Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000011772	ENSGT00940000159260	ENSGT00510000047270	ENSGT00940000161709	ENSGT00950000183157.b	ENSGT00940000156878	ENSGT00940000153772.A	ENSGT00390000008140	ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b	ENSGT00390000018285	ENSGT01100000263518.B.b.b	ENSGT00390000010899.a.b.b.b #19	ENSGT01020000230364.a.a.b.a #20	ENSGT01020000230364.a.a.b.b #21	ENSGT01020000230364.a.b ##20	ENSGT00730000110895.b.a #22	ENSGT00940000156567 #23	ENSGT00940000157073 #24	ENSGT00390000008099 #25	ENSGT00390000014326 #26	ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a #27	ENSGT01100000263477.B.d.b	ENSGT00940000163382	ENSGT00940000163928 #29	ENSGT00590000083094.a.b #30	ENSGT00940000159477 #31	ENSGT00390000013249 #32	ENSGT00940000155529.C #33	ENSGT00950000183004.a.b.a.a #36	ENSGT00940000157480 #37	ENSGT00390000015216
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000011772	ENSGT00940000159260	ENSGT00510000047270	ENSGT00940000161709	ENSGT00950000183157.b	ENSGT00940000156878	ENSGT00940000153772.A	ENSGT00390000008140	ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b	ENSGT00390000018285	ENSGT01100000263518.B.b.b	ENSGT00390000010899.a.b.b.b #19	ENSGT01020000230364.a.a.b.a #20	ENSGT01020000230364.a.a.b.b #21	ENSGT01020000230364.a.b ##20	ENSGT00730000110895.b.a #22	ENSGT00940000156567 #23	ENSGT00940000157073 #24	ENSGT00390000008099 #25	ENSGT00390000014326 #26	ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a #27	ENSGT01100000263477.B.d.b	ENSGT00940000163382	ENSGT00940000163928 #29	ENSGT00590000083094.a.b #30	ENSGT00940000159477 #31	ENSGT00390000013249 #32	ENSGT00940000155529.C #33	ENSGT00950000183004.a.b.a.a #36	ENSGT00940000157480 #37	ENSGT00390000015216
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00390000011772	ENSGT00940000159260	ENSGT00510000047270	ENSGT00940000161709	ENSGT00950000183157.b	ENSGT00940000156878	ENSGT00940000153772.A	ENSGT00390000008140	ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b	ENSGT00390000018285	ENSGT01100000263518.B.b.b	ENSGT00390000010899.a.b.b.b #19	ENSGT01020000230364.a.a.b.a #20	ENSGT01020000230364.a.a.b.b #21	ENSGT01020000230364.a.b ##20	ENSGT00730000110895.b.a #22	ENSGT00940000156567 #23	ENSGT00940000157073 #24	ENSGT00390000008099 #25	ENSGT00390000014326 #26	ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a #27	ENSGT01100000263477.B.d.b	ENSGT00940000163928 #29	ENSGT00590000083094.a.b #30	ENSGT00940000159477 #31	ENSGT00390000013249 #32	ENSGT00940000155529.C #33	ENSGT00950000183004.a.b.a.a #36	ENSGT00940000157480 #37	ENSGT00390000015216	ENSGT00940000156619.l
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	85	ENSGT00390000011772	ENSGT00940000159260	ENSGT00510000047270	ENSGT00940000161709	ENSGT00950000183157.b	ENSGT00940000156878	ENSGT00940000153772.A	ENSGT00390000008140	ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b	ENSGT00390000018285	ENSGT01100000263518.B.b.b	ENSGT00390000010899.a.b.b.b #19	ENSGT01020000230364.a.a.b.a #20	ENSGT01020000230364.a.a.b.b #21	ENSGT01020000230364.a.b ##20	ENSGT00730000110895.b.a #22	ENSGT00940000156567 #23	ENSGT00940000157073 #24	ENSGT00390000008099 #25	ENSGT00390000014326 #26	ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a #27	ENSGT00940000163928 #29	ENSGT00590000083094.a.b #30	ENSGT00940000159477 #31	ENSGT00390000013249 #32	ENSGT00940000155529.C #33	ENSGT00950000183004.a.b.a.a #36	ENSGT00940000157480 #37	ENSGT00390000015216	ENSGT00940000156619.l	ENSGT00510000047764
Degu	MODERN SPECIES	211													TMEM229A (ENSODEG00000012354) #19	SPAM1 (ENSODEG00000011471) #20	HYAL4 (ENSODEG00000013266) #21	WASL (ENSODEG00000012985) #22	LMOD2 (ENSODEG00000011500) #23	ASB15 (ENSODEG00000012356) #24	ENSODEG00000011877 #25	IQUB (ENSODEG00000012185) #26	SLC13A1 (ENSODEG00000012195) #27	ENSODEG00000011569 #28	RNF133 (ENSODEG00000011427) #29	CADPS2 (ENSODEG00000011793) #30	FEZF1 (ENSODEG00000011539) #31	AASS (ENSODEG00000011908) #32	PTPRZ1 (ENSODEG00000015174) #33	ENSODEG00000011725 #34	ENSODEG00000013194 #35	FAM3C (ENSODEG00000010369) #36	WNT16 (ENSODEG00000010930) #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	186	RBM28 (ENSCLAG00000003707)	LEP (ENSCLAG00000003590)	LRRC4 (ENSCLAG00000003547)	SND1 (ENSCLAG00000011796)	PAX4 (ENSCLAG00000008291)	FSCN3 (ENSCLAG00000008067)	ARF5 (ENSCLAG00000007930)	GCC1 (ENSCLAG00000007735)	ZNF800 (ENSCLAG00000007288)	GRM8 (ENSCLAG00000004841)	POT1 (ENSCLAG00000004448)	GPR37 (ENSCLAG00000004210)	SPAM1 (ENSCLAG00000004068) #20	HYAL4 (ENSCLAG00000004024) #21	ENSCLAG00000003732 ##20	WASL (ENSCLAG00000003691) #22	LMOD2 (ENSCLAG00000003580) #23	ASB15 (ENSCLAG00000007102) #24	NDUFA5 (ENSCLAG00000006860) #25	IQUB (ENSCLAG00000006424) #26	SLC13A1 (ENSCLAG00000011173) #27	RNF133 (ENSCLAG00000016991) #29	CADPS2 (ENSCLAG00000008518) #30	FEZF1 (ENSCLAG00000007477) #31	AASS (ENSCLAG00000008604) #32	PTPRZ1 (ENSCLAG00000007614) #33	FAM3C (ENSCLAG00000006898) #36	WNT16 (ENSCLAG00000006294) #37	CPED1 (ENSCLAG00000005090)	ING3 (ENSCLAG00000004878)	TSPAN12 (ENSCLAG00000004712)
Guinea pig	MODERN SPECIES	11	LRRC4 (ENSCPOG00000032605)	SND1 (ENSCPOG00000006251)	PAX4 (ENSCPOG00000006244)	FSCN3 (ENSCPOG00000005661)	ARF5 (ENSCPOG00000006239)	GCC1 (ENSCPOG00000038340)	ZNF800 (ENSCPOG00000007495)	ENSCPOG00000024031	ENSCPOG00000036366	POT1 (ENSCPOG00000014166)	GPR37 (ENSCPOG00000014159)	TMEM229A (ENSCPOG00000039455) #19	SPAM1 (ENSCPOG00000001716) #20	HYAL4 (ENSCPOG00000013594) #21	ENSCPOG00000027329 ##20	WASL (ENSCPOG00000003284) #22	LMOD2 (ENSCPOG00000034650) #23	ASB15 (ENSCPOG00000025748) #24	NDUFA5 (ENSCPOG00000030629) #25	IQUB (ENSCPOG00000006286) #26	SLC13A1 (ENSCPOG00000006440) #27	TAS2R16 (ENSCPOG00000007419)	RNF133 (ENSCPOG00000035136) #29	CADPS2 (ENSCPOG00000005875) #30	FEZF1 (ENSCPOG00000013096) #31	AASS (ENSCPOG00000007522) #32	PTPRZ1 (ENSCPOG00000039416) #33	FAM3C (ENSCPOG00000005639) #36	WNT16 (ENSCPOG00000005635) #37	CPED1 (ENSCPOG00000007693)	ING3 (ENSCPOG00000023225)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	5	ENSHGLG00000041627	ENSHGLG00000016657	ENSHGLG00000010213	ENSHGLG00000005743	ENSHGLG00000006403	ENSHGLG00000007144	ENSHGLG00000002212	ENSHGLG00000049918	ENSHGLG00000042213	POT1 (ENSHGLG00000003954)	GPR37 (ENSHGLG00000032710)	ENSHGLG00000036156	TMEM229A (ENSHGLG00000039371) #19	SPAM1 (ENSHGLG00000006133) #20	ENSHGLG00000007516 ##20	WASL (ENSHGLG00000008493) #22	LMOD2 (ENSHGLG00000003814) #23	ASB15 (ENSHGLG00000004129) #24	NDUFA5 (ENSHGLG00000042692) #25	IQUB (ENSHGLG00000007200) #26	SLC13A1 (ENSHGLG00000019390) #27	ENSHGLG00000048989	TAS2R16 (ENSHGLG00000044095)	RNF148 (ENSHGLG00000033439)	CADPS2 (ENSHGLG00000017751) #30	FEZF1 (ENSHGLG00000006102) #31	AASS (ENSHGLG00000006193) #32	PTPRZ1 (ENSHGLG00000007675) #33	ENSHGLG00000019063 #36	WNT16 (ENSHGLG00000040512) #37	CPED1 (ENSHGLG00000007984)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000011772	ENSGT00940000159260	ENSGT00510000047270	ENSGT00940000161709	ENSGT00950000183157.b	ENSGT00940000156878	ENSGT00940000153772.A	ENSGT00390000008140	ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b	ENSGT00390000018285	ENSGT01100000263518.B.b.b	ENSGT00390000010899.a.b.b.b #19	ENSGT01020000230364.a.a.b.a #20	ENSGT01020000230364.a.a.b.b #21	ENSGT01020000230364.a.b ##20	ENSGT00730000110895.b.a #22	ENSGT00940000156567 #23	ENSGT00940000157073 #24	ENSGT00390000008099 #25	ENSGT00390000014326 #26	ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a #27	ENSGT01100000263477.B.d.b	ENSGT00940000163382	ENSGT00590000083094.a.b #30	ENSGT00940000159477 #31	ENSGT00390000013249 #32	ENSGT00940000155529.C #33	ENSGT00950000183004.a.b.a.a #36	ENSGT00940000157480 #37	ENSGT00390000015216	ENSGT00940000156619
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000159260	ENSGT00510000047270	ENSGT00940000153314.a.a	ENSGT00940000161709	ENSGT00950000183157.b	ENSGT00940000156878	ENSGT00940000153772.A	ENSGT00390000008140	ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b	ENSGT00390000018285	ENSGT01100000263518.B.b.b	ENSGT00390000010899.a.b.b.b #19	ENSGT01020000230364.a.a.b.a #20	ENSGT01020000230364.a.a.b.b #21	ENSGT01020000230364.a.b ##20	ENSGT00730000110895.b.a #22	ENSGT00940000156567 #23	ENSGT00940000157073 #24	ENSGT00390000008099 #25	ENSGT00390000014326 #26	ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a #27	ENSGT01100000263477.B.d.b	ENSGT00940000163382	ENSGT00590000083094.a.b #30	ENSGT00940000159477 #31	ENSGT00390000013249 #32	ENSGT00940000155529.C #33	ENSGT00950000183004.a.b.a.a #36	ENSGT00940000157480 #37	ENSGT00390000015216	ENSGT00940000156619
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	175										ENSGT00390000018285	ENSGT01100000263518.B.b.b	ENSGT00390000010899.a.b.b.b #19	ENSGT01020000230364.a.a.b.a #20	ENSGT01020000230364.a.a.b.b #21	ENSGT01020000230364.a.b ##20	ENSGT00730000110895.b.a #22	ENSGT00940000156567 #23	ENSGT00940000157073 #24	ENSGT00390000008099 #25	ENSGT00390000014326 #26	ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a #27	ENSGT01100000263477.B.d.b	ENSGT00590000083094.a.b #30	ENSGT00940000159477 #31	ENSGT00390000013249 #32	ENSGT00940000155529.C #33	ENSGT00950000183004.a.b.a.a #36	ENSGT00940000157480 #37	ENSGT00390000015216	ENSGT00940000156619	ENSGT00510000047764
Squirrel	MODERN SPECIES	205										POT1 (ENSSTOG00000025409)	GPR37 (ENSSTOG00000008778)	TMEM229A (ENSSTOG00000028439) #19	SPAM1 (ENSSTOG00000002602) #20	HYAL4 (ENSSTOG00000002598) #21	ENSSTOG00000026435 ##20	WASL (ENSSTOG00000001892) #22	LMOD2 (ENSSTOG00000026603) #23	ASB15 (ENSSTOG00000001877) #24	NDUFA5 (ENSSTOG00000027404) #25	IQUB (ENSSTOG00000008080) #26	SLC13A1 (ENSSTOG00000012086) #27	CADPS2 (ENSSTOG00000008633) #30	FEZF1 (ENSSTOG00000022201) #31	AASS (ENSSTOG00000015486) #32	PTPRZ1 (ENSSTOG00000025909) #33	FAM3C (ENSSTOG00000006608) #36	WNT16 (ENSSTOG00000006593) #37	CPED1 (ENSSTOG00000006527)	ING3 (ENSSTOG00000004039)	TSPAN12 (ENSSTOG00000000209)	KCND2 (ENSSTOG00000030945)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	62										POT1 (ENSUPAG00010017535)	GPR37 (ENSUPAG00010017523)	TMEM229A (ENSUPAG00010017518) #19	SPAM1 (ENSUPAG00010017450) #20	HYAL4 (ENSUPAG00010017443) #21	ENSUPAG00010017312 ##20	WASL (ENSUPAG00010017300) #22	LMOD2 (ENSUPAG00010017292) #23	ASB15 (ENSUPAG00010017255) #24	ENSUPAG00010017244 #25	IQUB (ENSUPAG00010017217) #26	SLC13A1 (ENSUPAG00010017198) #27	TAS2R16 (ENSUPAG00010017195)	CADPS2 (ENSUPAG00010016014) #30	FEZF1 (ENSUPAG00010015995) #31	AASS (ENSUPAG00010015951) #32	PTPRZ1 (ENSUPAG00010015800) #33	FAM3C (ENSUPAG00010015781) #36	WNT16 (ENSUPAG00010015755) #37	CPED1 (ENSUPAG00010015735)	ING3 (ENSUPAG00010015709)	TSPAN12 (ENSUPAG00010015684)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	22	ENSMMMG00000015714	LRRC4 (ENSMMMG00000015704)	SND1 (ENSMMMG00000015627)	ENSMMMG00000015616	PAX4 (ENSMMMG00000015595)	FSCN3 (ENSMMMG00000015585)	ARF5 (ENSMMMG00000015574)	GCC1 (ENSMMMG00000015571)	ZNF800 (ENSMMMG00000015549)	GRM8 (ENSMMMG00000015527)	POT1 (ENSMMMG00000015400)	GPR37 (ENSMMMG00000015396)	SPAM1 (ENSMMMG00000015253) #20	HYAL4 (ENSMMMG00000015235) #21	ENSMMMG00000015187 ##20	WASL (ENSMMMG00000015176) #22	LMOD2 (ENSMMMG00000015170) #23	ASB15 (ENSMMMG00000015148) #24	NDUFA5 (ENSMMMG00000015124) #25	IQUB (ENSMMMG00000015110) #26	SLC13A1 (ENSMMMG00000015090) #27	TAS2R16 (ENSMMMG00000015086)	RNF148 (ENSMMMG00000015069)	CADPS2 (ENSMMMG00000015032) #30	FEZF1 (ENSMMMG00000015014) #31	AASS (ENSMMMG00000014988) #32	PTPRZ1 (ENSMMMG00000014884) #33	FAM3C (ENSMMMG00000014872) #36	WNT16 (ENSMMMG00000014850) #37	CPED1 (ENSMMMG00000014806)	ING3 (ENSMMMG00000014787)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	17	ENSSVLG00005007031	PAX4 (ENSSVLG00005007068)	FSCN3 (ENSSVLG00005007223)	ARF5 (ENSSVLG00005007263)	GCC1 (ENSSVLG00005007286)	ZNF800 (ENSSVLG00005007309)	GRM8 (ENSSVLG00005007347)	TEAD2 (ENSSVLG00005007471)	POT1 (ENSSVLG00005007551)	GPR37 (ENSSVLG00005007725)	ENSSVLG00005007773	TMEM229A (ENSSVLG00005007852) #19	SPAM1 (ENSSVLG00005007942) #20	HYAL4 (ENSSVLG00005008218) #21	ENSSVLG00005008265 ##20	WASL (ENSSVLG00005008370) #22	LMOD2 (ENSSVLG00005008381) #23	ASB15 (ENSSVLG00005008414) #24	ENSSVLG00005008480 #25	ENSSVLG00005008606 #26	SLC13A1 (ENSSVLG00005008725) #27	TAS2R16 (ENSSVLG00005008847)	CADPS2 (ENSSVLG00005008973) #30	FEZF1 (ENSSVLG00005009793) #31	AASS (ENSSVLG00005009890) #32	PTPRZ1 (ENSSVLG00005010362) #33	ENSSVLG00005013132	FAM3C (ENSSVLG00005013224) #36	WNT16 (ENSSVLG00005013269) #37	CPED1 (ENSSVLG00005013406)	ING3 (ENSSVLG00005013543)