDLEG00000006549) TOMM20L (ENSDLEG00000006554) ARID4A (ENSDLEG00000006563) PSMA3 (ENSDLEG00000006602) ACTR10 (ENSDLEG00000006658) CUNH14orf37 (ENSDLEG00000006671) SLC35F4 (ENSDLEG00000006679) CCDC198 (ENSDLEG00000006725) NAA30 (ENSDLEG00000006734) AP5M1 (ENSDLEG00000006746) EXOC5 (ENSDLEG00000006751) ENSDLEG00000006814 OTX2 (ENSDLEG00000006819) TMEM260 (ENSDLEG00000006827) PELI2 (ENSDLEG00000006843) ENSDLEG00000006850 ##22 KTN1 (ENSDLEG00000006868) ENSDLEG00000006961 TBPL2 (ENSDLEG00000006963) ATG14 (ENSDLEG00000006979) FBXO34 (ENSDLEG00000006987) DLGAP5 (ENSDLEG00000006991) LGALS3 (ENSDLEG00000007025) WDHD1 (ENSDLEG00000007038) ENSDLEG00000007055 ENSDLEG00000007058 MAPK1IP1L (ENSDLEG00000007080) SOCS4 (ENSDLEG00000007089) GCH1 (ENSDLEG00000007091) SAMD4A (ENSDLEG00000007119) CGRRF1 (ENSDLEG00000007156) Beluga whale MODERN SPECIES 24 POMT2 (ENSDLEG00000014667) GSTZ1 (ENSDLEG00000014629) TMED8 (ENSDLEG00000014615) SAMD15 (ENSDLEG00000014612) VIPAS39 (ENSDLEG00000014583) AHSA1 (ENSDLEG00000014552) ENSDLEG00000014530 SPTLC2 (ENSDLEG00000014493) ENSDLEG00000014481 SLIRP (ENSDLEG00000014469) SNW1 (ENSDLEG00000014451) ENSDLEG00000014442 ADCK1 (ENSDLEG00000014410) ENSDLEG00000014399 NRXN3 (ENSDLEG00000013693) ENSDLEG00000013649 ##22 NRXN3 (ENSDLEG00000013608) ENSDLEG00000013593 ENSDLEG00000013585 ENSDLEG00000013579 CEP128 (ENSDLEG00000013547) TSHR (ENSDLEG00000013506) ENSDLEG00000013498 GTF2A1 (ENSDLEG00000013423) ENSDLEG00000013409 STON2 (ENSDLEG00000013391) SEL1L (ENSDLEG00000013330) ENSDLEG00000013315 FLRT2 (ENSDLEG00000013290) GALC (ENSDLEG00000013255) GPR65 (ENSDLEG00000013248) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.a.a.a.b ##22 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 262 ENSDLEG00000008132 ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 46 RHOU (ENSDLEG00000008603) RAB4A (ENSDLEG00000008574) CCSAP (ENSDLEG00000008558) ACTA1 (ENSDLEG00000008382) NUP133 (ENSDLEG00000007858) ABCB10 (ENSDLEG00000007817) ENSDLEG00000007813 ENSDLEG00000007807 URB2 (ENSDLEG00000007804) ENSDLEG00000007800 ##22 ENSDLEG00000007798 GALNT2 (ENSDLEG00000007783) PGBD5 (ENSDLEG00000007772) COG2 (ENSDLEG00000007748) AGT (ENSDLEG00000007740) ENSDLEG00000007732 CUNH1orf198 (ENSDLEG00000007710) TTC13 (ENSDLEG00000007691) ARV1 (ENSDLEG00000007682) FAM89A (ENSDLEG00000007676) TRIM67 (ENSDLEG00000007668) C1orf131 (ENSDLEG00000007655) GNPAT (ENSDLEG00000007597) EXOC8 (ENSDLEG00000007592) SPRTN (ENSDLEG00000007584) Narwhal MODERN SPECIES 316 KCNJ2 (ENSMMNG00015015478) KCNJ16 (ENSMMNG00015015487) MAP2K6 (ENSMMNG00015015496) ABCA5 (ENSMMNG00015015520) FAM20A (ENSMMNG00015015558) PRKAR1A (ENSMMNG00015015580) WIPI1 (ENSMMNG00015015614) ARSG (ENSMMNG00015015641) SLC16A6 (ENSMMNG00015015658) ENSMMNG00015015693 GNA13 (ENSMMNG00015015737) ENSMMNG00015015757 ENSMMNG00015015837 AXIN2 (ENSMMNG00015015937) CEP112 (ENSMMNG00015016024) ENSMMNG00015016114 ##22 APOH (ENSMMNG00015016142) PRKCA (ENSMMNG00015016165) CACNG5 (ENSMMNG00015016183) CACNG4 (ENSMMNG00015016209) CACNG1 (ENSMMNG00015016229) HELZ (ENSMMNG00015016280) ENSMMNG00015016327 ENSMMNG00015016382 ENSMMNG00015016395 MAP2K3 (ENSMMNG00015016411) NATD1 (ENSMMNG00015016459) TMEM11 (ENSMMNG00015016487) DHRS7B (ENSMMNG00015016524) USP22 (ENSMMNG00015016598) TNFRSF13B (ENSMMNG00015016637) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.a.a.b ##22 Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 313 PPHLN1 (ENSMMNG00015018216) ZCRB1 (ENSMMNG00015018409) PRICKLE1 (ENSMMNG00015018440) ADAMTS20 (ENSMMNG00015018580) ENSMMNG00015018699 PUS7L (ENSMMNG00015018722) IRAK4 (ENSMMNG00015018774) TWF1 (ENSMMNG00015018823) TMEM117 (ENSMMNG00015018953) NELL2 (ENSMMNG00015019098) DBX2 (ENSMMNG00015019435) ANO6 (ENSMMNG00015019497) ARID2 (ENSMMNG00015019688) SCAF11 (ENSMMNG00015019745) SLC38A1 (ENSMMNG00015019812) ENSMMNG00015019850 ##22 ENSMMNG00015019874 SLC38A2 (ENSMMNG00015019933) SLC38A4 (ENSMMNG00015020012) AMIGO2 (ENSMMNG00015020049) PCED1B (ENSMMNG00015020062) RPAP3 (ENSMMNG00015020088) ENDOU (ENSMMNG00015020139) RAPGEF3 (ENSMMNG00015020182) SLC48A1 (ENSMMNG00015020233) HDAC7 (ENSMMNG00015020264) VDR (ENSMMNG00015020345) TMEM106C (ENSMMNG00015020428) COL2A1 (ENSMMNG00015020553) SENP1 (ENSMMNG00015020735) PFKM (ENSMMNG00015020844) Narwhal MODERN SPECIES 67 ENSMMNG00015004153 ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 31 ENSDLEG00000020255 ENSDLEG00000020256 ENSDLEG00000020261 UGGT2 (ENSDLEG00000020264) DNAJC3 (ENSDLEG00000020283) DZIP1 (ENSDLEG00000020291) CLDN10 (ENSDLEG00000020301) ABCC4 (ENSDLEG00000020308) ENSDLEG00000020316 SOX21 (ENSDLEG00000020317) GPR180 (ENSDLEG00000005503) TGDS (ENSDLEG00000005526) DCT (ENSDLEG00000005549) ENSDLEG00000005562 GPC5 (ENSDLEG00000005577) ENSDLEG00000005613 ##22 SLITRK5 (ENSDLEG00000005616) ENSDLEG00000005621 SLITRK6 (ENSDLEG00000005623) SLITRK1 (ENSDLEG00000005635) ENSDLEG00000005639 SPRY2 (ENSDLEG00000005653) ENSDLEG00000005655 NDFIP2 (ENSDLEG00000005664) RBM26 (ENSDLEG00000005684) RNF219 (ENSDLEG00000005757) POU4F1 (ENSDLEG00000005771) EDNRB (ENSDLEG00000005777) SLAIN1 (ENSDLEG00000005784) SCEL (ENSDLEG00000005850) MYCBP2 (ENSDLEG00000006276) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.a.b ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 111 NRIP1 (ENSDLEG00000010119) SAMSN1 (ENSDLEG00000010140) HSPA13 (ENSDLEG00000010169) ENSDLEG00000010205 RBM11 (ENSDLEG00000010360) LIPI (ENSDLEG00000010401) ENSDLEG00000010585 ROBO2 (ENSDLEG00000010620) ROBO1 (ENSDLEG00000010888) ENSDLEG00000011074 ENSDLEG00000011085 GBE1 (ENSDLEG00000011144) ENSDLEG00000011659 CADM2 (ENSDLEG00000011672) VGLL3 (ENSDLEG00000011689) ENSDLEG00000011697 ##22 CHMP2B (ENSDLEG00000011704) POU1F1 (ENSDLEG00000011716) HTR1F (ENSDLEG00000011735) CGGBP1 (ENSDLEG00000011740) ZNF654 (ENSDLEG00000011750) CUNH3orf38 (ENSDLEG00000011776) EPHA3 (ENSDLEG00000011806) PROS1 (ENSDLEG00000011970) ARL13B (ENSDLEG00000012006) STX19 (ENSDLEG00000012042) NSUN3 (ENSDLEG00000012057) ENSDLEG00000012067 ENSDLEG00000012079 EPHA6 (ENSDLEG00000012104) ARL6 (ENSDLEG00000012235) Vaquita MODERN SPECIES 34 ENSPSNG00000019483 ENSPSNG00000019425 DMD (ENSPSNG00000017181) MSANTD7 (ENSPSNG00000016798) TAB3 (ENSPSNG00000016709) ENSPSNG00000016581 TASL (ENSPSNG00000016531) ENSPSNG00000016430 NR0B1 (ENSPSNG00000016362) ENSPSNG00000016339 ENSPSNG00000016299 ENSPSNG00000016215 ENSPSNG00000016154 ENSPSNG00000016064 IL1RAPL1 (ENSPSNG00000015746) ENSPSNG00000015691 ##22 ENSPSNG00000015644 ENSPSNG00000015571 ENSPSNG00000015483 PPP4R3C (ENSPSNG00000015461) ENSPSNG00000015433 ENSPSNG00000015395 ENSPSNG00000015350 ENSPSNG00000015251 ENSPSNG00000015178 ENSPSNG00000015076 ENSPSNG00000015028 ENSPSNG00000014978 ENSPSNG00000014866 ARX (ENSPSNG00000014723) POLA1 (ENSPSNG00000014536) Sperm whale MODERN SPECIES 2 EFCAB11 (ENSPCTG00005011819) ENSPCTG00005011795 FOXN3 (ENSPCTG00005011751) ENSPCTG00005011733 ENSPCTG00005011393 EML5 (ENSPCTG00005010567) ZC3H14 (ENSPCTG00005009989) PTPN21 (ENSPCTG00005009832) SPATA7 (ENSPCTG00005009756) KCNK10 (ENSPCTG00005009479) ENSPCTG00005009420 GPR65 (ENSPCTG00005009404) GALC (ENSPCTG00005008884) ENSPCTG00005008749 FLRT2 (ENSPCTG00005022813) ENSPCTG00005022810 ##22 ENSPCTG00005022808 SEL1L (ENSPCTG00005022806) STON2 (ENSPCTG00005022804) GTF2A1 (ENSPCTG00005022802) TSHR (ENSPCTG00005022800) CEP128 (ENSPCTG00005022794) ENSPCTG00005022790 ENSPCTG00005022788 NRXN3 (ENSPCTG00005022779) ADCK1 (ENSPCTG00005022772) SNW1 (ENSPCTG00005022770) SLIRP (ENSPCTG00005022769) ALKBH1 (ENSPCTG00005022768) ENSPCTG00005022767 SPTLC2 (ENSPCTG00005022764) Odontoceti DUPLICATION Odontoceti DUPLICATION Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.a.a ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.a.a ##22 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 77 WDR19 (ENSDLEG00000014815) KLHL5 (ENSDLEG00000014868) TMEM156 (ENSDLEG00000014905) FAM114A1 (ENSDLEG00000014925) TLR1 (ENSDLEG00000014978) TLR10 (ENSDLEG00000014982) KLF3 (ENSDLEG00000014988) TBC1D1 (ENSDLEG00000015022) ENSDLEG00000015205 PGM2 (ENSDLEG00000015218) RELL1 (ENSDLEG00000015269) CUNH4orf19 (ENSDLEG00000015289) ENSDLEG00000015301 NWD2 (ENSDLEG00000015317) ENSDLEG00000015330 ENSDLEG00000015338 ##22 ENSDLEG00000015342 DTHD1 (ENSDLEG00000015353) ENSDLEG00000015377 ARAP2 (ENSDLEG00000015400) ENSDLEG00000015483 ENSDLEG00000015489 ENSDLEG00000015493 ENSDLEG00000013137 PCDH7 (ENSDLEG00000013164) ENSDLEG00000013183 STIM2 (ENSDLEG00000013214) ENSDLEG00000013230 TBC1D19 (ENSDLEG00000013283) CCKAR (ENSDLEG00000013378) RBPJ (ENSDLEG00000013407) Beluga whale MODERN SPECIES 188 ENSDLEG00000018538 ##22 Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 308 ENSMMNG00015019371 SPTSSA (ENSMMNG00015019349) EGLN3 (ENSMMNG00015019291) NPAS3 (ENSMMNG00015019078) AKAP6 (ENSMMNG00015018988) ARHGAP5 (ENSMMNG00015018917) ENSMMNG00015018891 NUBPL (ENSMMNG00015018841) GPR33 (ENSMMNG00015018815) DTD2 (ENSMMNG00015018797) HEATR5A (ENSMMNG00015018679) HECTD1 (ENSMMNG00015018463) AP4S1 (ENSMMNG00015018404) STRN3 (ENSMMNG00015018258) COCH (ENSMMNG00015018104) ENSMMNG00015018060 ##22 SCFD1 (ENSMMNG00015017990) G2E3 (ENSMMNG00015017922) PRKD1 (ENSMMNG00015017800) FOXG1 (ENSMMNG00015017758) ENSMMNG00015017733 ENSMMNG00015017696 NOVA1 (ENSMMNG00015017472) STXBP6 (ENSMMNG00015017391) GZMB (ENSMMNG00015017321) ENSMMNG00015017165 GZMH (ENSMMNG00015017095) ENSMMNG00015017063 ENSMMNG00015016597 ENSMMNG00015016445 ENSMMNG00015016428 Narwhal MODERN SPECIES 295 C18orf25 (ENSMMNG00015002704) RNF165 (ENSMMNG00015002686) LOXHD1 (ENSMMNG00015002006) ST8SIA5 (ENSMMNG00015001685) PIAS2 (ENSMMNG00015001607) ENSMMNG00015001565 KATNAL2 (ENSMMNG00015001513) HDHD2 (ENSMMNG00015001468) ENSMMNG00015001451 SKOR2 (ENSMMNG00015001428) SMAD2 (ENSMMNG00015001331) ZBTB7C (ENSMMNG00015001274) CTIF (ENSMMNG00015001193) ENSMMNG00015001156 SMAD7 (ENSMMNG00015001136) ENSMMNG00015001110 ##22 DYM (ENSMMNG00015001014) ENSMMNG00015000947 ENSMMNG00015000862 LIPG (ENSMMNG00015000826) ENSMMNG00015000802 ACAA2 (ENSMMNG00015000776) ENSMMNG00015000736 ENSMMNG00015000706 MRO (ENSMMNG00015000680) ME2 (ENSMMNG00015000602) ELAC1 (ENSMMNG00015000560) SMAD4 (ENSMMNG00015000527) MEX3C (ENSMMNG00015000471) ENSMMNG00015000436 ENSMMNG00015000421 Sperm whale MODERN SPECIES 19 ENSPCTG00005000928 RBM22 (ENSPCTG00005000903) DCTN4 (ENSPCTG00005000869) ENSPCTG00005000853 ENSPCTG00005000840 SMIM3 (ENSPCTG00005000833) ZNF300 (ENSPCTG00005000820) ENSPCTG00005000808 ENSPCTG00005000790 ENSPCTG00005000747 ENSPCTG00005000659 HMGXB3 (ENSPCTG00005000575) TIGD6 (ENSPCTG00005000546) SLC26A2 (ENSPCTG00005000530) PDE6A (ENSPCTG00005000439) ENSPCTG00005000378 ##22 CSNK1A1 (ENSPCTG00005000355) IL17B (ENSPCTG00005003754) PCYOX1L (ENSPCTG00005003744) GRPEL2 (ENSPCTG00005003736) AFAP1L1 (ENSPCTG00005003707) ABLIM3 (ENSPCTG00005003581) SH3TC2 (ENSPCTG00005003526) HTR4 (ENSPCTG00005003439) FBXO38 (ENSPCTG00005003322) ENSPCTG00005003282 SPINK9 (ENSPCTG00005003264) SPINK7 (ENSPCTG00005003251) SPINK13 (ENSPCTG00005003241) ENSPCTG00005003234 SPINK6 (ENSPCTG00005003225) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.a.b ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 19 SHISAL2B (ENSPCTG00005011811) ENSPCTG00005011774 RGS7BP (ENSPCTG00005011710) RNF180 (ENSPCTG00005011581) ENSPCTG00005011564 HTR1A (ENSPCTG00005011540) ENSPCTG00005011501 ENSPCTG00005011444 ENSPCTG00005011421 ENSPCTG00005011384 IPO11 (ENSPCTG00005011053) DIMT1 (ENSPCTG00005010923) KIF2A (ENSPCTG00005010833) ZSWIM6 (ENSPCTG00005010676) SMIM15 (ENSPCTG00005010661) ENSPCTG00005010642 ##22 NDUFAF2 (ENSPCTG00005010591) ERCC8 (ENSPCTG00005010440) ELOVL7 (ENSPCTG00005010318) ENSPCTG00005010219 DEPDC1B (ENSPCTG00005010156) ENSPCTG00005010102 ENSPCTG00005010095 PDE4D (ENSPCTG00005009332) ENSPCTG00005009218 RAB3C (ENSPCTG00005009140) GAPT (ENSPCTG00005009118) PLK2 (ENSPCTG00005008711) ENSPCTG00005008643 GPBP1 (ENSPCTG00005008461) ENSPCTG00005008417 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.a.b ##22 Vaquita MODERN SPECIES 14 HTR1A (ENSPSNG00000011163) RNF180 (ENSPSNG00000011037) RGS7BP (ENSPSNG00000010963) SHISAL2B (ENSPSNG00000010905) SREK1IP1 (ENSPSNG00000010867) CWC27 (ENSPSNG00000010826) ENSPSNG00000010806 ADAMTS6 (ENSPSNG00000010656) CENPK (ENSPSNG00000010494) PPWD1 (ENSPSNG00000010412) TRIM23 (ENSPSNG00000010309) TRAPPC13 (ENSPSNG00000010186) ENSPSNG00000010119 NLN (ENSPSNG00000010023) ERBIN (ENSPSNG00000009649) ENSPSNG00000009525 ##22 SREK1 (ENSPSNG00000009349) MAST4 (ENSPSNG00000009145) CD180 (ENSPSNG00000009061) PIK3R1 (ENSPSNG00000008942) ENSPSNG00000008887 SLC30A5 (ENSPSNG00000008835) ENSPSNG00000008796 CENPH (ENSPSNG00000008757) ENSPSNG00000008713 CDK7 (ENSPSNG00000008636) CCDC125 (ENSPSNG00000008496) TAF9 (ENSPSNG00000008465) ENSPSNG00000008374 RAD17 (ENSPSNG00000008246) MARVELD2 (ENSPSNG00000008132) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.a.b ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 52 ZNF774 (ENSDLEG00000007656) IQGAP1 (ENSDLEG00000007663) CRTC3 (ENSDLEG00000007679) BLM (ENSDLEG00000007694) FURIN (ENSDLEG00000007721) FES (ENSDLEG00000007733) MAN2A2 (ENSDLEG00000007741) HDDC3 (ENSDLEG00000007755) UNC45A (ENSDLEG00000007759) RCCD1 (ENSDLEG00000007763) PRC1 (ENSDLEG00000007797) VPS33B (ENSDLEG00000008286) NGRN (ENSDLEG00000008384) ENSDLEG00000008406 GDPGP1 (ENSDLEG00000008426) ENSDLEG00000008437 ##22 CIB1 (ENSDLEG00000008468) SEMA4B (ENSDLEG00000008570) IDH2 (ENSDLEG00000008634) ZNF710 (ENSDLEG00000008714) ARPIN (ENSDLEG00000008735) ENSDLEG00000008780 ANPEP (ENSDLEG00000008944) MESP2 (ENSDLEG00000009025) MESP1 (ENSDLEG00000009048) ENSDLEG00000009078 ENSDLEG00000009103 PEX11A (ENSDLEG00000009119) PLIN1 (ENSDLEG00000009130) KIF7 (ENSDLEG00000009155) ENSDLEG00000009217 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.b ##22 Vaquita MODERN SPECIES ENSPSNG00000002004 CEP170 (ENSPSNG00000002060) ENSPSNG00000002116 SDCCAG8 (ENSPSNG00000002144) ENSPSNG00000002237 ZBTB18 (ENSPSNG00000002322) ADSS2 (ENSPSNG00000002341) CATSPERE (ENSPSNG00000002409) ENSPSNG00000002432 DESI2 (ENSPSNG00000002454) COX20 (ENSPSNG00000002553) HNRNPU (ENSPSNG00000002595) EFCAB2 (ENSPSNG00000002698) ENSPSNG00000002754 ENSPSNG00000002773 ENSPSNG00000002787 ##22 KIF26B (ENSPSNG00000002808) SMYD3 (ENSPSNG00000002836) ENSPSNG00000002849 TFB2M (ENSPSNG00000002861) CNST (ENSPSNG00000002886) SCCPDH (ENSPSNG00000002932) ENSPSNG00000002969 AHCTF1 (ENSPSNG00000003012) CDC42BPA (ENSPSNG00000003179) ENSPSNG00000003290 COQ8A (ENSPSNG00000003309) PSEN2 (ENSPSNG00000003404) ITPKB (ENSPSNG00000003506) STUM (ENSPSNG00000003602) PARP1 (ENSPSNG00000003624) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.a.b.b ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 71 GZMK (ENSDLEG00000009688) ESM1 (ENSDLEG00000009703) ENSDLEG00000009723 SNX18 (ENSDLEG00000009741) HSPB3 (ENSDLEG00000009775) ARL15 (ENSDLEG00000009798) NDUFS4 (ENSDLEG00000009844) FST (ENSDLEG00000009866) ENSDLEG00000009877 MOCS2 (ENSDLEG00000009900) ITGA2 (ENSDLEG00000009923) ITGA1 (ENSDLEG00000009983) PELO (ENSDLEG00000010122) ISL1 (ENSDLEG00000010141) PARP8 (ENSDLEG00000010187) ENSDLEG00000010254 ##22 EMB (ENSDLEG00000010268) HCN1 (ENSDLEG00000010295) MRPS30 (ENSDLEG00000010321) ENSDLEG00000010344 FGF10 (ENSDLEG00000010363) NNT (ENSDLEG00000010392) PAIP1 (ENSDLEG00000010481) ENSDLEG00000010795 TMEM267 (ENSDLEG00000010812) CCL28 (ENSDLEG00000010823) HMGCS1 (ENSDLEG00000010850) NIM1K (ENSDLEG00000010873) ZNF131 (ENSDLEG00000010883) ENSDLEG00000010960 ENSDLEG00000010972 Odontoceti DUPLICATION Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.a ##22 Odontoceti_b DUPLICATION Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.a.a ##22 Monodontidae DUPLICATION Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.a.a.a ##22 Narwhal MODERN SPECIES 297 ENSMMNG00015011395 ##22 LRRC3B (ENSMMNG00015011384) OXSM (ENSMMNG00015011374) NGLY1 (ENSMMNG00015011352) TOP2B (ENSMMNG00015011310) RARB (ENSMMNG00015011294) ENSMMNG00015011281 THRB (ENSMMNG00015011253) NR1D2 (ENSMMNG00015011234) ENSMMNG00015011221 ENSMMNG00015011211 UBE2E1 (ENSMMNG00015011188) UBE2E2 (ENSMMNG00015011161) ZNF385D (ENSMMNG00015011111) SGO1 (ENSMMNG00015011082) KAT2B (ENSMMNG00015011041) Beluga whale MODERN SPECIES 279 ENSDLEG00000008488 ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.a.a.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 308 DNAJA4 (ENSMMNG00015011302) SKIC8 (ENSMMNG00015011261) CRABP1 (ENSMMNG00015011233) IREB2 (ENSMMNG00015011193) HYKK (ENSMMNG00015011151) PSMA4 (ENSMMNG00015011092) CHRNA5 (ENSMMNG00015011052) CHRNA3 (ENSMMNG00015011030) CHRNB4 (ENSMMNG00015011019) UBE2Q2 (ENSMMNG00015010977) FBXO22 (ENSMMNG00015010953) NRG4 (ENSMMNG00015010937) TMEM266 (ENSMMNG00015010918) ETFA (ENSMMNG00015010853) ISL2 (ENSMMNG00015010810) ENSMMNG00015010776 ##22 SCAPER (ENSMMNG00015010747) RCN2 (ENSMMNG00015010713) PSTPIP1 (ENSMMNG00015010686) TSPAN3 (ENSMMNG00015010629) PEAK1 (ENSMMNG00015010587) ENSMMNG00015010574 HMG20A (ENSMMNG00015010559) LINGO1 (ENSMMNG00015010541) ODF3L1 (ENSMMNG00015010526) CSPG4 (ENSMMNG00015010502) SNX33 (ENSMMNG00015010491) IMP3 (ENSMMNG00015010480) SNUPN (ENSMMNG00015010458) PTPN9 (ENSMMNG00015010406) SIN3A (ENSMMNG00015010371) Vaquita MODERN SPECIES 9 URAD (ENSPSNG00000009637) FLT3 (ENSPSNG00000009789) PAN3 (ENSPSNG00000010591) FLT1 (ENSPSNG00000010996) ENSPSNG00000011404 ENSPSNG00000011451 SLC46A3 (ENSPSNG00000011519) ENSPSNG00000011610 ENSPSNG00000011712 SLC7A1 (ENSPSNG00000011868) UBL3 (ENSPSNG00000011923) KATNAL1 (ENSPSNG00000011976) HMGB1 (ENSPSNG00000012042) USPL1 (ENSPSNG00000012125) ALOX5AP (ENSPSNG00000012197) ENSPSNG00000011745 ##22 MEDAG (ENSPSNG00000011804) HSPH1 (ENSPSNG00000011882) B3GLCT (ENSPSNG00000012205) RXFP2 (ENSPSNG00000012480) FRY (ENSPSNG00000013477) ENSPSNG00000016004 ZAR1L (ENSPSNG00000016034) BRCA2 (ENSPSNG00000016110) N4BP2L1 (ENSPSNG00000016167) ENSPSNG00000016281 PDS5B (ENSPSNG00000016496) KL (ENSPSNG00000016647) STARD13 (ENSPSNG00000016716) ENSPSNG00000016910 ENSPSNG00000016949 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.a.b ##22 Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES 3 AIG1 (ENSPSNG00000015089) ENSPSNG00000015246 ENSPSNG00000015279 HIVEP2 (ENSPSNG00000015317) ADGRG6 (ENSPSNG00000015415) VTA1 (ENSPSNG00000015490) GJE1 (ENSPSNG00000015745) CITED2 (ENSPSNG00000015811) TXLNB (ENSPSNG00000015909) HECA (ENSPSNG00000016333) ABRACL (ENSPSNG00000016395) REPS1 (ENSPSNG00000016510) ENSPSNG00000016786 CCDC28A (ENSPSNG00000016823) ENSPSNG00000016870 ENSPSNG00000016891 ##22 NHSL1 (ENSPSNG00000016929) HEBP2 (ENSPSNG00000017128) SMIM28 (ENSPSNG00000017175) ARFGEF3 (ENSPSNG00000017246) PERP (ENSPSNG00000017580) TNFAIP3 (ENSPSNG00000017627) OLIG3 (ENSPSNG00000017695) IFNGR1 (ENSPSNG00000017711) IL22RA2 (ENSPSNG00000017736) IL20RA (ENSPSNG00000017854) SLC35D3 (ENSPSNG00000018001) PEX7 (ENSPSNG00000018022) MAP3K5 (ENSPSNG00000018088) MAP7 (ENSPSNG00000018187) BCLAF1 (ENSPSNG00000018438) Vaquita MODERN SPECIES 11 SLC51B (ENSPSNG00000003589) RASL12 (ENSPSNG00000003572) KBTBD13 (ENSPSNG00000003554) UBAP1L (ENSPSNG00000003535) PDCD7 (ENSPSNG00000003524) CLPX (ENSPSNG00000003510) CILP (ENSPSNG00000003465) PARP16 (ENSPSNG00000003434) IGDCC3 (ENSPSNG00000003386) IGDCC4 (ENSPSNG00000003316) DPP8 (ENSPSNG00000003202) HACD3 (ENSPSNG00000003119) INTS14 (ENSPSNG00000003047) SLC24A1 (ENSPSNG00000002890) DENND4A (ENSPSNG00000002770) ENSPSNG00000002715 ##22 RAB11A (ENSPSNG00000002694) MEGF11 (ENSPSNG00000002539) ENSPSNG00000002464 TIPIN (ENSPSNG00000002436) MAP2K1 (ENSPSNG00000002407) SNAPC5 (ENSPSNG00000002388) ENSPSNG00000002352 ZWILCH (ENSPSNG00000002336) LCTL (ENSPSNG00000002318) ENSPSNG00000002306 SMAD6 (ENSPSNG00000002293) ENSPSNG00000002286 SMAD3 (ENSPSNG00000002263) AAGAB (ENSPSNG00000002239) IQCH (ENSPSNG00000002126) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.a.b ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 91 ENSDLEG00000009462 PCLO (ENSDLEG00000009499) SEMA3E (ENSDLEG00000009717) ENSDLEG00000009756 ##22 ENSDLEG00000009764 ENSDLEG00000009776 ENSDLEG00000009796 ENSDLEG00000009818 SEMA3D (ENSDLEG00000009826) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT01050000244986.b.b.b.a ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.b ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 9 ENSPCTG00005014872 C18H6orf62 (ENSPCTG00005014929) ACOT13 (ENSPCTG00005015017) TDP2 (ENSPCTG00005015130) KIAA0319 (ENSPCTG00005015272) ALDH5A1 (ENSPCTG00005015955) GPLD1 (ENSPCTG00005016096) MRS2 (ENSPCTG00005016148) DCDC2 (ENSPCTG00005016383) NRSN1 (ENSPCTG00005016518) HDGFL1 (ENSPCTG00005016563) PRL (ENSPCTG00005016645) SOX4 (ENSPCTG00005016808) CDKAL1 (ENSPCTG00005016829) E2F3 (ENSPCTG00005016932) ENSPCTG00005017062 ##22 MBOAT1 (ENSPCTG00005017086) ID4 (ENSPCTG00005017178) ENSPCTG00005017215 ENSPCTG00005017257 RNF144B (ENSPCTG00005017272) ENSPCTG00005017325 DEK (ENSPCTG00005017379) KDM1B (ENSPCTG00005017513) TPMT (ENSPCTG00005017599) ENSPCTG00005017645 NHLRC1 (ENSPCTG00005017672) KIF13A (ENSPCTG00005017768) ENSPCTG00005019568 FAM8A1 (ENSPCTG00005020033) ENSPCTG00005020088 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000015549 ENSGT00950000182808.a.a.a.a.b ENSGT00940000155133.b ENSGT00940000153692.A ENSGT00950000183015.D ENSGT00940000155680.d ENSGT00940000158223 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00390000003791 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000153771.B.f.a ENSGT01050000244986.b.b.b.a ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000165276 ENSGT00940000157329 ENSGT00940000153510.b ENSGT00940000155881 ENSGT00940000161474.b ENSGT01030000235152 ENSGT00390000003175.a.b ENSGT00940000162090 ENSGT01030000234578.A.a ENSGT00440000039914.k.a ENSGT00940000154426.b.b ENSGT00940000158010 ENSGT00950000185288 ENSGT00940000155816.b ENSGT00940000159393 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000182808.a.a.a.a.b.g ENSGT00940000155133.b ENSGT00940000153692.A ENSGT00950000183015.D ENSGT00940000155680.d ENSGT00940000158223 ENSGT00730000111184.b ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00390000003791.c ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000153771.B.f.a ENSGT01050000244986.b.b.b.a.c.b.a.a.a.a.b ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000165276 ENSGT00940000157329 ENSGT00940000153510.b ENSGT00940000155881 ENSGT00940000161474.b ENSGT01030000235152 ENSGT00390000003175.a.b ENSGT00940000162090 ENSGT01030000234578.A.a ENSGT00440000039914.k.a ENSGT00940000154426.b.b ENSGT00940000158010 ENSGT00950000185288 ENSGT00940000155816.b ENSGT00940000159393 Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES 16 TADA2B (ENSPSNG00000002208) CCDC96 (ENSPSNG00000002230) TBC1D14 (ENSPSNG00000002281) KIAA0232 (ENSPSNG00000002420) BLOC1S4 (ENSPSNG00000002460) ENSPSNG00000002467 RAB33B (ENSPSNG00000002479) ENSPSNG00000002493 NAA15 (ENSPSNG00000002515) ENSPSNG00000002536 MGARP (ENSPSNG00000002547) ELF2 (ENSPSNG00000002585) NOCT (ENSPSNG00000002626) SLC7A11 (ENSPSNG00000002665) ENSPSNG00000002696 ENSPSNG00000002711 ##22 ENSPSNG00000002718 ENSPSNG00000002737 PCDH18 (ENSPSNG00000002759) ENSPSNG00000002803 ENSPSNG00000002823 ENSPSNG00000002838 PABPC4L (ENSPSNG00000002851) ENSPSNG00000002863 PCDH10 (ENSPSNG00000002876) ENSPSNG00000002896 ENSPSNG00000002908 C4orf33 (ENSPSNG00000002926) SCLT1 (ENSPSNG00000002991) JADE1 (ENSPSNG00000003062) ENSPSNG00000003099 Vaquita MODERN SPECIES 7 PAPSS2 (ENSPSNG00000020125) MINPP1 (ENSPSNG00000020186) ENSPSNG00000020083 SGMS1 (ENSPSNG00000020042) ENSPSNG00000019925 A1CF (ENSPSNG00000019768) ENSPSNG00000019723 CSTF2T (ENSPSNG00000019704) PRKG1 (ENSPSNG00000019539) DKK1 (ENSPSNG00000019485) MBL2 (ENSPSNG00000019440) ENSPSNG00000019365 ENSPSNG00000019266 ENSPSNG00000019201 ENSPSNG00000019167 #25 ENSPSNG00000019148 ##22 ENSPSNG00000019117 IPMK (ENSPSNG00000019047) CISD1 (ENSPSNG00000019002) UBE2D1 (ENSPSNG00000018916) TFAM (ENSPSNG00000018870) ZNF239 (ENSPSNG00000018745) ENSPSNG00000018718 ZNF32 (ENSPSNG00000018678) CXCL12 (ENSPSNG00000018596) ENSPSNG00000018550 TMEM72 (ENSPSNG00000018480) DEPP1 (ENSPSNG00000018459) RASSF4 (ENSPSNG00000018372) ZNF22 (ENSPSNG00000018332) ALOX5 (ENSPSNG00000018096) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000155141 ENSGT00940000160636 ENSGT00390000009937.m.b ENSGT00940000159202 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000160565 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157632 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000156713 ENSGT00530000064264 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00940000155906 ENSGT01090000260070.A ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00940000153064.b.d.g.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000234430 ENSGT00940000158188 ENSGT00950000182925.D.a.a.b.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01000000221368 ENSGT00390000015655.b ENSGT00940000155203.c.a.a.b ENSGT00390000003223.fb.a ENSGT00940000162914 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000157334 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 276 ENSDLEG00000008430 ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 42 CLHC1 (ENSDLEG00000018472) RPS27A (ENSDLEG00000018458) MTIF2 (ENSDLEG00000018415) ENSDLEG00000018407 CCDC88A (ENSDLEG00000018303) CFAP36 (ENSDLEG00000018285) PPP4R3B (ENSDLEG00000018255) PNPT1 (ENSDLEG00000018213) EFEMP1 (ENSDLEG00000018173) CCDC85A (ENSDLEG00000018123) ENSDLEG00000018110 VRK2 (ENSDLEG00000018085) FANCL (ENSDLEG00000018072) ENSDLEG00000018067 ENSDLEG00000018061 ENSDLEG00000018049 ##22 BCL11A (ENSDLEG00000018036) PAPOLG (ENSDLEG00000016366) REL (ENSDLEG00000016202) PUS10 (ENSDLEG00000016154) PEX13 (ENSDLEG00000016146) SANBR (ENSDLEG00000015757) ENSDLEG00000015718 AHSA2 (ENSDLEG00000015689) USP34 (ENSDLEG00000014462) XPO1 (ENSDLEG00000014180) ENSDLEG00000014158 FAM161A (ENSDLEG00000014083) CCT4 (ENSDLEG00000014042) COMMD1 (ENSDLEG00000014033) B3GNT2 (ENSDLEG00000014023) Beluga whale MODERN SPECIES 9 ENSDLEG00000003039 NUDCD1 (ENSDLEG00000003053) TRHR (ENSDLEG00000003100) EMC2 (ENSDLEG00000003125) RSPO2 (ENSDLEG00000003200) ENSDLEG00000003203 ANGPT1 (ENSDLEG00000003220) ABRA (ENSDLEG00000003246) OXR1 (ENSDLEG00000003267) ENSDLEG00000003356 ENSDLEG00000003363 ZFPM2 (ENSDLEG00000003374) ENSDLEG00000000057 LRP12 (ENSDLEG00000000092) DPYS (ENSDLEG00000000131) ENSDLEG00000000154 ##22 DCSTAMP (ENSDLEG00000000167) RIMS2 (ENSDLEG00000000186) ENSDLEG00000000209 ENSDLEG00000000242 ENSDLEG00000000297 DCAF13 (ENSDLEG00000000311) SLC25A32 (ENSDLEG00000000328) ENSDLEG00000000349 ENSDLEG00000000359 CTHRC1 (ENSDLEG00000000371) FZD6 (ENSDLEG00000000391) BAALC (ENSDLEG00000000404) ATP6V1C1 (ENSDLEG00000000414) ENSDLEG00000000448 ENSDLEG00000000455 Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 309 ANOS1 (ENSMMNG00015017865) ENSMMNG00015017813 GPR143 (ENSMMNG00015017757) SHROOM2 (ENSMMNG00015017718) ENSMMNG00015017695 WWC3 (ENSMMNG00015017376) ENSMMNG00015017266 ZFY (ENSMMNG00015017205) ENSMMNG00015016990 ENSMMNG00015016933 MID1 (ENSMMNG00015016886) ENSMMNG00015016859 HCCS (ENSMMNG00015016825) ARHGAP6 (ENSMMNG00015016475) AMELX (ENSMMNG00015016277) ENSMMNG00015016247 ##22 ENSMMNG00015016140 FRMPD4 (ENSMMNG00015015881) PRPS2 (ENSMMNG00015015788) TLR7 (ENSMMNG00015015750) TLR8 (ENSMMNG00015015736) ENSMMNG00015015721 Narwhal MODERN SPECIES 301 HEY2 (ENSMMNG00015006939) ENSMMNG00015006921 TPD52L1 (ENSMMNG00015006877) RNF217 (ENSMMNG00015006826) NKAIN2 (ENSMMNG00015006786) TRDN (ENSMMNG00015006685) CLVS2 (ENSMMNG00015006623) SMPDL3A (ENSMMNG00015006597) FABP7 (ENSMMNG00015006576) PKIB (ENSMMNG00015006554) SERINC1 (ENSMMNG00015006521) HSF2 (ENSMMNG00015006466) ENSMMNG00015006439 GJA1 (ENSMMNG00015006431) TBC1D32 (ENSMMNG00015006390) ENSMMNG00015006348 ##22 ENSMMNG00015006340 MAN1A1 (ENSMMNG00015006308) ENSMMNG00015006292 FAM184A (ENSMMNG00015006130) ASF1A (ENSMMNG00015006049) MCM9 (ENSMMNG00015006031) PLN (ENSMMNG00015006015) CEP85L (ENSMMNG00015005952) ENSMMNG00015005922 SLC35F1 (ENSMMNG00015005905) ENSMMNG00015005892 NUS1 (ENSMMNG00015005877) ENSMMNG00015005868 GOPC (ENSMMNG00015005841) DCBLD1 (ENSMMNG00015005797) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.a.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 300 ENSMMNG00015000379 ATP6V0D2 (ENSMMNG00015000423) CA2 (ENSMMNG00015000452) CA3 (ENSMMNG00015000485) CA1 (ENSMMNG00015000513) CA13 (ENSMMNG00015000532) ENSMMNG00015000558 ENSMMNG00015000586 ENSMMNG00015000599 LRRCC1 (ENSMMNG00015000627) ENSMMNG00015000688 RALYL (ENSMMNG00015000759) ENSMMNG00015000887 ENSMMNG00015000903 ENSMMNG00015000912 ENSMMNG00015000927 ##22 ENSMMNG00015000951 SNX16 (ENSMMNG00015000975) CHMP4C (ENSMMNG00015000997) ZFAND1 (ENSMMNG00015001032) SLC10A5 (ENSMMNG00015001062) ENSMMNG00015001096 FABP4 (ENSMMNG00015001141) PMP2 (ENSMMNG00015001168) FABP5 (ENSMMNG00015001191) PAG1 (ENSMMNG00015001227) ZNF704 (ENSMMNG00015001281) ZBTB10 (ENSMMNG00015001314) ENSMMNG00015001364 ENSMMNG00015001479 MRPS28 (ENSMMNG00015001635) Artiodactyla DUPLICATION Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 358 ENSCWAG00000009421 ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.a ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 44 FBXO34 (ENSDLEG00000006987) DLGAP5 (ENSDLEG00000006991) LGALS3 (ENSDLEG00000007025) WDHD1 (ENSDLEG00000007038) ENSDLEG00000007055 ENSDLEG00000007058 MAPK1IP1L (ENSDLEG00000007080) SOCS4 (ENSDLEG00000007089) GCH1 (ENSDLEG00000007091) SAMD4A (ENSDLEG00000007119) CGRRF1 (ENSDLEG00000007156) GMFB (ENSDLEG00000007201) ENSDLEG00000007214 CDKN3 (ENSDLEG00000007222) BMP4 (ENSDLEG00000007233) ENSDLEG00000007237 ##22 ENSDLEG00000007241 DDHD1 (ENSDLEG00000007258) FERMT2 (ENSDLEG00000007306) GNPNAT1 (ENSDLEG00000007354) STYX (ENSDLEG00000007363) PSMC6 (ENSDLEG00000007372) ERO1A (ENSDLEG00000007383) GPR137C (ENSDLEG00000007394) TXNDC16 (ENSDLEG00000007403) ENSDLEG00000007411 PTGER2 (ENSDLEG00000007415) PTGDR (ENSDLEG00000007421) ENSDLEG00000007427 ENSDLEG00000007463 NID2 (ENSDLEG00000007498) Artiodactyla DUPLICATION Artiodactyla DUPLICATION Artiodactyla DUPLICATION Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.a ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.a ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 269 ENSCWAG00000009560 ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.a ##22 Vaquita MODERN SPECIES 19 HIKESHI (ENSPSNG00000017703) CCDC81 (ENSPSNG00000017515) ENSPSNG00000017457 ME3 (ENSPSNG00000017348) PRSS23 (ENSPSNG00000017307) FZD4 (ENSPSNG00000017272) ENSPSNG00000017225 TMEM135 (ENSPSNG00000017021) RAB38 (ENSPSNG00000016956) CTSC (ENSPSNG00000016884) GRM5 (ENSPSNG00000016691) TYR (ENSPSNG00000016603) NOX4 (ENSPSNG00000016374) ENSPSNG00000016293 ENSPSNG00000015989 ENSPSNG00000015913 ##22 ENSPSNG00000015854 NAALAD2 (ENSPSNG00000015587) CHORDC1 (ENSPSNG00000015361) FAT3 (ENSPSNG00000015176) MTNR1B (ENSPSNG00000014997) SLC36A4 (ENSPSNG00000014913) DEUP1 (ENSPSNG00000014794) ENSPSNG00000014662 CEP295 (ENSPSNG00000014268) ENSPSNG00000013981 TAF1D (ENSPSNG00000013901) MED17 (ENSPSNG00000013775) VSTM5 (ENSPSNG00000013668) ENSPSNG00000013594 HEPHL1 (ENSPSNG00000013322) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.a.b ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 270 ENSCWAG00000009576 ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.a.b ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 361 ENSCWAG00000009490 ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000160549 ENSGT00390000008593.a ENSGT00940000159253 ENSGT00940000158645 ENSGT00940000156344 ENSGT00940000156950 ENSGT00420000029769.b ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125 ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.b ##22 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT01100000263802 ENSGT00390000013749 ENSGT00940000156434 ENSGT00940000158012 ENSGT00940000157158.d ENSGT00940000157225 ENSGT00730000111184 ENSGT00940000155973.b Suina DUPLICATION Suina DUPLICATION Suina DUPLICATION Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.b.a.a.a ##22 Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 17 CWC15 (ENSSSCG00000014961) ENSSSCG00000031376 ENSSSCG00000034794 ENSSSCG00000036400 ENSSSCG00000057084 ENSSSCG00000057445 ENSSSCG00000054911 ENDOD1 (ENSSSCG00000014965) SESN3 (ENSSSCG00000037015) ENSSSCG00000041491 FAM76B (ENSSSCG00000014967) ENSSSCG00000014969 MTMR2 (ENSSSCG00000014970) ENSSSCG00000056982 MAML2 (ENSSSCG00000034879) ENSSSCG00000042256 ##22 CCDC82 (ENSSSCG00000014972) JRKL (ENSSSCG00000034924) ENSSSCG00000055851 ENSSSCG00000054749 CNTN5 (ENSSSCG00000014975) ARHGAP42 (ENSSSCG00000014976) PGR (ENSSSCG00000014977) TRPC6 (ENSSSCG00000024022) ENSSSCG00000061774 ANGPTL5 (ENSSSCG00000014978) CEP126 (ENSSSCG00000014979) CFAP300 (ENSSSCG00000014980) YAP1 (ENSSSCG00000031429) BIRC3 (ENSSSCG00000027529) BIRC2 (ENSSSCG00000063374) Pig MODERN SPECIES 11 CENPA (ENSSSCG00000038543) SLC35F6 (ENSSSCG00000008562) KCNK3 (ENSSSCG00000008563) CIB4 (ENSSSCG00000008564) FAM166C (ENSSSCG00000008565) OTOF (ENSSSCG00000037751) ENSSSCG00000022357 DRC1 (ENSSSCG00000008568) SELENOI (ENSSSCG00000030643) ADGRF3 (ENSSSCG00000008570) HADHB (ENSSSCG00000008569) ENSSSCG00000033644 HADHA (ENSSSCG00000008571) GAREM2 (ENSSSCG00000008572) RAB10 (ENSSSCG00000008573) ENSSSCG00000058357 ##22 KIF3C (ENSSSCG00000008574) ASXL2 (ENSSSCG00000008575) ENSSSCG00000051169 ENSSSCG00000008576 DNMT3A (ENSSSCG00000029413) ENSSSCG00000021155 EFR3B (ENSSSCG00000022933) DNAJC27 (ENSSSCG00000008577) ADCY3 (ENSSSCG00000008578) CENPO (ENSSSCG00000055702) NCOA1 (ENSSSCG00000008581) ITSN2 (ENSSSCG00000008583) ENSSSCG00000008582 FAM228B (ENSSSCG00000008584) PFN4 (ENSSSCG00000008585) Chacoan peccary MODERN SPECIES 419 ENSCWAG00000006198 ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.b.a.a.b ##22 Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 17 NPL (ENSSSCG00000022292) RGS8 (ENSSSCG00000039986) RGS16 (ENSSSCG00000015550) RNASEL (ENSSSCG00000015549) RGSL1 (ENSSSCG00000015548) ENSSSCG00000063319 TEDDM1 (ENSSSCG00000015546) ENSSSCG00000015545 ZNF648 (ENSSSCG00000015544) CACNA1E (ENSSSCG00000015543) IER5 (ENSSSCG00000015541) MR1 (ENSSSCG00000015540) STX6 (ENSSSCG00000015539) KIAA1614 (ENSSSCG00000015538) XPR1 (ENSSSCG00000015537) ENSSSCG00000058245 ##22 ACBD6 (ENSSSCG00000015534) LHX4 (ENSSSCG00000015536) QSOX1 (ENSSSCG00000015535) CEP350 (ENSSSCG00000062714) TOR1AIP1 (ENSSSCG00000032621) ENSSSCG00000029261 TOR1AIP2 (ENSSSCG00000035741) FAM163A (ENSSSCG00000033352) NPHS2 (ENSSSCG00000015526) TDRD5 (ENSSSCG00000015527) ENSSSCG00000023072 AXDND1 (ENSSSCG00000015528) SOAT1 (ENSSSCG00000021464) ABL2 (ENSSSCG00000024674) TOR3A (ENSSSCG00000015525) Pig MODERN SPECIES 17 SERTAD4 (ENSSSCG00000026404) HHAT (ENSSSCG00000015607) KCNH1 (ENSSSCG00000040650) RCOR3 (ENSSSCG00000028293) TRAF5 (ENSSSCG00000021068) ENSSSCG00000021631 RD3 (ENSSSCG00000035369) SLC30A1 (ENSSSCG00000039472) NEK2 (ENSSSCG00000015604) LPGAT1 (ENSSSCG00000015603) INTS7 (ENSSSCG00000015602) DTL (ENSSSCG00000015600) ENSSSCG00000045296 PPP2R5A (ENSSSCG00000015599) NENF (ENSSSCG00000038614) ENSSSCG00000045561 ##22 PACC1 (ENSSSCG00000015598) ATF3 (ENSSSCG00000015595) ENSSSCG00000059329 BATF3 (ENSSSCG00000026587) NSL1 (ENSSSCG00000015593) TATDN3 (ENSSSCG00000015592) SPATA45 (ENSSSCG00000015591) FLVCR1 (ENSSSCG00000015590) VASH2 (ENSSSCG00000015589) ANGEL2 (ENSSSCG00000015588) RPS6KC1 (ENSSSCG00000015586) PROX1 (ENSSSCG00000015584) SMYD2 (ENSSSCG00000015583) PTPN14 (ENSSSCG00000015582) CENPF (ENSSSCG00000015581) Pig MODERN SPECIES 8 ENSSSCG00000044650 NFATC2 (ENSSSCG00000007477) ATP9A (ENSSSCG00000007478) SALL4 (ENSSSCG00000053517) ENSSSCG00000007481 ZFP64 (ENSSSCG00000058830) ENSSSCG00000062653 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(ENSSSCG00000008926) TMPRSS11A (ENSSSCG00000008927) ENSSSCG00000062399 ENSSSCG00000008929 TMPRSS11F (ENSSSCG00000008930) ENSSSCG00000038616 TMPRSS11B (ENSSSCG00000008932) ENSSSCG00000008935 TMPRSS11E (ENSSSCG00000022140) YTHDC1 (ENSSSCG00000035505) ENSSSCG00000037635 ENSSSCG00000034735 ENSSSCG00000047476 ENSSSCG00000040980 UGT2B31 (ENSSSCG00000039276) Pig MODERN SPECIES GTF3C6 (ENSSSCG00000004393) RPF2 (ENSSSCG00000004394) SLC16A10 (ENSSSCG00000004419) MFSD4B (ENSSSCG00000041409) REV3L (ENSSSCG00000025703) ENSSSCG00000044325 TRAF3IP2 (ENSSSCG00000004420) FYN (ENSSSCG00000004421) CCN6 (ENSSSCG00000004422) TUBE1 (ENSSSCG00000004423) FAM229B (ENSSSCG00000036621) LAMA4 (ENSSSCG00000004425) ENSSSCG00000062211 RFPL4B (ENSSSCG00000050324) ENSSSCG00000043946 ENSSSCG00000047473 ##22 MARCKS (ENSSSCG00000037803) HDAC2 (ENSSSCG00000004432) HS3ST5 (ENSSSCG00000004433) ENSSSCG00000042456 FRK (ENSSSCG00000004434) NT5DC1 (ENSSSCG00000004435) COL10A1 (ENSSSCG00000004436) TSPYL4 (ENSSSCG00000047800) TSPYL1 (ENSSSCG00000004438) DSE (ENSSSCG00000004441) CALHM6 (ENSSSCG00000036064) TRAPPC3L (ENSSSCG00000040660) CALHM5 (ENSSSCG00000031898) CALHM4 (ENSSSCG00000004445) ENSSSCG00000004446 Pig MODERN SPECIES 5 ARID5B (ENSSSCG00000010219) CABCOCO1 (ENSSSCG00000033268) TMEM26 (ENSSSCG00000023525) ENSSSCG00000058274 RHOBTB1 (ENSSSCG00000028327) CDK1 (ENSSSCG00000010214) ENSSSCG00000010212 CCDC6 (ENSSSCG00000010211) ENSSSCG00000032953 SLC16A9 (ENSSSCG00000010210) FAM13C (ENSSSCG00000010209) ENSSSCG00000061874 PHYHIPL (ENSSSCG00000039215) ENSSSCG00000041686 ENSSSCG00000049004 ##22 ENSSSCG00000042520 ##22 BICC1 (ENSSSCG00000010204) ENSSSCG00000010203 ENSSSCG00000044108 RASGEF1A (ENSSSCG00000010201) CSGALNACT2 (ENSSSCG00000010200) RET (ENSSSCG00000010199) BMS1 (ENSSSCG00000010198) ZNF248 (ENSSSCG00000037204) ENSSSCG00000023596 ZNF25 (ENSSSCG00000010196) ENSSSCG00000028345 ZNF37A (ENSSSCG00000031589) RHOU (ENSSSCG00000024418) RAB4A (ENSSSCG00000036039) CCSAP (ENSSSCG00000023776) Chacoan peccary MODERN SPECIES 266 ENSCWAG00000009484 ##22 Suina DUPLICATION Suina DUPLICATION Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.b.a.b.a.a ##22 Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 464 ENSCWAG00000006645 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 424 ENSCWAG00000006243 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 300 ENSCWAG00000008099 ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.g.b.b.b.a.b.a.b ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 327 ENSCWAG00000008793 ##22 Pig MODERN SPECIES 5 NDST2 (ENSSSCG00000010310) CAMK2G (ENSSSCG00000010311) PLAU (ENSSSCG00000010312) VCL (ENSSSCG00000010313) AP3M1 (ENSSSCG00000010314) ADK (ENSSSCG00000010315) KAT6B (ENSSSCG00000010316) DUSP29 (ENSSSCG00000010317) SAMD8 (ENSSSCG00000010319) ENSSSCG00000035105 VDAC2 (ENSSSCG00000010320) COMTD1 (ENSSSCG00000037237) ENSSSCG00000048472 ZNF503 (ENSSSCG00000010322) LRMDA (ENSSSCG00000034308) ENSSSCG00000043656 ##22 KCNMA1 (ENSSSCG00000010325) ENSSSCG00000048875 DLG5 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DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 227 ENSCWAG00000008406 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 371 ENSCWAG00000009685 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 337 ENSCWAG00000008945 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 288 ENSCWAG00000009930 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 959 ASIC5 (ENSCWAG00000019007) TDO2 (ENSCWAG00000018921) CTSO (ENSCWAG00000018905) PDGFC (ENSCWAG00000018879) GLRB (ENSCWAG00000018857) GRIA2 (ENSCWAG00000018394) GASK1B (ENSCWAG00000018359) TMEM144 (ENSCWAG00000018284) RXFP1 (ENSCWAG00000016035) C4orf46 (ENSCWAG00000015934) ETFDH (ENSCWAG00000015848) PPID (ENSCWAG00000015810) FNIP2 (ENSCWAG00000015370) C4orf45 (ENSCWAG00000015303) RAPGEF2 (ENSCWAG00000014767) ENSCWAG00000014729 ##22 FSTL5 (ENSCWAG00000014337) ENSCWAG00000014301 ENSCWAG00000014284 NPY1R (ENSCWAG00000014256) NPY5R (ENSCWAG00000014244) TMA16 (ENSCWAG00000014187) MARCHF1 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SPECIES 662 ENSCWAG00000000784 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 521 ENSCWAG00000008374 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 706 ENSCWAG00000002783 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 434 ENSCWAG00000006337 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 663 ENSCWAG00000000795 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 701 ENSCWAG00000002735 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 728 ENSCWAG00000002970 ##22 Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 486 ENSCWAG00000006870 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 693 ENSCWAG00000001106 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 721 ENSCWAG00000002912 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 668 ENSCWAG00000000853 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 694 ENSCWAG00000001122 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 596 ENSCWAG00000000061 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 497 ENSCWAG00000007873 ##22 Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 720 ENSCWAG00000002906 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 316 ENSCWAG00000008581 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 443 ENSCWAG00000006433 ##22 Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 238 ENSCWAG00000008602 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 475 ENSCWAG00000006736 ##22 Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 437 ENSCWAG00000006364 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 404 ENSCWAG00000006054 ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 256 ENSCWAG00000009203 ##22 Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 12 ENSSSCG00000044178 TRIM45 (ENSSSCG00000006732) TTF2 (ENSSSCG00000006733) CD101 (ENSSSCG00000006734) PTGFRN (ENSSSCG00000006735) CD2 (ENSSSCG00000006736) IGSF3 (ENSSSCG00000006737) CD58 (ENSSSCG00000006738) ENSSSCG00000040692 ATP1A1 (ENSSSCG00000006740) MAB21L3 (ENSSSCG00000006742) SLC22A15 (ENSSSCG00000006743) NHLH2 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ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Blue whale MODERN SPECIES 14 SNCAIP (ENSBMSG00010013437) ENSBMSG00010013387 ENSBMSG00010013378 LOX (ENSBMSG00010013366) SRFBP1 (ENSBMSG00010013357) FTMT (ENSBMSG00010013345) PRR16 (ENSBMSG00010013320) ENSBMSG00010013310 ENSBMSG00010013304 ENSBMSG00010013295 FAM170A (ENSBMSG00010013274) ENSBMSG00010013241 HSD17B4 (ENSBMSG00010013175) TNFAIP8 (ENSBMSG00010013136) DMXL1 (ENSBMSG00010013108) ENSBMSG00010013076 ##22 ENSBMSG00010013067 DTWD2 (ENSBMSG00010013036) SEMA6A (ENSBMSG00010012980) COMMD10 (ENSBMSG00010012960) ARL14EPL (ENSBMSG00010012954) LVRN (ENSBMSG00010012928) ENSBMSG00010012910 ENSBMSG00010012898 ATG12 (ENSBMSG00010012891) CDO1 (ENSBMSG00010012882) TMED7 (ENSBMSG00010012865) TICAM2 (ENSBMSG00010012860) ENSBMSG00010012853 FEM1C (ENSBMSG00010012844) ENSBMSG00010012835 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.h ##22 Wild yak MODERN SPECIES 364 ENSBMUG00000011960 ENSBMUG00000011965 ENSBMUG00000011979 ENSBMUG00000011984 ENSBMUG00000012007 SPIN4 (ENSBMUG00000012019) ENSBMUG00000012151 ENSBMUG00000012348 AMER1 (ENSBMUG00000012352) ASB12 (ENSBMUG00000012367) MTMR8 (ENSBMUG00000012380) ENSBMUG00000012389 ENSBMUG00000012391 ##22 ENSBMUG00000012412 ZC4H2 (ENSBMUG00000012441) ENSBMUG00000012470 Domestic yak MODERN SPECIES 21 ENSBGRG00000019142 ENSBGRG00000019055 ENSBGRG00000018874 ENSBGRG00000018859 PANX1 (ENSBGRG00000018761) HEPHL1 (ENSBGRG00000018644) VSTM5 (ENSBGRG00000018604) MED17 (ENSBGRG00000018240) C11orf54 (ENSBGRG00000017763) TAF1D (ENSBGRG00000017699) CEP295 (ENSBGRG00000017172) SMCO4 (ENSBGRG00000017125) DEUP1 (ENSBGRG00000016749) SLC36A4 (ENSBGRG00000016674) ENSBGRG00000016658 ##22 MTNR1B (ENSBGRG00000016629) ENSBGRG00000016538 ENSBGRG00000016503 ENSBGRG00000016466 ENSBGRG00000016452 CHORDC1 (ENSBGRG00000016176) NAALAD2 (ENSBGRG00000015428) TRIM77 (ENSBGRG00000015244) ENSBGRG00000015144 ENSBGRG00000015043 ENSBGRG00000015006 ENSBGRG00000014979 ENSBGRG00000014903 ENSBGRG00000014845 ENSBGRG00000014816 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000160549 ENSGT00390000008593.a ENSGT00940000159253 ENSGT00940000158645 ENSGT00940000156344 ENSGT00940000156950 ENSGT00420000029769.b ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125 ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000153064.b.d ##22 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT00770000121728 ENSGT00980000198737 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.a ENSGT00940000162839.a.l ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 Primates ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000160549 ENSGT00390000008593.a ENSGT00940000159253 ENSGT00940000158645 ENSGT00940000156344 ENSGT00940000156950 ENSGT00420000029769.b ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125 ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000153064.b.d ##22 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT00770000121728 ENSGT00980000198737 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 ENSGT00940000156434 ENSGT00940000158012 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000160549 ENSGT00390000008593.a ENSGT00940000159253 ENSGT00940000158645 ENSGT00940000156344 ENSGT00940000156950 ENSGT00420000029769.b ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125 ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000153064.b.d ##22 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT00770000121728 ENSGT00950000183347 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 ENSGT00940000156434 ENSGT00940000158012 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT01100000263543.a.g.b ENSGT01050000244986.b.b ENSGT00940000153064.b.d ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.a ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 11 ZMAT3 (ENSPANG00000023167) KCNMB2 (ENSPANG00000019971) ENSPANG00000036994 ENSPANG00000051236 ENSPANG00000036979 ENSPANG00000046346 ENSPANG00000037722 ENSPANG00000039756 ENSPANG00000046461 TBL1XR1 (ENSPANG00000011144) ENSPANG00000050904 NAALADL2 (ENSPANG00000024430) ENSPANG00000048384 ENSPANG00000042822 ENSPANG00000048566 ENSPANG00000050272 ##22 NLGN1 (ENSPANG00000004617) ENSPANG00000048027 ENSPANG00000040437 SPATA16 (ENSPANG00000009809) ENSPANG00000039329 ECT2 (ENSPANG00000018155) ENSPANG00000048830 NCEH1 (ENSPANG00000050053) TNFSF10 (ENSPANG00000008895) GHSR (ENSPANG00000047978) FNDC3B (ENSPANG00000021486) TMEM212 (ENSPANG00000018154) PLD1 (ENSPANG00000004616) ENSPANG00000038511 TNIK (ENSPANG00000001281) Olive baboon MODERN SPECIES 16 RNF217 (ENSPANG00000018473) NKAIN2 (ENSPANG00000020087) TRDN (ENSPANG00000033731) CLVS2 (ENSPANG00000003404) SMPDL3A (ENSPANG00000000315) PKIB (ENSPANG00000023568) SERINC1 (ENSPANG00000021642) HSF2 (ENSPANG00000022516) ENSPANG00000048941 ENSPANG00000041583 GJA1 (ENSPANG00000003060) ENSPANG00000006118 ENSPANG00000045220 ENSPANG00000047770 TBC1D32 (ENSPANG00000025128) ENSPANG00000043223 ##22 ENSPANG00000045668 ENSPANG00000038876 ENSPANG00000050637 MAN1A1 (ENSPANG00000019275) FAM184A (ENSPANG00000022689) MCM9 (ENSPANG00000012446) ASF1A (ENSPANG00000009918) CEP85L (ENSPANG00000007396) PLN (ENSPANG00000003332) ENSPANG00000050580 SLC35F1 (ENSPANG00000018515) NUS1 (ENSPANG00000006888) ENSPANG00000042149 GOPC (ENSPANG00000020085) DCBLD1 (ENSPANG00000017288) Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.a ##22 Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 14 OR11A1 (ENSMMUG00000029882) OR2I1P (ENSMMUG00000063451) UBD (ENSMMUG00000049400) OR2H2 (ENSMMUG00000021482) GABBR1 (ENSMMUG00000021483) MOG (ENSMMUG00000002967) ZFP57 (ENSMMUG00000045668) MAMU-F (ENSMMUG00000008799) ENSMMUG00000051745 ENSMMUG00000043529 ENSMMUG00000058325 ENSMMUG00000050016 MAMU-A (ENSMMUG00000056914) ENSMMUG00000050761 ENSMMUG00000037625 ENSMMUG00000056544 ##22 ENSMMUG00000055272 POLR1H (ENSMMUG00000012120) PPP1R11 (ENSMMUG00000012122) RNF39 (ENSMMUG00000012124) ENSMMUG00000012125 TRIM40 (ENSMMUG00000058580) TRIM10 (ENSMMUG00000012129) TRIM15 (ENSMMUG00000002890) TRIM26 (ENSMMUG00000023679) ENSMMUG00000060527 ENSMMUG00000053776 RPP21 (ENSMMUG00000011682) MAMU-E (ENSMMUG00000055242) GNL1 (ENSMMUG00000020077) PRR3 (ENSMMUG00000013893) Rhesus MODERN SPECIES 13 ENSMMUG00000046437 SEPTIN14 (ENSMMUG00000046200) ENSMMUG00000063230 MRPS17 (ENSMMUG00000057847) NIPSNAP2 (ENSMMUG00000004679) ENSMMUG00000050336 CCT6A (ENSMMUG00000015272) SUMF2 (ENSMMUG00000015275) PHKG1 (ENSMMUG00000015276) CHCHD2 (ENSMMUG00000030802) NUPR2 (ENSMMUG00000060025) ENSMMUG00000055217 ENSMMUG00000011762 ENSMMUG00000063031 VOPP1 (ENSMMUG00000013015) ENSMMUG00000060303 ##22 LANCL2 (ENSMMUG00000004591) EGFR (ENSMMUG00000022394) ENSMMUG00000058499 ENSMMUG00000049381 SEC61G (ENSMMUG00000060184) VSTM2A (ENSMMUG00000001308) ENSMMUG00000057603 ENSMMUG00000046561 COBL (ENSMMUG00000000246) GRB10 (ENSMMUG00000019992) DDC (ENSMMUG00000019991) FIGNL1 (ENSMMUG00000000505) IKZF1 (ENSMMUG00000000504) SPATA48 (ENSMMUG00000043922) ZPBP (ENSMMUG00000058084) Rhesus MODERN SPECIES 14 ENSMMUG00000056770 CD109 (ENSMMUG00000017806) SLC17A5 (ENSMMUG00000008133) EEF1A1 (ENSMMUG00000004852) MTO1 (ENSMMUG00000019270) CGAS (ENSMMUG00000019606) DDX43 (ENSMMUG00000019599) OOEP (ENSMMUG00000000416) KHDC3L (ENSMMUG00000010084) DPPA5 (ENSMMUG00000065289) KHDC1 (ENSMMUG00000051247) KHDC1L (ENSMMUG00000018573) ENSMMUG00000063219 KCNQ5 (ENSMMUG00000015320) RIMS1 (ENSMMUG00000010345) ENSMMUG00000051886 ##22 ENSMMUG00000065155 OGFRL1 (ENSMMUG00000014671) B3GAT2 (ENSMMUG00000058487) SDHAF4 (ENSMMUG00000029592) FAM135A (ENSMMUG00000009060) COL9A1 (ENSMMUG00000005577) COL19A1 (ENSMMUG00000005574) LMBRD1 (ENSMMUG00000005573) ADGRB3 (ENSMMUG00000046092) ENSMMUG00000001881 EYS (ENSMMUG00000041338) ENSMMUG00000040033 ENSMMUG00000064172 PHF3 (ENSMMUG00000017160) PTP4A1 (ENSMMUG00000002777) Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 11 CCR8 (ENSMMUG00000022962) SLC25A38 (ENSMMUG00000022963) RPSA (ENSMMUG00000022965) MOBP (ENSMMUG00000051408) MOBP (ENSMMUG00000009197) MYRIP (ENSMMUG00000017701) EIF1B (ENSMMUG00000058393) ENTPD3 (ENSMMUG00000013330) ENSMMUG00000063637 ZNF619 (ENSMMUG00000009437) ZNF620 (ENSMMUG00000015955) ZNF621 (ENSMMUG00000039060) CTNNB1 (ENSMMUG00000014627) ULK4 (ENSMMUG00000001074) ENSMMUG00000052672 ENSMMUG00000055812 ##22 TRAK1 (ENSMMUG00000001075) CCK (ENSMMUG00000001077) LYZL4 (ENSMMUG00000017576) VIPR1 (ENSMMUG00000019897) SEC22C (ENSMMUG00000021237) NKTR (ENSMMUG00000021242) ZBTB47 (ENSMMUG00000021243) KLHL40 (ENSMMUG00000021244) CCDC13 (ENSMMUG00000021246) ACKR2 (ENSMMUG00000063596) CYP8B1 (ENSMMUG00000031683) ZNF662 (ENSMMUG00000006473) GASK1A (ENSMMUG00000031684) POMGNT2 (ENSMMUG00000009745) ENSMMUG00000054286 Rhesus MODERN SPECIES 14 CAGE1 (ENSMMUG00000015575) SSR1 (ENSMMUG00000002147) RREB1 (ENSMMUG00000007852) LY86 (ENSMMUG00000057286) ENSMMUG00000052552 F13A1 (ENSMMUG00000001248) ENSMMUG00000056859 NRN1 (ENSMMUG00000064807) FARS2 (ENSMMUG00000016352) ENSMMUG00000057424 ENSMMUG00000049865 PPP1R3G (ENSMMUG00000061878) RPP40 (ENSMMUG00000004966) CDYL (ENSMMUG00000004964) ENSMMUG00000055619 ENSMMUG00000054791 ##22 ECI2 (ENSMMUG00000014021) TEX56P (ENSMMUG00000014020) FAM217A (ENSMMUG00000014019) PRPF4B (ENSMMUG00000014017) FAM50B (ENSMMUG00000039209) PXDC1 (ENSMMUG00000010926) SLC22A23 (ENSMMUG00000001371) PSMG4 (ENSMMUG00000011031) TUBB2B (ENSMMUG00000023785) BPHL (ENSMMUG00000008483) RIPK1 (ENSMMUG00000008485) NQO2 (ENSMMUG00000008487) SERPINB6 (ENSMMUG00000037816) SERPINB9 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(ENSMMUG00000008045) PTK2 (ENSMMUG00000002336) DENND3 (ENSMMUG00000013578) SLC45A4 (ENSMMUG00000013579) GPR20 (ENSMMUG00000049586) PTP4A3 (ENSMMUG00000019392) MROH5 (ENSMMUG00000028901) C8orf90 (ENSMMUG00000055363) ENSMMUG00000052421 TSNARE1 (ENSMMUG00000001432) ADGRB1 (ENSMMUG00000019877) Rhesus MODERN SPECIES 327 TSC22D3 (ENSMMUG00000057348) PRPS1 (ENSMMUG00000004674) FRMPD3 (ENSMMUG00000022293) DNAAF6 (ENSMMUG00000023174) NUP62CL (ENSMMUG00000053495) RBM41 (ENSMMUG00000023172) CLDN2 (ENSMMUG00000013146) MORC4 (ENSMMUG00000013150) RIPPLY1 (ENSMMUG00000021414) TBC1D8B (ENSMMUG00000021413) RNF128 (ENSMMUG00000021412) RADX (ENSMMUG00000014606) PWWP3B (ENSMMUG00000023324) SERPINA7 (ENSMMUG00000003266) ENSMMUG00000052303 ENSMMUG00000060655 ##22 NRK (ENSMMUG00000011601) TEX13A (ENSMMUG00000006684) ENSMMUG00000056989 IL1RAPL2 (ENSMMUG00000006683) ESX1 (ENSMMUG00000063653) FAM199X (ENSMMUG00000022281) SLC25A53 (ENSMMUG00000040845) ENSMMUG00000057835 H2BW1C (ENSMMUG00000032380) H2BW1 (ENSMMUG00000032378) H2BW2A (ENSMMUG00000056634) ENSMMUG00000059829 RAB9B (ENSMMUG00000055723) PLP1 (ENSMMUG00000000809) TMEM31 (ENSMMUG00000006112) Rhesus MODERN SPECIES 2 PAWR (ENSMMUG00000015179) ENSMMUG00000053591 PPP1R12A (ENSMMUG00000019214) OTOGL (ENSMMUG00000000121) PTPRQ (ENSMMUG00000037711) MYF6 (ENSMMUG00000011667) MYF5 (ENSMMUG00000011669) LIN7A (ENSMMUG00000011671) ENSMMUG00000017463 ACSS3 (ENSMMUG00000013800) ENSMMUG00000046323 PPFIA2 (ENSMMUG00000013804) ENSMMUG00000050266 CCDC59 (ENSMMUG00000063005) METTL25 (ENSMMUG00000002514) ENSMMUG00000059068 ##22 TMTC2 (ENSMMUG00000011305) ENSMMUG00000043159 ENSMMUG00000058294 SLC6A15 (ENSMMUG00000013650) TSPAN19 (ENSMMUG00000042255) LRRIQ1 (ENSMMUG00000016535) ENSMMUG00000052077 ENSMMUG00000037648 RASSF9 (ENSMMUG00000058491) NTS (ENSMMUG00000023155) MGAT4C (ENSMMUG00000060394) ENSMMUG00000031648 C11H12orf50 (ENSMMUG00000015859) C11H12orf29 (ENSMMUG00000015860) CEP290 (ENSMMUG00000015862) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.a ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 15 RIMOC1 (ENSPANG00000003802) FBXO4 (ENSPANG00000011631) GHR (ENSPANG00000012118) NNT (ENSPANG00000009305) PAIP1 (ENSPANG00000013349) C5orf34 (ENSPANG00000008955) TMEM267 (ENSPANG00000004377) CCL28 (ENSPANG00000021404) HMGCS1 (ENSPANG00000017935) NIM1K (ENSPANG00000023594) ZNF131 (ENSPANG00000011134) ENSPANG00000050256 ENSPANG00000048500 ENSPANG00000046980 ENSPANG00000037013 ENSPANG00000037401 ##22 ENSPANG00000049254 ENSPANG00000050238 FGF10 (ENSPANG00000040138) MRPS30 (ENSPANG00000043307) HCN1 (ENSPANG00000004681) ENSPANG00000048274 ENSPANG00000048430 ENSPANG00000037873 ENSPANG00000041809 PARP8 (ENSPANG00000012427) ENSPANG00000041227 ISL1 (ENSPANG00000012177) ENSPANG00000043099 ITGA1 (ENSPANG00000009352) PELO (ENSPANG00000037610) Olive baboon MODERN SPECIES 13 TDO2 (ENSPANG00000039582) CTSO (ENSPANG00000019814) PDGFC (ENSPANG00000025668) GLRB (ENSPANG00000019813) GRIA2 (ENSPANG00000009767) ENSPANG00000039840 GASK1B (ENSPANG00000015657) TMEM144 (ENSPANG00000009001) RXFP1 (ENSPANG00000005807) C4orf46 (ENSPANG00000048099) ETFDH (ENSPANG00000009234) ENSPANG00000025667 FNIP2 (ENSPANG00000010029) C4orf45 (ENSPANG00000012144) RAPGEF2 (ENSPANG00000019273) ENSPANG00000050435 ##22 ENSPANG00000050989 FSTL5 (ENSPANG00000030118) NAF1 (ENSPANG00000015574) NPY1R (ENSPANG00000040424) ENSPANG00000044977 TKTL2 (ENSPANG00000015009) TMA16 (ENSPANG00000018456) MARCHF1 (ENSPANG00000010028) ENSPANG00000037313 SMIM31 (ENSPANG00000029574) APELA (ENSPANG00000034001) ENSPANG00000040369 ENSPANG00000014469 ENSPANG00000036093 ENSPANG00000038075 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.b.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.b.a ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon DUPLICATION Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 792 PDK3 (ENSPANG00000017372) ENSPANG00000042252 ENSPANG00000049773 ENSPANG00000010730 ENSPANG00000020386 ZFX (ENSPANG00000000982) ENSPANG00000045157 ENSPANG00000004507 KLHL15 (ENSPANG00000010573) CXorf58 (ENSPANG00000017030) APOO (ENSPANG00000009164) ENSPANG00000010731 SAT1 (ENSPANG00000004013) ACOT9 (ENSPANG00000009587) PRDX4 (ENSPANG00000007586) ENSPANG00000048545 ##22 PTCHD1 (ENSPANG00000050101) DDX53 (ENSPANG00000037837) ENSPANG00000035706 ENSPANG00000045931 ENSPANG00000037872 CBLL2 (ENSPANG00000046007) ENSPANG00000037098 PHEX (ENSPANG00000010105) SMS (ENSPANG00000003155) MBTPS2 (ENSPANG00000024280) ENSPANG00000050152 SMPX (ENSPANG00000005741) KLHL34 (ENSPANG00000012353) CNKSR2 (ENSPANG00000011941) ENSPANG00000029508 Olive baboon MODERN SPECIES 17 ENSPANG00000039656 MCTP2 (ENSPANG00000023213) NR2F2 (ENSPANG00000023215) ENSPANG00000020922 ENSPANG00000045122 ENSPANG00000048949 IGF1R (ENSPANG00000021053) PGPEP1L (ENSPANG00000020511) SYNM (ENSPANG00000020514) TTC23 (ENSPANG00000026184) ENSPANG00000046080 LRRC28 (ENSPANG00000021052) MEF2A (ENSPANG00000026183) LYSMD4 (ENSPANG00000026182) ADAMTS17 (ENSPANG00000024123) ENSPANG00000046869 ##22 CERS3 (ENSPANG00000018569) LINS1 (ENSPANG00000020510) ASB7 (ENSPANG00000022569) ALDH1A3 (ENSPANG00000020509) LRRK1 (ENSPANG00000003917) CHSY1 (ENSPANG00000011169) SELENOS (ENSPANG00000005903) SNRPA1 (ENSPANG00000020921) ENSPANG00000011167 ENSPANG00000045861 TM2D3 (ENSPANG00000022400) TARS3 (ENSPANG00000022401) OR4F6 (ENSPANG00000048360) OR4F15 (ENSPANG00000050342) ENSPANG00000041857 Olive baboon MODERN SPECIES 17 ENSPANG00000038391 ENSPANG00000039782 ENSPANG00000050268 ENSPANG00000046039 MFGE8 (ENSPANG00000026189) HAPLN3 (ENSPANG00000025601) ENSPANG00000034658 ENSPANG00000048489 AEN (ENSPANG00000005905) DET1 (ENSPANG00000011752) MRPS11 (ENSPANG00000011753) MRPL46 (ENSPANG00000000922) NTRK3 (ENSPANG00000000921) ENSPANG00000037332 ENSPANG00000047709 ENSPANG00000044734 ##22 ENSPANG00000039548 AGBL1 (ENSPANG00000011754) ENSPANG00000040249 ENSPANG00000045098 KLHL25 (ENSPANG00000005906) AKAP13 (ENSPANG00000005909) ENSPANG00000041106 ZSCAN2 (ENSPANG00000000536) WDR73 (ENSPANG00000005911) NMB (ENSPANG00000034578) ENSPANG00000011756 ZNF592 (ENSPANG00000022572) ALPK3 (ENSPANG00000022573) SLC28A1 (ENSPANG00000022574) PDE8A (ENSPANG00000020640) Olive baboon MODERN SPECIES 758 ENSPANG00000039631 ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.b.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.b.a ##22 Rhesus MODERN SPECIES 11 SIDT1 (ENSMMUG00000013454) USF3 (ENSMMUG00000052581) NAA50 (ENSMMUG00000055908) ATP6V1A (ENSMMUG00000020740) GRAMD1C (ENSMMUG00000001943) ZDHHC23 (ENSMMUG00000001946) CCDC191 (ENSMMUG00000001949) QTRT2 (ENSMMUG00000001953) DRD3 (ENSMMUG00000022936) TIGIT (ENSMMUG00000054667) ENSMMUG00000037594 ENSMMUG00000057786 ZBTB20 (ENSMMUG00000020641) GAP43 (ENSMMUG00000012578) LSAMP (ENSMMUG00000012579) ENSMMUG00000049323 ##22 ENSMMUG00000061615 ENSMMUG00000032031 IGSF11 (ENSMMUG00000008075) TEX55 (ENSMMUG00000008078) UPK1B (ENSMMUG00000057343) B4GALT4 (ENSMMUG00000003592) ARHGAP31 (ENSMMUG00000012009) TMEM39A (ENSMMUG00000012010) POGLUT1 (ENSMMUG00000012012) TIMMDC1 (ENSMMUG00000012014) CD80 (ENSMMUG00000016367) ADPRH (ENSMMUG00000053955) PLA1A (ENSMMUG00000000902) POPDC2 (ENSMMUG00000000905) COX17 (ENSMMUG00000000906) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.b.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.b.b ##22 Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 327 ARSD (ENSMMUG00000003934) ARSL (ENSMMUG00000004985) ARSH (ENSMMUG00000043795) ARSF (ENSMMUG00000000443) ENSMMUG00000008247 PRKX (ENSMMUG00000008306) ENSMMUG00000062714 ENSMMUG00000032544 NLGN4X (ENSMMUG00000011310) ENSMMUG00000051504 ENSMMUG00000055686 PUDP (ENSMMUG00000017377) STS (ENSMMUG00000017378) PNPLA4 (ENSMMUG00000018194) ENSMMUG00000051223 ENSMMUG00000061895 ##22 ENSMMUG00000056503 ENSMMUG00000059835 ENSMMUG00000058160 ANOS1 (ENSMMUG00000018191) FAM9A (ENSMMUG00000047671) FAM9B (ENSMMUG00000018844) TBL1X (ENSMMUG00000006191) GPR143 (ENSMMUG00000006192) SHROOM2 (ENSMMUG00000006193) WWC3 (ENSMMUG00000016290) CLCN4 (ENSMMUG00000013635) MID1 (ENSMMUG00000020179) ENSMMUG00000061144 ENSMMUG00000051459 HCCS (ENSMMUG00000013993) Rhesus MODERN SPECIES 13 ENSMMUG00000056270 ARPC1A (ENSMMUG00000001458) PDAP1 (ENSMMUG00000001460) BUD31 (ENSMMUG00000000427) PTCD1 (ENSMMUG00000030408) CPSF4 (ENSMMUG00000019191) ZNF789 (ENSMMUG00000020139) ZNF394 (ENSMMUG00000020140) ZKSCAN5 (ENSMMUG00000020141) FAM200A (ENSMMUG00000019104) ZNF655 (ENSMMUG00000040393) TMEM225B (ENSMMUG00000055483) ZSCAN25 (ENSMMUG00000022728) CYP3A7 (ENSMMUG00000022730) ENSMMUG00000060678 ENSMMUG00000050824 ##22 CYP3A43 (ENSMMUG00000022490) OR2AE1 (ENSMMUG00000063929) TRIM4 (ENSMMUG00000022502) GJC3 (ENSMMUG00000022503) AZGP1 (ENSMMUG00000022504) ENSMMUG00000059171 ZKSCAN1 (ENSMMUG00000008601) ZSCAN21 (ENSMMUG00000014082) ZNF3 (ENSMMUG00000004021) COPS6 (ENSMMUG00000013440) MCM7 (ENSMMUG00000013442) AP4M1 (ENSMMUG00000013447) TAF6 (ENSMMUG00000013450) CNPY4 (ENSMMUG00000013452) MBLAC1 (ENSMMUG00000013453) Rhesus MODERN SPECIES 17 AP4E1 (ENSMMUG00000015159) ENSMMUG00000052556 TRPM7 (ENSMMUG00000008575) USP50 (ENSMMUG00000008574) USP8 (ENSMMUG00000014884) GABPB1 (ENSMMUG00000002879) HDC (ENSMMUG00000002877) SLC27A2 (ENSMMUG00000002876) ENSMMUG00000057283 ATP8B4 (ENSMMUG00000003684) ENSMMUG00000050608 ENSMMUG00000056522 DTWD1 (ENSMMUG00000013496) FGF7 (ENSMMUG00000009842) FAM227B (ENSMMUG00000009840) ENSMMUG00000049831 ##22 GALK2 (ENSMMUG00000009839) COPS2 (ENSMMUG00000009838) SECISBP2L (ENSMMUG00000009837) SHC4 (ENSMMUG00000009833) CEP152 (ENSMMUG00000009829) FBN1 (ENSMMUG00000004239) ENSMMUG00000016898 SLC12A1 (ENSMMUG00000016896) CTXN2 (ENSMMUG00000043753) MYEF2 (ENSMMUG00000018834) SLC24A5 (ENSMMUG00000018831) ENSMMUG00000016097 SEMA6D (ENSMMUG00000012144) ENSMMUG00000056847 ENSMMUG00000052233 Rhesus MODERN SPECIES 6 IFNA14 (ENSMMUG00000058900) KLHL9 (ENSMMUG00000010959) IFNA6 (ENSMMUG00000054514) ENSMMUG00000055493 IFNA8 (ENSMMUG00000063809) IFNA13 (ENSMMUG00000051298) ENSMMUG00000063104 MTAP (ENSMMUG00000001137) CDKN2B (ENSMMUG00000001134) ENSMMUG00000065070 DMRTA1 (ENSMMUG00000054138) ENSMMUG00000053595 ELAVL2 (ENSMMUG00000010038) IZUMO3 (ENSMMUG00000059096) TUSC1 (ENSMMUG00000059471) ENSMMUG00000059255 ##22 CAAP1 (ENSMMUG00000006073) PLAA (ENSMMUG00000064752) LRRC19 (ENSMMUG00000006079) IFT74 (ENSMMUG00000006076) TEK (ENSMMUG00000006080) ENSMMUG00000053713 EQTN (ENSMMUG00000061449) IFNK (ENSMMUG00000064869) MOB3B (ENSMMUG00000062843) C9orf72 (ENSMMUG00000016508) LINGO2 (ENSMMUG00000017199) ENSMMUG00000049422 ENSMMUG00000058851 ENSMMUG00000018233 ENSMMUG00000006052 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.a.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 14 ANLN (ENSPANG00000006301) AOAH (ENSPANG00000014130) ELMO1 (ENSPANG00000022520) ENSPANG00000038322 GPR141 (ENSPANG00000013466) NME8 (ENSPANG00000023288) SFRP4 (ENSPANG00000007997) EPDR1 (ENSPANG00000006302) ENSPANG00000051311 STARD3NL (ENSPANG00000016262) ENSPANG00000050429 ENSPANG00000050953 ENSPANG00000044618 TRGV10 (ENSPANG00000013675) ENSPANG00000037204 ENSPANG00000049083 ##22 TRGV9 (ENSPANG00000001237) ENSPANG00000037866 ENSPANG00000043792 AMPH (ENSPANG00000013001) VPS41 (ENSPANG00000003773) POU6F2 (ENSPANG00000007998) YAE1 (ENSPANG00000001303) RALA (ENSPANG00000022183) ENSPANG00000049728 CDK13 (ENSPANG00000022842) MPLKIP (ENSPANG00000003774) SUGCT (ENSPANG00000006854) ENSPANG00000050783 ENSPANG00000040486 ENSPANG00000047702 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.a.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.a.a ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 792 ASB9 (ENSPANG00000016766) ENSPANG00000050647 ENSPANG00000037054 MOSPD2 (ENSPANG00000012515) FANCB (ENSPANG00000010973) GLRA2 (ENSPANG00000003157) ENSPANG00000043809 ENSPANG00000037611 GEMIN8 (ENSPANG00000016642) GPM6B (ENSPANG00000013390) OFD1 (ENSPANG00000016332) ENSPANG00000014050 RAB9A (ENSPANG00000010225) TCEANC (ENSPANG00000011283) EGFL6 (ENSPANG00000013985) ENSPANG00000047911 ##22 ENSPANG00000037383 ENSPANG00000042016 FAM9C (ENSPANG00000009959) TMSB4X (ENSPANG00000034247) TLR8 (ENSPANG00000003159) TLR7 (ENSPANG00000019254) PRPS2 (ENSPANG00000000891) FRMPD4 (ENSPANG00000000890) ENSPANG00000038884 ENSPANG00000050542 MSL3 (ENSPANG00000001077) ENSPANG00000043491 ARHGAP6 (ENSPANG00000007278) AMELX (ENSPANG00000010854) HCCS (ENSPANG00000004637) Olive baboon MODERN SPECIES 3 ENSPANG00000040901 HIPK3 (ENSPANG00000008706) KIAA1549L (ENSPANG00000011193) C11orf91 (ENSPANG00000038718) CD59 (ENSPANG00000003386) FBXO3 (ENSPANG00000007978) LMO2 (ENSPANG00000017076) CAPRIN1 (ENSPANG00000006439) NAT10 (ENSPANG00000013723) ABTB2 (ENSPANG00000015046) CAT (ENSPANG00000007496) ELF5 (ENSPANG00000023357) EHF (ENSPANG00000024423) APIP (ENSPANG00000020888) PDHX (ENSPANG00000008468) ENSPANG00000042989 ##22 CD44 (ENSPANG00000023332) SLC1A2 (ENSPANG00000004847) PAMR1 (ENSPANG00000001890) FJX1 (ENSPANG00000006035) TRIM44 (ENSPANG00000005449) ENSPANG00000040429 LDLRAD3 (ENSPANG00000019179) COMMD9 (ENSPANG00000025616) PRR5L (ENSPANG00000006440) TRAF6 (ENSPANG00000004746) RAG1 (ENSPANG00000006541) RAG2 (ENSPANG00000010008) IFTAP (ENSPANG00000016654) ENSPANG00000049659 LRRC4C (ENSPANG00000011879) Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.a.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.a.a ##22 Rhesus MODERN SPECIES 2 LIN7A (ENSMMUG00000011671) MYF5 (ENSMMUG00000011669) MYF6 (ENSMMUG00000011667) PTPRQ (ENSMMUG00000037711) OTOGL (ENSMMUG00000000121) PPP1R12A (ENSMMUG00000019214) ENSMMUG00000053591 PAWR (ENSMMUG00000015179) SYT1 (ENSMMUG00000005530) ENSMMUG00000060137 ENSMMUG00000051304 ENSMMUG00000058640 NAV3 (ENSMMUG00000021329) ENSMMUG00000060140 ENSMMUG00000055171 ENSMMUG00000059985 ##22 E2F7 (ENSMMUG00000022846) ENSMMUG00000052719 CSRP2 (ENSMMUG00000018257) ZDHHC17 (ENSMMUG00000018254) ENSMMUG00000057698 OSBPL8 (ENSMMUG00000017864) BBS10 (ENSMMUG00000056087) NAP1L1 (ENSMMUG00000015583) PHLDA1 (ENSMMUG00000064103) ENSMMUG00000053099 KRR1 (ENSMMUG00000009640) GLIPR1L2 (ENSMMUG00000012290) GLIPR1L1 (ENSMMUG00000012289) CAPS2 (ENSMMUG00000012288) KCNC2 (ENSMMUG00000012362) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.a.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.a.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.a.b ##22 Rhesus MODERN SPECIES 8 CSNK1A1L (ENSMMUG00000005012) SUPT20H (ENSMMUG00000003590) EXOSC8 (ENSMMUG00000003588) ALG5 (ENSMMUG00000003585) ENSMMUG00000057493 SMAD9 (ENSMMUG00000009914) RFXAP (ENSMMUG00000009913) SERTM1 (ENSMMUG00000057607) CCNA1 (ENSMMUG00000001178) SPART (ENSMMUG00000001176) SOHLH2 (ENSMMUG00000001172) DCLK1 (ENSMMUG00000016791) MAB21L1 (ENSMMUG00000054545) NBEA (ENSMMUG00000019831) ENSMMUG00000059851 ##22 ENSMMUG00000049825 ##22 RFC3 (ENSMMUG00000003371) STARD13 (ENSMMUG00000017052) ENSMMUG00000063615 KL (ENSMMUG00000017048) PDS5B (ENSMMUG00000007201) N4BP2L2 (ENSMMUG00000007200) N4BP2L1 (ENSMMUG00000007198) BRCA2 (ENSMMUG00000007197) ZAR1L (ENSMMUG00000038997) ENSMMUG00000064811 FRY (ENSMMUG00000007192) RXFP2 (ENSMMUG00000003898) B3GLCT (ENSMMUG00000013713) HSPH1 (ENSMMUG00000013707) TEX26 (ENSMMUG00000019461) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.a.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 15 NLN (ENSPANG00000011317) SGTB (ENSPANG00000018405) TRAPPC13 (ENSPANG00000010964) TRIM23 (ENSPANG00000014046) PPWD1 (ENSPANG00000008456) CENPK (ENSPANG00000004271) ADAMTS6 (ENSPANG00000012117) ENSPANG00000048440 CWC27 (ENSPANG00000010789) SREK1IP1 (ENSPANG00000033802) SHISAL2B (ENSPANG00000002494) RGS7BP (ENSPANG00000016503) RNF180 (ENSPANG00000015369) HTR1A (ENSPANG00000005262) ENSPANG00000045218 ENSPANG00000043009 ##22 ENSPANG00000041315 ENSPANG00000045375 ENSPANG00000041895 ENSPANG00000033012 IPO11 (ENSPANG00000013348) DIMT1 (ENSPANG00000010901) KIF2A (ENSPANG00000017745) ZSWIM6 (ENSPANG00000007582) ENSPANG00000039356 ENSPANG00000038225 SMIM15 (ENSPANG00000034419) NDUFAF2 (ENSPANG00000011811) ERCC8 (ENSPANG00000012022) ELOVL7 (ENSPANG00000018804) DEPDC1B (ENSPANG00000014047) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.b ##22 Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 18 VPS13B (ENSMMUG00000022186) OSR2 (ENSMMUG00000022185) STK3 (ENSMMUG00000028952) KCNS2 (ENSMMUG00000056926) NIPAL2 (ENSMMUG00000017815) POP1 (ENSMMUG00000053292) ENSMMUG00000064281 ENSMMUG00000058389 RPL30 (ENSMMUG00000020073) MATN2 (ENSMMUG00000020072) ENSMMUG00000060771 LAPTM4B (ENSMMUG00000008926) MTDH (ENSMMUG00000014210) ENSMMUG00000055454 TSPYL5 (ENSMMUG00000062721) ENSMMUG00000058134 ##22 CPQ (ENSMMUG00000003878) SDC2 (ENSMMUG00000000963) PTDSS1 (ENSMMUG00000000573) MTERF3 (ENSMMUG00000008808) UQCRB (ENSMMUG00000008804) GDF6 (ENSMMUG00000065198) CFAP418 (ENSMMUG00000016496) PLEKHF2 (ENSMMUG00000014183) NDUFAF6 (ENSMMUG00000014802) TP53INP1 (ENSMMUG00000057219) CCNE2 (ENSMMUG00000005358) INTS8 (ENSMMUG00000005356) DPY19L4 (ENSMMUG00000021113) ESRP1 (ENSMMUG00000021112) VIRMA (ENSMMUG00000012981) Rhesus MODERN SPECIES LHX9 (ENSMMUG00000012259) C1H1orf53 (ENSMMUG00000060620) DENND1B (ENSMMUG00000013962) CRB1 (ENSMMUG00000012322) ENSMMUG00000055405 ZBTB41 (ENSMMUG00000058395) ASPM (ENSMMUG00000000245) F13B (ENSMMUG00000000244) CFHR5 (ENSMMUG00000000243) CFH (ENSMMUG00000045497) KCNT2 (ENSMMUG00000021082) ENSMMUG00000056654 B3GALT2 (ENSMMUG00000022648) CDC73 (ENSMMUG00000022647) GLRX2 (ENSMMUG00000022645) ENSMMUG00000065201 ##22 RO60 (ENSMMUG00000022643) UCHL5 (ENSMMUG00000022641) RGS2 (ENSMMUG00000049590) RGS13 (ENSMMUG00000059086) RGS1 (ENSMMUG00000003486) RGS21 (ENSMMUG00000052426) RGS18 (ENSMMUG00000013995) BRINP3 (ENSMMUG00000010110) ENSMMUG00000059986 ENSMMUG00000055981 PLA2G4A (ENSMMUG00000021423) PTGS2 (ENSMMUG00000016857) PDC (ENSMMUG00000064825) ODR4 (ENSMMUG00000009085) TPR (ENSMMUG00000009081) Rhesus MODERN SPECIES 8 POSTN (ENSMMUG00000012307) CSNK1A1L (ENSMMUG00000005012) SUPT20H (ENSMMUG00000003590) EXOSC8 (ENSMMUG00000003588) ALG5 (ENSMMUG00000003585) ENSMMUG00000057493 SMAD9 (ENSMMUG00000009914) RFXAP (ENSMMUG00000009913) SERTM1 (ENSMMUG00000057607) CCNA1 (ENSMMUG00000001178) SPART (ENSMMUG00000001176) SOHLH2 (ENSMMUG00000001172) DCLK1 (ENSMMUG00000016791) MAB21L1 (ENSMMUG00000054545) NBEA (ENSMMUG00000019831) ENSMMUG00000059851 ##22 ENSMMUG00000049825 ##22 RFC3 (ENSMMUG00000003371) STARD13 (ENSMMUG00000017052) ENSMMUG00000063615 KL (ENSMMUG00000017048) PDS5B (ENSMMUG00000007201) N4BP2L2 (ENSMMUG00000007200) N4BP2L1 (ENSMMUG00000007198) BRCA2 (ENSMMUG00000007197) ZAR1L (ENSMMUG00000038997) ENSMMUG00000064811 FRY (ENSMMUG00000007192) RXFP2 (ENSMMUG00000003898) B3GLCT (ENSMMUG00000013713) HSPH1 (ENSMMUG00000013707) Rhesus MODERN SPECIES 16 RPS23 (ENSMMUG00000003578) ATP6AP1L (ENSMMUG00000029954) TMEM167A (ENSMMUG00000046560) XRCC4 (ENSMMUG00000064265) VCAN (ENSMMUG00000011513) HAPLN1 (ENSMMUG00000061282) EDIL3 (ENSMMUG00000007661) ENSMMUG00000051689 ENSMMUG00000039961 ENSMMUG00000063160 COX7C (ENSMMUG00000040409) RASA1 (ENSMMUG00000003245) CCNH (ENSMMUG00000003248) TMEM161B (ENSMMUG00000009319) ENSMMUG00000062486 ENSMMUG00000053232 ##22 MEF2C (ENSMMUG00000019836) CETN3 (ENSMMUG00000020180) MBLAC2 (ENSMMUG00000056954) POLR3G (ENSMMUG00000018972) LYSMD3 (ENSMMUG00000018974) ADGRV1 (ENSMMUG00000018976) ENSMMUG00000064649 ENSMMUG00000053152 ENSMMUG00000052301 ENSMMUG00000055066 ARRDC3 (ENSMMUG00000003569) ENSMMUG00000054299 ENSMMUG00000029933 ##27 ENSMMUG00000048696 ENSMMUG00000053145 Rhesus MODERN SPECIES 6 ENSMMUG00000003412 DENND4C (ENSMMUG00000004338) ENSMMUG00000060611 ENSMMUG00000058409 PLIN2 (ENSMMUG00000013997) HAUS6 (ENSMMUG00000018396) RRAGA (ENSMMUG00000018395) SAXO1 (ENSMMUG00000018394) ADAMTSL1 (ENSMMUG00000044658) SH3GL2 (ENSMMUG00000011704) ENSMMUG00000053129 CNTLN (ENSMMUG00000023448) BNC2 (ENSMMUG00000001141) ENSMMUG00000044363 CCDC171 (ENSMMUG00000016731) ENSMMUG00000058883 ##22 PSIP1 (ENSMMUG00000002224) SNAPC3 (ENSMMUG00000016189) TTC39B (ENSMMUG00000013466) FREM1 (ENSMMUG00000008128) CER1 (ENSMMUG00000012428) ZDHHC21 (ENSMMUG00000012426) ENSMMUG00000056734 NFIB (ENSMMUG00000014697) MPDZ (ENSMMUG00000019388) LURAP1L (ENSMMUG00000013290) TYRP1 (ENSMMUG00000062815) ENSMMUG00000058123 ENSMMUG00000056551 ENSMMUG00000049668 ENSMMUG00000065258 Rhesus MODERN SPECIES 6 SARDH (ENSMMUG00000017210) DBH (ENSMMUG00000017207) FAM163B (ENSMMUG00000040914) ADAMTSL2 (ENSMMUG00000017203) MYMK (ENSMMUG00000017202) SLC2A6 (ENSMMUG00000010981) ADAMTS13 (ENSMMUG00000000937) REXO4 (ENSMMUG00000000935) STKLD1 (ENSMMUG00000000934) SURF4 (ENSMMUG00000022348) SURF2 (ENSMMUG00000022346) SURF1 (ENSMMUG00000022344) SURF6 (ENSMMUG00000022339) RPL7A (ENSMMUG00000022341) ENSMMUG00000065261 ENSMMUG00000065260 ##22 WDR5 (ENSMMUG00000014159) ABO (ENSMMUG00000015100) ENSMMUG00000050399 ENSMMUG00000054901 RALGDS (ENSMMUG00000015274) CEL (ENSMMUG00000001272) GTF3C5 (ENSMMUG00000001267) GFI1B (ENSMMUG00000005948) TSC1 (ENSMMUG00000009918) SPACA9 (ENSMMUG00000021158) AK8 (ENSMMUG00000009916) GTF3C4 (ENSMMUG00000009915) DDX31 (ENSMMUG00000004590) BARHL1 (ENSMMUG00000058445) CFAP77 (ENSMMUG00000004588) Rhesus MODERN SPECIES 16 ENSMMUG00000060057 ENSMMUG00000062842 CSNK1G3 (ENSMMUG00000006646) CEP120 (ENSMMUG00000015767) PRDM6 (ENSMMUG00000052656) ENSMMUG00000060336 PPIC (ENSMMUG00000010651) SNX2 (ENSMMUG00000023598) SNCAIP (ENSMMUG00000009997) ENSMMUG00000046428 ZNF474 (ENSMMUG00000021006) LOX (ENSMMUG00000056626) SRFBP1 (ENSMMUG00000021009) FTMT (ENSMMUG00000051455) PRR16 (ENSMMUG00000038727) ENSMMUG00000063354 ##22 ENSMMUG00000018764 ENSMMUG00000059145 HSD17B4 (ENSMMUG00000017685) DMXL1 (ENSMMUG00000018640) DTWD2 (ENSMMUG00000008302) SEMA6A (ENSMMUG00000012265) COMMD10 (ENSMMUG00000008738) ARL14EPL (ENSMMUG00000056563) ENSMMUG00000022192 LVRN (ENSMMUG00000022191) ENSMMUG00000056057 AP3S1 (ENSMMUG00000015288) ATG12 (ENSMMUG00000060812) CDO1 (ENSMMUG00000061758) TICAM2 (ENSMMUG00000015114) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.a.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 12 SLC1A6 (ENSPANG00000017791) CCDC105 (ENSPANG00000010975) CASP14 (ENSPANG00000003163) OR1I1 (ENSPANG00000039991) SYDE1 (ENSPANG00000010522) ILVBL (ENSPANG00000019933) NOTCH3 (ENSPANG00000016653) EPHX3 (ENSPANG00000039806) BRD4 (ENSPANG00000023924) AKAP8L (ENSPANG00000015626) WIZ (ENSPANG00000014329) RASAL3 (ENSPANG00000006034) PGLYRP2 (ENSPANG00000009960) CYP4F22 (ENSPANG00000015625) ENSPANG00000044359 ENSPANG00000049519 ##22 CYP4F3 (ENSPANG00000043184) CYP4F11 (ENSPANG00000045986) ENSPANG00000005591 ENSPANG00000008105 RAB8A (ENSPANG00000031542) HSH2D (ENSPANG00000050187) CIB3 (ENSPANG00000016651) FAM32A (ENSPANG00000007385) AP1M1 (ENSPANG00000026386) KLF2 (ENSPANG00000040729) EPS15L1 (ENSPANG00000010521) CALR3 (ENSPANG00000018584) C19orf44 (ENSPANG00000009377) CHERP (ENSPANG00000011698) SLC35E1 (ENSPANG00000011400) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.b ##22 Rhesus MODERN SPECIES 6 RECK (ENSMMUG00000022613) GLIPR2 (ENSMMUG00000010213) CCIN (ENSMMUG00000010214) CLTA (ENSMMUG00000006132) GNE (ENSMMUG00000006135) RNF38 (ENSMMUG00000016605) ENSMMUG00000031876 ENSMMUG00000051555 ENSMMUG00000054049 MELK (ENSMMUG00000003782) ENSMMUG00000049717 ENSMMUG00000064539 PAX5 (ENSMMUG00000019639) ENSMMUG00000057540 ZCCHC7 (ENSMMUG00000007421) ENSMMUG00000063174 ##22 GRHPR (ENSMMUG00000045930) ZBTB5 (ENSMMUG00000017894) POLR1E (ENSMMUG00000017892) FBXO10 (ENSMMUG00000017886) FRMPD1 (ENSMMUG00000005902) TRMT10B (ENSMMUG00000008662) EXOSC3 (ENSMMUG00000008665) DCAF10 (ENSMMUG00000047381) ENSMMUG00000051553 SLC25A51 (ENSMMUG00000052842) ENSMMUG00000064669 SHB (ENSMMUG00000008670) ALDH1B1 (ENSMMUG00000013057) IGFBPL1 (ENSMMUG00000052199) ENSMMUG00000059011 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.a.b.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 2 SFTPD (ENSPANG00000022579) ENSPANG00000022578 ENSPANG00000037998 ENSPANG00000031002 ENSPANG00000039699 ZCCHC24 (ENSPANG00000022503) PPIF (ENSPANG00000022504) ZMIZ1 (ENSPANG00000022505) ENSPANG00000048295 ENSPANG00000047646 ENSPANG00000022507 POLR3A (ENSPANG00000022508) DLG5 (ENSPANG00000022509) ENSPANG00000040260 KCNMA1 (ENSPANG00000022497) ENSPANG00000038390 ##22 LRMDA (ENSPANG00000022499) ZNF503 (ENSPANG00000022473) ENSPANG00000045677 ENSPANG00000022475 VDAC2 (ENSPANG00000022478) SAMD8 (ENSPANG00000022471) DUSP13 (ENSPANG00000022470) DUSP29 (ENSPANG00000022463) KAT6B (ENSPANG00000022464) ENSPANG00000046395 ADK (ENSPANG00000022465) AP3M1 (ENSPANG00000022467) VCL (ENSPANG00000022469) ENSPANG00000022456 PLAU (ENSPANG00000022455) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.b ##22 Rhesus MODERN SPECIES 17 ENSMMUG00000058835 ENSMMUG00000040970 UBE2Q2 (ENSMMUG00000009160) NRG4 (ENSMMUG00000020882) ENSMMUG00000056239 TMEM266 (ENSMMUG00000050124) ENSMMUG00000049818 ETFA (ENSMMUG00000011045) ISL2 (ENSMMUG00000059556) SCAPER (ENSMMUG00000011047) ENSMMUG00000053250 RCN2 (ENSMMUG00000008213) PSTPIP1 (ENSMMUG00000010171) TSPAN3 (ENSMMUG00000010172) PEAK1 (ENSMMUG00000042378) ENSMMUG00000064456 ##22 ENSMMUG00000064976 HMG20A (ENSMMUG00000007430) LINGO1 (ENSMMUG00000001782) ENSMMUG00000058749 TBC1D2B (ENSMMUG00000009907) SH2D7 (ENSMMUG00000042955) CIB2 (ENSMMUG00000058021) IDH3A (ENSMMUG00000011838) ACSBG1 (ENSMMUG00000011839) DNAJA4 (ENSMMUG00000014204) SKIC8 (ENSMMUG00000014207) CRABP1 (ENSMMUG00000009393) IREB2 (ENSMMUG00000045680) HYKK (ENSMMUG00000010738) PSMA4 (ENSMMUG00000010740) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.a.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 17 PPCDC (ENSPANG00000015962) ENSPANG00000015963 ENSPANG00000037816 ODF3L1 (ENSPANG00000046756) UBE2Q2 (ENSPANG00000015898) FBXO22 (ENSPANG00000015891) NRG4 (ENSPANG00000015892) TMEM266 (ENSPANG00000015893) ETFA (ENSPANG00000015868) ISL2 (ENSPANG00000015869) SCAPER (ENSPANG00000015870) RCN2 (ENSPANG00000015866) PSTPIP1 (ENSPANG00000015861) TSPAN3 (ENSPANG00000015862) PEAK1 (ENSPANG00000015863) ENSPANG00000040448 ##22 HMG20A (ENSPANG00000015844) LINGO1 (ENSPANG00000015845) TBC1D2B (ENSPANG00000015846) SH2D7 (ENSPANG00000015841) CIB2 (ENSPANG00000015842) ENSPANG00000015843 ACSBG1 (ENSPANG00000015826) DNAJA4 (ENSPANG00000015827) SKIC8 (ENSPANG00000015828) CRABP1 (ENSPANG00000015829) ENSPANG00000044330 IREB2 (ENSPANG00000015813) HYKK (ENSPANG00000015814) PSMA4 (ENSPANG00000015816) CHRNA5 (ENSPANG00000015817) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.a.b ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 1 ENSMFAG00000054415 ARFGAP3 (ENSMFAG00000043297) CYB5R3 (ENSMFAG00000031130) A4GALT (ENSMFAG00000030432) POLDIP3 (ENSMFAG00000044670) ENSMFAG00000033348 ENSMFAG00000053373 RRP7A (ENSMFAG00000058776) ENSMFAG00000020523 NFAM1 (ENSMFAG00000065792) TCF20 (ENSMFAG00000003509) ENSMFAG00000051540 ENSMFAG00000065042 CYP2D8 (ENSMFAG00000042506) ENSMFAG00000049698 ENSMFAG00000053847 ##22 NDUFA6 (ENSMFAG00000039783) SMDT1 (ENSMFAG00000044573) PHETA2 (ENSMFAG00000057151) NAGA (ENSMFAG00000002492) WBP2NL (ENSMFAG00000034650) ENSMFAG00000039306 SMIM45 (ENSMFAG00000064531) CENPM (ENSMFAG00000042414) TNFRSF13C (ENSMFAG00000048896) SHISA8 (ENSMFAG00000050220) SREBF2 (ENSMFAG00000043421) CCDC134 (ENSMFAG00000031727) MEI1 (ENSMFAG00000035767) SNU13 (ENSMFAG00000031096) XRCC6 (ENSMFAG00000003352) Rhesus MODERN SPECIES 16 OSMR (ENSMMUG00000001609) RICTOR (ENSMMUG00000001611) FYB1 (ENSMMUG00000021218) ENSMMUG00000063072 C9 (ENSMMUG00000019878) DAB2 (ENSMMUG00000019879) ENSMMUG00000060622 PTGER4 (ENSMMUG00000016167) PRKAA1 (ENSMMUG00000023806) ENSMMUG00000062350 CARD6 (ENSMMUG00000023808) C7 (ENSMMUG00000014171) ENSMMUG00000061318 MROH2B (ENSMMUG00000004774) C6 (ENSMMUG00000021034) ENSMMUG00000061337 ##22 OXCT1 (ENSMMUG00000011027) RIMOC1 (ENSMMUG00000042412) GHR (ENSMMUG00000001336) ENSMMUG00000053009 CCDC152 (ENSMMUG00000030145) ENSMMUG00000030144 ENSMMUG00000063115 ENSMMUG00000050328 ENSMMUG00000064695 ENSMMUG00000058222 ENSMMUG00000044766 ENSMMUG00000057634 ZNF131 (ENSMMUG00000014251) ENSMMUG00000064559 NIM1K (ENSMMUG00000001224) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.i.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01090000260046.q.a.a ENSGT01100000263493.a.b.b.a.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158836 ENSGT00390000006996 ENSGT00980000202165.B ENSGT01030000234620.a.b.a ENSGT00730000111179.b ENSGT00940000159098 ENSGT00940000156540 ENSGT00530000063876.b ENSGT00940000159673 ENSGT00390000018691 ENSGT00940000156774 ENSGT00940000158220 ENSGT00390000004660.C.a.b ##12 ENSGT00940000153064.b.d.i.b ##22 ENSGT00940000156982 ENSGT00940000153304.B ENSGT00390000002319 ENSGT00940000160820 ENSGT00940000156487 ENSGT00940000160091 ENSGT00390000010439 ENSGT00940000154832 ENSGT00940000155226 ENSGT00940000156899 ENSGT00940000158583 ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.b.a ENSGT00940000155077.f ENSGT00390000001277 ENSGT00390000018097 Rhesus MODERN SPECIES 17 ENSMMUG00000054689 SGPP1 (ENSMMUG00000023556) WDR89 (ENSMMUG00000011945) ENSMMUG00000056481 ENSMMUG00000062649 ENSMMUG00000056845 PPP2R5E (ENSMMUG00000008205) GPHB5 (ENSMMUG00000059346) RHOJ (ENSMMUG00000008203) KCNH5 (ENSMMUG00000023518) SYT16 (ENSMMUG00000042895) SNAPC1 (ENSMMUG00000017303) HIF1A (ENSMMUG00000021002) PRKCH (ENSMMUG00000002260) TMEM30B (ENSMMUG00000007264) ##12 ENSMMUG00000063996 ##22 SLC38A6 (ENSMMUG00000013612) TRMT5 (ENSMMUG00000013611) MNAT1 (ENSMMUG00000001642) SIX4 (ENSMMUG00000001640) SIX1 (ENSMMUG00000058852) SIX6 (ENSMMUG00000055613) C7H14orf39 (ENSMMUG00000002828) PPM1A (ENSMMUG00000010464) DHRS7 (ENSMMUG00000002540) PCNX4 (ENSMMUG00000015443) LRRC9 (ENSMMUG00000004854) ENSMMUG00000029338 RTN1 (ENSMMUG00000011966) CCDC175 (ENSMMUG00000011965) JKAMP (ENSMMUG00000008715) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 17 ENSMFAG00000058829 WDR89 (ENSMFAG00000021342) ENSMFAG00000053172 ENSMFAG00000050758 PPP2R5E (ENSMFAG00000039011) GPHB5 (ENSMFAG00000049495) ENSMFAG00000057502 RHOJ (ENSMFAG00000041538) KCNH5 (ENSMFAG00000037862) ENSMFAG00000053315 SYT16 (ENSMFAG00000042502) SNAPC1 (ENSMFAG00000043540) HIF1A (ENSMFAG00000032083) PRKCH (ENSMFAG00000030025) ENSMFAG00000050713 ##12 ENSMFAG00000058911 ##22 TRMT5 (ENSMFAG00000002940) SLC38A6 (ENSMFAG00000000901) SIX4 (ENSMFAG00000041852) SIX1 (ENSMFAG00000048802) SIX6 (ENSMFAG00000038361) C14orf39 (ENSMFAG00000040949) PPM1A (ENSMFAG00000001498) DHRS7 (ENSMFAG00000031332) PCNX4 (ENSMFAG00000032543) LRRC9 (ENSMFAG00000041739) ENSMFAG00000035715 ENSMFAG00000031365 CCDC175 (ENSMFAG00000043449) JKAMP (ENSMFAG00000001385) L3HYPDH (ENSMFAG00000037589) Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.j.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.j.a ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 15 SLC45A2 (ENSPANG00000023321) RXFP3 (ENSPANG00000037308) ENSPANG00000038158 ADAMTS12 (ENSPANG00000007314) TARS1 (ENSPANG00000011000) NPR3 (ENSPANG00000010791) ENSPANG00000002644 ZFR (ENSPANG00000003729) MTMR12 (ENSPANG00000016239) GOLPH3 (ENSPANG00000014158) PDZD2 (ENSPANG00000004004) ENSPANG00000047668 C5orf22 (ENSPANG00000023863) DROSHA (ENSPANG00000003027) CDH6 (ENSPANG00000012023) ENSPANG00000038086 ##22 ENSPANG00000047628 CDH9 (ENSPANG00000012091) CDH10 (ENSPANG00000019074) ENSPANG00000038665 PRDM7 (ENSPANG00000013143) ENSPANG00000039487 ENSPANG00000039891 ENSPANG00000047173 ENSPANG00000045814 ENSPANG00000049457 ENSPANG00000047777 ENSPANG00000038128 ENSPANG00000041464 CDH12 (ENSPANG00000013388) ENSPANG00000042219 Olive baboon MODERN SPECIES 2 MMRN2 (ENSPANG00000022590) BMPR1A (ENSPANG00000022591) LDB3 (ENSPANG00000022592) OPN4 (ENSPANG00000022593) WAPL (ENSPANG00000022594) ENSPANG00000042345 ENSPANG00000031896 GRID1 (ENSPANG00000022595) CCSER2 (ENSPANG00000022596) RGR (ENSPANG00000022598) LRIT1 (ENSPANG00000022599) LRIT2 (ENSPANG00000022600) CDHR1 (ENSPANG00000022602) GPR15LG (ENSPANG00000038684) GHITM (ENSPANG00000022606) ENSPANG00000037881 ##22 NRG3 (ENSPANG00000022613) ENSPANG00000048493 SH2D4B (ENSPANG00000022612) TSPAN14 (ENSPANG00000022582) PRXL2A (ENSPANG00000022583) ENSPANG00000024230 DYDC2 (ENSPANG00000022584) DYDC1 (ENSPANG00000022585) MAT1A (ENSPANG00000022586) ANXA11 (ENSPANG00000022587) ENSPANG00000039078 TMEM254 (ENSPANG00000022580) ENSPANG00000044291 ENSPANG00000000501 SFTPD (ENSPANG00000022579) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.j.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.j.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 792 ZNF157 (ENSPANG00000011866) ENSPANG00000045916 ENSPANG00000045922 USP11 (ENSPANG00000012824) CDK16 (ENSPANG00000007583) UBA1 (ENSPANG00000005321) RBM10 (ENSPANG00000013608) NDUFB11 (ENSPANG00000010725) RGN (ENSPANG00000014111) JADE3 (ENSPANG00000016120) RP2 (ENSPANG00000004120) SLC9A7 (ENSPANG00000003151) ZNF674 (ENSPANG00000017370) ENSPANG00000005279 ENSPANG00000037680 ENSPANG00000042185 ##22 ENSPANG00000047886 ENSPANG00000049492 DIPK2B (ENSPANG00000010628) ENSPANG00000037805 KDM6A (ENSPANG00000008101) DUSP21 (ENSPANG00000042866) ENSPANG00000045031 FUNDC1 (ENSPANG00000020939) ENSPANG00000010271 ENSPANG00000048506 EFHC2 (ENSPANG00000011868) ENSPANG00000035225 NDP (ENSPANG00000040730) MAOA (ENSPANG00000025811) MAOB (ENSPANG00000025805) Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.j.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d.j.b ##22 Rhesus MODERN SPECIES 327 SLC9A6 (ENSMMUG00000011271) FHL1 (ENSMMUG00000007922) ENSMMUG00000057419 MAP7D3 (ENSMMUG00000000297) ADGRG4 (ENSMMUG00000044975) ENSMMUG00000049889 ENSMMUG00000064067 BRS3 (ENSMMUG00000052892) HTATSF1 (ENSMMUG00000006450) VGLL1 (ENSMMUG00000047144) CD40LG (ENSMMUG00000013773) ARHGEF6 (ENSMMUG00000013768) ENSMMUG00000040370 ENSMMUG00000050317 GPR101 (ENSMMUG00000005605) ENSMMUG00000053743 ##22 ZIC3 (ENSMMUG00000002023) ENSMMUG00000061110 FGF13 (ENSMMUG00000012484) F9 (ENSMMUG00000020064) MCF2 (ENSMMUG00000020066) ATP11C (ENSMMUG00000007234) CXHXorf66 (ENSMMUG00000011355) SOX3 (ENSMMUG00000013179) ENSMMUG00000051265 ENSMMUG00000052254 ENSMMUG00000050797 ENSMMUG00000053535 ENSMMUG00000058475 LDOC1 (ENSMMUG00000056433) ENSMMUG00000058716 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Gibbon MODERN SPECIES 5 ENSNLEG00000030733 SLN (ENSNLEG00000034578) ELMOD1 (ENSNLEG00000007218) ALKBH8 (ENSNLEG00000007217) CWF19L2 (ENSNLEG00000007213) ENSNLEG00000034019 ENSNLEG00000027810 ENSNLEG00000007212 AASDHPPT (ENSNLEG00000007211) KBTBD3 (ENSNLEG00000007209) MSANTD4 (ENSNLEG00000007207) GRIA4 (ENSNLEG00000007202) CASP1 (ENSNLEG00000007200) CASP5 (ENSNLEG00000007197) CASP4 (ENSNLEG00000007194) ENSNLEG00000027825 ##22 PDGFD (ENSNLEG00000027133) DDI1 (ENSNLEG00000019234) DYNC2H1 (ENSNLEG00000007190) DCUN1D5 (ENSNLEG00000007189) MMP13 (ENSNLEG00000007186) MMP12 (ENSNLEG00000007183) MMP3 (ENSNLEG00000007178) MMP1 (ENSNLEG00000007171) MMP10 (ENSNLEG00000007177) ENSNLEG00000028184 MMP27 (ENSNLEG00000007170) MMP20 (ENSNLEG00000007169) MMP7 (ENSNLEG00000007168) TMEM123 (ENSNLEG00000007167) BIRC2 (ENSNLEG00000031093) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT01100000263543.a.g.b ENSGT01050000244986.b.b ENSGT00940000153064.b.d ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT01100000263543.a.g.b ENSGT01050000244986.b.b ENSGT00940000153064.b.d ##22 Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 1 DNAJA4 (ENSCJAG00000010194) SKIC8 (ENSCJAG00000010208) CRABP1 (ENSCJAG00000006115) ENSCJAG00000082074 IREB2 (ENSCJAG00000010259) HYKK (ENSCJAG00000010363) PSMA4 (ENSCJAG00000010369) CHRNA5 (ENSCJAG00000010409) CHRNA3 (ENSCJAG00000010437) CHRNB4 (ENSCJAG00000010457) ENSCJAG00000072640 ENSCJAG00000059519 ENSCJAG00000065716 PLA2G4F (ENSCJAG00000003212) VPS39 (ENSCJAG00000003170) ENSCJAG00000082365 ##22 TMEM87A (ENSCJAG00000003113) GANC (ENSCJAG00000045036) CAPN3 (ENSCJAG00000003026) ENSCJAG00000044368 ZNF106 (ENSCJAG00000003012) SNAP23 (ENSCJAG00000002994) LRRC57 (ENSCJAG00000002991) HAUS2 (ENSCJAG00000044344) STARD9 (ENSCJAG00000001961) CDAN1 (ENSCJAG00000001935) TTBK2 (ENSCJAG00000001912) UBR1 (ENSCJAG00000003007) ENSCJAG00000078183 TMEM62 (ENSCJAG00000002999) ENSCJAG00000073246 Marmoset MODERN SPECIES 11 NEURL1B (ENSCJAG00000019254) SH3PXD2B (ENSCJAG00000019258) UBTD2 (ENSCJAG00000046779) ENSCJAG00000047953 EFCAB9 (ENSCJAG00000019273) ENSCJAG00000069421 ENSCJAG00000069688 STK10 (ENSCJAG00000019275) ENSCJAG00000073693 FBXW11 (ENSCJAG00000019297) SMIM23 (ENSCJAG00000019324) FGF18 (ENSCJAG00000019329) ENSCJAG00000019334 TLX3 (ENSCJAG00000038714) ENSCJAG00000038990 ENSCJAG00000083773 ##22 RANBP17 (ENSCJAG00000019368) GABRP (ENSCJAG00000019417) ENSCJAG00000081529 KCNMB1 (ENSCJAG00000040466) KCNIP1 (ENSCJAG00000019441) LCP2 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MODERN SPECIES 831 ENSOCUG00000011101 ENSOCUG00000024929 ENSOCUG00000024634 ENSOCUG00000036988 ENSOCUG00000037609 ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 11 ENSOCUG00000012631 PPP1R21 (ENSOCUG00000006967) STON1 (ENSOCUG00000006982) GTF2A1L (ENSOCUG00000034645) LHCGR (ENSOCUG00000011227) FSHR (ENSOCUG00000011234) ENSOCUG00000035063 ENSOCUG00000038083 ENSOCUG00000028197 NRXN1 (ENSOCUG00000005620) CHAC2 (ENSOCUG00000028058) ASB3 (ENSOCUG00000013610) ERLEC1 (ENSOCUG00000014412) GPR75 (ENSOCUG00000000815) ENSOCUG00000004696 ENSOCUG00000037992 ##22 ENSOCUG00000027435 ENSOCUG00000015408 C2orf73 (ENSOCUG00000011269) SPTBN1 (ENSOCUG00000005008) EML6 (ENSOCUG00000012044) RTN4 (ENSOCUG00000012050) ENSOCUG00000003609 MTIF2 (ENSOCUG00000003617) ENSOCUG00000011673 CCDC88A (ENSOCUG00000003620) CFAP36 (ENSOCUG00000006874) PPP4R3B (ENSOCUG00000006880) PNPT1 (ENSOCUG00000006889) EFEMP1 (ENSOCUG00000014657) ENSOCUG00000038290 Rabbit MODERN SPECIES 18 PDIA4 (ENSOCUG00000001661) ZNF786 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Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 17 ZP2 (ENSOCUG00000012909) LDAF1 (ENSOCUG00000009948) ENSOCUG00000036434 DNAH3 (ENSOCUG00000009917) LYRM1 (ENSOCUG00000001191) DCUN1D3 (ENSOCUG00000022283) REXO5 (ENSOCUG00000009913) ERI2 (ENSOCUG00000009908) ACSM3 (ENSOCUG00000009900) ENSOCUG00000009895 ENSOCUG00000025752 ENSOCUG00000006704 NTAN1 (ENSOCUG00000006699) PDXDC1 (ENSOCUG00000006688) MPV17L (ENSOCUG00000022047) ENSOCUG00000034690 ##22 ENSOCUG00000003684 MARF1 (ENSOCUG00000003687) NDE1 (ENSOCUG00000000301) MYH11 (ENSOCUG00000013450) CEP20 (ENSOCUG00000013477) ENSOCUG00000031616 ABCC1 (ENSOCUG00000017956) ABCC6 (ENSOCUG00000010216) ENSOCUG00000025719 ENSOCUG00000021543 ENSOCUG00000033427 ENSOCUG00000023030 XYLT1 (ENSOCUG00000004855) ENSOCUG00000000179 ARL6IP1 (ENSOCUG00000005740) Rabbit MODERN SPECIES 7 SMYD3 (ENSOCUG00000008229) ENSOCUG00000013727 ENSOCUG00000004067 ENSOCUG00000035934 AHCTF1 (ENSOCUG00000014500) ENSOCUG00000011370 ENSOCUG00000035998 PSEN2 (ENSOCUG00000021898) COQ8A 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ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153064.b.d ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 2541 Rab18 (ENSMSIG00000024936) Mkx (ENSMSIG00000024950) ENSMSIG00000024990 ENSMSIG00000025114 ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT01100000263509.a.b ENSGT00950000183016.E.b.b ENSGT00940000153064.b.d ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 207 ENSGT00950000183016.E.b.b ENSGT00940000153064.b.d ##22 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 13 ZNF704 (ENSHGLG00000015584) PAG1 (ENSHGLG00000016111) FABP5 (ENSHGLG00000042536) PMP2 (ENSHGLG00000046825) FABP9 (ENSHGLG00000045805) FABP4 (ENSHGLG00000017810) FABP12 (ENSHGLG00000015629) ENSHGLG00000038181 SLC10A5 (ENSHGLG00000033014) ZFAND1 (ENSHGLG00000045302) CHMP4C (ENSHGLG00000015356) SNX16 (ENSHGLG00000008885) ENSHGLG00000020227 ENSHGLG00000033433 ENSHGLG00000034843 ENSHGLG00000038321 ##22 ENSHGLG00000041675 ENSHGLG00000047825 ENSHGLG00000004866 ENSHGLG00000047118 LRRCC1 (ENSHGLG00000007603) ENSHGLG00000005836 ENSHGLG00000049225 CA13 (ENSHGLG00000010003) ENSHGLG00000043682 #7 CA1 (ENSHGLG00000008038) CA3 (ENSHGLG00000034708) CA2 (ENSHGLG00000005638) ENSHGLG00000002610 PSKH2 (ENSHGLG00000005049) ATP6V0D2 (ENSHGLG00000014042) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 25 ENSHGLG00000041229 ARHGEF10 (ENSHGLG00000003965) KBTBD11 (ENSHGLG00000035008) MYOM2 (ENSHGLG00000000341) ENSHGLG00000049125 CSMD1 (ENSHGLG00000000508) ENSHGLG00000048727 ANGPT2 (ENSHGLG00000002482) ENSHGLG00000048261 ENSHGLG00000002310 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female MODERN SPECIES 26 ENSHGLG00000003688 MMRN1 (ENSHGLG00000003604) Snca (ENSHGLG00000010096) GPRIN3 (ENSHGLG00000046655) ENSHGLG00000009359 ENSHGLG00000033154 TIGD2 (ENSHGLG00000009014) ENSHGLG00000036340 FAM13A (ENSHGLG00000008677) ENSHGLG00000008024 ENSHGLG00000044432 ENSHGLG00000049646 ENSHGLG00000008337 PYURF (ENSHGLG00000040751) ENSHGLG00000046958 ENSHGLG00000037237 ##22 ENSHGLG00000007578 ENSHGLG00000007617 ENSHGLG00000041318 ENSHGLG00000015484 ENSHGLG00000044534 ENSHGLG00000008738 ENSHGLG00000013831 ENSHGLG00000014031 ENSHGLG00000015456 ENSHGLG00000041551 ENSHGLG00000017614 ENSHGLG00000018847 ENSHGLG00000019105 ENSHGLG00000016586 ENSHGLG00000050712 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 8 EEA1 (ENSHGLG00000004855) ENSHGLG00000001665 ENSHGLG00000045354 ENSHGLG00000008071 MRPL42 (ENSHGLG00000007399) ENSHGLG00000042799 ENSHGLG00000006324 CRADD (ENSHGLG00000040480) PLXNC1 (ENSHGLG00000005788) ENSHGLG00000042288 ENSHGLG00000014443 CEP83 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