Euteleostomi	DUPLICATION
Euteleostomi	DUPLICATION
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Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	139					ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00530000063474.B.e.b	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000017709	ENSGT00390000002761	ENSGT00940000159038	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000166026	ENSGT00390000012483
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Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	111	ENSGT00940000153253.b.a #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25
Theria	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000153253.b.a #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000161621.A.a.b.a.m	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
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Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	163	ENSCLAG00000006542 #7	NSUN5 (ENSCLAG00000005624) #8	TRIM50 (ENSCLAG00000004544) #9	FKBP6 (ENSCLAG00000006613) #10	FZD9 (ENSCLAG00000017759) #11	BAZ1B (ENSCLAG00000009400) #12	BCL7B (ENSCLAG00000012786) #13	TBL2 (ENSCLAG00000013573) #14	MLXIPL (ENSCLAG00000012704) #15	VPS37D (ENSCLAG00000006521) #16	DNAJC30 (ENSCLAG00000006310) #17	BUD23 (ENSCLAG00000004776) #18	STX1A (ENSCLAG00000005586) #19	ABHD11 (ENSCLAG00000007679) #20	CLDN3 (ENSCLAG00000017844) #21	CLDN4 (ENSCLAG00000017992) #22	METTL27 (ENSCLAG00000005194) #23	ENSCLAG00000012225 #24	LIMK1 (ENSCLAG00000009497) #25	EIF4H (ENSCLAG00000012003) #26	ENSCLAG00000008208 #27	RFC2 (ENSCLAG00000009716) #28	CLIP2 (ENSCLAG00000005174) #29	GTF2IRD1 (ENSCLAG00000007139) #30	GTF2I (ENSCLAG00000004967) #32	NCF1 (ENSCLAG00000012338) #33	ENSCLAG00000009126 #34	RCC1L (ENSCLAG00000006691) #35	CASTOR2 (ENSCLAG00000006146) #36	ENSCLAG00000017618	ENSCLAG00000007862
Degu	MODERN SPECIES	76	HIP1 (ENSODEG00000016265)	ENSODEG00000015346 #7	NSUN5 (ENSODEG00000015132) #8	TRIM50 (ENSODEG00000015712) #9	FKBP6 (ENSODEG00000016257) #10	FZD9 (ENSODEG00000020544) #11	BAZ1B (ENSODEG00000015361) #12	BCL7B (ENSODEG00000015813) #13	TBL2 (ENSODEG00000016440) #14	MLXIPL (ENSODEG00000015218) #15	ENSODEG00000015421 #16	DNAJC30 (ENSODEG00000015782) #17	BUD23 (ENSODEG00000015372) #18	STX1A (ENSODEG00000015835) #19	CLDN3 (ENSODEG00000020387) #21	CLDN4 (ENSODEG00000020405) #22	METTL27 (ENSODEG00000015241) #23	ENSODEG00000015892 #24	ELN (ENSODEG00000016045)	LIMK1 (ENSODEG00000015076) #25	ENSODEG00000015854 #26	ENSODEG00000016042 #27	ENSODEG00000015354 #28	CLIP2 (ENSODEG00000015462) #29	GTF2IRD1 (ENSODEG00000015635) #30	GTF2I (ENSODEG00000015405) #32	NCF1 (ENSODEG00000015696) #33	ENSODEG00000014736 #34	RCC1L (ENSODEG00000014434) #35	CASTOR2 (ENSODEG00000014375) #36	ENSODEG00000015156
Guinea pig	MODERN SPECIES	30	ENSCPOG00000008901 #7	NSUN5 (ENSCPOG00000023149) #8	TRIM50 (ENSCPOG00000013325) #9	ENSCPOG00000003350 #10	FZD9 (ENSCPOG00000038130) #11	BAZ1B (ENSCPOG00000011829) #12	BCL7B (ENSCPOG00000015110) #13	TBL2 (ENSCPOG00000030307) #14	MLXIPL (ENSCPOG00000010276) #15	VPS37D (ENSCPOG00000036296) #16	DNAJC30 (ENSCPOG00000006476) #17	BUD23 (ENSCPOG00000026365) #18	STX1A (ENSCPOG00000003386) #19	ABHD11 (ENSCPOG00000036499) #20	CLDN3 (ENSCPOG00000008619) #21	CLDN4 (ENSCPOG00000022400) #22	ENSCPOG00000034617	LIMK1 (ENSCPOG00000000745) #25	EIF4H (ENSCPOG00000019301) #26	LAT2 (ENSCPOG00000022644) #27	RFC2 (ENSCPOG00000012351) #28	CLIP2 (ENSCPOG00000002853) #29	VOPP1 (ENSCPOG00000037528)	LANCL2 (ENSCPOG00000030899)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES		ENSHGLG00000050622	ENSHGLG00000016402	ENSHGLG00000018321 #8	TRIM50 (ENSHGLG00000043808) #9	FKBP6 (ENSHGLG00000013613) #10	FZD9 (ENSHGLG00000049075) #11	ENSHGLG00000040182 #13	ENSHGLG00000039082 #14	ENSHGLG00000048032 #15	VPS37D (ENSHGLG00000035647) #16	DNAJC30 (ENSHGLG00000049264) #17	BUD23 (ENSHGLG00000010016) #18	STX1A (ENSHGLG00000010000) #19	ABHD11 (ENSHGLG00000043301) #20	CLDN3 (ENSHGLG00000044396) #21	CLDN4 (ENSHGLG00000046697) #22	ENSHGLG00000049431	LIMK1 (ENSHGLG00000018556) #25	ENSHGLG00000037032	ENSHGLG00000040818 #27	RFC2 (ENSHGLG00000012236) #28	ENSHGLG00000037210 #29	GTF2IRD1 (ENSHGLG00000017547) #30	ENSHGLG00000045511	GTF2I (ENSHGLG00000006657) #32	ENSHGLG00000050966 #34	ENSHGLG00000036828 #34	ENSHGLG00000016041 #35	ENSHGLG00000012588 #36	ENSHGLG00000049448	ENSHGLG00000041566
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000165238
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	483											Vps37d (ENSDORG00000025659) #16	Bud23 (ENSDORG00000001092) #18	Stx1a (ENSDORG00000001093) #19	ENSDORG00000026812 #20	Cldn3 (ENSDORG00000026883) #21	Cldn4 (ENSDORG00000007737) #22	ENSDORG00000000546	Tmem270 (ENSDORG00000008287) #24	Eln (ENSDORG00000008812)	Limk1 (ENSDORG00000000148) #25	Eif4h (ENSDORG00000008131) #26	Rfc2 (ENSDORG00000012050) #28	Clip2 (ENSDORG00000004807) #29	Gtf2ird1 (ENSDORG00000015995) #30	Gtf2i (ENSDORG00000026097) #32	ENSDORG00000028073	Ncf1 (ENSDORG00000007647) #33	ENSDORG00000029575	Rcc1l (ENSDORG00000004705) #35	Castor2 (ENSDORG00000028235) #36	ENSDORG00000028381
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000165238
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	130											Clip2 (ENSJJAG00000005724) #29	ENSJJAG00000019351 #28	Limk1 (ENSJJAG00000011905) #25	Eln (ENSJJAG00000013776)	Tmem270 (ENSJJAG00000021168) #24	Cldn4 (ENSJJAG00000001702) #22	Cldn3 (ENSJJAG00000002698) #21	Stx1a (ENSJJAG00000011983) #19	Bud23 (ENSJJAG00000022163) #18	ENSJJAG00000024021	Vps37d (ENSJJAG00000015685) #16	Tbl2 (ENSJJAG00000021022) #14	Bcl7b (ENSJJAG00000022923) #13	Baz1b (ENSJJAG00000021158) #12	Trim50 (ENSJJAG00000016334) #9	Nsun5 (ENSJJAG00000012146) #8	Pom121 (ENSJJAG00000018532) #7	ENSJJAG00000014696	Rhbdd2 (ENSJJAG00000015495)	Por (ENSJJAG00000016747)	Tmem120a (ENSJJAG00000022790)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000165238
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1433	Nsun5 (ENSNGAG00000015157) #8	Trim50 (ENSNGAG00000017778) #9	Fkbp6 (ENSNGAG00000015304) #10	Fzd9 (ENSNGAG00000006159) #11	Baz1b (ENSNGAG00000018280) #12	Bcl7b (ENSNGAG00000006692) #13	Tbl2 (ENSNGAG00000015069) #14	Mlxipl (ENSNGAG00000017474) #15	ENSNGAG00000001525	Vps37d (ENSNGAG00000018444) #16	Dnajc30 (ENSNGAG00000017300) #17	Bud23 (ENSNGAG00000019433) #18	Stx1a (ENSNGAG00000010219) #19	Abhd11 (ENSNGAG00000007296) #20	Cldn3 (ENSNGAG00000009587) #21	Cldn4 (ENSNGAG00000021470) #22	Mettl27 (ENSNGAG00000021927) #23	Tmem270 (ENSNGAG00000022748) #24	Eln (ENSNGAG00000012495)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000163436.n.b	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000163436.n.b	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36
Rat	MODERN SPECIES	3	Trim50 (ENSRNOG00000022483) #9	Fkbp6 (ENSRNOG00000001451) #10	Fzd9 (ENSRNOG00000001452) #11	Baz1b (ENSRNOG00000001453) #12	Bcl7b (ENSRNOG00000032705) #13	Tbl2 (ENSRNOG00000046252) #14	AABR07035839.1 (ENSRNOG00000046171) #15	Vps37d (ENSRNOG00000048699) #16	Dnajc30 (ENSRNOG00000031721) #17	Bud23 (ENSRNOG00000033700) #18	Stx1a (ENSRNOG00000029165) #19	Abhd11 (ENSRNOG00000018910) #20	ENSRNOG00000067727	Cldn3 (ENSRNOG00000046007) #21	AABR07072283.2 (ENSRNOG00000059673)	Cldn4 (ENSRNOG00000001476) #22	Mettl27 (ENSRNOG00000046700) #23	Tmem270 (ENSRNOG00000001474) #24	Eln (ENSRNOG00000001469)	Limk1 (ENSRNOG00000001470) #25	Eif4h (ENSRNOG00000001454) #26	Lat2 (ENSRNOG00000021856) #27	Rfc2 (ENSRNOG00000001457) #28	Ervfrd-1 (ENSRNOG00000050672)	Clip2 (ENSRNOG00000021611) #29	Gtf2ird1 (ENSRNOG00000001478) #30	Gtf2i (ENSRNOG00000001479) #32	Ncf1 (ENSRNOG00000001480) #33	Gtf2ird2 (ENSRNOG00000001482) #34	Rcc1l (ENSRNOG00000001483) #35	Castor2 (ENSRNOG00000067286) #36
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Ryukyu mouse	DUPLICATION
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Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	14	Pom121 (MGP_CAROLIEiJ_G0027836) #7	Nsun5 (MGP_CAROLIEiJ_G0027835) #8	Trim50 (MGP_CAROLIEiJ_G0027834) #9	Fkbp6 (MGP_CAROLIEiJ_G0027833) #10	Fzd9 (MGP_CAROLIEiJ_G0027832) #11	Baz1b (MGP_CAROLIEiJ_G0027831) #12	Bcl7b (MGP_CAROLIEiJ_G0027830) #13	MGP_CAROLIEiJ_G0027828 #15	Vps37d (MGP_CAROLIEiJ_G0027827) #16	Dnajc30 (MGP_CAROLIEiJ_G0027826) #17	Bud23 (MGP_CAROLIEiJ_G0027825) #18	Stx1a (MGP_CAROLIEiJ_G0027824) #19	Abhd11 (MGP_CAROLIEiJ_G0027823) #20	Cldn3 (MGP_CAROLIEiJ_G0027822) #21	Cldn4 (MGP_CAROLIEiJ_G0027821) #22	Cldn13 (MGP_CAROLIEiJ_G0027820) #22	Tmem270 (MGP_CAROLIEiJ_G0027819) #24	Eln (MGP_CAROLIEiJ_G0027818)	Limk1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027817) #25	Eif4h (MGP_CAROLIEiJ_G0027816) #26	Lat2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027815) #27	Rfc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027814) #28	Syna (MGP_CAROLIEiJ_G0027813)	Clip2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027812) #29	Gtf2ird1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027811) #30	Gtf2i (MGP_CAROLIEiJ_G0027810) #32	Ncf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027809) #33	Gtf2ird2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027808) #34	Rcc1l (MGP_CAROLIEiJ_G0027807) #35	Castor2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027806) #36	Auts2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027805)
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Steppe mouse	DUPLICATION
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spretus	DUPLICATION
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Mouse	DUPLICATION
Mouse	MODERN SPECIES	14	Pom121 (ENSMUSG00000053293) #7	Nsun5 (ENSMUSG00000000916) #8	Trim50 (ENSMUSG00000053388) #9	Fkbp6 (ENSMUSG00000040013) #10	Fzd9 (ENSMUSG00000049551) #11	Baz1b (ENSMUSG00000002748) #12	Bcl7b (ENSMUSG00000029681) #13	Tbl2 (ENSMUSG00000005374) #14	Mlxipl (ENSMUSG00000005373) #15	Vps37d (ENSMUSG00000043614) #16	Dnajc30 (ENSMUSG00000061118) #17	Bud23 (ENSMUSG00000005378) #18	Stx1a (ENSMUSG00000007207) #19	Abhd11 (ENSMUSG00000040532) #20	Cldn3 (ENSMUSG00000070473) #21	Cldn4 (ENSMUSG00000047501) #22	Mettl27 (ENSMUSG00000040557) #23	Cldn13 (ENSMUSG00000008843) #22	Tmem270 (ENSMUSG00000040576) #24	Eln (ENSMUSG00000029675)	Limk1 (ENSMUSG00000029674) #25	Eif4h (ENSMUSG00000040731) #26	Lat2 (ENSMUSG00000040751) #27	Rfc2 (ENSMUSG00000023104) #28	Syna (ENSMUSG00000085957)	Clip2 (ENSMUSG00000063146) #29	Gtf2ird1 (ENSMUSG00000023079) #30	Gtf2i (ENSMUSG00000060261) #32	Ncf1 (ENSMUSG00000015950) #33	Gtf2ird2 (ENSMUSG00000015942) #34	Rcc1l (ENSMUSG00000061979) #35
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Shrew mouse	DUPLICATION
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Tree shrew	MODERN SPECIES	8470																CLDN4 (ENSTBEG00000002458) #22	METTL27 (ENSTBEG00000001786) #23
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Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
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Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	141		NSUN5 (ENSPSMG00000020405) #8	TRIM50 (ENSPSMG00000020382) #9	ENSPSMG00000020354 #10	ENSPSMG00000020347 #10	FZD9 (ENSPSMG00000020345) #11	BAZ1B (ENSPSMG00000020331) #12	BCL7B (ENSPSMG00000020299) #13	TBL2 (ENSPSMG00000020254) #14	MLXIPL (ENSPSMG00000020202) #15	VPS37D (ENSPSMG00000020147) #16	BUD23 (ENSPSMG00000020132) #18	STX1A (ENSPSMG00000020068) #19	ABHD11 (ENSPSMG00000019974) #20	CLDN3 (ENSPSMG00000019957) #21	CLDN4 (ENSPSMG00000019945) #22	METTL27 (ENSPSMG00000019931) #23	TMEM270 (ENSPSMG00000019924) #24	LIMK1 (ENSPSMG00000019894) #25	ENSPSMG00000019769 #26	RFC2 (ENSPSMG00000019687) #28	CLIP2 (ENSPSMG00000019609) #29	GTF2IRD1 (ENSPSMG00000019493) #30	GTF2I (ENSPSMG00000018386) #32	NCF1 (ENSPSMG00000017732) #33	ENSPSMG00000017727 #34	ENSPSMG00000017715	ENSPSMG00000017714	RCC1L (ENSPSMG00000017683) #35	CASTOR2 (ENSPSMG00000017649) #36
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Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
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Capuchin	MODERN SPECIES	82	ENSCCAG00000023740 #7	NSUN5 (ENSCCAG00000021042) #8	TRIM50 (ENSCCAG00000023148) #9	FKBP6 (ENSCCAG00000021988) #10	FZD9 (ENSCCAG00000017757) #11	BAZ1B (ENSCCAG00000028527) #12	BCL7B (ENSCCAG00000037475) #13	TBL2 (ENSCCAG00000028084) #14	MLXIPL (ENSCCAG00000033297) #15	VPS37D (ENSCCAG00000034578) #16	ENSCCAG00000028390 #17	BUD23 (ENSCCAG00000031929) #18	STX1A (ENSCCAG00000024734) #19	ABHD11 (ENSCCAG00000028981) #20	CLDN3 (ENSCCAG00000020476) #21	CLDN4 (ENSCCAG00000017719) #22	METTL27 (ENSCCAG00000013078) #23	TMEM270 (ENSCCAG00000029902) #24	ENSCCAG00000029476	LIMK1 (ENSCCAG00000015824) #25	EIF4H (ENSCCAG00000034098) #26	LAT2 (ENSCCAG00000024090) #27	ENSCCAG00000036989 #28
Mas night monkey	MODERN SPECIES	286	ENSANAG00000030144 #7	NSUN5 (ENSANAG00000029059) #8	TRIM50 (ENSANAG00000037224) #9	ENSANAG00000019922 #10	FKBP6 (ENSANAG00000034221) #10	FZD9 (ENSANAG00000020696) #11	BAZ1B (ENSANAG00000023376) #12	BCL7B (ENSANAG00000037199) #13	TBL2 (ENSANAG00000021393) #14	MLXIPL (ENSANAG00000012948) #15	VPS37D (ENSANAG00000026699) #16	BUD23 (ENSANAG00000038132) #18	STX1A (ENSANAG00000037593) #19	ABHD11 (ENSANAG00000024420) #20	CLDN3 (ENSANAG00000008285) #21	CLDN4 (ENSANAG00000020050) #22	METTL27 (ENSANAG00000029628) #23	ENSANAG00000035153	TMEM270 (ENSANAG00000037309) #24	ELN (ENSANAG00000029913)	LIMK1 (ENSANAG00000036808) #25	EIF4H (ENSANAG00000029696) #26	LAT2 (ENSANAG00000031835) #27	RFC2 (ENSANAG00000024495) #28	CLIP2 (ENSANAG00000026974) #29	GTF2IRD1 (ENSANAG00000003109) #30	GTF2I (ENSANAG00000028511) #32	NCF1 (ENSANAG00000036351) #33	ENSANAG00000032621 #34	RCC1L (ENSANAG00000037463) #35	CASTOR2 (ENSANAG00000036952) #36
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414.e #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00910000147828	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00770000121804	ENSGT00940000157317 #35
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Sooty mangabey	MODERN SPECIES	204	HIP1 (ENSCATG00000034444)	ENSCATG00000040581 #7	NSUN5 (ENSCATG00000015253) #8	TRIM50 (ENSCATG00000030497) #9	FKBP6 (ENSCATG00000039896) #10	FZD9 (ENSCATG00000005138) #11	BAZ1B (ENSCATG00000039498) #12	BCL7B (ENSCATG00000038901) #13	TBL2 (ENSCATG00000031144) #14	MLXIPL (ENSCATG00000030592) #15	VPS37D (ENSCATG00000040331) #16	BUD23 (ENSCATG00000026236) #18	STX1A (ENSCATG00000036181) #19	ABHD11 (ENSCATG00000036616) #20	CLDN3 (ENSCATG00000020166) #21	CLDN4 (ENSCATG00000018299) #22	TMEM270 (ENSCATG00000041871) #24	ELN (ENSCATG00000030972)	LIMK1 (ENSCATG00000034597) #25	EIF4H (ENSCATG00000032948) #26	LAT2 (ENSCATG00000030047) #27	RFC2 (ENSCATG00000030210) #28	ENSCATG00000024095	CLIP2 (ENSCATG00000029323) #29	GTF2IRD1 (ENSCATG00000031765) #30	GTF2I (ENSCATG00000031073) #32	ENSCATG00000020492	NCF1 (ENSCATG00000003002) #33	ENSCATG00000031171 #34	RCC1L (ENSCATG00000031484) #35	CASTOR2 (ENSCATG00000031534) #36
Drill	MODERN SPECIES	566	HIP1 (ENSMLEG00000043948)	ENSMLEG00000027208	ENSMLEG00000038974 #7	NSUN5 (ENSMLEG00000033115) #8	TRIM50 (ENSMLEG00000000427) #9	FKBP6 (ENSMLEG00000043484) #10	BAZ1B (ENSMLEG00000038885) #12	BCL7B (ENSMLEG00000036053) #13	TBL2 (ENSMLEG00000032903) #14	MLXIPL (ENSMLEG00000038531) #15	VPS37D (ENSMLEG00000031032) #16	BUD23 (ENSMLEG00000039874) #18	STX1A (ENSMLEG00000041360) #19	ABHD11 (ENSMLEG00000033584) #20	CLDN3 (ENSMLEG00000015648) #21	CLDN4 (ENSMLEG00000012320) #22	TMEM270 (ENSMLEG00000035851) #24	ELN (ENSMLEG00000024470)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414.e #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00910000147424	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00910000147828	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00770000121804	ENSGT00940000157317 #35
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	365											VPS37D (ENSMNEG00000038596) #16	BUD23 (ENSMNEG00000036820) #18	STX1A (ENSMNEG00000033862) #19	ABHD11 (ENSMNEG00000026565) #20	CLDN3 (ENSMNEG00000037978) #21	CLDN4 (ENSMNEG00000037828) #22	TMEM270 (ENSMNEG00000032345) #24	ELN (ENSMNEG00000029369)	LIMK1 (ENSMNEG00000041165) #25	EIF4H (ENSMNEG00000044792) #26	LAT2 (ENSMNEG00000036788) #27	RFC2 (ENSMNEG00000034670) #28	CLIP2 (ENSMNEG00000023809) #29	ENSMNEG00000018203	GTF2IRD1 (ENSMNEG00000030643) #30	ENSMNEG00000037613 #32	ENSMNEG00000002186	ENSMNEG00000002434	NCF1 (ENSMNEG00000032957) #33	ENSMNEG00000038900 #34	ENSMNEG00000039777
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00860000134306.a.b.b.b.a.b.a.a	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT01090000260213.b	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414.e #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00440000038159.p.a.f	ENSGT01100000263577.a.a.b.a.a.b.b.b.c
Rhesus	MODERN SPECIES	13	FKBP6 (ENSMMUG00000052881) #10	ENSMMUG00000053080	FZD9 (ENSMMUG00000047984) #11	BAZ1B (ENSMMUG00000014270) #12	BCL7B (ENSMMUG00000063579) #13	TBL2 (ENSMMUG00000009093) #14	MLXIPL (ENSMMUG00000030377) #15	VPS37D (ENSMMUG00000001623) #16	ENSMMUG00000055070	DNAJC30 (ENSMMUG00000011368) #17	BUD23 (ENSMMUG00000011367) #18	STX1A (ENSMMUG00000014555) #19	ABHD11 (ENSMMUG00000014557) #20	CLDN3 (ENSMMUG00000001143) #21	ENSMMUG00000054348	CLDN4 (ENSMMUG00000044653) #22	TMEM270 (ENSMMUG00000003440) #24	ENSMMUG00000058179	ELN (ENSMMUG00000044533)	LIMK1 (ENSMMUG00000003128) #25	EIF4H (ENSMMUG00000006205) #26	LAT2 (ENSMMUG00000003840) #27	RFC2 (ENSMMUG00000003843) #28	CLIP2 (ENSMMUG00000048526) #29	GTF2IRD1 (ENSMMUG00000018842) #30	ENSMMUG00000051890	GTF2I (ENSMMUG00000006823) #32	NCF1 (ENSMMUG00000007586) #33	ENSMMUG00000065259	ENSMMUG00000017270 #34	RCC1L (ENSMMUG00000001003) #35
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	13	TRIM50 (ENSMFAG00000030567) #9	ENSMFAG00000053242	FKBP6 (ENSMFAG00000002859) #10	BAZ1B (ENSMFAG00000030535) #12	BCL7B (ENSMFAG00000038630) #13	TBL2 (ENSMFAG00000063804) #14	MLXIPL (ENSMFAG00000032074) #15	VPS37D (ENSMFAG00000038378) #16	ENSMFAG00000053225	BUD23 (ENSMFAG00000036962) #18	ENSMFAG00000064273	STX1A (ENSMFAG00000036390) #19	ABHD11 (ENSMFAG00000041965) #20	CLDN3 (ENSMFAG00000027523) #21	ENSMFAG00000064205	CLDN4 (ENSMFAG00000024997) #22	TMEM270 (ENSMFAG00000045782) #24	ELN (ENSMFAG00000046693)	LIMK1 (ENSMFAG00000042014) #25	EIF4H (ENSMFAG00000031975) #26	LAT2 (ENSMFAG00000028880) #27	RFC2 (ENSMFAG00000038578) #28	ENSMFAG00000059352	ENSMFAG00000058832	CLIP2 (ENSMFAG00000030296) #29	ENSMFAG00000054470	GTF2IRD1 (ENSMFAG00000030668) #30	GTF2I (ENSMFAG00000031566) #32	NCF1 (ENSMFAG00000038102) #33	RCC1L (ENSMFAG00000021544) #35	ENSMFAG00000064616
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	20	HIP1 (ENSCSAG00000018157)	ENSCSAG00000018159 #7	NSUN5 (ENSCSAG00000018161) #8	TRIM50 (ENSCSAG00000018164) #9	FZD9 (ENSCSAG00000019484) #11	BAZ1B (ENSCSAG00000018168) #12	BCL7B (ENSCSAG00000018171) #13	TBL2 (ENSCSAG00000018173) #14	MLXIPL (ENSCSAG00000018176) #15	VPS37D (ENSCSAG00000018178) #16	DNAJC30 (ENSCSAG00000019483) #17	BUD23 (ENSCSAG00000018180) #18	STX1A (ENSCSAG00000018181) #19	ABHD11 (ENSCSAG00000018182) #20	CLDN3 (ENSCSAG00000019482) #21	CLDN4 (ENSCSAG00000019481) #22	TMEM270 (ENSCSAG00000018183) #24	ENSCSAG00000018189	LIMK1 (ENSCSAG00000018192) #25	EIF4H (ENSCSAG00000018194) #26	LAT2 (ENSCSAG00000018196) #27	RFC2 (ENSCSAG00000018199) #28	CLIP2 (ENSCSAG00000018201) #29	GTF2IRD1 (ENSCSAG00000018202) #30	GTF2I (ENSCSAG00000018227) #32	NCF1 (ENSCSAG00000018236) #33	ENSCSAG00000018260 #34	ENSCSAG00000018264	RCC1L (ENSCSAG00000018265) #35	CASTOR2 (ENSCSAG00000018266) #36	ENSCSAG00000019480
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00940000153594.d	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414.e #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36
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Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	13697																CLDN4 (ENSEEUG00000007821) #22
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Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
Suina	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000153253.b.a.g.o #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
Pig	MODERN SPECIES	11	HIP1 (ENSSSCG00000007700)	ENSSSCG00000007705 #7	NSUN5 (ENSSSCG00000007704) #8	TRIM50 (ENSSSCG00000007703) #9	FKBP6 (ENSSSCG00000007702) #10	FZD9 (ENSSSCG00000023004) #11	BAZ1B (ENSSSCG00000027342) #12	BCL7B (ENSSSCG00000007708) #13	TBL2 (ENSSSCG00000007709) #14	MLXIPL (ENSSSCG00000007710) #15	VPS37D (ENSSSCG00000033358) #16	DNAJC30 (ENSSSCG00000054170) #17	BUD23 (ENSSSCG00000007713) #18	STX1A (ENSSSCG00000007772) #19	ABHD11 (ENSSSCG00000007715) #20	CLDN4 (ENSSSCG00000007718) #22	METTL27 (ENSSSCG00000007717) #23	TMEM270 (ENSSSCG00000007716) #24	ELN (ENSSSCG00000025858)	LIMK1 (ENSSSCG00000030378) #25	EIF4H (ENSSSCG00000025966) #26	LAT2 (ENSSSCG00000027487) #27	RFC2 (ENSSSCG00000028504) #28	ENSSSCG00000007719 #29	GTF2IRD1 (ENSSSCG00000007720) #30	GTF2I (ENSSSCG00000007721) #32	NCF1 (ENSSSCG00000007722) #33	ENSSSCG00000028635 #34	RCC1L (ENSSSCG00000007723) #35	CASTOR2 (ENSSSCG00000024045) #36	AUTS2 (ENSSSCG00000007727)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	76	ENSCWAG00000016938 #7	NSUN5 (ENSCWAG00000016890) #8	TRIM50 (ENSCWAG00000016763) #9	FKBP6 (ENSCWAG00000016604) #10	FZD9 (ENSCWAG00000016582) #11	BAZ1B (ENSCWAG00000016517) #12	BCL7B (ENSCWAG00000016459) #13	TBL2 (ENSCWAG00000016354) #14	MLXIPL (ENSCWAG00000015590) #15	VPS37D (ENSCWAG00000015497) #16	DNAJC30 (ENSCWAG00000015478) #17	BUD23 (ENSCWAG00000015424) #18	STX1A (ENSCWAG00000015257) #19	ABHD11 (ENSCWAG00000015103) #20	CLDN3 (ENSCWAG00000015088) #21	CLDN4 (ENSCWAG00000015073) #22	METTL27 (ENSCWAG00000015051) #23	TMEM270 (ENSCWAG00000015013) #24	ELN (ENSCWAG00000014603)	LIMK1 (ENSCWAG00000014283) #25	EIF4H (ENSCWAG00000014202) #26	RFC2 (ENSCWAG00000013866) #28	CLIP2 (ENSCWAG00000013771) #29
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000153594.d	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
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Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000165227	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36
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Sperm whale	MODERN SPECIES	5	DTX2 (ENSPCTG00005009563)	ZP3 (ENSPCTG00005009333)	ENSPCTG00005009270	MDH2 (ENSPCTG00005009175)	STYXL1 (ENSPCTG00005009121)	CCL24 (ENSPCTG00005009082)	ENSPCTG00005009024	NSUN5 (ENSPCTG00005008920) #8	ENSPCTG00005008679 #7	HIP1 (ENSPCTG00005007583)	FZD9 (ENSPCTG00005007425) #11	BAZ1B (ENSPCTG00005007357) #12	BCL7B (ENSPCTG00005007319) #13	TBL2 (ENSPCTG00005007307) #14	ABHD11 (ENSPCTG00005007223) #20	CLDN4 (ENSPCTG00005007204) #22	METTL27 (ENSPCTG00005007180) #23	TMEM270 (ENSPCTG00005007149) #24	ENSPCTG00005007096	EIF4H (ENSPCTG00005007045) #26	RFC2 (ENSPCTG00005007020) #28	GTF2I (ENSPCTG00005006923) #32	NCF1 (ENSPCTG00005006828) #33	ENSPCTG00005006785 #34	RCC1L (ENSPCTG00005006711) #35	CASTOR2 (ENSPCTG00005006642) #36	ENSPCTG00005006611	AUTS2 (ENSPCTG00005006408)	GALNT17 (ENSPCTG00005006297)	CALN1 (ENSPCTG00005006247)	ENSPCTG00005006047
Blue whale	MODERN SPECIES	6	ENSBMSG00010020459	NSUN5 (ENSBMSG00010020440) #8	TRIM50 (ENSBMSG00010020388) #9	FKBP6 (ENSBMSG00010020326) #10	FZD9 (ENSBMSG00010020284) #11	BAZ1B (ENSBMSG00010020225) #12	BCL7B (ENSBMSG00010020176) #13	TBL2 (ENSBMSG00010020136) #14	MLXIPL (ENSBMSG00010019822) #15	VPS37D (ENSBMSG00010019763) #16	DNAJC30 (ENSBMSG00010019751) #17	BUD23 (ENSBMSG00010019711) #18	STX1A (ENSBMSG00010019671) #19	ABHD11 (ENSBMSG00010019563) #20	CLDN3 (ENSBMSG00010019496) #21	CLDN4 (ENSBMSG00010019478) #22	METTL27 (ENSBMSG00010019449) #23	TMEM270 (ENSBMSG00010019421) #24	LIMK1 (ENSBMSG00010019129) #25	EIF4H (ENSBMSG00010019053) #26	LAT2 (ENSBMSG00010018993) #27	RFC2 (ENSBMSG00010018885) #28	CLIP2 (ENSBMSG00010018684) #29	GTF2IRD1 (ENSBMSG00010018595) #30	ENSBMSG00010018576	GTF2I (ENSBMSG00010018520) #32	NCF1 (ENSBMSG00010018435) #33	ENSBMSG00010018384 #34	RCC1L (ENSBMSG00010018284) #35	CASTOR2 (ENSBMSG00010018221) #36	ENSBMSG00010018202
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a.e #36	ENSGT00940000154823
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1	ENSCHYG00000007852 #7	NSUN5 (ENSCHYG00000007719) #8	TRIM50 (ENSCHYG00000007672) #9	FKBP6 (ENSCHYG00000007611) #10	FZD9 (ENSCHYG00000007596) #11	BAZ1B (ENSCHYG00000007429) #12	BCL7B (ENSCHYG00000007348) #13	TBL2 (ENSCHYG00000007312) #14	MLXIPL (ENSCHYG00000007201) #15	VPS37D (ENSCHYG00000007166) #16	DNAJC30 (ENSCHYG00000007148) #17	BUD23 (ENSCHYG00000007041) #18	STX1A (ENSCHYG00000007016) #19	ABHD11 (ENSCHYG00000006861) #20	CLDN3 (ENSCHYG00000006834) #21	CLDN4 (ENSCHYG00000005394) #22	METTL27 (ENSCHYG00000005351) #23	TMEM270 (ENSCHYG00000005302) #24	ELN (ENSCHYG00000005035)	LIMK1 (ENSCHYG00000004898) #25	EIF4H (ENSCHYG00000004867) #26	LAT2 (ENSCHYG00000004841) #27	RFC2 (ENSCHYG00000004804) #28	CLIP2 (ENSCHYG00000004721) #29	GTF2IRD1 (ENSCHYG00000004594) #30	ENSCHYG00000004569	GTF2I (ENSCHYG00000004389) #32	NCF1 (ENSCHYG00000004276) #33	ENSCHYG00000004264 #34	ENSCHYG00000004252 #34	RCC1L (ENSCHYG00000004214) #35
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a.e #36	ENSGT00940000154823
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	212	NSUN5 (ENSMMSG00000005556) #8	TRIM50 (ENSMMSG00000005458) #9	FKBP6 (ENSMMSG00000005318) #10	FZD9 (ENSMMSG00000005279) #11	BAZ1B (ENSMMSG00000005208) #12	BCL7B (ENSMMSG00000005160) #13	ENSMMSG00000005136	TBL2 (ENSMMSG00000005115) #14	MLXIPL (ENSMMSG00000004558) #15	VPS37D (ENSMMSG00000004475) #16	ENSMMSG00000004461 #17	BUD23 (ENSMMSG00000004433) #18	STX1A (ENSMMSG00000004419) #19	ABHD11 (ENSMMSG00000004330) #20	CLDN3 (ENSMMSG00000004306) #21	CLDN4 (ENSMMSG00000004301) #22	METTL27 (ENSMMSG00000004293) #23	TMEM270 (ENSMMSG00000004281) #24	ELN (ENSMMSG00000004248)	LIMK1 (ENSMMSG00000004196) #25	EIF4H (ENSMMSG00000004173) #26	ENSMMSG00000004160 #27	RFC2 (ENSMMSG00000004115) #28	ENSMMSG00000004091	CLIP2 (ENSMMSG00000004059) #29	GTF2IRD1 (ENSMMSG00000003977) #30	ENSMMSG00000003930 #32	NCF1 (ENSMMSG00000003876) #33	ENSMMSG00000003868 #34	RCC1L (ENSMMSG00000003857) #35	CASTOR2 (ENSMMSG00000003837) #36
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000154268.e.a	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a.e #36
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000154268.e.a	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a.e #36
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	16	HIP1 (ENSOARG00020023068)	NSUN5 (ENSOARG00020022737) #8	TRIM50 (ENSOARG00020022634) #9	FKBP6 (ENSOARG00020022533) #10	FZD9 (ENSOARG00020022514) #11	BAZ1B (ENSOARG00020022456) #12	BCL7B (ENSOARG00020022401) #13	TBL2 (ENSOARG00020022353) #14	MLXIPL (ENSOARG00020021665) #15	VPS37D (ENSOARG00020021561) #16	DNAJC30 (ENSOARG00020021550) #17	BUD23 (ENSOARG00020021497) #18	STX1A (ENSOARG00020021444) #19	ABHD11 (ENSOARG00020021169) #20	CLDN3 (ENSOARG00020021144) #21	CLDN4 (ENSOARG00020021120) #22	METTL27 (ENSOARG00020021083) #23	ENSOARG00020021057	TMEM270 (ENSOARG00020021023) #24	ELN (ENSOARG00020020966)	LIMK1 (ENSOARG00020020624) #25	EIF4H (ENSOARG00020020498) #26	LAT2 (ENSOARG00020020452) #27	RFC2 (ENSOARG00020020256) #28	CLIP2 (ENSOARG00020020096) #29	GTF2IRD1 (ENSOARG00020018854) #30	GTF2I (ENSOARG00020018473) #32	NCF1 (ENSOARG00020018390) #33	ENSOARG00020018229 #34	RCC1L (ENSOARG00020018061) #35	ENSOARG00020017977 #36
Goat	MODERN SPECIES	17	ENSCHIG00000022558 #7	NSUN5 (ENSCHIG00000012082) #8	TRIM50 (ENSCHIG00000018300) #9	FKBP6 (ENSCHIG00000007658) #10	FZD9 (ENSCHIG00000001027) #11	BAZ1B (ENSCHIG00000019115) #12	BCL7B (ENSCHIG00000001747) #13	TBL2 (ENSCHIG00000015142) #14	MLXIPL (ENSCHIG00000020795) #15	VPS37D (ENSCHIG00000011091) #16	DNAJC30 (ENSCHIG00000010092) #17	BUD23 (ENSCHIG00000020261) #18	STX1A (ENSCHIG00000011358) #19	ABHD11 (ENSCHIG00000022708) #20	CLDN3 (ENSCHIG00000004105) #21	CLDN4 (ENSCHIG00000004293) #22	METTL27 (ENSCHIG00000020950) #23	ENSCHIG00000006172	TMEM270 (ENSCHIG00000018876) #24	ENSCHIG00000018073	LIMK1 (ENSCHIG00000027103) #25	EIF4H (ENSCHIG00000020637) #26	ENSCHIG00000020053 #27	RFC2 (ENSCHIG00000009030) #28	CLIP2 (ENSCHIG00000020974) #29	GTF2IRD1 (ENSCHIG00000020027) #30	GTF2I (ENSCHIG00000008326) #32	NCF1 (ENSCHIG00000022178) #33	ENSCHIG00000011875 #34	ENSCHIG00000006082	RCC1L (ENSCHIG00000019471) #35
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000154268.e.a	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a.e #36
American bison	MODERN SPECIES	3254	ENSBBBG00000011652 #7	NSUN5 (ENSBBBG00000008491) #8	TRIM50 (ENSBBBG00000002156) #9	FKBP6 (ENSBBBG00000011713) #10	FZD9 (ENSBBBG00000011718) #11	BAZ1B (ENSBBBG00000011741) #12	BCL7B (ENSBBBG00000002182) #13	TBL2 (ENSBBBG00000011767) #14	MLXIPL (ENSBBBG00000002199) #15	VPS37D (ENSBBBG00000011842) #16	DNAJC30 (ENSBBBG00000011847) #17	BUD23 (ENSBBBG00000011856) #18	STX1A (ENSBBBG00000011868) #19	ABHD11 (ENSBBBG00000011889) #20	CLDN3 (ENSBBBG00000002216) #21	CLDN4 (ENSBBBG00000011897) #22	METTL27 (ENSBBBG00000011912) #23	ENSBBBG00000011916	TMEM270 (ENSBBBG00000011925) #24	ELN (ENSBBBG00000003006)	LIMK1 (ENSBBBG00000014034) #25	EIF4H (ENSBBBG00000003126) #26	LAT2 (ENSBBBG00000014081) #27	RFC2 (ENSBBBG00000007550) #28	CLIP2 (ENSBBBG00000014174) #29	GTF2IRD1 (ENSBBBG00000014254) #30	GTF2I (ENSBBBG00000014455) #32	NCF1 (ENSBBBG00000014482) #33	ENSBBBG00000003371 #34	RCC1L (ENSBBBG00000014512) #35	ENSBBBG00000003394 #36
Bos	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000154268.e.a	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a.e #36
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Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	17	HIP1 (ENSBIXG00005009945)	ENSBIXG00005009874 #7	NSUN5 (ENSBIXG00005000641) #8	TRIM50 (ENSBIXG00005009839) #9	FKBP6 (ENSBIXG00005009809) #10	BAZ1B (ENSBIXG00005009733) #12	BCL7B (ENSBIXG00005009697) #13	TBL2 (ENSBIXG00005009654) #14	MLXIPL (ENSBIXG00005006983) #15	VPS37D (ENSBIXG00005009567) #16	DNAJC30 (ENSBIXG00005009554) #17	BUD23 (ENSBIXG00005009530) #18	ENSBIXG00005009465 #19	ABHD11 (ENSBIXG00005000489) #20	CLDN3 (ENSBIXG00005006308) #21	CLDN4 (ENSBIXG00005000455) #22	METTL27 (ENSBIXG00005009281) #23	ENSBIXG00005009270	TMEM270 (ENSBIXG00005009256) #24	ELN (ENSBIXG00005009230)	LIMK1 (ENSBIXG00005000407) #25	EIF4H (ENSBIXG00005005364) #26	LAT2 (ENSBIXG00005009055) #27	RFC2 (ENSBIXG00005008986) #28	CLIP2 (ENSBIXG00005000321) #29	GTF2IRD1 (ENSBIXG00005008846) #30	ENSBIXG00005008743	GTF2I (ENSBIXG00005008700) #32	NCF1 (ENSBIXG00005008664) #33	ENSBIXG00005008649 #34	RCC1L (ENSBIXG00005000231) #35
Cow	MODERN SPECIES	17	ENSBTAG00000017939 #7	NSUN5 (ENSBTAG00000017941) #8	TRIM50 (ENSBTAG00000005798) #9	FKBP6 (ENSBTAG00000002253) #10	FZD9 (ENSBTAG00000051341) #11	BAZ1B (ENSBTAG00000005197) #12	BCL7B (ENSBTAG00000020544) #13	TBL2 (ENSBTAG00000000321) #14	MLXIPL (ENSBTAG00000009153) #15	VPS37D (ENSBTAG00000008487) #16	DNAJC30 (ENSBTAG00000009022) #17	BUD23 (ENSBTAG00000017067) #18	STX1A (ENSBTAG00000017075) #19	ABHD11 (ENSBTAG00000010339) #20	CLDN3 (ENSBTAG00000040432) #21	CLDN4 (ENSBTAG00000026278) #22	METTL27 (ENSBTAG00000001374) #23	ENSBTAG00000051532	TMEM270 (ENSBTAG00000014810) #24	ELN (ENSBTAG00000019517)	LIMK1 (ENSBTAG00000044083) #25	EIF4H (ENSBTAG00000047249) #26	LAT2 (ENSBTAG00000045767) #27	RFC2 (ENSBTAG00000018589) #28	CLIP2 (ENSBTAG00000011875) #29	GTF2IRD1 (ENSBTAG00000006212) #30	GTF2I (ENSBTAG00000009780) #32	NCF1 (ENSBTAG00000003305) #33	GTF2IRD2 (ENSBTAG00000026286) #34	RCC1L (ENSBTAG00000011753) #35	ENSBTAG00000014417 #36
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Domestic yak	MODERN SPECIES	18	ENSBGRG00000010437	TRIM50 (ENSBGRG00000010461) #9	FKBP6 (ENSBGRG00000010618) #10	FZD9 (ENSBGRG00000010984) #11	BAZ1B (ENSBGRG00000011085) #12	BCL7B (ENSBGRG00000011398) #13	TBL2 (ENSBGRG00000011658) #14	MLXIPL (ENSBGRG00000011880) #15	ENSBGRG00000012296	VPS37D (ENSBGRG00000012322) #16	DNAJC30 (ENSBGRG00000012375) #17	BUD23 (ENSBGRG00000012417) #18	STX1A (ENSBGRG00000012465) #19	ABHD11 (ENSBGRG00000012769) #20	ENSBGRG00000013047 #21	CLDN4 (ENSBGRG00000013079) #22	METTL27 (ENSBGRG00000013126) #23	ENSBGRG00000013166	TMEM270 (ENSBGRG00000013209) #24	ELN (ENSBGRG00000013383)	LIMK1 (ENSBGRG00000019391) #25	ENSBGRG00000019729 #26	LAT2 (ENSBGRG00000019878) #27	RFC2 (ENSBGRG00000020073) #28	CLIP2 (ENSBGRG00000020435) #29	GTF2IRD1 (ENSBGRG00000020750) #30	GTF2I (ENSBGRG00000021271) #32	NCF1 (ENSBGRG00000021502) #33	ENSBGRG00000021552 #34	RCC1L (ENSBGRG00000021587) #35	CASTOR2 (ENSBGRG00000021809) #36
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Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	25	ENSRFEG00010009080 #7	NSUN5 (ENSRFEG00010009133) #8	TRIM50 (ENSRFEG00010009207) #9	FKBP6 (ENSRFEG00010009281) #10	FZD9 (ENSRFEG00010009443) #11	BAZ1B (ENSRFEG00010009478) #12	BCL7B (ENSRFEG00010009710) #13	TBL2 (ENSRFEG00010009778) #14	MLXIPL (ENSRFEG00010009851) #15	VPS37D (ENSRFEG00010009979) #16	DNAJC30 (ENSRFEG00010010011) #17	BUD23 (ENSRFEG00010010031) #18	STX1A (ENSRFEG00010010281) #19	ABHD11 (ENSRFEG00010010388) #20	CLDN3 (ENSRFEG00010010434) #21	CLDN4 (ENSRFEG00010010457) #22	METTL27 (ENSRFEG00010010469) #23	TMEM270 (ENSRFEG00010010504) #24	ELN (ENSRFEG00010010637)	LIMK1 (ENSRFEG00010011899) #25	EIF4H (ENSRFEG00010012016) #26	LAT2 (ENSRFEG00010012099) #27	RFC2 (ENSRFEG00010012149) #28	CLIP2 (ENSRFEG00010012561) #29	GTF2IRD1 (ENSRFEG00010012756) #30	GTF2I (ENSRFEG00010012906) #32	NCF1 (ENSRFEG00010013163) #33	ENSRFEG00010013199 #34	RCC1L (ENSRFEG00010013306) #35	CASTOR2 (ENSRFEG00010013653) #36	AUTS2 (ENSRFEG00010013746)
Microbat	MODERN SPECIES	982	ENSMLUG00000005138	ENSMLUG00000008393 #7	NSUN5 (ENSMLUG00000008380) #8	TRIM50 (ENSMLUG00000005136) #9	FKBP6 (ENSMLUG00000009844) #10	FZD9 (ENSMLUG00000025470) #11	BAZ1B (ENSMLUG00000009860) #12	BCL7B (ENSMLUG00000010848) #13	TBL2 (ENSMLUG00000010838) #14	MLXIPL (ENSMLUG00000005594) #15	VPS37D (ENSMLUG00000010831) #16	DNAJC30 (ENSMLUG00000010823) #17	BUD23 (ENSMLUG00000010800) #18	STX1A (ENSMLUG00000010785) #19	ABHD11 (ENSMLUG00000027141) #20	CLDN4 (ENSMLUG00000002217) #22	METTL27 (ENSMLUG00000002222) #23	ENSMLUG00000028759 #24	ELN (ENSMLUG00000000398)	LIMK1 (ENSMLUG00000000411) #25	EIF4H (ENSMLUG00000009053) #26	LAT2 (ENSMLUG00000029224) #27	RFC2 (ENSMLUG00000004557) #28	GTF2IRD1 (ENSMLUG00000001668) #30	CLIP2 (ENSMLUG00000001660) #29	GTF2I (ENSMLUG00000002844) #32	ENSMLUG00000000233 #33	ENSMLUG00000024497 #34	RCC1L (ENSMLUG00000014984) #35	CASTOR2 (ENSMLUG00000014977) #36	ENSMLUG00000025244
Megabat	MODERN SPECIES	8205																CLDN4 (ENSPVAG00000012056) #22	TMEM270 (ENSPVAG00000012054) #24
Equus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823	ENSGT00940000156014
Donkey	MODERN SPECIES	5	ENSEASG00005016117 #7	NSUN5 (ENSEASG00005016116) #8	TRIM50 (ENSEASG00005016113) #9	FKBP6 (ENSEASG00005016112) #10	FZD9 (ENSEASG00005016111) #11	BAZ1B (ENSEASG00005015994) #12	BCL7B (ENSEASG00005032838) #13	TBL2 (ENSEASG00005015968) #14	MLXIPL (ENSEASG00005015933) #15	DNAJC30 (ENSEASG00005033725) #17	VPS37D (ENSEASG00005026687) #16	BUD23 (ENSEASG00005015914) #18	STX1A (ENSEASG00005015907) #19	ABHD11 (ENSEASG00005015901) #20	CLDN3 (ENSEASG00005015899) #21	CLDN4 (ENSEASG00005031394) #22	METTL27 (ENSEASG00005015896) #23	TMEM270 (ENSEASG00005015895) #24	ELN (ENSEASG00005015891)	LIMK1 (ENSEASG00005015888) #25	EIF4H (ENSEASG00005015880) #26	ENSEASG00005031353 #27	RFC2 (ENSEASG00005015874) #28	CLIP2 (ENSEASG00005015871) #29	ENSEASG00005015865	GTF2IRD1 (ENSEASG00005015852) #30	GTF2I (ENSEASG00005015829) #32	NCF1 (ENSEASG00005015822) #33	ENSEASG00005015820 #34	ENSEASG00005008769 #36	ENSEASG00005037149
Horse	MODERN SPECIES	4	ENSECAG00000044336	NSUN5 (ENSECAG00000012138) #8	TRIM50 (ENSECAG00000014578) #9	FKBP6 (ENSECAG00000017859) #10	FZD9 (ENSECAG00000057726) #11	BAZ1B (ENSECAG00000002889) #12	ENSECAG00000057739	BCL7B (ENSECAG00000015512) #13	TBL2 (ENSECAG00000015585) #14	MLXIPL (ENSECAG00000021590) #15	VPS37D (ENSECAG00000009098) #16	DNAJC30 (ENSECAG00000009728) #17	BUD23 (ENSECAG00000012489) #18	STX1A (ENSECAG00000023810) #19	ABHD11 (ENSECAG00000024165) #20	CLDN4 (ENSECAG00000006466) #22	CLDN3 (ENSECAG00000057944) #21	METTL27 (ENSECAG00000009027) #23	TMEM270 (ENSECAG00000010866) #24	ELN (ENSECAG00000040154)	LIMK1 (ENSECAG00000012497) #25	ENSECAG00000052928	EIF4H (ENSECAG00000017832) #26	LAT2 (ENSECAG00000021351) #27	RFC2 (ENSECAG00000000367) #28	ENSECAG00000049859	ENSECAG00000058663	CLIP2 (ENSECAG00000011939) #29	GTF2IRD1 (ENSECAG00000019745) #30	GTF2I (ENSECAG00000020289) #32	NCF1 (ENSECAG00000015095) #33
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266.b #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
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leopard	MODERN SPECIES	87	HIP1 (ENSPPRG00000000644)	ENSPPRG00000019062 #7	NSUN5 (ENSPPRG00000014831) #8	TRIM50 (ENSPPRG00000011493) #9	FKBP6 (ENSPPRG00000010002) #10	FZD9 (ENSPPRG00000018604) #11	BAZ1B (ENSPPRG00000009360) #12	BCL7B (ENSPPRG00000007306) #13	TBL2 (ENSPPRG00000006939) #14	MLXIPL (ENSPPRG00000005627) #15	DNAJC30 (ENSPPRG00000018189) #17	BUD23 (ENSPPRG00000001111) #18	STX1A (ENSPPRG00000000670) #19	ABHD11 (ENSPPRG00000022012) #20	CLDN3 (ENSPPRG00000018103) #21	CLDN4 (ENSPPRG00000018090) #22	METTL27 (ENSPPRG00000018842) #23	TMEM270 (ENSPPRG00000017544) #24	ENSPPRG00000015603	LIMK1 (ENSPPRG00000014015) #25	ENSPPRG00000017935	EIF4H (ENSPPRG00000010557) #26	RFC2 (ENSPPRG00000010080) #28	CLIP2 (ENSPPRG00000008420) #29	GTF2IRD1 (ENSPPRG00000002815) #30	GTF2I (ENSPPRG00000023912) #32	NCF1 (ENSPPRG00000017417) #33	ENSPPRG00000015109 #34	RCC1L (ENSPPRG00000013997) #35	CASTOR2 (ENSPPRG00000012000) #36	AUTS2 (ENSPPRG00000011338)
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Red fox	MODERN SPECIES	164	ENSVVUG00000024635 #7	NSUN5 (ENSVVUG00000024659) #8	TRIM50 (ENSVVUG00000024661) #9	FKBP6 (ENSVVUG00000024664) #10	FZD9 (ENSVVUG00000024670) #11	BAZ1B (ENSVVUG00000024671) #12	BCL7B (ENSVVUG00000024672) #13	TBL2 (ENSVVUG00000024674) #14	MLXIPL (ENSVVUG00000024675) #15	VPS37D (ENSVVUG00000024681) #16	ENSVVUG00000024687 #18	DNAJC30 (ENSVVUG00000024819) #17	STX1A (ENSVVUG00000024821) #19	ABHD11 (ENSVVUG00000024823) #20	CLDN3 (ENSVVUG00000024824) #21	CLDN4 (ENSVVUG00000024825) #22	METTL27 (ENSVVUG00000024826) #23	TMEM270 (ENSVVUG00000024827) #24	ELN (ENSVVUG00000024830)	ENSVVUG00000024840	LIMK1 (ENSVVUG00000024841) #25	EIF4H (ENSVVUG00000024843) #26	ENSVVUG00000024846 #27	RFC2 (ENSVVUG00000024851) #28	CLIP2 (ENSVVUG00000024855) #29	GTF2IRD1 (ENSVVUG00000024859) #30	ENSVVUG00000024885	ENSVVUG00000024887 #32
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095.x #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095.x #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
Ferret	MODERN SPECIES	243	ENSMPUG00000016037 #7	NSUN5 (ENSMPUG00000016038) #8	TRIM50 (ENSMPUG00000016044) #9	FKBP6 (ENSMPUG00000016067) #10	ENSMPUG00000019768 #11	BAZ1B (ENSMPUG00000016069) #12	BCL7B (ENSMPUG00000016071) #13	TBL2 (ENSMPUG00000016073) #14	MLXIPL (ENSMPUG00000016074) #15	VPS37D (ENSMPUG00000016076) #16	DNAJC30 (ENSMPUG00000016077) #17	BUD23 (ENSMPUG00000016080) #18	STX1A (ENSMPUG00000016082) #19	ABHD11 (ENSMPUG00000016083) #20	CLDN3 (ENSMPUG00000019769) #21	CLDN4 (ENSMPUG00000019770) #22	METTL27 (ENSMPUG00000016084) #23	ELN (ENSMPUG00000016085)	LIMK1 (ENSMPUG00000016086) #25	EIF4H (ENSMPUG00000016107) #26	ENSMPUG00000016114 #27	RFC2 (ENSMPUG00000016117) #28	ENSMPUG00000016120	CLIP2 (ENSMPUG00000016121) #29	ENSMPUG00000019771	GTF2IRD1 (ENSMPUG00000016153) #30	GTF2I (ENSMPUG00000016156) #32	NCF1 (ENSMPUG00000016161) #33	ENSMPUG00000016180 #34	RCC1L (ENSMPUG00000016182) #35	CASTOR2 (ENSMPUG00000016183) #36
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095.x #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00910000147616
Giant Panda	MODERN SPECIES	1	HIP1 (ENSAMEG00000010991)	ENSAMEG00000011093 #7	NSUN5 (ENSAMEG00000011119) #8	TRIM50 (ENSAMEG00000011139) #9	FKBP6 (ENSAMEG00000011153) #10	BAZ1B (ENSAMEG00000011177) #12	BCL7B (ENSAMEG00000028010) #13	TBL2 (ENSAMEG00000027068) #14	MLXIPL (ENSAMEG00000011254) #15	VPS37D (ENSAMEG00000011294) #16	DNAJC30 (ENSAMEG00000019069) #17	BUD23 (ENSAMEG00000011306) #18	STX1A (ENSAMEG00000011312) #19	ABHD11 (ENSAMEG00000011335) #20	CLDN3 (ENSAMEG00000019096) #21	CLDN4 (ENSAMEG00000019133) #22	METTL27 (ENSAMEG00000011344) #23	TMEM270 (ENSAMEG00000015449) #24	ELN (ENSAMEG00000015429)	LIMK1 (ENSAMEG00000015431) #25	EIF4H (ENSAMEG00000015416) #26	LAT2 (ENSAMEG00000015412) #27	RFC2 (ENSAMEG00000015384) #28	CLIP2 (ENSAMEG00000015346) #29	GTF2IRD1 (ENSAMEG00000015311) #30	GTF2I (ENSAMEG00000015241) #32	NCF1 (ENSAMEG00000015198) #33	ENSAMEG00000027499 #34	ENSAMEG00000015146 #34	ENSAMEG00000015121 #35	ENSAMEG00000015092 #36
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	384																ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23
American black bear	MODERN SPECIES	7957																ENSUAMG00000007874 #22
Polar bear	MODERN SPECIES	213	CALN1 (ENSUMAG00000015325)	GALNT17 (ENSUMAG00000015252)	AUTS2 (ENSUMAG00000015011)	CASTOR2 (ENSUMAG00000014984) #36	RCC1L (ENSUMAG00000014977) #35	ENSUMAG00000014971 #34	NCF1 (ENSUMAG00000014919) #33	GTF2I (ENSUMAG00000014843) #32	GTF2IRD1 (ENSUMAG00000014292) #30	ENSUMAG00000014256 #29	ENSUMAG00000014252 #28	ENSUMAG00000014249 #28	EIF4H (ENSUMAG00000014241) #26	LIMK1 (ENSUMAG00000014035) #25	ENSUMAG00000014004	CLDN4 (ENSUMAG00000013999) #22	METTL27 (ENSUMAG00000013997) #23	ABHD11 (ENSUMAG00000013995) #20	STX1A (ENSUMAG00000013717) #19	BUD23 (ENSUMAG00000013691) #18	VPS37D (ENSUMAG00000013684) #16	MLXIPL (ENSUMAG00000013652) #15	TBL2 (ENSUMAG00000013647) #14	BCL7B (ENSUMAG00000013646) #13	BAZ1B (ENSUMAG00000013631) #12	FKBP6 (ENSUMAG00000013622) #10	TRIM50 (ENSUMAG00000013606) #9	NSUN5 (ENSUMAG00000013592) #8	HIP1 (ENSUMAG00000013022)	CCL26 (ENSUMAG00000012919)	CCL24 (ENSUMAG00000012913)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	82	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	788																ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29
Armadillo	MODERN SPECIES	1807																CLDN4 (ENSDNOG00000024290) #22	ELN (ENSDNOG00000008577)	LIMK1 (ENSDNOG00000032292) #25	EIF4H (ENSDNOG00000049674) #26	LAT2 (ENSDNOG00000013208) #27	RFC2 (ENSDNOG00000019411) #28	CLIP2 (ENSDNOG00000023962) #29
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	95	ENSGT00940000153594.d	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823	ENSGT00940000156014
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	99	ENSGT00940000153594.d	ENSGT00940000153253.b.a.g #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000162266 #34	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000154823	ENSGT00940000156014
Elephant	MODERN SPECIES	403	ENSLAFG00000006331 #7	NSUN5 (ENSLAFG00000017255) #8	TRIM50 (ENSLAFG00000011816) #9	FKBP6 (ENSLAFG00000002442) #10	ENSLAFG00000028413 #12	ENSLAFG00000015205 #12	BCL7B (ENSLAFG00000015128) #13	TBL2 (ENSLAFG00000010783) #14	MLXIPL (ENSLAFG00000000706) #15	VPS37D (ENSLAFG00000029540) #16	DNAJC30 (ENSLAFG00000016161) #17	BUD23 (ENSLAFG00000016165) #18	STX1A (ENSLAFG00000031657) #19	ABHD11 (ENSLAFG00000029924) #20	CLDN3 (ENSLAFG00000012473) #21	CLDN4 (ENSLAFG00000015629) #22	METTL27 (ENSLAFG00000028886) #23	TMEM270 (ENSLAFG00000007056) #24	LIMK1 (ENSLAFG00000001533) #25	EIF4H (ENSLAFG00000010578) #26	ENSLAFG00000010580 #27	RFC2 (ENSLAFG00000010586) #28	CLIP2 (ENSLAFG00000004729) #29	GTF2IRD1 (ENSLAFG00000006505) #30	ENSLAFG00000032552	GTF2I (ENSLAFG00000003646) #32	NCF1 (ENSLAFG00000017320) #33	ENSLAFG00000013081 #34	RCC1L (ENSLAFG00000031924) #35	CASTOR2 (ENSLAFG00000028140) #36	ENSLAFG00000026009
Tenrec	MODERN SPECIES	7943																CLDN4 (ENSETEG00000000530) #22	ENSETEG00000000532 #23
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880.h.a #20	ENSGT00390000015880.h.b #20	ENSGT00390000015880.g #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000161621.A.a.b.a.m	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000158139
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Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000015880.h.a #20	ENSGT00390000015880.h.b #20	ENSGT00390000015880.g #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000158139	ENSGT00940000154823	ENSGT00940000156014
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00940000162422.a.b	ENSGT00390000015880.h.a #20	ENSGT00390000015880.h.b #20	ENSGT00390000015880.g #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00390000009243 #24	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000155414 #26	ENSGT00390000006821 #27	ENSGT00550000075050 #28	ENSGT00940000159426 #29	ENSGT00940000159414 #30	ENSGT00940000160349 #32	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000158139	ENSGT00940000154823	ENSGT00940000156014
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koala	MODERN SPECIES	109	FZD9 (ENSPCIG00000019266) #11	BAZ1B (ENSPCIG00000019188) #12	BCL7B (ENSPCIG00000019181) #13	TBL2 (ENSPCIG00000019178) #14	MLXIPL (ENSPCIG00000019175) #15	VPS37D (ENSPCIG00000017224) #16	ENSPCIG00000017226 #17	BUD23 (ENSPCIG00000017229) #18	STX1A (ENSPCIG00000034835) #19	ENSPCIG00000017235	ENSPCIG00000017237	ENSPCIG00000036907 #20	ENSPCIG00000036090 #20	ENSPCIG00000017239 #20	CLDN3 (ENSPCIG00000017241) #21	CLDN4 (ENSPCIG00000017243) #22	ENSPCIG00000017244 #24	LIMK1 (ENSPCIG00000017250) #25	EIF4H (ENSPCIG00000017251) #26	ENSPCIG00000017253 #27	RFC2 (ENSPCIG00000017254) #28	CLIP2 (ENSPCIG00000006357) #29	GTF2IRD1 (ENSPCIG00000015133) #30	GTF2I (ENSPCIG00000020187) #32	NCF1 (ENSPCIG00000001536) #33	RCC1L (ENSPCIG00000001588) #35	CASTOR2 (ENSPCIG00000001615) #36	PHKG1 (ENSPCIG00000024720)	ENSPCIG00000032670
Wallaby	MODERN SPECIES	9543																CLDN4 (ENSMEUG00000013219) #22	ENSMEUG00000013223
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Platypus	MODERN SPECIES	8	ENSOANG00000042935	HIP1 (ENSOANG00000003787)	ENSOANG00000014404 #7	NSUN5 (ENSOANG00000014405) #8	FKBP6 (ENSOANG00000007055) #10	FZD9 (ENSOANG00000005358) #11	BAZ1B (ENSOANG00000019976) #12	BCL7B (ENSOANG00000000274) #13	TBL2 (ENSOANG00000013476) #14	MLXIPL (ENSOANG00000046531) #15	VPS37D (ENSOANG00000044084) #16	BUD23 (ENSOANG00000020650) #18	STX1A (ENSOANG00000040725) #19	ABHD11 (ENSOANG00000038104) #20	CLDN3 (ENSOANG00000012640) #21	CLDN4 (ENSOANG00000011407) #22	ENSOANG00000040628 #23	ELN (ENSOANG00000043254)	LIMK1 (ENSOANG00000002923) #25	ENSOANG00000036390	ENSOANG00000002927	ENSOANG00000040167	ENSOANG00000044680	ENSOANG00000050426	ENSOANG00000048769	ENSOANG00000002929	ENSOANG00000047804	ENSOANG00000044227	ENSOANG00000021072	ENSOANG00000050489	TMEM132E (ENSOANG00000043508)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	18						ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00510000047471	ENSGT01030000235191.A	ENSGT01030000235191.B	ENSGT00940000156831 #12
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	97						ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.f	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00510000047471	ENSGT01030000235191.A	ENSGT01030000235191.B	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00940000161226 #11
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.f	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00390000017709	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00940000161495	ENSGT01100000263519.A.a.a.b	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00510000047471
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.f	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00390000017709	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00940000161495	ENSGT01100000263519.A.a.a.b	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00510000047471
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A.l	ENSGT00950000183203.d.f	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00390000017709	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00940000161495	ENSGT01100000263519.A.a.a.b	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00510000047471
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A.l	ENSGT00950000183203.d.f	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00390000017709	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00940000161495	ENSGT01100000263519.A.a.a.b	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00510000047471
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	9548																CLDN4 (ENSLLTG00000011405) #22	ENSLLTG00000011397
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A.l	ENSGT00950000183203.d.f	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00940000161495	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00510000047471	ENSGT00680000100018.b	ENSGT01030000235191.A
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	38	ENSNSUG00000006113	SBDS (ENSNSUG00000006112)	ENSNSUG00000006106	ENSNSUG00000006105	LPO (ENSNSUG00000006053)	EPX (ENSNSUG00000006052)	ENSNSUG00000006051	SUPT4H1 (ENSNSUG00000006050)	RNF43 (ENSNSUG00000006046)	HSF5 (ENSNSUG00000006045)	MTMR4 (ENSNSUG00000005994)	ENSNSUG00000005992	ENSNSUG00000005991	ABHD11 (ENSNSUG00000005990) #20	CLDN3 (ENSNSUG00000005988) #21	CLDN4 (ENSNSUG00000005987) #22	ENSNSUG00000005986	METTL27 (ENSNSUG00000005985) #23	LIMK1 (ENSNSUG00000005981) #25	ENSNSUG00000005980	VPS37D (ENSNSUG00000005978) #16	DNAJC30 (ENSNSUG00000005977) #17	MLXIPL (ENSNSUG00000005975) #15	STX1A (ENSNSUG00000005966) #19	BUD23 (ENSNSUG00000005965) #18	TBL2 (ENSNSUG00000005964) #14	ENSNSUG00000005963	MKS1 (ENSNSUG00000005962)	ENSNSUG00000005961	ENSNSUG00000005960	ENSNSUG00000005959
Indian cobra	MODERN SPECIES		ENSNNAG00000000370	SBDS (ENSNNAG00000000410)	ENSNNAG00000000437	ENSNNAG00000000484	ENSNNAG00000000496	LPO (ENSNNAG00000000521)	ENSNNAG00000000609	ENSNNAG00000000825	SUPT4H1 (ENSNNAG00000000853)	RNF43 (ENSNNAG00000000867)	HSF5 (ENSNNAG00000000886)	MTMR4 (ENSNNAG00000000915)	ENSNNAG00000000992	ABHD11 (ENSNNAG00000001029) #20	CLDN3 (ENSNNAG00000001107) #21	CLDN4 (ENSNNAG00000001120) #22	ENSNNAG00000001131	METTL27 (ENSNNAG00000001140) #23	ENSNNAG00000001156 #25	ENSNNAG00000001183	VPS37D (ENSNNAG00000001208) #16	DNAJC30 (ENSNNAG00000001216) #17	MLXIPL (ENSNNAG00000001227) #15	STX1A (ENSNNAG00000001250) #19	TBL2 (ENSNNAG00000001278) #14	BCL7B (ENSNNAG00000001314) #13	MKS1 (ENSNNAG00000001358)	ENSNNAG00000001412	ENSNNAG00000001424	BAZ1B (ENSNNAG00000001440) #12	ENSNNAG00000001465
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.f	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00510000047471	ENSGT00680000100018.b	ENSGT01030000235191.A	ENSGT01030000235191.B	ENSGT00940000156831 #12
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	133							ENSSMRG00000008816	ENSSMRG00000008812	SUPT4H1 (ENSSMRG00000008810)	RNF43 (ENSSMRG00000008809)	HSF5 (ENSSMRG00000008798)	MTMR4 (ENSSMRG00000008793)	ENSSMRG00000008788	ABHD11 (ENSSMRG00000008787) #20	CLDN3 (ENSSMRG00000008783) #21	CLDN4 (ENSSMRG00000008776) #22	ENSSMRG00000008775	METTL27 (ENSSMRG00000008774) #23	LIMK1 (ENSSMRG00000008751) #25	ENSSMRG00000008745	VPS37D (ENSSMRG00000008744) #16	DNAJC30 (ENSSMRG00000008743) #17	MLXIPL (ENSSMRG00000008679) #15	STX1A (ENSSMRG00000008653) #19	BUD23 (ENSSMRG00000008652) #18	TBL2 (ENSSMRG00000008651) #14	BCL7B (ENSSMRG00000008650) #13	ENSSMRG00000008649	ENSSMRG00000008648	BAZ1B (ENSSMRG00000008647) #12	FZD9 (ENSSMRG00000008646) #11
tuatara	MODERN SPECIES	905															CLDN3 (ENSSPUG00000015040) #21	CLDN4 (ENSSPUG00000015044) #22	ENSSPUG00000015052	METTL27 (ENSSPUG00000015061) #23	ENSSPUG00000015071	LIMK1 (ENSSPUG00000015079) #25
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	18						ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT01030000235191.A	ENSGT01030000235191.B	ENSGT00940000156831 #12
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	18						ENSGT00940000160488	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067.z	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT01030000235191.A	ENSGT01030000235191.B	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000158514 #10
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	56				ENSGT00940000156000	ENSGT00940000160488.e	ENSGT00940000160488.f	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067.z	ENSGT00960000192249	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000164423.kb.a	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210.a #15
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	109				ENSGT00940000156000	ENSGT00940000160488.e	ENSGT00940000160488.f	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00960000192249	ENSGT00940000156345 #25
painted turtle	MODERN SPECIES	933								ENSCPBG00000015868	ENSCPBG00000015874	SUPT4H1 (ENSCPBG00000015876)	HSF5 (ENSCPBG00000015877)	MTMR4 (ENSCPBG00000015880)	ENSCPBG00000015892	ABHD11 (ENSCPBG00000015894) #20	ENSCPBG00000015895 #21	CLDN4 (ENSCPBG00000015896) #22	ENSCPBG00000015903	ENSCPBG00000015905	ENSCPBG00000015908	ENSCPBG00000015909	ENSCPBG00000015910	ENSCPBG00000015911	LIMK1 (ENSCPBG00000015913) #25
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	1323																CLDN4 (ENSTMTG00000007691) #22
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000235191.B	ENSGT01030000235191.A	ENSGT00940000164423.kb.b	ENSGT00940000156000	ENSGT00940000160488.e	ENSGT00940000160488.f	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067.z	ENSGT00960000192249	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000164423.kb.a	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17	ENSGT00390000014737 #18	ENSGT01030000234627.a.a.c #19	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210.a #15
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	8	ENSGEVG00005016116	ENSGEVG00005016170	ENSGEVG00005016214	CWF19L1 (ENSGEVG00005016307)	ENSGEVG00005009927	ENSGEVG00005010048	EPX (ENSGEVG00005010268)	ENSGEVG00005010599	SUPT4H1 (ENSGEVG00005011481)	RNF43 (ENSGEVG00005011552)	HSF5 (ENSGEVG00005011939)	MTMR4 (ENSGEVG00005012094)	ENSGEVG00005012197	ABHD11 (ENSGEVG00005012227) #20	CLDN3 (ENSGEVG00005012282) #21	CLDN4 (ENSGEVG00005012303) #22	ENSGEVG00005012321	ENSGEVG00005012357	LIMK1 (ENSGEVG00005012398) #25	ENSGEVG00005012488	ENSGEVG00005012790	ENSGEVG00005012838	ENSGEVG00005012871	VPS37D (ENSGEVG00005012919) #16	DNAJC30 (ENSGEVG00005012937) #17	BUD23 (ENSGEVG00005012989) #18	STX1A (ENSGEVG00005013033) #19	MKS1 (ENSGEVG00005013201)	BCL7B (ENSGEVG00005013264) #13	TBL2 (ENSGEVG00005013295) #14	MLXIPL (ENSGEVG00005013362) #15
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2737	ENSCABG00000007478	ENSCABG00000007479	CWF19L1 (ENSCABG00000007480)	ENSCABG00000007481	ENSCABG00000007482	EPX (ENSCABG00000007485)	ENSCABG00000007488	ENSCABG00000007490	SUPT4H1 (ENSCABG00000007493)	RNF43 (ENSCABG00000007495)	HSF5 (ENSCABG00000007512)	MTMR4 (ENSCABG00000007533)	ENSCABG00000008370	ABHD11 (ENSCABG00000008373) #20	CLDN3 (ENSCABG00000008375) #21	CLDN4 (ENSCABG00000008379) #22	ENSCABG00000008390	LIMK1 (ENSCABG00000008396) #25	ENSCABG00000008401	ENSCABG00000008405	ENSCABG00000008412	ENSCABG00000008414	ENSCABG00000008416	VPS37D (ENSCABG00000008417) #16	BUD23 (ENSCABG00000008418) #18	STX1A (ENSCABG00000008423) #19	MKS1 (ENSCABG00000008454)	BCL7B (ENSCABG00000008470) #13	TBL2 (ENSCABG00000008477) #14	MLXIPL (ENSCABG00000008489) #15
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	68			ENSGT00940000163974	ENSGT00390000010806	ENSGT00390000003207	ENSGT00390000008726.h.b.f.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C
Aves	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01100000263482.C.b.a.a	ENSGT01100000263482.B.b	ENSGT01100000263482.D	ENSGT01050000248177	ENSGT00940000160488	ENSGT00390000008726.h.b.f.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00960000187204	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000160349 #32
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000154126.h.b.a.b	ENSGT01100000263482.C.b.a.a	ENSGT01100000263482.B.b	ENSGT01100000263482.D	ENSGT00940000160488	ENSGT00390000008726.h.b.f.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00960000187204	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000160349 #32
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154126.h.b.a.b	ENSGT01100000263482.C.b.a.a	ENSGT01100000263482.B.b	ENSGT01100000263482.D	ENSGT00940000160488	ENSGT00390000008726.h.b.f.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00960000187204	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000160349 #32
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000154126.h.b.a.b	ENSGT01100000263482.C.b.a.a	ENSGT01100000263482.B.b	ENSGT01100000263482.D	ENSGT00940000160488	ENSGT00390000008726.h.b.f.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00960000187204	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000160349 #32
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	38	ENSABRG00000007036	ENSABRG00000007042	ENSABRG00000007045	ENSABRG00000007055	ENSABRG00000007065	ENSABRG00000007114	EPX (ENSABRG00000007116)	ENSABRG00000007125	SUPT4H1 (ENSABRG00000007150)	RNF43 (ENSABRG00000007159)	HSF5 (ENSABRG00000007165)	MTMR4 (ENSABRG00000007167)	ENSABRG00000007178	ABHD11 (ENSABRG00000007182) #20	CLDN3 (ENSABRG00000007188) #21	CLDN4 (ENSABRG00000007192) #22	ENSABRG00000007197	METTL27 (ENSABRG00000007200) #23	ELN (ENSABRG00000007208)	LIMK1 (ENSABRG00000007266) #25	ENSABRG00000007279	ENSABRG00000007294	SBDS (ENSABRG00000007309)	ENSABRG00000007318	CALN1 (ENSABRG00000007334)	GALNT17 (ENSABRG00000007347)	AUTS2 (ENSABRG00000007375)	CASTOR2 (ENSABRG00000007417) #36	RCC1L (ENSABRG00000007423) #35	NCF1 (ENSABRG00000007694) #33	GTF2I (ENSABRG00000007888) #32
Duck	MODERN SPECIES	11	HIP1 (ENSAPLG00000008219)	ENSAPLG00000018222	ENSAPLG00000026902	ENSAPLG00000012773	ENSAPLG00000012383	ENSAPLG00000026237	ENSAPLG00000009876	ENSAPLG00000010731	ENSAPLG00000030435	EPX (ENSAPLG00000010848)	ENSAPLG00000011861	SUPT4H1 (ENSAPLG00000012497)	RNF43 (ENSAPLG00000012554)	HSF5 (ENSAPLG00000012874)	MTMR4 (ENSAPLG00000012976)	CLDN4 (ENSAPLG00000028173) #22	METTL27 (ENSAPLG00000028295) #23	ENSAPLG00000015683	CALN1 (ENSAPLG00000015773)	GALNT17 (ENSAPLG00000004368)	AUTS2 (ENSAPLG00000004514)	CASTOR2 (ENSAPLG00000004635) #36	RCC1L (ENSAPLG00000004807) #35	NCF1 (ENSAPLG00000005084) #33	ENSAPLG00000028519 #32	GTF2IRD1 (ENSAPLG00000006811) #30	CLIP2 (ENSAPLG00000010136) #29	RFC2 (ENSAPLG00000009389) #28	EIF4H (ENSAPLG00000009166) #26	MYBBP1A (ENSAPLG00000008534)	SPNS2 (ENSAPLG00000008372)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154126.h.b.a.b	ENSGT01100000263482.C.b.a.a	ENSGT01100000263482.B.b	ENSGT01100000263482.D	ENSGT00940000160488	ENSGT00390000008726.h.b.f.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00960000187204	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000160349 #32
Japanese quail	MODERN SPECIES	10	ENSCJPG00005004275	ENSCJPG00005004276	ENSCJPG00005004278	ENSCJPG00005004280	ENSCJPG00005004281	ENSCJPG00005004283	ENSCJPG00005004303	SUPT4H1 (ENSCJPG00005004315)	RNF43 (ENSCJPG00005004317)	HSF5 (ENSCJPG00005004318)	MTMR4 (ENSCJPG00005004330)	ENSCJPG00005004334	ENSCJPG00005004336	ABHD11 (ENSCJPG00005004338) #20	CLDN3 (ENSCJPG00005004339) #21	CLDN4 (ENSCJPG00005004340) #22	ENSCJPG00005004341	METTL27 (ENSCJPG00005004343) #23	ENSCJPG00005004345	LIMK1 (ENSCJPG00005004351) #25	ENSCJPG00005004366	ENSCJPG00005004623	SBDS (ENSCJPG00005004624)	ENSCJPG00005004625	CALN1 (ENSCJPG00005004626)	GALNT17 (ENSCJPG00005004631)	AUTS2 (ENSCJPG00005004641)	ENSCJPG00005004662	ENSCJPG00005004663	ENSCJPG00005004672	CASTOR2 (ENSCJPG00005004678) #36
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154126.h.b.a.b	ENSGT01100000263482.C.b.a.a	ENSGT01100000263482.B.b	ENSGT01100000263482.D	ENSGT00940000160488	ENSGT00390000008726.h.b.f.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00950000183203.d.e.a	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00960000187204	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000154823	ENSGT00390000006208.a #36	ENSGT00940000157317 #35	ENSGT00940000160014 #33	ENSGT00940000160349 #32
Turkey	MODERN SPECIES	13	ENSMGAG00000002275	ENSMGAG00000020187	ENSMGAG00000002249	ENSMGAG00000018188	ENSMGAG00000022206	ENSMGAG00000020414	ENSMGAG00000002176	ENSMGAG00000002059	ENSMGAG00000002095	ENSMGAG00000002119	ENSMGAG00000002030 #25	ELN (ENSMGAG00000018468)	ENSMGAG00000017762	ENSMGAG00000017894	ENSMGAG00000019308 #21	ENSMGAG00000020748 #22	ENSMGAG00000020918	ENSMGAG00000002131	ABHD11 (ENSMGAG00000002220) #20	ENSMGAG00000001992	ENSMGAG00000001986	ENSMGAG00000001086	ENSMGAG00000001084	ENSMGAG00000019517	ENSMGAG00000018092	ENSMGAG00000001111 #19	ENSMGAG00000020302 #18	ENSMGAG00000001134	ENSMGAG00000001160 #13	TBL2 (ENSMGAG00000001178) #14	ENSMGAG00000001187 #15
African ostrich	MODERN SPECIES	734	ENSSCUG00000011280	ENSSCUG00000011278	ENSSCUG00000011276	ENSSCUG00000011275	ENSSCUG00000011272	ENSSCUG00000011270	EPX (ENSSCUG00000011255)	ENSSCUG00000011249	SUPT4H1 (ENSSCUG00000011245)	RNF43 (ENSSCUG00000011242)	HSF5 (ENSSCUG00000011240)	MTMR4 (ENSSCUG00000011233)	ENSSCUG00000011228	ABHD11 (ENSSCUG00000011224) #20	CLDN3 (ENSSCUG00000011223) #21	CLDN4 (ENSSCUG00000011221) #22	ENSSCUG00000011219	METTL27 (ENSSCUG00000011217) #23	ELN (ENSSCUG00000011200)	LIMK1 (ENSSCUG00000011195) #25	ENSSCUG00000011191	ENSSCUG00000011190	SBDS (ENSSCUG00000011189)	ENSSCUG00000011188	CALN1 (ENSSCUG00000011187)	GALNT17 (ENSSCUG00000011185)	AUTS2 (ENSSCUG00000011182)	CASTOR2 (ENSSCUG00000011171) #36	RCC1L (ENSSCUG00000011169) #35	NCF1 (ENSSCUG00000011167) #33	GTF2I (ENSSCUG00000011166) #32
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	52	RNF225 (ENSCPRG00005007864)	RPS5 (ENSCPRG00005007867)	CCDC105 (ENSCPRG00005007869)	AGPAT1 (ENSCPRG00005007872)	EPX (ENSCPRG00005007883)	ENSCPRG00005007909	SUPT4H1 (ENSCPRG00005008031)	RNF43 (ENSCPRG00005008034)	HSF5 (ENSCPRG00005008051)	MTMR4 (ENSCPRG00005008068)	ENSCPRG00005008078	ENSCPRG00005008082	ENSCPRG00005008084	ABHD11 (ENSCPRG00005008094) #20	CLDN3 (ENSCPRG00005008106) #21	CLDN4 (ENSCPRG00005008109) #22	ENSCPRG00005008113	METTL27 (ENSCPRG00005008117) #23
Anura	ANCESTRAL SPECIES	110	ENSGT00530000063666.b	ENSGT00950000183121.b.b.b.b	ENSGT00550000074801	ENSGT00940000164731	ENSGT00940000156673	ENSGT00940000156009.A.h	ENSGT00950000183203.d	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00530000063474.B.e.b	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000162428	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00730000111510	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000153253.b.a #7	ENSGT00940000155974 #8	ENSGT00940000161467 #9	ENSGT00940000158514 #10	ENSGT00940000161226 #11	ENSGT00940000156831 #12	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000002172.A.a #13	ENSGT00390000013836 #14	ENSGT00940000159210 #15	ENSGT00950000183012.B.a #16	ENSGT00510000048685 #17
Frog	MODERN SPECIES	2	zfx (ENSXETG00000007785)	gdpd1 (ENSXETG00000007786)	mpo (ENSXETG00000007787)	tspoap1 (ENSXETG00000034008)	ENSXETG00000048486	supt4h1 (ENSXETG00000040160)	rnf43 (ENSXETG00000037241)	hsf5 (ENSXETG00000033030)	hpd-like.2 (ENSXETG00000007789)	ENSXETG00000042390	ENSXETG00000036659	mtmr4 (ENSXETG00000007790)	casp1 (ENSXETG00000007792)	abhd11 (ENSXETG00000007793) #20	cldn3 (ENSXETG00000036957)	cldn4 (ENSXETG00000046782) #22	ENSXETG00000047621	mettl27 (ENSXETG00000007796) #23	eln1 (ENSXETG00000034394)	limk1 (ENSXETG00000010324) #25	ENSXETG00000030814	septin4 (ENSXETG00000030625)	ENSXETG00000044670	ENSXETG00000035051	nsun5 (ENSXETG00000010332) #8	baz1b (ENSXETG00000010334) #12	fkbp6 (ENSXETG00000024716) #10	fzd9 (ENSXETG00000049461) #11	mks1 (ENSXETG00000010339)	mlxipl (ENSXETG00000030310) #15	vps37d (ENSXETG00000037799) #16
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	CTPS2 (ENSLLEG00000002761)	AKAP10 (ENSLLEG00000002819)	ENSLLEG00000002872	SPATA22 (ENSLLEG00000002879)	ASPA (ENSLLEG00000002889)	TRPV3 (ENSLLEG00000002904)	TRPV1 (ENSLLEG00000002955)	ENSLLEG00000003009	SHPK (ENSLLEG00000003016)	CTNS (ENSLLEG00000003041)	TAX1BP3 (ENSLLEG00000003079)	EMC6 (ENSLLEG00000003095)	P2RX5 (ENSLLEG00000003104)	ABHD11 (ENSLLEG00000003115) #20	ENSLLEG00000003126	CLDN4 (ENSLLEG00000003127) #22	ENSLLEG00000003137	METTL27 (ENSLLEG00000003144) #23	ENSLLEG00000003159	ENSLLEG00000003161	ENSLLEG00000003170	LIMK1 (ENSLLEG00000000129) #25	ENSLLEG00000000273 #7	NSUN5 (ENSLLEG00000000413) #8	TRIM50 (ENSLLEG00000000451) #9	FKBP6 (ENSLLEG00000000533) #10	FZD9 (ENSLLEG00000000555) #11	BAZ1B (ENSLLEG00000000567) #12	MKS1 (ENSLLEG00000000631)	BCL7B (ENSLLEG00000000778) #13	ENSLLEG00000000813 #14
Coelacanth	DUPLICATION
Coelacanth	DUPLICATION
Coelacanth	MODERN SPECIES	1792													ENSLACG00000003627	ENSLACG00000004408	ENSLACG00000004661 #22	ENSLACG00000005133 #22	ENSLACG00000005467	ENSLACG00000006672	ENSLACG00000007301	ENSLACG00000007541	ENSLACG00000008367
Coelacanth	MODERN SPECIES	1792														ENSLACG00000003627	ENSLACG00000004408	ENSLACG00000004661 #22	ENSLACG00000005133 #22	ENSLACG00000005467	ENSLACG00000006672	ENSLACG00000007301	ENSLACG00000007541	ENSLACG00000008367
Coelacanth	MODERN SPECIES	342	ENSLACG00000017602	RASL10B (ENSLACG00000017541)	AP2B1 (ENSLACG00000017323)	PEX12 (ENSLACG00000017305)	ENSLACG00000017237	mpx (ENSLACG00000017046)	ENSLACG00000016630	SUPT4H1 (ENSLACG00000016364)	RNF43 (ENSLACG00000016277)	HSF5 (ENSLACG00000015426)	hpda (ENSLACG00000015263)	MTMR4 (ENSLACG00000014570)	ENSLACG00000014293	ENSLACG00000013897	ABHD11 (ENSLACG00000013733) #20	ENSLACG00000012518 #22	ENSLACG00000012251	ENSLACG00000012004 #23	orai2 (ENSLACG00000011817)	SRRM3 (ENSLACG00000008008)	HSPB1 (ENSLACG00000007283)	YWHAG (ENSLACG00000005482)	ENSLACG00000004521	ENSLACG00000001707	ENSLACG00000000202
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000168646	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00510000048287	ENSGT00390000016694	ENSGT00940000155039	ENSGT00390000012485.a.b	ENSGT00430000031027.b	ENSGT01010000222313.B.b.b	ENSGT00940000164941	ENSGT00390000015165	ENSGT00390000016836.b	ENSGT00390000015205	ENSGT00950000182902.b.b.b
Neopterygii	DUPLICATION
Neopterygii	DUPLICATION
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a #22	ENSGT00940000164025.b	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000168646	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00510000048287	ENSGT00390000016694	ENSGT00940000155039	ENSGT00390000012485.a.b	ENSGT00430000031027.b	ENSGT01010000222313.B.b.b	ENSGT00940000164941	ENSGT00390000015165	ENSGT00390000016836.b
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00390000017203
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT01080000258246	ENSGT00940000161428	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00940000168097	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00960000191650	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.p	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	255								ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT00940000168646.a	ENSGT00940000156345.k.a #25	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000166907	ENSGT00940000157786	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000159596	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000176866	ENSGT00940000157469
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	204										ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	357	ENSGT00850000132319.a.a.a.f	ENSGT00940000162644.c	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067.b	ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b.c.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000165067.a	ENSGT00390000007499.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	929															ENSGT00940000163648.a.a.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.a #22	ENSGT00940000162095 #21
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	418								ENSSGRG00000020890	ENSSGRG00000020889	ENSSGRG00000020888	tgfb1a (ENSSGRG00000020886)	ppp5c (ENSSGRG00000020879)	ENSSGRG00000020877	ENSSGRG00000020876	ENSSGRG00000020875	cldna (ENSSGRG00000020872) #22	cldne (ENSSGRG00000020869) #21	cldnj (ENSSGRG00000020868)	ENSSGRG00000020867	cul3b (ENSSGRG00000020050)	FAM124B (ENSSGRG00000020043)	MMP28 (ENSSGRG00000020040)	taf15 (ENSSGRG00000020039)	porb (ENSSGRG00000020022)	sbds (ENSSGRG00000020008)	DOCK10 (ENSSGRG00000019630)	shox2 (ENSSGRG00000019620)	ENSSGRG00000019619	hephl1a (ENSSGRG00000019618)	panx1a (ENSSGRG00000019617)	WDR53 (ENSSGRG00000019616)
Goldfish	MODERN SPECIES	6	ENSCARG00000003697	ENSCARG00000003708	ENSCARG00000003738	ENSCARG00000003740	ENSCARG00000003753	MINDY4B (ENSCARG00000003763)	clrn1 (ENSCARG00000003772)	GPR171 (ENSCARG00000003774)	ENSCARG00000003776	ENSCARG00000003782	ENSCARG00000003786	ENSCARG00000003789	ENSCARG00000003797	P2RY14 (ENSCARG00000003804)	ENSCARG00000003811	cldna (ENSCARG00000003818) #22	ENSCARG00000003831	cldnf (ENSCARG00000003843)	cldne (ENSCARG00000003846) #21	cldnj (ENSCARG00000003850)	ENSCARG00000003857	ENSCARG00000003876	cul3b (ENSCARG00000003973)	FAM124B (ENSCARG00000004452)	ENSCARG00000004456	taf15 (ENSCARG00000004469)	porb (ENSCARG00000004560)	sbds (ENSCARG00000004901)	DOCK10 (ENSCARG00000004969)	ENSCARG00000005232	shox2 (ENSCARG00000005239)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	357	ENSGT01030000234590.A.a.a.e	ENSGT01060000248589.A.b.a	ENSGT01060000248592.C.b	ENSGT01060000248589.A.a.b.b	ENSGT01060000248589.A.a.a.a	ENSGT01060000248589.B.e	ENSGT00850000132319.a.a.a.f	ENSGT00940000162644.c	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067.b	ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b.c.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000165067.a	ENSGT00390000007499.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	411					ENSGT01060000248592.C.a	ENSGT01060000248589.A.a.a.a	ENSGT01060000248589.B.e	ENSGT00940000162644.c	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b.f	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067.a	ENSGT00390000007499.b	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000155066.e.a.a.f	ENSGT00590000083134.a.b.c	ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.b
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	252					phax (ENSSGRG00000030944)	ENSSGRG00000030945	GPR171 (ENSSGRG00000030946)	ENSSGRG00000030949	ENSSGRG00000030950	tgfb1a (ENSSGRG00000030951)	ppp5c (ENSSGRG00000030954)	ENSSGRG00000031414	ENSSGRG00000031415	ENSSGRG00000031418 ##22	ENSSGRG00000031420 ##22	cldna (ENSSGRG00000031421) #22	ENSSGRG00000031435	ENSSGRG00000031436 #22	cldnf (ENSSGRG00000031438)	ENSSGRG00000031439 #22	ENSSGRG00000031440	ENSSGRG00000031442	ENSSGRG00000031443	ENSSGRG00000031445	cul3b (ENSSGRG00000031450)	FAM124B (ENSSGRG00000031452)	ENSSGRG00000031456	taf15 (ENSSGRG00000031457)	porb (ENSSGRG00000031470)	sbds (ENSSGRG00000032977)	DOCK10 (ENSSGRG00000033003)
Goldfish	MODERN SPECIES	34	ENSCARG00000041069	ENSCARG00000041083	P2RY14 (ENSCARG00000041092)	ENSCARG00000041097	GPR171 (ENSCARG00000041104)	clrn1 (ENSCARG00000041113)	ENSCARG00000041141	MINDY4B (ENSCARG00000041180)	ENSCARG00000041233	tgfb1a (ENSCARG00000041319)	ppp5c (ENSCARG00000041458)	ENSCARG00000043045	ENSCARG00000043056	ENSCARG00000043066	ENSCARG00000043071 ##22	cldna (ENSCARG00000043090) #22	cldnf (ENSCARG00000043101)	ENSCARG00000043110 #22	cldnj (ENSCARG00000043119)	cul3b (ENSCARG00000043166)	MMP28 (ENSCARG00000043631)	ENSCARG00000043651	ERMP1 (ENSCARG00000043664)	taf15 (ENSCARG00000043679)	porb (ENSCARG00000043943)	DOCK10 (ENSCARG00000047135)	ENSCARG00000052974	ENSCARG00000053057	ENSCARG00000053060	ENSCARG00000053092	ENSCARG00000053153
Zebrafish	MODERN SPECIES	6	ENSDARG00000113542	stoml3a (ENSDARG00000079914)	ENSDARG00000074984	RCBTB2 (ENSDARG00000090687)	SLITRK5 (ENSDARG00000103359)	FNDC3A (ENSDARG00000105503)	MLNR (ENSDARG00000091207)	zgc:153184 (ENSDARG00000099645)	guca1c (ENSDARG00000030758)	mre11a (ENSDARG00000105014)	ankrd49 (ENSDARG00000023508)	ENSDARG00000019442	tgfb1a (ENSDARG00000041502)	ppp5c (ENSDARG00000034313)	ENSDARG00000079385	cldna (ENSDARG00000069888) #22	cldnf (ENSDARG00000043133)	cldne (ENSDARG00000043128) #21	cldnj (ENSDARG00000058880)	ENSDARG00000097665	dnajc30b (ENSDARG00000079415) #17	SH2B2 (ENSDARG00000090421)	cux1b (ENSDARG00000043134)	srprb (ENSDARG00000030949)	WDR53 (ENSDARG00000079659)	neu4 (ENSDARG00000057677)	panx1a (ENSDARG00000025285)	hephl1a (ENSDARG00000059231)	rsrc1 (ENSDARG00000033987)	shox2 (ENSDARG00000075713)	ENSDARG00000074325
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	88	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642.e	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000158139.h	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000166320.r	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000164025.b.a
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Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a
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Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a
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Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a
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Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	rasgrp4 (ENSMAMG00000014433)	ryr1b (ENSMAMG00000014480)	ENSMAMG00000014740	ENSMAMG00000014817	ENSMAMG00000028238	ENSMAMG00000014850	ENSMAMG00000028447	ENSMAMG00000015237	ENSMAMG00000015263	ppp5c (ENSMAMG00000015276)	ENSMAMG00000027650	ENSMAMG00000015307	ENSMAMG00000015342	ENSMAMG00000015355	ENSMAMG00000015371 ##22	ENSMAMG00000025595 #22	ENSMAMG00000027763	ENSMAMG00000024535	ENSMAMG00000028390	ENSMAMG00000024288	ENSMAMG00000016082	ENSMAMG00000025441	tyw1 (ENSMAMG00000016089)	ENSMAMG00000016140	GALNT17 (ENSMAMG00000016161)	ENSMAMG00000016193	ENSMAMG00000016222	ENSMAMG00000016268	ENSMAMG00000016281	ENSMAMG00000016319	irf2bp1 (ENSMAMG00000016322)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165067.h	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a
Barramundi perch	MODERN SPECIES	109	rasgrp4 (ENSLCAG00010005974)	ryr1b (ENSLCAG00010006187)	LGALS4 (ENSLCAG00010006902)	AXL (ENSLCAG00010006919)	cyp2y3 (ENSLCAG00010007079)	ENSLCAG00010007396	ENSLCAG00010007400	ENSLCAG00010007404	tgfb1a (ENSLCAG00010007407)	ppp5c (ENSLCAG00010007521)	ENSLCAG00010007849	GCGR (ENSLCAG00010007856)	ENSLCAG00010007863	ENSLCAG00010007867 #21	ENSLCAG00010007868 ##22	cldna (ENSLCAG00010007870) #22	ENSLCAG00010007874	ENSLCAG00010007876	cldnf (ENSLCAG00010007881)	ENSLCAG00010007883	ENSLCAG00010007885	cldnj (ENSLCAG00010007886)	ENSLCAG00010007887	sbds (ENSLCAG00010007897)	tyw1 (ENSLCAG00010007973)	CALN1 (ENSLCAG00010008088)	GALNT17 (ENSLCAG00010008110)	rhbdd1 (ENSLCAG00010008165)	eml2 (ENSLCAG00010008222)	ENSLCAG00010008344	ENSLCAG00010008353
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165067.h	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	14	HNRNPUL1 (ENSSDUG00000000399)	rasgrp4 (ENSSDUG00000000527)	ENSSDUG00000000548	LGALS4 (ENSSDUG00000000893)	AXL (ENSSDUG00000000965)	ENSSDUG00000000982	ENSSDUG00000000994	ENSSDUG00000001155	ENSSDUG00000001164	tgfb1a (ENSSDUG00000001200)	ppp5c (ENSSDUG00000001230)	ENSSDUG00000001269	ENSSDUG00000001279	ENSSDUG00000001286 #21	ENSSDUG00000001306 ##22	cldna (ENSSDUG00000001315) #22	ENSSDUG00000001332	ENSSDUG00000001482	ENSSDUG00000001493	ENSSDUG00000001505	ENSSDUG00000001518	sbds (ENSSDUG00000001528)	tyw1 (ENSSDUG00000001552)	CALN1 (ENSSDUG00000001602)	GALNT17 (ENSSDUG00000001631)	rhbdd1 (ENSSDUG00000001663)	eml2 (ENSSDUG00000001693)	GPR4 (ENSSDUG00000001773)	ENSSDUG00000001795	ENSSDUG00000001854	polr1g (ENSSDUG00000001874)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00390000006852.A	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b
Tetraodon	MODERN SPECIES	8	cldn8.2 (ENSTNIG00000019020)	ENSTNIG00000019019	TIAM1 (ENSTNIG00000019018)	opa3 (ENSTNIG00000019017)	HNRNPUL1 (ENSTNIG00000019016)	rasgrp4 (ENSTNIG00000019015)	ENSTNIG00000019014	AXL (ENSTNIG00000019013)	ENSTNIG00000019012	cyp2y3 (ENSTNIG00000019011)	ENSTNIG00000019010	tgfb1a (ENSTNIG00000019009)	ppp5c (ENSTNIG00000019008)	ENSTNIG00000019007	ENSTNIG00000019006 ##22	cldna (ENSTNIG00000019005) #22	ENSTNIG00000019004	cldnf (ENSTNIG00000019003)	ENSTNIG00000019002	ENSTNIG00000001574	cldnj (ENSTNIG00000019001)	sbds (ENSTNIG00000019000)	tyw1 (ENSTNIG00000018999)	CALN1 (ENSTNIG00000018998)	GALNT17 (ENSTNIG00000018997)	ENSTNIG00000000460	rhbdd1 (ENSTNIG00000018996)	eml2 (ENSTNIG00000018995)	ENSTNIG00000018994	NOVA1 (ENSTNIG00000018993)	irf2bp1 (ENSTNIG00000018992)
Fugu	MODERN SPECIES	2	TIAM1 (ENSTRUG00000015042)	opa3 (ENSTRUG00000015146)	HNRNPUL1 (ENSTRUG00000015154)	rasgrp4 (ENSTRUG00000015227)	ENSTRUG00000033353	LGALS4 (ENSTRUG00000020566)	AXL (ENSTRUG00000015755)	ENSTRUG00000026339	cyp2y3 (ENSTRUG00000015833)	ENSTRUG00000015948	tgf-beta1 (ENSTRUG00000015978)	ppp5c (ENSTRUG00000016020)	ENSTRUG00000023097	CLDN3 (ENSTRUG00000019624) #21	ENSTRUG00000025233 ##22	cldna (ENSTRUG00000020771) #22	ENSTRUG00000016074	cldn27b (ENSTRUG00000032608)	cldn28a (ENSTRUG00000023505)	ENSTRUG00000016090	cldn6 (ENSTRUG00000029514)	ENSTRUG00000016096	sbds (ENSTRUG00000021443)	tyw1 (ENSTRUG00000016107)	CALN1 (ENSTRUG00000016130)	GALNT17 (ENSTRUG00000016145)	rhbdd1 (ENSTRUG00000016174)	eml2 (ENSTRUG00000016192)	ENSTRUG00000031296	ENSTRUG00000016275	ENSTRUG00000021943
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	325	ppp1r13l (ENSLBEG00000018172)	opa3 (ENSLBEG00000018155)	HNRNPUL1 (ENSLBEG00000018092)	rasgrp4 (ENSLBEG00000018003)	ENSLBEG00000017765	LGALS4 (ENSLBEG00000017655)	AXL (ENSLBEG00000017604)	ENSLBEG00000017581	ENSLBEG00000017543	ENSLBEG00000017434	ENSLBEG00000017346	tgfb1a (ENSLBEG00000017295)	ppp5c (ENSLBEG00000017243)	ENSLBEG00000017216	ENSLBEG00000017150	cldna (ENSLBEG00000017050) #22	ENSLBEG00000016887	ENSLBEG00000016874 #22	ENSLBEG00000016749	ENSLBEG00000016713	sbds (ENSLBEG00000016687)	ENSLBEG00000016651
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000181859	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00950000183136.a.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000181859	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00950000183136.a.a	ENSGT00390000002237	ENSGT00940000155573.g.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203	ENSGT00950000183059.b.b	ENSGT00940000160366
Lumpfish	MODERN SPECIES	4	HNRNPUL1 (ENSCLMG00005009617)	rasgrp4 (ENSCLMG00005010562)	LGALS4 (ENSCLMG00005010933)	AXL (ENSCLMG00005010942)	ENSCLMG00005010971	ENSCLMG00005010972	ENSCLMG00005011790	ENSCLMG00005011791	tgfb1a (ENSCLMG00005011794)	ppp5c (ENSCLMG00005011797)	ENSCLMG00005011842	ENSCLMG00005011844	ENSCLMG00005011845	CLDN3 (ENSCLMG00005011846) #21	ENSCLMG00005011847 ##22	cldna (ENSCLMG00005011848) #22	ENSCLMG00005011849	cldnf (ENSCLMG00005011850)	CLDN4 (ENSCLMG00005011851) #22	ENSCLMG00005011852	cldnj (ENSCLMG00005011853)	ENSCLMG00005011854	sbds (ENSCLMG00005011855)	tyw1 (ENSCLMG00005011857)	CALN1 (ENSCLMG00005011901)	GALNT17 (ENSCLMG00005011903)	rhbdd1 (ENSCLMG00005011904)	eml2 (ENSCLMG00005011919)	ENSCLMG00005014024	ENSCLMG00005014026	polr1g (ENSCLMG00005014029)
Stickleback	DUPLICATION
Stickleback	MODERN SPECIES		opa3 (ENSGACG00000012981)	HNRNPUL1 (ENSGACG00000012973)	rasgrp4 (ENSGACG00000012966)	ENSGACG00000012940	LGALS4 (ENSGACG00000012917)	AXL (ENSGACG00000012909)	ENSGACG00000012904	cyp2y3 (ENSGACG00000012840)	ENSGACG00000012821	tgfb1a (ENSGACG00000012798)	ppp5c (ENSGACG00000012759)	ENSGACG00000012756	ENSGACG00000012747	ENSGACG00000012743	ENSGACG00000012742 ##22	CLDN4 (ENSGACG00000012739) #22	ENSGACG00000012735 #22	cldnf (ENSGACG00000012732)	CLDN4 (ENSGACG00000012725) #22	ENSGACG00000012723	ENSGACG00000012721	cldna (ENSGACG00000012720) #22	cldnj (ENSGACG00000012717)	ENSGACG00000012714	sbds (ENSGACG00000012697)	tyw1 (ENSGACG00000012692)	CALN1 (ENSGACG00000012689)	ENSGACG00000012687	rhbdd1 (ENSGACG00000012684)	eml2 (ENSGACG00000012646)	ENSGACG00000012634
Stickleback	MODERN SPECIES		ENSGACG00000012904	cyp2y3 (ENSGACG00000012840)	ENSGACG00000012821	tgfb1a (ENSGACG00000012798)	ppp5c (ENSGACG00000012759)	ENSGACG00000012756	ENSGACG00000012747	ENSGACG00000012743	ENSGACG00000012742 ##22	CLDN4 (ENSGACG00000012739) #22	ENSGACG00000012735 #22	cldnf (ENSGACG00000012732)	CLDN4 (ENSGACG00000012725) #22	ENSGACG00000012723	ENSGACG00000012721	cldna (ENSGACG00000012720) #22	cldnj (ENSGACG00000012717)	ENSGACG00000012714	sbds (ENSGACG00000012697)	tyw1 (ENSGACG00000012692)	CALN1 (ENSGACG00000012689)	ENSGACG00000012687	rhbdd1 (ENSGACG00000012684)	eml2 (ENSGACG00000012646)	ENSGACG00000012634	ENSGACG00000012628	ENSGACG00000012627	polr1g (ENSGACG00000012623)	irf2bp1 (ENSGACG00000012622)	foxa3 (ENSGACG00000012621)	PLD3 (ENSGACG00000012605)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	202															ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	208															ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	479	ENSLCRG00005006982	ENSLCRG00005006985	ENSLCRG00005007014	ENSLCRG00005008219	tgfb1a (ENSLCRG00005008221)	ppp5c (ENSLCRG00005008222)	ENSLCRG00005008225	GCGR (ENSLCRG00005008228)	ENSLCRG00005008233	ENSLCRG00005008234	ENSLCRG00005008236 ##22	ENSLCRG00005008239	cldnf (ENSLCRG00005008240)	ENSLCRG00005008242 #21	ENSLCRG00005008244 #22	cldna (ENSLCRG00005008245) #22	ENSLCRG00005008248	ENSLCRG00005008250	cldnj (ENSLCRG00005008252)	ENSLCRG00005008255	sbds (ENSLCRG00005008258)	tyw1 (ENSLCRG00005008286)	CALN1 (ENSLCRG00005009241)	GALNT17 (ENSLCRG00005009243)	rhbdd1 (ENSLCRG00005009249)	eml2 (ENSLCRG00005009327)	ENSLCRG00005016577	ENSLCRG00005016579	polr1g (ENSLCRG00005016582)	irf2bp1 (ENSLCRG00005016583)	foxa3 (ENSLCRG00005016584)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	11	AXL (ENSSAUG00010017657)	ENSSAUG00010017647	ENSSAUG00010017629	ENSSAUG00010017623	ENSSAUG00010017615	ENSSAUG00010017567	ENSSAUG00010016775	ENSSAUG00010016772	tgfb1a (ENSSAUG00010016750)	ppp5c (ENSSAUG00010016041)	ENSSAUG00010016040	GCGR (ENSSAUG00010016034)	ENSSAUG00010016032	ENSSAUG00010016029	ENSSAUG00010016028 ##22	cldna (ENSSAUG00010016027) #22	ENSSAUG00010016026 #22	cldnf (ENSSAUG00010016025)	ENSSAUG00010016024	ENSSAUG00010016023	cldnj (ENSSAUG00010016022)	ENSSAUG00010016021	sbds (ENSSAUG00010016019)	ENSSAUG00010016018	ENSSAUG00010016017	ENSSAUG00010016016	tyw1 (ENSSAUG00010015966)	CALN1 (ENSSAUG00010015961)	GALNT17 (ENSSAUG00010015949)	rhbdd1 (ENSSAUG00010015942)	rhbdd1 (ENSSAUG00010015899)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000155796.c.a
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Javanese ricefish	DUPLICATION
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Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h.g	ENSGT00940000162064.h.h	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378.db	ENSGT00940000160378.eb	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h.g	ENSGT00940000162064.h.h	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
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Turquoise killifish	DUPLICATION
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Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h.d	ENSGT00940000162064.h.c	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000157969	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.b.b	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b
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Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000160378.gb.a.a	ENSGT00940000160378.gb.a.b	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	416							ENSHBUG00000002874	ENSHBUG00000002851	ENSHBUG00000002826	tgfb1a (ENSHBUG00000002783)	ppp5c (ENSHBUG00000002768)	ENSHBUG00000002745	GCGR (ENSHBUG00000002735)	ENSHBUG00000002732	ENSHBUG00000002730 ##22	cldna (ENSHBUG00000000051) #22	ENSHBUG00000002715	ENSHBUG00000002665	sbds (ENSHBUG00000002660)	ENSHBUG00000002648	tyw1 (ENSHBUG00000002640)	CALN1 (ENSHBUG00000002607)	ENSHBUG00000002597	rhbdd1 (ENSHBUG00000002590)	ENSHBUG00000002575	ENSHBUG00000002569	eml2 (ENSHBUG00000002552)	GPR4 (ENSHBUG00000002495)	NOVA1 (ENSHBUG00000002485)	polr1g (ENSHBUG00000001063)	irf2bp1 (ENSHBUG00000002463)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000160378.gb.a.a	ENSGT00940000156258.f.a.a.b	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
P. nyererei	MODERN SPECIES	447		ENSPNYG00000022672	ENSPNYG00000022666	AXL (ENSPNYG00000022656)	ENSPNYG00000022645	ENSPNYG00000022639	ENSPNYG00000022620	ENSPNYG00000022588	ENSPNYG00000022549	tgfb1a (ENSPNYG00000022526)	ppp5c (ENSPNYG00000022513)	ENSPNYG00000022504	GCGR (ENSPNYG00000022497)	ENSPNYG00000022492	ENSPNYG00000022487 ##22	cldna (ENSPNYG00000022473) #22	ENSPNYG00000022431 #22	cldnj (ENSPNYG00000022422)	ENSPNYG00000022416	sbds (ENSPNYG00000022403)	tyw1 (ENSPNYG00000022381)	CALN1 (ENSPNYG00000022372)	GALNT17 (ENSPNYG00000022360)	rhbdd1 (ENSPNYG00000022350)	ENSPNYG00000022341	ENSPNYG00000022338	ENSPNYG00000022333	eml2 (ENSPNYG00000022324)	ENSPNYG00000022298	GPR4 (ENSPNYG00000022294)	ENSPNYG00000022283
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000160378.gb.a.a	ENSGT00940000156258.f.a.a.b.a	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	ENSACLG00000020150	AXL (ENSACLG00000020116)	ENSACLG00000019915	ENSACLG00000019722	ENSACLG00000019671	ENSACLG00000019572	ENSACLG00000019547	ENSACLG00000019308	ENSACLG00000019211	tgfb1a (ENSACLG00000019195)	ppp5c (ENSACLG00000019133)	ENSACLG00000019116	GCGR (ENSACLG00000018929)	ENSACLG00000018917	ENSACLG00000018908 ##22	cldna (ENSACLG00000018893) #22	ENSACLG00000018885	ENSACLG00000018806 #22	cldnj (ENSACLG00000018793)	ENSACLG00000018780	sbds (ENSACLG00000018750)	tyw1 (ENSACLG00000018688)	ENSACLG00000018655	GALNT17 (ENSACLG00000018583)	rhbdd1 (ENSACLG00000018526)	ENSACLG00000018474	eml2 (ENSACLG00000018375)	GPR4 (ENSACLG00000018352)	ENSACLG00000018329	polr1g (ENSACLG00000018258)	irf2bp1 (ENSACLG00000018248)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1096	ENSMZEG00005024246	ENSMZEG00005024255	ENSMZEG00005024258	ENSMZEG00005024260	ENSMZEG00005024264	ENSMZEG00005024266	ENSMZEG00005024268	ENSMZEG00005024271	ENSMZEG00005024276	tgfb1a (ENSMZEG00005024278)	ppp5c (ENSMZEG00005024280)	ENSMZEG00005024285	GCGR (ENSMZEG00005024287)	ENSMZEG00005024290	ENSMZEG00005024291 ##22	cldna (ENSMZEG00005024293) #22	ENSMZEG00005024306	ENSMZEG00005024333 #22	cldnj (ENSMZEG00005024383)	ENSMZEG00005024384	sbds (ENSMZEG00005024385)	tyw1 (ENSMZEG00005024386)	CALN1 (ENSMZEG00005024389)	GALNT17 (ENSMZEG00005024392)	rhbdd1 (ENSMZEG00005024395)	ENSMZEG00005024397	ENSMZEG00005024399	ENSMZEG00005024400	eml2 (ENSMZEG00005024403)	GPR4 (ENSMZEG00005024405)	ENSMZEG00005024407
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	426						ENSNBRG00000017278	ENSNBRG00000017213	ENSNBRG00000017185	tgfb1a (ENSNBRG00000017172)	ppp5c (ENSNBRG00000017150)	ENSNBRG00000017137	GCGR (ENSNBRG00000017113)	ENSNBRG00000017106 ##22	ENSNBRG00000017101	ENSNBRG00000017090 ##22	cldna (ENSNBRG00000017084) #22	ENSNBRG00000017075	ENSNBRG00000017048	ENSNBRG00000017036	sbds (ENSNBRG00000017027)	tyw1 (ENSNBRG00000016996)	CALN1 (ENSNBRG00000016973)	GALNT17 (ENSNBRG00000016955)	rhbdd1 (ENSNBRG00000016932)	tuba1c (ENSNBRG00000016916)	ENSNBRG00000016898	eml2 (ENSNBRG00000016871)	GPR4 (ENSNBRG00000016835)	ENSNBRG00000016812	ENSNBRG00000016780	polr1g (ENSNBRG00000016766)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	ENSONIG00000037244	ENSONIG00000005902	ENSONIG00000037200	ENSONIG00000037455	ENSONIG00000042732	ENSONIG00000037837	ENSONIG00000005899	ENSONIG00000005892	tgfb1a (ENSONIG00000005890)	ppp5c (ENSONIG00000005880)	ENSONIG00000040811	GCGR (ENSONIG00000031034)	ENSONIG00000020466	ENSONIG00000031481 ##22	ENSONIG00000005619 ##22	cldna (ENSONIG00000020464) #22	ENSONIG00000036871	cldnf (ENSONIG00000005879)	cldnj (ENSONIG00000020461)	ENSONIG00000033089	sbds (ENSONIG00000005874)	tyw1 (ENSONIG00000005872)	CALN1 (ENSONIG00000005871)	GALNT17 (ENSONIG00000005864)	rhbdd1 (ENSONIG00000005862)	ENSONIG00000041588	rhbdd1 (ENSONIG00000042661)	ENSONIG00000028350	eml2 (ENSONIG00000007658)	gpr4 (ENSONIG00000030728)	ENSONIG00000039818
Midas cichlid	MODERN SPECIES	85													ENSACIG00000007088	ENSACIG00000007166 ##22	ENSACIG00000007184 ##22	cldna (ENSACIG00000007196) #22	ENSACIG00000007210	ENSACIG00000007215	cldnj (ENSACIG00000007291)	ENSACIG00000007297	sbds (ENSACIG00000007308)	tyw1 (ENSACIG00000007325)	CALN1 (ENSACIG00000007361)	GALNT17 (ENSACIG00000007375)	rhbdd1 (ENSACIG00000007400)	ENSACIG00000007420	ENSACIG00000007435	eml2 (ENSACIG00000007448)	ENSACIG00000007499	ENSACIG00000007544	ENSACIG00000007610
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b
Spiny chromis	MODERN SPECIES	569	ppp1r13l (ENSAPOG00000012949)	opa3 (ENSAPOG00000012955)	HNRNPUL1 (ENSAPOG00000013078)	rasgrp4 (ENSAPOG00000013216)	ENSAPOG00000013635	LGALS4 (ENSAPOG00000013714)	AXL (ENSAPOG00000013901)	cyp2y3 (ENSAPOG00000013952)	ENSAPOG00000013970	tgfb1a (ENSAPOG00000013984)	ppp5c (ENSAPOG00000014039)	ENSAPOG00000014071	GCGR (ENSAPOG00000014092)	ENSAPOG00000014116 #21	ENSAPOG00000014124 ##22	cldna (ENSAPOG00000014139) #22	ENSAPOG00000014161	cldnf (ENSAPOG00000014179)	ENSAPOG00000014192	ENSAPOG00000014212	cldnj (ENSAPOG00000014230)	ENSAPOG00000014244	sbds (ENSAPOG00000014285)	tyw1 (ENSAPOG00000014391)	CALN1 (ENSAPOG00000014420)	GALNT17 (ENSAPOG00000014431)	ENSAPOG00000014558
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	2096												GCGR (ENSSPAG00000015162)	ENSSPAG00000015713	ENSSPAG00000015905 ##22	ENSSPAG00000016137	ENSSPAG00000016378 #22	ENSSPAG00000016400	sbds (ENSSPAG00000016419)	ENSSPAG00000016459
Cod	DUPLICATION
Cod	MODERN SPECIES	7	ENSGMOG00000027136	ENSGMOG00000032440	ENSGMOG00000025997	ENSGMOG00000018528	ENSGMOG00000018488	ENSGMOG00000018476	ENSGMOG00000026154	ENSGMOG00000018456	ENSGMOG00000018445	ENSGMOG00000018425	ENSGMOG00000018401	ENSGMOG00000018381	ENSGMOG00000024470	ENSGMOG00000020245	ENSGMOG00000020247 ##22	ENSGMOG00000028787 #22	ENSGMOG00000020278	ENSGMOG00000020276 #22	ENSGMOG00000034618	ENSGMOG00000000672	ENSGMOG00000018356	ENSGMOG00000036967	ENSGMOG00000025036	ENSGMOG00000023030	ENSGMOG00000001372	ENSGMOG00000036953	ENSGMOG00000037143	ENSGMOG00000013115	ENSGMOG00000020483	ENSGMOG00000013250	ENSGMOG00000013256
Cod	MODERN SPECIES	20	ENSGMOG00000022964	septin4a (ENSGMOG00000007005)	ENSGMOG00000007022	ENSGMOG00000007033 #25	ENSGMOG00000007056	ENSGMOG00000007059	ENSGMOG00000007068	ENSGMOG00000007080	ENSGMOG00000029243	abhd11 (ENSGMOG00000007094) #20	cldn3d (ENSGMOG00000013580)	ENSGMOG00000020250	cldnd (ENSGMOG00000031952)	ENSGMOG00000026398	ENSGMOG00000020013 #22	ENSGMOG00000020249 #22	cldn30 (ENSGMOG00000009027)	cldn30 (ENSGMOG00000034476)	mettl27 (ENSGMOG00000010195) #23	nf2b (ENSGMOG00000010174)	ENSGMOG00000037059	ENSGMOG00000007104	supt6h (ENSGMOG00000007109)	ENSGMOG00000007140	ENSGMOG00000007148	ENSGMOG00000007152	ENSGMOG00000035033	ENSGMOG00000028414	ENSGMOG00000007183	ENSGMOG00000023157	ENSGMOG00000027273
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	103	ENSGT00390000012485.a.b.a	ENSGT00940000155039.a.a	ENSGT00390000016694	ENSGT00510000048287.b	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000156345.k.a #25	ENSGT00940000168646.a	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT01020000230351.E.c	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00940000158902
Northern pike	MODERN SPECIES		ENSELUG00000007770	cluha (ENSELUG00000007848)	pafah1b1a (ENSELUG00000007899)	mettl16 (ENSELUG00000007931)	MNT (ENSELUG00000007956)	ENSELUG00000007982	limk1a (ENSELUG00000008029) #25	ENSELUG00000025579	NIPSNAP2 (ENSELUG00000008093)	psph (ENSELUG00000008121)	cct6a (ENSELUG00000008140)	phkg1a (ENSELUG00000000300)	chchd2 (ENSELUG00000008180)	ENSELUG00000008223	ENSELUG00000008244	cldna (ENSELUG00000008288) #22	ENSELUG00000008306 #22	cldnf (ENSELUG00000008312)	CLD4 (ENSELUG00000008349) #22	ENSELUG00000008335 #21	cldnj (ENSELUG00000008360)	ENSELUG00000008367	sbds (ENSELUG00000033529)	tyw1 (ENSELUG00000008449)	CALN1 (ENSELUG00000008494)	GALNT17 (ENSELUG00000008516)	ENSELUG00000008528	flot2b (ENSELUG00000008549)	FAM222B (ENSELUG00000008570)	ENSELUG00000008618	ENSELUG00000026151
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Huchen	DUPLICATION
Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	206	pafah1b1a (ENSHHUG00000040289)	mettl16 (ENSHHUG00000040225)	MNT (ENSHHUG00000040213)	ENSHHUG00000040173	limk1a (ENSHHUG00000040025) #25	ENSHHUG00000039973	NIPSNAP2 (ENSHHUG00000039840)	psph (ENSHHUG00000039809)	cct6a (ENSHHUG00000039739)	phkg1a (ENSHHUG00000039681)	chchd2 (ENSHHUG00000039675)	ENSHHUG00000039669	ENSHHUG00000039662	ENSHHUG00000039658	ENSHHUG00000039648	CLDN4 (ENSHHUG00000039643) #22	CLDN4 (ENSHHUG00000039638) #22	ENSHHUG00000039637 #22	ENSHHUG00000039630	cldnj (ENSHHUG00000039625)	ENSHHUG00000039619	sbds (ENSHHUG00000039602)	ENSHHUG00000039599	ENSHHUG00000039596
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Huchen	MODERN SPECIES	33				cnot6a (ENSHHUG00000009154)	ENSHHUG00000008972	zgc:123105 (ENSHHUG00000008959)	ENSHHUG00000008949	ENSHHUG00000008846	ENSHHUG00000008821	akt2l (ENSHHUG00000008741)	cldn3c (ENSHHUG00000008735)	cldn3d (ENSHHUG00000008729)	cldnb (ENSHHUG00000008725) #22	cldnd (ENSHHUG00000008686)	cldnd (ENSHHUG00000008676)	CLDN4 (ENSHHUG00000008665) #22	ENSHHUG00000008658	ENSHHUG00000008652	sdf2 (ENSHHUG00000008509)	supt6h (ENSHHUG00000008444)	grk1b (ENSHHUG00000008406)	rangrf (ENSHHUG00000008402)	slc25a35 (ENSHHUG00000008398)	ENSHHUG00000008366	tp53 (ENSHHUG00000008293)	gps2 (ENSHHUG00000008270)	gabarapa (ENSHHUG00000008112)	ctdnep1a (ENSHHUG00000008067)	senp3a (ENSHHUG00000008041)	eif4a1b (ENSHHUG00000007882)	sox19a (ENSHHUG00000007874)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	127	ENSGT00390000016836.b	ENSGT00390000015165	ENSGT00940000164941	ENSGT01010000222313.B.b.b	ENSGT00430000031027.b.a	ENSGT00390000012485.a.b.a	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a.d	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000156345.k.a #25	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a.b.b	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000165341
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	1	vps53 (ENSSFOG00015002611)	aifm4 (ENSSFOG00015002523)	tlcd2 (ENSSFOG00015026069)	CCDC92B (ENSSFOG00015033039)	cluha (ENSSFOG00015002321)	PAFAH1B1 (ENSSFOG00015002240)	MNT (ENSSFOG00015002213)	limk1a (ENSSFOG00015024276) #25	psph (ENSSFOG00015002017)	cct6a (ENSSFOG00015001924)	phkg1b (ENSSFOG00015001873)	chchd2 (ENSSFOG00015024885)	ENSSFOG00015001779	ENSSFOG00015006024	ENSSFOG00015026861 #21	ENSSFOG00015026282 #22	ENSSFOG00015026389	sbds (ENSSFOG00015028625)	tyw1 (ENSSFOG00015001054)	CALN1 (ENSSFOG00015024671)	GALNT17 (ENSSFOG00015000988)	ENSSFOG00015000980	ENSSFOG00015016199	tekt1 (ENSSFOG00015016146)	inpp5ka (ENSSFOG00015016067)	pitpnaa (ENSSFOG00015016034)	SLC43A2 (ENSSFOG00015015970)	ENSSFOG00015024350	ENSSFOG00015030302	myo1cb (ENSSFOG00015015705)	ywhae1 (ENSSFOG00015015638)
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Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	142	ENSGT00940000155039.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	255				ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885
Otophysi	DUPLICATION
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT01100000263476.D	ENSGT00550000075103	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156796.c.b	ENSGT00550000075103	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159087	ENSGT00940000157342.c.b
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	93	ENSGT00940000165739.e.b	ENSGT00390000013762.a.e.a	ENSGT00510000048151.b.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b.a	ENSGT00390000015880.e #20	ENSGT00940000166320.o	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.k	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a.o.b	ENSGT00940000165761.b.b	ENSGT00390000015880.f #20	ENSGT00940000166320.p	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.l	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.o.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a.e	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885.b	ENSGT00510000047446.f	ENSGT00940000166536.a	ENSGT00940000158885.a	ENSGT00510000047446.e	ENSGT00940000166536.b	ENSGT00950000182901	ENSGT01010000222313.B.a
Goldfish	DUPLICATION
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Golden-line barbel	DUPLICATION
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	2650															cldn3d (ENSSGRG00000010553)	cldnb (ENSSGRG00000010554) #22	cldn29 (ENSSGRG00000010555)
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Zebrafish	MODERN SPECIES	13	efemp2b (ENSDARG00000020811)	fibpb (ENSDARG00000087666)	ENSDARG00000079373	tmem223 (ENSDARG00000069494)	ENSDARG00000078256	ENSDARG00000079908	ENSDARG00000094217	ENSDARG00000069495	sumf2 (ENSDARG00000069497)	phkg1b (ENSDARG00000069498)	ENSDARG00000091669	abhd11 (ENSDARG00000069501) #20	cldn3c (ENSDARG00000069503)	ENSDARG00000095025	cldn3d (ENSDARG00000015955)	cldnb (ENSDARG00000009544) #22	cldn29 (ENSDARG00000009215)	cldnd (ENSDARG00000006580)	cldn30 (ENSDARG00000069505)	mettl27 (ENSDARG00000069507) #23	nf2b (ENSDARG00000025567)	ENSDARG00000069766	sdf2 (ENSDARG00000024026)	supt6h (ENSDARG00000006524)	ENSDARG00000010977	rpl23a (ENSDARG00000006316)	tlcd1 (ENSDARG00000002391)	nipal4 (ENSDARG00000059365)	gria1b (ENSDARG00000032714)	tmsb (ENSDARG00000054911)	eif4ebp3 (ENSDARG00000054916)
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Channel catfish	MODERN SPECIES	12	apoa1b (ENSIPUG00000007405)	ENSIPUG00000007338	bace1 (ENSIPUG00000007305)	AXL (ENSIPUG00000007233)	ENSIPUG00000007218	CYP2Y8 (ENSIPUG00000007134)	ENSIPUG00000007088	ENSIPUG00000006971	ENSIPUG00000006859	tgfb1 (ENSIPUG00000006804)	ENSIPUG00000006768	ppp5c (ENSIPUG00000006705)	ENSIPUG00000006665	ENSIPUG00000006648	CLDN5c (ENSIPUG00000006622) ##22	cldnd (ENSIPUG00000006610) #22	cldnd (ENSIPUG00000006604)	CLDN4 (ENSIPUG00000006594)	cldne (ENSIPUG00000006588) #22	ENSIPUG00000006569	ENSIPUG00000006561	sbds (ENSIPUG00000006536)	porb (ENSIPUG00000006471)	taf15 (ENSIPUG00000006422)	mmp28 (ENSIPUG00000006403)	fam124b (ENSIPUG00000006381)	cul3 (ENSIPUG00000006252)	ENSIPUG00000006206	ENSIPUG00000006187	DOCK10 (ENSIPUG00000006046)	ENSIPUG00000006023
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000154816.a.a	ENSGT00940000157786	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.t.b	ENSGT00940000162064.t.a	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000163149.b.c.a	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.a.d	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000159596	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000176866	ENSGT00940000157469	ENSGT00940000177884
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000157786	ENSGT00940000162660.a.i	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.t.b	ENSGT00940000162064.t.a	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000163149.b.c.a.c.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.a.d	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000159596	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000176866	ENSGT00940000157469	ENSGT00940000177884	ENSGT00940000154287.b
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	8	ENSAMXG00000009860	bace1 (ENSAMXG00000009844)	si:ch211-229n2.7 (ENSAMXG00000035208)	ENSAMXG00000009805	ENSAMXG00000035342	ENSAMXG00000009778	ENSAMXG00000033285	ENSAMXG00000043733	tgfb1a (ENSAMXG00000009747)	ENSAMXG00000042298	ppp5c (ENSAMXG00000001706)	ENSAMXG00000031716	ENSAMXG00000036137	cldn3d (ENSAMXG00000032403)	ENSAMXG00000043565 ##22	CLDN4 (ENSAMXG00000035274) #22	ENSAMXG00000037050	hhatla (ENSAMXG00000015055)	klhl40a (ENSAMXG00000033185)	ENSAMXG00000042191	ENSAMXG00000041607	ENSAMXG00000036414	dnajc1 (ENSAMXG00000015197)	bmi1b (ENSAMXG00000031978)	ENSAMXG00000044026	ENSAMXG00000034116	riok1 (ENSAMXG00000015286)	RREB1 (ENSAMXG00000015314)	nrn1b (ENSAMXG00000029876)	ENSAMXG00000037546	ENSAMXG00000038645
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	521															ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01100000263476.D	ENSGT00550000075103	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01100000263476.D	ENSGT00550000075103	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B
Electric eel	MODERN SPECIES	6	ENSEEEG00000005297	ENSEEEG00000005299	ENSEEEG00000005302	mrps12 (ENSEEEG00000005305)	ENSEEEG00000005309	efemp2b (ENSEEEG00000005316)	tmem223 (ENSEEEG00000005332)	ENSEEEG00000005337	TMEM151A (ENSEEEG00000005342)	ENSEEEG00000005346	ENSEEEG00000005351	phkg1b (ENSEEEG00000005396)	abhd11 (ENSEEEG00000005427) #20	cldn3c (ENSEEEG00000005429)	cldn3d (ENSEEEG00000005430)	CLDN4 (ENSEEEG00000005431) #22	ENSEEEG00000005432 #22	cldn29 (ENSEEEG00000005434)	CLDN4 (ENSEEEG00000005451) #22	ENSEEEG00000005454	mettl27 (ENSEEEG00000005484) #23	nf2b (ENSEEEG00000005487)	ENSEEEG00000005489	sdf2 (ENSEEEG00000005490)	supt6h (ENSEEEG00000005492)	ENSEEEG00000005501	rpl23a (ENSEEEG00000005541)	tlcd1 (ENSEEEG00000005545)	ca4c (ENSEEEG00000005548)	asl (ENSEEEG00000005564)	crcp (ENSEEEG00000005728)
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT01100000263476.D	ENSGT00550000075103	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT01070000256431	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	5	ENSAMXG00000036101	mrps12 (ENSAMXG00000025945)	ENSAMXG00000006085	efemp2b (ENSAMXG00000030143)	fibpb (ENSAMXG00000006077)	ENSAMXG00000006076	tmem223 (ENSAMXG00000030822)	ENSAMXG00000041879	TMEM151A (ENSAMXG00000006067)	ENSAMXG00000006056	ENSAMXG00000036258	phkg1b (ENSAMXG00000006059)	abhd11 (ENSAMXG00000006053) #20	cldn3c (ENSAMXG00000035970)	CLDN3 (ENSAMXG00000041376) #21	CLDN4 (ENSAMXG00000032518) #22	ENSAMXG00000030998	CLDN4 (ENSAMXG00000029550) #22	mettl27 (ENSAMXG00000038855) #23	ENSAMXG00000031224	ENSAMXG00000036000 #22	cldn30 (ENSAMXG00000025940)	nf2b (ENSAMXG00000040793)	ENSAMXG00000006044	ENSAMXG00000031298	sdf2 (ENSAMXG00000006040)	supt6h (ENSAMXG00000006025)	ENSAMXG00000006018	rpl23a (ENSAMXG00000041598)	tlcd1 (ENSAMXG00000039536)	ca4c (ENSAMXG00000041730)
Channel catfish	MODERN SPECIES	9	ENSIPUG00000024653	MRPS12 (ENSIPUG00000024651)	ENSIPUG00000024643	efemp2b (ENSIPUG00000024640)	fibpb (ENSIPUG00000024634)	ENSIPUG00000024631	tmem223 (ENSIPUG00000024629)	ENSIPUG00000024628	ENSIPUG00000024626	tmem179b (ENSIPUG00000024625)	sumf2 (ENSIPUG00000024620)	ENSIPUG00000024618	abhd11 (ENSIPUG00000024617) #20	CLDN3d (ENSIPUG00000024616) #21	ENSIPUG00000024614	CLDN4 (ENSIPUG00000024611) #22	cldnd (ENSIPUG00000024610)	ENSIPUG00000024604	ENSIPUG00000024571	ENSIPUG00000024564	ENSIPUG00000024563	cldn30 (ENSIPUG00000024561)	wbscr27 (ENSIPUG00000024560) #23	nf2b (ENSIPUG00000024551)	caln1 (ENSIPUG00000024545)	sdf2 (ENSIPUG00000024543)	supt6h (ENSIPUG00000024533)	rab34 (ENSIPUG00000024531)	rpl23a (ENSIPUG00000024528)	Tlcd1 (ENSIPUG00000024527)	ca4c (ENSIPUG00000024526)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	378																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000159596	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000155066.e.a	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000157469
Atlantic herring	MODERN SPECIES	25	ENSCHAG00000015810	pxylp1 (ENSCHAG00000015790)	ENSCHAG00000015781	ENSCHAG00000015270	ENSCHAG00000015234	ENSCHAG00000015210	ENSCHAG00000015199	ENSCHAG00000015171	ENSCHAG00000015139	ENSCHAG00000015108	ENSCHAG00000015012	ENSCHAG00000014990	ENSCHAG00000014982	CLDN3 (ENSCHAG00000014966) #21	ENSCHAG00000014947 ##22	cldnb (ENSCHAG00000014944) #22	ENSCHAG00000014921	CLDN4 (ENSCHAG00000014914) #22	cldnj (ENSCHAG00000014898)	ENSCHAG00000014879	ENSCHAG00000014860	ENSCHAG00000014847	sbds (ENSCHAG00000014793)	porb (ENSCHAG00000013466)	taf15 (ENSCHAG00000013444)	FAM124B (ENSCHAG00000013435)	cul3a (ENSCHAG00000013074)	ENSCHAG00000012986	DOCK10 (ENSCHAG00000009087)	shox2 (ENSCHAG00000008968)	ENSCHAG00000008938
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	56									ENSGT00940000157189.c	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00940000162897.c	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000155796.c.a
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	99	ENSGT00940000157857.i.a	ENSGT00390000002792.a.a	ENSGT00940000164577.a.d	ENSGT00940000166254.b.c	ENSGT00950000183177.a.a.a.a.h.f	ENSGT00940000164356.a.a	ENSGT00940000158978.a.b.c	ENSGT00940000156647.b.c	ENSGT00390000000537.y.c	ENSGT00950000183015.E.i.a	ENSGT00940000159722	ENSGT00940000165778.d	ENSGT00940000166182.d.a	ENSGT00940000166320.n.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.c #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.a.b	ENSGT00940000159212.b.f	ENSGT00940000158885.c	ENSGT00510000047446.m.a	ENSGT00940000165258	ENSGT00390000013834	ENSGT00940000160771	ENSGT00940000163587.a.b.b.e.a	ENSGT00950000183153.c.a.q	ENSGT00390000004049.k.a	ENSGT00940000166995.d	ENSGT01040000240503.B.x.b.b	ENSGT00940000156309.B.g	ENSGT00940000153783.b.a.a.b.b.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	94	ENSGT00940000157857.i.a	ENSGT00390000002792.a.a	ENSGT00940000164577.a.d	ENSGT00940000166254.b.c	ENSGT00950000183177.a.a.a.a.h.f	ENSGT00940000164356.a.a	ENSGT00940000158978.a.b.c	ENSGT00940000156647.b.c	ENSGT00390000000537.y.c	ENSGT00950000183015.E.i.a	ENSGT00940000159722	ENSGT00940000165778.d	ENSGT00940000166182.d.a	ENSGT00940000166320.n.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.c #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.a.b	ENSGT00940000159212.b.f	ENSGT00940000158885.c	ENSGT00510000047446.m.a	ENSGT00940000165258	ENSGT00390000013834	ENSGT00940000160771	ENSGT00940000163587.a.b.b.e.a	ENSGT00950000183153.c.a.q	ENSGT00390000004049.k.a	ENSGT00940000166995.d	ENSGT01040000240503.B.x.b.b	ENSGT00940000156309.B.g	ENSGT00940000153783.b.a.a.b.b.b
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000001803.g	ENSGT00390000000002.a.a.b.i.a	ENSGT00390000007844.b.e.a	ENSGT00390000000703.bb	ENSGT00940000157857.i.a	ENSGT00390000002792.a.a	ENSGT00940000164577.a.d	ENSGT00940000166254.b.c	ENSGT00940000164356.a.a	ENSGT00940000158978.a.b.c	ENSGT00940000156647.b.c	ENSGT00390000000537.y.c	ENSGT00950000183015.E.i.a	ENSGT00940000159722	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.c #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.a.b	ENSGT00940000159212.b.f	ENSGT00940000158885.c	ENSGT00510000047446.m.a	ENSGT00940000165258	ENSGT00390000013834	ENSGT00940000160771	ENSGT00940000163587.a.b.b.e.a	ENSGT00950000183153.c.a.q	ENSGT00390000004049.k.a	ENSGT00940000166995.d	ENSGT01040000240503.B.x.b.b	ENSGT00940000156309.B.g	ENSGT00940000153783.b.a.a.b.b.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	76	ENSGT00390000001803.g	ENSGT00390000000002.a.a.b.i.a	ENSGT00390000007844.b.e.a	ENSGT00390000000703.bb	ENSGT00940000157857.i.a	ENSGT00390000002792.a.a	ENSGT00940000164577.a.d	ENSGT00940000166254.b.c	ENSGT00940000164356.a.a	ENSGT00940000158978.a.b.c	ENSGT00940000156647.b.c	ENSGT00390000000537.y.c	ENSGT00950000183015.E.i.a	ENSGT00940000159722	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.c #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.a.b	ENSGT00940000159212.b.f	ENSGT00940000158885.c	ENSGT00510000047446.m.a	ENSGT00940000165258	ENSGT00390000013834	ENSGT00940000160771	ENSGT00940000163587.a.b.b.e.a	ENSGT00950000183153.c.a.q	ENSGT00390000004049.k.a	ENSGT00940000166995.d	ENSGT01040000240503.B.x.b.b	ENSGT00940000156309.B.g	ENSGT00940000153783.b.a.a.b.b.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES	23	sra1 (ENSOTSG00005013684)	APBB3 (ENSOTSG00005013678)	ENSOTSG00005013676	rps14 (ENSOTSG00005013672)	ndst1b (ENSOTSG00005013281)	rbm22 (ENSOTSG00005013269)	arl3l1 (ENSOTSG00005013262)	ENSOTSG00005013261	adra2db (ENSOTSG00005013260)	cnot6a (ENSOTSG00005013241)	ADAMTS2 (ENSOTSG00005013202)	zgc:123105 (ENSOTSG00005013195)	ENSOTSG00005013194	clk4b (ENSOTSG00005013191)	cldn3d (ENSOTSG00005013190)	CLDN4 (ENSOTSG00005013189) #22	CLDN4 (ENSOTSG00005013188) #22	ENSOTSG00005013186	sdf2 (ENSOTSG00005013185)	supt6h (ENSOTSG00005013170)	grk1b (ENSOTSG00005013116)	rangrf (ENSOTSG00005013115)	slc25a35 (ENSOTSG00005013114)	ENSOTSG00005013113	tp53 (ENSOTSG00005013112)	gps2 (ENSOTSG00005013108)	gabarapa (ENSOTSG00005013107)	ctdnep1a (ENSOTSG00005013104)	senp3a (ENSOTSG00005013103)	eif4a1b (ENSOTSG00005012730)	sox19a (ENSOTSG00005012725)
Coho salmon	MODERN SPECIES	20	ENSOKIG00005039885	rps14 (ENSOKIG00005039896)	ndst1b (ENSOKIG00005039923)	rbm22 (ENSOKIG00005039952)	arl3l1 (ENSOKIG00005039981)	ENSOKIG00005040115	adra2db (ENSOKIG00005040171)	cnot6a (ENSOKIG00005040188)	ADAMTS2 (ENSOKIG00005040340)	zgc:123105 (ENSOKIG00005041961)	ENSOKIG00005041970	clk4b (ENSOKIG00005041985)	ENSOKIG00005042101	ENSOKIG00005042198	cldn3c (ENSOKIG00005042321)	cldnb (ENSOKIG00005042342) #22	cldnd (ENSOKIG00005042347)	cldnd (ENSOKIG00005042353)	ENSOKIG00005042364	ENSOKIG00005042396	supt6h (ENSOKIG00005042501)	rangrf (ENSOKIG00005043831)	slc25a35 (ENSOKIG00005043844)	ENSOKIG00005043865	tp53 (ENSOKIG00005043880)	gps2 (ENSOKIG00005043919)	gabarapa (ENSOKIG00005043946)	ctdnep1a (ENSOKIG00005043982)	ENSOKIG00005044026	ENSOKIG00005044214	tm4sf21a (ENSOKIG00005044381)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	1	rps14 (ENSOMYG00000047264)	ENSOMYG00000047276	rbm22 (ENSOMYG00000047284)	ENSOMYG00000047291	arl3l1 (ENSOMYG00000047301)	adra2db (ENSOMYG00000047303)	cnot6a (ENSOMYG00000047323)	ENSOMYG00000047514	zgc:123105 (ENSOMYG00000047584)	ENSOMYG00000047586	ENSOMYG00000047587	ENSOMYG00000044583	ENSOMYG00000047590	ENSOMYG00000075153	cldn3d (ENSOMYG00000047595)	ENSOMYG00000021475 #22	cldnd (ENSOMYG00000064342)	ENSOMYG00000021808	ENSOMYG00000021501	ENSOMYG00000063032	grk1b (ENSOMYG00000023498)	ENSOMYG00000023532	slc25a35 (ENSOMYG00000023543)	ENSOMYG00000067440	ENSOMYG00000052734	ENSOMYG00000023558	ENSOMYG00000023567	tp53 (ENSOMYG00000023603)	gps2 (ENSOMYG00000023625)	ENSOMYG00000069607	gabarapa (ENSOMYG00000023692)
Huchen	MODERN SPECIES	33							cnot6a (ENSHHUG00000009154)	ENSHHUG00000008972	zgc:123105 (ENSHHUG00000008959)	ENSHHUG00000008949	ENSHHUG00000008846	ENSHHUG00000008821	akt2l (ENSHHUG00000008741)	cldn3c (ENSHHUG00000008735)	cldn3d (ENSHHUG00000008729)	cldnb (ENSHHUG00000008725) #22	cldnd (ENSHHUG00000008686)	cldnd (ENSHHUG00000008676)	CLDN4 (ENSHHUG00000008665) #22	ENSHHUG00000008658	ENSHHUG00000008652	sdf2 (ENSHHUG00000008509)	supt6h (ENSHHUG00000008444)	grk1b (ENSHHUG00000008406)	rangrf (ENSHHUG00000008402)	slc25a35 (ENSHHUG00000008398)	ENSHHUG00000008366	tp53 (ENSHHUG00000008293)	gps2 (ENSHHUG00000008270)	gabarapa (ENSHHUG00000008112)	ctdnep1a (ENSHHUG00000008067)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	190									ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00940000162897.c	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.l	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f	ENSGT00940000154049.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	74								ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	56								ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.a	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.b	ENSGT00940000154049.a
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	109								ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000170934	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	21	arl3l1 (ENSOKIG00005047212)	SLC34A1 (ENSOKIG00005047309)	adra2db (ENSOKIG00005047732)	ENSOKIG00005047760	zgc:123105 (ENSOKIG00005047850)	gfpt2 (ENSOKIG00005047941)	MAPK9 (ENSOKIG00005048550)	ENSOKIG00005048586	ENSOKIG00005038417	akt2l (ENSOKIG00005038455)	ENSOKIG00005038523	ENSOKIG00005038548	abhd11 (ENSOKIG00005038722) #20	cldn3c (ENSOKIG00005038732)	cldn3d (ENSOKIG00005038735)	cldnb (ENSOKIG00005038743) #22	ENSOKIG00005038749	CLDN4 (ENSOKIG00005038753) #22	mettl27 (ENSOKIG00005038762) #23	nf2b (ENSOKIG00005038861)	ENSOKIG00005040473	sdf2 (ENSOKIG00005040497)	supt6h (ENSOKIG00005040524)	ENSOKIG00005040590	ENSOKIG00005040661	ENSOKIG00005040675	nsrp1 (ENSOKIG00005040698)	ssh2b (ENSOKIG00005040740)	ENSOKIG00005040922	coro6 (ENSOKIG00005040938)	ENSOKIG00005041003
Chinook salmon	MODERN SPECIES	26	arl3l1 (ENSOTSG00005006140)	SLC34A1 (ENSOTSG00005006143)	adra2db (ENSOTSG00005006144)	cnot6a (ENSOTSG00005006146)	ENSOTSG00005006147	zgc:123105 (ENSOTSG00005007249)	gfpt2 (ENSOTSG00005007253)	MAPK9 (ENSOTSG00005007263)	ENSOTSG00005007280	akt2l (ENSOTSG00005007284)	ENSOTSG00005007383	ENSOTSG00005007384	abhd11 (ENSOTSG00005007763) #20	cldn3c (ENSOTSG00005007764)	cldn3d (ENSOTSG00005007765)	cldnb (ENSOTSG00005007766) #22	ENSOTSG00005007767 #21	cldnd (ENSOTSG00005007768)	ENSOTSG00005007769	CLDN4 (ENSOTSG00005007770) #22	cldn30 (ENSOTSG00005007771)	ENSOTSG00005007774	nf2b (ENSOTSG00005007786)	ENSOTSG00005023819	ENSOTSG00005023877	sdf2 (ENSOTSG00005023879)	ENSOTSG00005023883	ENSOTSG00005023917	ovca2 (ENSOTSG00005023921)	ENSOTSG00005023922	ENSOTSG00005023924
Rainbow trout	MODERN SPECIES	364	zgc:123105 (ENSOMYG00000043120)	gfpt2 (ENSOMYG00000043235)	ENSOMYG00000060852	ENSOMYG00000044562	ENSOMYG00000044579	ENSOMYG00000060772	ENSOMYG00000044593	ENSOMYG00000044601	ENSOMYG00000044607	abhd11 (ENSOMYG00000044621) #20	cldn3c (ENSOMYG00000053009)	cldn3d (ENSOMYG00000044625)	cldn3c (ENSOMYG00000054314)	ENSOMYG00000051238	ENSOMYG00000039646	cldnb (ENSOMYG00000044630) #22	ENSOMYG00000044632 #22	cldnd (ENSOMYG00000044634)	ENSOMYG00000053589 #22	cldn30 (ENSOMYG00000044638)	mettl27 (ENSOMYG00000072030) #23	nf2b (ENSOMYG00000044682)	ENSOMYG00000045081	ENSOMYG00000048769	sdf2 (ENSOMYG00000059851)	supt6h (ENSOMYG00000045096)	ENSOMYG00000057675	ENSOMYG00000065902	ENSOMYG00000065999	ENSOMYG00000045127	ENSOMYG00000050467
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	63							ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000166320.n.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328.s.b
River trout	MODERN SPECIES	3	ENSSTUG00000027153	zgc:123105 (ENSSTUG00000029376)	gfpt2 (ENSSTUG00000029399)	ENSSTUG00000029607	MAPK9 (ENSSTUG00000029644)	ENSSTUG00000030925	ENSSTUG00000030929	ENSSTUG00000030939	akt2l (ENSSTUG00000030956)	ENSSTUG00000031020	ENSSTUG00000031034	abhd11 (ENSSTUG00000031109) #20	cldn3c (ENSSTUG00000031116)	cldn3d (ENSSTUG00000031119)	cldn3c (ENSSTUG00000032246)	cldnb (ENSSTUG00000032293) #22	CLDN3 (ENSSTUG00000032307) #21	cldnd (ENSSTUG00000032310)	ENSSTUG00000032317	mettl27 (ENSSTUG00000032323) #23	CLDN4 (ENSSTUG00000032333) #22	ENSSTUG00000032343	cldn30 (ENSSTUG00000032356)	nf2b (ENSSTUG00000032427)	ENSSTUG00000033914	ENSSTUG00000033932	ENSSTUG00000033980	ENSSTUG00000034051	ENSSTUG00000034062	ENSSTUG00000034071	nsrp1 (ENSSTUG00000034078)
Northern pike	MODERN SPECIES	6	pafah1b1b (ENSELUG00000006451)	ENSELUG00000032498	CLUH (ENSELUG00000006399)	ENSELUG00000006274	FBXO40 (ENSELUG00000006258)	FBXO40 (ENSELUG00000006221)	ENSELUG00000006199	ENSELUG00000006179	ENSELUG00000025597	trarg1b (ENSELUG00000006163)	cryba1b (ENSELUG00000006147)	unc119b (ENSELUG00000006123)	slc13a2 (ENSELUG00000006095)	vtnb (ENSELUG00000006049)	aldh3a2b (ENSELUG00000006021)	cldnb (ENSELUG00000005885) #22	ENSELUG00000029186 #22	CLDN4 (ENSELUG00000026277) #22	cldnd (ENSELUG00000029645)	cldne (ENSELUG00000005878) #21	ENSELUG00000026236	ENSELUG00000031305	ENSELUG00000031941	cldn30 (ENSELUG00000005865)	mettl27 (ENSELUG00000005861) #23	nf2b (ENSELUG00000005789)	ENSELUG00000005735	ENSELUG00000025763	ENSELUG00000005706	sdf2 (ENSELUG00000005674)	supt6h (ENSELUG00000005639)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	5	FBXO40 (ENSMMDG00005018894)	FBXO40 (ENSMMDG00005018923)	ENSMMDG00005018925	CLUH (ENSMMDG00005018934)	pafah1b1b (ENSMMDG00005019039)	mntb (ENSMMDG00005019042)	septin4a (ENSMMDG00005001209)	LIMK1 (ENSMMDG00005001222) #25	mrps17 (ENSMMDG00005001245)	NIPSNAP2 (ENSMMDG00005001307)	cct6a (ENSMMDG00005001455)	sumf2 (ENSMMDG00005001579)	abhd11 (ENSMMDG00005001642) #20	cldn3c (ENSMMDG00005001767)	CLDN3 (ENSMMDG00005001772) #21	cldnb (ENSMMDG00005001780) #22	CLDN4 (ENSMMDG00005001783) #22	cldnd (ENSMMDG00005001785)	ENSMMDG00005001786	cldn30 (ENSMMDG00005001789)	mettl27 (ENSMMDG00005001792) #23	nf2b (ENSMMDG00005001829)	ENSMMDG00005002321	sdf2 (ENSMMDG00005002322)	supt6h (ENSMMDG00005002344)	ENSMMDG00005003903	ENSMMDG00005003920	ENSMMDG00005003925	ENSMMDG00005003936	nsrp1 (ENSMMDG00005003945)	ssh2b (ENSMMDG00005003948)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
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Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a
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Tetraodon	MODERN SPECIES	22	cryba1b (ENSTNIG00000016129)	ENSTNIG00000016128	trarg1b (ENSTNIG00000016127)	ENSTNIG00000016126	FBXO40 (ENSTNIG00000016125)	FBXO40 (ENSTNIG00000016124)	CLUH (ENSTNIG00000016123)	pafah1b1b (ENSTNIG00000000676)	ENSTNIG00000016122	mrps17 (ENSTNIG00000016121)	NIPSNAP2 (ENSTNIG00000016120)	cct6a (ENSTNIG00000016119)	ENSTNIG00000016118	abhd11 (ENSTNIG00000016117) #20	cldn3c (ENSTNIG00000016116)	cldnb (ENSTNIG00000016115) #22	CLDN4 (ENSTNIG00000016114) #22	cldnd (ENSTNIG00000016113)	ENSTNIG00000016112	ENSTNIG00000016111	CLDN4 (ENSTNIG00000016110) #22	ENSTNIG00000016108	LARP1 (ENSTNIG00000016107)	faxdc2 (ENSTNIG00000016106)	macroh2a1 (ENSTNIG00000016105)	pitx1 (ENSTNIG00000016104)	PCBD2 (ENSTNIG00000016103)	txndc15 (ENSTNIG00000016102)	zgc:77058 (ENSTNIG00000001939)	med21 (ENSTNIG00000016101)	ddx46 (ENSTNIG00000016100)
Fugu	MODERN SPECIES	6	trarg1b (ENSTRUG00000012097)	ENSTRUG00000012024	FBXO40 (ENSTRUG00000011920)	FBXO40 (ENSTRUG00000011810)	pafah1b1b (ENSTRUG00000011331)	mntb (ENSTRUG00000011273)	septin4a (ENSTRUG00000010944)	LIMK1 (ENSTRUG00000010715) #25	mrps17 (ENSTRUG00000024068)	NIPSNAP2 (ENSTRUG00000019765)	cct6a (ENSTRUG00000010228)	ENSTRUG00000024620	abhd11 (ENSTRUG00000010167) #20	cldn3c (ENSTRUG00000029881)	cldn3d (ENSTRUG00000019938)	cldnb (ENSTRUG00000029718) #22	cldn27c (ENSTRUG00000009871) #22	cldn29a (ENSTRUG00000009962)	ENSTRUG00000022057	ENSTRUG00000027079	cldn28b (ENSTRUG00000032283) #22	cldn30 (ENSTRUG00000026953)	zgc:56585 (ENSTRUG00000023552)	LARP1 (ENSTRUG00000009470)	faxdc2 (ENSTRUG00000009414)	macroh2a1 (ENSTRUG00000009196)	pitx1 (ENSTRUG00000009140)	PCBD2 (ENSTRUG00000009098)	txndc15 (ENSTRUG00000009071)	zgc:77058 (ENSTRUG00000019776)	ddx46 (ENSTRUG00000008878)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Stickleback	MODERN SPECIES	7	CLUH (ENSGACG00000020485)	pafah1b1b (ENSGACG00000020486)	mntb (ENSGACG00000020487)	septin4a (ENSGACG00000020488)	LIMK1 (ENSGACG00000020489) #25	ENSGACG00000020490	ENSGACG00000020491	mrps17 (ENSGACG00000020492)	NIPSNAP2 (ENSGACG00000020493)	cct6a (ENSGACG00000020494)	ENSGACG00000020495	ENSGACG00000020496	abhd11 (ENSGACG00000020497) #20	cldn3c (ENSGACG00000020498)	cldn3d (ENSGACG00000020499)	cldnb (ENSGACG00000020500) #22	ENSGACG00000020501 #22	ENSGACG00000020502 #22	cldnd (ENSGACG00000020503)	ENSGACG00000020504	cldnd (ENSGACG00000020505)	cldn30 (ENSGACG00000020506)	nf2b (ENSGACG00000020507)	mettl27 (ENSGACG00000020508) #23	ENSGACG00000020509	ENSGACG00000020510	ENSGACG00000020511	sdf2 (ENSGACG00000020512)	supt6h (ENSGACG00000020513)	ENSGACG00000020514	ENSGACG00000020515
Lumpfish	MODERN SPECIES	5	FBXO40 (ENSCLMG00005013989)	FBXO40 (ENSCLMG00005013986)	CLUH (ENSCLMG00005013433)	pafah1b1b (ENSCLMG00005013417)	mntb (ENSCLMG00005013415)	septin4a (ENSCLMG00005013159)	ENSCLMG00005013158 #25	mrps17 (ENSCLMG00005013157)	NIPSNAP2 (ENSCLMG00005013127)	cct6a (ENSCLMG00005013095)	ENSCLMG00005013011	ENSCLMG00005013008	abhd11 (ENSCLMG00005013007) #20	cldn3c (ENSCLMG00005013006)	cldn3d (ENSCLMG00005013003)	cldnb (ENSCLMG00005013001) #22	ENSCLMG00005012999 #22	cldnd (ENSCLMG00005012998)	cldnd (ENSCLMG00005012996)	cldnd (ENSCLMG00005012995)	CLDN4 (ENSCLMG00005012994) #22	cldn30 (ENSCLMG00005012992)	nf2b (ENSCLMG00005012980)	mettl27 (ENSCLMG00005012972) #23	ENSCLMG00005012969	ENSCLMG00005012968	sdf2 (ENSCLMG00005012967)	supt6h (ENSCLMG00005012497)	ENSCLMG00005012484	ENSCLMG00005012472	nsrp1 (ENSCLMG00005012470)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j
Pike perch	MODERN SPECIES	54	FBXO40 (ENSSLUG00000004247)	ENSSLUG00000004272	CLUH (ENSSLUG00000004352)	pafah1b1b (ENSSLUG00000005632)	mntb (ENSSLUG00000005636)	septin4a (ENSSLUG00000005670)	LIMK1 (ENSSLUG00000005885) #25	mrps17 (ENSSLUG00000006063)	NIPSNAP2 (ENSSLUG00000006074)	cct6a (ENSSLUG00000006221)	ENSSLUG00000006289	ENSSLUG00000006305	abhd11 (ENSSLUG00000006311) #20	cldn3c (ENSSLUG00000006314)	cldn3d (ENSSLUG00000006316)	cldnb (ENSSLUG00000006318) #22	ENSSLUG00000006329 #22	cldnd (ENSSLUG00000006335)	ENSSLUG00000006337	cldn30 (ENSSLUG00000006342)	mettl27 (ENSSLUG00000006347) #23	nf2b (ENSSLUG00000006390)	cbln17 (ENSSLUG00000007724)	ENSSLUG00000007760	sdf2 (ENSSLUG00000007771)	supt6h (ENSSLUG00000007820)	ENSSLUG00000008425	nsrp1 (ENSSLUG00000008444)	ssh2b (ENSSLUG00000008455)	ENSSLUG00000008512	ENSSLUG00000009003
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	5	FBXO40 (ENSCGOG00000012306)	ENSCGOG00000012304	CLUH (ENSCGOG00000012054)	pafah1b1b (ENSCGOG00000012024)	mntb (ENSCGOG00000012022)	septin4a (ENSCGOG00000011459)	LIMK1 (ENSCGOG00000010780) #25	mrps17 (ENSCGOG00000010760)	NIPSNAP2 (ENSCGOG00000009994)	cct6a (ENSCGOG00000009509)	ENSCGOG00000009293	ENSCGOG00000009287	abhd11 (ENSCGOG00000009279) #20	cldn3c (ENSCGOG00000009278)	cldn3d (ENSCGOG00000009261)	cldnb (ENSCGOG00000009260) #22	CLDN4 (ENSCGOG00000009257) #22	cldnd (ENSCGOG00000009218)	cldnd (ENSCGOG00000009191)	cldnd (ENSCGOG00000009190)	ENSCGOG00000009183	ENSCGOG00000009178	ENSCGOG00000009171	cldn30 (ENSCGOG00000009168)	ENSCGOG00000009163	mettl27 (ENSCGOG00000009158) #23	nf2b (ENSCGOG00000007283)	ENSCGOG00000007236	sdf2 (ENSCGOG00000007232)	supt6h (ENSCGOG00000006664)	ENSCGOG00000006626
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	4	FBXO40 (ENSSAUG00010015123)	FBXO40 (ENSSAUG00010015124)	CCDC92B (ENSSAUG00010015125)	CLUH (ENSSAUG00010015172)	pafah1b1b (ENSSAUG00010018920)	mntb (ENSSAUG00010018925)	septin4a (ENSSAUG00010018926)	LIMK1 (ENSSAUG00010018937) #25	mrps17 (ENSSAUG00010019132)	NIPSNAP2 (ENSSAUG00010019136)	cct6a (ENSSAUG00010019231)	ENSSAUG00010019270	abhd11 (ENSSAUG00010019368) #20	cldn3c (ENSSAUG00010019369)	CLDN3 (ENSSAUG00010019372) #21	cldnb (ENSSAUG00010001484) #22	CLDN4 (ENSSAUG00010001497) #22	cldnd (ENSSAUG00010001502)	CLDN4 (ENSSAUG00010001506) #22	ENSSAUG00010001517	cldn30 (ENSSAUG00010001524)	cbln17 (ENSSAUG00010001537)	ENSSAUG00010001544	ENSSAUG00010001574	mettl27 (ENSSAUG00010001615) #23	mettl27 (ENSSAUG00010001639) #23	ENSSAUG00010001689	ENSSAUG00010001696	ENSSAUG00010001702	cbln17 (ENSSAUG00010001712)	ENSSAUG00010001723
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	493	FBXO40 (ENSLCRG00005014092)	ENSLCRG00005014093	CLUH (ENSLCRG00005014104)	pafah1b1b (ENSLCRG00005014868)	mntb (ENSLCRG00005014883)	septin4a (ENSLCRG00005014892)	LIMK1 (ENSLCRG00005015333) #25	ENSLCRG00005015833	mrps17 (ENSLCRG00005015834)	NIPSNAP2 (ENSLCRG00005015836)	cct6a (ENSLCRG00005015999)	ENSLCRG00005016063	abhd11 (ENSLCRG00005016078) #20	cldn3c (ENSLCRG00005016079)	ENSLCRG00005016080 #21	cldnb (ENSLCRG00005016081) #22	CLDN4 (ENSLCRG00005016082) #22	cldn29 (ENSLCRG00005016084)	cldnd (ENSLCRG00005016085)	ENSLCRG00005016086	mettl27 (ENSLCRG00005016087) #23	nf2b (ENSLCRG00005016088)	ENSLCRG00005016114	ENSLCRG00005016116	sdf2 (ENSLCRG00005016118)	supt6h (ENSLCRG00005016120)	ENSLCRG00005016490	ENSLCRG00005001406	nsrp1 (ENSLCRG00005001409)	ssh2b (ENSLCRG00005001419)	coro6 (ENSLCRG00005001749)
European seabass	MODERN SPECIES	4	ENSDLAG00005025402	ENSDLAG00005025378	ENSDLAG00005002948	ENSDLAG00005025015	ENSDLAG00005019281	pafah1b1b (ENSDLAG00005025369)	mntb (ENSDLAG00005025368)	septin4a (ENSDLAG00005025340)	ENSDLAG00005025133 #25	ENSDLAG00005025098	ENSDLAG00005025082	sumf2 (ENSDLAG00005025072)	abhd11 (ENSDLAG00005025068) #20	cldn3c (ENSDLAG00005034148)	cldn3d (ENSDLAG00005025066)	cldnb (ENSDLAG00005032597) #22	CLDN4 (ENSDLAG00005034937) #22	cldn29 (ENSDLAG00005034258)	cldnd (ENSDLAG00005025062)	ENSDLAG00005025061	cldn30 (ENSDLAG00005029974)	ENSDLAG00005025054	mettl27 (ENSDLAG00005025052) #23	nf2b (ENSDLAG00005025022)	ENSDLAG00005032903	ENSDLAG00005025011	sdf2 (ENSDLAG00005032206)	supt6h (ENSDLAG00005024983)	ENSDLAG00005024976	ENSDLAG00005024962	ENSDLAG00005027594
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a
Barramundi perch	MODERN SPECIES	94	trim47 (ENSLCAG00010024923)	frem2a (ENSLCAG00010024864)	ufm1 (ENSLCAG00010024812)	trpc4a (ENSLCAG00010024780)	POSTN (ENSLCAG00010024726)	ugt5d1 (ENSLCAG00010024703)	SUPT20H (ENSLCAG00010024675)	exosc8 (ENSLCAG00010024655)	alg5 (ENSLCAG00010024647)	ENSLCAG00010024636	rfxap (ENSLCAG00010024629)	ENSLCAG00010024625	abhd11 (ENSLCAG00010024620) #20	cldn3c (ENSLCAG00010024616)	cldn3d (ENSLCAG00010024613)	cldnb (ENSLCAG00010024611) #22	CLDN4 (ENSLCAG00010024609) #22	ENSLCAG00010024605 #21	cldnd (ENSLCAG00010024604)	ENSLCAG00010024602	ENSLCAG00010024600	CLDN4 (ENSLCAG00010024599) #22	ENSLCAG00010024597	nf2b (ENSLCAG00010024562)	mettl27 (ENSLCAG00010024539) #23	ENSLCAG00010024532	sdf2 (ENSLCAG00010024527)	supt6h (ENSLCAG00010024343)	ENSLCAG00010024281	ENSLCAG00010024259	ENSLCAG00010024247
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00530000063975.j.a.a #23	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3277	FBXO40 (ENSSLDG00000015943)	FBXO40 (ENSSLDG00000015923)	CCDC92B (ENSSLDG00000015910)	CLUH (ENSSLDG00000015708)	pafah1b1b (ENSSLDG00000015621)	mntb (ENSSLDG00000015605)	septin4a (ENSSLDG00000015580)	LIMK1 (ENSSLDG00000015542) #25	mrps17 (ENSSLDG00000015517)	NIPSNAP2 (ENSSLDG00000015505)	cct6a (ENSSLDG00000015447)	ENSSLDG00000015429	abhd11 (ENSSLDG00000015418) #20	cldn3c (ENSSLDG00000015403)	cldn3d (ENSSLDG00000015392)	cldnb (ENSSLDG00000015375) #22	ENSSLDG00000015365	ENSSLDG00000015040	cldn30 (ENSSLDG00000015019)	nf2b (ENSSLDG00000014971)	mettl27 (ENSSLDG00000014936) #23	mettl27 (ENSSLDG00000014925) #23	ENSSLDG00000014905	sdf2 (ENSSLDG00000014892)	supt6h (ENSSLDG00000014842)	ENSSLDG00000014812	ENSSLDG00000014723	nsrp1 (ENSSLDG00000014686)	ssh2b (ENSSLDG00000014647)	ENSSLDG00000014618
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328
Climbing perch	MODERN SPECIES	5	ENSATEG00000008042	ENSATEG00000029911	CLUH (ENSATEG00000008019)	pafah1b1b (ENSATEG00000007966)	mntb (ENSATEG00000007954)	septin4a (ENSATEG00000007945)	ENSATEG00000007926 #25	ENSATEG00000025718	MRPS17 (ENSATEG00000026448)	ENSATEG00000025897	ENSATEG00000007825	sumf2 (ENSATEG00000007806)	ENSATEG00000007792	abhd11 (ENSATEG00000007786) #20	cldn3c (ENSATEG00000007564)	cldnb (ENSATEG00000007339) #22	ENSATEG00000007427	CLDN4 (ENSATEG00000007419) #22	ENSATEG00000007320	CLDN4 (ENSATEG00000028988) #22	cldn30 (ENSATEG00000007164)	ENSATEG00000026291	mettl27 (ENSATEG00000007158) #23	ENSATEG00000007141	nf2b (ENSATEG00000007135)	ENSATEG00000007104	sdf2 (ENSATEG00000007088)	supt6h (ENSATEG00000006950)	ENSATEG00000006851	nsrp1 (ENSATEG00000026847)	ssh2b (ENSATEG00000006802)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	5	FBXO40 (ENSBSLG00000010452)	FBXO40 (ENSBSLG00000010458)	ENSBSLG00000010471	pafah1b1b (ENSBSLG00000010474)	mntb (ENSBSLG00000010480)	septin4a (ENSBSLG00000010489)	LIMK1 (ENSBSLG00000010534) #25	mrps17 (ENSBSLG00000010720)	NIPSNAP2 (ENSBSLG00000010812)	cct6a (ENSBSLG00000011334)	ENSBSLG00000011473	ENSBSLG00000011553	abhd11 (ENSBSLG00000011558) #20	ENSBSLG00000011560	cldn3c (ENSBSLG00000011564)	cldnb (ENSBSLG00000011573) #22	ENSBSLG00000002245 #22	ENSBSLG00000002261 #22	ENSBSLG00000002279 #22	cldnd (ENSBSLG00000002312)	cldnd (ENSBSLG00000002333)	ENSBSLG00000002351	cldn30 (ENSBSLG00000002366)	mettl27 (ENSBSLG00000002380) #23	SLC25A5 (ENSBSLG00000002408)	nf2b (ENSBSLG00000002471)	ENSBSLG00000002601	sdf2 (ENSBSLG00000002618)	supt6h (ENSBSLG00000002722)	ENSBSLG00000002964	nsrp1 (ENSBSLG00000002985)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00980000200273	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.g.a	ENSGT00940000166320.h	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000155796.c.a	ENSGT00940000155300
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	5	PAFAH1B1 (ENSORLG00000002718)	mntb (ENSORLG00000002734)	septin4a (ENSORLG00000002766)	ENSORLG00000002789 #25	ENSORLG00000024908	ENSORLG00000024410	mrps17 (ENSORLG00000002795)	NIPSNAP2 (ENSORLG00000002817)	cct6a (ENSORLG00000002860)	sumf2 (ENSORLG00000002873)	abhd11 (ENSORLG00000002893) #20	cldn3c (ENSORLG00000030451)	cldn3c (ENSORLG00000002898)	cldn3c (ENSORLG00000002912)	cldn29 (ENSORLG00000002920)	cldnb (ENSORLG00000030640) #22	ENSORLG00000002915	cldn30 (ENSORLG00000002938)	mettl27 (ENSORLG00000002959) #23	nf2b (ENSORLG00000003011)	ENSORLG00000025984	ENSORLG00000028225	sdf2 (ENSORLG00000003058)	supt6h (ENSORLG00000003098)	ENSORLG00000003119	nsrp1 (ENSORLG00000003135)	ssh2b (ENSORLG00000026573)	ENSORLG00000003176	ENSORLG00000030187	ENSORLG00000003204	TAOK1 (ENSORLG00000003295)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	423	ENSOSIG00000006762	ENSOSIG00000006760	ENSOSIG00000006759	ENSOSIG00000006758	pafah1b1b (ENSOSIG00000006741)	mntb (ENSOSIG00000006740)	septin4a (ENSOSIG00000006739)	LIMK1 (ENSOSIG00000005508) #25	mrps17 (ENSOSIG00000005496)	ENSOSIG00000005441	cct6a (ENSOSIG00000005028)	ENSOSIG00000005020	abhd11 (ENSOSIG00000005017) #20	cldn3c (ENSOSIG00000005016)	cldn3c (ENSOSIG00000005013)	cldnb (ENSOSIG00000005010) #22	ENSOSIG00000005007 #22	CLDN3 (ENSOSIG00000005005) #21	cldn30 (ENSOSIG00000005003)	mettl27 (ENSOSIG00000004996) #23	nf2b (ENSOSIG00000003214)	ENSOSIG00000003110	sdf2 (ENSOSIG00000003106)	supt6h (ENSOSIG00000000814)	ENSOSIG00000000714	nsrp1 (ENSOSIG00000000700)	ssh2b (ENSOSIG00000000222)	coro6 (ENSOSIG00000022342)	ENSOSIG00000022326
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000166421	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000162095.j #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	5	FBXO40 (ENSOJAG00000004408)	FBXO40 (ENSOJAG00000004305)	ENSOJAG00000004273	CLUH (ENSOJAG00000003444)	PAFAH1B1 (ENSOJAG00000003360)	mntb (ENSOJAG00000003347)	septin4a (ENSOJAG00000003179)	ENSOJAG00000003040 #25	ENSOJAG00000003029	mrps17 (ENSOJAG00000003024)	ENSOJAG00000002256	cct6a (ENSOJAG00000001907)	ENSOJAG00000001797	abhd11 (ENSOJAG00000001768) #20	ENSOJAG00000001759 #21	cldnb (ENSOJAG00000001745) #22	CLDN4 (ENSOJAG00000001729) #22	cldnd (ENSOJAG00000001717)	ENSOJAG00000022524	cldn30 (ENSOJAG00000022519)	mettl27 (ENSOJAG00000022514) #23	nf2b (ENSOJAG00000022266)	ENSOJAG00000022197	sdf2 (ENSOJAG00000022191)	supt6h (ENSOJAG00000022036)	ENSOJAG00000022009	nsrp1 (ENSOJAG00000021974)	ssh2b (ENSOJAG00000021888)	coro6 (ENSOJAG00000021819)	ENSOJAG00000021750	ENSOJAG00000021734
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Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000166421	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1620	ENSNFUG00015007061	ENSNFUG00015007030	FBXO40 (ENSNFUG00015007011)	FBXO40 (ENSNFUG00015007005)	ENSNFUG00015007000	PAFAH1B1B (ENSNFUG00015006994)	mntb (ENSNFUG00015006986)	septin4a (ENSNFUG00015006816)	ENSNFUG00015006592 #25	MRPS17 (ENSNFUG00015006559)	NIPSNAP2 (ENSNFUG00015006512)	cct6a (ENSNFUG00015006445)	ABHD11 (ENSNFUG00015006397) #20	cldn3c (ENSNFUG00015006391)	cldn3d (ENSNFUG00015006386)	cldnb (ENSNFUG00015006377) #22	ENSNFUG00015006373	cldnd (ENSNFUG00015006371)	ENSNFUG00015006367	ENSNFUG00015006363	cldn30 (ENSNFUG00015006359)	mettl27 (ENSNFUG00015006351) #23	NF2B (ENSNFUG00015006259)	ENSNFUG00015006237	SDF2 (ENSNFUG00015006235)	SUPT6H (ENSNFUG00015005912)	ENSNFUG00015005879	nsrp1 (ENSNFUG00015005866)	SSH2B (ENSNFUG00015005848)	CORO6 (ENSNFUG00015005789)	ENSNFUG00015005766
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446
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Guppy	MODERN SPECIES	444	FBXO40 (ENSPREG00000008775)	FBXO40 (ENSPREG00000008786)	ENSPREG00000008803	CLUH (ENSPREG00000008843)	pafah1b1b (ENSPREG00000008869)	mntb (ENSPREG00000008896)	septin4a (ENSPREG00000008912)	LIMK1 (ENSPREG00000008974) #25	mrps17 (ENSPREG00000009010)	NIPSNAP2 (ENSPREG00000009021)	cct6a (ENSPREG00000009049)	sumf2 (ENSPREG00000009114)	abhd11 (ENSPREG00000009225) #20	cldn3c (ENSPREG00000009246)	cldn3d (ENSPREG00000009306)	cldnb (ENSPREG00000009333) #22	ENSPREG00000009387	cldn29 (ENSPREG00000009393)	ENSPREG00000009463 #22	mettl27 (ENSPREG00000009548) #23	nf2b (ENSPREG00000009579)	ENSPREG00000009641	ENSPREG00000009662	sdf2 (ENSPREG00000009686)	supt6h (ENSPREG00000009725)	ENSPREG00000009813	nsrp1 (ENSPREG00000009861)	ssh2b (ENSPREG00000009872)	coro6 (ENSPREG00000009885)	ENSPREG00000009923	ABHD15 (ENSPREG00000009988)
Platyfish	MODERN SPECIES	2	ENSXMAG00000020920	slc37a2 (ENSXMAG00000009494)	pou2f3 (ENSXMAG00000019380)	TRIM37 (ENSXMAG00000027341)	CLUH (ENSXMAG00000011248)	pafah1b1b (ENSXMAG00000011253)	mntb (ENSXMAG00000028861)	septin4a (ENSXMAG00000011277)	LIMK1 (ENSXMAG00000021107) #25	mrps17 (ENSXMAG00000007366)	NIPSNAP2 (ENSXMAG00000007357)	cct6a (ENSXMAG00000007335)	ENSXMAG00000027773	abhd11 (ENSXMAG00000007321) #20	cldn3c (ENSXMAG00000007319)	cldnb (ENSXMAG00000020244) #22	ENSXMAG00000014346 #22	cldn29 (ENSXMAG00000029502)	mettl27 (ENSXMAG00000014330) #23	nf2b (ENSXMAG00000014297)	ENSXMAG00000014288	sdf2 (ENSXMAG00000014282)	supt6h (ENSXMAG00000014242)	ENSXMAG00000014225	nsrp1 (ENSXMAG00000029464)	ssh2b (ENSXMAG00000023256)	coro6 (ENSXMAG00000014177)	ENSXMAG00000022594	ABHD15 (ENSXMAG00000021937)	ENSXMAG00000010288	smg6 (ENSXMAG00000010321)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000157969	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	75																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063174.a.l.h	ENSGT00940000165704.b.a.a.b
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063174.a.l.h	ENSGT00940000165704.b.a.a.b	ENSGT00940000165704.b.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j.j	ENSGT00940000154049.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000182251	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00530000063174.a.l.h	ENSGT00940000165704.b.a.a.b	ENSGT00940000165704.b.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j.j	ENSGT00940000178013	ENSGT00940000154049.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	347	FBXO40 (ENSHBUG00000005197)	ENSHBUG00000005210	CLUH (ENSHBUG00000005334)	pafah1b1b (ENSHBUG00000005372)	mntb (ENSHBUG00000005405)	septin4a (ENSHBUG00000005988)	LIMK1 (ENSHBUG00000006097) #25	ENSHBUG00000006121	mrps17 (ENSHBUG00000006127)	NIPSNAP2 (ENSHBUG00000006168)	cct6a (ENSHBUG00000006235)	sumf2 (ENSHBUG00000006248)	abhd11 (ENSHBUG00000006255) #20	cldn3c (ENSHBUG00000006266)	cldn3d (ENSHBUG00000006314)	cldnb (ENSHBUG00000006353) #22	cldn29 (ENSHBUG00000006372)	ENSHBUG00000006422	ENSHBUG00000006431	ENSHBUG00000006450	ENSHBUG00000001039	ENSHBUG00000006477
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000182251	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00530000063174.a.l.h	ENSGT00940000165704.b.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000165704.b.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j.j	ENSGT00940000178013
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00530000063174.a.l.h	ENSGT00940000165704.b.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j.j	ENSGT00940000178013	ENSGT00940000154049.a
Eastern happy	MODERN SPECIES	1	CCDC92B (ENSACLG00000007361)	ENSACLG00000007355	CLUH (ENSACLG00000007321)	pafah1b1b (ENSACLG00000007295)	mntb (ENSACLG00000007275)	septin4a (ENSACLG00000007242)	LIMK1 (ENSACLG00000007198) #25	ENSACLG00000007190	mrps17 (ENSACLG00000007174)	ENSACLG00000006939	cct6a (ENSACLG00000006865)	sumf2 (ENSACLG00000006854)	abhd11 (ENSACLG00000006843) #20	cldn3c (ENSACLG00000006823)	cldn3d (ENSACLG00000006795)	cldnb (ENSACLG00000006764) #22	cldn29 (ENSACLG00000006738)	ENSACLG00000006571	cldnd (ENSACLG00000006448)	ENSACLG00000006408	ENSACLG00000006403	ENSACLG00000006401	ENSACLG00000006397	ENSACLG00000006086	ENSACLG00000006074	ENSACLG00000006063	ENSACLG00000006054	CLDN4 (ENSACLG00000005987) #22	cldn30 (ENSACLG00000005979)	mettl27 (ENSACLG00000005960) #23	nf2b (ENSACLG00000005869)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1092	FBXO40 (ENSMZEG00005025197)	FBXO40 (ENSMZEG00005025191)	ENSMZEG00005025188	CLUH (ENSMZEG00005025181)	pafah1b1b (ENSMZEG00005025175)	mntb (ENSMZEG00005025173)	septin4a (ENSMZEG00005024888)	LIMK1 (ENSMZEG00005024878) #25	mrps17 (ENSMZEG00005024876)	ENSMZEG00005024874	cct6a (ENSMZEG00005024869)	sumf2 (ENSMZEG00005024867)	abhd11 (ENSMZEG00005024865) #20	cldn3c (ENSMZEG00005024851)	cldn3d (ENSMZEG00005024849)	cldnb (ENSMZEG00005024801) #22	cldn29 (ENSMZEG00005024787)	cldnd (ENSMZEG00005024786)	ENSMZEG00005024785	ENSMZEG00005024784	ENSMZEG00005024783	ENSMZEG00005024782	ENSMZEG00005024781	CLDN4 (ENSMZEG00005024780) #22	cldn30 (ENSMZEG00005024779)	mettl27 (ENSMZEG00005024778) #23	nf2b (ENSMZEG00005024777)	ENSMZEG00005024776	sdf2 (ENSMZEG00005024775)	supt6h (ENSMZEG00005024774)	ENSMZEG00005024773
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	297	FBXO40 (ENSNBRG00000002472)	FBXO40 (ENSNBRG00000002460)	CCDC92B (ENSNBRG00000002440)	CLUH (ENSNBRG00000002428)	pafah1b1b (ENSNBRG00000002400)	mntb (ENSNBRG00000002363)	septin4a (ENSNBRG00000002328)	LIMK1 (ENSNBRG00000002260) #25	mrps17 (ENSNBRG00000002238)	NIPSNAP2 (ENSNBRG00000002230)	cct6a (ENSNBRG00000002182)	sumf2 (ENSNBRG00000001930)	abhd11 (ENSNBRG00000001879) #20	cldn3c (ENSNBRG00000001807)	cldn3d (ENSNBRG00000001750)	cldnb (ENSNBRG00000001609) #22	cldn29 (ENSNBRG00000001529)	cldnd (ENSNBRG00000001514)	ENSNBRG00000001496	pdha1a (ENSNBRG00000001449)	ENSNBRG00000001431	ENSNBRG00000001407	ENSNBRG00000001389	ENSNBRG00000001385	ENSNBRG00000001361	CLDN4 (ENSNBRG00000001277) #22	cldn30 (ENSNBRG00000001263)	mettl27 (ENSNBRG00000001252) #23	nf2b (ENSNBRG00000001190)	ENSNBRG00000001162	sdf2 (ENSNBRG00000001135)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	283																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a
Spiny chromis	DUPLICATION
Spiny chromis	DUPLICATION
Spiny chromis	MODERN SPECIES	825																cldnb (ENSAPOG00000019838) #22	ENSAPOG00000019823	ENSAPOG00000019771 #22	cldnd (ENSAPOG00000019753)	mettl27 (ENSAPOG00000019654) #23	cldn30 (ENSAPOG00000001062)	nf2b (ENSAPOG00000019521)	ENSAPOG00000000915	sdf2 (ENSAPOG00000019399)	supt6h (ENSAPOG00000019366)	ENSAPOG00000019174	ENSAPOG00000019147	ENSAPOG00000019062	nsrp1 (ENSAPOG00000019041)	ssh2b (ENSAPOG00000018999)	coro6 (ENSAPOG00000018961)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	2272									cct6a (ENSAPOG00000022549)	ENSAPOG00000022569	abhd11 (ENSAPOG00000022587) #20	cldn3c (ENSAPOG00000022608)	CLDN3 (ENSAPOG00000022642) #21	ENSAPOG00000022687	cldn3c (ENSAPOG00000022697)	cldnb (ENSAPOG00000022706) #22	cldnd (ENSAPOG00000022715)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	3854																cldnb (ENSAPOG00000014033) #22	ENSAPOG00000014021	ENSAPOG00000013968 #22	cldnd (ENSAPOG00000013959)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00600000084481	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000012195	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000165761	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	248	unc119b (ENSPKIG00000018760)	crybb1l3 (ENSPKIG00000018723)	cryba1a (ENSPKIG00000018704)	GOSR1 (ENSPKIG00000018669)	trarg1b (ENSPKIG00000018652)	pafah1b1b (ENSPKIG00000018607)	mettl16 (ENSPKIG00000018552)	mntb (ENSPKIG00000018523)	septin4a (ENSPKIG00000018498)	LIMK1 (ENSPKIG00000018428) #25	mrps17 (ENSPKIG00000018389)	NIPSNAP2 (ENSPKIG00000018371)	ENSPKIG00000018345	abhd11 (ENSPKIG00000018319) #20	cldn3c (ENSPKIG00000018274)	cldnb (ENSPKIG00000018251) #22	ENSPKIG00000018239 #22	ENSPKIG00000018118	ENSPKIG00000018105
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	142	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000178296
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Northern pike	DUPLICATION
Northern pike	MODERN SPECIES	6	CLUH (ENSELUG00000006399)	ENSELUG00000006274	FBXO40 (ENSELUG00000006258)	FBXO40 (ENSELUG00000006221)	ENSELUG00000006199	ENSELUG00000006179	ENSELUG00000025597	trarg1b (ENSELUG00000006163)	cryba1b (ENSELUG00000006147)	unc119b (ENSELUG00000006123)	slc13a2 (ENSELUG00000006095)	vtnb (ENSELUG00000006049)	aldh3a2b (ENSELUG00000006021)	cldnb (ENSELUG00000005885) #22	ENSELUG00000029186 #22	CLDN4 (ENSELUG00000026277) #22	cldnd (ENSELUG00000029645)	cldne (ENSELUG00000005878) #21	ENSELUG00000026236	ENSELUG00000031305	ENSELUG00000031941	cldn30 (ENSELUG00000005865)	mettl27 (ENSELUG00000005861) #23	nf2b (ENSELUG00000005789)	ENSELUG00000005735	ENSELUG00000025763	ENSELUG00000005706	sdf2 (ENSELUG00000005674)	supt6h (ENSELUG00000005639)	ENSELUG00000005597	grk1b (ENSELUG00000005573)
Northern pike	MODERN SPECIES	6	ENSELUG00000005597	supt6h (ENSELUG00000005639)	sdf2 (ENSELUG00000005674)	ENSELUG00000005706	ENSELUG00000025763	ENSELUG00000005735	nf2b (ENSELUG00000005789)	mettl27 (ENSELUG00000005861) #23	cldn30 (ENSELUG00000005865)	ENSELUG00000031941	ENSELUG00000031305	ENSELUG00000026236	cldne (ENSELUG00000005878) #21	cldnd (ENSELUG00000029645)	CLDN4 (ENSELUG00000026277) #22	ENSELUG00000029186 #22	cldnb (ENSELUG00000005885) #22	aldh3a2b (ENSELUG00000006021)	vtnb (ENSELUG00000006049)	slc13a2 (ENSELUG00000006095)	unc119b (ENSELUG00000006123)	cryba1b (ENSELUG00000006147)	trarg1b (ENSELUG00000006163)	ENSELUG00000025597	ENSELUG00000006179	ENSELUG00000006199	FBXO40 (ENSELUG00000006221)	FBXO40 (ENSELUG00000006258)	ENSELUG00000006274	CLUH (ENSELUG00000006399)	ENSELUG00000032498
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Chinook salmon	MODERN SPECIES	23	APBB3 (ENSOTSG00005013678)	ENSOTSG00005013676	rps14 (ENSOTSG00005013672)	ndst1b (ENSOTSG00005013281)	rbm22 (ENSOTSG00005013269)	arl3l1 (ENSOTSG00005013262)	ENSOTSG00005013261	adra2db (ENSOTSG00005013260)	cnot6a (ENSOTSG00005013241)	ADAMTS2 (ENSOTSG00005013202)	zgc:123105 (ENSOTSG00005013195)	ENSOTSG00005013194	clk4b (ENSOTSG00005013191)	cldn3d (ENSOTSG00005013190)	CLDN4 (ENSOTSG00005013189) #22	CLDN4 (ENSOTSG00005013188) #22	ENSOTSG00005013186	sdf2 (ENSOTSG00005013185)	supt6h (ENSOTSG00005013170)	grk1b (ENSOTSG00005013116)	rangrf (ENSOTSG00005013115)	slc25a35 (ENSOTSG00005013114)	ENSOTSG00005013113	tp53 (ENSOTSG00005013112)	gps2 (ENSOTSG00005013108)	gabarapa (ENSOTSG00005013107)	ctdnep1a (ENSOTSG00005013104)	senp3a (ENSOTSG00005013103)	eif4a1b (ENSOTSG00005012730)	sox19a (ENSOTSG00005012725)	tm4sf21a (ENSOTSG00005012724)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a
Cod	MODERN SPECIES	20	ENSGMOG00000023157	ENSGMOG00000007183	ENSGMOG00000028414	ENSGMOG00000035033	ENSGMOG00000007152	ENSGMOG00000007148	ENSGMOG00000007140	supt6h (ENSGMOG00000007109)	ENSGMOG00000007104	ENSGMOG00000037059	nf2b (ENSGMOG00000010174)	mettl27 (ENSGMOG00000010195) #23	cldn30 (ENSGMOG00000034476)	cldn30 (ENSGMOG00000009027)	ENSGMOG00000020249 #22	ENSGMOG00000020013 #22	ENSGMOG00000026398	cldnd (ENSGMOG00000031952)	ENSGMOG00000020250	cldn3d (ENSGMOG00000013580)	abhd11 (ENSGMOG00000007094) #20	ENSGMOG00000029243	ENSGMOG00000007080	ENSGMOG00000007068	ENSGMOG00000007059	ENSGMOG00000007056	ENSGMOG00000007033 #25	ENSGMOG00000007022	septin4a (ENSGMOG00000007005)	ENSGMOG00000022964	mntb (ENSGMOG00000031141)
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	106															ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.a
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	79	coro6 (ENSLBEG00000027703)	ssh2b (ENSLBEG00000027733)	nsrp1 (ENSLBEG00000027763)	ENSLBEG00000027783	ENSLBEG00000027795	ENSLBEG00000027819	supt6h (ENSLBEG00000027907)	sdf2 (ENSLBEG00000027956)	ENSLBEG00000027966	nf2b (ENSLBEG00000027985)	mettl27 (ENSLBEG00000028005) #23	mettl27 (ENSLBEG00000028015) #23	ENSLBEG00000028030	cldnd (ENSLBEG00000028043)	ENSLBEG00000028074	ENSLBEG00000028097 #22	cldn3c (ENSLBEG00000028156)	abhd11 (ENSLBEG00000028190) #20	ENSLBEG00000028201	ENSLBEG00000000035	cct6a (ENSLBEG00000000081)	NIPSNAP2 (ENSLBEG00000000118)	mrps17 (ENSLBEG00000000120)	ENSLBEG00000000124	ENSLBEG00000000134 #25	septin4a (ENSLBEG00000000185)	mntb (ENSLBEG00000000202)	pafah1b1b (ENSLBEG00000000215)	CLUH (ENSLBEG00000000266)	ENSLBEG00000000271	FBXO40 (ENSLBEG00000000280)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000166536	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000158885	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00390000012485.a.b.b
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000166536	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000158885	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00390000012485.a.b.b
Stickleback	MODERN SPECIES	7	ssh2b (ENSGACG00000020517)	nsrp1 (ENSGACG00000020516)	ENSGACG00000020515	ENSGACG00000020514	supt6h (ENSGACG00000020513)	sdf2 (ENSGACG00000020512)	ENSGACG00000020511	ENSGACG00000020510	ENSGACG00000020509	mettl27 (ENSGACG00000020508) #23	nf2b (ENSGACG00000020507)	cldn30 (ENSGACG00000020506)	cldnd (ENSGACG00000020505)	ENSGACG00000020504	cldnd (ENSGACG00000020503)	ENSGACG00000020502 #22	ENSGACG00000020501 #22	cldnb (ENSGACG00000020500) #22	cldn3d (ENSGACG00000020499)	cldn3c (ENSGACG00000020498)	abhd11 (ENSGACG00000020497) #20	ENSGACG00000020496	ENSGACG00000020495	cct6a (ENSGACG00000020494)	NIPSNAP2 (ENSGACG00000020493)	mrps17 (ENSGACG00000020492)	ENSGACG00000020491	ENSGACG00000020490	LIMK1 (ENSGACG00000020489) #25	septin4a (ENSGACG00000020488)	mntb (ENSGACG00000020487)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	193																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.a
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a
Climbing perch	MODERN SPECIES	5	CLUH (ENSATEG00000008019)	pafah1b1b (ENSATEG00000007966)	mntb (ENSATEG00000007954)	septin4a (ENSATEG00000007945)	ENSATEG00000007926 #25	ENSATEG00000025718	MRPS17 (ENSATEG00000026448)	ENSATEG00000025897	ENSATEG00000007825	sumf2 (ENSATEG00000007806)	ENSATEG00000007792	abhd11 (ENSATEG00000007786) #20	cldn3c (ENSATEG00000007564)	cldnb (ENSATEG00000007339) #22	ENSATEG00000007427	CLDN4 (ENSATEG00000007419) #22	ENSATEG00000007320	CLDN4 (ENSATEG00000028988) #22	cldn30 (ENSATEG00000007164)	ENSATEG00000026291	mettl27 (ENSATEG00000007158) #23	ENSATEG00000007141	nf2b (ENSATEG00000007135)	ENSATEG00000007104	sdf2 (ENSATEG00000007088)	supt6h (ENSATEG00000006950)	ENSATEG00000006851	nsrp1 (ENSATEG00000026847)	ssh2b (ENSATEG00000006802)	coro6 (ENSATEG00000006768)	ENSATEG00000006750
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159328	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000166536	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000158885	ENSGT00940000159212.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00390000008983.b
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000157969	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	283																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000166536	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000158885	ENSGT00940000159212.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b
Spiny chromis	DUPLICATION
Spiny chromis	MODERN SPECIES	825		ENSAPOG00000000767	coro6 (ENSAPOG00000018961)	ssh2b (ENSAPOG00000018999)	nsrp1 (ENSAPOG00000019041)	ENSAPOG00000019062	ENSAPOG00000019147	ENSAPOG00000019174	supt6h (ENSAPOG00000019366)	sdf2 (ENSAPOG00000019399)	ENSAPOG00000000915	nf2b (ENSAPOG00000019521)	cldn30 (ENSAPOG00000001062)	mettl27 (ENSAPOG00000019654) #23	cldnd (ENSAPOG00000019753)	ENSAPOG00000019771 #22	ENSAPOG00000019823	cldnb (ENSAPOG00000019838) #22
Spiny chromis	MODERN SPECIES	3854															cldnd (ENSAPOG00000013959)	ENSAPOG00000013968 #22	ENSAPOG00000014021	cldnb (ENSAPOG00000014033) #22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a
Midas cichlid	MODERN SPECIES	873	ENSACIG00000018348	FBXO40 (ENSACIG00000018376)	FBXO40 (ENSACIG00000018428)	CLUH (ENSACIG00000018510)	pafah1b1b (ENSACIG00000018647)	mntb (ENSACIG00000018667)	septin4a (ENSACIG00000018748)	ENSACIG00000019429 #25	mrps17 (ENSACIG00000019454)	NIPSNAP2 (ENSACIG00000019476)	cct6a (ENSACIG00000019496)	sumf2 (ENSACIG00000019535)	abhd11 (ENSACIG00000019558) #20	cldn3d (ENSACIG00000019716)	cldn29 (ENSACIG00000019917)	CLDN4 (ENSACIG00000019959) #22
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	452																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b.a.a.a.b.c
Nile tilapia	MODERN SPECIES	1	septin4a (ENSONIG00000008732)	LIMK1 (ENSONIG00000008736) #25	mrps17 (ENSONIG00000008746)	ENSONIG00000008747	cct6a (ENSONIG00000008750)	sumf2 (ENSONIG00000028659)	abhd11 (ENSONIG00000008755) #20	cldn3c (ENSONIG00000031570)	cldn3d (ENSONIG00000008756)	ENSONIG00000021097 #22	cldn29 (ENSONIG00000035870)	cldnd (ENSONIG00000021099)	pdha1a (ENSONIG00000008757)	ENSONIG00000036059	ENSONIG00000027657	ENSONIG00000031392 #22	ENSONIG00000021101	ENSONIG00000031461	ENSONIG00000042206	ENSONIG00000040031	ENSONIG00000028894	ENSONIG00000030521	ENSONIG00000035527	ENSONIG00000041413	pdha1a (ENSONIG00000008761)	ENSONIG00000041008	CLDN4 (ENSONIG00000021100) #22	cldn30 (ENSONIG00000028092)	mettl27 (ENSONIG00000005501) #23	nf2b (ENSONIG00000005502)	ENSONIG00000039680
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	447																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	458																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	418																ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22
P. nyererei	MODERN SPECIES	321											ENSPNYG00000019000	ENSPNYG00000018990	ENSPNYG00000018979 #22	pdha1a (ENSPNYG00000018954)	cldnd (ENSPNYG00000018943)	ENSPNYG00000018937 #22	CLDN4 (ENSPNYG00000018919) #22	cldn3d (ENSPNYG00000018872)	cldn3c (ENSPNYG00000018855)	abhd11 (ENSPNYG00000018833) #20	sumf2 (ENSPNYG00000018820)	cct6a (ENSPNYG00000018731)	NIPSNAP2 (ENSPNYG00000018700)	mrps17 (ENSPNYG00000018693)	ENSPNYG00000018680	LIMK1 (ENSPNYG00000018623) #25	septin4a (ENSPNYG00000018040)	mntb (ENSPNYG00000017928)	pafah1b1b (ENSPNYG00000017901)	CLUH (ENSPNYG00000017779)	CCDC92B (ENSPNYG00000017755)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	203															ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Chinese medaka	MODERN SPECIES	423				ENSOSIG00000022326	coro6 (ENSOSIG00000022342)	ssh2b (ENSOSIG00000000222)	nsrp1 (ENSOSIG00000000700)	ENSOSIG00000000714	supt6h (ENSOSIG00000000814)	sdf2 (ENSOSIG00000003106)	ENSOSIG00000003110	nf2b (ENSOSIG00000003214)	mettl27 (ENSOSIG00000004996) #23	cldn30 (ENSOSIG00000005003)	CLDN3 (ENSOSIG00000005005) #21	ENSOSIG00000005007 #22	cldnb (ENSOSIG00000005010) #22	cldn3c (ENSOSIG00000005013)	cldn3c (ENSOSIG00000005016)	abhd11 (ENSOSIG00000005017) #20	ENSOSIG00000005020	cct6a (ENSOSIG00000005028)	ENSOSIG00000005441	mrps17 (ENSOSIG00000005496)	LIMK1 (ENSOSIG00000005508) #25	septin4a (ENSOSIG00000006739)	mntb (ENSOSIG00000006740)	pafah1b1b (ENSOSIG00000006741)	ENSOSIG00000006758	ENSOSIG00000006759	ENSOSIG00000006760
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	155															ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a.k.b	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000155796.c.a	ENSGT00940000155300
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a.l	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a.k.b
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a.l	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a.k.b
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Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	255	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
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Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.a	ENSGT00940000155191.a.a
Electric eel	MODERN SPECIES	6	mrps12 (ENSEEEG00000005305)	ENSEEEG00000005309	efemp2b (ENSEEEG00000005316)	tmem223 (ENSEEEG00000005332)	ENSEEEG00000005337	TMEM151A (ENSEEEG00000005342)	ENSEEEG00000005346	ENSEEEG00000005351	phkg1b (ENSEEEG00000005396)	abhd11 (ENSEEEG00000005427) #20	cldn3c (ENSEEEG00000005429)	cldn3d (ENSEEEG00000005430)	CLDN4 (ENSEEEG00000005431) #22	ENSEEEG00000005432 #22	cldn29 (ENSEEEG00000005434)	CLDN4 (ENSEEEG00000005451) #22	ENSEEEG00000005454	mettl27 (ENSEEEG00000005484) #23	nf2b (ENSEEEG00000005487)	ENSEEEG00000005489	sdf2 (ENSEEEG00000005490)	supt6h (ENSEEEG00000005492)	ENSEEEG00000005501	rpl23a (ENSEEEG00000005541)	tlcd1 (ENSEEEG00000005545)	ca4c (ENSEEEG00000005548)	asl (ENSEEEG00000005564)	crcp (ENSEEEG00000005728)	tpst1l (ENSEEEG00000005729)	zgc:152891 (ENSEEEG00000005731)	st6gal1 (ENSEEEG00000005734)
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00550000075103	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT01070000256431	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.a
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	5	ENSAMXG00000006085	efemp2b (ENSAMXG00000030143)	fibpb (ENSAMXG00000006077)	ENSAMXG00000006076	tmem223 (ENSAMXG00000030822)	ENSAMXG00000041879	TMEM151A (ENSAMXG00000006067)	ENSAMXG00000006056	ENSAMXG00000036258	phkg1b (ENSAMXG00000006059)	abhd11 (ENSAMXG00000006053) #20	cldn3c (ENSAMXG00000035970)	CLDN3 (ENSAMXG00000041376) #21	CLDN4 (ENSAMXG00000032518) #22	ENSAMXG00000030998	CLDN4 (ENSAMXG00000029550) #22	mettl27 (ENSAMXG00000038855) #23	ENSAMXG00000031224	ENSAMXG00000036000 #22	cldn30 (ENSAMXG00000025940)	nf2b (ENSAMXG00000040793)	ENSAMXG00000006044	ENSAMXG00000031298	sdf2 (ENSAMXG00000006040)	supt6h (ENSAMXG00000006025)	ENSAMXG00000006018	rpl23a (ENSAMXG00000041598)	tlcd1 (ENSAMXG00000039536)	ca4c (ENSAMXG00000041730)	asl (ENSAMXG00000006009)	crcp (ENSAMXG00000043940)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	435														ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	263	prkrip1 (ENSDCDG00000019637)	upk3b (ENSDCDG00000019634)	rasa4 (ENSDCDG00000019562)	CLIP2 (ENSDCDG00000019518) #29	GTF2IRD1 (ENSDCDG00000019483) #30	ENSDCDG00000019477	dtx2 (ENSDCDG00000019469)	tmem132e (ENSDCDG00000019454)	ENSDCDG00000019443 #21	CLDN4 (ENSDCDG00000019438) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000019418) #22	ENSDCDG00000019414 #21	mettl27 (ENSDCDG00000019411) #23	nf2b (ENSDCDG00000019408)	ENSDCDG00000019377	CLDN4 (ENSDCDG00000019371) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000019364) #22	mettl27 (ENSDCDG00000019359) #23	nf2b (ENSDCDG00000018111)	ENSDCDG00000018079	ENSDCDG00000018075	supt6h (ENSDCDG00000018055)	ENSDCDG00000018052	rpl23a (ENSDCDG00000018043)	ENSDCDG00000018030	CLCN5 (ENSDCDG00000014296)	ENSDCDG00000013914	ENSDCDG00000011706	ENSDCDG00000011695	slc7a3a (ENSDCDG00000010993)	slc7a3a (ENSDCDG00000010886)
Denticle herring	MODERN SPECIES	263	ENSDCDG00000010268	ENSDCDG00000010263	mis12 (ENSDCDG00000010255)	derl2 (ENSDCDG00000010243)	rabep1 (ENSDCDG00000009983)	ENSDCDG00000009955 #16	prkrip1 (ENSDCDG00000019637)	upk3b (ENSDCDG00000019634)	rasa4 (ENSDCDG00000019562)	CLIP2 (ENSDCDG00000019518) #29	GTF2IRD1 (ENSDCDG00000019483) #30	ENSDCDG00000019477	dtx2 (ENSDCDG00000019469)	tmem132e (ENSDCDG00000019454)	ENSDCDG00000019443 #21	CLDN4 (ENSDCDG00000019438) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000019418) #22	ENSDCDG00000019414 #21	mettl27 (ENSDCDG00000019411) #23	nf2b (ENSDCDG00000019408)	ENSDCDG00000019377	CLDN4 (ENSDCDG00000019371) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000019364) #22	mettl27 (ENSDCDG00000019359) #23	nf2b (ENSDCDG00000018111)	ENSDCDG00000018079	ENSDCDG00000018075	supt6h (ENSDCDG00000018055)	ENSDCDG00000018052	rpl23a (ENSDCDG00000018043)	ENSDCDG00000018030
Atlantic herring	MODERN SPECIES	24	plekhb1 (ENSCHAG00000019074)	ENSCHAG00000019086	ucp3 (ENSCHAG00000019107)	ucp2 (ENSCHAG00000019138)	dnajb13 (ENSCHAG00000019156)	mrpl48 (ENSCHAG00000019176)	ENSCHAG00000019211	TPCN1 (ENSCHAG00000019238)	ENSCHAG00000019466	tbx5b (ENSCHAG00000019474)	PRPS1L1 (ENSCHAG00000019507)	ENSCHAG00000019684	ENSCHAG00000019691	abhd11 (ENSCHAG00000019756) #20	cldn3c (ENSCHAG00000019768)	CLDN4 (ENSCHAG00000019799) #22	CLDN4 (ENSCHAG00000019811) #22	ENSCHAG00000019815	ENSCHAG00000019821	cldn30 (ENSCHAG00000019839)	mettl27 (ENSCHAG00000019852) #23	nf2b (ENSCHAG00000019871)	nccrp1 (ENSCHAG00000020317)	ckma (ENSCHAG00000020329)	MARK4 (ENSCHAG00000020370)	HAND1 (ENSCHAG00000020571)	sap30l (ENSCHAG00000020577)	GALNT10 (ENSCHAG00000020603)	ENSCHAG00000021015	abhd11 (ENSCHAG00000021850) #20	GRM5 (ENSCHAG00000021920)
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Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	142	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	255	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	435													ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	263	upk3b (ENSDCDG00000019634)	rasa4 (ENSDCDG00000019562)	CLIP2 (ENSDCDG00000019518) #29	GTF2IRD1 (ENSDCDG00000019483) #30	ENSDCDG00000019477	dtx2 (ENSDCDG00000019469)	tmem132e (ENSDCDG00000019454)	ENSDCDG00000019443 #21	CLDN4 (ENSDCDG00000019438) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000019418) #22	ENSDCDG00000019414 #21	mettl27 (ENSDCDG00000019411) #23	nf2b (ENSDCDG00000019408)	ENSDCDG00000019377	CLDN4 (ENSDCDG00000019371) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000019364) #22	mettl27 (ENSDCDG00000019359) #23	nf2b (ENSDCDG00000018111)	ENSDCDG00000018079	ENSDCDG00000018075	supt6h (ENSDCDG00000018055)	ENSDCDG00000018052	rpl23a (ENSDCDG00000018043)	ENSDCDG00000018030	CLCN5 (ENSDCDG00000014296)	ENSDCDG00000013914	ENSDCDG00000011706	ENSDCDG00000011695	slc7a3a (ENSDCDG00000010993)	slc7a3a (ENSDCDG00000010886)	ENSDCDG00000010878
Denticle herring	MODERN SPECIES	263	ENSDCDG00000010263	mis12 (ENSDCDG00000010255)	derl2 (ENSDCDG00000010243)	rabep1 (ENSDCDG00000009983)	ENSDCDG00000009955 #16	prkrip1 (ENSDCDG00000019637)	upk3b (ENSDCDG00000019634)	rasa4 (ENSDCDG00000019562)	CLIP2 (ENSDCDG00000019518) #29	GTF2IRD1 (ENSDCDG00000019483) #30	ENSDCDG00000019477	dtx2 (ENSDCDG00000019469)	tmem132e (ENSDCDG00000019454)	ENSDCDG00000019443 #21	CLDN4 (ENSDCDG00000019438) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000019418) #22	ENSDCDG00000019414 #21	mettl27 (ENSDCDG00000019411) #23	nf2b (ENSDCDG00000019408)	ENSDCDG00000019377	CLDN4 (ENSDCDG00000019371) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000019364) #22	mettl27 (ENSDCDG00000019359) #23	nf2b (ENSDCDG00000018111)	ENSDCDG00000018079	ENSDCDG00000018075	supt6h (ENSDCDG00000018055)	ENSDCDG00000018052	rpl23a (ENSDCDG00000018043)	ENSDCDG00000018030	CLCN5 (ENSDCDG00000014296)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	24	ENSCHAG00000019086	ucp3 (ENSCHAG00000019107)	ucp2 (ENSCHAG00000019138)	dnajb13 (ENSCHAG00000019156)	mrpl48 (ENSCHAG00000019176)	ENSCHAG00000019211	TPCN1 (ENSCHAG00000019238)	ENSCHAG00000019466	tbx5b (ENSCHAG00000019474)	PRPS1L1 (ENSCHAG00000019507)	ENSCHAG00000019684	ENSCHAG00000019691	abhd11 (ENSCHAG00000019756) #20	cldn3c (ENSCHAG00000019768)	CLDN4 (ENSCHAG00000019799) #22	CLDN4 (ENSCHAG00000019811) #22	ENSCHAG00000019815	ENSCHAG00000019821	cldn30 (ENSCHAG00000019839)	mettl27 (ENSCHAG00000019852) #23	nf2b (ENSCHAG00000019871)	nccrp1 (ENSCHAG00000020317)	ckma (ENSCHAG00000020329)	MARK4 (ENSCHAG00000020370)	HAND1 (ENSCHAG00000020571)	sap30l (ENSCHAG00000020577)	GALNT10 (ENSCHAG00000020603)	ENSCHAG00000021015	abhd11 (ENSCHAG00000021850) #20	GRM5 (ENSCHAG00000021920)	RAB38 (ENSCHAG00000021932)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	521														ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00550000075103	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00550000075103	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189
Electric eel	MODERN SPECIES	6	ENSEEEG00000005299	ENSEEEG00000005302	mrps12 (ENSEEEG00000005305)	ENSEEEG00000005309	efemp2b (ENSEEEG00000005316)	tmem223 (ENSEEEG00000005332)	ENSEEEG00000005337	TMEM151A (ENSEEEG00000005342)	ENSEEEG00000005346	ENSEEEG00000005351	phkg1b (ENSEEEG00000005396)	abhd11 (ENSEEEG00000005427) #20	cldn3c (ENSEEEG00000005429)	cldn3d (ENSEEEG00000005430)	CLDN4 (ENSEEEG00000005431) #22	ENSEEEG00000005432 #22	cldn29 (ENSEEEG00000005434)	CLDN4 (ENSEEEG00000005451) #22	ENSEEEG00000005454	mettl27 (ENSEEEG00000005484) #23	nf2b (ENSEEEG00000005487)	ENSEEEG00000005489	sdf2 (ENSEEEG00000005490)	supt6h (ENSEEEG00000005492)	ENSEEEG00000005501	rpl23a (ENSEEEG00000005541)	tlcd1 (ENSEEEG00000005545)	ca4c (ENSEEEG00000005548)	asl (ENSEEEG00000005564)	crcp (ENSEEEG00000005728)	tpst1l (ENSEEEG00000005729)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	103	ENSGT00940000155039.a.a	ENSGT00390000016694	ENSGT00510000048287.b	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000156345.k.a #25	ENSGT00940000168646.a	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT01020000230351.E.c	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00940000158902
Northern pike	MODERN SPECIES		cluha (ENSELUG00000007848)	pafah1b1a (ENSELUG00000007899)	mettl16 (ENSELUG00000007931)	MNT (ENSELUG00000007956)	ENSELUG00000007982	limk1a (ENSELUG00000008029) #25	ENSELUG00000025579	NIPSNAP2 (ENSELUG00000008093)	psph (ENSELUG00000008121)	cct6a (ENSELUG00000008140)	phkg1a (ENSELUG00000000300)	chchd2 (ENSELUG00000008180)	ENSELUG00000008223	ENSELUG00000008244	cldna (ENSELUG00000008288) #22	ENSELUG00000008306 #22	cldnf (ENSELUG00000008312)	CLD4 (ENSELUG00000008349) #22	ENSELUG00000008335 #21	cldnj (ENSELUG00000008360)	ENSELUG00000008367	sbds (ENSELUG00000033529)	tyw1 (ENSELUG00000008449)	CALN1 (ENSELUG00000008494)	GALNT17 (ENSELUG00000008516)	ENSELUG00000008528	flot2b (ENSELUG00000008549)	FAM222B (ENSELUG00000008570)	ENSELUG00000008618	ENSELUG00000026151	DHX40 (ENSELUG00000008644)
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	391	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00510000047059.e.a.b
Huchen	MODERN SPECIES	227	ENSHHUG00000035128	ENSHHUG00000035126	limk1a (ENSHHUG00000035031) #25	ENSHHUG00000035020	ENSHHUG00000034954	NIPSNAP2 (ENSHHUG00000034669)	psph (ENSHHUG00000034629)	cct6a (ENSHHUG00000034398)	phkg1a (ENSHHUG00000034379)	chchd2 (ENSHHUG00000034369)	ENSHHUG00000034347	ENSHHUG00000034341	ENSHHUG00000034338	ENSHHUG00000034334 ##22	ENSHHUG00000034327 #22	ENSHHUG00000034324 #22	cldnf (ENSHHUG00000034318)	ENSHHUG00000034317 #22	cldnj (ENSHHUG00000034313)	sbds (ENSHHUG00000034288)	tyw1 (ENSHHUG00000034277)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00940000158902	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000167693	ENSGT00940000156028.s.g
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000165067.f	ENSGT01000000220244	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00510000047059.e.b	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT00940000158902	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000167693	ENSGT00940000156028.s.g	ENSGT00390000007237.r.f	ENSGT00940000181974
River trout	MODERN SPECIES	18	pafah1b1a (ENSSTUG00000045127)	mettl16 (ENSSTUG00000045167)	MNT (ENSSTUG00000045193)	ENSSTUG00000045209	limk1a (ENSSTUG00000045466) #25	NIPSNAP2 (ENSSTUG00000047172)	psph (ENSSTUG00000047458)	cct6a (ENSSTUG00000047486)	ENSSTUG00000047528	phkg1a (ENSSTUG00000047552)	chchd2 (ENSSTUG00000047687)	ENSSTUG00000047690	ENSSTUG00000047695	ENSSTUG00000047697	ENSSTUG00000047701 ##22	ENSSTUG00000047703 #22	cldnj (ENSSTUG00000047706)	ENSSTUG00000047707	sbds (ENSSTUG00000047710)	CALN1 (ENSSTUG00000047715)	GALNT17 (ENSSTUG00000047717)	flot2b (ENSSTUG00000047732)	FAM222B (ENSSTUG00000047774)	DHX40 (ENSSTUG00000047786)	ENSSTUG00000047889	ENSSTUG00000047905	ENSSTUG00000047965	diabloa (ENSSTUG00000047989)	ENSSTUG00000047997	ENSSTUG00000048015	or95a1 (ENSSTUG00000048018)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	12	ENSSSAG00000114620	cluha (ENSSSAG00000058620)	pafah1b1a (ENSSSAG00000069688)	mettl16 (ENSSSAG00000069714)	ENSSSAG00000069728	ENSSSAG00000069781	limk1a (ENSSSAG00000070455) #25	ENSSSAG00000107989	psph (ENSSSAG00000070975)	ENSSSAG00000102849	PHKG1 (ENSSSAG00000071087)	CHCHD2 (ENSSSAG00000071121)	ENSSSAG00000075997	CLD3 (ENSSSAG00000071127)	ENSSSAG00000099565 ##22	ENSSSAG00000006959 #22	cldnf (ENSSSAG00000105510)	ENSSSAG00000071144	ENSSSAG00000071147	tyw1 (ENSSSAG00000071159)	ENSSSAG00000071178	GALNT17 (ENSSSAG00000071190)	ENSSSAG00000071228	ENSSSAG00000071962	ENSSSAG00000071991	ENSSSAG00000072460	ENSSSAG00000102556	diabloa (ENSSSAG00000072471)	ENSSSAG00000072475	ENSSSAG00000072477	or95a1 (ENSSSAG00000072483)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00940000158902.e	ENSGT00940000158902.f	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000167693
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	pafah1b1a (ENSOMYG00000031887)	mettl16 (ENSOMYG00000031914)	ENSOMYG00000031936	ENSOMYG00000031968	limk1a (ENSOMYG00000032207) #25	ENSOMYG00000056666	ENSOMYG00000033427	psph (ENSOMYG00000066074)	ENSOMYG00000037819	PHKG1 (ENSOMYG00000037194)	CHCHD2 (ENSOMYG00000037855)	ENSOMYG00000037860	ENSOMYG00000037866	ENSOMYG00000037875 ##22	ENSOMYG00000037886 ##22	ENSOMYG00000031269 #22	ENSOMYG00000076849	ENSOMYG00000066272 #22	cldnj (ENSOMYG00000051557)	ENSOMYG00000037902	ENSOMYG00000037909	tyw1 (ENSOMYG00000037979)	ENSOMYG00000038086	GALNT17 (ENSOMYG00000038098)	ENSOMYG00000038271	ENSOMYG00000038655	ENSOMYG00000038689	ENSOMYG00000054456	ENSOMYG00000038790	ENSOMYG00000038923	ENSOMYG00000038980
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00940000158902.e	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000167693	ENSGT00940000156028.s.g
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	SCARF1 (ENSOTSG00005008697)	vtna (ENSOTSG00005008698)	sarm1 (ENSOTSG00005008699)	SLC13A2 (ENSOTSG00005008701)	foxn1 (ENSOTSG00005008703)	UNC119 (ENSOTSG00005008704)	NIPSNAP2 (ENSOTSG00005008708)	psph (ENSOTSG00005009528)	cct6a (ENSOTSG00005009533)	phkg1a (ENSOTSG00005009551)	chchd2 (ENSOTSG00005009685)	ENSOTSG00005009686	ENSOTSG00005009687	ENSOTSG00005009688 ##22	ENSOTSG00005009689 ##22	ENSOTSG00005009690 #22	cldnf (ENSOTSG00005009691)	ENSOTSG00005009692	sbds (ENSOTSG00005009693)	tyw1 (ENSOTSG00005009694)	CALN1 (ENSOTSG00005009833)	ENSOTSG00005009835	GALNT17 (ENSOTSG00005009836)	flot2b (ENSOTSG00005009840)	FAM222B (ENSOTSG00005010084)	ENSOTSG00005010085	DHX40 (ENSOTSG00005010088)	ENSOTSG00005010089	ENSOTSG00005010090	ENSOTSG00005010094	ENSOTSG00005010096
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	cluha (ENSOKIG00005019320)	pafah1b1a (ENSOKIG00005019464)	mettl16 (ENSOKIG00005019509)	MNT (ENSOKIG00005034103)	ENSOKIG00005034156	limk1a (ENSOKIG00005034667) #25	ENSOKIG00005037065	psph (ENSOKIG00005037603)	cct6a (ENSOKIG00005037744)	phkg1a (ENSOKIG00005037927)	chchd2 (ENSOKIG00005038032)	ENSOKIG00005038061	ENSOKIG00005038089	ENSOKIG00005038097 ##22	ENSOKIG00005038118 ##22	ENSOKIG00005038127 #22	cldnf (ENSOKIG00005038145)	ENSOKIG00005038152 #22	cldnj (ENSOKIG00005038160)	ENSOKIG00005038168	SBDS (ENSOKIG00005038185)	ENSOKIG00005038213	ENSOKIG00005038239	CALN1 (ENSOKIG00005038283)	GALNT17 (ENSOKIG00005038297)	FLOT2 (ENSOKIG00005038395)	FAM222B (ENSOKIG00005038631)	P2RX5 (ENSOKIG00005038653)	DHX40 (ENSOKIG00005038772)	ENSOKIG00005039572	ENSOKIG00005039601
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00940000168646.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00940000158139.i	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000166320.m	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000007237.r.e
Huchen	MODERN SPECIES	206	mettl16 (ENSHHUG00000040225)	MNT (ENSHHUG00000040213)	ENSHHUG00000040173	limk1a (ENSHHUG00000040025) #25	ENSHHUG00000039973	NIPSNAP2 (ENSHHUG00000039840)	psph (ENSHHUG00000039809)	cct6a (ENSHHUG00000039739)	phkg1a (ENSHHUG00000039681)	chchd2 (ENSHHUG00000039675)	ENSHHUG00000039669	ENSHHUG00000039662	ENSHHUG00000039658	ENSHHUG00000039648	CLDN4 (ENSHHUG00000039643) #22	CLDN4 (ENSHHUG00000039638) #22	ENSHHUG00000039637 #22	ENSHHUG00000039630	cldnj (ENSHHUG00000039625)	ENSHHUG00000039619	sbds (ENSHHUG00000039602)	ENSHHUG00000039599	ENSHHUG00000039596
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00940000158139.i	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000007237.r.e
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00430000031027.b.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000007237.r.e
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00430000031027.b.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000007237.r.e	ENSGT00940000163324.g.a.b
Coho salmon	MODERN SPECIES	9	ENSOKIG00005010878	cluha (ENSOKIG00005007974)	ENSOKIG00005007734	pafah1b1a (ENSOKIG00005007681)	mettl16 (ENSOKIG00005007602)	MNT (ENSOKIG00005007578)	limk1a (ENSOKIG00005007303) #25	NIPSNAP2 (ENSOKIG00005005241)	psph (ENSOKIG00005004990)	CCT6B (ENSOKIG00005004953)	ENSOKIG00005004932	ENSOKIG00005004905	ENSOKIG00005004892	ENSOKIG00005004889	ENSOKIG00005004882 ##22	CLDN4 (ENSOKIG00005004858) #22	ENSOKIG00005004834 #22	cldnj (ENSOKIG00005004830)	ENSOKIG00005004822	sbds (ENSOKIG00005004808)	tyw1 (ENSOKIG00005004733)	CALN1 (ENSOKIG00005004714)	GALNT17 (ENSOKIG00005004693)	flot2b (ENSOKIG00005004545)	FAM222B (ENSOKIG00005004476)	P2RX5 (ENSOKIG00005004448)	ENSOKIG00005004380	ENSOKIG00005004313	ENSOKIG00005004282	diabloa (ENSOKIG00005027777)	ENSOKIG00005027760
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00940000158139.i	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000166320.m	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00940000170905
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	mettl16 (ENSSSAG00000075035)	ENSSSAG00000092554	ENSSSAG00000051105	limk1a (ENSSSAG00000075100) #25	ENSSSAG00000099837	ENSSSAG00000085249	ENSSSAG00000070609	psph (ENSSSAG00000075949)	ENSSSAG00000085490	NIPSNAP2 (ENSSSAG00000075657)	ENSSSAG00000071028	PHKG1 (ENSSSAG00000090540)	ENSSSAG00000105316	ENSSSAG00000075992	ENSSSAG00000085209 ##22	ENSSSAG00000120511 #22	ENSSSAG00000076015	ENSSSAG00000097557	ENSSSAG00000076023	tyw1 (ENSSSAG00000076029)	ENSSSAG00000076039	GALNT17 (ENSSSAG00000076042)	ENSSSAG00000076084	ENSSSAG00000104063	ENSSSAG00000076335	ENSSSAG00000076337	itgae (ENSSSAG00000076346)	ENSSSAG00000076358	ENSSSAG00000076364	ENSSSAG00000076371	diabloa (ENSSSAG00000090224)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	190								ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00940000162897.c	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.l	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	74							ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000154715.a.b.a.a.b.a.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	56							ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.a	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.b	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	364	gfpt2 (ENSOMYG00000043235)	ENSOMYG00000060852	ENSOMYG00000044562	ENSOMYG00000044579	ENSOMYG00000060772	ENSOMYG00000044593	ENSOMYG00000044601	ENSOMYG00000044607	abhd11 (ENSOMYG00000044621) #20	cldn3c (ENSOMYG00000053009)	cldn3d (ENSOMYG00000044625)	cldn3c (ENSOMYG00000054314)	ENSOMYG00000051238	ENSOMYG00000039646	cldnb (ENSOMYG00000044630) #22	ENSOMYG00000044632 #22	cldnd (ENSOMYG00000044634)	ENSOMYG00000053589 #22	cldn30 (ENSOMYG00000044638)	mettl27 (ENSOMYG00000072030) #23	nf2b (ENSOMYG00000044682)	ENSOMYG00000045081	ENSOMYG00000048769	sdf2 (ENSOMYG00000059851)	supt6h (ENSOMYG00000045096)	ENSOMYG00000057675	ENSOMYG00000065902	ENSOMYG00000065999	ENSOMYG00000045127	ENSOMYG00000050467	ENSOMYG00000038870
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	109	ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000170934	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.a	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.b	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000154715.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000159328.s.b	ENSGT00940000165987.a.b	ENSGT00940000155796.c.a.c
Coho salmon	MODERN SPECIES	21	adra2db (ENSOKIG00005047732)	ENSOKIG00005047760	zgc:123105 (ENSOKIG00005047850)	gfpt2 (ENSOKIG00005047941)	MAPK9 (ENSOKIG00005048550)	ENSOKIG00005048586	ENSOKIG00005038417	akt2l (ENSOKIG00005038455)	ENSOKIG00005038523	ENSOKIG00005038548	abhd11 (ENSOKIG00005038722) #20	cldn3c (ENSOKIG00005038732)	cldn3d (ENSOKIG00005038735)	cldnb (ENSOKIG00005038743) #22	ENSOKIG00005038749	CLDN4 (ENSOKIG00005038753) #22	mettl27 (ENSOKIG00005038762) #23	nf2b (ENSOKIG00005038861)	ENSOKIG00005040473	sdf2 (ENSOKIG00005040497)	supt6h (ENSOKIG00005040524)	ENSOKIG00005040590	ENSOKIG00005040661	ENSOKIG00005040675	nsrp1 (ENSOKIG00005040698)	ssh2b (ENSOKIG00005040740)	ENSOKIG00005040922	coro6 (ENSOKIG00005040938)	ENSOKIG00005041003	ENSOKIG00005041044	ENSOKIG00005041292
Huchen	MODERN SPECIES	6568															ENSHHUG00000005589	ENSHHUG00000005591 #22	ENSHHUG00000005609	ENSHHUG00000005701
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	517	HNRNPUL1 (ENSHCOG00000017927)	rasgrp4 (ENSHCOG00000017976)	ENSHCOG00000018015	ENSHCOG00000018228	LGALS4 (ENSHCOG00000018257)	AXL (ENSHCOG00000018285)	ENSHCOG00000018325	ENSHCOG00000018340	ENSHCOG00000018362	ENSHCOG00000018373	tgfb1a (ENSHCOG00000018390)	ppp5c (ENSHCOG00000018425)	ENSHCOG00000018439	ENSHCOG00000018448	ENSHCOG00000018451 ##22	CLDN4 (ENSHCOG00000018558) #22	cldne (ENSHCOG00000018565) #21	ENSHCOG00000018582	ENSHCOG00000018590	sbds (ENSHCOG00000018606)	ech1 (ENSHCOG00000018616)	ENSHCOG00000018633	med17 (ENSHCOG00000018684)	ENSHCOG00000018697	tada2a (ENSHCOG00000018758)	dusp14 (ENSHCOG00000018781)	SYNRG (ENSHCOG00000018811)	hnf1ba (ENSHCOG00000018878)	ENSHCOG00000018898	dynll2a (ENSHCOG00000018908)	srsf1a (ENSHCOG00000018918)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000154593.a.a.h	ENSGT00940000159577	ENSGT00940000157328.C	ENSGT00940000159541	ENSGT00940000165985	ENSGT00390000007221.a.a	ENSGT00390000002845	ENSGT00390000014889.b	ENSGT00940000157753	ENSGT00390000015996
Fugu	MODERN SPECIES	6	ENSTRUG00000012024	FBXO40 (ENSTRUG00000011920)	FBXO40 (ENSTRUG00000011810)	pafah1b1b (ENSTRUG00000011331)	mntb (ENSTRUG00000011273)	septin4a (ENSTRUG00000010944)	LIMK1 (ENSTRUG00000010715) #25	mrps17 (ENSTRUG00000024068)	NIPSNAP2 (ENSTRUG00000019765)	cct6a (ENSTRUG00000010228)	ENSTRUG00000024620	abhd11 (ENSTRUG00000010167) #20	cldn3c (ENSTRUG00000029881)	cldn3d (ENSTRUG00000019938)	cldnb (ENSTRUG00000029718) #22	cldn27c (ENSTRUG00000009871) #22	cldn29a (ENSTRUG00000009962)	ENSTRUG00000022057	ENSTRUG00000027079	cldn28b (ENSTRUG00000032283) #22	cldn30 (ENSTRUG00000026953)	zgc:56585 (ENSTRUG00000023552)	LARP1 (ENSTRUG00000009470)	faxdc2 (ENSTRUG00000009414)	macroh2a1 (ENSTRUG00000009196)	pitx1 (ENSTRUG00000009140)	PCBD2 (ENSTRUG00000009098)	txndc15 (ENSTRUG00000009071)	zgc:77058 (ENSTRUG00000019776)	ddx46 (ENSTRUG00000008878)	camlg (ENSTRUG00000008826)
Tetraodon	MODERN SPECIES	22	ENSTNIG00000016128	trarg1b (ENSTNIG00000016127)	ENSTNIG00000016126	FBXO40 (ENSTNIG00000016125)	FBXO40 (ENSTNIG00000016124)	CLUH (ENSTNIG00000016123)	pafah1b1b (ENSTNIG00000000676)	ENSTNIG00000016122	mrps17 (ENSTNIG00000016121)	NIPSNAP2 (ENSTNIG00000016120)	cct6a (ENSTNIG00000016119)	ENSTNIG00000016118	abhd11 (ENSTNIG00000016117) #20	cldn3c (ENSTNIG00000016116)	cldnb (ENSTNIG00000016115) #22	CLDN4 (ENSTNIG00000016114) #22	cldnd (ENSTNIG00000016113)	ENSTNIG00000016112	ENSTNIG00000016111	CLDN4 (ENSTNIG00000016110) #22	ENSTNIG00000016108	LARP1 (ENSTNIG00000016107)	faxdc2 (ENSTNIG00000016106)	macroh2a1 (ENSTNIG00000016105)	pitx1 (ENSTNIG00000016104)	PCBD2 (ENSTNIG00000016103)	txndc15 (ENSTNIG00000016102)	zgc:77058 (ENSTNIG00000001939)	med21 (ENSTNIG00000016101)	ddx46 (ENSTNIG00000016100)	camlg (ENSTNIG00000016099)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j
Lumpfish	MODERN SPECIES	5	FBXO40 (ENSCLMG00005013986)	CLUH (ENSCLMG00005013433)	pafah1b1b (ENSCLMG00005013417)	mntb (ENSCLMG00005013415)	septin4a (ENSCLMG00005013159)	ENSCLMG00005013158 #25	mrps17 (ENSCLMG00005013157)	NIPSNAP2 (ENSCLMG00005013127)	cct6a (ENSCLMG00005013095)	ENSCLMG00005013011	ENSCLMG00005013008	abhd11 (ENSCLMG00005013007) #20	cldn3c (ENSCLMG00005013006)	cldn3d (ENSCLMG00005013003)	cldnb (ENSCLMG00005013001) #22	ENSCLMG00005012999 #22	cldnd (ENSCLMG00005012998)	cldnd (ENSCLMG00005012996)	cldnd (ENSCLMG00005012995)	CLDN4 (ENSCLMG00005012994) #22	cldn30 (ENSCLMG00005012992)	nf2b (ENSCLMG00005012980)	mettl27 (ENSCLMG00005012972) #23	ENSCLMG00005012969	ENSCLMG00005012968	sdf2 (ENSCLMG00005012967)	supt6h (ENSCLMG00005012497)	ENSCLMG00005012484	ENSCLMG00005012472	nsrp1 (ENSCLMG00005012470)	ssh2b (ENSCLMG00005012420)
Stickleback	DUPLICATION
Stickleback	MODERN SPECIES	7	pafah1b1b (ENSGACG00000020486)	mntb (ENSGACG00000020487)	septin4a (ENSGACG00000020488)	LIMK1 (ENSGACG00000020489) #25	ENSGACG00000020490	ENSGACG00000020491	mrps17 (ENSGACG00000020492)	NIPSNAP2 (ENSGACG00000020493)	cct6a (ENSGACG00000020494)	ENSGACG00000020495	ENSGACG00000020496	abhd11 (ENSGACG00000020497) #20	cldn3c (ENSGACG00000020498)	cldn3d (ENSGACG00000020499)	cldnb (ENSGACG00000020500) #22	ENSGACG00000020501 #22	ENSGACG00000020502 #22	cldnd (ENSGACG00000020503)	ENSGACG00000020504	cldnd (ENSGACG00000020505)	cldn30 (ENSGACG00000020506)	nf2b (ENSGACG00000020507)	mettl27 (ENSGACG00000020508) #23	ENSGACG00000020509	ENSGACG00000020510	ENSGACG00000020511	sdf2 (ENSGACG00000020512)	supt6h (ENSGACG00000020513)	ENSGACG00000020514	ENSGACG00000020515	nsrp1 (ENSGACG00000020516)
Stickleback	MODERN SPECIES		HNRNPUL1 (ENSGACG00000012973)	rasgrp4 (ENSGACG00000012966)	ENSGACG00000012940	LGALS4 (ENSGACG00000012917)	AXL (ENSGACG00000012909)	ENSGACG00000012904	cyp2y3 (ENSGACG00000012840)	ENSGACG00000012821	tgfb1a (ENSGACG00000012798)	ppp5c (ENSGACG00000012759)	ENSGACG00000012756	ENSGACG00000012747	ENSGACG00000012743	ENSGACG00000012742 ##22	CLDN4 (ENSGACG00000012739) #22	ENSGACG00000012735 #22	cldnf (ENSGACG00000012732)	CLDN4 (ENSGACG00000012725) #22	ENSGACG00000012723	ENSGACG00000012721	cldna (ENSGACG00000012720) #22	cldnj (ENSGACG00000012717)	ENSGACG00000012714	sbds (ENSGACG00000012697)	tyw1 (ENSGACG00000012692)	CALN1 (ENSGACG00000012689)	ENSGACG00000012687	rhbdd1 (ENSGACG00000012684)	eml2 (ENSGACG00000012646)	ENSGACG00000012634	ENSGACG00000012628
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a
Pike perch	MODERN SPECIES	54	ENSSLUG00000004272	CLUH (ENSSLUG00000004352)	pafah1b1b (ENSSLUG00000005632)	mntb (ENSSLUG00000005636)	septin4a (ENSSLUG00000005670)	LIMK1 (ENSSLUG00000005885) #25	mrps17 (ENSSLUG00000006063)	NIPSNAP2 (ENSSLUG00000006074)	cct6a (ENSSLUG00000006221)	ENSSLUG00000006289	ENSSLUG00000006305	abhd11 (ENSSLUG00000006311) #20	cldn3c (ENSSLUG00000006314)	cldn3d (ENSSLUG00000006316)	cldnb (ENSSLUG00000006318) #22	ENSSLUG00000006329 #22	cldnd (ENSSLUG00000006335)	ENSSLUG00000006337	cldn30 (ENSSLUG00000006342)	mettl27 (ENSSLUG00000006347) #23	nf2b (ENSSLUG00000006390)	cbln17 (ENSSLUG00000007724)	ENSSLUG00000007760	sdf2 (ENSSLUG00000007771)	supt6h (ENSSLUG00000007820)	ENSSLUG00000008425	nsrp1 (ENSSLUG00000008444)	ssh2b (ENSSLUG00000008455)	ENSSLUG00000008512	ENSSLUG00000009003	ENSSLUG00000009006
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	5	ENSCGOG00000012304	CLUH (ENSCGOG00000012054)	pafah1b1b (ENSCGOG00000012024)	mntb (ENSCGOG00000012022)	septin4a (ENSCGOG00000011459)	LIMK1 (ENSCGOG00000010780) #25	mrps17 (ENSCGOG00000010760)	NIPSNAP2 (ENSCGOG00000009994)	cct6a (ENSCGOG00000009509)	ENSCGOG00000009293	ENSCGOG00000009287	abhd11 (ENSCGOG00000009279) #20	cldn3c (ENSCGOG00000009278)	cldn3d (ENSCGOG00000009261)	cldnb (ENSCGOG00000009260) #22	CLDN4 (ENSCGOG00000009257) #22	cldnd (ENSCGOG00000009218)	cldnd (ENSCGOG00000009191)	cldnd (ENSCGOG00000009190)	ENSCGOG00000009183	ENSCGOG00000009178	ENSCGOG00000009171	cldn30 (ENSCGOG00000009168)	ENSCGOG00000009163	mettl27 (ENSCGOG00000009158) #23	nf2b (ENSCGOG00000007283)	ENSCGOG00000007236	sdf2 (ENSCGOG00000007232)	supt6h (ENSCGOG00000006664)	ENSCGOG00000006626	ENSCGOG00000006598
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	493	ENSLCRG00005014093	CLUH (ENSLCRG00005014104)	pafah1b1b (ENSLCRG00005014868)	mntb (ENSLCRG00005014883)	septin4a (ENSLCRG00005014892)	LIMK1 (ENSLCRG00005015333) #25	ENSLCRG00005015833	mrps17 (ENSLCRG00005015834)	NIPSNAP2 (ENSLCRG00005015836)	cct6a (ENSLCRG00005015999)	ENSLCRG00005016063	abhd11 (ENSLCRG00005016078) #20	cldn3c (ENSLCRG00005016079)	ENSLCRG00005016080 #21	cldnb (ENSLCRG00005016081) #22	CLDN4 (ENSLCRG00005016082) #22	cldn29 (ENSLCRG00005016084)	cldnd (ENSLCRG00005016085)	ENSLCRG00005016086	mettl27 (ENSLCRG00005016087) #23	nf2b (ENSLCRG00005016088)	ENSLCRG00005016114	ENSLCRG00005016116	sdf2 (ENSLCRG00005016118)	supt6h (ENSLCRG00005016120)	ENSLCRG00005016490	ENSLCRG00005001406	nsrp1 (ENSLCRG00005001409)	ssh2b (ENSLCRG00005001419)	coro6 (ENSLCRG00005001749)	ENSLCRG00005001924
European seabass	MODERN SPECIES	4	ENSDLAG00005025378	ENSDLAG00005002948	ENSDLAG00005025015	ENSDLAG00005019281	pafah1b1b (ENSDLAG00005025369)	mntb (ENSDLAG00005025368)	septin4a (ENSDLAG00005025340)	ENSDLAG00005025133 #25	ENSDLAG00005025098	ENSDLAG00005025082	sumf2 (ENSDLAG00005025072)	abhd11 (ENSDLAG00005025068) #20	cldn3c (ENSDLAG00005034148)	cldn3d (ENSDLAG00005025066)	cldnb (ENSDLAG00005032597) #22	CLDN4 (ENSDLAG00005034937) #22	cldn29 (ENSDLAG00005034258)	cldnd (ENSDLAG00005025062)	ENSDLAG00005025061	cldn30 (ENSDLAG00005029974)	ENSDLAG00005025054	mettl27 (ENSDLAG00005025052) #23	nf2b (ENSDLAG00005025022)	ENSDLAG00005032903	ENSDLAG00005025011	sdf2 (ENSDLAG00005032206)	supt6h (ENSDLAG00005024983)	ENSDLAG00005024976	ENSDLAG00005024962	ENSDLAG00005027594	nsrp1 (ENSDLAG00005027048)
Gilthead seabream	DUPLICATION
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	4	FBXO40 (ENSSAUG00010015124)	CCDC92B (ENSSAUG00010015125)	CLUH (ENSSAUG00010015172)	pafah1b1b (ENSSAUG00010018920)	mntb (ENSSAUG00010018925)	septin4a (ENSSAUG00010018926)	LIMK1 (ENSSAUG00010018937) #25	mrps17 (ENSSAUG00010019132)	NIPSNAP2 (ENSSAUG00010019136)	cct6a (ENSSAUG00010019231)	ENSSAUG00010019270	abhd11 (ENSSAUG00010019368) #20	cldn3c (ENSSAUG00010019369)	CLDN3 (ENSSAUG00010019372) #21	cldnb (ENSSAUG00010001484) #22	CLDN4 (ENSSAUG00010001497) #22	cldnd (ENSSAUG00010001502)	CLDN4 (ENSSAUG00010001506) #22	ENSSAUG00010001517	cldn30 (ENSSAUG00010001524)	cbln17 (ENSSAUG00010001537)	ENSSAUG00010001544	ENSSAUG00010001574	mettl27 (ENSSAUG00010001615) #23	mettl27 (ENSSAUG00010001639) #23	ENSSAUG00010001689	ENSSAUG00010001696	ENSSAUG00010001702	cbln17 (ENSSAUG00010001712)	ENSSAUG00010001723	mettl27 (ENSSAUG00010001735) #23
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	11	ENSSAUG00010017647	ENSSAUG00010017629	ENSSAUG00010017623	ENSSAUG00010017615	ENSSAUG00010017567	ENSSAUG00010016775	ENSSAUG00010016772	tgfb1a (ENSSAUG00010016750)	ppp5c (ENSSAUG00010016041)	ENSSAUG00010016040	GCGR (ENSSAUG00010016034)	ENSSAUG00010016032	ENSSAUG00010016029	ENSSAUG00010016028 ##22	cldna (ENSSAUG00010016027) #22	ENSSAUG00010016026 #22	cldnf (ENSSAUG00010016025)	ENSSAUG00010016024	ENSSAUG00010016023	cldnj (ENSSAUG00010016022)	ENSSAUG00010016021	sbds (ENSSAUG00010016019)	ENSSAUG00010016018	ENSSAUG00010016017	ENSSAUG00010016016	tyw1 (ENSSAUG00010015966)	CALN1 (ENSSAUG00010015961)	GALNT17 (ENSSAUG00010015949)	rhbdd1 (ENSSAUG00010015942)	rhbdd1 (ENSSAUG00010015899)	eml2 (ENSSAUG00010010165)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a
Barramundi perch	MODERN SPECIES	94	frem2a (ENSLCAG00010024864)	ufm1 (ENSLCAG00010024812)	trpc4a (ENSLCAG00010024780)	POSTN (ENSLCAG00010024726)	ugt5d1 (ENSLCAG00010024703)	SUPT20H (ENSLCAG00010024675)	exosc8 (ENSLCAG00010024655)	alg5 (ENSLCAG00010024647)	ENSLCAG00010024636	rfxap (ENSLCAG00010024629)	ENSLCAG00010024625	abhd11 (ENSLCAG00010024620) #20	cldn3c (ENSLCAG00010024616)	cldn3d (ENSLCAG00010024613)	cldnb (ENSLCAG00010024611) #22	CLDN4 (ENSLCAG00010024609) #22	ENSLCAG00010024605 #21	cldnd (ENSLCAG00010024604)	ENSLCAG00010024602	ENSLCAG00010024600	CLDN4 (ENSLCAG00010024599) #22	ENSLCAG00010024597	nf2b (ENSLCAG00010024562)	mettl27 (ENSLCAG00010024539) #23	ENSLCAG00010024532	sdf2 (ENSLCAG00010024527)	supt6h (ENSLCAG00010024343)	ENSLCAG00010024281	ENSLCAG00010024259	ENSLCAG00010024247	nsrp1 (ENSLCAG00010024241)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00980000200273	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a
Tongue sole	MODERN SPECIES	10	ENSCSEG00000018991	ENSCSEG00000018983	GRAMD1B (ENSCSEG00000018940)	ENSCSEG00000018932	mntb (ENSCSEG00000018624)	LIMK1 (ENSCSEG00000018602) #25	ENSCSEG00000018572	mrps17 (ENSCSEG00000018563)	NIPSNAP2 (ENSCSEG00000018553)	cct6a (ENSCSEG00000018519)	ENSCSEG00000018500	ENSCSEG00000018490	abhd11 (ENSCSEG00000018486) #20	cldn3c (ENSCSEG00000018449)	cldn29 (ENSCSEG00000018383)	ENSCSEG00000018353 #22	nf2b (ENSCSEG00000018208)	mettl27 (ENSCSEG00000018192) #23	ENSCSEG00000018182	sdf2 (ENSCSEG00000018175)	supt6h (ENSCSEG00000018147)	ENSCSEG00000018133	ENSCSEG00000018092	nsrp1 (ENSCSEG00000018083)	ssh2b (ENSCSEG00000018059)	ENSCSEG00000018045	coro6 (ENSCSEG00000018011)	hnrnpl (ENSCSEG00000017990)	slc8a2a (ENSCSEG00000017915)	nccrp1 (ENSCSEG00000017905)	ckma (ENSCSEG00000017890)
Turbot	MODERN SPECIES	16	ENSSMAG00000035495	ENSSMAG00000019514	ENSSMAG00000019541	ENSSMAG00000019556	pafah1b1b (ENSSMAG00000019575)	mntb (ENSSMAG00000026268)	septin4a (ENSSMAG00000019627)	ENSSMAG00000019644 #25	MRPS17 (ENSSMAG00000001680)	NIPSNAP2 (ENSSMAG00000001671)	ENSSMAG00000001645	sumf2 (ENSSMAG00000001639)	abhd11 (ENSSMAG00000001630) #20	cldn3c (ENSSMAG00000001485)	cldn3d (ENSSMAG00000027785)	ENSSMAG00000001243 #22	cldn29 (ENSSMAG00000001216)	cldnd (ENSSMAG00000001114)	ENSSMAG00000000986	cldn30 (ENSSMAG00000000965)	ENSSMAG00000000883	ENSSMAG00000000868 #23	ENSSMAG00000027416	sdf2 (ENSSMAG00000000825)	supt6h (ENSSMAG00000000771)	ENSSMAG00000019926	ENSSMAG00000019893	nsrp1 (ENSSMAG00000025313)	ssh2b (ENSSMAG00000019854)	coro6 (ENSSMAG00000019839)	ENSSMAG00000019823
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000161740	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
Siamese fighting fish	DUPLICATION
Siamese fighting fish	DUPLICATION
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Climbing perch	MODERN SPECIES	4	ryr1b (ENSATEG00000008379)	ENSATEG00000029082	ENSATEG00000008270	ENSATEG00000008244	ENSATEG00000008227	ENSATEG00000008005	ENSATEG00000007765	ENSATEG00000007440	ENSATEG00000007436	ppp5c (ENSATEG00000007377)	ENSATEG00000029312	ENSATEG00000007293	ENSATEG00000026476	ENSATEG00000007258 #21	ENSATEG00000029434 ##22	ENSATEG00000006958 #22	ENSATEG00000027065	ENSATEG00000027784	ENSATEG00000025356	ENSATEG00000006889	ENSATEG00000027366	tyw1 (ENSATEG00000006856)	ENSATEG00000006804	GALNT17 (ENSATEG00000006748)	ENSATEG00000027671	ENSATEG00000006703	ENSATEG00000006581	ENSATEG00000006537	ENSATEG00000006500	ENSATEG00000006485	irf2bp1 (ENSATEG00000006477)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.b
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000155796.c.a
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Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00690000103799	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
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Mummichog	DUPLICATION
Mummichog	DUPLICATION
Mummichog	MODERN SPECIES	509													CLDN4 (ENSFHEG00000004845) #22	abhd11 (ENSFHEG00000004833) #20	CLDN3 (ENSFHEG00000004827) #21	CLDN4 (ENSFHEG00000004798) #22	cldnd (ENSFHEG00000004707)	ENSFHEG00000004702	mettl27 (ENSFHEG00000004683) #23	cldn30 (ENSFHEG00000004667)	nf2b (ENSFHEG00000004646)	ENSFHEG00000004587	sdf2 (ENSFHEG00000004571)	supt6h (ENSFHEG00000004556)	ENSFHEG00000004532	nsrp1 (ENSFHEG00000004525)	ssh2b (ENSFHEG00000004508)	coro6 (ENSFHEG00000004484)	ENSFHEG00000004476
Mummichog	MODERN SPECIES	509	coro6 (ENSFHEG00000004484)	ssh2b (ENSFHEG00000004508)	nsrp1 (ENSFHEG00000004525)	ENSFHEG00000004532	supt6h (ENSFHEG00000004556)	sdf2 (ENSFHEG00000004571)	ENSFHEG00000004587	nf2b (ENSFHEG00000004646)	cldn30 (ENSFHEG00000004667)	mettl27 (ENSFHEG00000004683) #23	ENSFHEG00000004702	cldnd (ENSFHEG00000004707)	CLDN4 (ENSFHEG00000004798) #22	CLDN3 (ENSFHEG00000004827) #21	abhd11 (ENSFHEG00000004833) #20	CLDN4 (ENSFHEG00000004845) #22
Mummichog	MODERN SPECIES	2131																CLDN4 (ENSFHEG00000018806) #22
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	82	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000181859	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000178129	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	341													ppp5c (ENSKMAG00000018310)	ENSKMAG00000018369	ENSKMAG00000018413	ENSKMAG00000018488 #22	ENSKMAG00000018513	CLDN4 (ENSKMAG00000018522) #22	sbds (ENSKMAG00000018542)	ENSKMAG00000018572	tyw1 (ENSKMAG00000018599)	CALN1 (ENSKMAG00000018626)	GALNT17 (ENSKMAG00000018643)	rhbdd1 (ENSKMAG00000018696)	ENSKMAG00000018714	eml2 (ENSKMAG00000018736)	GPR4 (ENSKMAG00000018778)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000178296
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000178296	ENSGT00940000155796.c.a
Nile tilapia	MODERN SPECIES	1	FBXO40 (ENSONIG00000029291)	FBXO40 (ENSONIG00000008721)	CCDC92B (ENSONIG00000028705)	CLUH (ENSONIG00000008724)	pafah1b1b (ENSONIG00000008138)	mntb (ENSONIG00000008731)	septin4a (ENSONIG00000008732)	LIMK1 (ENSONIG00000008736) #25	mrps17 (ENSONIG00000008746)	ENSONIG00000008747	cct6a (ENSONIG00000008750)	sumf2 (ENSONIG00000028659)	abhd11 (ENSONIG00000008755) #20	cldn3c (ENSONIG00000031570)	cldn3d (ENSONIG00000008756)	ENSONIG00000021097 #22	cldn29 (ENSONIG00000035870)	cldnd (ENSONIG00000021099)	pdha1a (ENSONIG00000008757)	ENSONIG00000036059	ENSONIG00000027657	ENSONIG00000031392 #22	ENSONIG00000021101	ENSONIG00000031461	ENSONIG00000042206	ENSONIG00000040031	ENSONIG00000028894	ENSONIG00000030521	ENSONIG00000035527	ENSONIG00000041413	pdha1a (ENSONIG00000008761)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	447																ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	458																ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	418																ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22
P. nyererei	MODERN SPECIES	321	FBXO40 (ENSPNYG00000017750)	CCDC92B (ENSPNYG00000017755)	CLUH (ENSPNYG00000017779)	pafah1b1b (ENSPNYG00000017901)	mntb (ENSPNYG00000017928)	septin4a (ENSPNYG00000018040)	LIMK1 (ENSPNYG00000018623) #25	ENSPNYG00000018680	mrps17 (ENSPNYG00000018693)	NIPSNAP2 (ENSPNYG00000018700)	cct6a (ENSPNYG00000018731)	sumf2 (ENSPNYG00000018820)	abhd11 (ENSPNYG00000018833) #20	cldn3c (ENSPNYG00000018855)	cldn3d (ENSPNYG00000018872)	CLDN4 (ENSPNYG00000018919) #22	ENSPNYG00000018937 #22	cldnd (ENSPNYG00000018943)	pdha1a (ENSPNYG00000018954)	ENSPNYG00000018979 #22	ENSPNYG00000018990	ENSPNYG00000019000
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183204.a.a.b.a	ENSGT00950000183204.a.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1623														abhd11 (ENSSPAG00000015613) #20	cldn3d (ENSSPAG00000015699)	CLDN4 (ENSSPAG00000015944) #22	cldnd (ENSSPAG00000016140)	ENSSPAG00000016226	cldn30 (ENSSPAG00000016422)	mettl27 (ENSSPAG00000016447) #23	nf2b (ENSSPAG00000016465)	ENSSPAG00000016537	sdf2 (ENSSPAG00000016564)	supt6h (ENSSPAG00000016590)
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	5	FBXO40 (ENSMMDG00005018923)	ENSMMDG00005018925	CLUH (ENSMMDG00005018934)	pafah1b1b (ENSMMDG00005019039)	mntb (ENSMMDG00005019042)	septin4a (ENSMMDG00005001209)	LIMK1 (ENSMMDG00005001222) #25	mrps17 (ENSMMDG00005001245)	NIPSNAP2 (ENSMMDG00005001307)	cct6a (ENSMMDG00005001455)	sumf2 (ENSMMDG00005001579)	abhd11 (ENSMMDG00005001642) #20	cldn3c (ENSMMDG00005001767)	CLDN3 (ENSMMDG00005001772) #21	cldnb (ENSMMDG00005001780) #22	CLDN4 (ENSMMDG00005001783) #22	cldnd (ENSMMDG00005001785)	ENSMMDG00005001786	cldn30 (ENSMMDG00005001789)	mettl27 (ENSMMDG00005001792) #23	nf2b (ENSMMDG00005001829)	ENSMMDG00005002321	sdf2 (ENSMMDG00005002322)	supt6h (ENSMMDG00005002344)	ENSMMDG00005003903	ENSMMDG00005003920	ENSMMDG00005003925	ENSMMDG00005003936	nsrp1 (ENSMMDG00005003945)	ssh2b (ENSMMDG00005003948)	ENSMMDG00005003958
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	4	ENSMMDG00005009643	LGALS4 (ENSMMDG00005009703)	AXL (ENSMMDG00005009710)	ENSMMDG00005009735	ENSMMDG00005010323	ENSMMDG00005011279	ENSMMDG00005012656	tgfb1a (ENSMMDG00005012749)	ppp5c (ENSMMDG00005012754)	ENSMMDG00005012933	ENSMMDG00005012936	ENSMMDG00005012945	ENSMMDG00005012946 #21	ENSMMDG00005012948 ##22	cldna (ENSMMDG00005012949) #22	CLDN4 (ENSMMDG00005012951) #22	cldnf (ENSMMDG00005012952)	CLDN4 (ENSMMDG00005012955) #22	CLDN4 (ENSMMDG00005012956) #22	CLDN4 (ENSMMDG00005012957) #22	CLDN4 (ENSMMDG00005012959) #22	ENSMMDG00005012960	cldnj (ENSMMDG00005012961)	ENSMMDG00005012963	sbds (ENSMMDG00005012966)	tyw1 (ENSMMDG00005013004)	CALN1 (ENSMMDG00005014739)	GALNT17 (ENSMMDG00005014743)	ENSMMDG00005014753	ENSMMDG00005014756	ENSMMDG00005014758
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	136			ENSGT00390000008688.k.a	ENSGT00940000160337.f	ENSGT00940000155039.b	ENSGT00390000016694	ENSGT00510000048287.a.c	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095.v.b #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000162095.u #21	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.a.b.a	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00550000074863	ENSGT00940000153818.a.b.a.b	ENSGT00390000016675	ENSGT01100000263696
Asian bonytongue	DUPLICATION
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	19	trarg1b (ENSSFOG00015026421)	ENSSFOG00015006547	tlcd2 (ENSSFOG00015025884)	PAFAH1B1 (ENSSFOG00015006451)	mettl16 (ENSSFOG00015006408)	mntb (ENSSFOG00015006379)	septin4a (ENSSFOG00015006345)	LIMK1 (ENSSFOG00015006226) #25	mrps17 (ENSSFOG00015006180)	NIPSNAP2 (ENSSFOG00015006131)	ENSSFOG00015006103	abhd11 (ENSSFOG00015006089) #20	CLDN3 (ENSSFOG00015006005) #21	CLDN4 (ENSSFOG00015005733) #22	CLDN4 (ENSSFOG00015032522) #22	CLDN4 (ENSSFOG00015005708) #22	CLDN4 (ENSSFOG00015024610) #22	mettl27 (ENSSFOG00015032701) #23	nf2b (ENSSFOG00015005571)	ENSSFOG00015027392	sdf2 (ENSSFOG00015005521)	supt6h (ENSSFOG00015005320)	zgc:174895 (ENSSFOG00015005307)	ENSSFOG00015005188	rpl23a (ENSSFOG00015005148)	traf4b (ENSSFOG00015024911)	ddx52 (ENSSFOG00015005055)	hnf1bb (ENSSFOG00015005045)	heatr6 (ENSSFOG00015005035)	ENSSFOG00015005024	dynll2b (ENSSFOG00015005011)
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Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a #22	ENSGT00940000164025.b	ENSGT00940000165067	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000168646	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00510000048287	ENSGT00390000016694	ENSGT00940000155039	ENSGT00390000012485.a.b	ENSGT00430000031027.b	ENSGT01010000222313.B.b.b	ENSGT00940000164941
Spotted gar	DUPLICATION
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Spotted gar	MODERN SPECIES	661	NIPSNAP2 (ENSLOCG00000004134)	psph (ENSLOCG00000004152)	cct6a (ENSLOCG00000004174)	sumf2 (ENSLOCG00000004200)	phkg1b (ENSLOCG00000004210)	chchd2 (ENSLOCG00000004252)	ENSLOCG00000004273	abhd11 (ENSLOCG00000004295) #20	cldn3c (ENSLOCG00000017427)	CLDN3 (ENSLOCG00000017428) #21	ENSLOCG00000017429 ##22	CLDN4 (ENSLOCG00000017430) #22	ENSLOCG00000017431	ENSLOCG00000017432	CLDN4 (ENSLOCG00000017433) #22	CLDN4 (ENSLOCG00000004312) #22	cldn30 (ENSLOCG00000017434)	cldnj (ENSLOCG00000017435)	mettl27 (ENSLOCG00000004329) #23	ENSLOCG00000004358	limk1a (ENSLOCG00000004378) #25	ENSLOCG00000004398	mntb (ENSLOCG00000004411)	mettl16 (ENSLOCG00000004429)	pafah1b1b (ENSLOCG00000004448)	cluha (ENSLOCG00000004458)	CCDC92B (ENSLOCG00000004486)	tlcd2 (ENSLOCG00000004500)	aifm4 (ENSLOCG00000004526)	vps53 (ENSLOCG00000004547)	rflnb (ENSLOCG00000004567)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000012195	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000165761	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT01020000230354.B.b.a.a
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Asian bonytongue	DUPLICATION
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	19	GOSR1 (ENSSFOG00015006731)	trarg1b (ENSSFOG00015026421)	ENSSFOG00015006547	tlcd2 (ENSSFOG00015025884)	PAFAH1B1 (ENSSFOG00015006451)	mettl16 (ENSSFOG00015006408)	mntb (ENSSFOG00015006379)	septin4a (ENSSFOG00015006345)	LIMK1 (ENSSFOG00015006226) #25	mrps17 (ENSSFOG00015006180)	NIPSNAP2 (ENSSFOG00015006131)	ENSSFOG00015006103	abhd11 (ENSSFOG00015006089) #20	CLDN3 (ENSSFOG00015006005) #21	CLDN4 (ENSSFOG00015005733) #22	CLDN4 (ENSSFOG00015032522) #22	CLDN4 (ENSSFOG00015005708) #22	CLDN4 (ENSSFOG00015024610) #22	mettl27 (ENSSFOG00015032701) #23	nf2b (ENSSFOG00015005571)	ENSSFOG00015027392	sdf2 (ENSSFOG00015005521)	supt6h (ENSSFOG00015005320)	zgc:174895 (ENSSFOG00015005307)	ENSSFOG00015005188	rpl23a (ENSSFOG00015005148)	traf4b (ENSSFOG00015024911)	ddx52 (ENSSFOG00015005055)	hnf1bb (ENSSFOG00015005045)	heatr6 (ENSSFOG00015005035)	ENSSFOG00015005024
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Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	142	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Otomorpha	DUPLICATION
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	255	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00940000156345.k.a #25	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000166907	ENSGT00940000157786	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000159596	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000176866	ENSGT00940000157469	ENSGT00940000177884	ENSGT00940000154287.b	ENSGT00730000111251
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	204							ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	357	ENSGT01060000248592.C.b	ENSGT01060000248589.A.a.b.b	ENSGT01060000248589.A.a.a.a	ENSGT01060000248589.B.e	ENSGT00850000132319.a.a.a.f	ENSGT00940000162644.c	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067.b	ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b.c.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000165067.a	ENSGT00390000007499.a
Goldfish	MODERN SPECIES	34	P2RY14 (ENSCARG00000041092)	ENSCARG00000041097	GPR171 (ENSCARG00000041104)	clrn1 (ENSCARG00000041113)	ENSCARG00000041141	MINDY4B (ENSCARG00000041180)	ENSCARG00000041233	tgfb1a (ENSCARG00000041319)	ppp5c (ENSCARG00000041458)	ENSCARG00000043045	ENSCARG00000043056	ENSCARG00000043066	ENSCARG00000043071 ##22	cldna (ENSCARG00000043090) #22	cldnf (ENSCARG00000043101)	ENSCARG00000043110 #22	cldnj (ENSCARG00000043119)	cul3b (ENSCARG00000043166)	MMP28 (ENSCARG00000043631)	ENSCARG00000043651	ERMP1 (ENSCARG00000043664)	taf15 (ENSCARG00000043679)	porb (ENSCARG00000043943)	DOCK10 (ENSCARG00000047135)	ENSCARG00000052974	ENSCARG00000053057	ENSCARG00000053060	ENSCARG00000053092	ENSCARG00000053153	shox2 (ENSCARG00000053165)	ENSCARG00000053182
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	411	ENSGT01060000248592.C.a	ENSGT01060000248589.A.a.a.a	ENSGT01060000248589.B.e	ENSGT00940000162644.c	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b.f	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067.a	ENSGT00390000007499.b	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000155066.e.a.a.f	ENSGT00590000083134.a.b.c	ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.b
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	252	phax (ENSSGRG00000030944)	ENSSGRG00000030945	GPR171 (ENSSGRG00000030946)	ENSSGRG00000030949	ENSSGRG00000030950	tgfb1a (ENSSGRG00000030951)	ppp5c (ENSSGRG00000030954)	ENSSGRG00000031414	ENSSGRG00000031415	ENSSGRG00000031418 ##22	ENSSGRG00000031420 ##22	cldna (ENSSGRG00000031421) #22	ENSSGRG00000031435	ENSSGRG00000031436 #22	cldnf (ENSSGRG00000031438)	ENSSGRG00000031439 #22	ENSSGRG00000031440	ENSSGRG00000031442	ENSSGRG00000031443	ENSSGRG00000031445	cul3b (ENSSGRG00000031450)	FAM124B (ENSSGRG00000031452)	ENSSGRG00000031456	taf15 (ENSSGRG00000031457)	porb (ENSSGRG00000031470)	sbds (ENSSGRG00000032977)	DOCK10 (ENSSGRG00000033003)	ENSSGRG00000033030	shox2 (ENSSGRG00000033032)	hephl1a (ENSSGRG00000033036)	panx1a (ENSSGRG00000033156)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	252			phax (ENSSGRG00000030944)	ENSSGRG00000030945	GPR171 (ENSSGRG00000030946)	ENSSGRG00000030949	ENSSGRG00000030950	tgfb1a (ENSSGRG00000030951)	ppp5c (ENSSGRG00000030954)	ENSSGRG00000031414	ENSSGRG00000031415	ENSSGRG00000031418 ##22	ENSSGRG00000031420 ##22	cldna (ENSSGRG00000031421) #22	ENSSGRG00000031435	ENSSGRG00000031436 #22	cldnf (ENSSGRG00000031438)	ENSSGRG00000031439 #22	ENSSGRG00000031440	ENSSGRG00000031442	ENSSGRG00000031443	ENSSGRG00000031445	cul3b (ENSSGRG00000031450)	FAM124B (ENSSGRG00000031452)	ENSSGRG00000031456	taf15 (ENSSGRG00000031457)	porb (ENSSGRG00000031470)	sbds (ENSSGRG00000032977)	DOCK10 (ENSSGRG00000033003)	ENSSGRG00000033030	shox2 (ENSSGRG00000033032)
Common carp reference	MODERN SPECIES	39	ENSCCRG00000056403	ENSCCRG00000056158	ENSCCRG00000035981	ENSCCRG00000077276	ENSCCRG00000018145	ENSCCRG00000078377	ENSCCRG00000082321	ENSCCRG00000076610	ENSCCRG00000019784	tgfb1a (ENSCCRG00000019802)	ppp5c (ENSCCRG00000019852)	ENSCCRG00000056310	ENSCCRG00000067817	ENSCCRG00000070830	cldnf (ENSCCRG00000081753)	ENSCCRG00000055547 #22	cldnj (ENSCCRG00000068360)	ENSCCRG00000082669	ENSCCRG00000082407	ENSCCRG00000039138	ENSCCRG00000020888	ENSCCRG00000082554	ENSCCRG00000056319	ENSCCRG00000079222	ENSCCRG00000073291	ENSCCRG00000070315	ENSCCRG00000059286	ENSCCRG00000003708	ENSCCRG00000004807	taf15 (ENSCCRG00000004785)	porb (ENSCCRG00000004762)
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000157786	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.t.a	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000163149.b.c.a	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000159596	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000176866	ENSGT00940000157469	ENSGT00940000177884	ENSGT00940000154287.b	ENSGT00730000111251
Channel catfish	MODERN SPECIES	12	AXL (ENSIPUG00000007233)	ENSIPUG00000007218	CYP2Y8 (ENSIPUG00000007134)	ENSIPUG00000007088	ENSIPUG00000006971	ENSIPUG00000006859	tgfb1 (ENSIPUG00000006804)	ENSIPUG00000006768	ppp5c (ENSIPUG00000006705)	ENSIPUG00000006665	ENSIPUG00000006648	CLDN5c (ENSIPUG00000006622) ##22	cldnd (ENSIPUG00000006610) #22	cldnd (ENSIPUG00000006604)	CLDN4 (ENSIPUG00000006594)	cldne (ENSIPUG00000006588) #22	ENSIPUG00000006569	ENSIPUG00000006561	sbds (ENSIPUG00000006536)	porb (ENSIPUG00000006471)	taf15 (ENSIPUG00000006422)	mmp28 (ENSIPUG00000006403)	fam124b (ENSIPUG00000006381)	cul3 (ENSIPUG00000006252)	ENSIPUG00000006206	ENSIPUG00000006187	DOCK10 (ENSIPUG00000006046)	ENSIPUG00000006023	shox2 (ENSIPUG00000006007)	CRGM2 (ENSIPUG00000005993)	rsrc1 (ENSIPUG00000005976)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	88	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642.e	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000158139.h	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000166320.r	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000164025.b.a
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	4	psph (ENSDCDG00000021868)	phkg1b (ENSDCDG00000021864)	chchd2 (ENSDCDG00000021861)	ENSDCDG00000021858	ENSDCDG00000021854	ENSDCDG00000021851 ##22	ENSDCDG00000021849 ##22	cldna (ENSDCDG00000021848) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000021847) #22	ENSDCDG00000021846	cldnj (ENSDCDG00000021845)	porb (ENSDCDG00000021661)	MMP28 (ENSDCDG00000021656)	FAM124B (ENSDCDG00000021655)	CUL3 (ENSDCDG00000021652)	CLDN4 (ENSDCDG00000021649) #22	porb (ENSDCDG00000021646)	sbds (ENSDCDG00000021643)	taf15 (ENSDCDG00000021638)	MMP28 (ENSDCDG00000021627)	FAM124B (ENSDCDG00000021623)	CUL3 (ENSDCDG00000021442)	SLC25A15 (ENSDCDG00000021414)	foxo1a (ENSDCDG00000021409)	cog6 (ENSDCDG00000021332)	ENSDCDG00000021292	NEK3 (ENSDCDG00000021287)	lpar6a (ENSDCDG00000021284)	RCBTB2 (ENSDCDG00000021275)	ENSDCDG00000021233	FNDC3A (ENSDCDG00000017436)
Denticle herring	MODERN SPECIES	4	GALNT17 (ENSDCDG00000021973)	flot2b (ENSDCDG00000021939)	txndc17 (ENSDCDG00000021930)	nxn (ENSDCDG00000021921)	ENSDCDG00000021909	glod4 (ENSDCDG00000021908)	NIPSNAP2 (ENSDCDG00000021871)	psph (ENSDCDG00000021868)	phkg1b (ENSDCDG00000021864)	chchd2 (ENSDCDG00000021861)	ENSDCDG00000021858	ENSDCDG00000021854	ENSDCDG00000021851 ##22	ENSDCDG00000021849 ##22	cldna (ENSDCDG00000021848) #22	CLDN4 (ENSDCDG00000021847) #22	ENSDCDG00000021846	cldnj (ENSDCDG00000021845)	porb (ENSDCDG00000021661)	MMP28 (ENSDCDG00000021656)	FAM124B (ENSDCDG00000021655)	CUL3 (ENSDCDG00000021652)	CLDN4 (ENSDCDG00000021649) #22	porb (ENSDCDG00000021646)	sbds (ENSDCDG00000021643)	taf15 (ENSDCDG00000021638)	MMP28 (ENSDCDG00000021627)	FAM124B (ENSDCDG00000021623)	CUL3 (ENSDCDG00000021442)	SLC25A15 (ENSDCDG00000021414)	foxo1a (ENSDCDG00000021409)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	255	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	378														ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000159596	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000155066.e.a	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000157469
Atlantic herring	MODERN SPECIES	25	ENSCHAG00000015781	ENSCHAG00000015270	ENSCHAG00000015234	ENSCHAG00000015210	ENSCHAG00000015199	ENSCHAG00000015171	ENSCHAG00000015139	ENSCHAG00000015108	ENSCHAG00000015012	ENSCHAG00000014990	ENSCHAG00000014982	CLDN3 (ENSCHAG00000014966) #21	ENSCHAG00000014947 ##22	cldnb (ENSCHAG00000014944) #22	ENSCHAG00000014921	CLDN4 (ENSCHAG00000014914) #22	cldnj (ENSCHAG00000014898)	ENSCHAG00000014879	ENSCHAG00000014860	ENSCHAG00000014847	sbds (ENSCHAG00000014793)	porb (ENSCHAG00000013466)	taf15 (ENSCHAG00000013444)	FAM124B (ENSCHAG00000013435)	cul3a (ENSCHAG00000013074)	ENSCHAG00000012986	DOCK10 (ENSCHAG00000009087)	shox2 (ENSCHAG00000008968)	ENSCHAG00000008938	ENSCHAG00000008919	SHKBP1 (ENSCHAG00000007793)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159087	ENSGT00940000157342.c.b	ENSGT01100000264027	ENSGT00940000163328.d	ENSGT00940000153768.b	ENSGT00940000164917
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22
Common carp reference	MODERN SPECIES	38	ENSCCRG00000016770	ENSCCRG00000072390	mrps12 (ENSCCRG00000081693)	ENSCCRG00000056409	efemp2b (ENSCCRG00000016634)	fibpb (ENSCCRG00000016605)	tmem223 (ENSCCRG00000055258)	ENSCCRG00000049819	ENSCCRG00000072318	ENSCCRG00000062526	phkg1b (ENSCCRG00000068698)	ENSCCRG00000049808	abhd11 (ENSCCRG00000065419) #20	cldn3d (ENSCCRG00000049804)	ENSCCRG00000068019	ENSCCRG00000063705 #22	ENSCCRG00000048475	nf2b (ENSCCRG00000046285)	ENSCCRG00000078014	sdf2 (ENSCCRG00000053855)	supt6h (ENSCCRG00000037455)	rpl23a (ENSCCRG00000062755)	ENSCCRG00000074908	ENSCCRG00000077148	ENSCCRG00000053015	nipal4 (ENSCCRG00000013282)	gria1b (ENSCCRG00000013226)	ENSCCRG00000063239	tmsb (ENSCCRG00000030283)	eif4ebp3 (ENSCCRG00000056398)	ankhd1 (ENSCCRG00000029016)
Goldfish	MODERN SPECIES	13	ppme1 (ENSCARG00000064752)	sms (ENSCARG00000064668)	CNKSR2 (ENSCARG00000064633)	ENSCARG00000064622	ENSCARG00000064606	mrps12 (ENSCARG00000064597)	NPAS4 (ENSCARG00000064588)	efemp2b (ENSCARG00000064581)	ENSCARG00000064568	ENSCARG00000064554	sumf2 (ENSCARG00000064519)	abhd11 (ENSCARG00000064500) #20	ENSCARG00000064489	cldnd (ENSCARG00000064478)	ENSCARG00000064464	CLDN4 (ENSCARG00000064457) #22	cldn30 (ENSCARG00000064445)	mettl27 (ENSCARG00000064427) #23	nf2b (ENSCARG00000064318)	sdf2 (ENSCARG00000064307)	supt6h (ENSCARG00000062608)	rpl23a (ENSCARG00000062493)	tlcd1 (ENSCARG00000062473)	ENSCARG00000062439	nipal4 (ENSCARG00000062424)	gria1b (ENSCARG00000062238)	ENSCARG00000062192	ENSCARG00000062169	eif4ebp3 (ENSCARG00000062143)	ankhd1 (ENSCARG00000051272)	zgc:110540 (ENSCARG00000050849)
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.a	ENSGT00940000155191.a.a	ENSGT00940000157053.u.a	ENSGT00940000165230.b	ENSGT00390000005712
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.a	ENSGT00940000155191.a.a	ENSGT00940000157053.u.a	ENSGT00940000165230.b	ENSGT00390000005712
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139.g	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704.a.a.c	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT01070000256431	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000155690.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.a	ENSGT00940000155191.a.a	ENSGT00940000157053.u.a	ENSGT00940000165230.b
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	5	ENSAMXG00000006076	tmem223 (ENSAMXG00000030822)	ENSAMXG00000041879	TMEM151A (ENSAMXG00000006067)	ENSAMXG00000006056	ENSAMXG00000036258	phkg1b (ENSAMXG00000006059)	abhd11 (ENSAMXG00000006053) #20	cldn3c (ENSAMXG00000035970)	CLDN3 (ENSAMXG00000041376) #21	CLDN4 (ENSAMXG00000032518) #22	ENSAMXG00000030998	CLDN4 (ENSAMXG00000029550) #22	mettl27 (ENSAMXG00000038855) #23	ENSAMXG00000031224	ENSAMXG00000036000 #22	cldn30 (ENSAMXG00000025940)	nf2b (ENSAMXG00000040793)	ENSAMXG00000006044	ENSAMXG00000031298	sdf2 (ENSAMXG00000006040)	supt6h (ENSAMXG00000006025)	ENSAMXG00000006018	rpl23a (ENSAMXG00000041598)	tlcd1 (ENSAMXG00000039536)	ca4c (ENSAMXG00000041730)	asl (ENSAMXG00000006009)	crcp (ENSAMXG00000043940)	tpst1l (ENSAMXG00000006004)	zgc:152891 (ENSAMXG00000005995)	st6gal1 (ENSAMXG00000005986)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	103	ENSGT00510000048287.b	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000156345.k.a #25	ENSGT00940000168646.a	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT01020000230351.E.c	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00940000158902
Northern pike	MODERN SPECIES		mettl16 (ENSELUG00000007931)	MNT (ENSELUG00000007956)	ENSELUG00000007982	limk1a (ENSELUG00000008029) #25	ENSELUG00000025579	NIPSNAP2 (ENSELUG00000008093)	psph (ENSELUG00000008121)	cct6a (ENSELUG00000008140)	phkg1a (ENSELUG00000000300)	chchd2 (ENSELUG00000008180)	ENSELUG00000008223	ENSELUG00000008244	cldna (ENSELUG00000008288) #22	ENSELUG00000008306 #22	cldnf (ENSELUG00000008312)	CLD4 (ENSELUG00000008349) #22	ENSELUG00000008335 #21	cldnj (ENSELUG00000008360)	ENSELUG00000008367	sbds (ENSELUG00000033529)	tyw1 (ENSELUG00000008449)	CALN1 (ENSELUG00000008494)	GALNT17 (ENSELUG00000008516)	ENSELUG00000008528	flot2b (ENSELUG00000008549)	FAM222B (ENSELUG00000008570)	ENSELUG00000008618	ENSELUG00000026151	DHX40 (ENSELUG00000008644)	pnkp (ENSELUG00000008693)	ENSELUG00000008755
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00940000168646.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00940000158139.i	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000166320.m	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000007237.r.e	ENSGT00940000163324.g.a	ENSGT00940000165734.p
Huchen	MODERN SPECIES	206	MNT (ENSHHUG00000040213)	ENSHHUG00000040173	limk1a (ENSHHUG00000040025) #25	ENSHHUG00000039973	NIPSNAP2 (ENSHHUG00000039840)	psph (ENSHHUG00000039809)	cct6a (ENSHHUG00000039739)	phkg1a (ENSHHUG00000039681)	chchd2 (ENSHHUG00000039675)	ENSHHUG00000039669	ENSHHUG00000039662	ENSHHUG00000039658	ENSHHUG00000039648	CLDN4 (ENSHHUG00000039643) #22	CLDN4 (ENSHHUG00000039638) #22	ENSHHUG00000039637 #22	ENSHHUG00000039630	cldnj (ENSHHUG00000039625)	ENSHHUG00000039619	sbds (ENSHHUG00000039602)	ENSHHUG00000039599	ENSHHUG00000039596
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00940000158139.i	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000007237.r.e	ENSGT00940000163324.g.a	ENSGT00940000165592.a.b
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000007237.r.e	ENSGT00940000163324.g.a.b	ENSGT00940000165734.p
Rainbow trout	MODERN SPECIES	16	cluha (ENSOMYG00000023297)	pafah1b1a (ENSOMYG00000027984)	mettl16 (ENSOMYG00000028045)	ENSOMYG00000028095	limk1a (ENSOMYG00000028698) #25	ENSOMYG00000030538	psph (ENSOMYG00000031092)	ENSOMYG00000031132	ENSOMYG00000031171	ENSOMYG00000031206	ENSOMYG00000031226	ENSOMYG00000031249	ENSOMYG00000056751	ENSOMYG00000031253 ##22	ENSOMYG00000031274	ENSOMYG00000031283 #22	ENSOMYG00000031288	ENSOMYG00000031295	tyw1 (ENSOMYG00000031311)	ENSOMYG00000031320	GALNT17 (ENSOMYG00000031332)	ENSOMYG00000031382	ENSOMYG00000031486	ENSOMYG00000031494	ENSOMYG00000051808	ENSOMYG00000014255	ENSOMYG00000014320	ENSOMYG00000014376	ENSOMYG00000014389	ENSOMYG00000040687	diabloa (ENSOMYG00000014397)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000007237.r.e	ENSGT00940000163324.g.a.b	ENSGT00940000165734.p
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Salmo	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00940000158139.i	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00940000166320.m	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00940000161532.b	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00940000170905	ENSGT00390000007237.r.e	ENSGT00940000163324.g.a
River trout	MODERN SPECIES	4	pafah1b1a (ENSSTUG00000049678)	mettl16 (ENSSTUG00000049685)	MNT (ENSSTUG00000049697)	limk1a (ENSSTUG00000049760) #25	NIPSNAP2 (ENSSTUG00000050063)	psph (ENSSTUG00000050145)	cct6a (ENSSTUG00000050152)	phkg1a (ENSSTUG00000050191)	chchd2 (ENSSTUG00000050206)	ENSSTUG00000050208	ENSSTUG00000050211	ENSSTUG00000050212	ENSSTUG00000050213 ##22	ENSSTUG00000050217	cldnf (ENSSTUG00000050218)	ENSSTUG00000050220 #22	cldnj (ENSSTUG00000050222)	ENSSTUG00000050224	sbds (ENSSTUG00000050226)	ENSSTUG00000050229	CALN1 (ENSSTUG00000050233)	GALNT17 (ENSSTUG00000050238)	flot2b (ENSSTUG00000050249)	FAM222B (ENSSTUG00000050291)	p2rx8 (ENSSTUG00000050293)	ENSSTUG00000050296	ENSSTUG00000050303	ENSSTUG00000050309	ENSSTUG00000050321	ENSSTUG00000033581	diabloa (ENSSTUG00000033584)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	391	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00510000047059.e.a.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00940000158902	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000167693	ENSGT00940000156028.s.g	ENSGT00390000007237.r.f	ENSGT00940000181974
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Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00940000158902.e	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000167693	ENSGT00940000156028.s.g	ENSGT00390000007237.r.f	ENSGT00940000181974.a
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Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	ENSOMYG00000031936	ENSOMYG00000031968	limk1a (ENSOMYG00000032207) #25	ENSOMYG00000056666	ENSOMYG00000033427	psph (ENSOMYG00000066074)	ENSOMYG00000037819	PHKG1 (ENSOMYG00000037194)	CHCHD2 (ENSOMYG00000037855)	ENSOMYG00000037860	ENSOMYG00000037866	ENSOMYG00000037875 ##22	ENSOMYG00000037886 ##22	ENSOMYG00000031269 #22	ENSOMYG00000076849	ENSOMYG00000066272 #22	cldnj (ENSOMYG00000051557)	ENSOMYG00000037902	ENSOMYG00000037909	tyw1 (ENSOMYG00000037979)	ENSOMYG00000038086	GALNT17 (ENSOMYG00000038098)	ENSOMYG00000038271	ENSOMYG00000038655	ENSOMYG00000038689	ENSOMYG00000054456	ENSOMYG00000038790	ENSOMYG00000038923	ENSOMYG00000038980	ENSOMYG00000071816	diabloa (ENSOMYG00000039003)
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	74				ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000154715.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000159328.s.b	ENSGT00940000165987.a.b	ENSGT00940000155796.c.a.c
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	63			ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000166320.n.b.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328.s.b	ENSGT00940000165987.a.b	ENSGT00940000155796.c.a.c	ENSGT01100000263520.a.a.a.a.b.b.a.a.b.e.a	ENSGT00940000155300.d
River trout	MODERN SPECIES	3	ENSSTUG00000030925	ENSSTUG00000030929	ENSSTUG00000030939	akt2l (ENSSTUG00000030956)	ENSSTUG00000031020	ENSSTUG00000031034	abhd11 (ENSSTUG00000031109) #20	cldn3c (ENSSTUG00000031116)	cldn3d (ENSSTUG00000031119)	cldn3c (ENSSTUG00000032246)	cldnb (ENSSTUG00000032293) #22	CLDN3 (ENSSTUG00000032307) #21	cldnd (ENSSTUG00000032310)	ENSSTUG00000032317	mettl27 (ENSSTUG00000032323) #23	CLDN4 (ENSSTUG00000032333) #22	ENSSTUG00000032343	cldn30 (ENSSTUG00000032356)	nf2b (ENSSTUG00000032427)	ENSSTUG00000033914	ENSSTUG00000033932	ENSSTUG00000033980	ENSSTUG00000034051	ENSSTUG00000034062	ENSSTUG00000034071	nsrp1 (ENSSTUG00000034078)	ENSSTUG00000034095	dnajc3b (ENSSTUG00000034208)	ENSSTUG00000034253	ENSSTUG00000034368	smg6 (ENSSTUG00000034398)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	2	gfpt2 (ENSSSAG00000065788)	ENSSSAG00000068679	ENSSSAG00000070348	ENSSSAG00000097880	ENSSSAG00000070352	ENSSSAG00000085413	ENSSSAG00000070363	ENSSSAG00000098175	ENSSSAG00000111663	ENSSSAG00000070509	ABHD11 (ENSSSAG00000104299) #20	cldn3d (ENSSSAG00000117167)	cldn3c (ENSSSAG00000070549)	cldnd (ENSSSAG00000116286)	ENSSSAG00000121990	ENSSSAG00000091243 #22	cldn30 (ENSSSAG00000091632)	wbscr27 (ENSSSAG00000119731) #23	nf2b (ENSSSAG00000006873)	ENSSSAG00000085239	supt6h (ENSSSAG00000070598)	ENSSSAG00000112905	ENSSSAG00000070893	ENSSSAG00000111392	ENSSSAG00000093646	ENSSSAG00000070903	nsrp1 (ENSSSAG00000094788)	ssh2b (ENSSSAG00000004239)	coro6 (ENSSSAG00000004602)	ENSSSAG00000004755	ENSSSAG00000004866
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Rainbow trout	MODERN SPECIES	364	ENSOMYG00000038419	ENSOMYG00000038468	ENSOMYG00000038870	ENSOMYG00000050467	ENSOMYG00000045127	ENSOMYG00000065999	ENSOMYG00000065902	ENSOMYG00000057675	supt6h (ENSOMYG00000045096)	sdf2 (ENSOMYG00000059851)	ENSOMYG00000048769	ENSOMYG00000045081	nf2b (ENSOMYG00000044682)	mettl27 (ENSOMYG00000072030) #23	cldn30 (ENSOMYG00000044638)	ENSOMYG00000053589 #22	cldnd (ENSOMYG00000044634)	ENSOMYG00000044632 #22	cldnb (ENSOMYG00000044630) #22	ENSOMYG00000039646	ENSOMYG00000051238	cldn3c (ENSOMYG00000054314)	cldn3d (ENSOMYG00000044625)	cldn3c (ENSOMYG00000053009)	abhd11 (ENSOMYG00000044621) #20	ENSOMYG00000044607	ENSOMYG00000044601	ENSOMYG00000044593	ENSOMYG00000060772	ENSOMYG00000044579	ENSOMYG00000044562
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	109				ENSGT00950000183015.E.i.b	ENSGT00940000166182.d.b	ENSGT00940000157189.c.d	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320.n.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.d #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000164025.a.b.a.k.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.h #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000170934	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.d #22	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b.e	ENSGT00940000158885.d	ENSGT00510000047446.m.b	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154725.j.f	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.a	ENSGT00390000014380.h.a.f.a.b	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000154715.a.b.a.a.b.a.a
Chinook salmon	MODERN SPECIES	26	ENSOTSG00005006147	zgc:123105 (ENSOTSG00005007249)	gfpt2 (ENSOTSG00005007253)	MAPK9 (ENSOTSG00005007263)	ENSOTSG00005007280	akt2l (ENSOTSG00005007284)	ENSOTSG00005007383	ENSOTSG00005007384	abhd11 (ENSOTSG00005007763) #20	cldn3c (ENSOTSG00005007764)	cldn3d (ENSOTSG00005007765)	cldnb (ENSOTSG00005007766) #22	ENSOTSG00005007767 #21	cldnd (ENSOTSG00005007768)	ENSOTSG00005007769	CLDN4 (ENSOTSG00005007770) #22	cldn30 (ENSOTSG00005007771)	ENSOTSG00005007774	nf2b (ENSOTSG00005007786)	ENSOTSG00005023819	ENSOTSG00005023877	sdf2 (ENSOTSG00005023879)	ENSOTSG00005023883	ENSOTSG00005023917	ovca2 (ENSOTSG00005023921)	ENSOTSG00005023922	ENSOTSG00005023924	RTN4RL1 (ENSOTSG00005023935)	RPA1 (ENSOTSG00005023950)	ENSOTSG00005024012	ENSOTSG00005024013
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000178296	ENSGT00940000155796.c.a	ENSGT00940000155300
Cod	MODERN SPECIES	7	ENSGMOG00000025997	ENSGMOG00000018528	ENSGMOG00000018488	ENSGMOG00000018476	ENSGMOG00000026154	ENSGMOG00000018456	ENSGMOG00000018445	ENSGMOG00000018425	ENSGMOG00000018401	ENSGMOG00000018381	ENSGMOG00000024470	ENSGMOG00000020245	ENSGMOG00000020247 ##22	ENSGMOG00000028787 #22	ENSGMOG00000020278	ENSGMOG00000020276 #22	ENSGMOG00000034618	ENSGMOG00000000672	ENSGMOG00000018356	ENSGMOG00000036967	ENSGMOG00000025036	ENSGMOG00000023030	ENSGMOG00000001372	ENSGMOG00000036953	ENSGMOG00000037143	ENSGMOG00000013115	ENSGMOG00000020483	ENSGMOG00000013250	ENSGMOG00000013256	ENSGMOG00000031759	ENSGMOG00000013367
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000178296	ENSGT00940000155796.c.a	ENSGT00940000155300
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
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Orange clownfish	DUPLICATION
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Orange clownfish	MODERN SPECIES	6	CCDC92B (ENSAPEG00000017260)	CLUH (ENSAPEG00000017276)	pafah1b1b (ENSAPEG00000017323)	mntb (ENSAPEG00000017389)	septin4a (ENSAPEG00000017422)	LIMK1 (ENSAPEG00000017460) #25	mrps17 (ENSAPEG00000017481)	NIPSNAP2 (ENSAPEG00000017496)	cct6a (ENSAPEG00000017553)	sumf2 (ENSAPEG00000017619)	abhd11 (ENSAPEG00000017637) #20	cldn3c (ENSAPEG00000017664)	cldn3d (ENSAPEG00000017746)	ENSAPEG00000017968	cldnd (ENSAPEG00000018152)	CLDN4 (ENSAPEG00000018270) #22	cldn30 (ENSAPEG00000018285)	mettl27 (ENSAPEG00000018293) #23	nf2b (ENSAPEG00000018307)	ENSAPEG00000018398	sdf2 (ENSAPEG00000018415)	supt6h (ENSAPEG00000018434)	ENSAPEG00000018607	ENSAPEG00000018711	ENSAPEG00000018719	nsrp1 (ENSAPEG00000018767)	ssh2b (ENSAPEG00000018864)	ENSAPEG00000018886	ABHD15 (ENSAPEG00000018938)	ENSAPEG00000019000	smg6 (ENSAPEG00000019101)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165704.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000178296	ENSGT00940000155796.c.a
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.b.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.b.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203
Nile tilapia	MODERN SPECIES	1	cldnd (ENSONIG00000021099)	pdha1a (ENSONIG00000008757)	ENSONIG00000036059	ENSONIG00000027657	ENSONIG00000031392 #22	ENSONIG00000021101	ENSONIG00000031461	ENSONIG00000042206	ENSONIG00000040031	ENSONIG00000028894	ENSONIG00000030521	ENSONIG00000035527	ENSONIG00000041413	pdha1a (ENSONIG00000008761)	ENSONIG00000041008	CLDN4 (ENSONIG00000021100) #22	cldn30 (ENSONIG00000028092)	mettl27 (ENSONIG00000005501) #23	nf2b (ENSONIG00000005502)	ENSONIG00000039680	sdf2 (ENSONIG00000036746)	supt6h (ENSONIG00000005512)	ENSONIG00000005519	ENSONIG00000005520	ENSONIG00000028639	ENSONIG00000033488	ENSONIG00000041020	ENSONIG00000005524	nsrp1 (ENSONIG00000005565)	ssh2b (ENSONIG00000005567)	coro6 (ENSONIG00000005571)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000160378.gb	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	297	cct6a (ENSNBRG00000002182)	sumf2 (ENSNBRG00000001930)	abhd11 (ENSNBRG00000001879) #20	cldn3c (ENSNBRG00000001807)	cldn3d (ENSNBRG00000001750)	cldnb (ENSNBRG00000001609) #22	cldn29 (ENSNBRG00000001529)	cldnd (ENSNBRG00000001514)	ENSNBRG00000001496	pdha1a (ENSNBRG00000001449)	ENSNBRG00000001431	ENSNBRG00000001407	ENSNBRG00000001389	ENSNBRG00000001385	ENSNBRG00000001361	CLDN4 (ENSNBRG00000001277) #22	cldn30 (ENSNBRG00000001263)	mettl27 (ENSNBRG00000001252) #23	nf2b (ENSNBRG00000001190)	ENSNBRG00000001162	sdf2 (ENSNBRG00000001135)	supt6h (ENSNBRG00000001035)	ENSNBRG00000000995	ENSNBRG00000000959
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160378.gb.a.b	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	778																ENSHBUG00000021851 #22	cldn30 (ENSHBUG00000021789)	mettl27 (ENSHBUG00000021777) #23	nf2b (ENSHBUG00000021758)	ENSHBUG00000021726	sdf2 (ENSHBUG00000021715)	supt6h (ENSHBUG00000021694)	ENSHBUG00000000667	ENSHBUG00000021528	nsrp1 (ENSHBUG00000021510)	ssh2b (ENSHBUG00000021499)	ENSHBUG00000021486	ENSHBUG00000021446	ENSHBUG00000021434	ENSHBUG00000021420	smg6 (ENSHBUG00000021311)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000160378.gb.a.a	ENSGT00940000156258.f.a.a.b	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203
P. nyererei	MODERN SPECIES	447	ENSPNYG00000022672	ENSPNYG00000022666	AXL (ENSPNYG00000022656)	ENSPNYG00000022645	ENSPNYG00000022639	ENSPNYG00000022620	ENSPNYG00000022588	ENSPNYG00000022549	tgfb1a (ENSPNYG00000022526)	ppp5c (ENSPNYG00000022513)	ENSPNYG00000022504	GCGR (ENSPNYG00000022497)	ENSPNYG00000022492	ENSPNYG00000022487 ##22	cldna (ENSPNYG00000022473) #22	ENSPNYG00000022431 #22	cldnj (ENSPNYG00000022422)	ENSPNYG00000022416	sbds (ENSPNYG00000022403)	tyw1 (ENSPNYG00000022381)	CALN1 (ENSPNYG00000022372)	GALNT17 (ENSPNYG00000022360)	rhbdd1 (ENSPNYG00000022350)	ENSPNYG00000022341	ENSPNYG00000022338	ENSPNYG00000022333	eml2 (ENSPNYG00000022324)	ENSPNYG00000022298	GPR4 (ENSPNYG00000022294)	ENSPNYG00000022283	polr1g (ENSPNYG00000022270)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000160378.gb.a.a	ENSGT00940000156258.f.a.a.b.a	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203
Eastern happy	DUPLICATION
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	ENSACLG00000019915	ENSACLG00000019722	ENSACLG00000019671	ENSACLG00000019572	ENSACLG00000019547	ENSACLG00000019308	ENSACLG00000019211	tgfb1a (ENSACLG00000019195)	ppp5c (ENSACLG00000019133)	ENSACLG00000019116	GCGR (ENSACLG00000018929)	ENSACLG00000018917	ENSACLG00000018908 ##22	cldna (ENSACLG00000018893) #22	ENSACLG00000018885	ENSACLG00000018806 #22	cldnj (ENSACLG00000018793)	ENSACLG00000018780	sbds (ENSACLG00000018750)	tyw1 (ENSACLG00000018688)	ENSACLG00000018655	GALNT17 (ENSACLG00000018583)	rhbdd1 (ENSACLG00000018526)	ENSACLG00000018474	eml2 (ENSACLG00000018375)	GPR4 (ENSACLG00000018352)	ENSACLG00000018329	polr1g (ENSACLG00000018258)	irf2bp1 (ENSACLG00000018248)	foxa3 (ENSACLG00000018238)	PLD3 (ENSACLG00000018212)
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Zebra mbuna	DUPLICATION
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Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h.j.a.b	ENSGT00940000162064.h.j.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000162095.i.b #21	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00950000183059.b.b	ENSGT00940000166203	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000166340
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	4	AXL (ENSOJAG00000009489)	ENSOJAG00000009341	ENSOJAG00000008629	ENSOJAG00000008550	ENSOJAG00000008507	tgfb1a (ENSOJAG00000008490)	ppp5c (ENSOJAG00000008314)	ENSOJAG00000008298	ENSOJAG00000008288	ENSOJAG00000008273 #21	ENSOJAG00000008265 ##22	cldna (ENSOJAG00000008259) #22	cldna (ENSOJAG00000008243) #22	cldne (ENSOJAG00000008234) #21	cldnf (ENSOJAG00000008225)	ENSOJAG00000008218 #22	ENSOJAG00000008213	ENSOJAG00000008189	sbds (ENSOJAG00000008156)	tyw1 (ENSOJAG00000006793)	CALN1 (ENSOJAG00000006682)	GALNT17 (ENSOJAG00000006465)	rhbdd1 (ENSOJAG00000006437)	PLD3 (ENSOJAG00000005957)	ENSOJAG00000020071	ENSOJAG00000020063	ENSOJAG00000020044	eml2 (ENSOJAG00000017141)	ENSOJAG00000017065	ENSOJAG00000017038	ENSOJAG00000017029
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	82	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000181859	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00940000178129	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000177245	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1615	OPA3 (ENSNFUG00015014603)	HNRNPUL1 (ENSNFUG00015013709)	rasgrp4 (ENSNFUG00015013477)	LGALS4 (ENSNFUG00015011928)	AXL (ENSNFUG00015011765)	ENSNFUG00015011736	cyp2y3 (ENSNFUG00015011488)	ENSNFUG00015011346	tgfb1a (ENSNFUG00015011121)	ppp5c (ENSNFUG00015010981)	ENSNFUG00015010964	CR382327.1 (ENSNFUG00015010958)	ENSNFUG00015010954 ##22	ENSNFUG00015010950 ##22	CLDN4 (ENSNFUG00015010942) #22	ENSNFUG00015010936 #22	cldna (ENSNFUG00015010931) #22	cldnj (ENSNFUG00015010925)	ENSNFUG00015010918	SBDS (ENSNFUG00015010901)	ENSNFUG00015010897	tyw1 (ENSNFUG00015010462)	CALN1 (ENSNFUG00015010423)	GALNT17 (ENSNFUG00015010372)	rhbdd1 (ENSNFUG00015010320)	ENSNFUG00015010304	tnni1d (ENSNFUG00015010293)	st8sia1 (ENSNFUG00015010277)	NOVA2 (ENSNFUG00015010245)	ENSNFUG00015010233	IRF2BP1 (ENSNFUG00015010227)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	341											ppp5c (ENSKMAG00000018310)	ENSKMAG00000018369	ENSKMAG00000018413	ENSKMAG00000018488 #22	ENSKMAG00000018513	CLDN4 (ENSKMAG00000018522) #22	sbds (ENSKMAG00000018542)	ENSKMAG00000018572	tyw1 (ENSKMAG00000018599)	CALN1 (ENSKMAG00000018626)	GALNT17 (ENSKMAG00000018643)	rhbdd1 (ENSKMAG00000018696)	ENSKMAG00000018714	eml2 (ENSKMAG00000018736)	GPR4 (ENSKMAG00000018778)
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Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00940000178296	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000155796.c.a
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000178296	ENSGT00940000155796.c.a
Barramundi perch	MODERN SPECIES	94	SUPT20H (ENSLCAG00010024675)	exosc8 (ENSLCAG00010024655)	alg5 (ENSLCAG00010024647)	ENSLCAG00010024636	rfxap (ENSLCAG00010024629)	ENSLCAG00010024625	abhd11 (ENSLCAG00010024620) #20	cldn3c (ENSLCAG00010024616)	cldn3d (ENSLCAG00010024613)	cldnb (ENSLCAG00010024611) #22	CLDN4 (ENSLCAG00010024609) #22	ENSLCAG00010024605 #21	cldnd (ENSLCAG00010024604)	ENSLCAG00010024602	ENSLCAG00010024600	CLDN4 (ENSLCAG00010024599) #22	ENSLCAG00010024597	nf2b (ENSLCAG00010024562)	mettl27 (ENSLCAG00010024539) #23	ENSLCAG00010024532	sdf2 (ENSLCAG00010024527)	supt6h (ENSLCAG00010024343)	ENSLCAG00010024281	ENSLCAG00010024259	ENSLCAG00010024247	nsrp1 (ENSLCAG00010024241)	ssh2b (ENSLCAG00010024229)	coro6 (ENSLCAG00010024215)	ENSLCAG00010024206	ENSLCAG00010024195	ENSLCAG00010024180
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Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000154622.a.b.m	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000155796.c.a	ENSGT00940000155300
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	4	ppp1r13l (ENSBSLG00000026679)	opa3 (ENSBSLG00000026680)	HNRNPUL1 (ENSBSLG00000026681)	rasgrp4 (ENSBSLG00000026682)	ENSBSLG00000026684	ENSBSLG00000026685	ENSBSLG00000026686	ENSBSLG00000026687	ENSBSLG00000026688	tgfb1a (ENSBSLG00000026689)	ppp5c (ENSBSLG00000026690)	ENSBSLG00000026691	ENSBSLG00000026692	ENSBSLG00000026693 ##22	ENSBSLG00000026694	ENSBSLG00000026696 #22	ENSBSLG00000026697	ENSBSLG00000026698	sbds (ENSBSLG00000026699)	tyw1 (ENSBSLG00000026700)	CALN1 (ENSBSLG00000026701)	GALNT17 (ENSBSLG00000026702)	rhbdd1 (ENSBSLG00000026703)	eml2 (ENSBSLG00000026704)	GPR4 (ENSBSLG00000026705)	ENSBSLG00000026708	ENSBSLG00000026709	irf2bp1 (ENSBSLG00000026710)	foxa3 (ENSBSLG00000026711)	PLD3 (ENSBSLG00000026713)	kcnk6 (ENSBSLG00000026718)
Climbing perch	MODERN SPECIES	5	mntb (ENSATEG00000007954)	septin4a (ENSATEG00000007945)	ENSATEG00000007926 #25	ENSATEG00000025718	MRPS17 (ENSATEG00000026448)	ENSATEG00000025897	ENSATEG00000007825	sumf2 (ENSATEG00000007806)	ENSATEG00000007792	abhd11 (ENSATEG00000007786) #20	cldn3c (ENSATEG00000007564)	cldnb (ENSATEG00000007339) #22	ENSATEG00000007427	CLDN4 (ENSATEG00000007419) #22	ENSATEG00000007320	CLDN4 (ENSATEG00000028988) #22	cldn30 (ENSATEG00000007164)	ENSATEG00000026291	mettl27 (ENSATEG00000007158) #23	ENSATEG00000007141	nf2b (ENSATEG00000007135)	ENSATEG00000007104	sdf2 (ENSATEG00000007088)	supt6h (ENSATEG00000006950)	ENSATEG00000006851	nsrp1 (ENSATEG00000026847)	ssh2b (ENSATEG00000006802)	coro6 (ENSATEG00000006768)	ENSATEG00000006750	ENSATEG00000006726	ENSATEG00000006599
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000154593.a.a.h	ENSGT00940000159577	ENSGT00940000157328.C	ENSGT00940000159541	ENSGT00940000165985	ENSGT00390000007221.a.a	ENSGT00390000002845	ENSGT00390000014889.b	ENSGT00940000157753	ENSGT00390000015996	ENSGT00950000182924.B.a.b	ENSGT00940000164397.b	ENSGT00940000158570	ENSGT00940000157177
Fugu	MODERN SPECIES	6	mntb (ENSTRUG00000011273)	septin4a (ENSTRUG00000010944)	LIMK1 (ENSTRUG00000010715) #25	mrps17 (ENSTRUG00000024068)	NIPSNAP2 (ENSTRUG00000019765)	cct6a (ENSTRUG00000010228)	ENSTRUG00000024620	abhd11 (ENSTRUG00000010167) #20	cldn3c (ENSTRUG00000029881)	cldn3d (ENSTRUG00000019938)	cldnb (ENSTRUG00000029718) #22	cldn27c (ENSTRUG00000009871) #22	cldn29a (ENSTRUG00000009962)	ENSTRUG00000022057	ENSTRUG00000027079	cldn28b (ENSTRUG00000032283) #22	cldn30 (ENSTRUG00000026953)	zgc:56585 (ENSTRUG00000023552)	LARP1 (ENSTRUG00000009470)	faxdc2 (ENSTRUG00000009414)	macroh2a1 (ENSTRUG00000009196)	pitx1 (ENSTRUG00000009140)	PCBD2 (ENSTRUG00000009098)	txndc15 (ENSTRUG00000009071)	zgc:77058 (ENSTRUG00000019776)	ddx46 (ENSTRUG00000008878)	camlg (ENSTRUG00000008826)	SEC24A (ENSTRUG00000008656)	sar1b (ENSTRUG00000007269)	JADE2 (ENSTRUG00000008402)	cdkn2aipnl (ENSTRUG00000008396)
Tetraodon	MODERN SPECIES	22	FBXO40 (ENSTNIG00000016124)	CLUH (ENSTNIG00000016123)	pafah1b1b (ENSTNIG00000000676)	ENSTNIG00000016122	mrps17 (ENSTNIG00000016121)	NIPSNAP2 (ENSTNIG00000016120)	cct6a (ENSTNIG00000016119)	ENSTNIG00000016118	abhd11 (ENSTNIG00000016117) #20	cldn3c (ENSTNIG00000016116)	cldnb (ENSTNIG00000016115) #22	CLDN4 (ENSTNIG00000016114) #22	cldnd (ENSTNIG00000016113)	ENSTNIG00000016112	ENSTNIG00000016111	CLDN4 (ENSTNIG00000016110) #22	ENSTNIG00000016108	LARP1 (ENSTNIG00000016107)	faxdc2 (ENSTNIG00000016106)	macroh2a1 (ENSTNIG00000016105)	pitx1 (ENSTNIG00000016104)	PCBD2 (ENSTNIG00000016103)	txndc15 (ENSTNIG00000016102)	zgc:77058 (ENSTNIG00000001939)	med21 (ENSTNIG00000016101)	ddx46 (ENSTNIG00000016100)	camlg (ENSTNIG00000016099)	SEC24A (ENSTNIG00000016098)	sar1b (ENSTNIG00000016097)	ENSTNIG00000000024	JADE2 (ENSTNIG00000016096)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	325	HNRNPUL1 (ENSLBEG00000018092)	rasgrp4 (ENSLBEG00000018003)	ENSLBEG00000017765	LGALS4 (ENSLBEG00000017655)	AXL (ENSLBEG00000017604)	ENSLBEG00000017581	ENSLBEG00000017543	ENSLBEG00000017434	ENSLBEG00000017346	tgfb1a (ENSLBEG00000017295)	ppp5c (ENSLBEG00000017243)	ENSLBEG00000017216	ENSLBEG00000017150	cldna (ENSLBEG00000017050) #22	ENSLBEG00000016887	ENSLBEG00000016874 #22	ENSLBEG00000016749	ENSLBEG00000016713	sbds (ENSLBEG00000016687)	ENSLBEG00000016651
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000181859	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165067	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000153887.B	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00950000183136.a.a	ENSGT00390000002237	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00940000178296
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000064130	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j.b #23	ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.a.a.g.a.b.a	ENSGT00940000159212.b	ENSGT00940000158885	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000160421.j	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00940000155796.c.a	ENSGT00940000155300	ENSGT00390000003541
Stickleback	MODERN SPECIES		ENSGACG00000012940	LGALS4 (ENSGACG00000012917)	AXL (ENSGACG00000012909)	ENSGACG00000012904	cyp2y3 (ENSGACG00000012840)	ENSGACG00000012821	tgfb1a (ENSGACG00000012798)	ppp5c (ENSGACG00000012759)	ENSGACG00000012756	ENSGACG00000012747	ENSGACG00000012743	ENSGACG00000012742 ##22	CLDN4 (ENSGACG00000012739) #22	ENSGACG00000012735 #22	cldnf (ENSGACG00000012732)	CLDN4 (ENSGACG00000012725) #22	ENSGACG00000012723	ENSGACG00000012721	cldna (ENSGACG00000012720) #22	cldnj (ENSGACG00000012717)	ENSGACG00000012714	sbds (ENSGACG00000012697)	tyw1 (ENSGACG00000012692)	CALN1 (ENSGACG00000012689)	ENSGACG00000012687	rhbdd1 (ENSGACG00000012684)	eml2 (ENSGACG00000012646)	ENSGACG00000012634	ENSGACG00000012628	ENSGACG00000012627	polr1g (ENSGACG00000012623)
Lumpfish	DUPLICATION
Lumpfish	MODERN SPECIES	4	AXL (ENSCLMG00005010942)	ENSCLMG00005010971	ENSCLMG00005010972	ENSCLMG00005011790	ENSCLMG00005011791	tgfb1a (ENSCLMG00005011794)	ppp5c (ENSCLMG00005011797)	ENSCLMG00005011842	ENSCLMG00005011844	ENSCLMG00005011845	CLDN3 (ENSCLMG00005011846) #21	ENSCLMG00005011847 ##22	cldna (ENSCLMG00005011848) #22	ENSCLMG00005011849	cldnf (ENSCLMG00005011850)	CLDN4 (ENSCLMG00005011851) #22	ENSCLMG00005011852	cldnj (ENSCLMG00005011853)	ENSCLMG00005011854	sbds (ENSCLMG00005011855)	tyw1 (ENSCLMG00005011857)	CALN1 (ENSCLMG00005011901)	GALNT17 (ENSCLMG00005011903)	rhbdd1 (ENSCLMG00005011904)	eml2 (ENSCLMG00005011919)	ENSCLMG00005014024	ENSCLMG00005014026	polr1g (ENSCLMG00005014029)	irf2bp1 (ENSCLMG00005014031)	foxa3 (ENSCLMG00005014034)	PLD3 (ENSCLMG00005014037)
Lumpfish	MODERN SPECIES	5	septin4a (ENSCLMG00005013159)	ENSCLMG00005013158 #25	mrps17 (ENSCLMG00005013157)	NIPSNAP2 (ENSCLMG00005013127)	cct6a (ENSCLMG00005013095)	ENSCLMG00005013011	ENSCLMG00005013008	abhd11 (ENSCLMG00005013007) #20	cldn3c (ENSCLMG00005013006)	cldn3d (ENSCLMG00005013003)	cldnb (ENSCLMG00005013001) #22	ENSCLMG00005012999 #22	cldnd (ENSCLMG00005012998)	cldnd (ENSCLMG00005012996)	cldnd (ENSCLMG00005012995)	CLDN4 (ENSCLMG00005012994) #22	cldn30 (ENSCLMG00005012992)	nf2b (ENSCLMG00005012980)	mettl27 (ENSCLMG00005012972) #23	ENSCLMG00005012969	ENSCLMG00005012968	sdf2 (ENSCLMG00005012967)	supt6h (ENSCLMG00005012497)	ENSCLMG00005012484	ENSCLMG00005012472	nsrp1 (ENSCLMG00005012470)	ssh2b (ENSCLMG00005012420)	ENSCLMG00005012416	ENSCLMG00005011993	smg6 (ENSCLMG00005011989)	ovca2 (ENSCLMG00005011984)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	202																ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	208																ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22
European seabass	MODERN SPECIES	3	rasgrp4 (ENSDLAG00005005646)	ENSDLAG00005006473	ENSDLAG00005009065	ENSDLAG00005009096	ENSDLAG00005009539	ENSDLAG00005009558	ENSDLAG00005009850	ENSDLAG00005031561	ppp5c (ENSDLAG00005009908)	ENSDLAG00005010449	ENSDLAG00005010469	ENSDLAG00005010475	cldnf (ENSDLAG00005026658)	ENSDLAG00005035087	ENSDLAG00005026580	ENSDLAG00005010496 #22	ENSDLAG00005033601	ENSDLAG00005029214	tyw1 (ENSDLAG00005010551)	ENSDLAG00005010741	GALNT17 (ENSDLAG00005027816)	GALNT17 (ENSDLAG00005033910)	ENSDLAG00005010844	ENSDLAG00005012529	ENSDLAG00005012534	ENSDLAG00005012570	irf2bp1 (ENSDLAG00005012579)	foxa3 (ENSDLAG00005012583)	ENSDLAG00005012595	ENSDLAG00005033731	ENSDLAG00005034851
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	479	AXL (ENSLCRG00005006955)	ENSLCRG00005006982	ENSLCRG00005006985	ENSLCRG00005007014	ENSLCRG00005008219	tgfb1a (ENSLCRG00005008221)	ppp5c (ENSLCRG00005008222)	ENSLCRG00005008225	GCGR (ENSLCRG00005008228)	ENSLCRG00005008233	ENSLCRG00005008234	ENSLCRG00005008236 ##22	ENSLCRG00005008239	cldnf (ENSLCRG00005008240)	ENSLCRG00005008242 #21	ENSLCRG00005008244 #22	cldna (ENSLCRG00005008245) #22	ENSLCRG00005008248	ENSLCRG00005008250	cldnj (ENSLCRG00005008252)	ENSLCRG00005008255	sbds (ENSLCRG00005008258)	tyw1 (ENSLCRG00005008286)	CALN1 (ENSLCRG00005009241)	GALNT17 (ENSLCRG00005009243)	rhbdd1 (ENSLCRG00005009249)	eml2 (ENSLCRG00005009327)	ENSLCRG00005016577	ENSLCRG00005016579	polr1g (ENSLCRG00005016582)	irf2bp1 (ENSLCRG00005016583)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	4	CLUH (ENSSAUG00010015172)	pafah1b1b (ENSSAUG00010018920)	mntb (ENSSAUG00010018925)	septin4a (ENSSAUG00010018926)	LIMK1 (ENSSAUG00010018937) #25	mrps17 (ENSSAUG00010019132)	NIPSNAP2 (ENSSAUG00010019136)	cct6a (ENSSAUG00010019231)	ENSSAUG00010019270	abhd11 (ENSSAUG00010019368) #20	cldn3c (ENSSAUG00010019369)	CLDN3 (ENSSAUG00010019372) #21	cldnb (ENSSAUG00010001484) #22	CLDN4 (ENSSAUG00010001497) #22	cldnd (ENSSAUG00010001502)	CLDN4 (ENSSAUG00010001506) #22	ENSSAUG00010001517	cldn30 (ENSSAUG00010001524)	cbln17 (ENSSAUG00010001537)	ENSSAUG00010001544	ENSSAUG00010001574	mettl27 (ENSSAUG00010001615) #23	mettl27 (ENSSAUG00010001639) #23	ENSSAUG00010001689	ENSSAUG00010001696	ENSSAUG00010001702	cbln17 (ENSSAUG00010001712)	ENSSAUG00010001723	mettl27 (ENSSAUG00010001735) #23	ENSSAUG00010001746	ENSSAUG00010001748
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	967																ENSGT00940000154762.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.b.b #22
P. nyererei	MODERN SPECIES	321	mntb (ENSPNYG00000017928)	septin4a (ENSPNYG00000018040)	LIMK1 (ENSPNYG00000018623) #25	ENSPNYG00000018680	mrps17 (ENSPNYG00000018693)	NIPSNAP2 (ENSPNYG00000018700)	cct6a (ENSPNYG00000018731)	sumf2 (ENSPNYG00000018820)	abhd11 (ENSPNYG00000018833) #20	cldn3c (ENSPNYG00000018855)	cldn3d (ENSPNYG00000018872)	CLDN4 (ENSPNYG00000018919) #22	ENSPNYG00000018937 #22	cldnd (ENSPNYG00000018943)	pdha1a (ENSPNYG00000018954)	ENSPNYG00000018979 #22	ENSPNYG00000018990	ENSPNYG00000019000
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.a ##22
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.a ##22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.a ##22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.a ##22
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00940000159512	ENSGT01100000263552.h.b.s.b.a	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000157421	ENSGT00530000063725.j	ENSGT01030000234627.a.b.b ##19	ENSGT01030000234627.a.a.d ##19	ENSGT00940000160236	ENSGT01030000234576.D.a.b.b	ENSGT00940000160215	ENSGT00940000154615	ENSGT00940000162015.a.b	ENSGT00940000162015.a.a	ENSGT00390000018316.a	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	178														ENSGT00390000018316.b.b	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155138.i.b.b	ENSGT01050000244815.A.c.a.a.b.h.b	ENSGT00950000182788.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160153	ENSGT00940000154615	ENSGT00940000162015.a.b	ENSGT00940000162015.a.a	ENSGT00940000162829	ENSGT00940000154999.B.h	ENSGT00940000154999.A.g.a.a	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.a	ENSGT00940000155138.i.b.a	ENSGT00390000018316.a	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00960000190267	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126	ENSGT00940000154715.b.k.b.a.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000162921	ENSGT00390000015229	ENSGT00530000064242.a	ENSGT00950000185235	ENSGT00500000045140.a.a	ENSGT00940000157101.d.a.a.b	ENSGT00940000157101.d.a.a.a.a	ENSGT00940000157101.d.a.b	ENSGT00940000163342	ENSGT00940000164396
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01050000244815.A.c.a.a.b.h.b	ENSGT00950000182788.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000160153	ENSGT00940000154615	ENSGT00940000162015.a.b	ENSGT00940000162015.a.a	ENSGT00940000162829	ENSGT00940000154999.B.h	ENSGT00940000155138.i.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155138.i.b.a	ENSGT00390000018316.a	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00960000190267	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126	ENSGT00940000154715.b.k.b.a.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000162921	ENSGT00940000162879	ENSGT00390000015229	ENSGT00950000185235	ENSGT00500000045140.a.a	ENSGT00940000157101.d.a.b	ENSGT00940000157101.d.a.a.a.b	ENSGT00940000163342	ENSGT00940000164396	ENSGT00390000003249
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	16			ENSGT00940000154999.B.i	ENSGT01060000251211	ENSGT00940000160153	ENSGT00940000154615	ENSGT00950000182788.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT00950000182788.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000162829	ENSGT00940000154999.B.h	ENSGT00940000155138.i.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.a.a	ENSGT00390000018316.a.a	ENSGT00940000161127.j	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126	ENSGT00940000154715.b.k.b.a.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000162921	ENSGT00940000162879	ENSGT00390000015229	ENSGT00950000185235	ENSGT00500000045140.a.a	ENSGT00940000157101.d.a.b.b	ENSGT00940000157101.d.a.a.b	ENSGT00940000157101.d.a.a.a.b	ENSGT00940000163342	ENSGT00940000164396	ENSGT00390000003249
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	22						ENSGT00950000182788.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT00950000182788.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000162829	ENSGT00940000154999.B.h	ENSGT00940000155138.i.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.a.a	ENSGT00390000018316.a.a	ENSGT00390000018316.b.b	ENSGT00940000161127.j	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126	ENSGT00940000154715.b.k.b.a.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000162879	ENSGT00390000015229	ENSGT00530000064242.a	ENSGT00950000185235	ENSGT00500000045140.a.a	ENSGT00940000157101.d.a.b.b.a	ENSGT00940000157101.d.a.a.b	ENSGT00940000157101.d.a.a.a.b	ENSGT00940000163342	ENSGT00940000164396	ENSGT00390000003249.m
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	25						ENSGT00950000182788.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT00950000182788.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000162829	ENSGT00940000154999.B.h	ENSGT00940000155138.i.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.a.a	ENSGT00390000018316.a.a	ENSGT00390000018316.b.b	ENSGT00940000161127.j	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126	ENSGT00940000154715.b.k.b.a.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000154715.b.k.b.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000162879	ENSGT00390000015229	ENSGT00530000064242.a	ENSGT00950000185235	ENSGT00500000045140.a.a	ENSGT00940000157101.d.a.b.b.a	ENSGT00940000157101.d.a.a.b	ENSGT00940000157101.d.a.a.a.b	ENSGT00940000163342	ENSGT00940000164396
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	91						ENSNSUG00000007479	ENSNSUG00000007477	ENSNSUG00000007475	ENSNSUG00000007473	ENSNSUG00000007468	ENSNSUG00000007397	ENSNSUG00000007390	ENSNSUG00000007374	ENSNSUG00000007373	ENSNSUG00000007371	ENSNSUG00000007367 ##22	ENSNSUG00000007365	PKMYT1 (ENSNSUG00000007364)	PAQR4 (ENSNSUG00000007363)	ENSNSUG00000007362	ENSNSUG00000007361	ENSNSUG00000007359	ENSNSUG00000007355	SGF29 (ENSNSUG00000007221)	ENSNSUG00000007220	ENSNSUG00000007218	ENSNSUG00000007217	ENSNSUG00000006942	ENSNSUG00000006698	ENSNSUG00000006696	ENSNSUG00000006656
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	53								ENSPTXG00000013990	ENSPTXG00000013993	ENSPTXG00000014020	ENSPTXG00000014025	ENSPTXG00000014030	ENSPTXG00000014043	ENSPTXG00000014076	ENSPTXG00000014078	ENSPTXG00000014079 ##22	ENSPTXG00000014080	ENSPTXG00000014081	PAQR4 (ENSPTXG00000014082)	KREMEN2 (ENSPTXG00000014083)	ENSPTXG00000014084	ENSPTXG00000014085	ENSPTXG00000014086	SGF29 (ENSPTXG00000014087)	ENSPTXG00000014088	ENSPTXG00000014089	ENSPTXG00000014090	ENSPTXG00000014091	ENSPTXG00000014092	ENSPTXG00000014383	ENSPTXG00000014412
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	6292																ENSLLTG00000016178 ##22	ENSLLTG00000016175
Indian cobra	MODERN SPECIES	337	ENSNNAG00000004321	ENSNNAG00000004405	MFAP4 (ENSNNAG00000004430)	ENSNNAG00000004454	ENSNNAG00000004466	ENSNNAG00000004500	ENSNNAG00000004519	ENSNNAG00000004536	ENSNNAG00000004600	ENSNNAG00000004980	ENSNNAG00000005051	ENSNNAG00000005585	ENSNNAG00000005767	ENSNNAG00000005785	ENSNNAG00000005818	ENSNNAG00000005847 ##22	ENSNNAG00000005861	PKMYT1 (ENSNNAG00000005873)	ENSNNAG00000005891	ENSNNAG00000005908	ENSNNAG00000005929	ENSNNAG00000005969	ENSNNAG00000006082	SGF29 (ENSNNAG00000006128)	ENSNNAG00000006151	ENSNNAG00000006159	ENSNNAG00000006190	ENSNNAG00000006360	ENSNNAG00000007095	ENSNNAG00000007282	ENSNNAG00000007307
Lizard	MODERN SPECIES	901	ENSACAG00000025507	ENSACAG00000043452	ENSACAG00000041947	ENSACAG00000035089	ENSACAG00000006985	ENSACAG00000035904	ENSACAG00000038075	ENSACAG00000028847	ENSACAG00000042661	ENSACAG00000006983	ENSACAG00000035978	ENSACAG00000006964	ENSACAG00000038717	ENSACAG00000006958	SRRM2 (ENSACAG00000006912)	ENSACAG00000006908 ##22	ENSACAG00000021080	ENSACAG00000036796	ENSACAG00000035676	PKMYT1 (ENSACAG00000006893)	PAQR4 (ENSACAG00000006882)	ENSACAG00000006862	ENSACAG00000006825	ENSACAG00000042833	ENSACAG00000025478	ENSACAG00000006642	ENSACAG00000006595	ENSACAG00000043235	ENSACAG00000028632	ENSACAG00000006485	ENSACAG00000040475
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	34				ENSGT00940000160153	ENSGT00940000154615	ENSGT00940000162015.a.b	ENSGT00940000162015.a.a	ENSGT00940000162829	ENSGT00940000154999.B.h	ENSGT00940000154999.A.g.a.a	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.b	ENSGT00940000155138.i.a.a.a.a	ENSGT00940000155138.i.b.a	ENSGT00390000018316.a	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00960000190267	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126	ENSGT00940000154715.b.k.b.a.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000162921.c.a	ENSGT00390000015229	ENSGT00530000064242.a	ENSGT00950000185235	ENSGT00500000045140.a.a	ENSGT00940000157101.d.a.a.b	ENSGT00940000157101.d.a.a.a.a	ENSGT00940000163342	ENSGT00940000164396.g	ENSGT00390000003249
Common wall lizard	MODERN SPECIES	4	ENSPMRG00000020755	ENSPMRG00000020770	ENSPMRG00000020777	ENSPMRG00000020781	ENSPMRG00000020791	ENSPMRG00000020818	ENSPMRG00000020833	ENSPMRG00000020852	ENSPMRG00000020891	ENSPMRG00000020920	ENSPMRG00000020935	ENSPMRG00000020963	ENSPMRG00000021004	ENSPMRG00000021019	SRRM2 (ENSPMRG00000021031)	ENSPMRG00000021040 ##22	ENSPMRG00000021043	ENSPMRG00000021047	ENSPMRG00000021062	PAQR4 (ENSPMRG00000021069)	KREMEN2 (ENSPMRG00000021075)	ENSPMRG00000021079	ENSPMRG00000021085	ENSPMRG00000021087	SGF29 (ENSPMRG00000021098)	ENSPMRG00000021104	ENSPMRG00000021109	ENSPMRG00000021123	ENSPMRG00000021161	CSTF2 (ENSPMRG00000021212)	ENSPMRG00000021222
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	38	ENSSMRG00000005696	ENSSMRG00000005687	ENSSMRG00000004935	ENSSMRG00000004771	ENSSMRG00000004746	ENSSMRG00000004739	ENSSMRG00000004723	ENSSMRG00000004676	ENSSMRG00000004666	ENSSMRG00000004661	ENSSMRG00000004659	ENSSMRG00000004649	ENSSMRG00000004452	ELOB (ENSSMRG00000004448)	SRRM2 (ENSSMRG00000004433)	ENSSMRG00000004426 ##22	ENSSMRG00000004418	ENSSMRG00000004392	PKMYT1 (ENSSMRG00000004389)	PAQR4 (ENSSMRG00000004386)	KREMEN2 (ENSSMRG00000004383)	ENSSMRG00000004382	ENSSMRG00000004374	ENSSMRG00000004372	SGF29 (ENSSMRG00000004369)	ENSSMRG00000004366	ENSSMRG00000004360	ENSSMRG00000004353	ENSSMRG00000004350	ENSSMRG00000004349	ENSSMRG00000004341
tuatara	MODERN SPECIES	875												ENSSPUG00000003394	ENSSPUG00000003404	ENSSPUG00000003421	ENSSPUG00000003428	ENSSPUG00000003436 ##22
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000159512	ENSGT01100000263552.h.b.s.b.a	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000157421	ENSGT00530000063725.j	ENSGT01030000234627.a.b.b ##19	ENSGT01030000234627.a.a.d ##19	ENSGT00940000160236	ENSGT01030000234576.D.a.b.b	ENSGT00940000160215	ENSGT00940000154615	ENSGT00940000162015.a.b	ENSGT00940000162015.a.a	ENSGT00390000018316.a	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00530000063725.i.a.b	ENSGT01030000234627.a.b.b ##19	ENSGT01030000234627.a.a.d ##19	ENSGT00940000160236	ENSGT01030000234576.D.a.b.b	ENSGT00940000160215	ENSGT00940000154615	ENSGT00940000162015.a.b	ENSGT00940000162015.a.a	ENSGT00940000154999.B.h	ENSGT00940000154999.A.g.a.a	ENSGT00940000154999.A.g.b	ENSGT00940000155138.k.b	ENSGT00390000018316.b.a	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000165067.y.b	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT01100000263552.g.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000160707.a.a	ENSGT00940000160215	ENSGT00940000154615	ENSGT00940000162015.a.b	ENSGT00940000162015.a.a	ENSGT00940000162015.b	ENSGT00940000154999.B.h	ENSGT00940000154999.A.g.a.a	ENSGT00940000154999.A.g.b	ENSGT00940000155138.l	ENSGT00940000164686	ENSGT00940000155138.k.b.b.b	ENSGT00390000018316.b.a	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000165067.y.b	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126	ENSGT00960000191300	ENSGT00390000002761	ENSGT00940000159038.d	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000166026.e	ENSGT00390000012483
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	100													ENSGT01000000219709	ENSGT00390000018316.a	ENSGT00940000161127	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000165067.y.b	ENSGT00940000159427	ENSGT00940000157978	ENSGT00940000162126	ENSGT00960000191300	ENSGT00390000002761	ENSGT00940000159038.d	ENSGT00940000159805	ENSGT00940000166026.e	ENSGT00390000012483
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	18	MFAP4 (ENSGEVG00005013147)	ENSGEVG00005013307	ENSGEVG00005013765	ENSGEVG00005014185	ENSGEVG00005014642	ENSGEVG00005014719	ENSGEVG00005014957	ENSGEVG00005015309	ENSGEVG00005015658	ENSGEVG00005015700	ENSGEVG00005015771	ENSGEVG00005015905	ENSGEVG00005015936	ENSGEVG00005015971	SRRM2 (ENSGEVG00005016005)	ENSGEVG00005016132 ##22	ENSGEVG00005016157	ENSGEVG00005016188	PKMYT1 (ENSGEVG00005016232)	PAQR4 (ENSGEVG00005016274)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2366											ENSCABG00000003165	ENSCABG00000003162	ELOB (ENSCABG00000003160)	ENSCABG00000003158	ENSCABG00000003155	ENSCABG00000003150 ##22	ENSCABG00000003145	PKMYT1 (ENSCABG00000003044)	PAQR4 (ENSCABG00000003036)	ENSCABG00000003034	ENSCABG00000003030	ENSCABG00000003026	ENSCABG00000003024	QPRT (ENSCABG00000003020)	TBC1D10B (ENSCABG00000003015)	ENSCABG00000003012	ENSCABG00000003010	ENSCABG00000003007	ENSCABG00000003005
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	1058																ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000166320
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000012485.a.b	ENSGT00940000155039	ENSGT00390000016694	ENSGT00510000048287	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000156345 #25	ENSGT00940000168646	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165761	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a
Spotted gar	MODERN SPECIES	661	cluha (ENSLOCG00000004458)	pafah1b1b (ENSLOCG00000004448)	mettl16 (ENSLOCG00000004429)	mntb (ENSLOCG00000004411)	ENSLOCG00000004398	limk1a (ENSLOCG00000004378) #25	ENSLOCG00000004358	mettl27 (ENSLOCG00000004329) #23	cldnj (ENSLOCG00000017435)	cldn30 (ENSLOCG00000017434)	CLDN4 (ENSLOCG00000004312) #22	CLDN4 (ENSLOCG00000017433) #22	ENSLOCG00000017432	ENSLOCG00000017431	CLDN4 (ENSLOCG00000017430) #22	ENSLOCG00000017429 ##22	CLDN3 (ENSLOCG00000017428) #21	cldn3c (ENSLOCG00000017427)	abhd11 (ENSLOCG00000004295) #20	ENSLOCG00000004273	chchd2 (ENSLOCG00000004252)	phkg1b (ENSLOCG00000004210)	sumf2 (ENSLOCG00000004200)	cct6a (ENSLOCG00000004174)	psph (ENSLOCG00000004152)	NIPSNAP2 (ENSLOCG00000004134)	mrps17 (ENSLOCG00000004118)	nf2b (ENSLOCG00000004088)	sbds (ENSLOCG00000004073)	tyw1 (ENSLOCG00000004035)	CALN1 (ENSLOCG00000004017)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000165704	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.b	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000166320	ENSGT00940000165761	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000157152.B
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.a.a ##22
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	164	ENSPKIG00000007168	hnf1ba (ENSPKIG00000007120)	SYNRG (ENSPKIG00000007000)	dusp14 (ENSPKIG00000006925)	tada2a (ENSPKIG00000006873)	traf4a (ENSPKIG00000006822)	nek8 (ENSPKIG00000006771)	tlcd1 (ENSPKIG00000006744)	rab34a (ENSPKIG00000006695)	ENSPKIG00000006672	GALNT17 (ENSPKIG00000006634)	CALN1 (ENSPKIG00000006593)	tyw1 (ENSPKIG00000006545)	ENSPKIG00000006512	sbds (ENSPKIG00000006489)	ENSPKIG00000006376 ##22	ENSPKIG00000006343 #21	ENSPKIG00000006263 #21	ENSPKIG00000006238	chchd2 (ENSPKIG00000006219)	phkg1b (ENSPKIG00000006174)	cct6a (ENSPKIG00000006077)	psph (ENSPKIG00000006038)	limk1a (ENSPKIG00000005963) #25	ENSPKIG00000005927	ENSPKIG00000005907	MNT (ENSPKIG00000005854)	PAFAH1B1 (ENSPKIG00000005763)	cluha (ENSPKIG00000005665)	CCDC92B (ENSPKIG00000005621)	tlcd2 (ENSPKIG00000005601)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000164330	ENSGT00390000000378.d.a.p	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00390000012340	ENSGT00960000191650	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000168097	ENSGT00940000160457.a	ENSGT00940000161428	ENSGT01080000258246	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	255	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000156339	ENSGT00950000183018.a.d.b
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	88													ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000166320.r	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139.h	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00600000084481	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000166642.e	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000012195	ENSGT01020000230351.E.c
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	MODERN SPECIES	25	shox2 (ENSCHAG00000008968)	DOCK10 (ENSCHAG00000009087)	ENSCHAG00000012986	cul3a (ENSCHAG00000013074)	FAM124B (ENSCHAG00000013435)	taf15 (ENSCHAG00000013444)	porb (ENSCHAG00000013466)	sbds (ENSCHAG00000014793)	ENSCHAG00000014847	ENSCHAG00000014860	ENSCHAG00000014879	cldnj (ENSCHAG00000014898)	CLDN4 (ENSCHAG00000014914) #22	ENSCHAG00000014921	cldnb (ENSCHAG00000014944) #22	ENSCHAG00000014947 ##22	CLDN3 (ENSCHAG00000014966) #21	ENSCHAG00000014982	ENSCHAG00000014990	ENSCHAG00000015012	ENSCHAG00000015108	ENSCHAG00000015139	ENSCHAG00000015171	ENSCHAG00000015199	ENSCHAG00000015210	ENSCHAG00000015234	ENSCHAG00000015270	ENSCHAG00000015781	pxylp1 (ENSCHAG00000015790)	ENSCHAG00000015810	ENSCHAG00000015833
Atlantic herring	MODERN SPECIES	13	ENSCHAG00000010366	ENSCHAG00000010378	tjp2a (ENSCHAG00000010439)	pip5k1ba (ENSCHAG00000012080)	ENSCHAG00000012334	ENSCHAG00000013418	pudp (ENSCHAG00000013432)	ENSCHAG00000013446	ENSCHAG00000013449	SLC5A7 (ENSCHAG00000013474)	arl6 (ENSCHAG00000013485)	kctd12.2 (ENSCHAG00000013582)	nsun3 (ENSCHAG00000013602)	arl13b (ENSCHAG00000013611)	ENSCHAG00000013626	ENSCHAG00000013688 ##22	ENSCHAG00000013694	chmp2bb (ENSCHAG00000013708)	CREB1 (ENSCHAG00000013745)	ENSCHAG00000013803	ENSCHAG00000013822	ENSCHAG00000013838	ENSCHAG00000013855	ENSCHAG00000013890	ENSCHAG00000013896	ENSCHAG00000013910	ENSCHAG00000013927	ENSCHAG00000013953	ENSCHAG00000014033	dhrsx (ENSCHAG00000014044)	cd99 (ENSCHAG00000014067)
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	4	FAM124B (ENSDCDG00000021623)	MMP28 (ENSDCDG00000021627)	taf15 (ENSDCDG00000021638)	sbds (ENSDCDG00000021643)	porb (ENSDCDG00000021646)	CLDN4 (ENSDCDG00000021649) #22	CUL3 (ENSDCDG00000021652)	FAM124B (ENSDCDG00000021655)	MMP28 (ENSDCDG00000021656)	porb (ENSDCDG00000021661)	cldnj (ENSDCDG00000021845)	ENSDCDG00000021846	CLDN4 (ENSDCDG00000021847) #22	cldna (ENSDCDG00000021848) #22	ENSDCDG00000021849 ##22	ENSDCDG00000021851 ##22	ENSDCDG00000021854	ENSDCDG00000021858	chchd2 (ENSDCDG00000021861)	phkg1b (ENSDCDG00000021864)	psph (ENSDCDG00000021868)	NIPSNAP2 (ENSDCDG00000021871)	glod4 (ENSDCDG00000021908)	ENSDCDG00000021909	nxn (ENSDCDG00000021921)	txndc17 (ENSDCDG00000021930)	flot2b (ENSDCDG00000021939)	GALNT17 (ENSDCDG00000021973)	ENSDCDG00000021975	tyw1 (ENSDCDG00000021978)	tmem120ab (ENSDCDG00000021994)
Denticle herring	MODERN SPECIES	4	CUL3 (ENSDCDG00000021442)	FAM124B (ENSDCDG00000021623)	MMP28 (ENSDCDG00000021627)	taf15 (ENSDCDG00000021638)	sbds (ENSDCDG00000021643)	porb (ENSDCDG00000021646)	CLDN4 (ENSDCDG00000021649) #22	CUL3 (ENSDCDG00000021652)	FAM124B (ENSDCDG00000021655)	MMP28 (ENSDCDG00000021656)	porb (ENSDCDG00000021661)	cldnj (ENSDCDG00000021845)	ENSDCDG00000021846	CLDN4 (ENSDCDG00000021847) #22	cldna (ENSDCDG00000021848) #22	ENSDCDG00000021849 ##22	ENSDCDG00000021851 ##22	ENSDCDG00000021854	ENSDCDG00000021858	chchd2 (ENSDCDG00000021861)	phkg1b (ENSDCDG00000021864)	psph (ENSDCDG00000021868)	NIPSNAP2 (ENSDCDG00000021871)	glod4 (ENSDCDG00000021908)	ENSDCDG00000021909	nxn (ENSDCDG00000021921)	txndc17 (ENSDCDG00000021930)	flot2b (ENSDCDG00000021939)	GALNT17 (ENSDCDG00000021973)	ENSDCDG00000021975	tyw1 (ENSDCDG00000021978)
Denticle herring	MODERN SPECIES	15	ATP5MC3 (ENSDCDG00000032672)	lnpk (ENSDCDG00000032675)	PTCD1 (ENSDCDG00000032674)	mtx2 (ENSDCDG00000032676)	pibf1 (ENSDCDG00000032685)	KLF5 (ENSDCDG00000000229)	klf12a (ENSDCDG00000000239)	lmo7b (ENSDCDG00000000261)	kctd12.2 (ENSDCDG00000000299)	SLC5A7 (ENSDCDG00000000323)	arl6 (ENSDCDG00000000340)	EPHA6 (ENSDCDG00000000466)	nsun3 (ENSDCDG00000000746)	arl13b (ENSDCDG00000000755)	ZNF654 (ENSDCDG00000000761)	ENSDCDG00000000764 ##22	HTR1F (ENSDCDG00000000767)	chmp2bb (ENSDCDG00000000771)	CREB1 (ENSDCDG00000000780)	DHRSX (ENSDCDG00000000786)	cd99 (ENSDCDG00000000789)	gyg2 (ENSDCDG00000000800)	MXRA5 (ENSDCDG00000000853)	PRKX (ENSDCDG00000000871)	nlgn4xa (ENSDCDG00000000882)	pudp (ENSDCDG00000000919)	pnpla4 (ENSDCDG00000000933)	STS (ENSDCDG00000000963)	anos1a (ENSDCDG00000001086)	ENSDCDG00000001189	lrrc58a (ENSDCDG00000001322)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	36				ENSGT00940000166536	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000158885	ENSGT00940000159212.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.f #22	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00510000048151.b	ENSGT00770000120838.A.b	ENSGT00390000013762.a.e	ENSGT00390000012589	ENSGT00390000015815.h	ENSGT00940000159437.d	ENSGT00530000064165.a.c	ENSGT00550000075103	ENSGT01100000263476.D	ENSGT00940000156709.d
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000176866	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000159596	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163149.b.c.a	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.t.a	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000157786	ENSGT00940000166907	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000156345.k.a #25	ENSGT00940000168646.a
Channel catfish	MODERN SPECIES	12	DOCK10 (ENSIPUG00000006046)	ENSIPUG00000006187	ENSIPUG00000006206	cul3 (ENSIPUG00000006252)	fam124b (ENSIPUG00000006381)	mmp28 (ENSIPUG00000006403)	taf15 (ENSIPUG00000006422)	porb (ENSIPUG00000006471)	sbds (ENSIPUG00000006536)	ENSIPUG00000006561	ENSIPUG00000006569	cldne (ENSIPUG00000006588) #22	CLDN4 (ENSIPUG00000006594)	cldnd (ENSIPUG00000006604)	cldnd (ENSIPUG00000006610) #22	CLDN5c (ENSIPUG00000006622) ##22	ENSIPUG00000006648	ENSIPUG00000006665	ppp5c (ENSIPUG00000006705)	ENSIPUG00000006768	tgfb1 (ENSIPUG00000006804)	ENSIPUG00000006859	ENSIPUG00000006971	ENSIPUG00000007088	CYP2Y8 (ENSIPUG00000007134)	ENSIPUG00000007218	AXL (ENSIPUG00000007233)	bace1 (ENSIPUG00000007305)	ENSIPUG00000007338	apoa1b (ENSIPUG00000007405)	apoa1b (ENSIPUG00000007409)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000157469	ENSGT00940000176866	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000159596	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165704.a.a.d	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163149.b.c.a	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.t.a	ENSGT00940000162064.t.b	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000157786	ENSGT00940000154816.a.a	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00940000156345.k.a #25
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000157469	ENSGT00940000176866	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000155066.e.a.a	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000159596	ENSGT00940000166275	ENSGT00940000156847.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000165704.a.a.d	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b.a #22	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000163149.b.c.a.c.b	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.t.a	ENSGT00940000162064.t.b	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000162660.a.i	ENSGT00940000157786	ENSGT00940000154816.a.a	ENSGT00940000157152.A
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	20	mlf1 (ENSPNAG00000001222)	rsrc1 (ENSPNAG00000001220)	ENSPNAG00000008837	shox2 (ENSPNAG00000001213)	DOCK10 (ENSPNAG00000008806)	ENSPNAG00000008755	ENSPNAG00000008744	cul3b (ENSPNAG00000008718)	FAM124B (ENSPNAG00000001156)	MMP28 (ENSPNAG00000001151)	taf15 (ENSPNAG00000001144)	porb (ENSPNAG00000008649)	sbds (ENSPNAG00000001120)	ENSPNAG00000008596	ENSPNAG00000008590	ENSPNAG00000000997 ##22	cldn3d (ENSPNAG00000000992)	ENSPNAG00000000970	ENSPNAG00000008380	ppp5c (ENSPNAG00000000937)	ENSPNAG00000000919	tgfb1a (ENSPNAG00000008344)	ENSPNAG00000008333	ENSPNAG00000008321	ENSPNAG00000000855	ENSPNAG00000008231	ENSPNAG00000000784	si:ch211-229n2.7 (ENSPNAG00000008186)	bace1 (ENSPNAG00000008182)	TBX10 (ENSPNAG00000008173)	apoa1b (ENSPNAG00000000734)
Mexicana tetra	DUPLICATION
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Mexicana tetra	DUPLICATION
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	8	ENSAMXG00000037546	nrn1b (ENSAMXG00000029876)	RREB1 (ENSAMXG00000015314)	riok1 (ENSAMXG00000015286)	ENSAMXG00000034116	ENSAMXG00000044026	bmi1b (ENSAMXG00000031978)	dnajc1 (ENSAMXG00000015197)	ENSAMXG00000036414	ENSAMXG00000041607	ENSAMXG00000042191	klhl40a (ENSAMXG00000033185)	hhatla (ENSAMXG00000015055)	ENSAMXG00000037050	CLDN4 (ENSAMXG00000035274) #22	ENSAMXG00000043565 ##22	cldn3d (ENSAMXG00000032403)	ENSAMXG00000036137	ENSAMXG00000031716	ppp5c (ENSAMXG00000001706)	ENSAMXG00000042298	tgfb1a (ENSAMXG00000009747)	ENSAMXG00000043733	ENSAMXG00000033285	ENSAMXG00000009778	ENSAMXG00000035342	ENSAMXG00000009805	si:ch211-229n2.7 (ENSAMXG00000035208)	bace1 (ENSAMXG00000009844)	ENSAMXG00000009860	apoa1b (ENSAMXG00000031412)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	931																ENSAMXG00000039031 ##22	cldn3d (ENSAMXG00000032180)	ENSAMXG00000037741
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	204										ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	357				ENSGT00390000007499.a	ENSGT00940000165067.a	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000165704.a.b.c.b	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.a #22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.a	ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000165067.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b	ENSGT00940000162644.c	ENSGT00850000132319.a.a.a.f	ENSGT01060000248589.B.e	ENSGT01060000248589.A.a.a.a	ENSGT01060000248589.A.a.b.b	ENSGT01060000248592.C.b	ENSGT01060000248589.A.b.a	ENSGT01030000234590.A.a.a.e	ENSGT00940000153680.a.yb
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	34	ENSCARG00000053092	ENSCARG00000053060	ENSCARG00000053057	ENSCARG00000052974	DOCK10 (ENSCARG00000047135)	porb (ENSCARG00000043943)	taf15 (ENSCARG00000043679)	ERMP1 (ENSCARG00000043664)	ENSCARG00000043651	MMP28 (ENSCARG00000043631)	cul3b (ENSCARG00000043166)	cldnj (ENSCARG00000043119)	ENSCARG00000043110 #22	cldnf (ENSCARG00000043101)	cldna (ENSCARG00000043090) #22	ENSCARG00000043071 ##22	ENSCARG00000043066	ENSCARG00000043056	ENSCARG00000043045	ppp5c (ENSCARG00000041458)	tgfb1a (ENSCARG00000041319)	ENSCARG00000041233	MINDY4B (ENSCARG00000041180)	ENSCARG00000041141	clrn1 (ENSCARG00000041113)	GPR171 (ENSCARG00000041104)	ENSCARG00000041097	P2RY14 (ENSCARG00000041092)	ENSCARG00000041083	ENSCARG00000041069	rnf168 (ENSCARG00000041005)
Goldfish	MODERN SPECIES	3146																ENSCARG00000057413 ##22	ENSCARG00000057402	ENSCARG00000057389	ENSCARG00000057380
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	411					ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00590000083134.a.b.c	ENSGT00940000155066.e.a.a.f	ENSGT00940000165430	ENSGT00390000007499.b	ENSGT00940000165067.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e #22	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.b.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b	ENSGT00940000162644.c	ENSGT01060000248589.B.e	ENSGT01060000248589.A.a.a.a	ENSGT01060000248592.C.a
Common carp reference	MODERN SPECIES	26	hephl1a (ENSCCRG00000005419)	shox2 (ENSCCRG00000030039)	ENSCCRG00000060216	ENSCCRG00000031093	ENSCCRG00000070542	ENSCCRG00000069694	sbds (ENSCCRG00000012792)	porb (ENSCCRG00000004902)	taf15 (ENSCCRG00000061364)	ENSCCRG00000020886	cul3b (ENSCCRG00000039253)	ENSCCRG00000008434	ENSCCRG00000038529	ENSCCRG00000031560	cldnf (ENSCCRG00000058346)	ENSCCRG00000072783 ##22	ENSCCRG00000064346	ENSCCRG00000003268	ppp5c (ENSCCRG00000054686)	tgfb1a (ENSCCRG00000020880)	ENSCCRG00000020867	ENSCCRG00000076670	ENSCCRG00000039335	MINDY4B (ENSCCRG00000039328)	clrn1 (ENSCCRG00000057774)	GPR171 (ENSCCRG00000078036)	ENSCCRG00000029748	ENSCCRG00000053581	ENSCCRG00000063802	ENSCCRG00000059084	ENSCCRG00000074203
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	252	porb (ENSSGRG00000031470)	taf15 (ENSSGRG00000031457)	ENSSGRG00000031456	FAM124B (ENSSGRG00000031452)	cul3b (ENSSGRG00000031450)	ENSSGRG00000031445	ENSSGRG00000031443	ENSSGRG00000031442	ENSSGRG00000031440	ENSSGRG00000031439 #22	cldnf (ENSSGRG00000031438)	ENSSGRG00000031436 #22	ENSSGRG00000031435	cldna (ENSSGRG00000031421) #22	ENSSGRG00000031420 ##22	ENSSGRG00000031418 ##22	ENSSGRG00000031415	ENSSGRG00000031414	ppp5c (ENSSGRG00000030954)	tgfb1a (ENSSGRG00000030951)	ENSSGRG00000030950	ENSSGRG00000030949	GPR171 (ENSSGRG00000030946)	ENSSGRG00000030945	phax (ENSSGRG00000030944)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	252	sbds (ENSSGRG00000032977)	porb (ENSSGRG00000031470)	taf15 (ENSSGRG00000031457)	ENSSGRG00000031456	FAM124B (ENSSGRG00000031452)	cul3b (ENSSGRG00000031450)	ENSSGRG00000031445	ENSSGRG00000031443	ENSSGRG00000031442	ENSSGRG00000031440	ENSSGRG00000031439 #22	cldnf (ENSSGRG00000031438)	ENSSGRG00000031436 #22	ENSSGRG00000031435	cldna (ENSSGRG00000031421) #22	ENSSGRG00000031420 ##22	ENSSGRG00000031418 ##22	ENSSGRG00000031415	ENSSGRG00000031414	ppp5c (ENSSGRG00000030954)	tgfb1a (ENSSGRG00000030951)	ENSSGRG00000030950	ENSSGRG00000030949	GPR171 (ENSSGRG00000030946)	ENSSGRG00000030945	phax (ENSSGRG00000030944)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000166536	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000158885	ENSGT00940000159212.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975 #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	103	ENSGT00940000158902	ENSGT00940000161532.b	ENSGT01020000230351.E.c	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139	ENSGT00940000156339	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d.a	ENSGT00940000168646.a	ENSGT00940000156345.k.a #25	ENSGT00940000157152.A	ENSGT00510000048287.b	ENSGT00390000016694	ENSGT00940000155039.a.a	ENSGT00390000012485.a.b.a	ENSGT00430000031027.b.a
Northern pike	MODERN SPECIES	21	stk24b (ENSELUG00000002743)	SLC15A1 (ENSELUG00000002755)	ENSELUG00000002786	bmpr2a (ENSELUG00000002804)	FAM117B (ENSELUG00000002816)	ICA1L (ENSELUG00000002826)	wdr12 (ENSELUG00000002831)	nop58 (ENSELUG00000002860)	ENSELUG00000002884	ENSELUG00000029467	ENSELUG00000002895	ENSELUG00000002908	nsun3 (ENSELUG00000002921)	arl13b (ENSELUG00000002930)	ENSELUG00000031368	ENSELUG00000002975 ##22	chmp2bb (ENSELUG00000002984)	cyp27c1 (ENSELUG00000002997)	ercc3 (ENSELUG00000000089)	gpalpp1 (ENSELUG00000003016)	gtf2f2a (ENSELUG00000003032)	tpt1 (ENSELUG00000003046)	RBM26 (ENSELUG00000003110)	ENSELUG00000003168	pou4f1 (ENSELUG00000003179)	PCDH9 (ENSELUG00000003197)
Salmoninae	DUPLICATION
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158902	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00430000031027.b.a.f	ENSGT01010000222313.B.b.b.h
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158902.f	ENSGT00940000158902.e	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00430000031027.b.a.f	ENSGT01010000222313.B.b.b.h
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000158902.e	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00430000031027.b.a.f	ENSGT01010000222313.B.b.b.h
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Coho salmon	MODERN SPECIES	6	DHX40 (ENSOKIG00005038772)	P2RX5 (ENSOKIG00005038653)	FAM222B (ENSOKIG00005038631)	FLOT2 (ENSOKIG00005038395)	GALNT17 (ENSOKIG00005038297)	CALN1 (ENSOKIG00005038283)	ENSOKIG00005038239	ENSOKIG00005038213	SBDS (ENSOKIG00005038185)	ENSOKIG00005038168	cldnj (ENSOKIG00005038160)	ENSOKIG00005038152 #22	cldnf (ENSOKIG00005038145)	ENSOKIG00005038127 #22	ENSOKIG00005038118 ##22	ENSOKIG00005038097 ##22	ENSOKIG00005038089	ENSOKIG00005038061	chchd2 (ENSOKIG00005038032)	phkg1a (ENSOKIG00005037927)	cct6a (ENSOKIG00005037744)	psph (ENSOKIG00005037603)	ENSOKIG00005037065	limk1a (ENSOKIG00005034667) #25	ENSOKIG00005034156	MNT (ENSOKIG00005034103)	mettl16 (ENSOKIG00005019509)	pafah1b1a (ENSOKIG00005019464)	cluha (ENSOKIG00005019320)	ENSOKIG00005019287	tlcd2 (ENSOKIG00005019271)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	ENSOMYG00000038790	ENSOMYG00000054456	ENSOMYG00000038689	ENSOMYG00000038655	ENSOMYG00000038271	GALNT17 (ENSOMYG00000038098)	ENSOMYG00000038086	tyw1 (ENSOMYG00000037979)	ENSOMYG00000037909	ENSOMYG00000037902	cldnj (ENSOMYG00000051557)	ENSOMYG00000066272 #22	ENSOMYG00000076849	ENSOMYG00000031269 #22	ENSOMYG00000037886 ##22	ENSOMYG00000037875 ##22	ENSOMYG00000037866	ENSOMYG00000037860	CHCHD2 (ENSOMYG00000037855)	PHKG1 (ENSOMYG00000037194)	ENSOMYG00000037819	psph (ENSOMYG00000066074)	ENSOMYG00000033427	ENSOMYG00000056666	limk1a (ENSOMYG00000032207) #25	ENSOMYG00000031968	ENSOMYG00000031936	mettl16 (ENSOMYG00000031914)	pafah1b1a (ENSOMYG00000031887)	cluha (ENSOMYG00000030923)	ENSOMYG00000075698
Salmoninae	DUPLICATION
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000161532.b	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000158139.i	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00430000031027.b.a.e
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000161532.b	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000166320.m	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000158139.i	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00430000031027.b.a.e
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	ENSSSAG00000076371	ENSSSAG00000076364	ENSSSAG00000076358	itgae (ENSSSAG00000076346)	ENSSSAG00000076337	ENSSSAG00000076335	ENSSSAG00000104063	ENSSSAG00000076084	GALNT17 (ENSSSAG00000076042)	ENSSSAG00000076039	tyw1 (ENSSSAG00000076029)	ENSSSAG00000076023	ENSSSAG00000097557	ENSSSAG00000076015	ENSSSAG00000120511 #22	ENSSSAG00000085209 ##22	ENSSSAG00000075992	ENSSSAG00000105316	PHKG1 (ENSSSAG00000090540)	ENSSSAG00000071028	NIPSNAP2 (ENSSSAG00000075657)	ENSSSAG00000085490	psph (ENSSSAG00000075949)	ENSSSAG00000070609	ENSSSAG00000085249	ENSSSAG00000099837	limk1a (ENSSSAG00000075100) #25	ENSSSAG00000051105	ENSSSAG00000092554	mettl16 (ENSSSAG00000075035)	lis1a (ENSSSAG00000075012)
River trout	MODERN SPECIES	4	ENSSTUG00000050309	ENSSTUG00000050303	ENSSTUG00000050296	p2rx8 (ENSSTUG00000050293)	FAM222B (ENSSTUG00000050291)	flot2b (ENSSTUG00000050249)	GALNT17 (ENSSTUG00000050238)	CALN1 (ENSSTUG00000050233)	ENSSTUG00000050229	sbds (ENSSTUG00000050226)	ENSSTUG00000050224	cldnj (ENSSTUG00000050222)	ENSSTUG00000050220 #22	cldnf (ENSSTUG00000050218)	ENSSTUG00000050217	ENSSTUG00000050213 ##22	ENSSTUG00000050212	ENSSTUG00000050211	ENSSTUG00000050208	chchd2 (ENSSTUG00000050206)	phkg1a (ENSSTUG00000050191)	cct6a (ENSSTUG00000050152)	psph (ENSSTUG00000050145)	NIPSNAP2 (ENSSTUG00000050063)	limk1a (ENSSTUG00000049760) #25	MNT (ENSSTUG00000049697)	mettl16 (ENSSTUG00000049685)	pafah1b1a (ENSSTUG00000049678)	cluha (ENSSTUG00000047871)	ENSSTUG00000047734	tlcd2 (ENSSTUG00000047729)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000161532.b	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000165704.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00430000031027.b.a.e	ENSGT01010000222313.B.b.b.g
Rainbow trout	MODERN SPECIES	16	ENSOMYG00000014389	ENSOMYG00000014376	ENSOMYG00000014320	ENSOMYG00000014255	ENSOMYG00000051808	ENSOMYG00000031494	ENSOMYG00000031486	ENSOMYG00000031382	GALNT17 (ENSOMYG00000031332)	ENSOMYG00000031320	tyw1 (ENSOMYG00000031311)	ENSOMYG00000031295	ENSOMYG00000031288	ENSOMYG00000031283 #22	ENSOMYG00000031274	ENSOMYG00000031253 ##22	ENSOMYG00000056751	ENSOMYG00000031249	ENSOMYG00000031226	ENSOMYG00000031206	ENSOMYG00000031171	ENSOMYG00000031132	psph (ENSOMYG00000031092)	ENSOMYG00000030538	limk1a (ENSOMYG00000028698) #25	ENSOMYG00000028095	mettl16 (ENSOMYG00000028045)	pafah1b1a (ENSOMYG00000027984)	cluha (ENSOMYG00000023297)	ENSOMYG00000022545	tlcd2 (ENSOMYG00000022533)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000007237.r.e	ENSGT00940000156028.s.h	ENSGT00390000006189.e	ENSGT00940000161532.b	ENSGT01020000230351.E.c.h	ENSGT00530000063811.A.a.b.c	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.b	ENSGT00940000156014.d	ENSGT00940000159212.a.d	ENSGT00510000047059.f	ENSGT00390000008135.f	ENSGT00390000007499.f	ENSGT00940000165067.e	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.b #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.g	ENSGT00940000165761.a.d	ENSGT00440000038159.e	ENSGT00940000156339.c	ENSGT00390000003115.m.b	ENSGT00950000183018.a.d.a.b	ENSGT00940000156345.k.a.f #25	ENSGT00940000157152.A.c	ENSGT00510000048287.b.d	ENSGT00390000016694.fb.b	ENSGT00940000155039.a.a.f	ENSGT00390000012485.a.b.a.h	ENSGT00430000031027.b.a.e	ENSGT01010000222313.B.b.b.g
Coho salmon	MODERN SPECIES	9	diabloa (ENSOKIG00005027777)	ENSOKIG00005004282	ENSOKIG00005004313	ENSOKIG00005004380	P2RX5 (ENSOKIG00005004448)	FAM222B (ENSOKIG00005004476)	flot2b (ENSOKIG00005004545)	GALNT17 (ENSOKIG00005004693)	CALN1 (ENSOKIG00005004714)	tyw1 (ENSOKIG00005004733)	sbds (ENSOKIG00005004808)	ENSOKIG00005004822	cldnj (ENSOKIG00005004830)	ENSOKIG00005004834 #22	CLDN4 (ENSOKIG00005004858) #22	ENSOKIG00005004882 ##22	ENSOKIG00005004889	ENSOKIG00005004892	ENSOKIG00005004905	ENSOKIG00005004932	CCT6B (ENSOKIG00005004953)	psph (ENSOKIG00005004990)	NIPSNAP2 (ENSOKIG00005005241)	limk1a (ENSOKIG00005007303) #25	MNT (ENSOKIG00005007578)	mettl16 (ENSOKIG00005007602)	pafah1b1a (ENSOKIG00005007681)	ENSOKIG00005007734	cluha (ENSOKIG00005007974)	ENSOKIG00005010878	tlcd2 (ENSOKIG00005010884)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	5	P4HA3 (ENSOTSG00005008343)	ENSOTSG00005008339	ENSOTSG00005008336	diabloa (ENSOTSG00005008335)	ENSOTSG00005008334	ENSOTSG00005008330	ENSOTSG00005008329	P2RX5 (ENSOTSG00005008270)	FAM222B (ENSOTSG00005008269)	flot2b (ENSOTSG00005008263)	ENSOTSG00005008254	CALN1 (ENSOTSG00005008251)	sbds (ENSOTSG00005008244)	ENSOTSG00005008241	cldnj (ENSOTSG00005008239)	ENSOTSG00005008231 ##22	ENSOTSG00005008229	ENSOTSG00005008228	ENSOTSG00005008224	chchd2 (ENSOTSG00005008220)	cct6a (ENSOTSG00005008215)	psph (ENSOTSG00005008211)	NIPSNAP2 (ENSOTSG00005007869)	limk1a (ENSOTSG00005006475) #25	ENSOTSG00005006457	MNT (ENSOTSG00005006456)	ENSOTSG00005006455	mettl16 (ENSOTSG00005006452)	pafah1b1a (ENSOTSG00005006450)	cluha (ENSOTSG00005005518)	tlcd2 (ENSOTSG00005005503)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	391								ENSGT00510000047059.e.a.b	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.g
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000167693	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000158902	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.a	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.g
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000158902.f	ENSGT00940000158902.e	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00430000031027.b.a.f
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	ENSOMYG00000038923	ENSOMYG00000038790	ENSOMYG00000054456	ENSOMYG00000038689	ENSOMYG00000038655	ENSOMYG00000038271	GALNT17 (ENSOMYG00000038098)	ENSOMYG00000038086	tyw1 (ENSOMYG00000037979)	ENSOMYG00000037909	ENSOMYG00000037902	cldnj (ENSOMYG00000051557)	ENSOMYG00000066272 #22	ENSOMYG00000076849	ENSOMYG00000031269 #22	ENSOMYG00000037886 ##22	ENSOMYG00000037875 ##22	ENSOMYG00000037866	ENSOMYG00000037860	CHCHD2 (ENSOMYG00000037855)	PHKG1 (ENSOMYG00000037194)	ENSOMYG00000037819	psph (ENSOMYG00000066074)	ENSOMYG00000033427	ENSOMYG00000056666	limk1a (ENSOMYG00000032207) #25	ENSOMYG00000031968	ENSOMYG00000031936	mettl16 (ENSOMYG00000031914)	pafah1b1a (ENSOMYG00000031887)	cluha (ENSOMYG00000030923)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000167693	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000158902.e	ENSGT01020000230351.E.c.g	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00510000047059.e.a.a	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00390000007499.e	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.g.b #22	ENSGT00940000165704.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000154762.a.a.l ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00430000031027.b.a.f
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	ENSOKIG00005039572	DHX40 (ENSOKIG00005038772)	P2RX5 (ENSOKIG00005038653)	FAM222B (ENSOKIG00005038631)	FLOT2 (ENSOKIG00005038395)	GALNT17 (ENSOKIG00005038297)	CALN1 (ENSOKIG00005038283)	ENSOKIG00005038239	ENSOKIG00005038213	SBDS (ENSOKIG00005038185)	ENSOKIG00005038168	cldnj (ENSOKIG00005038160)	ENSOKIG00005038152 #22	cldnf (ENSOKIG00005038145)	ENSOKIG00005038127 #22	ENSOKIG00005038118 ##22	ENSOKIG00005038097 ##22	ENSOKIG00005038089	ENSOKIG00005038061	chchd2 (ENSOKIG00005038032)	phkg1a (ENSOKIG00005037927)	cct6a (ENSOKIG00005037744)	psph (ENSOKIG00005037603)	ENSOKIG00005037065	limk1a (ENSOKIG00005034667) #25	ENSOKIG00005034156	MNT (ENSOKIG00005034103)	mettl16 (ENSOKIG00005019509)	pafah1b1a (ENSOKIG00005019464)	cluha (ENSOKIG00005019320)	ENSOKIG00005019287
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	ENSOTSG00005010094	ENSOTSG00005010090	ENSOTSG00005010089	DHX40 (ENSOTSG00005010088)	ENSOTSG00005010085	FAM222B (ENSOTSG00005010084)	flot2b (ENSOTSG00005009840)	GALNT17 (ENSOTSG00005009836)	ENSOTSG00005009835	CALN1 (ENSOTSG00005009833)	tyw1 (ENSOTSG00005009694)	sbds (ENSOTSG00005009693)	ENSOTSG00005009692	cldnf (ENSOTSG00005009691)	ENSOTSG00005009690 #22	ENSOTSG00005009689 ##22	ENSOTSG00005009688 ##22	ENSOTSG00005009687	ENSOTSG00005009686	chchd2 (ENSOTSG00005009685)	phkg1a (ENSOTSG00005009551)	cct6a (ENSOTSG00005009533)	psph (ENSOTSG00005009528)	NIPSNAP2 (ENSOTSG00005008708)	UNC119 (ENSOTSG00005008704)	foxn1 (ENSOTSG00005008703)	SLC13A2 (ENSOTSG00005008701)	sarm1 (ENSOTSG00005008699)	vtna (ENSOTSG00005008698)	SCARF1 (ENSOTSG00005008697)	ENSOTSG00005008696
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000007237.r.f	ENSGT00940000156028.s.g	ENSGT00940000167693	ENSGT00390000006189.f	ENSGT00940000158902	ENSGT00530000063811.A.a.b.d	ENSGT00560000077232.B.g.a.e.a	ENSGT00940000156014.c	ENSGT00940000159212.a.c	ENSGT00510000047059.e.b	ENSGT00390000008135.e	ENSGT00390000007499.e	ENSGT01000000220244	ENSGT00940000165067.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a.c.a #22	ENSGT00940000154762.a.a.m.b ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.h	ENSGT00940000165761.a.c	ENSGT00440000038159.f	ENSGT00940000158139.j	ENSGT00940000156339.d	ENSGT00390000003115.m.a	ENSGT00950000183018.a.d.a.a	ENSGT00940000156345.k.a.e #25	ENSGT00940000157152.A.d	ENSGT00510000048287.b.c	ENSGT00390000016694.fb.a	ENSGT00940000155039.a.a.e	ENSGT00390000012485.a.b.a.g	ENSGT00430000031027.b.a.f
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	12	ENSSSAG00000072477	ENSSSAG00000072475	diabloa (ENSSSAG00000072471)	ENSSSAG00000102556	ENSSSAG00000072460	ENSSSAG00000071991	ENSSSAG00000071962	ENSSSAG00000071228	GALNT17 (ENSSSAG00000071190)	ENSSSAG00000071178	tyw1 (ENSSSAG00000071159)	ENSSSAG00000071147	ENSSSAG00000071144	cldnf (ENSSSAG00000105510)	ENSSSAG00000006959 #22	ENSSSAG00000099565 ##22	CLD3 (ENSSSAG00000071127)	ENSSSAG00000075997	CHCHD2 (ENSSSAG00000071121)	PHKG1 (ENSSSAG00000071087)	ENSSSAG00000102849	psph (ENSSSAG00000070975)	ENSSSAG00000107989	limk1a (ENSSSAG00000070455) #25	ENSSSAG00000069781	ENSSSAG00000069728	mettl16 (ENSSSAG00000069714)	pafah1b1a (ENSSSAG00000069688)	cluha (ENSSSAG00000058620)	ENSSSAG00000114620	ENSSSAG00000119002
River trout	MODERN SPECIES	18	ENSSTUG00000048015	ENSSTUG00000047997	diabloa (ENSSTUG00000047989)	ENSSTUG00000047965	ENSSTUG00000047905	ENSSTUG00000047889	DHX40 (ENSSTUG00000047786)	FAM222B (ENSSTUG00000047774)	flot2b (ENSSTUG00000047732)	GALNT17 (ENSSTUG00000047717)	CALN1 (ENSSTUG00000047715)	sbds (ENSSTUG00000047710)	ENSSTUG00000047707	cldnj (ENSSTUG00000047706)	ENSSTUG00000047703 #22	ENSSTUG00000047701 ##22	ENSSTUG00000047697	ENSSTUG00000047695	ENSSTUG00000047690	chchd2 (ENSSTUG00000047687)	phkg1a (ENSSTUG00000047552)	ENSSTUG00000047528	cct6a (ENSSTUG00000047486)	psph (ENSSTUG00000047458)	NIPSNAP2 (ENSSTUG00000047172)	limk1a (ENSSTUG00000045466) #25	ENSSTUG00000045209	MNT (ENSSTUG00000045193)	mettl16 (ENSSTUG00000045167)	pafah1b1a (ENSSTUG00000045127)	cluha (ENSSTUG00000037020)
Huchen	MODERN SPECIES	227									tyw1 (ENSHHUG00000034277)	sbds (ENSHHUG00000034288)	cldnj (ENSHHUG00000034313)	ENSHHUG00000034317 #22	cldnf (ENSHHUG00000034318)	ENSHHUG00000034324 #22	ENSHHUG00000034327 #22	ENSHHUG00000034334 ##22	ENSHHUG00000034338	ENSHHUG00000034341	ENSHHUG00000034347	chchd2 (ENSHHUG00000034369)	phkg1a (ENSHHUG00000034379)	cct6a (ENSHHUG00000034398)	psph (ENSHHUG00000034629)	NIPSNAP2 (ENSHHUG00000034669)	ENSHHUG00000034954	ENSHHUG00000035020	limk1a (ENSHHUG00000035031) #25	ENSHHUG00000035126	ENSHHUG00000035128	MNT (ENSHHUG00000035140)	mettl16 (ENSHHUG00000035157)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b
Cod	MODERN SPECIES	7	ENSGMOG00000013250	ENSGMOG00000020483	ENSGMOG00000013115	ENSGMOG00000037143	ENSGMOG00000036953	ENSGMOG00000001372	ENSGMOG00000023030	ENSGMOG00000025036	ENSGMOG00000036967	ENSGMOG00000018356	ENSGMOG00000000672	ENSGMOG00000034618	ENSGMOG00000020276 #22	ENSGMOG00000020278	ENSGMOG00000028787 #22	ENSGMOG00000020247 ##22	ENSGMOG00000020245	ENSGMOG00000024470	ENSGMOG00000018381	ENSGMOG00000018401	ENSGMOG00000018425	ENSGMOG00000018445	ENSGMOG00000018456	ENSGMOG00000026154	ENSGMOG00000018476	ENSGMOG00000018488	ENSGMOG00000018528	ENSGMOG00000025997	ENSGMOG00000032440	ENSGMOG00000027136	ENSGMOG00000006969
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b
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Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00530000063975.i #23	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00940000165761.b	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000156339	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00510000048287.a	ENSGT00940000155039.a.b	ENSGT00390000012485.a.b.b	ENSGT00430000031027.b.b
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Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00390000006852.A	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795
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Fugu	MODERN SPECIES	2	ENSTRUG00000016275	ENSTRUG00000031296	eml2 (ENSTRUG00000016192)	rhbdd1 (ENSTRUG00000016174)	GALNT17 (ENSTRUG00000016145)	CALN1 (ENSTRUG00000016130)	tyw1 (ENSTRUG00000016107)	sbds (ENSTRUG00000021443)	ENSTRUG00000016096	cldn6 (ENSTRUG00000029514)	ENSTRUG00000016090	cldn28a (ENSTRUG00000023505)	cldn27b (ENSTRUG00000032608)	ENSTRUG00000016074	cldna (ENSTRUG00000020771) #22	ENSTRUG00000025233 ##22	CLDN3 (ENSTRUG00000019624) #21	ENSTRUG00000023097	ppp5c (ENSTRUG00000016020)	tgf-beta1 (ENSTRUG00000015978)	ENSTRUG00000015948	cyp2y3 (ENSTRUG00000015833)	ENSTRUG00000026339	AXL (ENSTRUG00000015755)	LGALS4 (ENSTRUG00000020566)	ENSTRUG00000033353	rasgrp4 (ENSTRUG00000015227)	HNRNPUL1 (ENSTRUG00000015154)	opa3 (ENSTRUG00000015146)	TIAM1 (ENSTRUG00000015042)	cldn8.2 (ENSTRUG00000015037)
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Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823
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Gilthead seabream	MODERN SPECIES	11	rhbdd1 (ENSSAUG00010015942)	GALNT17 (ENSSAUG00010015949)	CALN1 (ENSSAUG00010015961)	tyw1 (ENSSAUG00010015966)	ENSSAUG00010016016	ENSSAUG00010016017	ENSSAUG00010016018	sbds (ENSSAUG00010016019)	ENSSAUG00010016021	cldnj (ENSSAUG00010016022)	ENSSAUG00010016023	ENSSAUG00010016024	cldnf (ENSSAUG00010016025)	ENSSAUG00010016026 #22	cldna (ENSSAUG00010016027) #22	ENSSAUG00010016028 ##22	ENSSAUG00010016029	ENSSAUG00010016032	GCGR (ENSSAUG00010016034)	ENSSAUG00010016040	ppp5c (ENSSAUG00010016041)	tgfb1a (ENSSAUG00010016750)	ENSSAUG00010016772	ENSSAUG00010016775	ENSSAUG00010017567	ENSSAUG00010017615	ENSSAUG00010017623	ENSSAUG00010017629	ENSSAUG00010017647	AXL (ENSSAUG00010017657)	LGALS4 (ENSSAUG00010018411)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000002237	ENSGT00950000183136.a.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000181859	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823
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Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	ENSMAMG00000016319	ENSMAMG00000016281	ENSMAMG00000016268	ENSMAMG00000016222	ENSMAMG00000016193	GALNT17 (ENSMAMG00000016161)	ENSMAMG00000016140	tyw1 (ENSMAMG00000016089)	ENSMAMG00000025441	ENSMAMG00000016082	ENSMAMG00000024288	ENSMAMG00000028390	ENSMAMG00000024535	ENSMAMG00000027763	ENSMAMG00000025595 #22	ENSMAMG00000015371 ##22	ENSMAMG00000015355	ENSMAMG00000015342	ENSMAMG00000015307	ENSMAMG00000027650	ppp5c (ENSMAMG00000015276)	ENSMAMG00000015263	ENSMAMG00000015237	ENSMAMG00000028447	ENSMAMG00000014850	ENSMAMG00000028238	ENSMAMG00000014817	ENSMAMG00000014740	ryr1b (ENSMAMG00000014480)	rasgrp4 (ENSMAMG00000014433)	ENSMAMG00000014383
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00940000161740	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795
Climbing perch	MODERN SPECIES	4	ENSATEG00000006485	ENSATEG00000006500	ENSATEG00000006537	ENSATEG00000006581	ENSATEG00000006703	ENSATEG00000027671	GALNT17 (ENSATEG00000006748)	ENSATEG00000006804	tyw1 (ENSATEG00000006856)	ENSATEG00000027366	ENSATEG00000006889	ENSATEG00000025356	ENSATEG00000027784	ENSATEG00000027065	ENSATEG00000006958 #22	ENSATEG00000029434 ##22	ENSATEG00000007258 #21	ENSATEG00000026476	ENSATEG00000007293	ENSATEG00000029312	ppp5c (ENSATEG00000007377)	ENSATEG00000007436	ENSATEG00000007440	ENSATEG00000007765	ENSATEG00000008005	ENSATEG00000008227	ENSATEG00000008244	ENSATEG00000008270	ENSATEG00000029082	ryr1b (ENSATEG00000008379)	rasgrp4 (ENSATEG00000008725)
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Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795
Tongue sole	MODERN SPECIES	14	irf2bp1 (ENSCSEG00000005917)	polr1g (ENSCSEG00000005914)	ENSCSEG00000005910	GAL3ST3 (ENSCSEG00000005903)	NOVA1 (ENSCSEG00000005887)	ENSCSEG00000005880	eml2 (ENSCSEG00000005866)	ENSCSEG00000005861	rhbdd1 (ENSCSEG00000005846)	GALNT17 (ENSCSEG00000005839)	CALN1 (ENSCSEG00000005832)	tyw1 (ENSCSEG00000005810)	ENSCSEG00000005805	sbds (ENSCSEG00000005798)	ENSCSEG00000005788	ENSCSEG00000005687 ##22	ENSCSEG00000005683	CLDN3 (ENSCSEG00000005678) #21	LRRC8A (ENSCSEG00000005677)	ENSCSEG00000005674	opa3 (ENSCSEG00000005669)	HNRNPUL1 (ENSCSEG00000005657)	rasgrp4 (ENSCSEG00000005639)	ENSCSEG00000005579	LGALS4 (ENSCSEG00000005573)	AXL (ENSCSEG00000005564)	ENSCSEG00000005561	cyp2y3 (ENSCSEG00000005555)	ENSCSEG00000005551	ENSCSEG00000005549	tgfb1a (ENSCSEG00000005544)
Turbot	MODERN SPECIES	15	EHD2 (ENSSMAG00000020558)	ENSSMAG00000020556	NAPA (ENSSMAG00000020551)	ENSSMAG00000020549	ENSSMAG00000020544	GALNT17 (ENSSMAG00000020531)	ENSSMAG00000031798	tyw1 (ENSSMAG00000020514)	ENSSMAG00000029204	ENSSMAG00000020511	ENSSMAG00000020504	ENSSMAG00000028969	ENSSMAG00000020502	ENSSMAG00000026645	ENSSMAG00000020464	ENSSMAG00000020406 ##22	ENSSMAG00000020383 #21	ENSSMAG00000028748	ENSSMAG00000020380	ENSSMAG00000030263	ppp5c (ENSSMAG00000020370)	ENSSMAG00000020369	ENSSMAG00000020362	ENSSMAG00000020359	ENSSMAG00000020356	ENSSMAG00000020354	ryr1b (ENSSMAG00000020308)	rasgrp4 (ENSSMAG00000020287)	ENSSMAG00000020270	opa3 (ENSSMAG00000034179)	ppp1r13l (ENSSMAG00000020248)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000164025.a.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000165067.h	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795
Barramundi perch	MODERN SPECIES	109	ENSLCAG00010008344	eml2 (ENSLCAG00010008222)	rhbdd1 (ENSLCAG00010008165)	GALNT17 (ENSLCAG00010008110)	CALN1 (ENSLCAG00010008088)	tyw1 (ENSLCAG00010007973)	sbds (ENSLCAG00010007897)	ENSLCAG00010007887	cldnj (ENSLCAG00010007886)	ENSLCAG00010007885	ENSLCAG00010007883	cldnf (ENSLCAG00010007881)	ENSLCAG00010007876	ENSLCAG00010007874	cldna (ENSLCAG00010007870) #22	ENSLCAG00010007868 ##22	ENSLCAG00010007867 #21	ENSLCAG00010007863	GCGR (ENSLCAG00010007856)	ENSLCAG00010007849	ppp5c (ENSLCAG00010007521)	tgfb1a (ENSLCAG00010007407)	ENSLCAG00010007404	ENSLCAG00010007400	ENSLCAG00010007396	cyp2y3 (ENSLCAG00010007079)	AXL (ENSLCAG00010006919)	LGALS4 (ENSLCAG00010006902)	ryr1b (ENSLCAG00010006187)	rasgrp4 (ENSLCAG00010005974)	HNRNPUL1 (ENSLCAG00010005959)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067.g.b	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000165067.h	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795
Greater amberjack	MODERN SPECIES	14	ENSSDUG00000001854	ENSSDUG00000001795	GPR4 (ENSSDUG00000001773)	eml2 (ENSSDUG00000001693)	rhbdd1 (ENSSDUG00000001663)	GALNT17 (ENSSDUG00000001631)	CALN1 (ENSSDUG00000001602)	tyw1 (ENSSDUG00000001552)	sbds (ENSSDUG00000001528)	ENSSDUG00000001518	ENSSDUG00000001505	ENSSDUG00000001493	ENSSDUG00000001482	ENSSDUG00000001332	cldna (ENSSDUG00000001315) #22	ENSSDUG00000001306 ##22	ENSSDUG00000001286 #21	ENSSDUG00000001279	ENSSDUG00000001269	ppp5c (ENSSDUG00000001230)	tgfb1a (ENSSDUG00000001200)	ENSSDUG00000001164	ENSSDUG00000001155	ENSSDUG00000000994	ENSSDUG00000000982	AXL (ENSSDUG00000000965)	LGALS4 (ENSSDUG00000000893)	ENSSDUG00000000548	rasgrp4 (ENSSDUG00000000527)	HNRNPUL1 (ENSSDUG00000000399)	opa3 (ENSSDUG00000000385)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2952	polr1g (ENSSLDG00000003180)	ENSSLDG00000003193	GPR4 (ENSSLDG00000003214)	eml2 (ENSSLDG00000003298)	ENSSLDG00000003400	rhbdd1 (ENSSLDG00000003427)	GALNT17 (ENSSLDG00000003476)	CALN1 (ENSSLDG00000003515)	tyw1 (ENSSLDG00000003554)	sbds (ENSSLDG00000003659)	ENSSLDG00000003691	cldnj (ENSSLDG00000003716)	cldne (ENSSLDG00000003733) #21	ENSSLDG00000003759	cldnf (ENSSLDG00000003805)	ENSSLDG00000004203 ##22	ENSSLDG00000004238 #21	ENSSLDG00000004328	ENSSLDG00000004436	ppp5c (ENSSLDG00000004475)	tgfb1a (ENSSLDG00000004564)	ENSSLDG00000004609	ENSSLDG00000004634	ENSSLDG00000004651	ENSSLDG00000004669	AXL (ENSSLDG00000004682)	LGALS4 (ENSSLDG00000004714)	ENSSLDG00000004741	rasgrp4 (ENSSLDG00000005048)	HNRNPUL1 (ENSSLDG00000005140)	opa3 (ENSSLDG00000005166)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320	ENSGT00390000015880 #20	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000156339	ENSGT00950000183018.a.d.b	ENSGT00530000064130	ENSGT00940000168646.b	ENSGT00940000156345.k.b #25	ENSGT00940000157152.B	ENSGT00510000048287.a
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000182902.b.b.a	ENSGT00390000011517.a.a.c.a.a	ENSGT00940000159328	ENSGT00940000157430.a.a	ENSGT00940000154049.a	ENSGT00940000166536	ENSGT00510000047446	ENSGT00940000158885	ENSGT00940000159212.b	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000063975.j #23	ENSGT00940000164025.b.b	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000163648.a.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000166320
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000160551	ENSGT00950000183147.A.b.a
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	82	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000178129	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.a #22	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000181859	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000160551	ENSGT00950000183147.A.b.a
Turquoise killifish	DUPLICATION
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Sheepshead minnow	DUPLICATION
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Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	529	RAB19 (ENSCVAG00000001062)	ENSCVAG00000001061	pus7l (ENSCVAG00000001060)	ENSCVAG00000001059	pphln1 (ENSCVAG00000001058)	zcrb1 (ENSCVAG00000001057)	yaf2 (ENSCVAG00000001056)	gxylt1b (ENSCVAG00000001055)	tyw1 (ENSCVAG00000001054)	sbds (ENSCVAG00000001053)	ENSCVAG00000001052	ENSCVAG00000001051	CLDN4 (ENSCVAG00000001050) #22	cldnf (ENSCVAG00000001049)	ENSCVAG00000001048	ENSCVAG00000001046 ##22
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	32					ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000160551	ENSGT00950000183147.A.b.a
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203	ENSGT00950000183059.b.b	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000160551	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00390000009409
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Chinese medaka	MODERN SPECIES	538	pak4 (ENSOSIG00000013841)	zgc:152863 (ENSOSIG00000013838)	eml2 (ENSOSIG00000013652)	ENSOSIG00000013637	ENSOSIG00000013632	ENSOSIG00000013630	irf2bp1 (ENSOSIG00000013626)	foxa3 (ENSOSIG00000013623)	ENSOSIG00000013619	sbds (ENSOSIG00000013618)	tyw1 (ENSOSIG00000012772)	ENSOSIG00000012755	GALNT17 (ENSOSIG00000012752)	cldnj (ENSOSIG00000012749)	ENSOSIG00000012747	ENSOSIG00000012744 ##22	tgfb1a (ENSOSIG00000012742)	ENSOSIG00000012740	ENSOSIG00000012737	AXL (ENSOSIG00000012736)	ENSOSIG00000012735	ppp5c (ENSOSIG00000012706)	ENSOSIG00000012220	HNRNPUL1 (ENSOSIG00000012181)	opa3 (ENSOSIG00000012179)	ppp1r13l (ENSOSIG00000012177)	TMEM91 (ENSOSIG00000012176)	zgc:85932 (ENSOSIG00000012175)	ACTN4 (ENSOSIG00000010945)	slc8a2b (ENSOSIG00000010566)	srsf7a (ENSOSIG00000010556)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00940000166203	ENSGT00950000183059.b.b	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000162095.i.b #21	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.h.j.b	ENSGT00940000162064.h.j.a.b	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000160551	ENSGT00950000183147.A.b.a
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	4	ENSOJAG00000020063	ENSOJAG00000020071	PLD3 (ENSOJAG00000005957)	rhbdd1 (ENSOJAG00000006437)	GALNT17 (ENSOJAG00000006465)	CALN1 (ENSOJAG00000006682)	tyw1 (ENSOJAG00000006793)	sbds (ENSOJAG00000008156)	ENSOJAG00000008189	ENSOJAG00000008213	ENSOJAG00000008218 #22	cldnf (ENSOJAG00000008225)	cldne (ENSOJAG00000008234) #21	cldna (ENSOJAG00000008243) #22	cldna (ENSOJAG00000008259) #22	ENSOJAG00000008265 ##22	ENSOJAG00000008273 #21	ENSOJAG00000008288	ENSOJAG00000008298	ppp5c (ENSOJAG00000008314)	tgfb1a (ENSOJAG00000008490)	ENSOJAG00000008507	ENSOJAG00000008550	ENSOJAG00000008629	ENSOJAG00000009341	AXL (ENSOJAG00000009489)	LGALS4 (ENSOJAG00000010929)	rasgrp4 (ENSOJAG00000022604)	HNRNPUL1 (ENSOJAG00000022641)	opa3 (ENSOJAG00000022711)	ppp1r13l (ENSOJAG00000022712)
Indian medaka	MODERN SPECIES	12	irf2bp1 (ENSOMEG00000022903)	foxa3 (ENSOMEG00000000616)	PLD3 (ENSOMEG00000022889)	ENSOMEG00000022850	rhbdd1 (ENSOMEG00000000609)	GALNT17 (ENSOMEG00000022790)	CALN1 (ENSOMEG00000022768)	ENSOMEG00000022756	sbds (ENSOMEG00000022747)	ENSOMEG00000022738	cldnj (ENSOMEG00000022730)	ENSOMEG00000022727	cldnf (ENSOMEG00000022682)	cldne (ENSOMEG00000022669) #21	cldna (ENSOMEG00000022640) #22	ENSOMEG00000022635 ##22	ENSOMEG00000022628 #21	ENSOMEG00000022611	ENSOMEG00000022579	ppp5c (ENSOMEG00000022570)	tgfb1a (ENSOMEG00000022542)	ENSOMEG00000022518	ENSOMEG00000022454	ENSOMEG00000022435	ENSOMEG00000022433	ENSOMEG00000022410	ENSOMEG00000022395	ENSOMEG00000022367	ENSOMEG00000022337	ENSOMEG00000022314	AXL (ENSOMEG00000022298)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.b	ENSGT00940000165704.a.a	ENSGT00940000164025.a.b.a	ENSGT00940000164025.a.b.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.b #22	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000157969	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883
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Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00940000165704.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000166203	ENSGT00940000162120.f.b	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000162095 #21	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.i.a.b	ENSGT00940000162064.i.a.a	ENSGT00940000162064.i.b	ENSGT00940000162064.h	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2077										CALN1 (ENSAOCG00000016817)	tyw1 (ENSAOCG00000016792)	sbds (ENSAOCG00000016770)	ENSAOCG00000016744	cldnj (ENSAOCG00000016731)	ENSAOCG00000016711	ENSAOCG00000016547 ##22	ENSAOCG00000016536 #21	GCGR (ENSAOCG00000016505)	ENSAOCG00000016474	ppp5c (ENSAOCG00000016465)	tgfb1a (ENSAOCG00000016406)	ENSAOCG00000016398	ENSAOCG00000016369	ENSAOCG00000016177	ENSAOCG00000015976	ENSAOCG00000015736
Orange clownfish	MODERN SPECIES	23	foxa3 (ENSAPEG00000016188)	irf2bp1 (ENSAPEG00000016156)	polr1g (ENSAPEG00000016153)	ENSAPEG00000016133	GPR4 (ENSAPEG00000016125)	eml2 (ENSAPEG00000016094)	rhbdd1 (ENSAPEG00000016079)	GALNT17 (ENSAPEG00000016038)	CALN1 (ENSAPEG00000016013)	tyw1 (ENSAPEG00000015939)	sbds (ENSAPEG00000015897)	ENSAPEG00000015884	ENSAPEG00000015868	ENSAPEG00000015851 #22	ENSAPEG00000015744	ENSAPEG00000015596 ##22	ENSAPEG00000015528 #21	ENSAPEG00000015418	GCGR (ENSAPEG00000015368)	ENSAPEG00000015357	ppp5c (ENSAPEG00000015286)	tgfb1a (ENSAPEG00000015272)	ENSAPEG00000015259	ENSAPEG00000015235	ENSAPEG00000015215	ENSAPEG00000015200	ENSAPEG00000015185	ENSAPEG00000014992	AXL (ENSAPEG00000014797)	ENSAPEG00000014730	ENSAPEG00000014396
Spiny chromis	MODERN SPECIES	569				ENSAPOG00000014558	GALNT17 (ENSAPOG00000014431)	CALN1 (ENSAPOG00000014420)	tyw1 (ENSAPOG00000014391)	sbds (ENSAPOG00000014285)	ENSAPOG00000014244	cldnj (ENSAPOG00000014230)	ENSAPOG00000014212	ENSAPOG00000014192	cldnf (ENSAPOG00000014179)	ENSAPOG00000014161	cldna (ENSAPOG00000014139) #22	ENSAPOG00000014124 ##22	ENSAPOG00000014116 #21	GCGR (ENSAPOG00000014092)	ENSAPOG00000014071	ppp5c (ENSAPOG00000014039)	tgfb1a (ENSAPOG00000013984)	ENSAPOG00000013970	cyp2y3 (ENSAPOG00000013952)	AXL (ENSAPOG00000013901)	LGALS4 (ENSAPOG00000013714)	ENSAPOG00000013635	rasgrp4 (ENSAPOG00000013216)	HNRNPUL1 (ENSAPOG00000013078)	opa3 (ENSAPOG00000012955)	ppp1r13l (ENSAPOG00000012949)	TMEM91 (ENSAPOG00000012932)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	2096											ENSSPAG00000016459	sbds (ENSSPAG00000016419)	ENSSPAG00000016400	ENSSPAG00000016378 #22	ENSSPAG00000016137	ENSSPAG00000015905 ##22	ENSSPAG00000015713	GCGR (ENSSPAG00000015162)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00450000040362	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000165704.b.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000157969	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h.c	ENSGT00940000162064.h.d	ENSGT00940000174794	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823
Midas cichlid	DUPLICATION
Midas cichlid	MODERN SPECIES	85	ENSACIG00000007544	ENSACIG00000007499	eml2 (ENSACIG00000007448)	ENSACIG00000007435	ENSACIG00000007420	rhbdd1 (ENSACIG00000007400)	GALNT17 (ENSACIG00000007375)	CALN1 (ENSACIG00000007361)	tyw1 (ENSACIG00000007325)	sbds (ENSACIG00000007308)	ENSACIG00000007297	cldnj (ENSACIG00000007291)	ENSACIG00000007215	ENSACIG00000007210	cldna (ENSACIG00000007196) #22	ENSACIG00000007184 ##22	ENSACIG00000007166 ##22	ENSACIG00000007088
Midas cichlid	MODERN SPECIES	85	ENSACIG00000007499	eml2 (ENSACIG00000007448)	ENSACIG00000007435	ENSACIG00000007420	rhbdd1 (ENSACIG00000007400)	GALNT17 (ENSACIG00000007375)	CALN1 (ENSACIG00000007361)	tyw1 (ENSACIG00000007325)	sbds (ENSACIG00000007308)	ENSACIG00000007297	cldnj (ENSACIG00000007291)	ENSACIG00000007215	ENSACIG00000007210	cldna (ENSACIG00000007196) #22	ENSACIG00000007184 ##22	ENSACIG00000007166 ##22	ENSACIG00000007088
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000177245	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000165704.b.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000165704.b.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378.gb	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823
Nile tilapia	DUPLICATION
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	eml2 (ENSONIG00000007658)	ENSONIG00000028350	rhbdd1 (ENSONIG00000042661)	ENSONIG00000041588	rhbdd1 (ENSONIG00000005862)	GALNT17 (ENSONIG00000005864)	CALN1 (ENSONIG00000005871)	tyw1 (ENSONIG00000005872)	sbds (ENSONIG00000005874)	ENSONIG00000033089	cldnj (ENSONIG00000020461)	cldnf (ENSONIG00000005879)	ENSONIG00000036871	cldna (ENSONIG00000020464) #22	ENSONIG00000005619 ##22	ENSONIG00000031481 ##22	ENSONIG00000020466	GCGR (ENSONIG00000031034)	ENSONIG00000040811	ppp5c (ENSONIG00000005880)	tgfb1a (ENSONIG00000005890)	ENSONIG00000005892	ENSONIG00000005899	ENSONIG00000037837	ENSONIG00000042732	ENSONIG00000037455	ENSONIG00000037200	ENSONIG00000005902	ENSONIG00000037244	ENSONIG00000003852	ENSONIG00000003847
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	gpr4 (ENSONIG00000030728)	eml2 (ENSONIG00000007658)	ENSONIG00000028350	rhbdd1 (ENSONIG00000042661)	ENSONIG00000041588	rhbdd1 (ENSONIG00000005862)	GALNT17 (ENSONIG00000005864)	CALN1 (ENSONIG00000005871)	tyw1 (ENSONIG00000005872)	sbds (ENSONIG00000005874)	ENSONIG00000033089	cldnj (ENSONIG00000020461)	cldnf (ENSONIG00000005879)	ENSONIG00000036871	cldna (ENSONIG00000020464) #22	ENSONIG00000005619 ##22	ENSONIG00000031481 ##22	ENSONIG00000020466	GCGR (ENSONIG00000031034)	ENSONIG00000040811	ppp5c (ENSONIG00000005880)	tgfb1a (ENSONIG00000005890)	ENSONIG00000005892	ENSONIG00000005899	ENSONIG00000037837	ENSONIG00000042732	ENSONIG00000037455	ENSONIG00000037200	ENSONIG00000005902	ENSONIG00000037244	ENSONIG00000003852
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378.gb	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000163648.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000160378.gb.a.b	ENSGT00940000160378.gb.a.a	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	416	polr1g (ENSHBUG00000001063)	NOVA1 (ENSHBUG00000002485)	GPR4 (ENSHBUG00000002495)	eml2 (ENSHBUG00000002552)	ENSHBUG00000002569	ENSHBUG00000002575	rhbdd1 (ENSHBUG00000002590)	ENSHBUG00000002597	CALN1 (ENSHBUG00000002607)	tyw1 (ENSHBUG00000002640)	ENSHBUG00000002648	sbds (ENSHBUG00000002660)	ENSHBUG00000002665	ENSHBUG00000002715	cldna (ENSHBUG00000000051) #22	ENSHBUG00000002730 ##22	ENSHBUG00000002732	GCGR (ENSHBUG00000002735)	ENSHBUG00000002745	ppp5c (ENSHBUG00000002768)	tgfb1a (ENSHBUG00000002783)	ENSHBUG00000002826	ENSHBUG00000002851	ENSHBUG00000002874
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000159132.b	ENSGT00940000162064.i	ENSGT00940000162064.h.c.b	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000156258.f.a.a.b	ENSGT00940000160378.gb.a.a	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883
P. nyererei	MODERN SPECIES	447	GPR4 (ENSPNYG00000022294)	ENSPNYG00000022298	eml2 (ENSPNYG00000022324)	ENSPNYG00000022333	ENSPNYG00000022338	ENSPNYG00000022341	rhbdd1 (ENSPNYG00000022350)	GALNT17 (ENSPNYG00000022360)	CALN1 (ENSPNYG00000022372)	tyw1 (ENSPNYG00000022381)	sbds (ENSPNYG00000022403)	ENSPNYG00000022416	cldnj (ENSPNYG00000022422)	ENSPNYG00000022431 #22	cldna (ENSPNYG00000022473) #22	ENSPNYG00000022487 ##22	ENSPNYG00000022492	GCGR (ENSPNYG00000022497)	ENSPNYG00000022504	ppp5c (ENSPNYG00000022513)	tgfb1a (ENSPNYG00000022526)	ENSPNYG00000022549	ENSPNYG00000022588	ENSPNYG00000022620	ENSPNYG00000022639	ENSPNYG00000022645	AXL (ENSPNYG00000022656)	ENSPNYG00000022666	ENSPNYG00000022672
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155573.g.a	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.a	ENSGT00940000153887.B	ENSGT00940000177245	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b.h.c	ENSGT00390000010744.m.c	ENSGT00940000156014.g	ENSGT00940000159212.a.h	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT00390000007499	ENSGT00940000165067	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b #22	ENSGT00940000164025.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a #22	ENSGT00940000154762.a.a ##22	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000163335	ENSGT00940000158785	ENSGT00940000160457.b	ENSGT00940000166615	ENSGT00940000162064.h.d.b	ENSGT00940000162064.h.d.a	ENSGT00940000160232	ENSGT00940000156258.f.a.a.b.a	ENSGT00940000160378.gb.a.a	ENSGT00940000160378.fb	ENSGT00940000155288.b	ENSGT00940000159883	ENSGT00940000157823	ENSGT00390000009795
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	polr1g (ENSACLG00000018258)	ENSACLG00000018329	GPR4 (ENSACLG00000018352)	eml2 (ENSACLG00000018375)	ENSACLG00000018474	rhbdd1 (ENSACLG00000018526)	GALNT17 (ENSACLG00000018583)	ENSACLG00000018655	tyw1 (ENSACLG00000018688)	sbds (ENSACLG00000018750)	ENSACLG00000018780	cldnj (ENSACLG00000018793)	ENSACLG00000018806 #22	ENSACLG00000018885	cldna (ENSACLG00000018893) #22	ENSACLG00000018908 ##22	ENSACLG00000018917	GCGR (ENSACLG00000018929)	ENSACLG00000019116	ppp5c (ENSACLG00000019133)	tgfb1a (ENSACLG00000019195)	ENSACLG00000019211	ENSACLG00000019308	ENSACLG00000019547	ENSACLG00000019572	ENSACLG00000019671	ENSACLG00000019722	ENSACLG00000019915	AXL (ENSACLG00000020116)	ENSACLG00000020150	ENSACLG00000020383
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1096	GPR4 (ENSMZEG00005024405)	eml2 (ENSMZEG00005024403)	ENSMZEG00005024400	ENSMZEG00005024399	ENSMZEG00005024397	rhbdd1 (ENSMZEG00005024395)	GALNT17 (ENSMZEG00005024392)	CALN1 (ENSMZEG00005024389)	tyw1 (ENSMZEG00005024386)	sbds (ENSMZEG00005024385)	ENSMZEG00005024384	cldnj (ENSMZEG00005024383)	ENSMZEG00005024333 #22	ENSMZEG00005024306	cldna (ENSMZEG00005024293) #22	ENSMZEG00005024291 ##22	ENSMZEG00005024290	GCGR (ENSMZEG00005024287)	ENSMZEG00005024285	ppp5c (ENSMZEG00005024280)	tgfb1a (ENSMZEG00005024278)	ENSMZEG00005024276	ENSMZEG00005024271	ENSMZEG00005024268	ENSMZEG00005024266	ENSMZEG00005024264	ENSMZEG00005024260	ENSMZEG00005024258	ENSMZEG00005024255	ENSMZEG00005024246	AXL (ENSMZEG00005024245)
Lyretail cichlid	DUPLICATION
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Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	426	ENSNBRG00000016780	ENSNBRG00000016812	GPR4 (ENSNBRG00000016835)	eml2 (ENSNBRG00000016871)	ENSNBRG00000016898	tuba1c (ENSNBRG00000016916)	rhbdd1 (ENSNBRG00000016932)	GALNT17 (ENSNBRG00000016955)	CALN1 (ENSNBRG00000016973)	tyw1 (ENSNBRG00000016996)	sbds (ENSNBRG00000017027)	ENSNBRG00000017036	ENSNBRG00000017048	ENSNBRG00000017075	cldna (ENSNBRG00000017084) #22	ENSNBRG00000017090 ##22	ENSNBRG00000017101	ENSNBRG00000017106 ##22	GCGR (ENSNBRG00000017113)	ENSNBRG00000017137	ppp5c (ENSNBRG00000017150)	tgfb1a (ENSNBRG00000017172)	ENSNBRG00000017185	ENSNBRG00000017213	ENSNBRG00000017278
Reedfish	DUPLICATION
Reedfish	MODERN SPECIES	16	CCDC92B (ENSECRG00000011610)	cluha (ENSECRG00000011479)	pafah1b1b (ENSECRG00000011397)	mettl16 (ENSECRG00000011328)	mntb (ENSECRG00000011303)	ENSECRG00000010601	ENSECRG00000010570	limk1a (ENSECRG00000010549) #25	ENSECRG00000010540	ENSECRG00000010441	mettl27 (ENSECRG00000010404) #23	cldnj (ENSECRG00000010396)	ENSECRG00000010390 ##22	ENSECRG00000010386 ##22	cldn3c (ENSECRG00000010383)	ENSECRG00000010378 ##22	ENSECRG00000010374 #21	abhd11 (ENSECRG00000010370) #20	ENSECRG00000010361	chchd2 (ENSECRG00000010353)	phkg1b (ENSECRG00000010342)	sumf2 (ENSECRG00000010336)	cct6a (ENSECRG00000010310)	psph (ENSECRG00000010282)	NIPSNAP2 (ENSECRG00000010247)	mrps17 (ENSECRG00000010225)	nf2b (ENSECRG00000010195)	sbds (ENSECRG00000010179)	tyw1 (ENSECRG00000010163)	CALN1 (ENSECRG00000010148)	GALNT17 (ENSECRG00000010128)
Reedfish	MODERN SPECIES	16	aifm4 (ENSECRG00000011643)	tlcd2 (ENSECRG00000011625)	CCDC92B (ENSECRG00000011610)	cluha (ENSECRG00000011479)	pafah1b1b (ENSECRG00000011397)	mettl16 (ENSECRG00000011328)	mntb (ENSECRG00000011303)	ENSECRG00000010601	ENSECRG00000010570	limk1a (ENSECRG00000010549) #25	ENSECRG00000010540	ENSECRG00000010441	mettl27 (ENSECRG00000010404) #23	cldnj (ENSECRG00000010396)	ENSECRG00000010390 ##22	ENSECRG00000010386 ##22	cldn3c (ENSECRG00000010383)	ENSECRG00000010378 ##22	ENSECRG00000010374 #21	abhd11 (ENSECRG00000010370) #20	ENSECRG00000010361	chchd2 (ENSECRG00000010353)	phkg1b (ENSECRG00000010342)	sumf2 (ENSECRG00000010336)	cct6a (ENSECRG00000010310)	psph (ENSECRG00000010282)	NIPSNAP2 (ENSECRG00000010247)	mrps17 (ENSECRG00000010225)	nf2b (ENSECRG00000010195)	sbds (ENSECRG00000010179)	tyw1 (ENSECRG00000010163)
Reedfish	DUPLICATION
Reedfish	MODERN SPECIES	3	ENSECRG00000009319	ENSECRG00000009414	ENSECRG00000009718	kat8 (ENSECRG00000009747)	ENSECRG00000009761	rpusd4 (ENSECRG00000009770)	ENSECRG00000009783	ENSECRG00000009795	slc5a2 (ENSECRG00000009912)	ENSECRG00000010657	ENSECRG00000010667	ENSECRG00000010680	ENSECRG00000010684	thoc6 (ENSECRG00000010697)	ENSECRG00000010708	ENSECRG00000010725 ##22	cldnk (ENSECRG00000010728)	pelo (ENSECRG00000010807)	KREMEN2 (ENSECRG00000010931)	paqr4a (ENSECRG00000010935)	PKMYT1 (ENSECRG00000010940)	elob (ENSECRG00000010950)	ARMC5 (ENSECRG00000010961)	ENSECRG00000010969	cox6a2 (ENSECRG00000010982)	rusf1 (ENSECRG00000010987)	ENSECRG00000011003	ENSECRG00000011011	cd2bp2 (ENSECRG00000011017)	dctpp1 (ENSECRG00000011035)	QPRT (ENSECRG00000011045)
Reedfish	MODERN SPECIES	12	tent5c (ENSECRG00000005517)	man1a2 (ENSECRG00000005505)	ENSECRG00000005494	ENSECRG00000005482	ENSECRG00000005475	ENSECRG00000005464	ENSECRG00000005441	igsf3 (ENSECRG00000005427)	ENSECRG00000005420	ENSECRG00000005409	ENSECRG00000005391	ENSECRG00000005374	ENSECRG00000005337	ENSECRG00000005323	ENSECRG00000005051	ENSECRG00000004992 ##22	atp1a1a.2 (ENSECRG00000002714)	mab21l3 (ENSECRG00000002517)	ENSECRG00000002505	SLC22A15 (ENSECRG00000002483)	ENSECRG00000002471	nhlh2 (ENSECRG00000002461)	vangl1 (ENSECRG00000002451)	casq2 (ENSECRG00000002434)	poglut1 (ENSECRG00000002414)	TIMMDC1 (ENSECRG00000002396)	KCNE2 (ENSECRG00000002381)	MRPS6 (ENSECRG00000002372)	atp5po (ENSECRG00000002359)	ITSN1 (ENSECRG00000002170)	cryzl1 (ENSECRG00000002041)
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.b ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154762.b ##22
Reedfish	MODERN SPECIES	16	sbds (ENSECRG00000010179)	nf2b (ENSECRG00000010195)	mrps17 (ENSECRG00000010225)	NIPSNAP2 (ENSECRG00000010247)	psph (ENSECRG00000010282)	cct6a (ENSECRG00000010310)	sumf2 (ENSECRG00000010336)	phkg1b (ENSECRG00000010342)	chchd2 (ENSECRG00000010353)	ENSECRG00000010361	abhd11 (ENSECRG00000010370) #20	ENSECRG00000010374 #21	ENSECRG00000010378 ##22	cldn3c (ENSECRG00000010383)	ENSECRG00000010386 ##22	ENSECRG00000010390 ##22	cldnj (ENSECRG00000010396)	mettl27 (ENSECRG00000010404) #23	ENSECRG00000010441	ENSECRG00000010540	limk1a (ENSECRG00000010549) #25	ENSECRG00000010570	ENSECRG00000010601	mntb (ENSECRG00000011303)	mettl16 (ENSECRG00000011328)	pafah1b1b (ENSECRG00000011397)	cluha (ENSECRG00000011479)	CCDC92B (ENSECRG00000011610)	tlcd2 (ENSECRG00000011625)	aifm4 (ENSECRG00000011643)	vps53 (ENSECRG00000011701)