Fungi/Metazoa group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248 #22
Bilateria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248 #22
Chordata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248 #22
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248 #22
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	232											ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248 #22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28
Euteleostomi	DUPLICATION
Euteleostomi	DUPLICATION
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36
Theria	DUPLICATION
Theria	DUPLICATION
Theria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT01070000254546 #29	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Cat	DUPLICATION
Cat	MODERN SPECIES	249	RAB2A (ENSFCAG00000024352) #7	CA8 (ENSFCAG00000010244) #8	TOX (ENSFCAG00000005993) #9	NSMAF (ENSFCAG00000008007) #10	SDCBP (ENSFCAG00000026811) #11	CYP7A1 (ENSFCAG00000008003) #12	UBXN2B (ENSFCAG00000022163) #13	FAM110B (ENSFCAG00000042816) #14	BPNT2 (ENSFCAG00000040896) #15	ENSFCAG00000026194 #16	PENK (ENSFCAG00000046182) #17	SDR16C5 (ENSFCAG00000014982) #18	CHCHD7 (ENSFCAG00000032943) #19	PLAG1 (ENSFCAG00000014980) #20	MOS (ENSFCAG00000003663) #21	RPS20 (ENSFCAG00000029233) #22	LYN (ENSFCAG00000023614) #23	TGS1 (ENSFCAG00000011478) #24	TMEM68 (ENSFCAG00000011477) #25	XKR4 (ENSFCAG00000008909) #26	RP1 (ENSFCAG00000028934) #27	SOX17 (ENSFCAG00000045851) #28	ENSFCAG00000039931 #29	MRPL15 (ENSFCAG00000033969) #30	LYPLA1 (ENSFCAG00000023494) #31	TCEA1 (ENSFCAG00000014436) #32	ENSFCAG00000014408 #33	ATP6V1H (ENSFCAG00000014405) #34	OPRK1 (ENSFCAG00000013774) #35	NPBWR1 (ENSFCAG00000040203) #36	RB1CC1 (ENSFCAG00000010353) #37
Cat	MODERN SPECIES	239	CLIC4 (ENSFCAG00000044507)	RUNX3 (ENSFCAG00000036616)	ENSFCAG00000043095	ENSFCAG00000010324	RSRP1 (ENSFCAG00000029142)	TMEM50A (ENSFCAG00000012788)	ENSFCAG00000012789	MACO1 (ENSFCAG00000012790)	LDLRAP1 (ENSFCAG00000036460)	MAN1C1 (ENSFCAG00000012792)	SELENON (ENSFCAG00000012793)	MTFR1L (ENSFCAG00000012794)	PAQR7 (ENSFCAG00000026046)	ENSFCAG00000040721	PAFAH2 (ENSFCAG00000012798)	ENSFCAG00000037910 ##22	EXTL1 (ENSFCAG00000012799)	SLC30A2 (ENSFCAG00000045714)	TRIM63 (ENSFCAG00000012801)	PDIK1L (ENSFCAG00000025403)	FAM110D (ENSFCAG00000024467) ##14	C1orf232 (ENSFCAG00000040939)	ZNF593 (ENSFCAG00000023239)	ZNF593OS (ENSFCAG00000032124)	CNKSR1 (ENSFCAG00000012803)	CATSPER4 (ENSFCAG00000012804)	CEP85 (ENSFCAG00000012805)	SH3BGRL3 (ENSFCAG00000012806)	UBXN11 (ENSFCAG00000012807) ##13	ENSFCAG00000049194	CD52 (ENSFCAG00000023721)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT01070000254546 #29	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT01070000254546 #29	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
leopard	DUPLICATION
leopard	MODERN SPECIES	37	RUNX3 (ENSPPRG00000001924)	ENSPPRG00000001651	ENSPPRG00000001638	RSRP1 (ENSPPRG00000001204)	TMEM50A (ENSPPRG00000000857)	ENSPPRG00000000586	MACO1 (ENSPPRG00000000258)	LDLRAP1 (ENSPPRG00000000074)	MAN1C1 (ENSPPRG00000022702)	SELENON (ENSPPRG00000022102)	MTFR1L (ENSPPRG00000019260)	AUNIP (ENSPPRG00000017004)	PAQR7 (ENSPPRG00000021047)	STMN1 (ENSPPRG00000016135)	PAFAH2 (ENSPPRG00000014671)	ENSPPRG00000021008 #22
leopard	MODERN SPECIES	84	RAB2A (ENSPPRG00000012945) #7	CA8 (ENSPPRG00000012015) #8	TOX (ENSPPRG00000009925) #9	NSMAF (ENSPPRG00000009327) #10	SDCBP (ENSPPRG00000006324) #11	CYP7A1 (ENSPPRG00000005172) #12	UBXN2B (ENSPPRG00000004977) #13	ENSPPRG00000014954 #14	ENSPPRG00000014945 #14	BPNT2 (ENSPPRG00000004394) #15	PENK (ENSPPRG00000004334) #17	SDR16C5 (ENSPPRG00000003488) #18	CHCHD7 (ENSPPRG00000002603) #19	PLAG1 (ENSPPRG00000002026) #20	MOS (ENSPPRG00000014813) #21	RPS20 (ENSPPRG00000001787) #22	LYN (ENSPPRG00000001330) #23	TGS1 (ENSPPRG00000000677) #24	TMEM68 (ENSPPRG00000000512) #25	XKR4 (ENSPPRG00000023126) #26
lion	DUPLICATION
lion	MODERN SPECIES	8	RUNX3 (ENSPLOG00000013543)	ENSPLOG00000013477	ENSPLOG00000013438	RSRP1 (ENSPLOG00000013415)	TMEM50A (ENSPLOG00000013372)	ENSPLOG00000013211	MACO1 (ENSPLOG00000013097)	LDLRAP1 (ENSPLOG00000013029)	MAN1C1 (ENSPLOG00000012845)	SELENON (ENSPLOG00000012695)	AUNIP (ENSPLOG00000012594)	MTFR1L (ENSPLOG00000012537)	PAQR7 (ENSPLOG00000012514)	STMN1 (ENSPLOG00000012470)	PAFAH2 (ENSPLOG00000012425)	ENSPLOG00000012401 #22	EXTL1 (ENSPLOG00000012288)	SLC30A2 (ENSPLOG00000012129)	TRIM63 (ENSPLOG00000012034)	PDIK1L (ENSPLOG00000011991)	FAM110D (ENSPLOG00000011975) ##14	ENSPLOG00000011913	ZNF593 (ENSPLOG00000011868)	ZNF593OS (ENSPLOG00000011833)	CNKSR1 (ENSPLOG00000011375)	CATSPER4 (ENSPLOG00000011265)	CEP85 (ENSPLOG00000011133)	SH3BGRL3 (ENSPLOG00000011054)	UBXN11 (ENSPLOG00000010922) ##13	CD52 (ENSPLOG00000010883)	CRYBG2 (ENSPLOG00000010761)
lion	MODERN SPECIES	509	CHD7 (ENSPLOG00000008970)	RAB2A (ENSPLOG00000000020) #7	CA8 (ENSPLOG00000000055) #8	TOX (ENSPLOG00000000065) #9	NSMAF (ENSPLOG00000000085) #10	SDCBP (ENSPLOG00000000123) #11	CYP7A1 (ENSPLOG00000000142) #12	UBXN2B (ENSPLOG00000000158) #13	FAM110B (ENSPLOG00000000166) #14	BPNT2 (ENSPLOG00000000177) #15	PENK (ENSPLOG00000000187) #17	SDR16C5 (ENSPLOG00000000199) #18	CHCHD7 (ENSPLOG00000000226) #19	PLAG1 (ENSPLOG00000000246) #20	MOS (ENSPLOG00000000254) #21	ENSPLOG00000000280 #22	LYN (ENSPLOG00000000327) #23	TGS1 (ENSPLOG00000000349) #24	TMEM68 (ENSPLOG00000000394) #25	XKR4 (ENSPLOG00000000434) #26	ENSPLOG00000000462 #27	SOX17 (ENSPLOG00000000493) #28	ENSPLOG00000000502 #29	MRPL15 (ENSPLOG00000000514) #30	LYPLA1 (ENSPLOG00000000564) #31	TCEA1 (ENSPLOG00000000655) #32	ENSPLOG00000000706	ATP6V1H (ENSPLOG00000000736) #34	OPRK1 (ENSPLOG00000000775) #35	NPBWR1 (ENSPLOG00000000787) #36	RB1CC1 (ENSPLOG00000000813) #37
Tiger	DUPLICATION
Tiger	MODERN SPECIES	187	RCAN3 (ENSPTIG00000012025)	NCMAP (ENSPTIG00000011435)	ENSPTIG00000008778	CLIC4 (ENSPTIG00000008083)	ENSPTIG00000007036	ENSPTIG00000005711	TMEM50A (ENSPTIG00000004884)	ENSPTIG00000015194	MACO1 (ENSPTIG00000011078)	LDLRAP1 (ENSPTIG00000010439)	MAN1C1 (ENSPTIG00000005865)	SELENON (ENSPTIG00000022104)	MTFR1L (ENSPTIG00000021874)	AUNIP (ENSPTIG00000021670)	STMN1 (ENSPTIG00000020918)	ENSPTIG00000001971 #22	PAFAH2 (ENSPTIG00000020048)
Tiger	MODERN SPECIES	389												SDR16C5 (ENSPTIG00000010766) #18	CHCHD7 (ENSPTIG00000008683) #19	PLAG1 (ENSPTIG00000007814) #20	MOS (ENSPTIG00000005253) #21	ENSPTIG00000006613 #22	LYN (ENSPTIG00000005632) #23	TGS1 (ENSPTIG00000005122) #24	TMEM68 (ENSPTIG00000021279) #25	XKR4 (ENSPTIG00000020793) #26
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT01090000260046.d	ENSGT00390000015871 #37
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	134	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.`b.b.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
American mink	MODERN SPECIES	315											PENK (ENSNVIG00000014124) #17	RDHE2 (ENSNVIG00000014101) #18	CHCHD7 (ENSNVIG00000014049) #19	PLAG1 (ENSNVIG00000014028) #20	MOS (ENSNVIG00000014021) #21	RPS20 (ENSNVIG00000013993) #22	LYN (ENSNVIG00000013973) #23	TGS1 (ENSNVIG00000013962) #24	TMM68 (ENSNVIG00000013922) #25	XKR4 (ENSNVIG00000013907) #26
Ferret	MODERN SPECIES	300		TOX (ENSMPUG00000010314) #9	NSMAF (ENSMPUG00000010320) #10	ENSMPUG00000010339 #11	CYP7A1 (ENSMPUG00000010398) #12	UBXN2B (ENSMPUG00000010405) #13	FAM110B (ENSMPUG00000018365) #14	ENSMPUG00000010416	BPNT2 (ENSMPUG00000010419) #15	PENK (ENSMPUG00000010426) #17	SDR16C5 (ENSMPUG00000010435) #18	ENSMPUG00000018366	CHCHD7 (ENSMPUG00000010442) #19	PLAG1 (ENSMPUG00000010446) #20	MOS (ENSMPUG00000018367) #21	RPS20 (ENSMPUG00000010452) #22	LYN (ENSMPUG00000010464) #23	TGS1 (ENSMPUG00000010475) #24	TMEM68 (ENSMPUG00000010480) #25	ENSMPUG00000010486 #26	ENSMPUG00000010493 #26	RP1 (ENSMPUG00000010497) #27	SOX17 (ENSMPUG00000010506) #28	ENSMPUG00000010510	ENSMPUG00000010523 ##16	ENSMPUG00000018368	ENSMPUG00000010533 #30	LYPLA1 (ENSMPUG00000010559) #31	ENSMPUG00000010596	TCEA1 (ENSMPUG00000010602) #32	RGS20 (ENSMPUG00000010644) #33
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000171038	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	110	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT01030000240256	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000171038.c	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000159905
Polar bear	MODERN SPECIES	296	ENSUMAG00000009852	NSMAF (ENSUMAG00000009846) #10	SDCBP (ENSUMAG00000009840) #11	ENSUMAG00000009836	CYP7A1 (ENSUMAG00000009825) #12	UBXN2B (ENSUMAG00000009820) #13	FAM110B (ENSUMAG00000009815) #14	ENSUMAG00000009802	ENSUMAG00000009795 #15	PENK (ENSUMAG00000009792) #17	SDR16C5 (ENSUMAG00000009791) #18	ENSUMAG00000009789	ENSUMAG00000009788 #19	PLAG1 (ENSUMAG00000009787) #20	MOS (ENSUMAG00000009785) #21	RPS20 (ENSUMAG00000009783) #22	ENSUMAG00000009782	LYN (ENSUMAG00000009778) #23	TGS1 (ENSUMAG00000009761) #24	TMEM68 (ENSUMAG00000009752) #25	ENSUMAG00000009732 #27	ENSUMAG00000009720	MRPL15 (ENSUMAG00000009710) #30	LYPLA1 (ENSUMAG00000009670) #31	TCEA1 (ENSUMAG00000009581) #32	RGS20 (ENSUMAG00000009575) #33	ATP6V1H (ENSUMAG00000009570) #34	OPRK1 (ENSUMAG00000009564) #35	NPBWR1 (ENSUMAG00000009560) #36	RB1CC1 (ENSUMAG00000009553) #37	ENSUMAG00000009546
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	19	RAB2A (ENSAMEG00000005810) #7	CA8 (ENSAMEG00000005842) #8	TOX (ENSAMEG00000005857) #9	NSMAF (ENSAMEG00000006217) #10	SDCBP (ENSAMEG00000006161) #11	ENSAMEG00000024357	CYP7A1 (ENSAMEG00000006149) #12	UBXN2B (ENSAMEG00000006131) #13	FAM110B (ENSAMEG00000019450) #14	BPNT2 (ENSAMEG00000006121) #15	PENK (ENSAMEG00000006117) #17	SDR16C5 (ENSAMEG00000006100) #18	CHCHD7 (ENSAMEG00000006095) #19	PLAG1 (ENSAMEG00000006089) #20	MOS (ENSAMEG00000019444) #21	RPS20 (ENSAMEG00000006087) #22	LYN (ENSAMEG00000001737) #23	TGS1 (ENSAMEG00000001781) #24	ENSAMEG00000001796 #25	ENSAMEG00000001804 #26	ENSAMEG00000026283	PML (ENSAMEG00000009174)	ENSAMEG00000029549	ENSAMEG00000009170	ISLR (ENSAMEG00000019950)	STRA6 (ENSAMEG00000009123)	CCDC33 (ENSAMEG00000009093)	CYP11A1 (ENSAMEG00000009069)	SEMA7A (ENSAMEG00000009057)	ARID3B (ENSAMEG00000009014)	CLK3 (ENSAMEG00000008977)
Giant Panda	MODERN SPECIES	994																ENSAMEG00000028292 #22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.u.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000003748	ENSGT00940000155907.b	ENSGT00940000153424.a.a.d	ENSGT00940000169428	ENSGT00940000153424.a.a.c.b	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00940000155889	ENSGT00390000001280.a	ENSGT00940000158007	ENSGT00940000155628	ENSGT00510000048252	ENSGT00390000005300	ENSGT00390000008748.b	ENSGT00940000157725	ENSGT00940000158086	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00530000063561	ENSGT00530000063760.a	ENSGT00940000154170.B	ENSGT00390000007857	ENSGT00390000017828	ENSGT00390000010409	ENSGT00940000160167.q	ENSGT00940000161629	ENSGT00390000008092.b	ENSGT00390000017392	ENSGT00390000017625	ENSGT00390000008152.B.b	ENSGT00950000183129.a	ENSGT00940000156969	ENSGT00940000159637
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	205	USP3 (ENSCAFG00020009426)	FBXL22 (ENSCAFG00020009419)	ENSCAFG00020009410	ENSCAFG00020009407	DAPK2 (ENSCAFG00020009392)	CIAO2A (ENSCAFG00020009343)	SNX1 (ENSCAFG00020009326)	SNX22 (ENSCAFG00020009320)	PPIB (ENSCAFG00020009317)	CSNK1G1 (ENSCAFG00020009012)	ENSCAFG00020008966	TRIP4 (ENSCAFG00020008960)	ZNF609 (ENSCAFG00020008938)	OAZ2 (ENSCAFG00020008922)	RBPMS2 (ENSCAFG00020008908)	ENSCAFG00020008906 #22	PIF1 (ENSCAFG00020008886)	PLEKHO2 (ENSCAFG00020008874)	ANKDD1A (ENSCAFG00020008860)	SPG21 (ENSCAFG00020008856)	MTFMT (ENSCAFG00020008826)	SLC51B (ENSCAFG00020008823)	ENSCAFG00020008821	KBTBD13 (ENSCAFG00020008818)	UBAP1L (ENSCAFG00020008809)	PDCD7 (ENSCAFG00020008800)	CLPX (ENSCAFG00020008792)	CILP (ENSCAFG00020008785)	ENSCAFG00020008780	PARP16 (ENSCAFG00020008773)	IGDCC3 (ENSCAFG00020008743)
Dingo	MODERN SPECIES	7	ENSCAFG00020018076	DIAPH3 (ENSCAFG00020018085)	ENSCAFG00020018106	ENSCAFG00020018107	PCDH17 (ENSCAFG00020018109)	ENSCAFG00020018112	ENSCAFG00020018121	OLFM4 (ENSCAFG00020018137)	PCDH8 (ENSCAFG00020018138)	CNMD (ENSCAFG00020018141)	SUGT1 (ENSCAFG00020018144)	ELF1 (ENSCAFG00020018152)	WBP4 (ENSCAFG00020018156)	KBTBD6 (ENSCAFG00020018170)	KBTBD7 (ENSCAFG00020018174)	ENSCAFG00020018176 #22	MTRF1 (ENSCAFG00020018178)	ENSCAFG00020018183	ENSCAFG00020018184	RGCC (ENSCAFG00020018187)	VWA8 (ENSCAFG00020018227)	ENSCAFG00020018598	DGKH (ENSCAFG00020018605)	AKAP11 (ENSCAFG00020018682)	TNFSF11 (ENSCAFG00020018702)	FAM216B (ENSCAFG00020018715)	ENSCAFG00020018717	DNAJC15 (ENSCAFG00020018719)	ENOX1 (ENSCAFG00020018723)	CCDC122 (ENSCAFG00020018762)	LACC1 (ENSCAFG00020018765)
Dog	DUPLICATION
Dog	MODERN SPECIES	23	CA12 (ENSCAFG00845020844)	USP3 (ENSCAFG00845021124)	FBXL22 (ENSCAFG00845021485)	HERC1 (ENSCAFG00845021555)	DAPK2 (ENSCAFG00845021918)	CIAO2A (ENSCAFG00845022079)	SNX1 (ENSCAFG00845022186)	ENSCAFG00845022581	PPIB (ENSCAFG00845022646)	CSNK1G1 (ENSCAFG00845022773)	PCLAF (ENSCAFG00845023122)	TRIP4 (ENSCAFG00845023208)	ZNF609 (ENSCAFG00845023283)	OAZ2 (ENSCAFG00845023459)	RBPMS2 (ENSCAFG00845023573)	ENSCAFG00845023679 #22	PIF1 (ENSCAFG00845023739)	PLEKHO2 (ENSCAFG00845023843)	ANKDD1A (ENSCAFG00845023984)	SPG21 (ENSCAFG00845024150)	MTFMT (ENSCAFG00845024367)	SLC51B (ENSCAFG00845024623)	KBTBD13 (ENSCAFG00845024657)	PDCD7 (ENSCAFG00845024725)	UBAP1L (ENSCAFG00845024876)	CLPX (ENSCAFG00845024932)	CILP (ENSCAFG00845025013)	AVPI1 (ENSCAFG00845025073)	PARP16 (ENSCAFG00845025116)	IGDCC3 (ENSCAFG00845025254)	IGDCC4 (ENSCAFG00845025408)
Dog	MODERN SPECIES	14	ENSCAFG00845020382	TDRD3 (ENSCAFG00845020184)	ENSCAFG00845019341	ENSCAFG00845019184	PCDH17 (ENSCAFG00845019099)	ENSCAFG00845019030	ENSCAFG00845013231	ENSCAFG00845013167	OLFM4 (ENSCAFG00845013112)	ENSCAFG00845013086	ENSCAFG00845013032	ENSCAFG00845013012	ELF1 (ENSCAFG00845012922)	WBP4 (ENSCAFG00845012821)	KBTBD6 (ENSCAFG00845012777)	ENSCAFG00845012746 #22	MTRF1 (ENSCAFG00845012616)	NAA16 (ENSCAFG00845012159)	RGCC (ENSCAFG00845012012)	VWA8 (ENSCAFG00845011611)	ENSCAFG00845011514	DGKH (ENSCAFG00845010984)	AKAP11 (ENSCAFG00845010732)	TNFSF11 (ENSCAFG00845010618)	FAM216B (ENSCAFG00845010557)	ENSCAFG00845010306	DNAJC15 (ENSCAFG00845010203)	ENOX1 (ENSCAFG00845010105)	CCDC122 (ENSCAFG00845010070)	LACC1 (ENSCAFG00845010010)	SMIM2 (ENSCAFG00845009884)
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES		FBXL22 (ENSVVUG00000012296)	HERC1 (ENSVVUG00000012408)	DAPK2 (ENSVVUG00000013611)	CIAO2A (ENSVVUG00000013643)	ENSVVUG00000013649	SNX1 (ENSVVUG00000013655)	SNX22 (ENSVVUG00000013682)	PPIB (ENSVVUG00000013694)	CSNK1G1 (ENSVVUG00000013708)	ENSVVUG00000013767	PCLAF (ENSVVUG00000013774)	TRIP4 (ENSVVUG00000013776)	ZNF609 (ENSVVUG00000013796)	ENSVVUG00000013799	RBPMS2 (ENSVVUG00000013801)	ENSVVUG00000013805 #22	PLEKHO2 (ENSVVUG00000013810)	ANKDD1A (ENSVVUG00000013820)	SPG21 (ENSVVUG00000013822)	MTFMT (ENSVVUG00000013827)	SLC51B (ENSVVUG00000013831)	RASL12 (ENSVVUG00000013838)	ENSVVUG00000013847	PDCD7 (ENSVVUG00000013851)	CLPX (ENSVVUG00000013882)	CILP (ENSVVUG00000014204)	PARP16 (ENSVVUG00000014214)	IGDCC3 (ENSVVUG00000014224)	IGDCC4 (ENSVVUG00000014242)	DPP8 (ENSVVUG00000014284)	HACD3 (ENSVVUG00000014290)
Red fox	MODERN SPECIES	61	HSPB2 (ENSVVUG00000015899)	C11orf52 (ENSVVUG00000015902)	DIXDC1 (ENSVVUG00000015914)	DLAT (ENSVVUG00000015934)	ENSVVUG00000015941	ENSVVUG00000015945	ENSVVUG00000015949	SDHD (ENSVVUG00000015950)	IL18 (ENSVVUG00000015952)	TEX12 (ENSVVUG00000015963)	BCO2 (ENSVVUG00000015967)	PTS (ENSVVUG00000015979)	ENSVVUG00000015984	ENSVVUG00000015988	ENSVVUG00000016018	ENSVVUG00000016025 #22	NCAM1 (ENSVVUG00000016037)	ENSVVUG00000016052	TTC12 (ENSVVUG00000016067)	ANKK1 (ENSVVUG00000016115)	DRD2 (ENSVVUG00000016119)	ZW10 (ENSVVUG00000016132)	CLDN25 (ENSVVUG00000016173)	USP28 (ENSVVUG00000016186)	HTR3B (ENSVVUG00000016234)	HTR3A (ENSVVUG00000016249)	ZBTB16 (ENSVVUG00000016272)	ENSVVUG00000016275	NNMT (ENSVVUG00000016281)
Red fox	MODERN SPECIES	3	ENSVVUG00000018049	CA8 (ENSVVUG00000018041) #8	TOX (ENSVVUG00000018003) #9	NSMAF (ENSVVUG00000017979) #10	SDCBP (ENSVVUG00000017912) #11	ENSVVUG00000017905	CYP7A1 (ENSVVUG00000017882) #12	UBXN2B (ENSVVUG00000017875) #13	ENSVVUG00000017870	BPNT2 (ENSVVUG00000017862) #15	PENK (ENSVVUG00000017856) #17	SDR16C5 (ENSVVUG00000017852) #18	CHCHD7 (ENSVVUG00000017849) #19	PLAG1 (ENSVVUG00000017846) #20	MOS (ENSVVUG00000017842) #21	RPS20 (ENSVVUG00000017835) #22	LYN (ENSVVUG00000017823) #23	TGS1 (ENSVVUG00000017821) #24	TMEM68 (ENSVVUG00000017816) #25	ENSVVUG00000017810	XKR4 (ENSVVUG00000017809) #26	ENSVVUG00000017799	RP1 (ENSVVUG00000017796) #27	ENSVVUG00000017795 #28	MRPL15 (ENSVVUG00000017791) #30	TCEA1 (ENSVVUG00000017781) #32	ENSVVUG00000017778 #33	ATP6V1H (ENSVVUG00000017772) #34	ENSVVUG00000017766	ENSVVUG00000017765	OPRK1 (ENSVVUG00000017764) #35
Red fox	MODERN SPECIES	53															ANKH (ENSVVUG00000030256)	ENSVVUG00000030264 #22	ZNF622 (ENSVVUG00000030273)	MYO10 (ENSVVUG00000030278)	ENSVVUG00000030279	CDH18 (ENSVVUG00000030291)	ENSVVUG00000030292	CDH12 (ENSVVUG00000030295)	ENSVVUG00000030304	CDH10 (ENSVVUG00000030310)	ENSVVUG00000030312	CDH9 (ENSVVUG00000000062)	ENSVVUG00000000102	CDH6 (ENSVVUG00000000446)
Red fox	MODERN SPECIES	78	PCDH17 (ENSVVUG00000028814)	ENSVVUG00000028813	ENSVVUG00000028807	ENSVVUG00000028805	ENSVVUG00000028804	ENSVVUG00000028792	ENSVVUG00000028790	OLFM4 (ENSVVUG00000028777)	PCDH8 (ENSVVUG00000028776)	CNMD (ENSVVUG00000028772)	SUGT1 (ENSVVUG00000028767)	ELF1 (ENSVVUG00000028763)	WBP4 (ENSVVUG00000028761)	KBTBD6 (ENSVVUG00000028760)	ENSVVUG00000028758	ENSVVUG00000028757 #22	MTRF1 (ENSVVUG00000028755)	NAA16 (ENSVVUG00000028743)	ENSVVUG00000028742	VWA8 (ENSVVUG00000028708)	DGKH (ENSVVUG00000028597)	AKAP11 (ENSVVUG00000028556)	TNFSF11 (ENSVVUG00000028544)	FAM216B (ENSVVUG00000028542)	ENSVVUG00000028538	ENSVVUG00000028527	ENSVVUG00000028523	ENOX1 (ENSVVUG00000028503)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00990000212811	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159905
Megabat	MODERN SPECIES	3311																RPS20 (ENSPVAG00000016402) #22	LYN (ENSPVAG00000016401) #23	TGS1 (ENSPVAG00000016399) #24	TMEM68 (ENSPVAG00000016397) #25	XKR4 (ENSPVAG00000016396) #26
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159905
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	5	ENSRFEG00010007288	TOX (ENSRFEG00010007308) #9	NSMAF (ENSRFEG00010007360) #10	SDCBP (ENSRFEG00010007422) #11	CYP7A1 (ENSRFEG00010007643) #12	UBXN2B (ENSRFEG00010007689) #13	ENSRFEG00010007735	FAM110B (ENSRFEG00010007745) #14	BPNT2 (ENSRFEG00010007765) #15	PENK (ENSRFEG00010007792) #17	ENSRFEG00010007826	SDR16C5 (ENSRFEG00010007843) #18	CHCHD7 (ENSRFEG00010007883) #19	PLAG1 (ENSRFEG00010008003) #20	MOS (ENSRFEG00010008043) #21	RPS20 (ENSRFEG00010008066) #22	LYN (ENSRFEG00010008285) #23	TGS1 (ENSRFEG00010008465) #24	TMEM68 (ENSRFEG00010008543) #25	ENSRFEG00010008656	XKR4 (ENSRFEG00010008664) #26	ENSRFEG00010008703	ENSRFEG00010008837	RP1 (ENSRFEG00010008854) #27	SOX17 (ENSRFEG00010008892) #28	ENSRFEG00010008939 #30	TCEA1 (ENSRFEG00010009037) #32	RGS20 (ENSRFEG00010009394) #33	ENSRFEG00010009490	ATP6V1H (ENSRFEG00010009527) #34	OPRK1 (ENSRFEG00010009620) #35
Microbat	MODERN SPECIES	954	RAB2A (ENSMLUG00000002855) #7	CA8 (ENSMLUG00000009024) #8	ENSMLUG00000001254	TOX (ENSMLUG00000001247) #9	NSMAF (ENSMLUG00000004814) #10	ENSMLUG00000004807 #11	CYP7A1 (ENSMLUG00000004797) #12	UBXN2B (ENSMLUG00000022243) #13	FAM110B (ENSMLUG00000011997) #14	BPNT2 (ENSMLUG00000030180) #15	PENK (ENSMLUG00000002095) #17	SDR16C5 (ENSMLUG00000002087) #18	CHCHD7 (ENSMLUG00000002085) #19	PLAG1 (ENSMLUG00000022542) #20	MOS (ENSMLUG00000014866) #21	RPS20 (ENSMLUG00000029059) #22	LYN (ENSMLUG00000014860) #23	TGS1 (ENSMLUG00000014857) #24	TMEM68 (ENSMLUG00000014855) #25	XKR4 (ENSMLUG00000010742) #26	RP1 (ENSMLUG00000010162) #27	SOX17 (ENSMLUG00000010149) #28	MRPL15 (ENSMLUG00000001482) #30	ENSMLUG00000008208 #31	TCEA1 (ENSMLUG00000001005) #32	ENSMLUG00000001001 #33	ATP6V1H (ENSMLUG00000000993) #34	ENSMLUG00000023216	OPRK1 (ENSMLUG00000015401) #35	TBC1D31 (ENSMLUG00000015809)	DERL1 (ENSMLUG00000009085)
Equus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00990000212811	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Donkey	MODERN SPECIES	3	ENSEASG00005016264	TOX (ENSEASG00005016265) #9	NSMAF (ENSEASG00005016270) #10	SDCBP (ENSEASG00005016275) #11	CYP7A1 (ENSEASG00005016330) #12	UBXN2B (ENSEASG00005016334) #13	FAM110B (ENSEASG00005024095) #14	ENSEASG00005030180	BPNT2 (ENSEASG00005016346) #15	PENK (ENSEASG00005030368) #17	ENSEASG00005016354	SDR16C5 (ENSEASG00005016356) #18	CHCHD7 (ENSEASG00005016359) #19	PLAG1 (ENSEASG00005016361) #20	MOS (ENSEASG00005036688) #21	RPS20 (ENSEASG00005016365) #22	LYN (ENSEASG00005016369) #23	TGS1 (ENSEASG00005016371) #24	TMEM68 (ENSEASG00005016372) #25	XKR4 (ENSEASG00005035480) #26	RP1 (ENSEASG00005016381) #27	SOX17 (ENSEASG00005028498) #28	ENSEASG00005025388	ENSEASG00005035435	ENSEASG00005027512	ENSEASG00005035589 #30	ENSEASG00005029551	LYPLA1 (ENSEASG00005020322) #31	TCEA1 (ENSEASG00005020313) #32	RGS20 (ENSEASG00005020310) #33	ATP6V1H (ENSEASG00005020298) #34
Horse	MODERN SPECIES	30	TOX (ENSECAG00000022430) #9	NSMAF (ENSECAG00000000565) #10	SDCBP (ENSECAG00000015053) #11	CYP7A1 (ENSECAG00000012946) #12	UBXN2B (ENSECAG00000017075) #13	FAM110B (ENSECAG00000004777) #14	ENSECAG00000028112	BPNT2 (ENSECAG00000020044) #15	ENSECAG00000056448	PENK (ENSECAG00000024110) #17	ENSECAG00000006420	SDR16C5 (ENSECAG00000008479) #18	CHCHD7 (ENSECAG00000010468) #19	PLAG1 (ENSECAG00000010773) #20	MOS (ENSECAG00000012087) #21	RPS20 (ENSECAG00000012463) #22	LYN (ENSECAG00000012862) #23	TGS1 (ENSECAG00000019399) #24	TMEM68 (ENSECAG00000000568) #25	XKR4 (ENSECAG00000006978) #26	RP1 (ENSECAG00000007686) #27	ENSECAG00000043138	ENSECAG00000051067	MRPL15 (ENSECAG00000012110) #30	LYPLA1 (ENSECAG00000016530) #31	ENSECAG00000052889	TCEA1 (ENSECAG00000013436) #32	ENSECAG00000050151	RGS20 (ENSECAG00000018510) #33	ENSECAG00000044966	ATP6V1H (ENSECAG00000024159) #34
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	21	RAB2A (ENSCDRG00005020500) #7	CA8 (ENSCDRG00005020483) #8	TOX (ENSCDRG00005020469) #9	NSMAF (ENSCDRG00005020419) #10	SDCBP (ENSCDRG00005020366) #11	CYP7A1 (ENSCDRG00005020352) #12	UBXN2B (ENSCDRG00005020346) #13	FAM110B (ENSCDRG00005020341) #14	ENSCDRG00005020337 #15	PENK (ENSCDRG00005020332) #17	ENSCDRG00005020328	SDR16C5 (ENSCDRG00005020318) #18	CHCHD7 (ENSCDRG00005020260) #19	PLAG1 (ENSCDRG00005020252) #20	MOS (ENSCDRG00005020244) #21	RPS20 (ENSCDRG00005020230) #22	LYN (ENSCDRG00005020208) #23	TGS1 (ENSCDRG00005020178) #24	TMEM68 (ENSCDRG00005020157) #25	ENSCDRG00005020056 #27	SOX17 (ENSCDRG00005020040) #28	MRPL15 (ENSCDRG00005020012) #30	LYPLA1 (ENSCDRG00005019997) #31	TCEA1 (ENSCDRG00005019946) #32	ENSCDRG00005019928 #33	ATP6V1H (ENSCDRG00005019870) #34	OPRK1 (ENSCDRG00005019845) #35	NPBWR1 (ENSCDRG00005019836) #36	ALKAL1 (ENSCDRG00005019754)	ST18 (ENSCDRG00005019658)	PCMTD1 (ENSCDRG00005019634)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Pecora	DUPLICATION
Pecora	DUPLICATION
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.a #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.a #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.a #22
Bovinae	DUPLICATION
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.a.a #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.p.b.b.b	ENSGT00940000157417	ENSGT00940000158243	ENSGT00940000161472	ENSGT00390000017666	ENSGT00940000161067	ENSGT00940000162712	ENSGT00940000161933.e	ENSGT00940000161933.f	ENSGT00520000055955	ENSGT00830000128402	ENSGT00940000157547	ENSGT00390000018436.a.a	ENSGT00950000182808.a.a.b.a	ENSGT00940000158275	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.a.a #22	ENSGT00940000157120	ENSGT00740000115643	ENSGT00950000183017.a	ENSGT00390000010094.a	ENSGT00390000003316.d.g.a.a	ENSGT00940000158846	ENSGT00390000014318	ENSGT00950000182900.A.b	ENSGT00940000155548	ENSGT00940000155076.a	ENSGT00940000160169	ENSGT00920000149143	ENSGT00940000161505	ENSGT00940000158191	ENSGT00950000183192.a.a
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155944	ENSGT00940000157417	ENSGT00940000158243	ENSGT00940000161472	ENSGT00390000017666	ENSGT00940000161067	ENSGT00940000162712	ENSGT00940000161933.e	ENSGT00940000161933.f	ENSGT00520000055955	ENSGT00830000128402	ENSGT00940000157547	ENSGT00390000018436.a.a	ENSGT00950000182808.a.a.b.a	ENSGT00940000158275	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.a.a #22	ENSGT00940000157120	ENSGT00740000115643	ENSGT00950000183017.a	ENSGT00390000010094.a	ENSGT00390000003316.d.g.a.a.b	ENSGT00940000158846	ENSGT00390000014318	ENSGT00950000182900.A.b	ENSGT00940000155548	ENSGT00940000155076.a	ENSGT00940000160169	ENSGT00920000149143	ENSGT00940000161505	ENSGT00940000158191	ENSGT00950000183192.a.a
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	1	SIPA1L1 (ENSBIXG00005028352)	PCNX1 (ENSBIXG00005002329)	MAP3K9 (ENSBIXG00005005038)	TTC9 (ENSBIXG00005028903)	ENSBIXG00005028916	MED6 (ENSBIXG00005005085)	ADAM21 (ENSBIXG00005028972)	ENSBIXG00005028980	ENSBIXG00005002066	COX16 (ENSBIXG00005005118)	SYNJ2BP (ENSBIXG00005029040)	SLC8A3 (ENSBIXG00005029096)	SMOC1 (ENSBIXG00005001873)	SLC10A1 (ENSBIXG00005005187)	SRSF5 (ENSBIXG00005001782)	ENSBIXG00005001752 #22	SUSD6 (ENSBIXG00005001703)	CCDC177 (ENSBIXG00005001674)	PLEKHD1 (ENSBIXG00005001643)	SLC39A9 (ENSBIXG00005029879)	ENSBIXG00005029870	GALNT16 (ENSBIXG00005029858)	EXD2 (ENSBIXG00005029803)	DCAF5 (ENSBIXG00005029780)	ACTN1 (ENSBIXG00005029682)	ZFP36L1 (ENSBIXG00005029639)	ENSBIXG00005029630	RAD51B (ENSBIXG00005029614)	ZFYVE26 (ENSBIXG00005029551)	RDH12 (ENSBIXG00005029526)	RDH11 (ENSBIXG00005029495)
Cow	MODERN SPECIES	1	PCNX1 (ENSBTAG00000012565)	MAP3K9 (ENSBTAG00000005700)	TTC9 (ENSBTAG00000045604)	ENSBTAG00000052827	ADAM20 (ENSBTAG00000038377)	MED6 (ENSBTAG00000006786)	ADAM21 (ENSBTAG00000003715)	ENSBTAG00000037932	ENSBTAG00000054288	COX16 (ENSBTAG00000030595)	SYNJ2BP (ENSBTAG00000007586)	SLC8A3 (ENSBTAG00000027080)	SMOC1 (ENSBTAG00000030599)	SLC10A1 (ENSBTAG00000001881)	SRSF5 (ENSBTAG00000011596)	ENSBTAG00000050645 #22	SUSD6 (ENSBTAG00000003857)	CCDC177 (ENSBTAG00000047101)	PLEKHD1 (ENSBTAG00000008576)	SLC39A9 (ENSBTAG00000017811)	ERH (ENSBTAG00000017798)	GALNT16 (ENSBTAG00000009998)	EXD2 (ENSBTAG00000010052)	DCAF5 (ENSBTAG00000048519)	ACTN1 (ENSBTAG00000018255)	ZFP36L1 (ENSBTAG00000025434)	RAD51B (ENSBTAG00000018971)	ZFYVE26 (ENSBTAG00000014334)	RDH12 (ENSBTAG00000012838)	RDH11 (ENSBTAG00000001950)	VTI1B (ENSBTAG00000001948)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.p.b.b.b	ENSGT00940000157417	ENSGT00940000158243	ENSGT00940000161472	ENSGT00390000017666	ENSGT00940000161067	ENSGT00940000162712	ENSGT00940000161933.e	ENSGT00940000161933.f	ENSGT00520000055955	ENSGT00830000128402	ENSGT00940000157547	ENSGT00390000018436.a.a	ENSGT00950000182808.a.a.b.a	ENSGT00940000158275	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.a.a #22	ENSGT00940000157120	ENSGT00740000115643	ENSGT00950000183017.a	ENSGT00390000010094.a	ENSGT00390000003316.d.g.a.a	ENSGT00940000158846	ENSGT00390000014318	ENSGT00950000182900.A.b	ENSGT00940000155548	ENSGT00940000155076.a	ENSGT00940000160169	ENSGT00920000149143	ENSGT00940000161505	ENSGT00940000158191	ENSGT00950000183192.a.a
Domestic yak	MODERN SPECIES	2	SIPA1L1 (ENSBGRG00000010469)	ENSBGRG00000010436	PCNX1 (ENSBGRG00000009684)	MAP3K9 (ENSBGRG00000009390)	TTC9 (ENSBGRG00000009323)	MED6 (ENSBGRG00000008994)	ADAM21 (ENSBGRG00000008955)	ENSBGRG00000008921	ENSBGRG00000008867	COX16 (ENSBGRG00000008784)	SYNJ2BP (ENSBGRG00000008751)	SLC8A3 (ENSBGRG00000008321)	SMOC1 (ENSBGRG00000007997)	SLC10A1 (ENSBGRG00000007947)	SRSF5 (ENSBGRG00000007863)	ENSBGRG00000007840 #22	SUSD6 (ENSBGRG00000007738)	CCDC177 (ENSBGRG00000007718)	PLEKHD1 (ENSBGRG00000007631)	SLC39A9 (ENSBGRG00000007464)	ENSBGRG00000007387	GALNT16 (ENSBGRG00000007271)	EXD2 (ENSBGRG00000007112)	DCAF5 (ENSBGRG00000007044)	ACTN1 (ENSBGRG00000006595)	ZFP36L1 (ENSBGRG00000006544)	RAD51B (ENSBGRG00000006291)	ZFYVE26 (ENSBGRG00000006154)	RDH12 (ENSBGRG00000006048)	RDH11 (ENSBGRG00000005960)	VTI1B (ENSBGRG00000005918)
American bison	MODERN SPECIES	3156	TTC9 (ENSBBBG00000024964)	ENSBBBG00000024958	MED6 (ENSBBBG00000007826)	ENSBBBG00000024889	ADAM20 (ENSBBBG00000024877)	ADAM21 (ENSBBBG00000024843)	ENSBBBG00000006817	ENSBBBG00000008045	COX16 (ENSBBBG00000006522)	SYNJ2BP (ENSBBBG00000024709)	SLC8A3 (ENSBBBG00000024696)	SMOC1 (ENSBBBG00000006424)	SLC10A1 (ENSBBBG00000009026)	SRSF5 (ENSBBBG00000024564)	SUSD6 (ENSBBBG00000008034)	ENSBBBG00000024477 #22	PLEKHD1 (ENSBBBG00000024457)	SLC39A9 (ENSBBBG00000009006)	ENSBBBG00000024305	GALNT16 (ENSBBBG00000024287)	EXD2 (ENSBBBG00000024244)	DCAF5 (ENSBBBG00000024180)	ACTN1 (ENSBBBG00000008979)	RAD51B (ENSBBBG00000006221)	ZFYVE26 (ENSBBBG00000008688)	RDH12 (ENSBBBG00000006192)	RDH11 (ENSBBBG00000023755)	VTI1B (ENSBBBG00000006185)	ARG2 (ENSBBBG00000023706)	ENSBBBG00000023690	PIGH (ENSBBBG00000023681)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.a.b #22
American bison	MODERN SPECIES	3059												ENSBBBG00000017478	OTOL1 (ENSBBBG00000017470)	ENSBBBG00000017464	SPTSSB (ENSBBBG00000017462)	ENSBBBG00000017451 #22	NMD3 (ENSBBBG00000017439)	PPM1L (ENSBBBG00000017357)	ARL14 (ENSBBBG00000004289)	KPNA4 (ENSBBBG00000007462)	TRIM59 (ENSBBBG00000004283)	SMC4 (ENSBBBG00000017274)	IFT80 (ENSBBBG00000017101)	C3orf80 (ENSBBBG00000004213)	IL12A (ENSBBBG00000017024)	SCHIP1 (ENSBBBG00000017002)	IQCJ (ENSBBBG00000006892)	ENSBBBG00000016927	MFSD1 (ENSBBBG00000016915)	RARRES1 (ENSBBBG00000007038)	GFM1 (ENSBBBG00000016884)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	181	CA8 (ENSMMSG00000017738) #8	ENSMMSG00000017777	TOX (ENSMMSG00000017819) #9	NSMAF (ENSMMSG00000017867) #10	ENSMMSG00000018010 #11	CYP7A1 (ENSMMSG00000018193) #12	UBXN2B (ENSMMSG00000018228) #13	FAM110B (ENSMMSG00000018255) #14	BPNT2 (ENSMMSG00000018264) #15	PENK (ENSMMSG00000018295) #17	ENSMMSG00000018326	SDR16C5 (ENSMMSG00000018350) #18	CHCHD7 (ENSMMSG00000018418) #19	PLAG1 (ENSMMSG00000018496) #20	MOS (ENSMMSG00000018521) #21	ENSMMSG00000018541 #22	LYN (ENSMMSG00000018689) #23	TGS1 (ENSMMSG00000018818) #24	TMEM68 (ENSMMSG00000018879) #25	XKR4 (ENSMMSG00000018988) #26	ENSMMSG00000019022 #27	SOX17 (ENSMMSG00000019055) #28	ENSMMSG00000019067 #30	LYPLA1 (ENSMMSG00000019125) #31	TCEA1 (ENSMMSG00000019249) #32	RGS20 (ENSMMSG00000019413) #33	ATP6V1H (ENSMMSG00000019499) #34	OPRK1 (ENSMMSG00000019585) #35	ENSMMSG00000019617	NPBWR1 (ENSMMSG00000019656) #36	RB1CC1 (ENSMMSG00000019672) #37
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.b #22
Yarkand deer	MODERN SPECIES		B3GNT6 (ENSCHYG00000005731)	CAPN5 (ENSCHYG00000005742)	MYO7A (ENSCHYG00000005782)	ENSCHYG00000005884	ENSCHYG00000006051	ANO3 (ENSCHYG00000006109)	MUC15 (ENSCHYG00000006418)	SLC5A12 (ENSCHYG00000006464)	ENSCHYG00000006539	FIBIN (ENSCHYG00000006554)	BBOX1 (ENSCHYG00000006577)	CCDC34 (ENSCHYG00000006637)	LGR4 (ENSCHYG00000006707)	LIN7C (ENSCHYG00000006875)	BDNF (ENSCHYG00000006918)	ENSCHYG00000006950 #22	KIF18A (ENSCHYG00000006968)	METTL15 (ENSCHYG00000007039)	ENSCHYG00000007105	ENSCHYG00000007126	KCNA4 (ENSCHYG00000007143)	ENSCHYG00000007152	ENSCHYG00000007179	ENSCHYG00000007199	ARL14EP (ENSCHYG00000007219)	MPPED2 (ENSCHYG00000007271)	DCDC1 (ENSCHYG00000007355)	DNAJC24 (ENSCHYG00000007483)	IMMP1L (ENSCHYG00000007517)	ELP4 (ENSCHYG00000007588)	PAX6 (ENSCHYG00000007997)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.b #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.b #22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.b #22
Goat	MODERN SPECIES	5	CA8 (ENSCHIG00000019407) #8	TOX (ENSCHIG00000024631) #9	NSMAF (ENSCHIG00000015908) #10	SDCBP (ENSCHIG00000017671) #11	CYP7A1 (ENSCHIG00000012643) #12	UBXN2B (ENSCHIG00000016275) #13	FAM110B (ENSCHIG00000025189) #14	BPNT2 (ENSCHIG00000012443) #15	ENSCHIG00000013126	PENK (ENSCHIG00000023682) #17	ENSCHIG00000024910	SDR16C5 (ENSCHIG00000020829) #18	CHCHD7 (ENSCHIG00000013735) #19	PLAG1 (ENSCHIG00000000623) #20	MOS (ENSCHIG00000011697) #21	RPS20 (ENSCHIG00000017184) #22	LYN (ENSCHIG00000022450) #23	TGS1 (ENSCHIG00000013976) #24	TMEM68 (ENSCHIG00000023378) #25	XKR4 (ENSCHIG00000012863) #26	RP1 (ENSCHIG00000024939) #27	SOX17 (ENSCHIG00000020928) #28	ENSCHIG00000000811 #30	ENSCHIG00000009109 #31	ENSCHIG00000022556 #32	RGS20 (ENSCHIG00000006425) #33	ATP6V1H (ENSCHIG00000016415) #34	OPRK1 (ENSCHIG00000023230) #35	NPBWR1 (ENSCHIG00000010898) #36	RB1CC1 (ENSCHIG00000017614) #37	ENSCHIG00000027047
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.b #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.b #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.t.b #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	5	ENSBIXG00005022654	UBXN2B (ENSBIXG00005022720) #13	ENSBIXG00005022753	ENSBIXG00005022760	FAM110B (ENSBIXG00005003896) #14	ENSBIXG00005022797	BPNT2 (ENSBIXG00005003904) #15	ENSBIXG00005022851	PENK (ENSBIXG00005022883) #17	ENSBIXG00005022898	SDR16C5 (ENSBIXG00005003919) #18	ENSBIXG00005023000	ENSBIXG00005023097	PLAG1 (ENSBIXG00005023155) #20	MOS (ENSBIXG00005007074) #21	ENSBIXG00005003964 #22	LYN (ENSBIXG00005023239) #23	TGS1 (ENSBIXG00005023257) #24	TMEM68 (ENSBIXG00005023366) #25	XKR4 (ENSBIXG00005023413) #26	RP1 (ENSBIXG00005023448) #27	SOX17 (ENSBIXG00005023546) #28	ENSBIXG00005023590 #30	ENSBIXG00005004065 #31	TCEA1 (ENSBIXG00005023901) #32	RGS20 (ENSBIXG00005004106) #33	ENSBIXG00005023996	ENSBIXG00005004122 #34	ENSBIXG00005024120	OPRK1 (ENSBIXG00005024194) #35	NPBWR1 (ENSBIXG00005024209) #36
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	279		NSUN3 (ENSMMSG00000004538)	ARL13B (ENSMMSG00000004620)	STX19 (ENSMMSG00000004737)	PROS1 (ENSMMSG00000004821)	EPHA3 (ENSMMSG00000005101)	ENSMMSG00000005161	CSNKA2IP (ENSMMSG00000005187)	C3orf38 (ENSMMSG00000005242)	ZNF654 (ENSMMSG00000005277)	CGGBP1 (ENSMMSG00000005329)	POU1F1 (ENSMMSG00000005357)	CHMP2B (ENSMMSG00000005505)	VGLL3 (ENSMMSG00000005580)	CADM2 (ENSMMSG00000005641)	ENSMMSG00000005800 #22	ENSMMSG00000005849	ENSMMSG00000005872
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.o.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.u #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.a #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Yarkand deer	MODERN SPECIES	13	CA8 (ENSCHYG00000025104) #8	TOX (ENSCHYG00000025044) #9	NSMAF (ENSCHYG00000024822) #10	SDCBP (ENSCHYG00000024674) #11	CYP7A1 (ENSCHYG00000024626) #12	UBXN2B (ENSCHYG00000024580) #13	FAM110B (ENSCHYG00000024557) #14	ENSCHYG00000024542	ENSCHYG00000024535	BPNT2 (ENSCHYG00000024500) #15	PENK (ENSCHYG00000024468) #17	ENSCHYG00000024371	CHCHD7 (ENSCHYG00000024223) #19	PLAG1 (ENSCHYG00000024189) #20	MOS (ENSCHYG00000024173) #21	RPS20 (ENSCHYG00000024102) #22	LYN (ENSCHYG00000023984) #23	TGS1 (ENSCHYG00000023932) #24	TMEM68 (ENSCHYG00000023790) #25	XKR4 (ENSCHYG00000023732) #26	ENSCHYG00000023702 #27	SOX17 (ENSCHYG00000023663) #28	MRPL15 (ENSCHYG00000023624) #30	LYPLA1 (ENSCHYG00000023356) #31	ENSCHYG00000022967 #32	RGS20 (ENSCHYG00000022852) #33	ATP6V1H (ENSCHYG00000022766) #34	OPRK1 (ENSCHYG00000022698) #35	NPBWR1 (ENSCHYG00000022686) #36	RB1CC1 (ENSCHYG00000022542) #37	ALKAL1 (ENSCHYG00000022488)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.o.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.u #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.a #30	ENSGT00940000154185.f #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	49	ENSMMSG00000000065	ENSMMSG00000000077	ENSMMSG00000000087	PGBD2 (ENSMMSG00000000103)	ZNF692 (ENSMMSG00000000125)	ENSMMSG00000000154	SH3BP5L (ENSMMSG00000000169)	ENSMMSG00000000198	ENSMMSG00000000214	ENSMMSG00000000224	ENSMMSG00000000240	ENSMMSG00000000251	OR2T11 (ENSMMSG00000000272)	ENSMMSG00000000309	ENSMMSG00000000319	ENSMMSG00000000326 #22	OR2G6 (ENSMMSG00000000350)	ENSMMSG00000000357	OR2T27 (ENSMMSG00000000365)	OR2T1 (ENSMMSG00000000377)	OR2T6 (ENSMMSG00000000386)	ENSMMSG00000000394	ENSMMSG00000000400	ENSMMSG00000000425	ENSMMSG00000000438	ENSMMSG00000000448	ENSMMSG00000000461	ENSMMSG00000000475	ENSMMSG00000000487	ENSMMSG00000000497	ENSMMSG00000000509
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.o.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.u #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.a #30	ENSGT00940000154185.f #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.o.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.u #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.a #30	ENSGT00940000154185.f #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	25	CHD7 (ENSOARG00020025706)	RAB2A (ENSOARG00020025690) #7	CA8 (ENSOARG00020025684) #8	TOX (ENSOARG00020025664) #9	SDCBP (ENSOARG00020025628) #11	CYP7A1 (ENSOARG00020025602) #12	UBXN2B (ENSOARG00020025589) #13	FAM110B (ENSOARG00020025582) #14	BPNT2 (ENSOARG00020025578) #15	PENK (ENSOARG00020025573) #17	ENSOARG00020025564	SDR16C5 (ENSOARG00020025547) #18	CHCHD7 (ENSOARG00020025533) #19	PLAG1 (ENSOARG00020025527) #20	MOS (ENSOARG00020025525) #21	RPS20 (ENSOARG00020025515) #22	LYN (ENSOARG00020025503) #23	TMEM68 (ENSOARG00020025479) #25	XKR4 (ENSOARG00020025470) #26	RP1 (ENSOARG00020025463) #27	SOX17 (ENSOARG00020025457) #28	MRPL15 (ENSOARG00020025448) #30	LYPLA1 (ENSOARG00020025402) #31	TCEA1 (ENSOARG00020025361) #32	RGS20 (ENSOARG00020025341) #33	ATP6V1H (ENSOARG00020025312) #34	OPRK1 (ENSOARG00020025297) #35	NPBWR1 (ENSOARG00020025293) #36	RB1CC1 (ENSOARG00020025223) #37	ALKAL1 (ENSOARG00020025195)	ENSOARG00020025180
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.o.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.u #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.a #30	ENSGT00940000154185.f.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000010130.f	ENSGT00390000003289.g.a #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
American bison	MODERN SPECIES	3036	RAB2A (ENSBBBG00000017073) #7	CA8 (ENSBBBG00000017090) #8	TOX (ENSBBBG00000017129) #9	NSMAF (ENSBBBG00000004247) #10	ENSBBBG00000017283 #11	CYP7A1 (ENSBBBG00000008342) #12	UBXN2B (ENSBBBG00000017321) #13	ENSBBBG00000007573	BPNT2 (ENSBBBG00000017338) #15	PENK (ENSBBBG00000017347) #17	ENSBBBG00000017363	SDR16C5 (ENSBBBG00000017391) #18	CHCHD7 (ENSBBBG00000017425) #19	PLAG1 (ENSBBBG00000017437) #20	MOS (ENSBBBG00000004319) #21	RPS20 (ENSBBBG00000017472) #22	LYN (ENSBBBG00000017506) #23	TGS1 (ENSBBBG00000017523) #24	TMEM68 (ENSBBBG00000017572) #25	XKR4 (ENSBBBG00000004357) #26	RP1 (ENSBBBG00000008007) #27	ENSBBBG00000017605 #30	ENSBBBG00000008932 #31	TCEA1 (ENSBBBG00000004377) #32	RGS20 (ENSBBBG00000017756) #33	ENSBBBG00000006782	ENSBBBG00000004389 #34	OPRK1 (ENSBBBG00000017852) #35	NPBWR1 (ENSBBBG00000017860) #36	RB1CC1 (ENSBBBG00000017917) #37	ALKAL1 (ENSBBBG00000004408)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.o.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00970000194954	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.u #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.a #30	ENSGT00940000154185.f.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000010130.f	ENSGT00390000003289.g.a #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.o.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00970000194954	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.u #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.a #30	ENSGT00940000154185.f.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000010130.f	ENSGT00390000003289.g.a #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Cow	DUPLICATION
Cow	MODERN SPECIES	24	HELB (ENSBTAG00000020806)	GRIP1 (ENSBTAG00000033726)	CAND1 (ENSBTAG00000009939)	DYRK2 (ENSBTAG00000007256)	IFNG (ENSBTAG00000012529)	IL26 (ENSBTAG00000052655)	ENSBTAG00000015395	IL22 (ENSBTAG00000015407)	MDM1 (ENSBTAG00000019738)	RAP1B (ENSBTAG00000008967)	NUP107 (ENSBTAG00000006911)	SLC35E3 (ENSBTAG00000031919)	ENSBTAG00000051975	MDM2 (ENSBTAG00000010422)	CPM (ENSBTAG00000013496)	ENSBTAG00000002741 #22	CPSF6 (ENSBTAG00000007323)	LYZ (ENSBTAG00000026779)	ENSBTAG00000026322	LYZ3 (ENSBTAG00000046628)	LYZ1 (ENSBTAG00000046511)	LYZ2 (ENSBTAG00000026088)	LYSB (ENSBTAG00000026323)	ENSBTAG00000039170	ENSBTAG00000000198	ENSBTAG00000054492	ENSBTAG00000020564	ENSBTAG00000049929	ENSBTAG00000022971	LYZ1 (ENSBTAG00000011941)	YEATS4 (ENSBTAG00000002256)
Cow	MODERN SPECIES	5	TOX (ENSBTAG00000004954) #9	NSMAF (ENSBTAG00000008958) #10	SDCBP (ENSBTAG00000019910) #11	CYP7A1 (ENSBTAG00000005287) #12	UBXN2B (ENSBTAG00000009138) #13	ENSBTAG00000047136	FAM110B (ENSBTAG00000050550) #14	BPNT2 (ENSBTAG00000015637) #15	PENK (ENSBTAG00000004924) #17	SDR16C6 (ENSBTAG00000040321)	SDR16C5 (ENSBTAG00000018570) #18	ENSBTAG00000054153	CHCHD7 (ENSBTAG00000049910) #19	PLAG1 (ENSBTAG00000004022) #20	MOS (ENSBTAG00000019145) #21	RPS20 (ENSBTAG00000019147) #22	LYN (ENSBTAG00000020034) #23	TGS1 (ENSBTAG00000005898) #24	TMEM68 (ENSBTAG00000005893) #25	XKR4 (ENSBTAG00000044050) #26	RP1 (ENSBTAG00000011203) #27	SOX17 (ENSBTAG00000005748) #28	ENSBTAG00000052277	MRPL15 (ENSBTAG00000001174) #30	LYPLA1 (ENSBTAG00000004243) #31	TCEA1 (ENSBTAG00000003460) #32	RGS20 (ENSBTAG00000003454) #33	ENSBTAG00000054835	ATP6V1H (ENSBTAG00000003450) #34	OPRK1 (ENSBTAG00000000914) #35	NPBWR1 (ENSBTAG00000016159) #36
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	95	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.o.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00970000194954	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.u #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26
Domestic yak	MODERN SPECIES	24	ENSBGRG00000020011	ENSBGRG00000020063	CAND1 (ENSBGRG00000020115)	DYRK2 (ENSBGRG00000020516)	ENSBGRG00000020554	ENSBGRG00000020561	IFNG (ENSBGRG00000020571)	IL26 (ENSBGRG00000020605)	IL22 (ENSBGRG00000020656)	MDM1 (ENSBGRG00000020724)	RAP1B (ENSBGRG00000021221)	NUP107 (ENSBGRG00000021761)	ENSBGRG00000022075	MDM2 (ENSBGRG00000022145)	CPM (ENSBGRG00000022902)	ENSBGRG00000022992 #22	CPSF6 (ENSBGRG00000023026)	ENSBGRG00000023194	ENSBGRG00000023254	ENSBGRG00000023317	ENSBGRG00000023368	ENSBGRG00000023386	ENSBGRG00000023408	ENSBGRG00000023471	ENSBGRG00000007422	YEATS4 (ENSBGRG00000007500)	FRS2 (ENSBGRG00000007705)	CCT2 (ENSBGRG00000007901)	LRRC10 (ENSBGRG00000008156)	ENSBGRG00000008385	RAB3IP (ENSBGRG00000008446)
Wild yak	MODERN SPECIES	210	TOX (ENSBMUG00000012126) #9	NSMAF (ENSBMUG00000012057) #10	ENSBMUG00000011917 #11	CYP7A1 (ENSBMUG00000011852) #12	UBXN2B (ENSBMUG00000011833) #13	ENSBMUG00000011815 #14	ENSBMUG00000011795	BPNT2 (ENSBMUG00000011773) #15	PENK (ENSBMUG00000011752) #17	ENSBMUG00000011743	SDR16C5 (ENSBMUG00000011734) #18	ENSBMUG00000011708	ENSBMUG00000011692 #19	PLAG1 (ENSBMUG00000011659) #20	MOS (ENSBMUG00000011644) #21	RPS20 (ENSBMUG00000011614) #22	LYN (ENSBMUG00000011591) #23	TGS1 (ENSBMUG00000011561) #24	TMEM68 (ENSBMUG00000011514) #25	XKR4 (ENSBMUG00000011415) #26
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00970000193421.C.b.d.a.b	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00390000009517.n	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.h #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Blue whale	MODERN SPECIES	9	UGGT2 (ENSBMSG00010019576)	DNAJC3 (ENSBMSG00010019510)	DZIP1 (ENSBMSG00010019461)	CLDN10 (ENSBMSG00010019414)	ABCC4 (ENSBMSG00010019322)	SOX21 (ENSBMSG00010019291)	GPR180 (ENSBMSG00010019260)	TGDS (ENSBMSG00010019226)	DCT (ENSBMSG00010019181)	GPC6 (ENSBMSG00010019116)	GPC5 (ENSBMSG00010018992)	SLITRK5 (ENSBMSG00010018926)	SLITRK6 (ENSBMSG00010018912)	ENSBMSG00010018896	SLITRK1 (ENSBMSG00010018887)	ENSBMSG00010018878 #22	ENSBMSG00010018865	ENSBMSG00010018840	ENSBMSG00010018826	SPRY2 (ENSBMSG00010018812)	ENSBMSG00010018790	NDFIP2 (ENSBMSG00010018773)	RBM26 (ENSBMSG00010018424)	OBI1 (ENSBMSG00010018362)	POU4F1 (ENSBMSG00010018346)	ENSBMSG00010018327	EDNRB (ENSBMSG00010018307)	SLAIN1 (ENSBMSG00010018187)	SCEL (ENSBMSG00010018108)	ENSBMSG00010018068	ENSBMSG00010018045
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00970000193421.C.b.d.a.b	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00390000009517.n	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.h #31	ENSGT00940000155121.n #32	ENSGT00940000155121.m.b #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00970000193421.C.b.d.a.b	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.h #31	ENSGT00940000155121.n #32	ENSGT00940000155121.m.a #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Dolphin	MODERN SPECIES	957												TMEM126B (ENSTTRG00000016854)	SDR16C5 (ENSTTRG00000016853) #18	CHCHD7 (ENSTTRG00000016852) #19	PLAG1 (ENSTTRG00000016849) #20	RPS20 (ENSTTRG00000016847) #22	LYN (ENSTTRG00000016842) #23
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00970000193421.C.b.d.a.b	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.q.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.h #31	ENSGT00940000155121.m.a #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00970000193421.C.b.d.a.b	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.q.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.h #31	ENSGT00940000155121.m.a #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Beluga whale	MODERN SPECIES	47	CA8 (ENSDLEG00000014524) #8	ENSDLEG00000014564	TOX (ENSDLEG00000014593) #9	NSMAF (ENSDLEG00000014647) #10	SDCBP (ENSDLEG00000014840) #11	CYP7A1 (ENSDLEG00000014869) #12	UBXN2B (ENSDLEG00000014883) #13	FAM110B (ENSDLEG00000014904) #14	ENSDLEG00000014911	IMPAD1 (ENSDLEG00000014922) #15	PENK (ENSDLEG00000014942) #17	SDR16C5 (ENSDLEG00000014953) #18	CHCHD7 (ENSDLEG00000014964) #19	PLAG1 (ENSDLEG00000014990) #20	MOS (ENSDLEG00000014999) #21	RPS20 (ENSDLEG00000015007) #22	LYN (ENSDLEG00000015026) #23	TGS1 (ENSDLEG00000015081) #24	TMEM68 (ENSDLEG00000015101) #25	XKR4 (ENSDLEG00000015131) #26	ENSDLEG00000015141	RP1 (ENSDLEG00000015156) #27	SOX17 (ENSDLEG00000015171) #28	TPRKB (ENSDLEG00000015177)	MRPL15 (ENSDLEG00000015181) #30	ENSDLEG00000015196 #31	ENSDLEG00000015212 #31	ENSDLEG00000015221 #32	ENSDLEG00000015228 #32	RGS20 (ENSDLEG00000015243) #33	ATP6V1H (ENSDLEG00000015265) #34
Narwhal	MODERN SPECIES	300	CA8 (ENSMMNG00015014739) #8	ENSMMNG00015014768	TOX (ENSMMNG00015014789) #9	NSMAF (ENSMMNG00015014823) #10	ENSMMNG00015014889 #11	CYP7A1 (ENSMMNG00015014931) #12	UBXN2B (ENSMMNG00015014945) #13	FAM110B (ENSMMNG00015014967) #14	ENSMMNG00015014975	BPNT2 (ENSMMNG00015014985) #15	PENK (ENSMMNG00015014998) #17	SDR16C5 (ENSMMNG00015015011) #18	CHCHD7 (ENSMMNG00015015047) #19	PLAG1 (ENSMMNG00015015090) #20	MOS (ENSMMNG00015015102) #21	RPS20 (ENSMMNG00015015116) #22	LYN (ENSMMNG00015015150) #23	TGS1 (ENSMMNG00015015178) #24	TMEM68 (ENSMMNG00015015221) #25	XKR4 (ENSMMNG00015015264) #26	ENSMMNG00015015277	RP1 (ENSMMNG00015015294) #27	SOX17 (ENSMMNG00015015308) #28	MRPL15 (ENSMMNG00015015322) #30	LYPLA1 (ENSMMNG00015015363) #31	ENSMMNG00015015524 #32	RGS20 (ENSMMNG00015015612) #33	ATP6V1H (ENSMMNG00015015669) #34	OPRK1 (ENSMMNG00015015726) #35	NPBWR1 (ENSMMNG00015015745) #36	RB1CC1 (ENSMMNG00015015771) #37
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	4	CLN5 (ENSPCTG00005009824)	FBXL3 (ENSPCTG00005009923)	MYCBP2 (ENSPCTG00005010000)	ENSPCTG00005011406	SCEL (ENSPCTG00005011562)	SLAIN1 (ENSPCTG00005012618)	EDNRB (ENSPCTG00005012800)	ENSPCTG00005012835	POU4F1 (ENSPCTG00005012843)	RNF219 (ENSPCTG00005012887)	ENSPCTG00005012934	RBM26 (ENSPCTG00005013050)	NDFIP2 (ENSPCTG00005014065)	ENSPCTG00005014186	SPRY2 (ENSPCTG00005014222)	ENSPCTG00005014248 #22	ENSPCTG00005014274	ENSPCTG00005014321	SLITRK1 (ENSPCTG00005008752)	ENSPCTG00005008804	SLITRK6 (ENSPCTG00005008841)	SLITRK5 (ENSPCTG00005008856)	ENSPCTG00005008886	ENSPCTG00005008905	GPC5 (ENSPCTG00005009013)	GPC6 (ENSPCTG00005009153)	DCT (ENSPCTG00005009298)	TGDS (ENSPCTG00005009348)	GPR180 (ENSPCTG00005009414)	SOX21 (ENSPCTG00005009464)	ABCC4 (ENSPCTG00005009511)
Sperm whale	MODERN SPECIES	6	ENSPCTG00005006157	TOX (ENSPCTG00005006198) #9	NSMAF (ENSPCTG00005006244) #10	SDCBP (ENSPCTG00005006360) #11	CYP7A1 (ENSPCTG00005006470) #12	UBXN2B (ENSPCTG00005006509) #13	FAM110B (ENSPCTG00005006604) #14	ENSPCTG00005006619	IMPAD1 (ENSPCTG00005006632) #15	ENSPCTG00005006655	PENK (ENSPCTG00005006664) #17	SDR16C5 (ENSPCTG00005006691) #18	CHCHD7 (ENSPCTG00005006756) #19	PLAG1 (ENSPCTG00005006882) #20	MOS (ENSPCTG00005006904) #21	RPS20 (ENSPCTG00005006918) #22	LYN (ENSPCTG00005006994) #23	TGS1 (ENSPCTG00005007087) #24	TMEM68 (ENSPCTG00005007220) #25	ENSPCTG00005007335	RP1 (ENSPCTG00005007366) #27	SOX17 (ENSPCTG00005007395) #28	ENSPCTG00005007411	MRPL15 (ENSPCTG00005007420) #30	LYPLA1 (ENSPCTG00005007458) #31	TCEA1 (ENSPCTG00005007517) #32	RGS20 (ENSPCTG00005007671) #33	ATP6V1H (ENSPCTG00005007732) #34	OPRK1 (ENSPCTG00005007828) #35	NPBWR1 (ENSPCTG00005007847) #36	RB1CC1 (ENSPCTG00005007860) #37
Suina	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	840	ENSCWAG00000009840	RAB2A (ENSCWAG00000009724) #7	CA8 (ENSCWAG00000009637) #8	TOX (ENSCWAG00000009558) #9	NSMAF (ENSCWAG00000009476) #10	SDCBP (ENSCWAG00000009146) #11	CYP7A1 (ENSCWAG00000009085) #12	UBXN2B (ENSCWAG00000009024) #13	FAM110B (ENSCWAG00000008983) #14	BPNT2 (ENSCWAG00000008943) #15	PENK (ENSCWAG00000008910) #17	SDR16C5 (ENSCWAG00000008786) #18	CHCHD7 (ENSCWAG00000008684) #19	PLAG1 (ENSCWAG00000008649) #20	MOS (ENSCWAG00000008622) #21	RPS20 (ENSCWAG00000008512) #22	LYN (ENSCWAG00000008356) #23	TGS1 (ENSCWAG00000008274) #24	TMEM68 (ENSCWAG00000008128) #25	XKR4 (ENSCWAG00000008058) #26	RP1 (ENSCWAG00000007943) #27	SOX17 (ENSCWAG00000016827) #28	MRPL15 (ENSCWAG00000016794) #30	LYPLA1 (ENSCWAG00000016699) #31	TCEA1 (ENSCWAG00000016391) #32	RGS20 (ENSCWAG00000016261) #33	ATP6V1H (ENSCWAG00000016149) #34	OPRK1 (ENSCWAG00000016074) #35	NPBWR1 (ENSCWAG00000016059) #36	RB1CC1 (ENSCWAG00000016009) #37	ALKAL1 (ENSCWAG00000015933)
Pig	DUPLICATION
Pig	DUPLICATION
Pig	MODERN SPECIES	10	MAP3K11 (ENSSSCG00000037531)	KCNK7 (ENSSSCG00000012986)	EHBP1L1 (ENSSSCG00000012988)	FAM89B (ENSSSCG00000035604)	ZNRD2 (ENSSSCG00000020737)	LTBP3 (ENSSSCG00000012985)	SCYL1 (ENSSSCG00000012984)	FRMD8 (ENSSSCG00000012992)	SLC25A45 (ENSSSCG00000012993)	TIGD3 (ENSSSCG00000012994)	DPF2 (ENSSSCG00000012995)	CDC42EP2 (ENSSSCG00000012996)	POLA2 (ENSSSCG00000012997)	ENSSSCG00000012998	CAPN1 (ENSSSCG00000012999)	ENSSSCG00000030977 #22	SPDYC (ENSSSCG00000038112)	SYVN1 (ENSSSCG00000039740)	MRPL49 (ENSSSCG00000013001)	FAU (ENSSSCG00000027057)	TM7SF2 (ENSSSCG00000013004)	ZNHIT2 (ENSSSCG00000013003)	VPS51 (ENSSSCG00000013005)	TMEM262 (ENSSSCG00000047012)	ZFPL1 (ENSSSCG00000013007)	CDCA5 (ENSSSCG00000013008)	NAALADL1 (ENSSSCG00000013010)	SAC3D1 (ENSSSCG00000013011)	SNX15 (ENSSSCG00000013012)	ARL2 (ENSSSCG00000034387)	BATF2 (ENSSSCG00000023178)
Pig	MODERN SPECIES	10	SSH3 (ENSSSCG00000027956)	ANKRD13D (ENSSSCG00000012917)	GRK2 (ENSSSCG00000012918)	KDM2A (ENSSSCG00000029637)	RHOD (ENSSSCG00000022726)	SYT12 (ENSSSCG00000024837)	C11orf86 (ENSSSCG00000040729)	PC (ENSSSCG00000012926)	LRFN4 (ENSSSCG00000039360)	RCE1 (ENSSSCG00000012927)	C11orf80 (ENSSSCG00000029902)	SPTBN2 (ENSSSCG00000038508)	ENSSSCG00000038304	RBM14 (ENSSSCG00000038008)	RBM4 (ENSSSCG00000058325)	ENSSSCG00000040263 #22	CCS (ENSSSCG00000012934)	CCDC87 (ENSSSCG00000012933)	CTSF (ENSSSCG00000038918)	ACTN3 (ENSSSCG00000038323)	ENSSSCG00000021891	BBS1 (ENSSSCG00000040416)	DPP3 (ENSSSCG00000030415)	PELI3 (ENSSSCG00000012944)	MRPL11 (ENSSSCG00000012943)	NPAS4 (ENSSSCG00000012942)	SLC29A2 (ENSSSCG00000012941)	B4GAT1 (ENSSSCG00000012940)	BRMS1 (ENSSSCG00000012939)	ENSSSCG00000012950	ENSSSCG00000047415
Pig	MODERN SPECIES	12	RAB2A (ENSSSCG00000006232) #7	CA8 (ENSSSCG00000006233) #8	TOX (ENSSSCG00000006235) #9	NSMAF (ENSSSCG00000006236) #10	SDCBP (ENSSSCG00000006237) #11	CYP7A1 (ENSSSCG00000006238) #12	UBXN2B (ENSSSCG00000006239) #13	FAM110B (ENSSSCG00000006240) #14	BPNT2 (ENSSSCG00000032846) #15	PENK (ENSSSCG00000006243) #17	ENSSSCG00000036133	SDR16C5 (ENSSSCG00000006245) #18	ENSSSCG00000032573	PLAG1 (ENSSSCG00000006247) #20	MOS (ENSSSCG00000006248) #21	RPS20 (ENSSSCG00000040470) #22	LYN (ENSSSCG00000006250) #23	TGS1 (ENSSSCG00000006251) #24	TMEM68 (ENSSSCG00000006252) #25	XKR4 (ENSSSCG00000031813) #26	RP1 (ENSSSCG00000042752) #27	SOX17 (ENSSSCG00000060730) #28	MRPL15 (ENSSSCG00000030578) #30	LYPLA1 (ENSSSCG00000006260) #31	TCEA1 (ENSSSCG00000006261) #32	RGS20 (ENSSSCG00000006262) #33	ATP6V1H (ENSSSCG00000006263) #34	OPRK1 (ENSSSCG00000006264) #35	NPBWR1 (ENSSSCG00000059721) #36	RB1CC1 (ENSSSCG00000028902) #37	ALKAL1 (ENSSSCG00000033922)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Glires	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	112										ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694.hb #28	ENSGT00940000156694.gb #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Pika	MODERN SPECIES	3138																RPS20 (ENSOPRG00000011042) #22	LYN (ENSOPRG00000011016) #23	ENSOPRG00000010995 #24	TMEM68 (ENSOPRG00000010979) #25
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	10	TUBD1 (ENSOCUG00000013772)	VMP1 (ENSOCUG00000004210)	PTRH2 (ENSOCUG00000023345)	CLTC (ENSOCUG00000016413)	DHX40 (ENSOCUG00000038496)	ENSOCUG00000031327	ENSOCUG00000035846	YPEL2 (ENSOCUG00000020978)	GDPD1 (ENSOCUG00000013113)	SMG8 (ENSOCUG00000002350)	PRR11 (ENSOCUG00000002337)	ENSOCUG00000002334	TRIM37 (ENSOCUG00000002326)	PPM1E (ENSOCUG00000026526)	ENSOCUG00000002269	ENSOCUG00000025769 #22	TEX14 (ENSOCUG00000009775)	ENSOCUG00000009757	MTMR4 (ENSOCUG00000009743)	HSF5 (ENSOCUG00000009733)	RNF43 (ENSOCUG00000009729)	SUPT4H1 (ENSOCUG00000025823)	TSPOAP1 (ENSOCUG00000009705)	MPO (ENSOCUG00000006526)	LPO (ENSOCUG00000009698)	MKS1 (ENSOCUG00000010018)	EPX (ENSOCUG00000010009)	OR4D2 (ENSOCUG00000010006)	OR4D1 (ENSOCUG00000011022)	DYNLL2 (ENSOCUG00000016563)	ENSOCUG00000017678
Rabbit	MODERN SPECIES	6	RRH (ENSOCUG00000034648)	MCUB (ENSOCUG00000013751)	LRIT3 (ENSOCUG00000003908)	EGF (ENSOCUG00000016388)	ELOVL6 (ENSOCUG00000013069)	ENPEP (ENSOCUG00000016264)	PITX2 (ENSOCUG00000012685)	FAM241A (ENSOCUG00000011383)	AP1AR (ENSOCUG00000004413)	TIFA (ENSOCUG00000017578)	ALPK1 (ENSOCUG00000024991)	ENSOCUG00000010848	NEUROG2 (ENSOCUG00000007063)	ZGRF1 (ENSOCUG00000007057)	LARP7 (ENSOCUG00000007073)	ENSOCUG00000021222 #22	ANK2 (ENSOCUG00000010618)	ENSOCUG00000035520	CAMK2D (ENSOCUG00000023650)	ENSOCUG00000030939	UGT8 (ENSOCUG00000015037)	NDST4 (ENSOCUG00000007796)	ENSOCUG00000002295	ENSOCUG00000003691	TRAM1L1 (ENSOCUG00000003846)	ENSOCUG00000038669	NDST3 (ENSOCUG00000009952)	PRSS12 (ENSOCUG00000013625)	ENSOCUG00000033772	PABPC4L (ENSOCUG00000028226)	ENSOCUG00000038661
Rabbit	MODERN SPECIES	14	CYP7A1 (ENSOCUG00000012283) #12	UBXN2B (ENSOCUG00000023461) #13	FAM110B (ENSOCUG00000028224) #14	ENSOCUG00000035749	ENSOCUG00000034339	ENSOCUG00000034482	BPNT2 (ENSOCUG00000004428) #15	ENSOCUG00000033892	ENSOCUG00000012122	ENSOCUG00000007052 #17	ENSOCUG00000023853	SDR16C5 (ENSOCUG00000009657) #18	ENSOCUG00000036164 #19	PLAG1 (ENSOCUG00000006001) #20	MOS (ENSOCUG00000014049) #21	ENSOCUG00000003068 #22	LYN (ENSOCUG00000003056) #23	TGS1 (ENSOCUG00000017522) #24	TMEM68 (ENSOCUG00000017517) #25	ENSOCUG00000027524	XKR4 (ENSOCUG00000017875) #26	RP1 (ENSOCUG00000015022) #27	ENSOCUG00000037040 #28	ENSOCUG00000012651 #28	ENSOCUG00000008012	MRPL15 (ENSOCUG00000001949) #30	LYPLA1 (ENSOCUG00000006751) #31	ENSOCUG00000001051 #33	ATP6V1H (ENSOCUG00000016298) #34	OPRK1 (ENSOCUG00000003120) #35	NPBWR1 (ENSOCUG00000028231) #36
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES		ENSOCUG00000030357	ENSOCUG00000038359	ENSOCUG00000030169	ENSOCUG00000037426	ENSOCUG00000031086	INSL6 (ENSOCUG00000013682)	ENSOCUG00000037721	JAK2 (ENSOCUG00000016853)	RCL1 (ENSOCUG00000008161)	ENSOCUG00000013279	ENSOCUG00000011411	CDC37L1 (ENSOCUG00000003468)	SPATA6L (ENSOCUG00000003455)	PLPP6 (ENSOCUG00000003465)	ENSOCUG00000022202	ENSOCUG00000026987 #22	ENSOCUG00000013264	ENSOCUG00000036407	GLIS3 (ENSOCUG00000023004)	ENSOCUG00000027590	ENSOCUG00000023393	RFX3 (ENSOCUG00000014086)	ENSOCUG00000039572	ENSOCUG00000004189	KCNV2 (ENSOCUG00000004385)	VLDLR (ENSOCUG00000002231)	ENSOCUG00000022775	SMARCA2 (ENSOCUG00000006320)	ENSOCUG00000000241	ENSOCUG00000035677	ENSOCUG00000023438
Rabbit	MODERN SPECIES	5	KCNMB3 (ENSOCUG00000010643)	MFN1 (ENSOCUG00000000928)	GNB4 (ENSOCUG00000000931)	ACTL6A (ENSOCUG00000017883)	MRPL47 (ENSOCUG00000017886)	NDUFB5 (ENSOCUG00000017887)	USP13 (ENSOCUG00000006043)	ENSOCUG00000039309	PEX5L (ENSOCUG00000006053)	TTC14 (ENSOCUG00000000806)	CCDC39 (ENSOCUG00000000812)	FXR1 (ENSOCUG00000023518)	DNAJC19 (ENSOCUG00000014043)	ENSOCUG00000035765	ENSOCUG00000031658	ENSOCUG00000028029 #22	ATP11B (ENSOCUG00000012358)	DCUN1D1 (ENSOCUG00000012386)	MCCC1 (ENSOCUG00000012393)	ENSOCUG00000005563	RFC4 (ENSOCUG00000005014)	ENSOCUG00000005011	ENSOCUG00000031344	KNG1 (ENSOCUG00000005003)	HRG (ENSOCUG00000011687)	FETUB (ENSOCUG00000001032)	AHSG (ENSOCUG00000002057)	DNAJB11 (ENSOCUG00000002053)	TBCCD1 (ENSOCUG00000002050)	CRYGS (ENSOCUG00000022375)	DGKG (ENSOCUG00000005238)
Rodentia	DUPLICATION
Rodentia	DUPLICATION
Rodentia	DUPLICATION
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056.f #24	ENSGT00390000011782 #25
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056.f #24	ENSGT00390000011782 #25
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3083	ENSMSIG00000023749	Cyp7a1 (ENSMSIG00000023757) #12	Ubxn2b (ENSMSIG00000023768) #13	ENSMSIG00000023784	Fam110b (ENSMSIG00000023787) #14	ENSMSIG00000023798	ENSMSIG00000023802	Bpnt2 (ENSMSIG00000023807) #15	ENSMSIG00000023818	Penk (ENSMSIG00000023830) #17	Sdr16c6 (ENSMSIG00000023838)	Sdr16c5 (ENSMSIG00000023861) #18	Chchd7 (ENSMSIG00000023876) #19	Plag1 (ENSMSIG00000023923) #20	Mos (ENSMSIG00000023932) #21	ENSMSIG00000023940 #22
spretus	MODERN SPECIES	13	Rab2a (MGP_SPRETEiJ_G0026744) #7	Car8 (MGP_SPRETEiJ_G0026743) #8	Tox (MGP_SPRETEiJ_G0026742) #9	Nsmaf (MGP_SPRETEiJ_G0026741) #10	Sdcbp (MGP_SPRETEiJ_G0026740) #11	Cyp7a1 (MGP_SPRETEiJ_G0026739) #12	Ubxn2b (MGP_SPRETEiJ_G0026738) #13	Fam110b (MGP_SPRETEiJ_G0026737) #14	MGP_SPRETEiJ_G0026736 #15	Penk (MGP_SPRETEiJ_G0026735) #17	Sdr16c6 (MGP_SPRETEiJ_G0026734)	Sdr16c5 (MGP_SPRETEiJ_G0026733) #18	Chchd7 (MGP_SPRETEiJ_G0026732) #19	Plag1 (MGP_SPRETEiJ_G0026731) #20	Mos (MGP_SPRETEiJ_G0026730) #21	Rps20 (MGP_SPRETEiJ_G0026729) #22	Lyn (MGP_SPRETEiJ_G0026728) #23	Tgs1 (MGP_SPRETEiJ_G0026727) #24	MGP_SPRETEiJ_G0026726 #24	MGP_SPRETEiJ_G0026725
Rat	MODERN SPECIES	19	RGD1559960 (ENSRNOG00000068175)	ENSRNOG00000069656	Sult1c2a (ENSRNOG00000042111)	LOC102551938 (ENSRNOG00000067413)	LOC120093086 (ENSRNOG00000065530)	LOC301165 (ENSRNOG00000046714)	Sgo1 (ENSRNOG00000022499)	Kat2b (ENSRNOG00000011871)	Pp2d1 (ENSRNOG00000004719)	Rab5a (ENSRNOG00000057056)	LOC103690615 (ENSRNOG00000000124)	Efhb (ENSRNOG00000012618)	LOC689479 (ENSRNOG00000046576)	Kcnh8 (ENSRNOG00000058626)	Satb1 (ENSRNOG00000012942)	Rps20-ps11 (ENSRNOG00000030345) #22	Tbc1d5 (ENSRNOG00000010637)	Plcl2 (ENSRNOG00000013368)	ENSRNOG00000064269	LOC120094619 (ENSRNOG00000063528)	AABR07066416.2 (ENSRNOG00000046104)	ENSRNOG00000070668	LOC120093071 (ENSRNOG00000049503)	ENSRNOG00000070131	LOC120094615 (ENSRNOG00000068213)	LOC120094611 (ENSRNOG00000066837)	LOC108351878 (ENSRNOG00000062425)	LOC100360856 (ENSRNOG00000047581)	LOC120094612 (ENSRNOG00000064783)	LOC120094606 (ENSRNOG00000067046)	ENSRNOG00000066561
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.d #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	11	Car8 (ENSPEMG00000019908) #8	Tox (ENSPEMG00000019966) #9	Nsmaf (ENSPEMG00000019696) #10	Sdcbp (ENSPEMG00000020043) #11	Cyp7a1 (ENSPEMG00000019921) #12	Ubxn2b (ENSPEMG00000028233) #13	Fam110b (ENSPEMG00000028969) #14	Bpnt2 (ENSPEMG00000000461) #15	ENSPEMG00000015262	Penk (ENSPEMG00000016794) #17	Sdr16c6 (ENSPEMG00000023129)	Sdr16c5 (ENSPEMG00000021917) #18	ENSPEMG00000023256	Plag1 (ENSPEMG00000027390) #20	Mos (ENSPEMG00000008516) #21	ENSPEMG00000029829 #22	Lyn (ENSPEMG00000021545) #23	ENSPEMG00000029859	Tgs1 (ENSPEMG00000007957) #24	Tmem68 (ENSPEMG00000021534) #25	ENSPEMG00000030336 #31	Xkr4 (ENSPEMG00000021985) #26	Rp1 (ENSPEMG00000013397) #27	ENSPEMG00000014386	ENSPEMG00000026817	Sox17 (ENSPEMG00000030488) #28	Mrpl15 (ENSPEMG00000000583) #30	ENSPEMG00000027695	ENSPEMG00000014138 #31	Tcea1 (ENSPEMG00000023948) #32	Rgs20 (ENSPEMG00000009893) #33
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		CA8 (ENSSVLG00005012006) #8	TOX (ENSSVLG00005011958) #9	NSMAF (ENSSVLG00005011910) #10	SDCBP (ENSSVLG00005011445) #11	CYP7A1 (ENSSVLG00005011337) #12	UBXN2B (ENSSVLG00005011261) #13	FAM110B (ENSSVLG00005011236) #14	BPNT2 (ENSSVLG00005011167) #15	PENK (ENSSVLG00005011127) #17	ENSSVLG00005010971	SDR16C5 (ENSSVLG00005010895) #18	ENSSVLG00005010860	CHCHD7 (ENSSVLG00005010790) #19	PLAG1 (ENSSVLG00005010731) #20	MOS (ENSSVLG00005010710) #21	RPS20 (ENSSVLG00005010588) #22	LYN (ENSSVLG00005010475) #23	TGS1 (ENSSVLG00005010446) #24	ENSSVLG00005010412	ENSSVLG00005010285 #25	XKR4 (ENSSVLG00005010234) #26	RP1 (ENSSVLG00005009858) #27	SOX17 (ENSSVLG00005009789) #28	MRPL15 (ENSSVLG00005009764) #30	ENSSVLG00005009666 #31	ENSSVLG00005009646	TCEA1 (ENSSVLG00005009501) #32	RGS20 (ENSSVLG00005009394) #33	ENSSVLG00005009360	ATP6V1H (ENSSVLG00005009299) #34	ENSSVLG00005009270
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00940000157108	ENSGT00940000159307	ENSGT00940000155894	ENSGT00390000005870	ENSGT00940000157544	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	137																RPS20 (ENSUPAG00010002625) #22	LYN (ENSUPAG00010002635) #23	TMEM68 (ENSUPAG00010002929) #25	XKR4 (ENSUPAG00010002936) #26	RP1 (ENSUPAG00010002942) #27	ENSUPAG00010002961	SOX17 (ENSUPAG00010002964) #28	MRPL15 (ENSUPAG00010002973) #30	LYPLA1 (ENSUPAG00010002986) #31	TCEA1 (ENSUPAG00010003008) #32	ENSUPAG00010003023	RGS20 (ENSUPAG00010003027) #33	ATP6V1H (ENSUPAG00010003037) #34	OPRK1 (ENSUPAG00010003107) #35	ENSUPAG00010003124	NPBWR1 (ENSUPAG00010003128) #36
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.cb #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.cb #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871.v #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	64								FAM110B (ENSCPOG00000033617) #14	BPNT2 (ENSCPOG00000023705) #15	PENK (ENSCPOG00000031786) #17	ENSCPOG00000020018	SDR16C5 (ENSCPOG00000000571) #18	CHCHD7 (ENSCPOG00000030280) #19	PLAG1 (ENSCPOG00000039131) #20	MOS (ENSCPOG00000020476) #21	ENSCPOG00000011697 #22	ENSCPOG00000030320	LYN (ENSCPOG00000011693) #23	TGS1 (ENSCPOG00000009713) #24	TMEM68 (ENSCPOG00000019826) #25	XKR4 (ENSCPOG00000003676) #26	ENSCPOG00000039324 #27	SOX17 (ENSCPOG00000000892) #28	MRPL15 (ENSCPOG00000035946) #30	LYPLA1 (ENSCPOG00000022715) #31	TCEA1 (ENSCPOG00000005886) #32	ENSCPOG00000038533 #33	ENSCPOG00000022816	ATP6V1H (ENSCPOG00000012174) #34	ENSCPOG00000023180	OPRK1 (ENSCPOG00000006607) #35
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22
Degu	MODERN SPECIES	126																ENSODEG00000019073 #22	ENSODEG00000004554	ENSODEG00000005181	HMMR (ENSODEG00000004387)	ENSODEG00000004867	ENSODEG00000005448	TENM2 (ENSODEG00000005069)	WWC1 (ENSODEG00000004850)	RARS1 (ENSODEG00000005980)	ENSODEG00000005759	FBLL1 (ENSODEG00000019199)	PANK3 (ENSODEG00000005503)	SLIT3 (ENSODEG00000005145)	ENSODEG00000006240	INSYN2B (ENSODEG00000006097)	DOCK2 (ENSODEG00000004282)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.b #22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.b #22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.b #22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.b #22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.b #22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.b #22
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	13	ENSRNOG00000067722	Pdcl (ENSRNOG00000008484)	Rc3h2 (ENSRNOG00000009196)	Zbtb6 (ENSRNOG00000009340)	Zbtb26 (ENSRNOG00000009346)	Rabgap1 (ENSRNOG00000009402)	Gpr21 (ENSRNOG00000042269)	Strbp (ENSRNOG00000010150)	RGD1561137 (ENSRNOG00000030143)	Crb2 (ENSRNOG00000025498)	Dennd1a (ENSRNOG00000010526)	Lhx2 (ENSRNOG00000010551)	Nek6 (ENSRNOG00000010897)	Psmb7 (ENSRNOG00000011732)	ENSRNOG00000066446	Rps20 (ENSRNOG00000029627) #22	Nr5a1 (ENSRNOG00000012682)	Nr6a1 (ENSRNOG00000013232)	Olfml2a (ENSRNOG00000014034)	Wdr38 (ENSRNOG00000014102)	Rpl35 (ENSRNOG00000014272)	Arpc5l (ENSRNOG00000014317)	Golga1 (ENSRNOG00000014493)	Scai (ENSRNOG00000025278)	Ppp6c (ENSRNOG00000015145)	AABR07051831.1 (ENSRNOG00000015854)	LOC100362366 (ENSRNOG00000028690)	Lrp1b (ENSRNOG00000030243)	Kynu (ENSRNOG00000029993)	Arhgap15 (ENSRNOG00000031168)	Gtdc1 (ENSRNOG00000031038)
Rat	MODERN SPECIES	15	Cyp7a1 (ENSRNOG00000009488) #12	Ubxn2b (ENSRNOG00000071045) #13	ENSRNOG00000063053	Fam110b (ENSRNOG00000009114) #14	ENSRNOG00000069204	Bpnt2 (ENSRNOG00000046647) #15	RGD1563405 (ENSRNOG00000069142)	Penk (ENSRNOG00000008943) #17	Sdr16c6 (ENSRNOG00000067216)	Sdr16c6 (ENSRNOG00000040151)	Sdr16c5 (ENSRNOG00000008871) #18	Chchd7 (ENSRNOG00000031769)	Plag1 (ENSRNOG00000008846) #20	LOC100364265 (ENSRNOG00000012088)	Mos (ENSRNOG00000008567) #21	Rps20-ps10 (ENSRNOG00000008555) #22	Lyn (ENSRNOG00000008180) #23	Tgs1 (ENSRNOG00000008156) #24	Tmem68 (ENSRNOG00000008872) #25	Xkr4 (ENSRNOG00000027276) #26	Cyld-ps1 (ENSRNOG00000008861)	Rp1 (ENSRNOG00000008807) #27	ENSRNOG00000065942	Sumo4 (ENSRNOG00000069967)	Sox17 (ENSRNOG00000027357) #28	Mrpl15 (ENSRNOG00000008566) #30	Lypla1 (ENSRNOG00000008320) #31	Tcea1 (ENSRNOG00000022323) #32	Rgs20 (ENSRNOG00000008100) #33	Atp6v1h (ENSRNOG00000030862) #34	Oprk1 (ENSRNOG00000007647) #35
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.b #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.b #22
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	10			Tmx3 (ENSPEMG00000011968)	ENSPEMG00000030219	Dok6 (ENSPEMG00000019316)	Cd226 (ENSPEMG00000029583)	Rttn (ENSPEMG00000019864)	ENSPEMG00000027089	Socs6 (ENSPEMG00000009086)	ENSPEMG00000009228 ##13	ENSPEMG00000004621	ENSPEMG00000028176	Cbln2 (ENSPEMG00000024653)	Neto1 (ENSPEMG00000021247)	ENSPEMG00000026675	ENSPEMG00000030444 #22	Fbxo15 (ENSPEMG00000003160)	Timm21 (ENSPEMG00000024475)	Cyb5a (ENSPEMG00000020270)	Gm17266 (ENSPEMG00000031219)	Dipk1c (ENSPEMG00000019790)	Cndp2 (ENSPEMG00000020038)	Cndp1 (ENSPEMG00000017304)	Zfp407 (ENSPEMG00000019754)	Zadh2 (ENSPEMG00000028418)	Tshz1 (ENSPEMG00000022838)	Zfp516 (ENSPEMG00000024000)	ENSPEMG00000024427	Zfp236 (ENSPEMG00000026320)	Mbp (ENSPEMG00000021451)	Galr1 (ENSPEMG00000022914)
Rodentia	DUPLICATION
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.a #22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.a #22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.a #22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.a #22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.a #22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.a #22
Rat	MODERN SPECIES	15	Reck (ENSRNOG00000014863)	Or13c7 (ENSRNOG00000068857)	Or13c7c (ENSRNOG00000070597)	Or13c7b (ENSRNOG00000063480)	Or13c7e (ENSRNOG00000065792)	Or13c7d (ENSRNOG00000062897)	ENSRNOG00000070391	Hrct1 (ENSRNOG00000039336)	Or13j1 (ENSRNOG00000066545)	Or13e8 (ENSRNOG00000015652)	Tmem8b (ENSRNOG00000015664)	Fam221b (ENSRNOG00000025453)	Hint2 (ENSRNOG00000015866)	Spag8 (ENSRNOG00000032539)	Npr2 (ENSRNOG00000015991)	RGD1562259 (ENSRNOG00000070923) #22	Msmp (ENSRNOG00000043023)	Rgp1 (ENSRNOG00000016309)	Gba2 (ENSRNOG00000016364)	Creb3 (ENSRNOG00000016452)	Tln1 (ENSRNOG00000016630)	Tpm2 (ENSRNOG00000016731)	Car9 (ENSRNOG00000017073)	Arhgef39 (ENSRNOG00000021433)	Ccdc107 (ENSRNOG00000017253)	Sit1 (ENSRNOG00000021546)	RGD1560723 (ENSRNOG00000063741)	Cd72 (ENSRNOG00000017485)	Tesk1 (ENSRNOG00000053729)	Fam166b (ENSRNOG00000065204)	Rusc2 (ENSRNOG00000045843)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.cb #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871.v #37	ENSGT00940000159969.a
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.cb #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871.v #37	ENSGT00940000159969.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	27						ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.bb.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871.v #37	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000159905
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	161						NSMAF (ENSCLAG00000013661) #10	SDCBP (ENSCLAG00000013259) #11	CYP7A1 (ENSCLAG00000012771) #12	UBXN2B (ENSCLAG00000011369) #13	ENSCLAG00000010131 #15	PENK (ENSCLAG00000017733) #17	ENSCLAG00000009495	SDR16C5 (ENSCLAG00000012258) #18	CHCHD7 (ENSCLAG00000009729) #19	PLAG1 (ENSCLAG00000013839) #20	RPS20 (ENSCLAG00000015938) #22	LYN (ENSCLAG00000010085) #23	TGS1 (ENSCLAG00000009468) #24	TMEM68 (ENSCLAG00000009473) #25	XKR4 (ENSCLAG00000010575) #26	ENSCLAG00000011553 #27	MRPL15 (ENSCLAG00000010064) #30	ENSCLAG00000014943 #31	TCEA1 (ENSCLAG00000013516) #32	ENSCLAG00000016009 #33	ATP6V1H (ENSCLAG00000009337) #34	OPRK1 (ENSCLAG00000009850) #35	ENSCLAG00000009340	RB1CC1 (ENSCLAG00000009807) #37	ENSCLAG00000014346	ST18 (ENSCLAG00000011202)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	51	Chd7 (ENSJJAG00000022064)	Rab2a (ENSJJAG00000000676) #7	Car8 (ENSJJAG00000000356) #8	Tox (ENSJJAG00000023957) #9	Nsmaf (ENSJJAG00000018732) #10	Sdcbp (ENSJJAG00000008505) #11	Cyp7a1 (ENSJJAG00000009993) #12	Ubxn2b (ENSJJAG00000017241) #13	Fam110b (ENSJJAG00000011482) #14	Bpnt2 (ENSJJAG00000016357) #15	Penk (ENSJJAG00000012141) #17	Sdr16c6 (ENSJJAG00000005653)	Sdr16c5 (ENSJJAG00000012889) #18	Chchd7 (ENSJJAG00000004951) #19	Plag1 (ENSJJAG00000008706) #20	ENSJJAG00000000512 #22	Lyn (ENSJJAG00000014669) #23	Tgs1 (ENSJJAG00000016239) #24	Tmem68 (ENSJJAG00000009727) #25	ENSJJAG00000003859	Xkr4 (ENSJJAG00000013870) #26	ENSJJAG00000015642 #27	ENSJJAG00000012132	Sox17 (ENSJJAG00000021381) #28	Mrpl15 (ENSJJAG00000016599) #30	ENSJJAG00000019339 #31	Tcea1 (ENSJJAG00000020282) #32	Rgs20 (ENSJJAG00000004359) #33	Atp6v1h (ENSJJAG00000018257) #34	Oprk1 (ENSJJAG00000019887) #35	ENSJJAG00000011904
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Prairie vole	MODERN SPECIES	356	Spata4 (ENSMOCG00000003714)	Asb5 (ENSMOCG00000022930)	Spcs3 (ENSMOCG00000022872)	Vegfc (ENSMOCG00000021548)	ENSMOCG00000007262	ENSMOCG00000018728	Aga (ENSMOCG00000014844)	Tenm3 (ENSMOCG00000020342)	Dctd (ENSMOCG00000015038)	ENSMOCG00000005387	ENSMOCG00000003820	Cldn22 (ENSMOCG00000006954)	ENSMOCG00000008252	Cdkn2aip (ENSMOCG00000016713)	Ing2 (ENSMOCG00000005078)	ENSMOCG00000004967 #22	Rwdd4a (ENSMOCG00000002163)	Trappc11 (ENSMOCG00000015798)	Stox2 (ENSMOCG00000006233)	Enpp6 (ENSMOCG00000021517)	Irf2 (ENSMOCG00000013068)	Casp3 (ENSMOCG00000011756)	Primpol (ENSMOCG00000006815)	Cenpu (ENSMOCG00000004846)	Acsl1 (ENSMOCG00000008489)	Helt (ENSMOCG00000012330)	ENSMOCG00000009524	Cfap97 (ENSMOCG00000005943)	Snx25 (ENSMOCG00000012866)	Lrp2bp (ENSMOCG00000014647)	Ankrd37 (ENSMOCG00000011842)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22
Rat	MODERN SPECIES	18	Htr1b (ENSRNOG00000013042)	Mei4 (ENSRNOG00000023794)	Irak1bp1 (ENSRNOG00000008984)	Phip (ENSRNOG00000008652)	Hmgn3 (ENSRNOG00000031032)	Lca5 (ENSRNOG00000009580)	Sh3bgrl2 (ENSRNOG00000009613)	Sh3bgrl2 (ENSRNOG00000068670)	ENSRNOG00000066197	Elovl4 (ENSRNOG00000009773)	Ttk (ENSRNOG00000029055)	Bckdhb (ENSRNOG00000009928)	RGD1560917 (ENSRNOG00000034128)	Tent5a (ENSRNOG00000010240)	Ibtk (ENSRNOG00000027728)	LOC100359563 (ENSRNOG00000029843) #22	Tpbg (ENSRNOG00000010694)	Ube3d (ENSRNOG00000010802)	Dop1a (ENSRNOG00000022847)	Pgm3 (ENSRNOG00000009515)	Rwdd2a (ENSRNOG00000009599)	Me1 (ENSRNOG00000009715)	Prss35 (ENSRNOG00000025184)	Snap91 (ENSRNOG00000023861)	Ripply2 (ENSRNOG00000010004)	Cyb5r4 (ENSRNOG00000010024)	Mrap2 (ENSRNOG00000010545)	Cep162 (ENSRNOG00000010608)	Tbx18 (ENSRNOG00000010685)	Gabarapl2 (ENSRNOG00000051416)	Nt5e (ENSRNOG00000011071)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	328	Nsmaf (ENSDORG00000006742) #10	Sdcbp (ENSDORG00000006741) #11	Cyp7a1 (ENSDORG00000004649) #12	Ubxn2b (ENSDORG00000005860) #13	ENSDORG00000026451	Fam110b (ENSDORG00000015721) #14	ENSDORG00000025951	Bpnt2 (ENSDORG00000015489) #15	Penk (ENSDORG00000011721) #17	Sdr16c6 (ENSDORG00000026488)	Sdr16c5 (ENSDORG00000004594) #18	ENSDORG00000025931	Chchd7 (ENSDORG00000004592) #19	Plag1 (ENSDORG00000011524) #20	ENSDORG00000029409	Rps20 (ENSDORG00000005794) #22	Lyn (ENSDORG00000000747) #23	Tgs1 (ENSDORG00000012484) #24	ENSDORG00000012483 #25	Xkr4 (ENSDORG00000005763) #26	Rp1 (ENSDORG00000009139) #27	Sox17 (ENSDORG00000027735) #28	Mrpl15 (ENSDORG00000012200) #30	Lypla1 (ENSDORG00000001479) #31	Tcea1 (ENSDORG00000015058) #32	ENSDORG00000006333 #33	Atp6v1h (ENSDORG00000007689) #34	Oprk1 (ENSDORG00000009506) #35	Npbwr1 (ENSDORG00000013949) #36	ENSDORG00000005679 #37	ENSDORG00000029422 #37
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	144	Hipk1 (ENSJJAG00000023146)	Olfml3 (ENSJJAG00000021371)	Syt6 (ENSJJAG00000020309)	Trim33 (ENSJJAG00000012942)	ENSJJAG00000007313	Dennd2c (ENSJJAG00000009709)	Ampd1 (ENSJJAG00000021675)	ENSJJAG00000020941	Csde1 (ENSJJAG00000019571)	ENSJJAG00000019089	Nr1h5 (ENSJJAG00000018578)	ENSJJAG00000018067	Tshb (ENSJJAG00000001329)	Tspan2 (ENSJJAG00000000832)	Ngf (ENSJJAG00000022901)	ENSJJAG00000021722 #22	Vangl1 (ENSJJAG00000021462)	Casq2 (ENSJJAG00000020862)	Nhlh2 (ENSJJAG00000019983)	Slc22a15 (ENSJJAG00000000255)	Mab21l3 (ENSJJAG00000022482)	Atp1a1 (ENSJJAG00000020791)	Igsf3 (ENSJJAG00000017489)	Cd2 (ENSJJAG00000019842)	Ptgfrn (ENSJJAG00000019616)	Ttf2 (ENSJJAG00000015225)	Trim45 (ENSJJAG00000007227)	Vtcn1 (ENSJJAG00000019207)	ENSJJAG00000018170	Man1a2 (ENSJJAG00000017865)	Tent5c (ENSJJAG00000013174)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	15	Tmem82 (ENSRNOG00000011970)	Plekhm2 (ENSRNOG00000012163)	Ddi2 (ENSRNOG00000012274)	Agmat (ENSRNOG00000012315)	Dnajc16 (ENSRNOG00000012503)	Casp9 (ENSRNOG00000012944)	Cela2a (ENSRNOG00000013628)	Ctrc (ENSRNOG00000013745)	Efhd2 (ENSRNOG00000013783)	Fhad1 (ENSRNOG00000028064)	Tmem51 (ENSRNOG00000014197)	ENSRNOG00000070661	Kazn (ENSRNOG00000014322)	6330411D24Rik (ENSRNOG00000065736)	Prdm2 (ENSRNOG00000033522)	LOC100359951 (ENSRNOG00000071148) #22	ENSRNOG00000070725	Pdpn (ENSRNOG00000014961)	Lrrc38 (ENSRNOG00000015264)	Pramef27 (ENSRNOG00000027328)	Pramef8 (ENSRNOG00000027278)	Oog3 (ENSRNOG00000033000)	Pramef5 (ENSRNOG00000067307)	ENSRNOG00000065869	Oog1 (ENSRNOG00000027142)	LOC120103107 (ENSRNOG00000047341)	RGD1306186 (ENSRNOG00000037039)	Pramef17 (ENSRNOG00000042820)	Pramef25 (ENSRNOG00000027000)	Pramef20 (ENSRNOG00000053942)	Pramef12 (ENSRNOG00000037035)
Rat	MODERN SPECIES	10	Tat (ENSRNOG00000016348)	Marveld3 (ENSRNOG00000016291)	Phlpp2 (ENSRNOG00000016108)	Ap1g1 (ENSRNOG00000069458)	Atxn1l (ENSRNOG00000038766)	Zfp821 (ENSRNOG00000000262)	Ist1 (ENSRNOG00000015144)	Pkd1l3 (ENSRNOG00000052310)	Dhodh (ENSRNOG00000015063)	Hp (ENSRNOG00000014964)	ENSRNOG00000063716	Txnl4b (ENSRNOG00000021379)	Dhx38 (ENSRNOG00000014619)	Pmfbp1 (ENSRNOG00000014505)	Zfhx3 (ENSRNOG00000014452)	LOC679899 (ENSRNOG00000069342) #22	Psmd7 (ENSRNOG00000014097)	Wwp2 (ENSRNOG00000012937)	Nob1 (ENSRNOG00000021890)	Nqo1 (ENSRNOG00000012772)	Nfat5 (ENSRNOG00000011879)	Cyb5b (ENSRNOG00000011142)	Terf2 (ENSRNOG00000020435)	Tmed6 (ENSRNOG00000020406)	Nip7 (ENSRNOG00000020391)	Cog8 (ENSRNOG00000020379)	Pdf (ENSRNOG00000022303)	Vps4a (ENSRNOG00000020351)	Sntb2 (ENSRNOG00000020344)	Utp4 (ENSRNOG00000020333)	Chtf8 (ENSRNOG00000047246)
Mus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT01100000265193	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Shrew mouse	MODERN SPECIES	14	Rab2a (MGP_PahariEiJ_G0023919) #7	Car8 (MGP_PahariEiJ_G0023918) #8	Tox (MGP_PahariEiJ_G0023917) #9	Nsmaf (MGP_PahariEiJ_G0023916) #10	Sdcbp (MGP_PahariEiJ_G0023915) #11	Cyp7a1 (MGP_PahariEiJ_G0023914) #12	Ubxn2b (MGP_PahariEiJ_G0023913) #13	Fam110b (MGP_PahariEiJ_G0023912) #14	Bpnt2 (MGP_PahariEiJ_G0023911) #15	Penk (MGP_PahariEiJ_G0023910) #17	Sdr16c6 (MGP_PahariEiJ_G0023909)	Sdr16c5 (MGP_PahariEiJ_G0023908) #18	Chchd7 (MGP_PahariEiJ_G0023907) #19	Plag1 (MGP_PahariEiJ_G0023906) #20	Mos (MGP_PahariEiJ_G0023905) #21	Rps20 (MGP_PahariEiJ_G0023904) #22	Lyn (MGP_PahariEiJ_G0023903) #23	MGP_PahariEiJ_G0023902 #24	MGP_PahariEiJ_G0023901 #24	MGP_PahariEiJ_G0023900	Xkr4 (MGP_PahariEiJ_G0023899) #26	Rp1 (MGP_PahariEiJ_G0023898) #27	Sox17 (MGP_PahariEiJ_G0023897) #28	Mrpl15 (MGP_PahariEiJ_G0023896) #30	Lypla1 (MGP_PahariEiJ_G0023895) #31	MGP_PahariEiJ_G0023894	Tcea1 (MGP_PahariEiJ_G0023893) #32	Rgs20 (MGP_PahariEiJ_G0023892) #33	Atp6v1h (MGP_PahariEiJ_G0023891) #34	Oprk1 (MGP_PahariEiJ_G0023890) #35	Npbwr1 (MGP_PahariEiJ_G0023889) #36
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056.f #24	ENSGT00390000011782 #25
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	13	Rab2a (MGP_CAROLIEiJ_G0025796) #7	Car8 (MGP_CAROLIEiJ_G0025795) #8	Tox (MGP_CAROLIEiJ_G0025794) #9	Nsmaf (MGP_CAROLIEiJ_G0025793) #10	Sdcbp (MGP_CAROLIEiJ_G0025792) #11	Cyp7a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025791) #12	Ubxn2b (MGP_CAROLIEiJ_G0025790) #13	Fam110b (MGP_CAROLIEiJ_G0025789) #14	Bpnt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0025788) #15	Penk (MGP_CAROLIEiJ_G0025787) #17	Sdr16c6 (MGP_CAROLIEiJ_G0025786)	Sdr16c5 (MGP_CAROLIEiJ_G0025785) #18	Chchd7 (MGP_CAROLIEiJ_G0025784) #19	Plag1 (MGP_CAROLIEiJ_G0025783) #20	Mos (MGP_CAROLIEiJ_G0025782) #21	Rps20 (MGP_CAROLIEiJ_G0025781) #22	MGP_CAROLIEiJ_G0025780 #24	MGP_CAROLIEiJ_G0025779 #24	Tmem68 (MGP_CAROLIEiJ_G0025778) #25
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056.f #24	ENSGT00390000011782 #25
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3284													ENSMSIG00000003831	Naaladl2 (ENSMSIG00000003840)	ENSMSIG00000003888	ENSMSIG00000003917 #22	Tbl1xr1 (ENSMSIG00000003957)
Mouse	MODERN SPECIES	13	Car8 (ENSMUSG00000041261) #8	Tox (ENSMUSG00000041272) #9	Nsmaf (ENSMUSG00000028245) #10	Sdcbp (ENSMUSG00000028249) #11	Cyp7a1 (ENSMUSG00000028240) #12	Ubxn2b (ENSMUSG00000028243) #13	Fam110b (ENSMUSG00000049119) #14	Bpnt2 (ENSMUSG00000066324) #15	Penk (ENSMUSG00000045573) #17	Sdr16c6 (ENSMUSG00000071019)	Sdr16c5 (ENSMUSG00000028236) #18	Gm11808 (ENSMUSG00000068240)	Chchd7 (ENSMUSG00000042198) #19	Plag1 (ENSMUSG00000003282) #20	Mos (ENSMUSG00000078365) #21	Rps20 (ENSMUSG00000028234) #22	Lyn (ENSMUSG00000042228) #23	Tgs1 (ENSMUSG00000028233) #24	Tmem68 (ENSMUSG00000028232) #25	Vmn1r3 (ENSMUSG00000115466)	Vmn1r2 (ENSMUSG00000115072)
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.c.a #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.c.a #22
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	2	Cyp11b2 (ENSMOCG00000001733)	Cyp11b1 (ENSMOCG00000020170)	ENSMOCG00000015409	ENSMOCG00000008187	Nell2 (ENSMOCG00000002600)	Ano6 (ENSMOCG00000018323)	ENSMOCG00000016077	ENSMOCG00000019972	Scaf11 (ENSMOCG00000000678)	Slc38a1 (ENSMOCG00000006739)	Slc38a2 (ENSMOCG00000003601)	Slc38a4 (ENSMOCG00000015247)	Amigo2 (ENSMOCG00000013021)	Pced1b (ENSMOCG00000005496)	Rpap3 (ENSMOCG00000021033)	ENSMOCG00000005623 #22	Endou (ENSMOCG00000015012)	Rapgef3 (ENSMOCG00000002335)	Slc48a1 (ENSMOCG00000013448)	Hdac7 (ENSMOCG00000019731)	ENSMOCG00000013472	Tmem106c (ENSMOCG00000016714)	Col2a1 (ENSMOCG00000014833)	ENSMOCG00000002706	ENSMOCG00000015383	Pfkm (ENSMOCG00000021333)	Asb8 (ENSMOCG00000017776)	Ccdc184 (ENSMOCG00000003788)	ENSMOCG00000001175	ENSMOCG00000001245	Zfp641 (ENSMOCG00000019174)
Prairie vole	MODERN SPECIES	9	Tyr (ENSMOCG00000014094)	ENSMOCG00000019618	Grm5 (ENSMOCG00000007786)	Ctsc (ENSMOCG00000014577)	Rab38 (ENSMOCG00000017329)	Tmem135 (ENSMOCG00000018801)	Fzd4 (ENSMOCG00000003180)	ENSMOCG00000004372	Hddc3 (ENSMOCG00000010323)	ENSMOCG00000017504	ENSMOCG00000012208	Fes (ENSMOCG00000015972)	Furin (ENSMOCG00000010449)	Blm (ENSMOCG00000016367)	Crtc3 (ENSMOCG00000013330)	ENSMOCG00000018309 #22	Iqgap1 (ENSMOCG00000008969)	Zscan2 (ENSMOCG00000014314)	Wdr73 (ENSMOCG00000015177)	Nmb (ENSMOCG00000017100)	Sec11a (ENSMOCG00000005585)	Zfp592 (ENSMOCG00000019221)	Alpk3 (ENSMOCG00000021545)	Slc28a1 (ENSMOCG00000008190)	Pde8a (ENSMOCG00000005246)	Rps17 (ENSMOCG00000018582)	Cpeb1 (ENSMOCG00000006902)	Ap3b2 (ENSMOCG00000007121)	BC048679 (ENSMOCG00000000682)	ENSMOCG00000009343	Fsd2 (ENSMOCG00000015179)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.c.b #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.c.b #22
Prairie vole	MODERN SPECIES	355	ENSMOCG00000005603	Tmem67 (ENSMOCG00000011860)	Pdp1 (ENSMOCG00000014340)	Cdh17 (ENSMOCG00000010844)	Gem (ENSMOCG00000006722)	Fsbp (ENSMOCG00000008704)	Rad54b (ENSMOCG00000020035)	Virma (ENSMOCG00000015388)	Esrp1 (ENSMOCG00000013567)	Dpy19l4 (ENSMOCG00000007197)	Ints8 (ENSMOCG00000017112)	Ccne2 (ENSMOCG00000001638)	Trp53inp1 (ENSMOCG00000021132)	Ndufaf6 (ENSMOCG00000015272)	Plekhf2 (ENSMOCG00000002768)	ENSMOCG00000002359 #22	Cfap418 (ENSMOCG00000019280)	ENSMOCG00000000256	Gdf6 (ENSMOCG00000021011)	Asph (ENSMOCG00000013819)	Clvs1 (ENSMOCG00000013201)	ENSMOCG00000010657	Chd7 (ENSMOCG00000011408)	Rab2a (ENSMOCG00000014140) #7	Car8 (ENSMOCG00000018985) #8	Tox (ENSMOCG00000013368) #9	Nsmaf (ENSMOCG00000018628) #10	ENSMOCG00000014994 #11	Cyp7a1 (ENSMOCG00000004265) #12	Ubxn2b (ENSMOCG00000009288) #13	Fam110b (ENSMOCG00000010757) #14
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.c.b #22
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	54	ENSCGRG00001013970	ENSCGRG00001004842	Nxph1 (ENSCGRG00001017708)	Ica1 (ENSCGRG00001013759)	Glcci1 (ENSCGRG00001020867)	Umad1 (ENSCGRG00001019337)	Rpa3 (ENSCGRG00001004183)	Mios (ENSCGRG00001022654)	Col28a1 (ENSCGRG00001018669)	ENSCGRG00001016873	ASNS (ENSCGRG00001015428)	Tac1 (ENSCGRG00001020738)	Sdhaf3 (ENSCGRG00001012553)	Dlx5 (ENSCGRG00001001362)	Dlx6 (ENSCGRG00001015244)	ENSCGRG00001016396 #22	Sem1 (ENSCGRG00001000539)	ENSCGRG00001023047	Slc25a13 (ENSCGRG00001024718)	ENSCGRG00001003096	ENSCGRG00001022786	Pdk4 (ENSCGRG00001014183)	Asb4 (ENSCGRG00001002568)	Pon2 (ENSCGRG00001017926)	Pon3 (ENSCGRG00001017513)	Pon1 (ENSCGRG00001017580)	ENSCGRG00001022001	ENSCGRG00001012942	ENSCGRG00001010002	Sgce (ENSCGRG00001021015)	Casd1 (ENSCGRG00001001133)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.d #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.d #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	136	Car8 (ENSCGRG00001016884) #8	ENSCGRG00001015202	Tox (ENSCGRG00001012296) #9	Nsmaf (ENSCGRG00001000418) #10	Sdcbp (ENSCGRG00001024052) #11	Cyp7a1 (ENSCGRG00001023767) #12	Ubxn2b (ENSCGRG00001022571) #13	Fam110b (ENSCGRG00001016576) #14	Bpnt2 (ENSCGRG00001020859) #15	Penk (ENSCGRG00001017327) #17	Sdr16c6 (ENSCGRG00001015002)	Sdr16c5 (ENSCGRG00001012918) #18	Chchd7 (ENSCGRG00001011586) #19	Plag1 (ENSCGRG00001007120) #20	Mos (ENSCGRG00001001977) #21	ENSCGRG00001010356 #22	Lyn (ENSCGRG00001023003) #23	Tgs1 (ENSCGRG00001019470) #24	Tmem68 (ENSCGRG00001014894) #25	ENSCGRG00001014282	ENSCGRG00001013815 #26	ENSCGRG00001010786 #27	Sox17 (ENSCGRG00001009950) #28	ENSCGRG00001020498 #30	ENSCGRG00001016962 #31	ENSCGRG00001000991 #32	Rgs20 (ENSCGRG00001023847) #33	Atp6v1h (ENSCGRG00001018456) #34	Oprk1 (ENSCGRG00001014321) #35	ENSCGRG00001013124	Npbwr1 (ENSCGRG00001001773) #36
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000154383.s.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db.d #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	12	Zfp821 (ENSMOCG00000021660)	Ist1 (ENSMOCG00000001146)	Pkd1l3 (ENSMOCG00000021954)	ENSMOCG00000017444	ENSMOCG00000011833	Hp (ENSMOCG00000022096)	Txnl4b (ENSMOCG00000013902)	Dhx38 (ENSMOCG00000016798)	Pmfbp1 (ENSMOCG00000008708)	Zfhx3 (ENSMOCG00000017998)	Psmd7 (ENSMOCG00000018363)	Wwp2 (ENSMOCG00000019211)	Nob1 (ENSMOCG00000010370)	ENSMOCG00000009352	Cntnap4 (ENSMOCG00000005286)	ENSMOCG00000010395 #22	Mon1b (ENSMOCG00000003753)	Syce1l (ENSMOCG00000022883)	Adamts18 (ENSMOCG00000015505)	ENSMOCG00000010114	Nudt7 (ENSMOCG00000015530)	Vat1l (ENSMOCG00000018479)	Clec3a (ENSMOCG00000016149)	Wwox (ENSMOCG00000013122)	Maf (ENSMOCG00000017607)	Dynlrb2 (ENSMOCG00000016123)	Cdyl2 (ENSMOCG00000021578)	ENSMOCG00000007353	Cenpn (ENSMOCG00000011952)	Atmin (ENSMOCG00000020741)	1700030J22Rik (ENSMOCG00000021044)
Prairie vole	MODERN SPECIES	20																ENSMOCG00000000517 #22
Prairie vole	MODERN SPECIES	355	Rab2a (ENSMOCG00000014140) #7	Car8 (ENSMOCG00000018985) #8	Tox (ENSMOCG00000013368) #9	Nsmaf (ENSMOCG00000018628) #10	ENSMOCG00000014994 #11	Cyp7a1 (ENSMOCG00000004265) #12	Ubxn2b (ENSMOCG00000009288) #13	Fam110b (ENSMOCG00000010757) #14	Bpnt2 (ENSMOCG00000015732) #15	ENSMOCG00000003270	Penk (ENSMOCG00000005168) #17	Sdr16c6 (ENSMOCG00000012126)	Sdr16c5 (ENSMOCG00000002710) #18	Chchd7 (ENSMOCG00000015783) #19	Plag1 (ENSMOCG00000015674) #20	ENSMOCG00000019980 #22	Lyn (ENSMOCG00000018677) #23	Tgs1 (ENSMOCG00000019560) #24	Tmem68 (ENSMOCG00000004085) #25	ENSMOCG00000017472	Xkr4 (ENSMOCG00000014076) #26	ENSMOCG00000003814 #27	ENSMOCG00000019449 #28	ENSMOCG00000021042 #28	Mrpl15 (ENSMOCG00000015777) #30	ENSMOCG00000018466	Lypla1 (ENSMOCG00000016895) #31	Tcea1 (ENSMOCG00000018663) #32	Rgs20 (ENSMOCG00000021946) #33	Atp6v1h (ENSMOCG00000013542) #34	Oprk1 (ENSMOCG00000021359) #35
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1100															ENSNGAG00000012102	ENSNGAG00000013595 #22
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	826								ENSNGAG00000017707	Bpnt2 (ENSNGAG00000019142) #15	Penk (ENSNGAG00000011902) #17	Sdr16c6 (ENSNGAG00000012717)	Sdr16c5 (ENSNGAG00000013369) #18	Chchd7 (ENSNGAG00000013871) #19	Plag1 (ENSNGAG00000014522) #20	Mos (ENSNGAG00000015058) #21	ENSNGAG00000015253 #22	Lyn (ENSNGAG00000016075) #23	Tgs1 (ENSNGAG00000019532) #24	ENSNGAG00000020846 #25
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1279												ENSNGAG00000021481	Hmg20a (ENSNGAG00000021385)	Lingo1 (ENSNGAG00000021247)	Odf3l1 (ENSNGAG00000020969)	ENSNGAG00000020737 #22	Cspg4 (ENSNGAG00000019508)	Snx33 (ENSNGAG00000019047)	Imp3 (ENSNGAG00000017248)	Snupn (ENSNGAG00000018735)	Ptpn9 (ENSNGAG00000018454)	Sin3a (ENSNGAG00000015781)	Man2c1 (ENSNGAG00000015162)	Neil1 (ENSNGAG00000012812)	Commd4 (ENSNGAG00000007593)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	43	TGM7 (ENSODEG00000016365)	ADAL (ENSODEG00000016433)	ZSCAN29 (ENSODEG00000016691)	TUBGCP4 (ENSODEG00000016217)	TP53BP1 (ENSODEG00000016364)	MAP1A (ENSODEG00000016751)	PPIP5K1 (ENSODEG00000016403)	ENSODEG00000016390	PDIA3 (ENSODEG00000016212)	ENSODEG00000016295	HYPK (ENSODEG00000016700)	MFAP1 (ENSODEG00000016397)	ENSODEG00000016060	FRMD5 (ENSODEG00000016269)	ENSODEG00000020502	ENSODEG00000016724 #22	GOLM2 (ENSODEG00000016663)	ENSODEG00000016525	CTDSPL2 (ENSODEG00000016569)	ENSODEG00000016386	SPG11 (ENSODEG00000016165)	ENSODEG00000016509	ENSODEG00000015913	CEMIP (ENSODEG00000016192)	ENSODEG00000016748	TLNRD1 (ENSODEG00000020545)	CFAP161 (ENSODEG00000015893)	ENSODEG00000016584	ENSODEG00000016326	STARD5 (ENSODEG00000015843)	TMC3 (ENSODEG00000015805)
Degu	MODERN SPECIES	43	ENSODEG00000020443	CHP1 (ENSODEG00000016900)	RTF1 (ENSODEG00000016921)	ITPKA (ENSODEG00000016760)	ENSODEG00000017041	ENSODEG00000020489	ENSODEG00000020390	MGA (ENSODEG00000017016)	ENSODEG00000016967	JMJD7 (ENSODEG00000016738)	EHD4 (ENSODEG00000016665)	PLA2G4F (ENSODEG00000016568)	VPS39 (ENSODEG00000016980)	TMEM87A (ENSODEG00000016556)	GANC (ENSODEG00000016815)	ENSODEG00000017288 #22	CAPN3 (ENSODEG00000017103)	ENSODEG00000016557	ENSODEG00000020344	ENSODEG00000016643	ENSODEG00000016623	ENSODEG00000016919	ENSODEG00000016844	CDAN1 (ENSODEG00000016883)	ENSODEG00000016839	UBR1 (ENSODEG00000016879)	TMEM62 (ENSODEG00000016864)	ENSODEG00000017025	TGM5 (ENSODEG00000016333)	TGM7 (ENSODEG00000016365)	ADAL (ENSODEG00000016433)
Guinea pig	MODERN SPECIES	25	RCC1 (ENSCPOG00000010069)	PHACTR4 (ENSCPOG00000003219)	MED18 (ENSCPOG00000038084)	SESN2 (ENSCPOG00000000236)	ATP5IF1 (ENSCPOG00000030836)	DNAJC8 (ENSCPOG00000014652)	PTAFR (ENSCPOG00000031748)	EYA3 (ENSCPOG00000012512)	ENSCPOG00000033302 ##26	SMPDL3B (ENSCPOG00000008773)	RPA2 (ENSCPOG00000008766)	THEMIS2 (ENSCPOG00000033796)	PPP1R8 (ENSCPOG00000036078)	STX12 (ENSCPOG00000013160)	FAM76A (ENSCPOG00000006186)	ENSCPOG00000031828 #22	FGR (ENSCPOG00000015092)	AHDC1 (ENSCPOG00000022607)	WASF2 (ENSCPOG00000012376)	GPR3 (ENSCPOG00000027123)	CD164L2 (ENSCPOG00000022092)	MAP3K6 (ENSCPOG00000012359)	SYTL1 (ENSCPOG00000012354)	TMEM222 (ENSCPOG00000020198)	WDTC1 (ENSCPOG00000012347)	SLC9A1 (ENSCPOG00000035897)	TENT5B (ENSCPOG00000032542)	KDF1 (ENSCPOG00000022999)	NUDC (ENSCPOG00000010413)	NR0B2 (ENSCPOG00000010409)	GPATCH3 (ENSCPOG00000010404)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157108	ENSGT00940000159307	ENSGT00940000155894	ENSGT00390000005870	ENSGT00940000157544	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.db #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Alpin marmot	MODERN SPECIES	16	ARFGEF1 (ENSMMMG00000001982)	CPA6 (ENSMMMG00000001953)	PREX2 (ENSMMMG00000001880)	C8orf34 (ENSMMMG00000001709)	ENSMMMG00000001538	CYP7A1 (ENSMMMG00000001515) #12	UBXN2B (ENSMMMG00000001510) #13	FAM110B (ENSMMMG00000001495) #14	ENSMMMG00000001477 #15	PENK (ENSMMMG00000001467) #17	ENSMMMG00000001408	SDR16C5 (ENSMMMG00000001394) #18	CHCHD7 (ENSMMMG00000001389) #19	PLAG1 (ENSMMMG00000001377) #20	MOS (ENSMMMG00000001371) #21	RPS20 (ENSMMMG00000001350) #22	LYN (ENSMMMG00000001265) #23	TGS1 (ENSMMMG00000001130) #24	TMEM68 (ENSMMMG00000001093) #25	RP1 (ENSMMMG00000001046) #27	ENSMMMG00000001041	SOX17 (ENSMMMG00000001029) #28	ENSMMMG00000001024	MRPL15 (ENSMMMG00000001003) #30	LYPLA1 (ENSMMMG00000000994) #31	TCEA1 (ENSMMMG00000000970) #32	ATP6V1H (ENSMMMG00000000819) #34	OPRK1 (ENSMMMG00000000792) #35	ENSMMMG00000000769	ENSMMMG00000000761	NPBWR1 (ENSMMMG00000000755) #36
Primates	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES	27	ENSMICG00000042671	GRIA4 (ENSMICG00000003112)	MSANTD4 (ENSMICG00000036595)	KBTBD3 (ENSMICG00000030981)	AASDHPPT (ENSMICG00000032630)	ENSMICG00000036566	ENSMICG00000035020	GUCY1A2 (ENSMICG00000004925)	CWF19L2 (ENSMICG00000010853)	ALKBH8 (ENSMICG00000001044)	ELMOD1 (ENSMICG00000001050)	SLC35F2 (ENSMICG00000000245)	ENSMICG00000038149	RAB39A (ENSMICG00000045554)	CUL5 (ENSMICG00000000376)	ENSMICG00000028194 #22	ACAT1 (ENSMICG00000000380)	NPAT (ENSMICG00000000386)	ATM (ENSMICG00000013655)	ENSMICG00000001104	C11orf65 (ENSMICG00000003461)	POGLUT3 (ENSMICG00000003463)	EXPH5 (ENSMICG00000044911)	DDX10 (ENSMICG00000035071)	ZC3H12C (ENSMICG00000011455)	RDX (ENSMICG00000011469)	FDX1 (ENSMICG00000007112)	ENSMICG00000002989	ARHGAP20 (ENSMICG00000029239)	POU2AF2 (ENSMICG00000028357)	POU2AF3 (ENSMICG00000032454)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	31	SNTG1 (ENSMICG00000001818)	ENSMICG00000045521	PCMTD1 (ENSMICG00000003704)	ST18 (ENSMICG00000003705)	ALKAL1 (ENSMICG00000046052)	RB1CC1 (ENSMICG00000000604) #37	CYP7A1 (ENSMICG00000030668) #12	UBXN2B (ENSMICG00000028037) #13	FAM110B (ENSMICG00000041645) #14	ENSMICG00000027477	BPNT2 (ENSMICG00000028623) #15	PENK (ENSMICG00000041439) #17	SDR16C5 (ENSMICG00000011717) #18	CHCHD7 (ENSMICG00000007022) #19	PLAG1 (ENSMICG00000047968) #20	RPS20 (ENSMICG00000034860) #22	LYN (ENSMICG00000031282) #23	TGS1 (ENSMICG00000011199) #24	TMEM68 (ENSMICG00000011190) #25	XKR4 (ENSMICG00000004668) #26	ENSMICG00000031576 #27	SOX17 (ENSMICG00000046540) #28	MRPL15 (ENSMICG00000009779) #30	LYPLA1 (ENSMICG00000015545) #31	TCEA1 (ENSMICG00000029278) #32	RGS20 (ENSMICG00000015672) #33	ATP6V1H (ENSMICG00000015657) #34	ENSMICG00000044219	OPRK1 (ENSMICG00000043008) #35	ENSMICG00000003968 #11	NSMAF (ENSMICG00000003974) #10
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161497	ENSGT00940000159114	ENSGT00940000164349.b	ENSGT00940000155677.b	ENSGT00440000039469	ENSGT00940000158415	ENSGT00390000004663	ENSGT00940000157765	ENSGT00940000155627	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000159782	ENSGT01100000263709	ENSGT00390000015655.a	ENSGT00940000159933	ENSGT00940000156648	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT01030000234626.E	ENSGT00390000012388	ENSGT00670000098061	ENSGT00940000168617.e	ENSGT00510000048394	ENSGT00940000159028	ENSGT00390000011087	ENSGT00550000074980	ENSGT00390000012905	ENSGT00940000158397	ENSGT01090000260082.d.a.b	ENSGT00940000156916	ENSGT00940000154633	ENSGT00390000000586	ENSGT00420000030454
Coquerels sifaka	DUPLICATION
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	760	ENSPCOG00000019189	ENSPCOG00000028357	CARD18 (ENSPCOG00000012524)	GRIA4 (ENSPCOG00000028018)	MSANTD4 (ENSPCOG00000023276)	KBTBD3 (ENSPCOG00000021176)	AASDHPPT (ENSPCOG00000014297)	GUCY1A2 (ENSPCOG00000016375)	ENSPCOG00000015897	CWF19L2 (ENSPCOG00000018032)	ALKBH8 (ENSPCOG00000022645)	ELMOD1 (ENSPCOG00000023055)	SLC35F2 (ENSPCOG00000008427)	RAB39A (ENSPCOG00000019017)	CUL5 (ENSPCOG00000025380)	ENSPCOG00000028494 #22	ACAT1 (ENSPCOG00000023465)	NPAT (ENSPCOG00000016278)	ATM (ENSPCOG00000020514)	ENSPCOG00000014064	C11orf65 (ENSPCOG00000016836)	POGLUT3 (ENSPCOG00000020286)	EXPH5 (ENSPCOG00000018196)	DDX10 (ENSPCOG00000020289)	ZC3H12C (ENSPCOG00000024737)	FDX1 (ENSPCOG00000012522)	ARHGAP20 (ENSPCOG00000018878)	POU2AF2 (ENSPCOG00000023153)	POU2AF3 (ENSPCOG00000004372)	POU2AF1 (ENSPCOG00000015832)	BTG4 (ENSPCOG00000025062)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	280	TMEM143 (ENSPCOG00000013967)	SYNGR4 (ENSPCOG00000024811)	KDELR1 (ENSPCOG00000024282)	GRIN2D (ENSPCOG00000010109)	GRWD1 (ENSPCOG00000009803)	KCNJ14 (ENSPCOG00000017705)	CYTH2 (ENSPCOG00000025849)	LMTK3 (ENSPCOG00000024424)	SULT2B1 (ENSPCOG00000023199)	FAM83E (ENSPCOG00000014605)	RPL18 (ENSPCOG00000026360)	SPHK2 (ENSPCOG00000003039)	DBP (ENSPCOG00000016955)	CA11 (ENSPCOG00000019168)	NTN5 (ENSPCOG00000028425)	ENSPCOG00000003035 #22	MAMSTR (ENSPCOG00000023398)	RASIP1 (ENSPCOG00000003637)	IZUMO1 (ENSPCOG00000018755)	FGF21 (ENSPCOG00000027174)	BCAT2 (ENSPCOG00000022098)	HSD17B14 (ENSPCOG00000020458)	PLEKHA4 (ENSPCOG00000025521)	PPP1R15A (ENSPCOG00000022531)	TULP2 (ENSPCOG00000015059)	NUCB1 (ENSPCOG00000017695)	DHDH (ENSPCOG00000021156)	BAX (ENSPCOG00000021695)	FTL (ENSPCOG00000025790)	GYS1 (ENSPCOG00000026554)	RUVBL2 (ENSPCOG00000027000)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154502.h #11	ENSGT00940000155059.e #10	ENSGT00940000154502.g.b.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00940000153876.B.j.a.b.a	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00910000147347	ENSGT00940000155059.f.b #10	ENSGT00940000154502.g.b.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00940000153876.B.j.a.b.a	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154502.h #11	ENSGT00910000147347	ENSGT00940000155059.f.b #10	ENSGT00940000154502.g.b.a.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	27	CA8 (ENSCSAG00000014368) #8	TOX (ENSCSAG00000014375) #9	ENSCSAG00000014470 #10	ENSCSAG00000014518 #11	CYP7A1 (ENSCSAG00000014532) #12	UBXN2B (ENSCSAG00000014542) #13	FAM110B (ENSCSAG00000018549) #14	ENSCSAG00000018548	BPNT2 (ENSCSAG00000014546) #15	PENK (ENSCSAG00000014552) #17	SDR16C5 (ENSCSAG00000014558) #18	CHCHD7 (ENSCSAG00000014569) #19	PLAG1 (ENSCSAG00000014574) #20	MOS (ENSCSAG00000018547) #21	ENSCSAG00000014589	RPS20 (ENSCSAG00000014597) #22	LYN (ENSCSAG00000014603) #23	TGS1 (ENSCSAG00000014611) #24	TMEM68 (ENSCSAG00000014625) #25	ENSCSAG00000014632	ENSCSAG00000014645	RP1 (ENSCSAG00000014654) #27	SOX17 (ENSCSAG00000014667) #28	ENSCSAG00000018544	MRPL15 (ENSCSAG00000014671) #30	TCEA1 (ENSCSAG00000014680) #32	RGS20 (ENSCSAG00000014690) #33	ATP6V1H (ENSCSAG00000014698) #34	OPRK1 (ENSCSAG00000014703) #35	NPBWR1 (ENSCSAG00000018542) #36	RB1CC1 (ENSCSAG00000014715) #37
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00910000147347	ENSGT00940000155059.f.b #10	ENSGT00940000154502.g.b.a.a #11	ENSGT00940000155762	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00390000004881.z
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00910000147347	ENSGT00940000155059.f.b #10	ENSGT00940000154502.g.b.a.a #11	ENSGT00940000155762	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00390000004881.z	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00910000147783	ENSGT00390000003289 #34
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	792	IL1RAPL1 (ENSPANG00000007585)	ENSPANG00000048760	ENSPANG00000040133	DCAF8L1 (ENSPANG00000024278)	ENSPANG00000049317	MAGEB10 (ENSPANG00000048909)	ENSPANG00000040441	DCAF8L2 (ENSPANG00000046861)	ENSPANG00000034100	ENSPANG00000041552	MAGEB5 (ENSPANG00000035394)	MAGEB18 (ENSPANG00000039076)	ENSPANG00000019440	ENSPANG00000045518	POLA1 (ENSPANG00000010729)	ENSPANG00000039655 #22	ARX (ENSPANG00000008103)	PCYT1B (ENSPANG00000002970)	PDK3 (ENSPANG00000017372)	ENSPANG00000042252	ENSPANG00000049773	ENSPANG00000010730	ENSPANG00000020386	ZFX (ENSPANG00000000982)	ENSPANG00000045157	ENSPANG00000004507	KLHL15 (ENSPANG00000010573)	CXorf58 (ENSPANG00000017030)	APOO (ENSPANG00000009164)	ENSPANG00000010731	SAT1 (ENSPANG00000004013)
Olive baboon	MODERN SPECIES	18	CYP7A1 (ENSPANG00000017844) #12	UBXN2B (ENSPANG00000014734) #13	FAM110B (ENSPANG00000013667) #14	ENSPANG00000041025	ENSPANG00000044863	ENSPANG00000042586	ENSPANG00000042702	ENSPANG00000050330	BPNT2 (ENSPANG00000008388) #15	ENSPANG00000048475	ENSPANG00000050287	PENK (ENSPANG00000015057) #17	SDR16C5 (ENSPANG00000005056) #18	CHCHD7 (ENSPANG00000026089) #19	PLAG1 (ENSPANG00000009705) #20	ENSPANG00000018451 #22	LYN (ENSPANG00000024756) #23	TGS1 (ENSPANG00000018910) #24	TMEM68 (ENSPANG00000009706) #25	XKR4 (ENSPANG00000034384) #26	RP1 (ENSPANG00000005975) #27	ENSPANG00000030917	SOX17 (ENSPANG00000044610) #28	ENSPANG00000049863	ENSPANG00000015007 #30	ENSPANG00000009673 #31	TCEA1 (ENSPANG00000018453) #32	RGS20 (ENSPANG00000017181) #33	ATP6V1H (ENSPANG00000015126) #34	ENSPANG00000032914	OPRK1 (ENSPANG00000009674) #35
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	124	ENSGT00390000004690.a.b.h	ENSGT00940000154509	ENSGT00940000156021	ENSGT00940000155626	ENSGT00940000156710	ENSGT00500000044920	ENSGT00390000005261	ENSGT00910000148039	ENSGT00940000157580	ENSGT00940000160654	ENSGT00940000154433.a.b.l.a	ENSGT00510000048726	ENSGT00940000162193	ENSGT00940000158640	ENSGT00940000159453	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000161471	ENSGT00440000033811	ENSGT00390000003428	ENSGT00390000010172	ENSGT00390000013264.d.f	ENSGT00940000159397	ENSGT00940000154630.b	ENSGT00390000017143	ENSGT00530000064285	ENSGT00940000155341.h	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183132.C	ENSGT00530000063555.A.a.a	ENSGT00930000150941.x.b.b
Drill	MODERN SPECIES	1090	MANF (ENSMLEG00000038782)	ENSMLEG00000029304	DCAF1 (ENSMLEG00000030256)	KIT (ENSMLEG00000040087)	KDR (ENSMLEG00000038992)	SRD5A3 (ENSMLEG00000036587)	TMEM165 (ENSMLEG00000036618)	ENSMLEG00000026848	CLOCK (ENSMLEG00000032159)	PDCL2 (ENSMLEG00000032563)	ENSMLEG00000033206	NMU (ENSMLEG00000001068)	EXOC1L (ENSMLEG00000012366)	EXOC1 (ENSMLEG00000031006)	CEP135 (ENSMLEG00000042514)	ENSMLEG00000016421 #22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	180	ENSCATG00000038972	PDGFRA (ENSCATG00000018830)	KIT (ENSCATG00000004601)	KDR (ENSCATG00000026660)	ENSCATG00000035741	SRD5A3 (ENSCATG00000040052)	TMEM165 (ENSCATG00000036895)	ENSCATG00000017377	CLOCK (ENSCATG00000002646)	PDCL2 (ENSCATG00000041890)	ENSCATG00000040815	NMU (ENSCATG00000000632)	EXOC1L (ENSCATG00000029322)	EXOC1 (ENSCATG00000043473)	CEP135 (ENSCATG00000012612)	ENSCATG00000020059 #22	CRACD (ENSCATG00000034559)	AASDH (ENSCATG00000009332)	PPAT (ENSCATG00000000386)	PAICS (ENSCATG00000036203)	SRP72 (ENSCATG00000008072)	ARL9 (ENSCATG00000031380)	THEGL (ENSCATG00000041268)	ENSCATG00000032783
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155059.f.b #10	ENSGT00940000154502.g.b.a.a #11	ENSGT00940000155762	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00910000147608	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00390000004881.z	ENSGT00940000159123 #33
Pig-tailed macaque	DUPLICATION
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	549																ENSMNEG00000007228 #22	ENSMNEG00000044162	ARX (ENSMNEG00000041141)	POLA1 (ENSMNEG00000031890)	PCYT1B (ENSMNEG00000028533)	PDK3 (ENSMNEG00000044294)	ENSMNEG00000001268	ZFX (ENSMNEG00000045098)	ENSMNEG00000031395	KLHL15 (ENSMNEG00000006144)	CXorf58 (ENSMNEG00000045055)	APOO (ENSMNEG00000021703)	ENSMNEG00000042646	SAT1 (ENSMNEG00000028507)	ACOT9 (ENSMNEG00000034251)	PRDX4 (ENSMNEG00000030258)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	593	CHD4 (ENSMNEG00000044776)	ENSMNEG00000034027	IFFO1 (ENSMNEG00000039291)	GAPDH (ENSMNEG00000040437)	NCAPD2 (ENSMNEG00000038279)	MRPL51 (ENSMNEG00000032063)	ENSMNEG00000040627	VAMP1 (ENSMNEG00000006897)	ENSMNEG00000033079	TAPBPL (ENSMNEG00000013053)	CD27 (ENSMNEG00000007757)	LTBR (ENSMNEG00000030358)	SCNN1A (ENSMNEG00000029812)	TNFRSF1A (ENSMNEG00000030151)	PLEKHG6 (ENSMNEG00000029942)	ENSMNEG00000019715 #22	CD9 (ENSMNEG00000042314)	VWF (ENSMNEG00000042662)	ANO2 (ENSMNEG00000032451)	NTF3 (ENSMNEG00000040348)	KCNA5 (ENSMNEG00000002803)	KCNA1 (ENSMNEG00000000927)	KCNA6 (ENSMNEG00000028058)	ENSMNEG00000031558	GALNT8 (ENSMNEG00000019623)	NDUFA9 (ENSMNEG00000038549)	ENSMNEG00000032661	AKAP3 (ENSMNEG00000030253)	DYRK4 (ENSMNEG00000032078)	RAD51AP1 (ENSMNEG00000031816)	C12orf4 (ENSMNEG00000029537)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	272	SPIN1 (ENSMNEG00000038251)	NXNL2 (ENSMNEG00000014676)	ENSMNEG00000037607	ENSMNEG00000031176	S1PR3 (ENSMNEG00000007167)	ENSMNEG00000018696	SHC3 (ENSMNEG00000036450)	CKS2 (ENSMNEG00000032033)	SECISBP2 (ENSMNEG00000031737)	SEMA4D (ENSMNEG00000033475)	GADD45G (ENSMNEG00000042753)	ENSMNEG00000012312	DIRAS2 (ENSMNEG00000003176)	SYK (ENSMNEG00000037700)	AUH (ENSMNEG00000044070)	ENSMNEG00000015556 #22	NFIL3 (ENSMNEG00000028212)	ROR2 (ENSMNEG00000041877)	SPTLC1 (ENSMNEG00000021594)	ENSMNEG00000006043	ENSMNEG00000035499	IARS1 (ENSMNEG00000018792)	NOL8 (ENSMNEG00000036927)	CENPP (ENSMNEG00000040692)	OGN (ENSMNEG00000024272)	OMD (ENSMNEG00000040476)	ASPN (ENSMNEG00000034619)	ECM2 (ENSMNEG00000044237)	IPPK (ENSMNEG00000040673)	BICD2 (ENSMNEG00000044602)	FGD3 (ENSMNEG00000035382)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00910000147170	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059.f.a.b #10	ENSGT00940000154502.h #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT01040000240559.a.a.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00910000147783	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	18	TOX (ENSMFAG00000017703) #9	NSMAF (ENSMFAG00000003576) #10	SDCBP (ENSMFAG00000037999) #11	ENSMFAG00000049240	CYP7A1 (ENSMFAG00000041863) #12	UBXN2B (ENSMFAG00000014095) #13	FAM110B (ENSMFAG00000038229) #14	BPNT2 (ENSMFAG00000034283) #15	ENSMFAG00000061878	PENK (ENSMFAG00000031729) #17	ENSMFAG00000059119	SDR16C5 (ENSMFAG00000002079) #18	ENSMFAG00000040366 #19	PLAG1 (ENSMFAG00000030888) #20	MOS (ENSMFAG00000012716) #21	RPS20 (ENSMFAG00000053482) #22	ENSMFAG00000049803	LYN (ENSMFAG00000043272) #23	ENSMFAG00000059898	TGS1 (ENSMFAG00000029838) #24	TMEM68 (ENSMFAG00000019904) #25	XKR4 (ENSMFAG00000039071) #26	RP1 (ENSMFAG00000038067) #27	SOX17 (ENSMFAG00000056293) #28	ENSMFAG00000062730	ENSMFAG00000064062	MRPL15 (ENSMFAG00000000491) #30	ENSMFAG00000057104	TCEA1 (ENSMFAG00000041675) #32	RGS20 (ENSMFAG00000031333) #33	ENSMFAG00000064802
Rhesus	DUPLICATION
Rhesus	MODERN SPECIES	327	TASL (ENSMMUG00000012710)	NR0B1 (ENSMMUG00000012775)	MAGEB1 (ENSMMUG00000012774)	MAGEB3 (ENSMMUG00000012772)	ENSMMUG00000057867	IL1RAPL1 (ENSMMUG00000001663)	ENSMMUG00000050066	MAGEB10 (ENSMMUG00000022849)	DCAF8L1 (ENSMMUG00000003918)	ENSMMUG00000060474	ENSMMUG00000061434	MAGEB5 (ENSMMUG00000044123)	ENSMMUG00000037513	MAGEB18 (ENSMMUG00000010056)	ENSMMUG00000056114	ENSMMUG00000045362 #22	ARX (ENSMMUG00000055034)	POLA1 (ENSMMUG00000018433)	PCYT1B (ENSMMUG00000012821)	PDK3 (ENSMMUG00000012819)	ENSMMUG00000042416	ENSMMUG00000042317	ENSMMUG00000032498	ZFX (ENSMMUG00000009801)	ENSMMUG00000006979	KLHL15 (ENSMMUG00000037633)	CXHXorf58 (ENSMMUG00000064452)	APOO (ENSMMUG00000016361)	ENSMMUG00000057253	SAT1 (ENSMMUG00000060580)	ACOT9 (ENSMMUG00000018824)
Rhesus	MODERN SPECIES	10	ENSMMUG00000060263	TSHZ3 (ENSMMUG00000014028)	ZNF536 (ENSMMUG00000063586)	ENSMMUG00000058273	URI1 (ENSMMUG00000018441)	CCNE1 (ENSMMUG00000020668)	C19H19orf12 (ENSMMUG00000021690)	PLEKHF1 (ENSMMUG00000011373)	POP4 (ENSMMUG00000017424)	VSTM2B (ENSMMUG00000007392)	ENSMMUG00000008417	ENSMMUG00000012013	ENSMMUG00000040891	ENSMMUG00000053639	ZNF254 (ENSMMUG00000052284)	ENSMMUG00000065175 #22	ENSMMUG00000061458	ZNF726 (ENSMMUG00000003645)	ENSMMUG00000003688	ENSMMUG00000062694	ENSMMUG00000037794	ENSMMUG00000063831	ENSMMUG00000064404	ENSMMUG00000045698	ENSMMUG00000059643	ENSMMUG00000028816	ENSMMUG00000053961	ENSMMUG00000038943	ENSMMUG00000060408	ENSMMUG00000062521	ENSMMUG00000064561
Rhesus	MODERN SPECIES	18	ENSMMUG00000017297 #10	SDCBP (ENSMMUG00000017296) #11	ENSMMUG00000010354	CYP7A1 (ENSMMUG00000006543) #12	ENSMMUG00000064769	UBXN2B (ENSMMUG00000001100) #13	FAM110B (ENSMMUG00000055289) #14	ENSMMUG00000053023	BPNT2 (ENSMMUG00000014650) #15	PENK (ENSMMUG00000006775) #17	ENSMMUG00000052791	SDR16C5 (ENSMMUG00000014810) #18	CHCHD7 (ENSMMUG00000046464) #19	PLAG1 (ENSMMUG00000061268) #20	MOS (ENSMMUG00000015236) #21	RPS20 (ENSMMUG00000053276) #22	LYN (ENSMMUG00000014149) #23	ENSMMUG00000058606	TGS1 (ENSMMUG00000005478) #24	TMEM68 (ENSMMUG00000005477) #25	ENSMMUG00000055000	XKR4 (ENSMMUG00000003733) #26	RP1 (ENSMMUG00000014640) #27	ENSMMUG00000000082	SOX17 (ENSMMUG00000063192) #28	ENSMMUG00000051150	MRPL15 (ENSMMUG00000005539) #30	LYPLA1 (ENSMMUG00000013157) #31	TCEA1 (ENSMMUG00000016022) #32	RGS20 (ENSMMUG00000015417) #33	ATP6V1H (ENSMMUG00000004064) #34
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1026								GCG (ENSRBIG00000037468)	FAP (ENSRBIG00000038012)	IFIH1 (ENSRBIG00000029188)	GCA (ENSRBIG00000000271)	ENSRBIG00000034718	KCNH7 (ENSRBIG00000039134)	ENSRBIG00000030858	FIGN (ENSRBIG00000031693)	ENSRBIG00000029608 #22
Golden snub-nosed monkey	DUPLICATION
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2663														ENSRROG00000031199	NONO (ENSRROG00000043203)	ENSRROG00000023407 #22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1766	KRT3 (ENSRROG00000037448)	KRT79 (ENSRROG00000039228)	KRT76 (ENSRROG00000008365)	ENSRROG00000029941	ENSRROG00000037989	ENSRROG00000031377	ENSRROG00000038431	EIF4B (ENSRROG00000033336)	TNS2 (ENSRROG00000040696)	SPRYD3 (ENSRROG00000036435)	IGFBP6 (ENSRROG00000028720)	SOAT2 (ENSRROG00000043344)	CSAD (ENSRROG00000036761)	ZNF740 (ENSRROG00000037136)	ITGB7 (ENSRROG00000028868)	ENSRROG00000007396 #22	RARG (ENSRROG00000034892)	MFSD5 (ENSRROG00000037319)	ESPL1 (ENSRROG00000043464)	ENSRROG00000042206	MYG1 (ENSRROG00000030453)	AAAS (ENSRROG00000040227)	SP7 (ENSRROG00000029296)	SP1 (ENSRROG00000029551)	AMHR2 (ENSRROG00000035137)	ENSRROG00000043448	PCBP2 (ENSRROG00000041377)	MAP3K12 (ENSRROG00000029455)	TARBP2 (ENSRROG00000044783)	NPFF (ENSRROG00000042539)	ATF7 (ENSRROG00000031964)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00910000147347	ENSGT00940000155059.e #10	ENSGT00940000154502.g.b.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00940000153876.B.j.a.b.a	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00390000005254.i.a.b.n.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a #31	ENSGT00940000154185.l.a.b #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Gibbon	DUPLICATION
Gibbon	MODERN SPECIES	11	ENSNLEG00000018377	PSMD7 (ENSNLEG00000032555)	WWP2 (ENSNLEG00000005599)	ENSNLEG00000030907	NOB1 (ENSNLEG00000005572)	NQO1 (ENSNLEG00000032087)	NFAT5 (ENSNLEG00000005522)	CYB5B (ENSNLEG00000005515)	TERF2 (ENSNLEG00000005506)	TMED6 (ENSNLEG00000005500)	NIP7 (ENSNLEG00000005492)	ENSNLEG00000005489	PDF (ENSNLEG00000005487)	VPS4A (ENSNLEG00000005466)	SNTB2 (ENSNLEG00000005458)	ENSNLEG00000034238 #22	ENSNLEG00000030234	UTP4 (ENSNLEG00000005420)	CHTF8 (ENSNLEG00000005415)	HAS3 (ENSNLEG00000005404)	TANGO6 (ENSNLEG00000005380)	CDH1 (ENSNLEG00000005326)	CDH3 (ENSNLEG00000005301)	ENSNLEG00000029786	ZFP90 (ENSNLEG00000005294)	ENSNLEG00000034725	SMPD3 (ENSNLEG00000005281)	PRMT7 (ENSNLEG00000005240)	ENSNLEG00000031669	SLC7A6OS (ENSNLEG00000005228)	SLC7A6 (ENSNLEG00000028930)
Gibbon	MODERN SPECIES	19	PSTPIP2 (ENSNLEG00000010965)	ATP5F1A (ENSNLEG00000010973)	HAUS1 (ENSNLEG00000011216)	C18orf25 (ENSNLEG00000011251)	RNF165 (ENSNLEG00000011270)	LOXHD1 (ENSNLEG00000011276)	ST8SIA5 (ENSNLEG00000011343)	PIAS2 (ENSNLEG00000011351)	ENSNLEG00000032966	ENSNLEG00000031576	ENSNLEG00000034552	ENSNLEG00000026544	ELOA2 (ENSNLEG00000011422)	KATNAL2 (ENSNLEG00000011402)	HDHD2 (ENSNLEG00000036069)	ENSNLEG00000029962 #22	IER3IP1 (ENSNLEG00000011450)	ENSNLEG00000029297	ENSNLEG00000029516	ENSNLEG00000011462	SMAD2 (ENSNLEG00000011463)	ZBTB7C (ENSNLEG00000011492)	ENSNLEG00000011500	ENSNLEG00000030200	CTIF (ENSNLEG00000011503)	SMAD7 (ENSNLEG00000034951)	ENSNLEG00000032202	ENSNLEG00000011539	C18orf32 (ENSNLEG00000011553)	ENSNLEG00000029836	ENSNLEG00000034341
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00910000147347	ENSGT00940000155059.e #10	ENSGT00940000154502.g.b.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00940000153876.B.j.a.b.a	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00390000005254.i.a.b.n.a	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a #31	ENSGT00940000154185.l.a.b #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155059.e #10	ENSGT00940000154502.g.b.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b.d #13	ENSGT00940000153876.B.j.a.b.a	ENSGT00520000055567.a.a.b.c.a #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00910000148739	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.f.c.b	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a #31	ENSGT00940000154185.l.a.b.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155059.f.b #10	ENSGT00940000154502.h #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b.d #13	ENSGT00940000153876.B.j.a.b.a	ENSGT00520000055567.a.a.b.c.a #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00910000148739	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.f.c.b	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a #31	ENSGT00940000154185.l.a.b.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Human	MODERN SPECIES	20	CHD7 (ENSG00000171316)	RAB2A (ENSG00000104388) #7	CA8 (ENSG00000178538) #8	TOX (ENSG00000198846) #9	NSMAF (ENSG00000035681) #10	SDCBP (ENSG00000137575) #11	CYP7A1 (ENSG00000167910) #12	UBXN2B (ENSG00000215114) #13	FAM110B (ENSG00000169122) #14	BPNT2 (ENSG00000104331) #15	PENK (ENSG00000181195) #17	SDR16C5 (ENSG00000170786) #18	CHCHD7 (ENSG00000170791) #19	PLAG1 (ENSG00000181690) #20	MOS (ENSG00000172680) #21	RPS20 (ENSG00000008988) #22	LYN (ENSG00000254087) #23	TGS1 (ENSG00000137574) #24	TMEM68 (ENSG00000167904) #25	XKR4 (ENSG00000206579) #26	RP1 (ENSG00000104237) #27	SOX17 (ENSG00000164736) #28	MRPL15 (ENSG00000137547) #30	LYPLA1 (ENSG00000120992) #31	TCEA1 (ENSG00000187735) #32	RGS20 (ENSG00000147509) #33	ATP6V1H (ENSG00000047249) #34	OPRK1 (ENSG00000082556) #35	NPBWR1 (ENSG00000288611) #36	RB1CC1 (ENSG00000023287) #37	ALKAL1 (ENSG00000196711)
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22
Bonobo	DUPLICATION
Bonobo	MODERN SPECIES	18	FAM174A (ENSPPAG00000021592)	ST8SIA4 (ENSPPAG00000033695)	ENSPPAG00000024337	SLCO4C1 (ENSPPAG00000043922)	SLCO6A1 (ENSPPAG00000026067)	PAM (ENSPPAG00000029053)	ENSPPAG00000034972	GIN1 (ENSPPAG00000034818)	PPIP5K2 (ENSPPAG00000027206)	MACIR (ENSPPAG00000021533)	NUDT12 (ENSPPAG00000036756)	ENSPPAG00000030911	EFNA5 (ENSPPAG00000014646)	ENSPPAG00000029397	ENSPPAG00000028652	ENSPPAG00000035591 #22	FER (ENSPPAG00000039597)	ENSPPAG00000043941	ENSPPAG00000035716	PJA2 (ENSPPAG00000039234)	MAN2A1 (ENSPPAG00000037961)	ENSPPAG00000036482	ENSPPAG00000001922	TMEM232 (ENSPPAG00000039615)	SLC25A46 (ENSPPAG00000042617)	ENSPPAG00000029536	TSLP (ENSPPAG00000037495)	ENSPPAG00000043068	WDR36 (ENSPPAG00000023560)	ENSPPAG00000029092	CAMK4 (ENSPPAG00000041231)
Bonobo	DUPLICATION
Bonobo	MODERN SPECIES	14				PAX8 (ENSPPAG00000031225)	PSD4 (ENSPPAG00000033376)	IL1RN (ENSPPAG00000015989)	IL1F10 (ENSPPAG00000043667)	IL36RN (ENSPPAG00000041031)	IL36A (ENSPPAG00000029741)	IL36G (ENSPPAG00000043332)	IL1B (ENSPPAG00000040259)	IL1A (ENSPPAG00000032352)	CKAP2L (ENSPPAG00000028692)	NT5DC4 (ENSPPAG00000042503)	SLC20A1 (ENSPPAG00000028697)	ENSPPAG00000040293 #22	ENSPPAG00000044134	POLR1B (ENSPPAG00000002774)	TTL (ENSPPAG00000031340)	ZC3H6 (ENSPPAG00000030495)	ZC3H8 (ENSPPAG00000028071)	FBLN7 (ENSPPAG00000031204)	TMEM87B (ENSPPAG00000029775)	ENSPPAG00000008003	MERTK (ENSPPAG00000030353)	ENSPPAG00000005462	BCL2L11 (ENSPPAG00000040431)	ACOXL (ENSPPAG00000039043)	BUB1 (ENSPPAG00000039224)	ENSPPAG00000011690	ENSPPAG00000042220
Bonobo	MODERN SPECIES	22	ENSPPAG00000040048	VPS13A (ENSPPAG00000005660)	ENSPPAG00000041248	PRUNE2 (ENSPPAG00000030555)	GCNT1 (ENSPPAG00000018525)	RFK (ENSPPAG00000044017)	PCSK5 (ENSPPAG00000027360)	OSTF1 (ENSPPAG00000039936)	NMRK1 (ENSPPAG00000033100)	CARNMT1 (ENSPPAG00000038872)	ENSPPAG00000035253	TRPM6 (ENSPPAG00000030433)	RORB (ENSPPAG00000027216)	ANXA1 (ENSPPAG00000030576)	ALDH1A1 (ENSPPAG00000027865)	ENSPPAG00000042355 #22	TMC1 (ENSPPAG00000032378)	ENSPPAG00000015947	ZFAND5 (ENSPPAG00000027676)	GDA (ENSPPAG00000038576)	ENSPPAG00000012888	ENSPPAG00000039954	ABHD17B (ENSPPAG00000033499)	CEMIP2 (ENSPPAG00000042282)	TRPM3 (ENSPPAG00000031896)	KLF9 (ENSPPAG00000039025)	ENSPPAG00000010462	MAMDC2 (ENSPPAG00000033004)	CFAP95 (ENSPPAG00000027896)	PTAR1 (ENSPPAG00000027910)	ENSPPAG00000041522
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000153571.a.eb	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.m #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000153571.a.eb	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000009040.l #30	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.k.a #30	ENSGT00940000154185.m #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Marmoset	MODERN SPECIES	21															ANHX (ENSCJAG00000002388)	ENSCJAG00000085636 #22	ZNF268 (ENSCJAG00000013112)	ZNF891 (ENSCJAG00000023027)	ZNF140 (ENSCJAG00000076252)	ZNF84 (ENSCJAG00000059441)	ZNF26 (ENSCJAG00000013090)	ZNF605 (ENSCJAG00000013074)	CHFR (ENSCJAG00000013030)	ENSCJAG00000078028	GOLGA3 (ENSCJAG00000013000)	ANKLE2 (ENSCJAG00000012978)	ENSCJAG00000041324	ENSCJAG00000041980	ENSCJAG00000023026	POLE (ENSCJAG00000012853)	P2RX2 (ENSCJAG00000012817)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	182															ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	73									ENSCCAG00000019923	PENK (ENSCCAG00000035952) #17	SDR16C5 (ENSCCAG00000032603) #18	CHCHD7 (ENSCCAG00000029296) #19	PLAG1 (ENSCCAG00000038024) #20	ENSCCAG00000026535	MOS (ENSCCAG00000011184) #21	RPS20 (ENSCCAG00000023603) #22	ENSCCAG00000034786	LYN (ENSCCAG00000026427) #23	TGS1 (ENSCCAG00000030476) #24	TMEM68 (ENSCCAG00000037608) #25	XKR4 (ENSCCAG00000032075) #26	RP1 (ENSCCAG00000030036) #27	ENSCCAG00000030682	SOX17 (ENSCCAG00000034190) #28	ENSCCAG00000032567	ENSCCAG00000018866 ##22	ENSCCAG00000000796	ENSCCAG00000036893 #30	ENSCCAG00000023731 #31	TCEA1 (ENSCCAG00000018619) #32	RGS20 (ENSCCAG00000029095) #33
Capuchin	MODERN SPECIES	109						CFAP418 (ENSCCAG00000029098)	PLEKHF2 (ENSCCAG00000019372)	NDUFAF6 (ENSCCAG00000030934)	TP53INP1 (ENSCCAG00000026030)	CCNE2 (ENSCCAG00000020230)	INTS8 (ENSCCAG00000037448)	ENSCCAG00000028912	DPY19L4 (ENSCCAG00000032282)	ENSCCAG00000028859	ESRP1 (ENSCCAG00000021066)	ENSCCAG00000009664 #22	VIRMA (ENSCCAG00000036600)	RAD54B (ENSCCAG00000011754)	GEM (ENSCCAG00000005600)	CDH17 (ENSCCAG00000028997)	ENSCCAG00000033599	PDP1 (ENSCCAG00000036931)	ENSCCAG00000021460	TMEM67 (ENSCCAG00000026829)	CIBAR1 (ENSCCAG00000034321)	TRIQK (ENSCCAG00000021343)	RUNX1T1 (ENSCCAG00000025365)	SLC26A7 (ENSCCAG00000017342)	LRRC69 (ENSCCAG00000032597)	OTUD6B (ENSCCAG00000027195)	PIP4P2 (ENSCCAG00000026867)
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	119	LTK (ENSSBOG00000020788)	ITPKA (ENSSBOG00000020388)	RTF1 (ENSSBOG00000034017)	NDUFAF1 (ENSSBOG00000026366)	NUSAP1 (ENSSBOG00000021334)	OIP5 (ENSSBOG00000031279)	CHP1 (ENSSBOG00000030633)	EXD1 (ENSSBOG00000024842)	INO80 (ENSSBOG00000023493)	ENSSBOG00000018259	CHAC1 (ENSSBOG00000013242)	DLL4 (ENSSBOG00000034833)	VPS18 (ENSSBOG00000031303)	RHOV (ENSSBOG00000019703)	SPINT1 (ENSSBOG00000025282)	ENSSBOG00000012627 #22	ENSSBOG00000030630	ZFYVE19 (ENSSBOG00000030932)	ENSSBOG00000032474	C15orf62 (ENSSBOG00000019131)	GCHFR (ENSSBOG00000031190)	RMDN3 (ENSSBOG00000024868)	RAD51 (ENSSBOG00000022885)	KNL1 (ENSSBOG00000028937)	ENSSBOG00000033044	RPUSD2 (ENSSBOG00000035031)	CCDC32 (ENSSBOG00000031392)	ENSSBOG00000006100	BAHD1 (ENSSBOG00000031940)	IVD (ENSSBOG00000033803)	ENSSBOG00000035522
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	206	LZTR1 (ENSSBOG00000025324)	AIFM3 (ENSSBOG00000024530)	CRKL (ENSSBOG00000025677)	ENSSBOG00000031068	SNAP29 (ENSSBOG00000024243)	SERPIND1 (ENSSBOG00000029675)	PI4KA (ENSSBOG00000020419)	ENSSBOG00000029430	HIC2 (ENSSBOG00000026991)	ENSSBOG00000022483	YDJC (ENSSBOG00000029769)	CCDC116 (ENSSBOG00000025610)	SDF2L1 (ENSSBOG00000028571)	PPIL2 (ENSSBOG00000026597)	YPEL1 (ENSSBOG00000025556)	ENSSBOG00000023529 #22	MAPK1 (ENSSBOG00000028316)	ENSSBOG00000022395	PPM1F (ENSSBOG00000024402)	ENSSBOG00000021563	ENSSBOG00000022927	ENSSBOG00000017703	ENSSBOG00000030994	ENSSBOG00000024053
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	51							STBD1 (ENSSBOG00000030295)	CCDC158 (ENSSBOG00000033721)	ENSSBOG00000021934	ENSSBOG00000033914	SHROOM3 (ENSSBOG00000018112)	SEPTIN11 (ENSSBOG00000020488)	ENSSBOG00000025539	CCNI (ENSSBOG00000035507)	ENSSBOG00000035303	ENSSBOG00000017033 #22	CCNG2 (ENSSBOG00000020531)	ENSSBOG00000020872	ENSSBOG00000020463	ENSSBOG00000034318	CXCL13 (ENSSBOG00000027580)	CNOT6L (ENSSBOG00000028521)	ENSSBOG00000005784	ENSSBOG00000020474	FRAS1 (ENSSBOG00000034612)	ENSSBOG00000033139	ANXA3 (ENSSBOG00000035199)	BMP2K (ENSSBOG00000026807)	PAQR3 (ENSSBOG00000018736)	ENSSBOG00000026056	ANTXR2 (ENSSBOG00000028910)
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1366	SPART (ENSANAG00000031821)	CCDC169 (ENSANAG00000027605)	SOHLH2 (ENSANAG00000027740)	ENSANAG00000034415	NBEA (ENSANAG00000035835)	MAB21L1 (ENSANAG00000006106)	ENSANAG00000013822	RFC3 (ENSANAG00000020441)	ENSANAG00000025512	ENSANAG00000029740	STARD13 (ENSANAG00000018248)	ENSANAG00000030076	KL (ENSANAG00000028905)	PDS5B (ENSANAG00000020920)	ENSANAG00000037444	ENSANAG00000011089 #22	ENSANAG00000019223	N4BP2L1 (ENSANAG00000029400)	BRCA2 (ENSANAG00000025577)	ZAR1L (ENSANAG00000037320)	FRY (ENSANAG00000030749)	ENSANAG00000031194	RXFP2 (ENSANAG00000034315)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	561																ENSANAG00000031741 #22	PTEN (ENSANAG00000033430)	KLLN (ENSANAG00000033415)	ATAD1 (ENSANAG00000029977)	PAPSS2 (ENSANAG00000035795)	MINPP1 (ENSANAG00000035646)	ENSANAG00000030500	ENSANAG00000030316	ENSANAG00000029474	SGMS1 (ENSANAG00000020922)	ENSANAG00000030762	A1CF (ENSANAG00000019974)	ENSANAG00000027508	PRKG1 (ENSANAG00000026052)	DKK1 (ENSANAG00000020791)	ENSANAG00000025343
Tarsier	DUPLICATION
Tarsier	MODERN SPECIES	3082															COL25A1 (ENSTSYG00000012855)	ENSTSYG00000025797 #22	ETNPPL (ENSTSYG00000004285)	OSTC (ENSTSYG00000035920)	RPL34 (ENSTSYG00000001781)	ENSTSYG00000027966
Tarsier	MODERN SPECIES	6006				KIF14 (ENSTSYG00000008740)	DDX59 (ENSTSYG00000013832)	CAMSAP2 (ENSTSYG00000008900)	INAVA (ENSTSYG00000005312)	KIF21B (ENSTSYG00000006540)	CACNA1S (ENSTSYG00000002790)	TMEM9 (ENSTSYG00000001525)	ENSTSYG00000033602	PKP1 (ENSTSYG00000004506)	TNNT2 (ENSTSYG00000036459)	LAD1 (ENSTSYG00000009029)	TNNI1 (ENSTSYG00000037146)	RPS20 (ENSTSYG00000030243) #22	PHLDA3 (ENSTSYG00000028139)	CSRP1 (ENSTSYG00000006136)	NAV1 (ENSTSYG00000014353)	IPO9 (ENSTSYG00000009534)	SHISA4 (ENSTSYG00000033087)	LMOD1 (ENSTSYG00000029478)	TIMM17A (ENSTSYG00000011606)	RNPEP (ENSTSYG00000029079)	ELF3 (ENSTSYG00000002998)
Tarsier	MODERN SPECIES	1105																RPS20 (ENSTSYG00000033137) #22	LYN (ENSTSYG00000000607) #23
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	564												ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	1927																ENSDNOG00000033422 #22	EGR2 (ENSDNOG00000048621)	ADO (ENSDNOG00000048738)	ZNF365 (ENSDNOG00000007049)	RTKN2 (ENSDNOG00000038486)	ARID5B (ENSDNOG00000043861)	CABCOCO1 (ENSDNOG00000034594)
Armadillo	MODERN SPECIES	695												SDR16C5 (ENSDNOG00000036542) #18	CHCHD7 (ENSDNOG00000014484) #19	PLAG1 (ENSDNOG00000041438) #20	MOS (ENSDNOG00000008331) #21	ENSDNOG00000034693 #22	LYN (ENSDNOG00000014741) #23	TGS1 (ENSDNOG00000008353) #24	TMEM68 (ENSDNOG00000044009) #25	ENSDNOG00000009644 #26	ENSDNOG00000046187
Armadillo	MODERN SPECIES	1154	ENSDNOG00000009228	VEPH1 (ENSDNOG00000015818)	PTX3 (ENSDNOG00000036438)	ENSDNOG00000031998	CCNL1 (ENSDNOG00000009325)	ENSDNOG00000039650	ENSDNOG00000031446	ENSDNOG00000046381	TIPARP (ENSDNOG00000006676)	ENSDNOG00000048811	ENSDNOG00000000752	KCNAB1 (ENSDNOG00000000745)	ENSDNOG00000038913	ENSDNOG00000019348	GMPS (ENSDNOG00000017772)	ENSDNOG00000040652 #22	SLC33A1 (ENSDNOG00000045008)	C3orf33 (ENSDNOG00000031969)	PLCH1 (ENSDNOG00000008919)	ENSDNOG00000041013
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	173							ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	12742																ENSETEG00000009392 #22
Tenrec	MODERN SPECIES	190																ENSETEG00000003394 #22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	175							ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31
Hyrax	MODERN SPECIES	8847																RPS20 (ENSPCAG00000004300) #22
Elephant	MODERN SPECIES	557					METRNL (ENSLAFG00000020822)	CYP7A1 (ENSLAFG00000006242) #12	UBXN2B (ENSLAFG00000020868) #13	FAM110B (ENSLAFG00000015139) #14	BPNT2 (ENSLAFG00000004652) #15	PENK (ENSLAFG00000002757) #17	SDR16C5 (ENSLAFG00000013161) #18	CHCHD7 (ENSLAFG00000017177) #19	PLAG1 (ENSLAFG00000013617) #20	MOS (ENSLAFG00000006188) #21	ENSLAFG00000026686	RPS20 (ENSLAFG00000002515) #22	LYN (ENSLAFG00000007811) #23	TGS1 (ENSLAFG00000015386) #24	TMEM68 (ENSLAFG00000014168) #25	XKR4 (ENSLAFG00000008709) #26	RP1 (ENSLAFG00000022734) #27	SOX17 (ENSLAFG00000028829) #28	MRPL15 (ENSLAFG00000008830) #30	LYPLA1 (ENSLAFG00000028778) #31	NPBWR1 (ENSLAFG00000001447) #36	RB1CC1 (ENSLAFG00000015909) #37	ST18 (ENSLAFG00000004212)	PCMTD1 (ENSLAFG00000014089)	ENSLAFG00000027761
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153886.a.b.d #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694.rb #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153886.a.b.d #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694.rb #28	ENSGT00940000156694.qb #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Tasmanian devil	MODERN SPECIES		ENSSHAG00000021182 #7	CA8 (ENSSHAG00000007782) #8	TOX (ENSSHAG00000007522) #9	NSMAF (ENSSHAG00000012487) #10	SDCBP (ENSSHAG00000012826) #11	CYP7A1 (ENSSHAG00000013201) #12	UBXN2B (ENSSHAG00000003004) #13	FAM110B (ENSSHAG00000024247) #14	BPNT2 (ENSSHAG00000030599) #15	PENK (ENSSHAG00000022421) #17	ENSSHAG00000024007	SDR16C5 (ENSSHAG00000009512) #18	CHCHD7 (ENSSHAG00000010193) #19	PLAG1 (ENSSHAG00000010371) #20	MOS (ENSSHAG00000030233) #21	RPS20 (ENSSHAG00000031978) #22	LYN (ENSSHAG00000011662) #23	TGS1 (ENSSHAG00000012878) #24	TMEM68 (ENSSHAG00000030996) #25	XKR4 (ENSSHAG00000024606) #26	ENSSHAG00000009787 #27	ENSSHAG00000011351 #28	ENSSHAG00000027123 #28	MRPL15 (ENSSHAG00000013435) #30	LYPLA1 (ENSSHAG00000027960) #31	ENSSHAG00000025222 #32	ENSSHAG00000023280 #33	ENSSHAG00000026155	ATP6V1H (ENSSHAG00000014375) #34	OPRK1 (ENSSHAG00000032283) #35	NPBWR1 (ENSSHAG00000006572) #36
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153886.a.b.d #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000177933	ENSGT00940000159905
Wallaby	MODERN SPECIES	11075																RPS20 (ENSMEUG00000014171) #22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153886.a.b.d #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.a #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000177933	ENSGT00940000159905
koala	MODERN SPECIES	110	ENSPCIG00000000024 #7	CA8 (ENSPCIG00000000022) #8	ENSPCIG00000000020	TOX (ENSPCIG00000032348) #9	NSMAF (ENSPCIG00000000016) #10	SDCBP (ENSPCIG00000000015) #11	CYP7A1 (ENSPCIG00000005169) #12	UBXN2B (ENSPCIG00000005156) #13	FAM110B (ENSPCIG00000013271) #14	BPNT2 (ENSPCIG00000013018) #15	PENK (ENSPCIG00000016638) #17	SDR16C5 (ENSPCIG00000011567) #18	CHCHD7 (ENSPCIG00000011568) #19	PLAG1 (ENSPCIG00000011571) #20	MOS (ENSPCIG00000011573) #21	RPS20 (ENSPCIG00000011576) #22	LYN (ENSPCIG00000016237) #23	TGS1 (ENSPCIG00000016232) #24	TMEM68 (ENSPCIG00000016228) #25	ENSPCIG00000011774	ENSPCIG00000011781 #28	ENSPCIG00000011782 #28	ENSPCIG00000024928	MRPL15 (ENSPCIG00000011783) #30	LYPLA1 (ENSPCIG00000011784) #31	ENSPCIG00000011786 #32	ENSPCIG00000011787 #33	ATP6V1H (ENSPCIG00000011788) #34	OPRK1 (ENSPCIG00000011789) #35	NPBWR1 (ENSPCIG00000016798) #36	ENSPCIG00000030880
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	MODERN SPECIES	1064	ABCC9 (ENSVURG00010016276)	KCNJ8 (ENSVURG00010016410)	LDHB (ENSVURG00010016421)	GYS2 (ENSVURG00010016441)	ENSVURG00010016461	GOLT1B (ENSVURG00010016474)	RECQL (ENSVURG00010016484)	PYROXD1 (ENSVURG00010016502)	ENSVURG00010016537	SLCO1A2 (ENSVURG00010016568)	ENSVURG00010016769	SLCO1C1 (ENSVURG00010016901)	PDE3A (ENSVURG00010016911)	AEBP2 (ENSVURG00010016921)	PLEKHA5 (ENSVURG00010016942)	ENSVURG00010017008 #22	CAPZA3 (ENSVURG00010017010)	PLCZ1 (ENSVURG00010017021)	ENSVURG00010017090	ENSVURG00010017100	LMO3 (ENSVURG00010017118)	MGST1 (ENSVURG00010017195)	SLC15A5 (ENSVURG00010017212)	DERA (ENSVURG00010017235)	STRAP (ENSVURG00010017251)	EPS8 (ENSVURG00010017309)	PTPRO (ENSVURG00010017425)	RERG (ENSVURG00010017487)	ENSVURG00010017492	PDE6H (ENSVURG00010017494)	ARHGDIB (ENSVURG00010017504)
Common wonbat	MODERN SPECIES	1048	ENSVURG00010020551	ENSVURG00010020540 #9	ENSVURG00010020495 #10	ENSVURG00010020487 #11	ENSVURG00010020451 #12	ENSVURG00010020433 #13	ENSVURG00010020425 #14	ENSVURG00010020408	ENSVURG00010020396 #15	ENSVURG00010020387 #17	ENSVURG00010020378	ENSVURG00010020372 #18	ENSVURG00010020342 #19	ENSVURG00010020326 #20	ENSVURG00010020321 #21	ENSVURG00010020309 #22	ENSVURG00010020295 #23	ENSVURG00010020230 #24	ENSVURG00010020218 #25
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Common wonbat	MODERN SPECIES	1049	ARL5A (ENSVURG00010019249)	NEB (ENSVURG00010019306)	RIF1 (ENSVURG00010019510)	TNFAIP6 (ENSVURG00010019533)	NMI (ENSVURG00010019539)	ENSVURG00010019544	RND3 (ENSVURG00010019553)	MMADHC (ENSVURG00010019562)	SPART (ENSVURG00010019598)	ENSVURG00010019614	ENSVURG00010019621	DCLK1 (ENSVURG00010019643)	ENSVURG00010019677	NBEA (ENSVURG00010019712)	MAB21L1 (ENSVURG00010019759)	ENSVURG00010019764 ##22	RFC3 (ENSVURG00010019770)	ENSVURG00010019790	STARD13 (ENSVURG00010019796)	KL (ENSVURG00010019815)	PDS5B (ENSVURG00010019844)	ENSVURG00010019875	ENSVURG00010019878	N4BP2L1 (ENSVURG00010019887)	ENSVURG00010019923	ZAR1L (ENSVURG00010020132)	FRY (ENSVURG00010020156)	RXFP2 (ENSVURG00010020177)	B3GLCT (ENSVURG00010020199)	HSPH1 (ENSVURG00010020215)	ENSVURG00010020232
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.a ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	386	CIAO2A (ENSCCAG00000018177)	SNX1 (ENSCCAG00000036677)	SNX22 (ENSCCAG00000035856)	PPIB (ENSCCAG00000037462)	CSNK1G1 (ENSCCAG00000028280)	PCLAF (ENSCCAG00000035573)	TRIP4 (ENSCCAG00000026483)	ZNF609 (ENSCCAG00000023662)	OAZ2 (ENSCCAG00000031358)	RBPMS2 (ENSCCAG00000036496)	PIF1 (ENSCCAG00000033317)	PLEKHO2 (ENSCCAG00000024801)	ANKDD1A (ENSCCAG00000032885)	SPG21 (ENSCCAG00000020796)	ENSCCAG00000037021	ENSCCAG00000034785 ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	CCDC148 (ENSSVLG00005008598)	UPP2 (ENSSVLG00005008546)	ENSSVLG00005008520	ACVR1 (ENSSVLG00005008490)	ACVR1C (ENSSVLG00005008270)	CYTIP (ENSSVLG00005008173)	ERMN (ENSSVLG00005008084)	ENSSVLG00005008042	GPD2 (ENSSVLG00005007886)	NR4A2 (ENSSVLG00005007787)	KCNJ3 (ENSSVLG00005007729)	ENSSVLG00005007594	RPRM (ENSSVLG00005007559)	ENSSVLG00005007524	PRPF40A (ENSSVLG00005007429)	ENSSVLG00005007428 ##22	FMNL2 (ENSSVLG00005007277)	STAM2 (ENSSVLG00005007197)	ENSSVLG00005007179	CACNB4 (ENSSVLG00005005336)	ENSSVLG00005004741	ENSSVLG00005004729	NEB (ENSSVLG00005004118)	RIF1 (ENSSVLG00005003716)	TNFAIP6 (ENSSVLG00005003640)	ENSSVLG00005003622	ENSSVLG00005003611	RBM43 (ENSSVLG00005003593)	ENSSVLG00005003570	RND3 (ENSSVLG00005003560)	ENSSVLG00005003548
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	26	ELMO3 (ENSHGLG00000014154)	E2F4 (ENSHGLG00000014276)	EXOC3L1 (ENSHGLG00000010315)	MATCAP1 (ENSHGLG00000011035)	ENSHGLG00000037771	HSF4 (ENSHGLG00000014438)	FBXL8 (ENSHGLG00000019079)	B3GNT9 (ENSHGLG00000035794)	ENSHGLG00000009942	ENSHGLG00000016123	ENSHGLG00000046177	CBFB (ENSHGLG00000050469)	CES4A (ENSHGLG00000033432)	ENSHGLG00000012610	ENSHGLG00000016814	ENSHGLG00000042617 ##22	ENSHGLG00000042496	ENSHGLG00000014852	ENSHGLG00000014325	ENSHGLG00000018728	ENSHGLG00000038905	ENSHGLG00000011239	CDH13 (ENSHGLG00000016234)	HSBP1 (ENSHGLG00000044111)	OSGIN1 (ENSHGLG00000019076)	SLC38A8 (ENSHGLG00000018305)	MBTPS1 (ENSHGLG00000016427)	HSDL1 (ENSHGLG00000014586)	TAF1C (ENSHGLG00000019282)	ADAD2 (ENSHGLG00000014351)	KCNG4 (ENSHGLG00000014193)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	55					ENSCCAG00000032549	BOD1L2 (ENSCCAG00000003679)	ST8SIA3 (ENSCCAG00000023718)	ONECUT2 (ENSCCAG00000000967)	FECH (ENSCCAG00000023604)	NARS1 (ENSCCAG00000035268)	ATP8B1 (ENSCCAG00000017761)	ENSCCAG00000037194	NEDD4L (ENSCCAG00000026176)	ALPK2 (ENSCCAG00000037732)	MALT1 (ENSCCAG00000029709)	ENSCCAG00000034657 ##22	ZNF532 (ENSCCAG00000037629)	SEC11C (ENSCCAG00000021598)	GRP (ENSCCAG00000037333)	RAX (ENSCCAG00000026966)	CPLX4 (ENSCCAG00000036168)	ENSCCAG00000020582	LMAN1 (ENSCCAG00000022128)	CCBE1 (ENSCCAG00000028326)	ENSCCAG00000026400	ENSCCAG00000023744	PMAIP1 (ENSCCAG00000026882)	ENSCCAG00000035349	MC4R (ENSCCAG00000010738)	CDH20 (ENSCCAG00000024476)	ENSCCAG00000019220
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.a.b ##22
Gibbon	MODERN SPECIES	12	TMEM184A (ENSNLEG00000034813)	PSMG3 (ENSNLEG00000034760)	ENSNLEG00000008588	ENSNLEG00000029371	ENSNLEG00000008599	MRM2 (ENSNLEG00000034773)	NUDT1 (ENSNLEG00000029411)	SNX8 (ENSNLEG00000008623)	EIF3B (ENSNLEG00000008647)	CHST12 (ENSNLEG00000018713)	ENSNLEG00000027995	LFNG (ENSNLEG00000008670)	LYPD6 (ENSNLEG00000008684)	LYPD6B (ENSNLEG00000031677)	KIF5C (ENSNLEG00000008723)	ENSNLEG00000035194 ##22	EPC2 (ENSNLEG00000009134)	MBD5 (ENSNLEG00000009103)	ORC4 (ENSNLEG00000009077)	ACVR2A (ENSNLEG00000009051)	ENSNLEG00000034154	ENSNLEG00000029139	ZEB2 (ENSNLEG00000009020)	ENSNLEG00000033258	ENSNLEG00000031423	GTDC1 (ENSNLEG00000009003)	ARHGAP15 (ENSNLEG00000008984)	KYNU (ENSNLEG00000008970)	LRP1B (ENSNLEG00000008924)	ENSNLEG00000030102	ENSNLEG00000028194
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Rabbit	MODERN SPECIES	5	HACL1 (ENSOCUG00000000765)	BTD (ENSOCUG00000008562)	ANKRD28 (ENSOCUG00000008568)	GALNT15 (ENSOCUG00000025111)	ENSOCUG00000039398	DPH3 (ENSOCUG00000015862)	OXNAD1 (ENSOCUG00000015868)	ENSOCUG00000026336	RFTN1 (ENSOCUG00000015875)	PLCL2 (ENSOCUG00000008317)	TBC1D5 (ENSOCUG00000016596)	SATB1 (ENSOCUG00000007174)	KCNH8 (ENSOCUG00000016348)	ENSOCUG00000034295	ENSOCUG00000027919	ENSOCUG00000025838 ##22	ENSOCUG00000000698	ENSOCUG00000032896	EFHB (ENSOCUG00000013712)	RAB5A (ENSOCUG00000012200)	PP2D1 (ENSOCUG00000017225)	ENSOCUG00000006039	SGO1 (ENSOCUG00000006050)	ENSOCUG00000033619	ZNF385D (ENSOCUG00000029070)	ENSOCUG00000031633	ENSOCUG00000039156	ENSOCUG00000006026	NKIRAS1 (ENSOCUG00000002483)	ENSOCUG00000010961	NR1D2 (ENSOCUG00000009329)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000153571.a.eb	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.m #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Mas night monkey	MODERN SPECIES	249	TOX (ENSANAG00000037539) #9	NSMAF (ENSANAG00000027618) #10	SDCBP (ENSANAG00000029608) #11	CYP7A1 (ENSANAG00000019928) #12	UBXN2B (ENSANAG00000034539) #13	ENSANAG00000038124	FAM110B (ENSANAG00000019375) #14	BPNT2 (ENSANAG00000021522) #15	ENSANAG00000002536	PENK (ENSANAG00000017945) #17	SDR16C5 (ENSANAG00000035994) #18	CHCHD7 (ENSANAG00000022037) #19	PLAG1 (ENSANAG00000023401) #20	ENSANAG00000027241	ENSANAG00000024083	ENSANAG00000038097 ##22	LYN (ENSANAG00000021085) #23	TGS1 (ENSANAG00000035525) #24	TMEM68 (ENSANAG00000025144) #25	XKR4 (ENSANAG00000023443) #26	RP1 (ENSANAG00000026159) #27	ENSANAG00000035125	SOX17 (ENSANAG00000035193) #28	ENSANAG00000018191	KCNB2 (ENSANAG00000030632)	TERF1 (ENSANAG00000034933)	SBSPON (ENSANAG00000036555)	ENSANAG00000033829	ENSANAG00000036501	RDH10 (ENSANAG00000033999)	STAU2 (ENSANAG00000023588)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000153571.a.eb	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000009040.l #30	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.k.a #30	ENSGT00940000154185.m #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36
Marmoset	MODERN SPECIES	7	CYP7A1 (ENSCJAG00000008684) #12	UBXN2B (ENSCJAG00000008666) #13	ENSCJAG00000073685	FAM110B (ENSCJAG00000008657) #14	ENSCJAG00000073997	ENSCJAG00000061141	IMPAD1 (ENSCJAG00000016573) #15	ENSCJAG00000082207	ENSCJAG00000073317	PENK (ENSCJAG00000016597) #17	ENSCJAG00000054039	SDR16C5 (ENSCJAG00000016608) #18	CHCHD7 (ENSCJAG00000043436) #19	PLAG1 (ENSCJAG00000016621) #20	MOS (ENSCJAG00000021905) #21	ENSCJAG00000016631 ##22	LYN (ENSCJAG00000016635) #23	TGS1 (ENSCJAG00000016657) #24	TMEM68 (ENSCJAG00000038709) #25	ENSCJAG00000053100	XKR4 (ENSCJAG00000016679) #26	ENSCJAG00000077562	RP1 (ENSCJAG00000016695) #27	SOX17 (ENSCJAG00000067378) #28	ENSCJAG00000061327 #30	LYPLA1 (ENSCJAG00000011562) #31	ENSCJAG00000084672	ENSCJAG00000074471	ENSCJAG00000051249	ENSCJAG00000058055	ENSCJAG00000059708
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154502.h #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00940000153876.B.j.a.b.a	ENSGT00520000055567.a.a.b.c.a #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00910000148739	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00390000005254.i.a.b.n.a	ENSGT00940000155238.k.b	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT00940000155263.v	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.f.c.b	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000159076.v.b	ENSGT00940000154185.l.a.b.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Bonobo	MODERN SPECIES	21	ENSPPAG00000035380	NSMAF (ENSPPAG00000028955) #10	ENSPPAG00000038846 #11	CYP7A1 (ENSPPAG00000043585) #12	ENSPPAG00000037576	ENSPPAG00000035036 #13	ENSPPAG00000032162	BPNT2 (ENSPPAG00000042643) #15	ENSPPAG00000040415	ENSPPAG00000002731	PENK (ENSPPAG00000043514) #17	SDR16C5 (ENSPPAG00000032503) #18	ENSPPAG00000033262 #19	PLAG1 (ENSPPAG00000043737) #20	MOS (ENSPPAG00000020866) #21	ENSPPAG00000005938 ##22	LYN (ENSPPAG00000030503) #23	TGS1 (ENSPPAG00000039058) #24	TMEM68 (ENSPPAG00000036306) #25	ENSPPAG00000040800	XKR4 (ENSPPAG00000036029) #26	RP1 (ENSPPAG00000036902) #27	ENSPPAG00000037225	SOX17 (ENSPPAG00000001324) #28	MRPL15 (ENSPPAG00000034223) #30	ENSPPAG00000031297	ENSPPAG00000038171 #31	TCEA1 (ENSPPAG00000007248) #32	RGS20 (ENSPPAG00000033679) #33	ATP6V1H (ENSPPAG00000038229) #34	OPRK1 (ENSPPAG00000028202) #35
Chimpanzee	MODERN SPECIES	21	SDCBP (ENSPTRG00000020277) #11	CYP7A1 (ENSPTRG00000020275) #12	ENSPTRG00000051087	UBXN2B (ENSPTRG00000033886) #13	FAM110B (ENSPTRG00000044402) #14	ENSPTRG00000047634	ENSPTRG00000051826	BPNT2 (ENSPTRG00000020271) #15	ENSPTRG00000049159	ENSPTRG00000046053	PENK (ENSPTRG00000020270) #17	SDR16C5 (ENSPTRG00000020268) #18	CHCHD7 (ENSPTRG00000020267) #19	PLAG1 (ENSPTRG00000051855) #20	MOS (ENSPTRG00000020265) #21	RPS20 (ENSPTRG00000020264) ##22	LYN (ENSPTRG00000020263) #23	TGS1 (ENSPTRG00000020262) #24	TMEM68 (ENSPTRG00000020261) #25	ENSPTRG00000047768	XKR4 (ENSPTRG00000020257) #26	RP1 (ENSPTRG00000020256) #27	SOX17 (ENSPTRG00000020254) #28	ENSPTRG00000044364	MRPL15 (ENSPTRG00000020253) #30	ENSPTRG00000052864	LYPLA1 (ENSPTRG00000043681) #31	TCEA1 (ENSPTRG00000020251) #32	RGS20 (ENSPTRG00000020250) #33	ATP6V1H (ENSPTRG00000020249) #34	ENSPTRG00000051579
Gorilla	MODERN SPECIES	21	TOX (ENSGGOG00000012139) #9	NSMAF (ENSGGOG00000004827) #10	SDCBP (ENSGGOG00000009019) #11	CYP7A1 (ENSGGOG00000023783) #12	ENSGGOG00000016080 #13	ENSGGOG00000044170	ENSGGOG00000043065	ENSGGOG00000027156	ENSGGOG00000036414	BPNT2 (ENSGGOG00000025130) #15	PENK (ENSGGOG00000016266) #17	SDR16C5 (ENSGGOG00000004025) #18	ENSGGOG00000002029 #19	PLAG1 (ENSGGOG00000026661) #20	MOS (ENSGGOG00000024676) #21	ENSGGOG00000001837 ##22	LYN (ENSGGOG00000012490) #23	TGS1 (ENSGGOG00000008624) #24	TMEM68 (ENSGGOG00000005948) #25	ENSGGOG00000025035 #26	ENSGGOG00000039865	RP1 (ENSGGOG00000012280) #27	ENSGGOG00000024314	ENSGGOG00000023175 #28	ENSGGOG00000039556 #28	MRPL15 (ENSGGOG00000010403) #30	ENSGGOG00000028339 #31	TCEA1 (ENSGGOG00000023652) #32	RGS20 (ENSGGOG00000001386) #33	ATP6V1H (ENSGGOG00000000515) #34	ENSGGOG00000043511
Orangutan	MODERN SPECIES	21	CHD7 (ENSPPYG00000018618)	RAB2A (ENSPPYG00000018617) #7	CA8 (ENSPPYG00000018615) #8	TOX (ENSPPYG00000018614) #9	NSMAF (ENSPPYG00000018613) #10	SDCBP (ENSPPYG00000018612) #11	CYP7A1 (ENSPPYG00000018611) #12	UBXN2B (ENSPPYG00000018610) #13	BPNT2 (ENSPPYG00000018607) #15	ENSPPYG00000030167	PENK (ENSPPYG00000018606) #17	SDR16C5 (ENSPPYG00000018605) #18	ENSPPYG00000018604 #19	PLAG1 (ENSPPYG00000018602) #20	MOS (ENSPPYG00000018601) #21	ENSPPYG00000037731 ##22	LYN (ENSPPYG00000018598) #23	TGS1 (ENSPPYG00000018597) #24	TMEM68 (ENSPPYG00000018596) #25	XKR4 (ENSPPYG00000018595) #26	RP1 (ENSPPYG00000018594) #27	ENSPPYG00000035124	SOX17 (ENSPPYG00000018593) #28	ENSPPYG00000018592	MRPL15 (ENSPPYG00000018591) #30	LYPLA1 (ENSPPYG00000018589) #32	RGS20 (ENSPPYG00000018588) #33	ATP6V1H (ENSPPYG00000018587) #34	OPRK1 (ENSPPYG00000018586) #35	NPBWR1 (ENSPPYG00000018585) #36	ENSPPYG00000030694
Gibbon	MODERN SPECIES	6	TOX (ENSNLEG00000001791) #9	ENSNLEG00000035613	ENSNLEG00000032927	NSMAF (ENSNLEG00000001542) #10	SDCBP (ENSNLEG00000001408) #11	CYP7A1 (ENSNLEG00000001373) #12	ENSNLEG00000034722	UBXN2B (ENSNLEG00000033129) #13	BPNT2 (ENSNLEG00000001322) #15	ENSNLEG00000029194	PENK (ENSNLEG00000001307) #17	SDR16C5 (ENSNLEG00000001266) #18	ENSNLEG00000001238 #19	PLAG1 (ENSNLEG00000031521) #20	MOS (ENSNLEG00000018389) #21	ENSNLEG00000001214 ##22	ENSNLEG00000001213	LYN (ENSNLEG00000001140) #23	TGS1 (ENSNLEG00000001101) #24	TMEM68 (ENSNLEG00000001094) #25	ENSNLEG00000001093 #26	ENSNLEG00000001087 #27	ENSNLEG00000032778	SOX17 (ENSNLEG00000001085) #28	MRPL15 (ENSNLEG00000029566) #30	LYPLA1 (ENSNLEG00000001027) #31	TCEA1 (ENSNLEG00000000981) #32	RGS20 (ENSNLEG00000000956) #33	ATP6V1H (ENSNLEG00000000870) #34	OPRK1 (ENSNLEG00000033253) #35	NPBWR1 (ENSNLEG00000018388) #36
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	463									ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1028										BPNT2 (ENSRROG00000028627) #15	PENK (ENSRROG00000026954) #17	SDR16C5 (ENSRROG00000045792) #18	CHCHD7 (ENSRROG00000031283) #19	PLAG1 (ENSRROG00000031737) #20	MOS (ENSRROG00000038417) #21	ENSRROG00000034398 ##22	LYN (ENSRROG00000026498) #23	TGS1 (ENSRROG00000035127) #24	TMEM68 (ENSRROG00000024510) #25
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2217															MOS (ENSRBIG00000035310) #21	ENSRBIG00000041719 ##22	LYN (ENSRBIG00000041855) #23	TGS1 (ENSRBIG00000041893) #24	TMEM68 (ENSRBIG00000032051) #25
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154502.g.b.a.a #11	ENSGT00940000155762	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00390000004881.z	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00910000147783
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155762	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00910000147608	ENSGT00840000130804	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000155263.v	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00390000004881.z	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00910000147783	ENSGT00390000003289 #34
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	580	ENSMNEG00000033392 #10	ENSMNEG00000006454	SDCBP (ENSMNEG00000039350) #11	ENSMNEG00000005216	CYP7A1 (ENSMNEG00000040092) #12	UBXN2B (ENSMNEG00000041477) #13	ENSMNEG00000023891	ENSMNEG00000042237	BPNT2 (ENSMNEG00000030740) #15	PENK (ENSMNEG00000035854) #17	SDR16C5 (ENSMNEG00000032388) #18	CHCHD7 (ENSMNEG00000032713) #19	PLAG1 (ENSMNEG00000037064) #20	MOS (ENSMNEG00000005956) #21	ENSMNEG00000035640	ENSMNEG00000040485 ##22	LYN (ENSMNEG00000041788) #23	TGS1 (ENSMNEG00000023719) #24	TMEM68 (ENSMNEG00000027608) #25	XKR4 (ENSMNEG00000034542) #26	ENSMNEG00000040226	RP1 (ENSMNEG00000029732) #27	ENSMNEG00000008914	SOX17 (ENSMNEG00000034488) #28	MRPL15 (ENSMNEG00000037090) #30	ENSMNEG00000041836 #31	TCEA1 (ENSMNEG00000034707) #32	ENSMNEG00000034313	RGS20 (ENSMNEG00000042031) #33	ENSMNEG00000028306	ATP6V1H (ENSMNEG00000035291) #34
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154502.h #11	ENSGT00910000147347	ENSGT00940000155059.f.b #10	ENSGT00940000154502.g.b.a.a #11	ENSGT00940000155762	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00390000004881.z	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00910000147783
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00910000147347	ENSGT00940000155059.f.b #10	ENSGT00940000154502.g.b.a.a #11	ENSGT00940000155762	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00910000147608	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00440000038159.o.b	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.l.a.a.a #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00390000004881.z	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00910000147783	ENSGT00390000003289 #34
Drill	MODERN SPECIES	1239									ENSMLEG00000036810 #15	PENK (ENSMLEG00000034631) #17	SDR16C5 (ENSMLEG00000040788) #18	CHCHD7 (ENSMLEG00000030836) #19	PLAG1 (ENSMLEG00000014288) #20	MOS (ENSMLEG00000015500) #21	ENSMLEG00000025668	ENSMLEG00000032433 ##22	LYN (ENSMLEG00000005913) #23	TGS1 (ENSMLEG00000034807) #24	TMEM68 (ENSMLEG00000044358) #25
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	184										ENSCATG00000034029 #17	SDR16C5 (ENSCATG00000043443) #18	CHCHD7 (ENSCATG00000032939) #19	PLAG1 (ENSCATG00000032765) #20	MOS (ENSCATG00000018631) #21	ENSCATG00000042295	ENSCATG00000035702 ##22	LYN (ENSCATG00000030247) #23	TGS1 (ENSCATG00000035375) #24	TMEM68 (ENSCATG00000040134) #25	XKR4 (ENSCATG00000035909) #26	RP1 (ENSCATG00000036262) #27	ENSCATG00000032680	ENSCATG00000033814	SOX17 (ENSCATG00000032966) #28	MRPL15 (ENSCATG00000029666) #30	LYPLA1 (ENSCATG00000007446) #31	TCEA1 (ENSCATG00000039602) #32	ENSCATG00000029701	RGS20 (ENSCATG00000035536) #33	ATP6V1H (ENSCATG00000036357) #34	OPRK1 (ENSCATG00000037584) #35
Olive baboon	MODERN SPECIES	12	DPY19L3 (ENSPANG00000010375)	ZNF507 (ENSPANG00000010840)	TSHZ3 (ENSPANG00000001076)	ZNF536 (ENSPANG00000016643)	URI1 (ENSPANG00000010974)	CCNE1 (ENSPANG00000017035)	ENSPANG00000007899	PLEKHF1 (ENSPANG00000013107)	POP4 (ENSPANG00000008546)	VSTM2B (ENSPANG00000013391)	UQCRFS1 (ENSPANG00000024986)	ENSPANG00000048435	ENSPANG00000017544	ENSPANG00000026433	ENSPANG00000044512	ENSPANG00000034815 ##22	ZNF681 (ENSPANG00000037775)	ENSPANG00000018392	ENSPANG00000002885	ZNF726 (ENSPANG00000010855)	ENSPANG00000049799	ENSPANG00000046934	ENSPANG00000039923	ENSPANG00000036144	ENSPANG00000043122	ENSPANG00000040847	ENSPANG00000042420	ENSPANG00000001111	ENSPANG00000043453	ENSPANG00000046702	ENSPANG00000042905
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Bushbaby	MODERN SPECIES	83																ENSOGAG00000007760 ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	170															ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	107	ENSGT00940000153886.a.b.f #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.c #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000164631	ENSGT00390000014654	ENSGT00940000163032	ENSGT00940000155633.D	ENSGT01050000244824.A	ENSGT00740000115534.a.b.f.a.b	ENSGT00940000159968
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	622							FAM110B (ENSPSMG00000004340) #14	BPNT2 (ENSPSMG00000004326) #15	PENK (ENSPSMG00000004299) #17	ENSPSMG00000004283	SDR16C5 (ENSPSMG00000004268) #18	CHCHD7 (ENSPSMG00000004228) #19	PLAG1 (ENSPSMG00000004215) #20	ENSPSMG00000004197	MOS (ENSPSMG00000004189) #21	ENSPSMG00000004179 ##22	LYN (ENSPSMG00000004140) #23	TGS1 (ENSPSMG00000004097) #24	TMEM68 (ENSPSMG00000004069) #25
Coquerels sifaka	DUPLICATION
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	853	CHD7 (ENSPCOG00000013850)	RAB2A (ENSPCOG00000020717) #7	CA8 (ENSPCOG00000028332) #8	ENSPCOG00000020627	TOX (ENSPCOG00000016690) #9	NSMAF (ENSPCOG00000020110) #10	ENSPCOG00000026207 #11	CYP7A1 (ENSPCOG00000025220) #12	UBXN2B (ENSPCOG00000025222) #13	FAM110B (ENSPCOG00000026950) #14	BPNT2 (ENSPCOG00000028648) #15	PENK (ENSPCOG00000022168) #17	ENSPCOG00000000959	SDR16C5 (ENSPCOG00000024871) #18	CHCHD7 (ENSPCOG00000018176) #19	ENSPCOG00000019798 ##22	LYN (ENSPCOG00000024655) #23	TGS1 (ENSPCOG00000013537) #24	TMEM68 (ENSPCOG00000006274) #25	XKR4 (ENSPCOG00000013290) #26	ENSPCOG00000014780 #27	SOX17 (ENSPCOG00000015523) #28	MRPL15 (ENSPCOG00000027252) #30	LYPLA1 (ENSPCOG00000021102) #31	ENSPCOG00000025760	ENSPCOG00000024613	ENSPCOG00000024411	PRKDC (ENSPCOG00000014140)	MCM4 (ENSPCOG00000014586)	ENSPCOG00000025231	CLXN (ENSPCOG00000013982)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	237	ENSPCOG00000024227	ENSPCOG00000017327	FOLH1 (ENSPCOG00000018014)	NOX4 (ENSPCOG00000017092)	TYR (ENSPCOG00000016235)	GRM5 (ENSPCOG00000028721)	ENSPCOG00000024115	CTSC (ENSPCOG00000001859)	RAB38 (ENSPCOG00000020800)	TMEM135 (ENSPCOG00000015029)	FZD4 (ENSPCOG00000018933)	ME3 (ENSPCOG00000027098)	CCDC81 (ENSPCOG00000024443)	HIKESHI (ENSPCOG00000028239)	EED (ENSPCOG00000022510)	ENSPCOG00000024002 ##22	PICALM (ENSPCOG00000026679)	CCDC83 (ENSPCOG00000008593)	SYTL2 (ENSPCOG00000009450)	ENSPCOG00000015922	TMEM126A (ENSPCOG00000020359)	TMEM126B (ENSPCOG00000020968)	DLG2 (ENSPCOG00000019969)	CCDC90B (ENSPCOG00000021879)	ANKRD42 (ENSPCOG00000026124)	PCF11 (ENSPCOG00000000051)	RAB30 (ENSPCOG00000017316)	ENSPCOG00000027868	PRCP (ENSPCOG00000027887)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Vaquita	MODERN SPECIES	8	ENSPSNG00000013920	ENSPSNG00000013856	TOX (ENSPSNG00000013722) #9	NSMAF (ENSPSNG00000013633) #10	ENSPSNG00000013252 #11	CYP7A1 (ENSPSNG00000013094) #12	UBXN2B (ENSPSNG00000013041) #13	FAM110B (ENSPSNG00000012940) #14	ENSPSNG00000012901	BPNT2 (ENSPSNG00000012862) #15	PENK (ENSPSNG00000012737) #17	SDR16C5 (ENSPSNG00000012633) #18	CHCHD7 (ENSPSNG00000012370) #19	PLAG1 (ENSPSNG00000012314) #20	MOS (ENSPSNG00000012282) #21	ENSPSNG00000012196 ##22	LYN (ENSPSNG00000012016) #23	TGS1 (ENSPSNG00000011959) #24	TMEM68 (ENSPSNG00000011792) #25	XKR4 (ENSPSNG00000011695) #26	ENSPSNG00000011669	ENSPSNG00000011608	RP1 (ENSPSNG00000011554) #27	SOX17 (ENSPSNG00000011510) #28	MRPL15 (ENSPSNG00000011469) #30	ENSPSNG00000011338 #31	ENSPSNG00000011078 #32	RGS20 (ENSPSNG00000010954) #33	ATP6V1H (ENSPSNG00000010849) #34	OPRK1 (ENSPSNG00000010750) #35	NPBWR1 (ENSPSNG00000020139) #36
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Pig	MODERN SPECIES	8			ENSSSCG00000055878	ENSSSCG00000003935	ENSSSCG00000033117	CLDN23 (ENSSSCG00000006966)	ENSSSCG00000025403	ENSSSCG00000052785	ENSSSCG00000047269	LONRF1 (ENSSSCG00000006968)	TRMT9B (ENSSSCG00000006969)	DLC1 (ENSSSCG00000006970)	C8orf48 (ENSSSCG00000006972)	ENSSSCG00000043551	ENSSSCG00000060690	ENSSSCG00000006973 ##22	SGCZ (ENSSSCG00000038257)	ENSSSCG00000047953	TUSC3 (ENSSSCG00000021988)	ENSSSCG00000041353	MSR1 (ENSSSCG00000006979)	FGF20 (ENSSSCG00000006980)	MICU3 (ENSSSCG00000006981)	ZDHHC2 (ENSSSCG00000006982)	CNOT7 (ENSSSCG00000006983)	VPS37A (ENSSSCG00000006984)	MTMR7 (ENSSSCG00000036785)	SLC7A2 (ENSSSCG00000006987)	PDGFRL (ENSSSCG00000006988)	MTUS1 (ENSSSCG00000040013)	FGL1 (ENSSSCG00000035335)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Microbat	MODERN SPECIES	940	UBE2F (ENSMLUG00000001286)	RAMP1 (ENSMLUG00000002016)	RBM44 (ENSMLUG00000002010)	LRRFIP1 (ENSMLUG00000002001)	RAB17 (ENSMLUG00000000446)	ENSMLUG00000000444	MLPH (ENSMLUG00000000438)	COL6A3 (ENSMLUG00000006761)	COPS8 (ENSMLUG00000006750)	ACKR3 (ENSMLUG00000011535)	IQCA1 (ENSMLUG00000011512)	ASB18 (ENSMLUG00000011493)	GBX2 (ENSMLUG00000011484)	AGAP1 (ENSMLUG00000005147)	SH3BP4 (ENSMLUG00000011869)	ENSMLUG00000025370 ##22	SPP2 (ENSMLUG00000017424)	TRPM8 (ENSMLUG00000017423)	HJURP (ENSMLUG00000017421)	MROH2A (ENSMLUG00000017412)	ENSMLUG00000017411	UGT1A6 (ENSMLUG00000017410)	ENSMLUG00000024668	USP40 (ENSMLUG00000017407)	DGKD (ENSMLUG00000017404)	SAG (ENSMLUG00000017400)	ATG16L1 (ENSMLUG00000017395)	INPP5D (ENSMLUG00000017391)	NEU2 (ENSMLUG00000028068)	NGEF (ENSMLUG00000017390)	SNORC (ENSMLUG00000017388)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Ferret	MODERN SPECIES	310															ZNF503 (ENSMPUG00000003264)	ENSMPUG00000018792 ##22	VDAC2 (ENSMPUG00000003268)	COMTD1 (ENSMPUG00000003277)	SAMD8 (ENSMPUG00000003283)	ENSMPUG00000003289	ENSMPUG00000003324	DUSP29 (ENSMPUG00000003311)	KAT6B (ENSMPUG00000003327)	ADK (ENSMPUG00000003340)	AP3M1 (ENSMPUG00000003345)	VCL (ENSMPUG00000003355)	PLAU (ENSMPUG00000003367)	CAMK2G (ENSMPUG00000003376)	NDST2 (ENSMPUG00000003447)	ZSWIM8 (ENSMPUG00000003454)	CHCHD1 (ENSMPUG00000003469)
American mink	MODERN SPECIES	446																ENSNVIG00000019907 ##22	CT83 (ENSNVIG00000019900)	SLC6A14 (ENSNVIG00000019874)	AGTR2 (ENSNVIG00000019858)	ENSNVIG00000019853
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000161941	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000156876	ENSGT00940000160107.h	ENSGT00940000154558	ENSGT00940000154752.A.f.a.b	ENSGT00940000154752.A.f.a.a	ENSGT00940000154752.A.f.b.a.a.b	ENSGT00940000154752.B	ENSGT00940000154752.A.f.b.b	ENSGT00940000154752.A.e	ENSGT00730000111779	ENSGT00940000164346.a	ENSGT00390000008117.k	ENSGT00390000003156.a.b.q.b	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22	ENSGT00390000003156.a.b.r	ENSGT00940000157871	ENSGT00940000159340	ENSGT01100000263477.A.b.a.b.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.b.a.a	ENSGT01100000263477.A.b.a.b.a.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.b.a.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.b.a.a.a.a.b.k	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.b.a.a.a.a.b.l	ENSGT01030000235044	ENSGT00390000014547.d.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.b	ENSGT00940000159508	ENSGT00940000154318.A
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	151	ENSGT00940000161941	ENSGT00730000111328	ENSGT00940000156876	ENSGT00940000160107.h	ENSGT00940000154558	ENSGT00940000154752.A.f.a.b	ENSGT00940000154752.A.f.a.a	ENSGT00940000154752.A.f.b.a.a.b	ENSGT00940000154752.B	ENSGT00940000154752.A.f.b.b	ENSGT00940000154752.A.e	ENSGT00730000111779	ENSGT00940000164346.a	ENSGT00390000008117.k	ENSGT00390000003156.a.b.q.a.d	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22	ENSGT00390000003156.a.b.r	ENSGT00940000157871	ENSGT00940000159340
American black bear	MODERN SPECIES	9304																ENSUAMG00000002243 ##22
Polar bear	MODERN SPECIES	206	GABARAPL1 (ENSUMAG00000016270)	KLRD1 (ENSUMAG00000016266)	KLRK1 (ENSUMAG00000016260)	ENSUMAG00000016248	ENSUMAG00000016240	ENSUMAG00000016236	ENSUMAG00000016233	ENSUMAG00000016231	ENSUMAG00000016183	ENSUMAG00000016165	ENSUMAG00000016161	ENSUMAG00000016154	ENSUMAG00000016146	ENSUMAG00000016142	ENSUMAG00000016134	ENSUMAG00000016130 ##22	STYK1 (ENSUMAG00000016124)	YBX3 (ENSUMAG00000016118)
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	7	OLR1 (ENSAMEG00000031192)	TMEM52B (ENSAMEG00000030893)	GABARAPL1 (ENSAMEG00000026339)	KLRD1 (ENSAMEG00000004634)	ENSAMEG00000011988	ENSAMEG00000011985	ENSAMEG00000029046	ENSAMEG00000011978	ENSAMEG00000027474	ENSAMEG00000030922	ENSAMEG00000031084	ENSAMEG00000024050	ENSAMEG00000011948	MAGOHB (ENSAMEG00000009447)	ENSAMEG00000025740	ENSAMEG00000027334 ##22	ENSAMEG00000009437	YBX3 (ENSAMEG00000009393)	TAS2R10 (ENSAMEG00000019374)	ENSAMEG00000019368	ENSAMEG00000001982	ENSAMEG00000029720	ENSAMEG00000028724	SMIM10L1 (ENSAMEG00000019357)	ENSAMEG00000001979	TAS2R42 (ENSAMEG00000019344)	ETV6 (ENSAMEG00000001957)	BCL2L14 (ENSAMEG00000001947)	LRP6 (ENSAMEG00000001930)	MANSC1 (ENSAMEG00000026697)	BORCS5 (ENSAMEG00000010795)
Giant Panda	MODERN SPECIES	13	ENSAMEG00000003347	ENSAMEG00000024028	ENSAMEG00000003316	ENSAMEG00000003288	OCLN (ENSAMEG00000003282)	MARVELD2 (ENSAMEG00000003264)	RAD17 (ENSAMEG00000003234)	AK6 (ENSAMEG00000003223)	CCDC125 (ENSAMEG00000003209)	CDK7 (ENSAMEG00000003163)	MRPS36 (ENSAMEG00000003161)	CENPH (ENSAMEG00000003155)	CCNB1 (ENSAMEG00000003117)	SLC30A5 (ENSAMEG00000003073)	PIK3R1 (ENSAMEG00000003039)	ENSAMEG00000023533 ##22	CD180 (ENSAMEG00000003031)	MAST4 (ENSAMEG00000002975)	SREK1 (ENSAMEG00000011327)	ERBIN (ENSAMEG00000011253)	NLN (ENSAMEG00000011242)	SGTB (ENSAMEG00000011207)	TRAPPC13 (ENSAMEG00000011174)	TRIM23 (ENSAMEG00000011157)	PPWD1 (ENSAMEG00000011137)	CENPK (ENSAMEG00000011135)	ADAMTS6 (ENSAMEG00000011127)	CWC27 (ENSAMEG00000011115)	SREK1IP1 (ENSAMEG00000025044)	RGS7BP (ENSAMEG00000013534)	RNF180 (ENSAMEG00000013528)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	10389																ENSETEG00000011136 ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.a.a ##22
Armadillo	MODERN SPECIES	3508	GAR1 (ENSDNOG00000037632)	CFI (ENSDNOG00000012346)	ENSDNOG00000016573	CASP6 (ENSDNOG00000016571)	MCUB (ENSDNOG00000016570)	SEC24B (ENSDNOG00000012980)	ENSDNOG00000048517	COL25A1 (ENSDNOG00000016800)	ETNPPL (ENSDNOG00000014825)	OSTC (ENSDNOG00000011172)	ENSDNOG00000011179	LEF1 (ENSDNOG00000019529)	HADH (ENSDNOG00000000868)	CYP2U1 (ENSDNOG00000000863)	SGMS2 (ENSDNOG00000048393)	ENSDNOG00000044160 ##22	PAPSS1 (ENSDNOG00000003032)	DKK2 (ENSDNOG00000039230)	ENSDNOG00000035061	GIMD1 (ENSDNOG00000037621)	AIMP1 (ENSDNOG00000039310)	TBCK (ENSDNOG00000010062)	ENSDNOG00000033067	NPNT (ENSDNOG00000047147)	GSTCD (ENSDNOG00000010872)	INTS12 (ENSDNOG00000041045)	ARHGEF38 (ENSDNOG00000031825)	ENSDNOG00000031837	ENSDNOG00000012327	ENSDNOG00000041521
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	MODERN SPECIES	1048	ENSVURG00010006781 #9	ENSVURG00010006683 #10	ENSVURG00010006655 #11	ENSVURG00010006633 #12	ENSVURG00010006624 #13	ENSVURG00010006609 #14	ENSVURG00010006594	ENSVURG00010006577 #15	ENSVURG00010006567	ENSVURG00010006555 #17	ENSVURG00010006550	ENSVURG00010006542 #18	ENSVURG00010006519 #19	ENSVURG00010006508 #20	ENSVURG00010006506 #21	ENSVURG00010006501 ##22	ENSVURG00010006465 #23	ENSVURG00010006301 #24	ENSVURG00010006275 #25	ENSVURG00010006098 #27	ENSVURG00010006034 #28	ENSVURG00010005956 #28	ENSVURG00010005920	ENSVURG00010005916	ENSVURG00010005902 #30	ENSVURG00010005886 #31	ENSVURG00010005848 #32	ENSVURG00010005809	ENSVURG00010005778 #34	ENSVURG00010005677	ENSVURG00010005668 #35
Common wonbat	MODERN SPECIES	1058	CAPRIN1 (ENSVURG00010012674)	LMO2 (ENSVURG00010012705)	FBXO3 (ENSVURG00010012709)	ENSVURG00010012719	KIAA1549L (ENSVURG00010012738)	HIPK3 (ENSVURG00010012975)	ENSVURG00010013024	TCP11L1 (ENSVURG00010013070)	DEPDC7 (ENSVURG00010013084)	QSER1 (ENSVURG00010013101)	PRRG4 (ENSVURG00010013112)	ENSVURG00010013117	EIF3M (ENSVURG00010013122)	WT1 (ENSVURG00010013148)	RCN1 (ENSVURG00010013320)	ENSVURG00010013326 ##22	PAX6 (ENSVURG00010013364)	ELP4 (ENSVURG00010014242)	IMMP1L (ENSVURG00010014340)	DNAJC24 (ENSVURG00010014357)	ENSVURG00010014371	MPPED2 (ENSVURG00010014383)	ARL14EP (ENSVURG00010014405)	FSHB (ENSVURG00010014414)	KCNA4 (ENSVURG00010014424)
Opossum	MODERN SPECIES	2	CA8 (ENSMODG00000008571) #8	TOX (ENSMODG00000008712) #9	NSMAF (ENSMODG00000008797) #10	SDCBP (ENSMODG00000008819) #11	CYP7A1 (ENSMODG00000008855) #12	UBXN2B (ENSMODG00000008866) #13	FAM110B (ENSMODG00000008907) #14	BPNT2 (ENSMODG00000008961) #15	ENSMODG00000038941	PENK (ENSMODG00000049693) #17	ENSMODG00000009075	SDR16C5 (ENSMODG00000009095) #18	ENSMODG00000024930	PLAG1 (ENSMODG00000043175) #20	MOS (ENSMODG00000024929) #21	RPS20 (ENSMODG00000045434) ##22	LYN (ENSMODG00000009142) #23	TGS1 (ENSMODG00000009174) #24	TMEM68 (ENSMODG00000009183) #25	XKR4 (ENSMODG00000025611) #26	ENSMODG00000044310	ENSMODG00000009188 ##26	ENSMODG00000027805 #27	ENSMODG00000024927 #28	MRPL15 (ENSMODG00000009360) #30	LYPLA1 (ENSMODG00000009367) #31	ENSMODG00000009389 #32	RGS20 (ENSMODG00000009398) #33	ENSMODG00000024926	ATP6V1H (ENSMODG00000009431) #34	ENSMODG00000040801
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Pig	MODERN SPECIES	6	ACTR3 (ENSSSCG00000015710)	DPP10 (ENSSSCG00000015711)	ENSSSCG00000040343	ENSSSCG00000051241	DDX18 (ENSSSCG00000015712)	ENSSSCG00000015713	CCDC93 (ENSSSCG00000015714)	INSIG2 (ENSSSCG00000036229)	EN1 (ENSSSCG00000015715)	MARCO (ENSSSCG00000015716)	C1QL2 (ENSSSCG00000015717)	ENSSSCG00000031239	STEAP3 (ENSSSCG00000029304)	C2orf76 (ENSSSCG00000015718)	DBI (ENSSSCG00000032213)	ENSSSCG00000055602 ##22	PROC (ENSSSCG00000023693)	MAP3K2 (ENSSSCG00000030354)	ERCC3 (ENSSSCG00000015721)	ENSSSCG00000043454	BIN1 (ENSSSCG00000015720)	ENSSSCG00000050390	GYPC (ENSSSCG00000040701)	ENSSSCG00000026916	CNTNAP5 (ENSSSCG00000015726)	TSN (ENSSSCG00000015729)	NIFK (ENSSSCG00000015730)	CLASP1 (ENSSSCG00000039157)	ENSSSCG00000047828	TFCP2L1 (ENSSSCG00000054656)	GLI2 (ENSSSCG00000015733)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	921	MAP3K11 (ENSCWAG00000011375)	KCNK7 (ENSCWAG00000011467)	EHBP1L1 (ENSCWAG00000011539)	FAM89B (ENSCWAG00000011651)	ZNRD2 (ENSCWAG00000011716)	LTBP3 (ENSCWAG00000011790)	SCYL1 (ENSCWAG00000012347)	FRMD8 (ENSCWAG00000012465)	SLC25A45 (ENSCWAG00000012825)	TIGD3 (ENSCWAG00000013059)	DPF2 (ENSCWAG00000013089)	CDC42EP2 (ENSCWAG00000013248)	POLA2 (ENSCWAG00000013270)	ENSCWAG00000013457	CAPN1 (ENSCWAG00000013563)	ENSCWAG00000013693 ##22	ENSCWAG00000013712	SYVN1 (ENSCWAG00000013781)	MRPL49 (ENSCWAG00000013869)	FAU (ENSCWAG00000013937)	ZNHIT2 (ENSCWAG00000014020)	TM7SF2 (ENSCWAG00000014042)	VPS51 (ENSCWAG00000014106)	TMEM262 (ENSCWAG00000014146)	ZFPL1 (ENSCWAG00000014169)	CDCA5 (ENSCWAG00000014203)	ENSCWAG00000014285	SAC3D1 (ENSCWAG00000014323)	SNX15 (ENSCWAG00000014357)	ARL2 (ENSCWAG00000014404)	BATF2 (ENSCWAG00000014448)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cetacea	DUPLICATION
Cetacea	DUPLICATION
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000003855.a	ENSGT00940000159080	ENSGT00940000163749	ENSGT00940000158952	ENSGT00940000157364.C	ENSGT00940000163055	ENSGT00940000158817	ENSGT00390000006820	ENSGT00940000159118	ENSGT00950000185154	ENSGT00530000063425.a.b	ENSGT00550000075024	ENSGT00940000161424	ENSGT00550000074867	ENSGT00390000018245.c	ENSGT00390000003248.a.a.b.c.a ##22	ENSGT00950000182980.a.b.b.b	ENSGT00390000008095	ENSGT00940000158638	ENSGT00940000154141.B	ENSGT00940000159000	ENSGT00950000183100.C.j	ENSGT00390000016617	ENSGT00940000155970.q	ENSGT00390000002730.c.b	ENSGT00390000002879	ENSGT00940000155930	ENSGT01060000249326	ENSGT00940000154711	ENSGT00510000047850	ENSGT00940000153311.a.b.a.i.a
Blue whale	MODERN SPECIES	4	ASB3 (ENSBMSG00010020218)	ERLEC1 (ENSBMSG00010020317)	CHAC2 (ENSBMSG00010020397)	NRXN1 (ENSBMSG00010020610)	FSHR (ENSBMSG00010021830)	LHCGR (ENSBMSG00010021848)	GTF2A1L (ENSBMSG00010021873)	STON1 (ENSBMSG00010021880)	PPP1R21 (ENSBMSG00010021894)	FOXN2 (ENSBMSG00010021911)	FBXO11 (ENSBMSG00010021915)	MSH6 (ENSBMSG00010021923)	KCNK12 (ENSBMSG00010011727)	MSH2 (ENSBMSG00010011772)	EPCAM (ENSBMSG00010011820)	ENSBMSG00010011835 ##22	CALM2 (ENSBMSG00010011851)	STPG4 (ENSBMSG00010011867)	TTC7A (ENSBMSG00010011891)	MCFD2 (ENSBMSG00010011931)	SOCS5 (ENSBMSG00010011946)	CRIPT (ENSBMSG00010011952)	PIGF (ENSBMSG00010011960)	ENSBMSG00010011969	ATP6V1E2 (ENSBMSG00010011978)	TMEM247 (ENSBMSG00010011983)	ENSBMSG00010011993	ENSBMSG00010012008	PRKCE (ENSBMSG00010012019)	SRBD1 (ENSBMSG00010012055)	ENSBMSG00010012072
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000003855.a	ENSGT00940000159080	ENSGT00940000163749	ENSGT00940000158952	ENSGT00940000157364.C	ENSGT00940000163055	ENSGT00940000158817	ENSGT00390000006820	ENSGT00940000159118	ENSGT00950000185154	ENSGT00530000063425.a.b	ENSGT00550000075024	ENSGT00940000161424	ENSGT00550000074867	ENSGT00390000018245.c	ENSGT00390000003248.a.a.b.c.a ##22	ENSGT00950000182980.a.b.b.b	ENSGT00390000008095	ENSGT00940000158638	ENSGT00940000154141.B	ENSGT00940000159000	ENSGT00950000183100.C.j	ENSGT00390000016617	ENSGT00940000155970.q	ENSGT00390000002730.c.b	ENSGT00390000002879	ENSGT00940000155930	ENSGT01060000249326.a	ENSGT00940000154711	ENSGT00510000047850	ENSGT00940000153311.a.b.a.i.a
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000003855.a	ENSGT00940000159080	ENSGT00940000163749	ENSGT00940000158952	ENSGT00940000157364.C	ENSGT00940000163055	ENSGT00940000158817	ENSGT00390000006820	ENSGT00940000159118	ENSGT00950000185154	ENSGT00530000063425.a.b	ENSGT00550000075024	ENSGT00940000161424	ENSGT00550000074867	ENSGT00390000018245.c	ENSGT00390000003248.a.a.b.c.a ##22	ENSGT00950000182980.a.b.b.b	ENSGT00390000008095	ENSGT00940000158638	ENSGT00940000154141.B	ENSGT00940000159000	ENSGT00950000183100.C.j	ENSGT00390000016617	ENSGT00940000155970.q	ENSGT00390000002730.c.b	ENSGT00390000002879	ENSGT00940000155930	ENSGT01060000249326.a	ENSGT00940000154711	ENSGT00510000047850	ENSGT00940000153311.a.b.a.i.a
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000003855.a	ENSGT00940000159080	ENSGT00940000163749	ENSGT00940000158952	ENSGT00940000157364.C	ENSGT00940000163055	ENSGT00940000158817	ENSGT00390000006820	ENSGT00940000159118	ENSGT00950000185154	ENSGT00530000063425.a.b	ENSGT00550000075024	ENSGT00940000161424	ENSGT00550000074867	ENSGT00390000018245.c	ENSGT00390000003248.a.a.b.c.a ##22	ENSGT00950000182980.a.b.b.b	ENSGT00390000008095	ENSGT00940000158638	ENSGT00940000154141.B	ENSGT00940000159000	ENSGT00950000183100.C.j	ENSGT00390000016617	ENSGT00940000155970.q	ENSGT00390000002730.c.b	ENSGT00390000002879	ENSGT00940000155930	ENSGT01060000249326.a	ENSGT00940000154711	ENSGT00510000047850	ENSGT00940000153311.a.b.a.i.a
Vaquita	MODERN SPECIES	4	ENSPSNG00000013504	ENSPSNG00000013411	ENSPSNG00000013363	NRXN1 (ENSPSNG00000011177)	FSHR (ENSPSNG00000010658)	LHCGR (ENSPSNG00000010226)	GTF2A1L (ENSPSNG00000009974)	STON1 (ENSPSNG00000010101)	PPP1R21 (ENSPSNG00000009787)	FOXN2 (ENSPSNG00000009685)	FBXO11 (ENSPSNG00000009596)	MSH6 (ENSPSNG00000009454)	KCNK12 (ENSPSNG00000009311)	MSH2 (ENSPSNG00000009243)	EPCAM (ENSPSNG00000009186)	ENSPSNG00000009132 ##22	CALM2 (ENSPSNG00000009077)	STPG4 (ENSPSNG00000008945)	TTC7A (ENSPSNG00000008809)	MCFD2 (ENSPSNG00000008747)	SOCS5 (ENSPSNG00000008716)	ENSPSNG00000008692	CRIPT (ENSPSNG00000008658)	PIGF (ENSPSNG00000008639)	ENSPSNG00000008605	ATP6V1E2 (ENSPSNG00000008582)	TMEM247 (ENSPSNG00000008541)	EPAS1 (ENSPSNG00000008475)	PRKCE (ENSPSNG00000008404)	SRBD1 (ENSPSNG00000007161)	SIX2 (ENSPSNG00000006741)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000003855.a	ENSGT00940000159080	ENSGT00940000154292.a.b	ENSGT00940000158952	ENSGT00940000157364.C	ENSGT00940000163055	ENSGT00940000158817	ENSGT00390000006820	ENSGT00940000159118	ENSGT00950000185154	ENSGT00530000063425.a.b	ENSGT00550000075024	ENSGT00940000161424	ENSGT00550000074867	ENSGT00390000018245.c	ENSGT00390000003248.a.a.b.c.a ##22	ENSGT00950000182980.a.b.b.b	ENSGT00390000008095	ENSGT00940000158638	ENSGT00940000154141.B	ENSGT00940000159000	ENSGT00950000183100.C.j	ENSGT00390000016617	ENSGT00940000155970.q	ENSGT00390000002879	ENSGT00940000155930	ENSGT01060000249326.a	ENSGT00940000154711	ENSGT00510000047850	ENSGT00940000153311.a.b.a.i.a	ENSGT00940000158292.a
Narwhal	MODERN SPECIES	305	CHAC2 (ENSMMNG00015010577)	NRXN1 (ENSMMNG00015010769)	ENSMMNG00015011190	ENSMMNG00015011204	FSHR (ENSMMNG00015011225)	LHCGR (ENSMMNG00015011283)	GTF2A1L (ENSMMNG00015011353)	STON1 (ENSMMNG00015011373)	PPP1R21 (ENSMMNG00015011420)	FOXN2 (ENSMMNG00015011506)	FBXO11 (ENSMMNG00015011536)	MSH6 (ENSMMNG00015011587)	KCNK12 (ENSMMNG00015011625)	MSH2 (ENSMMNG00015011643)	EPCAM (ENSMMNG00015011682)	ENSMMNG00015011701 ##22	CALM2 (ENSMMNG00015011714)	STPG4 (ENSMMNG00015011734)	TTC7A (ENSMMNG00015011753)	MCFD2 (ENSMMNG00015011799)	SOCS5 (ENSMMNG00015011854)	CRIPT (ENSMMNG00015011859)	PIGF (ENSMMNG00015011874)	ENSMMNG00015011892	TMEM247 (ENSMMNG00015011931)	EPAS1 (ENSMMNG00015011953)	ENSMMNG00015011999	PRKCE (ENSMMNG00015012023)	SRBD1 (ENSMMNG00015012057)	ENSMMNG00015012089	SIX2 (ENSMMNG00015012101)
Sperm whale	MODERN SPECIES	3	CHAC2 (ENSPCTG00005017650)	ASB3 (ENSPCTG00005017506)	ENSPCTG00005017492	NRXN1 (ENSPCTG00005014692)	FSHR (ENSPCTG00005014365)	LHCGR (ENSPCTG00005013644)	GTF2A1L (ENSPCTG00005013351)	STON1 (ENSPCTG00005013286)	PPP1R21 (ENSPCTG00005013035)	FOXN2 (ENSPCTG00005012938)	FBXO11 (ENSPCTG00005012807)	MSH6 (ENSPCTG00005012642)	KCNK12 (ENSPCTG00005012592)	MSH2 (ENSPCTG00005012352)	EPCAM (ENSPCTG00005012231)	ENSPCTG00005012212 ##22	CALM3 (ENSPCTG00005012107)	STPG4 (ENSPCTG00005012076)	TTC7A (ENSPCTG00005012058)	MCFD2 (ENSPCTG00005011960)	SOCS5 (ENSPCTG00005011939)	ENSPCTG00005011927	CRIPT (ENSPCTG00005011891)	PIGF (ENSPCTG00005011831)	RHOQ (ENSPCTG00005011755)	ATP6V1E2 (ENSPCTG00005011740)	TMEM247 (ENSPCTG00005011702)	EPAS1 (ENSPCTG00005011633)	ENSPCTG00005011606	ENSPCTG00005011576	ENSPCTG00005011534
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b.c.b ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b.c.b ##22
Sperm whale	MODERN SPECIES	2	FCF1 (ENSPCTG00005022674)	YLPM1 (ENSPCTG00005022679)	ENSPCTG00005022683	DLST (ENSPCTG00005022685)	ENSPCTG00005022692	PGF (ENSPCTG00005022697)	EIF2B2 (ENSPCTG00005022702)	ACYP1 (ENSPCTG00005022706)	ZC2HC1C (ENSPCTG00005022709)	TMED10 (ENSPCTG00005022711)	ENSPCTG00005022712	BATF (ENSPCTG00005022713)	FLVCR2 (ENSPCTG00005022714)	ERG28 (ENSPCTG00005022716)	TTLL5 (ENSPCTG00005022718)	ENSPCTG00005022725 ##22	GPATCH2L (ENSPCTG00005022727)	IFT43 (ENSPCTG00005022728)	ENSPCTG00005022729	VASH1 (ENSPCTG00005022730)	ANGEL1 (ENSPCTG00005022732)	LRRC74A (ENSPCTG00005022735)	IRF2BPL (ENSPCTG00005022737)	CIPC (ENSPCTG00005022738)	ZDHHC22 (ENSPCTG00005022739)	TMEM63C (ENSPCTG00005022741)	NGB (ENSPCTG00005022742)	POMT2 (ENSPCTG00005022743)	GSTZ1 (ENSPCTG00005022747)	TMED8 (ENSPCTG00005022751)	SAMD15 (ENSPCTG00005022753)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00420000029792	ENSGT00390000010783	ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.b	ENSGT00940000158008	ENSGT00940000153446.a.a	ENSGT00940000155144.j	ENSGT00940000154181.a	ENSGT00940000162862	ENSGT00390000018110	ENSGT00950000182878.b.b.k.b	ENSGT00940000157222	ENSGT00530000063576.B	ENSGT00390000005801	ENSGT00390000012916.z	ENSGT00940000162274	ENSGT00390000003248.a.a.b.d ##22	ENSGT00390000006173	ENSGT00940000156408	ENSGT00510000048688	ENSGT00530000063829.A	ENSGT00940000156934	ENSGT00390000007597	ENSGT00530000063023.A.b	ENSGT00940000159511	ENSGT00390000002833	ENSGT00390000008778	ENSGT00940000156966	ENSGT00940000157830	ENSGT00940000157655	ENSGT00940000156368.b	ENSGT00390000010606
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00420000029792.j	ENSGT00390000010783	ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.b	ENSGT00940000158008	ENSGT00940000153446.a.a	ENSGT00940000155144.j	ENSGT00940000154181.a	ENSGT00940000162862	ENSGT00390000018110	ENSGT00950000182878.b.b.k.b	ENSGT00940000157222	ENSGT00530000063576.B	ENSGT00390000005801	ENSGT00390000012916.z	ENSGT00940000162274	ENSGT00390000003248.a.a.b.d ##22	ENSGT00390000006173	ENSGT00940000156408	ENSGT00510000048688	ENSGT00530000063829.A	ENSGT00940000156934	ENSGT00390000007597	ENSGT00530000063023.A.b	ENSGT00940000159511	ENSGT00390000002833	ENSGT00390000008778	ENSGT00940000156966	ENSGT00940000157830	ENSGT00940000157655	ENSGT00940000156368.b	ENSGT00390000010606
Sperm whale	MODERN SPECIES	6	RIDA (ENSPCTG00005005680)	ERICH5 (ENSPCTG00005005712)	RPL30 (ENSPCTG00005005738)	MATN2 (ENSPCTG00005005898)	LAPTM4B (ENSPCTG00005006269)	ENSPCTG00005006300	MTDH (ENSPCTG00005006348)	TSPYL5 (ENSPCTG00005006480)	CPQ (ENSPCTG00005006492)	ENSPCTG00005006521	SDC2 (ENSPCTG00005006539)	PTDSS1 (ENSPCTG00005006587)	MTERF3 (ENSPCTG00005006724)	ENSPCTG00005006779	GDF6 (ENSPCTG00005006818)	ENSPCTG00005006830 ##22	C15H8orf37 (ENSPCTG00005006841)	PLEKHF2 (ENSPCTG00005006872)	NDUFAF6 (ENSPCTG00005006899)	TP53INP1 (ENSPCTG00005006971)	ENSPCTG00005007014	CCNE2 (ENSPCTG00005007033)	INTS8 (ENSPCTG00005007091)	DPY19L4 (ENSPCTG00005007336)	ESRP1 (ENSPCTG00005007404)	VIRMA (ENSPCTG00005007475)	ENSPCTG00005007598	RAD54B (ENSPCTG00005007630)	GEM (ENSPCTG00005007759)	CDH17 (ENSPCTG00005007812)	ENSPCTG00005007923
Blue whale	DUPLICATION
Blue whale	MODERN SPECIES	8	POP1 (ENSBMSG00010014249)	ENSBMSG00010014294	ERICH5 (ENSBMSG00010014315)	ENSBMSG00010014363	MATN2 (ENSBMSG00010014488)	LAPTM4B (ENSBMSG00010014706)	ENSBMSG00010014726	MTDH (ENSBMSG00010014792)	TSPYL5 (ENSBMSG00010014931)	CPQ (ENSBMSG00010014948)	SDC2 (ENSBMSG00010014977)	PTDSS1 (ENSBMSG00010015027)	MTERF3 (ENSBMSG00010015060)	ENSBMSG00010015122	GDF6 (ENSBMSG00010015166)	ENSBMSG00010015195 ##22	CFAP418 (ENSBMSG00010015212)	ENSBMSG00010015232	PLEKHF2 (ENSBMSG00010015243)	NDUFAF6 (ENSBMSG00010015267)	TP53INP1 (ENSBMSG00010015369)	CCNE2 (ENSBMSG00010015418)	INTS8 (ENSBMSG00010015475)	DPY19L4 (ENSBMSG00010015651)	ESRP1 (ENSBMSG00010015708)	VIRMA (ENSBMSG00010015867)	RAD54B (ENSBMSG00010015975)	GEM (ENSBMSG00010016010)	CDH17 (ENSBMSG00010016044)	PDP1 (ENSBMSG00010016171)	TMEM67 (ENSBMSG00010016211)
Blue whale	MODERN SPECIES	8	TOX (ENSBMSG00010014010) #9	ENSBMSG00010014092	NSMAF (ENSBMSG00010014175) #10	SDCBP (ENSBMSG00010014364) #11	CYP7A1 (ENSBMSG00010014601) #12	UBXN2B (ENSBMSG00010014672) #13	FAM110B (ENSBMSG00010014783) #14	ENSBMSG00010014803	BPNT2 (ENSBMSG00010014836) #15	ENSBMSG00010014887	PENK (ENSBMSG00010014925) #17	SDR16C5 (ENSBMSG00010014961) #18	CHCHD7 (ENSBMSG00010015042) #19	PLAG1 (ENSBMSG00010015113) #20	MOS (ENSBMSG00010015136) #21	ENSBMSG00010015164 ##22	LYN (ENSBMSG00010015246) #23	TGS1 (ENSBMSG00010015383) #24	TMEM68 (ENSBMSG00010015509) #25	XKR4 (ENSBMSG00010015591) #26	ENSBMSG00010015625	RP1 (ENSBMSG00010015672) #27	SOX17 (ENSBMSG00010015701) #28	MRPL15 (ENSBMSG00010015731) #30	LYPLA1 (ENSBMSG00010015788) #31	TCEA1 (ENSBMSG00010015953) #32	RGS20 (ENSBMSG00010016086) #33	ATP6V1H (ENSBMSG00010016209) #34	OPRK1 (ENSBMSG00010016297) #35	ENSBMSG00010016334	NPBWR1 (ENSBMSG00010016365) #36
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	ITGB4 (ENSCHYG00000000692)	SAP30BP (ENSCHYG00000000899)	RECQL5 (ENSCHYG00000000984)	SMIM5 (ENSCHYG00000001117)	ENSCHYG00000001173	LLGL2 (ENSCHYG00000001311)	TSEN54 (ENSCHYG00000001411)	CASKIN2 (ENSCHYG00000001493)	TMEM94 (ENSCHYG00000001778)	GRB2 (ENSCHYG00000002255)	SLC25A19 (ENSCHYG00000002296)	MIF4GD (ENSCHYG00000002361)	MRPS7 (ENSCHYG00000002429)	GGA3 (ENSCHYG00000002497)	NUP85 (ENSCHYG00000002671)	ENSCHYG00000002708 ##22	ENSCHYG00000002733	ENSCHYG00000002774	ENSCHYG00000002843	ENSCHYG00000002868	SLC16A5 (ENSCHYG00000002899)	ENSCHYG00000002928	ENSCHYG00000002952	ENSCHYG00000002965	MRPL58 (ENSCHYG00000002970)	CDR2L (ENSCHYG00000002992)	HID1 (ENSCHYG00000003028)	OTOP3 (ENSCHYG00000003091)	OTOP2 (ENSCHYG00000003102)	USH1G (ENSCHYG00000003115)	FADS6 (ENSCHYG00000003135)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158763	ENSGT00550000074961	ENSGT00390000009566	ENSGT00940000153772.B	ENSGT00940000158501	ENSGT00390000016384.f.d	ENSGT00940000162358	ENSGT00940000157194	ENSGT00940000157936	ENSGT00940000153391.c.b.a	ENSGT00940000161534	ENSGT00940000157419	ENSGT00940000159990	ENSGT00940000158540	ENSGT00390000011666.h.a.a.b.a.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22	ENSGT00940000156261	ENSGT00950000183101.a.b.b	ENSGT00940000154687.B	ENSGT00950000182922.a.b.e.a	ENSGT00940000163543	ENSGT00940000157216	ENSGT00940000157920.a	ENSGT00940000161459	ENSGT00940000157685	ENSGT00940000159569	ENSGT00940000153683.b	ENSGT01100000263572.a.a.b.a.b	ENSGT00940000163456.m	ENSGT00940000163938	ENSGT00940000165831
Bos	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158763	ENSGT00550000074961	ENSGT00390000009566	ENSGT00940000153772.B	ENSGT00940000158501	ENSGT00390000016384.f.d	ENSGT00940000162358	ENSGT00940000157194	ENSGT00940000157936	ENSGT00940000153391.c.b.a	ENSGT00940000161534	ENSGT00940000157419	ENSGT00940000159990	ENSGT00940000158540	ENSGT00390000011666.h.a.a.b.a.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22	ENSGT00940000156261	ENSGT00950000183101.a.b.b	ENSGT00940000154687.B	ENSGT00950000182922.a.b.e.a	ENSGT00940000163543	ENSGT00940000157216	ENSGT00940000157920.a	ENSGT00940000161459	ENSGT00940000157685	ENSGT00940000159569	ENSGT00940000153683.b	ENSGT01100000263572.a.a.b.a.b	ENSGT00940000163456.m	ENSGT00940000163938	ENSGT00940000165831
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000158763	ENSGT00550000074961	ENSGT00390000009566	ENSGT00940000153772.B	ENSGT00940000158501	ENSGT00390000016384.f.d	ENSGT00940000162358	ENSGT00940000157194	ENSGT00940000157936	ENSGT00940000153391.c.b.a	ENSGT00940000161534	ENSGT00940000157419	ENSGT00940000159990	ENSGT00940000158540	ENSGT00390000011666.h.a.a.b.a.a.b	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22	ENSGT00940000156261	ENSGT00950000183101.a.b.b	ENSGT00940000154687.B	ENSGT00950000182922.a.b.e.a	ENSGT00940000163543	ENSGT00940000157216	ENSGT00940000157920.a	ENSGT00940000161459	ENSGT00940000157685	ENSGT00940000159569	ENSGT00940000153683.b	ENSGT01100000263572.a.a.b.a.b	ENSGT00940000163456.m	ENSGT00940000163938	ENSGT00940000165831
Cow	MODERN SPECIES	2	RABEPK (ENSBTAG00000015098)	PPP6C (ENSBTAG00000008033)	SCAI (ENSBTAG00000015553)	GOLGA1 (ENSBTAG00000015286)	ARPC5L (ENSBTAG00000015278)	RPL35 (ENSBTAG00000003205)	WDR38 (ENSBTAG00000039223)	OLFML2A (ENSBTAG00000004848)	NR6A1 (ENSBTAG00000040585)	NR5A1 (ENSBTAG00000009017)	ADGRD2 (ENSBTAG00000017576)	PSMB7 (ENSBTAG00000003067)	NEK6 (ENSBTAG00000019470)	LHX2 (ENSBTAG00000010990)	ENSBTAG00000023860	ENSBTAG00000048688 ##22	DENND1A (ENSBTAG00000003610)	CRB2 (ENSBTAG00000014391)	STRBP (ENSBTAG00000021921)	ENSBTAG00000048537	GPR21 (ENSBTAG00000040296)	RABGAP1 (ENSBTAG00000039172)	ZBTB26 (ENSBTAG00000038610)	ZBTB6 (ENSBTAG00000039815)	RC3H2 (ENSBTAG00000023867)	PDCL (ENSBTAG00000030675)	OR1K1 (ENSBTAG00000030676)	OR5C1 (ENSBTAG00000038249)	OR1AH6 (ENSBTAG00000030677)	OR1AF1 (ENSBTAG00000004667)	OR1AF3 (ENSBTAG00000038665)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	2	PPP6C (ENSBIXG00005002881)	SCAI (ENSBIXG00005017823)	GOLGA1 (ENSBIXG00005017888)	ARPC5L (ENSBIXG00005017925)	ENSBIXG00005017947	WDR38 (ENSBIXG00005017964)	OLFML2A (ENSBIXG00005017994)	ENSBIXG00005017999	NR6A1 (ENSBIXG00005018129)	NR5A1 (ENSBIXG00005007287)	ADGRD2 (ENSBIXG00005018218)	ENSBIXG00005018237	NEK6 (ENSBIXG00005018334)	LHX2 (ENSBIXG00005018376)	ENSBIXG00005018399	ENSBIXG00005018414 ##22	DENND1A (ENSBIXG00005018546)	CRB2 (ENSBIXG00005007721)	STRBP (ENSBIXG00005003042)	ENSBIXG00005018783	GPR21 (ENSBIXG00005018797)	RABGAP1 (ENSBIXG00005005857)	ZBTB26 (ENSBIXG00005018935)	ZBTB6 (ENSBIXG00005003085)	RC3H2 (ENSBIXG00005019119)	PDCL (ENSBIXG00005019164)	OR1K1 (ENSBIXG00005019174)	OR5C1 (ENSBIXG00005019185)	ENSBIXG00005019201	ENSBIXG00005003131	ENSBIXG00005019218
American bison	MODERN SPECIES	3112	RABEPK (ENSBBBG00000014930)	PPP6C (ENSBBBG00000003624)	SCAI (ENSBBBG00000014945)	GOLGA1 (ENSBBBG00000014965)	ARPC5L (ENSBBBG00000003705)	RPL35 (ENSBBBG00000014980)	WDR38 (ENSBBBG00000003711)	OLFML2A (ENSBBBG00000000806)	NR6A1 (ENSBBBG00000015024)	NR5A1 (ENSBBBG00000015038)	ADGRD2 (ENSBBBG00000015057)	PSMB7 (ENSBBBG00000015071)	NEK6 (ENSBBBG00000015078)	LHX2 (ENSBBBG00000003743)	ENSBBBG00000015098	ENSBBBG00000015103 ##22	DENND1A (ENSBBBG00000003787)	CRB2 (ENSBBBG00000015282)	STRBP (ENSBBBG00000001399)	ENSBBBG00000001391	GPR21 (ENSBBBG00000001383)	RABGAP1 (ENSBBBG00000001355)	ZBTB6 (ENSBBBG00000001347)	RC3H2 (ENSBBBG00000001251)	PDCL (ENSBBBG00000003806)	OR1K1 (ENSBBBG00000003504)	OR5C1 (ENSBBBG00000003497)	ENSBBBG00000003491	ENSBBBG00000015334	ENSBBBG00000007989	ENSBBBG00000015348
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1241	MIP (ENSMMSG00000015573)	SPRYD4 (ENSMMSG00000015594)	GLS2 (ENSMMSG00000015620)	RBMS2 (ENSMMSG00000015740)	ENSMMSG00000015852	ENSMMSG00000015953	ENSMMSG00000016159	PRIM1 (ENSMMSG00000016240)	ENSMMSG00000016273	HSD17B6 (ENSMMSG00000016311)	ENSMMSG00000016333	ENSMMSG00000016383	SDR9C7 (ENSMMSG00000016406)	ENSMMSG00000016459	ENSMMSG00000016516	ENSMMSG00000016550 ##22	ENSMMSG00000016565	GPR182 (ENSMMSG00000016587)	ZBTB39 (ENSMMSG00000016599)	TAC3 (ENSMMSG00000016614)	MYO1A (ENSMMSG00000016701)	NEMP1 (ENSMMSG00000016873)	NAB2 (ENSMMSG00000016947)	STAT6 (ENSMMSG00000016988)	LRP1 (ENSMMSG00000013521)	NXPH4 (ENSMMSG00000013785)	ENSMMSG00000013800	NDUFA4L2 (ENSMMSG00000013824)	STAC3 (ENSMMSG00000013843)	R3HDM2 (ENSMMSG00000013912)	INHBC (ENSMMSG00000014131)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Ursus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
American black bear	MODERN SPECIES	4794														PLAG1 (ENSUAMG00000026302) #20	MOS (ENSUAMG00000026303) #21	ENSUAMG00000026304 ##22	ENSUAMG00000026311
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01090000260040.a.a.b.dc.b	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000168784	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00950000182869.e.b.b.o.b	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT00940000154778	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22	ENSGT01050000244827.C.c.a.a	ENSGT00940000162325.B.l	ENSGT00390000018433.s.a.a.e.b	ENSGT00940000155694	ENSGT00940000160791.A	ENSGT00950000182936.a.a.b	ENSGT00390000016644	ENSGT00950000183198.c.b.b.g.a.a ##16	ENSGT00940000154986	ENSGT00390000008828.k.a	ENSGT00390000016183	ENSGT00940000160195.b.b	ENSGT00950000183040.A.b	ENSGT00940000155128.a.b	ENSGT00940000155905.a.d
Dog	MODERN SPECIES	6	ZNF827 (ENSCAFG00845012357)	ENSCAFG00845012641	ENSCAFG00845012694	SLC10A7 (ENSCAFG00845012862)	POU4F2 (ENSCAFG00845013080)	TTC29 (ENSCAFG00845013144)	EDNRA (ENSCAFG00845013340)	TMEM184C (ENSCAFG00845013383)	PRMT9 (ENSCAFG00845013422)	ARHGAP10 (ENSCAFG00845013505)	NR3C2 (ENSCAFG00845013694)	IQCM (ENSCAFG00845013775)	ENSCAFG00845013810	DCLK2 (ENSCAFG00845013901)	LRBA (ENSCAFG00845014163)	ENSCAFG00845014213 ##22	MAB21L2 (ENSCAFG00845005729)	ENSCAFG00845005741	RPS3A (ENSCAFG00845005765)	SH3D19 (ENSCAFG00845005957)	PRSS48 (ENSCAFG00845006205)	ENSCAFG00845006404	FAM160A1 (ENSCAFG00845006461)	ATP5J2 (ENSCAFG00845006554)	GATB (ENSCAFG00845006707)	ENSCAFG00845006957 ##16	FBXW7 (ENSCAFG00845007020)	ENSCAFG00845007288	TMEM154 (ENSCAFG00845007673)	TIGD4 (ENSCAFG00845007856)	ARFIP1 (ENSCAFG00845007940)
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	30	TOX (ENSCAFG00020015841) #9	NSMAF (ENSCAFG00020015657) #10	ENSCAFG00020015560 #11	ENSCAFG00020015555	CYP7A1 (ENSCAFG00020015551) #12	UBXN2B (ENSCAFG00020015548) #13	FAM110B (ENSCAFG00020015547) #14	ENSCAFG00020015542	BPNT2 (ENSCAFG00020015539) #15	PENK (ENSCAFG00020015536) #17	ENSCAFG00020015532	SDR16C5 (ENSCAFG00020015530) #18	CHCHD7 (ENSCAFG00020015527) #19	PLAG1 (ENSCAFG00020015525) #20	MOS (ENSCAFG00020015523) #21	ENSCAFG00020015520 ##22	ENSCAFG00020015514	LYN (ENSCAFG00020015508) #23	TGS1 (ENSCAFG00020015485) #24	TMEM68 (ENSCAFG00020015483) #25	ENSCAFG00020015480	ENSCAFG00020015479	ENSCAFG00020015466 #27	SOX17 (ENSCAFG00020015465) #28	ENSCAFG00020015460 #30	ENSCAFG00020015458	LYPLA1 (ENSCAFG00020015455) #31	TCEA1 (ENSCAFG00020015451) #32	RGS20 (ENSCAFG00020015450) #33	ATP6V1H (ENSCAFG00020015448) #34	ENSCAFG00020015447
Dingo	MODERN SPECIES	277	ZNF827 (ENSCAFG00020025846)	ENSCAFG00020025899	LSM6 (ENSCAFG00020025902)	SLC10A7 (ENSCAFG00020025908)	POU4F2 (ENSCAFG00020025916)	TTC29 (ENSCAFG00020025920)	EDNRA (ENSCAFG00020025935)	TMEM184C (ENSCAFG00020025936)	PRMT9 (ENSCAFG00020025939)	ENSCAFG00020025962	ARHGAP10 (ENSCAFG00020025975)	NR3C2 (ENSCAFG00020025992)	ENSCAFG00020026009	DCLK2 (ENSCAFG00020026012)	LRBA (ENSCAFG00020026144)	ENSCAFG00020026662 ##22	MAB21L2 (ENSCAFG00020026663)	ENSCAFG00020026664	ENSCAFG00020026665	SH3D19 (ENSCAFG00020026668)	PRSS48 (ENSCAFG00020026672)	ENSCAFG00020026675	FHIP1A (ENSCAFG00020026678)	GATB (ENSCAFG00020026686)	ENSCAFG00020026719 ##16	FBXW7 (ENSCAFG00020026731)	ENSCAFG00020026769	ENSCAFG00020026770	TIGD4 (ENSCAFG00020001422)	ARFIP1 (ENSCAFG00020001430)	FHDC1 (ENSCAFG00020001445)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Rabbit	MODERN SPECIES	436	ENSOCUG00000014090	ENSOCUG00000015177	ITPR1 (ENSOCUG00000012148)	SUMF1 (ENSOCUG00000012348)	ENSOCUG00000026652	ENSOCUG00000036153	ENSOCUG00000036915	LRRN1 (ENSOCUG00000023697)	CRBN (ENSOCUG00000025795)	TRNT1 (ENSOCUG00000008580)	ENSOCUG00000015601	CNTN4 (ENSOCUG00000011025)	CNTN6 (ENSOCUG00000012763)	ENSOCUG00000037666	CHL1 (ENSOCUG00000004486)	ENSOCUG00000023199 ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Degu	MODERN SPECIES	186							ARMC3 (ENSODEG00000002341)	MSRB2 (ENSODEG00000002295)	PTF1A (ENSODEG00000002261)	OTUD1 (ENSODEG00000002122)	ENSODEG00000003530	KIAA1217 (ENSODEG00000003130)	ARHGAP21 (ENSODEG00000003667)	PRTFDC1 (ENSODEG00000003390)	ENSODEG00000003316	ENSODEG00000003305 ##22	ENSODEG00000003243	ENKUR (ENSODEG00000003177)	ENSODEG00000004103	GPR158 (ENSODEG00000004004)	MYO3A (ENSODEG00000003447)	GAD2 (ENSODEG00000002488)	ENSODEG00000002425	ENSODEG00000002394	ENSODEG00000018879	ENSODEG00000002334	APBB1IP (ENSODEG00000002301)	PDSS1 (ENSODEG00000003307)	ABI1 (ENSODEG00000002843)	MASTL (ENSODEG00000002698)	YME1L1 (ENSODEG00000002663)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	ENSPEMG00000027432	Omg (ENSPEMG00000012789)	Evi2b (ENSPEMG00000011425)	Evi2a (ENSPEMG00000009997)	Rab11fip4 (ENSPEMG00000017840)	Utp6 (ENSPEMG00000014081)	Suz12 (ENSPEMG00000019235)	Crlf3 (ENSPEMG00000018811)	Atad5 (ENSPEMG00000012850)	Tefm (ENSPEMG00000016212)	Adap2 (ENSPEMG00000002187)	ENSPEMG00000018511	Rhot1 (ENSPEMG00000015998)	Rhbdl3 (ENSPEMG00000017609)	5730455P16Rik (ENSPEMG00000007661)	ENSPEMG00000031231 ##22	Zfp207 (ENSPEMG00000009110)	Psmd11 (ENSPEMG00000015029)	Cdk5r1 (ENSPEMG00000004672)	Myo1d (ENSPEMG00000021437)	Tmem98 (ENSPEMG00000015639)	Spaca3 (ENSPEMG00000008847)	Asic2 (ENSPEMG00000022612)	ENSPEMG00000021078	Ccl2 (ENSPEMG00000024087)	Ccl7 (ENSPEMG00000022329)	Ccl11 (ENSPEMG00000031393)	Ccl12 (ENSPEMG00000018710)	Ccl8 (ENSPEMG00000024303)	ENSPEMG00000022558	Tmem132e (ENSPEMG00000016046)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	66	Sh3gl2 (ENSJJAG00000017618)	ENSJJAG00000011696	ENSJJAG00000008188	ENSJJAG00000022818	Bnc2 (ENSJJAG00000004324)	ENSJJAG00000019056	Ccdc171 (ENSJJAG00000020916)	ENSJJAG00000015360	Snapc3 (ENSJJAG00000018408)	Ttc39b (ENSJJAG00000004238)	ENSJJAG00000010564	ENSJJAG00000015519	Cer1 (ENSJJAG00000023511)	Zdhhc21 (ENSJJAG00000002851)	Nfib (ENSJJAG00000013052)	ENSJJAG00000010432 ##22	Mpdz (ENSJJAG00000012097)	Lurap1l (ENSJJAG00000014520)	Tyrp1 (ENSJJAG00000015009)	ENSJJAG00000010326	ENSJJAG00000023453
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	873	HELB (ENSPSMG00000001638)	GRIP1 (ENSPSMG00000001787)	ENSPSMG00000001925	ENSPSMG00000001937	DYRK2 (ENSPSMG00000001942)	IFNG (ENSPSMG00000001959)	IL26 (ENSPSMG00000001967)	IL22 (ENSPSMG00000001981)	MDM1 (ENSPSMG00000002086)	RAP1B (ENSPSMG00000002325)	NUP107 (ENSPSMG00000002791)	SLC35E3 (ENSPSMG00000003036)	ENSPSMG00000003043	MDM2 (ENSPSMG00000003389)	CPM (ENSPSMG00000003940)	ENSPSMG00000003948 ##22	CPSF6 (ENSPSMG00000004017)	LYZ (ENSPSMG00000004084)	YEATS4 (ENSPSMG00000004127)	FRS2 (ENSPSMG00000004143)	ENSPSMG00000004153	CCT2 (ENSPSMG00000004315)	LRRC10 (ENSPSMG00000004380)	BEST3 (ENSPSMG00000004408)	RAB3IP (ENSPSMG00000004512)	MYRFL (ENSPSMG00000004559)	CNOT2 (ENSPSMG00000004665)	KCNMB4 (ENSPSMG00000004719)	PTPRB (ENSPSMG00000005064)	PTPRR (ENSPSMG00000005364)	TSPAN8 (ENSPSMG00000005479)
Bushbaby	MODERN SPECIES	153	VSIG10 (ENSOGAG00000008203)	WSB2 (ENSOGAG00000008202)	RFC5 (ENSOGAG00000008195)	KSR2 (ENSOGAG00000005825)	NOS1 (ENSOGAG00000012381)	FBXO21 (ENSOGAG00000012377)	TESC (ENSOGAG00000012373)	FBXW8 (ENSOGAG00000012368)	HRK (ENSOGAG00000033664)	RNFT2 (ENSOGAG00000012361)	SPRING1 (ENSOGAG00000011926)	MED13L (ENSOGAG00000014346)	TBX3 (ENSOGAG00000016212)	TBX5 (ENSOGAG00000016204)	RBM19 (ENSOGAG00000000602)	ENSOGAG00000009881 ##22	LHX5 (ENSOGAG00000003519)	SDSL (ENSOGAG00000015452)	SDS (ENSOGAG00000015447)	PLBD2 (ENSOGAG00000029910)	SLC8B1 (ENSOGAG00000026353)	TPCN1 (ENSOGAG00000015440)	ENSOGAG00000033479	IQCD (ENSOGAG00000032287)	RITA1 (ENSOGAG00000004214)	DDX54 (ENSOGAG00000004210)	CFAP73 (ENSOGAG00000033970)	RASAL1 (ENSOGAG00000004208)	DTX1 (ENSOGAG00000030292)	OAS2 (ENSOGAG00000004204)	OAS3 (ENSOGAG00000004202)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00940000153571.a.eb	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000161696.c.a.a	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00390000009040.l #30	ENSGT00390000015600.c.a.e	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.k.a #30	ENSGT00940000154185.m #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	50	MTMR2 (ENSSBOG00000012973)	MAML2 (ENSSBOG00000031458)	CCDC82 (ENSSBOG00000027897)	ENSSBOG00000018311	CNTN5 (ENSSBOG00000023228)	ARHGAP42 (ENSSBOG00000035822)	PGR (ENSSBOG00000013714)	ENSSBOG00000023277	ENSSBOG00000023108	ENSSBOG00000021319	TRPC6 (ENSSBOG00000019836)	ENSSBOG00000032893	ANGPTL5 (ENSSBOG00000031015)	CEP126 (ENSSBOG00000028647)	CFAP300 (ENSSBOG00000033758)	ENSSBOG00000036077 ##22	YAP1 (ENSSBOG00000027497)	BIRC3 (ENSSBOG00000031187)	BIRC2 (ENSSBOG00000034069)	ENSSBOG00000029913	MMP7 (ENSSBOG00000026550)	MMP20 (ENSSBOG00000023588)	MMP27 (ENSSBOG00000003176)	MMP8 (ENSSBOG00000031477)	MMP10 (ENSSBOG00000029788)	MMP1 (ENSSBOG00000034105)	MMP3 (ENSSBOG00000033146)	MMP12 (ENSSBOG00000028385)	MMP13 (ENSSBOG00000035950)	ENSSBOG00000033947	DYNC2H1 (ENSSBOG00000032663)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	116	CA8 (ENSSBOG00000023844) #8	TOX (ENSSBOG00000033601) #9	NSMAF (ENSSBOG00000025474) #10	SDCBP (ENSSBOG00000023954) #11	CYP7A1 (ENSSBOG00000021502) #12	UBXN2B (ENSSBOG00000026177) #13	ENSSBOG00000020724	BPNT2 (ENSSBOG00000021056) #15	ENSSBOG00000023239	PENK (ENSSBOG00000027180) #17	ENSSBOG00000030581	SDR16C5 (ENSSBOG00000017860) #18	CHCHD7 (ENSSBOG00000001463) #19	PLAG1 (ENSSBOG00000033202) #20	ENSSBOG00000024676	ENSSBOG00000030662 ##22	LYN (ENSSBOG00000027675) #23	TGS1 (ENSSBOG00000024469) #24	TMEM68 (ENSSBOG00000021559) #25	XKR4 (ENSSBOG00000019227) #26	ENSSBOG00000027313	RP1 (ENSSBOG00000025024) #27	MRPL15 (ENSSBOG00000023543) #30
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	59	PAK2 (ENSSBOG00000033793)	PIGX (ENSSBOG00000015817)	CEP19 (ENSSBOG00000034597)	NRROS (ENSSBOG00000031451)	FBXO45 (ENSSBOG00000026526)	WDR53 (ENSSBOG00000022633)	RNF168 (ENSSBOG00000032076)	CYP8B1 (ENSSBOG00000024342)	ZNF662 (ENSSBOG00000029295)	KRBOX1 (ENSSBOG00000035914)	GASK1A (ENSSBOG00000015051)	POMGNT2 (ENSSBOG00000018244)	SNRK (ENSSBOG00000034910)	ANO10 (ENSSBOG00000034955)	ABHD5 (ENSSBOG00000032259)	ENSSBOG00000012560 ##22	TOPAZ1 (ENSSBOG00000024621)	TCAIM (ENSSBOG00000023548)	ZNF445 (ENSSBOG00000032288)	ZNF852 (ENSSBOG00000027551)	ZKSCAN7 (ENSSBOG00000034737)	ZNF197 (ENSSBOG00000030818)	ZNF35 (ENSSBOG00000022775)	ENSSBOG00000022588	ZNF502 (ENSSBOG00000013541)	ENSSBOG00000031143	KIF15 (ENSSBOG00000035204)	ENSSBOG00000018522	ENSSBOG00000019072	TMEM42 (ENSSBOG00000022245)	TGM4 (ENSSBOG00000030333)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	10	PIEZO2 (ENSPANG00000012600)	ENSPANG00000040623	GNAL (ENSPANG00000005629)	CHMP1B (ENSPANG00000048968)	MPPE1 (ENSPANG00000011901)	ENSPANG00000050942	ENSPANG00000050868	IMPA2 (ENSPANG00000021939)	NAPG (ENSPANG00000016946)	APCDD1 (ENSPANG00000013298)	VAPA (ENSPANG00000007689)	TXNDC2 (ENSPANG00000021713)	RAB31 (ENSPANG00000041614)	PPP4R1 (ENSPANG00000015969)	RALBP1 (ENSPANG00000008472)	ENSPANG00000031821 ##22	TWSG1 (ENSPANG00000007236)	ANKRD12 (ENSPANG00000008897)	ENSPANG00000008383	ENSPANG00000009266	ENSPANG00000049362	MTCL1 (ENSPANG00000011897)	RAB12 (ENSPANG00000009320)	PTPRM (ENSPANG00000005610)	LRRC30 (ENSPANG00000003355)	ENSPANG00000019970	ENSPANG00000044570	L3MBTL4 (ENSPANG00000008894)	TMEM200C (ENSPANG00000007851)	EPB41L3 (ENSPANG00000006867)	ZBTB14 (ENSPANG00000003128)
Olive baboon	MODERN SPECIES	13	CHIC2 (ENSPANG00000019862)	GSX2 (ENSPANG00000021441)	PDGFRA (ENSPANG00000021718)	KIT (ENSPANG00000025525)	KDR (ENSPANG00000009816)	SRD5A3 (ENSPANG00000023285)	TMEM165 (ENSPANG00000008925)	CLOCK (ENSPANG00000006882)	PDCL2 (ENSPANG00000007651)	NMU (ENSPANG00000024021)	ENSPANG00000040931	ENSPANG00000039918	EXOC1L (ENSPANG00000049134)	EXOC1 (ENSPANG00000009817)	CEP135 (ENSPANG00000007654)	ENSPANG00000033113 ##22	CRACD (ENSPANG00000006883)	AASDH (ENSPANG00000018913)	PPAT (ENSPANG00000012149)	PAICS (ENSPANG00000017692)	SRP72 (ENSPANG00000005495)	ARL9 (ENSPANG00000022288)	THEGL (ENSPANG00000013419)	ENSPANG00000050248	ENSPANG00000044703	HOPX (ENSPANG00000007783)	ENSPANG00000038978	ENSPANG00000040417	ENSPANG00000048201	ENSPANG00000046814	REST (ENSPANG00000017819)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Rhesus	MODERN SPECIES	6	CTSL (ENSMMUG00000017609)	ENSMMUG00000013517	CDK20 (ENSMMUG00000010438)	SPIN1 (ENSMMUG00000016295)	NXNL2 (ENSMMUG00000008414)	ENSMMUG00000049479	S1PR3 (ENSMMUG00000043913)	SHC3 (ENSMMUG00000039355)	CKS2 (ENSMMUG00000064761)	SECISBP2 (ENSMMUG00000012532)	SEMA4D (ENSMMUG00000008629)	GADD45G (ENSMMUG00000048737)	DIRAS2 (ENSMMUG00000007223)	SYK (ENSMMUG00000001748)	AUH (ENSMMUG00000015798)	ENSMMUG00000047234 ##22	NFIL3 (ENSMMUG00000023257)	ENSMMUG00000061473	ROR2 (ENSMMUG00000020009)	ENSMMUG00000060533	SPTLC1 (ENSMMUG00000003006)	ENSMMUG00000049490	ENSMMUG00000051880	ENSMMUG00000009642	ENSMMUG00000047417	IARS1 (ENSMMUG00000004628)	NOL8 (ENSMMUG00000004629)	CENPP (ENSMMUG00000004630)	OGN (ENSMMUG00000004634)	OMD (ENSMMUG00000061517)	ASPN (ENSMMUG00000004638)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Orangutan	DUPLICATION
Orangutan	MODERN SPECIES	3	EMP1 (ENSPPYG00000034556)	ENSPPYG00000004315	FAM234B (ENSPPYG00000004314)	HEBP1 (ENSPPYG00000004312)	GPRC5D (ENSPPYG00000004311)	GPRC5A (ENSPPYG00000037079)	DDX47 (ENSPPYG00000004309)	APOLD1 (ENSPPYG00000032200)	CDKN1B (ENSPPYG00000004307)	GPR19 (ENSPPYG00000004306)	ENSPPYG00000040514	CREBL2 (ENSPPYG00000004305)	DUSP16 (ENSPPYG00000004304)	BORCS5 (ENSPPYG00000004303)	MANSC1 (ENSPPYG00000037304)	ENSPPYG00000031339 ##22	BCL2L14 (ENSPPYG00000004300)	LRP6 (ENSPPYG00000029873)	ETV6 (ENSPPYG00000039930)	ENSPPYG00000004298	ENSPPYG00000037370	PRB4 (ENSPPYG00000036368)	TAS2R42 (ENSPPYG00000004297)	ENSPPYG00000031978	SMIM10L1 (ENSPPYG00000041450)	TAS2R30 (ENSPPYG00000039044)	ENSPPYG00000041200	TAS2R31 (ENSPPYG00000034819)	TAS2R19 (ENSPPYG00000038226)	TAS2R20 (ENSPPYG00000035028)	TAS2R50 (ENSPPYG00000004291)
Orangutan	MODERN SPECIES	14	ENSPPYG00000012185	PAX8 (ENSPPYG00000030017)	PSD4 (ENSPPYG00000012182)	IL1RN (ENSPPYG00000032542)	IL1F10 (ENSPPYG00000012180)	IL36RN (ENSPPYG00000012179)	IL36B (ENSPPYG00000012178)	IL36A (ENSPPYG00000012177)	IL36G (ENSPPYG00000012176)	IL37 (ENSPPYG00000012175)	IL1B (ENSPPYG00000012174)	IL1A (ENSPPYG00000012173)	CKAP2L (ENSPPYG00000012172)	NT5DC4 (ENSPPYG00000012171)	SLC20A1 (ENSPPYG00000012170)	ENSPPYG00000030820 ##22	ENSPPYG00000012169	POLR1B (ENSPPYG00000012168)	TTL (ENSPPYG00000030912)	ENSPPYG00000032141	ZC3H6 (ENSPPYG00000012166)	ZC3H8 (ENSPPYG00000012165)	FBLN7 (ENSPPYG00000012164)	TMEM87B (ENSPPYG00000012163)	MERTK (ENSPPYG00000012162)	ANAPC1 (ENSPPYG00000012161)	ENSPPYG00000034622	ACOXL (ENSPPYG00000012154)	BUB1 (ENSPPYG00000012153)	MTLN (ENSPPYG00000012152)	NPHP1 (ENSPPYG00000012151)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a.b ##22
Bonobo	MODERN SPECIES	14	ENSPPAG00000039050	CCT7 (ENSPPAG00000031783)	PRADC1 (ENSPPAG00000038026)	SMYD5 (ENSPPAG00000036998)	NOTO (ENSPPAG00000035881)	RAB11FIP5 (ENSPPAG00000029522)	ENSPPAG00000028544	ENSPPAG00000023177	ENSPPAG00000041216	ENSPPAG00000038563	ENSPPAG00000036394	ENSPPAG00000001045	SPR (ENSPPAG00000040168)	EXOC6B (ENSPPAG00000020760)	CYP26B1 (ENSPPAG00000031389)	ENSPPAG00000018681 ##22	DYSF (ENSPPAG00000035819)	ZNF638 (ENSPPAG00000039298)	PAIP2B (ENSPPAG00000037708)	MPHOSPH10 (ENSPPAG00000031855)	MCEE (ENSPPAG00000023678)	NAGK (ENSPPAG00000038041)	TEX261 (ENSPPAG00000037469)	ANKRD53 (ENSPPAG00000026192)	ATP6V1B1 (ENSPPAG00000026048)	VAX2 (ENSPPAG00000025820)	ENSPPAG00000025744	CD207 (ENSPPAG00000025628)	ENSPPAG00000025468	CLEC4F (ENSPPAG00000028639)	FIGLA (ENSPPAG00000033021)
Platypus	MODERN SPECIES	18	CHD7 (ENSOANG00000005042)	RAB2A (ENSOANG00000041731) #7	CA8 (ENSOANG00000005040) #8	TOX (ENSOANG00000005038) #9	NSMAF (ENSOANG00000005036) #10	SDCBP (ENSOANG00000005034) #11	CYP7A1 (ENSOANG00000005032) #12	UBXN2B (ENSOANG00000005031) #13	FAM110B (ENSOANG00000030653) #14	BPNT2 (ENSOANG00000005030) #15	PENK (ENSOANG00000006273) #17	ENSOANG00000002450 #18	CHCHD7 (ENSOANG00000005504) #19	PLAG1 (ENSOANG00000005503) #20	MOS (ENSOANG00000038966) #21	RPS20 (ENSOANG00000005502) #22	LYN (ENSOANG00000005501) #23	TGS1 (ENSOANG00000021853) #24	TMEM68 (ENSOANG00000005499) #25	XKR4 (ENSOANG00000048684) #26	ENSOANG00000007287 #27	ENSOANG00000037085 #28	ENSOANG00000039063	MRPL15 (ENSOANG00000007286) #30	LYPLA1 (ENSOANG00000007285) #31	TCEA1 (ENSOANG00000007284) #32	ENSOANG00000007283 #33	ATP6V1H (ENSOANG00000007281) #34	OPRK1 (ENSOANG00000037553) #35	RB1CC1 (ENSOANG00000007278) #37	ENSOANG00000021848
Sauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a #22	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.b.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.a.a.a #25	ENSGT00390000011782.k.b.b #25	ENSGT00390000011782.k.b.a #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31
Common wall lizard	MODERN SPECIES	298															ENSPMRG00000022406 #21	ENSPMRG00000022403 #22
Coelacanth	MODERN SPECIES	385														CHCHD7 (ENSLACG00000000034) #19	PLAG1 (ENSLACG00000002568) #20	RPS20 (ENSLACG00000004213) #22	zgc:56231 (ENSLACG00000004707)	LYN (ENSLACG00000005733) #23	ENSLACG00000007214	TGS1 (ENSLACG00000008074) #24	TMEM68 (ENSLACG00000009171) #25	ENSLACG00000010658 #26	ENSLACG00000012760 #26	ENSLACG00000014370	ENSLACG00000014602 #27	ENSLACG00000014671	SOX17 (ENSLACG00000015284) #28	MRPL15 (ENSLACG00000016201) #30	LYPLA1 (ENSLACG00000016249) #31	TCEA1 (ENSLACG00000016348) #32	RGS20 (ENSLACG00000016566) #33
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000155142	ENSGT00940000157852.a.a	ENSGT00940000164239.b.b	ENSGT00390000015564	ENSGT00940000167726	ENSGT00530000063835.b	ENSGT00510000048348	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00950000183056.B.b.h #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246.c #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a #22	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000155406.g	ENSGT00940000164792.a	ENSGT00990000212128	ENSGT00940000161144	ENSGT00940000158727.b.a.a.a	ENSGT00940000155918.c.a	ENSGT00940000166789.h	ENSGT00390000013183.c	ENSGT00940000155939	ENSGT00940000157951	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000156105.k.a	ENSGT01080000257410.B.a.a.a.j
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	21	ENSSSAG00000071869	ENSSSAG00000107372	ENSSSAG00000109415	ENSSSAG00000072081	ENSSSAG00000093351	ENSSSAG00000072090	ENSSSAG00000072100	nsmaf (ENSSSAG00000072140) #10	SDCB1 (ENSSSAG00000073132) #11	fam110b (ENSSSAG00000112643) #14	penkb (ENSSSAG00000073140) #17	sdr16c5 (ENSSSAG00000073141) #18	chchd7 (ENSSSAG00000073145) #19	plag1 (ENSSSAG00000108548) #20	mos (ENSSSAG00000073153) #21	RPS20 (ENSSSAG00000073156) #22	zgc:56231 (ENSSSAG00000073167)	ARHGAP21 (ENSSSAG00000056186)	ENSSSAG00000101393	THNSL1 (ENSSSAG00000106979)	ENSSSAG00000066162	GPR158 (ENSSSAG00000066175)	anxa13 (ENSSSAG00000066254)	anxa13 (ENSSSAG00000091933)	ENSSSAG00000110642	myo3a (ENSSSAG00000067094)	gad2 (ENSSSAG00000069389)	ENSSSAG00000118774	nle1 (ENSSSAG00000071944)	APBB1IP (ENSSSAG00000072025)	SLCO5A1 (ENSSSAG00000072039)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Fugu	MODERN SPECIES	1	ENSTRUG00000005037	cd226 (ENSTRUG00000032198)	dok6 (ENSTRUG00000004799)	ENSTRUG00000029236	crispld1 (ENSTRUG00000029719)	pi15 (ENSTRUG00000031696)	gdap1 (ENSTRUG00000003886)	JPH1 (ENSTRUG00000003443)	eloca (ENSTRUG00000028594)	ube2wa (ENSTRUG00000003075)	stau2 (ENSTRUG00000001905)	rdh10 (ENSTRUG00000029289)	rpl7 (ENSTRUG00000001532)	ENSTRUG00000001470	ENSTRUG00000032600	RPS20 (ENSTRUG00000003514) #22	ENSTRUG00000032791	ENSTRUG00000031557	rgs9bp (ENSTRUG00000005345)	zgc:165532 (ENSTRUG00000005118)	ENSTRUG00000005115	dph2 (ENSTRUG00000026920)	garem (ENSTRUG00000004072)	SLC22A17 (ENSTRUG00000003294)	ENSTRUG00000023794	tmem241 (ENSTRUG00000026419)	ENSTRUG00000026241	ENSTRUG00000028697	CHRND (ENSTRUG00000029905)	ENSTRUG00000028581	ENSTRUG00000030014
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	99																RPS20 (ENSCVAG00000020951) #22
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.a #22
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.p	ENSGT00940000164379.e.b.b	ENSGT00940000154835.C.lb.a.o	ENSGT00390000004912	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.a.a #22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c	ENSGT00940000155252.fb.a
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	12	idi1 (ENSOJAG00000011069)	cpne3 (ENSOJAG00000010882)	cpne3 (ENSOJAG00000006769)	rmdn1 (ENSOJAG00000006157)	WWP1 (ENSOJAG00000003634)	ENSOJAG00000021778	snx16 (ENSOJAG00000021766)	ENSOJAG00000021732	ENSOJAG00000021698	serpinb1l3 (ENSOJAG00000021687)	polr2d (ENSOJAG00000021673)	serpinb1l3 (ENSOJAG00000021639)	pigm (ENSOJAG00000021621)	ENSOJAG00000021603	ANKS6 (ENSOJAG00000021458)	RPS20 (ENSOJAG00000021435) #22	zgc:56231 (ENSOJAG00000021429)	rgs9bp (ENSOJAG00000021421)	zgc:165532 (ENSOJAG00000021418)	dph2 (ENSOJAG00000021415)	ncf2 (ENSOJAG00000021337)	garem (ENSOJAG00000021306)	ENSOJAG00000020204	ENSOJAG00000017549	olfm3a (ENSOJAG00000017512)	col11a1a (ENSOJAG00000016017)	rnpc3 (ENSOJAG00000015890)	prmt6 (ENSOJAG00000015861)	NTNG1 (ENSOJAG00000015836)	VAV3 (ENSOJAG00000015627)	ENSOJAG00000015581
Indian medaka	MODERN SPECIES	14	wdr37 (ENSOMEG00000019446)	idi1 (ENSOMEG00000019396)	cpne3 (ENSOMEG00000019357)	cpne3 (ENSOMEG00000000778)	rmdn1 (ENSOMEG00000019188)	WWP1 (ENSOMEG00000019136)	ENSOMEG00000019027	snx16 (ENSOMEG00000019013)	ENSOMEG00000018983	ENSOMEG00000018953	polr2d (ENSOMEG00000018915)	serpinb1l3 (ENSOMEG00000000497)	pigm (ENSOMEG00000018851)	ENSOMEG00000018814	ANKS6 (ENSOMEG00000018758)	RPS20 (ENSOMEG00000018649) #22	zgc:56231 (ENSOMEG00000018611)	rgs9bp (ENSOMEG00000018567)	zgc:165532 (ENSOMEG00000018547)	dph2 (ENSOMEG00000000477)	ncf2 (ENSOMEG00000018406)	garem (ENSOMEG00000018147)	ENSOMEG00000018109	abca4a (ENSOMEG00000017998)	ENSOMEG00000017863	olfm3a (ENSOMEG00000017813)	ENSOMEG00000017787	ENSOMEG00000017759	rnpc3 (ENSOMEG00000017737)	ENSOMEG00000017705	prmt6 (ENSOMEG00000017676)
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	1112											ENSHBUG00000009985	ENSHBUG00000009930	pigm (ENSHBUG00000009854)	ENSHBUG00000009818	ANKS6 (ENSHBUG00000009799)	ENSHBUG00000009714 ##22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Eastern happy	MODERN SPECIES	21	cpne3 (ENSACLG00000012936)	cpne3 (ENSACLG00000012948)	rmdn1 (ENSACLG00000012964)	WWP1 (ENSACLG00000012988)	ENSACLG00000013000	snx16 (ENSACLG00000013005)	ENSACLG00000013011	ENSACLG00000013033	ENSACLG00000013128	ENSACLG00000013138	ENSACLG00000013145	serpinb1l3 (ENSACLG00000013162)	pigm (ENSACLG00000013188)	ENSACLG00000013203	ANKS6 (ENSACLG00000013218)	ENSACLG00000013257 ##22	ENSACLG00000013531	ENSACLG00000013538	ENSACLG00000013547 ##22	ENSACLG00000013572	ENSACLG00000013575	MMP16 (ENSACLG00000013771)	ENSACLG00000013811	ENSACLG00000013825	NSMAF (ENSACLG00000013990) #10	ENSACLG00000014064	ENSACLG00000014142	fam168b (ENSACLG00000014177)	fbxo45 (ENSACLG00000014227)	nrros (ENSACLG00000014250)	sh3glb1a (ENSACLG00000014255)
P. nyererei	MODERN SPECIES	337	ENSPNYG00000004647	rplp0 (ENSPNYG00000004672)	golga7 (ENSPNYG00000004725)	ENSPNYG00000004739	loxl2a (ENSPNYG00000004756)	ENSPNYG00000004807	aggf1 (ENSPNYG00000004829)	NSG1 (ENSPNYG00000004856)	stx18 (ENSPNYG00000004873)	msx1a (ENSPNYG00000004883)	CYTL1 (ENSPNYG00000004893)	EVC2 (ENSPNYG00000004916)	ENSPNYG00000004972	ENSPNYG00000005041	ENSPNYG00000005068	ENSPNYG00000005147 ##22	PLXNA1 (ENSPNYG00000005171)	chchd6b (ENSPNYG00000005260)	tpra1 (ENSPNYG00000005273)	ENSPNYG00000005310	LPIN3 (ENSPNYG00000005318)	ENSPNYG00000005337	ENSPNYG00000005350	DLGAP4 (ENSPNYG00000005383)	ENSPNYG00000005486	ENSPNYG00000005516	tgm2b (ENSPNYG00000005580)	VSTM2L (ENSPNYG00000005801)	krt4 (ENSPNYG00000005817)	ENSPNYG00000005876	krt18b (ENSPNYG00000006100)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	90														ENSACIG00000014486	ANKS6 (ENSACIG00000014498)	ENSACIG00000014527 ##22	zgc:56231 (ENSACIG00000014533)	rgs9bp (ENSACIG00000014582)	zgc:165532 (ENSACIG00000014604)	dph2 (ENSACIG00000014660)	ncf2 (ENSACIG00000014674)	garem (ENSACIG00000014712)	PRKDC (ENSACIG00000015308)	ARHGAP29 (ENSACIG00000020833)	abca4a (ENSACIG00000020895)	ENSACIG00000020973	olfm3a (ENSACIG00000020993)	ENSACIG00000021010	ENSACIG00000021031	rnpc3 (ENSACIG00000021043)	prmt6 (ENSACIG00000021067)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	243	rpl8 (ENSSPAG00000008593)	usp9 (ENSSPAG00000008494)	med14 (ENSSPAG00000008303)	ENSSPAG00000008263	ENSSPAG00000008220	ENSSPAG00000008178	shox (ENSSPAG00000008155)	asmtl (ENSSPAG00000008133)	P2RY8 (ENSSPAG00000008122)	upf3a (ENSSPAG00000007938)	cdc16 (ENSSPAG00000007886)	ENSSPAG00000007869	fgf14 (ENSSPAG00000007846)	itgbl1 (ENSSPAG00000007819)	nalcn (ENSSPAG00000007631)	ENSSPAG00000007571 ##22	ENSSPAG00000007530	tmtc4 (ENSSPAG00000007398)	zic2a (ENSSPAG00000007377)	zic5 (ENSSPAG00000007346)	clybl (ENSSPAG00000007321)	si:ch211-184m13.4 (ENSSPAG00000007310)	gpr183a (ENSSPAG00000007306)	GPR18 (ENSSPAG00000007296)	dachd (ENSSPAG00000007279)	KLF5 (ENSSPAG00000007265)	klf12b (ENSSPAG00000007219)	TBC1D4 (ENSSPAG00000007111)	COMMD6 (ENSSPAG00000007094)	ENSSPAG00000007082	uchl3 (ENSSPAG00000006919)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00990000204292	ENSGT00940000154835.C.mb	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.a.b ##22	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	171									ENSGT00940000154635.a	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00990000204292	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Fugu	MODERN SPECIES	96										ENSTRUG00000032276	ENSTRUG00000030652	ENSTRUG00000030355	pigm (ENSTRUG00000031515)	ENSTRUG00000027003	ANKS6 (ENSTRUG00000028591)	ENSTRUG00000026362 ##22
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Tongue sole	MODERN SPECIES	13	cpne3 (ENSCSEG00000012368)	spag6 (ENSCSEG00000012381)	cpne3 (ENSCSEG00000012405)	rmdn1 (ENSCSEG00000012491)	WWP1 (ENSCSEG00000012518)	ENSCSEG00000012703	snx16 (ENSCSEG00000012709)	ENSCSEG00000012717	serpinb1l3 (ENSCSEG00000012747)	ENSCSEG00000012795	serpinb1l3 (ENSCSEG00000012834)	pigm (ENSCSEG00000013027)	ENSCSEG00000013046	ANKS6 (ENSCSEG00000013059)	zgc:56231 (ENSCSEG00000013103)	ENSCSEG00000013119 ##22	rgs9bp (ENSCSEG00000013123)	zgc:165532 (ENSCSEG00000013128)	dph2 (ENSCSEG00000013135)	ncf2 (ENSCSEG00000013146)	garem (ENSCSEG00000013224)	PRKDC (ENSCSEG00000013240)	ENSCSEG00000013354	ENSCSEG00000013368	olfm3a (ENSCSEG00000013386)	col11a1a (ENSCSEG00000013412)	rnpc3 (ENSCSEG00000013475)	prmt6 (ENSCSEG00000013496)	NTNG1 (ENSCSEG00000013506)	VAV3 (ENSCSEG00000013522)	ENSCSEG00000013556
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Anura	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Frog	MODERN SPECIES	6	ENSXETG00000047802	tox (ENSXETG00000020167) #9	ENSXETG00000041882	nsmaf (ENSXETG00000026005) #10	sdcbp (ENSXETG00000005663) #11	cyp7a1 (ENSXETG00000005661) #12	ubxn2b (ENSXETG00000039040) #13	fam110b (ENSXETG00000005660) #14	ENSXETG00000043018	ENSXETG00000041916	bpnt2 (ENSXETG00000005659) #15	penk (ENSXETG00000005657) #17	sdr16c5 (ENSXETG00000005655) #18	chchd7 (ENSXETG00000026434) #19	plag1 (ENSXETG00000005654) #20	rbm6 (ENSXETG00000005652) ##22	XB5953084 [provisional:kif20a] (ENSXETG00000030231)	lyn (ENSXETG00000005650) #23	tgs1 (ENSXETG00000005648) #24	tmem68 (ENSXETG00000005647) #25	xkr4 (ENSXETG00000040558) #26	ENSXETG00000046099	ENSXETG00000039668 #27	sox17a (ENSXETG00000026438) #28	mrpl15 (ENSXETG00000008103) #30	lypla1 (ENSXETG00000008101) #31	tcea1 (ENSXETG00000008099) #32	rgs20 (ENSXETG00000008098) #33	atp6v1h (ENSXETG00000008095) #34	oprk1 (ENSXETG00000008092) #35	npbwr2 (ENSXETG00000005682) #36
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Theria	DUPLICATION
Theria	DUPLICATION
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	MODERN SPECIES	756	ENSVURG00010024541	SETD7 (ENSVURG00010024542)	RAB33B (ENSVURG00010024544)	ENSVURG00010024547	NAA15 (ENSVURG00010024554)	NDUFC1 (ENSVURG00010024558)	ENSVURG00010024560	ELF2 (ENSVURG00010024562)	NOCT (ENSVURG00010024565)	SLC7A11 (ENSVURG00010024566)	PCDH18 (ENSVURG00010024568)	ENSVURG00010024571	ENSVURG00010024574	ENSVURG00010024583	PCDH10 (ENSVURG00010024587)	ENSVURG00010024589 ##22	ENSVURG00010024606	ENSVURG00010024609	C4orf33 (ENSVURG00010024611)	SCLT1 (ENSVURG00010024618)	JADE1 (ENSVURG00010024632)	ENSVURG00010024639	ENSVURG00010024640
Common wonbat	MODERN SPECIES	1043	ORAI3 (ENSVURG00010017799)	ENSVURG00010017732	HSD3B7 (ENSVURG00010017710)	STX1B (ENSVURG00010017701)	STX4 (ENSVURG00010017679)	ZNF668 (ENSVURG00010017672)	ZNF646 (ENSVURG00010017666)	PRSS53 (ENSVURG00010017661)	ENSVURG00010017657	BCKDK (ENSVURG00010017648)	KAT8 (ENSVURG00010017632)	PRSS8 (ENSVURG00010017622)	ENSVURG00010017607	ENSVURG00010017598	FUS (ENSVURG00010017503)	ENSVURG00010017485 ##22	ENSVURG00010017480	ENSVURG00010017462	ENSVURG00010017446	ENSVURG00010017439	OSTF1 (ENSVURG00010017432)	NMRK1 (ENSVURG00010017429)	CARNMT1 (ENSVURG00010017423)	ENSVURG00010017417	TRPM6 (ENSVURG00010016158)	RORB (ENSVURG00010016052)	ANXA1 (ENSVURG00010016023)	ENSVURG00010015974	ENSVURG00010015863	ENSVURG00010015839	REEP5 (ENSVURG00010015830)
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	1548	ENSDNOG00000036430	ENSDNOG00000038820	ARGLU1 (ENSDNOG00000034591)	EFNB2 (ENSDNOG00000041560)	ENSDNOG00000037608	ENSDNOG00000046506	ENSDNOG00000039627	ENSDNOG00000039536	SLC10A2 (ENSDNOG00000016811)	METTL21EP (ENSDNOG00000032113)	ERCC5 (ENSDNOG00000039200)	BIVM (ENSDNOG00000007578)	POGLUT2 (ENSDNOG00000007568)	TEX30 (ENSDNOG00000046435)	ENSDNOG00000046133	ENSDNOG00000049808 ##22	METTL21C (ENSDNOG00000038836)	TPP2 (ENSDNOG00000018151)	ENSDNOG00000038870	FGF14 (ENSDNOG00000013969)	ITGBL1 (ENSDNOG00000013953)	NALCN (ENSDNOG00000018040)	TMTC4 (ENSDNOG00000010389)	PCCA (ENSDNOG00000042384)	ENSDNOG00000034479	ZIC2 (ENSDNOG00000043170)	ZIC5 (ENSDNOG00000046390)	CLYBL (ENSDNOG00000000809)	TM9SF2 (ENSDNOG00000017738)	ENSDNOG00000041105	UBAC2 (ENSDNOG00000005108)
Armadillo	MODERN SPECIES	2885	SETD7 (ENSDNOG00000037968)	MGST2 (ENSDNOG00000034606)	MAML3 (ENSDNOG00000002937)	ENSDNOG00000046815	SCOC (ENSDNOG00000030600)	CLGN (ENSDNOG00000004054)	ENSDNOG00000038747	ELMOD2 (ENSDNOG00000035842)	TBC1D9 (ENSDNOG00000005384)	RNF150 (ENSDNOG00000038812)	ZNF330 (ENSDNOG00000048527)	ENSDNOG00000041774	IL15 (ENSDNOG00000034678)	INPP4B (ENSDNOG00000046642)	USP38 (ENSDNOG00000043607)	ENSDNOG00000045535 ##22	GAB1 (ENSDNOG00000019599)	SMARCA5 (ENSDNOG00000009158)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	597														ENSNGAG00000003854	ENSNGAG00000012337	ENSNGAG00000019823 ##22	Pkn2 (ENSNGAG00000021184)	Lmo4 (ENSNGAG00000012856)	Hs2st1 (ENSNGAG00000021248)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES		Swap70 (ENSPEMG00000013401)	ENSPEMG00000007736	Wee1 (ENSPEMG00000011714)	ENSPEMG00000012054	Ipo7 (ENSPEMG00000005751)	ENSPEMG00000017385	Tmem41b (ENSPEMG00000028610)	Dennd5a (ENSPEMG00000016179)	ENSPEMG00000029596	Scube2 (ENSPEMG00000013963)	Nrip3 (ENSPEMG00000020498)	Tmem9b (ENSPEMG00000030009)	Ascl3 (ENSPEMG00000017248)	BC051019 (ENSPEMG00000021186)	Akip1 (ENSPEMG00000021003)	ENSPEMG00000025865 ##22	Dennd2b (ENSPEMG00000020727)	ENSPEMG00000017824	Trim66 (ENSPEMG00000011933)	Stk33 (ENSPEMG00000014334)	Lmo1 (ENSPEMG00000001630)	Ric3 (ENSPEMG00000028958)	Tub (ENSPEMG00000004517)	Eif3f (ENSPEMG00000016017)	Nlrp10 (ENSPEMG00000012069)	ENSPEMG00000026165	Or10a49 (ENSPEMG00000026736)	Or10a48 (ENSPEMG00000024297)	Or5e1 (ENSPEMG00000028999)	ENSPEMG00000029822	ENSPEMG00000024493
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3260	ENSMSIG00000016782	Yars2 (ENSMSIG00000016791)	Dnm1l (ENSMSIG00000016817)	Fgd4 (ENSMSIG00000017354)	Or7a40 (ENSMSIG00000017428)	ENSMSIG00000017439	Spag6l (ENSMSIG00000017457)	Igll1 (ENSMSIG00000017520)	Vpreb1a (ENSMSIG00000017534)	Top3b (ENSMSIG00000017556)	Ppm1f (ENSMSIG00000017667)	Mapk1 (ENSMSIG00000017684)	Ppil2 (ENSMSIG00000017786)	ENSMSIG00000017910	Sdf2l1 (ENSMSIG00000017965)	ENSMSIG00000017983 ##22	Ccdc116 (ENSMSIG00000017988)	Ydjc (ENSMSIG00000017998)	Ube2l3 (ENSMSIG00000018064)	Rimbp3 (ENSMSIG00000018123)	Hic2 (ENSMSIG00000018127)	Tmem191 (ENSMSIG00000018135)	Pi4ka (ENSMSIG00000018157)	Serpind1 (ENSMSIG00000018333)	Snap29 (ENSMSIG00000018359)	ENSMSIG00000018376	Aifm3 (ENSMSIG00000018403)	Lztr1 (ENSMSIG00000018544)	Thap7 (ENSMSIG00000018638)	Lrrc74b (ENSMSIG00000018653)	P2rx6 (ENSMSIG00000018723)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3067											Bmper (ENSMSIG00000025060)	Bbs9 (ENSMSIG00000024757)	Rp9 (ENSMSIG00000024723)	ENSMSIG00000024696	Anln (ENSMSIG00000024620)	ENSMSIG00000024615 ##22	Zfp810 (ENSMSIG00000024582)	ENSMSIG00000024574	Zfp599 (ENSMSIG00000024565)	Zfp809 (ENSMSIG00000024525)	ENSMSIG00000024520	ENSMSIG00000024509	Zfp872 (ENSMSIG00000024500)	ENSMSIG00000024490	Pigyl (ENSMSIG00000024448)
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	17	LOC100910996 (ENSRNOG00000060879)	Nuak1 (ENSRNOG00000008061)	Ckap4 (ENSRNOG00000008016)	Tcp11l2 (ENSRNOG00000007587)	Polr3b (ENSRNOG00000007432)	Rfx4 (ENSRNOG00000051536)	Ric8b (ENSRNOG00000007323)	Tmem263 (ENSRNOG00000067167)	Fhl4 (ENSRNOG00000006998)	Mterf2 (ENSRNOG00000006978)	Cry1 (ENSRNOG00000006622)	ENSRNOG00000062414	Abtb3 (ENSRNOG00000005758)	Pwp1 (ENSRNOG00000005350)	Prdm4 (ENSRNOG00000004962)	RGD1563124 (ENSRNOG00000031205) ##22	Ascl4 (ENSRNOG00000031493)	Rtcb (ENSRNOG00000004813)	Bpifc (ENSRNOG00000022937)	Fbxo7 (ENSRNOG00000004637)	Timp3 (ENSRNOG00000004303)	Syn3 (ENSRNOG00000026866)	RGD1564409 (ENSRNOG00000057162)	LOC120093094 (ENSRNOG00000067211)	ENSRNOG00000068522	LOC691764 (ENSRNOG00000065932)	ENSRNOG00000063083	ENSRNOG00000067334	LOC120093094 (ENSRNOG00000065103)	LOC120093114 (ENSRNOG00000071034)	LOC300308 (ENSRNOG00000048230)
Rat	MODERN SPECIES	3	Oas2 (ENSRNOG00000049282)	Oas3 (ENSRNOG00000059207)	Oas1k (ENSRNOG00000062846)	Oas1e (ENSRNOG00000031726)	Oas1f (ENSRNOG00000033220)	Oas1f (ENSRNOG00000068922)	Oas1h (ENSRNOG00000057769)	Oas1a (ENSRNOG00000001369)	Oas1d (ENSRNOG00000024462)	Oas1i (ENSRNOG00000069835)	Rph3a (ENSRNOG00000001368)	Ptpn11 (ENSRNOG00000030124)	Rpl6 (ENSRNOG00000025936)	Hectd4 (ENSRNOG00000001352)	Trafd1 (ENSRNOG00000001351)	LOC100909911 (ENSRNOG00000029341) ##22	Naa25 (ENSRNOG00000001350)	Erp29 (ENSRNOG00000001348)	Tmem116 (ENSRNOG00000027480)	Adam1b (ENSRNOG00000037801)	Adam1a (ENSRNOG00000001347)	Mapkapk5 (ENSRNOG00000001345)	ENSRNOG00000070432	Aldh2 (ENSRNOG00000037815)	Brap (ENSRNOG00000046497)	Atxn2 (ENSRNOG00000001256)	Sh2b3 (ENSRNOG00000028198)	Pheta1 (ENSRNOG00000028206)	Cux2 (ENSRNOG00000001259)	Myl2 (ENSRNOG00000030848)	Ccdc63 (ENSRNOG00000034266)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	2	NECTIN1 (ENSSVLG00005016885)	TRIM29 (ENSSVLG00005016988)	OAF (ENSSVLG00005017300)	POU2F3 (ENSSVLG00005017350)	TLCD5 (ENSSVLG00005017509)	ARHGEF12 (ENSSVLG00005017668)	GRIK4 (ENSSVLG00005017812)	TBCEL (ENSSVLG00005018006)	TECTA (ENSSVLG00005018068)	SC5D (ENSSVLG00005018507)	SORL1 (ENSSVLG00005018596)	UBASH3B (ENSSVLG00005019548)	CRTAM (ENSSVLG00005019670)	JHY (ENSSVLG00005019812)	BSX (ENSSVLG00005019921)	ENSSVLG00005019956 ##22	ENSSVLG00005020047	CLMP (ENSSVLG00005020407)	GRAMD1B (ENSSVLG00005020589)	SCN3B (ENSSVLG00005021934)	ZNF202 (ENSSVLG00005022010)	OR6X1 (ENSSVLG00005022093)	OR6M1 (ENSSVLG00005022115)	TMEM225 (ENSSVLG00005022135)	OR8D4 (ENSSVLG00005022194)	OR4D5 (ENSSVLG00005022212)	OR10S1 (ENSSVLG00005022269)	OR10G6 (ENSSVLG00005022298)	ENSSVLG00005022315	ENSSVLG00005022332	ENSSVLG00005022348
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	296	FBXO28 (ENSPCOG00000021402)	TP53BP2 (ENSPCOG00000017767)	CAPN2 (ENSPCOG00000022676)	CAPN8 (ENSPCOG00000020364)	SUSD4 (ENSPCOG00000011601)	DISP1 (ENSPCOG00000009108)	FAM177B (ENSPCOG00000012430)	BROX (ENSPCOG00000026274)	ENSPCOG00000023670	ENSPCOG00000023749	MAB21L1 (ENSPCOG00000014059)	ENSPCOG00000016847	ENSPCOG00000016947	SOHLH2 (ENSPCOG00000028061)	ENSPCOG00000012239	ENSPCOG00000009000 ##22	SPART (ENSPCOG00000023572)	CCNA1 (ENSPCOG00000025312)	SERTM1 (ENSPCOG00000026866)	RFXAP (ENSPCOG00000011817)	SMAD9 (ENSPCOG00000021261)	ALG5 (ENSPCOG00000019336)	EXOSC8 (ENSPCOG00000018867)	SUPT20H (ENSPCOG00000028527)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Drill	MODERN SPECIES	1057									DPP4 (ENSMLEG00000021112)	GCG (ENSMLEG00000035524)	FAP (ENSMLEG00000032233)	IFIH1 (ENSMLEG00000000107)	GCA (ENSMLEG00000006897)	KCNH7 (ENSMLEG00000043652)	FIGN (ENSMLEG00000028227)	ENSMLEG00000024160 ##22	GRB14 (ENSMLEG00000031568)	ENSMLEG00000032541	COBLL1 (ENSMLEG00000003201)	SLC38A11 (ENSMLEG00000039029)	SCN3A (ENSMLEG00000008343)	SCN2A (ENSMLEG00000037562)	CSRNP3 (ENSMLEG00000015668)	GALNT3 (ENSMLEG00000037796)	TTC21B (ENSMLEG00000038192)	SCN1A (ENSMLEG00000029828)	SCN9A (ENSMLEG00000027685)	ENSMLEG00000034889	SCN7A (ENSMLEG00000039617)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	256	CD53 (ENSCCAG00000023711)	LRIF1 (ENSCCAG00000010544)	DRAM2 (ENSCCAG00000024404)	CEPT1 (ENSCCAG00000036974)	DENND2D (ENSCCAG00000028146)	CHI3L2 (ENSCCAG00000030977)	ENSCCAG00000024744	CHIA (ENSCCAG00000020542)	PIFO (ENSCCAG00000032307)	ENSCCAG00000032539	OVGP1 (ENSCCAG00000034065)	WDR77 (ENSCCAG00000033406)	ATP5PB (ENSCCAG00000035253)	C1orf162 (ENSCCAG00000022965)	TMIGD3 (ENSCCAG00000027498)	ENSCCAG00000015750 ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	784	BNIPL (ENSANAG00000034658)	ENSANAG00000029347	PRUNE1 (ENSANAG00000023005)	MINDY1 (ENSANAG00000035903)	ANXA9 (ENSANAG00000037268)	CERS2 (ENSANAG00000027061)	SETDB1 (ENSANAG00000001819)	CTXND2 (ENSANAG00000007098)	ENSANAG00000035985	ARNT (ENSANAG00000021110)	CTSK (ENSANAG00000037073)	CTSS (ENSANAG00000027610)	HORMAD1 (ENSANAG00000021070)	GOLPH3L (ENSANAG00000020389)	ENSANAG00000029931	ENSANAG00000003718 ##22	ENSANAG00000021748	ADAMTSL4 (ENSANAG00000019112)	ECM1 (ENSANAG00000031765)	TARS2 (ENSANAG00000019620)	RPRD2 (ENSANAG00000019468)	PRPF3 (ENSANAG00000026138)	ENSANAG00000026132	CIART (ENSANAG00000030418)	C1orf54 (ENSANAG00000023731)	APH1A (ENSANAG00000030676)	CA14 (ENSANAG00000026566)	ENSANAG00000029309	PLEKHO1 (ENSANAG00000036370)	VPS45 (ENSANAG00000034854)	OTUD7B (ENSANAG00000021683)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000015719.c	ENSGT00940000155361	ENSGT00390000016565	ENSGT00900000143263	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747	ENSGT00940000156338	ENSGT00950000182900.B	ENSGT00390000007371	ENSGT00940000160932	ENSGT00940000159398	ENSGT00940000163188	ENSGT00530000063929.a.b	ENSGT01060000248564.b.a.a.a	ENSGT00950000182962.b.a	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00390000018883	ENSGT00940000157554	ENSGT00940000163178	ENSGT00390000005534.b.b.c.a	ENSGT00940000160073	ENSGT01000000214440.A.a.b.a	ENSGT00940000156115	ENSGT00530000063770.c.a	ENSGT00390000010045	ENSGT00950000183182.a.a	ENSGT01090000260093.b	ENSGT00950000182978.B	ENSGT01060000248589.D	ENSGT00390000012569.a	ENSGT00390000006264
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000015719.c	ENSGT00940000155361	ENSGT00390000016565	ENSGT00900000143263	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747	ENSGT00940000156338	ENSGT00950000182900.B	ENSGT00390000007371	ENSGT00940000160932	ENSGT00940000159398	ENSGT00940000163188	ENSGT00530000063929.a.b	ENSGT01060000248564.b.a.a.a	ENSGT00950000182962.b.a	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00390000018883	ENSGT00940000157554	ENSGT00940000161804.f	ENSGT00940000163178	ENSGT00390000005534.b.b.c.a	ENSGT00940000160073	ENSGT01000000214440.A.a.b.a	ENSGT00940000156115	ENSGT00530000063770.c.a	ENSGT00390000010045	ENSGT00950000183182.a.a	ENSGT01090000260093.b	ENSGT00950000182978.B	ENSGT01060000248589.D	ENSGT00390000012569.a
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015719.c	ENSGT00940000155361	ENSGT00390000016565	ENSGT00900000143263	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747	ENSGT00940000156338	ENSGT00950000182900.B	ENSGT00390000007371	ENSGT00940000160932	ENSGT00940000159398	ENSGT00940000163188	ENSGT00530000063929.a.b	ENSGT01060000248564.b.a.a.a	ENSGT00950000182962.b.a	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00390000018883	ENSGT00940000157554	ENSGT00940000161804.f	ENSGT00940000163178	ENSGT00390000005534.b.b.c.a	ENSGT00940000160073	ENSGT01000000214440.A.a.b.a	ENSGT00940000156115	ENSGT00530000063770.c.a	ENSGT00390000010045	ENSGT00950000183182.a.a	ENSGT01090000260093.b	ENSGT00950000182978.B	ENSGT01060000248589.D	ENSGT00390000012569.a
leopard	MODERN SPECIES	145	NUDC (ENSPPRG00000024046)	KDF1 (ENSPPRG00000023953)	ENSPPRG00000023811	TRNP1 (ENSPPRG00000021647)	TENT5B (ENSPPRG00000023756)	SLC9A1 (ENSPPRG00000023440)	ENSPPRG00000023306	WDTC1 (ENSPPRG00000022741)	TMEM222 (ENSPPRG00000000473)	SYTL1 (ENSPPRG00000001681)	MAP3K6 (ENSPPRG00000004619)	FCN3 (ENSPPRG00000005121)	CD164L2 (ENSPPRG00000005218)	GPR3 (ENSPPRG00000021926)	WASF2 (ENSPPRG00000005663)	ENSPPRG00000005758 ##22	AHDC1 (ENSPPRG00000021945)	FGR (ENSPPRG00000006632)	ENSPPRG00000007183	IFI6 (ENSPPRG00000007307)	FAM76A (ENSPPRG00000008178)	STX12 (ENSPPRG00000009522)	PPP1R8 (ENSPPRG00000010064)	THEMIS2 (ENSPPRG00000010577)	RPA2 (ENSPPRG00000011127)	SMPDL3B (ENSPPRG00000012800)	XKR8 (ENSPPRG00000012969)	EYA3 (ENSPPRG00000023907)	PTAFR (ENSPPRG00000022317)	DNAJC8 (ENSPPRG00000023348)	ATP5IF1 (ENSPPRG00000023262)
lion	MODERN SPECIES	8	GPATCH3 (ENSPLOG00000009784)	NR0B2 (ENSPLOG00000009763)	NUDC (ENSPLOG00000009710)	KDF1 (ENSPLOG00000009687)	TRNP1 (ENSPLOG00000009668)	TENT5B (ENSPLOG00000009648)	SLC9A1 (ENSPLOG00000009616)	WDTC1 (ENSPLOG00000009580)	TMEM222 (ENSPLOG00000009496)	SYTL1 (ENSPLOG00000009458)	MAP3K6 (ENSPLOG00000009129)	FCN3 (ENSPLOG00000008994)	CD164L2 (ENSPLOG00000008921)	GPR3 (ENSPLOG00000008898)	WASF2 (ENSPLOG00000008859)	ENSPLOG00000008820 ##22	AHDC1 (ENSPLOG00000008801)	FGR (ENSPLOG00000008770)	IFI6 (ENSPLOG00000008736)	ENSPLOG00000008704	FAM76A (ENSPLOG00000008609)	STX12 (ENSPLOG00000008547)	PPP1R8 (ENSPLOG00000008473)	THEMIS2 (ENSPLOG00000008402)	RPA2 (ENSPLOG00000008334)	SMPDL3B (ENSPLOG00000008186)	XKR8 (ENSPLOG00000008129)	EYA3 (ENSPLOG00000008003)	PTAFR (ENSPLOG00000007953)	DNAJC8 (ENSPLOG00000007924)	ATP5IF1 (ENSPLOG00000007893)
Cat	MODERN SPECIES	239	GPN2 (ENSFCAG00000012818)	GPATCH3 (ENSFCAG00000012819)	NR0B2 (ENSFCAG00000012821)	NUDC (ENSFCAG00000012822)	KDF1 (ENSFCAG00000023735)	TRNP1 (ENSFCAG00000045565)	TENT5B (ENSFCAG00000010300)	SLC9A1 (ENSFCAG00000010301)	WDTC1 (ENSFCAG00000010303)	TMEM222 (ENSFCAG00000027299)	SYTL1 (ENSFCAG00000030775)	MAP3K6 (ENSFCAG00000007864)	CD164L2 (ENSFCAG00000010305)	GPR3 (ENSFCAG00000010306)	WASF2 (ENSFCAG00000007866)	ENSFCAG00000033739 ##22	AHDC1 (ENSFCAG00000007867)	STX12 (ENSFCAG00000029657)	FGR (ENSFCAG00000007868)	IFI6 (ENSFCAG00000033862)	ENSFCAG00000021929	FAM76A (ENSFCAG00000035488)	PPP1R8 (ENSFCAG00000027954)	THEMIS2 (ENSFCAG00000003404)	RPA2 (ENSFCAG00000039600)	XKR8 (ENSFCAG00000034139)	EYA3 (ENSFCAG00000003408)	PTAFR (ENSFCAG00000012031)	DNAJC8 (ENSFCAG00000013393)	ATP5IF1 (ENSFCAG00000013395)	ENSFCAG00000047435
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
American mink	MODERN SPECIES	287	H1-8 (ENSNVIG00000009706)	RHO (ENSNVIG00000009693)	IFT122 (ENSNVIG00000009217)	MBD4 (ENSNVIG00000009126)	EFCAB12 (ENSNVIG00000009088)	ENSNVIG00000009040	CAND2 (ENSNVIG00000008985)	TMEM40 (ENSNVIG00000008852)	ENSNVIG00000008812	RAF1 (ENSNVIG00000008700)	MKRN2 (ENSNVIG00000008629)	MKRN2OS (ENSNVIG00000008607)	TSEN2 (ENSNVIG00000008550)	PPARG (ENSNVIG00000008444)	TIMP4 (ENSNVIG00000008416)	ENSNVIG00000008402 ##22	SYN2 (ENSNVIG00000008362)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	921	ENSCWAG00000007703	ANKRD13D (ENSCWAG00000007724)	GRK2 (ENSCWAG00000007774)	KDM2A (ENSCWAG00000007851)	RHOD (ENSCWAG00000008096)	SYT12 (ENSCWAG00000008167)	C11orf86 (ENSCWAG00000008199)	PC (ENSCWAG00000008265)	LRFN4 (ENSCWAG00000008478)	RCE1 (ENSCWAG00000008521)	C11orf80 (ENSCWAG00000008718)	SPTBN2 (ENSCWAG00000009610)	ENSCWAG00000010427	RBM4 (ENSCWAG00000010460)	RBM14 (ENSCWAG00000010544)	ENSCWAG00000010600 ##22	CCS (ENSCWAG00000010612)	CCDC87 (ENSCWAG00000010647)	CTSF (ENSCWAG00000010667)	ACTN3 (ENSCWAG00000010699)	ZDHHC24 (ENSCWAG00000010855)	BBS1 (ENSCWAG00000010906)	DPP3 (ENSCWAG00000011016)	PELI3 (ENSCWAG00000011525)	MRPL11 (ENSCWAG00000011830)	NPAS4 (ENSCWAG00000011921)	SLC29A2 (ENSCWAG00000012120)	B4GAT1 (ENSCWAG00000012327)	BRMS1 (ENSCWAG00000012367)	RIN1 (ENSCWAG00000012467)	CD248 (ENSCWAG00000012572)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153578.B	ENSGT00940000158857	ENSGT00940000156435	ENSGT00390000007164	ENSGT00940000158310	ENSGT00940000154740.a.b.b	ENSGT00390000015381	ENSGT00940000156610	ENSGT00390000016224.j.b	ENSGT00390000009925.a	ENSGT00390000008825.a	ENSGT00940000162979	ENSGT00940000157696	ENSGT00390000017673.a	ENSGT00940000160872	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000155280	ENSGT00940000159318	ENSGT00940000156606	ENSGT00390000012037	ENSGT00940000158383	ENSGT00390000015189	ENSGT00940000157834	ENSGT00940000155577	ENSGT00940000155364	ENSGT01020000230401.b.b	ENSGT00950000182846.b.q	ENSGT00390000014091	ENSGT00940000159861	ENSGT00390000008957	ENSGT00390000014875
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	211	UBN1 (ENSMMSG00000007783)	GLYR1 (ENSMMSG00000007656)	ROGDI (ENSMMSG00000007602)	SEPTIN12 (ENSMMSG00000007493)	ENSMMSG00000007463	ENSMMSG00000007446	ENSMMSG00000007425	ANKS3 (ENSMMSG00000007327)	NUDT16L1 (ENSMMSG00000007265)	MGRN1 (ENSMMSG00000007134)	UBALD1 (ENSMMSG00000007082)	ENSMMSG00000007041	CDIP1 (ENSMMSG00000006985)	HMOX2 (ENSMMSG00000006939)	NMRAL1 (ENSMMSG00000006906)	ENSMMSG00000006888 ##22	DNAJA3 (ENSMMSG00000006755)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	177															ENSMMSG00000006840	ENSMMSG00000006820 ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153578.B	ENSGT00940000158857	ENSGT00940000156435	ENSGT00390000007164	ENSGT00940000158310	ENSGT00940000154740.a.b.b	ENSGT00390000015381	ENSGT00940000156610	ENSGT00390000016224.j.b	ENSGT00390000009925.a	ENSGT00390000008825.a	ENSGT00940000162979	ENSGT00940000157696	ENSGT00390000017673.a	ENSGT00940000160872	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000155280	ENSGT00940000159318	ENSGT00940000156606	ENSGT00390000012037	ENSGT00940000158383	ENSGT00390000015189	ENSGT00940000157834	ENSGT00940000155577	ENSGT00940000155364	ENSGT01020000230401.b.b	ENSGT00950000182846.b.q	ENSGT00390000014091	ENSGT00940000159861	ENSGT00390000008957	ENSGT00390000014875
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153578.B	ENSGT00940000158857	ENSGT00940000156435	ENSGT00390000007164	ENSGT00940000158310	ENSGT00940000154740.a.b.b	ENSGT00390000015381	ENSGT00940000156610	ENSGT00390000016224.j.b	ENSGT00390000009925.a	ENSGT00390000008825.a	ENSGT00940000162979	ENSGT00940000157696	ENSGT00390000017673.a	ENSGT00940000160872	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000155280	ENSGT00940000159318	ENSGT00940000156606	ENSGT00390000012037	ENSGT00940000158383	ENSGT00390000015189	ENSGT00940000157834	ENSGT00940000155577	ENSGT00940000155364	ENSGT01020000230401.b.b	ENSGT00950000182846.b.q	ENSGT00940000154189.B.c	ENSGT00390000014091	ENSGT00940000159861	ENSGT00390000008957
Goat	MODERN SPECIES	17	UBN1 (ENSCHIG00000024105)	GLYR1 (ENSCHIG00000023808)	ROGDI (ENSCHIG00000005396)	SEPTIN12 (ENSCHIG00000013270)	ENSCHIG00000005078	ENSCHIG00000008404	ENSCHIG00000002545	ANKS3 (ENSCHIG00000016977)	NUDT16L1 (ENSCHIG00000005777)	MGRN1 (ENSCHIG00000008936)	UBALD1 (ENSCHIG00000006302)	ENSCHIG00000016185	CDIP1 (ENSCHIG00000017100)	HMOX2 (ENSCHIG00000026356)	NMRAL1 (ENSCHIG00000015974)	ENSCHIG00000020178 ##22	ENSCHIG00000014585	DNAJA3 (ENSCHIG00000017630)	VASN (ENSCHIG00000001960)	CORO7 (ENSCHIG00000010358)	ENSCHIG00000005280	GLIS2 (ENSCHIG00000022193)	TFAP4 (ENSCHIG00000014407)	SRL (ENSCHIG00000017927)	ADCY9 (ENSCHIG00000011588)	CREBBP (ENSCHIG00000017639)	TRAP1 (ENSCHIG00000020250)	DNASE1 (ENSCHIG00000018726)	ENSCHIG00000010168	SLX4 (ENSCHIG00000017094)	NLRC3 (ENSCHIG00000022312)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	16	UBN1 (ENSOARG00020008063)	GLYR1 (ENSOARG00020007618)	ROGDI (ENSOARG00020007572)	SEPTIN12 (ENSOARG00020007412)	ENSOARG00020007382	ENSOARG00020007339	ENSOARG00020007269	ANKS3 (ENSOARG00020006671)	NUDT16L1 (ENSOARG00020006513)	MGRN1 (ENSOARG00020006372)	UBALD1 (ENSOARG00020026479)	ENSOARG00020026478	CDIP1 (ENSOARG00020026477)	HMOX2 (ENSOARG00020026476)	NMRAL1 (ENSOARG00020026475)	ENSOARG00020026474 ##22	ENSOARG00020026473	DNAJA3 (ENSOARG00020026472)	VASN (ENSOARG00020026471)	CORO7 (ENSOARG00020026470)	GLIS2 (ENSOARG00020026469)	TFAP4 (ENSOARG00020026468)	SRL (ENSOARG00020026467)	ADCY9 (ENSOARG00020026466)	CREBBP (ENSOARG00020026465)	TRAP1 (ENSOARG00020026463)	DNASE1 (ENSOARG00020026459)	ENSOARG00020026456	SLX4 (ENSOARG00020026454)	NLRC3 (ENSOARG00020026452)	CLUAP1 (ENSOARG00020026450)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153578.B	ENSGT00940000158857	ENSGT00940000156435	ENSGT00390000007164	ENSGT00940000158310	ENSGT00940000154740.a.b.b	ENSGT00390000015381	ENSGT00940000156610	ENSGT00390000016224.j.b	ENSGT00390000009925.a	ENSGT00390000008825.a	ENSGT00940000162979	ENSGT00940000157696	ENSGT00390000017673.a	ENSGT00940000160872	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000155280.a	ENSGT00940000159318	ENSGT00940000156606	ENSGT00390000012037	ENSGT00940000158383	ENSGT00390000015189	ENSGT00940000157834	ENSGT00940000160378.m.b	ENSGT00940000155577	ENSGT00940000155364	ENSGT01020000230401.b.b	ENSGT00950000182846.b.q	ENSGT00390000014091	ENSGT00940000159861	ENSGT00390000008957
American bison	MODERN SPECIES	3067	PPL (ENSBBBG00000020802)	UBN1 (ENSBBBG00000020915)	GLYR1 (ENSBBBG00000021009)	ROGDI (ENSBBBG00000021026)	SEPTIN12 (ENSBBBG00000021093)	ENSBBBG00000021106	ENSBBBG00000021111	ENSBBBG00000005662	ANKS3 (ENSBBBG00000021213)	NUDT16L1 (ENSBBBG00000005679)	MGRN1 (ENSBBBG00000005698)	UBALD1 (ENSBBBG00000021360)	ENSBBBG00000021415	HMOX2 (ENSBBBG00000021467)	NMRAL1 (ENSBBBG00000021504)	ENSBBBG00000021513 ##22	ENSBBBG00000005736	CORO7 (ENSBBBG00000021609)	PAM16 (ENSBBBG00000021616)	GLIS2 (ENSBBBG00000021638)	TFAP4 (ENSBBBG00000021691)	SRL (ENSBBBG00000021705)	ENSBBBG00000021713	ADCY9 (ENSBBBG00000021730)	CREBBP (ENSBBBG00000021866)	TRAP1 (ENSBBBG00000021954)	DNASE1 (ENSBBBG00000021981)	SLX4 (ENSBBBG00000022059)	NLRC3 (ENSBBBG00000005832)	CLUAP1 (ENSBBBG00000022163)	C16orf90 (ENSBBBG00000022172)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153578.B	ENSGT00940000158857	ENSGT00940000156435	ENSGT00390000007164	ENSGT00940000158310	ENSGT00940000154740.a.b.b	ENSGT00390000015381	ENSGT00940000156610	ENSGT00390000016224.j.b	ENSGT00390000009925.a	ENSGT00390000008825.a	ENSGT00940000162979	ENSGT00940000157696	ENSGT00390000017673.a	ENSGT00940000160872	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000155280.a	ENSGT00940000159318	ENSGT00940000156606	ENSGT00390000012037	ENSGT00940000158383	ENSGT00390000015189	ENSGT00940000157834	ENSGT00940000160378.m.b	ENSGT00940000155577	ENSGT00940000155364	ENSGT01020000230401.b.b	ENSGT00950000182846.b.q	ENSGT00390000014091	ENSGT00940000159861	ENSGT00390000008957
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22
Wild yak	MODERN SPECIES	2574															ENSBMUG00000026858	ENSBMUG00000026859 ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153578.B	ENSGT00940000158857	ENSGT00940000156435	ENSGT00390000007164	ENSGT00940000158310	ENSGT00940000154740.a.b.b	ENSGT00390000015381	ENSGT00940000156610	ENSGT00390000016224.j.b	ENSGT00390000009925.a	ENSGT00390000008825.a	ENSGT00940000162979	ENSGT00940000157696	ENSGT00390000017673.a	ENSGT00940000160872	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000155280.a	ENSGT00940000159318	ENSGT00940000156606	ENSGT00390000012037	ENSGT00940000158383	ENSGT00390000015189	ENSGT00940000157834	ENSGT00940000160378.m.b	ENSGT00940000155577	ENSGT00940000155364	ENSGT01020000230401.b.b	ENSGT00950000182846.b.q	ENSGT00390000014091	ENSGT00940000159861	ENSGT00390000008957
Cow	DUPLICATION
Cow	MODERN SPECIES	177	RBM41 (ENSBTAG00000000955)	ENSBTAG00000045876	CLDN2 (ENSBTAG00000055282)	ENSBTAG00000005294	RIPPLY1 (ENSBTAG00000044115)	TBC1D8B (ENSBTAG00000046314)	RNF128 (ENSBTAG00000022920)	RADX (ENSBTAG00000003668)	PWWP3B (ENSBTAG00000040132)	ENSBTAG00000053716	SERPINA7 (ENSBTAG00000047655)	NRK (ENSBTAG00000004836)	IL1RAPL2 (ENSBTAG00000044025)	ENSBTAG00000045756	ENSBTAG00000009457	ENSBTAG00000053380 ##22	ESX1 (ENSBTAG00000005953)	FAM199X (ENSBTAG00000004008)	SLC25A53 (ENSBTAG00000054469)	ENSBTAG00000046436	ENSBTAG00000014287	ENSBTAG00000052155	ENSBTAG00000047211	RAB9B (ENSBTAG00000019820)	PLP1 (ENSBTAG00000006977)	GLRA4 (ENSBTAG00000003320)	MORF4L2 (ENSBTAG00000001311)	TCEAL1 (ENSBTAG00000049730)	ENSBTAG00000022204	ENSBTAG00000032450	ENSBTAG00000014223
Cow	MODERN SPECIES	17	GLYR1 (ENSBTAG00000001731)	ROGDI (ENSBTAG00000016331)	SEPTIN12 (ENSBTAG00000016330)	ZNF500 (ENSBTAG00000037566)	ENSBTAG00000049109	ENSBTAG00000051258	DNAAF8 (ENSBTAG00000006595)	ANKS3 (ENSBTAG00000006593)	NUDT16L1 (ENSBTAG00000006590)	MGRN1 (ENSBTAG00000018999)	UBALD1 (ENSBTAG00000026394)	ENSBTAG00000047316	CDIP1 (ENSBTAG00000018938)	HMOX2 (ENSBTAG00000018937)	NMRAL1 (ENSBTAG00000010015)	ENSBTAG00000053639 ##22	DNAJA3 (ENSBTAG00000010013)	VASN (ENSBTAG00000046339)	CORO7 (ENSBTAG00000009201)	PAM16 (ENSBTAG00000009200)	GLIS2 (ENSBTAG00000009199)	TFAP4 (ENSBTAG00000033174)	SRL (ENSBTAG00000001078)	ADCY9 (ENSBTAG00000016629)	CREBBP (ENSBTAG00000026403)	TRAP1 (ENSBTAG00000020109)	DNASE1 (ENSBTAG00000020107)	SLX4 (ENSBTAG00000004509)	NLRC3 (ENSBTAG00000004505)	CLUAP1 (ENSBTAG00000004502)	C25H16orf90 (ENSBTAG00000000611)
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	32	ICAM3 (ENSCHYG00000001683)	RAVER1 (ENSCHYG00000001635)	FDX2 (ENSCHYG00000001580)	ZGLP1 (ENSCHYG00000001560)	ICAM5 (ENSCHYG00000001528)	ICAM4 (ENSCHYG00000001512)	ENSCHYG00000001506	MRPL4 (ENSCHYG00000001481)	S1PR2 (ENSCHYG00000001459)	DNMT1 (ENSCHYG00000001426)	EIF3G (ENSCHYG00000001385)	PPAN (ENSCHYG00000001330)	ANGPTL6 (ENSCHYG00000001299)	SHFL (ENSCHYG00000001268)	ENSCHYG00000001157	ENSCHYG00000001067 ##22	RDH8 (ENSCHYG00000001045)	OLFM2 (ENSCHYG00000000890)	PIN1 (ENSCHYG00000000871)	ENSCHYG00000000849	FBXL12 (ENSCHYG00000000828)	ENSCHYG00000000816	ENSCHYG00000000804	ENSCHYG00000000790	ZNF177 (ENSCHYG00000000769)	ZNF699 (ENSCHYG00000000751)	ENSCHYG00000000683	ENSCHYG00000000671	ENSCHYG00000000655	ENSCHYG00000000650	ENSCHYG00000000641
Yarkand deer	MODERN SPECIES	8	SLC30A9 (ENSCHYG00000023943)	TMEM33 (ENSCHYG00000023907)	ENSCHYG00000023886	PHOX2B (ENSCHYG00000023863)	ENSCHYG00000023845	LIMCH1 (ENSCHYG00000019802)	UCHL1 (ENSCHYG00000019339)	ENSCHYG00000019295	APBB2 (ENSCHYG00000018748)	NSUN7 (ENSCHYG00000018520)	RBM47 (ENSCHYG00000018372)	CHRNA9 (ENSCHYG00000018325)	RHOH (ENSCHYG00000018262)	N4BP2 (ENSCHYG00000018152)	PDS5A (ENSCHYG00000017602)	ENSCHYG00000017511 ##22	UBE2K (ENSCHYG00000017186)	ENSCHYG00000017140	ENSCHYG00000017114	UGDH (ENSCHYG00000016766)	ENSCHYG00000015244	RPL9 (ENSCHYG00000014866)	ENSCHYG00000014844	KLB (ENSCHYG00000014744)	RFC1 (ENSCHYG00000014461)	WDR19 (ENSCHYG00000013487)	KLHL5 (ENSCHYG00000012983)	TMEM156 (ENSCHYG00000012866)	FAM114A1 (ENSCHYG00000012688)	TLR6 (ENSCHYG00000012665)	TLR1 (ENSCHYG00000012651)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063408.B	ENSGT00500000046198	ENSGT00940000157730	ENSGT00940000154339	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000155827	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000164799	ENSGT00940000162370	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258	ENSGT00550000074822	ENSGT00550000075011	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000164497	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00390000008285	ENSGT00390000018446	ENSGT00390000017965	ENSGT00940000156166.a	ENSGT00940000153846.a.a
Blue whale	MODERN SPECIES		SELENOF (ENSBMSG00010011670)	HS2ST1 (ENSBMSG00010011683)	LMO4 (ENSBMSG00010011694)	PKN2 (ENSBMSG00010011716)	GTF2B (ENSBMSG00010011733)	KYAT3 (ENSBMSG00010011753)	GBP3 (ENSBMSG00010011770)	ENSBMSG00010011896	ENSBMSG00010012151	GBP5 (ENSBMSG00010012161)	GBP6 (ENSBMSG00010012181)	LRRC8B (ENSBMSG00010012202)	LRRC8C (ENSBMSG00010012215)	LRRC8D (ENSBMSG00010012225)	ZNF326 (ENSBMSG00010012246)	ENSBMSG00010012272 ##22	BARHL2 (ENSBMSG00010000010)	ENSBMSG00010000017	HFM1 (ENSBMSG00010000076)	CDC7 (ENSBMSG00010000261)	TGFBR3 (ENSBMSG00010000292)	BRDT (ENSBMSG00010000373)	EPHX4 (ENSBMSG00010000481)	ENSBMSG00010000502	BTBD8 (ENSBMSG00010000521)	C1orf146 (ENSBMSG00010000562)	GLMN (ENSBMSG00010000586)	ENSBMSG00010000612	GFI1 (ENSBMSG00010000632)	EVI5 (ENSBMSG00010000675)	ENSBMSG00010000785
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154284.a	ENSGT00530000063408.B	ENSGT00500000046198	ENSGT00940000157730	ENSGT00940000154339	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000155827	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000162370	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258	ENSGT00550000074822	ENSGT00550000075011	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000164497	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00390000008285	ENSGT00390000018446	ENSGT00390000017965	ENSGT00940000156166.a	ENSGT00940000153846.a.a
Sperm whale	MODERN SPECIES	15	ENSPCTG00005009991	ENSPCTG00005009928	SH3GLB1 (ENSPCTG00005009480)	SELENOF (ENSPCTG00005009387)	HS2ST1 (ENSPCTG00005009338)	LMO4 (ENSPCTG00005009288)	PKN2 (ENSPCTG00005009071)	GTF2B (ENSPCTG00005009016)	KYAT3 (ENSPCTG00005008865)	GBP1 (ENSPCTG00005008720)	GBP6 (ENSPCTG00005008669)	LRRC8B (ENSPCTG00005008618)	LRRC8C (ENSPCTG00005008565)	LRRC8D (ENSPCTG00005008517)	ZNF326 (ENSPCTG00005003683)	ENSPCTG00005003676 ##22	ENSPCTG00005003669	BARHL2 (ENSPCTG00005003661)	ZNF644 (ENSPCTG00005003632)	HFM1 (ENSPCTG00005003555)	CDC7 (ENSPCTG00005003524)	TGFBR3 (ENSPCTG00005003508)	BRDT (ENSPCTG00005003337)	EPHX4 (ENSPCTG00005003314)	ENSPCTG00005003303	BTBD8 (ENSPCTG00005003293)	C1orf146 (ENSPCTG00005003267)	GLMN (ENSPCTG00005003228)	RPAP2 (ENSPCTG00005003192)	GFI1 (ENSPCTG00005003172)	EVI5 (ENSPCTG00005003071)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154284.a	ENSGT00530000063408.B	ENSGT00500000046198	ENSGT00940000157730	ENSGT00940000154339	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000155827	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000162370	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258	ENSGT00550000074822	ENSGT00550000075011	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000164497	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00390000008285	ENSGT00390000018446	ENSGT00390000017965	ENSGT00940000156166.a	ENSGT00940000153846.a.a	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154284.a	ENSGT00530000063408.B	ENSGT00940000157730	ENSGT00940000154339	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000155827	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000162370	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00390000013777.h	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258	ENSGT00550000074822	ENSGT00550000075011	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00390000008285	ENSGT00390000018446	ENSGT00390000017965	ENSGT00940000156166.a	ENSGT00940000153846.a.a	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f
Vaquita	MODERN SPECIES	1	ACSS3 (ENSPSNG00000006403)	LIN7A (ENSPSNG00000006484)	MYF5 (ENSPSNG00000006510)	MYF6 (ENSPSNG00000006531)	PTPRQ (ENSPSNG00000006652)	OTOGL (ENSPSNG00000007188)	PPP1R12A (ENSPSNG00000008207)	ENSPSNG00000008403	PAWR (ENSPSNG00000008439)	SYT1 (ENSPSNG00000008513)	ENSPSNG00000008562	NAV3 (ENSPSNG00000009074)	E2F7 (ENSPSNG00000010547)	CSRP2 (ENSPSNG00000010823)	ZDHHC17 (ENSPSNG00000010872)	ENSPSNG00000010920 ##22	ENSPSNG00000010941	OSBPL8 (ENSPSNG00000010975)	BBS10 (ENSPSNG00000011255)	ENSPSNG00000011336	ENSPSNG00000011534	ENSPSNG00000011566	KRR1 (ENSPSNG00000011619)	GLIPR1 (ENSPSNG00000011694)	ENSPSNG00000011741	ENSPSNG00000011783	KCNC2 (ENSPSNG00000011897)	ENSPSNG00000012078	TRHDE (ENSPSNG00000012118)	TBC1D15 (ENSPSNG00000012340)	RAB21 (ENSPSNG00000012506)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154284.a	ENSGT00530000063408.B	ENSGT00940000157730	ENSGT00940000154339	ENSGT00390000006671	ENSGT00940000155827	ENSGT00940000156840.b	ENSGT00940000162370	ENSGT00940000162684	ENSGT00940000154265	ENSGT00940000160703	ENSGT00940000159250	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00390000013777.h	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00390000003248.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258	ENSGT00550000074822	ENSGT00550000075011	ENSGT00530000063861.b.b	ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000154549.a	ENSGT00940000156233	ENSGT00940000154382.a.b	ENSGT00390000008285	ENSGT00390000018446	ENSGT00390000017965	ENSGT00940000156166.a	ENSGT00940000153846.a.a	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	304	LMO4 (ENSMMNG00015006030)	ENSMMNG00015006010	PKN2 (ENSMMNG00015005946)	GTF2B (ENSMMNG00015005908)	KYAT3 (ENSMMNG00015005883)	GBP1 (ENSMMNG00015005860)	ENSMMNG00015005832	ENSMMNG00015005809	ENSMMNG00015005796	GBP6 (ENSMMNG00015005782)	LRRC8B (ENSMMNG00015005772)	LRRC8C (ENSMMNG00015005752)	LRRC8D (ENSMMNG00015005741)	ENSMMNG00015005729	ZNF326 (ENSMMNG00015005692)	ENSMMNG00015009291 ##22	BARHL2 (ENSMMNG00015009287)	ZNF644 (ENSMMNG00015009277)	HFM1 (ENSMMNG00015009250)	CDC7 (ENSMMNG00015009219)	TGFBR3 (ENSMMNG00015009196)	ENSMMNG00015009182	BRDT (ENSMMNG00015009098)	EPHX4 (ENSMMNG00015009069)	BTBD8 (ENSMMNG00015009056)	C1orf146 (ENSMMNG00015009036)	GLMN (ENSMMNG00015009009)	RPAP2 (ENSMMNG00015008968)	GFI1 (ENSMMNG00015008938)	EVI5 (ENSMMNG00015008827)	ENSMMNG00015008749
Narwhal	MODERN SPECIES	313	ACSS3 (ENSMMNG00015019853)	ENSMMNG00015019830	LIN7A (ENSMMNG00015019774)	MYF5 (ENSMMNG00015019736)	MYF6 (ENSMMNG00015019715)	PTPRQ (ENSMMNG00015019359)	OTOGL (ENSMMNG00015018567)	ENSMMNG00015018420	PPP1R12A (ENSMMNG00015018194)	ENSMMNG00015018085	PAWR (ENSMMNG00015018035)	SYT1 (ENSMMNG00015017994)	NAV3 (ENSMMNG00015017728)	E2F7 (ENSMMNG00015017553)	CSRP2 (ENSMMNG00015017494)	ENSMMNG00015017474 ##22	ZDHHC17 (ENSMMNG00015017285)	OSBPL8 (ENSMMNG00015017163)	BBS10 (ENSMMNG00015017120)	NAP1L1 (ENSMMNG00015016626)	PHLDA1 (ENSMMNG00015016497)	ENSMMNG00015016472	KRR1 (ENSMMNG00015016424)	GLIPR1 (ENSMMNG00015016368)	GLIPR1L2 (ENSMMNG00015016289)	KCNC2 (ENSMMNG00015016164)	ATXN7L3B (ENSMMNG00015016119)	ENSMMNG00015016102	TRHDE (ENSMMNG00015016061)	TPH2 (ENSMMNG00015016006)	TBC1D15 (ENSMMNG00015015845)
Beluga whale	DUPLICATION
Beluga whale	MODERN SPECIES	74	LMO4 (ENSDLEG00000017266)	ENSDLEG00000017289	ENSDLEG00000017300	PKN2 (ENSDLEG00000017326)	GTF2B (ENSDLEG00000017460)	KYAT3 (ENSDLEG00000017482)	GBP1 (ENSDLEG00000017507)	ENSDLEG00000017536	GBP5 (ENSDLEG00000017567)	GBP6 (ENSDLEG00000017584)	LRRC8B (ENSDLEG00000017609)	LRRC8C (ENSDLEG00000017619)	LRRC8D (ENSDLEG00000017632)	ENSDLEG00000017638	ZNF326 (ENSDLEG00000017672)	ENSDLEG00000017849 ##22	BARHL2 (ENSDLEG00000017855)	ZNF644 (ENSDLEG00000017868)	ENSDLEG00000017907	CDC7 (ENSDLEG00000017951)	TGFBR3 (ENSDLEG00000017988)	BRDT (ENSDLEG00000018018)	EPHX4 (ENSDLEG00000018093)	KIAA1107 (ENSDLEG00000018111)	ENSDLEG00000018141	C1orf146 (ENSDLEG00000018154)	GLMN (ENSDLEG00000018169)	RPAP2 (ENSDLEG00000018190)	ENSDLEG00000018217	GFI1 (ENSDLEG00000018240)	EVI5 (ENSDLEG00000018305)
Beluga whale	MODERN SPECIES	39	LIN7A (ENSDLEG00000005973)	MYF5 (ENSDLEG00000006018)	MYF6 (ENSDLEG00000006023)	PTPRQ (ENSDLEG00000006066)	OTOGL (ENSDLEG00000006234)	PPP1R12A (ENSDLEG00000006433)	ENSDLEG00000006442	PAWR (ENSDLEG00000006445)	ENSDLEG00000006452	SYT1 (ENSDLEG00000006456)	NAV3 (ENSDLEG00000006608)	ENSDLEG00000007322	ENSDLEG00000007329	CSRP2 (ENSDLEG00000007353)	ZDHHC17 (ENSDLEG00000007362)	ENSDLEG00000007371 ##22	OSBPL8 (ENSDLEG00000007401)	BBS10 (ENSDLEG00000007426)	ENSDLEG00000007438	PHLDA1 (ENSDLEG00000007521)	ENSDLEG00000007528	KRR1 (ENSDLEG00000007544)	GLIPR1 (ENSDLEG00000007560)	GLIPR1L2 (ENSDLEG00000000224)	KCNC2 (ENSDLEG00000000278)	ATXN7L3B (ENSDLEG00000000389)	ENSDLEG00000000403	TRHDE (ENSDLEG00000000423)	TPH2 (ENSDLEG00000000459)	TBC1D15 (ENSDLEG00000000511)	RAB21 (ENSDLEG00000000571)
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Alpaca	MODERN SPECIES	3740																ENSVPAG00000011175 ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000007598	ENSGT00510000046975.b.t	ENSGT00940000163577	ENSGT00940000168189	ENSGT00940000157769	ENSGT00940000153464.A.b	ENSGT00940000154842.a.b	ENSGT00390000013340	ENSGT00390000014067	ENSGT00940000159036	ENSGT00940000157380	ENSGT00390000004199	ENSGT00940000154374.b	ENSGT00940000166434	ENSGT00940000163859.a.a	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000157774	ENSGT00940000161269	ENSGT00940000156906	ENSGT00390000008608	ENSGT00940000162687	ENSGT00390000002659	ENSGT01020000230412.A.c.b.d	ENSGT00390000018059.b	ENSGT00940000162904	ENSGT00440000039028	ENSGT00390000011644	ENSGT00950000183058.A.a	ENSGT00390000003645	ENSGT00940000160248	ENSGT00940000159723
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00510000046975.b.u	ENSGT00390000007598	ENSGT00510000046975.b.t	ENSGT00940000163577	ENSGT00940000168189	ENSGT00940000157769	ENSGT00940000153464.A.b	ENSGT00940000154842.a.b	ENSGT00390000013340	ENSGT00390000014067	ENSGT00940000159036	ENSGT00940000157380	ENSGT00390000004199	ENSGT00940000154374.b	ENSGT00940000163859.a.a	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000157774	ENSGT00940000161269	ENSGT00940000156906	ENSGT00390000008608	ENSGT00940000162687	ENSGT00390000002659	ENSGT01020000230412.A.c.b.d	ENSGT00390000018059.b	ENSGT00940000162904	ENSGT00440000039028	ENSGT00390000011644	ENSGT00950000183058.A.a	ENSGT00390000003645	ENSGT00940000160248	ENSGT00940000159723
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00510000046975.b.u	ENSGT00390000007598	ENSGT00510000046975.b.t	ENSGT00940000163577	ENSGT00940000168189	ENSGT00940000157769	ENSGT00940000153464.A.b	ENSGT00940000154842.a.b	ENSGT00390000013340	ENSGT00390000014067	ENSGT00940000159036	ENSGT00940000157380	ENSGT00390000004199	ENSGT00940000154374.b	ENSGT00940000163859.a.a	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000157774	ENSGT00940000161269	ENSGT00940000156906	ENSGT00390000008608	ENSGT00940000162687	ENSGT00940000163309	ENSGT00390000002659	ENSGT01020000230412.A.c.b.d	ENSGT00390000018059.b	ENSGT00940000162904	ENSGT00440000039028	ENSGT00390000011644	ENSGT00950000183058.A.a	ENSGT00390000003645	ENSGT00940000160248
Vaquita	MODERN SPECIES	10	RASGRP4 (ENSPSNG00000015970)	FAM98C (ENSPSNG00000018271)	SPRED3 (ENSPSNG00000018331)	GGN (ENSPSNG00000018433)	PSMD8 (ENSPSNG00000018483)	CATSPERG (ENSPSNG00000018723)	KCNK6 (ENSPSNG00000019519)	YIF1B (ENSPSNG00000019570)	ENSPSNG00000019699	SPINT2 (ENSPSNG00000019793)	PPP1R14A (ENSPSNG00000019874)	DPF1 (ENSPSNG00000020010)	ENSPSNG00000020279	WDR87 (ENSPSNG00000020366)	ENSPSNG00000020422	ENSPSNG00000020451 ##22	ENSPSNG00000020485	ZFP30 (ENSPSNG00000020510)	ENSPSNG00000020567	ZNF571 (ENSPSNG00000020583)	ZNF790 (ENSPSNG00000020610)	ENSPSNG00000020669	ENSPSNG00000020714	ENSPSNG00000020757	ZNF570 (ENSPSNG00000020783)	ZNF569 (ENSPSNG00000020826)	ZNF527 (ENSPSNG00000020943)	ZNF875 (ENSPSNG00000020990)	ENSPSNG00000021051	ENSPSNG00000021080	ZNF383 (ENSPSNG00000021098)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00510000046975.b.u	ENSGT00390000007598	ENSGT00510000046975.b.t	ENSGT00940000163577	ENSGT00940000168189	ENSGT00940000157769	ENSGT00940000153464.A.b	ENSGT00940000154842.a.b	ENSGT00390000013340	ENSGT00390000014067	ENSGT00940000159036	ENSGT00940000157380	ENSGT00390000004199	ENSGT00940000154374.b	ENSGT00940000163859.a.a	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000157774	ENSGT00940000161269	ENSGT00940000156906	ENSGT00390000008608	ENSGT00940000162687	ENSGT00940000163309	ENSGT00390000002659	ENSGT01020000230412.A.c.b.d	ENSGT00390000018059.b	ENSGT00940000162904	ENSGT00440000039028	ENSGT00390000011644	ENSGT00950000183058.A.a	ENSGT00390000003645	ENSGT00940000160248
Beluga whale	DUPLICATION
Beluga whale	MODERN SPECIES	14	RASGRP4 (ENSDLEG00000021708)	FAM98C (ENSDLEG00000021742)	SPRED3 (ENSDLEG00000021745)	GGN (ENSDLEG00000021747)	PSMD8 (ENSDLEG00000021749)	CATSPERG (ENSDLEG00000021753)	KCNK6 (ENSDLEG00000021756)	YIF1B (ENSDLEG00000021757)	ENSDLEG00000021760	SPINT2 (ENSDLEG00000021761)	PPP1R14A (ENSDLEG00000021763)	DPF1 (ENSDLEG00000021765)	SIPA1L3 (ENSDLEG00000021768)	WDR87 (ENSDLEG00000021770)	ENSDLEG00000021774	ENSDLEG00000021777 ##22	ENSDLEG00000021779	ZFP30 (ENSDLEG00000021781)	ZNF571 (ENSDLEG00000000183)	ZNF790 (ENSDLEG00000000204)	ZNF345 (ENSDLEG00000000238)	ENSDLEG00000000253	ENSDLEG00000000288	ZNF569 (ENSDLEG00000000314)	ZNF570 (ENSDLEG00000000336)	ENSDLEG00000000357	ZNF527 (ENSDLEG00000000372)	ZNF875 (ENSDLEG00000000402)	ENSDLEG00000000419	ENSDLEG00000000432	ZNF383 (ENSDLEG00000000447)
Beluga whale	MODERN SPECIES	94	SPATA46 (ENSDLEG00000018086)	ENSDLEG00000018076	SH2D1B (ENSDLEG00000018055)	UHMK1 (ENSDLEG00000018034)	UAP1 (ENSDLEG00000017970)	ENSDLEG00000017947	DDR2 (ENSDLEG00000017901)	HSD17B7 (ENSDLEG00000017870)	ENSDLEG00000017861	CCDC190 (ENSDLEG00000017846)	RGS4 (ENSDLEG00000017831)	RGS5 (ENSDLEG00000017805)	NUF2 (ENSDLEG00000017742)	ENSDLEG00000017729	PBX1 (ENSDLEG00000017706)	ENSDLEG00000017673 ##22	LMX1A (ENSDLEG00000017636)	RXRG (ENSDLEG00000017605)	LRRC52 (ENSDLEG00000017593)	MGST3 (ENSDLEG00000017577)	ALDH9A1 (ENSDLEG00000017508)	TMCO1 (ENSDLEG00000017475)	ENSDLEG00000017465
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	296	RASGRP4 (ENSMMNG00015003640)	FAM98C (ENSMMNG00015003341)	SPRED3 (ENSMMNG00015003301)	GGN (ENSMMNG00015003276)	PSMD8 (ENSMMNG00015003251)	CATSPERG (ENSMMNG00015003144)	KCNK6 (ENSMMNG00015003072)	YIF1B (ENSMMNG00015003004)	ENSMMNG00015002954	SPINT2 (ENSMMNG00015002912)	PPP1R14A (ENSMMNG00015002867)	DPF1 (ENSMMNG00015002787)	SIPA1L3 (ENSMMNG00015002731)	WDR87 (ENSMMNG00015002713)	ENSMMNG00015002670	ENSMMNG00015002631 ##22	ENSMMNG00015002620	ZFP30 (ENSMMNG00015002604)	ENSMMNG00015002578	ZNF571 (ENSMMNG00015002555)	ZNF790 (ENSMMNG00015002531)	ZNF345 (ENSMMNG00015002513)	ENSMMNG00015002484	ENSMMNG00015002464	ZNF570 (ENSMMNG00015002448)	ZNF569 (ENSMMNG00015002414)	ZNF527 (ENSMMNG00015002377)	ZNF875 (ENSMMNG00015002349)	ENSMMNG00015002315	ENSMMNG00015002299	ZNF383 (ENSMMNG00015002281)
Narwhal	MODERN SPECIES	304	ATF6 (ENSMMNG00015005069)	OLFML2B (ENSMMNG00015005056)	SPATA46 (ENSMMNG00015005047)	ENSMMNG00015005034	ENSMMNG00015005027	ENSMMNG00015005017	UHMK1 (ENSMMNG00015005007)	UAP1 (ENSMMNG00015004995)	DDR2 (ENSMMNG00015004981)	HSD17B7 (ENSMMNG00015004973)	CCDC190 (ENSMMNG00015004967)	RGS4 (ENSMMNG00015004030)	RGS5 (ENSMMNG00015004005)	NUF2 (ENSMMNG00015003976)	PBX1 (ENSMMNG00015003937)	ENSMMNG00015003901 ##22	LMX1A (ENSMMNG00015003875)	RXRG (ENSMMNG00015003844)	LRRC52 (ENSMMNG00015003822)	MGST3 (ENSMMNG00015003802)	ENSMMNG00015003777	TMCO1 (ENSMMNG00015003759)	UCK2 (ENSMMNG00015003736)	FAM78B (ENSMMNG00015003727)	ENSMMNG00015003712	POGK (ENSMMNG00015003693)	TADA1 (ENSMMNG00015003668)	ILDR2 (ENSMMNG00015003584)	MAEL (ENSMMNG00015003409)	GPA33 (ENSMMNG00015003360)	STYXL2 (ENSMMNG00015003316)
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	8	ENSPCTG00005018377	GGN (ENSPCTG00005018321)	PSMD8 (ENSPCTG00005018243)	ENSPCTG00005016796	ENSPCTG00005016665	KCNK6 (ENSPCTG00005016619)	YIF1B (ENSPCTG00005016196)	C17H19orf33 (ENSPCTG00005016149)	SPINT2 (ENSPCTG00005015974)	PPP1R14A (ENSPCTG00005015748)	DPF1 (ENSPCTG00005015243)	SIPA1L3 (ENSPCTG00005015127)	WDR87 (ENSPCTG00005014961)	ENSPCTG00005014915	ENSPCTG00005014814	ENSPCTG00005014780 ##22	ZFP30 (ENSPCTG00005014698)	ENSPCTG00005014679	ENSPCTG00005014665	ZNF571 (ENSPCTG00005014641)	ENSPCTG00005014621	ZNF790 (ENSPCTG00005014563)	ENSPCTG00005014499	ENSPCTG00005014452	ZNF570 (ENSPCTG00005014406)	ZNF569 (ENSPCTG00005014192)	ZNF527 (ENSPCTG00005014087)	ZNF875 (ENSPCTG00005013924)	ENSPCTG00005013912	ZNF383 (ENSPCTG00005013840)	ENSPCTG00005013654
Sperm whale	MODERN SPECIES	15	OLFML2B (ENSPCTG00005000276)	NOS1AP (ENSPCTG00005000245)	SPATA46 (ENSPCTG00005005206)	C1orf226 (ENSPCTG00005005194)	SH2D1B (ENSPCTG00005005171)	ENSPCTG00005005152	UHMK1 (ENSPCTG00005005114)	UHMK1 (ENSPCTG00005005000)	HSD17B7 (ENSPCTG00005004854)	CCDC190 (ENSPCTG00005004831)	RGS4 (ENSPCTG00005004790)	RGS5 (ENSPCTG00005004758)	NUF2 (ENSPCTG00005004722)	PBX1 (ENSPCTG00005004638)	ENSPCTG00005004612	ENSPCTG00005004602 ##22	LMX1A (ENSPCTG00005004564)	RXRG (ENSPCTG00005004523)	LRRC52 (ENSPCTG00005004505)	MGST3 (ENSPCTG00005004485)	TMCO1 (ENSPCTG00005004388)	ENSPCTG00005004343	FMO3 (ENSPCTG00005004320)	MROH9 (ENSPCTG00005004265)	PRRX1 (ENSPCTG00005004202)	GORAB (ENSPCTG00005004177)	NTMT2 (ENSPCTG00005004153)	KIFAP3 (ENSPCTG00005004091)	SCYL3 (ENSPCTG00005004042)	C4H1orf112 (ENSPCTG00005003999)	METTL18 (ENSPCTG00005003983)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Wild yak	MODERN SPECIES	825													ENSBMUG00000007325	SCFD1 (ENSBMUG00000007295)	G2E3 (ENSBMUG00000007235)	ENSBMUG00000007202 ##22	PRKD1 (ENSBMUG00000007174)	ENSBMUG00000007104
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Cow	MODERN SPECIES	16	DOK6 (ENSBTAG00000046957)	CCDC102B (ENSBTAG00000006726)	TMX3 (ENSBTAG00000007567)	HIGD1A (ENSBTAG00000034676)	ENSBTAG00000053985	DSEL (ENSBTAG00000037907)	CDH19 (ENSBTAG00000052830)	ENSBTAG00000023270	CDH7 (ENSBTAG00000014488)	SERPINB8 (ENSBTAG00000001207)	ENSBTAG00000023026	ENSBTAG00000034656 ##16	SYT4 (ENSBTAG00000001801)	ENSBTAG00000045568	PIK3C3 (ENSBTAG00000026290)	ENSBTAG00000053048 ##22	ENSBTAG00000049926	ENSBTAG00000011094	CELF4 (ENSBTAG00000004940)	ENSBTAG00000044087	ENSBTAG00000048612	TPGS2 (ENSBTAG00000021583)	FHOD3 (ENSBTAG00000021581)	MOCOS (ENSBTAG00000012252)	ELP2 (ENSBTAG00000018954)	SLC39A6 (ENSBTAG00000000998)	RPRD1A (ENSBTAG00000005497)	C24H18orf21 (ENSBTAG00000011622)	ENSBTAG00000052576	GALNT1 (ENSBTAG00000011206)	INO80C (ENSBTAG00000012426)
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	17	MROH2B (ENSCHYG00000016365)	C7 (ENSCHYG00000017007)	CARD6 (ENSCHYG00000017300)	ENSCHYG00000017362	PRKAA1 (ENSCHYG00000017622)	TTC33 (ENSCHYG00000017689)	PTGER4 (ENSCHYG00000017728)	ENSCHYG00000017787	DAB2 (ENSCHYG00000017878)	C9 (ENSCHYG00000018644)	FYB1 (ENSCHYG00000018867)	RICTOR (ENSCHYG00000019087)	OSMR (ENSCHYG00000019839)	LIFR (ENSCHYG00000020189)	EGFLAM (ENSCHYG00000020383)	ENSCHYG00000021006 ##22	GDNF (ENSCHYG00000021089)	WDR70 (ENSCHYG00000021169)	NUP155 (ENSCHYG00000021563)	CPLANE1 (ENSCHYG00000022035)	NIPBL (ENSCHYG00000022479)	SLC1A3 (ENSCHYG00000022666)	RANBP3L (ENSCHYG00000022913)	NADK2 (ENSCHYG00000023009)	ENSCHYG00000023154	LMBRD2 (ENSCHYG00000023255)	ENSCHYG00000023303	ENSCHYG00000023380	CAPSL (ENSCHYG00000023527)	IL7R (ENSCHYG00000023606)	SPEF2 (ENSCHYG00000023839)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	31	LAPTM5 (ENSCHYG00000006997)	MATN1 (ENSCHYG00000006958)	PTPRU (ENSCHYG00000006797)	MECR (ENSCHYG00000006636)	SRSF4 (ENSCHYG00000006560)	TMEM200B (ENSCHYG00000006532)	EPB41 (ENSCHYG00000006045)	OPRD1 (ENSCHYG00000005893)	YTHDF2 (ENSCHYG00000005845)	GMEB1 (ENSCHYG00000005760)	TAF12 (ENSCHYG00000003724)	RAB42 (ENSCHYG00000003707)	ENSCHYG00000003649	ENSCHYG00000003628	ENSCHYG00000003590	ENSCHYG00000003581 ##22	PHACTR4 (ENSCHYG00000003443)	ENSCHYG00000003407	MED18 (ENSCHYG00000003395)	SESN2 (ENSCHYG00000003372)	ENSCHYG00000003358	DNAJC8 (ENSCHYG00000003338)	EYA3 (ENSCHYG00000003037)	XKR8 (ENSCHYG00000002982)	SMPDL3B (ENSCHYG00000002959)	RPA2 (ENSCHYG00000002933)	THEMIS2 (ENSCHYG00000002918)	ENSCHYG00000002910	PPP1R8 (ENSCHYG00000002883)	STX12 (ENSCHYG00000002839)	FAM76A (ENSCHYG00000002798)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	13	SGK3 (ENSCHYG00000005457)	MCMDC2 (ENSCHYG00000005499)	ENSCHYG00000005535	TCF24 (ENSCHYG00000005561)	PPP1R42 (ENSCHYG00000005574)	COPS5 (ENSCHYG00000005626)	CSPP1 (ENSCHYG00000005729)	ARFGEF1 (ENSCHYG00000006205)	ENSCHYG00000006521	CPA6 (ENSCHYG00000006530)	PREX2 (ENSCHYG00000006634)	C8orf34 (ENSCHYG00000007181)	ENSCHYG00000007240	SULF1 (ENSCHYG00000007268)	SLCO5A1 (ENSCHYG00000007392)	ENSCHYG00000007438 ##22	ENSCHYG00000007448	PRDM14 (ENSCHYG00000007464)	NCOA2 (ENSCHYG00000007506)	ENSCHYG00000007723	TRAM1 (ENSCHYG00000007766)	LACTB2 (ENSCHYG00000007833)	ENSCHYG00000007862	XKR9 (ENSCHYG00000007891)	EYA1 (ENSCHYG00000007976)	MSC (ENSCHYG00000008474)	TRPA1 (ENSCHYG00000008486)	KCNB2 (ENSCHYG00000008544)	TERF1 (ENSCHYG00000008580)	SBSPON (ENSCHYG00000008716)	ENSCHYG00000008805
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Bushbaby	MODERN SPECIES	145								ENSOGAG00000027562	PRR16 (ENSOGAG00000001231)	FAM170A (ENSOGAG00000008756)	HSD17B4 (ENSOGAG00000002904)	TNFAIP8 (ENSOGAG00000002903)	DMXL1 (ENSOGAG00000013715)	DTWD2 (ENSOGAG00000002419)	SEMA6A (ENSOGAG00000004297)	ENSOGAG00000033988 ##22	COMMD10 (ENSOGAG00000000481)	LVRN (ENSOGAG00000009319)	ENSOGAG00000032641	AP3S1 (ENSOGAG00000032376)	ATG12 (ENSOGAG00000009309)	CDO1 (ENSOGAG00000009306)	ENSOGAG00000024748	TMED7 (ENSOGAG00000027826)	ENSOGAG00000002119	FEM1C (ENSOGAG00000002118)	CCDC112 (ENSOGAG00000015696)	PGGT1B (ENSOGAG00000015691)	TRIM36 (ENSOGAG00000015684)	KCNN2 (ENSOGAG00000009146)	YTHDC2 (ENSOGAG00000001618)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	9	MLLT11 (ENSCJAG00000043847)	CDC42SE1 (ENSCJAG00000041056)	C1orf56 (ENSCJAG00000007125)	BNIPL (ENSCJAG00000007115)	PRUNE1 (ENSCJAG00000007107)	MINDY1 (ENSCJAG00000007100)	ANXA9 (ENSCJAG00000007078)	CERS2 (ENSCJAG00000007043)	SETDB1 (ENSCJAG00000006972)	ARNT (ENSCJAG00000006839)	CTSK (ENSCJAG00000006804)	CTSS (ENSCJAG00000006790)	HORMAD1 (ENSCJAG00000006705)	GOLPH3L (ENSCJAG00000055606)	ENSA (ENSCJAG00000046173)	ENSCJAG00000080548 ##22	ENSCJAG00000038289	ADAMTSL4 (ENSCJAG00000006555)	ECM1 (ENSCJAG00000006499)	TARS2 (ENSCJAG00000006429)	MCL1 (ENSCJAG00000006605)	RPRD2 (ENSCJAG00000006424)	PRPF3 (ENSCJAG00000009926)	MRPS21 (ENSCJAG00000041203)	CIART (ENSCJAG00000009905)	C1orf54 (ENSCJAG00000009890)	APH1A (ENSCJAG00000009786)	CA14 (ENSCJAG00000009756)	ANP32E (ENSCJAG00000009710)	PLEKHO1 (ENSCJAG00000000867)	VPS45 (ENSCJAG00000000845)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	73	SDR16C5 (ENSCCAG00000032603) #18	CHCHD7 (ENSCCAG00000029296) #19	PLAG1 (ENSCCAG00000038024) #20	ENSCCAG00000026535	MOS (ENSCCAG00000011184) #21	RPS20 (ENSCCAG00000023603) #22	ENSCCAG00000034786	LYN (ENSCCAG00000026427) #23	TGS1 (ENSCCAG00000030476) #24	TMEM68 (ENSCCAG00000037608) #25	XKR4 (ENSCCAG00000032075) #26	RP1 (ENSCCAG00000030036) #27	ENSCCAG00000030682	SOX17 (ENSCCAG00000034190) #28	ENSCCAG00000032567	ENSCCAG00000018866 ##22	ENSCCAG00000000796	ENSCCAG00000036893 #30	ENSCCAG00000023731 #31	TCEA1 (ENSCCAG00000018619) #32	RGS20 (ENSCCAG00000029095) #33	ATP6V1H (ENSCCAG00000027346) #34	ENSCCAG00000028173	OPRK1 (ENSCCAG00000033049) #35	RB1CC1 (ENSCCAG00000022175) #37	ALKAL1 (ENSCCAG00000036085)	ENSCCAG00000034664	ST18 (ENSCCAG00000022063)	PCMTD1 (ENSCCAG00000026243)	ENSCCAG00000031107	ENSCCAG00000035295
Capuchin	MODERN SPECIES	280														ENSCCAG00000037566	ENSCCAG00000033064	ENSCCAG00000016414 ##22	ZNF682 (ENSCCAG00000000964)	ZNF14 (ENSCCAG00000035187)	ZNF101 (ENSCCAG00000032395)	ATP13A1 (ENSCCAG00000033311)	GMIP (ENSCCAG00000030811)	LPAR2 (ENSCCAG00000036944)	PBX4 (ENSCCAG00000028260)	CILP2 (ENSCCAG00000025104)	YJEFN3 (ENSCCAG00000036770)	ENSCCAG00000027170	TSSK6 (ENSCCAG00000019676)	GATAD2A (ENSCCAG00000036212)	MAU2 (ENSCCAG00000031923)	SUGP1 (ENSCCAG00000024177)	TM6SF2 (ENSCCAG00000030646)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	614	NPEPPS (ENSRBIG00000031000)	MRPL45 (ENSRBIG00000042781)	GPR179 (ENSRBIG00000038216)	SOCS7 (ENSRBIG00000034893)	ARHGAP23 (ENSRBIG00000044119)	SRCIN1 (ENSRBIG00000044193)	EPOP (ENSRBIG00000041584)	MLLT6 (ENSRBIG00000042606)	CISD3 (ENSRBIG00000033853)	PCGF2 (ENSRBIG00000030186)	PSMB3 (ENSRBIG00000028323)	PIP4K2B (ENSRBIG00000030509)	CWC25 (ENSRBIG00000033457)	C17orf98 (ENSRBIG00000008178)	ENSRBIG00000031440	ENSRBIG00000031098 ##22	LASP1 (ENSRBIG00000044816)	LASP1NB (ENSRBIG00000030508)	FBXO47 (ENSRBIG00000037036)	PLXDC1 (ENSRBIG00000033017)	CACNB1 (ENSRBIG00000039660)	ENSRBIG00000035597	STAC2 (ENSRBIG00000034706)	FBXL20 (ENSRBIG00000041803)	MED1 (ENSRBIG00000031544)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161832.a	ENSGT00940000154479.a	ENSGT00390000017480	ENSGT00940000158775	ENSGT00390000014065	ENSGT00940000158970	ENSGT00390000016785	ENSGT01020000230346.E.s.b	ENSGT00940000157349	ENSGT00940000159754	ENSGT00940000157698.b	ENSGT00940000156718	ENSGT00940000159068	ENSGT00940000158446	ENSGT00510000047881	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22	ENSGT00950000182973.b.a	ENSGT00940000155568	ENSGT00390000012935	ENSGT00940000158287	ENSGT00390000014757	ENSGT00940000154234.b	ENSGT00930000151062	ENSGT00940000160630	ENSGT00390000007055	ENSGT00940000154348.c.b.a	ENSGT00390000016223	ENSGT00940000160394.a	ENSGT00390000007640.b	ENSGT00940000156152	ENSGT00940000159848
Chimpanzee	MODERN SPECIES	2	MTCH2 (ENSPTRG00000003573)	FAM180B (ENSPTRG00000023838)	NDUFS3 (ENSPTRG00000003571)	KBTBD4 (ENSPTRG00000003570)	PTPMT1 (ENSPTRG00000033944)	CELF1 (ENSPTRG00000052299)	RAPSN (ENSPTRG00000003567)	PSMC3 (ENSPTRG00000003565)	SLC39A13 (ENSPTRG00000003564)	SPI1 (ENSPTRG00000003563)	MYBPC3 (ENSPTRG00000003562)	MADD (ENSPTRG00000003561)	NR1H3 (ENSPTRG00000003560)	ACP2 (ENSPTRG00000003559)	DDB2 (ENSPTRG00000003558)	ENSPTRG00000045675 ##22	PACSIN3 (ENSPTRG00000003557)	ARFGAP2 (ENSPTRG00000003556)	CSTPP1 (ENSPTRG00000003555)	LRP4 (ENSPTRG00000003554)	CKAP5 (ENSPTRG00000003553)	F2 (ENSPTRG00000003552)	ZNF408 (ENSPTRG00000003551)	ARHGAP1 (ENSPTRG00000003550)	ATG13 (ENSPTRG00000003549)	HARBI1 (ENSPTRG00000003548)	ENSPTRG00000043648	AMBRA1 (ENSPTRG00000003546)	CHRM4 (ENSPTRG00000038696)	MDK (ENSPTRG00000047115)	DGKZ (ENSPTRG00000003545)
Bonobo	MODERN SPECIES	2	ENSPPAG00000041168	FAM180B (ENSPPAG00000030975)	NDUFS3 (ENSPPAG00000031162)	KBTBD4 (ENSPPAG00000031866)	PTPMT1 (ENSPPAG00000040774)	CELF1 (ENSPPAG00000033870)	RAPSN (ENSPPAG00000042512)	PSMC3 (ENSPPAG00000042401)	SLC39A13 (ENSPPAG00000042717)	SPI1 (ENSPPAG00000036814)	MYBPC3 (ENSPPAG00000030985)	MADD (ENSPPAG00000043339)	NR1H3 (ENSPPAG00000039033)	ACP2 (ENSPPAG00000042373)	DDB2 (ENSPPAG00000000958)	ENSPPAG00000021284 ##22	PACSIN3 (ENSPPAG00000040614)	ARFGAP2 (ENSPPAG00000030940)	CSTPP1 (ENSPPAG00000040870)	LRP4 (ENSPPAG00000043379)	CKAP5 (ENSPPAG00000030676)	F2 (ENSPPAG00000041509)	ZNF408 (ENSPPAG00000034993)	ARHGAP1 (ENSPPAG00000027953)	ATG13 (ENSPPAG00000042268)	HARBI1 (ENSPPAG00000035636)	AMBRA1 (ENSPPAG00000034195)	CHRM4 (ENSPPAG00000025475)	MDK (ENSPPAG00000023561)	DGKZ (ENSPPAG00000038574)	CREB3L1 (ENSPPAG00000029634)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	11	PWP2 (ENSHGLG00000017401)	TRAPPC10 (ENSHGLG00000013176)	AGPAT3 (ENSHGLG00000048529)	RRP1 (ENSHGLG00000050109)	CSTB (ENSHGLG00000047009)	ENSHGLG00000046004	ENSHGLG00000015985	ENSHGLG00000007283	ENSHGLG00000038544	ENSHGLG00000043957	ENSHGLG00000005505	ENSHGLG00000014199	ENSHGLG00000009258	ENSHGLG00000037860	PTTG1IP (ENSHGLG00000033185)	ENSHGLG00000049629 ##22	ITGB2 (ENSHGLG00000013472)	SLX9 (ENSHGLG00000045493)	ADARB1 (ENSHGLG00000005906)	POFUT2 (ENSHGLG00000041783)	ENSHGLG00000018308	SLC19A1 (ENSHGLG00000013143)	PCBP3 (ENSHGLG00000018620)	COL6A1 (ENSHGLG00000017878)	COL6A2 (ENSHGLG00000009116)	FTCD (ENSHGLG00000048038)	SPATC1L (ENSHGLG00000013076)	LSS (ENSHGLG00000008767)	ENSHGLG00000012528	RCAN1 (ENSHGLG00000033178)	KCNE1 (ENSHGLG00000035496)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	24	CCDC179 (ENSHGLG00000049825)	SVIP (ENSHGLG00000045445)	GAS2 (ENSHGLG00000005611)	FANCF (ENSHGLG00000005261)	ENSHGLG00000040458	SLC17A6 (ENSHGLG00000004814)	ANO5 (ENSHGLG00000004675)	ENSHGLG00000043519	NELL1 (ENSHGLG00000008681)	ENSHGLG00000044110	SLC6A5 (ENSHGLG00000005789)	ENSHGLG00000008724	ENSHGLG00000043469	DBX1 (ENSHGLG00000006330)	NAV2 (ENSHGLG00000004620)	ENSHGLG00000047857 ##22	E2F8 (ENSHGLG00000008627)	CSRP3 (ENSHGLG00000007338)	ZDHHC13 (ENSHGLG00000005577)	ENSHGLG00000048993	ENSHGLG00000049388	ENSHGLG00000043200	ENSHGLG00000040637	ENSHGLG00000048127	ENSHGLG00000041424	ENSHGLG00000046737	ENSHGLG00000035050	ENSHGLG00000004153	ENSHGLG00000039941	ENSHGLG00000038400	ENSHGLG00000009118
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	452																ENSDORG00000026134 ##22	Cxcr4 (ENSDORG00000014745)	Dars (ENSDORG00000013479)	Mcm6 (ENSDORG00000013081)	Lct (ENSDORG00000013078)	Ubxn4 (ENSDORG00000012991)	ENSDORG00000002670	ENSDORG00000027689	ENSDORG00000004211	Rab3gap1 (ENSDORG00000007961)	Map3k19 (ENSDORG00000023534)	ENSDORG00000026985	Acmsd (ENSDORG00000006096)	Tmem163 (ENSDORG00000015004)	Mgat5 (ENSDORG00000015002)	ENSDORG00000026573
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	95								Asb1 (ENSJJAG00000010570)	Traf3ip1 (ENSJJAG00000018604)	ENSJJAG00000018998	ENSJJAG00000000246	Slc16a14 (ENSJJAG00000011612)	Fbxo36 (ENSJJAG00000014264)	Trip12 (ENSJJAG00000017461)	Dner (ENSJJAG00000001145)	ENSJJAG00000023222 ##22	Pid1 (ENSJJAG00000003063)	ENSJJAG00000011022	Sphkap (ENSJJAG00000010824)	Daw1 (ENSJJAG00000021772)	Ccl20 (ENSJJAG00000014193)	Slc19a3 (ENSJJAG00000003483)	Agfg1 (ENSJJAG00000017125)	Tm4sf20 (ENSJJAG00000013020)	ENSJJAG00000013388	Col4a3 (ENSJJAG00000024382)	Col4a4 (ENSJJAG00000020593)	Rhbdd1 (ENSJJAG00000003273)	Irs1 (ENSJJAG00000017664)	Nyap2 (ENSJJAG00000014467)	Dock10 (ENSJJAG00000021251)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	12	Rab44 (ENSRNOG00000001869)	Cpne5 (ENSRNOG00000000522)	Ppil1 (ENSRNOG00000000523)	RGD735065 (ENSRNOG00000000524)	Pi16 (ENSRNOG00000000525)	Mtch1 (ENSRNOG00000000527)	Fgd2 (ENSRNOG00000000528)	Pim1 (ENSRNOG00000000529)	ENSRNOG00000065874	Tmem217 (ENSRNOG00000065684)	Tmem217 (ENSRNOG00000046758)	Tbc1d22b (ENSRNOG00000059458)	Rnf8 (ENSRNOG00000047171)	Cmtr1 (ENSRNOG00000000532)	Ccdc167 (ENSRNOG00000068717)	LOC100364116 (ENSRNOG00000030426) ##22	Mdga1 (ENSRNOG00000000536)	Zfand3 (ENSRNOG00000059659)	Btbd9 (ENSRNOG00000000540)	Glo1 (ENSRNOG00000000541)	Dnah8 (ENSRNOG00000000542)	Glp1r (ENSRNOG00000001152)	Umodl1 (ENSRNOG00000001157)	Abcg1 (ENSRNOG00000001158)	Tff3 (ENSRNOG00000001159)	Tff2 (ENSRNOG00000001162)	Tff1 (ENSRNOG00000001164)	Tmprss3 (ENSRNOG00000001165)	Ubash3a (ENSRNOG00000001167)	Rsph1 (ENSRNOG00000057862)	Slc37a1 (ENSRNOG00000001169)
Rat	MODERN SPECIES	15	Cnksr1 (ENSRNOG00000022838)	Catsper4 (ENSRNOG00000016312)	Umodl (ENSRNOG00000037191)	Cep85 (ENSRNOG00000016249)	Sh3bgrl3 (ENSRNOG00000015967)	Ubxn11 (ENSRNOG00000015476) ##13	LOC100360087 (ENSRNOG00000064482)	Cd52 (ENSRNOG00000015403)	Crybg2 (ENSRNOG00000057957)	Zfp683 (ENSRNOG00000065788)	Lin28a (ENSRNOG00000069459)	Dhdds (ENSRNOG00000014665)	Hmgn2 (ENSRNOG00000051615)	LOC683456 (ENSRNOG00000070457)	Rps6ka1 (ENSRNOG00000042411)	LOC120103001 (ENSRNOG00000068341) ##22	Arid1a (ENSRNOG00000006137)	Pigv (ENSRNOG00000000121)	Zdhhc18 (ENSRNOG00000058156)	Sfn (ENSRNOG00000033153)	Gpn2 (ENSRNOG00000007083)	Gpatch3 (ENSRNOG00000007097)	ENSRNOG00000066253	Nr0b2 (ENSRNOG00000007229)	Nudc (ENSRNOG00000051720)	AC118963.1 (ENSRNOG00000049922)	Kdf1 (ENSRNOG00000055933)	ENSRNOG00000068236	Trnp1 (ENSRNOG00000055936)	Tent5b (ENSRNOG00000056153)	Slc9a1 (ENSRNOG00000007982)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.a.b ##22
Armadillo	MODERN SPECIES	306	ENSDNOG00000019086	WASHC4 (ENSDNOG00000001746)	ALDH1L2 (ENSDNOG00000017237)	NOPCHAP1 (ENSDNOG00000017235)	SLC41A2 (ENSDNOG00000039918)	CHST11 (ENSDNOG00000046711)	TXNRD1 (ENSDNOG00000000828)	ENSDNOG00000009984	HCFC2 (ENSDNOG00000002251)	GLT8D2 (ENSDNOG00000019794)	TDG (ENSDNOG00000013722)	HSP90B1 (ENSDNOG00000005863)	ENSDNOG00000034872	NT5DC3 (ENSDNOG00000037545)	STAB2 (ENSDNOG00000008365)	ENSDNOG00000016643 ##22	ASCL1 (ENSDNOG00000001616)	PAH (ENSDNOG00000049727)	ENSDNOG00000031033	IGF1 (ENSDNOG00000046891)	ENSDNOG00000041404	PMCH (ENSDNOG00000010046)	PARPBP (ENSDNOG00000010035)	ENSDNOG00000037353	WASHC3 (ENSDNOG00000012545)	DRAM1 (ENSDNOG00000037905)	GNPTAB (ENSDNOG00000016941)	ENSDNOG00000035194
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.a.a #22	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22	ENSGT00390000003248.a.a.a.b.cb.b.b #22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185.cb #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871.v #37
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	30	ENSHGLG00000006919	ENSHGLG00000039078	ENSHGLG00000036089	ENSHGLG00000003338	SDE2 (ENSHGLG00000003670)	ENSHGLG00000035710	ENSHGLG00000048882	ACBD3 (ENSHGLG00000005012)	ENSHGLG00000041314	MIXL1 (ENSHGLG00000045669)	LIN9 (ENSHGLG00000007823)	Parp1 (ENSHGLG00000003992)	ENSHGLG00000035038	PLAG1 (ENSHGLG00000001672) #20	MOS (ENSHGLG00000049453) #21	ENSHGLG00000033196 ##22	LYN (ENSHGLG00000002926) #23	ENSHGLG00000000284 #24	ENSHGLG00000000295 #25	ENSHGLG00000000769	TBPL2 (ENSHGLG00000001017)	ENSHGLG00000001414	ENSHGLG00000049393	ENSHGLG00000016069	ENSHGLG00000017345	PCNT (ENSHGLG00000015807)	DIP2A (ENSHGLG00000014043)	ENSHGLG00000013120	ENSHGLG00000015854	ENSHGLG00000032905	ENSHGLG00000047983
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502.u.a #11	ENSGT00390000009724.l.mb.a.a.b	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00390000003255.d	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22	ENSGT00390000014815	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT00940000161833.i.a	ENSGT00940000153525.h.c.a	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040.e #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000154037.B.`b.a.a
Dog	MODERN SPECIES	21	NSMAF (ENSCAFG00845028261) #10	SDCBP (ENSCAFG00845027966) #11	ENSCAFG00845027903	CYP7A1 (ENSCAFG00845027730) #12	UBXN2B (ENSCAFG00845027636) #13	FAM110B (ENSCAFG00845027603) #14	IMPAD1 (ENSCAFG00845027460) #15	ENSCAFG00845027417 #17	ENSCAFG00845027376	SDR16C5 (ENSCAFG00845027287) #18	CHCHD7 (ENSCAFG00845027220) #19	PLAG1 (ENSCAFG00845027166) #20	MOS (ENSCAFG00845027141) #21	ENSCAFG00845027047	LYN (ENSCAFG00845026886) #23	RPS20 (ENSCAFG00845026728) ##22	TGS1 (ENSCAFG00845026551) #24	TMEM68 (ENSCAFG00845026349) #25	ENSCAFG00845026296	ENSCAFG00845026276	ENSCAFG00845026256	XKR4 (ENSCAFG00845026228) #26	RP1 (ENSCAFG00845026159) #27	SOX17 (ENSCAFG00845026119) #28	MRPL15 (ENSCAFG00845026048) #30	TCEA1 (ENSCAFG00845025526) #32	RGS20 (ENSCAFG00845025319) #33	ATP6V1H (ENSCAFG00845024911) #34	ENSCAFG00845024824	OPRK1 (ENSCAFG00845024764) #35	NPBWR1 (ENSCAFG00845024737) #36
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b.b ##22
Cat	MODERN SPECIES	245	GLOD4 (ENSFCAG00000037165)	MRM3 (ENSFCAG00000001673)	NXN (ENSFCAG00000001674)	TIMM22 (ENSFCAG00000046439)	ABR (ENSFCAG00000012073)	BHLHA9 (ENSFCAG00000028437)	TRARG1 (ENSFCAG00000036885)	GOSR1 (ENSFCAG00000038879)	CPD (ENSFCAG00000018141)	TMIGD1 (ENSFCAG00000004055)	BLMH (ENSFCAG00000004048)	SLC6A4 (ENSFCAG00000005906)	ENSFCAG00000047323	NSRP1 (ENSFCAG00000039697)	EFCAB5 (ENSFCAG00000004649)	ENSFCAG00000044178 ##22	SSH2 (ENSFCAG00000002761)	CORO6 (ENSFCAG00000002760)	ANKRD13B (ENSFCAG00000002759)	GIT1 (ENSFCAG00000002758)	TP53I13 (ENSFCAG00000002757)	ABHD15 (ENSFCAG00000002756)	ENSFCAG00000041197	TAOK1 (ENSFCAG00000002755)	NUFIP2 (ENSFCAG00000007193)	CRYBA1 (ENSFCAG00000012488)	MYO18A (ENSFCAG00000007047)	PIPOX (ENSFCAG00000007046)	SEZ6 (ENSFCAG00000007044)	PHF12 (ENSFCAG00000007042)	DHRS13 (ENSFCAG00000005235)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Aves	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153649.A.ib	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b.f #27	ENSGT00940000164647.b	ENSGT00940000154242.b.e #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	62	CHD7 (ENSABRG00000006196)	RAB2A (ENSABRG00000005879) #7	CA8 (ENSABRG00000005857) #8	TOX (ENSABRG00000005797) #9	NSMAF (ENSABRG00000005742) #10	SDCBP (ENSABRG00000005737) #11	CYP7A1 (ENSABRG00000005722) #12	UBXN2B (ENSABRG00000005714) #13	FAM110B (ENSABRG00000005708) #14	BPNT2 (ENSABRG00000005667) #15	PENK (ENSABRG00000005650) #17	SDR16C5 (ENSABRG00000005642) #18	CHCHD7 (ENSABRG00000005617) #19	PLAG1 (ENSABRG00000005610) #20	MOS (ENSABRG00000005605) #21	ENSABRG00000005598 ##22	ENSABRG00000005585	LYN (ENSABRG00000005565) #23	TGS1 (ENSABRG00000005551) #24	ENSABRG00000005543	ENSABRG00000005537 #25	ENSABRG00000005516 #25	XKR4 (ENSABRG00000005503) #26	ENSABRG00000005484	ENSABRG00000005359 #27	SOX17 (ENSABRG00000005351) #28	MRPL15 (ENSABRG00000005342) #30	LYPLA1 (ENSABRG00000005329) #31	TCEA1 (ENSABRG00000005320) #32	RGS20 (ENSABRG00000005316) #33	ATP6V1H (ENSABRG00000005289) #34
Duck	MODERN SPECIES	10	CA8 (ENSAPLG00000005583) #8	ENSAPLG00000019251	ENSAPLG00000020614	TOX (ENSAPLG00000009552) #9	NSMAF (ENSAPLG00000008911) #10	SDCBP (ENSAPLG00000008427) #11	CYP7A1 (ENSAPLG00000008062) #12	UBXN2B (ENSAPLG00000007644) #13	FAM110B (ENSAPLG00000007581) #14	BPNT2 (ENSAPLG00000007571) #15	PENK (ENSAPLG00000007565) #17	SDR16C5 (ENSAPLG00000007237) #18	CHCHD7 (ENSAPLG00000023206) #19	PLAG1 (ENSAPLG00000007090) #20	MOS (ENSAPLG00000001007) #21	ENSAPLG00000007072 ##22	ENSAPLG00000007004	LYN (ENSAPLG00000006127) #23	TGS1 (ENSAPLG00000006073) #24	ENSAPLG00000027618	ENSAPLG00000023626 #25	ENSAPLG00000011638 #25	XKR4 (ENSAPLG00000001207) #26	ENSAPLG00000030280 #27	ENSAPLG00000020117 #27	MRPL15 (ENSAPLG00000004466) #30	LYPLA1 (ENSAPLG00000004475) #31	TCEA1 (ENSAPLG00000004621) #32	RGS20 (ENSAPLG00000004749) #33	ATP6V1H (ENSAPLG00000003861) #34	OPRK1 (ENSAPLG00000003797) #35
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Common canary	MODERN SPECIES	1157																ENSSCAG00000001502 ##22
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
tuatara	MODERN SPECIES	1797															ENSSPUG00000012847	ENSSPUG00000012860 ##22
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.a.b ##22
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00390000003248.a.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.b.b #25	ENSGT00940000170053.d	ENSGT00390000011782.k.b.b #25	ENSGT00390000011782.k.b.a #25	ENSGT00390000011782.l.b #25	ENSGT00390000011782.l.a.a #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000153649.A.fb.a	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00390000003248.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159947	ENSGT00940000153649.A.fb.a	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	30	ENSPTXG00000003977	CHD7 (ENSPTXG00000003979)	RAB2A (ENSPTXG00000003983) #7	CA8 (ENSPTXG00000003987) #8	TOX (ENSPTXG00000003989) #9	NSMAF (ENSPTXG00000003992) #10	SDCBP (ENSPTXG00000003998) #11	CYP7A1 (ENSPTXG00000004000) #12	UBXN2B (ENSPTXG00000004003) #13	FAM110B (ENSPTXG00000004040) #14	PENK (ENSPTXG00000004042) #17	SDR16C5 (ENSPTXG00000004044) #18	CHCHD7 (ENSPTXG00000004045) #19	PLAG1 (ENSPTXG00000004047) #20	MOS (ENSPTXG00000004049) #21	ENSPTXG00000004051 ##22	LYN (ENSPTXG00000004055) #23	TGS1 (ENSPTXG00000004058) #24	ENSPTXG00000004061 #25
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	5	CHD7 (ENSNSUG00000015571)	RAB2A (ENSNSUG00000015576) #7	CA8 (ENSNSUG00000015577) #8	ENSNSUG00000015638	TOX (ENSNSUG00000015639) #9	NSMAF (ENSNSUG00000015647) #10	SDCBP (ENSNSUG00000016274) #11	CYP7A1 (ENSNSUG00000016275) #12	UBXN2B (ENSNSUG00000016276) #13	FAM110B (ENSNSUG00000016277) #14	PENK (ENSNSUG00000016278) #17	SDR16C5 (ENSNSUG00000016279) #18	CHCHD7 (ENSNSUG00000016280) #19	PLAG1 (ENSNSUG00000016281) #20	MOS (ENSNSUG00000016282) #21	ENSNSUG00000016283 ##22	LYN (ENSNSUG00000016285) #23	ENSNSUG00000016367 #25
Indian cobra	MODERN SPECIES	2	ENSNNAG00000007742	CHD7 (ENSNNAG00000007604)	RAB2A (ENSNNAG00000007582) #7	CA8 (ENSNNAG00000007568) #8	TOX (ENSNNAG00000017578) #9	NSMAF (ENSNNAG00000017542) #10	SDCBP (ENSNNAG00000017533) #11	CYP7A1 (ENSNNAG00000017519) #12	UBXN2B (ENSNNAG00000017502) #13	FAM110B (ENSNNAG00000017499) #14	PENK (ENSNNAG00000017493) #17	SDR16C5 (ENSNNAG00000017488) #18	ENSNNAG00000017484	PLAG1 (ENSNNAG00000017478) #20	MOS (ENSNNAG00000017474) #21	ENSNNAG00000017465 ##22	ENSNNAG00000017424	LYN (ENSNNAG00000017409) #23	TGS1 (ENSNNAG00000017402) #24	ENSNNAG00000017396 #25	ENSNNAG00000017387 #25	ENSNNAG00000017382	ENSNNAG00000017371 #25	ENSNNAG00000017363	ENSNNAG00000017358 #25	ENSNNAG00000017346 #25	ENSNNAG00000017341 #25	XKR4 (ENSNNAG00000017337) #26	ENSNNAG00000017280 #27	SOX17 (ENSNNAG00000017262) #28	MRPL15 (ENSNNAG00000017230) #30
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00490000043388.b.a	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36
Anura	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00990000212811	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00940000156037.a.c.b
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	8	NSMAF (ENSLLEG00000006195) #10	ENSLLEG00000006498 #11	ENSLLEG00000006537 #12	ENSLLEG00000006592 #12	UBXN2B (ENSLLEG00000006763) #13	ENSLLEG00000006819	FAM110B (ENSLLEG00000006829) #14	ENSLLEG00000006849	ENSLLEG00000006869	BPNT2 (ENSLLEG00000006891) #15	PENK (ENSLLEG00000006953) #17	SDR16C5 (ENSLLEG00000006983) #18	CHCHD7 (ENSLLEG00000007019) #19	PLAG1 (ENSLLEG00000007052) #20	MOS (ENSLLEG00000007073) #21	RPS20 (ENSLLEG00000007083) ##22	ENSLLEG00000007113	LYN (ENSLLEG00000007222) #23	ENSLLEG00000007363	TGS1 (ENSLLEG00000007409) #24	TMEM68 (ENSLLEG00000007557) #25	XKR4 (ENSLLEG00000007595) #26	ENSLLEG00000007636 #27	ENSLLEG00000007667	ENSLLEG00000007683	ENSLLEG00000007695	MRPL15 (ENSLLEG00000007717) #30	LYPLA1 (ENSLLEG00000007812) #31	TCEA1 (ENSLLEG00000007847) #32	RGS20 (ENSLLEG00000007897) #33	ATP6V1H (ENSLLEG00000008003) #34
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Sauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT01030000234975	ENSGT00940000163618	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618.d	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618.d	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES		CHD7 (ENSCPRG00005016680)	RAB2A (ENSCPRG00005016436) #7	CA8 (ENSCPRG00005016420) #8	TOX (ENSCPRG00005016417) #9	NSMAF (ENSCPRG00005016411) #10	SDCBP (ENSCPRG00005016406) #11	CYP7A1 (ENSCPRG00005016404) #12	UBXN2B (ENSCPRG00005016399) #13	FAM110B (ENSCPRG00005016391) #14	BPNT2 (ENSCPRG00005016382) #15	PENK (ENSCPRG00005016370) #17	SDR16C5 (ENSCPRG00005016362) #18	CHCHD7 (ENSCPRG00005016355) #19	PLAG1 (ENSCPRG00005016352) #20	c-mos (ENSCPRG00005016349) #21	RPS20 (ENSCPRG00005016338) ##22	ENSCPRG00005016333	LYN (ENSCPRG00005016330) #23	TGS1 (ENSCPRG00005016323) #24	ENSCPRG00005016312 #25	ENSCPRG00005016293 #25	XKR4 (ENSCPRG00005016282) #26	ENSCPRG00005016245 #27	MRPL15 (ENSCPRG00005016215) #30	LYPLA1 (ENSCPRG00005016196) #31	TCEA1 (ENSCPRG00005016187) #32	RGS20 (ENSCPRG00005016184) #33	ATP6V1H (ENSCPRG00005016178) #34	OPRK1 (ENSCPRG00005016155) #35	ENSCPRG00005016154	NPBWR1 (ENSCPRG00005016153) #36
Aves	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618.d	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
African ostrich	MODERN SPECIES	551	RAB2A (ENSSCUG00000007329) #7	CA8 (ENSSCUG00000007332) #8	TOX (ENSSCUG00000007338) #9	NSMAF (ENSSCUG00000007349) #10	SDCBP (ENSSCUG00000007355) #11	CYP7A1 (ENSSCUG00000007358) #12	UBXN2B (ENSSCUG00000007360) #13	FAM110B (ENSSCUG00000007363) #14	BPNT2 (ENSSCUG00000007372) #15	PENK (ENSSCUG00000007375) #17	ENSSCUG00000007384	SDR16C5 (ENSSCUG00000007392) #18	ENSSCUG00000007395	PLAG1 (ENSSCUG00000007397) #20	MOS (ENSSCUG00000007400) #21	RPS20 (ENSSCUG00000007402) ##22	ENSSCUG00000007405	LYN (ENSSCUG00000007407) #23	TGS1 (ENSSCUG00000007409) #24	ENSSCUG00000007410 #25	ENSSCUG00000007412 #25	RP1 (ENSSCUG00000007418) #27	MRPL15 (ENSSCUG00000007421) #30	LYPLA1 (ENSSCUG00000007422) #31	TCEA1 (ENSSCUG00000007423) #32	RGS20 (ENSSCUG00000007426) #33	ATP6V1H (ENSSCUG00000007428) #34	OPRK1 (ENSSCUG00000007430) #35	NPBWR1 (ENSSCUG00000007431) #36	RB1CC1 (ENSSCUG00000007433) #37
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618.d	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37
Golden eagle	MODERN SPECIES	20	RAB2A (ENSACCG00020006808) #7	CA8 (ENSACCG00020006837) #8	TOX (ENSACCG00020006870) #9	NSMAF (ENSACCG00020006890) #10	SDCBP (ENSACCG00020004027) #11	CYP7A1 (ENSACCG00020004038) #12	UBXN2B (ENSACCG00020004062) #13	FAM110B (ENSACCG00020004110) #14	BPNT2 (ENSACCG00020004116) #15	PENK (ENSACCG00020004121) #17	ENSACCG00020004134	ENSACCG00020004147	CHCHD7 (ENSACCG00020004156) #19	PLAG1 (ENSACCG00020004164) #20	MOS (ENSACCG00020004171) #21	RPS20 (ENSACCG00020004177) ##22	LYN (ENSACCG00020004192) #23	TGS1 (ENSACCG00020004203) #24	ENSACCG00020004212 #25	ENSACCG00020004218 #25	XKR4 (ENSACCG00020004225) #26	ENSACCG00020004270 #27	ENSACCG00020004307 #28	ENSACCG00020004317 #28	MRPL15 (ENSACCG00020004324) #30	LYPLA1 (ENSACCG00020004335) #31	TCEA1 (ENSACCG00020004347) #32	RGS20 (ENSACCG00020004352) #33	ATP6V1H (ENSACCG00020004369) #34	OPRK1 (ENSACCG00020004384) #35	NPBWR1 (ENSACCG00020004389) #36
Kakapo	MODERN SPECIES		RAB2A (ENSSHBG00005003701) #7	CA8 (ENSSHBG00005003708) #8	TOX (ENSSHBG00005003713) #9	NSMAF (ENSSHBG00005003752) #10	SDCBP (ENSSHBG00005003824) #11	CYP7A1 (ENSSHBG00005003831) #12	UBXN2B (ENSSHBG00005003839) #13	FAM110B (ENSSHBG00005003853) #14	BPNT2 (ENSSHBG00005003862) #15	PENK (ENSSHBG00005003870) #17	ENSSHBG00005003878	ENSSHBG00005003884	CHCHD7 (ENSSHBG00005003893) #19	PLAG1 (ENSSHBG00005003901) #20	MOS (ENSSHBG00005003910) #21	RPS20 (ENSSHBG00005003914) ##22	LYN (ENSSHBG00005003925) #23	TGS1 (ENSSHBG00005003941) #24	ENSSHBG00005003951 #25	ENSSHBG00005003964 #25	XKR4 (ENSSHBG00005003977) #26	ENSSHBG00005003992 #27	SOX17 (ENSSHBG00005004021) #28	MRPL15 (ENSSHBG00005004022) #30	LYPLA1 (ENSSHBG00005004028) #31	TCEA1 (ENSSHBG00005004032) #32	RGS20 (ENSSHBG00005004043) #33	ATP6V1H (ENSSHBG00005004054) #34	OPRK1 (ENSSHBG00005004058) #35	NPBWR1 (ENSSHBG00005004062) #36	RB1CC1 (ENSSHBG00005004068) #37
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000175507	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Great tit	MODERN SPECIES	11	RAB2A (ENSPMJG00000015734) #7	CA8 (ENSPMJG00000015731) #8	TOX (ENSPMJG00000015727) #9	NSMAF (ENSPMJG00000015726) #10	SDCBP (ENSPMJG00000015725) #11	CYP7A1 (ENSPMJG00000015724) #12	UBXN2B (ENSPMJG00000015723) #13	FAM110B (ENSPMJG00000015721) #14	BPNT2 (ENSPMJG00000015718) #15	PENK (ENSPMJG00000015717) #17	SDR16C5 (ENSPMJG00000015716) #18	ENSPMJG00000015715	CHCHD7 (ENSPMJG00000015713) #19	PLAG1 (ENSPMJG00000015712) #20	ENSPMJG00000015711	RPS20 (ENSPMJG00000015709) ##22	ENSPMJG00000015708	LYN (ENSPMJG00000015707) #23	TGS1 (ENSPMJG00000015706) #24	ENSPMJG00000015705 #25	ENSPMJG00000015704 #25	XKR4 (ENSPMJG00000015703) #26	ENSPMJG00000015702 #27	MRPL15 (ENSPMJG00000015701) #30	LYPLA1 (ENSPMJG00000015700) #31	TCEA1 (ENSPMJG00000015699) #32	RGS20 (ENSPMJG00000015698) #33	ATP6V1H (ENSPMJG00000015697) #34	OPRK1 (ENSPMJG00000015696) #35	NPBWR1 (ENSPMJG00000015695) #36	RB1CC1 (ENSPMJG00000015694) #37
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000175507	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Flycatcher	MODERN SPECIES	11	CHD7 (ENSFALG00000005570)	RAB2A (ENSFALG00000025952) #7	CA8 (ENSFALG00000005638) #8	TOX (ENSFALG00000010350) #9	NSMAF (ENSFALG00000010345) #10	SDCBP (ENSFALG00000010344) #11	CYP7A1 (ENSFALG00000010340) #12	UBXN2B (ENSFALG00000027862) #13	FAM110B (ENSFALG00000014836) #14	BPNT2 (ENSFALG00000010322) #15	PENK (ENSFALG00000010315) #17	SDR16C5 (ENSFALG00000010304) #18	CHCHD7 (ENSFALG00000025511) #19	PLAG1 (ENSFALG00000025817) #20	MOS (ENSFALG00000014816) #21	RPS20 (ENSFALG00000010283) ##22	ENSFALG00000010268	LYN (ENSFALG00000010252) #23	TGS1 (ENSFALG00000010249) #24	TMEM68 (ENSFALG00000010240) #25	XKR4 (ENSFALG00000027258) #26	ENSFALG00000010225 #27	ENSFALG00000028228	MRPL15 (ENSFALG00000010221) #30	LYPLA1 (ENSFALG00000028510) #31	TCEA1 (ENSFALG00000022921) #32	RGS20 (ENSFALG00000025416) #33	ATP6V1H (ENSFALG00000010211) #34	OPRK1 (ENSFALG00000010203) #35	NPBWR1 (ENSFALG00000014791) #36	RB1CC1 (ENSFALG00000010200) #37
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000175507	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Medium ground finch	MODERN SPECIES	8	MANEA (ENSGFOG00000003481)	TOX (ENSGFOG00000003430) #9	NSMAF (ENSGFOG00000003372) #10	SDCBP (ENSGFOG00000003353) #11	CYP7A1 (ENSGFOG00000003339) #12	ENSGFOG00000003317 #13	ENSGFOG00000003260 #13	FAM110B (ENSGFOG00000003229) #14	BPNT2 (ENSGFOG00000003209) #15	PENK (ENSGFOG00000003201) #17	SDR16C5 (ENSGFOG00000003191) #18	ENSGFOG00000003183	ENSGFOG00000003174	PLAG1 (ENSGFOG00000003163) #20	MOS (ENSGFOG00000003156) #21	RPS20 (ENSGFOG00000003131) ##22	LYN (ENSGFOG00000003118) #23	TGS1 (ENSGFOG00000003094) #24	ENSGFOG00000003078 #25	ENSGFOG00000003064 #25	ENSGFOG00000002930 #27	MRPL15 (ENSGFOG00000002908) #30	LYPLA1 (ENSGFOG00000002893) #31	TCEA1 (ENSGFOG00000002840) #32	RGS20 (ENSGFOG00000002818) #33	ATP6V1H (ENSGFOG00000002804) #34	OPRK1 (ENSGFOG00000002797) #35	NPBWR1 (ENSGFOG00000002789) #36	RB1CC1 (ENSGFOG00000002654) #37	ALKAL1 (ENSGFOG00000002621)	ST18 (ENSGFOG00000002585)
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00940000163618.c	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000175507	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Zebra finch	MODERN SPECIES	12	RAB2A (ENSTGUG00000011182) #7	CA8 (ENSTGUG00000011176) #8	TOX (ENSTGUG00000011174) #9	NSMAF (ENSTGUG00000011150) #10	SDCBP (ENSTGUG00000025408) #11	CYP7A1 (ENSTGUG00000011128) #12	UBXN2B (ENSTGUG00000011120) #13	FAM110B (ENSTGUG00000011117) #14	BPNT2 (ENSTGUG00000025960) #15	PENK (ENSTGUG00000011112) #17	SDR16C5 (ENSTGUG00000011110) #18	ENSTGUG00000011102	ENSTGUG00000028637 #19	PLAG1 (ENSTGUG00000025027) #20	MOS (ENSTGUG00000024252) #21	RPS20 (ENSTGUG00000011097) ##22	ENSTGUG00000011094	LYN (ENSTGUG00000011056) #23	TGS1 (ENSTGUG00000011050) #24	ENSTGUG00000011048 #25	ENSTGUG00000011045 #25	XKR4 (ENSTGUG00000022313) #26	ENSTGUG00000023508 #27	ENSTGUG00000024246	SOX17 (ENSTGUG00000011034) #28	MRPL15 (ENSTGUG00000011032) #30	LYPLA1 (ENSTGUG00000021368) #31	TCEA1 (ENSTGUG00000011012) #32	RGS20 (ENSTGUG00000011005) #33	ATP6V1H (ENSTGUG00000010996) #34	OPRK1 (ENSTGUG00000010985) #35
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153649.A.ib	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b.f #27	ENSGT00940000164647.b	ENSGT00940000154242.b.e #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153649.A.ib	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647.b	ENSGT00940000164647.a	ENSGT00940000154242.b.e #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33
Japanese quail	MODERN SPECIES	11	RAB2A (ENSCJPG00005010430) #7	CA8 (ENSCJPG00005010429) #8	TOX (ENSCJPG00005010427) #9	NSMAF (ENSCJPG00005010426) #10	SDCBP (ENSCJPG00005010425) #11	CYP7A1 (ENSCJPG00005010424) #12	UBXN2B (ENSCJPG00005010423) #13	FAM110B (ENSCJPG00005010421) #14	BPNT2 (ENSCJPG00005010415) #15	PENK (ENSCJPG00005010411) #17	ENSCJPG00005010410 #18	ENSCJPG00005010409 #18	CHCHD7 (ENSCJPG00005010408) #19	PLAG1 (ENSCJPG00005010407) #20	MOS (ENSCJPG00005010406) #21	RPS20 (ENSCJPG00005010404) ##22	ENSCJPG00005010403	LYN (ENSCJPG00005010402) #23	TGS1 (ENSCJPG00005010401) #24	ENSCJPG00005010400 #25	ENSCJPG00005010399 #25	XKR4 (ENSCJPG00005010398) #26	ENSCJPG00005010397	ENSCJPG00005010396	ENSCJPG00005010395 #27	ENSCJPG00005010394 #28	ENSCJPG00005010393	MRPL15 (ENSCJPG00005010389) #30	LYPLA1 (ENSCJPG00005010388) #31	TCEA1 (ENSCJPG00005010387) #32	RGS20 (ENSCJPG00005010386) #33
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153649.A.ib	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.b #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647.b	ENSGT00940000164647.a	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35
Turkey	MODERN SPECIES	22	RAB2A (ENSMGAG00000011087) #7	CA8 (ENSMGAG00000011083) #8	TOX (ENSMGAG00000011079) #9	SDCBP (ENSMGAG00000011045) #11	CYP7A1 (ENSMGAG00000011038) #12	NSMAF (ENSMGAG00000011062) #10	UBXN2B (ENSMGAG00000011031) #13	FAM110B (ENSMGAG00000015836) #14	BPNT2 (ENSMGAG00000011028) #15	PENK (ENSMGAG00000011027) #17	ENSMGAG00000018048 #18	ENSMGAG00000011012 #18	CHCHD7 (ENSMGAG00000021415) #19	PLAG1 (ENSMGAG00000011002) #20	MOS (ENSMGAG00000011001) #21	RPS20 (ENSMGAG00000010999) ##22	ENSMGAG00000010989	LYN (ENSMGAG00000010981) #23	TGS1 (ENSMGAG00000010966) #24	ENSMGAG00000021797 #25	ENSMGAG00000010969 #25	XKR4 (ENSMGAG00000010964) #26	ENSMGAG00000018602	ENSMGAG00000010962	MRPL15 (ENSMGAG00000010936) #30	LYPLA1 (ENSMGAG00000010920) #31	TCEA1 (ENSMGAG00000010912) #32	RGS20 (ENSMGAG00000010901) #33	ATP6V1H (ENSMGAG00000010894) #34	OPRK1 (ENSMGAG00000010886) #35	NPBWR1 (ENSMGAG00000015832) #36
Chicken	MODERN SPECIES	11	RAB2A (ENSGALG00010002760) #7	CA8 (ENSGALG00010002685) #8	TOX (ENSGALG00010003042) #9	NSMAF (ENSGALG00010002983) #10	SDCBP (ENSGALG00010002916) #11	CYP7A1 (ENSGALG00010003518) #12	UBXN2B (ENSGALG00010003511) #13	FAM110B (ENSGALG00010003472) #14	BPNT2 (ENSGALG00010003454) #15	PENK (ENSGALG00010003972) #17	ERD2L (ENSGALG00010004005) #18	SDR16C5 (ENSGALG00010003994) #18	CHCHD7 (ENSGALG00010003980) #19	PLAG1 (ENSGALG00010004042) #20	MOS (ENSGALG00010005635) #21	RPS20 (ENSGALG00010004081) ##22	ENSGALG00010004780	LYN (ENSGALG00010004746) #23	TGS1 (ENSGALG00010004610) #24	ENSGALG00010004586 #25	TMEM68 (ENSGALG00010006084) #25	XKR4 (ENSGALG00010004583) #26	ENSGALG00010004565	sox17 (ENSGALG00010004516) #28	SOX17 (ENSGALG00010004503) #28	MRPL15 (ENSGALG00010004495) #30	LYPLA1 (ENSGALG00010004468) #31	TCEA1 (ENSGALG00010004430) #32	RGS20 (ENSGALG00010004404) #33	ATP6V1H (ENSGALG00010004370) #34	OPRK1 (ENSGALG00010003892) #35
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618.d	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.c #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1281									FAM110B (ENSPSIG00000006802) #14	BPNT2 (ENSPSIG00000017994) #15	ENSPSIG00000000112	PENK (ENSPSIG00000017965) #17	SDR16C5 (ENSPSIG00000017884) #18	PLAG1 (ENSPSIG00000017823) #20	MOS (ENSPSIG00000000106) #21	RPS20 (ENSPSIG00000017803) ##22	ENSPSIG00000017796	LYN (ENSPSIG00000015116) #23	TGS1 (ENSPSIG00000014983) #24	ENSPSIG00000014652 #25	ENSPSIG00000014637 #25
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063408.A	ENSGT00940000156778	ENSGT00510000048701	ENSGT00950000182906.b.a	ENSGT00390000014904	ENSGT00940000162477	ENSGT01030000234595.A.b	ENSGT00730000111123	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00390000010101	ENSGT00940000153467.a.a	ENSGT01050000244948.c.b	ENSGT00390000013215	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.c.b #25	ENSGT00940000170053	ENSGT00390000011782.k.a.a.c.a #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.d #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063408.A	ENSGT00940000156778	ENSGT00510000048701	ENSGT00950000182906.b.a	ENSGT00390000014904	ENSGT00940000162477	ENSGT01030000234595.A.b	ENSGT00730000111123	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00390000010101	ENSGT00940000153467.a.a	ENSGT01050000244948.c.b	ENSGT00390000013215	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.c.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.c.a #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.d #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000164647	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	24	RAB2A (ENSTMTG00000014296) #7	CA8 (ENSTMTG00000014252) #8	TOX (ENSTMTG00000014233) #9	NSMAF (ENSTMTG00000014171) #10	ENSTMTG00000014147 #11	CYP7A1 (ENSTMTG00000014097) #12	ENSTMTG00000014083 #13	FAM110B (ENSTMTG00000014078) #14	BPNT2 (ENSTMTG00000014066) #15	PENK (ENSTMTG00000014056) #17	ENSTMTG00000014032	SDR16C5 (ENSTMTG00000014011) #18	CHCHD7 (ENSTMTG00000014001) #19	PLAG1 (ENSTMTG00000013993) #20	MOS (ENSTMTG00000013985) #21	RPS20 (ENSTMTG00000013968) ##22	LYN (ENSTMTG00000013943) #23	TGS1 (ENSTMTG00000013933) #24	ENSTMTG00000013870 #25	ENSTMTG00000013813 #25	ENSTMTG00000013784 #25	ENSTMTG00000013705 #25	ENSTMTG00000013682 #25	XKR4 (ENSTMTG00000013667) #26	RP1 (ENSTMTG00000013533) #27	ENSTMTG00000013517	MRPL15 (ENSTMTG00000013499) #30	LYPLA1 (ENSTMTG00000013477) #31	TCEA1 (ENSTMTG00000013459) #32	ENSTMTG00000013452	ATP6V1H (ENSTMTG00000013418) #34
painted turtle	MODERN SPECIES	750				TOX (ENSCPBG00000004746) #9	ENSCPBG00000004789 #11	CYP7A1 (ENSCPBG00000004801) #12	UBXN2B (ENSCPBG00000004821) #13	FAM110B (ENSCPBG00000004831) #14	ENSCPBG00000004837	BPNT2 (ENSCPBG00000004850) #15	PENK (ENSCPBG00000004858) #17	ENSCPBG00000004864	ENSCPBG00000004874	CHCHD7 (ENSCPBG00000004880) #19	PLAG1 (ENSCPBG00000004901) #20	RPS20 (ENSCPBG00000004890) ##22	LYN (ENSCPBG00000004949) #23	TGS1 (ENSCPBG00000004958) #24	ENSCPBG00000004979 #25	ENSCPBG00000004998 #25	ENSCPBG00000005010 #25	ENSCPBG00000005015 #25	ENSCPBG00000005024 #25	XKR4 (ENSCPBG00000005032) #26	ENSCPBG00000005038	ENSCPBG00000005069 #27	SOX17 (ENSCPBG00000005074) #28	ENSCPBG00000005077	MRPL15 (ENSCPBG00000005085) #30	LYPLA1 (ENSCPBG00000005093) #31	TCEA1 (ENSCPBG00000005109) #32
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158473	ENSGT00530000063408.A	ENSGT00510000048701	ENSGT00950000182906.b.a	ENSGT00390000014904	ENSGT00940000162477	ENSGT01030000234595.A.b	ENSGT00730000111123	ENSGT00950000183204.b.b.b	ENSGT00390000010101	ENSGT00940000153467.a.a	ENSGT01050000244948.c.b	ENSGT00390000013215	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.c.b #25	ENSGT00940000170053	ENSGT00390000011782.k.a.a.c.a #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.d #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000175507	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	11	CA8 (ENSGEVG00005000613) #8	TOX (ENSGEVG00005000551) #9	NSMAF (ENSGEVG00005000503) #10	ENSGEVG00005000469 #11	CYP7A1 (ENSGEVG00005000435) #12	UBXN2B (ENSGEVG00005000379) #13	FAM110B (ENSGEVG00005000348) #14	BPNT2 (ENSGEVG00005000327) #15	PENK (ENSGEVG00005000315) #17	ENSGEVG00005000298	ENSGEVG00005000173 #18	ENSGEVG00005000133 #18	CHCHD7 (ENSGEVG00005000113) #19	PLAG1 (ENSGEVG00005000082) #20	MOS (ENSGEVG00005000067) #21	RPS20 (ENSGEVG00005000050) ##22	ENSGEVG00005014469	LYN (ENSGEVG00005014434) #23	TGS1 (ENSGEVG00005014382) #24	ENSGEVG00005014228 #25	ENSGEVG00005014151	ENSGEVG00005014035 #25	ENSGEVG00005013924 #25	ENSGEVG00005013892 #25	XKR4 (ENSGEVG00005013852) #26	RP1 (ENSGEVG00005013330) #27	ENSGEVG00005013252 #28	ENSGEVG00005013226	ENSGEVG00005013190 #28	MRPL15 (ENSGEVG00005013170) #30	LYPLA1 (ENSGEVG00005013145) #31
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1977				CRAMP1 (ENSCABG00000004498)	IFT140 (ENSCABG00000004508)	TMEM204 (ENSCABG00000004513)	TELO2 (ENSCABG00000004567)	RNPS1 (ENSCABG00000005214)	BPNT2 (ENSCABG00000005219) #15	PENK (ENSCABG00000005220) #17	ENSCABG00000005222	SDR16C5 (ENSCABG00000005226) #18	CHCHD7 (ENSCABG00000005228) #19	PLAG1 (ENSCABG00000005230) #20	MOS (ENSCABG00000005231) #21	RPS20 (ENSCABG00000005240) ##22	LYN (ENSCABG00000005246) #23
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a #25	ENSGT00940000170053	ENSGT00390000011782.k.b.a #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34
tuatara	MODERN SPECIES	1349												PENK (ENSSPUG00000009561) #17	SDR16C5 (ENSSPUG00000009546) #18	CHCHD7 (ENSSPUG00000009527) #19	PLAG1 (ENSSPUG00000009510) #20	ENSSPUG00000009447 ##22	LYN (ENSSPUG00000009418) #23	ENSSPUG00000009398 #24
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.b.b #25	ENSGT00940000170053	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.a.a.a #25	ENSGT00390000011782.k.b.b #25	ENSGT00390000011782.k.b.a #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159947	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.b.b #25	ENSGT00940000170053	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.a.a.a #25	ENSGT00390000011782.k.b.b #25	ENSGT00390000011782.k.b.a #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31
Lizard	MODERN SPECIES	858												ENSACAG00000017997 #18	CHCHD7 (ENSACAG00000037505) #19	PLAG1 (ENSACAG00000017994) #20	MOS (ENSACAG00000017993) #21	RPS20 (ENSACAG00000038414) ##22	ENSACAG00000017991	LYN (ENSACAG00000017989) #23	TGS1 (ENSACAG00000017988) #24	ENSACAG00000044797	ENSACAG00000017987 #25	ENSACAG00000029087 #25	ENSACAG00000028760 #25	ENSACAG00000035334 #25	ENSACAG00000017984 #25	ENSACAG00000029609 #25	ENSACAG00000038838 #25	ENSACAG00000042407 #25	ENSACAG00000029207 #25	ENSACAG00000045468 #25	ENSACAG00000036586
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159947	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00390000003248.a.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.b.b #25	ENSGT00940000170053.d	ENSGT00390000011782.k.b.b #25	ENSGT00390000011782.k.b.a #25	ENSGT00390000011782.l.b #25	ENSGT00390000011782.l.a.a #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000159947	ENSGT00940000153649.A.fb.a	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00390000003248.a.b ##22	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	6166														PLAG1 (ENSLLTG00000005131) #20	MOS (ENSLLTG00000005126) #21	RPS20 (ENSLLTG00000005108) ##22
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	282																ENSNSUG00000008867 ##22	ENSNSUG00000008868
Eastern brown snake	DUPLICATION
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	34	ZFYVE9 (ENSPTXG00000001906)	BTF3L4 (ENSPTXG00000001904)	TXNDC12 (ENSPTXG00000001903)	RAB3B (ENSPTXG00000001902)	ENSPTXG00000001900	OSBPL9 (ENSPTXG00000001894)	ENSPTXG00000001890	EPS15 (ENSPTXG00000001884)	TTC39A (ENSPTXG00000001883)	RNF11 (ENSPTXG00000001882)	CDKN2C (ENSPTXG00000001881)	FAF1 (ENSPTXG00000001880)	DMRTA2 (ENSPTXG00000001879)	ENSPTXG00000001878	ELAVL4 (ENSPTXG00000001627)	ENSPTXG00000001605 ##22	BEND5 (ENSPTXG00000001603)	AGBL4 (ENSPTXG00000001598)	SPATA6 (ENSPTXG00000001592)	SLC5A9 (ENSPTXG00000001588)	TRABD2B (ENSPTXG00000001584)	FOXD2 (ENSPTXG00000001582)	ENSPTXG00000001580	ENSPTXG00000001577	STIL (ENSPTXG00000001553)	ENSPTXG00000001547	ENSPTXG00000001545	ENSPTXG00000001532	ENSPTXG00000001527	EFCAB14 (ENSPTXG00000001523)	ENSPTXG00000001516
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	193															ENSPTXG00000011333	ENSPTXG00000011332 ##22
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00520000055567.a.a.b #13	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000163618	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a #22	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782.k.a.a.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.b.b #25	ENSGT00390000011782.k.a.a.a.a.a.a #25	ENSGT00390000011782.k.b.b #25	ENSGT00390000011782.k.b.a #25	ENSGT00390000011782.l #25	ENSGT01070000253766.A.b #26	ENSGT00940000154242.b #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32
Common wall lizard	MODERN SPECIES	15	ENSPMRG00000007663	TOX (ENSPMRG00000007670) #9	ENSPMRG00000007691	ENSPMRG00000007695	NSMAF (ENSPMRG00000007780) #10	SDCBP (ENSPMRG00000008239) #11	CYP7A1 (ENSPMRG00000008259) #12	UBXN2B (ENSPMRG00000008274) #13	FAM110B (ENSPMRG00000008288) #14	ENSPMRG00000008293	PENK (ENSPMRG00000008297) #17	SDR16C5 (ENSPMRG00000008314) #18	CHCHD7 (ENSPMRG00000008324) #19	PLAG1 (ENSPMRG00000008339) #20	ENSPMRG00000008346 #21	ENSPMRG00000008348 ##22	ENSPMRG00000008367	LYN (ENSPMRG00000008386) #23	TGS1 (ENSPMRG00000004071) #24	ENSPMRG00000004084 #25	ENSPMRG00000004088 #25	ENSPMRG00000004096 #25	ENSPMRG00000004101	ENSPMRG00000004107	ENSPMRG00000004122 #25	ENSPMRG00000004134	ENSPMRG00000004139	ENSPMRG00000004142	ENSPMRG00000004183 #25	ENSPMRG00000004250	ENSPMRG00000004259 #25
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	4												ENSSMRG00000010306 #18	ENSSMRG00000010308	PLAG1 (ENSSMRG00000010309) #20	MOS (ENSSMRG00000010310) #21	RPS20 (ENSSMRG00000010311) ##22	LYN (ENSSMRG00000010354) #23	TGS1 (ENSSMRG00000010359) #24	ENSSMRG00000010361 #25	ENSSMRG00000010364 #25	ENSSMRG00000010370 #25	ENSSMRG00000010419	ENSSMRG00000010469 #25	ENSSMRG00000010476 #25	ENSSMRG00000010481 #25	ENSSMRG00000010484 #25	XKR4 (ENSSMRG00000010501) #26	ENSSMRG00000010529 #27	SOX17 (ENSSMRG00000010532) #28	MRPL15 (ENSSMRG00000010567) #30	LYPLA1 (ENSSMRG00000010569) #31
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Common wonbat	MODERN SPECIES	1086					ENSVURG00010023822	ENSVURG00010023823	WDR37 (ENSVURG00010023825)	ENSVURG00010023829	ADARB2 (ENSVURG00010023834)	ENSVURG00010023841	ENSVURG00010023842	ENSVURG00010023843	PFKP (ENSVURG00010023845)	PITRM1 (ENSVURG00010023852)	KLF6 (ENSVURG00010023865)	ENSVURG00010023867 ##22	FZD8 (ENSVURG00010023869)	ENSVURG00010023871	CCNY (ENSVURG00010023876)	ENSVURG00010023881	ENSVURG00010023882	CREM (ENSVURG00010023893)	CUL2 (ENSVURG00010023920)	ENSVURG00010023932	ENSVURG00010023934	ENSVURG00010023939	ENSVURG00010023942	NRP1 (ENSVURG00010023955)	ITGB1 (ENSVURG00010023964)	EPC1 (ENSVURG00010023973)	KIF5B (ENSVURG00010023979)
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Armadillo	MODERN SPECIES	4748												KIF1A (ENSDNOG00000040374)	ENSDNOG00000044403	ENSDNOG00000047672	ENSDNOG00000037031	ENSDNOG00000042370 ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	53	Cdhr5 (ENSJJAG00000010114)	Irf7 (ENSJJAG00000023599)	ENSJJAG00000010397	ENSJJAG00000021050	Rassf7 (ENSJJAG00000015967)	Lmntd2 (ENSJJAG00000021012)	Lrrc56 (ENSJJAG00000022367)	ENSJJAG00000022529	Rnh1 (ENSJJAG00000023982)	ENSJJAG00000021333	Ano9 (ENSJJAG00000009650)	Sigirr (ENSJJAG00000018697)	Pkp3 (ENSJJAG00000017722)	B4galnt4 (ENSJJAG00000017853)	Ifitm6 (ENSJJAG00000024199)	ENSJJAG00000002630 ##22	ENSJJAG00000013848	ENSJJAG00000021879	ENSJJAG00000011910	ENSJJAG00000016088	Ifitm5 (ENSJJAG00000010444)	Pgghg (ENSJJAG00000013798)	Cox8b (ENSJJAG00000014959)	Psmd13 (ENSJJAG00000010677)	Sirt3 (ENSJJAG00000021907)	Ric8a (ENSJJAG00000016505)	ENSJJAG00000011926	Odf3 (ENSJJAG00000024062)	Scgb1c1 (ENSJJAG00000008191)	ENSJJAG00000020243	Cacna1b (ENSJJAG00000012701)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1501								Gpr173 (ENSNGAG00000015260)	Tspyl2 (ENSNGAG00000004977)	Kdm5c (ENSNGAG00000018404)	Iqsec2 (ENSNGAG00000017362)	Smc1a (ENSNGAG00000011200)	Ribc1 (ENSNGAG00000006413)	Hsd17b10 (ENSNGAG00000017826)	ENSNGAG00000021250	ENSNGAG00000007342 ##22	Phf8 (ENSNGAG00000016082)	Fam120c (ENSNGAG00000022457)	Wnk3 (ENSNGAG00000018426)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Steppe mouse	MODERN SPECIES	1036																ENSMSIG00000001873 ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Guinea pig	MODERN SPECIES	262													Ocln (ENSCPOG00000005774)	ENSCPOG00000015733	RAD17 (ENSCPOG00000000834)	ENSCPOG00000039420 ##22	TAF9 (ENSCPOG00000040717)	AK6 (ENSCPOG00000026207)	CCDC125 (ENSCPOG00000021766)	CDK7 (ENSCPOG00000014671)	MRPS36 (ENSCPOG00000038353)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Squirrel	MODERN SPECIES	98	AAMDC (ENSSTOG00000012329)	RSF1 (ENSSTOG00000004021)	ENSSTOG00000009982	ENSSTOG00000027980	ENSSTOG00000004006	PAK1 (ENSSTOG00000012786)	ENSSTOG00000034844	GDPD4 (ENSSTOG00000002750)	MYO7A (ENSSTOG00000002703)	CAPN5 (ENSSTOG00000022877)	B3GNT6 (ENSSTOG00000027714)	ACER3 (ENSSTOG00000002656)	TSKU (ENSSTOG00000021957)	ENSSTOG00000023620	LRRC32 (ENSSTOG00000007128)	ENSSTOG00000027244 ##22	EMSY (ENSSTOG00000001193)	WNT11 (ENSSTOG00000029064)	UVRAG (ENSSTOG00000016316)	DGAT2 (ENSSTOG00000012018)	MOGAT2 (ENSSTOG00000012010)	ENSSTOG00000024696	ENSSTOG00000015949	SERPINH1 (ENSSTOG00000027738)	GDPD5 (ENSSTOG00000004596)	KLHL35 (ENSSTOG00000027931)	ENSSTOG00000028813	ARRB1 (ENSSTOG00000004545)	TPBGL (ENSSTOG00000027127)	SLCO2B1 (ENSSTOG00000012655)	OR2AT4 (ENSSTOG00000030885)
Arctic ground squirrel	DUPLICATION
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	895																ENSUPAG00010023716 ##22
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	209	ENSUPAG00010014442	ZNF821 (ENSUPAG00010014449)	ATXN1L (ENSUPAG00010014478)	ENSUPAG00010014485	AP1G1 (ENSUPAG00010014505)	PHLPP2 (ENSUPAG00010014596)	ENSUPAG00010014635	TAT (ENSUPAG00010014676)	ENSUPAG00010014699	CHST4 (ENSUPAG00010014722)	ZNF23 (ENSUPAG00010014732)	TLE7 (ENSUPAG00010014743)	CALB2 (ENSUPAG00010014770)	CMTR2 (ENSUPAG00010014810)	ENSUPAG00010014815	ENSUPAG00010014837 ##22	VAC14 (ENSUPAG00010014840)	MTSS2 (ENSUPAG00010014858)	IL34 (ENSUPAG00010014920)	SF3B3 (ENSUPAG00010014970)	COG4 (ENSUPAG00010015009)	FCSK (ENSUPAG00010015050)	ENSUPAG00010015068	ST3GAL2 (ENSUPAG00010015073)	ENSUPAG00010015095	DDX19B (ENSUPAG00010015108)	ENSUPAG00010015150	AARS1 (ENSUPAG00010015159)	EXOSC6 (ENSUPAG00010015174)	ENSUPAG00010015179	PDPR (ENSUPAG00010015193)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	472					COL19A1 (ENSPSMG00000001351)	COL9A1 (ENSPSMG00000001412)	FAM135A (ENSPSMG00000001714)	SDHAF4 (ENSPSMG00000002368)	SMAP1 (ENSPSMG00000002512)	ENSPSMG00000002792	B3GAT2 (ENSPSMG00000002804)	OGFRL1 (ENSPSMG00000002822)	ENSPSMG00000002840	ENSPSMG00000002841	RIMS1 (ENSPSMG00000003296)	ENSPSMG00000004077 ##22	KCNQ5 (ENSPSMG00000004160)	ENSPSMG00000004214	ENSPSMG00000004217	ENSPSMG00000004251	ENSPSMG00000004262	ENSPSMG00000004267	DPPA5 (ENSPSMG00000004280)	KHDC3L (ENSPSMG00000004291)	OOEP (ENSPSMG00000004311)	ENSPSMG00000004323	DDX43 (ENSPSMG00000004341)	CGAS (ENSPSMG00000004458)	MTO1 (ENSPSMG00000004516)	ENSPSMG00000004539	SLC17A5 (ENSPSMG00000004561)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.a ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	73	SCG3 (ENSSBOG00000028483)	DMXL2 (ENSSBOG00000021879)	GLDN (ENSSBOG00000026665)	CYP19A1 (ENSSBOG00000032300)	TNFAIP8L3 (ENSSBOG00000035937)	AP4E1 (ENSSBOG00000035637)	SPPL2A (ENSSBOG00000034961)	TRPM7 (ENSSBOG00000030864)	USP50 (ENSSBOG00000023047)	USP8 (ENSSBOG00000028249)	GABPB1 (ENSSBOG00000023162)	HDC (ENSSBOG00000029959)	SLC27A2 (ENSSBOG00000018319)	ENSSBOG00000033334	ATP8B4 (ENSSBOG00000034767)	ENSSBOG00000020229 ##22	DTWD1 (ENSSBOG00000009376)	FAM227B (ENSSBOG00000021531)	FGF7 (ENSSBOG00000029304)	GALK2 (ENSSBOG00000025258)	COPS2 (ENSSBOG00000024019)	SECISBP2L (ENSSBOG00000024354)	SHC4 (ENSSBOG00000011457)	ENSSBOG00000011389	ENSSBOG00000036086	CEP152 (ENSSBOG00000031306)	FBN1 (ENSSBOG00000024272)	ENSSBOG00000034018	SLC12A1 (ENSSBOG00000022213)	CTXN2 (ENSSBOG00000013318)	MYEF2 (ENSSBOG00000029634)
Marmoset	MODERN SPECIES	3	TXNDC11 (ENSCJAG00000014621)	ZC3H7A (ENSCJAG00000008403)	ENSCJAG00000018191	ENSCJAG00000084296	TNFRSF17 (ENSCJAG00000016042)	ENSCJAG00000022984	SNX29 (ENSCJAG00000016010)	ENSCJAG00000016005	SHISA9 (ENSCJAG00000035331)	ERCC4 (ENSCJAG00000015982)	MRTFB (ENSCJAG00000015925)	PARN (ENSCJAG00000015866)	BFAR (ENSCJAG00000015851)	PLA2G10 (ENSCJAG00000015840)	ABCC6 (ENSCJAG00000005769)	ENSCJAG00000086116 ##22	ABCC1 (ENSCJAG00000005641)	CEP20 (ENSCJAG00000005629)	MYH11 (ENSCJAG00000005543)	NDE1 (ENSCJAG00000005503)	MARF1 (ENSCJAG00000005426)	BMERB1 (ENSCJAG00000047511)	MPV17L (ENSCJAG00000005411)	ENSCJAG00000086845	PDXDC1 (ENSCJAG00000005346)	NTAN1 (ENSCJAG00000005318)	RRN3 (ENSCJAG00000005268)	ENSCJAG00000032428	ENSCJAG00000071998	ENSCJAG00000072015	TEKT5 (ENSCJAG00000017139)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	4	ENSMFAG00000065594	ENSMFAG00000063608	ENSMFAG00000063655	ENSMFAG00000062089	MALL (ENSMFAG00000032501)	ENSMFAG00000055838	NPHP1 (ENSMFAG00000043563)	BUB1 (ENSMFAG00000002933)	ACOXL (ENSMFAG00000036885)	BCL2L11 (ENSMFAG00000039143)	ENSMFAG00000051284	ENSMFAG00000048011	ENSMFAG00000056725	ENSMFAG00000062246	ANAPC1 (ENSMFAG00000037630)	ENSMFAG00000008223 ##22	MERTK (ENSMFAG00000032328)	ENSMFAG00000059585	ENSMFAG00000054120	TMEM87B (ENSMFAG00000000849)	FBLN7 (ENSMFAG00000015043)	ZC3H8 (ENSMFAG00000031522)	ZC3H6 (ENSMFAG00000036963)	ENSMFAG00000056985	POLR1B (ENSMFAG00000032912)	ENSMFAG00000051892	CHCHD5 (ENSMFAG00000044931)	ENSMFAG00000036286	SLC20A1 (ENSMFAG00000006822)	ENSMFAG00000065424	NT5DC4 (ENSMFAG00000024760)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.e.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	737														ENSCCAG00000025308	ENSCCAG00000031444	ENSCCAG00000031430 ##22	ENSCCAG00000026208
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	119	ARHGAP11A (ENSSBOG00000017780)	GJD2 (ENSSBOG00000035226)	ACTC1 (ENSSBOG00000030288)	AQR (ENSSBOG00000000986)	ENSSBOG00000024394	ZNF770 (ENSSBOG00000022545)	ENSSBOG00000027424	DPH6 (ENSSBOG00000036211)	ENSSBOG00000035851	CDIN1 (ENSSBOG00000031694)	ENSSBOG00000013126	ENSSBOG00000017755	ENSSBOG00000026673	TMCO5A (ENSSBOG00000029947)	ENSSBOG00000027307	ENSSBOG00000033959 ##22	SPRED1 (ENSSBOG00000031923)	FAM98B (ENSSBOG00000011037)	RASGRP1 (ENSSBOG00000024794)	THBS1 (ENSSBOG00000033186)	ENSSBOG00000027700	FSIP1 (ENSSBOG00000021949)	GPR176 (ENSSBOG00000033725)	ENSSBOG00000029764	EIF2AK4 (ENSSBOG00000013374)	ENSSBOG00000030860	BMF (ENSSBOG00000028453)	BUB1B (ENSSBOG00000021538)	PAK6 (ENSSBOG00000027504)	ANKRD63 (ENSSBOG00000019611)	PLCB2 (ENSSBOG00000031601)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.f ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.f ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.f ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.f ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	104	ELN (ENSSBOG00000034365)	LIMK1 (ENSSBOG00000025419)	EIF4H (ENSSBOG00000019472)	LAT2 (ENSSBOG00000017429)	CLIP2 (ENSSBOG00000026722)	GTF2IRD1 (ENSSBOG00000035098)	GTF2I (ENSSBOG00000035170)	NCF1 (ENSSBOG00000023210)	ENSSBOG00000029199	RCC1L (ENSSBOG00000024509)	CASTOR2 (ENSSBOG00000021763)	ENSSBOG00000020684	AUTS2 (ENSSBOG00000034309)	GALNT17 (ENSSBOG00000028382)	CALN1 (ENSSBOG00000024914)	ENSSBOG00000020209 ##22	ENSSBOG00000025752	ENSSBOG00000025873	SBDS (ENSSBOG00000022460)	TMEM248 (ENSSBOG00000028906)	RABGEF1 (ENSSBOG00000024442)	VKORC1L1 (ENSSBOG00000032522)	GUSB (ENSSBOG00000032050)	ENSSBOG00000034461
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.f ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00550000074832.s	ENSGT00910000147533	ENSGT00550000074832.r.b	ENSGT00390000009837.a.a	ENSGT00510000047420	ENSGT00940000154361.B	ENSGT00940000158783	ENSGT00910000147403	ENSGT01030000234641.a.a	ENSGT00860000135756	ENSGT00910000148799	ENSGT00940000161476	ENSGT00440000033609	ENSGT00390000005739.a.a	ENSGT00800000124060.A.a	ENSGT00390000003248.b.f ##22	ENSGT00940000156187	ENSGT00940000153322.A	ENSGT00390000017284.a.b	ENSGT00390000011359	ENSGT00940000153941.a.a.g	ENSGT00510000047418	ENSGT00390000010888	ENSGT00390000005650	ENSGT00940000161413	ENSGT00940000161043	ENSGT00940000161863	ENSGT01050000244956.b.c.b	ENSGT01030000234575.d.c	ENSGT00440000033552	ENSGT00940000159299
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00940000162199	ENSGT00530000063713.b.a	ENSGT00910000147533	ENSGT00550000074832.r.b	ENSGT00390000009837.a.a	ENSGT00510000047420	ENSGT00940000154361.B	ENSGT00910000147403	ENSGT00940000158783	ENSGT01030000234641.a.a	ENSGT00910000148799	ENSGT00940000161476	ENSGT00440000033609	ENSGT00390000005739.a.a	ENSGT00800000124060.A.a	ENSGT00390000003248.b.f ##22	ENSGT00940000156187	ENSGT00940000153322.A	ENSGT00390000017284.a.b	ENSGT00390000011359	ENSGT00940000153941.a.a.g	ENSGT00510000047418	ENSGT00390000010888	ENSGT00390000005650	ENSGT00940000161413	ENSGT00940000161043	ENSGT00940000161863	ENSGT01050000244956.b.c.b	ENSGT01030000234575.d.c	ENSGT00440000033552	ENSGT00940000159299
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	999	ENSRROG00000041441	FBXO41 (ENSRROG00000042428)	CCT7 (ENSRROG00000031363)	PRADC1 (ENSRROG00000035723)	SMYD5 (ENSRROG00000033940)	NOTO (ENSRROG00000033350)	ENSRROG00000044838	RAB11FIP5 (ENSRROG00000032067)	ENSRROG00000038179	SFXN5 (ENSRROG00000032816)	EMX1 (ENSRROG00000038528)	ENSRROG00000040482	SPR (ENSRROG00000032259)	EXOC6B (ENSRROG00000033874)	CYP26B1 (ENSRROG00000040831)	ENSRROG00000020035 ##22	DYSF (ENSRROG00000044878)	ZNF638 (ENSRROG00000045431)	PAIP2B (ENSRROG00000029773)	MPHOSPH10 (ENSRROG00000034061)	ENSRROG00000019685	NAGK (ENSRROG00000045580)	TEX261 (ENSRROG00000030003)	ANKRD53 (ENSRROG00000030711)	ATP6V1B1 (ENSRROG00000040026)	VAX2 (ENSRROG00000037528)	CD207 (ENSRROG00000032804)	ENSRROG00000044152	CLEC4F (ENSRROG00000043030)	FIGLA (ENSRROG00000036410)	ADD2 (ENSRROG00000040997)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000182932.A.a	ENSGT00940000153123.B	ENSGT00940000162199	ENSGT00530000063713.b.a	ENSGT00550000074832.r.b	ENSGT00390000009837.a.a	ENSGT00510000047420	ENSGT00940000154361.B	ENSGT00940000158783	ENSGT00910000147403	ENSGT01030000234641.a.a	ENSGT00940000161476	ENSGT00440000033609	ENSGT00390000005739.a.a	ENSGT00800000124060.A.a	ENSGT00390000003248.b.f ##22	ENSGT00940000156187	ENSGT00940000153322.A	ENSGT00390000017284.a.b	ENSGT00390000011359	ENSGT00940000153941.a.a.g	ENSGT00510000047418	ENSGT00390000010888	ENSGT00390000005650	ENSGT00940000161413	ENSGT00940000161043	ENSGT00940000161863	ENSGT01050000244956.b.c.b	ENSGT01030000234575.d.c	ENSGT00440000033552	ENSGT00940000159299
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000153123.B	ENSGT00940000162199	ENSGT00530000063713.b.a	ENSGT00550000074832.r.b	ENSGT00390000009837.a.a	ENSGT00510000047420	ENSGT00940000154361.B	ENSGT00940000158783	ENSGT00910000147403	ENSGT01030000234641.a.a	ENSGT00940000161476	ENSGT00440000033609	ENSGT00390000013558.n	ENSGT00390000005739.a.a	ENSGT00800000124060.A.a	ENSGT00390000003248.b.f ##22	ENSGT00940000156187	ENSGT00940000153322.A	ENSGT00390000017284.a.b	ENSGT00390000011359	ENSGT00940000153941.a.a.g	ENSGT00510000047418	ENSGT00390000010888	ENSGT00390000005650	ENSGT00940000161413	ENSGT00940000161043	ENSGT00940000161863	ENSGT01050000244956.b.c.b	ENSGT01030000234575.d.c	ENSGT00440000033552	ENSGT00940000159299
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.f ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	341	ENSMNEG00000042214	ENSMNEG00000029508	EGR4 (ENSMNEG00000041602)	FBXO41 (ENSMNEG00000044980)	CCT7 (ENSMNEG00000040196)	PRADC1 (ENSMNEG00000043405)	SMYD5 (ENSMNEG00000044171)	NOTO (ENSMNEG00000034604)	RAB11FIP5 (ENSMNEG00000032292)	SFXN5 (ENSMNEG00000041349)	EMX1 (ENSMNEG00000031712)	SPR (ENSMNEG00000031794)	EXOC6B (ENSMNEG00000033540)	ENSMNEG00000021497	CYP26B1 (ENSMNEG00000037957)	ENSMNEG00000008309 ##22	ENSMNEG00000041639	DYSF (ENSMNEG00000039503)	ZNF638 (ENSMNEG00000028987)	PAIP2B (ENSMNEG00000028146)	MPHOSPH10 (ENSMNEG00000043591)	ENSMNEG00000043964	NAGK (ENSMNEG00000001946)	TEX261 (ENSMNEG00000003947)	ANKRD53 (ENSMNEG00000034946)	ATP6V1B1 (ENSMNEG00000045299)	VAX2 (ENSMNEG00000028742)	CD207 (ENSMNEG00000001429)	ENSMNEG00000043667	CLEC4F (ENSMNEG00000032808)	FIGLA (ENSMNEG00000040951)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153123.B	ENSGT00940000162199	ENSGT00530000063713.b.a	ENSGT00550000074832.r.b	ENSGT00390000009837.a.a	ENSGT00510000047420	ENSGT00940000154361.B	ENSGT00940000158783	ENSGT00910000147403	ENSGT01030000234641.a.a	ENSGT00940000161476	ENSGT00440000033609	ENSGT00390000013558.n	ENSGT00390000005739.a.a	ENSGT00800000124060.A.a	ENSGT00390000003248.b.f ##22	ENSGT00940000156187	ENSGT00940000153322.A	ENSGT00390000017284.a.b	ENSGT00390000011359	ENSGT00940000153941.a.a.g	ENSGT00510000047418	ENSGT00390000010888	ENSGT00390000005650	ENSGT00940000161413	ENSGT00940000161043	ENSGT00940000161863	ENSGT01050000244956.b.c.b	ENSGT01030000234575.d.c	ENSGT00440000033552	ENSGT00940000159299.j
Olive baboon	MODERN SPECIES	5	ENSPANG00000041355	EGR4 (ENSPANG00000017488)	FBXO41 (ENSPANG00000004970)	CCT7 (ENSPANG00000021594)	PRADC1 (ENSPANG00000010036)	SMYD5 (ENSPANG00000008239)	NOTO (ENSPANG00000038929)	ENSPANG00000029385	RAB11FIP5 (ENSPANG00000025001)	EMX1 (ENSPANG00000021694)	SPR (ENSPANG00000040672)	ENSPANG00000038697	EXOC6B (ENSPANG00000006923)	CYP26B1 (ENSPANG00000007513)	ENSPANG00000042949	ENSPANG00000045392 ##22	DYSF (ENSPANG00000001068)	ZNF638 (ENSPANG00000016789)	PAIP2B (ENSPANG00000030889)	MPHOSPH10 (ENSPANG00000020408)	ENSPANG00000029235	NAGK (ENSPANG00000006889)	TEX261 (ENSPANG00000021726)	ANKRD53 (ENSPANG00000021641)	ATP6V1B1 (ENSPANG00000020535)	VAX2 (ENSPANG00000008434)	CD207 (ENSPANG00000025910)	CLEC4F (ENSPANG00000030833)	FIGLA (ENSPANG00000010751)	ADD2 (ENSPANG00000019903)	TGFA (ENSPANG00000010483)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000162199	ENSGT00530000063713.b.a	ENSGT00550000074832.r.b	ENSGT00390000009837.a.a	ENSGT00510000047420	ENSGT00940000154361.B	ENSGT00940000158783	ENSGT00910000147403	ENSGT01030000234641.a.a	ENSGT00940000161476	ENSGT00440000033609	ENSGT00390000013558.n	ENSGT00390000005739.a.a	ENSGT00800000124060.A.a	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.a.b.d.b	ENSGT00390000003248.b.f ##22	ENSGT00940000156187	ENSGT00940000153322.A	ENSGT00390000017284.a.b	ENSGT00390000011359	ENSGT00940000153941.a.a.g	ENSGT00510000047418	ENSGT00390000010888	ENSGT00390000005650	ENSGT00940000161413	ENSGT00940000161043	ENSGT00940000161863	ENSGT01050000244956.b.c.b	ENSGT01030000234575.d.c	ENSGT00440000033552	ENSGT00940000159299.j
Drill	MODERN SPECIES	796	ALMS1 (ENSMLEG00000031288)	EGR4 (ENSMLEG00000025207)	FBXO41 (ENSMLEG00000038426)	CCT7 (ENSMLEG00000020457)	PRADC1 (ENSMLEG00000040457)	SMYD5 (ENSMLEG00000033572)	NOTO (ENSMLEG00000032880)	ENSMLEG00000032711	RAB11FIP5 (ENSMLEG00000030423)	SFXN5 (ENSMLEG00000044055)	SPR (ENSMLEG00000029513)	ENSMLEG00000008015	EXOC6B (ENSMLEG00000039745)	CYP26B1 (ENSMLEG00000034445)	ENSMLEG00000020137	ENSMLEG00000025390 ##22	DYSF (ENSMLEG00000001121)	ZNF638 (ENSMLEG00000037705)	PAIP2B (ENSMLEG00000044277)	MPHOSPH10 (ENSMLEG00000031602)	ENSMLEG00000026278	NAGK (ENSMLEG00000037999)	TEX261 (ENSMLEG00000037228)	ANKRD53 (ENSMLEG00000042301)	ATP6V1B1 (ENSMLEG00000040403)	VAX2 (ENSMLEG00000041232)	CD207 (ENSMLEG00000037055)	ENSMLEG00000043259	CLEC4F (ENSMLEG00000029791)	FIGLA (ENSMLEG00000037328)	ENSMLEG00000036396
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	494	EGR4 (ENSCATG00000041090)	FBXO41 (ENSCATG00000045372)	ENSCATG00000041777	PRADC1 (ENSCATG00000029853)	SMYD5 (ENSCATG00000041216)	NOTO (ENSCATG00000023664)	RAB11FIP5 (ENSCATG00000008095)	SFXN5 (ENSCATG00000034111)	EMX1 (ENSCATG00000031824)	SPR (ENSCATG00000040755)	ENSCATG00000038635	ENSCATG00000028328	EXOC6B (ENSCATG00000033450)	CYP26B1 (ENSCATG00000034632)	ENSCATG00000015118	ENSCATG00000015448 ##22	DYSF (ENSCATG00000007511)	ZNF638 (ENSCATG00000032207)	PAIP2B (ENSCATG00000033205)	MPHOSPH10 (ENSCATG00000034155)	ENSCATG00000033210	NAGK (ENSCATG00000040675)	TEX261 (ENSCATG00000028617)	ANKRD53 (ENSCATG00000024083)	ATP6V1B1 (ENSCATG00000032260)	CD207 (ENSCATG00000031165)	ENSCATG00000042953	CLEC4F (ENSCATG00000030761)	FIGLA (ENSCATG00000044512)	ADD2 (ENSCATG00000044964)	TGFA (ENSCATG00000043176)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		HMGN5 (ENSRFEG00010005112)	BRWD3 (ENSRFEG00010005125)	TENT5D (ENSRFEG00010005151)	ENSRFEG00010005160	TBX22 (ENSRFEG00010005171)	ENSRFEG00010005179	ITM2A (ENSRFEG00010005189)	GPR174 (ENSRFEG00010005200)	P2RY10 (ENSRFEG00010005207)	LPAR4 (ENSRFEG00010005218)	RTL3 (ENSRFEG00010005225)	ENSRFEG00010005233	CYSLTR1 (ENSRFEG00010005241)	ENSRFEG00010005245	ENSRFEG00010005262	ENSRFEG00010005274 ##22	TAF9B (ENSRFEG00010005277)	ENSRFEG00010005289	ENSRFEG00010005300	ENSRFEG00010005309	ATP7A (ENSRFEG00010005348)	ENSRFEG00010005435	MAGT1 (ENSRFEG00010005458)	ENSRFEG00010005487	ENSRFEG00010000095	ATRX (ENSRFEG00010000118)	FGF16 (ENSRFEG00010000182)	ENSRFEG00010000193	SPIN4 (ENSRFEG00010000198)	ENSRFEG00010000214	ARHGEF9 (ENSRFEG00010000258)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156830	ENSGT00940000154464.a	ENSGT00390000011216	ENSGT00640000091565	ENSGT00940000158217	ENSGT00390000004836	ENSGT00940000159664	ENSGT00940000161624	ENSGT00390000007792.k	ENSGT00950000183213.a.b	ENSGT00390000007792.l	ENSGT00940000160624	ENSGT00940000154208.c.b	ENSGT00940000157455.b.d.b	ENSGT00940000153496.a.b	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000163317	ENSGT00940000153840.a.a	ENSGT00440000033919	ENSGT00940000155223.b	ENSGT00940000163180	ENSGT00940000160240	ENSGT00390000007512	ENSGT00390000002226	ENSGT00940000156555	ENSGT00940000157428	ENSGT00980000198588	ENSGT00940000154322.A	ENSGT00940000156843.o.a	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071
Red fox	MODERN SPECIES	20	CHAD (ENSVVUG00000004817)	RSAD1 (ENSVVUG00000004823)	MYCBPAP (ENSVVUG00000004875)	EPN3 (ENSVVUG00000004919)	SPATA20 (ENSVVUG00000004940)	CACNA1G (ENSVVUG00000005188)	ENSVVUG00000010988	ENSVVUG00000011100	ANKRD40 (ENSVVUG00000011107)	LUC7L3 (ENSVVUG00000011112)	ANKRD40CL (ENSVVUG00000011120)	WFIKKN2 (ENSVVUG00000011216)	TOB1 (ENSVVUG00000011221)	ENSVVUG00000011224	SPAG9 (ENSVVUG00000011253)	ENSVVUG00000011323 ##22	ENSVVUG00000011331	MBTD1 (ENSVVUG00000011391)	UTP18 (ENSVVUG00000011400)	ENSVVUG00000011416	CA10 (ENSVVUG00000011449)	KIF2B (ENSVVUG00000011478)	TOM1L1 (ENSVVUG00000011490)	COX11 (ENSVVUG00000011512)	STXBP4 (ENSVVUG00000011517)	ENSVVUG00000011526	HLF (ENSVVUG00000011529)	MMD (ENSVVUG00000011541)	TMEM100 (ENSVVUG00000011549)	ENSVVUG00000011557	ENSVVUG00000011575
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Dingo	MODERN SPECIES	150	CHAD (ENSCAFG00020023544)	RSAD1 (ENSCAFG00020023548)	MYCBPAP (ENSCAFG00020023568)	EPN3 (ENSCAFG00020023656)	SPATA20 (ENSCAFG00020023695)	CACNA1G (ENSCAFG00020023914)	ENSCAFG00020024216	ENSCAFG00020024221	ANKRD40 (ENSCAFG00020024222)	LUC7L3 (ENSCAFG00020024223)	ANKRD40CL (ENSCAFG00020024224)	WFIKKN2 (ENSCAFG00020024226)	TOB1 (ENSCAFG00020024227)	ENSCAFG00020024228	SPAG9 (ENSCAFG00020024319)	ENSCAFG00020025495 ##22	ENSCAFG00020025497	ENSCAFG00020025499	MBTD1 (ENSCAFG00020025501)	UTP18 (ENSCAFG00020025506)	ENSCAFG00020025508	CA10 (ENSCAFG00020025515)	ENSCAFG00020025530	KIF2B (ENSCAFG00020025537)	ENSCAFG00020025544	TOM1L1 (ENSCAFG00020025548)	COX11 (ENSCAFG00020025550)	STXBP4 (ENSCAFG00020025560)	HLF (ENSCAFG00020025583)	MMD (ENSCAFG00020025586)	TMEM100 (ENSCAFG00020025591)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	767																ENSAMEG00000029104 ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	1041																ENSAMEG00000024883 ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Pig	MODERN SPECIES	9	RBM28 (ENSSSCG00000031847)	PRRT4 (ENSSSCG00000037087)	ENSSSCG00000048237	IMPDH1 (ENSSSCG00000016585)	HILPDA (ENSSSCG00000031109)	GARIN1A (ENSSSCG00000016583)	GARIN1B (ENSSSCG00000016582)	CALU (ENSSSCG00000016581)	OPN1SW (ENSSSCG00000016580)	CCDC136 (ENSSSCG00000016579)	FLNC (ENSSSCG00000016578)	ATP6V1F (ENSSSCG00000016577)	ATP6V1FNB (ENSSSCG00000023540)	KCP (ENSSSCG00000016574)	IRF5 (ENSSSCG00000016573)	ENSSSCG00000016571 ##22	TNPO3 (ENSSSCG00000016572)	TSPAN33 (ENSSSCG00000016570)	SMO (ENSSSCG00000016569)	AHCYL2 (ENSSSCG00000016568)	STRIP2 (ENSSSCG00000016567)	SMKR1 (ENSSSCG00000062966)	NRF1 (ENSSSCG00000016566)	UBE2H (ENSSSCG00000016564)	ZC3HC1 (ENSSSCG00000016565)	KLHDC10 (ENSSSCG00000027131)	TMEM209 (ENSSSCG00000016563)	SSMEM1 (ENSSSCG00000016562)	CPA2 (ENSSSCG00000016559)	CPA4 (ENSSSCG00000016555)	CPA5 (ENSSSCG00000054055)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Sperm whale	MODERN SPECIES	6	MMP16 (ENSPCTG00005010160)	ENSPCTG00005010106	RIPK2 (ENSPCTG00005010067)	OSGIN2 (ENSPCTG00005010002)	NBN (ENSPCTG00005009932)	DECR1 (ENSPCTG00005009793)	CALB1 (ENSPCTG00005009596)	ENSPCTG00005009534	ENSPCTG00005009504	TMEM64 (ENSPCTG00005009411)	NECAB1 (ENSPCTG00005009251)	C15H8orf88 (ENSPCTG00005009171)	PIP4P2 (ENSPCTG00005009130)	OTUD6B (ENSPCTG00005008998)	LRRC69 (ENSPCTG00005008888)	ENSPCTG00005008872 ##22	SLC26A7 (ENSPCTG00005008652)	ENSPCTG00005008617	RUNX1T1 (ENSPCTG00005008176)	ENSPCTG00005008141	TRIQK (ENSPCTG00005008124)	ENSPCTG00005008114	ENSPCTG00005008101	RBM12B (ENSPCTG00005008096)	ENSPCTG00005008073	TMEM67 (ENSPCTG00005007975)	PDP1 (ENSPCTG00005007940)	ENSPCTG00005007923	CDH17 (ENSPCTG00005007812)	GEM (ENSPCTG00005007759)	RAD54B (ENSPCTG00005007630)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Yarkand deer	MODERN SPECIES	2	RAB10 (ENSCHYG00000011347)	KIF3C (ENSCHYG00000011405)	ASXL2 (ENSCHYG00000011494)	ENSCHYG00000011641	DNMT3A (ENSCHYG00000012556)	POMC (ENSCHYG00000013191)	EFR3B (ENSCHYG00000013292)	DNAJC27 (ENSCHYG00000013784)	ADCY3 (ENSCHYG00000013932)	CENPO (ENSCHYG00000014066)	PTRHD1 (ENSCHYG00000014175)	NCOA1 (ENSCHYG00000014313)	ITSN2 (ENSCHYG00000014839)	ENSCHYG00000015598	FAM228B (ENSCHYG00000015709)	ENSCHYG00000015795 ##22	PFN4 (ENSCHYG00000015825)	TP53I3 (ENSCHYG00000016071)	FKBP1B (ENSCHYG00000016279)	WDCP (ENSCHYG00000016368)	MFSD2B (ENSCHYG00000016413)	ENSCHYG00000016517 ##13	ATAD2B (ENSCHYG00000016580)	KLHL29 (ENSCHYG00000017090)	ENSCHYG00000017476	TDRD15 (ENSCHYG00000017505)	APOB (ENSCHYG00000017558)	LDAH (ENSCHYG00000017844)	ENSCHYG00000005540	GDF7 (ENSCHYG00000005551)	HS1BP3 (ENSCHYG00000005568)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
American bison	MODERN SPECIES	3159			NPAS3 (ENSBBBG00000007628)	AKAP6 (ENSBBBG00000019789)	ARHGAP5 (ENSBBBG00000019759)	NUBPL (ENSBBBG00000019729)	ENSBBBG00000019724	HEATR5A (ENSBBBG00000019715)	HECTD1 (ENSBBBG00000019676)	AP4S1 (ENSBBBG00000019582)	STRN3 (ENSBBBG00000007277)	COCH (ENSBBBG00000019503)	SCFD1 (ENSBBBG00000019438)	ENSBBBG00000009180	G2E3 (ENSBBBG00000009177)	ENSBBBG00000005060 ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Wild yak	MODERN SPECIES	1824									ENSBMUG00000013584	COX16 (ENSBMUG00000013530)	SYNJ2BP (ENSBMUG00000013494)	SLC8A3 (ENSBMUG00000013444)	SMOC1 (ENSBMUG00000013315)	SLC10A1 (ENSBMUG00000013283)	SRSF5 (ENSBMUG00000013243)	ENSBMUG00000013177 ##22	SUSD6 (ENSBMUG00000013166)	PLEKHD1 (ENSBMUG00000013136)	SLC39A9 (ENSBMUG00000013111)	ENSBMUG00000013028	GALNT16 (ENSBMUG00000013012)	EXD2 (ENSBMUG00000012988)	DCAF5 (ENSBMUG00000012948)	ACTN1 (ENSBMUG00000012867)	ZFP36L1 (ENSBMUG00000012776)	RAD51B (ENSBMUG00000012736)	ZFYVE26 (ENSBMUG00000012670)	RDH12 (ENSBMUG00000012624)	RDH11 (ENSBMUG00000012607)	VTI1B (ENSBMUG00000012578)	ARG2 (ENSBMUG00000012551)
Domestic yak	DUPLICATION
Domestic yak	MODERN SPECIES	27	ENSBGRG00000022125	ENSBGRG00000022162	ENSBGRG00000022532	ENSBGRG00000022544	ENSBGRG00000022564	ENSBGRG00000022576	ENSBGRG00000022590	ENSBGRG00000022604	PCDHAC1 (ENSBGRG00000022710)	PCDHB1 (ENSBGRG00000022728)	ENSBGRG00000022734	ENSBGRG00000022746	ENSBGRG00000022767	PCDHB4 (ENSBGRG00000022804)	ENSBGRG00000023182 ##22	ENSBGRG00000023188 ##22	PCDHB7 (ENSBGRG00000023202)	PCDHB16 (ENSBGRG00000023298)	ENSBGRG00000023324	PCDHB14 (ENSBGRG00000023365)	ENSBGRG00000023551	PCDHB15 (ENSBGRG00000023859)	SLC25A2 (ENSBGRG00000023905)	ENSBGRG00000023985	PCDHGA4 (ENSBGRG00000024033)	ENSBGRG00000024743	ENSBGRG00000024757	PCDHGA5 (ENSBGRG00000024806)	PCDHGA6 (ENSBGRG00000024838)	PCDHGB4 (ENSBGRG00000024857)	PCDHGB5 (ENSBGRG00000024865)
Domestic yak	MODERN SPECIES	27	PCDHA10 (ENSBGRG00000022089)	ENSBGRG00000022125	ENSBGRG00000022162	ENSBGRG00000022532	ENSBGRG00000022544	ENSBGRG00000022564	ENSBGRG00000022576	ENSBGRG00000022590	ENSBGRG00000022604	PCDHAC1 (ENSBGRG00000022710)	PCDHB1 (ENSBGRG00000022728)	ENSBGRG00000022734	ENSBGRG00000022746	ENSBGRG00000022767	PCDHB4 (ENSBGRG00000022804)	ENSBGRG00000023182 ##22	ENSBGRG00000023188 ##22	PCDHB7 (ENSBGRG00000023202)	PCDHB16 (ENSBGRG00000023298)	ENSBGRG00000023324	PCDHB14 (ENSBGRG00000023365)	ENSBGRG00000023551	PCDHB15 (ENSBGRG00000023859)	SLC25A2 (ENSBGRG00000023905)	ENSBGRG00000023985	PCDHGA4 (ENSBGRG00000024033)	ENSBGRG00000024743	ENSBGRG00000024757	PCDHGA5 (ENSBGRG00000024806)	PCDHGA6 (ENSBGRG00000024838)	PCDHGB4 (ENSBGRG00000024857)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159947	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT01100000265193	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00940000161936 #36	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00950000183032.A.b.a	ENSGT00940000163562	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00940000154681.a
Reedfish	MODERN SPECIES	14	ca8 (ENSECRG00000005237) #8	tox (ENSECRG00000005223) #9	NSMAF (ENSECRG00000005183) #10	SDCBP (ENSECRG00000005162) #11	ENSECRG00000005154	ENSECRG00000005146 #12	cyp7a1 (ENSECRG00000005130) #12	fam110b (ENSECRG00000005125) #14	BPNT2 (ENSECRG00000005120) #15	ENSECRG00000005109	penka (ENSECRG00000005097) #17	sdr16c5b (ENSECRG00000005084) #18	chchd7 (ENSECRG00000005072) #19	plag1 (ENSECRG00000005066) #20	mos (ENSECRG00000005060) #21	RPS20 (ENSECRG00000005037) ##22	zgc:56231 (ENSECRG00000005023)	TGS1 (ENSECRG00000005011) #24	tmem68 (ENSECRG00000004995) #25	ENSECRG00000004978 ##26	XKR4 (ENSECRG00000004968) #26	ENSECRG00000004792 #27	SOX17 (ENSECRG00000004721) #28	sox32 (ENSECRG00000004710)	mrpl15 (ENSECRG00000004697) #30	lypla1 (ENSECRG00000004670) #31	tcea1 (ENSECRG00000004649) #32	rgs20 (ENSECRG00000004639) #33	atp6v1h (ENSECRG00000004621) #34	oprk1 (ENSECRG00000004611) #35	NPBWR1 (ENSECRG00000004600) #36
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000159947	ENSGT00940000153649.A	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A #17	ENSGT00940000156731 #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT01100000265193	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341 #35	ENSGT00390000015871 #37	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00950000183032.A.b.a	ENSGT00940000163562	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00940000154681.a	ENSGT00740000115534.a.b
Spotted gar	MODERN SPECIES	675	CHD7 (ENSLOCG00000005062)	rab2a (ENSLOCG00000005108) #7	ca8 (ENSLOCG00000005132) #8	tox (ENSLOCG00000005171) #9	NSMAF (ENSLOCG00000005188) #10	SDCBP (ENSLOCG00000005245) #11	ENSLOCG00000005259 #12	cyp7a1 (ENSLOCG00000005289) #12	cyp7a1 (ENSLOCG00000005305) #12	BPNT2 (ENSLOCG00000005325) #15	penka (ENSLOCG00000005341) #17	sdr16c5b (ENSLOCG00000005373) #18	chchd7 (ENSLOCG00000005393) #19	plag1 (ENSLOCG00000005402) #20	mos (ENSLOCG00000017815) #21	RPS20 (ENSLOCG00000005417) ##22	zgc:56231 (ENSLOCG00000005434)	lyn (ENSLOCG00000005468) #23	TGS1 (ENSLOCG00000005492) #24	tmem68 (ENSLOCG00000005519) #25	ENSLOCG00000005543 ##26	ENSLOCG00000005555	ENSLOCG00000005569	ENSLOCG00000005583 #27	sox17 (ENSLOCG00000005646) #28	mrpl15 (ENSLOCG00000005663) #30	lypla1 (ENSLOCG00000005686) #31	tcea1 (ENSLOCG00000005699) #32	rgs20 (ENSLOCG00000005737) #33	atp6v1h (ENSLOCG00000005751) #34	oprk1 (ENSLOCG00000005766) #35
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	139	ENSGT00940000159203	ENSGT01010000223470	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863 #8	ENSGT00940000159497 #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a #12	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00940000160216 #15	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.a.a.a ##26	ENSGT00940000154242.b.h #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000166366	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341.h #35	ENSGT00940000157341.g #35
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000159203	ENSGT01010000223470	ENSGT00940000153886.a.b #7	ENSGT00940000158863.n #8	ENSGT00940000159497.a #9	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00940000153141.B.a.j #12	ENSGT00940000153141.B.a.i.b #12	ENSGT00950000183056.B.b.m #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011.b #23	ENSGT00390000011782.i #25	ENSGT01070000253766.A.a.a.a.a ##26	ENSGT00940000154242.b.h #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000166366	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000155121 #32	ENSGT00940000159123 #33	ENSGT00390000003289 #34	ENSGT00940000157341.h #35	ENSGT00940000157341.g #35	ENSGT00550000074817.x
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	165	CHD7 (ENSPKIG00000009637)	rab2a (ENSPKIG00000009739) #7	ca8 (ENSPKIG00000009787) #8	TOX (ENSPKIG00000009875) #9	NSMAF (ENSPKIG00000010003) #10	SDCBP (ENSPKIG00000010118) #11	ENSPKIG00000010160 #12	ENSPKIG00000010203	ENSPKIG00000010259	ENSPKIG00000010355	FAM110B (ENSPKIG00000010377) #14	penkb (ENSPKIG00000010388) #17	sdr16c5b (ENSPKIG00000010405) #18	chchd7 (ENSPKIG00000010440) #19	plag1 (ENSPKIG00000010471) #20	RPS20 (ENSPKIG00000010499) ##22	zgc:56231 (ENSPKIG00000010531)	lyn (ENSPKIG00000010574) #23	zgc:113274 (ENSPKIG00000010610)	xkr4 (ENSPKIG00000010631) ##26	ENSPKIG00000010657	ENSPKIG00000010665
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	24	rab2a (ENSSFOG00015028868) #7	ca8 (ENSSFOG00015015024) #8	ENSSFOG00015031756	TOX (ENSSFOG00015015013) #9	NSMAF (ENSSFOG00015014926) #10	SDCBP (ENSSFOG00015014899) #11	ENSSFOG00015014890 #12	cyp7a1 (ENSSFOG00015014882) #12	FAM110B (ENSSFOG00015030450) #14	BPNT2 (ENSSFOG00015033264) #15	penkb (ENSSFOG00015029827) #17	sdr16c5b (ENSSFOG00015014851) #18	chchd7 (ENSSFOG00015014845) #19	plag1 (ENSSFOG00015026209) #20	mos (ENSSFOG00015028395) #21	RPS20 (ENSSFOG00015025294) ##22	zgc:56231 (ENSSFOG00015014776)	LYN (ENSSFOG00015032492) #23	tmem68 (ENSSFOG00015029554) #25	xkr4 (ENSSFOG00015014687) ##26	ENSSFOG00015031290	ENSSFOG00015026972	ENSSFOG00015029985	ENSSFOG00015023263 #27	sox17 (ENSSFOG00015030903) #28	sox32 (ENSSFOG00015029755)	mrpl15 (ENSSFOG00015023246) #30	lypla1 (ENSSFOG00015023232) #31	tcea1 (ENSSFOG00015023217) #32	rgs20 (ENSSFOG00015029104) #33	ENSSFOG00015002023
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	470											ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	120							ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00490000043388.b.b	ENSGT00940000156304.d	ENSGT00940000164997.a	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000178871	ENSGT00940000154242.b.h #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000166366	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000159123.b #33	ENSGT00940000157341.h #35	ENSGT00550000074817.u	ENSGT01030000234607.A.a.a.a.c	ENSGT00940000153607.a.b	ENSGT00940000154982.c	ENSGT00940000156313.c.a	ENSGT01030000234633.B.a.c
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	186	ENSGT00940000160430	ENSGT00390000004989.a.a.a.a	ENSGT00390000004989.a.b	ENSGT00400000024709	ENSGT00940000158259.b	ENSGT00400000022514	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00490000043388.b.b.g	ENSGT00940000156304.d	ENSGT00940000164997.a	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000158011 #23	ENSGT00390000018056 #24	ENSGT00390000011782 #25	ENSGT01070000253766.A.a.a.a ##26	ENSGT00530000064112.b.a.b	ENSGT00940000171744	ENSGT00990000208769
Denticle herring	MODERN SPECIES	11	ENSDCDG00000004209	ENSDCDG00000004210	slc4a2b (ENSDCDG00000004225)	ENSDCDG00000004444	NSMAF (ENSDCDG00000004482) #10	ggh (ENSDCDG00000005469)	ASPH (ENSDCDG00000005477)	ENSDCDG00000005518	sdcbp (ENSDCDG00000005519)	ENSDCDG00000005522 #12	penkb (ENSDCDG00000005524) #17	sdr16c5b (ENSDCDG00000005525) #18	chchd7 (ENSDCDG00000005527) #19	plag1 (ENSDCDG00000005529) #20	mos (ENSDCDG00000005530) #21	RPS20 (ENSDCDG00000005532) ##22	ENSDCDG00000005551 #23	ENSDCDG00000008032 #27	sox17 (ENSDCDG00000008047) #28	sox32 (ENSDCDG00000008056)	mrpl15 (ENSDCDG00000008070) #30	lypla1 (ENSDCDG00000008104) #31	ENSDCDG00000008406	ENSDCDG00000008450 #35	ENSDCDG00000008744	chmp5b (ENSDCDG00000008850)	FASTKD3 (ENSDCDG00000008855)	ENSDCDG00000008860	MYOM1 (ENSDCDG00000009309)	LPIN2 (ENSDCDG00000015892)	ENSDCDG00000015903
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	MODERN SPECIES	8	ENSCHAG00000000632	ENSCHAG00000000524	slc4a2b (ENSCHAG00000015969)	ENSCHAG00000015650	ENSCHAG00000015635	NSMAF (ENSCHAG00000014381) #10	ggh (ENSCHAG00000014309)	ggh (ENSCHAG00000014122)	ggh (ENSCHAG00000013824)	ENSCHAG00000013555	ENSCHAG00000013507 #12	ENSCHAG00000013441	sdr16c5b (ENSCHAG00000013271) #18	chchd7 (ENSCHAG00000013250) #19	plag1 (ENSCHAG00000013211) #20	RPS20 (ENSCHAG00000013159) ##22	zgc:56231 (ENSCHAG00000013060)	ENSCHAG00000013028 #12	penkb (ENSCHAG00000012956) #17	sdr16c5b (ENSCHAG00000012868) #18	chchd7 (ENSCHAG00000012838) #19	plag1 (ENSCHAG00000012829) #20	ENSCHAG00000012743 ##22	zgc:56231 (ENSCHAG00000012649)	ENSCHAG00000012642 #23	ENSCHAG00000012633	ENSCHAG00000012629 #27	sox17 (ENSCHAG00000012622) #28	sox32 (ENSCHAG00000012574)	mrpl15 (ENSCHAG00000012568) #30	lypla1 (ENSCHAG00000012550) #31
Atlantic herring	MODERN SPECIES	8	ggh (ENSCHAG00000014122)	ggh (ENSCHAG00000013824)	ENSCHAG00000013555	ENSCHAG00000013507 #12	ENSCHAG00000013441	sdr16c5b (ENSCHAG00000013271) #18	chchd7 (ENSCHAG00000013250) #19	plag1 (ENSCHAG00000013211) #20	RPS20 (ENSCHAG00000013159) ##22	zgc:56231 (ENSCHAG00000013060)	ENSCHAG00000013028 #12	penkb (ENSCHAG00000012956) #17	sdr16c5b (ENSCHAG00000012868) #18	chchd7 (ENSCHAG00000012838) #19	plag1 (ENSCHAG00000012829) #20	ENSCHAG00000012743 ##22	zgc:56231 (ENSCHAG00000012649)	ENSCHAG00000012642 #23	ENSCHAG00000012633	ENSCHAG00000012629 #27	sox17 (ENSCHAG00000012622) #28	sox32 (ENSCHAG00000012574)	mrpl15 (ENSCHAG00000012568) #30	lypla1 (ENSCHAG00000012550) #31	RGS20 (ENSCHAG00000012542) #33	OPRK1 (ENSCHAG00000012227) #35	chmp5b (ENSCHAG00000012173)	FASTKD3 (ENSCHAG00000012166)	ENSCHAG00000012155	ENSCHAG00000012148	ENSCHAG00000012116
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	81		ENSGT00940000155475.h	ENSGT00940000153395.a	ENSGT00940000155150.a	ENSGT00940000159954	ENSGT00940000159769.b	ENSGT00940000155279.C.a.a	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00490000043388.b.b	ENSGT00940000156304.d	ENSGT00940000164997.a	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000154242.b.h #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000166366	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000159123.b #33	ENSGT00940000157341.h #35	ENSGT00550000074817.u	ENSGT01030000234607.A.a.a.a.c	ENSGT00940000153607.a.b	ENSGT00940000154982.c	ENSGT00940000156313.c.a	ENSGT01030000234633.B.a.c	ENSGT00390000006950
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	103			ENSGT00940000155475.h	ENSGT00940000153395.a	ENSGT00940000159954	ENSGT00940000159769.b	ENSGT00940000155279.C.a.a	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00490000043388.b.b	ENSGT00940000156304.d	ENSGT00940000164997.a	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00390000011782.h #25	ENSGT00940000154242.b.h #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000166366	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000159123.b #33	ENSGT00940000157341.h #35	ENSGT00550000074817.u	ENSGT01030000234607.A.a.a.a.c	ENSGT00940000153607.a.b	ENSGT00940000154982.c	ENSGT00940000156313.c.a	ENSGT01030000234633.B.a.c
Channel catfish	MODERN SPECIES	26	pde5a (ENSIPUG00000017710)	mad2l1 (ENSIPUG00000017647)	ARSJ (ENSIPUG00000017638)	camk2d1 (ENSIPUG00000017278)	ENSIPUG00000017188	ENSIPUG00000017145	Nsmaf (ENSIPUG00000017014) #10	ggh (ENSIPUG00000016985)	ASPH (ENSIPUG00000016950)	sdcbp (ENSIPUG00000016607)	ENSIPUG00000016568 #12	penkb (ENSIPUG00000016558) #17	Sdr16c5 (ENSIPUG00000016516) #18	chchd7 (ENSIPUG00000016484) #19	PLAG1 (ENSIPUG00000016450) #20	rps20 (ENSIPUG00000016393) ##22	zgc:56231 (ENSIPUG00000016321)	ENSIPUG00000016289 #23	ENSIPUG00000016272 #27	sox17 (ENSIPUG00000016259) #28	sox32 (ENSIPUG00000016252)	mrpl15 (ENSIPUG00000016231) #30	lypla1 (ENSIPUG00000016195) #31	ENSIPUG00000016176	OPRK1 (ENSIPUG00000016161) #35	chmp5b (ENSIPUG00000016007)	fastkd3 (ENSIPUG00000015991)	ENSIPUG00000015968	MYOM1 (ENSIPUG00000015512)	zgc:66427 (ENSIPUG00000015463)	ENSIPUG00000015449
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	64			ENSGT00940000155475.h	ENSGT00940000153395.a	ENSGT00940000159954	ENSGT00940000159769.b	ENSGT00940000155279.C.a.a	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00490000043388.b.b	ENSGT00940000156304.d	ENSGT00940000164997.a	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00390000011782.h #25	ENSGT00940000154242.b.h #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000166366	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000159123.b #33	ENSGT00940000157341.h #35	ENSGT00550000074817.u	ENSGT01030000234607.A.a.a.a.c	ENSGT00940000153607.a.b	ENSGT00940000154982.c	ENSGT00940000156313.c.a	ENSGT01030000234633.B.a.c
Electric eel	MODERN SPECIES	197			pde5ab (ENSEEEG00000004285)	mad2l1 (ENSEEEG00000004284)	ARSJ (ENSEEEG00000004271)	ENSEEEG00000002002	ANK2 (ENSEEEG00000001892)	NSMAF (ENSEEEG00000001865) #10	ggh (ENSEEEG00000001850)	ASPH (ENSEEEG00000001844)	sdcbp (ENSEEEG00000001841)	ENSEEEG00000001838 #12	penkb (ENSEEEG00000001836) #17	sdr16c5b (ENSEEEG00000001835) #18	chchd7 (ENSEEEG00000001834) #19	RPS20 (ENSEEEG00000001822) ##22	zgc:56231 (ENSEEEG00000001817)	ENSEEEG00000001598 #23	ENSEEEG00000001573 #27	sox17 (ENSEEEG00000001570) #28	sox32 (ENSEEEG00000001567)	mrpl15 (ENSEEEG00000001566) #30	lypla1 (ENSEEEG00000001511) #31	RGS20 (ENSEEEG00000001481) #33	ENSEEEG00000001457 #35	chmp5b (ENSEEEG00000001452)	FASTKD3 (ENSEEEG00000001450)	ENSEEEG00000001423	MYOM1 (ENSEEEG00000001396)	ENSEEEG00000001391	SMCHD1 (ENSEEEG00000001380)
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	125	ENSGT00940000162676.a.a.j.a	ENSGT00940000177616.b	ENSGT00940000155475.h	ENSGT00940000153395.a	ENSGT00940000159954	ENSGT00940000159769.b	ENSGT00940000155279.C.a.a	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00490000043388.b.b	ENSGT00940000156304.d	ENSGT00940000164997.a	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00390000011782.h #25	ENSGT00940000154242.b.h #27	ENSGT00940000156694 #28	ENSGT00940000166366	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31	ENSGT00940000159123.b #33	ENSGT00940000157341.h #35	ENSGT00550000074817.u	ENSGT01030000234607.A.a.a.a.c	ENSGT00940000153607.a.b	ENSGT00940000154982.c	ENSGT00940000156313.c.a	ENSGT01030000234633.B.a.c
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	7	ENSAMXG00000030921	igfbp1b (ENSAMXG00000032346)	IGFBP3 (ENSAMXG00000030699)	ENSAMXG00000040800	ANK2 (ENSAMXG00000017269)	NSMAF (ENSAMXG00000017311) #10	ggh (ENSAMXG00000017350)	ggh (ENSAMXG00000041972)	ASPH (ENSAMXG00000034667)	sdcbp (ENSAMXG00000017409)	ENSAMXG00000017418 #12	penkb (ENSAMXG00000017448) #17	sdr16c5b (ENSAMXG00000034835) #18	chchd7 (ENSAMXG00000031580) #19	plag1 (ENSAMXG00000041048) #20	RPS20 (ENSAMXG00000035425) ##22	zgc:56231 (ENSAMXG00000034413)	ENSAMXG00000017492 #23	TMEM68 (ENSAMXG00000017499) #25	ENSAMXG00000017503 #27	sox17 (ENSAMXG00000017508) #28	sox32 (ENSAMXG00000037960)	mrpl15 (ENSAMXG00000034239) #30	lypla1 (ENSAMXG00000017532) #31	ENSAMXG00000039237	ENSAMXG00000039980 #35	chmp5b (ENSAMXG00000005814)	FASTKD3 (ENSAMXG00000011280)	myl12.1 (ENSAMXG00000038616)	MYOM1 (ENSAMXG00000011331)	malrd1 (ENSAMXG00000006916)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	201	ENSPNAG00000020188	pde5ab (ENSPNAG00000020235)	mad2l1 (ENSPNAG00000020264)	ARSJ (ENSPNAG00000020268)	ENSPNAG00000020498	ANK2 (ENSPNAG00000020648)	NSMAF (ENSPNAG00000020786) #10	ggh (ENSPNAG00000005848)	ASPH (ENSPNAG00000020878)	sdcbp (ENSPNAG00000020907)	ENSPNAG00000020924 #12	penkb (ENSPNAG00000020928) #17	sdr16c5b (ENSPNAG00000020957) #18	chchd7 (ENSPNAG00000020972) #19	plag1 (ENSPNAG00000020980) #20	RPS20 (ENSPNAG00000020993) ##22	zgc:56231 (ENSPNAG00000021046)	ENSPNAG00000021099 #23	ENSPNAG00000021136 #27	sox17 (ENSPNAG00000021143) #28	sox32 (ENSPNAG00000021154)	mrpl15 (ENSPNAG00000021174) #30	lypla1 (ENSPNAG00000021225) #31	RGS20 (ENSPNAG00000021236) #33	ENSPNAG00000021262 #35	chmp5b (ENSPNAG00000005851)	FASTKD3 (ENSPNAG00000021319)	ENSPNAG00000021358	MYOM1 (ENSPNAG00000006092)	LPIN2 (ENSPNAG00000021442)	ENSPNAG00000021467
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	165			ENSGT00940000155475.h	ENSGT00940000153395.a	ENSGT00940000159954	ENSGT00940000155150.a	ENSGT00940000155279.C.a.a	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00490000043388.b.b	ENSGT00940000156304.d	ENSGT00940000164997.a	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000154242.b.h #27	ENSGT00940000166366	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT00940000154185 #31
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	788									ENSGT00940000153141.B.a.x.b.a #12	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a.c #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246.j #20	ENSGT01030000234975	ENSGT00940000159246.i #20	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	2238													penkb (ENSCARG00000058533) #17	sdr16c5b (ENSCARG00000058543) #18	plag1 (ENSCARG00000058551) #20	RPS20 (ENSCARG00000058561) ##22	ENSCARG00000058628 #27	sox17 (ENSCARG00000058634) #28	sox32 (ENSCARG00000058639)	hacd1 (ENSCARG00000058648)	ENSCARG00000058669	ENSCARG00000058684	mrpl15 (ENSCARG00000058722) #30	FASTKD3 (ENSCARG00000058761)	chmp5b (ENSCARG00000058784)	DENND4C (ENSCARG00000058984)	haus6 (ENSCARG00000060190)	ENSCARG00000060352	ostc (ENSCARG00000060359)	etnppl (ENSCARG00000060428)	ENSCARG00000062744
Goldfish	MODERN SPECIES	25	ENSCARG00000008613	ENSCARG00000008615	ENSCARG00000008622	ENSCARG00000008628	ENSCARG00000008633	ENSCARG00000008638	ENSCARG00000008645	ENSCARG00000008650	ENSCARG00000008659	trmt44 (ENSCARG00000008686)	rpl34 (ENSCARG00000008836)	ggh (ENSCARG00000008845)	ENSCARG00000008871	ENSCARG00000008880	plag1 (ENSCARG00000008890) #20	RPS20 (ENSCARG00000008893) ##22	ENSCARG00000008903	lypla1 (ENSCARG00000008922) #31	ENSCARG00000009042	ENSCARG00000009045	SLC8B1 (ENSCARG00000009053)	tnni2b.2 (ENSCARG00000009099)	tnni2b.1 (ENSCARG00000009119)	ENSCARG00000009136	ENSCARG00000009162	tnnt3b (ENSCARG00000009176)	slc22a18 (ENSCARG00000009279)	ptprja (ENSCARG00000009289)	PTPN5 (ENSCARG00000009327)	ENSCARG00000009506	ENSCARG00000009515
Cyprininae_a	DUPLICATION
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.o ##22
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	4479																RPS20 (ENSSGRG00000003316) ##22
Cyprininae_a	DUPLICATION
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	94	ENSGT00940000153395.a.a	ENSGT00940000159954	ENSGT00940000155150.a.i.a	ENSGT00940000155150.a.j	ENSGT00940000155279.C.a.a.o	ENSGT00940000155059.m #10	ENSGT00490000043388.b.b.k	ENSGT00940000156304.d.d	ENSGT00940000164997.a.b	ENSGT00940000153141.B.a.w #12	ENSGT00940000153141.B.a.x.b.a #12	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a.c #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246.j #20	ENSGT00390000003248.b.p.a ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000154242.b.h.c #27	ENSGT00940000156694.n.a.a #28	ENSGT00940000166366	ENSGT01050000244842.a.a.b.b.a	ENSGT00530000062962.a.b.c	ENSGT00940000160391.e	ENSGT00390000009040 #30	ENSGT01030000234607.A.a.a.a.c	ENSGT00550000074817.u	ENSGT00940000158215	ENSGT00390000008250	ENSGT00390000001376	ENSGT00940000157910	ENSGT00940000159823
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1451											penkb (ENSSGRG00000035099) #17	sdr16c5b (ENSSGRG00000035097) #18	chchd7 (ENSSGRG00000035096) #19	ENSSGRG00000035094	plag1 (ENSSGRG00000035093) #20	ENSSGRG00000035090 ##22	ENSSGRG00000035088	ENSSGRG00000035087 #27	ENSSGRG00000035083
Common carp reference	MODERN SPECIES		mad2l1 (ENSCCRG00000015071)	ARSJ (ENSCCRG00000054414)	camk2d1 (ENSCCRG00000058490)	ENSCCRG00000058972	ANK2 (ENSCCRG00000054744)	ENSCCRG00000067787	ENSCCRG00000016822 #10	ggh (ENSCCRG00000010915)	ENSCCRG00000081572	ENSCCRG00000048452 #12	ENSCCRG00000061304	penkb (ENSCCRG00000050330) #17	sdr16c5b (ENSCCRG00000059225) #18	chchd7 (ENSCCRG00000041163) #19	plag1 (ENSCCRG00000069008) #20	RPS20 (ENSCCRG00000069845) ##22	zgc:56231 (ENSCCRG00000052170)	ENSCCRG00000056482	ENSCCRG00000068900 #27	ENSCCRG00000060640 #28	ENSCCRG00000017643	ENSCCRG00000073163	hacd1 (ENSCCRG00000079911)	ENSCCRG00000054918	ENSCCRG00000072585	ENSCCRG00000043322 #30	ENSCCRG00000043437	chmp5b (ENSCCRG00000023312)	ENSCCRG00000079065	ENSCCRG00000000826	ENSCCRG00000000831
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	1169															ENSGT00940000159246.i #20	ENSGT00390000003248.b.p.b ##22
Common carp reference	MODERN SPECIES	6	ENSCCRG00000017472	ENSCCRG00000065192	ENSCCRG00000044710	ENSCCRG00000065627	ENSCCRG00000065471	ENSCCRG00000067416	ENSCCRG00000021518 #10	ENSCCRG00000069367	ENSCCRG00000050571	ggh (ENSCCRG00000016745)	ENSCCRG00000075733	ENSCCRG00000068789	sdcbp (ENSCCRG00000048432)	ENSCCRG00000052964 #12	ENSCCRG00000069203 #20	ENSCCRG00000056424 ##22	ENSCCRG00000023700 #28	ENSCCRG00000005162	ENSCCRG00000081970	ENSCCRG00000078977	ENSCCRG00000074837	ENSCCRG00000058610	ENSCCRG00000064960 #31	ENSCCRG00000070963	ENSCCRG00000039250	ENSCCRG00000053732	ENSCCRG00000052793	ENSCCRG00000033520	SLC2A4 (ENSCCRG00000049006)	ENSCCRG00000080122	ENSCCRG00000054289
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	310						ENSGT00530000063835.b	ENSGT00510000048348	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00950000183056.B.b #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000155142	ENSGT00940000157852	ENSGT00940000164239.b.b	ENSGT00390000015564	ENSGT00940000167726	ENSGT00530000063835.b	ENSGT00510000048348	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00950000183056.B.b.h #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000155406.g	ENSGT00940000164792.a	ENSGT00940000161144	ENSGT00940000158727.b.a.a.a	ENSGT00940000155918.c.a	ENSGT00940000166789	ENSGT00390000013183.c	ENSGT00940000155939	ENSGT00940000157951
Northern pike	MODERN SPECIES	20	ENSELUG00000008879	ENSELUG00000001702	ENSELUG00000034133	ENSELUG00000021127	rbbp8 (ENSELUG00000021207)	ENSELUG00000021255	NSMAF (ENSELUG00000021357) #10	SDCBP (ENSELUG00000021379) #11	fam110b (ENSELUG00000021390) #14	ENSELUG00000029765	penkb (ENSELUG00000021396) #17	sdr16c5b (ENSELUG00000021485) #18	chchd7 (ENSELUG00000021526) #19	plag1 (ENSELUG00000021546) #20	mos (ENSELUG00000021584) #21	rps20 (ENSELUG00000026600) ##22	zgc:56231 (ENSELUG00000021710)	ARHGAP21 (ENSELUG00000021780)	ENSELUG00000021826	enkur (ENSELUG00000021844)	anxa13 (ENSELUG00000021888)	ENSELUG00000001666	myo3a (ENSELUG00000001665)	apbb1ip (ENSELUG00000001664)	ENSELUG00000030541
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	87	ENSGT00940000155142	ENSGT00940000157852.a.a	ENSGT00940000164239.b.b	ENSGT00390000015564	ENSGT00940000167726	ENSGT00530000063835.b	ENSGT00510000048348	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00950000183056.B.b.h #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246.c #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000155406.g	ENSGT00940000164792.a	ENSGT00990000212128	ENSGT00940000161144	ENSGT00940000158727.b.a.a.a	ENSGT00940000155918.c.a	ENSGT00940000166789	ENSGT00390000013183.c	ENSGT00940000155939	ENSGT00940000157951	ENSGT00940000157881
Huchen	MODERN SPECIES	1165					rbbp8 (ENSHHUG00000003640)	ENSHHUG00000003662	ENSHHUG00000003666	NSMAF (ENSHHUG00000003680) #10	SDCBP (ENSHHUG00000003723) #11	fam110b (ENSHHUG00000003746) #14	penkb (ENSHHUG00000003754) #17	sdr16c5b (ENSHHUG00000003765) #18	chchd7 (ENSHHUG00000003772) #19	plag1 (ENSHHUG00000003810) #20	mos (ENSHHUG00000003814) #21	RPS20 (ENSHHUG00000003820) ##22	zgc:56231 (ENSHHUG00000003958)	ARHGAP21 (ENSHHUG00000003975)	ENSHHUG00000004106	ENSHHUG00000004124	THNSL1 (ENSHHUG00000004178)	aldh8a1 (ENSHHUG00000004185)	lratd2a (ENSHHUG00000004348)	ENSHHUG00000004356
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000155142	ENSGT00940000157852.a.a	ENSGT00940000164239.b.b	ENSGT00390000015564	ENSGT00940000167726	ENSGT00530000063835.b	ENSGT00510000048348	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00950000183056.B.b.h #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246.c #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000155406.g	ENSGT00940000164792.a	ENSGT00990000212128	ENSGT00940000161144	ENSGT00940000158727.b.a.a.a	ENSGT00940000155918.c.a	ENSGT00940000166789	ENSGT00390000013183.c	ENSGT00940000155939	ENSGT00940000157951	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000156105.k.a	ENSGT01080000257410.B.a.a.a.j	ENSGT00940000157544.i.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000157852.a.a	ENSGT00940000164239.b.b	ENSGT00390000015564	ENSGT00940000167726	ENSGT00530000063835.b	ENSGT00510000048348	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00950000183056.B.b.h #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246.c #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.a.a #22	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000155406.g	ENSGT00940000164792.a	ENSGT00990000212128	ENSGT00940000161144	ENSGT00940000158727.b.a.a.a	ENSGT00940000155918.c.a	ENSGT00940000166789.h	ENSGT00390000013183.c	ENSGT00940000155939	ENSGT00940000157951	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000156105.k.a	ENSGT01080000257410.B.a.a.a.j	ENSGT00940000157544.i.a
River trout	DUPLICATION
River trout	MODERN SPECIES	36	ENSSTUG00000023347	ENSSTUG00000023295	ENSSTUG00000023286	ENSSTUG00000023281	ENSSTUG00000023263	rbbp8 (ENSSTUG00000023253)	ENSSTUG00000023220	NSMAF (ENSSTUG00000022767) #10	SDCBP (ENSSTUG00000022708) #11	fam110b (ENSSTUG00000022705) #14	penkb (ENSSTUG00000022693) #17	sdr16c5b (ENSSTUG00000022671) #18	chchd7 (ENSSTUG00000022662) #19	plag1 (ENSSTUG00000022660) #20	mos (ENSSTUG00000022653) #21	RPS20 (ENSSTUG00000022628) ##22	zgc:56231 (ENSSTUG00000022585)	ARHGAP21 (ENSSTUG00000021074)	ENSSTUG00000021034	ENSSTUG00000016123	THNSL1 (ENSSTUG00000016116)	ENSSTUG00000016104	GPR158 (ENSSTUG00000016049)	anxa13 (ENSSTUG00000015743)	myo3a (ENSSTUG00000013814)	gad2 (ENSSTUG00000013594)	nle1 (ENSSTUG00000013098)	ENSSTUG00000013081	apbb1ip (ENSSTUG00000013024)	SLCO5A1 (ENSSTUG00000012991)	sulf1 (ENSSTUG00000012427)
River trout	MODERN SPECIES	11	b3galnt2 (ENSSTUG00000033498)	GNG4 (ENSSTUG00000033471)	LYST (ENSSTUG00000023790)	NID1 (ENSSTUG00000022595)	gpr137ba (ENSSTUG00000022554)	SIPA1L2 (ENSSTUG00000022513)	ENSSTUG00000022500	ntpcr (ENSSTUG00000022486)	ENSSTUG00000022396	KLHDC3 (ENSSTUG00000022349)	ENSSTUG00000022335	samd8 (ENSSTUG00000022296)	ENSSTUG00000022265	plag1 (ENSSTUG00000022261) #20	ENSSTUG00000022193	RPS20 (ENSSTUG00000022178) ##22	enkur (ENSSTUG00000022168)	ENSSTUG00000022147	CDH7 (ENSSTUG00000021986)	IMPA1 (ENSSTUG00000021932)	ENSSTUG00000021902	ENSSTUG00000021845	prpf4bb (ENSSTUG00000020692)	gli3 (ENSSTUG00000020354)	ENSSTUG00000020319	lztfl1 (ENSSTUG00000020128)	ENSSTUG00000020117	topbp1 (ENSSTUG00000019714)	ENSSTUG00000019697	ENSSTUG00000019677	cdv3 (ENSSTUG00000019673)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155142	ENSGT00940000157852.a.a	ENSGT00940000164239.b.b	ENSGT00390000015564	ENSGT00940000167726	ENSGT00530000063835.b	ENSGT00510000048348	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00950000183056.B.b.h #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246.c #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000155406.g	ENSGT00940000164792.a	ENSGT00990000212128	ENSGT00940000161144	ENSGT00940000158727.b.a.a.a	ENSGT00940000155918.c.a	ENSGT00940000166789	ENSGT00390000013183.c	ENSGT00940000155939	ENSGT00940000157951	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000156105.k.a	ENSGT01080000257410.B.a.a.a.j	ENSGT00940000157544.i.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	6	ENSOMYG00000009405	ENSOMYG00000009291	ENSOMYG00000049201	ca2 (ENSOMYG00000009194)	ENSOMYG00000009151	ENSOMYG00000009137	NSMAF (ENSOMYG00000008543) #10	SDCBP (ENSOMYG00000007504) #11	ENSOMYG00000052251	FAM110B (ENSOMYG00000052841) #14	penkb (ENSOMYG00000007450) #17	sdr16c5b (ENSOMYG00000007422) #18	chchd7 (ENSOMYG00000007358) #19	plag1 (ENSOMYG00000007332) #20	mos (ENSOMYG00000007323) #21	rps20 (ENSOMYG00000007294) ##22	zgc:56231 (ENSOMYG00000007257)	ARHGAP21 (ENSOMYG00000005567)	ENSOMYG00000003619	THNSL1 (ENSOMYG00000003603)	ENSOMYG00000003573	ENSOMYG00000059532	GPR158 (ENSOMYG00000003531)	anxa13 (ENSOMYG00000035826)	myo3a (ENSOMYG00000035578)	gad2 (ENSOMYG00000034902)	ENSOMYG00000034210	APBB1IP (ENSOMYG00000034065)	SLCO5A1 (ENSOMYG00000034023)	sulf1 (ENSOMYG00000033990)	ENSOMYG00000033967
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155142	ENSGT00940000157852.a.a	ENSGT00940000164239.b.b	ENSGT00390000015564	ENSGT00940000167726	ENSGT00530000063835.b	ENSGT00510000048348	ENSGT00940000155059 #10	ENSGT00940000154502 #11	ENSGT00950000183056.B.b.h #14	ENSGT00950000183149.A.e #17	ENSGT00940000156731.q.a #18	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246.c #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000155406.g	ENSGT00940000164792.a	ENSGT00990000212128	ENSGT00940000161144	ENSGT00940000158727.b.a.a.a	ENSGT00940000155918.c.a	ENSGT00940000166789	ENSGT00390000013183.c	ENSGT00940000155939	ENSGT00940000157951	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000156105.k.a	ENSGT01080000257410.B.a.a.a.j	ENSGT00940000157544.i.a
Chinook salmon	DUPLICATION
Chinook salmon	DUPLICATION
Chinook salmon	MODERN SPECIES	21	ralaa (ENSOTSG00005003441)	ENSOTSG00005003437	ENSOTSG00005003433	ENSOTSG00005003429	ENSOTSG00005003428	ENSOTSG00005003423	ENSOTSG00005003421	NSMAF (ENSOTSG00005003237) #10	SDCBP (ENSOTSG00005003208) #11	fam110b (ENSOTSG00005003206) #14	penkb (ENSOTSG00005003202) #17	sdr16c5b (ENSOTSG00005003199) #18	chchd7 (ENSOTSG00005003197) #19	plag1 (ENSOTSG00005003092) #20	mos (ENSOTSG00005003039) #21	RPS20 (ENSOTSG00005003028) ##22	zgc:56231 (ENSOTSG00005002889)	ARHGAP21 (ENSOTSG00005044800)	ENSOTSG00005044791	ENSOTSG00005044786	THNSL1 (ENSOTSG00005044785)	PTCHD3 (ENSOTSG00005044784)	GPR158 (ENSOTSG00005044783)	anxa13 (ENSOTSG00005044773)	myo3a (ENSOTSG00005044733)	gad2 (ENSOTSG00005044451)	nle1 (ENSOTSG00005044425)	apbb1ip (ENSOTSG00005044422)	SLCO5A1 (ENSOTSG00005044421)	sulf1 (ENSOTSG00005043551)	zgc:162928 (ENSOTSG00005043539)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	2903	zgc:111976 (ENSOTSG00005023171)	ralaa (ENSOTSG00005023172)	ENSOTSG00005023174	ENSOTSG00005023176	ENSOTSG00005023178	ENSOTSG00005023180	ENSOTSG00005023182	NSMAF (ENSOTSG00005023191) #10	SDCBP (ENSOTSG00005023429) #11	fam110b (ENSOTSG00005023431) #14	penkb (ENSOTSG00005023432) #17	sdr16c5b (ENSOTSG00005023434) #18	chchd7 (ENSOTSG00005023435) #19	plag1 (ENSOTSG00005023438) #20	mos (ENSOTSG00005023456) #21	RPS20 (ENSOTSG00005023457) ##22	zgc:56231 (ENSOTSG00005023460)	ARHGAP21 (ENSOTSG00005023474)	ENSOTSG00005024764	ENSOTSG00005024767	THNSL1 (ENSOTSG00005024769)	ENSOTSG00005024771	GPR158 (ENSOTSG00005024778)	anxa13 (ENSOTSG00005024792)	myo3a (ENSOTSG00005024930)	gad2 (ENSOTSG00005025019)	nle1 (ENSOTSG00005029301)	apbb1ip (ENSOTSG00005029511)	SLCO5A1 (ENSOTSG00005029533)	sulf1 (ENSOTSG00005029536)	zgc:162928 (ENSOTSG00005029814)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	2903	ENSOTSG00005027301	zgc:111976 (ENSOTSG00005027300)	ENSOTSG00005027298	ENSOTSG00005027295	ENSOTSG00005027292	ENSOTSG00005027290	ENSOTSG00005027289	NSMAF (ENSOTSG00005027103) #10	SDCBP (ENSOTSG00005027098) #11	fam110b (ENSOTSG00005027097) #14	penkb (ENSOTSG00005027096) #17	sdr16c5b (ENSOTSG00005027095) #18	chchd7 (ENSOTSG00005027094) #19	plag1 (ENSOTSG00005027093) #20	mos (ENSOTSG00005027092) #21	RPS20 (ENSOTSG00005027090) ##22	zgc:56231 (ENSOTSG00005027088)	ARHGAP21 (ENSOTSG00005026928)	ENSOTSG00005026925	ENSOTSG00005026923	THNSL1 (ENSOTSG00005026921)	PTCHD3 (ENSOTSG00005026920)	GPR158 (ENSOTSG00005026904)	anxa13 (ENSOTSG00005026890)	myo3a (ENSOTSG00005026806)	gad2 (ENSOTSG00005025543)	nle1 (ENSOTSG00005024953)	apbb1ip (ENSOTSG00005024945)	SLCO5A1 (ENSOTSG00005024941)	sulf1 (ENSOTSG00005021511)	zgc:162928 (ENSOTSG00005021492)
Coho salmon	MODERN SPECIES	2	ralaa (ENSOKIG00005005278)	ENSOKIG00005005297	ENSOKIG00005005316	ENSOKIG00005005328	ENSOKIG00005005337	ENSOKIG00005005389	ENSOKIG00005005404	NSMAF (ENSOKIG00005005474) #10	SDCBP (ENSOKIG00005005907) #11	FAM110B (ENSOKIG00005005922) #14	penkb (ENSOKIG00005005930) #17	sdr16c5b (ENSOKIG00005005937) #18	chchd7 (ENSOKIG00005005947) #19	plag1 (ENSOKIG00005005955) #20	mos (ENSOKIG00005005960) #21	RPS20 (ENSOKIG00005005969) ##22	zgc:56231 (ENSOKIG00005005991)	ARHGAP21 (ENSOKIG00005006141)	ENSOKIG00005006779	THNSL1 (ENSOKIG00005006793)	PTCHD3 (ENSOKIG00005006798)	GPR158 (ENSOKIG00005006823)	anxa13 (ENSOKIG00005006869)	ENSOKIG00005007085	myo3a (ENSOKIG00005007223)	gad2 (ENSOKIG00005008049)	nle1 (ENSOKIG00005009177)	apbb1ip (ENSOKIG00005009782)	ENSOKIG00005009838	ENSOKIG00005009844	SLCO5A1 (ENSOKIG00005009852)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	268												ENSGT00940000160622.ab	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D
Cod	MODERN SPECIES	15	ADARB2 (ENSGMOG00000017835)	wdr37 (ENSGMOG00000017856)	idi1 (ENSGMOG00000017885)	ENSGMOG00000012586	ENSGMOG00000034956	ENSGMOG00000037138	ENSGMOG00000036839	ENSGMOG00000012582	ENSGMOG00000012581	ENSGMOG00000023384	ENSGMOG00000035422	ENSGMOG00000011210	chchd7 (ENSGMOG00000027553) #19	plag1 (ENSGMOG00000018396) #20	ENSGMOG00000019837 #21	ENSGMOG00000017907 ##22	zgc:56231 (ENSGMOG00000017911)	rgs9bp (ENSGMOG00000017958)	zgc:165532 (ENSGMOG00000017965)	dph2 (ENSGMOG00000017982)	ncf2 (ENSGMOG00000017994)	garem (ENSGMOG00000018028)	ENSGMOG00000018038	ENSGMOG00000025493	ENSGMOG00000023904	ENSGMOG00000026235	htr5ab (ENSGMOG00000017509)	insig1 (ENSGMOG00000004976)	en2a (ENSGMOG00000004983)	ENSGMOG00000028920	ENSGMOG00000030389
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000156181.A	ENSGT00940000175356	ENSGT00940000156146.`b.a	ENSGT00390000016416	ENSGT00940000155299.A	ENSGT00940000158676	ENSGT00940000161639.e	ENSGT00940000170561.b	ENSGT00940000157718.d	ENSGT00940000157704.a.b	ENSGT00390000010285.d	ENSGT00940000160622.ab	ENSGT00390000001029 #19	ENSGT00940000159246 #20	ENSGT00940000160233 #21	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	12	ENSMMDG00005005064	ENSMMDG00005005092	ENSMMDG00005005098	ENSMMDG00005005099	ENSMMDG00005005102	ENSMMDG00005005105	ENSMMDG00005005114	ENSMMDG00005005131	ENSMMDG00005005218	CIBAR2 (ENSMMDG00005005231)	ENSMMDG00005005259	ENSMMDG00005005647	chchd7 (ENSMMDG00005005650) #19	plag1 (ENSMMDG00005005652) #20	mos (ENSMMDG00005005654) #21	RPS20 (ENSMMDG00005005656) ##22	zgc:56231 (ENSMMDG00005005662)	rgs9bp (ENSMMDG00005005667)	zgc:165532 (ENSMMDG00005005671)	dph2 (ENSMMDG00005005675)	ncf2 (ENSMMDG00005005678)	garem (ENSMMDG00005005683)	PRKDC (ENSMMDG00005005992)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00940000178206	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000161205	ENSGT00940000154835.C	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	493		wdr37 (ENSHCOG00000011989)	idi1 (ENSHCOG00000011958)	cpne3 (ENSHCOG00000011934)	cpne3 (ENSHCOG00000011882)	CPNE3 (ENSHCOG00000011867)	rmdn1 (ENSHCOG00000011856)	WWP1 (ENSHCOG00000011847)	ENSHCOG00000011838	snx16 (ENSHCOG00000011828)	ENSHCOG00000011778	serpinb1l3 (ENSHCOG00000011767)	pigm (ENSHCOG00000011753)	ENSHCOG00000011743	ANKS6 (ENSHCOG00000011723)	RPS20 (ENSHCOG00000011687) ##22	zgc:56231 (ENSHCOG00000011675)	rgs9bp (ENSHCOG00000011670)	zgc:165532 (ENSHCOG00000011654)	dph2 (ENSHCOG00000011610)	ncf2 (ENSHCOG00000011590)	garem (ENSHCOG00000011533)	PRKDC (ENSHCOG00000011499)	ENSHCOG00000011320
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00940000178206	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.p	ENSGT00940000164379.e.b.b	ENSGT00940000154835.C.lb.a.o	ENSGT00940000154520	ENSGT00390000004912	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.p	ENSGT00940000164379.e.b.b	ENSGT00940000154835.C.lb.a.o.b	ENSGT00940000154520	ENSGT00940000154835.C.lb.a.o.a	ENSGT00390000004912	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Chinese medaka	MODERN SPECIES	437												ENSOSIG00000006651	pigm (ENSOSIG00000006637)	ENSOSIG00000006551	ANKS6 (ENSOSIG00000006530)	RPS20 (ENSOSIG00000006517) ##22	ENSOSIG00000006514	rgs9bp (ENSOSIG00000006513)	zgc:165532 (ENSOSIG00000006509)	dph2 (ENSOSIG00000006457)	ncf2 (ENSOSIG00000004872)	garem (ENSOSIG00000004813)	ENSOSIG00000004733	abca4a (ENSOSIG00000004729)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000161205	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000161205	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.n	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Mummichog	MODERN SPECIES	1444																RPS20 (ENSFHEG00000019280) ##22	zgc:56231 (ENSFHEG00000019271)	rgs9bp (ENSFHEG00000019261)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	143						ENSCVAG00000020393	ENSCVAG00000020227	ENSCVAG00000020220	gfpt2 (ENSCVAG00000020205)	MAPK9 (ENSCVAG00000020130)	ENSCVAG00000000516	RASGEF1C (ENSCVAG00000020048)	ENSCVAG00000019988	ENSCVAG00000019974	rack1 (ENSCVAG00000019843)	ENSCVAG00000019809 ##22	nme5 (ENSCVAG00000019797)	hnrnpaba (ENSCVAG00000019772)	phykpl (ENSCVAG00000019745)	FAM53C (ENSCVAG00000019694)	ctbp1 (ENSCVAG00000019682)	spon2a (ENSCVAG00000019640)	KDM3B (ENSCVAG00000019622)	REEP2 (ENSCVAG00000019416)	egr1 (ENSCVAG00000000785)	ENSCVAG00000019377	ENSCVAG00000019367	ENSCVAG00000019363	adra1bb (ENSCVAG00000019355)	FABP6 (ENSCVAG00000019325)	ccnjl (ENSCVAG00000019318)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.k.b	ENSGT00990000204292.c	ENSGT00940000161205	ENSGT00940000154835.C.lb.a.k.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Platyfish	MODERN SPECIES	13	idi1 (ENSXMAG00000004594)	cpne3 (ENSXMAG00000004490)	cpne3 (ENSXMAG00000004399)	cpne3 (ENSXMAG00000004391)	rmdn1 (ENSXMAG00000024224)	WWP1 (ENSXMAG00000004345)	ENSXMAG00000004344	snx16 (ENSXMAG00000000061)	serpinb1l3 (ENSXMAG00000000257)	serpinb1l3 (ENSXMAG00000021084)	ENSXMAG00000029534	serpinb1l3 (ENSXMAG00000002010)	pigm (ENSXMAG00000001999)	ENSXMAG00000025864	ANKS6 (ENSXMAG00000001987)	RPS20 (ENSXMAG00000024498) ##22	zgc:56231 (ENSXMAG00000029370)	rgs9bp (ENSXMAG00000028912)	zgc:165532 (ENSXMAG00000028392)	dph2 (ENSXMAG00000001969)	ncf2 (ENSXMAG00000001959)	garem (ENSXMAG00000026097)	PRKDC (ENSXMAG00000001907)	ENSXMAG00000001897	abca4a (ENSXMAG00000001854)	ENSXMAG00000001841	olfm3a (ENSXMAG00000025233)	col11a1a (ENSXMAG00000006525)	rnpc3 (ENSXMAG00000006495)	prmt6 (ENSXMAG00000006494)	NTNG1 (ENSXMAG00000025782)
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.k.b	ENSGT00990000204292.c	ENSGT00940000161205	ENSGT00940000154835.C.lb.a.k.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	158	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.k.b	ENSGT00990000204292.c	ENSGT00940000154835.C.lb.a.k.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1338												ENSPLAG00000022534	serpinb1l3 (ENSPLAG00000022546)	pigm (ENSPLAG00000022556)	ENSPLAG00000022608	RPS20 (ENSPLAG00000022616) ##22	ANKS6 (ENSPLAG00000022715)	zgc:56231 (ENSPLAG00000022728)	rgs9bp (ENSPLAG00000022745)
Amazon molly	MODERN SPECIES	359	PFKP (ENSPFOG00000013028)	ADARB2 (ENSPFOG00000012905)	idi1 (ENSPFOG00000012884)	cpne3 (ENSPFOG00000012538)	CPNE3 (ENSPFOG00000012513)	rmdn1 (ENSPFOG00000012462)	WWP1 (ENSPFOG00000012457)	ENSPFOG00000023018	snx16 (ENSPFOG00000012456)	ENSPFOG00000023819	ENSPFOG00000023184	serpinb1l3 (ENSPFOG00000012301)	pigm (ENSPFOG00000012278)	ENSPFOG00000012230	ANKS6 (ENSPFOG00000012092)	RPS20 (ENSPFOG00000012059) ##22	zgc:56231 (ENSPFOG00000011943)	rgs9bp (ENSPFOG00000011922)	zgc:165532 (ENSPFOG00000011895)	dph2 (ENSPFOG00000011827)	ncf2 (ENSPFOG00000011691)	garem (ENSPFOG00000011647)	PRKDC (ENSPFOG00000009853)	ENSPFOG00000009604	ENSPFOG00000009418	abca4a (ENSPFOG00000008477)	ENSPFOG00000008382
Guppy	MODERN SPECIES	451	wdr37 (ENSPREG00000006634)	idi1 (ENSPREG00000006698)	cpne3 (ENSPREG00000006741)	cpne3 (ENSPREG00000006900)	cpne3 (ENSPREG00000007250)	rmdn1 (ENSPREG00000007314)	WWP1 (ENSPREG00000007331)	ENSPREG00000007350	snx16 (ENSPREG00000007380)	ENSPREG00000007408	ENSPREG00000007653	serpinb1l3 (ENSPREG00000008928)	pigm (ENSPREG00000008956)	ENSPREG00000008997	ANKS6 (ENSPREG00000009045)	RPS20 (ENSPREG00000009080) ##22	zgc:56231 (ENSPREG00000009103)	rgs9bp (ENSPREG00000009149)	zgc:165532 (ENSPREG00000009167)	dph2 (ENSPREG00000009189)	ncf2 (ENSPREG00000009209)	garem (ENSPREG00000009236)	PRKDC (ENSPREG00000009278)	ENSPREG00000009432	abca4a (ENSPREG00000009501)	ENSPREG00000009600	olfm3a (ENSPREG00000009637)	col11a1a (ENSPREG00000009729)	rnpc3 (ENSPREG00000010206)	prmt6 (ENSPREG00000010222)	NTNG1 (ENSPREG00000010300)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	177											ENSGT01060000248608.a.b.a.b.b.h	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	32											ENSKMAG00000004177	serpinb1l3 (ENSKMAG00000004144)	pigm (ENSKMAG00000004120)	ENSKMAG00000004103	ANKS6 (ENSKMAG00000004074)	RPS20 (ENSKMAG00000004058) ##22	zgc:56231 (ENSKMAG00000004036)	rgs9bp (ENSKMAG00000004024)	zgc:165532 (ENSKMAG00000003994)	dph2 (ENSKMAG00000003962)	ncf2 (ENSKMAG00000003884)	garem (ENSKMAG00000003856)	PRKDC (ENSKMAG00000000927)	ENSKMAG00000000678	abca4a (ENSKMAG00000000449)	sp5l (ENSKMAG00000000412)	ARHGEF25 (ENSKMAG00000000382)	ANKRD33 (ENSKMAG00000000337)	acvrl1 (ENSKMAG00000000327)	ACVR1B (ENSKMAG00000000263)	ENSKMAG00000000226
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1617	PLAG1 (ENSNFUG00015010013) #20	mos (ENSNFUG00015010016) #21	STEAP2 (ENSNFUG00015010024)	ALG14 (ENSNFUG00015010040)	CNN3A (ENSNFUG00015010049)	RSU1 (ENSNFUG00015010072)	CUBN (ENSNFUG00015010181)	trdmt1 (ENSNFUG00015010656)	ENSNFUG00015010716	cpne3 (ENSNFUG00015010805)	cpne3 (ENSNFUG00015012201)	RMDN1 (ENSNFUG00015012550)	WWP1 (ENSNFUG00015012713)	ENSNFUG00015016575	ANKS6 (ENSNFUG00015016583)	RPS20 (ENSNFUG00015016770) ##22	zgc:56231 (ENSNFUG00015016789)	rgs9bp (ENSNFUG00015016807)	zgc:165532 (ENSNFUG00015016828)	dph2 (ENSNFUG00015016909)	ncf2 (ENSNFUG00015016924)	GAREM (ENSNFUG00015016973)	ENSNFUG00015017628	abca4a (ENSNFUG00015017772)	ENSNFUG00015019215	PIGM (ENSNFUG00015019229)	Nfu_g_1_013385 (ENSNFUG00015019245)	ENSNFUG00015019251	MKXA (ENSNFUG00015019254)	rab18a (ENSNFUG00015019260)	itgb1a (ENSNFUG00015019282)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1824													pigm (ENSSPAG00000000485)	ENSSPAG00000000517	ANKS6 (ENSSPAG00000000534)	ENSSPAG00000000610 ##22	zgc:56231 (ENSSPAG00000000638)	rgs9bp (ENSSPAG00000000711)	zgc:165532 (ENSSPAG00000000741)	dph2 (ENSSPAG00000000751)	ncf2 (ENSSPAG00000000808)	garem (ENSSPAG00000000818)
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Spiny chromis	MODERN SPECIES	397													pigm (ENSAPOG00000001835)	ENSAPOG00000001843	ANKS6 (ENSAPOG00000001882)	RPS20 (ENSAPOG00000001922) ##22	zgc:56231 (ENSAPOG00000001956)	rgs9bp (ENSAPOG00000001965)	zgc:165532 (ENSAPOG00000001975)	dph2 (ENSAPOG00000001988)	ncf2 (ENSAPOG00000002012)	garem (ENSAPOG00000002025)	ENSAPOG00000002055	abca4a (ENSAPOG00000002115)	ENSAPOG00000002137	olfm3a (ENSAPOG00000002150)	ENSAPOG00000002185
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.u.a	ENSGT00940000154835.C.lb.a.v	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000178362.b	ENSGT00940000160961
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	586	ENSAOCG00000000570	CPNE3 (ENSAOCG00000009387)	rmdn1 (ENSAOCG00000009337)	ENSAOCG00000009302	ENSAOCG00000000559	WWP1 (ENSAOCG00000000548)	ENSAOCG00000000534	ENSAOCG00000008973	snx16 (ENSAOCG00000008954)	serpinb1l3 (ENSAOCG00000008930)	ENSAOCG00000002005	serpinb1l3 (ENSAOCG00000008872)	pigm (ENSAOCG00000008798)	ENSAOCG00000008783	ANKS6 (ENSAOCG00000008735)	RPS20 (ENSAOCG00000008673) ##22	zgc:56231 (ENSAOCG00000008648)	rgs9bp (ENSAOCG00000001811)	zgc:165532 (ENSAOCG00000008594)	dph2 (ENSAOCG00000008578)	ncf2 (ENSAOCG00000008563)	garem (ENSAOCG00000008503)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	14	ENSAPEG00000007098	WWP1 (ENSAPEG00000007139)	ENSAPEG00000007216	snx16 (ENSAPEG00000007250)	ENSAPEG00000007308	serpinb1l3 (ENSAPEG00000007341)	ENSAPEG00000007487	ENSAPEG00000007521	ENSAPEG00000007537	serpinb1l3 (ENSAPEG00000007570)	serpinb1l3 (ENSAPEG00000007686)	pigm (ENSAPEG00000007733)	ENSAPEG00000007743	ENSAPEG00000007751	ANKS6 (ENSAPEG00000007802)	RPS20 (ENSAPEG00000007858) ##22	zgc:56231 (ENSAPEG00000007893)	rgs9bp (ENSAPEG00000007943)	zgc:165532 (ENSAPEG00000007950)	dph2 (ENSAPEG00000007962)	ncf2 (ENSAPEG00000007979)	garem (ENSAPEG00000008039)	PRKDC (ENSAPEG00000008072)	ENSAPEG00000008315	abca4a (ENSAPEG00000008366)	ENSAPEG00000008615	olfm3a (ENSAPEG00000008655)	ENSAPEG00000008683	ENSAPEG00000008711	rnpc3 (ENSAPEG00000008739)	ENSAPEG00000008749
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.x	ENSGT00940000154573.xb	ENSGT00940000154835.C.lb.a.w.b	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Nile tilapia	MODERN SPECIES	21	olfm3a (ENSONIG00000004843)	ENSONIG00000004849	abca4a (ENSONIG00000004862)	ARHGAP29 (ENSONIG00000004879)	garem (ENSONIG00000004900)	ncf2 (ENSONIG00000004902)	dph2 (ENSONIG00000004907)	rgs9bp (ENSONIG00000004910)	ENSONIG00000032235	ENSONIG00000034682	zgc:56231 (ENSONIG00000004912)	ENSONIG00000017964	pigm (ENSONIG00000017965)	ENSONIG00000017966	ANKS6 (ENSONIG00000017967)	RPS20 (ENSONIG00000030586) ##22	ENSONIG00000037721	ENSONIG00000028889	si:ch211-196f5.2 (ENSONIG00000036995)	ENSONIG00000037226	ENSONIG00000003570	ENSONIG00000036524	ENSONIG00000036124	ENSONIG00000040698	ENSONIG00000037145	ENSONIG00000039146	ENSONIG00000028720	ENSONIG00000035480	fen1 (ENSONIG00000004933)	tm9sf1 (ENSONIG00000004935)	ENSONIG00000034204
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.x	ENSGT00940000154573.xb	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	636										ENSNBRG00000008947	ENSNBRG00000008810	serpinb1l3 (ENSNBRG00000008757)	pigm (ENSNBRG00000008731)	ENSNBRG00000008677	ANKS6 (ENSNBRG00000008607)	RPS20 (ENSNBRG00000008551) ##22
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.x	ENSGT00940000154573.xb	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.x	ENSGT00940000154573.xb	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22
Haplochromini_B	DUPLICATION
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a.x.a	ENSGT00730000111293.d.b	ENSGT00940000154835.C.lb.a.w.b	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b.u ##22
Zebra mbuna	DUPLICATION
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	840																RPS20 (ENSMZEG00005003969) ##22	ENSMZEG00005003951
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	182										ENSMZEG00005024809	ENSMZEG00005024810	ENSMZEG00005024971	pigm (ENSMZEG00005024974)	ENSMZEG00005024978	ANKS6 (ENSMZEG00005024982)	RPS20 (ENSMZEG00005024986) ##22
Eastern happy	MODERN SPECIES	21	WWP1 (ENSACLG00000012988)	ENSACLG00000013000	snx16 (ENSACLG00000013005)	ENSACLG00000013011	ENSACLG00000013033	ENSACLG00000013128	ENSACLG00000013138	ENSACLG00000013145	serpinb1l3 (ENSACLG00000013162)	pigm (ENSACLG00000013188)	ENSACLG00000013203	ANKS6 (ENSACLG00000013218)	ENSACLG00000013257 ##22	ENSACLG00000013531	ENSACLG00000013538	ENSACLG00000013547 ##22	ENSACLG00000013572	ENSACLG00000013575	MMP16 (ENSACLG00000013771)	ENSACLG00000013811	ENSACLG00000013825	NSMAF (ENSACLG00000013990) #10	ENSACLG00000014064	ENSACLG00000014142	fam168b (ENSACLG00000014177)	fbxo45 (ENSACLG00000014227)	nrros (ENSACLG00000014250)	sh3glb1a (ENSACLG00000014255)	ENSACLG00000014290	VAV3 (ENSACLG00000014327)	NTNG1 (ENSACLG00000014568)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b.v ##22
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	457																RPS20 (ENSMZEG00005022162) ##22	ENSMZEG00005022161
P. nyererei	MODERN SPECIES	811											ENSPNYG00000011252	serpinb1l3 (ENSPNYG00000011431)	pigm (ENSPNYG00000011452)	ENSPNYG00000011476	ANKS6 (ENSPNYG00000011515)	ENSPNYG00000011555 ##22
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00990000204292	ENSGT00940000154835.C.mb	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.a.b ##22	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248.b ##22
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	ENSTNIG00000001014	ENSTNIG00000008740	rmdn1 (ENSTNIG00000008741)	cpne3 (ENSTNIG00000008742)	ENSTNIG00000008743	ENSTNIG00000008744	ENSTNIG00000008745	ENSTNIG00000008746	WWP1 (ENSTNIG00000008747)	ENSTNIG00000001285	snx16 (ENSTNIG00000008748)	serpinb1l3 (ENSTNIG00000008749)	pigm (ENSTNIG00000008750)	ENSTNIG00000008751	ANKS6 (ENSTNIG00000008752)	RPS20 (ENSTNIG00000001523) ##22	zgc:56231 (ENSTNIG00000008753)	rgs9bp (ENSTNIG00000008754)	zgc:165532 (ENSTNIG00000008755)	dph2 (ENSTNIG00000008756)	ncf2 (ENSTNIG00000008757)	garem (ENSTNIG00000008758)	SLC22A17 (ENSTNIG00000008759)	ENSTNIG00000008760	ENSTNIG00000000016	NSMAF (ENSTNIG00000008761) #10	ENSTNIG00000008762	ENSTNIG00000008763	ENSTNIG00000008764	pomp (ENSTNIG00000008765)	ENSTNIG00000008766
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00990000204292	ENSGT00940000154835.C.mb	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	236	ENSLBEG00000028673	ENSLBEG00000028671	ENSLBEG00000028670	ENSLBEG00000028668	PRKDC (ENSLBEG00000028626)	garem (ENSLBEG00000028398)	ncf2 (ENSLBEG00000028357)	dph2 (ENSLBEG00000028334)	zgc:165532 (ENSLBEG00000028330)	rgs9bp (ENSLBEG00000028327)	zgc:56231 (ENSLBEG00000028323)	serpinb1l3 (ENSLBEG00000028320)	pigm (ENSLBEG00000028312)	ENSLBEG00000028309	ANKS6 (ENSLBEG00000028303)	RPS20 (ENSLBEG00000028293) ##22	serpinb1l3 (ENSLBEG00000028278)	snx16 (ENSLBEG00000028240)	ENSLBEG00000028226	WWP1 (ENSLBEG00000028214)	rmdn1 (ENSLBEG00000028202)	cpne3 (ENSLBEG00000028187)	cpne3 (ENSLBEG00000028174)	cpne3 (ENSLBEG00000028124)	idi1 (ENSLBEG00000028108)	wdr37 (ENSLBEG00000028095)	ADARB2 (ENSLBEG00000028085)	PFKP (ENSLBEG00000027991)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00990000204292	ENSGT00940000154835.C.mb	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00990000204292	ENSGT00940000154835.C.mb	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	10	ADARB2 (ENSSAUG00010027274)	wdr37 (ENSSAUG00010027278)	idi1 (ENSSAUG00010027280)	cpne3 (ENSSAUG00010027292)	rmdn1 (ENSSAUG00010027351)	WWP1 (ENSSAUG00010027384)	ENSSAUG00010027510	snx16 (ENSSAUG00010027512)	ENSSAUG00010027513	ENSSAUG00010027516	ENSSAUG00010027519	ENSSAUG00010027520	pigm (ENSSAUG00010002631)	ENSSAUG00010002714	ANKS6 (ENSSAUG00010002733)	RPS20 (ENSSAUG00010002747) ##22	zgc:56231 (ENSSAUG00010002755)	rgs9bp (ENSSAUG00010002765)	zgc:165532 (ENSSAUG00010002768)	dph2 (ENSSAUG00010002772)	ncf2 (ENSSAUG00010002782)	garem (ENSSAUG00010002894)	PRKDC (ENSSAUG00010003038)	ENSSAUG00010005341	abca4a (ENSSAUG00010005917)	ENSSAUG00010006453	olfm3a (ENSSAUG00010006456)	ENSSAUG00010006460	ENSSAUG00010006465	rnpc3 (ENSSAUG00010006468)	prmt6 (ENSSAUG00010006473)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000153601.a.b.c	ENSGT00940000155252.fb.a
European seabass	MODERN SPECIES	8	ADARB2 (ENSDLAG00005015276)	wdr37 (ENSDLAG00005015290)	idi1 (ENSDLAG00005027055)	CPNE3 (ENSDLAG00005015600)	rmdn1 (ENSDLAG00005019218)	CPNE3 (ENSDLAG00005016170)	CPNE3 (ENSDLAG00005017224)	WWP1 (ENSDLAG00005019227)	ENSDLAG00005019242	ENSDLAG00005033570	snx16 (ENSDLAG00005019264)	ENSDLAG00005019450	ENSDLAG00005033767	PIGM (ENSDLAG00005019525)	ANKS6 (ENSDLAG00005028390)	ENSDLAG00005019657 ##22	ENSDLAG00005019672	rgs9bp (ENSDLAG00005019679)	CCDC90A (ENSDLAG00005019683)	dph2 (ENSDLAG00005019689)	ncf2 (ENSDLAG00005019693)	FAM59A (ENSDLAG00005019724)	ENSDLAG00005019813	ENSDLAG00005019775	ENSDLAG00005021038	abca4a (ENSDLAG00005021250)	ENSDLAG00005023751	olfm3a (ENSDLAG00005023811)	col11a1a (ENSDLAG00005023821)	rnpc3 (ENSDLAG00005023898)	NTNG1 (ENSDLAG00005023930)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	494	ADARB2 (ENSLCRG00005023856)	wdr37 (ENSLCRG00005023853)	idi1 (ENSLCRG00005023852)	cpne3 (ENSLCRG00005023849)	cpne3 (ENSLCRG00005023842)	CPNE3 (ENSLCRG00005023747)	rmdn1 (ENSLCRG00005023669)	WWP1 (ENSLCRG00005022763)	ENSLCRG00005022416	snx16 (ENSLCRG00005022407)	serpinb1l3 (ENSLCRG00005022366)	pigm (ENSLCRG00005022329)	ENSLCRG00005022310	ANKS6 (ENSLCRG00005022291)	ENSLCRG00005022286	RPS20 (ENSLCRG00005022275) ##22	zgc:56231 (ENSLCRG00005022254)	rgs9bp (ENSLCRG00005022246)	ENSLCRG00005022241	zgc:165532 (ENSLCRG00005022226)	dph2 (ENSLCRG00005022221)	ncf2 (ENSLCRG00005021935)	garem (ENSLCRG00005021881)	PRKDC (ENSLCRG00005019952)	ENSLCRG00005019474	ENSLCRG00005019363	abca4a (ENSLCRG00005018931)	ENSLCRG00005018554	olfm3a (ENSLCRG00005018504)	col11a1a (ENSLCRG00005018478)	rnpc3 (ENSLCRG00005018471)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Pike perch	MODERN SPECIES	216	cpne3 (ENSSLUG00000021518)	cpne3 (ENSSLUG00000019937)	CPNE3 (ENSSLUG00000018394)	rmdn1 (ENSSLUG00000018328)	WWP1 (ENSSLUG00000010064)	ENSSLUG00000009655	snx16 (ENSSLUG00000009642)	ENSSLUG00000009632	serpinb1l3 (ENSSLUG00000009625)	ENSSLUG00000009616	ENSSLUG00000009608	ENSSLUG00000009572	pigm (ENSSLUG00000009521)	ENSSLUG00000009511	ANKS6 (ENSSLUG00000009313)	RPS20 (ENSSLUG00000009285) ##22	zgc:56231 (ENSSLUG00000009248)	rgs9bp (ENSSLUG00000009238)	zgc:165532 (ENSSLUG00000009229)	dph2 (ENSSLUG00000009219)	ncf2 (ENSSLUG00000009170)	garem (ENSSLUG00000009155)	PRKDC (ENSSLUG00000008761)	ENSSLUG00000008399	abca4a (ENSSLUG00000008319)	ENSSLUG00000008225
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	12	ADARB2 (ENSCGOG00000017656)	wdr37 (ENSCGOG00000017409)	idi1 (ENSCGOG00000017405)	cpne3 (ENSCGOG00000016649)	cpne3 (ENSCGOG00000013426)	cpne3 (ENSCGOG00000008477)	rmdn1 (ENSCGOG00000008363)	WWP1 (ENSCGOG00000003186)	ENSCGOG00000003012	snx16 (ENSCGOG00000003002)	ENSCGOG00000002998	ENSCGOG00000002900	pigm (ENSCGOG00000002873)	ENSCGOG00000002867	ANKS6 (ENSCGOG00000002608)	RPS20 (ENSCGOG00000002585) ##22	zgc:56231 (ENSCGOG00000013436)	rgs9bp (ENSCGOG00000013423)	zgc:165532 (ENSCGOG00000013412)	dph2 (ENSCGOG00000013410)	ncf2 (ENSCGOG00000013315)	garem (ENSCGOG00000013311)	PRKDC (ENSCGOG00000010673)	ENSCGOG00000010562	abca4a (ENSCGOG00000010549)	ENSCGOG00000010442	olfm3a (ENSCGOG00000010437)	ENSCGOG00000010435	ENSCGOG00000010432	rnpc3 (ENSCGOG00000010428)	ENSCGOG00000010426
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Lumpfish	MODERN SPECIES	12	PFKP (ENSCLMG00005021448)	ADARB2 (ENSCLMG00005021290)	wdr37 (ENSCLMG00005021208)	idi1 (ENSCLMG00005021204)	cpne3 (ENSCLMG00005020505)	CPNE3 (ENSCLMG00005020161)	CPNE3 (ENSCLMG00005019595)	rmdn1 (ENSCLMG00005019581)	WWP1 (ENSCLMG00005015409)	ENSCLMG00005015379	snx16 (ENSCLMG00005015378)	serpinb1l3 (ENSCLMG00005015371)	pigm (ENSCLMG00005015361)	ENSCLMG00005015359	ANKS6 (ENSCLMG00005015334)	RPS20 (ENSCLMG00005015333) ##22	zgc:56231 (ENSCLMG00005015331)	rgs9bp (ENSCLMG00005015330)	zgc:165532 (ENSCLMG00005015329)	dph2 (ENSCLMG00005015328)	ncf2 (ENSCLMG00005015274)	garem (ENSCLMG00005015271)	PRKDC (ENSCLMG00005014309)	ENSCLMG00005013927	abca4a (ENSCLMG00005013924)	ENSCLMG00005013923	DNAH2 (ENSCLMG00005013914)	ERCC2 (ENSCLMG00005013743)	ENSCLMG00005013736	olfm3a (ENSCLMG00005013732)	ENSCLMG00005013728
Stickleback	MODERN SPECIES	20	ADARB2 (ENSGACG00000001798)	wdr37 (ENSGACG00000001809)	idi1 (ENSGACG00000001814)	cpne3 (ENSGACG00000001836)	cpne3 (ENSGACG00000001848)	ENSGACG00000001852	CPNE3 (ENSGACG00000001854)	rmdn1 (ENSGACG00000001858)	WWP1 (ENSGACG00000001862)	snx16 (ENSGACG00000001871)	ENSGACG00000001881	serpinb1l3 (ENSGACG00000001884)	pigm (ENSGACG00000001917)	ENSGACG00000001925	ANKS6 (ENSGACG00000001930)	RPS20 (ENSGACG00000001940) ##22	zgc:56231 (ENSGACG00000001949)	rgs9bp (ENSGACG00000001956)	zgc:165532 (ENSGACG00000001958)	dph2 (ENSGACG00000001961)	ncf2 (ENSGACG00000001966)	garem (ENSGACG00000001969)	PRKDC (ENSGACG00000001974)	ENSGACG00000001997	abca4a (ENSGACG00000002000)	ENSGACG00000002012	olfm3a (ENSGACG00000002024)	col11a1a (ENSGACG00000002031)	rnpc3 (ENSGACG00000002048)	prmt6 (ENSGACG00000002056)	ENSGACG00000002057
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	12	CPNE3 (ENSMAMG00000015938)	CPNE3 (ENSMAMG00000015974)	rmdn1 (ENSMAMG00000016005)	WWP1 (ENSMAMG00000016039)	ENSMAMG00000027752	ENSMAMG00000028259	ENSMAMG00000025445	ENSMAMG00000025935	ENSMAMG00000024428	snx16 (ENSMAMG00000016303)	ENSMAMG00000016329	pigm (ENSMAMG00000016367)	ENSMAMG00000016373	ENSMAMG00000016394	ENSMAMG00000016409	ENSMAMG00000016424 ##22	ENSMAMG00000017433	ENSMAMG00000025525	ENSMAMG00000017500	ENSMAMG00000017482	ENSMAMG00000026822	ENSMAMG00000017558	ENSMAMG00000017767	ENSMAMG00000021506	ENSMAMG00000017740	ENSMAMG00000018191	ENSMAMG00000017684	ENSMAMG00000024915	ENSMAMG00000004255	ENSMAMG00000017527	ENSMAMG00000026572
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155002.b.e.a	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	15	ADARB2 (ENSBSLG00000010768)	wdr37 (ENSBSLG00000010876)	idi1 (ENSBSLG00000011719)	cpne3 (ENSBSLG00000011910)	cpne3 (ENSBSLG00000012388)	ENSBSLG00000012901	wdr37 (ENSBSLG00000012907)	rmdn1 (ENSBSLG00000012914)	WWP1 (ENSBSLG00000013022)	ENSBSLG00000016561	snx16 (ENSBSLG00000016620)	serpinb1l3 (ENSBSLG00000016679)	pigm (ENSBSLG00000016759)	ENSBSLG00000016780	ANKS6 (ENSBSLG00000016854)	RPS20 (ENSBSLG00000017222) ##22	zgc:56231 (ENSBSLG00000017253)	rgs9bp (ENSBSLG00000017354)	zgc:165532 (ENSBSLG00000017375)	ENSBSLG00000017422	dph2 (ENSBSLG00000018172)	garem (ENSBSLG00000018196)	ncf2 (ENSBSLG00000018241)	ENSBSLG00000019487	ENSBSLG00000020280	olfm3a (ENSBSLG00000020352)	col11a1a (ENSBSLG00000020359)	rnpc3 (ENSBSLG00000020373)	NTNG1 (ENSBSLG00000021102)	VAV3 (ENSBSLG00000021315)	ENSBSLG00000021940
Climbing perch	MODERN SPECIES	11	PFKP (ENSATEG00000022251)	ADARB2 (ENSATEG00000022366)	wdr37 (ENSATEG00000022402)	idi1 (ENSATEG00000022421)	CPNE3 (ENSATEG00000022435)	CPNE3 (ENSATEG00000022475)	CPNE3 (ENSATEG00000022512)	rmdn1 (ENSATEG00000022525)	WWP1 (ENSATEG00000022538)	ENSATEG00000022562	snx16 (ENSATEG00000022571)	ENSATEG00000022614	pigm (ENSATEG00000027373)	ENSATEG00000027002	ENSATEG00000022645	RPS20 (ENSATEG00000029702) ##22	ENSATEG00000022698	rgs9bp (ENSATEG00000022713)	zgc:165532 (ENSATEG00000029532)	dph2 (ENSATEG00000022748)	ncf2 (ENSATEG00000022758)	garem (ENSATEG00000022771)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00940000178206	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.mb	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Turbot	MODERN SPECIES	13	PFKP (ENSSMAG00000002235)	ADARB2 (ENSSMAG00000002201)	wdr37 (ENSSMAG00000002159)	idi1 (ENSSMAG00000002150)	CPNE3 (ENSSMAG00000002070)	CPNE3 (ENSSMAG00000001970)	CPNE3 (ENSSMAG00000001878)	rmdn1 (ENSSMAG00000001846)	WWP1 (ENSSMAG00000001812)	ENSSMAG00000023300	snx16 (ENSSMAG00000023689)	ENSSMAG00000001635	pigm (ENSSMAG00000001597)	ENSSMAG00000034588	ENSSMAG00000001491	ENSSMAG00000001456 ##22	ENSSMAG00000001433	rgs9bp (ENSSMAG00000001417)	zgc:165532 (ENSSMAG00000001407)	dph2 (ENSSMAG00000001384)	ncf2 (ENSSMAG00000001354)	garem (ENSSMAG00000001336)	ENSSMAG00000001116	ENSSMAG00000001087	abca4a (ENSSMAG00000000922)	ENSSMAG00000000907	olfm3a (ENSSMAG00000000867)	col11a1a (ENSSMAG00000020350)	rnpc3 (ENSSMAG00000020346)	NTNG1 (ENSSMAG00000020327)	VAV3 (ENSSMAG00000020298)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Barramundi perch	MODERN SPECIES	120	rmdn1 (ENSLCAG00010027084)	WWP1 (ENSLCAG00010026914)	ENSLCAG00010026777	snx16 (ENSLCAG00010026776)	ENSLCAG00010026735	serpinb1l3 (ENSLCAG00010026680)	serpinb1l3 (ENSLCAG00010026638)	serpinb1l3 (ENSLCAG00010026537)	serpinb1l3 (ENSLCAG00010026596)	ENSLCAG00010026486	ENSLCAG00010026481	ENSLCAG00010026453	pigm (ENSLCAG00010026437)	ENSLCAG00010026434	ANKS6 (ENSLCAG00010026427)	RPS20 (ENSLCAG00010026418) ##22	zgc:56231 (ENSLCAG00010026412)	rgs9bp (ENSLCAG00010026409)	zgc:165532 (ENSLCAG00010026408)	dph2 (ENSLCAG00010026407)	ncf2 (ENSLCAG00010026406)	garem (ENSLCAG00010026405)	ENSLCAG00010026403	ARHGAP29 (ENSLCAG00010026348)	ENSLCAG00010026190	olfm3a (ENSLCAG00010026167)	col11a1a (ENSLCAG00010026150)	rnpc3 (ENSLCAG00010026121)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000157252.m.b	ENSGT00930000150950.a.c	ENSGT00390000008527	ENSGT00940000154968.g	ENSGT00940000154968.h.a	ENSGT00940000154968.h.b	ENSGT00950000182992.a.b.b	ENSGT00940000154635.a	ENSGT00520000062345	ENSGT00390000005651.m	ENSGT00940000154835.C.lb.a	ENSGT00940000154835.C.lb.b	ENSGT00390000017728	ENSGT00940000154486.a.b.a.b	ENSGT00940000157664	ENSGT00390000003248.b ##22	ENSGT00940000164689	ENSGT00940000153725.a.b.b	ENSGT00940000158957	ENSGT00940000153694.B	ENSGT00530000063843.b	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00940000155633.D	ENSGT00950000183110.b.b.k.a	ENSGT00940000155624.a.a	ENSGT00950000182886.a.a.a.c	ENSGT00940000156998.j.a	ENSGT00940000154535.D.vb.a	ENSGT00530000063786.a	ENSGT00940000160961	ENSGT00940000153601.a.b.c
Greater amberjack	MODERN SPECIES	81	idi1 (ENSSDUG00000004801)	cpne3 (ENSSDUG00000004855)	ENSSDUG00000004917	CPNE3 (ENSSDUG00000004932)	cpne3 (ENSSDUG00000004976)	rmdn1 (ENSSDUG00000005005)	WWP1 (ENSSDUG00000005040)	ENSSDUG00000005136	snx16 (ENSSDUG00000005154)	ENSSDUG00000005204	serpinb1l3 (ENSSDUG00000005316)	pigm (ENSSDUG00000005339)	pigm (ENSSDUG00000005360)	ENSSDUG00000005387	ANKS6 (ENSSDUG00000005458)	RPS20 (ENSSDUG00000005545) ##22	zgc:56231 (ENSSDUG00000005705)	rgs9bp (ENSSDUG00000005728)	zgc:165532 (ENSSDUG00000005738)	dph2 (ENSSDUG00000005750)	ncf2 (ENSSDUG00000005771)	garem (ENSSDUG00000005829)	PRKDC (ENSSDUG00000005879)	ENSSDUG00000006089	abca4a (ENSSDUG00000006129)	ENSSDUG00000006249	olfm3a (ENSSDUG00000006397)	col11a1a (ENSSDUG00000006451)	rnpc3 (ENSSDUG00000006600)	prmt6 (ENSSDUG00000006628)	NTNG1 (ENSSDUG00000006642)
Yellowtail amberjack	DUPLICATION
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	1544																ENSSLDG00000002596 ##22
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	1894														ENSSLDG00000010414	ANKS6 (ENSSLDG00000010431)	ENSSLDG00000010472 ##22	zgc:56231 (ENSSLDG00000010532)	rgs9bp (ENSSLDG00000010568)	zgc:165532 (ENSSLDG00000010586)	dph2 (ENSSLDG00000010612)	ncf2 (ENSSLDG00000010631)	garem (ENSSLDG00000010658)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1502								ENSCMIG00000016252	penka (ENSCMIG00000016250) #17	ENSCMIG00000016249	sdr16c5b (ENSCMIG00000016248) #18	ENSCMIG00000016245 #19	ENSCMIG00000016244	plag1 (ENSCMIG00000016242) #20	mos (ENSCMIG00000016240) #21	RPS20 (ENSCMIG00000016228) #22	ENSCMIG00000016216	zgc:56231 (ENSCMIG00000016211)	lyn (ENSCMIG00000016206) #23	TGS1 (ENSCMIG00000016197) #24	tmem68 (ENSCMIG00000016193) #25	XKR4 (ENSCMIG00000016183) #26	ENSCMIG00000016166 #27	SOX17 (ENSCMIG00000016159) #28	ENSCMIG00000016158	GRAMD4 (ENSCMIG00000016131)	cerk (ENSCMIG00000016104)	tbc1d22a (ENSCMIG00000016000)	TAFA5 (ENSCMIG00000015938)	ENSCMIG00000015935	brd1b (ENSCMIG00000015918)
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248 #22
Lamprey	MODERN SPECIES	2663																RPS20 (ENSPMAG00000005038) #22	rps12 (ENSPMAG00000005068)
Hagfish	MODERN SPECIES	765										ENSEBUG00000005852	ENSEBUG00000014379	hm13 (ENSEBUG00000007997)	ENSEBUG00000008641	atp6v1h (ENSEBUG00000010590) #34	ENSEBUG00000013676	RPS20 (ENSEBUG00000011532) #22	aar2 (ENSEBUG00000014225)	ENSEBUG00000008535	ENSEBUG00000003786	ENSEBUG00000009157	ENSEBUG00000005197	ENSEBUG00000011602	ENSEBUG00000015339	ENSEBUG00000001046	ENSEBUG00000002735	ENSEBUG00000001762 #37	ENSEBUG00000014914	ENSEBUG00000006676	ENSEBUG00000004608	rad21b (ENSEBUG00000001142)	eif3eb (ENSEBUG00000008365)
Ciona	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248 #22
Ciona intestinalis	MODERN SPECIES	12	ENSCING00000006870	ENSCING00000013166	ENSCING00000013165	ENSCING00000006840	ENSCING00000006836	ENSCING00000013164	ENSCING00000013163	ENSCING00000006834	ENSCING00000013162	ENSCING00000005681	ENSCING00000013161	ENSCING00000013160	ENSCING00000013159	ENSCING00000020400	ENSCING00000013158	ENSCING00000000852 #22	ENSCING00000020859	ENSCING00000013157	ENSCING00000005679	ENSCING00000013156	ENSCING00000018384	ENSCING00000013155	ENSCING00000024008	ENSCING00000021006	ENSCING00000005677	ENSCING00000024810	ENSCING00000005675	ENSCING00000005674	ENSCING00000013154	ENSCING00000005673	ENSCING00000023648
Ecdysozoa	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003248 #22
Fruitfly	MODERN SPECIES	19	CG4000 (FBgn0038820)	Oamb (FBgn0024944)	CG31205 (FBgn0051205)	Cdk2 (FBgn0004107)	CG17267 (FBgn0038821)	CG42322 (FBgn0259222)	CG31199 (FBgn0051199)	CG31200 (FBgn0051200)	Prosalpha4T1 (FBgn0265606)	Syp (FBgn0038826)	CG31195 (FBgn0051195)	Takl1 (FBgn0046689) #21	Fancd2 (FBgn0038827)	CG17270 (FBgn0038828)	CG17271 (FBgn0038829)	RpS20 (FBgn0019936) #22	CG17272 (FBgn0038830)	AdSS (FBgn0027493)	CG31223 (FBgn0051223)	Synd (FBgn0053094)	CG15695 (FBgn0038832)	CG15696 (FBgn0038833)	RpS30 (FBgn0038834)	Ir93a (FBgn0259215)	KaiR1D (FBgn0038837)	TotA (FBgn0028396)	TotC (FBgn0044812)	TotB (FBgn0038838)	TotZ (FBgn0044809)	Ktl (FBgn0038839)	Grik (FBgn0038840)
Caenorhabditis elegans	MODERN SPECIES		riok-2 (WBGene00013688)	bath-40 (WBGene00013689)	Y105E8B.7 (WBGene00013692)	exoc-8 (WBGene00013687)	lev-11 (WBGene00002978)	Y105E8B.11 (WBGene00044265)	Y105E8A.25 (WBGene00013682)	rpom-1 (WBGene00013680)	zoo-1 (WBGene00013683)	exc-4 (WBGene00001365)	Y105E8A.21 (WBGene00013679)	Y105E8A.28 (WBGene00013685)	Y105E8A.20 (WBGene00013678)	yars-1 (WBGene00013677)	ekl-4 (WBGene00013676)	rps-20 (WBGene00004489) #22	Y105E8A.14 (WBGene00013674)	Y105E8A.13 (WBGene00013673)	Y105E8A.27 (WBGene00013684)	catp-1 (WBGene00013672)	Y105E8A.11 (WBGene00013671)	hpo-13 (WBGene00013670)	apg-1 (WBGene00000158)	tcab-1 (WBGene00013669)	eat-18 (WBGene00001147)	lev-10 (WBGene00002977)	unc-95 (WBGene00006824)	Y105E8A.32 (WBGene00044264)	bbs-1 (WBGene00000241)	ech-7 (WBGene00001156)	slc-30A5 (WBGene00013668)
Yeast	MODERN SPECIES	9	WSC4 (YHL028W)	RIM101 (YHL027W)	YHL026C	SNF6 (YHL025W)	RIM4 (YHL024W)	NPR3 (YHL023C)	SPO11 (YHL022C)	AIM17 (YHL021C)	OPI1 (YHL020C)	YHL019W-A	APM2 (YHL019C)	YHL018W	YHL017W	DUR3 (YHL016C)	YHL015W-A	RPS20 (YHL015W) #22	YLF2 (YHL014C)	OTU2 (YHL013C)	YHL012W	PRS3 (YHL011C)	ETP1 (YHL010C)	YAP3 (YHL009C)	YHL008C	STE20 (YHL007C)	YHL006W-A	SHU1 (YHL006C)	YHL005C	MRP4 (YHL004W)	LAG1 (YHL003C)	YHL002C-A	HSE1 (YHL002W)