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Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155181.c.b #8	ENSGT00940000153434.c.b #9	ENSGT00940000161347.a.a #10	ENSGT00940000161347.a.b #11	ENSGT00940000154422.d #12	ENSGT00940000155770.b.b #13	ENSGT00940000170274	ENSGT00390000013415.b #14	ENSGT00940000155227.a #15	ENSGT00940000156090.b #16	ENSGT00550000074846.jb.b #17	ENSGT00390000016167 #18	ENSGT00940000156997.b #19	ENSGT00390000018830.a.b #20	ENSGT01030000234535.C #21	ENSGT00390000005254 #22	ENSGT00390000010743.b.a #23	ENSGT00940000159569 #24	ENSGT00390000008732.b #25	ENSGT00390000011509 #26	ENSGT00940000159324 #27	ENSGT00940000157157.b.a.b #28	ENSGT00940000177433 #29	ENSGT00950000182975.a.a.b.l #30	ENSGT00940000180069 #31	ENSGT00940000156880.c.a #32	ENSGT00390000013040 #33	ENSGT00940000162230 #34	ENSGT00940000167622.d #35	ENSGT00940000162727.a.b #36	ENSGT00950000183190.a.b.b #37
P. nyererei	MODERN SPECIES	297	kcmf1 (ENSPNYG00000005968) #7	ntrk2b (ENSPNYG00000005928) #8	hnrpkl (ENSPNYG00000005907) #9	ENSPNYG00000005729 #10	gna14 (ENSPNYG00000005542) #11	prune2 (ENSPNYG00000005490) #12	ENSPNYG00000005424 #13	zgc:73226 (ENSPNYG00000005402) #14	thbs4b (ENSPNYG00000005339) #15	zgc:122979 (ENSPNYG00000005251) #16	atp5fa1 (ENSPNYG00000005220) #17	zgc:77838 (ENSPNYG00000005206) #18	RNF165 (ENSPNYG00000005178) #19	LOXHD1 (ENSPNYG00000005032) #20	st8sia5 (ENSPNYG00000004999) #21	rpl37 (ENSPNYG00000004836) #22	ptgs1 (ENSPNYG00000004794) #23	pdcl (ENSPNYG00000004774) #24	rpl28 (ENSPNYG00000004757) #25	ENSPNYG00000004740 #26	ENSPNYG00000004590 #27	notch1a (ENSPNYG00000004505) #28	ENSPNYG00000004495 #29	ENSPNYG00000004482 #30	ENSPNYG00000004470 #31	KCNT1 (ENSPNYG00000004382) #32	psmd5 (ENSPNYG00000004358) #33	B3GALT9 (ENSPNYG00000004354) #34	ENSPNYG00000004339 #35	ENSPNYG00000004289 #36	ENSPNYG00000004106 #37
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155181.c.b #8	ENSGT00940000153434.c.b #9	ENSGT00940000161347.a.a #10	ENSGT00940000161347.a.b #11	ENSGT00940000154422.d #12	ENSGT00940000155770.b.b #13	ENSGT00940000170274	ENSGT00390000013415.b #14	ENSGT00940000155227.a #15	ENSGT00940000156090.b #16	ENSGT00550000074846.jb.b #17	ENSGT00390000016167 #18	ENSGT00940000156997.b #19	ENSGT00390000018830.a.b #20	ENSGT01030000234535.C #21	ENSGT00390000005254 #22	ENSGT00390000010743.b.a #23	ENSGT00940000159569 #24	ENSGT00390000008732.b #25	ENSGT00390000011509 #26	ENSGT00940000159324 #27	ENSGT00940000157157.b.a.b #28	ENSGT00950000182975.a.a.b.l #30	ENSGT00940000156880.c.a #32	ENSGT00390000013040 #33	ENSGT00940000162230 #34	ENSGT00940000167622.d #35	ENSGT00940000162727.a.b #36	ENSGT00950000183190.a.b.b #37	ENSGT00390000005742.x	ENSGT00390000004067
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Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	287	ntrk2b (ENSHBUG00000006471) #8	hnrpkl (ENSHBUG00000006535) #9	ENSHBUG00000006568 #10	gna14 (ENSHBUG00000006601) #11	prune2 (ENSHBUG00000006630) #12	ENSHBUG00000006716 #13	ENSHBUG00000006728	zgc:73226 (ENSHBUG00000006735) #14	thbs4b (ENSHBUG00000006807) #15	zgc:122979 (ENSHBUG00000006957) #16	atp5fa1 (ENSHBUG00000006988) #17	zgc:77838 (ENSHBUG00000007043) #18	RNF165 (ENSHBUG00000007084) #19	LOXHD1 (ENSHBUG00000007211) #20	st8sia5 (ENSHBUG00000007237) #21	rpl37 (ENSHBUG00000007271) #22	ptgs1 (ENSHBUG00000007346) #23	pdcl (ENSHBUG00000000181) #24	rpl28 (ENSHBUG00000007390) #25	ENSHBUG00000000185 #26	ENSHBUG00000007455 #27	notch1a (ENSHBUG00000007562) #28	camsap1a (ENSHBUG00000007594) #30	KCNT1 (ENSHBUG00000007657) #32	psmd5 (ENSHBUG00000007664) #33	B3GALT9 (ENSHBUG00000007682) #34	ENSHBUG00000007803 #36	cdk5rap2 (ENSHBUG00000008049) #37	NUP188 (ENSHBUG00000008224)	dolk (ENSHBUG00000008248)	phyhd1 (ENSHBUG00000008290)