Boreoeutheria	DUPLICATION
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Primates	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.i #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.i.b ##19	ENSGT00940000155916.i.a #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.j ##19	ENSGT00940000155916.i.a #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1													SAFB (ENSPSMG00000002292) #19	MICOS13 (ENSPSMG00000001966) #20	ENSPSMG00000001945 #21	RPL36 (ENSPSMG00000001940) #22	LONP1 (ENSPSMG00000001890) #23	CATSPERD (ENSPSMG00000001843) #24	PRR22 (ENSPSMG00000001830) #25	DUS3L (ENSPSMG00000001817) #26	NRTN (ENSPSMG00000001783) #27	ENSPSMG00000001776 #28	NDUFA11 (ENSPSMG00000001770) #29	VMAC (ENSPSMG00000001763) #30	CAPS (ENSPSMG00000001758) #31	RANBP3 (ENSPSMG00000001649) #32	RFX2 (ENSPSMG00000001497) #33	ACSBG2 (ENSPSMG00000001354) #34	ENSPSMG00000001321 #35	MLLT1 (ENSPSMG00000001229) #36	ACER1 (ENSPSMG00000001205) #37
Mouse lemur	MODERN SPECIES	16	MYDGF (ENSMICG00000015273)	DPP9 (ENSMICG00000015278)	TICAM1 (ENSMICG00000033254)	PLIN3 (ENSMICG00000005543)	ARRDC5 (ENSMICG00000033719)	UHRF1 (ENSMICG00000013754)	KDM4B (ENSMICG00000013784)	PTPRS (ENSMICG00000017221)	TINCR (ENSMICG00000042381)	SAFB2 (ENSMICG00000008711)	ENSMICG00000008739 ##19	ENSMICG00000046795 #19	ENSMICG00000034927 ##19	MICOS13 (ENSMICG00000007026) #20	HSD11B1L (ENSMICG00000007033) #21	RPL36 (ENSMICG00000035474) #22	LONP1 (ENSMICG00000007050) #23	CATSPERD (ENSMICG00000047708) #24	PRR22 (ENSMICG00000026944) #25	DUS3L (ENSMICG00000007097) #26	NRTN (ENSMICG00000044302) #27	NDUFA11 (ENSMICG00000033137) #29	VMAC (ENSMICG00000046967) #30	CAPS (ENSMICG00000004017) #31	RANBP3 (ENSMICG00000004018) #32	RFX2 (ENSMICG00000004022) #33	ACSBG2 (ENSMICG00000014476) #34	MLLT1 (ENSMICG00000006273) #36	ACER1 (ENSMICG00000006279) #37	ENSMICG00000006284	ALKBH7 (ENSMICG00000006288)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Tarsier	MODERN SPECIES	6841												TMEM247 (ENSTSYG00000010872)	ENSTSYG00000002837	PIGF (ENSTSYG00000002842)	CRIPT (ENSTSYG00000026434)	ENSTSYG00000030131 #22	MCFD2 (ENSTSYG00000029889)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.f #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442.a #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830.v
Mas night monkey	MODERN SPECIES	533	TRPV3 (ENSANAG00000027038)	TRPV1 (ENSANAG00000028188)	SHPK (ENSANAG00000023502)	CTNS (ENSANAG00000028019)	TAX1BP3 (ENSANAG00000022795)	ENSANAG00000001270	ENSANAG00000008652	P2RX5 (ENSANAG00000022069)	ITGAE (ENSANAG00000038445)	ENSANAG00000024918	CAMKK1 (ENSANAG00000026538)	P2RX1 (ENSANAG00000020873)	ATP2A3 (ENSANAG00000028942)	ZZEF1 (ENSANAG00000026636)	CYB5D2 (ENSANAG00000025749)	ENSANAG00000019538 #22	ANKFY1 (ENSANAG00000036830)	ENSANAG00000022222	UBE2G1 (ENSANAG00000037126)	SPNS2 (ENSANAG00000022866)	MYBBP1A (ENSANAG00000035807)	GGT6 (ENSANAG00000033795)	SMTNL2 (ENSANAG00000037635)	ALOX15 (ENSANAG00000023751)	ENSANAG00000034402	ENSANAG00000032449	ENSANAG00000005028	OR5H6 (ENSANAG00000032780)	ENSANAG00000017818
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.f #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442.a #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830.v
Marmoset	MODERN SPECIES	14	LRG1 (ENSCJAG00000017537)	SEMA6B (ENSCJAG00000017506)	TNFAIP8L1 (ENSCJAG00000022512)	MYDGF (ENSCJAG00000017503)	DPP9 (ENSCJAG00000017466)	FEM1A (ENSCJAG00000017463)	PLIN3 (ENSCJAG00000017442)	ARRDC5 (ENSCJAG00000017437)	UHRF1 (ENSCJAG00000017420)	KDM4B (ENSCJAG00000017363)	PTPRS (ENSCJAG00000017261)	TINCR (ENSCJAG00000046186)	SAFB2 (ENSCJAG00000041996)	SAFB (ENSCJAG00000017081) #19	MICOS13 (ENSCJAG00000017076) #20	RPL36 (ENSCJAG00000017072) #22	HSD11B1L (ENSCJAG00000016948) #21	LONP1 (ENSCJAG00000017041) #23	CATSPERD (ENSCJAG00000016893) #24	PRR22 (ENSCJAG00000017034) #25	DUS3L (ENSCJAG00000016997) #26	NRTN (ENSCJAG00000016988) #27	NDUFA11 (ENSCJAG00000016923) #29	VMAC (ENSCJAG00000072555) #30	RANBP3 (ENSCJAG00000016791) #32	RFX2 (ENSCJAG00000016750) #33	ACSBG2 (ENSCJAG00000016734) #34	MLLT1 (ENSCJAG00000044059) #36	ACER1 (ENSCJAG00000016705) #37	CLPP (ENSCJAG00000046904)	ALKBH7 (ENSCJAG00000016691)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.f #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442.a #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830.v
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	214										ENSCCAG00000027782	ELAVL4 (ENSCCAG00000024797)	DMRTA2 (ENSCCAG00000026118)	FAF1 (ENSCCAG00000024129)	ENSCCAG00000027169	CDKN2C (ENSCCAG00000020423)	ENSCCAG00000020651 #22	ENSCCAG00000024446	C1orf185 (ENSCCAG00000035941)	RNF11 (ENSCCAG00000021392)	TTC39A (ENSCCAG00000029112)	EPS15 (ENSCCAG00000020337)	ENSCCAG00000022769	NRDC (ENSCCAG00000035997)	RAB3B (ENSCCAG00000035544)	TXNDC12 (ENSCCAG00000021353)	BTF3L4 (ENSCCAG00000034219)	ENSCCAG00000023775	ZFYVE9 (ENSCCAG00000010035)	ENSCCAG00000034822	CC2D1B (ENSCCAG00000026730)	ORC1 (ENSCCAG00000032687)
Capuchin	MODERN SPECIES	512											CENPC (ENSCCAG00000033340)	ENSCCAG00000029856	ENSCCAG00000034566	LARP4B (ENSCCAG00000024869)	ENSCCAG00000021627	ENSCCAG00000018119 #22	IDI1 (ENSCCAG00000029961)	WDR37 (ENSCCAG00000035800)	ENSCCAG00000022022
Capuchin	MODERN SPECIES	145	ARHGEF16 (ENSCCAG00000023323)	MEGF6 (ENSCCAG00000031233)	TPRG1L (ENSCCAG00000027031)	WRAP73 (ENSCCAG00000031039)	TP73 (ENSCCAG00000028250)	CCDC27 (ENSCCAG00000024889)	SMIM1 (ENSCCAG00000023125)	LRRC47 (ENSCCAG00000024895)	CEP104 (ENSCCAG00000024268)	ENSCCAG00000033827	C1orf174 (ENSCCAG00000029954)	ENSCCAG00000028103	ENSCCAG00000029591	AJAP1 (ENSCCAG00000022884)	ENSCCAG00000020116	ENSCCAG00000000163 #22	NPHP4 (ENSCCAG00000022712)	KCNAB2 (ENSCCAG00000030976)	CHD5 (ENSCCAG00000024756)
Capuchin	MODERN SPECIES	53	TNFAIP8L1 (ENSCCAG00000000235)	MYDGF (ENSCCAG00000001374)	DPP9 (ENSCCAG00000029877)	TICAM1 (ENSCCAG00000031631)	PLIN3 (ENSCCAG00000027465)	ARRDC5 (ENSCCAG00000036736)	UHRF1 (ENSCCAG00000025539)	KDM4B (ENSCCAG00000032685)	PTPRS (ENSCCAG00000031318)	ENSCCAG00000031481	TINCR (ENSCCAG00000026043)	SAFB2 (ENSCCAG00000017348)	SAFB (ENSCCAG00000020193) #19	MICOS13 (ENSCCAG00000036233) #20	HSD11B1L (ENSCCAG00000032266) #21	ENSCCAG00000033023 #22	LONP1 (ENSCCAG00000025968) #23	ENSCCAG00000033624	CATSPERD (ENSCCAG00000028129) #24	PRR22 (ENSCCAG00000032448) #25	DUS3L (ENSCCAG00000036889) #26	NRTN (ENSCCAG00000024847) #27	ENSCCAG00000031284 #28	ENSCCAG00000033610	VMAC (ENSCCAG00000029347) #30	CAPS (ENSCCAG00000021578) #31	RANBP3 (ENSCCAG00000033247) #32	RFX2 (ENSCCAG00000028516) #33	ACSBG2 (ENSCCAG00000028068) #34	MLLT1 (ENSCCAG00000026378) #36	ACER1 (ENSCCAG00000030282) #37
Capuchin	MODERN SPECIES	101	SMIM33 (ENSCCAG00000025433)	STING1 (ENSCCAG00000013111)	ENSCCAG00000025425	CXXC5 (ENSCCAG00000035206)	PSD2 (ENSCCAG00000023879)	NRG2 (ENSCCAG00000022353)	IGIP (ENSCCAG00000019928)	CYSTM1 (ENSCCAG00000026489)	ENSCCAG00000033578	HBEGF (ENSCCAG00000033786)	SLC4A9 (ENSCCAG00000030814)	ANKHD1 (ENSCCAG00000036565)	SRA1 (ENSCCAG00000029225)	APBB3 (ENSCCAG00000038002)	ENSCCAG00000030910	ENSCCAG00000020715 #22	CD14 (ENSCCAG00000022555)	TMCO6 (ENSCCAG00000019619)	ENSCCAG00000036213	IK (ENSCCAG00000022729)	ENSCCAG00000027098	WDR55 (ENSCCAG00000032739)	DND1 (ENSCCAG00000020065)	HARS1 (ENSCCAG00000024213)	ENSCCAG00000036402	NOP58 (ENSCCAG00000021573)	ENSCCAG00000029316	BMPR2 (ENSCCAG00000025039)	ENSCCAG00000026090	FAM117B (ENSCCAG00000031732)	ICA1L (ENSCCAG00000027883)
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	90	PSMD9 (ENSSBOG00000034932)	CFAP251 (ENSSBOG00000033233)	BCL7A (ENSSBOG00000027952)	ENSSBOG00000033933	MLXIP (ENSSBOG00000024033)	IL31 (ENSSBOG00000024942)	LRRC43 (ENSSBOG00000003059)	B3GNT4 (ENSSBOG00000030128)	DIABLO (ENSSBOG00000000776)	VPS33A (ENSSBOG00000029119)	ENSSBOG00000026540	CLIP1 (ENSSBOG00000021686)	ZCCHC8 (ENSSBOG00000032964)	ENSSBOG00000023726	KNTC1 (ENSSBOG00000025862)	ENSSBOG00000018984 #22	ENSSBOG00000032425	CCDC62 (ENSSBOG00000027256)	HIP1R (ENSSBOG00000030180)	VPS37B (ENSSBOG00000024508)	ABCB9 (ENSSBOG00000025362)	OGFOD2 (ENSSBOG00000015231)	ARL6IP4 (ENSSBOG00000033244)	PITPNM2 (ENSSBOG00000028354)	MPHOSPH9 (ENSSBOG00000031113)	MTRFR (ENSSBOG00000026629)	CDK2AP1 (ENSSBOG00000022451)	SBNO1 (ENSSBOG00000015422)	KMT5A (ENSSBOG00000032983)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	48	SOWAHC (ENSSBOG00000020617)	ENSSBOG00000021194	MSH2 (ENSSBOG00000027484)	KCNK12 (ENSSBOG00000000094)	MSH6 (ENSSBOG00000011609)	FBXO11 (ENSSBOG00000027980)	ENSSBOG00000032584	FOXN2 (ENSSBOG00000025167)	ENSSBOG00000036123	STON1 (ENSSBOG00000034719)	GTF2A1L (ENSSBOG00000023060)	LHCGR (ENSSBOG00000019216)	ENSSBOG00000020971	FSHR (ENSSBOG00000033299)	ENSSBOG00000028134	ENSSBOG00000034030 #22	NRXN1 (ENSSBOG00000026811)	CHAC2 (ENSSBOG00000030058)	ASB3 (ENSSBOG00000034288)	ERLEC1 (ENSSBOG00000022814)	GPR75 (ENSSBOG00000019537)	ENSSBOG00000021730	ACYP2 (ENSSBOG00000030505)	C2orf73 (ENSSBOG00000033884)	SPTBN1 (ENSSBOG00000027662)	EML6 (ENSSBOG00000024484)	RTN4 (ENSSBOG00000032024)	CLHC1 (ENSSBOG00000031988)	RPS27A (ENSSBOG00000035895)	MTIF2 (ENSSBOG00000026993)	ENSSBOG00000035508
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	150	SEMA6B (ENSSBOG00000028706)	TNFAIP8L1 (ENSSBOG00000007846)	MYDGF (ENSSBOG00000003528)	DPP9 (ENSSBOG00000026641)	FEM1A (ENSSBOG00000026904)	TICAM1 (ENSSBOG00000033757)	PLIN3 (ENSSBOG00000030805)	ARRDC5 (ENSSBOG00000019452)	UHRF1 (ENSSBOG00000029565)	KDM4B (ENSSBOG00000031905)	PTPRS (ENSSBOG00000032421)	SAFB2 (ENSSBOG00000032315)	SAFB (ENSSBOG00000026291) #19	ENSSBOG00000014431 #20	HSD11B1L (ENSSBOG00000024882) #21	RPL36 (ENSSBOG00000034984) #22	LONP1 (ENSSBOG00000031618) #23	CATSPERD (ENSSBOG00000029793) #24	PRR22 (ENSSBOG00000011474) #25	DUS3L (ENSSBOG00000020402) #26	NRTN (ENSSBOG00000034565) #27	ENSSBOG00000026247 #28	NDUFA11 (ENSSBOG00000032051) #29	VMAC (ENSSBOG00000032055) #30	CAPS (ENSSBOG00000034784) #31	RANBP3 (ENSSBOG00000029392) #32	RFX2 (ENSSBOG00000017266) #33	ACSBG2 (ENSSBOG00000030379) #34	MLLT1 (ENSSBOG00000025950) #36	ACER1 (ENSSBOG00000028157) #37	CLPP (ENSSBOG00000036193)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.a #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.a #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.a #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	27	STK3 (ENSCSAG00000012319)	OSR2 (ENSCSAG00000012312)	VPS13B (ENSCSAG00000012302)	RGS22 (ENSCSAG00000012276)	FBXO43 (ENSCSAG00000012174)	POLR2K (ENSCSAG00000012163)	SPAG1 (ENSCSAG00000012110)	RNF19A (ENSCSAG00000012091)	ANKRD46 (ENSCSAG00000012085)	SNX31 (ENSCSAG00000012041)	PABPC1 (ENSCSAG00000012017)	YWHAZ (ENSCSAG00000012007)	ZNF706 (ENSCSAG00000011997)	GRHL2 (ENSCSAG00000011989)	NCALD (ENSCSAG00000011979)	ENSCSAG00000018603 #22	RRM2B (ENSCSAG00000011973)	UBR5 (ENSCSAG00000011959)	ODF1 (ENSCSAG00000011938)	KLF10 (ENSCSAG00000011934)	AZIN1 (ENSCSAG00000011928)	ENSCSAG00000018605	ATP6V1C1 (ENSCSAG00000011918)	BAALC (ENSCSAG00000011912)	FZD6 (ENSCSAG00000011906)	CTHRC1 (ENSCSAG00000011899)	SLC25A32 (ENSCSAG00000011893)	DCAF13 (ENSCSAG00000011887)	RIMS2 (ENSCSAG00000011873)	DCSTAMP (ENSCSAG00000011849)	DPYS (ENSCSAG00000011841)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00910000147670	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.a.b.a #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00910000147670	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.a.b.a #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00910000147670	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.a.b.a #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	177	MYDGF (ENSCATG00000032287)	DPP9 (ENSCATG00000020009)	FEM1A (ENSCATG00000018011)	TICAM1 (ENSCATG00000038098)	PLIN3 (ENSCATG00000040496)	ARRDC5 (ENSCATG00000038386)	UHRF1 (ENSCATG00000032110)	KDM4B (ENSCATG00000041015)	PTPRS (ENSCATG00000042727)	TINCR (ENSCATG00000040420)	SAFB2 (ENSCATG00000039497)	SAFB (ENSCATG00000029994) #19	ENSCATG00000014937	MICOS13 (ENSCATG00000018927) #20	HSD11B1L (ENSCATG00000029572) #21	RPL36 (ENSCATG00000032940) #22	LONP1 (ENSCATG00000040763) #23	CATSPERD (ENSCATG00000039925) #24	PRR22 (ENSCATG00000033772) #25	DUS3L (ENSCATG00000040809) #26	NRTN (ENSCATG00000038604) #27	ENSCATG00000040267 #28	ENSCATG00000040235 #28	ENSCATG00000041060 #29	VMAC (ENSCATG00000041336) #30	CAPS (ENSCATG00000030192) #31	RANBP3 (ENSCATG00000044346) #32	RFX2 (ENSCATG00000040945) #33	ACSBG2 (ENSCATG00000033762) #34	MLLT1 (ENSCATG00000036992) #36	ACER1 (ENSCATG00000026770) #37
Drill	DUPLICATION
Drill	MODERN SPECIES	1535	ZDHHC6 (ENSMLEG00000037283)	ACSL5 (ENSMLEG00000037635)	TECTB (ENSMLEG00000035432)	GPAM (ENSMLEG00000030336)	ADRA2A (ENSMLEG00000035045)	SHOC2 (ENSMLEG00000037364)	BBIP1 (ENSMLEG00000012412)	PDCD4 (ENSMLEG00000035966)	RBM20 (ENSMLEG00000029981)	SMC3 (ENSMLEG00000043852)	DUSP5 (ENSMLEG00000028721)	SMNDC1 (ENSMLEG00000040236)	MXI1 (ENSMLEG00000040226)	ADD3 (ENSMLEG00000028381)	XPNPEP1 (ENSMLEG00000039947)	ENSMLEG00000027974 #22
Drill	MODERN SPECIES	1534	LRG1 (ENSMLEG00000039522)	SEMA6B (ENSMLEG00000044162)	MYDGF (ENSMLEG00000035052)	DPP9 (ENSMLEG00000038585)	FEM1A (ENSMLEG00000027893)	TICAM1 (ENSMLEG00000038663)	PLIN3 (ENSMLEG00000032626)	ARRDC5 (ENSMLEG00000028188)	UHRF1 (ENSMLEG00000035319)	KDM4B (ENSMLEG00000034336)	PTPRS (ENSMLEG00000001366)	SAFB2 (ENSMLEG00000034562)	SAFB (ENSMLEG00000038637) #19	MICOS13 (ENSMLEG00000029750) #20	HSD11B1L (ENSMLEG00000034487) #21	RPL36 (ENSMLEG00000040908) #22	LONP1 (ENSMLEG00000039601) #23	CATSPERD (ENSMLEG00000031145) #24	PRR22 (ENSMLEG00000035921) #25	DUS3L (ENSMLEG00000043222) #26	ENSMLEG00000036792 #28	FUT3 (ENSMLEG00000037551) #28	NDUFA11 (ENSMLEG00000028488) #29	VMAC (ENSMLEG00000041920) #30	CAPS (ENSMLEG00000036098) #31	RANBP3 (ENSMLEG00000028374) #32	RFX2 (ENSMLEG00000025063) #33	ACSBG2 (ENSMLEG00000021100) #34	MLLT1 (ENSMLEG00000034524) #36	ACER1 (ENSMLEG00000042127) #37	CLPP (ENSMLEG00000022592)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00910000147670	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.a.b.a #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	204	PACC1 (ENSMNEG00000040751)	NENF (ENSMNEG00000036836)	ATF3 (ENSMNEG00000044528)	BATF3 (ENSMNEG00000012965)	ENSMNEG00000021942	NSL1 (ENSMNEG00000034616)	TATDN3 (ENSMNEG00000033507)	FLVCR1 (ENSMNEG00000029472)	VASH2 (ENSMNEG00000020215)	ANGEL2 (ENSMNEG00000027131)	RPS6KC1 (ENSMNEG00000029897)	PROX1 (ENSMNEG00000031336)	SMYD2 (ENSMNEG00000037770)	PTPN14 (ENSMNEG00000029573)	CENPF (ENSMNEG00000040232)	ENSMNEG00000001691 #22	ENSMNEG00000000754	KCNK2 (ENSMNEG00000035782)	KCTD3 (ENSMNEG00000029482)	USH2A (ENSMNEG00000030217)	ESRRG (ENSMNEG00000042999)	GPATCH2 (ENSMNEG00000034969)	SPATA17 (ENSMNEG00000039678)	RRP15 (ENSMNEG00000044170)	TGFB2 (ENSMNEG00000043377)	LYPLAL1 (ENSMNEG00000028805)	ENSMNEG00000012078	SLC30A10 (ENSMNEG00000032165)	EPRS1 (ENSMNEG00000023887)	BPNT1 (ENSMNEG00000038467)	IARS2 (ENSMNEG00000038908)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT01100000263539.b.a.a.a.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01100000263539.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT01100000263508.A.d.e.a.b	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Rhesus	MODERN SPECIES	10	PLIN3 (ENSMMUG00000014816)	ENSMMUG00000053070	ENSMMUG00000062995	ARRDC5 (ENSMMUG00000058275)	UHRF1 (ENSMMUG00000012705)	KDM4B (ENSMMUG00000012677)	ENSMMUG00000062347	ENSMMUG00000054688	PTPRS (ENSMMUG00000011962)	ZNRF4 (ENSMMUG00000012312)	ENSMMUG00000052315	SAFB2 (ENSMMUG00000017968)	SAFB (ENSMMUG00000017970) #19	MICOS13 (ENSMMUG00000028920) #20	HSD11B1L (ENSMMUG00000020705) #21	RPL36 (ENSMMUG00000041188) #22	LONP1 (ENSMMUG00000020707) #23	DUS3L (ENSMMUG00000031027) #26	NRTN (ENSMMUG00000058031) #27	FUT5 (ENSMMUG00000050702) #28	NDUFA11 (ENSMMUG00000016665) #29	CAPS (ENSMMUG00000011963) #31	RANBP3 (ENSMMUG00000011964) #32	RFX2 (ENSMMUG00000011967) #33	ACSBG2 (ENSMMUG00000018937) #34	MLLT1 (ENSMMUG00000005697) #36	ENSMMUG00000063389	ACER1 (ENSMMUG00000005698) #37	CLPP (ENSMMUG00000028914)	ALKBH7 (ENSMMUG00000000054)	PSPN (ENSMMUG00000053244) ##27
Crab-eating macaque	DUPLICATION
Crab-eating macaque	DUPLICATION
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	10	FEM1A (ENSMFAG00000063251)	TICAM1 (ENSMFAG00000036705)	ENSMFAG00000051113	ARRDC5 (ENSMFAG00000044169)	ENSMFAG00000060481	UHRF1 (ENSMFAG00000037780)	KDM4B (ENSMFAG00000002814)	ENSMFAG00000047403	ZNRF4 (ENSMFAG00000050092)	ENSMFAG00000063116	TINCR (ENSMFAG00000032284)	SAFB2 (ENSMFAG00000039706)	ENSMFAG00000003885	MICOS13 (ENSMFAG00000034498) #20	HSD11B1L (ENSMFAG00000044973) #21	ENSMFAG00000034345 #22	ENSMFAG00000043447 #23	CATSPERD (ENSMFAG00000045623) #24	PRR22 (ENSMFAG00000031910) #25	NRTN (ENSMFAG00000038415) #27	FUT3 (ENSMFAG00000003882) #28	FUT5 (ENSMFAG00000038995) #28	ENSMFAG00000003802 #29	CAPS (ENSMFAG00000044715) #31	RANBP3 (ENSMFAG00000031395) #32	RFX2 (ENSMFAG00000036589) #33	ACSBG2 (ENSMFAG00000033353) #34	MLLT1 (ENSMFAG00000039501) #36	ENSMFAG00000064713	ACER1 (ENSMFAG00000043465) #37	CLPP (ENSMFAG00000063171)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	17	TLN2 (ENSMFAG00000003975)	ENSMFAG00000052652	ENSMFAG00000057223	ENSMFAG00000034175	ENSMFAG00000053675	ENSMFAG00000030850	VPS13C (ENSMFAG00000001003)	ENSMFAG00000055861	ENSMFAG00000054832	ENSMFAG00000058783	ENSMFAG00000055173	RORA (ENSMFAG00000043163)	ICE2 (ENSMFAG00000036919)	ANXA2 (ENSMFAG00000030479)	FOXB1 (ENSMFAG00000013645)	ENSMFAG00000063104 #22	BNIP2 (ENSMFAG00000033391)	ENSMFAG00000034656	GCNT3 (ENSMFAG00000038485)	ENSMFAG00000045407	FAM81A (ENSMFAG00000044204)	ENSMFAG00000048877	LDHAL6B (ENSMFAG00000049071)	MYO1E (ENSMFAG00000032366)	CCNB2 (ENSMFAG00000042779)	RNF111 (ENSMFAG00000031221)	SLTM (ENSMFAG00000033354)	MINDY2 (ENSMFAG00000033162)	ADAM10 (ENSMFAG00000003773)	LIPC (ENSMFAG00000034000)	AQP9 (ENSMFAG00000039733)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	175	RP2 (ENSMFAG00000039362)	ENSMFAG00000049759	JADE3 (ENSMFAG00000001112)	RGN (ENSMFAG00000040199)	ENSMFAG00000000409	RBM10 (ENSMFAG00000032405)	UBA1 (ENSMFAG00000001128)	USP11 (ENSMFAG00000043917)	ZNF157 (ENSMFAG00000031278)	ZNF41 (ENSMFAG00000023099)	ARAF (ENSMFAG00000031035)	TIMP1 (ENSMFAG00000038764)	CFP (ENSMFAG00000032256)	ELK1 (ENSMFAG00000039945)	UXT (ENSMFAG00000002442)	RPL36 (ENSMFAG00000053066) #22	ZNF81 (ENSMFAG00000042362)	ENSMFAG00000051057	ZNF182 (ENSMFAG00000036192)	ENSMFAG00000039745	ENSMFAG00000033029	ENSMFAG00000035694	ENSMFAG00000000046	ENSMFAG00000055371	ENSMFAG00000045384	ENSMFAG00000061797	ENSMFAG00000044497	SLC38A5 (ENSMFAG00000000065)	FTSJ1 (ENSMFAG00000003467)	PORCN (ENSMFAG00000035976)	EBP (ENSMFAG00000037811)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222912	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.b.a #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Golden snub-nosed monkey	DUPLICATION
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1318	ENSRROG00000013533	MYDGF (ENSRROG00000041459)	DPP9 (ENSRROG00000000093)	FEM1A (ENSRROG00000027770)	TICAM1 (ENSRROG00000036433)	PLIN3 (ENSRROG00000043999)	ARRDC5 (ENSRROG00000024805)	UHRF1 (ENSRROG00000045607)	KDM4B (ENSRROG00000045568)	PTPRS (ENSRROG00000045731)	ENSRROG00000020752	SAFB2 (ENSRROG00000006606)	SAFB (ENSRROG00000029278) #19	MICOS13 (ENSRROG00000031692) #20	HSD11B1L (ENSRROG00000021400) #21	ENSRROG00000040246 #22	LONP1 (ENSRROG00000026671) #23	CATSPERD (ENSRROG00000039160) #24	PRR22 (ENSRROG00000009666) #25	DUS3L (ENSRROG00000037008) #26	NRTN (ENSRROG00000005450) #27	ENSRROG00000043951 #28	FUT3 (ENSRROG00000032467) #28	NDUFA11 (ENSRROG00000001285) #29	VMAC (ENSRROG00000031275) #30	CAPS (ENSRROG00000043353) #31	RANBP3 (ENSRROG00000032677) #32	RFX2 (ENSRROG00000028821) #33	ACSBG2 (ENSRROG00000035513) #34	MLLT1 (ENSRROG00000042162) #36	ACER1 (ENSRROG00000022472) #37
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2809										GPNMB (ENSRROG00000043088)	MALSU1 (ENSRROG00000044633)	IGF2BP3 (ENSRROG00000035375)	TRA2A (ENSRROG00000030758)	ENSRROG00000000838	ENSRROG00000044135	ENSRROG00000027854 #22	ENSRROG00000036078	ENSRROG00000029597	CCDC126 (ENSRROG00000022960)
Black snub-nosed monkey	DUPLICATION
Black snub-nosed monkey	DUPLICATION
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3190																ENSRBIG00000008613 #22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	778											ENSRBIG00000037243	ADAM18 (ENSRBIG00000033665)	ADAM2 (ENSRBIG00000001541)	IDO1 (ENSRBIG00000031329)	IDO2 (ENSRBIG00000038872)	ENSRBIG00000001639 #22	TCIM (ENSRBIG00000027643)	ZMAT4 (ENSRBIG00000031887)	SFRP1 (ENSRBIG00000032313)	GOLGA7 (ENSRBIG00000039536)	GINS4 (ENSRBIG00000027166)	GPAT4 (ENSRBIG00000040482)	NKX6-3 (ENSRBIG00000031967)	ANK1 (ENSRBIG00000042414)	KAT6A (ENSRBIG00000034904)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1317	SEMA6B (ENSRBIG00000031016)	MYDGF (ENSRBIG00000041710)	DPP9 (ENSRBIG00000029295)	FEM1A (ENSRBIG00000028366)	TICAM1 (ENSRBIG00000036282)	PLIN3 (ENSRBIG00000028765)	ARRDC5 (ENSRBIG00000044702)	UHRF1 (ENSRBIG00000033386)	KDM4B (ENSRBIG00000042253)	PTPRS (ENSRBIG00000043442)	ZNRF4 (ENSRBIG00000042468)	SAFB2 (ENSRBIG00000033446)	SAFB (ENSRBIG00000042509) #19	MICOS13 (ENSRBIG00000039787) #20	HSD11B1L (ENSRBIG00000002668) #21	ENSRBIG00000042035 #22	LONP1 (ENSRBIG00000040386) #23	CATSPERD (ENSRBIG00000027971) #24	PRR22 (ENSRBIG00000034517) #25	DUS3L (ENSRBIG00000025322) #26	ENSRBIG00000043064 #28
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.a.b #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Gibbon	MODERN SPECIES	7	SEMA6B (ENSNLEG00000013327)	ENSNLEG00000013330	ENSNLEG00000013332	DPP9 (ENSNLEG00000013372)	ENSNLEG00000036057	TICAM1 (ENSNLEG00000013388)	PLIN3 (ENSNLEG00000013389)	ARRDC5 (ENSNLEG00000027674)	ENSNLEG00000013406	KDM4B (ENSNLEG00000013428)	PTPRS (ENSNLEG00000013443)	SAFB2 (ENSNLEG00000013514)	SAFB (ENSNLEG00000013551) #19	ENSNLEG00000013676 #20	HSD11B1L (ENSNLEG00000013681) #21	RPL36 (ENSNLEG00000013689) #22	ENSNLEG00000013700 #23	CATSPERD (ENSNLEG00000013718) #24	ENSNLEG00000013730 #25	DUS3L (ENSNLEG00000013734) #26	NRTN (ENSNLEG00000013785) #27	ENSNLEG00000034850 #29	ENSNLEG00000013795 #30	ENSNLEG00000003385	ENSNLEG00000030217	ENSNLEG00000003143	ENSNLEG00000034480	ENSNLEG00000003119	ENSNLEG00000034044	ENSNLEG00000031845	KPTN (ENSNLEG00000003092)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.a.b #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Orangutan	MODERN SPECIES	10	MYDGF (ENSPPYG00000009414)	DPP9 (ENSPPYG00000009415)	FEM1A (ENSPPYG00000009417)	TICAM1 (ENSPPYG00000009418)	PLIN3 (ENSPPYG00000009419)	ARRDC5 (ENSPPYG00000009420)	UHRF1 (ENSPPYG00000009422)	KDM4B (ENSPPYG00000009423)	PTPRS (ENSPPYG00000009424)	ZNRF4 (ENSPPYG00000009425)	TINCR-LIKE (ENSPPYG00000030128)	SAFB2 (ENSPPYG00000009427)	SAFB (ENSPPYG00000009428) #19	ENSPPYG00000009429 #20	HSD11B1L (ENSPPYG00000009430) #21	RPL36 (ENSPPYG00000009431) #22	LONP1 (ENSPPYG00000009432) #23	CATSPERD (ENSPPYG00000009433) #24	PRR22 (ENSPPYG00000009434) #25	DUS3L (ENSPPYG00000009435) #26	NRTN (ENSPPYG00000009436) #27	FUT6 (ENSPPYG00000009437) #28	FUT5 (ENSPPYG00000009438) #28	ENSPPYG00000030201 #29	ENSPPYG00000036062 #31	RANBP3 (ENSPPYG00000009444) #32	RFX2 (ENSPPYG00000009445) #33	ACSBG2 (ENSPPYG00000009446) #34	MLLT1 (ENSPPYG00000009447) #36	ACER1 (ENSPPYG00000009448) #37	CLPP (ENSPPYG00000009449)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210.c	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000012818.o.b	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.a.b #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Gorilla	MODERN SPECIES	10	DPP9 (ENSGGOG00000002848)	FEM1A (ENSGGOG00000008707)	ENSGGOG00000006675	PLIN3 (ENSGGOG00000015057)	ARRDC5 (ENSGGOG00000028284)	UHRF1 (ENSGGOG00000004610)	KDM4B (ENSGGOG00000009769)	PTPRS (ENSGGOG00000008094)	ZNRF4 (ENSGGOG00000002709)	ENSGGOG00000037778	ENSGGOG00000042820	SAFB2 (ENSGGOG00000015093)	SAFB (ENSGGOG00000015109) #19	ENSGGOG00000011081 #20	HSD11B1L (ENSGGOG00000015362) #21	RPL36 (ENSGGOG00000015365) #22	LONP1 (ENSGGOG00000015370) #23	CATSPERD (ENSGGOG00000015377) #24	PRR22 (ENSGGOG00000005789) #25	DUS3L (ENSGGOG00000027433) #26	NRTN (ENSGGOG00000006255) #27	FUT6 (ENSGGOG00000006260) #28	FUT3 (ENSGGOG00000006272) #28	FUT5 (ENSGGOG00000006269) #28	NDUFA11 (ENSGGOG00000006279) #29	VMAC (ENSGGOG00000038181) #30	ENSGGOG00000006292 #31	RANBP3 (ENSGGOG00000006300) #32	RFX2 (ENSGGOG00000009633) #33	ACSBG2 (ENSGGOG00000026850) #34	MLLT1 (ENSGGOG00000010872) #36
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210.c	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000012818.o.b	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.a.b #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00940000163389.a.a #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36
Human	MODERN SPECIES	10	SEMA6B (ENSG00000167680)	TNFAIP8L1 (ENSG00000185361)	MYDGF (ENSG00000074842)	DPP9 (ENSG00000142002)	FEM1A (ENSG00000141965)	TICAM1 (ENSG00000127666)	PLIN3 (ENSG00000105355)	ARRDC5 (ENSG00000205784)	UHRF1 (ENSG00000276043)	KDM4B (ENSG00000127663)	PTPRS (ENSG00000105426)	ZNRF4 (ENSG00000105428)	TINCR (ENSG00000223573)	SAFB2 (ENSG00000130254)	SAFB (ENSG00000160633) #19	RPL36 (ENSG00000130255) #22	MICOS13 (ENSG00000174917) #20	HSD11B1L (ENSG00000167733) #21	LONP1 (ENSG00000196365) #23	CATSPERD (ENSG00000174898) #24	PRR22 (ENSG00000212123) #25	ENSG00000267157	DUS3L (ENSG00000141994) #26	NRTN (ENSG00000171119) #27	FUT6 (ENSG00000156413) #28	FUT3 (ENSG00000171124) #28	FUT5 (ENSG00000130383) #28	ENSG00000267740	NDUFA11 (ENSG00000174886) #29	VMAC (ENSG00000187650) #30	CAPS (ENSG00000105519) #31
Pan	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210.c	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b.g	ENSGT00940000153617.A.b.h	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000012818.o.b	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389.a.b #28	ENSGT00940000163389.b.b #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00910000148057
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Chimpanzee	MODERN SPECIES	10	MYDGF (ENSPTRG00000010318)	DPP9 (ENSPTRG00000010319)	FEM1A (ENSPTRG00000009897)	TICAM1 (ENSPTRG00000010322)	PLIN3 (ENSPTRG00000010324)	ARRDC5 (ENSPTRG00000029163)	UHRF1 (ENSPTRG00000010326)	KDM4B (ENSPTRG00000010327)	PTPRS (ENSPTRG00000010328)	TINCR-LIKE (ENSPTRG00000047440)	ENSPTRG00000051112	SAFB2 (ENSPTRG00000010334)	SAFB (ENSPTRG00000010335) #19	MICOS13 (ENSPTRG00000010336) #20	HSD11B1L (ENSPTRG00000010337) #21	RPL36 (ENSPTRG00000010338) #22	LONP1 (ENSPTRG00000010339) #23	CATSPERD (ENSPTRG00000046125) #24	PRR22 (ENSPTRG00000032573) #25	DUS3L (ENSPTRG00000010343) #26	NRTN (ENSPTRG00000010344) #27	FUT5 (ENSPTRG00000010347) #28	FUT3 (ENSPTRG00000010346) #28	NDUFA11 (ENSPTRG00000029161) #29	VMAC (ENSPTRG00000010349) #30	CAPS (ENSPTRG00000010350) #31	RANBP3 (ENSPTRG00000010351) #32	RFX2 (ENSPTRG00000010352) #33	ACSBG2 (ENSPTRG00000010354) #34	MLLT1 (ENSPTRG00000010356) #36	ENSPTRG00000045179
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Glires	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22
Rabbit	MODERN SPECIES	526															TLE3 (ENSOCUG00000023043)	ENSOCUG00000020961 #22	RPLP1 (ENSOCUG00000015087)	KIF23 (ENSOCUG00000015068)	PAQR5 (ENSOCUG00000033658)	GLCE (ENSOCUG00000002972)	NOX5 (ENSOCUG00000015805)	SPESP1 (ENSOCUG00000025748)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
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Rat	MODERN SPECIES	5	LOC100360491 (ENSRNOG00000061438)	Myo1g (ENSRNOG00000059140)	Ccm2 (ENSRNOG00000060825)	Nacad (ENSRNOG00000053875)	Tbrg4 (ENSRNOG00000052477)	Wap (ENSRNOG00000055684)	Ramp3 (ENSRNOG00000053766)	AABR07015941.1 (ENSRNOG00000058474)	Eif6-ps1 (ENSRNOG00000058513)	Adcy1 (ENSRNOG00000059479)	Ccdc201 (ENSRNOG00000068472)	Igfbp1 (ENSRNOG00000058780)	Igfbp3 (ENSRNOG00000061910)	LOC686087 (ENSRNOG00000058316)	Tns3 (ENSRNOG00000025695)	LOC120096659 (ENSRNOG00000061615) #22	Pkd1l1 (ENSRNOG00000004865)	Hus1 (ENSRNOG00000005141)	Sun3 (ENSRNOG00000005105)	LOC688553 (ENSRNOG00000037632)	Upp1 (ENSRNOG00000004972)	Abca13 (ENSRNOG00000025645)	ENSRNOG00000067374	LOC685655 (ENSRNOG00000069782)	LOC498414 (ENSRNOG00000030665)	Vwc2 (ENSRNOG00000049076)	Zpbp (ENSRNOG00000027801)	Spata48 (ENSRNOG00000037621)	Ikzf1 (ENSRNOG00000004444)	Fignl1 (ENSRNOG00000004440)	Ddc (ENSRNOG00000004327)
Mus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830	ENSGT00390000014585
Shrew mouse	MODERN SPECIES	9	Sema6b (MGP_PahariEiJ_G0020756)	Tnfaip8l1 (MGP_PahariEiJ_G0020757)	Mydgf (MGP_PahariEiJ_G0020758)	Dpp9 (MGP_PahariEiJ_G0020759)	MGP_PahariEiJ_G0020760	Ticam1 (MGP_PahariEiJ_G0020761)	Plin3 (MGP_PahariEiJ_G0020762)	Arrdc5 (MGP_PahariEiJ_G0020763)	Uhrf1 (MGP_PahariEiJ_G0020764)	Kdm4b (MGP_PahariEiJ_G0020765)	Ptprs (MGP_PahariEiJ_G0020766)	Znrf4 (MGP_PahariEiJ_G0020767)	Safb2 (MGP_PahariEiJ_G0020768)	Safb (MGP_PahariEiJ_G0020769) #19	Micos13 (MGP_PahariEiJ_G0020770) #20	MGP_PahariEiJ_G0020771 #22	Lonp1 (MGP_PahariEiJ_G0020772) #23	Catsperd (MGP_PahariEiJ_G0020773) #24	Ranbp3 (MGP_PahariEiJ_G0020774) #32	Vmac (MGP_PahariEiJ_G0020775) #30	Ndufa11 (MGP_PahariEiJ_G0020776) #29	Nrtn (MGP_PahariEiJ_G0020777) #27	Dus3l (MGP_PahariEiJ_G0020778) #26	Prr22 (MGP_PahariEiJ_G0020779) #25	Rfx2 (MGP_PahariEiJ_G0020780) #33	Acsbg2 (MGP_PahariEiJ_G0020781) #34	Acsbg3 (MGP_PahariEiJ_G0020782) #35	Mllt1 (MGP_PahariEiJ_G0020783) #36	Acer1 (MGP_PahariEiJ_G0020784) #37	Clpp (MGP_PahariEiJ_G0020785)	Alkbh7 (MGP_PahariEiJ_G0020786)
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434.k #29	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830	ENSGT00390000014585
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434.k #29	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830	ENSGT00390000014585
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159170	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434.k #29	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830	ENSGT00390000014585
spretus	MODERN SPECIES	8	Lrg1 (MGP_SPRETEiJ_G0022678)	Sema6b (MGP_SPRETEiJ_G0022679)	Tnfaip8l1 (MGP_SPRETEiJ_G0022680)	Mydgf (MGP_SPRETEiJ_G0022681)	Dpp9 (MGP_SPRETEiJ_G0022682)	Ticam1 (MGP_SPRETEiJ_G0022683)	Plin3 (MGP_SPRETEiJ_G0022684)	Arrdc5 (MGP_SPRETEiJ_G0022685)	Uhrf1 (MGP_SPRETEiJ_G0022686)	Kdm4b (MGP_SPRETEiJ_G0022687)	Ptprs (MGP_SPRETEiJ_G0022688)	Znrf4 (MGP_SPRETEiJ_G0022689)	Safb2 (MGP_SPRETEiJ_G0022690)	MGP_SPRETEiJ_G0022691	Micos13 (MGP_SPRETEiJ_G0022692) #20	MGP_SPRETEiJ_G0022693 #22	Lonp1 (MGP_SPRETEiJ_G0022694) #23	Catsperd (MGP_SPRETEiJ_G0022695) #24	Ranbp3 (MGP_SPRETEiJ_G0022696) #32	Vmac (MGP_SPRETEiJ_G0022697) #30	Ndufa11 (MGP_SPRETEiJ_G0022698) #29	Nrtn (MGP_SPRETEiJ_G0022699) #27	Dus3l (MGP_SPRETEiJ_G0022700) #26	Prr22 (MGP_SPRETEiJ_G0022701) #25	Rfx2 (MGP_SPRETEiJ_G0022702) #33	Acsbg2 (MGP_SPRETEiJ_G0022703) #34	Acsbg3 (MGP_SPRETEiJ_G0022704) #35	Mllt1 (MGP_SPRETEiJ_G0022705) #36	Acer1 (MGP_SPRETEiJ_G0022706) #37	Clpp (MGP_SPRETEiJ_G0022707)	Alkbh7 (MGP_SPRETEiJ_G0022708)
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2787													Nt5e (ENSMSIG00000026329)	Snx14 (ENSMSIG00000026119)	Syncrip (ENSMSIG00000026038)	ENSMSIG00000026025 #22	Zfp949 (ENSMSIG00000025999)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3342	Mlana (ENSMSIG00000025512)	9930021J03Rik (ENSMSIG00000025540)	Ranbp6 (ENSMSIG00000025595)	Il33 (ENSMSIG00000025601)	Trpd52l3 (ENSMSIG00000025636)	Uhrf2 (ENSMSIG00000025646)	Gldc (ENSMSIG00000025683)	ENSMSIG00000025712	Mbl2 (ENSMSIG00000025715)	Dkk1 (ENSMSIG00000025730)	Prkg1 (ENSMSIG00000025753)	Cstf2t (ENSMSIG00000025837)	A1cf (ENSMSIG00000025842)	Asah2 (ENSMSIG00000025919)	Sgms1 (ENSMSIG00000025956)	ENSMSIG00000025995 #22	Minpp1 (ENSMSIG00000026013)	Papss2 (ENSMSIG00000026029)	ENSMSIG00000026081	Atad1 (ENSMSIG00000026090)	ENSMSIG00000026127	Rnls (ENSMSIG00000026145)	ENSMSIG00000026154
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2657															ENSMSIG00000022566 #20	ENSMSIG00000022557 #22	Lonp1 (ENSMSIG00000022544) #23	Catsperd (ENSMSIG00000022478) #24	Ranbp3 (ENSMSIG00000022350) #32	Vmac (ENSMSIG00000022334) #30	ENSMSIG00000022323 #29	Nrtn (ENSMSIG00000022315) #27	Dus3l (ENSMSIG00000022291) #26	Prr22 (ENSMSIG00000022272) #25	Rfx2 (ENSMSIG00000022188) #33	Acsbg2 (ENSMSIG00000022144) #34	Acsbg3 (ENSMSIG00000022123) #35	Mllt1 (ENSMSIG00000022050) #36	Acer1 (ENSMSIG00000022023) #37	Clpp (ENSMSIG00000022008)	Alkbh7 (ENSMSIG00000021986)
Ryukyu mouse	DUPLICATION
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	6	Cacnb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0020239)	Ddx23 (MGP_CAROLIEiJ_G0020240)	Rnd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020241)	Ccdc65 (MGP_CAROLIEiJ_G0020242)	Fkbp11 (MGP_CAROLIEiJ_G0020243)	Arf3 (MGP_CAROLIEiJ_G0020244)	Wnt10b (MGP_CAROLIEiJ_G0020245)	Wnt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020246)	Ddn (MGP_CAROLIEiJ_G0020247)	Prkag1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020248)	Kmt2d (MGP_CAROLIEiJ_G0020249)	Rhebl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020250)	Dhh (MGP_CAROLIEiJ_G0020251)	Lmbr1l (MGP_CAROLIEiJ_G0020252)	MGP_CAROLIEiJ_G0020253	MGP_CAROLIEiJ_G0020254 #22	Prph (MGP_CAROLIEiJ_G0020255)	Troap (MGP_CAROLIEiJ_G0020256)	C1ql4 (MGP_CAROLIEiJ_G0020257)	Dnajc22 (MGP_CAROLIEiJ_G0020258)	Spats2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020259)	Kcnh3 (MGP_CAROLIEiJ_G0020260)	Mcrs1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020261)	Fam186b (MGP_CAROLIEiJ_G0020262)	Prpf40b (MGP_CAROLIEiJ_G0020263)	Fmnl3 (MGP_CAROLIEiJ_G0020264)	Tmbim6 (MGP_CAROLIEiJ_G0020265)	Nckap5l (MGP_CAROLIEiJ_G0020266)	Bcdin3d (MGP_CAROLIEiJ_G0020267)	Faim2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020268)	Aqp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020269)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	8	Sema6b (MGP_CAROLIEiJ_G0021767)	Tnfaip8l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021768)	Mydgf (MGP_CAROLIEiJ_G0021769)	Dpp9 (MGP_CAROLIEiJ_G0021770)	MGP_CAROLIEiJ_G0021771	Ticam1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021772)	Plin3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021773)	Arrdc5 (MGP_CAROLIEiJ_G0021774)	Uhrf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021775)	Kdm4b (MGP_CAROLIEiJ_G0021776)	Ptprs (MGP_CAROLIEiJ_G0021777)	Znrf4 (MGP_CAROLIEiJ_G0021778)	Safb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021779)	Safb (MGP_CAROLIEiJ_G0021780) #19	Micos13 (MGP_CAROLIEiJ_G0021781) #20	MGP_CAROLIEiJ_G0021782 #22	Lonp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021783) #23	Catsperd (MGP_CAROLIEiJ_G0021784) #24	Ranbp3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021785) #32	Vmac (MGP_CAROLIEiJ_G0021786) #30	Ndufa11 (MGP_CAROLIEiJ_G0021787) #29	Nrtn (MGP_CAROLIEiJ_G0021788) #27	Dus3l (MGP_CAROLIEiJ_G0021789) #26	Prr22 (MGP_CAROLIEiJ_G0021790) #25	Rfx2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021791) #33	Acsbg2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021792) #34	Acsbg3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021793) #35	Mllt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021794) #36	Acer1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021795) #37	Clpp (MGP_CAROLIEiJ_G0021796)	Alkbh7 (MGP_CAROLIEiJ_G0021797)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	16	Klrc1 (ENSPEMG00000005241)	Klri2 (ENSPEMG00000005466)	ENSPEMG00000009497	Klri1 (ENSPEMG00000015819)	Klrh1 (ENSPEMG00000000899)	ENSPEMG00000011731	ENSPEMG00000014490	ENSPEMG00000009705	ENSPEMG00000031124	ENSPEMG00000001679	ENSPEMG00000026574	ENSPEMG00000024296	Magohb (ENSPEMG00000008487)	Styk1 (ENSPEMG00000012920)	ENSPEMG00000012132	ENSPEMG00000000976 #22	Tas2r130 (ENSPEMG00000009244)	Tas2r106 (ENSPEMG00000025484)	Tas2r105 (ENSPEMG00000027555)	Tas2r114 (ENSPEMG00000026139)	ENSPEMG00000027242	ENSPEMG00000029354	Tas2r121 (ENSPEMG00000027243)	ENSPEMG00000027930	ENSPEMG00000014909	Tas2r136 (ENSPEMG00000029366)	Tas2r125 (ENSPEMG00000027192)	ENSPEMG00000024976	ENSPEMG00000014209	Tas2r116 (ENSPEMG00000024760)	ENSPEMG00000029929
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
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Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	975	Tnfaip8l1 (ENSNGAG00000016594)	Mydgf (ENSNGAG00000015445)	Dpp9 (ENSNGAG00000021967)	ENSNGAG00000018411	Ticam1 (ENSNGAG00000014467)	Plin3 (ENSNGAG00000021889)	Arrdc5 (ENSNGAG00000020666)	Uhrf1 (ENSNGAG00000022853)	Kdm4b (ENSNGAG00000021232)	Ptprs (ENSNGAG00000019407)	Tincr (ENSNGAG00000021324)	ENSNGAG00000018473	Safb (ENSNGAG00000019882) #19	ENSNGAG00000021672 #20	ENSNGAG00000022750 #21	ENSNGAG00000021002 #22	Lonp1 (ENSNGAG00000018118) #23	Catsperd (ENSNGAG00000021716) #24	Ranbp3 (ENSNGAG00000015130) #32	Vmac (ENSNGAG00000016642) #30	Ndufa11 (ENSNGAG00000017779) #29	Nrtn (ENSNGAG00000021333) #27	Dus3l (ENSNGAG00000017157) #26	Prr22 (ENSNGAG00000023052) #25	Rfx2 (ENSNGAG00000018829) #33	Mllt1 (ENSNGAG00000015361) #36	Acer1 (ENSNGAG00000021750) #37	Clpp (ENSNGAG00000020943)	Alkbh7 (ENSNGAG00000018037)	Pspn (ENSNGAG00000022337) ##27	Gtf2f1 (ENSNGAG00000023277)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	961																ENSNGAG00000001896 #22	Epm2a (ENSNGAG00000013054)	Fbxo30 (ENSNGAG00000009924)	Shprh (ENSNGAG00000014582)	Grm1 (ENSNGAG00000021611)	Rab32 (ENSNGAG00000019607)	Adgb (ENSNGAG00000012242)	Stxbp5 (ENSNGAG00000012215)	Samd5 (ENSNGAG00000005661)	ENSNGAG00000001032	ENSNGAG00000000734	ENSNGAG00000015292	Ust (ENSNGAG00000019792)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	301	MYDGF (ENSUPAG00010009956)	DPP9 (ENSUPAG00010009974)	FEM1A (ENSUPAG00010010026)	TICAM1 (ENSUPAG00010010031)	PLIN3 (ENSUPAG00010010038)	ENSUPAG00010010053	UHRF1 (ENSUPAG00010010060)	KDM4B (ENSUPAG00010010101)	PTPRS (ENSUPAG00010010260)	ZNRF4 (ENSUPAG00010023622)	ENSUPAG00010023624	SAFB2 (ENSUPAG00010023625)	SAFB (ENSUPAG00010023630) #19	MICOS13 (ENSUPAG00010023633) #20	HSD11B1L (ENSUPAG00010023634) #21	RPL36 (ENSUPAG00010023635) #22	LONP1 (ENSUPAG00010023636) #23	PRR22 (ENSUPAG00010023639) #25	DUS3L (ENSUPAG00010023640) #26	NRTN (ENSUPAG00010023641) #27	ENSUPAG00010023642	ENSUPAG00010023643 #29	VMAC (ENSUPAG00010023644) #30	CAPS (ENSUPAG00010023646) #31	RANBP3 (ENSUPAG00010023645) #32	RFX2 (ENSUPAG00010023647) #33	ACSBG2 (ENSUPAG00010023648) #34	ENSUPAG00010023649 #35	MLLT1 (ENSUPAG00010023650) #36	ACER1 (ENSUPAG00010023651) #37	CLPP (ENSUPAG00010023652)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800.b #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800.b #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Guinea pig	MODERN SPECIES	266							DPP9 (ENSCPOG00000023894)	FEM1A (ENSCPOG00000002697)	TICAM1 (ENSCPOG00000006486)	PLIN3 (ENSCPOG00000035732)	ARRDC5 (ENSCPOG00000019363)	UHRF1 (ENSCPOG00000013885)	SAFB2 (ENSCPOG00000011394)	SAFB (ENSCPOG00000026322) #19	MICOS13 (ENSCPOG00000019813) #20	RPL36 (ENSCPOG00000022839) #22	LONP1 (ENSCPOG00000022470) #23
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800.b #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830	ENSGT00390000014585
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	202	SEMA6B (ENSCLAG00000009399)	TNFAIP8L1 (ENSCLAG00000009190)	MYDGF (ENSCLAG00000016185)	DPP9 (ENSCLAG00000008590)	FEM1A (ENSCLAG00000006945)	TICAM1 (ENSCLAG00000017975)	PLIN3 (ENSCLAG00000006302)	ARRDC5 (ENSCLAG00000006231)	KDM4B (ENSCLAG00000007020)	PTPRS (ENSCLAG00000006868)	ENSCLAG00000008007	ENSCLAG00000007870	ENSCLAG00000009742	SAFB (ENSCLAG00000007734) #19	MICOS13 (ENSCLAG00000009496) #20	RPL36 (ENSCLAG00000012455) #22	LONP1 (ENSCLAG00000007239) #23	PRR22 (ENSCLAG00000009039) #25	DUS3L (ENSCLAG00000008470) #26	NDUFA11 (ENSCLAG00000008043) #29	VMAC (ENSCLAG00000012168) #30	CAPS (ENSCLAG00000013758) #31	RANBP3 (ENSCLAG00000011775) #32	RFX2 (ENSCLAG00000008242) #33	ACSBG2 (ENSCLAG00000007301) #34	ENSCLAG00000006362 #35	MLLT1 (ENSCLAG00000011833) #36	ACER1 (ENSCLAG00000011663) #37	CLPP (ENSCLAG00000009974)	ALKBH7 (ENSCLAG00000017244)	PSPN (ENSCLAG00000016653) ##27
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	134	ENSODEG00000012110	SCN8A (ENSODEG00000011035)	SLC4A8 (ENSODEG00000011060)	GALNT6 (ENSODEG00000010915)	CELA1 (ENSODEG00000012871)	ENSODEG00000012421	SMAGP (ENSODEG00000011513)	DAZAP2 (ENSODEG00000011237)	ENSODEG00000011102	ENSODEG00000010792	CSRNP2 (ENSODEG00000013075)	LETMD1 (ENSODEG00000010964)	HIGD1C (ENSODEG00000011715)	ENSODEG00000011859	ENSODEG00000012543	ENSODEG00000012166 #22	SLC11A2 (ENSODEG00000011252)	ENSODEG00000019844	ENSODEG00000011220	METTL7A (ENSODEG00000012146)	ENSODEG00000015022	ENSODEG00000011824	ENSODEG00000019859	ENSODEG00000010935	DIP2B (ENSODEG00000011416)	LARP4 (ENSODEG00000009770)	ENSODEG00000010866	ENSODEG00000019860	LIMA1 (ENSODEG00000010787)	ENSODEG00000019715	ENSODEG00000019772 ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	133	RPL11 (ENSODEG00000014876)	ID3 (ENSODEG00000014895)	E2F2 (ENSODEG00000014064)	ASAP3 (ENSODEG00000013894)	ENSODEG00000014378	ZNF436 (ENSODEG00000014873)	ENSODEG00000015161	ENSODEG00000020184	ENSODEG00000020101	LUZP1 (ENSODEG00000014336)	KDM1A (ENSODEG00000014755)	ENSODEG00000014466	ENSODEG00000014173	LACTBL1 (ENSODEG00000014475)	EPHB2 (ENSODEG00000015223)	ENSODEG00000020286 #22	C1QB (ENSODEG00000015143)	C1QC (ENSODEG00000015249)	C1QA (ENSODEG00000016110)	EPHA8 (ENSODEG00000014623)	ZBTB40 (ENSODEG00000015208)	ENSODEG00000016237	ENSODEG00000020316	ENSODEG00000014387	WNT4 (ENSODEG00000014777)	CDC42 (ENSODEG00000015760)	ENSODEG00000014833	ENSODEG00000014468	ENSODEG00000014629	HSPG2 (ENSODEG00000015394)	ENSODEG00000014605
Degu	MODERN SPECIES	171	ENSODEG00000006322	TEKT2 (ENSODEG00000007150)	ADPRS (ENSODEG00000006213)	ENSODEG00000006340	ENSODEG00000007410	MAP7D1 (ENSODEG00000005198)	ENSODEG00000006090	SH3D21 (ENSODEG00000005155)	EVA1B (ENSODEG00000006459)	STK40 (ENSODEG00000005380)	LSM10 (ENSODEG00000019161)	OSCP1 (ENSODEG00000005227)	MRPS15 (ENSODEG00000005390)	CSF3R (ENSODEG00000006285)	GRIK3 (ENSODEG00000005952)	ENSODEG00000019238 #22	ZC3H12A (ENSODEG00000005643)	ENSODEG00000007741	SNIP1 (ENSODEG00000005648)	DNALI1 (ENSODEG00000006719)	ENSODEG00000005679	RSPO1 (ENSODEG00000005377)	CDCA8 (ENSODEG00000005939)	EPHA10 (ENSODEG00000005704)	ENSODEG00000008311	MANEAL (ENSODEG00000007218)	YRDC (ENSODEG00000007401)	C1orf122 (ENSODEG00000006893)	ENSODEG00000007031	INPP5B (ENSODEG00000007989)	ENSODEG00000007470
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	75	ENSODEG00000008138	MOXD1 (ENSODEG00000006351)	CCN2 (ENSODEG00000006255)	ENSODEG00000005928	ENPP3 (ENSODEG00000005745)	ENSODEG00000005845	MED23 (ENSODEG00000007943)	ARG1 (ENSODEG00000005285)	ENSODEG00000007083	ENSODEG00000006795	EPB41L2 (ENSODEG00000006317)	ENSODEG00000005885	TMEM200A (ENSODEG00000019233)	SAMD3 (ENSODEG00000005370)	L3MBTL3 (ENSODEG00000005114)	ENSODEG00000019330 #22	ARHGAP18 (ENSODEG00000007583)	LAMA2 (ENSODEG00000005449)	PTPRK (ENSODEG00000005439)	ENSODEG00000004918	C6orf58 (ENSODEG00000006422)	SOGA3 (ENSODEG00000006129)	KIAA0408 (ENSODEG00000005707)	ENSODEG00000005434	RNF146 (ENSODEG00000005012)	RSPO3 (ENSODEG00000006025)	CENPW (ENSODEG00000005769)	TRMT11 (ENSODEG00000005552)	ENSODEG00000005269	HINT3 (ENSODEG00000005459)	ENSODEG00000005167
Degu	MODERN SPECIES	131	ENSODEG00000012898	GTF3C6 (ENSODEG00000013017)	ENSODEG00000013529	ENSODEG00000012904	SLC16A10 (ENSODEG00000013681)	ENSODEG00000015389	ENSODEG00000013254	ENSODEG00000013062	ENSODEG00000013600	ENSODEG00000013155	ENSODEG00000013019	REV3L (ENSODEG00000014010)	ENSODEG00000020026 ##22	ENSODEG00000013153	FYN (ENSODEG00000013749)	ENSODEG00000020089 #22
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	91	TNFAIP8L1 (ENSODEG00000020424)	MYDGF (ENSODEG00000014093)	DPP9 (ENSODEG00000014408)	ENSODEG00000014241	FEM1A (ENSODEG00000014717)	TICAM1 (ENSODEG00000014706)	PLIN3 (ENSODEG00000014389)	ARRDC5 (ENSODEG00000014652)	UHRF1 (ENSODEG00000015557)	KDM4B (ENSODEG00000014383)	PTPRS (ENSODEG00000015678)	ENSODEG00000015112	SAFB2 (ENSODEG00000014751)	SAFB (ENSODEG00000014838) #19	MICOS13 (ENSODEG00000016327) #20	ENSODEG00000017182 #22	LONP1 (ENSODEG00000015069) #23	PRR22 (ENSODEG00000015287) #25	DUS3L (ENSODEG00000015771) #26	NRTN (ENSODEG00000014997) #27	NDUFA11 (ENSODEG00000015123) #29	VMAC (ENSODEG00000014819) #30	CAPS (ENSODEG00000016529) #31	RANBP3 (ENSODEG00000015257) #32	RFX2 (ENSODEG00000015368) #33	ENSODEG00000015714 #34	ENSODEG00000015920 #35	MLLT1 (ENSODEG00000014883) #36	ACER1 (ENSODEG00000015726) #37	CLPP (ENSODEG00000015485)	ALKBH7 (ENSODEG00000015141)
Degu	MODERN SPECIES	179					ENSODEG00000006064	ENSODEG00000006020	ENSODEG00000006008	PDCL (ENSODEG00000005932)	ENSODEG00000005918	ZBTB6 (ENSODEG00000019273)	ZBTB26 (ENSODEG00000005887)	ENSODEG00000019228	ENSODEG00000019246	RABGAP1 (ENSODEG00000004811)	ENSODEG00000004632	ENSODEG00000019097 #22	CRB2 (ENSODEG00000004481)	DENND1A (ENSODEG00000004310)	LHX2 (ENSODEG00000004212)	ENSODEG00000004179	NEK6 (ENSODEG00000004126)	ENSODEG00000019019	ENSODEG00000004257	NR5A1 (ENSODEG00000004244)	ENSODEG00000004234	NR6A1 (ENSODEG00000004183)	OLFML2A (ENSODEG00000004138)	ENSODEG00000004120	ENSODEG00000004095	GOLGA1 (ENSODEG00000003980)	SCAI (ENSODEG00000003843)
Degu	MODERN SPECIES	242											EDA2R (ENSODEG00000002752)	ENSODEG00000002763	ENSODEG00000002775	ENSODEG00000002800	OPHN1 (ENSODEG00000002942)	ENSODEG00000018935 #22	ENSODEG00000018893	YIPF6 (ENSODEG00000003199)	STARD8 (ENSODEG00000003234)	EFNB1 (ENSODEG00000003265)	PJA1 (ENSODEG00000003279)	NALF2 (ENSODEG00000003294)	EDA (ENSODEG00000003373)	ENSODEG00000003442	ENSODEG00000019007	AWAT2 (ENSODEG00000003456)	ENSODEG00000003477
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	100	NGLY1 (ENSODEG00000003087)	ENSODEG00000018912	ENSODEG00000003058	TOP2B (ENSODEG00000002867)	RARB (ENSODEG00000002769)	ENSODEG00000018882	THRB (ENSODEG00000002741)	ENSODEG00000002947	NR1D2 (ENSODEG00000002903)	ENSODEG00000002871	NKIRAS1 (ENSODEG00000002859)	UBE2E1 (ENSODEG00000002839)	ENSODEG00000002817	UBE2E2 (ENSODEG00000002776)	ENSODEG00000018888	ENSODEG00000018931 #22	ENSODEG00000002705	ZNF385D (ENSODEG00000002684)
Degu	MODERN SPECIES	153	ENSODEG00000019307	QKI (ENSODEG00000007408)	PACRG (ENSODEG00000009517)	PRKN (ENSODEG00000006701)	AGPAT4 (ENSODEG00000007571)	ENSODEG00000006672	ENSODEG00000006392	ENSODEG00000019262	ENSODEG00000006455	ENSODEG00000009894	SLC22A3 (ENSODEG00000006460)	ENSODEG00000006583	ENSODEG00000007010	SLC22A2 (ENSODEG00000007315)	SLC22A1 (ENSODEG00000007862)	ENSODEG00000019312 #22	IGF2R (ENSODEG00000007106)	ENSODEG00000019599	MAS1 (ENSODEG00000019418)	ENSODEG00000019381	PNLDC1 (ENSODEG00000008047)	ENSODEG00000019385	ENSODEG00000007318	ENSODEG00000007990	ENSODEG00000008372	ACAT2 (ENSODEG00000008431)	ENSODEG00000008023	ENSODEG00000019351	SOD2 (ENSODEG00000007052)	ENSODEG00000019438	METRNL (ENSODEG00000008002)
Degu	MODERN SPECIES	201	ENSODEG00000013695	TSPAN33 (ENSODEG00000012549)	SMO (ENSODEG00000012811)	ENSODEG00000012926	ENSODEG00000020155	ENSODEG00000020258	AHCYL2 (ENSODEG00000014499)	STRIP2 (ENSODEG00000014429)	NRF1 (ENSODEG00000013841)	UBE2H (ENSODEG00000014391)	ZC3HC1 (ENSODEG00000014604)	KLHDC10 (ENSODEG00000013850)	ENSODEG00000012667	SSMEM1 (ENSODEG00000014078)	ENSODEG00000020048	ENSODEG00000020051 #22	CPA2 (ENSODEG00000013927)	ENSODEG00000012655	CPA4 (ENSODEG00000013009)	CPA5 (ENSODEG00000014248)	CPA1 (ENSODEG00000012980)	CEP41 (ENSODEG00000014730)	ENSODEG00000015027
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	233								SPTLC1 (ENSODEG00000001326)	ROR2 (ENSODEG00000001285)	ENSODEG00000018624	NFIL3 (ENSODEG00000018647)	AUH (ENSODEG00000000932)	SYK (ENSODEG00000000792)	ENSODEG00000000742	ENSODEG00000018655	ENSODEG00000018615 #22	GADD45G (ENSODEG00000000725)	SEMA4D (ENSODEG00000000714)	ENSODEG00000000699	SECISBP2 (ENSODEG00000000675)	ENSODEG00000000659	SHC3 (ENSODEG00000000614)	S1PR3 (ENSODEG00000018606)	ENSODEG00000000572	NXNL2 (ENSODEG00000000550)	SPIN1 (ENSODEG00000001589)
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Degu	MODERN SPECIES	56	MINDY4 (ENSODEG00000010027)	INMT (ENSODEG00000009377)	CRHR2 (ENSODEG00000013231)	GARS1 (ENSODEG00000008246)	GGCT (ENSODEG00000008799)	NOD1 (ENSODEG00000008060)	ENSODEG00000009309	MTURN (ENSODEG00000008081)	PLEKHA8 (ENSODEG00000010642)	FKBP14 (ENSODEG00000009158)	SCRN1 (ENSODEG00000008733)	WIPF3 (ENSODEG00000007842)	ENSODEG00000019511	PRR15 (ENSODEG00000019540)	CHN2 (ENSODEG00000008637)	ENSODEG00000008241 #22	ENSODEG00000009470	TRIL (ENSODEG00000019862)	CREB5 (ENSODEG00000008640)	JAZF1 (ENSODEG00000009398)	ENSODEG00000011321	ENSODEG00000011639	ENSODEG00000019519	ENSODEG00000007935	HIBADH (ENSODEG00000010442)	EVX1 (ENSODEG00000007853)	HOXA13 (ENSODEG00000007693)	HOXA11 (ENSODEG00000010282)	ENSODEG00000009794	ENSODEG00000009545	HOXA9 (ENSODEG00000009347)
Naked mole-rat female	DUPLICATION
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Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	ZFX (ENSHGLG00000047951)	ENSHGLG00000006530	KLHL15 (ENSHGLG00000033316)	ENSHGLG00000029226	APOO (ENSHGLG00000005507)	Sat1 (ENSHGLG00000034014)	ENSHGLG00000004750	ENSHGLG00000004420	ENSHGLG00000004378	ENSHGLG00000035489	ENSHGLG00000000547	ENSHGLG00000041869	ENSHGLG00000036411	ENSHGLG00000001581	KLHL34 (ENSHGLG00000020474)	ENSHGLG00000034421 #22	SMPX (ENSHGLG00000050435)	ENSHGLG00000046622	MBTPS2 (ENSHGLG00000001714)	ENSHGLG00000001773	PHEX (ENSHGLG00000003219)	ENSHGLG00000003413	ENSHGLG00000033146	ENSHGLG00000020425	ENSHGLG00000000563	ENSHGLG00000050318	ENSHGLG00000044116	ENSHGLG00000000543	ENSHGLG00000020000	ENSHGLG00000000584	ENSHGLG00000000866
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36
Artiodactyla	DUPLICATION
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a #22
Artiodactyla_a	DUPLICATION
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000009366.l.a	ENSGT00390000018829.g.a	ENSGT00550000074866	ENSGT00880000138028.b.b	ENSGT00900000143654	ENSGT00940000155695	ENSGT00390000004856.w.b	ENSGT00390000004766	ENSGT00940000154798.a.d.a	ENSGT00940000158987.d	ENSGT00530000063426.b.b	ENSGT00390000002563.b.a.a	ENSGT00390000002563.a	ENSGT00940000153295.b	ENSGT00940000155839	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22	ENSGT01100000263525.a.b.b.c.b	ENSGT00940000155610	ENSGT01010000228757	ENSGT00940000155377	ENSGT00940000156143	ENSGT00940000154272.A	ENSGT00940000160200	ENSGT00940000155625	ENSGT00940000164601	ENSGT00940000157719	ENSGT00730000111138	ENSGT00390000007284	ENSGT00950000182919.A	ENSGT00940000155184	ENSGT00940000162208
Beluga whale	MODERN SPECIES	80	RTN4IP1 (ENSDLEG00000017504)	ENSDLEG00000017491	ENSDLEG00000017458	CRYBG1 (ENSDLEG00000017426)	ENSDLEG00000017411	ATG5 (ENSDLEG00000017390)	PRDM1 (ENSDLEG00000017371)	ENSDLEG00000017350	PREP (ENSDLEG00000017313)	POPDC3 (ENSDLEG00000017299)	BVES (ENSDLEG00000017267)	LIN28B (ENSDLEG00000017221)	HACE1 (ENSDLEG00000017132)	ENSDLEG00000017116	ENSDLEG00000017112	ENSDLEG00000017104 #22	ENSDLEG00000017099	GRIK2 (ENSDLEG00000017039)	ENSDLEG00000017014	ASCC3 (ENSDLEG00000016917)	SIM1 (ENSDLEG00000016898)	MCHR2 (ENSDLEG00000016838)	PRDM13 (ENSDLEG00000016823)	CCNC (ENSDLEG00000016748)	TSTD3 (ENSDLEG00000016726)	USP45 (ENSDLEG00000016693)	PNISR (ENSDLEG00000016648)	COQ3 (ENSDLEG00000016636)	FAXC (ENSDLEG00000016622)	FBXL4 (ENSDLEG00000016608)	POU3F2 (ENSDLEG00000016603)
Narwhal	MODERN SPECIES	301	QRSL1 (ENSMMNG00015010552)	RTN4IP1 (ENSMMNG00015010517)	ENSMMNG00015010497	CRYBG1 (ENSMMNG00015010430)	ENSMMNG00015010395	ENSMMNG00015010386	PRDM1 (ENSMMNG00015010356)	ATG5 (ENSMMNG00015010296)	ENSMMNG00015010265	PREP (ENSMMNG00015010230)	POPDC3 (ENSMMNG00015010209)	BVES (ENSMMNG00015010194)	LIN28B (ENSMMNG00015010175)	HACE1 (ENSMMNG00015010135)	ENSMMNG00015010104	ENSMMNG00015010090 #22	ENSMMNG00015010086	GRIK2 (ENSMMNG00015009912)	ENSMMNG00015009869	ASCC3 (ENSMMNG00015009831)	SIM1 (ENSMMNG00015009809)	MCHR2 (ENSMMNG00015009778)	PRDM13 (ENSMMNG00015009755)	CCNC (ENSMMNG00015009719)	ENSMMNG00015009693	USP45 (ENSMMNG00015009670)	PNISR (ENSMMNG00015009651)	COQ3 (ENSMMNG00015009635)	FAXC (ENSMMNG00015009621)	FBXL4 (ENSMMNG00015009601)	POU3F2 (ENSMMNG00015009596)
Vaquita	MODERN SPECIES	3	QRSL1 (ENSPSNG00000013527)	RTN4IP1 (ENSPSNG00000013614)	CRYBG1 (ENSPSNG00000013720)	ENSPSNG00000013855	ENSPSNG00000013913	ATG5 (ENSPSNG00000014006)	ENSPSNG00000014192	PRDM1 (ENSPSNG00000014233)	PREP (ENSPSNG00000014450)	POPDC3 (ENSPSNG00000014548)	BVES (ENSPSNG00000014643)	LIN28B (ENSPSNG00000014731)	HACE1 (ENSPSNG00000014920)	ENSPSNG00000015137	ENSPSNG00000015155	ENSPSNG00000015175 #22	ENSPSNG00000015195	GRIK2 (ENSPSNG00000015353)	ENSPSNG00000016469	ASCC3 (ENSPSNG00000016505)	ENSPSNG00000016595	MCHR2 (ENSPSNG00000016680)	PRDM13 (ENSPSNG00000016806)	CCNC (ENSPSNG00000016881)	ENSPSNG00000017064	USP45 (ENSPSNG00000017100)	PNISR (ENSPSNG00000017222)	COQ3 (ENSPSNG00000017302)	FAXC (ENSPSNG00000017384)	FBXL4 (ENSPSNG00000017467)	POU3F2 (ENSPSNG00000017509)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.a #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Arabian camel	MODERN SPECIES	14	TNFAIP8L1 (ENSCDRG00005003603)	MYDGF (ENSCDRG00005003565)	DPP9 (ENSCDRG00005022025)	FEM1A (ENSCDRG00005022020)	TICAM1 (ENSCDRG00005022019)	PLIN3 (ENSCDRG00005022017)	ARRDC5 (ENSCDRG00005022014)	UHRF1 (ENSCDRG00005022008)	KDM4B (ENSCDRG00005022004)	ENSCDRG00005021998	ENSCDRG00005021995	SAFB2 (ENSCDRG00005021993)	SAFB (ENSCDRG00005021986) #19	MICOS13 (ENSCDRG00005021982) #20	HSD11B1L (ENSCDRG00005021979) #21	ENSCDRG00005021978 #22	LONP1 (ENSCDRG00005021975) #23	CATSPERD (ENSCDRG00005021971) #24	PRR22 (ENSCDRG00005021969) #25	DUS3L (ENSCDRG00005021966) #26	NRTN (ENSCDRG00005021964) #27	ENSCDRG00005021962	NDUFA11 (ENSCDRG00005021961) #29	VMAC (ENSCDRG00005021959) #30	CAPS (ENSCDRG00005021958) #31	RANBP3 (ENSCDRG00005021957) #32	RFX2 (ENSCDRG00005021955) #33	ACSBG2 (ENSCDRG00005021953) #34	MLLT1 (ENSCDRG00005021952) #36	ACER1 (ENSCDRG00005021951) #37	CLPP (ENSCDRG00005021950)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000012248	ENSGT00390000010591	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000156279	ENSGT00930000150969.A.c.b.b	ENSGT00930000150969.A.c.a	ENSGT00930000150969.A.c.b.a	ENSGT00940000156522	ENSGT00940000158488	ENSGT00390000011296	ENSGT00390000008255	ENSGT00940000155968	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22	ENSGT00940000156575	ENSGT00940000156185	ENSGT00730000111237	ENSGT00940000159446	ENSGT00390000017260	ENSGT00940000161582	ENSGT00390000011031	ENSGT00940000154962.A.c	ENSGT01090000260115	ENSGT00940000154962.A.d.a	ENSGT00390000011206.a	ENSGT00510000046985.h.b.b	ENSGT00390000006707.q.d	ENSGT00940000160058	ENSGT00940000159299
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000012248	ENSGT00390000010591	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000156279	ENSGT00930000150969.A.c.b.b	ENSGT00930000150969.A.c.a	ENSGT00930000150969.A.c.b.a	ENSGT00940000156522	ENSGT00940000158488	ENSGT00390000011296	ENSGT00390000008255	ENSGT00940000155968	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22	ENSGT00940000156575	ENSGT00940000156185.t	ENSGT00730000111237	ENSGT00940000159446	ENSGT00390000017260	ENSGT00940000161582	ENSGT00390000011031	ENSGT00940000154962.A.c	ENSGT01090000260115	ENSGT00940000154962.A.d.a	ENSGT00390000011206.a	ENSGT00510000046985.h.b.b	ENSGT00390000006707.q.d	ENSGT00940000160058	ENSGT00940000159299
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156530.c	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000012248	ENSGT00390000010591	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000156279	ENSGT00930000150969.A.c.b.b	ENSGT00930000150969.A.c.a	ENSGT00930000150969.A.c.b.a	ENSGT00940000156522	ENSGT00940000158488	ENSGT00390000011296	ENSGT00940000155968	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22	ENSGT00940000156575	ENSGT00940000156185.t	ENSGT00730000111237	ENSGT00940000159446	ENSGT00390000017260	ENSGT00940000161582	ENSGT00390000011031	ENSGT00940000154962.A.c	ENSGT01090000260115	ENSGT00940000154962.A.d.a	ENSGT00390000011206.a	ENSGT00510000046985.h.b.b	ENSGT00390000006707.q.d	ENSGT00940000160058	ENSGT00940000159299
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000018052	ENSGT00940000156530.c	ENSGT00390000004284	ENSGT00940000157885	ENSGT00390000012248	ENSGT00390000010591	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00950000183015.A	ENSGT00940000156279	ENSGT00930000150969.A.c.b.b	ENSGT00930000150969.A.c.a	ENSGT00930000150969.A.c.b.a	ENSGT00940000156522	ENSGT00940000158488	ENSGT00390000011296	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.a.b #22	ENSGT00940000155968	ENSGT00940000156575	ENSGT00940000156185.t	ENSGT00730000111237	ENSGT00940000159446	ENSGT00940000161582	ENSGT01090000260115	ENSGT00390000011031	ENSGT00940000154962.A.d.a	ENSGT00390000011206.a	ENSGT00510000046985.h.b.b	ENSGT00390000006707.q.d	ENSGT00390000006707.r.h.b	ENSGT00940000160058	ENSGT00940000159299
Narwhal	MODERN SPECIES	305	PNO1 (ENSMMNG00015015433)	PPP3R1 (ENSMMNG00015015405)	CNRIP1 (ENSMMNG00015015380)	PLEK (ENSMMNG00015015351)	FBXO48 (ENSMMNG00015015325)	APLF (ENSMMNG00015015298)	PROKR1 (ENSMMNG00015015283)	ARHGAP25 (ENSMMNG00015015108)	BMP10 (ENSMMNG00015015084)	ENSMMNG00015015070	GKN2 (ENSMMNG00015015048)	GKN1 (ENSMMNG00015015029)	ANTXR1 (ENSMMNG00015015005)	GFPT1 (ENSMMNG00015014974)	NFU1 (ENSMMNG00015014943)	ENSMMNG00015014934 #22	AAK1 (ENSMMNG00015014881)	ANXA4 (ENSMMNG00015014849)	ENSMMNG00015014824	ENSMMNG00015014799	MXD1 (ENSMMNG00015014776)	ENSMMNG00015014724	PCBP1 (ENSMMNG00015014717)	ENSMMNG00015014704	C2orf42 (ENSMMNG00015014664)	ENSMMNG00015014614	PCYOX1 (ENSMMNG00015014565)	ENSMMNG00015014552	ENSMMNG00015014529	TGFA (ENSMMNG00015014512)	ADD2 (ENSMMNG00015014473)
Beluga whale	MODERN SPECIES	42	PPP3R1 (ENSDLEG00000005831)	CNRIP1 (ENSDLEG00000005826)	PLEK (ENSDLEG00000005814)	FBXO48 (ENSDLEG00000005798)	APLF (ENSDLEG00000005776)	PROKR1 (ENSDLEG00000005769)	ARHGAP25 (ENSDLEG00000005744)	ENSDLEG00000005710	BMP10 (ENSDLEG00000005697)	ENSDLEG00000005689	GKN2 (ENSDLEG00000005673)	GKN1 (ENSDLEG00000005657)	ANTXR1 (ENSDLEG00000005620)	GFPT1 (ENSDLEG00000005570)	NFU1 (ENSDLEG00000005546)	ENSDLEG00000005538 #22	AAK1 (ENSDLEG00000005437)	ANXA4 (ENSDLEG00000005419)	GMCL1 (ENSDLEG00000005398)	SNRNP27 (ENSDLEG00000005387)	MXD1 (ENSDLEG00000005379)	ENSDLEG00000005374	PCBP1 (ENSDLEG00000005372)	ENSDLEG00000005367	CUNH2orf42 (ENSDLEG00000005359)	ENSDLEG00000005347	PCYOX1 (ENSDLEG00000005335)	SNRPG (ENSDLEG00000005308)	ENSDLEG00000005295	TGFA (ENSDLEG00000005282)	ADD2 (ENSDLEG00000005235)
Vaquita	MODERN SPECIES	4	PPP3R1 (ENSPSNG00000017608)	CNRIP1 (ENSPSNG00000017800)	PLEK (ENSPSNG00000017885)	FBXO48 (ENSPSNG00000017972)	APLF (ENSPSNG00000018014)	PROKR1 (ENSPSNG00000018062)	ARHGAP25 (ENSPSNG00000018111)	BMP10 (ENSPSNG00000018330)	ENSPSNG00000018367	GKN2 (ENSPSNG00000018430)	GKN1 (ENSPSNG00000018548)	ANTXR1 (ENSPSNG00000018795)	GFPT1 (ENSPSNG00000019034)	NFU1 (ENSPSNG00000019121)	AAK1 (ENSPSNG00000019213)	ENSPSNG00000019286 #22	ANXA4 (ENSPSNG00000019312)	ENSPSNG00000019370	SNRNP27 (ENSPSNG00000019418)	MXD1 (ENSPSNG00000019477)	ASPRV1 (ENSPSNG00000019526)	PCBP1 (ENSPSNG00000019576)	C2orf42 (ENSPSNG00000019611)	ENSPSNG00000019659	ENSPSNG00000019755	PCYOX1 (ENSPSNG00000019899)	ENSPSNG00000019975	ENSPSNG00000020073	TGFA (ENSPSNG00000020121)	ADD2 (ENSPSNG00000020240)	FIGLA (ENSPSNG00000007843)
Sperm whale	MODERN SPECIES	3	CNRIP1 (ENSPCTG00005008746)	PLEK (ENSPCTG00005008806)	FBXO48 (ENSPCTG00005008864)	APLF (ENSPCTG00005008883)	ENSPCTG00005008914	PROKR1 (ENSPCTG00005008946)	ARHGAP25 (ENSPCTG00005009007)	BMP10 (ENSPCTG00005009185)	GKN2 (ENSPCTG00005009224)	GKN1 (ENSPCTG00005009330)	ANTXR1 (ENSPCTG00005009423)	GFPT1 (ENSPCTG00005009639)	NFU1 (ENSPCTG00005009942)	ENSPCTG00005010064	AAK1 (ENSPCTG00005010078)	ENSPCTG00005010127 #22	ANXA4 (ENSPCTG00005010147)	ENSPCTG00005010209	SNRNP27 (ENSPCTG00005010264)	MXD1 (ENSPCTG00005010436)	PCBP1 (ENSPCTG00005010523)	C2orf42 (ENSPCTG00005010582)	ENSPCTG00005010626	TIA1 (ENSPCTG00005010680)	PCYOX1 (ENSPCTG00005010934)	SNRPG (ENSPCTG00005010984)	FAM136A (ENSPCTG00005011080)	TGFA (ENSPCTG00005011128)	ADD2 (ENSPCTG00005011270)	FIGLA (ENSPCTG00005004108)	CLEC4F (ENSPCTG00005004118)
Blue whale	MODERN SPECIES	4	CNRIP1 (ENSBMSG00010014640)	PLEK (ENSBMSG00010014580)	FBXO48 (ENSBMSG00010014557)	APLF (ENSBMSG00010014533)	PROKR1 (ENSBMSG00010014509)	ARHGAP25 (ENSBMSG00010014354)	BMP10 (ENSBMSG00010014307)	ENSBMSG00010014270	GKN2 (ENSBMSG00010014230)	GKN1 (ENSBMSG00010014173)	ANTXR1 (ENSBMSG00010014106)	GFPT1 (ENSBMSG00010013920)	ENSBMSG00010016672	NFU1 (ENSBMSG00010016608)	ENSBMSG00010016582	ENSBMSG00010016570 #22	AAK1 (ENSBMSG00010016501)	ENSBMSG00010016447	ANXA4 (ENSBMSG00010016419)	ENSBMSG00010016340	SNRNP27 (ENSBMSG00010016319)	MXD1 (ENSBMSG00010016279)	ASPRV1 (ENSBMSG00010016234)	ENSBMSG00010016202	PCBP1 (ENSBMSG00010016188)	C2orf42 (ENSBMSG00010016131)	ENSBMSG00010016029	PCYOX1 (ENSBMSG00010015980)	ENSBMSG00010015885	ENSBMSG00010015853	TGFA (ENSBMSG00010015817)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22
Arabian camel	MODERN SPECIES	35	FCSK (ENSCDRG00005010961)	ST3GAL2 (ENSCDRG00005011121)	DDX19A (ENSCDRG00005011214)	ENSCDRG00005011628	ENSCDRG00005011679	DDX19B (ENSCDRG00005011756)	ENSCDRG00005012016	ENSCDRG00005012047	ENSCDRG00005012088	AARS1 (ENSCDRG00005012135)	EXOSC6 (ENSCDRG00005012232)	ENSCDRG00005012252	ENSCDRG00005012342	ENSCDRG00005012399	GLG1 (ENSCDRG00005012462)	ENSCDRG00005013138 #22	RFWD3 (ENSCDRG00005013151)	MLKL (ENSCDRG00005013278)	FA2H (ENSCDRG00005013362)	WDR59 (ENSCDRG00005013472)	ZNRF1 (ENSCDRG00005013780)	LDHD (ENSCDRG00005013842)	ZFP1 (ENSCDRG00005013902)	ENSCDRG00005013942	ENSCDRG00005013972	ENSCDRG00005014042	ENSCDRG00005014091	BCAR1 (ENSCDRG00005014264)	CFDP1 (ENSCDRG00005014471)	TMEM170A (ENSCDRG00005014576)	ENSCDRG00005014751
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Blue whale	MODERN SPECIES	14	MYDGF (ENSBMSG00010003682)	DPP9 (ENSBMSG00010003636)	FEM1A (ENSBMSG00010003620)	TICAM1 (ENSBMSG00010003617)	PLIN3 (ENSBMSG00010003612)	ARRDC5 (ENSBMSG00010003610)	UHRF1 (ENSBMSG00010003601)	KDM4B (ENSBMSG00010003581)	PTPRS (ENSBMSG00010003537)	ZNRF4 (ENSBMSG00010003515)	TINCR (ENSBMSG00010003509)	SAFB2 (ENSBMSG00010003501)	SAFB (ENSBMSG00010003461) #19	MICOS13 (ENSBMSG00010003442) #20	HSD11B1L (ENSBMSG00010003419) #21	RPL36 (ENSBMSG00010003408) #22	LONP1 (ENSBMSG00010003368) #23	CATSPERD (ENSBMSG00010003335) #24	DUS3L (ENSBMSG00010003289) #26	NRTN (ENSBMSG00010003262) #27	NDUFA11 (ENSBMSG00010003243) #29	VMAC (ENSBMSG00010003235) #30	CAPS (ENSBMSG00010003225) #31	RANBP3 (ENSBMSG00010003161) #32	RFX2 (ENSBMSG00010003099) #33	ACSBG2 (ENSBMSG00010003047) #34	MLLT1 (ENSBMSG00010003015) #36	ACER1 (ENSBMSG00010002999) #37	CLPP (ENSBMSG00010002982)	ALKBH7 (ENSBMSG00010002973)	PSPN (ENSBMSG00010002965) ##27
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	CREB3L3 (ENSPCTG00005016528)	SIRT6 (ENSPCTG00005016278)	ENSPCTG00005016256	YJU2 (ENSPCTG00005016179)	SHD (ENSPCTG00005016052)	FSD1 (ENSPCTG00005015759)	ENSPCTG00005015705	HDGFL2 (ENSPCTG00005015668)	FEM1A (ENSPCTG00005015656)	ZNRF4 (ENSPCTG00005015573)	PTPRS (ENSPCTG00005015250)	KDM4B (ENSPCTG00005014205)	ENSPCTG00005010047 #19	MICOS13 (ENSPCTG00005009730) #20	HSD11B1L (ENSPCTG00005009491) #21	RPL36 (ENSPCTG00005009451) #22	LONP1 (ENSPCTG00005009046) #23	ENSPCTG00005008881 #24	ENSPCTG00005008584	ENSPCTG00005008489 #32	RFX2 (ENSPCTG00005016359) #33	ACSBG2 (ENSPCTG00005015989) #34	MLLT1 (ENSPCTG00005015937) #36	ACER1 (ENSPCTG00005015854) #37	CLPP (ENSPCTG00005015762)	KHSRP (ENSPCTG00005015259)	TNFSF9 (ENSPCTG00005015187)	CD70 (ENSPCTG00005015119)	TNFSF14 (ENSPCTG00005015045)	C3 (ENSPCTG00005014524)	GPR108 (ENSPCTG00005014379)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Dolphin	MODERN SPECIES	250												SAFB2 (ENSTTRG00000013585)	SAFB (ENSTTRG00000013588) #19	MICOS13 (ENSTTRG00000013590) #20	HSD11B1L (ENSTTRG00000013592) #21	RPL36 (ENSTTRG00000013593) #22	LONP1 (ENSTTRG00000013595) #23	CATSPERD (ENSTTRG00000013597) #24	DUS3L (ENSTTRG00000013600) #26
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Vaquita	DUPLICATION
Vaquita	MODERN SPECIES		CFAP141 (ENSPSNG00000002637)	ENSPSNG00000002548	NUP210L (ENSPSNG00000002274)	RPS27 (ENSPSNG00000002137)	RAB13 (ENSPSNG00000002114)	JTB (ENSPSNG00000002085)	CREB3L4 (ENSPSNG00000002049)	SLC39A1 (ENSPSNG00000002032)	CRTC2 (ENSPSNG00000001957)	DENND4B (ENSPSNG00000001848)	GATAD2B (ENSPSNG00000001801)	INTS3 (ENSPSNG00000001667)	NPR1 (ENSPSNG00000001588)	ILF2 (ENSPSNG00000001548)	SNAPIN (ENSPSNG00000001522)	ENSPSNG00000001507 #22	CHTOP (ENSPSNG00000001475)	S100A1 (ENSPSNG00000001441)	S100A13 (ENSPSNG00000001430)	S100A14 (ENSPSNG00000001408)	S100A16 (ENSPSNG00000001392)	ENSPSNG00000001377	S100A4 (ENSPSNG00000001347)	S100A5 (ENSPSNG00000001323)	S100A6 (ENSPSNG00000001310)	S100A8 (ENSPSNG00000001301)	S100A12 (ENSPSNG00000001285)	S100A9 (ENSPSNG00000001270)	ENSPSNG00000001247	ENSPSNG00000001227	ENSPSNG00000001169
Vaquita	MODERN SPECIES	14	MYDGF (ENSPSNG00000015607)	DPP9 (ENSPSNG00000015679)	FEM1A (ENSPSNG00000015912)	TICAM1 (ENSPSNG00000015944)	PLIN3 (ENSPSNG00000015978)	ARRDC5 (ENSPSNG00000016046)	UHRF1 (ENSPSNG00000016136)	KDM4B (ENSPSNG00000016211)	PTPRS (ENSPSNG00000016446)	ZNRF4 (ENSPSNG00000016650)	TINCR (ENSPSNG00000016698)	SAFB2 (ENSPSNG00000016753)	SAFB (ENSPSNG00000016828) #19	MICOS13 (ENSPSNG00000016941) #20	HSD11B1L (ENSPSNG00000016974) #21	RPL36 (ENSPSNG00000017170) #22	LONP1 (ENSPSNG00000017242) #23	CATSPERD (ENSPSNG00000017551) #24	PRR22 (ENSPSNG00000017752) #25	DUS3L (ENSPSNG00000017805) #26	NRTN (ENSPSNG00000017905) #27	NDUFA11 (ENSPSNG00000017931) #29	VMAC (ENSPSNG00000017974) #30	CAPS (ENSPSNG00000018005) #31	RANBP3 (ENSPSNG00000018114) #32	RFX2 (ENSPSNG00000018253) #33	ACSBG2 (ENSPSNG00000018336) #34	MLLT1 (ENSPSNG00000018623) #36	ACER1 (ENSPSNG00000018752) #37	CLPP (ENSPSNG00000018810)	ALKBH7 (ENSPSNG00000018862)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163389 #28	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Beluga whale	MODERN SPECIES	62	TNFAIP8L1 (ENSDLEG00000020059)	MYDGF (ENSDLEG00000020054)	DPP9 (ENSDLEG00000020026)	FEM1A (ENSDLEG00000020017)	PLIN3 (ENSDLEG00000020012)	ARRDC5 (ENSDLEG00000020005)	UHRF1 (ENSDLEG00000019995)	KDM4B (ENSDLEG00000019973)	PTPRS (ENSDLEG00000015597)	ZNRF4 (ENSDLEG00000015253)	TINCR (ENSDLEG00000015241)	SAFB2 (ENSDLEG00000015173)	SAFB (ENSDLEG00000014882) #19	MICOS13 (ENSDLEG00000014825) #20	HSD11B1L (ENSDLEG00000014805) #21	RPL36 (ENSDLEG00000014798) #22	LONP1 (ENSDLEG00000014745) #23	CATSPERD (ENSDLEG00000014692) #24	DUS3L (ENSDLEG00000014609) #26	NRTN (ENSDLEG00000014575) #27	NDUFA11 (ENSDLEG00000014563) #29	VMAC (ENSDLEG00000014555) #30	CAPS (ENSDLEG00000014540) #31	RANBP3 (ENSDLEG00000014487) #32	RFX2 (ENSDLEG00000014418) #33	ACSBG2 (ENSDLEG00000014214) #34	MLLT1 (ENSDLEG00000014165) #36	ACER1 (ENSDLEG00000014123) #37	CLPP (ENSDLEG00000014104)	ALKBH7 (ENSDLEG00000014092)	PSPN (ENSDLEG00000014081) ##27
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	304	ENSMMNG00015000249	NUP210L (ENSMMNG00015000593)	ENSMMNG00015000867	RAB13 (ENSMMNG00015000895)	JTB (ENSMMNG00015000950)	CREB3L4 (ENSMMNG00015001002)	SLC39A1 (ENSMMNG00015001047)	CRTC2 (ENSMMNG00015001079)	DENND4B (ENSMMNG00015001160)	GATAD2B (ENSMMNG00015001287)	SLC27A3 (ENSMMNG00015001407)	INTS3 (ENSMMNG00015001446)	NPR1 (ENSMMNG00015001549)	ILF2 (ENSMMNG00015001680)	SNAPIN (ENSMMNG00015001720)	ENSMMNG00015001731 #22	CHTOP (ENSMMNG00015001765)	ENSMMNG00015001803	S100A13 (ENSMMNG00015001816)	S100A14 (ENSMMNG00015001828)	S100A16 (ENSMMNG00015001849)	ENSMMNG00015001867	S100A3 (ENSMMNG00015001881)	S100A4 (ENSMMNG00015001896)	S100A5 (ENSMMNG00015001912)	S100A6 (ENSMMNG00015001928)	S100A8 (ENSMMNG00015001948)	S100A12 (ENSMMNG00015001965)	S100A9 (ENSMMNG00015001982)	ENSMMNG00015001997	PRR9 (ENSMMNG00015002010)
Narwhal	MODERN SPECIES	298	MYDGF (ENSMMNG00015003651)	DPP9 (ENSMMNG00015003717)	FEM1A (ENSMMNG00015003806)	TICAM1 (ENSMMNG00015003821)	PLIN3 (ENSMMNG00015003853)	ARRDC5 (ENSMMNG00015003900)	UHRF1 (ENSMMNG00015003935)	KDM4B (ENSMMNG00015003989)	PTPRS (ENSMMNG00015004080)	ZNRF4 (ENSMMNG00015004135)	TINCR (ENSMMNG00015004151)	SAFB2 (ENSMMNG00015004188)	SAFB (ENSMMNG00015004266) #19	MICOS13 (ENSMMNG00015004313) #20	HSD11B1L (ENSMMNG00015004344) #21	RPL36 (ENSMMNG00015004368) #22	LONP1 (ENSMMNG00015004413) #23	CATSPERD (ENSMMNG00015004484) #24	PRR22 (ENSMMNG00015004516) #25	DUS3L (ENSMMNG00015004546) #26	NRTN (ENSMMNG00015004563) #27	ENSMMNG00015004569 #28	NDUFA11 (ENSMMNG00015004575) #29	VMAC (ENSMMNG00015004582) #30	CAPS (ENSMMNG00015004589) #31	RANBP3 (ENSMMNG00015004623) #32	RFX2 (ENSMMNG00015004665) #33	ACSBG2 (ENSMMNG00015004690) #34	MLLT1 (ENSMMNG00015015635) #36	ACER1 (ENSMMNG00015015665) #37	CLPP (ENSMMNG00015015685)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000000153.l.a.eb	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3349	FEM1A (ENSBBBG00000022081)	TICAM1 (ENSBBBG00000022067)	PLIN3 (ENSBBBG00000005823)	ARRDC5 (ENSBBBG00000022034)	UHRF1 (ENSBBBG00000022007)	KDM4B (ENSBBBG00000021923)	PTPRS (ENSBBBG00000021793)	ZNRF4 (ENSBBBG00000021749)	TINCR (ENSBBBG00000005774)	ENSBBBG00000021723	SAFB2 (ENSBBBG00000007636)	ENSBBBG00000021680 #19	ENSBBBG00000021670 #19	MICOS13 (ENSBBBG00000021662) #20	HSD11B1L (ENSBBBG00000021637) #21	ENSBBBG00000021559 #22	LONP1 (ENSBBBG00000005732) #23	CATSPERD (ENSBBBG00000005716) #24	DUS3L (ENSBBBG00000021385) #26	NRTN (ENSBBBG00000021324) #27	ENSBBBG00000021316	NDUFA11 (ENSBBBG00000021309) #29	ENSBBBG00000021299 #30	CAPS (ENSBBBG00000008402) #31	RANBP3 (ENSBBBG00000021259) #32	RFX2 (ENSBBBG00000007387) #33	ACSBG2 (ENSBBBG00000021028) #34	MLLT1 (ENSBBBG00000020959) #36	ENSBBBG00000005623 #37	CLPP (ENSBBBG00000020882)	ENSBBBG00000008371 ##27
American bison	MODERN SPECIES	2978	ENSBBBG00000009703	TMEM212 (ENSBBBG00000009707)	PLD1 (ENSBBBG00000009723)	TNIK (ENSBBBG00000009819)	SLC2A2 (ENSBBBG00000009847)	ENSBBBG00000009851	EIF5A2 (ENSBBBG00000009855)	ENSBBBG00000009861	ENSBBBG00000001649	SLC7A14 (ENSBBBG00000009871)	CLDN11 (ENSBBBG00000009873)	SKIL (ENSBBBG00000009879)	PRKCI (ENSBBBG00000009887)	PHC3 (ENSBBBG00000009906)	GPR160 (ENSBBBG00000001660)	ENSBBBG00000009917 #22	SEC62 (ENSBBBG00000009926)	SAMD7 (ENSBBBG00000009931)	LRRIQ4 (ENSBBBG00000009943)	LRRC34 (ENSBBBG00000009952)	MYNN (ENSBBBG00000009965)	ACTRT3 (ENSBBBG00000001682)	MECOM (ENSBBBG00000010011)	GOLIM4 (ENSBBBG00000010026)	ENSBBBG00000010038	SERPINI1 (ENSBBBG00000010044)	PDCD10 (ENSBBBG00000010063)	WDR49 (ENSBBBG00000010072)	SERPINI2 (ENSBBBG00000008722)	CSMD1 (ENSBBBG00000010102)	MYOM2 (ENSBBBG00000010133)
Bos	DUPLICATION
Bos	DUPLICATION
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.a #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.a #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	ENSBIXG00005016291	ENSBIXG00005016327	ENSBIXG00005000084	ENSBIXG00005016340	ENSBIXG00005002617	KRT7 (ENSBIXG00005002618)	KRT80 (ENSBIXG00005002624)	ATG101 (ENSBIXG00005016484)	NR4A1 (ENSBIXG00005016594)	TAMALIN (ENSBIXG00005002680)	ACVR1B (ENSBIXG00005016691)	ACVRL1 (ENSBIXG00005016803)	ENSBIXG00005016822	FIGNL2 (ENSBIXG00005005509)	SCN8A (ENSBIXG00005016926)	ENSBIXG00005016951 #22	SLC4A8 (ENSBIXG00005017014)	ENSBIXG00005017023	GALNT6 (ENSBIXG00005017048)	CELA1 (ENSBIXG00005002777)	BIN2 (ENSBIXG00005017157)	SMAGP (ENSBIXG00005002797)	DAZAP2 (ENSBIXG00005017295)	POU6F1 (ENSBIXG00005017332)	ENSBIXG00005017339	TFCP2 (ENSBIXG00005017401)	CSRNP2 (ENSBIXG00005002832)	LETMD1 (ENSBIXG00005002848)	ENSBIXG00005005653	ENSBIXG00005017599	ENSBIXG00005002878
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.a #22
Wild yak	MODERN SPECIES	2281															SCN8A (ENSBMUG00000026270)	ENSBMUG00000026257 #22	SLC4A8 (ENSBMUG00000026256)	GALNT6 (ENSBMUG00000026245)	CELA1 (ENSBMUG00000026243)	BIN2 (ENSBMUG00000026239)	SMAGP (ENSBMUG00000026235)	DAZAP2 (ENSBMUG00000026230)	POU6F1 (ENSBMUG00000026224)	TFCP2 (ENSBMUG00000026223)	CSRNP2 (ENSBMUG00000026218)	LETMD1 (ENSBMUG00000026215)	ENSBMUG00000026209	ENSBMUG00000026207
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.b #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.g.b #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	26	DPP9 (ENSBIXG00005006120)	FEM1A (ENSBIXG00005013330)	TICAM1 (ENSBIXG00005013320)	PLIN3 (ENSBIXG00005007114)	ENSBIXG00005013265	ARRDC5 (ENSBIXG00005001520)	UHRF1 (ENSBIXG00005013250)	KDM4B (ENSBIXG00005001510)	PTPRS (ENSBIXG00005001496)	ENSBIXG00005012918	TINCR (ENSBIXG00005012905)	SAFB2 (ENSBIXG00005012877)	SAFB (ENSBIXG00005012788) #19	MICOS13 (ENSBIXG00005006332) #20	HSD11B1L (ENSBIXG00005012597) #21	ENSBIXG00005012522 #22	LONP1 (ENSBIXG00005001346) #23	CATSPERD (ENSBIXG00005012388) #24	DUS3L (ENSBIXG00005012323) #26	NRTN (ENSBIXG00005012230) #27	ENSBIXG00005001267	NDUFA11 (ENSBIXG00005012200) #29	ENSBIXG00005000272 #31	RFX2 (ENSBIXG00005012097) #33	ENSBIXG00005011901	ACSBG2 (ENSBIXG00005001189) #34	MLLT1 (ENSBIXG00005001179) #36	ACER1 (ENSBIXG00005005477) #37	CLPP (ENSBIXG00005011763)	ALKBH7 (ENSBIXG00005011712)	PSPN (ENSBIXG00005011696) ##27
Bos	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000000153.l.a.eb	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.h #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.h #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Cow	MODERN SPECIES	26	TNFAIP8L1 (ENSBTAG00000037765)	MYDGF (ENSBTAG00000018655)	DPP9 (ENSBTAG00000021134)	FEM1A (ENSBTAG00000003476)	PLIN3 (ENSBTAG00000011805)	ARRDC5 (ENSBTAG00000031673)	UHRF1 (ENSBTAG00000002224)	KDM4B (ENSBTAG00000015487)	PTPRS (ENSBTAG00000018052)	ZNRF4 (ENSBTAG00000051350)	SAFB2 (ENSBTAG00000001790)	ENSBTAG00000051794 #19	SAFB (ENSBTAG00000007875) #19	MICOS13 (ENSBTAG00000001792) #20	HSD11B1L (ENSBTAG00000001793) #21	RPL36 (ENSBTAG00000001794) #22	LONP1 (ENSBTAG00000001795) #23	CATSPERD (ENSBTAG00000001796) #24	PRR22 (ENSBTAG00000025550) #25	DUS3L (ENSBTAG00000011842) #26	NRTN (ENSBTAG00000000413) #27	FUT6 (ENSBTAG00000000414)	NDUFA11 (ENSBTAG00000019025) #29	VMAC (ENSBTAG00000006067) #30	CAPS (ENSBTAG00000006069) #31	RANBP3 (ENSBTAG00000006070) #32	RFX2 (ENSBTAG00000017661) #33	ACSBG2 (ENSBTAG00000009105) #34	ENSBTAG00000049278 #34	MLLT1 (ENSBTAG00000002277) #36	ACER1 (ENSBTAG00000008095) #37
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157005	ENSGT00390000016029	ENSGT00940000155015	ENSGT00950000183196.B	ENSGT00940000155708	ENSGT00960000189143	ENSGT00390000003738.a.b	ENSGT00940000154509.y.a	ENSGT00960000190743	ENSGT00940000155893.b	ENSGT00890000139496	ENSGT00940000158435	ENSGT00940000153497.E	ENSGT00940000154964	ENSGT00390000015520	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b.h #22	ENSGT00390000002757	ENSGT00940000160075	ENSGT00730000111293	ENSGT00940000161601	ENSGT00940000156456	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000162209	ENSGT00940000157208	ENSGT00390000004096	ENSGT00390000015980	ENSGT00940000158168	ENSGT00390000017913	ENSGT00940000160751	ENSGT00390000018298	ENSGT00940000157023
Domestic yak	MODERN SPECIES		ENSBGRG00000007242	SLC2A2 (ENSBGRG00000007265)	ENSBGRG00000007374	EIF5A2 (ENSBGRG00000007427)	ENSBGRG00000007513	ENSBGRG00000006105	ENSBGRG00000006113	SLC7A14 (ENSBGRG00000006126)	CLDN11 (ENSBGRG00000006186)	SKIL (ENSBGRG00000006204)	PRKCI (ENSBGRG00000006256)	ENSBGRG00000006474	PHC3 (ENSBGRG00000006509)	ENSBGRG00000006804	GPR160 (ENSBGRG00000006841)	ENSBGRG00000006873 #22	SEC62 (ENSBGRG00000006891)	SAMD7 (ENSBGRG00000007000)	LRRC31 (ENSBGRG00000007045)	LRRIQ4 (ENSBGRG00000007322)	LRRC34 (ENSBGRG00000007360)	MYNN (ENSBGRG00000007490)	ACTRT3 (ENSBGRG00000007581)	MECOM (ENSBGRG00000007660)	ENSBGRG00000008762	ENSBGRG00000008768	ENSBGRG00000008847	ENSBGRG00000008865	ENSBGRG00000008889	GOLIM4 (ENSBGRG00000008924)	ENSBGRG00000009198
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.n #19	ENSGT00390000002629.c #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830	ENSGT00390000014585	ENSGT00950000182993.B.b ##27
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	21	MYDGF (ENSOARG00020013791)	DPP9 (ENSOARG00020013191)	FEM1A (ENSOARG00020013159)	TICAM1 (ENSOARG00020013142)	PLIN3 (ENSOARG00020013051)	ARRDC5 (ENSOARG00020012988)	UHRF1 (ENSOARG00020012813)	KDM4B (ENSOARG00020012203)	PTPRS (ENSOARG00020009353)	TINCR (ENSOARG00020009227)	SAFB2 (ENSOARG00020009037)	ENSOARG00020009005 #19	ENSOARG00020008821 #19	MICOS13 (ENSOARG00020008768) #20	HSD11B1L (ENSOARG00020008652) #21	RPL36 (ENSOARG00020008622) #22	LONP1 (ENSOARG00020021281) #23	CATSPERD (ENSOARG00020021093) #24	PRR22 (ENSOARG00020021041) #25	DUS3L (ENSOARG00020020943) #26	NRTN (ENSOARG00020020907) #27	ENSOARG00020020891	NDUFA11 (ENSOARG00020020850) #29	VMAC (ENSOARG00020020817) #30	CAPS (ENSOARG00020020769) #31	RANBP3 (ENSOARG00020020564) #32	RFX2 (ENSOARG00020020257) #33	ACSBG2 (ENSOARG00020020054) #34	ENSOARG00020020028	MLLT1 (ENSOARG00020019921) #36	ACER1 (ENSOARG00020019869) #37
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	21	MISP3 (ENSOARG00020001288)	PALM3 (ENSOARG00020001298)	IL27RA (ENSOARG00020001311)	ENSOARG00020001327	RFX1 (ENSOARG00020001351) ##33	DCAF15 (ENSOARG00020001424)	PODNL1 (ENSOARG00020001475)	CC2D1A (ENSOARG00020001498)	ENSOARG00020001554	NANOS3 (ENSOARG00020001560)	ZSWIM4 (ENSOARG00020001605)	C19orf53 (ENSOARG00020001650)	MRI1 (ENSOARG00020001665)	YJU2B (ENSOARG00020001677)	CACNA1A (ENSOARG00020002091)	ENSOARG00020008152 #22	IER2 (ENSOARG00020008180)	STX10 (ENSOARG00020008210)	NACC1 (ENSOARG00020008294)	TRMT1 (ENSOARG00020008381)	LYL1 (ENSOARG00020008580)	NFIX (ENSOARG00020008684)	GADD45GIP1 (ENSOARG00020009801)	RAD23A (ENSOARG00020009840)	CALR (ENSOARG00020009931)	FARSA (ENSOARG00020010040)	GCDH (ENSOARG00020010253)	KLF1 (ENSOARG00020010329)	DNASE2 (ENSOARG00020010363)	MAST1 (ENSOARG00020010455)	RTBDN (ENSOARG00020011079)
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Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	2	GALM (ENSCHIG00000015168)	SRSF7 (ENSCHIG00000019180)	ENSCHIG00000019213	GEMIN6 (ENSCHIG00000013155)	DHX57 (ENSCHIG00000017727)	ENSCHIG00000025946	SOS1 (ENSCHIG00000018884)	CDKL4 (ENSCHIG00000015581)	ENSCHIG00000021790	ENSCHIG00000010828	TMEM178A (ENSCHIG00000009934)	THUMPD2 (ENSCHIG00000013921)	ENSCHIG00000023047	ENSCHIG00000009747	ENSCHIG00000021702	ENSCHIG00000026735 #22	ENSCHIG00000014587	PKDCC (ENSCHIG00000011323)	EML4 (ENSCHIG00000017377)	COX7A2L (ENSCHIG00000014319)	KCNG3 (ENSCHIG00000023227)	MTA3 (ENSCHIG00000009339)	HAAO (ENSCHIG00000014147)	ZFP36L2 (ENSCHIG00000025020)	THADA (ENSCHIG00000010658)	PLEKHH2 (ENSCHIG00000016278)	DYNC2LI1 (ENSCHIG00000006689)	ABCG5 (ENSCHIG00000024311)	ABCG8 (ENSCHIG00000022042)	ENSCHIG00000020173	PPM1B (ENSCHIG00000022020)
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Suina	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Pig	MODERN SPECIES	10	MYDGF (ENSSSCG00000034898)	DPP9 (ENSSSCG00000026063)	FEM1A (ENSSSCG00000037153)	TICAM1 (ENSSSCG00000024771)	PLIN3 (ENSSSCG00000038954)	ARRDC5 (ENSSSCG00000037183)	UHRF1 (ENSSSCG00000013517)	KDM4B (ENSSSCG00000024570)	PTPRS (ENSSSCG00000028612)	ZNRF4 (ENSSSCG00000059446)	TINCR (ENSSSCG00000042523)	SAFB2 (ENSSSCG00000013523)	SAFB (ENSSSCG00000013522) #19	MICOS13 (ENSSSCG00000013524) #20	HSD11B1L (ENSSSCG00000030546) #21	RPL36 (ENSSSCG00000059007) #22	LONP1 (ENSSSCG00000027128) #23	CATSPERD (ENSSSCG00000013527) #24	DUS3L (ENSSSCG00000040968) #26	NRTN (ENSSSCG00000033413) #27	ENSSSCG00000013530	NDUFA11 (ENSSSCG00000027307) #29	VMAC (ENSSSCG00000031764) #30	CAPS (ENSSSCG00000013532) #31	RANBP3 (ENSSSCG00000013533) #32	RFX2 (ENSSSCG00000035403) #33	ACSBG2 (ENSSSCG00000013536) #34	MLLT1 (ENSSSCG00000013534) #36	ACER1 (ENSSSCG00000023969) #37	CLPP (ENSSSCG00000038079)	PSPN (ENSSSCG00000013540) ##27
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	770	TNFAIP8L1 (ENSCWAG00000014762)	MYDGF (ENSCWAG00000014777)	DPP9 (ENSCWAG00000014822)	FEM1A (ENSCWAG00000014974)	TICAM1 (ENSCWAG00000014991)	PLIN3 (ENSCWAG00000015010)	ARRDC5 (ENSCWAG00000015042)	KDM4B (ENSCWAG00000015136)	PTPRS (ENSCWAG00000015317)	ENSCWAG00000015550	TINCR (ENSCWAG00000015581)	SAFB2 (ENSCWAG00000015621)	SAFB (ENSCWAG00000015662) #19	MICOS13 (ENSCWAG00000015741) #20	HSD11B1L (ENSCWAG00000015779) #21	RPL36 (ENSCWAG00000015898) #22	LONP1 (ENSCWAG00000015932) #23	CATSPERD (ENSCWAG00000016184) #24	PRR22 (ENSCWAG00000016306) #25	DUS3L (ENSCWAG00000016362) #26	NRTN (ENSCWAG00000016434) #27	ENSCWAG00000016466	NDUFA11 (ENSCWAG00000016483) #29	VMAC (ENSCWAG00000016538) #30	CAPS (ENSCWAG00000016575) #31	RANBP3 (ENSCWAG00000016644) #32	RFX2 (ENSCWAG00000016768) #33	ACSBG2 (ENSCWAG00000016992) #34	MLLT1 (ENSCWAG00000017206) #36	ACER1 (ENSCWAG00000017254) #37	CLPP (ENSCWAG00000017303)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.a #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Cat	MODERN SPECIES	1	DPP9 (ENSFCAG00000015174)	FEM1A (ENSFCAG00000010143)	TICAM1 (ENSFCAG00000042286)	PLIN3 (ENSFCAG00000010142)	ARRDC5 (ENSFCAG00000010144)	UHRF1 (ENSFCAG00000010146)	KDM4B (ENSFCAG00000007233)	PTPRS (ENSFCAG00000007234)	ZNRF4 (ENSFCAG00000042643)	TINCR (ENSFCAG00000043020)	LONP1 (ENSFCAG00000011839) #23	SAFB2 (ENSFCAG00000011834)	SAFB (ENSFCAG00000011835) #19	ENSFCAG00000011836 #20	HSD11B1L (ENSFCAG00000011837) #21	RPL36 (ENSFCAG00000011838) #22	CATSPERD (ENSFCAG00000015603) #24	DUS3L (ENSFCAG00000027534) #26	NRTN (ENSFCAG00000045492) #27	ENSFCAG00000025259	NDUFA11 (ENSFCAG00000016347) #29	ENSFCAG00000045490 #31	RANBP3 (ENSFCAG00000012502) #32	RFX2 (ENSFCAG00000012504) #33	ACSBG2 (ENSFCAG00000012505) #34	ENSFCAG00000027464 #35	MLLT1 (ENSFCAG00000023537) #36	ACER1 (ENSFCAG00000040566) #37	CLPP (ENSFCAG00000012509)	ALKBH7 (ENSFCAG00000012510)	PSPN (ENSFCAG00000043004) ##27
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.a #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Tiger	MODERN SPECIES	117	CACNB4 (ENSPTIG00000014914)	ARL5A (ENSPTIG00000016763)	NEB (ENSPTIG00000017078)	RIF1 (ENSPTIG00000020652)	ENSPTIG00000005642	ENSPTIG00000005894	TNFAIP6 (ENSPTIG00000006051)	NMI (ENSPTIG00000006462)	RBM43 (ENSPTIG00000006727)	RND3 (ENSPTIG00000007120)	ENSPTIG00000007407	MMADHC (ENSPTIG00000007512)	LYPD6 (ENSPTIG00000007775)	LYPD6B (ENSPTIG00000008087)	KIF5C (ENSPTIG00000009064)	ENSPTIG00000010112 #22	EPC2 (ENSPTIG00000010286)	MBD5 (ENSPTIG00000010964)	ORC4 (ENSPTIG00000011249)	ACVR2A (ENSPTIG00000011911)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629.a #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
leopard	DUPLICATION
leopard	MODERN SPECIES	1	STAM2 (ENSPPRG00000003557)	CACNB4 (ENSPPRG00000006549)	ARL5A (ENSPPRG00000008024)	NEB (ENSPPRG00000002959)	RIF1 (ENSPPRG00000003618)	ENSPPRG00000003817	ENSPPRG00000016498	TNFAIP6 (ENSPPRG00000004318)	NMI (ENSPPRG00000004590)	RBM43 (ENSPPRG00000005153)	RND3 (ENSPPRG00000007409)	ENSPPRG00000007620	ENSPPRG00000008539	LYPD6 (ENSPPRG00000008921)	LYPD6B (ENSPPRG00000009609)	ENSPPRG00000009816 #22	KIF5C (ENSPPRG00000009950)	EPC2 (ENSPPRG00000010357)	ENSPPRG00000016642	MBD5 (ENSPPRG00000011397)	ORC4 (ENSPPRG00000012919)	ACVR2A (ENSPPRG00000013771)	ENSPPRG00000016836	ENSPPRG00000016855	ENSPPRG00000016894	ZEB2 (ENSPPRG00000023971)	GTDC1 (ENSPPRG00000002408)	ARHGAP15 (ENSPPRG00000003769)	KYNU (ENSPPRG00000004587)	LRP1B (ENSPPRG00000009154)	ENSPPRG00000017355
leopard	MODERN SPECIES	134	ENSPPRG00000016254	ENSPPRG00000016268	MYDGF (ENSPPRG00000000170)	DPP9 (ENSPPRG00000001226)	FEM1A (ENSPPRG00000016297)	TICAM1 (ENSPPRG00000001639)	PLIN3 (ENSPPRG00000001873)	ARRDC5 (ENSPPRG00000002053)	UHRF1 (ENSPPRG00000006862)	KDM4B (ENSPPRG00000008536)	PTPRS (ENSPPRG00000011000)	SAFB2 (ENSPPRG00000011310)	SAFB (ENSPPRG00000017197) #19	ENSPPRG00000018391 #20	HSD11B1L (ENSPPRG00000024694) #21	ENSPPRG00000024592 #22	LONP1 (ENSPPRG00000023054) #23	CATSPERD (ENSPPRG00000022721) #24	PRR22 (ENSPPRG00000000087) #25	DUS3L (ENSPPRG00000000633) #26	NRTN (ENSPPRG00000000950) #27	NDUFA11 (ENSPPRG00000001722) #29	VMAC (ENSPPRG00000001830) #30	CAPS (ENSPPRG00000002279) #31	RANBP3 (ENSPPRG00000004053) #32	RFX2 (ENSPPRG00000004939) #33	ACSBG2 (ENSPPRG00000006197) #34	ENSPPRG00000006490 #35	MLLT1 (ENSPPRG00000006767) #36	ACER1 (ENSPPRG00000007111) #37	ENSPPRG00000007143
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35
Canidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b.c	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b.c	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35
Dog	MODERN SPECIES	12	SEMA6B (ENSCAFG00845014446)	TNFAIP8L1 (ENSCAFG00845014406)	DPP9 (ENSCAFG00845014345)	FEM1A (ENSCAFG00845014305)	ENSCAFG00845014291	PLIN3 (ENSCAFG00845014253)	ARRDC5 (ENSCAFG00845014236)	UHRF1 (ENSCAFG00845014196)	KDM4B (ENSCAFG00845014098)	PTPRS (ENSCAFG00845013712)	ENSCAFG00845013596	SAFB2 (ENSCAFG00845013411)	SAFB (ENSCAFG00845013214) #19	MICOS13 (ENSCAFG00845013062) #20	HSD11B1L (ENSCAFG00845013008) #21	ENSCAFG00845012967 #22	LONP1 (ENSCAFG00845012796) #23	PRR22 (ENSCAFG00845012648) #25	DUS3L (ENSCAFG00845012465) #26	ENSCAFG00845012403 #27	NRTN (ENSCAFG00845012314) #27	FUT5 (ENSCAFG00845012290)	NDUFA11 (ENSCAFG00845012269) #29	CAPS (ENSCAFG00845012225) #31	RANBP3 (ENSCAFG00845012047) #32	RFX2 (ENSCAFG00845011818) #33	ACSBG2 (ENSCAFG00845011716) #34	ENSCAFG00845011637 #35	MLLT1 (ENSCAFG00845011430) #36	ACER1 (ENSCAFG00845011353) #37	CLPP (ENSCAFG00845011300)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22
Ferret	DUPLICATION
Ferret	MODERN SPECIES	485																ENSMPUG00000019693 #22	SGO1 (ENSMPUG00000013163)	ENSMPUG00000013159	ENSMPUG00000013157	PP2D1 (ENSMPUG00000013153)	RAB5A (ENSMPUG00000013147)	EFHB (ENSMPUG00000013107)
Ferret	MODERN SPECIES	326	FEM1A (ENSMPUG00000005251)	TICAM1 (ENSMPUG00000005255)	PLIN3 (ENSMPUG00000005259)	ENSMPUG00000005266	UHRF1 (ENSMPUG00000005273)	KDM4B (ENSMPUG00000005282)	ENSMPUG00000005300	PTPRS (ENSMPUG00000005308)	ENSMPUG00000006102	ZNRF4 (ENSMPUG00000019704)	SAFB2 (ENSMPUG00000006106)	SAFB (ENSMPUG00000006123) #19	MICOS13 (ENSMPUG00000006136) #20	HSD11B1L (ENSMPUG00000006146) #21	LONP1 (ENSMPUG00000006156) #23	ENSMPUG00000006166 #22	CATSPERD (ENSMPUG00000006175) #24	DUS3L (ENSMPUG00000006188) #26	NDUFA11 (ENSMPUG00000006200) #29	VMAC (ENSMPUG00000006261) #30	CAPS (ENSMPUG00000006269) #31	ENSMPUG00000019705	RANBP3 (ENSMPUG00000006306) #32	RFX2 (ENSMPUG00000006329) #33	ACSBG2 (ENSMPUG00000006350) #34	ENSMPUG00000006513 #35	MLLT1 (ENSMPUG00000006527) #36	ACER1 (ENSMPUG00000006546) #37	CLPP (ENSMPUG00000006553)	GTF2F1 (ENSMPUG00000006566)	ENSMPUG00000006584
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Equus	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Horse	MODERN SPECIES	28	ENSECAG00000049296	DPP9 (ENSECAG00000024983)	FEM1A (ENSECAG00000025083)	KDM4B (ENSECAG00000014752)	TICAM1 (ENSECAG00000004791)	PLIN3 (ENSECAG00000009572)	ARRDC5 (ENSECAG00000012938)	UHRF1 (ENSECAG00000013193)	PTPRS (ENSECAG00000032438)	ZNRF4 (ENSECAG00000034500)	SAFB2 (ENSECAG00000018978)	SAFB (ENSECAG00000018659) #19	MICOS13 (ENSECAG00000012658) #20	LONP1 (ENSECAG00000014761) #23	HSD11B1L (ENSECAG00000014443) #21	RPL36 (ENSECAG00000036419) #22	CATSPERD (ENSECAG00000011401) #24	ENSECAG00000019359 #25	NRTN (ENSECAG00000039189) #27	ENSECAG00000033689	ENSECAG00000059799 #29	ENSECAG00000052631 #31	RANBP3 (ENSECAG00000024789) #32	RFX2 (ENSECAG00000020379) #33	ACSBG2 (ENSECAG00000017087) #34	ENSECAG00000047643 #35	ENSECAG00000029780 #35	MLLT1 (ENSECAG00000015555) #36	ACER1 (ENSECAG00000022733) #37	CLPP (ENSECAG00000023054)	ALKBH7 (ENSECAG00000023627)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588.w #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830	ENSGT00390000014585
Megabat	MODERN SPECIES	472												ENSPVAG00000004902	SAFB (ENSPVAG00000004913) #19	MICOS13 (ENSPVAG00000004919) #20	HSD11B1L (ENSPVAG00000004922) #21	RPL36 (ENSPVAG00000004923) #22	LONP1 (ENSPVAG00000004925) #23	CATSPERD (ENSPVAG00000004929) #24
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588.w #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830	ENSGT00390000014585
Microbat	MODERN SPECIES	1160		ENSMLUG00000004705	ENSMLUG00000025922	ITGA8 (ENSMLUG00000010987)	MINDY3 (ENSMLUG00000013856)	ENSMLUG00000026097	PROSER2 (ENSMLUG00000000222)	UPF2 (ENSMLUG00000000228)	ENSMLUG00000004680	DHTKD1 (ENSMLUG00000010383)	SEC61A2 (ENSMLUG00000010427)	NUDT5 (ENSMLUG00000010453)	CDC123 (ENSMLUG00000010474)	ENSMLUG00000029582	CAMK1D (ENSMLUG00000007058)	ENSMLUG00000027660 #22	CCDC3 (ENSMLUG00000016950)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	9	MYDGF (ENSRFEG00010018537)	DPP9 (ENSRFEG00010018435)	FEM1A (ENSRFEG00010018407)	TICAM1 (ENSRFEG00010018400)	PLIN3 (ENSRFEG00010018352)	ARRDC5 (ENSRFEG00010018280)	UHRF1 (ENSRFEG00010018238)	KDM4B (ENSRFEG00010018184)	PTPRS (ENSRFEG00010018042)	ZNRF4 (ENSRFEG00010017958)	TINCR (ENSRFEG00010017931)	SAFB2 (ENSRFEG00010017805)	SAFB (ENSRFEG00010017693) #19	ENSRFEG00010017630 #20	HSD11B1L (ENSRFEG00010017351) #21	ENSRFEG00010017304 #22	LONP1 (ENSRFEG00010016908) #23	CATSPERD (ENSRFEG00010016860) #24	DUS3L (ENSRFEG00010016695) #26	NRTN (ENSRFEG00010016659) #27	NDUFA11 (ENSRFEG00010016557) #29	VMAC (ENSRFEG00010016520) #30	CAPS (ENSRFEG00010016476) #31	RANBP3 (ENSRFEG00010016304) #32	RFX2 (ENSRFEG00010016196) #33	ENSRFEG00010016123 #34	ENSRFEG00010015957 #34	MLLT1 (ENSRFEG00010015888) #36	ACER1 (ENSRFEG00010015824) #37	CLPP (ENSRFEG00010015771)	ALKBH7 (ENSRFEG00010015638)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	47	ADRA2C (ENSODEG00000009910)	LRPAP1 (ENSODEG00000011862)	DOK7 (ENSODEG00000010960)	HGFAC (ENSODEG00000010427)	RGS12 (ENSODEG00000011606)	ENSODEG00000019744	MSANTD1 (ENSODEG00000009931)	HTT (ENSODEG00000010889)	GRK4 (ENSODEG00000012144)	NOP14 (ENSODEG00000011223)	ENSODEG00000011022	ADD1 (ENSODEG00000010953)	SH3BP2 (ENSODEG00000011814)	ENSODEG00000010959	FAM193A (ENSODEG00000010949)	ENSODEG00000010562 ##22	RNF4 (ENSODEG00000011133)	CFAP99 (ENSODEG00000011882)	ENSODEG00000011568	MXD4 (ENSODEG00000011512)	HAUS3 (ENSODEG00000011986)	POLN (ENSODEG00000011265)	ENSODEG00000011259	ENSODEG00000011723	C4orf48 (ENSODEG00000011093)	NELFA (ENSODEG00000011122)	NSD2 (ENSODEG00000012080)	LETM1 (ENSODEG00000012866)	ENSODEG00000012582	ENSODEG00000012973	ENSODEG00000011155
Degu	MODERN SPECIES	111	ENSODEG00000008501	ENSODEG00000009446	ENSODEG00000008400	ENSODEG00000010541	ENSODEG00000007889	UBR7 (ENSODEG00000008732)	GON7 (ENSODEG00000008846)	LYSET (ENSODEG00000014062)	ITPK1 (ENSODEG00000007795)	CHGA (ENSODEG00000008252)	GOLGA5 (ENSODEG00000008897)	LGMN (ENSODEG00000009324)	RIN3 (ENSODEG00000010091)	SLC24A4 (ENSODEG00000008367)	CPSF2 (ENSODEG00000008682)	ENSODEG00000019811 ##22	ENSODEG00000010647	ENSODEG00000009488	SERPINA1 (ENSODEG00000010255)	SERPINA11 (ENSODEG00000010365)	SERPINA9 (ENSODEG00000011197)	SERPINA12 (ENSODEG00000011336)	SERPINA5 (ENSODEG00000010880)	SERPINA3 (ENSODEG00000009064)	GSC (ENSODEG00000008722)	DICER1 (ENSODEG00000008594)	CLMN (ENSODEG00000008945)	ENSODEG00000009806	SYNE3 (ENSODEG00000008940)	GLRX5 (ENSODEG00000009514)	TUNAR (ENSODEG00000010137)
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	131													ENSODEG00000020089 #22	FYN (ENSODEG00000013749)	ENSODEG00000013153	ENSODEG00000020026 ##22	REV3L (ENSODEG00000014010)	ENSODEG00000013019	ENSODEG00000013155	ENSODEG00000013600	ENSODEG00000013062	ENSODEG00000013254	ENSODEG00000015389	SLC16A10 (ENSODEG00000013681)	ENSODEG00000012904	ENSODEG00000013529	GTF3C6 (ENSODEG00000013017)	ENSODEG00000012898	CDK19 (ENSODEG00000012764)	ENSODEG00000014327	ENSODEG00000012677
Degu	MODERN SPECIES	398										ENSODEG00000002898	ENSODEG00000002914	RRAGB (ENSODEG00000002951)	ENSODEG00000003009	ENSODEG00000003024	ALAS2 (ENSODEG00000003044)	ENSODEG00000018880 ##22	ENSODEG00000003095	PFKFB1 (ENSODEG00000003122)	ENSODEG00000003143	ENSODEG00000000070
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Rat	MODERN SPECIES	11	ENSRNOG00000063007	Zbed3 (ENSRNOG00000028941)	LOC100912266 (ENSRNOG00000059441)	ENSRNOG00000067662	Pde8b (ENSRNOG00000010280)	Wdr41 (ENSRNOG00000025462)	Otp (ENSRNOG00000010560)	Tbca (ENSRNOG00000048342)	ENSRNOG00000068970	Ap3b1 (ENSRNOG00000010624)	Scamp1 (ENSRNOG00000061582)	Lhfpl2 (ENSRNOG00000011032)	Arsb (ENSRNOG00000011150)	Dmgdh (ENSRNOG00000023588)	Bhmt2 (ENSRNOG00000040120)	LOC103691423 (ENSRNOG00000029988) ##22	AABR07007675.2 (ENSRNOG00000058886)	Bhmt (ENSRNOG00000011200)	Jmy (ENSRNOG00000050343)	Homer1 (ENSRNOG00000047014)	Tent2 (ENSRNOG00000012099)	Cmya5 (ENSRNOG00000023803)	Mtx3 (ENSRNOG00000023837)	Thbs4 (ENSRNOG00000012471)	Serinc5 (ENSRNOG00000024039)	Spz1 (ENSRNOG00000013050)	Zfyve16 (ENSRNOG00000013055)	Fam151b (ENSRNOG00000024136)	Ankrd34b (ENSRNOG00000040166)	Dhfr (ENSRNOG00000013521)	ENSRNOG00000069130
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	268										NCAM2 (ENSMNEG00000033784)	ENSMNEG00000030006	ENSMNEG00000037531	ENSMNEG00000018853	TMPRSS15 (ENSMNEG00000010161)	CHODL (ENSMNEG00000032583)	ENSMNEG00000037779 ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2931														IDO1 (ENSRROG00000044350)	IDO2 (ENSRROG00000036605)	ENSRROG00000010865 ##22	TCIM (ENSRROG00000027707)	ZMAT4 (ENSRROG00000040877)	SFRP1 (ENSRROG00000042000)	GOLGA7 (ENSRROG00000028796)	GINS4 (ENSRROG00000026206)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	42	FAM177B (ENSCCAG00000031878)	BROX (ENSCCAG00000017416)	AIDA (ENSCCAG00000036949)	ENSCCAG00000033801	ENSCCAG00000020382	TAF1A (ENSCCAG00000036518)	HHIPL2 (ENSCCAG00000028953)	DUSP10 (ENSCCAG00000026878)	ENSCCAG00000020609	HLX (ENSCCAG00000036254)	MTARC1 (ENSCCAG00000036034)	MTARC2 (ENSCCAG00000012159)	C1orf115 (ENSCCAG00000028709)	MARK1 (ENSCCAG00000027702)	ENSCCAG00000030038	ENSCCAG00000025354 ##22	RAB3GAP2 (ENSCCAG00000029811)	IARS2 (ENSCCAG00000021848)	BPNT1 (ENSCCAG00000036591)	EPRS1 (ENSCCAG00000028256)	SLC30A10 (ENSCCAG00000023967)	ENSCCAG00000026807	LYPLAL1 (ENSCCAG00000026890)	TGFB2 (ENSCCAG00000027083)	ENSCCAG00000010376	ENSCCAG00000021469	ENSCCAG00000007339	ENSCCAG00000035049	SPATA17 (ENSCCAG00000020915)	GPATCH2 (ENSCCAG00000010195)	ESRRG (ENSCCAG00000031036)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01010000222837	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00940000163125	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	14	Tnfaip8l1 (ENSPEMG00000024674)	Mydgf (ENSPEMG00000030525)	Dpp9 (ENSPEMG00000017445)	ENSPEMG00000017948	Ticam1 (ENSPEMG00000026452)	Plin3 (ENSPEMG00000022494)	ENSPEMG00000025270	Uhrf1 (ENSPEMG00000016633)	Kdm4b (ENSPEMG00000021576)	Ptprs (ENSPEMG00000020799)	Znrf4 (ENSPEMG00000006665)	Tincr (ENSPEMG00000023023)	Safb2 (ENSPEMG00000016015)	Safb (ENSPEMG00000020428) #19	Micos13 (ENSPEMG00000009993) #20	ENSPEMG00000014036 ##22	Lonp1 (ENSPEMG00000020753) #23	Ranbp3 (ENSPEMG00000020448) #32	ENSPEMG00000020906 #31	ENSPEMG00000026816	Ndufa11 (ENSPEMG00000020648) #29	ENSPEMG00000031186	Nrtn (ENSPEMG00000014960) #27	Dus3l (ENSPEMG00000020784) #26	Prr22 (ENSPEMG00000014824) #25	Rfx2 (ENSPEMG00000021291) #33	Acsbg2 (ENSPEMG00000014725) #34	Acsbg3 (ENSPEMG00000022840) #35	Mllt1 (ENSPEMG00000020708) #36	Acer1 (ENSPEMG00000021242) #37	Clpp (ENSPEMG00000009546)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Rat	MODERN SPECIES		AC112866.1 (ENSRNOG00000048424)	LOC691716 (ENSRNOG00000054854)	Kdm8 (ENSRNOG00000015180)	Nsmce1 (ENSRNOG00000015218)	Il4r (ENSRNOG00000015441)	Il21r (ENSRNOG00000015773)	Gtf3c1 (ENSRNOG00000016218)	Katnip (ENSRNOG00000016635)	Gsg1l (ENSRNOG00000065255)	Xpo6 (ENSRNOG00000016722)	ENSRNOG00000066090	Sbk1 (ENSRNOG00000067387)	Lat (ENSRNOG00000017429)	Spns1 (ENSRNOG00000017621)	Nfatc2ip (ENSRNOG00000057384)	LOC100361060 (ENSRNOG00000031947) ##22	Cd19 (ENSRNOG00000018311)	Rabep2 (ENSRNOG00000018462)	Atp2a1 (ENSRNOG00000047124)	Sh2b1 (ENSRNOG00000049181)	Tufm (ENSRNOG00000018604)	Atxn2l (ENSRNOG00000018686)	Eif3c (ENSRNOG00000018761)	Cln3 (ENSRNOG00000019103)	Apobr (ENSRNOG00000017403)	Il27 (ENSRNOG00000019170)	Sgf29 (ENSRNOG00000019245)	Sult1a1 (ENSRNOG00000019342)	Slx1b (ENSRNOG00000019369)	Bola2 (ENSRNOG00000047988)	Coro1a (ENSRNOG00000019430)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Squirrel	MODERN SPECIES	188	TNFAIP8L1 (ENSSTOG00000009863)	MYDGF (ENSSTOG00000009868)	DPP9 (ENSSTOG00000009879)	FEM1A (ENSSTOG00000002965)	PLIN3 (ENSSTOG00000027863)	ARRDC5 (ENSSTOG00000027289)	UHRF1 (ENSSTOG00000025553)	KDM4B (ENSSTOG00000022348)	PTPRS (ENSSTOG00000028354)	ZNRF4 (ENSSTOG00000022733)	ENSSTOG00000029515	ENSSTOG00000002758	SAFB (ENSSTOG00000002783) #19	MICOS13 (ENSSTOG00000002814) #20	HSD11B1L (ENSSTOG00000027416) #21	ENSSTOG00000020518 ##22	LONP1 (ENSSTOG00000019884) #23	PRR22 (ENSSTOG00000025571) #25	DUS3L (ENSSTOG00000025017) #26	NRTN (ENSSTOG00000009542) #27	ENSSTOG00000022255	NDUFA11 (ENSSTOG00000028356) #29	VMAC (ENSSTOG00000012822) #30	CAPS (ENSSTOG00000006493) #31	RANBP3 (ENSSTOG00000006462) #32	ENSSTOG00000034262 #32	RFX2 (ENSSTOG00000027723) #33	ENSSTOG00000007511 #34	ENSSTOG00000019704 #35	MLLT1 (ENSSTOG00000002340) #36	ENSSTOG00000022476
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	83				PIK3CB (ENSSBOG00000020838)	FAIM (ENSSBOG00000020593)	CEP70 (ENSSBOG00000032745)	ESYT3 (ENSSBOG00000024185)	MRAS (ENSSBOG00000023115)	NME9 (ENSSBOG00000026799)	ARMC8 (ENSSBOG00000029376)	ENSSBOG00000017963	DBR1 (ENSSBOG00000032048)	A4GNT (ENSSBOG00000035068)	DZIP1L (ENSSBOG00000028314)	CLDN18 (ENSSBOG00000029781)	ENSSBOG00000018267 ##22	SOX14 (ENSSBOG00000013214)	IL20RB (ENSSBOG00000030039)	NCK1 (ENSSBOG00000033794)	ENSSBOG00000015996	SLC35G2 (ENSSBOG00000019732)	ENSSBOG00000010558	STAG1 (ENSSBOG00000025180)	PCCB (ENSSBOG00000033579)	MSL2 (ENSSBOG00000028823)	PPP2R3A (ENSSBOG00000022624)	ENSSBOG00000027208	EPHB1 (ENSSBOG00000021552)	KY (ENSSBOG00000033829)	CEP63 (ENSSBOG00000031149)	ENSSBOG00000031944
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.a.b ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	76	MYDGF (ENSMNEG00000023751)	DPP9 (ENSMNEG00000027918)	FEM1A (ENSMNEG00000006797)	TICAM1 (ENSMNEG00000038179)	PLIN3 (ENSMNEG00000028477)	ARRDC5 (ENSMNEG00000043261)	UHRF1 (ENSMNEG00000039380)	KDM4B (ENSMNEG00000041336)	PTPRS (ENSMNEG00000034843)	TINCR (ENSMNEG00000033699)	SAFB2 (ENSMNEG00000032042)	ENSMNEG00000045313	SAFB (ENSMNEG00000035637) #19	MICOS13 (ENSMNEG00000027324) #20	HSD11B1L (ENSMNEG00000033295) #21	ENSMNEG00000044430 ##22	LONP1 (ENSMNEG00000042912) #23	CATSPERD (ENSMNEG00000021927) #24	PRR22 (ENSMNEG00000045136) #25	DUS3L (ENSMNEG00000036509) #26	NRTN (ENSMNEG00000019173) #27	ENSMNEG00000032896 #28	ENSMNEG00000011100 #28	NDUFA11 (ENSMNEG00000004413) #29	VMAC (ENSMNEG00000037094) #30	CAPS (ENSMNEG00000041627) #31	RANBP3 (ENSMNEG00000036230) #32	RFX2 (ENSMNEG00000030375) #33	ACSBG2 (ENSMNEG00000044133) #34	MLLT1 (ENSMNEG00000031529) #36	ACER1 (ENSMNEG00000029728) #37
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Tarsier	MODERN SPECIES	6118								ENSTSYG00000031070	ZFP1 (ENSTSYG00000029077)	LDHD (ENSTSYG00000028866)	ZNRF1 (ENSTSYG00000012497)	WDR59 (ENSTSYG00000000726)	FA2H (ENSTSYG00000000573)	MLKL (ENSTSYG00000029529)	RFWD3 (ENSTSYG00000012422)	ENSTSYG00000002350 ##22	AHSP (ENSTSYG00000001589)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Gibbon	MODERN SPECIES	10	ENSNLEG00000017192	NIPSNAP3A (ENSNLEG00000035371)	NIPSNAP3B (ENSNLEG00000035577)	ABCA1 (ENSNLEG00000017212)	SLC44A1 (ENSNLEG00000017261)	ENSNLEG00000030492	FSD1L (ENSNLEG00000017277)	FKTN (ENSNLEG00000017300)	TAL2 (ENSNLEG00000018969)	ENSNLEG00000031329	TMEM38B (ENSNLEG00000017305)	ZNF462 (ENSNLEG00000017310)	RAD23B (ENSNLEG00000017319)	ENSNLEG00000017326	ENSNLEG00000017327	ENSNLEG00000027120 ##22	ACTL7B (ENSNLEG00000018972)	ACTL7A (ENSNLEG00000018973)	ELP1 (ENSNLEG00000017329)	ABITRAM (ENSNLEG00000017379)	CTNNAL1 (ENSNLEG00000030323)	TMEM245 (ENSNLEG00000017413)	FRRS1L (ENSNLEG00000017427)	EPB41L4B (ENSNLEG00000017431)	PTPN3 (ENSNLEG00000017436)	ENSNLEG00000028962	ENSNLEG00000035302	PALM2AKAP2 (ENSNLEG00000017455)	C9orf152 (ENSNLEG00000035418)	ENSNLEG00000032849	ENSNLEG00000033326
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01040000240406.A.b.a.b.u	ENSGT00950000183018.b.k.a	ENSGT00950000183018.b.k.b	ENSGT00940000154658.b	ENSGT00940000157174	ENSGT00940000157979	ENSGT00390000014471	ENSGT00940000160867	ENSGT00390000018845.e	ENSGT00910000147109	ENSGT00940000156411	ENSGT01050000244891.A.j.a.a	ENSGT00390000012078.b.c	ENSGT00940000156229	ENSGT00940000165389	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000162582	ENSGT00940000162158	ENSGT00390000013344	ENSGT00450000040303.c	ENSGT01030000234543.F.s	ENSGT00390000001667	ENSGT00940000159043	ENSGT00940000158331	ENSGT00940000157888	ENSGT00940000165203.j	ENSGT00940000161837	ENSGT00930000151059	ENSGT00390000005322	ENSGT00940000154259.k.b.a	ENSGT00940000162445
Bonobo	MODERN SPECIES	22	NIPSNAP3A (ENSPPAG00000034837)	ENSPPAG00000026289	ABCA1 (ENSPPAG00000040255)	SLC44A1 (ENSPPAG00000029275)	FSD1L (ENSPPAG00000027906)	FKTN (ENSPPAG00000027627)	TAL2 (ENSPPAG00000004739)	TMEM38B (ENSPPAG00000033497)	ENSPPAG00000007053	ZNF462 (ENSPPAG00000030092)	ENSPPAG00000032267	ENSPPAG00000027680	RAD23B (ENSPPAG00000041162)	KLF4 (ENSPPAG00000015192)	ENSPPAG00000030655	ENSPPAG00000035498 ##22	ACTL7B (ENSPPAG00000021452)	ACTL7A (ENSPPAG00000007108)	ELP1 (ENSPPAG00000027510)	ABITRAM (ENSPPAG00000028675)	ENSPPAG00000012481	ENSPPAG00000038805	TMEM245 (ENSPPAG00000042485)	ENSPPAG00000043479	EPB41L4B (ENSPPAG00000028167)	PTPN3 (ENSPPAG00000043564)	ENSPPAG00000027455	ENSPPAG00000041864	ENSPPAG00000028864	C9orf152 (ENSPPAG00000037682)	TXN (ENSPPAG00000042345)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	22	NIPSNAP3A (ENSPTRG00000021217)	NIPSNAP3B (ENSPTRG00000021218)	ABCA1 (ENSPTRG00000021219)	SLC44A1 (ENSPTRG00000021220)	FSD1L (ENSPTRG00000021222)	FKTN (ENSPTRG00000021224)	TAL2 (ENSPTRG00000021225)	TMEM38B (ENSPTRG00000021226)	ENSPTRG00000047867	ENSPTRG00000051779	ZNF462 (ENSPTRG00000021228)	ENSPTRG00000043526	RAD23B (ENSPTRG00000021229)	KLF4 (ENSPTRG00000021230)	ENSPTRG00000050261	ENSPTRG00000052140 ##22	ACTL7B (ENSPTRG00000021231)	ACTL7A (ENSPTRG00000021232)	ELP1 (ENSPTRG00000021233)	ABITRAM (ENSPTRG00000021234)	CTNNAL1 (ENSPTRG00000021235)	TMEM245 (ENSPTRG00000021237)	FRRS1L (ENSPTRG00000021238)	EPB41L4B (ENSPTRG00000021239)	PTPN3 (ENSPTRG00000021240)	PALM2AKAP2 (ENSPTRG00000039394)	PALM2AKAP2 (ENSPTRG00000021242)	C9H9orf152 (ENSPTRG00000040638)	TXN (ENSPTRG00000021245)	TXNDC8 (ENSPTRG00000029162)	SVEP1 (ENSPTRG00000021246)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2499															TMCO1 (ENSRBIG00000027564)	ENSRBIG00000040853 ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	17	MIDEAS (ENSMFAG00000034140)	ENSMFAG00000063574	PNMA1 (ENSMFAG00000007972)	DNAL1 (ENSMFAG00000035392)	ENSMFAG00000031617	ENSMFAG00000049913	ENSMFAG00000048994	HEATR4 (ENSMFAG00000043816)	NUMB (ENSMFAG00000046300)	PAPLN (ENSMFAG00000021512)	PSEN1 (ENSMFAG00000000113)	RBM25 (ENSMFAG00000040040)	ENSMFAG00000063025	ENSMFAG00000047560	ZFYVE1 (ENSMFAG00000037270)	ENSMFAG00000064227 ##22	DCAF4 (ENSMFAG00000037267)	ENSMFAG00000057362	DPF3 (ENSMFAG00000033308)	RGS6 (ENSMFAG00000033074)	SIPA1L1 (ENSMFAG00000038037)	PCNX1 (ENSMFAG00000033279)	MAP3K9 (ENSMFAG00000002562)	TTC9 (ENSMFAG00000052601)	MED6 (ENSMFAG00000032743)	ADAM20 (ENSMFAG00000056245)	ENSMFAG00000023207	ENSMFAG00000039914	ENSMFAG00000025676	SYNJ2BP (ENSMFAG00000001417)	COX16 (ENSMFAG00000035724)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	581															ATP10B (ENSMNEG00000039941)	ENSMNEG00000028016 ##22	PTTG1 (ENSMNEG00000042834)	SLU7 (ENSMNEG00000029132)	FAM200C (ENSMNEG00000027228)	C1QTNF2 (ENSMNEG00000030599)	ENSMNEG00000036332	CCNJL (ENSMNEG00000028285)	ENSMNEG00000032357	FABP6 (ENSMNEG00000042984)	PWWP2A (ENSMNEG00000040509)	TTC1 (ENSMNEG00000043439)	ADRA1B (ENSMNEG00000034660)	IL12B (ENSMNEG00000033711)	UBLCP1 (ENSMNEG00000029679)	RNF145 (ENSMNEG00000036090)	ENSMNEG00000006972
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	303						ENSCATG00000036501	ENSCATG00000029897	RIOX1 (ENSCATG00000021107)	HEATR4 (ENSCATG00000044114)	NUMB (ENSCATG00000041867)	PAPLN (ENSCATG00000042093)	PSEN1 (ENSCATG00000038778)	RBM25 (ENSCATG00000039651)	ENSCATG00000042248	ZFYVE1 (ENSCATG00000037612)	ENSCATG00000032385 ##22	DCAF4 (ENSCATG00000020304)	DPF3 (ENSCATG00000009867)	RGS6 (ENSCATG00000040492)	ENSCATG00000029544	SIPA1L1 (ENSCATG00000036653)	PCNX1 (ENSCATG00000021420)	MAP3K9 (ENSCATG00000030062)	TTC9 (ENSCATG00000038839)	MED6 (ENSCATG00000033151)	ENSCATG00000017347
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	12	DPP9 (ENSPANG00000007771)	FEM1A (ENSPANG00000011845)	TICAM1 (ENSPANG00000009133)	PLIN3 (ENSPANG00000020753)	ARRDC5 (ENSPANG00000046740)	UHRF1 (ENSPANG00000004919)	KDM4B (ENSPANG00000011049)	PTPRS (ENSPANG00000009753)	ENSPANG00000041199	ZNRF4 (ENSPANG00000047611)	TINCR (ENSPANG00000045730)	SAFB2 (ENSPANG00000007004)	SAFB (ENSPANG00000007770) #19	MICOS13 (ENSPANG00000017471) #20	HSD11B1L (ENSPANG00000003971) #21	ENSPANG00000032485 ##22	LONP1 (ENSPANG00000010631) #23	PRR22 (ENSPANG00000007769) #25	ENSPANG00000042524	NRTN (ENSPANG00000010856) #27	ENSPANG00000032774 #28	NDUFA11 (ENSPANG00000003098) #29	VMAC (ENSPANG00000032013) #30	CAPS (ENSPANG00000007003) #31	RANBP3 (ENSPANG00000031036) #32	RFX2 (ENSPANG00000012105) #33	ACSBG2 (ENSPANG00000009518) #34	MLLT1 (ENSPANG00000015038) #36	ACER1 (ENSPANG00000006330) #37	CLPP (ENSPANG00000047270)	ALKBH7 (ENSPANG00000035776)
Olive baboon	MODERN SPECIES	2	ENSPANG00000030169	ADRA2A (ENSPANG00000050114)	SHOC2 (ENSPANG00000020801)	BBIP1 (ENSPANG00000037854)	PDCD4 (ENSPANG00000020809)	RBM20 (ENSPANG00000020808)	SMC3 (ENSPANG00000020807)	DUSP5 (ENSPANG00000047281)	SMNDC1 (ENSPANG00000020805)	MXI1 (ENSPANG00000020804)	ADD3 (ENSPANG00000020803)	ENSPANG00000050358	XPNPEP1 (ENSPANG00000020802)	ENSPANG00000006676	ENSPANG00000046255	ENSPANG00000042797 ##22	ENSPANG00000050016	ENSPANG00000042091	SORCS1 (ENSPANG00000020876)	ENSPANG00000048966	ENSPANG00000039183	SORCS3 (ENSPANG00000020877)	CFAP58 (ENSPANG00000020883)	ITPRIP (ENSPANG00000020881)	GSTO2 (ENSPANG00000020880)	ENSPANG00000020878	CFAP43 (ENSPANG00000020924)	SFR1 (ENSPANG00000020932)	ENSPANG00000043305	COL17A1 (ENSPANG00000020929)	SLK (ENSPANG00000020927)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	937	TNFAIP8L1 (ENSANAG00000014692)	MYDGF (ENSANAG00000036228)	ENSANAG00000037730	TICAM1 (ENSANAG00000022963)	PLIN3 (ENSANAG00000036732)	ENSANAG00000032392	KDM4B (ENSANAG00000026532)	PTPRS (ENSANAG00000020049)	ENSANAG00000032860	ZNRF4 (ENSANAG00000016851)	TINCR (ENSANAG00000037718)	SAFB2 (ENSANAG00000031936)	SAFB (ENSANAG00000028821) #19	MICOS13 (ENSANAG00000021680) #20	HSD11B1L (ENSANAG00000033693) #21	ENSANAG00000029130 ##22	LONP1 (ENSANAG00000023956) #23	ENSANAG00000032966 #24	PRR22 (ENSANAG00000024920) #25	DUS3L (ENSANAG00000021997) #26	NRTN (ENSANAG00000038023) #27	ENSANAG00000005729	NDUFA11 (ENSANAG00000034722) #29	VMAC (ENSANAG00000037811) #30	ENSANAG00000034701 #31	CAPS (ENSANAG00000028375) #31	RANBP3 (ENSANAG00000028437) #32	RFX2 (ENSANAG00000023324) #33	ACSBG2 (ENSANAG00000021889) #34	MLLT1 (ENSANAG00000034543) #36	ACER1 (ENSANAG00000037792) #37
Mas night monkey	MODERN SPECIES	465																ENSANAG00000018768 ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1017			ENSANAG00000033417	ENSANAG00000033171	JAG1 (ENSANAG00000023831)	SLX4IP (ENSANAG00000038482)	MKKS (ENSANAG00000032490)	SNAP25 (ENSANAG00000032619)	ANKEF1 (ENSANAG00000023458)	PAK5 (ENSANAG00000033350)	LAMP5 (ENSANAG00000035665)	PLCB4 (ENSANAG00000002659)	ENSANAG00000020964	PLCB1 (ENSANAG00000034487)	TMX4 (ENSANAG00000028585)	ENSANAG00000020975 ##22	HAO1 (ENSANAG00000036540)	ENSANAG00000022936	BMP2 (ENSANAG00000034707)	FERMT1 (ENSANAG00000035182)	LRRN4 (ENSANAG00000036399)	CRLS1 (ENSANAG00000015919)	MCM8 (ENSANAG00000034654)	TRMT6 (ENSANAG00000021260)	CHGB (ENSANAG00000026139)	SHLD1 (ENSANAG00000029247)	GPCPD1 (ENSANAG00000034321)	ENSANAG00000031858	PROKR2 (ENSANAG00000025735)	CDS2 (ENSANAG00000035489)	PCNA (ENSANAG00000037488)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	896	NEXMIF (ENSANAG00000024438)	ABCB7 (ENSANAG00000031764)	UPRT (ENSANAG00000030692)	ZDHHC15 (ENSANAG00000023886)	PBDC1 (ENSANAG00000018001)	MAGEE1 (ENSANAG00000037886)	FGF16 (ENSANAG00000037272)	ENSANAG00000027335	ATRX (ENSANAG00000032142)	MAGT1 (ENSANAG00000030919)	COX7B (ENSANAG00000022390)	ENSANAG00000022195	ATP7A (ENSANAG00000023455)	PGK1 (ENSANAG00000024705)	TAF9B (ENSANAG00000036258)	ENSANAG00000033757 ##22	ENSANAG00000024359	ENSANAG00000035162	LPAR4 (ENSANAG00000020241)	P2RY10 (ENSANAG00000020031)	GPR174 (ENSANAG00000019966)	ITM2A (ENSANAG00000036156)	ENSANAG00000029835	TBX22 (ENSANAG00000021162)	ENSANAG00000020981	ENSANAG00000026677	BRWD3 (ENSANAG00000008738)	ENSANAG00000030880	ENSANAG00000022748	ENSANAG00000023760	HMGN5 (ENSANAG00000021686)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	17	MGME1 (ENSCJAG00000005037)	SNX5 (ENSCJAG00000004947)	BANF2 (ENSCJAG00000004945)	ENSCJAG00000074799	RRBP1 (ENSCJAG00000004913)	DSTN (ENSCJAG00000059392)	BFSP1 (ENSCJAG00000004885)	ENSCJAG00000073419	PCSK2 (ENSCJAG00000004853)	ENSCJAG00000078493	OTOR (ENSCJAG00000004842)	ENSCJAG00000004811	ENSCJAG00000004746	ENSCJAG00000084368	FLRT3 (ENSCJAG00000057602)	ENSCJAG00000021859 ##22	MACROD2 (ENSCJAG00000004719)	SEL1L2 (ENSCJAG00000004701)	NDUFAF5 (ENSCJAG00000004655)	ESF1 (ENSCJAG00000004640)	ENSCJAG00000079755	TASP1 (ENSCJAG00000004599)	ISM1 (ENSCJAG00000004583)	SPTLC3 (ENSCJAG00000004560)	BTBD3 (ENSCJAG00000058374)	ENSCJAG00000071446	JAG1 (ENSCJAG00000021357)	SLX4IP (ENSCJAG00000021356)	MKKS (ENSCJAG00000021355)	SNAP25 (ENSCJAG00000046312)	ANKEF1 (ENSCJAG00000021349)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	152					ENSSBOG00000034528	ENSSBOG00000028654	ENSSBOG00000032098	ENSSBOG00000023205	SLITRK4 (ENSSBOG00000011515)	ENSSBOG00000028384	ENSSBOG00000026820	ENSSBOG00000025014	SLITRK2 (ENSSBOG00000014161)	ENSSBOG00000006758	FMR1 (ENSSBOG00000026623)	ENSSBOG00000030685 ##22	ERRFI1 (ENSSBOG00000019344)	AFF2 (ENSSBOG00000020604)	ENSSBOG00000004475	IDS (ENSSBOG00000017176)
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	50	IQGAP2 (ENSCCAG00000032875)	SV2C (ENSCCAG00000036246)	ENSCCAG00000030179	POC5 (ENSCCAG00000013495)	ANKDD1B (ENSCCAG00000020279)	POLK (ENSCCAG00000029021)	CERT1 (ENSCCAG00000021594)	HMGCR (ENSCCAG00000023164)	ENSCCAG00000024833	ANKRD31 (ENSCCAG00000025762)	GCNT4 (ENSCCAG00000012660)	ENSCCAG00000030843 ##22	ENSCCAG00000018354	FAM169A (ENSCCAG00000008188)	NSA2 (ENSCCAG00000017188)	ENSCCAG00000012127 ##22	GFM2 (ENSCCAG00000029580)	HEXB (ENSCCAG00000025903)	ENC1 (ENSCCAG00000017658)	ARHGEF28 (ENSCCAG00000030516)	UTP15 (ENSCCAG00000033397)	ANKRA2 (ENSCCAG00000033227)	ENSCCAG00000033236	FOXD1 (ENSCCAG00000006678)	TMEM174 (ENSCCAG00000026904)	TMEM171 (ENSCCAG00000032407)	FCHO2 (ENSCCAG00000020869)	TNPO1 (ENSCCAG00000026472)	ZNF366 (ENSCCAG00000021177)	ENSCCAG00000029389	MRPS27 (ENSCCAG00000030550)
Capuchin	MODERN SPECIES	275												FBN2 (ENSCCAG00000030341)	SLC12A2 (ENSCCAG00000037875)	CCDC192 (ENSCCAG00000035351)	ENSCCAG00000009412	ENSCCAG00000033214 ##22	CTXN3 (ENSCCAG00000017050)	PRRC1 (ENSCCAG00000021699)	MEGF10 (ENSCCAG00000028116)	ENSCCAG00000024818	ENSCCAG00000029260	C5orf63 (ENSCCAG00000012542)	MARCHF3 (ENSCCAG00000018552)	LMNB1 (ENSCCAG00000021131)	ENSCCAG00000006311	TEX43 (ENSCCAG00000033944)	PHAX (ENSCCAG00000033764)	ENSCCAG00000030660	GRAMD2B (ENSCCAG00000010148)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	348	MYDGF (ENSPCOG00000025123)	DPP9 (ENSPCOG00000014772)	TICAM1 (ENSPCOG00000025487)	PLIN3 (ENSPCOG00000019753)	ARRDC5 (ENSPCOG00000026816)	UHRF1 (ENSPCOG00000017397)	KDM4B (ENSPCOG00000022302)	PTPRS (ENSPCOG00000028400)	ZNRF4 (ENSPCOG00000017504)	TINCR (ENSPCOG00000021608)	SAFB2 (ENSPCOG00000023260)	ENSPCOG00000010436 ##19	SAFB (ENSPCOG00000014090) #19	ENSPCOG00000019276 #20	HSD11B1L (ENSPCOG00000022053) #21	ENSPCOG00000014752 ##22	LONP1 (ENSPCOG00000018361) #23	PRR22 (ENSPCOG00000022075) #25	DUS3L (ENSPCOG00000026203) #26	NRTN (ENSPCOG00000017407) #27	ENSPCOG00000022083 #28	NDUFA11 (ENSPCOG00000020260) #29	VMAC (ENSPCOG00000019572) #30	CAPS (ENSPCOG00000026358) #31	RANBP3 (ENSPCOG00000021692) #32	RFX2 (ENSPCOG00000027982) #33	ACSBG2 (ENSPCOG00000027134) #34	MLLT1 (ENSPCOG00000014345) #36	ACER1 (ENSPCOG00000016715) #37	CLPP (ENSPCOG00000027215)	ALKBH7 (ENSPCOG00000028026)
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	203												SAFB2 (ENSOGAG00000006855)	SAFB (ENSOGAG00000027769) #19	MICOS13 (ENSOGAG00000026645) #20	HSD11B1L (ENSOGAG00000024555) #21	ENSOGAG00000027049 ##22	LONP1 (ENSOGAG00000003930) #23	CATSPERD (ENSOGAG00000011003) #24	ENSOGAG00000029819	SPTLC1 (ENSOGAG00000014493)	ROR2 (ENSOGAG00000026382)	NFIL3 (ENSOGAG00000011750)	ENSOGAG00000032987	AUH (ENSOGAG00000011749)	SYK (ENSOGAG00000011743)	DIRAS2 (ENSOGAG00000001184)	ENSOGAG00000032500	GADD45G (ENSOGAG00000002142)	ENSOGAG00000032473	SEMA4D (ENSOGAG00000000321)	SECISBP2 (ENSOGAG00000000317)
Bushbaby	MODERN SPECIES	174															ENSOGAG00000031860	ENSOGAG00000030519 ##22	CNTNAP5 (ENSOGAG00000011053)	ENSOGAG00000026855	TSN (ENSOGAG00000030436)	NIFK (ENSOGAG00000016968)	CLASP1 (ENSOGAG00000015062)	TFCP2L1 (ENSOGAG00000012031)	GLI2 (ENSOGAG00000032438)	INHBB (ENSOGAG00000031714)	RALB (ENSOGAG00000015936)	TMEM185B (ENSOGAG00000007439)	EPB41L5 (ENSOGAG00000007435)	PTPN4 (ENSOGAG00000007431)	ENSOGAG00000026207	ENSOGAG00000034783	TMEM177 (ENSOGAG00000028409)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	11	IMMT (ENSOCUG00000010178)	ENSOCUG00000010188	MRPL35 (ENSOCUG00000010193)	REEP1 (ENSOCUG00000010196)	ENSOCUG00000034180	KDM3A (ENSOCUG00000010324)	ENSOCUG00000010342	RNF103 (ENSOCUG00000029277)	RMND5A (ENSOCUG00000009371)	ENSOCUG00000029173	ENSOCUG00000009384	KRCC1 (ENSOCUG00000016946)	SMYD1 (ENSOCUG00000016949)	ENSOCUG00000016960	THNSL2 (ENSOCUG00000028091)	ENSOCUG00000024020 ##22	TEX37 (ENSOCUG00000012447)	EIF2AK3 (ENSOCUG00000012451)	ENSOCUG00000006530	ENSOCUG00000025374	ENSOCUG00000036440	ENSOCUG00000031913	ENSOCUG00000034414	ENSOCUG00000023167	ENSOCUG00000032748	ENSOCUG00000037221	ENSOCUG00000025103	ENSOCUG00000039070	ENSOCUG00000023845	ENSOCUG00000023983	ENSOCUG00000034337
Rabbit	MODERN SPECIES	15	NKX2-2 (ENSOCUG00000007166)	ENSOCUG00000024195	XRN2 (ENSOCUG00000013468)	KIZ (ENSOCUG00000013848)	RALGAPA2 (ENSOCUG00000017951)	CFAP61 (ENSOCUG00000015506)	CRNKL1 (ENSOCUG00000015484)	NAA20 (ENSOCUG00000015481)	RIN2 (ENSOCUG00000015450)	SLC24A3 (ENSOCUG00000009833)	ENSOCUG00000035674	SCP2D1 (ENSOCUG00000010991)	DTD1 (ENSOCUG00000010988)	ENSOCUG00000037347	SEC23B (ENSOCUG00000015079)	ENSOCUG00000027382 ##22	RBBP9 (ENSOCUG00000015074)	POLR3F (ENSOCUG00000015067)	DZANK1 (ENSOCUG00000015055)	ZNF133 (ENSOCUG00000014537)	KAT14 (ENSOCUG00000015365)	PET117 (ENSOCUG00000037055)	OVOL2 (ENSOCUG00000012116)	MGME1 (ENSOCUG00000017083)	ENSOCUG00000017072	ENSOCUG00000029882	BANF2 (ENSOCUG00000022625)	RRBP1 (ENSOCUG00000021320)	ENSOCUG00000027456	BFSP1 (ENSOCUG00000015787)	PCSK2 (ENSOCUG00000015893)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	383	ENSDORG00000014228	ENSDORG00000024106	Lrg1 (ENSDORG00000024968)	Sema6b (ENSDORG00000001284)	Mydgf (ENSDORG00000030169)	Dpp9 (ENSDORG00000014206)	ENSDORG00000016191	Arrdc5 (ENSDORG00000013640)	Uhrf1 (ENSDORG00000013642)	Kdm4b (ENSDORG00000008375)	Ptprs (ENSDORG00000006297)	Safb2 (ENSDORG00000016199)	Safb (ENSDORG00000016200) #19	Micos13 (ENSDORG00000016204) #20	ENSDORG00000016206 #21	Rpl36 (ENSDORG00000025864) ##22	Lonp1 (ENSDORG00000016207) #23	Dus3l (ENSDORG00000006754) #26	Ndufa11 (ENSDORG00000003140) #29	Vmac (ENSDORG00000029939) #30	ENSDORG00000003143 #31	Ranbp3 (ENSDORG00000003144) #32	Rfx2 (ENSDORG00000008083) #33	Acsbg2 (ENSDORG00000024853) #34	Acsbg3 (ENSDORG00000026047) #35	Mllt1 (ENSDORG00000006056) #36	Acer1 (ENSDORG00000013614) #37	Clpp (ENSDORG00000002435)	Alkbh7 (ENSDORG00000002441)	Pspn (ENSDORG00000002443) ##27	Gtf2f1 (ENSDORG00000002445)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	55	Tnfaip8l1 (ENSJJAG00000000765)	Mydgf (ENSJJAG00000022035)	Dpp9 (ENSJJAG00000005661)	ENSJJAG00000000960	Ticam1 (ENSJJAG00000021374)	Plin3 (ENSJJAG00000008038)	Arrdc5 (ENSJJAG00000014627)	Uhrf1 (ENSJJAG00000016105)	Kdm4b (ENSJJAG00000014716)	Ptprs (ENSJJAG00000022069)	Znrf4 (ENSJJAG00000015898)	Tincr (ENSJJAG00000015733)	ENSJJAG00000015942	Safb (ENSJJAG00000009021) #19	ENSJJAG00000023960 #20	ENSJJAG00000020144 ##22	Lonp1 (ENSJJAG00000021237) #23	Ranbp3 (ENSJJAG00000007163) #32	ENSJJAG00000017779 #31	Vmac (ENSJJAG00000021312) #30	Ndufa11 (ENSJJAG00000023264) #29	Nrtn (ENSJJAG00000016578) #27	Dus3l (ENSJJAG00000023742) #26	Prr22 (ENSJJAG00000020858) #25	Rfx2 (ENSJJAG00000009362) #33	Acsbg2 (ENSJJAG00000022623) #34	Acsbg3 (ENSJJAG00000021099) #35	Mllt1 (ENSJJAG00000017227) #36	Acer1 (ENSJJAG00000018285) #37	ENSJJAG00000019233	Alkbh7 (ENSJJAG00000023908)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	41	ENSJJAG00000021169	Mipol1 (ENSJJAG00000005888)	Foxa1 (ENSJJAG00000000995)	Ttc6 (ENSJJAG00000015458)	ENSJJAG00000021196	Sstr1 (ENSJJAG00000012239)	ENSJJAG00000011829	Sec23a (ENSJJAG00000022207)	ENSJJAG00000012126	Gemin2 (ENSJJAG00000022975)	ENSJJAG00000023482	Pnn (ENSJJAG00000015703)	Fbxo33 (ENSJJAG00000021035)	ENSJJAG00000011649	ENSJJAG00000017323	ENSJJAG00000014967 ##22	ENSJJAG00000011618	ENSJJAG00000015736	ENSJJAG00000013853	Lrfn5 (ENSJJAG00000011642)	ENSJJAG00000012322	ENSJJAG00000003126	Gm527 (ENSJJAG00000014810)	Klhl28 (ENSJJAG00000016796)	Togaram1 (ENSJJAG00000013948)	Prpf39 (ENSJJAG00000022757)	Fkbp3 (ENSJJAG00000019949)	Mis18bp1 (ENSJJAG00000022998)	ENSJJAG00000014954	ENSJJAG00000012368	ENSJJAG00000011553
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Rat	MODERN SPECIES		Scn1b (ENSRNOG00000021102)	Hpn (ENSRNOG00000021097)	Lgi4 (ENSRNOG00000021087)	Fxyd1 (ENSRNOG00000021079)	Fxyd7 (ENSRNOG00000021067)	Fxyd5 (ENSRNOG00000021062)	Fam187b (ENSRNOG00000021060)	Lsr (ENSRNOG00000021053)	Usf2 (ENSRNOG00000053725)	Hamp (ENSRNOG00000021029)	Mag (ENSRNOG00000021023)	Cd22 (ENSRNOG00000024000)	Ffar1 (ENSRNOG00000024009)	Ffar3 (ENSRNOG00000037467)	Ffar2 (ENSRNOG00000021021)	LOC100361079 (ENSRNOG00000002340) ##22	Krtdap (ENSRNOG00000062262)	Dmkn (ENSRNOG00000055934)	Sbsn (ENSRNOG00000021015)	Gapdhs (ENSRNOG00000021009)	Tmem147 (ENSRNOG00000021006)	Atp4a (ENSRNOG00000020985)	LOC688924 (ENSRNOG00000037485)	Haus5 (ENSRNOG00000024266)	Rbm42 (ENSRNOG00000024278)	Etv2 (ENSRNOG00000024288)	Cox6b1 (ENSRNOG00000024309)	Upk1a (ENSRNOG00000024331)	Zbtb32 (ENSRNOG00000042465)	Kmt2b (ENSRNOG00000055525)	Igflr1 (ENSRNOG00000020957)
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Mouse	MODERN SPECIES	8	Tnfaip8l1 (ENSMUSG00000044469)	Mydgf (ENSMUSG00000019579)	Dpp9 (ENSMUSG00000001229)	Fem1a (ENSMUSG00000043683)	Ticam1 (ENSMUSG00000047123)	Plin3 (ENSMUSG00000024197)	Arrdc5 (ENSMUSG00000073380)	Uhrf1 (ENSMUSG00000001228)	Kdm4b (ENSMUSG00000024201)	Ptprs (ENSMUSG00000013236)	Znrf4 (ENSMUSG00000044526)	Tincr (ENSMUSG00000110218)	Safb2 (ENSMUSG00000042625)	Safb (ENSMUSG00000071054) #19	Micos13 (ENSMUSG00000049760) #20	Rpl36 (ENSMUSG00000057863) ##22	Lonp1 (ENSMUSG00000041168) #23	Catsperd (ENSMUSG00000040828) #24	Ranbp3 (ENSMUSG00000002372) #32	Vmac (ENSMUSG00000054723) #30	Ndufa11 (ENSMUSG00000002379) #29	Nrtn (ENSMUSG00000039481) #27	Dus3l (ENSMUSG00000007603) #26	Prr22 (ENSMUSG00000090273) #25	Rfx2 (ENSMUSG00000024206) #33	Acsbg2 (ENSMUSG00000024207) #34	Acsbg3 (ENSMUSG00000024209) #35	Mllt1 (ENSMUSG00000024212) #36	Acer1 (ENSMUSG00000045019) #37	Clpp (ENSMUSG00000002660)	Alkbh7 (ENSMUSG00000002661)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3116	Ugcg (ENSMSIG00000020305)	Shoc1 (ENSMSIG00000020232)	Gng10 (ENSMSIG00000020216)	Dnajc25 (ENSMSIG00000020186)	ENSMSIG00000020159	Zkscan16 (ENSMSIG00000020138)	Ecpas (ENSMSIG00000019996)	Or2k2 (ENSMSIG00000019985)	ENSMSIG00000019979	ENSMSIG00000019973	Lpar1 (ENSMSIG00000019814)	Musk (ENSMSIG00000018378)	Svep1 (ENSMSIG00000018282)	ENSMSIG00000018261	ENSMSIG00000018249	ENSMSIG00000018241 ##22	D630039A03Rik (ENSMSIG00000018227)	Pakap (ENSMSIG00000018182)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	141												Tmem215 (ENSMSIG00000007214)	Aptx (ENSMSIG00000007170)	ENSMSIG00000007121	Smu1 (ENSMSIG00000007107)	ENSMSIG00000007083 ##22	B4galt1 (ENSMSIG00000007034)	ENSMSIG00000007019	Bag1 (ENSMSIG00000006980)	Chmp5 (ENSMSIG00000006934)	Nfx1 (ENSMSIG00000006578)	Aqp7 (ENSMSIG00000006540)	Aqp3 (ENSMSIG00000006516)	Nol6 (ENSMSIG00000006447)	ENSMSIG00000006417	Ubap2 (ENSMSIG00000006172)	Dcaf12 (ENSMSIG00000006082)	Ubap1 (ENSMSIG00000006026)	Kif24 (ENSMSIG00000005937)	Nudt2 (ENSMSIG00000005919)	Myorg (ENSMSIG00000005909)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	18	Slc35f3 (ENSPEMG00000010485)	Coa6 (ENSPEMG00000011207)	Tarbp1 (ENSPEMG00000006888)	Irf2bp2 (ENSPEMG00000030068)	Tomm20 (ENSPEMG00000011555)	Rbm34 (ENSPEMG00000000265)	ENSPEMG00000024328	Pard3 (ENSPEMG00000007876)	Nrp1 (ENSPEMG00000017771)	Itgb1 (ENSPEMG00000011120)	ENSPEMG00000014994	ENSPEMG00000029993	Ccny (ENSPEMG00000011106)	Gjd4 (ENSPEMG00000019387)	Fzd8 (ENSPEMG00000019393)	ENSPEMG00000028982 ##22	ENSPEMG00000025246	ENSPEMG00000025783	ENSPEMG00000025891	Mpp7 (ENSPEMG00000019604)	Odad2 (ENSPEMG00000019997)	Mkx (ENSPEMG00000026515)	Rab18 (ENSPEMG00000026190)	4921524L21Rik (ENSPEMG00000019630)	Epc1 (ENSPEMG00000019284)	ENSPEMG00000012903	Kif5b (ENSPEMG00000019291)	Arhgap12 (ENSPEMG00000019343)	Zeb1 (ENSPEMG00000019404)	Zfp438 (ENSPEMG00000019458)	Svil (ENSPEMG00000019892)
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	10	Syn3 (ENSMOCG00000016952)	Fbxo7 (ENSMOCG00000020065)	Bpifc (ENSMOCG00000013667)	Rtcb (ENSMOCG00000002440)	Prdm4 (ENSMOCG00000000753)	Pwp1 (ENSMOCG00000012913)	Abtb3 (ENSMOCG00000016874)	Cry1 (ENSMOCG00000011094)	ENSMOCG00000003193	ENSMOCG00000016128	Tmem263 (ENSMOCG00000013754)	Ric8b (ENSMOCG00000001022)	Rfx4 (ENSMOCG00000000962) ##33	Polr3b (ENSMOCG00000022129)	Tcp11l2 (ENSMOCG00000015571)	ENSMOCG00000013616 ##22	Ckap4 (ENSMOCG00000008164)	ENSMOCG00000020446	Nuak1 (ENSMOCG00000018296)	1500009L16Rik (ENSMOCG00000009836)	Appl2 (ENSMOCG00000005125)	Washc4 (ENSMOCG00000004913)	Aldh1l2 (ENSMOCG00000006729)	Nopchap1 (ENSMOCG00000018282)	Slc41a2 (ENSMOCG00000003715)	Chst11 (ENSMOCG00000000357)	Txnrd1 (ENSMOCG00000014410)	Nfyb (ENSMOCG00000001259)	Hcfc2 (ENSMOCG00000005236)	Glt8d2 (ENSMOCG00000018691)	Tdg (ENSMOCG00000010304)
Prairie vole	MODERN SPECIES	102	Nudcd1 (ENSMOCG00000001394)	Trhr (ENSMOCG00000020887)	Tmem74 (ENSMOCG00000003138)	Emc2 (ENSMOCG00000004849)	Eif3e (ENSMOCG00000014831)	Rspo2 (ENSMOCG00000017286)	Angpt1 (ENSMOCG00000015180)	Abra (ENSMOCG00000011808)	ENSMOCG00000018803	Zfpm2 (ENSMOCG00000013738)	ENSMOCG00000019475	Lrp12 (ENSMOCG00000018668)	Dpys (ENSMOCG00000003058)	Dcstamp (ENSMOCG00000005844)	Rims2 (ENSMOCG00000001988)	ENSMOCG00000017431 ##22	Dcaf13 (ENSMOCG00000011609)	Slc25a32 (ENSMOCG00000014663)	ENSMOCG00000001296	Cthrc1 (ENSMOCG00000003229)	Fzd6 (ENSMOCG00000018634)	Baalc (ENSMOCG00000016406)	Atp6v1c1 (ENSMOCG00000003343)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	17	GAS2L1 (ENSSVLG00005016901)	RASL10A (ENSSVLG00005016957)	AP1B1 (ENSSVLG00005017064)	ENSSVLG00005017183	ENSSVLG00005017256	THOC5 (ENSSVLG00005017316)	NIPSNAP1 (ENSSVLG00005017412)	NF2 (ENSSVLG00005017565)	CABP7 (ENSSVLG00005018067)	ZMAT5 (ENSSVLG00005018150)	UQCR10 (ENSSVLG00005018199)	ASCC2 (ENSSVLG00005018252)	MTMR3 (ENSSVLG00005018401)	ENSSVLG00005018603	ENSSVLG00005018631	ENSSVLG00005018783 ##22	WSCD2 (ENSSVLG00005018822)	CMKLR1 (ENSSVLG00005018877)	FICD (ENSSVLG00005018898)	SART3 (ENSSVLG00005018955)	ENSSVLG00005019074	TMEM119 (ENSSVLG00005019223)	ENSSVLG00005019245	CORO1C (ENSSVLG00005004573)	SSH1 (ENSSVLG00005004651)	DAO (ENSSVLG00005004678)	ENSSVLG00005004716	SVOP (ENSSVLG00005004737)	ENSSVLG00005004751	USP30 (ENSSVLG00005004769)	ALKBH2 (ENSSVLG00005004814)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	7	MYDGF (ENSSVLG00005019396)	DPP9 (ENSSVLG00005019665)	FEM1A (ENSSVLG00005019898)	TICAM1 (ENSSVLG00005019910)	PLIN3 (ENSSVLG00005019930)	ARRDC5 (ENSSVLG00005019968)	UHRF1 (ENSSVLG00005020117)	KDM4B (ENSSVLG00005020468)	PTPRS (ENSSVLG00005020607)	ENSSVLG00005020738	ENSSVLG00005020769	SAFB2 (ENSSVLG00005020804)	SAFB (ENSSVLG00005020852) #19	MICOS13 (ENSSVLG00005020922) #20	HSD11B1L (ENSSVLG00005020980) #21	ENSSVLG00005021082 ##22	LONP1 (ENSSVLG00005021189) #23	PRR22 (ENSSVLG00005021755) #25	DUS3L (ENSSVLG00005021792) #26	NRTN (ENSSVLG00005021968) #27	ENSSVLG00005021990	NDUFA11 (ENSSVLG00005022032) #29	VMAC (ENSSVLG00005022064) #30	CAPS (ENSSVLG00005022099) #31	RANBP3 (ENSSVLG00005022208) #32	RFX2 (ENSSVLG00005022368) #33	ACSBG2 (ENSSVLG00005022613) #34	ENSSVLG00005022830 #35	MLLT1 (ENSSVLG00005023111) #36	ACER1 (ENSSVLG00005023163) #37	CLPP (ENSSVLG00005023216)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Guinea pig	MODERN SPECIES	4	PPIL2 (ENSCPOG00000007129)	ENSCPOG00000020837	SDF2L1 (ENSCPOG00000030287)	ENSCPOG00000006810	YDJC (ENSCPOG00000035514)	UBE2L3 (ENSCPOG00000006044)	ENSCPOG00000013431	HIC2 (ENSCPOG00000001134)	ENSCPOG00000001902	ENSCPOG00000021534	RTN4R (ENSCPOG00000020767)	ENSCPOG00000033882	ZDHHC8 (ENSCPOG00000000580)	RANBP1 (ENSCPOG00000030388)	TRMT2A (ENSCPOG00000002959)	ENSCPOG00000040089 ##22	DGCR8 (ENSCPOG00000002952)	TANGO2 (ENSCPOG00000002949)	ARVCF (ENSCPOG00000014606)	COMT (ENSCPOG00000004445)	TXNRD2 (ENSCPOG00000011013)	GNB1L (ENSCPOG00000020237)	TBX1 (ENSCPOG00000012532)	GP1BB (ENSCPOG00000021659)	SEPTIN5 (ENSCPOG00000010483)	CLDN5 (ENSCPOG00000002274)	CDC45 (ENSCPOG00000002270)	UFD1 (ENSCPOG00000002267)	C22orf39 (ENSCPOG00000039279)	MRPL40 (ENSCPOG00000026802)	HIRA (ENSCPOG00000002264)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.b ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	95													ENSODEG00000002842	ENSODEG00000002828	ENSODEG00000002797	ENSODEG00000018834 ##22	IQSEC3 (ENSODEG00000005994)	SLC6A12 (ENSODEG00000005897)	SLC6A13 (ENSODEG00000005821)	KDM5A (ENSODEG00000005784)	CCDC77 (ENSODEG00000005738)	ENSODEG00000005724	ENSODEG00000004696	B4GALNT3 (ENSODEG00000004594)	NINJ2 (ENSODEG00000004549)	WNK1 (ENSODEG00000003149)	RAD52 (ENSODEG00000002829)	ENSODEG00000003289	TUBA8 (ENSODEG00000003237)	PEX26 (ENSODEG00000003167)	ENSODEG00000018938
Degu	MODERN SPECIES	63																ENSODEG00000019779 ##22	ERMARD (ENSODEG00000010972)	DYNLT2 (ENSODEG00000009837)	PHF10 (ENSODEG00000009105)	C6orf120 (ENSODEG00000019614)	ENSODEG00000009298	ENSODEG00000010394	THBS2 (ENSODEG00000009890)	SMOC2 (ENSODEG00000008584)	DACT2 (ENSODEG00000009034)	ENSODEG00000009677	TMEM14A (ENSODEG00000009025)	TRAM2 (ENSODEG00000008597)	EFHC1 (ENSODEG00000010266)	PAQR8 (ENSODEG00000008711)	ENSODEG00000009125
Degu	MODERN SPECIES	76	CLDN4 (ENSODEG00000020405)	METTL27 (ENSODEG00000015241)	ENSODEG00000015892	ELN (ENSODEG00000016045)	LIMK1 (ENSODEG00000015076)	ENSODEG00000015854	ENSODEG00000016042	ENSODEG00000015354	CLIP2 (ENSODEG00000015462)	GTF2IRD1 (ENSODEG00000015635)	GTF2I (ENSODEG00000015405)	NCF1 (ENSODEG00000015696)	ENSODEG00000014736	RCC1L (ENSODEG00000014434)	CASTOR2 (ENSODEG00000014375)	ENSODEG00000015156 ##22	ENSODEG00000020386	ENSODEG00000014573	ENSODEG00000020215	ENSODEG00000020176	ENSODEG00000014150	ENSODEG00000014737	AUTS2 (ENSODEG00000016622)	ENSODEG00000020191	GALNT17 (ENSODEG00000016292)	CALN1 (ENSODEG00000015050)	ENSODEG00000014729	ENSODEG00000015687	ENSODEG00000016093	RABGEF1 (ENSODEG00000015206)	KCTD7 (ENSODEG00000014785)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	11698																ENSSARG00000009625 ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		ASB11 (ENSRFEG00010014410)	PIGA (ENSRFEG00010014131)	VEGFD (ENSRFEG00010014059)	PIR (ENSRFEG00010013957)	BMX (ENSRFEG00010013074)	ACE2 (ENSRFEG00010012680)	CLTRN (ENSRFEG00010012597)	ENSRFEG00010012576	CA5B (ENSRFEG00010012512)	ZRSR2 (ENSRFEG00010012465)	AP1S2 (ENSRFEG00010012366)	ENSRFEG00010012341	ENSRFEG00010012289	GRPR (ENSRFEG00010012238)	ENSRFEG00010012123	ENSRFEG00010012100 ##22	S100G (ENSRFEG00010012059)	CTPS2 (ENSRFEG00010011957)	SYAP1 (ENSRFEG00010011796)	TXLNG (ENSRFEG00010011633)	RBBP7 (ENSRFEG00010011331)	ENSRFEG00010011296	ENSRFEG00010011230	REPS2 (ENSRFEG00010010751)	ENSRFEG00010010721	NHS (ENSRFEG00010010332)	ENSRFEG00010010269	RAI2 (ENSRFEG00010010245)	ENSRFEG00010010207	SCML2 (ENSRFEG00010010166)	CDKL5 (ENSRFEG00010010106)
Equus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Donkey	MODERN SPECIES	12	MYDGF (ENSEASG00005024067)	DPP9 (ENSEASG00005022518)	FEM1A (ENSEASG00005025111)	TICAM1 (ENSEASG00005022540)	PLIN3 (ENSEASG00005030493)	ARRDC5 (ENSEASG00005022548)	UHRF1 (ENSEASG00005022556)	KDM4B (ENSEASG00005022572)	PTPRS (ENSEASG00005022713)	ENSEASG00005037146	TINCR (ENSEASG00005038119)	ENSEASG00005022952	SAFB (ENSEASG00005023019) #19	MICOS13 (ENSEASG00005028016) #20	HSD11B1L (ENSEASG00005023044) #21	ENSEASG00005023046 ##22	LONP1 (ENSEASG00005023062) #23	CATSPERD (ENSEASG00005023093) #24	PRR22 (ENSEASG00005028262) #25	DUS3L (ENSEASG00005023094) #26	NRTN (ENSEASG00005023095) #27	ENSEASG00005023096	ENSEASG00005029851 #29	VMAC (ENSEASG00005035944) #30	ENSEASG00005036092 #31	RANBP3 (ENSEASG00005023100) #32	RFX2 (ENSEASG00005023101) #33	ACSBG2 (ENSEASG00005023104) #34	MLLT1 (ENSEASG00005023105) #36	ACER1 (ENSEASG00005023107) #37	CLPP (ENSEASG00005023108)
Horse	MODERN SPECIES	480	PDHA1 (ENSECAG00000001964)	ADGRG2 (ENSECAG00000023252)	PHKA2 (ENSECAG00000004868)	PPEF1 (ENSECAG00000013892)	RS1 (ENSECAG00000012117)	CDKL5 (ENSECAG00000007008)	SCML2 (ENSECAG00000022025)	ENSECAG00000033783	RAI2 (ENSECAG00000006060)	ENSECAG00000030878	ENSECAG00000017851	NHS (ENSECAG00000020766)	REPS2 (ENSECAG00000009429)	RBBP7 (ENSECAG00000019979)	TXLNG (ENSECAG00000014123)	ENSECAG00000013855 ##22	SYAP1 (ENSECAG00000006741)	S100G (ENSECAG00000017623)	CTPS2 (ENSECAG00000017669)	MAGEB17 (ENSECAG00000005897)	GRPR (ENSECAG00000015277)	AP1S2 (ENSECAG00000011249)	ZRSR2 (ENSECAG00000006454)	ENSECAG00000054561	CA5B (ENSECAG00000000478)	CLTRN (ENSECAG00000019605)	ENSECAG00000054443	ACE2 (ENSECAG00000000430)	BMX (ENSECAG00000016017)	PIR (ENSECAG00000013700)	VEGFD (ENSECAG00000011948)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
American mink	MODERN SPECIES	175	A2GL (ENSNVIG00000008012)	SEMA6B (ENSNVIG00000008048)	TNFAIP8L1 (ENSNVIG00000008168)	MYDGF (ENSNVIG00000008174)	DPP9 (ENSNVIG00000008198)	FEM1A (ENSNVIG00000008279)	TICAM1 (ENSNVIG00000008283)	PLIN3 (ENSNVIG00000008286)	UHRF1 (ENSNVIG00000008319)	KDM4B (ENSNVIG00000008371)	PTPRS (ENSNVIG00000009241)	SAFB2 (ENSNVIG00000014161)	SAFB (ENSNVIG00000014214) #19	MICOS13 (ENSNVIG00000014403) #20	HSD11B1L (ENSNVIG00000014427) #21	RL36 (ENSNVIG00000014479) ##22	LONP1 (ENSNVIG00000014515) #23	CATSPERD (ENSNVIG00000014650) #24	PRR22 (ENSNVIG00000014685) #25	DUS3L (ENSNVIG00000014698) #26	NRTN (ENSNVIG00000014759) #27	NDUFA11 (ENSNVIG00000014768) #29	VMAC (ENSNVIG00000014779) #30	CAPS (ENSNVIG00000014785) #31	RANBP3 (ENSNVIG00000014853) #32	RFX2 (ENSNVIG00000015069) #33	ACSBG2 (ENSNVIG00000015209) #34	ENSNVIG00000015289 #35	MLLT1 (ENSNVIG00000015422) #36	ACER1 (ENSNVIG00000015426) #37	ENSNVIG00000015434
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248.l	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A.v #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000003488.a.b.a	ENSGT00390000000777	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248.l	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A.v #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
American black bear	MODERN SPECIES	368										ENSUAMG00000024708	SAFB2 (ENSUAMG00000024695)	ENSUAMG00000024667 #19	ENSUAMG00000024543 #19	ENSUAMG00000024539 #20	HSD11B1L (ENSUAMG00000024538) #21	ENSUAMG00000024537 ##22	LONP1 (ENSUAMG00000024536) #23	CATSPERD (ENSUAMG00000024535) #24	PRR22 (ENSUAMG00000024525) #25	DUS3L (ENSUAMG00000024269) #26
Polar bear	MODERN SPECIES	245	NQO1 (ENSUMAG00000018664)	NFAT5 (ENSUMAG00000018674)	CYB5B (ENSUMAG00000018738)	TERF2 (ENSUMAG00000018750)	TMED6 (ENSUMAG00000018766)	NIP7 (ENSUMAG00000018771)	COG8 (ENSUMAG00000018774)	VPS4A (ENSUMAG00000018790)	SNTB2 (ENSUMAG00000018801)	UTP4 (ENSUMAG00000018841)	CHTF8 (ENSUMAG00000018852)	DERPC (ENSUMAG00000018856)	HAS3 (ENSUMAG00000018858)	TANGO6 (ENSUMAG00000018873)	CDH1 (ENSUMAG00000018916)	ENSUMAG00000018923 ##22	CDH3 (ENSUMAG00000018928)	ENSUMAG00000018948	ZFP90 (ENSUMAG00000018954)	SMPD3 (ENSUMAG00000018960)	PRMT7 (ENSUMAG00000018969)	SLC7A6OS (ENSUMAG00000018973)	SLC7A6 (ENSUMAG00000018975)	PLA2G15 (ENSUMAG00000018977)	ESRP2 (ENSUMAG00000018979)	NFATC3 (ENSUMAG00000019035)	DUS2 (ENSUMAG00000019192)	DDX28 (ENSUMAG00000019200)	DPEP2NB (ENSUMAG00000019204)	DPEP2 (ENSUMAG00000019208)	DPEP3 (ENSUMAG00000019222)
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	14	TNFAIP8L1 (ENSAMEG00000019544)	DPP9 (ENSAMEG00000003345)	FEM1A (ENSAMEG00000003420)	TICAM1 (ENSAMEG00000029420)	PLIN3 (ENSAMEG00000003439)	UHRF1 (ENSAMEG00000003466)	ARRDC5 (ENSAMEG00000028356)	ENSAMEG00000012045	PTPRS (ENSAMEG00000012071)	ENSAMEG00000027102	SAFB2 (ENSAMEG00000012146)	ENSAMEG00000012254 #19	MICOS13 (ENSAMEG00000012320) #20	HSD11B1L (ENSAMEG00000012322) #21	LONP1 (ENSAMEG00000012350) #23	RPL36 (ENSAMEG00000012349) ##22	CATSPERD (ENSAMEG00000012399) #24	PRR22 (ENSAMEG00000030882) #25	DUS3L (ENSAMEG00000012423) #26	NRTN (ENSAMEG00000028449) #27	ENSAMEG00000018817	RANBP3 (ENSAMEG00000007819) #32	VMAC (ENSAMEG00000007913) #30	CAPS (ENSAMEG00000007894) #31	RFX2 (ENSAMEG00000007745) #33	ACSBG2 (ENSAMEG00000006804) #34	ENSAMEG00000006856 #35	MLLT1 (ENSAMEG00000006860) #36	ACER1 (ENSAMEG00000023660) #37	CLPP (ENSAMEG00000029863)	ALKBH7 (ENSAMEG00000006925)
Giant Panda	MODERN SPECIES	3	NOB1 (ENSAMEG00000006706)	ENSAMEG00000023848	NQO1 (ENSAMEG00000006727)	NFAT5 (ENSAMEG00000006742)	TERF2 (ENSAMEG00000007513)	TMED6 (ENSAMEG00000007532)	NIP7 (ENSAMEG00000007542)	COG8 (ENSAMEG00000007560)	PDF (ENSAMEG00000007568)	VPS4A (ENSAMEG00000007570)	SNTB2 (ENSAMEG00000007618)	UTP4 (ENSAMEG00000007621)	CHTF8 (ENSAMEG00000027191)	HAS3 (ENSAMEG00000007678)	TANGO6 (ENSAMEG00000007701)	ENSAMEG00000024650 ##22	CDH1 (ENSAMEG00000007739)	ENSAMEG00000030044	CDH3 (ENSAMEG00000007820)	ZFP90 (ENSAMEG00000007863)	SMPD3 (ENSAMEG00000007869)	PRMT7 (ENSAMEG00000007900)	SLC7A6OS (ENSAMEG00000007958)	SLC7A6 (ENSAMEG00000007972)	PLA2G15 (ENSAMEG00000031292)	NFATC3 (ENSAMEG00000008086)	DUS2 (ENSAMEG00000008115)	DDX28 (ENSAMEG00000019426)	ENSAMEG00000026702	ENSAMEG00000017652	SLC12A4 (ENSAMEG00000017596)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b.c	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Red fox	MODERN SPECIES	6	ENSVVUG00000022035	ENSVVUG00000022039	ENSVVUG00000022051	SPICE1 (ENSVVUG00000022060)	SIDT1 (ENSVVUG00000022076)	USF3 (ENSVVUG00000022113)	NAA50 (ENSVVUG00000022115)	ATP6V1A (ENSVVUG00000022117)	GRAMD1C (ENSVVUG00000022122)	ZDHHC23 (ENSVVUG00000022127)	CCDC191 (ENSVVUG00000022134)	QTRT2 (ENSVVUG00000022159)	DRD3 (ENSVVUG00000022170)	TIGIT (ENSVVUG00000022175)	ZBTB20 (ENSVVUG00000022185)	ENSVVUG00000022190 ##22	GAP43 (ENSVVUG00000022192)	ENSVVUG00000022194	LSAMP (ENSVVUG00000022197)	ENSVVUG00000022202	ENSVVUG00000022205	IGSF11 (ENSVVUG00000022218)	ENSVVUG00000022220	UPK1B (ENSVVUG00000022221)	B4GALT4 (ENSVVUG00000022224)	ARHGAP31 (ENSVVUG00000022225)	TMEM39A (ENSVVUG00000022231)	POGLUT1 (ENSVVUG00000022232)	TIMMDC1 (ENSVVUG00000022235)	ENSVVUG00000022239	ADPRH (ENSVVUG00000022240)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158174	ENSGT00940000161210	ENSGT00940000162411	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b.c	ENSGT00940000163061	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916 #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00950000185519	ENSGT00940000164043 #35	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37
Dog	MODERN SPECIES	1	YEATS4 (ENSCAFG00845017320)	FRS2 (ENSCAFG00845017484)	CCT2 (ENSCAFG00845017606)	LRRC10 (ENSCAFG00845017783)	ENSCAFG00845017815	BEST3 (ENSCAFG00845017873)	RAB3IP (ENSCAFG00845018149)	MYRFL (ENSCAFG00845018692)	CNOT2 (ENSCAFG00845019498)	KCNMB4 (ENSCAFG00845019977)	PTPRB (ENSCAFG00845020301)	PTPRR (ENSCAFG00845021934)	TSPAN8 (ENSCAFG00845022247)	LGR5 (ENSCAFG00845022363)	ZFC3H1 (ENSCAFG00845022821)	ENSCAFG00845023438 ##22	THAP2 (ENSCAFG00845023467)	TMEM19 (ENSCAFG00845023570)	TBC1D15 (ENSCAFG00845023831)	TPH2 (ENSCAFG00845024186)	TRHDE (ENSCAFG00845024331)	ATXN7L3B (ENSCAFG00845024703)	ENSCAFG00845024785	KCNC2 (ENSCAFG00845024913)	CAPS2 (ENSCAFG00845025159)	GLIPR1L1 (ENSCAFG00845025712)	GLIPR1L2 (ENSCAFG00845025785)	ENSCAFG00845025880	ENSCAFG00845025911	OR6C38 (ENSCAFG00845025949)	OR6C2F (ENSCAFG00845026011)
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	112	DPP9 (ENSCAFG00020018800)	FEM1A (ENSCAFG00020018826)	TICAM1 (ENSCAFG00020018827)	PLIN3 (ENSCAFG00020018829)	ARRDC5 (ENSCAFG00020018831)	UHRF1 (ENSCAFG00020018846)	KDM4B (ENSCAFG00020018895)	ENSCAFG00020018909	ENSCAFG00020018933	ZNRF4 (ENSCAFG00020018938)	SAFB2 (ENSCAFG00020018939)	SAFB (ENSCAFG00020018943) #19	MICOS13 (ENSCAFG00020018951) #20	HSD11B1L (ENSCAFG00020018952) #21	LONP1 (ENSCAFG00020018954) #23	ENSCAFG00020018966 ##22	CATSPERD (ENSCAFG00020018972) #24	PRR22 (ENSCAFG00020018973) #25	DUS3L (ENSCAFG00020018976) #26	ENSCAFG00020018983 #27	ENSCAFG00020018986 #27	ENSCAFG00020018993	ENSCAFG00020018996 #27	ENSCAFG00020019002	NDUFA11 (ENSCAFG00020019004) #29	VMAC (ENSCAFG00020019007) #30	CAPS (ENSCAFG00020019013) #31	RANBP3 (ENSCAFG00020019018) #32	RFX2 (ENSCAFG00020019038) #33	ENSCAFG00020019048 #34	ENSCAFG00020019050 #34
Dingo	MODERN SPECIES	374	ENSCAFG00020016946	LYZ (ENSCAFG00020016944)	YEATS4 (ENSCAFG00020016942)	FRS2 (ENSCAFG00020016939)	ENSCAFG00020016882	ENSCAFG00020016874	BEST3 (ENSCAFG00020016870)	RAB3IP (ENSCAFG00020016864)	ENSCAFG00020016861	CNOT2 (ENSCAFG00020016849)	KCNMB4 (ENSCAFG00020016846)	PTPRB (ENSCAFG00020016719)	PTPRR (ENSCAFG00020016602)	TSPAN8 (ENSCAFG00020016597)	LGR5 (ENSCAFG00020016549)	ENSCAFG00020016544 ##22	ZFC3H1 (ENSCAFG00020016502)	THAP2 (ENSCAFG00020016493)	ENSCAFG00020016488	RAB21 (ENSCAFG00020016486)	TBC1D15 (ENSCAFG00020016473)	TPH2 (ENSCAFG00020016463)	TRHDE (ENSCAFG00020016450)	ATXN7L3B (ENSCAFG00020016444)	ENSCAFG00020016442	KCNC2 (ENSCAFG00020016431)	ENSCAFG00020016422	GLIPR1L1 (ENSCAFG00020016420)	GLIPR1L2 (ENSCAFG00020016416)	GLIPR1 (ENSCAFG00020016413)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
lion	MODERN SPECIES	2	ENSPLOG00000006279	DPP9 (ENSPLOG00000006312)	FEM1A (ENSPLOG00000006374)	ENSPLOG00000006387	PLIN3 (ENSPLOG00000006407)	ARRDC5 (ENSPLOG00000006436)	UHRF1 (ENSPLOG00000006497)	KDM4B (ENSPLOG00000006557)	PTPRS (ENSPLOG00000006658)	ENSPLOG00000006724	TINCR (ENSPLOG00000006745)	SAFB2 (ENSPLOG00000006781)	SAFB (ENSPLOG00000006879) #19	ENSPLOG00000006936 #20	HSD11B1L (ENSPLOG00000006970) #21	ENSPLOG00000007018 ##22	ENSPLOG00000007082	PRR22 (ENSPLOG00000007098) #25	DUS3L (ENSPLOG00000007145) #26	NRTN (ENSPLOG00000007186) #27	NDUFA11 (ENSPLOG00000007217) #29	VMAC (ENSPLOG00000007244) #30	CAPS (ENSPLOG00000007257) #31	RANBP3 (ENSPLOG00000007325) #32	RFX2 (ENSPLOG00000007424) #33	ACSBG2 (ENSPLOG00000007544) #34	ENSPLOG00000007717 #35	MLLT1 (ENSPLOG00000008040) #36	ACER1 (ENSPLOG00000008130) #37	CLPP (ENSPLOG00000008162)	ALKBH7 (ENSPLOG00000008230)
Tiger	MODERN SPECIES	149		ITSN2 (ENSPTIG00000021310)	ENSPTIG00000019797	FAM228B (ENSPTIG00000017562)	PFN4 (ENSPTIG00000017288)	TP53I3 (ENSPTIG00000013975)	SF3B6 (ENSPTIG00000013322)	FKBP1B (ENSPTIG00000011970)	WDCP (ENSPTIG00000011327)	MFSD2B (ENSPTIG00000008501)	UBXN2A (ENSPTIG00000006975)	ATAD2B (ENSPTIG00000020553)	KLHL29 (ENSPTIG00000019549)	ENSPTIG00000018573	TDRD15 (ENSPTIG00000006858)	ENSPTIG00000017235 ##22	APOB (ENSPTIG00000012825)	LDAH (ENSPTIG00000011369)	HS1BP3 (ENSPTIG00000010200)	RHOB (ENSPTIG00000006084)	ENSPTIG00000000251	PUM2 (ENSPTIG00000018982)	ENSPTIG00000018625	SDC1 (ENSPTIG00000017404)	LAPTM4A (ENSPTIG00000016492)	MATN3 (ENSPTIG00000015261)	WDR35 (ENSPTIG00000012685)	TTC32 (ENSPTIG00000012474)	OSR1 (ENSPTIG00000012004)	NT5C1B (ENSPTIG00000011201)	RDH14 (ENSPTIG00000010724)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Chacoan peccary	DUPLICATION
Chacoan peccary	DUPLICATION
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	960	HS3ST1 (ENSCWAG00000019822)	ENSCWAG00000019830	ENSCWAG00000019854	NKX3-2 (ENSCWAG00000019886)	ENSCWAG00000019897	ENSCWAG00000019903	CPEB2 (ENSCWAG00000019950)	C1QTNF7 (ENSCWAG00000020530)	CC2D2A (ENSCWAG00000020548)	FBXL5 (ENSCWAG00000020634)	FAM200B (ENSCWAG00000020666)	BST1 (ENSCWAG00000020680)	CD38 (ENSCWAG00000020715)	FGFBP1 (ENSCWAG00000020734)	ENSCWAG00000020746	ENSCWAG00000020764 ##22	TAPT1 (ENSCWAG00000020781)	LDB2 (ENSCWAG00000020873)	QDPR (ENSCWAG00000020915)	CLRN2 (ENSCWAG00000020951)	LAP3 (ENSCWAG00000020960)	MED28 (ENSCWAG00000020976)	FAM184B (ENSCWAG00000020994)	DCAF16 (ENSCWAG00000021010)	ENSCWAG00000021017	NCAPG (ENSCWAG00000021025)	LCORL (ENSCWAG00000021051)	SLIT2 (ENSCWAG00000021168)	PACRGL (ENSCWAG00000021407)	KCNIP4 (ENSCWAG00000021434)	ADGRA3 (ENSCWAG00000021565)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	901	PIK3C2G (ENSCWAG00000016263)	PLCZ1 (ENSCWAG00000016795)	CAPZA3 (ENSCWAG00000016896)	PLEKHA5 (ENSCWAG00000016925)	AEBP2 (ENSCWAG00000017163)	PDE3A (ENSCWAG00000017262)	SLCO1C1 (ENSCWAG00000017392)	ENSCWAG00000017611	SLCO1A2 (ENSCWAG00000017926)	PYROXD1 (ENSCWAG00000018077)	RECQL (ENSCWAG00000018127)	GOLT1B (ENSCWAG00000018174)	SPX (ENSCWAG00000018242)	GYS2 (ENSCWAG00000018301)	ENSCWAG00000018379	ENSCWAG00000018403 ##22	KCNJ8 (ENSCWAG00000018411)	ABCC9 (ENSCWAG00000018465)	CMAS (ENSCWAG00000019111)	ENSCWAG00000019149	ST8SIA1 (ENSCWAG00000019183)	C2CD5 (ENSCWAG00000019218)	ETNK1 (ENSCWAG00000019545)	SOX5 (ENSCWAG00000019638)	BCAT1 (ENSCWAG00000019827)	ENSCWAG00000019994	DNAI7 (ENSCWAG00000020143)	ETFRF1 (ENSCWAG00000020390)	KRAS (ENSCWAG00000020412)	LMNTD1 (ENSCWAG00000020426)	RASSF8 (ENSCWAG00000020442)
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Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	24	ENSCHYG00000015228	OR5K4 (ENSCHYG00000015169)	ENSCHYG00000015139	ENSCHYG00000015110	ENSCHYG00000015031	ENSCHYG00000014948	ENSCHYG00000014870	ENSCHYG00000014848	ENSCHYG00000014808	ENSCHYG00000014780	RIOX2 (ENSCHYG00000014682)	CRYBG3 (ENSCHYG00000014455)	ARL6 (ENSCHYG00000025963)	EPHA6 (ENSCHYG00000025942)	ENSCHYG00000025916	ENSCHYG00000025906 ##22	ENSCHYG00000025897	NSUN3 (ENSCHYG00000025884)	ENSCHYG00000025873	STX19 (ENSCHYG00000025865)	ARL13B (ENSCHYG00000025815)	PROS1 (ENSCHYG00000025663)	EPHA3 (ENSCHYG00000025451)	CSNKA2IP (ENSCHYG00000025414)	C3orf38 (ENSCHYG00000025383)	ZNF654 (ENSCHYG00000025306)	CGGBP1 (ENSCHYG00000025291)	HTR1F (ENSCHYG00000025282)	ENSCHYG00000025277	POU1F1 (ENSCHYG00000025212)	CHMP2B (ENSCHYG00000025129)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	7	SPTLC1 (ENSCHYG00000009442)	ROR2 (ENSCHYG00000009597)	NFIL3 (ENSCHYG00000009827)	AUH (ENSCHYG00000009849)	SYK (ENSCHYG00000010139)	DIRAS2 (ENSCHYG00000010500)	ENSCHYG00000010541	GADD45G (ENSCHYG00000010591)	SEMA4D (ENSCHYG00000010678)	SECISBP2 (ENSCHYG00000011079)	CKS2 (ENSCHYG00000011196)	ENSCHYG00000011237	S1PR3 (ENSCHYG00000011274)	ENSCHYG00000011299	ENSCHYG00000011329	ENSCHYG00000011383 ##22	ENSCHYG00000011400	ENSCHYG00000011490	ENSCHYG00000012081	ENSCHYG00000012101	TMEFF1 (ENSCHYG00000012232)	CAVIN4 (ENSCHYG00000012360)	PLPPR1 (ENSCHYG00000012393)	ENSCHYG00000012444	MRPL50 (ENSCHYG00000012476)	ZNF189 (ENSCHYG00000012510)	ALDOB (ENSCHYG00000012534)	PGAP4 (ENSCHYG00000012606)	RNF20 (ENSCHYG00000012621)	GRIN3A (ENSCHYG00000012746)	ENSCHYG00000012808
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Bovinae	DUPLICATION
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.k ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.k ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157005	ENSGT00390000016029	ENSGT00940000155015	ENSGT00950000183196.B	ENSGT00940000155708	ENSGT00960000189143	ENSGT00390000003738.a.b	ENSGT00940000154509.y.a	ENSGT00960000190743	ENSGT00940000155893.b	ENSGT00890000139496	ENSGT00940000158435	ENSGT00940000153497.E	ENSGT00940000154964	ENSGT00390000015520	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.k ##22	ENSGT00390000002757	ENSGT00940000160075	ENSGT00730000111293	ENSGT00940000161601	ENSGT00940000156456	ENSGT00940000161266	ENSGT00940000162209	ENSGT00390000012265	ENSGT00940000157208	ENSGT00940000165767	ENSGT00390000004096	ENSGT00390000015980	ENSGT00940000158168	ENSGT00390000017913	ENSGT00940000160751
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES		FNDC3B (ENSBIXG00005016325)	TMEM212 (ENSBIXG00005016059)	PLD1 (ENSBIXG00005015980)	TNIK (ENSBIXG00005002445)	SLC2A2 (ENSBIXG00005015354)	ENSBIXG00005002252	EIF5A2 (ENSBIXG00005015286)	ENSBIXG00005015242	SLC7A14 (ENSBIXG00005015165)	CLDN11 (ENSBIXG00005015126)	SKIL (ENSBIXG00005002224)	PRKCI (ENSBIXG00005015079)	ENSBIXG00005015029	PHC3 (ENSBIXG00005014971)	GPR160 (ENSBIXG00005014856)	ENSBIXG00005014840 ##22	SEC62 (ENSBIXG00005002127)	SAMD7 (ENSBIXG00005014810)	LRRC31 (ENSBIXG00005002090)	ENSBIXG00005014747	LRRC34 (ENSBIXG00005014725)	MYNN (ENSBIXG00005014668)	ACTRT3 (ENSBIXG00005014634)	MECOM (ENSBIXG00005014546)	ENSBIXG00005014374	GOLIM4 (ENSBIXG00005014229)	ENSBIXG00005014198	SERPINI1 (ENSBIXG00005014155)	PDCD10 (ENSBIXG00005014114)	WDR49 (ENSBIXG00005007454)	SERPINI2 (ENSBIXG00005007267)
Cow	MODERN SPECIES		PLD1 (ENSBTAG00000017490)	ENSBTAG00000049814	TMSB4 (ENSBTAG00000051079)	TNIK (ENSBTAG00000011742)	ENSBTAG00000050747	SLC2A2 (ENSBTAG00000005386)	EIF5A2 (ENSBTAG00000010550)	RPL22L1 (ENSBTAG00000007394)	ENSBTAG00000052203	SLC7A14 (ENSBTAG00000016323)	CLDN11 (ENSBTAG00000019060)	SKIL (ENSBTAG00000004154)	PRKCI (ENSBTAG00000001403)	PHC3 (ENSBTAG00000013938)	GPR160 (ENSBTAG00000048011)	ENSBTAG00000045991 ##22	SEC62 (ENSBTAG00000039442)	SAMD7 (ENSBTAG00000018228)	LRRC34 (ENSBTAG00000006409)	MYNN (ENSBTAG00000013142)	ACTRT3 (ENSBTAG00000013141)	ENSBTAG00000047144	MECOM (ENSBTAG00000005871)	ENSBTAG00000054693	GOLIM4 (ENSBTAG00000018727)	LRRC77 (ENSBTAG00000031704)	SERPINI1 (ENSBTAG00000012708)	PDCD10 (ENSBTAG00000031709)	WDR49 (ENSBTAG00000031618)	SERPINI2 (ENSBTAG00000011423)	ZBBX (ENSBTAG00000035710)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162411	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a	ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.b.a	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000008296.a	ENSGT00940000159248	ENSGT00940000153617.A.b	ENSGT00940000163061	ENSGT01030000234949	ENSGT00390000000153.l.a.eb	ENSGT00940000161482	ENSGT00940000155916.m.b #19	ENSGT00940000155916.m.a #19	ENSGT00390000002629 #20	ENSGT00940000162487 #21	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.k ##22	ENSGT00530000063553.b.a #23	ENSGT00940000162714 #24	ENSGT00390000016128 #25	ENSGT00550000075134 #26	ENSGT00950000182993.A.a #27	ENSGT00940000163125	ENSGT00390000012434 #29	ENSGT00390000007212 #30	ENSGT00940000162442 #31	ENSGT00940000158588 #32	ENSGT01050000244879.a.a.a #33	ENSGT00940000155332.A #34	ENSGT00940000158800 #36	ENSGT00730000110920.b.a.a #37	ENSGT00390000005830
Wild yak	MODERN SPECIES	1314													MICOS13 (ENSBMUG00000025934) #20	HSD11B1L (ENSBMUG00000025940) #21	LONP1 (ENSBMUG00000025950) #23	ENSBMUG00000025956 ##22	CATSPERD (ENSBMUG00000025962) #24	PRR22 (ENSBMUG00000025971) #25	DUS3L (ENSBMUG00000025978) #26	ENSBMUG00000025980 #27	ENSBMUG00000025983	NDUFA11 (ENSBMUG00000025985) #29	VMAC (ENSBMUG00000025986) #30	CAPS (ENSBMUG00000025987) #31	RANBP3 (ENSBMUG00000026003) #32	RFX2 (ENSBMUG00000026006) #33	ACSBG2 (ENSBMUG00000026010) #34	ENSBMUG00000026012	MLLT1 (ENSBMUG00000026014) #36
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.a	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.p.b.a.a.a	ENSGT00510000047589	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00950000182917.a.a.b.b	ENSGT00390000006712	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000162759	ENSGT00940000155423	ENSGT00940000161857	ENSGT00940000155483	ENSGT00390000015299.a.b.b.b	ENSGT00530000063557.b	ENSGT00940000155129.B	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.l ##22	ENSGT00390000001205.a	ENSGT00940000158434	ENSGT00940000154815.a	ENSGT00940000163356.d	ENSGT00940000159658	ENSGT01030000234573.B.c.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.a	ENSGT00390000013008	ENSGT00940000161584	ENSGT00390000015500	ENSGT00940000157675	ENSGT00390000010498	ENSGT00940000157985	ENSGT00940000159739	ENSGT00960000186682
Bos	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.a	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.p.b.a.a.a	ENSGT00510000047589	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00950000182917.a.a.b.b	ENSGT00390000006712	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000162759	ENSGT00940000155423	ENSGT00940000161857	ENSGT00940000155483	ENSGT00390000015299.a.b.b.b	ENSGT00530000063557.b	ENSGT00940000155129.B	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.l ##22	ENSGT00390000001205.a	ENSGT00940000158434	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000154815.a	ENSGT00940000163356.d	ENSGT00940000159658	ENSGT01030000234573.B.c.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.a	ENSGT00390000013008	ENSGT00940000161584	ENSGT00390000015500	ENSGT00940000157675	ENSGT00390000010498	ENSGT00940000157985	ENSGT00940000159739
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155710	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.a	ENSGT00510000047589	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00950000182917.a.a.b.b	ENSGT00390000006712	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000162759	ENSGT00940000155423	ENSGT00940000161857	ENSGT00940000155483	ENSGT00390000015299.a.b.b.b	ENSGT00530000063557.b	ENSGT00940000155129.B	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.l ##22	ENSGT00390000001205.a	ENSGT00940000158434	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000154815.a	ENSGT00940000163356.d	ENSGT00940000159658	ENSGT01030000234573.B.c.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.a	ENSGT00390000013008	ENSGT00940000161584	ENSGT00390000015500	ENSGT00940000157675	ENSGT00390000010498	ENSGT00940000157985	ENSGT00940000159739
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	2	ENSBIXG00005004400	GALM (ENSBIXG00005025754)	SRSF7 (ENSBIXG00005025649)	ENSBIXG00005025608	GEMIN6 (ENSBIXG00005004360)	DHX57 (ENSBIXG00005006297)	MORN2 (ENSBIXG00005025497)	ARHGEF33 (ENSBIXG00005025453)	SOS1 (ENSBIXG00005007630)	ENSBIXG00005002576	MAP4K3 (ENSBIXG00005024542)	TMEM178A (ENSBIXG00005024229)	THUMPD2 (ENSBIXG00005024180)	SLC8A1 (ENSBIXG00005024054)	ENSBIXG00005023565	ENSBIXG00005023539 ##22	PKDCC (ENSBIXG00005004014)	EML4 (ENSBIXG00005006054)	ENSBIXG00005004007	COX7A2L (ENSBIXG00005023402)	KCNG3 (ENSBIXG00005023332)	MTA3 (ENSBIXG00005023270)	ENSBIXG00005023179	HAAO (ENSBIXG00005023168)	ZFP36L2 (ENSBIXG00005003937)	THADA (ENSBIXG00005023072)	PLEKHH2 (ENSBIXG00005022963)	DYNC2LI1 (ENSBIXG00005022758)	ABCG5 (ENSBIXG00005022716)	ABCG8 (ENSBIXG00005007691)	LRPPRC (ENSBIXG00005007378)
Cow	MODERN SPECIES	2	HNRNPLL (ENSBTAG00000020567)	GALM (ENSBTAG00000021102)	SRSF7 (ENSBTAG00000014891)	ENSBTAG00000012984	GEMIN6 (ENSBTAG00000015521)	DHX57 (ENSBTAG00000014679)	MORN2 (ENSBTAG00000024042)	ARHGEF33 (ENSBTAG00000017039)	SOS1 (ENSBTAG00000011643)	CDKL4 (ENSBTAG00000024044)	ENSBTAG00000032775	MAP4K3 (ENSBTAG00000016442)	TMEM178A (ENSBTAG00000017318)	THUMPD2 (ENSBTAG00000004722)	SLC8A1 (ENSBTAG00000013861)	ENSBTAG00000026034 ##22	PKDCC (ENSBTAG00000019382)	EML4 (ENSBTAG00000010935)	ENSBTAG00000051513	COX7A2L (ENSBTAG00000000705)	ENSBTAG00000048539	KCNG3 (ENSBTAG00000032623)	MTA3 (ENSBTAG00000004073)	OXER1 (ENSBTAG00000004076)	HAAO (ENSBTAG00000004674)	ZFP36L2 (ENSBTAG00000003553)	THADA (ENSBTAG00000003555)	PLEKHH2 (ENSBTAG00000032521)	DYNC2LI1 (ENSBTAG00000013676)	ABCG5 (ENSBTAG00000016365)	ABCG8 (ENSBTAG00000016366)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.a	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.p.b.a.a.a	ENSGT00510000047589	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00950000182917.a.a.b.b	ENSGT00390000006712	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000162759	ENSGT00940000155423	ENSGT00940000161857	ENSGT00940000155483	ENSGT00390000015299.a.b.b.b	ENSGT00530000063557.b	ENSGT00940000155129.B	ENSGT00390000011943.a.a.a.a.l ##22	ENSGT00390000001205.a	ENSGT00940000158434	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000154815.a	ENSGT00940000163356.d	ENSGT00940000159658	ENSGT01030000234573.B.c.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.a	ENSGT00390000013008	ENSGT00940000161584	ENSGT00390000015500	ENSGT00940000157675	ENSGT00390000010498	ENSGT00940000157985	ENSGT00940000159739
Wild yak	MODERN SPECIES	599	ATL2 (ENSBMUG00000005802)	HNRNPLL (ENSBMUG00000005862)	GALM (ENSBMUG00000005891)	SRSF7 (ENSBMUG00000005927)	GEMIN6 (ENSBMUG00000005953)	ENSBMUG00000005967	DHX57 (ENSBMUG00000005986)	MORN2 (ENSBMUG00000006014)	ARHGEF33 (ENSBMUG00000006042)	SOS1 (ENSBMUG00000006148)	CDKL4 (ENSBMUG00000006188)	MAP4K3 (ENSBMUG00000006282)	ENSBMUG00000006342	THUMPD2 (ENSBMUG00000006365)	SLC8A1 (ENSBMUG00000006436)	ENSBMUG00000006498 ##22
American bison	MODERN SPECIES	3099																ENSBBBG00000014372 ##22	PKDCC (ENSBBBG00000003287)	EML4 (ENSBBBG00000014473)	ENSBBBG00000014489	ENSBBBG00000014493	ENSBBBG00000003373	MTA3 (ENSBBBG00000003403)	HAAO (ENSBBBG00000002868)	ZFP36L2 (ENSBBBG00000002863)	THADA (ENSBBBG00000014645)	PLEKHH2 (ENSBBBG00000007555)	DYNC2LI1 (ENSBBBG00000014723)	ABCG5 (ENSBBBG00000014760)	ABCG8 (ENSBBBG00000006880)	LRPPRC (ENSBBBG00000014852)	PPM1B (ENSBBBG00000002799)
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	337													ALG14 (ENSMMSG00000018143)	TLCD4 (ENSMMSG00000018120)	RWDD3 (ENSMMSG00000018092)	ENSMMSG00000018070 ##22	PTBP2 (ENSMMSG00000017922)	DPYD (ENSMMSG00000017834)	ENSMMSG00000017797	ENSMMSG00000017657	PLPPR5 (ENSMMSG00000017618)	PLPPR4 (ENSMMSG00000017501)	PALMD (ENSMMSG00000017456)	FRRS1 (ENSMMSG00000017413)	AGL (ENSMMSG00000017232)	SLC35A3 (ENSMMSG00000017011)	MFSD14A (ENSMMSG00000016975)	SASS6 (ENSMMSG00000016832)	TRMT13 (ENSMMSG00000016719)	LRRC39 (ENSMMSG00000016687)	ENSMMSG00000016618
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	99	DPP9 (ENSMMSG00000022382)	FEM1A (ENSMMSG00000022354)	TICAM1 (ENSMMSG00000022345)	PLIN3 (ENSMMSG00000022324)	ARRDC5 (ENSMMSG00000022308)	UHRF1 (ENSMMSG00000022282)	KDM4B (ENSMMSG00000022220)	PTPRS (ENSMMSG00000022045)	ENSMMSG00000021991	ENSMMSG00000021982	ENSMMSG00000021957	ENSMMSG00000021933 #19	ENSMMSG00000010451 #19	MICOS13 (ENSMMSG00000009950) #20	HSD11B1L (ENSMMSG00000009847) #21	ENSMMSG00000009807 ##22	LONP1 (ENSMMSG00000009638) #23	CATSPERD (ENSMMSG00000009524) #24	PRR22 (ENSMMSG00000009493) #25	DUS3L (ENSMMSG00000009249) #26	ENSMMSG00000009212	NRTN (ENSMMSG00000009181) #27	NDUFA11 (ENSMMSG00000009156) #29	VMAC (ENSMMSG00000009134) #30	CAPS (ENSMMSG00000009082) #31	RANBP3 (ENSMMSG00000008928) #32	ENSMMSG00000008883	RFX2 (ENSMMSG00000008753) #33	ACSBG2 (ENSMMSG00000008549) #34	MLLT1 (ENSMMSG00000008480) #36	ACER1 (ENSMMSG00000008449) #37
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Beluga whale	MODERN SPECIES	69	TPM3 (ENSDLEG00000009786)	NUP210L (ENSDLEG00000008115)	ENSDLEG00000007980	RAB13 (ENSDLEG00000007961)	JTB (ENSDLEG00000007934)	ENSDLEG00000011053	SLC39A1 (ENSDLEG00000011047)	CRTC2 (ENSDLEG00000010750)	DENND4B (ENSDLEG00000010669)	GATAD2B (ENSDLEG00000010639)	SLC27A3 (ENSDLEG00000010561)	INTS3 (ENSDLEG00000010414)	NPR1 (ENSDLEG00000010307)	ILF2 (ENSDLEG00000010233)	SNAPIN (ENSDLEG00000010218)	ENSDLEG00000010208 ##22	CHTOP (ENSDLEG00000010193)	ENSDLEG00000010166	S100A14 (ENSDLEG00000010136)	S100A16 (ENSDLEG00000010108)	S100A2 (ENSDLEG00000010099)	S100A3 (ENSDLEG00000010088)	S100A4 (ENSDLEG00000010083)	S100A5 (ENSDLEG00000010075)	S100A6 (ENSDLEG00000010062)	S100A8 (ENSDLEG00000010054)	S100A12 (ENSDLEG00000010040)	ENSDLEG00000010014	ENSDLEG00000009978	ENSDLEG00000009951
Sperm whale	MODERN SPECIES	5	AURKB (ENSPCTG00005012853)	CTC1 (ENSPCTG00005012766)	PFAS (ENSPCTG00005012675)	RANGRF (ENSPCTG00005012602)	SLC25A35 (ENSPCTG00005012553)	ARHGEF15 (ENSPCTG00005012392)	KRBA2 (ENSPCTG00005012334)	RPL26 (ENSPCTG00005012280)	RNF222 (ENSPCTG00005012262)	NDEL1 (ENSPCTG00005011958)	ENSPCTG00005010700	ENSPCTG00005010571	PIK3R6 (ENSPCTG00005010344)	PIK3R5 (ENSPCTG00005009909)	ENSPCTG00005009875	ENSPCTG00005009830 ##22	ENSPCTG00005009779	STX8 (ENSPCTG00005009707)	CFAP52 (ENSPCTG00005009536)	USP43 (ENSPCTG00005009236)	DHRS7C (ENSPCTG00005009111)	GLP2R (ENSPCTG00005008955)	RCVRN (ENSPCTG00005008907)	GAS7 (ENSPCTG00005008826)	MYH8 (ENSPCTG00005014742)	ENSPCTG00005014653	MYH2 (ENSPCTG00005013995)	MYH3 (ENSPCTG00005013409)	SCO1 (ENSPCTG00005013222)	ADPRM (ENSPCTG00005013144)	TMEM220 (ENSPCTG00005012983)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000011943.a.a.a.a ##22
Arabian camel	DUPLICATION
Arabian camel	MODERN SPECIES	28	MYO3A (ENSCDRG00005008724)	ENSCDRG00005009230	ENSCDRG00005009271	GAD2 (ENSCDRG00005009327)	APBB1IP (ENSCDRG00005009629)	PDSS1 (ENSCDRG00005009781)	ABI1 (ENSCDRG00005010036)	ACBD5 (ENSCDRG00005011208)	MASTL (ENSCDRG00005011932)	YME1L1 (ENSCDRG00005012057)	ENSCDRG00005012217	NSUN6 (ENSCDRG00005012397)	CACNB2 (ENSCDRG00005012541)	ENSCDRG00005013694	ENSCDRG00005013717	ENSCDRG00005013781 ##22	THNSL1 (ENSCDRG00005013900)	ENKUR (ENSCDRG00005013924)	PRTFDC1 (ENSCDRG00005014044)	ARHGAP21 (ENSCDRG00005014230)	KIAA1217 (ENSCDRG00005014673)	ENSCDRG00005017086	ENSCDRG00005017123	ENSCDRG00005017148	ENSCDRG00005017172	ENSCDRG00005017197	ENSCDRG00005017205	ENSCDRG00005017230	ENSCDRG00005017250	ENSCDRG00005017278	ENSCDRG00005017302
Arabian camel	MODERN SPECIES	30	RAB14 (ENSCDRG00005010819)	CNTRL (ENSCDRG00005010958)	ENSCDRG00005011667	ENSCDRG00005011689	C5 (ENSCDRG00005011738)	TRAF1 (ENSCDRG00005011825)	PHF19 (ENSCDRG00005011924)	ENSCDRG00005011996	PSMD5 (ENSCDRG00005012041)	B3GALT9 (ENSCDRG00005012109)	FBXW2 (ENSCDRG00005012142)	MEGF9 (ENSCDRG00005012191)	CDK5RAP2 (ENSCDRG00005012283)	BRINP1 (ENSCDRG00005012875)	TLR4 (ENSCDRG00005012955)	ENSCDRG00005013005 ##22	ENSCDRG00005013038	ENSCDRG00005013199	TRIM32 (ENSCDRG00005013317)	PAPPA (ENSCDRG00005013335)	TNC (ENSCDRG00005013641)	TNFSF8 (ENSCDRG00005014535)	TNFSF15 (ENSCDRG00005014580)	TEX48 (ENSCDRG00005014625)	TEX53 (ENSCDRG00005014666)	TMEM268 (ENSCDRG00005014685)	ATP6V1G1 (ENSCDRG00005014719)	WHRN (ENSCDRG00005014777)	AKNA (ENSCDRG00005015117)	ENSCDRG00005015282	ENSCDRG00005015326