Euteleostomi	DUPLICATION
Euteleostomi	DUPLICATION
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Theria	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222912	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00940000165061	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
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Boreoeutheria	DUPLICATION
Boreoeutheria	DUPLICATION
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Primates	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.b.a #27	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a ##28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35
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Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.b.a #27	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a ##28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00910000147670	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.b.a.b.a #27	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a ##28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00910000147670	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.b.a.b.a #27	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00910000147670	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.b.a.b.a #27	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Drill	DUPLICATION
Drill	MODERN SPECIES	1534	LRG1 (ENSMLEG00000039522) #7	SEMA6B (ENSMLEG00000044162) #8	MYDGF (ENSMLEG00000035052) #9	DPP9 (ENSMLEG00000038585) #10	FEM1A (ENSMLEG00000027893) #11	TICAM1 (ENSMLEG00000038663) #12	PLIN3 (ENSMLEG00000032626) #13	ARRDC5 (ENSMLEG00000028188) #14	UHRF1 (ENSMLEG00000035319) #15	KDM4B (ENSMLEG00000034336) #16	PTPRS (ENSMLEG00000001366) #17	SAFB2 (ENSMLEG00000034562) #18	SAFB (ENSMLEG00000038637) #19	MICOS13 (ENSMLEG00000029750) #20	HSD11B1L (ENSMLEG00000034487) #21	RPL36 (ENSMLEG00000040908) #22	LONP1 (ENSMLEG00000039601) #23	CATSPERD (ENSMLEG00000031145) #24	PRR22 (ENSMLEG00000035921) #25	DUS3L (ENSMLEG00000043222) #26	ENSMLEG00000036792 #27	FUT3 (ENSMLEG00000037551) #28	NDUFA11 (ENSMLEG00000028488) #29	VMAC (ENSMLEG00000041920) #30	CAPS (ENSMLEG00000036098) #31	RANBP3 (ENSMLEG00000028374) #32	RFX2 (ENSMLEG00000025063) #33	ACSBG2 (ENSMLEG00000021100) #34	MLLT1 (ENSMLEG00000034524) #35	ACER1 (ENSMLEG00000042127) #36	CLPP (ENSMLEG00000022592) #37
Drill	MODERN SPECIES	1535	ZDHHC6 (ENSMLEG00000037283)	ACSL5 (ENSMLEG00000037635)	TECTB (ENSMLEG00000035432)	GPAM (ENSMLEG00000030336)	ADRA2A (ENSMLEG00000035045)	SHOC2 (ENSMLEG00000037364)	BBIP1 (ENSMLEG00000012412)	PDCD4 (ENSMLEG00000035966)	RBM20 (ENSMLEG00000029981)	SMC3 (ENSMLEG00000043852)	DUSP5 (ENSMLEG00000028721)	SMNDC1 (ENSMLEG00000040236)	MXI1 (ENSMLEG00000040226)	ADD3 (ENSMLEG00000028381)	XPNPEP1 (ENSMLEG00000039947)	ENSMLEG00000027974 ##22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	177	MYDGF (ENSCATG00000032287) #9	DPP9 (ENSCATG00000020009) #10	FEM1A (ENSCATG00000018011) #11	TICAM1 (ENSCATG00000038098) #12	PLIN3 (ENSCATG00000040496) #13	ARRDC5 (ENSCATG00000038386) #14	UHRF1 (ENSCATG00000032110) #15	KDM4B (ENSCATG00000041015) #16	PTPRS (ENSCATG00000042727) #17	TINCR (ENSCATG00000040420)	SAFB2 (ENSCATG00000039497) #18	SAFB (ENSCATG00000029994) #19	ENSCATG00000014937	MICOS13 (ENSCATG00000018927) #20	HSD11B1L (ENSCATG00000029572) #21	RPL36 (ENSCATG00000032940) #22	LONP1 (ENSCATG00000040763) #23	CATSPERD (ENSCATG00000039925) #24	PRR22 (ENSCATG00000033772) #25	DUS3L (ENSCATG00000040809) #26	NRTN (ENSCATG00000038604)	ENSCATG00000040267 #27	ENSCATG00000040235 #28	ENSCATG00000041060 #29	VMAC (ENSCATG00000041336) #30	CAPS (ENSCATG00000030192) #31	RANBP3 (ENSCATG00000044346) #32	RFX2 (ENSCATG00000040945) #33	ACSBG2 (ENSCATG00000033762) #34	MLLT1 (ENSCATG00000036992) #35	ACER1 (ENSCATG00000026770) #36
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00910000147670	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.b.a.b.a #27	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a ##28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	204	PACC1 (ENSMNEG00000040751)	NENF (ENSMNEG00000036836)	ATF3 (ENSMNEG00000044528)	BATF3 (ENSMNEG00000012965)	ENSMNEG00000021942	NSL1 (ENSMNEG00000034616)	TATDN3 (ENSMNEG00000033507)	FLVCR1 (ENSMNEG00000029472)	VASH2 (ENSMNEG00000020215)	ANGEL2 (ENSMNEG00000027131)	RPS6KC1 (ENSMNEG00000029897)	PROX1 (ENSMNEG00000031336)	SMYD2 (ENSMNEG00000037770)	PTPN14 (ENSMNEG00000029573)	CENPF (ENSMNEG00000040232)	ENSMNEG00000001691 #22	ENSMNEG00000000754	KCNK2 (ENSMNEG00000035782)	KCTD3 (ENSMNEG00000029482)	USH2A (ENSMNEG00000030217)	ESRRG (ENSMNEG00000042999)	GPATCH2 (ENSMNEG00000034969)	SPATA17 (ENSMNEG00000039678)	RRP15 (ENSMNEG00000044170)	TGFB2 (ENSMNEG00000043377)	LYPLAL1 (ENSMNEG00000028805)	ENSMNEG00000012078	SLC30A10 (ENSMNEG00000032165)	EPRS1 (ENSMNEG00000023887)	BPNT1 (ENSMNEG00000038467)	IARS2 (ENSMNEG00000038908)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT01100000263539.b.a.a.a.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01100000263539.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a ##28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT01100000263508.A.d.e.a.b	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
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Crab-eating macaque	DUPLICATION
Crab-eating macaque	DUPLICATION
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Golden snub-nosed monkey	DUPLICATION
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Black snub-nosed monkey	DUPLICATION
Black snub-nosed monkey	DUPLICATION
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Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	778											ENSRBIG00000037243	ADAM18 (ENSRBIG00000033665)	ADAM2 (ENSRBIG00000001541)	IDO1 (ENSRBIG00000031329)	IDO2 (ENSRBIG00000038872)	ENSRBIG00000001639 #22	TCIM (ENSRBIG00000027643)	ZMAT4 (ENSRBIG00000031887)	SFRP1 (ENSRBIG00000032313)	GOLGA7 (ENSRBIG00000039536)	GINS4 (ENSRBIG00000027166)	GPAT4 (ENSRBIG00000040482)	NKX6-3 (ENSRBIG00000031967)	ANK1 (ENSRBIG00000042414)	KAT6A (ENSRBIG00000034904)
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Gibbon	MODERN SPECIES	7	SEMA6B (ENSNLEG00000013327) #8	ENSNLEG00000013330	ENSNLEG00000013332 #9	DPP9 (ENSNLEG00000013372) #10	ENSNLEG00000036057	TICAM1 (ENSNLEG00000013388) #12	PLIN3 (ENSNLEG00000013389) #13	ARRDC5 (ENSNLEG00000027674) #14	ENSNLEG00000013406 #15	KDM4B (ENSNLEG00000013428) #16	PTPRS (ENSNLEG00000013443) #17	SAFB2 (ENSNLEG00000013514) #18	SAFB (ENSNLEG00000013551) #19	ENSNLEG00000013676 #20	HSD11B1L (ENSNLEG00000013681) #21	RPL36 (ENSNLEG00000013689) #22	ENSNLEG00000013700 #23	CATSPERD (ENSNLEG00000013718) #24	ENSNLEG00000013730 #25	DUS3L (ENSNLEG00000013734) #26	NRTN (ENSNLEG00000013785)	ENSNLEG00000034850 #29	ENSNLEG00000013795 #30	ENSNLEG00000003385	ENSNLEG00000030217	ENSNLEG00000003143	ENSNLEG00000034480	ENSNLEG00000003119	ENSNLEG00000034044	ENSNLEG00000031845	KPTN (ENSNLEG00000003092)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.a.b ##28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a ##28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35
Orangutan	MODERN SPECIES	10	MYDGF (ENSPPYG00000009414) #9	DPP9 (ENSPPYG00000009415) #10	FEM1A (ENSPPYG00000009417) #11	TICAM1 (ENSPPYG00000009418) #12	PLIN3 (ENSPPYG00000009419) #13	ARRDC5 (ENSPPYG00000009420) #14	UHRF1 (ENSPPYG00000009422) #15	KDM4B (ENSPPYG00000009423) #16	PTPRS (ENSPPYG00000009424) #17	ZNRF4 (ENSPPYG00000009425)	TINCR-LIKE (ENSPPYG00000030128)	SAFB2 (ENSPPYG00000009427) #18	SAFB (ENSPPYG00000009428) #19	ENSPPYG00000009429 #20	HSD11B1L (ENSPPYG00000009430) #21	RPL36 (ENSPPYG00000009431) #22	LONP1 (ENSPPYG00000009432) #23	CATSPERD (ENSPPYG00000009433) #24	PRR22 (ENSPPYG00000009434) #25	DUS3L (ENSPPYG00000009435) #26	NRTN (ENSPPYG00000009436)	FUT6 (ENSPPYG00000009437) ##28	FUT5 (ENSPPYG00000009438) ##28	ENSPPYG00000030201 #29	ENSPPYG00000036062 #31	RANBP3 (ENSPPYG00000009444) #32	RFX2 (ENSPPYG00000009445) #33	ACSBG2 (ENSPPYG00000009446) #34	MLLT1 (ENSPPYG00000009447) #35	ACER1 (ENSPPYG00000009448) #36	CLPP (ENSPPYG00000009449) #37
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210.c #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000012818.o.b	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.a.b ##28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a ##28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35
Gorilla	MODERN SPECIES	10	DPP9 (ENSGGOG00000002848) #10	FEM1A (ENSGGOG00000008707) #11	ENSGGOG00000006675 #12	PLIN3 (ENSGGOG00000015057) #13	ARRDC5 (ENSGGOG00000028284) #14	UHRF1 (ENSGGOG00000004610) #15	KDM4B (ENSGGOG00000009769) #16	PTPRS (ENSGGOG00000008094) #17	ZNRF4 (ENSGGOG00000002709)	ENSGGOG00000037778	ENSGGOG00000042820	SAFB2 (ENSGGOG00000015093) #18	SAFB (ENSGGOG00000015109) #19	ENSGGOG00000011081 #20	HSD11B1L (ENSGGOG00000015362) #21	RPL36 (ENSGGOG00000015365) #22	LONP1 (ENSGGOG00000015370) #23	CATSPERD (ENSGGOG00000015377) #24	PRR22 (ENSGGOG00000005789) #25	DUS3L (ENSGGOG00000027433) #26	NRTN (ENSGGOG00000006255)	FUT6 (ENSGGOG00000006260) ##28	FUT3 (ENSGGOG00000006272) #28	FUT5 (ENSGGOG00000006269) ##28	NDUFA11 (ENSGGOG00000006279) #29	VMAC (ENSGGOG00000038181) #30	ENSGGOG00000006292 #31	RANBP3 (ENSGGOG00000006300) #32	RFX2 (ENSGGOG00000009633) #33	ACSBG2 (ENSGGOG00000026850) #34	MLLT1 (ENSGGOG00000010872) #35
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210.c #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000012818.o.b	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.a.b ##28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a ##28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35
Human	MODERN SPECIES	10	SEMA6B (ENSG00000167680) #8	TNFAIP8L1 (ENSG00000185361)	MYDGF (ENSG00000074842) #9	DPP9 (ENSG00000142002) #10	FEM1A (ENSG00000141965) #11	TICAM1 (ENSG00000127666) #12	PLIN3 (ENSG00000105355) #13	ARRDC5 (ENSG00000205784) #14	UHRF1 (ENSG00000276043) #15	KDM4B (ENSG00000127663) #16	PTPRS (ENSG00000105426) #17	ZNRF4 (ENSG00000105428)	TINCR (ENSG00000223573)	SAFB2 (ENSG00000130254) #18	SAFB (ENSG00000160633) #19	RPL36 (ENSG00000130255) #22	MICOS13 (ENSG00000174917) #20	HSD11B1L (ENSG00000167733) #21	LONP1 (ENSG00000196365) #23	CATSPERD (ENSG00000174898) #24	PRR22 (ENSG00000212123) #25	ENSG00000267157	DUS3L (ENSG00000141994) #26	NRTN (ENSG00000171119)	FUT6 (ENSG00000156413) ##28	FUT3 (ENSG00000171124) #28	FUT5 (ENSG00000130383) ##28	ENSG00000267740	NDUFA11 (ENSG00000174886) #29	VMAC (ENSG00000187650) #30	CAPS (ENSG00000105519) #31
Pan	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210.c #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b.g #17	ENSGT00940000153617.A.b.h #17	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000012818.o.b	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389.a.b ##28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00910000148057
Bonobo	MODERN SPECIES	10	TNFAIP8L1 (ENSPPAG00000016739)	MYDGF (ENSPPAG00000034669) #9	DPP9 (ENSPPAG00000043157) #10	FEM1A (ENSPPAG00000040031) #11	TICAM1 (ENSPPAG00000011961) #12	PLIN3 (ENSPPAG00000031001) #13	UHRF1 (ENSPPAG00000036791) #15	KDM4B (ENSPPAG00000036177) #16	PTPRS (ENSPPAG00000030584) #17	ENSPPAG00000026273	ENSPPAG00000036771	SAFB2 (ENSPPAG00000043392) #18	SAFB (ENSPPAG00000035129) #19	ENSPPAG00000039035 #20	HSD11B1L (ENSPPAG00000018871) #21	RPL36 (ENSPPAG00000027352) #22	LONP1 (ENSPPAG00000038062) #23	CATSPERD (ENSPPAG00000025456) #24	PRR22 (ENSPPAG00000040731) #25	DUS3L (ENSPPAG00000038054) #26	FUT6 (ENSPPAG00000030226) ##28	FUT3 (ENSPPAG00000035068) #28	ENSPPAG00000024786 #29	VMAC (ENSPPAG00000031186) #30	ENSPPAG00000022696 #31	RANBP3 (ENSPPAG00000040739) #32	RFX2 (ENSPPAG00000041867) #33	ACSBG2 (ENSPPAG00000031354) #34	MLLT1 (ENSPPAG00000042286) #35	ACER1 (ENSPPAG00000041682) #36	CLPP (ENSPPAG00000041016) #37
Chimpanzee	MODERN SPECIES	10	MYDGF (ENSPTRG00000010318) #9	DPP9 (ENSPTRG00000010319) #10	FEM1A (ENSPTRG00000009897) #11	TICAM1 (ENSPTRG00000010322) #12	PLIN3 (ENSPTRG00000010324) #13	ARRDC5 (ENSPTRG00000029163) #14	UHRF1 (ENSPTRG00000010326) #15	KDM4B (ENSPTRG00000010327) #16	PTPRS (ENSPTRG00000010328) #17	TINCR-LIKE (ENSPTRG00000047440)	ENSPTRG00000051112	SAFB2 (ENSPTRG00000010334) #18	SAFB (ENSPTRG00000010335) #19	MICOS13 (ENSPTRG00000010336) #20	HSD11B1L (ENSPTRG00000010337) #21	RPL36 (ENSPTRG00000010338) #22	LONP1 (ENSPTRG00000010339) #23	CATSPERD (ENSPTRG00000046125) #24	PRR22 (ENSPTRG00000032573) #25	DUS3L (ENSPTRG00000010343) #26	NRTN (ENSPTRG00000010344)	FUT5 (ENSPTRG00000010347) ##28	FUT3 (ENSPTRG00000010346) #28	NDUFA11 (ENSPTRG00000029161) #29	VMAC (ENSPTRG00000010349) #30	CAPS (ENSPTRG00000010350) #31	RANBP3 (ENSPTRG00000010351) #32	RFX2 (ENSPTRG00000010352) #33	ACSBG2 (ENSPTRG00000010354) #34	MLLT1 (ENSPTRG00000010356) #35	ENSPTRG00000045179
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.f #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442.a #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830.v #37
Mas night monkey	MODERN SPECIES	533	TRPV3 (ENSANAG00000027038)	TRPV1 (ENSANAG00000028188)	SHPK (ENSANAG00000023502)	CTNS (ENSANAG00000028019)	TAX1BP3 (ENSANAG00000022795)	ENSANAG00000001270	ENSANAG00000008652	P2RX5 (ENSANAG00000022069)	ITGAE (ENSANAG00000038445)	ENSANAG00000024918	CAMKK1 (ENSANAG00000026538)	P2RX1 (ENSANAG00000020873)	ATP2A3 (ENSANAG00000028942)	ZZEF1 (ENSANAG00000026636)	CYB5D2 (ENSANAG00000025749)	ENSANAG00000019538 #22	ANKFY1 (ENSANAG00000036830)	ENSANAG00000022222	UBE2G1 (ENSANAG00000037126)	SPNS2 (ENSANAG00000022866)	MYBBP1A (ENSANAG00000035807)	GGT6 (ENSANAG00000033795)	SMTNL2 (ENSANAG00000037635)	ALOX15 (ENSANAG00000023751)	ENSANAG00000034402	ENSANAG00000032449	ENSANAG00000005028	OR5H6 (ENSANAG00000032780)	ENSANAG00000017818
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.f #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442.a #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830.v #37
Marmoset	MODERN SPECIES	14	LRG1 (ENSCJAG00000017537) #7	SEMA6B (ENSCJAG00000017506) #8	TNFAIP8L1 (ENSCJAG00000022512)	MYDGF (ENSCJAG00000017503) #9	DPP9 (ENSCJAG00000017466) #10	FEM1A (ENSCJAG00000017463) #11	PLIN3 (ENSCJAG00000017442) #13	ARRDC5 (ENSCJAG00000017437) #14	UHRF1 (ENSCJAG00000017420) #15	KDM4B (ENSCJAG00000017363) #16	PTPRS (ENSCJAG00000017261) #17	TINCR (ENSCJAG00000046186)	SAFB2 (ENSCJAG00000041996) #18	SAFB (ENSCJAG00000017081) #19	MICOS13 (ENSCJAG00000017076) #20	RPL36 (ENSCJAG00000017072) #22	HSD11B1L (ENSCJAG00000016948) #21	LONP1 (ENSCJAG00000017041) #23	CATSPERD (ENSCJAG00000016893) #24	PRR22 (ENSCJAG00000017034) #25	DUS3L (ENSCJAG00000016997) #26	NRTN (ENSCJAG00000016988)	NDUFA11 (ENSCJAG00000016923) #29	VMAC (ENSCJAG00000072555) #30	RANBP3 (ENSCJAG00000016791) #32	RFX2 (ENSCJAG00000016750) #33	ACSBG2 (ENSCJAG00000016734) #34	MLLT1 (ENSCJAG00000044059) #35	ACER1 (ENSCJAG00000016705) #36	CLPP (ENSCJAG00000046904) #37	ALKBH7 (ENSCJAG00000016691)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.f #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442.a #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830.v #37
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	214										ENSCCAG00000027782	ELAVL4 (ENSCCAG00000024797)	DMRTA2 (ENSCCAG00000026118)	FAF1 (ENSCCAG00000024129)	ENSCCAG00000027169	CDKN2C (ENSCCAG00000020423)	ENSCCAG00000020651 #22	ENSCCAG00000024446	C1orf185 (ENSCCAG00000035941)	RNF11 (ENSCCAG00000021392)	TTC39A (ENSCCAG00000029112)	EPS15 (ENSCCAG00000020337)	ENSCCAG00000022769	NRDC (ENSCCAG00000035997)	RAB3B (ENSCCAG00000035544)	TXNDC12 (ENSCCAG00000021353)	BTF3L4 (ENSCCAG00000034219)	ENSCCAG00000023775	ZFYVE9 (ENSCCAG00000010035)	ENSCCAG00000034822	CC2D1B (ENSCCAG00000026730)	ORC1 (ENSCCAG00000032687)
Capuchin	MODERN SPECIES	512											CENPC (ENSCCAG00000033340)	ENSCCAG00000029856	ENSCCAG00000034566	LARP4B (ENSCCAG00000024869)	ENSCCAG00000021627	ENSCCAG00000018119 #22	IDI1 (ENSCCAG00000029961)	WDR37 (ENSCCAG00000035800)	ENSCCAG00000022022
Capuchin	MODERN SPECIES	145	ARHGEF16 (ENSCCAG00000023323)	MEGF6 (ENSCCAG00000031233)	TPRG1L (ENSCCAG00000027031)	WRAP73 (ENSCCAG00000031039)	TP73 (ENSCCAG00000028250)	CCDC27 (ENSCCAG00000024889)	SMIM1 (ENSCCAG00000023125)	LRRC47 (ENSCCAG00000024895)	CEP104 (ENSCCAG00000024268)	ENSCCAG00000033827	C1orf174 (ENSCCAG00000029954)	ENSCCAG00000028103	ENSCCAG00000029591	AJAP1 (ENSCCAG00000022884)	ENSCCAG00000020116	ENSCCAG00000000163 #22	NPHP4 (ENSCCAG00000022712)	KCNAB2 (ENSCCAG00000030976)	CHD5 (ENSCCAG00000024756)
Capuchin	MODERN SPECIES	53	TNFAIP8L1 (ENSCCAG00000000235)	MYDGF (ENSCCAG00000001374) #9	DPP9 (ENSCCAG00000029877) #10	TICAM1 (ENSCCAG00000031631) #12	PLIN3 (ENSCCAG00000027465) #13	ARRDC5 (ENSCCAG00000036736) #14	UHRF1 (ENSCCAG00000025539) #15	KDM4B (ENSCCAG00000032685) #16	PTPRS (ENSCCAG00000031318) #17	ENSCCAG00000031481	TINCR (ENSCCAG00000026043)	SAFB2 (ENSCCAG00000017348) #18	SAFB (ENSCCAG00000020193) #19	MICOS13 (ENSCCAG00000036233) #20	HSD11B1L (ENSCCAG00000032266) #21	ENSCCAG00000033023 #22	LONP1 (ENSCCAG00000025968) #23	ENSCCAG00000033624	CATSPERD (ENSCCAG00000028129) #24	PRR22 (ENSCCAG00000032448) #25	DUS3L (ENSCCAG00000036889) #26	NRTN (ENSCCAG00000024847)	ENSCCAG00000031284 #28	ENSCCAG00000033610	VMAC (ENSCCAG00000029347) #30	CAPS (ENSCCAG00000021578) #31	RANBP3 (ENSCCAG00000033247) #32	RFX2 (ENSCCAG00000028516) #33	ACSBG2 (ENSCCAG00000028068) #34	MLLT1 (ENSCCAG00000026378) #35	ACER1 (ENSCCAG00000030282) #36
Capuchin	MODERN SPECIES	101	SMIM33 (ENSCCAG00000025433)	STING1 (ENSCCAG00000013111)	ENSCCAG00000025425	CXXC5 (ENSCCAG00000035206)	PSD2 (ENSCCAG00000023879)	NRG2 (ENSCCAG00000022353)	IGIP (ENSCCAG00000019928)	CYSTM1 (ENSCCAG00000026489)	ENSCCAG00000033578	HBEGF (ENSCCAG00000033786)	SLC4A9 (ENSCCAG00000030814)	ANKHD1 (ENSCCAG00000036565)	SRA1 (ENSCCAG00000029225)	APBB3 (ENSCCAG00000038002)	ENSCCAG00000030910	ENSCCAG00000020715 #22	CD14 (ENSCCAG00000022555)	TMCO6 (ENSCCAG00000019619)	ENSCCAG00000036213	IK (ENSCCAG00000022729)	ENSCCAG00000027098	WDR55 (ENSCCAG00000032739)	DND1 (ENSCCAG00000020065)	HARS1 (ENSCCAG00000024213)	ENSCCAG00000036402	NOP58 (ENSCCAG00000021573)	ENSCCAG00000029316	BMPR2 (ENSCCAG00000025039)	ENSCCAG00000026090	FAM117B (ENSCCAG00000031732)	ICA1L (ENSCCAG00000027883)
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	90	PSMD9 (ENSSBOG00000034932)	CFAP251 (ENSSBOG00000033233)	BCL7A (ENSSBOG00000027952)	ENSSBOG00000033933	MLXIP (ENSSBOG00000024033)	IL31 (ENSSBOG00000024942)	LRRC43 (ENSSBOG00000003059)	B3GNT4 (ENSSBOG00000030128)	DIABLO (ENSSBOG00000000776)	VPS33A (ENSSBOG00000029119)	ENSSBOG00000026540	CLIP1 (ENSSBOG00000021686)	ZCCHC8 (ENSSBOG00000032964)	ENSSBOG00000023726	KNTC1 (ENSSBOG00000025862)	ENSSBOG00000018984 #22	ENSSBOG00000032425	CCDC62 (ENSSBOG00000027256)	HIP1R (ENSSBOG00000030180)	VPS37B (ENSSBOG00000024508)	ABCB9 (ENSSBOG00000025362)	OGFOD2 (ENSSBOG00000015231)	ARL6IP4 (ENSSBOG00000033244)	PITPNM2 (ENSSBOG00000028354)	MPHOSPH9 (ENSSBOG00000031113)	MTRFR (ENSSBOG00000026629)	CDK2AP1 (ENSSBOG00000022451)	SBNO1 (ENSSBOG00000015422)	KMT5A (ENSSBOG00000032983)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	48	SOWAHC (ENSSBOG00000020617)	ENSSBOG00000021194	MSH2 (ENSSBOG00000027484)	KCNK12 (ENSSBOG00000000094)	MSH6 (ENSSBOG00000011609)	FBXO11 (ENSSBOG00000027980)	ENSSBOG00000032584	FOXN2 (ENSSBOG00000025167)	ENSSBOG00000036123	STON1 (ENSSBOG00000034719)	GTF2A1L (ENSSBOG00000023060)	LHCGR (ENSSBOG00000019216)	ENSSBOG00000020971	FSHR (ENSSBOG00000033299)	ENSSBOG00000028134	ENSSBOG00000034030 #22	NRXN1 (ENSSBOG00000026811)	CHAC2 (ENSSBOG00000030058)	ASB3 (ENSSBOG00000034288)	ERLEC1 (ENSSBOG00000022814)	GPR75 (ENSSBOG00000019537)	ENSSBOG00000021730	ACYP2 (ENSSBOG00000030505)	C2orf73 (ENSSBOG00000033884)	SPTBN1 (ENSSBOG00000027662)	EML6 (ENSSBOG00000024484)	RTN4 (ENSSBOG00000032024)	CLHC1 (ENSSBOG00000031988)	RPS27A (ENSSBOG00000035895)	MTIF2 (ENSSBOG00000026993)	ENSSBOG00000035508
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	150	SEMA6B (ENSSBOG00000028706) #8	TNFAIP8L1 (ENSSBOG00000007846)	MYDGF (ENSSBOG00000003528) #9	DPP9 (ENSSBOG00000026641) #10	FEM1A (ENSSBOG00000026904) #11	TICAM1 (ENSSBOG00000033757) #12	PLIN3 (ENSSBOG00000030805) #13	ARRDC5 (ENSSBOG00000019452) #14	UHRF1 (ENSSBOG00000029565) #15	KDM4B (ENSSBOG00000031905) #16	PTPRS (ENSSBOG00000032421) #17	SAFB2 (ENSSBOG00000032315) #18	SAFB (ENSSBOG00000026291) #19	ENSSBOG00000014431 #20	HSD11B1L (ENSSBOG00000024882) #21	RPL36 (ENSSBOG00000034984) #22	LONP1 (ENSSBOG00000031618) #23	CATSPERD (ENSSBOG00000029793) #24	PRR22 (ENSSBOG00000011474) #25	DUS3L (ENSSBOG00000020402) #26	NRTN (ENSSBOG00000034565)	ENSSBOG00000026247 #28	NDUFA11 (ENSSBOG00000032051) #29	VMAC (ENSSBOG00000032055) #30	CAPS (ENSSBOG00000034784) #31	RANBP3 (ENSSBOG00000029392) #32	RFX2 (ENSSBOG00000017266) #33	ACSBG2 (ENSSBOG00000030379) #34	MLLT1 (ENSSBOG00000025950) #35	ACER1 (ENSSBOG00000028157) #36	CLPP (ENSSBOG00000036193) #37
Tarsier	MODERN SPECIES	6841												TMEM247 (ENSTSYG00000010872)	ENSTSYG00000002837	PIGF (ENSTSYG00000002842)	CRIPT (ENSTSYG00000026434)	ENSTSYG00000030131 #22	MCFD2 (ENSTSYG00000029889)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.i #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.i.b #19	ENSGT00940000155916.i.a #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Mouse lemur	MODERN SPECIES	16	MYDGF (ENSMICG00000015273) #9	DPP9 (ENSMICG00000015278) #10	TICAM1 (ENSMICG00000033254) #12	PLIN3 (ENSMICG00000005543) #13	ARRDC5 (ENSMICG00000033719) #14	UHRF1 (ENSMICG00000013754) #15	KDM4B (ENSMICG00000013784) #16	PTPRS (ENSMICG00000017221) #17	TINCR (ENSMICG00000042381)	SAFB2 (ENSMICG00000008711) #18	ENSMICG00000008739 #19	ENSMICG00000046795 #19	ENSMICG00000034927 #19	MICOS13 (ENSMICG00000007026) #20	HSD11B1L (ENSMICG00000007033) #21	RPL36 (ENSMICG00000035474) #22	LONP1 (ENSMICG00000007050) #23	CATSPERD (ENSMICG00000047708) #24	PRR22 (ENSMICG00000026944) #25	DUS3L (ENSMICG00000007097) #26	NRTN (ENSMICG00000044302)	NDUFA11 (ENSMICG00000033137) #29	VMAC (ENSMICG00000046967) #30	CAPS (ENSMICG00000004017) #31	RANBP3 (ENSMICG00000004018) #32	RFX2 (ENSMICG00000004022) #33	ACSBG2 (ENSMICG00000014476) #34	MLLT1 (ENSMICG00000006273) #35	ACER1 (ENSMICG00000006279) #36	ENSMICG00000006284 #37	ALKBH7 (ENSMICG00000006288)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.j #19	ENSGT00940000155916.i.a #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1													SAFB (ENSPSMG00000002292) #19	MICOS13 (ENSPSMG00000001966) #20	ENSPSMG00000001945 #21	RPL36 (ENSPSMG00000001940) #22	LONP1 (ENSPSMG00000001890) #23	CATSPERD (ENSPSMG00000001843) #24	PRR22 (ENSPSMG00000001830) #25	DUS3L (ENSPSMG00000001817) #26	NRTN (ENSPSMG00000001783)	ENSPSMG00000001776 #28	NDUFA11 (ENSPSMG00000001770) #29	VMAC (ENSPSMG00000001763) #30	CAPS (ENSPSMG00000001758) #31	RANBP3 (ENSPSMG00000001649) #32	RFX2 (ENSPSMG00000001497) #33	ACSBG2 (ENSPSMG00000001354) #34	ENSPSMG00000001321	MLLT1 (ENSPSMG00000001229) #35	ACER1 (ENSPSMG00000001205) #36
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Glires	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22
Rabbit	MODERN SPECIES	526															TLE3 (ENSOCUG00000023043)	ENSOCUG00000020961 #22	RPLP1 (ENSOCUG00000015087)	KIF23 (ENSOCUG00000015068)	PAQR5 (ENSOCUG00000033658)	GLCE (ENSOCUG00000002972)	NOX5 (ENSOCUG00000015805)	SPESP1 (ENSOCUG00000025748)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
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Rat	MODERN SPECIES	5	LOC100360491 (ENSRNOG00000061438)	Myo1g (ENSRNOG00000059140)	Ccm2 (ENSRNOG00000060825)	Nacad (ENSRNOG00000053875)	Tbrg4 (ENSRNOG00000052477)	Wap (ENSRNOG00000055684)	Ramp3 (ENSRNOG00000053766)	AABR07015941.1 (ENSRNOG00000058474)	Eif6-ps1 (ENSRNOG00000058513)	Adcy1 (ENSRNOG00000059479)	Ccdc201 (ENSRNOG00000068472)	Igfbp1 (ENSRNOG00000058780)	Igfbp3 (ENSRNOG00000061910)	LOC686087 (ENSRNOG00000058316)	Tns3 (ENSRNOG00000025695)	LOC120096659 (ENSRNOG00000061615) #22	Pkd1l1 (ENSRNOG00000004865)	Hus1 (ENSRNOG00000005141)	Sun3 (ENSRNOG00000005105)	LOC688553 (ENSRNOG00000037632)	Upp1 (ENSRNOG00000004972)	Abca13 (ENSRNOG00000025645)	ENSRNOG00000067374	LOC685655 (ENSRNOG00000069782)	LOC498414 (ENSRNOG00000030665)	Vwc2 (ENSRNOG00000049076)	Zpbp (ENSRNOG00000027801)	Spata48 (ENSRNOG00000037621)	Ikzf1 (ENSRNOG00000004444)	Fignl1 (ENSRNOG00000004440)	Ddc (ENSRNOG00000004327)
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Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	DUPLICATION
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Steppe mouse	MODERN SPECIES	2657															ENSMSIG00000022566 #20	ENSMSIG00000022557 #22	Lonp1 (ENSMSIG00000022544) #23	Catsperd (ENSMSIG00000022478) #24	Ranbp3 (ENSMSIG00000022350) #32	Vmac (ENSMSIG00000022334) #30	ENSMSIG00000022323 #29	Nrtn (ENSMSIG00000022315)	Dus3l (ENSMSIG00000022291) #26	Prr22 (ENSMSIG00000022272) #25	Rfx2 (ENSMSIG00000022188) #33	Acsbg2 (ENSMSIG00000022144) #34	Acsbg3 (ENSMSIG00000022123)	Mllt1 (ENSMSIG00000022050) #35	Acer1 (ENSMSIG00000022023) #36	Clpp (ENSMSIG00000022008) #37	Alkbh7 (ENSMSIG00000021986)
Ryukyu mouse	DUPLICATION
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	6	Cacnb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0020239)	Ddx23 (MGP_CAROLIEiJ_G0020240)	Rnd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020241)	Ccdc65 (MGP_CAROLIEiJ_G0020242)	Fkbp11 (MGP_CAROLIEiJ_G0020243)	Arf3 (MGP_CAROLIEiJ_G0020244)	Wnt10b (MGP_CAROLIEiJ_G0020245)	Wnt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020246)	Ddn (MGP_CAROLIEiJ_G0020247)	Prkag1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020248)	Kmt2d (MGP_CAROLIEiJ_G0020249)	Rhebl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020250)	Dhh (MGP_CAROLIEiJ_G0020251)	Lmbr1l (MGP_CAROLIEiJ_G0020252)	MGP_CAROLIEiJ_G0020253	MGP_CAROLIEiJ_G0020254 #22	Prph (MGP_CAROLIEiJ_G0020255)	Troap (MGP_CAROLIEiJ_G0020256)	C1ql4 (MGP_CAROLIEiJ_G0020257)	Dnajc22 (MGP_CAROLIEiJ_G0020258)	Spats2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020259)	Kcnh3 (MGP_CAROLIEiJ_G0020260)	Mcrs1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020261)	Fam186b (MGP_CAROLIEiJ_G0020262)	Prpf40b (MGP_CAROLIEiJ_G0020263)	Fmnl3 (MGP_CAROLIEiJ_G0020264)	Tmbim6 (MGP_CAROLIEiJ_G0020265)	Nckap5l (MGP_CAROLIEiJ_G0020266)	Bcdin3d (MGP_CAROLIEiJ_G0020267)	Faim2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020268)	Aqp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020269)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	8	Sema6b (MGP_CAROLIEiJ_G0021767) #8	Tnfaip8l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021768)	Mydgf (MGP_CAROLIEiJ_G0021769) #9	Dpp9 (MGP_CAROLIEiJ_G0021770) #10	MGP_CAROLIEiJ_G0021771 #11	Ticam1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021772) #12	Plin3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021773) #13	Arrdc5 (MGP_CAROLIEiJ_G0021774) #14	Uhrf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021775) #15	Kdm4b (MGP_CAROLIEiJ_G0021776) #16	Ptprs (MGP_CAROLIEiJ_G0021777) #17	Znrf4 (MGP_CAROLIEiJ_G0021778)	Safb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021779) #18	Safb (MGP_CAROLIEiJ_G0021780) #19	Micos13 (MGP_CAROLIEiJ_G0021781) #20	MGP_CAROLIEiJ_G0021782 #22	Lonp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021783) #23	Catsperd (MGP_CAROLIEiJ_G0021784) #24	Ranbp3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021785) #32	Vmac (MGP_CAROLIEiJ_G0021786) #30	Ndufa11 (MGP_CAROLIEiJ_G0021787) #29	Nrtn (MGP_CAROLIEiJ_G0021788)	Dus3l (MGP_CAROLIEiJ_G0021789) #26	Prr22 (MGP_CAROLIEiJ_G0021790) #25	Rfx2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021791) #33	Acsbg2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021792) #34	Acsbg3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021793)	Mllt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021794) #35	Acer1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021795) #36	Clpp (MGP_CAROLIEiJ_G0021796) #37	Alkbh7 (MGP_CAROLIEiJ_G0021797)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22
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Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
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Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	2	Tnfaip8l1 (ENSCGRG00001008281)	Mydgf (ENSCGRG00001021243) #9	Dpp9 (ENSCGRG00001020770) #10	ENSCGRG00001010179 #11	Ticam1 (ENSCGRG00001005336) #12	Plin3 (ENSCGRG00001021231) #13	Arrdc5 (ENSCGRG00001020830) #14	Uhrf1 (ENSCGRG00001012088) #15	Kdm4b (ENSCGRG00001010495) #16	Ptprs (ENSCGRG00001023963) #17	Znrf4 (ENSCGRG00001009066)	Tincr (ENSCGRG00001024474)	Safb2 (ENSCGRG00001015833) #18	Micos13 (ENSCGRG00001016715) #20	Safb (ENSCGRG00001002254) #19	ENSCGRG00001020793 #22	Lonp1 (ENSCGRG00001021835) #23	Catsperd (ENSCGRG00001010087) #24	Ranbp3 (ENSCGRG00001022677) #32	ENSCGRG00001021756 #31	Vmac (ENSCGRG00001023793) #30	Ndufa11 (ENSCGRG00001023471) #29	ENSCGRG00001008918	Nrtn (ENSCGRG00001024492)	Dus3l (ENSCGRG00001023361) #26	Prr22 (ENSCGRG00001022202) #25	Rfx2 (ENSCGRG00001008783) #33	Acsbg2 (ENSCGRG00001001208) #34	Acsbg3 (ENSCGRG00001021403)	Mllt1 (ENSCGRG00001018607) #35	Acer1 (ENSCGRG00001016857) #36
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	975	Tnfaip8l1 (ENSNGAG00000016594)	Mydgf (ENSNGAG00000015445) #9	Dpp9 (ENSNGAG00000021967) #10	ENSNGAG00000018411 #11	Ticam1 (ENSNGAG00000014467) #12	Plin3 (ENSNGAG00000021889) #13	Arrdc5 (ENSNGAG00000020666) #14	Uhrf1 (ENSNGAG00000022853) #15	Kdm4b (ENSNGAG00000021232) #16	Ptprs (ENSNGAG00000019407) #17	Tincr (ENSNGAG00000021324)	ENSNGAG00000018473 #18	Safb (ENSNGAG00000019882) #19	ENSNGAG00000021672 #20	ENSNGAG00000022750 #21	ENSNGAG00000021002 #22	Lonp1 (ENSNGAG00000018118) #23	Catsperd (ENSNGAG00000021716) #24	Ranbp3 (ENSNGAG00000015130) #32	Vmac (ENSNGAG00000016642) #30	Ndufa11 (ENSNGAG00000017779) #29	Nrtn (ENSNGAG00000021333)	Dus3l (ENSNGAG00000017157) #26	Prr22 (ENSNGAG00000023052) #25	Rfx2 (ENSNGAG00000018829) #33	Mllt1 (ENSNGAG00000015361) #35	Acer1 (ENSNGAG00000021750) #36	Clpp (ENSNGAG00000020943) #37	Alkbh7 (ENSNGAG00000018037)	Pspn (ENSNGAG00000022337)	Gtf2f1 (ENSNGAG00000023277)
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Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
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Degu	DUPLICATION
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Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	75	ENSODEG00000008138	MOXD1 (ENSODEG00000006351)	CCN2 (ENSODEG00000006255)	ENSODEG00000005928	ENPP3 (ENSODEG00000005745)	ENSODEG00000005845	MED23 (ENSODEG00000007943)	ARG1 (ENSODEG00000005285)	ENSODEG00000007083	ENSODEG00000006795	EPB41L2 (ENSODEG00000006317)	ENSODEG00000005885	TMEM200A (ENSODEG00000019233)	SAMD3 (ENSODEG00000005370)	L3MBTL3 (ENSODEG00000005114)	ENSODEG00000019330 #22	ARHGAP18 (ENSODEG00000007583)	LAMA2 (ENSODEG00000005449)	PTPRK (ENSODEG00000005439)	ENSODEG00000004918	C6orf58 (ENSODEG00000006422)	SOGA3 (ENSODEG00000006129)	KIAA0408 (ENSODEG00000005707)	ENSODEG00000005434	RNF146 (ENSODEG00000005012)	RSPO3 (ENSODEG00000006025)	CENPW (ENSODEG00000005769)	TRMT11 (ENSODEG00000005552)	ENSODEG00000005269	HINT3 (ENSODEG00000005459)	ENSODEG00000005167
Degu	MODERN SPECIES	131	ENSODEG00000012898	GTF3C6 (ENSODEG00000013017)	ENSODEG00000013529	ENSODEG00000012904	SLC16A10 (ENSODEG00000013681)	ENSODEG00000015389	ENSODEG00000013254	ENSODEG00000013062	ENSODEG00000013600	ENSODEG00000013155	ENSODEG00000013019	REV3L (ENSODEG00000014010)	ENSODEG00000020026 ##22	ENSODEG00000013153	FYN (ENSODEG00000013749)	ENSODEG00000020089 #22
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	91	TNFAIP8L1 (ENSODEG00000020424)	MYDGF (ENSODEG00000014093) #9	DPP9 (ENSODEG00000014408) #10	ENSODEG00000014241	FEM1A (ENSODEG00000014717) #11	TICAM1 (ENSODEG00000014706) #12	PLIN3 (ENSODEG00000014389) #13	ARRDC5 (ENSODEG00000014652) #14	UHRF1 (ENSODEG00000015557) #15	KDM4B (ENSODEG00000014383) #16	PTPRS (ENSODEG00000015678) #17	ENSODEG00000015112	SAFB2 (ENSODEG00000014751) #18	SAFB (ENSODEG00000014838) #19	MICOS13 (ENSODEG00000016327) #20	ENSODEG00000017182 #22	LONP1 (ENSODEG00000015069) #23	PRR22 (ENSODEG00000015287) #25	DUS3L (ENSODEG00000015771) #26	NRTN (ENSODEG00000014997)	NDUFA11 (ENSODEG00000015123) #29	VMAC (ENSODEG00000014819) #30	CAPS (ENSODEG00000016529) #31	RANBP3 (ENSODEG00000015257) #32	RFX2 (ENSODEG00000015368) #33	ENSODEG00000015714 #34	ENSODEG00000015920	MLLT1 (ENSODEG00000014883) #35	ACER1 (ENSODEG00000015726) #36	CLPP (ENSODEG00000015485) #37	ALKBH7 (ENSODEG00000015141)
Degu	MODERN SPECIES	179					ENSODEG00000006064	ENSODEG00000006020	ENSODEG00000006008	PDCL (ENSODEG00000005932)	ENSODEG00000005918	ZBTB6 (ENSODEG00000019273)	ZBTB26 (ENSODEG00000005887)	ENSODEG00000019228	ENSODEG00000019246	RABGAP1 (ENSODEG00000004811)	ENSODEG00000004632	ENSODEG00000019097 #22	CRB2 (ENSODEG00000004481)	DENND1A (ENSODEG00000004310)	LHX2 (ENSODEG00000004212)	ENSODEG00000004179	NEK6 (ENSODEG00000004126)	ENSODEG00000019019	ENSODEG00000004257	NR5A1 (ENSODEG00000004244)	ENSODEG00000004234	NR6A1 (ENSODEG00000004183)	OLFML2A (ENSODEG00000004138)	ENSODEG00000004120	ENSODEG00000004095	GOLGA1 (ENSODEG00000003980)	SCAI (ENSODEG00000003843)
Degu	MODERN SPECIES	242											EDA2R (ENSODEG00000002752)	ENSODEG00000002763	ENSODEG00000002775	ENSODEG00000002800	OPHN1 (ENSODEG00000002942)	ENSODEG00000018935 #22	ENSODEG00000018893	YIPF6 (ENSODEG00000003199)	STARD8 (ENSODEG00000003234)	EFNB1 (ENSODEG00000003265)	PJA1 (ENSODEG00000003279)	NALF2 (ENSODEG00000003294)	EDA (ENSODEG00000003373)	ENSODEG00000003442	ENSODEG00000019007	AWAT2 (ENSODEG00000003456)	ENSODEG00000003477
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	100	NGLY1 (ENSODEG00000003087)	ENSODEG00000018912	ENSODEG00000003058	TOP2B (ENSODEG00000002867)	RARB (ENSODEG00000002769)	ENSODEG00000018882	THRB (ENSODEG00000002741)	ENSODEG00000002947	NR1D2 (ENSODEG00000002903)	ENSODEG00000002871	NKIRAS1 (ENSODEG00000002859)	UBE2E1 (ENSODEG00000002839)	ENSODEG00000002817	UBE2E2 (ENSODEG00000002776)	ENSODEG00000018888	ENSODEG00000018931 #22	ENSODEG00000002705	ZNF385D (ENSODEG00000002684)
Degu	MODERN SPECIES	153	ENSODEG00000019307	QKI (ENSODEG00000007408)	PACRG (ENSODEG00000009517)	PRKN (ENSODEG00000006701)	AGPAT4 (ENSODEG00000007571)	ENSODEG00000006672	ENSODEG00000006392	ENSODEG00000019262	ENSODEG00000006455	ENSODEG00000009894	SLC22A3 (ENSODEG00000006460)	ENSODEG00000006583	ENSODEG00000007010	SLC22A2 (ENSODEG00000007315)	SLC22A1 (ENSODEG00000007862)	ENSODEG00000019312 #22	IGF2R (ENSODEG00000007106)	ENSODEG00000019599	MAS1 (ENSODEG00000019418)	ENSODEG00000019381	PNLDC1 (ENSODEG00000008047)	ENSODEG00000019385	ENSODEG00000007318	ENSODEG00000007990	ENSODEG00000008372	ACAT2 (ENSODEG00000008431)	ENSODEG00000008023	ENSODEG00000019351	SOD2 (ENSODEG00000007052)	ENSODEG00000019438	METRNL (ENSODEG00000008002)
Degu	MODERN SPECIES	201	ENSODEG00000013695	TSPAN33 (ENSODEG00000012549)	SMO (ENSODEG00000012811)	ENSODEG00000012926	ENSODEG00000020155	ENSODEG00000020258	AHCYL2 (ENSODEG00000014499)	STRIP2 (ENSODEG00000014429)	NRF1 (ENSODEG00000013841)	UBE2H (ENSODEG00000014391)	ZC3HC1 (ENSODEG00000014604)	KLHDC10 (ENSODEG00000013850)	ENSODEG00000012667	SSMEM1 (ENSODEG00000014078)	ENSODEG00000020048	ENSODEG00000020051 #22	CPA2 (ENSODEG00000013927)	ENSODEG00000012655	CPA4 (ENSODEG00000013009)	CPA5 (ENSODEG00000014248)	CPA1 (ENSODEG00000012980)	CEP41 (ENSODEG00000014730)	ENSODEG00000015027
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	233								SPTLC1 (ENSODEG00000001326)	ROR2 (ENSODEG00000001285)	ENSODEG00000018624	NFIL3 (ENSODEG00000018647)	AUH (ENSODEG00000000932)	SYK (ENSODEG00000000792)	ENSODEG00000000742	ENSODEG00000018655	ENSODEG00000018615 #22	GADD45G (ENSODEG00000000725)	SEMA4D (ENSODEG00000000714)	ENSODEG00000000699	SECISBP2 (ENSODEG00000000675)	ENSODEG00000000659	SHC3 (ENSODEG00000000614)	S1PR3 (ENSODEG00000018606)	ENSODEG00000000572	NXNL2 (ENSODEG00000000550)	SPIN1 (ENSODEG00000001589)
Degu	MODERN SPECIES	386									ENSODEG00000001308	DLG3 (ENSODEG00000000859)	GDPD2 (ENSODEG00000000419)	KIF4A (ENSODEG00000000621)	ENSODEG00000000515	ARR3 (ENSODEG00000000162)	P2RY4 (ENSODEG00000002113)	ENSODEG00000018776 #22	AWAT1 (ENSODEG00000001971)	DGAT2L6 (ENSODEG00000001960)	ENSODEG00000001797
Degu	MODERN SPECIES	56	MINDY4 (ENSODEG00000010027)	INMT (ENSODEG00000009377)	CRHR2 (ENSODEG00000013231)	GARS1 (ENSODEG00000008246)	GGCT (ENSODEG00000008799)	NOD1 (ENSODEG00000008060)	ENSODEG00000009309	MTURN (ENSODEG00000008081)	PLEKHA8 (ENSODEG00000010642)	FKBP14 (ENSODEG00000009158)	SCRN1 (ENSODEG00000008733)	WIPF3 (ENSODEG00000007842)	ENSODEG00000019511	PRR15 (ENSODEG00000019540)	CHN2 (ENSODEG00000008637)	ENSODEG00000008241 #22	ENSODEG00000009470	TRIL (ENSODEG00000019862)	CREB5 (ENSODEG00000008640)	JAZF1 (ENSODEG00000009398)	ENSODEG00000011321	ENSODEG00000011639	ENSODEG00000019519	ENSODEG00000007935	HIBADH (ENSODEG00000010442)	EVX1 (ENSODEG00000007853)	HOXA13 (ENSODEG00000007693)	HOXA11 (ENSODEG00000010282)	ENSODEG00000009794	ENSODEG00000009545	HOXA9 (ENSODEG00000009347)
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	21	SEMA6B (ENSHGLG00000008078) #8	TNFAIP8L1 (ENSHGLG00000040405)	MYDGF (ENSHGLG00000006727) #9	DPP9 (ENSHGLG00000006649) #10	FEM1A (ENSHGLG00000041190) #11	PLIN3 (ENSHGLG00000050405) #13	ARRDC5 (ENSHGLG00000014076) #14	UHRF1 (ENSHGLG00000015739) #15	KDM4B (ENSHGLG00000013802) #16	ENSHGLG00000037010	ENSHGLG00000017464	ENSHGLG00000044379	SAFB2 (ENSHGLG00000017442) #18	ENSHGLG00000015883 #19	MICOS13 (ENSHGLG00000032110) #20	ENSHGLG00000013869 #22	LONP1 (ENSHGLG00000013886) #23	CATSPERD (ENSHGLG00000032633) #24	PRR22 (ENSHGLG00000043073) #25	DUS3L (ENSHGLG00000013475) #26	NRTN (ENSHGLG00000014364)	ENSHGLG00000046495 #28	ENSHGLG00000037047	ENSHGLG00000014195	ENSHGLG00000044894 #28	ENSHGLG00000014115 #29	ENSHGLG00000032314 #30	CAPS (ENSHGLG00000033681) #31	RANBP3 (ENSHGLG00000015535) #32	RFX2 (ENSHGLG00000015258) #33	ENSHGLG00000044408
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	ZFX (ENSHGLG00000047951)	ENSHGLG00000006530	KLHL15 (ENSHGLG00000033316)	ENSHGLG00000029226	APOO (ENSHGLG00000005507)	Sat1 (ENSHGLG00000034014)	ENSHGLG00000004750	ENSHGLG00000004420	ENSHGLG00000004378	ENSHGLG00000035489	ENSHGLG00000000547	ENSHGLG00000041869	ENSHGLG00000036411	ENSHGLG00000001581	KLHL34 (ENSHGLG00000020474)	ENSHGLG00000034421 #22	SMPX (ENSHGLG00000050435)	ENSHGLG00000046622	MBTPS2 (ENSHGLG00000001714)	ENSHGLG00000001773	PHEX (ENSHGLG00000003219)	ENSHGLG00000003413	ENSHGLG00000033146	ENSHGLG00000020425	ENSHGLG00000000563	ENSHGLG00000050318	ENSHGLG00000044116	ENSHGLG00000000543	ENSHGLG00000020000	ENSHGLG00000000584	ENSHGLG00000000866
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35
Artiodactyla	DUPLICATION
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a #22
Artiodactyla_a	DUPLICATION
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000009366.l.a	ENSGT00390000018829.g.a	ENSGT00550000074866	ENSGT00880000138028.b.b	ENSGT00900000143654	ENSGT00940000155695	ENSGT00390000004856.w.b	ENSGT00390000004766	ENSGT00940000154798.a.d.a	ENSGT00940000158987.d	ENSGT00530000063426.b.b	ENSGT00390000002563.b.a.a	ENSGT00390000002563.a	ENSGT00940000153295.b	ENSGT00940000155839	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b	ENSGT00940000155610	ENSGT01010000228757	ENSGT00940000155377	ENSGT00940000156143	ENSGT00940000154272.A	ENSGT00940000160200	ENSGT00940000155625	ENSGT00940000164601	ENSGT00940000157719	ENSGT00730000111138	ENSGT00390000007284	ENSGT00950000182919.A	ENSGT00940000155184	ENSGT00940000162208
Beluga whale	MODERN SPECIES	80	RTN4IP1 (ENSDLEG00000017504)	ENSDLEG00000017491	ENSDLEG00000017458	CRYBG1 (ENSDLEG00000017426)	ENSDLEG00000017411	ATG5 (ENSDLEG00000017390)	PRDM1 (ENSDLEG00000017371)	ENSDLEG00000017350	PREP (ENSDLEG00000017313)	POPDC3 (ENSDLEG00000017299)	BVES (ENSDLEG00000017267)	LIN28B (ENSDLEG00000017221)	HACE1 (ENSDLEG00000017132)	ENSDLEG00000017116	ENSDLEG00000017112	ENSDLEG00000017104 #22	ENSDLEG00000017099	GRIK2 (ENSDLEG00000017039)	ENSDLEG00000017014	ASCC3 (ENSDLEG00000016917)	SIM1 (ENSDLEG00000016898)	MCHR2 (ENSDLEG00000016838)	PRDM13 (ENSDLEG00000016823)	CCNC (ENSDLEG00000016748)	TSTD3 (ENSDLEG00000016726)	USP45 (ENSDLEG00000016693)	PNISR (ENSDLEG00000016648)	COQ3 (ENSDLEG00000016636)	FAXC (ENSDLEG00000016622)	FBXL4 (ENSDLEG00000016608)	POU3F2 (ENSDLEG00000016603)
Narwhal	MODERN SPECIES	301	QRSL1 (ENSMMNG00015010552)	RTN4IP1 (ENSMMNG00015010517)	ENSMMNG00015010497	CRYBG1 (ENSMMNG00015010430)	ENSMMNG00015010395	ENSMMNG00015010386	PRDM1 (ENSMMNG00015010356)	ATG5 (ENSMMNG00015010296)	ENSMMNG00015010265	PREP (ENSMMNG00015010230)	POPDC3 (ENSMMNG00015010209)	BVES (ENSMMNG00015010194)	LIN28B (ENSMMNG00015010175)	HACE1 (ENSMMNG00015010135)	ENSMMNG00015010104	ENSMMNG00015010090 #22	ENSMMNG00015010086	GRIK2 (ENSMMNG00015009912)	ENSMMNG00015009869	ASCC3 (ENSMMNG00015009831)	SIM1 (ENSMMNG00015009809)	MCHR2 (ENSMMNG00015009778)	PRDM13 (ENSMMNG00015009755)	CCNC (ENSMMNG00015009719)	ENSMMNG00015009693	USP45 (ENSMMNG00015009670)	PNISR (ENSMMNG00015009651)	COQ3 (ENSMMNG00015009635)	FAXC (ENSMMNG00015009621)	FBXL4 (ENSMMNG00015009601)	POU3F2 (ENSMMNG00015009596)
Vaquita	MODERN SPECIES	3	QRSL1 (ENSPSNG00000013527)	RTN4IP1 (ENSPSNG00000013614)	CRYBG1 (ENSPSNG00000013720)	ENSPSNG00000013855	ENSPSNG00000013913	ATG5 (ENSPSNG00000014006)	ENSPSNG00000014192	PRDM1 (ENSPSNG00000014233)	PREP (ENSPSNG00000014450)	POPDC3 (ENSPSNG00000014548)	BVES (ENSPSNG00000014643)	LIN28B (ENSPSNG00000014731)	HACE1 (ENSPSNG00000014920)	ENSPSNG00000015137	ENSPSNG00000015155	ENSPSNG00000015175 #22	ENSPSNG00000015195	GRIK2 (ENSPSNG00000015353)	ENSPSNG00000016469	ASCC3 (ENSPSNG00000016505)	ENSPSNG00000016595	MCHR2 (ENSPSNG00000016680)	PRDM13 (ENSPSNG00000016806)	CCNC (ENSPSNG00000016881)	ENSPSNG00000017064	USP45 (ENSPSNG00000017100)	PNISR (ENSPSNG00000017222)	COQ3 (ENSPSNG00000017302)	FAXC (ENSPSNG00000017384)	FBXL4 (ENSPSNG00000017467)	POU3F2 (ENSPSNG00000017509)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Arabian camel	MODERN SPECIES	14	TNFAIP8L1 (ENSCDRG00005003603)	MYDGF (ENSCDRG00005003565) #9	DPP9 (ENSCDRG00005022025) #10	FEM1A (ENSCDRG00005022020) #11	TICAM1 (ENSCDRG00005022019) #12	PLIN3 (ENSCDRG00005022017) #13	ARRDC5 (ENSCDRG00005022014) #14	UHRF1 (ENSCDRG00005022008) #15	KDM4B (ENSCDRG00005022004) #16	ENSCDRG00005021998 #17	ENSCDRG00005021995	SAFB2 (ENSCDRG00005021993) #18	SAFB (ENSCDRG00005021986) #19	MICOS13 (ENSCDRG00005021982) #20	HSD11B1L (ENSCDRG00005021979) #21	ENSCDRG00005021978 #22	LONP1 (ENSCDRG00005021975) #23	CATSPERD (ENSCDRG00005021971) #24	PRR22 (ENSCDRG00005021969) #25	DUS3L (ENSCDRG00005021966) #26	NRTN (ENSCDRG00005021964)	ENSCDRG00005021962	NDUFA11 (ENSCDRG00005021961) #29	VMAC (ENSCDRG00005021959) #30	CAPS (ENSCDRG00005021958) #31	RANBP3 (ENSCDRG00005021957) #32	RFX2 (ENSCDRG00005021955) #33	ACSBG2 (ENSCDRG00005021953) #34	MLLT1 (ENSCDRG00005021952) #35	ACER1 (ENSCDRG00005021951) #36	CLPP (ENSCDRG00005021950) #37
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000012248	ENSGT00390000010591	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000156279	ENSGT00930000150969.A.c.b.b	ENSGT00930000150969.A.c.a	ENSGT00930000150969.A.c.b.a	ENSGT00940000156522	ENSGT00940000158488	ENSGT00390000011296	ENSGT00390000008255	ENSGT00940000155968	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22	ENSGT00940000156575	ENSGT00940000156185	ENSGT00730000111237	ENSGT00940000159446	ENSGT00390000017260	ENSGT00940000161582	ENSGT00390000011031	ENSGT00940000154962.A.c	ENSGT01090000260115	ENSGT00940000154962.A.d.a	ENSGT00390000011206.a	ENSGT00510000046985.h.b.b	ENSGT00390000006707.q.d	ENSGT00940000160058	ENSGT00940000159299
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000012248	ENSGT00390000010591	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000156279	ENSGT00930000150969.A.c.b.b	ENSGT00930000150969.A.c.a	ENSGT00930000150969.A.c.b.a	ENSGT00940000156522	ENSGT00940000158488	ENSGT00390000011296	ENSGT00390000008255	ENSGT00940000155968	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22	ENSGT00940000156575	ENSGT00940000156185.t	ENSGT00730000111237	ENSGT00940000159446	ENSGT00390000017260	ENSGT00940000161582	ENSGT00390000011031	ENSGT00940000154962.A.c	ENSGT01090000260115	ENSGT00940000154962.A.d.a	ENSGT00390000011206.a	ENSGT00510000046985.h.b.b	ENSGT00390000006707.q.d	ENSGT00940000160058	ENSGT00940000159299
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156530.c	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000012248	ENSGT00390000010591	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000156279	ENSGT00930000150969.A.c.b.b	ENSGT00930000150969.A.c.a	ENSGT00930000150969.A.c.b.a	ENSGT00940000156522	ENSGT00940000158488	ENSGT00390000011296	ENSGT00940000155968	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22	ENSGT00940000156575	ENSGT00940000156185.t	ENSGT00730000111237	ENSGT00940000159446	ENSGT00390000017260	ENSGT00940000161582	ENSGT00390000011031	ENSGT00940000154962.A.c	ENSGT01090000260115	ENSGT00940000154962.A.d.a	ENSGT00390000011206.a	ENSGT00510000046985.h.b.b	ENSGT00390000006707.q.d	ENSGT00940000160058	ENSGT00940000159299
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000018052	ENSGT00940000156530.c	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000012248	ENSGT00390000010591	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000156279	ENSGT00930000150969.A.c.b.b	ENSGT00930000150969.A.c.a	ENSGT00930000150969.A.c.b.a	ENSGT00940000156522	ENSGT00940000158488	ENSGT00390000011296	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22	ENSGT00940000155968	ENSGT00940000156575	ENSGT00940000156185.t	ENSGT00730000111237	ENSGT00940000159446	ENSGT00940000161582	ENSGT01090000260115	ENSGT00390000011031	ENSGT00940000154962.A.d.a	ENSGT00390000011206.a	ENSGT00510000046985.h.b.b	ENSGT00390000006707.q.d	ENSGT00390000006707.r.h.b	ENSGT00940000160058	ENSGT00940000159299
Narwhal	MODERN SPECIES	305	PNO1 (ENSMMNG00015015433)	PPP3R1 (ENSMMNG00015015405)	CNRIP1 (ENSMMNG00015015380)	PLEK (ENSMMNG00015015351)	FBXO48 (ENSMMNG00015015325)	APLF (ENSMMNG00015015298)	PROKR1 (ENSMMNG00015015283)	ARHGAP25 (ENSMMNG00015015108)	BMP10 (ENSMMNG00015015084)	ENSMMNG00015015070	GKN2 (ENSMMNG00015015048)	GKN1 (ENSMMNG00015015029)	ANTXR1 (ENSMMNG00015015005)	GFPT1 (ENSMMNG00015014974)	NFU1 (ENSMMNG00015014943)	ENSMMNG00015014934 #22	AAK1 (ENSMMNG00015014881)	ANXA4 (ENSMMNG00015014849)	ENSMMNG00015014824	ENSMMNG00015014799	MXD1 (ENSMMNG00015014776)	ENSMMNG00015014724	PCBP1 (ENSMMNG00015014717)	ENSMMNG00015014704	C2orf42 (ENSMMNG00015014664)	ENSMMNG00015014614	PCYOX1 (ENSMMNG00015014565)	ENSMMNG00015014552	ENSMMNG00015014529	TGFA (ENSMMNG00015014512)	ADD2 (ENSMMNG00015014473)
Beluga whale	MODERN SPECIES	42	PPP3R1 (ENSDLEG00000005831)	CNRIP1 (ENSDLEG00000005826)	PLEK (ENSDLEG00000005814)	FBXO48 (ENSDLEG00000005798)	APLF (ENSDLEG00000005776)	PROKR1 (ENSDLEG00000005769)	ARHGAP25 (ENSDLEG00000005744)	ENSDLEG00000005710	BMP10 (ENSDLEG00000005697)	ENSDLEG00000005689	GKN2 (ENSDLEG00000005673)	GKN1 (ENSDLEG00000005657)	ANTXR1 (ENSDLEG00000005620)	GFPT1 (ENSDLEG00000005570)	NFU1 (ENSDLEG00000005546)	ENSDLEG00000005538 #22	AAK1 (ENSDLEG00000005437)	ANXA4 (ENSDLEG00000005419)	GMCL1 (ENSDLEG00000005398)	SNRNP27 (ENSDLEG00000005387)	MXD1 (ENSDLEG00000005379)	ENSDLEG00000005374	PCBP1 (ENSDLEG00000005372)	ENSDLEG00000005367	CUNH2orf42 (ENSDLEG00000005359)	ENSDLEG00000005347	PCYOX1 (ENSDLEG00000005335)	SNRPG (ENSDLEG00000005308)	ENSDLEG00000005295	TGFA (ENSDLEG00000005282)	ADD2 (ENSDLEG00000005235)
Vaquita	MODERN SPECIES	4	PPP3R1 (ENSPSNG00000017608)	CNRIP1 (ENSPSNG00000017800)	PLEK (ENSPSNG00000017885)	FBXO48 (ENSPSNG00000017972)	APLF (ENSPSNG00000018014)	PROKR1 (ENSPSNG00000018062)	ARHGAP25 (ENSPSNG00000018111)	BMP10 (ENSPSNG00000018330)	ENSPSNG00000018367	GKN2 (ENSPSNG00000018430)	GKN1 (ENSPSNG00000018548)	ANTXR1 (ENSPSNG00000018795)	GFPT1 (ENSPSNG00000019034)	NFU1 (ENSPSNG00000019121)	AAK1 (ENSPSNG00000019213)	ENSPSNG00000019286 #22	ANXA4 (ENSPSNG00000019312)	ENSPSNG00000019370	SNRNP27 (ENSPSNG00000019418)	MXD1 (ENSPSNG00000019477)	ASPRV1 (ENSPSNG00000019526)	PCBP1 (ENSPSNG00000019576)	C2orf42 (ENSPSNG00000019611)	ENSPSNG00000019659	ENSPSNG00000019755	PCYOX1 (ENSPSNG00000019899)	ENSPSNG00000019975	ENSPSNG00000020073	TGFA (ENSPSNG00000020121)	ADD2 (ENSPSNG00000020240)	FIGLA (ENSPSNG00000007843)
Sperm whale	MODERN SPECIES	3	CNRIP1 (ENSPCTG00005008746)	PLEK (ENSPCTG00005008806)	FBXO48 (ENSPCTG00005008864)	APLF (ENSPCTG00005008883)	ENSPCTG00005008914	PROKR1 (ENSPCTG00005008946)	ARHGAP25 (ENSPCTG00005009007)	BMP10 (ENSPCTG00005009185)	GKN2 (ENSPCTG00005009224)	GKN1 (ENSPCTG00005009330)	ANTXR1 (ENSPCTG00005009423)	GFPT1 (ENSPCTG00005009639)	NFU1 (ENSPCTG00005009942)	ENSPCTG00005010064	AAK1 (ENSPCTG00005010078)	ENSPCTG00005010127 #22	ANXA4 (ENSPCTG00005010147)	ENSPCTG00005010209	SNRNP27 (ENSPCTG00005010264)	MXD1 (ENSPCTG00005010436)	PCBP1 (ENSPCTG00005010523)	C2orf42 (ENSPCTG00005010582)	ENSPCTG00005010626	TIA1 (ENSPCTG00005010680)	PCYOX1 (ENSPCTG00005010934)	SNRPG (ENSPCTG00005010984)	FAM136A (ENSPCTG00005011080)	TGFA (ENSPCTG00005011128)	ADD2 (ENSPCTG00005011270)	FIGLA (ENSPCTG00005004108)	CLEC4F (ENSPCTG00005004118)
Blue whale	MODERN SPECIES	4	CNRIP1 (ENSBMSG00010014640)	PLEK (ENSBMSG00010014580)	FBXO48 (ENSBMSG00010014557)	APLF (ENSBMSG00010014533)	PROKR1 (ENSBMSG00010014509)	ARHGAP25 (ENSBMSG00010014354)	BMP10 (ENSBMSG00010014307)	ENSBMSG00010014270	GKN2 (ENSBMSG00010014230)	GKN1 (ENSBMSG00010014173)	ANTXR1 (ENSBMSG00010014106)	GFPT1 (ENSBMSG00010013920)	ENSBMSG00010016672	NFU1 (ENSBMSG00010016608)	ENSBMSG00010016582	ENSBMSG00010016570 #22	AAK1 (ENSBMSG00010016501)	ENSBMSG00010016447	ANXA4 (ENSBMSG00010016419)	ENSBMSG00010016340	SNRNP27 (ENSBMSG00010016319)	MXD1 (ENSBMSG00010016279)	ASPRV1 (ENSBMSG00010016234)	ENSBMSG00010016202	PCBP1 (ENSBMSG00010016188)	C2orf42 (ENSBMSG00010016131)	ENSBMSG00010016029	PCYOX1 (ENSBMSG00010015980)	ENSBMSG00010015885	ENSBMSG00010015853	TGFA (ENSBMSG00010015817)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22
Arabian camel	MODERN SPECIES	35	FCSK (ENSCDRG00005010961)	ST3GAL2 (ENSCDRG00005011121)	DDX19A (ENSCDRG00005011214)	ENSCDRG00005011628	ENSCDRG00005011679	DDX19B (ENSCDRG00005011756)	ENSCDRG00005012016	ENSCDRG00005012047	ENSCDRG00005012088	AARS1 (ENSCDRG00005012135)	EXOSC6 (ENSCDRG00005012232)	ENSCDRG00005012252	ENSCDRG00005012342	ENSCDRG00005012399	GLG1 (ENSCDRG00005012462)	ENSCDRG00005013138 #22	RFWD3 (ENSCDRG00005013151)	MLKL (ENSCDRG00005013278)	FA2H (ENSCDRG00005013362)	WDR59 (ENSCDRG00005013472)	ZNRF1 (ENSCDRG00005013780)	LDHD (ENSCDRG00005013842)	ZFP1 (ENSCDRG00005013902)	ENSCDRG00005013942	ENSCDRG00005013972	ENSCDRG00005014042	ENSCDRG00005014091	BCAR1 (ENSCDRG00005014264)	CFDP1 (ENSCDRG00005014471)	TMEM170A (ENSCDRG00005014576)	ENSCDRG00005014751
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Blue whale	MODERN SPECIES	14	MYDGF (ENSBMSG00010003682) #9	DPP9 (ENSBMSG00010003636) #10	FEM1A (ENSBMSG00010003620) #11	TICAM1 (ENSBMSG00010003617) #12	PLIN3 (ENSBMSG00010003612) #13	ARRDC5 (ENSBMSG00010003610) #14	UHRF1 (ENSBMSG00010003601) #15	KDM4B (ENSBMSG00010003581) #16	PTPRS (ENSBMSG00010003537) #17	ZNRF4 (ENSBMSG00010003515)	TINCR (ENSBMSG00010003509)	SAFB2 (ENSBMSG00010003501) #18	SAFB (ENSBMSG00010003461) #19	MICOS13 (ENSBMSG00010003442) #20	HSD11B1L (ENSBMSG00010003419) #21	RPL36 (ENSBMSG00010003408) #22	LONP1 (ENSBMSG00010003368) #23	CATSPERD (ENSBMSG00010003335) #24	DUS3L (ENSBMSG00010003289) #26	NRTN (ENSBMSG00010003262)	NDUFA11 (ENSBMSG00010003243) #29	VMAC (ENSBMSG00010003235) #30	CAPS (ENSBMSG00010003225) #31	RANBP3 (ENSBMSG00010003161) #32	RFX2 (ENSBMSG00010003099) #33	ACSBG2 (ENSBMSG00010003047) #34	MLLT1 (ENSBMSG00010003015) #35	ACER1 (ENSBMSG00010002999) #36	CLPP (ENSBMSG00010002982) #37	ALKBH7 (ENSBMSG00010002973)	PSPN (ENSBMSG00010002965)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	CREB3L3 (ENSPCTG00005016528)	SIRT6 (ENSPCTG00005016278)	ENSPCTG00005016256	YJU2 (ENSPCTG00005016179)	SHD (ENSPCTG00005016052)	FSD1 (ENSPCTG00005015759)	ENSPCTG00005015705	HDGFL2 (ENSPCTG00005015668)	FEM1A (ENSPCTG00005015656) #11	ZNRF4 (ENSPCTG00005015573)	PTPRS (ENSPCTG00005015250) #17	KDM4B (ENSPCTG00005014205) #16	ENSPCTG00005010047 #19	MICOS13 (ENSPCTG00005009730) #20	HSD11B1L (ENSPCTG00005009491) #21	RPL36 (ENSPCTG00005009451) #22	LONP1 (ENSPCTG00005009046) #23	ENSPCTG00005008881 #24	ENSPCTG00005008584 #15	ENSPCTG00005008489 #32	RFX2 (ENSPCTG00005016359) #33	ACSBG2 (ENSPCTG00005015989) #34	MLLT1 (ENSPCTG00005015937) #35	ACER1 (ENSPCTG00005015854) #36	CLPP (ENSPCTG00005015762) #37	KHSRP (ENSPCTG00005015259)	TNFSF9 (ENSPCTG00005015187)	CD70 (ENSPCTG00005015119)	TNFSF14 (ENSPCTG00005015045)	C3 (ENSPCTG00005014524)	GPR108 (ENSPCTG00005014379)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Dolphin	MODERN SPECIES	250												SAFB2 (ENSTTRG00000013585) #18	SAFB (ENSTTRG00000013588) #19	MICOS13 (ENSTTRG00000013590) #20	HSD11B1L (ENSTTRG00000013592) #21	RPL36 (ENSTTRG00000013593) #22	LONP1 (ENSTTRG00000013595) #23	CATSPERD (ENSTTRG00000013597) #24	DUS3L (ENSTTRG00000013600) #26
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Vaquita	DUPLICATION
Vaquita	MODERN SPECIES		CFAP141 (ENSPSNG00000002637)	ENSPSNG00000002548	NUP210L (ENSPSNG00000002274)	RPS27 (ENSPSNG00000002137)	RAB13 (ENSPSNG00000002114)	JTB (ENSPSNG00000002085)	CREB3L4 (ENSPSNG00000002049)	SLC39A1 (ENSPSNG00000002032)	CRTC2 (ENSPSNG00000001957)	DENND4B (ENSPSNG00000001848)	GATAD2B (ENSPSNG00000001801)	INTS3 (ENSPSNG00000001667)	NPR1 (ENSPSNG00000001588)	ILF2 (ENSPSNG00000001548)	SNAPIN (ENSPSNG00000001522)	ENSPSNG00000001507 #22	CHTOP (ENSPSNG00000001475)	S100A1 (ENSPSNG00000001441)	S100A13 (ENSPSNG00000001430)	S100A14 (ENSPSNG00000001408)	S100A16 (ENSPSNG00000001392)	ENSPSNG00000001377	S100A4 (ENSPSNG00000001347)	S100A5 (ENSPSNG00000001323)	S100A6 (ENSPSNG00000001310)	S100A8 (ENSPSNG00000001301)	S100A12 (ENSPSNG00000001285)	S100A9 (ENSPSNG00000001270)	ENSPSNG00000001247	ENSPSNG00000001227	ENSPSNG00000001169
Vaquita	MODERN SPECIES	14	MYDGF (ENSPSNG00000015607) #9	DPP9 (ENSPSNG00000015679) #10	FEM1A (ENSPSNG00000015912) #11	TICAM1 (ENSPSNG00000015944) #12	PLIN3 (ENSPSNG00000015978) #13	ARRDC5 (ENSPSNG00000016046) #14	UHRF1 (ENSPSNG00000016136) #15	KDM4B (ENSPSNG00000016211) #16	PTPRS (ENSPSNG00000016446) #17	ZNRF4 (ENSPSNG00000016650)	TINCR (ENSPSNG00000016698)	SAFB2 (ENSPSNG00000016753) #18	SAFB (ENSPSNG00000016828) #19	MICOS13 (ENSPSNG00000016941) #20	HSD11B1L (ENSPSNG00000016974) #21	RPL36 (ENSPSNG00000017170) #22	LONP1 (ENSPSNG00000017242) #23	CATSPERD (ENSPSNG00000017551) #24	PRR22 (ENSPSNG00000017752) #25	DUS3L (ENSPSNG00000017805) #26	NRTN (ENSPSNG00000017905)	NDUFA11 (ENSPSNG00000017931) #29	VMAC (ENSPSNG00000017974) #30	CAPS (ENSPSNG00000018005) #31	RANBP3 (ENSPSNG00000018114) #32	RFX2 (ENSPSNG00000018253) #33	ACSBG2 (ENSPSNG00000018336) #34	MLLT1 (ENSPSNG00000018623) #35	ACER1 (ENSPSNG00000018752) #36	CLPP (ENSPSNG00000018810) #37	ALKBH7 (ENSPSNG00000018862)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Beluga whale	MODERN SPECIES	62	TNFAIP8L1 (ENSDLEG00000020059)	MYDGF (ENSDLEG00000020054) #9	DPP9 (ENSDLEG00000020026) #10	FEM1A (ENSDLEG00000020017) #11	PLIN3 (ENSDLEG00000020012) #13	ARRDC5 (ENSDLEG00000020005) #14	UHRF1 (ENSDLEG00000019995) #15	KDM4B (ENSDLEG00000019973) #16	PTPRS (ENSDLEG00000015597) #17	ZNRF4 (ENSDLEG00000015253)	TINCR (ENSDLEG00000015241)	SAFB2 (ENSDLEG00000015173) #18	SAFB (ENSDLEG00000014882) #19	MICOS13 (ENSDLEG00000014825) #20	HSD11B1L (ENSDLEG00000014805) #21	RPL36 (ENSDLEG00000014798) #22	LONP1 (ENSDLEG00000014745) #23	CATSPERD (ENSDLEG00000014692) #24	DUS3L (ENSDLEG00000014609) #26	NRTN (ENSDLEG00000014575)	NDUFA11 (ENSDLEG00000014563) #29	VMAC (ENSDLEG00000014555) #30	CAPS (ENSDLEG00000014540) #31	RANBP3 (ENSDLEG00000014487) #32	RFX2 (ENSDLEG00000014418) #33	ACSBG2 (ENSDLEG00000014214) #34	MLLT1 (ENSDLEG00000014165) #35	ACER1 (ENSDLEG00000014123) #36	CLPP (ENSDLEG00000014104) #37	ALKBH7 (ENSDLEG00000014092)	PSPN (ENSDLEG00000014081)
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	304	ENSMMNG00015000249	NUP210L (ENSMMNG00015000593)	ENSMMNG00015000867	RAB13 (ENSMMNG00015000895)	JTB (ENSMMNG00015000950)	CREB3L4 (ENSMMNG00015001002)	SLC39A1 (ENSMMNG00015001047)	CRTC2 (ENSMMNG00015001079)	DENND4B (ENSMMNG00015001160)	GATAD2B (ENSMMNG00015001287)	SLC27A3 (ENSMMNG00015001407)	INTS3 (ENSMMNG00015001446)	NPR1 (ENSMMNG00015001549)	ILF2 (ENSMMNG00015001680)	SNAPIN (ENSMMNG00015001720)	ENSMMNG00015001731 #22	CHTOP (ENSMMNG00015001765)	ENSMMNG00015001803	S100A13 (ENSMMNG00015001816)	S100A14 (ENSMMNG00015001828)	S100A16 (ENSMMNG00015001849)	ENSMMNG00015001867	S100A3 (ENSMMNG00015001881)	S100A4 (ENSMMNG00015001896)	S100A5 (ENSMMNG00015001912)	S100A6 (ENSMMNG00015001928)	S100A8 (ENSMMNG00015001948)	S100A12 (ENSMMNG00015001965)	S100A9 (ENSMMNG00015001982)	ENSMMNG00015001997	PRR9 (ENSMMNG00015002010)
Narwhal	MODERN SPECIES	298	MYDGF (ENSMMNG00015003651) #9	DPP9 (ENSMMNG00015003717) #10	FEM1A (ENSMMNG00015003806) #11	TICAM1 (ENSMMNG00015003821) #12	PLIN3 (ENSMMNG00015003853) #13	ARRDC5 (ENSMMNG00015003900) #14	UHRF1 (ENSMMNG00015003935) #15	KDM4B (ENSMMNG00015003989) #16	PTPRS (ENSMMNG00015004080) #17	ZNRF4 (ENSMMNG00015004135)	TINCR (ENSMMNG00015004151)	SAFB2 (ENSMMNG00015004188) #18	SAFB (ENSMMNG00015004266) #19	MICOS13 (ENSMMNG00015004313) #20	HSD11B1L (ENSMMNG00015004344) #21	RPL36 (ENSMMNG00015004368) #22	LONP1 (ENSMMNG00015004413) #23	CATSPERD (ENSMMNG00015004484) #24	PRR22 (ENSMMNG00015004516) #25	DUS3L (ENSMMNG00015004546) #26	NRTN (ENSMMNG00015004563)	ENSMMNG00015004569 #28	NDUFA11 (ENSMMNG00015004575) #29	VMAC (ENSMMNG00015004582) #30	CAPS (ENSMMNG00015004589) #31	RANBP3 (ENSMMNG00015004623) #32	RFX2 (ENSMMNG00015004665) #33	ACSBG2 (ENSMMNG00015004690) #34	MLLT1 (ENSMMNG00015015635) #35	ACER1 (ENSMMNG00015015665) #36	CLPP (ENSMMNG00015015685) #37
Pecora	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000000153.l.a.eb	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3349	FEM1A (ENSBBBG00000022081) #11	TICAM1 (ENSBBBG00000022067) #12	PLIN3 (ENSBBBG00000005823) #13	ARRDC5 (ENSBBBG00000022034) #14	UHRF1 (ENSBBBG00000022007) #15	KDM4B (ENSBBBG00000021923) #16	PTPRS (ENSBBBG00000021793) #17	ZNRF4 (ENSBBBG00000021749)	TINCR (ENSBBBG00000005774)	ENSBBBG00000021723	SAFB2 (ENSBBBG00000007636) #18	ENSBBBG00000021680 #19	ENSBBBG00000021670 #19	MICOS13 (ENSBBBG00000021662) #20	HSD11B1L (ENSBBBG00000021637) #21	ENSBBBG00000021559 #22	LONP1 (ENSBBBG00000005732) #23	CATSPERD (ENSBBBG00000005716) #24	DUS3L (ENSBBBG00000021385) #26	NRTN (ENSBBBG00000021324)	ENSBBBG00000021316	NDUFA11 (ENSBBBG00000021309) #29	ENSBBBG00000021299 #30	CAPS (ENSBBBG00000008402) #31	RANBP3 (ENSBBBG00000021259) #32	RFX2 (ENSBBBG00000007387) #33	ACSBG2 (ENSBBBG00000021028) #34	MLLT1 (ENSBBBG00000020959) #35	ENSBBBG00000005623 #36	CLPP (ENSBBBG00000020882) #37	ENSBBBG00000008371
American bison	MODERN SPECIES	2978	ENSBBBG00000009703	TMEM212 (ENSBBBG00000009707)	PLD1 (ENSBBBG00000009723)	TNIK (ENSBBBG00000009819)	SLC2A2 (ENSBBBG00000009847)	ENSBBBG00000009851	EIF5A2 (ENSBBBG00000009855)	ENSBBBG00000009861	ENSBBBG00000001649	SLC7A14 (ENSBBBG00000009871)	CLDN11 (ENSBBBG00000009873)	SKIL (ENSBBBG00000009879)	PRKCI (ENSBBBG00000009887)	PHC3 (ENSBBBG00000009906)	GPR160 (ENSBBBG00000001660)	ENSBBBG00000009917 #22	SEC62 (ENSBBBG00000009926)	SAMD7 (ENSBBBG00000009931)	LRRIQ4 (ENSBBBG00000009943)	LRRC34 (ENSBBBG00000009952)	MYNN (ENSBBBG00000009965)	ACTRT3 (ENSBBBG00000001682)	MECOM (ENSBBBG00000010011)	GOLIM4 (ENSBBBG00000010026)	ENSBBBG00000010038	SERPINI1 (ENSBBBG00000010044)	PDCD10 (ENSBBBG00000010063)	WDR49 (ENSBBBG00000010072)	SERPINI2 (ENSBBBG00000008722)	CSMD1 (ENSBBBG00000010102)	MYOM2 (ENSBBBG00000010133)
Bos	DUPLICATION
Bos	DUPLICATION
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.a #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.a #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	ENSBIXG00005016291	ENSBIXG00005016327	ENSBIXG00005000084	ENSBIXG00005016340	ENSBIXG00005002617	KRT7 (ENSBIXG00005002618)	KRT80 (ENSBIXG00005002624)	ATG101 (ENSBIXG00005016484)	NR4A1 (ENSBIXG00005016594)	TAMALIN (ENSBIXG00005002680)	ACVR1B (ENSBIXG00005016691)	ACVRL1 (ENSBIXG00005016803)	ENSBIXG00005016822	FIGNL2 (ENSBIXG00005005509)	SCN8A (ENSBIXG00005016926)	ENSBIXG00005016951 #22	SLC4A8 (ENSBIXG00005017014)	ENSBIXG00005017023	GALNT6 (ENSBIXG00005017048)	CELA1 (ENSBIXG00005002777)	BIN2 (ENSBIXG00005017157)	SMAGP (ENSBIXG00005002797)	DAZAP2 (ENSBIXG00005017295)	POU6F1 (ENSBIXG00005017332)	ENSBIXG00005017339	TFCP2 (ENSBIXG00005017401)	CSRNP2 (ENSBIXG00005002832)	LETMD1 (ENSBIXG00005002848)	ENSBIXG00005005653	ENSBIXG00005017599	ENSBIXG00005002878
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.a #22
Wild yak	MODERN SPECIES	2281															SCN8A (ENSBMUG00000026270)	ENSBMUG00000026257 #22	SLC4A8 (ENSBMUG00000026256)	GALNT6 (ENSBMUG00000026245)	CELA1 (ENSBMUG00000026243)	BIN2 (ENSBMUG00000026239)	SMAGP (ENSBMUG00000026235)	DAZAP2 (ENSBMUG00000026230)	POU6F1 (ENSBMUG00000026224)	TFCP2 (ENSBMUG00000026223)	CSRNP2 (ENSBMUG00000026218)	LETMD1 (ENSBMUG00000026215)	ENSBMUG00000026209	ENSBMUG00000026207
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.b #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.b #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	26	DPP9 (ENSBIXG00005006120) #10	FEM1A (ENSBIXG00005013330) #11	TICAM1 (ENSBIXG00005013320) #12	PLIN3 (ENSBIXG00005007114) #13	ENSBIXG00005013265	ARRDC5 (ENSBIXG00005001520) #14	UHRF1 (ENSBIXG00005013250) #15	KDM4B (ENSBIXG00005001510) #16	PTPRS (ENSBIXG00005001496) #17	ENSBIXG00005012918	TINCR (ENSBIXG00005012905)	SAFB2 (ENSBIXG00005012877) #18	SAFB (ENSBIXG00005012788) #19	MICOS13 (ENSBIXG00005006332) #20	HSD11B1L (ENSBIXG00005012597) #21	ENSBIXG00005012522 #22	LONP1 (ENSBIXG00005001346) #23	CATSPERD (ENSBIXG00005012388) #24	DUS3L (ENSBIXG00005012323) #26	NRTN (ENSBIXG00005012230)	ENSBIXG00005001267	NDUFA11 (ENSBIXG00005012200) #29	ENSBIXG00005000272 #31	RFX2 (ENSBIXG00005012097) #33	ENSBIXG00005011901	ACSBG2 (ENSBIXG00005001189) #34	MLLT1 (ENSBIXG00005001179) #35	ACER1 (ENSBIXG00005005477) #36	CLPP (ENSBIXG00005011763) #37	ALKBH7 (ENSBIXG00005011712)	PSPN (ENSBIXG00005011696)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000000153.l.a.eb	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.h #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.h #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Cow	MODERN SPECIES	26	TNFAIP8L1 (ENSBTAG00000037765)	MYDGF (ENSBTAG00000018655) #9	DPP9 (ENSBTAG00000021134) #10	FEM1A (ENSBTAG00000003476) #11	PLIN3 (ENSBTAG00000011805) #13	ARRDC5 (ENSBTAG00000031673) #14	UHRF1 (ENSBTAG00000002224) #15	KDM4B (ENSBTAG00000015487) #16	PTPRS (ENSBTAG00000018052) #17	ZNRF4 (ENSBTAG00000051350)	SAFB2 (ENSBTAG00000001790) #18	ENSBTAG00000051794 #19	SAFB (ENSBTAG00000007875) #19	MICOS13 (ENSBTAG00000001792) #20	HSD11B1L (ENSBTAG00000001793) #21	RPL36 (ENSBTAG00000001794) #22	LONP1 (ENSBTAG00000001795) #23	CATSPERD (ENSBTAG00000001796) #24	PRR22 (ENSBTAG00000025550) #25	DUS3L (ENSBTAG00000011842) #26	NRTN (ENSBTAG00000000413)	FUT6 (ENSBTAG00000000414)	NDUFA11 (ENSBTAG00000019025) #29	VMAC (ENSBTAG00000006067) #30	CAPS (ENSBTAG00000006069) #31	RANBP3 (ENSBTAG00000006070) #32	RFX2 (ENSBTAG00000017661) #33	ACSBG2 (ENSBTAG00000009105) #34	ENSBTAG00000049278 #34	MLLT1 (ENSBTAG00000002277) #35	ACER1 (ENSBTAG00000008095) #36
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157005	ENSGT00390000016029	ENSGT00940000155015	ENSGT00950000183196.B	ENSGT00940000155708	ENSGT00960000189143	ENSGT00390000003738.a.b	ENSGT00940000154509.y.a	ENSGT00960000190743	ENSGT00940000155893.b	ENSGT00890000139496	ENSGT00940000158435	ENSGT00940000153497.E	ENSGT00940000154964	ENSGT00390000015520	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.h #22	ENSGT00390000002757	ENSGT00940000160075	ENSGT00730000111293	ENSGT00940000161601	ENSGT00940000156456	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000162209	ENSGT00940000157208	ENSGT00390000004096	ENSGT00390000015980	ENSGT00940000158168	ENSGT00390000017913	ENSGT00940000160751	ENSGT00390000018298	ENSGT00940000157023
Domestic yak	MODERN SPECIES		ENSBGRG00000007242	SLC2A2 (ENSBGRG00000007265)	ENSBGRG00000007374	EIF5A2 (ENSBGRG00000007427)	ENSBGRG00000007513	ENSBGRG00000006105	ENSBGRG00000006113	SLC7A14 (ENSBGRG00000006126)	CLDN11 (ENSBGRG00000006186)	SKIL (ENSBGRG00000006204)	PRKCI (ENSBGRG00000006256)	ENSBGRG00000006474	PHC3 (ENSBGRG00000006509)	ENSBGRG00000006804	GPR160 (ENSBGRG00000006841)	ENSBGRG00000006873 #22	SEC62 (ENSBGRG00000006891)	SAMD7 (ENSBGRG00000007000)	LRRC31 (ENSBGRG00000007045)	LRRIQ4 (ENSBGRG00000007322)	LRRC34 (ENSBGRG00000007360)	MYNN (ENSBGRG00000007490)	ACTRT3 (ENSBGRG00000007581)	MECOM (ENSBGRG00000007660)	ENSBGRG00000008762	ENSBGRG00000008768	ENSBGRG00000008847	ENSBGRG00000008865	ENSBGRG00000008889	GOLIM4 (ENSBGRG00000008924)	ENSBGRG00000009198
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629.c #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37	ENSGT00390000014585	ENSGT00950000182993.B.b
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	21	MYDGF (ENSOARG00020013791) #9	DPP9 (ENSOARG00020013191) #10	FEM1A (ENSOARG00020013159) #11	TICAM1 (ENSOARG00020013142) #12	PLIN3 (ENSOARG00020013051) #13	ARRDC5 (ENSOARG00020012988) #14	UHRF1 (ENSOARG00020012813) #15	KDM4B (ENSOARG00020012203) #16	PTPRS (ENSOARG00020009353) #17	TINCR (ENSOARG00020009227)	SAFB2 (ENSOARG00020009037) #18	ENSOARG00020009005 #19	ENSOARG00020008821 #19	MICOS13 (ENSOARG00020008768) #20	HSD11B1L (ENSOARG00020008652) #21	RPL36 (ENSOARG00020008622) #22	LONP1 (ENSOARG00020021281) #23	CATSPERD (ENSOARG00020021093) #24	PRR22 (ENSOARG00020021041) #25	DUS3L (ENSOARG00020020943) #26	NRTN (ENSOARG00020020907)	ENSOARG00020020891	NDUFA11 (ENSOARG00020020850) #29	VMAC (ENSOARG00020020817) #30	CAPS (ENSOARG00020020769) #31	RANBP3 (ENSOARG00020020564) #32	RFX2 (ENSOARG00020020257) #33	ACSBG2 (ENSOARG00020020054) #34	ENSOARG00020020028	MLLT1 (ENSOARG00020019921) #35	ACER1 (ENSOARG00020019869) #36
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	21	MISP3 (ENSOARG00020001288)	PALM3 (ENSOARG00020001298)	IL27RA (ENSOARG00020001311)	ENSOARG00020001327	RFX1 (ENSOARG00020001351) ##33	DCAF15 (ENSOARG00020001424)	PODNL1 (ENSOARG00020001475)	CC2D1A (ENSOARG00020001498)	ENSOARG00020001554	NANOS3 (ENSOARG00020001560)	ZSWIM4 (ENSOARG00020001605)	C19orf53 (ENSOARG00020001650)	MRI1 (ENSOARG00020001665)	YJU2B (ENSOARG00020001677)	CACNA1A (ENSOARG00020002091)	ENSOARG00020008152 #22	IER2 (ENSOARG00020008180)	STX10 (ENSOARG00020008210)	NACC1 (ENSOARG00020008294)	TRMT1 (ENSOARG00020008381)	LYL1 (ENSOARG00020008580)	NFIX (ENSOARG00020008684)	GADD45GIP1 (ENSOARG00020009801)	RAD23A (ENSOARG00020009840)	CALR (ENSOARG00020009931)	FARSA (ENSOARG00020010040)	GCDH (ENSOARG00020010253)	KLF1 (ENSOARG00020010329)	DNASE2 (ENSOARG00020010363)	MAST1 (ENSOARG00020010455)	RTBDN (ENSOARG00020011079)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	GPR182 (ENSOARG00020002179)	ENSOARG00020002192	ENSOARG00020002206	ENSOARG00020002217	ENSOARG00020002226	SDR9C7 (ENSOARG00020002232)	ENSOARG00020002244	ENSOARG00020002250	HSD17B6 (ENSOARG00020002262)	PRIM1 (ENSOARG00020002282)	ENSOARG00020002301	ENSOARG00020002335	ATP5F1B (ENSOARG00020002370)	BAZ2A (ENSOARG00020002394)	RBMS2 (ENSOARG00020002450)	ENSOARG00020002476 #22	GLS2 (ENSOARG00020002498)	SPRYD4 (ENSOARG00020002567)	MIP (ENSOARG00020002585)	TIMELESS (ENSOARG00020002605)	ENSOARG00020002631	APOF (ENSOARG00020002637)	STAT2 (ENSOARG00020002651)	IL23A (ENSOARG00020002694)	PAN2 (ENSOARG00020002722)	CNPY2 (ENSOARG00020002812)	CS (ENSOARG00020002823)	COQ10A (ENSOARG00020002854)	ANKRD52 (ENSOARG00020002883)	ENSOARG00020002922	SLC39A5 (ENSOARG00020002931)
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	2	GALM (ENSCHIG00000015168)	SRSF7 (ENSCHIG00000019180)	ENSCHIG00000019213	GEMIN6 (ENSCHIG00000013155)	DHX57 (ENSCHIG00000017727)	ENSCHIG00000025946	SOS1 (ENSCHIG00000018884)	CDKL4 (ENSCHIG00000015581)	ENSCHIG00000021790	ENSCHIG00000010828	TMEM178A (ENSCHIG00000009934)	THUMPD2 (ENSCHIG00000013921)	ENSCHIG00000023047	ENSCHIG00000009747	ENSCHIG00000021702	ENSCHIG00000026735 #22	ENSCHIG00000014587	PKDCC (ENSCHIG00000011323)	EML4 (ENSCHIG00000017377)	COX7A2L (ENSCHIG00000014319)	KCNG3 (ENSCHIG00000023227)	MTA3 (ENSCHIG00000009339)	HAAO (ENSCHIG00000014147)	ZFP36L2 (ENSCHIG00000025020)	THADA (ENSCHIG00000010658)	PLEKHH2 (ENSCHIG00000016278)	DYNC2LI1 (ENSCHIG00000006689)	ABCG5 (ENSCHIG00000024311)	ABCG8 (ENSCHIG00000022042)	ENSCHIG00000020173	PPM1B (ENSCHIG00000022020)
Goat	MODERN SPECIES	26	TNFAIP8L1 (ENSCHIG00000012214)	MYDGF (ENSCHIG00000016713) #9	DPP9 (ENSCHIG00000007927) #10	FEM1A (ENSCHIG00000013500) #11	TICAM1 (ENSCHIG00000021314) #12	PLIN3 (ENSCHIG00000023756) #13	ARRDC5 (ENSCHIG00000023336) #14	UHRF1 (ENSCHIG00000018588) #15	KDM4B (ENSCHIG00000017369) #16	PTPRS (ENSCHIG00000027091) #17	ZNRF4 (ENSCHIG00000009323)	SAFB2 (ENSCHIG00000024547) #18	SAFB (ENSCHIG00000007262) #19	ENSCHIG00000025054 #20	HSD11B1L (ENSCHIG00000023498) #21	RPL36 (ENSCHIG00000014701) #22	LONP1 (ENSCHIG00000003365) #23	DUS3L (ENSCHIG00000021327) #26	PRR22 (ENSCHIG00000022206) #25	NDUFA11 (ENSCHIG00000021213) #29	VMAC (ENSCHIG00000004574) #30	CAPS (ENSCHIG00000022459) #31	RANBP3 (ENSCHIG00000021064) #32	RFX2 (ENSCHIG00000023052) #33	ACSBG2 (ENSCHIG00000016276) #34	MLLT1 (ENSCHIG00000022842) #35	ENSCHIG00000016868	ACER1 (ENSCHIG00000008361) #36	CLPP (ENSCHIG00000023189) #37	ALKBH7 (ENSCHIG00000024761)	PSPN (ENSCHIG00000018638)
Suina	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Pig	MODERN SPECIES	10	MYDGF (ENSSSCG00000034898) #9	DPP9 (ENSSSCG00000026063) #10	FEM1A (ENSSSCG00000037153) #11	TICAM1 (ENSSSCG00000024771) #12	PLIN3 (ENSSSCG00000038954) #13	ARRDC5 (ENSSSCG00000037183) #14	UHRF1 (ENSSSCG00000013517) #15	KDM4B (ENSSSCG00000024570) #16	PTPRS (ENSSSCG00000028612) #17	ZNRF4 (ENSSSCG00000059446)	TINCR (ENSSSCG00000042523)	SAFB2 (ENSSSCG00000013523) #18	SAFB (ENSSSCG00000013522) #19	MICOS13 (ENSSSCG00000013524) #20	HSD11B1L (ENSSSCG00000030546) #21	RPL36 (ENSSSCG00000059007) #22	LONP1 (ENSSSCG00000027128) #23	CATSPERD (ENSSSCG00000013527) #24	DUS3L (ENSSSCG00000040968) #26	NRTN (ENSSSCG00000033413)	ENSSSCG00000013530	NDUFA11 (ENSSSCG00000027307) #29	VMAC (ENSSSCG00000031764) #30	CAPS (ENSSSCG00000013532) #31	RANBP3 (ENSSSCG00000013533) #32	RFX2 (ENSSSCG00000035403) #33	ACSBG2 (ENSSSCG00000013536) #34	MLLT1 (ENSSSCG00000013534) #35	ACER1 (ENSSSCG00000023969) #36	CLPP (ENSSSCG00000038079) #37	PSPN (ENSSSCG00000013540)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	770	TNFAIP8L1 (ENSCWAG00000014762)	MYDGF (ENSCWAG00000014777) #9	DPP9 (ENSCWAG00000014822) #10	FEM1A (ENSCWAG00000014974) #11	TICAM1 (ENSCWAG00000014991) #12	PLIN3 (ENSCWAG00000015010) #13	ARRDC5 (ENSCWAG00000015042) #14	KDM4B (ENSCWAG00000015136) #16	PTPRS (ENSCWAG00000015317) #17	ENSCWAG00000015550	TINCR (ENSCWAG00000015581)	SAFB2 (ENSCWAG00000015621) #18	SAFB (ENSCWAG00000015662) #19	MICOS13 (ENSCWAG00000015741) #20	HSD11B1L (ENSCWAG00000015779) #21	RPL36 (ENSCWAG00000015898) #22	LONP1 (ENSCWAG00000015932) #23	CATSPERD (ENSCWAG00000016184) #24	PRR22 (ENSCWAG00000016306) #25	DUS3L (ENSCWAG00000016362) #26	NRTN (ENSCWAG00000016434)	ENSCWAG00000016466	NDUFA11 (ENSCWAG00000016483) #29	VMAC (ENSCWAG00000016538) #30	CAPS (ENSCWAG00000016575) #31	RANBP3 (ENSCWAG00000016644) #32	RFX2 (ENSCWAG00000016768) #33	ACSBG2 (ENSCWAG00000016992) #34	MLLT1 (ENSCWAG00000017206) #35	ACER1 (ENSCWAG00000017254) #36	CLPP (ENSCWAG00000017303) #37
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.a #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Cat	MODERN SPECIES	1	DPP9 (ENSFCAG00000015174) #10	FEM1A (ENSFCAG00000010143) #11	TICAM1 (ENSFCAG00000042286) #12	PLIN3 (ENSFCAG00000010142) #13	ARRDC5 (ENSFCAG00000010144) #14	UHRF1 (ENSFCAG00000010146) #15	KDM4B (ENSFCAG00000007233) #16	PTPRS (ENSFCAG00000007234) #17	ZNRF4 (ENSFCAG00000042643)	TINCR (ENSFCAG00000043020)	LONP1 (ENSFCAG00000011839) #23	SAFB2 (ENSFCAG00000011834) #18	SAFB (ENSFCAG00000011835) #19	ENSFCAG00000011836 #20	HSD11B1L (ENSFCAG00000011837) #21	RPL36 (ENSFCAG00000011838) #22	CATSPERD (ENSFCAG00000015603) #24	DUS3L (ENSFCAG00000027534) #26	NRTN (ENSFCAG00000045492)	ENSFCAG00000025259	NDUFA11 (ENSFCAG00000016347) #29	ENSFCAG00000045490 #31	RANBP3 (ENSFCAG00000012502) #32	RFX2 (ENSFCAG00000012504) #33	ACSBG2 (ENSFCAG00000012505) #34	ENSFCAG00000027464	MLLT1 (ENSFCAG00000023537) #35	ACER1 (ENSFCAG00000040566) #36	CLPP (ENSFCAG00000012509) #37	ALKBH7 (ENSFCAG00000012510)	PSPN (ENSFCAG00000043004)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.a #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Tiger	MODERN SPECIES	117	CACNB4 (ENSPTIG00000014914)	ARL5A (ENSPTIG00000016763)	NEB (ENSPTIG00000017078)	RIF1 (ENSPTIG00000020652)	ENSPTIG00000005642	ENSPTIG00000005894	TNFAIP6 (ENSPTIG00000006051)	NMI (ENSPTIG00000006462)	RBM43 (ENSPTIG00000006727)	RND3 (ENSPTIG00000007120)	ENSPTIG00000007407	MMADHC (ENSPTIG00000007512)	LYPD6 (ENSPTIG00000007775)	LYPD6B (ENSPTIG00000008087)	KIF5C (ENSPTIG00000009064)	ENSPTIG00000010112 #22	EPC2 (ENSPTIG00000010286)	MBD5 (ENSPTIG00000010964)	ORC4 (ENSPTIG00000011249)	ACVR2A (ENSPTIG00000011911)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.a #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
leopard	DUPLICATION
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Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b.c #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043
Dog	MODERN SPECIES	12	SEMA6B (ENSCAFG00845014446) #8	TNFAIP8L1 (ENSCAFG00845014406)	DPP9 (ENSCAFG00845014345) #10	FEM1A (ENSCAFG00845014305) #11	ENSCAFG00845014291 #12	PLIN3 (ENSCAFG00845014253) #13	ARRDC5 (ENSCAFG00845014236) #14	UHRF1 (ENSCAFG00845014196) #15	KDM4B (ENSCAFG00845014098) #16	PTPRS (ENSCAFG00845013712) #17	ENSCAFG00845013596	SAFB2 (ENSCAFG00845013411) #18	SAFB (ENSCAFG00845013214) #19	MICOS13 (ENSCAFG00845013062) #20	HSD11B1L (ENSCAFG00845013008) #21	ENSCAFG00845012967 #22	LONP1 (ENSCAFG00845012796) #23	PRR22 (ENSCAFG00845012648) #25	DUS3L (ENSCAFG00845012465) #26	ENSCAFG00845012403	NRTN (ENSCAFG00845012314)	FUT5 (ENSCAFG00845012290)	NDUFA11 (ENSCAFG00845012269) #29	CAPS (ENSCAFG00845012225) #31	RANBP3 (ENSCAFG00845012047) #32	RFX2 (ENSCAFG00845011818) #33	ACSBG2 (ENSCAFG00845011716) #34	ENSCAFG00845011637	MLLT1 (ENSCAFG00845011430) #35	ACER1 (ENSCAFG00845011353) #36	CLPP (ENSCAFG00845011300) #37
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22
Ferret	DUPLICATION
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Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Equus	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Horse	MODERN SPECIES	28	ENSECAG00000049296 #9	DPP9 (ENSECAG00000024983) #10	FEM1A (ENSECAG00000025083) #11	KDM4B (ENSECAG00000014752) #16	TICAM1 (ENSECAG00000004791) #12	PLIN3 (ENSECAG00000009572) #13	ARRDC5 (ENSECAG00000012938) #14	UHRF1 (ENSECAG00000013193) #15	PTPRS (ENSECAG00000032438) #17	ZNRF4 (ENSECAG00000034500)	SAFB2 (ENSECAG00000018978) #18	SAFB (ENSECAG00000018659) #19	MICOS13 (ENSECAG00000012658) #20	LONP1 (ENSECAG00000014761) #23	HSD11B1L (ENSECAG00000014443) #21	RPL36 (ENSECAG00000036419) #22	CATSPERD (ENSECAG00000011401) #24	ENSECAG00000019359 #25	NRTN (ENSECAG00000039189)	ENSECAG00000033689	ENSECAG00000059799 #29	ENSECAG00000052631 #31	RANBP3 (ENSECAG00000024789) #32	RFX2 (ENSECAG00000020379) #33	ACSBG2 (ENSECAG00000017087) #34	ENSECAG00000047643	ENSECAG00000029780	MLLT1 (ENSECAG00000015555) #35	ACER1 (ENSECAG00000022733) #36	CLPP (ENSECAG00000023054) #37	ALKBH7 (ENSECAG00000023627)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588.w #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37	ENSGT00390000014585
Megabat	MODERN SPECIES	472												ENSPVAG00000004902 #18	SAFB (ENSPVAG00000004913) #19	MICOS13 (ENSPVAG00000004919) #20	HSD11B1L (ENSPVAG00000004922) #21	RPL36 (ENSPVAG00000004923) #22	LONP1 (ENSPVAG00000004925) #23	CATSPERD (ENSPVAG00000004929) #24
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588.w #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37	ENSGT00390000014585
Microbat	MODERN SPECIES	1160		ENSMLUG00000004705	ENSMLUG00000025922	ITGA8 (ENSMLUG00000010987)	MINDY3 (ENSMLUG00000013856)	ENSMLUG00000026097	PROSER2 (ENSMLUG00000000222)	UPF2 (ENSMLUG00000000228)	ENSMLUG00000004680	DHTKD1 (ENSMLUG00000010383)	SEC61A2 (ENSMLUG00000010427)	NUDT5 (ENSMLUG00000010453)	CDC123 (ENSMLUG00000010474)	ENSMLUG00000029582	CAMK1D (ENSMLUG00000007058)	ENSMLUG00000027660 #22	CCDC3 (ENSMLUG00000016950)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	9	MYDGF (ENSRFEG00010018537) #9	DPP9 (ENSRFEG00010018435) #10	FEM1A (ENSRFEG00010018407) #11	TICAM1 (ENSRFEG00010018400) #12	PLIN3 (ENSRFEG00010018352) #13	ARRDC5 (ENSRFEG00010018280) #14	UHRF1 (ENSRFEG00010018238) #15	KDM4B (ENSRFEG00010018184) #16	PTPRS (ENSRFEG00010018042) #17	ZNRF4 (ENSRFEG00010017958)	TINCR (ENSRFEG00010017931)	SAFB2 (ENSRFEG00010017805) #18	SAFB (ENSRFEG00010017693) #19	ENSRFEG00010017630 #20	HSD11B1L (ENSRFEG00010017351) #21	ENSRFEG00010017304 #22	LONP1 (ENSRFEG00010016908) #23	CATSPERD (ENSRFEG00010016860) #24	DUS3L (ENSRFEG00010016695) #26	NRTN (ENSRFEG00010016659)	NDUFA11 (ENSRFEG00010016557) #29	VMAC (ENSRFEG00010016520) #30	CAPS (ENSRFEG00010016476) #31	RANBP3 (ENSRFEG00010016304) #32	RFX2 (ENSRFEG00010016196) #33	ENSRFEG00010016123 #34	ENSRFEG00010015957 #34	MLLT1 (ENSRFEG00010015888) #35	ACER1 (ENSRFEG00010015824) #36	CLPP (ENSRFEG00010015771) #37	ALKBH7 (ENSRFEG00010015638)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	47	ADRA2C (ENSODEG00000009910)	LRPAP1 (ENSODEG00000011862)	DOK7 (ENSODEG00000010960)	HGFAC (ENSODEG00000010427)	RGS12 (ENSODEG00000011606)	ENSODEG00000019744	MSANTD1 (ENSODEG00000009931)	HTT (ENSODEG00000010889)	GRK4 (ENSODEG00000012144)	NOP14 (ENSODEG00000011223)	ENSODEG00000011022	ADD1 (ENSODEG00000010953)	SH3BP2 (ENSODEG00000011814)	ENSODEG00000010959	FAM193A (ENSODEG00000010949)	ENSODEG00000010562 ##22	RNF4 (ENSODEG00000011133)	CFAP99 (ENSODEG00000011882)	ENSODEG00000011568	MXD4 (ENSODEG00000011512)	HAUS3 (ENSODEG00000011986)	POLN (ENSODEG00000011265)	ENSODEG00000011259	ENSODEG00000011723	C4orf48 (ENSODEG00000011093)	NELFA (ENSODEG00000011122)	NSD2 (ENSODEG00000012080)	LETM1 (ENSODEG00000012866)	ENSODEG00000012582	ENSODEG00000012973	ENSODEG00000011155
Degu	MODERN SPECIES	111	ENSODEG00000008501	ENSODEG00000009446	ENSODEG00000008400	ENSODEG00000010541	ENSODEG00000007889	UBR7 (ENSODEG00000008732)	GON7 (ENSODEG00000008846)	LYSET (ENSODEG00000014062)	ITPK1 (ENSODEG00000007795)	CHGA (ENSODEG00000008252)	GOLGA5 (ENSODEG00000008897)	LGMN (ENSODEG00000009324)	RIN3 (ENSODEG00000010091)	SLC24A4 (ENSODEG00000008367)	CPSF2 (ENSODEG00000008682)	ENSODEG00000019811 ##22	ENSODEG00000010647	ENSODEG00000009488	SERPINA1 (ENSODEG00000010255)	SERPINA11 (ENSODEG00000010365)	SERPINA9 (ENSODEG00000011197)	SERPINA12 (ENSODEG00000011336)	SERPINA5 (ENSODEG00000010880)	SERPINA3 (ENSODEG00000009064)	GSC (ENSODEG00000008722)	DICER1 (ENSODEG00000008594)	CLMN (ENSODEG00000008945)	ENSODEG00000009806	SYNE3 (ENSODEG00000008940)	GLRX5 (ENSODEG00000009514)	TUNAR (ENSODEG00000010137)
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	131													ENSODEG00000020089 #22	FYN (ENSODEG00000013749)	ENSODEG00000013153	ENSODEG00000020026 ##22	REV3L (ENSODEG00000014010)	ENSODEG00000013019	ENSODEG00000013155	ENSODEG00000013600	ENSODEG00000013062	ENSODEG00000013254	ENSODEG00000015389	SLC16A10 (ENSODEG00000013681)	ENSODEG00000012904	ENSODEG00000013529	GTF3C6 (ENSODEG00000013017)	ENSODEG00000012898	CDK19 (ENSODEG00000012764)	ENSODEG00000014327	ENSODEG00000012677
Degu	MODERN SPECIES	398										ENSODEG00000002898	ENSODEG00000002914	RRAGB (ENSODEG00000002951)	ENSODEG00000003009	ENSODEG00000003024	ALAS2 (ENSODEG00000003044)	ENSODEG00000018880 ##22	ENSODEG00000003095	PFKFB1 (ENSODEG00000003122)	ENSODEG00000003143	ENSODEG00000000070
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Rat	MODERN SPECIES	11	ENSRNOG00000063007	Zbed3 (ENSRNOG00000028941)	LOC100912266 (ENSRNOG00000059441)	ENSRNOG00000067662	Pde8b (ENSRNOG00000010280)	Wdr41 (ENSRNOG00000025462)	Otp (ENSRNOG00000010560)	Tbca (ENSRNOG00000048342)	ENSRNOG00000068970	Ap3b1 (ENSRNOG00000010624)	Scamp1 (ENSRNOG00000061582)	Lhfpl2 (ENSRNOG00000011032)	Arsb (ENSRNOG00000011150)	Dmgdh (ENSRNOG00000023588)	Bhmt2 (ENSRNOG00000040120)	LOC103691423 (ENSRNOG00000029988) ##22	AABR07007675.2 (ENSRNOG00000058886)	Bhmt (ENSRNOG00000011200)	Jmy (ENSRNOG00000050343)	Homer1 (ENSRNOG00000047014)	Tent2 (ENSRNOG00000012099)	Cmya5 (ENSRNOG00000023803)	Mtx3 (ENSRNOG00000023837)	Thbs4 (ENSRNOG00000012471)	Serinc5 (ENSRNOG00000024039)	Spz1 (ENSRNOG00000013050)	Zfyve16 (ENSRNOG00000013055)	Fam151b (ENSRNOG00000024136)	Ankrd34b (ENSRNOG00000040166)	Dhfr (ENSRNOG00000013521)	ENSRNOG00000069130
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	268										NCAM2 (ENSMNEG00000033784)	ENSMNEG00000030006	ENSMNEG00000037531	ENSMNEG00000018853	TMPRSS15 (ENSMNEG00000010161)	CHODL (ENSMNEG00000032583)	ENSMNEG00000037779 ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2931														IDO1 (ENSRROG00000044350)	IDO2 (ENSRROG00000036605)	ENSRROG00000010865 ##22	TCIM (ENSRROG00000027707)	ZMAT4 (ENSRROG00000040877)	SFRP1 (ENSRROG00000042000)	GOLGA7 (ENSRROG00000028796)	GINS4 (ENSRROG00000026206)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	42	FAM177B (ENSCCAG00000031878)	BROX (ENSCCAG00000017416)	AIDA (ENSCCAG00000036949)	ENSCCAG00000033801	ENSCCAG00000020382	TAF1A (ENSCCAG00000036518)	HHIPL2 (ENSCCAG00000028953)	DUSP10 (ENSCCAG00000026878)	ENSCCAG00000020609	HLX (ENSCCAG00000036254)	MTARC1 (ENSCCAG00000036034)	MTARC2 (ENSCCAG00000012159)	C1orf115 (ENSCCAG00000028709)	MARK1 (ENSCCAG00000027702)	ENSCCAG00000030038	ENSCCAG00000025354 ##22	RAB3GAP2 (ENSCCAG00000029811)	IARS2 (ENSCCAG00000021848)	BPNT1 (ENSCCAG00000036591)	EPRS1 (ENSCCAG00000028256)	SLC30A10 (ENSCCAG00000023967)	ENSCCAG00000026807	LYPLAL1 (ENSCCAG00000026890)	TGFB2 (ENSCCAG00000027083)	ENSCCAG00000010376	ENSCCAG00000021469	ENSCCAG00000007339	ENSCCAG00000035049	SPATA17 (ENSCCAG00000020915)	GPATCH2 (ENSCCAG00000010195)	ESRRG (ENSCCAG00000031036)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	14	Tnfaip8l1 (ENSPEMG00000024674)	Mydgf (ENSPEMG00000030525) #9	Dpp9 (ENSPEMG00000017445) #10	ENSPEMG00000017948 #11	Ticam1 (ENSPEMG00000026452) #12	Plin3 (ENSPEMG00000022494) #13	ENSPEMG00000025270 #14	Uhrf1 (ENSPEMG00000016633) #15	Kdm4b (ENSPEMG00000021576) #16	Ptprs (ENSPEMG00000020799) #17	Znrf4 (ENSPEMG00000006665)	Tincr (ENSPEMG00000023023)	Safb2 (ENSPEMG00000016015) #18	Safb (ENSPEMG00000020428) #19	Micos13 (ENSPEMG00000009993) #20	ENSPEMG00000014036 ##22	Lonp1 (ENSPEMG00000020753) #23	Ranbp3 (ENSPEMG00000020448) #32	ENSPEMG00000020906 #31	ENSPEMG00000026816	Ndufa11 (ENSPEMG00000020648) #29	ENSPEMG00000031186	Nrtn (ENSPEMG00000014960)	Dus3l (ENSPEMG00000020784) #26	Prr22 (ENSPEMG00000014824) #25	Rfx2 (ENSPEMG00000021291) #33	Acsbg2 (ENSPEMG00000014725) #34	Acsbg3 (ENSPEMG00000022840)	Mllt1 (ENSPEMG00000020708) #35	Acer1 (ENSPEMG00000021242) #36	Clpp (ENSPEMG00000009546) #37
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Rat	MODERN SPECIES		AC112866.1 (ENSRNOG00000048424)	LOC691716 (ENSRNOG00000054854)	Kdm8 (ENSRNOG00000015180)	Nsmce1 (ENSRNOG00000015218)	Il4r (ENSRNOG00000015441)	Il21r (ENSRNOG00000015773)	Gtf3c1 (ENSRNOG00000016218)	Katnip (ENSRNOG00000016635)	Gsg1l (ENSRNOG00000065255)	Xpo6 (ENSRNOG00000016722)	ENSRNOG00000066090	Sbk1 (ENSRNOG00000067387)	Lat (ENSRNOG00000017429)	Spns1 (ENSRNOG00000017621)	Nfatc2ip (ENSRNOG00000057384)	LOC100361060 (ENSRNOG00000031947) ##22	Cd19 (ENSRNOG00000018311)	Rabep2 (ENSRNOG00000018462)	Atp2a1 (ENSRNOG00000047124)	Sh2b1 (ENSRNOG00000049181)	Tufm (ENSRNOG00000018604)	Atxn2l (ENSRNOG00000018686)	Eif3c (ENSRNOG00000018761)	Cln3 (ENSRNOG00000019103)	Apobr (ENSRNOG00000017403)	Il27 (ENSRNOG00000019170)	Sgf29 (ENSRNOG00000019245)	Sult1a1 (ENSRNOG00000019342)	Slx1b (ENSRNOG00000019369)	Bola2 (ENSRNOG00000047988)	Coro1a (ENSRNOG00000019430)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Squirrel	MODERN SPECIES	188	TNFAIP8L1 (ENSSTOG00000009863)	MYDGF (ENSSTOG00000009868) #9	DPP9 (ENSSTOG00000009879) #10	FEM1A (ENSSTOG00000002965) #11	PLIN3 (ENSSTOG00000027863) #13	ARRDC5 (ENSSTOG00000027289) #14	UHRF1 (ENSSTOG00000025553) #15	KDM4B (ENSSTOG00000022348) #16	PTPRS (ENSSTOG00000028354) #17	ZNRF4 (ENSSTOG00000022733)	ENSSTOG00000029515	ENSSTOG00000002758 #18	SAFB (ENSSTOG00000002783) #19	MICOS13 (ENSSTOG00000002814) #20	HSD11B1L (ENSSTOG00000027416) #21	ENSSTOG00000020518 ##22	LONP1 (ENSSTOG00000019884) #23	PRR22 (ENSSTOG00000025571) #25	DUS3L (ENSSTOG00000025017) #26	NRTN (ENSSTOG00000009542)	ENSSTOG00000022255	NDUFA11 (ENSSTOG00000028356) #29	VMAC (ENSSTOG00000012822) #30	CAPS (ENSSTOG00000006493) #31	RANBP3 (ENSSTOG00000006462) #32	ENSSTOG00000034262 #32	RFX2 (ENSSTOG00000027723) #33	ENSSTOG00000007511 #34	ENSSTOG00000019704	MLLT1 (ENSSTOG00000002340) #35	ENSSTOG00000022476
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	83				PIK3CB (ENSSBOG00000020838)	FAIM (ENSSBOG00000020593)	CEP70 (ENSSBOG00000032745)	ESYT3 (ENSSBOG00000024185)	MRAS (ENSSBOG00000023115)	NME9 (ENSSBOG00000026799)	ARMC8 (ENSSBOG00000029376)	ENSSBOG00000017963	DBR1 (ENSSBOG00000032048)	A4GNT (ENSSBOG00000035068)	DZIP1L (ENSSBOG00000028314)	CLDN18 (ENSSBOG00000029781)	ENSSBOG00000018267 ##22	SOX14 (ENSSBOG00000013214)	IL20RB (ENSSBOG00000030039)	NCK1 (ENSSBOG00000033794)	ENSSBOG00000015996	SLC35G2 (ENSSBOG00000019732)	ENSSBOG00000010558	STAG1 (ENSSBOG00000025180)	PCCB (ENSSBOG00000033579)	MSL2 (ENSSBOG00000028823)	PPP2R3A (ENSSBOG00000022624)	ENSSBOG00000027208	EPHB1 (ENSSBOG00000021552)	KY (ENSSBOG00000033829)	CEP63 (ENSSBOG00000031149)	ENSSBOG00000031944
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	76	MYDGF (ENSMNEG00000023751) #9	DPP9 (ENSMNEG00000027918) #10	FEM1A (ENSMNEG00000006797) #11	TICAM1 (ENSMNEG00000038179) #12	PLIN3 (ENSMNEG00000028477) #13	ARRDC5 (ENSMNEG00000043261) #14	UHRF1 (ENSMNEG00000039380) #15	KDM4B (ENSMNEG00000041336) #16	PTPRS (ENSMNEG00000034843) #17	TINCR (ENSMNEG00000033699)	SAFB2 (ENSMNEG00000032042) #18	ENSMNEG00000045313	SAFB (ENSMNEG00000035637) #19	MICOS13 (ENSMNEG00000027324) #20	HSD11B1L (ENSMNEG00000033295) #21	ENSMNEG00000044430 ##22	LONP1 (ENSMNEG00000042912) #23	CATSPERD (ENSMNEG00000021927) #24	PRR22 (ENSMNEG00000045136) #25	DUS3L (ENSMNEG00000036509) #26	NRTN (ENSMNEG00000019173)	ENSMNEG00000032896 #27	ENSMNEG00000011100 ##28	NDUFA11 (ENSMNEG00000004413) #29	VMAC (ENSMNEG00000037094) #30	CAPS (ENSMNEG00000041627) #31	RANBP3 (ENSMNEG00000036230) #32	RFX2 (ENSMNEG00000030375) #33	ACSBG2 (ENSMNEG00000044133) #34	MLLT1 (ENSMNEG00000031529) #35	ACER1 (ENSMNEG00000029728) #36
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Tarsier	MODERN SPECIES	6118								ENSTSYG00000031070	ZFP1 (ENSTSYG00000029077)	LDHD (ENSTSYG00000028866)	ZNRF1 (ENSTSYG00000012497)	WDR59 (ENSTSYG00000000726)	FA2H (ENSTSYG00000000573)	MLKL (ENSTSYG00000029529)	RFWD3 (ENSTSYG00000012422)	ENSTSYG00000002350 ##22	AHSP (ENSTSYG00000001589)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Gibbon	MODERN SPECIES	10	ENSNLEG00000017192	NIPSNAP3A (ENSNLEG00000035371)	NIPSNAP3B (ENSNLEG00000035577)	ABCA1 (ENSNLEG00000017212)	SLC44A1 (ENSNLEG00000017261)	ENSNLEG00000030492	FSD1L (ENSNLEG00000017277)	FKTN (ENSNLEG00000017300)	TAL2 (ENSNLEG00000018969)	ENSNLEG00000031329	TMEM38B (ENSNLEG00000017305)	ZNF462 (ENSNLEG00000017310)	RAD23B (ENSNLEG00000017319)	ENSNLEG00000017326	ENSNLEG00000017327	ENSNLEG00000027120 ##22	ACTL7B (ENSNLEG00000018972)	ACTL7A (ENSNLEG00000018973)	ELP1 (ENSNLEG00000017329)	ABITRAM (ENSNLEG00000017379)	CTNNAL1 (ENSNLEG00000030323)	TMEM245 (ENSNLEG00000017413)	FRRS1L (ENSNLEG00000017427)	EPB41L4B (ENSNLEG00000017431)	PTPN3 (ENSNLEG00000017436)	ENSNLEG00000028962	ENSNLEG00000035302	PALM2AKAP2 (ENSNLEG00000017455)	C9orf152 (ENSNLEG00000035418)	ENSNLEG00000032849	ENSNLEG00000033326
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01040000240406.A.b.a.b.u	ENSGT00950000183018.b.k.a	ENSGT00950000183018.b.k.b	ENSGT00940000154658.b	ENSGT00940000157174	ENSGT00940000157979	ENSGT00390000014471	ENSGT00940000160867	ENSGT00390000018845.e	ENSGT00910000147109	ENSGT00940000156411	ENSGT01050000244891.A.j.a.a	ENSGT00390000012078.b.c	ENSGT00940000156229	ENSGT00940000165389	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000162582	ENSGT00940000162158	ENSGT00390000013344	ENSGT00450000040303.c	ENSGT01030000234543.F.s	ENSGT00390000001667	ENSGT00940000159043	ENSGT00940000158331	ENSGT00940000157888	ENSGT00940000165203.j	ENSGT00940000161837	ENSGT00930000151059	ENSGT00390000005322	ENSGT00940000154259.k.b.a	ENSGT00940000162445
Bonobo	MODERN SPECIES	22	NIPSNAP3A (ENSPPAG00000034837)	ENSPPAG00000026289	ABCA1 (ENSPPAG00000040255)	SLC44A1 (ENSPPAG00000029275)	FSD1L (ENSPPAG00000027906)	FKTN (ENSPPAG00000027627)	TAL2 (ENSPPAG00000004739)	TMEM38B (ENSPPAG00000033497)	ENSPPAG00000007053	ZNF462 (ENSPPAG00000030092)	ENSPPAG00000032267	ENSPPAG00000027680	RAD23B (ENSPPAG00000041162)	KLF4 (ENSPPAG00000015192)	ENSPPAG00000030655	ENSPPAG00000035498 ##22	ACTL7B (ENSPPAG00000021452)	ACTL7A (ENSPPAG00000007108)	ELP1 (ENSPPAG00000027510)	ABITRAM (ENSPPAG00000028675)	ENSPPAG00000012481	ENSPPAG00000038805	TMEM245 (ENSPPAG00000042485)	ENSPPAG00000043479	EPB41L4B (ENSPPAG00000028167)	PTPN3 (ENSPPAG00000043564)	ENSPPAG00000027455	ENSPPAG00000041864	ENSPPAG00000028864	C9orf152 (ENSPPAG00000037682)	TXN (ENSPPAG00000042345)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	22	NIPSNAP3A (ENSPTRG00000021217)	NIPSNAP3B (ENSPTRG00000021218)	ABCA1 (ENSPTRG00000021219)	SLC44A1 (ENSPTRG00000021220)	FSD1L (ENSPTRG00000021222)	FKTN (ENSPTRG00000021224)	TAL2 (ENSPTRG00000021225)	TMEM38B (ENSPTRG00000021226)	ENSPTRG00000047867	ENSPTRG00000051779	ZNF462 (ENSPTRG00000021228)	ENSPTRG00000043526	RAD23B (ENSPTRG00000021229)	KLF4 (ENSPTRG00000021230)	ENSPTRG00000050261	ENSPTRG00000052140 ##22	ACTL7B (ENSPTRG00000021231)	ACTL7A (ENSPTRG00000021232)	ELP1 (ENSPTRG00000021233)	ABITRAM (ENSPTRG00000021234)	CTNNAL1 (ENSPTRG00000021235)	TMEM245 (ENSPTRG00000021237)	FRRS1L (ENSPTRG00000021238)	EPB41L4B (ENSPTRG00000021239)	PTPN3 (ENSPTRG00000021240)	PALM2AKAP2 (ENSPTRG00000039394)	PALM2AKAP2 (ENSPTRG00000021242)	C9H9orf152 (ENSPTRG00000040638)	TXN (ENSPTRG00000021245)	TXNDC8 (ENSPTRG00000029162)	SVEP1 (ENSPTRG00000021246)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2499															TMCO1 (ENSRBIG00000027564)	ENSRBIG00000040853 ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	17	MIDEAS (ENSMFAG00000034140)	ENSMFAG00000063574	PNMA1 (ENSMFAG00000007972)	DNAL1 (ENSMFAG00000035392)	ENSMFAG00000031617	ENSMFAG00000049913	ENSMFAG00000048994	HEATR4 (ENSMFAG00000043816)	NUMB (ENSMFAG00000046300)	PAPLN (ENSMFAG00000021512)	PSEN1 (ENSMFAG00000000113)	RBM25 (ENSMFAG00000040040)	ENSMFAG00000063025	ENSMFAG00000047560	ZFYVE1 (ENSMFAG00000037270)	ENSMFAG00000064227 ##22	DCAF4 (ENSMFAG00000037267)	ENSMFAG00000057362	DPF3 (ENSMFAG00000033308)	RGS6 (ENSMFAG00000033074)	SIPA1L1 (ENSMFAG00000038037)	PCNX1 (ENSMFAG00000033279)	MAP3K9 (ENSMFAG00000002562)	TTC9 (ENSMFAG00000052601)	MED6 (ENSMFAG00000032743)	ADAM20 (ENSMFAG00000056245)	ENSMFAG00000023207	ENSMFAG00000039914	ENSMFAG00000025676	SYNJ2BP (ENSMFAG00000001417)	COX16 (ENSMFAG00000035724)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	581															ATP10B (ENSMNEG00000039941)	ENSMNEG00000028016 ##22	PTTG1 (ENSMNEG00000042834)	SLU7 (ENSMNEG00000029132)	FAM200C (ENSMNEG00000027228)	C1QTNF2 (ENSMNEG00000030599)	ENSMNEG00000036332	CCNJL (ENSMNEG00000028285)	ENSMNEG00000032357	FABP6 (ENSMNEG00000042984)	PWWP2A (ENSMNEG00000040509)	TTC1 (ENSMNEG00000043439)	ADRA1B (ENSMNEG00000034660)	IL12B (ENSMNEG00000033711)	UBLCP1 (ENSMNEG00000029679)	RNF145 (ENSMNEG00000036090)	ENSMNEG00000006972
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	303						ENSCATG00000036501	ENSCATG00000029897	RIOX1 (ENSCATG00000021107)	HEATR4 (ENSCATG00000044114)	NUMB (ENSCATG00000041867)	PAPLN (ENSCATG00000042093)	PSEN1 (ENSCATG00000038778)	RBM25 (ENSCATG00000039651)	ENSCATG00000042248	ZFYVE1 (ENSCATG00000037612)	ENSCATG00000032385 ##22	DCAF4 (ENSCATG00000020304)	DPF3 (ENSCATG00000009867)	RGS6 (ENSCATG00000040492)	ENSCATG00000029544	SIPA1L1 (ENSCATG00000036653)	PCNX1 (ENSCATG00000021420)	MAP3K9 (ENSCATG00000030062)	TTC9 (ENSCATG00000038839)	MED6 (ENSCATG00000033151)	ENSCATG00000017347
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	12	DPP9 (ENSPANG00000007771) #10	FEM1A (ENSPANG00000011845) #11	TICAM1 (ENSPANG00000009133) #12	PLIN3 (ENSPANG00000020753) #13	ARRDC5 (ENSPANG00000046740) #14	UHRF1 (ENSPANG00000004919) #15	KDM4B (ENSPANG00000011049) #16	PTPRS (ENSPANG00000009753) #17	ENSPANG00000041199	ZNRF4 (ENSPANG00000047611)	TINCR (ENSPANG00000045730)	SAFB2 (ENSPANG00000007004) #18	SAFB (ENSPANG00000007770) #19	MICOS13 (ENSPANG00000017471) #20	HSD11B1L (ENSPANG00000003971) #21	ENSPANG00000032485 ##22	LONP1 (ENSPANG00000010631) #23	PRR22 (ENSPANG00000007769) #25	ENSPANG00000042524	NRTN (ENSPANG00000010856)	ENSPANG00000032774 ##28	NDUFA11 (ENSPANG00000003098) #29	VMAC (ENSPANG00000032013) #30	CAPS (ENSPANG00000007003) #31	RANBP3 (ENSPANG00000031036) #32	RFX2 (ENSPANG00000012105) #33	ACSBG2 (ENSPANG00000009518) #34	MLLT1 (ENSPANG00000015038) #35	ACER1 (ENSPANG00000006330) #36	CLPP (ENSPANG00000047270) #37	ALKBH7 (ENSPANG00000035776)
Olive baboon	MODERN SPECIES	2	ENSPANG00000030169	ADRA2A (ENSPANG00000050114)	SHOC2 (ENSPANG00000020801)	BBIP1 (ENSPANG00000037854)	PDCD4 (ENSPANG00000020809)	RBM20 (ENSPANG00000020808)	SMC3 (ENSPANG00000020807)	DUSP5 (ENSPANG00000047281)	SMNDC1 (ENSPANG00000020805)	MXI1 (ENSPANG00000020804)	ADD3 (ENSPANG00000020803)	ENSPANG00000050358	XPNPEP1 (ENSPANG00000020802)	ENSPANG00000006676	ENSPANG00000046255	ENSPANG00000042797 ##22	ENSPANG00000050016	ENSPANG00000042091	SORCS1 (ENSPANG00000020876)	ENSPANG00000048966	ENSPANG00000039183	SORCS3 (ENSPANG00000020877)	CFAP58 (ENSPANG00000020883)	ITPRIP (ENSPANG00000020881)	GSTO2 (ENSPANG00000020880)	ENSPANG00000020878	CFAP43 (ENSPANG00000020924)	SFR1 (ENSPANG00000020932)	ENSPANG00000043305	COL17A1 (ENSPANG00000020929)	SLK (ENSPANG00000020927)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	937	TNFAIP8L1 (ENSANAG00000014692)	MYDGF (ENSANAG00000036228) #9	ENSANAG00000037730 #10	TICAM1 (ENSANAG00000022963) #12	PLIN3 (ENSANAG00000036732) #13	ENSANAG00000032392 #15	KDM4B (ENSANAG00000026532) #16	PTPRS (ENSANAG00000020049) #17	ENSANAG00000032860	ZNRF4 (ENSANAG00000016851)	TINCR (ENSANAG00000037718)	SAFB2 (ENSANAG00000031936) #18	SAFB (ENSANAG00000028821) #19	MICOS13 (ENSANAG00000021680) #20	HSD11B1L (ENSANAG00000033693) #21	ENSANAG00000029130 ##22	LONP1 (ENSANAG00000023956) #23	ENSANAG00000032966 #24	PRR22 (ENSANAG00000024920) #25	DUS3L (ENSANAG00000021997) #26	NRTN (ENSANAG00000038023)	ENSANAG00000005729	NDUFA11 (ENSANAG00000034722) #29	VMAC (ENSANAG00000037811) #30	ENSANAG00000034701 #31	CAPS (ENSANAG00000028375) #31	RANBP3 (ENSANAG00000028437) #32	RFX2 (ENSANAG00000023324) #33	ACSBG2 (ENSANAG00000021889) #34	MLLT1 (ENSANAG00000034543) #35	ACER1 (ENSANAG00000037792) #36
Mas night monkey	MODERN SPECIES	465																ENSANAG00000018768 ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1017			ENSANAG00000033417	ENSANAG00000033171	JAG1 (ENSANAG00000023831)	SLX4IP (ENSANAG00000038482)	MKKS (ENSANAG00000032490)	SNAP25 (ENSANAG00000032619)	ANKEF1 (ENSANAG00000023458)	PAK5 (ENSANAG00000033350)	LAMP5 (ENSANAG00000035665)	PLCB4 (ENSANAG00000002659)	ENSANAG00000020964	PLCB1 (ENSANAG00000034487)	TMX4 (ENSANAG00000028585)	ENSANAG00000020975 ##22	HAO1 (ENSANAG00000036540)	ENSANAG00000022936	BMP2 (ENSANAG00000034707)	FERMT1 (ENSANAG00000035182)	LRRN4 (ENSANAG00000036399)	CRLS1 (ENSANAG00000015919)	MCM8 (ENSANAG00000034654)	TRMT6 (ENSANAG00000021260)	CHGB (ENSANAG00000026139)	SHLD1 (ENSANAG00000029247)	GPCPD1 (ENSANAG00000034321)	ENSANAG00000031858	PROKR2 (ENSANAG00000025735)	CDS2 (ENSANAG00000035489)	PCNA (ENSANAG00000037488)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	896	NEXMIF (ENSANAG00000024438)	ABCB7 (ENSANAG00000031764)	UPRT (ENSANAG00000030692)	ZDHHC15 (ENSANAG00000023886)	PBDC1 (ENSANAG00000018001)	MAGEE1 (ENSANAG00000037886)	FGF16 (ENSANAG00000037272)	ENSANAG00000027335	ATRX (ENSANAG00000032142)	MAGT1 (ENSANAG00000030919)	COX7B (ENSANAG00000022390)	ENSANAG00000022195	ATP7A (ENSANAG00000023455)	PGK1 (ENSANAG00000024705)	TAF9B (ENSANAG00000036258)	ENSANAG00000033757 ##22	ENSANAG00000024359	ENSANAG00000035162	LPAR4 (ENSANAG00000020241)	P2RY10 (ENSANAG00000020031)	GPR174 (ENSANAG00000019966)	ITM2A (ENSANAG00000036156)	ENSANAG00000029835	TBX22 (ENSANAG00000021162)	ENSANAG00000020981	ENSANAG00000026677	BRWD3 (ENSANAG00000008738)	ENSANAG00000030880	ENSANAG00000022748	ENSANAG00000023760	HMGN5 (ENSANAG00000021686)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	17	MGME1 (ENSCJAG00000005037)	SNX5 (ENSCJAG00000004947)	BANF2 (ENSCJAG00000004945)	ENSCJAG00000074799	RRBP1 (ENSCJAG00000004913)	DSTN (ENSCJAG00000059392)	BFSP1 (ENSCJAG00000004885)	ENSCJAG00000073419	PCSK2 (ENSCJAG00000004853)	ENSCJAG00000078493	OTOR (ENSCJAG00000004842)	ENSCJAG00000004811	ENSCJAG00000004746	ENSCJAG00000084368	FLRT3 (ENSCJAG00000057602)	ENSCJAG00000021859 ##22	MACROD2 (ENSCJAG00000004719)	SEL1L2 (ENSCJAG00000004701)	NDUFAF5 (ENSCJAG00000004655)	ESF1 (ENSCJAG00000004640)	ENSCJAG00000079755	TASP1 (ENSCJAG00000004599)	ISM1 (ENSCJAG00000004583)	SPTLC3 (ENSCJAG00000004560)	BTBD3 (ENSCJAG00000058374)	ENSCJAG00000071446	JAG1 (ENSCJAG00000021357)	SLX4IP (ENSCJAG00000021356)	MKKS (ENSCJAG00000021355)	SNAP25 (ENSCJAG00000046312)	ANKEF1 (ENSCJAG00000021349)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	152					ENSSBOG00000034528	ENSSBOG00000028654	ENSSBOG00000032098	ENSSBOG00000023205	SLITRK4 (ENSSBOG00000011515)	ENSSBOG00000028384	ENSSBOG00000026820	ENSSBOG00000025014	SLITRK2 (ENSSBOG00000014161)	ENSSBOG00000006758	FMR1 (ENSSBOG00000026623)	ENSSBOG00000030685 ##22	ERRFI1 (ENSSBOG00000019344)	AFF2 (ENSSBOG00000020604)	ENSSBOG00000004475	IDS (ENSSBOG00000017176)
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	50	IQGAP2 (ENSCCAG00000032875)	SV2C (ENSCCAG00000036246)	ENSCCAG00000030179	POC5 (ENSCCAG00000013495)	ANKDD1B (ENSCCAG00000020279)	POLK (ENSCCAG00000029021)	CERT1 (ENSCCAG00000021594)	HMGCR (ENSCCAG00000023164)	ENSCCAG00000024833	ANKRD31 (ENSCCAG00000025762)	GCNT4 (ENSCCAG00000012660)	ENSCCAG00000030843 ##22	ENSCCAG00000018354	FAM169A (ENSCCAG00000008188)	NSA2 (ENSCCAG00000017188)	ENSCCAG00000012127 ##22	GFM2 (ENSCCAG00000029580)	HEXB (ENSCCAG00000025903)	ENC1 (ENSCCAG00000017658)	ARHGEF28 (ENSCCAG00000030516)	UTP15 (ENSCCAG00000033397)	ANKRA2 (ENSCCAG00000033227)	ENSCCAG00000033236	FOXD1 (ENSCCAG00000006678)	TMEM174 (ENSCCAG00000026904)	TMEM171 (ENSCCAG00000032407)	FCHO2 (ENSCCAG00000020869)	TNPO1 (ENSCCAG00000026472)	ZNF366 (ENSCCAG00000021177)	ENSCCAG00000029389	MRPS27 (ENSCCAG00000030550)
Capuchin	MODERN SPECIES	275												FBN2 (ENSCCAG00000030341)	SLC12A2 (ENSCCAG00000037875)	CCDC192 (ENSCCAG00000035351)	ENSCCAG00000009412	ENSCCAG00000033214 ##22	CTXN3 (ENSCCAG00000017050)	PRRC1 (ENSCCAG00000021699)	MEGF10 (ENSCCAG00000028116)	ENSCCAG00000024818	ENSCCAG00000029260	C5orf63 (ENSCCAG00000012542)	MARCHF3 (ENSCCAG00000018552)	LMNB1 (ENSCCAG00000021131)	ENSCCAG00000006311	TEX43 (ENSCCAG00000033944)	PHAX (ENSCCAG00000033764)	ENSCCAG00000030660	GRAMD2B (ENSCCAG00000010148)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	348	MYDGF (ENSPCOG00000025123) #9	DPP9 (ENSPCOG00000014772) #10	TICAM1 (ENSPCOG00000025487) #12	PLIN3 (ENSPCOG00000019753) #13	ARRDC5 (ENSPCOG00000026816) #14	UHRF1 (ENSPCOG00000017397) #15	KDM4B (ENSPCOG00000022302) #16	PTPRS (ENSPCOG00000028400) #17	ZNRF4 (ENSPCOG00000017504)	TINCR (ENSPCOG00000021608)	SAFB2 (ENSPCOG00000023260) #18	ENSPCOG00000010436 #19	SAFB (ENSPCOG00000014090) #19	ENSPCOG00000019276 #20	HSD11B1L (ENSPCOG00000022053) #21	ENSPCOG00000014752 ##22	LONP1 (ENSPCOG00000018361) #23	PRR22 (ENSPCOG00000022075) #25	DUS3L (ENSPCOG00000026203) #26	NRTN (ENSPCOG00000017407)	ENSPCOG00000022083 #28	NDUFA11 (ENSPCOG00000020260) #29	VMAC (ENSPCOG00000019572) #30	CAPS (ENSPCOG00000026358) #31	RANBP3 (ENSPCOG00000021692) #32	RFX2 (ENSPCOG00000027982) #33	ACSBG2 (ENSPCOG00000027134) #34	MLLT1 (ENSPCOG00000014345) #35	ACER1 (ENSPCOG00000016715) #36	CLPP (ENSPCOG00000027215) #37	ALKBH7 (ENSPCOG00000028026)
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	203												SAFB2 (ENSOGAG00000006855) #18	SAFB (ENSOGAG00000027769) #19	MICOS13 (ENSOGAG00000026645) #20	HSD11B1L (ENSOGAG00000024555) #21	ENSOGAG00000027049 ##22	LONP1 (ENSOGAG00000003930) #23	CATSPERD (ENSOGAG00000011003) #24	ENSOGAG00000029819	SPTLC1 (ENSOGAG00000014493)	ROR2 (ENSOGAG00000026382)	NFIL3 (ENSOGAG00000011750)	ENSOGAG00000032987	AUH (ENSOGAG00000011749)	SYK (ENSOGAG00000011743)	DIRAS2 (ENSOGAG00000001184)	ENSOGAG00000032500	GADD45G (ENSOGAG00000002142)	ENSOGAG00000032473	SEMA4D (ENSOGAG00000000321)	SECISBP2 (ENSOGAG00000000317)
Bushbaby	MODERN SPECIES	174															ENSOGAG00000031860	ENSOGAG00000030519 ##22	CNTNAP5 (ENSOGAG00000011053)	ENSOGAG00000026855	TSN (ENSOGAG00000030436)	NIFK (ENSOGAG00000016968)	CLASP1 (ENSOGAG00000015062)	TFCP2L1 (ENSOGAG00000012031)	GLI2 (ENSOGAG00000032438)	INHBB (ENSOGAG00000031714)	RALB (ENSOGAG00000015936)	TMEM185B (ENSOGAG00000007439)	EPB41L5 (ENSOGAG00000007435)	PTPN4 (ENSOGAG00000007431)	ENSOGAG00000026207	ENSOGAG00000034783	TMEM177 (ENSOGAG00000028409)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	11	IMMT (ENSOCUG00000010178)	ENSOCUG00000010188	MRPL35 (ENSOCUG00000010193)	REEP1 (ENSOCUG00000010196)	ENSOCUG00000034180	KDM3A (ENSOCUG00000010324)	ENSOCUG00000010342	RNF103 (ENSOCUG00000029277)	RMND5A (ENSOCUG00000009371)	ENSOCUG00000029173	ENSOCUG00000009384	KRCC1 (ENSOCUG00000016946)	SMYD1 (ENSOCUG00000016949)	ENSOCUG00000016960	THNSL2 (ENSOCUG00000028091)	ENSOCUG00000024020 ##22	TEX37 (ENSOCUG00000012447)	EIF2AK3 (ENSOCUG00000012451)	ENSOCUG00000006530	ENSOCUG00000025374	ENSOCUG00000036440	ENSOCUG00000031913	ENSOCUG00000034414	ENSOCUG00000023167	ENSOCUG00000032748	ENSOCUG00000037221	ENSOCUG00000025103	ENSOCUG00000039070	ENSOCUG00000023845	ENSOCUG00000023983	ENSOCUG00000034337
Rabbit	MODERN SPECIES	15	NKX2-2 (ENSOCUG00000007166)	ENSOCUG00000024195	XRN2 (ENSOCUG00000013468)	KIZ (ENSOCUG00000013848)	RALGAPA2 (ENSOCUG00000017951)	CFAP61 (ENSOCUG00000015506)	CRNKL1 (ENSOCUG00000015484)	NAA20 (ENSOCUG00000015481)	RIN2 (ENSOCUG00000015450)	SLC24A3 (ENSOCUG00000009833)	ENSOCUG00000035674	SCP2D1 (ENSOCUG00000010991)	DTD1 (ENSOCUG00000010988)	ENSOCUG00000037347	SEC23B (ENSOCUG00000015079)	ENSOCUG00000027382 ##22	RBBP9 (ENSOCUG00000015074)	POLR3F (ENSOCUG00000015067)	DZANK1 (ENSOCUG00000015055)	ZNF133 (ENSOCUG00000014537)	KAT14 (ENSOCUG00000015365)	PET117 (ENSOCUG00000037055)	OVOL2 (ENSOCUG00000012116)	MGME1 (ENSOCUG00000017083)	ENSOCUG00000017072	ENSOCUG00000029882	BANF2 (ENSOCUG00000022625)	RRBP1 (ENSOCUG00000021320)	ENSOCUG00000027456	BFSP1 (ENSOCUG00000015787)	PCSK2 (ENSOCUG00000015893)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	383	ENSDORG00000014228	ENSDORG00000024106 ##13	Lrg1 (ENSDORG00000024968) #7	Sema6b (ENSDORG00000001284) #8	Mydgf (ENSDORG00000030169) #9	Dpp9 (ENSDORG00000014206) #10	ENSDORG00000016191 #11	Arrdc5 (ENSDORG00000013640) #14	Uhrf1 (ENSDORG00000013642) #15	Kdm4b (ENSDORG00000008375) #16	Ptprs (ENSDORG00000006297) #17	Safb2 (ENSDORG00000016199) #18	Safb (ENSDORG00000016200) #19	Micos13 (ENSDORG00000016204) #20	ENSDORG00000016206 #21	Rpl36 (ENSDORG00000025864) ##22	Lonp1 (ENSDORG00000016207) #23	Dus3l (ENSDORG00000006754) #26	Ndufa11 (ENSDORG00000003140) #29	Vmac (ENSDORG00000029939) #30	ENSDORG00000003143 #31	Ranbp3 (ENSDORG00000003144) #32	Rfx2 (ENSDORG00000008083) #33	Acsbg2 (ENSDORG00000024853) #34	Acsbg3 (ENSDORG00000026047)	Mllt1 (ENSDORG00000006056) #35	Acer1 (ENSDORG00000013614) #36	Clpp (ENSDORG00000002435) #37	Alkbh7 (ENSDORG00000002441)	Pspn (ENSDORG00000002443)	Gtf2f1 (ENSDORG00000002445)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	55	Tnfaip8l1 (ENSJJAG00000000765)	Mydgf (ENSJJAG00000022035) #9	Dpp9 (ENSJJAG00000005661) #10	ENSJJAG00000000960 #11	Ticam1 (ENSJJAG00000021374) #12	Plin3 (ENSJJAG00000008038) #13	Arrdc5 (ENSJJAG00000014627) #14	Uhrf1 (ENSJJAG00000016105) #15	Kdm4b (ENSJJAG00000014716) #16	Ptprs (ENSJJAG00000022069) #17	Znrf4 (ENSJJAG00000015898)	Tincr (ENSJJAG00000015733)	ENSJJAG00000015942 #18	Safb (ENSJJAG00000009021) #19	ENSJJAG00000023960 #20	ENSJJAG00000020144 ##22	Lonp1 (ENSJJAG00000021237) #23	Ranbp3 (ENSJJAG00000007163) #32	ENSJJAG00000017779 #31	Vmac (ENSJJAG00000021312) #30	Ndufa11 (ENSJJAG00000023264) #29	Nrtn (ENSJJAG00000016578)	Dus3l (ENSJJAG00000023742) #26	Prr22 (ENSJJAG00000020858) #25	Rfx2 (ENSJJAG00000009362) #33	Acsbg2 (ENSJJAG00000022623) #34	Acsbg3 (ENSJJAG00000021099)	Mllt1 (ENSJJAG00000017227) #35	Acer1 (ENSJJAG00000018285) #36	ENSJJAG00000019233 #37	Alkbh7 (ENSJJAG00000023908)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	41	ENSJJAG00000021169	Mipol1 (ENSJJAG00000005888)	Foxa1 (ENSJJAG00000000995)	Ttc6 (ENSJJAG00000015458)	ENSJJAG00000021196	Sstr1 (ENSJJAG00000012239)	ENSJJAG00000011829	Sec23a (ENSJJAG00000022207)	ENSJJAG00000012126	Gemin2 (ENSJJAG00000022975)	ENSJJAG00000023482	Pnn (ENSJJAG00000015703)	Fbxo33 (ENSJJAG00000021035)	ENSJJAG00000011649	ENSJJAG00000017323	ENSJJAG00000014967 ##22	ENSJJAG00000011618	ENSJJAG00000015736	ENSJJAG00000013853	Lrfn5 (ENSJJAG00000011642)	ENSJJAG00000012322	ENSJJAG00000003126	Gm527 (ENSJJAG00000014810)	Klhl28 (ENSJJAG00000016796)	Togaram1 (ENSJJAG00000013948)	Prpf39 (ENSJJAG00000022757)	Fkbp3 (ENSJJAG00000019949)	Mis18bp1 (ENSJJAG00000022998)	ENSJJAG00000014954	ENSJJAG00000012368	ENSJJAG00000011553
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Rat	MODERN SPECIES		Scn1b (ENSRNOG00000021102)	Hpn (ENSRNOG00000021097)	Lgi4 (ENSRNOG00000021087)	Fxyd1 (ENSRNOG00000021079)	Fxyd7 (ENSRNOG00000021067)	Fxyd5 (ENSRNOG00000021062)	Fam187b (ENSRNOG00000021060)	Lsr (ENSRNOG00000021053)	Usf2 (ENSRNOG00000053725)	Hamp (ENSRNOG00000021029)	Mag (ENSRNOG00000021023)	Cd22 (ENSRNOG00000024000)	Ffar1 (ENSRNOG00000024009)	Ffar3 (ENSRNOG00000037467)	Ffar2 (ENSRNOG00000021021)	LOC100361079 (ENSRNOG00000002340) ##22	Krtdap (ENSRNOG00000062262)	Dmkn (ENSRNOG00000055934)	Sbsn (ENSRNOG00000021015)	Gapdhs (ENSRNOG00000021009)	Tmem147 (ENSRNOG00000021006)	Atp4a (ENSRNOG00000020985)	LOC688924 (ENSRNOG00000037485)	Haus5 (ENSRNOG00000024266)	Rbm42 (ENSRNOG00000024278)	Etv2 (ENSRNOG00000024288)	Cox6b1 (ENSRNOG00000024309)	Upk1a (ENSRNOG00000024331)	Zbtb32 (ENSRNOG00000042465)	Kmt2b (ENSRNOG00000055525)	Igflr1 (ENSRNOG00000020957)
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Mouse	MODERN SPECIES	8	Tnfaip8l1 (ENSMUSG00000044469)	Mydgf (ENSMUSG00000019579) #9	Dpp9 (ENSMUSG00000001229) #10	Fem1a (ENSMUSG00000043683) #11	Ticam1 (ENSMUSG00000047123) #12	Plin3 (ENSMUSG00000024197) #13	Arrdc5 (ENSMUSG00000073380) #14	Uhrf1 (ENSMUSG00000001228) #15	Kdm4b (ENSMUSG00000024201) #16	Ptprs (ENSMUSG00000013236) #17	Znrf4 (ENSMUSG00000044526)	Tincr (ENSMUSG00000110218)	Safb2 (ENSMUSG00000042625) #18	Safb (ENSMUSG00000071054) #19	Micos13 (ENSMUSG00000049760) #20	Rpl36 (ENSMUSG00000057863) ##22	Lonp1 (ENSMUSG00000041168) #23	Catsperd (ENSMUSG00000040828) #24	Ranbp3 (ENSMUSG00000002372) #32	Vmac (ENSMUSG00000054723) #30	Ndufa11 (ENSMUSG00000002379) #29	Nrtn (ENSMUSG00000039481)	Dus3l (ENSMUSG00000007603) #26	Prr22 (ENSMUSG00000090273) #25	Rfx2 (ENSMUSG00000024206) #33	Acsbg2 (ENSMUSG00000024207) #34	Acsbg3 (ENSMUSG00000024209)	Mllt1 (ENSMUSG00000024212) #35	Acer1 (ENSMUSG00000045019) #36	Clpp (ENSMUSG00000002660) #37	Alkbh7 (ENSMUSG00000002661)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3116	Ugcg (ENSMSIG00000020305)	Shoc1 (ENSMSIG00000020232)	Gng10 (ENSMSIG00000020216)	Dnajc25 (ENSMSIG00000020186)	ENSMSIG00000020159	Zkscan16 (ENSMSIG00000020138)	Ecpas (ENSMSIG00000019996)	Or2k2 (ENSMSIG00000019985)	ENSMSIG00000019979	ENSMSIG00000019973	Lpar1 (ENSMSIG00000019814)	Musk (ENSMSIG00000018378)	Svep1 (ENSMSIG00000018282)	ENSMSIG00000018261	ENSMSIG00000018249	ENSMSIG00000018241 ##22	D630039A03Rik (ENSMSIG00000018227)	Pakap (ENSMSIG00000018182)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	141												Tmem215 (ENSMSIG00000007214)	Aptx (ENSMSIG00000007170)	ENSMSIG00000007121	Smu1 (ENSMSIG00000007107)	ENSMSIG00000007083 ##22	B4galt1 (ENSMSIG00000007034)	ENSMSIG00000007019	Bag1 (ENSMSIG00000006980)	Chmp5 (ENSMSIG00000006934)	Nfx1 (ENSMSIG00000006578)	Aqp7 (ENSMSIG00000006540)	Aqp3 (ENSMSIG00000006516)	Nol6 (ENSMSIG00000006447)	ENSMSIG00000006417	Ubap2 (ENSMSIG00000006172)	Dcaf12 (ENSMSIG00000006082)	Ubap1 (ENSMSIG00000006026)	Kif24 (ENSMSIG00000005937)	Nudt2 (ENSMSIG00000005919)	Myorg (ENSMSIG00000005909)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	18	Slc35f3 (ENSPEMG00000010485)	Coa6 (ENSPEMG00000011207)	Tarbp1 (ENSPEMG00000006888)	Irf2bp2 (ENSPEMG00000030068)	Tomm20 (ENSPEMG00000011555)	Rbm34 (ENSPEMG00000000265)	ENSPEMG00000024328	Pard3 (ENSPEMG00000007876)	Nrp1 (ENSPEMG00000017771)	Itgb1 (ENSPEMG00000011120)	ENSPEMG00000014994	ENSPEMG00000029993	Ccny (ENSPEMG00000011106)	Gjd4 (ENSPEMG00000019387)	Fzd8 (ENSPEMG00000019393)	ENSPEMG00000028982 ##22	ENSPEMG00000025246	ENSPEMG00000025783	ENSPEMG00000025891	Mpp7 (ENSPEMG00000019604)	Odad2 (ENSPEMG00000019997)	Mkx (ENSPEMG00000026515)	Rab18 (ENSPEMG00000026190)	4921524L21Rik (ENSPEMG00000019630)	Epc1 (ENSPEMG00000019284)	ENSPEMG00000012903	Kif5b (ENSPEMG00000019291)	Arhgap12 (ENSPEMG00000019343)	Zeb1 (ENSPEMG00000019404)	Zfp438 (ENSPEMG00000019458)	Svil (ENSPEMG00000019892)
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	10	Syn3 (ENSMOCG00000016952)	Fbxo7 (ENSMOCG00000020065)	Bpifc (ENSMOCG00000013667)	Rtcb (ENSMOCG00000002440)	Prdm4 (ENSMOCG00000000753)	Pwp1 (ENSMOCG00000012913)	Abtb3 (ENSMOCG00000016874)	Cry1 (ENSMOCG00000011094)	ENSMOCG00000003193	ENSMOCG00000016128	Tmem263 (ENSMOCG00000013754)	Ric8b (ENSMOCG00000001022)	Rfx4 (ENSMOCG00000000962) ##33	Polr3b (ENSMOCG00000022129)	Tcp11l2 (ENSMOCG00000015571)	ENSMOCG00000013616 ##22	Ckap4 (ENSMOCG00000008164)	ENSMOCG00000020446	Nuak1 (ENSMOCG00000018296)	1500009L16Rik (ENSMOCG00000009836)	Appl2 (ENSMOCG00000005125)	Washc4 (ENSMOCG00000004913)	Aldh1l2 (ENSMOCG00000006729)	Nopchap1 (ENSMOCG00000018282)	Slc41a2 (ENSMOCG00000003715)	Chst11 (ENSMOCG00000000357)	Txnrd1 (ENSMOCG00000014410)	Nfyb (ENSMOCG00000001259)	Hcfc2 (ENSMOCG00000005236)	Glt8d2 (ENSMOCG00000018691)	Tdg (ENSMOCG00000010304)
Prairie vole	MODERN SPECIES	102	Nudcd1 (ENSMOCG00000001394)	Trhr (ENSMOCG00000020887)	Tmem74 (ENSMOCG00000003138)	Emc2 (ENSMOCG00000004849)	Eif3e (ENSMOCG00000014831)	Rspo2 (ENSMOCG00000017286)	Angpt1 (ENSMOCG00000015180)	Abra (ENSMOCG00000011808)	ENSMOCG00000018803	Zfpm2 (ENSMOCG00000013738)	ENSMOCG00000019475	Lrp12 (ENSMOCG00000018668)	Dpys (ENSMOCG00000003058)	Dcstamp (ENSMOCG00000005844)	Rims2 (ENSMOCG00000001988)	ENSMOCG00000017431 ##22	Dcaf13 (ENSMOCG00000011609)	Slc25a32 (ENSMOCG00000014663)	ENSMOCG00000001296	Cthrc1 (ENSMOCG00000003229)	Fzd6 (ENSMOCG00000018634)	Baalc (ENSMOCG00000016406)	Atp6v1c1 (ENSMOCG00000003343)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	17	GAS2L1 (ENSSVLG00005016901)	RASL10A (ENSSVLG00005016957)	AP1B1 (ENSSVLG00005017064)	ENSSVLG00005017183	ENSSVLG00005017256	THOC5 (ENSSVLG00005017316)	NIPSNAP1 (ENSSVLG00005017412)	NF2 (ENSSVLG00005017565)	CABP7 (ENSSVLG00005018067)	ZMAT5 (ENSSVLG00005018150)	UQCR10 (ENSSVLG00005018199)	ASCC2 (ENSSVLG00005018252)	MTMR3 (ENSSVLG00005018401)	ENSSVLG00005018603	ENSSVLG00005018631	ENSSVLG00005018783 ##22	WSCD2 (ENSSVLG00005018822)	CMKLR1 (ENSSVLG00005018877)	FICD (ENSSVLG00005018898)	SART3 (ENSSVLG00005018955)	ENSSVLG00005019074	TMEM119 (ENSSVLG00005019223)	ENSSVLG00005019245	CORO1C (ENSSVLG00005004573)	SSH1 (ENSSVLG00005004651)	DAO (ENSSVLG00005004678)	ENSSVLG00005004716	SVOP (ENSSVLG00005004737)	ENSSVLG00005004751	USP30 (ENSSVLG00005004769)	ALKBH2 (ENSSVLG00005004814)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	7	MYDGF (ENSSVLG00005019396) #9	DPP9 (ENSSVLG00005019665) #10	FEM1A (ENSSVLG00005019898) #11	TICAM1 (ENSSVLG00005019910) #12	PLIN3 (ENSSVLG00005019930) #13	ARRDC5 (ENSSVLG00005019968) #14	UHRF1 (ENSSVLG00005020117) #15	KDM4B (ENSSVLG00005020468) #16	PTPRS (ENSSVLG00005020607) #17	ENSSVLG00005020738	ENSSVLG00005020769	SAFB2 (ENSSVLG00005020804) #18	SAFB (ENSSVLG00005020852) #19	MICOS13 (ENSSVLG00005020922) #20	HSD11B1L (ENSSVLG00005020980) #21	ENSSVLG00005021082 ##22	LONP1 (ENSSVLG00005021189) #23	PRR22 (ENSSVLG00005021755) #25	DUS3L (ENSSVLG00005021792) #26	NRTN (ENSSVLG00005021968)	ENSSVLG00005021990	NDUFA11 (ENSSVLG00005022032) #29	VMAC (ENSSVLG00005022064) #30	CAPS (ENSSVLG00005022099) #31	RANBP3 (ENSSVLG00005022208) #32	RFX2 (ENSSVLG00005022368) #33	ACSBG2 (ENSSVLG00005022613) #34	ENSSVLG00005022830	MLLT1 (ENSSVLG00005023111) #35	ACER1 (ENSSVLG00005023163) #36	CLPP (ENSSVLG00005023216) #37
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Guinea pig	MODERN SPECIES	4	PPIL2 (ENSCPOG00000007129)	ENSCPOG00000020837	SDF2L1 (ENSCPOG00000030287)	ENSCPOG00000006810	YDJC (ENSCPOG00000035514)	UBE2L3 (ENSCPOG00000006044)	ENSCPOG00000013431	HIC2 (ENSCPOG00000001134)	ENSCPOG00000001902	ENSCPOG00000021534	RTN4R (ENSCPOG00000020767)	ENSCPOG00000033882	ZDHHC8 (ENSCPOG00000000580)	RANBP1 (ENSCPOG00000030388)	TRMT2A (ENSCPOG00000002959)	ENSCPOG00000040089 ##22	DGCR8 (ENSCPOG00000002952)	TANGO2 (ENSCPOG00000002949)	ARVCF (ENSCPOG00000014606)	COMT (ENSCPOG00000004445)	TXNRD2 (ENSCPOG00000011013)	GNB1L (ENSCPOG00000020237)	TBX1 (ENSCPOG00000012532)	GP1BB (ENSCPOG00000021659)	SEPTIN5 (ENSCPOG00000010483)	CLDN5 (ENSCPOG00000002274)	CDC45 (ENSCPOG00000002270)	UFD1 (ENSCPOG00000002267)	C22orf39 (ENSCPOG00000039279)	MRPL40 (ENSCPOG00000026802)	HIRA (ENSCPOG00000002264)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	95													ENSODEG00000002842	ENSODEG00000002828	ENSODEG00000002797	ENSODEG00000018834 ##22	IQSEC3 (ENSODEG00000005994)	SLC6A12 (ENSODEG00000005897)	SLC6A13 (ENSODEG00000005821)	KDM5A (ENSODEG00000005784)	CCDC77 (ENSODEG00000005738)	ENSODEG00000005724	ENSODEG00000004696	B4GALNT3 (ENSODEG00000004594)	NINJ2 (ENSODEG00000004549)	WNK1 (ENSODEG00000003149)	RAD52 (ENSODEG00000002829)	ENSODEG00000003289	TUBA8 (ENSODEG00000003237)	PEX26 (ENSODEG00000003167)	ENSODEG00000018938
Degu	MODERN SPECIES	63																ENSODEG00000019779 ##22	ERMARD (ENSODEG00000010972)	DYNLT2 (ENSODEG00000009837)	PHF10 (ENSODEG00000009105)	C6orf120 (ENSODEG00000019614)	ENSODEG00000009298	ENSODEG00000010394	THBS2 (ENSODEG00000009890)	SMOC2 (ENSODEG00000008584)	DACT2 (ENSODEG00000009034)	ENSODEG00000009677	TMEM14A (ENSODEG00000009025)	TRAM2 (ENSODEG00000008597)	EFHC1 (ENSODEG00000010266)	PAQR8 (ENSODEG00000008711)	ENSODEG00000009125
Degu	MODERN SPECIES	76	CLDN4 (ENSODEG00000020405)	METTL27 (ENSODEG00000015241)	ENSODEG00000015892	ELN (ENSODEG00000016045)	LIMK1 (ENSODEG00000015076)	ENSODEG00000015854	ENSODEG00000016042	ENSODEG00000015354	CLIP2 (ENSODEG00000015462)	GTF2IRD1 (ENSODEG00000015635)	GTF2I (ENSODEG00000015405)	NCF1 (ENSODEG00000015696)	ENSODEG00000014736	RCC1L (ENSODEG00000014434)	CASTOR2 (ENSODEG00000014375)	ENSODEG00000015156 ##22	ENSODEG00000020386	ENSODEG00000014573	ENSODEG00000020215	ENSODEG00000020176	ENSODEG00000014150	ENSODEG00000014737	AUTS2 (ENSODEG00000016622)	ENSODEG00000020191	GALNT17 (ENSODEG00000016292)	CALN1 (ENSODEG00000015050)	ENSODEG00000014729	ENSODEG00000015687	ENSODEG00000016093	RABGEF1 (ENSODEG00000015206)	KCTD7 (ENSODEG00000014785)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	11698																ENSSARG00000009625 ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		ASB11 (ENSRFEG00010014410)	PIGA (ENSRFEG00010014131)	VEGFD (ENSRFEG00010014059)	PIR (ENSRFEG00010013957)	BMX (ENSRFEG00010013074)	ACE2 (ENSRFEG00010012680)	CLTRN (ENSRFEG00010012597)	ENSRFEG00010012576	CA5B (ENSRFEG00010012512)	ZRSR2 (ENSRFEG00010012465)	AP1S2 (ENSRFEG00010012366)	ENSRFEG00010012341	ENSRFEG00010012289	GRPR (ENSRFEG00010012238)	ENSRFEG00010012123	ENSRFEG00010012100 ##22	S100G (ENSRFEG00010012059)	CTPS2 (ENSRFEG00010011957)	SYAP1 (ENSRFEG00010011796)	TXLNG (ENSRFEG00010011633)	RBBP7 (ENSRFEG00010011331)	ENSRFEG00010011296	ENSRFEG00010011230	REPS2 (ENSRFEG00010010751)	ENSRFEG00010010721	NHS (ENSRFEG00010010332)	ENSRFEG00010010269	RAI2 (ENSRFEG00010010245)	ENSRFEG00010010207	SCML2 (ENSRFEG00010010166)	CDKL5 (ENSRFEG00010010106)
Equus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Donkey	MODERN SPECIES	12	MYDGF (ENSEASG00005024067) #9	DPP9 (ENSEASG00005022518) #10	FEM1A (ENSEASG00005025111) #11	TICAM1 (ENSEASG00005022540) #12	PLIN3 (ENSEASG00005030493) #13	ARRDC5 (ENSEASG00005022548) #14	UHRF1 (ENSEASG00005022556) #15	KDM4B (ENSEASG00005022572) #16	PTPRS (ENSEASG00005022713) #17	ENSEASG00005037146	TINCR (ENSEASG00005038119)	ENSEASG00005022952 #18	SAFB (ENSEASG00005023019) #19	MICOS13 (ENSEASG00005028016) #20	HSD11B1L (ENSEASG00005023044) #21	ENSEASG00005023046 ##22	LONP1 (ENSEASG00005023062) #23	CATSPERD (ENSEASG00005023093) #24	PRR22 (ENSEASG00005028262) #25	DUS3L (ENSEASG00005023094) #26	NRTN (ENSEASG00005023095)	ENSEASG00005023096	ENSEASG00005029851 #29	VMAC (ENSEASG00005035944) #30	ENSEASG00005036092 #31	RANBP3 (ENSEASG00005023100) #32	RFX2 (ENSEASG00005023101) #33	ACSBG2 (ENSEASG00005023104) #34	MLLT1 (ENSEASG00005023105) #35	ACER1 (ENSEASG00005023107) #36	CLPP (ENSEASG00005023108) #37
Horse	MODERN SPECIES	480	PDHA1 (ENSECAG00000001964)	ADGRG2 (ENSECAG00000023252)	PHKA2 (ENSECAG00000004868)	PPEF1 (ENSECAG00000013892)	RS1 (ENSECAG00000012117)	CDKL5 (ENSECAG00000007008)	SCML2 (ENSECAG00000022025)	ENSECAG00000033783	RAI2 (ENSECAG00000006060)	ENSECAG00000030878	ENSECAG00000017851	NHS (ENSECAG00000020766)	REPS2 (ENSECAG00000009429)	RBBP7 (ENSECAG00000019979)	TXLNG (ENSECAG00000014123)	ENSECAG00000013855 ##22	SYAP1 (ENSECAG00000006741)	S100G (ENSECAG00000017623)	CTPS2 (ENSECAG00000017669)	MAGEB17 (ENSECAG00000005897)	GRPR (ENSECAG00000015277)	AP1S2 (ENSECAG00000011249)	ZRSR2 (ENSECAG00000006454)	ENSECAG00000054561	CA5B (ENSECAG00000000478)	CLTRN (ENSECAG00000019605)	ENSECAG00000054443	ACE2 (ENSECAG00000000430)	BMX (ENSECAG00000016017)	PIR (ENSECAG00000013700)	VEGFD (ENSECAG00000011948)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
American mink	MODERN SPECIES	175	A2GL (ENSNVIG00000008012) #7	SEMA6B (ENSNVIG00000008048) #8	TNFAIP8L1 (ENSNVIG00000008168)	MYDGF (ENSNVIG00000008174) #9	DPP9 (ENSNVIG00000008198) #10	FEM1A (ENSNVIG00000008279) #11	TICAM1 (ENSNVIG00000008283) #12	PLIN3 (ENSNVIG00000008286) #13	UHRF1 (ENSNVIG00000008319) #15	KDM4B (ENSNVIG00000008371) #16	PTPRS (ENSNVIG00000009241) #17	SAFB2 (ENSNVIG00000014161) #18	SAFB (ENSNVIG00000014214) #19	MICOS13 (ENSNVIG00000014403) #20	HSD11B1L (ENSNVIG00000014427) #21	RL36 (ENSNVIG00000014479) ##22	LONP1 (ENSNVIG00000014515) #23	CATSPERD (ENSNVIG00000014650) #24	PRR22 (ENSNVIG00000014685) #25	DUS3L (ENSNVIG00000014698) #26	NRTN (ENSNVIG00000014759)	NDUFA11 (ENSNVIG00000014768) #29	VMAC (ENSNVIG00000014779) #30	CAPS (ENSNVIG00000014785) #31	RANBP3 (ENSNVIG00000014853) #32	RFX2 (ENSNVIG00000015069) #33	ACSBG2 (ENSNVIG00000015209) #34	ENSNVIG00000015289	MLLT1 (ENSNVIG00000015422) #35	ACER1 (ENSNVIG00000015426) #36	ENSNVIG00000015434 #37
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248.l #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A.v #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248.l #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A.v #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
American black bear	MODERN SPECIES	368										ENSUAMG00000024708	SAFB2 (ENSUAMG00000024695) #18	ENSUAMG00000024667 #19	ENSUAMG00000024543 #19	ENSUAMG00000024539 #20	HSD11B1L (ENSUAMG00000024538) #21	ENSUAMG00000024537 ##22	LONP1 (ENSUAMG00000024536) #23	CATSPERD (ENSUAMG00000024535) #24	PRR22 (ENSUAMG00000024525) #25	DUS3L (ENSUAMG00000024269) #26
Polar bear	MODERN SPECIES	245	NQO1 (ENSUMAG00000018664)	NFAT5 (ENSUMAG00000018674)	CYB5B (ENSUMAG00000018738)	TERF2 (ENSUMAG00000018750)	TMED6 (ENSUMAG00000018766)	NIP7 (ENSUMAG00000018771)	COG8 (ENSUMAG00000018774)	VPS4A (ENSUMAG00000018790)	SNTB2 (ENSUMAG00000018801)	UTP4 (ENSUMAG00000018841)	CHTF8 (ENSUMAG00000018852)	DERPC (ENSUMAG00000018856)	HAS3 (ENSUMAG00000018858)	TANGO6 (ENSUMAG00000018873)	CDH1 (ENSUMAG00000018916)	ENSUMAG00000018923 ##22	CDH3 (ENSUMAG00000018928)	ENSUMAG00000018948	ZFP90 (ENSUMAG00000018954)	SMPD3 (ENSUMAG00000018960)	PRMT7 (ENSUMAG00000018969)	SLC7A6OS (ENSUMAG00000018973)	SLC7A6 (ENSUMAG00000018975)	PLA2G15 (ENSUMAG00000018977)	ESRP2 (ENSUMAG00000018979)	NFATC3 (ENSUMAG00000019035)	DUS2 (ENSUMAG00000019192)	DDX28 (ENSUMAG00000019200)	DPEP2NB (ENSUMAG00000019204)	DPEP2 (ENSUMAG00000019208)	DPEP3 (ENSUMAG00000019222)
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	14	TNFAIP8L1 (ENSAMEG00000019544)	DPP9 (ENSAMEG00000003345) #10	FEM1A (ENSAMEG00000003420) #11	TICAM1 (ENSAMEG00000029420) #12	PLIN3 (ENSAMEG00000003439) #13	UHRF1 (ENSAMEG00000003466) #15	ARRDC5 (ENSAMEG00000028356) #14	ENSAMEG00000012045 #16	PTPRS (ENSAMEG00000012071) #17	ENSAMEG00000027102	SAFB2 (ENSAMEG00000012146) #18	ENSAMEG00000012254 #19	MICOS13 (ENSAMEG00000012320) #20	HSD11B1L (ENSAMEG00000012322) #21	LONP1 (ENSAMEG00000012350) #23	RPL36 (ENSAMEG00000012349) ##22	CATSPERD (ENSAMEG00000012399) #24	PRR22 (ENSAMEG00000030882) #25	DUS3L (ENSAMEG00000012423) #26	NRTN (ENSAMEG00000028449)	ENSAMEG00000018817	RANBP3 (ENSAMEG00000007819) #32	VMAC (ENSAMEG00000007913) #30	CAPS (ENSAMEG00000007894) #31	RFX2 (ENSAMEG00000007745) #33	ACSBG2 (ENSAMEG00000006804) #34	ENSAMEG00000006856	MLLT1 (ENSAMEG00000006860) #35	ACER1 (ENSAMEG00000023660) #36	CLPP (ENSAMEG00000029863) #37	ALKBH7 (ENSAMEG00000006925)
Giant Panda	MODERN SPECIES	3	NOB1 (ENSAMEG00000006706)	ENSAMEG00000023848	NQO1 (ENSAMEG00000006727)	NFAT5 (ENSAMEG00000006742)	TERF2 (ENSAMEG00000007513)	TMED6 (ENSAMEG00000007532)	NIP7 (ENSAMEG00000007542)	COG8 (ENSAMEG00000007560)	PDF (ENSAMEG00000007568)	VPS4A (ENSAMEG00000007570)	SNTB2 (ENSAMEG00000007618)	UTP4 (ENSAMEG00000007621)	CHTF8 (ENSAMEG00000027191)	HAS3 (ENSAMEG00000007678)	TANGO6 (ENSAMEG00000007701)	ENSAMEG00000024650 ##22	CDH1 (ENSAMEG00000007739)	ENSAMEG00000030044	CDH3 (ENSAMEG00000007820)	ZFP90 (ENSAMEG00000007863)	SMPD3 (ENSAMEG00000007869)	PRMT7 (ENSAMEG00000007900)	SLC7A6OS (ENSAMEG00000007958)	SLC7A6 (ENSAMEG00000007972)	PLA2G15 (ENSAMEG00000031292)	NFATC3 (ENSAMEG00000008086)	DUS2 (ENSAMEG00000008115)	DDX28 (ENSAMEG00000019426)	ENSAMEG00000026702	ENSAMEG00000017652	SLC12A4 (ENSAMEG00000017596)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b.c #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Red fox	MODERN SPECIES	6	ENSVVUG00000022035	ENSVVUG00000022039	ENSVVUG00000022051	SPICE1 (ENSVVUG00000022060)	SIDT1 (ENSVVUG00000022076)	USF3 (ENSVVUG00000022113)	NAA50 (ENSVVUG00000022115)	ATP6V1A (ENSVVUG00000022117)	GRAMD1C (ENSVVUG00000022122)	ZDHHC23 (ENSVVUG00000022127)	CCDC191 (ENSVVUG00000022134)	QTRT2 (ENSVVUG00000022159)	DRD3 (ENSVVUG00000022170)	TIGIT (ENSVVUG00000022175)	ZBTB20 (ENSVVUG00000022185)	ENSVVUG00000022190 ##22	GAP43 (ENSVVUG00000022192)	ENSVVUG00000022194	LSAMP (ENSVVUG00000022197)	ENSVVUG00000022202	ENSVVUG00000022205	IGSF11 (ENSVVUG00000022218)	ENSVVUG00000022220	UPK1B (ENSVVUG00000022221)	B4GALT4 (ENSVVUG00000022224)	ARHGAP31 (ENSVVUG00000022225)	TMEM39A (ENSVVUG00000022231)	POGLUT1 (ENSVVUG00000022232)	TIMMDC1 (ENSVVUG00000022235)	ENSVVUG00000022239	ADPRH (ENSVVUG00000022240)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b.c #17	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36
Dog	MODERN SPECIES	1	YEATS4 (ENSCAFG00845017320)	FRS2 (ENSCAFG00845017484)	CCT2 (ENSCAFG00845017606)	LRRC10 (ENSCAFG00845017783)	ENSCAFG00845017815	BEST3 (ENSCAFG00845017873)	RAB3IP (ENSCAFG00845018149)	MYRFL (ENSCAFG00845018692)	CNOT2 (ENSCAFG00845019498)	KCNMB4 (ENSCAFG00845019977)	PTPRB (ENSCAFG00845020301)	PTPRR (ENSCAFG00845021934)	TSPAN8 (ENSCAFG00845022247)	LGR5 (ENSCAFG00845022363)	ZFC3H1 (ENSCAFG00845022821)	ENSCAFG00845023438 ##22	THAP2 (ENSCAFG00845023467)	TMEM19 (ENSCAFG00845023570)	TBC1D15 (ENSCAFG00845023831)	TPH2 (ENSCAFG00845024186)	TRHDE (ENSCAFG00845024331)	ATXN7L3B (ENSCAFG00845024703)	ENSCAFG00845024785	KCNC2 (ENSCAFG00845024913)	CAPS2 (ENSCAFG00845025159)	GLIPR1L1 (ENSCAFG00845025712)	GLIPR1L2 (ENSCAFG00845025785)	ENSCAFG00845025880	ENSCAFG00845025911	OR6C38 (ENSCAFG00845025949)	OR6C2F (ENSCAFG00845026011)
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	112	DPP9 (ENSCAFG00020018800) #10	FEM1A (ENSCAFG00020018826) #11	TICAM1 (ENSCAFG00020018827) #12	PLIN3 (ENSCAFG00020018829) #13	ARRDC5 (ENSCAFG00020018831) #14	UHRF1 (ENSCAFG00020018846) #15	KDM4B (ENSCAFG00020018895) #16	ENSCAFG00020018909 #17	ENSCAFG00020018933 #17	ZNRF4 (ENSCAFG00020018938)	SAFB2 (ENSCAFG00020018939) #18	SAFB (ENSCAFG00020018943) #19	MICOS13 (ENSCAFG00020018951) #20	HSD11B1L (ENSCAFG00020018952) #21	LONP1 (ENSCAFG00020018954) #23	ENSCAFG00020018966 ##22	CATSPERD (ENSCAFG00020018972) #24	PRR22 (ENSCAFG00020018973) #25	DUS3L (ENSCAFG00020018976) #26	ENSCAFG00020018983	ENSCAFG00020018986	ENSCAFG00020018993	ENSCAFG00020018996	ENSCAFG00020019002	NDUFA11 (ENSCAFG00020019004) #29	VMAC (ENSCAFG00020019007) #30	CAPS (ENSCAFG00020019013) #31	RANBP3 (ENSCAFG00020019018) #32	RFX2 (ENSCAFG00020019038) #33	ENSCAFG00020019048 #34	ENSCAFG00020019050 #34
Dingo	MODERN SPECIES	374	ENSCAFG00020016946	LYZ (ENSCAFG00020016944)	YEATS4 (ENSCAFG00020016942)	FRS2 (ENSCAFG00020016939)	ENSCAFG00020016882	ENSCAFG00020016874	BEST3 (ENSCAFG00020016870)	RAB3IP (ENSCAFG00020016864)	ENSCAFG00020016861	CNOT2 (ENSCAFG00020016849)	KCNMB4 (ENSCAFG00020016846)	PTPRB (ENSCAFG00020016719)	PTPRR (ENSCAFG00020016602)	TSPAN8 (ENSCAFG00020016597)	LGR5 (ENSCAFG00020016549)	ENSCAFG00020016544 ##22	ZFC3H1 (ENSCAFG00020016502)	THAP2 (ENSCAFG00020016493)	ENSCAFG00020016488	RAB21 (ENSCAFG00020016486)	TBC1D15 (ENSCAFG00020016473)	TPH2 (ENSCAFG00020016463)	TRHDE (ENSCAFG00020016450)	ATXN7L3B (ENSCAFG00020016444)	ENSCAFG00020016442	KCNC2 (ENSCAFG00020016431)	ENSCAFG00020016422	GLIPR1L1 (ENSCAFG00020016420)	GLIPR1L2 (ENSCAFG00020016416)	GLIPR1 (ENSCAFG00020016413)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
lion	MODERN SPECIES	2	ENSPLOG00000006279 #9	DPP9 (ENSPLOG00000006312) #10	FEM1A (ENSPLOG00000006374) #11	ENSPLOG00000006387 #12	PLIN3 (ENSPLOG00000006407) #13	ARRDC5 (ENSPLOG00000006436) #14	UHRF1 (ENSPLOG00000006497) #15	KDM4B (ENSPLOG00000006557) #16	PTPRS (ENSPLOG00000006658) #17	ENSPLOG00000006724	TINCR (ENSPLOG00000006745)	SAFB2 (ENSPLOG00000006781) #18	SAFB (ENSPLOG00000006879) #19	ENSPLOG00000006936 #20	HSD11B1L (ENSPLOG00000006970) #21	ENSPLOG00000007018 ##22	ENSPLOG00000007082	PRR22 (ENSPLOG00000007098) #25	DUS3L (ENSPLOG00000007145) #26	NRTN (ENSPLOG00000007186)	NDUFA11 (ENSPLOG00000007217) #29	VMAC (ENSPLOG00000007244) #30	CAPS (ENSPLOG00000007257) #31	RANBP3 (ENSPLOG00000007325) #32	RFX2 (ENSPLOG00000007424) #33	ACSBG2 (ENSPLOG00000007544) #34	ENSPLOG00000007717	MLLT1 (ENSPLOG00000008040) #35	ACER1 (ENSPLOG00000008130) #36	CLPP (ENSPLOG00000008162) #37	ALKBH7 (ENSPLOG00000008230)
Tiger	MODERN SPECIES	149		ITSN2 (ENSPTIG00000021310)	ENSPTIG00000019797	FAM228B (ENSPTIG00000017562)	PFN4 (ENSPTIG00000017288)	TP53I3 (ENSPTIG00000013975)	SF3B6 (ENSPTIG00000013322)	FKBP1B (ENSPTIG00000011970)	WDCP (ENSPTIG00000011327)	MFSD2B (ENSPTIG00000008501)	UBXN2A (ENSPTIG00000006975)	ATAD2B (ENSPTIG00000020553)	KLHL29 (ENSPTIG00000019549)	ENSPTIG00000018573	TDRD15 (ENSPTIG00000006858)	ENSPTIG00000017235 ##22	APOB (ENSPTIG00000012825)	LDAH (ENSPTIG00000011369)	HS1BP3 (ENSPTIG00000010200)	RHOB (ENSPTIG00000006084)	ENSPTIG00000000251	PUM2 (ENSPTIG00000018982)	ENSPTIG00000018625	SDC1 (ENSPTIG00000017404)	LAPTM4A (ENSPTIG00000016492)	MATN3 (ENSPTIG00000015261)	WDR35 (ENSPTIG00000012685)	TTC32 (ENSPTIG00000012474)	OSR1 (ENSPTIG00000012004)	NT5C1B (ENSPTIG00000011201)	RDH14 (ENSPTIG00000010724)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Chacoan peccary	DUPLICATION
Chacoan peccary	DUPLICATION
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	960	HS3ST1 (ENSCWAG00000019822)	ENSCWAG00000019830	ENSCWAG00000019854	NKX3-2 (ENSCWAG00000019886)	ENSCWAG00000019897	ENSCWAG00000019903	CPEB2 (ENSCWAG00000019950)	C1QTNF7 (ENSCWAG00000020530)	CC2D2A (ENSCWAG00000020548)	FBXL5 (ENSCWAG00000020634)	FAM200B (ENSCWAG00000020666)	BST1 (ENSCWAG00000020680)	CD38 (ENSCWAG00000020715)	FGFBP1 (ENSCWAG00000020734)	ENSCWAG00000020746	ENSCWAG00000020764 ##22	TAPT1 (ENSCWAG00000020781)	LDB2 (ENSCWAG00000020873)	QDPR (ENSCWAG00000020915)	CLRN2 (ENSCWAG00000020951)	LAP3 (ENSCWAG00000020960)	MED28 (ENSCWAG00000020976)	FAM184B (ENSCWAG00000020994)	DCAF16 (ENSCWAG00000021010)	ENSCWAG00000021017	NCAPG (ENSCWAG00000021025)	LCORL (ENSCWAG00000021051)	SLIT2 (ENSCWAG00000021168)	PACRGL (ENSCWAG00000021407)	KCNIP4 (ENSCWAG00000021434)	ADGRA3 (ENSCWAG00000021565)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	901	PIK3C2G (ENSCWAG00000016263)	PLCZ1 (ENSCWAG00000016795)	CAPZA3 (ENSCWAG00000016896)	PLEKHA5 (ENSCWAG00000016925)	AEBP2 (ENSCWAG00000017163)	PDE3A (ENSCWAG00000017262)	SLCO1C1 (ENSCWAG00000017392)	ENSCWAG00000017611	SLCO1A2 (ENSCWAG00000017926)	PYROXD1 (ENSCWAG00000018077)	RECQL (ENSCWAG00000018127)	GOLT1B (ENSCWAG00000018174)	SPX (ENSCWAG00000018242)	GYS2 (ENSCWAG00000018301)	ENSCWAG00000018379	ENSCWAG00000018403 ##22	KCNJ8 (ENSCWAG00000018411)	ABCC9 (ENSCWAG00000018465)	CMAS (ENSCWAG00000019111)	ENSCWAG00000019149	ST8SIA1 (ENSCWAG00000019183)	C2CD5 (ENSCWAG00000019218)	ETNK1 (ENSCWAG00000019545)	SOX5 (ENSCWAG00000019638)	BCAT1 (ENSCWAG00000019827)	ENSCWAG00000019994	DNAI7 (ENSCWAG00000020143)	ETFRF1 (ENSCWAG00000020390)	KRAS (ENSCWAG00000020412)	LMNTD1 (ENSCWAG00000020426)	RASSF8 (ENSCWAG00000020442)
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Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	24	ENSCHYG00000015228	OR5K4 (ENSCHYG00000015169)	ENSCHYG00000015139	ENSCHYG00000015110	ENSCHYG00000015031	ENSCHYG00000014948	ENSCHYG00000014870	ENSCHYG00000014848	ENSCHYG00000014808	ENSCHYG00000014780	RIOX2 (ENSCHYG00000014682)	CRYBG3 (ENSCHYG00000014455)	ARL6 (ENSCHYG00000025963)	EPHA6 (ENSCHYG00000025942)	ENSCHYG00000025916	ENSCHYG00000025906 ##22	ENSCHYG00000025897	NSUN3 (ENSCHYG00000025884)	ENSCHYG00000025873	STX19 (ENSCHYG00000025865)	ARL13B (ENSCHYG00000025815)	PROS1 (ENSCHYG00000025663)	EPHA3 (ENSCHYG00000025451)	CSNKA2IP (ENSCHYG00000025414)	C3orf38 (ENSCHYG00000025383)	ZNF654 (ENSCHYG00000025306)	CGGBP1 (ENSCHYG00000025291)	HTR1F (ENSCHYG00000025282)	ENSCHYG00000025277	POU1F1 (ENSCHYG00000025212)	CHMP2B (ENSCHYG00000025129)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	7	SPTLC1 (ENSCHYG00000009442)	ROR2 (ENSCHYG00000009597)	NFIL3 (ENSCHYG00000009827)	AUH (ENSCHYG00000009849)	SYK (ENSCHYG00000010139)	DIRAS2 (ENSCHYG00000010500)	ENSCHYG00000010541	GADD45G (ENSCHYG00000010591)	SEMA4D (ENSCHYG00000010678)	SECISBP2 (ENSCHYG00000011079)	CKS2 (ENSCHYG00000011196)	ENSCHYG00000011237	S1PR3 (ENSCHYG00000011274)	ENSCHYG00000011299	ENSCHYG00000011329	ENSCHYG00000011383 ##22	ENSCHYG00000011400	ENSCHYG00000011490	ENSCHYG00000012081	ENSCHYG00000012101	TMEFF1 (ENSCHYG00000012232)	CAVIN4 (ENSCHYG00000012360)	PLPPR1 (ENSCHYG00000012393)	ENSCHYG00000012444	MRPL50 (ENSCHYG00000012476)	ZNF189 (ENSCHYG00000012510)	ALDOB (ENSCHYG00000012534)	PGAP4 (ENSCHYG00000012606)	RNF20 (ENSCHYG00000012621)	GRIN3A (ENSCHYG00000012746)	ENSCHYG00000012808
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Bovinae	DUPLICATION
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.k ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.k ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157005	ENSGT00390000016029	ENSGT00940000155015	ENSGT00950000183196.B	ENSGT00940000155708	ENSGT00960000189143	ENSGT00390000003738.a.b	ENSGT00940000154509.y.a	ENSGT00960000190743	ENSGT00940000155893.b	ENSGT00890000139496	ENSGT00940000158435	ENSGT00940000153497.E	ENSGT00940000154964	ENSGT00390000015520	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.k ##22	ENSGT00390000002757	ENSGT00940000160075	ENSGT00730000111293	ENSGT00940000161601	ENSGT00940000156456	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000162209	ENSGT00390000012265	ENSGT00940000157208	ENSGT00940000165767	ENSGT00390000004096	ENSGT00390000015980	ENSGT00940000158168	ENSGT00390000017913	ENSGT00940000160751
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES		FNDC3B (ENSBIXG00005016325)	TMEM212 (ENSBIXG00005016059)	PLD1 (ENSBIXG00005015980)	TNIK (ENSBIXG00005002445)	SLC2A2 (ENSBIXG00005015354)	ENSBIXG00005002252	EIF5A2 (ENSBIXG00005015286)	ENSBIXG00005015242	SLC7A14 (ENSBIXG00005015165)	CLDN11 (ENSBIXG00005015126)	SKIL (ENSBIXG00005002224)	PRKCI (ENSBIXG00005015079)	ENSBIXG00005015029	PHC3 (ENSBIXG00005014971)	GPR160 (ENSBIXG00005014856)	ENSBIXG00005014840 ##22	SEC62 (ENSBIXG00005002127)	SAMD7 (ENSBIXG00005014810)	LRRC31 (ENSBIXG00005002090)	ENSBIXG00005014747	LRRC34 (ENSBIXG00005014725)	MYNN (ENSBIXG00005014668)	ACTRT3 (ENSBIXG00005014634)	MECOM (ENSBIXG00005014546)	ENSBIXG00005014374	GOLIM4 (ENSBIXG00005014229)	ENSBIXG00005014198	SERPINI1 (ENSBIXG00005014155)	PDCD10 (ENSBIXG00005014114)	WDR49 (ENSBIXG00005007454)	SERPINI2 (ENSBIXG00005007267)
Cow	MODERN SPECIES		PLD1 (ENSBTAG00000017490)	ENSBTAG00000049814	TMSB4 (ENSBTAG00000051079)	TNIK (ENSBTAG00000011742)	ENSBTAG00000050747	SLC2A2 (ENSBTAG00000005386)	EIF5A2 (ENSBTAG00000010550)	RPL22L1 (ENSBTAG00000007394)	ENSBTAG00000052203	SLC7A14 (ENSBTAG00000016323)	CLDN11 (ENSBTAG00000019060)	SKIL (ENSBTAG00000004154)	PRKCI (ENSBTAG00000001403)	PHC3 (ENSBTAG00000013938)	GPR160 (ENSBTAG00000048011)	ENSBTAG00000045991 ##22	SEC62 (ENSBTAG00000039442)	SAMD7 (ENSBTAG00000018228)	LRRC34 (ENSBTAG00000006409)	MYNN (ENSBTAG00000013142)	ACTRT3 (ENSBTAG00000013141)	ENSBTAG00000047144	MECOM (ENSBTAG00000005871)	ENSBTAG00000054693	GOLIM4 (ENSBTAG00000018727)	LRRC77 (ENSBTAG00000031704)	SERPINI1 (ENSBTAG00000012708)	PDCD10 (ENSBTAG00000031709)	WDR49 (ENSBTAG00000031618)	SERPINI2 (ENSBTAG00000011423)	ZBBX (ENSBTAG00000035710)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00510000049183 #14	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000000153.l.a.eb	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.k ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00390000005830 #37
Wild yak	MODERN SPECIES	1314													MICOS13 (ENSBMUG00000025934) #20	HSD11B1L (ENSBMUG00000025940) #21	LONP1 (ENSBMUG00000025950) #23	ENSBMUG00000025956 ##22	CATSPERD (ENSBMUG00000025962) #24	PRR22 (ENSBMUG00000025971) #25	DUS3L (ENSBMUG00000025978) #26	ENSBMUG00000025980	ENSBMUG00000025983	NDUFA11 (ENSBMUG00000025985) #29	VMAC (ENSBMUG00000025986) #30	CAPS (ENSBMUG00000025987) #31	RANBP3 (ENSBMUG00000026003) #32	RFX2 (ENSBMUG00000026006) #33	ACSBG2 (ENSBMUG00000026010) #34	ENSBMUG00000026012	MLLT1 (ENSBMUG00000026014) #35
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.a	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.p.b.a.a.a	ENSGT00510000047589	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00950000182917.a.a.b.b	ENSGT00390000006712	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000162759	ENSGT00940000155423	ENSGT00940000161857	ENSGT00940000155483	ENSGT00390000015299.a.b.b.b	ENSGT00530000063557.b	ENSGT00940000155129.B	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.l ##22	ENSGT00390000001205.a	ENSGT00940000158434	ENSGT00940000154815.a	ENSGT00940000163356.d	ENSGT00940000159658	ENSGT01030000234573.B.c.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.a	ENSGT00390000013008	ENSGT00940000161584	ENSGT00390000015500	ENSGT00940000157675	ENSGT00390000010498	ENSGT00940000157985	ENSGT00940000159739	ENSGT00960000186682
Bos	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.a	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.p.b.a.a.a	ENSGT00510000047589	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00950000182917.a.a.b.b	ENSGT00390000006712	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000162759	ENSGT00940000155423	ENSGT00940000161857	ENSGT00940000155483	ENSGT00390000015299.a.b.b.b	ENSGT00530000063557.b	ENSGT00940000155129.B	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.l ##22	ENSGT00390000001205.a	ENSGT00940000158434	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000154815.a	ENSGT00940000163356.d	ENSGT00940000159658	ENSGT01030000234573.B.c.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.a	ENSGT00390000013008	ENSGT00940000161584	ENSGT00390000015500	ENSGT00940000157675	ENSGT00390000010498	ENSGT00940000157985	ENSGT00940000159739
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155710	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.a	ENSGT00510000047589	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00950000182917.a.a.b.b	ENSGT00390000006712	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000162759	ENSGT00940000155423	ENSGT00940000161857	ENSGT00940000155483	ENSGT00390000015299.a.b.b.b	ENSGT00530000063557.b	ENSGT00940000155129.B	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.l ##22	ENSGT00390000001205.a	ENSGT00940000158434	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000154815.a	ENSGT00940000163356.d	ENSGT00940000159658	ENSGT01030000234573.B.c.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.a	ENSGT00390000013008	ENSGT00940000161584	ENSGT00390000015500	ENSGT00940000157675	ENSGT00390000010498	ENSGT00940000157985	ENSGT00940000159739
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	2	ENSBIXG00005004400	GALM (ENSBIXG00005025754)	SRSF7 (ENSBIXG00005025649)	ENSBIXG00005025608	GEMIN6 (ENSBIXG00005004360)	DHX57 (ENSBIXG00005006297)	MORN2 (ENSBIXG00005025497)	ARHGEF33 (ENSBIXG00005025453)	SOS1 (ENSBIXG00005007630)	ENSBIXG00005002576	MAP4K3 (ENSBIXG00005024542)	TMEM178A (ENSBIXG00005024229)	THUMPD2 (ENSBIXG00005024180)	SLC8A1 (ENSBIXG00005024054)	ENSBIXG00005023565	ENSBIXG00005023539 ##22	PKDCC (ENSBIXG00005004014)	EML4 (ENSBIXG00005006054)	ENSBIXG00005004007	COX7A2L (ENSBIXG00005023402)	KCNG3 (ENSBIXG00005023332)	MTA3 (ENSBIXG00005023270)	ENSBIXG00005023179	HAAO (ENSBIXG00005023168)	ZFP36L2 (ENSBIXG00005003937)	THADA (ENSBIXG00005023072)	PLEKHH2 (ENSBIXG00005022963)	DYNC2LI1 (ENSBIXG00005022758)	ABCG5 (ENSBIXG00005022716)	ABCG8 (ENSBIXG00005007691)	LRPPRC (ENSBIXG00005007378)
Cow	MODERN SPECIES	2	HNRNPLL (ENSBTAG00000020567)	GALM (ENSBTAG00000021102)	SRSF7 (ENSBTAG00000014891)	ENSBTAG00000012984	GEMIN6 (ENSBTAG00000015521)	DHX57 (ENSBTAG00000014679)	MORN2 (ENSBTAG00000024042)	ARHGEF33 (ENSBTAG00000017039)	SOS1 (ENSBTAG00000011643)	CDKL4 (ENSBTAG00000024044)	ENSBTAG00000032775	MAP4K3 (ENSBTAG00000016442)	TMEM178A (ENSBTAG00000017318)	THUMPD2 (ENSBTAG00000004722)	SLC8A1 (ENSBTAG00000013861)	ENSBTAG00000026034 ##22	PKDCC (ENSBTAG00000019382)	EML4 (ENSBTAG00000010935)	ENSBTAG00000051513	COX7A2L (ENSBTAG00000000705)	ENSBTAG00000048539	KCNG3 (ENSBTAG00000032623)	MTA3 (ENSBTAG00000004073)	OXER1 (ENSBTAG00000004076)	HAAO (ENSBTAG00000004674)	ZFP36L2 (ENSBTAG00000003553)	THADA (ENSBTAG00000003555)	PLEKHH2 (ENSBTAG00000032521)	DYNC2LI1 (ENSBTAG00000013676)	ABCG5 (ENSBTAG00000016365)	ABCG8 (ENSBTAG00000016366)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.a	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.p.b.a.a.a	ENSGT00510000047589	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00950000182917.a.a.b.b	ENSGT00390000006712	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000162759	ENSGT00940000155423	ENSGT00940000161857	ENSGT00940000155483	ENSGT00390000015299.a.b.b.b	ENSGT00530000063557.b	ENSGT00940000155129.B	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.l ##22	ENSGT00390000001205.a	ENSGT00940000158434	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000154815.a	ENSGT00940000163356.d	ENSGT00940000159658	ENSGT01030000234573.B.c.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.a	ENSGT00390000013008	ENSGT00940000161584	ENSGT00390000015500	ENSGT00940000157675	ENSGT00390000010498	ENSGT00940000157985	ENSGT00940000159739
Wild yak	MODERN SPECIES	599	ATL2 (ENSBMUG00000005802)	HNRNPLL (ENSBMUG00000005862)	GALM (ENSBMUG00000005891)	SRSF7 (ENSBMUG00000005927)	GEMIN6 (ENSBMUG00000005953)	ENSBMUG00000005967	DHX57 (ENSBMUG00000005986)	MORN2 (ENSBMUG00000006014)	ARHGEF33 (ENSBMUG00000006042)	SOS1 (ENSBMUG00000006148)	CDKL4 (ENSBMUG00000006188)	MAP4K3 (ENSBMUG00000006282)	ENSBMUG00000006342	THUMPD2 (ENSBMUG00000006365)	SLC8A1 (ENSBMUG00000006436)	ENSBMUG00000006498 ##22
American bison	MODERN SPECIES	3099																ENSBBBG00000014372 ##22	PKDCC (ENSBBBG00000003287)	EML4 (ENSBBBG00000014473)	ENSBBBG00000014489	ENSBBBG00000014493	ENSBBBG00000003373	MTA3 (ENSBBBG00000003403)	HAAO (ENSBBBG00000002868)	ZFP36L2 (ENSBBBG00000002863)	THADA (ENSBBBG00000014645)	PLEKHH2 (ENSBBBG00000007555)	DYNC2LI1 (ENSBBBG00000014723)	ABCG5 (ENSBBBG00000014760)	ABCG8 (ENSBBBG00000006880)	LRPPRC (ENSBBBG00000014852)	PPM1B (ENSBBBG00000002799)
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	337													ALG14 (ENSMMSG00000018143)	TLCD4 (ENSMMSG00000018120)	RWDD3 (ENSMMSG00000018092)	ENSMMSG00000018070 ##22	PTBP2 (ENSMMSG00000017922)	DPYD (ENSMMSG00000017834)	ENSMMSG00000017797	ENSMMSG00000017657	PLPPR5 (ENSMMSG00000017618)	PLPPR4 (ENSMMSG00000017501)	PALMD (ENSMMSG00000017456)	FRRS1 (ENSMMSG00000017413)	AGL (ENSMMSG00000017232)	SLC35A3 (ENSMMSG00000017011)	MFSD14A (ENSMMSG00000016975)	SASS6 (ENSMMSG00000016832)	TRMT13 (ENSMMSG00000016719)	LRRC39 (ENSMMSG00000016687)	ENSMMSG00000016618
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	99	DPP9 (ENSMMSG00000022382) #10	FEM1A (ENSMMSG00000022354) #11	TICAM1 (ENSMMSG00000022345) #12	PLIN3 (ENSMMSG00000022324) #13	ARRDC5 (ENSMMSG00000022308) #14	UHRF1 (ENSMMSG00000022282) #15	KDM4B (ENSMMSG00000022220) #16	PTPRS (ENSMMSG00000022045) #17	ENSMMSG00000021991	ENSMMSG00000021982	ENSMMSG00000021957 #18	ENSMMSG00000021933 #19	ENSMMSG00000010451 #19	MICOS13 (ENSMMSG00000009950) #20	HSD11B1L (ENSMMSG00000009847) #21	ENSMMSG00000009807 ##22	LONP1 (ENSMMSG00000009638) #23	CATSPERD (ENSMMSG00000009524) #24	PRR22 (ENSMMSG00000009493) #25	DUS3L (ENSMMSG00000009249) #26	ENSMMSG00000009212	NRTN (ENSMMSG00000009181)	NDUFA11 (ENSMMSG00000009156) #29	VMAC (ENSMMSG00000009134) #30	CAPS (ENSMMSG00000009082) #31	RANBP3 (ENSMMSG00000008928) #32	ENSMMSG00000008883	RFX2 (ENSMMSG00000008753) #33	ACSBG2 (ENSMMSG00000008549) #34	MLLT1 (ENSMMSG00000008480) #35	ACER1 (ENSMMSG00000008449) #36
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Beluga whale	MODERN SPECIES	69	TPM3 (ENSDLEG00000009786)	NUP210L (ENSDLEG00000008115)	ENSDLEG00000007980	RAB13 (ENSDLEG00000007961)	JTB (ENSDLEG00000007934)	ENSDLEG00000011053	SLC39A1 (ENSDLEG00000011047)	CRTC2 (ENSDLEG00000010750)	DENND4B (ENSDLEG00000010669)	GATAD2B (ENSDLEG00000010639)	SLC27A3 (ENSDLEG00000010561)	INTS3 (ENSDLEG00000010414)	NPR1 (ENSDLEG00000010307)	ILF2 (ENSDLEG00000010233)	SNAPIN (ENSDLEG00000010218)	ENSDLEG00000010208 ##22	CHTOP (ENSDLEG00000010193)	ENSDLEG00000010166	S100A14 (ENSDLEG00000010136)	S100A16 (ENSDLEG00000010108)	S100A2 (ENSDLEG00000010099)	S100A3 (ENSDLEG00000010088)	S100A4 (ENSDLEG00000010083)	S100A5 (ENSDLEG00000010075)	S100A6 (ENSDLEG00000010062)	S100A8 (ENSDLEG00000010054)	S100A12 (ENSDLEG00000010040)	ENSDLEG00000010014	ENSDLEG00000009978	ENSDLEG00000009951
Sperm whale	MODERN SPECIES	5	AURKB (ENSPCTG00005012853)	CTC1 (ENSPCTG00005012766)	PFAS (ENSPCTG00005012675)	RANGRF (ENSPCTG00005012602)	SLC25A35 (ENSPCTG00005012553)	ARHGEF15 (ENSPCTG00005012392)	KRBA2 (ENSPCTG00005012334)	RPL26 (ENSPCTG00005012280)	RNF222 (ENSPCTG00005012262)	NDEL1 (ENSPCTG00005011958)	ENSPCTG00005010700	ENSPCTG00005010571	PIK3R6 (ENSPCTG00005010344)	PIK3R5 (ENSPCTG00005009909)	ENSPCTG00005009875	ENSPCTG00005009830 ##22	ENSPCTG00005009779	STX8 (ENSPCTG00005009707)	CFAP52 (ENSPCTG00005009536)	USP43 (ENSPCTG00005009236)	DHRS7C (ENSPCTG00005009111)	GLP2R (ENSPCTG00005008955)	RCVRN (ENSPCTG00005008907)	GAS7 (ENSPCTG00005008826)	MYH8 (ENSPCTG00005014742)	ENSPCTG00005014653	MYH2 (ENSPCTG00005013995)	MYH3 (ENSPCTG00005013409)	SCO1 (ENSPCTG00005013222)	ADPRM (ENSPCTG00005013144)	TMEM220 (ENSPCTG00005012983)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Arabian camel	DUPLICATION
Arabian camel	MODERN SPECIES	28	MYO3A (ENSCDRG00005008724)	ENSCDRG00005009230	ENSCDRG00005009271	GAD2 (ENSCDRG00005009327)	APBB1IP (ENSCDRG00005009629)	PDSS1 (ENSCDRG00005009781)	ABI1 (ENSCDRG00005010036)	ACBD5 (ENSCDRG00005011208)	MASTL (ENSCDRG00005011932)	YME1L1 (ENSCDRG00005012057)	ENSCDRG00005012217	NSUN6 (ENSCDRG00005012397)	CACNB2 (ENSCDRG00005012541)	ENSCDRG00005013694	ENSCDRG00005013717	ENSCDRG00005013781 ##22	THNSL1 (ENSCDRG00005013900)	ENKUR (ENSCDRG00005013924)	PRTFDC1 (ENSCDRG00005014044)	ARHGAP21 (ENSCDRG00005014230)	KIAA1217 (ENSCDRG00005014673)	ENSCDRG00005017086	ENSCDRG00005017123	ENSCDRG00005017148	ENSCDRG00005017172	ENSCDRG00005017197	ENSCDRG00005017205	ENSCDRG00005017230	ENSCDRG00005017250	ENSCDRG00005017278	ENSCDRG00005017302
Arabian camel	MODERN SPECIES	30	RAB14 (ENSCDRG00005010819)	CNTRL (ENSCDRG00005010958)	ENSCDRG00005011667	ENSCDRG00005011689	C5 (ENSCDRG00005011738)	TRAF1 (ENSCDRG00005011825)	PHF19 (ENSCDRG00005011924)	ENSCDRG00005011996	PSMD5 (ENSCDRG00005012041)	B3GALT9 (ENSCDRG00005012109)	FBXW2 (ENSCDRG00005012142)	MEGF9 (ENSCDRG00005012191)	CDK5RAP2 (ENSCDRG00005012283)	BRINP1 (ENSCDRG00005012875)	TLR4 (ENSCDRG00005012955)	ENSCDRG00005013005 ##22	ENSCDRG00005013038	ENSCDRG00005013199	TRIM32 (ENSCDRG00005013317)	PAPPA (ENSCDRG00005013335)	TNC (ENSCDRG00005013641)	TNFSF8 (ENSCDRG00005014535)	TNFSF15 (ENSCDRG00005014580)	TEX48 (ENSCDRG00005014625)	TEX53 (ENSCDRG00005014666)	TMEM268 (ENSCDRG00005014685)	ATP6V1G1 (ENSCDRG00005014719)	WHRN (ENSCDRG00005014777)	AKNA (ENSCDRG00005015117)	ENSCDRG00005015282	ENSCDRG00005015326
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Pig	MODERN SPECIES	4	SELENOT (ENSSSCG00000053786)	ERICH6 (ENSSSCG00000022706)	SIAH2 (ENSSSCG00000031388)	MINDY4B (ENSSSCG00000047943)	CLRN1 (ENSSSCG00000032550)	MED12L (ENSSSCG00000011714)	GPR171 (ENSSSCG00000036844)	P2RY14 (ENSSSCG00000011712)	GPR87 (ENSSSCG00000062777)	P2RY13 (ENSSSCG00000032162)	P2RY12 (ENSSSCG00000011713)	IGSF10 (ENSSSCG00000011717)	AADACL2 (ENSSSCG00000033781)	AADAC (ENSSSCG00000031367)	SUCNR1 (ENSSSCG00000022105)	ENSSSCG00000011718 ##22	MBNL1 (ENSSSCG00000011720)	P2RY1 (ENSSSCG00000058656)	RAP2B (ENSSSCG00000038366)	ARHGEF26 (ENSSSCG00000024205)	DHX36 (ENSSSCG00000024916)	GPR149 (ENSSSCG00000023582)	MME (ENSSSCG00000011723)	STRIT1 (ENSSSCG00000057007)	PLCH1 (ENSSSCG00000026718)	SLC33A1 (ENSSSCG00000025316)	GMPS (ENSSSCG00000028855)	ENSSSCG00000011724	KCNAB1 (ENSSSCG00000025810)	ENSSSCG00000047110	SSR3 (ENSSSCG00000030567)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Cat	MODERN SPECIES	243	ANKRD29 (ENSFCAG00000030826)	NPC1 (ENSFCAG00000000519)	RMC1 (ENSFCAG00000000518)	ENSFCAG00000035470	RIOK3 (ENSFCAG00000000517)	TMEM241 (ENSFCAG00000038945)	CABLES1 (ENSFCAG00000000515)	RBBP8 (ENSFCAG00000025887)	ENSFCAG00000033628	GATA6 (ENSFCAG00000027069)	MIB1 (ENSFCAG00000010283)	ABHD3 (ENSFCAG00000027720)	SNRPD1 (ENSFCAG00000012352)	ESCO1 (ENSFCAG00000012351)	GREB1L (ENSFCAG00000012349)	ENSFCAG00000034509 ##22	ENSFCAG00000052865	ENSFCAG00000035846	ROCK1 (ENSFCAG00000031506)	USP14 (ENSFCAG00000015756)	THOC1 (ENSFCAG00000022454)	COLEC12 (ENSFCAG00000015762)	CETN1 (ENSFCAG00000009226)	CLUL1 (ENSFCAG00000009228)	TYMS (ENSFCAG00000009230)	ENOSF1 (ENSFCAG00000009233)	YES1 (ENSFCAG00000009235)	ADCYAP1 (ENSFCAG00000039710)	ENSFCAG00000032982	ENSFCAG00000039848	METTL4 (ENSFCAG00000019392)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Red fox	MODERN SPECIES	38	FRS2 (ENSVVUG00000010131)	CCT2 (ENSVVUG00000008957)	ENSVVUG00000008942	ENSVVUG00000008940	BEST3 (ENSVVUG00000008934)	RAB3IP (ENSVVUG00000008925)	ENSVVUG00000008893	CNOT2 (ENSVVUG00000008840)	KCNMB4 (ENSVVUG00000008834)	PTPRB (ENSVVUG00000008793)	PTPRR (ENSVVUG00000008764)	TSPAN8 (ENSVVUG00000008726)	ENSVVUG00000008710	ENSVVUG00000008707	ENSVVUG00000008702	ENSVVUG00000008688 ##22	ZFC3H1 (ENSVVUG00000008655)	THAP2 (ENSVVUG00000008651)	TMEM19 (ENSVVUG00000008629)	TBC1D15 (ENSVVUG00000008586)	ENSVVUG00000008565	ENSVVUG00000008561	TPH2 (ENSVVUG00000008519)	TRHDE (ENSVVUG00000008252)	ENSVVUG00000008215	ENSVVUG00000008213	ATXN7L3B (ENSVVUG00000008201)	ENSVVUG00000008182	ENSVVUG00000008177	KCNC2 (ENSVVUG00000008169)	CAPS2 (ENSVVUG00000008152)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01030000234551.k.d.b.b.c.b	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000156499	ENSGT00940000155573	ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000159386	ENSGT00950000183095.a.a	ENSGT00970000193421.B	ENSGT00940000156572	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22	ENSGT00390000006205.b	ENSGT00940000153431.a	ENSGT01020000230438.B.b.b.a	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00390000002766.b.b	ENSGT00390000001332	ENSGT00940000154940	ENSGT00950000183000.c.b	ENSGT00940000158135	ENSGT00390000012799	ENSGT00550000074824
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	202								ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000159386	ENSGT00950000183095.a.a	ENSGT00970000193421.B	ENSGT00940000156572	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22	ENSGT00390000006205.b	ENSGT00390000016972.a.a.b.b.a	ENSGT00940000153431.a	ENSGT01020000230438.B.b.b.a	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00390000001332
American black bear	MODERN SPECIES	3121														AP4S1 (ENSUAMG00000014792)	HECTD1 (ENSUAMG00000014859)	ENSUAMG00000016611 ##22
Polar bear	MODERN SPECIES	413							ENSUMAG00000005579	ENSUMAG00000005585	PRKD1 (ENSUMAG00000005703)	G2E3 (ENSUMAG00000006635)	SCFD1 (ENSUMAG00000006644)	COCH (ENSUMAG00000006665)	STRN3 (ENSUMAG00000006765)	AP4S1 (ENSUMAG00000007515)	HECTD1 (ENSUMAG00000007523)	ENSUMAG00000007548 ##22	HEATR5A (ENSUMAG00000007915)	ENSUMAG00000010111	ENSUMAG00000010115	GPR33 (ENSUMAG00000010119)	NUBPL (ENSUMAG00000010133)	ARHGAP5 (ENSUMAG00000010158)	ENSUMAG00000010161	AKAP6 (ENSUMAG00000010177)	NPAS3 (ENSUMAG00000010286)	EGLN3 (ENSUMAG00000010391)	EAPP (ENSUMAG00000010403)
Giant Panda	MODERN SPECIES	12	CTSG (ENSAMEG00000029866)	GZMB (ENSAMEG00000015872)	ENSAMEG00000025225	STXBP6 (ENSAMEG00000015837)	NOVA1 (ENSAMEG00000015330)	ENSAMEG00000024395	FOXG1 (ENSAMEG00000025179)	ENSAMEG00000004988	PRKD1 (ENSAMEG00000004991)	G2E3 (ENSAMEG00000005054)	SCFD1 (ENSAMEG00000005072)	COCH (ENSAMEG00000015859)	STRN3 (ENSAMEG00000015829)	AP4S1 (ENSAMEG00000015823)	HECTD1 (ENSAMEG00000015770)	ENSAMEG00000028378 ##22	HEATR5A (ENSAMEG00000015736)	DTD2 (ENSAMEG00000024284)	GPR33 (ENSAMEG00000019764)	NUBPL (ENSAMEG00000015724)	ARHGAP5 (ENSAMEG00000015709)	AKAP6 (ENSAMEG00000015685)	NPAS3 (ENSAMEG00000029238)	EGLN3 (ENSAMEG00000023682)	SPTSSA (ENSAMEG00000028071)	EAPP (ENSAMEG00000006454)	SNX6 (ENSAMEG00000015476)	CFL2 (ENSAMEG00000015508)	BAZ1A (ENSAMEG00000015512)	ENSAMEG00000015534	SRP54 (ENSAMEG00000015544)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Rodentia	DUPLICATION
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.a ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.a ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	157		Adamts20 (ENSJJAG00000019070)	ENSJJAG00000020931	Pus7l (ENSJJAG00000002299)	Irak4 (ENSJJAG00000006725)	Twf1 (ENSJJAG00000010007)	Tmem117 (ENSJJAG00000011809)	Nell2 (ENSJJAG00000008540)	ENSJJAG00000011568	Dbx2 (ENSJJAG00000014537)	Ano6 (ENSJJAG00000015358)	ENSJJAG00000018413	ENSJJAG00000020460	ENSJJAG00000003064	Scaf11 (ENSJJAG00000009595)	ENSJJAG00000012055 ##22	Slc38a1 (ENSJJAG00000013537)	Slc38a2 (ENSJJAG00000013665)	ENSJJAG00000014336	Slc38a4 (ENSJJAG00000015534)	Amigo2 (ENSJJAG00000018293)	Rpap3 (ENSJJAG00000018688)	Endou (ENSJJAG00000019156)	ENSJJAG00000019771	Slc48a1 (ENSJJAG00000008709)	Hdac7 (ENSJJAG00000021127)	ENSJJAG00000013784	ENSJJAG00000015566	Col2a1 (ENSJJAG00000019255)	Senp1 (ENSJJAG00000015040)	Pfkm (ENSJJAG00000021525)
Rodentia	DUPLICATION
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.a ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.a ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.a ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.a ##22
Squirrel	MODERN SPECIES	201	PLCE1 (ENSSTOG00000014154)	SLC35G1 (ENSSTOG00000014149)	LGI1 (ENSSTOG00000016098)	FRA10AC1 (ENSSTOG00000016097)	PDE6C (ENSSTOG00000024806)	RBP4 (ENSSTOG00000016094)	FFAR4 (ENSSTOG00000016093)	CEP55 (ENSSTOG00000016092)	MYOF (ENSSTOG00000034018)	CYP26A1 (ENSSTOG00000015617)	CYP26C1 (ENSSTOG00000015614)	EXOC6 (ENSSTOG00000015601)	ENSSTOG00000030502	HHEX (ENSSTOG00000006255)	KIF11 (ENSSTOG00000006209)	ENSSTOG00000024075 ##22	IDE (ENSSTOG00000020385)	ENSSTOG00000025613	MARCHF5 (ENSSTOG00000005998)	CPEB3 (ENSSTOG00000028061)	BTAF1 (ENSSTOG00000008677)	TNKS2 (ENSSTOG00000002349)	PPP1R3C (ENSSTOG00000025781)	HECTD2 (ENSSTOG00000009022)	PCGF5 (ENSSTOG00000009179)	ANKRD1 (ENSSTOG00000009160)	RPP30 (ENSSTOG00000027002)	HTR7 (ENSSTOG00000028466)	ENSSTOG00000033664	ENSSTOG00000027065	KIF20B (ENSSTOG00000012892)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.a ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.a ##22
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	110	ENSCLAG00000015670	ENSCLAG00000016856	DEFB1 (ENSCLAG00000016003)	ENSCLAG00000014949	ENSCLAG00000015427	ENSCLAG00000014284	ENSCLAG00000014338	ENSCLAG00000013848	XKR5 (ENSCLAG00000014261)	AGPAT5 (ENSCLAG00000014732)	ANGPT2 (ENSCLAG00000013588)	ENSCLAG00000015633	CSMD1 (ENSCLAG00000015760)	MYOM2 (ENSCLAG00000015871)	ARHGEF10 (ENSCLAG00000016199)	ENSCLAG00000017976 ##22	CLN8 (ENSCLAG00000014557)	DLGAP2 (ENSCLAG00000015401)	ENSCLAG00000015334	TDRP (ENSCLAG00000016320)	FBXO25 (ENSCLAG00000016923)	ENSCLAG00000016074
Rodentia	DUPLICATION
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Rat	MODERN SPECIES	17	Slurp2 (ENSRNOG00000031437)	Lypd2 (ENSRNOG00000006058)	Slurp1 (ENSRNOG00000005944)	Them6 (ENSRNOG00000005929)	Psca (ENSRNOG00000061376)	Jrk (ENSRNOG00000027238)	Arc (ENSRNOG00000043465)	Mroh4 (ENSRNOG00000005382)	Adgrb1 (ENSRNOG00000029450)	AABR07058413.1 (ENSRNOG00000037401)	Gm6569 (ENSRNOG00000065138)	Mroh5 (ENSRNOG00000032827)	Ptp4a3 (ENSRNOG00000007628)	Slc45a4 (ENSRNOG00000007818)	Dennd3 (ENSRNOG00000010794)	RGD1564268 (ENSRNOG00000059955) ##22	Ptk2 (ENSRNOG00000007916)	Ago2 (ENSRNOG00000008533)	Chrac1 (ENSRNOG00000009103)	Trappc9 (ENSRNOG00000027569)	Kcnk9 (ENSRNOG00000009265)	Col22a1 (ENSRNOG00000024824)	Fam135b (ENSRNOG00000005159)	Rps19l1 (ENSRNOG00000031474)	Khdrbs3 (ENSRNOG00000009539)	ENSRNOG00000070681	Zfat (ENSRNOG00000025140)	ENSRNOG00000067606	AABR07058284.1 (ENSRNOG00000062233)	St3gal1 (ENSRNOG00000008209)	Ndrg1 (ENSRNOG00000007393)
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
spretus	MODERN SPECIES	8	MGP_SPRETEiJ_G0022852	Epas1 (MGP_SPRETEiJ_G0022853)	Tmem247 (MGP_SPRETEiJ_G0022854)	Atp6v1e2 (MGP_SPRETEiJ_G0022855)	Rhoq (MGP_SPRETEiJ_G0022856)	Pigf (MGP_SPRETEiJ_G0022857)	Cript (MGP_SPRETEiJ_G0022858)	Socs5 (MGP_SPRETEiJ_G0022859)	Mcfd2 (MGP_SPRETEiJ_G0022860)	Ttc7 (MGP_SPRETEiJ_G0022861)	Stpg4 (MGP_SPRETEiJ_G0022862)	Calm2 (MGP_SPRETEiJ_G0022863)	Epcam (MGP_SPRETEiJ_G0022864)	Msh2 (MGP_SPRETEiJ_G0022865)	Kcnk12 (MGP_SPRETEiJ_G0022866)	MGP_SPRETEiJ_G0022867 ##22	Msh6 (MGP_SPRETEiJ_G0022868)	MGP_SPRETEiJ_G0022869	Foxn2 (MGP_SPRETEiJ_G0022870)	Ppp1r21 (MGP_SPRETEiJ_G0022871)	Ston1 (MGP_SPRETEiJ_G0022872)	Gtf2a1l (MGP_SPRETEiJ_G0022873)	Lhcgr (MGP_SPRETEiJ_G0022874)	Fshr (MGP_SPRETEiJ_G0022875)	Nrxn1 (MGP_SPRETEiJ_G0022876)	MGP_SPRETEiJ_G0022877	Adcyap1 (MGP_SPRETEiJ_G0022878)	Mettl4 (MGP_SPRETEiJ_G0022879)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.a ##22
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	171	STIL (ENSCLAG00000006217)	ENSCLAG00000005985	TRABD2B (ENSCLAG00000005900)	SLC5A9 (ENSCLAG00000007839)	SPATA6 (ENSCLAG00000007504)	BEND5 (ENSCLAG00000007168)	AGBL4 (ENSCLAG00000006735)	ELAVL4 (ENSCLAG00000005476)	DMRTA2 (ENSCLAG00000008314)	FAF1 (ENSCLAG00000008153)	CDKN2C (ENSCLAG00000007763)	C1orf185 (ENSCLAG00000007634)	ENSCLAG00000006939	TTC39A (ENSCLAG00000005328)	EPS15 (ENSCLAG00000005042)	ENSCLAG00000004460 ##22	ENSCLAG00000009812	OSBPL9 (ENSCLAG00000006250)	NRDC (ENSCLAG00000004925)	RAB3B (ENSCLAG00000004516)	ENSCLAG00000004470	TXNDC12 (ENSCLAG00000004403)	BTF3L4 (ENSCLAG00000007659)	ZFYVE9 (ENSCLAG00000006470)	CC2D1B (ENSCLAG00000006239)	ORC1 (ENSCLAG00000005917)	PRPF38A (ENSCLAG00000005816)	TUT4 (ENSCLAG00000005255)	GPX7 (ENSCLAG00000004885)	SHISAL2A (ENSCLAG00000004758)	COA7 (ENSCLAG00000007569)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b.b.b.b ##22
Rat	MODERN SPECIES	19	Ankmy1 (ENSRNOG00000048567)	Gpc1 (ENSRNOG00000049437)	Otos (ENSRNOG00000016567)	Cops9 (ENSRNOG00000037402)	Or9s13 (ENSRNOG00000070697)	Or9s14 (ENSRNOG00000062524)	Or9s27 (ENSRNOG00000066727)	Or9s15 (ENSRNOG00000066764)	Or9s27 (ENSRNOG00000062550)	Or9s23 (ENSRNOG00000068571)	Or9s23b (ENSRNOG00000070407)	Or6b3 (ENSRNOG00000064010)	Or6b2b (ENSRNOG00000070837)	Or6b2 (ENSRNOG00000063133)	Ndufa10 (ENSRNOG00000016470)	AABR07068327.1 (ENSRNOG00000030045) ##22	ENSRNOG00000068729	Hdac4 (ENSRNOG00000020372)	Twist2 (ENSRNOG00000020355)	Asb1 (ENSRNOG00000020322)	Traf3ip1 (ENSRNOG00000024468)	AC141966.1 (ENSRNOG00000021435)	Per2 (ENSRNOG00000020254)	Hes6 (ENSRNOG00000020194)	Ilkap (ENSRNOG00000020115)	Erfe (ENSRNOG00000024688)	Klhl30 (ENSRNOG00000020105)	Espnl (ENSRNOG00000024717)	Scly (ENSRNOG00000020083)	Ube2f (ENSRNOG00000019953)	Ramp1 (ENSRNOG00000019926)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Mouse lemur	MODERN SPECIES	8	GRID2IP (ENSMICG00000028041)	KDELR2 (ENSMICG00000014334)	DAGLB (ENSMICG00000004369)	RAC1 (ENSMICG00000047004)	ENSMICG00000004365	CYTH3 (ENSMICG00000004355)	ENSMICG00000037327	ENSMICG00000044799	EIF2AK1 (ENSMICG00000012815)	ANKRD61 (ENSMICG00000012853)	AIMP2 (ENSMICG00000012810)	PMS2 (ENSMICG00000012794)	ENSMICG00000012768	ENSMICG00000012751	ENSMICG00000042503	ENSMICG00000046401 ##22	LMTK2 (ENSMICG00000002866)	BHLHA15 (ENSMICG00000036615)	TECPR1 (ENSMICG00000002874)	ENSMICG00000043223	BAIAP2L1 (ENSMICG00000002891)	NPTX2 (ENSMICG00000002901)	TMEM130 (ENSMICG00000002904)	TRRAP (ENSMICG00000002909)	SMURF1 (ENSMICG00000042244)	KPNA7 (ENSMICG00000017420)	ENSMICG00000017421	ENSMICG00000017423	ARPC1B (ENSMICG00000017424)	PDAP1 (ENSMICG00000017425)	ENSMICG00000017426
Bushbaby	MODERN SPECIES	286	ZBTB49 (ENSOGAG00000000988)	TMEM128 (ENSOGAG00000000984)	OTOP1 (ENSOGAG00000028375)	DRD5 (ENSOGAG00000000322)	SLC2A9 (ENSOGAG00000000323)	WDR1 (ENSOGAG00000026524)	ENSOGAG00000008315	RACK1 (ENSOGAG00000014924)	TRIM41 (ENSOGAG00000016058)	TRIM7 (ENSOGAG00000014932)	ENSOGAG00000024466	ENSOGAG00000028371	BTNL9 (ENSOGAG00000005446)	ENSOGAG00000007497	ENSOGAG00000002462	ENSOGAG00000034009 ##22	ZFP62 (ENSOGAG00000034247)	MGAT1 (ENSOGAG00000032967)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Tarsier	MODERN SPECIES	6722														U2AF1 (ENSTSYG00000006799)	CRYAA (ENSTSYG00000025924)	ENSTSYG00000011608 ##22	SIK1 (ENSTSYG00000035622)	HSF2BP (ENSTSYG00000001064)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	50	S100Z (ENSCCAG00000021575)	F2RL1 (ENSCCAG00000020451)	F2R (ENSCCAG00000035401)	F2RL2 (ENSCCAG00000023100)	IQGAP2 (ENSCCAG00000032875)	SV2C (ENSCCAG00000036246)	ENSCCAG00000030179	POC5 (ENSCCAG00000013495)	ANKDD1B (ENSCCAG00000020279)	POLK (ENSCCAG00000029021)	CERT1 (ENSCCAG00000021594)	HMGCR (ENSCCAG00000023164)	ENSCCAG00000024833	ANKRD31 (ENSCCAG00000025762)	GCNT4 (ENSCCAG00000012660)	ENSCCAG00000030843 ##22	ENSCCAG00000018354	FAM169A (ENSCCAG00000008188)	NSA2 (ENSCCAG00000017188)	ENSCCAG00000012127 ##22	GFM2 (ENSCCAG00000029580)	HEXB (ENSCCAG00000025903)	ENC1 (ENSCCAG00000017658)	ARHGEF28 (ENSCCAG00000030516)	UTP15 (ENSCCAG00000033397)	ANKRA2 (ENSCCAG00000033227)	ENSCCAG00000033236	FOXD1 (ENSCCAG00000006678)	TMEM174 (ENSCCAG00000026904)	TMEM171 (ENSCCAG00000032407)	FCHO2 (ENSCCAG00000020869)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	61	MORN2 (ENSSBOG00000024208)	ARHGEF33 (ENSSBOG00000020892)	ENSSBOG00000025463	SOS1 (ENSSBOG00000028658)	ENSSBOG00000027102	CDKL4 (ENSSBOG00000022521)	MAP4K3 (ENSSBOG00000022834)	ENSSBOG00000033269	TMEM178A (ENSSBOG00000028853)	THUMPD2 (ENSSBOG00000015419)	SLC8A1 (ENSSBOG00000021323)	ENSSBOG00000032761	PKDCC (ENSSBOG00000035223)	EML4 (ENSSBOG00000033960)	COX7A2L (ENSSBOG00000035426)	ENSSBOG00000036228 ##22	ENSSBOG00000033255	KCNG3 (ENSSBOG00000032206)	MTA3 (ENSSBOG00000030404)	HAAO (ENSSBOG00000034142)	ENSSBOG00000023471	ENSSBOG00000036256	ZFP36L2 (ENSSBOG00000020271)	THADA (ENSSBOG00000034696)	ENSSBOG00000018933	PLEKHH2 (ENSSBOG00000021126)	DYNC2LI1 (ENSSBOG00000027181)	ABCG5 (ENSSBOG00000030125)	ABCG8 (ENSSBOG00000015810)	ENSSBOG00000029182	LRPPRC (ENSSBOG00000011807)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	144												ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Elephant	MODERN SPECIES	126	TNR (ENSLAFG00000015518)	COP1 (ENSLAFG00000006150)	PAPPA2 (ENSLAFG00000011481)	ASTN1 (ENSLAFG00000011546)	BRINP2 (ENSLAFG00000018314)	SEC16B (ENSLAFG00000014277)	ENSLAFG00000020533	RASAL2 (ENSLAFG00000001512)	TEX35 (ENSLAFG00000017454)	ENSLAFG00000027310	ANGPTL1 (ENSLAFG00000006838)	RALGPS2 (ENSLAFG00000006835)	FAM20B (ENSLAFG00000005339)	TOR3A (ENSLAFG00000005341)	ABL2 (ENSLAFG00000005345)	ENSLAFG00000028725 #22	SOAT1 (ENSLAFG00000007472)	ENSLAFG00000015323	NPHS2 (ENSLAFG00000015286)	TDRD5 (ENSLAFG00000015295)	FAM163A (ENSLAFG00000026601)	TOR1AIP2 (ENSLAFG00000022582)	ENSLAFG00000020905	TOR1AIP1 (ENSLAFG00000012811)	CEP350 (ENSLAFG00000008193)	QSOX1 (ENSLAFG00000009319)	LHX4 (ENSLAFG00000015360)	ACBD6 (ENSLAFG00000015365)	XPR1 (ENSLAFG00000004438)	ENSLAFG00000004441	STX6 (ENSLAFG00000004445)
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	1269															ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	493															ENSDNOG00000034352 #20	RPL36 (ENSDNOG00000005163) #22	LONP1 (ENSDNOG00000005170) #23	ENSDNOG00000040866 #24
Armadillo	MODERN SPECIES	2005					ENSDNOG00000038534	ENSDNOG00000030782	ENSDNOG00000017842	AKNA (ENSDNOG00000008149)	WHRN (ENSDNOG00000041182)	ENSDNOG00000008083	TMEM268 (ENSDNOG00000000867)	ENSDNOG00000048398	TNLG1B (ENSDNOG00000033887)	TNLG3A (ENSDNOG00000032295)	TNC (ENSDNOG00000017690)	ENSDNOG00000013511 #22	ENSDNOG00000033204	ENSDNOG00000041206	PAPPA (ENSDNOG00000019437)	ENSDNOG00000048672	TRIM32 (ENSDNOG00000030704)	ENSDNOG00000015223	TLR4 (ENSDNOG00000032753)
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Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222912	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00940000165061	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a.g #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A.o #34	ENSGT00940000155332.A.p #34
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222912	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00940000165061	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a.g #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A.o #34	ENSGT00940000155332.A.p #34	ENSGT00940000158800 #35
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222912	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00940000165061	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a.g #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434.h #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588.q #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A.o #34	ENSGT00940000155332.A.p #34	ENSGT00940000158800 #35
koala	MODERN SPECIES	214	TNFAIP8L1 (ENSPCIG00000012410)	ENSPCIG00000012412 #9	DPP9 (ENSPCIG00000012419) #10	FEM1A (ENSPCIG00000012426) #11	ENSPCIG00000012428 #12	ENSPCIG00000012430 #13	UHRF1 (ENSPCIG00000012434) #15	KDM4B (ENSPCIG00000012450) #16	PTPRS (ENSPCIG00000013355) #17	ENSPCIG00000011211	ENSPCIG00000032018	SAFB2 (ENSPCIG00000009518) #18	SAFB (ENSPCIG00000009504) #19	ENSPCIG00000009499	ENSPCIG00000009497 #20	RPL36 (ENSPCIG00000009495) #22	LONP1 (ENSPCIG00000009491) #23	ENSPCIG00000009485 #24	ENSPCIG00000009484	ENSPCIG00000009483 #25	DUS3L (ENSPCIG00000008483) #26	ENSPCIG00000008470	ENSPCIG00000008459	ENSPCIG00000031677 #29	VMAC (ENSPCIG00000008457) #30	CAPS (ENSPCIG00000008456) #31	ENSPCIG00000008455 #32	RFX2 (ENSPCIG00000008454) #33	ENSPCIG00000013268 #34	ENSPCIG00000019691 #34	MLLT1 (ENSPCIG00000032521) #35
Opossum	MODERN SPECIES	2	ENSMODG00000001022	TNFAIP8L1 (ENSMODG00000001026)	DPP9 (ENSMODG00000001039) #10	ENSMODG00000002894	FEM1A (ENSMODG00000001058) #11	ENSMODG00000001063 #12	PLIN3 (ENSMODG00000001081) #13	UHRF1 (ENSMODG00000001108) #15	KDM4B (ENSMODG00000001130) #16	PTPRS (ENSMODG00000045528) #17	ENSMODG00000001148	SAFB2 (ENSMODG00000001178) #18	SAFB (ENSMODG00000001236) #19	ENSMODG00000001263	ENSMODG00000001268 #20	RPL36 (ENSMODG00000001275) #22	LONP1 (ENSMODG00000001308) #23	ENSMODG00000025644 #24	ENSMODG00000001314	ENSMODG00000042676 #25	DUS3L (ENSMODG00000001339) #26	ENSMODG00000001343 #29	VMAC (ENSMODG00000049884) #30	ENSMODG00000001357 #31	RANBP3 (ENSMODG00000001371) #32	RFX2 (ENSMODG00000001398) #33	ENSMODG00000001431 #34	ENSMODG00000049985 #34	MLLT1 (ENSMODG00000001886) #35	ACER1 (ENSMODG00000001913) #36	ENSMODG00000037547
Sauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
painted turtle	MODERN SPECIES	739													ENSCPBG00000000604	LRRTM2 (ENSCPBG00000006255)	SIL1 (ENSCPBG00000006273)	ENSCPBG00000006294 #22	MATR3 (ENSCPBG00000006303)	PAIP2 (ENSCPBG00000006310)	SLC23A1 (ENSCPBG00000006312)	SPATA24 (ENSCPBG00000006316)	DNAJC18 (ENSCPBG00000006324)	ECSCR (ENSCPBG00000006329)	ENSCPBG00000006336	STING1 (ENSCPBG00000006346)	UBE2D2 (ENSCPBG00000006467)	CXXC5 (ENSCPBG00000006490)	PSD2 (ENSCPBG00000006511)	PURA (ENSCPBG00000006537)	ENSCPBG00000006542	PFDN1 (ENSCPBG00000006552)	HBEGF (ENSCPBG00000006559)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000161635	ENSGT00940000159560	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000162399	ENSGT00390000010450	ENSGT00940000157050	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157166	ENSGT00390000012431	ENSGT00940000159994	ENSGT00390000000427	ENSGT00940000157375	ENSGT00940000155404	ENSGT00390000014361.a	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000006876	ENSGT00940000156845	ENSGT00940000160620.db	ENSGT00940000158959.b	ENSGT00940000164492	ENSGT00940000162806	ENSGT00610000086173	ENSGT00390000015368.a.a	ENSGT00940000161872
Common wall lizard	MODERN SPECIES	9	ENSPMRG00000021020	ENSPMRG00000021046	SIN3B (ENSPMRG00000021102)	F2RL3 (ENSPMRG00000021328)	CPAMD8 (ENSPMRG00000021337)	ENSPMRG00000021360	PIK3R2 (ENSPMRG00000021395)	ENSPMRG00000021568	MAST3 (ENSPMRG00000021572)	ARRDC2 (ENSPMRG00000021585)	PEX11G (ENSPMRG00000021591)	ARHGEF18 (ENSPMRG00000021611)	INSR (ENSPMRG00000021675)	ENSPMRG00000021912	ENSPMRG00000021923	RPL36 (ENSPMRG00000021932) #22	LONP1 (ENSPMRG00000021946) #23	SLC1A6 (ENSPMRG00000021969)	NDUFA11 (ENSPMRG00000021986) #29	VMAC (ENSPMRG00000022002) #30	CAPS (ENSPMRG00000022005) #31	RANBP3 (ENSPMRG00000022016) #32	ENSPMRG00000022032	ZNF414 (ENSPMRG00000022048)	MYO9B (ENSPMRG00000022247)	ENSPMRG00000022743	RAB3A (ENSPMRG00000022750)	ENSPMRG00000022804	JUND (ENSPMRG00000022938)	LSM4 (ENSPMRG00000022941)	PGPEP1 (ENSPMRG00000022945)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	15	akr1a1b (ENSBSLG00000017131)	ENSBSLG00000017390	EPS15L1 (ENSBSLG00000017624)	ENSBSLG00000018603	klf2a (ENSBSLG00000018605)	klf2a (ENSBSLG00000018610)	klf2a (ENSBSLG00000000474)	cherp (ENSBSLG00000000553)	dohh (ENSBSLG00000000596)	RSPH6A (ENSBSLG00000000612)	LONP1 (ENSBSLG00000000634) #23	LRRC24 (ENSBSLG00000000679)	ENSBSLG00000000692	sass6 (ENSBSLG00000000714)	ENSBSLG00000000786	rpl36 (ENSBSLG00000000854) #22	pde6d (ENSBSLG00000001245)	phb2b (ENSBSLG00000001342)	ENSBSLG00000001477	lrrc40 (ENSBSLG00000001485)	ENSBSLG00000001492	commd2 (ENSBSLG00000001494)	lmnb2 (ENSBSLG00000001546)	TRAPPC8 (ENSBSLG00000001873)	ctns (ENSBSLG00000002214)	ENSBSLG00000002305	ENSBSLG00000002329	ENSBSLG00000002401	ENSBSLG00000002426	ENSBSLG00000002522	NAALADL2 (ENSBSLG00000002532)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	77												ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000182916.b.h	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000003161	ENSGT00390000015908	ENSGT00940000156897	ENSGT00940000154930.eb
Fugu	MODERN SPECIES	12	cpt2 (ENSTRUG00000028618)	cpt2 (ENSTRUG00000031658)	ENSTRUG00000016575	ENSTRUG00000003175	ENSTRUG00000021100	PODN (ENSTRUG00000031098)	ENSTRUG00000027281	ENSTRUG00000028158	ENSTRUG00000031798	KLHL30 (ENSTRUG00000002314)	zgc:171480 (ENSTRUG00000003082)	ctns (ENSTRUG00000024608)	TRAPPC8 (ENSTRUG00000003543)	commd2 (ENSTRUG00000004170)	lmnb2 (ENSTRUG00000004326)	rpl36 (ENSTRUG00000030844) #22	pde6d (ENSTRUG00000025034)	lrrc40 (ENSTRUG00000005379)	ENSTRUG00000005745	sass6 (ENSTRUG00000006393)	ENSTRUG00000006612	LRRC24 (ENSTRUG00000006630)	LONP1 (ENSTRUG00000006782) #23	ENSTRUG00000024465	RSPH6A (ENSTRUG00000024219)	dohh (ENSTRUG00000007341)	cherp (ENSTRUG00000007429)	ENSTRUG00000029023	EPS15L1 (ENSTRUG00000007862)	ARHGAP39 (ENSTRUG00000008303)	ENSTRUG00000025668
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	267												ENSLBEG00000020952	TRAPPC8 (ENSLBEG00000021212)	commd2 (ENSLBEG00000021326)	lmnb2 (ENSLBEG00000021356)	rpl36 (ENSLBEG00000021388) #22	pde6d (ENSLBEG00000021432)	phb2b (ENSLBEG00000021461)	lrrc40 (ENSLBEG00000021491)	ENSLBEG00000021537	sass6 (ENSLBEG00000021584)	ENSLBEG00000021624	LRRC24 (ENSLBEG00000021688)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
P. nyererei	MODERN SPECIES	352	orc1 (ENSPNYG00000005399)	ENSPNYG00000005295	b4galt6 (ENSPNYG00000005170)	ENSPNYG00000005126	PTBP1 (ENSPNYG00000005088)	stil (ENSPNYG00000004977)	serpinc1 (ENSPNYG00000004943)	zbtb37 (ENSPNYG00000004925)	s1pr1 (ENSPNYG00000004912)	dph5 (ENSPNYG00000004878)	slc30a7 (ENSPNYG00000004827)	vcam1b (ENSPNYG00000004812)	cdc14ab (ENSPNYG00000004763)	rtca (ENSPNYG00000004722)	lmnb2 (ENSPNYG00000004678)	rpl36 (ENSPNYG00000004657) #22	pde6d (ENSPNYG00000004635)	phb2b (ENSPNYG00000004604)	ENSPNYG00000004589	lrrc40 (ENSPNYG00000004496)	ENSPNYG00000004462	ENSPNYG00000004368	ENSPNYG00000004351	sass6 (ENSPNYG00000004283)	ENSPNYG00000004235	LRRC24 (ENSPNYG00000004201)	LONP1 (ENSPNYG00000004109) #23	ENSPNYG00000004067	dohh (ENSPNYG00000004038)	cherp (ENSPNYG00000003942)	klf2a (ENSPNYG00000003903)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	71				ENSGT00940000159037	ENSGT00940000160231	ENSGT00940000166036	ENSGT00940000165051	ENSGT01030000234852.e	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000005338	ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.a.d	ENSGT00390000003161	ENSGT00390000015908	ENSGT00940000156897	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a.n	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT00940000158019	ENSGT00940000156453.b
Chinese medaka	MODERN SPECIES	427														lrrc40 (ENSOSIG00000010051)	LMNB2 (ENSOSIG00000010091)	rpl36 (ENSOSIG00000010093) #22	pde6d (ENSOSIG00000010096)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	18	C1QTNF7 (ENSOJAG00000007461)	CPEB2 (ENSOJAG00000007509)	ndnf (ENSOJAG00000007684)	prdm5 (ENSOJAG00000007710)	zgc:172121 (ENSOJAG00000007948)	sgta (ENSOJAG00000008055)	SLC39A3 (ENSOJAG00000008241)	ENSOJAG00000008251	zgc:113223 (ENSOJAG00000008303)	thop1 (ENSOJAG00000008338)	LONP1 (ENSOJAG00000008903) #23	LRRC24 (ENSOJAG00000009226)	ENSOJAG00000009338	lrrc40 (ENSOJAG00000010043)	lmnb2 (ENSOJAG00000010127)	rpl36 (ENSOJAG00000011138) #22	pde6d (ENSOJAG00000011151)	phb2b (ENSOJAG00000011246)	commd2 (ENSOJAG00000011736)	zgc:171480 (ENSOJAG00000011746)	EPS15L1 (ENSOJAG00000011758)	ctns (ENSOJAG00000011848)	ndufa11 (ENSOJAG00000011890) #29	ENSOJAG00000011915	ARHGAP39 (ENSOJAG00000012040)	ENSOJAG00000012139	rad54l (ENSOJAG00000012165)	ENSOJAG00000012443	ENSOJAG00000012525	ENSOJAG00000012532	b4galt6 (ENSOJAG00000012559)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	226																rpl36 (ENSKMAG00000017545) #22	aatf (ENSKMAG00000017565)	magoh (ENSKMAG00000017572)	cpt2 (ENSKMAG00000017590)	scp2b (ENSKMAG00000017616)	PODN (ENSKMAG00000017640)	slc1a7b (ENSKMAG00000017677)	ENSKMAG00000017757	ADCYAP1R1 (ENSKMAG00000017792)	ENSKMAG00000017831	ENSKMAG00000017853	ZC3H3 (ENSKMAG00000017876)	mafaa (ENSKMAG00000017895)	atpaf1 (ENSKMAG00000017911)	RHPN1 (ENSKMAG00000017938)	TUT4 (ENSKMAG00000017970)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000007336.a.a.c	ENSGT00390000007029.e.a.b	ENSGT00940000157019.g.a.h	ENSGT00940000160748.a.d	ENSGT00390000000263.b	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b.f	ENSGT00980000198724	ENSGT00940000164867.b.a.b	ENSGT00940000156309.A.l.d	ENSGT00390000015458.e	ENSGT01030000234590.A.b.a.a.c	ENSGT00940000165445	ENSGT01030000234590.A.b.b.a	ENSGT00510000046760.b.e	ENSGT00990000210423	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00940000157375.c.j	ENSGT00730000111078.c	ENSGT00940000158252	ENSGT00530000064273.a.b.q.a	ENSGT00940000158655.e	ENSGT00940000155404.i.a.c.a	ENSGT01100000263614.h	ENSGT00940000164903.a.f.b	ENSGT00940000159991.A.a.r.a	ENSGT00940000158525.u.f	ENSGT00940000165613.c	ENSGT01010000222313.A.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT00390000008969.c	ENSGT00940000161103.a.b	ENSGT01100000263556.a.a.q.c.b.a.a.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	22	DDA1 (ENSOMYG00000063559)	ANO8 (ENSOMYG00000012068)	ENSOMYG00000012776	pde6d (ENSOMYG00000012786)	ENSOMYG00000012852	ENSOMYG00000074656	dlg1a (ENSOMYG00000013962)	ENSOMYG00000068909	ENSOMYG00000022336	hps3 (ENSOMYG00000022409)	ENSOMYG00000049348	ENSOMYG00000022501	tm4sf4 (ENSOMYG00000022531)	wwtr1 (ENSOMYG00000022543)	ENSOMYG00000022559	ENSOMYG00000022571 #22	ENSOMYG00000022583	ENSOMYG00000022601	ENSOMYG00000022656	ENSOMYG00000060035	ENSOMYG00000077605	ENSOMYG00000056182	ENSOMYG00000063774	ENSOMYG00000050014	ENSOMYG00000076282	ENSOMYG00000068286	ENSOMYG00000071797	ENSOMYG00000052760	ENSOMYG00000040168	ENSOMYG00000040861	ENSOMYG00000068309
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000007336.a.a.c	ENSGT00390000007029.e.a.b	ENSGT00940000157019.g.a.h	ENSGT00940000160748.a.d	ENSGT00390000000263.b	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b.f	ENSGT00980000198724	ENSGT00940000164867.b.a.b	ENSGT00940000156309.A.l.d	ENSGT00390000015458.e	ENSGT01030000234590.A.b.a.a.c	ENSGT00940000165445	ENSGT01030000234590.A.b.b.a	ENSGT00510000046760.b.e	ENSGT00990000210423	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00940000157375.c.j	ENSGT00730000111078.c	ENSGT00940000158252	ENSGT00530000064273.a.b.q.a.d	ENSGT00530000064273.a.b.q.a.c.a.a.b	ENSGT00940000158655.e	ENSGT00940000155404.i.a.c.a	ENSGT01100000263614.h	ENSGT00940000164903.a.f.b	ENSGT00940000159991.A.a.r.a	ENSGT00940000158525.u.f	ENSGT00940000165613.c	ENSGT01010000222313.A.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT00390000008969.c	ENSGT00940000161103.a.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES		ABHD8 (ENSOTSG00005028032)	dda1 (ENSOTSG00005028035)	ANO8 (ENSOTSG00005028038)	nr2f6b (ENSOTSG00005028040)	pde6d (ENSOTSG00005028041)	phb2b (ENSOTSG00005028047)	ptmaa (ENSOTSG00005028073)	dlg1a (ENSOTSG00005028081)	senp5 (ENSOTSG00005029101)	hps3 (ENSOTSG00005029109)	ENSOTSG00005029130	ENSOTSG00005029134	tm4sf4 (ENSOTSG00005029138)	wwtr1 (ENSOTSG00005029141)	ENSOTSG00005029142	rpl36 (ENSOTSG00005029145) #22	ENSOTSG00005029146	zranb2 (ENSOTSG00005029148)	adgrl4 (ENSOTSG00005029150)	ENSOTSG00005029155	ENSOTSG00005031321	CLDN18 (ENSOTSG00005031323)	insra (ENSOTSG00005031330)	ENSOTSG00005031610	ENSOTSG00005031612	nupr1b (ENSOTSG00005031615)	sgf29 (ENSOTSG00005031618)	spns1 (ENSOTSG00005031624)	atxn2l (ENSOTSG00005031631)	ENSOTSG00005031635	nlk1 (ENSOTSG00005031636)
Coho salmon	MODERN SPECIES	1	DDA1 (ENSOKIG00005011055)	ANO8 (ENSOKIG00005011092)	nr2f6b (ENSOKIG00005011192)	ENSOKIG00005011206	ENSOKIG00005011209	pde6d (ENSOKIG00005011214)	phb2b (ENSOKIG00005011247)	ENSOKIG00005011312	dlg1a (ENSOKIG00005011690)	ENSOKIG00005017079	hps3 (ENSOKIG00005017104)	ENSOKIG00005017116	ENSOKIG00005017121	tm4sf4 (ENSOKIG00005017135)	wwtr1 (ENSOKIG00005017175)	RPL36 (ENSOKIG00005017187) #22	ENSOKIG00005017197	zranb2 (ENSOKIG00005017229)	adgrl4 (ENSOKIG00005017245)	ENSOKIG00005017822	ENSOKIG00005031708	CLDN18 (ENSOKIG00005031911)	insra (ENSOKIG00005032019)	ENSOKIG00005033182	ENSOKIG00005033211	ENSOKIG00005033280	ENSOKIG00005033532	nlk1 (ENSOKIG00005033593)	ENSOKIG00005033830	mvp (ENSOKIG00005033903)	ENSOKIG00005034917
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	91	ENSGT00950000183017.b.b.a.b.b.b	ENSGT00940000156676.c	ENSGT00530000063722.a.eb	ENSGT00940000154102.a.g.b	ENSGT00940000156872.d.b	ENSGT00940000171293.a.a	ENSGT00940000157451.r	ENSGT00950000183011.d.d.a	ENSGT01050000244806.b.a.b.c.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00950000182988.a.a.b.k	ENSGT00940000158159.i.b	ENSGT00940000163206.b.a.a.b	ENSGT00940000160274.l.a	ENSGT00390000011943.b.s ##22	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a.f #23	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b.f	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.i.a	ENSGT00940000165115.a.c	ENSGT00390000003420.b.c	ENSGT01030000234559.a.a.a.a	ENSGT00940000153617.A.a.a.e.a ##17	ENSGT01100000263531.G.r.a.a.a.b.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	352	ENSGT00950000183117.a.b.b.a.a	ENSGT00940000153544.a.i.a.b	ENSGT00940000163864	ENSGT00950000183017.b.b.a.b.b.b	ENSGT00940000156676.c.d	ENSGT00940000156872.d.b	ENSGT00940000160607.b	ENSGT00940000157451.r	ENSGT00950000183011.d.d.a	ENSGT01050000244806.b.a.b.c.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00530000063816.d.k	ENSGT00950000182988.a.a.b.k	ENSGT00940000158159.i.b	ENSGT00940000163206.b.a.a.b	ENSGT00940000160274.l.a	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a.f #23	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b.f	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.i.a.a	ENSGT00940000165115.a.c	ENSGT00390000003420.b.c	ENSGT01030000234559.a.a.a.a	ENSGT00940000153617.A.a.a.e.a ##17	ENSGT01100000263531.G.r.a.a.a.b.a
Common carp reference	MODERN SPECIES	43	ENSCCRG00000027230	ENSCCRG00000078730	ENSCCRG00000012499	ENSCCRG00000012511	ENSCCRG00000012526	ENSCCRG00000035872	ENSCCRG00000054257	ENSCCRG00000056897	ENSCCRG00000056016	ENSCCRG00000076543	ENSCCRG00000027197	ENSCCRG00000015144	ing5a (ENSCCRG00000070227)	ENSCCRG00000081539	lmnb2 (ENSCCRG00000023056)	ENSCCRG00000022963 #22	ENSCCRG00000022957 #23	lim2.2 (ENSCCRG00000076380)	ENSCCRG00000077795	ENSCCRG00000015565	ENSCCRG00000022940	gipc3 (ENSCCRG00000052769)	ENSCCRG00000056764	ENSCCRG00000030978 ##17	ENSCCRG00000012380	ENSCCRG00000079558	ENSCCRG00000066939	ENSCCRG00000078533	kdm4b (ENSCCRG00000048245) #16	uhrf1 (ENSCCRG00000048086) #15	ticam1 (ENSCCRG00000048082)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	3391																rpl36 (ENSSGRG00000003031) #22	ENSSGRG00000003036
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a #22
Denticle herring	MODERN SPECIES	16	mtnr1bb (ENSDCDG00000008746)	timm10b (ENSDCDG00000008775)	ilk (ENSDCDG00000008787)	smpd1 (ENSDCDG00000008861)	tpte (ENSDCDG00000008878)	fgl1b (ENSDCDG00000009937)	THSD1 (ENSDCDG00000009939)	vps36 (ENSDCDG00000009944)	ENSDCDG00000010011	stoml3b (ENSDCDG00000010037)	ENSDCDG00000010051	ENSDCDG00000010065	SLC7A1 (ENSDCDG00000010120)	paxbp1 (ENSDCDG00000010400)	GBE1 (ENSDCDG00000010817)	ENSDCDG00000013293 #22	cadm2a (ENSDCDG00000013307)	LTN1 (ENSDCDG00000013396)	zgc:110006 (ENSDCDG00000013579)	ripk4 (ENSDCDG00000013591)	PRDM15 (ENSDCDG00000013615)	C2CD2 (ENSDCDG00000013622)	ENSDCDG00000013626	atg101 (ENSDCDG00000013627)	ZBTB21 (ENSDCDG00000013629)	umodl1 (ENSDCDG00000013632)	ENSDCDG00000013634	mogat2 (ENSDCDG00000013638)	dgat2 (ENSDCDG00000013646)	uvrag (ENSDCDG00000013727)	wnt11 (ENSDCDG00000016919)
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
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Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
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Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012014.B	ENSGT00940000159051	ENSGT00730000111283	ENSGT00940000160871	ENSGT00940000157595	ENSGT00660000095569.d	ENSGT00940000153845.a.a	ENSGT00940000164844	ENSGT00950000183092.b.a	ENSGT00390000012628.b	ENSGT01050000245058	ENSGT00390000012628.a.b	ENSGT00950000182837.a.b.b	ENSGT00940000163066	ENSGT00440000033408.b	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000014175	ENSGT00950000183492	ENSGT00940000154775.c.a	ENSGT00390000004690.a.a.v	ENSGT00390000004450	ENSGT00440000039055	ENSGT00940000159874	ENSGT00550000074820.h	ENSGT00940000159730	ENSGT00390000004574	ENSGT00940000158572	ENSGT00940000153451.a.a.a	ENSGT00860000135964	ENSGT00940000157961.C	ENSGT00930000153020
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000001304	ENSGT00390000011708.b	ENSGT00390000012014.B	ENSGT00940000159051	ENSGT00730000111283	ENSGT00940000160871	ENSGT00940000157595	ENSGT00660000095569.d	ENSGT00940000153845.a.a	ENSGT00940000164844	ENSGT00950000183092.b.a	ENSGT00390000012628.a.b	ENSGT00950000182837.a.b.b	ENSGT00940000163066	ENSGT00440000033408.b	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000014175	ENSGT00950000183492	ENSGT00940000154775.c.a	ENSGT00390000004690.a.a.v	ENSGT00390000004450	ENSGT00440000039055	ENSGT00940000159874	ENSGT00550000074820.h	ENSGT00940000159730	ENSGT00390000004574	ENSGT00940000158572	ENSGT00940000153451.a.a.a	ENSGT00860000135964	ENSGT00940000157961.C	ENSGT00940000157982.b
Blue whale	DUPLICATION
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Sperm whale	DUPLICATION
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Sperm whale	MODERN SPECIES	5	ORMDL3 (ENSPCTG00005010109)	ZPBP2 (ENSPCTG00005010055)	IKZF3 (ENSPCTG00005008014)	GRB7 (ENSPCTG00005007782)	MIEN1 (ENSPCTG00005007753)	NEUROD2 (ENSPCTG00005007745)	CDK12 (ENSPCTG00005007707)	MED1 (ENSPCTG00005007641)	ENSPCTG00005007617	FBXL20 (ENSPCTG00005007344)	STAC2 (ENSPCTG00005007236)	RPL19 (ENSPCTG00005007171)	CACNB1 (ENSPCTG00005006622)	ENSPCTG00005006535	PLXDC1 (ENSPCTG00005006485)	ENSPCTG00005006459 ##22	FBXO47 (ENSPCTG00005006420)	LASP1 (ENSPCTG00005006383)	C14H17orf98 (ENSPCTG00005006357)	CWC25 (ENSPCTG00005006298)	PIP4K2B (ENSPCTG00005006258)	PSMB3 (ENSPCTG00005006224)	ENSPCTG00005006189	SRCIN1 (ENSPCTG00005005823)	ARHGAP23 (ENSPCTG00005005753)	SOCS7 (ENSPCTG00005005634)	GPR179 (ENSPCTG00005005545)	NPEPPS (ENSPCTG00005005245)	KPNB1 (ENSPCTG00005005195)	TBKBP1 (ENSPCTG00005005144)	TBX21 (ENSPCTG00005005105)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000159563	ENSGT00940000162901	ENSGT00390000013488	ENSGT00390000006247.e.b	ENSGT00390000017780.e	ENSGT00950000183102.C	ENSGT00950000182827.B	ENSGT00940000161689	ENSGT00940000158963	ENSGT00940000162057	ENSGT00720000108868	ENSGT00940000157503	ENSGT00940000154102.b	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00940000155657	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000015154	ENSGT00940000162529	ENSGT00940000158528.y.a	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000159855	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00940000153097.C	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000153313.C.a	ENSGT00940000160459
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	HDAC6 (ENSCHYG00000011007)	ERAS (ENSCHYG00000010970)	PCSK1N (ENSCHYG00000010927)	ENSCHYG00000010894	TIMM17B (ENSCHYG00000010797)	PQBP1 (ENSCHYG00000010724)	SLC35A2 (ENSCHYG00000010376)	PIM2 (ENSCHYG00000010311)	OTUD5 (ENSCHYG00000010124)	KCND1 (ENSCHYG00000010050)	ENSCHYG00000009761	TFE3 (ENSCHYG00000009588)	CCDC120 (ENSCHYG00000009246)	PRAF2 (ENSCHYG00000009137)	WDR45 (ENSCHYG00000008790)	ENSCHYG00000008752 ##22	GPKOW (ENSCHYG00000008726)	MAGIX (ENSCHYG00000020421)	ENSCHYG00000020330	PRICKLE3 (ENSCHYG00000020251)	SYP (ENSCHYG00000020176)	CACNA1F (ENSCHYG00000018942)	CCDC22 (ENSCHYG00000018761)	FOXP3 (ENSCHYG00000018492)	PPP1R3F (ENSCHYG00000018407)	ENSCHYG00000018347	ENSCHYG00000018255	USP27X (ENSCHYG00000018226)	ENSCHYG00000018195	CLCN5 (ENSCHYG00000017859)	AKAP4 (ENSCHYG00000017662)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000159563	ENSGT00940000162901	ENSGT00390000013488	ENSGT00390000006247.e.b	ENSGT00390000017780.e	ENSGT00950000183102.C	ENSGT00950000182827.B	ENSGT00940000161689	ENSGT00940000158963	ENSGT00940000162057	ENSGT00720000108868	ENSGT00940000157503	ENSGT00940000154102.b	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00940000155657	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000015154	ENSGT00940000162529	ENSGT00940000158528.y.a	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000159855	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00940000153097.C	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000166843.d	ENSGT00940000153313.C.a
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	140	ERAS (ENSMMSG00000014709)	PCSK1N (ENSMMSG00000014718)	ENSMMSG00000014734	ENSMMSG00000014746	ENSMMSG00000014758	PQBP1 (ENSMMSG00000014787)	SLC35A2 (ENSMMSG00000014825)	PIM2 (ENSMMSG00000014885)	OTUD5 (ENSMMSG00000014915)	KCND1 (ENSMMSG00000014993)	GRIPAP1 (ENSMMSG00000015045)	TFE3 (ENSMMSG00000015192)	CCDC120 (ENSMMSG00000015230)	PRAF2 (ENSMMSG00000015369)	WDR45 (ENSMMSG00000015407)	ENSMMSG00000015576 ##22	GPKOW (ENSMMSG00000015597)	MAGIX (ENSMMSG00000015649)	ENSMMSG00000015749	PRICKLE3 (ENSMMSG00000015766)	SYP (ENSMMSG00000015801)	CACNA1F (ENSMMSG00000015856)	CCDC22 (ENSMMSG00000016382)	FOXP3 (ENSMMSG00000016471)	PPP1R3F (ENSMMSG00000017199)	ENSMMSG00000017228	ENSMMSG00000017251	ENSMMSG00000017270
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159563	ENSGT00940000162901	ENSGT00390000013488	ENSGT00390000006247.e.b	ENSGT00390000017780.e	ENSGT00950000183102.C	ENSGT00950000182827.B	ENSGT00940000161689	ENSGT00940000158963	ENSGT00940000162057	ENSGT00720000108868	ENSGT00940000157503	ENSGT00940000154102.b	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00940000155657	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000015154	ENSGT00940000162529	ENSGT00940000158528.y.a	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000159855	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00940000153097.C	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000166843.d	ENSGT00940000153313.C.a
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000159563	ENSGT00940000162901	ENSGT00390000013488	ENSGT00390000006247.e.b	ENSGT00390000017780.e.s	ENSGT00950000183102.C	ENSGT00950000182827.B	ENSGT00940000161689	ENSGT00940000158963	ENSGT00940000162057	ENSGT00720000108868	ENSGT00940000157503	ENSGT00940000154102.b	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00940000155657	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000015154	ENSGT00940000162529	ENSGT00940000158528.y.a.d	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000159855	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00940000153097.C	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000166843.d	ENSGT00940000153313.C.a
Goat	MODERN SPECIES	89											GRIPAP1 (ENSCHIG00000026013)	TFE3 (ENSCHIG00000025202)	CCDC120 (ENSCHIG00000014699)	PRAF2 (ENSCHIG00000024416)	WDR45 (ENSCHIG00000014300)	ENSCHIG00000009813 ##22	GPKOW (ENSCHIG00000013277)
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	HDAC6 (ENSOARG00020019522)	ERAS (ENSOARG00020019493)	PCSK1N (ENSOARG00020019460)	ENSOARG00020019438	TIMM17B (ENSOARG00020019398)	PQBP1 (ENSOARG00020019308)	SLC35A2 (ENSOARG00020018735)	PIM2 (ENSOARG00020018673)	OTUD5 (ENSOARG00020018505)	KCND1 (ENSOARG00020018421)	GRIPAP1 (ENSOARG00020017638)	TFE3 (ENSOARG00020017512)	CCDC120 (ENSOARG00020016906)	PRAF2 (ENSOARG00020016835)	WDR45 (ENSOARG00020016450)	ENSOARG00020016383 ##22	GPKOW (ENSOARG00020016283)	MAGIX (ENSOARG00020015816)	ENSOARG00020015731	PRICKLE3 (ENSOARG00020015597)	SYP (ENSOARG00020015519)	CACNA1F (ENSOARG00020014375)	CCDC22 (ENSOARG00020014199)	FOXP3 (ENSOARG00020014024)	PPP1R3F (ENSOARG00020013933)	ENSOARG00020013855	ENSOARG00020013820	ENSOARG00020013763	USP27X (ENSOARG00020013745)	CLCN5 (ENSOARG00020013496)	ENSOARG00020013454
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	2	PGAP3 (ENSOARG00020013689)	PNMT (ENSOARG00020014407)	TCAP (ENSOARG00020014486)	STARD3 (ENSOARG00020014557)	PPP1R1B (ENSOARG00020014711)	NEUROD2 (ENSOARG00020014796)	CDK12 (ENSOARG00020014820)	MED1 (ENSOARG00020015170)	FBXL20 (ENSOARG00020015414)	ENSOARG00020015944	STAC2 (ENSOARG00020016049)	RPL19 (ENSOARG00020016134)	CACNB1 (ENSOARG00020016304)	ARL5C (ENSOARG00020016534)	PLXDC1 (ENSOARG00020016631)	ENSOARG00020016761 ##22	FBXO47 (ENSOARG00020016790)	ENSOARG00020016878	LASP1NB (ENSOARG00020016899)	LASP1 (ENSOARG00020016924)	RPL23 (ENSOARG00020017088)	C17orf98 (ENSOARG00020017180)	ENSOARG00020017285	C17orf98 (ENSOARG00020017345)	ENSOARG00020017386	ENSOARG00020017464	CWC25 (ENSOARG00020017627)	PIP4K2B (ENSOARG00020017738)	PSMB3 (ENSOARG00020017862)	ENSOARG00020017987	MLLT6 (ENSOARG00020018035)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000159563	ENSGT00940000162901	ENSGT00390000013488	ENSGT00390000006247.e.b	ENSGT00390000017780.e	ENSGT00950000183102.C	ENSGT00950000182827.B	ENSGT00940000161689	ENSGT00940000158963	ENSGT00940000162057	ENSGT00720000108868	ENSGT00940000157503	ENSGT00940000154102.b	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00940000155657	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000015154	ENSGT00940000162529	ENSGT00940000158528.y.a	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000159855	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00940000153097.C	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000166843.d	ENSGT00940000153313.C.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000159563	ENSGT00940000162901	ENSGT00390000013488	ENSGT00390000006247.e.b	ENSGT00390000017780.e	ENSGT00950000183102.C	ENSGT00950000182827.B	ENSGT00940000161689	ENSGT00940000158963	ENSGT00940000162057	ENSGT00720000108868	ENSGT00940000157503	ENSGT00940000154102.b	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00940000155657	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000015154	ENSGT00940000162529	ENSGT00940000158528.y.a	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000159855	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00940000153097.C	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000166843.d	ENSGT00940000153313.C.a
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159563	ENSGT00940000162901	ENSGT00390000013488	ENSGT00390000006247.e.b	ENSGT00390000017780.e	ENSGT00950000183102.C	ENSGT00950000182827.B	ENSGT00940000161689	ENSGT00940000158963	ENSGT00940000162057	ENSGT00720000108868	ENSGT00940000157503	ENSGT00940000154102.b	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00940000155657	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000015154	ENSGT00940000162529	ENSGT00940000158528.y.a	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000159855	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00940000153097.C	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000166843.d	ENSGT00940000153313.C.a
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	315	GATA1 (ENSBIXG00005009261)	HDAC6 (ENSBIXG00005000532)	ERAS (ENSBIXG00005009662)	PCSK1N (ENSBIXG00005009686)	ENSBIXG00005007464	TIMM17B (ENSBIXG00005009725)	PQBP1 (ENSBIXG00005009781)	SLC35A2 (ENSBIXG00005009832)	PIM2 (ENSBIXG00005009846)	OTUD5 (ENSBIXG00005009869)	KCND1 (ENSBIXG00005009897)	GRIPAP1 (ENSBIXG00005010105)	TFE3 (ENSBIXG00005010183)	CCDC120 (ENSBIXG00005010246)	WDR45 (ENSBIXG00005010398)	ENSBIXG00005000884 ##22	GPKOW (ENSBIXG00005007520)	MAGIX (ENSBIXG00005010541)	ENSBIXG00005000710	PRICKLE3 (ENSBIXG00005010598)	SYP (ENSBIXG00005010626)	CACNA1F (ENSBIXG00005010972)	CCDC22 (ENSBIXG00005011010)	FOXP3 (ENSBIXG00005001010)	PPP1R3F (ENSBIXG00005011099)	ENSBIXG00005011113	PAGE4 (ENSBIXG00005011158)	USP27X (ENSBIXG00005011172)	CLCN5 (ENSBIXG00005011268)	AKAP4 (ENSBIXG00005011308)	ENSBIXG00005011329
Cow	DUPLICATION
Cow	MODERN SPECIES	177	HDAC6 (ENSBTAG00000013244)	ERAS (ENSBTAG00000012954)	PCSK1N (ENSBTAG00000013250)	ENSBTAG00000049284	TIMM17B (ENSBTAG00000018496)	PQBP1 (ENSBTAG00000018498)	SLC35A2 (ENSBTAG00000002768)	PIM2 (ENSBTAG00000004597)	OTUD5 (ENSBTAG00000004600)	KCND1 (ENSBTAG00000009024)	GRIPAP1 (ENSBTAG00000007788)	TFE3 (ENSBTAG00000008523)	CCDC120 (ENSBTAG00000002561)	PRAF2 (ENSBTAG00000002562)	WDR45 (ENSBTAG00000002563)	ENSBTAG00000002565 ##22	GPKOW (ENSBTAG00000002568)	MAGIX (ENSBTAG00000013278)	PLP2 (ENSBTAG00000016093)	PRICKLE3 (ENSBTAG00000016095)	SYP (ENSBTAG00000016096)	CACNA1F (ENSBTAG00000016097)	CCDC22 (ENSBTAG00000013277)	FOXP3 (ENSBTAG00000013279)	PPP1R3F (ENSBTAG00000021100)	ENSBTAG00000052071	PAGE4 (ENSBTAG00000037728)	USP27X (ENSBTAG00000039391)	CLCN5 (ENSBTAG00000001507)	ENSBTAG00000050832	AKAP4 (ENSBTAG00000016399)
Cow	MODERN SPECIES	10	PGAP3 (ENSBTAG00000011732)	PNMT (ENSBTAG00000011731)	TCAP (ENSBTAG00000011730)	STARD3 (ENSBTAG00000011729)	PPP1R1B (ENSBTAG00000006035)	NEUROD2 (ENSBTAG00000004119)	CDK12 (ENSBTAG00000013238)	MED1 (ENSBTAG00000013236)	FBXL20 (ENSBTAG00000008371)	ENSBTAG00000008368	STAC2 (ENSBTAG00000008366)	ENSBTAG00000050597	RPL19 (ENSBTAG00000002060)	CACNB1 (ENSBTAG00000002036)	PLXDC1 (ENSBTAG00000019347)	ENSBTAG00000048429 ##22	ENSBTAG00000054142	FBXO47 (ENSBTAG00000024983)	LASP1 (ENSBTAG00000030587)	RPL23 (ENSBTAG00000003229)	C19H17orf98 (ENSBTAG00000044056)	CWC25 (ENSBTAG00000030591)	PIP4K2B (ENSBTAG00000006499)	PSMB3 (ENSBTAG00000003830)	PCGF2 (ENSBTAG00000011539)	CISD3 (ENSBTAG00000046569)	MLLT6 (ENSBTAG00000011532)	EPOP (ENSBTAG00000048067)	ENSBTAG00000053767	SRCIN1 (ENSBTAG00000013469)	ARHGAP23 (ENSBTAG00000016911)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000159563	ENSGT00940000162901	ENSGT00390000013488	ENSGT00390000006247.e.b	ENSGT00390000017780.e	ENSGT00950000183102.C	ENSGT00950000182827.B	ENSGT00940000161689	ENSGT00940000158963	ENSGT00940000162057	ENSGT00720000108868	ENSGT00940000157503	ENSGT00940000154102.b	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00940000155657	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000015154	ENSGT00940000162529	ENSGT00940000158528.y.a	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000159855	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00940000153097.C	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000153313.C.a	ENSGT00940000160459
Domestic yak	MODERN SPECIES	69	HDAC6 (ENSBGRG00000019900)	ERAS (ENSBGRG00000017973)	PCSK1N (ENSBGRG00000017992)	ENSBGRG00000018026	TIMM17B (ENSBGRG00000018055)	PQBP1 (ENSBGRG00000018132)	SLC35A2 (ENSBGRG00000018196)	PIM2 (ENSBGRG00000018477)	OTUD5 (ENSBGRG00000018572)	KCND1 (ENSBGRG00000018827)	GRIPAP1 (ENSBGRG00000018956)	TFE3 (ENSBGRG00000019914)	CCDC120 (ENSBGRG00000020146)	PRAF2 (ENSBGRG00000020422)	WDR45 (ENSBGRG00000020477)	ENSBGRG00000020721 ##22	GPKOW (ENSBGRG00000020742)	ENSBGRG00000020865	ENSBGRG00000020922	PRICKLE3 (ENSBGRG00000021159)	SYP (ENSBGRG00000021237)	CACNA1F (ENSBGRG00000021471)	CCDC22 (ENSBGRG00000025162)	FOXP3 (ENSBGRG00000025258)	PPP1R3F (ENSBGRG00000025406)	ENSBGRG00000025419	ENSBGRG00000025435	USP27X (ENSBGRG00000025445)	CLCN5 (ENSBGRG00000025456)	ENSBGRG00000025520	ENSBGRG00000025534
Wild yak	MODERN SPECIES	100	GLOD5 (ENSBMUG00000005358)	GATA1 (ENSBMUG00000005353)	HDAC6 (ENSBMUG00000005294)	ERAS (ENSBMUG00000005191)	ENSBMUG00000005166	TIMM17B (ENSBMUG00000005154)	PQBP1 (ENSBMUG00000005136)	SLC35A2 (ENSBMUG00000005102)	PIM2 (ENSBMUG00000005005)	OTUD5 (ENSBMUG00000004985)	KCND1 (ENSBMUG00000004963)	GRIPAP1 (ENSBMUG00000004899)	TFE3 (ENSBMUG00000004711)	CCDC120 (ENSBMUG00000004689)	WDR45 (ENSBMUG00000004596)	ENSBMUG00000004464 ##22	GPKOW (ENSBMUG00000004443)	MAGIX (ENSBMUG00000004416)	ENSBMUG00000004390	PRICKLE3 (ENSBMUG00000004376)	SYP (ENSBMUG00000004369)	CACNA1F (ENSBMUG00000004312)	CCDC22 (ENSBMUG00000004239)	FOXP3 (ENSBMUG00000004204)	ENSBMUG00000004150	ENSBMUG00000004133	PAGE4 (ENSBMUG00000004121)	USP27X (ENSBMUG00000004091)	CLCN5 (ENSBMUG00000004010)	AKAP4 (ENSBMUG00000003971)	ENSBMUG00000003947
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Microbat	MODERN SPECIES	948	NMBR (ENSMLUG00000007611)	GJE1 (ENSMLUG00000015372)	VTA1 (ENSMLUG00000004025)	ADGRG6 (ENSMLUG00000004028)	HIVEP2 (ENSMLUG00000001764)	AIG1 (ENSMLUG00000015257)	ADAT2 (ENSMLUG00000015914)	PEX3 (ENSMLUG00000015924)	FUCA2 (ENSMLUG00000015938)	PHACTR2 (ENSMLUG00000017058)	LTV1 (ENSMLUG00000017065)	ENSMLUG00000022568	ZC2HC1B (ENSMLUG00000017074)	PLAGL1 (ENSMLUG00000014071)	ENSMLUG00000028504	ENSMLUG00000001381 ##22	STX11 (ENSMLUG00000011714)	UTRN (ENSMLUG00000009057)	EPM2A (ENSMLUG00000008697)	FBXO30 (ENSMLUG00000025404)	SHPRH (ENSMLUG00000009078)	GRM1 (ENSMLUG00000004518)	RAB32 (ENSMLUG00000004529)	ADGB (ENSMLUG00000004534)	STXBP5 (ENSMLUG00000012900)	SAMD5 (ENSMLUG00000023292)	SASH1 (ENSMLUG00000010290)	FRK (ENSMLUG00000011037)	HS3ST5 (ENSMLUG00000015782)	ENSMLUG00000003117	ENSMLUG00000026449
Equus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Horse	MODERN SPECIES	7	LRRFIP2 (ENSECAG00000021270)	MLH1 (ENSECAG00000000690)	EPM2AIP1 (ENSECAG00000004874)	TRANK1 (ENSECAG00000018264)	ENSECAG00000020152	DCLK3 (ENSECAG00000020294)	STAC (ENSECAG00000021165)	ARPP21 (ENSECAG00000022872)	PDCD6IP (ENSECAG00000004691)	CLASP2 (ENSECAG00000015474)	UBP1 (ENSECAG00000018555)	FBXL2 (ENSECAG00000024909)	SUSD5 (ENSECAG00000007972)	CRTAP (ENSECAG00000008409)	GLB1 (ENSECAG00000011942)	ENSECAG00000049408 ##22	CCR4 (ENSECAG00000005023)	TRIM71 (ENSECAG00000020845)	CNOT10 (ENSECAG00000021306)	DYNC1LI1 (ENSECAG00000010584)	CMTM6 (ENSECAG00000038275)	CMTM7 (ENSECAG00000036991)	ENSECAG00000051952	CMTM8 (ENSECAG00000017450)	GPD1L (ENSECAG00000018150)	OSBPL10 (ENSECAG00000023266)	ENSECAG00000060318	STT3B (ENSECAG00000007007)	ENSECAG00000057290	GADL1 (ENSECAG00000011515)	TGFBR2 (ENSECAG00000015269)
Donkey	MODERN SPECIES	27	KLHL14 (ENSEASG00005016638)	GAREM1 (ENSEASG00005016640)	MEP1B (ENSEASG00005016644)	RNF138 (ENSEASG00005016647)	RNF125 (ENSEASG00005016653)	TRAPPC8 (ENSEASG00005016655)	B4GALT6 (ENSEASG00005016659)	TTR (ENSEASG00005034244)	DSG2 (ENSEASG00005016682)	DSG3 (ENSEASG00005016749)	DSG4 (ENSEASG00005016759)	DSG1 (ENSEASG00005016766)	DSC1 (ENSEASG00005016782)	DSC2 (ENSEASG00005016787)	DSC3 (ENSEASG00005016795)	ENSEASG00005024422 ##22	CDH2 (ENSEASG00005016811)	CHST9 (ENSEASG00005027091)	AQP4 (ENSEASG00005005263)	KCTD1 (ENSEASG00005005261)	TAF4B (ENSEASG00005005256)	SS18 (ENSEASG00005005139)	PSMA8 (ENSEASG00005005145)	ENSEASG00005005135	ZNF521 (ENSEASG00005005129)	HRH4 (ENSEASG00005029823)	IMPACT (ENSEASG00005005120)	ENSEASG00005005115	ENSEASG00005004612	ENSEASG00005004560	ENSEASG00005029371
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Tiger	MODERN SPECIES	54	CHAF1A (ENSPTIG00000017273)	ENSPTIG00000016159	PLIN5 (ENSPTIG00000015119) ##13	LRG1 (ENSPTIG00000014671) #7	ENSPTIG00000013782 #8	MYDGF (ENSPTIG00000011948) #9	DPP9 (ENSPTIG00000007213) #10	PLIN3 (ENSPTIG00000005520) #13	ARRDC5 (ENSPTIG00000001979) #14	ENSPTIG00000019733 #15	KDM4B (ENSPTIG00000017400) #16	ENSPTIG00000017107	SAFB2 (ENSPTIG00000015120) #18	MICOS13 (ENSPTIG00000012971) #20	ENSPTIG00000012707	ENSPTIG00000012120 ##22	LONP1 (ENSPTIG00000007357) #23	CATSPERD (ENSPTIG00000002842) #24	ENSPTIG00000021748	ENSPTIG00000021644 #29	ENSPTIG00000021327 #30	CAPS (ENSPTIG00000021210) #31	RANBP3 (ENSPTIG00000016728) #32	RFX2 (ENSPTIG00000013487) #33	ACSBG2 (ENSPTIG00000010163) #34	MLLT1 (ENSPTIG00000008740) #35	ACER1 (ENSPTIG00000007573) #36	ENSPTIG00000007112	ENSPTIG00000006413	GTF2F1 (ENSPTIG00000004277)	SLC25A41 (ENSPTIG00000020410)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Ferret	MODERN SPECIES	203		HYDIN (ENSMPUG00000010322)	VAC14 (ENSMPUG00000010309)	MTSS2 (ENSMPUG00000010304)	IL34 (ENSMPUG00000010299)	SF3B3 (ENSMPUG00000010277)	COG4 (ENSMPUG00000010263)	FCSK (ENSMPUG00000010257)	ST3GAL2 (ENSMPUG00000010250)	ENSMPUG00000010211	DDX19B (ENSMPUG00000010084)	AARS1 (ENSMPUG00000010060)	ENSMPUG00000010047	PDPR (ENSMPUG00000010038)	GLG1 (ENSMPUG00000010025)	ENSMPUG00000020019 ##22	RFWD3 (ENSMPUG00000010018)	FA2H (ENSMPUG00000009982)	WDR59 (ENSMPUG00000009969)	ZNRF1 (ENSMPUG00000009967)	LDHD (ENSMPUG00000009955)	ZFP1 (ENSMPUG00000009946)	ENSMPUG00000009942	ENSMPUG00000009939	ENSMPUG00000020017	BCAR1 (ENSMPUG00000009934)	CFDP1 (ENSMPUG00000009930)	TMEM170A (ENSMPUG00000009923)	ENSMPUG00000020015	TMEM231 (ENSMPUG00000009916)	GABARAPL2 (ENSMPUG00000009894)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Red fox	MODERN SPECIES	42	ENSVVUG00000028353	ENSVVUG00000028349	ENSVVUG00000028348	ENSVVUG00000028337	ELP1 (ENSVVUG00000027495)	ACTL7A (ENSVVUG00000027420)	ACTL7B (ENSVVUG00000027419)	KLF4 (ENSVVUG00000027384)	RAD23B (ENSVVUG00000027357)	ZNF462 (ENSVVUG00000027344)	TMEM38B (ENSVVUG00000027339)	ENSVVUG00000027338	FKTN (ENSVVUG00000027335)	FSD1L (ENSVVUG00000027331)	SLC44A1 (ENSVVUG00000027321)	ENSVVUG00000027315 ##22	ABCA1 (ENSVVUG00000027294)	NIPSNAP3B (ENSVVUG00000027290)	ENSVVUG00000027288	NIPSNAP3A (ENSVVUG00000027284)	ENSVVUG00000027282	ENSVVUG00000027279	ENSVVUG00000027275	ENSVVUG00000027272
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	84	ENSODEG00000009079	CFAP20DC (ENSODEG00000010376)	FAM3D (ENSODEG00000009550)	FAM107A (ENSODEG00000009417)	ACOX2 (ENSODEG00000009665)	KCTD6 (ENSODEG00000009456)	PDHB (ENSODEG00000011071)	PXK (ENSODEG00000009061)	ENSODEG00000010715	ABHD6 (ENSODEG00000008297)	ENSODEG00000010685	METTL6 (ENSODEG00000008650)	EAF1 (ENSODEG00000008752)	COLQ (ENSODEG00000009333)	HACL1 (ENSODEG00000007866)	ENSODEG00000019451 ##22	SH3BP5 (ENSODEG00000013984)	CAPN7 (ENSODEG00000009154)	ENSODEG00000008798	DNAH1 (ENSODEG00000008443)	BAP1 (ENSODEG00000008927)	PHF7 (ENSODEG00000008416)	SEMA3G (ENSODEG00000010653)	ENSODEG00000010480	NISCH (ENSODEG00000007768)	ENSODEG00000007867	ENSODEG00000008276	NT5DC2 (ENSODEG00000008156)	UQCC5 (ENSODEG00000007436)	ENSODEG00000019639	ENSODEG00000009139
Degu	MODERN SPECIES	524															ENSODEG00000000195	ENSODEG00000018522 ##22	ENSODEG00000000215	ENSODEG00000000234
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	355	Ccdc107 (ENSMOCG00000022392)	Arhgef39 (ENSMOCG00000000890)	Car9 (ENSMOCG00000007645)	ENSMOCG00000017445	Tln1 (ENSMOCG00000017704)	Creb3 (ENSMOCG00000023032)	Gba2 (ENSMOCG00000016185)	Rgp1 (ENSMOCG00000000839)	Msmp (ENSMOCG00000008995)	Npr2 (ENSMOCG00000015469)	Spag8 (ENSMOCG00000020967)	Hint2 (ENSMOCG00000022371)	Fam221b (ENSMOCG00000023008)	Tmem8b (ENSMOCG00000015023)	Or13j1 (ENSMOCG00000001902)	ENSMOCG00000010848 ##22	Or13c7e-ps1 (ENSMOCG00000002017)	Or13c7b (ENSMOCG00000001742)	Or13c7 (ENSMOCG00000005825)	Reck (ENSMOCG00000012329)	Glipr2 (ENSMOCG00000012349)	Ccin (ENSMOCG00000008266)	Clta (ENSMOCG00000018642)	Gne (ENSMOCG00000013723)	Rnf38 (ENSMOCG00000021070)	Melk (ENSMOCG00000018453)	Pax5 (ENSMOCG00000017791)	Zcchc7 (ENSMOCG00000017184)	Grhpr (ENSMOCG00000013657)	Zbtb5 (ENSMOCG00000001112)	Polr1e (ENSMOCG00000012920)
Prairie vole	MODERN SPECIES		Pnma1 (ENSMOCG00000006996)	Dnal1 (ENSMOCG00000022267)	Acot6 (ENSMOCG00000004025)	Acot5 (ENSMOCG00000000977)	ENSMOCG00000018416	Acot4 (ENSMOCG00000013343)	ENSMOCG00000005600	ENSMOCG00000021013	ENSMOCG00000005730	Heatr4 (ENSMOCG00000015139)	Riox1 (ENSMOCG00000007570)	Numb (ENSMOCG00000022280)	Papln (ENSMOCG00000001461)	ENSMOCG00000005015	Psen1 (ENSMOCG00000009775)	ENSMOCG00000005921 ##22	Rbm25 (ENSMOCG00000001935)	Zfyve1 (ENSMOCG00000022979)	Dcaf4 (ENSMOCG00000015020)	Dpf3 (ENSMOCG00000003784)	Rgs6 (ENSMOCG00000005512)	Sipa1l1 (ENSMOCG00000020326)	ENSMOCG00000022199	Pcnx (ENSMOCG00000016626)	Map3k9 (ENSMOCG00000008905)	Ttc9 (ENSMOCG00000018568)	Med6 (ENSMOCG00000022028)	Synj2bp (ENSMOCG00000017570)	Cox16 (ENSMOCG00000004091)	Slc8a3 (ENSMOCG00000021316)	Smoc1 (ENSMOCG00000019851)
Prairie vole	MODERN SPECIES		Jade1 (ENSMOCG00000020538)	Sclt1 (ENSMOCG00000008170)	D3Ertd751e (ENSMOCG00000010430)	ENSMOCG00000015440	ENSMOCG00000006069	Pcdh10 (ENSMOCG00000020777)	ENSMOCG00000014985	ENSMOCG00000007049	Pabpc4l (ENSMOCG00000007551)	ENSMOCG00000009837	ENSMOCG00000022370	Pcdh18 (ENSMOCG00000010974)	Slc7a11 (ENSMOCG00000022163)	Noct (ENSMOCG00000013676)	Elf2 (ENSMOCG00000006447)	ENSMOCG00000016521 ##22	Mgarp (ENSMOCG00000019900)	Ndufc1 (ENSMOCG00000010546)	Naa15 (ENSMOCG00000017390)	Rab33b (ENSMOCG00000019866)	Setd7 (ENSMOCG00000005547)	Mgst2 (ENSMOCG00000010904)	Maml3 (ENSMOCG00000019491)	Foxo1 (ENSMOCG00000020911)	Cog6 (ENSMOCG00000016621)	Lhfp (ENSMOCG00000003780)	Nhlrc3 (ENSMOCG00000020191)	Proser1 (ENSMOCG00000001872)	Stoml3 (ENSMOCG00000009247)	Frem2 (ENSMOCG00000014700)	Ufm1 (ENSMOCG00000001316)
Prairie vole	MODERN SPECIES		Ptpn21 (ENSMOCG00000022958)	Spata7 (ENSMOCG00000014280)	Kcnk10 (ENSMOCG00000013337)	Gpr65 (ENSMOCG00000004068)	Galc (ENSMOCG00000009051)	ENSMOCG00000019321	Flrt2 (ENSMOCG00000002749)	ENSMOCG00000022811	Sel1l (ENSMOCG00000021690)	Ston2 (ENSMOCG00000021519)	Gtf2a1 (ENSMOCG00000020104)	Tshr (ENSMOCG00000016576)	Cep128 (ENSMOCG00000014230)	Dio2 (ENSMOCG00000018591)	ENSMOCG00000022085	ENSMOCG00000005162 ##22	Nrxn3 (ENSMOCG00000020936)	ENSMOCG00000014023	Adck1 (ENSMOCG00000005075)	ENSMOCG00000009647	Slirp (ENSMOCG00000016019)	Alkbh1 (ENSMOCG00000005374)	Sptlc2 (ENSMOCG00000021400)	Ism2 (ENSMOCG00000019207)	Ahsa1 (ENSMOCG00000006835)	Vipas39 (ENSMOCG00000007236)	Noxred1 (ENSMOCG00000000558)	ENSMOCG00000007904	Tmed8 (ENSMOCG00000021644)	Gstz1 (ENSMOCG00000021019)	Pomt2 (ENSMOCG00000017272)
Prairie vole	MODERN SPECIES	181									Uhrf1 (ENSMOCG00000013521) #15	Kdm4b (ENSMOCG00000018116) #16	Ptprs (ENSMOCG00000015299) #17	Tincr (ENSMOCG00000016977)	Safb2 (ENSMOCG00000006827) #18	Safb (ENSMOCG00000014040) #19	Micos13 (ENSMOCG00000005993) #20	ENSMOCG00000013679 ##22	Lonp1 (ENSMOCG00000007391) #23	Catsperd (ENSMOCG00000000634) #24	Ranbp3 (ENSMOCG00000000298) #32	Vmac (ENSMOCG00000001137) #30	ENSMOCG00000001594 #29	ENSMOCG00000006283	Nrtn (ENSMOCG00000015675)	Dus3l (ENSMOCG00000021796) #26	Prr22 (ENSMOCG00000007432) #25	Rfx2 (ENSMOCG00000012338) #33	Acsbg2 (ENSMOCG00000000050) #34	Acsbg3 (ENSMOCG00000008516)	Mllt1 (ENSMOCG00000020318) #35	Acer1 (ENSMOCG00000002295) #36	Clpp (ENSMOCG00000015784) #37
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Golden Hamster	MODERN SPECIES	730	Plin5 (ENSMAUG00000021120) ##13	Lrg1 (ENSMAUG00000013924) #7	Sema6b (ENSMAUG00000008147) #8	Tnfaip8l1 (ENSMAUG00000010017)	Mydgf (ENSMAUG00000018887) #9	Dpp9 (ENSMAUG00000018726) #10	ENSMAUG00000008605 #11	Plin3 (ENSMAUG00000013422) #13	Arrdc5 (ENSMAUG00000019305) #14	Uhrf1 (ENSMAUG00000021640) #15	Kdm4b (ENSMAUG00000022140) #16	Ptprs (ENSMAUG00000003364) #17	Znrf4 (ENSMAUG00000008614)	Tincr (ENSMAUG00000006706)	Safb2 (ENSMAUG00000011573) #18	ENSMAUG00000018691 ##22	Lonp1 (ENSMAUG00000013293) #23	Catsperd (ENSMAUG00000009178) #24	Ranbp3 (ENSMAUG00000011228) #32	ENSMAUG00000013827 #31	Vmac (ENSMAUG00000009455) #30	Ndufa11 (ENSMAUG00000021572) #29	Nrtn (ENSMAUG00000001043)	Dus3l (ENSMAUG00000008347) #26	Prr22 (ENSMAUG00000003201) #25	Rfx2 (ENSMAUG00000018587) #33	Acsbg2 (ENSMAUG00000017399) #34	Acsbg3 (ENSMAUG00000014035)	Mllt1 (ENSMAUG00000011374) #35	Acer1 (ENSMAUG00000012781) #36	Clpp (ENSMAUG00000021469) #37
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.a ##22
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2908																ENSMSIG00000013143 ##22	Hpdl (ENSMSIG00000013157)	Mutyh (ENSMSIG00000013163)	Toe1 (ENSMSIG00000013201)	Tesk2 (ENSMSIG00000013275)	Ccdc163 (ENSMSIG00000013392)	Mmachc (ENSMSIG00000013741)	ENSMSIG00000013776	ENSMSIG00000013830	Nasp (ENSMSIG00000013861)	Gpbp1l1 (ENSMSIG00000014139)	ENSMSIG00000014178	Tmem69 (ENSMSIG00000014197)	Ipp (ENSMSIG00000014220)	Mast2 (ENSMSIG00000014279)	ENSMSIG00000014744
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2889	Il1f10 (ENSMSIG00000025609)	Il1rn (ENSMSIG00000025569)	Psd4 (ENSMSIG00000025484)	Pax8 (ENSMSIG00000025431)	ENSMSIG00000025414	Cacna1b (ENSMSIG00000025204)	Ehmt1 (ENSMSIG00000024910)	Arrdc1 (ENSMSIG00000024841)	Zmynd19 (ENSMSIG00000024816)	Dph7 (ENSMSIG00000024801)	ENSMSIG00000024799	Pnpla7 (ENSMSIG00000024734)	Nsmf (ENSMSIG00000023803)	Entpd8 (ENSMSIG00000023735)	Noxa1 (ENSMSIG00000023683)	ENSMSIG00000023669 ##22	ENSMSIG00000023660	Nrarp (ENSMSIG00000023654)	Tor4a (ENSMSIG00000023651)	Nelfb (ENSMSIG00000023619)	Stpg3 (ENSMSIG00000023595)	Fam166a (ENSMSIG00000023587)	Tubb4b (ENSMSIG00000023582)	Slc34a3 (ENSMSIG00000023551)	Rnf224 (ENSMSIG00000023541)	Cysrt1 (ENSMSIG00000023536)	Rnf208 (ENSMSIG00000023530)	Ndor1 (ENSMSIG00000023474)	Tmem203 (ENSMSIG00000023470)	Tprn (ENSMSIG00000023447)	Ssna1 (ENSMSIG00000023430)
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	260															CHD9 (ENSPCOG00000028433)	ENSPCOG00000026724 ##22	TOX3 (ENSPCOG00000006464)	SALL1 (ENSPCOG00000028192)	CYLD (ENSPCOG00000028255)	NOD2 (ENSPCOG00000027246)	SNX20 (ENSPCOG00000024752)	NKD1 (ENSPCOG00000021629)	BRD7 (ENSPCOG00000017346)	ADCY7 (ENSPCOG00000024234)	TENT4B (ENSPCOG00000015505)	HEATR3 (ENSPCOG00000025339)	CNEP1R1 (ENSPCOG00000027939)	ZNF423 (ENSPCOG00000013159)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Gorilla	MODERN SPECIES	3	TSPAN8 (ENSGGOG00000016774)	ENSGGOG00000022233	PTPRR (ENSGGOG00000014234)	PTPRB (ENSGGOG00000006298)	KCNMB4 (ENSGGOG00000012735)	ENSGGOG00000023163	CNOT2 (ENSGGOG00000027402)	MYRFL (ENSGGOG00000014863)	RPL17 (ENSGGOG00000040412)	ENSGGOG00000044075	RAB3IP (ENSGGOG00000008395)	BEST3 (ENSGGOG00000009266)	LRRC10 (ENSGGOG00000026155)	CCT2 (ENSGGOG00000006241)	FRS2 (ENSGGOG00000005279)	ENSGGOG00000023917 ##22	YEATS4 (ENSGGOG00000027391)	LYZ (ENSGGOG00000011117)	CPSF6 (ENSGGOG00000008211)	CPM (ENSGGOG00000001238)	MDM2 (ENSGGOG00000012907)	ENSGGOG00000041194	ENSGGOG00000028239	SLC35E3 (ENSGGOG00000012605)	NUP107 (ENSGGOG00000012583)	ENSGGOG00000040194	RAP1B (ENSGGOG00000025649)	ENSGGOG00000041925	MDM1 (ENSGGOG00000003147)	IL22 (ENSGGOG00000008949)	IL26 (ENSGGOG00000011184)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	227	TMEM50A (ENSCATG00000016342)	RSRP1 (ENSCATG00000033666)	SYF2 (ENSCATG00000026917)	RUNX3 (ENSCATG00000016885)	CLIC4 (ENSCATG00000033748)	SRRM1 (ENSCATG00000031303)	NCMAP (ENSCATG00000017154)	RCAN3 (ENSCATG00000033944)	NIPAL3 (ENSCATG00000019829)	STPG1 (ENSCATG00000030007)	GRHL3 (ENSCATG00000030059)	ENSCATG00000006798	IFNLR1 (ENSCATG00000026704)	IL22RA1 (ENSCATG00000029904)	MYOM3 (ENSCATG00000035070)	ENSCATG00000017493 ##22	SRSF10 (ENSCATG00000031598)	ENSCATG00000017417	ENSCATG00000033706	CNR2 (ENSCATG00000006881)	FUCA1 (ENSCATG00000030013)	HMGCL (ENSCATG00000020396)	GALE (ENSCATG00000031776)	LYPLA2 (ENSCATG00000031699)	PITHD1 (ENSCATG00000031682)	ELOA (ENSCATG00000017550)	RPL11 (ENSCATG00000021760)	ENSCATG00000028499	ID3 (ENSCATG00000027221)	E2F2 (ENSCATG00000030020)	ASAP3 (ENSCATG00000031223)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	204															ZBTB8B (ENSODEG00000003151)	ENSODEG00000018868 ##22	ENSODEG00000003899	ENSODEG00000003891	TSSK3 (ENSODEG00000003879)	FAM229A (ENSODEG00000003872)	MARCKSL1 (ENSODEG00000003851)	ENSODEG00000003837	ENSODEG00000003773	LCK (ENSODEG00000003693)	FAM167B (ENSODEG00000003663)	EIF3I (ENSODEG00000003652)	TMEM234 (ENSODEG00000003631)	DCDC2B (ENSODEG00000003594)	IQCC (ENSODEG00000003568)	ENSODEG00000003557	TXLNA (ENSODEG00000003515)
Degu	MODERN SPECIES	148	MOB3C (ENSODEG00000009151)	ATPAF1 (ENSODEG00000010525)	TEX38 (ENSODEG00000010166)	EFCAB14 (ENSODEG00000008413)	ENSODEG00000007435	CYP4B1 (ENSODEG00000010933)	ENSODEG00000006838	ENSODEG00000019580	ENSODEG00000006889	CYP4X1 (ENSODEG00000007165)	PDZK1IP1 (ENSODEG00000008906)	TAL1 (ENSODEG00000006602)	STIL (ENSODEG00000007478)	ENSODEG00000007423	ENSODEG00000006760	ENSODEG00000019646 ##22	ENSODEG00000008585	TRABD2B (ENSODEG00000007567)	SLC5A9 (ENSODEG00000007740)	SPATA6 (ENSODEG00000006382)	BEND5 (ENSODEG00000007742)	ENSODEG00000006988	ENSODEG00000019354	AGBL4 (ENSODEG00000009564)	ENSODEG00000007109	ELAVL4 (ENSODEG00000006770)	DMRTA2 (ENSODEG00000006537)	FAF1 (ENSODEG00000010743)	CDKN2C (ENSODEG00000010220)	ENSODEG00000007244	ENSODEG00000006863
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	11	ENSHGLG00000042102	ERG (ENSHGLG00000017640)	KCNJ15 (ENSHGLG00000046846)	KCNJ6 (ENSHGLG00000018429)	DYRK1A (ENSHGLG00000004983)	VPS26C (ENSHGLG00000005099)	TTC3 (ENSHGLG00000005139)	ENSHGLG00000044048	ENSHGLG00000044887	HLCS (ENSHGLG00000008266)	SIM2 (ENSHGLG00000008945)	ENSHGLG00000009709	CLDN14 (ENSHGLG00000009298)	CHAF1B (ENSHGLG00000010107)	ENSHGLG00000020850	ENSHGLG00000035736 ##22	MORC3 (ENSHGLG00000018450)	ENSHGLG00000015583	ENSHGLG00000036095	ENSHGLG00000035096	ENSHGLG00000004968	ENSHGLG00000042952	HSF2BP (ENSHGLG00000008796)	SIK1 (ENSHGLG00000013670)	CRYAA (ENSHGLG00000009413)	U2AF1 (ENSHGLG00000009841)	CBS (ENSHGLG00000015848)	PKNOX1 (ENSHGLG00000040628)	NDUFV3 (ENSHGLG00000041826)	ENSHGLG00000035018	WDR4 (ENSHGLG00000017900)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Rat	MODERN SPECIES	3	ENSRNOG00000069236	Sdk1 (ENSRNOG00000001103)	Foxk1 (ENSRNOG00000001104)	AABR07035428.3 (ENSRNOG00000059768)	AABR07035428.2 (ENSRNOG00000056768)	Radil (ENSRNOG00000024456)	Mmd2 (ENSRNOG00000001113)	Wipi2 (ENSRNOG00000001114)	Slc29a4 (ENSRNOG00000001115)	Tnrc18 (ENSRNOG00000024482)	Fbxl18 (ENSRNOG00000001117)	Actb (ENSRNOG00000034254)	Fscn1 (ENSRNOG00000056585)	Rnf216 (ENSRNOG00000001101)	LOC103693627 (ENSRNOG00000024527)	AABR07072272.1 (ENSRNOG00000029560) ##22	Rbak (ENSRNOG00000001099)	Spdye4 (ENSRNOG00000058563)	Zfp12 (ENSRNOG00000006958)	Zfp316 (ENSRNOG00000001094)	Zfp853 (ENSRNOG00000030579)	Ints15 (ENSRNOG00000024567)	Zdhhc4 (ENSRNOG00000051699)	Grid2ip (ENSRNOG00000030927)	Kdelr2 (ENSRNOG00000001083)	Daglb (ENSRNOG00000001079)	Rac1 (ENSRNOG00000001068)	ENSRNOG00000065731	Fam220a (ENSRNOG00000024605)	Cyth3 (ENSRNOG00000001065)	Usp42 (ENSRNOG00000001059)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.a ##22
Prairie vole	MODERN SPECIES	237															Rhox12 (ENSMOCG00000006083)	ENSMOCG00000022651 ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Degu	MODERN SPECIES	46	TEAD3 (ENSODEG00000016731)	FKBP5 (ENSODEG00000017317)	ENSODEG00000016851	ARMC12 (ENSODEG00000016906)	CLPS (ENSODEG00000016885)	LHFPL5 (ENSODEG00000016672)	SRPK1 (ENSODEG00000016786)	MAPK14 (ENSODEG00000016354)	MAPK13 (ENSODEG00000017060)	BRPF3 (ENSODEG00000016708)	ENSODEG00000016514	KCTD20 (ENSODEG00000017286)	STK38 (ENSODEG00000016941)	ENSODEG00000016778	KCNK5 (ENSODEG00000017022)	ENSODEG00000020422 ##22	GLP1R (ENSODEG00000016982)	DNAH8 (ENSODEG00000016773)	GLO1 (ENSODEG00000016507)	BTBD9 (ENSODEG00000016311)	ENSODEG00000016428	MDGA1 (ENSODEG00000016824)	CMTR1 (ENSODEG00000017441)	TBC1D22B (ENSODEG00000016816)	PIM1 (ENSODEG00000016613)	MTCH1 (ENSODEG00000016821)	ENSODEG00000016828	ENSODEG00000016774	CPNE5 (ENSODEG00000016928)	CDKN1A (ENSODEG00000016501)	KIF6 (ENSODEG00000016977)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Rat	MODERN SPECIES	16	Slc39a9 (ENSRNOG00000005052)	Erh (ENSRNOG00000004883)	Galnt16 (ENSRNOG00000004589)	Exd2 (ENSRNOG00000027707)	ENSRNOG00000070124	ENSRNOG00000065552	Ppil2-ps1 (ENSRNOG00000042752)	AABR07064999.1 (ENSRNOG00000038335)	ENSRNOG00000069569	AABR07064983.1 (ENSRNOG00000004582)	RGD1559921 (ENSRNOG00000006599)	Dcaf5 (ENSRNOG00000004556)	AC118496.1 (ENSRNOG00000054817)	Actn1 (ENSRNOG00000056756)	Zfp36l1 (ENSRNOG00000058646)	AABR07064980.1 (ENSRNOG00000055777) ##22	AC105662.3 (ENSRNOG00000060851)	Rad51b (ENSRNOG00000059245)	Zfyve26 (ENSRNOG00000059875)	Rdh12 (ENSRNOG00000056553)	Rdh11 (ENSRNOG00000054770)	Vti1b (ENSRNOG00000060436)	Arg2 (ENSRNOG00000053811)	ENSRNOG00000070862	Pigh (ENSRNOG00000010914)	Plekhh1 (ENSRNOG00000010650)	Tmem229b (ENSRNOG00000010646)	Plek2 (ENSRNOG00000010098)	Eif2s1 (ENSRNOG00000009432)	Atp6v1d (ENSRNOG00000009080)	Pals1 (ENSRNOG00000008788)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	527	TECTB (ENSCATG00000039438)	GPAM (ENSCATG00000039178)	ENSCATG00000038157	ADRA2A (ENSCATG00000001460)	SHOC2 (ENSCATG00000038046)	BBIP1 (ENSCATG00000031000)	PDCD4 (ENSCATG00000034630)	RBM20 (ENSCATG00000030346)	SMC3 (ENSCATG00000044112)	DUSP5 (ENSCATG00000039212)	ENSCATG00000033088	SMNDC1 (ENSCATG00000035910)	MXI1 (ENSCATG00000043775)	ADD3 (ENSCATG00000045007)	XPNPEP1 (ENSCATG00000042134)	ENSCATG00000021702 ##22	ENSCATG00000030887
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.a.b.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	730								ENSCCAG00000034467	LYG2 (ENSCCAG00000022059)	ENSCCAG00000029847	LYG1 (ENSCCAG00000022481)	TXNDC9 (ENSCCAG00000020902)	EIF5B (ENSCCAG00000027156)	REV1 (ENSCCAG00000027085)	AFF3 (ENSCCAG00000023489)	ENSCCAG00000019367 ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	878	ENSPSMG00000008923	CST11 (ENSPSMG00000008919)	CSTL1 (ENSPSMG00000008917)	NAPB (ENSPSMG00000008819)	GZF1 (ENSPSMG00000008681)	NXT1 (ENSPSMG00000008668)	CD93 (ENSPSMG00000008660)	THBD (ENSPSMG00000008649)	SSTR4 (ENSPSMG00000008634)	FOXA2 (ENSPSMG00000008622)	PAX1 (ENSPSMG00000008610)	NKX2-2 (ENSPSMG00000008596)	NKX2-4 (ENSPSMG00000008590)	XRN2 (ENSPSMG00000008572)	KIZ (ENSPSMG00000008514)	ENSPSMG00000008491 ##22	RALGAPA2 (ENSPSMG00000008474)	INSM1 (ENSPSMG00000008427)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	MODERN SPECIES	837														ENSPTRG00000043240	ENSPTRG00000044156	ENSPTRG00000051647 ##22	ENSPTRG00000051880	ENSPTRG00000045924
Chimpanzee	MODERN SPECIES	972	ENSPTRG00000050351	ENSPTRG00000051172	ALG13 (ENSPTRG00000022191)	TRPC5 (ENSPTRG00000022192)	TRPC5OS (ENSPTRG00000045594)	ENSPTRG00000050241	RTL4 (ENSPTRG00000052718)	LHFPL1 (ENSPTRG00000022195)	AMOT (ENSPTRG00000022197)	ENSPTRG00000049885	HTR2C (ENSPTRG00000022199)	ENSPTRG00000052825	IL13RA2 (ENSPTRG00000022200)	LRCH2 (ENSPTRG00000022201)	RBMXL3 (ENSPTRG00000028217)	ENSPTRG00000044154 ##22	ENSPTRG00000049789	PLS3 (ENSPTRG00000022205)	ENSPTRG00000043395	ENSPTRG00000040819	ENSPTRG00000043128	AGTR2 (ENSPTRG00000052314)	SLC6A14 (ENSPTRG00000022208)	CT83 (ENSPTRG00000028214)	ENSPTRG00000051003	ENSPTRG00000017238	KLHL13 (ENSPTRG00000044070)	ENSPTRG00000052513	DOCK11 (ENSPTRG00000022212)	IL13RA1 (ENSPTRG00000022214)	ZCCHC12 (ENSPTRG00000022215)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	77											ENSGT00940000161710	ENSGT01090000260086.D	ENSGT00940000161189	ENSGT00390000018560.b	ENSGT01000000216167	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22	ENSGT00940000156649	ENSGT00940000154517.e.a	ENSGT00940000161031	ENSGT00950000183206.b.c.b.c.b	ENSGT00950000183206.b.c.b.d	ENSGT00550000075007.i.a	ENSGT00940000161473	ENSGT00390000002823	ENSGT00940000159804	ENSGT00940000156097	ENSGT00390000014520.j	ENSGT01030000234563.a.b	ENSGT00550000075101	ENSGT00950000183155.a.a.a.b	ENSGT00530000063405.b
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3084									TMEM225 (ENSRROG00000035144)	ENSRROG00000033328	OR6X1 (ENSRROG00000031795)	ZNF202 (ENSRROG00000036060)	SCN3B (ENSRROG00000040971)	ENSRROG00000044276	GRAMD1B (ENSRROG00000043363)	ENSRROG00000044011 ##22	CLMP (ENSRROG00000041919)	ENSRROG00000019926	ENSRROG00000017004	ENSRROG00000033215	ENSRROG00000036895	BSX (ENSRROG00000031397)	JHY (ENSRROG00000037326)	CRTAM (ENSRROG00000030700)	UBASH3B (ENSRROG00000042674)	ENSRROG00000039108	SORL1 (ENSRROG00000037122)	ENSRROG00000040078
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	526									ENSRBIG00000042694	OR6X1 (ENSRBIG00000035919)	TMEM225 (ENSRBIG00000011186)	ZNF202 (ENSRBIG00000039799)	SCN3B (ENSRBIG00000033217)	ENSRBIG00000021387	ENSRBIG00000043833	ENSRBIG00000028205 ##22	GRAMD1B (ENSRBIG00000044918)	ENSRBIG00000033169	CLMP (ENSRBIG00000031419)	ENSRBIG00000033218	ENSRBIG00000028202	BSX (ENSRBIG00000042726)	JHY (ENSRBIG00000036668)	CRTAM (ENSRBIG00000036760)	UBASH3B (ENSRBIG00000018854)	TMTC1 (ENSRBIG00000036005)	OVCH1 (ENSRBIG00000030098)	ENSRBIG00000039687	ERGIC2 (ENSRBIG00000033245)	FAR2 (ENSRBIG00000038770)	ENSRBIG00000030409
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	136																ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22	ENSGT00950000183340
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	175	ENSMFAG00000059362	CAPN6 (ENSMFAG00000045171)	DCX (ENSMFAG00000003173)	ALG13 (ENSMFAG00000043742)	TRPC5 (ENSMFAG00000003102)	TRPC5OS (ENSMFAG00000047357)	ENSMFAG00000055408	RTL4 (ENSMFAG00000064863)	ENSMFAG00000047521	LHFPL1 (ENSMFAG00000003226)	AMOT (ENSMFAG00000032269)	ENSMFAG00000032031	ENSMFAG00000049831	HTR2C (ENSMFAG00000064910)	IL13RA2 (ENSMFAG00000003923)	ENSMFAG00000048522 ##22	LUZP4 (ENSMFAG00000042600)	PLS3 (ENSMFAG00000031185)	ENSMFAG00000045515	AGTR2 (ENSMFAG00000008335)	ENSMFAG00000049076	ENSMFAG00000056981	ENSMFAG00000062982	SLC6A14 (ENSMFAG00000035389)	CT83 (ENSMFAG00000052975)	ENSMFAG00000000247	ENSMFAG00000065339	ENSMFAG00000055250	ENSMFAG00000057933	ENSMFAG00000059238	ENSMFAG00000052835
Rhesus	MODERN SPECIES	327	AMMECR1 (ENSMMUG00000023423)	RTL9 (ENSMMUG00000001307)	CHRDL1 (ENSMMUG00000016666)	PAK3 (ENSMMUG00000018763)	CAPN6 (ENSMMUG00000015308)	DCX (ENSMMUG00000015312)	ALG13 (ENSMMUG00000010421)	TRPC5 (ENSMMUG00000010424)	TRPC5OS (ENSMMUG00000064574)	RTL4 (ENSMMUG00000059768)	LHFPL1 (ENSMMUG00000000903)	AMOT (ENSMMUG00000007688)	HTR2C (ENSMMUG00000009607)	IL13RA2 (ENSMMUG00000022224)	LRCH2 (ENSMMUG00000017323)	ENSMMUG00000060939 ##22	ENSMMUG00000007515	PLS3 (ENSMMUG00000006377)	ENSMMUG00000019688	AGTR2 (ENSMMUG00000055906)	SLC6A14 (ENSMMUG00000057063)	CT83 (ENSMMUG00000020849)	ENSMMUG00000032363	ENSMMUG00000017109	KLHL13 (ENSMMUG00000002293)	WDR44 (ENSMMUG00000011497)	DOCK11 (ENSMMUG00000011498)	IL13RA1 (ENSMMUG00000053844)	ZCCHC12 (ENSMMUG00000017574)	LONRF3 (ENSMMUG00000016431)	CT47C1 (ENSMMUG00000019534)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	603	ENSCATG00000035387	ENSCATG00000033160	ENSCATG00000017676	ENSCATG00000024100	OR10D3 (ENSCATG00000018371)	ENSCATG00000017263	ENSCATG00000017112	VWA5A (ENSCATG00000041305)	ENSCATG00000012587	ENSCATG00000018421	OR4D5 (ENSCATG00000018340)	TMEM225 (ENSCATG00000036402)	ZNF202 (ENSCATG00000018359)	SCN3B (ENSCATG00000033194)	ENSCATG00000043537	ENSCATG00000038417 ##22	GRAMD1B (ENSCATG00000034288)	ENSCATG00000038638	CLMP (ENSCATG00000032254)	ENSCATG00000036017	ENSCATG00000039485	BSX (ENSCATG00000041522)	JHY (ENSCATG00000038792)	CRTAM (ENSCATG00000035951)	UBASH3B (ENSCATG00000023456)	BLID (ENSCATG00000037327)	ENSCATG00000020049	SORL1 (ENSCATG00000040217)	SC5D (ENSCATG00000042147)	ENSCATG00000038315	TBCEL (ENSCATG00000045254)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Long-tailed chinchilla	DUPLICATION
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	199	MAP3K21 (ENSCLAG00000003881)	PCNX2 (ENSCLAG00000003984)	NTPCR (ENSCLAG00000004088)	SIPA1L2 (ENSCLAG00000004244)	DISC1 (ENSCLAG00000004662)	TSNAX (ENSCLAG00000004894)	EGLN1 (ENSCLAG00000005012)	SPRTN (ENSCLAG00000005040)	EXOC8 (ENSCLAG00000017614)	GNPAT (ENSCLAG00000005106)	C1orf131 (ENSCLAG00000005201)	TRIM67 (ENSCLAG00000005249)	FAM89A (ENSCLAG00000005314)	ARV1 (ENSCLAG00000005346)	TTC13 (ENSCLAG00000005427)	ENSCLAG00000005568 ##22	CAPN9 (ENSCLAG00000005597)	AGT (ENSCLAG00000005758)	COG2 (ENSCLAG00000005818)	PGBD5 (ENSCLAG00000006064)	GALNT2 (ENSCLAG00000006148)	ENSCLAG00000017730	URB2 (ENSCLAG00000006268)	TAF5L (ENSCLAG00000006348)	ABCB10 (ENSCLAG00000003110)	NUP133 (ENSCLAG00000003189)	ACTA1 (ENSCLAG00000003307)	ENSCLAG00000003336	RAB4A (ENSCLAG00000003386)	RHOU (ENSCLAG00000003477)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	131	SUCLG1 (ENSCLAG00000008580)	ENSCLAG00000009325	CTNNA2 (ENSCLAG00000013755)	LRRTM1 (ENSCLAG00000005364)	ENSCLAG00000005858	ENSCLAG00000006327	ENSCLAG00000005804	ENSCLAG00000006062	LRRTM4 (ENSCLAG00000007091)	GCFC2 (ENSCLAG00000012347)	MRPL19 (ENSCLAG00000016582)	EVA1A (ENSCLAG00000004417)	TACR1 (ENSCLAG00000004754)	POLE4 (ENSCLAG00000004786)	HK2 (ENSCLAG00000005143)	ENSCLAG00000006297 ##22	SEMA4F (ENSCLAG00000005573)	M1AP (ENSCLAG00000005763)	DOK1 (ENSCLAG00000006260)	LOXL3 (ENSCLAG00000006711)	HTRA2 (ENSCLAG00000007086)	AUP1 (ENSCLAG00000006421)	DQX1 (ENSCLAG00000007521)	TLX2 (ENSCLAG00000004657)	PCGF1 (ENSCLAG00000005785)	LBX2 (ENSCLAG00000014921)	MOGS (ENSCLAG00000013829)	TTC31 (ENSCLAG00000014144)	CCDC142 (ENSCLAG00000014185)	MRPL53 (ENSCLAG00000005239)	WBP1 (ENSCLAG00000007703)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	5	ENSHGLG00000036107	ENSHGLG00000038096	ICA1 (ENSHGLG00000003048)	GLCCI1 (ENSHGLG00000002931)	ENSHGLG00000002785	ENSHGLG00000034935	ENSHGLG00000037539	ENSHGLG00000039732	MIOS (ENSHGLG00000001710)	ENSHGLG00000001680	ENSHGLG00000001565	ENSHGLG00000001496	ENSHGLG00000001445	TAC1 (ENSHGLG00000001397)	ACN9 (ENSHGLG00000001283)	ENSHGLG00000003962 ##22	DLX5 (ENSHGLG00000035624)	DLX6 (ENSHGLG00000036463)	SEM1 (ENSHGLG00000001228)	SLC25A13 (ENSHGLG00000001078)	ENSHGLG00000008153	ENSHGLG00000000847	DYNC1I1 (ENSHGLG00000000924)	PDK4 (ENSHGLG00000044007)	ASB4 (ENSHGLG00000000818)	PON2 (ENSHGLG00000044448)	PON3 (ENSHGLG00000003028)	PON1 (ENSHGLG00000048207)	PPP1R9A (ENSHGLG00000002745)	Peg10 (ENSHGLG00000039925)	SGCE (ENSHGLG00000002437)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Golden Hamster	DUPLICATION
Golden Hamster	MODERN SPECIES	627	Or2av9 (ENSMAUG00000020712)	ENSMAUG00000020684	Trim58 (ENSMAUG00000020919)	ENSMAUG00000013852	ENSMAUG00000010641	Fam183b (ENSMAUG00000021857)	ENSMAUG00000002837	ENSMAUG00000002461	Zfp39 (ENSMAUG00000001536)	Btnl10 (ENSMAUG00000021399)	ENSMAUG00000020727	ENSMAUG00000021471	H2bc27 (ENSMAUG00000010540)	H2bc26-ps (ENSMAUG00000010794)	H2ac25 (ENSMAUG00000010628)	ENSMAUG00000010470 ##22	H3f4 (ENSMAUG00000010700)	Trim17 (ENSMAUG00000004817)	Trim11 (ENSMAUG00000001510)	Obscn (ENSMAUG00000022279)	Iba57 (ENSMAUG00000020575)	Gjc2 (ENSMAUG00000020150)	Guk1 (ENSMAUG00000022283)	2310033P09Rik (ENSMAUG00000019958)	ENSMAUG00000022253	Wnt3a (ENSMAUG00000021475)	Wnt9a (ENSMAUG00000021643)	Prss38 (ENSMAUG00000019978)	Snap47 (ENSMAUG00000020014)	Jmjd4 (ENSMAUG00000017265)	ENSMAUG00000019046
Golden Hamster	MODERN SPECIES	736	ENSMAUG00000018723	Tbck (ENSMAUG00000014349)	Npnt (ENSMAUG00000007621)	Gstcd (ENSMAUG00000012628)	ENSMAUG00000015392	Arhgef38 (ENSMAUG00000000124)	Ppa2 (ENSMAUG00000011715)	Tet2 (ENSMAUG00000009273)	ENSMAUG00000016150	Cxxc4 (ENSMAUG00000007790)	Tacr3 (ENSMAUG00000004511)	Cenpe (ENSMAUG00000009004)	Bdh2 (ENSMAUG00000002880)	Slc9b2 (ENSMAUG00000000640)	Slc9b1 (ENSMAUG00000000272)	ENSMAUG00000018374 ##22	Cisd2 (ENSMAUG00000018110)	Ube2d3 (ENSMAUG00000008002)	Manba (ENSMAUG00000018036)	Nfkb1 (ENSMAUG00000017915)	Slc39a8 (ENSMAUG00000015194)	Bank1 (ENSMAUG00000015303)	ENSMAUG00000017864	Ppp3ca (ENSMAUG00000012231)	Emcn (ENSMAUG00000010683)	Ddit4l (ENSMAUG00000009351)	ENSMAUG00000013383	Dnajb14 (ENSMAUG00000012660)	Lamtor3 (ENSMAUG00000010796)	Dapp1 (ENSMAUG00000005948)	1110002E22Rik (ENSMAUG00000012085)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.i.b ##22
Steppe mouse	MODERN SPECIES	56												ENSMSIG00000025619	ENSMSIG00000025668	Rsad2 (ENSMSIG00000025674)	Rnf144a (ENSMSIG00000025691)	ENSMSIG00000025745 ##22	ENSMSIG00000025755	ENSMSIG00000025759	Kidins220 (ENSMSIG00000025770)	Mboat2 (ENSMSIG00000025871)	Rrm2 (ENSMSIG00000025915)	ENSMSIG00000025932	Klf11 (ENSMSIG00000025936)	Grhl1 (ENSMSIG00000025943)	Taf1b (ENSMSIG00000026008)
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	15	C1qa (ENSRNOG00000012807)	C1qc (ENSRNOG00000012804)	C1qb (ENSRNOG00000012749)	Ephb2 (ENSRNOG00000012531)	Lactbl1 (ENSRNOG00000065157)	Tex46 (ENSRNOG00000022257)	Kdm1a (ENSRNOG00000022372)	Luzp1 (ENSRNOG00000022402)	Htr1d (ENSRNOG00000012038)	Hnrnpr (ENSRNOG00000011910)	Zfp46 (ENSRNOG00000070170)	Tcea3 (ENSRNOG00000011794)	Asap3 (ENSRNOG00000049714)	E2f2 (ENSRNOG00000047741)	Id3 (ENSRNOG00000026124)	Rpl36-ps3 (ENSRNOG00000060478) ##22	Rpl11 (ENSRNOG00000026260)	Eloa (ENSRNOG00000010902)	ENSRNOG00000070717	Pithd1 (ENSRNOG00000010873)	Lypla2 (ENSRNOG00000010067)	Gale (ENSRNOG00000009712)	Hmgcl (ENSRNOG00000009422)	Fuca1 (ENSRNOG00000009325)	Cnr2 (ENSRNOG00000009260)	Pnrc2 (ENSRNOG00000009248)	Pnrc2 (ENSRNOG00000070268)	Srsf10 (ENSRNOG00000007992)	Myom3 (ENSRNOG00000032994)	Il22ra1 (ENSRNOG00000066331)	Ifnlr1 (ENSRNOG00000033984)
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	5	Rbpj (ENSRNOG00000046327)	LOC100361259 (ENSRNOG00000055911)	AABR07015507.1 (ENSRNOG00000051190)	Sel1l3 (ENSRNOG00000004932)	Slc34a2 (ENSRNOG00000004626)	Anapc4 (ENSRNOG00000004130)	Zcchc4 (ENSRNOG00000029064)	Pi4k2b (ENSRNOG00000003924)	Sepsecs (ENSRNOG00000049244)	Lgi2 (ENSRNOG00000066201)	Ccdc149 (ENSRNOG00000024454)	ENSRNOG00000064588	Sod3 (ENSRNOG00000003869)	Dhx15 (ENSRNOG00000003844)	Ppargc1a (ENSRNOG00000004473)	ENSRNOG00000067137 ##22	AABR07015559.1 (ENSRNOG00000055015)	Hmgn1-ps6 (ENSRNOG00000069654)	Gba3 (ENSRNOG00000024634)	Adgra3 (ENSRNOG00000004279)	Ifitm3-ps1 (ENSRNOG00000048944)	Kcnip4 (ENSRNOG00000032350)	Pacrgl (ENSRNOG00000004140)	Slit2 (ENSRNOG00000003840)	ENSRNOG00000068270	Lcorl (ENSRNOG00000003787)	Ncapg (ENSRNOG00000038572)	Fam184b (ENSRNOG00000003704)	Med28 (ENSRNOG00000003592)	Lap3 (ENSRNOG00000003289)	Clrn2 (ENSRNOG00000027195)
Rat	MODERN SPECIES	7	Plpp5 (ENSRNOG00000069017)	Ddhd2 (ENSRNOG00000015501)	Bag4 (ENSRNOG00000042560)	Lsm1 (ENSRNOG00000015375)	Star (ENSRNOG00000015052)	Ash2l (ENSRNOG00000014875)	Kcnu1 (ENSRNOG00000014741)	Hgsnat (ENSRNOG00000069796)	Pomk (ENSRNOG00000014628)	Fnta (ENSRNOG00000014462)	AABR07026291.1 (ENSRNOG00000014275)	Rnf170 (ENSRNOG00000069749)	Thap1 (ENSRNOG00000056956)	Rps28-ps3 (ENSRNOG00000046342)	LOC108348409 (ENSRNOG00000038458)	LOC120097397 (ENSRNOG00000061711) ##22	Zfp703 (ENSRNOG00000014199)	Erlin2 (ENSRNOG00000013763)	Plpbp (ENSRNOG00000013751)	Adgra2 (ENSRNOG00000012991)	Brf2 (ENSRNOG00000012739)	Rab11fip1 (ENSRNOG00000058940)	Got1l1 (ENSRNOG00000038473)	Adrb3 (ENSRNOG00000012674)	Eif4ebp1 (ENSRNOG00000012582)	ENSRNOG00000065146	Chrnb3 (ENSRNOG00000012448)	Chrna6 (ENSRNOG00000012283)	Poteg (ENSRNOG00000012218)	Smok (ENSRNOG00000022181)	LOC100911229 (ENSRNOG00000055604)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Rabbit	MODERN SPECIES		CREBZF (ENSOCUG00000016544)	ENSOCUG00000016534	ENSOCUG00000016529	DLG2 (ENSOCUG00000010534)	ENSOCUG00000038610	ENSOCUG00000035571	ANKRD42 (ENSOCUG00000004475)	CCDC90B (ENSOCUG00000026829)	ENSOCUG00000030982	PCF11 (ENSOCUG00000004462)	RAB30 (ENSOCUG00000007580)	DDIAS (ENSOCUG00000007575)	ENSOCUG00000039636	PRCP (ENSOCUG00000000526)	ENSOCUG00000035434	ENSOCUG00000021220 ##22	TENM4 (ENSOCUG00000004686)	NARS2 (ENSOCUG00000017469)	GAB2 (ENSOCUG00000017463)	USP35 (ENSOCUG00000021262)	ENSOCUG00000005752	KCTD21 (ENSOCUG00000027266)	ALG8 (ENSOCUG00000011266)	THRSP (ENSOCUG00000000957)	KCTD14 (ENSOCUG00000005742)	INTS4 (ENSOCUG00000010638)	AAMDC (ENSOCUG00000025658)	RSF1 (ENSOCUG00000011923)	AQP11 (ENSOCUG00000003238)	ENSOCUG00000020951	CLNS1A (ENSOCUG00000024393)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b.j ##22
Rat	MODERN SPECIES	8	Nedd9 (ENSRNOG00000014548)	Tmem170b (ENSRNOG00000031495)	LOC100362172 (ENSRNOG00000059415)	Adtrp (ENSRNOG00000014481)	Hivep1 (ENSRNOG00000014460)	Edn1 (ENSRNOG00000014361)	Phactr1 (ENSRNOG00000014264)	Tbc1d7 (ENSRNOG00000014019)	Gfod1 (ENSRNOG00000014007)	Sirt5 (ENSRNOG00000017866)	Nol7 (ENSRNOG00000017904)	Ranbp9 (ENSRNOG00000017951)	Mcur1 (ENSRNOG00000017988)	Rnf182 (ENSRNOG00000018070)	Cd83 (ENSRNOG00000018092)	ENSRNOG00000062602 ##22	Jarid2 (ENSRNOG00000045918)	Dtnbp1 (ENSRNOG00000048719)	Mylip (ENSRNOG00000017579)	Gmpr (ENSRNOG00000017250)	Atxn1 (ENSRNOG00000016998)	Stmnd1 (ENSRNOG00000031595)	Rbm24 (ENSRNOG00000046547)	LOC102554989 (ENSRNOG00000066706)	Cap2 (ENSRNOG00000043350)	Fam8a1 (ENSRNOG00000026120)	Nup153 (ENSRNOG00000001456)	Kif13a (ENSRNOG00000001455)	ENSRNOG00000065377	Nhlrc1 (ENSRNOG00000026286)	Tpmt (ENSRNOG00000016468)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	127							ENSGT00940000163715.b	ENSGT00960000188000	ENSGT00510000047872	ENSGT00950000186377	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000176016
tuatara	MODERN SPECIES	402								ENSSPUG00000012281	ENSSPUG00000012265	ENSSPUG00000012260	SPPL2B (ENSSPUG00000012250)	TMPRSS9 (ENSSPUG00000012204)	TIMM13 (ENSSPUG00000012184)	ENSSPUG00000012174	LMNB2 (ENSSPUG00000012162)	ENSSPUG00000012130 ##22	SLC1A6 (ENSSPUG00000012067)	ENSSPUG00000012065 #29	ENSSPUG00000012056 #30
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Aves	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
African ostrich	MODERN SPECIES	502												ENSSCUG00000004704	ENSSCUG00000004700	TIMM13 (ENSSCUG00000004699)	LMNB2 (ENSSCUG00000004671)	ENSSCUG00000004648 ##22	LONP1 (ENSSCUG00000004632) #23	SLC1A6 (ENSSCUG00000004617)	RANBP3 (ENSSCUG00000004609) #32	NDUFA11 (ENSSCUG00000004605) #29	ENSSCUG00000004604	ENSSCUG00000004601
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Japanese quail	MODERN SPECIES	20			ENSCJPG00005005576	FBN3 (ENSCJPG00005005593)	CTXN1 (ENSCJPG00005006058)	TIMM44 (ENSCJPG00005006059)	HNRNPM (ENSCJPG00005006060)	ENSCJPG00005006061	ENSCJPG00005006062	LSM7 (ENSCJPG00005006063)	SPPL2B (ENSCJPG00005006065)	KANK3 (ENSCJPG00005006068)	TMPRSS9 (ENSCJPG00005006072)	TIMM13 (ENSCJPG00005006075)	LMNB2 (ENSCJPG00005006076)	ENSCJPG00005006077 ##22	LONP1 (ENSCJPG00005006078) #23	SLC1A6 (ENSCJPG00005006091)	RANBP3 (ENSCJPG00005006096) #32	ENSCJPG00005006105	ENSCJPG00005006106	ENSCJPG00005006111 #29	ENSCJPG00005006114	ENSCJPG00005006119	MARCHF2 (ENSCJPG00005006121)	ENSCJPG00005006123	ANGPTL4 (ENSCJPG00005006125)	ENSCJPG00005006129	RPS28 (ENSCJPG00005006130)	NDUFA7 (ENSCJPG00005006133)	ENSCJPG00005006139
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Goldfish	MODERN SPECIES	248															ENSCARG00000057893	ENSCARG00000057865 ##22	ftsj3 (ENSCARG00000057798)	lim2.2 (ENSCARG00000057785)	gpr35.1 (ENSCARG00000057778)	ENSCARG00000057735	gipc3 (ENSCARG00000057689)	tbxa2r (ENSCARG00000057666)	PTPRS (ENSCARG00000057408) ##17
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.b ##22
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	355	f9b (ENSSGRG00000051513)	fgf13b (ENSSGRG00000051512)	tmtops3b (ENSSGRG00000051511)	htatsf1 (ENSSGRG00000051490)	fhl1b (ENSSGRG00000051484)	slc9a6b (ENSSGRG00000051454)	synj1 (ENSSGRG00000051169)	ENSSGRG00000051158	ENSSGRG00000051157 ##17	ENSSGRG00000051155 ##17	pigx (ENSSGRG00000051154)	ENSSGRG00000051153	ing5a (ENSSGRG00000051151)	ENSSGRG00000051150	lmnb2 (ENSSGRG00000050951)	rpl36 (ENSSGRG00000050941) ##22	LONP1 (ENSSGRG00000050916) #23
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	699													impact (ENSSGRG00000016987)	ENSSGRG00000016942	lmnb2 (ENSSGRG00000016827)	rpl36 (ENSSGRG00000016818) ##22	LONP1 (ENSSGRG00000016811) #23	ftsj3 (ENSSGRG00000016754)	ENSSGRG00000016750	ENSSGRG00000016749	ENSSGRG00000016747	gipc3 (ENSSGRG00000016745)	tbxa2r (ENSSGRG00000016744)	PTPRS (ENSSGRG00000016742) ##17
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	158	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000158753	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000163715.b	ENSGT01030000234515.a.b.b	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT00950000183158.B.a.a	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154595	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000161659	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000159972
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161659	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.a.a	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000159972	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00950000182907.b	ENSGT00390000006876
Coelacanth	MODERN SPECIES	274	ENSLACG00000017186	ANGPTL4 (ENSLACG00000017018)	RAB11B (ENSLACG00000016974)	MARCHF2 (ENSLACG00000022426)	rab11bb (ENSLACG00000016857)	HNRNPM (ENSLACG00000016814)	TIMM44 (ENSLACG00000016754)	ENSLACG00000016511	FBN3 (ENSLACG00000016154)	ENSLACG00000015739	ENSLACG00000015723	LSM7 (ENSLACG00000015700)	SPPL2B (ENSLACG00000015569)	TMPRSS9 (ENSLACG00000015402)	LMNB2 (ENSLACG00000015242)	RPL36 (ENSLACG00000015161) ##22	LONP1 (ENSLACG00000015087) #23	ENSLACG00000022153	ENSLACG00000014893	ENSLACG00000014322	NDUFA11 (ENSLACG00000013860) #29	VMAC (ENSLACG00000013726) #30	CAPS (ENSLACG00000013632) #31	RANBP3 (ENSLACG00000013387) #32	SLC1A6 (ENSLACG00000012883)	RFX2 (ENSLACG00000012525) #33	ACSBG2 (ENSLACG00000011979) #34	MLLT1 (ENSLACG00000011585) #35	ACER1 (ENSLACG00000011275) #36	ENSLACG00000010958	ENSLACG00000022472
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000161659	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000159972	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #35	ENSGT00730000110920.b.a.a #36	ENSGT00950000182907.b	ENSGT00390000006876
Anura	ANCESTRAL SPECIES	263						ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES		ENSLLEG00000002109	KCMF1 (ENSLLEG00000002059)	ENSLLEG00000002032	SLC20A2 (ENSLLEG00000001933)	ENSLLEG00000001893	ENSLLEG00000001878	ENSLLEG00000001715	ENSLLEG00000001652	ENSLLEG00000001635	LSM7 (ENSLLEG00000001566)	SPPL2B (ENSLLEG00000001488)	ENSLLEG00000001463	TMPRSS9 (ENSLLEG00000001418)	TIMM13 (ENSLLEG00000001377)	LMNB2 (ENSLLEG00000001327)	ENSLLEG00000001294 ##22	PPP1R3B (ENSLLEG00000001279)	ENSLLEG00000001256	ENSLLEG00000001244	SAFB (ENSLLEG00000001137) #19	ENSLLEG00000001115	ENSLLEG00000000630	ENSLLEG00000000501	ENSLLEG00000000541	ENSLLEG00000000374	ENSLLEG00000000332	ENSLLEG00000000300	ENSLLEG00000000272	DAPK3 (ENSLLEG00000000253)	TNFAIP8L1 (ENSLLEG00000000244)	ENSLLEG00000000231 #9
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	1	COPB1 (ENSLLEG00000021502)	ENSLLEG00000021841	RRAS2 (ENSLLEG00000021864)	ENSLLEG00000021910	ENSLLEG00000021941	TUB (ENSLLEG00000021996)	ENSLLEG00000022329	ENSLLEG00000022418	ENSLLEG00000022438	ENSLLEG00000022510	ENSLLEG00000022548	ENSLLEG00000022938	ENSLLEG00000023024	INSC (ENSLLEG00000023043)	ENSLLEG00000023162	ENSLLEG00000023171 ##22	SOX6 (ENSLLEG00000023236)	ENSLLEG00000023961	ENSLLEG00000024017	ENSLLEG00000024047	ENSLLEG00000024061	ENSLLEG00000024102	ENSLLEG00000024122	ENSLLEG00000024255	ENSLLEG00000024302	PLEKHA7 (ENSLLEG00000024400)	ENSLLEG00000024477	ENSLLEG00000024528	PIK3C2A (ENSLLEG00000024582)	GNG3 (ENSLLEG00000025603)	ENSLLEG00000025654
Frog	MODERN SPECIES		ENSXETG00000044743	ENSXETG00000042124	ENSXETG00000041878	noa1 (ENSXETG00000005348)	polr2b (ENSXETG00000005329)	ENSXETG00000048239	rest (ENSXETG00000038650)	hnrnpm (ENSXETG00000001777)	timm44 (ENSXETG00000001779)	ctxn1 (ENSXETG00000046070)	fbn3 (ENSXETG00000001781)	cers4 (ENSXETG00000036458)	lsm7 (ENSXETG00000022166)	sppl2b (ENSXETG00000001791)	ENSXETG00000047842	rpl36 (ENSXETG00000039651) ##22	tmprss9 (ENSXETG00000001793)	timm13 (ENSXETG00000046447)	lmnb2 (ENSXETG00000001795)	lrrc14b (ENSXETG00000001796)	XB5954422 [provisional] (ENSXETG00000006382)	gramd2a (ENSXETG00000030132)	pias4 (ENSXETG00000006386)	fbxl16 (ENSXETG00000006391)	ENSXETG00000047159	dapk3 (ENSXETG00000006396)	atcay (ENSXETG00000006394)	matk (ENSXETG00000032315)	XB5845204 [provisional:cplx4] (ENSXETG00000039840)	rax2 (ENSXETG00000031298)	mrpl54 (ENSXETG00000033250)
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000161659	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00950000186377	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000159972
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00960000188000	ENSGT00510000047872	ENSGT00950000186377	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00960000188000	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c.c	ENSGT01030000234515.a.b.b.c.d	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00960000188000	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993.j	ENSGT00940000159993.i.b	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00940000159993.i.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1324															ACSBG2 (ENSPSIG00000002108) #34	RPL36 (ENSPSIG00000002110) ##22	LONP1 (ENSPSIG00000002112) #23	SLC1A6 (ENSPSIG00000002120)	ENSPSIG00000002125	RANBP3 (ENSPSIG00000002126) #32	ENSPSIG00000002130 #29	HAUS8 (ENSPSIG00000002131)	MYO9B (ENSPSIG00000002133)	USE1 (ENSPSIG00000002137)	INSR (ENSPSIG00000002138)	ARHGEF18 (ENSPSIG00000002147)	ENSPSIG00000001050	PEX11G (ENSPSIG00000002148)	TEX45 (ENSPSIG00000002150)	ARRDC2 (ENSPSIG00000002151)	IL12RB1 (ENSPSIG00000002154)
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c.c	ENSGT01030000234515.a.b.b.c.d	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00960000188000	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993.j	ENSGT00940000159993.i.b	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00940000159993.i.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29
Testudinidae	DUPLICATION
Testudinidae	DUPLICATION
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000161316	ENSGT00940000156835	ENSGT00950000183039.B.b.b	ENSGT00940000158048	ENSGT00940000160813	ENSGT00940000153139.B.b	ENSGT00940000160629	ENSGT00940000164405.e	ENSGT00940000159553	ENSGT00940000155898	ENSGT00390000009004	ENSGT00920000149123	ENSGT01030000234543.A.b.s	ENSGT00940000160581	ENSGT00940000153909.b	ENSGT00390000011943.b.c.a ##22	ENSGT00940000153322.B	ENSGT00390000017284.a.a	ENSGT00950000182953.C.d	ENSGT00390000002716	ENSGT01030000235267	ENSGT00390000007817	ENSGT00940000160925	ENSGT01030000235467	ENSGT00390000008582	ENSGT00940000153169.A.b.a	ENSGT00940000154108.a	ENSGT00940000159674	ENSGT00940000158778	ENSGT00950000183162.a.a	ENSGT00940000165340
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	22	KCNIP1 (ENSGEVG00005017227)	GABRP (ENSGEVG00005017272)	ENSGEVG00005004014	RANBP17 (ENSGEVG00005004071)	TLX3 (ENSGEVG00005004177)	ENSGEVG00005004187	FGF18 (ENSGEVG00005004207)	FBXW11 (ENSGEVG00005004233)	ETF1 (ENSGEVG00005004276)	ENSGEVG00005004305	ENSGEVG00005004345	CTNNA1 (ENSGEVG00005004390)	LRRTM2 (ENSGEVG00005004434)	SIL1 (ENSGEVG00005004457)	ENSGEVG00005004486	ENSGEVG00005004535 ##22	MATR3 (ENSGEVG00005004571)	PAIP2 (ENSGEVG00005004618)	SLC23A1 (ENSGEVG00005004701)	MZB1 (ENSGEVG00005004979)	ENSGEVG00005005011	SPATA24 (ENSGEVG00005005069)	DNAJC18 (ENSGEVG00005005093)	ENSGEVG00005005120	STING1 (ENSGEVG00005005182)	UBE2D2 (ENSGEVG00005005330)	CXXC5 (ENSGEVG00005005348)	PSD2 (ENSGEVG00005005373)	ENSGEVG00005005415	ENSGEVG00005005426	PURA (ENSGEVG00005005448)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	684															SIL1 (ENSCABG00000021338)	ENSCABG00000021333 ##22	MATR3 (ENSCABG00000021328)	PAIP2 (ENSCABG00000021327)	SLC23A1 (ENSCABG00000021326)	MZB1 (ENSCABG00000021324)	ENSCABG00000021316	SPATA24 (ENSCABG00000021312)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b.c.b ##22
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	23	ACSL4 (ENSGEVG00005015533)	TMEM164 (ENSGEVG00005015516)	AMMECR1 (ENSGEVG00005015499)	CHRDL1 (ENSGEVG00005015396)	PAK3 (ENSGEVG00005015133)	CAPN6 (ENSGEVG00005014787)	ENSGEVG00005014707	DCX (ENSGEVG00005014589)	SERTM2 (ENSGEVG00005014567)	ENSGEVG00005014550	ENSGEVG00005014462	TRPC5 (ENSGEVG00005014342)	LHFPL1 (ENSGEVG00005014305)	AMOT (ENSGEVG00005014266)	ENSGEVG00005014234	ENSGEVG00005014220 ##22	ATP7A (ENSGEVG00005014178)	ENSGEVG00005014129	MAGT1 (ENSGEVG00005014105)	ATRX (ENSGEVG00005014002)	FGF16 (ENSGEVG00005013941)	ZDHHC15 (ENSGEVG00005013896)	UPRT (ENSGEVG00005013823)	ABCB7 (ENSGEVG00005013745)	NEXMIF (ENSGEVG00005013660)	RLIM (ENSGEVG00005013634)	SLC16A2 (ENSGEVG00005013467)	ENSGEVG00005013373	ENSGEVG00005013328	ENSGEVG00005013266	ENSGEVG00005013245
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	112													ENSGT00940000159993.i.b	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b.d ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	14	FBN3 (ENSGEVG00005017147)	ENSGEVG00005017835	ENSGEVG00005017860	ENSGEVG00005017885	ENSGEVG00005017895	ENSGEVG00005017925	ENSGEVG00005017948	ENSGEVG00005018004	ENSGEVG00005018025	LSM7 (ENSGEVG00005018042)	ENSGEVG00005018069	TMPRSS9 (ENSGEVG00005018126)	ENSGEVG00005018158	TIMM13 (ENSGEVG00005018175)	LMNB2 (ENSGEVG00005018184)	ENSGEVG00005018205 ##22	LONP1 (ENSGEVG00005018218) #23	ENSGEVG00005018250	SLC1A6 (ENSGEVG00005018272)	RANBP3 (ENSGEVG00005018328) #32	ENSGEVG00005018415	ENSGEVG00005018453 #30	NDUFA11 (ENSGEVG00005018466) #29	ENSGEVG00005018493	ENSGEVG00005018565
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	482																ENSCABG00000011601 ##22	LONP1 (ENSCABG00000010924) #23	ENSCABG00000010604
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	124											ENSGT00940000159993.i.b	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00940000159993.i.a	ENSGT00390000014000.r	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29
painted turtle	MODERN SPECIES	1158																ENSCPBG00000016136 ##22	LONP1 (ENSCPBG00000016162) #23	SLC1A6 (ENSCPBG00000016280)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	323	HNRNPM (ENSTMTG00000018939)	TIMM44 (ENSTMTG00000019096)	CTXN1 (ENSTMTG00000019144)	FBN3 (ENSTMTG00000019349)	ENSTMTG00000020619	ENSTMTG00000020643	ENSTMTG00000020795	ENSTMTG00000020800	ENSTMTG00000020807	ENSTMTG00000020824	ENSTMTG00000020835	ENSTMTG00000020844	ENSTMTG00000020871	ENSTMTG00000020881	LMNB2 (ENSTMTG00000020896)	RPL36 (ENSTMTG00000020915) ##22	LONP1 (ENSTMTG00000020921) #23	SLC1A6 (ENSTMTG00000020930)	ENSTMTG00000020942	RANBP3 (ENSTMTG00000020948) #32	ENSTMTG00000020957	ENSTMTG00000020964 #30	NDUFA11 (ENSTMTG00000020967) #29	ENSTMTG00000020974
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00950000186377	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	62								FBN3 (ENSCPRG00005013427)	CTXN1 (ENSCPRG00005013359)	TIMM44 (ENSCPRG00005013343)	SPPL2B (ENSCPRG00005013338)	TMPRSS9 (ENSCPRG00005013325)	ENSCPRG00005013307	TIMM13 (ENSCPRG00005013304)	LMNB2 (ENSCPRG00005013300)	RPL36 (ENSCPRG00005013297) ##22	LONP1 (ENSCPRG00005013285) #23	SLC1A6 (ENSCPRG00005013279)	RANBP3 (ENSCPRG00005013245) #32	ENSCPRG00005013232 #30	NDUFA11 (ENSCPRG00005013226) #29	ENSCPRG00005013224	ENSCPRG00005013220	ENSCPRG00005013217	ENSCPRG00005013216	ENSCPRG00005013210	ENSCPRG00005013208	ENSCPRG00005013206	ENSCPRG00005013203	ENSCPRG00005013201	PARP2 (ENSCPRG00005013193)
Aves	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT01030000234515.a.b.b.d	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000159238.a
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	21		ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT01040000240927	ENSGT01030000234515.a.b.b.d	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000159238.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000153527.c.b.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234669.A.e.a.a.a.a.a.a.a.c.a	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000161178	ENSGT00960000190059	ENSGT00910000144227.s.a	ENSGT00390000006553
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	22								ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000155273.lb.a	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000159238.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000153527.c.b.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234669.A.e.a.a.a.a.a.a.a.c.a	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000161178	ENSGT00910000144227.s.a	ENSGT00390000006553	ENSGT00530000066804
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	24							ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000155273.lb.a	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993.b	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00940000159993.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000159238.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000153527.c.b.a.a.a.b.b	ENSGT00940000158668.c.i.a.b	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000161178	ENSGT00910000144227.s.a	ENSGT00390000006553	ENSGT00530000066804
Kakapo	MODERN SPECIES	13	ENSSHBG00005019054	MYDGF (ENSSHBG00005019056) #9	TNFAIP8L1 (ENSSHBG00005019057)	SEMA6B (ENSSHBG00005019060) #8	ENSSHBG00005019062	ENSSHBG00005019065 ##13	HDGFL2 (ENSSHBG00005019068)	UBXN6 (ENSSHBG00005000721)	CHAF1A (ENSSHBG00005012392)	SH3GL1 (ENSSHBG00005012415)	MPND (ENSSHBG00005012428)	FSD1 (ENSSHBG00005012454)	ENSSHBG00005012489	SHD (ENSSHBG00005012500)	YJU2 (ENSSHBG00005012508)	RPL36 (ENSSHBG00005012522) ##22	LONP1 (ENSSHBG00005012536) #23	SLC1A6 (ENSSHBG00005012557)	RANBP3 (ENSSHBG00005012581) #32	NDUFA11 (ENSSHBG00005012592) #29	ENSSHBG00005012597	ENSSHBG00005012604	ENSSHBG00005012609	MARCHF2 (ENSSHBG00005012619)	ENSSHBG00005012623	ANGPTL4 (ENSSHBG00005012634)	KANK3 (ENSSHBG00005012647)	NDUFA7 (ENSSHBG00005012663)	RPS28 (ENSSHBG00005012680)	ENSSHBG00005012690	ENSSHBG00005012697
Golden eagle	MODERN SPECIES	3	HTATIP2 (ENSACCG00020014439)	RGS5 (ENSACCG00020014426)	RGS4 (ENSACCG00020014415)	RGS18 (ENSACCG00020014385)	RGS21 (ENSACCG00020014376)	RGS1 (ENSACCG00020014364)	ENSACCG00020014349	ENSACCG00020014334	LSM7 (ENSACCG00020014318)	SPPL2B (ENSACCG00020014307)	ENSACCG00020014235	ENSACCG00020014045	ENSACCG00020013947	TIMM13 (ENSACCG00020013930)	LMNB2 (ENSACCG00020013893)	RPL36 (ENSACCG00020013872) ##22	ENSACCG00020013853	LONP1 (ENSACCG00020013830) #23	SLC1A6 (ENSACCG00020013794)	RANBP3 (ENSACCG00020013758) #32	NDUFA11 (ENSACCG00020013705) #29	ENSACCG00020013683	ENSACCG00020013668	ENSACCG00020013656	MARCHF2 (ENSACCG00020013627)	ENSACCG00020013612	ANGPTL4 (ENSACCG00020013595)	KANK3 (ENSACCG00020013573)	ENSACCG00020013557	NDUFA7 (ENSACCG00020013539)	ENSACCG00020013504
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00530000066804	ENSGT00910000144227.s.a	ENSGT00390000006553	ENSGT00940000161178	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000158668.c.i.a.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000155273.lb.a	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000164143.a	ENSGT00940000163073.e
Great tit	MODERN SPECIES	21	ENSPMJG00000004478	NDUFA7 (ENSPMJG00000004474)	KANK3 (ENSPMJG00000004465)	ANGPTL4 (ENSPMJG00000004451)	ENSPMJG00000004446	MARCHF2 (ENSPMJG00000004429)	ENSPMJG00000004426	ENSPMJG00000004414	ENSPMJG00000004413	ENSPMJG00000004411	ENSPMJG00000004407	SPPL2B (ENSPMJG00000004404)	TMPRSS9 (ENSPMJG00000004393)	TIMM13 (ENSPMJG00000004388)	LMNB2 (ENSPMJG00000004383)	RPL36 (ENSPMJG00000004382) ##22	LONP1 (ENSPMJG00000004375) #23	SLC1A6 (ENSPMJG00000004370)	RANBP3 (ENSPMJG00000004358) #32	NDUFA11 (ENSPMJG00000004349) #29	ENSPMJG00000004348	ENSPMJG00000004346
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000164521	ENSGT00530000066804	ENSGT00390000006553	ENSGT00940000161178	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000158668.c.i.a.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000155273.lb.a	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000164143.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000154596.b.x.c.a.a
Flycatcher	MODERN SPECIES	20	ENSFALG00000011787	NDUFA7 (ENSFALG00000011794)	KANK3 (ENSFALG00000011816)	ENSFALG00000027521	ANGPTL4 (ENSFALG00000011805)	ENSFALG00000011828	MARCHF2 (ENSFALG00000011843)	ENSFALG00000025676	ENSFALG00000011870	ENSFALG00000011904	LSM7 (ENSFALG00000011912)	SPPL2B (ENSFALG00000011932)	TMPRSS9 (ENSFALG00000011951)	TIMM13 (ENSFALG00000011956)	LMNB2 (ENSFALG00000011960)	ENSFALG00000011964 ##22	ENSFALG00000011975 #23	ENSFALG00000011989	ENSFALG00000011992 #32	ENSFALG00000012010 #29	ENSFALG00000012002	ENSFALG00000012021	ENSFALG00000012025	ENSFALG00000028207	ENSFALG00000012037
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000164521	ENSGT00530000066804	ENSGT00390000006553	ENSGT00940000161178	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000158668.c.i.a.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000155273.lb.a	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000164143.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000154596.b.x.c.a.a
Medium ground finch	MODERN SPECIES	144	ENSGFOG00000012457	ENSGFOG00000012463	ENSGFOG00000012467	KANK3 (ENSGFOG00000012473)	ANGPTL4 (ENSGFOG00000012478)	ENSGFOG00000012483	MARCHF2 (ENSGFOG00000012488)	ENSGFOG00000012490	ENSGFOG00000012491	CERS4 (ENSGFOG00000012494)	ENSGFOG00000012495	ENSGFOG00000012497	SPPL2B (ENSGFOG00000012498)	TMPRSS9 (ENSGFOG00000012505)	LMNB2 (ENSGFOG00000012515)	RPL36 (ENSGFOG00000012523) ##22	LONP1 (ENSGFOG00000012543) #23	SLC1A6 (ENSGFOG00000012653)	RANBP3 (ENSGFOG00000012662) #32	NDUFA11 (ENSGFOG00000012672) #29	ENSGFOG00000012679	ENSGFOG00000012682
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00530000066804	ENSGT00390000006553	ENSGT00940000161178	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000158668.c.i.a.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00940000155273.lb.a	ENSGT00940000155273.lb.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000164143.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000154596.b.x.c.a.a
Zebra finch	MODERN SPECIES	21	ENSTGUG00000000100	ENSTGUG00000000098	NDUFA7 (ENSTGUG00000018969)	KANK3 (ENSTGUG00000000089)	ANGPTL4 (ENSTGUG00000000086)	ENSTGUG00000029625	MARCHF2 (ENSTGUG00000000080)	ENSTGUG00000000070	ENSTGUG00000000068	ENSTGUG00000025887	SPPL2B (ENSTGUG00000000063)	TMPRSS9 (ENSTGUG00000000057)	TIMM13 (ENSTGUG00000020964)	LMNB2 (ENSTGUG00000000051)	ENSTGUG00000022738	RPL36 (ENSTGUG00000000049) ##22	LONP1 (ENSTGUG00000000038) #23	SLC1A6 (ENSTGUG00000000032)	RANBP3 (ENSTGUG00000000023) #32	ENSTGUG00000024287	NDUFA11 (ENSTGUG00000026250) #29	ENSTGUG00000000020	ENSTGUG00000029667	ENSTGUG00000000015	ENSTGUG00000016263	ENSTGUG00000013726	ENSTGUG00000019695	ENSTGUG00000025572
Common canary	MODERN SPECIES	44	KANK3 (ENSSCAG00000000806)	ANGPTL4 (ENSSCAG00000000791)	ENSSCAG00000000780	MARCHF2 (ENSSCAG00000000774)	ENSSCAG00000000768	CERS4 (ENSSCAG00000000761)	ENSSCAG00000000751	ENSSCAG00000000746	LSM7 (ENSSCAG00000000739)	SPPL2B (ENSSCAG00000000726)	ENSSCAG00000000706	ENSSCAG00000000694	ENSSCAG00000000685	TIMM13 (ENSSCAG00000000680)	LMNB2 (ENSSCAG00000000663)	RPL36 (ENSSCAG00000000651) ##22	LONP1 (ENSSCAG00000000414) #23	SLC1A6 (ENSSCAG00000000322)	RANBP3 (ENSSCAG00000000274) #32	NDUFA11 (ENSSCAG00000000256) #29	ENSSCAG00000000245	ENSSCAG00000000237	ENSSCAG00000000220
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	20			ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT01040000240927	ENSGT01030000234515.a.b.b.d	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000159238.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000153527.c.b.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234669.A.e.a.a.a.a.a.a.a.c.a	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000161178	ENSGT00960000190059	ENSGT00910000144227.s.a	ENSGT00390000006553
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT01030000234539.a.a.a	ENSGT00940000154662	ENSGT00940000161753	ENSGT00940000159842	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT01030000234515.a.b.b.d	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000159238.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000153527.d.rb	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000161178	ENSGT00910000144227.s.a	ENSGT00390000006553	ENSGT00530000066804	ENSGT00940000164521
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	273										ENSABRG00000006111	LSM7 (ENSABRG00000006108)	SPPL2B (ENSABRG00000006093)	TMPRSS9 (ENSABRG00000006083)	TIMM13 (ENSABRG00000006070)	LMNB2 (ENSABRG00000006047)	RPL36 (ENSABRG00000006017) ##22	LONP1 (ENSABRG00000005996) #23	SLC1A6 (ENSABRG00000005963)	ENSABRG00000005945	RANBP3 (ENSABRG00000005938) #32	ENSABRG00000005934 #29	ENSABRG00000005933	ENSABRG00000005931	ENSABRG00000005926	ENSABRG00000005917	ENSABRG00000005914	ENSABRG00000005911	MARCHF2 (ENSABRG00000005907)	ENSABRG00000005901	ANGPTL4 (ENSABRG00000005894)	KANK3 (ENSABRG00000005888)
Duck	MODERN SPECIES	20	PIAS4 (ENSAPLG00000010840)	EEF2 (ENSAPLG00000010503)	ENSAPLG00000024763	HNRNPM (ENSAPLG00000010149)	TIMM44 (ENSAPLG00000009557)	CTXN1 (ENSAPLG00000001242)	FBN3 (ENSAPLG00000007523)	ENSAPLG00000012475	ENSAPLG00000022757	ENSAPLG00000029055	LSM7 (ENSAPLG00000020930)	SPPL2B (ENSAPLG00000011803)	TMPRSS9 (ENSAPLG00000011476)	TIMM13 (ENSAPLG00000016799)	LMNB2 (ENSAPLG00000011044)	RPL36 (ENSAPLG00000018797) ##22	LONP1 (ENSAPLG00000010693) #23	SLC1A6 (ENSAPLG00000010390)	RANBP3 (ENSAPLG00000010044) #32	NDUFA11 (ENSAPLG00000010040) #29	ENSAPLG00000009942	ENSAPLG00000024808	ENSAPLG00000025050	ENSAPLG00000009418	MARCHF2 (ENSAPLG00000010859)	ENSAPLG00000011046	RPS28 (ENSAPLG00000000915)	NDUFA7 (ENSAPLG00000011378)	ENSAPLG00000000921	ENSAPLG00000011387	ENSAPLG00000017048
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	19			ENSGT01040000240927	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154595	ENSGT01030000234515.a.b.b.d	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000159238.a	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000153527.c.b.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234669.A.e.a.a.a.a.a.a.a.c.a	ENSGT00940000158668.c.i.a.b	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000161178	ENSGT00960000190059	ENSGT00910000144227.s.a
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	20			ENSGT01040000240927	ENSGT01030000234515.a.b.b.c	ENSGT00950000183158.B.b	ENSGT00940000154412.C	ENSGT00390000000051	ENSGT00940000154595	ENSGT01030000234515.a.b.b.d	ENSGT00940000163715.b	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000163073.e	ENSGT00940000159238.a	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000153527.c.b.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234669.A.e.a.a.a.a.a.a.a.c.a	ENSGT00940000158668.c.i.a.b	ENSGT00940000158995	ENSGT00940000163126	ENSGT00940000159478	ENSGT00940000161178	ENSGT00910000144227.s.a	ENSGT00530000066804
Chicken	MODERN SPECIES	20	ENSGALG00010028283	ENSGALG00010028297	ENSGALG00010028292	ENSGALG00010028747	FBN3 (ENSGALG00010028301)	ENSGALG00010028311	TIMM44 (ENSGALG00010028316)	HNRNPM (ENSGALG00010028328)	ENSGALG00010028333	ENSGALG00010028337	LSM7 (ENSGALG00010028344)	SPPL2C (ENSGALG00010028357)	TMPRSS9 (ENSGALG00010028362)	TIMM13 (ENSGALG00010028368)	LMNB2 (ENSGALG00010028375)	RPL36 (ENSGALG00010027609) ##22	LONP1 (ENSGALG00010027614) #23	SLC1A6 (ENSGALG00010027636)	RANBP3 (ENSGALG00010027668) #32	ENSGALG00010027708	ENSGALG00010027710	ENSGALG00010027713 #29	ENSGALG00010027718	BTN1A1 (ENSGALG00010027725)	ENSGALG00010027738	MARCHF2 (ENSGALG00010027740)	RAB11B (ENSGALG00010027741)	ANGPTL4 (ENSGALG00010027751)	KANK3 (ENSGALG00010028457)	RPS28 (ENSGALG00010028463)	CD320 (ENSGALG00010028482)
Turkey	MODERN SPECIES	939																ENSMGAG00000000811 ##22	ENSMGAG00000000815 #23
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	127						ENSGT00940000163715.b	ENSGT00960000188000	ENSGT00510000047872	ENSGT00950000186377	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00940000155418.a.a	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.a.b ##22	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000176016
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000165051	ENSGT00940000161635	ENSGT00940000159560	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000162399	ENSGT00390000010450	ENSGT00940000157050	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157166	ENSGT00390000012431	ENSGT00940000159994	ENSGT00390000000427	ENSGT00940000157375	ENSGT00940000155404	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000006876	ENSGT00940000156845	ENSGT00940000160620.db	ENSGT00940000158959.b	ENSGT00940000164492	ENSGT00940000162806	ENSGT00610000086173	ENSGT00390000015368.a.a	ENSGT00940000161872
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000165051	ENSGT00940000161635	ENSGT00940000159560	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000162399	ENSGT00390000010450	ENSGT00940000157050	ENSGT00940000174538	ENSGT00940000157166	ENSGT00390000012431	ENSGT00940000159994	ENSGT00390000000427	ENSGT00940000157375	ENSGT00940000155404	ENSGT00390000014361.a	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000006876	ENSGT00940000156845	ENSGT00940000160620.db	ENSGT00940000158959.b	ENSGT00940000164492	ENSGT00940000162806	ENSGT00610000086173	ENSGT00390000015368.a.a
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	174	ENSSMRG00000006120	NWD1 (ENSSMRG00000006115)	SIN3B (ENSSMRG00000006110)	F2RL3 (ENSSMRG00000006109)	CPAMD8 (ENSSMRG00000006096)	IFI30 (ENSSMRG00000006090)	PIK3R2 (ENSSMRG00000006071)	MAST3 (ENSSMRG00000005660)	ENSSMRG00000005652	ARRDC2 (ENSSMRG00000005647)	PEX11G (ENSSMRG00000005646)	ARHGEF18 (ENSSMRG00000005643)	ENSSMRG00000005628	INSR (ENSSMRG00000005612)	USE1 (ENSSMRG00000005600)	RPL36 (ENSSMRG00000005597) ##22	LONP1 (ENSSMRG00000005592) #23	SLC1A6 (ENSSMRG00000005591)	NDUFA11 (ENSSMRG00000005577) #29	VMAC (ENSSMRG00000005575) #30	CAPS (ENSSMRG00000005574) #31	RANBP3 (ENSSMRG00000005571) #32	ZNF414 (ENSSMRG00000005568)	MYO9B (ENSSMRG00000005517)
Common wall lizard	MODERN SPECIES	419	MARS2 (ENSPMRG00000020829)	AIFM1 (ENSPMRG00000020802)	BCORL1 (ENSPMRG00000020787)	ENSPMRG00000020780	ZDHHC9 (ENSPMRG00000020771)	SASH3 (ENSPMRG00000020767)	XPNPEP2 (ENSPMRG00000020756)	ENSPMRG00000020742	OCRL (ENSPMRG00000020654)	MID2 (ENSPMRG00000020630)	ENSPMRG00000020624	NHSL2 (ENSPMRG00000020600)	ENSPMRG00000020591	CLIC2 (ENSPMRG00000020575)	FAAH2 (ENSPMRG00000020556)	ENSPMRG00000020551 ##22	ENSPMRG00000020547	ENSPMRG00000020541	ENSPMRG00000020539	CMC4 (ENSPMRG00000020533)	FUNDC2 (ENSPMRG00000020529)	F8 (ENSPMRG00000020515)	MPP1 (ENSPMRG00000020507)	DKC1 (ENSPMRG00000020483)	ENSPMRG00000020475	ENSPMRG00000020472	ENSPMRG00000020461	ENSPMRG00000020449	ENSPMRG00000020442	ENSPMRG00000020440	ENSPMRG00000020435
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00390000000259	ENSGT00390000014626	ENSGT00390000018845.f	ENSGT00940000161635	ENSGT00940000159560	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000162399	ENSGT00390000010450	ENSGT00940000157050	ENSGT00940000157166	ENSGT00940000159994	ENSGT00390000000427	ENSGT00940000157375	ENSGT00940000155404	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000000259	ENSGT00390000014626	ENSGT00390000018845.f	ENSGT00940000161635	ENSGT00940000159560	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000162399	ENSGT00390000010450	ENSGT00940000157050	ENSGT00940000157166	ENSGT00940000159994	ENSGT00390000000427	ENSGT00940000157375	ENSGT00940000155404.c	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000006876	ENSGT00940000156845	ENSGT00390000010974	ENSGT00940000160620.db	ENSGT00940000158959.b	ENSGT00940000164492	ENSGT00940000162806	ENSGT00610000086173	ENSGT00390000015368.a.a	ENSGT00940000161872
Indian cobra	MODERN SPECIES		SMIM7 (ENSNNAG00000005990)	TMEM38A (ENSNNAG00000006014)	NWD1 (ENSNNAG00000006059)	SIN3B (ENSNNAG00000006265)	F2RL3 (ENSNNAG00000006751)	CPAMD8 (ENSNNAG00000006789)	IFI30 (ENSNNAG00000006921)	PIK3R2 (ENSNNAG00000006970)	MAST3 (ENSNNAG00000007037)	ENSNNAG00000007061	ARRDC2 (ENSNNAG00000007086)	PEX11G (ENSNNAG00000007119)	ARHGEF18 (ENSNNAG00000007143)	INSR (ENSNNAG00000007213)	USE1 (ENSNNAG00000007291)	RPL36 (ENSNNAG00000007310) ##22	LONP1 (ENSNNAG00000007326) #23	SLC1A6 (ENSNNAG00000007361)	NDUFA11 (ENSNNAG00000007399) #29	ENSNNAG00000007413 #30	ENSNNAG00000007423	RANBP3 (ENSNNAG00000007438) #32	ENSNNAG00000007478	MYO9B (ENSNNAG00000007558)	HAUS8 (ENSNNAG00000008202)	MPV17L2 (ENSNNAG00000008251)	RAB3A (ENSNNAG00000008279)	ENSNNAG00000008306	ENSNNAG00000008349	JUND (ENSNNAG00000008368)	LSM4 (ENSNNAG00000008406)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000014626	ENSGT00390000018845.f	ENSGT00940000161635	ENSGT00940000159560	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000162399	ENSGT00390000010450	ENSGT00940000164804	ENSGT00940000157050	ENSGT00940000157166	ENSGT00940000159994	ENSGT00390000000427	ENSGT00940000157375	ENSGT00940000155404.c	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000006876	ENSGT00940000156845	ENSGT00390000010974	ENSGT00940000160620.db	ENSGT00940000158959.b	ENSGT00940000162806	ENSGT00610000086173	ENSGT00390000015368.a.a	ENSGT00940000161872	ENSGT00950000185433
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	2937														ENSLLTG00000017328	USE1 (ENSLLTG00000017324)	RPL36 (ENSLLTG00000017320) ##22	ENSLLTG00000017315	LONP1 (ENSLLTG00000017310) #23	SLC1A6 (ENSLLTG00000017306)	ENSLLTG00000017303
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000014626	ENSGT00390000018845.f	ENSGT00940000161635	ENSGT00940000159560	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000162399	ENSGT00390000010450	ENSGT00940000164804	ENSGT00940000157050	ENSGT00940000157166	ENSGT00940000159994	ENSGT00390000000427	ENSGT00940000157375	ENSGT00940000155404.c	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000006876	ENSGT00940000156845	ENSGT00940000160620.db	ENSGT00940000158959.b	ENSGT00940000162806	ENSGT00610000086173	ENSGT00390000015368.a.a	ENSGT00940000161872	ENSGT00950000185433	ENSGT00950000183049.C
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	10	MED26 (ENSPTXG00000002002)	SMIM7 (ENSPTXG00000002005)	TMEM38A (ENSPTXG00000002007)	NWD1 (ENSPTXG00000002008)	SIN3B (ENSPTXG00000002012)	F2RL3 (ENSPTXG00000002015)	CPAMD8 (ENSPTXG00000002017)	ENSPTXG00000002023	PIK3R2 (ENSPTXG00000002028)	ARRDC2 (ENSPTXG00000002066)	ENSPTXG00000002069	PEX11G (ENSPTXG00000002070)	ARHGEF18 (ENSPTXG00000002072)	INSR (ENSPTXG00000002076)	USE1 (ENSPTXG00000002078)	RPL36 (ENSPTXG00000002080) ##22	LONP1 (ENSPTXG00000002083) #23	SLC1A6 (ENSPTXG00000002096)	NDUFA11 (ENSPTXG00000002099) #29	VMAC (ENSPTXG00000002102) #30	ENSPTXG00000002105	RANBP3 (ENSPTXG00000002109) #32	ENSPTXG00000002113	MYO9B (ENSPTXG00000002118)	MPV17L2 (ENSPTXG00000002123)	RAB3A (ENSPTXG00000002125)	ENSPTXG00000002128	JUND (ENSPTXG00000002133)	LSM4 (ENSPTXG00000002136)	PGPEP1 (ENSPTXG00000002138)	ENSPTXG00000002142
Mainland tiger snake	DUPLICATION
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	45															ENSNSUG00000012414	ENSNSUG00000012412 ##22	ENSNSUG00000012411	ENSNSUG00000012410	ZMAT2 (ENSNSUG00000012409)	ENSNSUG00000012408	ENSNSUG00000012407	DND1 (ENSNSUG00000012406)	WDR55 (ENSNSUG00000012405)	ENSNSUG00000012404	IK (ENSNSUG00000012170)	NDUFA2 (ENSNSUG00000012168)	TMCO6 (ENSNSUG00000012103)	ENSNSUG00000012101	ENSNSUG00000012100	ENSNSUG00000012099	SRA1 (ENSNSUG00000012098)
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	35	MED26 (ENSNSUG00000016091)	SMIM7 (ENSNSUG00000016093)	TMEM38A (ENSNSUG00000016095)	NWD1 (ENSNSUG00000016098)	SIN3B (ENSNSUG00000016100)	F2RL3 (ENSNSUG00000016102)	ENSNSUG00000016103	IFI30 (ENSNSUG00000016104)	ENSNSUG00000016105	MAST3 (ENSNSUG00000016262)	ARRDC2 (ENSNSUG00000016264)	PEX11G (ENSNSUG00000016308)	ARHGEF18 (ENSNSUG00000016310)	INSR (ENSNSUG00000016317)	USE1 (ENSNSUG00000016320)	ENSNSUG00000016321 ##22	LONP1 (ENSNSUG00000016322) #23	ENSNSUG00000016475	NDUFA11 (ENSNSUG00000016829) #29	ENSNSUG00000016830 #30	ENSNSUG00000016831	RANBP3 (ENSNSUG00000016832) #32	ENSNSUG00000016847	ENSNSUG00000016848	MPV17L2 (ENSNSUG00000016849)	RAB3A (ENSNSUG00000016850)	ENSNSUG00000016851	JUND (ENSNSUG00000016852)	PGPEP1 (ENSNSUG00000016853)	ENSNSUG00000016854	ENSNSUG00000016855
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	127										ENSGT00510000047872	ENSGT00950000186377	ENSGT00940000158753	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32
Platypus	MODERN SPECIES	84	WDR18 (ENSOANG00000043553)	ENSOANG00000012252	ENSOANG00000042326	R3HDM4 (ENSOANG00000051251)	MED16 (ENSOANG00000009188)	PLPPR3 (ENSOANG00000009189)	PTBP1 (ENSOANG00000009191)	ENSOANG00000044559	ENSOANG00000048122	PALM (ENSOANG00000038350)	LSM7 (ENSOANG00000037727)	SPPL2B (ENSOANG00000045628)	TMPRSS9 (ENSOANG00000009199)	TIMM13 (ENSOANG00000049206)	LMNB2 (ENSOANG00000010017)	RPL36 (ENSOANG00000009202) ##22	LONP1 (ENSOANG00000009203) #23	ENSOANG00000038279 #24	ENSOANG00000044798	DUS3L (ENSOANG00000004386) #26	NRTN (ENSOANG00000004218)	ENSOANG00000005427	ENSOANG00000016065	CASP14 (ENSOANG00000039441)	ENSOANG00000048628	ENSOANG00000021562	ENSOANG00000020436	ENSOANG00000043970	ENSOANG00000038414	ENSOANG00000046625	ENSOANG00000036852
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	144											ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	176												ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	181												ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33
Hyrax	MODERN SPECIES	2146												SAFB2 (ENSPCAG00000006352) #18	SAFB (ENSPCAG00000006475) #19	MICOS13 (ENSPCAG00000006583) #20	HSD11B1L (ENSPCAG00000006602) #21	RPL36 (ENSPCAG00000006649) ##22	LONP1 (ENSPCAG00000006676) #23	ENSPCAG00000006772 #24
Tenrec	MODERN SPECIES	2635																RPL36 (ENSETEG00000012943) ##22	LONP1 (ENSETEG00000012945) #23
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	134	ENSODEG00000012166 #22	SLC11A2 (ENSODEG00000011252)	ENSODEG00000019844	ENSODEG00000011220	METTL7A (ENSODEG00000012146)	ENSODEG00000015022	ENSODEG00000011824	ENSODEG00000019859	ENSODEG00000010935	DIP2B (ENSODEG00000011416)	LARP4 (ENSODEG00000009770)	ENSODEG00000010866	ENSODEG00000019860	LIMA1 (ENSODEG00000010787)	ENSODEG00000019715	ENSODEG00000019772 ##22	CERS5 (ENSODEG00000010040)	GPD1 (ENSODEG00000011334)	ENSODEG00000010634	SMARCD1 (ENSODEG00000010234)	ASIC1 (ENSODEG00000009913)	RACGAP1 (ENSODEG00000010159)	AQP6 (ENSODEG00000009870)	AQP5 (ENSODEG00000011095)	AQP2 (ENSODEG00000010450)	ENSODEG00000012970	FAIM2 (ENSODEG00000009571)	ENSODEG00000011097	ENSODEG00000010974	ENSODEG00000019768	BCDIN3D (ENSODEG00000009705)
Degu	MODERN SPECIES	77	PBK (ENSODEG00000009607)	SCARA5 (ENSODEG00000007378)	NUGGC (ENSODEG00000007232)	ELP3 (ENSODEG00000008983)	PNOC (ENSODEG00000007324)	ZNF395 (ENSODEG00000007787)	FBXO16 (ENSODEG00000008057)	FZD3 (ENSODEG00000008946)	ENSODEG00000019437	ENSODEG00000008198	EXTL3 (ENSODEG00000008663)	INTS9 (ENSODEG00000007631)	ENSODEG00000019625	HMBOX1 (ENSODEG00000009907)	KIF13B (ENSODEG00000009358)	ENSODEG00000019405 ##22	MSRA (ENSODEG00000008050)	ENSODEG00000008517	ENSODEG00000009506	ENSODEG00000008660	C8orf74 (ENSODEG00000009848)	SOX7 (ENSODEG00000010215)	PINX1 (ENSODEG00000010312)	ENSODEG00000019655	XKR6 (ENSODEG00000009481)	ENSODEG00000008254	ENSODEG00000008368	ENSODEG00000008474	BLK (ENSODEG00000009101)	GATA4 (ENSODEG00000008414)	FDFT1 (ENSODEG00000007535)
Degu	MODERN SPECIES	112	SUSD5 (ENSODEG00000004909)	CRTAP (ENSODEG00000004936)	ENSODEG00000004950	GLB1 (ENSODEG00000004977)	CCR4 (ENSODEG00000019140)	TRIM71 (ENSODEG00000005007)	ENSODEG00000003781	ENSODEG00000003905	ENSODEG00000018979	ENSODEG00000018981	NET1 (ENSODEG00000003988)	CALML3 (ENSODEG00000019023)	ASB13 (ENSODEG00000004057)	TASOR2 (ENSODEG00000004077)	ENSODEG00000004116	ENSODEG00000019017 ##22	ANKRD16 (ENSODEG00000004164)	FBH1 (ENSODEG00000004201)	IL15RA (ENSODEG00000004284)	IL2RA (ENSODEG00000004354)	ENSODEG00000004393	PFKFB3 (ENSODEG00000004561)	PRKCQ (ENSODEG00000004870)	ENSODEG00000003921	ENSODEG00000003937	SFMBT2 (ENSODEG00000003966)	ITIH5 (ENSODEG00000004022)	ITIH2 (ENSODEG00000004111)	ENSODEG00000004255	ENSODEG00000004292	ENSODEG00000004331
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	121	ENSODEG00000019601	ENSODEG00000008928	PCSK7 (ENSODEG00000009251)	TAGLN (ENSODEG00000010754)	SIDT2 (ENSODEG00000008713)	ENSODEG00000009634	SIK3 (ENSODEG00000008742)	APOA1 (ENSODEG00000009009)	APOC3 (ENSODEG00000009621)	APOA4 (ENSODEG00000009495)	APOA5 (ENSODEG00000009824)	ENSODEG00000009762	BUD13 (ENSODEG00000009553)	ENSODEG00000019764	CADM1 (ENSODEG00000009219)	ENSODEG00000019777 ##22	ENSODEG00000008886	NXPE2 (ENSODEG00000009114)	NXPE4 (ENSODEG00000009082)	ENSODEG00000009750	ENSODEG00000010164	NNMT (ENSODEG00000009612)	ZBTB16 (ENSODEG00000012587)	HTR3A (ENSODEG00000012218)	HTR3B (ENSODEG00000011923)	USP28 (ENSODEG00000010686)	ENSODEG00000009062
Degu	MODERN SPECIES	48	ENSODEG00000014880	ENSODEG00000014925	DACT1 (ENSODEG00000014574)	ENSODEG00000015435	DAAM1 (ENSODEG00000014128)	L3HYPDH (ENSODEG00000015887)	JKAMP (ENSODEG00000014669)	ENSODEG00000014803	ENSODEG00000014970	ENSODEG00000020245	ENSODEG00000020257	ENSODEG00000015513	ENSODEG00000014407	KTN1 (ENSODEG00000015972)	ENSODEG00000020182	ENSODEG00000020193 ##22	TBPL2 (ENSODEG00000015283)	ATG14 (ENSODEG00000014397)	ENSODEG00000014741	ENSODEG00000014683	TTC9 (ENSODEG00000015092)	ENSODEG00000020259	MAP3K9 (ENSODEG00000015307)	PCNX1 (ENSODEG00000015239)	SIPA1L1 (ENSODEG00000014862)	RGS6 (ENSODEG00000017055)	DPF3 (ENSODEG00000015669)	ZFYVE1 (ENSODEG00000015740)	ENSODEG00000015250	ENSODEG00000016847	PSEN1 (ENSODEG00000016888)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00900000143785	ENSGT00940000157459	ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.a	ENSGT00390000016904	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.b	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.b	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.a.i	ENSGT00390000013207	ENSGT00390000000083.a	ENSGT00940000156005	ENSGT00940000156891	ENSGT00940000158751	ENSGT00730000111019	ENSGT00390000016097	ENSGT00390000009546.a	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00940000159153	ENSGT00940000157159	ENSGT00940000155944	ENSGT00940000153222.a.b.b.b.b.k.b	ENSGT00940000157417	ENSGT00940000158243	ENSGT00940000161472	ENSGT00390000017666	ENSGT00940000161067	ENSGT00940000161933.z	ENSGT00940000162712.e.a	ENSGT00830000128402	ENSGT00520000055955	ENSGT00940000162712.e.b	ENSGT00940000161933.y
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00900000143785	ENSGT00940000157459	ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.a	ENSGT00390000016904	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.b	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.b	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.a.i	ENSGT00390000013207	ENSGT00390000000083.a	ENSGT00940000156005	ENSGT00940000156891	ENSGT00940000158751	ENSGT00730000111019	ENSGT00390000016097	ENSGT00390000009546.a	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00940000159153	ENSGT00940000157159	ENSGT00940000155944	ENSGT00940000153222.a.b.b.b.b.k.b	ENSGT00940000157417	ENSGT00940000158243	ENSGT00940000161472	ENSGT00390000017666	ENSGT00940000161067	ENSGT00940000161933.z	ENSGT00940000162712.e.a	ENSGT00830000128402	ENSGT00520000055955	ENSGT00940000162712.e.b	ENSGT00940000161933.y
Pan	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00900000143785	ENSGT00940000157459	ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.a	ENSGT00390000016904	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.b	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.b	ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.a.i	ENSGT00390000000083.a	ENSGT00390000013207	ENSGT00940000156005	ENSGT00940000156891	ENSGT00940000158751	ENSGT00730000111019	ENSGT00390000016097	ENSGT00390000009546.a	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00940000159153	ENSGT00940000157159	ENSGT00940000155944	ENSGT00940000153222.a.b.b.b.b.k.b	ENSGT00940000157417	ENSGT00940000158243	ENSGT00940000161472	ENSGT00390000017666	ENSGT00940000161067	ENSGT00940000161933.z	ENSGT00940000162712.e.a	ENSGT00830000128402	ENSGT00520000055955	ENSGT00940000162712.e.b	ENSGT00940000161933.y
Chimpanzee	MODERN SPECIES	5	ZNF410 (ENSPTRG00000006525)	PTGR2 (ENSPTRG00000006524)	MIDEAS (ENSPTRG00000006523)	PNMA1 (ENSPTRG00000006521)	DNAL1 (ENSPTRG00000006520)	ACOT6 (ENSPTRG00000030702)	ACOT4 (ENSPTRG00000006518)	ACOT2 (ENSPTRG00000006516)	HEATR4 (ENSPTRG00000006515)	ENSPTRG00000051883	NUMB (ENSPTRG00000006513)	PAPLN (ENSPTRG00000006512)	PSEN1 (ENSPTRG00000006510)	RBM25 (ENSPTRG00000006509)	ZFYVE1 (ENSPTRG00000006508)	ENSPTRG00000043558 ##22	DCAF4 (ENSPTRG00000006507)	DPF3 (ENSPTRG00000030704)	RGS6 (ENSPTRG00000006504)	SIPA1L1 (ENSPTRG00000023075)	ENSPTRG00000040068	PCNX1 (ENSPTRG00000006500)	MAP3K9 (ENSPTRG00000006499)	TTC9 (ENSPTRG00000039204)	MED6 (ENSPTRG00000006496)	ADAM20 (ENSPTRG00000030707)	ENSPTRG00000051900	ENSPTRG00000048603	SYNJ2BP (ENSPTRG00000034394)	COX16 (ENSPTRG00000045564)	ADAM21 (ENSPTRG00000006493)
Gorilla	MODERN SPECIES	5	PTGR2 (ENSGGOG00000015300)	ENSGGOG00000040793	MIDEAS (ENSGGOG00000006163)	PNMA1 (ENSGGOG00000006159)	DNAL1 (ENSGGOG00000015989)	ACOT6 (ENSGGOG00000014111)	ACOT4 (ENSGGOG00000001567)	ACOT2 (ENSGGOG00000015023)	HEATR4 (ENSGGOG00000003658)	NUMB (ENSGGOG00000002141)	PAPLN (ENSGGOG00000002134)	PSEN1 (ENSGGOG00000002132)	RBM25 (ENSGGOG00000002415)	ZFYVE1 (ENSGGOG00000005166)	DCAF4 (ENSGGOG00000003815)	ENSGGOG00000022649 ##22	ENSGGOG00000009139	ENSGGOG00000007256	SIPA1L1 (ENSGGOG00000013648)	ENSGGOG00000038964	PCNX1 (ENSGGOG00000006196)	MAP3K9 (ENSGGOG00000010418)	TTC9 (ENSGGOG00000003504)	MED6 (ENSGGOG00000006341)	ADAM20 (ENSGGOG00000023185)	ENSGGOG00000024177	ADAM21 (ENSGGOG00000023328)	SYNJ2BP (ENSGGOG00000037626)	COX16 (ENSGGOG00000014492)	ENSGGOG00000022673	ENSGGOG00000042574
Gibbon	MODERN SPECIES	10	ENSNLEG00000032055	AKAP6 (ENSNLEG00000003187)	ENSNLEG00000003168	ENSNLEG00000028683	NUBPL (ENSNLEG00000003141)	DTD2 (ENSNLEG00000034317)	ENSNLEG00000027838	RIOX1 (ENSNLEG00000003130)	HEATR4 (ENSNLEG00000003060)	NUMB (ENSNLEG00000002944)	PAPLN (ENSNLEG00000002925)	PSEN1 (ENSNLEG00000002855)	RBM25 (ENSNLEG00000002701)	ZFYVE1 (ENSNLEG00000002632)	DCAF4 (ENSNLEG00000002449)	ENSNLEG00000028662 ##22	ENSNLEG00000035129	ENSNLEG00000035680	ENSNLEG00000002403	ENSNLEG00000002297	SIPA1L1 (ENSNLEG00000002117)	ENSNLEG00000036319	PCNX1 (ENSNLEG00000001896)	MAP3K9 (ENSNLEG00000001891)	TTC9 (ENSNLEG00000001880)	MED6 (ENSNLEG00000036318)	ADAM20 (ENSNLEG00000001815)	SYNJ2BP (ENSNLEG00000001800)	COX16 (ENSNLEG00000027338)	SLC8A3 (ENSNLEG00000001736)	SMOC1 (ENSNLEG00000027504)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1069														LRRC4C (ENSPSMG00000014107)	ENSPSMG00000014120	ENSPSMG00000014136 ##22
Bushbaby	MODERN SPECIES	283											ENSOGAG00000008190	KCTD3 (ENSOGAG00000014778)	USH2A (ENSOGAG00000014786)	ESRRG (ENSOGAG00000014802)	GPATCH2 (ENSOGAG00000004485)	ENSOGAG00000024461 ##22	RRP15 (ENSOGAG00000010180)	TGFB2 (ENSOGAG00000010182)	ENSOGAG00000028259
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	803																ENSAMEG00000026674 ##22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Opossum	MODERN SPECIES	2	XRCC4 (ENSMODG00000020253)	ENSMODG00000040896	ENSMODG00000037212	RPS23 (ENSMODG00000020255)	ENSMODG00000024865	ENSMODG00000044614	SSBP2 (ENSMODG00000020258)	ACOT12 (ENSMODG00000020260)	ZCCHC9 (ENSMODG00000020261)	CKMT2 (ENSMODG00000020259)	RASGRF2 (ENSMODG00000020263)	MSH3 (ENSMODG00000020264)	ENSMODG00000024860	ANKRD34B (ENSMODG00000024859)	ENSMODG00000020265	ENSMODG00000024858 ##22	ENSMODG00000027527	ENSMODG00000041626	ENSMODG00000020267	ENSMODG00000028526	MRPS30 (ENSMODG00000020268)	FGF10 (ENSMODG00000050618)	NNT (ENSMODG00000020275)	PAIP1 (ENSMODG00000020276)	C5orf34 (ENSMODG00000020277)	TMEM267 (ENSMODG00000025617)	ENSMODG00000045980	HMGCS1 (ENSMODG00000020279)	NIM1K (ENSMODG00000020280)	ZNF131 (ENSMODG00000020281)	ENSMODG00000041513
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000000777 #9	ENSGT00940000158174 #10	ENSGT00940000161210 #11	ENSGT00940000162411 #12	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a #13	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00940000153617.A.b #17	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222912	ENSGT00940000161482 #18	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00940000165061	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a.g #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A.o #34	ENSGT00940000155332.A.p #34	ENSGT00940000158800 #35
Tasmanian devil	MODERN SPECIES		ENSSHAG00000029260	SEMA6B (ENSSHAG00000004700) #8	TNFAIP8L1 (ENSSHAG00000028418)	MYDGF (ENSSHAG00000026748) #9	DPP9 (ENSSHAG00000006555) #10	FEM1A (ENSSHAG00000020602) #11	ENSSHAG00000030761 #12	PLIN3 (ENSSHAG00000029486) #13	ENSSHAG00000000293 #15	KDM4B (ENSSHAG00000027527) #16	PTPRS (ENSSHAG00000008059) #17	ENSSHAG00000028648	SAFB2 (ENSSHAG00000012703) #18	ENSSHAG00000012954 #19	ENSSHAG00000013187	RPL36 (ENSSHAG00000013492) ##22	ENSSHAG00000013497 #23	ENSSHAG00000013790 #24	ENSSHAG00000022434 #25	DUS3L (ENSSHAG00000014156) #26	NRTN (ENSSHAG00000028408)	ENSSHAG00000021266	CAPS (ENSSHAG00000021620) #31	RANBP3 (ENSSHAG00000027846) #32	RFX2 (ENSSHAG00000005810) #33	ENSSHAG00000008517 #34	ENSSHAG00000008859 #34	MLLT1 (ENSSHAG00000009440) #35	CLPP (ENSSHAG00000010777) #37	ALKBH7 (ENSSHAG00000026703)	ENSSHAG00000029162
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Wallaby	DUPLICATION
Wallaby	MODERN SPECIES	9696															GMFB (ENSMEUG00000004552)	ENSMEUG00000004568 ##22
Wallaby	MODERN SPECIES	10696																ENSMEUG00000011606 ##22
Wallaby	MODERN SPECIES	14967															ENSMEUG00000002740	ENSMEUG00000002743 ##22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
koala	DUPLICATION
koala	MODERN SPECIES	4	ENSPCIG00000034490	ENSPCIG00000031998	ENSPCIG00000032472	ENSPCIG00000034427	ENSPCIG00000037192	ENSPCIG00000031302	HJV (ENSPCIG00000031042)	TXNIP (ENSPCIG00000011922)	POLR3GL (ENSPCIG00000011925)	ANKRD34A (ENSPCIG00000011927)	LIX1L (ENSPCIG00000011929)	RBM8A (ENSPCIG00000011931)	ENSPCIG00000011932	PEX11B (ENSPCIG00000011934)	ITGA10 (ENSPCIG00000011936)	ENSPCIG00000030836 ##22	ANKRD35 (ENSPCIG00000011942)	PIAS3 (ENSPCIG00000011947)	NUDT17 (ENSPCIG00000011950)	POLR3C (ENSPCIG00000011954)	RNF115 (ENSPCIG00000011957)	ENSPCIG00000011960	PDZK1 (ENSPCIG00000027178)	ENSPCIG00000027174	GJA8 (ENSPCIG00000027167)	GJA5 (ENSPCIG00000027164)	ACP6 (ENSPCIG00000006969)	BCL9 (ENSPCIG00000015994)	ENSPCIG00000001575	ENSPCIG00000026096	ENSPCIG00000030411
koala	MODERN SPECIES	195	SASH3 (ENSPCIG00000015364)	ZDHHC9 (ENSPCIG00000015357)	ENSPCIG00000015344	BCORL1 (ENSPCIG00000015333)	ENSPCIG00000015328	AIFM1 (ENSPCIG00000015319)	RAB33A (ENSPCIG00000015312)	SLC25A14 (ENSPCIG00000015306)	GPR119 (ENSPCIG00000015302)	ENSPCIG00000031559	ENSPCIG00000015296	ENSPCIG00000015274	ENOX2 (ENSPCIG00000015259)	ENSPCIG00000015269	ENSPCIG00000015252	ENSPCIG00000033458 ##22	ENSPCIG00000015247	STK26 (ENSPCIG00000014584)	FRMD7 (ENSPCIG00000014559)	RAP2C (ENSPCIG00000014556)	MBNL3 (ENSPCIG00000014292)	ENSPCIG00000013170	ENSPCIG00000013169	GPC4 (ENSPCIG00000013165)	GPC3 (ENSPCIG00000013020)	ENSPCIG00000013011	ENSPCIG00000034231	ENSPCIG00000009579	PHF6 (ENSPCIG00000023740)	ENSPCIG00000023735	PABIR2 (ENSPCIG00000033825)
Common wonbat	MODERN SPECIES	580	TNFAIP8L1 (ENSVURG00010024613)	MYDGF (ENSVURG00010024610) #9	DPP9 (ENSVURG00010024605) #10	FEM1A (ENSVURG00010024599) #11	ENSVURG00010024597 #12	PLIN3 (ENSVURG00010024595) #13	UHRF1 (ENSVURG00010024591) #15	KDM4B (ENSVURG00010024585) #16	PTPRS (ENSVURG00010024567) #17	ENSVURG00010024555	ENSVURG00010024552	SAFB2 (ENSVURG00010024546) #18	SAFB (ENSVURG00010024530) #19	ENSVURG00010024525	ENSVURG00010024523 #20	RPL36 (ENSVURG00010024521) ##22	LONP1 (ENSVURG00010024506) #23	ENSVURG00010024487 #25	DUS3L (ENSVURG00010024481) #26	NRTN (ENSVURG00010024477)	ENSVURG00010024474	ENSVURG00010024473 #29	VMAC (ENSVURG00010024470) #30	CAPS (ENSVURG00010024467) #31	RANBP3 (ENSVURG00010024451) #32	RFX2 (ENSVURG00010024439) #33	ENSVURG00010024437	ENSVURG00010024432 #34	ENSVURG00010024418 #34	MLLT1 (ENSVURG00010024407) #35	ACER1 (ENSVURG00010024402) #36
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000012482	ENSGT00950000182904.a.b.b	ENSGT00940000166235	ENSGT00940000165052	ENSGT00940000160748	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00390000016934	ENSGT00510000049316	ENSGT00390000007336	ENSGT00390000012240	ENSGT00390000007029	ENSGT00940000157019	ENSGT00390000016851	ENSGT00390000006166	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000166580	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a	ENSGT00940000159972	ENSGT00940000165063	ENSGT00390000005847
Reedfish	MODERN SPECIES	3	ccdc124 (ENSECRG00000016460)	kcnn1b (ENSECRG00000016430)	ENSECRG00000016388	ENSECRG00000016366	ENSECRG00000016328	nr2f6a (ENSECRG00000016301)	babam1 (ENSECRG00000016278)	ENSECRG00000016252	ABHD8 (ENSECRG00000016229)	MRPL34 (ENSECRG00000016214)	dda1 (ENSECRG00000016176)	ANO8 (ENSECRG00000016147)	gtpbp3 (ENSECRG00000016114)	plvapb (ENSECRG00000016095)	lmnb2 (ENSECRG00000016065)	rpl36 (ENSECRG00000016039) ##22	LONP1 (ENSECRG00000015907) #23	ENSECRG00000015854	VMAC (ENSECRG00000015842) #30	ENSECRG00000015822 #29	ENSECRG00000015799	NRTN (ENSECRG00000015781)	capsla (ENSECRG00000015758)	ranbp3b (ENSECRG00000015711) #32	ENSECRG00000015555	ENSECRG00000015465	ENSECRG00000015447	ENSECRG00000015404	ENSECRG00000015380	slc1a6 (ENSECRG00000015164)	admp (ENSECRG00000014998)
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Spotted gar	MODERN SPECIES	657	ccdc124 (ENSLOCG00000002810)	kcnn1b (ENSLOCG00000002827)	ENSLOCG00000002847	ENSLOCG00000002860	nr2f6a (ENSLOCG00000002897)	ENSLOCG00000002908	babam1 (ENSLOCG00000002941)	zgc:85936 (ENSLOCG00000002965)	ABHD8 (ENSLOCG00000002983)	mrpl34 (ENSLOCG00000002997)	dda1 (ENSLOCG00000003013)	ANO8 (ENSLOCG00000003024)	gtpbp3 (ENSLOCG00000003052)	plvapa (ENSLOCG00000003074)	lmnb2 (ENSLOCG00000003086)	rpl36 (ENSLOCG00000003106) ##22	LONP1 (ENSLOCG00000003119) #23	ENSLOCG00000003145 #24	VMAC (ENSLOCG00000003155) #30	ndufa11 (ENSLOCG00000003164) #29	NRTN (ENSLOCG00000003179)	capsla (ENSLOCG00000003203)	ranbp3b (ENSLOCG00000003225) #32	slc1a6 (ENSLOCG00000003270)	ENSLOCG00000003295	admp (ENSLOCG00000003305)	pnhd (ENSLOCG00000003323)	ccl44 (ENSLOCG00000003335)	pole4 (ENSLOCG00000003351)	ENSLOCG00000003359	ccl25b (ENSLOCG00000003372)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000012482	ENSGT00950000182904.a.b.b.b	ENSGT00940000165052	ENSGT00940000160748.a	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00390000016934	ENSGT00390000006166.b	ENSGT00390000016851	ENSGT00940000157019	ENSGT00390000007029	ENSGT00390000012240	ENSGT00390000007336.a.b	ENSGT00390000007336.a.a	ENSGT00510000049316	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000165636	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a.i	ENSGT00950000182993.A.a.j	ENSGT00940000156466	ENSGT00510000048500	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00900000141362.a.a	ENSGT00940000165287.b	ENSGT00940000165287.a.a
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000166579	ENSGT00940000159489	ENSGT00390000012482	ENSGT00950000182904.a.b.b.b	ENSGT00940000165052	ENSGT00940000160748.a	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00390000016934	ENSGT00390000006166.b	ENSGT00390000016851	ENSGT00940000157019.g.a	ENSGT00390000007029.e.a	ENSGT00390000007336.a.a	ENSGT00510000049316	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000165636	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a.i	ENSGT00940000169448	ENSGT00390000005338	ENSGT00900000141362.a.b	ENSGT00940000165287.a.b	ENSGT00940000160888	ENSGT01030000235192	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000002877
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	111	ENSGT00940000180812	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00390000015458	ENSGT00940000174919	ENSGT00940000158517	ENSGT00390000000303	ENSGT00940000155866	ENSGT01030000234590.A.b.a.a	ENSGT00940000165445	ENSGT01030000234590.A.b.b	ENSGT00510000046760.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000165636	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a.i	ENSGT00940000169448	ENSGT00390000005338	ENSGT00900000141362.a.b	ENSGT00940000165287.a.b	ENSGT00940000160888	ENSGT01030000235192	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000002877	ENSGT00390000013811	ENSGT00390000001201
Protacanthopterygii	DUPLICATION
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00440000033720.b	ENSGT00950000182930.D	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00390000015458	ENSGT00940000174919	ENSGT00940000155866	ENSGT01030000234590.A.b.a.a	ENSGT00940000165445	ENSGT01030000234590.A.b.b	ENSGT00510000046760.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b.o ##22	ENSGT00390000011943.b.n ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00950000182983.B.a.a	ENSGT00940000157375.c	ENSGT00940000155404.i.a.c.a	ENSGT00940000155404.i.a.c.b	ENSGT00390000014361
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000001143	ENSGT00390000003197	ENSGT00940000156309.A.l.c	ENSGT00440000033720.b	ENSGT00950000182930.D	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00390000015458.f	ENSGT00940000155866	ENSGT01030000234590.A.b.a.a.d	ENSGT01030000234590.A.b.b.b	ENSGT00510000046760.b.f	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b.n ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00950000182983.B.a.a	ENSGT00940000157375.c.i	ENSGT00940000155404.i.a.c.b	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000012166.l	ENSGT00390000012166.k	ENSGT00940000157757.g.a	ENSGT00940000159221.l	ENSGT00940000166019.n	ENSGT00940000166054	ENSGT00940000161063	ENSGT00940000160168.b.a.b	ENSGT00940000164633.j	ENSGT00940000160168.b.b
Huchen	MODERN SPECIES	1315													ENSHHUG00000000603	tm4sf4 (ENSHHUG00000000611)	wwtr1 (ENSHHUG00000000614)	rpl36 (ENSHHUG00000000624) ##22	ENSHHUG00000000660 #23	ENSHHUG00000000671	insra (ENSHHUG00000000739)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000001143	ENSGT00390000003197	ENSGT00940000156309.A.l.c	ENSGT00440000033720.b	ENSGT00950000182930.D	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00390000015458.f	ENSGT00940000155866	ENSGT01030000234590.A.b.a.a.d	ENSGT01030000234590.A.b.b.b	ENSGT00510000046760.b.f	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b.n ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00950000182983.B.a.a	ENSGT00940000157375.c.i	ENSGT00940000155404.i.a.c.b	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000012166.l	ENSGT00390000012166.k	ENSGT00940000157757.g.a	ENSGT00940000159221.l	ENSGT00940000166019.n	ENSGT00940000166054	ENSGT00940000161063	ENSGT00940000160168.b.a.b	ENSGT00940000164633.j	ENSGT00940000164633.i.b
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000001143	ENSGT00390000003197	ENSGT00940000156309.A.l.c	ENSGT00440000033720.b	ENSGT00950000182930.D	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00390000015458.f	ENSGT00940000155866	ENSGT01030000234590.A.b.a.a.d	ENSGT01030000234590.A.b.b.b	ENSGT00510000046760.b.f	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b.n ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00950000182983.B.a.a	ENSGT00940000157375.c.i	ENSGT00940000155404.i.a.c.b	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000012166.l	ENSGT00390000012166.k	ENSGT00940000157757.g.a	ENSGT00940000159221.l	ENSGT00940000166019.n	ENSGT00940000166054	ENSGT00940000161063	ENSGT00940000160168.b.a.b	ENSGT00940000164633.j	ENSGT00940000164633.i.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00390000001143.n	ENSGT00390000003197	ENSGT00940000156309.A.l.c	ENSGT00440000033720.b	ENSGT00950000182930.D	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00390000015458.f	ENSGT00940000155866	ENSGT01030000234590.A.b.a.a.d	ENSGT01030000234590.A.b.b.b	ENSGT00510000046760.b.f	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b.n ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00950000182983.B.a.a	ENSGT00940000157375.c.i	ENSGT00940000155404.i.a.c.b	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000012166.l	ENSGT00390000012166.k	ENSGT00940000157757.g.a	ENSGT00940000159221.l	ENSGT00940000166019.n	ENSGT00940000160168.b.a.b	ENSGT00940000164633.j	ENSGT00940000164633.i.b	ENSGT00390000002738.b	ENSGT00390000004791
Chinook salmon	MODERN SPECIES	29	pde6d (ENSOTSG00005027727)	phb2b (ENSOTSG00005027761)	MELTF (ENSOTSG00005028878)	ENSOTSG00005028885	ncbp2 (ENSOTSG00005028887)	senp5 (ENSOTSG00005028894)	ENSOTSG00005028964	ENSOTSG00005028965	si:ch211-284e20.8 (ENSOTSG00005028966)	hps3 (ENSOTSG00005028967)	ENSOTSG00005028968	cp (ENSOTSG00005028973)	ENSOTSG00005028996	tm4sf4 (ENSOTSG00005029002)	wwtr1 (ENSOTSG00005029006)	ENSOTSG00005029011 ##22	commd2 (ENSOTSG00005029014)	lmnb2 (ENSOTSG00005029017)	LONP1 (ENSOTSG00005029033) #23	enc3 (ENSOTSG00005029366)	tp53i11b (ENSOTSG00005029369)	ENSOTSG00005029374	EIF3J (ENSOTSG00005019298)	ENSOTSG00005019299	sqor (ENSOTSG00005019300)	INSR (ENSOTSG00005020317)	ENSOTSG00005020320	use1 (ENSOTSG00005020324)	ENSOTSG00005020327	ENSOTSG00005020331	ENSOTSG00005020332
Coho salmon	MODERN SPECIES	4	senp5 (ENSOKIG00005039243)	ENSOKIG00005039215	anos1b (ENSOKIG00005039166)	si:ch211-262h13.5 (ENSOKIG00005039122)	ENSOKIG00005039109	ENSOKIG00005039099	ENSOKIG00005039045	hps3 (ENSOKIG00005038962)	cp (ENSOKIG00005038608)	ENSOKIG00005038562	ENSOKIG00005038543	tm4sf4 (ENSOKIG00005038530)	wwtr1 (ENSOKIG00005038485)	commd2 (ENSOKIG00005038425)	lmnb2 (ENSOKIG00005038070)	ENSOKIG00005038015 ##22	LONP1 (ENSOKIG00005037704) #23	enc3 (ENSOKIG00005037630)	ENSOKIG00005037457	ENSOKIG00005037402	INSR (ENSOKIG00005036242)	use1 (ENSOKIG00005036114)	ENSOKIG00005036096	ENSOKIG00005036062	olfml2ba (ENSOKIG00005036037)	atf6 (ENSOKIG00005035975)	ENSOKIG00005035463	ENSOKIG00005035335	ENSOKIG00005035289	sele (ENSOKIG00005035041)	si:dkey-51e6.1 (ENSOKIG00005034982)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	26	senp5 (ENSOMYG00000011102)	anos1b (ENSOMYG00000011128)	si:ch211-262h13.5 (ENSOMYG00000055495)	ENSOMYG00000066260	ENSOMYG00000011152	ENSOMYG00000011170	ENSOMYG00000077717	ENSOMYG00000065859	hps3 (ENSOMYG00000011182)	cp (ENSOMYG00000011255)	ENSOMYG00000022436	tm4sf4 (ENSOMYG00000011397)	wwtr1 (ENSOMYG00000011398)	commd2 (ENSOMYG00000011402)	ENSOMYG00000011427	ENSOMYG00000011481 ##22	ENSOMYG00000011553 #23	enc3 (ENSOMYG00000011819)	ENSOMYG00000011837	ENSOMYG00000072815	ENSOMYG00000012063	use1 (ENSOMYG00000012718)	ENSOMYG00000012737	ENSOMYG00000012741	olfml2ba (ENSOMYG00000012744)	atf6 (ENSOMYG00000012753)	ENSOMYG00000066735	ENSOMYG00000058857	ENSOMYG00000063523	ENSOMYG00000075114	lmx1a (ENSOMYG00000012782)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00390000007029.e.a.b	ENSGT00940000157019.g.a.h	ENSGT00390000000263.b	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b.f	ENSGT01080000258647	ENSGT00940000164867.b.a.b	ENSGT01070000254044	ENSGT00940000156309.A.l.d	ENSGT00390000015458.e	ENSGT00940000174919	ENSGT01030000234590.A.b.a.a.c	ENSGT00940000165445	ENSGT01030000234590.A.b.b.a	ENSGT00510000046760.b.e	ENSGT00990000210423	ENSGT00390000011943.b.n ##22	ENSGT00940000157375.c.j	ENSGT00730000111078.c	ENSGT00940000158252	ENSGT00530000064273.a.b.q	ENSGT00940000155404.i.a.c.a	ENSGT01100000263614.h	ENSGT00940000164903.a.f.b	ENSGT00940000159991.A.a.r.a	ENSGT00940000158525.u.f	ENSGT00940000165613.c.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.a.a.a.a	ENSGT00390000008969.c	ENSGT00940000161103.a.b	ENSGT01100000263556.a.a.q.c.b.a.a.a	ENSGT00940000154308.A.a.a.a.e.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	15	LHX9 (ENSSSAG00000077539)	DENND1B (ENSSSAG00000076291)	ENSSSAG00000076289	ENSSSAG00000076064	pde6d (ENSSSAG00000076055)	PHB2 (ENSSSAG00000075693)	ENSSSAG00000075676	ENSSSAG00000082287	dlg1a (ENSSSAG00000075520)	ENSSSAG00000075502	ENSSSAG00000111881	ENSSSAG00000075476	ENSSSAG00000075456	ENSSSAG00000075446	ENSSSAG00000075433	RL36 (ENSSSAG00000075425) ##22	ENSSSAG00000075417	ENSSSAG00000075410	adgrl4 (ENSSSAG00000075371)	ENSSSAG00000054140	ENSSSAG00000053522	ENSSSAG00000052155	ENSSSAG00000099342	ENSSSAG00000008130	ENSSSAG00000076984	ENSSSAG00000075864	ENSSSAG00000113341	nlk1 (ENSSSAG00000003453)	ENSSSAG00000075483	MVP (ENSSSAG00000074980)	ENSSSAG00000074949
River trout	MODERN SPECIES	33	dda1 (ENSSTUG00000000812)	ANO8 (ENSSTUG00000000647)	pde6d (ENSSTUG00000000605)	phb2b (ENSSTUG00000000361)	ENSSTUG00000000330	dlg1a (ENSSTUG00000000251)	ENSSTUG00000000194	senp5 (ENSSTUG00000000177)	ENSSTUG00000000082	hps3 (ENSSTUG00000000077)	ENSSTUG00000000056	ENSSTUG00000051025	tm4sf4 (ENSSTUG00000051024)	wwtr1 (ENSSTUG00000051023)	ENSSTUG00000051022	rpl36 (ENSSTUG00000051021) ##22	ENSSTUG00000051020	zranb2 (ENSSTUG00000051019)	adgrl4 (ENSSTUG00000051018)	ENSSTUG00000051017	ENSSTUG00000039656	CLDN18 (ENSSTUG00000039100)	insra (ENSSTUG00000036381)	ENSSTUG00000036301	ENSSTUG00000036273	ENSSTUG00000036252	ENSSTUG00000036009	ENSSTUG00000035959	nlk1 (ENSSTUG00000035749)	TLCD3B (ENSSTUG00000035730)	mvp (ENSSTUG00000035104)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000156309.A.l	ENSGT00440000033720.b	ENSGT00950000182930.D	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00390000015458	ENSGT00940000174919	ENSGT00940000155866	ENSGT01030000234590.A.b.a.a	ENSGT00940000165445	ENSGT01030000234590.A.b.b	ENSGT00510000046760.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b.o ##22	ENSGT00390000011943.b.n ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00950000182983.B.a.a	ENSGT00940000157375.c	ENSGT00940000155404.i.a.c.a	ENSGT00940000155404.i.a.c.b	ENSGT00390000014361
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b.o ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b.o ##22
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000001143	ENSGT00390000003197	ENSGT00940000156309.A.l.c	ENSGT00440000033720.b	ENSGT00950000182930.D	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00390000015458.f	ENSGT00940000155866	ENSGT01030000234590.A.b.a.a.d	ENSGT01030000234590.A.b.b.b	ENSGT00510000046760.b.f	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b.o ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00950000182983.B.a.a	ENSGT00940000157375.c.i	ENSGT00940000155404.i.a.c.b	ENSGT00390000014361	ENSGT00390000012166.l	ENSGT00390000012166.k	ENSGT00940000157757.g.a	ENSGT00940000159221.l	ENSGT00940000166019.n	ENSGT00940000166054	ENSGT00940000161063	ENSGT00940000164633.j	ENSGT00940000164633.i.b	ENSGT00390000002738.b
River trout	MODERN SPECIES	14	ENSSTUG00000026281	ncbp2 (ENSSTUG00000026285)	senp5 (ENSSTUG00000026307)	anos1b (ENSSTUG00000026350)	si:ch211-262h13.5 (ENSSTUG00000026427)	ENSSTUG00000026444	ENSSTUG00000026470	si:ch211-284e20.8 (ENSSTUG00000026490)	hps3 (ENSSTUG00000026507)	cp (ENSSTUG00000026621)	ENSSTUG00000027797	tm4sf4 (ENSSTUG00000027802)	wwtr1 (ENSSTUG00000027815)	commd2 (ENSSTUG00000027825)	lmnb2 (ENSSTUG00000027842)	rpl36 (ENSSTUG00000028053) ##22	LONP1 (ENSSTUG00000028067) #23	enc3 (ENSSTUG00000028176)	ENSSTUG00000028204	ENSSTUG00000028345	INSR (ENSSTUG00000028389)	ENSSTUG00000029256	use1 (ENSSTUG00000029273)	ENSSTUG00000029292	ENSSTUG00000029302	olfml2ba (ENSSTUG00000029316)	atf6 (ENSSTUG00000029339)	ENSSTUG00000029410	lmx1a (ENSSTUG00000029418)	ENSSTUG00000029428	ENSSTUG00000029485
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	1	ncbp2 (ENSSSAG00000121185)	senp5 (ENSSSAG00000042418)	anos1b (ENSSSAG00000042456)	si:ch211-262h13.5 (ENSSSAG00000099416)	ENSSSAG00000114648	ENSSSAG00000042532	ENSSSAG00000042547	ENSSSAG00000104617	hps3 (ENSSSAG00000042584)	cp (ENSSSAG00000042701)	TM4SF18 (ENSSSAG00000043212)	tm4sf4 (ENSSSAG00000094666)	wwtr1 (ENSSSAG00000043255)	commd2 (ENSSSAG00000097066)	lmnb2 (ENSSSAG00000043402)	ENSSSAG00000046051 ##22	ENSSSAG00000046083 #23	ENSSSAG00000046620	ENSSSAG00000046652	ENSSSAG00000046893	ENSSSAG00000102025	ENSSSAG00000082801	ENSSSAG00000092891	olfml2ba (ENSSSAG00000045033)	atf6 (ENSSSAG00000045053)	ENSSSAG00000119016	lmx1a (ENSSSAG00000084664)	LYAM3 (ENSSSAG00000067009)	ENSSSAG00000067005	sele (ENSSSAG00000067000)	LYAM3 (ENSSSAG00000067014)
Huchen	MODERN SPECIES	1471								ENSHHUG00000050305	ENSHHUG00000050316	cp (ENSHHUG00000050322)	ENSHHUG00000050358	wwtr1 (ENSHHUG00000050359)	commd2 (ENSHHUG00000050361)	lmnb2 (ENSHHUG00000050363)	LONP1 (ENSHHUG00000050556) #23	rpl36 (ENSHHUG00000050617) ##22	enc3 (ENSHHUG00000050629)
Northern pike	MODERN SPECIES	7	ENSELUG00000020752	ENSELUG00000011658	lmx1a (ENSELUG00000011628)	ENSELUG00000011618	atf6 (ENSELUG00000011591)	olfml2ba (ENSELUG00000011552)	ENSELUG00000032885	ENSELUG00000011504	cp (ENSELUG00000011461)	TM4SF1 (ENSELUG00000011362)	ENSELUG00000028515	tm4sf4 (ENSELUG00000011347)	wwtr1 (ENSELUG00000011303)	commd2 (ENSELUG00000011253)	lmnb2 (ENSELUG00000011232)	rpl36 (ENSELUG00000029068) ##22	enc3 (ENSELUG00000030410)	LONP1 (ENSELUG00000011144) #23	ARHGEF18 (ENSELUG00000011053)	INSR (ENSELUG00000018619)	use1 (ENSELUG00000018674)	hps3 (ENSELUG00000018716)	si:ch211-284e20.8 (ENSELUG00000018765)	ENSELUG00000018784	ENSELUG00000018798	si:ch211-262h13.5 (ENSELUG00000018806)	ENSELUG00000025725	anos1b (ENSELUG00000018865)	senp5 (ENSELUG00000018895)	ncbp2 (ENSELUG00000018927)	ENSELUG00000018947
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	280													ENSGT00510000046760.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a.i	ENSGT00390000005338	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000157546
Cod	MODERN SPECIES	3	ENSGMOG00000027024	pak2b (ENSGMOG00000019155)	pigx (ENSGMOG00000019129)	cep19 (ENSGMOG00000019124)	ing5a (ENSGMOG00000019113)	plekhb2 (ENSGMOG00000019108)	ENSGMOG00000019097	ENSGMOG00000019002	ENSGMOG00000015255	ENSGMOG00000019091	ENSGMOG00000019082	ENSGMOG00000019014	ENSGMOG00000019009	ENSGMOG00000010861	lmnb2 (ENSGMOG00000010869)	ENSGMOG00000010881 ##22	ENSGMOG00000010884 #23	ENSGMOG00000034974	ENSGMOG00000028785 #30	ENSGMOG00000008600 #29	ENSGMOG00000031823	ENSGMOG00000008604	ENSGMOG00000025378	ENSGMOG00000033968	hyi (ENSGMOG00000008681)	ENSGMOG00000031362	ptprfa (ENSGMOG00000004387)	ENSGMOG00000008959	ENSGMOG00000032565	rad54l (ENSGMOG00000014568)	ENSGMOG00000023868
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT00390000005462	ENSGT00390000018402	ENSGT00550000074980	ENSGT00390000011620.a.a.a	ENSGT00940000156453.b	ENSGT00510000049120	ENSGT00940000156037.a.e	ENSGT00940000155981.h	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153229.A.a.b	ENSGT00940000158019	ENSGT00510000046760.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a.i	ENSGT00390000005338	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000165304
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	18	phb2b (ENSMMDG00005003907)	lrrc40 (ENSMMDG00005003868)	dohh (ENSMMDG00005003855)	LRRC24 (ENSMMDG00005003846)	ENSMMDG00005003791	TRAPPC8 (ENSMMDG00005003617)	pde6d (ENSMMDG00005003579)	slc5a9 (ENSMMDG00005003387)	zgc:171480 (ENSMMDG00005003378)	ENSMMDG00005003375	ttr (ENSMMDG00005003273)	b4galt6 (ENSMMDG00005003244)	wwtr1 (ENSMMDG00005003223)	commd2 (ENSMMDG00005003216)	lmnb2 (ENSMMDG00005003146)	rpl36 (ENSMMDG00005003091) ##22	LONP1 (ENSMMDG00005001776) #23	VMAC (ENSMMDG00005001688) #30	ndufa11 (ENSMMDG00005001685) #29	ENSMMDG00005001680	ENSMMDG00005001675	ctns (ENSMMDG00005001669)	axdnd1 (ENSMMDG00005001658)	nphs2 (ENSMMDG00005001653)	ENSMMDG00005001646	fam163ab (ENSMMDG00005001637)	tbpl2 (ENSMMDG00005001627)	RABGAP1L (ENSMMDG00005000397)	ENSMMDG00005000089	ENSMMDG00005013294	ENSMMDG00005013285
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	101	ENSGT00940000165304	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	193	b3galt2 (ENSHCOG00000008147)	ENSHCOG00000008144	ENSHCOG00000008138	lrrc40 (ENSHCOG00000008128)	phb2b (ENSHCOG00000008083)	pde6d (ENSHCOG00000008044)	LONP1 (ENSHCOG00000008007) #23	RSPH6A (ENSHCOG00000007942)	dohh (ENSHCOG00000007921)	LRRC24 (ENSHCOG00000007917)	sass6 (ENSHCOG00000007901)	ENSHCOG00000007872	TRAPPC8 (ENSHCOG00000007866)	commd2 (ENSHCOG00000000261)	lmnb2 (ENSHCOG00000007749)	rpl36 (ENSHCOG00000007716) ##22	cherp (ENSHCOG00000007691)	RHPN1 (ENSHCOG00000007518)	atpaf1 (ENSHCOG00000006621)	mafaa (ENSHCOG00000006591)	ZC3H3 (ENSHCOG00000006579)	ENSHCOG00000006552	ENSHCOG00000006447	ENSHCOG00000006431	scinla (ENSHCOG00000006418)	zgc:109982 (ENSHCOG00000006405)	dr1 (ENSHCOG00000006391)	glulb (ENSHCOG00000006377)	med8 (ENSHCOG00000006355)	aldh9a1a.1 (ENSHCOG00000006238)	tmco1 (ENSHCOG00000006209)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	9									ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	9					ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153229.A.a.b	ENSGT00940000158019	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000167285	ENSGT00390000003821	ENSGT00940000160280.c	ENSGT00390000013329	ENSGT00940000161021.a.a	ENSGT00390000000289	ENSGT00940000157639	ENSGT00940000155528.t.d.a	ENSGT00390000000568	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000005338	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	5					ENSGT00940000159037	ENSGT00940000160231	ENSGT00940000166036	ENSGT00940000165051	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.a	ENSGT00390000003161	ENSGT00390000015908	ENSGT00940000156897	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a.n	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT00940000158019	ENSGT00510000049120
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	26					ENSGT00940000159037	ENSGT00940000160231	ENSGT00940000166036	ENSGT00940000165051	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.a	ENSGT00390000003161	ENSGT00390000015908	ENSGT00940000156897	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a.n	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT00940000158019	ENSGT00510000049120
Indian medaka	MODERN SPECIES	34	ENSOMEG00000008968	ENSOMEG00000008948	ENSOMEG00000008928	ENSOMEG00000008906	sgta (ENSOMEG00000008886)	SLC39A3 (ENSOMEG00000008835)	ENSOMEG00000008809	zgc:113223 (ENSOMEG00000008761)	thop1 (ENSOMEG00000008707)	LONP1 (ENSOMEG00000008634) #23	sass6 (ENSOMEG00000008583)	LRRC24 (ENSOMEG00000008541)	ENSOMEG00000008496	lrrc40 (ENSOMEG00000008419)	lmnb2 (ENSOMEG00000008317)	rpl36 (ENSOMEG00000008286) ##22	pde6d (ENSOMEG00000008268)	phb2b (ENSOMEG00000008241)	commd2 (ENSOMEG00000008208)	zgc:171480 (ENSOMEG00000008184)	EPS15L1 (ENSOMEG00000008128)	ctns (ENSOMEG00000007944)	ndufa11 (ENSOMEG00000007925) #29	ENSOMEG00000007906	ARHGAP39 (ENSOMEG00000007853)	ENSOMEG00000007802	rad54l (ENSOMEG00000007770)	ENSOMEG00000007718	ENSOMEG00000007667	b4galt6 (ENSOMEG00000007573)	ENSOMEG00000007520
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	71			ENSGT00940000159037	ENSGT00940000160231	ENSGT00940000166036	ENSGT00940000165051	ENSGT01030000234852.e	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000005338	ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.a.d	ENSGT00390000003161	ENSGT00390000015908	ENSGT00940000156897	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a.n	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT00940000158019	ENSGT00940000156453.b	ENSGT00390000011620.a.a.a
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	18	ENSORLG00000002307	sgta (ENSORLG00000002328)	SLC39A3 (ENSORLG00000002333)	ENSORLG00000002339	zgc:113223 (ENSORLG00000002354)	ENSORLG00000022306	ENSORLG00000024643	thop1 (ENSORLG00000002400)	LONP1 (ENSORLG00000002456) #23	LRRC24 (ENSORLG00000002470)	sass6 (ENSORLG00000002482)	ENSORLG00000002516	lrrc40 (ENSORLG00000002541)	lmnb2 (ENSORLG00000002671)	ENSORLG00000022718	rpl36 (ENSORLG00000002693) ##22	pde6d (ENSORLG00000029770)	phb2b (ENSORLG00000002753)	commd2 (ENSORLG00000002784)	ENSORLG00000026616	EPS15L1 (ENSORLG00000002847)	ctns (ENSORLG00000002869)	ENSORLG00000002923	ARHGAP39 (ENSORLG00000022761)	ENSORLG00000026799	rad54l (ENSORLG00000002958)	ENSORLG00000002978	ENSORLG00000002986	b4galt6 (ENSORLG00000003005)	ENSORLG00000025611	ENSORLG00000003016
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	71									ENSGT00390000000568	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000005338	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	145											ENSGT00390000005338	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000156453.b	ENSGT00390000011620.a.a.a	ENSGT00550000074980	ENSGT00390000018402	ENSGT00390000005462	ENSGT00940000155060.C.a.b	ENSGT00940000154930.eb	ENSGT00940000156897	ENSGT00390000015908	ENSGT00390000003161	ENSGT00940000155438.b
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	277									PRKD1 (ENSKMAG00000007918)	eapp (ENSKMAG00000007977)	sptssa (ENSKMAG00000008006)	egln3 (ENSKMAG00000008024)	SZT2 (ENSKMAG00000008082)	hyi (ENSKMAG00000008380)	ptprfa (ENSKMAG00000008489)	ENSKMAG00000008851 ##22
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1621	USH1G (ENSNFUG00015024243)	ENSNFUG00015024235	OLA.23977 (ENSNFUG00015024232)	PSD (ENSNFUG00015024077)	CHUK (ENSNFUG00015024034)	cdh2 (ENSNFUG00015023117)	slc5a9 (ENSNFUG00015022772)	ENSNFUG00015022729	TRAPPC8 (ENSNFUG00015022483)	pacrg (ENSNFUG00015022457)	CTNS (ENSNFUG00015022453)	zgc:171480 (ENSNFUG00015022451)	NDUFA11 (ENSNFUG00015022450) #29	COMMD2 (ENSNFUG00015022447)	LMNB2 (ENSNFUG00015022297)	RPL36 (ENSNFUG00015022284) ##22	pde6d (ENSNFUG00015022281)	LRRC40 (ENSNFUG00015022014)	ENSNFUG00015021970	ENSNFUG00015021961	DDX10 (ENSNFUG00015021959)	HYI (ENSNFUG00015021903)	ptprfa (ENSNFUG00015017023)	KDM4A (ENSNFUG00015016697)	RAD54L (ENSNFUG00015016422)	LRRC41 (ENSNFUG00015016406)	ARHGAP39 (ENSNFUG00015016394)	ENSNFUG00015016391	EPS15L1A (ENSNFUG00015013696)	DOHH (ENSNFUG00015013572)	cherp (ENSNFUG00015013209)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	80									ENSGT00390000000568	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000005338	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	418													ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.a
Mummichog	MODERN SPECIES	1267															ENSFHEG00000012310	rpl36 (ENSFHEG00000012296) ##22	pde6d (ENSFHEG00000012281)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	1034												ENSCVAG00000012833	ndufa11 (ENSCVAG00000012855) #29	commd2 (ENSCVAG00000012896)	lmnb2 (ENSCVAG00000012907)	rpl36 (ENSCVAG00000012927) ##22	pde6d (ENSCVAG00000012950)	PHB2 (ENSCVAG00000012960)	prdx6 (ENSCVAG00000012973)	IPO13 (ENSCVAG00000013039)	pfas (ENSCVAG00000013097)	ENSCVAG00000013111	hook1 (ENSCVAG00000013117)	cyp2n13 (ENSCVAG00000013356)	cyp2n13 (ENSCVAG00000013388)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00550000074980	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00940000154930.eb	ENSGT00940000156897	ENSGT00390000015908	ENSGT00390000003161	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000000568.k	ENSGT00390000005338	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00550000074980	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00940000154930.eb	ENSGT00940000156897	ENSGT00390000015908	ENSGT00390000003161	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000000568.k	ENSGT00390000005338	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	418												ENSGT00940000165232	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968
Amazon molly	MODERN SPECIES	720												zgc:171480 (ENSPFOG00000012703)	ndufa11 (ENSPFOG00000012717) #29	commd2 (ENSPFOG00000012750)	lmnb2 (ENSPFOG00000012753)	rpl36 (ENSPFOG00000012886) ##22	pde6d (ENSPFOG00000012888)	phb2b (ENSPFOG00000012894)	lrrc40 (ENSPFOG00000012972)	DDX10 (ENSPFOG00000013021)	SZT2 (ENSPFOG00000013050)	ENSPFOG00000022503	hyi (ENSPFOG00000013471)	ENSPFOG00000001300	ENSPFOG00000023627
Sailfin molly	MODERN SPECIES	2467															lmnb2 (ENSPLAG00000011481)	rpl36 (ENSPLAG00000011465) ##22	pde6d (ENSPLAG00000011452)	phb2b (ENSPLAG00000011442)	lrrc40 (ENSPLAG00000011402)
Platyfish	MODERN SPECIES	23	EPS15L1 (ENSXMAG00000021226)	ENSXMAG00000016013	rad54l (ENSXMAG00000006083)	ENSXMAG00000021814	ARHGAP39 (ENSXMAG00000011225)	ENSXMAG00000021953	ENSXMAG00000011111	ENSXMAG00000011118	slc5a9 (ENSXMAG00000011126)	TRAPPC8 (ENSXMAG00000018503)	ctns (ENSXMAG00000012245)	zgc:171480 (ENSXMAG00000007937)	ndufa11 (ENSXMAG00000007938) #29	commd2 (ENSXMAG00000007946)	lmnb2 (ENSXMAG00000007953)	rpl36 (ENSXMAG00000007975) ##22	pde6d (ENSXMAG00000021697)	phb2b (ENSXMAG00000007977)	lrrc40 (ENSXMAG00000007982)	ENSXMAG00000021070	ENSXMAG00000003630	sass6 (ENSXMAG00000007984)	LRRC24 (ENSXMAG00000025938)	LONP1 (ENSXMAG00000007990) #23	RSPH6A (ENSXMAG00000008018)	dohh (ENSXMAG00000022830)	cherp (ENSXMAG00000008026)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	45					ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.c.a	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153229.A.a.b	ENSGT00940000158019	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	64					ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00730000111085.A	ENSGT00530000063498.B	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Nile tilapia	MODERN SPECIES	8	prpf38a (ENSONIG00000007816)	ENSONIG00000007813	orc1 (ENSONIG00000007807)	ENSONIG00000007798	b4galt6 (ENSONIG00000007793)	PTBP1 (ENSONIG00000007784)	serpinc1 (ENSONIG00000007781)	zbtb37 (ENSONIG00000007779)	s1pr1 (ENSONIG00000020775)	dph5 (ENSONIG00000007778)	slc30a7 (ENSONIG00000007772)	ENSONIG00000035983	cdc14ab (ENSONIG00000007763)	rtca (ENSONIG00000007753)	lmnb2 (ENSONIG00000007739)	rpl36 (ENSONIG00000041574) ##22	pde6d (ENSONIG00000007733)	phb2b (ENSONIG00000007728)	lrrc40 (ENSONIG00000007721)	ENSONIG00000028625	ENSONIG00000007717	ENSONIG00000032489	sass6 (ENSONIG00000007713)	ENSONIG00000007712	LRRC24 (ENSONIG00000007706)	LONP1 (ENSONIG00000007700) #23	ENSONIG00000039347	RSPH6A (ENSONIG00000007698)	dohh (ENSONIG00000007695)	cherp (ENSONIG00000007686)	klf2a (ENSONIG00000007684)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00730000111085.A	ENSGT00530000063498.B	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000111085.A	ENSGT00530000063498.B	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000111085.A	ENSGT00530000063498.B	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00730000111085.A	ENSGT00530000063498.B	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000169015	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1099	prpf38a (ENSMZEG00005017838)	orc1 (ENSMZEG00005017849)	ENSMZEG00005017856	b4galt6 (ENSMZEG00005017863)	PTBP1 (ENSMZEG00005017871)	stil (ENSMZEG00005017883)	serpinc1 (ENSMZEG00005017887)	zbtb37 (ENSMZEG00005017894)	s1pr1 (ENSMZEG00005017898)	dph5 (ENSMZEG00005017902)	slc30a7 (ENSMZEG00005017918)	ENSMZEG00005017931	cdc14ab (ENSMZEG00005017938)	rtca (ENSMZEG00005017945)	lmnb2 (ENSMZEG00005017954)	rpl36 (ENSMZEG00005017959) ##22	pde6d (ENSMZEG00005017963)	phb2b (ENSMZEG00005017969)	lrrc40 (ENSMZEG00005017975)	ENSMZEG00005017984	sass6 (ENSMZEG00005017990)	ENSMZEG00005017994	LRRC24 (ENSMZEG00005017996)	LONP1 (ENSMZEG00005018001) #23	RSPH6A (ENSMZEG00005018007)	dohh (ENSMZEG00005018009)	cherp (ENSMZEG00005018014)	klf2a (ENSMZEG00005018029)	EPS15L1 (ENSMZEG00005018043)	rad23ab (ENSMZEG00005018063)	ENSMZEG00005018068
Eastern happy	MODERN SPECIES	8	prpf38a (ENSACLG00000021595)	orc1 (ENSACLG00000021540)	ENSACLG00000021460	b4galt6 (ENSACLG00000021413)	PTBP1 (ENSACLG00000021320)	stil (ENSACLG00000021285)	serpinc1 (ENSACLG00000021255)	zbtb37 (ENSACLG00000021221)	s1pr1 (ENSACLG00000021207)	dph5 (ENSACLG00000021156)	slc30a7 (ENSACLG00000021026)	ENSACLG00000020952	cdc14ab (ENSACLG00000020836)	rtca (ENSACLG00000020770)	lmnb2 (ENSACLG00000020700)	rpl36 (ENSACLG00000020683) ##22	pde6d (ENSACLG00000020647)	phb2b (ENSACLG00000020608)	ENSACLG00000020601	ENSACLG00000020591	lrrc40 (ENSACLG00000020513)	ENSACLG00000020496	ENSACLG00000020428	ENSACLG00000020413	sass6 (ENSACLG00000020360)	ENSACLG00000020399	LRRC24 (ENSACLG00000020340)	LONP1 (ENSACLG00000020238) #23	ENSACLG00000020226	RSPH6A (ENSACLG00000020217)	dohh (ENSACLG00000020170)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	884			ENSHBUG00000002378	b4galt6 (ENSHBUG00000002363)	ENSHBUG00000000040	stil (ENSHBUG00000000036)	serpinc1 (ENSHBUG00000002234)	zbtb37 (ENSHBUG00000002220)	s1pr1 (ENSHBUG00000002208)	dph5 (ENSHBUG00000002202)	slc30a7 (ENSHBUG00000002186)	ENSHBUG00000002165	cdc14ab (ENSHBUG00000002132)	rtca (ENSHBUG00000002114)	lmnb2 (ENSHBUG00000002107)	rpl36 (ENSHBUG00000002097) ##22
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	395	ENSNBRG00000003752	b4galt6 (ENSNBRG00000003712)	PTBP1 (ENSNBRG00000003676)	stil (ENSNBRG00000003594)	serpinc1 (ENSNBRG00000003451)	ENSNBRG00000003414	zbtb37 (ENSNBRG00000003403)	s1pr1 (ENSNBRG00000003385)	dph5 (ENSNBRG00000003361)	slc30a7 (ENSNBRG00000003233)	vcam1b (ENSNBRG00000003191)	ENSNBRG00000003168	cdc14ab (ENSNBRG00000003115)	rtca (ENSNBRG00000003062)	lmnb2 (ENSNBRG00000003031)	rpl36 (ENSNBRG00000003011) ##22	pde6d (ENSNBRG00000002938)	phb2b (ENSNBRG00000002610)	lrrc40 (ENSNBRG00000002453)	ENSNBRG00000002402	sass6 (ENSNBRG00000002315)	ENSNBRG00000002302	LRRC24 (ENSNBRG00000002265)	LONP1 (ENSNBRG00000002194) #23	RSPH6A (ENSNBRG00000002164)	dohh (ENSNBRG00000002129)	cherp (ENSNBRG00000001914)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	485				PTBP1 (ENSACIG00000019857)	ENSACIG00000019835	serpinc1 (ENSACIG00000019810)	zbtb37 (ENSACIG00000019798)	s1pr1 (ENSACIG00000019790)	smn1 (ENSACIG00000019772)	dph5 (ENSACIG00000019752)	slc30a7 (ENSACIG00000019726)	ENSACIG00000019698	cdc14ab (ENSACIG00000019674)	rtca (ENSACIG00000019643)	lmnb2 (ENSACIG00000019590)	rpl36 (ENSACIG00000019581) ##22	pde6d (ENSACIG00000019565)	phb2b (ENSACIG00000019549)	lrrc40 (ENSACIG00000019522)	ENSACIG00000019487	ENSACIG00000019465	sass6 (ENSACIG00000019418)	ENSACIG00000019404	LRRC24 (ENSACIG00000019376)	LONP1 (ENSACIG00000019343) #23	RSPH6A (ENSACIG00000019322)	dohh (ENSACIG00000019312)	cherp (ENSACIG00000019242)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	146	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00950000182946.lb.b.h	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00530000063498.B	ENSGT00940000158019	ENSGT00940000153229.A.a.b	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.c.a	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	484	ENSSPAG00000011968	rtca (ENSSPAG00000011938)	orc1 (ENSSPAG00000011845)	b4galt6 (ENSSPAG00000011807)	ttr (ENSSPAG00000011796)	ENSSPAG00000011768	ENSSPAG00000011755	ENSSPAG00000011666	slc5a9 (ENSSPAG00000011624)	ndufa11 (ENSSPAG00000011610) #29	zgc:171480 (ENSSPAG00000011598)	ctns (ENSSPAG00000011579)	TRAPPC8 (ENSSPAG00000011484)	commd2 (ENSSPAG00000011461)	lmnb2 (ENSSPAG00000011420)	rpl36 (ENSSPAG00000011406) ##22	pde6d (ENSSPAG00000011386)	phb2b (ENSSPAG00000011356)
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	206									ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000171226	ENSGT00940000164735.H.a.c	ENSGT00950000182916.b
Spiny chromis	MODERN SPECIES	2426																rpl36 (ENSAPOG00000002210) ##22	pde6d (ENSAPOG00000002198)	ENSAPOG00000002175
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	246								ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.c.a	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000171226.g	ENSGT00950000182916.b
Orange clownfish	MODERN SPECIES	11	ENSAPEG00000022784	faf1 (ENSAPEG00000022738)	rnf11b (ENSAPEG00000022776)	TTC39A (ENSAPEG00000022705)	vtg3 (ENSAPEG00000022610)	ENSAPEG00000022550	ENSAPEG00000022515	slc5a9 (ENSAPEG00000022360)	ndufa11 (ENSAPEG00000022333) #29	zgc:171480 (ENSAPEG00000022327)	ctns (ENSAPEG00000022299)	TRAPPC8 (ENSAPEG00000022218)	commd2 (ENSAPEG00000022198)	lmnb2 (ENSAPEG00000022153)	ENSAPEG00000022136	rpl36 (ENSAPEG00000022120) ##22	pde6d (ENSAPEG00000022089)	phb2b (ENSAPEG00000022060)	ENSAPEG00000022042	lrrc40 (ENSAPEG00000022030)	ENSAPEG00000021991	ENSAPEG00000021887	ENSAPEG00000021822	ENSAPEG00000021785	ENSAPEG00000021770	ENSAPEG00000021740	prrx1b (ENSAPEG00000021672)	gorab (ENSAPEG00000021657)	ntmt2 (ENSAPEG00000021627)	niban1a (ENSAPEG00000021593)	ENSAPEG00000021578
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1598															lmnb2 (ENSAOCG00000001400)	rpl36 (ENSAOCG00000001396) ##22	pde6d (ENSAOCG00000019301)	phb2b (ENSAOCG00000019268)	lrrc40 (ENSAOCG00000019214)	ENSAOCG00000019200	ENSAOCG00000019185
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	8									ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	8									ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	7										ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	18	adgrl4 (ENSMAMG00000022351)	ADGRL2 (ENSMAMG00000022350)	ttll7 (ENSMAMG00000022349)	ENSMAMG00000022348	samd13 (ENSMAMG00000025313)	ENSMAMG00000028437	DNASE2B (ENSMAMG00000022345)	ENSMAMG00000022344	rpf1 (ENSMAMG00000022342)	ENSMAMG00000022331	SPATA1 (ENSMAMG00000022329)	ctbs (ENSMAMG00000028724)	ENSMAMG00000022321	ENSMAMG00000022318	ENSMAMG00000022317	ENSMAMG00000025391 ##22	ENSMAMG00000022311	ENSMAMG00000022308	ENSMAMG00000022305	ENSMAMG00000022303	ENSMAMG00000027860	ENSMAMG00000022297	ENSMAMG00000022289 #23	ENSMAMG00000022285	ENSMAMG00000022283	DOHH (ENSMAMG00000025352)	ENSMAMG00000022269	ENSMAMG00000022258	ENSMAMG00000022254	ENSMAMG00000022250	ENSMAMG00000022245
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	33							ENSGT00940000157546	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	20	strap (ENSBSLG00000022177)	ENSBSLG00000022216	slc25a3b (ENSBSLG00000022225)	LDHB (ENSBSLG00000022259)	ENSBSLG00000022262	gys2 (ENSBSLG00000022272)	spx (ENSBSLG00000022396)	golt1ba (ENSBSLG00000022418)	recql (ENSBSLG00000001712)	ENSBSLG00000001853	TMTC1 (ENSBSLG00000001881)	ENSBSLG00000001969	ENSBSLG00000001971	large1 (ENSBSLG00000002334)	ENSBSLG00000002623	ENSBSLG00000002643 ##22	pde6d (ENSBSLG00000002671)	ENSBSLG00000002705	ENSBSLG00000002713	MOGAT1 (ENSBSLG00000002729)	ENSBSLG00000002852	ENSBSLG00000003024	ENSBSLG00000003688	ENSBSLG00000003752	ENSBSLG00000003767	ENSBSLG00000003771	ENSBSLG00000003783	ENSBSLG00000003785	ENSBSLG00000003800	ENSBSLG00000003808	phyh (ENSBSLG00000003843)
Climbing perch	MODERN SPECIES	17						ENSATEG00000005021	ENSATEG00000005205	ENSATEG00000005455	ENSATEG00000005532	ENSATEG00000005595 #29	ENSATEG00000028922	ENSATEG00000005631	ENSATEG00000005641	ENSATEG00000026462	ENSATEG00000005814	ENSATEG00000029491 ##22	ENSATEG00000005845	ENSATEG00000005884	ENSATEG00000005893	ENSATEG00000005899	ENSATEG00000005920	ENSATEG00000005948	ENSATEG00000030033	ENSATEG00000005971	ENSATEG00000006016 #23	ENSATEG00000006134	ENSATEG00000006227	ENSATEG00000006341	ENSATEG00000006372	ENSATEG00000006383	ENSATEG00000006551
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153421.a.a.a.b	ENSGT01030000234598.a.b	ENSGT00940000155789	ENSGT00390000015332	ENSGT00940000156299	ENSGT00940000159676.a	ENSGT00940000161734	ENSGT00550000074917	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000157285.f	ENSGT00950000182993.B.a.d	ENSGT00940000156897	ENSGT00390000015908	ENSGT00390000003161	ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.a	ENSGT00390000012078.a.a	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147
Tongue sole	MODERN SPECIES	11	ENSCSEG00000019823	ENSCSEG00000019820	RAB8A (ENSCSEG00000019816)	HSH2D (ENSCSEG00000019815)	tax1bp3 (ENSCSEG00000019813)	slc1a6 (ENSCSEG00000019753)	cherp (ENSCSEG00000019700)	dohh (ENSCSEG00000019681)	ENSCSEG00000019679	RSPH6A (ENSCSEG00000019676)	LONP1 (ENSCSEG00000019655) #23	ctns (ENSCSEG00000019653)	TRAPPC8 (ENSCSEG00000019618)	commd2 (ENSCSEG00000019609)	lmnb2 (ENSCSEG00000019598)	rpl36 (ENSCSEG00000019593) ##22	pde6d (ENSCSEG00000019586)	phb2b (ENSCSEG00000019579)	lrrc40 (ENSCSEG00000019567)	ENSCSEG00000019563	ENSCSEG00000019553	sass6 (ENSCSEG00000019548)	ENSCSEG00000019545	LRRC24 (ENSCSEG00000019537)	zgc:171480 (ENSCSEG00000019533)	ndufa11 (ENSCSEG00000019529) #29	reep6 (ENSCSEG00000019523)	thop1 (ENSCSEG00000019508)	mccc1 (ENSCSEG00000019501)	ENSCSEG00000019497	ENSCSEG00000019496
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153421.a.a.a.b	ENSGT01030000234598.a.b	ENSGT00940000155789	ENSGT00390000015332	ENSGT00940000156299	ENSGT00940000159676.a	ENSGT00940000161734	ENSGT00550000074917	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	918															ENSLCAG00010026808	rpl36 (ENSLCAG00010026803) ##22	pde6d (ENSLCAG00010026798)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	595									slc5a9 (ENSLCAG00010008287)	ndufa11 (ENSLCAG00010008305) #29	zgc:171480 (ENSLCAG00010008317)	ctns (ENSLCAG00010008324)	TRAPPC8 (ENSLCAG00010008355)	commd2 (ENSLCAG00010008475)	lmnb2 (ENSLCAG00010008480)	rpl36 (ENSLCAG00010008485) ##22
Barramundi perch	MODERN SPECIES	1607																rpl36 (ENSLCAG00010023351) ##22
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	139	ENSGT00390000001652.f.b	ENSGT00950000183153.c.b.a.a	ENSGT00900000141090.t	ENSGT00390000010760.f	ENSGT01030000234579.C.m	ENSGT00940000158946	ENSGT00510000049619	ENSGT00510000048601.a	ENSGT00940000166460	ENSGT00530000063614.a.a	ENSGT00940000158737.g	ENSGT00940000155050.a	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2801					ATP1B1 (ENSSLDG00000014130)	nme7 (ENSSLDG00000014100)	zgc:172121 (ENSSLDG00000014067)	BIVM (ENSSLDG00000014041)	si:ch211-201h21.5 (ENSSLDG00000014023)	TMEM131 (ENSSLDG00000013977)	CNGA3 (ENSSLDG00000013910)	ube3a (ENSSLDG00000013860)	TRAPPC8 (ENSSLDG00000013797)	commd2 (ENSSLDG00000013762)	lmnb2 (ENSSLDG00000013615)	rpl36 (ENSSLDG00000013576) ##22	pde6d (ENSSLDG00000013554)	phb2b (ENSSLDG00000013525)	lrrc40 (ENSSLDG00000013462)	ENSSLDG00000013421	sass6 (ENSSLDG00000013374)	ENSSLDG00000013401
Greater amberjack	MODERN SPECIES	234	tp63 (ENSSDUG00000009041)	ENSSDUG00000009123	dpt (ENSSDUG00000009134)	ATP1B1 (ENSSDUG00000009143)	nme7 (ENSSDUG00000009171)	zgc:172121 (ENSSDUG00000009212)	BIVM (ENSSDUG00000009239)	si:ch211-201h21.5 (ENSSDUG00000009255)	TMEM131 (ENSSDUG00000009276)	CNGA3 (ENSSDUG00000009340)	ube3a (ENSSDUG00000009378)	TRAPPC8 (ENSSDUG00000009433)	commd2 (ENSSDUG00000009619)	ENSSDUG00000009633	lmnb2 (ENSSDUG00000009647)	rpl36 (ENSSDUG00000009676) ##22	pde6d (ENSSDUG00000009693)	phb2b (ENSSDUG00000009706)	lrrc40 (ENSSDUG00000009744)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	35									ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.b ##22
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	zgc:109982 (ENSTNIG00000007155)	dr1 (ENSTNIG00000007154)	med8 (ENSTNIG00000007153)	tmco1 (ENSTNIG00000007152)	magoh (ENSTNIG00000007151)	cpt2 (ENSTNIG00000007150)	cpt2 (ENSTNIG00000007149)	KLHL30 (ENSTNIG00000007148)	scly (ENSTNIG00000007147)	KIF1A (ENSTNIG00000007146)	ndufa11 (ENSTNIG00000007145) #29	ctns (ENSTNIG00000007144)	ENSTNIG00000007143	commd2 (ENSTNIG00000007142)	lmnb2 (ENSTNIG00000007141)	rpl36 (ENSTNIG00000007140) ##22	pde6d (ENSTNIG00000007139)	ENSTNIG00000007138	ENSTNIG00000019683	cherp (ENSTNIG00000003363)	dohh (ENSTNIG00000003364)	LONP1 (ENSTNIG00000003365) #23	LRRC24 (ENSTNIG00000003366)	ENSTNIG00000003984	ENSTNIG00000003983	ENSTNIG00000000165	sass6 (ENSTNIG00000003982)	ENSTNIG00000003981	rad54l (ENSTNIG00000004716)	ENSTNIG00000004717	ptprfa (ENSTNIG00000004718)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	33									ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	10									ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000164495.c.b	ENSGT00940000155438.b	ENSGT00390000012078.a.a
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	10									ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000157546.t	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000157924	ENSGT00940000169355	ENSGT00940000155438.a
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	13	pecr (ENSSAUG00010025847)	zgc:171772 (ENSSAUG00010025846)	ENSSAUG00010025844	ENSSAUG00010025841	zgc:162816 (ENSSAUG00010025838)	COL6A2 (ENSSAUG00010025268)	COL6A1 (ENSSAUG00010025210)	ENSSAUG00010025207	ENSSAUG00010025204	ENSSAUG00010025202	scn12aa (ENSSAUG00010024161)	wdr48b (ENSSAUG00010024104)	gorasp1a (ENSSAUG00010024103)	CSRNP1 (ENSSAUG00010024102)	ENSSAUG00010024101	rpl36 (ENSSAUG00010024100) ##22	ENSSAUG00010024098	ENSSAUG00010024096	ENSSAUG00010024094	ENSSAUG00010024091	oxsr1a (ENSSAUG00010024030)	plcd1b (ENSSAUG00010023597)	ctdsplb (ENSSAUG00010023557)	hhatla (ENSSAUG00010023547)	klhl40a (ENSSAUG00010023541)	ENSSAUG00010023274	ENSSAUG00010023267	eif2b5 (ENSSAUG00010023245)	selenoj (ENSSAUG00010023244)	casq1a (ENSSAUG00010023228)	ENSSAUG00010023227
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	8										ENSGT00940000157546.t	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00730000111147	ENSGT00940000157924	ENSGT00940000169355	ENSGT00940000155438.a
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	489	wdfy2 (ENSLCRG00005018750)	dhrs12 (ENSLCRG00005018800)	tmem69 (ENSLCRG00005018856)	slc25a24 (ENSLCRG00005018873)	fam102bb (ENSLCRG00005019212)	henmt1 (ENSLCRG00005019216)	tm4sf4 (ENSLCRG00005019219)	ENSLCRG00005019220	TM4SF1 (ENSLCRG00005019223)	cp (ENSLCRG00005019226)	ctns (ENSLCRG00005019270)	ctns (ENSLCRG00005019272)	TRAPPC8 (ENSLCRG00005019298)	commd2 (ENSLCRG00005020821)	lmnb2 (ENSLCRG00005020824)	rpl36 (ENSLCRG00005020909) ##22	sass6 (ENSLCRG00005020914)	ENSLCRG00005020991	LRRC24 (ENSLCRG00005000787)	LONP1 (ENSLCRG00005000889) #23	RSPH6A (ENSLCRG00005001107)	dohh (ENSLCRG00005001111)	cherp (ENSLCRG00005001127)	klf2a (ENSLCRG00005001164)	EPS15L1 (ENSLCRG00005001166)	ENSLCRG00005001174	lrrc57 (ENSLCRG00005001177)	MDGA2 (ENSLCRG00005001190)	slc3a2b (ENSLCRG00005001250)	scfd1 (ENSLCRG00005001262)	coch (ENSLCRG00005001307)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000156453.b	ENSGT00510000049120	ENSGT00940000156037.a.f.e	ENSGT00940000155981.h	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT01050000245154	ENSGT00940000158019	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00940000165304
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00550000074980	ENSGT00390000011620.a.a.a	ENSGT00940000156453.b	ENSGT00510000049120	ENSGT00940000156037.a.f.e	ENSGT00940000155981.h	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT00940000157546	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT00550000074917	ENSGT00940000159676.a	ENSGT00940000161734	ENSGT00940000156299	ENSGT00940000155789	ENSGT01030000234598.a.b	ENSGT00730000111147	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00530000063553.b.a #23
Lumpfish	MODERN SPECIES	19	ENSCLMG00005020297	ENSCLMG00005020296	ENSCLMG00005020295	ENSCLMG00005020294	ENSCLMG00005020293	cdh2 (ENSCLMG00005020259)	ENSCLMG00005020258	b4galt6 (ENSCLMG00005020243)	slc5a9 (ENSCLMG00005020095)	zgc:171480 (ENSCLMG00005020087)	ndufa11 (ENSCLMG00005020083) #29	ctns (ENSCLMG00005020082)	TRAPPC8 (ENSCLMG00005020031)	commd2 (ENSCLMG00005020022)	lmnb2 (ENSCLMG00005019742)	rpl36 (ENSCLMG00005019733) ##22	ENSCLMG00005019732	ENSCLMG00005019731	rfc4 (ENSCLMG00005019729)	b3gnt5a (ENSCLMG00005019725)	MCF2L2 (ENSCLMG00005019706)	ect2 (ENSCLMG00005019102)	ENSCLMG00005019099	nlgn1 (ENSCLMG00005019089)	NAALADL2 (ENSCLMG00005019084)	cherp (ENSCLMG00005018806)	pde6d (ENSCLMG00005018785)	TTC39C (ENSCLMG00005018776)	zgc:103559 (ENSCLMG00005018775)	agxta (ENSCLMG00005018773)	dtymk (ENSCLMG00005018772)
Stickleback	MODERN SPECIES	460			NXPE3 (ENSGACG00000002171)	ENSGACG00000002169	ENSGACG00000002165	ENSGACG00000002160	b4galt6 (ENSGACG00000002150)	ENSGACG00000002148	slc5a9 (ENSGACG00000002137)	zgc:171480 (ENSGACG00000002136)	ndufa11 (ENSGACG00000002132) #29	ctns (ENSGACG00000002126)	TRAPPC8 (ENSGACG00000002121)	commd2 (ENSGACG00000002117)	lmnb2 (ENSGACG00000002099)	rpl36 (ENSGACG00000002088) ##22	ENSGACG00000002084	rfc4 (ENSGACG00000002080)	b3gnt5a (ENSGACG00000002077)	MCF2L2 (ENSGACG00000002072)	ect2 (ENSGACG00000002063)	ENSGACG00000002062	nlgn1 (ENSGACG00000002058)	cherp (ENSGACG00000002053)	pde6d (ENSGACG00000002045)	lrrc40 (ENSGACG00000002039)	ENSGACG00000002038	ENSGACG00000002028	ENSGACG00000002027	ENSGACG00000002023	RSPH6A (ENSGACG00000002021)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00390000011620.a.a.a	ENSGT00940000156453.b	ENSGT00940000156037.a.e	ENSGT00940000155981.h	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.b.d	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT01050000245154	ENSGT00940000158019	ENSGT00940000157546	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000165232	ENSGT00390000005338	ENSGT00390000000568	ENSGT00390000008489	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000000263	ENSGT00940000156968	ENSGT00940000175684	ENSGT00950000182916.b	ENSGT00390000006932	ENSGT00950000182930.C.f	ENSGT00940000160141.e.b	ENSGT00940000165304	ENSGT00500000044869.a.b	ENSGT00530000063553.b.a #23
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	18	aqp4 (ENSCGOG00000007648)	ENSCGOG00000007948	ENSCGOG00000007955	cdh2 (ENSCGOG00000008039)	ENSCGOG00000011181	ENSCGOG00000011182	ttr (ENSCGOG00000011190)	b4galt6 (ENSCGOG00000011204)	slc5a9 (ENSCGOG00000011737)	ndufa11 (ENSCGOG00000015413) #29	zgc:171480 (ENSCGOG00000015416)	ctns (ENSCGOG00000015418)	TRAPPC8 (ENSCGOG00000015459)	commd2 (ENSCGOG00000017153)	lmnb2 (ENSCGOG00000017185)	rpl36 (ENSCGOG00000018004) ##22	lrrc40 (ENSCGOG00000018008)	ENSCGOG00000018032	ENSCGOG00000018038	ENSCGOG00000018085	LRRC24 (ENSCGOG00000018087)	dohh (ENSCGOG00000018088)	RSPH6A (ENSCGOG00000018090)	LONP1 (ENSCGOG00000018110) #23	ENSCGOG00000018461	rfc4 (ENSCGOG00000018469)	MCF2L2 (ENSCGOG00000018624)	b3gnt5a (ENSCGOG00000018754)	ect2 (ENSCGOG00000018779)	nlgn1 (ENSCGOG00000019532)	ENSCGOG00000019578
Pike perch	MODERN SPECIES	26	LONP1 (ENSSLUG00000022488) #23	RSPH6A (ENSSLUG00000022456)	dohh (ENSSLUG00000022450)	ENSSLUG00000022434	ENSSLUG00000022429	ENSSLUG00000022421	ENSSLUG00000022412	ENSSLUG00000022401	ENSSLUG00000022394	LRRC24 (ENSSLUG00000022384)	sass6 (ENSSLUG00000022371)	ENSSLUG00000022343	ENSSLUG00000022257	ENSSLUG00000022242	lrrc40 (ENSSLUG00000022212)	rpl36 (ENSSLUG00000022191) ##22	pde6d (ENSSLUG00000022168)	ENSSLUG00000022160	lmnb2 (ENSSLUG00000021344)	commd2 (ENSSLUG00000021290)	TRAPPC8 (ENSSLUG00000021244)	ctns (ENSSLUG00000021220)	zgc:171480 (ENSSLUG00000021217)	ndufa11 (ENSSLUG00000021213) #29	slc5a9 (ENSSLUG00000021204)	b4galt6 (ENSSLUG00000021003)	ENSSLUG00000020971	ENSSLUG00000020949	ENSSLUG00000020936	ENSSLUG00000020930	cdh2 (ENSSLUG00000019144)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000159134	ENSGT00940000166579	ENSGT00940000159489	ENSGT00390000012482	ENSGT00950000182904.a.b.b.b	ENSGT00940000165052	ENSGT00940000160748.a	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00390000016934	ENSGT00390000006166.b	ENSGT00390000016851	ENSGT00940000157019.g.a	ENSGT00390000007336.a.a	ENSGT00510000049316	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000165636	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a.i	ENSGT00940000169448	ENSGT00390000005338	ENSGT00900000141362.a.b	ENSGT00940000165287.a.b	ENSGT00940000160888	ENSGT01030000235192	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000002877	ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.b	ENSGT00940000157178.h
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	9													ENSGT00390000007336.a.a	ENSGT00510000049316	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000165636	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a.i	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000005338	ENSGT00900000141362.a.b	ENSGT00940000165287.a.b	ENSGT00940000160888	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000002877	ENSGT00940000154108.a.d.f	ENSGT00940000161678	ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.b
Atlantic herring	MODERN SPECIES	1	cfap144 (ENSCHAG00000027209)	CFAP57 (ENSCHAG00000027222)	ENSCHAG00000027253	TMEM125 (ENSCHAG00000027260)	ap1m3 (ENSCHAG00000027283)	polr2h (ENSCHAG00000027343)	ARMC9 (ENSCHAG00000027358)	b3gnt7 (ENSCHAG00000027365)	ncl (ENSCHAG00000027366)	nppc (ENSCHAG00000027370)	alpi.1 (ENSCHAG00000027374)	alpi.2 (ENSCHAG00000027378)	zgc:85936 (ENSCHAG00000027382)	lmnb2 (ENSCHAG00000027440)	pigs (ENSCHAG00000027485)	rpl36 (ENSCHAG00000027486) ##22	LONP1 (ENSCHAG00000027502) #23	larp6b (ENSCHAG00000027529)	VMAC (ENSCHAG00000000299) #30	ndufa11 (ENSCHAG00000000317) #29	NRTN (ENSCHAG00000000326)	ENSCHAG00000000346	lpl (ENSCHAG00000000839)	malt2 (ENSCHAG00000001575)	mrpl54 (ENSCHAG00000001694)	fam32a (ENSCHAG00000001704)	klf2a (ENSCHAG00000001744)	EPS15L1 (ENSCHAG00000001791)	rad23ab (ENSCHAG00000002941)	ENSCHAG00000003029	ENSCHAG00000003100
Denticle herring	MODERN SPECIES	4	uhmk1 (ENSDCDG00000020582)	uap1 (ENSDCDG00000020591)	DDR2 (ENSDCDG00000020647)	hsd17b7 (ENSDCDG00000020750)	serbp1a (ENSDCDG00000020756)	ENSDCDG00000020758	ENSDCDG00000020759	ATP13A3 (ENSDCDG00000020765)	ENSDCDG00000020804	tie1 (ENSDCDG00000020825)	mpl (ENSDCDG00000022428)	prpf38a (ENSDCDG00000022433)	ABHD8 (ENSDCDG00000022436)	zgc:85936 (ENSDCDG00000022444)	lmnb2 (ENSDCDG00000022485)	rpl36 (ENSDCDG00000022659) ##22	LONP1 (ENSDCDG00000022685) #23	larp6b (ENSDCDG00000023482)	VMAC (ENSDCDG00000023485) #30	ndufa11 (ENSDCDG00000023489) #29	ENSDCDG00000023492	RANBP3 (ENSDCDG00000023497) #32	ctns (ENSDCDG00000023504)	ccl25b (ENSDCDG00000023510)	ENSDCDG00000023513	pole4 (ENSDCDG00000023518)	slc1a6 (ENSDCDG00000023596)	tax1bp3 (ENSDCDG00000025738)	ENSDCDG00000025741	tpm4a (ENSDCDG00000025761)	lpl (ENSDCDG00000026297)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.b	ENSGT00940000161678	ENSGT00460000041630	ENSGT01050000244897.a.a.b.b	ENSGT01050000244955.b.c	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00390000003020	ENSGT00950000182988.a.a.b	ENSGT00390000017679	ENSGT00390000016356	ENSGT00940000158159	ENSGT00390000017571	ENSGT00940000162118	ENSGT00940000163206.b.a.a	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00550000075004	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000165115.a	ENSGT00390000003420.b	ENSGT01030000234559.a.a.a	ENSGT00940000153617.A.a.a ##17	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000163706	ENSGT00390000000051.a	ENSGT00940000154412.C.d	ENSGT00950000183158.A	ENSGT01030000234515.a.b.b.a	ENSGT00940000163715.b
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	96													ENSGT00390000017571	ENSGT00940000163206.b.a.a	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00550000075004	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.i.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.i.b	ENSGT00940000165115.a	ENSGT00390000003420.b	ENSGT01030000234559.a.a.a	ENSGT00940000153617.A.a.a ##17	ENSGT00940000179034	ENSGT01100000263531.G.r.a.a	ENSGT00940000159248 #16	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000163706	ENSGT00390000000051.a
Zebrafish	MODERN SPECIES	14	ENSDARG00000092027	ENSDARG00000094343	ENSDARG00000093562	ENSDARG00000092246	znf983 (ENSDARG00000071714)	ENSDARG00000110106	ENSDARG00000071719	aqp12 (ENSDARG00000043279)	pak2b (ENSDARG00000018476)	pigx (ENSDARG00000063559)	cep19 (ENSDARG00000059175)	ing5a (ENSDARG00000022413)	impact (ENSDARG00000043288)	ENSDARG00000103139	lmnb2 (ENSDARG00000101624)	rpl36 (ENSDARG00000100588) ##22	LONP1 (ENSDARG00000102765) #23	ftsj3 (ENSDARG00000104938)	lim2.2 (ENSDARG00000059015)	ENSDARG00000100132	ENSDARG00000100533	ENSDARG00000110077	gpr35.1 (ENSDARG00000074633)	ENSDARG00000103522	gipc3 (ENSDARG00000053074)	tbxa2r (ENSDARG00000104717)	PTPRS (ENSDARG00000059738) ##17	ENSDARG00000039164	ENSDARG00000059039	kdm4b (ENSDARG00000099675) #16	uhrf1 (ENSDARG00000103409) #15
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	390							ENSGT01050000244806.b.a.b.c.a.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00950000182988.a.a.b.l	ENSGT01030000238410	ENSGT00390000017679	ENSGT00390000016356	ENSGT00940000158159.i.a	ENSGT00390000017571	ENSGT00940000163206.b.a.a.a	ENSGT00940000160274.l.b	ENSGT00390000011943.b.r ##22	ENSGT00530000063553.b.a.e #23	ENSGT00550000075004	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b.e.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.i.b	ENSGT00940000165115.a.d	ENSGT00390000003420.b.d	ENSGT01030000234559.a.a.a.b	ENSGT00940000153617.A.a.a.f ##17	ENSGT00940000159248.d.a #16	ENSGT00390000008296.a.l #15	ENSGT00940000163706.b	ENSGT00390000000051.a.c	ENSGT00940000154412.C.d.c	ENSGT00950000183158.A.a.b	ENSGT01030000234515.a.b.b.a.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	344							ENSGT00530000063816.d.l	ENSGT00950000182988.a.a.b.l	ENSGT01030000238410	ENSGT00390000017679	ENSGT00390000016356	ENSGT00940000158159.i.a	ENSGT00390000017571	ENSGT00940000163206.b.a.a.a	ENSGT00940000160274.l.b	ENSGT00390000011943.b.r ##22	ENSGT00530000063553.b.a.e #23	ENSGT00550000075004	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b.e.a	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.i.a.b	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.i.b	ENSGT00940000165115.a.d	ENSGT00390000003420.b.d	ENSGT01030000234559.a.a.a.b	ENSGT00940000153617.A.a.a.f ##17	ENSGT00940000159248.d.a #16	ENSGT00390000008296.a.l #15	ENSGT00940000163706.b	ENSGT00390000000051.a.c	ENSGT00940000154412.C.d.c	ENSGT00950000183158.A.a.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	5	ENSCCRG00000068728	ENSCCRG00000028706	ENSCCRG00000058995	ENSCCRG00000077223	ENSCCRG00000078614	ENSCCRG00000072913	ENSCCRG00000066338	ENSCCRG00000081652	pak2b (ENSCCRG00000015024)	pigx (ENSCCRG00000054645)	cep19 (ENSCCRG00000058952)	ing5a (ENSCCRG00000075591)	impact (ENSCCRG00000082884)	ENSCCRG00000031161	lmnb2 (ENSCCRG00000031165)	rpl36 (ENSCCRG00000049284) ##22	ENSCCRG00000031171 #23	ftsj3 (ENSCCRG00000031491)	lim2.2 (ENSCCRG00000015563)	ENSCCRG00000077079	gpr35.1 (ENSCCRG00000052772)	ENSCCRG00000065948	gipc3 (ENSCCRG00000059787)	tbxa2r (ENSCCRG00000030539)	ENSCCRG00000056519 ##17	ENSCCRG00000081499	kdm4b (ENSCCRG00000044985) #16	uhrf1 (ENSCCRG00000048034) #15	ticam1 (ENSCCRG00000068129)	timm44 (ENSCCRG00000016355)	ENSCCRG00000074868
Goldfish	MODERN SPECIES	896			ENSCARG00000045454	ENSCARG00000045438	ENSCARG00000045414	ENSCARG00000045395	ENSCARG00000045346	ENSCARG00000045318	pak2b (ENSCARG00000043562)	pigx (ENSCARG00000043485)	cep19 (ENSCARG00000043465)	ing5a (ENSCARG00000043451)	impact (ENSCARG00000043400)	ENSCARG00000043369	lmnb2 (ENSCARG00000041531)	rpl36 (ENSCARG00000041452) ##22
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	91	ENSGT00940000163864	ENSGT00950000183017.b.b.a.b.b.b	ENSGT00940000156676.c	ENSGT00530000063722.a.eb	ENSGT00940000154102.a.g.b	ENSGT00940000156872.d.b	ENSGT00940000171293.a.a	ENSGT00940000157451.r	ENSGT00950000183011.d.d.a	ENSGT01050000244806.b.a.b.c.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00950000182988.a.a.b.k	ENSGT00940000158159.i.b	ENSGT00940000163206.b.a.a.b	ENSGT00940000160274.l.a	ENSGT00390000011943.b.s ##22	ENSGT00390000011943.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a.f #23	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b.f	ENSGT01040000240444.A.b.a.b.i.a	ENSGT00940000165115.a.c	ENSGT00390000003420.b.c	ENSGT01030000234559.a.a.a.a	ENSGT00940000153617.A.a.a.e.a ##17	ENSGT01100000263531.G.r.a.a.a.b.a
Goldfish	MODERN SPECIES	41	ENSCARG00000067876	ENSCARG00000067861	ENSCARG00000067851	GUCA1A (ENSCARG00000067843)	irf6 (ENSCARG00000067827)	ENSCARG00000067811	AMPD2 (ENSCARG00000067472)	ENSCARG00000067411	ENSCARG00000067404	ENSCARG00000067397	aqp12 (ENSCARG00000067391)	pak2b (ENSCARG00000066674)	ing5a (ENSCARG00000066654)	ENSCARG00000066528	lmnb2 (ENSCARG00000065537)	rpl36 (ENSCARG00000065453) ##22	LONP1 (ENSCARG00000065044) #23	ENSCARG00000065015	ENSCARG00000064974	gipc3 (ENSCARG00000064925)	tbxa2r (ENSCARG00000064917)	ENSCARG00000064915	PTPRS (ENSCARG00000051067) ##17	ENSCARG00000050740	ENSCARG00000050738	ENSCARG00000050737	ENSCARG00000050676	ENSCARG00000050641	kdm4b (ENSCARG00000050139) #16	uhrf1 (ENSCARG00000049821) #15
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.b	ENSGT00940000161678	ENSGT00460000041630	ENSGT01050000244897.a.a.b.b	ENSGT01050000244955.b.c	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00390000003020	ENSGT00950000182988.a.a.b	ENSGT00390000017679	ENSGT00390000016356	ENSGT00940000158159	ENSGT00390000017571	ENSGT00940000162118	ENSGT00940000163206.b.a.a	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00550000075004	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000165115.a	ENSGT00390000003420.b	ENSGT01030000234559.a.a.a	ENSGT00940000153617.A.a.a.c.a ##17	ENSGT00940000159248.f #16	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000163706	ENSGT00390000000051.a	ENSGT00940000154412.C.d	ENSGT00950000183158.A	ENSGT01030000234515.a.b.b.a	ENSGT00940000163715.b
Channel catfish	MODERN SPECIES	1	ENSIPUG00000024898	hsh2d (ENSIPUG00000024899)	ankmy1 (ENSIPUG00000024900)	gpc1 (ENSIPUG00000024906)	gpc5b (ENSIPUG00000024908)	rpp21 (ENSIPUG00000024910)	Aqp12 (ENSIPUG00000024912)	PAK2 (ENSIPUG00000024915)	pigx (ENSIPUG00000024918)	cep19 (ENSIPUG00000024921)	Ing5 (ENSIPUG00000024919)	impact-B (ENSIPUG00000024923)	hrh4 (ENSIPUG00000024928)	lmnb2 (ENSIPUG00000024929)	ENSIPUG00000024932	rpl36 (ENSIPUG00000024935) ##22	LONP1 (ENSIPUG00000024938) #23	ftsj3 (ENSIPUG00000024942)	LIM2 (ENSIPUG00000024943)	ENSIPUG00000024945	Gipc3 (ENSIPUG00000024947)	TBXA2R (ENSIPUG00000024950)	PTPRS (ENSIPUG00000024952) ##17	kdm4b (ENSIPUG00000024981) #16	uhrf1 (ENSIPUG00000024984) #15	ticam1 (ENSIPUG00000024988)	timm44 (ENSIPUG00000024989)	CTXN1 (ENSIPUG00000024991)	fbn2b (ENSIPUG00000024993)	cers4 (ENSIPUG00000024995)	ENSIPUG00000024999
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.b	ENSGT00940000161678	ENSGT00460000041630	ENSGT01050000244897.a.a.b.b	ENSGT01050000244955.b.c	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00390000003020	ENSGT00950000182988.a.a.b	ENSGT00390000017679	ENSGT00390000016356	ENSGT00940000158159	ENSGT00390000017571	ENSGT00940000162118	ENSGT00940000163206.b.a.a	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00550000075004	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000165115.a	ENSGT00390000003420.b	ENSGT01030000234559.a.a.a	ENSGT00940000153617.A.a.a.c.a ##17	ENSGT00940000153617.A.a.a.c.b ##17	ENSGT00940000159248.f #16	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000163706	ENSGT00390000000051.a	ENSGT00940000154412.C.d	ENSGT00950000183158.A	ENSGT01030000234515.a.b.b.a
Electric eel	MODERN SPECIES	1033															ENSEEEG00000012146	rpl36 (ENSEEEG00000012147) ##22	LONP1 (ENSEEEG00000012149) #23	ftsj3 (ENSEEEG00000012159)	lim2.2 (ENSEEEG00000012160)	ENSEEEG00000012161	gipc3 (ENSEEEG00000012162)	tbxa2r (ENSEEEG00000012163)	ENSEEEG00000012165 ##17
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000157178.h	ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.b	ENSGT00940000161678	ENSGT00460000041630	ENSGT01050000244897.a.a.b.b	ENSGT01050000244955.b.c	ENSGT00530000063816.d	ENSGT00390000003020	ENSGT00950000182988.a.a.b	ENSGT00390000017679	ENSGT00390000016356	ENSGT00940000158159	ENSGT00390000017571	ENSGT00940000163206.b.a.a	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00550000075004	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000165115.a	ENSGT00390000003420.b	ENSGT01030000234559.a.a.a	ENSGT00940000153617.A.a.a.d ##17	ENSGT00940000159248.f #16	ENSGT00390000008296.a #15	ENSGT00940000163706	ENSGT00390000000051.a	ENSGT00940000154412.C.d	ENSGT00950000183158.A	ENSGT01030000234515.a.b.b.a	ENSGT00940000163715.b
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	20	si:dkey-172h23.2 (ENSAMXG00000021520)	NTRK3 (ENSAMXG00000039792)	mrpl46 (ENSAMXG00000030876)	mrps11 (ENSAMXG00000021547)	ENSAMXG00000037959	kif7 (ENSAMXG00000021552)	rpp21 (ENSAMXG00000030709)	si:dkey-10o6.2 (ENSAMXG00000021555)	pak2b (ENSAMXG00000021556)	pigx (ENSAMXG00000021557)	cep19 (ENSAMXG00000021558)	ing5a (ENSAMXG00000021559)	impact (ENSAMXG00000021560)	ENSAMXG00000021561	lmnb2 (ENSAMXG00000043460)	rpl36 (ENSAMXG00000021566) ##22	LONP1 (ENSAMXG00000021567) #23	ftsj3 (ENSAMXG00000021571)	lim2.2 (ENSAMXG00000021574)	ENSAMXG00000034594	gipc3 (ENSAMXG00000021581)	tbxa2r (ENSAMXG00000021585)	PTPRS (ENSAMXG00000021586) ##17	ENSAMXG00000041793	ENSAMXG00000030566	kdm4b (ENSAMXG00000021589) #16	uhrf1 (ENSAMXG00000021593) #15	ENSAMXG00000025274	timm44 (ENSAMXG00000021595)	CTXN1 (ENSAMXG00000021596)	fbn2b (ENSAMXG00000021616)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	27	tpm4a (ENSPNAG00000022014)	hsh2d (ENSPNAG00000022029)	ENSPNAG00000022049	gpc1a (ENSPNAG00000022074)	gpc5b (ENSPNAG00000022094)	ENSPNAG00000022124	aqp12 (ENSPNAG00000022146)	rpp21 (ENSPNAG00000022186)	pak2b (ENSPNAG00000022217)	pigx (ENSPNAG00000022229)	cep19 (ENSPNAG00000022237)	ing5a (ENSPNAG00000022278)	impact (ENSPNAG00000022290)	ENSPNAG00000022302	lmnb2 (ENSPNAG00000022321)	rpl36 (ENSPNAG00000022340) ##22	LONP1 (ENSPNAG00000022460) #23	ftsj3 (ENSPNAG00000022474)	lim2.2 (ENSPNAG00000022501)	ENSPNAG00000022535	gipc3 (ENSPNAG00000022570)	tbxa2r (ENSPNAG00000005337)	PTPRS (ENSPNAG00000022996) ##17
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159489	ENSGT00390000012482	ENSGT00950000182904.a.b.b.b	ENSGT00940000165052.e	ENSGT00940000160748.a	ENSGT00530000063974.a	ENSGT00390000016934	ENSGT00390000006166.b	ENSGT00390000016851	ENSGT00940000157019	ENSGT00390000007029	ENSGT00390000012240	ENSGT00390000007336.a.a	ENSGT00510000049316	ENSGT00940000160274	ENSGT00390000011943.b ##22	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00950000182993.A.a.j.b	ENSGT00940000158588.b #32	ENSGT00390000005338	ENSGT00900000141362.b	ENSGT00940000165287.a.b	ENSGT01030000235192	ENSGT00940000159972	ENSGT00390000002877	ENSGT00940000161678	ENSGT00940000157246.b	ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a	ENSGT00940000157178.h	ENSGT00940000166556.e	ENSGT00940000165061
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Asian bonytongue	MODERN SPECIES	24	ENSSFOG00015020130	slc5a5 (ENSSFOG00015020024)	ccdc124 (ENSSFOG00015019999)	KCNN1 (ENSSFOG00015019952)	ENSSFOG00015019935	nr2f6b (ENSSFOG00015030173)	ENSSFOG00015019903	babam1 (ENSSFOG00015019868)	plvapb (ENSSFOG00015019849)	gtpbp3 (ENSSFOG00015019813)	ANO8 (ENSSFOG00015019792)	dda1 (ENSSFOG00015019768)	ABHD8 (ENSSFOG00015019752)	zgc:85936 (ENSSFOG00015019718)	lmnb2 (ENSSFOG00015019572)	rpl36 (ENSSFOG00015026253) ##22	VMAC (ENSSFOG00015019553) #30	ENSSFOG00015013579	ENSSFOG00015019545	RANBP3 (ENSSFOG00015019527) #32	ctns (ENSSFOG00015019502)	ENSSFOG00015027791	ENSSFOG00015019191	ccl44 (ENSSFOG00015019138)	slc1a6 (ENSSFOG00015019106)	tax1bp3 (ENSSFOG00015024929)	hsh2d (ENSSFOG00015019079)	RAB8A (ENSSFOG00015019045)	ENSSFOG00015019031	tpm4a (ENSSFOG00015027692)	csnk1g2b (ENSSFOG00015001156)