Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157927 #7	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #8	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #9	ENSGT00490000044373 #10	ENSGT00940000158672 #11	ENSGT00940000157084 #12	ENSGT00390000001121 #13	ENSGT00940000157284 #14	ENSGT00390000006493 #15	ENSGT00390000018686 #16	ENSGT00390000003812 #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00940000157048 #19	ENSGT00940000153408.A #20	ENSGT00950000183100.B #21	ENSGT00940000153766.A #22	ENSGT00390000003256 #23	ENSGT00940000161543 #24	ENSGT00940000160761 #25	ENSGT00940000161082 #26	ENSGT00390000000614 #27	ENSGT00940000161321 #28	ENSGT00940000154922.b #29	ENSGT00940000160981 #30	ENSGT00390000001216 #31	ENSGT00940000153954.e #32	ENSGT00400000022158 #33	ENSGT00940000157908 #34	ENSGT00940000161323 #35	ENSGT00940000153244.A #36	ENSGT00940000153954.f #37
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157927 #7	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #8	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #9	ENSGT00490000044373 #10	ENSGT00940000158672 #11	ENSGT00940000157084 #12	ENSGT00390000001121 #13	ENSGT00940000157284 #14	ENSGT00390000006493 #15	ENSGT00390000018686 #16	ENSGT00390000003812 #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00940000157048 #19	ENSGT00940000153408.A #20	ENSGT00950000183100.B #21	ENSGT00940000153766.A #22	ENSGT00390000003256 #23	ENSGT00940000161543 #24	ENSGT00940000160761 #25	ENSGT00940000161082 #26	ENSGT00390000000614 #27	ENSGT00940000161321 #28	ENSGT00940000154922.b #29	ENSGT00940000160981 #30	ENSGT00390000001216 #31	ENSGT00940000153954.e #32	ENSGT00400000022158 #33	ENSGT00940000157908 #34	ENSGT00940000161323 #35	ENSGT00940000153244.A #36	ENSGT00940000153954.f #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #8	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #9	ENSGT00490000044373 #10	ENSGT00940000158672 #11	ENSGT00940000157084 #12	ENSGT00390000001121 #13	ENSGT00960000190714	ENSGT00940000157284 #14	ENSGT00390000006493 #15	ENSGT00390000018686 #16	ENSGT00390000003812.h #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00940000157048 #19	ENSGT00940000153408.A #20	ENSGT00950000183100.B #21	ENSGT00940000153766.A #22	ENSGT00390000003256 #23	ENSGT00940000161543 #24	ENSGT00940000160761 #25	ENSGT00940000161082 #26	ENSGT00390000000614 #27	ENSGT00940000161321 #28	ENSGT00940000154922.b #29	ENSGT00940000160981 #30	ENSGT00390000001216 #31	ENSGT00940000153954.e #32	ENSGT00400000022158 #33	ENSGT00940000157908 #34	ENSGT00940000161323 #35	ENSGT00940000153244.A #36	ENSGT00940000153954.f #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #8	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #9	ENSGT00490000044373 #10	ENSGT00940000158672 #11	ENSGT00940000157084 #12	ENSGT00390000001121 #13	ENSGT00960000190714	ENSGT00940000157284 #14	ENSGT00390000006493 #15	ENSGT00390000018686 #16	ENSGT00390000003812.h #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00940000157048 #19	ENSGT00940000153408.A #20	ENSGT00950000183100.B #21	ENSGT00940000153766.A #22	ENSGT00390000003256 #23	ENSGT00940000161543 #24	ENSGT00940000160761 #25	ENSGT00940000161082 #26	ENSGT00390000000614 #27	ENSGT00940000161321 #28	ENSGT00940000154922.b #29	ENSGT00940000160981 #30	ENSGT00390000001216 #31	ENSGT00940000153954.e #32	ENSGT00400000022158 #33	ENSGT00940000157908 #34	ENSGT00940000161323 #35	ENSGT00940000153244.A #36	ENSGT00940000153954.f #37
Squirrel	MODERN SPECIES	76	SLC35B2 (ENSSTOG00000026446) #7	HSP90AB1 (ENSSTOG00000024614) #8	SLC29A1 (ENSSTOG00000003337) #9	MYMX (ENSSTOG00000030271) #10	CAPN11 (ENSSTOG00000003304) #11	TMEM63B (ENSSTOG00000007096) #12	MRPL14 (ENSSTOG00000004549) #13	VEGFA (ENSSTOG00000008877) #14	MRPS18A (ENSSTOG00000004490) #15	RSPH9 (ENSSTOG00000028063) #16	MAD2L1BP (ENSSTOG00000028891) #17	GTPBP2 (ENSSTOG00000021274) #18	POLH (ENSSTOG00000010681) #19	XPO5 (ENSSTOG00000020172) #20	POLR1C (ENSSTOG00000010631) #21	YIPF3 (ENSSTOG00000010624) #22	LRRC73 (ENSSTOG00000010618) #23	TJAP1 (ENSSTOG00000010606) #24	DLK2 (ENSSTOG00000010600) #25	ABCC10 (ENSSTOG00000010566) #26	ENSSTOG00000012280 #27	CRIP3 (ENSSTOG00000024025) #28	SLC22A7 (ENSSTOG00000024272) #29	TTBK1 (ENSSTOG00000014248) #30	DNPH1 (ENSSTOG00000026925) #31	CUL9 (ENSSTOG00000014226) #32	SRF (ENSSTOG00000014222) #33	PTK7 (ENSSTOG00000014198) #34	KLC4 (ENSSTOG00000014183) #35	MRPL2 (ENSSTOG00000023948) #36	CUL7 (ENSSTOG00000009522) #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	25											MAD2L1BP (ENSUPAG00010018636) ##17	GTPBP2 (ENSUPAG00010018626) #18	POLH (ENSUPAG00010018589) #19	XPO5 (ENSUPAG00010018556) #20	POLR1C (ENSUPAG00010018540) #21	YIPF3 (ENSUPAG00010018525) #22	LRRC73 (ENSUPAG00010018517) #23	TJAP1 (ENSUPAG00010018437) #24	DLK2 (ENSUPAG00010018412) #25	ABCC10 (ENSUPAG00010018361) #26	ZNF318 (ENSUPAG00010018340) #27	CRIP3 (ENSUPAG00010018305) #28	SLC22A7 (ENSUPAG00010018280) #29	TTBK1 (ENSUPAG00010018241) #30	DNPH1 (ENSUPAG00010018235) #31	ENSUPAG00010018229 #32	ENSUPAG00010018129 #32	SRF (ENSUPAG00010018113) #33	PTK7 (ENSUPAG00010018092) #34	KLC4 (ENSUPAG00010018084) #35	MRPL2 (ENSUPAG00010018077) #36
Alpin marmot	MODERN SPECIES	20	HSP90AB1 (ENSMMMG00000024577) #8	SLC29A1 (ENSMMMG00000024571) #9	MYMX (ENSMMMG00000024570) #10	CAPN11 (ENSMMMG00000024569) #11	TMEM63B (ENSMMMG00000024568) #12	MRPL14 (ENSMMMG00000024567) #13	ENSMMMG00000024566	VEGFA (ENSMMMG00000024565) #14	MRPS18A (ENSMMMG00000024564) #15	RSPH9 (ENSMMMG00000024563) #16	ENSMMMG00000024562 ##17	GTPBP2 (ENSMMMG00000024561) #18	POLH (ENSMMMG00000024560) #19	XPO5 (ENSMMMG00000024559) #20	POLR1C (ENSMMMG00000024558) #21	YIPF3 (ENSMMMG00000024557) #22	LRRC73 (ENSMMMG00000024556) #23	TJAP1 (ENSMMMG00000024555) #24	DLK2 (ENSMMMG00000024553) #25	ABCC10 (ENSMMMG00000024552) #26	ENSMMMG00000024551	ZNF318 (ENSMMMG00000024550) #27	CRIP3 (ENSMMMG00000024549) #28	SLC22A7 (ENSMMMG00000024548) #29	TTBK1 (ENSMMMG00000024547) #30	DNPH1 (ENSMMMG00000024546) #31	CUL9 (ENSMMMG00000024544) #32	SRF (ENSMMMG00000024543) #33	PTK7 (ENSMMMG00000024542) #34	KLC4 (ENSMMMG00000024541) #35	MRPL2 (ENSMMMG00000024538) #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	HSP90AB1 (ENSSVLG00005004982) #8	SLC29A1 (ENSSVLG00005004999) #9	MYMX (ENSSVLG00005005017) #10	CAPN11 (ENSSVLG00005005041) #11	TMEM63B (ENSSVLG00005005124) #12	MRPL14 (ENSSVLG00005005175) #13	VEGFA (ENSSVLG00005005248) #14	MRPS18A (ENSSVLG00005005389) #15	RSPH9 (ENSSVLG00005005429) #16	MAD2L1BP (ENSSVLG00005005455) #17	ENSSVLG00005005500 #18	POLH (ENSSVLG00005005606) #19	ENSSVLG00005005709	XPO5 (ENSSVLG00005005755) #20	POLR1C (ENSSVLG00005005820) #21	YIPF3 (ENSSVLG00005005873) #22	LRRC73 (ENSSVLG00005005929) #23	TJAP1 (ENSSVLG00005005960) #24	DLK2 (ENSSVLG00005006024) #25	ABCC10 (ENSSVLG00005006073) #26	ZNF318 (ENSSVLG00005006110) #27	CRIP3 (ENSSVLG00005006201) #28	SLC22A7 (ENSSVLG00005006303) #29	TTBK1 (ENSSVLG00005006427) #30	DNPH1 (ENSSVLG00005006570) #31	CUL9 (ENSSVLG00005006664) #32	SRF (ENSSVLG00005006722) #33	PTK7 (ENSSVLG00005006890) #34	KLC4 (ENSSVLG00005007306) #35	MRPL2 (ENSSVLG00005007449) #36	CUL7 (ENSSVLG00005007507) #37
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157927 #7	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #8	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #9	ENSGT00490000044373 #10	ENSGT00940000158672 #11	ENSGT00940000157084 #12	ENSGT00390000001121 #13	ENSGT00940000157284 #14	ENSGT00390000006493 #15	ENSGT00390000018686 #16	ENSGT00390000003812 #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00940000157048 #19	ENSGT00940000153408.A #20	ENSGT00950000183100.B #21	ENSGT00940000153766.A #22	ENSGT00390000003256 #23	ENSGT00940000161543 #24	ENSGT00940000160761 #25	ENSGT00940000161082 #26	ENSGT00390000000614 #27	ENSGT00940000161321 #28	ENSGT00940000154922.b #29	ENSGT00940000160981 #30	ENSGT00390000001216 #31	ENSGT00940000153954.e #32	ENSGT00400000022158 #33	ENSGT00940000157908 #34	ENSGT00940000161323 #35	ENSGT00940000153244.A #36	ENSGT00940000153954.f #37
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	4	SLC35B2 (ENSHGLG00000013337) #7	HSP90AB1 (ENSHGLG00000013490) #8	SLC29A1 (ENSHGLG00000013873) #9	MYMX (ENSHGLG00000014348) #10	ENSHGLG00000034302 #11	TMEM63B (ENSHGLG00000014725) #12	MRPL14 (ENSHGLG00000048124) #13	VEGFA (ENSHGLG00000045954) #14	MRPS18A (ENSHGLG00000014356) #15	RSPH9 (ENSHGLG00000050155) #16	MAD2L1BP (ENSHGLG00000014709) #17	GTPBP2 (ENSHGLG00000014886) #18	POLH (ENSHGLG00000019433) #19	XPO5 (ENSHGLG00000019191) #20	POLR1C (ENSHGLG00000039530) #21	YIPF3 (ENSHGLG00000019245) #22	LRRC73 (ENSHGLG00000019162) #23	TJAP1 (ENSHGLG00000050716) #24	DLK2 (ENSHGLG00000017186) #25	ABCC10 (ENSHGLG00000017199) #26	ZNF318 (ENSHGLG00000017209) #27	CRIP3 (ENSHGLG00000017216) #28	SLC22A7 (ENSHGLG00000019228) #29	TTBK1 (ENSHGLG00000019189) #30	DNPH1 (ENSHGLG00000045212) #31	CUL9 (ENSHGLG00000019373) #32	ENSHGLG00000019183 #33	ENSHGLG00000049441 #34	ENSHGLG00000032903	ENSHGLG00000017195	ZBTB22 (ENSHGLG00000017146)
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159120	ENSGT00940000157927 #7	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #8	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #9	ENSGT00940000158672 #11	ENSGT00940000157084 #12	ENSGT00390000001121 #13	ENSGT00940000157284 #14	ENSGT00390000006493 #15	ENSGT00390000018686 #16	ENSGT00390000003812 #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00940000157048 #19	ENSGT00940000153408.A #20	ENSGT00950000183100.B #21	ENSGT00940000153766.A #22	ENSGT00390000003256 #23	ENSGT00940000161543 #24	ENSGT00940000160761 #25	ENSGT00940000161082 #26	ENSGT00390000000614 #27	ENSGT00940000161321 #28	ENSGT00940000154922.b #29	ENSGT00940000160981 #30	ENSGT00390000001216 #31	ENSGT00940000153954.e #32	ENSGT00400000022158 #33	ENSGT00940000157908 #34	ENSGT00940000161323 #35	ENSGT00940000153244.A #36	ENSGT00940000153954.f #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159120	ENSGT00940000157927 #7	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #8	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #9	ENSGT00940000158672 #11	ENSGT00940000157084 #12	ENSGT00390000001121 #13	ENSGT00940000157284 #14	ENSGT00390000006493 #15	ENSGT00390000018686 #16	ENSGT00390000003812 #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00940000157048 #19	ENSGT00940000153408.A #20	ENSGT00950000183100.B #21	ENSGT00940000153766.A #22	ENSGT00390000003256 #23	ENSGT00940000161543 #24	ENSGT00940000160761 #25	ENSGT00940000161082 #26	ENSGT00390000000614 #27	ENSGT00940000161321 #28	ENSGT00940000154922.b #29	ENSGT00940000160981 #30	ENSGT00390000001216 #31	ENSGT00940000153954.e #32	ENSGT00400000022158 #33	ENSGT00940000157908 #34	ENSGT00940000161323 #35	ENSGT00940000153244.A #36	ENSGT00940000153954.f #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	144	NFKBIE (ENSCLAG00000011710)	SLC35B2 (ENSCLAG00000010878) #7	HSP90AB1 (ENSCLAG00000015740) #8	SLC29A1 (ENSCLAG00000010529) #9	CAPN11 (ENSCLAG00000013084) #11	TMEM63B (ENSCLAG00000014238) #12	MRPL14 (ENSCLAG00000016855) #13	ENSCLAG00000014201 #14	MRPS18A (ENSCLAG00000012929) #15	RSPH9 (ENSCLAG00000012706) #16	MAD2L1BP (ENSCLAG00000011121) #17	GTPBP2 (ENSCLAG00000010271) #18	POLH (ENSCLAG00000010068) #19	XPO5 (ENSCLAG00000009723) #20	POLR1C (ENSCLAG00000009266) #21	YIPF3 (ENSCLAG00000015747) #22	LRRC73 (ENSCLAG00000015757) #23	TJAP1 (ENSCLAG00000009058) #24	DLK2 (ENSCLAG00000012976) #25	ABCC10 (ENSCLAG00000012360) #26	ZNF318 (ENSCLAG00000009156) #27	CRIP3 (ENSCLAG00000010491) #28	SLC22A7 (ENSCLAG00000009201) #29	TTBK1 (ENSCLAG00000012525) #30	DNPH1 (ENSCLAG00000011315) #31	CUL9 (ENSCLAG00000013036) #32	SRF (ENSCLAG00000010541) #33	PTK7 (ENSCLAG00000011720) #34	KLC4 (ENSCLAG00000012910) #35	MRPL2 (ENSCLAG00000011117) #36	CUL7 (ENSCLAG00000009633) #37
Degu	MODERN SPECIES	46	NFKBIE (ENSODEG00000015243)	SLC35B2 (ENSODEG00000015458) #7	ENSODEG00000015488 ##8	ENSODEG00000015863	CAPN11 (ENSODEG00000015728) #11	TMEM63B (ENSODEG00000015474) #12	MRPL14 (ENSODEG00000015718) #13	ENSODEG00000016904 #14	MRPS18A (ENSODEG00000015388) #15	RSPH9 (ENSODEG00000015426) #16	MAD2L1BP (ENSODEG00000015761) #17	GTPBP2 (ENSODEG00000015979) #18	POLH (ENSODEG00000015994) #19	XPO5 (ENSODEG00000017078) #20	ENSODEG00000015831 #21	YIPF3 (ENSODEG00000016177) #22	LRRC73 (ENSODEG00000015609) #23	TJAP1 (ENSODEG00000016503) #24	DLK2 (ENSODEG00000015810) #25	ABCC10 (ENSODEG00000016331) #26	ZNF318 (ENSODEG00000015646) #27	ENSODEG00000020345	CRIP3 (ENSODEG00000015500) #28	SLC22A7 (ENSODEG00000016284) #29	ENSODEG00000015919 #30	DNPH1 (ENSODEG00000015708) #31	CUL9 (ENSODEG00000016007) #32	SRF (ENSODEG00000016147) #33	PTK7 (ENSODEG00000015717) #34	KLC4 (ENSODEG00000016341) #35	MRPL2 (ENSODEG00000015619) #36
Guinea pig	MODERN SPECIES	15	NFKBIE (ENSCPOG00000020455)	SLC35B2 (ENSCPOG00000032240) #7	HSP90AB1 (ENSCPOG00000003887) #8	SLC29A1 (ENSCPOG00000005137) #9	CAPN11 (ENSCPOG00000020426) #11	TMEM63B (ENSCPOG00000026287) #12	MRPL14 (ENSCPOG00000031064) #13	ENSCPOG00000013559 #14	MRPS18A (ENSCPOG00000022949) #15	RSPH9 (ENSCPOG00000020076) #16	MAD2L1BP (ENSCPOG00000036430) #17	GTPBP2 (ENSCPOG00000026957) #18	POLH (ENSCPOG00000013907) #19	XPO5 (ENSCPOG00000009917) #20	POLR1C (ENSCPOG00000038098) #21	YIPF3 (ENSCPOG00000009908) #22	LRRC73 (ENSCPOG00000024689) #23	TJAP1 (ENSCPOG00000009903) #24	DLK2 (ENSCPOG00000037284) #25	ABCC10 (ENSCPOG00000009891) #26	ZNF318 (ENSCPOG00000009884) #27	CRIP3 (ENSCPOG00000025292) #28	SLC22A7 (ENSCPOG00000012952) #29	TTBK1 (ENSCPOG00000039436) #30	DNPH1 (ENSCPOG00000025216) #31	CUL9 (ENSCPOG00000003615) #32	SRF (ENSCPOG00000022327) #33	PTK7 (ENSCPOG00000003045) #34	KLC4 (ENSCPOG00000000230) #35	MRPL2 (ENSCPOG00000024326) #36	CUL7 (ENSCPOG00000008848) #37