Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Rat DUPLICATION Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 14 Dlx6 (ENSRNOG00000063630) ENSRNOG00000068262 Dlx5 (ENSRNOG00000010905) Sdhaf3 (ENSRNOG00000011283) Asns (ENSRNOG00000007546) Polr1d-ps1 (ENSRNOG00000065557) C1galt1 (ENSRNOG00000007804) Col28a1 (ENSRNOG00000033618) Mios (ENSRNOG00000007924) Rpa3 (ENSRNOG00000008309) Glcci1 (ENSRNOG00000008524) Ica1 (ENSRNOG00000008628) Nxph1 (ENSRNOG00000008939) Rps4x-ps9 (ENSRNOG00000029574) LOC500028 (ENSRNOG00000008962) ENSRNOG00000065391 #22 LOC680964 (ENSRNOG00000047566) ENSRNOG00000066267 Ndufa4 (ENSRNOG00000005512) Phf14 (ENSRNOG00000005775) Thsd7a (ENSRNOG00000030151) ENSRNOG00000068666 ENSRNOG00000069963 Tmem106b (ENSRNOG00000006206) Vwde (ENSRNOG00000024709) AABR07059877.1 (ENSRNOG00000039626) Tas2r7l (ENSRNOG00000024685) ENSRNOG00000064825 LOC100911252 (ENSRNOG00000062896) Tmem168 (ENSRNOG00000057290) Bmt2 (ENSRNOG00000007224) Rat MODERN SPECIES 14 Clec4d (ENSRNOG00000067848) Clec6a-ps1 (ENSRNOG00000010057) Clec4b2 (ENSRNOG00000027655) Clec4a (ENSRNOG00000010045) Clec4a2 (ENSRNOG00000030012) Clec4a3 (ENSRNOG00000010018) Clec4a1 (ENSRNOG00000042139) ENSRNOG00000030870 Necap1 (ENSRNOG00000009236) RGD1563551 (ENSRNOG00000068644) C3ar1 (ENSRNOG00000009211) Foxj2 (ENSRNOG00000009000) Slc2a3 (ENSRNOG00000008376) Nanog (ENSRNOG00000008368) ENSRNOG00000064705 ENSRNOG00000065131 #22 Gdf3 (ENSRNOG00000015331) Dppa3 (ENSRNOG00000022950) Apobec1 (ENSRNOG00000015411) Aicda (ENSRNOG00000015478) Mfap5 (ENSRNOG00000015505) Rimklb (ENSRNOG00000064238) Phc1 (ENSRNOG00000015191) M6pr (ENSRNOG00000014992) Klrg1 (ENSRNOG00000014918) Cpamd8 (ENSRNOG00000065350) Mug2 (ENSRNOG00000065574) Mug1 (ENSRNOG00000067685) LOC297568 (ENSRNOG00000070375) A2m (ENSRNOG00000028896) Iqsec3 (ENSRNOG00000014083) Rat MODERN SPECIES 14 ENSRNOG00000065775 RGD1564712 (ENSRNOG00000043158) Npy (ENSRNOG00000046449) Pals2 (ENSRNOG00000021579) Gsdme (ENSRNOG00000009970) Osbpl3 (ENSRNOG00000010011) AC113910.1 (ENSRNOG00000033274) Cycs-ps9 (ENSRNOG00000010452) LOC500124 (ENSRNOG00000010594) Npvf (ENSRNOG00000010806) ENSRNOG00000062862 Cux1-ps1 (ENSRNOG00000065301) Nfe2l3 (ENSRNOG00000010886) Hnrnpa2b1 (ENSRNOG00000011175) Cbx3 (ENSRNOG00000011814) AABR07060577.1 (ENSRNOG00000015328) #22 Snx10 (ENSRNOG00000011944) ENSRNOG00000064847 Skap2 (ENSRNOG00000012228) Hoxa1 (ENSRNOG00000005628) Hoxa2 (ENSRNOG00000005968) Hoxa3 (ENSRNOG00000006281) Hoxa4 (ENSRNOG00000027365) LOC103692127 (ENSRNOG00000047951) LOC100911511 (ENSRNOG00000048917) Hoxa7 (ENSRNOG00000046361) Hoxa9 (ENSRNOG00000064322) LOC100911668 (ENSRNOG00000065199) Hoxa11 (ENSRNOG00000059870) Hoxa11-as (ENSRNOG00000050564) Hoxa13 (ENSRNOG00000057061) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Golden Hamster MODERN SPECIES 869 Clec1b (ENSMAUG00000017334) Clec9a (ENSMAUG00000017304) Clec1a (ENSMAUG00000009798) Clec7a (ENSMAUG00000009835) ENSMAUG00000012697 Tmem52b (ENSMAUG00000011688) Gabarapl1 (ENSMAUG00000009080) Klre1 (ENSMAUG00000008490) Klrd1 (ENSMAUG00000015760) Klrk1 (ENSMAUG00000002635) ENSMAUG00000006550 Klrc1 (ENSMAUG00000014060) ENSMAUG00000005190 ENSMAUG00000001962 ENSMAUG00000004046 ENSMAUG00000000486 #22 ENSMAUG00000014803 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Mpp7 (ENSPEMG00000019604) ENSPEMG00000025891 ENSPEMG00000025783 ENSPEMG00000025246 ENSPEMG00000028982 Fzd8 (ENSPEMG00000019393) Gjd4 (ENSPEMG00000019387) Ccny (ENSPEMG00000011106) ENSPEMG00000029993 ENSPEMG00000014994 Itgb1 (ENSPEMG00000011120) Nrp1 (ENSPEMG00000017771) Pard3 (ENSPEMG00000007876) ENSPEMG00000024328 Rbm34 (ENSPEMG00000000265) Tomm20 (ENSPEMG00000011555) #22 Irf2bp2 (ENSPEMG00000030068) Tarbp1 (ENSPEMG00000006888) Coa6 (ENSPEMG00000011207) Slc35f3 (ENSPEMG00000010485) Kcnk1 (ENSPEMG00000026612) Map3k21 (ENSPEMG00000018415) Pcnx2 (ENSPEMG00000018455) ENSPEMG00000018134 Map10 (ENSPEMG00000027554) Sipa1l2 (ENSPEMG00000010643) Disc1 (ENSPEMG00000016648) Tsnax (ENSPEMG00000028815) Egln1 (ENSPEMG00000003824) Sprtn (ENSPEMG00000013722) Exoc8 (ENSPEMG00000007121) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 10 ENSHGLG00000001392 EXTL2 (ENSHGLG00000047823) SLC30A7 (ENSHGLG00000001503) DPH5 (ENSHGLG00000001639) ENSHGLG00000037805 S1PR1 (ENSHGLG00000035961) OLFM3 (ENSHGLG00000036982) ENSHGLG00000000829 ENSHGLG00000001660 ENSHGLG00000037669 ENSHGLG00000001708 ENSHGLG00000043012 ENSHGLG00000001774 ENSHGLG00000000096 ENSHGLG00000048203 ENSHGLG00000035781 #22 ENSHGLG00000014611 ENSHGLG00000040847 ENSHGLG00000041911 PRMT6 (ENSHGLG00000009142) ENSHGLG00000014793 ENSHGLG00000004961 VAV3 (ENSHGLG00000007646) ENSHGLG00000005383 SLC25A24 (ENSHGLG00000006802) EEIG2 (ENSHGLG00000010279) ENSHGLG00000013096 ENSHGLG00000032993 PRPF38B (ENSHGLG00000016583) FNDC7 (ENSHGLG00000017720) STXBP3 (ENSHGLG00000017668) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 7 ENSHGLG00000020198 ENSHGLG00000000456 ENSHGLG00000050232 ENSHGLG00000000376 ENSHGLG00000044002 ENSHGLG00000019736 ENSHGLG00000000433 ENSHGLG00000000477 ENSHGLG00000000505 ENSHGLG00000041760 RASGEF1A (ENSHGLG00000000157) ENSHGLG00000049285 ENSHGLG00000049491 ENSHGLG00000043153 ZNF239 (ENSHGLG00000050968) ENSHGLG00000000224 #22 ENSHGLG00000049509 ENSHGLG00000019761 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 16 ENSSVLG00005014490 MAS1 (ENSSVLG00005014545) ENSSVLG00005014568 MRPL18 (ENSSVLG00005014946) ENSSVLG00005015024 ENSSVLG00005015119 ACAT2 (ENSSVLG00005015487) ENSSVLG00005015534 ENSSVLG00005015666 ENSSVLG00005015820 FNDC1 (ENSSVLG00005015913) TAGAP (ENSSVLG00005016286) RSPH3 (ENSSVLG00005016457) EZR (ENSSVLG00005016672) SYTL3 (ENSSVLG00005016826) ENSSVLG00005017151 #22 DYNLT1 (ENSSVLG00005017209) TMEM181 (ENSSVLG00005017253) TULP4 (ENSSVLG00005017496) GTF2H5 (ENSSVLG00005017847) ENSSVLG00005017883 SERAC1 (ENSSVLG00005017957) SYNJ2 (ENSSVLG00005018380) SNX9 (ENSSVLG00005018666) ZDHHC14 (ENSSVLG00005018722) TMEM242 (ENSSVLG00005018773) ARID1B (ENSSVLG00005018938) ENSSVLG00005019380 ENSSVLG00005019405 NOX3 (ENSSVLG00005019493) TFB1M (ENSSVLG00005019605) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Squirrel MODERN SPECIES 118 FBXO4 (ENSSTOG00000021819) RIMOC1 (ENSSTOG00000008291) ENSSTOG00000008271 PLCXD3 (ENSSTOG00000008266) C6 (ENSSTOG00000008232) MROH2B (ENSSTOG00000008175) C7 (ENSSTOG00000019606) CARD6 (ENSSTOG00000027851) ENSSTOG00000033844 PRKAA1 (ENSSTOG00000008118) TTC33 (ENSSTOG00000025089) PTGER4 (ENSSTOG00000024710) ENSSTOG00000028948 DAB2 (ENSSTOG00000002461) C9 (ENSSTOG00000002454) ENSSTOG00000028890 #22 RICTOR (ENSSTOG00000005716) OSMR (ENSSTOG00000005685) LIFR (ENSSTOG00000012582) EGFLAM (ENSSTOG00000012561) ENSSTOG00000032013 GDNF (ENSSTOG00000028754) WDR70 (ENSSTOG00000005031) NUP155 (ENSSTOG00000015151) CPLANE1 (ENSSTOG00000015341) NIPBL (ENSSTOG00000014981) SLC1A3 (ENSSTOG00000015072) RANBP3L (ENSSTOG00000002767) NADK2 (ENSSTOG00000002754) SKP2 (ENSSTOG00000002739) LMBRD2 (ENSSTOG00000002718) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 102 ENSGT00940000156318 ENSGT00940000156359 ENSGT01100000263497.A ENSGT00940000156562 ENSGT00530000063405.a ENSGT00940000153498.A ENSGT00940000158149 ENSGT00390000011249 ENSGT00390000011698.c.a.c.a ##22 ENSGT00390000011698.c.a.d #22 ENSGT00940000160591.b ENSGT00390000003939 ENSGT00390000004094 ENSGT00390000008727.a.a ENSGT00940000155293.a.a ENSGT00940000159629 ENSGT00940000157374 ENSGT00390000018683 ENSGT00390000008459 ENSGT00940000157388 ENSGT00390000006176 ENSGT00940000153568.A ENSGT00940000155704 ENSGT00390000003585 ENSGT00520000055570.B Pika MODERN SPECIES 1347 ARID4B (ENSOPRG00000013949) RBM34 (ENSOPRG00000013930) TOMM20 (ENSOPRG00000013908) #22 ENSOPRG00000013891 TARBP1 (ENSOPRG00000013822) COA6 (ENSOPRG00000013804) SLC35F3 (ENSOPRG00000013789) KCNK1 (ENSOPRG00000013778) Tree shrew MODERN SPECIES 3040 ENSTBEG00000004420 GGPS1 (ENSTBEG00000004293) ARID4B (ENSTBEG00000003961) ENSTBEG00000003827 #22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Mouse lemur MODERN SPECIES 1 SPTLC1 (ENSMICG00000004405) ROR2 (ENSMICG00000013912) ENSMICG00000026732 AUH (ENSMICG00000045646) SYK (ENSMICG00000000066) DIRAS2 (ENSMICG00000041921) ENSMICG00000036910 ENSMICG00000029651 #22 GADD45G (ENSMICG00000030733) SEMA4D (ENSMICG00000001178) SECISBP2 (ENSMICG00000001176) CKS2 (ENSMICG00000043815) SHC3 (ENSMICG00000036874) NXNL2 (ENSMICG00000045442) SPIN1 (ENSMICG00000048058) ENSMICG00000029452 ENSMICG00000011445 PHF2 (ENSMICG00000011463) BARX1 (ENSMICG00000045287) PTPDC1 (ENSMICG00000006876) ZNF169 (ENSMICG00000003159) ENSMICG00000003697 CDK20 (ENSMICG00000002945) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Vervet Monkey MODERN SPECIES 17 RYR2 (ENSCSAG00000009677) MTR (ENSCSAG00000009702) ACTN2 (ENSCSAG00000009716) HEATR1 (ENSCSAG00000009731) LGALS8 (ENSCSAG00000009741) EDARADD (ENSCSAG00000009746) ERO1B (ENSCSAG00000009755) GPR137B (ENSCSAG00000009761) NID1 (ENSCSAG00000009768) LYST (ENSCSAG00000009998) GNG4 (ENSCSAG00000010055) B3GALNT2 (ENSCSAG00000010061) TBCE (ENSCSAG00000010064) ARID4B (ENSCSAG00000010069) RBM34 (ENSCSAG00000010079) ENSCSAG00000010083 #22 IRF2BP2 (ENSCSAG00000010085) TARBP1 (ENSCSAG00000010100) COA6 (ENSCSAG00000010108) SLC35F3 (ENSCSAG00000010114) ENSCSAG00000019369 KCNK1 (ENSCSAG00000010120) ENSCSAG00000019368 MAP3K21 (ENSCSAG00000010168) ENSCSAG00000010186 ENSCSAG00000010192 NTPCR (ENSCSAG00000010197) MAP10 (ENSCSAG00000019367) SIPA1L2 (ENSCSAG00000010209) DISC1 (ENSCSAG00000010261) TSNAX (ENSCSAG00000010285) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011698.c.a.d #22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000153253.b.a.g.h.b ENSGT00940000154303.C.g.b ENSGT00940000154173.A.a.c.a.b ENSGT00940000153594.d.j ENSGT01100000263482.A.b ENSGT01100000263482.E ENSGT00940000159212.a ENSGT00940000156014 ENSGT00940000154823 ENSGT00510000047059.l ENSGT00390000008135.lb.a ENSGT00940000153883.b ENSGT00940000154540.a.o ENSGT00940000161327 ENSGT00940000154540.a.n.a ENSGT00390000011698.c.a.d #22 ENSGT00940000161033.d ENSGT00940000154540.a.n.b ENSGT00390000006030.d.a.b ENSGT00390000014189 ENSGT00950000183122.B ENSGT00390000001752.y.a.b ENSGT00940000162960.B ENSGT00940000164280 ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000163252.d ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a ENSGT00940000154251.A.a.a.b ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a ENSGT00390000008072.e.b ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161467 ENSGT00940000155974.j ENSGT00940000153253.b.a.g.h.b ENSGT00940000154303.C.g.b ENSGT00940000154173.A.a.c.a.b.a.a.a.a.b.a.a.a ENSGT00390000008135.lb.b ENSGT00510000047059.l.j ENSGT00940000159212.a ENSGT00940000156014 ENSGT00940000154823 ENSGT00390000008135.lb.a.b ENSGT00940000153883.b ENSGT00940000154540.a.o ENSGT00940000161327 ENSGT00940000154540.a.n.a ENSGT00390000011698.c.a.d #22 ENSGT00940000161033.d ENSGT00940000154540.a.n.b ENSGT00390000006030.d.a.b ENSGT00390000014189 ENSGT00950000183122.B ENSGT00390000001752.y.a.b ENSGT00940000162960.B ENSGT00940000164280 ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000163252.d ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a ENSGT00940000154251.A.a.a.b ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a ENSGT00390000008072.e.b ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a.b Pan ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000008135.lb.a.b ENSGT00940000153883.b ENSGT00940000154540.a.o ENSGT00940000161327 ENSGT00940000154540.a.n.a ENSGT00390000011698.c.a.d #22 ENSGT00940000161033.d ENSGT00940000154540.a.n.b.a ENSGT00390000006030.d.a.b.g ENSGT00390000014189 ENSGT00950000183122.B ENSGT00940000154251.A.b.b.a.b.a.a ENSGT01100000263507.E.b.b.c.a ENSGT00910000146915 ENSGT01030000234556.a.b.a.z ENSGT00940000164280 ENSGT00940000160467.l ENSGT00940000163252.d ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a ENSGT00940000154251.A.a.a.b ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a Bonobo MODERN SPECIES 20 ENSPPAG00000039313 FKBP6 (ENSPPAG00000041543) ENSPPAG00000040271 NSUN5 (ENSPPAG00000037296) POM121C (ENSPPAG00000035208) CALN1 (ENSPPAG00000033319) GALNT17 (ENSPPAG00000000822) AUTS2 (ENSPPAG00000037189) ENSPPAG00000040155 ENSPPAG00000007406 ENSPPAG00000043889 TMEM248 (ENSPPAG00000041425) RABGEF1 (ENSPPAG00000041294) KCTD7 (ENSPPAG00000034457) ENSPPAG00000034675 ENSPPAG00000029404 #22 ENSPPAG00000039731 ENSPPAG00000033663 TPST1 (ENSPPAG00000003699) CRCP (ENSPPAG00000030427) ASL (ENSPPAG00000039879) ENSPPAG00000028598 GUSB (ENSPPAG00000023698) ENSPPAG00000042346 ENSPPAG00000039958 ENSPPAG00000034318 ENSPPAG00000036990 ENSPPAG00000033998 ENSPPAG00000039306 ENSPPAG00000036473 ENSPPAG00000035687 Chimpanzee MODERN SPECIES 20 ENSPTRG00000046425 ENSPTRG00000045282 ENSPTRG00000051527 ENSPTRG00000049099 ENSPTRG00000046400 ENSPTRG00000052499 ENSPTRG00000047764 GALNT17 (ENSPTRG00000019262) AUTS2 (ENSPTRG00000019260) ENSPTRG00000044826 ENSPTRG00000042902 SBDS (ENSPTRG00000019254) TMEM248 (ENSPTRG00000019253) RABGEF1 (ENSPTRG00000019251) ENSPTRG00000047918 ENSPTRG00000046330 #22 ENSPTRG00000019250 ENSPTRG00000052637 TPST1 (ENSPTRG00000019247) CRCP (ENSPTRG00000046581) ASL (ENSPTRG00000019245) ENSPTRG00000043045 GUSB (ENSPTRG00000019244) ENSPTRG00000051007 ENSPTRG00000052536 ENSPTRG00000043078 ENSPTRG00000050358 ENSPTRG00000052238 ENSPTRG00000044344 ENSPTRG00000050257 ZNF92 (ENSPTRG00000019240) Gorilla MODERN SPECIES 20 ENSGGOG00000009070 BAZ1B (ENSGGOG00000016557) FZD9 (ENSGGOG00000016553) FKBP6 (ENSGGOG00000015753) TRIM50 (ENSGGOG00000015750) ENSGGOG00000037093 CALN1 (ENSGGOG00000038999) GALNT17 (ENSGGOG00000005815) AUTS2 (ENSGGOG00000011797) TYW1 (ENSGGOG00000001473) ENSGGOG00000001472 TMEM248 (ENSGGOG00000022776) RABGEF1 (ENSGGOG00000010317) KCTD7 (ENSGGOG00000014536) ENSGGOG00000037537 ENSGGOG00000037390 #22 ENSGGOG00000041759 ENSGGOG00000016242 ENSGGOG00000025422 ENSGGOG00000026241 TPST1 (ENSGGOG00000024216) CRCP (ENSGGOG00000039733) ASL (ENSGGOG00000007222) GUSB (ENSGGOG00000007902) ENSGGOG00000014185 ENSGGOG00000040753 ENSGGOG00000001751 ENSGGOG00000015983 ENSGGOG00000037087 ZNF138 (ENSGGOG00000008932) ZNF107 (ENSGGOG00000039417)