Bilateria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153556.A #22
Chordata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153556.A #22
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES	27													ENSGT00710000106806	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000156836
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00950000183125.a	ENSGT00530000064318	ENSGT01030000235060	ENSGT00940000157926	ENSGT00790000123099	ENSGT00950000182835.d.b	ENSGT00940000157638	ENSGT00940000158123	ENSGT00940000158317	ENSGT00940000157945	ENSGT00390000005903	ENSGT00390000006837	ENSGT00710000106806	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	52								ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000164258
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	103			ENSGT00940000158931	ENSGT01060000253429	ENSGT00940000155601	ENSGT00940000163668	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.B
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00940000163668	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000164258
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00940000163668	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00990000205522
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156310	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000160568.n	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000177870	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977
Theria	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00990000205522
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Cetacea	DUPLICATION
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153556.A.a #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153556.A.a #22
Sperm whale	MODERN SPECIES	743																ENSPCTG00005013988 #22
Cetacea	DUPLICATION
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.j	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A.b.a ##22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.j	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A.b.a ##22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439.d	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.j	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A.b.a ##22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Dolphin	MODERN SPECIES	723														GATA2 (ENSTTRG00000000998)	EEFSEC (ENSTTRG00000000994)	RUVBL1 (ENSTTRG00000000993) ##22	SEC61A1 (ENSTTRG00000000991)
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439.d	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.j	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A.b.a ##22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Vaquita	MODERN SPECIES	2	CFAP92 (ENSPSNG00000022693)	EFCC1 (ENSPSNG00000022692)	GP9 (ENSPSNG00000022691)	RAB43 (ENSPSNG00000022690)	ISY1 (ENSPSNG00000022689)	CNBP (ENSPSNG00000022688)	COPG1 (ENSPSNG00000022687)	HMCES (ENSPSNG00000022686)	H1-10 (ENSPSNG00000022685)	RAB7A (ENSPSNG00000022683)	RPN1 (ENSPSNG00000022682)	GATA2 (ENSPSNG00000022681)	DNAJB8 (ENSPSNG00000022680)	ENSPSNG00000022679	EEFSEC (ENSPSNG00000022678)	ENSPSNG00000022677 ##22	SEC61A1 (ENSPSNG00000022676)	ENSPSNG00000022674	MGLL (ENSPSNG00000022673)	ABTB1 (ENSPSNG00000022671)	PODXL2 (ENSPSNG00000022670)	MCM2 (ENSPSNG00000022669)	TPRA1 (ENSPSNG00000022668)	PLXNA1 (ENSPSNG00000022666)	ENSPSNG00000022665	TXNRD3 (ENSPSNG00000022664)	ENSPSNG00000022663	CHST13 (ENSPSNG00000022662)	UROC1 (ENSPSNG00000022661)	ZXDC (ENSPSNG00000022660)	SLC41A3 (ENSPSNG00000022659)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439.d	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.j	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A.b.a ##22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216.a	ENSGT00950000183042.b
Narwhal	MODERN SPECIES	310	CFAP92 (ENSMMNG00015013200)	EFCC1 (ENSMMNG00015013211)	GP9 (ENSMMNG00015013220)	RAB43 (ENSMMNG00015013271)	ISY1 (ENSMMNG00015013280)	ENSMMNG00015013291	CNBP (ENSMMNG00015013299)	COPG1 (ENSMMNG00015013321)	HMCES (ENSMMNG00015013354)	H1-10 (ENSMMNG00015013367)	RAB7A (ENSMMNG00015013387)	RPN1 (ENSMMNG00015013416)	GATA2 (ENSMMNG00015013442)	EEFSEC (ENSMMNG00015013459)	DNAJB8 (ENSMMNG00015013478)	ENSMMNG00015013489 ##22	SEC61A1 (ENSMMNG00015013516)	KBTBD12 (ENSMMNG00015013549)	ENSMMNG00015013585	ABTB1 (ENSMMNG00015013635)	PODXL2 (ENSMMNG00015013667)	MCM2 (ENSMMNG00015014295)	TPRA1 (ENSMMNG00015014317)	PLXNA1 (ENSMMNG00015014355)	ENSMMNG00015014396	TXNRD3 (ENSMMNG00015014461)	CHST13 (ENSMMNG00015014619)	UROC1 (ENSMMNG00015014633)	ENSMMNG00015014677	SLC41A3 (ENSMMNG00015014716)	ALDH1L1 (ENSMMNG00015014798)
Beluga whale	MODERN SPECIES	66	CFAP92 (ENSDLEG00000010066)	ENSDLEG00000010210	GP9 (ENSDLEG00000010224)	RAB43 (ENSDLEG00000010230)	ISY1 (ENSDLEG00000010246)	ENSDLEG00000010293	CNBP (ENSDLEG00000010302)	COPG1 (ENSDLEG00000010326)	HMCES (ENSDLEG00000010426)	H1-10 (ENSDLEG00000010459)	RAB7A (ENSDLEG00000010466)	RPN1 (ENSDLEG00000010491)	GATA2 (ENSDLEG00000010521)	EEFSEC (ENSDLEG00000010534)	DNAJB8 (ENSDLEG00000010568)	RUVBL1 (ENSDLEG00000010575) ##22	SEC61A1 (ENSDLEG00000010591)	KBTBD12 (ENSDLEG00000010611)	MGLL (ENSDLEG00000010650)	ABTB1 (ENSDLEG00000010723)	ENSDLEG00000010743	ENSDLEG00000010753	MCM2 (ENSDLEG00000010766)	TPRA1 (ENSDLEG00000010809)	ENSDLEG00000010846	PLXNA1 (ENSDLEG00000010868)	CHCHD6 (ENSDLEG00000010964)	TXNRD3 (ENSDLEG00000011052)	ENSDLEG00000012121	CHST13 (ENSDLEG00000012133)	UROC1 (ENSDLEG00000012148)
Sperm whale	MODERN SPECIES	9	XPC (ENSPCTG00005021979)	WNT7A (ENSPCTG00005021969)	FBLN2 (ENSPCTG00005021931)	IQSEC1 (ENSPCTG00005021839)	ACAD9 (ENSPCTG00005021782)	CFAP92 (ENSPCTG00005021671)	EFCC1 (ENSPCTG00005021614)	GP9 (ENSPCTG00005021605)	RAB43 (ENSPCTG00005021593)	CNBP (ENSPCTG00005021559)	RAB7A (ENSPCTG00005021510)	EEFSEC (ENSPCTG00005021497)	RPN1 (ENSPCTG00005021424)	GATA2 (ENSPCTG00005021380)	ENSPCTG00005021354	RUVBL1 (ENSPCTG00005021315) ##22	SEC61A1 (ENSPCTG00005021231)	KBTBD12 (ENSPCTG00005021183)	MGLL (ENSPCTG00005021055)	ABTB1 (ENSPCTG00005020971)	ENSPCTG00005020956	PODXL2 (ENSPCTG00005020915)	MCM2 (ENSPCTG00005020839)	CFAP100 (ENSPCTG00005020699)	KLF15 (ENSPCTG00005020670)	ALDH1L1 (ENSPCTG00005020145)	ENSPCTG00005020094	ENSPCTG00005020054	SLC41A3 (ENSPCTG00005019856)	ZXDC (ENSPCTG00005019762)	UROC1 (ENSPCTG00005019468)
Blue whale	MODERN SPECIES	2	ACAD9 (ENSBMSG00010012123)	CFAP92 (ENSBMSG00010012178)	EFCC1 (ENSBMSG00010012255)	GP9 (ENSBMSG00010012325)	RAB43 (ENSBMSG00010012334)	ISY1 (ENSBMSG00010012343)	CNBP (ENSBMSG00010012370)	COPG1 (ENSBMSG00010012394)	HMCES (ENSBMSG00010012470)	H1-10 (ENSBMSG00010012485)	RAB7A (ENSBMSG00010012513)	RPN1 (ENSBMSG00010012549)	GATA2 (ENSBMSG00010012574)	EEFSEC (ENSBMSG00010012611)	DNAJB8 (ENSBMSG00010012656)	ENSBMSG00010012665 ##22	SEC61A1 (ENSBMSG00010012693)	KBTBD12 (ENSBMSG00010012727)	MGLL (ENSBMSG00010012751)	ABTB1 (ENSBMSG00010012797)	PODXL2 (ENSBMSG00010012808)	MCM2 (ENSBMSG00010012822)	TPRA1 (ENSBMSG00010012862)	PLXNA1 (ENSBMSG00010012942)	CHCHD6 (ENSBMSG00010008862)	TXNRD3 (ENSBMSG00010008948)	ENSBMSG00010009042	CHST13 (ENSBMSG00010009052)	UROC1 (ENSBMSG00010009072)	ZXDC (ENSBMSG00010009104)	SLC41A3 (ENSBMSG00010009132)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156385	ENSGT00940000153168.C.a.a	ENSGT00940000156071	ENSGT00950000182810.A.b	ENSGT00940000158849	ENSGT00940000160067	ENSGT00940000160864	ENSGT00390000012163	ENSGT00510000046929.b	ENSGT00940000160880	ENSGT00940000157770	ENSGT01030000234518.A.a.b	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000158185	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.a	ENSGT00940000153556.A.b.b ##22	ENSGT00940000153713.B.d	ENSGT00530000064228	ENSGT00420000029848.B	ENSGT00390000011484	ENSGT00510000048608	ENSGT00940000162856	ENSGT00530000064225	ENSGT00940000165308	ENSGT00400000023784	ENSGT00940000161876	ENSGT00530000064312	ENSGT00950000182965.a.b.b.a	ENSGT00390000013163	ENSGT00940000155983.a.a	ENSGT00940000159538
Blue whale	MODERN SPECIES	14	ENSBMSG00010003719	KCTD16 (ENSBMSG00010003732)	PRELID2 (ENSBMSG00010003746)	GRXCR2 (ENSBMSG00010003760)	SH3RF2 (ENSBMSG00010003783)	PLAC8L1 (ENSBMSG00010003800)	LARS1 (ENSBMSG00010003837)	RBM27 (ENSBMSG00010003903)	POU4F3 (ENSBMSG00010003939)	TCERG1 (ENSBMSG00010004023)	GPR151 (ENSBMSG00010004103)	PPP2R2B (ENSBMSG00010004212)	ENSBMSG00010004370	STK32A (ENSBMSG00010000035)	DPYSL3 (ENSBMSG00010000062)	ENSBMSG00010000102 ##22	JAKMIP2 (ENSBMSG00010000163)	SPINK1 (ENSBMSG00010000202)	SCGB3A2 (ENSBMSG00010000232)	C5orf46 (ENSBMSG00010000246)	SPINK5 (ENSBMSG00010000284)	ENSBMSG00010000343	ENSBMSG00010000359	SPINK6 (ENSBMSG00010000377)	ENSBMSG00010000399	SPINK13 (ENSBMSG00010000418)	SPINK7 (ENSBMSG00010000439)	FBXO38 (ENSBMSG00010000482)	HTR4 (ENSBMSG00010000543)	ADRB2 (ENSBMSG00010000651)	SH3TC2 (ENSBMSG00010000673)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162690.g	ENSGT00940000156071	ENSGT00950000182810.A.b	ENSGT00940000158849	ENSGT01010000228946	ENSGT00940000160067	ENSGT00940000160864	ENSGT00390000012163	ENSGT00510000046929.b	ENSGT00940000160880	ENSGT00940000157770	ENSGT01030000234518.A.a.b	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000158185	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.a	ENSGT00940000153556.A.b.b ##22	ENSGT00940000153713.B.d	ENSGT00530000064228	ENSGT00420000029848.B	ENSGT00390000011484	ENSGT00510000048608	ENSGT00940000162856	ENSGT00530000064225	ENSGT00940000165308	ENSGT00400000023784	ENSGT00940000161876	ENSGT00530000064312	ENSGT00950000182965.a.b.b.a	ENSGT00390000013163	ENSGT00940000155983.a.a	ENSGT00940000159538
Sperm whale	MODERN SPECIES	19	ENSPCTG00005002042	ENSPCTG00005002068	GRXCR2 (ENSPCTG00005002131)	ENSPCTG00005002139	SH3RF2 (ENSPCTG00005002153)	PLAC8L1 (ENSPCTG00005002187)	LARS (ENSPCTG00005002244)	RBM27 (ENSPCTG00005002371)	POU4F3 (ENSPCTG00005002418)	TCERG1 (ENSPCTG00005002471)	GPR151 (ENSPCTG00005002624)	PPP2R2B (ENSPCTG00005002696)	STK32A (ENSPCTG00005002874)	ENSPCTG00005002903	ENSPCTG00005002917	ENSPCTG00005002929 ##22	JAKMIP2 (ENSPCTG00005002993)	SPINK1 (ENSPCTG00005003163)	SCGB3A2 (ENSPCTG00005003173)	C8H5orf46 (ENSPCTG00005003184)	SPINK5 (ENSPCTG00005003196)	SPINK14 (ENSPCTG00005003207)	SPINK6 (ENSPCTG00005003225)	ENSPCTG00005003234	SPINK13 (ENSPCTG00005003241)	SPINK7 (ENSPCTG00005003251)	SPINK9 (ENSPCTG00005003264)	ENSPCTG00005003282	FBXO38 (ENSPCTG00005003322)	HTR4 (ENSPCTG00005003439)	SH3TC2 (ENSPCTG00005003526)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162690.g	ENSGT00940000156071	ENSGT00950000182810.A.b	ENSGT00940000158849	ENSGT01010000228946	ENSGT00940000160067	ENSGT00940000160864	ENSGT00390000012163	ENSGT00510000046929.b	ENSGT00940000160880	ENSGT00940000157770	ENSGT01030000234518.A.a.b	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000158185	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.a	ENSGT00940000153556.A.b.b ##22	ENSGT00940000153713.B.d	ENSGT00530000064228	ENSGT00420000029848.B	ENSGT00390000011484	ENSGT00510000048608	ENSGT00940000162856	ENSGT00530000064225	ENSGT00940000165308	ENSGT00400000023784	ENSGT00940000161876	ENSGT00390000013163	ENSGT00940000155983.a.a	ENSGT00940000159538	ENSGT00530000063812.B	ENSGT00950000182850.a.b.a.b.b
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162690.g	ENSGT00940000156071	ENSGT00950000182810.A.b	ENSGT00940000158849	ENSGT01010000228946	ENSGT00940000160067	ENSGT00940000160864	ENSGT00390000012163	ENSGT00510000046929.b	ENSGT00940000160880	ENSGT00940000157770	ENSGT01030000234518.A.a.b	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000158185	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.a	ENSGT00940000153556.A.b.b ##22	ENSGT00940000153713.B.d	ENSGT00530000064228	ENSGT00420000029848.B	ENSGT00390000011484	ENSGT00510000048608	ENSGT00940000162856	ENSGT00530000064225	ENSGT00940000165308	ENSGT00400000023784	ENSGT00940000161876	ENSGT00390000013163	ENSGT00940000155983.a.a	ENSGT00940000159538	ENSGT00530000063812.B	ENSGT00950000182850.a.b.a.b.b
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162690.g	ENSGT00940000156071	ENSGT00950000182810.A.b	ENSGT00940000158849	ENSGT01010000228946	ENSGT00940000160067	ENSGT00940000160864	ENSGT00390000012163	ENSGT00510000046929.b	ENSGT00940000160880	ENSGT00940000157770	ENSGT01030000234518.A.a.b	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000158185	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.a	ENSGT00940000153556.A.b.b ##22	ENSGT00940000153713.B.d	ENSGT00530000064228	ENSGT00420000029848.B	ENSGT00390000011484	ENSGT00510000048608	ENSGT00940000162856	ENSGT00530000064225	ENSGT00940000165308	ENSGT00400000023784	ENSGT00940000161876	ENSGT00390000013163	ENSGT00940000155983.a.a	ENSGT00940000159538	ENSGT00530000063812.B	ENSGT00950000182850.a.b.a.b.b
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	298	ENSMMNG00015003453	ENSMMNG00015003469	PRELID2 (ENSMMNG00015003496)	GRXCR2 (ENSMMNG00015003518)	ENSMMNG00015003539	SH3RF2 (ENSMMNG00015003555)	PLAC8L1 (ENSMMNG00015003586)	LARS1 (ENSMMNG00015003613)	RBM27 (ENSMMNG00015003667)	POU4F3 (ENSMMNG00015003731)	TCERG1 (ENSMMNG00015003797)	GPR151 (ENSMMNG00015003913)	PPP2R2B (ENSMMNG00015003975)	STK32A (ENSMMNG00015000060)	DPYSL3 (ENSMMNG00015000166)	ENSMMNG00015000321 ##22	ENSMMNG00015000335 ##22	JAKMIP2 (ENSMMNG00015000470)	SPINK1 (ENSMMNG00015000633)	SCGB3A2 (ENSMMNG00015000655)	C5orf46 (ENSMMNG00015000681)	SPINK14 (ENSMMNG00015000704)	SPINK6 (ENSMMNG00015000740)	ENSMMNG00015000765	SPINK13 (ENSMMNG00015000781)	SPINK7 (ENSMMNG00015000804)	FBXO38 (ENSMMNG00015000846)	HTR4 (ENSMMNG00015000986)	ADRB2 (ENSMMNG00015001090)	SH3TC2 (ENSMMNG00015001111)	ABLIM3 (ENSMMNG00015001180)
Narwhal	MODERN SPECIES	298	ENSMMNG00015003469	PRELID2 (ENSMMNG00015003496)	GRXCR2 (ENSMMNG00015003518)	ENSMMNG00015003539	SH3RF2 (ENSMMNG00015003555)	PLAC8L1 (ENSMMNG00015003586)	LARS1 (ENSMMNG00015003613)	RBM27 (ENSMMNG00015003667)	POU4F3 (ENSMMNG00015003731)	TCERG1 (ENSMMNG00015003797)	GPR151 (ENSMMNG00015003913)	PPP2R2B (ENSMMNG00015003975)	STK32A (ENSMMNG00015000060)	DPYSL3 (ENSMMNG00015000166)	ENSMMNG00015000321 ##22	ENSMMNG00015000335 ##22	JAKMIP2 (ENSMMNG00015000470)	SPINK1 (ENSMMNG00015000633)	SCGB3A2 (ENSMMNG00015000655)	C5orf46 (ENSMMNG00015000681)	SPINK14 (ENSMMNG00015000704)	SPINK6 (ENSMMNG00015000740)	ENSMMNG00015000765	SPINK13 (ENSMMNG00015000781)	SPINK7 (ENSMMNG00015000804)	FBXO38 (ENSMMNG00015000846)	HTR4 (ENSMMNG00015000986)	ADRB2 (ENSMMNG00015001090)	SH3TC2 (ENSMMNG00015001111)	ABLIM3 (ENSMMNG00015001180)	AFAP1L1 (ENSMMNG00015001296)
Vaquita	MODERN SPECIES	14	KCTD16 (ENSPSNG00000001468)	ENSPSNG00000001457	PRELID2 (ENSPSNG00000001434)	ENSPSNG00000001406	ENSPSNG00000001397	SH3RF2 (ENSPSNG00000001368)	ENSPSNG00000001352	LARS1 (ENSPSNG00000001219)	RBM27 (ENSPSNG00000001102)	POU4F3 (ENSPSNG00000001078)	TCERG1 (ENSPSNG00000000979)	GPR151 (ENSPSNG00000000918)	PPP2R2B (ENSPSNG00000000828)	STK32A (ENSPSNG00000000717)	DPYSL3 (ENSPSNG00000000668)	ENSPSNG00000000632 ##22	JAKMIP2 (ENSPSNG00000000558)	SPINK1 (ENSPSNG00000000390)	SCGB3A2 (ENSPSNG00000000357)	C5orf46 (ENSPSNG00000000335)	ENSPSNG00000000317	SPINK6 (ENSPSNG00000000297)	SPINK13 (ENSPSNG00000000253)	SPINK7 (ENSPSNG00000000221)	FBXO38 (ENSPSNG00000000192)	HTR4 (ENSPSNG00000000133)	ADRB2 (ENSPSNG00000019879)	SH3TC2 (ENSPSNG00000019837)	ABLIM3 (ENSPSNG00000019641)	AFAP1L1 (ENSPSNG00000019557)	GRPEL2 (ENSPSNG00000019509)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Goat	MODERN SPECIES	14	NUP210 (ENSCHIG00000018468)	IQSEC1 (ENSCHIG00000025033)	ACAD9 (ENSCHIG00000020865)	ENSCHIG00000011159	ENSCHIG00000011214	EFCC1 (ENSCHIG00000010869)	RAB43 (ENSCHIG00000003247)	ISY1 (ENSCHIG00000008237)	CNBP (ENSCHIG00000023083)	COPG1 (ENSCHIG00000010891)	HMCES (ENSCHIG00000018264)	RAB7A (ENSCHIG00000001138)	ENSCHIG00000007449	GATA2 (ENSCHIG00000014779)	EEFSEC (ENSCHIG00000021838)	RUVBL1 (ENSCHIG00000019299) #22	SEC61A1 (ENSCHIG00000010014)	KBTBD12 (ENSCHIG00000020444)	MGLL (ENSCHIG00000011090)	ABTB1 (ENSCHIG00000015051)	ENSCHIG00000012154	ENSCHIG00000009222	TXNRD3 (ENSCHIG00000009074)	ENSCHIG00000024553	CHST13 (ENSCHIG00000022391)	UROC1 (ENSCHIG00000010303)	ZXDC (ENSCHIG00000007131)	SLC41A3 (ENSCHIG00000014946)	ALDH1L1 (ENSCHIG00000007932)	KLF15 (ENSCHIG00000022291)	CFAP100 (ENSCHIG00000013384)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	10	EFCC1 (ENSOARG00020015940)	GP9 (ENSOARG00020015968)	RAB43 (ENSOARG00020015993)	ISY1 (ENSOARG00020016029)	CNBP (ENSOARG00020016289)	COPG1 (ENSOARG00020016461)	HMCES (ENSOARG00020016666)	H1-10 (ENSOARG00020016747)	ENSOARG00020016757	RAB7A (ENSOARG00020016775)	ENSOARG00020017009	GATA2 (ENSOARG00020017118)	DNAJB8 (ENSOARG00020017252)	ENSOARG00020017282	EEFSEC (ENSOARG00020017339)	RUVBL1 (ENSOARG00020017524) #22	SEC61A1 (ENSOARG00020017586)	KBTBD12 (ENSOARG00020017695)	MGLL (ENSOARG00020017820)	ENSOARG00020018222	PODXL2 (ENSOARG00020018264)	MCM2 (ENSOARG00020018340)	TPRA1 (ENSOARG00020018474)	PLXNA1 (ENSOARG00020018631)	ENSOARG00020019013	TXNRD3 (ENSOARG00020019156)	ENSOARG00020019263	CHST13 (ENSOARG00020019293)	UROC1 (ENSOARG00020019321)	SLC41A3 (ENSOARG00020019589)	ENSOARG00020019756
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156915	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Wild yak	MODERN SPECIES	45														ENSBMUG00000025686	EEFSEC (ENSBMUG00000025680)	RUVBL1 (ENSBMUG00000025672) #22	SEC61A1 (ENSBMUG00000025666)
Domestic yak	MODERN SPECIES	14	IQSEC1 (ENSBGRG00000015000)	ACAD9 (ENSBGRG00000014463)	ENSBGRG00000014318	ENSBGRG00000014265	ISY1 (ENSBGRG00000014042)	CNBP (ENSBGRG00000013907)	COPG1 (ENSBGRG00000013407)	HMCES (ENSBGRG00000013212)	ENSBGRG00000013189	RAB7A (ENSBGRG00000013027)	ENSBGRG00000012940	RPN1 (ENSBGRG00000012844)	ENSBGRG00000012704	ENSBGRG00000012674	EEFSEC (ENSBGRG00000012475)	RUVBL1 (ENSBGRG00000012210) #22	SEC61A1 (ENSBGRG00000011620)	KBTBD12 (ENSBGRG00000011463)	ENSBGRG00000011409	ENSBGRG00000011063	PODXL2 (ENSBGRG00000010818)	MCM2 (ENSBGRG00000010580)	ENSBGRG00000026549	PLXNA1 (ENSBGRG00000025111)	CHCHD6 (ENSBGRG00000024662)	TXNRD3 (ENSBGRG00000023918)	ENSBGRG00000023833	CHST13 (ENSBGRG00000023785)	UROC1 (ENSBGRG00000023472)	ZXDC (ENSBGRG00000023297)	SLC41A3 (ENSBGRG00000023166)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b
Cow	MODERN SPECIES	14	EFCC1 (ENSBTAG00000005922)	GP9 (ENSBTAG00000014666)	RAB43 (ENSBTAG00000053386)	ISY1 (ENSBTAG00000030915)	CNBP (ENSBTAG00000012159)	COPG1 (ENSBTAG00000013212)	HMCES (ENSBTAG00000030930)	H1-10 (ENSBTAG00000040116)	RAB7A (ENSBTAG00000010193)	ENSBTAG00000030941	RPN1 (ENSBTAG00000005191)	GATA2 (ENSBTAG00000019707)	DNAJB8 (ENSBTAG00000006179)	ENSBTAG00000051049	EEFSEC (ENSBTAG00000030962)	RUVBL1 (ENSBTAG00000020998) #22	SEC61A1 (ENSBTAG00000004937)	KBTBD12 (ENSBTAG00000011547)	MGLL (ENSBTAG00000018248)	ABTB1 (ENSBTAG00000018238)	PODXL2 (ENSBTAG00000018031)	MCM2 (ENSBTAG00000014380)	TPRA1 (ENSBTAG00000022575)	PLXNA1 (ENSBTAG00000009159)	CHCHD6 (ENSBTAG00000030855)	TXNRD3 (ENSBTAG00000011795)	C22H3orf22 (ENSBTAG00000039194)	CHST13 (ENSBTAG00000008778)	UROC1 (ENSBTAG00000008774)	ZXDC (ENSBTAG00000009874)	SLC41A3 (ENSBTAG00000005617)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	14	EFCC1 (ENSBIXG00005028776)	ENSBIXG00005028788	RAB43 (ENSBIXG00005005001)	ISY1 (ENSBIXG00005028914)	CNBP (ENSBIXG00005028946)	COPG1 (ENSBIXG00005028959)	HMCES (ENSBIXG00005028993)	H1-10 (ENSBIXG00005005106)	RAB7A (ENSBIXG00005029044)	ENSBIXG00005005134	RPN1 (ENSBIXG00005001966)	GATA2 (ENSBIXG00005010558)	DNAJB8 (ENSBIXG00005010579)	ENSBIXG00005000713	EEFSEC (ENSBIXG00005010586)	RUVBL1 (ENSBIXG00005010629) #22	SEC61A1 (ENSBIXG00005000921)	KBTBD12 (ENSBIXG00005010709)	MGLL (ENSBIXG00005010790)	ENSBIXG00005010805	PODXL2 (ENSBIXG00005010863)	MCM2 (ENSBIXG00005010892)	ENSBIXG00005000580	PLXNA1 (ENSBIXG00005001001)	ENSBIXG00005011053	TXNRD3 (ENSBIXG00005011121)	ENSBIXG00005001025	CHST13 (ENSBIXG00005011148)	UROC1 (ENSBIXG00005001051)	ZXDC (ENSBIXG00005011270)	SLC41A3 (ENSBIXG00005007101)
American bison	MODERN SPECIES	2749														GATA2 (ENSBBBG00000013443)	EEFSEC (ENSBBBG00000002762)	RUVBL1 (ENSBBBG00000013546) #22	ENSBBBG00000013587	KBTBD12 (ENSBBBG00000013616)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1221	CFAP92 (ENSMMSG00000023592)	ENSMMSG00000023579	GP9 (ENSMMSG00000023574)	ENSMMSG00000023537	ISY1 (ENSMMSG00000023521)	CNBP (ENSMMSG00000023497)	COPG1 (ENSMMSG00000023481)	HMCES (ENSMMSG00000023468)	H1-10 (ENSMMSG00000023463)	RAB7A (ENSMMSG00000023438)	RPN1 (ENSMMSG00000023428)	GATA2 (ENSMMSG00000023419)	ENSMMSG00000023414	DNAJB8 (ENSMMSG00000023410)	EEFSEC (ENSMMSG00000023389)	RUVBL1 (ENSMMSG00000023371) #22	SEC61A1 (ENSMMSG00000023354)	ENSMMSG00000023346	MGLL (ENSMMSG00000023285)	ABTB1 (ENSMMSG00000023252)	PODXL2 (ENSMMSG00000023244)	KLF15 (ENSMMSG00000023237)	ALDH1L1 (ENSMMSG00000023038)	SLC41A3 (ENSMMSG00000022992)	ZXDC (ENSMMSG00000022936)	UROC1 (ENSMMSG00000022908)	CHST13 (ENSMMSG00000022897)	ENSMMSG00000022891	TXNRD3 (ENSMMSG00000022805)	ENSMMSG00000022778
Yarkand deer	MODERN SPECIES	16	CFAP92 (ENSCHYG00000020007)	ENSCHYG00000019920	GP9 (ENSCHYG00000019898)	RAB43 (ENSCHYG00000019854)	ISY1 (ENSCHYG00000019525)	CNBP (ENSCHYG00000019384)	COPG1 (ENSCHYG00000019018)	HMCES (ENSCHYG00000018936)	H1-10 (ENSCHYG00000018910)	ENSCHYG00000018740	ENSCHYG00000018559	GATA2 (ENSCHYG00000018476)	ENSCHYG00000018454	DNAJB8 (ENSCHYG00000018438)	EEFSEC (ENSCHYG00000018386)	RUVBL1 (ENSCHYG00000017903) #22	SEC61A1 (ENSCHYG00000017378)	ENSCHYG00000017330	KBTBD12 (ENSCHYG00000017212)	MGLL (ENSCHYG00000016817)	ABTB1 (ENSCHYG00000016715)	PODXL2 (ENSCHYG00000016661)	MCM2 (ENSCHYG00000016311)	TPRA1 (ENSCHYG00000016085)	ENSCHYG00000015704	ENSCHYG00000015490	TXNRD3 (ENSCHYG00000015385)	CHST13 (ENSCHYG00000015340)	UROC1 (ENSCHYG00000014990)	ZXDC (ENSCHYG00000014680)	SLC41A3 (ENSCHYG00000014509)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000009491.d	ENSGT00940000156915	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007219	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630.i.a	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977
Arabian camel	MODERN SPECIES	8	NUP210 (ENSCDRG00005005049)	IQSEC1 (ENSCDRG00005007783)	ACAD9 (ENSCDRG00005009090)	ENSCDRG00005009274	RAB43 (ENSCDRG00005009894)	ISY1 (ENSCDRG00005009942)	CNBP (ENSCDRG00005010027)	COPG1 (ENSCDRG00005010147)	HMCES (ENSCDRG00005010445)	H1-10 (ENSCDRG00005010548)	RAB7A (ENSCDRG00005010579)	RPN1 (ENSCDRG00005010840)	GATA2 (ENSCDRG00005010903)	ENSCDRG00005010941	EEFSEC (ENSCDRG00005010991)	RUVBL1 (ENSCDRG00005011446) #22	SEC61A1 (ENSCDRG00005011502)	KBTBD12 (ENSCDRG00005011561)	MGLL (ENSCDRG00005011712)	ABTB1 (ENSCDRG00005012018)	PODXL2 (ENSCDRG00005012159)	MCM2 (ENSCDRG00005012229)	TPRA1 (ENSCDRG00005012385)	PLXNA1 (ENSCDRG00005012667)	CHCHD6 (ENSCDRG00005016897)	TXNRD3 (ENSCDRG00005016948)	UROC1 (ENSCDRG00005017069)	ENSCDRG00005017119	SLC41A3 (ENSCDRG00005017182)	ALDH1L1 (ENSCDRG00005017361)	KLF15 (ENSCDRG00005017650)
Suina	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00940000160450	ENSGT00390000017582	ENSGT01030000234667.a.a.a.b
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	949	CFAP92 (ENSCWAG00000018972)	ENSCWAG00000019031	GP9 (ENSCWAG00000019065)	RAB43 (ENSCWAG00000019074)	ISY1 (ENSCWAG00000019087)	CNBP (ENSCWAG00000019116)	COPG1 (ENSCWAG00000019186)	HMCES (ENSCWAG00000019226)	H1-10 (ENSCWAG00000019275)	RAB7A (ENSCWAG00000019290)	RPN1 (ENSCWAG00000019356)	GATA2 (ENSCWAG00000019399)	DNAJB8 (ENSCWAG00000019451)	ENSCWAG00000019462	EEFSEC (ENSCWAG00000019470)	RUVBL1 (ENSCWAG00000019553) #22	SEC61A1 (ENSCWAG00000019570)	KBTBD12 (ENSCWAG00000019608)	MGLL (ENSCWAG00000019660)	ABTB1 (ENSCWAG00000019756)	PODXL2 (ENSCWAG00000019774)	MCM2 (ENSCWAG00000019787)	TPRA1 (ENSCWAG00000019837)
Pig	MODERN SPECIES	4	CFAP92 (ENSSSCG00000024552)	ENSSSCG00000024000	GP9 (ENSSSCG00000031176)	RAB43 (ENSSSCG00000037568)	ISY1 (ENSSSCG00000038900)	CNBP (ENSSSCG00000040879)	COPG1 (ENSSSCG00000011616)	HMCES (ENSSSCG00000011611)	H1-10 (ENSSSCG00000061599)	RAB7A (ENSSSCG00000011615)	RPN1 (ENSSSCG00000011612)	GATA2 (ENSSSCG00000011618)	DNAJB8 (ENSSSCG00000058052)	ENSSSCG00000011617	EEFSEC (ENSSSCG00000011619)	RUVBL1 (ENSSSCG00000011620) #22	SEC61A1 (ENSSSCG00000011621)	KBTBD12 (ENSSSCG00000011622)	ENSSSCG00000054607	MGLL (ENSSSCG00000024134)	ABTB1 (ENSSSCG00000024827)	PODXL2 (ENSSSCG00000021397)	MCM2 (ENSSSCG00000011624)	TPRA1 (ENSSSCG00000011623)	PLXNA1 (ENSSSCG00000024001)	CHCHD6 (ENSSSCG00000031557)	TXNRD3 (ENSSSCG00000023929)	ENSSSCG00000045066	ENSSSCG00000011626	CHST13 (ENSSSCG00000011625)	ENSSSCG00000056342
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	76		ENSGT00390000007551	ENSGT00390000007701	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000007551	ENSGT00390000007701	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000156977
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	10			ENSRFEG00010005832	GP9 (ENSRFEG00010005877)	RAB43 (ENSRFEG00010005893)	ISY1 (ENSRFEG00010005913)	CNBP (ENSRFEG00010005953)	COPG1 (ENSRFEG00010006037)	HMCES (ENSRFEG00010006155)	H1-10 (ENSRFEG00010006197)	RAB7A (ENSRFEG00010006246)	RPN1 (ENSRFEG00010006310)	GATA2 (ENSRFEG00010006359)	DNAJB8 (ENSRFEG00010006393)	EEFSEC (ENSRFEG00010006458)	RUVBL1 (ENSRFEG00010006540) #22	SEC61A1 (ENSRFEG00010006596)	KBTBD12 (ENSRFEG00010006684)	ENSRFEG00010006714	MGLL (ENSRFEG00010006765)	ENSRFEG00010006843	PODXL2 (ENSRFEG00010006876)	MCM2 (ENSRFEG00010006924)	TPRA1 (ENSRFEG00010006977)	ENSRFEG00010007030	PLXNA1 (ENSRFEG00010007057)	CHCHD6 (ENSRFEG00010007121)	TXNRD3 (ENSRFEG00010007252)	ENSRFEG00010008188	CHST13 (ENSRFEG00010008204)	UROC1 (ENSRFEG00010008245)
Microbat	MODERN SPECIES	1027	SULF2 (ENSMLUG00000000429)	PREX1 (ENSMLUG00000016835)	ARFGEF2 (ENSMLUG00000006936)	ENSMLUG00000028217	RAB43 (ENSMLUG00000025153)	ISY1 (ENSMLUG00000011804)	ENSMLUG00000025147	CNBP (ENSMLUG00000012554)	COPG1 (ENSMLUG00000012542)	HMCES (ENSMLUG00000010630)	RAB7A (ENSMLUG00000008454)	RPN1 (ENSMLUG00000017213)	GATA2 (ENSMLUG00000005506)	DNAJB8 (ENSMLUG00000001820)	EEFSEC (ENSMLUG00000004261)	RUVBL1 (ENSMLUG00000004254) #22	SEC61A1 (ENSMLUG00000004248)	KBTBD12 (ENSMLUG00000001141)	MGLL (ENSMLUG00000017152)	ABTB1 (ENSMLUG00000017150)	PODXL2 (ENSMLUG00000017144)	MCM2 (ENSMLUG00000017140)	TPRA1 (ENSMLUG00000007464)
Megabat	MODERN SPECIES	1368															EEFSEC (ENSPVAG00000007070)	RUVBL1 (ENSPVAG00000007066) #22	SEC61A1 (ENSPVAG00000007062)
Equus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT01090000263326	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Horse	MODERN SPECIES	7	GP9 (ENSECAG00000018985)	ENSECAG00000029531	ENSECAG00000054714	ISY1 (ENSECAG00000013768)	CNBP (ENSECAG00000009512)	COPG1 (ENSECAG00000000124)	ENSECAG00000044538	ENSECAG00000028617	H1-10 (ENSECAG00000003332)	ENSECAG00000048657	RAB7A (ENSECAG00000012559)	RPN1 (ENSECAG00000003030)	GATA2 (ENSECAG00000016768)	DNAJB8 (ENSECAG00000032630)	EEFSEC (ENSECAG00000016565)	RUVBL1 (ENSECAG00000000545) #22	SEC61A1 (ENSECAG00000013475)	KBTBD12 (ENSECAG00000011193)	ENSECAG00000059312	MGLL (ENSECAG00000007658)	ABTB1 (ENSECAG00000012607)	PODXL2 (ENSECAG00000008843)	MCM2 (ENSECAG00000019631)	TPRA1 (ENSECAG00000016300)	ENSECAG00000034966	ENSECAG00000037753	ENSECAG00000043184	PLXNA1 (ENSECAG00000000022)	CHCHD6 (ENSECAG00000000017)	TXNRD3 (ENSECAG00000022090)	ENSECAG00000056170
Donkey	MODERN SPECIES	13	RAB43 (ENSEASG00005015808)	GP9 (ENSEASG00005015807)	ENSEASG00005035595	ISY1 (ENSEASG00005015810)	CNBP (ENSEASG00005036497)	COPG1 (ENSEASG00005015813)	ENSEASG00005015815	ENSEASG00005034619	ENSEASG00005006800	ENSEASG00005037828	RPN1 (ENSEASG00005006797)	GATA2 (ENSEASG00005006794)	ENSEASG00005006791	ENSEASG00005006788	EEFSEC (ENSEASG00005006786)	RUVBL1 (ENSEASG00005006781) #22	SEC61A1 (ENSEASG00005006778)	KBTBD12 (ENSEASG00005006776)	MGLL (ENSEASG00005024928)	ABTB1 (ENSEASG00005006769)	PODXL2 (ENSEASG00005006765)	MCM2 (ENSEASG00005006759)	ENSEASG00005006757	ENSEASG00005034594	PLXNA1 (ENSEASG00005006242)	CHCHD6 (ENSEASG00005006190)	TXNRD3 (ENSEASG00005006188)	CHST13 (ENSEASG00005006186)	UROC1 (ENSEASG00005006181)	ZXDC (ENSEASG00005006173)	CFAP100 (ENSEASG00005006165)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323.b	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323.b	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT01010000223084	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216
Polar bear	MODERN SPECIES	210	HDAC11 (ENSUMAG00000015867)	NUP210 (ENSUMAG00000015439)	IQSEC1 (ENSUMAG00000015296)	ACAD9 (ENSUMAG00000015181)	CFAP92 (ENSUMAG00000015150)	ENSUMAG00000015128	ENSUMAG00000015120	COPG1 (ENSUMAG00000015102)	HMCES (ENSUMAG00000015093)	ENSUMAG00000015085	RAB7A (ENSUMAG00000015081)	RPN1 (ENSUMAG00000014970)	GATA2 (ENSUMAG00000014913)	ENSUMAG00000014901	EEFSEC (ENSUMAG00000014890)	RUVBL1 (ENSUMAG00000014877) #22	SEC61A1 (ENSUMAG00000014866)	KBTBD12 (ENSUMAG00000014859)	MGLL (ENSUMAG00000014853)	ABTB1 (ENSUMAG00000014845)	PODXL2 (ENSUMAG00000014839)	MCM2 (ENSUMAG00000014421)	TPRA1 (ENSUMAG00000014378)	PLXNA1 (ENSUMAG00000014352)	ENSUMAG00000014342	TXNRD3 (ENSUMAG00000014041)	ENSUMAG00000014003	UROC1 (ENSUMAG00000013982)	ENSUMAG00000013976	ENSUMAG00000013971	KLF15 (ENSUMAG00000013967)
American black bear	MODERN SPECIES	5302																RUVBL1 (ENSUAMG00000005239) #22	SEC61A1 (ENSUAMG00000005214)
Giant Panda	MODERN SPECIES	14	ENSAMEG00000025541	GP9 (ENSAMEG00000015373)	RAB43 (ENSAMEG00000015341)	ISY1 (ENSAMEG00000025572)	ENSAMEG00000015334	COPG1 (ENSAMEG00000015284)	ENSAMEG00000015249	ENSAMEG00000015269	ENSAMEG00000026307	ENSAMEG00000024109	ENSAMEG00000015201	GATA2 (ENSAMEG00000015180)	DNAJB8 (ENSAMEG00000018919)	ENSAMEG00000028762	EEFSEC (ENSAMEG00000015165)	RUVBL1 (ENSAMEG00000015136) #22	SEC61A1 (ENSAMEG00000015108)	KBTBD12 (ENSAMEG00000015099)	ENSAMEG00000015086	ABTB1 (ENSAMEG00000015059)	PODXL2 (ENSAMEG00000015046)	MCM2 (ENSAMEG00000014998)	TPRA1 (ENSAMEG00000014977)	ENSAMEG00000019709	PLXNA1 (ENSAMEG00000006541)	CHCHD6 (ENSAMEG00000026556)	TXNRD3 (ENSAMEG00000006480)	ENSAMEG00000029947	UROC1 (ENSAMEG00000006448)	ZXDC (ENSAMEG00000006438)	CFAP100 (ENSAMEG00000006408)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
American mink	MODERN SPECIES	147	EFCC1 (ENSNVIG00000019624)	GP9 (ENSNVIG00000019619)	RAB43 (ENSNVIG00000019614)	ISY1 (ENSNVIG00000019590)	CNBP (ENSNVIG00000019564)	COPG1 (ENSNVIG00000018463)	HMCES (ENSNVIG00000018380)	H1-10 (ENSNVIG00000018376)	ENSNVIG00000018366	ENSNVIG00000018317	RPN1 (ENSNVIG00000018278)	GATA2 (ENSNVIG00000018256)	DNAJB8 (ENSNVIG00000018251)	ENSNVIG00000018247	EEFSEC (ENSNVIG00000018235)	RUVBL1 (ENSNVIG00000018223) #22	S61A1 (ENSNVIG00000018169)	KBTBD12 (ENSNVIG00000018133)	MGLL (ENSNVIG00000018064)	ABTB1 (ENSNVIG00000018008)	PODXL2 (ENSNVIG00000017970)	MCM2 (ENSNVIG00000017938)	TPRA1 (ENSNVIG00000017919)	PLXNA1 (ENSNVIG00000017884)	CHCH6 (ENSNVIG00000017817)	TXNRD3 (ENSNVIG00000017669)	ENSNVIG00000017651	ENSNVIG00000017640	SPAG17 (ENSNVIG00000017552)	WDR3 (ENSNVIG00000017483)	GDAP2 (ENSNVIG00000017448)
Ferret	MODERN SPECIES	163	ACAD9 (ENSMPUG00000017287)	CFAP92 (ENSMPUG00000017299)	ENSMPUG00000017303	GP9 (ENSMPUG00000020116)	RAB43 (ENSMPUG00000017305)	ISY1 (ENSMPUG00000017307)	CNBP (ENSMPUG00000017315)	ENSMPUG00000017316	HMCES (ENSMPUG00000017327)	RAB7A (ENSMPUG00000017333)	RPN1 (ENSMPUG00000017335)	ENSMPUG00000017337	GATA2 (ENSMPUG00000017338)	DNAJB8 (ENSMPUG00000017339)	EEFSEC (ENSMPUG00000017340)	RUVBL1 (ENSMPUG00000017341) #22	SEC61A1 (ENSMPUG00000017342)	KBTBD12 (ENSMPUG00000017343)	MGLL (ENSMPUG00000017344)	ABTB1 (ENSMPUG00000017345)	PODXL2 (ENSMPUG00000017350)	MCM2 (ENSMPUG00000017353)	TPRA1 (ENSMPUG00000017359)	ENSMPUG00000017360	PLXNA1 (ENSMPUG00000017363)	CHCHD6 (ENSMPUG00000017366)	TXNRD3 (ENSMPUG00000017369)	ENSMPUG00000017372	CHST13 (ENSMPUG00000017374)	UROC1 (ENSMPUG00000017376)	ZXDC (ENSMPUG00000017379)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00900000143336.d.a	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Dingo	MODERN SPECIES	236	GP9 (ENSCAFG00020004876)	RAB43 (ENSCAFG00020004871)	ISY1 (ENSCAFG00020004867)	CNBP (ENSCAFG00020004863)	COPG1 (ENSCAFG00020004856)	HMCES (ENSCAFG00020004852)	H1-10 (ENSCAFG00020004851)	RAB7A (ENSCAFG00020004847)	RPN1 (ENSCAFG00020004839)	ENSCAFG00020004831	GATA2 (ENSCAFG00020004824)	ENSCAFG00020004821	DNAJB8 (ENSCAFG00020004815)	EEFSEC (ENSCAFG00020004811)	ENSCAFG00020004807	RUVBL1 (ENSCAFG00020004803) #22	SEC61A1 (ENSCAFG00020004799)	KBTBD12 (ENSCAFG00020004798)	MGLL (ENSCAFG00020004791)	ABTB1 (ENSCAFG00020004789)	PODXL2 (ENSCAFG00020004787)	MCM2 (ENSCAFG00020004780)	TPRA1 (ENSCAFG00020004776)	PLXNA1 (ENSCAFG00020002883)	CHCHD6 (ENSCAFG00020002738)	TXNRD3 (ENSCAFG00020001171)	C3orf22 (ENSCAFG00020001002)	CHST13 (ENSCAFG00020000995)	UROC1 (ENSCAFG00020000941)	ZXDC (ENSCAFG00020000879)	CFAP100 (ENSCAFG00020000858)
Dog	MODERN SPECIES	12	GP9 (ENSCAFG00845020723)	RAB43 (ENSCAFG00845020687)	ISY1 (ENSCAFG00845020556)	CNBP (ENSCAFG00845020423)	COPG1 (ENSCAFG00845019986)	HMCES (ENSCAFG00845019753)	H1FX (ENSCAFG00845019714)	RAB7A (ENSCAFG00845019242)	RPN1 (ENSCAFG00845019047)	ENSCAFG00845019001	GATA2 (ENSCAFG00845018934)	ENSCAFG00845018909	DNAJB8 (ENSCAFG00845018870)	EEFSEC (ENSCAFG00845018712)	ENSCAFG00845018606	RUVBL1 (ENSCAFG00845018527) #22	SEC61A1 (ENSCAFG00845018244)	KBTBD12 (ENSCAFG00845018022)	MGLL (ENSCAFG00845017684)	ABTB1 (ENSCAFG00845013853)	PODXL2 (ENSCAFG00845013813)	MCM2 (ENSCAFG00845013762)	TPRA1 (ENSCAFG00845013707)	ENSCAFG00845013670	ENSCAFG00845013657	PLXNA1 (ENSCAFG00845013076)	TXNRD3 (ENSCAFG00845012644)	C3orf22 (ENSCAFG00845012512)	CHST13 (ENSCAFG00845012493)	UROC1 (ENSCAFG00845012399)	ZXDC (ENSCAFG00845012175)
Red fox	MODERN SPECIES	8	ENSVVUG00000018248	GP9 (ENSVVUG00000018250)	RAB43 (ENSVVUG00000018253)	ISY1 (ENSVVUG00000018261)	CNBP (ENSVVUG00000018264)	COPG1 (ENSVVUG00000018283)	HMCES (ENSVVUG00000018293)	H1-10 (ENSVVUG00000018298)	RAB7A (ENSVVUG00000018308)	RPN1 (ENSVVUG00000018354)	GATA2 (ENSVVUG00000018360)	DNAJB8 (ENSVVUG00000018364)	ENSVVUG00000018366	EEFSEC (ENSVVUG00000018372)	ENSVVUG00000018375	RUVBL1 (ENSVVUG00000018377) #22	SEC61A1 (ENSVVUG00000018390)	KBTBD12 (ENSVVUG00000018401)	MGLL (ENSVVUG00000018407)	ABTB1 (ENSVVUG00000018416)	PODXL2 (ENSVVUG00000018512)	MCM2 (ENSVVUG00000018515)	TPRA1 (ENSVVUG00000018518)	ENSVVUG00000018521	PLXNA1 (ENSVVUG00000018526)	CHCHD6 (ENSVVUG00000018555)	TXNRD3 (ENSVVUG00000018617)	CUNH3orf22 (ENSVVUG00000021504)	UROC1 (ENSVVUG00000021508)	ZXDC (ENSVVUG00000021514)	CFAP100 (ENSVVUG00000021517)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b.w	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Cat	MODERN SPECIES	1	ENSFCAG00000046514	GP9 (ENSFCAG00000028803)	RAB43 (ENSFCAG00000042938)	ISY1 (ENSFCAG00000008664)	CNBP (ENSFCAG00000042197)	COPG1 (ENSFCAG00000002080)	HMCES (ENSFCAG00000045478)	H1-10 (ENSFCAG00000044498)	ENSFCAG00000033094	ENSFCAG00000022971	RPN1 (ENSFCAG00000008222)	GATA2 (ENSFCAG00000006154)	DNAJB8 (ENSFCAG00000001739)	ENSFCAG00000045815	EEFSEC (ENSFCAG00000006153)	RUVBL1 (ENSFCAG00000008821) #22	SEC61A1 (ENSFCAG00000008819)	KBTBD12 (ENSFCAG00000022102)	MGLL (ENSFCAG00000026204)	ABTB1 (ENSFCAG00000013553)	TPRA1 (ENSFCAG00000028259)	MCM2 (ENSFCAG00000013550)	PLXNA1 (ENSFCAG00000000976)	TXNRD3 (ENSFCAG00000000974)	ENSFCAG00000049526	CHST13 (ENSFCAG00000032669)	UROC1 (ENSFCAG00000015746)	ZXDC (ENSFCAG00000015744)	CFAP100 (ENSFCAG00000015734)	KLF15 (ENSFCAG00000015732)	ENSFCAG00000001776
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b.w	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Tiger	MODERN SPECIES	564											RPN1 (ENSPTIG00000013813)	GATA2 (ENSPTIG00000013832)	DNAJB8 (ENSPTIG00000009261)	ENSPTIG00000013847	EEFSEC (ENSPTIG00000013855)	RUVBL1 (ENSPTIG00000013864) #22	SEC61A1 (ENSPTIG00000013892)	KBTBD12 (ENSPTIG00000013942)	MGLL (ENSPTIG00000013965)	ABTB1 (ENSPTIG00000013992)	PODXL2 (ENSPTIG00000014008)	MCM2 (ENSPTIG00000014022)	TPRA1 (ENSPTIG00000014035)	PLXNA1 (ENSPTIG00000014058)	CHCHD6 (ENSPTIG00000014085)	TXNRD3 (ENSPTIG00000014110)	C3orf22 (ENSPTIG00000014195)	UROC1 (ENSPTIG00000014212)	ZXDC (ENSPTIG00000014220)	CFAP100 (ENSPTIG00000014234)	KLF15 (ENSPTIG00000014256)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b.w	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
lion	MODERN SPECIES	2	EFCC1 (ENSPLOG00000003589)	GP9 (ENSPLOG00000003607)	RAB43 (ENSPLOG00000003618)	ISY1 (ENSPLOG00000003627)	CNBP (ENSPLOG00000003644)	COPG1 (ENSPLOG00000003685)	HMCES (ENSPLOG00000003766)	H1-10 (ENSPLOG00000003787)	ENSPLOG00000003798	ENSPLOG00000003821	RPN1 (ENSPLOG00000003850)	GATA2 (ENSPLOG00000003865)	DNAJB8 (ENSPLOG00000003879)	ENSPLOG00000003882	EEFSEC (ENSPLOG00000003896)	RUVBL1 (ENSPLOG00000003920) #22	SEC61A1 (ENSPLOG00000004023)	KBTBD12 (ENSPLOG00000004046)	MGLL (ENSPLOG00000004066)	ABTB1 (ENSPLOG00000004091)	PODXL2 (ENSPLOG00000004100)	MCM2 (ENSPLOG00000004115)	TPRA1 (ENSPLOG00000004134)	PLXNA1 (ENSPLOG00000004165)	CHCHD6 (ENSPLOG00000004177)	TXNRD3 (ENSPLOG00000004215)	C3orf22 (ENSPLOG00000004263)	CHST13 (ENSPLOG00000004278)	UROC1 (ENSPLOG00000004294)	ZXDC (ENSPLOG00000004315)	CFAP100 (ENSPLOG00000004337)
leopard	MODERN SPECIES	135	ENSPPRG00000011028	RAB43 (ENSPPRG00000003497)	ISY1 (ENSPPRG00000003480)	CNBP (ENSPPRG00000003431)	COPG1 (ENSPPRG00000003340)	HMCES (ENSPPRG00000003160)	H1-10 (ENSPPRG00000011017)	ENSPPRG00000011010	ENSPPRG00000003104	RPN1 (ENSPPRG00000003007)	GATA2 (ENSPPRG00000002963)	DNAJB8 (ENSPPRG00000011004)	ENSPPRG00000002912	EEFSEC (ENSPPRG00000002846)	ENSPPRG00000002794	RUVBL1 (ENSPPRG00000002788) #22	SEC61A1 (ENSPPRG00000002652)	KBTBD12 (ENSPPRG00000002619)	MGLL (ENSPPRG00000002430)	ABTB1 (ENSPPRG00000002183)	PODXL2 (ENSPPRG00000002169)	MCM2 (ENSPPRG00000002132)	TPRA1 (ENSPPRG00000002097)	PLXNA1 (ENSPPRG00000002031)	TXNRD3 (ENSPPRG00000001957)	C3orf22 (ENSPPRG00000001767)	CHST13 (ENSPPRG00000001750)	UROC1 (ENSPPRG00000001664)	ZXDC (ENSPPRG00000001552)	CFAP100 (ENSPPRG00000001466)	KLF15 (ENSPPRG00000001430)
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153556.A #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	7043																RUVBL1 (ENSEEUG00000012246) #22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Primates	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	53										ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000007219	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT00390000007772.b.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000007219	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT00390000007772.b.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT00390000007772.b.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT00390000007772.b.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00910000147965	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT00390000007772.b.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689
Gorilla	MODERN SPECIES	16	CNBP (ENSGGOG00000010085)	ISY1 (ENSGGOG00000038733)	RAB43 (ENSGGOG00000027408)	GP9 (ENSGGOG00000012908)	EFCC1 (ENSGGOG00000005037)	ENSGGOG00000025242	ACAD9 (ENSGGOG00000009603)	ENSGGOG00000026638	RAB7A (ENSGGOG00000005557)	RPN1 (ENSGGOG00000013966)	ENSGGOG00000005125	GATA2 (ENSGGOG00000006156)	DNAJB8 (ENSGGOG00000038485)	ENSGGOG00000038952	EEFSEC (ENSGGOG00000001445)	RUVBL1 (ENSGGOG00000010520) #22	SEC61A1 (ENSGGOG00000010507)	KBTBD12 (ENSGGOG00000025759)	ENSGGOG00000044048	MGLL (ENSGGOG00000000179)	ABTB1 (ENSGGOG00000000177)	PODXL2 (ENSGGOG00000000176)	MCM2 (ENSGGOG00000014866)	TPRA1 (ENSGGOG00000010008)	ENSGGOG00000037140	PRR20G (ENSGGOG00000025848)	PRR23E (ENSGGOG00000040736)	PLXNA1 (ENSGGOG00000000847)	CHCHD6 (ENSGGOG00000009066)	TXNRD3 (ENSGGOG00000005318)	ENSGGOG00000025139
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00520000059425	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00910000147965	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT00390000007772.b.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689
Pan	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00520000059425	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00910000147965	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT00390000007772.b.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689
Chimpanzee	MODERN SPECIES	16	ISY1 (ENSPTRG00000015367)	RAB43 (ENSPTRG00000050264)	GP9 (ENSPTRG00000041466)	EFCC1 (ENSPTRG00000015366)	ENSPTRG00000015363	ACAD9 (ENSPTRG00000015362)	ENSPTRG00000049707	RAB7A (ENSPTRG00000015359)	ENSPTRG00000052721	RPN1 (ENSPTRG00000015358)	ENSPTRG00000015356	GATA2 (ENSPTRG00000015355)	DNAJB8 (ENSPTRG00000030133)	ENSPTRG00000047855	EEFSEC (ENSPTRG00000015353)	RUVBL1 (ENSPTRG00000015352) #22	SEC61A1 (ENSPTRG00000015351)	KBTBD12 (ENSPTRG00000015350)	ENSPTRG00000049260	MGLL (ENSPTRG00000015348)	ABTB1 (ENSPTRG00000015347)	PODXL2 (ENSPTRG00000015346)	MCM2 (ENSPTRG00000015345)	TPRA1 (ENSPTRG00000015344)	ENSPTRG00000044306	PRR20G (ENSPTRG00000045213)	PRR23E (ENSPTRG00000048073)	PLXNA1 (ENSPTRG00000015341)	CHCHD6 (ENSPTRG00000015340)	TXNRD3 (ENSPTRG00000015338)	ENSPTRG00000042250
Bonobo	MODERN SPECIES	16	ISY1 (ENSPPAG00000042141)	RAB43 (ENSPPAG00000025920)	GP9 (ENSPPAG00000004366)	ENSPPAG00000036989	ENSPPAG00000043474	ACAD9 (ENSPPAG00000041609)	ENSPPAG00000011218	ENSPPAG00000030098	ENSPPAG00000036440	RPN1 (ENSPPAG00000026160)	ENSPPAG00000017566	GATA2 (ENSPPAG00000027745)	DNAJB8 (ENSPPAG00000007556)	ENSPPAG00000032736	EEFSEC (ENSPPAG00000030936)	RUVBL1 (ENSPPAG00000040102) #22	SEC61A1 (ENSPPAG00000019985)	KBTBD12 (ENSPPAG00000042786)	ENSPPAG00000039348	MGLL (ENSPPAG00000042233)	ABTB1 (ENSPPAG00000029212)	PODXL2 (ENSPPAG00000026149)	MCM2 (ENSPPAG00000007554)	TPRA1 (ENSPPAG00000027470)	ENSPPAG00000002927	ENSPPAG00000037957	PRR20G (ENSPPAG00000037173)	PRR23E (ENSPPAG00000025709)	PLXNA1 (ENSPPAG00000043571)	ENSPPAG00000042983	ENSPPAG00000039882
Human	MODERN SPECIES	15	HMCES (ENSG00000183624)	COPG1 (ENSG00000181789)	CNBP (ENSG00000169714)	ISY1 (ENSG00000240682)	ISY1-RAB43 (ENSG00000261796)	RAB43 (ENSG00000172780)	GP9 (ENSG00000169704)	EFCC1 (ENSG00000114654)	CFAP92 (ENSG00000114656)	ACAD9 (ENSG00000177646)	RAB7A (ENSG00000075785)	RPN1 (ENSG00000163902)	GATA2 (ENSG00000179348)	DNAJB8 (ENSG00000179407)	EEFSEC (ENSG00000132394)	RUVBL1 (ENSG00000175792) #22	SEC61A1 (ENSG00000058262)	KBTBD12 (ENSG00000187715)	MGLL (ENSG00000074416)	ABTB1 (ENSG00000114626)	PODXL2 (ENSG00000114631)	MCM2 (ENSG00000073111)	TPRA1 (ENSG00000163870)	PRR20G (ENSG00000239620)	PRR23E (ENSG00000214324)	PLXNA1 (ENSG00000114554)	CHCHD6 (ENSG00000159685)	TXNRD3 (ENSG00000197763)	C3orf22 (ENSG00000180697)	CHST13 (ENSG00000180767)	UROC1 (ENSG00000159650)
Orangutan	MODERN SPECIES	16	CNBP (ENSPPYG00000013423)	ISY1 (ENSPPYG00000013424)	RAB43 (ENSPPYG00000038432)	ENSPPYG00000038696	GP9 (ENSPPYG00000013425)	EFCC1 (ENSPPYG00000013427)	CFAP92 (ENSPPYG00000013428)	ACAD9 (ENSPPYG00000013429)	ENSPPYG00000039972	RAB7A (ENSPPYG00000013431)	ENSPPYG00000013430	RPN1 (ENSPPYG00000013432)	GATA2 (ENSPPYG00000013434)	DNAJB8 (ENSPPYG00000013435)	EEFSEC (ENSPPYG00000013436)	RUVBL1 (ENSPPYG00000013437) #22	SEC61A1 (ENSPPYG00000013438)	KBTBD12 (ENSPPYG00000037884)	MGLL (ENSPPYG00000013440)	ABTB1 (ENSPPYG00000013441)	PODXL2 (ENSPPYG00000013442)	MCM2 (ENSPPYG00000013443)	ENSPPYG00000013444	PRR20G (ENSPPYG00000031249)	PRR23E (ENSPPYG00000013445)	PLXNA1 (ENSPPYG00000013446)	CHCHD6 (ENSPPYG00000013447)	TXNRD3 (ENSPPYG00000013449)	C3orf22 (ENSPPYG00000013450)	CHST13 (ENSPPYG00000013451)	UROC1 (ENSPPYG00000013452)
Gibbon	MODERN SPECIES	13	ISY1 (ENSNLEG00000028747)	RAB43 (ENSNLEG00000028802)	ENSNLEG00000014447	ENSNLEG00000028765	ENSNLEG00000014439	ACAD9 (ENSNLEG00000014382)	RAB7A (ENSNLEG00000029309)	RPN1 (ENSNLEG00000014337)	ENSNLEG00000031100	ENSNLEG00000014336	ENSNLEG00000014335	GATA2 (ENSNLEG00000014320)	DNAJB8 (ENSNLEG00000019296)	ENSNLEG00000030486	EEFSEC (ENSNLEG00000014303)	RUVBL1 (ENSNLEG00000014205) #22	SEC61A1 (ENSNLEG00000014258)	KBTBD12 (ENSNLEG00000014254)	MGLL (ENSNLEG00000014200)	ABTB1 (ENSNLEG00000033739)	PODXL2 (ENSNLEG00000014142)	ENSNLEG00000014125	TPRA1 (ENSNLEG00000014115)	PRR23E (ENSNLEG00000018671)	PLXNA1 (ENSNLEG00000001109)	ENSNLEG00000029654	TXNRD3 (ENSNLEG00000001090)	ENSNLEG00000001088	C3orf22 (ENSNLEG00000001083)	ENSNLEG00000001080	UROC1 (ENSNLEG00000001076)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000007219	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00910000147229	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000007219	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00910000147229	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	14	H1-10 (ENSCSAG00000018811)	HMCES (ENSCSAG00000008979)	COPG1 (ENSCSAG00000008921)	CNBP (ENSCSAG00000008817)	ISY1 (ENSCSAG00000008798)	RAB43 (ENSCSAG00000008765)	GP9 (ENSCSAG00000018812)	EFCC1 (ENSCSAG00000008762)	CFAP92 (ENSCSAG00000008754)	ACAD9 (ENSCSAG00000008707)	RAB7A (ENSCSAG00000008628)	RPN1 (ENSCSAG00000008622)	GATA2 (ENSCSAG00000008607)	DNAJB8 (ENSCSAG00000018813)	EEFSEC (ENSCSAG00000008599)	RUVBL1 (ENSCSAG00000008592) #22	SEC61A1 (ENSCSAG00000008579)	ENSCSAG00000018715	KBTBD12 (ENSCSAG00000008568)	MGLL (ENSCSAG00000008560)	ABTB1 (ENSCSAG00000008534)	PODXL2 (ENSCSAG00000008474)	MCM2 (ENSCSAG00000008462)	TPRA1 (ENSCSAG00000008452)	PRR20G (ENSCSAG00000008436)	PLXNA1 (ENSCSAG00000008326)	CHCHD6 (ENSCSAG00000008135)	TXNRD3 (ENSCSAG00000008126)	C3orf22 (ENSCSAG00000008113)	CHST13 (ENSCSAG00000008104)	UROC1 (ENSCSAG00000008092)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000007219	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00910000147229	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000007219	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00910000147229	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000018439	ENSGT00390000016313.a.b.c	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00940000161627.a.b.b.a.b.b.b	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Rhesus	MODERN SPECIES	11	HMCES (ENSMMUG00000013167)	COPG1 (ENSMMUG00000013163)	CNBP (ENSMMUG00000058753)	ENSMMUG00000047632	ISY1 (ENSMMUG00000011580)	GP9 (ENSMMUG00000019799)	ENSMMUG00000062320	EFCC1 (ENSMMUG00000047061)	CFAP92 (ENSMMUG00000006343)	ACAD9 (ENSMMUG00000006338)	RAB7A (ENSMMUG00000001798)	ENSMMUG00000020716	RPN1 (ENSMMUG00000018321)	GATA2 (ENSMMUG00000021371)	EEFSEC (ENSMMUG00000018663)	RUVBL1 (ENSMMUG00000018662) #22	SEC61A1 (ENSMMUG00000018661)	KBTBD12 (ENSMMUG00000046638)	MGLL (ENSMMUG00000000168)	ENSMMUG00000056821	ABTB1 (ENSMMUG00000000166)	PODXL2 (ENSMMUG00000000164)	MCM2 (ENSMMUG00000000158)	TPRA1 (ENSMMUG00000000756)	ENSMMUG00000055664	PRR20G (ENSMMUG00000050488)	PLXNA1 (ENSMMUG00000016720)	CHCHD6 (ENSMMUG00000016719)	TXNRD3 (ENSMMUG00000001714)	C2H3orf22 (ENSMMUG00000004203)	CHST13 (ENSMMUG00000004201)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	11	CNBP (ENSMFAG00000030262)	ISY1 (ENSMFAG00000061497)	RAB43 (ENSMFAG00000040013)	ENSMFAG00000064038	EFCC1 (ENSMFAG00000046117)	CFAP92 (ENSMFAG00000043199)	ACAD9 (ENSMFAG00000045035)	ENSMFAG00000057913	RAB7A (ENSMFAG00000050771)	ENSMFAG00000054493	ENSMFAG00000031120	RPN1 (ENSMFAG00000003642)	GATA2 (ENSMFAG00000038603)	DNAJB8 (ENSMFAG00000030291)	EEFSEC (ENSMFAG00000042128)	RUVBL1 (ENSMFAG00000003301) #22	SEC61A1 (ENSMFAG00000043634)	KBTBD12 (ENSMFAG00000007505)	MGLL (ENSMFAG00000033079)	ABTB1 (ENSMFAG00000033156)	PODXL2 (ENSMFAG00000003876)	MCM2 (ENSMFAG00000021368)	TPRA1 (ENSMFAG00000038337)	ENSMFAG00000041353	PRR20G (ENSMFAG00000056785)	PLXNA1 (ENSMFAG00000037368)	CHCHD6 (ENSMFAG00000006791)	TXNRD3 (ENSMFAG00000001280)	ENSMFAG00000003422	C3orf22 (ENSMFAG00000032848)	UROC1 (ENSMFAG00000042232)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	546	GP9 (ENSMNEG00000008633)	EFCC1 (ENSMNEG00000040739)	ENSMNEG00000029835	ENSMNEG00000031067	ACAD9 (ENSMNEG00000040449)	ENSMNEG00000015696	RAB7A (ENSMNEG00000033473)	ENSMNEG00000014307	ENSMNEG00000040171	RPN1 (ENSMNEG00000023826)	ENSMNEG00000030117	GATA2 (ENSMNEG00000029290)	DNAJB8 (ENSMNEG00000011913)	EEFSEC (ENSMNEG00000028574)	ENSMNEG00000023174	RUVBL1 (ENSMNEG00000030256) #22	SEC61A1 (ENSMNEG00000001390)	KBTBD12 (ENSMNEG00000031241)	MGLL (ENSMNEG00000038846)	ABTB1 (ENSMNEG00000045566)	PODXL2 (ENSMNEG00000035933)	MCM2 (ENSMNEG00000034425)	TPRA1 (ENSMNEG00000030541)	ENSMNEG00000032232	PRR23E (ENSMNEG00000040938)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00910000147229	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000007772.b.b	ENSGT00390000001542.a	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00530000068689	ENSGT00390000004778
Olive baboon	MODERN SPECIES	11	ISY1 (ENSPANG00000004750)	RAB43 (ENSPANG00000012533)	GP9 (ENSPANG00000008215)	EFCC1 (ENSPANG00000024679)	CFAP92 (ENSPANG00000013114)	ACAD9 (ENSPANG00000018818)	ENSPANG00000033246	RAB7A (ENSPANG00000031173)	ENSPANG00000041869	RPN1 (ENSPANG00000007909)	ENSPANG00000024411	GATA2 (ENSPANG00000005346)	DNAJB8 (ENSPANG00000001041)	EEFSEC (ENSPANG00000017041)	ENSPANG00000048574	RUVBL1 (ENSPANG00000004174) #22	SEC61A1 (ENSPANG00000012256)	KBTBD12 (ENSPANG00000006163)	MGLL (ENSPANG00000018817)	ABTB1 (ENSPANG00000020391)	PODXL2 (ENSPANG00000004125)	MCM2 (ENSPANG00000000386)	TPRA1 (ENSPANG00000000387)	PRR20G (ENSPANG00000050712)	PLXNA1 (ENSPANG00000009644)	TXNRD3 (ENSPANG00000000735)	ENSPANG00000008761	C3orf22 (ENSPANG00000025524)	CHST13 (ENSPANG00000023284)	UROC1 (ENSPANG00000023053)	ZXDC (ENSPANG00000000433)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00940000163561	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00910000147229	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00910000147060	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000007772.b.b
Drill	MODERN SPECIES	264										RPN1 (ENSMLEG00000030689)	ENSMLEG00000027936	GATA2 (ENSMLEG00000041394)	DNAJB8 (ENSMLEG00000014589)	EEFSEC (ENSMLEG00000041771)	ENSMLEG00000044016	RUVBL1 (ENSMLEG00000038540) #22	SEC61A1 (ENSMLEG00000032430)	KBTBD12 (ENSMLEG00000032213)	MGLL (ENSMLEG00000038697)	ABTB1 (ENSMLEG00000043506)	PODXL2 (ENSMLEG00000021945)	MCM2 (ENSMLEG00000038079)	TPRA1 (ENSMLEG00000034167)	ENSMLEG00000026183	PRR23E (ENSMLEG00000030492)	PPP4R2 (ENSMLEG00000040160)	GXYLT2 (ENSMLEG00000000099)	SHQ1 (ENSMLEG00000038493)	RYBP (ENSMLEG00000038150)	ENSMLEG00000037986	PROK2 (ENSMLEG00000030120)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	650	RAB43 (ENSCATG00000038321)	GP9 (ENSCATG00000002905)	EFCC1 (ENSCATG00000037868)	ENSCATG00000030214	ACAD9 (ENSCATG00000038107)	ENSCATG00000039946	ENSCATG00000037989	ENSCATG00000041773	ENSCATG00000001293	RPN1 (ENSCATG00000037161)	ENSCATG00000000229	GATA2 (ENSCATG00000017111)	DNAJB8 (ENSCATG00000000460)	EEFSEC (ENSCATG00000019414)	ENSCATG00000005753	RUVBL1 (ENSCATG00000030520) #22	SEC61A1 (ENSCATG00000030097)	KBTBD12 (ENSCATG00000033209)	MGLL (ENSCATG00000034929)	ABTB1 (ENSCATG00000029268)	PODXL2 (ENSCATG00000038361)	MCM2 (ENSCATG00000029562)	TPRA1 (ENSCATG00000030415)	ENSCATG00000029668	PRR23E (ENSCATG00000015144)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00910000147229	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170.n	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.c.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00910000147012	ENSGT00390000001542.a
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	772	CNBP (ENSRBIG00000030361)	ISY1 (ENSRBIG00000028747)	RAB43 (ENSRBIG00000038082)	GP9 (ENSRBIG00000010960)	EFCC1 (ENSRBIG00000036553)	ENSRBIG00000035587	ACAD9 (ENSRBIG00000036154)	ENSRBIG00000043768	ENSRBIG00000025725	RAB7A (ENSRBIG00000034869)	RPN1 (ENSRBIG00000044116)	ENSRBIG00000042871	GATA2 (ENSRBIG00000038834)	DNAJB8 (ENSRBIG00000005878)	EEFSEC (ENSRBIG00000032635)	RUVBL1 (ENSRBIG00000033313) #22	ENSRBIG00000008581	ENSRBIG00000031893	KBTBD12 (ENSRBIG00000030050)	MGLL (ENSRBIG00000041834)	ABTB1 (ENSRBIG00000034937)	PODXL2 (ENSRBIG00000035462)	MCM2 (ENSRBIG00000034363)	TPRA1 (ENSRBIG00000021517)	ENSRBIG00000029763	PRR20G (ENSRBIG00000035864)	ENSRBIG00000013923	PRR23E (ENSRBIG00000031852)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3112															ENSRROG00000030260	RUVBL1 (ENSRROG00000037342) #22	ENSRROG00000044217	KBTBD12 (ENSRROG00000042733)	MGLL (ENSRROG00000042663)	ABTB1 (ENSRROG00000037425)	PODXL2 (ENSRROG00000039279)	MCM2 (ENSRROG00000042335)	TPRA1 (ENSRROG00000036317)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000016313.a.b.e.b	ENSGT00950000183041.A.e.a	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00390000003087	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000018439	ENSGT00390000016313.a.b.e.b	ENSGT00950000183041.A.e.a	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00390000014874	ENSGT00730000111536	ENSGT00390000018439	ENSGT00390000016313.a.b.e.b	ENSGT00950000183041.A.e.a	ENSGT00390000014109	ENSGT00940000161980	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000007704	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	59	HMCES (ENSSBOG00000023491)	COPG1 (ENSSBOG00000031709)	CNBP (ENSSBOG00000023735)	ISY1 (ENSSBOG00000029301)	RAB43 (ENSSBOG00000021775)	EFCC1 (ENSSBOG00000030437)	ENSSBOG00000018727	ENSSBOG00000034861	ACAD9 (ENSSBOG00000032638)	ENSSBOG00000012845	RAB7A (ENSSBOG00000014322)	RPN1 (ENSSBOG00000033667)	GATA2 (ENSSBOG00000033130)	ENSSBOG00000015840	EEFSEC (ENSSBOG00000031478)	RUVBL1 (ENSSBOG00000029245) #22	SEC61A1 (ENSSBOG00000032149)	KBTBD12 (ENSSBOG00000033473)	MGLL (ENSSBOG00000029617)	ABTB1 (ENSSBOG00000020483)	PODXL2 (ENSSBOG00000024042)
Capuchin	MODERN SPECIES	457	ENSCCAG00000002694	CNBP (ENSCCAG00000034056)	ISY1 (ENSCCAG00000028517)	RAB43 (ENSCCAG00000023799)	ENSCCAG00000010558	EFCC1 (ENSCCAG00000012400)	ENSCCAG00000025316	ENSCCAG00000019645	ACAD9 (ENSCCAG00000023234)	ENSCCAG00000036932	RAB7A (ENSCCAG00000036322)	ENSCCAG00000019299	RPN1 (ENSCCAG00000027367)	GATA2 (ENSCCAG00000024036)	EEFSEC (ENSCCAG00000031336)	RUVBL1 (ENSCCAG00000030529) #22	SEC61A1 (ENSCCAG00000026844)	KBTBD12 (ENSCCAG00000020516)	MGLL (ENSCCAG00000032439)	ABTB1 (ENSCCAG00000029635)	PODXL2 (ENSCCAG00000029428)
Marmoset	MODERN SPECIES	6	RAB43 (ENSCJAG00000035984)	ENSCJAG00000087267	GP9 (ENSCJAG00000017461)	EFCC1 (ENSCJAG00000017469)	CFAP92 (ENSCJAG00000017479)	ENSCJAG00000073312	ACAD9 (ENSCJAG00000017490)	ENSCJAG00000053023	ENSCJAG00000079805	ENSCJAG00000042144	RAB7A (ENSCJAG00000017521)	RPN1 (ENSCJAG00000017529)	GATA2 (ENSCJAG00000011732)	DNAJB8 (ENSCJAG00000046212)	EEFSEC (ENSCJAG00000005387)	RUVBL1 (ENSCJAG00000005310) #22	SEC61A1 (ENSCJAG00000005358)	KBTBD12 (ENSCJAG00000005305)	ENSCJAG00000076823	MGLL (ENSCJAG00000005274)	PODXL2 (ENSCJAG00000005226)	ENSCJAG00000064733	APPL1 (ENSCJAG00000010992)	HESX1 (ENSCJAG00000048644)	IL17RD (ENSCJAG00000010960)	ARHGEF3 (ENSCJAG00000010916)	CCDC66 (ENSCJAG00000010819)	TASOR (ENSCJAG00000010847)	MCM2 (ENSCJAG00000008943)	TPRA1 (ENSCJAG00000008960)	PRR20G (ENSCJAG00000041034)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1380								ENSANAG00000013142	ENSANAG00000036775	RAB7A (ENSANAG00000029692)	ENSANAG00000027195	RPN1 (ENSANAG00000035711)	ENSANAG00000024967	GATA2 (ENSANAG00000028657)	EEFSEC (ENSANAG00000032691)	RUVBL1 (ENSANAG00000032594) #22	SEC61A1 (ENSANAG00000021819)
Tarsier	MODERN SPECIES	7059															EEFSEC (ENSTSYG00000012922)	RUVBL1 (ENSTSYG00000006501) #22	SEC61A1 (ENSTSYG00000006213)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000156977
Bushbaby	MODERN SPECIES	216	ENSOGAG00000029647	ENSOGAG00000033267	GP9 (ENSOGAG00000034629)	RAB43 (ENSOGAG00000028891)	ISY1 (ENSOGAG00000005142)	ENSOGAG00000013898	COPG1 (ENSOGAG00000011386)	HMCES (ENSOGAG00000011392)	H1-10 (ENSOGAG00000024640)	RAB7A (ENSOGAG00000007885)	ENSOGAG00000000915	ENSOGAG00000029608	GATA2 (ENSOGAG00000013538)	DNAJB8 (ENSOGAG00000014090)	EEFSEC (ENSOGAG00000014084)	RUVBL1 (ENSOGAG00000014081) #22	SEC61A1 (ENSOGAG00000014076)	KBTBD12 (ENSOGAG00000029042)	MGLL (ENSOGAG00000005556)	ABTB1 (ENSOGAG00000008864)	PODXL2 (ENSOGAG00000010107)	MCM2 (ENSOGAG00000010099)	TPRA1 (ENSOGAG00000010093)	PLXNA1 (ENSOGAG00000005328)	TXNRD3 (ENSOGAG00000004878)	CHST13 (ENSOGAG00000024767)	UROC1 (ENSOGAG00000000708)	ZXDC (ENSOGAG00000028511)	CFAP100 (ENSOGAG00000000704)	KLF15 (ENSOGAG00000000703)	ALDH1L1 (ENSOGAG00000004413)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	119															ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836
Mouse lemur	MODERN SPECIES	14	ENSMICG00000035329	ZNF135 (ENSMICG00000017852)	ZSCAN18 (ENSMICG00000017853)	ZNF274 (ENSMICG00000017855)	ENSMICG00000009175	ZNF8 (ENSMICG00000030212)	A1BG (ENSMICG00000011597)	RPS5 (ENSMICG00000016512)	ZNF584 (ENSMICG00000030713)	ZNF132 (ENSMICG00000016521)	ENSMICG00000016702	ENSMICG00000032573	CEACAM18 (ENSMICG00000028128)	ENSMICG00000035756	ENSMICG00000041738	ENSMICG00000037445 #22	SEC61A1 (ENSMICG00000038735)	ENSMICG00000044805	ENSMICG00000032361	ENSMICG00000042999	ENSMICG00000005257	ENSMICG00000044831	UROC1 (ENSMICG00000042477)	ENSMICG00000047409	ENSMICG00000027993	TPRA1 (ENSMICG00000046251)	MCM2 (ENSMICG00000033923)	MGLL (ENSMICG00000031034)	ABTB1 (ENSMICG00000031555)	GATA2 (ENSMICG00000047775)	ENSMICG00000044691
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	289															ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	106																RUVBL1 (ENSPSMG00000007208) #22	KBTBD12 (ENSPSMG00000007222)
Coquerels sifaka	DUPLICATION
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	223												PALM2AKAP2 (ENSPCOG00000024168)	C9orf152 (ENSPCOG00000025027)	TXN (ENSPCOG00000015689)	ENSPCOG00000028622 #22	ENSPCOG00000013189 #22	ENSPCOG00000014974	SVEP1 (ENSPCOG00000011770)	MUSK (ENSPCOG00000023200)	LPAR1 (ENSPCOG00000016599)	OR2K2 (ENSPCOG00000020243)	ECPAS (ENSPCOG00000017819)	ZNF483 (ENSPCOG00000023061)	PTGR1 (ENSPCOG00000021650)	DNAJC25 (ENSPCOG00000021312)	GNG10 (ENSPCOG00000013412)	SHOC1 (ENSPCOG00000028148)	ENSPCOG00000026888	UGCG (ENSPCOG00000026064)	SUSD1 (ENSPCOG00000014375)	PTBP3 (ENSPCOG00000018980)
Coquerels sifaka	DUPLICATION
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	753															EEFSEC (ENSPCOG00000023432)	ENSPCOG00000018805 #22	SEC61A1 (ENSPCOG00000010524)	ENSPCOG00000015451
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	223													PALM2AKAP2 (ENSPCOG00000024168)	C9orf152 (ENSPCOG00000025027)	TXN (ENSPCOG00000015689)	ENSPCOG00000028622 #22	ENSPCOG00000013189 #22	ENSPCOG00000014974	SVEP1 (ENSPCOG00000011770)	MUSK (ENSPCOG00000023200)	LPAR1 (ENSPCOG00000016599)	OR2K2 (ENSPCOG00000020243)	ECPAS (ENSPCOG00000017819)	ZNF483 (ENSPCOG00000023061)	PTGR1 (ENSPCOG00000021650)	DNAJC25 (ENSPCOG00000021312)	GNG10 (ENSPCOG00000013412)	SHOC1 (ENSPCOG00000028148)	ENSPCOG00000026888	UGCG (ENSPCOG00000026064)	SUSD1 (ENSPCOG00000014375)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Glires	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	104				ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Rabbit	MODERN SPECIES	20	ACAD9 (ENSOCUG00000011635)	CFAP92 (ENSOCUG00000011218)	EFCC1 (ENSOCUG00000022659)	GP9 (ENSOCUG00000026359)	ENSOCUG00000020939	ISY1 (ENSOCUG00000003923)	ENSOCUG00000008696	ENSOCUG00000009170	COPG1 (ENSOCUG00000005970)	HMCES (ENSOCUG00000005983)	ENSOCUG00000001645	RPN1 (ENSOCUG00000008171)	ENSOCUG00000037243	DNAJB8 (ENSOCUG00000026352)	EEFSEC (ENSOCUG00000016517)	RUVBL1 (ENSOCUG00000016510) #22	SEC61A1 (ENSOCUG00000016501)	KBTBD12 (ENSOCUG00000016494)	ENSOCUG00000036497	ABTB1 (ENSOCUG00000027274)	PODXL2 (ENSOCUG00000014460)	MCM2 (ENSOCUG00000015924)	TPRA1 (ENSOCUG00000027115)	PLXNA1 (ENSOCUG00000003662)	CHCHD6 (ENSOCUG00000008144)	TXNRD3 (ENSOCUG00000008949)	CHST13 (ENSOCUG00000025359)	UROC1 (ENSOCUG00000012624)	ZXDC (ENSOCUG00000022942)	ENSOCUG00000012500	ENSOCUG00000039308
Pika	MODERN SPECIES	4197															EEFSEC (ENSOPRG00000011276)	RUVBL1 (ENSOPRG00000011261) #22	SEC61A1 (ENSOPRG00000011244)	ENSOPRG00000011237
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	472			Acad9 (ENSDORG00000002410)	Gp9 (ENSDORG00000027521)	Rab43 (ENSDORG00000002534)	Isy1 (ENSDORG00000006886)	ENSDORG00000027354	Cnbp (ENSDORG00000002919)	Copg1 (ENSDORG00000012844)	Hmces (ENSDORG00000026017)	Rab7 (ENSDORG00000027671)	Rpn1 (ENSDORG00000011930)	Gata2 (ENSDORG00000027471)	Dnajb8 (ENSDORG00000024345)	Eefsec (ENSDORG00000000264)	Ruvbl1 (ENSDORG00000014592) #22	Sec61a1 (ENSDORG00000000901)	Kbtbd12 (ENSDORG00000013538)	Mgll (ENSDORG00000027520)	Abtb1 (ENSDORG00000024349)	Podxl2 (ENSDORG00000024076)	Mcm2 (ENSDORG00000005648)	Tpra1 (ENSDORG00000026236)	Plxna1 (ENSDORG00000004516)	Chchd6 (ENSDORG00000007486)	Txnrd3 (ENSDORG00000000091)	Uroc1 (ENSDORG00000005334)	Zxdc (ENSDORG00000005724)	Cfap100 (ENSDORG00000026244)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000156977
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	116	Myot (ENSJJAG00000021663)	Dcp2 (ENSJJAG00000010518)	Mcc (ENSJJAG00000014471)	Ythdc2 (ENSJJAG00000017908)	ENSJJAG00000003627	Rab43 (ENSJJAG00000006469)	Isy1 (ENSJJAG00000009635)	ENSJJAG00000010709	Copg1 (ENSJJAG00000021522)	Hmces (ENSJJAG00000013891)	Rab7 (ENSJJAG00000014204)	Rpn1 (ENSJJAG00000016770)	Gata2 (ENSJJAG00000017283)	Dnajb8 (ENSJJAG00000014628)	ENSJJAG00000020703	Ruvbl1 (ENSJJAG00000022489) #22	Sec61a1 (ENSJJAG00000000357)	Kbtbd12 (ENSJJAG00000003832)	ENSJJAG00000014292	Mgll (ENSJJAG00000017428)	Abtb1 (ENSJJAG00000003349)	Podxl2 (ENSJJAG00000013158)	Mcm2 (ENSJJAG00000015084)	Tpra1 (ENSJJAG00000021306)	ENSJJAG00000009122	Plxna1 (ENSJJAG00000016193)	Chchd6 (ENSJJAG00000005785)	Txnrd3 (ENSJJAG00000019781)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	613				Efcc1 (ENSNGAG00000016217)	Gp9 (ENSNGAG00000023950)	Rab43 (ENSNGAG00000008666)	Isy1 (ENSNGAG00000015207)	Cnbp (ENSNGAG00000005084)	Copg1 (ENSNGAG00000021624)	Hmces (ENSNGAG00000023995)	Rab7 (ENSNGAG00000005194)	ENSNGAG00000024318	Gata2 (ENSNGAG00000001268)	Dnajb8 (ENSNGAG00000010629)	ENSNGAG00000023278	Ruvbl1 (ENSNGAG00000001573) #22	Sec61a1 (ENSNGAG00000021635)	ENSNGAG00000023399	Mgll (ENSNGAG00000013544)	Abtb1 (ENSNGAG00000002907)	Podxl2 (ENSNGAG00000005340)	Mcm2 (ENSNGAG00000023436)	Tpra1 (ENSNGAG00000016850)	Plxna1 (ENSNGAG00000007243)	Chchd6 (ENSNGAG00000023667)	Txnrd3 (ENSNGAG00000016608)	Chst13 (ENSNGAG00000023581)	Uroc1 (ENSNGAG00000020922)	Zxdc (ENSNGAG00000022043)	Cfap100 (ENSNGAG00000011837)	Klf15 (ENSNGAG00000018845)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.b	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000010591	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.b	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	335	Aplf (ENSCGRG00001011911)	Efcc1 (ENSCGRG00001009634)	Gp9 (ENSCGRG00001015172)	Rab43 (ENSCGRG00001009520)	Isy1 (ENSCGRG00001003415)	ENSCGRG00001000923	Copg1 (ENSCGRG00001023044)	Hmces (ENSCGRG00001021867)	H1f10 (ENSCGRG00001016043)	Rab7 (ENSCGRG00001021807)	Rpn1 (ENSCGRG00001020104)	Gata2 (ENSCGRG00001019672)	Dnajb8 (ENSCGRG00001014725)	ENSCGRG00001019550	Eefsec (ENSCGRG00001018089)	Ruvbl1 (ENSCGRG00001017058) #22	Sec61a1 (ENSCGRG00001016511)	Kbtbd12 (ENSCGRG00001015928)	Mgll (ENSCGRG00001012642)	Abtb1 (ENSCGRG00001011986)	Podxl2 (ENSCGRG00001010445)	Mcm2 (ENSCGRG00001010056)	Tpra1 (ENSCGRG00001001126)	ENSCGRG00001019857
Golden Hamster	MODERN SPECIES	643	Arhgap25 (ENSMAUG00000004408)	Prokr1 (ENSMAUG00000001970)	ENSMAUG00000021133	Efcc1 (ENSMAUG00000020888)	Gp9 (ENSMAUG00000009649)	Rab43 (ENSMAUG00000020185)	Isy1 (ENSMAUG00000008793)	ENSMAUG00000011845	Hmces (ENSMAUG00000007703)	H1f10 (ENSMAUG00000010028)	Rpn1 (ENSMAUG00000022244)	Gata2 (ENSMAUG00000007355)	Dnajb8 (ENSMAUG00000009689)	ENSMAUG00000021823	Eefsec (ENSMAUG00000011197)	Ruvbl1 (ENSMAUG00000001153) #22	Sec61a1 (ENSMAUG00000003472)	Kbtbd12 (ENSMAUG00000017044)	Mgll (ENSMAUG00000006292)	Abtb1 (ENSMAUG00000008631)	Podxl2 (ENSMAUG00000014710)	Mcm2 (ENSMAUG00000008722)	Tpra1 (ENSMAUG00000012903)	ENSMAUG00000017592	Plxna1 (ENSMAUG00000014014)	ENSMAUG00000010425	Txnrd3 (ENSMAUG00000012587)	ENSMAUG00000000996	BC048671 (ENSMAUG00000020215)	Chst13 (ENSMAUG00000021792)	Uroc1 (ENSMAUG00000003968)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	16	Cfap92 (ENSPEMG00000030599)	Efcc1 (ENSPEMG00000007315)	ENSPEMG00000028759	Gp9 (ENSPEMG00000014722)	Rab43 (ENSPEMG00000001914)	Isy1 (ENSPEMG00000005390)	Cnbp (ENSPEMG00000024256)	Copg1 (ENSPEMG00000012916)	Hmces (ENSPEMG00000010791)	H1f10 (ENSPEMG00000024744)	Rab7 (ENSPEMG00000010928)	Rpn1 (ENSPEMG00000009660)	Gata2 (ENSPEMG00000014601)	Dnajb8 (ENSPEMG00000009473)	Eefsec (ENSPEMG00000013677)	Ruvbl1 (ENSPEMG00000012619) #22	Sec61a1 (ENSPEMG00000010859)	Kbtbd12 (ENSPEMG00000018592)	Mgll (ENSPEMG00000009625)	Dusp11 (ENSPEMG00000008802)	ENSPEMG00000027855	Tprkb (ENSPEMG00000002687)	ENSPEMG00000029148	ENSPEMG00000009923	ENSPEMG00000031248	ENSPEMG00000000789	ENSPEMG00000028305	ENSPEMG00000000337	ENSPEMG00000027653	ENSPEMG00000012472	Alms1 (ENSPEMG00000014972)
Prairie vole	MODERN SPECIES	84	Prokr1 (ENSMOCG00000016639)	Aplf (ENSMOCG00000000228)	Efcc1 (ENSMOCG00000015748)	Gp9 (ENSMOCG00000005065)	Rab43 (ENSMOCG00000013901)	Isy1 (ENSMOCG00000000472)	Cnbp (ENSMOCG00000002044)	Copg1 (ENSMOCG00000004622)	Hmces (ENSMOCG00000016378)	ENSMOCG00000002760	Rpn1 (ENSMOCG00000019555)	Gata2 (ENSMOCG00000010158)	Dnajb8 (ENSMOCG00000009527)	ENSMOCG00000013516	Eefsec (ENSMOCG00000017748)	Ruvbl1 (ENSMOCG00000020711) #22	Sec61a1 (ENSMOCG00000012823)	Kbtbd12 (ENSMOCG00000010634)	Mgll (ENSMOCG00000000279)	Abtb1 (ENSMOCG00000001980)	Podxl2 (ENSMOCG00000012699)	Mcm2 (ENSMOCG00000002693)	Tpra1 (ENSMOCG00000015000)	Plxna1 (ENSMOCG00000007977)	Chchd6 (ENSMOCG00000014679)	ENSMOCG00000002972	Txnrd3 (ENSMOCG00000012893)	ENSMOCG00000019875	ENSMOCG00000018983	ENSMOCG00000014528	BC048671 (ENSMOCG00000016274)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	14	Aplf (ENSRNOG00000043059)	Cfap92 (ENSRNOG00000031408)	Efcc1 (ENSRNOG00000009787)	Gp9 (ENSRNOG00000010015)	Rab43 (ENSRNOG00000037768)	Isy1 (ENSRNOG00000010021)	Cnbp (ENSRNOG00000010239)	Hmces (ENSRNOG00000010474)	H1f10 (ENSRNOG00000027722)	Rab7a (ENSRNOG00000012247)	Rpn1 (ENSRNOG00000046345)	ENSRNOG00000070501	Gata2 (ENSRNOG00000012347)	Dnajb8 (ENSRNOG00000034088)	Eefsec (ENSRNOG00000012954)	Ruvbl1 (ENSRNOG00000013195) #22	LOC685085 (ENSRNOG00000062325)	Sec61a1 (ENSRNOG00000013743)	Kbtbd12 (ENSRNOG00000061868)	Mgll (ENSRNOG00000014508)	Abtb1 (ENSRNOG00000015762)	Podxl2 (ENSRNOG00000016255)	Mcm2 (ENSRNOG00000016316)	Tpra1 (ENSRNOG00000016665)	Prr20e (ENSRNOG00000026675)	AABR07061385.2 (ENSRNOG00000060843)	Plxna1 (ENSRNOG00000017003)	Chchd6 (ENSRNOG00000060248)	Txnrd3 (ENSRNOG00000059810)	Vom1r90 (ENSRNOG00000058136)	Vom1r92 (ENSRNOG00000067584)
Rat	MODERN SPECIES	46	ENSRNOG00000070880	LOC103690794 (ENSRNOG00000024053)	Efhc2 (ENSRNOG00000002986)	Fundc1 (ENSRNOG00000003470)	ENSRNOG00000070430	RGD1564748 (ENSRNOG00000066849)	Dusp21 (ENSRNOG00000024138)	Kdm6a (ENSRNOG00000052721)	Dipk2b (ENSRNOG00000004265)	LOC100359876 (ENSRNOG00000056398)	ENSRNOG00000064542	Chst7 (ENSRNOG00000004258)	Slc9a7 (ENSRNOG00000004150)	Rp2 (ENSRNOG00000025428)	Jade3 (ENSRNOG00000039837)	Ruvbl1-ps1 (ENSRNOG00000059655) #22	Rgn (ENSRNOG00000007949)	Ndufb11 (ENSRNOG00000008329)	Rbm10 (ENSRNOG00000008472)	Uba1 (ENSRNOG00000019164)	Cdk16 (ENSRNOG00000008578)	Usp11 (ENSRNOG00000009049)	LOC103690796 (ENSRNOG00000065924)	LOC691495 (ENSRNOG00000039332)	Araf (ENSRNOG00000010838)	Timp1 (ENSRNOG00000010208)	LOC102555453 (ENSRNOG00000028993)	Syn1 (ENSRNOG00000010365)	Cfp (ENSRNOG00000025811)	Elk1 (ENSRNOG00000010171)	Uxt (ENSRNOG00000009893)
Mus	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00860000135618	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00860000136124	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.b.b.a.a	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.a.a.c	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.b.a.a	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.b
Shrew mouse	MODERN SPECIES	11	Aplf (MGP_PahariEiJ_G0022352)	Efcc1 (MGP_PahariEiJ_G0022353)	Gp9 (MGP_PahariEiJ_G0022354)	Rab43 (MGP_PahariEiJ_G0022355)	MGP_PahariEiJ_G0022356	Isy1 (MGP_PahariEiJ_G0022357)	Cnbp (MGP_PahariEiJ_G0022358)	Copg1 (MGP_PahariEiJ_G0022359)	Hmces (MGP_PahariEiJ_G0022360)	MGP_PahariEiJ_G0022361	Rab7 (MGP_PahariEiJ_G0022362)	Rpn1 (MGP_PahariEiJ_G0022363)	Gata2 (MGP_PahariEiJ_G0022364)	Dnajb8 (MGP_PahariEiJ_G0022365)	Eefsec (MGP_PahariEiJ_G0022366)	Ruvbl1 (MGP_PahariEiJ_G0022367) #22	Sec61a1 (MGP_PahariEiJ_G0022368)	Kbtbd12 (MGP_PahariEiJ_G0022369)	Mgll (MGP_PahariEiJ_G0022370)	Abtb1 (MGP_PahariEiJ_G0022371)	Podxl2 (MGP_PahariEiJ_G0022372)	Mcm2 (MGP_PahariEiJ_G0022373)	Tpra1 (MGP_PahariEiJ_G0022374)	MGP_PahariEiJ_G0022375	Plxna1 (MGP_PahariEiJ_G0022376)	Chchd6 (MGP_PahariEiJ_G0022377)	Txnrd3 (MGP_PahariEiJ_G0022378)	Vmn1r40 (MGP_PahariEiJ_G0022379)	Vmn1r44 (MGP_PahariEiJ_G0022380)	MGP_PahariEiJ_G0022381	MGP_PahariEiJ_G0022382
Mus_A	DUPLICATION
Mus_A	DUPLICATION
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00860000135618	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A.g.a #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00860000136124	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.b	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00860000135618	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A.g.a #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00860000136124	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.b.b.a.a.b	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.a.a.c.a.a.a	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.a.a.c.a.a.b
Mouse	MODERN SPECIES	15	Cfap92 (ENSMUSG00000089997)	Efcc1 (ENSMUSG00000068263)	Gp9 (ENSMUSG00000030054)	Rab43 (ENSMUSG00000030055)	Gm45140 (ENSMUSG00000107928)	Isy1 (ENSMUSG00000030056)	Cnbp (ENSMUSG00000030057)	Copg1 (ENSMUSG00000030058)	Hmces (ENSMUSG00000030060)	H1f10 (ENSMUSG00000044927)	Rab7 (ENSMUSG00000079477)	Rpn1 (ENSMUSG00000030062)	Gata2 (ENSMUSG00000015053)	Dnajb8 (ENSMUSG00000048206)	Eefsec (ENSMUSG00000033216)	Ruvbl1 (ENSMUSG00000030079) #22	Sec61a1 (ENSMUSG00000030082)	Kbtbd12 (ENSMUSG00000033182)	Mgll (ENSMUSG00000033174)	Abtb1 (ENSMUSG00000030083)	Podxl2 (ENSMUSG00000033152)	Mcm2 (ENSMUSG00000002870)	Tpra1 (ENSMUSG00000002871)	Plxna1 (ENSMUSG00000030084)	Chchd6 (ENSMUSG00000030086)	Txnrd3 (ENSMUSG00000000811)	Vmn1r40 (ENSMUSG00000096051)	Vmn1r41 (ENSMUSG00000094586)	Vmn1r42 (ENSMUSG00000068232)	Vmn1r43 (ENSMUSG00000068231)	Vmn1r44 (ENSMUSG00000068234)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00860000135618	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.s	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A.g.a #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00860000136124	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.a.a.c.a.b	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.b.b.b.a.a.b	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.a.a.a.a.a.a.a.c.a.a.a
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3245	ENSMSIG00000014100	Cfap92 (ENSMSIG00000014040)	Efcc1 (ENSMSIG00000013979)	Gp9 (ENSMSIG00000013971)	Rab43 (ENSMSIG00000013941)	Isy1 (ENSMSIG00000013902)	Cnbp (ENSMSIG00000013887)	Copg1 (ENSMSIG00000013836)	Hmces (ENSMSIG00000013812)	Rab7 (ENSMSIG00000013617)	Rpn1 (ENSMSIG00000013555)	Gata2 (ENSMSIG00000013519)	ENSMSIG00000013506	Dnajb8 (ENSMSIG00000013500)	Eefsec (ENSMSIG00000013446)	Ruvbl1 (ENSMSIG00000013395) #22	Sec61a1 (ENSMSIG00000013368)	Kbtbd12 (ENSMSIG00000013327)	Mgll (ENSMSIG00000013258)	Abtb1 (ENSMSIG00000013235)	ENSMSIG00000013222	Podxl2 (ENSMSIG00000013198)	Mcm2 (ENSMSIG00000013116)	Tpra1 (ENSMSIG00000013070)	ENSMSIG00000013052	ENSMSIG00000013044
spretus	MODERN SPECIES	15	Aplf (MGP_SPRETEiJ_G0029626)	Efcc1 (MGP_SPRETEiJ_G0029627)	Gp9 (MGP_SPRETEiJ_G0029628)	Rab43 (MGP_SPRETEiJ_G0029629)	MGP_SPRETEiJ_G0029630	Isy1 (MGP_SPRETEiJ_G0029631)	Cnbp (MGP_SPRETEiJ_G0029632)	Copg1 (MGP_SPRETEiJ_G0029633)	Hmces (MGP_SPRETEiJ_G0029634)	MGP_SPRETEiJ_G0029635	Rab7 (MGP_SPRETEiJ_G0029636)	Rpn1 (MGP_SPRETEiJ_G0029637)	Gata2 (MGP_SPRETEiJ_G0029638)	Dnajb8 (MGP_SPRETEiJ_G0029639)	Eefsec (MGP_SPRETEiJ_G0029640)	Ruvbl1 (MGP_SPRETEiJ_G0029641) #22	Sec61a1 (MGP_SPRETEiJ_G0029642)	Kbtbd12 (MGP_SPRETEiJ_G0029643)	Mgll (MGP_SPRETEiJ_G0029644)	Abtb1 (MGP_SPRETEiJ_G0029645)	Podxl2 (MGP_SPRETEiJ_G0029646)	Mcm2 (MGP_SPRETEiJ_G0029647)	Tpra1 (MGP_SPRETEiJ_G0029648)	MGP_SPRETEiJ_G0029649	Plxna1 (MGP_SPRETEiJ_G0029650)	MGP_SPRETEiJ_G0029651	Txnrd3 (MGP_SPRETEiJ_G0029652)	MGP_SPRETEiJ_G0029653	MGP_SPRETEiJ_G0029654	Vmn1r42 (MGP_SPRETEiJ_G0029655)	Vmn1r43 (MGP_SPRETEiJ_G0029656)
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00510000048466	ENSGT00900000143162	ENSGT00390000012435	ENSGT00940000157509	ENSGT00940000157150	ENSGT00390000018516	ENSGT00970000194876	ENSGT00940000156593	ENSGT00940000157135	ENSGT00940000158324	ENSGT00490000043421	ENSGT00940000156502	ENSGT00940000159132.a	ENSGT00940000158072	ENSGT00940000158704	ENSGT00940000153556.A.g.b #22	ENSGT00940000156106	ENSGT00660000095541.a.b	ENSGT00940000161597	ENSGT00950000183148.a	ENSGT00940000154071.A	ENSGT00940000155959	ENSGT00940000155517	ENSGT00910000144250	ENSGT00550000074912	ENSGT01050000248157	ENSGT00940000156159	ENSGT00390000011698.c.b	ENSGT00940000160102	ENSGT00390000012397	ENSGT00950000183181.B.a
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00510000048466	ENSGT00900000143162	ENSGT00390000012435	ENSGT00940000157509	ENSGT00940000157150	ENSGT00390000018516	ENSGT00970000194876	ENSGT00940000156593	ENSGT00940000157135	ENSGT00940000158324	ENSGT00490000043421.g	ENSGT00940000156502	ENSGT00940000159132.a	ENSGT00940000158072	ENSGT00940000158704	ENSGT00940000153556.A.g.b #22	ENSGT00940000156106	ENSGT00660000095541.a.b	ENSGT00940000161597	ENSGT00950000183148.a	ENSGT00940000154071.A	ENSGT00940000155959	ENSGT00940000155517	ENSGT00910000144250	ENSGT00550000074912	ENSGT01050000248157	ENSGT00940000156159	ENSGT00390000011698.c.b	ENSGT00940000160102	ENSGT00390000012397	ENSGT00950000183181.B.a
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00510000048466	ENSGT00900000143162	ENSGT00390000012435	ENSGT00940000157509	ENSGT00940000157150	ENSGT00390000018516	ENSGT00970000194876	ENSGT00940000156593	ENSGT00940000157135	ENSGT00940000158324	ENSGT00490000043421.g	ENSGT00940000156502	ENSGT00940000159132.a	ENSGT00940000158072	ENSGT00940000158704	ENSGT00940000153556.A.g.b #22	ENSGT00940000156106	ENSGT00660000095541.a.b	ENSGT00940000161597	ENSGT00950000183148.a	ENSGT00940000154071.A	ENSGT00940000155959	ENSGT00940000155517	ENSGT00910000144250	ENSGT00550000074912	ENSGT01050000248157	ENSGT00940000156159	ENSGT00390000011698.c.b	ENSGT00940000160102	ENSGT00390000012397	ENSGT00950000183181.B.a
spretus	MODERN SPECIES	3	Dnaaf2 (MGP_SPRETEiJ_G0018644)	MGP_SPRETEiJ_G0018645	Pole2 (MGP_SPRETEiJ_G0018646)	Klhdc1 (MGP_SPRETEiJ_G0018647)	Klhdc2 (MGP_SPRETEiJ_G0018648)	Nemf (MGP_SPRETEiJ_G0018649)	MGP_SPRETEiJ_G0018650	Arf6 (MGP_SPRETEiJ_G0018651)	Vcpkmt (MGP_SPRETEiJ_G0018652)	Sos2 (MGP_SPRETEiJ_G0018653)	L2hgdh (MGP_SPRETEiJ_G0018654)	Dmac2l (MGP_SPRETEiJ_G0018655)	Cdkl1 (MGP_SPRETEiJ_G0018656)	Map4k5 (MGP_SPRETEiJ_G0018657)	Atl1 (MGP_SPRETEiJ_G0018658)	MGP_SPRETEiJ_G0018659 #22	Sav1 (MGP_SPRETEiJ_G0018660)	Nin (MGP_SPRETEiJ_G0018661)	Abhd12b (MGP_SPRETEiJ_G0018662)	Pygl (MGP_SPRETEiJ_G0018663)	Trim9 (MGP_SPRETEiJ_G0018664)	Tmx1 (MGP_SPRETEiJ_G0018665)	Frmd6 (MGP_SPRETEiJ_G0018666)	Actr10 (MGP_SPRETEiJ_G0018667)	Psma3 (MGP_SPRETEiJ_G0018668)	Arid4a (MGP_SPRETEiJ_G0018669)	Tomm20l (MGP_SPRETEiJ_G0018670)	Timm9 (MGP_SPRETEiJ_G0018671)	2700049A03Rik (MGP_SPRETEiJ_G0018672)	Dact1 (MGP_SPRETEiJ_G0018673)	Daam1 (MGP_SPRETEiJ_G0018674)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	3	Dnaaf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017799)	MGP_CAROLIEiJ_G0017800	Pole2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017801)	Klhdc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017802)	Klhdc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017803)	Nemf (MGP_CAROLIEiJ_G0017804)	MGP_CAROLIEiJ_G0017805	Arf6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017806)	Vcpkmt (MGP_CAROLIEiJ_G0017807)	Sos2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017808)	L2hgdh (MGP_CAROLIEiJ_G0017809)	Dmac2l (MGP_CAROLIEiJ_G0017810)	Cdkl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017811)	Map4k5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017812)	Atl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017813)	MGP_CAROLIEiJ_G0017814 #22	Sav1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017815)	Nin (MGP_CAROLIEiJ_G0017816)	Abhd12b (MGP_CAROLIEiJ_G0017817)	Pygl (MGP_CAROLIEiJ_G0017818)	Trim9 (MGP_CAROLIEiJ_G0017819)	Tmx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017820)	Frmd6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017821)	Actr10 (MGP_CAROLIEiJ_G0017822)	Psma3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017823)	Arid4a (MGP_CAROLIEiJ_G0017824)	Tomm20l (MGP_CAROLIEiJ_G0017825)	MGP_CAROLIEiJ_G0017826	2700049A03Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0017827)	Dact1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017828)	Daam1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017829)
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153556.A.h #22
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	15	Bmp10 (MGP_CAROLIEiJ_G0028612)	MGP_CAROLIEiJ_G0028613	Prokr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028614)	MGP_CAROLIEiJ_G0028615	Rab43 (MGP_CAROLIEiJ_G0028617)	MGP_CAROLIEiJ_G0028618	Isy1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028619)	Cnbp (MGP_CAROLIEiJ_G0028620)	Copg1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028621)	Hmces (MGP_CAROLIEiJ_G0028622)	MGP_CAROLIEiJ_G0028623	MGP_CAROLIEiJ_G0028624	Gata2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028625)	Dnajb8 (MGP_CAROLIEiJ_G0028626)	Eefsec (MGP_CAROLIEiJ_G0028627)	MGP_CAROLIEiJ_G0028628 #22	Sec61a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028629)	Kbtbd12 (MGP_CAROLIEiJ_G0028630)	MGP_CAROLIEiJ_G0028631	Abtb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028632)	Podxl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028633)	MGP_CAROLIEiJ_G0028634	Plxna1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028636)	Chchd6 (MGP_CAROLIEiJ_G0028637)	Txnrd3 (MGP_CAROLIEiJ_G0028638)	MGP_CAROLIEiJ_G0028639	MGP_CAROLIEiJ_G0028640	BC048671 (MGP_CAROLIEiJ_G0028641)	MGP_CAROLIEiJ_G0028642	Uroc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028643)	Zxdc (MGP_CAROLIEiJ_G0028644)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178
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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156047	ENSGT00940000156308	ENSGT00390000009491.d	ENSGT00940000156915	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000013132	ENSGT00390000009671	ENSGT00390000005194	ENSGT00390000013951	ENSGT00940000154583
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156047	ENSGT00940000156308	ENSGT00390000009491.d	ENSGT00940000156915	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000013132	ENSGT00390000009671	ENSGT00390000005194	ENSGT00390000013951	ENSGT00940000154583
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	136	SLC6A11 (ENSCLAG00000005159)	SLC6A1 (ENSCLAG00000004934)	HRH1 (ENSCLAG00000017680)	ATG7 (ENSCLAG00000012476)	VGLL4 (ENSCLAG00000011019)	TAMM41 (ENSCLAG00000013323)	ENSCLAG00000005221	TIMP4 (ENSCLAG00000005949)	PPARG (ENSCLAG00000014746)	TSEN2 (ENSCLAG00000011090)	ENSCLAG00000006333	RPN1 (ENSCLAG00000016036)	GATA2 (ENSCLAG00000014980)	DNAJB8 (ENSCLAG00000006709)	EEFSEC (ENSCLAG00000006973)	RUVBL1 (ENSCLAG00000008051) #22	SEC61A1 (ENSCLAG00000004789)	KBTBD12 (ENSCLAG00000006214)	MGLL (ENSCLAG00000010527)	ABTB1 (ENSCLAG00000010398)	PODXL2 (ENSCLAG00000011183)	MCM2 (ENSCLAG00000013539)	TPRA1 (ENSCLAG00000015612)	PLXNA1 (ENSCLAG00000007472)	CHCHD6 (ENSCLAG00000011198)	TXNRD3 (ENSCLAG00000010439)	CHCHD4 (ENSCLAG00000015153)	TMEM43 (ENSCLAG00000014810)	XPC (ENSCLAG00000013400)	LSM3 (ENSCLAG00000015997)	SLC6A6 (ENSCLAG00000010187)
Degu	MODERN SPECIES	295									ENSODEG00000002819	RAB7A (ENSODEG00000002835)	ENSODEG00000002857	RPN1 (ENSODEG00000002872)	GATA2 (ENSODEG00000002888)	DNAJB8 (ENSODEG00000018895)	EEFSEC (ENSODEG00000002928)	RUVBL1 (ENSODEG00000003323) #22	SEC61A1 (ENSODEG00000003340)	KBTBD12 (ENSODEG00000003397)	MGLL (ENSODEG00000003434)	ENSODEG00000003742	ABTB1 (ENSODEG00000003795)	PODXL2 (ENSODEG00000003875)	MCM2 (ENSODEG00000003959)	TPRA1 (ENSODEG00000002274)	PLXNA1 (ENSODEG00000002675)	ENSODEG00000002815	ENSODEG00000018745	ENSODEG00000001312	TXNRD3 (ENSODEG00000001387)	ENSODEG00000001498	TMEM43 (ENSODEG00000001624)
Guinea pig	MODERN SPECIES	185								ENSCPOG00000020928	ENSCPOG00000037896	ENSCPOG00000038053	RAB7A (ENSCPOG00000034570)	RPN1 (ENSCPOG00000004091)	GATA2 (ENSCPOG00000009802)	DNAJB8 (ENSCPOG00000030959)	EEFSEC (ENSCPOG00000024352)	RUVBL1 (ENSCPOG00000009530) #22	SEC61A1 (ENSCPOG00000004865)	KBTBD12 (ENSCPOG00000004863)	MGLL (ENSCPOG00000003056)	ABTB1 (ENSCPOG00000003052)	PODXL2 (ENSCPOG00000001424)	MCM2 (ENSCPOG00000010112)	TPRA1 (ENSCPOG00000026182)
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	ENSHGLG00000034218	ENSHGLG00000037036	ENSHGLG00000043736	ENSHGLG00000049832	ENSHGLG00000009508	ENSHGLG00000008822	ENSHGLG00000040418	ENSHGLG00000037484	ENSHGLG00000039404	ENSHGLG00000037849	ENSHGLG00000037372	ENSHGLG00000048753	ENSHGLG00000004326	ENSHGLG00000005849	ENSHGLG00000005835 #22	ENSHGLG00000049444 #22	DMD (ENSHGLG00000005498)	ENSHGLG00000020285	ENSHGLG00000007287	ENSHGLG00000007611	TASL (ENSHGLG00000007921)	ENSHGLG00000037800	NR0B1 (ENSHGLG00000008237)	ENSHGLG00000034773	ENSHGLG00000021277	ENSHGLG00000037698	IL1RAPL1 (ENSHGLG00000005303)	ENSHGLG00000045692	ENSHGLG00000034575	ENSHGLG00000044951	ENSHGLG00000046672
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Naked mole-rat female	DUPLICATION
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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	93	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315.k	ENSGT00940000156315.l	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	169	ENSGT00390000008330	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315.k	ENSGT00940000156315.l	ENSGT00940000162567	ENSGT00900000143259	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	473	ACAD9 (ENSUPAG00010004336)	CFAP92 (ENSUPAG00010004363)	EFCC1 (ENSUPAG00010004401)	GP9 (ENSUPAG00010004409)	RAB43 (ENSUPAG00010004411)	ISY1 (ENSUPAG00010004419)	CNBP (ENSUPAG00010004475)	COPG1 (ENSUPAG00010004499)	H1-10 (ENSUPAG00010004837)	RAB7A (ENSUPAG00010004842)	RPN1 (ENSUPAG00010004856)	GATA2 (ENSUPAG00010004865)	DNAJB8 (ENSUPAG00010004873)	ENSUPAG00010004878	EEFSEC (ENSUPAG00010004881)	RUVBL1 (ENSUPAG00010004889) #22	ENSUPAG00010004903	KBTBD12 (ENSUPAG00010004923)	MGLL (ENSUPAG00010004935)	ABTB1 (ENSUPAG00010004976)	PODXL2 (ENSUPAG00010004990)	MCM2 (ENSUPAG00010005000)	TPRA1 (ENSUPAG00010005011)	PLXNA1 (ENSUPAG00010005036)	CHCHD6 (ENSUPAG00010005057)	TXNRD3 (ENSUPAG00010005060)	ENSUPAG00010005097
Squirrel	MODERN SPECIES	398				ACAD9 (ENSSTOG00000012078)	EFCC1 (ENSSTOG00000022244)	RAB43 (ENSSTOG00000024799)	ISY1 (ENSSTOG00000024769)	CNBP (ENSSTOG00000000173)	COPG1 (ENSSTOG00000003424)	HMCES (ENSSTOG00000030763)	RAB7A (ENSSTOG00000028487)	RPN1 (ENSSTOG00000004679)	GATA2 (ENSSTOG00000006138)	DNAJB8 (ENSSTOG00000026698)	EEFSEC (ENSSTOG00000019802)	RUVBL1 (ENSSTOG00000004659) #22	SEC61A1 (ENSSTOG00000002214)	ENSSTOG00000020065	MGLL (ENSSTOG00000023185)	ABTB1 (ENSSTOG00000021906)	MCM2 (ENSSTOG00000021029)	PLXNA1 (ENSSTOG00000026715)	ENSSTOG00000033062	TXNRD3 (ENSSTOG00000014092)	ENSSTOG00000030399
Alpin marmot	MODERN SPECIES	128		ENSMMMG00000022140	ENSMMMG00000022115	CFAP92 (ENSMMMG00000022099)	GP9 (ENSMMMG00000022097)	RAB43 (ENSMMMG00000022095)	ENSMMMG00000022094	CNBP (ENSMMMG00000022080)	COPG1 (ENSMMMG00000021526)	RAB7A (ENSMMMG00000021506)	RPN1 (ENSMMMG00000021493)	ENSMMMG00000021491	ENSMMMG00000021488	DNAJB8 (ENSMMMG00000021483)	EEFSEC (ENSMMMG00000021474)	RUVBL1 (ENSMMMG00000021467) #22	SEC61A1 (ENSMMMG00000021456)	ENSMMMG00000021450	MGLL (ENSMMMG00000021444)	MCM2 (ENSMMMG00000021074)	PLXNA1 (ENSMMMG00000020799)	ENSMMMG00000020786	TXNRD3 (ENSMMMG00000020753)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	10	CFAP92 (ENSSVLG00005011859)	EFCC1 (ENSSVLG00005012080)	GP9 (ENSSVLG00005012207)	RAB43 (ENSSVLG00005012224)	ISY1 (ENSSVLG00005012270)	ENSSVLG00005012311	COPG1 (ENSSVLG00005012487)	HMCES (ENSSVLG00005012539)	H1-10 (ENSSVLG00005012682)	RAB7A (ENSSVLG00005012710)	RPN1 (ENSSVLG00005012900)	GATA2 (ENSSVLG00005013037)	DNAJB8 (ENSSVLG00005013080)	ENSSVLG00005013112	EEFSEC (ENSSVLG00005013205)	RUVBL1 (ENSSVLG00005013318) #22	SEC61A1 (ENSSVLG00005013613)	KBTBD12 (ENSSVLG00005013693)	MGLL (ENSSVLG00005013883)	ABTB1 (ENSSVLG00005014044)	PODXL2 (ENSSVLG00005014162)	MCM2 (ENSSVLG00005014217)	TPRA1 (ENSSVLG00005014369)	PLXNA1 (ENSSVLG00005014487)	CHCHD6 (ENSSVLG00005014522)	ENSSVLG00005014556	TXNRD3 (ENSSVLG00005014625)	ENSSVLG00005014888	ENSSVLG00005014928	ENSSVLG00005014949	ENSSVLG00005014984
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00390000004778	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000008330	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000156977
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000008330	ENSGT00390000007219	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000162216	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000156977
Elephant	MODERN SPECIES	49	ACAD9 (ENSLAFG00000008449)	ENSLAFG00000008454	ENSLAFG00000014529	ENSLAFG00000028660	ENSLAFG00000014535	GP9 (ENSLAFG00000029674)	RAB43 (ENSLAFG00000023035)	ISY1 (ENSLAFG00000004015)	CNBP (ENSLAFG00000002502)	COPG1 (ENSLAFG00000013929)	HMCES (ENSLAFG00000013939)	RAB7A (ENSLAFG00000007945)	RPN1 (ENSLAFG00000000220)	GATA2 (ENSLAFG00000029178)	EEFSEC (ENSLAFG00000001997)	RUVBL1 (ENSLAFG00000017383) #22	SEC61A1 (ENSLAFG00000009106)	KBTBD12 (ENSLAFG00000014423)	MGLL (ENSLAFG00000026229)	ABTB1 (ENSLAFG00000004651)	PODXL2 (ENSLAFG00000029373)	MCM2 (ENSLAFG00000010112)	TPRA1 (ENSLAFG00000010110)	PLXNA1 (ENSLAFG00000030064)	ENSLAFG00000009741	TXNRD3 (ENSLAFG00000013303)	CHST13 (ENSLAFG00000030095)	UROC1 (ENSLAFG00000003586)	ENSLAFG00000017934	CFAP100 (ENSLAFG00000010385)	KLF15 (ENSLAFG00000011970)
Hyrax	MODERN SPECIES	3589																RUVBL1 (ENSPCAG00000008907) #22	SEC61A1 (ENSPCAG00000008850)
Tenrec	MODERN SPECIES	3878																RUVBL1 (ENSETEG00000009642) #22	SEC61A1 (ENSETEG00000009640)
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	847												ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a
Sloth	MODERN SPECIES	6270																RUVBL1 (ENSCHOG00000006641) #22
Armadillo	MODERN SPECIES	3085												RPN1 (ENSDNOG00000016169)	GATA2 (ENSDNOG00000045209)	DNAJB8 (ENSDNOG00000041626)	EEFSEC (ENSDNOG00000008925)	RUVBL1 (ENSDNOG00000031098) #22	SEC61A1 (ENSDNOG00000015763)	ENSDNOG00000034290
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A
Opossum	MODERN SPECIES	5	ACAD9 (ENSMODG00000008464)	ENSMODG00000008429	ENSMODG00000008413	ENSMODG00000008410	RAB43 (ENSMODG00000008403)	ISY1 (ENSMODG00000008387)	CNBP (ENSMODG00000008362)	COPG1 (ENSMODG00000008326)	HMCES (ENSMODG00000008182)	ENSMODG00000018764	H1-10 (ENSMODG00000008155)	RAB7A (ENSMODG00000008095)	RPN1 (ENSMODG00000008079)	GATA2 (ENSMODG00000008048)	EEFSEC (ENSMODG00000008034)	RUVBL1 (ENSMODG00000008018) #22	SEC61A1 (ENSMODG00000007982)	KBTBD12 (ENSMODG00000007955)	MGLL (ENSMODG00000007949)	ABTB1 (ENSMODG00000007935)	PODXL2 (ENSMODG00000007905)	MCM2 (ENSMODG00000007891)	TPRA1 (ENSMODG00000007864)	PLXNA1 (ENSMODG00000007833)	ENSMODG00000028931	TXNRD3 (ENSMODG00000007668)	CHST13 (ENSMODG00000007630)	SLC41A3 (ENSMODG00000007626)	ALDH1L1 (ENSMODG00000007603)	ENSMODG00000051161	ENSMODG00000007452
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157312	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000008330	ENSGT00940000163561	ENSGT00950000183014.f.b.a.b	ENSGT00530000064244.a	ENSGT00940000161980	ENSGT00390000014109	ENSGT00950000183041.A.e	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A
Common wonbat	MODERN SPECIES	1012	ENSVURG00010016753	ENSVURG00010016748	RAB43 (ENSVURG00010016742)	ISY1 (ENSVURG00010016735)	CNBP (ENSVURG00010016723)	COPG1 (ENSVURG00010016660)	HMCES (ENSVURG00010016642)	ENSVURG00010016629	ENSVURG00010016622	RAB7A (ENSVURG00010016611)	RPN1 (ENSVURG00010016597)	GATA2 (ENSVURG00010016576)	DNAJB8 (ENSVURG00010016573)	ENSVURG00010016566	EEFSEC (ENSVURG00010016493)	RUVBL1 (ENSVURG00010016464) #22	SEC61A1 (ENSVURG00010016438)	KBTBD12 (ENSVURG00010016417)	MGLL (ENSVURG00010016384)	ABTB1 (ENSVURG00010016361)	PODXL2 (ENSVURG00010016299)	MCM2 (ENSVURG00010016271)	TPRA1 (ENSVURG00010016259)	ENSVURG00010016248	PLXNA1 (ENSVURG00010016213)	CHCHD6 (ENSVURG00010016196)	ENSVURG00010016184	TXNRD3 (ENSVURG00010016171)	CHST13 (ENSVURG00010016165)	SLC41A3 (ENSVURG00010016155)	ALDH1L1 (ENSVURG00010016140)
koala	MODERN SPECIES	10	ENSPCIG00000000523	ENSPCIG00000000507	ENSPCIG00000000492	RAB43 (ENSPCIG00000000486)	ISY1 (ENSPCIG00000000466)	CNBP (ENSPCIG00000000448)	COPG1 (ENSPCIG00000000412)	HMCES (ENSPCIG00000000399)	ENSPCIG00000031362	H1-10 (ENSPCIG00000000261)	RAB7A (ENSPCIG00000000237)	RPN1 (ENSPCIG00000000200)	GATA2 (ENSPCIG00000000175)	DNAJB8 (ENSPCIG00000000133)	EEFSEC (ENSPCIG00000020494)	RUVBL1 (ENSPCIG00000030477) #22	SEC61A1 (ENSPCIG00000030476)	KBTBD12 (ENSPCIG00000027094)	MGLL (ENSPCIG00000027100)	ABTB1 (ENSPCIG00000027104)	PODXL2 (ENSPCIG00000027108)	MCM2 (ENSPCIG00000027110)	TPRA1 (ENSPCIG00000027112)	PLXNA1 (ENSPCIG00000018273)	ENSPCIG00000007509	CHCHD6 (ENSPCIG00000007502)	TXNRD3 (ENSPCIG00000007513)	CHST13 (ENSPCIG00000031809)	SLC41A3 (ENSPCIG00000030893)	ALDH1L1 (ENSPCIG00000007535)	KLF15 (ENSPCIG00000007539)
Wallaby	MODERN SPECIES	8414																RUVBL1 (ENSMEUG00000009902) #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES		ENSSHAG00000017611	ENSSHAG00000024088	ENSSHAG00000023671	ENSSHAG00000030540	ISY1 (ENSSHAG00000028621)	CNBP (ENSSHAG00000029905)	COPG1 (ENSSHAG00000016954)	ENSSHAG00000026824	ENSSHAG00000026204	ENSSHAG00000025451	ENSSHAG00000023146	GATA2 (ENSSHAG00000016131)	DNAJB8 (ENSSHAG00000015964)	ENSSHAG00000015694	EEFSEC (ENSSHAG00000014760)	RUVBL1 (ENSSHAG00000014141) #22	SEC61A1 (ENSSHAG00000013915)	KBTBD12 (ENSSHAG00000013098)	MGLL (ENSSHAG00000022270)	ABTB1 (ENSSHAG00000011642)	PODXL2 (ENSSHAG00000011541)	MCM2 (ENSSHAG00000009218)	TPRA1 (ENSSHAG00000011029)	PLXNA1 (ENSSHAG00000001587)	ENSSHAG00000013122	ENSSHAG00000011983	ENSSHAG00000011415	ENSSHAG00000010624	ALDH1L1 (ENSSHAG00000009971)	KLF15 (ENSSHAG00000007635)	ENSSHAG00000006525
Platypus	MODERN SPECIES	84	PRKAR2A (ENSOANG00000020926)	IP6K2 (ENSOANG00000001845)	NCKIPSD (ENSOANG00000001846)	CELSR3 (ENSOANG00000001847)	SLC26A6 (ENSOANG00000001849)	UQCRC1 (ENSOANG00000001852)	COPG1 (ENSOANG00000001854)	HMCES (ENSOANG00000001855)	ENSOANG00000011250	ENSOANG00000001856	RPN1 (ENSOANG00000005779)	GATA2 (ENSOANG00000029173)	DNAJB8 (ENSOANG00000006706)	ENSOANG00000036896	EEFSEC (ENSOANG00000009108)	RUVBL1 (ENSOANG00000009107) #22	SEC61A1 (ENSOANG00000009106)	KBTBD12 (ENSOANG00000005842)	MGLL (ENSOANG00000047996)	ABTB1 (ENSOANG00000000959)	PODXL2 (ENSOANG00000048912)	MCM2 (ENSOANG00000007166)	TPRA1 (ENSOANG00000003056)	ENSOANG00000021064	PLXNA1 (ENSOANG00000013278)	PLXNB1 (ENSOANG00000004295)	ENSOANG00000047095	ENSOANG00000039019	ENSOANG00000004300	ENSOANG00000041592	ENSOANG00000048750
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156310	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00990000205522	ENSGT00940000153110.A
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567.a	ENSGT00940000162567.b	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567.a	ENSGT00940000162567.b	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Lizard	MODERN SPECIES	1	UQCRC1 (ENSACAG00000000788)	ENSACAG00000006047	ENSACAG00000006015	ENSACAG00000006010	ENSACAG00000035174	RAB7A (ENSACAG00000005993)	ENSACAG00000042116	RPN1 (ENSACAG00000005839)	ENSACAG00000005837	GATA2 (ENSACAG00000045513)	ENSACAG00000042631	ENSACAG00000005807	ENSACAG00000045444	EEFSEC (ENSACAG00000028177)	ENSACAG00000043743	RUVBL1 (ENSACAG00000007201) #22	SEC61A1 (ENSACAG00000007248)	KBTBD12 (ENSACAG00000007321)	MGLL (ENSACAG00000007334)	ENSACAG00000036767	ABTB1 (ENSACAG00000007369)	PODXL2 (ENSACAG00000007435)	MCM2 (ENSACAG00000007455)	TPRA1 (ENSACAG00000007501)	ENSACAG00000007543	ENSACAG00000041400	ENSACAG00000034913	ENSACAG00000041051	ENSACAG00000040888	ENSACAG00000007544	ENSACAG00000042825
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567.a	ENSGT00940000162567.b	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00390000010229	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00900000141932	ENSGT00390000000903.b	ENSGT00940000159738.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567.a	ENSGT00940000162567.b	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00390000010229	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00900000141932	ENSGT00940000159738.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567.a	ENSGT00940000162567.b	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00390000010229	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00900000141932	ENSGT00940000159738.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	2	ENSNSUG00000020265	ENSNSUG00000020266	CELSR3 (ENSNSUG00000020269)	SLC26A6 (ENSNSUG00000020271)	UQCRC1 (ENSNSUG00000020272)	ENSNSUG00000020274	COPG1 (ENSNSUG00000020280)	HMCES (ENSNSUG00000020290)	ENSNSUG00000020291	H1-10 (ENSNSUG00000020292)	RAB7A (ENSNSUG00000020293)	RPN1 (ENSNSUG00000020294)	GATA2 (ENSNSUG00000020295)	EEFSEC (ENSNSUG00000020297)	ENSNSUG00000020298	RUVBL1 (ENSNSUG00000000007) #22	SEC61A1 (ENSNSUG00000000050)	KBTBD12 (ENSNSUG00000000057)	MGLL (ENSNSUG00000000098)	ABTB1 (ENSNSUG00000000394)	C12orf4 (ENSNSUG00000000400)	PODXL2 (ENSNSUG00000000403)	MCM2 (ENSNSUG00000000407)	TPRA1 (ENSNSUG00000000429)	ENSNSUG00000001007	ENSNSUG00000001009	ENSNSUG00000001016	PLXNA1 (ENSNSUG00000001028)	ENSNSUG00000001155	TXNRD3 (ENSNSUG00000001166)	CHST13 (ENSNSUG00000001711)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	3	NCKIPSD (ENSPTXG00000000703)	CELSR3 (ENSPTXG00000000342)	SLC26A6 (ENSPTXG00000000080)	UQCRC1 (ENSPTXG00000003545)	ENSPTXG00000003544	COPG1 (ENSPTXG00000003543)	HMCES (ENSPTXG00000003542)	ENSPTXG00000003541	H1-10 (ENSPTXG00000003540)	RAB7A (ENSPTXG00000003539)	RPN1 (ENSPTXG00000003538)	GATA2 (ENSPTXG00000003537)	ENSPTXG00000003536	ENSPTXG00000003534	EEFSEC (ENSPTXG00000003533)	RUVBL1 (ENSPTXG00000003532) #22	SEC61A1 (ENSPTXG00000003530)	KBTBD12 (ENSPTXG00000003528)	MGLL (ENSPTXG00000003526)	ABTB1 (ENSPTXG00000003525)	C12orf4 (ENSPTXG00000003524)	PODXL2 (ENSPTXG00000003523)	MCM2 (ENSPTXG00000003437)	TPRA1 (ENSPTXG00000003426)	ENSPTXG00000003424	ENSPTXG00000003423	ENSPTXG00000003422	PLXNA1 (ENSPTXG00000003183)	TXNRD3 (ENSPTXG00000003158)	CHST13 (ENSPTXG00000003156)	SLC41A3 (ENSPTXG00000003152)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	1543																RUVBL1 (ENSLLTG00000002426) #22	SEC61A1 (ENSLLTG00000002419)
Indian cobra	MODERN SPECIES	1	NCKIPSD (ENSNNAG00000000857)	ENSNNAG00000000783	ENSNNAG00000000758	SLC26A6 (ENSNNAG00000000582)	UQCRC1 (ENSNNAG00000000502)	ENSNNAG00000000491	COPG1 (ENSNNAG00000000464)	HMCES (ENSNNAG00000000443)	H2AX (ENSNNAG00000000431)	ENSNNAG00000000396	RPN1 (ENSNNAG00000000359)	GATA2 (ENSNNAG00000000343)	ENSNNAG00000000323	ENSNNAG00000019101	EEFSEC (ENSNNAG00000019099)	RUVBL1 (ENSNNAG00000019098) #22	SEC61A1 (ENSNNAG00000019096)	KBTBD12 (ENSNNAG00000019092)	MGLL (ENSNNAG00000019090)	ABTB1 (ENSNNAG00000019087)	ENSNNAG00000019086	PODXL2 (ENSNNAG00000019083)	ENSNNAG00000019081	MCM2 (ENSNNAG00000019079)	TPRA1 (ENSNNAG00000019073)	ENSNNAG00000019068	ENSNNAG00000019066	ENSNNAG00000019063	PLXNA1 (ENSNNAG00000019046)	TXNRD3 (ENSNNAG00000019039)	CHST13 (ENSNNAG00000019037)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567.a	ENSGT00940000162567.b	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000154420.C.h.a	ENSGT00940000159178.u	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A
Common wall lizard	MODERN SPECIES	10	NCKIPSD (ENSPMRG00000010261)	CELSR3 (ENSPMRG00000010429)	SLC26A6 (ENSPMRG00000010923)	UQCRC1 (ENSPMRG00000010929)	COPG1 (ENSPMRG00000010943)	NXT1 (ENSPMRG00000010967)	HMCES (ENSPMRG00000010972)	ENSPMRG00000010978	H1-10 (ENSPMRG00000010980)	ENSPMRG00000010983	RAB7A (ENSPMRG00000010986)	RPN1 (ENSPMRG00000010992)	GATA2 (ENSPMRG00000010998)	DNAJB8 (ENSPMRG00000011002)	EEFSEC (ENSPMRG00000011012)	RUVBL1 (ENSPMRG00000011024) #22	SEC61A1 (ENSPMRG00000011031)	KBTBD12 (ENSPMRG00000011043)	MGLL (ENSPMRG00000011055)	ABTB1 (ENSPMRG00000011070)	PODXL2 (ENSPMRG00000011080)	MCM2 (ENSPMRG00000011085)	TPRA1 (ENSPMRG00000011092)	ENSPMRG00000011105	ENSPMRG00000011112	PLXNA1 (ENSPMRG00000011115)	ENSPMRG00000011130	ENSPMRG00000011144	TXNRD3 (ENSPMRG00000011148)	CHST13 (ENSPMRG00000011159)	SLC41A3 (ENSPMRG00000011167)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	8	NCKIPSD (ENSSMRG00000021101)	CELSR3 (ENSSMRG00000021103)	SLC26A6 (ENSSMRG00000021105)	UQCRC1 (ENSSMRG00000021107)	ENSSMRG00000021110	COPG1 (ENSSMRG00000021111)	HMCES (ENSSMRG00000021112)	ENSSMRG00000021113	H1-10 (ENSSMRG00000021115)	RAB7A (ENSSMRG00000021116)	RPN1 (ENSSMRG00000000016)	ENSSMRG00000000054	GATA2 (ENSSMRG00000000167)	ENSSMRG00000000203	ENSSMRG00000000213	RUVBL1 (ENSSMRG00000000262) #22	SEC61A1 (ENSSMRG00000000301)	KBTBD12 (ENSSMRG00000000387)	MGLL (ENSSMRG00000000405)	ABTB1 (ENSSMRG00000000466)	PODXL2 (ENSSMRG00000000490)	MCM2 (ENSSMRG00000000504)	TPRA1 (ENSSMRG00000000546)	ENSSMRG00000000660	PLXNA1 (ENSSMRG00000000739)	ENSSMRG00000000832	TXNRD3 (ENSSMRG00000000838)	CHST13 (ENSSMRG00000000915)	SLC41A3 (ENSSMRG00000000928)	ENSSMRG00000001018	ENSSMRG00000001036
tuatara	MODERN SPECIES	54					NCKIPSD (ENSSPUG00000004464)	SLC26A6 (ENSSPUG00000004403)	UQCRC1 (ENSSPUG00000004358)	COPG1 (ENSSPUG00000004325)	HMCES (ENSSPUG00000004309)	ENSSPUG00000004303	RAB7A (ENSSPUG00000004262)	ENSSPUG00000004245	GATA2 (ENSSPUG00000004217)	EEFSEC (ENSSPUG00000004191)	ENSSPUG00000004177	RUVBL1 (ENSSPUG00000004163) #22	SEC61A1 (ENSSPUG00000004146)	KBTBD12 (ENSSPUG00000004134)	MGLL (ENSSPUG00000004059)	ABTB1 (ENSSPUG00000004030)	PODXL2 (ENSSPUG00000003994)	MCM2 (ENSSPUG00000003968)	TPRA1 (ENSSPUG00000003949)	ENSSPUG00000003914	PLXNA1 (ENSSPUG00000003281)
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00990000205522	ENSGT00940000153110.A
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Aves	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
African ostrich	MODERN SPECIES	416					FRMD4B (ENSSCUG00000007932)	LMOD3 (ENSSCUG00000007931)	ARL6IP5 (ENSSCUG00000007930)	COPG1 (ENSSCUG00000007929)	HMCES (ENSSCUG00000007926)	RAB7A (ENSSCUG00000007924)	RPN1 (ENSSCUG00000007921)	ENSSCUG00000007917	ENSSCUG00000007914	ENSSCUG00000007912	EEFSEC (ENSSCUG00000007910)	RUVBL1 (ENSSCUG00000007904) #22	SEC61A1 (ENSSCUG00000007895)	KBTBD12 (ENSSCUG00000007893)	MGLL (ENSSCUG00000007890)	ABTB1 (ENSSCUG00000007888)	PODXL2 (ENSSCUG00000007886)	MCM2 (ENSSCUG00000007882)	TPRA1 (ENSSCUG00000007879)	CHCHD6 (ENSSCUG00000007876)	PLXNA1 (ENSSCUG00000007866)	TXNRD3 (ENSSCUG00000007858)	ENSSCUG00000007852	CHST13 (ENSSCUG00000007851)	SLC41A3 (ENSSCUG00000007848)	ENSSCUG00000007845	KLF15 (ENSSCUG00000007844)
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000156310	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00940000163687	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	95	IP6K2 (ENSABRG00000008702)	NCKIPSD (ENSABRG00000008726)	CELSR3 (ENSABRG00000008789)	SLC26A6 (ENSABRG00000008892)	UQCRC1 (ENSABRG00000009250)	ENSABRG00000009379	ENSABRG00000009474	COPG1 (ENSABRG00000009484)	HMCES (ENSABRG00000009512)	H1-10 (ENSABRG00000009519)	RAB7A (ENSABRG00000009523)	RPN1 (ENSABRG00000009533)	GATA2 (ENSABRG00000009553)	DNAJB8 (ENSABRG00000009559)	EEFSEC (ENSABRG00000009583)	RUVBL1 (ENSABRG00000009587) #22	SEC61A1 (ENSABRG00000009603)	KBTBD12 (ENSABRG00000009611)	MGLL (ENSABRG00000009629)	ABTB1 (ENSABRG00000009643)	PODXL2 (ENSABRG00000009659)	MCM2 (ENSABRG00000009664)	TPRA1 (ENSABRG00000009675)	CHCHD6 (ENSABRG00000009683)	PLXNA1 (ENSABRG00000009694)	TXNRD3 (ENSABRG00000009756)	CHST13 (ENSABRG00000009793)	SLC41A3 (ENSABRG00000009804)	KLF15 (ENSABRG00000009826)	CFAP100 (ENSABRG00000009839)	ENSABRG00000009849
Duck	MODERN SPECIES	4	SLMAP (ENSAPLG00000008635)	FLNB (ENSAPLG00000009572)	DNASE1L3 (ENSAPLG00000009829)	IP6K2 (ENSAPLG00000010393)	NCKIPSD (ENSAPLG00000015035)	SLC26A6 (ENSAPLG00000001968)	UQCRC1 (ENSAPLG00000001974)	ENSAPLG00000017276	COPG1 (ENSAPLG00000002838)	HMCES (ENSAPLG00000004071)	ENSAPLG00000020965	RAB7A (ENSAPLG00000004323)	RPN1 (ENSAPLG00000004411)	ENSAPLG00000029764	EEFSEC (ENSAPLG00000006745)	RUVBL1 (ENSAPLG00000006088) #22	SEC61A1 (ENSAPLG00000005703)	KBTBD12 (ENSAPLG00000005631)	MGLL (ENSAPLG00000005523)	ABTB1 (ENSAPLG00000005102)	PODXL2 (ENSAPLG00000005040)	MCM2 (ENSAPLG00000004520)	TPRA1 (ENSAPLG00000004211)	ENSAPLG00000004192	FGD5 (ENSAPLG00000007924)	NR2C2 (ENSAPLG00000007538)	MRPS25 (ENSAPLG00000029888)	RBSN (ENSAPLG00000007412)	TRH (ENSAPLG00000007356)	TMCC1 (ENSAPLG00000007270)	PLXND1 (ENSAPLG00000005859)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00940000163129	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Turkey	MODERN SPECIES	5	NCKIPSD (ENSMGAG00000006739)	CELSR3 (ENSMGAG00000006782)	SLC26A6 (ENSMGAG00000006837)	UQCRC1 (ENSMGAG00000006769)	ENSMGAG00000022669	ENSMGAG00000021564	ENSMGAG00000022810	ENSMGAG00000007126	ENSMGAG00000007189	ENSMGAG00000019081	RAB7A (ENSMGAG00000007208)	RPN1 (ENSMGAG00000007231)	GATA2 (ENSMGAG00000016475)	ENSMGAG00000019312	EEFSEC (ENSMGAG00000007243)	RUVBL1 (ENSMGAG00000007246) #22	SEC61A1 (ENSMGAG00000007282)	KBTBD12 (ENSMGAG00000007327)	MGLL (ENSMGAG00000007336)	ABTB1 (ENSMGAG00000007350)	PODXL2 (ENSMGAG00000007365)	MCM2 (ENSMGAG00000007374)	TPRA1 (ENSMGAG00000007445)	ENSMGAG00000007467	ENSMGAG00000007508	ENSMGAG00000007529	ENSMGAG00000007567	SLC41A3 (ENSMGAG00000007576)	KLF15 (ENSMGAG00000007616)	CFAP100 (ENSMGAG00000007620)	ENSMGAG00000007639
Chicken	MODERN SPECIES	3	NCKIPSD (ENSGALG00010027130)	CELSR3 (ENSGALG00010027145)	SLC26A6 (ENSGALG00010027266)	UQCRC1 (ENSGALG00010027268)	ENSGALG00010027270	ENSGALG00010028204	COPG1 (ENSGALG00010027274)	H1-10 (ENSGALG00010027278)	HMCES (ENSGALG00010027280)	ENSGALG00010027282	RAB7A (ENSGALG00010027283)	RPN1 (ENSGALG00010027286)	GATA2 (ENSGALG00010026920)	ENSGALG00010026925	EEFSEC (ENSGALG00010026943)	RUVBL1 (ENSGALG00010026951) #22	SEC61A1 (ENSGALG00010026960)	KBTBD12 (ENSGALG00010028414)	MGLL (ENSGALG00010026973)	ABTB1 (ENSGALG00010026982)	ENSGALG00010028178	MCM2 (ENSGALG00010028179)	TPRA1 (ENSGALG00010028187)	ENSGALG00010028196	PLXNA1 (ENSGALG00010022196)	TXNRD3 (ENSGALG00010021129)	CHST13 (ENSGALG00010021154)	SLC41A3 (ENSGALG00010021164)	KLF15 (ENSGALG00010021173)	CFAP100 (ENSGALG00010021183)	ENSGALG00010021190
Japanese quail	MODERN SPECIES	3	IP6K2 (ENSCJPG00005013939)	NCKIPSD (ENSCJPG00005013940)	SLC26A6 (ENSCJPG00005013942)	UQCRC1 (ENSCJPG00005013943)	ENSCJPG00005013944	ENSCJPG00005013945	COPG1 (ENSCJPG00005013946)	HMCES (ENSCJPG00005013947)	ENSCJPG00005013948	H1-10 (ENSCJPG00005013949)	RAB7A (ENSCJPG00005013950)	RPN1 (ENSCJPG00005013951)	GATA2 (ENSCJPG00005013953)	DNAJB8 (ENSCJPG00005013954)	EEFSEC (ENSCJPG00005013955)	RUVBL1 (ENSCJPG00005013956) #22	SEC61A1 (ENSCJPG00005013957)	KBTBD12 (ENSCJPG00005013958)	MGLL (ENSCJPG00005013959)	ABTB1 (ENSCJPG00005013960)	PODXL2 (ENSCJPG00005013961)	MCM2 (ENSCJPG00005013962)	TPRA1 (ENSCJPG00005013963)	ENSCJPG00005013964	PLXNA1 (ENSCJPG00005013965)	TXNRD3 (ENSCJPG00005015989)	CHST13 (ENSCJPG00005015991)	SLC41A3 (ENSCJPG00005015992)	KLF15 (ENSCJPG00005016002)	CFAP100 (ENSCJPG00005016005)	ENSCJPG00005016011
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Golden eagle	MODERN SPECIES	12	CELSR3 (ENSACCG00020016263)	SLC26A6 (ENSACCG00020016408)	UQCRC1 (ENSACCG00020016451)	ENSACCG00020016457	ENSACCG00020016463	COPG1 (ENSACCG00020016469)	HMCES (ENSACCG00020009060)	ENSACCG00020009070	H1-10 (ENSACCG00020009076)	RAB7A (ENSACCG00020009085)	RPN1 (ENSACCG00020009106)	GATA2 (ENSACCG00020009131)	ENSACCG00020009146	DNAJB8 (ENSACCG00020009160)	EEFSEC (ENSACCG00020009179)	RUVBL1 (ENSACCG00020009200) #22	SEC61A1 (ENSACCG00020009218)	KBTBD12 (ENSACCG00020009234)	MGLL (ENSACCG00020009254)	ABTB1 (ENSACCG00020009282)	PODXL2 (ENSACCG00020009302)	MCM2 (ENSACCG00020009318)	TPRA1 (ENSACCG00020009367)	ENSACCG00020009394	PLXNA1 (ENSACCG00020009421)	TXNRD3 (ENSACCG00020009439)	CHST13 (ENSACCG00020009455)	SLC41A3 (ENSACCG00020009488)	KLF15 (ENSACCG00020009511)	ENSACCG00020009520	ENSACCG00020009560
Kakapo	MODERN SPECIES	3	NCKIPSD (ENSSHBG00005019000)	CELSR3 (ENSSHBG00005018745)	SLC26A6 (ENSSHBG00005018632)	UQCRC1 (ENSSHBG00005018615)	ENSSHBG00005018599	COPG1 (ENSSHBG00005018592)	HMCES (ENSSHBG00005018584)	ENSSHBG00005018580	H1-10 (ENSSHBG00005018576)	RAB7A (ENSSHBG00005018574)	RPN1 (ENSSHBG00005018569)	ENSSHBG00005018567	GATA2 (ENSSHBG00005018562)	ENSSHBG00005018558	EEFSEC (ENSSHBG00005018553)	RUVBL1 (ENSSHBG00005018549) #22	SEC61A1 (ENSSHBG00005018547)	KBTBD12 (ENSSHBG00005018544)	MGLL (ENSSHBG00005018539)	ABTB1 (ENSSHBG00005018535)	PODXL2 (ENSSHBG00005018531)	MCM2 (ENSSHBG00005018527)	TPRA1 (ENSSHBG00005018525)	CHCHD6 (ENSSHBG00005018520)	ENSSHBG00005018513	ENSSHBG00005018503	TXNRD3 (ENSSHBG00005018495)	CHST13 (ENSSHBG00005018491)	SLC41A3 (ENSSHBG00005018487)	KLF15 (ENSSHBG00005018483)	CFAP100 (ENSSHBG00005018478)
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Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000160077.j	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
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Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077.j	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b.n	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Zebra finch	MODERN SPECIES	3	NCKIPSD (ENSTGUG00000007490)	ENSTGUG00000027556	SLC26A6 (ENSTGUG00000022035)	UQCRC1 (ENSTGUG00000007619)	ENSTGUG00000026556	ENSTGUG00000027371	COPG1 (ENSTGUG00000007768)	HMCES (ENSTGUG00000007825)	H1-10 (ENSTGUG00000027546)	RAB7A (ENSTGUG00000007832)	RPN1 (ENSTGUG00000007857)	GATA2 (ENSTGUG00000007879)	ENSTGUG00000021454	DNAJB8 (ENSTGUG00000007894)	EEFSEC (ENSTGUG00000007895)	RUVBL1 (ENSTGUG00000007914) #22	SEC61A1 (ENSTGUG00000007959)	KBTBD12 (ENSTGUG00000007987)	MGLL (ENSTGUG00000019506)	ABTB1 (ENSTGUG00000008002)	PODXL2 (ENSTGUG00000008022)	MCM2 (ENSTGUG00000008031)	TPRA1 (ENSTGUG00000008045)	ENSTGUG00000027600	PLXNA1 (ENSTGUG00000008067)	TXNRD3 (ENSTGUG00000008152)	CHST13 (ENSTGUG00000008191)	SLC41A3 (ENSTGUG00000008199)	KLF15 (ENSTGUG00000008214)	CFAP100 (ENSTGUG00000008217)	ENSTGUG00000018312
Common canary	MODERN SPECIES	15	ENSSCAG00000004056	NCKIPSD (ENSSCAG00000004073)	ENSSCAG00000004084	ENSSCAG00000004147	SLC26A6 (ENSSCAG00000004184)	UQCRC1 (ENSSCAG00000004415)	ENSSCAG00000004604	ENSSCAG00000004608	COPG1 (ENSSCAG00000004615)	HMCES (ENSSCAG00000004636)	ENSSCAG00000004642	RPN1 (ENSSCAG00000004648)	GATA2 (ENSSCAG00000004658)	DNAJB8 (ENSSCAG00000004665)	EEFSEC (ENSSCAG00000004678)	RUVBL1 (ENSSCAG00000004689) #22	SEC61A1 (ENSSCAG00000004712)	KBTBD12 (ENSSCAG00000004717)	MGLL (ENSSCAG00000004726)	ABTB1 (ENSSCAG00000004735)	PODXL2 (ENSSCAG00000004743)	MCM2 (ENSSCAG00000004746)	TPRA1 (ENSSCAG00000004751)	ENSSCAG00000004760	PLXNA1 (ENSSCAG00000004775)	TXNRD3 (ENSSCAG00000004795)	CHST13 (ENSSCAG00000004805)	SLC41A3 (ENSSCAG00000004815)	ENSSCAG00000004841	SLC6A6 (ENSSCAG00000004898)	LSM3 (ENSSCAG00000004937)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	42	IP6K2 (ENSGFOG00000011741)	NCKIPSD (ENSGFOG00000011747)	ENSGFOG00000011765	ENSGFOG00000011818	SLC26A6 (ENSGFOG00000011842)	UQCRC1 (ENSGFOG00000011948)	ENSGFOG00000012120	COPG1 (ENSGFOG00000012131)	HMCES (ENSGFOG00000012141)	ENSGFOG00000012146	ENSGFOG00000012163	RPN1 (ENSGFOG00000012177)	GATA2 (ENSGFOG00000012189)	DNAJB8 (ENSGFOG00000012194)	EEFSEC (ENSGFOG00000012197)	RUVBL1 (ENSGFOG00000012204) #22
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	37	IP6K2 (ENSCPRG00005018277)	NCKIPSD (ENSCPRG00005018275)	CELSR3 (ENSCPRG00005018241)	SLC26A6 (ENSCPRG00005018213)	UQCRC1 (ENSCPRG00005018206)	ENSCPRG00005018191	ENSCPRG00005018190	COPG1 (ENSCPRG00005018187)	HMCES (ENSCPRG00005018182)	H1-10 (ENSCPRG00005018181)	RAB7A (ENSCPRG00005018178)	RPN1 (ENSCPRG00005018143)	GATA2 (ENSCPRG00005018131)	ENSCPRG00005018129	EEFSEC (ENSCPRG00005018127)	RUVBL1 (ENSCPRG00005018126) #22	SEC61A1 (ENSCPRG00005018123)	KBTBD12 (ENSCPRG00005018121)	ENSCPRG00005018120	MGLL (ENSCPRG00005018119)	ABTB1 (ENSCPRG00005018116)	PODXL2 (ENSCPRG00005018114)	MCM2 (ENSCPRG00005018109)	TPRA1 (ENSCPRG00005018104)	CHCHD6 (ENSCPRG00005018101)	PLXNA1 (ENSCPRG00005018072)	TXNRD3 (ENSCPRG00005017900)	CHST13 (ENSCPRG00005017822)	SLC41A3 (ENSCPRG00005017815)	KLF15 (ENSCPRG00005017808)	CFAP100 (ENSCPRG00005017801)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00960000189676	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00990000205522	ENSGT00940000153110.A
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00730000114050	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385.a	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00990000205522	ENSGT00940000153110.A
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00960000188787	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT01030000235385.a	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00990000205522	ENSGT00940000153110.A
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2223												SVBP (ENSCABG00000009037)	ENSCABG00000009033	ENSCABG00000008995	EEFSEC (ENSCABG00000008991)	RUVBL1 (ENSCABG00000008989) #22	SEC61A1 (ENSCABG00000008986)	KBTBD12 (ENSCABG00000008985)	MGLL (ENSCABG00000008982)	ABTB1 (ENSCABG00000008980)	PODXL2 (ENSCABG00000008978)	MCM2 (ENSCABG00000008975)	TPRA1 (ENSCABG00000008970)	ENSCABG00000008968
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	21	SLC26A6 (ENSGEVG00005019709)	UQCRC1 (ENSGEVG00005019753)	ENSGEVG00005019764	ENSGEVG00005019769	ENSGEVG00005019774	ENSGEVG00005019802	ENSGEVG00005019899	HMCES (ENSGEVG00005019944)	ENSGEVG00005019953	H1-10 (ENSGEVG00005019957)	RAB7A (ENSGEVG00005019958)	RPN1 (ENSGEVG00005019961)	GATA2 (ENSGEVG00005019972)	DNAJB8 (ENSGEVG00005019975)	EEFSEC (ENSGEVG00005019984)	RUVBL1 (ENSGEVG00005019989) #22	SEC61A1 (ENSGEVG00005019999)	KBTBD12 (ENSGEVG00005020003)	MGLL (ENSGEVG00005020007)	ABTB1 (ENSGEVG00005020013)	PODXL2 (ENSGEVG00005004032)	ENSGEVG00005004046	MCM2 (ENSGEVG00005004063)	TPRA1 (ENSGEVG00005004075)	CHCHD6 (ENSGEVG00005004106)	PLXNA1 (ENSGEVG00005004198)	ENSGEVG00005004450	ENSGEVG00005004477	ENSGEVG00005004491	TXNRD3 (ENSGEVG00005004510)	CHST13 (ENSGEVG00005004550)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b	ENSGT00940000158931	ENSGT00730000114050	ENSGT00940000153769.E	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000162567	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.A	ENSGT00940000164258
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	33	SLC26A6 (ENSTMTG00000011142)	UQCRC1 (ENSTMTG00000011084)	ENSTMTG00000011069	ENSTMTG00000010962	ENSTMTG00000010931	COPG1 (ENSTMTG00000010798)	HMCES (ENSTMTG00000010771)	ENSTMTG00000010760	H1-10 (ENSTMTG00000010751)	RAB7A (ENSTMTG00000010739)	RPN1 (ENSTMTG00000010717)	GATA2 (ENSTMTG00000010699)	ENSTMTG00000010687	DNAJB8 (ENSTMTG00000010671)	EEFSEC (ENSTMTG00000010647)	RUVBL1 (ENSTMTG00000010618) #22	SEC61A1 (ENSTMTG00000010588)	KBTBD12 (ENSTMTG00000010545)	MGLL (ENSTMTG00000010511)	ABTB1 (ENSTMTG00000010495)	PODXL2 (ENSTMTG00000010337)	MCM2 (ENSTMTG00000010267)	TPRA1 (ENSTMTG00000010240)	CHCHD6 (ENSTMTG00000010204)	PLXNA1 (ENSTMTG00000010144)	TXNRD3 (ENSTMTG00000010077)	CHST13 (ENSTMTG00000010062)	SLC41A3 (ENSTMTG00000010025)	KLF15 (ENSTMTG00000010012)	CFAP100 (ENSTMTG00000009787)	ENSTMTG00000009694
painted turtle	MODERN SPECIES	699	NCKIPSD (ENSCPBG00000014259)	CELSR3 (ENSCPBG00000014262)	SLC26A6 (ENSCPBG00000014268)	UQCRC1 (ENSCPBG00000014288)	ENSCPBG00000014306	ENSCPBG00000014308	COPG1 (ENSCPBG00000014326)	HMCES (ENSCPBG00000014333)	ENSCPBG00000014334	H1-10 (ENSCPBG00000014342)	RAB7A (ENSCPBG00000014343)	RPN1 (ENSCPBG00000014345)	GATA2 (ENSCPBG00000014348)	DNAJB8 (ENSCPBG00000014352)	EEFSEC (ENSCPBG00000014356)	RUVBL1 (ENSCPBG00000014361) #22	SEC61A1 (ENSCPBG00000014367)	KBTBD12 (ENSCPBG00000014373)	MGLL (ENSCPBG00000014377)	ABTB1 (ENSCPBG00000014379)	PODXL2 (ENSCPBG00000014381)	MCM2 (ENSCPBG00000014382)	TPRA1 (ENSCPBG00000014386)	CHCHD6 (ENSCPBG00000014388)	PLXNA1 (ENSCPBG00000014392)	TXNRD3 (ENSCPBG00000014404)	CHST13 (ENSCPBG00000014414)	SLC41A3 (ENSCPBG00000014419)	KLF15 (ENSCPBG00000014431)	CFAP100 (ENSCPBG00000014435)	ENSCPBG00000014442
Chinese turtle	MODERN SPECIES	863														DNAJB8 (ENSPSIG00000000348)	EEFSEC (ENSPSIG00000015135)	RUVBL1 (ENSPSIG00000014837) #22	SEC61A1 (ENSPSIG00000014020)	KBTBD12 (ENSPSIG00000012977)	MGLL (ENSPSIG00000012935)	ABTB1 (ENSPSIG00000012926)	ENSPSIG00000012756	MCM2 (ENSPSIG00000011042)	TPRA1 (ENSPSIG00000010558)	CHCHD6 (ENSPSIG00000010223)	PLXNA1 (ENSPSIG00000007550)	TXNRD3 (ENSPSIG00000007047)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000015725	ENSGT00940000160077	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b.a	ENSGT00940000158931	ENSGT00960000188787	ENSGT00390000016313.a.b	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00390000003721.d.a	ENSGT00940000156836	ENSGT00390000011364	ENSGT00390000017131	ENSGT00730000111323	ENSGT01050000244824.F	ENSGT00390000016807	ENSGT00390000000903.b	ENSGT01050000244850.A.b	ENSGT00940000159178	ENSGT00940000161154	ENSGT00950000183042.b	ENSGT00940000160913	ENSGT00940000156977	ENSGT00940000153110.B
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	11	IP6K2 (ENSLLEG00000012220)	NCKIPSD (ENSLLEG00000012348)	CELSR3 (ENSLLEG00000012557)	ENSLLEG00000013151	ENSLLEG00000013347	UQCRC1 (ENSLLEG00000013729)	ENSLLEG00000013868	COPG1 (ENSLLEG00000013933)	HMCES (ENSLLEG00000014427)	H1-10 (ENSLLEG00000014473)	ENSLLEG00000014534	ENSLLEG00000014628	GATA2 (ENSLLEG00000014722)	EEFSEC (ENSLLEG00000014919)	ENSLLEG00000015066	RUVBL1 (ENSLLEG00000015116) #22	SEC61A1 (ENSLLEG00000015234)	ENSLLEG00000015724	KBTBD12 (ENSLLEG00000015765)	MGLL (ENSLLEG00000015856)	ABTB1 (ENSLLEG00000015915)	ENSLLEG00000016187	ENSLLEG00000016210	PODXL2 (ENSLLEG00000016236)	TPRA1 (ENSLLEG00000016357)	MCM2 (ENSLLEG00000016598)	ENSLLEG00000016883	ENSLLEG00000016948	PLXNA1 (ENSLLEG00000017683)	ENSLLEG00000018661	ENSLLEG00000018692
Frog	MODERN SPECIES	4	nckipsd (ENSXETG00000009319)	celsr3 (ENSXETG00000016189)	slc26a6 (ENSXETG00000016188)	ENSXETG00000047494	slc26a6 (ENSXETG00000024748)	col7a1 (ENSXETG00000016183)	copg1 (ENSXETG00000016180)	hmces (ENSXETG00000024746)	ENSXETG00000047199	mgc69473 (ENSXETG00000042020)	rab7a (ENSXETG00000016176)	rpn1 (ENSXETG00000016175)	ENSXETG00000043594	gata2 (ENSXETG00000016171)	eefsec (ENSXETG00000002066)	ruvbl1 (ENSXETG00000002064) #22	sec61a1 (ENSXETG00000024743)	kbtbd12 (ENSXETG00000031782)	mgll (ENSXETG00000002062)	abtb1 (ENSXETG00000002061)	podxl2 (ENSXETG00000039537)	mcm2 (ENSXETG00000002059)	tpra1 (ENSXETG00000036087)	ENSXETG00000035971	chchd6 (ENSXETG00000018684)	plxna1 (ENSXETG00000018635)	ENSXETG00000042479	chst13 (ENSXETG00000004794)	slc41a3 (ENSXETG00000004787)	aldh1l1 (ENSXETG00000011551)	klf15 (ENSXETG00000011549)
Coelacanth	MODERN SPECIES	351	ENSLACG00000016862	P4HTM (ENSLACG00000016833)	UQCRC1 (ENSLACG00000016793)	ENSLACG00000016343	COPG1 (ENSLACG00000016170)	HMCES (ENSLACG00000016083)	ENSLACG00000016077	h1-10 (ENSLACG00000022163)	h1-10 (ENSLACG00000015984)	RAB7A (ENSLACG00000015770)	RPN1 (ENSLACG00000015681)	ENSLACG00000015636	ENSLACG00000015368	GATA2 (ENSLACG00000015208)	EEFSEC (ENSLACG00000013137)	RUVBL1 (ENSLACG00000012962) #22	SEC61A1 (ENSLACG00000012749)	KBTBD12 (ENSLACG00000012517)	MGLL (ENSLACG00000011685)	ABTB1 (ENSLACG00000011392)	PODXL2 (ENSLACG00000011229)	MCM2 (ENSLACG00000011014)	TPRA1 (ENSLACG00000010780)	chchd6b (ENSLACG00000009466)	PLXNA1 (ENSLACG00000005715)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	76	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000018596.A.a.a	ENSGT00940000165427	ENSGT00940000161059	ENSGT00940000154857	ENSGT00390000016233	ENSGT00390000008947	ENSGT00390000018439	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000157794	ENSGT00940000161421	ENSGT00730000111286	ENSGT00940000160255	ENSGT00660000097455	ENSGT00730000111360	ENSGT00640000091554	ENSGT00940000153394.d	ENSGT00550000074972	ENSGT00940000155241	ENSGT00940000164079	ENSGT00940000154554.b	ENSGT00940000154554.a	ENSGT00940000153920.a.b	ENSGT00940000153920.b
Reedfish	MODERN SPECIES	9	ENSECRG00000022608	ENSECRG00000022619	uqcrc1 (ENSECRG00000022631)	RPUSD3 (ENSECRG00000022641)	ttll3 (ENSECRG00000022652)	arpc4 (ENSECRG00000022662)	tada3l (ENSECRG00000022670)	hmces (ENSECRG00000022683)	H2AX (ENSECRG00000022691)	h1-10 (ENSECRG00000022700)	rab7a (ENSECRG00000022709)	rpn1 (ENSECRG00000022723)	ENSECRG00000022732	gata2a (ENSECRG00000022740)	eefsec (ENSECRG00000022746)	ruvbl1 (ENSECRG00000022753) #22	BRPF1 (ENSECRG00000022765)	ENSECRG00000022771	ENSECRG00000022780	ENSECRG00000022787	CRELD1 (ENSECRG00000022794)	ENSECRG00000022801	ENSECRG00000022804	ENSECRG00000022805	ogg1 (ENSECRG00000022811)	ENSECRG00000022815	qars1 (ENSECRG00000022819)	qrich1 (ENSECRG00000022821)	ENSECRG00000022824	ENSECRG00000017513	itih3a.1 (ENSECRG00000018012)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	96				ENSGT00940000158931	ENSGT01030000235510	ENSGT00390000018596.A.a.a	ENSGT00940000165427	ENSGT00940000154857	ENSGT00390000008947	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000157794	ENSGT00940000161421	ENSGT00730000111286	ENSGT00940000160255	ENSGT00660000097455	ENSGT00730000111360	ENSGT00640000091554	ENSGT00550000074972	ENSGT00940000155241	ENSGT00940000164079	ENSGT00940000154554.b	ENSGT00940000154554.a	ENSGT00940000153920.a.b	ENSGT00940000153920.b	ENSGT00940000157363
Spotted gar	MODERN SPECIES	671					ENSLOCG00000014582	cidec (ENSLOCG00000014579)	ENSLOCG00000014567	uqcrc1 (ENSLOCG00000014560)	ttll3 (ENSLOCG00000014558)	tada3l (ENSLOCG00000014552)	hmces (ENSLOCG00000014549)	rab7a (ENSLOCG00000014547)	rpn1 (ENSLOCG00000014543)	gata2a (ENSLOCG00000014539)	eefsec (ENSLOCG00000014535)	ruvbl1 (ENSLOCG00000014532) #22	arpc4 (ENSLOCG00000014529)	ENSLOCG00000014525	ENSLOCG00000014522	ENSLOCG00000014518	ENSLOCG00000018264	ENSLOCG00000014517	ogg1 (ENSLOCG00000014515)	qars1 (ENSLOCG00000014502)	qrich1 (ENSLOCG00000014501)	itih3b.1 (ENSLOCG00000014498)	itih3a.1 (ENSLOCG00000014482)	mustn1b (ENSLOCG00000014479)	RFT1 (ENSLOCG00000014475)	prkcda (ENSLOCG00000014468)	pfkfb4a (ENSLOCG00000014458)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	171	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00940000166464	ENSGT00940000154791	ENSGT00940000154089.a.c	ENSGT00950000182835.c.d	ENSGT00390000016233.e.a	ENSGT00390000008947	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.b	ENSGT00390000009630	ENSGT00940000156315.e.b	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000015972	ENSGT00940000158853	ENSGT00940000157802.l	ENSGT00390000003721.d.a.e	ENSGT00390000013132	ENSGT00940000166464	ENSGT00940000154791	ENSGT00940000154089.a.c	ENSGT00950000182835.c.d.a	ENSGT00390000016233.e.a.d	ENSGT00390000018439	ENSGT00730000111536.d	ENSGT00940000155864.a.b.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00940000153920.b	ENSGT00940000157363	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT01010000222866	ENSGT00940000155616	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404.g	ENSGT00940000176938	ENSGT00940000165984	ENSGT00940000157154.d.b	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00940000158384.d
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	11	uqcrc1 (ENSSFOG00015020313)	ENSSFOG00015020270	ENSSFOG00015020256	SEC61A1 (ENSSFOG00015020224)	uroc1 (ENSSFOG00015020177)	ENSSFOG00015020160	MAPKAPK3 (ENSSFOG00015020142)	ENSSFOG00015020135	ENSSFOG00015020095	arpc4 (ENSSFOG00015020071)	tada3l (ENSSFOG00015020043)	h1-10 (ENSSFOG00015030761)	rab7a (ENSSFOG00015020012)	ENSSFOG00015019989	GATA2 (ENSSFOG00015019978)	ruvbl1 (ENSSFOG00015019948) #22	mustn1a (ENSSFOG00015025456)	stimate (ENSSFOG00015019920)	SFMBT1 (ENSSFOG00015019899)	prkcda (ENSSFOG00015019846)	FGD5 (ENSSFOG00015019804)	ENSSFOG00015019787	ENSSFOG00015029961	crbn (ENSSFOG00015019757)	ENSSFOG00015019749	ENSSFOG00015019709	lrrn1 (ENSSFOG00015025870)	sumf1 (ENSSFOG00015019671)	ITPR1 (ENSSFOG00015019501)	bhlhe40 (ENSSFOG00015024843)	arl8ba (ENSSFOG00015019411)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	79	uqcrc1 (ENSPKIG00000025404)	ENSPKIG00000025392	ENSPKIG00000025385	ENSPKIG00000025382	ip6k2a (ENSPKIG00000025378)	SEC61A1 (ENSPKIG00000025371)	uroc1 (ENSPKIG00000025363)	MAPKAPK3 (ENSPKIG00000025357)	ENSPKIG00000025351	ENSPKIG00000025339	arpc4 (ENSPKIG00000025331)	tada3l (ENSPKIG00000025324)	h1-10 (ENSPKIG00000025319)	RAB7A (ENSPKIG00000025312)	GATA2 (ENSPKIG00000025299)	ruvbl1 (ENSPKIG00000025291) #22	mustn1a (ENSPKIG00000025285)	stimate (ENSPKIG00000025280)	SFMBT1 (ENSPKIG00000025255)	prkcda (ENSPKIG00000025236)	ENSPKIG00000025226	ENSPKIG00000025218	ghrl (ENSPKIG00000025212)	ENSPKIG00000025206	crbn (ENSPKIG00000025188)	ENSPKIG00000025177	ENSPKIG00000025171	lrrn1 (ENSPKIG00000025164)	ENSPKIG00000025159	sumf1 (ENSPKIG00000025148)	ENSPKIG00000025137
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	161										ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.b.d	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000159521	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00390000006679.a.e	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT01030000235281	ENSGT00500000045104
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Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000166464	ENSGT00940000154791	ENSGT00940000154089.a.c	ENSGT00950000182835.c.d.c.a	ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00940000153655.B	ENSGT00440000033958	ENSGT01010000222866	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00940000153804.B
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158314.d.b	ENSGT00940000156310.o.f	ENSGT00390000003721.d.a.h.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00940000175089	ENSGT00940000154089.a.d.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b.d	ENSGT00390000016233.e.b.a	ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.a.b	ENSGT00940000165491.b	ENSGT00940000156315.e.a.b	ENSGT00940000158170.c.a.a	ENSGT00940000158170.c.b	ENSGT00940000153556.A.k #22	ENSGT00940000157363.j.b	ENSGT00940000155327.h.e	ENSGT00940000157922.a.a	ENSGT00440000033958	ENSGT01010000222866	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.c	ENSGT00390000016404.i	ENSGT00940000154281.e	ENSGT00940000156107.e.b.k	ENSGT00940000159521.n	ENSGT00390000002517.a.b.a	ENSGT00390000002517.b.i	ENSGT00940000158308.b.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b.a	ENSGT00940000158314.d.b	ENSGT00940000156310.o.f	ENSGT00390000003721.d.a.h.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00940000175089	ENSGT00940000154089.a.d.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b.d	ENSGT00390000016233.e.b.a	ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.a.b	ENSGT00940000165491.b	ENSGT00940000156315.e.a.b	ENSGT00940000158170.c.a.a	ENSGT00940000153556.A.k #22	ENSGT00940000157363.j.b	ENSGT00390000011390.j	ENSGT00940000155327.h.e	ENSGT00940000157922.a.a	ENSGT00440000033958	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.d	ENSGT00390000016404.j	ENSGT00940000154281.f	ENSGT00940000156107.e.b.l	ENSGT00940000165468.g	ENSGT00940000159521.m	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000158308.b.b	ENSGT00940000165909.d.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063849.A.a.c	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b.a	ENSGT00940000158314.d.b	ENSGT00940000156310.o.f	ENSGT00390000003721.d.a.h.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00940000175089	ENSGT00940000154089.a.d.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b.d	ENSGT00390000016233.e.b.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.a.b	ENSGT00940000165491.b	ENSGT00940000156315.e.a.b	ENSGT00940000153556.A.k #22	ENSGT00940000157363.j.b	ENSGT00390000011390.j	ENSGT00940000155327.h.e	ENSGT00940000157922.a.a	ENSGT00440000033958	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.d	ENSGT00390000016404.j	ENSGT00940000154281.f	ENSGT00940000156107.e.b.l	ENSGT00940000159521.m	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000158308.b.b	ENSGT00940000165909.d.a	ENSGT00950000183019.f.b.a.b
River trout	MODERN SPECIES	5	inka1a (ENSSTUG00000022898)	ENSSTUG00000022773	ENSSTUG00000022759	tmcc2 (ENSSTUG00000022738)	ip6k2b (ENSSTUG00000022707)	SEC61A1 (ENSSTUG00000022561)	CHCHD4 (ENSSTUG00000022549)	ENSSTUG00000022537	MAPKAPK3 (ENSSTUG00000021163)	pfkfb4b (ENSSTUG00000020752)	ENSSTUG00000020527	h1-10 (ENSSTUG00000020520)	ENSSTUG00000020457	ENSSTUG00000020446	GATA2 (ENSSTUG00000020429)	ruvbl1 (ENSSTUG00000020290) #22	SFMBT1 (ENSSTUG00000020091)	RFT1 (ENSSTUG00000020046)	prkcda (ENSSTUG00000018744)	FGD5 (ENSSTUG00000018633)	ghrl (ENSSTUG00000018611)	tatdn2 (ENSSTUG00000018606)	vhl (ENSSTUG00000018597)	ENSSTUG00000018593	ENSSTUG00000018585	crbn (ENSSTUG00000018513)	pa2g4a (ENSSTUG00000018420)	ERBB3 (ENSSTUG00000017403)	fkbp11 (ENSSTUG00000017344)	ENSSTUG00000017336	ENSSTUG00000017325
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153769.E.i.b	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b.a	ENSGT00940000158314.d.b	ENSGT00940000156310.o.f	ENSGT00390000003721.d.a.h.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00940000175089	ENSGT00940000154089.a.d.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b.d	ENSGT00390000016233.e.b.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.a.b	ENSGT00940000165491.b	ENSGT00940000156315.e.a.b	ENSGT00940000158170.c.a.a	ENSGT00940000153556.A.k #22	ENSGT00940000157363.j.b	ENSGT00940000155327.h.e	ENSGT00940000157922.a.a	ENSGT00440000033958.n	ENSGT01010000222866	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.c	ENSGT00390000016404.i	ENSGT00940000154281.e	ENSGT00940000156107.e.b.k	ENSGT00940000159521.n	ENSGT00390000002517.a.b.a	ENSGT00940000158308.b.a	ENSGT00390000007809.a.f
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153769.E.i.b	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b.a	ENSGT00940000158314.d.b	ENSGT00940000156310.o.f	ENSGT00390000003721.d.a.h.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00940000175089	ENSGT00940000154089.a.d.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b.d	ENSGT00390000016233.e.b.a	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.a.a.b	ENSGT00940000165491.b	ENSGT00940000156315.e.a.b	ENSGT00940000158170.c.a.a	ENSGT00940000153556.A.k #22	ENSGT00940000157363.j.b	ENSGT00940000155327.h.e	ENSGT00940000157922.a.a	ENSGT00440000033958.n	ENSGT01010000222866	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.c	ENSGT00390000016404.i	ENSGT00940000154281.e	ENSGT00940000156107.e.b.k	ENSGT00940000159521.n	ENSGT00390000002517.a.b.a	ENSGT00940000158308.b.a	ENSGT00390000007809.a.f
Coho salmon	MODERN SPECIES		inka1a (ENSOKIG00005008511)	ENSOKIG00005008285	TMCC2 (ENSOKIG00005008268)	ip6k2b (ENSOKIG00005008249)	SEC61A1 (ENSOKIG00005008148)	CHCHD4 (ENSOKIG00005008138)	ENSOKIG00005008131	MAPKAPK3 (ENSOKIG00005006432)	pfkfb4b (ENSOKIG00005006222)	arpc4 (ENSOKIG00005006128)	h1-10 (ENSOKIG00005006104)	ENSOKIG00005006061	ENSOKIG00005006035	GATA2 (ENSOKIG00005006017)	eefsec (ENSOKIG00005005989)	ruvbl1 (ENSOKIG00005005968) #22	SFMBT1 (ENSOKIG00005005926)	PRKCD (ENSOKIG00005004713)	FGD5 (ENSOKIG00005004586)	ghrl (ENSOKIG00005004560)	tatdn2 (ENSOKIG00005004540)	vhl (ENSOKIG00005004514)	ENSOKIG00005004503	crbn (ENSOKIG00005004423)	pa2g4a (ENSOKIG00005004327)	ERBB3 (ENSOKIG00005003569)	ENSOKIG00005003370	IKZF4 (ENSOKIG00005003349)	LMBR1L (ENSOKIG00005003280)	ENSOKIG00005003257	prkag1 (ENSOKIG00005002811)
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Huchen	MODERN SPECIES	613														ENSHHUG00000032449	ENSHHUG00000032448	ruvbl1 (ENSHHUG00000032442) #22	SFMBT1 (ENSHHUG00000032431)	prkcda (ENSHHUG00000032242)	FGD5 (ENSHHUG00000032188)	ENSHHUG00000032158	ENSHHUG00000032148	ghrl (ENSHHUG00000032138)	tatdn2 (ENSHHUG00000032131)	vhl (ENSHHUG00000032124)	ENSHHUG00000032121	ENSHHUG00000032116	crbn (ENSHHUG00000032099)	pa2g4a (ENSHHUG00000032021)	ERBB3 (ENSHHUG00000031888)	fkbp11 (ENSHHUG00000031879)	rps26 (ENSHHUG00000031872)
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Huchen	MODERN SPECIES	1516										ENSHHUG00000046101	ENSHHUG00000046042	ENSHHUG00000046036	GATA2 (ENSHHUG00000046005)	ENSHHUG00000046003	eefsec (ENSHHUG00000045985)	ruvbl1 (ENSHHUG00000045951) #22	mustn1a (ENSHHUG00000045946)	SFMBT1 (ENSHHUG00000045931)	RFT1 (ENSHHUG00000045907)	prkcda (ENSHHUG00000045776)	ENSHHUG00000045764
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153769.E.i.a	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b.b	ENSGT00940000158314.d.a	ENSGT00940000156310.o.e	ENSGT00390000003721.d.a.h.a	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d.b	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b.c	ENSGT00390000016233.e.b.b	ENSGT00940000155864.a.a.a	ENSGT00940000165491.a	ENSGT00940000156315.e.a.a	ENSGT00940000158170.d	ENSGT00940000153556.A.l #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00940000157363.j.a	ENSGT00390000011390.i	ENSGT00940000155327.h.f
Oncorhynchus	DUPLICATION
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Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00530000063849.A.a.d	ENSGT00940000153769.E.i.a	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b.b	ENSGT00940000158314.d.a	ENSGT00940000156310.o.e	ENSGT00390000003721.d.a.h.a	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d.b	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b.c	ENSGT00390000016233.e.b.b	ENSGT00940000155864.a.a.a	ENSGT00940000165491.a	ENSGT00940000156315.e.a.a	ENSGT00940000158170.d	ENSGT00940000153556.A.l.a #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00940000157363.j.a	ENSGT00390000011390.i	ENSGT00940000155327.h.f	ENSGT00940000157922.a.b	ENSGT00440000033958.m	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.d	ENSGT00390000016404.j	ENSGT00940000154281.f	ENSGT00940000156107.e.b.l	ENSGT00940000165468.g	ENSGT00940000159521.m	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000158308.b.b
Coho salmon	MODERN SPECIES	25	ENSOKIG00005012302	TMCC2 (ENSOKIG00005012281)	ip6k2b (ENSOKIG00005012265)	SEC61A1 (ENSOKIG00005011945)	uroc1 (ENSOKIG00005011751)	MAPKAPK3 (ENSOKIG00005011677)	ENSOKIG00005011661	pfkfb4b (ENSOKIG00005011455)	ARPC4 (ENSOKIG00005011327)	ENSOKIG00005011249	ENSOKIG00005011242	GATA2 (ENSOKIG00005011235)	ENSOKIG00005011232	ENSOKIG00005011202	eefsec (ENSOKIG00005011195)	ruvbl1 (ENSOKIG00005011157) #22	mustn1a (ENSOKIG00005011144)	SFMBT1 (ENSOKIG00005011070)	RFT1 (ENSOKIG00005010914)	prkcda (ENSOKIG00005009824)	FGD5 (ENSOKIG00005009651)	ccdc174 (ENSOKIG00005009622)	ENSOKIG00005009616	CRBN (ENSOKIG00005009570)	pa2g4a (ENSOKIG00005009354)	ERBB3 (ENSOKIG00005007688)	ENSOKIG00005007572	fkbp11 (ENSOKIG00005007556)	ccdc65 (ENSOKIG00005007545)	IKZF4 (ENSOKIG00005007537)	rhebl1 (ENSOKIG00005007502)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	31	inka1a (ENSOTSG00005009248)	ENSOTSG00005009246	ENSOTSG00005009245	tmcc2 (ENSOTSG00005009244)	ip6k2b (ENSOTSG00005009243)	SEC61A1 (ENSOTSG00005009216)	uroc1 (ENSOTSG00005009189)	ENSOTSG00005009188	ENSOTSG00005009187	pfkfb4b (ENSOTSG00005009160)	arpc4 (ENSOTSG00005009156)	ENSOTSG00005009128	ENSOTSG00005009126	GATA2 (ENSOTSG00005009125)	eefsec (ENSOTSG00005009123)	ruvbl1 (ENSOTSG00005009122) #22	mustn1a (ENSOTSG00005009120)	ENSOTSG00005009119	SFMBT1 (ENSOTSG00005009117)	RFT1 (ENSOTSG00005009115)	prkcda (ENSOTSG00005007622)	FGD5 (ENSOTSG00005007591)	ccdc174 (ENSOTSG00005007584)	ENSOTSG00005007581	crbn (ENSOTSG00005007579)	pa2g4a (ENSOTSG00005007569)	ERBB3 (ENSOTSG00005003431)	ENSOTSG00005003398	fkbp11 (ENSOTSG00005003391)	ccdc65 (ENSOTSG00005003388)	ENSOTSG00005003384
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000157459.a.h	ENSGT00940000163503.B.d.e	ENSGT00940000153446.b.w	ENSGT00940000157575	ENSGT00950000182945.b.a.a.b.b.b.u	ENSGT00940000154645.A.e.b	ENSGT00940000155646.l	ENSGT01030000234517.C.f	ENSGT00940000154164.c.b.h	ENSGT00940000161952.d	ENSGT00940000156143.a.b.b	ENSGT00940000155610.o.a.b	ENSGT00940000153295.b.j.a	ENSGT00530000063426.b.b.j	ENSGT00940000154798.a.d.b.f	ENSGT00940000153556.A.l.b #22	ENSGT01070000253766.A.a.a.b.a.b.c	ENSGT00510000046470.a.b.e	ENSGT00940000154096.b.b.a.f	ENSGT00940000158432.d	ENSGT00390000018199.a.f	ENSGT00390000003316.c.b.a.f.b	ENSGT00940000156891.a.b.d	ENSGT00940000157501.f	ENSGT00940000159887.b	ENSGT00940000154746.a.b	ENSGT00950000182772.A.a.b.`b.b.h	ENSGT00940000154862.x.a.b.a.b	ENSGT00390000016478.e.a	ENSGT00940000164834.b.f	ENSGT01030000234517.H.a.f
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000163503.B.c.l	ENSGT00940000163503.B.d.f.a.b.b.a	ENSGT00940000153446.b.w	ENSGT00940000157575	ENSGT00950000182945.b.a.a.b.b.b.u	ENSGT00940000154645.A.e.b	ENSGT00940000155646.l	ENSGT01030000234517.C.f	ENSGT00940000154164.c.b.h	ENSGT00940000161952.d	ENSGT00940000156143.a.b.b	ENSGT00940000155610.o.a.b	ENSGT00940000153295.b.j.a	ENSGT00530000063426.b.b.j	ENSGT00940000154798.a.d.b.f	ENSGT00940000153556.A.l.b #22	ENSGT01070000253766.A.a.a.b.a.b.c	ENSGT00510000046470.a.b.e	ENSGT00940000154096.b.b.a.f	ENSGT00940000158432.d	ENSGT00990000211308	ENSGT00390000003316.c.b.a.f.b	ENSGT00940000156891.a.b.d	ENSGT00940000157501.f	ENSGT00940000159887.b	ENSGT00940000154746.a.b	ENSGT00950000182772.A.a.b.`b.b.h	ENSGT00940000154862.x.a.b.a.b	ENSGT00390000016478.e.a	ENSGT00940000164834.b.f	ENSGT01030000234517.H.a.f
Coho salmon	MODERN SPECIES	13	RHOB (ENSOKIG00005025169)	HPCAL1 (ENSOKIG00005025132)	PDIA6 (ENSOKIG00005024230)	ENSOKIG00005024158	ROCK2 (ENSOKIG00005023725)	SOBP (ENSOKIG00005023687)	ENSOKIG00005023643	ENSOKIG00005023636	SIM1 (ENSOKIG00005023595)	ENSOKIG00005019325	ENSOKIG00005019011	ENSOKIG00005018990	LIN28B (ENSOKIG00005018979)	PREP (ENSOKIG00005018549)	ENSOKIG00005018516	RUVBL1 (ENSOKIG00005018508) #22	xkr5a (ENSOKIG00005018502)	TRAM2 (ENSOKIG00005018456)	ENSOKIG00005018435	mycn (ENSOKIG00005018427)	ENSOKIG00005018312	erh (ENSOKIG00005018282)	paplnb (ENSOKIG00005018269)	ENSOKIG00005018255	zbtb1 (ENSOKIG00005018245)	ENSOKIG00005018243	ENSOKIG00005018239	MTHFD1 (ENSOKIG00005013727)	ENSOKIG00005029571	CKB (ENSOKIG00005029444)	ENSOKIG00005029432
Chinook salmon	MODERN SPECIES	355															ENSOTSG00005024249	RUVBL1 (ENSOTSG00005024247) #22	xkr5a (ENSOTSG00005024245)	tram2 (ENSOTSG00005024140)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	25	RHOB (ENSOMYG00000000043)	ENSOMYG00000062632	ENSOMYG00000021814	ENSOMYG00000021806	ENSOMYG00000020930	ENSOMYG00000020007	ENSOMYG00000040932	ENSOMYG00000019884	ENSOMYG00000064401	ENSOMYG00000019809	ENSOMYG00000019769	ENSOMYG00000019653	ENSOMYG00000019544	ENSOMYG00000019419	ENSOMYG00000019359	ENSOMYG00000019353 #22	xkr5a (ENSOMYG00000019346)	ENSOMYG00000019196	ENSOMYG00000019154	mycn (ENSOMYG00000019114)	smek1 (ENSOMYG00000018278)	erh (ENSOMYG00000018223)	paplnb (ENSOMYG00000018193)	zbtb1 (ENSOMYG00000018187)	ENSOMYG00000018183	MTHFD1 (ENSOMYG00000017946)	CKB (ENSOMYG00000017756)	ENSOMYG00000017740	ENSOMYG00000016375	ENSOMYG00000058917	ENSOMYG00000028310
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00530000063849.A.a.d	ENSGT00940000153769.E.i.a	ENSGT00990000209977.b.b.b.b	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b.b	ENSGT00940000158314.d.a	ENSGT00940000156310.o.e	ENSGT00390000003721.d.a.h.a	ENSGT00390000015136	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b.c	ENSGT00390000016233.e.b.b	ENSGT00940000155864.a.a.a	ENSGT00940000165491.a	ENSGT00940000156315.e.a.a	ENSGT00940000158170.d	ENSGT00940000153556.A.l #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00940000157363.j.a	ENSGT00390000011390.i	ENSGT00940000155327.h.f	ENSGT00940000157922.a.b
River trout	MODERN SPECIES	7	ENSSTUG00000023816	ENSSTUG00000023840	ENSSTUG00000023844	ENSSTUG00000023855	tmcc2 (ENSSTUG00000023862)	ip6k2b (ENSSTUG00000023913)	SEC61A1 (ENSSTUG00000023938)	uroc1 (ENSSTUG00000024351)	ENSSTUG00000025864	pfkfb4b (ENSSTUG00000025941)	ENSSTUG00000027467	ENSSTUG00000027590	ENSSTUG00000027631	GATA2 (ENSSTUG00000027643)	eefsec (ENSSTUG00000027652)	ruvbl1 (ENSSTUG00000027661) #22	mustn1a (ENSSTUG00000001861)	SFMBT1 (ENSSTUG00000002068)	RFT1 (ENSSTUG00000002405)	prkcda (ENSSTUG00000002467)	FGD5 (ENSSTUG00000003497)	ENSSTUG00000003522	ccdc174 (ENSSTUG00000003528)	ENSSTUG00000003587	crbn (ENSSTUG00000003595)	pa2g4a (ENSSTUG00000003649)	ERBB3 (ENSSTUG00000003773)	fkbp11 (ENSSTUG00000005981)	ccdc65 (ENSSTUG00000006013)	ENSSTUG00000006021	IKZF4 (ENSSTUG00000006031)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	14	ENSSSAG00000070457	ENSSSAG00000096180	ENSSSAG00000117657	ENSSSAG00000115026	ip6k2b (ENSSSAG00000070446)	ENSSSAG00000070419	uroc1 (ENSSSAG00000070156)	ENSSSAG00000070117	pfkfb4b (ENSSSAG00000068630)	ENSSSAG00000068588	ENSSSAG00000068576	ENSSSAG00000111922	GATA2 (ENSSSAG00000068560)	ENSSSAG00000095976	eefsec (ENSSSAG00000068556)	ruvbl1 (ENSSSAG00000068553) #22	ENSSSAG00000095708	ENSSSAG00000068538	ENSSSAG00000067778	ENSSSAG00000067755	ENSSSAG00000067751	ENSSSAG00000045884	ENSSSAG00000100661	ENSSSAG00000120001	pa2g4a (ENSSSAG00000067684)	ENSSSAG00000057321	fkbp11 (ENSSSAG00000057146)	ccdc65 (ENSSSAG00000057132)	ENSSSAG00000057115	ENSSSAG00000102004	ENSSSAG00000110269
Northern pike	MODERN SPECIES	16	ENSELUG00000017114	tmcc2 (ENSELUG00000017109)	ip6k2b (ENSELUG00000017068)	SEC61A1 (ENSELUG00000017047)	CHCHD4 (ENSELUG00000034480)	uroc1 (ENSELUG00000016979)	ENSELUG00000016883	ENSELUG00000033243	pfkfb4b (ENSELUG00000016845)	arpc4 (ENSELUG00000016753)	h1-10 (ENSELUG00000016694)	ENSELUG00000016682	ENSELUG00000016660	GATA2 (ENSELUG00000016644)	eefsec (ENSELUG00000016632)	ruvbl1 (ENSELUG00000016608) #22	mustn1a (ENSELUG00000016577)	RFT1 (ENSELUG00000016553)	prkcda (ENSELUG00000006789)	FGD5 (ENSELUG00000016482)	ccdc174 (ENSELUG00000016454)	tatdn2 (ENSELUG00000016441)	vhl (ENSELUG00000016421)	ENSELUG00000016400	crbn (ENSELUG00000016386)	pa2g4a (ENSELUG00000016357)	ERBB3 (ENSELUG00000016292)	fkbp11 (ENSELUG00000016161)	ccdc65 (ENSELUG00000016185)	IKZF4 (ENSELUG00000016122)	LMBR1L (ENSELUG00000016107)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.f	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607
Cod	MODERN SPECIES	4	emc3 (ENSGMOG00000007821)	ENSGMOG00000007810	slc38a3a (ENSGMOG00000007805)	ENSGMOG00000029301	inka1a (ENSGMOG00000030922)	ENSGMOG00000007762	ENSGMOG00000007761	ip6k2b (ENSGMOG00000007756)	ENSGMOG00000007753	ENSGMOG00000007740	pfkfb4b (ENSGMOG00000007724)	arpc4 (ENSGMOG00000007717)	ENSGMOG00000007712	ENSGMOG00000036390	GATA2 (ENSGMOG00000027399)	ruvbl1 (ENSGMOG00000007699) #22	ENSGMOG00000030424	ENSGMOG00000007691	ENSGMOG00000007681	ENSGMOG00000007673	ccdc174 (ENSGMOG00000007664)	ENSGMOG00000007658	ENSGMOG00000007654	ENSGMOG00000024854	vhl (ENSGMOG00000007647)	crbn (ENSGMOG00000007635)	ENSGMOG00000024842	ENSGMOG00000007607	ENSGMOG00000004803	ENSGMOG00000007595	ccdc65 (ENSGMOG00000007573)
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	19	slc38a3a (ENSMMDG00005015215)	gnai2a (ENSMMDG00005015255)	inka1a (ENSMMDG00005015260)	ENSMMDG00005015279	ip6k2b (ENSMMDG00005015291)	sec61a1 (ENSMMDG00005015300)	ENSMMDG00005015332	uroc1 (ENSMMDG00005015335)	MAPKAPK3 (ENSMMDG00005015339)	pfkfb4b (ENSMMDG00005015443)	arpc4 (ENSMMDG00005021200)	ENSMMDG00005021229	ENSMMDG00005021241	GATA2 (ENSMMDG00005021242)	eefsec (ENSMMDG00005021249)	ruvbl1 (ENSMMDG00005021263) #22	ENSMMDG00005021270	RFT1 (ENSMMDG00005021274)	prkcda (ENSMMDG00005021282)	ENSMMDG00005021296	ccdc174 (ENSMMDG00005021301)	ENSMMDG00005021314	tatdn2 (ENSMMDG00005021317)	vhl (ENSMMDG00005021319)	ENSMMDG00005021320	crbn (ENSMMDG00005021323)	pa2g4a (ENSMMDG00005021330)	ERBB3 (ENSMMDG00005021353)	arf3b (ENSMMDG00005021373)	fkbp11 (ENSMMDG00005021374)	RPS26 (ENSMMDG00005021376)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00950000184693	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	295	inka1a (ENSHCOG00000004458)	ENSHCOG00000004434	ENSHCOG00000004406	ENSHCOG00000000690	ip6k2b (ENSHCOG00000004338)	sec61a1 (ENSHCOG00000004318)	CHCHD4 (ENSHCOG00000004289)	uroc1 (ENSHCOG00000004286)	MAPKAPK3 (ENSHCOG00000004272)	pfkfb4b (ENSHCOG00000004246)	arpc4 (ENSHCOG00000004231)	ENSHCOG00000004225	GATA2 (ENSHCOG00000004205)	eefsec (ENSHCOG00000004193)	ENSHCOG00000004182	ruvbl1 (ENSHCOG00000004175) #22	ENSHCOG00000004165	RFT1 (ENSHCOG00000000111)	RFT1 (ENSHCOG00000004148)	prkcda (ENSHCOG00000004118)	ENSHCOG00000000108	ccdc174 (ENSHCOG00000004005)	tatdn2 (ENSHCOG00000003987)	ENSHCOG00000003978	ENSHCOG00000003969	vhl (ENSHCOG00000003935)	crbn (ENSHCOG00000003921)	pa2g4a (ENSHCOG00000003886)	ENSHCOG00000003869	ENSHCOG00000003862	os9 (ENSHCOG00000003854)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00950000184693	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000175564	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000173262	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000175564	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157127.b	ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157127.b	ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Climbing perch	MODERN SPECIES	18	ENSATEG00000003705	ENSATEG00000003327	ENSATEG00000027130	ip6k2b (ENSATEG00000003144)	sec61a1 (ENSATEG00000003131)	ENSATEG00000026353	uroc1 (ENSATEG00000003022)	ENSATEG00000003016	ENSATEG00000003007	pfkfb4b (ENSATEG00000002894)	arpc4 (ENSATEG00000002977)	ENSATEG00000002860	ENSATEG00000002816	GATA2 (ENSATEG00000002807)	eefsec (ENSATEG00000002753)	ruvbl1 (ENSATEG00000002676) #22	mustn1a (ENSATEG00000002723)	ENSATEG00000002648	ENSATEG00000002574	ENSATEG00000002546	ccdc174 (ENSATEG00000002494)	ENSATEG00000002475	tatdn2 (ENSATEG00000002430)	vhl (ENSATEG00000002425)	ENSATEG00000002393	crbn (ENSATEG00000002348)	pa2g4a (ENSATEG00000002303)	ENSATEG00000001985	arf3b (ENSATEG00000025182)	fkbp11 (ENSATEG00000001919)	ENSATEG00000001893
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	16	RBM5 (ENSBSLG00000012897)	slc38a3a (ENSBSLG00000010942)	ENSBSLG00000010649	inka1a (ENSBSLG00000010584)	ENSBSLG00000010063	ip6k2b (ENSBSLG00000010012)	sec61a1 (ENSBSLG00000009757)	CHCHD4 (ENSBSLG00000009690)	uroc1 (ENSBSLG00000009528)	pfkfb4b (ENSBSLG00000007015)	arpc4 (ENSBSLG00000006712)	ENSBSLG00000006576	ENSBSLG00000006510	GATA2 (ENSBSLG00000006466)	eefsec (ENSBSLG00000006406)	ruvbl1 (ENSBSLG00000006353) #22	mustn1a (ENSBSLG00000006315)	RFT1 (ENSBSLG00000006079)	prkcda (ENSBSLG00000005927)	ENSBSLG00000005911	ENSBSLG00000005487	ccdc174 (ENSBSLG00000005375)	ENSBSLG00000005362	ENSBSLG00000020300	ENSBSLG00000005353	vhl (ENSBSLG00000020287)	ENSBSLG00000020284	crbn (ENSBSLG00000020189)	pa2g4a (ENSBSLG00000020108)	ENSBSLG00000019343	arf3b (ENSBSLG00000019321)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	19	slc38a3a (ENSMAMG00000023949)	ENSMAMG00000023950	inka1a (ENSMAMG00000023951)	ENSMAMG00000023954	ip6k2b (ENSMAMG00000023955)	sec61a1 (ENSMAMG00000023956)	ENSMAMG00000023957	uroc1 (ENSMAMG00000023958)	ENSMAMG00000023959	pfkfb4b (ENSMAMG00000023960)	arpc4 (ENSMAMG00000023961)	ENSMAMG00000023962	ENSMAMG00000023952	GATA2 (ENSMAMG00000023963)	eefsec (ENSMAMG00000023964)	ruvbl1 (ENSMAMG00000023965) #22	ENSMAMG00000023966	ENSMAMG00000023967	ENSMAMG00000023968	ENSMAMG00000000305	ccdc174 (ENSMAMG00000000318)	ENSMAMG00000000322	ENSMAMG00000024289	vhl (ENSMAMG00000000813)	ENSMAMG00000000823	crbn (ENSMAMG00000026225)	pa2g4a (ENSMAMG00000000921)	ENSMAMG00000001029	arf3b (ENSMAMG00000001681)	fkbp11 (ENSMAMG00000001699)	ENSMAMG00000027370
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000173262	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000175564	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154368.t	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000175564	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	10		ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000175564	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Greater amberjack	MODERN SPECIES	37		ENSSDUG00000008334	ENSSDUG00000008306	ip6k2b (ENSSDUG00000008281)	sec61a1 (ENSSDUG00000008244)	CHCHD4 (ENSSDUG00000008191)	uroc1 (ENSSDUG00000008148)	MAPKAPK3 (ENSSDUG00000008139)	pfkfb4b (ENSSDUG00000008055)	arpc4 (ENSSDUG00000008023)	ENSSDUG00000008011	ENSSDUG00000007996	GATA2 (ENSSDUG00000007954)	eefsec (ENSSDUG00000007924)	ENSSDUG00000007915	ruvbl1 (ENSSDUG00000007880) #22	RFT1 (ENSSDUG00000007862)	prkcda (ENSSDUG00000007800)	ENSSDUG00000007751	ccdc174 (ENSSDUG00000007738)	ENSSDUG00000007720	tatdn2 (ENSSDUG00000007710)	vhl (ENSSDUG00000007705)	ENSSDUG00000007676	crbn (ENSSDUG00000007636)	pa2g4a (ENSSDUG00000007594)	ERBB3 (ENSSDUG00000007540)	arf3b (ENSSDUG00000007524)	fkbp11 (ENSSDUG00000007495)	rps26 (ENSSDUG00000007482)	IKZF4 (ENSSDUG00000007335)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3054			ENSSLDG00000024545	ENSSLDG00000024787	ip6k2b (ENSSLDG00000024822)	sec61a1 (ENSSLDG00000024833)	CHCHD4 (ENSSLDG00000024855)	uroc1 (ENSSLDG00000024860)	MAPKAPK3 (ENSSLDG00000024882)	pfkfb4b (ENSSLDG00000024924)	arpc4 (ENSSLDG00000024955)	ENSSLDG00000024959	ENSSLDG00000024964	GATA2 (ENSSLDG00000024970)	eefsec (ENSSLDG00000024985)	ruvbl1 (ENSSLDG00000024997) #22	mustn1a (ENSSLDG00000025025)	RFT1 (ENSSLDG00000025029)	prkcda (ENSSLDG00000025034)	ENSSLDG00000025052	ccdc174 (ENSSLDG00000025091)	ENSSLDG00000025098	ENSSLDG00000025101	vhl (ENSSLDG00000025103)	ENSSLDG00000025106	crbn (ENSSLDG00000025110)	pa2g4a (ENSSLDG00000025118)	ERBB3 (ENSSLDG00000025128)	arf3b (ENSSLDG00000025143)	fkbp11 (ENSSLDG00000025145)	rps26 (ENSSLDG00000025152)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	44									MAPKAPK3 (ENSLCAG00010018383)	pfkfb4b (ENSLCAG00010018308)	arpc4 (ENSLCAG00010018226)	ENSLCAG00010018218	ENSLCAG00010018216	GATA2 (ENSLCAG00010018215)	eefsec (ENSLCAG00010018214)	ruvbl1 (ENSLCAG00010018211) #22	mustn1a (ENSLCAG00010018208)	RFT1 (ENSLCAG00010018206)	prkcda (ENSLCAG00010018192)	ENSLCAG00010018182	ccdc174 (ENSLCAG00010018180)	ENSLCAG00010018179	tatdn2 (ENSLCAG00010018177)	vhl (ENSLCAG00010018175)	ENSLCAG00010018171	crbn (ENSLCAG00010018158)	pa2g4a (ENSLCAG00010018150)	ENSLCAG00010018145	ENSLCAG00010018139	ENSLCAG00010018134	arf3b (ENSLCAG00010018126)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000173262	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Tongue sole	MODERN SPECIES	2	inka1a (ENSCSEG00000002646)	gnai2a (ENSCSEG00000002650)	slc38a3a (ENSCSEG00000002660)	emc3 (ENSCSEG00000002674)	ENSCSEG00000002686	GPX1 (ENSCSEG00000002707)	fancd2 (ENSCSEG00000002736)	uroc1 (ENSCSEG00000002814)	MAPKAPK3 (ENSCSEG00000002832)	pfkfb4b (ENSCSEG00000002922)	arpc4 (ENSCSEG00000002965)	ENSCSEG00000002970	ENSCSEG00000002979	eefsec (ENSCSEG00000003008)	GATA2 (ENSCSEG00000003034)	ruvbl1 (ENSCSEG00000003041) #22	ENSCSEG00000003050	RFT1 (ENSCSEG00000003052)	prkcda (ENSCSEG00000003057)	ENSCSEG00000003073	ccdc174 (ENSCSEG00000003077)	vhl (ENSCSEG00000003086)	ENSCSEG00000003087	crbn (ENSCSEG00000003091)	arf3b (ENSCSEG00000003101)	ERBB3 (ENSCSEG00000003105)	pa2g4a (ENSCSEG00000003130)	ENSCSEG00000003139	ENSCSEG00000003144	mettl7a.3 (ENSCSEG00000003201)	METTL7B (ENSCSEG00000003205)
Turbot	MODERN SPECIES	18	emc3 (ENSSMAG00000000752)	slc38a3a (ENSSMAG00000000768)	ENSSMAG00000000848	inka1a (ENSSMAG00000034411)	ENSSMAG00000028353	ip6k2b (ENSSMAG00000001168)	sec61a1 (ENSSMAG00000001194)	uroc1 (ENSSMAG00000001228)	ENSSMAG00000001300	pfkfb4b (ENSSMAG00000001321)	arpc4 (ENSSMAG00000025686)	ENSSMAG00000011579	ENSSMAG00000001428	GATA2 (ENSSMAG00000001437)	eefsec (ENSSMAG00000001454)	ruvbl1 (ENSSMAG00000001493) #22	ENSSMAG00000001507	ENSSMAG00000001519	ENSSMAG00000001563	ENSSMAG00000001647	ENSSMAG00000037954	ccdc174 (ENSSMAG00000001684)	ENSSMAG00000001732	tatdn2 (ENSSMAG00000001757)	vhl (ENSSMAG00000001782)	ENSSMAG00000001787	crbn (ENSSMAG00000001794)	pa2g4a (ENSSMAG00000001806)	ENSSMAG00000001824	arf3b (ENSSMAG00000001861)	fkbp11 (ENSSMAG00000001886)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	265	ENSLBEG00000017415	prok2 (ENSLBEG00000017447)	ENSLBEG00000017471	ENSLBEG00000017487	rybpa (ENSLBEG00000017510)	sec61a1 (ENSLBEG00000017523)	CHCHD4 (ENSLBEG00000017549)	uroc1 (ENSLBEG00000017571)	MAPKAPK3 (ENSLBEG00000017649)	pfkfb4b (ENSLBEG00000017699)	arpc4 (ENSLBEG00000017780)	ENSLBEG00000017798	ENSLBEG00000017835	GATA2 (ENSLBEG00000017873)	eefsec (ENSLBEG00000017908)	ruvbl1 (ENSLBEG00000017947) #22	ENSLBEG00000017983	RFT1 (ENSLBEG00000018042)	prkcda (ENSLBEG00000018188)	ENSLBEG00000018259	ccdc174 (ENSLBEG00000018341)	ENSLBEG00000018363	vhl (ENSLBEG00000018383)	ENSLBEG00000018390	crbn (ENSLBEG00000018403)	pa2g4a (ENSLBEG00000018581)	ERBB3 (ENSLBEG00000018932)	arf3b (ENSLBEG00000018992)	fkbp11 (ENSLBEG00000019018)	rps26 (ENSLBEG00000019037)	IKZF4 (ENSLBEG00000019110)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154368.t	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	20	RBM5 (ENSCLMG00005000296)	slc38a3a (ENSCLMG00005000287)	gnai2a (ENSCLMG00005000280)	inka1a (ENSCLMG00005000273)	ENSCLMG00005000227	ip6k2b (ENSCLMG00005000221)	sec61a1 (ENSCLMG00005000137)	CHCHD4 (ENSCLMG00005021070)	uroc1 (ENSCLMG00005020798)	pfkfb4b (ENSCLMG00005018450)	arpc4 (ENSCLMG00005018429)	ENSCLMG00005018408	ENSCLMG00005018405	GATA2 (ENSCLMG00005018403)	eefsec (ENSCLMG00005018401)	ruvbl1 (ENSCLMG00005018400) #22	ENSCLMG00005018398	RFT1 (ENSCLMG00005018397)	prkcda (ENSCLMG00005017263)	ENSCLMG00005017236	ccdc174 (ENSCLMG00005017152)	ENSCLMG00005017150	ENSCLMG00005017149	vhl (ENSCLMG00005017148)	ENSCLMG00005017146	crbn (ENSCLMG00005017144)	pa2g4a (ENSCLMG00005017128)	ERBB3 (ENSCLMG00005011003)	ENSCLMG00005010987	fkbp11 (ENSCLMG00005010986)	rps26 (ENSCLMG00005010985)
Stickleback	MODERN SPECIES	281	ENSGACG00000000837	inka1a (ENSGACG00000000836)	ENSGACG00000000833	ENSGACG00000000832	ENSGACG00000000831	sec61a1 (ENSGACG00000000830)	CHCHD4 (ENSGACG00000000829)	uroc1 (ENSGACG00000000824)	ENSGACG00000000823	pfkfb4b (ENSGACG00000000815)	arpc4 (ENSGACG00000000813)	ENSGACG00000000807	ENSGACG00000000806	GATA2 (ENSGACG00000000801)	eefsec (ENSGACG00000000793)	ruvbl1 (ENSGACG00000000787) #22	RFT1 (ENSGACG00000000786)	prkcda (ENSGACG00000000771)	ENSGACG00000000766	ccdc174 (ENSGACG00000000764)	ENSGACG00000000762	tatdn2 (ENSGACG00000000761)	vhl (ENSGACG00000000755)	ENSGACG00000000754	crbn (ENSGACG00000000750)	ERBB3 (ENSGACG00000000747)	ARF3 (ENSGACG00000000746)	fkbp11 (ENSGACG00000000743)	rps26 (ENSGACG00000000741)	IKZF4 (ENSGACG00000000739)	rhebl1 (ENSGACG00000000729)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	19	gnai2a (ENSCGOG00000019536)	inka1a (ENSCGOG00000020476)	ENSCGOG00000020480	ENSCGOG00000020483	ip6k2b (ENSCGOG00000020488)	sec61a1 (ENSCGOG00000020503)	CHCHD4 (ENSCGOG00000021102)	uroc1 (ENSCGOG00000021104)	MAPKAPK3 (ENSCGOG00000021124)	pfkfb4b (ENSCGOG00000021353)	arpc4 (ENSCGOG00000021484)	ENSCGOG00000021486	ENSCGOG00000021518	GATA2 (ENSCGOG00000021520)	eefsec (ENSCGOG00000021525)	ruvbl1 (ENSCGOG00000021530) #22	ENSCGOG00000021659	RFT1 (ENSCGOG00000021662)	prkcda (ENSCGOG00000021757)	FGD5 (ENSCGOG00000022502)	ccdc174 (ENSCGOG00000022524)	ENSCGOG00000022528	ENSCGOG00000022541	ENSCGOG00000022548	crbn (ENSCGOG00000022551)	pa2g4a (ENSCGOG00000022581)	ERBB3 (ENSCGOG00000002634)	arf3b (ENSCGOG00000002802)	fkbp11 (ENSCGOG00000002906)	rps26 (ENSCGOG00000002915)	IKZF4 (ENSCGOG00000002929)
Pike perch	MODERN SPECIES	73	inka1a (ENSSLUG00000012669)	ENSSLUG00000012679	ENSSLUG00000012723	ip6k2b (ENSSLUG00000012728)	sec61a1 (ENSSLUG00000012739)	ENSSLUG00000012774	uroc1 (ENSSLUG00000012782)	MAPKAPK3 (ENSSLUG00000012807)	ENSSLUG00000012871	pfkfb4b (ENSSLUG00000012904)	arpc4 (ENSSLUG00000012998)	ENSSLUG00000013007	ENSSLUG00000013026	GATA2 (ENSSLUG00000013029)	eefsec (ENSSLUG00000013033)	ruvbl1 (ENSSLUG00000013042) #22	ENSSLUG00000013046	RFT1 (ENSSLUG00000013055)	prkcda (ENSSLUG00000013140)	FGD5 (ENSSLUG00000014124)	ccdc174 (ENSSLUG00000014138)	ENSSLUG00000014145	tatdn2 (ENSSLUG00000014150)	vhl (ENSSLUG00000014158)	ENSSLUG00000014166	crbn (ENSSLUG00000014178)	pa2g4a (ENSSLUG00000014229)	ERBB3 (ENSSLUG00000014443)	arf3b (ENSSLUG00000018220)	fkbp11 (ENSSLUG00000018226)	rps26 (ENSSLUG00000018229)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000153769.E	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	20	gnai2a (ENSSAUG00010013336)	inka1a (ENSSAUG00010013338)	ENSSAUG00010013342	ENSSAUG00010013352	ip6k2b (ENSSAUG00010013353)	sec61a1 (ENSSAUG00010013390)	CHCHD4 (ENSSAUG00010013503)	uroc1 (ENSSAUG00010013505)	MAPKAPK3 (ENSSAUG00010013532)	pfkfb4b (ENSSAUG00010013615)	arpc4 (ENSSAUG00010014019)	ENSSAUG00010014029	ENSSAUG00010014111	GATA2 (ENSSAUG00010014120)	eefsec (ENSSAUG00010014123)	ruvbl1 (ENSSAUG00010014127) #22	mustn1a (ENSSAUG00010014130)	RFT1 (ENSSAUG00010014132)	prkcda (ENSSAUG00010014159)	ENSSAUG00010015087	ccdc174 (ENSSAUG00010015090)	ENSSAUG00010015094	tatdn2 (ENSSAUG00010015098)	vhl (ENSSAUG00010015100)	ENSSAUG00010015103	crbn (ENSSAUG00010015106)	pa2g4a (ENSSAUG00010015133)	ENSSAUG00010015226	arf3b (ENSSAUG00010019248)	fkbp11 (ENSSAUG00010019249)	rps26 (ENSSAUG00010019250)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000153769.E	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	478	ENSLCRG00005013517	ENSLCRG00005013506	ip6k2b (ENSLCRG00005013485)	sec61a1 (ENSLCRG00005013404)	CHCHD4 (ENSLCRG00005013356)	uroc1 (ENSLCRG00005012861)	ENSLCRG00005012554	pfkfb4b (ENSLCRG00005012368)	arpc4 (ENSLCRG00005012328)	ENSLCRG00005012303	ENSLCRG00005012275	GATA2 (ENSLCRG00005012244)	eefsec (ENSLCRG00005012197)	ENSLCRG00005012191	ENSLCRG00005012190	ruvbl1 (ENSLCRG00005012182) #22	mustn1a (ENSLCRG00005012178)	RFT1 (ENSLCRG00005012157)	prkcda (ENSLCRG00005010948)	ENSLCRG00005010720	ENSLCRG00005010669	ccdc174 (ENSLCRG00005010649)	ghrl (ENSLCRG00005010617)	tatdn2 (ENSLCRG00005010602)	vhl (ENSLCRG00005010596)	ENSLCRG00005010592	crbn (ENSLCRG00005010547)	pa2g4a (ENSLCRG00005010477)	ERBB3 (ENSLCRG00005005059)	arf3b (ENSLCRG00005004521)	ENSLCRG00005004493
European seabass	MODERN SPECIES	10	ENSDLAG00005013891	ENSDLAG00005013878	inka1a (ENSDLAG00005013873)	ENSDLAG00005033274	ENSDLAG00005031909	ip6k2b (ENSDLAG00005013848)	sec61a1 (ENSDLAG00005013810)	uroc1 (ENSDLAG00005013600)	ENSDLAG00005013286	pfkfb4b (ENSDLAG00005013067)	arpc4 (ENSDLAG00005013042)	ENSDLAG00005027505	ENSDLAG00005012995	GATA2 (ENSDLAG00005012981)	eefsec (ENSDLAG00005012973)	ruvbl1 (ENSDLAG00005012934) #22	ENSDLAG00005012097	ccdc174 (ENSDLAG00005011740)	ENSDLAG00005011701	tatdn2 (ENSDLAG00005011697)	vhl (ENSDLAG00005032290)	ENSDLAG00005011691	crbn (ENSDLAG00005011604)	pa2g4a (ENSDLAG00005011553)	ENSDLAG00005006351	arf3b (ENSDLAG00005029991)	fkbp11 (ENSDLAG00005006088)	ENSDLAG00005006078	ENSDLAG00005006049	ENSDLAG00005006036	ENSDLAG00005002779
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157127.b	ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.h	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00940000165909
Fugu	MODERN SPECIES	10	emc3 (ENSTRUG00000027298)	slc38a3a (ENSTRUG00000006411)	gnai2a (ENSTRUG00000009040)	inka1a (ENSTRUG00000007378)	ENSTRUG00000030926	ip6k2b (ENSTRUG00000025042)	SEC61A1 (ENSTRUG00000008876)	ENSTRUG00000009075	MAPKAPK3 (ENSTRUG00000009365)	pfkfb4b (ENSTRUG00000009609)	arpc4 (ENSTRUG00000010022)	ENSTRUG00000010082	ENSTRUG00000010242	GATA2 (ENSTRUG00000024174)	eefsec (ENSTRUG00000010327)	ruvbl1 (ENSTRUG00000010451) #22	ENSTRUG00000025824	RFT1 (ENSTRUG00000010604)	prkcda (ENSTRUG00000010650)	ENSTRUG00000011126	ccdc174 (ENSTRUG00000011187)	ENSTRUG00000024284	vhl (ENSTRUG00000020462)	crbn (ENSTRUG00000011346)	pa2g4a (ENSTRUG00000011475)	ERBB3 (ENSTRUG00000011645)	arf3b (ENSTRUG00000027776)	fkbp11 (ENSTRUG00000011977)	rps26 (ENSTRUG00000012049)	IKZF4 (ENSTRUG00000024276)	rhebl1 (ENSTRUG00000020012)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00950000184693	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00950000184693	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00950000184693	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a.f	ENSGT00940000155864.a.a.e	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b.h	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.e.b.g
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a.f	ENSGT00940000155864.a.a.e	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.e.b.g	ENSGT00950000183080.a.a.e.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a.f	ENSGT00940000155864.a.a.e	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b.g	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	665			ENSHBUG00000009351	ip6k2b (ENSHBUG00000009345)	sec61a1 (ENSHBUG00000009299)	ENSHBUG00000009239	uroc1 (ENSHBUG00000009232)	MAPKAPK3 (ENSHBUG00000009166)	pfkfb4b (ENSHBUG00000009150)	arpc4 (ENSHBUG00000009048)	ENSHBUG00000009027	ENSHBUG00000009014	ENSHBUG00000008988	GATA2 (ENSHBUG00000008946)	eefsec (ENSHBUG00000008917)	ruvbl1 (ENSHBUG00000008854) #22	ENSHBUG00000008825	RFT1 (ENSHBUG00000008813)	prkcda (ENSHBUG00000008794)	ENSHBUG00000008701	ccdc174 (ENSHBUG00000008659)	ENSHBUG00000008681	tatdn2 (ENSHBUG00000008617)	vhl (ENSHBUG00000008607)	ENSHBUG00000008584	crbn (ENSHBUG00000008570)	pa2g4a (ENSHBUG00000008558)	ERBB3 (ENSHBUG00000008515)	arf3b (ENSHBUG00000008446)	fkbp11 (ENSHBUG00000000210)	rps26 (ENSHBUG00000008397)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a.f	ENSGT00940000155864.a.a.e	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b.g	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
P. nyererei	MODERN SPECIES	405	inka1a (ENSPNYG00000006256)	ENSPNYG00000006226	ENSPNYG00000006213	ENSPNYG00000006197	ip6k2b (ENSPNYG00000006170)	sec61a1 (ENSPNYG00000006119)	CHCHD4 (ENSPNYG00000006095)	uroc1 (ENSPNYG00000005983)	MAPKAPK3 (ENSPNYG00000005971)	pfkfb4b (ENSPNYG00000005902)	arpc4 (ENSPNYG00000005857)	ENSPNYG00000005809	ENSPNYG00000005780	GATA2 (ENSPNYG00000005758)	eefsec (ENSPNYG00000005726)	ruvbl1 (ENSPNYG00000005685) #22	ENSPNYG00000005663	RFT1 (ENSPNYG00000005652)	prkcda (ENSPNYG00000005574)	ENSPNYG00000005504	ccdc174 (ENSPNYG00000005456)	ENSPNYG00000005438	tatdn2 (ENSPNYG00000005395)	vhl (ENSPNYG00000005380)	ENSPNYG00000005367	crbn (ENSPNYG00000005324)	pa2g4a (ENSPNYG00000005277)	ENSPNYG00000005247
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a.f	ENSGT00940000155864.a.a.e	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b.g.b	ENSGT00940000156107.e.b.g.a	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1108	ENSMZEG00005009616	ip6k2b (ENSMZEG00005009607)	sec61a1 (ENSMZEG00005009580)	ENSMZEG00005009564	uroc1 (ENSMZEG00005009528)	MAPKAPK3 (ENSMZEG00005009519)	ENSMZEG00005009504	pfkfb4b (ENSMZEG00005009459)	arpc4 (ENSMZEG00005009437)	ENSMZEG00005009428	ENSMZEG00005009416	ENSMZEG00005009402	GATA2 (ENSMZEG00005009389)	eefsec (ENSMZEG00005009380)	ENSMZEG00005009368	ruvbl1 (ENSMZEG00005009354) #22	RFT1 (ENSMZEG00005009342)	prkcda (ENSMZEG00005009298)	ENSMZEG00005009274	ccdc174 (ENSMZEG00005009264)	ENSMZEG00005009255	tatdn2 (ENSMZEG00005009247)	vhl (ENSMZEG00005009242)	ENSMZEG00005009226	crbn (ENSMZEG00005009180)	pa2g4a (ENSMZEG00005009163)	ERBB3 (ENSMZEG00005008884)	ENSMZEG00005008727	arf3b (ENSMZEG00005008684)	fkbp11 (ENSMZEG00005008663)	rps26 (ENSMZEG00005008647)
Eastern happy	MODERN SPECIES	17	inka1a (ENSACLG00000024241)	ENSACLG00000024248	ip6k2b (ENSACLG00000024295)	sec61a1 (ENSACLG00000024304)	ENSACLG00000024307	uroc1 (ENSACLG00000024312)	MAPKAPK3 (ENSACLG00000024341)	ENSACLG00000024379	pfkfb4b (ENSACLG00000024396)	arpc4 (ENSACLG00000024447)	ENSACLG00000024456	ENSACLG00000024502	ENSACLG00000024518	GATA2 (ENSACLG00000024538)	eefsec (ENSACLG00000024565)	ruvbl1 (ENSACLG00000024602) #22	ENSACLG00000024642	RFT1 (ENSACLG00000024667)	prkcda (ENSACLG00000024706)	ENSACLG00000024782	ccdc174 (ENSACLG00000024822)	ENSACLG00000024808	ENSACLG00000024846	vhl (ENSACLG00000024860)	ENSACLG00000024862	ENSACLG00000024950	arf3b (ENSACLG00000024971)	fkbp11 (ENSACLG00000024997)	rps26 (ENSACLG00000025004)	IKZF4 (ENSACLG00000025032)	rhebl1 (ENSACLG00000025097)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	458	inka1a (ENSNBRG00000003996)	ENSNBRG00000003688	ENSNBRG00000003650	ip6k2b (ENSNBRG00000003617)	sec61a1 (ENSNBRG00000003565)	ENSNBRG00000003552	uroc1 (ENSNBRG00000003478)	ENSNBRG00000003464	pfkfb4b (ENSNBRG00000003389)	arpc4 (ENSNBRG00000003204)	ENSNBRG00000002825	ENSNBRG00000002772	ENSNBRG00000002728	GATA2 (ENSNBRG00000002433)	eefsec (ENSNBRG00000002387)	ruvbl1 (ENSNBRG00000002332) #22	ENSNBRG00000002376	RFT1 (ENSNBRG00000002232)	prkcda (ENSNBRG00000002170)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	17	slc38a3a (ENSONIG00000019013)	gnai2a (ENSONIG00000019015)	inka1a (ENSONIG00000019016)	ENSONIG00000033315	ip6k2b (ENSONIG00000019025)	sec61a1 (ENSONIG00000019026)	CHCHD4 (ENSONIG00000029628)	uroc1 (ENSONIG00000019028)	MAPKAPK3 (ENSONIG00000019029)	pfkfb4b (ENSONIG00000019031)	arpc4 (ENSONIG00000027973)	ENSONIG00000043190	ENSONIG00000038183	GATA2 (ENSONIG00000019037)	eefsec (ENSONIG00000019038)	ruvbl1 (ENSONIG00000019039) #22	ENSONIG00000036686	RFT1 (ENSONIG00000019040)	prkcda (ENSONIG00000019041)	ENSONIG00000019042	ccdc174 (ENSONIG00000019043)	ENSONIG00000019046	tatdn2 (ENSONIG00000019047)	ENSONIG00000035105	vhl (ENSONIG00000041707)	ENSONIG00000019049	crbn (ENSONIG00000019050)	pa2g4a (ENSONIG00000019051)	ERBB3 (ENSONIG00000019052)	ENSONIG00000042669	arf3 (ENSONIG00000035889)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	720	ENSACIG00000021739	ip6k2b (ENSACIG00000021786)	sec61a1 (ENSACIG00000021806)	ENSACIG00000021827	uroc1 (ENSACIG00000021836)	MAPKAPK3 (ENSACIG00000021912)	ENSACIG00000022142	pfkfb4b (ENSACIG00000022149)	arpc4 (ENSACIG00000022164)	ENSACIG00000022208	ENSACIG00000022381	ENSACIG00000022390	GATA2 (ENSACIG00000022400)	eefsec (ENSACIG00000022407)	ENSACIG00000022412	ruvbl1 (ENSACIG00000022419) #22	mustn1a (ENSACIG00000022459)	RFT1 (ENSACIG00000022470)	prkcda (ENSACIG00000022502)	FGD5 (ENSACIG00000022524)	ccdc174 (ENSACIG00000022551)	ENSACIG00000022594	tatdn2 (ENSACIG00000022709)	vhl (ENSACIG00000022721)	ENSACIG00000022730	crbn (ENSACIG00000022744)	pa2g4a (ENSACIG00000022784)	ENSACIG00000022811	ENSACIG00000022860	arf3b (ENSACIG00000022896)	fkbp11 (ENSACIG00000022905)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154368.t	ENSGT00940000173262	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000154368.t	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154368.t	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00950000182925.C.a.b.d	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00530000066343	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	676											ENSAOCG00000008820	ENSAOCG00000000518	GATA2 (ENSAOCG00000008787)	ENSAOCG00000008739	eefsec (ENSAOCG00000008603)	ruvbl1 (ENSAOCG00000008561) #22	ENSAOCG00000008529	RFT1 (ENSAOCG00000008512)	prkcda (ENSAOCG00000008454)	FGD5 (ENSAOCG00000008381)	ccdc174 (ENSAOCG00000000479)	ENSAOCG00000008259	tatdn2 (ENSAOCG00000008055)	vhl (ENSAOCG00000008040)	ENSAOCG00000008030	crbn (ENSAOCG00000008011)	pa2g4a (ENSAOCG00000007979)	ERBB3 (ENSAOCG00000007874)	ENSAOCG00000007588	arf3b (ENSAOCG00000007571)	fkbp11 (ENSAOCG00000007559)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	20	inka1a (ENSAPEG00000017961)	ENSAPEG00000017663	ENSAPEG00000017511	ip6k2b (ENSAPEG00000017471)	sec61a1 (ENSAPEG00000017426)	CHCHD4 (ENSAPEG00000017415)	uroc1 (ENSAPEG00000017335)	MAPKAPK3 (ENSAPEG00000017312)	pfkfb4b (ENSAPEG00000017264)	arpc4 (ENSAPEG00000017226)	ENSAPEG00000017200	ENSAPEG00000017175	GATA2 (ENSAPEG00000017147)	ENSAPEG00000017127	eefsec (ENSAPEG00000017090)	ruvbl1 (ENSAPEG00000017040) #22	ENSAPEG00000017034	RFT1 (ENSAPEG00000017021)	prkcda (ENSAPEG00000016934)	ENSAPEG00000016777	ENSAPEG00000016754	ccdc174 (ENSAPEG00000016703)	ENSAPEG00000016686	ENSAPEG00000016673	vhl (ENSAPEG00000016667)	ENSAPEG00000016641	crbn (ENSAPEG00000016593)	pa2g4a (ENSAPEG00000016538)	ERBB3 (ENSAPEG00000016343)	arf3b (ENSAPEG00000016302)	fkbp11 (ENSAPEG00000016274)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	97			ENSAPOG00000016656	ENSAPOG00000016384	ip6k2b (ENSAPOG00000016375)	sec61a1 (ENSAPOG00000016333)	CHCHD4 (ENSAPOG00000016271)	uroc1 (ENSAPOG00000016230)	MAPKAPK3 (ENSAPOG00000000454)	pfkfb4b (ENSAPOG00000016145)	arpc4 (ENSAPOG00000016116)	ENSAPOG00000016091	ENSAPOG00000016066	GATA2 (ENSAPOG00000015961)	eefsec (ENSAPOG00000015931)	ruvbl1 (ENSAPOG00000015885) #22	ENSAPOG00000015826	RFT1 (ENSAPOG00000015802)	prkcda (ENSAPOG00000001005)	ENSAPOG00000015700	ccdc174 (ENSAPOG00000015690)	ENSAPOG00000015625	ENSAPOG00000015604	vhl (ENSAPOG00000015587)	ENSAPOG00000015579	crbn (ENSAPOG00000015568)	pa2g4a (ENSAPOG00000015521)	ERBB3 (ENSAPOG00000015464)	ENSAPOG00000015444	arf3b (ENSAPOG00000015419)	fkbp11 (ENSAPOG00000000431)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1187											ENSSPAG00000001423	ENSSPAG00000001383	GATA2 (ENSSPAG00000001362)	eefsec (ENSSPAG00000001320)	mustn1a (ENSSPAG00000001298)	ruvbl1 (ENSSPAG00000001245) #22	RFT1 (ENSSPAG00000001191)	prkcda (ENSSPAG00000001136)	ENSSPAG00000001117	ccdc174 (ENSSPAG00000001104)	ENSSPAG00000001087	ENSSPAG00000001063	vhl (ENSSPAG00000001057)	ENSSPAG00000001024
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000158308.b
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000157802	ENSGT00390000003721.d.a.g.b.a	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000158308.b
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000157127.b	ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00390000003721.d.a.g.b.a	ENSGT00390000013132.b.b.c	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000158308.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	19	ENSORLG00000024873	ENSORLG00000030293	ENSORLG00000024614	ENSORLG00000001234	ENSORLG00000001247	sec61a1 (ENSORLG00000001257)	CHCHD4 (ENSORLG00000025016)	uroc1 (ENSORLG00000001299)	pfkfb4b (ENSORLG00000001325)	arpc4 (ENSORLG00000013369)	ENSORLG00000001351	ENSORLG00000025153	ENSORLG00000001356	gata2b (ENSORLG00000001368)	eefsec (ENSORLG00000001377)	ruvbl1 (ENSORLG00000001398) #22	mustn1a (ENSORLG00000022857)	RFT1 (ENSORLG00000001407)	prkcda (ENSORLG00000001443)	ENSORLG00000001453	ccdc174 (ENSORLG00000001476)	tatdn2 (ENSORLG00000001485)	vhl (ENSORLG00000029469)	avpr2b.1 (ENSORLG00000001494)	crbn (ENSORLG00000001509)	pa2g4a (ENSORLG00000020187)	ENSORLG00000001520	arf3b (ENSORLG00000025025)	fkbp11 (ENSORLG00000001534)	rps26 (ENSORLG00000001541)	IKZF4 (ENSORLG00000001555)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	393				ENSOSIG00000016307	ENSOSIG00000016304	ENSOSIG00000016301	sec61a1 (ENSOSIG00000016228)	uroc1 (ENSOSIG00000016218)	MAPKAPK3 (ENSOSIG00000015357)	pfkfb4b (ENSOSIG00000015143)	arpc4 (ENSOSIG00000015138)	ENSOSIG00000014936	ENSOSIG00000014931	GATA2 (ENSOSIG00000014930)	eefsec (ENSOSIG00000014927)	ruvbl1 (ENSOSIG00000014924) #22	mustn1a (ENSOSIG00000014922)	RFT1 (ENSOSIG00000014921)	ENSOSIG00000014919	ENSOSIG00000014917	tatdn2 (ENSOSIG00000014915)	vhl (ENSOSIG00000014912)	ENSOSIG00000014911	crbn (ENSOSIG00000014910)	pa2g4a (ENSOSIG00000014571)	ERBB3 (ENSOSIG00000010485)	arf3b (ENSOSIG00000010443)	fkbp11 (ENSOSIG00000010440)	rps26 (ENSOSIG00000010439)	IKZF4 (ENSOSIG00000010438)	rhebl1 (ENSOSIG00000010434)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000157802	ENSGT00390000003721.d.a.g.b.a	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000158308.b
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	19	slc38a3a (ENSOJAG00000005279)	GNAI2 (ENSOJAG00000005215)	inka1a (ENSOJAG00000005186)	ENSOJAG00000004955	ENSOJAG00000004939	sec61a1 (ENSOJAG00000004601)	CHCHD4 (ENSOJAG00000004548)	MAPKAPK3 (ENSOJAG00000004224)	ENSOJAG00000004212	pfkfb4b (ENSOJAG00000003926)	arpc4 (ENSOJAG00000003750)	ENSOJAG00000003567	ENSOJAG00000003525	GATA2 (ENSOJAG00000003510)	eefsec (ENSOJAG00000003500)	ruvbl1 (ENSOJAG00000003481) #22	mustn1a (ENSOJAG00000003475)	RFT1 (ENSOJAG00000003452)	prkcda (ENSOJAG00000003310)	ENSOJAG00000003294	ccdc174 (ENSOJAG00000003285)	tatdn2 (ENSOJAG00000003276)	vhl (ENSOJAG00000003270)	ENSOJAG00000003266	crbn (ENSOJAG00000003167)	pa2g4a (ENSOJAG00000003091)	ERBB3 (ENSOJAG00000002580)	arf3b (ENSOJAG00000002455)	fkbp11 (ENSOJAG00000002405)	rps26 (ENSOJAG00000002388)	IKZF4 (ENSOJAG00000002362)
Indian medaka	DUPLICATION
Indian medaka	MODERN SPECIES	420															ENSOMEG00000019307	ENSOMEG00000019315 #22
Indian medaka	MODERN SPECIES	8	RBM5 (ENSOMEG00000010653)	slc38a3a (ENSOMEG00000010628)	gnai2a (ENSOMEG00000010483)	inka1a (ENSOMEG00000010447)	ENSOMEG00000010430	ENSOMEG00000010407	ENSOMEG00000010392	SEC61A1 (ENSOMEG00000010349)	ENSOMEG00000010297	MAPKAPK3 (ENSOMEG00000010281)	pfkfb4b (ENSOMEG00000010240)	ENSOMEG00000010156	ENSOMEG00000010122	GATA2 (ENSOMEG00000010106)	eefsec (ENSOMEG00000010071)	ruvbl1 (ENSOMEG00000000243) #22	mustn1a (ENSOMEG00000010001)	RFT1 (ENSOMEG00000009967)	prkcda (ENSOMEG00000009896)	ENSOMEG00000009869	ENSOMEG00000009854	ccdc174 (ENSOMEG00000009826)	tatdn2 (ENSOMEG00000009795)	vhl (ENSOMEG00000009781)	ENSOMEG00000009770	ENSOMEG00000009762	crbn (ENSOMEG00000009747)	pa2g4a (ENSOMEG00000009706)	ERBB3 (ENSOMEG00000009645)	arf3b (ENSOMEG00000009575)	fkbp11 (ENSOMEG00000009539)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000158308.b
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00980000203442	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000177126	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b.c.b	ENSGT00390000003721.d.a.g.b.c.a	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00980000203442	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000154368.t	ENSGT01050000244841.A.b.b.b.b	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b.c.b.a	ENSGT00390000003721.d.a.g.b.c.a	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00730000110895.a	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00940000175564	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00980000203442	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521
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Amazon molly	MODERN SPECIES	357	ENSPFOG00000007875	ENSPFOG00000005391	ENSPFOG00000005107	ip6k2b (ENSPFOG00000004974)	SEC61A1 (ENSPFOG00000004861)	CHCHD4 (ENSPFOG00000004849)	uroc1 (ENSPFOG00000004662)	MAPKAPK3 (ENSPFOG00000004461)	ENSPFOG00000023383	pfkfb4b (ENSPFOG00000004001)	arpc4 (ENSPFOG00000004431)	ENSPFOG00000003934	ENSPFOG00000003907	GATA2 (ENSPFOG00000003826)	eefsec (ENSPFOG00000003748)	ruvbl1 (ENSPFOG00000003640) #22	RFT1 (ENSPFOG00000003494)	prkcda (ENSPFOG00000003197)	ENSPFOG00000003002	ccdc174 (ENSPFOG00000002880)	tatdn2 (ENSPFOG00000002845)	vhl (ENSPFOG00000002802)	ENSPFOG00000002784	crbn (ENSPFOG00000002686)	pa2g4a (ENSPFOG00000002512)	ENSPFOG00000023124	ENSPFOG00000001978	arf3b (ENSPFOG00000001778)	fkbp11 (ENSPFOG00000001688)	rps26 (ENSPFOG00000001647)	IKZF4 (ENSPFOG00000001552)
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Guppy	MODERN SPECIES	457	ip6k2b (ENSPREG00000010263)	SEC61A1 (ENSPREG00000010348)	SEC61A1 (ENSPREG00000010990)	ENSPREG00000011605	SEC61A1 (ENSPREG00000011611)	SEC61A1 (ENSPREG00000011633)	CHCHD4 (ENSPREG00000011685)	uroc1 (ENSPREG00000011719)	MAPKAPK3 (ENSPREG00000011861)	pfkfb4b (ENSPREG00000012097)	arpc4 (ENSPREG00000012130)	ENSPREG00000012148	ENSPREG00000012165	GATA2 (ENSPREG00000012188)	eefsec (ENSPREG00000012235)	ruvbl1 (ENSPREG00000012277) #22	mustn1a (ENSPREG00000012306)	RFT1 (ENSPREG00000012334)	prkcda (ENSPREG00000012364)	ENSPREG00000012395	ccdc174 (ENSPREG00000012424)	tatdn2 (ENSPREG00000012438)	vhl (ENSPREG00000012451)	ENSPREG00000012462	crbn (ENSPREG00000012473)	ENSPREG00000012495	pa2g4a (ENSPREG00000012509)	ERBB3 (ENSPREG00000012554)	arf3b (ENSPREG00000012688)	fkbp11 (ENSPREG00000012702)	rps26 (ENSPREG00000012728)
Platyfish	MODERN SPECIES	12	ip6k2b (ENSXMAG00000001747)	SEC61A1 (ENSXMAG00000028621)	ENSXMAG00000028281	SEC61A1 (ENSXMAG00000001751)	CHCHD4 (ENSXMAG00000029201)	uroc1 (ENSXMAG00000001764)	MAPKAPK3 (ENSXMAG00000001781)	ENSXMAG00000022685	pfkfb4b (ENSXMAG00000001803)	arpc4 (ENSXMAG00000001822)	ENSXMAG00000024665	ENSXMAG00000001834	GATA2 (ENSXMAG00000001837)	B4GALNT1 (ENSXMAG00000001838)	eefsec (ENSXMAG00000001839)	ruvbl1 (ENSXMAG00000001847) #22	ENSXMAG00000001853	RFT1 (ENSXMAG00000001855)	prkcda (ENSXMAG00000001861)	ENSXMAG00000001881	ccdc174 (ENSXMAG00000001888)	tatdn2 (ENSXMAG00000022737)	vhl (ENSXMAG00000027460)	ENSXMAG00000001906	crbn (ENSXMAG00000027517)	ENSXMAG00000022846	pa2g4a (ENSXMAG00000001913)	ERBB3 (ENSXMAG00000001930)	arf3b (ENSXMAG00000001981)	fkbp11 (ENSXMAG00000001985)	rps26 (ENSXMAG00000029944)
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Mummichog	MODERN SPECIES	2206	inka1a (ENSFHEG00000006671)	ENSFHEG00000006680	ENSFHEG00000006788	ip6k2b (ENSFHEG00000006832)	sec61a1 (ENSFHEG00000000188)	CHCHD4 (ENSFHEG00000006894)	uroc1 (ENSFHEG00000006937)	MAPKAPK3 (ENSFHEG00000006947)	pfkfb4b (ENSFHEG00000007041)	arpc4 (ENSFHEG00000007067)	ENSFHEG00000007101	ENSFHEG00000007114	GATA2 (ENSFHEG00000000191)	ENSFHEG00000007137	eefsec (ENSFHEG00000007155)	ruvbl1 (ENSFHEG00000007195) #22	mustn1a (ENSFHEG00000007204)	RFT1 (ENSFHEG00000007214)	prkcda (ENSFHEG00000007356)	ENSFHEG00000007379	ccdc174 (ENSFHEG00000007412)	tatdn2 (ENSFHEG00000007416)	vhl (ENSFHEG00000007428)	ENSFHEG00000007457	crbn (ENSFHEG00000007500)	ENSFHEG00000007519	pa2g4a (ENSFHEG00000007572)	ERBB3 (ENSFHEG00000007977)	ENSFHEG00000008081	arf3b (ENSFHEG00000008118)	fkbp11 (ENSFHEG00000008143)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	568		ENSCVAG00000005768	ENSCVAG00000005760	ip6k2b (ENSCVAG00000005666)	sec61a1 (ENSCVAG00000005636)	CHCHD4 (ENSCVAG00000005592)	uroc1 (ENSCVAG00000005587)	MAPKAPK3 (ENSCVAG00000005541)	ENSCVAG00000005511	pfkfb4b (ENSCVAG00000005497)	arpc4 (ENSCVAG00000005439)	ENSCVAG00000005429	ENSCVAG00000005416	GATA2 (ENSCVAG00000005406)	eefsec (ENSCVAG00000005381)	ruvbl1 (ENSCVAG00000005356) #22	ENSCVAG00000005327	RFT1 (ENSCVAG00000005315)	prkcda (ENSCVAG00000005293)	ENSCVAG00000005207	ccdc174 (ENSCVAG00000005037)	ENSCVAG00000004969	vhl (ENSCVAG00000004961)	ENSCVAG00000004952	crbn (ENSCVAG00000004928)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157127.b	ENSGT00940000155125.a.b	ENSGT00530000063849.A.a	ENSGT00940000177126	ENSGT00940000156310.o	ENSGT00390000003721.d.a.g.b	ENSGT00390000013132.b.b	ENSGT00390000015136	ENSGT00940000154089.a.d	ENSGT00950000182835.c.d.c.b	ENSGT00390000016233.e.b	ENSGT00940000155864.a.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000016404	ENSGT00940000154281	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000158308.b
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	34	ip6k2b (ENSKMAG00000020280)	sec61a1 (ENSKMAG00000020244)	CHCHD4 (ENSKMAG00000020212)	uroc1 (ENSKMAG00000020141)	MAPKAPK3 (ENSKMAG00000020118)	pfkfb4b (ENSKMAG00000020063)	arpc4 (ENSKMAG00000020041)	ENSKMAG00000020013	ENSKMAG00000019993	GATA2 (ENSKMAG00000019972)	ENSKMAG00000019953	ENSKMAG00000019940	ENSKMAG00000019931	ENSKMAG00000019922	eefsec (ENSKMAG00000019907)	ruvbl1 (ENSKMAG00000019865) #22	mustn1a (ENSKMAG00000019892)	RFT1 (ENSKMAG00000019831)	prkcda (ENSKMAG00000019781)	ENSKMAG00000019698	ccdc174 (ENSKMAG00000019648)	tatdn2 (ENSKMAG00000019633)	vhl (ENSKMAG00000019624)	ENSKMAG00000019614	crbn (ENSKMAG00000019594)	pa2g4a (ENSKMAG00000019577)	ERBB3 (ENSKMAG00000019542)	arf3b (ENSKMAG00000019525)	fkbp11 (ENSKMAG00000019505)	rps26 (ENSKMAG00000019481)	IKZF4 (ENSKMAG00000019423)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1619	IP6K2 (ENSNFUG00015016466)	SEC61A1 (ENSNFUG00015016424)	ENSNFUG00015016418	ENSNFUG00015016404	Nfu_g_1_021580 (ENSNFUG00015016247)	pfkfb4b (ENSNFUG00015015017)	arpc4 (ENSNFUG00015014909)	ENSNFUG00015014903	ENSNFUG00015014782	ENSNFUG00015014771	ENSNFUG00015014750	GATA2 (ENSNFUG00015014731)	ENSNFUG00015014705	ENSNFUG00015014697	EEFSEC (ENSNFUG00015014664)	RUVBL1 (ENSNFUG00015014618) #22	mustn1a (ENSNFUG00015014567)	RFT1 (ENSNFUG00015014367)	prkcda (ENSNFUG00015012984)	ENSNFUG00015012850	ccdc174 (ENSNFUG00015012802)	tatdn2 (ENSNFUG00015012793)	VHL (ENSNFUG00015012781)	OLA.7339 (ENSNFUG00015012776)	crbn (ENSNFUG00015012717)	PA2G4A (ENSNFUG00015011992)	ERBB3 (ENSNFUG00015010558)	arf3b (ENSNFUG00015010473)	fkbp11 (ENSNFUG00015010413)	rps26 (ENSNFUG00015010401)	IKZF4 (ENSNFUG00015010384)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	503													ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.f	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000155327.h	ENSGT00940000157922.a
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01050000245456	ENSGT00940000163259.a	ENSGT00390000009794	ENSGT00390000012418	ENSGT00980000198806	ENSGT00940000156836.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b.h.b	ENSGT00390000014570.a	ENSGT00940000162888.E.a	ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.b.d	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.f	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00390000002240	ENSGT00940000158891	ENSGT00940000154388	ENSGT00940000154110.a	ENSGT00390000012071	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000161061.b	ENSGT00940000160058	ENSGT00390000015582	ENSGT00940000156773	ENSGT01100000263542.B.a	ENSGT00940000160379	ENSGT00910000144115.a.hc.a
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153615.a.a.b	ENSGT01050000245456	ENSGT00940000163259.a	ENSGT00390000009794	ENSGT00980000198806	ENSGT00940000156836.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b.h.b	ENSGT00390000014570.a	ENSGT00940000162888.E.a	ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.b.d	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.f	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00390000002240	ENSGT00940000158891	ENSGT00940000154388	ENSGT00940000154110.a	ENSGT00390000012071	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000161061.b	ENSGT00940000160058	ENSGT00390000015582	ENSGT00940000156773	ENSGT01100000263542.B.a	ENSGT00940000160379	ENSGT00910000144115.a.hc.a
Channel catfish	MODERN SPECIES	2	ENSIPUG00000016734	ENSIPUG00000016738	c11h1orf159 (ENSIPUG00000016746)	ENSIPUG00000016760	ccdc36 (ENSIPUG00000016763)	kbtbd12 (ENSIPUG00000016785)	slc26a6l (ENSIPUG00000016818)	p4htm (ENSIPUG00000017030)	ENSIPUG00000017057	arpc4 (ENSIPUG00000017172)	h1-10 (ENSIPUG00000017190)	ENSIPUG00000017200	ENSIPUG00000017245	gata2 (ENSIPUG00000017262)	eefsec (ENSIPUG00000017291)	ruvbl1 (ENSIPUG00000017365) #22	mustn1a (ENSIPUG00000017408)	rft1 (ENSIPUG00000017421)	c11h1orf74 (ENSIPUG00000017474)	sirt4 (ENSIPUG00000017488)	sxph (ENSIPUG00000017500)	sfi1 (ENSIPUG00000017566)	eif4enif1 (ENSIPUG00000017613)	patz1 (ENSIPUG00000017653)	SLC2A11 (ENSIPUG00000017682)	tgfa (ENSIPUG00000017716)	hdhd3 (ENSIPUG00000017725)	entpd8 (ENSIPUG00000017764)	ENSIPUG00000017797	fkbp5 (ENSIPUG00000017816)	slc6a22.1 (ENSIPUG00000017859)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153615.a.a.b	ENSGT01050000245456	ENSGT00940000163259.a	ENSGT00390000009794	ENSGT00980000198806	ENSGT00940000156836.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b.h.b	ENSGT00390000014570.a	ENSGT00940000162888.E.a	ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.b.d	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.f	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00390000002240	ENSGT00940000158891	ENSGT00940000154388	ENSGT00940000154110.a	ENSGT00390000012071	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000161061.b	ENSGT00940000160058	ENSGT00390000015582	ENSGT00940000156773	ENSGT01100000263542.B.a	ENSGT00940000160379	ENSGT00910000144115.a.hc.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153615.a.a.b	ENSGT01050000245456	ENSGT00940000163259.a	ENSGT00390000009794	ENSGT00980000198806	ENSGT00940000156836.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b.h.b	ENSGT00390000014570.a	ENSGT00940000162888.E.a	ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000155864.b.d	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.f	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00390000002240	ENSGT00940000158891	ENSGT00940000154388	ENSGT00940000154110.a	ENSGT00390000012071	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000161061.b	ENSGT00940000160058	ENSGT00390000015582	ENSGT00940000156773	ENSGT01100000263542.B.a	ENSGT00940000160379	ENSGT00910000144115.a.hc.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	9	ENSPNAG00000016290	ENSPNAG00000016310	ENSPNAG00000016322	si:ch211-157b11.12 (ENSPNAG00000007113)	ENSPNAG00000016369	kbtbd12 (ENSPNAG00000016395)	slc26a6l (ENSPNAG00000016448)	P4HTM (ENSPNAG00000016471)	ENSPNAG00000016570	arpc4 (ENSPNAG00000016586)	h1-10 (ENSPNAG00000003423)	ENSPNAG00000016600	ENSPNAG00000016630	gata2b (ENSPNAG00000016681)	eefsec (ENSPNAG00000016724)	ruvbl1 (ENSPNAG00000016777) #22	mustn1a (ENSPNAG00000016788)	RFT1 (ENSPNAG00000016877)	zgc:112163 (ENSPNAG00000016897)	sirt4 (ENSPNAG00000016920)	sxph (ENSPNAG00000017006)	SFI1 (ENSPNAG00000017160)	EIF4ENIF1 (ENSPNAG00000017197)	PATZ1 (ENSPNAG00000017222)	SLC2A11 (ENSPNAG00000017247)	tgfa (ENSPNAG00000017267)	hdhd3 (ENSPNAG00000017278)	trub2 (ENSPNAG00000017292)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	4	ENSAMXG00000002224	ENSAMXG00000037191	ENSAMXG00000002229	si:ch211-157b11.12 (ENSAMXG00000037204)	ENSAMXG00000035952	kbtbd12 (ENSAMXG00000002233)	slc26a6l (ENSAMXG00000002235)	P4HTM (ENSAMXG00000002237)	ENSAMXG00000002239	arpc4 (ENSAMXG00000036987)	h1-10 (ENSAMXG00000042328)	ENSAMXG00000002256	ENSAMXG00000002254	gata2b (ENSAMXG00000029097)	eefsec (ENSAMXG00000002260)	ruvbl1 (ENSAMXG00000002262) #22	ENSAMXG00000002263	RFT1 (ENSAMXG00000002264)	zgc:112163 (ENSAMXG00000026058)	sirt4 (ENSAMXG00000029495)	sxph (ENSAMXG00000002268)	SFI1 (ENSAMXG00000041085)	EIF4ENIF1 (ENSAMXG00000002271)	PATZ1 (ENSAMXG00000002273)	SLC2A11 (ENSAMXG00000002276)	tgfa (ENSAMXG00000034185)	hdhd3 (ENSAMXG00000037834)	trub2 (ENSAMXG00000031679)	entpd8 (ENSAMXG00000002286)	ENSAMXG00000029651	srsf3a (ENSAMXG00000033364)
Electric eel	MODERN SPECIES	113	eno1b (ENSEEEG00000009759)	ENSEEEG00000009682	ENSEEEG00000009677	ENSEEEG00000009675	si:ch211-157b11.12 (ENSEEEG00000009674)	kbtbd12 (ENSEEEG00000009673)	slc26a6l (ENSEEEG00000009255)	P4HTM (ENSEEEG00000009243)	ENSEEEG00000008990	arpc4 (ENSEEEG00000008936)	h1-10 (ENSEEEG00000008935)	ENSEEEG00000008907	ENSEEEG00000008904	gata2b (ENSEEEG00000008899)	eefsec (ENSEEEG00000008897)	ruvbl1 (ENSEEEG00000008896) #22	RFT1 (ENSEEEG00000008895)	zgc:112163 (ENSEEEG00000008894)	sxph (ENSEEEG00000008892)	EIF4ENIF1 (ENSEEEG00000008891)	PATZ1 (ENSEEEG00000008890)	SLC2A11 (ENSEEEG00000008888)	tgfa (ENSEEEG00000008883)	hdhd3 (ENSEEEG00000008882)	trub2 (ENSEEEG00000008881)	entpd8 (ENSEEEG00000008878)	ENSEEEG00000008876	srsf3a (ENSEEEG00000008875)	fkbp5 (ENSEEEG00000008866)	slc6a22.1 (ENSEEEG00000006912)	slc6a22.1 (ENSEEEG00000006852)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153189.C	ENSGT00950000182805.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153615.a.a.b	ENSGT00940000163259.a	ENSGT00390000009794	ENSGT00390000012418	ENSGT00940000156836.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b.h.b	ENSGT00390000014570.a	ENSGT00940000162888.E.a.b.a	ENSGT00390000016233.f	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.f	ENSGT00940000158170.b	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00390000011390	ENSGT00390000002240	ENSGT00940000158891	ENSGT00940000154388	ENSGT00940000154110.a	ENSGT00390000012071	ENSGT00940000174874	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000161061.b.kc	ENSGT00940000160058	ENSGT00390000015582	ENSGT00940000156773	ENSGT01100000263542.B.a	ENSGT00940000160379.d.b
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	266														ENSGT00940000156315.f.b.a	ENSGT00940000158170.b.b	ENSGT00940000153556.A.o #22	ENSGT00940000153920.a.b.a.a	ENSGT00390000011390.l	ENSGT00390000002240.e	ENSGT00940000158891.b	ENSGT00940000154388	ENSGT00940000154110.a.f	ENSGT00390000012071.v	ENSGT00940000159296.u.a	ENSGT00940000161061.b.jc	ENSGT00940000159296.v	ENSGT00940000161061.b.kc.b	ENSGT00940000160058.a	ENSGT00390000015582.b	ENSGT00940000160058.b	ENSGT00390000015582.a
Goldfish	MODERN SPECIES	24	ENSCARG00000056032	tomm6 (ENSCARG00000056070)	uqcc2 (ENSCARG00000056093)	tspo (ENSCARG00000056118)	FRS3 (ENSCARG00000056150)	slc6a11a (ENSCARG00000056163)	ppil1 (ENSCARG00000056215)	ENSCARG00000056260	ENSCARG00000056322	si:ch211-157b11.12 (ENSCARG00000056348)	ENSCARG00000056386	arpc4 (ENSCARG00000056425)	h1-10 (ENSCARG00000056501)	gata2b (ENSCARG00000056509)	ENSCARG00000056527	ruvbl1 (ENSCARG00000056562) #22	mustn1a (ENSCARG00000056608)	RFT1 (ENSCARG00000056625)	zgc:112163 (ENSCARG00000056922)	sirt4 (ENSCARG00000056939)	sxph (ENSCARG00000057126)	EIF4ENIF1 (ENSCARG00000057216)	PATZ1 (ENSCARG00000057257)	ENSCARG00000057273	tgfa (ENSCARG00000057315)	hdhd3 (ENSCARG00000057331)	entpd8 (ENSCARG00000057349)	ENSCARG00000057387	SRSF3 (ENSCARG00000057422)	fkbp5 (ENSCARG00000057465)	slc6a22.1 (ENSCARG00000057516)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	273														ENSGT00940000156315.f.b.a	ENSGT00940000158170.b.b	ENSGT00940000153556.A.o #22	ENSGT00940000153920.a.b.a.a	ENSGT00390000011390.l	ENSGT00390000002240.e	ENSGT00940000158891.a	ENSGT00940000154388.b	ENSGT00940000154110.a.f	ENSGT00390000012071.v	ENSGT00940000159296.u.a	ENSGT00940000161061.b.jc	ENSGT00940000160058.a	ENSGT00390000015582.b	ENSGT00940000156773	ENSGT01100000263542.B.a.u	ENSGT00940000160379.d.b	ENSGT00910000144115.a.hc.a.b
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1221		tspo (ENSSGRG00000033336)	FRS3 (ENSSGRG00000033335)	ppil1 (ENSSGRG00000033333)	eno1b (ENSSGRG00000032385)	ENSSGRG00000032351	perm1 (ENSSGRG00000032348)	ENSSGRG00000032345	ENSSGRG00000032342	kbtbd12 (ENSSGRG00000032340)	ENSSGRG00000031843	arpc4 (ENSSGRG00000031828)	h1-10 (ENSSGRG00000031825)	gata2b (ENSSGRG00000031823)	eefsec (ENSSGRG00000031794)	ruvbl1 (ENSSGRG00000031707) #22	mustn1a (ENSSGRG00000031703)	RFT1 (ENSSGRG00000031698)	zgc:112163 (ENSSGRG00000031697)	sirt4 (ENSSGRG00000031696)	sxph (ENSSGRG00000031695)	SFI1 (ENSSGRG00000031689)	EIF4ENIF1 (ENSSGRG00000031685)	PATZ1 (ENSSGRG00000031683)	SLC2A11 (ENSSGRG00000031682)	ENSSGRG00000031681	hdhd3 (ENSSGRG00000031680)	trub2 (ENSSGRG00000031679)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	594								ENSGT00940000156836.a.b	ENSGT00390000014570.a.e.b	ENSGT00940000162888.E.a.b.a.a	ENSGT00390000016233.f.b.b	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.f.b.b	ENSGT00940000158170.b.a	ENSGT00940000153556.A.p #22	ENSGT00940000153920.a.b.a.b	ENSGT00390000011390.k	ENSGT00390000002240.f	ENSGT00940000158891.a	ENSGT00940000154110.a.e	ENSGT00390000012071.u	ENSGT00940000159296.u.b	ENSGT00940000161061.b.kc.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	439								ENSGT00940000156836.a.b	ENSGT00390000014570.a.e.b	ENSGT00940000162888.E.a.b.a.a	ENSGT00390000016233.f.b.b	ENSGT00730000111536	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000156315.f.b.b	ENSGT00940000158170.b.a	ENSGT00940000153556.A.p #22	ENSGT00940000153920.a.b.a.b	ENSGT00390000011390.k	ENSGT00390000002240.f	ENSGT00940000154388.a	ENSGT00940000154110.a.e	ENSGT00940000174874	ENSGT00390000012071.u	ENSGT00940000159296.u.b	ENSGT00940000161061.b.kc.a	ENSGT00940000160058.b	ENSGT00390000015582.a
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	59	ppil1 (ENSSGRG00000030084)	eno1b (ENSSGRG00000030087)	ENSSGRG00000030483	perm1 (ENSSGRG00000030487)	ENSSGRG00000030488	si:ch211-157b11.12 (ENSSGRG00000030489)	kbtbd12 (ENSSGRG00000030491)	slc26a6l (ENSSGRG00000030492)	P4HTM (ENSSGRG00000030493)	ENSSGRG00000030495	arpc4 (ENSSGRG00000030496)	h1-10 (ENSSGRG00000030497)	ENSSGRG00000030498	gata2b (ENSSGRG00000030499)	eefsec (ENSSGRG00000030500)	ruvbl1 (ENSSGRG00000030504) #22	mustn1a (ENSSGRG00000030539)	RFT1 (ENSSGRG00000030541)	zgc:112163 (ENSSGRG00000030546)	ENSSGRG00000030547	EIF4ENIF1 (ENSSGRG00000030553)	PATZ1 (ENSSGRG00000030555)	SLC2A11 (ENSSGRG00000030558)	hdhd3 (ENSSGRG00000030633)	trub2 (ENSSGRG00000030634)	entpd8 (ENSSGRG00000030636)	ENSSGRG00000030637	ENSSGRG00000030638	ENSSGRG00000030639	SRSF3 (ENSSGRG00000030641)	fkbp5 (ENSSGRG00000030642)
Goldfish	MODERN SPECIES	46	slc6a11a (ENSCARG00000055408)	ppil1 (ENSCARG00000007236)	eno1b (ENSCARG00000007262)	ENSCARG00000007295	perm1 (ENSCARG00000007342)	RNF223 (ENSCARG00000007344)	kbtbd12 (ENSCARG00000007350)	slc26a6l (ENSCARG00000007418)	P4HTM (ENSCARG00000008211)	ENSCARG00000008226	ENSCARG00000008240	arpc4 (ENSCARG00000008253)	ENSCARG00000008292	gata2b (ENSCARG00000008297)	eefsec (ENSCARG00000008303)	ruvbl1 (ENSCARG00000008311) #22	mustn1a (ENSCARG00000008322)	RFT1 (ENSCARG00000008345)	zgc:112163 (ENSCARG00000008479)	sirt4 (ENSCARG00000008483)	SFI1 (ENSCARG00000008489)	EIF4ENIF1 (ENSCARG00000008496)	PATZ1 (ENSCARG00000008510)	SLC2A11 (ENSCARG00000008589)	tgfa (ENSCARG00000009186)	hdhd3 (ENSCARG00000009193)	trub2 (ENSCARG00000009200)	entpd8 (ENSCARG00000009215)	ENSCARG00000009227	SRSF3 (ENSCARG00000009242)	fkbp5 (ENSCARG00000009260)
Zebrafish	MODERN SPECIES	21	ppil1 (ENSDARG00000015422)	eno1b (ENSDARG00000013750)	ENSDARG00000075670	perm1 (ENSDARG00000076850)	si:ch211-157b11.12 (ENSDARG00000086336)	ENSDARG00000097704	kbtbd12 (ENSDARG00000001882)	slc26a6l (ENSDARG00000054127)	P4HTM (ENSDARG00000075209)	arpc4 (ENSDARG00000054063)	ENSDARG00000001993	h1-10 (ENSDARG00000054058)	ENSDARG00000060413	gata2b (ENSDARG00000009094)	eefsec (ENSDARG00000004696)	ruvbl1 (ENSDARG00000002591) #22	mustn1a (ENSDARG00000054026)	RFT1 (ENSDARG00000060398)	zgc:112163 (ENSDARG00000017657)	sirt4 (ENSDARG00000010415)	sxph (ENSDARG00000013240)	ENSDARG00000053992	eif4enif1 (ENSDARG00000016177)	PATZ1 (ENSDARG00000076584)	ENSDARG00000053961	tgfa (ENSDARG00000053939)	hdhd3 (ENSDARG00000053934)	trub2 (ENSDARG00000028379)	entpd8 (ENSDARG00000005565)	ENSDARG00000028389	srsf3a (ENSDARG00000025397)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	528															ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00440000033958	ENSGT01010000222866	ENSGT00940000155616	ENSGT00390000014353	ENSGT00390000016404
Denticle herring	MODERN SPECIES	11	ENSDCDG00000001681	ccndbp1 (ENSDCDG00000001659)	h1-10 (ENSDCDG00000001656)	arpc4 (ENSDCDG00000001652)	traip (ENSDCDG00000001640)	ENSDCDG00000001628	ENSDCDG00000001624	BCDIN3D (ENSDCDG00000001620)	ENSDCDG00000001615	cers5 (ENSDCDG00000001592)	gpd1b (ENSDCDG00000001568)	smarcd1 (ENSDCDG00000001557)	ENSDCDG00000001534	cela1.3 (ENSDCDG00000001524)	eefsec (ENSDCDG00000001522)	ruvbl1 (ENSDCDG00000001518) #22	ENSDCDG00000001497	ccdc174 (ENSDCDG00000001488)	ENSDCDG00000001481	crbn (ENSDCDG00000001475)	prkcda (ENSDCDG00000001344)	RFT1 (ENSDCDG00000001308)	mustn1a (ENSDCDG00000001302)	pck1 (ENSDCDG00000001300)	ahcy (ENSDCDG00000001295)	ENSDCDG00000001289	ENSDCDG00000001282	ENSDCDG00000001279	cnpy2 (ENSDCDG00000001274)	nab2 (ENSDCDG00000001269)	bloc1s1 (ENSDCDG00000001264)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	21	copz1 (ENSCHAG00000016471)	ENSCHAG00000016783	ENSCHAG00000016913	ENSCHAG00000016927	igfbp6a (ENSCHAG00000017015)	PIP4K2C (ENSCHAG00000017028)	GPR182 (ENSCHAG00000017320)	AGAP2 (ENSCHAG00000017332)	TSPAN31 (ENSCHAG00000017636)	cdk4 (ENSCHAG00000017641)	MARCHF9 (ENSCHAG00000017653)	mettl1 (ENSCHAG00000017674)	cyp27b1 (ENSCHAG00000017688)	ENSCHAG00000018097	eefsec (ENSCHAG00000018118)	ruvbl1 (ENSCHAG00000018143) #22	mustn1a (ENSCHAG00000018168)	RFT1 (ENSCHAG00000018175)	prkcda (ENSCHAG00000018303)	pmepa1 (ENSCHAG00000018352)	fkbp11 (ENSCHAG00000018361)	ccdc65 (ENSCHAG00000018376)	ENSCHAG00000018382	ENSCHAG00000000180	ENSCHAG00000000183	aldh4a1 (ENSCHAG00000000271)	cxxc1b (ENSCHAG00000001131)	mdm4 (ENSCHAG00000002329)	LRRN2 (ENSCHAG00000002625)	ENSCHAG00000002667	si:ch1073-376c22.1 (ENSCHAG00000002725)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1500	ENSCMIG00000019543	ENSCMIG00000019542	ENSCMIG00000019539	klf15 (ENSCMIG00000019538)	aldh1l1 (ENSCMIG00000019514)	SLC41A3 (ENSCMIG00000019488)	CHST13 (ENSCMIG00000019479)	txnrd3 (ENSCMIG00000019447)	ENSCMIG00000019431	h1-10 (ENSCMIG00000019429)	rab7a (ENSCMIG00000019410)	HCFC1 (ENSCMIG00000019363)	rpn1 (ENSCMIG00000019336)	ENSCMIG00000019331	eefsec (ENSCMIG00000019328)	ruvbl1 (ENSCMIG00000019320) #22	sec61a1 (ENSCMIG00000019258)	kbtbd12 (ENSCMIG00000019242)	mgll (ENSCMIG00000019241)	ABTB1 (ENSCMIG00000019237)	ENSCMIG00000019235	mcm2 (ENSCMIG00000019230)	tpra1 (ENSCMIG00000019216)	PLXNA1 (ENSCMIG00000018959)	hmces (ENSCMIG00000018866)	COPG1 (ENSCMIG00000018845)	ENSCMIG00000018840	ENSCMIG00000018839	ENSCMIG00000018838	ENSCMIG00000018837	ENSCMIG00000018834
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES	16												ENSGT00390000013817	ENSGT00710000106806	ENSGT00940000156315	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000153556.A #22	ENSGT00940000156836
Hagfish	MODERN SPECIES	1036	ENSEBUG00000008784	ENSEBUG00000000329	ENSEBUG00000004723	ENSEBUG00000009688	acad9 (ENSEBUG00000004722)	ENSEBUG00000003136	alas1 (ENSEBUG00000009915)	ENSEBUG00000007072	dusp6 (ENSEBUG00000012356)	ENSEBUG00000001273	crbn (ENSEBUG00000010755)	ENSEBUG00000008391	ENSEBUG00000012375	ENSEBUG00000002052	eefsec (ENSEBUG00000015029)	ruvbl1 (ENSEBUG00000002023) #22	kbtbd12 (ENSEBUG00000013965)	ENSEBUG00000002865	ENSEBUG00000006217	ENSEBUG00000016587	ENSEBUG00000014265	actr8 (ENSEBUG00000003201)
Lamprey	MODERN SPECIES	537															eefsec (ENSPMAG00000006779)	ruvbl1 (ENSPMAG00000006765) #22
Ciona	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153556.A #22
Ciona savignyi	MODERN SPECIES	181	ENSCSAVG00000008059	ENSCSAVG00000008063	ENSCSAVG00000008133	ENSCSAVG00000008136	ENSCSAVG00000008457	ENSCSAVG00000008544	ENSCSAVG00000008547	ENSCSAVG00000008661	ENSCSAVG00000008724	ENSCSAVG00000008732	ENSCSAVG00000008738	ENSCSAVG00000008746	ENSCSAVG00000008761	ENSCSAVG00000008769	ENSCSAVG00000008773	ENSCSAVG00000008781 #22	ENSCSAVG00000009007	ENSCSAVG00000009011	ENSCSAVG00000009014	ENSCSAVG00000009016	ENSCSAVG00000009017	ENSCSAVG00000009193	ENSCSAVG00000009216	ENSCSAVG00000009218	ENSCSAVG00000009405	ENSCSAVG00000009409	ENSCSAVG00000009410	ENSCSAVG00000009414	ENSCSAVG00000009431	ENSCSAVG00000009449	ENSCSAVG00000009523
Ciona intestinalis	MODERN SPECIES		ENSCING00000013795	ENSCING00000004795	ENSCING00000004794	ENSCING00000004775	ENSCING00000024859	ENSCING00000020146	ENSCING00000013796	ENSCING00000004800	ENSCING00000013792	ENSCING00000024714	ENSCING00000013789	ENSCING00000013790	ENSCING00000004822	ENSCING00000004805	ENSCING00000004803	ENSCING00000004824 #22	leprecan (ENSCING00000005866)	ENSCING00000005864	ENSCING00000023319	ENSCING00000001281	ENSCING00000017547	ENSCING00000004387	ENSCING00000004388	ENSCING00000001263	ENSCING00000001272	ENSCING00000017989	ENSCING00000004357	ENSCING00000013783	ENSCING00000022508	ENSCING00000004377	ENSCING00000022121
Ecdysozoa	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153556.A #22
Caenorhabditis elegans	MODERN SPECIES	5	yif-1 (WBGene00010178)	T06E8.8 (WBGene00303063)	F57A8.1 (WBGene00010177)	T06E8.2 (WBGene00011544)	acl-2 (WBGene00011543)	lea-1 (WBGene00002263)	uda-1 (WBGene00010697)	K08H10.10 (WBGene00077491)	K08H10.6 (WBGene00010698)	trpp-6 (WBGene00010699)	rde-1 (WBGene00004323)	C27H6.8 (WBGene00007787)	rmd-2 (WBGene00007786)	C27H6.9 (WBGene00077500)	tofu-1 (WBGene00007785)	ruvb-1 (WBGene00007784) #22	unc-41 (WBGene00006777)	madf-4 (WBGene00011575)	T07C12.10 (WBGene00011574)	anmt-3 (WBGene00011573)	mam-5 (WBGene00011572)	ttr-46 (WBGene00011571)	nlp-58 (WBGene00077775)	sre-28 (WBGene00011570)	fipr-12 (WBGene00011577)	srj-33 (WBGene00005618)	suds-3 (WBGene00044204)	rmh-2 (WBGene00011576)	C50H2.13 (WBGene00008246)	C50H2.7 (WBGene00008243)	ceh-75 (WBGene00008242)
Fruitfly	MODERN SPECIES	19	TAF1B (FBgn0037792)	CG42759 (FBgn0261817)	Invadolysin (FBgn0086359)	CG34303 (FBgn0085332)	CG6254 (FBgn0037794)	Best1 (FBgn0040238)	CG12814 (FBgn0037796)	Syn (FBgn0004575)	Timp (FBgn0025879)	CG12420 (FBgn0037797)	CG12817 (FBgn0037798)	CG34107 (FBgn0083943)	CG42795 (FBgn0261928)	CG3999 (FBgn0037801)	Sirt6 (FBgn0037802)	pont (FBgn0040078) #22	Nuak (FBgn0262617)	CG6293 (FBgn0037807)	Bruce (FBgn0266717)	CG12818 (FBgn0037809)	sle (FBgn0037810)	CG12592 (FBgn0037811)	CG18545 (FBgn0037812)	CG31406 (FBgn0051406)	jumu (FBgn0015396)	Rfx (FBgn0020379)	cwo (FBgn0259938)	mthl11 (FBgn0045443)	CG6325 (FBgn0037814)	Irp-1B (FBgn0024957)	Rrp46 (FBgn0037815)