Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES	89																ENSGT00390000006679 #22	ENSGT00390000007741	ENSGT00940000160089	ENSGT00950000183070.a.b
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	395															ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160673	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b	ENSGT00940000164733	ENSGT00530000063734.b
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	412														ENSGT00940000164002	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b	ENSGT00940000157032
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	346									ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002	ENSGT00530000063603.A	ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422 #24
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000153709.B	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00950000183167.a.b.b.b	ENSGT00940000155330	ENSGT00940000162804	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	31				ENSGT00900000143830	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT01050000247934	ENSGT00940000155609 #37
Theria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Primates	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000147840	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000147840	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	127				ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1949																B4GALNT1 (ENSRBIG00000032137) #22	ENSRBIG00000010753 #23	ARHGEF25 (ENSRBIG00000026665) #24	DTX3 (ENSRBIG00000027657) #25	PIP4K2C (ENSRBIG00000035466) #26	KIF5A (ENSRBIG00000034491) #27	ENSRBIG00000043261 #28	DCTN2 (ENSRBIG00000030962) #29	ENSRBIG00000038599 #30	DDIT3 (ENSRBIG00000041025) #31	MARS1 (ENSRBIG00000044782) #32	ARHGAP9 (ENSRBIG00000031786) #33	GLI1 (ENSRBIG00000040942) #34	INHBE (ENSRBIG00000037399) #35	INHBC (ENSRBIG00000011547) #36	R3HDM2 (ENSRBIG00000037403) #37
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2709			ENSRROG00000035009	ATP23 (ENSRROG00000037423)	CTDSP2 (ENSRROG00000019124)	AVIL (ENSRROG00000029904)	TSFM (ENSRROG00000031769)	EEF1AKMT3 (ENSRROG00000041399)	METTL1 (ENSRROG00000037434)	CYP27B1 (ENSRROG00000021316)	MARCHF9 (ENSRROG00000036411)	CDK4 (ENSRROG00000029986)	TSPAN31 (ENSRROG00000028862)	AGAP2 (ENSRROG00000022063)	OS9 (ENSRROG00000012909)	B4GALNT1 (ENSRROG00000032117) #22	ENSRROG00000043251 #23	ARHGEF25 (ENSRROG00000037976) #24	DTX3 (ENSRROG00000042632) #25	PIP4K2C (ENSRROG00000043215) #26	KIF5A (ENSRROG00000031394) #27	ENSRROG00000037835 #28	DCTN2 (ENSRROG00000038229) #29	MBD6 (ENSRROG00000043452) #30	DDIT3 (ENSRROG00000025508) #31	MARS1 (ENSRROG00000042331) #32	ARHGAP9 (ENSRROG00000045516) #33	GLI1 (ENSRROG00000034423) #34	INHBE (ENSRROG00000033301) #35	INHBC (ENSRROG00000041884) #36	R3HDM2 (ENSRROG00000022271) #37
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00910000147433	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000155609 #37
Rhesus	MODERN SPECIES	2	ENSMMUG00000055477	LRIG3 (ENSMMUG00000004233)	ENSMMUG00000055026	ATP23 (ENSMMUG00000060302)	GEMIN7 (ENSMMUG00000057217)	CTDSP2 (ENSMMUG00000050282)	AVIL (ENSMMUG00000005319)	TSFM (ENSMMUG00000005893)	METTL1 (ENSMMUG00000022148)	CYP27B1 (ENSMMUG00000022144)	MARCHF9 (ENSMMUG00000046540)	CDK4 (ENSMMUG00000023694)	TSPAN31 (ENSMMUG00000023691)	AGAP2 (ENSMMUG00000023690)	OS9 (ENSMMUG00000020710)	B4GALNT1 (ENSMMUG00000001182) #22	SLC26A10 (ENSMMUG00000001181) #23	ARHGEF25 (ENSMMUG00000031819) #24	DTX3 (ENSMMUG00000001180) #25	PIP4K2C (ENSMMUG00000001179) #26	KIF5A (ENSMMUG00000011297) #27	DCTN2 (ENSMMUG00000011292) #29	MBD6 (ENSMMUG00000011289) #30	DDIT3 (ENSMMUG00000011286) #31	MARS1 (ENSMMUG00000011277) #32	ARHGAP9 (ENSMMUG00000022060) #33	GLI1 (ENSMMUG00000022058) #34	INHBE (ENSMMUG00000001124) #35	R3HDM2 (ENSMMUG00000021789) #37	STAC3 (ENSMMUG00000021787)	NDUFA4L2 (ENSMMUG00000021786)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	2	SLC16A7 (ENSMFAG00000002564)	ENSMFAG00000033295	LRIG3 (ENSMFAG00000045511)	ATP23 (ENSMFAG00000031681)	CTDSP2 (ENSMFAG00000043750)	AVIL (ENSMFAG00000030854)	TSFM (ENSMFAG00000036132)	EEF1AKMT3 (ENSMFAG00000040212)	METTL1 (ENSMFAG00000035422)	CYP27B1 (ENSMFAG00000001508)	MARCHF9 (ENSMFAG00000057711)	TSPAN31 (ENSMFAG00000030163)	AGAP2 (ENSMFAG00000000465)	CDK4 (ENSMFAG00000043769)	OS9 (ENSMFAG00000033882)	B4GALNT1 (ENSMFAG00000034688) #22	ENSMFAG00000042325 #23	ARHGEF25 (ENSMFAG00000043848) #24	DTX3 (ENSMFAG00000042770) #25	PIP4K2C (ENSMFAG00000040121) #26	ENSMFAG00000058268	ENSMFAG00000046000 #28	KIF5A (ENSMFAG00000038846) #27	DCTN2 (ENSMFAG00000001581) #29	MBD6 (ENSMFAG00000002085) #30	DDIT3 (ENSMFAG00000045278) #31	MARS1 (ENSMFAG00000010123) #32	ARHGAP9 (ENSMFAG00000039577) #33	GLI1 (ENSMFAG00000032745) #34	INHBE (ENSMFAG00000035874) #35	ENSMFAG00000055651
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	526	ENSMNEG00000042001	ENSMNEG00000041854	ATP23 (ENSMNEG00000041777)	CTDSP2 (ENSMNEG00000036456)	AVIL (ENSMNEG00000036238)	TSFM (ENSMNEG00000026351)	EEF1AKMT3 (ENSMNEG00000027641)	METTL1 (ENSMNEG00000036839)	CYP27B1 (ENSMNEG00000031976)	MARCHF9 (ENSMNEG00000032432)	CDK4 (ENSMNEG00000032141)	TSPAN31 (ENSMNEG00000032135)	AGAP2 (ENSMNEG00000044301)	OS9 (ENSMNEG00000045314)	ENSMNEG00000039102	B4GALNT1 (ENSMNEG00000044537) #22	ENSMNEG00000037313 #23	ENSMNEG00000008865	ARHGEF25 (ENSMNEG00000033217) #24	DTX3 (ENSMNEG00000022272) #25	PIP4K2C (ENSMNEG00000029241) #26	KIF5A (ENSMNEG00000035622) #27	ENSMNEG00000040712	ENSMNEG00000042894 #28	DCTN2 (ENSMNEG00000042396) #29	MBD6 (ENSMNEG00000039788) #30	DDIT3 (ENSMNEG00000000019) #31	MARS1 (ENSMNEG00000044464) #32	ARHGAP9 (ENSMNEG00000027506) #33	GLI1 (ENSMNEG00000036386) #34	INHBE (ENSMNEG00000040355) #35
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00940000156335.p	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Olive baboon	MODERN SPECIES	19	SLC16A7 (ENSPANG00000022960)	LRIG3 (ENSPANG00000004953)	ENSPANG00000048517	ATP23 (ENSPANG00000032045)	CTDSP2 (ENSPANG00000002790)	AVIL (ENSPANG00000023176)	TSFM (ENSPANG00000007866)	EEF1AKMT3 (ENSPANG00000012537)	METTL1 (ENSPANG00000010683)	CYP27B1 (ENSPANG00000007190)	MARCHF9 (ENSPANG00000022647)	CDK4 (ENSPANG00000018113)	TSPAN31 (ENSPANG00000009254)	AGAP2 (ENSPANG00000012661)	OS9 (ENSPANG00000004849)	B4GALNT1 (ENSPANG00000002379) #22	ENSPANG00000013233 #23	ARHGEF25 (ENSPANG00000024375) #24	DTX3 (ENSPANG00000010684) #25	ENSPANG00000011243 #26	KIF5A (ENSPANG00000024424) #27	DCTN2 (ENSPANG00000004647) #29	MBD6 (ENSPANG00000017043) #30	DDIT3 (ENSPANG00000024001) #31	MARS1 (ENSPANG00000009140) #32	ARHGAP9 (ENSPANG00000007867) #33	GLI1 (ENSPANG00000017044) #34	INHBE (ENSPANG00000030880) #35	INHBC (ENSPANG00000012538) #36	R3HDM2 (ENSPANG00000024002) #37	STAC3 (ENSPANG00000002380)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00940000156335.p	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	117	LRIG3 (ENSCATG00000045105)	ENSCATG00000033331	ENSCATG00000034743	ATP23 (ENSCATG00000034329)	CTDSP2 (ENSCATG00000029469)	AVIL (ENSCATG00000043298)	TSFM (ENSCATG00000016867)	EEF1AKMT3 (ENSCATG00000033262)	METTL1 (ENSCATG00000036300)	CYP27B1 (ENSCATG00000042441)	MARCHF9 (ENSCATG00000044373)	CDK4 (ENSCATG00000017600)	TSPAN31 (ENSCATG00000043074)	AGAP2 (ENSCATG00000012954)	OS9 (ENSCATG00000043112)	B4GALNT1 (ENSCATG00000042850) #22	ENSCATG00000033258 #23	ENSCATG00000022770	ARHGEF25 (ENSCATG00000043971) #24	DTX3 (ENSCATG00000031460) #25	PIP4K2C (ENSCATG00000037606) #26	ENSCATG00000038958	KIF5A (ENSCATG00000038773) #27	ENSCATG00000034874 #28	DCTN2 (ENSCATG00000041971) #29	MBD6 (ENSCATG00000043813) #30	DDIT3 (ENSCATG00000026856) #31	MARS1 (ENSCATG00000038907) #32	ARHGAP9 (ENSCATG00000030738) #33	GLI1 (ENSCATG00000043934) #34	INHBE (ENSCATG00000034937) #35
Drill	MODERN SPECIES	983			ATP23 (ENSMLEG00000036257)	ENSMLEG00000043759	CTDSP2 (ENSMLEG00000036759)	AVIL (ENSMLEG00000031472)	TSFM (ENSMLEG00000029811)	EEF1AKMT3 (ENSMLEG00000034107)	METTL1 (ENSMLEG00000032975)	CYP27B1 (ENSMLEG00000041813)	MARCHF9 (ENSMLEG00000042835)	CDK4 (ENSMLEG00000037320)	TSPAN31 (ENSMLEG00000038898)	AGAP2 (ENSMLEG00000044212)	OS9 (ENSMLEG00000011596)	B4GALNT1 (ENSMLEG00000037108) #22	ENSMLEG00000021034	ENSMLEG00000043030 #23	ARHGEF25 (ENSMLEG00000037870) #24	DTX3 (ENSMLEG00000041563) #25	PIP4K2C (ENSMLEG00000035988) #26	ENSMLEG00000034185	ENSMLEG00000034126 #28	KIF5A (ENSMLEG00000032609) #27	DCTN2 (ENSMLEG00000038960) #29	MBD6 (ENSMLEG00000030542) #30	DDIT3 (ENSMLEG00000034327) #31	MARS1 (ENSMLEG00000034638) #32	ARHGAP9 (ENSMLEG00000038224) #33	GLI1 (ENSMLEG00000043106) #34	INHBE (ENSMLEG00000044461) #35
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	2	TAFA2 (ENSCSAG00000004540)	SLC16A7 (ENSCSAG00000004542)	LRIG3 (ENSCSAG00000004553)	ATP23 (ENSCSAG00000004569)	CTDSP2 (ENSCSAG00000004582)	AVIL (ENSCSAG00000004596)	TSFM (ENSCSAG00000004601)	EEF1AKMT3 (ENSCSAG00000004607)	METTL1 (ENSCSAG00000004611)	CYP27B1 (ENSCSAG00000004618)	MARCHF9 (ENSCSAG00000004626)	CDK4 (ENSCSAG00000004632)	TSPAN31 (ENSCSAG00000004636)	AGAP2 (ENSCSAG00000004659)	OS9 (ENSCSAG00000004671)	B4GALNT1 (ENSCSAG00000004682) #22	ENSCSAG00000004712 #23	ARHGEF25 (ENSCSAG00000004726) #24	DTX3 (ENSCSAG00000004736) #25	PIP4K2C (ENSCSAG00000004746) #26	KIF5A (ENSCSAG00000004788) #27	DCTN2 (ENSCSAG00000004807) #29	MBD6 (ENSCSAG00000004813) #30	DDIT3 (ENSCSAG00000004816) #31	MARS1 (ENSCSAG00000004852) #32	ARHGAP9 (ENSCSAG00000004886) #33	GLI1 (ENSCSAG00000004897) #34	INHBE (ENSCSAG00000004900) #35	INHBC (ENSCSAG00000004904) #36	R3HDM2 (ENSCSAG00000004911) #37	STAC3 (ENSCSAG00000004918)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000147840	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000147840.a	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157309	ENSGT00390000014756.m.b	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157309	ENSGT00390000014756.m.b	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Pan	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157309	ENSGT00390000014756.m.b	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.c	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000245729	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Chimpanzee	MODERN SPECIES	3	SLC16A7 (ENSPTRG00000005160)	ENSPTRG00000044366	LRIG3 (ENSPTRG00000005159)	ATP23 (ENSPTRG00000005156)	CTDSP2 (ENSPTRG00000005155)	AVIL (ENSPTRG00000005153)	TSFM (ENSPTRG00000005152)	EEF1AKMT3 (ENSPTRG00000005151)	METTL1 (ENSPTRG00000005150)	CYP27B1 (ENSPTRG00000005149)	MARCHF9 (ENSPTRG00000005148)	CDK4 (ENSPTRG00000005147)	TSPAN31 (ENSPTRG00000005146)	AGAP2 (ENSPTRG00000005145)	OS9 (ENSPTRG00000005144)	B4GALNT1 (ENSPTRG00000005143) #22	SLC26A10 (ENSPTRG00000050038) #23	ARHGEF25 (ENSPTRG00000005142) #24	DTX3 (ENSPTRG00000005141) #25	PIP4K2C (ENSPTRG00000005140) #26	KIF5A (ENSPTRG00000005139) #27	ENSPTRG00000049678	ENSPTRG00000043238 #28	DCTN2 (ENSPTRG00000005138) #29	MBD6 (ENSPTRG00000039026) #30	DDIT3 (ENSPTRG00000022781) #31	MARS1 (ENSPTRG00000005135) #32	ARHGAP9 (ENSPTRG00000005134) #33	GLI1 (ENSPTRG00000005133) #34	INHBE (ENSPTRG00000005132) #35	INHBC (ENSPTRG00000005130) #36
Bonobo	MODERN SPECIES	3	SLC16A7 (ENSPPAG00000035323)	ENSPPAG00000031170	LRIG3 (ENSPPAG00000041349)	ATP23 (ENSPPAG00000035425)	CTDSP2 (ENSPPAG00000013270)	AVIL (ENSPPAG00000043314)	TSFM (ENSPPAG00000043428)	EEF1AKMT3 (ENSPPAG00000025733)	METTL1 (ENSPPAG00000042594)	CYP27B1 (ENSPPAG00000031025)	ENSPPAG00000033727	CDK4 (ENSPPAG00000036900)	TSPAN31 (ENSPPAG00000024342)	AGAP2 (ENSPPAG00000034874)	OS9 (ENSPPAG00000026298)	B4GALNT1 (ENSPPAG00000037931) #22	ENSPPAG00000042121 #23	ARHGEF25 (ENSPPAG00000043262) #24	DTX3 (ENSPPAG00000037059) #25	PIP4K2C (ENSPPAG00000037986) #26	KIF5A (ENSPPAG00000038022) #27	ENSPPAG00000024674 #28	DCTN2 (ENSPPAG00000003745) #29	MBD6 (ENSPPAG00000041542) #30	DDIT3 (ENSPPAG00000034304) #31	MARS1 (ENSPPAG00000025147) #32	ARHGAP9 (ENSPPAG00000043620) #33	GLI1 (ENSPPAG00000043144) #34	INHBE (ENSPPAG00000043103) #35	INHBC (ENSPPAG00000043139) #36	ENSPPAG00000020254
Human	MODERN SPECIES	3	SLC16A7 (ENSG00000118596)	LRIG3 (ENSG00000139263)	ATP23 (ENSG00000166896)	CTDSP2 (ENSG00000175215)	AVIL (ENSG00000135407)	TSFM (ENSG00000123297)	ENSG00000257921	EEF1AKMT3 (ENSG00000123427)	METTL1 (ENSG00000037897)	CYP27B1 (ENSG00000111012)	MARCHF9 (ENSG00000139266)	CDK4 (ENSG00000135446)	TSPAN31 (ENSG00000135452)	AGAP2 (ENSG00000135439)	OS9 (ENSG00000135506)	B4GALNT1 (ENSG00000135454) #22	ARHGEF25 (ENSG00000240771) #24	DTX3 (ENSG00000178498) #25	PIP4K2C (ENSG00000166908) #26	KIF5A (ENSG00000155980) #27	DCTN2 (ENSG00000175203) #29	MBD6 (ENSG00000166987) #30	ENSG00000285133	DDIT3 (ENSG00000175197) #31	MARS1 (ENSG00000166986) #32	ARHGAP9 (ENSG00000123329) #33	GLI1 (ENSG00000111087) #34	INHBE (ENSG00000139269) #35	INHBC (ENSG00000175189) #36	R3HDM2 (ENSG00000179912) #37	STAC3 (ENSG00000185482)
Gorilla	MODERN SPECIES	3	SLC16A7 (ENSGGOG00000024992)	ENSGGOG00000042922	LRIG3 (ENSGGOG00000016188)	ATP23 (ENSGGOG00000010708)	CTDSP2 (ENSGGOG00000023706)	AVIL (ENSGGOG00000001418)	TSFM (ENSGGOG00000001415)	EEF1AKMT3 (ENSGGOG00000001413)	METTL1 (ENSGGOG00000001411)	CYP27B1 (ENSGGOG00000001409)	MARCHF9 (ENSGGOG00000001407)	CDK4 (ENSGGOG00000001404)	TSPAN31 (ENSGGOG00000022283)	AGAP2 (ENSGGOG00000001399)	OS9 (ENSGGOG00000001393)	B4GALNT1 (ENSGGOG00000006301) #22	SLC26A10 (ENSGGOG00000034835) #23	ARHGEF25 (ENSGGOG00000006284) #24	DTX3 (ENSGGOG00000003156) #25	PIP4K2C (ENSGGOG00000026749) #26	KIF5A (ENSGGOG00000001996) #27	ENSGGOG00000039203 #28	DCTN2 (ENSGGOG00000001991) #29	MBD6 (ENSGGOG00000001989) #30	DDIT3 (ENSGGOG00000001987) #31	MARS1 (ENSGGOG00000001982) #32	ARHGAP9 (ENSGGOG00000001977) #33	GLI1 (ENSGGOG00000001974) #34	INHBE (ENSGGOG00000002772) #35	INHBC (ENSGGOG00000022398) #36	R3HDM2 (ENSGGOG00000015007) #37
Orangutan	MODERN SPECIES	3	ENSPPYG00000004712	ATP23 (ENSPPYG00000004713)	CTDSP2 (ENSPPYG00000004711)	ENSPPYG00000039234	ENSPPYG00000004710	AVIL (ENSPPYG00000004709)	TSFM (ENSPPYG00000004708)	EEF1AKMT3 (ENSPPYG00000004707)	METTL1 (ENSPPYG00000004706)	CYP27B1 (ENSPPYG00000004705)	MARCHF9 (ENSPPYG00000004704)	CDK4 (ENSPPYG00000004703)	TSPAN31 (ENSPPYG00000039091)	AGAP2 (ENSPPYG00000004701)	OS9 (ENSPPYG00000004700)	B4GALNT1 (ENSPPYG00000004699) #22	ENSPPYG00000032086 #23	ARHGEF25 (ENSPPYG00000004698) #24	DTX3 (ENSPPYG00000004697) #25	PIP4K2C (ENSPPYG00000004696) #26	KIF5A (ENSPPYG00000004695) #27	DCTN2 (ENSPPYG00000004694) #29	MBD6 (ENSPPYG00000004693) #30	ENSPPYG00000036117	DDIT3 (ENSPPYG00000036558) #31	MARS1 (ENSPPYG00000004691) #32	ARHGAP9 (ENSPPYG00000004690) #33	GLI1 (ENSPPYG00000004689) #34	INHBE (ENSPPYG00000034705) #35	INHBC (ENSPPYG00000032715) #36	R3HDM2 (ENSPPYG00000004685) #37
Gibbon	MODERN SPECIES	1	SLC16A7 (ENSNLEG00000017130)	ENSNLEG00000017135	LRIG3 (ENSNLEG00000017137)	ATP23 (ENSNLEG00000017160)	CTDSP2 (ENSNLEG00000017164)	AVIL (ENSNLEG00000017172)	TSFM (ENSNLEG00000017178)	EEF1AKMT3 (ENSNLEG00000030947)	METTL1 (ENSNLEG00000017183)	CYP27B1 (ENSNLEG00000017190)	MARCHF9 (ENSNLEG00000032051)	CDK4 (ENSNLEG00000017205)	TSPAN31 (ENSNLEG00000017218)	AGAP2 (ENSNLEG00000017220)	OS9 (ENSNLEG00000017232)	B4GALNT1 (ENSNLEG00000017250) #22	ENSNLEG00000017254 #23	ARHGEF25 (ENSNLEG00000017259) #24	DTX3 (ENSNLEG00000017271) #25	PIP4K2C (ENSNLEG00000017276) #26	ENSNLEG00000017285	KIF5A (ENSNLEG00000034703) #27	DCTN2 (ENSNLEG00000017286) #29	ENSNLEG00000017170 #30	DDIT3 (ENSNLEG00000017291) #31	MARS1 (ENSNLEG00000017297) #32	ARHGAP9 (ENSNLEG00000017320) #33	GLI1 (ENSNLEG00000017337) #34	INHBE (ENSNLEG00000017344) #35	INHBC (ENSNLEG00000017346) #36	R3HDM2 (ENSNLEG00000017351) #37
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000165389	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000147840	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.q.a.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000165389	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000147840	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.q.a.a.a.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Marmoset	MODERN SPECIES	21	ATP23 (ENSCJAG00000006490)	ENSCJAG00000071765	CTDSP2 (ENSCJAG00000006503)	ENSCJAG00000038659	AVIL (ENSCJAG00000006549)	ENSCJAG00000006600	EEF1AKMT3 (ENSCJAG00000045095)	METTL1 (ENSCJAG00000006615)	CYP27B1 (ENSCJAG00000006652)	MARCHF9 (ENSCJAG00000045412)	CDK4 (ENSCJAG00000006697)	TSPAN31 (ENSCJAG00000006760)	AGAP2 (ENSCJAG00000006784)	ENSCJAG00000076241	OS9 (ENSCJAG00000006838)	B4GALNT1 (ENSCJAG00000006905) #22	ENSCJAG00000064140 #23	ENSCJAG00000080590	ARHGEF25 (ENSCJAG00000006921) #24	DTX3 (ENSCJAG00000006966) #25	PIP4K2C (ENSCJAG00000006988) #26	KIF5A (ENSCJAG00000007033) #27	DCTN2 (ENSCJAG00000007091) #29	MBD6 (ENSCJAG00000007202) #30	ENSCJAG00000007243 #31	MARS1 (ENSCJAG00000007249) #32	ARHGAP9 (ENSCJAG00000007264) #33	GLI1 (ENSCJAG00000007324) #34	INHBE (ENSCJAG00000007356) #35	INHBC (ENSCJAG00000045679) #36	ENSCJAG00000007365 #37
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000010948	ENSGT00940000165389	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000147840	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.q.a.a.a.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	60	ENSSBOG00000026262	CTDSP2 (ENSSBOG00000020949)	ENSSBOG00000034416	ENSSBOG00000033430	AVIL (ENSSBOG00000018907)	TSFM (ENSSBOG00000021465)	EEF1AKMT3 (ENSSBOG00000025187)	METTL1 (ENSSBOG00000018949)	CYP27B1 (ENSSBOG00000023154)	MARCHF9 (ENSSBOG00000029099)	ENSSBOG00000035238	TSPAN31 (ENSSBOG00000020330)	AGAP2 (ENSSBOG00000015494)	OS9 (ENSSBOG00000028966)	ENSSBOG00000033815	B4GALNT1 (ENSSBOG00000027894) #22	ENSSBOG00000030939	ENSSBOG00000028275 #23	ARHGEF25 (ENSSBOG00000024503) #24	DTX3 (ENSSBOG00000020773) #25	PIP4K2C (ENSSBOG00000033181) #26	ENSSBOG00000033928 #28	KIF5A (ENSSBOG00000027539) #27	DCTN2 (ENSSBOG00000034543) #29	MBD6 (ENSSBOG00000006917) #30	DDIT3 (ENSSBOG00000025810) #31	MARS1 (ENSSBOG00000022875) #32	ARHGAP9 (ENSSBOG00000025479) #33	GLI1 (ENSSBOG00000023889) #34	INHBE (ENSSBOG00000020369) #35	INHBC (ENSSBOG00000036100) #36
Capuchin	MODERN SPECIES	96	LRIG3 (ENSCCAG00000035058)	ENSCCAG00000030354	ATP23 (ENSCCAG00000029599)	CTDSP2 (ENSCCAG00000036508)	ENSCCAG00000034289	AVIL (ENSCCAG00000028989)	TSFM (ENSCCAG00000033254)	EEF1AKMT3 (ENSCCAG00000036111)	METTL1 (ENSCCAG00000027591)	CYP27B1 (ENSCCAG00000022326)	MARCHF9 (ENSCCAG00000017126)	ENSCCAG00000032223	TSPAN31 (ENSCCAG00000023207)	AGAP2 (ENSCCAG00000030248)	OS9 (ENSCCAG00000030884)	B4GALNT1 (ENSCCAG00000026932) #22	ENSCCAG00000034534 #23	ARHGEF25 (ENSCCAG00000021234) #24	ENSCCAG00000034962 #25	ENSCCAG00000023779 #26	ENSCCAG00000035627 #28	KIF5A (ENSCCAG00000029255) #27	DCTN2 (ENSCCAG00000037079) #29	MBD6 (ENSCCAG00000030668) #30	DDIT3 (ENSCCAG00000030994) #31	MARS1 (ENSCCAG00000032206) #32	ARHGAP9 (ENSCCAG00000034302) #33	GLI1 (ENSCCAG00000026059) #34	INHBE (ENSCCAG00000036121) #35	INHBC (ENSCCAG00000031238) #36	R3HDM2 (ENSCCAG00000026083) #37
Mas night monkey	MODERN SPECIES	834	ENSANAG00000026956	ENSANAG00000031124	ATP23 (ENSANAG00000027211)	ENSANAG00000026476	CTDSP2 (ENSANAG00000033001)	AVIL (ENSANAG00000022922)	TSFM (ENSANAG00000038019)	EEF1AKMT3 (ENSANAG00000025028)	METTL1 (ENSANAG00000021665)	CYP27B1 (ENSANAG00000029315)	MARCHF9 (ENSANAG00000029912)	ENSANAG00000031497	TSPAN31 (ENSANAG00000029017)	AGAP2 (ENSANAG00000038009)	OS9 (ENSANAG00000037858)	B4GALNT1 (ENSANAG00000034723) #22	ENSANAG00000037611	ENSANAG00000025341 #23	ARHGEF25 (ENSANAG00000032997) #24	DTX3 (ENSANAG00000030171) #25	PIP4K2C (ENSANAG00000035409) #26	ENSANAG00000030488 #28	KIF5A (ENSANAG00000023467) #27	ENSANAG00000027286 #29	MBD6 (ENSANAG00000022147) #30	DDIT3 (ENSANAG00000028583) #31	MARS1 (ENSANAG00000027589) #32	ARHGAP9 (ENSANAG00000031679) #33	GLI1 (ENSANAG00000036406) #34	INHBE (ENSANAG00000017920) #35	INHBC (ENSANAG00000030083) #36
Tarsier	MODERN SPECIES	4918														AGAP2 (ENSTSYG00000025413)	OS9 (ENSTSYG00000002796)	B4GALNT1 (ENSTSYG00000002183) #22	ENSTSYG00000030748 #23	ARHGEF25 (ENSTSYG00000011046) #24	DTX3 (ENSTSYG00000030838) #25	PIP4K2C (ENSTSYG00000032130) #26	KIF5A (ENSTSYG00000010478) #27	DCTN2 (ENSTSYG00000010476) #29	MBD6 (ENSTSYG00000034137) #30	DDIT3 (ENSTSYG00000005201) #31	MARS (ENSTSYG00000005193) #32	ARHGAP9 (ENSTSYG00000001485) #33	GLI1 (ENSTSYG00000029258) #34	INHBE (ENSTSYG00000002579) #35	INHBC (ENSTSYG00000014323) #36
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	128	ENSPSMG00000020641	SLC16A7 (ENSPSMG00000020662)	LRIG3 (ENSPSMG00000020698)	ATP23 (ENSPSMG00000020719)	CTDSP2 (ENSPSMG00000020748)	AVIL (ENSPSMG00000020770)	TSFM (ENSPSMG00000020846)	EEF1AKMT3 (ENSPSMG00000020858)	METTL1 (ENSPSMG00000020892)	CYP27B1 (ENSPSMG00000020906)	MARCHF9 (ENSPSMG00000020914)	CDK4 (ENSPSMG00000020948)	TSPAN31 (ENSPSMG00000021008)	AGAP2 (ENSPSMG00000021106)	OS9 (ENSPSMG00000021521)	B4GALNT1 (ENSPSMG00000021768) #22	ENSPSMG00000021787 #23	ENSPSMG00000021793 #23	ARHGEF25 (ENSPSMG00000021839) #24	DTX3 (ENSPSMG00000021883) #25	PIP4K2C (ENSPSMG00000021908) #26	KIF5A (ENSPSMG00000022094) #27	ENSPSMG00000022202 #28	DCTN2 (ENSPSMG00000022333) #29	MBD6 (ENSPSMG00000022511) #30	ENSPSMG00000022521	DDIT3 (ENSPSMG00000022525) #31	MARS1 (ENSPSMG00000022628) #32	ARHGAP9 (ENSPSMG00000022761) #33	GLI1 (ENSPSMG00000022812) #34	INHBE (ENSPSMG00000022816) #35
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	91				ATP23 (ENSPCOG00000020670)	CTDSP2 (ENSPCOG00000017710)	AVIL (ENSPCOG00000015127)	TSFM (ENSPCOG00000021606)	EEF1AKMT3 (ENSPCOG00000016251)	METTL1 (ENSPCOG00000006594)	CYP27B1 (ENSPCOG00000021833)	MARCHF9 (ENSPCOG00000016544)	CDK4 (ENSPCOG00000005477)	TSPAN31 (ENSPCOG00000025655)	AGAP2 (ENSPCOG00000022820)	OS9 (ENSPCOG00000028286)	B4GALNT1 (ENSPCOG00000027771) #22	ENSPCOG00000015531 #23	ARHGEF25 (ENSPCOG00000013968) #24	DTX3 (ENSPCOG00000018782) #25	PIP4K2C (ENSPCOG00000017884) #26	ENSPCOG00000025971 #28	KIF5A (ENSPCOG00000024872) #27	DCTN2 (ENSPCOG00000026517) #29	MBD6 (ENSPCOG00000016659) #30	DDIT3 (ENSPCOG00000016792) #31	MARS1 (ENSPCOG00000017598) #32	ARHGAP9 (ENSPCOG00000019995) #33	GLI1 (ENSPCOG00000017480) #34	INHBE (ENSPCOG00000013151) #35	INHBC (ENSPCOG00000019052) #36	R3HDM2 (ENSPCOG00000013201) #37
Mouse lemur	MODERN SPECIES	29	SLC16A7 (ENSMICG00000014669)	LRIG3 (ENSMICG00000014649)	ENSMICG00000041965	ATP23 (ENSMICG00000046863)	CTDSP2 (ENSMICG00000003837)	AVIL (ENSMICG00000003818)	TSFM (ENSMICG00000003812)	EEF1AKMT3 (ENSMICG00000030639)	METTL1 (ENSMICG00000045368)	CYP27B1 (ENSMICG00000037335)	MARCHF9 (ENSMICG00000003794)	CDK4 (ENSMICG00000003789)	TSPAN31 (ENSMICG00000003778)	AGAP2 (ENSMICG00000003757)	OS9 (ENSMICG00000003746)	B4GALNT1 (ENSMICG00000005532) #22	ENSMICG00000032199 #23	ARHGEF25 (ENSMICG00000005518) #24	DTX3 (ENSMICG00000005515) #25	PIP4K2C (ENSMICG00000005508) #26	ENSMICG00000036038 #28	KIF5A (ENSMICG00000005480) #27	DCTN2 (ENSMICG00000005467) #29	MBD6 (ENSMICG00000005436) #30	DDIT3 (ENSMICG00000005434) #31	MARS1 (ENSMICG00000032056) #32	ARHGAP9 (ENSMICG00000005391) #33	GLI1 (ENSMICG00000034549) #34	INHBE (ENSMICG00000005375) #35	INHBC (ENSMICG00000043104) #36	R3HDM2 (ENSMICG00000012389) #37
Bushbaby	MODERN SPECIES	158	SLC16A7 (ENSOGAG00000008394)	ENSOGAG00000025207	LRIG3 (ENSOGAG00000006756)	ATP23 (ENSOGAG00000013906)	CTDSP2 (ENSOGAG00000012247)	AVIL (ENSOGAG00000012238)	TSFM (ENSOGAG00000012235)	EEF1AKMT3 (ENSOGAG00000025641)	METTL1 (ENSOGAG00000014384)	CYP27B1 (ENSOGAG00000014379)	MARCHF9 (ENSOGAG00000034768)	CDK4 (ENSOGAG00000014371)	TSPAN31 (ENSOGAG00000026424)	AGAP2 (ENSOGAG00000001669)	OS9 (ENSOGAG00000014368)	B4GALNT1 (ENSOGAG00000005253) #22	ENSOGAG00000025974 #23	ARHGEF25 (ENSOGAG00000034795) #24	DTX3 (ENSOGAG00000033293) #25	PIP4K2C (ENSOGAG00000025918) #26	KIF5A (ENSOGAG00000005238) #27	DCTN2 (ENSOGAG00000005235) #29	MBD6 (ENSOGAG00000005233) #30	DDIT3 (ENSOGAG00000005231) #31	MARS1 (ENSOGAG00000005226) #32	ARHGAP9 (ENSOGAG00000005222) #33	GLI1 (ENSOGAG00000005219) #34	INHBE (ENSOGAG00000005217) #35	INHBC (ENSOGAG00000005212) #36	ENSOGAG00000012055 #37	STAC3 (ENSOGAG00000012053)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Glires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
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Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01090000261933	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
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Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000004428.a.l.a.b	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.bb	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b.i #23	ENSGT01070000253775.a.d.b.j #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305.e #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	197		LRIG3 (ENSUPAG00010017739)	ENSUPAG00010017731	ENSUPAG00010017722	CTDSP2 (ENSUPAG00010017709)	AVIL (ENSUPAG00010017677)	TSFM (ENSUPAG00010017664)	EEF1AKMT3 (ENSUPAG00010017654)	METTL1 (ENSUPAG00010017651)	CYP27B1 (ENSUPAG00010017630)	MARCHF9 (ENSUPAG00010017626)	ENSUPAG00010017617	TSPAN31 (ENSUPAG00010017607)	AGAP2 (ENSUPAG00010017556)	OS9 (ENSUPAG00010017513)	B4GALNT1 (ENSUPAG00010017501) #22	ENSUPAG00010017441 #23	ARHGEF25 (ENSUPAG00010017411) #24	DTX3 (ENSUPAG00010017398) #25	PIP4K2C (ENSUPAG00010017376) #26	ENSUPAG00010017369 #28	KIF5A (ENSUPAG00010017316) #27	DCTN2 (ENSUPAG00010017296) #29	MBD6 (ENSUPAG00010017279) #30	ENSUPAG00010017275 #31	MARS1 (ENSUPAG00010017243) #32	GLI1 (ENSUPAG00010017222) #34	ARHGAP9 (ENSUPAG00010017207) #33	INHBE (ENSUPAG00010017202) #35	INHBC (ENSUPAG00010017199) #36	R3HDM2 (ENSUPAG00010016815) #37
Squirrel	MODERN SPECIES	246	LRIG3 (ENSSTOG00000002283)	ATP23 (ENSSTOG00000001187)	CTDSP2 (ENSSTOG00000023365)	AVIL (ENSSTOG00000001162)	EEF1AKMT3 (ENSSTOG00000024160)	TSFM (ENSSTOG00000001159)	METTL1 (ENSSTOG00000001154)	CYP27B1 (ENSSTOG00000001146)	ENSSTOG00000001142	TSPAN31 (ENSSTOG00000001138)	MARCHF9 (ENSSTOG00000021963)	AGAP2 (ENSSTOG00000001113)	OS9 (ENSSTOG00000001100)	ENSSTOG00000031108	ENSSTOG00000014458	B4GALNT1 (ENSSTOG00000001087) #22	ENSSTOG00000020554 #23	ARHGEF25 (ENSSTOG00000001189) #24	DTX3 (ENSSTOG00000026285) #25	PIP4K2C (ENSSTOG00000001081) #26	KIF5A (ENSSTOG00000001164) #27	DCTN2 (ENSSTOG00000001156) #29	ENSSTOG00000001143 #30	ENSSTOG00000019858 #31	MARS1 (ENSSTOG00000001128) #32	ARHGAP9 (ENSSTOG00000001107) #33	GLI1 (ENSSTOG00000020366) #34	INHBE (ENSSTOG00000025066) #35	INHBC (ENSSTOG00000001097) #36	ENSSTOG00000013424 #37	STAC3 (ENSSTOG00000013409)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	11	LRIG3 (ENSMMMG00000010368)	ENSMMMG00000010406	ATP23 (ENSMMMG00000010425)	CTDSP2 (ENSMMMG00000010438)	AVIL (ENSMMMG00000010450)	TSFM (ENSMMMG00000010500)	EEF1AKMT3 (ENSMMMG00000010507)	METTL1 (ENSMMMG00000010517)	CYP27B1 (ENSMMMG00000010536)	MARCHF9 (ENSMMMG00000010562)	CDK4 (ENSMMMG00000010571)	TSPAN31 (ENSMMMG00000010594)	AGAP2 (ENSMMMG00000010604)	OS9 (ENSMMMG00000010642)	ENSMMMG00000010692	B4GALNT1 (ENSMMMG00000010698) #22	ENSMMMG00000010726 #23	ARHGEF25 (ENSMMMG00000010788) #24	DTX3 (ENSMMMG00000010875) #25	PIP4K2C (ENSMMMG00000010891) #26	KIF5A (ENSMMMG00000010904) #27	ENSMMMG00000011019 #28	DCTN2 (ENSMMMG00000011027) #29	MBD6 (ENSMMMG00000011054) #30	ENSMMMG00000011091	ENSMMMG00000011094 #31	MARS1 (ENSMMMG00000011099) #32	ARHGAP9 (ENSMMMG00000011136) #33	GLI1 (ENSMMMG00000011156) #34	INHBE (ENSMMMG00000011176) #35	INHBC (ENSMMMG00000011180) #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	14	TAFA2 (ENSSVLG00005017243)	SLC16A7 (ENSSVLG00005017200)	LRIG3 (ENSSVLG00005016786)	ATP23 (ENSSVLG00005016743)	CTDSP2 (ENSSVLG00005016687)	AVIL (ENSSVLG00005016505)	ENSSVLG00005016349	EEF1AKMT3 (ENSSVLG00005016307)	METTL1 (ENSSVLG00005016268)	CYP27B1 (ENSSVLG00005016149)	MARCHF9 (ENSSVLG00005016118)	CDK4 (ENSSVLG00005015967)	TSPAN31 (ENSSVLG00005015825)	AGAP2 (ENSSVLG00005015393)	OS9 (ENSSVLG00005015079)	B4GALNT1 (ENSSVLG00005014897) #22	ENSSVLG00005014760 #23	ENSSVLG00005014611 #23	ARHGEF25 (ENSSVLG00005014310) #24	DTX3 (ENSSVLG00005014198) #25	PIP4K2C (ENSSVLG00005014089) #26	KIF5A (ENSSVLG00005013715) #27	DCTN2 (ENSSVLG00005013297) #29	MBD6 (ENSSVLG00005013192) #30	DDIT3 (ENSSVLG00005013130) #31	MARS1 (ENSSVLG00005012921) #32	ARHGAP9 (ENSSVLG00005011907) #33	GLI1 (ENSSVLG00005011547) #34	INHBE (ENSSVLG00005011485) #35	INHBC (ENSSVLG00005011429) #36	R3HDM2 (ENSSVLG00005011028) #37
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	8	ENSHGLG00000049232	ENSHGLG00000000518	ENSHGLG00000039977	CTDSP2 (ENSHGLG00000005482)	AVIL (ENSHGLG00000006939)	TSFM (ENSHGLG00000035817)	EEF1AKMT3 (ENSHGLG00000014041)	METTL1 (ENSHGLG00000040341)	CYP27B1 (ENSHGLG00000018056)	MARCHF9 (ENSHGLG00000031879)	CDK4 (ENSHGLG00000034505)	TSPAN31 (ENSHGLG00000009305)	AGAP2 (ENSHGLG00000009759)	OS9 (ENSHGLG00000018868)	ENSHGLG00000032575	B4GALNT1 (ENSHGLG00000016963) #22	ENSHGLG00000015674 #23	ENSHGLG00000044481	ENSHGLG00000035780 ##23	ARHGEF25 (ENSHGLG00000018169) #24	DTX3 (ENSHGLG00000033032) #25	PIP4K2C (ENSHGLG00000016024) #26	ENSHGLG00000043824 #28	DCTN2 (ENSHGLG00000013797) #29	ENSHGLG00000047970 #30	ENSHGLG00000041807	MARS1 (ENSHGLG00000013493) #32	INHBE (ENSHGLG00000032463) #35	ENSHGLG00000042046	NDUFA4L2 (ENSHGLG00000045559)	ENSHGLG00000050142
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Guinea pig	MODERN SPECIES	9	TAFA2 (ENSCPOG00000035228)	SLC16A7 (ENSCPOG00000010219)	LRIG3 (ENSCPOG00000011502)	ATP23 (ENSCPOG00000039300)	CTDSP2 (ENSCPOG00000039281)	AVIL (ENSCPOG00000012226)	TSFM (ENSCPOG00000037732)	EEF1AKMT3 (ENSCPOG00000011497)	METTL1 (ENSCPOG00000000066)	CYP27B1 (ENSCPOG00000019603)	MARCHF9 (ENSCPOG00000002671)	CDK4 (ENSCPOG00000033131)	TSPAN31 (ENSCPOG00000011494)	AGAP2 (ENSCPOG00000022267)	OS9 (ENSCPOG00000002667)	B4GALNT1 (ENSCPOG00000003202) #22	ENSCPOG00000033620 #23	ARHGEF25 (ENSCPOG00000020097) #24	PIP4K2C (ENSCPOG00000022071) #26	KIF5A (ENSCPOG00000012882) #27	DCTN2 (ENSCPOG00000012879) #29	MBD6 (ENSCPOG00000012873) #30	DDIT3 (ENSCPOG00000012871) #31	MARS1 (ENSCPOG00000012866) #32	ARHGAP9 (ENSCPOG00000014343) #33	GLI1 (ENSCPOG00000005414) #34	INHBE (ENSCPOG00000031115) #35	INHBC (ENSCPOG00000033593) #36	R3HDM2 (ENSCPOG00000009217) #37	STAC3 (ENSCPOG00000006200)	NDUFA4L2 (ENSCPOG00000035802)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Degu	MODERN SPECIES	327	ENSODEG00000018814	ENSODEG00000002068	ATP23 (ENSODEG00000002049)	ENSODEG00000002035	ENSODEG00000002015	AVIL (ENSODEG00000001940)	TSFM (ENSODEG00000001882)	EEF1AKMT3 (ENSODEG00000001854)	METTL1 (ENSODEG00000001799)	CYP27B1 (ENSODEG00000001745)	MARCHF9 (ENSODEG00000001713)	ENSODEG00000001702	TSPAN31 (ENSODEG00000001691)	AGAP2 (ENSODEG00000001675)	OS9 (ENSODEG00000001586)	B4GALNT1 (ENSODEG00000002156) #22	ENSODEG00000002108 #23	ARHGEF25 (ENSODEG00000002032) #24	DTX3 (ENSODEG00000001975) #25	PIP4K2C (ENSODEG00000001958) #26	KIF5A (ENSODEG00000001884) #27	DCTN2 (ENSODEG00000001844) #29	ENSODEG00000001830 #30	ENSODEG00000001814 #30	DDIT3 (ENSODEG00000001801) #31	MARS1 (ENSODEG00000001752) #32	ARHGAP9 (ENSODEG00000001619) #33	GLI1 (ENSODEG00000001558) #34	INHBE (ENSODEG00000001543) #35	INHBC (ENSODEG00000001532) #36	ENSODEG00000001520 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	165	TAFA2 (ENSCLAG00000015199)	SLC16A7 (ENSCLAG00000011812)	LRIG3 (ENSCLAG00000010704)	ATP23 (ENSCLAG00000010629)	CTDSP2 (ENSCLAG00000015950)	AVIL (ENSCLAG00000009924)	TSFM (ENSCLAG00000009226)	EEF1AKMT3 (ENSCLAG00000012713)	METTL1 (ENSCLAG00000014968)	CYP27B1 (ENSCLAG00000013845)	TSPAN31 (ENSCLAG00000013511)	CDK4 (ENSCLAG00000012995)	MARCHF9 (ENSCLAG00000012609)	AGAP2 (ENSCLAG00000009332)	OS9 (ENSCLAG00000010151)	B4GALNT1 (ENSCLAG00000009160) #22	ENSCLAG00000011703 #23	ARHGEF25 (ENSCLAG00000010120) #24	DTX3 (ENSCLAG00000008560) #25	PIP4K2C (ENSCLAG00000012549) #26	KIF5A (ENSCLAG00000011917) #27	DCTN2 (ENSCLAG00000010761) #29	MBD6 (ENSCLAG00000010083) #30	DDIT3 (ENSCLAG00000009376) #31	MARS1 (ENSCLAG00000012164) #32	ARHGAP9 (ENSCLAG00000015213) #33	GLI1 (ENSCLAG00000010833) #34	INHBE (ENSCLAG00000013199) #35	INHBC (ENSCLAG00000015051) #36	R3HDM2 (ENSCLAG00000011997) #37	STAC3 (ENSCLAG00000017371)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01090000261933	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01090000261933	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01090000261933	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01090000261933	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.w.b	ENSGT00940000154770.w.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01090000261933	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.w.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01090000261933	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	9	Tafa2 (ENSPEMG00000012757)	Slc16a7 (ENSPEMG00000011696)	Lrig3 (ENSPEMG00000008787)	Atp23 (ENSPEMG00000007916)	Ctdsp2 (ENSPEMG00000029308)	Avil (ENSPEMG00000003557)	Tsfm (ENSPEMG00000000414)	Eef1akmt3 (ENSPEMG00000027288)	Mettl1 (ENSPEMG00000030468)	Cyp27b1 (ENSPEMG00000016226)	Marchf9 (ENSPEMG00000017943)	ENSPEMG00000015354	Tspan31 (ENSPEMG00000000054)	Agap2 (ENSPEMG00000017050)	Os9 (ENSPEMG00000015919)	B4galnt1 (ENSPEMG00000015244) #22	ENSPEMG00000025878 #23	ENSPEMG00000013550 #23	Arhgef25 (ENSPEMG00000011625) #24	Dtx3 (ENSPEMG00000010078) #25	Pip4k2c (ENSPEMG00000009463) #26	Kif5a (ENSPEMG00000007193) #27	ENSPEMG00000024880 #28	Dctn2 (ENSPEMG00000003096) #29	Mbd6 (ENSPEMG00000000952) #30	Ddit3 (ENSPEMG00000025876)	Ddit3 (ENSPEMG00000000565) #31	Mars1 (ENSPEMG00000000046) #32	Arhgap9 (ENSPEMG00000018745) #33	Gli1 (ENSPEMG00000018514) #34	Inhbe (ENSPEMG00000028054) #35
Prairie vole	MODERN SPECIES	10	Tafa2 (ENSMOCG00000002084)	Slc16a7 (ENSMOCG00000013757)	Lrig3 (ENSMOCG00000015216)	Atp23 (ENSMOCG00000007960)	Ctdsp2 (ENSMOCG00000020720)	Avil (ENSMOCG00000012599)	Tsfm (ENSMOCG00000006104)	Eef1akmt3 (ENSMOCG00000011230)	Mettl1 (ENSMOCG00000020233)	Cyp27b1 (ENSMOCG00000018353)	Marchf9 (ENSMOCG00000002354)	ENSMOCG00000008699	Tspan31 (ENSMOCG00000012333)	Agap2 (ENSMOCG00000015636)	Os9 (ENSMOCG00000004512)	B4galnt1 (ENSMOCG00000020319) #22	Slc26a10 (ENSMOCG00000003649) #23	Arhgef25 (ENSMOCG00000013132) #24	Dtx3 (ENSMOCG00000010598) #25	Pip4k2c (ENSMOCG00000014405) #26	Kif5a (ENSMOCG00000004701) #27	Dctn2 (ENSMOCG00000000594) #29	Mbd6 (ENSMOCG00000012812) #30	Ddit3 (ENSMOCG00000002751) #31	Mars1 (ENSMOCG00000010941) #32	Arhgap9 (ENSMOCG00000002227) #33	Gli1 (ENSMOCG00000015523) #34	Inhbe (ENSMOCG00000021734) #35	Inhbc (ENSMOCG00000001463) #36	R3hdm2 (ENSMOCG00000014425) #37	Stac3 (ENSMOCG00000014255)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.w.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	352	Slc16a7 (ENSCGRG00001016918)	Lrig3 (ENSCGRG00001012777)	ENSCGRG00001007637	Atp23 (ENSCGRG00001013234)	Ctdsp2 (ENSCGRG00001005659)	Avil (ENSCGRG00001012627)	TSFM (ENSCGRG00001023000)	Eef1akmt3 (ENSCGRG00001022247)	Mettl1 (ENSCGRG00001017652)	Cyp27b1 (ENSCGRG00001021985)	Marchf9 (ENSCGRG00001012220)	ENSCGRG00001014084	Tspan31 (ENSCGRG00001020219)	Agap2 (ENSCGRG00001013372)	Os9 (ENSCGRG00001020659)	B4galnt1 (ENSCGRG00001003379) #22	Slc26a10 (ENSCGRG00001023769) #23	Arhgef25 (ENSCGRG00001022612) #24	Dtx3 (ENSCGRG00001000914) #25	Pip4k2c (ENSCGRG00001011872) #26	Kif5a (ENSCGRG00001017636) #27	Dctn2 (ENSCGRG00001015007) #29	Mbd6 (ENSCGRG00001017943) #30	Ddit3 (ENSCGRG00001015590) #31	Mars1 (ENSCGRG00001019238) #32	Arhgap9 (ENSCGRG00001021134) #33	Gli1 (ENSCGRG00001019686) #34	Inhbe (ENSCGRG00001023439) #35	Inhbc (ENSCGRG00001017014) #36	R3hdm2 (ENSCGRG00001017324) #37	Stac3 (ENSCGRG00001021668)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	710	ENSMAUG00000000577	ENSMAUG00000019840	Tafa2 (ENSMAUG00000016370)	ENSMAUG00000014402	Slc16a7 (ENSMAUG00000013959)	ENSMAUG00000012985	ENSMAUG00000016897	Avil (ENSMAUG00000012739)	Tsfm (ENSMAUG00000011705)	Eef1akmt3 (ENSMAUG00000010832)	Cyp27b1 (ENSMAUG00000008020)	Cdk4 (ENSMAUG00000010648)	Marchf9 (ENSMAUG00000010248)	Agap2 (ENSMAUG00000007077)	Os9 (ENSMAUG00000019379)	ENSMAUG00000017551 #22	Arhgef25 (ENSMAUG00000016660) #24	Dtx3 (ENSMAUG00000019649) #25	Pip4k2c (ENSMAUG00000019443) #26	Kif5a (ENSMAUG00000013563) #27	Dctn2 (ENSMAUG00000013335) #29	Mbd6 (ENSMAUG00000010881) #30	Mars1 (ENSMAUG00000011482) #32	Arhgap9 (ENSMAUG00000013068) #33	Gli1 (ENSMAUG00000010937) #34	Inhbe (ENSMAUG00000008071) #35	Inhbc (ENSMAUG00000013085) #36	ENSMAUG00000012480	Stac3 (ENSMAUG00000017379)	ENSMAUG00000016907	Shmt2 (ENSMAUG00000014511)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Mus	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Mouse	MODERN SPECIES	1	Tafa2 (ENSMUSG00000044071)	Slc16a7 (ENSMUSG00000020102)	Lrig3 (ENSMUSG00000020105)	Atp23 (ENSMUSG00000025436)	Ctdsp2 (ENSMUSG00000078429)	Avil (ENSMUSG00000025432)	Tsfm (ENSMUSG00000040521)	Eef1akmt3 (ENSMUSG00000080115)	Mettl1 (ENSMUSG00000006732)	Cyp27b1 (ENSMUSG00000006724)	Marchf9 (ENSMUSG00000040502)	Cdk4 (ENSMUSG00000006728)	Tspan31 (ENSMUSG00000006736)	Agap2 (ENSMUSG00000025422)	Os9 (ENSMUSG00000040462)	B4galnt1 (ENSMUSG00000006731) #22	Slc26a10 (ENSMUSG00000040441) #23	Arhgef25 (ENSMUSG00000019467) #24	Dtx3 (ENSMUSG00000040415) #25	Pip4k2c (ENSMUSG00000025417) #26	Kif5a (ENSMUSG00000074657) #27	Dctn2 (ENSMUSG00000025410) #29	Mbd6 (ENSMUSG00000025409) #30	Ddit3 (ENSMUSG00000025408) #31	Ddit3 (ENSMUSG00000116429)	Mars1 (ENSMUSG00000040354) #32	Arhgap9 (ENSMUSG00000040345) #33	Gli1 (ENSMUSG00000025407) #34	Inhbe (ENSMUSG00000047492) #35	Inhbc (ENSMUSG00000025405) #36	R3hdm2 (ENSMUSG00000025404) #37
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Steppe mouse	MODERN SPECIES	1820																B4galnt1 (ENSMSIG00000028723) #22	Slc26a10 (ENSMSIG00000028691) #23	Arhgef25 (ENSMSIG00000028611) #24	Dtx3 (ENSMSIG00000028599) #25	ENSMSIG00000028596	Pip4k2c (ENSMSIG00000028579) #26	ENSMSIG00000028253 #27	Dctn2 (ENSMSIG00000028231) #29
spretus	MODERN SPECIES	1	Tafa2 (MGP_SPRETEiJ_G0016693)	Slc16a7 (MGP_SPRETEiJ_G0016694)	Lrig3 (MGP_SPRETEiJ_G0016695)	Atp23 (MGP_SPRETEiJ_G0016696)	Ctdsp2 (MGP_SPRETEiJ_G0016697)	Avil (MGP_SPRETEiJ_G0016698)	Tsfm (MGP_SPRETEiJ_G0016699)	Eef1akmt3 (MGP_SPRETEiJ_G0016700)	Mettl1 (MGP_SPRETEiJ_G0016701)	Cyp27b1 (MGP_SPRETEiJ_G0016702)	Marchf9 (MGP_SPRETEiJ_G0016703)	Cdk4 (MGP_SPRETEiJ_G0016704)	Tspan31 (MGP_SPRETEiJ_G0016705)	Agap2 (MGP_SPRETEiJ_G0016706)	Os9 (MGP_SPRETEiJ_G0016707)	B4galnt1 (MGP_SPRETEiJ_G0016708) #22	Slc26a10 (MGP_SPRETEiJ_G0016709) #23	Arhgef25 (MGP_SPRETEiJ_G0016710) #24	Dtx3 (MGP_SPRETEiJ_G0016711) #25	Pip4k2c (MGP_SPRETEiJ_G0016712) #26	Kif5a (MGP_SPRETEiJ_G0016713) #27	Dctn2 (MGP_SPRETEiJ_G0016714) #29	Mbd6 (MGP_SPRETEiJ_G0016715) #30	Ddit3 (MGP_SPRETEiJ_G0016716) #31	Mars1 (MGP_SPRETEiJ_G0016717) #32	MGP_SPRETEiJ_G0016718 #33	Gli1 (MGP_SPRETEiJ_G0016719) #34	Inhbe (MGP_SPRETEiJ_G0016720) #35	Inhbc (MGP_SPRETEiJ_G0016721) #36	R3hdm2 (MGP_SPRETEiJ_G0016722) #37	Stac3 (MGP_SPRETEiJ_G0016723)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	1	Tafa2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015867)	Slc16a7 (MGP_CAROLIEiJ_G0015868)	Lrig3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015869)	Atp23 (MGP_CAROLIEiJ_G0015870)	Ctdsp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015871)	Avil (MGP_CAROLIEiJ_G0015872)	Tsfm (MGP_CAROLIEiJ_G0015873)	Eef1akmt3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015874)	Mettl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015875)	Cyp27b1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015876)	Marchf9 (MGP_CAROLIEiJ_G0015877)	Cdk4 (MGP_CAROLIEiJ_G0015878)	Tspan31 (MGP_CAROLIEiJ_G0015879)	Agap2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015880)	Os9 (MGP_CAROLIEiJ_G0015881)	B4galnt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015882) #22	Slc26a10 (MGP_CAROLIEiJ_G0015883) #23	Arhgef25 (MGP_CAROLIEiJ_G0015884) #24	Dtx3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015885) #25	Pip4k2c (MGP_CAROLIEiJ_G0015886) #26	Kif5a (MGP_CAROLIEiJ_G0015887) #27	Dctn2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015888) #29	Mbd6 (MGP_CAROLIEiJ_G0015889) #30	Ddit3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015890) #31	Mars1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015891) #32	MGP_CAROLIEiJ_G0015892 #33	Gli1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015893) #34	Inhbe (MGP_CAROLIEiJ_G0015894) #35	Inhbc (MGP_CAROLIEiJ_G0015895) #36	R3hdm2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015896) #37	Stac3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015897)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	22	Tafa2 (MGP_PahariEiJ_G0031218)	Slc16a7 (MGP_PahariEiJ_G0031217)	Lrig3 (MGP_PahariEiJ_G0031216)	Atp23 (MGP_PahariEiJ_G0031215)	Ctdsp2 (MGP_PahariEiJ_G0031214)	Avil (MGP_PahariEiJ_G0031213)	Tsfm (MGP_PahariEiJ_G0031212)	Eef1akmt3 (MGP_PahariEiJ_G0031211)	Mettl1 (MGP_PahariEiJ_G0031210)	Cyp27b1 (MGP_PahariEiJ_G0031209)	Marchf9 (MGP_PahariEiJ_G0031208)	Cdk4 (MGP_PahariEiJ_G0031207)	Tspan31 (MGP_PahariEiJ_G0031206)	Agap2 (MGP_PahariEiJ_G0031205)	Os9 (MGP_PahariEiJ_G0031204)	B4galnt1 (MGP_PahariEiJ_G0031203) #22	Slc26a10 (MGP_PahariEiJ_G0031202) #23	Arhgef25 (MGP_PahariEiJ_G0031201) #24	Dtx3 (MGP_PahariEiJ_G0031200) #25	Pip4k2c (MGP_PahariEiJ_G0031199) #26	Kif5a (MGP_PahariEiJ_G0031198) #27	Dctn2 (MGP_PahariEiJ_G0031197) #29	Mbd6 (MGP_PahariEiJ_G0031196) #30	Ddit3 (MGP_PahariEiJ_G0031195) #31	Mars1 (MGP_PahariEiJ_G0031194) #32	MGP_PahariEiJ_G0031193 #33	Gli1 (MGP_PahariEiJ_G0031192) #34	Inhbe (MGP_PahariEiJ_G0031191) #35	Inhbc (MGP_PahariEiJ_G0031190) #36	R3hdm2 (MGP_PahariEiJ_G0031189) #37	Stac3 (MGP_PahariEiJ_G0031188)
Rat	MODERN SPECIES	17	Lrig3 (ENSRNOG00000007654)	RGD1564306 (ENSRNOG00000032335)	Atp23 (ENSRNOG00000045629)	Ctdsp2 (ENSRNOG00000068220)	Avil (ENSRNOG00000050419)	Tsfm (ENSRNOG00000048843)	Eef1akmt3 (ENSRNOG00000047631)	Mettl1 (ENSRNOG00000047895)	Cyp27b1 (ENSRNOG00000046214)	AABR07057423.1 (ENSRNOG00000046245)	Cdk4 (ENSRNOG00000025602)	Tspan31 (ENSRNOG00000025592)	Agap2 (ENSRNOG00000025584)	Os9 (ENSRNOG00000025570)	RGD1565117 (ENSRNOG00000033161)	B4galnt1 (ENSRNOG00000004839) #22	Slc26a10 (ENSRNOG00000029465) #23	Arhgef25 (ENSRNOG00000005034) #24	Dtx3 (ENSRNOG00000005129) #25	Pip4k2c (ENSRNOG00000005138) #26	Kif5a (ENSRNOG00000005299) #27	ENSRNOG00000069110 #28	Dctn2 (ENSRNOG00000025481) #29	Mbd6 (ENSRNOG00000006209) #30	Ddit3 (ENSRNOG00000006789) #31	Mars1 (ENSRNOG00000025459) #32	Arhgap9 (ENSRNOG00000006946) #33	Gli1 (ENSRNOG00000025120) #34	Inhbe (ENSRNOG00000007601) #35	Inhbc (ENSRNOG00000007700) #36	R3hdm2 (ENSRNOG00000007801) #37
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1252					Ctdsp2 (ENSNGAG00000016774)	Avil (ENSNGAG00000022648)	Tsfm (ENSNGAG00000014356)	Eef1akmt3 (ENSNGAG00000015023)	Mettl1 (ENSNGAG00000013035)	Cyp27b1 (ENSNGAG00000016787)	Marchf9 (ENSNGAG00000018675)	Cdk4 (ENSNGAG00000011709)	ENSNGAG00000018815	Agap2 (ENSNGAG00000019298)	Os9 (ENSNGAG00000001426)	B4galnt1 (ENSNGAG00000010764) #22	Slc26a10 (ENSNGAG00000007258) #23	Arhgef25 (ENSNGAG00000017593) #24	Dtx3 (ENSNGAG00000005639) #25	Pip4k2c (ENSNGAG00000018449) #26	Kif5a (ENSNGAG00000006172) #27	Dctn2 (ENSNGAG00000020864) #29	Mbd6 (ENSNGAG00000004286) #30	ENSNGAG00000017151 #31	Mars1 (ENSNGAG00000018824) #32	Arhgap9 (ENSNGAG00000006996) #33	Gli1 (ENSNGAG00000013962) #34	Inhbe (ENSNGAG00000006351) #35	Inhbc (ENSNGAG00000009424) #36	R3hdm2 (ENSNGAG00000018800) #37	Stac3 (ENSNGAG00000013604)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	42	ENSJJAG00000011962	ENSJJAG00000003685	Lrig3 (ENSJJAG00000006798)	Ctdsp2 (ENSJJAG00000017246)	Avil (ENSJJAG00000016587)	Tsfm (ENSJJAG00000012907)	Eef1akmt3 (ENSJJAG00000012184)	Mettl1 (ENSJJAG00000014500)	Cyp27b1 (ENSJJAG00000016596)	ENSJJAG00000005635	Tspan31 (ENSJJAG00000011792)	Marchf9 (ENSJJAG00000000800)	Agap2 (ENSJJAG00000012355)	Os9 (ENSJJAG00000011446)	ENSJJAG00000008739	B4galnt1 (ENSJJAG00000021764) #22	Slc26a10 (ENSJJAG00000000444) #23	Arhgef25 (ENSJJAG00000020641) #24	Dtx3 (ENSJJAG00000015820) #25	ENSJJAG00000016286 #26	Kif5a (ENSJJAG00000018332) #27	Dctn2 (ENSJJAG00000005539) #29	ENSJJAG00000011275 ##30	Ddit3 (ENSJJAG00000011845) #31	Mars1 (ENSJJAG00000018827) #32	ENSJJAG00000010582 #33	Gli1 (ENSJJAG00000005790) #34	Inhbe (ENSJJAG00000005854) #35	Inhbc (ENSJJAG00000024406) #36	R3hdm2 (ENSJJAG00000010001) #37	Stac3 (ENSJJAG00000004686)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	322	ENSDORG00000028332	ENSDORG00000027513	ENSDORG00000024387	ENSDORG00000009511	ENSDORG00000023572	Avil (ENSDORG00000007274)	Tsfm (ENSDORG00000007272)	Eef1akmt3 (ENSDORG00000027331)	Mettl1 (ENSDORG00000007270)	Cyp27b1 (ENSDORG00000007269)	Marchf9 (ENSDORG00000007268)	Cdk4 (ENSDORG00000007267)	Tspan31 (ENSDORG00000007266)	Agap2 (ENSDORG00000007265)	Os9 (ENSDORG00000007263)	B4galnt1 (ENSDORG00000004816) #22	Slc26a10 (ENSDORG00000027396) #23	Arhgef25 (ENSDORG00000014405) #24	Dtx3 (ENSDORG00000000412) #25	Pip4k2c (ENSDORG00000026517) #26	Kif5a (ENSDORG00000007141) #27	Dctn2 (ENSDORG00000007137) #29	Mbd6 (ENSDORG00000007136) #30	Ddit3 (ENSDORG00000007132) #31	Mars1 (ENSDORG00000007127) #32	Arhgap9 (ENSDORG00000007126) #33	Gli1 (ENSDORG00000007124) #34	Inhbe (ENSDORG00000007123) #35	Inhbc (ENSDORG00000000632) #36	R3hdm2 (ENSDORG00000011462) #37	Stac3 (ENSDORG00000011461)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	87			ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00910000148800	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Rabbit	MODERN SPECIES	447	LRIG3 (ENSOCUG00000015598)	ENSOCUG00000036349	ENSOCUG00000031070	ENSOCUG00000002411	ATP23 (ENSOCUG00000001951)	CTDSP2 (ENSOCUG00000012533)	ENSOCUG00000037733	AVIL (ENSOCUG00000012517)	TSFM (ENSOCUG00000012512)	METTL1 (ENSOCUG00000012498)	CYP27B1 (ENSOCUG00000012486)	CDK4 (ENSOCUG00000012474)	TSPAN31 (ENSOCUG00000012465)	AGAP2 (ENSOCUG00000001304)	OS9 (ENSOCUG00000024515)	B4GALNT1 (ENSOCUG00000014121) #22	ENSOCUG00000014113 #23	DTX3 (ENSOCUG00000000915) #25	PIP4K2C (ENSOCUG00000000916) #26	ENSOCUG00000031292	KIF5A (ENSOCUG00000011273) #27	DCTN2 (ENSOCUG00000011262) #29	MBD6 (ENSOCUG00000011255) #30	DDIT3 (ENSOCUG00000023877) #31	MARS1 (ENSOCUG00000007373) #32	ARHGAP9 (ENSOCUG00000022807) #33	GLI1 (ENSOCUG00000011128) #34	INHBE (ENSOCUG00000007382) #35	INHBC (ENSOCUG00000007380) #36	R3HDM2 (ENSOCUG00000013258) #37	STAC3 (ENSOCUG00000013251)
Pika	MODERN SPECIES	3584						CTDSP2 (ENSOPRG00000006705)	AVIL (ENSOPRG00000006677)	TSFM (ENSOPRG00000006670)	EEF1AKMT3 (ENSOPRG00000006664)	METTL1 (ENSOPRG00000006660)	CYP27B1 (ENSOPRG00000006649)	MARCHF9 (ENSOPRG00000006640)	CDK4 (ENSOPRG00000006631)	TSPAN31 (ENSOPRG00000006622)	OS9 (ENSOPRG00000006604)	B4GALNT1 (ENSOPRG00000006593) #22	ARHGEF25 (ENSOPRG00000006581) #24	DTX3 (ENSOPRG00000006576) #25	PIP4K2C (ENSOPRG00000006570) #26	KIF5A (ENSOPRG00000006555) #27	DCTN2 (ENSOPRG00000006544) #29	MBD6 (ENSOPRG00000006533) #30	DDIT3 (ENSOPRG00000006529) #31	MARS1 (ENSOPRG00000006518) #32	ARHGAP9 (ENSOPRG00000006501) #33	GLI1 (ENSOPRG00000006483) #34	INHBE (ENSOPRG00000006480) #35	INHBC (ENSOPRG00000006476) #36
Tree shrew	MODERN SPECIES	895																B4GALNT1 (ENSTBEG00000004056) #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Suina	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
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Pig	MODERN SPECIES	13	ENSSSCG00000043593	SLC16A7 (ENSSSCG00000000456)	LRIG3 (ENSSSCG00000000455)	ATP23 (ENSSSCG00000000453)	CTDSP2 (ENSSSCG00000031707)	AVIL (ENSSSCG00000029571)	TSFM (ENSSSCG00000037767)	EEF1AKMT3 (ENSSSCG00000037619)	METTL1 (ENSSSCG00000061324)	CYP27B1 (ENSSSCG00000028637)	MARCHF9 (ENSSSCG00000033013)	CDK4 (ENSSSCG00000025092)	TSPAN31 (ENSSSCG00000036731)	AGAP2 (ENSSSCG00000038732)	OS9 (ENSSSCG00000035875)	B4GALNT1 (ENSSSCG00000000433) #22	ENSSSCG00000036029 #23	ARHGEF25 (ENSSSCG00000000435) #24	DTX3 (ENSSSCG00000000449) #25	PIP4K2C (ENSSSCG00000000436) #26	KIF5A (ENSSSCG00000000439) #27	DCTN2 (ENSSSCG00000000444) #29	MBD6 (ENSSSCG00000000431) #30	DDIT3 (ENSSSCG00000050998) #31	MARS1 (ENSSSCG00000023318) #32	ARHGAP9 (ENSSSCG00000000437) #33	GLI1 (ENSSSCG00000000443) #34	INHBE (ENSSSCG00000000442) #35	INHBC (ENSSSCG00000037446) #36	ENSSSCG00000051626	R3HDM2 (ENSSSCG00000026498) #37
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
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Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.nb	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00980000198488.m.b.b.b.r.a.a	ENSGT00940000155609 #37
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01010000229988	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.nb	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00980000198488.m.b.b.b.r.a.a	ENSGT00940000155609 #37
Narwhal	MODERN SPECIES	313	ENSMMNG00015018450	ENSMMNG00015018435	LRIG3 (ENSMMNG00015018366)	ATP23 (ENSMMNG00015018344)	CTDSP2 (ENSMMNG00015018319)	AVIL (ENSMMNG00015018172)	TSFM (ENSMMNG00015018096)	EEF1AKMT3 (ENSMMNG00015018051)	METTL1 (ENSMMNG00015018009)	CYP27B1 (ENSMMNG00015017884)	MARCHF9 (ENSMMNG00015017858)	ENSMMNG00015017824	TSPAN31 (ENSMMNG00015017754)	AGAP2 (ENSMMNG00015017635)	OS9 (ENSMMNG00015017419)	B4GALNT1 (ENSMMNG00015017261) #22	ENSMMNG00015017200 #23	ARHGEF25 (ENSMMNG00015017116) #24	DTX3 (ENSMMNG00015017050) #25	PIP4K2C (ENSMMNG00015017000) #26	KIF5A (ENSMMNG00015016853) #27	DCTN2 (ENSMMNG00015016787) #29	MBD6 (ENSMMNG00015016740) #30	DDIT3 (ENSMMNG00015016690) #31	MARS1 (ENSMMNG00015016613) #32	ARHGAP9 (ENSMMNG00015016045) #33	GLI1 (ENSMMNG00015015844) #34	INHBE (ENSMMNG00015015773) #35	INHBC (ENSMMNG00015021411) #36	ENSMMNG00015021405	R3HDM2 (ENSMMNG00015021270) #37
Beluga whale	MODERN SPECIES	39	ENSDLEG00000004411	SLC16A7 (ENSDLEG00000004423)	LRIG3 (ENSDLEG00000004440)	ATP23 (ENSDLEG00000004474)	CTDSP2 (ENSDLEG00000004480)	AVIL (ENSDLEG00000004492)	TSFM (ENSDLEG00000004504)	EEF1AKMT3 (ENSDLEG00000004512)	METTL1 (ENSDLEG00000004520)	CYP27B1 (ENSDLEG00000004538)	MARCH9 (ENSDLEG00000004564)	CDK4 (ENSDLEG00000004574)	TSPAN31 (ENSDLEG00000004620)	AGAP2 (ENSDLEG00000004638)	OS9 (ENSDLEG00000004648)	B4GALNT1 (ENSDLEG00000004661) #22	ENSDLEG00000004698 #23	ARHGEF25 (ENSDLEG00000004833) #24	DTX3 (ENSDLEG00000005206) #25	PIP4K2C (ENSDLEG00000005214) #26	KIF5A (ENSDLEG00000000912) #27	DCTN2 (ENSDLEG00000002739) #29	MBD6 (ENSDLEG00000002751) #30	DDIT3 (ENSDLEG00000002758) #31	MARS (ENSDLEG00000002765) #32	ARHGAP9 (ENSDLEG00000002814) #33	GLI1 (ENSDLEG00000003010) #34	INHBE (ENSDLEG00000003021) #35	INHBC (ENSDLEG00000003026) #36	R3HDM2 (ENSDLEG00000003148) #37	ENSDLEG00000003493
Vaquita	MODERN SPECIES	1	ENSPSNG00000007310	ATP23 (ENSPSNG00000007354)	CTDSP2 (ENSPSNG00000007395)	AVIL (ENSPSNG00000007445)	TSFM (ENSPSNG00000007575)	ENSPSNG00000007624	ENSPSNG00000007643	METTL1 (ENSPSNG00000007694)	CYP27B1 (ENSPSNG00000007710)	MARCHF9 (ENSPSNG00000007774)	CDK4 (ENSPSNG00000007800)	TSPAN31 (ENSPSNG00000007870)	AGAP2 (ENSPSNG00000007974)	ENSPSNG00000008201	OS9 (ENSPSNG00000008262)	B4GALNT1 (ENSPSNG00000008510) #22	ENSPSNG00000008644 #23	ARHGEF25 (ENSPSNG00000008788) #24	DTX3 (ENSPSNG00000008935) #25	PIP4K2C (ENSPSNG00000009182) #26	KIF5A (ENSPSNG00000009018) #27	DCTN2 (ENSPSNG00000009415) #29	MBD6 (ENSPSNG00000009553) #30	DDIT3 (ENSPSNG00000009627) #31	MARS1 (ENSPSNG00000009735) #32	ARHGAP9 (ENSPSNG00000010031) #33	GLI1 (ENSPSNG00000011248) #34	INHBE (ENSPSNG00000011557) #35	INHBC (ENSPSNG00000011598) #36	R3HDM2 (ENSPSNG00000011734) #37	ENSPSNG00000006066
Dolphin	MODERN SPECIES	1664																B4GALNT1 (ENSTTRG00000016792) #22	ARHGEF25 (ENSTTRG00000016790) #24	DTX3 (ENSTTRG00000016789) #25	PIP4K2C (ENSTTRG00000016787) #26
Sperm whale	MODERN SPECIES	17	ENSPCTG00005018865	ENSPCTG00005018833	TAC3 (ENSPCTG00005018801)	MYO1A (ENSPCTG00005018524)	NEMP1 (ENSPCTG00005018448)	NAB2 (ENSPCTG00005018392)	STAT6 (ENSPCTG00005018224)	LRP1 (ENSPCTG00005017297)	NXPH4 (ENSPCTG00005017237)	SHMT2 (ENSPCTG00005016874)	NDUFA4L2 (ENSPCTG00005016804)	STAC3 (ENSPCTG00005016487)	R3HDM2 (ENSPCTG00005015222) #37	ENSPCTG00005015121	INHBC (ENSPCTG00005015074) #36	B4GALNT1 (ENSPCTG00005014917) #22	KIF5A (ENSPCTG00005014589) #27	ENSPCTG00005014556 #26	ATP23 (ENSPCTG00005014506)	LRIG3 (ENSPCTG00005014297)	SLC16A7 (ENSPCTG00005014217)	ENSPCTG00005014177	ENSPCTG00005014105	TAFA2 (ENSPCTG00005014009)	USP15 (ENSPCTG00005013788)	MON2 (ENSPCTG00005013456)	PPM1H (ENSPCTG00005013279)	AVPR1A (ENSPCTG00005013234)	ENSPCTG00005013208	ENSPCTG00005013184	SYT10 (ENSPCTG00005013074)
Blue whale	MODERN SPECIES	1	SLC16A7 (ENSBMSG00010011200)	ENSBMSG00010011192	LRIG3 (ENSBMSG00010011144)	ATP23 (ENSBMSG00010011114)	CTDSP2 (ENSBMSG00010011093)	AVIL (ENSBMSG00010011051)	TSFM (ENSBMSG00010011010)	EEF1AKMT3 (ENSBMSG00010010988)	METTL1 (ENSBMSG00010010975)	CYP27B1 (ENSBMSG00010010958)	MARCHF9 (ENSBMSG00010010932)	CDK4 (ENSBMSG00010010900)	TSPAN31 (ENSBMSG00010010871)	AGAP2 (ENSBMSG00010010788)	OS9 (ENSBMSG00010010645)	B4GALNT1 (ENSBMSG00010010535) #22	ENSBMSG00010010490 #23	ENSBMSG00010010469 #23	ARHGEF25 (ENSBMSG00010010385) #24	DTX3 (ENSBMSG00010010278) #25	ENSBMSG00010010249 #26	KIF5A (ENSBMSG00010010111) #27	DCTN2 (ENSBMSG00010010016) #29	MBD6 (ENSBMSG00010009962) #30	DDIT3 (ENSBMSG00010009923) #31	MARS1 (ENSBMSG00010009884) #32	ARHGAP9 (ENSBMSG00010009452) #33	GLI1 (ENSBMSG00010009355) #34	INHBE (ENSBMSG00010009322) #35	INHBC (ENSBMSG00010009316) #36	ENSBMSG00010009311
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Yarkand deer	MODERN SPECIES	22	ENSCHYG00000004537	ATP23 (ENSCHYG00000004546)	CTDSP2 (ENSCHYG00000000031)	AVIL (ENSCHYG00000000049)	TSFM (ENSCHYG00000000083)	EEF1AKMT3 (ENSCHYG00000000096)	METTL1 (ENSCHYG00000000110)	CYP27B1 (ENSCHYG00000000128)	MARCHF9 (ENSCHYG00000000149)	ENSCHYG00000000168	ENSCHYG00000000187	AGAP2 (ENSCHYG00000000224)	OS9 (ENSCHYG00000000343)	ENSCHYG00000000421	ENSCHYG00000000426	B4GALNT1 (ENSCHYG00000000467) #22	ENSCHYG00000000535 #23	ARHGEF25 (ENSCHYG00000000587) #24	DTX3 (ENSCHYG00000000767) #25	PIP4K2C (ENSCHYG00000000784) #26	KIF5A (ENSCHYG00000000851) #27	ENSCHYG00000001025 #28	DCTN2 (ENSCHYG00000001061) #29	MBD6 (ENSCHYG00000001139) #30	ENSCHYG00000001171	DDIT3 (ENSCHYG00000001190) #31	MARS1 (ENSCHYG00000001236) #32	ARHGAP9 (ENSCHYG00000001344) #33	GLI1 (ENSCHYG00000001394) #34	INHBE (ENSCHYG00000001462) #35	INHBC (ENSCHYG00000001473) #36
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.pb.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.pb.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000007067.d	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Bos	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.pb.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000007067.d	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000247135	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.pb.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000007067.d	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000247135	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Wild yak	MODERN SPECIES	1313				CTDSP2 (ENSBMUG00000025407)	AVIL (ENSBMUG00000025413)	TSFM (ENSBMUG00000025418)	EEF1AKMT3 (ENSBMUG00000025422)	METTL1 (ENSBMUG00000025424)	CYP27B1 (ENSBMUG00000025429)	MARCHF9 (ENSBMUG00000025432)	ENSBMUG00000025436	TSPAN31 (ENSBMUG00000025443)	AGAP2 (ENSBMUG00000025447)	OS9 (ENSBMUG00000025480)	ENSBMUG00000025488	B4GALNT1 (ENSBMUG00000025492) #22	ENSBMUG00000025498 #23	ARHGEF25 (ENSBMUG00000025517) #24	DTX3 (ENSBMUG00000025531) #25	PIP4K2C (ENSBMUG00000025536) #26	ENSBMUG00000025540	KIF5A (ENSBMUG00000025562) #27	ENSBMUG00000025571 #28	DCTN2 (ENSBMUG00000025591) #29	MBD6 (ENSBMUG00000025599) #30	DDIT3 (ENSBMUG00000025611) #31	MARS1 (ENSBMUG00000025649) #32	ARHGAP9 (ENSBMUG00000025668) #33	GLI1 (ENSBMUG00000025676) #34	INHBE (ENSBMUG00000025681) #35	INHBC (ENSBMUG00000025693) #36
Domestic yak	MODERN SPECIES	24	LRIG3 (ENSBGRG00000009679)	ENSBGRG00000009665	ATP23 (ENSBGRG00000009594)	CTDSP2 (ENSBGRG00000009472)	AVIL (ENSBGRG00000009300)	TSFM (ENSBGRG00000009209)	EEF1AKMT3 (ENSBGRG00000009154)	METTL1 (ENSBGRG00000009094)	CYP27B1 (ENSBGRG00000008987)	MARCHF9 (ENSBGRG00000008950)	ENSBGRG00000008884	TSPAN31 (ENSBGRG00000008745)	AGAP2 (ENSBGRG00000008348)	OS9 (ENSBGRG00000007048)	SVIP (ENSBGRG00000012196)	B4GALNT1 (ENSBGRG00000011824) #22	ENSBGRG00000011631 #23	ENSBGRG00000011571 #23	ENSBGRG00000011446 #23	ARHGEF25 (ENSBGRG00000009681) #24	DTX3 (ENSBGRG00000009544) #25	PIP4K2C (ENSBGRG00000009271) #26	KIF5A (ENSBGRG00000008731) #27	DCTN2 (ENSBGRG00000008064) #29	MBD6 (ENSBGRG00000008007) #30	ENSBGRG00000007958	DDIT3 (ENSBGRG00000007918) #31	MARS1 (ENSBGRG00000007287) #32	ARHGAP9 (ENSBGRG00000006657) #33	GLI1 (ENSBGRG00000006415) #34	INHBE (ENSBGRG00000006369) #35
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.pb.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000007067.d	ENSGT00390000018829.g.b.f	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT01050000247135	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Cow	MODERN SPECIES	24	LRIG3 (ENSBTAG00000002227)	ATP23 (ENSBTAG00000017543)	CTDSP2 (ENSBTAG00000016508)	AVIL (ENSBTAG00000016913)	TSFM (ENSBTAG00000016912)	EEF1AKMT3 (ENSBTAG00000016910)	METTL1 (ENSBTAG00000016908)	CYP27B1 (ENSBTAG00000016906)	MARCHF9 (ENSBTAG00000016904)	CDK4 (ENSBTAG00000007160)	TSPAN31 (ENSBTAG00000007158)	AGAP2 (ENSBTAG00000007156)	OS9 (ENSBTAG00000007152)	ENSBTAG00000050652	ENSBTAG00000049386	B4GALNT1 (ENSBTAG00000004494) #22	SLC26A10 (ENSBTAG00000023289) #23	ARHGEF25 (ENSBTAG00000018003) #24	DTX3 (ENSBTAG00000018002) #25	PIP4K2C (ENSBTAG00000003942) #26	ENSBTAG00000051574	KIF5A (ENSBTAG00000021336) #27	ENSBTAG00000051593 #28	DCTN2 (ENSBTAG00000010624) #29	MBD6 (ENSBTAG00000010616) #30	DDIT3 (ENSBTAG00000031544) #31	MARS1 (ENSBTAG00000018405) #32	ARHGAP9 (ENSBTAG00000018403) #33	GLI1 (ENSBTAG00000006631) #34	INHBE (ENSBTAG00000006599) #35	INHBC (ENSBTAG00000019084) #36
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	LRIG3 (ENSBIXG00005010909)	ATP23 (ENSBIXG00005000591)	CTDSP2 (ENSBIXG00005010976)	AVIL (ENSBIXG00005011032)	TSFM (ENSBIXG00005007259)	EEF1AKMT3 (ENSBIXG00005011058)	METTL1 (ENSBIXG00005011085)	CYP27B1 (ENSBIXG00005001020)	MARCHF9 (ENSBIXG00005007471)	ENSBIXG00005011149	TSPAN31 (ENSBIXG00005011215)	AGAP2 (ENSBIXG00005011340)	OS9 (ENSBIXG00005000446)	ENSBIXG00005011555	ENSBIXG00005011576	B4GALNT1 (ENSBIXG00005011641) #22	ENSBIXG00005011668 #23	ARHGEF25 (ENSBIXG00005011722) #24	DTX3 (ENSBIXG00005011818) #25	PIP4K2C (ENSBIXG00005007525) #26	ENSBIXG00005011895	KIF5A (ENSBIXG00005011992) #27	DCTN2 (ENSBIXG00005012044) #29	MBD6 (ENSBIXG00005012082) #30	DDIT3 (ENSBIXG00005012115) #31	MARS1 (ENSBIXG00005012184) #32	ARHGAP9 (ENSBIXG00005012333) #33	GLI1 (ENSBIXG00005001319) #34	INHBE (ENSBIXG00005012383) #35	INHBC (ENSBIXG00005012395) #36	ENSBIXG00005001373 #37
American bison	MODERN SPECIES	3043									CYP27B1 (ENSBBBG00000002094)	MARCHF9 (ENSBBBG00000002098)	ENSBBBG00000011463	TSPAN31 (ENSBBBG00000011496)	AGAP2 (ENSBBBG00000002118)	OS9 (ENSBBBG00000002166)	ENSBBBG00000011735	B4GALNT1 (ENSBBBG00000002179) #22	ENSBBBG00000007880 #23	ENSBBBG00000011770 #23	ARHGEF25 (ENSBBBG00000011821) #24	DTX3 (ENSBBBG00000011836) #25	PIP4K2C (ENSBBBG00000011867) #26	KIF5A (ENSBBBG00000002221) #27	ENSBBBG00000011973 #29	MBD6 (ENSBBBG00000011979) #30	DDIT3 (ENSBBBG00000006839) #31	MARS1 (ENSBBBG00000012001) #32	ARHGAP9 (ENSBBBG00000012058) #33	GLI1 (ENSBBBG00000002272) #34	INHBE (ENSBBBG00000012107) #35	INHBC (ENSBBBG00000012112) #36	R3HDM2 (ENSBBBG00000012343) #37
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.pb.a	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	ENSOARG00020019093	LRIG3 (ENSOARG00020019130)	ATP23 (ENSOARG00020019439)	CTDSP2 (ENSOARG00020019613)	AVIL (ENSOARG00020019683)	TSFM (ENSOARG00020019779)	EEF1AKMT3 (ENSOARG00020019841)	METTL1 (ENSOARG00020000098)	CYP27B1 (ENSOARG00020000126)	MARCHF9 (ENSOARG00020000135)	CDK4 (ENSOARG00020000149)	TSPAN31 (ENSOARG00020000196)	AGAP2 (ENSOARG00020000269)	OS9 (ENSOARG00020000439)	ENSOARG00020000589	B4GALNT1 (ENSOARG00020000620) #22	ENSOARG00020000696 #23	ARHGEF25 (ENSOARG00020000777) #24	DTX3 (ENSOARG00020000880) #25	PIP4K2C (ENSOARG00020000907) #26	KIF5A (ENSOARG00020001004) #27	ENSOARG00020001125 #28	DCTN2 (ENSOARG00020001160) #29	MBD6 (ENSOARG00020001220) #30	DDIT3 (ENSOARG00020001256) #31	MARS1 (ENSOARG00020001285) #32	ARHGAP9 (ENSOARG00020001310) #33	GLI1 (ENSOARG00020001339) #34	INHBE (ENSOARG00020001392) #35	INHBC (ENSOARG00020001401) #36	R3HDM2 (ENSOARG00020001425) #37
Goat	MODERN SPECIES	24	ENSCHIG00000006801	LRIG3 (ENSCHIG00000023925)	ATP23 (ENSCHIG00000026490)	CTDSP2 (ENSCHIG00000020341)	AVIL (ENSCHIG00000016887)	TSFM (ENSCHIG00000013850)	EEF1AKMT3 (ENSCHIG00000009456)	METTL1 (ENSCHIG00000015867)	CYP27B1 (ENSCHIG00000010214)	MARCHF9 (ENSCHIG00000026496)	CDK4 (ENSCHIG00000020575)	TSPAN31 (ENSCHIG00000014754)	AGAP2 (ENSCHIG00000000522)	OS9 (ENSCHIG00000024824)	ENSCHIG00000011902	B4GALNT1 (ENSCHIG00000026781) #22	ENSCHIG00000012447 #23	ARHGEF25 (ENSCHIG00000001591) #24	DTX3 (ENSCHIG00000017813) #25	PIP4K2C (ENSCHIG00000010259) #26	KIF5A (ENSCHIG00000015115) #27	ENSCHIG00000023881 #28	DCTN2 (ENSCHIG00000021509) #29	MBD6 (ENSCHIG00000017594) #30	DDIT3 (ENSCHIG00000011897) #31	MARS1 (ENSCHIG00000027023) #32	ARHGAP9 (ENSCHIG00000013388) #33	GLI1 (ENSCHIG00000007287) #34	INHBE (ENSCHIG00000022416) #35	INHBC (ENSCHIG00000017660) #36	ENSCHIG00000007552
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1241				ATP23 (ENSMMSG00000016418)	ENSMMSG00000016343	AVIL (ENSMMSG00000016181)	TSFM (ENSMMSG00000016155)	EEF1AKMT3 (ENSMMSG00000016135)	METTL1 (ENSMMSG00000016085)	CYP27B1 (ENSMMSG00000016052)	MARCHF9 (ENSMMSG00000016028)	CDK4 (ENSMMSG00000015992)	TSPAN31 (ENSMMSG00000015914)	AGAP2 (ENSMMSG00000015750)	OS9 (ENSMMSG00000015546)	B4GALNT1 (ENSMMSG00000015445) #22	ENSMMSG00000015415 #23	ARHGEF25 (ENSMMSG00000015348) #24	DTX3 (ENSMMSG00000015304) #25	PIP4K2C (ENSMMSG00000015252) #26	KIF5A (ENSMMSG00000015037) #27	DCTN2 (ENSMMSG00000014950) #29	MBD6 (ENSMMSG00000014923) #30	DDIT3 (ENSMMSG00000014907) #31	MARS1 (ENSMMSG00000014842) #32	ARHGAP9 (ENSMMSG00000014297) #33	GLI1 (ENSMMSG00000014173) #34	INHBE (ENSMMSG00000014142) #35	INHBC (ENSMMSG00000014131) #36	R3HDM2 (ENSMMSG00000013912) #37	STAC3 (ENSMMSG00000013843)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	76	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	3	ENSCDRG00005020116	ENSCDRG00005020106	ENSCDRG00005020094	ATP23 (ENSCDRG00005020085)	CTDSP2 (ENSCDRG00005020066)	AVIL (ENSCDRG00005020042)	TSFM (ENSCDRG00005019979)	EEF1AKMT3 (ENSCDRG00005019958)	METTL1 (ENSCDRG00005019923)	CYP27B1 (ENSCDRG00005019909)	MARCHF9 (ENSCDRG00005019897)	CDK4 (ENSCDRG00005019885)	ENSCDRG00005019838	AGAP2 (ENSCDRG00005019817)	OS9 (ENSCDRG00005019665)	B4GALNT1 (ENSCDRG00005019607) #22	ENSCDRG00005019581 #23	ENSCDRG00005019572 #23	ARHGEF25 (ENSCDRG00005019460) #24	DTX3 (ENSCDRG00005019411) #25	PIP4K2C (ENSCDRG00005019272) #26	KIF5A (ENSCDRG00005019073) #27	DCTN2 (ENSCDRG00005019001) #29	MBD6 (ENSCDRG00005018960) #30	DDIT3 (ENSCDRG00005018924) #31	MARS1 (ENSCDRG00005018613) #32	ARHGAP9 (ENSCDRG00005018474) #33	GLI1 (ENSCDRG00005018398) #34	INHBE (ENSCDRG00005018362) #35	INHBC (ENSCDRG00005018347) #36	R3HDM2 (ENSCDRG00005018054) #37
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00950000185659	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Giant Panda	MODERN SPECIES	6	TAFA2 (ENSAMEG00000010005)	SLC16A7 (ENSAMEG00000009572)	LRIG3 (ENSAMEG00000005565)	ATP23 (ENSAMEG00000031362)	CTDSP2 (ENSAMEG00000005522)	AVIL (ENSAMEG00000005465)	TSFM (ENSAMEG00000005452)	EEF1AKMT3 (ENSAMEG00000030028)	METTL1 (ENSAMEG00000005428)	CYP27B1 (ENSAMEG00000005368)	MARCHF9 (ENSAMEG00000005329)	CDK4 (ENSAMEG00000005351)	TSPAN31 (ENSAMEG00000005333)	AGAP2 (ENSAMEG00000005291)	OS9 (ENSAMEG00000005249)	B4GALNT1 (ENSAMEG00000005224) #22	ENSAMEG00000005175 #23	ARHGEF25 (ENSAMEG00000005173) #24	PIP4K2C (ENSAMEG00000005130) #26	KIF5A (ENSAMEG00000005069) #27	DCTN2 (ENSAMEG00000005033) #29	MBD6 (ENSAMEG00000005029) #30	ENSAMEG00000029681	DDIT3 (ENSAMEG00000005026) #31	MARS1 (ENSAMEG00000004962) #32	ARHGAP9 (ENSAMEG00000004894) #33	GLI1 (ENSAMEG00000004878) #34	INHBE (ENSAMEG00000025669) #35	INHBC (ENSAMEG00000004873) #36	R3HDM2 (ENSAMEG00000004812) #37	STAC3 (ENSAMEG00000004787)
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
American black bear	MODERN SPECIES	3037															ENSUAMG00000025462	B4GALNT1 (ENSUAMG00000025465) #22	ENSUAMG00000025474 #23	ENSUAMG00000025476	ENSUAMG00000025477	ARHGEF25 (ENSUAMG00000025480) #24	DTX3 (ENSUAMG00000025482) #25	PIP4K2C (ENSUAMG00000025483) #26	KIF5A (ENSUAMG00000025525) #27	ENSUAMG00000025650 #28	DCTN2 (ENSUAMG00000025652) #29	MBD6 (ENSUAMG00000025653) #30	DDIT3 (ENSUAMG00000025654) #31
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Ferret	MODERN SPECIES	340	ENSMPUG00000002078	LRIG3 (ENSMPUG00000002071)	ENSMPUG00000018502	ENSMPUG00000002069	CTDSP2 (ENSMPUG00000002064)	AVIL (ENSMPUG00000002056)	TSFM (ENSMPUG00000002051)	EEF1AKMT3 (ENSMPUG00000002048)	METTL1 (ENSMPUG00000002046)	CYP27B1 (ENSMPUG00000002045)	MARCHF9 (ENSMPUG00000002037)	CDK4 (ENSMPUG00000002016)	TSPAN31 (ENSMPUG00000002004)	AGAP2 (ENSMPUG00000002000)	OS9 (ENSMPUG00000001997)	B4GALNT1 (ENSMPUG00000001960) #22	ENSMPUG00000001927 #23	ARHGEF25 (ENSMPUG00000001923) #24	DTX3 (ENSMPUG00000001912) #25	PIP4K2C (ENSMPUG00000001852) #26	KIF5A (ENSMPUG00000001843) #27	DCTN2 (ENSMPUG00000001840) #29	MBD6 (ENSMPUG00000001837) #30	DDIT3 (ENSMPUG00000001835) #31	MARS1 (ENSMPUG00000001831) #32	ARHGAP9 (ENSMPUG00000001827) #33	GLI1 (ENSMPUG00000001825) #34	INHBC (ENSMPUG00000001822) #36	R3HDM2 (ENSMPUG00000001818) #37	STAC3 (ENSMPUG00000001790)	NDUFA4L2 (ENSMPUG00000001775)
American mink	MODERN SPECIES	76	MOT2 (ENSNVIG00000003620)	ENSNVIG00000003587	LRIG3 (ENSNVIG00000003547)	ATP23 (ENSNVIG00000003528)	CTDS2 (ENSNVIG00000003498)	AVIL (ENSNVIG00000003479)	EFTS (ENSNVIG00000003421)	EEF1AKMT3 (ENSNVIG00000003404)	METTL1 (ENSNVIG00000003365)	CYP27B1 (ENSNVIG00000003343)	ENSNVIG00000003332	CDK4 (ENSNVIG00000003287)	TSPAN31 (ENSNVIG00000003248)	AGAP2 (ENSNVIG00000003143)	OS9 (ENSNVIG00000002785)	B4GALNT1 (ENSNVIG00000002697) #22	ENSNVIG00000002655 #23	ARHGEF25 (ENSNVIG00000002561) #24	DTX3 (ENSNVIG00000002530) #25	PIP4K2C (ENSNVIG00000002463) #26	KIF5A (ENSNVIG00000002356) #27	DCTN2 (ENSNVIG00000002231) #29	MBD6 (ENSNVIG00000002218) #30	DDIT3 (ENSNVIG00000002208) #31	MARS1 (ENSNVIG00000002142) #32	ARHGAP9 (ENSNVIG00000002074) #33	GLI1 (ENSNVIG00000002001) #34	INHBE (ENSNVIG00000001991) #35	INHBC (ENSNVIG00000001984) #36	R3HDM2 (ENSNVIG00000001463) #37	STAC3 (ENSNVIG00000001387)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000157098	ENSGT00990000212294	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427.r #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000157098	ENSGT00990000212294	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770.hb	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT01050000248318	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427.r #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Dingo	MODERN SPECIES	374	SLC16A7 (ENSCAFG00020022381)	LRIG3 (ENSCAFG00020022387)	ENSCAFG00020022402	ATP23 (ENSCAFG00020022403)	CTDSP2 (ENSCAFG00020022405)	AVIL (ENSCAFG00020022432)	TSFM (ENSCAFG00020022844)	EEF1AKMT3 (ENSCAFG00020022845)	METTL1 (ENSCAFG00020022852)	CYP27B1 (ENSCAFG00020022855)	MARCHF9 (ENSCAFG00020022859)	ENSCAFG00020022861	TSPAN31 (ENSCAFG00020022882)	AGAP2 (ENSCAFG00020022888)	OS9 (ENSCAFG00020022924)	B4GALNT1 (ENSCAFG00020022927) #22	ENSCAFG00020022934	ENSCAFG00020022937	ENSCAFG00020022938	ARHGEF25 (ENSCAFG00020022944) #24	DTX3 (ENSCAFG00020022956) #25	PIP4K2C (ENSCAFG00020022961) #26	KIF5A (ENSCAFG00020023042) #27	ENSCAFG00020023629 #29	MBD6 (ENSCAFG00020023648) #30	DDIT3 (ENSCAFG00020023658) #31	MARS1 (ENSCAFG00020023661) #32	ENSCAFG00020023667 #33	GLI1 (ENSCAFG00020023670) #34	INHBE (ENSCAFG00020023673) #35	INHBC (ENSCAFG00020023675) #36
Dog	MODERN SPECIES	1	TAFA2 (ENSCAFG00845007686)	SLC16A7 (ENSCAFG00845007615)	LRIG3 (ENSCAFG00845007378)	ATP23 (ENSCAFG00845007289)	CTDSP2 (ENSCAFG00845007174)	AVIL (ENSCAFG00845007079)	TSFM (ENSCAFG00845006879)	METTL1 (ENSCAFG00845013929)	CYP27B1 (ENSCAFG00845013886)	MARCHF9 (ENSCAFG00845013862)	CDK4 (ENSCAFG00845013840)	TSPAN31 (ENSCAFG00845013788)	AGAP2 (ENSCAFG00845013648)	ENSCAFG00845013582	OS9 (ENSCAFG00845013454)	B4GALNT1 (ENSCAFG00845013319) #22	ENSCAFG00845013288	SLC26A10 (ENSCAFG00845013204) #23	ARHGEF25 (ENSCAFG00845013035) #24	DTX3 (ENSCAFG00845012960) #25	PIP4K2C (ENSCAFG00845012895) #26	KIF5A (ENSCAFG00845012531) #27	DCTN2 (ENSCAFG00845012256) #29	MBD6 (ENSCAFG00845012134) #30	DDIT3 (ENSCAFG00845012093) #31	MARS1 (ENSCAFG00845012016) #32	ARHGAP9 (ENSCAFG00845011922) #33	GLI1 (ENSCAFG00845011836) #34	INHBE (ENSCAFG00845011799) #35	INHBC (ENSCAFG00845011778) #36	R3HDM2 (ENSCAFG00845010738) #37
Red fox	MODERN SPECIES	38	ENSVVUG00000015189	LRIG3 (ENSVVUG00000015192)	ENSVVUG00000015204	ATP23 (ENSVVUG00000015207)	ENSVVUG00000015212	CTDSP2 (ENSVVUG00000015232)	AVIL (ENSVVUG00000015292)	TSFM (ENSVVUG00000016735)	EEF1AKMT3 (ENSVVUG00000016794)	METTL1 (ENSVVUG00000016799)	CYP27B1 (ENSVVUG00000016809)	CDK4 (ENSVVUG00000016816)	TSPAN31 (ENSVVUG00000016824)	AGAP2 (ENSVVUG00000016860)	OS9 (ENSVVUG00000017059)	B4GALNT1 (ENSVVUG00000017068) #22	ENSVVUG00000017075	ENSVVUG00000017078 #23	ENSVVUG00000017087 #23	ARHGEF25 (ENSVVUG00000017093) #24	DTX3 (ENSVVUG00000017112) #25	PIP4K2C (ENSVVUG00000017117) #26	KIF5A (ENSVVUG00000017133) #27	ENSVVUG00000017190 #29	MBD6 (ENSVVUG00000017919) #30	DDIT3 (ENSVVUG00000017933) #31	MARS (ENSVVUG00000017940) #32	ENSVVUG00000017956 #33	GLI1 (ENSVVUG00000017973) #34	INHBE (ENSVVUG00000017976) #35	INHBC (ENSVVUG00000017986) #36
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Panthera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35
leopard	MODERN SPECIES	27	ENSPPRG00000003806	SLC16A7 (ENSPPRG00000004556)	LRIG3 (ENSPPRG00000005844)	ATP23 (ENSPPRG00000006940)	CTDSP2 (ENSPPRG00000007688)	AVIL (ENSPPRG00000008022)	TSFM (ENSPPRG00000009667)	EEF1AKMT3 (ENSPPRG00000010386)	METTL1 (ENSPPRG00000011095)	CYP27B1 (ENSPPRG00000011671)	MARCHF9 (ENSPPRG00000012795)	CDK4 (ENSPPRG00000013706)	TSPAN31 (ENSPPRG00000016645)	AGAP2 (ENSPPRG00000018437)	OS9 (ENSPPRG00000000870)	B4GALNT1 (ENSPPRG00000002321) #22	ENSPPRG00000002448	ENSPPRG00000003343 #23	ARHGEF25 (ENSPPRG00000004548) #24	DTX3 (ENSPPRG00000005051) #25	PIP4K2C (ENSPPRG00000007115) #26	ENSPPRG00000007974 #28	KIF5A (ENSPPRG00000011745) #27	DCTN2 (ENSPPRG00000015041) #29	MBD6 (ENSPPRG00000016575) #30	DDIT3 (ENSPPRG00000019481) #31	MARS1 (ENSPPRG00000023243) #32	ARHGAP9 (ENSPPRG00000004267) #33	GLI1 (ENSPPRG00000005668) #34	INHBE (ENSPPRG00000006149) #35	INHBC (ENSPPRG00000006339) #36
lion	MODERN SPECIES	7	TAFA2 (ENSPLOG00000008909)	SLC16A7 (ENSPLOG00000008868)	LRIG3 (ENSPLOG00000008745)	ATP23 (ENSPLOG00000008681)	CTDSP2 (ENSPLOG00000008613)	AVIL (ENSPLOG00000008566)	TSFM (ENSPLOG00000008446)	EEF1AKMT3 (ENSPLOG00000008400)	METTL1 (ENSPLOG00000008356)	CYP27B1 (ENSPLOG00000008308)	MARCHF9 (ENSPLOG00000008278)	CDK4 (ENSPLOG00000008199)	TSPAN31 (ENSPLOG00000008114)	AGAP2 (ENSPLOG00000007859)	OS9 (ENSPLOG00000007742)	B4GALNT1 (ENSPLOG00000007584) #22	ENSPLOG00000007537	ENSPLOG00000007489 #23	ENSPLOG00000007432 #23	ARHGEF25 (ENSPLOG00000007298) #24	DTX3 (ENSPLOG00000007230) #25	PIP4K2C (ENSPLOG00000007188) #26	KIF5A (ENSPLOG00000006976) #27	DCTN2 (ENSPLOG00000006877) #29	MBD6 (ENSPLOG00000006805) #30	ENSPLOG00000006782	DDIT3 (ENSPLOG00000006761) #31	MARS1 (ENSPLOG00000006701) #32	ARHGAP9 (ENSPLOG00000006465) #33	GLI1 (ENSPLOG00000006294) #34	INHBE (ENSPLOG00000006258) #35
Tiger	MODERN SPECIES	49	TAFA2 (ENSPTIG00000012544)	SLC16A7 (ENSPTIG00000009030)	LRIG3 (ENSPTIG00000003117)	ATP23 (ENSPTIG00000019889)	CTDSP2 (ENSPTIG00000018749)	AVIL (ENSPTIG00000018340)	TSFM (ENSPTIG00000015290)	EEF1AKMT3 (ENSPTIG00000013367)	METTL1 (ENSPTIG00000012709)	CYP27B1 (ENSPTIG00000012402)	MARCHF9 (ENSPTIG00000012228)	CDK4 (ENSPTIG00000010434)	TSPAN31 (ENSPTIG00000008745)	AGAP2 (ENSPTIG00000006997)	OS9 (ENSPTIG00000012339)	B4GALNT1 (ENSPTIG00000010142) #22	ARHGEF25 (ENSPTIG00000000381) #24	DTX3 (ENSPTIG00000019850) #25	PIP4K2C (ENSPTIG00000017041) #26	ENSPTIG00000016848 #28	KIF5A (ENSPTIG00000013721) #27	DCTN2 (ENSPTIG00000010316) #29	MBD6 (ENSPTIG00000009087) #30	DDIT3 (ENSPTIG00000008446) #31	MARS1 (ENSPTIG00000006721) #32	ARHGAP9 (ENSPTIG00000021066) #33	GLI1 (ENSPTIG00000020218) #34	INHBE (ENSPTIG00000019611) #35	INHBC (ENSPTIG00000019195) #36
Cat	MODERN SPECIES	238	LRIG3 (ENSFCAG00000006634)	ATP23 (ENSFCAG00000030243)	CTDSP2 (ENSFCAG00000026269)	AVIL (ENSFCAG00000014708)	TSFM (ENSFCAG00000023794)	EEF1AKMT3 (ENSFCAG00000032966)	METTL1 (ENSFCAG00000032363)	CYP27B1 (ENSFCAG00000014701)	MARCHF9 (ENSFCAG00000045499)	CDK4 (ENSFCAG00000029663)	TSPAN31 (ENSFCAG00000026400)	AGAP2 (ENSFCAG00000014695)	OS9 (ENSFCAG00000014691)	SLC26A10 (ENSFCAG00000030779) #23	ARHGEF25 (ENSFCAG00000002089) #24	B4GALNT1 (ENSFCAG00000002090) #22	DTX3 (ENSFCAG00000002088) #25	PIP4K2C (ENSFCAG00000030052) #26	KIF5A (ENSFCAG00000002087) #27	DCTN2 (ENSFCAG00000002086) #29	MBD6 (ENSFCAG00000030572) #30	ENSFCAG00000052285	DDIT3 (ENSFCAG00000002084) #31	MARS1 (ENSFCAG00000002083) #32	ARHGAP9 (ENSFCAG00000002082) #33	GLI1 (ENSFCAG00000002081) #34	INHBE (ENSFCAG00000003217) #35	INHBC (ENSFCAG00000032733) #36	R3HDM2 (ENSFCAG00000000192) #37	STAC3 (ENSFCAG00000000190)	NDUFA4L2 (ENSFCAG00000000189)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	1	ENSRFEG00010000681	SLC16A7 (ENSRFEG00010000654)	LRIG3 (ENSRFEG00010000572)	ATP23 (ENSRFEG00010000518)	CTDSP2 (ENSRFEG00010000437)	AVIL (ENSRFEG00010017502)	TSFM (ENSRFEG00010017349)	EEF1AKMT3 (ENSRFEG00010017275)	METTL1 (ENSRFEG00010017174)	CYP27B1 (ENSRFEG00010017027)	MARCHF9 (ENSRFEG00010016968)	CDK4 (ENSRFEG00010016927)	TSPAN31 (ENSRFEG00010016812)	AGAP2 (ENSRFEG00010016731)	OS9 (ENSRFEG00010016224)	B4GALNT1 (ENSRFEG00010016048) #22	ENSRFEG00010016009 #23	ARHGEF25 (ENSRFEG00010015714) #24	DTX3 (ENSRFEG00010015618) #25	PIP4K2C (ENSRFEG00010015482) #26	KIF5A (ENSRFEG00010014988) #27	DCTN2 (ENSRFEG00010014458) #29	MBD6 (ENSRFEG00010014397) #30	DDIT3 (ENSRFEG00010014315) #31	MARS1 (ENSRFEG00010014176) #32	ARHGAP9 (ENSRFEG00010014003) #33	GLI1 (ENSRFEG00010013635) #34	INHBE (ENSRFEG00010013569) #35	INHBC (ENSRFEG00010013503) #36	R3HDM2 (ENSRFEG00010013259) #37	STAC3 (ENSRFEG00010013129)
Microbat	MODERN SPECIES	1056	LRIG3 (ENSMLUG00000005327)	ENSMLUG00000024528	ENSMLUG00000028028	ATP23 (ENSMLUG00000014488)	CTDSP2 (ENSMLUG00000005963)	AVIL (ENSMLUG00000005946)	TSFM (ENSMLUG00000005940)	EEF1AKMT3 (ENSMLUG00000005939)	METTL1 (ENSMLUG00000005935)	CYP27B1 (ENSMLUG00000005927)	MARCHF9 (ENSMLUG00000005921)	ENSMLUG00000023651	TSPAN31 (ENSMLUG00000005915)	AGAP2 (ENSMLUG00000008775)	OS9 (ENSMLUG00000005905)	B4GALNT1 (ENSMLUG00000002578) #22	ENSMLUG00000030169 #23	ARHGEF25 (ENSMLUG00000001115) #24	DTX3 (ENSMLUG00000001110) #25	PIP4K2C (ENSMLUG00000001102) #26	KIF5A (ENSMLUG00000001079) #27	DCTN2 (ENSMLUG00000001065) #29	DDIT3 (ENSMLUG00000001055) #31	MARS1 (ENSMLUG00000001037) #32	ARHGAP9 (ENSMLUG00000001022) #33	GLI1 (ENSMLUG00000001013) #34	INHBE (ENSMLUG00000001009) #35	INHBC (ENSMLUG00000001006) #36	R3HDM2 (ENSMLUG00000004980) #37	STAC3 (ENSMLUG00000004969)	NDUFA4L2 (ENSMLUG00000004963)
Megabat	MODERN SPECIES	2431					CTDSP2 (ENSPVAG00000012144)	AVIL (ENSPVAG00000012143)	TSFM (ENSPVAG00000012141)	EEF1AKMT3 (ENSPVAG00000012137)	METTL1 (ENSPVAG00000012136)	CYP27B1 (ENSPVAG00000012133)	MARCHF9 (ENSPVAG00000012132)	CDK4 (ENSPVAG00000012131)	TSPAN31 (ENSPVAG00000012129)	AGAP2 (ENSPVAG00000012128)	OS9 (ENSPVAG00000012127)	B4GALNT1 (ENSPVAG00000012126) #22	ARHGEF25 (ENSPVAG00000012125) #24	DTX3 (ENSPVAG00000012124) #25	PIP4K2C (ENSPVAG00000012123) #26	KIF5A (ENSPVAG00000012121) #27	DCTN2 (ENSPVAG00000012120) #29	MBD6 (ENSPVAG00000012115) #30	DDIT3 (ENSPVAG00000012114) #31	MARS1 (ENSPVAG00000012112) #32	ARHGAP9 (ENSPVAG00000012110) #33	GLI1 (ENSPVAG00000012109) #34	INHBE (ENSPVAG00000012108) #35	INHBC (ENSPVAG00000012107) #36
Equus	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00910000147433	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Horse	MODERN SPECIES	27	ENSECAG00000052567	SLC16A7 (ENSECAG00000021778)	LRIG3 (ENSECAG00000020312)	ATP23 (ENSECAG00000019876)	CTDSP2 (ENSECAG00000018788)	AVIL (ENSECAG00000013528)	METTL1 (ENSECAG00000009016)	TSFM (ENSECAG00000010520)	CYP27B1 (ENSECAG00000025143)	MARCHF9 (ENSECAG00000025138)	CDK4 (ENSECAG00000025015)	TSPAN31 (ENSECAG00000024982)	ENSECAG00000057561	AGAP2 (ENSECAG00000023952)	OS9 (ENSECAG00000022388)	B4GALNT1 (ENSECAG00000021591) #22	ENSECAG00000038087	SLC26A10 (ENSECAG00000019756) #23	ARHGEF25 (ENSECAG00000017139) #24	DTX3 (ENSECAG00000015476) #25	PIP4K2C (ENSECAG00000013449) #26	KIF5A (ENSECAG00000006866) #27	DCTN2 (ENSECAG00000022334) #29	MBD6 (ENSECAG00000021290) #30	DDIT3 (ENSECAG00000020535) #31	MARS1 (ENSECAG00000015175) #32	ARHGAP9 (ENSECAG00000011864) #33	GLI1 (ENSECAG00000011246) #34	INHBC (ENSECAG00000010945) #36	R3HDM2 (ENSECAG00000003157) #37	STAC3 (ENSECAG00000023923)
Donkey	MODERN SPECIES	14	TAFA2 (ENSEASG00005007475)	SLC16A7 (ENSEASG00005007473)	LRIG3 (ENSEASG00005007461)	ATP23 (ENSEASG00005033798)	CTDSP2 (ENSEASG00005007450)	AVIL (ENSEASG00005007334)	TSFM (ENSEASG00005007292)	EEF1AKMT3 (ENSEASG00005025309)	METTL1 (ENSEASG00005007286)	CYP27B1 (ENSEASG00005007282)	MARCHF9 (ENSEASG00005032907)	CDK4 (ENSEASG00005007275)	TSPAN31 (ENSEASG00005033639)	AGAP2 (ENSEASG00005007244)	OS9 (ENSEASG00005007240)	B4GALNT1 (ENSEASG00005007237) #22	ENSEASG00005033455 #23	ARHGEF25 (ENSEASG00005007226) #24	DTX3 (ENSEASG00005007224) #25	PIP4K2C (ENSEASG00005007222) #26	KIF5A (ENSEASG00005007219) #27	ENSEASG00005034175 #28	DCTN2 (ENSEASG00005007217) #29	MBD6 (ENSEASG00005007215) #30	DDIT3 (ENSEASG00005007212) #31	MARS1 (ENSEASG00005007208) #32	ARHGAP9 (ENSEASG00005007170) #33	GLI1 (ENSEASG00005007134) #34	INHBE (ENSEASG00005032749) #35	INHBC (ENSEASG00005032719) #36	R3HDM2 (ENSEASG00005007091) #37
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.a #22
Common shrew	MODERN SPECIES	2405																B4GALNT1 (ENSSARG00000010566) #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	3226																B4GALNT1 (ENSEEUG00000003295) #22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.f	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154932.A	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.f	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154932.A	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.f	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Elephant	MODERN SPECIES	196	SLC16A7 (ENSLAFG00000016480)	LRIG3 (ENSLAFG00000000035)	ATP23 (ENSLAFG00000002691)	CTDSP2 (ENSLAFG00000010800)	AVIL (ENSLAFG00000010796)	TSFM (ENSLAFG00000015177)	EEF1AKMT3 (ENSLAFG00000023076)	METTL1 (ENSLAFG00000010794)	CYP27B1 (ENSLAFG00000010789)	MARCHF9 (ENSLAFG00000010786)	CDK4 (ENSLAFG00000010784)	TSPAN31 (ENSLAFG00000025821)	AGAP2 (ENSLAFG00000009533)	OS9 (ENSLAFG00000013727)	ENSLAFG00000020871	B4GALNT1 (ENSLAFG00000023052) #22	ENSLAFG00000031829 #23	ENSLAFG00000027341 #23	ARHGEF25 (ENSLAFG00000013560) #24	DTX3 (ENSLAFG00000032565) #25	PIP4K2C (ENSLAFG00000015355) #26	KIF5A (ENSLAFG00000013547) #27	DCTN2 (ENSLAFG00000013538) #29	MBD6 (ENSLAFG00000013528) #30	DDIT3 (ENSLAFG00000030970) #31	MARS1 (ENSLAFG00000013525) #32	ARHGAP9 (ENSLAFG00000013515) #33	GLI1 (ENSLAFG00000022910) #34	INHBE (ENSLAFG00000007955) #35	INHBC (ENSLAFG00000007954) #36	R3HDM2 (ENSLAFG00000006510) #37
Hyrax	MODERN SPECIES	2542																B4GALNT1 (ENSPCAG00000016886) #22	ARHGEF25 (ENSPCAG00000016847) #24
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	111					ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840.f	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	4270					CTDSP2 (ENSDNOG00000012803)	AVIL (ENSDNOG00000014284)	TSFM (ENSDNOG00000049415)	EEF1AKMT3 (ENSDNOG00000017736)	METTL1 (ENSDNOG00000042518)	CYP27B1 (ENSDNOG00000036581)	MARCHF9 (ENSDNOG00000014256)	ENSDNOG00000014245	TSPAN31 (ENSDNOG00000039295)	AGAP2 (ENSDNOG00000009226)	OS9 (ENSDNOG00000014214)	ENSDNOG00000043472 #22	ENSDNOG00000046438 #23	ARHGEF25 (ENSDNOG00000012033) #24	KIF5A (ENSDNOG00000017509) #27	DCTN2 (ENSDNOG00000017506) #29	MBD6 (ENSDNOG00000038234) #30	DDIT3 (ENSDNOG00000017504) #31	MARS1 (ENSDNOG00000017502) #32	ARHGAP9 (ENSDNOG00000017510) #33	GLI1 (ENSDNOG00000017512) #34	INHBE (ENSDNOG00000046385) #35	INHBC (ENSDNOG00000039649) #36
Armadillo	MODERN SPECIES	230																ENSDNOG00000042670 #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000157098	ENSGT00390000010948	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351.u	ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00860000136110 #28	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT01010000223049	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000162107 #35	ENSGT00940000160065 #36
Common wonbat	MODERN SPECIES	682	LRIG3 (ENSVURG00010022871)	ENSVURG00010022884	ENSVURG00010022887	ATP23 (ENSVURG00010022889)	CTDSP2 (ENSVURG00010022893)	AVIL (ENSVURG00010022900)	TSFM (ENSVURG00010022905)	EEF1AKMT3 (ENSVURG00010022913)	METTL1 (ENSVURG00010022917)	CYP27B1 (ENSVURG00010022922)	MARCHF9 (ENSVURG00010022931)	CDK4 (ENSVURG00010022937)	ENSVURG00010022945	AGAP2 (ENSVURG00010022956)	OS9 (ENSVURG00010022976)	B4GALNT1 (ENSVURG00010022992) #22	ENSVURG00010023000 #23	ARHGEF25 (ENSVURG00010023020) #24	DTX3 (ENSVURG00010023053) #25	PIP4K2C (ENSVURG00010023060) #26	KIF5A (ENSVURG00010023077) #27	ENSVURG00010023090 #28	DCTN2 (ENSVURG00010023094) #29	MBD6 (ENSVURG00010023098) #30	DDIT3 (ENSVURG00010023101) #31	MARS1 (ENSVURG00010023107) #32	ARHGAP9 (ENSVURG00010023126) #33	GLI1 (ENSVURG00010023170) #34	INHBE (ENSVURG00010023172) #35	INHBC (ENSVURG00010023176) #36	R3HDM2 (ENSVURG00010023179) #37
koala	MODERN SPECIES	37	SLC16A7 (ENSPCIG00000016092)	LRIG3 (ENSPCIG00000027382)	ENSPCIG00000031980	ATP23 (ENSPCIG00000022436)	CTDSP2 (ENSPCIG00000022438)	AVIL (ENSPCIG00000022522)	ENSPCIG00000023619	EEF1AKMT3 (ENSPCIG00000023625)	METTL1 (ENSPCIG00000035859)	CYP27B1 (ENSPCIG00000023634)	MARCHF9 (ENSPCIG00000023638)	CDK4 (ENSPCIG00000023641)	ENSPCIG00000023650	AGAP2 (ENSPCIG00000023660)	OS9 (ENSPCIG00000023673)	B4GALNT1 (ENSPCIG00000023684) #22	ENSPCIG00000023690 #23	ARHGEF25 (ENSPCIG00000023702) #24	DTX3 (ENSPCIG00000023715) #25	PIP4K2C (ENSPCIG00000023719) #26	ENSPCIG00000023748 #28	KIF5A (ENSPCIG00000023724) #27	DCTN2 (ENSPCIG00000023750) #29	MBD6 (ENSPCIG00000035072) #30	ENSPCIG00000033705	DDIT3 (ENSPCIG00000023760) #31	MARS1 (ENSPCIG00000023765) #32	ARHGAP9 (ENSPCIG00000023775) #33	GLI1 (ENSPCIG00000023779) #34	INHBE (ENSPCIG00000036293) #35	INHBC (ENSPCIG00000023792) #36
Wallaby	MODERN SPECIES	4139																B4GALNT1 (ENSMEUG00000009877) #22	ARHGEF25 (ENSMEUG00000009855) #24
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	4	PPM1H (ENSSHAG00000027098)	MON2 (ENSSHAG00000013976)	USP15 (ENSSHAG00000012933)	SLC16A7 (ENSSHAG00000006917)	LRIG3 (ENSSHAG00000005557)	ATP23 (ENSSHAG00000010882)	AVIL (ENSSHAG00000009744)	CTDSP2 (ENSSHAG00000009948)	TSFM (ENSSHAG00000009664)	EEF1AKMT3 (ENSSHAG00000032211)	MARCHF9 (ENSSHAG00000028869)	CYP27B1 (ENSSHAG00000009490)	CDK4 (ENSSHAG00000009373)	AGAP2 (ENSSHAG00000009154)	OS9 (ENSSHAG00000008926)	B4GALNT1 (ENSSHAG00000008335) #22	ENSSHAG00000024394 #23	DTX3 (ENSSHAG00000022339) #25	ARHGEF25 (ENSSHAG00000025480) #24	KIF5A (ENSSHAG00000007673) #27	PIP4K2C (ENSSHAG00000027181) #26	DCTN2 (ENSSHAG00000027705) #29	MBD6 (ENSSHAG00000007377) #30	DDIT3 (ENSSHAG00000025845) #31	MARS1 (ENSSHAG00000007182) #32	ENSSHAG00000006839 #33	GLI1 (ENSSHAG00000006652) #34	INHBE (ENSSHAG00000006556) #35	INHBC (ENSSHAG00000006461) #36	R3HDM2 (ENSSHAG00000003511) #37	STAC3 (ENSSHAG00000021481)
Opossum	MODERN SPECIES	375							ENSMODG00000021354	CTDSP2 (ENSMODG00000021353)	AVIL (ENSMODG00000021352)	TSFM (ENSMODG00000050806)	EEF1AKMT3 (ENSMODG00000021350)	METTL1 (ENSMODG00000021349)	CYP27B1 (ENSMODG00000021348)	MARCHF9 (ENSMODG00000021347)	OS9 (ENSMODG00000021346)	ENSMODG00000021345 #22
Platypus	MODERN SPECIES	1							CTDSP2 (ENSOANG00000002186)	TSFM (ENSOANG00000036302)	ENSOANG00000040518	ENSOANG00000044441	CYP27B1 (ENSOANG00000039294)	MARCHF9 (ENSOANG00000038668)	TSPAN31 (ENSOANG00000042464)	AGAP2 (ENSOANG00000038152)	ENSOANG00000030032	B4GALNT1 (ENSOANG00000043004) #22	ENSOANG00000037226 #24	DTX3 (ENSOANG00000040876) #25	PIP4K2C (ENSOANG00000039694) #26	KIF5A (ENSOANG00000046887) #27	DCTN2 (ENSOANG00000037321) #29	ENSOANG00000046641 #31	MARS1 (ENSOANG00000013318) #32	ARHGAP9 (ENSOANG00000030220) #33	INHBE (ENSOANG00000043557) #35	ENSOANG00000039683 #36	STAC3 (ENSOANG00000038086)	NDUFA4L2 (ENSOANG00000044477)	SHMT2 (ENSOANG00000047243)	ENSOANG00000051029	ENSOANG00000040423
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155330	ENSGT00940000162804	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002.h	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	104														ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159609	ENSGT01090000259987.a.a.b	ENSGT00940000156458	ENSGT00940000164283.a	ENSGT00390000012629	ENSGT00390000014753.r	ENSGT00390000004990	ENSGT00390000008783	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a	ENSGT00940000159366	ENSGT00940000155440.d	ENSGT00940000155489.b	ENSGT00940000155224	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158240	ENSGT00940000159609	ENSGT01090000259987.a.a.b	ENSGT00940000156458	ENSGT00940000164283.a	ENSGT00390000012629	ENSGT00390000014753.r	ENSGT00390000004990	ENSGT00390000008783	ENSGT00940000159366	ENSGT00940000155440.d	ENSGT00940000155489.b	ENSGT00940000155224	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Common wall lizard	MODERN SPECIES	10	DDX23 (ENSPMRG00000020281)	RND1 (ENSPMRG00000020270)	CCDC65 (ENSPMRG00000020261)	FKBP11 (ENSPMRG00000020247)	ARF3 (ENSPMRG00000020239)	WNT10B (ENSPMRG00000020233)	WNT1 (ENSPMRG00000020219)	ENSPMRG00000020212	PRKAG1 (ENSPMRG00000020195)	INPP1 (ENSPMRG00000020184)	ESYT1 (ENSPMRG00000020150)	ENSPMRG00000020131	ENSPMRG00000020127	SMARCC2 (ENSPMRG00000020055)	OS9 (ENSPMRG00000019992)	B4GALNT1 (ENSPMRG00000019981) #22	ENSPMRG00000019968 #23	ENSPMRG00000019962	ARHGEF25 (ENSPMRG00000019904) #24	ENSPMRG00000019874 #25	PIP4K2C (ENSPMRG00000019865) #26	KIF5A (ENSPMRG00000018753) #27	DCTN2 (ENSPMRG00000018524) #29	ENSPMRG00000018509 #30	DDIT3 (ENSPMRG00000018502) #31	MARS1 (ENSPMRG00000018468) #32	ARHGAP9 (ENSPMRG00000018426) #33	GLI1 (ENSPMRG00000010260) #34	INHBC (ENSPMRG00000010255) #36	ENSPMRG00000010254	R3HDM2 (ENSPMRG00000010247) #37
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	18	CSAD (ENSSMRG00000002201)	ZNF740 (ENSSMRG00000002194)	ITGB7 (ENSSMRG00000002176)	RARG (ENSSMRG00000002154)	ENSSMRG00000001983	MFSD5 (ENSSMRG00000001981)	ENSSMRG00000001973	ESPL1 (ENSSMRG00000001962)	PFDN5 (ENSSMRG00000001953)	ASB8 (ENSSMRG00000001946)	PFKM (ENSSMRG00000001905)	SENP1 (ENSSMRG00000001872)	COL2A1 (ENSSMRG00000001804)	ENSSMRG00000001792	OS9 (ENSSMRG00000001755)	B4GALNT1 (ENSSMRG00000001732) #22	ENSSMRG00000001712 #23	ENSSMRG00000001696	ENSSMRG00000001676	PPP1R1A (ENSSMRG00000001667)	PDE1B (ENSSMRG00000001644)	NCKAP1L (ENSSMRG00000001592)	ENSSMRG00000001577	GTSF1 (ENSSMRG00000001559)	ITGA5 (ENSSMRG00000001507)	ENSSMRG00000001483	KRT18 (ENSSMRG00000001466)	EIF4B (ENSSMRG00000001408)	TNS2 (ENSSMRG00000001372)	SPRYD3 (ENSSMRG00000001349)	ENSSMRG00000001346
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000159609	ENSGT01090000259987.a.a.b	ENSGT00940000156458	ENSGT00940000164283.a	ENSGT00390000012629	ENSGT00390000014753.r	ENSGT00390000004990	ENSGT00390000008783	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a	ENSGT00940000159366	ENSGT00940000155440.d	ENSGT00940000155489.b	ENSGT00940000155224	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159609	ENSGT01090000259987.a.a.b	ENSGT00940000156458	ENSGT00940000164283.a	ENSGT00390000012629	ENSGT00390000014753.r	ENSGT00390000004990	ENSGT00390000008783	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a	ENSGT00940000159366	ENSGT00940000155440.d	ENSGT00940000155489.b	ENSGT00940000155224	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Indian cobra	MODERN SPECIES	1	ZNF740 (ENSNNAG00000012769)	ENSNNAG00000012787	ITGB7 (ENSNNAG00000012842)	RARG (ENSNNAG00000013271)	ENSNNAG00000013367	MFSD5 (ENSNNAG00000013387)	ENSNNAG00000013396	ESPL1 (ENSNNAG00000013445)	PFDN5 (ENSNNAG00000014091)	ENSNNAG00000014104	ASB8 (ENSNNAG00000014114)	PFKM (ENSNNAG00000014133)	SENP1 (ENSNNAG00000014251)	ENSNNAG00000014309	OS9 (ENSNNAG00000014355)	B4GALNT1 (ENSNNAG00000014413) #22	ENSNNAG00000014465 #23	ENSNNAG00000014505	ENSNNAG00000014520	DTX3 (ENSNNAG00000014602) #25	ENSNNAG00000014643	PIP4K2C (ENSNNAG00000014676) #26	KIF5A (ENSNNAG00000014877) #27	ENSNNAG00000015035	DCTN2 (ENSNNAG00000015047) #29	DDIT3 (ENSNNAG00000015147) #31	MARS1 (ENSNNAG00000015237) #32	ENSNNAG00000016089	ARHGAP9 (ENSNNAG00000016105) #33	GLI1 (ENSNNAG00000016236) #34	INHBC (ENSNNAG00000016266) #36
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00940000158240	ENSGT00940000159609	ENSGT01090000259987.a.a.b	ENSGT00940000156458	ENSGT00940000164283.a	ENSGT00390000012629	ENSGT00390000014753.r	ENSGT00390000004990	ENSGT00390000008783	ENSGT00940000159366	ENSGT00940000155440.d	ENSGT00940000155489.b	ENSGT00940000155224	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00950000183081.a.a.b	ENSGT00940000158240	ENSGT00940000159609	ENSGT01090000259987.a.a.b	ENSGT00940000156458	ENSGT00940000164283.a	ENSGT00390000012629	ENSGT00390000014753.r	ENSGT00390000004990	ENSGT00390000008783	ENSGT00940000159366	ENSGT00940000155440.d	ENSGT00940000155489.b	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	57	CSAD (ENSNSUG00000007166)	ZNF740 (ENSNSUG00000007164)	RARG (ENSNSUG00000007160)	ENSNSUG00000007104	MFSD5 (ENSNSUG00000007103)	ENSNSUG00000007101	ESPL1 (ENSNSUG00000007097)	PFDN5 (ENSNSUG00000007096)	ASB8 (ENSNSUG00000007095)	PFKM (ENSNSUG00000007094)	ENSNSUG00000007093	SENP1 (ENSNSUG00000007092)	ENSNSUG00000007091	ENSNSUG00000007089	OS9 (ENSNSUG00000007088)	B4GALNT1 (ENSNSUG00000007087) #22	ENSNSUG00000007086 #23	ENSNSUG00000007085	ENSNSUG00000007084	DTX3 (ENSNSUG00000007083) #25	PIP4K2C (ENSNSUG00000007082) #26	KIF5A (ENSNSUG00000007076) #27	DCTN2 (ENSNSUG00000007073) #29	DDIT3 (ENSNSUG00000007070) #31	MARS1 (ENSNSUG00000006234) #32	ENSNSUG00000006230 #33	GLI1 (ENSNSUG00000006220) #34	INHBC (ENSNSUG00000006217) #36	R3HDM2 (ENSNSUG00000005716) #37	STAC3 (ENSNSUG00000005713)	SHMT2 (ENSNSUG00000005712)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	63	CSAD (ENSPTXG00000010698)	ZNF740 (ENSPTXG00000010700)	ITGB7 (ENSPTXG00000010702)	RARG (ENSPTXG00000010704)	ENSPTXG00000010708	MFSD5 (ENSPTXG00000010710)	ENSPTXG00000010711	ESPL1 (ENSPTXG00000010713)	PFDN5 (ENSPTXG00000010715)	ENSPTXG00000010717	ASB8 (ENSPTXG00000010718)	PFKM (ENSPTXG00000010719)	SENP1 (ENSPTXG00000010720)	ENSPTXG00000010721	OS9 (ENSPTXG00000010722)	B4GALNT1 (ENSPTXG00000008991) #22	ENSPTXG00000008994 #23	ENSPTXG00000008996	ARHGEF25 (ENSPTXG00000008999) #24	DTX3 (ENSPTXG00000009002) #25	PIP4K2C (ENSPTXG00000009003) #26	KIF5A (ENSPTXG00000009008) #27	ENSPTXG00000009013	DCTN2 (ENSPTXG00000009015) #29	MBD6 (ENSPTXG00000009017) #30	DDIT3 (ENSPTXG00000009018) #31	MARS1 (ENSPTXG00000009019) #32	ARHGAP9 (ENSPTXG00000009030) #33	GLI1 (ENSPTXG00000009060) #34	INHBC (ENSPTXG00000009062) #36	R3HDM2 (ENSPTXG00000009064) #37
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	9610																ENSLLTG00000009360 #22
Lizard	MODERN SPECIES	1683																ENSACAG00000007194 #22
tuatara	MODERN SPECIES	614																B4GALNT1 (ENSSPUG00000008071) #22	ENSSPUG00000008061 #23	ENSSPUG00000008055	ARHGEF25 (ENSSPUG00000008043) #24	DTX3 (ENSSPUG00000008028) #25	PIP4K2C (ENSSPUG00000008017) #26	KIF5A (ENSSPUG00000007870) #27	DCTN2 (ENSSPUG00000007835) #29	MBD6 (ENSSPUG00000007819) #30	DDIT3 (ENSSPUG00000007816) #31	MARS1 (ENSSPUG00000007756) #32	ARHGAP9 (ENSSPUG00000007724) #33	GLI1 (ENSSPUG00000007709) #34	INHBC (ENSSPUG00000007704) #36
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000155330	ENSGT00940000162804	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002.h	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00980000200282	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155330	ENSGT00940000162804	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002.h	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000155330	ENSGT00940000162804	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297.b	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002.h	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000155330	ENSGT00940000162804	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297.b	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002.h	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00950000185610	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00980000200282	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427.e #29	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32
painted turtle	MODERN SPECIES	2396	SLC11A2 (ENSCPBG00000018154)	HIGD1C (ENSCPBG00000018153)	CTDSP2 (ENSCPBG00000018151)	AVIL (ENSCPBG00000018149)	TSFM (ENSCPBG00000018147)	ENSCPBG00000018146	ENSCPBG00000018145	METTL1 (ENSCPBG00000018143)	CYP27B1 (ENSCPBG00000018042)	CDK4 (ENSCPBG00000018041)	TSPAN31 (ENSCPBG00000018040)	AGAP2 (ENSCPBG00000018031)	ENSCPBG00000018030	ENSCPBG00000018028	OS9 (ENSCPBG00000018025)	B4GALNT1 (ENSCPBG00000018024) #22	ENSCPBG00000018022	ENSCPBG00000018021 #23	ENSCPBG00000018019	ENSCPBG00000018016	DTX3 (ENSCPBG00000018015) #25	PIP4K2C (ENSCPBG00000018014) #26	ENSCPBG00000018013	KIF5A (ENSCPBG00000017549) #27	DCTN2 (ENSCPBG00000017513) #29	DDIT3 (ENSCPBG00000017509) #31	MARS1 (ENSCPBG00000017136) #32	ESYT2 (ENSCPBG00000017111)	VIPR2 (ENSCPBG00000017106)	ZMYND11 (ENSCPBG00000017099)	DIP2C (ENSCPBG00000017077)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	2455																B4GALNT1 (ENSTMTG00000016318) #22	ENSTMTG00000016305	ENSTMTG00000016295 #23
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155330	ENSGT00940000162804	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00940000159587	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297.b	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002.h	ENSGT00940000164002.g	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00980000200282	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2749													ENSCABG00000014421	ENSCABG00000014425	OS9 (ENSCABG00000014428)	B4GALNT1 (ENSCABG00000014434) #22	ENSCABG00000014442 #23	ENSCABG00000014444	ENSCABG00000014445	DTX3 (ENSCABG00000014449) #25	PIP4K2C (ENSCABG00000014460) #26	KIF5A (ENSCABG00000014465) #27	DCTN2 (ENSCABG00000014482) #29	ENSCABG00000014488 #30	DDIT3 (ENSCABG00000014490) #31	MARS1 (ENSCABG00000014493) #32	ENSCABG00000014499 #33	GLI1 (ENSCABG00000014503) #34	ENSCABG00000014511 #36	ENSCABG00000014513 #36	ENSCABG00000014514
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	17	HIGD1C (ENSGEVG00005017098)	CTDSP2 (ENSGEVG00005017153)	AVIL (ENSGEVG00005017229)	TSFM (ENSGEVG00005017507)	EEF1AKMT3 (ENSGEVG00005017521)	METTL1 (ENSGEVG00005017542)	CYP27B1 (ENSGEVG00005017588)	MARCHF9 (ENSGEVG00005017849)	CDK4 (ENSGEVG00005017889)	TSPAN31 (ENSGEVG00005017908)	AGAP2 (ENSGEVG00005017968)	ENSGEVG00005018225	ENSGEVG00005018249	ENSGEVG00005018277	OS9 (ENSGEVG00005018309)	B4GALNT1 (ENSGEVG00005018345) #22	ENSGEVG00005018419 #23	ENSGEVG00005018451	ENSGEVG00005018469	DTX3 (ENSGEVG00005018503) #25	PIP4K2C (ENSGEVG00005018526) #26	KIF5A (ENSGEVG00005018593) #27	ENSGEVG00005018773	DCTN2 (ENSGEVG00005018794) #29	DDIT3 (ENSGEVG00005018810) #31	MARS1 (ENSGEVG00005018830) #32	ARHGAP9 (ENSGEVG00005018870) #33	GLI1 (ENSGEVG00005018906) #34	ENSGEVG00005018929	ENSGEVG00005018942 #36	INHBC (ENSGEVG00005018957) #36
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000183072.b.a	ENSGT00950000183167.a.b.b.b	ENSGT00940000155330	ENSGT01040000240451.a.b.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00940000161297	ENSGT00390000017840	ENSGT00950000182905.a.a.b	ENSGT00940000158208	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002.h	ENSGT00530000063603.A	ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT01070000256145	ENSGT00950000182860.a.b.a #33
Aves	ANCESTRAL SPECIES	271															ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a #22
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	240															ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a #22
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	197															ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a #22
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	122														ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	120														ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	129														ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	136														ENSGT00940000158956	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22
Zebra finch	MODERN SPECIES	52														AGAP2 (ENSTGUG00000019988)	OS9 (ENSTGUG00000029230)	B4GALNT1 (ENSTGUG00000028363) #22	CSRNP2 (ENSTGUG00000025198)	MARS1 (ENSTGUG00000019982) #32	ENSTGUG00000020731	DCTN2 (ENSTGUG00000015204) #29	KIF5A (ENSTGUG00000025926) #27	ENSTGUG00000025151
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	159															ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a #22
Kakapo	MODERN SPECIES	15	SMAGP (ENSSHBG00005020396)	DAZAP2 (ENSSHBG00005020394)	POU6F1 (ENSSHBG00005020384)	TFCP2 (ENSSHBG00005020368)	CSRNP2 (ENSSHBG00005020358)	LETMD1 (ENSSHBG00005020353)	SLC11A2 (ENSSHBG00005020345)	TSFM (ENSSHBG00005020343)	ENSSHBG00005020342	METTL1 (ENSSHBG00005020338)	CYP27B1 (ENSSHBG00005020336)	ENSSHBG00005020284	ENSSHBG00005020270	ENSSHBG00005020264	ENSSHBG00005020257	B4GALNT1 (ENSSHBG00005020247) #22	PIP4K2C (ENSSHBG00005020243) #26	KIF5A (ENSSHBG00005020238) #27	DCTN2 (ENSSHBG00005020229) #29	MARS1 (ENSSHBG00005020180) #32	DDIT3 (ENSSHBG00005020168) #31	DTX3 (ENSSHBG00005020166) #25	ENSSHBG00005020162	ENSSHBG00005020123	ENSSHBG00005020106	ENSSHBG00005020097	ENSSHBG00005020089	ENSSHBG00005020080	DIP2B (ENSSHBG00005012919)	LARP4 (ENSSHBG00005010760)	LIMA1 (ENSSHBG00005010576)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	7	RAPGEF3 (ENSCPRG00005004445)	SLC48A1 (ENSCPRG00005004421)	ENSCPRG00005004417	HDAC7 (ENSCPRG00005004147)	TSFM (ENSCPRG00005004117)	EEF1AKMT3 (ENSCPRG00005004071)	METTL1 (ENSCPRG00005004047)	CYP27B1 (ENSCPRG00005004041)	MARCHF9 (ENSCPRG00005004036)	CDK4 (ENSCPRG00005004033)	TSPAN31 (ENSCPRG00005004031)	ENSCPRG00005004029	AGAP2 (ENSCPRG00005004018)	ENSCPRG00005004014	ENSCPRG00005004008	B4GALNT1 (ENSCPRG00005004004) #22	ENSCPRG00005003983	ENSCPRG00005003979	ENSCPRG00005003977	ENSCPRG00005003921	ENSCPRG00005003898	ENSCPRG00005003894	NAALADL1 (ENSCPRG00005003868)	ENSCPRG00005003856	ENSCPRG00005003850	ENSCPRG00005003846	ENSCPRG00005003843	ENSCPRG00005003840	ENSCPRG00005003835	ENSCPRG00005003825	RACGAP1 (ENSCPRG00005003815)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159286.b	ENSGT00940000160876	ENSGT00940000158061	ENSGT00940000156784	ENSGT00940000164745.c.a	ENSGT00390000016619.b	ENSGT00940000160712	ENSGT00940000161232	ENSGT00940000154770	ENSGT00940000160351	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000158956	ENSGT00940000164002.f	ENSGT00940000164002.e	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000156890.a.a #26	ENSGT00940000159439 #27	ENSGT00390000003427 #29	ENSGT00530000064137.a.a #30	ENSGT00390000006305 #31	ENSGT00550000075017 #32	ENSGT00950000182860.a.b.a #33	ENSGT00940000168625	ENSGT00940000160235 #34	ENSGT00940000160065 #36	ENSGT00940000155609 #37	ENSGT00950000183092.a
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	TSPAN31 (ENSLLEG00000001339)	ENSLLEG00000001284	ENSLLEG00000001260	AGAP2 (ENSLLEG00000001214)	ENSLLEG00000001197	ENSLLEG00000001187	ENSLLEG00000001163	ENSLLEG00000001149	ENSLLEG00000000938	ENSLLEG00000000891	ENSLLEG00000000824	ENSLLEG00000000808	ENSLLEG00000000797	ENSLLEG00000000776	OS9 (ENSLLEG00000000664)	B4GALNT1 (ENSLLEG00000000616) #22	ENSLLEG00000000477 #23	ENSLLEG00000017372	ENSLLEG00000017166	ARHGEF25 (ENSLLEG00000016837) #24	ENSLLEG00000016785	PIP4K2C (ENSLLEG00000015925) #26	KIF5A (ENSLLEG00000014569) #27	DCTN2 (ENSLLEG00000013757) #29	MBD6 (ENSLLEG00000013605) #30	DDIT3 (ENSLLEG00000013510) #31	MARS1 (ENSLLEG00000012759) #32	ARHGAP9 (ENSLLEG00000012249) #33	ENSLLEG00000012141	ENSLLEG00000012119	GLI1 (ENSLLEG00000012049) #34
Frog	MODERN SPECIES	2	ctdsp2 (ENSXETG00000009646)	avil (ENSXETG00000009647)	tsfm (ENSXETG00000009653)	eef1akmt3 (ENSXETG00000009654)	mettl1 (ENSXETG00000009655)	cyp27b1 (ENSXETG00000009657)	marchf9 (ENSXETG00000009658)	tspan31 (ENSXETG00000009659)	endoul2 (ENSXETG00000009660)	ENSXETG00000041435	agap2 (ENSXETG00000009661)	ENSXETG00000009666	ENSXETG00000038388	XB5871033 [provisional:c1galt1] (ENSXETG00000025171)	os9 (ENSXETG00000006216)	b4galnt1 (ENSXETG00000006222) #22	slc26a10 (ENSXETG00000006224) #23	sp5l (ENSXETG00000006226)	arhgef25 (ENSXETG00000036584)	dtx3 (ENSXETG00000011080) #25	pip4k2c (ENSXETG00000006229) #26	kif5a (ENSXETG00000006230) #27	dctn2 (ENSXETG00000006234) #29	mbd6 (ENSXETG00000006239) #30	ddit3 (ENSXETG00000006245) #31	mars1 (ENSXETG00000025174) #32	arhgap9 (ENSXETG00000017143) #33	ENSXETG00000041579	ENSXETG00000042678	gli1 (ENSXETG00000036606) #34	inhbc.1 (ENSXETG00000017149) #36
Coelacanth	DUPLICATION
Coelacanth	MODERN SPECIES	224	PTGES3 (ENSLACG00000018684)	BAZ2A (ENSLACG00000018672)	RBMS2 (ENSLACG00000018651)	ENSLACG00000018568	LRP1 (ENSLACG00000018537)	ENSLACG00000018513	ARHGEF25 (ENSLACG00000018484) #24	DCTN2 (ENSLACG00000018436) #29	KIF5A (ENSLACG00000018396) #27	PIP4K2C (ENSLACG00000018378) #26	DTX3 (ENSLACG00000018364) #25	ENSLACG00000018331 #23	AGAP2 (ENSLACG00000018271)	c1galt1la (ENSLACG00000018257)	os9 (ENSLACG00000018209)	ENSLACG00000018163 #22	ENSLACG00000018149 #22	AVIL (ENSLACG00000018130)	TSFM (ENSLACG00000018125)	EEF1AKMT3 (ENSLACG00000018122)	METTL1 (ENSLACG00000018096)	CYP27B1 (ENSLACG00000018065)	BCDIN3D (ENSLACG00000018048)	FAIM2 (ENSLACG00000018036)	ENSLACG00000018022	AQP2 (ENSLACG00000018002)	ENSLACG00000017980	RACGAP1 (ENSLACG00000017960)	ENSLACG00000017872	ENSLACG00000017824	ENSLACG00000017709
Coelacanth	MODERN SPECIES	224	BAZ2A (ENSLACG00000018672)	RBMS2 (ENSLACG00000018651)	ENSLACG00000018568	LRP1 (ENSLACG00000018537)	ENSLACG00000018513	ARHGEF25 (ENSLACG00000018484) #24	DCTN2 (ENSLACG00000018436) #29	KIF5A (ENSLACG00000018396) #27	PIP4K2C (ENSLACG00000018378) #26	DTX3 (ENSLACG00000018364) #25	ENSLACG00000018331 #23	AGAP2 (ENSLACG00000018271)	c1galt1la (ENSLACG00000018257)	os9 (ENSLACG00000018209)	ENSLACG00000018163 #22	ENSLACG00000018149 #22	AVIL (ENSLACG00000018130)	TSFM (ENSLACG00000018125)	EEF1AKMT3 (ENSLACG00000018122)	METTL1 (ENSLACG00000018096)	CYP27B1 (ENSLACG00000018065)	BCDIN3D (ENSLACG00000018048)	FAIM2 (ENSLACG00000018036)	ENSLACG00000018022	AQP2 (ENSLACG00000018002)	ENSLACG00000017980	RACGAP1 (ENSLACG00000017960)	ENSLACG00000017872	ENSLACG00000017824	ENSLACG00000017709	ENSLACG00000017672
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	265															ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b	ENSGT00940000157032	ENSGT00530000063734.b	ENSGT00950000183038.a.b.a	ENSGT00390000010523.d	ENSGT00540000073797	ENSGT00940000158313	ENSGT00940000158675	ENSGT00940000160528
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	95	ENSGT00390000011466	ENSGT00940000161404 #25	ENSGT00940000154578.A.d	ENSGT00940000158666	ENSGT00940000155606.b	ENSGT00950000182837.b.a	ENSGT00940000155687	ENSGT00390000010327	ENSGT00940000160845	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002	ENSGT00530000063603.A	ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422 #24	ENSGT00500000044852.b	ENSGT00940000157032	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	636															ENSGT01000000215164	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000160422.b #24
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	161	ENSGT00390000004990	ENSGT01090000259987.a.a.b.e	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000011390	ENSGT00940000153920.a.b.a	ENSGT00940000153556.A	ENSGT00940000158170	ENSGT00940000156315.e.a	ENSGT00940000165491	ENSGT00940000155864.b.d
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT01090000259987.a.a.b.e	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616	ENSGT01010000222866	ENSGT00440000033958
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01020000230389.a.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00950000183080.a.a.f	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01020000230389.a.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	295	ENSHCOG00000004165	RFT1 (ENSHCOG00000000111)	RFT1 (ENSHCOG00000004148)	prkcda (ENSHCOG00000004118)	ENSHCOG00000000108	ccdc174 (ENSHCOG00000004005)	tatdn2 (ENSHCOG00000003987)	ENSHCOG00000003978	ENSHCOG00000003969	vhl (ENSHCOG00000003935)	crbn (ENSHCOG00000003921)	pa2g4a (ENSHCOG00000003886)	ENSHCOG00000003869	ENSHCOG00000003862	os9 (ENSHCOG00000003854)	B4GALNT1 (ENSHCOG00000003835) #22	ENSHCOG00000003760	ENSHCOG00000003749	ACVR1B (ENSHCOG00000003728)	prkag1 (ENSHCOG00000003700)	rhebl1 (ENSHCOG00000003667)	IKZF4 (ENSHCOG00000003580)	rps26 (ENSHCOG00000003529)	fkbp11 (ENSHCOG00000003478)	arf3a (ENSHCOG00000003460)	ERBB3 (ENSHCOG00000003429)	stat2 (ENSHCOG00000003189)	gpr84 (ENSHCOG00000000091)	ZNF385A (ENSHCOG00000003171)	ENSHCOG00000021071	endou (ENSHCOG00000021058)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01020000230389.a.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000170714	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000167802	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000160422.b #24	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000167802	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000160422.b #24	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	676						tsfm (ENSAOCG00000007132)	endou (ENSAOCG00000007165)	NEUROD4 (ENSAOCG00000007182)	ZNF385A (ENSAOCG00000007207)	ENSAOCG00000007224	stat2 (ENSAOCG00000007256)	ENSAOCG00000007273	ENSAOCG00000007290	ENSAOCG00000007302	os9 (ENSAOCG00000007327)	B4GALNT1 (ENSAOCG00000007344) #22	ARHGEF25 (ENSAOCG00000007361) #24	ANKRD33 (ENSAOCG00000007404)	ACVR1B (ENSAOCG00000000402)	prkag1 (ENSAOCG00000007481)	rhebl1 (ENSAOCG00000007510)	IKZF4 (ENSAOCG00000007531)	rps26 (ENSAOCG00000007544)	fkbp11 (ENSAOCG00000007559)	arf3b (ENSAOCG00000007571)	ENSAOCG00000007588	ERBB3 (ENSAOCG00000007874)	pa2g4a (ENSAOCG00000007979)	crbn (ENSAOCG00000008011)	ENSAOCG00000008030	vhl (ENSAOCG00000008040)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	20	ENSAPEG00000015543	pfkmb (ENSAPEG00000015642)	C1QL4 (ENSAPEG00000015692)	SMARCC2 (ENSAPEG00000015705)	zgc:153867 (ENSAPEG00000015727)	tsfm (ENSAPEG00000015755)	endou (ENSAPEG00000015775)	NEUROD4 (ENSAPEG00000015853)	ZNF385A (ENSAPEG00000015869)	ENSAPEG00000015907	stat2 (ENSAPEG00000015922)	ENSAPEG00000015960	ENSAPEG00000015968	ENSAPEG00000015989	os9 (ENSAPEG00000015998)	B4GALNT1 (ENSAPEG00000016025) #22	ARHGEF25 (ENSAPEG00000016087) #24	ENSAPEG00000016103	ACVR1B (ENSAPEG00000016122)	prkag1 (ENSAPEG00000016162)	rhebl1 (ENSAPEG00000016212)	IKZF4 (ENSAPEG00000016223)	rps26 (ENSAPEG00000016251)	fkbp11 (ENSAPEG00000016274)	arf3b (ENSAPEG00000016302)	ERBB3 (ENSAPEG00000016343)	pa2g4a (ENSAPEG00000016538)	crbn (ENSAPEG00000016593)	ENSAPEG00000016641	vhl (ENSAPEG00000016667)	ENSAPEG00000016673
Spiny chromis	MODERN SPECIES	97					tsfm (ENSAPOG00000014844)	endou (ENSAPOG00000014908)	NEUROD4 (ENSAPOG00000014936)	ZNF385A (ENSAPOG00000014982)	ENSAPOG00000015012	ENSAPOG00000015028	stat2 (ENSAPOG00000015055)	ENSAPOG00000015062	ENSAPOG00000015082	ENSAPOG00000015108	os9 (ENSAPOG00000015195)	B4GALNT1 (ENSAPOG00000015203) #22	ENSAPOG00000015213	ANKRD33 (ENSAPOG00000015242)	ACVR1B (ENSAPOG00000015288)	prkag1 (ENSAPOG00000015304)	rhebl1 (ENSAPOG00000015316)	IKZF4 (ENSAPOG00000015335)	rps26 (ENSAPOG00000015371)	fkbp11 (ENSAPOG00000000431)	arf3b (ENSAPOG00000015419)	ENSAPOG00000015444	ERBB3 (ENSAPOG00000015464)	pa2g4a (ENSAPOG00000015521)	crbn (ENSAPOG00000015568)	ENSAPOG00000015579	vhl (ENSAPOG00000015587)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1328										ENSSPAG00000013022	stat2 (ENSSPAG00000012938)	ENSSPAG00000012928	ENSSPAG00000012919	ENSSPAG00000012909	os9 (ENSSPAG00000012881)	B4GALNT1 (ENSSPAG00000012855) #22	ENSSPAG00000012809	ENSSPAG00000012791	ACVR1B (ENSSPAG00000012744)	prkag1 (ENSSPAG00000012683)	rhebl1 (ENSSPAG00000012674)	IKZF4 (ENSSPAG00000012498)	rps26 (ENSSPAG00000012468)	fkbp11 (ENSSPAG00000012440)	arf3b (ENSSPAG00000012422)	ERBB3 (ENSSPAG00000012325)	pa2g4a (ENSSPAG00000012221)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000170714	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000160422.b #24	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b.g	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000156107.e.b.h	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b.g	ENSGT00940000178607	ENSGT00940000156107.f	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b.g	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b.g	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000167802	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b.g.a	ENSGT00940000156107.e.b.g.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353
Zebra mbuna	DUPLICATION
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Eastern happy	MODERN SPECIES	17	ENSACLG00000000716	pfkmb (ENSACLG00000000634)	C1QL4 (ENSACLG00000000620)	SMARCC2 (ENSACLG00000000196)	zgc:153867 (ENSACLG00000000159)	tsfm (ENSACLG00000000139)	endou (ENSACLG00000000126)	NEUROD4 (ENSACLG00000000122)	ZNF385A (ENSACLG00000000111)	ENSACLG00000000052	gpr84 (ENSACLG00000000031)	stat2 (ENSACLG00000025393)	ENSACLG00000025389	c1galt1lb (ENSACLG00000025377)	os9 (ENSACLG00000025350)	B4GALNT1 (ENSACLG00000025330) #22	ENSACLG00000025197	ENSACLG00000025174	ACVR1B (ENSACLG00000025153)	prkag1 (ENSACLG00000025108)	rhebl1 (ENSACLG00000025097)	IKZF4 (ENSACLG00000025032)	rps26 (ENSACLG00000025004)	fkbp11 (ENSACLG00000024997)	arf3b (ENSACLG00000024971)	ENSACLG00000024950	ENSACLG00000024862	vhl (ENSACLG00000024860)	ENSACLG00000024846	ENSACLG00000024808	ccdc174 (ENSACLG00000024822)
P. nyererei	MODERN SPECIES	387	ENSPNYG00000000915	pfdn5 (ENSPNYG00000000959)	pfkmb (ENSPNYG00000001012)	C1QL4 (ENSPNYG00000001109)	SMARCC2 (ENSPNYG00000001126)	zgc:153867 (ENSPNYG00000001210)	tsfm (ENSPNYG00000001230)	endou (ENSPNYG00000001251)	NEUROD4 (ENSPNYG00000001369)	ZNF385A (ENSPNYG00000001377)	ENSPNYG00000001395	stat2 (ENSPNYG00000001409)	ENSPNYG00000001420	c1galt1lb (ENSPNYG00000001430)	os9 (ENSPNYG00000001461)	B4GALNT1 (ENSPNYG00000001473) #22	ENSPNYG00000001564	ENSPNYG00000001645	ACVR1B (ENSPNYG00000001664)	prkag1 (ENSPNYG00000001702)	rhebl1 (ENSPNYG00000001744)	IKZF4 (ENSPNYG00000001760)	rps26 (ENSPNYG00000001799)	fkbp11 (ENSPNYG00000001833)	arf3b (ENSPNYG00000001873)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	665															os9 (ENSHBUG00000007857)	B4GALNT1 (ENSHBUG00000007930) #22	ARHGEF25 (ENSHBUG00000007953) #24	ENSHBUG00000007964	ACVR1B (ENSHBUG00000008027)	prkag1 (ENSHBUG00000008108)	rhebl1 (ENSHBUG00000008154)	IKZF4 (ENSHBUG00000008359)	rps26 (ENSHBUG00000008397)	fkbp11 (ENSHBUG00000000210)	arf3b (ENSHBUG00000008446)	ERBB3 (ENSHBUG00000008515)	pa2g4a (ENSHBUG00000008558)	crbn (ENSHBUG00000008570)	ENSHBUG00000008584	vhl (ENSHBUG00000008607)	tatdn2 (ENSHBUG00000008617)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	484	pfkmb (ENSNBRG00000015848)	C1QL4 (ENSNBRG00000015896)	SMARCC2 (ENSNBRG00000015984)	zgc:153867 (ENSNBRG00000016391)	tsfm (ENSNBRG00000016413)	endou (ENSNBRG00000016421)	NEUROD4 (ENSNBRG00000016438)	ZNF385A (ENSNBRG00000016449)	ENSNBRG00000016485	ENSNBRG00000016493	stat2 (ENSNBRG00000016528)	ENSNBRG00000016698	ENSNBRG00000016707	ENSNBRG00000016727	os9 (ENSNBRG00000016738)	B4GALNT1 (ENSNBRG00000016786) #22	ENSNBRG00000016834	ENSNBRG00000016866	ACVR1B (ENSNBRG00000016935)	prkag1 (ENSNBRG00000016958)	rhebl1 (ENSNBRG00000016978)	IKZF4 (ENSNBRG00000017005)	rps26 (ENSNBRG00000017072)	fkbp11 (ENSNBRG00000017093)	arf3b (ENSNBRG00000017218)	ENSNBRG00000017493	ENSNBRG00000017501	pa2g4a (ENSNBRG00000017520)	crbn (ENSNBRG00000017555)	ENSNBRG00000017571	vhl (ENSNBRG00000017583)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	17	SMARCC2 (ENSONIG00000019106)	zgc:153867 (ENSONIG00000019103)	ENSONIG00000028790	tsfm (ENSONIG00000019100)	endou (ENSONIG00000019098)	NEUROD4 (ENSONIG00000021173)	ZNF385A (ENSONIG00000019097)	ENSONIG00000034071	gpr84 (ENSONIG00000021172)	stat2 (ENSONIG00000019094)	ENSONIG00000021171	ENSONIG00000019091	ENSONIG00000029679	ENSONIG00000039350	os9 (ENSONIG00000019088)	B4GALNT1 (ENSONIG00000019085) #22	ARHGEF25 (ENSONIG00000019080) #24	ANKRD33 (ENSONIG00000019078)	ACVR1B (ENSONIG00000019071)	prkag1 (ENSONIG00000019067)	rhebl1 (ENSONIG00000032462)	IKZF4 (ENSONIG00000031499)	rps26 (ENSONIG00000019064)	fkbp11 (ENSONIG00000031092)	arf3 (ENSONIG00000035889)	ENSONIG00000042669	ERBB3 (ENSONIG00000019052)	pa2g4a (ENSONIG00000019051)	crbn (ENSONIG00000019050)	ENSONIG00000019049	vhl (ENSONIG00000041707)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	720															os9 (ENSACIG00000000323)	B4GALNT1 (ENSACIG00000000261) #22	ARHGEF25 (ENSACIG00000000219) #24	ENSACIG00000000199	ACVR1B (ENSACIG00000023072)	prkag1 (ENSACIG00000023062)	rhebl1 (ENSACIG00000023051)	IKZF4 (ENSACIG00000022983)	rps26 (ENSACIG00000022944)	fkbp11 (ENSACIG00000022905)	arf3b (ENSACIG00000022896)	ENSACIG00000022860	ENSACIG00000022811	pa2g4a (ENSACIG00000022784)	crbn (ENSACIG00000022744)	ENSACIG00000022730	vhl (ENSACIG00000022721)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616	ENSGT00440000033958
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616	ENSGT00440000033958
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	35			ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616	ENSGT00440000033958
Chinese medaka	MODERN SPECIES	480																B4GALNT1 (ENSOSIG00000011159) #22	ENSOSIG00000011161
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	19	pfkmb (ENSORLG00000001713)	ENSORLG00000026861	ENSORLG00000001658	SMARCC2 (ENSORLG00000020066)	ENSORLG00000028993	zgc:153867 (ENSORLG00000026310)	tsfm (ENSORLG00000030201)	endou (ENSORLG00000020058)	ENSORLG00000027754	ENSORLG00000029560	ENSORLG00000028647	stat2 (ENSORLG00000028847)	ENSORLG00000001646	ENSORLG00000001643	os9 (ENSORLG00000001640)	ENSORLG00000001618 #22	ENSORLG00000026607	ANKRD33 (ENSORLG00000030617)	prkag1 (ENSORLG00000001606)	rhebl1 (ENSORLG00000001566)	IKZF4 (ENSORLG00000001555)	rps26 (ENSORLG00000001541)	fkbp11 (ENSORLG00000001534)	arf3b (ENSORLG00000025025)	ENSORLG00000001520	pa2g4a (ENSORLG00000020187)	crbn (ENSORLG00000001509)	avpr2b.1 (ENSORLG00000001494)	vhl (ENSORLG00000029469)	tatdn2 (ENSORLG00000001485)	ccdc174 (ENSORLG00000001476)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616	ENSGT00440000033958
Indian medaka	MODERN SPECIES	8	ENSOMEG00000008647	pfkmb (ENSOMEG00000008770)	ENSOMEG00000008816	C1QL4 (ENSOMEG00000008849)	SMARCC2 (ENSOMEG00000008869)	zgc:153867 (ENSOMEG00000008902)	tsfm (ENSOMEG00000008934)	endou (ENSOMEG00000008970)	ENSOMEG00000008981	ZNF385A (ENSOMEG00000009018)	gpr84 (ENSOMEG00000009042)	stat2 (ENSOMEG00000009156)	ENSOMEG00000009185	ENSOMEG00000009202	os9 (ENSOMEG00000009235)	B4GALNT1 (ENSOMEG00000009269) #22	ENSOMEG00000009337	ENSOMEG00000009366	prkag1 (ENSOMEG00000009407)	rhebl1 (ENSOMEG00000009463)	IKZF4 (ENSOMEG00000009503)	rps26 (ENSOMEG00000009517)	fkbp11 (ENSOMEG00000009539)	arf3b (ENSOMEG00000009575)	ERBB3 (ENSOMEG00000009645)	pa2g4a (ENSOMEG00000009706)	crbn (ENSOMEG00000009747)	ENSOMEG00000009762	ENSOMEG00000009770	vhl (ENSOMEG00000009781)	tatdn2 (ENSOMEG00000009795)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	19	atf1 (ENSOJAG00000000603)	atf7b (ENSOJAG00000001213)	ENSOJAG00000001234	pfdn5 (ENSOJAG00000001243)	ENSOJAG00000001254	C1QL4 (ENSOJAG00000001314)	tsfm (ENSOJAG00000001349)	endou (ENSOJAG00000001359)	ENSOJAG00000001364	ZNF385A (ENSOJAG00000001372)	gpr84 (ENSOJAG00000001378)	stat2 (ENSOJAG00000001384)	ENSOJAG00000001395	ENSOJAG00000001401	os9 (ENSOJAG00000001409)	B4GALNT1 (ENSOJAG00000001422) #22	ARHGEF25 (ENSOJAG00000001438) #24	prkag1 (ENSOJAG00000001576)	ENSOJAG00000002332	rhebl1 (ENSOJAG00000002341)	IKZF4 (ENSOJAG00000002362)	rps26 (ENSOJAG00000002388)	fkbp11 (ENSOJAG00000002405)	arf3b (ENSOJAG00000002455)	ERBB3 (ENSOJAG00000002580)	pa2g4a (ENSOJAG00000003091)	crbn (ENSOJAG00000003167)	ENSOJAG00000003266	vhl (ENSOJAG00000003270)	tatdn2 (ENSOJAG00000003276)	ccdc174 (ENSOJAG00000003285)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01020000230389.a.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616	ENSGT00440000033958
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT01020000230389.a.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616	ENSGT00440000033958
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	34	ENSKMAG00000018624	pfkmb (ENSKMAG00000018722)	C1QL4 (ENSKMAG00000018817)	SMARCC2 (ENSKMAG00000018841)	ENSKMAG00000018879	tsfm (ENSKMAG00000018906)	endou (ENSKMAG00000018941)	NEUROD4 (ENSKMAG00000018956)	ZNF385A (ENSKMAG00000018980)	ENSKMAG00000019032	gpr84 (ENSKMAG00000019042)	stat2 (ENSKMAG00000019061)	ENSKMAG00000019104	c1galt1lb (ENSKMAG00000019111)	os9 (ENSKMAG00000019163)	B4GALNT1 (ENSKMAG00000019185) #22	ARHGEF25 (ENSKMAG00000019208) #24	ANKRD33 (ENSKMAG00000019237)	prkag1 (ENSKMAG00000019317)	rhebl1 (ENSKMAG00000019397)	IKZF4 (ENSKMAG00000019423)	rps26 (ENSKMAG00000019481)	fkbp11 (ENSKMAG00000019505)	arf3b (ENSKMAG00000019525)	ERBB3 (ENSKMAG00000019542)	pa2g4a (ENSKMAG00000019577)	crbn (ENSKMAG00000019594)	ENSKMAG00000019614	vhl (ENSKMAG00000019624)	tatdn2 (ENSKMAG00000019633)	ccdc174 (ENSKMAG00000019648)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1619	ADIPOR1A (ENSNFUG00015007082)	RABIF (ENSNFUG00015007091)	kdm5ba (ENSNFUG00015007121)	nelfcd (ENSNFUG00015007637)	CTSZ (ENSNFUG00015007655)	NPEPL1 (ENSNFUG00015007704)	ANKRD52 (ENSNFUG00015007765)	ENSNFUG00015008062	SLC11A2 (ENSNFUG00015008162)	GPR84 (ENSNFUG00015009541)	STAT2 (ENSNFUG00015009543)	APOF (ENSNFUG00015009557)	C1GALT1B (ENSNFUG00015009564)	os9 (ENSNFUG00015009585)	ENSNFUG00015009704	B4GALNT1 (ENSNFUG00015009722) #22	ENSNFUG00015009787	ENSNFUG00015010087	PRKAG1 (ENSNFUG00015010143)	RHEBL1 (ENSNFUG00015010358)	IKZF4 (ENSNFUG00015010384)	rps26 (ENSNFUG00015010401)	fkbp11 (ENSNFUG00015010413)	arf3b (ENSNFUG00015010473)	ERBB3 (ENSNFUG00015010558)	PA2G4A (ENSNFUG00015011992)	crbn (ENSNFUG00015012717)	OLA.7339 (ENSNFUG00015012776)	VHL (ENSNFUG00015012781)	tatdn2 (ENSNFUG00015012793)	ccdc174 (ENSNFUG00015012802)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00980000203442	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
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Mummichog	MODERN SPECIES	2206															ENSFHEG00000008414	B4GALNT1 (ENSFHEG00000008388) #22	ENSFHEG00000008362	ANKRD33 (ENSFHEG00000008306)	prkag1 (ENSFHEG00000008281)	rhebl1 (ENSFHEG00000008212)	IKZF4 (ENSFHEG00000008170)	rps26 (ENSFHEG00000008153)	fkbp11 (ENSFHEG00000008143)	arf3b (ENSFHEG00000008118)	ENSFHEG00000008081	ERBB3 (ENSFHEG00000007977)	pa2g4a (ENSFHEG00000007572)	ENSFHEG00000007519	crbn (ENSFHEG00000007500)	ENSFHEG00000007457	vhl (ENSFHEG00000007428)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	159	ENSCVAG00000001404	ENSCVAG00000001380	ENSCVAG00000001372	C1QL4 (ENSCVAG00000001364)	SMARCC2 (ENSCVAG00000001359)	zgc:153867 (ENSCVAG00000001347)	tsfm (ENSCVAG00000001340)	endou (ENSCVAG00000001337)	NEUROD4 (ENSCVAG00000000050)	ZNF385A (ENSCVAG00000001330)	gpr84 (ENSCVAG00000001325)	stat2 (ENSCVAG00000001321)	ENSCVAG00000001308	c1galt1lb (ENSCVAG00000001306)	os9 (ENSCVAG00000001303)	B4GALNT1 (ENSCVAG00000001295) #22	ARHGEF25 (ENSCVAG00000001291) #24	prkag1 (ENSCVAG00000001286)	rhebl1 (ENSCVAG00000001281)	IKZF4 (ENSCVAG00000001278)	rps26 (ENSCVAG00000001274)	fkbp11 (ENSCVAG00000001273)	arf3b (ENSCVAG00000001271)	ERBB3 (ENSCVAG00000001270)	pa2g4a (ENSCVAG00000001268)	crbn (ENSCVAG00000001264)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00980000203442	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671.q.b	ENSGT00940000167802	ENSGT00940000161671.q.a	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b
Guppy	MODERN SPECIES	457	C1QL4 (ENSPREG00000016402)	SMARCC2 (ENSPREG00000016474)	zgc:153867 (ENSPREG00000016688)	tsfm (ENSPREG00000016696)	endou (ENSPREG00000016727)	NEUROD4 (ENSPREG00000016821)	ZNF385A (ENSPREG00000016834)	gpr84 (ENSPREG00000016843)	ENSPREG00000016854	gpr84 (ENSPREG00000016855)	stat2 (ENSPREG00000016863)	ENSPREG00000016910	ENSPREG00000016916	ENSPREG00000016931	os9 (ENSPREG00000016962)	B4GALNT1 (ENSPREG00000017013) #22	ENSPREG00000017051	cntn4 (ENSPREG00000017095)	EPB41L1 (ENSPREG00000017165)	ENSPREG00000017359	cdk5rap1 (ENSPREG00000017410)	ENSPREG00000017452	rpn2 (ENSPREG00000017474)	mybl2b (ENSPREG00000017559)	ift52 (ENSPREG00000017628)	acot8 (ENSPREG00000017645)	phactr3b (ENSPREG00000017670)	SLC41A3 (ENSPREG00000017725)	ENSPREG00000017761	ENSPREG00000017769	CHST13 (ENSPREG00000017777)
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Sailfin molly	DUPLICATION
Sailfin molly	MODERN SPECIES	2608																B4GALNT1 (ENSPLAG00000006775) #22
Sailfin molly	MODERN SPECIES	3025																B4GALNT1 (ENSPLAG00000009582) #22	ENSPLAG00000009552	ANKRD33 (ENSPLAG00000009529)
Amazon molly	DUPLICATION
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Amazon molly	MODERN SPECIES	1264																B4GALNT1 (ENSPFOG00000010407) #22
Platyfish	DUPLICATION
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Platyfish	MODERN SPECIES	12	arf3b (ENSXMAG00000001981)	ERBB3 (ENSXMAG00000001930)	pa2g4a (ENSXMAG00000001913)	ENSXMAG00000022846	crbn (ENSXMAG00000027517)	ENSXMAG00000001906	vhl (ENSXMAG00000027460)	tatdn2 (ENSXMAG00000022737)	ccdc174 (ENSXMAG00000001888)	ENSXMAG00000001881	prkcda (ENSXMAG00000001861)	RFT1 (ENSXMAG00000001855)	ENSXMAG00000001853	ruvbl1 (ENSXMAG00000001847)	eefsec (ENSXMAG00000001839)	B4GALNT1 (ENSXMAG00000001838) #22	GATA2 (ENSXMAG00000001837)	ENSXMAG00000001834	ENSXMAG00000024665	arpc4 (ENSXMAG00000001822)	pfkfb4b (ENSXMAG00000001803)	ENSXMAG00000022685	MAPKAPK3 (ENSXMAG00000001781)	uroc1 (ENSXMAG00000001764)	CHCHD4 (ENSXMAG00000029201)	SEC61A1 (ENSXMAG00000001751)	ENSXMAG00000028281	SEC61A1 (ENSXMAG00000028621)	ip6k2b (ENSXMAG00000001747)	ENSXMAG00000022294	ENSXMAG00000024936
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Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
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Seriola	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
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Turbot	MODERN SPECIES	18	ENSSMAG00000002717	pfkmb (ENSSMAG00000002590)	ENSSMAG00000002577	ENSSMAG00000002545	ENSSMAG00000002504	TSFM (ENSSMAG00000002467)	endou (ENSSMAG00000002435)	ENSSMAG00000029584	ENSSMAG00000002386	ENSSMAG00000002374	stat2 (ENSSMAG00000002288)	ENSSMAG00000002285	ENSSMAG00000002266	c1galt1lb (ENSSMAG00000002259)	os9 (ENSSMAG00000002203)	ENSSMAG00000002179 #22	ENSSMAG00000002163	ENSSMAG00000002105	ENSSMAG00000002068	ENSSMAG00000001998	ENSSMAG00000001964	ENSSMAG00000001923	ENSSMAG00000026164	fkbp11 (ENSSMAG00000001886)	arf3b (ENSSMAG00000001861)	ENSSMAG00000001824	pa2g4a (ENSSMAG00000001806)	crbn (ENSSMAG00000001794)	ENSSMAG00000001787	vhl (ENSSMAG00000001782)	tatdn2 (ENSSMAG00000001757)
Tongue sole	MODERN SPECIES	2	ENSCSEG00000003252	pfkmb (ENSCSEG00000003258)	C1QL4 (ENSCSEG00000003270)	SMARCC2 (ENSCSEG00000003277)	zgc:153867 (ENSCSEG00000003297)	tsfm (ENSCSEG00000003376)	endou (ENSCSEG00000003381)	ENSCSEG00000003383	ZNF385A (ENSCSEG00000003390)	gpr84 (ENSCSEG00000003391)	stat2 (ENSCSEG00000003400)	ENSCSEG00000003473	ENSCSEG00000003475	ENSCSEG00000003482	os9 (ENSCSEG00000003486)	B4GALNT1 (ENSCSEG00000003497) #22	ENSCSEG00000003507	ANKRD33 (ENSCSEG00000003516)	ACVR1B (ENSCSEG00000003519)	prkag1 (ENSCSEG00000003526)	rhebl1 (ENSCSEG00000003537)	IKZF4 (ENSCSEG00000003540)	rps26 (ENSCSEG00000003556)	fkbp11 (ENSCSEG00000003560)	SLC4A8 (ENSCSEG00000003568)	ttll3 (ENSCSEG00000003579)	BHLHE40 (ENSCSEG00000003589)	ITPR1 (ENSCSEG00000003632)	ENSCSEG00000003664	sumf1 (ENSCSEG00000003670)	lrrn1 (ENSCSEG00000003677)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000160422.b #24	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616	ENSGT00530000066343
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	19	pfkmb (ENSMAMG00000002379)	ENSMAMG00000026015	ENSMAMG00000002285	ENSMAMG00000002261	TSFM (ENSMAMG00000002230)	endou (ENSMAMG00000002204)	ENSMAMG00000002187	ENSMAMG00000002158	gpr84 (ENSMAMG00000002151)	stat2 (ENSMAMG00000002069)	ENSMAMG00000003564	ENSMAMG00000002064	ENSMAMG00000002037	ENSMAMG00000025447	os9 (ENSMAMG00000001978)	ENSMAMG00000001867 #22	ARHGEF25 (ENSMAMG00000001844) #24	ENSMAMG00000001804	ENSMAMG00000001764	ENSMAMG00000001748	ENSMAMG00000001733	ENSMAMG00000027370	fkbp11 (ENSMAMG00000001699)	arf3b (ENSMAMG00000001681)	ENSMAMG00000001029	pa2g4a (ENSMAMG00000000921)	crbn (ENSMAMG00000026225)	ENSMAMG00000000823	vhl (ENSMAMG00000000813)	ENSMAMG00000024289	ENSMAMG00000000322
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00940000160422.b #24	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Climbing perch	MODERN SPECIES	18	ENSATEG00000001063	pfkmb (ENSATEG00000001293)	ENSATEG00000001394	ENSATEG00000001412	ENSATEG00000001442	tsfm (ENSATEG00000001497)	endou (ENSATEG00000001506)	ENSATEG00000001568	ENSATEG00000001575	ENSATEG00000001624	stat2 (ENSATEG00000001615)	ENSATEG00000001631	ENSATEG00000001634	ENSATEG00000001657	os9 (ENSATEG00000001682)	ENSATEG00000001696 #22	ARHGEF25 (ENSATEG00000001714) #24	ENSATEG00000001733	ENSATEG00000001777	ENSATEG00000001841	ENSATEG00000001852	ENSATEG00000001893	fkbp11 (ENSATEG00000001919)	arf3b (ENSATEG00000025182)	ENSATEG00000001985	pa2g4a (ENSATEG00000002303)	crbn (ENSATEG00000002348)	ENSATEG00000002393	vhl (ENSATEG00000002425)	tatdn2 (ENSATEG00000002430)	ENSATEG00000002475
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	16	pfdn5 (ENSBSLG00000015869)	ENSBSLG00000015904	pfkmb (ENSBSLG00000015922)	C1QL4 (ENSBSLG00000015964)	SMARCC2 (ENSBSLG00000016001)	zgc:153867 (ENSBSLG00000017439)	tsfm (ENSBSLG00000017480)	endou (ENSBSLG00000017503)	ENSBSLG00000017593	ZNF385A (ENSBSLG00000017609)	gpr84 (ENSBSLG00000017668)	stat2 (ENSBSLG00000017683)	ENSBSLG00000017911	ENSBSLG00000017915	os9 (ENSBSLG00000017934)	B4GALNT1 (ENSBSLG00000017973) #22	ENSBSLG00000018000	ACVR1B (ENSBSLG00000018015)	prkag1 (ENSBSLG00000018297)	rhebl1 (ENSBSLG00000019249)	IKZF4 (ENSBSLG00000019303)	rps26 (ENSBSLG00000019312)	fkbp11 (ENSBSLG00000019317)	arf3b (ENSBSLG00000019321)	ENSBSLG00000019343	pa2g4a (ENSBSLG00000020108)	crbn (ENSBSLG00000020189)	ENSBSLG00000020284	vhl (ENSBSLG00000020287)	ENSBSLG00000005353	ENSBSLG00000020300
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
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Tetraodon	DUPLICATION
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Fugu	MODERN SPECIES	10	pfkmb (ENSTRUG00000005234)	C1QL4 (ENSTRUG00000005065)	SMARCC2 (ENSTRUG00000003602)	zgc:153867 (ENSTRUG00000003316)	tsfm (ENSTRUG00000003081)	ENSTRUG00000029673	ENSTRUG00000031860	endou (ENSTRUG00000013679)	ENSTRUG00000013677	ZNF385A (ENSTRUG00000013619)	gpr84 (ENSTRUG00000013612)	stat2 (ENSTRUG00000013090)	c1galt1lb (ENSTRUG00000013063)	ENSTRUG00000022467	os9 (ENSTRUG00000012933)	B4GALNT1 (ENSTRUG00000023958) #22	ENSTRUG00000012736	ANKRD33 (ENSTRUG00000012707)	ACVR1B (ENSTRUG00000012480)	prkag1 (ENSTRUG00000012309)	ENSTRUG00000023226	rhebl1 (ENSTRUG00000020012)	IKZF4 (ENSTRUG00000024276)	rps26 (ENSTRUG00000012049)	fkbp11 (ENSTRUG00000011977)	arf3b (ENSTRUG00000027776)	ERBB3 (ENSTRUG00000011645)	pa2g4a (ENSTRUG00000011475)	crbn (ENSTRUG00000011346)	vhl (ENSTRUG00000020462)	ENSTRUG00000024284
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	265	tsfm (ENSLBEG00000019779)	endou (ENSLBEG00000019760)	NEUROD4 (ENSLBEG00000019713)	ZNF385A (ENSLBEG00000019687)	ENSLBEG00000019677	ENSLBEG00000019663	ENSLBEG00000019657	gpr84 (ENSLBEG00000019651)	stat2 (ENSLBEG00000019539)	ENSLBEG00000019498	ENSLBEG00000019489	c1galt1lb (ENSLBEG00000019466)	c1galt1lb (ENSLBEG00000019447)	c1galt1lb (ENSLBEG00000019410)	os9 (ENSLBEG00000019383)	B4GALNT1 (ENSLBEG00000019360) #22	ARHGEF25 (ENSLBEG00000019340) #24	ANKRD33 (ENSLBEG00000019305)	ACVR1B (ENSLBEG00000019263)	prkag1 (ENSLBEG00000019193)	rhebl1 (ENSLBEG00000019137)	IKZF4 (ENSLBEG00000019110)	rps26 (ENSLBEG00000019037)	fkbp11 (ENSLBEG00000019018)	arf3b (ENSLBEG00000018992)	ERBB3 (ENSLBEG00000018932)	pa2g4a (ENSLBEG00000018581)	crbn (ENSLBEG00000018403)	ENSLBEG00000018390	vhl (ENSLBEG00000018383)	ENSLBEG00000018363
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	20	ENSSAUG00010000536	ENSSAUG00010000531	ENSSAUG00010000527	ENSSAUG00010000522	ENSSAUG00010000519	ENSSAUG00010000517	ENSSAUG00010000515	ENSSAUG00010000512	ENSSAUG00010000510	ENSSAUG00010000507	stat2 (ENSSAUG00010000471)	ENSSAUG00010000450	ENSSAUG00010000447	ENSSAUG00010000444	os9 (ENSSAUG00010000439)	B4GALNT1 (ENSSAUG00010000423) #22	ENSSAUG00010000391	ENSSAUG00010000376	ACVR1B (ENSSAUG00010000358)	prkag1 (ENSSAUG00010000326)	rhebl1 (ENSSAUG00010000301)	IKZF4 (ENSSAUG00010019251)	rps26 (ENSSAUG00010019250)	fkbp11 (ENSSAUG00010019249)	arf3b (ENSSAUG00010019248)	ENSSAUG00010015226	pa2g4a (ENSSAUG00010015133)	crbn (ENSSAUG00010015106)	ENSSAUG00010015103	vhl (ENSSAUG00010015100)	tatdn2 (ENSSAUG00010015098)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00390000009609	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	478	C1QL4 (ENSLCRG00005023796)	SMARCC2 (ENSLCRG00005023808)	zgc:153867 (ENSLCRG00005023822)	TSFM (ENSLCRG00005023823)	endou (ENSLCRG00005023824)	endou (ENSLCRG00005023825)	NEUROD4 (ENSLCRG00005023826)	ZNF385A (ENSLCRG00005023827)	ENSLCRG00005002044	gpr84 (ENSLCRG00005002065)	stat2 (ENSLCRG00005002195)	ENSLCRG00005003149	ENSLCRG00005003169	c1galt1lb (ENSLCRG00005003192)	os9 (ENSLCRG00005003213)	B4GALNT1 (ENSLCRG00005003273) #22	ENSLCRG00005003345	ANKRD33 (ENSLCRG00005003396)	ACVR1B (ENSLCRG00005003442)	prkag1 (ENSLCRG00005003703)	IKZF4 (ENSLCRG00005004353)	rhebl1 (ENSLCRG00005004443)	rps26 (ENSLCRG00005004457)	fkbp11 (ENSLCRG00005004475)	ENSLCRG00005004493	arf3b (ENSLCRG00005004521)	ERBB3 (ENSLCRG00005005059)	pa2g4a (ENSLCRG00005010477)	crbn (ENSLCRG00005010547)	ENSLCRG00005010592	vhl (ENSLCRG00005010596)
European seabass	MODERN SPECIES	10	ENSDLAG00005001263	ENSDLAG00005001316	ENSDLAG00005001611	ENSDLAG00005001857	tsfm (ENSDLAG00005001871)	endou (ENSDLAG00005001883)	ENSDLAG00005001890	ENSDLAG00005001898	ENSDLAG00005001915	gpr84 (ENSDLAG00005034909)	stat2 (ENSDLAG00005001935)	ENSDLAG00005032652	tac3 (ENSDLAG00005002155)	c1galt1lb (ENSDLAG00005034914)	os9 (ENSDLAG00005002162)	ENSDLAG00005002194 #22	ENSDLAG00005002215	ENSDLAG00005033182	ENSDLAG00005002236	ENSDLAG00005002779	ENSDLAG00005006036	ENSDLAG00005006049	ENSDLAG00005006078	fkbp11 (ENSDLAG00005006088)	arf3b (ENSDLAG00005029991)	ENSDLAG00005006351	pa2g4a (ENSDLAG00005011553)	crbn (ENSDLAG00005011604)	ENSDLAG00005011691	vhl (ENSDLAG00005032290)	tatdn2 (ENSDLAG00005011697)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000004990	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000160422.b #24	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Pike perch	MODERN SPECIES	73															os9 (ENSSLUG00000001643)	B4GALNT1 (ENSSLUG00000001590) #22	ARHGEF25 (ENSSLUG00000001537) #24	ANKRD33 (ENSSLUG00000018575)	ACVR1B (ENSSLUG00000018455)	prkag1 (ENSSLUG00000018265)	rhebl1 (ENSSLUG00000018237)	IKZF4 (ENSSLUG00000018233)	rps26 (ENSSLUG00000018229)	fkbp11 (ENSSLUG00000018226)	arf3b (ENSSLUG00000018220)	ERBB3 (ENSSLUG00000014443)	pa2g4a (ENSSLUG00000014229)	crbn (ENSSLUG00000014178)	ENSSLUG00000014166	vhl (ENSSLUG00000014158)	tatdn2 (ENSSLUG00000014150)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	19	pfkmb (ENSCGOG00000008420)	C1QL4 (ENSCGOG00000008217)	SMARCC2 (ENSCGOG00000005373)	zgc:153867 (ENSCGOG00000005269)	tsfm (ENSCGOG00000005263)	endou (ENSCGOG00000005260)	NEUROD4 (ENSCGOG00000005259)	ZNF385A (ENSCGOG00000005257)	gpr84 (ENSCGOG00000005256)	stat2 (ENSCGOG00000004500)	ENSCGOG00000004457	ENSCGOG00000004455	ENSCGOG00000004447	ENSCGOG00000004441	os9 (ENSCGOG00000004431)	B4GALNT1 (ENSCGOG00000004392) #22	ARHGEF25 (ENSCGOG00000004033) #24	ENSCGOG00000004027	ACVR1B (ENSCGOG00000003587)	prkag1 (ENSCGOG00000003053)	rhebl1 (ENSCGOG00000002933)	IKZF4 (ENSCGOG00000002929)	rps26 (ENSCGOG00000002915)	fkbp11 (ENSCGOG00000002906)	arf3b (ENSCGOG00000002802)	ERBB3 (ENSCGOG00000002634)	pa2g4a (ENSCGOG00000022581)	crbn (ENSCGOG00000022551)	ENSCGOG00000022548	ENSCGOG00000022541	ENSCGOG00000022528
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00940000177443	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000159521	ENSGT00950000183080.a.a.e.b	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353	ENSGT00940000155616
Lumpfish	MODERN SPECIES	20	pfdn5 (ENSCLMG00005010137)	pfkmb (ENSCLMG00005010139)	C1QL4 (ENSCLMG00005010142)	SMARCC2 (ENSCLMG00005010143)	ENSCLMG00005010146	tsfm (ENSCLMG00005010202)	endou (ENSCLMG00005010206)	ENSCLMG00005010210	ZNF385A (ENSCLMG00005010212)	gpr84 (ENSCLMG00005010230)	stat2 (ENSCLMG00005010239)	ENSCLMG00005010248	ENSCLMG00005010250	c1galt1lb (ENSCLMG00005010254)	os9 (ENSCLMG00005010256)	B4GALNT1 (ENSCLMG00005010267) #22	ENSCLMG00005010272	ENSCLMG00005010279	ACVR1B (ENSCLMG00005010285)	prkag1 (ENSCLMG00005010395)	rhebl1 (ENSCLMG00005010981)	IKZF4 (ENSCLMG00005010983)	rps26 (ENSCLMG00005010985)	fkbp11 (ENSCLMG00005010986)	ENSCLMG00005010987	ERBB3 (ENSCLMG00005011003)	pa2g4a (ENSCLMG00005017128)	crbn (ENSCLMG00005017144)	ENSCLMG00005017146	vhl (ENSCLMG00005017148)	ENSCLMG00005017149
Stickleback	MODERN SPECIES	281	pfdn5 (ENSGACG00000000681)	ENSGACG00000000685	pfkmb (ENSGACG00000000687)	C1QL4 (ENSGACG00000000692)	SMARCC2 (ENSGACG00000000694)	zgc:153867 (ENSGACG00000000696)	tsfm (ENSGACG00000000697)	endou (ENSGACG00000000700)	NEUROD4 (ENSGACG00000000702)	ZNF385A (ENSGACG00000000703)	gpr84 (ENSGACG00000000705)	stat2 (ENSGACG00000000707)	ENSGACG00000000709	ENSGACG00000000710	os9 (ENSGACG00000000711)	B4GALNT1 (ENSGACG00000000713) #22	ENSGACG00000000714	ANKRD33 (ENSGACG00000000718)	ACVR1B (ENSGACG00000000719)	prkag1 (ENSGACG00000000723)	rhebl1 (ENSGACG00000000729)	IKZF4 (ENSGACG00000000739)	rps26 (ENSGACG00000000741)	fkbp11 (ENSGACG00000000743)	ARF3 (ENSGACG00000000746)	ERBB3 (ENSGACG00000000747)	crbn (ENSGACG00000000750)	ENSGACG00000000754	vhl (ENSGACG00000000755)	tatdn2 (ENSGACG00000000761)	ENSGACG00000000762
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	19	ENSMMDG00005000151	pfkmb (ENSMMDG00005023107)	C1QL4 (ENSMMDG00005023098)	SMARCC2 (ENSMMDG00005022831)	ENSMMDG00005022677	tsfm (ENSMMDG00005022673)	endou (ENSMMDG00005022671)	NEUROD4 (ENSMMDG00005022668)	ZNF385A (ENSMMDG00005022655)	ENSMMDG00005022649	stat2 (ENSMMDG00005022637)	ENSMMDG00005022629	ENSMMDG00005022627	ENSMMDG00005022626	os9 (ENSMMDG00005022621)	B4GALNT1 (ENSMMDG00005022618) #22	ENSMMDG00005022616	ENSMMDG00005022611	ANKRD33 (ENSMMDG00005022607)	ACVR1B (ENSMMDG00005022595)	prkag1 (ENSMMDG00005021417)	rhebl1 (ENSMMDG00005021381)	IKZF4 (ENSMMDG00005021379)	RPS26 (ENSMMDG00005021376)	fkbp11 (ENSMMDG00005021374)	arf3b (ENSMMDG00005021373)	ERBB3 (ENSMMDG00005021353)	pa2g4a (ENSMMDG00005021330)	crbn (ENSMMDG00005021323)	ENSMMDG00005021320	vhl (ENSMMDG00005021319)
Cod	MODERN SPECIES	4	ENSGMOG00000000818	ENSGMOG00000000857	tsfm (ENSGMOG00000000868)	endou (ENSGMOG00000000874)	ENSGMOG00000000887	ENSGMOG00000015026	gpr84 (ENSGMOG00000028999)	ENSGMOG00000034696	ENSGMOG00000025946	ENSGMOG00000033654	gpr84 (ENSGMOG00000023683)	stat2 (ENSGMOG00000007515)	ENSGMOG00000024367	ENSGMOG00000007524	os9 (ENSGMOG00000007526)	ENSGMOG00000007533 #22	ARHGEF25 (ENSGMOG00000007540) #24	ENSGMOG00000033868	ENSGMOG00000025363	ENSGMOG00000007558	ENSGMOG00000007564	ENSGMOG00000007568	ccdc65 (ENSGMOG00000007573)	ENSGMOG00000007595	ENSGMOG00000004803	ENSGMOG00000007607	ENSGMOG00000024842	crbn (ENSGMOG00000007635)	vhl (ENSGMOG00000007647)	ENSGMOG00000024854	ENSGMOG00000007654
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004990	ENSGT01090000259987.a.a.b.e	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.a.a	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT00940000160217.b	ENSGT00940000160876.b	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000160422.b #24	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032.c.b	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000165909	ENSGT00940000158308.b	ENSGT00390000002517.b.i	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521	ENSGT00940000156107.e.b	ENSGT00940000154281	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a.b	ENSGT00390000014353
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	347				ENSGT01090000259987.a.a.b.e.b	ENSGT00940000155440.c.a.b	ENSGT00940000155969.y.a.a.a	ENSGT00940000155746.f	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.b	ENSGT00390000016293.e.b	ENSGT00530000063825.B.e	ENSGT00940000160217.b.b	ENSGT00940000160876.b.b	ENSGT00500000045104.i	ENSGT01030000235281.d	ENSGT00530000063603.A.e	ENSGT00390000006679.a.e.k #22	ENSGT00940000166618.l.b	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a.f.a.a	ENSGT00940000160422.b.a #24	ENSGT00500000044852.b.a.f.b	ENSGT00940000157032.c.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a.b	ENSGT00940000165909.d.a	ENSGT00940000158308.b.b	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521.m	ENSGT00940000165468.g	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.b.l
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000160607	ENSGT00390000010711.t	ENSGT00390000008783.ub	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.b	ENSGT00940000155440.c.a.b	ENSGT00940000155969.y.a.a.a	ENSGT00940000155746.f	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.b	ENSGT00390000016293.e.b	ENSGT00530000063825.B.e	ENSGT00940000160217.b.b	ENSGT00940000160876.b.b	ENSGT00500000045104.i	ENSGT01030000235281.d	ENSGT00530000063603.A.e	ENSGT00390000006679.a.e.k #22	ENSGT00940000166618.l.b	ENSGT00940000160422.b.a #24	ENSGT00500000044852.b.a.f.b	ENSGT00940000157032.c.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a.b	ENSGT00940000165909.d.a	ENSGT00940000158308.b.b	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521.m	ENSGT00940000165468.g	ENSGT00940000156107.e.b.l	ENSGT00940000154281.f	ENSGT00390000016404.j	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.d
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160607	ENSGT00390000010711.t	ENSGT00390000008783.ub	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.b	ENSGT00940000155440.c.a.b	ENSGT00940000155969.y.a.a.a	ENSGT00940000155746.f	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.b	ENSGT00390000016293.e.b	ENSGT00530000063825.B.e	ENSGT00940000160217.b.b	ENSGT00940000160876.b.b	ENSGT00500000045104.i	ENSGT01030000235281.d	ENSGT00530000063603.A.e	ENSGT00390000006679.a.e.k #22	ENSGT00940000166618.l.b	ENSGT00940000160422.b.a #24	ENSGT00500000044852.b.a.f.b	ENSGT00940000157032.c.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a.b	ENSGT00940000165909.d.a.a	ENSGT00940000158308.b.b	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521.m	ENSGT00940000165468.g	ENSGT00940000156107.e.b.l	ENSGT00940000154281.f	ENSGT00390000016404.j	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.d
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160607	ENSGT00390000010711.t	ENSGT00390000008783.ub	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.b	ENSGT00940000155440.c.a.b	ENSGT00940000155969.y.a.a.a	ENSGT00940000155746.f	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.b	ENSGT00390000016293.e.b	ENSGT00530000063825.B.e	ENSGT00940000160217.b.b	ENSGT00940000160876.b.b	ENSGT00500000045104.i	ENSGT01030000235281.d	ENSGT00530000063603.A.e	ENSGT00390000006679.a.e.k #22	ENSGT00940000166618.l.b	ENSGT00940000160422.b.a #24	ENSGT00500000044852.b.a.f.b	ENSGT00940000157032.c.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a.b	ENSGT00940000165909.d.a.a	ENSGT00940000158308.b.b	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521.m	ENSGT00940000165468.g	ENSGT00940000156107.e.b.l	ENSGT00940000154281.f	ENSGT00390000016404.j	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.d
Chinook salmon	MODERN SPECIES	31	WDR77 (ENSOTSG00005010721)	pfdn5 (ENSOTSG00005010723)	ITGB7 (ENSOTSG00005010724)	pfkmb (ENSOTSG00005010729)	C1QL4 (ENSOTSG00005012501)	SMARCC2 (ENSOTSG00005012520)	ENSOTSG00005012757	tsfm (ENSOTSG00005012765)	endou (ENSOTSG00005012766)	NEUROD4 (ENSOTSG00005012767)	ZNF385A (ENSOTSG00005012769)	ENSOTSG00005012771	ENSOTSG00005012773	tac3b (ENSOTSG00005012776)	os9 (ENSOTSG00005012777)	B4GALNT1 (ENSOTSG00005012778) #22	ENSOTSG00005012780	ARHGEF25 (ENSOTSG00005012782) #24	ENSOTSG00005000700	ACVR1B (ENSOTSG00005000781)	prkag1 (ENSOTSG00005001759)	rhebl1 (ENSOTSG00005003358)	IKZF4 (ENSOTSG00005003380)	ENSOTSG00005003384	ccdc65 (ENSOTSG00005003388)	fkbp11 (ENSOTSG00005003391)	ENSOTSG00005003398	ERBB3 (ENSOTSG00005003431)	pa2g4a (ENSOTSG00005007569)	crbn (ENSOTSG00005007579)	ENSOTSG00005007581
Coho salmon	MODERN SPECIES	25	pfdn5 (ENSOKIG00005024609)	ITGB7 (ENSOKIG00005024628)	pfkmb (ENSOKIG00005024812)	C1QL4 (ENSOKIG00005027826)	SMARCC2 (ENSOKIG00005027952)	ENSOKIG00005029192	ENSOKIG00005029355	endou (ENSOKIG00005029378)	NEUROD4 (ENSOKIG00005029384)	ZNF385A (ENSOKIG00005029391)	ENSOKIG00005006830	ENSOKIG00005006840	tac3b (ENSOKIG00005006853)	ENSOKIG00005006863	os9 (ENSOKIG00005006874)	B4GALNT1 (ENSOKIG00005006895) #22	ENSOKIG00005006930	ARHGEF25 (ENSOKIG00005006964) #24	ACVR1B (ENSOKIG00005007035)	PRKAG1 (ENSOKIG00005007423)	rhebl1 (ENSOKIG00005007502)	IKZF4 (ENSOKIG00005007537)	ccdc65 (ENSOKIG00005007545)	fkbp11 (ENSOKIG00005007556)	ENSOKIG00005007572	ERBB3 (ENSOKIG00005007688)	pa2g4a (ENSOKIG00005009354)	CRBN (ENSOKIG00005009570)	ENSOKIG00005009616	ccdc174 (ENSOKIG00005009622)	FGD5 (ENSOKIG00005009651)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	28	ENSOMYG00000005532	pfkmb (ENSOMYG00000008709)	ENSOMYG00000018065	ENSOMYG00000018111	ENSOMYG00000018716	ENSOMYG00000019146	ENSOMYG00000019155	ENSOMYG00000019161	ENSOMYG00000019171	ENSOMYG00000049864	ENSOMYG00000019195	ENSOMYG00000019204	tac3b (ENSOMYG00000019210)	os9 (ENSOMYG00000019229)	ENSOMYG00000000998	ENSOMYG00000019270 #22	ENSOMYG00000019298	ARHGEF25 (ENSOMYG00000019319) #24	ENSOMYG00000066713	ENSOMYG00000019446	ENSOMYG00000020089	ENSOMYG00000022724	ENSOMYG00000022746	ENSOMYG00000022773	ccdc65 (ENSOMYG00000022830)	fkbp11 (ENSOMYG00000022846)	ENSOMYG00000073778	ENSOMYG00000023531	pa2g4a (ENSOMYG00000025706)	ENSOMYG00000025787	ENSOMYG00000025817
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160607	ENSGT00390000010711.t	ENSGT00390000008783.ub	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.b	ENSGT00940000155440.c.a.b	ENSGT00940000155969.y.a.a.a	ENSGT00940000155746.f	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.b	ENSGT00390000016293.e.b	ENSGT00530000063825.B.e	ENSGT00940000160217.b.b	ENSGT00940000160876.b.b	ENSGT00500000045104.i	ENSGT01030000235281.c.b	ENSGT00530000063603.A.e	ENSGT00390000006679.a.e.k #22	ENSGT00940000166618.l.b	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a.f.a.a	ENSGT00940000157032.c.b.a	ENSGT00950000183019.f.b.a.b	ENSGT00940000165909.d.a	ENSGT00940000158308.b.b	ENSGT00390000002517.a.a	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000159521.m	ENSGT00940000156107.e.b.l	ENSGT00940000154281.f	ENSGT00390000016404.j	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.d	ENSGT00440000033958
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	14	pfdn5 (ENSSSAG00000041440)	ENSSSAG00000076400	pfkmb (ENSSSAG00000041512)	ENSSSAG00000118028	ENSSSAG00000044195	ENSSSAG00000054002	tsfm (ENSSSAG00000054129)	endou (ENSSSAG00000054135)	ENSSSAG00000103366	apof (ENSSSAG00000118199)	ENSSSAG00000054145	ENSSSAG00000085917	tac3b (ENSSSAG00000054170)	ENSSSAG00000090527	os9 (ENSSSAG00000054182)	b4galnt1b (ENSSSAG00000054203) #22	ENSSSAG00000054230	ENSSSAG00000054235	ENSSSAG00000113032	ENSSSAG00000054300	prkag1 (ENSSSAG00000056447)	rhebl1 (ENSSSAG00000057099)	ENSSSAG00000110269	ENSSSAG00000102004	ENSSSAG00000057115	ccdc65 (ENSSSAG00000057132)	fkbp11 (ENSSSAG00000057146)	ENSSSAG00000057321	pa2g4a (ENSSSAG00000067684)	ENSSSAG00000120001	ENSSSAG00000100661
River trout	MODERN SPECIES	7	WDR77 (ENSSTUG00000012463)	pfdn5 (ENSSTUG00000012441)	ENSSTUG00000012421	pfkmb (ENSSTUG00000007922)	C1QL4 (ENSSTUG00000007783)	SMARCC2 (ENSSTUG00000007537)	zgc:153867 (ENSSTUG00000007391)	tsfm (ENSSTUG00000007351)	endou (ENSSTUG00000007342)	NEUROD4 (ENSSTUG00000007336)	ZNF385A (ENSSTUG00000007282)	ENSSTUG00000007273	ENSSTUG00000007269	ENSSTUG00000007262	os9 (ENSSTUG00000007226)	B4GALNT1 (ENSSTUG00000007210) #22	ENSSTUG00000007206	ARHGEF25 (ENSSTUG00000007160) #24	ANKRD33 (ENSSTUG00000007148)	ACVR1B (ENSSTUG00000006684)	prkag1 (ENSSTUG00000006076)	rhebl1 (ENSSTUG00000006037)	IKZF4 (ENSSTUG00000006031)	ENSSTUG00000006021	ccdc65 (ENSSTUG00000006013)	fkbp11 (ENSSTUG00000005981)	ERBB3 (ENSSTUG00000003773)	pa2g4a (ENSSTUG00000003649)	crbn (ENSSTUG00000003595)	ENSSTUG00000003587	ccdc174 (ENSSTUG00000003528)
Huchen	MODERN SPECIES	395	ITGB7 (ENSHHUG00000048489)	pfkmb (ENSHHUG00000047632)	C1QL4 (ENSHHUG00000047615)	SMARCC2 (ENSHHUG00000047509)	zgc:153867 (ENSHHUG00000047263)	tsfm (ENSHHUG00000047247)	endou (ENSHHUG00000047238)	NEUROD4 (ENSHHUG00000047235)	ZNF385A (ENSHHUG00000047227)	ENSHHUG00000047225	ENSHHUG00000047223	ENSHHUG00000047220	ENSHHUG00000047219	tac3b (ENSHHUG00000047218)	os9 (ENSHHUG00000047215)	B4GALNT1 (ENSHHUG00000047212) #22	ARHGEF25 (ENSHHUG00000047208) #24	ENSHHUG00000047205	ACVR1B (ENSHHUG00000047093)	prkag1 (ENSHHUG00000047046)	rhebl1 (ENSHHUG00000046992)	LMBR1L (ENSHHUG00000046975)	IKZF4 (ENSHHUG00000046966)	ENSHHUG00000046961	ccdc65 (ENSHHUG00000046954)	fkbp11 (ENSHHUG00000046880)	ARF3 (ENSHHUG00000046874)	ERBB3 (ENSHHUG00000046857)	pa2g4a (ENSHHUG00000046688)	crbn (ENSHHUG00000046657)	ENSHHUG00000046655
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.a	ENSGT00940000155440.c.a.a	ENSGT00940000155969.y.a.a.b	ENSGT00940000155746.e	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.a	ENSGT00390000016293.e.a	ENSGT00530000063825.B.f	ENSGT00940000160217.b.a	ENSGT00940000160876.b.a	ENSGT01050000246584	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104.j	ENSGT01030000235281.c	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A.f	ENSGT00390000006679.a.e.l #22	ENSGT00940000166618.l.a	ENSGT00940000160422.b.b #24	ENSGT00500000044852.b.a.e	ENSGT00940000157032.c.b.b	ENSGT00950000183019.f.b.a.a	ENSGT00940000165909.d.b	ENSGT00390000007809.a.f	ENSGT00940000158308.b.a	ENSGT00390000002517.b.i	ENSGT00390000002517.a.b.a	ENSGT00940000159521.n	ENSGT00940000156107.e.b.k	ENSGT00940000154281.e	ENSGT00390000016404.i	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.c
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.a	ENSGT00940000155440.c.a.a	ENSGT00940000155969.y.a.a.b	ENSGT00940000155746.e	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.a	ENSGT00390000016293.e.a	ENSGT00530000063825.B.f	ENSGT00940000160217.b.a	ENSGT00940000160876.b.a	ENSGT01050000246584	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104.j	ENSGT01030000235281.c.a	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A.f	ENSGT00390000006679.a.e.l #22	ENSGT00940000166618.l.a	ENSGT00940000160422.b.b #24	ENSGT00500000044852.b.a.e	ENSGT00940000157032.c.b.b	ENSGT00950000183019.f.b.a.a	ENSGT00940000165909.d.b	ENSGT00390000007809.a.f	ENSGT00940000158308.b.a	ENSGT00390000002517.b.i	ENSGT00390000002517.a.b.a	ENSGT00940000159521.n	ENSGT00940000156107.e.b.k	ENSGT00940000154281.e	ENSGT00390000016404.i	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.c
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000004990	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.a	ENSGT00940000155440.c.a.a	ENSGT00940000155969.y.a.a.b	ENSGT00940000155746.e	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.a	ENSGT00390000016293.e.a	ENSGT00530000063825.B.f	ENSGT00940000160217.b.a	ENSGT00940000160876.b.a	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104.j	ENSGT01030000235281.c.a	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A.f	ENSGT00390000006679.a.e.l #22	ENSGT00940000166618.l.a	ENSGT00940000160422.b.b #24	ENSGT00500000044852.b.a.e	ENSGT00940000157032.c.b.b	ENSGT00950000183019.f.b.a.a	ENSGT00940000165909.d.b	ENSGT00390000007809.a.f	ENSGT00940000158308.b.a	ENSGT00390000002517.a.b.a	ENSGT00940000159521.n	ENSGT00940000156107.e.b.k	ENSGT00940000154281.e	ENSGT00390000016404.i	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.c	ENSGT00390000014353
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004990	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.a	ENSGT00940000155440.c.a.a	ENSGT00940000155969.y.a.a.b	ENSGT00940000155746.e	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.a.a	ENSGT00390000016293.e.a	ENSGT00530000063825.B.f	ENSGT00940000160217.b.a	ENSGT00940000160876.b.a	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104.j	ENSGT01030000235281.c.a	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A.f	ENSGT00390000006679.a.e.l #22	ENSGT00940000166618.l.a	ENSGT00940000160422.b.b #24	ENSGT00500000044852.b.a.e	ENSGT00940000157032.c.b.b	ENSGT00950000183019.f.b.a.a	ENSGT00940000165909.d.b	ENSGT00390000007809.a.f	ENSGT00940000158308.b.a	ENSGT00390000002517.a.b.a	ENSGT00940000159521.n	ENSGT00940000156107.e.b.k	ENSGT00940000154281.e	ENSGT00390000016404.i	ENSGT01050000244882.b.c.a.b.c	ENSGT00390000014353
Coho salmon	MODERN SPECIES		WDR77 (ENSOKIG00005000572)	pfdn5 (ENSOKIG00005000594)	ENSOKIG00005000625	pfkmb (ENSOKIG00005000919)	C1QL4 (ENSOKIG00005001610)	SMARCC2 (ENSOKIG00005001667)	zgc:153867 (ENSOKIG00005001896)	tsfm (ENSOKIG00005002108)	endou (ENSOKIG00005002127)	NEUROD4 (ENSOKIG00005002159)	ZNF385A (ENSOKIG00005002180)	stat2 (ENSOKIG00005002274)	ENSOKIG00005002363	tac3b (ENSOKIG00005002379)	ENSOKIG00005002413	B4GALNT1 (ENSOKIG00005002473) #22	ENSOKIG00005002506	ARHGEF25 (ENSOKIG00005002523) #24	ENSOKIG00005002560	ANKRD33 (ENSOKIG00005002568)	ACVR1B (ENSOKIG00005002615)	prkag1 (ENSOKIG00005002811)	ENSOKIG00005003257	LMBR1L (ENSOKIG00005003280)	IKZF4 (ENSOKIG00005003349)	ENSOKIG00005003370	ERBB3 (ENSOKIG00005003569)	pa2g4a (ENSOKIG00005004327)	crbn (ENSOKIG00005004423)	ENSOKIG00005004503	vhl (ENSOKIG00005004514)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	11	ENSOTSG00005035088	ITGB7 (ENSOTSG00005035084)	pfkmb (ENSOTSG00005033551)	C1QL4 (ENSOTSG00005033531)	SMARCC2 (ENSOTSG00005033492)	zgc:153867 (ENSOTSG00005033484)	tsfm (ENSOTSG00005033482)	endou (ENSOTSG00005033480)	NEUROD4 (ENSOTSG00005033477)	ZNF385A (ENSOTSG00005033472)	stat2 (ENSOTSG00005033461)	ENSOTSG00005033459	ENSOTSG00005033458	c1galt1lb (ENSOTSG00005033443)	os9 (ENSOTSG00005033442)	B4GALNT1 (ENSOTSG00005033441) #22	ENSOTSG00005033439	ARHGEF25 (ENSOTSG00005033438) #24	ANKRD33 (ENSOTSG00005033436)	ACVR1B (ENSOTSG00005033100)	prkag1 (ENSOTSG00005030092)	rhebl1 (ENSOTSG00005030066)	LMBR1L (ENSOTSG00005030013)	IKZF4 (ENSOTSG00005030009)	ENSOTSG00005030005	fkbp11 (ENSOTSG00005030003)	ERBB3 (ENSOTSG00005029394)	pa2g4a (ENSOTSG00005029331)	crbn (ENSOTSG00005029309)	ENSOTSG00005029305	vhl (ENSOTSG00005029302)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	8	ENSOMYG00000016473	ENSOMYG00000016437	ENSOMYG00000016432	pfkmb (ENSOMYG00000015603)	ENSOMYG00000014601	ENSOMYG00000014405	tsfm (ENSOMYG00000014381)	endou (ENSOMYG00000014351)	ENSOMYG00000014340	ENSOMYG00000014330	stat2 (ENSOMYG00000014139)	ENSOMYG00000014066	tac3b (ENSOMYG00000065418)	ENSOMYG00000014062	ENSOMYG00000014044	B4GALNT1 (ENSOMYG00000014004) #22	ENSOMYG00000054482	ARHGEF25 (ENSOMYG00000013965) #24	ENSOMYG00000013951	ENSOMYG00000013722	ENSOMYG00000011358	ENSOMYG00000053301	ENSOMYG00000011134	ENSOMYG00000010997	ENSOMYG00000010907	ENSOMYG00000010847	fkbp11 (ENSOMYG00000010816)	ERBB3 (ENSOMYG00000008377)	ENSOMYG00000015813	pa2g4a (ENSOMYG00000008346)	crbn (ENSOMYG00000008195)
Huchen	MODERN SPECIES	613																B4GALNT1 (ENSHHUG00000030748) #22	ENSHHUG00000030765	ENSHHUG00000030766	ARHGEF25 (ENSHHUG00000030768) #24	ANKRD33 (ENSHHUG00000030777)	ACVR1B (ENSHHUG00000030786)	prkag1 (ENSHHUG00000030970)	rhebl1 (ENSHHUG00000031803)	LMBR1L (ENSHHUG00000031819)	IKZF4 (ENSHHUG00000031860)	rps26 (ENSHHUG00000031872)	fkbp11 (ENSHHUG00000031879)	ERBB3 (ENSHHUG00000031888)	pa2g4a (ENSHHUG00000032021)	crbn (ENSHHUG00000032099)	ENSHHUG00000032116
Northern pike	MODERN SPECIES	16	ENSELUG00000015229	pfkmb (ENSELUG00000015299)	C1QL4 (ENSELUG00000015325)	ENSELUG00000015387	zgc:153867 (ENSELUG00000015445)	tsfm (ENSELUG00000015481)	endou (ENSELUG00000015490)	NEUROD4 (ENSELUG00000015499)	ZNF385A (ENSELUG00000015545)	ENSELUG00000015567	stat2 (ENSELUG00000015651)	ENSELUG00000015691	tac3b (ENSELUG00000015704)	ENSELUG00000015714	os9 (ENSELUG00000000586)	B4GALNT1 (ENSELUG00000015811) #22	ENSELUG00000015833	ENSELUG00000001162	ENSELUG00000015927	ACVR1B (ENSELUG00000015961)	prkag1 (ENSELUG00000016000)	rhebl1 (ENSELUG00000016028)	LMBR1L (ENSELUG00000016107)	IKZF4 (ENSELUG00000016122)	ccdc65 (ENSELUG00000016185)	fkbp11 (ENSELUG00000016161)	ERBB3 (ENSELUG00000016292)	pa2g4a (ENSELUG00000016357)	crbn (ENSELUG00000016386)	ENSELUG00000016400	vhl (ENSELUG00000016421)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	288	ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT01090000259987.a.a.b.e	ENSGT00940000155440.c.a	ENSGT00940000155969.y.b.c	ENSGT00940000155746	ENSGT01030000234570.d.b.a.a	ENSGT00390000016293	ENSGT00530000063825.B	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182882.A.a.i.a	ENSGT00390000002307.f.a	ENSGT00940000159065.b	ENSGT00940000155473.c.b	ENSGT00940000163886.B.b.b	ENSGT00940000153336.a.b	ENSGT00940000163852.c.a.b.a.a.h	ENSGT00940000163160.b	ENSGT00940000159991.A.a	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00940000164651.a.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b	ENSGT00940000161090.B.c.a.b	ENSGT00940000163961.a.b	ENSGT00980000198987	ENSGT00940000156263.j	ENSGT01100000263697	ENSGT01050000245203	ENSGT00940000154786	ENSGT00940000166625	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b	ENSGT00940000155261.a.b	ENSGT00940000154409.eb.b	ENSGT00390000008783
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158737.g	ENSGT00940000158197.c	ENSGT00950000182882.A.a.i.a	ENSGT00390000002307.f.a	ENSGT00940000159065.b	ENSGT00940000155473.c.b	ENSGT00940000163886.B.b.b	ENSGT00940000153336.a.b	ENSGT00940000163852.c.a.b.a.a.h	ENSGT00940000163160.b.f	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b	ENSGT00940000161090.B.c.a.b	ENSGT00940000163961.a.b	ENSGT00980000198987	ENSGT00940000156263.j	ENSGT01100000263697	ENSGT01050000245203	ENSGT00940000154786	ENSGT00940000166625	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b	ENSGT00940000155261.a.b	ENSGT00940000154409.eb.b	ENSGT00390000008783
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155050.a	ENSGT00940000158737.g	ENSGT00940000158197.c	ENSGT00950000182882.A.a.i.a	ENSGT00390000002307.f.a	ENSGT00940000159065.b	ENSGT00940000155473.c.b	ENSGT00940000163886.B.b.b	ENSGT00940000153336.a.b	ENSGT00940000163160.b.f	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b	ENSGT00940000161090.B.c.a.b	ENSGT00940000163961.a.b	ENSGT00980000198987	ENSGT00950000183290.a	ENSGT00940000156263.j	ENSGT01050000245203	ENSGT00940000154786	ENSGT00940000166625	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b	ENSGT00940000155261.a.b	ENSGT00940000154409.eb.b	ENSGT00390000008783
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155050.a	ENSGT00940000158737.g	ENSGT00940000158197.c	ENSGT00950000182882.A.a.i.a	ENSGT00390000002307.f.a	ENSGT00940000159065.b	ENSGT00940000155473.c.b	ENSGT00940000163886.B.b.b	ENSGT00940000153336.a.b	ENSGT00940000163160.b.f	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281	ENSGT00940000164002.k.b	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b	ENSGT00940000161090.B.c.a.b	ENSGT00940000163961.a.b	ENSGT00980000198987	ENSGT00950000183290.a	ENSGT00940000156263.j	ENSGT01050000245203	ENSGT00940000154786	ENSGT00940000166625	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b	ENSGT00940000155261.a.b	ENSGT00940000154409.eb.b	ENSGT00390000008783
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	9	stk35l (ENSPNAG00000013127)	bin2b (ENSPNAG00000013138)	slc48a1b (ENSPNAG00000002595)	ENSPNAG00000002603	vdrb (ENSPNAG00000002636)	ENSPNAG00000002657	eif4bb (ENSPNAG00000013294)	ENSPNAG00000002766	ZNF385A (ENSPNAG00000013499)	gpr84 (ENSPNAG00000013506)	stat2 (ENSPNAG00000002807)	ENSPNAG00000002812	tac3b (ENSPNAG00000013554)	ENSPNAG00000013564	os9 (ENSPNAG00000002869)	B4GALNT1 (ENSPNAG00000013672) #22	ENSPNAG00000013719	ENSPNAG00000002910	krt4 (ENSPNAG00000013738)	zgc:158846 (ENSPNAG00000013754)	krt18b (ENSPNAG00000013773)	ENSPNAG00000013775	ENSPNAG00000013781	scn8ab (ENSPNAG00000002960)	ENSPNAG00000013846	METTL7A (ENSPNAG00000005485)	ENSPNAG00000013854	atf1 (ENSPNAG00000006038)	ENSPNAG00000014339	atf7b (ENSPNAG00000014424)	ENSPNAG00000014478
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	4	CNGA3 (ENSAMXG00000035630)	stk35l (ENSAMXG00000034115)	bin2b (ENSAMXG00000012969)	slc48a1b (ENSAMXG00000012982)	ENSAMXG00000012988	vdrb (ENSAMXG00000012991)	ENSAMXG00000013003	eif4bb (ENSAMXG00000034236)	ENSAMXG00000013020	gpr84 (ENSAMXG00000025647)	stat2 (ENSAMXG00000013030)	ENSAMXG00000025648	tac3b (ENSAMXG00000035575)	ENSAMXG00000029418	os9 (ENSAMXG00000001387)	B4GALNT1 (ENSAMXG00000001403) #22	ENSAMXG00000036204	ENSAMXG00000041492	krt4 (ENSAMXG00000017238)	zgc:158846 (ENSAMXG00000037558)	krt18b (ENSAMXG00000034722)	ENSAMXG00000042259	ENSAMXG00000042431	scn8ab (ENSAMXG00000001489)	METTL7A (ENSAMXG00000043038)	ENSAMXG00000036763	ENSAMXG00000039586	atf1 (ENSAMXG00000033737)	ENSAMXG00000001503	atf7b (ENSAMXG00000001508)	ENSAMXG00000001515
Electric eel	MODERN SPECIES	1242												ENSEEEG00000004791	tac3b (ENSEEEG00000004790)	ENSEEEG00000004789	os9 (ENSEEEG00000004788)	B4GALNT1 (ENSEEEG00000004787) #22
Channel catfish	MODERN SPECIES	2	ENSIPUG00000020069	scn8ab (ENSIPUG00000020075)	ENSIPUG00000020128	vdrb (ENSIPUG00000020135)	ENSIPUG00000020151	EIF4B (ENSIPUG00000020173)	ENSIPUG00000020229	ENSIPUG00000020399	ENSIPUG00000020655	ENSIPUG00000020695	gpr84 (ENSIPUG00000021119)	stat2 (ENSIPUG00000021129)	ENSIPUG00000021210	c1galt1lb (ENSIPUG00000021215)	os9 (ENSIPUG00000021239)	b4galnt1 (ENSIPUG00000021325) #22	krt4 (ENSIPUG00000021357)	zgc:158846 (ENSIPUG00000021363)	ENSIPUG00000021431	ENSIPUG00000021434	ENSIPUG00000021441	ENSIPUG00000021472	ENSIPUG00000021479	ENSIPUG00000021484	ENSIPUG00000021489	ENSIPUG00000021508	ENSIPUG00000021513	ENSIPUG00000021515	ENSIPUG00000021518	ENSIPUG00000021527	ENSIPUG00000021556
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155050.a	ENSGT00940000158737.g	ENSGT00940000158197.c	ENSGT00950000182882.A.a.i.a	ENSGT00390000002307.f.a	ENSGT00940000159065.b	ENSGT00940000155473.c.b	ENSGT00940000163886.B.b.b	ENSGT00940000153336.a.b	ENSGT00940000163160.b.c.b	ENSGT00940000163852.c.a.b.a.a.h.b	ENSGT00940000161671	ENSGT01050000244905.C	ENSGT00500000045104	ENSGT00530000063603.A	ENSGT00390000006679.a.e #22	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT01060000253501	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b	ENSGT00940000161090.B.c.a.b	ENSGT00940000163961.a.b	ENSGT00980000198987	ENSGT00940000156263.j	ENSGT00940000154786	ENSGT00940000166625	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b	ENSGT00940000155261.a.b	ENSGT00940000154409.eb.b	ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	203													ENSGT01030000235281.b	ENSGT00940000164651.a.b.c	ENSGT00530000063603.A.b	ENSGT00390000006679.a.e.m #22	ENSGT00940000154766.a.b.f	ENSGT00500000044852.b.a.h	ENSGT01060000253501	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b.a	ENSGT00940000161090.B.c.a.b.g	ENSGT00940000163961.a.b.c	ENSGT00980000198987	ENSGT00940000156263.j.b	ENSGT00940000154786.gb	ENSGT00940000166625.i	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b.j	ENSGT00940000155261.a.b.e.b	ENSGT00940000154409.eb.b.o	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.e	ENSGT00940000155440.c.a.d
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	203													ENSGT01030000235281.b	ENSGT00940000164651.a.b.c	ENSGT00530000063603.A.b	ENSGT00390000006679.a.e.m #22	ENSGT00940000154766.a.b.f	ENSGT00500000044852.b.a.h	ENSGT01060000253501	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b.a	ENSGT00940000161090.B.c.a.b.g	ENSGT00940000163961.a.b.c	ENSGT00980000198987	ENSGT00940000156263.j.b	ENSGT00940000154786.gb	ENSGT00940000166625.i	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b.j	ENSGT00940000155261.a.b.e.b	ENSGT00940000154409.eb.b.o	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.e	ENSGT00940000155440.c.a.d
Common carp reference	MODERN SPECIES	10	bin2b (ENSCCRG00000038248)	slc48a1b (ENSCCRG00000060348)	ENSCCRG00000054895	vdrb (ENSCCRG00000054349)	ENSCCRG00000008501	eif4bb (ENSCCRG00000008516)	ENSCCRG00000039686	ENSCCRG00000069639	ENSCCRG00000057996	gpr84 (ENSCCRG00000035006)	stat2 (ENSCCRG00000049842)	ENSCCRG00000036610	tac3b (ENSCCRG00000070609)	c1galt1lb (ENSCCRG00000080817)	os9 (ENSCCRG00000062497)	ENSCCRG00000040709 #22	ENSCCRG00000021064	ENSCCRG00000021055	ENSCCRG00000073300	krt4 (ENSCCRG00000020969)	zgc:158846 (ENSCCRG00000024306)	krt18b (ENSCCRG00000024310)	ENSCCRG00000060349	scn8ab (ENSCCRG00000024374)	ENSCCRG00000061652	ENSCCRG00000003962	ENSCCRG00000052198	ENSCCRG00000043121	pfkmb (ENSCCRG00000067083)	ENSCCRG00000070298	ENSCCRG00000044259
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	66	bin2b (ENSSGRG00000006199)	slc48a1b (ENSSGRG00000006198)	ENSSGRG00000006197	vdrb (ENSSGRG00000005505)	ENSSGRG00000005469	eif4bb (ENSSGRG00000005334)	ENSSGRG00000005324	ENSSGRG00000005320	ENSSGRG00000004749	gpr84 (ENSSGRG00000004736)	stat2 (ENSSGRG00000001411)	ENSSGRG00000001152	tac3b (ENSSGRG00000001142)	c1galt1lb (ENSSGRG00000001132)	os9 (ENSSGRG00000053584)	B4GALNT1 (ENSSGRG00000053583) #22	ENSSGRG00000053581	ENSSGRG00000053580	krt4 (ENSSGRG00000053561)	zgc:158846 (ENSSGRG00000053560)	krt18b (ENSSGRG00000053558)	ENSSGRG00000053556	scn8ab (ENSSGRG00000052819)	METTL7A (ENSSGRG00000052793)	ENSSGRG00000052791	atf1 (ENSSGRG00000052790)	ENSSGRG00000052784	atf7b (ENSSGRG00000052780)	ENSSGRG00000052777	pfdn5 (ENSSGRG00000052774)	ENSSGRG00000052767
Goldfish	MODERN SPECIES	46	ENSCARG00000027766	vdrb (ENSCARG00000027780)	ENSCARG00000027865	eif4bb (ENSCARG00000027914)	ENSCARG00000028037	ENSCARG00000028083	ENSCARG00000028101	ENSCARG00000028111	gpr84 (ENSCARG00000028114)	stat2 (ENSCARG00000028126)	ENSCARG00000028184	TAC3b (ENSCARG00000028214)	c1galt1lb (ENSCARG00000028225)	os9 (ENSCARG00000028235)	ENSCARG00000028245	B4GALNT1 (ENSCARG00000028251) #22	ENSCARG00000028374	ENSCARG00000028519	krt4 (ENSCARG00000028539)	zgc:158846 (ENSCARG00000028664)	krt18b (ENSCARG00000028675)	scn8ab (ENSCARG00000029051)	ENSCARG00000035633	atf1 (ENSCARG00000035650)	ENSCARG00000035972	atf7b (ENSCARG00000039922)	ENSCARG00000039950	pfdn5 (ENSCARG00000039956)	ENSCARG00000040113	pfkmb (ENSCARG00000040137)	C1QL4 (ENSCARG00000040211)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	167						ENSGT00940000163886.B.b.b.a	ENSGT00940000153336.a.b.d	ENSGT00940000163852.c.a.b.a.a.h.b.b	ENSGT00940000163852.c.a.b.a.a.h.b.a.b.a	ENSGT00940000161671.nb.b	ENSGT01050000244905.C.l	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281.a	ENSGT00940000164651.a.b.d	ENSGT00530000063603.A.a	ENSGT00390000006679.a.e.n #22	ENSGT00940000154766.a.b.e	ENSGT00500000044852.b.a.g	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b.b	ENSGT00940000161090.B.c.a.b.h	ENSGT00940000163961.a.b.d	ENSGT00940000156263.j.a	ENSGT00940000154786.fb	ENSGT00940000166625.j	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b.i	ENSGT00940000155261.a.b.e.a	ENSGT00940000154409.eb.b.p	ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.f	ENSGT00940000155440.c.a.c
Goldfish	MODERN SPECIES	24	gpr27 (ENSCARG00000017466)	ATP10A (ENSCARG00000017533)	ube3a (ENSCARG00000018573)	ENSCARG00000018944	stk35l (ENSCARG00000018954)	bin2b (ENSCARG00000018963)	slc48a1b (ENSCARG00000018999)	ENSCARG00000019005	vdrb (ENSCARG00000019030)	eif4bb (ENSCARG00000019145)	ENSCARG00000019359	gpr84 (ENSCARG00000019362)	stat2 (ENSCARG00000019373)	c1galt1lb (ENSCARG00000019411)	os9 (ENSCARG00000019418)	B4GALNT1 (ENSCARG00000019447) #22	ENSCARG00000019473	krt4 (ENSCARG00000019622)	krt18b (ENSCARG00000019730)	scn8ab (ENSCARG00000019902)	METTL7A (ENSCARG00000024129)	atf1 (ENSCARG00000024142)	DIP2B (ENSCARG00000024319)	atf7b (ENSCARG00000030212)	ENSCARG00000030239	pfdn5 (ENSCARG00000030368)	ENSCARG00000030379	pfkmb (ENSCARG00000030637)	C1QL4 (ENSCARG00000038495)	SMARCC2 (ENSCARG00000038538)	myl6 (ENSCARG00000038894)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158197.c.g.a	ENSGT00950000182882.A.a.i.a.d	ENSGT00390000002307.f.a.d	ENSGT00940000159065.b.e	ENSGT00940000155473.c.b.d	ENSGT00940000163886.B.b.b.a	ENSGT00940000153336.a.b.d	ENSGT00940000163852.c.a.b.a.a.h.b.b	ENSGT00940000163852.c.a.b.a.a.h.b.a.b.a	ENSGT00940000161671.nb.b	ENSGT01050000244905.C.l	ENSGT00500000045104	ENSGT01030000235281.a	ENSGT00940000164651.a.b.d	ENSGT00530000063603.A.a	ENSGT00390000006679.a.e.n #22	ENSGT00940000154766.a.b.e	ENSGT00500000044852.b.a.g	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.b.b	ENSGT00940000161090.B.c.a.b.h	ENSGT00940000163961.a.b.d	ENSGT00940000156263.j.a	ENSGT00940000154786.fb	ENSGT00940000166625.j	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.b.i	ENSGT00940000155261.a.b.e.a	ENSGT00940000154409.eb.b.p	ENSGT00390000008783	ENSGT00390000004990	ENSGT01090000259987.a.a.b.e.f	ENSGT00940000155440.c.a.c
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	46	slc48a1b (ENSSGRG00000035843)	ENSSGRG00000035839	vdrb (ENSSGRG00000035428)	ENSSGRG00000035421	eif4bb (ENSSGRG00000035358)	ENSSGRG00000035355	ENSSGRG00000035354	ENSSGRG00000035279	ENSSGRG00000035148	gpr84 (ENSSGRG00000035145)	stat2 (ENSSGRG00000032765)	ENSSGRG00000032732	tac3b (ENSSGRG00000032731)	c1galt1lb (ENSSGRG00000032730)	os9 (ENSSGRG00000032680)	B4GALNT1 (ENSSGRG00000032675) #22	ENSSGRG00000032631	ENSSGRG00000032630	krt4 (ENSSGRG00000032528)	zgc:158846 (ENSSGRG00000032523)	krt18b (ENSSGRG00000032519)	scn8ab (ENSSGRG00000029908)	ENSSGRG00000029850	ENSSGRG00000029849	atf1 (ENSSGRG00000029848)	ENSSGRG00000025478	atf7b (ENSSGRG00000025405)	ENSSGRG00000025404	ENSSGRG00000025403	ENSSGRG00000025402	pfkmb (ENSSGRG00000024681)
Common carp reference	MODERN SPECIES	16	ENSCCRG00000003356	stk35l (ENSCCRG00000082287)	bin2b (ENSCCRG00000072295)	slc48a1b (ENSCCRG00000038273)	ENSCCRG00000038279	vdrb (ENSCCRG00000038292)	ENSCCRG00000055328	eif4bb (ENSCCRG00000039040)	ENSCCRG00000079910	ENSCCRG00000062273	gpr84 (ENSCCRG00000056452)	stat2 (ENSCCRG00000073657)	tac3b (ENSCCRG00000036608)	c1galt1lb (ENSCCRG00000040429)	os9 (ENSCCRG00000036546)	ENSCCRG00000021068 #22	ENSCCRG00000040716	ENSCCRG00000075501	krt4 (ENSCCRG00000046974)	zgc:158846 (ENSCCRG00000046958)	krt18b (ENSCCRG00000046949)	scn8ab (ENSCCRG00000073561)	ENSCCRG00000058496	atf1 (ENSCCRG00000017878)	ENSCCRG00000017850	atf7b (ENSCCRG00000043132)	ENSCCRG00000074575	pfdn5 (ENSCCRG00000043137)	ENSCCRG00000052195	ENSCCRG00000052193	pfkmb (ENSCCRG00000052130)
Zebrafish	MODERN SPECIES	21	bin2b (ENSDARG00000010255)	slc48a1b (ENSDARG00000026109)	ENSDARG00000073850	vdrb (ENSDARG00000070721)	ENSDARG00000068397	eif4bb (ENSDARG00000010194)	prss60.1 (ENSDARG00000070713)	prss60.2 (ENSDARG00000055644)	ENSDARG00000070710	gpr84 (ENSDARG00000077308)	stat2 (ENSDARG00000031647)	ENSDARG00000090980	tac3b (ENSDARG00000097596)	c1galt1lb (ENSDARG00000055561)	os9 (ENSDARG00000020301)	B4GALNT1 (ENSDARG00000077352) #22	ENSDARG00000014465	ENSDARG00000002508	ENSDARG00000097909	krt4 (ENSDARG00000017624)	zgc:158846 (ENSDARG00000058462)	krt18b (ENSDARG00000028618)	ENSDARG00000097445	scn8ab (ENSDARG00000018032)	mettl7a.1 (ENSDARG00000056726)	ENSDARG00000028478	atf1 (ENSDARG00000044301)	mettl7a.3 (ENSDARG00000060889)	ENSDARG00000016348	ENSDARG00000114880	atf7b (ENSDARG00000055481)
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P. kingsleyae	MODERN SPECIES	106		ENSPKIG00000008709	C1QL4 (ENSPKIG00000008683)	SMARCC2 (ENSPKIG00000008604)	myl6 (ENSPKIG00000008538)	tsfm (ENSPKIG00000008495)	endou (ENSPKIG00000008467)	NEUROD4 (ENSPKIG00000008450)	ZNF385A (ENSPKIG00000008396)	ENSPKIG00000008354	stat2 (ENSPKIG00000008282)	ENSPKIG00000008244	ENSPKIG00000008232	ENSPKIG00000008214	os9 (ENSPKIG00000008156)	B4GALNT1 (ENSPKIG00000008114) #22	ENSPKIG00000008097	ARHGEF25 (ENSPKIG00000008025) #24	ANKRD33 (ENSPKIG00000007987)	acvrl1 (ENSPKIG00000007948)	ACVR1B (ENSPKIG00000007917)	prkag1 (ENSPKIG00000007879)	KMT2D (ENSPKIG00000007724)	rhebl1 (ENSPKIG00000007648)	LMBR1L (ENSPKIG00000007587)	IKZF4 (ENSPKIG00000007533)	rps26 (ENSPKIG00000007508)	ccdc65 (ENSPKIG00000007474)	fkbp11 (ENSPKIG00000007495)	wnt1 (ENSPKIG00000007456)	arf3a (ENSPKIG00000007437)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	45							ENSGT00940000155261.a.a	ENSGT00940000159366	ENSGT00940000154409.eb.a	ENSGT01090000259987.a.a.b.f	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.a	ENSGT00940000157032	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000158308.b
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	58													ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a.g	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a.b #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145.a	ENSGT00940000157032.d	ENSGT00950000183019.f.b.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329.e	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.b.a.a
P. kingsleyae	DUPLICATION
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P. kingsleyae	MODERN SPECIES	403																b4galnt1a (ENSPKIG00000025337) #22	ENSPKIG00000025334 #23	sp5l (ENSPKIG00000025329)	ENSPKIG00000025322	ANKRD33 (ENSPKIG00000025314)	acvrl1 (ENSPKIG00000025296)	acvr1ba (ENSPKIG00000025288)	KMT2D (ENSPKIG00000025271)	dhh (ENSPKIG00000025261)	lmbr1l (ENSPKIG00000025252)	DNAJC22 (ENSPKIG00000025244)	ikzf4 (ENSPKIG00000025234)	ENSPKIG00000025224	wnt1 (ENSPKIG00000025216)	wnt10b (ENSPKIG00000025210)	arf2a (ENSPKIG00000025204)
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Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	39											ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.b
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Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.h	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	457			ENSHCOG00000003756	ribc1 (ENSHCOG00000003735)	smc1al (ENSHCOG00000003719)	ENSHCOG00000003696	ENSHCOG00000003682	tmem9 (ENSHCOG00000003664)	C1QL4 (ENSHCOG00000003652)	zgc:153867 (ENSHCOG00000003640)	neurod4 (ENSHCOG00000000635)	birc5b (ENSHCOG00000000839)	ZNF385A (ENSHCOG00000003599)	ENSHCOG00000003582	ENSHCOG00000003576	b4galnt1a (ENSHCOG00000003558) #22	ENSHCOG00000003549 #23	sp5l (ENSHCOG00000003521)	ENSHCOG00000003507	ANKRD33 (ENSHCOG00000003477)	acvrl1 (ENSHCOG00000003470)	ACVR1B (ENSHCOG00000003459)	ENSHCOG00000003437	ENSHCOG00000000722	ENSHCOG00000003402	dhh (ENSHCOG00000003372)	lmbr1l (ENSHCOG00000003349)	DNAJC22 (ENSHCOG00000003313)	ikzf4 (ENSHCOG00000003305)	wnt1 (ENSHCOG00000000100)	wnt10b (ENSHCOG00000003269)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
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Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	1122																b4galnt1a (ENSKMAG00000002050) #22	ENSKMAG00000002088 #23
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1624	PHF8 (ENSNFUG00015005976)	HUWE1 (ENSNFUG00015006087)	l1cama (ENSNFUG00015006292)	ribc1 (ENSNFUG00015006406)	smc1al (ENSNFUG00015006519)	cacna1sb (ENSNFUG00015007284)	tmem9 (ENSNFUG00015007865)	AL954698.2 (ENSNFUG00015007868)	zgc:153867 (ENSNFUG00015007883)	NEUROD4 (ENSNFUG00015007939)	ENSNFUG00015007942	ZNF385A (ENSNFUG00015007954)	ENSNFUG00015007963	ENSNFUG00015007969	C1GALT1A (ENSNFUG00015008005)	b4galnt1a (ENSNFUG00015008010) #22	ENSNFUG00015008029 #23	SP5L (ENSNFUG00015008038)	ARHGEF25 (ENSNFUG00015008053) #24	ANKRD33 (ENSNFUG00015008071)	ACVRL1 (ENSNFUG00015008084)	ACVR1B (ENSNFUG00015008109)	DHH (ENSNFUG00015008215)	LMBR1L (ENSNFUG00015008252)	DNAJC22 (ENSNFUG00015008563)	ikzf4 (ENSNFUG00015008580)	wnt1 (ENSNFUG00015008592)	WNT10B (ENSNFUG00015008600)	ARF3 (ENSNFUG00015008612)	ERBB3B (ENSNFUG00015008835)	ENSNFUG00015015444
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Mummichog	MODERN SPECIES	2232	ENSFHEG00000023445	phf8 (ENSFHEG00000023443)	HUWE1 (ENSFHEG00000023436)	l1cama (ENSFHEG00000023434)	ribc1 (ENSFHEG00000023433)	smc1al (ENSFHEG00000023431)	cacna1sb (ENSFHEG00000023428)	tmem9 (ENSFHEG00000023424)	C1QL4 (ENSFHEG00000023423)	zgc:153867 (ENSFHEG00000023422)	neurod4 (ENSFHEG00000023421)	ENSFHEG00000023420	ZNF385A (ENSFHEG00000023419)	ENSFHEG00000023417	c1galt1la (ENSFHEG00000023416)	b4galnt1a (ENSFHEG00000023415) #22	ENSFHEG00000023410 #23	sp5l (ENSFHEG00000023409)	ENSFHEG00000023408 #24	ENSFHEG00000023407	ENSFHEG00000023406	acvrl1 (ENSFHEG00000023405)	ACVR1B (ENSFHEG00000023404)	ENSFHEG00000023403	dhh (ENSFHEG00000023402)	lmbr1l (ENSFHEG00000023401)	DNAJC22 (ENSFHEG00000023400)	ikzf4 (ENSFHEG00000023399)	wnt1 (ENSFHEG00000023398)	wnt10b (ENSFHEG00000023397)	ARF3 (ENSFHEG00000023396)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	273	phf8 (ENSCVAG00000022608)	HUWE1 (ENSCVAG00000022590)	ENSCVAG00000022466	l1cama (ENSCVAG00000022441)	ribc1 (ENSCVAG00000022406)	smc1al (ENSCVAG00000022389)	cacna1sb (ENSCVAG00000022296)	tmem9 (ENSCVAG00000022208)	C1QL4 (ENSCVAG00000022186)	zgc:153867 (ENSCVAG00000022165)	neurod4 (ENSCVAG00000022137)	birc5b (ENSCVAG00000000571)	ZNF385A (ENSCVAG00000000567)	ENSCVAG00000022093	c1galt1la (ENSCVAG00000022062)	b4galnt1a (ENSCVAG00000022047) #22	ENSCVAG00000022028 #23	ENSCVAG00000021981 #24	sp5l (ENSCVAG00000000563)	ANKRD33 (ENSCVAG00000021946)	acvrl1 (ENSCVAG00000021936)	ACVR1B (ENSCVAG00000000559)	ENSCVAG00000021909	ENSCVAG00000000558	dhh (ENSCVAG00000000557)	lmbr1l (ENSCVAG00000021853)	wdr13 (ENSCVAG00000021841)	gpr173 (ENSCVAG00000021785)	ENSCVAG00000021782	tspy (ENSCVAG00000021765)	sema3ga (ENSCVAG00000021744)
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Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b.a #23	ENSGT01070000253775.a.d.b.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
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Amazon molly	DUPLICATION
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Sailfin molly	MODERN SPECIES	422		l1cama (ENSPLAG00000019731)	ribc1 (ENSPLAG00000019753)	smc1al (ENSPLAG00000019910)	cacna1sb (ENSPLAG00000020012)	ENSPLAG00000020032	tmem9 (ENSPLAG00000020061)	C1QL4 (ENSPLAG00000020078)	zgc:153867 (ENSPLAG00000020099)	neurod4 (ENSPLAG00000020126)	birc5b (ENSPLAG00000020147)	ZNF385A (ENSPLAG00000020210)	ENSPLAG00000020228	c1galt1la (ENSPLAG00000020254)	ENSPLAG00000020262 #23	b4galnt1a (ENSPLAG00000020284) #22	ENSPLAG00000020322 #23	sp5l (ENSPLAG00000020335)	sp5l (ENSPLAG00000020344)
Guppy	MODERN SPECIES	459	ENSPREG00000021990	phf8 (ENSPREG00000021976)	HUWE1 (ENSPREG00000021868)	l1cama (ENSPREG00000021765)	ribc1 (ENSPREG00000021737)	smc1al (ENSPREG00000021702)	cacna1sb (ENSPREG00000021511)	tmem9 (ENSPREG00000021440)	C1QL4 (ENSPREG00000021433)	zgc:153867 (ENSPREG00000021421)	neurod4 (ENSPREG00000021410)	birc5b (ENSPREG00000021398)	ZNF385A (ENSPREG00000021375)	ENSPREG00000021367	c1galt1la (ENSPREG00000021363)	b4galnt1a (ENSPREG00000021352) #22	ENSPREG00000021325 #23	sp5l (ENSPREG00000021316)	ENSPREG00000021308	ARHGEF25 (ENSPREG00000021284) #24	ANKRD33 (ENSPREG00000021275)	acvrl1 (ENSPREG00000021265)	ACVR1B (ENSPREG00000021248)	KMT2D (ENSPREG00000021152)	dhh (ENSPREG00000021113)	lmbr1l (ENSPREG00000021073)	DNAJC22 (ENSPREG00000021056)	ikzf4 (ENSPREG00000021036)	wnt1 (ENSPREG00000021010)	wnt10b (ENSPREG00000020994)	ARF3 (ENSPREG00000020988)
Platyfish	MODERN SPECIES		HUWE1 (ENSXMAG00000010828)	l1cama (ENSXMAG00000010902)	ribc1 (ENSXMAG00000010952)	smc1al (ENSXMAG00000010960)	cacna1sb (ENSXMAG00000010988)	tmem9 (ENSXMAG00000011047)	ENSXMAG00000022714	C1QL4 (ENSXMAG00000016054)	zgc:153867 (ENSXMAG00000027869)	neurod4 (ENSXMAG00000027447)	birc5b (ENSXMAG00000023757)	ZNF385A (ENSXMAG00000028272)	ENSXMAG00000022256	ENSXMAG00000021832	c1galt1la (ENSXMAG00000027324)	b4galnt1a (ENSXMAG00000009980) #22	ENSXMAG00000009959 #23	sp5l (ENSXMAG00000010161)	ENSXMAG00000010164 #24	ANKRD33 (ENSXMAG00000024300)	acvrl1 (ENSXMAG00000011072)	ACVR1B (ENSXMAG00000025100)	ENSXMAG00000022433	ENSXMAG00000025604	dhh (ENSXMAG00000011132)	lmbr1l (ENSXMAG00000011135)	DNAJC22 (ENSXMAG00000023187)	ikzf4 (ENSXMAG00000026235)	wnt1 (ENSXMAG00000022548)	wnt10b (ENSXMAG00000011174)	ARF3 (ENSXMAG00000011177)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.c.a	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.c.a	ENSGT00940000158289.a.b.b.c.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	21	idh3g (ENSOJAG00000022809)	fam3a (ENSOJAG00000022923)	ENSOJAG00000022936	phf8 (ENSOJAG00000022991)	ENSOJAG00000023557	ribc1 (ENSOJAG00000023564)	smc1al (ENSOJAG00000023577)	tmem9 (ENSOJAG00000023603)	C1QL4 (ENSOJAG00000023605)	zgc:153867 (ENSOJAG00000005725)	neurod4 (ENSOJAG00000006057)	birc5b (ENSOJAG00000006069)	ZNF385A (ENSOJAG00000006085)	tac3a (ENSOJAG00000006182)	c1galt1la (ENSOJAG00000006203)	b4galnt1a (ENSOJAG00000006217) #22	ENSOJAG00000006287 #23	sp5l (ENSOJAG00000006515)	ARHGEF25 (ENSOJAG00000006551) #24	ANKRD33 (ENSOJAG00000006662)	acvrl1 (ENSOJAG00000006707)	ACVR1B (ENSOJAG00000006747)	dhh (ENSOJAG00000007670)	lmbr1l (ENSOJAG00000007682)	DNAJC22 (ENSOJAG00000007922)	ikzf4 (ENSOJAG00000007944)	wnt1 (ENSOJAG00000007984)	wnt10b (ENSOJAG00000008005)	ARF3 (ENSOJAG00000008013)	erbb3b (ENSOJAG00000008096)	pa2g4b (ENSOJAG00000011324)
Indian medaka	MODERN SPECIES	23	ENSOMEG00000018496	l1cama (ENSOMEG00000018404)	ribc1 (ENSOMEG00000018085)	smc1al (ENSOMEG00000018047)	ENSOMEG00000017972	ENSOMEG00000017961	ENSOMEG00000017945	tmem9 (ENSOMEG00000017927)	C1QL4 (ENSOMEG00000017901)	zgc:153867 (ENSOMEG00000017882)	neurod4 (ENSOMEG00000017852)	birc5b (ENSOMEG00000017843)	ZNF385A (ENSOMEG00000017817)	ENSOMEG00000017776	tac3a (ENSOMEG00000017766)	b4galnt1a (ENSOMEG00000017749) #22	ENSOMEG00000017719 #23	sp5l (ENSOMEG00000017678)	ARHGEF25 (ENSOMEG00000017624) #24	ANKRD33 (ENSOMEG00000017483)	acvrl1 (ENSOMEG00000017442)	ACVR1B (ENSOMEG00000017363)	ENSOMEG00000017323	ENSOMEG00000017302	dhh (ENSOMEG00000017286)	lmbr1l (ENSOMEG00000017262)	DNAJC22 (ENSOMEG00000017207)	ikzf4 (ENSOMEG00000017187)	wnt1 (ENSOMEG00000017139)	wnt10b (ENSOMEG00000017114)	ARF3 (ENSOMEG00000017070)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.c.a	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	21	HUWE1 (ENSORLG00000007276)	l1cama (ENSORLG00000007291)	ribc1 (ENSORLG00000007297)	smc1al (ENSORLG00000007360)	ENSORLG00000030075	cacna1sb (ENSORLG00000007431)	tmem9 (ENSORLG00000029544)	ENSORLG00000007449	zgc:153867 (ENSORLG00000007460)	neurod4 (ENSORLG00000007467)	birc5b (ENSORLG00000027336)	ENSORLG00000007485	ENSORLG00000030242	ENSORLG00000007498	tac3a (ENSORLG00000007492)	b4galnt1a (ENSORLG00000007511) #22	ENSORLG00000007519 #23	sp5l (ENSORLG00000023286)	ENSORLG00000026249 #24	ANKRD33 (ENSORLG00000007538)	acvrl1 (ENSORLG00000007548)	ACVR1B (ENSORLG00000007566)	ENSORLG00000024034	ENSORLG00000028475	ENSORLG00000025265	dhh (ENSORLG00000007595)	lmbr1l (ENSORLG00000007622)	DNAJC22 (ENSORLG00000007630)	ikzf4 (ENSORLG00000007632)	wnt1 (ENSORLG00000024570)	wnt10b (ENSORLG00000007655)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1092	idh3g (ENSOSIG00000006803)	fam3a (ENSOSIG00000006800)	ENSOSIG00000006798	phf8 (ENSOSIG00000005986)	l1cama (ENSOSIG00000020268)	ENSOSIG00000020230	smc1al (ENSOSIG00000018777)	tmem9 (ENSOSIG00000018648)	C1QL4 (ENSOSIG00000018647)	zgc:153867 (ENSOSIG00000018540)	neurod4 (ENSOSIG00000018528)	birc5b (ENSOSIG00000018525)	ZNF385A (ENSOSIG00000018521)	tac3a (ENSOSIG00000018512)	c1galt1la (ENSOSIG00000018504)	b4galnt1a (ENSOSIG00000018500) #22	ENSOSIG00000018488 #23	sp5l (ENSOSIG00000018477)	ARHGEF25 (ENSOSIG00000018450) #24	ENSOSIG00000018433	ENSOSIG00000018430	acvrl1 (ENSOSIG00000018424)	ACVR1B (ENSOSIG00000018386)	dhh (ENSOSIG00000018279)	lmbr1l (ENSOSIG00000018136)	DNAJC22 (ENSOSIG00000018115)	ikzf4 (ENSOSIG00000018111)	wnt1 (ENSOSIG00000018108)	wnt10b (ENSOSIG00000018101)	ARF3 (ENSOSIG00000018084)	ENSOSIG00000012295
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT01100000263691.d	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	342	phf8 (ENSPNYG00000021215)	HUWE1 (ENSPNYG00000021015)	l1cama (ENSPNYG00000020761)	ribc1 (ENSPNYG00000020711)	smc1al (ENSPNYG00000020647)	cacna1sb (ENSPNYG00000020299)	tmem9 (ENSPNYG00000020233)	C1QL4 (ENSPNYG00000020221)	ENSPNYG00000020207	zgc:153867 (ENSPNYG00000020185)	neurod4 (ENSPNYG00000020175)	birc5b (ENSPNYG00000020164)	ZNF385A (ENSPNYG00000020147)	tac3a (ENSPNYG00000020132)	c1galt1la (ENSPNYG00000020118)	b4galnt1a (ENSPNYG00000020094) #22	ENSPNYG00000020040 #23	sp5l (ENSPNYG00000020022)	ARHGEF25 (ENSPNYG00000019974) #24	ANKRD33 (ENSPNYG00000019951)	acvrl1 (ENSPNYG00000019908)	ACVR1B (ENSPNYG00000019868)	ENSPNYG00000019849	ENSPNYG00000019837	dhh (ENSPNYG00000019828)	lmbr1l (ENSPNYG00000019782)	DNAJC22 (ENSPNYG00000019758)	ikzf4 (ENSPNYG00000019690)	wnt1 (ENSPNYG00000019657)	wnt10b (ENSPNYG00000019637)	ARF3 (ENSPNYG00000019094)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT01100000263691.d	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Eastern happy	MODERN SPECIES	12	ENSACLG00000004180	phf8 (ENSACLG00000004276)	HUWE1 (ENSACLG00000004379)	l1cama (ENSACLG00000004611)	ribc1 (ENSACLG00000004660)	smc1al (ENSACLG00000004712)	cacna1sb (ENSACLG00000004840)	tmem9 (ENSACLG00000005051)	C1QL4 (ENSACLG00000005071)	zgc:153867 (ENSACLG00000005087)	neurod4 (ENSACLG00000005139)	birc5b (ENSACLG00000005142)	ZNF385A (ENSACLG00000005163)	tac3a (ENSACLG00000005246)	c1galt1la (ENSACLG00000005257)	b4galnt1a (ENSACLG00000005666) #22	ENSACLG00000005696 #23	sp5l (ENSACLG00000005752)	ARHGEF25 (ENSACLG00000005765) #24	ENSACLG00000005823	acvrl1 (ENSACLG00000005827)	ACVR1B (ENSACLG00000005853)	ENSACLG00000005872	ENSACLG00000005891	dhh (ENSACLG00000005903)	lmbr1l (ENSACLG00000005912)	DNAJC22 (ENSACLG00000006006)	ikzf4 (ENSACLG00000006016)	wnt1 (ENSACLG00000006046)	wnt10b (ENSACLG00000006059)	ARF3 (ENSACLG00000006072)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1103	WNK3 (ENSMZEG00005027234)	phf8 (ENSMZEG00005027233)	HUWE1 (ENSMZEG00005027230)	l1cama (ENSMZEG00005027229)	ribc1 (ENSMZEG00005027228)	smc1al (ENSMZEG00005027227)	cacna1sb (ENSMZEG00005027226)	tmem9 (ENSMZEG00005027225)	C1QL4 (ENSMZEG00005027224)	zgc:153867 (ENSMZEG00005027223)	neurod4 (ENSMZEG00005027222)	birc5b (ENSMZEG00005027221)	ZNF385A (ENSMZEG00005027220)	tac3a (ENSMZEG00005027219)	c1galt1la (ENSMZEG00005027218)	b4galnt1a (ENSMZEG00005027217) #22	ENSMZEG00005027216 #23	sp5l (ENSMZEG00005027215)	ANKRD33 (ENSMZEG00005027214)	ARHGEF25 (ENSMZEG00005027213) #24	acvrl1 (ENSMZEG00005027212)	ACVR1B (ENSMZEG00005027211)	ENSMZEG00005027210	dhh (ENSMZEG00005027209)	lmbr1l (ENSMZEG00005027208)	DNAJC22 (ENSMZEG00005027207)	ikzf4 (ENSMZEG00005027206)	wnt1 (ENSMZEG00005027205)	wnt10b (ENSMZEG00005027204)	ARF3 (ENSMZEG00005027203)	erbb3b (ENSMZEG00005027202)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	277	phf8 (ENSHBUG00000002801)	ENSHBUG00000002815	HUWE1 (ENSHBUG00000002965)	l1cama (ENSHBUG00000000070)	ribc1 (ENSHBUG00000003387)	smc1al (ENSHBUG00000003482)	cacna1sb (ENSHBUG00000003865)	tmem9 (ENSHBUG00000003926)	C1QL4 (ENSHBUG00000003934)	zgc:153867 (ENSHBUG00000003977)	neurod4 (ENSHBUG00000004000)	birc5b (ENSHBUG00000004010)	ZNF385A (ENSHBUG00000004041)	ENSHBUG00000004060	c1galt1la (ENSHBUG00000004064)	b4galnt1a (ENSHBUG00000004071) #22	ENSHBUG00000004117 #23	sp5l (ENSHBUG00000004128)	ARHGEF25 (ENSHBUG00000004141) #24	ANKRD33 (ENSHBUG00000004171)	acvrl1 (ENSHBUG00000004184)	ACVR1B (ENSHBUG00000004451)	ENSHBUG00000004482	dhh (ENSHBUG00000004491)	lmbr1l (ENSHBUG00000004537)	DNAJC22 (ENSHBUG00000004555)	ikzf4 (ENSHBUG00000004594)	wnt1 (ENSHBUG00000004608)	wnt10b (ENSHBUG00000004637)	ARF3 (ENSHBUG00000004652)	erbb3b (ENSHBUG00000004664)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	298	WNK3 (ENSNBRG00000015252)	phf8 (ENSNBRG00000015349)	HUWE1 (ENSNBRG00000015437)	l1cama (ENSNBRG00000015666)	ribc1 (ENSNBRG00000015891)	smc1al (ENSNBRG00000015949)	ENSNBRG00000016202	tmem9 (ENSNBRG00000016227)	C1QL4 (ENSNBRG00000016239)	zgc:153867 (ENSNBRG00000016250)	neurod4 (ENSNBRG00000016268)	birc5b (ENSNBRG00000016281)	ENSNBRG00000016305	ENSNBRG00000016328	c1galt1la (ENSNBRG00000016346)	b4galnt1a (ENSNBRG00000016369) #22	ENSNBRG00000016424 #23	sp5l (ENSNBRG00000016473)	ARHGEF25 (ENSNBRG00000016489) #24	ENSNBRG00000016509	acvrl1 (ENSNBRG00000016533)	ACVR1B (ENSNBRG00000016634)	ENSNBRG00000016652	ENSNBRG00000016674	ENSNBRG00000016693	lmbr1l (ENSNBRG00000016712)	DNAJC22 (ENSNBRG00000016752)	ikzf4 (ENSNBRG00000016765)	wnt1 (ENSNBRG00000016798)	wnt10b (ENSNBRG00000016818)	ARF3 (ENSNBRG00000016833)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	12	HUWE1 (ENSONIG00000012021)	l1cama (ENSONIG00000012032)	ribc1 (ENSONIG00000012047)	smc1al (ENSONIG00000012052)	cacna1sb (ENSONIG00000012059)	tmem9 (ENSONIG00000012101)	C1QL4 (ENSONIG00000012102)	zgc:153867 (ENSONIG00000012103)	ENSONIG00000040374	neurod4 (ENSONIG00000020540)	birc5b (ENSONIG00000012106)	ZNF385A (ENSONIG00000032855)	tac3a (ENSONIG00000034962)	c1galt1la (ENSONIG00000012108)	ENSONIG00000040025	b4galnt1a (ENSONIG00000012109) #22	ENSONIG00000012113 #23	sp5l (ENSONIG00000012117)	ARHGEF25 (ENSONIG00000012118) #24	ANKRD33 (ENSONIG00000012119)	acvrl1 (ENSONIG00000012120)	ACVR1B (ENSONIG00000012123)	KMT2D (ENSONIG00000012128)	dhh (ENSONIG00000012132)	lmbr1l (ENSONIG00000012134)	DNAJC22 (ENSONIG00000029174)	ikzf4 (ENSONIG00000012141)	wnt1 (ENSONIG00000028410)	wnt10b (ENSONIG00000012145)	ARF3 (ENSONIG00000031711)	erbb3b (ENSONIG00000012148)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	814	fam3a (ENSACIG00000023304)	phf8 (ENSACIG00000023286)	HUWE1 (ENSACIG00000023252)	l1cama (ENSACIG00000023139)	ribc1 (ENSACIG00000023115)	smc1al (ENSACIG00000023088)	cacna1sb (ENSACIG00000022926)	tmem9 (ENSACIG00000022891)	C1QL4 (ENSACIG00000022888)	zgc:153867 (ENSACIG00000022883)	neurod4 (ENSACIG00000022880)	birc5b (ENSACIG00000022871)	ZNF385A (ENSACIG00000022862)	ENSACIG00000022852	c1galt1la (ENSACIG00000022842)	b4galnt1a (ENSACIG00000022832) #22
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b.d	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3198								tmem9 (ENSAOCG00000021328)	C1QL4 (ENSAOCG00000021310)	zgc:153867 (ENSAOCG00000021287)	neurod4 (ENSAOCG00000021250)	birc5b (ENSAOCG00000021234)	ZNF385A (ENSAOCG00000021210)	tac3a (ENSAOCG00000021154)	c1galt1la (ENSAOCG00000021143)	b4galnt1a (ENSAOCG00000021130) #22	ENSAOCG00000021094 #23	sp5l (ENSAOCG00000021013)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	22	ENSAPEG00000000640	phf8 (ENSAPEG00000000698)	HUWE1 (ENSAPEG00000000881)	l1cama (ENSAPEG00000001589)	ribc1 (ENSAPEG00000001700)	smc1al (ENSAPEG00000001735)	cacna1sb (ENSAPEG00000001852)	tmem9 (ENSAPEG00000001984)	C1QL4 (ENSAPEG00000002005)	zgc:153867 (ENSAPEG00000002021)	neurod4 (ENSAPEG00000002047)	birc5b (ENSAPEG00000002074)	ZNF385A (ENSAPEG00000002080)	tac3a (ENSAPEG00000002106)	c1galt1la (ENSAPEG00000002118)	b4galnt1a (ENSAPEG00000002127) #22	ENSAPEG00000002138 #23	sp5l (ENSAPEG00000002231)	ARHGEF25 (ENSAPEG00000002258) #24	ANKRD33 (ENSAPEG00000002316)	acvrl1 (ENSAPEG00000002331)	ACVR1B (ENSAPEG00000002383)	ENSAPEG00000002456	dhh (ENSAPEG00000002475)	lmbr1l (ENSAPEG00000002527)	DNAJC22 (ENSAPEG00000002590)	ikzf4 (ENSAPEG00000002604)	wnt1 (ENSAPEG00000002716)	wnt10b (ENSAPEG00000002791)	ARF3 (ENSAPEG00000002821)	ENSAPEG00000002840
Spiny chromis	MODERN SPECIES	373									agbl4 (ENSAPOG00000020240)	elavl4 (ENSAPOG00000020329)	dmrta2 (ENSAPOG00000020362)	faf1 (ENSAPOG00000000696)	cdkn2c (ENSAPOG00000020461)	rnf11b (ENSAPOG00000020480)	TTC39A (ENSAPOG00000020563)	b4galnt1a (ENSAPOG00000000946) #22	ENSAPOG00000020694 #23	sp5l (ENSAPOG00000001117)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1385						ENSSPAG00000006689	cacna1sb (ENSSPAG00000006714)	tmem9 (ENSSPAG00000006778)	C1QL4 (ENSSPAG00000006817)	zgc:153867 (ENSSPAG00000006861)	neurod4 (ENSSPAG00000006896)	birc5b (ENSSPAG00000006905)	ZNF385A (ENSSPAG00000006930)	tac3a (ENSSPAG00000006975)	c1galt1la (ENSSPAG00000007015)	b4galnt1a (ENSSPAG00000007033) #22	ENSSPAG00000007140 #23
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000183004.a.a.a.b	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Turbot	MODERN SPECIES	2	ENSSMAG00000022001	ENSSMAG00000001577	HUWE1 (ENSSMAG00000001712)	ENSSMAG00000001904	ribc1 (ENSSMAG00000002005)	ENSSMAG00000002013	ENSSMAG00000002083	ENSSMAG00000002247	ENSSMAG00000002281	zgc:153867 (ENSSMAG00000002379)	neurod4 (ENSSMAG00000002363)	ENSSMAG00000036508	ENSSMAG00000002448	tac3a (ENSSMAG00000002456)	c1galt1la (ENSSMAG00000002463)	b4galnt1a (ENSSMAG00000002472) #22	ENSSMAG00000002488 #23	sp5l (ENSSMAG00000002541)	ENSSMAG00000002556 #24	ANKRD33 (ENSSMAG00000029113)	acvrl1 (ENSSMAG00000002601)	ACVR1B (ENSSMAG00000002655)	ENSSMAG00000002765	dhh (ENSSMAG00000002790)	lmbr1l (ENSSMAG00000002797)	ENSSMAG00000002823	ikzf4 (ENSSMAG00000002840)	wnt1 (ENSSMAG00000027602)	wnt10b (ENSSMAG00000002900)	ARF3 (ENSSMAG00000022529)	erbb3b (ENSSMAG00000002968)
Tongue sole	MODERN SPECIES	1	ENSCSEG00000006685	dnase1l1l (ENSCSEG00000006695)	ENSCSEG00000006710	atp5pb (ENSCSEG00000006718)	eps8l3b (ENSCSEG00000006800)	AMPD2 (ENSCSEG00000006814)	cacna1sb (ENSCSEG00000006828)	tmem9 (ENSCSEG00000006864)	C1QL4 (ENSCSEG00000006868)	zgc:153867 (ENSCSEG00000006873)	survivin (ENSCSEG00000006889)	neurod4 (ENSCSEG00000006903)	ZNF385A (ENSCSEG00000006909)	c1galt1la (ENSCSEG00000006929)	tac3a (ENSCSEG00000006948)	b4galnt1a (ENSCSEG00000006966) #22	ENSCSEG00000006977 #23	sp5l (ENSCSEG00000006992)	ARHGEF25 (ENSCSEG00000007003) #24	ANKRD33 (ENSCSEG00000007026)	acvrl1 (ENSCSEG00000007036)	ACVR1B (ENSCSEG00000007058)	DNAJC22 (ENSCSEG00000007067)	lmbr1l (ENSCSEG00000007073)	dhh (ENSCSEG00000007085)	ENSCSEG00000007090	KMT2D (ENSCSEG00000007106)	ikzf4 (ENSCSEG00000007155)	wnt1 (ENSCSEG00000007200)	wnt10b (ENSCSEG00000007206)	ARF3 (ENSCSEG00000007217)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a	ENSGT00940000164713
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3093						cacna1sb (ENSSLDG00000006563)	ENSSLDG00000006538	tmem9 (ENSSLDG00000006499)	C1QL4 (ENSSLDG00000006482)	zgc:153867 (ENSSLDG00000006432)	neurod4 (ENSSLDG00000006414)	birc5b (ENSSLDG00000006395)	ZNF385A (ENSSLDG00000006334)	tac3a (ENSSLDG00000006190)	c1galt1la (ENSSLDG00000006145)	b4galnt1a (ENSSLDG00000006116) #22	ENSSLDG00000006062 #23	sp5l (ENSSLDG00000006035)	ENSSLDG00000005947	ANKRD33 (ENSSLDG00000005919)	acvrl1 (ENSSLDG00000005865)	ENSSLDG00000005835	ACVR1B (ENSSLDG00000005792)	KMT2D (ENSSLDG00000005615)	dhh (ENSSLDG00000005560)	lmbr1l (ENSSLDG00000005487)	DNAJC22 (ENSSLDG00000005465)	ikzf4 (ENSSLDG00000005352)	wnt1 (ENSSLDG00000005326)	wnt10b (ENSSLDG00000005304)	ARF3 (ENSSLDG00000005289)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	23	ENSSDUG00000011690	phf8 (ENSSDUG00000011716)	HUWE1 (ENSSDUG00000011761)	l1cama (ENSSDUG00000011951)	ribc1 (ENSSDUG00000012024)	smc1al (ENSSDUG00000012044)	cacna1sb (ENSSDUG00000012119)	tmem9 (ENSSDUG00000012195)	C1QL4 (ENSSDUG00000012215)	zgc:153867 (ENSSDUG00000012228)	neurod4 (ENSSDUG00000012267)	birc5b (ENSSDUG00000012272)	ZNF385A (ENSSDUG00000012278)	c1galt1la (ENSSDUG00000012311)	tac3a (ENSSDUG00000012329)	b4galnt1a (ENSSDUG00000012352) #22	ENSSDUG00000012400 #23	sp5l (ENSSDUG00000012489)	ENSSDUG00000012504	ANKRD33 (ENSSDUG00000012558)	acvrl1 (ENSSDUG00000012570)	ACVR1B (ENSSDUG00000012603)	KMT2D (ENSSDUG00000012648)	dhh (ENSSDUG00000012724)	lmbr1l (ENSSDUG00000012778)	DNAJC22 (ENSSDUG00000012872)	ikzf4 (ENSSDUG00000012883)	wnt10b (ENSSDUG00000012935)	wnt1 (ENSSDUG00000013004)	ARF3 (ENSSDUG00000013041)	erbb3b (ENSSDUG00000013061)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	102	ENSLCAG00010019187	phf8 (ENSLCAG00010019206)	HUWE1 (ENSLCAG00010019441)	l1cama (ENSLCAG00010020538)	ribc1 (ENSLCAG00010020571)	smc1al (ENSLCAG00010020791)	cacna1sb (ENSLCAG00010021549)	tmem9 (ENSLCAG00010021845)	C1QL4 (ENSLCAG00010021850)	zgc:153867 (ENSLCAG00010021883)	neurod4 (ENSLCAG00010021998)	birc5b (ENSLCAG00010022000)	ZNF385A (ENSLCAG00010022008)	tac3a (ENSLCAG00010022021)	c1galt1la (ENSLCAG00010022027)	b4galnt1a (ENSLCAG00010022032) #22	ENSLCAG00010022038 #23	sp5l (ENSLCAG00010022044)	ARHGEF25 (ENSLCAG00010022054) #24	ANKRD33 (ENSLCAG00010022076)	acvrl1 (ENSLCAG00010022084)	ACVR1B (ENSLCAG00010022092)	KMT2D (ENSLCAG00010022111)	dhh (ENSLCAG00010022141)	lmbr1l (ENSLCAG00010022150)	DNAJC22 (ENSLCAG00010022154)	ikzf4 (ENSLCAG00010022157)	wnt10b (ENSLCAG00010022159)	wnt1 (ENSLCAG00010022160)	ARF3 (ENSLCAG00010022169)	erbb3b (ENSLCAG00010022392)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a
Climbing perch	MODERN SPECIES	20	WNK3 (ENSATEG00000021469)	ENSATEG00000021514	HUWE1 (ENSATEG00000021573)	ENSATEG00000021665	ribc1 (ENSATEG00000021740)	ENSATEG00000021761	ENSATEG00000021840	ENSATEG00000021882	ENSATEG00000021894	zgc:153867 (ENSATEG00000021905)	neurod4 (ENSATEG00000021935)	birc5b (ENSATEG00000021946)	ENSATEG00000021954	tac3a (ENSATEG00000021993)	c1galt1la (ENSATEG00000021975)	b4galnt1a (ENSATEG00000022005) #22	ENSATEG00000022025 #23	sp5l (ENSATEG00000022046)	ENSATEG00000022054 #24	ANKRD33 (ENSATEG00000025505)	acvrl1 (ENSATEG00000022091)	ACVR1B (ENSATEG00000022104)	ENSATEG00000029783	dhh (ENSATEG00000022134)	lmbr1l (ENSATEG00000022143)	ENSATEG00000022172	ikzf4 (ENSATEG00000022180)	wnt1 (ENSATEG00000022192)	wnt10b (ENSATEG00000022216)	ARF3 (ENSATEG00000027449)	erbb3b (ENSATEG00000022245)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	18	WNK3 (ENSBSLG00000019783)	phf8 (ENSBSLG00000019443)	HUWE1 (ENSBSLG00000019318)	l1cama (ENSBSLG00000019188)	ribc1 (ENSBSLG00000019162)	smc1al (ENSBSLG00000018947)	tmem9 (ENSBSLG00000018145)	C1QL4 (ENSBSLG00000018142)	zgc:153867 (ENSBSLG00000018110)	neurod4 (ENSBSLG00000018099)	birc5b (ENSBSLG00000018090)	ZNF385A (ENSBSLG00000018085)	ZNF385A (ENSBSLG00000018060)	tac3a (ENSBSLG00000018033)	c1galt1la (ENSBSLG00000018029)	b4galnt1a (ENSBSLG00000018019) #22	ENSBSLG00000017991 #23	sp5l (ENSBSLG00000017986)	ARHGEF25 (ENSBSLG00000017903) #24	ENSBSLG00000017884	acvrl1 (ENSBSLG00000017845)	ACVR1B (ENSBSLG00000017682)	KMT2D (ENSBSLG00000017551)	dhh (ENSBSLG00000017528)	lmbr1l (ENSBSLG00000016538)	ENSBSLG00000016530	DNAJC22 (ENSBSLG00000016528)	ikzf4 (ENSBSLG00000016526)	wnt1 (ENSBSLG00000016522)	wnt10b (ENSBSLG00000016521)	ARF3 (ENSBSLG00000016513)
Zig-zag eel	DUPLICATION
Zig-zag eel	DUPLICATION
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	9	ENSMAMG00000007036	ENSMAMG00000007066	ENSMAMG00000007083	ENSMAMG00000024797	ENSMAMG00000007114	ENSMAMG00000024991	ENSMAMG00000007125	ENSMAMG00000007151	ENSMAMG00000007167	ENSMAMG00000007180	ENSMAMG00000007212	ENSMAMG00000007221	ENSMAMG00000007241	ENSMAMG00000007306	ENSMAMG00000007379	ENSMAMG00000007402 #22	ENSMAMG00000026951 #22	ENSMAMG00000024676	ENSMAMG00000007438	ENSMAMG00000007430	ENSMAMG00000007487	ENSMAMG00000007527	ENSMAMG00000007673	ENSMAMG00000007677	ENSMAMG00000007685	ENSMAMG00000028373	ENSMAMG00000007692	ENSMAMG00000007700	ENSMAMG00000007716	ENSMAMG00000007641	ENSMAMG00000007732
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	21	fam3a (ENSMAMG00000005488)	ENSMAMG00000005507	ENSMAMG00000005572	HUWE1 (ENSMAMG00000005766)	ENSMAMG00000005964	ribc1 (ENSMAMG00000006002)	ENSMAMG00000006012	ENSMAMG00000006070	ENSMAMG00000006098	ENSMAMG00000006123	zgc:153867 (ENSMAMG00000006134)	birc5b (ENSMAMG00000006191)	ENSMAMG00000006256	tac3a (ENSMAMG00000006319)	c1galt1la (ENSMAMG00000006293)	b4galnt1a (ENSMAMG00000006347) #22	ENSMAMG00000006375 #23	sp5l (ENSMAMG00000006433)	ENSMAMG00000006439 #24	ANKRD33 (ENSMAMG00000006466)	acvrl1 (ENSMAMG00000006506)	ACVR1B (ENSMAMG00000006511)	ENSMAMG00000006522	dhh (ENSMAMG00000026685)	lmbr1l (ENSMAMG00000006648)	ENSMAMG00000006710	ikzf4 (ENSMAMG00000006725)	ENSMAMG00000006740	wnt1 (ENSMAMG00000006766)	ENSMAMG00000024904	erbb3b (ENSMAMG00000006806)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	9	ENSMAMG00000007066	ENSMAMG00000007083	ENSMAMG00000024797	ENSMAMG00000007114	ENSMAMG00000024991	ENSMAMG00000007125	ENSMAMG00000007151	ENSMAMG00000007167	ENSMAMG00000007180	ENSMAMG00000007212	ENSMAMG00000007221	ENSMAMG00000007241	ENSMAMG00000007306	ENSMAMG00000007379	ENSMAMG00000007402 #22	ENSMAMG00000026951 #22	ENSMAMG00000024676	ENSMAMG00000007438	ENSMAMG00000007430	ENSMAMG00000007487	ENSMAMG00000007527	ENSMAMG00000007673	ENSMAMG00000007677	ENSMAMG00000007685	ENSMAMG00000028373	ENSMAMG00000007692	ENSMAMG00000007700	ENSMAMG00000007716	ENSMAMG00000007641	ENSMAMG00000007732	ENSMAMG00000027894
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a
Tetraodon	MODERN SPECIES	24	idh3g (ENSTNIG00000015089)	fam3a (ENSTNIG00000015088)	WNK3 (ENSTNIG00000015087)	phf8 (ENSTNIG00000015086)	ENSTNIG00000001095	HUWE1 (ENSTNIG00000015085)	l1cama (ENSTNIG00000015084)	ENSTNIG00000000352	smc1al (ENSTNIG00000015083)	cacna1sb (ENSTNIG00000015082)	tmem9 (ENSTNIG00000015081)	C1QL4 (ENSTNIG00000015080)	birc5b (ENSTNIG00000015079)	ZNF385A (ENSTNIG00000015078)	c1galt1la (ENSTNIG00000015077)	b4galnt1a (ENSTNIG00000015076) #22	ENSTNIG00000015075 #23	sp5l (ENSTNIG00000015074)	ARHGEF25 (ENSTNIG00000015073) #24	ANKRD33 (ENSTNIG00000015072)	acvrl1 (ENSTNIG00000015071)	ACVR1B (ENSTNIG00000015070)	ENSTNIG00000015069	dhh (ENSTNIG00000015068)	lmbr1l (ENSTNIG00000015067)	DNAJC22 (ENSTNIG00000015066)	ikzf4 (ENSTNIG00000015065)	wnt1 (ENSTNIG00000002455)	wnt10b (ENSTNIG00000015064)	ARF3 (ENSTNIG00000015063)	erbb3b (ENSTNIG00000015062)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	75															ENSLBEG00000012722	b4galnt1a (ENSLBEG00000012695) #22	ENSLBEG00000012625 #23	sp5l (ENSLBEG00000012600)	ARHGEF25 (ENSLBEG00000012543) #24	ANKRD33 (ENSLBEG00000012515)	acvrl1 (ENSLBEG00000012496)	ACVR1B (ENSLBEG00000012457)	ENSLBEG00000012425	ENSLBEG00000012395	dhh (ENSLBEG00000012376)	lmbr1l (ENSLBEG00000012296)	DNAJC22 (ENSLBEG00000012239)	ikzf4 (ENSLBEG00000012159)	wnt1 (ENSLBEG00000012119)	wnt10b (ENSLBEG00000012084)	ARF3 (ENSLBEG00000012046)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a
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Stickleback	MODERN SPECIES	11	fam3a (ENSGACG00000008732)	WNK3 (ENSGACG00000008755)	phf8 (ENSGACG00000008770)	HUWE1 (ENSGACG00000008789)	l1cama (ENSGACG00000008823)	ribc1 (ENSGACG00000008846)	smc1al (ENSGACG00000008848)	cacna1sb (ENSGACG00000008900)	tmem9 (ENSGACG00000008927)	C1QL4 (ENSGACG00000008938)	zgc:153867 (ENSGACG00000008944)	neurod4 (ENSGACG00000008952)	birc5b (ENSGACG00000008954)	ZNF385A (ENSGACG00000008964)	c1galt1la (ENSGACG00000008969)	b4galnt1a (ENSGACG00000008972) #22	ENSGACG00000008976 #23	sp5l (ENSGACG00000008991)	ARHGEF25 (ENSGACG00000008996) #24	ANKRD33 (ENSGACG00000009005)	acvrl1 (ENSGACG00000009008)	ACVR1B (ENSGACG00000009013)	KMT2D (ENSGACG00000009038)	dhh (ENSGACG00000009063)	lmbr1l (ENSGACG00000009071)	DNAJC22 (ENSGACG00000009104)	ikzf4 (ENSGACG00000009112)	wnt1 (ENSGACG00000009116)	wnt10b (ENSGACG00000009119)	ARF3 (ENSGACG00000009120)	erbb3b (ENSGACG00000009144)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000166821.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a
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Channel bull blenny	MODERN SPECIES	21	phf8 (ENSCGOG00000013396)	HUWE1 (ENSCGOG00000013257)	l1cama (ENSCGOG00000012422)	ribc1 (ENSCGOG00000012397)	smc1al (ENSCGOG00000010166)	cacna1sb (ENSCGOG00000009136)	tmem9 (ENSCGOG00000009106)	C1QL4 (ENSCGOG00000009101)	zgc:153867 (ENSCGOG00000009079)	ENSCGOG00000009074	neurod4 (ENSCGOG00000009070)	ENSCGOG00000009067	ZNF385A (ENSCGOG00000009053)	tac3a (ENSCGOG00000009035)	c1galt1la (ENSCGOG00000009033)	b4galnt1a (ENSCGOG00000009018) #22	ENSCGOG00000008880 #23	sp5l (ENSCGOG00000008864)	ENSCGOG00000008426	ENSCGOG00000008406	ENSCGOG00000008404	acvrl1 (ENSCGOG00000008396)	ACVR1B (ENSCGOG00000007783)	KMT2D (ENSCGOG00000007735)	dhh (ENSCGOG00000007730)	lmbr1l (ENSCGOG00000007704)	DNAJC22 (ENSCGOG00000007699)	ikzf4 (ENSCGOG00000007693)	wnt1 (ENSCGOG00000007687)	wnt10b (ENSCGOG00000007668)	ARF3 (ENSCGOG00000007608)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	21	fam3a (ENSSAUG00010021897)	ENSSAUG00010021896	phf8 (ENSSAUG00010021826)	l1cama (ENSSAUG00010020181)	ribc1 (ENSSAUG00010020173)	smc1al (ENSSAUG00010020123)	cacna1sb (ENSSAUG00010018860)	tmem9 (ENSSAUG00010018850)	C1QL4 (ENSSAUG00010018848)	zgc:153867 (ENSSAUG00010018840)	neurod4 (ENSSAUG00010018838)	birc5b (ENSSAUG00010018835)	ZNF385A (ENSSAUG00010018825)	tac3a (ENSSAUG00010018819)	c1galt1la (ENSSAUG00010018817)	b4galnt1a (ENSSAUG00010018811) #22	ENSSAUG00010018802 #23	sp5l (ENSSAUG00010018799)	ENSSAUG00010018224 #24	ANKRD33 (ENSSAUG00010018209)	acvrl1 (ENSSAUG00010018208)	ACVR1B (ENSSAUG00010018028)	KMT2D (ENSSAUG00010018020)	dhh (ENSSAUG00010018016)	lmbr1l (ENSSAUG00010017996)	DNAJC22 (ENSSAUG00010017991)	ikzf4 (ENSSAUG00010017987)	wnt1 (ENSSAUG00010017985)	wnt10b (ENSSAUG00010017981)	ARF3 (ENSSAUG00010017978)	erbb3b (ENSSAUG00010012083)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000158289.a.b.b	ENSGT00390000000819.b	ENSGT00940000155969.y.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.g.b	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.c.a	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.a	ENSGT00940000156107.e.a
European seabass	MODERN SPECIES	14	ENSDLAG00005033753	ENSDLAG00005022327	HUWE1 (ENSDLAG00005021511)	ENSDLAG00005021041	ribc1 (ENSDLAG00005020997)	ENSDLAG00005018845	ENSDLAG00005014917	ENSDLAG00005034445	ENSDLAG00005035107	zgc:153867 (ENSDLAG00005014609)	neurod4 (ENSDLAG00005030346)	birc5b (ENSDLAG00005014595)	ENSDLAG00005014554	tac3a (ENSDLAG00005014515)	c1galt1la (ENSDLAG00005014509)	b4galnt1a (ENSDLAG00005014486) #22	ENSDLAG00005014423 #23	sp5l (ENSDLAG00005014416)	ENSDLAG00005014166 #24	ANKRD33 (ENSDLAG00005027236)	acvrl1 (ENSDLAG00005014128)	ACVR1B (ENSDLAG00005013854)	ENSDLAG00005013733	dhh (ENSDLAG00005031797)	ENSDLAG00005031870	ikzf4 (ENSDLAG00005012976)	lmbr1l (ENSDLAG00005013032)	WNT1 (ENSDLAG00005028468)	ENSDLAG00005032415	ARF3 (ENSDLAG00005012867)	erbb3b (ENSDLAG00005011111)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	487	ENSLCRG00005007118	phf8 (ENSLCRG00005007102)	HUWE1 (ENSLCRG00005007025)	l1cama (ENSLCRG00005006668)	ribc1 (ENSLCRG00005006661)	smc1al (ENSLCRG00005006657)	cacna1sb (ENSLCRG00005002472)	tmem9 (ENSLCRG00005002300)	C1QL4 (ENSLCRG00005002298)	zgc:153867 (ENSLCRG00005002248)	neurod4 (ENSLCRG00005002244)	birc5b (ENSLCRG00005002241)	ZNF385A (ENSLCRG00005002232)	tac3a (ENSLCRG00005002228)	c1galt1la (ENSLCRG00005002225)	b4galnt1a (ENSLCRG00005002219) #22	ENSLCRG00005002211 #23	sp5l (ENSLCRG00005002208)	ARHGEF25 (ENSLCRG00005002150) #24	ANKRD33 (ENSLCRG00005002146)	acvrl1 (ENSLCRG00005002143)	ACVR1B (ENSLCRG00005001415)	ENSLCRG00005001388	dhh (ENSLCRG00005001381)	lmbr1l (ENSLCRG00005000830)	DNAJC22 (ENSLCRG00005015706)	ikzf4 (ENSLCRG00005015703)	wnt1 (ENSLCRG00005015702)	wnt10b (ENSLCRG00005015700)	ARF3 (ENSLCRG00005015696)	erbb3b (ENSLCRG00005012550)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	21	WNK3 (ENSMMDG00005018016)	phf8 (ENSMMDG00005017979)	HUWE1 (ENSMMDG00005002216)	l1cama (ENSMMDG00005001673)	ribc1 (ENSMMDG00005001654)	smc1al (ENSMMDG00005001586)	cacna1sb (ENSMMDG00005001533)	tmem9 (ENSMMDG00005001516)	C1QL4 (ENSMMDG00005001508)	zgc:153867 (ENSMMDG00005001098)	neurod4 (ENSMMDG00005001091)	birc5b (ENSMMDG00005001089)	ZNF385A (ENSMMDG00005001057)	tac3a (ENSMMDG00005001051)	c1galt1la (ENSMMDG00005001049)	b4galnt1a (ENSMMDG00005001046) #22	ENSMMDG00005001043 #23	sp5l (ENSMMDG00005001040)	ENSMMDG00005000920 #24	ANKRD33 (ENSMMDG00005000910)	acvrl1 (ENSMMDG00005000908)	ACVR1B (ENSMMDG00005000852)	ENSMMDG00005000841	ENSMMDG00005000839	dhh (ENSMMDG00005000779)	lmbr1l (ENSMMDG00005000515)	DNAJC22 (ENSMMDG00005000481)	ikzf4 (ENSMMDG00005000439)	ENSMMDG00005000424	wnt1 (ENSMMDG00005000419)	wnt10b (ENSMMDG00005000411)
Cod	MODERN SPECIES		ENSGMOG00000037158	ENSGMOG00000026088	ENSGMOG00000022950	ENSGMOG00000028698	ENSGMOG00000035691	ENSGMOG00000025852	ENSGMOG00000024809	ENSGMOG00000034363	ENSGMOG00000030978	ENSGMOG00000026670	ENSGMOG00000025455	ENSGMOG00000003386	ENSGMOG00000029022	ENSGMOG00000030253	c1galt1la (ENSGMOG00000001538)	b4galnt1a (ENSGMOG00000004324) #22	ENSGMOG00000004352 #23	sp5l (ENSGMOG00000033022)	ENSGMOG00000004408	ANKRD33 (ENSGMOG00000004429)	acvrl1 (ENSGMOG00000004447)	ACVR1B (ENSGMOG00000004464)	ENSGMOG00000029938	ENSGMOG00000036272	ENSGMOG00000023765	dhh (ENSGMOG00000004668)	lmbr1l (ENSGMOG00000004684)	ENSGMOG00000028588	ikzf4 (ENSGMOG00000022563)	rps26 (ENSGMOG00000004756)	wnt1 (ENSGMOG00000004772)
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157847.s.b	ENSGT00940000156319.db.b	ENSGT00940000157506.e.d	ENSGT00940000155614.h	ENSGT00390000012710.b.a	ENSGT00390000000819.b.f.a	ENSGT00940000155969.y.a.b.a	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.h.b	ENSGT00940000160217.a.d	ENSGT00940000161744.i	ENSGT00940000160876.a.e.b	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000160876.a.f.b	ENSGT00390000000335.a	ENSGT00940000164002.k.a.f	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT00940000166618.k.a	ENSGT00940000160422.a.f #24	ENSGT00500000044852.b.b.k	ENSGT00940000166145.f.b	ENSGT00940000157032.c.a.c	ENSGT00940000156707.q.b	ENSGT00940000166821.b.b	ENSGT00940000159207.m.b	ENSGT00390000007809.a.e.a	ENSGT00940000158308.a.d	ENSGT00390000002517.b.i	ENSGT00940000160329.g.b	ENSGT00940000160653.h	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.b	ENSGT00940000156107.e.a.a.b
Rainbow trout	MODERN SPECIES	30	HUWE1 (ENSOMYG00000015460)	ENSOMYG00000015311	ENSOMYG00000062947	ENSOMYG00000015220	ENSOMYG00000015131	ENSOMYG00000015122	ENSOMYG00000071354	ENSOMYG00000015071	ENSOMYG00000015039	ENSOMYG00000014868	ENSOMYG00000064888	ENSOMYG00000070964	ENSOMYG00000014222	c1galt1la (ENSOMYG00000014252)	sp5l (ENSOMYG00000014303)	b4galnt1a (ENSOMYG00000014269) #22	ENSOMYG00000014321 #24	ENSOMYG00000014343	ENSOMYG00000062724	acvrl1 (ENSOMYG00000049715)	ACVR1B (ENSOMYG00000014378)	ENSOMYG00000014663	dhh (ENSOMYG00000014723)	lmbr1l (ENSOMYG00000014747)	ikzf4 (ENSOMYG00000014790)	ENSOMYG00000014801	wnt1 (ENSOMYG00000014823)	wnt10b (ENSOMYG00000014835)	ARF3 (ENSOMYG00000014190)	ENSOMYG00000064235	ENSOMYG00000075272
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157847.s.b	ENSGT00940000156319.db.b	ENSGT00940000157506.e.d	ENSGT00940000155614.h	ENSGT00390000012710.b.a	ENSGT00390000000819.b.f.a	ENSGT00940000155969.y.a.b.a	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.h.b	ENSGT00940000160217.a.d	ENSGT00940000161744.i	ENSGT00940000160876.a.e.b	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000160876.a.f.b	ENSGT00390000000335.a	ENSGT00940000164002.k.a.f	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT00940000166618.k.a	ENSGT00940000160422.a.f #24	ENSGT00940000154766.a.b	ENSGT00500000044852.b.b.k	ENSGT00940000166145.f.b	ENSGT00940000157032.c.a.c	ENSGT00940000156707.q.b	ENSGT00940000166821.b.b	ENSGT00940000159207.m.b	ENSGT00390000007809.a.e.a	ENSGT00940000158308.a.d	ENSGT00390000002517.b.i	ENSGT00940000160329.g.b	ENSGT00940000160653.h	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES	7	nfe2 (ENSOTSG00005009920)	ENSOTSG00005009921	cbx5 (ENSOTSG00005009922)	nr1d4a (ENSOTSG00005009924)	mfsd5 (ENSOTSG00005009925)	FAIM2 (ENSOTSG00005009928)	ENSOTSG00005009937	rbms2b (ENSOTSG00005009939)	ENSOTSG00005009940	ENSOTSG00005009942	fmnl3 (ENSOTSG00005009947)	ZNF385A (ENSOTSG00005010016)	tac3a (ENSOTSG00005010018)	c1galt1la (ENSOTSG00005010021)	ENSOTSG00005010023	b4galnt1a (ENSOTSG00005010026) #22	sp5l (ENSOTSG00005010029)	ENSOTSG00005010031 #24	acvrl1 (ENSOTSG00005010032)	ANKRD33 (ENSOTSG00005010033)	birc5b (ENSOTSG00005010035)	ENSOTSG00005010037	neurod4 (ENSOTSG00005010039)	zgc:153867 (ENSOTSG00005010040)	C1QL4 (ENSOTSG00005010067)	ENSOTSG00005010069	tmem9 (ENSOTSG00005010072)	ENSOTSG00005010075	SMC1A (ENSOTSG00005010080)	l1cama (ENSOTSG00005010092)	HUWE1 (ENSOTSG00005010105)
Coho salmon	MODERN SPECIES	8	FAM3A (ENSOKIG00005041922)	ENSOKIG00005041842	PHF8 (ENSOKIG00005041701)	HUWE1 (ENSOKIG00005040585)	ENSOKIG00005040543	ENSOKIG00005040160	SMC1A (ENSOKIG00005039978)	ENSOKIG00005039958	TMEM9 (ENSOKIG00005039949)	ENSOKIG00005039823	NEUROD4 (ENSOKIG00005039810)	birc5b (ENSOKIG00005039805)	ENSOKIG00005039792	ENSOKIG00005039784	c1galt1la (ENSOKIG00005039778)	b4galnt1a (ENSOKIG00005039762) #22	sp5l (ENSOKIG00005039754)	ENSOKIG00005039743	ENSOKIG00005039651	ANKRD33 (ENSOKIG00005039610)	acvrl1 (ENSOKIG00005039534)	ACVR1B (ENSOKIG00005038718)	KMT2D (ENSOKIG00005038616)	ENSOKIG00005038604	dhh (ENSOKIG00005038600)	lmbr1l (ENSOKIG00005038573)	ikzf4 (ENSOKIG00005038564)	ENSOKIG00005038550	wnt1 (ENSOKIG00005038536)	wnt10b (ENSOKIG00005038471)	ARF3 (ENSOKIG00005038456)
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River trout	MODERN SPECIES	20	l1cama (ENSSTUG00000024645)	l1cama (ENSSTUG00000025134)	SMC1A (ENSSTUG00000025324)	tmem9 (ENSSTUG00000025701)	ENSSTUG00000025730	C1QL4 (ENSSTUG00000025733)	ENSSTUG00000025740	zgc:153867 (ENSSTUG00000025761)	ENSSTUG00000026055	neurod4 (ENSSTUG00000026063)	birc5b (ENSSTUG00000026069)	ENSSTUG00000026077	ZNF385A (ENSSTUG00000026127)	tac3a (ENSSTUG00000026456)	c1galt1la (ENSSTUG00000026472)	b4galnt1a (ENSSTUG00000026493) #22	sp5l (ENSSTUG00000026516)	ARHGEF25 (ENSSTUG00000026530) #24	ANKRD33 (ENSSTUG00000026677)	acvrl1 (ENSSTUG00000026698)	ENSSTUG00000026728	ACVR1B (ENSSTUG00000026743)	KMT2D (ENSSTUG00000027050)	dhh (ENSSTUG00000027123)	lmbr1l (ENSSTUG00000027136)	ikzf4 (ENSSTUG00000027286)	ENSSTUG00000027318	wnt1 (ENSSTUG00000027331)	wnt10b (ENSSTUG00000027348)	ARF3 (ENSSTUG00000027370)	erbb3b (ENSSTUG00000027406)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	6	HUWE1 (ENSSSAG00000009738)	ENSSSAG00000008173	ENSSSAG00000105043	ENSSSAG00000009847	ENSSSAG00000006452	ENSSSAG00000110198	ENSSSAG00000006330	ENSSSAG00000106668	ENSSSAG00000094423	myl6b (ENSSSAG00000006022)	ENSSSAG00000090289	birc5b (ENSSSAG00000095509)	ENSSSAG00000102865	tac3a (ENSSSAG00000083793)	c1galt1la (ENSSSAG00000068994)	b4galnt1a (ENSSSAG00000066133) #22	sp5l (ENSSSAG00000071399)	ENSSSAG00000069028 #24	ENSSSAG00000067781	acvrl1 (ENSSSAG00000118522)	ENSSSAG00000085977	acv1b (ENSSSAG00000067024)	ENSSSAG00000066962	dhh (ENSSSAG00000087210)	ENSSSAG00000120862	lmbr1l (ENSSSAG00000066936)	ikzf4 (ENSSSAG00000096085)	ENSSSAG00000019566	wnt1 (ENSSSAG00000082480)	wnt10b (ENSSSAG00000067794)	arf3a (ENSSSAG00000094109)
Huchen	MODERN SPECIES	5018																B4GALNT1 (ENSHHUG00000049049) #22
Northern pike	MODERN SPECIES	11	HUWE1 (ENSELUG00000001062)	l1cama (ENSELUG00000009638)	ribc1 (ENSELUG00000009494)	smc1al (ENSELUG00000009461)	cacna1sb (ENSELUG00000009395)	tmem9 (ENSELUG00000009346)	ENSELUG00000027235	C1QL4 (ENSELUG00000009309)	ENSELUG00000009277	neurod4 (ENSELUG00000009239)	ENSELUG00000009218	ZNF385A (ENSELUG00000009176)	tac3a (ENSELUG00000009102)	c1galt1la (ENSELUG00000009074)	ENSELUG00000028867	b4galnt1a (ENSELUG00000009049) #22	ENSELUG00000009010 #23	sp5l (ENSELUG00000008965)	ENSELUG00000008929 #24	ANKRD33 (ENSELUG00000008863)	acvrl1 (ENSELUG00000029746)	acvrl1 (ENSELUG00000008844)	ACVR1B (ENSELUG00000008807)	KMT2D (ENSELUG00000008739)	dhh (ENSELUG00000008624)	lmbr1l (ENSELUG00000008608)	DNAJC22 (ENSELUG00000008559)	ikzf4 (ENSELUG00000000318)	rps26 (ENSELUG00000008459)	wnt1 (ENSELUG00000008435)	wnt10b (ENSELUG00000008415)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	251										ENSGT00940000155969.y.b.d	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.b	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182997.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000155261.a.a	ENSGT00940000159366	ENSGT00940000154409.eb.a	ENSGT01090000259987.a.a.b.f	ENSGT00940000155440.c.b	ENSGT01100000263685	ENSGT00940000155969.y.b.d	ENSGT01030000234570.d.b.a.a	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000177181	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.b	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a	ENSGT00940000157847
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	ENSCHAG00000017124	dip2ba (ENSCHAG00000014666)	atf7a (ENSCHAG00000014452)	asb8 (ENSCHAG00000014431)	LARP4 (ENSCHAG00000014302)	ENSCHAG00000014193	pfkma (ENSCHAG00000003803)	ENSCHAG00000003384	C1QL4 (ENSCHAG00000003370)	zgc:153867 (ENSCHAG00000002895)	neurod4 (ENSCHAG00000002867)	birc5b (ENSCHAG00000002842)	ZNF385A (ENSCHAG00000002733)	ENSCHAG00000002565	c1galt1la (ENSCHAG00000002545)	b4galnt1a (ENSCHAG00000002325) #22	ENSCHAG00000002298 #23	ANKRD33 (ENSCHAG00000002292)	acvrl1 (ENSCHAG00000002261)	acvr1ba (ENSCHAG00000001868)	dhh (ENSCHAG00000001420)	lmbr1l (ENSCHAG00000001059)	DNAJC22 (ENSCHAG00000000863)	sp5l (ENSCHAG00000000823)	ikzf4 (ENSCHAG00000000733)	rps26 (ENSCHAG00000000685)	wnt1 (ENSCHAG00000000641)	wnt10b (ENSCHAG00000025186)	arf3a (ENSCHAG00000025178)	phf8 (ENSCHAG00000024803)	HUWE1 (ENSCHAG00000022730)
Denticle herring	MODERN SPECIES	1	FIGNL2 (ENSDCDG00000014847)	scn8aa (ENSDCDG00000014906)	dip2ba (ENSDCDG00000017766)	atf7a (ENSDCDG00000031816)	asb8 (ENSDCDG00000031822)	LARP4 (ENSDCDG00000031827)	pfkma (ENSDCDG00000031837)	ENSDCDG00000031921	C1QL4 (ENSDCDG00000031923)	zgc:153867 (ENSDCDG00000031929)	neurod4 (ENSDCDG00000031963)	BIRC5 (ENSDCDG00000031964)	ZNF385A (ENSDCDG00000031971)	tac3a (ENSDCDG00000031977)	c1galt1la (ENSDCDG00000031978)	b4galnt1a (ENSDCDG00000031980) #22	ENSDCDG00000031992 #23	sp5l (ENSDCDG00000032078)	ARHGEF25 (ENSDCDG00000032082) #24	ANKRD33 (ENSDCDG00000032089)	acvrl1 (ENSDCDG00000032092)	acvr1ba (ENSDCDG00000032104)	dhh (ENSDCDG00000032244)	lmbr1l (ENSDCDG00000032246)	DNAJC22 (ENSDCDG00000032253)	ikzf4 (ENSDCDG00000032254)	wnt1 (ENSDCDG00000032256)	wnt10b (ENSDCDG00000032259)	phf8 (ENSDCDG00000002976)	HUWE1 (ENSDCDG00000003253)	l1cama (ENSDCDG00000004025)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000018596.B	ENSGT00950000183084.b.a.b	ENSGT00510000047914.a.b.d	ENSGT00870000136521	ENSGT00940000155614.i.b	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00940000156319	ENSGT00390000014827.a	ENSGT00940000155969.y.b.d	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.b	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00390000018596.B	ENSGT00950000183084.b.a.b	ENSGT00510000047914.a.b.d	ENSGT00870000136521	ENSGT00940000155614.i.b	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00940000156319	ENSGT00390000014827.a	ENSGT00940000155969.y.b.d	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.b	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00390000002517.b	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a
Channel catfish	DUPLICATION
Channel catfish	DUPLICATION
Channel catfish	MODERN SPECIES	6	cort (ENSIPUG00000009885)	srm (ENSIPUG00000009846)	smc1a (ENSIPUG00000009796)	ribc1 (ENSIPUG00000009783)	l1cam (ENSIPUG00000009533)	HUWE1 (ENSIPUG00000009052)	tmem107 (ENSIPUG00000008961)	C1QL4 (ENSIPUG00000008947)	zgc:153867 (ENSIPUG00000008900)	neurod4 (ENSIPUG00000008880)	birc5b (ENSIPUG00000008876)	znf385a (ENSIPUG00000008834)	tac3 (ENSIPUG00000008780)	c1galt1la (ENSIPUG00000008740)	b4galnt1a (ENSIPUG00000008702) #22	b4galnt1a (ENSIPUG00000008667) #22	b4galnt1a (ENSIPUG00000008606) #22	ENSIPUG00000008515 #23	sp5l (ENSIPUG00000008490)	arhgef25 (ENSIPUG00000008445) #24	ANKRD33 (ENSIPUG00000008404)	ACVR1 (ENSIPUG00000008333)	ACVR1B (ENSIPUG00000008293)	ENSIPUG00000008230	ENSIPUG00000008221	dhh-a (ENSIPUG00000008178)	lmbr1l (ENSIPUG00000008151)	DNAJC22 (ENSIPUG00000008131)	ikzf4 (ENSIPUG00000008097)	rps26 (ENSIPUG00000007987)	wnt1 (ENSIPUG00000007962)
Channel catfish	MODERN SPECIES	6	srm (ENSIPUG00000009846)	smc1a (ENSIPUG00000009796)	ribc1 (ENSIPUG00000009783)	l1cam (ENSIPUG00000009533)	HUWE1 (ENSIPUG00000009052)	tmem107 (ENSIPUG00000008961)	C1QL4 (ENSIPUG00000008947)	zgc:153867 (ENSIPUG00000008900)	neurod4 (ENSIPUG00000008880)	birc5b (ENSIPUG00000008876)	znf385a (ENSIPUG00000008834)	tac3 (ENSIPUG00000008780)	c1galt1la (ENSIPUG00000008740)	b4galnt1a (ENSIPUG00000008702) #22	b4galnt1a (ENSIPUG00000008667) #22	b4galnt1a (ENSIPUG00000008606) #22	ENSIPUG00000008515 #23	sp5l (ENSIPUG00000008490)	arhgef25 (ENSIPUG00000008445) #24	ANKRD33 (ENSIPUG00000008404)	ACVR1 (ENSIPUG00000008333)	ACVR1B (ENSIPUG00000008293)	ENSIPUG00000008230	ENSIPUG00000008221	dhh-a (ENSIPUG00000008178)	lmbr1l (ENSIPUG00000008151)	DNAJC22 (ENSIPUG00000008131)	ikzf4 (ENSIPUG00000008097)	rps26 (ENSIPUG00000007987)	wnt1 (ENSIPUG00000007962)	wnt10b (ENSIPUG00000007943)
Channel catfish	MODERN SPECIES	6	gas8 (ENSIPUG00000009892)	cort (ENSIPUG00000009885)	srm (ENSIPUG00000009846)	smc1a (ENSIPUG00000009796)	ribc1 (ENSIPUG00000009783)	l1cam (ENSIPUG00000009533)	HUWE1 (ENSIPUG00000009052)	tmem107 (ENSIPUG00000008961)	C1QL4 (ENSIPUG00000008947)	zgc:153867 (ENSIPUG00000008900)	neurod4 (ENSIPUG00000008880)	birc5b (ENSIPUG00000008876)	znf385a (ENSIPUG00000008834)	tac3 (ENSIPUG00000008780)	c1galt1la (ENSIPUG00000008740)	b4galnt1a (ENSIPUG00000008702) #22	b4galnt1a (ENSIPUG00000008667) #22	b4galnt1a (ENSIPUG00000008606) #22	ENSIPUG00000008515 #23	sp5l (ENSIPUG00000008490)	arhgef25 (ENSIPUG00000008445) #24	ANKRD33 (ENSIPUG00000008404)	ACVR1 (ENSIPUG00000008333)	ACVR1B (ENSIPUG00000008293)	ENSIPUG00000008230	ENSIPUG00000008221	dhh-a (ENSIPUG00000008178)	lmbr1l (ENSIPUG00000008151)	DNAJC22 (ENSIPUG00000008131)	ikzf4 (ENSIPUG00000008097)	rps26 (ENSIPUG00000007987)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00390000018596.B	ENSGT00950000183084.b.a.b	ENSGT00510000047914.a.b.d	ENSGT00870000136521	ENSGT00940000155614.i.b	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00940000156319	ENSGT00390000014827.a	ENSGT00940000155969.y.b.d	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.b	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a	ENSGT00940000157847
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000018596.B	ENSGT00950000183084.b.a.b	ENSGT00510000047914.a.b.d	ENSGT00870000136521	ENSGT00940000155614.i.b	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00940000156319	ENSGT00390000014827.a	ENSGT00940000155969.y.b.d	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.b	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00390000002517.a.b.a	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	5	sst7 (ENSPNAG00000022681)	srm (ENSPNAG00000022761)	smc1a (ENSPNAG00000022856)	ribc1 (ENSPNAG00000022872)	l1cama (ENSPNAG00000023165)	ENSPNAG00000023313	HUWE1 (ENSPNAG00000023455)	TMEM107 (ENSPNAG00000023487)	C1QL4 (ENSPNAG00000023495)	zgc:153867 (ENSPNAG00000023551)	neurod4 (ENSPNAG00000023578)	birc5b (ENSPNAG00000023585)	ZNF385A (ENSPNAG00000023612)	tac3a (ENSPNAG00000023656)	c1galt1la (ENSPNAG00000023689)	b4galnt1a (ENSPNAG00000023794) #22	ENSPNAG00000023918 #23	sp5l (ENSPNAG00000023941)	ENSPNAG00000023964 #24	ANKRD33 (ENSPNAG00000023993)	acvrl1 (ENSPNAG00000024023)	acvr1ba (ENSPNAG00000005943)	ENSPNAG00000003811	dhh (ENSPNAG00000024185)	lmbr1l (ENSPNAG00000024198)	DNAJC22 (ENSPNAG00000024214)	ikzf4 (ENSPNAG00000024225)	ENSPNAG00000024263	wnt1 (ENSPNAG00000024269)	wnt10b (ENSPNAG00000024321)	arf3a (ENSPNAG00000003824)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	6	sst7 (ENSAMXG00000030651)	srm (ENSAMXG00000044085)	smc1a (ENSAMXG00000013136)	ribc1 (ENSAMXG00000013131)	l1cama (ENSAMXG00000013124)	ENSAMXG00000029885	ENSAMXG00000013105	TMEM107 (ENSAMXG00000013091)	C1QL4 (ENSAMXG00000036116)	zgc:153867 (ENSAMXG00000029692)	neurod4 (ENSAMXG00000026481)	birc5b (ENSAMXG00000031614)	ZNF385A (ENSAMXG00000013078)	tac3a (ENSAMXG00000013075)	c1galt1la (ENSAMXG00000013071)	b4galnt1a (ENSAMXG00000029221) #22	ENSAMXG00000013062 #23	sp5l (ENSAMXG00000033152)	ENSAMXG00000038757 #24	ENSAMXG00000041299	ENSAMXG00000029337	acvrl1 (ENSAMXG00000031972)	acvr1ba (ENSAMXG00000038420)	KMT2D (ENSAMXG00000013022)	dhh (ENSAMXG00000031136)	lmbr1l (ENSAMXG00000013009)	DNAJC22 (ENSAMXG00000013000)	ENSAMXG00000037386	ikzf4 (ENSAMXG00000012992)	wnt1 (ENSAMXG00000036706)	wnt10b (ENSAMXG00000012965)
Electric eel	MODERN SPECIES	707													ZNF385A (ENSEEEG00000018799)	tac3a (ENSEEEG00000018832)	c1galt1la (ENSEEEG00000018845)	b4galnt1a (ENSEEEG00000018848) #22	ENSEEEG00000018855 #23	sp5l (ENSEEEG00000018951)	ENSEEEG00000018952	ENSEEEG00000018960	acvrl1 (ENSEEEG00000018967)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000018596.B	ENSGT00950000183084.b.a.b	ENSGT00510000047914.a.b.d	ENSGT00870000136521	ENSGT00940000155614.i.b	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000157506.e	ENSGT00940000156319	ENSGT00390000014827.a	ENSGT00940000155969.y.b.d	ENSGT00940000160217.a	ENSGT00940000161744	ENSGT00940000160876.a	ENSGT00390000000335	ENSGT00940000164002.k.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b #23	ENSGT00940000166618	ENSGT00940000160422.a #24	ENSGT00500000044852.b.b	ENSGT00940000166145	ENSGT00940000157032.b	ENSGT00940000156707	ENSGT00940000159207	ENSGT00390000007809.a	ENSGT00390000012136	ENSGT00940000158308.a	ENSGT00390000002517.b.d	ENSGT00940000160329	ENSGT00940000160653	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	509													ENSGT00940000160876.a.a	ENSGT00390000000335.d	ENSGT00940000164002.k.a.a	ENSGT00390000006679.a.f #22	ENSGT01070000253775.a.d.b.c #23	ENSGT00940000166618.a	ENSGT00940000160422.a.c #24	ENSGT00500000044852.b.b.a.b	ENSGT00940000166145.d	ENSGT00940000157032.b.b	ENSGT00940000156707.o	ENSGT00940000159207.h	ENSGT00390000007809.a.j	ENSGT00390000012136.h	ENSGT00940000158308.a.b	ENSGT00390000002517.b.d.a.a	ENSGT00940000160329.j	ENSGT00940000160653.c	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a.b
Cyprininae_a	DUPLICATION
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000018596.B.n	ENSGT00950000183084.b.a.b.c	ENSGT00510000047914.a.b.d.a	ENSGT00870000136521.u	ENSGT00390000010825.a.a	ENSGT00940000157506.e.a	ENSGT00940000156319.gb	ENSGT00390000014827.a.a	ENSGT00940000155969.y.b.d.b	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.t.a	ENSGT00940000160217.a.a	ENSGT00940000161744.g	ENSGT00940000160876.a.a	ENSGT00390000000335.d	ENSGT00940000164002.k.a.a	ENSGT00390000006679.a.f.i #22	ENSGT01070000253775.a.d.b.c #23	ENSGT00940000166618.a	ENSGT00940000160422.a.c #24	ENSGT00500000044852.b.b.a.b	ENSGT00940000166145.d	ENSGT00940000157032.b.b	ENSGT00940000156707.o	ENSGT00940000159207.h	ENSGT00390000007809.a.j	ENSGT00390000012136.h	ENSGT00940000158308.a.b	ENSGT00940000160329.j	ENSGT00940000160653.c	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.a.b	ENSGT00940000157847.t
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	28	dffa (ENSSGRG00000012255)	masp2 (ENSSGRG00000012254)	sst7 (ENSSGRG00000012252)	srm (ENSSGRG00000012230)	ribc1 (ENSSGRG00000012229)	l1cama (ENSSGRG00000012206)	HUWE1 (ENSSGRG00000011455)	TMEM107 (ENSSGRG00000011440)	C1QL4 (ENSSGRG00000011439)	zgc:153867 (ENSSGRG00000011435)	neurod4 (ENSSGRG00000011434)	birc5b (ENSSGRG00000011433)	ZNF385A (ENSSGRG00000011432)	tac3a (ENSSGRG00000011431)	c1galt1la (ENSSGRG00000011430)	b4galnt1a (ENSSGRG00000011429) #22	ENSSGRG00000011428 #23	sp5l (ENSSGRG00000011427)	ARHGEF25 (ENSSGRG00000010858) #24	ANKRD33 (ENSSGRG00000010843)	acvrl1 (ENSSGRG00000010838)	acvr1ba (ENSSGRG00000010759)	KMT2D (ENSSGRG00000010746)	dhh (ENSSGRG00000010739)	lmbr1l (ENSSGRG00000010737)	DNAJC22 (ENSSGRG00000010736)	ikzf4 (ENSSGRG00000010734)	wnt1 (ENSSGRG00000010733)	wnt10b (ENSSGRG00000010732)	arf3a (ENSSGRG00000010706)	phf8 (ENSSGRG00000010664)
Common carp reference	MODERN SPECIES	49	ENSCCRG00000017664	PEX14 (ENSCCRG00000063371)	masp2 (ENSCCRG00000017648)	sst7 (ENSCCRG00000017550)	srm (ENSCCRG00000077319)	l1cama (ENSCCRG00000045759)	ribc1 (ENSCCRG00000045750)	ENSCCRG00000078305	ENSCCRG00000036061	ENSCCRG00000053862	zgc:153867 (ENSCCRG00000015237)	neurod4 (ENSCCRG00000077555)	birc5b (ENSCCRG00000063696)	ENSCCRG00000021520	c1galt1la (ENSCCRG00000066575)	b4galnt1a (ENSCCRG00000065048) #22	ENSCCRG00000075121 #23	sp5l (ENSCCRG00000072475)	ENSCCRG00000070014 #24	ANKRD33 (ENSCCRG00000069963)	acvrl1 (ENSCCRG00000075927)	acvr1ba (ENSCCRG00000047442)	ENSCCRG00000062690	dhh (ENSCCRG00000047821)	lmbr1l (ENSCCRG00000011989)	ENSCCRG00000041082	ikzf4 (ENSCCRG00000041072)	wnt10b (ENSCCRG00000075780)	ENSCCRG00000068401	wnt1 (ENSCCRG00000041054)	ENSCCRG00000054262
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183084.b.a.b.d	ENSGT00510000047914.a.b.d.b	ENSGT00870000136521.v	ENSGT00940000155614.i.b	ENSGT00390000010825.a.b	ENSGT00940000157506.e.b	ENSGT00940000156319.fb	ENSGT00390000014827.a.b	ENSGT00940000155969.y.b.d.a	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.t.b	ENSGT00940000160217.a.b	ENSGT00940000161744.h	ENSGT00940000160876.a.b	ENSGT00390000000335.c	ENSGT00940000164002.k.a.b	ENSGT00390000006679.a.f.j #22	ENSGT01070000253775.a.d.b.d #23	ENSGT00940000166618.b	ENSGT00940000160422.a.d #24	ENSGT00500000044852.b.b.a.a.a	ENSGT00500000044852.b.b.b	ENSGT00940000166145.c	ENSGT00940000157032.b.a	ENSGT00940000156707.p	ENSGT00940000159207.g	ENSGT00390000007809.a.i	ENSGT00390000012136.g	ENSGT00940000158308.a.a	ENSGT00390000002517.b.d.b	ENSGT00940000160329.i	ENSGT00940000160653.d
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	82	masp2 (ENSSGRG00000047488)	sst7 (ENSSGRG00000047489)	srm (ENSSGRG00000047491)	smc1a (ENSSGRG00000047522)	ribc1 (ENSSGRG00000048413)	l1cama (ENSSGRG00000048417)	HUWE1 (ENSSGRG00000048439)	ENSSGRG00000048571	C1QL4 (ENSSGRG00000048573)	zgc:153867 (ENSSGRG00000048574)	neurod4 (ENSSGRG00000048575)	birc5b (ENSSGRG00000048576)	ZNF385A (ENSSGRG00000048577)	tac3a (ENSSGRG00000048578)	c1galt1la (ENSSGRG00000048579)	b4galnt1a (ENSSGRG00000048580) #22	ENSSGRG00000048581 #23	sp5l (ENSSGRG00000048582)
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Elephant shark	DUPLICATION
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Theria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
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Opossum	MODERN SPECIES	1	HOXB4 (ENSMODG00000042083)	HOXB5 (ENSMODG00000012338)	HOXB6 (ENSMODG00000012334)	HOXB7 (ENSMODG00000044053)	HOXB9 (ENSMODG00000012329)	HOXB13 (ENSMODG00000012310)	ENSMODG00000025670	ENSMODG00000012306	ENSMODG00000029509	ENSMODG00000012296	UBE2Z (ENSMODG00000046619)	SNF8 (ENSMODG00000012276)	ENSMODG00000028269	IGF2BP1 (ENSMODG00000012268)	ENSMODG00000047325	B4GALNT2 (ENSMODG00000012242) ##22	GNGT2 (ENSMODG00000048984)	ABI3 (ENSMODG00000012233)	PHOSPHO1 (ENSMODG00000012217)	ZNF652 (ENSMODG00000012215)	PHB1 (ENSMODG00000012210)	NGFR (ENSMODG00000012200)	NXPH3 (ENSMODG00000037958)	SPOP (ENSMODG00000046008)	SLC35B1 (ENSMODG00000012166)	KAT7 (ENSMODG00000012142)	ENSMODG00000013640	DLX4 (ENSMODG00000012104)	DLX3 (ENSMODG00000012098)	ITGA3 (ENSMODG00000012090)	PDK2 (ENSMODG00000012026)
Marsupialia_b	DUPLICATION
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.a ##22
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Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	3	HOXB2 (ENSSHAG00000012232)	HOXB3 (ENSSHAG00000031207)	HOXB5 (ENSSHAG00000024100)	HOXB7 (ENSSHAG00000022783)	HOXB8 (ENSSHAG00000023021)	HOXB9 (ENSSHAG00000012684)	HOXB13 (ENSSHAG00000013189)	TTLL6 (ENSSHAG00000013396)	CALCOCO2 (ENSSHAG00000022264)	ATP5MC1 (ENSSHAG00000013859)	UBE2Z (ENSSHAG00000020994)	SNF8 (ENSSHAG00000013985)	ENSSHAG00000014119	IGF2BP1 (ENSSHAG00000014259)	ENSSHAG00000014639 ##22	ENSSHAG00000014937 ##22	ABI3 (ENSSHAG00000023845)	PHOSPHO1 (ENSSHAG00000020969)	PHB1 (ENSSHAG00000025219)	NGFR (ENSSHAG00000006168)	NXPH3 (ENSSHAG00000007677)	SPOP (ENSSHAG00000021587)	SLC35B1 (ENSSHAG00000028015)	FAM117A (ENSSHAG00000009386)	KAT7 (ENSSHAG00000010137)	DLX4 (ENSSHAG00000011988)	DLX3 (ENSSHAG00000012177)	ITGA3 (ENSSHAG00000012691)	PDK2 (ENSSHAG00000012889)	PPP1R9B (ENSSHAG00000029473)	SAMD14 (ENSSHAG00000021640)
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155029.c.b	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155029.c.b	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091.e	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
koala	MODERN SPECIES	67	HOXB1 (ENSPCIG00000033449)	HOXB2 (ENSPCIG00000000295)	HOXB3 (ENSPCIG00000000217)	HOXB4 (ENSPCIG00000000195)	HOXB5 (ENSPCIG00000031080)	HOXB6 (ENSPCIG00000000076)	HOXB7 (ENSPCIG00000000064)	HOXB9 (ENSPCIG00000030251)	HOXB13 (ENSPCIG00000030249)	TTLL6 (ENSPCIG00000030247)	CALCOCO2 (ENSPCIG00000010432)	ATP5MC1 (ENSPCIG00000013306)	ENSPCIG00000013305	SNF8 (ENSPCIG00000013302)	IGF2BP1 (ENSPCIG00000013111)	B4GALNT2 (ENSPCIG00000003606) ##22	GNGT2 (ENSPCIG00000013109)	ABI3 (ENSPCIG00000013108)	PHOSPHO1 (ENSPCIG00000013107)	ENSPCIG00000013106	ZNF652 (ENSPCIG00000013105)	PHB1 (ENSPCIG00000013104)	NGFR (ENSPCIG00000014398)	NXPH3 (ENSPCIG00000013103)	ENSPCIG00000013102	SPOP (ENSPCIG00000013101)	SLC35B1 (ENSPCIG00000013098)	FAM117A (ENSPCIG00000013096)	KAT7 (ENSPCIG00000013089)	DLX4 (ENSPCIG00000029167)	DLX3 (ENSPCIG00000029166)
Common wonbat	MODERN SPECIES	1037	SKAP1 (ENSVURG00010007559)	HOXB1 (ENSVURG00010007572)	HOXB2 (ENSVURG00010007579)	HOXB3 (ENSVURG00010007587)	HOXB4 (ENSVURG00010007589)	HOXB5 (ENSVURG00010007599)	HOXB6 (ENSVURG00010007602)	HOXB7 (ENSVURG00010007606)	HOXB8 (ENSVURG00010007609)	HOXB9 (ENSVURG00010007619)	HOXB13 (ENSVURG00010007629)	CALCOCO2 (ENSVURG00010007642)	ENSVURG00010007663	SNF8 (ENSVURG00010007691)	IGF2BP1 (ENSVURG00010007702)	B4GALNT2 (ENSVURG00010007761) ##22	GNGT2 (ENSVURG00010007781)	ABI3 (ENSVURG00010007788)	PHOSPHO1 (ENSVURG00010007795)	ZNF652 (ENSVURG00010007816)	PHB1 (ENSVURG00010007822)	NGFR (ENSVURG00010007851)	NXPH3 (ENSVURG00010007859)	SPOP (ENSVURG00010007867)	SLC35B1 (ENSVURG00010007896)	FAM117A (ENSVURG00010007908)	KAT7 (ENSVURG00010007939)	ENSVURG00010007979	DLX4 (ENSVURG00010008009)	DLX3 (ENSVURG00010008014)	ITGA3 (ENSVURG00010008033)
Wallaby	MODERN SPECIES	7466																B4GALNT2 (ENSMEUG00000012415) ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	257							ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974
Armadillo	MODERN SPECIES	1251							HOXB9 (ENSDNOG00000024386)	HOXB13 (ENSDNOG00000015177)	TTLL6 (ENSDNOG00000013498)	ENSDNOG00000016284	ATP5MC1 (ENSDNOG00000011376)	UBE2Z (ENSDNOG00000002744)	SNF8 (ENSDNOG00000002745)	GIP (ENSDNOG00000006792)	IGF2BP1 (ENSDNOG00000006801)	B4GALNT2 (ENSDNOG00000040157) ##22	ABI3 (ENSDNOG00000023604)	PHOSPHO1 (ENSDNOG00000018968)	ZNF652 (ENSDNOG00000016747)	PHB1 (ENSDNOG00000038770)	NGFR (ENSDNOG00000043405)
Sloth	MODERN SPECIES	5522																B4GALNT2 (ENSCHOG00000013769) ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Tenrec	MODERN SPECIES	6002																B4GALNT2 (ENSETEG00000018281) ##22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Elephant	MODERN SPECIES	310	HOXB5 (ENSLAFG00000013590)	HOXB6 (ENSLAFG00000013593)	HOXB7 (ENSLAFG00000030637)	HOXB8 (ENSLAFG00000030682)	HOXB9 (ENSLAFG00000013600)	HOXB13 (ENSLAFG00000011262)	ENSLAFG00000026602	TTLL6 (ENSLAFG00000003368)	ENSLAFG00000027009	CALCOCO2 (ENSLAFG00000016693)	ATP5MC1 (ENSLAFG00000004537)	UBE2Z (ENSLAFG00000006606)	SNF8 (ENSLAFG00000006599)	GIP (ENSLAFG00000004536)	IGF2BP1 (ENSLAFG00000002048)	B4GALNT2 (ENSLAFG00000010563) ##22	GNGT2 (ENSLAFG00000025568)	ABI3 (ENSLAFG00000001493)	PHOSPHO1 (ENSLAFG00000031084)	ZNF652 (ENSLAFG00000010084)	PHB1 (ENSLAFG00000010087)	NGFR (ENSLAFG00000003584)	NXPH3 (ENSLAFG00000003309)	SPOP (ENSLAFG00000003311)	SLC35B1 (ENSLAFG00000002794)	FAM117A (ENSLAFG00000029848)	KAT7 (ENSLAFG00000002796)	TAC4 (ENSLAFG00000015318)	DLX4 (ENSLAFG00000013453)	DLX3 (ENSLAFG00000028511)	ITGA3 (ENSLAFG00000002548)
Hyrax	MODERN SPECIES	4635																B4GALNT2 (ENSPCAG00000011150) ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00940000159720	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Primates	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1079																B4GALNT2 (ENSPSMG00000024407) ##22	GNGT2 (ENSPSMG00000024402)	ABI3 (ENSPSMG00000024397)	PHOSPHO1 (ENSPSMG00000024394)	ZNF652 (ENSPSMG00000024391)	PHB1 (ENSPSMG00000024377)	NGFR (ENSPSMG00000024367)	NXPH3 (ENSPSMG00000024356)	SPOP (ENSPSMG00000024349)	SLC35B1 (ENSPSMG00000024325)	FAM117A (ENSPSMG00000024310)	KAT7 (ENSPSMG00000024267)	TAC4 (ENSPSMG00000024159)	DLX4 (ENSPSMG00000024154)	DLX3 (ENSPSMG00000024150)	ITGA3 (ENSPSMG00000024125)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	120	HOXB4 (ENSPCOG00000022963)	HOXB5 (ENSPCOG00000015692)	HOXB6 (ENSPCOG00000019931)	HOXB7 (ENSPCOG00000028248)	HOXB8 (ENSPCOG00000024853)	HOXB9 (ENSPCOG00000027130)	HOXB13 (ENSPCOG00000018182)	TTLL6 (ENSPCOG00000021391)	CALCOCO2 (ENSPCOG00000021998)	ENSPCOG00000008741	UBE2Z (ENSPCOG00000014816)	SNF8 (ENSPCOG00000026895)	GIP (ENSPCOG00000024832)	IGF2BP1 (ENSPCOG00000006475)	ENSPCOG00000018672	B4GALNT2 (ENSPCOG00000013984) ##22	GNGT2 (ENSPCOG00000012867)	ABI3 (ENSPCOG00000022568)	PHOSPHO1 (ENSPCOG00000025336)	ZNF652 (ENSPCOG00000026434)	ENSPCOG00000004228	NGFR (ENSPCOG00000018887)	NXPH3 (ENSPCOG00000013916)	SPOP (ENSPCOG00000015101)	SLC35B1 (ENSPCOG00000022007)	FAM117A (ENSPCOG00000024870)	KAT7 (ENSPCOG00000022157)	TAC4 (ENSPCOG00000003764)	DLX4 (ENSPCOG00000027773)	DLX3 (ENSPCOG00000027168)	ITGA3 (ENSPCOG00000024145)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	7	HOXB4 (ENSMICG00000043173)	HOXB5 (ENSMICG00000047139)	HOXB6 (ENSMICG00000042216)	HOXB7 (ENSMICG00000007539)	HOXB8 (ENSMICG00000045961)	HOXB9 (ENSMICG00000038413)	HOXB13 (ENSMICG00000007546)	TTLL6 (ENSMICG00000007549)	CALCOCO2 (ENSMICG00000015330)	ENSMICG00000003414	UBE2Z (ENSMICG00000046102)	SNF8 (ENSMICG00000013305)	GIP (ENSMICG00000013317)	ENSMICG00000013324	ENSMICG00000037104	B4GALNT2 (ENSMICG00000008596) ##22	GNGT2 (ENSMICG00000045728)	ABI3 (ENSMICG00000008618)	PHOSPHO1 (ENSMICG00000032861)	ZNF652 (ENSMICG00000006959)	ENSMICG00000043778	NGFR (ENSMICG00000037395)	NXPH3 (ENSMICG00000006985)	SPOP (ENSMICG00000006987)	SLC35B1 (ENSMICG00000016462)	FAM117A (ENSMICG00000031031)	KAT7 (ENSMICG00000016478)	TAC4 (ENSMICG00000016489)	DLX4 (ENSMICG00000031694)	DLX3 (ENSMICG00000037127)	ITGA3 (ENSMICG00000007204)
Bushbaby	MODERN SPECIES	133	HOXB4 (ENSOGAG00000033709)	HOXB5 (ENSOGAG00000032432)	HOXB6 (ENSOGAG00000008661)	HOXB7 (ENSOGAG00000008667)	HOXB8 (ENSOGAG00000029480)	HOXB9 (ENSOGAG00000008668)	ENSOGAG00000034464	HOXB13 (ENSOGAG00000032643)	TTLL6 (ENSOGAG00000011701)	CALCOCO2 (ENSOGAG00000011709)	ATP5MC1 (ENSOGAG00000011713)	UBE2Z (ENSOGAG00000001267)	ENSOGAG00000001269	GIP (ENSOGAG00000010130)	IGF2BP1 (ENSOGAG00000001270)	B4GALNT2 (ENSOGAG00000003570) ##22	ABI3 (ENSOGAG00000029723)	PHOSPHO1 (ENSOGAG00000034530)	ZNF652 (ENSOGAG00000003574)	ENSOGAG00000027015	NGFR (ENSOGAG00000015270)	NXPH3 (ENSOGAG00000012792)	SPOP (ENSOGAG00000012793)	SLC35B1 (ENSOGAG00000001047)	FAM117A (ENSOGAG00000001048)	KAT7 (ENSOGAG00000001049)	TAC4 (ENSOGAG00000001052)	DLX4 (ENSOGAG00000005134)	DLX3 (ENSOGAG00000005136)	ITGA3 (ENSOGAG00000005138)	PDK2 (ENSOGAG00000005143)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Tarsier	MODERN SPECIES	5416														IGF2BP1 (ENSTSYG00000003912)	ENSTSYG00000026660	B4GALNT2 (ENSTSYG00000032628) ##22	ENSTSYG00000026572	ABI3 (ENSTSYG00000030274)	PHOSPHO1 (ENSTSYG00000027011)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.v	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.v	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00910000147886	ENSGT00950000183070.a.b.g.b.b.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00910000147886	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Pan	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00940000161326	ENSGT00610000086191	ENSGT00940000153761.A	ENSGT00940000159306	ENSGT00390000002475	ENSGT00940000158001	ENSGT00440000037582	ENSGT00390000018418	ENSGT00940000162021
Bonobo	MODERN SPECIES	8	HOXB5 (ENSPPAG00000039181)	HOXB6 (ENSPPAG00000032229)	HOXB7 (ENSPPAG00000010963)	HOXB8 (ENSPPAG00000034804)	HOXB9 (ENSPPAG00000028486)	PRAC1 (ENSPPAG00000014004)	HOXB13 (ENSPPAG00000027794)	TTLL6 (ENSPPAG00000036197)	CALCOCO2 (ENSPPAG00000037813)	ATP5MC1 (ENSPPAG00000039996)	ENSPPAG00000001213	ENSPPAG00000029824	SNF8 (ENSPPAG00000030822)	ENSPPAG00000029732	IGF2BP1 (ENSPPAG00000040224)	B4GALNT2 (ENSPPAG00000033188) ##22	ENSPPAG00000028035	ABI3 (ENSPPAG00000025669)	PHOSPHO1 (ENSPPAG00000042612)	ZNF652 (ENSPPAG00000024727)	ENSPPAG00000026668	NGFR (ENSPPAG00000039815)	GUCY2D (ENSPPAG00000038449)	CNTROB (ENSPPAG00000035938)	TRAPPC1 (ENSPPAG00000029301)	KCNAB3 (ENSPPAG00000018201)	RNF227 (ENSPPAG00000040198)	CHD3 (ENSPPAG00000032886)	CYB5D1 (ENSPPAG00000037753)	ENSPPAG00000026097	TMEM88 (ENSPPAG00000035566)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	8	HOXB6 (ENSPTRG00000009356)	HOXB7 (ENSPTRG00000009357)	HOXB8 (ENSPTRG00000048497)	HOXB9 (ENSPTRG00000009358)	PRAC1 (ENSPTRG00000009359)	PRAC2 (ENSPTRG00000048455)	HOXB13 (ENSPTRG00000009360)	TTLL6 (ENSPTRG00000009361)	CALCOCO2 (ENSPTRG00000009363)	ATP5MC1 (ENSPTRG00000009364)	ENSPTRG00000051053	UBE2Z (ENSPTRG00000009365)	SNF8 (ENSPTRG00000051067)	GIP (ENSPTRG00000009367)	IGF2BP1 (ENSPTRG00000009368)	B4GALNT2 (ENSPTRG00000009369) ##22	GNGT2 (ENSPTRG00000009370)	ABI3 (ENSPTRG00000009371)	PHOSPHO1 (ENSPTRG00000009372)	ENSPTRG00000044551	PHB1 (ENSPTRG00000009376)	NGFR (ENSPTRG00000009377)	GUCY2D (ENSPTRG00000008720)	CNTROB (ENSPTRG00000008719)	TRAPPC1 (ENSPTRG00000008717)	KCNAB3 (ENSPTRG00000008716)	RNF227 (ENSPTRG00000043140)	CHD3 (ENSPTRG00000008714)	CYB5D1 (ENSPTRG00000008713)	NAA38 (ENSPTRG00000008712)	TMEM88 (ENSPTRG00000008711)
Human	MODERN SPECIES	8	HOXB5 (ENSG00000120075)	HOXB6 (ENSG00000108511)	HOXB7 (ENSG00000260027)	HOXB8 (ENSG00000120068)	HOXB9 (ENSG00000170689)	PRAC1 (ENSG00000159182)	PRAC2 (ENSG00000229637)	HOXB13 (ENSG00000159184)	TTLL6 (ENSG00000170703)	CALCOCO2 (ENSG00000136436)	ATP5MC1 (ENSG00000159199)	UBE2Z (ENSG00000159202)	SNF8 (ENSG00000159210)	GIP (ENSG00000159224)	IGF2BP1 (ENSG00000159217)	B4GALNT2 (ENSG00000167080) ##22	GNGT2 (ENSG00000167083)	ABI3 (ENSG00000108798)	PHOSPHO1 (ENSG00000173868)	ZNF652 (ENSG00000198740)	PHB1 (ENSG00000167085)	NGFR (ENSG00000064300)	NXPH3 (ENSG00000182575)	SPOP (ENSG00000121067)	SLC35B1 (ENSG00000121073)	FAM117A (ENSG00000121104)	KAT7 (ENSG00000136504)	TAC4 (ENSG00000176358)	DLX4 (ENSG00000108813)	DLX3 (ENSG00000064195)	ITGA3 (ENSG00000005884)
Gorilla	MODERN SPECIES	18	HOXB7 (ENSGGOG00000002637)	HOXB8 (ENSGGOG00000039810)	ENSGGOG00000036688	PRAC1 (ENSGGOG00000027105)	ENSGGOG00000042122	HOXB13 (ENSGGOG00000001945)	TTLL6 (ENSGGOG00000001947)	CALCOCO2 (ENSGGOG00000005537)	ENSGGOG00000040493	ATP5MC1 (ENSGGOG00000001626)	ENSGGOG00000041027	ENSGGOG00000041818	SNF8 (ENSGGOG00000025290)	GIP (ENSGGOG00000013847)	IGF2BP1 (ENSGGOG00000008872)	B4GALNT2 (ENSGGOG00000008204) ##22	ENSGGOG00000001953	ABI3 (ENSGGOG00000001954)	PHOSPHO1 (ENSGGOG00000001957)	ZNF652 (ENSGGOG00000010288)	PHB (ENSGGOG00000028002)	ENSGGOG00000037188	NGFR (ENSGGOG00000008434)	ENSGGOG00000036288	ENSGGOG00000009295	SLC35B1 (ENSGGOG00000004776)	FAM117A (ENSGGOG00000004783)	KAT7 (ENSGGOG00000007469)	TAC4 (ENSGGOG00000007479)	ENSGGOG00000042625	DLX4 (ENSGGOG00000014992)
Orangutan	MODERN SPECIES	8	HOXB5 (ENSPPYG00000008898)	HOXB6 (ENSPPYG00000008899)	HOXB7 (ENSPPYG00000008901)	HOXB8 (ENSPPYG00000038542)	HOXB9 (ENSPPYG00000008902)	PRAC1 (ENSPPYG00000008903)	ENSPPYG00000036609	HOXB13 (ENSPPYG00000008904)	TTLL6 (ENSPPYG00000008906)	CALCOCO2 (ENSPPYG00000008907)	ATP5MC1 (ENSPPYG00000008909)	UBE2Z (ENSPPYG00000032681)	ENSPPYG00000008911	GIP (ENSPPYG00000008912)	IGF2BP1 (ENSPPYG00000008913)	B4GALNT2 (ENSPPYG00000008914) ##22	ENSPPYG00000008915	ABI3 (ENSPPYG00000008916)	PHOSPHO1 (ENSPPYG00000008917)	ZNF652 (ENSPPYG00000008919)	ENSPPYG00000008920	NGFR (ENSPPYG00000008921)	ENSPPYG00000034149	SPOP (ENSPPYG00000008923)	ENSPPYG00000008924	KAT7 (ENSPPYG00000008925)	TAC4 (ENSPPYG00000008926)	DLX4 (ENSPPYG00000008929)	DLX3 (ENSPPYG00000008930)	ITGA3 (ENSPPYG00000008931)	PDK2 (ENSPPYG00000008932)
Gibbon	MODERN SPECIES	105	ENSNLEG00000018815	HOXB2 (ENSNLEG00000002566)	HOXB4 (ENSNLEG00000002570)	HOXB5 (ENSNLEG00000002574)	HOXB6 (ENSNLEG00000002585)	ENSNLEG00000029075	ENSNLEG00000036120	HOXB13 (ENSNLEG00000002594)	TTLL6 (ENSNLEG00000002601)	CALCOCO2 (ENSNLEG00000002619)	ATP5MC1 (ENSNLEG00000002718)	ENSNLEG00000002739	SNF8 (ENSNLEG00000002743)	GIP (ENSNLEG00000002767)	IGF2BP1 (ENSNLEG00000002786)	B4GALNT2 (ENSNLEG00000002844) ##22	ENSNLEG00000002931	ABI3 (ENSNLEG00000002938)	ENSNLEG00000018816	ZNF652 (ENSNLEG00000027071)	PHB1 (ENSNLEG00000002978)	ENSNLEG00000031597	ENSNLEG00000003078	ENSNLEG00000003086	SPOP (ENSNLEG00000003088)	SLC35B1 (ENSNLEG00000003163)	FAM117A (ENSNLEG00000003198)	KAT7 (ENSNLEG00000003201)	ENSNLEG00000003272	ENSNLEG00000003291	DLX3 (ENSNLEG00000003294)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h.u	ENSGT00910000147886	ENSGT00950000183070.a.b.g.b.b.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h.u	ENSGT00910000147886	ENSGT00950000183070.a.b.g.b.b.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.i	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h.u	ENSGT00910000147886	ENSGT00950000183070.a.b.g.b.b.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.i	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h.u	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.i	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a
Olive baboon	MODERN SPECIES	8	HOXB7 (ENSPANG00000041701)	HOXB8 (ENSPANG00000022895)	HOXB9 (ENSPANG00000022896)	PRAC1 (ENSPANG00000034268)	HOXB13 (ENSPANG00000048407)	TTLL6 (ENSPANG00000022885)	ENSPANG00000049214	CALCOCO2 (ENSPANG00000022881)	ATP5MC1 (ENSPANG00000022880)	UBE2Z (ENSPANG00000022830)	SNF8 (ENSPANG00000022831)	GIP (ENSPANG00000022832)	IGF2BP1 (ENSPANG00000022833)	ENSPANG00000049141	ENSPANG00000038197	B4GALNT2 (ENSPANG00000022834) ##22	GNGT2 (ENSPANG00000022835)	ABI3 (ENSPANG00000042285)	PHOSPHO1 (ENSPANG00000018531)	ZNF652 (ENSPANG00000022829)	PHB1 (ENSPANG00000022828)	NGFR (ENSPANG00000022819)	NXPH3 (ENSPANG00000022820)	SPOP (ENSPANG00000022821)	SLC35B1 (ENSPANG00000022822)	ENSPANG00000022823	KAT7 (ENSPANG00000022824)	DLX4 (ENSPANG00000022817)	DLX3 (ENSPANG00000041730)	ENSPANG00000046741	PDK2 (ENSPANG00000022651)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000018696.n	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h.u	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.i	ENSGT00940000157744	ENSGT01090000261853	ENSGT00940000153525.g.b.b.a.b.a.b.b	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	564	HOXB6 (ENSCATG00000043342)	HOXB7 (ENSCATG00000042829)	HOXB8 (ENSCATG00000025318)	HOXB9 (ENSCATG00000002169)	PRAC1 (ENSCATG00000038550)	HOXB13 (ENSCATG00000041758)	TTLL6 (ENSCATG00000029768)	ENSCATG00000016293	CALCOCO2 (ENSCATG00000007708)	ATP5MC1 (ENSCATG00000030174)	UBE2Z (ENSCATG00000038755)	SNF8 (ENSCATG00000038375)	GIP (ENSCATG00000031593)	ENSCATG00000044943	IGF2BP1 (ENSCATG00000041707)	B4GALNT2 (ENSCATG00000041984) ##22	GNGT2 (ENSCATG00000040371)	ABI3 (ENSCATG00000044608)	PHOSPHO1 (ENSCATG00000040780)	ZNF652 (ENSCATG00000039244)	ENSCATG00000044390	NGFR (ENSCATG00000030822)	NXPH3 (ENSCATG00000030177)	SPOP (ENSCATG00000028294)	SLC35B1 (ENSCATG00000036462)	ENSCATG00000042140	KAT7 (ENSCATG00000030056)	ENSCATG00000035460	ENSCATG00000000745	DLX4 (ENSCATG00000036886)	DLX3 (ENSCATG00000044310)
Drill	MODERN SPECIES	1297	HOXB5 (ENSMLEG00000009970)	HOXB6 (ENSMLEG00000029580)	HOXB7 (ENSMLEG00000042331)	HOXB8 (ENSMLEG00000007179)	HOXB9 (ENSMLEG00000030602)	PRAC1 (ENSMLEG00000033309)	HOXB13 (ENSMLEG00000043860)	TTLL6 (ENSMLEG00000023683)	CALCOCO2 (ENSMLEG00000034129)	ATP5MC1 (ENSMLEG00000026746)	UBE2Z (ENSMLEG00000043345)	SNF8 (ENSMLEG00000037501)	GIP (ENSMLEG00000032963)	ENSMLEG00000043660	IGF2BP1 (ENSMLEG00000026086)	B4GALNT2 (ENSMLEG00000020666) ##22	GNGT2 (ENSMLEG00000036852)	ABI3 (ENSMLEG00000030652)	PHOSPHO1 (ENSMLEG00000039410)	ZNF652 (ENSMLEG00000034995)	ENSMLEG00000043194	NGFR (ENSMLEG00000009406)	NXPH3 (ENSMLEG00000043510)	SPOP (ENSMLEG00000043280)	SLC35B1 (ENSMLEG00000028555)	ENSMLEG00000001352	KAT7 (ENSMLEG00000043692)	ENSMLEG00000031342	ENSMLEG00000037371	DLX4 (ENSMLEG00000029820)	DLX3 (ENSMLEG00000026314)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b.e	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h.u	ENSGT00910000147886	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.i	ENSGT00940000157744	ENSGT01090000261853	ENSGT00940000153525.g.b.b.a.b.a.b.b	ENSGT00940000162259
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	494	HOXB6 (ENSMNEG00000042554)	HOXB7 (ENSMNEG00000040001)	HOXB8 (ENSMNEG00000034944)	HOXB9 (ENSMNEG00000045476)	PRAC1 (ENSMNEG00000045191)	PRAC2 (ENSMNEG00000038796)	HOXB13 (ENSMNEG00000036275)	TTLL6 (ENSMNEG00000035034)	CALCOCO2 (ENSMNEG00000041410)	ENSMNEG00000027016	ENSMNEG00000011359	UBE2Z (ENSMNEG00000040572)	SNF8 (ENSMNEG00000032473)	GIP (ENSMNEG00000042307)	IGF2BP1 (ENSMNEG00000033825)	B4GALNT2 (ENSMNEG00000044329) ##22	GNGT2 (ENSMNEG00000029921)	ABI3 (ENSMNEG00000036355)	PHOSPHO1 (ENSMNEG00000028521)	ZNF652 (ENSMNEG00000037260)	ENSMNEG00000030128	ENSMNEG00000026686	NGFR (ENSMNEG00000043507)	NXPH3 (ENSMNEG00000038163)	SPOP (ENSMNEG00000044368)	SLC35B1 (ENSMNEG00000042757)	ENSMNEG00000044360	KAT7 (ENSMNEG00000044419)	ENSMNEG00000029555	DLX4 (ENSMNEG00000035926)	DLX3 (ENSMNEG00000031310)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b.e	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h.u	ENSGT00910000147886	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.i	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000153525.g.b.b.a.b.a.b.b	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	HOXB9 (ENSMFAG00000062545)	ENSMFAG00000047612	PRAC1 (ENSMFAG00000039547)	HOXB13 (ENSMFAG00000039799)	TTLL6 (ENSMFAG00000035518)	ENSMFAG00000059251	ENSMFAG00000030534	CALCOCO2 (ENSMFAG00000000840)	ENSMFAG00000055147	ENSMFAG00000037178	UBE2Z (ENSMFAG00000045564)	SNF8 (ENSMFAG00000000584)	GIP (ENSMFAG00000045846)	ENSMFAG00000059536	IGF2BP1 (ENSMFAG00000001613)	B4GALNT2 (ENSMFAG00000003631) ##22	GNGT2 (ENSMFAG00000001055)	ENSMFAG00000062119	PHOSPHO1 (ENSMFAG00000041672)	ZNF652 (ENSMFAG00000039085)	PHB1 (ENSMFAG00000042554)	ENSMFAG00000051302	NGFR (ENSMFAG00000044019)	NXPH3 (ENSMFAG00000041457)	SPOP (ENSMFAG00000000752)	SLC35B1 (ENSMFAG00000025107)	FAM117A (ENSMFAG00000039391)	ENSMFAG00000061536	KAT7 (ENSMFAG00000036338)	ENSMFAG00000051274	ENSMFAG00000049058
Rhesus	MODERN SPECIES	7	HOXB6 (ENSMMUG00000062283)	HOXB7 (ENSMMUG00000055324)	HOXB8 (ENSMMUG00000020868)	HOXB9 (ENSMMUG00000052505)	PRAC1 (ENSMMUG00000053394)	HOXB13 (ENSMMUG00000060879)	TTLL6 (ENSMMUG00000003436)	ENSMMUG00000016305	ATP5MC1 (ENSMMUG00000013395)	UBE2Z (ENSMMUG00000057164)	SNF8 (ENSMMUG00000021087)	GIP (ENSMMUG00000049405)	IGF2BP1 (ENSMMUG00000011533)	CALCOCO2 (ENSMMUG00000012178)	ENSMMUG00000057553	B4GALNT2 (ENSMMUG00000015845) ##22	ABI3 (ENSMMUG00000002437)	PHOSPHO1 (ENSMMUG00000002436)	ZNF652 (ENSMMUG00000003453)	PHB1 (ENSMMUG00000000156)	ENSMMUG00000065166	NGFR (ENSMMUG00000014603)	ENSMMUG00000064469	NXPH3 (ENSMMUG00000003383)	SPOP (ENSMMUG00000018752)	SLC35B1 (ENSMMUG00000008870)	KAT7 (ENSMMUG00000047550)	ENSMMUG00000050934	ENSMMUG00000049512	DLX4 (ENSMMUG00000017658)	DLX3 (ENSMMUG00000000157)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	7	HOXB3 (ENSCSAG00000002533)	HOXB4 (ENSCSAG00000002530)	HOXB5 (ENSCSAG00000002529)	HOXB6 (ENSCSAG00000002526)	HOXB7 (ENSCSAG00000002524)	HOXB8 (ENSCSAG00000002523)	HOXB9 (ENSCSAG00000002521)	HOXB13 (ENSCSAG00000002517)	TTLL6 (ENSCSAG00000002511)	CALCOCO2 (ENSCSAG00000002506)	ATP5MC1 (ENSCSAG00000002502)	UBE2Z (ENSCSAG00000002496)	SNF8 (ENSCSAG00000002494)	GIP (ENSCSAG00000002491)	IGF2BP1 (ENSCSAG00000002487)	B4GALNT2 (ENSCSAG00000002479) ##22	GNGT2 (ENSCSAG00000002475)	ABI3 (ENSCSAG00000002473)	PHOSPHO1 (ENSCSAG00000002465)	ZNF652 (ENSCSAG00000002462)	ENSCSAG00000002455	NGFR (ENSCSAG00000002443)	NXPH3 (ENSCSAG00000002440)	SLC35B1 (ENSCSAG00000002438)	FAM117A (ENSCSAG00000002425)	C17orf99 (ENSCSAG00000002419)	SYNGR2 (ENSCSAG00000002418)	TK1 (ENSCSAG00000002415)	AFMID (ENSCSAG00000002407)	ENSCSAG00000002402	TMEM235 (ENSCSAG00000002397)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000165611	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.k	ENSGT00940000157416	ENSGT00910000147886	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000163054	ENSGT00940000157744	ENSGT01090000261853	ENSGT00390000006238.n	ENSGT00940000162259
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	585	HOXB6 (ENSRROG00000028093)	HOXB7 (ENSRROG00000035066)	HOXB8 (ENSRROG00000045349)	HOXB9 (ENSRROG00000044654)	PRAC1 (ENSRROG00000039006)	PRAC2 (ENSRROG00000033208)	HOXB13 (ENSRROG00000042147)	TTLL6 (ENSRROG00000044208)	CALCOCO2 (ENSRROG00000042598)	ATP5MC1 (ENSRROG00000031127)	UBE2Z (ENSRROG00000038314)	SNF8 (ENSRROG00000041052)	GIP (ENSRROG00000029793)	IGF2BP1 (ENSRROG00000039581)	ENSRROG00000030406	B4GALNT2 (ENSRROG00000001500) ##22	GNGT2 (ENSRROG00000021991)	ABI3 (ENSRROG00000038650)	PHOSPHO1 (ENSRROG00000036306)	ZNF652 (ENSRROG00000045147)	ENSRROG00000038767	ENSRROG00000003131	NGFR (ENSRROG00000032770)	NXPH3 (ENSRROG00000035416)	SPOP (ENSRROG00000044140)	SLC35B1 (ENSRROG00000034434)	FAM117A (ENSRROG00000031075)	ENSRROG00000035494
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1661	HOXB5 (ENSRBIG00000015821)	HOXB6 (ENSRBIG00000029050)	HOXB7 (ENSRBIG00000039896)	HOXB8 (ENSRBIG00000043329)	HOXB9 (ENSRBIG00000035654)	PRAC1 (ENSRBIG00000041996)	PRAC2 (ENSRBIG00000032698)	HOXB13 (ENSRBIG00000035598)	TTLL6 (ENSRBIG00000035925)	CALCOCO2 (ENSRBIG00000035235)	ATP5MC1 (ENSRBIG00000026711)	UBE2Z (ENSRBIG00000038578)	SNF8 (ENSRBIG00000038039)	GIP (ENSRBIG00000039886)	IGF2BP1 (ENSRBIG00000035739)	B4GALNT2 (ENSRBIG00000035256) ##22	GNGT2 (ENSRBIG00000042345)	ABI3 (ENSRBIG00000020770)	PHOSPHO1 (ENSRBIG00000041603)	ZNF652 (ENSRBIG00000044859)	ENSRBIG00000044848	NGFR (ENSRBIG00000044844)	NXPH3 (ENSRBIG00000043134)	SPOP (ENSRBIG00000035729)	SLC35B1 (ENSRBIG00000034096)	FAM117A (ENSRBIG00000031638)	ENSRBIG00000011981	KAT7 (ENSRBIG00000031559)	ENSRBIG00000005357	ENSRBIG00000040783	ENSRBIG00000013434
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.m	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744.e	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.m	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744.e	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT01050000247531	ENSGT00860000135909	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a.t.b	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.u.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.m	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744.e	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	86	HOXB6 (ENSSBOG00000031900)	HOXB7 (ENSSBOG00000020028)	HOXB8 (ENSSBOG00000034884)	HOXB9 (ENSSBOG00000030218)	ENSSBOG00000030794	PRAC2 (ENSSBOG00000032603)	HOXB13 (ENSSBOG00000029964)	TTLL6 (ENSSBOG00000028908)	CALCOCO2 (ENSSBOG00000035276)	ENSSBOG00000028794	UBE2Z (ENSSBOG00000036224)	ENSSBOG00000028176	SNF8 (ENSSBOG00000026186)	GIP (ENSSBOG00000020793)	IGF2BP1 (ENSSBOG00000020973)	B4GALNT2 (ENSSBOG00000026556) ##22	GNGT2 (ENSSBOG00000030712)	ABI3 (ENSSBOG00000013949)	PHOSPHO1 (ENSSBOG00000031500)	ZNF652 (ENSSBOG00000029507)	ENSSBOG00000029361	NGFR (ENSSBOG00000031345)	NXPH3 (ENSSBOG00000028337)	SPOP (ENSSBOG00000031919)	SLC35B1 (ENSSBOG00000032295)	FAM117A (ENSSBOG00000034596)	KAT7 (ENSSBOG00000031238)	TAC4 (ENSSBOG00000006746)	DLX4 (ENSSBOG00000025750)	DLX3 (ENSSBOG00000033912)	ITGA3 (ENSSBOG00000019078)
Capuchin	MODERN SPECIES	123	CNOT6L (ENSCCAG00000025000)	ENSCCAG00000033201	FRAS1 (ENSCCAG00000034015)	ANXA3 (ENSCCAG00000031047)	ENSCCAG00000033111	BMP2K (ENSCCAG00000035233)	PAQR3 (ENSCCAG00000030402)	TTLL6 (ENSCCAG00000031760)	ENSCCAG00000031353	ENSCCAG00000033997	ENSCCAG00000035420	UBE2Z (ENSCCAG00000034036)	SNF8 (ENSCCAG00000025774)	GIP (ENSCCAG00000032674)	IGF2BP1 (ENSCCAG00000031817)	B4GALNT2 (ENSCCAG00000029481) ##22	GNGT2 (ENSCCAG00000021230)	ABI3 (ENSCCAG00000034155)	PHOSPHO1 (ENSCCAG00000031753)	ZNF652 (ENSCCAG00000034341)	ENSCCAG00000031356	NGFR (ENSCCAG00000032956)	NXPH3 (ENSCCAG00000027739)	SPOP (ENSCCAG00000026049)	SLC35B1 (ENSCCAG00000035827)	FAM117A (ENSCCAG00000027827)	ENSCCAG00000023588	TAC4 (ENSCCAG00000027771)	DLX4 (ENSCCAG00000031363)	DLX3 (ENSCCAG00000025849)	ITGA3 (ENSCCAG00000036669)
Marmoset	MODERN SPECIES	17	HOXB4 (ENSCJAG00000007480)	HOXB5 (ENSCJAG00000007472)	HOXB6 (ENSCJAG00000007467)	HOXB7 (ENSCJAG00000007457)	HOXB8 (ENSCJAG00000045730)	HOXB9 (ENSCJAG00000007442)	HOXB13 (ENSCJAG00000007437)	TTLL6 (ENSCJAG00000007395)	CALCOCO2 (ENSCJAG00000007375)	ATP5MC1 (ENSCJAG00000075375)	UBE2Z (ENSCJAG00000007326)	SNF8 (ENSCJAG00000007322)	GIP (ENSCJAG00000007300)	IGF2BP1 (ENSCJAG00000007258)	ENSCJAG00000079002	B4GALNT2 (ENSCJAG00000007247) ##22	GNGT2 (ENSCJAG00000041153)	ABI3 (ENSCJAG00000007219)	PHOSPHO1 (ENSCJAG00000047817)	ZNF652 (ENSCJAG00000007206)	PHB1 (ENSCJAG00000007174)	NGFR (ENSCJAG00000048552)	NXPH3 (ENSCJAG00000047530)	SPOP (ENSCJAG00000045260)	SLC35B1 (ENSCJAG00000007077)	FAM117A (ENSCJAG00000007066)	KAT7 (ENSCJAG00000007037)	TAC4 (ENSCJAG00000007010)	DLX4 (ENSCJAG00000054881)	DLX3 (ENSCJAG00000006990)	ITGA3 (ENSCJAG00000006922)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	481	HOXB5 (ENSANAG00000024299)	HOXB6 (ENSANAG00000023964)	HOXB7 (ENSANAG00000025513)	HOXB8 (ENSANAG00000028346)	HOXB9 (ENSANAG00000035156)	ENSANAG00000030331	HOXB13 (ENSANAG00000023991)	PRAC2 (ENSANAG00000025557)	TTLL6 (ENSANAG00000031133)	ENSANAG00000020581	ATP5MC1 (ENSANAG00000024881)	UBE2Z (ENSANAG00000029636)	SNF8 (ENSANAG00000032764)	GIP (ENSANAG00000030188)	IGF2BP1 (ENSANAG00000022606)	B4GALNT2 (ENSANAG00000023170) ##22	GNGT2 (ENSANAG00000020682)	ABI3 (ENSANAG00000029869)	ENSANAG00000032587	ZNF652 (ENSANAG00000031074)	ENSANAG00000025483	NGFR (ENSANAG00000021546)	ENSANAG00000019908
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000163054	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259
Tree shrew	MODERN SPECIES	1695										CALCOCO2 (ENSTBEG00000002802)	ENSTBEG00000003575	ENSTBEG00000003823	SNF8 (ENSTBEG00000003897)	GIP (ENSTBEG00000004093)	IGF2BP1 (ENSTBEG00000004254)	ENSTBEG00000004788 ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159503	ENSGT00940000155029.c.b	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Rabbit	MODERN SPECIES	10	HOXB2 (ENSOCUG00000024951)	HOXB3 (ENSOCUG00000023337)	HOXB6 (ENSOCUG00000011560)	HOXB5 (ENSOCUG00000023093)	HOXB8 (ENSOCUG00000029186)	HOXB9 (ENSOCUG00000027316)	HOXB13 (ENSOCUG00000012816)	TTLL6 (ENSOCUG00000006289)	ENSOCUG00000038154	CALCOCO2 (ENSOCUG00000016209)	ATP5MC1 (ENSOCUG00000016225)	UBE2Z (ENSOCUG00000009159)	SNF8 (ENSOCUG00000009156)	GIP (ENSOCUG00000004410)	IGF2BP1 (ENSOCUG00000004411)	B4GALNT2 (ENSOCUG00000003531) ##22	GNGT2 (ENSOCUG00000016331)	ABI3 (ENSOCUG00000016339)	PHOSPHO1 (ENSOCUG00000016347)	ZNF652 (ENSOCUG00000002965)	ENSOCUG00000007209	NGFR (ENSOCUG00000007635)	NXPH3 (ENSOCUG00000013921)	ENSOCUG00000034391	SPOP (ENSOCUG00000016723)	SLC35B1 (ENSOCUG00000023120)	FAM117A (ENSOCUG00000016733)	KAT7 (ENSOCUG00000000668)	TAC4 (ENSOCUG00000023306)	DLX4 (ENSOCUG00000022067)	DLX3 (ENSOCUG00000007833)
Pika	MODERN SPECIES	2549																ENSOPRG00000017345 ##22	GNGT2 (ENSOPRG00000017346)	ABI3 (ENSOPRG00000017347)	PHOSPHO1 (ENSOPRG00000017348)	ENSOPRG00000017349	ENSOPRG00000017350
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b.f	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.ab	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.ab	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Hoxb1 (ENSPEMG00000023977)	Hoxb2 (ENSPEMG00000029510)	Hoxb3 (ENSPEMG00000028692)	Hoxb4 (ENSPEMG00000029805)	Hoxb5 (ENSPEMG00000030101)	Hoxb9 (ENSPEMG00000027158)	Hoxb13 (ENSPEMG00000021511)	Ttll6 (ENSPEMG00000021918)	ENSPEMG00000025676	ENSPEMG00000028729	Atp5g1 (ENSPEMG00000020590)	Ube2z (ENSPEMG00000020953)	Snf8 (ENSPEMG00000022229)	Gip (ENSPEMG00000021184)	Igf2bp1 (ENSPEMG00000021974)	B4galnt2 (ENSPEMG00000020717) ##22	Gngt2 (ENSPEMG00000027491)	Abi3 (ENSPEMG00000014242)	Phospho1 (ENSPEMG00000026539)	Zfp652 (ENSPEMG00000020862)	Phb (ENSPEMG00000021310)	Ngfr (ENSPEMG00000020336)	Nxph3 (ENSPEMG00000027912)	Spop (ENSPEMG00000012191)	ENSPEMG00000026857	ENSPEMG00000021039	Fam117a (ENSPEMG00000020788)	Kat7 (ENSPEMG00000020984)	Tac4 (ENSPEMG00000014516)	Dlx4 (ENSPEMG00000004265)	Dlx3 (ENSPEMG00000028715)
Prairie vole	MODERN SPECIES	15	Abca5 (ENSMOCG00000012456)	Abca6 (ENSMOCG00000013898)	Abca9 (ENSMOCG00000015163)	1700012B07Rik (ENSMOCG00000015491)	Fam20a (ENSMOCG00000006439)	Prkar1a (ENSMOCG00000014659)	Wipi1 (ENSMOCG00000019305)	Arsg (ENSMOCG00000017412)	Slc16a6 (ENSMOCG00000017493)	Amz2 (ENSMOCG00000011962)	Gna13 (ENSMOCG00000018065)	Rgs9 (ENSMOCG00000009988)	ENSMOCG00000002639	Axin2 (ENSMOCG00000017644)	Igf2bp1 (ENSMOCG00000010232)	B4galnt2 (ENSMOCG00000006515) ##22	Gngt2 (ENSMOCG00000009807)	Abi3 (ENSMOCG00000006282)	Phospho1 (ENSMOCG00000011323)	Zfp652 (ENSMOCG00000017054)	ENSMOCG00000013553	Ngfr (ENSMOCG00000011552)	Nxph3 (ENSMOCG00000019725)	Spop (ENSMOCG00000017955)	Slc35b1 (ENSMOCG00000006471)	Fam117a (ENSMOCG00000004559)	Kat7 (ENSMOCG00000012946)	Tac4 (ENSMOCG00000015203)	Dlx4 (ENSMOCG00000013049)	Dlx3 (ENSMOCG00000019860)	Itga3 (ENSMOCG00000007772)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.`b.b	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000163054	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	33	Hoxb4 (ENSCGRG00001022431)	Hoxb5 (ENSCGRG00001016167)	Hoxb6 (ENSCGRG00001015674)	Hoxb7 (ENSCGRG00001021590)	Hoxb8 (ENSCGRG00001020235)	Hoxb9 (ENSCGRG00001015314)	Hoxb13 (ENSCGRG00001015060)	Ttll6 (ENSCGRG00001018398)	ENSCGRG00001011435	ENSCGRG00001010560	ENSCGRG00001022606	Ube2z (ENSCGRG00001019150)	Snf8 (ENSCGRG00001000737)	Gip (ENSCGRG00001021533)	ENSCGRG00001000282	B4galnt2 (ENSCGRG00001014272) ##22	Gngt2 (ENSCGRG00001021265)	Abi3 (ENSCGRG00001013274)	Phospho1 (ENSCGRG00001009639)	Zfp652 (ENSCGRG00001018513)	Phb (ENSCGRG00001008513)	Ngfr (ENSCGRG00001022139)	Nxph3 (ENSCGRG00001014680)	Spop (ENSCGRG00001024062)	Slc35b1 (ENSCGRG00001006734)	Fam117a (ENSCGRG00001009494)	ENSCGRG00001005107	Tac4 (ENSCGRG00001001077)	Dlx4 (ENSCGRG00001019843)	Dlx3 (ENSCGRG00001022154)	Itga3 (ENSCGRG00001021353)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	674	Hoxb1 (ENSMAUG00000013237)	Hoxb2 (ENSMAUG00000021979)	Hoxb3 (ENSMAUG00000011251)	Hoxb4 (ENSMAUG00000009367)	Hoxb5 (ENSMAUG00000021419)	Hoxb6 (ENSMAUG00000021423)	Hoxb7 (ENSMAUG00000021297)	Hoxb8 (ENSMAUG00000012636)	Hoxb9 (ENSMAUG00000017720)	Hoxb13 (ENSMAUG00000008407)	Ttll6 (ENSMAUG00000020973)	ENSMAUG00000021751	Ube2z (ENSMAUG00000007792)	Snf8 (ENSMAUG00000001857)	Gip (ENSMAUG00000009238)	B4galnt2 (ENSMAUG00000007916) ##22	Gngt2 (ENSMAUG00000019144)	Abi3 (ENSMAUG00000021085)	Phospho1 (ENSMAUG00000012074)	Zfp652 (ENSMAUG00000009337)	Phb (ENSMAUG00000013028)	Ngfr (ENSMAUG00000019765)	Nxph3 (ENSMAUG00000016785)	ENSMAUG00000008827	Spop (ENSMAUG00000001558)	Slc35b1 (ENSMAUG00000001422)	Fam117a (ENSMAUG00000018942)	ENSMAUG00000018213	Tac4 (ENSMAUG00000006918)	Dlx3 (ENSMAUG00000011673)	Itga3 (ENSMAUG00000013250)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00860000136060	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00860000136060	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00860000136060	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00860000136060	ENSGT00950000183070.a.b.h.jb	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3291	ENSMSIG00000018776	Hoxb4 (ENSMSIG00000018777)	Hoxb5 (ENSMSIG00000018787)	Hoxb6 (ENSMSIG00000018795)	Hoxb7 (ENSMSIG00000018805)	Hoxb8 (ENSMSIG00000018807)	Hoxb9 (ENSMSIG00000018823)	Hoxb13 (ENSMSIG00000018865)	Ttll6 (ENSMSIG00000018881)	ENSMSIG00000018956	Atp5g1 (ENSMSIG00000018986)	Ube2z (ENSMSIG00000019038)	Snf8 (ENSMSIG00000019072)	Gip (ENSMSIG00000019162)	Igf2bp1 (ENSMSIG00000019193)	B4galnt2 (ENSMSIG00000019230) ##22	Gngt2 (ENSMSIG00000019268)	Abi3 (ENSMSIG00000019324)	Phospho1 (ENSMSIG00000019336)	Zfp652 (ENSMSIG00000019372)	ENSMSIG00000019385	ENSMSIG00000019388	ENSMSIG00000019393	Ngfr (ENSMSIG00000019412)	Nxph3 (ENSMSIG00000019422)	Spop (ENSMSIG00000019434)	Slc35b1 (ENSMSIG00000019515)	Fam117a (ENSMSIG00000019538)	Kat7 (ENSMSIG00000019556)	Tac4 (ENSMSIG00000019727)	Dlx4 (ENSMSIG00000019740)
spretus	MODERN SPECIES	2	Hoxb3 (MGP_SPRETEiJ_G0017876)	Hoxb4 (MGP_SPRETEiJ_G0017875)	Hoxb5 (MGP_SPRETEiJ_G0017874)	Hoxb6 (MGP_SPRETEiJ_G0017873)	Hoxb7 (MGP_SPRETEiJ_G0017872)	Hoxb8 (MGP_SPRETEiJ_G0017871)	Hoxb9 (MGP_SPRETEiJ_G0017870)	Hoxb13 (MGP_SPRETEiJ_G0017869)	Ttll6 (MGP_SPRETEiJ_G0017868)	MGP_SPRETEiJ_G0017867	Atp5g1 (MGP_SPRETEiJ_G0017866)	Ube2z (MGP_SPRETEiJ_G0017865)	Snf8 (MGP_SPRETEiJ_G0017864)	Gip (MGP_SPRETEiJ_G0017863)	Igf2bp1 (MGP_SPRETEiJ_G0017862)	B4galnt2 (MGP_SPRETEiJ_G0017861) ##22	Gngt2 (MGP_SPRETEiJ_G0017860)	MGP_SPRETEiJ_G0017859	Phospho1 (MGP_SPRETEiJ_G0017858)	MGP_SPRETEiJ_G0017857	Zfp652 (MGP_SPRETEiJ_G0017856)	Phb (MGP_SPRETEiJ_G0017855)	Ngfr (MGP_SPRETEiJ_G0017854)	Nxph3 (MGP_SPRETEiJ_G0017853)	MGP_SPRETEiJ_G0017852	Slc35b1 (MGP_SPRETEiJ_G0017851)	Fam117a (MGP_SPRETEiJ_G0017850)	Kat7 (MGP_SPRETEiJ_G0017849)	Tac4 (MGP_SPRETEiJ_G0017848)	Dlx4 (MGP_SPRETEiJ_G0017847)	Dlx3 (MGP_SPRETEiJ_G0017846)
Mouse	MODERN SPECIES	2	Hoxb3 (ENSMUSG00000048763)	Hoxb4 (ENSMUSG00000038692)	Hoxb5 (ENSMUSG00000038700)	Hoxb6 (ENSMUSG00000000690)	Hoxb7 (ENSMUSG00000038721)	Hoxb8 (ENSMUSG00000056648)	Hoxb9 (ENSMUSG00000020875)	Hoxb13 (ENSMUSG00000049604)	Ttll6 (ENSMUSG00000038756)	Calcoco2 (ENSMUSG00000006056)	Atp5g1 (ENSMUSG00000006057)	Ube2z (ENSMUSG00000014349)	Snf8 (ENSMUSG00000006058)	Gip (ENSMUSG00000014351)	Igf2bp1 (ENSMUSG00000013415)	B4galnt2 (ENSMUSG00000013418) ##22	Gngt2 (ENSMUSG00000038811)	Abi3 (ENSMUSG00000018381)	Phospho1 (ENSMUSG00000050860)	Zfp652 (ENSMUSG00000075595)	Phb (ENSMUSG00000038845)	Ngfr (ENSMUSG00000000120)	Nxph3 (ENSMUSG00000046719)	Spop (ENSMUSG00000057522)	Slc35b1 (ENSMUSG00000020873)	Fam117a (ENSMUSG00000038893)	Kat7 (ENSMUSG00000038909)	Tac4 (ENSMUSG00000020872)	Dlx4 (ENSMUSG00000020871)	Dlx3 (ENSMUSG00000001510)	Itga3 (ENSMUSG00000001507)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	Hoxb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017030)	Hoxb4 (MGP_CAROLIEiJ_G0017029)	Hoxb5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017028)	Hoxb6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017027)	Hoxb7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017026)	Hoxb8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017025)	Hoxb9 (MGP_CAROLIEiJ_G0017024)	Hoxb13 (MGP_CAROLIEiJ_G0017023)	Ttll6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017022)	MGP_CAROLIEiJ_G0017021	MGP_CAROLIEiJ_G0017020	MGP_CAROLIEiJ_G0017019	Snf8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017018)	Gip (MGP_CAROLIEiJ_G0017017)	Igf2bp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017016)	B4galnt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017015) ##22	Gngt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017014)	Abi3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017013)	Phospho1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017012)	MGP_CAROLIEiJ_G0017011	MGP_CAROLIEiJ_G0017010	Ngfr (MGP_CAROLIEiJ_G0017009)	Nxph3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017008)	MGP_CAROLIEiJ_G0017007	Slc35b1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017006)	Fam117a (MGP_CAROLIEiJ_G0017005)	Kat7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017004)	Tac4 (MGP_CAROLIEiJ_G0017003)	MGP_CAROLIEiJ_G0017002	Dlx3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017001)	Itga3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017000)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	Hoxb3 (MGP_PahariEiJ_G0018160)	Hoxb4 (MGP_PahariEiJ_G0018159)	Hoxb5 (MGP_PahariEiJ_G0018158)	Hoxb6 (MGP_PahariEiJ_G0018157)	Hoxb7 (MGP_PahariEiJ_G0018156)	Hoxb8 (MGP_PahariEiJ_G0018155)	Hoxb9 (MGP_PahariEiJ_G0018154)	Hoxb13 (MGP_PahariEiJ_G0018153)	Ttll6 (MGP_PahariEiJ_G0018152)	MGP_PahariEiJ_G0018151	Atp5g1 (MGP_PahariEiJ_G0018150)	Ube2z (MGP_PahariEiJ_G0018149)	Snf8 (MGP_PahariEiJ_G0018148)	Gip (MGP_PahariEiJ_G0018147)	MGP_PahariEiJ_G0018146	B4galnt2 (MGP_PahariEiJ_G0018145) ##22	Gngt2 (MGP_PahariEiJ_G0018144)	Abi3 (MGP_PahariEiJ_G0018143)	Phospho1 (MGP_PahariEiJ_G0018142)	MGP_PahariEiJ_G0018141	Zfp652 (MGP_PahariEiJ_G0018140)	MGP_PahariEiJ_G0018139	Ngfr (MGP_PahariEiJ_G0018138)	Nxph3 (MGP_PahariEiJ_G0018137)	Spop (MGP_PahariEiJ_G0018136)	Slc35b1 (MGP_PahariEiJ_G0018135)	Fam117a (MGP_PahariEiJ_G0018134)	Kat7 (MGP_PahariEiJ_G0018133)	MGP_PahariEiJ_G0018132	Dlx4 (MGP_PahariEiJ_G0018131)	Dlx3 (MGP_PahariEiJ_G0018130)
Rat	MODERN SPECIES	1	Hoxb2 (ENSRNOG00000008365)	Hoxb3 (ENSRNOG00000008313)	Hoxb4 (ENSRNOG00000008191)	Hoxb5 (ENSRNOG00000008010)	Hoxb6 (ENSRNOG00000007823)	Hoxb7 (ENSRNOG00000007611)	Hoxb8 (ENSRNOG00000007585)	Hoxb9 (ENSRNOG00000007573)	Hoxb13 (ENSRNOG00000007491)	Ttll6 (ENSRNOG00000004939)	ENSRNOG00000066153	Ube2z (ENSRNOG00000006868)	Snf8 (ENSRNOG00000006500)	Gip (ENSRNOG00000006306)	Igf2bp1 (ENSRNOG00000006122)	B4galnt2 (ENSRNOG00000067203) ##22	Abi3 (ENSRNOG00000005575)	Phospho1 (ENSRNOG00000005569)	ENSRNOG00000068958	Zfp652 (ENSRNOG00000017001)	Phb1 (ENSRNOG00000046799)	Ngfr (ENSRNOG00000005392)	Nxph3 (ENSRNOG00000005185)	Spop (ENSRNOG00000004686)	Slc35b1 (ENSRNOG00000004510)	Fam117a (ENSRNOG00000004417)	AABR07030375.1 (ENSRNOG00000022375)	Kat7 (ENSRNOG00000022664)	Tac4 (ENSRNOG00000004404)	Dlx4 (ENSRNOG00000004399)	Dlx3 (ENSRNOG00000004278)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1028	Hoxb3 (ENSNGAG00000020227)	Hoxb4 (ENSNGAG00000021768)	Hoxb5 (ENSNGAG00000023238)	Hoxb6 (ENSNGAG00000000973)	Hoxb7 (ENSNGAG00000010205)	Hoxb8 (ENSNGAG00000010647)	Hoxb9 (ENSNGAG00000010851)	Hoxb13 (ENSNGAG00000011053)	Ttll6 (ENSNGAG00000011763)	ENSNGAG00000023585	ENSNGAG00000024212	Ube2z (ENSNGAG00000024296)	Snf8 (ENSNGAG00000001366)	Gip (ENSNGAG00000020354)	Igf2bp1 (ENSNGAG00000015679)	B4galnt2 (ENSNGAG00000016426) ##22	Gngt2 (ENSNGAG00000001081)	Abi3 (ENSNGAG00000003386)	Phospho1 (ENSNGAG00000008704)	Zfp652 (ENSNGAG00000010366)	Phb (ENSNGAG00000012333)	Ngfr (ENSNGAG00000016145)	Nxph3 (ENSNGAG00000021464)	ENSNGAG00000011377	Slc35b1 (ENSNGAG00000017143)	Fam117a (ENSNGAG00000018414)	Kat7 (ENSNGAG00000021224)	Tac4 (ENSNGAG00000016792)	Dlx4 (ENSNGAG00000017759)	Dlx3 (ENSNGAG00000022310)	Itga3 (ENSNGAG00000001240)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	56	Hoxb2 (ENSJJAG00000009465)	Hoxb3 (ENSJJAG00000007804)	Hoxb4 (ENSJJAG00000002642)	Hoxb5 (ENSJJAG00000000763)	Hoxb6 (ENSJJAG00000000997)	Hoxb7 (ENSJJAG00000001284)	Hoxb8 (ENSJJAG00000002398)	Hoxb9 (ENSJJAG00000009821)	Hoxb13 (ENSJJAG00000010401)	Ttll6 (ENSJJAG00000010253)	ENSJJAG00000010301	ENSJJAG00000003530	Snf8 (ENSJJAG00000006012)	Gip (ENSJJAG00000010688)	Igf2bp1 (ENSJJAG00000002687)	B4galnt2 (ENSJJAG00000006322) ##22	ENSJJAG00000002566	Gngt2 (ENSJJAG00000002044)	Abi3 (ENSJJAG00000002821)	Phospho1 (ENSJJAG00000010499)	Zfp652 (ENSJJAG00000010496)	ENSJJAG00000006327	ENSJJAG00000009251	Ngfr (ENSJJAG00000003615)	Nxph3 (ENSJJAG00000002621)	Spop (ENSJJAG00000004272)	Slc35b1 (ENSJJAG00000003707)	Fam117a (ENSJJAG00000008152)	Kat7 (ENSJJAG00000010625)	Dlx4 (ENSJJAG00000008185)	Dlx3 (ENSJJAG00000002767)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b.f	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.a	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.a	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Guinea pig	MODERN SPECIES	53	HOXB1 (ENSCPOG00000022183)	HOXB2 (ENSCPOG00000035468)	ENSCPOG00000010107	ENSCPOG00000010105	HOXB5 (ENSCPOG00000030746)	HOXB6 (ENSCPOG00000040707)	HOXB9 (ENSCPOG00000037597)	HOXB13 (ENSCPOG00000013509)	TTLL6 (ENSCPOG00000012509)	CALCOCO2 (ENSCPOG00000021273)	ENSCPOG00000009017	UBE2Z (ENSCPOG00000024416)	SNF8 (ENSCPOG00000020610)	GIP (ENSCPOG00000023966)	IGF2BP1 (ENSCPOG00000020174)	B4GALNT2 (ENSCPOG00000006191) ##22	GNGT2 (ENSCPOG00000030054)	ENSCPOG00000020987	PHOSPHO1 (ENSCPOG00000024347)	ZNF652 (ENSCPOG00000039975)	PHB1 (ENSCPOG00000000430)	NGFR (ENSCPOG00000001114)	NXPH3 (ENSCPOG00000037584)	SPOP (ENSCPOG00000010810)	SLC35B1 (ENSCPOG00000003757)	FAM117A (ENSCPOG00000019906)	KAT7 (ENSCPOG00000001822)	ENSCPOG00000030117	DLX3 (ENSCPOG00000027011)	ITGA3 (ENSCPOG00000003582)	PDK2 (ENSCPOG00000021507)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.e.a	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	HOXB2 (ENSCLAG00000015271)	HOXB3 (ENSCLAG00000015322)	HOXB4 (ENSCLAG00000014725)	HOXB5 (ENSCLAG00000014374)	HOXB6 (ENSCLAG00000015524)	HOXB7 (ENSCLAG00000014906)	ENSCLAG00000015198	HOXB13 (ENSCLAG00000014855)	TTLL6 (ENSCLAG00000013529)	CALCOCO2 (ENSCLAG00000015881)	ATP5MC1 (ENSCLAG00000015723)	UBE2Z (ENSCLAG00000016068)	SNF8 (ENSCLAG00000013387)	ENSCLAG00000014301	IGF2BP1 (ENSCLAG00000015853)	B4GALNT2 (ENSCLAG00000016224) ##22	GNGT2 (ENSCLAG00000014970)	ABI3 (ENSCLAG00000015475)	PHOSPHO1 (ENSCLAG00000015042)	ZNF652 (ENSCLAG00000013368)	PHB1 (ENSCLAG00000013248)	NGFR (ENSCLAG00000015829)	NXPH3 (ENSCLAG00000014709)	SPOP (ENSCLAG00000014002)	SLC35B1 (ENSCLAG00000014530)	FAM117A (ENSCLAG00000014145)	KAT7 (ENSCLAG00000013168)	DLX4 (ENSCLAG00000014126)	DLX3 (ENSCLAG00000013654)	ITGA3 (ENSCLAG00000015971)	PDK2 (ENSCLAG00000012203)
Degu	MODERN SPECIES	97	HOXB2 (ENSODEG00000017153)	HOXB3 (ENSODEG00000017116)	HOXB4 (ENSODEG00000017038)	HOXB5 (ENSODEG00000017253)	HOXB6 (ENSODEG00000016988)	HOXB8 (ENSODEG00000017119)	HOXB9 (ENSODEG00000017293)	HOXB13 (ENSODEG00000017199)	TTLL6 (ENSODEG00000017145)	ATP5MC1 (ENSODEG00000017366)	UBE2Z (ENSODEG00000017306)	ENSODEG00000017032	GIP (ENSODEG00000017003)	ENSODEG00000017109	ENSODEG00000016991	B4GALNT2 (ENSODEG00000018456) ##22	GNGT2 (ENSODEG00000017526)	ABI3 (ENSODEG00000017358)	PHOSPHO1 (ENSODEG00000017221)	ZNF652 (ENSODEG00000017173)	ENSODEG00000020479	ENSODEG00000017118	NGFR (ENSODEG00000017226)	NXPH3 (ENSODEG00000017090)	ENSODEG00000017139	SLC35B1 (ENSODEG00000016918)	FAM117A (ENSODEG00000016996)	KAT7 (ENSODEG00000016946)	ENSODEG00000017148	DLX4 (ENSODEG00000017011)	DLX3 (ENSODEG00000016990)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	HOXB4 (ENSHGLG00000034075)	HOXB5 (ENSHGLG00000039265)	HOXB6 (ENSHGLG00000012400)	HOXB7 (ENSHGLG00000045318)	HOXB8 (ENSHGLG00000038380)	HOXB9 (ENSHGLG00000014731)	ENSHGLG00000048296	HOXB13 (ENSHGLG00000014634)	TTLL6 (ENSHGLG00000019187)	CALCOCO2 (ENSHGLG00000012114)	ATP5MC1 (ENSHGLG00000035460)	UBE2Z (ENSHGLG00000016280)	SNF8 (ENSHGLG00000011519)	ENSHGLG00000010703	IGF2BP1 (ENSHGLG00000010492)	B4GALNT2 (ENSHGLG00000011792) ##22	GNGT2 (ENSHGLG00000048834)	ABI3 (ENSHGLG00000012283)	PHOSPHO1 (ENSHGLG00000011269)	ZNF652 (ENSHGLG00000010452)	ENSHGLG00000011644	NGFR (ENSHGLG00000012327)	ENSHGLG00000040671	NXPH3 (ENSHGLG00000011832)	SPOP (ENSHGLG00000041837)	SLC35B1 (ENSHGLG00000041055)	FAM117A (ENSHGLG00000013356)	KAT7 (ENSHGLG00000012906)	ENSHGLG00000041037	ENSHGLG00000012373	DLX3 (ENSHGLG00000013267)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b.f	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b.f	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744.g	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b.h	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b.f	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744.g	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	46	HOXB3 (ENSUPAG00010006328)	HOXB4 (ENSUPAG00010006325)	HOXB5 (ENSUPAG00010006320)	HOXB6 (ENSUPAG00010006317)	HOXB7 (ENSUPAG00010006312)	HOXB8 (ENSUPAG00010006310)	HOXB9 (ENSUPAG00010006305)	HOXB13 (ENSUPAG00010006301)	TTLL6 (ENSUPAG00010006267)	CALCOCO2 (ENSUPAG00010006243)	ENSUPAG00010006195	UBE2Z (ENSUPAG00010006178)	SNF8 (ENSUPAG00010006148)	GIP (ENSUPAG00010006136)	IGF2BP1 (ENSUPAG00010006100)	B4GALNT2 (ENSUPAG00010006086) ##22	GNGT2 (ENSUPAG00010006078)	ABI3 (ENSUPAG00010006071)	PHOSPHO1 (ENSUPAG00010006065)	ZNF652 (ENSUPAG00010006043)	PHB1 (ENSUPAG00010006031)	NGFR (ENSUPAG00010006025)	NXPH3 (ENSUPAG00010006022)	SPOP (ENSUPAG00010005991)	SLC35B1 (ENSUPAG00010005981)	ENSUPAG00010005976	KAT7 (ENSUPAG00010005813)	ENSUPAG00010005806	DLX4 (ENSUPAG00010005802)	DLX3 (ENSUPAG00010005796)	ITGA3 (ENSUPAG00010005752)
Squirrel	MODERN SPECIES	90	HOXB4 (ENSSTOG00000009734)	HOXB5 (ENSSTOG00000009740)	HOXB6 (ENSSTOG00000020303)	HOXB7 (ENSSTOG00000025657)	HOXB8 (ENSSTOG00000028337)	HOXB9 (ENSSTOG00000009741)	HOXB13 (ENSSTOG00000014942)	ENSSTOG00000025444	TTLL6 (ENSSTOG00000006016)	ENSSTOG00000013395	ATP5MC1 (ENSSTOG00000013404)	UBE2Z (ENSSTOG00000000796)	SNF8 (ENSSTOG00000004023)	GIP (ENSSTOG00000004043)	IGF2BP1 (ENSSTOG00000010643)	B4GALNT2 (ENSSTOG00000007604) ##22	GNGT2 (ENSSTOG00000007644)	ABI3 (ENSSTOG00000020017)	PHOSPHO1 (ENSSTOG00000007651)	ZNF652 (ENSSTOG00000011303)	ENSSTOG00000019929	NGFR (ENSSTOG00000007836)	NXPH3 (ENSSTOG00000023834)	SPOP (ENSSTOG00000007851)	SLC35B1 (ENSSTOG00000007868)	FAM117A (ENSSTOG00000007894)	KAT7 (ENSSTOG00000021252)	ENSSTOG00000007934	DLX4 (ENSSTOG00000026218)	DLX3 (ENSSTOG00000010314)	ITGA3 (ENSSTOG00000014843)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	42	SKAP1 (ENSMMMG00000001168)	HOXB1 (ENSMMMG00000001151)	HOXB3 (ENSMMMG00000001139)	HOXB4 (ENSMMMG00000001129)	HOXB5 (ENSMMMG00000001112)	HOXB6 (ENSMMMG00000001098)	HOXB7 (ENSMMMG00000001087)	HOXB13 (ENSMMMG00000001064)	TTLL6 (ENSMMMG00000001013)	ENSMMMG00000000759	ATP5MC1 (ENSMMMG00000000731)	UBE2Z (ENSMMMG00000000717)	SNF8 (ENSMMMG00000000680)	GIP (ENSMMMG00000000652)	IGF2BP1 (ENSMMMG00000000613)	B4GALNT2 (ENSMMMG00000000569) ##22	GNGT2 (ENSMMMG00000000525)	ABI3 (ENSMMMG00000000452)	PHOSPHO1 (ENSMMMG00000000434)	ZNF652 (ENSMMMG00000000403)	PHB1 (ENSMMMG00000000385)	NGFR (ENSMMMG00000000369)	NXPH3 (ENSMMMG00000000359)	ENSMMMG00000000355	ENSMMMG00000000303	SLC35B1 (ENSMMMG00000000273)	FAM117A (ENSMMMG00000000258)	ENSMMMG00000000100	DLX4 (ENSMMMG00000022762)	DLX3 (ENSMMMG00000022760)	ITGA3 (ENSMMMG00000022740)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	HOXB4 (ENSSVLG00005019455)	HOXB5 (ENSSVLG00005019546)	HOXB6 (ENSSVLG00005019586)	HOXB7 (ENSSVLG00005019618)	HOXB8 (ENSSVLG00005019675)	HOXB9 (ENSSVLG00005019725)	HOXB13 (ENSSVLG00005019820)	TTLL6 (ENSSVLG00005020005)	CALCOCO2 (ENSSVLG00005020296)	ATP5MC1 (ENSSVLG00005020344)	UBE2Z (ENSSVLG00005020428)	ENSSVLG00005020450	SNF8 (ENSSVLG00005020472)	GIP (ENSSVLG00005020522)	IGF2BP1 (ENSSVLG00005020596)	B4GALNT2 (ENSSVLG00005020850) ##22	GNGT2 (ENSSVLG00005021063)	ABI3 (ENSSVLG00005021097)	ENSSVLG00005021191	ZNF652 (ENSSVLG00005021244)	PHB1 (ENSSVLG00005021310)	NGFR (ENSSVLG00005021364)	NXPH3 (ENSSVLG00005021450)	SPOP (ENSSVLG00005021469)	SLC35B1 (ENSSVLG00005021505)	ENSSVLG00005021540	KAT7 (ENSSVLG00005000205)	TAC4 (ENSSVLG00005000289)	DLX4 (ENSSVLG00005000355)	DLX3 (ENSSVLG00005000383)	ITGA3 (ENSSVLG00005000491)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	6176																B4GALNT2 (ENSEEUG00000015324) ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Suina	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Pig	DUPLICATION
Pig	MODERN SPECIES	3	HOXB3 (ENSSSCG00000017534)	HOXB4 (ENSSSCG00000017535)	HOXB5 (ENSSSCG00000017540)	HOXB6 (ENSSSCG00000017539)	HOXB7 (ENSSSCG00000017538)	HOXB8 (ENSSSCG00000017537)	HOXB9 (ENSSSCG00000061856)	HOXB13 (ENSSSCG00000017541)	TTLL6 (ENSSSCG00000017542)	CALCOCO2 (ENSSSCG00000017543)	ATP5MC1 (ENSSSCG00000017544)	UBE2Z (ENSSSCG00000025638)	SNF8 (ENSSSCG00000021461)	GIP (ENSSSCG00000026330)	IGF2BP1 (ENSSSCG00000023128)	ENSSSCG00000030269 ##22	ENSSSCG00000033286	ENSSSCG00000027677	ENSSSCG00000040110	ENSSSCG00000038434	ENSSSCG00000048918 ##22	ENSSSCG00000045794	ENSSSCG00000035224	ENSSSCG00000026701	ZNF652 (ENSSSCG00000017546)	PHB1 (ENSSSCG00000017549)	NGFR (ENSSSCG00000017548)	NXPH3 (ENSSSCG00000017552)	ENSSSCG00000033501	SPOP (ENSSSCG00000020796)	SLC35B1 (ENSSSCG00000033731)
Pig	MODERN SPECIES	3	DLX3 (ENSSSCG00000017589)	DLX4 (ENSSSCG00000034653)	TAC4 (ENSSSCG00000038057)	KAT7 (ENSSSCG00000017553)	FAM117A (ENSSSCG00000017551)	SLC35B1 (ENSSSCG00000033731)	SPOP (ENSSSCG00000020796)	ENSSSCG00000033501	NXPH3 (ENSSSCG00000017552)	NGFR (ENSSSCG00000017548)	PHB1 (ENSSSCG00000017549)	ZNF652 (ENSSSCG00000017546)	ENSSSCG00000026701	ENSSSCG00000035224	ENSSSCG00000045794	ENSSSCG00000048918 ##22	ENSSSCG00000038434	ENSSSCG00000040110	ENSSSCG00000027677	ENSSSCG00000033286	ENSSSCG00000030269 ##22	IGF2BP1 (ENSSSCG00000023128)	GIP (ENSSSCG00000026330)	SNF8 (ENSSSCG00000021461)	UBE2Z (ENSSSCG00000025638)	ATP5MC1 (ENSSSCG00000017544)	CALCOCO2 (ENSSSCG00000017543)	TTLL6 (ENSSSCG00000017542)	HOXB13 (ENSSSCG00000017541)	HOXB9 (ENSSSCG00000061856)	HOXB8 (ENSSSCG00000017537)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.c	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.c.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.a.a	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.c.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.a.a	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.c.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.a.a	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a.c.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b.a.a	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Narwhal	MODERN SPECIES	316	HOXB3 (ENSMMNG00015016287)	HOXB4 (ENSMMNG00015016252)	HOXB5 (ENSMMNG00015016235)	HOXB6 (ENSMMNG00015016215)	HOXB7 (ENSMMNG00015016197)	HOXB8 (ENSMMNG00015016175)	HOXB9 (ENSMMNG00015016160)	HOXB13 (ENSMMNG00015016080)	TTLL6 (ENSMMNG00015015987)	CALCOCO2 (ENSMMNG00015022060)	ENSMMNG00015022058	UBE2Z (ENSMMNG00015022057)	ENSMMNG00015022056	GIP (ENSMMNG00015022055)	IGF2BP1 (ENSMMNG00015022053)	B4GALNT2 (ENSMMNG00015022052) ##22	GNGT2 (ENSMMNG00015022051)	ABI3 (ENSMMNG00015022050)	ENSMMNG00015022049	ZNF652 (ENSMMNG00015022048)	PHB1 (ENSMMNG00015022047)	NGFR (ENSMMNG00015022046)	NXPH3 (ENSMMNG00015022045)	ENSMMNG00015022044	SPOP (ENSMMNG00015022043)	SLC35B1 (ENSMMNG00015022042)	ENSMMNG00015022041	KAT7 (ENSMMNG00015022040)	TAC4 (ENSMMNG00015022039)	DLX4 (ENSMMNG00015022038)	DLX3 (ENSMMNG00015022037)
Beluga whale	MODERN SPECIES	26	HOXB3 (ENSDLEG00000004817)	HOXB4 (ENSDLEG00000004820)	HOXB5 (ENSDLEG00000004826)	HOXB6 (ENSDLEG00000004829)	HOXB7 (ENSDLEG00000004834)	HOXB8 (ENSDLEG00000004837)	HOXB9 (ENSDLEG00000004838)	HOXB13 (ENSDLEG00000004844)	TTLL6 (ENSDLEG00000004850)	CALCOCO2 (ENSDLEG00000004861)	ATP5G1 (ENSDLEG00000004867)	UBE2Z (ENSDLEG00000004871)	SNF8 (ENSDLEG00000004876)	GIP (ENSDLEG00000004882)	IGF2BP1 (ENSDLEG00000004887)	B4GALNT2 (ENSDLEG00000004906) ##22	GNGT2 (ENSDLEG00000004944)	ABI3 (ENSDLEG00000004950)	PHOSPHO1 (ENSDLEG00000004963)	ZNF652 (ENSDLEG00000004967)	PHB (ENSDLEG00000004975)	NGFR (ENSDLEG00000004981)	NXPH3 (ENSDLEG00000004987)	ENSDLEG00000004990	SPOP (ENSDLEG00000004995)	SLC35B1 (ENSDLEG00000005010)	FAM117A (ENSDLEG00000005017)	KAT7 (ENSDLEG00000005028)	DLX4 (ENSDLEG00000005046)	DLX3 (ENSDLEG00000005062)	ITGA3 (ENSDLEG00000005065)
Vaquita	MODERN SPECIES	12	HOXB4 (ENSPSNG00000017604)	HOXB5 (ENSPSNG00000017559)	HOXB6 (ENSPSNG00000017525)	HOXB7 (ENSPSNG00000017482)	HOXB8 (ENSPSNG00000017436)	HOXB9 (ENSPSNG00000017398)	HOXB13 (ENSPSNG00000017233)	TTLL6 (ENSPSNG00000017015)	CALCOCO2 (ENSPSNG00000016749)	ENSPSNG00000016635	UBE2Z (ENSPSNG00000016576)	SNF8 (ENSPSNG00000016533)	GIP (ENSPSNG00000016483)	IGF2BP1 (ENSPSNG00000016168)	ENSPSNG00000016103	B4GALNT2 (ENSPSNG00000015839) ##22	GNGT2 (ENSPSNG00000015777)	ABI3 (ENSPSNG00000015585)	PHOSPHO1 (ENSPSNG00000015535)	ZNF652 (ENSPSNG00000015435)	PHB1 (ENSPSNG00000015363)	NGFR (ENSPSNG00000015210)	NXPH3 (ENSPSNG00000015160)	ENSPSNG00000015121	SPOP (ENSPSNG00000015068)	SLC35B1 (ENSPSNG00000014969)	ENSPSNG00000014915	KAT7 (ENSPSNG00000014685)	ENSPSNG00000014556	DLX4 (ENSPSNG00000014503)	DLX3 (ENSPSNG00000014423)
Sperm whale	MODERN SPECIES	5	HOXB3 (ENSPCTG00005004930)	HOXB4 (ENSPCTG00005004920)	HOXB5 (ENSPCTG00005004905)	HOXB6 (ENSPCTG00005004887)	HOXB7 (ENSPCTG00005004882)	HOXB8 (ENSPCTG00005004864)	HOXB9 (ENSPCTG00005004847)	HOXB13 (ENSPCTG00005004788)	TTLL6 (ENSPCTG00005004739)	CALCOCO2 (ENSPCTG00005004611)	ATP5MC1 (ENSPCTG00005004516)	SNF8 (ENSPCTG00005004481)	ENSPCTG00005004464	GIP (ENSPCTG00005004443)	IGF2BP1 (ENSPCTG00005004404)	B4GALNT2 (ENSPCTG00005004337) ##22	ZNF652 (ENSPCTG00005004307)	NGFR (ENSPCTG00005004279)	NXPH3 (ENSPCTG00005004256)	SPOP (ENSPCTG00005004228)	SLC35B1 (ENSPCTG00005004200)	FAM117A (ENSPCTG00005004179)	KAT7 (ENSPCTG00005022544)	TAC4 (ENSPCTG00005022538)	DLX4 (ENSPCTG00005022536)	DLX3 (ENSPCTG00005022534)	XYLT2 (ENSPCTG00005022531)	MRPL27 (ENSPCTG00005022528)	EME1 (ENSPCTG00005022527)	LRRC59 (ENSPCTG00005022526)	ENSPCTG00005022524
Blue whale	MODERN SPECIES	12	HOXB4 (ENSBMSG00010017814)	HOXB5 (ENSBMSG00010017772)	HOXB6 (ENSBMSG00010017746)	HOXB7 (ENSBMSG00010017724)	HOXB8 (ENSBMSG00010017685)	HOXB9 (ENSBMSG00010017655)	HOXB13 (ENSBMSG00010017547)	TTLL6 (ENSBMSG00010017444)	CALCOCO2 (ENSBMSG00010017255)	ENSBMSG00010017179	ATP5MC1 (ENSBMSG00010017142)	UBE2Z (ENSBMSG00010017102)	SNF8 (ENSBMSG00010017067)	GIP (ENSBMSG00010017026)	IGF2BP1 (ENSBMSG00010016894)	B4GALNT2 (ENSBMSG00010016748) ##22	GNGT2 (ENSBMSG00010016723)	ABI3 (ENSBMSG00010016693)	ENSBMSG00010016656	ZNF652 (ENSBMSG00010016625)	PHB1 (ENSBMSG00010016580)	NGFR (ENSBMSG00010016537)	NXPH3 (ENSBMSG00010016515)	ENSBMSG00010016496	SPOP (ENSBMSG00010016457)	ENSBMSG00010016392	FAM117A (ENSBMSG00010016280)	KAT7 (ENSBMSG00010016090)	TAC4 (ENSBMSG00010015794)	DLX4 (ENSBMSG00010015698)	DLX3 (ENSBMSG00010015657)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00960000190593	ENSGT00940000162259
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	HOXB4 (ENSCHYG00000004668)	HOXB5 (ENSCHYG00000004658)	HOXB6 (ENSCHYG00000004651)	HOXB7 (ENSCHYG00000004645)	HOXB8 (ENSCHYG00000004637)	HOXB9 (ENSCHYG00000004623)	HOXB13 (ENSCHYG00000004599)	TTLL6 (ENSCHYG00000004571)	ENSCHYG00000004521	ENSCHYG00000004493	ENSCHYG00000004476	UBE2Z (ENSCHYG00000004456)	SNF8 (ENSCHYG00000004443)	GIP (ENSCHYG00000004425)	IGF2BP1 (ENSCHYG00000004387)	B4GALNT2 (ENSCHYG00000004351) ##22	ABI3 (ENSCHYG00000004324)	ENSCHYG00000004303	ZNF652 (ENSCHYG00000004272)	PHB1 (ENSCHYG00000004248)	NGFR (ENSCHYG00000004216)	NXPH3 (ENSCHYG00000004206)	SPOP (ENSCHYG00000004194)	FAM117A (ENSCHYG00000004129)	KAT7 (ENSCHYG00000003926)	ENSCHYG00000003867	ENSCHYG00000003841	DLX4 (ENSCHYG00000003831)	DLX3 (ENSCHYG00000003824)	ITGA3 (ENSCHYG00000003740)	PDK2 (ENSCHYG00000003696)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00960000190593	ENSGT00940000162259
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1210	HOXB4 (ENSMMSG00000024528)	HOXB5 (ENSMMSG00000024526)	HOXB6 (ENSMMSG00000024525)	HOXB7 (ENSMMSG00000024523)	HOXB8 (ENSMMSG00000024522)	HOXB9 (ENSMMSG00000024520)	HOXB13 (ENSMMSG00000024516)	TTLL6 (ENSMMSG00000024514)	CALCOCO2 (ENSMMSG00000024509)	ATP5MC1 (ENSMMSG00000024506)	UBE2Z (ENSMMSG00000024505)	ENSMMSG00000024504	GIP (ENSMMSG00000024503)	IGF2BP1 (ENSMMSG00000024501)	ENSMMSG00000024500	B4GALNT2 (ENSMMSG00000024496) ##22	ENSMMSG00000024495	GNGT2 (ENSMMSG00000024493)	ABI3 (ENSMMSG00000024491)	PHOSPHO1 (ENSMMSG00000024489)	ZNF652 (ENSMMSG00000024488)	PHB1 (ENSMMSG00000024486)	ENSMMSG00000024484	NGFR (ENSMMSG00000024482)	NXPH3 (ENSMMSG00000024480)	ENSMMSG00000024479	SLC35B1 (ENSMMSG00000024476)	FAM117A (ENSMMSG00000024473)	KAT7 (ENSMMSG00000024468)	TAC4 (ENSMMSG00000024465)	DLX4 (ENSMMSG00000024462)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00960000190593	ENSGT00940000162259
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00960000190593	ENSGT00940000162259
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00960000190593	ENSGT00940000162259
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00960000190593	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Wild yak	MODERN SPECIES	319	HOXB3 (ENSBMUG00000000876)	HOXB4 (ENSBMUG00000000867)	HOXB5 (ENSBMUG00000000849)	HOXB6 (ENSBMUG00000000839)	HOXB7 (ENSBMUG00000000832)	HOXB8 (ENSBMUG00000000824)	HOXB9 (ENSBMUG00000000804)	HOXB13 (ENSBMUG00000000770)	ENSBMUG00000000753	CALCOCO2 (ENSBMUG00000000720)	ENSBMUG00000000644	UBE2Z (ENSBMUG00000000624)	SNF8 (ENSBMUG00000000607)	GIP (ENSBMUG00000000594)	IGF2BP1 (ENSBMUG00000000549)	B4GALNT2 (ENSBMUG00000000477) ##22	GNGT2 (ENSBMUG00000000436)	ABI3 (ENSBMUG00000000408)	PHOSPHO1 (ENSBMUG00000000370)	ZNF652 (ENSBMUG00000000351)	PHB1 (ENSBMUG00000000329)	NGFR (ENSBMUG00000000290)	NXPH3 (ENSBMUG00000000281)	SPOP (ENSBMUG00000000260)	SLC35B1 (ENSBMUG00000000165)	FAM117A (ENSBMUG00000022672)	KAT7 (ENSBMUG00000022650)	ENSBMUG00000022574	ENSBMUG00000022551	DLX4 (ENSBMUG00000022545)	DLX3 (ENSBMUG00000022535)
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	HOXB2 (ENSBGRG00000021425)	HOXB3 (ENSBGRG00000021464)	HOXB4 (ENSBGRG00000021501)	HOXB5 (ENSBGRG00000021555)	HOXB6 (ENSBGRG00000021579)	HOXB8 (ENSBGRG00000021618)	HOXB9 (ENSBGRG00000021683)	HOXB13 (ENSBGRG00000021718)	TTLL6 (ENSBGRG00000021744)	CALCOCO2 (ENSBGRG00000021810)	ENSBGRG00000022156	UBE2Z (ENSBGRG00000022223)	SNF8 (ENSBGRG00000022296)	GIP (ENSBGRG00000022397)	IGF2BP1 (ENSBGRG00000022442)	B4GALNT2 (ENSBGRG00000022672) ##22	ABI3 (ENSBGRG00000022961)	PHOSPHO1 (ENSBGRG00000023170)	ZNF652 (ENSBGRG00000023208)	ENSBGRG00000023290	PHB1 (ENSBGRG00000023342)	NGFR (ENSBGRG00000023500)	NXPH3 (ENSBGRG00000023572)	SPOP (ENSBGRG00000023618)	SLC35B1 (ENSBGRG00000023699)	FAM117A (ENSBGRG00000023813)	KAT7 (ENSBGRG00000004007)	ENSBGRG00000004724	ENSBGRG00000004821	DLX4 (ENSBGRG00000004841)	DLX3 (ENSBGRG00000004899)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT01100000266401	ENSGT00960000190593	ENSGT00940000162259
Cow	MODERN SPECIES	10	HOXB3 (ENSBTAG00000021427)	HOXB4 (ENSBTAG00000039599)	HOXB5 (ENSBTAG00000045835)	HOXB6 (ENSBTAG00000050006)	HOXB7 (ENSBTAG00000005546)	HOXB8 (ENSBTAG00000054162)	HOXB9 (ENSBTAG00000054623)	HOXB13 (ENSBTAG00000014663)	TTLL6 (ENSBTAG00000009332)	CALCOCO2 (ENSBTAG00000007935)	ATP5MC1 (ENSBTAG00000018339)	UBE2Z (ENSBTAG00000018802)	SNF8 (ENSBTAG00000018803)	GIP (ENSBTAG00000005045)	IGF2BP1 (ENSBTAG00000011736)	B4GALNT2 (ENSBTAG00000009864) ##22	GNGT2 (ENSBTAG00000047325)	ABI3 (ENSBTAG00000000032)	PHOSPHO1 (ENSBTAG00000000033)	ZNF652 (ENSBTAG00000001919)	PHB1 (ENSBTAG00000017120)	NGFR (ENSBTAG00000020979)	NXPH3 (ENSBTAG00000015293)	ENSBTAG00000054985	SPOP (ENSBTAG00000005824)	SLC35B1 (ENSBTAG00000006881)	FAM117A (ENSBTAG00000006886)	KAT7 (ENSBTAG00000018699)	ENSBTAG00000049677	ENSBTAG00000045805	DLX4 (ENSBTAG00000007353)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	HOXB3 (ENSBIXG00005029591)	HOXB4 (ENSBIXG00005029577)	HOXB5 (ENSBIXG00005029559)	HOXB6 (ENSBIXG00005029554)	HOXB7 (ENSBIXG00005029546)	HOXB8 (ENSBIXG00005029530)	HOXB9 (ENSBIXG00005029519)	HOXB13 (ENSBIXG00005029474)	ENSBIXG00005029447	CALCOCO2 (ENSBIXG00005029366)	ENSBIXG00005029305	UBE2Z (ENSBIXG00005029277)	SNF8 (ENSBIXG00005007866)	GIP (ENSBIXG00005007892)	IGF2BP1 (ENSBIXG00005007917)	B4GALNT2 (ENSBIXG00005007929) ##22	ABI3 (ENSBIXG00005007948)	PHOSPHO1 (ENSBIXG00005007996)	ZNF652 (ENSBIXG00005008029)	PHB1 (ENSBIXG00005008066)	NGFR (ENSBIXG00005008101)	NXPH3 (ENSBIXG00005008120)	SPOP (ENSBIXG00005008142)	FAM117A (ENSBIXG00005000136)	KAT7 (ENSBIXG00005008270)	ENSBIXG00005008304	ENSBIXG00005000149	DLX4 (ENSBIXG00005000154)	DLX3 (ENSBIXG00005008339)	ENSBIXG00005005679	ITGA3 (ENSBIXG00005008421)
American bison	MODERN SPECIES	3101	HOXB2 (ENSBBBG00000021598)	HOXB3 (ENSBBBG00000005740)	HOXB4 (ENSBBBG00000021585)	HOXB5 (ENSBBBG00000021577)	HOXB6 (ENSBBBG00000021567)	HOXB7 (ENSBBBG00000021565)	HOXB9 (ENSBBBG00000021558)	HOXB13 (ENSBBBG00000021546)	TTLL6 (ENSBBBG00000021540)	CALCOCO2 (ENSBBBG00000005726)	ATP5MC1 (ENSBBBG00000021377)	UBE2Z (ENSBBBG00000021371)	SNF8 (ENSBBBG00000021356)	GIP (ENSBBBG00000021349)	IGF2BP1 (ENSBBBG00000021334)	B4GALNT2 (ENSBBBG00000021305) ##22	GNGT2 (ENSBBBG00000021294)	ABI3 (ENSBBBG00000021279)	PHOSPHO1 (ENSBBBG00000005686)	ZNF652 (ENSBBBG00000007191)	PHB1 (ENSBBBG00000021247)	NGFR (ENSBBBG00000021212)	NXPH3 (ENSBBBG00000021209)	SPOP (ENSBBBG00000021196)	SLC35B1 (ENSBBBG00000021167)	FAM117A (ENSBBBG00000021150)	KAT7 (ENSBBBG00000021118)	ENSBBBG00000020856	ENSBBBG00000020839	DLX4 (ENSBBBG00000020836)	DLX3 (ENSBBBG00000020830)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT01100000264599	ENSGT00390000007843.g.a	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	2	HOXB4 (ENSOARG00020021954)	HOXB5 (ENSOARG00020022004)	HOXB6 (ENSOARG00020022021)	HOXB7 (ENSOARG00020022042)	HOXB8 (ENSOARG00020022064)	HOXB9 (ENSOARG00020022138)	HOXB13 (ENSOARG00020022195)	SNF8 (ENSOARG00020022227)	ENSOARG00020022258	CALCOCO2 (ENSOARG00020022295)	ATP5MC1 (ENSOARG00020022590)	UBE2Z (ENSOARG00020022664)	GIP (ENSOARG00020022695)	IGF2BP1 (ENSOARG00020022766)	ENSOARG00020022839	B4GALNT2 (ENSOARG00020022870) ##22	GNGT2 (ENSOARG00020009965)	ABI3 (ENSOARG00020010038)	PHOSPHO1 (ENSOARG00020010143)	ZNF652 (ENSOARG00020010202)	PHB (ENSOARG00020010257)	NGFR (ENSOARG00020010364)	NXPH3 (ENSOARG00020010437)	SPOP (ENSOARG00020010471)	SLC35B1 (ENSOARG00020010577)	FAM117A (ENSOARG00020010734)	KAT7 (ENSOARG00020010890)	ENSOARG00020011194	DLX4 (ENSOARG00020011261)	DLX3 (ENSOARG00020011314)	ITGA3 (ENSOARG00020011374)
Goat	MODERN SPECIES	10	HOXB4 (ENSCHIG00000025323)	HOXB5 (ENSCHIG00000023147)	HOXB6 (ENSCHIG00000008881)	HOXB7 (ENSCHIG00000017532)	HOXB8 (ENSCHIG00000015504)	HOXB9 (ENSCHIG00000022791)	HOXB13 (ENSCHIG00000026703)	TTLL6 (ENSCHIG00000022654)	CALCOCO2 (ENSCHIG00000025313)	ENSCHIG00000016881	UBE2Z (ENSCHIG00000003883)	ENSCHIG00000020962	SNF8 (ENSCHIG00000014794)	GIP (ENSCHIG00000010936)	IGF2BP1 (ENSCHIG00000022316)	B4GALNT2 (ENSCHIG00000013924) ##22	GNGT2 (ENSCHIG00000022700)	ABI3 (ENSCHIG00000025692)	PHOSPHO1 (ENSCHIG00000020131)	ZNF652 (ENSCHIG00000025825)	PHB1 (ENSCHIG00000012405)	NGFR (ENSCHIG00000019080)	NXPH3 (ENSCHIG00000027224)	SPOP (ENSCHIG00000016662)	SLC35B1 (ENSCHIG00000017359)	FAM117A (ENSCHIG00000012977)	KAT7 (ENSCHIG00000025815)	ENSCHIG00000013763	DLX4 (ENSCHIG00000010948)	DLX3 (ENSCHIG00000010709)	ITGA3 (ENSCHIG00000015227)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b
Arabian camel	MODERN SPECIES	7	HOXB3 (ENSCDRG00005018104)	HOXB4 (ENSCDRG00005018079)	HOXB5 (ENSCDRG00005018055)	HOXB6 (ENSCDRG00005018029)	HOXB7 (ENSCDRG00005018007)	HOXB9 (ENSCDRG00005017862)	HOXB13 (ENSCDRG00005017741)	TTLL6 (ENSCDRG00005017585)	CALCOCO2 (ENSCDRG00005017213)	ENSCDRG00005017142	UBE2Z (ENSCDRG00005017075)	ENSCDRG00005017061	ENSCDRG00005017040	GIP (ENSCDRG00005016991)	IGF2BP1 (ENSCDRG00005016778)	B4GALNT2 (ENSCDRG00005016644) ##22	ENSCDRG00005016619	ABI3 (ENSCDRG00005016559)	PHOSPHO1 (ENSCDRG00005016526)	ZNF652 (ENSCDRG00005016507)	ENSCDRG00005016485	TMEM92 (ENSCDRG00005016425)	ENSCDRG00005016412	COL1A1 (ENSCDRG00005012316)	ENSCDRG00005012081	SGCA (ENSCDRG00005011958)	PPP1R9B (ENSCDRG00005011814)	SAMD14 (ENSCDRG00005011730)	PDK2 (ENSCDRG00005011691)	ITGA3 (ENSCDRG00005011434)	DLX3 (ENSCDRG00005011379)
Alpaca	MODERN SPECIES	1739																B4GALNT2 (ENSVPAG00000001673) ##22	ENSVPAG00000001677	ZNF652 (ENSVPAG00000001680)	PHB1 (ENSVPAG00000001683)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a.b	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a.b	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a.b	ENSGT00940000161380	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Polar bear	MODERN SPECIES	94	NFE2L1 (ENSUMAG00000015890)	CBX1 (ENSUMAG00000015878)	SNX11 (ENSUMAG00000015873)	SKAP1 (ENSUMAG00000015835)	HOXB1 (ENSUMAG00000015821)	HOXB5 (ENSUMAG00000015806)	HOXB7 (ENSUMAG00000015795)	ENSUMAG00000015785	TTLL6 (ENSUMAG00000015764)	CALCOCO2 (ENSUMAG00000015754)	ENSUMAG00000015743	UBE2Z (ENSUMAG00000015734)	SNF8 (ENSUMAG00000015717)	GIP (ENSUMAG00000015711)	IGF2BP1 (ENSUMAG00000015682)	B4GALNT2 (ENSUMAG00000015666) ##22	GNGT2 (ENSUMAG00000015660)	ZNF652 (ENSUMAG00000015640)	PHB1 (ENSUMAG00000015620)	NXPH3 (ENSUMAG00000015609)	ENSUMAG00000015607	SPOP (ENSUMAG00000015599)	SLC35B1 (ENSUMAG00000015494)	FAM117A (ENSUMAG00000015470)	KAT7 (ENSUMAG00000015251)	ENSUMAG00000015231	DLX4 (ENSUMAG00000015218)	ITGA3 (ENSUMAG00000014948)	PDK2 (ENSUMAG00000014909)	SAMD14 (ENSUMAG00000014902)	ENSUMAG00000014894
American black bear	MODERN SPECIES	1273											ENSUAMG00000023279	UBE2Z (ENSUAMG00000023278)	ENSUAMG00000023277	GIP (ENSUAMG00000023274)	IGF2BP1 (ENSUAMG00000023269)	B4GALNT2 (ENSUAMG00000023259) ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	4	HOXB4 (ENSAMEG00000028329)	HOXB5 (ENSAMEG00000004967)	HOXB6 (ENSAMEG00000004971)	HOXB7 (ENSAMEG00000004977)	ENSAMEG00000004982	HOXB9 (ENSAMEG00000024921)	ENSAMEG00000026258	HOXB13 (ENSAMEG00000026873)	ENSAMEG00000005000	CALCOCO2 (ENSAMEG00000005015)	ATP5MC1 (ENSAMEG00000005038)	UBE2Z (ENSAMEG00000005049)	SNF8 (ENSAMEG00000005062)	GIP (ENSAMEG00000005081)	IGF2BP1 (ENSAMEG00000005087)	B4GALNT2 (ENSAMEG00000005108) ##22	GNGT2 (ENSAMEG00000005139)	ABI3 (ENSAMEG00000005141)	PHOSPHO1 (ENSAMEG00000031233)	ZNF652 (ENSAMEG00000012387)	PHB1 (ENSAMEG00000012364)	NGFR (ENSAMEG00000012352)	NXPH3 (ENSAMEG00000026422)	ENSAMEG00000027101	SPOP (ENSAMEG00000012318)	SLC35B1 (ENSAMEG00000012292)	FAM117A (ENSAMEG00000012286)	KAT7 (ENSAMEG00000012243)	TAC4 (ENSAMEG00000030850)	DLX4 (ENSAMEG00000012238)	DLX3 (ENSAMEG00000030071)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720	ENSGT00940000159091	ENSGT00990000209473	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a.b	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
American mink	MODERN SPECIES	92	HOXB4 (ENSNVIG00000006040)	HOXB5 (ENSNVIG00000006049)	HOXB6 (ENSNVIG00000006053)	HOXB7 (ENSNVIG00000006060)	HOXB8 (ENSNVIG00000006066)	HOXB9 (ENSNVIG00000006082)	HOXB13 (ENSNVIG00000006117)	TTLL6 (ENSNVIG00000006132)	CALCOCO2 (ENSNVIG00000006167)	ENSNVIG00000006295	UBE2Z (ENSNVIG00000006316)	ENSNVIG00000006339	ENSNVIG00000006352	GIP (ENSNVIG00000006361)	IGF2BP1 (ENSNVIG00000006377)	B4GALNT2 (ENSNVIG00000006432) ##22	GNGT2 (ENSNVIG00000006461)	ABI3 (ENSNVIG00000006479)	PHOSPHO1 (ENSNVIG00000006507)	ZNF652 (ENSNVIG00000006521)	PHB1 (ENSNVIG00000006553)	NGFR (ENSNVIG00000006576)	NXPH3 (ENSNVIG00000006600)	SPOP (ENSNVIG00000006608)	SLC35B1 (ENSNVIG00000006645)	FAM117A (ENSNVIG00000006664)	KAT7 (ENSNVIG00000006694)	TAC4 (ENSNVIG00000006873)	DLX4 (ENSNVIG00000006893)	DLX3 (ENSNVIG00000006907)	ITGA3 (ENSNVIG00000006930)
Ferret	MODERN SPECIES	270	HOXB2 (ENSMPUG00000015309)	HOXB4 (ENSMPUG00000015310)	HOXB5 (ENSMPUG00000015316)	HOXB6 (ENSMPUG00000015322)	HOXB7 (ENSMPUG00000015328)	HOXB8 (ENSMPUG00000015329)	HOXB9 (ENSMPUG00000015330)	HOXB13 (ENSMPUG00000015332)	TTLL6 (ENSMPUG00000015335)	CALCOCO2 (ENSMPUG00000015338)	ENSMPUG00000015341	UBE2Z (ENSMPUG00000015342)	SNF8 (ENSMPUG00000015356)	GIP (ENSMPUG00000015357)	IGF2BP1 (ENSMPUG00000015358)	B4GALNT2 (ENSMPUG00000015373) ##22	ABI3 (ENSMPUG00000015374)	PHOSPHO1 (ENSMPUG00000015375)	ZNF652 (ENSMPUG00000015376)	PHB1 (ENSMPUG00000015381)	NGFR (ENSMPUG00000015384)	ENSMPUG00000015387	NXPH3 (ENSMPUG00000015386)	SPOP (ENSMPUG00000015389)	SLC35B1 (ENSMPUG00000015392)	FAM117A (ENSMPUG00000015406)	KAT7 (ENSMPUG00000015409)	DLX4 (ENSMPUG00000015410)	DLX3 (ENSMPUG00000015413)	ITGA3 (ENSMPUG00000015414)	PDK2 (ENSMPUG00000015416)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.c	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.c	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157746
Dingo	MODERN SPECIES	150	HOXB4 (ENSCAFG00020023297)	HOXB5 (ENSCAFG00020023301)	HOXB6 (ENSCAFG00020023302)	ENSCAFG00020023303	HOXB8 (ENSCAFG00020023306)	HOXB9 (ENSCAFG00020023312)	HOXB13 (ENSCAFG00020023319)	TTLL6 (ENSCAFG00020023324)	CALCOCO2 (ENSCAFG00020023334)	ENSCAFG00020023349	UBE2Z (ENSCAFG00020023351)	SNF8 (ENSCAFG00020023354)	GIP (ENSCAFG00020023360)	IGF2BP1 (ENSCAFG00020023369)	ENSCAFG00020023382	B4GALNT2 (ENSCAFG00020023386) ##22	GNGT2 (ENSCAFG00020023405)	ABI3 (ENSCAFG00020023410)	PHOSPHO1 (ENSCAFG00020023419)	ZNF652 (ENSCAFG00020023420)	ENSCAFG00020023425	NGFR (ENSCAFG00020023430)	NXPH3 (ENSCAFG00020023441)	SPOP (ENSCAFG00020023443)	SLC35B1 (ENSCAFG00020023446)	FAM117A (ENSCAFG00020023448)	KAT7 (ENSCAFG00020023453)	ENSCAFG00020023469	DLX4 (ENSCAFG00020023471)	DLX3 (ENSCAFG00020023473)	ITGA3 (ENSCAFG00020023474)
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Red fox	MODERN SPECIES	20	ENSVVUG00000003340	HOXB5 (ENSVVUG00000003354)	HOXB6 (ENSVVUG00000003359)	HOXB7 (ENSVVUG00000003360)	HOXB8 (ENSVVUG00000003366)	HOXB9 (ENSVVUG00000003367)	HOXB13 (ENSVVUG00000003382)	TTLL6 (ENSVVUG00000003393)	CALCOCO2 (ENSVVUG00000003399)	ATP5MC1 (ENSVVUG00000003411)	UBE2Z (ENSVVUG00000003424)	SNF8 (ENSVVUG00000003434)	GIP (ENSVVUG00000003440)	IGF2BP1 (ENSVVUG00000003451)	ENSVVUG00000003456	B4GALNT2 (ENSVVUG00000003458) ##22	GNGT2 (ENSVVUG00000003489)	ABI3 (ENSVVUG00000003493)	PHOSPHO1 (ENSVVUG00000003505)	ZNF652 (ENSVVUG00000003513)	ENSVVUG00000003547	NGFR (ENSVVUG00000003610)	NXPH3 (ENSVVUG00000003626)	SPOP (ENSVVUG00000003631)	SLC35B1 (ENSVVUG00000003665)	FAM117A (ENSVVUG00000003675)	KAT7 (ENSVVUG00000003710)	DLX4 (ENSVVUG00000004191)	DLX3 (ENSVVUG00000004195)	ITGA3 (ENSVVUG00000004205)	PDK2 (ENSVVUG00000004251)
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Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Megabat	MODERN SPECIES	2050																B4GALNT2 (ENSPVAG00000017394) ##22	GNGT2 (ENSPVAG00000017395)	ABI3 (ENSPVAG00000017396)	PHOSPHO1 (ENSPVAG00000017397)
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00980000199681	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161434	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000159720.b	ENSGT00940000159091	ENSGT00390000007843	ENSGT00390000005121	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000161380	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000157416	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00950000185094	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157744	ENSGT00390000015220	ENSGT00940000162259	ENSGT00940000158951
Microbat	MODERN SPECIES	1191	HOXB1 (ENSMLUG00000008429)	HOXB3 (ENSMLUG00000008445)	ENSMLUG00000027291	ENSMLUG00000014513	HOXB6 (ENSMLUG00000010649)	HOXB7 (ENSMLUG00000002609)	HOXB9 (ENSMLUG00000011677)	ENSMLUG00000029480	TTLL6 (ENSMLUG00000014065)	CALCOCO2 (ENSMLUG00000014073)	ENSMLUG00000011738	UBE2Z (ENSMLUG00000011750)	SNF8 (ENSMLUG00000011769)	GIP (ENSMLUG00000011785)	ENSMLUG00000016891	B4GALNT2 (ENSMLUG00000012945) ##22	ENSMLUG00000024310	GNGT2 (ENSMLUG00000012951)	ABI3 (ENSMLUG00000012953)	ENSMLUG00000005756	ZNF652 (ENSMLUG00000012963)	PHB1 (ENSMLUG00000008203)	ENSMLUG00000023412	NGFR (ENSMLUG00000030141)	NXPH3 (ENSMLUG00000008072)	ENSMLUG00000011013	SLC35B1 (ENSMLUG00000011047)	FAM117A (ENSMLUG00000011067)	KAT7 (ENSMLUG00000011077)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	13	HOXB5 (ENSRFEG00010021836)	HOXB6 (ENSRFEG00010021831)	HOXB7 (ENSRFEG00010021823)	HOXB8 (ENSRFEG00010021818)	HOXB9 (ENSRFEG00010021814)	HOXB13 (ENSRFEG00010021808)	TTLL6 (ENSRFEG00010021801)	ENSRFEG00010021798	CALCOCO2 (ENSRFEG00010021784)	ENSRFEG00010021766	UBE2Z (ENSRFEG00010021755)	SNF8 (ENSRFEG00010021745)	GIP (ENSRFEG00010021740)	IGF2BP1 (ENSRFEG00010021720)	ENSRFEG00010021705	B4GALNT2 (ENSRFEG00010021694) ##22	GNGT2 (ENSRFEG00010021682)	ABI3 (ENSRFEG00010021659)	PHOSPHO1 (ENSRFEG00010021635)	ZNF652 (ENSRFEG00010021620)	ENSRFEG00010021606	NGFR (ENSRFEG00010021593)	NXPH3 (ENSRFEG00010021588)	ENSRFEG00010021578	SPOP (ENSRFEG00010021569)	SLC35B1 (ENSRFEG00010021552)	FAM117A (ENSRFEG00010021534)	KAT7 (ENSRFEG00010021504)	TAC4 (ENSRFEG00010021468)	DLX4 (ENSRFEG00010021455)	DLX3 (ENSRFEG00010021445)
Platypus	MODERN SPECIES	2	PDK2 (ENSOANG00000039603)	ITGA3 (ENSOANG00000000624)	DLX3 (ENSOANG00000041076)	ENSOANG00000036467	KAT7 (ENSOANG00000044742)	FAM117A (ENSOANG00000051323)	ENSOANG00000038252	SPOP (ENSOANG00000050936)	ENSOANG00000043058	NGFR (ENSOANG00000000447)	PHB1 (ENSOANG00000003080)	ZNF652 (ENSOANG00000039038)	PHOSPHO1 (ENSOANG00000042855)	ABI3 (ENSOANG00000050932)	GNGT2 (ENSOANG00000037597)	B4GALNT2 (ENSOANG00000042946) ##22	IGF2BP1 (ENSOANG00000014859)	SNF8 (ENSOANG00000050758)	UBE2Z (ENSOANG00000042370)	ATP5MC1 (ENSOANG00000049234)	ENSOANG00000021387	ENSOANG00000007312	HOXB13 (ENSOANG00000007689)	HOXB9 (ENSOANG00000005338)	HOXB8 (ENSOANG00000047281)	HOXB7 (ENSOANG00000051269)	HOXB6 (ENSOANG00000050952)	HOXB5 (ENSOANG00000051056)	HOXB4 (ENSOANG00000042426)	HOXB3 (ENSOANG00000039840)	HOXB2 (ENSOANG00000041050)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000165079	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000165079	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774
tuatara	DUPLICATION
tuatara	MODERN SPECIES	1118										PHB1 (ENSSPUG00000006915)	ZNF652 (ENSSPUG00000006896)	PHOSPHO1 (ENSSPUG00000006890)	ENSSPUG00000006883	ENSSPUG00000006866	GNGT2 (ENSSPUG00000006845)	ENSSPUG00000006744 ##22	ENSSPUG00000006590 ##22	IGF2BP1 (ENSSPUG00000006526)	ENSSPUG00000006512	ENSSPUG00000006503	UBE2Z (ENSSPUG00000006500)	ENSSPUG00000006493	ENSSPUG00000006484	TTLL6 (ENSSPUG00000006396)	HOXB9 (ENSSPUG00000006346)	HOXB8 (ENSSPUG00000006333)	HOXB7 (ENSSPUG00000006323)	HOXB6 (ENSSPUG00000006308)	HOXB4 (ENSSPUG00000006280)	HOXB3 (ENSSPUG00000006266)	FLRT1 (ENSSPUG00000006188)
tuatara	MODERN SPECIES	1118									PHB1 (ENSSPUG00000006915)	ZNF652 (ENSSPUG00000006896)	PHOSPHO1 (ENSSPUG00000006890)	ENSSPUG00000006883	ENSSPUG00000006866	GNGT2 (ENSSPUG00000006845)	ENSSPUG00000006744 ##22	ENSSPUG00000006590 ##22	IGF2BP1 (ENSSPUG00000006526)	ENSSPUG00000006512	ENSSPUG00000006503	UBE2Z (ENSSPUG00000006500)	ENSSPUG00000006493	ENSSPUG00000006484	TTLL6 (ENSSPUG00000006396)	HOXB9 (ENSSPUG00000006346)	HOXB8 (ENSSPUG00000006333)	HOXB7 (ENSSPUG00000006323)	HOXB6 (ENSSPUG00000006308)	HOXB4 (ENSSPUG00000006280)	HOXB3 (ENSSPUG00000006266)	FLRT1 (ENSSPUG00000006188)	MACROD1 (ENSSPUG00000006177)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160279	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160279	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072
Lizard	DUPLICATION
Lizard	MODERN SPECIES	5	DLX3 (ENSACAG00000039737)	ENSACAG00000040935	KAT7 (ENSACAG00000005025)	FAM117A (ENSACAG00000004992)	SLC35B1 (ENSACAG00000004966)	SPOP (ENSACAG00000004879)	NXPH3 (ENSACAG00000040242)	NGFR (ENSACAG00000004836)	ENSACAG00000004797	ZNF652 (ENSACAG00000006063)	PHOSPHO1 (ENSACAG00000006108)	ENSACAG00000006110	GNGT2 (ENSACAG00000041539)	ENSACAG00000041178	ENSACAG00000034571	ENSACAG00000006165 ##22	IGF2BP1 (ENSACAG00000006199)	ENSACAG00000006291	SNF8 (ENSACAG00000036858)	UBE2Z (ENSACAG00000006311)	ENSACAG00000042101	ATP5MC1 (ENSACAG00000035288)	ENSACAG00000006352	ENSACAG00000035828	TTLL6 (ENSACAG00000006363)	HOXB9 (ENSACAG00000040887)	HOXB8 (ENSACAG00000036553)	HOXB7 (ENSACAG00000041279)	HOXB6 (ENSACAG00000034900)	HOXB5 (ENSACAG00000042998)	HOXB4 (ENSACAG00000006499)
Lizard	MODERN SPECIES	1238																ENSACAG00000005268 ##22	ENSACAG00000035979
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157744.i	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416.q	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380.d.a	ENSGT00940000161380.c	ENSGT00940000161380.d.b	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230.g	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072
Indian cobra	MODERN SPECIES	337	ENSNNAG00000010645	ENSNNAG00000010612	ENSNNAG00000010565	ENSNNAG00000010094	FAM117A (ENSNNAG00000010029)	SLC35B1 (ENSNNAG00000009983)	SPOP (ENSNNAG00000009952)	NXPH3 (ENSNNAG00000009934)	NGFR (ENSNNAG00000009911)	ENSNNAG00000009883	ENSNNAG00000009859	PHOSPHO1 (ENSNNAG00000009831)	ENSNNAG00000009817	ENSNNAG00000009796	GNGT2 (ENSNNAG00000009770)	B4GALNT2 (ENSNNAG00000009682) ##22	IGF2BP1 (ENSNNAG00000009591)	SNF8 (ENSNNAG00000009568)	UBE2Z (ENSNNAG00000009539)	ATP5MC1 (ENSNNAG00000009523)	ENSNNAG00000009498	ENSNNAG00000009486	ENSNNAG00000009471	HOXB13 (ENSNNAG00000009423)	HOXB9 (ENSNNAG00000009384)	HOXB8 (ENSNNAG00000009361)	HOXB7 (ENSNNAG00000009344)	HOXB6 (ENSNNAG00000009328)	HOXB5 (ENSNNAG00000009308)	HOXB4 (ENSNNAG00000009277)	HOXB3 (ENSNNAG00000009256)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160279	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b.eb	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000165938.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072
Common wall lizard	MODERN SPECIES	4	ITGA3 (ENSPMRG00000012742)	DLX3 (ENSPMRG00000012973)	ENSPMRG00000012978	ENSPMRG00000012987	KAT7 (ENSPMRG00000013003)	FAM117A (ENSPMRG00000013011)	SLC35B1 (ENSPMRG00000013020)	SPOP (ENSPMRG00000013026)	NXPH3 (ENSPMRG00000013030)	NGFR (ENSPMRG00000013033)	ENSPMRG00000013039	ZNF652 (ENSPMRG00000013044)	PHOSPHO1 (ENSPMRG00000013052)	ABI3 (ENSPMRG00000013058)	GNGT2 (ENSPMRG00000013069)	ENSPMRG00000013076 ##22	IGF2BP1 (ENSPMRG00000013095)	ENSPMRG00000013106	SNF8 (ENSPMRG00000013111)	UBE2Z (ENSPMRG00000013116)	ENSPMRG00000013122	ENSPMRG00000013127	ENSPMRG00000013134	ENSPMRG00000013136	ENSPMRG00000013141	TTLL6 (ENSPMRG00000013146)	HOXB9 (ENSPMRG00000013158)	HOXB8 (ENSPMRG00000013160)	HOXB7 (ENSPMRG00000013164)	HOXB6 (ENSPMRG00000013165)	HOXB5 (ENSPMRG00000013170)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	32	ENSSMRG00000021792	DLX3 (ENSSMRG00000021793)	ENSSMRG00000021794	KAT7 (ENSSMRG00000021795)	FAM117A (ENSSMRG00000021796)	SLC35B1 (ENSSMRG00000021798)	SPOP (ENSSMRG00000021800)	NXPH3 (ENSSMRG00000021801)	NGFR (ENSSMRG00000021802)	ENSSMRG00000021803	PHB1 (ENSSMRG00000021805)	ZNF652 (ENSSMRG00000021807)	PHOSPHO1 (ENSSMRG00000021809)	ABI3 (ENSSMRG00000021810)	GNGT2 (ENSSMRG00000021812)	B4GALNT2 (ENSSMRG00000021814) ##22	IGF2BP1 (ENSSMRG00000021826)	SNF8 (ENSSMRG00000021827)	UBE2Z (ENSSMRG00000021828)	ENSSMRG00000021829	CALCOCO2 (ENSSMRG00000021830)	ENSSMRG00000021831	ENSSMRG00000021832	ENSSMRG00000021833	HOXB13 (ENSSMRG00000021834)	HOXB9 (ENSSMRG00000021835)	HOXB8 (ENSSMRG00000021836)	HOXB7 (ENSSMRG00000021837)	HOXB6 (ENSSMRG00000021838)	HOXB5 (ENSSMRG00000021839)	HOXB4 (ENSSMRG00000021841)
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000165079	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000165079	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000165079	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774
Testudinidae	DUPLICATION
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000165079	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b.i ##22	ENSGT00390000006679.b.j ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	15	ITGA3 (ENSGEVG00005012388)	DLX3 (ENSGEVG00005012297)	ENSGEVG00005012254	KAT7 (ENSGEVG00005012214)	FAM117A (ENSGEVG00005012132)	SLC35B1 (ENSGEVG00005012102)	SPOP (ENSGEVG00005012058)	NXPH3 (ENSGEVG00005012026)	NGFR (ENSGEVG00005011998)	ENSGEVG00005011943	PHB1 (ENSGEVG00005011915)	ZNF652 (ENSGEVG00005018438)	PHOSPHO1 (ENSGEVG00005018428)	GNGT2 (ENSGEVG00005018400)	ABI3 (ENSGEVG00005018348)	ENSGEVG00005018310 ##22	ENSGEVG00005018261 ##22	IGF2BP1 (ENSGEVG00005018150)	ENSGEVG00005018109	SNF8 (ENSGEVG00005018088)	UBE2Z (ENSGEVG00005018038)	ATP5MC1 (ENSGEVG00005018012)	CALCOCO2 (ENSGEVG00005017985)	ENSGEVG00005017952	HOXB13 (ENSGEVG00005017930)	HOXB9 (ENSGEVG00005017896)	HOXB8 (ENSGEVG00005017871)	HOXB7 (ENSGEVG00005017847)	HOXB6 (ENSGEVG00005017822)	HOXB5 (ENSGEVG00005017800)	HOXB4 (ENSGEVG00005017783)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1609	ENSCABG00000003830	ITGA3 (ENSCABG00000003805)	DLX3 (ENSCABG00000003791)	ENSCABG00000003787	KAT7 (ENSCABG00000003186)	FAM117A (ENSCABG00000003167)	SLC35B1 (ENSCABG00000003156)	SPOP (ENSCABG00000003146)	NXPH3 (ENSCABG00000003144)	NGFR (ENSCABG00000003086)	PHB1 (ENSCABG00000003081)	ZNF652 (ENSCABG00000003079)	PHOSPHO1 (ENSCABG00000003074)	ENSCABG00000003068	GNGT2 (ENSCABG00000003055)	ENSCABG00000002867 ##22	ENSCABG00000002782 ##22	IGF2BP1 (ENSCABG00000002771)	GIP (ENSCABG00000002769)	SNF8 (ENSCABG00000002767)	UBE2Z (ENSCABG00000002765)	ATP5MC1 (ENSCABG00000002763)	CALCOCO2 (ENSCABG00000002761)	TTLL6 (ENSCABG00000002759)	HOXB13 (ENSCABG00000002758)	HOXB9 (ENSCABG00000002754)	HOXB8 (ENSCABG00000002750)	HOXB7 (ENSCABG00000002742)	HOXB6 (ENSCABG00000002738)	HOXB5 (ENSCABG00000002737)	HOXB4 (ENSCABG00000002736)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000157746	ENSGT00940000158951	ENSGT00940000165079	ENSGT00940000157744	ENSGT00950000183046.a.b	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b.i ##22	ENSGT00390000006679.b.j ##22	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843.cb	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000154298.a.b	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	15	DLX3 (ENSGEVG00005012297)	ENSGEVG00005012254	KAT7 (ENSGEVG00005012214)	FAM117A (ENSGEVG00005012132)	SLC35B1 (ENSGEVG00005012102)	SPOP (ENSGEVG00005012058)	NXPH3 (ENSGEVG00005012026)	NGFR (ENSGEVG00005011998)	ENSGEVG00005011943	PHB1 (ENSGEVG00005011915)	ZNF652 (ENSGEVG00005018438)	PHOSPHO1 (ENSGEVG00005018428)	GNGT2 (ENSGEVG00005018400)	ABI3 (ENSGEVG00005018348)	ENSGEVG00005018310 ##22	ENSGEVG00005018261 ##22	IGF2BP1 (ENSGEVG00005018150)	ENSGEVG00005018109	SNF8 (ENSGEVG00005018088)	UBE2Z (ENSGEVG00005018038)	ATP5MC1 (ENSGEVG00005018012)	CALCOCO2 (ENSGEVG00005017985)	ENSGEVG00005017952	HOXB13 (ENSGEVG00005017930)	HOXB9 (ENSGEVG00005017896)	HOXB8 (ENSGEVG00005017871)	HOXB7 (ENSGEVG00005017847)	HOXB6 (ENSGEVG00005017822)	HOXB5 (ENSGEVG00005017800)	HOXB4 (ENSGEVG00005017783)	HOXB3 (ENSGEVG00005017763)
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Chinese turtle	MODERN SPECIES	873	ENSPSIG00000001779	ITGA3 (ENSPSIG00000003793)	DLX3 (ENSPSIG00000003843)	ENSPSIG00000003893	KAT7 (ENSPSIG00000003897)	FAM117A (ENSPSIG00000004190)	SLC35B1 (ENSPSIG00000004219)	SPOP (ENSPSIG00000004309)	NXPH3 (ENSPSIG00000001781)	NGFR (ENSPSIG00000004515)	PHB1 (ENSPSIG00000004526)	ZNF652 (ENSPSIG00000004682)	PHOSPHO1 (ENSPSIG00000004701)	ABI3 (ENSPSIG00000004779)	GNGT2 (ENSPSIG00000004780)	B4GALNT2 (ENSPSIG00000004798) ##22	IGF2BP1 (ENSPSIG00000005175)	ENSPSIG00000005451	SNF8 (ENSPSIG00000005459)	ENSPSIG00000005879	CALCOCO2 (ENSPSIG00000006041)	ENSPSIG00000006373	TTLL6 (ENSPSIG00000006379)	HOXB9 (ENSPSIG00000007113)	HOXB8 (ENSPSIG00000007118)	HOXB7 (ENSPSIG00000007133)	HOXB6 (ENSPSIG00000007278)	HOXB5 (ENSPSIG00000007287)	HOXB4 (ENSPSIG00000007302)	HOXB3 (ENSPSIG00000007309)	HOXB1 (ENSPSIG00000007311)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000001994	ENSGT00390000002457	ENSGT01010000229212	ENSGT00390000010029	ENSGT00940000159188	ENSGT00940000157683	ENSGT00940000157744	ENSGT00940000157900	ENSGT00940000154376.b	ENSGT00950000182883.a.a	ENSGT00730000110974	ENSGT00950000183070.a.b	ENSGT00940000157416	ENSGT00390000007741.a	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b ##22
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Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	116										ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000006956.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	274															ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT01050000245366	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000154811.A	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00390000004038	ENSGT00940000155223.a.a	ENSGT00390000003628.a.b	ENSGT00940000166711	ENSGT00390000004690.a.a
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000165065.b	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00390000017328.a.a	ENSGT00940000153653.a.a	ENSGT00940000154360.B	ENSGT00950000183145.A.b.a	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00670000098179.e	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000154811.A	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00390000004038
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	250	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000158354.d.f	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c	ENSGT00390000004405.b.d.b.b	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k ##22	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d	ENSGT00390000017328.a.a	ENSGT00940000153653.a.a.p	ENSGT00940000154360.B.a	ENSGT00950000183145.A.b.a	ENSGT00940000165576.a.b.f.b.a	ENSGT00670000098179.e	ENSGT00940000160643.i.c	ENSGT00940000155348.B.c.c
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT00940000161230.c	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000158354.d.f	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k ##22	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d	ENSGT00390000017328.a.a.k	ENSGT00940000153653.a.a.p	ENSGT00940000154360.B.a	ENSGT00950000183145.A.b.a	ENSGT00940000165576.a.b.e.b	ENSGT01050000245366.b	ENSGT00940000160643.i.c	ENSGT00940000155348.B.c.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000154811.A.m.b	ENSGT00940000176945
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000161529.w.b	ENSGT00940000161230.c	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c	ENSGT00390000004405.b.d.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k ##22	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d	ENSGT00390000017328.a.a.k	ENSGT00940000153653.a.a.p	ENSGT00940000154360.B.a	ENSGT00950000183145.A.b.a	ENSGT00940000165576.a.b.e.b	ENSGT01050000245366.b	ENSGT00940000160643.i.c	ENSGT00940000155348.B.c.c	ENSGT00940000163871.b.b	ENSGT00940000154811.A.m.b	ENSGT00390000004038.i	ENSGT00940000157746.f
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	25	hoxb9ab (ENSSSAG00000004490)	hoxb8ab (ENSSSAG00000005971)	hoxb7ab (ENSSSAG00000005981)	hoxb6ab (ENSSSAG00000005990)	hoxb4ab (ENSSSAG00000005995)	hoxb3a (ENSSSAG00000090720)	hoxb1ab (ENSSSAG00000006062)	cbx1a (ENSSSAG00000004291)	nfe2l1a (ENSSSAG00000006129)	copz2 (ENSSSAG00000004196)	prr15la (ENSSSAG00000109223)	ENSSSAG00000006340	ENSSSAG00000006408	ENSSSAG00000006444	nags (ENSSSAG00000006619)	ENSSSAG00000003876 ##22	ENSSSAG00000006663	col1a1a (ENSSSAG00000006686)	ENSSSAG00000003643	ENSSSAG00000109332	ENSSSAG00000006800	ENSSSAG00000106413	ENSSSAG00000006868	rarab (ENSSSAG00000006917)	pyya (ENSSSAG00000007244)	hsp11 (ENSSSAG00000094518)	mpp2a (ENSSSAG00000114517)	ENSSSAG00000007930	abi3a (ENSSSAG00000008003)	ccdc103 (ENSSSAG00000008050)	ENSSSAG00000008062
River trout	MODERN SPECIES		hoxb7a (ENSSTUG00000000685)	hoxb6a (ENSSTUG00000000682)	hoxb4a (ENSSTUG00000000676)	hoxb3a (ENSSTUG00000000672)	hoxb2a (ENSSTUG00000000670)	hoxb1a (ENSSTUG00000000668)	cbx1a (ENSSTUG00000000662)	nfe2l1a (ENSSTUG00000000656)	copz2 (ENSSTUG00000000592)	ENSSTUG00000000582	prr15la (ENSSTUG00000000579)	ENSSTUG00000000562	TBKBP1 (ENSSTUG00000000547)	pdk2b (ENSSTUG00000000275)	nags (ENSSTUG00000000237)	ENSSTUG00000013948 ##22	ENSSTUG00000013943	col1a1a (ENSSTUG00000013912)	PPP1R9B (ENSSTUG00000013838)	ENSSTUG00000013831	psmd3 (ENSSTUG00000013778)	ENSSTUG00000013769	ENSSTUG00000013756	rarab (ENSSTUG00000013431)	ENSSTUG00000013411	pyya (ENSSTUG00000013396)	mpp2a (ENSSTUG00000013178)	ENSSTUG00000013120	abi3a (ENSSTUG00000013084)	ccdc103 (ENSSTUG00000013069)	GBGT1 (ENSSTUG00000013051)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00940000161529.w.b	ENSGT00940000161230.c	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000158354.d.f	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k ##22	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d	ENSGT00390000017328.a.a.k	ENSGT00940000153653.a.a.p	ENSGT00940000154360.B.a	ENSGT00950000183145.A.b.a	ENSGT00940000165576.a.b.e.b	ENSGT01050000245366.b	ENSGT00940000160643.i.c	ENSGT00940000155348.B.c.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000154811.A.m.b	ENSGT00530000063991.a.b	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.a.i.d
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00940000161529.w.b	ENSGT00940000161230.c	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000158354.d.f	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k ##22	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d	ENSGT00390000017328.a.a.k	ENSGT00940000153653.a.a.p	ENSGT00940000154360.B.a	ENSGT00950000183145.A.b.a	ENSGT00940000165576.a.b.e.b	ENSGT01050000245366.b	ENSGT00940000160643.i.c	ENSGT00940000155348.B.c.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000154811.A.m.b	ENSGT00530000063991.a.b	ENSGT00950000182858.A.b.b.g.a.i.d
Coho salmon	MODERN SPECIES	1	hoxb8a (ENSOKIG00005008994)	hoxb7a (ENSOKIG00005008982)	hoxb6a (ENSOKIG00005008972)	hoxb5a (ENSOKIG00005008959)	hoxb4a (ENSOKIG00005008942)	hoxb3a (ENSOKIG00005008933)	hoxb2a (ENSOKIG00005008923)	hoxb1a (ENSOKIG00005008918)	cbx1a (ENSOKIG00005008868)	nfe2l1a (ENSOKIG00005008857)	copz2 (ENSOKIG00005008689)	prr15la (ENSOKIG00005008658)	ENSOKIG00005008464	PDK2 (ENSOKIG00005008185)	nags (ENSOKIG00005008137)	ENSOKIG00005008125 ##22	ENSOKIG00005008117	col1a1a (ENSOKIG00005007949)	PPP1R9B (ENSOKIG00005007824)	ENSOKIG00005007804	psmd3 (ENSOKIG00005007721)	ENSOKIG00005007707	ENSOKIG00005007652	rarab (ENSOKIG00005007304)	ENSOKIG00005007283	pyya (ENSOKIG00005007266)	mpp2a (ENSOKIG00005007226)	ENSOKIG00005007026	ENSOKIG00005007010	abi3a (ENSOKIG00005006983)	ENSOKIG00005006967
Chinook salmon	MODERN SPECIES	19	hoxb8a (ENSOTSG00005015581)	hoxb7a (ENSOTSG00005015578)	hoxb6a (ENSOTSG00005015571)	hoxb5a (ENSOTSG00005039828)	hoxb4a (ENSOTSG00005039826)	hoxb3a (ENSOTSG00005039825)	hoxb2a (ENSOTSG00005039823)	hoxb1a (ENSOTSG00005039822)	cbx1a (ENSOTSG00005039820)	nfe2l1a (ENSOTSG00005039819)	copz2 (ENSOTSG00005039812)	prr15la (ENSOTSG00005039810)	ENSOTSG00005039805	pdk2b (ENSOTSG00005038384)	nags (ENSOTSG00005038371)	ENSOTSG00005038368 ##22	ENSOTSG00005038366	col1a1a (ENSOTSG00005038360)	PPP1R9B (ENSOTSG00005038348)	ENSOTSG00005038347	psmd3 (ENSOTSG00005038327)	ENSOTSG00005038324	ENSOTSG00005038323	rarab (ENSOTSG00005038295)	ENSOTSG00005038289	pyya (ENSOTSG00005038286)	mpp2a (ENSOTSG00005037858)	ENSOTSG00005037854	abi3a (ENSOTSG00005037851)	FAM187A (ENSOTSG00005037849)	GBGT1 (ENSOTSG00005037848)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	4	hoxb7a (ENSOMYG00000003792)	hoxb6a (ENSOMYG00000003769)	hoxb5a (ENSOMYG00000003711)	hoxb4a (ENSOMYG00000003730)	HOXB3 (ENSOMYG00000003686)	hoxb2a (ENSOMYG00000003669)	hoxb1a (ENSOMYG00000003653)	cbx1a (ENSOMYG00000003629)	nfe2l1a (ENSOMYG00000003587)	copz2 (ENSOMYG00000003419)	prr15la (ENSOMYG00000041419)	ENSOMYG00000077846	ENSOMYG00000041335	ENSOMYG00000041374	nags (ENSOMYG00000041323)	ENSOMYG00000041320 ##22	ENSOMYG00000048632	col1a1a (ENSOMYG00000041314)	ENSOMYG00000041182	csf-3 (ENSOMYG00000041149)	ENSOMYG00000041141	ENSOMYG00000041133	ENSOMYG00000041126	ENSOMYG00000076957	ENSOMYG00000041123	ENSOMYG00000041116	ENSOMYG00000065554	pyya (ENSOMYG00000041112)	ENSOMYG00000041095	ENSOMYG00000041082	abi3a (ENSOMYG00000041067)
Huchen	MODERN SPECIES	2556															ENSHHUG00000052292 ##22	ENSHHUG00000052290 ##22	ENSHHUG00000052289
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	916																ENSGT00390000006679.b.l ##22	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.b	ENSGT00940000153653.a.a.o	ENSGT00940000154360.B.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00940000161529.w.a	ENSGT00940000161230.d	ENSGT00940000161108.e.a	ENSGT00940000158354.d.e	ENSGT00940000162072.b	ENSGT00940000159774.c.a	ENSGT00940000155029.c.b.c	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d	ENSGT00390000004405.b.c	ENSGT00940000154534.b.a.j	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l ##22	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.a	ENSGT00940000175578.a.b.b	ENSGT00390000017328.a.a.l	ENSGT00940000153653.a.a.o	ENSGT00940000154360.B.b	ENSGT00950000183145.A.a.n	ENSGT00940000165576.a.b.e.a	ENSGT01050000245366.a	ENSGT00940000160643.i.d	ENSGT00940000155348.B.c.d	ENSGT00940000154811.A.m.a	ENSGT00530000063991.a.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000161529.w.a	ENSGT00940000161230.d	ENSGT00940000161108.e.a	ENSGT00940000158354.d.e	ENSGT00940000162072.b	ENSGT00940000159774.c.a	ENSGT00940000155029.c.b.c	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d	ENSGT00390000004405.b.c	ENSGT00940000154534.b.a.j	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l ##22	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.a	ENSGT00940000175578.a.b.b	ENSGT00940000153653.a.a.o	ENSGT00940000154360.B.b	ENSGT00950000183145.A.a.n	ENSGT00940000165576.a.b.e.a	ENSGT01050000245366.a	ENSGT00940000160643.i.d	ENSGT00940000155348.B.c.d	ENSGT00940000163871.b.a	ENSGT00940000154811.A.m.a	ENSGT00530000063991.a.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	22	ENSSSAG00000004507	HoxB9aa (ENSSSAG00000121194)	hxb7a (ENSSSAG00000004471)	hoxb5a (ENSSSAG00000004441)	hoxb3a (ENSSSAG00000004371)	hoxb2a (ENSSSAG00000111200)	hoxb1aa (ENSSSAG00000004337)	cbx1a (ENSSSAG00000091490)	nfe2l1a (ENSSSAG00000004277)	copz2 (ENSSSAG00000096429)	prr15la (ENSSSAG00000109719)	ENSSSAG00000004103	ENSSSAG00000002431	ENSSSAG00000097020	ENSSSAG00000003916	ENSSSAG00000089054 ##22	ENSSSAG00000085080	ENSSSAG00000003820	ENSSSAG00000006759	ENSSSAG00000109575	ENSSSAG00000003600	ENSSSAG00000096416	psd3 (ENSSSAG00000003553)	ENSSSAG00000115730	ENSSSAG00000087633	ENSSSAG00000055478	rarab (ENSSSAG00000055321)	HSP30 (ENSSSAG00000055309)	pyya (ENSSSAG00000106078)	mpp2a (ENSSSAG00000115489)	ENSSSAG00000055194
River trout	MODERN SPECIES	25	hoxb7a (ENSSTUG00000044016)	hoxb6a (ENSSTUG00000044003)	hoxb5a (ENSSTUG00000043999)	hoxb4a (ENSSTUG00000043991)	hoxb3a (ENSSTUG00000043976)	hoxb2a (ENSSTUG00000043971)	hoxb1a (ENSSTUG00000043969)	cbx1a (ENSSTUG00000043925)	nfe2l1a (ENSSTUG00000043916)	copz2 (ENSSTUG00000043854)	ENSSTUG00000043849	prr15la (ENSSTUG00000043845)	OSBPL7 (ENSSTUG00000043790)	pdk2b (ENSSTUG00000043683)	nags (ENSSTUG00000043665)	ENSSTUG00000043649 ##22	ENSSTUG00000043642	col1a1a (ENSSTUG00000043409)	PPP1R9B (ENSSTUG00000042964)	ENSSTUG00000042925	ENSSTUG00000042917	psmd3 (ENSSTUG00000042696)	ENSSTUG00000042670	ENSSTUG00000042628	ENSSTUG00000042607	ENSSTUG00000042601	rarab (ENSSTUG00000042328)	ENSSTUG00000042287	pyya (ENSSTUG00000042268)	mpp2a (ENSSTUG00000042006)	abi3a (ENSSTUG00000041952)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000161529.w.a	ENSGT00940000161230.d	ENSGT00940000161108.e.a	ENSGT00940000158354.d.e	ENSGT00940000162072.b	ENSGT00940000159774.c.a	ENSGT00940000155029.c.b.c	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d	ENSGT00390000004405.b.c	ENSGT00940000154534.b.a.j	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l ##22	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.a	ENSGT00390000017328.a.a.l	ENSGT00940000153653.a.a.o	ENSGT00940000154360.B.b	ENSGT00950000183145.A.a.m.b	ENSGT00940000165576.a.b.e.a	ENSGT01050000245366.a	ENSGT00940000160643.i.d	ENSGT00940000155348.B.c.d	ENSGT00940000154811.A.m.a	ENSGT00530000063991.a.a	ENSGT00390000004038
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000161386.c	ENSGT00940000161529.w.a	ENSGT00940000161230.d	ENSGT00940000158354.d.e	ENSGT00940000162072.b	ENSGT00940000159774.c.a	ENSGT00940000155029.c.b.c	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.b	ENSGT00940000154534.b.a.j	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l ##22	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.a	ENSGT00390000017328.a.a.l	ENSGT00940000153653.a.a.o	ENSGT00940000154360.B.b	ENSGT00950000183145.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT00950000183145.A.a.m.b	ENSGT00940000165576.a.b.e.a	ENSGT01050000245366.a	ENSGT00940000160643.i.d	ENSGT00940000155348.B.c.d	ENSGT00940000154811.A.m.a	ENSGT00530000063991.a.a
Chinook salmon	MODERN SPECIES	33	ENSOTSG00005011376	hoxb9a (ENSOTSG00005011373)	hoxb8a (ENSOTSG00005011370)	hoxb7a (ENSOTSG00005011367)	hoxb5a (ENSOTSG00005011366)	hoxb4a (ENSOTSG00005011363)	hoxb2a (ENSOTSG00005011362)	hoxb1a (ENSOTSG00005011361)	cbx1a (ENSOTSG00005011360)	nfe2l1a (ENSOTSG00005011359)	copz2 (ENSOTSG00005011352)	prr15la (ENSOTSG00005011351)	OSBPL7 (ENSOTSG00005011327)	ENSOTSG00005011317	pdk2b (ENSOTSG00005011186)	ENSOTSG00005011183 ##22	ENSOTSG00005011182	col1a1a (ENSOTSG00005010996)	PPP1R9B (ENSOTSG00005010989)	ENSOTSG00005010987	psmd3 (ENSOTSG00005010966)	ENSOTSG00005010962	ENSOTSG00005010934	rarab (ENSOTSG00005010921)	ENSOTSG00005010915	mpp2a (ENSOTSG00005010868)	abi3a (ENSOTSG00005010864)	FAM187A (ENSOTSG00005010863)	ccdc103 (ENSOTSG00005010862)	ITGA3 (ENSOTSG00005010859)	ENSOTSG00005010858
Coho salmon	MODERN SPECIES	26	hoxb9a (ENSOKIG00005003066)	hoxb8a (ENSOKIG00005003059)	hoxb7a (ENSOKIG00005003049)	hoxb5a (ENSOKIG00005003039)	hoxb4a (ENSOKIG00005003033)	HOXB3 (ENSOKIG00005003027)	hoxb2a (ENSOKIG00005003020)	hoxb1a (ENSOKIG00005003017)	cbx1a (ENSOKIG00005002994)	ENSOKIG00005002979	nfe2l1a (ENSOKIG00005002972)	copz2 (ENSOKIG00005002937)	prr15la (ENSOKIG00005002918)	ENSOKIG00005002828	pdk2b (ENSOKIG00005002702)	ENSOKIG00005002598 ##22	ENSOKIG00005002573	col1a1a (ENSOKIG00005002517)	PPP1R9B (ENSOKIG00005002344)	ENSOKIG00005002309	ENSOKIG00005002298	ENSOKIG00005002224	ENSOKIG00005002185	ENSOKIG00005002162	ENSOKIG00005002125	rarab (ENSOKIG00005001924)	ENSOKIG00005001847	pyya (ENSOKIG00005001834)	mpp2a (ENSOKIG00005001791)	abi3a (ENSOKIG00005001762)	FAM187A (ENSOKIG00005001760)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	3	hoxb7a (ENSOMYG00000021367)	hoxb6a (ENSOMYG00000021357)	hoxb5a (ENSOMYG00000021351)	hoxb4a (ENSOMYG00000021348)	HOXB3 (ENSOMYG00000021314)	hoxb2a (ENSOMYG00000021339)	hoxb1a (ENSOMYG00000021300)	cbx1a (ENSOMYG00000021278)	nfe2l1a (ENSOMYG00000021257)	copz2 (ENSOMYG00000021226)	prr15la (ENSOMYG00000021184)	ENSOMYG00000059908	ENSOMYG00000021165	ENSOMYG00000077184	ENSOMYG00000021069	ENSOMYG00000052424 ##22	ENSOMYG00000055738	ENSOMYG00000021024	ENSOMYG00000055072	col1a1 (ENSOMYG00000020647)	ENSOMYG00000020551	ENSOMYG00000020541	ENSOMYG00000020511	ENSOMYG00000020492	ENSOMYG00000020401	rarab (ENSOMYG00000020321)	ENSOMYG00000063860	pyya (ENSOMYG00000020294)	mpp2a (ENSOMYG00000044101)	abi3a (ENSOMYG00000044089)	ENSOMYG00000044085
Huchen	MODERN SPECIES	2556														ENSHHUG00000052289	ENSHHUG00000052290 ##22	ENSHHUG00000052292 ##22
Northern pike	MODERN SPECIES	10	hoxb7 (ENSELUG00000014783)	hoxb6a (ENSELUG00000034343)	hoxb5a (ENSELUG00000033971)	hoxb4a (ENSELUG00000034353)	hoxb3a (ENSELUG00000014755)	hoxb2a (ENSELUG00000014718)	hoxb1a (ENSELUG00000033826)	cbx1a (ENSELUG00000014706)	nfe2l1a (ENSELUG00000014683)	copz2 (ENSELUG00000014620)	prr15la (ENSELUG00000014511)	ENSELUG00000014464	TBKBP1 (ENSELUG00000014401)	pdk2b (ENSELUG00000014339)	nags (ENSELUG00000014289)	ENSELUG00000014268 ##22	ENSELUG00000014247	col1a1a (ENSELUG00000014218)	PPP1R9B (ENSELUG00000014166)	ENSELUG00000014127	ENSELUG00000032826	psmd3 (ENSELUG00000014100)	ENSELUG00000031826	ENSELUG00000014026	ENSELUG00000013984	rarab (ENSELUG00000013907)	hspb9 (ENSELUG00000013852)	pyya (ENSELUG00000013825)	mpp2a (ENSELUG00000013743)	ENSELUG00000013682	abi3a (ENSELUG00000013651)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	215									ENSGT00940000159871.b.b	ENSGT00950000182860.a.a.a.ub.a ##33	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01030000234785	ENSGT00950000183145.A.b.a	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00670000098179.e	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00390000003628.a.b	ENSGT00940000166711	ENSGT00390000004690.a.a
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	108							ENSGT00940000159871.b.b	ENSGT00950000182860.a.a.a.ub.a ##33	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT01000000215678	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01030000234785	ENSGT00950000183145.A.b.a	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00670000098179.e	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00390000003628.a.b	ENSGT00940000166711	ENSGT00390000004690.a.a
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000174909	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00940000159997	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00390000003628.a.b	ENSGT00940000166711	ENSGT00390000004690.a.a
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00940000159997	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00390000003628.a.b	ENSGT00940000166711
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.b.a.b.b	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00950000183145.B.a.b.c	ENSGT01030000234785.j	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c
Ovalentaria_B	DUPLICATION
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m ##22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234785.j.d	ENSGT00950000183145.B.a.b.c	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000177241	ENSGT00940000174883.h	ENSGT00940000166007.c.a.a.b	ENSGT00980000198722.b	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00970000198135	ENSGT00390000006679.b.m ##22	ENSGT00390000005602	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00510000048192	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00940000166981	ENSGT00950000182841.a.p	ENSGT00950000182841.a.o.a	ENSGT00940000161135	ENSGT00940000157744.c	ENSGT00650000094974.a
Pseudocrenilabrinae	DUPLICATION
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000168246	ENSGT01030000234785.j.d	ENSGT00950000183145.B.a.b.c	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000177154.d	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000005602	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00980000198607	ENSGT00940000164511.C	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00510000048192	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00940000166981	ENSGT01060000248575.D.c.b.b.a.l
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000168246	ENSGT01030000234785.j.d	ENSGT00950000183145.B.a.b.c.e	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000005602	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00980000198607	ENSGT00940000164511.C	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00510000048192	ENSGT00940000160609.f
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT01030000234785.j.c.b	ENSGT01030000234785.j.c.a.a	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00940000173491	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000005602	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00980000198607	ENSGT00940000164511.C	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00510000048192	ENSGT00940000160609.f
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000174883.h	ENSGT00940000177241	ENSGT01060000249103	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00940000173491	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000179732	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000005602	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00980000198607	ENSGT00940000164511.C	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00510000048192	ENSGT00940000160609.f
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000174883.h	ENSGT00940000177241	ENSGT01060000249103	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00940000173491	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000179732	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000005602	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00980000198607	ENSGT00940000164511.C	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00510000048192	ENSGT00940000160609.f
Eastern happy	MODERN SPECIES	16	ENSACLG00000006407	ENSACLG00000006409	ENSACLG00000006419	ENSACLG00000006427	ENSACLG00000006438	col1a1a (ENSACLG00000006444)	ENSACLG00000006468 ##22	ENSACLG00000006866	coa3b (ENSACLG00000006868)	ENSACLG00000006873 ##22	ENSACLG00000006944	ENSACLG00000006948 ##22	ENSACLG00000006958	ENSACLG00000006968	ENSACLG00000006981	ENSACLG00000006986 ##22	nags (ENSACLG00000007000)	ENSACLG00000007015	DLX3 (ENSACLG00000007018)	PSMD11 (ENSACLG00000007023)	rpain (ENSACLG00000007056)	cdk5r1a (ENSACLG00000007067)	nsfa (ENSACLG00000007069)	thraa (ENSACLG00000007247)	dusp3b (ENSACLG00000007299)	ENSACLG00000007318	prl (ENSACLG00000007323)	prl (ENSACLG00000007341)	si:dkey-16p21.8 (ENSACLG00000007348)	ENSACLG00000007357	ENSACLG00000007398
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1107	ENSMZEG00005018679	HDAC5 (ENSMZEG00005018688)	pex12 (ENSMZEG00005018702)	ENSMZEG00005018704	ENSMZEG00005018710	ENSMZEG00005018714	ENSMZEG00005018716	col1a1a (ENSMZEG00005018722)	ENSMZEG00005018731	ENSMZEG00005018733 ##22	coa3b (ENSMZEG00005018739)	ENSMZEG00005018746 ##22	ENSMZEG00005018760	ENSMZEG00005018763 ##22	ENSMZEG00005018765	ENSMZEG00005018769 ##22	nags (ENSMZEG00005018774)	ENSMZEG00005018781	DLX3 (ENSMZEG00005018784)	cdk5r1a (ENSMZEG00005018790)	PSMD11 (ENSMZEG00005018796)	rpain (ENSMZEG00005018807)	nsfa (ENSMZEG00005018814)	thraa (ENSMZEG00005018835)	dusp3b (ENSMZEG00005018840)	prl (ENSMZEG00005018843)	prl (ENSMZEG00005018848)	si:dkey-16p21.8 (ENSMZEG00005018855)	ENSMZEG00005018859	ENSMZEG00005018971	ENSMZEG00005022667
Nile tilapia	MODERN SPECIES	16	ENSONIG00000032268	ENSONIG00000034782	ENSONIG00000041627	col1a1 (ENSONIG00000006366)	ENSONIG00000036599	ENSONIG00000027159 ##22	ENSONIG00000038611	ENSONIG00000037286	coa3b (ENSONIG00000037228)	ENSONIG00000006420 ##22	ENSONIG00000006419 ##22	ENSONIG00000006424 ##22	ENSONIG00000031163	ENSONIG00000032145	ENSONIG00000030637	ENSONIG00000039706 ##22	ENSONIG00000035670	ENSONIG00000039339	ENSONIG00000040133	nags (ENSONIG00000006432)	ENSONIG00000006433	DLX3 (ENSONIG00000041536)	PSMD11 (ENSONIG00000006439)	rpain (ENSONIG00000006442)	CDK5R1 (ENSONIG00000006445)	nsfa (ENSONIG00000006446)	ENSONIG00000029578	thraa (ENSONIG00000006456)	DUSP3 (ENSONIG00000038734)	ENSONIG00000031940	prl (ENSONIG00000006467)
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b ##22
Pseudocrenilabrinae_A	DUPLICATION
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b.a ##22
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b.a ##22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b.a ##22
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b.a ##22
Eastern happy	MODERN SPECIES	22																ENSACLG00000016810 ##22	ENSACLG00000016795	ENSACLG00000016794	ENSACLG00000016746 ##22	ENSACLG00000016732	ENSACLG00000016723	ENSACLG00000016669	ENSACLG00000016658	ENSACLG00000016624	ENSACLG00000016605	ENSACLG00000016590	ENSACLG00000016561	ENSACLG00000016513	ENSACLG00000016475	ENSACLG00000016465	ENSACLG00000016458
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	1339																ENSHBUG00000017902 ##22
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b.b ##22
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b.b ##22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b.b ##22
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.m.b.b ##22
Eastern happy	MODERN SPECIES	22	ENSACLG00000016379	ENSACLG00000016425	ENSACLG00000016451	ENSACLG00000016458	ENSACLG00000016465	ENSACLG00000016475	ENSACLG00000016513	ENSACLG00000016561	ENSACLG00000016590	ENSACLG00000016605	ENSACLG00000016624	ENSACLG00000016658	ENSACLG00000016669	ENSACLG00000016723	ENSACLG00000016732	ENSACLG00000016746 ##22	ENSACLG00000016794	ENSACLG00000016795	ENSACLG00000016810 ##22
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	318															ENSMZEG00005025795	ENSMZEG00005025794 ##22
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	362	opcml (ENSNBRG00000004850)	PANX3 (ENSNBRG00000004820)	pknox2 (ENSNBRG00000004788)	tmem218 (ENSNBRG00000004777)	ENSNBRG00000004765	robo3 (ENSNBRG00000004713)	MSANTD2 (ENSNBRG00000004690)	esama (ENSNBRG00000004630)	fez1 (ENSNBRG00000004598)	ENSNBRG00000004576	IGSF9B (ENSNBRG00000004503)	ENSNBRG00000004490	ENSNBRG00000004477	ENSNBRG00000004427	ENSNBRG00000004406	ENSNBRG00000004384 ##22	ENSNBRG00000003992	ENSNBRG00000003921	ENSNBRG00000003904	ENSNBRG00000003886	ENSNBRG00000003809	ENSNBRG00000003770	ENSNBRG00000003734	ENSNBRG00000003717	ENSNBRG00000003681	ENSNBRG00000003656	ENSNBRG00000003648	ENSNBRG00000003637	ENSNBRG00000003620	ENSNBRG00000003604	ENSNBRG00000003584
Nile tilapia	MODERN SPECIES	15	ENSONIG00000006258	ENSONIG00000042146	ENSONIG00000027871	ENSONIG00000035142	ENSONIG00000041947	ENSONIG00000036338	ENSONIG00000030864	ENSONIG00000036091	NXPE3 (ENSONIG00000039534)	ENSONIG00000042727	ENSONIG00000040977	ENSONIG00000027764	ENSONIG00000039466	ENSONIG00000040315	ENSONIG00000041262	ENSONIG00000018182 ##22	ENSONIG00000034245	ENSONIG00000030623	ENSONIG00000031549	ENSONIG00000042985	ENSONIG00000038474	ENSONIG00000033791	ENSONIG00000032488	ENSONIG00000038315	ENSONIG00000035219	ENSONIG00000029602	ENSONIG00000008169	ENSONIG00000029389	ENSONIG00000032338	ENSONIG00000038355	ENSONIG00000039189
Midas cichlid	MODERN SPECIES	563	gja4 (ENSACIG00000003399)	dlgap3 (ENSACIG00000003520)	FUCA1 (ENSACIG00000003591)	ENSACIG00000003605	ENSACIG00000003610	zbtb8b (ENSACIG00000003626)	heyl (ENSACIG00000003688)	cdk5r1a (ENSACIG00000003725)	rpain (ENSACIG00000003733)	PSMD11 (ENSACIG00000003753)	DLX3 (ENSACIG00000003789)	ENSACIG00000003811	nags (ENSACIG00000003826)	ENSACIG00000003895	ENSACIG00000003909	ENSACIG00000003920 ##22	ENSACIG00000003955 ##22	ENSACIG00000003999
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00940000166711	ENSGT00390000003628.a.b	ENSGT01090000260162	ENSGT01100000263473.a.b.g.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000164286.j.b.a.a.a	ENSGT00940000177763	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000168246	ENSGT01070000254843.a	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.b.a.b.b	ENSGT00390000006679.b.m ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000165576.a.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000155223.a.a	ENSGT00390000004690.a.a	ENSGT00940000166711	ENSGT00390000003628.a.b	ENSGT01090000260162	ENSGT01100000263473.a.b.g.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000164286.j.b.a.a.a	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000168246	ENSGT01070000254843.a	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00940000163612	ENSGT00950000182818.A
Spiny chromis	DUPLICATION
Spiny chromis	MODERN SPECIES	534					ENSAPOG00000009902	ENSAPOG00000009875	mpp2a (ENSAPOG00000009858)	pyya (ENSAPOG00000009793)	ENSAPOG00000009783	ENSAPOG00000009774	ENSAPOG00000009728	nags (ENSAPOG00000009708)	ENSAPOG00000009696	DLX3 (ENSAPOG00000009603)	ENSAPOG00000009581	ENSAPOG00000009566 ##22	coa3b (ENSAPOG00000009561)	col1a1a (ENSAPOG00000009538)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	2828															ENSAPOG00000007812	ENSAPOG00000007787 ##22	ENSAPOG00000007762
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.b.a.b.b	ENSGT00390000006679.b.n ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00950000183145.B.a.b.c	ENSGT01030000234785.j	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i
Cichlidae	DUPLICATION
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.n.a ##22
Pseudocrenilabrinae	DUPLICATION
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00950000183145.B.a.b.c.e	ENSGT01030000234785.j.d	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00390000003628.a.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT01030000234785.j.c.a.a	ENSGT01030000234785.j.c.b	ENSGT00940000159997
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00940000179732	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT01060000249103	ENSGT00940000177241	ENSGT00940000174883.h	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT01030000234785.j.c.a.a	ENSGT01030000234785.j.c.b	ENSGT00940000159997	ENSGT01030000234785.i.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	584													ENSPNYG00000016420	ENSPNYG00000016392 ##22	coa3b (ENSPNYG00000016373)	ENSPNYG00000016351 ##22	col1a1a (ENSPNYG00000016239)	ENSPNYG00000016217	ENSPNYG00000016204	ENSPNYG00000016187	ENSPNYG00000016178	pex12 (ENSPNYG00000016168)	HDAC5 (ENSPNYG00000016109)	cyb561 (ENSPNYG00000016083)	TANC2 (ENSPNYG00000015905)	ENSPNYG00000015861	ENSPNYG00000015850	ENSPNYG00000015835	RARA (ENSPNYG00000015809)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00940000179732	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT01060000249103	ENSGT00940000177241	ENSGT00940000174883.h	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT01030000234785.j.c.a.a	ENSGT01030000234785.j.c.b	ENSGT01030000234785.i.a	ENSGT00950000183145.B.a.b.c.f
Eastern happy	MODERN SPECIES	16	cdk5r1a (ENSACLG00000007067)	rpain (ENSACLG00000007056)	PSMD11 (ENSACLG00000007023)	DLX3 (ENSACLG00000007018)	ENSACLG00000007015	nags (ENSACLG00000007000)	ENSACLG00000006986 ##22	ENSACLG00000006981	ENSACLG00000006968	ENSACLG00000006958	ENSACLG00000006948 ##22	ENSACLG00000006944	ENSACLG00000006873 ##22	coa3b (ENSACLG00000006868)	ENSACLG00000006866	ENSACLG00000006468 ##22	col1a1a (ENSACLG00000006444)	ENSACLG00000006438	ENSACLG00000006427	ENSACLG00000006419	ENSACLG00000006409	ENSACLG00000006407	pex12 (ENSACLG00000006405)	HDAC5 (ENSACLG00000005948)	cyb561 (ENSACLG00000005935)	TANC2 (ENSACLG00000005865)	ENSACLG00000005854	ENSACLG00000005830	ENSACLG00000005822	ENSACLG00000005817	ENSACLG00000005808
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1107	dusp3b (ENSMZEG00005018840)	thraa (ENSMZEG00005018835)	nsfa (ENSMZEG00005018814)	rpain (ENSMZEG00005018807)	PSMD11 (ENSMZEG00005018796)	cdk5r1a (ENSMZEG00005018790)	DLX3 (ENSMZEG00005018784)	ENSMZEG00005018781	nags (ENSMZEG00005018774)	ENSMZEG00005018769 ##22	ENSMZEG00005018765	ENSMZEG00005018763 ##22	ENSMZEG00005018760	ENSMZEG00005018746 ##22	coa3b (ENSMZEG00005018739)	ENSMZEG00005018733 ##22	ENSMZEG00005018731	col1a1a (ENSMZEG00005018722)	ENSMZEG00005018716	ENSMZEG00005018714	ENSMZEG00005018710	ENSMZEG00005018704	pex12 (ENSMZEG00005018702)	HDAC5 (ENSMZEG00005018688)	ENSMZEG00005018679	cyb561 (ENSMZEG00005018675)	TANC2 (ENSMZEG00005018650)	ENSMZEG00005018636
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	743														ENSHBUG00000020469	ENSHBUG00000020456	ENSHBUG00000020436 ##22	col1a1a (ENSHBUG00000020378)	ENSHBUG00000020305	ENSHBUG00000020281	ENSHBUG00000020260	pex12 (ENSHBUG00000020238)	HDAC5 (ENSHBUG00000020218)	cyb561 (ENSHBUG00000020180)	TANC2 (ENSHBUG00000000608)	ENSHBUG00000000601
Nile tilapia	MODERN SPECIES	16	ENSONIG00000006433	nags (ENSONIG00000006432)	ENSONIG00000040133	ENSONIG00000039339	ENSONIG00000035670	ENSONIG00000039706 ##22	ENSONIG00000030637	ENSONIG00000032145	ENSONIG00000031163	ENSONIG00000006424 ##22	ENSONIG00000006419 ##22	ENSONIG00000006420 ##22	coa3b (ENSONIG00000037228)	ENSONIG00000037286	ENSONIG00000038611	ENSONIG00000027159 ##22	ENSONIG00000036599	col1a1 (ENSONIG00000006366)	ENSONIG00000041627	ENSONIG00000034782	ENSONIG00000032268	ENSONIG00000035250	ENSONIG00000006364	pex12 (ENSONIG00000006361)	HDAC5 (ENSONIG00000006345)	cyb561 (ENSONIG00000006341)	TANC2 (ENSONIG00000006337)	ENSONIG00000034573	ENSONIG00000006334	ENSONIG00000006333	ENSONIG00000032352
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	128																ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00950000183145.B.a.b.c.e	ENSGT01030000234785.j.d	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT01030000234785.j.c.a.a	ENSGT01030000234785.j.c.b	ENSGT00940000159997
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22
P. nyererei	MODERN SPECIES	963																ENSPNYG00000010927 ##22
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00940000179732	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT01060000249103	ENSGT00940000177241	ENSGT00940000174883.h	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1107	ENSMZEG00005018859	si:dkey-16p21.8 (ENSMZEG00005018855)	prl (ENSMZEG00005018848)	prl (ENSMZEG00005018843)	dusp3b (ENSMZEG00005018840)	thraa (ENSMZEG00005018835)	nsfa (ENSMZEG00005018814)	rpain (ENSMZEG00005018807)	PSMD11 (ENSMZEG00005018796)	cdk5r1a (ENSMZEG00005018790)	DLX3 (ENSMZEG00005018784)	ENSMZEG00005018781	nags (ENSMZEG00005018774)	ENSMZEG00005018769 ##22	ENSMZEG00005018765	ENSMZEG00005018763 ##22	ENSMZEG00005018760	ENSMZEG00005018746 ##22	coa3b (ENSMZEG00005018739)	ENSMZEG00005018733 ##22	ENSMZEG00005018731	col1a1a (ENSMZEG00005018722)	ENSMZEG00005018716	ENSMZEG00005018714	ENSMZEG00005018710	ENSMZEG00005018704	pex12 (ENSMZEG00005018702)	HDAC5 (ENSMZEG00005018688)	ENSMZEG00005018679	cyb561 (ENSMZEG00005018675)	TANC2 (ENSMZEG00005018650)
Eastern happy	MODERN SPECIES	16	prl (ENSACLG00000007323)	ENSACLG00000007318	dusp3b (ENSACLG00000007299)	thraa (ENSACLG00000007247)	nsfa (ENSACLG00000007069)	cdk5r1a (ENSACLG00000007067)	rpain (ENSACLG00000007056)	PSMD11 (ENSACLG00000007023)	DLX3 (ENSACLG00000007018)	ENSACLG00000007015	nags (ENSACLG00000007000)	ENSACLG00000006986 ##22	ENSACLG00000006981	ENSACLG00000006968	ENSACLG00000006958	ENSACLG00000006948 ##22	ENSACLG00000006944	ENSACLG00000006873 ##22	coa3b (ENSACLG00000006868)	ENSACLG00000006866	ENSACLG00000006468 ##22	col1a1a (ENSACLG00000006444)	ENSACLG00000006438	ENSACLG00000006427	ENSACLG00000006419	ENSACLG00000006409	ENSACLG00000006407	pex12 (ENSACLG00000006405)	HDAC5 (ENSACLG00000005948)	cyb561 (ENSACLG00000005935)	TANC2 (ENSACLG00000005865)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	16	nsfa (ENSONIG00000006446)	CDK5R1 (ENSONIG00000006445)	rpain (ENSONIG00000006442)	PSMD11 (ENSONIG00000006439)	DLX3 (ENSONIG00000041536)	ENSONIG00000006433	nags (ENSONIG00000006432)	ENSONIG00000040133	ENSONIG00000039339	ENSONIG00000035670	ENSONIG00000039706 ##22	ENSONIG00000030637	ENSONIG00000032145	ENSONIG00000031163	ENSONIG00000006424 ##22	ENSONIG00000006419 ##22	ENSONIG00000006420 ##22	coa3b (ENSONIG00000037228)	ENSONIG00000037286	ENSONIG00000038611	ENSONIG00000027159 ##22	ENSONIG00000036599	col1a1 (ENSONIG00000006366)	ENSONIG00000041627	ENSONIG00000034782	ENSONIG00000032268	ENSONIG00000035250	ENSONIG00000006364	pex12 (ENSONIG00000006361)	HDAC5 (ENSONIG00000006345)	cyb561 (ENSONIG00000006341)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	162																ENSGT00390000006679.b.n.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154
Midas cichlid	MODERN SPECIES	563	dlgap3 (ENSACIG00000003520)	FUCA1 (ENSACIG00000003591)	ENSACIG00000003605	ENSACIG00000003610	zbtb8b (ENSACIG00000003626)	heyl (ENSACIG00000003688)	cdk5r1a (ENSACIG00000003725)	rpain (ENSACIG00000003733)	PSMD11 (ENSACIG00000003753)	DLX3 (ENSACIG00000003789)	ENSACIG00000003811	nags (ENSACIG00000003826)	ENSACIG00000003895	ENSACIG00000003909	ENSACIG00000003920 ##22	ENSACIG00000003955 ##22	ENSACIG00000003999
Pseudocrenilabrinae	DUPLICATION
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	128															ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00950000183145.B.a.b.c.e	ENSGT01030000234785.j.d	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT01030000234785.j.c.a.a	ENSGT01030000234785.j.c.b	ENSGT00940000159997
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00940000179732	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT01060000249103	ENSGT00940000177241	ENSGT00940000174883.h	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT01030000234785.j.c.a.a
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A.s	ENSGT00950000182818.A.t	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.m.a ##22	ENSGT00390000006679.b.n.a.b ##22	ENSGT00940000179732	ENSGT00390000006679.b.n.b.a ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154.c	ENSGT00390000006679.b.n.a.a ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT01060000249103	ENSGT00940000177241	ENSGT00940000174883.h	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT01030000234785.j.c.a.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1107	prl (ENSMZEG00005018848)	prl (ENSMZEG00005018843)	dusp3b (ENSMZEG00005018840)	thraa (ENSMZEG00005018835)	nsfa (ENSMZEG00005018814)	rpain (ENSMZEG00005018807)	PSMD11 (ENSMZEG00005018796)	cdk5r1a (ENSMZEG00005018790)	DLX3 (ENSMZEG00005018784)	ENSMZEG00005018781	nags (ENSMZEG00005018774)	ENSMZEG00005018769 ##22	ENSMZEG00005018765	ENSMZEG00005018763 ##22	ENSMZEG00005018760	ENSMZEG00005018746 ##22	coa3b (ENSMZEG00005018739)	ENSMZEG00005018733 ##22	ENSMZEG00005018731	col1a1a (ENSMZEG00005018722)	ENSMZEG00005018716	ENSMZEG00005018714	ENSMZEG00005018710	ENSMZEG00005018704	pex12 (ENSMZEG00005018702)	HDAC5 (ENSMZEG00005018688)	ENSMZEG00005018679	cyb561 (ENSMZEG00005018675)	TANC2 (ENSMZEG00005018650)	ENSMZEG00005018636
Eastern happy	MODERN SPECIES	16	dusp3b (ENSACLG00000007299)	thraa (ENSACLG00000007247)	nsfa (ENSACLG00000007069)	cdk5r1a (ENSACLG00000007067)	rpain (ENSACLG00000007056)	PSMD11 (ENSACLG00000007023)	DLX3 (ENSACLG00000007018)	ENSACLG00000007015	nags (ENSACLG00000007000)	ENSACLG00000006986 ##22	ENSACLG00000006981	ENSACLG00000006968	ENSACLG00000006958	ENSACLG00000006948 ##22	ENSACLG00000006944	ENSACLG00000006873 ##22	coa3b (ENSACLG00000006868)	ENSACLG00000006866	ENSACLG00000006468 ##22	col1a1a (ENSACLG00000006444)	ENSACLG00000006438	ENSACLG00000006427	ENSACLG00000006419	ENSACLG00000006409	ENSACLG00000006407	pex12 (ENSACLG00000006405)	HDAC5 (ENSACLG00000005948)	cyb561 (ENSACLG00000005935)	TANC2 (ENSACLG00000005865)	ENSACLG00000005854	ENSACLG00000005830
P. nyererei	MODERN SPECIES	584															ENSPNYG00000016420	ENSPNYG00000016392 ##22	coa3b (ENSPNYG00000016373)	ENSPNYG00000016351 ##22	col1a1a (ENSPNYG00000016239)	ENSPNYG00000016217	ENSPNYG00000016204	ENSPNYG00000016187	ENSPNYG00000016178	pex12 (ENSPNYG00000016168)	HDAC5 (ENSPNYG00000016109)	cyb561 (ENSPNYG00000016083)	TANC2 (ENSPNYG00000015905)	ENSPNYG00000015861	ENSPNYG00000015850	ENSPNYG00000015835	RARA (ENSPNYG00000015809)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	16	CDK5R1 (ENSONIG00000006445)	rpain (ENSONIG00000006442)	PSMD11 (ENSONIG00000006439)	DLX3 (ENSONIG00000041536)	ENSONIG00000006433	nags (ENSONIG00000006432)	ENSONIG00000040133	ENSONIG00000039339	ENSONIG00000035670	ENSONIG00000039706 ##22	ENSONIG00000030637	ENSONIG00000032145	ENSONIG00000031163	ENSONIG00000006424 ##22	ENSONIG00000006419 ##22	ENSONIG00000006420 ##22	coa3b (ENSONIG00000037228)	ENSONIG00000037286	ENSONIG00000038611	ENSONIG00000027159 ##22	ENSONIG00000036599	col1a1 (ENSONIG00000006366)	ENSONIG00000041627	ENSONIG00000034782	ENSONIG00000032268	ENSONIG00000035250	ENSONIG00000006364	pex12 (ENSONIG00000006361)	HDAC5 (ENSONIG00000006345)	cyb561 (ENSONIG00000006341)	TANC2 (ENSONIG00000006337)
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.n.b.b ##22
Nile tilapia	MODERN SPECIES	16	ENSONIG00000029578	nsfa (ENSONIG00000006446)	CDK5R1 (ENSONIG00000006445)	rpain (ENSONIG00000006442)	PSMD11 (ENSONIG00000006439)	DLX3 (ENSONIG00000041536)	ENSONIG00000006433	nags (ENSONIG00000006432)	ENSONIG00000040133	ENSONIG00000039339	ENSONIG00000035670	ENSONIG00000039706 ##22	ENSONIG00000030637	ENSONIG00000032145	ENSONIG00000031163	ENSONIG00000006424 ##22	ENSONIG00000006419 ##22	ENSONIG00000006420 ##22	coa3b (ENSONIG00000037228)	ENSONIG00000037286	ENSONIG00000038611	ENSONIG00000027159 ##22	ENSONIG00000036599	col1a1 (ENSONIG00000006366)	ENSONIG00000041627	ENSONIG00000034782	ENSONIG00000032268	ENSONIG00000035250	ENSONIG00000006364	pex12 (ENSONIG00000006361)	HDAC5 (ENSONIG00000006345)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00980000198607	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000163612	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.b.a.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00940000159997	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00390000003628.a.b
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182841.a	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.b.a.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00950000183145.B.a.b.c	ENSGT01030000234785	ENSGT00940000168246
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182841.a	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.b.a.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00950000183145.B.a.b.c	ENSGT01030000234785	ENSGT00940000168246
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	3465																ENSLBEG00000009594 ##22	coa3b (ENSLBEG00000009613)
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	632												PSMD11 (ENSLBEG00000019913)	DLX3 (ENSLBEG00000019886)	dlx4a (ENSLBEG00000019821)	nags (ENSLBEG00000019797)	ENSLBEG00000019780 ##22	coa3b (ENSLBEG00000019757)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000182841.a	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.b.a.b	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT00950000183145.B.a.b.c	ENSGT01030000234785	ENSGT00940000168246
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182841.a	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.b.a.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00940000157593	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT01030000234785	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182841.a	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164625.o.b.a.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00940000157593	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b	ENSGT00940000164286.j.b.a.a.a
Pike perch	DUPLICATION
Pike perch	MODERN SPECIES	91	ENSSLUG00000012971	rras (ENSSLUG00000012961)	prrg2 (ENSSLUG00000012955)	PRR12 (ENSSLUG00000012950)	tspan4b (ENSSLUG00000012941)	ENSSLUG00000012937	nosip (ENSSLUG00000012932)	rcn3 (ENSSLUG00000012922)	mettl22 (ENSSLUG00000024740)	abat (ENSSLUG00000024683)	rpain (ENSSLUG00000024671)	PSMD11 (ENSSLUG00000024664)	DLX3 (ENSSLUG00000024647)	ENSSLUG00000024641	nags (ENSSLUG00000024637)	B4GALNT2 (ENSSLUG00000024632) ##22	ENSSLUG00000024627 ##22	coa3b (ENSSLUG00000024621)	col1a1a (ENSSLUG00000024030)	ENSSLUG00000023956	ENSSLUG00000023953	ENSSLUG00000023951	pex12 (ENSSLUG00000023949)	HDAC5 (ENSSLUG00000023934)	cyb561 (ENSSLUG00000023925)	TANC2 (ENSSLUG00000023586)	ENSSLUG00000022751	ENSSLUG00000022479
Pike perch	MODERN SPECIES	91	rras (ENSSLUG00000012961)	prrg2 (ENSSLUG00000012955)	PRR12 (ENSSLUG00000012950)	tspan4b (ENSSLUG00000012941)	ENSSLUG00000012937	nosip (ENSSLUG00000012932)	rcn3 (ENSSLUG00000012922)	mettl22 (ENSSLUG00000024740)	abat (ENSSLUG00000024683)	rpain (ENSSLUG00000024671)	PSMD11 (ENSSLUG00000024664)	DLX3 (ENSSLUG00000024647)	ENSSLUG00000024641	nags (ENSSLUG00000024637)	B4GALNT2 (ENSSLUG00000024632) ##22	ENSSLUG00000024627 ##22	coa3b (ENSSLUG00000024621)	col1a1a (ENSSLUG00000024030)	ENSSLUG00000023956	ENSSLUG00000023953	ENSSLUG00000023951	pex12 (ENSSLUG00000023949)	HDAC5 (ENSSLUG00000023934)	cyb561 (ENSSLUG00000023925)	TANC2 (ENSSLUG00000023586)	ENSSLUG00000022751	ENSSLUG00000022479
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	21	ENSCGOG00000024023	alas2 (ENSCGOG00000024027)	ENSCGOG00000024035	znf362b (ENSCGOG00000024043)	ENSCGOG00000024048	emp3b (ENSCGOG00000024052)	zmynd12 (ENSCGOG00000024054)	rimkla (ENSCGOG00000024056)	foxj3 (ENSCGOG00000024059)	ENSCGOG00000024065	kazna (ENSCGOG00000000487)	tmem51a (ENSCGOG00000000540)	ela2l (ENSCGOG00000000543)	ela2 (ENSCGOG00000000581)	ENSCGOG00000000713	ENSCGOG00000000764 ##22	TPRG1L (ENSCGOG00000000768)	wrap73 (ENSCGOG00000000788)	tp73 (ENSCGOG00000000862)	rer1 (ENSCGOG00000000876)	ENSCGOG00000000888	ENSCGOG00000000916	ENSCGOG00000000931	ENSCGOG00000000953	her3 (ENSCGOG00000000966)	GPR153 (ENSCGOG00000000967)	acot7 (ENSCGOG00000000968)	HES2 (ENSCGOG00000000974)	HES2 (ENSCGOG00000000983)	ENSCGOG00000000984	ENSCGOG00000000985
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000000022.a	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00950000182803.A.a.a	ENSGT00940000158025.a.a.b.h	ENSGT00940000157022	ENSGT00530000064157.b	ENSGT00390000012078.a.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000013719	ENSGT00950000182917.a.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000177154	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000182995.e.a.b	ENSGT00940000165576.a.b	ENSGT01030000234785	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d
Stickleback	MODERN SPECIES	10	ENSGACG00000004854	AP2A1 (ENSGACG00000004857)	prmt1 (ENSGACG00000004897)	trpm4a (ENSGACG00000004950)	hao1 (ENSGACG00000004960)	smg1 (ENSGACG00000004970)	GADD45GIP1 (ENSGACG00000005000)	zgc:158403 (ENSGACG00000005008)	rpain (ENSGACG00000005060)	PSMD11 (ENSGACG00000005084)	DLX3 (ENSGACG00000005117)	dlx4a (ENSGACG00000005120)	ENSGACG00000005125	nags (ENSGACG00000005126)	ENSGACG00000005130	ENSGACG00000005131 ##22	ENSGACG00000005138	ENSGACG00000005139	col1a1a (ENSGACG00000005143)	ENSGACG00000005239	ENSGACG00000005245	pex12 (ENSGACG00000005249)	HDAC5 (ENSGACG00000005250)	cyb561 (ENSGACG00000005261)	ENSGACG00000005267	TANC2 (ENSGACG00000005270)	ENSGACG00000005287	rarab (ENSGACG00000005297)	ENSGACG00000005313	igf2bp1 (ENSGACG00000005318)	ENSGACG00000005330
Lumpfish	MODERN SPECIES	23	carhsp1 (ENSCLMG00005017357)	PPP1R9B (ENSCLMG00005017355)	prpsap2 (ENSCLMG00005016507)	ENSCLMG00005016504	traf7 (ENSCLMG00005013926)	gng13b (ENSCLMG00005013910)	rad23aa (ENSCLMG00005013909)	nfixb (ENSCLMG00005013907)	ENSCLMG00005013906	zgc:158403 (ENSCLMG00005013061)	rpain (ENSCLMG00005013053)	PSMD11 (ENSCLMG00005013049)	DLX3 (ENSCLMG00005013048)	ENSCLMG00005013047	nags (ENSCLMG00005013045)	ENSCLMG00005013041 ##22	coa3b (ENSCLMG00005013039)	ENSCLMG00005013038	col1a1a (ENSCLMG00005011583)	ENSCLMG00005011571	pex12 (ENSCLMG00005011570)	HDAC5 (ENSCLMG00005006315)	cyb561 (ENSCLMG00005006257)	TANC2 (ENSCLMG00005006254)	ENSCLMG00005006252	SLC18A2 (ENSCLMG00005006241)	RARA (ENSCLMG00005006219)	ENSCLMG00005006217	ENSCLMG00005006216	ENSCLMG00005006215	igf2bp1 (ENSCLMG00005006201)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000182841.a	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000163460.a.a.b	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000177241.e	ENSGT00940000174883	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00940000157593	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00950000182841.a	ENSGT00940000166981	ENSGT00940000160609.f	ENSGT00510000048192	ENSGT01060000248595.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000164511.C	ENSGT00950000182818.A	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00530000064085.d	ENSGT00390000008812.b.b.b	ENSGT00390000006416	ENSGT00530000063301.a.a.c.b	ENSGT00940000158951.f	ENSGT00940000165079.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000163460.a.a.b	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000174883	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000160534	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00940000157593	ENSGT00940000168246	ENSGT00940000160643.i	ENSGT00940000155348.B.c	ENSGT00940000163871.b
European seabass	DUPLICATION
European seabass	DUPLICATION
European seabass	MODERN SPECIES	120																ENSDLAG00005029549 ##22	ENSDLAG00005002304	ENSDLAG00005030554
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Cyprinoidei	DUPLICATION
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Goldfish	DUPLICATION
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Zebrafish	MODERN SPECIES	18	scn4ab (ENSDARG00000034588)	gh1 (ENSDARG00000038185)	ifnphi3 (ENSDARG00000070676)	rdm1 (ENSDARG00000038186)	ifnphi2 (ENSDARG00000069012)	ifnphi1 (ENSDARG00000025607)	ENSDARG00000061798 ##33	coa3b (ENSDARG00000097456)	ENSDARG00000088967	TANC2 (ENSDARG00000079097)	cyb561 (ENSDARG00000038176)	HDAC5 (ENSDARG00000075139)	lsm12a (ENSDARG00000028848)	ENSDARG00000088833	nags (ENSDARG00000077193)	ENSDARG00000070605 ##22	ENSDARG00000094579 ##22	gngt2a (ENSDARG00000010680)	col1a1a (ENSDARG00000012405)	PPP1R9B (ENSDARG00000079366)	RAPGEFL1 (ENSDARG00000079912)	casc3 (ENSDARG00000029911)	msl1a (ENSDARG00000074734)	ENSDARG00000055813	nr1d1 (ENSDARG00000033160)	ENSDARG00000101975	igf2bp1 (ENSDARG00000061478)	ube2z (ENSDARG00000029215)	atp5mc1 (ENSDARG00000056008)	eve1 (ENSDARG00000056012)	hoxb13a (ENSDARG00000056015)
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	207	ENSGT00390000006297.d	ENSGT00940000159701.c	ENSGT00940000160974.b.c.j	ENSGT00940000164955.b.a	ENSGT00940000157971.eb	ENSGT01000000214413.a.w.a	ENSGT00940000180728	ENSGT00950000182838.C.j	ENSGT00940000162662.y.e.a	ENSGT00940000160061	ENSGT00950000183194.a.a.d	ENSGT00950000183194.b.f	ENSGT00390000006791.ab.a.b	ENSGT00390000004237.j	ENSGT00390000011081.q.b	ENSGT00390000006679.b.w.b ##22	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000157810.g	ENSGT00940000158319.e	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a.a	ENSGT00950000182976.a.b.c.d
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1059											ENSSGRG00000015040	ENSSGRG00000015039	nansb (ENSSGRG00000015036)	CMAS (ENSSGRG00000015034)	nansb (ENSSGRG00000015031)	ENSSGRG00000015023 ##22	plxnb2b (ENSSGRG00000014771)	ENSSGRG00000014763	appl2 (ENSSGRG00000014494)	ENSSGRG00000014490
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Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	1768															nansb (ENSCARG00000041836)	ENSCARG00000041864 ##22
Goldfish	MODERN SPECIES	45	ENSCARG00000056722	thoc5 (ENSCARG00000065771)	chid1 (ENSCARG00000066217)	cd151 (ENSCARG00000066234)	cracr2b (ENSCARG00000066249)	tmem138 (ENSCARG00000066258)	tmem258 (ENSCARG00000066263)	MYRF (ENSCARG00000066280)	ENSCARG00000066393	deaf1 (ENSCARG00000066414)	ENSCARG00000066457	gnb5a (ENSCARG00000066749)	ENSCARG00000067060	ENSCARG00000067275	ENSCARG00000067331	ENSCARG00000067379 ##22	hdac10 (ENSCARG00000067491)	parvb (ENSCARG00000068004)	SHISAL1 (ENSCARG00000068041)	ENSCARG00000068046	ENSCARG00000068050	nansb (ENSCARG00000068060)	ENSCARG00000068070	ENSCARG00000068107	nansb (ENSCARG00000068116)	ENSCARG00000068130	ENSCARG00000068139	nansb (ENSCARG00000068152)	ENSCARG00000068170	ENSCARG00000068171 ##22	tmem138 (ENSCARG00000068196)
Goldfish	MODERN SPECIES	45	ENSCARG00000067331	ENSCARG00000067379 ##22	hdac10 (ENSCARG00000067491)	parvb (ENSCARG00000068004)	SHISAL1 (ENSCARG00000068041)	ENSCARG00000068046	ENSCARG00000068050	nansb (ENSCARG00000068060)	ENSCARG00000068070	ENSCARG00000068107	nansb (ENSCARG00000068116)	ENSCARG00000068130	ENSCARG00000068139	nansb (ENSCARG00000068152)	ENSCARG00000068170	ENSCARG00000068171 ##22	tmem138 (ENSCARG00000068196)	cracr2b (ENSCARG00000068206)	cd151 (ENSCARG00000068219)	thoc5 (ENSCARG00000068314)	morc2 (ENSCARG00000068926)	prnprs3 (ENSCARG00000068978)	ENSCARG00000068983	ENSCARG00000068992	hdhd5 (ENSCARG00000034313)	RAB19 (ENSCARG00000034326)	PRKAR2B (ENSCARG00000034412)	hbp1 (ENSCARG00000035289)	ENSCARG00000035299	metap2b (ENSCARG00000035309)	pthlhb (ENSCARG00000035844)
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Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.x ##22
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Goldfish	MODERN SPECIES	22	atxn7l3a (ENSCARG00000018502)	ubtf (ENSCARG00000018560)	slc4a1a (ENSCARG00000019139)	ENSCARG00000019181	NGFR (ENSCARG00000000128)	NXPH3 (ENSCARG00000000141)	spop (ENSCARG00000000195)	ndufa4a (ENSCARG00000000245)	slc35b1 (ENSCARG00000000376)	FAM117A (ENSCARG00000000466)	TANC2 (ENSCARG00000000490)	cyb561 (ENSCARG00000000547)	HDAC5 (ENSCARG00000000629)	lsm12a (ENSCARG00000000913)	ENSCARG00000000924	ENSCARG00000000931 ##22	ENSCARG00000000938	col1a1a (ENSCARG00000001155)	PPP1R9B (ENSCARG00000002312)	casc3 (ENSCARG00000002400)	nr1d1 (ENSCARG00000002466)	ENSCARG00000002477	igf2bp1 (ENSCARG00000002510)	ube2z (ENSCARG00000002616)	atp5mc1 (ENSCARG00000002630)	eve1 (ENSCARG00000002639)	hoxb13a (ENSCARG00000002645)	hoxb10a (ENSCARG00000002649)	hoxb9a (ENSCARG00000002658)	hoxb8a (ENSCARG00000002663)	hoxb7a (ENSCARG00000002667)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	195	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000167873.f	ENSGT00950000182818.D.t	ENSGT00390000018397.r	ENSGT01030000235499.D	ENSGT01030000235499.A	ENSGT00510000050089.b.c	ENSGT00950000182860.a.a.a.ub.a.f ##33	ENSGT00940000173491	ENSGT00940000159871.b.a.a.c.a	ENSGT00940000156447.a.b.e	ENSGT00950000183197.a.d	ENSGT00940000160534.l	ENSGT00390000006956.b.a.a	ENSGT00940000155311.A.a.f	ENSGT00390000006679.b.x ##22	ENSGT00940000158833.a.a.a	ENSGT00940000160144.d	ENSGT00390000006930.a	ENSGT00390000018292.d.b	ENSGT00940000160548.g	ENSGT00940000154957.A.g	ENSGT00940000159091.d	ENSGT00940000157981.a.b.b	ENSGT00940000167564.h	ENSGT00940000159029.j	ENSGT00940000163268.e.b.a	ENSGT00940000161386.g	ENSGT00940000161529.u.a.a.b	ENSGT00940000161529.u.a.b	ENSGT00940000161230.a
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	47	scn4ab (ENSSGRG00000047699)	ENSSGRG00000047815	gh1 (ENSSGRG00000047819)	rdm1 (ENSSGRG00000047880)	ENSSGRG00000047881	ifnphi1 (ENSSGRG00000047882)	ENSSGRG00000047883 ##33	coa3b (ENSSGRG00000047884)	ENSSGRG00000047885	ENSSGRG00000047887	TANC2 (ENSSGRG00000047888)	cyb561 (ENSSGRG00000047909)	HDAC5 (ENSSGRG00000047924)	lsm12a (ENSSGRG00000048103)	ENSSGRG00000048107	ENSSGRG00000048111 ##22	ENSSGRG00000048114 ##22	ENSSGRG00000048116	ENSSGRG00000048141	PPP1R9B (ENSSGRG00000049480)	RAPGEFL1 (ENSSGRG00000049485)	casc3 (ENSSGRG00000049486)	msl1a (ENSSGRG00000049487)	msl1a (ENSSGRG00000049488)	nr1d1 (ENSSGRG00000049489)	igf2bp1 (ENSSGRG00000049513)	ube2z (ENSSGRG00000049690)	atp5mc1 (ENSSGRG00000049691)	eve1 (ENSSGRG00000049695)	hoxb13a (ENSSGRG00000049696)	hoxb10a (ENSSGRG00000049697)
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158475	ENSGT00940000167161	ENSGT00940000163144.a.b	ENSGT00940000163144.a.a.b	ENSGT00940000163861.a	ENSGT00390000015826	ENSGT01050000244893.c.b.b.b	ENSGT00390000007786.a.b	ENSGT00940000156686	ENSGT00940000160720.b.b	ENSGT00390000006425	ENSGT00940000165478	ENSGT00390000017548.a	ENSGT00940000166319	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a.o	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000158475	ENSGT00940000167161	ENSGT00940000163144.a.b	ENSGT00940000163144.a.a.b	ENSGT00940000163861.a	ENSGT00390000015826	ENSGT01050000244893.c.b.b.b	ENSGT00390000007786.a.b	ENSGT00940000156686	ENSGT00940000160720.b.b	ENSGT00390000006425	ENSGT00940000165478	ENSGT00390000017548.a	ENSGT00940000166319	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a.o	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000158475	ENSGT00940000167161	ENSGT00940000163144.a.b	ENSGT00940000163144.a.a.b	ENSGT00940000163861.a	ENSGT00390000015826	ENSGT01050000244893.c.b.b.b	ENSGT00390000007786.a.b	ENSGT00940000156686	ENSGT00940000160720.b.b	ENSGT00390000006425	ENSGT00940000165478	ENSGT00390000017548.a	ENSGT00940000166319	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b ##22	ENSGT01100000263525.b.a.o	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	12	pvalb8 (ENSPNAG00000016789)	aimp2 (ENSPNAG00000006725)	cacng4b (ENSPNAG00000016632)	CACNG1 (ENSPNAG00000016609)	helz (ENSPNAG00000016575)	PITPNC1 (ENSPNAG00000016553)	ENSPNAG00000016510	DXO (ENSPNAG00000016499)	ENSPNAG00000016495	anks4b (ENSPNAG00000016461)	ENSPNAG00000016438	snu13a (ENSPNAG00000016342)	uqcrc2a (ENSPNAG00000016312)	ENSPNAG00000016209	nags (ENSPNAG00000016201)	ENSPNAG00000016172 ##22	gngt2a (ENSPNAG00000016164)	ENSPNAG00000016142	col1a1a (ENSPNAG00000003407)	PPP1R9B (ENSPNAG00000015952)	RAPGEFL1 (ENSPNAG00000015935)	casc3 (ENSPNAG00000015928)	msl1a (ENSPNAG00000015916)	nr1d1 (ENSPNAG00000015887)	ENSPNAG00000015829	igf2bp1 (ENSPNAG00000015781)	ube2z (ENSPNAG00000015749)	ATP5MC1 (ENSPNAG00000015689)	eve1 (ENSPNAG00000015546)	hoxb13a (ENSPNAG00000015539)	ENSPNAG00000015531
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	11	pvalb4 (ENSAMXG00000020717)	pvalb8 (ENSAMXG00000020719)	aimp2 (ENSAMXG00000038791)	cacng4b (ENSAMXG00000036843)	CACNG1 (ENSAMXG00000042760)	helz (ENSAMXG00000020742)	PITPNC1 (ENSAMXG00000032821)	DXO (ENSAMXG00000032987)	ENSAMXG00000015465	anks4b (ENSAMXG00000015536)	snu13a (ENSAMXG00000042994)	ENSAMXG00000032711	uqcrc2a (ENSAMXG00000015603)	ENSAMXG00000043913	nags (ENSAMXG00000031643)	ENSAMXG00000037462 ##22	gngt2a (ENSAMXG00000040925)	ENSAMXG00000041236	arf2a (ENSAMXG00000035742)	wnt9b (ENSAMXG00000034910)	gosr2 (ENSAMXG00000005255)	gpatch8 (ENSAMXG00000041683)	ENSAMXG00000005213	ENSAMXG00000005183	baxa (ENSAMXG00000037918)	rps11 (ENSAMXG00000042366)	ENSAMXG00000042989	ENSAMXG00000005135	ENSAMXG00000040890	ENSAMXG00000035582	TLR5 (ENSAMXG00000026012)
Electric eel	MODERN SPECIES	26	pvalb5 (ENSEEEG00000004600)	pvalb4 (ENSEEEG00000004595)	pvalb8 (ENSEEEG00000004593)	aimp2 (ENSEEEG00000004592)	cacng4b (ENSEEEG00000004591)	CACNG1 (ENSEEEG00000004590)	helz (ENSEEEG00000004054)	PITPNC1 (ENSEEEG00000004044)	DXO (ENSEEEG00000004043)	ENSEEEG00000004041	anks4b (ENSEEEG00000004040)	ENSEEEG00000004039	ENSEEEG00000004038	ENSEEEG00000004037	nags (ENSEEEG00000004036)	ENSEEEG00000004034 ##22	col1a1a (ENSEEEG00000004027)	PPP1R9B (ENSEEEG00000004018)	RAPGEFL1 (ENSEEEG00000004015)	casc3 (ENSEEEG00000004011)	msl1a (ENSEEEG00000004008)	nr1d1 (ENSEEEG00000004006)	ENSEEEG00000004005	igf2bp1 (ENSEEEG00000004002)	ube2z (ENSEEEG00000003995)	atp5mc1 (ENSEEEG00000003992)	ENSEEEG00000003989	eve1 (ENSEEEG00000003988)	hoxb13a (ENSEEEG00000003985)	hoxb10a (ENSEEEG00000003982)	hoxb9a (ENSEEEG00000003980)
Clupeiformes	DUPLICATION
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000167352	ENSGT00950000182818.D	ENSGT00390000018397	ENSGT00990000204364	ENSGT00940000171795	ENSGT01090000260652	ENSGT00940000179141	ENSGT00950000182860.a.a.a.ub.a ##33	ENSGT01100000265738	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000006956.b	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.y ##22	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	17	ENSDCDG00000002969	ENSDCDG00000002928	ENSDCDG00000031193	ENSDCDG00000031185	ENSDCDG00000031182	ENSDCDG00000031172 ##33	ENSDCDG00000031169	WNK4 (ENSDCDG00000031167)	ENSDCDG00000031163	TANC2 (ENSDCDG00000031114)	cyb561 (ENSDCDG00000031072)	HDAC5 (ENSDCDG00000030973)	lsm12a (ENSDCDG00000030955)	ENSDCDG00000030953	nags (ENSDCDG00000030950)	ENSDCDG00000030937 ##22	col1a1a (ENSDCDG00000024322)	PPP1R9B (ENSDCDG00000024017)	RAPGEFL1 (ENSDCDG00000023889)	casc3 (ENSDCDG00000023882)	msl1a (ENSDCDG00000023873)	nr1d1 (ENSDCDG00000023872)	igf2bp1 (ENSDCDG00000023869)	eve1 (ENSDCDG00000023867)	hoxb13a (ENSDCDG00000023866)	igf2bp1 (ENSDCDG00000023853)	ube2z (ENSDCDG00000023849)	atp5mc1 (ENSDCDG00000023750)	eve1 (ENSDCDG00000023747)	hoxb13a (ENSDCDG00000023744)	hoxb9a (ENSDCDG00000023741)
Denticle herring	MODERN SPECIES	38										TANC2 (ENSDCDG00000011853)	cyb561 (ENSDCDG00000011961)	HDAC5 (ENSDCDG00000012071)	lsm12a (ENSDCDG00000012863)	ENSDCDG00000012867	nags (ENSDCDG00000012872)	ENSDCDG00000012879 ##22
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000006679.b.z ##22
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	MODERN SPECIES	14	adra2c (ENSCHAG00000019939)	hmx1 (ENSCHAG00000019947)	hmx4 (ENSCHAG00000019952)	CPZ (ENSCHAG00000019962)	GPR78 (ENSCHAG00000020075)	htra3a (ENSCHAG00000020087)	pi4k2b (ENSCHAG00000020281)	HGSNAT (ENSCHAG00000020431)	ENSCHAG00000020516	bambib (ENSCHAG00000020548)	ENSCHAG00000020554	ENSCHAG00000020567	mkxb (ENSCHAG00000020809)	rab18b (ENSCHAG00000020817)	ENSCHAG00000020870	ENSCHAG00000020882 ##22	ENSCHAG00000021013	ENSCHAG00000021197	ENSCHAG00000021344	ENSCHAG00000021355	ENSCHAG00000021379	cdc34b (ENSCHAG00000021382)	C2CD4C (ENSCHAG00000021399)	gna11b (ENSCHAG00000021406)	chico (ENSCHAG00000021477)	tle2c (ENSCHAG00000021518)	ENSCHAG00000021523	ENSCHAG00000021557	VANGL2 (ENSCHAG00000021571)	NCSTN (ENSCHAG00000021666)	ENSCHAG00000022936
Atlantic herring	MODERN SPECIES	14	GPR55 (ENSCHAG00000020090)	lpar5a (ENSCHAG00000020083)	itm2cb (ENSCHAG00000020034)	HES6 (ENSCHAG00000020023)	per2 (ENSCHAG00000019894)	copb2 (ENSCHAG00000019313)	ENSCHAG00000019301	ARMC6 (ENSCHAG00000019291)	slc25a42 (ENSCHAG00000019242)	ENSCHAG00000019124	tm6sf2a (ENSCHAG00000019117)	tspan5b (ENSCHAG00000019024)	ENSCHAG00000018980	saraf (ENSCHAG00000018975)	slc24a2 (ENSCHAG00000018945)	ENSCHAG00000018888 ##22	glmna (ENSCHAG00000018726)	cdc7 (ENSCHAG00000018418)	atg9b (ENSCHAG00000018398)	tyw3 (ENSCHAG00000018394)	lhx8a (ENSCHAG00000018344)	ENSCHAG00000018332	ENSCHAG00000018058	ENSCHAG00000018042	ENSCHAG00000018022	ENSCHAG00000018013	ATR (ENSCHAG00000017869)	GNAL (ENSCHAG00000017386)	ttpa (ENSCHAG00000017270)	ENSCHAG00000017212	CHD7 (ENSCHAG00000014841)
Denticle herring	MODERN SPECIES	14	sirt6 (ENSDCDG00000023165)	ENSDCDG00000022621	HSD11B1L (ENSDCDG00000022481)	ENSDCDG00000022463	ENSDCDG00000022346	rnf126 (ENSDCDG00000022336)	SUGP1 (ENSDCDG00000022221)	stk11 (ENSDCDG00000022204)	CBARP (ENSDCDG00000022198)	ENSDCDG00000022196	cirbpa (ENSDCDG00000022193)	YJEFN3 (ENSDCDG00000022190)	NDUFA13 (ENSDCDG00000022188)	GATAD2A (ENSDCDG00000022185)	MAU2 (ENSDCDG00000022067)	ENSDCDG00000022049 ##22	ARMC6 (ENSDCDG00000022040)	ENSDCDG00000022030	ARMC6 (ENSDCDG00000022034)	slc25a42 (ENSDCDG00000022012)	ENSDCDG00000021977	tm6sf2a (ENSDCDG00000021974)	sbno2a (ENSDCDG00000021954)	ARHGAP45 (ENSDCDG00000021926)	polr2eb (ENSDCDG00000021709)	gpx4b (ENSDCDG00000021692)	PIP5K1C (ENSDCDG00000020330)	rab11bb (ENSDCDG00000020298)	TIMM44 (ENSDCDG00000020293)	CTXN1 (ENSDCDG00000020291)	ENSDCDG00000020289
Spotted gar	MODERN SPECIES	653	ENSLOCG00000013167	ifnphi1 (ENSLOCG00000013155)	plekhm1 (ENSLOCG00000013146)	ARHGAP27 (ENSLOCG00000013141) ##33	abi3a (ENSLOCG00000013134)	ENSLOCG00000013130	mpp2a (ENSLOCG00000013118)	pyya (ENSLOCG00000013111)	tut1 (ENSLOCG00000013105)	ENSLOCG00000013093	g6pc3 (ENSLOCG00000013084)	lsm12b (ENSLOCG00000013079)	ENSLOCG00000013074	nags (ENSLOCG00000013066)	TMEM101 (ENSLOCG00000013062)	ENSLOCG00000013059 ##22	gngt2a (ENSLOCG00000013057)	ENSLOCG00000013049	col1a1b (ENSLOCG00000013046)	ENSLOCG00000013033	ENSLOCG00000013020	thraa (ENSLOCG00000013012)	ENSLOCG00000013003	ormdl3 (ENSLOCG00000012999)	wnt3 (ENSLOCG00000012996)	nsfa (ENSLOCG00000012959)	psmd11b (ENSLOCG00000012951)	cdk5r1b (ENSLOCG00000017971)	MYO1D (ENSLOCG00000012936)	rarab (ENSLOCG00000012917)	GJD3 (ENSLOCG00000017520)
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Elephant shark	DUPLICATION
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Lamprey	DUPLICATION
Lamprey	DUPLICATION
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Hagfish	DUPLICATION
Hagfish	DUPLICATION
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