Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	827																ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##21
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000178181	ENSGT00940000153525.i.a ##10	ENSGT00390000008708 #11	ENSGT00940000154098.a.f ##12	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a.h #9	ENSGT00390000014507.a.a.g ##9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00390000008708.a #11	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000160916 #15	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a.g ##28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c #31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT01010000222986 #34
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	171	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915.e	ENSGT00390000014507.a.a.h #9	ENSGT00940000153525.i.b.f #10	ENSGT00390000008708.a.b #11	ENSGT00940000154098.a.e.i #12	ENSGT00390000004933.k.b.d #14	ENSGT00940000160916 #15	ENSGT00940000164299.b.b.a #16	ENSGT00940000158576.a.b.a #17	ENSGT00390000000068.a.b.d #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##21	ENSGT00950000182926.a.o #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00940000155504.k.a.c #25	ENSGT00940000156246.c.a.c #26	ENSGT00940000154738.a.q.c #27	ENSGT00940000155419.c.a.h #28	ENSGT00940000155915.a.d #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #30	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a #31	ENSGT00390000016228.a.b.b	ENSGT00940000157529.i.a.f #33	ENSGT01010000222986.a #34	ENSGT00390000014700.b.a.a #35
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915.e	ENSGT00390000014507.a.a.h #9	ENSGT00940000153525.i.b.f #10	ENSGT00390000008708.a.b #11	ENSGT00940000154098.a.e.i #12	ENSGT00390000004933.k.b.d #14	ENSGT00940000160916 #15	ENSGT00940000164299.b.b.a #16	ENSGT00940000158576.a.b.a #17	ENSGT00390000000068.a.b.d #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##21	ENSGT00950000182926.a.o #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00940000155504.k.a.c #25	ENSGT00940000156246.c.a.c #26	ENSGT00940000154738.a.q.c #27	ENSGT00940000155419.c.a.h #28	ENSGT00940000155915.a.d #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #30	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a #31	ENSGT00390000016228.a.b.b	ENSGT00940000157529.i.a.f #33	ENSGT01010000222986.a #34	ENSGT00390000014700.b.a.a #35	ENSGT00940000159763.o #36
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915.e	ENSGT00390000014507.a.a.h #9	ENSGT00940000153525.i.b.f #10	ENSGT00390000008708.a.b #11	ENSGT00940000154098.a.e.i #12	ENSGT00390000004933.k.b.d #14	ENSGT00940000160916 #15	ENSGT00940000164299.b.b.a #16	ENSGT00940000158576.a.b.a #17	ENSGT00390000000068.a.b.d #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##21	ENSGT00950000182926.a.o #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00940000155504.k.a.c #25	ENSGT00940000156246.c.a.c #26	ENSGT00940000154738.a.q.c #27	ENSGT00940000155419.c.a.h #28	ENSGT00940000155915.a.d #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #30	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a #31	ENSGT00940000168203.a.a #32	ENSGT00940000157529.i.a.f #33	ENSGT01010000222986.a #34	ENSGT00390000014700.b.a.a #35	ENSGT00940000159763.o #36
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	1	ENSSSAG00000079616 #7	chchd3b (ENSSSAG00000079607) #8	golt1bb (ENSSSAG00000082709) #9	ldhbb (ENSSSAG00000071409) #10	slc25a3b (ENSSSAG00000079558) #11	tmpob (ENSSSAG00000079549) #12	ENSSSAG00000095361 #13	pthlhb (ENSSSAG00000111398) #14	ENSSSAG00000079511 #15	ENSSSAG00000113251 #16	ENSSSAG00000121992 #17	ENSSSAG00000079490 #18	zgc:136858 (ENSSSAG00000079479) #19	ENSSSAG00000079473 #20	ENSSSAG00000079470 #21	ENSSSAG00000079469 #22	bpgm (ENSSSAG00000120740) #23	tnnt2d (ENSSSAG00000079466) #24	dnm1l (ENSSSAG00000078961) #25	dnajb9a (ENSSSAG00000101678) #26	ENSSSAG00000078845 #27	NRCAM (ENSSSAG00000077488) #28	CNTN1 (ENSSSAG00000075823) #29	ENSSSAG00000085342 #30	YAF2 (ENSSSAG00000121965) #31	ENSSSAG00000075773 #32	ENSSSAG00000075776 #33	ENSSSAG00000075764 #34	ric8a (ENSSSAG00000075692) #35	TPCN2 (ENSSSAG00000075685) #36	TPCN2 (ENSSSAG00000119661) #37
River trout	MODERN SPECIES	37	ASB13 (ENSSTUG00000014806)	NET1 (ENSSTUG00000014132) #7	chchd3b (ENSSTUG00000014101) #8	slc35b4 (ENSSTUG00000014039)	golt1bb (ENSSTUG00000014009) #9	slc25a3b (ENSSTUG00000051258) #11	tmpob (ENSSTUG00000051257) #12	pthlhb (ENSSTUG00000051256) #14	ENSSTUG00000051255 #15	ENSSTUG00000051254 #16	KCNA1 (ENSSTUG00000051253) #17	CNOT4 (ENSSTUG00000051252) #18	zgc:136858 (ENSSTUG00000051251) #19	ENSSTUG00000051250 #20	tnni4a (ENSSTUG00000051249) #21	ENSSTUG00000051248 #22	tnni4b.2 (ENSSTUG00000051247) ##21	bpgm (ENSSTUG00000051246) #23	tnnt2d (ENSSTUG00000051245) #24	dnm1l (ENSSTUG00000051244) #25	ENSSTUG00000051243 #27	NRCAM (ENSSTUG00000051155) #28	CNTN1 (ENSSTUG00000051085) #29	ENSSTUG00000051080 ##30	ENSSTUG00000051079 #30	YAF2 (ENSSTUG00000051078) #31	ENSSTUG00000051077 #32	PRICKLE1 (ENSSTUG00000051076) #33	ENSSTUG00000051075 #34	ric8a (ENSSTUG00000051074) #35	ENSSTUG00000051073 #36
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000160326.d	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915.e	ENSGT00390000014507.a.a.h #9	ENSGT00390000008708.a.b #11	ENSGT00940000154098.a.e.i #12	ENSGT00390000004933.k.b.d #14	ENSGT00940000160916 #15	ENSGT00940000164299.b.b.a #16	ENSGT00940000158576.a.b.a #17	ENSGT00390000000068.a.b.d #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##21	ENSGT00950000182926.a.o #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00940000155504.k.a.c #25	ENSGT00940000156246.c.a.c #26	ENSGT00940000154738.a.q.c #27	ENSGT00940000155419.c.a.h #28	ENSGT00940000155915.a.d #29	ENSGT01080000258033.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #30	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a #31	ENSGT00390000016228.a.b.b	ENSGT00940000157529.i.a.f #33	ENSGT01010000222986.a #34	ENSGT00390000014700.b.a.a #35
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160326.d	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915.e	ENSGT00390000014507.a.a.h #9	ENSGT00390000008708.a.b #11	ENSGT00940000154098.a.e.i #12	ENSGT00390000004933.k.b.d #14	ENSGT00940000160916 #15	ENSGT00940000164299.b.b.a #16	ENSGT00940000158576.a.b.a #17	ENSGT00390000000068.a.b.d #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a ##21	ENSGT00950000182926.a.o #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c #24	ENSGT00940000155504.k.a.c #25	ENSGT00940000156246.c.a.c #26	ENSGT00940000154738.a.q.c #27	ENSGT00940000155419.c.a.h #28	ENSGT00940000155915.a.d #29	ENSGT01080000258033.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f #30	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a #31	ENSGT00390000016228.a.b.b	ENSGT00940000157529.i.a.f #33	ENSGT01010000222986.a #34	ENSGT00390000014700.b.a.a #35
Coho salmon	MODERN SPECIES	14	NET1 (ENSOKIG00005016560) #7	chchd3b (ENSOKIG00005016532) #8	slc35b4 (ENSOKIG00005016494)	golt1bb (ENSOKIG00005016467) #9	slc25a3b (ENSOKIG00005016396) #11	tmpob (ENSOKIG00005016372) #12	ENSOKIG00005016360	pthlhb (ENSOKIG00005016357) #14	ENSOKIG00005016181 #15	ENSOKIG00005016167 #16	KCNA1 (ENSOKIG00005016156) #17	CNOT4 (ENSOKIG00005016111) #18	zgc:136858 (ENSOKIG00005016086) #19	ENSOKIG00005016072 #20	tnni4a (ENSOKIG00005016061) #21	ENSOKIG00005016053 #22	tnni4b.2 (ENSOKIG00005015961) ##21	bpgm (ENSOKIG00005015943) #23	tnnt2d (ENSOKIG00005015934) #24	ENSOKIG00005015928	dnm1l (ENSOKIG00005015703) #25	ENSOKIG00005015144 #27	NRCAM (ENSOKIG00005012642) #28	CNTN1 (ENSOKIG00005011606) #29	ENSOKIG00005011460	PDZRN4 (ENSOKIG00005011445) #30	ENSOKIG00005011437	YAF2 (ENSOKIG00005011425) #31	PPHLN1 (ENSOKIG00005011412)	PRICKLE1 (ENSOKIG00005011404) #33	ENSOKIG00005011399
Chinook salmon	MODERN SPECIES	10	ENSOTSG00005002735	ENSOTSG00005002727	chchd3b (ENSOTSG00005002714) #8	slc35b4 (ENSOTSG00005002559)	golt1bb (ENSOTSG00005002556) #9	slc25a3b (ENSOTSG00005002470) #11	tmpob (ENSOTSG00005002461) #12	pthlhb (ENSOTSG00005002457) #14	AGBL3 (ENSOTSG00005002448) #15	ENSOTSG00005002441 #16	KCNA1 (ENSOTSG00005002438) #17	CNOT4 (ENSOTSG00005002413) #18	zgc:136858 (ENSOTSG00005002403) #19	ENSOTSG00005002397 #20	tnni4a (ENSOTSG00005002083) #21	ENSOTSG00005026375 #22	tnni4b.2 (ENSOTSG00005026374) ##21	bpgm (ENSOTSG00005026373) #23	tnnt2d (ENSOTSG00005026372) #24	dnm1l (ENSOTSG00005026295) #25	dnajb9a (ENSOTSG00005026291) #26	ENSOTSG00005026288	ENSOTSG00005026285	ENSOTSG00005024758 #27	NRCAM (ENSOTSG00005024072) #28	PDZRN4 (ENSOTSG00005024063) #30	YAF2 (ENSOTSG00005024058) #31	PPHLN1 (ENSOTSG00005024056)	ENSOTSG00005024054	prickle1a (ENSOTSG00005024053) #33	ENSOTSG00005024052
Rainbow trout	MODERN SPECIES	11	chchd3b (ENSOMYG00000009427) #8	slc35b4 (ENSOMYG00000009392)	golt1bb (ENSOMYG00000009361) #9	slc25a3b (ENSOMYG00000009202) #11	tmpob (ENSOMYG00000009068) #12	pthlhb (ENSOMYG00000052478) #14	ENSOMYG00000008988 #15	ENSOMYG00000008920 #16	ENSOMYG00000008911 #17	ENSOMYG00000008877 #18	zgc:136858 (ENSOMYG00000008802) #19	ENSOMYG00000048948	ENSOMYG00000067016	ENSOMYG00000008715 #20	ENSOMYG00000008691 #21	ENSOMYG00000008682 #22	tnni4b.2 (ENSOMYG00000008671) ##21	bpgm (ENSOMYG00000008621) #23	tnnt2d (ENSOMYG00000008532) #24	dnm1l (ENSOMYG00000008421) #25	dnajb9a (ENSOMYG00000063751) #26	ENSOMYG00000008104 #27	ENSOMYG00000057517	NRCAM (ENSOMYG00000007983) ##28	CNTN1 (ENSOMYG00000007478) #29	ENSOMYG00000064508	PDZRN4 (ENSOMYG00000006668) #30	YAF2 (ENSOMYG00000006598) #31	PPHLN1 (ENSOMYG00000006575)	PRICKLE1 (ENSOMYG00000006515) #33	ENSOMYG00000006496 #34
Huchen	MODERN SPECIES	3676												CNOT4 (ENSHHUG00000025163) #18	zgc:136858 (ENSHHUG00000025186) #19	ENSHHUG00000025228 #20	tnni4a (ENSHHUG00000025239) #21	ENSHHUG00000025241 #22
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	344	ENSGT00950000183125.a.a.a	ENSGT00940000155461.E.k	ENSGT00710000106806.k	ENSGT00950000182994.B.a.b.pb.a	ENSGT00530000063735.b.g	ENSGT00390000002915.f	ENSGT00390000014507.a.a.g ##9	ENSGT00940000153525.i.b.e ##10	ENSGT00390000008708.a.a ##11	ENSGT00940000154098.a.e.j ##12	ENSGT00390000004933.k.b.c ##14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b.b ##16	ENSGT00940000158576.a.b.b ##17	ENSGT00390000000068.a.b.c ##18	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h ##21	ENSGT00950000182926.a.p ##23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.d ##24	ENSGT00940000155504.k.a.d ##25	ENSGT00940000156246.c.a.d ##26	ENSGT00940000154738.a.q.d ##27	ENSGT00940000155419.c.a.g.b ##28	ENSGT00940000155915.a.c ##29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e ##30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b.a	ENSGT00940000157529.i.a.e ##33	ENSGT01010000222986.b ##34
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00950000183125.a.a.a	ENSGT00940000155461.E.k	ENSGT00710000106806.k	ENSGT00950000182994.B.a.b.pb.a	ENSGT00530000063735.b.g	ENSGT00390000002915.f	ENSGT00390000014507.a.a.g ##9	ENSGT00940000153525.i.b.e ##10	ENSGT00390000008708.a.a ##11	ENSGT00940000154098.a.e.j ##12	ENSGT00390000004933.k.b.c ##14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b.b ##16	ENSGT00940000158576.a.b.b ##17	ENSGT00390000000068.a.b.c ##18	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h ##21	ENSGT00950000182926.a.p ##23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.d ##24	ENSGT00940000155504.k.a.d ##25	ENSGT00940000156246.c.a.d ##26	ENSGT00940000154738.a.q.d ##27	ENSGT00940000155419.c.a.g.b ##28	ENSGT00940000155915.a.c ##29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e ##30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##31	ENSGT00940000168203.a.b ##32	ENSGT00390000016228.a.b.a	ENSGT00940000157529.i.a.e ##33	ENSGT01010000222986.b ##34
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183125.a.a.a	ENSGT00940000155461.E.k	ENSGT00710000106806.k	ENSGT00950000182994.B.a.b.pb.a	ENSGT00530000063735.b.g	ENSGT00390000002915.f	ENSGT00390000014507.a.a.g ##9	ENSGT00940000153525.i.b.e ##10	ENSGT00390000008708.a.a ##11	ENSGT00940000154098.a.e.j ##12	ENSGT00390000004933.k.b.c ##14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b.b ##16	ENSGT00940000158576.a.b.b ##17	ENSGT00390000000068.a.b.c ##18	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h ##21	ENSGT00950000182926.a.p ##23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000155504.k.a.d ##25	ENSGT00940000156246.c.a.d ##26	ENSGT00940000154738.a.q.d ##27	ENSGT00940000155419.c.a.g.b ##28	ENSGT00940000155915.a.c ##29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e ##30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##31	ENSGT00940000168203.a.b ##32	ENSGT00390000016228.a.b.a	ENSGT00940000157529.i.a.e ##33	ENSGT01010000222986.b ##34	ENSGT00940000157816.a.a.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183125.a.a.a	ENSGT00940000155461.E.k	ENSGT00710000106806.k	ENSGT00950000182994.B.a.b.pb.a	ENSGT00530000063735.b.g	ENSGT00390000002915.f	ENSGT00390000014507.a.a.g ##9	ENSGT00940000153525.i.b.e ##10	ENSGT00390000008708.a.a ##11	ENSGT00940000154098.a.e.j ##12	ENSGT00390000004933.k.b.c ##14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b.b ##16	ENSGT00940000158576.a.b.b ##17	ENSGT00390000000068.a.b.c ##18	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h ##21	ENSGT00950000182926.a.p ##23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000155504.k.a.d ##25	ENSGT00940000156246.c.a.d ##26	ENSGT00940000154738.a.q.d ##27	ENSGT00940000155419.c.a.g.b ##28	ENSGT00940000155915.a.c ##29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e ##30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##31	ENSGT00940000168203.a.b ##32	ENSGT00390000016228.a.b.a	ENSGT00940000157529.i.a.e ##33	ENSGT01010000222986.b ##34	ENSGT00940000157816.a.a.b
Coho salmon	MODERN SPECIES	24	dhtkd1 (ENSOKIG00005003647)	ENSOKIG00005046027	taf3 (ENSOKIG00005045979)	ENSOKIG00005045910	ENSOKIG00005045897	ENSOKIG00005045887	slc35b4 (ENSOKIG00005045858)	golt1bb (ENSOKIG00005045833) ##9	ldhbb (ENSOKIG00005045800) ##10	slc25a3b (ENSOKIG00005045703) ##11	tmpob (ENSOKIG00005045692) ##12	pthlhb (ENSOKIG00005045686) ##14	ENSOKIG00005045683 ##16	KCNA1 (ENSOKIG00005045674) ##17	CNOT4 (ENSOKIG00005045649) ##18	ENSOKIG00005045633 ##21	bpgm (ENSOKIG00005045626) ##23	ENSOKIG00005045619	dnm1l (ENSOKIG00005045495) ##25	dnajb9a (ENSOKIG00005045466) ##26	ENSOKIG00005045433 ##27	NRCAM (ENSOKIG00005027503) ##28	CNTN1 (ENSOKIG00005025528) ##29	PDZRN4 (ENSOKIG00005025425) ##30	GXYLT1 (ENSOKIG00005025409)	YAF2 (ENSOKIG00005025382) ##31	PPHLN1 (ENSOKIG00005025369)	prickle1a (ENSOKIG00005025356) ##33	ENSOKIG00005025336 ##34	CCND1 (ENSOKIG00005025315)	FGF4 (ENSOKIG00005025287)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	30	camk1db (ENSOTSG00005046570)	dhtkd1 (ENSOTSG00005045664)	CELF2 (ENSOTSG00005045622)	taf3 (ENSOTSG00005045619)	gdi2 (ENSOTSG00005045617)	ENSOTSG00005045614	slc35b4 (ENSOTSG00005045612)	golt1bb (ENSOTSG00005045610) ##9	ldhbb (ENSOTSG00005045607) ##10	ENSOTSG00005045604 ##14	ENSOTSG00005045602	ENSOTSG00005045601	ENSOTSG00005045600 ##16	KCNA1 (ENSOTSG00005045599) ##17	CNOT4 (ENSOTSG00005045598) ##18	ENSOTSG00005045597 ##21	bpgm (ENSOTSG00005045596) ##23	ENSOTSG00005045594	ENSOTSG00005045592	dnm1l (ENSOTSG00005045205) ##25	dnajb9a (ENSOTSG00005045204) ##26	ENSOTSG00005045202 ##27	NRCAM (ENSOTSG00005034696) ##28	MAGI2 (ENSOTSG00005034662)	CNTN1 (ENSOTSG00005028937) ##29	PDZRN4 (ENSOTSG00005043630) ##30	ENSOTSG00005043629	GXYLT1 (ENSOTSG00005043628)	YAF2 (ENSOTSG00005043627) ##31	ENSOTSG00005043626 ##32	prickle1a (ENSOTSG00005043625) ##33
Rainbow trout	MODERN SPECIES		ENSOMYG00000071565	ENSOMYG00000050257	slc35b4 (ENSOMYG00000044709)	golt1bb (ENSOMYG00000044707) ##9	ENSOMYG00000068445	ldhbb (ENSOMYG00000044694) ##10	slc25a3b (ENSOMYG00000044676) ##11	tmpob (ENSOMYG00000044670) ##12	pthlhb (ENSOMYG00000044666) ##14	ENSOMYG00000061278	ENSOMYG00000004825	ENSOMYG00000044665 ##16	ENSOMYG00000044662 ##17	ENSOMYG00000071286	ENSOMYG00000044648 ##18	ENSOMYG00000044636 ##21	bpgm (ENSOMYG00000044633) ##23	ENSOMYG00000044617	dnm1l (ENSOMYG00000043734) ##25	dnajb9a (ENSOMYG00000043552) ##26	ENSOMYG00000014596	ENSOMYG00000035634 ##28	ENSOMYG00000056734	ENSOMYG00000056490	CNTN1 (ENSOMYG00000029641) ##29	ENSOMYG00000070317	PDZRN4 (ENSOMYG00000073658) ##30	GXYLT1 (ENSOMYG00000028164)	YAF2 (ENSOMYG00000028116) ##31	ENSOMYG00000028084 ##32	ENSOMYG00000028069 ##33
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00950000183125.a.a.a	ENSGT00940000155461.E.k	ENSGT00710000106806.k	ENSGT00950000182994.B.a.b.pb.a	ENSGT00530000063735.b.g	ENSGT00390000002915.f	ENSGT00390000014507.a.a.g ##9	ENSGT00940000153525.i.b.e ##10	ENSGT00390000008708.a.a ##11	ENSGT00940000154098.a.e.j ##12	ENSGT00390000004933.k.b.c ##14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b.b ##16	ENSGT00940000158576.a.b.b ##17	ENSGT00390000000068.a.b.c ##18	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h ##21	ENSGT00950000182926.a.p ##23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.d ##24	ENSGT00940000155504.k.a.d ##25	ENSGT00940000156246.c.a.d ##26	ENSGT00940000154738.a.q.d ##27	ENSGT00940000155419.c.a.g.b ##28	ENSGT00940000155915.a.c ##29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e ##30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##31	ENSGT00940000168203.a.b ##32	ENSGT00940000157529.i.a.e ##33	ENSGT01010000222986.b ##34	ENSGT00940000157816.a.a.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	7	ENSSSAG00000116242	ENSSSAG00000070691	ENSSSAG00000071282	ENSSSAG00000071286	ENSSSAG00000071368	s35b4 (ENSSSAG00000071379)	golt1bb (ENSSSAG00000117298) ##9	ldhbb (ENSSSAG00000121286) ##10	slc25a3b (ENSSSAG00000071431) ##11	tmpob (ENSSSAG00000071470) ##12	pthlhb (ENSSSAG00000091627) ##14	ENSSSAG00000071477	ENSSSAG00000114971 ##16	ENSSSAG00000096808 ##17	ENSSSAG00000120638	ENSSSAG00000071759 ##21	pmge (ENSSSAG00000071766) ##23	ENSSSAG00000100045	dnm1l (ENSSSAG00000071783) ##25	dnajb9a (ENSSSAG00000121518) ##26	ENSSSAG00000071934 ##28	CNTN1 (ENSSSAG00000072055) ##29	PDZRN4 (ENSSSAG00000072923) ##30	ENSSSAG00000072928	GXYLT1 (ENSSSAG00000103557)	ENSSSAG00000005997 ##32	YAF2 (ENSSSAG00000072939) ##31	ENSSSAG00000006020 ##33	ccnd1 (ENSSSAG00000006058)	ENSSSAG00000006067	fgf3 (ENSSSAG00000006079)
River trout	MODERN SPECIES	8	camk1db (ENSSTUG00000041415)	dhtkd1 (ENSSTUG00000039148)	CELF2 (ENSSTUG00000038943)	taf3 (ENSSTUG00000038874)	gdi2 (ENSSTUG00000038817)	ENSSTUG00000038795	slc35b4 (ENSSTUG00000038749)	golt1bb (ENSSTUG00000038711) ##9	ldhbb (ENSSTUG00000038692) ##10	slc25a3b (ENSSTUG00000038654) ##11	tmpob (ENSSTUG00000038631) ##12	pthlhb (ENSSTUG00000038622) ##14	ENSSTUG00000038616 ##16	KCNA1 (ENSSTUG00000038609) ##17	CNOT4 (ENSSTUG00000038542) ##18	ENSSTUG00000038528 ##21	bpgm (ENSSTUG00000038520) ##23	ENSSTUG00000038517	tnnt2d (ENSSTUG00000038509) ##24	dnm1l (ENSSTUG00000038282) ##25	dnajb9a (ENSSTUG00000038242) ##26	ENSSTUG00000038210 ##27	NRCAM (ENSSTUG00000036375) ##28	CNTN1 (ENSSTUG00000031778) ##29	ENSSTUG00000031557 ##30	GXYLT1 (ENSSTUG00000031535)	YAF2 (ENSSTUG00000031524) ##31	ENSSTUG00000031512 ##32	prickle1a (ENSSTUG00000031503) ##33	ENSSTUG00000031490 ##34	CCND1 (ENSSTUG00000031480)
Huchen	MODERN SPECIES	422	CELF2 (ENSHHUG00000001800)	taf3 (ENSHHUG00000001791)	gdi2 (ENSHHUG00000001385)	ENSHHUG00000001375	ENSHHUG00000001370	slc35b4 (ENSHHUG00000001317)	golt1bb (ENSHHUG00000001304) ##9	ldhbb (ENSHHUG00000000706) ##10	slc25a3b (ENSHHUG00000000548) ##11	tmpob (ENSHHUG00000000532) ##12	pthlhb (ENSHHUG00000000523) ##14	ENSHHUG00000000516	ENSHHUG00000000510 ##16	KCNA1 (ENSHHUG00000000489) ##17	CNOT4 (ENSHHUG00000000444) ##18	ENSHHUG00000000418 ##21	ENSHHUG00000000401	bpgm (ENSHHUG00000000382) ##23	ENSHHUG00000000361	tnnt2d (ENSHHUG00000000257) ##24	dnm1l (ENSHHUG00000000243) ##25
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	30				ENSGT00940000156246.c.b ##26	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT01090000260145	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00390000005941.c	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00940000155659	ENSGT00940000160513.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT00940000153901.a.a.b	ENSGT00940000154709.a.b.b.d ##24	ENSGT00940000155504.k.b ##25	ENSGT00980000199777	ENSGT00550000076278	ENSGT00980000198695	ENSGT00940000156883	ENSGT00390000006619	ENSGT00940000175997	ENSGT00400000022095.a	ENSGT00950000182981.b.f.a.c.a	ENSGT01030000235325	ENSGT00390000013963	ENSGT00940000156443	ENSGT00950000182931.B.a.a.h
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160326.d	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000158636
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00990000208084	ENSGT00940000168203 #32	ENSGT00390000013995.b.b.l ##31
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a.f #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00990000208084	ENSGT00940000168203 #32	ENSGT00390000013995.b.b.l ##31
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a.f #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00990000208084	ENSGT00940000168203 #32	ENSGT00390000013995.b.b.l ##31
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a.f #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a.f #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
European seabass	MODERN SPECIES	19	ENSDLAG00005030538	ENSDLAG00005027271 #7	ENSDLAG00005024786 #8	ENSDLAG00005024797 #9	slc35b4 (ENSDLAG00005024790)	ENSDLAG00005026737	ldhbb (ENSDLAG00005024801) #10	ENSDLAG00005024805 #12	pthlhb (ENSDLAG00005024806) #14	ENSDLAG00005024807	ENSDLAG00005027000 #17	ENSDLAG00005024813 #18	zgc:136858 (ENSDLAG00005024820) #19	ENSDLAG00005034999 #20	ENSDLAG00005031077 #21	ENSDLAG00005028687 #22	ENSDLAG00005024834 ##21	bpgm (ENSDLAG00005024838) #23	ENSDLAG00005029387	tnnt2d (ENSDLAG00005024843) #24	dnm1l (ENSDLAG00005024853) #25	dnajb9a (ENSDLAG00005024892) #26	ENSDLAG00005024898 #27	ENSDLAG00005025086	CNTN1 (ENSDLAG00005010046) #29	PDZRN4 (ENSDLAG00005013514) #30	GXYLT1 (ENSDLAG00005013545)	PPHLN1 (ENSDLAG00005013563)	PRICKLE1 (ENSDLAG00005013602) #33	ENSDLAG00005013615	ADAMTS20 (ENSDLAG00005013654)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	492	slc35b4 (ENSLCRG00005012164)	ENSLCRG00005012126 ##10	golt1bb (ENSLCRG00005012122) #9	ENSLCRG00005012119	ldhbb (ENSLCRG00005012117) #10	tmpob (ENSLCRG00005012116) #12	pthlhb (ENSLCRG00005012114) #14	ENSLCRG00005020084	ENSLCRG00005020083 #16	KCNA1 (ENSLCRG00005020082) #17	CNOT4 (ENSLCRG00005020063) #18	zgc:136858 (ENSLCRG00005020060) #19	ENSLCRG00005020059 #20	tnni4a (ENSLCRG00005020058) #21	ENSLCRG00005020056 ##21	ENSLCRG00005020054 #22	bpgm (ENSLCRG00005020053) #23	ENSLCRG00005020052 ##21	tnnt2d (ENSLCRG00005020050) #24	dnm1l (ENSLCRG00005019883) #25	dnajb9a (ENSLCRG00005019873) #26	ENSLCRG00005019659 #27	NRCAM (ENSLCRG00005019196) #28	CNTN1 (ENSLCRG00005019070) #29	PDZRN4 (ENSLCRG00005019063) #30	GXYLT1 (ENSLCRG00005019061)	YAF2 (ENSLCRG00005019058) ##31	ENSLCRG00005019054	prickle1a (ENSLCRG00005019050) #33	PPHLN1 (ENSLCRG00005019041)	ENSLCRG00005019040
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	22	ASB13 (ENSSAUG00010010064)	NET1 (ENSSAUG00010010076) #7	ENSSAUG00010010519 #8	slc35b4 (ENSSAUG00010010522)	golt1bb (ENSSAUG00010010527) #9	ldhbb (ENSSAUG00010010530) #10	tmpob (ENSSAUG00010010532) #12	PTHrP (ENSSAUG00010010533) #14	ENSSAUG00010010534 #16	KCNA1 (ENSSAUG00010010536) #17	CNOT4 (ENSSAUG00010010539) #18	zgc:136858 (ENSSAUG00010010549) #19	ENSSAUG00010010551 #20	tnni4a (ENSSAUG00010010554) #21	ENSSAUG00010010556 ##21	ENSSAUG00010010558 #22	ENSSAUG00010010600 ##21	bpgm (ENSSAUG00010010602) #23	ENSSAUG00010010603	sTnT2 (ENSSAUG00010010604) #24	dnm1l (ENSSAUG00010010614) #25	dnajb9a (ENSSAUG00010010717) #26	ENSSAUG00010010719 #27	ENSSAUG00010011084	CNTN1 (ENSSAUG00010023482) #29	PDZRN4 (ENSSAUG00010024511) #30	GXYLT1 (ENSSAUG00010024512)	YAF2 (ENSSAUG00010024514) ##31	YAF2 (ENSSAUG00010024515) ##31	ENSSAUG00010024516	prickle1a (ENSSAUG00010024517) #33
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a.f #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00990000208084	ENSGT00940000168203 #32
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a.f #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000158636
Pike perch	MODERN SPECIES	6	NET1 (ENSSLUG00000017249) #7	ENSSLUG00000018072 #8	slc35b4 (ENSSLUG00000018079)	golt1bb (ENSSLUG00000018091) #9	ENSSLUG00000018100	ldhbb (ENSSLUG00000018108) #10	tmpob (ENSSLUG00000018115) #12	pthlhb (ENSSLUG00000018119) #14	KCNA1 (ENSSLUG00000018123) #17	CNOT4 (ENSSLUG00000018127) #18	zgc:136858 (ENSSLUG00000018154) #19	ENSSLUG00000018174 #20	tnni4a (ENSSLUG00000018184) #21	ENSSLUG00000018187	ENSSLUG00000018191 ##21	ENSSLUG00000018197 #22	ENSSLUG00000018200 ##21	bpgm (ENSSLUG00000018205) #23	tnnt2d (ENSSLUG00000018211) #24	dnm1l (ENSSLUG00000018225) #25	dnajb9a (ENSSLUG00000018283) #26	ENSSLUG00000018300 #27	ENSSLUG00000018562	CNTN1 (ENSSLUG00000021304) #29	PDZRN4 (ENSSLUG00000023424) #30	ENSSLUG00000023430	GXYLT1 (ENSSLUG00000004900)	YAF2 (ENSSLUG00000004904) ##31	PPHLN1 (ENSSLUG00000004908)	prickle1a (ENSSLUG00000004921) #33	ENSSLUG00000004927
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	20	NET1 (ENSCGOG00000014282) #7	ENSCGOG00000014814 #8	slc35b4 (ENSCGOG00000014818)	golt1bb (ENSCGOG00000014935) #9	ldhbb (ENSCGOG00000014963) #10	tmpob (ENSCGOG00000015003) #12	pthlhb (ENSCGOG00000015004) #14	ENSCGOG00000015010	ENSCGOG00000015012 #16	KCNA1 (ENSCGOG00000015018) #17	CNOT4 (ENSCGOG00000015027) #18	zgc:136858 (ENSCGOG00000015305) #19	ENSCGOG00000015309 #20	tnni4a (ENSCGOG00000015310) #21	ENSCGOG00000015351 ##21	ENSCGOG00000015353 #22	ENSCGOG00000015361 ##21	bpgm (ENSCGOG00000015396) #23	tnnt2d (ENSCGOG00000015400) #24	dnm1l (ENSCGOG00000015520) #25	dnajb9a (ENSCGOG00000017397) #26	ENSCGOG00000017399 #27	NRCAM (ENSCGOG00000017428) #28	CNTN1 (ENSCGOG00000018721) #29	PDZRN4 (ENSCGOG00000019879) #30	GXYLT1 (ENSCGOG00000019881)	YAF2 (ENSCGOG00000019886) ##31	PPHLN1 (ENSCGOG00000019889)	prickle1a (ENSCGOG00000019892) #33	ENSCGOG00000019897	ADAMTS20 (ENSCGOG00000019903)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160326.d	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000167414.e	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00990000208084	ENSGT00940000168203 #32
Lumpfish	MODERN SPECIES	21	ENSCLMG00005004909	ASB13 (ENSCLMG00005004906)	NET1 (ENSCLMG00005002008) #7	ENSCLMG00005001990 #8	slc35b4 (ENSCLMG00005001980)	golt1bb (ENSCLMG00005001976) #9	ldhbb (ENSCLMG00005001969) #10	tmpob (ENSCLMG00005001968) #12	pthlhb (ENSCLMG00005001967) #14	ENSCLMG00005001966 #16	KCNA1 (ENSCLMG00005001965) #17	CNOT4 (ENSCLMG00005001931) #18	zgc:136858 (ENSCLMG00005001925) #19	ENSCLMG00005001919 #20	ENSCLMG00005001915 #21	ENSCLMG00005001855 #22	ENSCLMG00005001800 ##21	bpgm (ENSCLMG00005001797) #23	tnnt2d (ENSCLMG00005001794) #24	dnm1l (ENSCLMG00005001448) #25	dnajb9a (ENSCLMG00005001306) #26	ENSCLMG00005001196 #27	ENSCLMG00005000608	CNTN1 (ENSCLMG00005000220) #29	PDZRN4 (ENSCLMG00005000134) #30	GXYLT1 (ENSCLMG00005000113)	YAF2 (ENSCLMG00005000104) ##31	PPHLN1 (ENSCLMG00005000074)	prickle1a (ENSCLMG00005020032) #33	ENSCLMG00005020028	ADAMTS20 (ENSCLMG00005020015)
Stickleback	MODERN SPECIES	14	CELF2 (ENSGACG00000004426)	taf3 (ENSGACG00000004409)	ENSGACG00000004384	NET1 (ENSGACG00000004380) #7	chchd3b (ENSGACG00000004357) #8	slc35b4 (ENSGACG00000004350)	golt1bb (ENSGACG00000004333) #9	ldhbb (ENSGACG00000004329) #10	tmpob (ENSGACG00000004325) #12	pthlhb (ENSGACG00000004317) #14	ENSGACG00000004313	ENSGACG00000004310 #16	KCNA1 (ENSGACG00000004302) #17	CNOT4 (ENSGACG00000004276) #18	zgc:136858 (ENSGACG00000004250) #19	ENSGACG00000004247 #22	ENSGACG00000004229 ##21	bpgm (ENSGACG00000004215) #23	ENSGACG00000004208	tnnt2d (ENSGACG00000004200) #24	dnm1l (ENSGACG00000004145) #25	dnajb9a (ENSGACG00000004142) #26	ENSGACG00000004140 #27	CNTN1 (ENSGACG00000004129) #29	PDZRN4 (ENSGACG00000004122) #30	GXYLT1 (ENSGACG00000004112)	YAF2 (ENSGACG00000004103) ##31	ENSGACG00000004099	ENSGACG00000004098 #32	prickle1a (ENSGACG00000004088) #33	ADAMTS20 (ENSGACG00000004063)
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	15	NET1 (ENSLBEG00000010330) #7	slc35b4 (ENSLBEG00000010300)	golt1bb (ENSLBEG00000010261) #9	ldhbb (ENSLBEG00000010213) #10	tmpob (ENSLBEG00000010183) #12	pthlhb (ENSLBEG00000010155) #14	ENSLBEG00000010135	ENSLBEG00000010097 #16	KCNA1 (ENSLBEG00000010081) #17	CNOT4 (ENSLBEG00000009999) #18	zgc:136858 (ENSLBEG00000009831) #19	ENSLBEG00000009735 #20	ENSLBEG00000009522 #21	ENSLBEG00000009453 ##21	ENSLBEG00000009437	ENSLBEG00000009423 #22	ENSLBEG00000009399 ##21	bpgm (ENSLBEG00000009382) #23	ENSLBEG00000009310	tnnt2d (ENSLBEG00000008713) #24	dnm1l (ENSLBEG00000008434) #25	dnajb9a (ENSLBEG00000008376) #26	ENSLBEG00000008315 #27	NRCAM (ENSLBEG00000007863) #28	CNTN1 (ENSLBEG00000007683) #29	PDZRN4 (ENSLBEG00000007631) #30	GXYLT1 (ENSLBEG00000007556)	YAF2 (ENSLBEG00000007500) ##31	ENSLBEG00000007482	prickle1a (ENSLBEG00000007417) #33	ENSLBEG00000007381
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Turbot	MODERN SPECIES	1	ENSSMAG00000008847 #7	slc35b4 (ENSSMAG00000008776)	golt1bb (ENSSMAG00000008750) #9	ENSSMAG00000031141	ldhbb (ENSSMAG00000008730) #10	tmpob (ENSSMAG00000022767) #12	pthlhb (ENSSMAG00000008692) #14	ENSSMAG00000008686	ENSSMAG00000037334 #16	ENSSMAG00000008668 #17	ENSSMAG00000008614 #18	zgc:136858 (ENSSMAG00000008577) #19	ENSSMAG00000008563 #20	ENSSMAG00000008539 #21	ENSSMAG00000008521 ##21	ENSSMAG00000026823 #22	ENSSMAG00000022935 ##21	bpgm (ENSSMAG00000031971) #23	ENSSMAG00000028897	tnnt2d (ENSSMAG00000008403) #24	dnm1l (ENSSMAG00000008336) #25	dnajb9a (ENSSMAG00000030394) #26	ENSSMAG00000008292 #27	NRCAM (ENSSMAG00000008243) #28	CNTN1 (ENSSMAG00000008140) #29	PDZRN4 (ENSSMAG00000008100) #30	GXYLT1 (ENSSMAG00000008062)	YAF2 (ENSSMAG00000008054) ##31	PRICKLE1 (ENSSMAG00000008028) #33	PPHLN1 (ENSSMAG00000008043)	ENSSMAG00000008018
Tongue sole	MODERN SPECIES	16	ENSCSEG00000015274	NET1 (ENSCSEG00000015257) #7	ENSCSEG00000015245 #8	slc35b4 (ENSCSEG00000015228)	golt1bb (ENSCSEG00000015217) #9	ldhbb (ENSCSEG00000015220) #10	tmpob (ENSCSEG00000015206) #12	pthlhb (ENSCSEG00000015200) #14	ENSCSEG00000015191	ENSCSEG00000015184 ##16	KCNA1 (ENSCSEG00000015180) #17	KCNA1 (ENSCSEG00000015175) #17	CNOT4 (ENSCSEG00000015080) #18	zgc:136858 (ENSCSEG00000015037) #19	ENSCSEG00000015010	ENSCSEG00000014981 #22	ENSCSEG00000014973 ##21	bpgm (ENSCSEG00000014964) #23	ENSCSEG00000014958	ENSCSEG00000014946	tnnt2d (ENSCSEG00000014535) #24	dnm1l (ENSCSEG00000014488) #25	ENSCSEG00000014481	ENSCSEG00000014473	IMPDH1 (ENSCSEG00000014337)	ENSCSEG00000014305	ENSCSEG00000014293	banp (ENSCSEG00000014270)	ENSCSEG00000014259	FBXO31 (ENSCSEG00000014249)	polg (ENSCSEG00000014041)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	144	ENSLCAG00010021244 #8	slc35b4 (ENSLCAG00010021246)	golt1bb (ENSLCAG00010021252) #9	ldhbb (ENSLCAG00010021256) #10	tmpob (ENSLCAG00010021266) #12	pthlhb (ENSLCAG00010021268) #14	ENSLCAG00010021270	ENSLCAG00010021271 #16	KCNA1 (ENSLCAG00010021273) #17	CNOT4 (ENSLCAG00010021275) #18	zgc:136858 (ENSLCAG00010021280) #19	ENSLCAG00010021288 #20	tnni4a (ENSLCAG00010021290) #21	ENSLCAG00010021291 #22	ENSLCAG00010021295 #22	ENSLCAG00010021296 #22	ENSLCAG00010021299 ##21	bpgm (ENSLCAG00010021300) #23	tnnt2d (ENSLCAG00010021309) #24	dnm1l (ENSLCAG00010021454) #25	dnajb9a (ENSLCAG00010021915) #26	ENSLCAG00010021917 #27	NRCAM (ENSLCAG00010022373) #28	CNTN1 (ENSLCAG00010023704) #29	PDZRN4 (ENSLCAG00010023738) #30	GXYLT1 (ENSLCAG00010023741)	YAF2 (ENSLCAG00010023745) ##31	PPHLN1 (ENSLCAG00010023747)	prickle1a (ENSLCAG00010023751) #33	ENSLCAG00010023754	ADAMTS20 (ENSLCAG00010023794)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	144	ASB13 (ENSLCAG00010021238)	NET1 (ENSLCAG00010021242) #7	ENSLCAG00010021244 #8	slc35b4 (ENSLCAG00010021246)	golt1bb (ENSLCAG00010021252) #9	ldhbb (ENSLCAG00010021256) #10	tmpob (ENSLCAG00010021266) #12	pthlhb (ENSLCAG00010021268) #14	ENSLCAG00010021270	ENSLCAG00010021271 #16	KCNA1 (ENSLCAG00010021273) #17	CNOT4 (ENSLCAG00010021275) #18	zgc:136858 (ENSLCAG00010021280) #19	ENSLCAG00010021288 #20	tnni4a (ENSLCAG00010021290) #21	ENSLCAG00010021291 #22	ENSLCAG00010021295 #22	ENSLCAG00010021296 #22	ENSLCAG00010021299 ##21	bpgm (ENSLCAG00010021300) #23	tnnt2d (ENSLCAG00010021309) #24	dnm1l (ENSLCAG00010021454) #25	dnajb9a (ENSLCAG00010021915) #26	ENSLCAG00010021917 #27	NRCAM (ENSLCAG00010022373) #28	CNTN1 (ENSLCAG00010023704) #29	PDZRN4 (ENSLCAG00010023738) #30	GXYLT1 (ENSLCAG00010023741)	YAF2 (ENSLCAG00010023745) ##31	PPHLN1 (ENSLCAG00010023747)	prickle1a (ENSLCAG00010023751) #33
Barramundi perch	MODERN SPECIES	144	NET1 (ENSLCAG00010021242) #7	ENSLCAG00010021244 #8	slc35b4 (ENSLCAG00010021246)	golt1bb (ENSLCAG00010021252) #9	ldhbb (ENSLCAG00010021256) #10	tmpob (ENSLCAG00010021266) #12	pthlhb (ENSLCAG00010021268) #14	ENSLCAG00010021270	ENSLCAG00010021271 #16	KCNA1 (ENSLCAG00010021273) #17	CNOT4 (ENSLCAG00010021275) #18	zgc:136858 (ENSLCAG00010021280) #19	ENSLCAG00010021288 #20	tnni4a (ENSLCAG00010021290) #21	ENSLCAG00010021291 #22	ENSLCAG00010021295 #22	ENSLCAG00010021296 #22	ENSLCAG00010021299 ##21	bpgm (ENSLCAG00010021300) #23	tnnt2d (ENSLCAG00010021309) #24	dnm1l (ENSLCAG00010021454) #25	dnajb9a (ENSLCAG00010021915) #26	ENSLCAG00010021917 #27	NRCAM (ENSLCAG00010022373) #28	CNTN1 (ENSLCAG00010023704) #29	PDZRN4 (ENSLCAG00010023738) #30	GXYLT1 (ENSLCAG00010023741)	YAF2 (ENSLCAG00010023745) ##31	PPHLN1 (ENSLCAG00010023747)	prickle1a (ENSLCAG00010023751) #33	ENSLCAG00010023754
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Greater amberjack	MODERN SPECIES	86	ENSSDUG00000022585 #8	slc35b4 (ENSSDUG00000022589)	golt1bb (ENSSDUG00000022595) #9	ENSSDUG00000022596	ldhbb (ENSSDUG00000022601) #10	tmpob (ENSSDUG00000022606) #12	pthlhb (ENSSDUG00000022610) #14	ENSSDUG00000022615	ENSSDUG00000022622 #16	KCNA1 (ENSSDUG00000022629) #17	CNOT4 (ENSSDUG00000022635) #18	zgc:136858 (ENSSDUG00000022651) #19	ENSSDUG00000022674 #20	tnni4a (ENSSDUG00000022686) #21	ENSSDUG00000022691 ##21	ENSSDUG00000022700 #22	ENSSDUG00000022704 ##21	bpgm (ENSSDUG00000022717) #23	CALD1 (ENSSDUG00000022720)	tnnt2d (ENSSDUG00000022739) #24	dnm1l (ENSSDUG00000022859) #25	dnajb9a (ENSSDUG00000022878) #26	PNPLA8 (ENSSDUG00000022881) #27	NRCAM (ENSSDUG00000022888) #28	CNTN1 (ENSSDUG00000022906) #29	PDZRN4 (ENSSDUG00000022923) #30	GXYLT1 (ENSSDUG00000022929)	YAF2 (ENSSDUG00000022939) ##31	PPHLN1 (ENSSDUG00000022947)	prickle1a (ENSSDUG00000022955) #33	ENSSDUG00000022967
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00390000007126	ENSGT00940000162677
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000162649.f.b.d	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00390000007126	ENSGT00940000162677
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000162649.f.b.d.c	ENSGT00940000162649.f.b.d.d	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00950000183129.a.f	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00390000007126.e
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	707								ENSAOCG00000010845 #16	KCNA1 (ENSAOCG00000010828) #17	CNOT4 (ENSAOCG00000010792) #18	zgc:136858 (ENSAOCG00000010735) #19	ENSAOCG00000010680 #20	ENSAOCG00000010646 ##21	tnni4a (ENSAOCG00000010625) #21	ENSAOCG00000010561 ##21	ENSAOCG00000000643 #22	bpgm (ENSAOCG00000010343) #23	ENSAOCG00000010325	tnnt2d (ENSAOCG00000010295) #24	dnm1l (ENSAOCG00000010262) #25	dnajb9a (ENSAOCG00000010215) #26	PNPLA8 (ENSAOCG00000010204) #27	NRCAM (ENSAOCG00000010166) #28	CNTN1 (ENSAOCG00000009886) #29	PDZRN4 (ENSAOCG00000009846) #30
Orange clownfish	MODERN SPECIES	18	ENSAPEG00000003636	ENSAPEG00000003666	ldhbb (ENSAPEG00000003841) #10	ENSAPEG00000003879	ENSAPEG00000004069	tmpob (ENSAPEG00000004590) #12	pthlhb (ENSAPEG00000004595) #14	ENSAPEG00000004610	ENSAPEG00000004622 #16	KCNA1 (ENSAPEG00000004635) #17	CNOT4 (ENSAPEG00000004680) #18	zgc:136858 (ENSAPEG00000004724) #19	ENSAPEG00000004806 #20	tnni4a (ENSAPEG00000004854) #21	ENSAPEG00000004911 ##21	ENSAPEG00000005086 #22	bpgm (ENSAPEG00000005108) #23	CALD1 (ENSAPEG00000005119)	tnnt2d (ENSAPEG00000005151) #24	dnm1l (ENSAPEG00000005223) #25	dnajb9a (ENSAPEG00000005364) #26	ENSAPEG00000005407 #27	NRCAM (ENSAPEG00000005494) #28	CNTN1 (ENSAPEG00000005725) #29	PDZRN4 (ENSAPEG00000005775) #30	GXYLT1 (ENSAPEG00000005812)	YAF2 (ENSAPEG00000005856) ##31	parp16 (ENSAPEG00000005885)	ifitm5 (ENSAPEG00000005898)	ENSAPEG00000005914	cdkn1ca (ENSAPEG00000005955)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	141								ALDH1L2 (ENSAPOG00000000452)	pthlhb (ENSAPOG00000016163) #14	ENSAPOG00000016181 #16	KCNA1 (ENSAPOG00000016187) #17	ENSAPOG00000016198	CNOT4 (ENSAPOG00000016272) #18	zgc:136858 (ENSAPOG00000016393) #19	ENSAPOG00000016427 ##21	ENSAPOG00000016449 #22	ENSAPOG00000016478 ##21	bpgm (ENSAPOG00000016493) #23	ENSAPOG00000016511	ENSAPOG00000016532	tnnt2d (ENSAPOG00000016573) #24	dnm1l (ENSAPOG00000016682) #25	dnajb9a (ENSAPOG00000016699) #26	ENSAPOG00000016711 #27	NRCAM (ENSAPOG00000016917) #28	CNTN1 (ENSAPOG00000016941) #29	PDZRN4 (ENSAPOG00000016980) #30	GXYLT1 (ENSAPOG00000017039)	YAF2 (ENSAPOG00000016986) ##31	ifitm5 (ENSAPOG00000017051)	ENSAPOG00000017126
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1217							ldhbb (ENSSPAG00000012436) #10	tmpob (ENSSPAG00000012406) #12	pthlhb (ENSSPAG00000012395) #14	ENSSPAG00000012390 #16	KCNA1 (ENSSPAG00000012387) #17	CNOT4 (ENSSPAG00000012329) #18	zgc:136858 (ENSSPAG00000012273) #19	ENSSPAG00000012226 #20	ENSSPAG00000012204 ##21	ENSSPAG00000012175 #22	ENSSPAG00000012160 ##21	bpgm (ENSSPAG00000012146) #23	ENSSPAG00000012130	tnnt2d (ENSSPAG00000012090) #24	dnm1l (ENSSPAG00000012049) #25	dnajb9a (ENSSPAG00000012033) #26	ENSSPAG00000012015 #27
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160326.d	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000158636
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	6	ENSKMAG00000004225	NET1 (ENSKMAG00000004260) #7	ENSKMAG00000004330 #8	golt1bb (ENSKMAG00000004346) #9	slc35b4 (ENSKMAG00000004389)	ldhbb (ENSKMAG00000004441) #10	tmpob (ENSKMAG00000004488) #12	pthlhb (ENSKMAG00000004512) #14	ENSKMAG00000004526	ENSKMAG00000004550 #16	KCNA1 (ENSKMAG00000004556) #17	CNOT4 (ENSKMAG00000004581) #18	zgc:136858 (ENSKMAG00000004663) #19	ENSKMAG00000004737 #20	tnni4a (ENSKMAG00000004784) #21	ENSKMAG00000004834 #22	bpgm (ENSKMAG00000004859) #23	ENSKMAG00000004875	tnnt2d (ENSKMAG00000004908) #24	dnm1l (ENSKMAG00000004994) #25	ENSKMAG00000005089 #27	dnajb9a (ENSKMAG00000005139) #26	NRCAM (ENSKMAG00000005274) #28	CNTN1 (ENSKMAG00000005644) #29	PDZRN4 (ENSKMAG00000005705) #30	GXYLT1 (ENSKMAG00000005749)	YAF2 (ENSKMAG00000005787) ##31	PPHLN1 (ENSKMAG00000005806)	prickle1a (ENSKMAG00000005861) #33	ENSKMAG00000005935	ADAMTS20 (ENSKMAG00000005969)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1622	ASB13 (ENSNFUG00015022477)	NET1 (ENSNFUG00015022497) #7	ENSNFUG00015022628 #8	slc35b4 (ENSNFUG00015022625)	ENSNFUG00015022635	GOLT1BB (ENSNFUG00015022644) #9	LDHB (ENSNFUG00015022653) #10	TMPOB (ENSNFUG00015022658) #12	PTHLH (ENSNFUG00015022661) #14	ENSNFUG00015022664 #16	KCNA1 (ENSNFUG00015022665) #17	CNOT4 (ENSNFUG00015022672) #18	zgc:136858 (ENSNFUG00015022688) #19	ENSNFUG00015022692 #20	tnni4a (ENSNFUG00015022701) #21	ENSNFUG00015022759 #22	BPGM (ENSNFUG00015022761) #23	tnnt2d (ENSNFUG00015022764) #24	dnm1l (ENSNFUG00015022771) #25	DNAJB9 (ENSNFUG00015022799) #26	PNPLA8 (ENSNFUG00015022803) #27	ENSNFUG00015022817	NRCAM (ENSNFUG00015022871) #28	CNTN1 (ENSNFUG00015023371) #29	PDZRN4 (ENSNFUG00015024360) #30	ENSNFUG00015024374	GXYLT1B (ENSNFUG00015024376)	YAF2 (ENSNFUG00015024379) ##31	ENSNFUG00015024381	ADAMTS20 (ENSNFUG00015024443)	twf1a (ENSNFUG00015024697)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT01050000248182	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT01050000248182	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000175224	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Mummichog	MODERN SPECIES	2447	ASB13 (ENSFHEG00000006982)	NET1 (ENSFHEG00000006961) #7	chchd3b (ENSFHEG00000006911) #8	slc35b4 (ENSFHEG00000006897)	golt1bb (ENSFHEG00000006866) #9	ldhbb (ENSFHEG00000006831) #10	tmpob (ENSFHEG00000006728) #12	pthlhb (ENSFHEG00000006716) #14	ENSFHEG00000006696 #16	KCNA1 (ENSFHEG00000006686) #17	CNOT4 (ENSFHEG00000006608) #18	zgc:136858 (ENSFHEG00000006533) #19	ENSFHEG00000006438 #20	tnni4a (ENSFHEG00000006404) #21	ENSFHEG00000006396 ##21	ENSFHEG00000006387 #22	ENSFHEG00000006369 ##21	bpgm (ENSFHEG00000006360) #23	ENSFHEG00000006342	tnnt2d (ENSFHEG00000006322) #24	dnm1l (ENSFHEG00000006283) #25	ENSFHEG00000006099	dnajb9a (ENSFHEG00000006089) #26	PNPLA8 (ENSFHEG00000006070) #27	NRCAM (ENSFHEG00000006042) #28	CNTN1 (ENSFHEG00000005703) #29	GXYLT1 (ENSFHEG00000005428)	YAF2 (ENSFHEG00000005397) ##31	PPHLN1 (ENSFHEG00000005379)	prickle1a (ENSFHEG00000005349) #33	ENSFHEG00000005273
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	632	ENSCVAG00000009208	NET1 (ENSCVAG00000009213) #7	slc35b4 (ENSCVAG00000009266)	golt1bb (ENSCVAG00000009272) #9	ENSCVAG00000009288	ldhbb (ENSCVAG00000009309) #10	tmpob (ENSCVAG00000009330) #12	pthlhb (ENSCVAG00000009336) #14	ENSCVAG00000009343 #16	KCNA1 (ENSCVAG00000009347) #17	CNOT4 (ENSCVAG00000009399) #18	zgc:136858 (ENSCVAG00000009439) #19	ENSCVAG00000009456 #20	tnni4a (ENSCVAG00000009468) #21	ENSCVAG00000009474 ##21	ENSCVAG00000009490 #22	ENSCVAG00000009510 ##21	bpgm (ENSCVAG00000009514) #23	tnnt2d (ENSCVAG00000009633) #24	dnm1l (ENSCVAG00000009840) #25
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT01050000248182	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT01050000248182	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627
Amazon molly	MODERN SPECIES	269	NET1 (ENSPFOG00000001618) #7	chchd3b (ENSPFOG00000001782) #8	slc35b4 (ENSPFOG00000001828)	golt1bb (ENSPFOG00000001939) #9	ldhbb (ENSPFOG00000002013) #10	tmpob (ENSPFOG00000002133) #12	pthlhb (ENSPFOG00000002189) #14	ENSPFOG00000020310	ENSPFOG00000022058 #16	KCNA1 (ENSPFOG00000023573) #17	CNOT4 (ENSPFOG00000002228) #18	zgc:136858 (ENSPFOG00000002505) #19	ENSPFOG00000002689 #20	tnni4a (ENSPFOG00000002691) #21	ENSPFOG00000002692 ##21	ENSPFOG00000002695 #22	ENSPFOG00000002702 ##21	bpgm (ENSPFOG00000002708) #23	CALD1 (ENSPFOG00000002752)	tnnt2d (ENSPFOG00000002210) #24	dnm1l (ENSPFOG00000002801) #25	dnajb9a (ENSPFOG00000003137) #26	PNPLA8 (ENSPFOG00000003149) #27	NRCAM (ENSPFOG00000003287) #28	CNTN1 (ENSPFOG00000004289) #29	PDZRN4 (ENSPFOG00000005033) #30	ENSPFOG00000023657	GXYLT1 (ENSPFOG00000005277)	YAF2 (ENSPFOG00000005422) ##31	PPHLN1 (ENSPFOG00000005469)	prickle1a (ENSPFOG00000005504) #33
Sailfin molly	MODERN SPECIES	138								lgr4 (ENSPLAG00000001871)	mybpc3 (ENSPLAG00000001818)	ENSPLAG00000001794 #16	KCNA1 (ENSPLAG00000001790) #17	CNOT4 (ENSPLAG00000001780) #18	zgc:136858 (ENSPLAG00000001763) #19	ENSPLAG00000001751	tnni4a (ENSPLAG00000001747) #21	ENSPLAG00000001740 #22	ENSPLAG00000001733 ##21	ENSPLAG00000001729 ##21	bpgm (ENSPLAG00000001718) #23	CALD1 (ENSPLAG00000001710)	tnnt2d (ENSPLAG00000001701) #24	dnm1l (ENSPLAG00000001690) #25	dnajb9a (ENSPLAG00000001668) #26	PNPLA8 (ENSPLAG00000001659) #27	NRCAM (ENSPLAG00000001644) #28	CNTN1 (ENSPLAG00000001621) #29
Guppy	MODERN SPECIES	458	ENSPREG00000007964	slc35b4 (ENSPREG00000007986)	golt1bb (ENSPREG00000008009) #9	ENSPREG00000008015	ldhbb (ENSPREG00000008039) #10	tmpob (ENSPREG00000008109) #12	pthlhb (ENSPREG00000008124) #14	ENSPREG00000008133	ENSPREG00000008147 #16	KCNA1 (ENSPREG00000008157) #17	CNOT4 (ENSPREG00000008171) #18	zgc:136858 (ENSPREG00000008221) #19	ENSPREG00000008257 #20	tnni4a (ENSPREG00000008272) #21	ENSPREG00000008289 ##21	ENSPREG00000008365 #22	ENSPREG00000008493 ##21	bpgm (ENSPREG00000008515) #23	tnnt2d (ENSPREG00000008538) #24	dnm1l (ENSPREG00000008602) #25	dnajb9a (ENSPREG00000008699) #26	PNPLA8 (ENSPREG00000008719) #27	NRCAM (ENSPREG00000008863) #28	CNTN1 (ENSPREG00000009441) #29	PDZRN4 (ENSPREG00000009526) #30	GXYLT1 (ENSPREG00000009558)	YAF2 (ENSPREG00000009617) ##31	PPHLN1 (ENSPREG00000009629)	prickle1a (ENSPREG00000009636) #33	ENSPREG00000009646	ADAMTS20 (ENSPREG00000009700)
Platyfish	MODERN SPECIES	11	chchd3b (ENSXMAG00000016927) #8	slc35b4 (ENSXMAG00000016942)	golt1bb (ENSXMAG00000016953) #9	ldhbb (ENSXMAG00000016966) #10	ENSXMAG00000029981	tmpob (ENSXMAG00000016975) #12	pthlhb (ENSXMAG00000016979) #14	ENSXMAG00000016904	ENSXMAG00000019895 #16	KCNA1 (ENSXMAG00000019897) #17	CNOT4 (ENSXMAG00000016984) #18	zgc:136858 (ENSXMAG00000016998) #19	ENSXMAG00000025969 #20	tnni4a (ENSXMAG00000025114) #21	ENSXMAG00000024483 ##21	ENSXMAG00000017021 #22	ENSXMAG00000026716 ##21	bpgm (ENSXMAG00000023031) #23	tnnt2d (ENSXMAG00000017044) #24	dnm1l (ENSXMAG00000017047) #25	dnajb9a (ENSXMAG00000028221) #26	ENSXMAG00000021559 #27	NRCAM (ENSXMAG00000017134) #28	CNTN1 (ENSXMAG00000017213) #29	PDZRN4 (ENSXMAG00000029582) #30	GXYLT1 (ENSXMAG00000017282)	YAF2 (ENSXMAG00000025433) ##31	PPHLN1 (ENSXMAG00000029948)	ENSXMAG00000028228	prickle1a (ENSXMAG00000017299) #33	ENSXMAG00000021158
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000175224	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000158636
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063735.b	ENSGT00940000165059.B.a	ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000155533.d.r	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000158636
Chinese medaka	DUPLICATION
Chinese medaka	MODERN SPECIES	766	taf3 (ENSOSIG00000014441)	ENSOSIG00000014442	ENSOSIG00000014445	NET1 (ENSOSIG00000014457) #7	chchd3b (ENSOSIG00000016670) #8	slc35b4 (ENSOSIG00000016673)	ldhbb (ENSOSIG00000016681) #10	tmpob (ENSOSIG00000016688) #12	pthlhb (ENSOSIG00000016689) #14	ENSOSIG00000016690 #16	KCNA1 (ENSOSIG00000016691) #17	CNOT4 (ENSOSIG00000016695) #18	zgc:136858 (ENSOSIG00000016721) #19	ENSOSIG00000016725 #20	tnni4a (ENSOSIG00000016730) #21	ENSOSIG00000016731 #22	ENSOSIG00000016734 #22	ENSOSIG00000016735 ##21	tnnt2d (ENSOSIG00000016739) #24	ENSOSIG00000016741 #25	DNAH5 (ENSOSIG00000016749)	ENSOSIG00000016760 #27	NRCAM (ENSOSIG00000017271) #28	CNTN1 (ENSOSIG00000022126) #29	GXYLT1 (ENSOSIG00000022950)	YAF2 (ENSOSIG00000022954) ##31	PPHLN1 (ENSOSIG00000022959)	prickle1a (ENSOSIG00000022962) #33	ENSOSIG00000022964	ADAMTS20 (ENSOSIG00000023063)	irak4 (ENSOSIG00000023217)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	766	ENSOSIG00000014442	ENSOSIG00000014445	NET1 (ENSOSIG00000014457) #7	chchd3b (ENSOSIG00000016670) #8	slc35b4 (ENSOSIG00000016673)	ldhbb (ENSOSIG00000016681) #10	tmpob (ENSOSIG00000016688) #12	pthlhb (ENSOSIG00000016689) #14	ENSOSIG00000016690 #16	KCNA1 (ENSOSIG00000016691) #17	CNOT4 (ENSOSIG00000016695) #18	zgc:136858 (ENSOSIG00000016721) #19	ENSOSIG00000016725 #20	tnni4a (ENSOSIG00000016730) #21	ENSOSIG00000016731 #22	ENSOSIG00000016734 #22	ENSOSIG00000016735 ##21	tnnt2d (ENSOSIG00000016739) #24	ENSOSIG00000016741 #25	DNAH5 (ENSOSIG00000016749)	ENSOSIG00000016760 #27	NRCAM (ENSOSIG00000017271) #28	CNTN1 (ENSOSIG00000022126) #29	GXYLT1 (ENSOSIG00000022950)	YAF2 (ENSOSIG00000022954) ##31	PPHLN1 (ENSOSIG00000022959)	prickle1a (ENSOSIG00000022962) #33	ENSOSIG00000022964	ADAMTS20 (ENSOSIG00000023063)	irak4 (ENSOSIG00000023217)	twf1a (ENSOSIG00000023236)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	20	ENSORLG00000003844 #7	chchd3b (ENSORLG00000003836) #8	slc35b4 (ENSORLG00000003802)	golt1bb (ENSORLG00000003792) #9	ENSORLG00000023935	ldhbb (ENSORLG00000022136) #10	tmpob (ENSORLG00000003751) #12	pthlhb (ENSORLG00000025229) #14	ENSORLG00000003741	ENSORLG00000003738 #16	ENSORLG00000003735 #17	CNOT4 (ENSORLG00000003727) #18	zgc:136858 (ENSORLG00000003706) #19	ENSORLG00000029963 #20	tnni4a (ENSORLG00000030419) #21	ENSORLG00000003693 #22	ENSORLG00000003676 ##21	bpgm (ENSORLG00000003667) #23	tnnt2d (ENSORLG00000003649) #24	dnm1l (ENSORLG00000003624) #25	DNAH5 (ENSORLG00000003542)	ENSORLG00000003382 #27	ENSORLG00000003354 #28	CNTN1 (ENSORLG00000003308) #29	PDZRN4 (ENSORLG00000003283) #30	GXYLT1 (ENSORLG00000003267)	ENSORLG00000025720	ENSORLG00000024063	ENSORLG00000026898	ENSORLG00000022854	ENSORLG00000023834
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155849.g #7	ENSGT00390000000903.a.j #8	ENSGT00390000002915	ENSGT00390000014507.a.a #9	ENSGT00940000177912	ENSGT00940000153525.i.b #10	ENSGT00940000154098.a.e #12	ENSGT00390000004933.k.b #14	ENSGT00940000164736	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000159018.d #20	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000175224	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.k.a #25	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.c #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##31	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00940000157529.i.a #33	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000158636
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	20	ENSOJAG00000000519	ASB13 (ENSOJAG00000000509)	NET1 (ENSOJAG00000000422) #7	chchd3b (ENSOJAG00000000345) #8	slc35b4 (ENSOJAG00000000339)	ENSOJAG00000000331	golt1bb (ENSOJAG00000000317) #9	ENSOJAG00000000303	ldhbb (ENSOJAG00000000294) #10	tmpob (ENSOJAG00000000281) #12	pthlhb (ENSOJAG00000000274) #14	ENSOJAG00000000271 #16	KCNA1 (ENSOJAG00000000266) #17	CNOT4 (ENSOJAG00000000245) #18	zgc:136858 (ENSOJAG00000000205) #19	ENSOJAG00000000125 #22	ENSOJAG00000022616 ##21	ENSOJAG00000022607 #20	bpgm (ENSOJAG00000022606) #23	ENSOJAG00000022603	tnnt2d (ENSOJAG00000022590) #24	dnm1l (ENSOJAG00000022533) #25	ENSOJAG00000022436 #27	NRCAM (ENSOJAG00000019980) #28	CNTN1 (ENSOJAG00000018970) #29	ENSOJAG00000018907	ENSOJAG00000018889 #30	PDZRN4 (ENSOJAG00000018862) #30	GXYLT1 (ENSOJAG00000018836)	YAF2 (ENSOJAG00000018820) ##31	prickle1a (ENSOJAG00000018801) #33
Indian medaka	MODERN SPECIES	15	ASB13 (ENSOMEG00000011447)	NET1 (ENSOMEG00000011397) #7	chchd3b (ENSOMEG00000011347) #8	slc35b4 (ENSOMEG00000011299)	ldhbb (ENSOMEG00000011239) #10	tmpob (ENSOMEG00000011188) #12	pthlhb (ENSOMEG00000011153) #14	ENSOMEG00000011146	ENSOMEG00000011129 #16	KCNA1 (ENSOMEG00000011109) #17	CNOT4 (ENSOMEG00000011084) #18	zgc:136858 (ENSOMEG00000011025) #19	ENSOMEG00000010987 #20	tnni4a (ENSOMEG00000010945) #21	ENSOMEG00000010901	ENSOMEG00000010797 #22	ENSOMEG00000010772 ##21	bpgm (ENSOMEG00000010725) #23	ENSOMEG00000010686	tnnt2d (ENSOMEG00000010502) #24	dnm1l (ENSOMEG00000010635) #25	ENSOMEG00000010476 #27	ENSOMEG00000010365 #28	CNTN1 (ENSOMEG00000010258) #29	PDZRN4 (ENSOMEG00000010211) #30	GXYLT1 (ENSOMEG00000010162)	YAF2 (ENSOMEG00000010094) ##31	PPHLN1 (ENSOMEG00000010079)	prickle1a (ENSOMEG00000010059) #33	ENSOMEG00000010016	ADAMTS20 (ENSOMEG00000009983)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	20	ENSMMDG00005022000 #8	slc35b4 (ENSMMDG00005022002)	golt1bb (ENSMMDG00005022012) #9	ENSMMDG00005022014	ldhbb (ENSMMDG00005022017) #10	slc25a3b (ENSMMDG00005022022) #11	tmpob (ENSMMDG00005022032) #12	pthlhb (ENSMMDG00005022033) #14	ENSMMDG00005022038 #16	KCNA1 (ENSMMDG00005022042) #17	CNOT4 (ENSMMDG00005022049) #18	zgc:136858 (ENSMMDG00005022097) #19	ENSMMDG00005022105 #20	tnni4a (ENSMMDG00005022107) #21	ENSMMDG00005000116 ##21	ENSMMDG00005000125 #22	ENSMMDG00005000128 ##21	bpgm (ENSMMDG00005000142) #23	tnnt2d (ENSMMDG00005000172) #24	dnm1l (ENSMMDG00005000248) #25	dnajb9a (ENSMMDG00005000306) #26	ENSMMDG00005000313 #27	NRCAM (ENSMMDG00005000496) #28	CNTN1 (ENSMMDG00005001022) #29	PDZRN4 (ENSMMDG00005001054) #30	GXYLT1 (ENSMMDG00005001060)	YAF2 (ENSMMDG00005001063) ##31	PPHLN1 (ENSMMDG00005001065)	prickle1a (ENSMMDG00005001069) #33	ENSMMDG00005001071	ADAMTS20 (ENSMMDG00005001076)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	597															ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	104	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00940000158686.d	ENSGT00640000091774.a.c.a	ENSGT00640000091774.a.c.b	ENSGT00950000183004.a.b.b	ENSGT00510000047522	ENSGT00940000159839.d.b	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000165644.e	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504 #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00390000016435	ENSGT00530000064192	ENSGT00530000063113.A
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158553.b.a	ENSGT00390000000062	ENSGT00720000108833	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00940000158686.d	ENSGT00640000091774.a.c.a	ENSGT00940000159839.d.b	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000165644.e	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504 #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00390000016435	ENSGT00530000064192	ENSGT00530000063113.A
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158553.b.a	ENSGT00390000000062	ENSGT00720000108833	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00940000158686.d	ENSGT00640000091774.a.c.a	ENSGT00940000159839.d.b	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000165644.e	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504 #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00390000016435	ENSGT00530000064192	ENSGT00530000063113.A
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00720000108833	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00940000158686.d	ENSGT00640000091774.a.c.a	ENSGT00640000091774.a.c.b	ENSGT00950000183004.a.b.b	ENSGT00940000159839.d.b	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000165644.e	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504 #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00390000016435	ENSGT00530000064192	ENSGT00530000063113.A
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	16	ENSAMXG00000009428	atp2b1b (ENSAMXG00000009418)	zgc:171459 (ENSAMXG00000032912)	zgc:101783 (ENSAMXG00000033552)	ENSAMXG00000009402	ENSAMXG00000009342	GRAMD4 (ENSAMXG00000034463)	ENSAMXG00000035147	ENSAMXG00000033288 #16	KCNA1 (ENSAMXG00000024909) #17	CNOT4 (ENSAMXG00000001373) #18	tmem178ba (ENSAMXG00000001358)	zgc:136858 (ENSAMXG00000001386) #19	ENSAMXG00000001401	ENSAMXG00000001410 #21	ENSAMXG00000041360 #22	bpgm (ENSAMXG00000043597) #23	ENSAMXG00000001442	tnnt2d (ENSAMXG00000001452) #24	dnm1l (ENSAMXG00000001473) #25	dnajb9a (ENSAMXG00000041051) #26	ENSAMXG00000001498	kctd15a (ENSAMXG00000001523)	CHST8 (ENSAMXG00000041509)	adal (ENSAMXG00000001538)	cplx3a (ENSAMXG00000040195)	csk (ENSAMXG00000001554)	edc3 (ENSAMXG00000001589)	kxd1 (ENSAMXG00000031268)	ergic2 (ENSAMXG00000034586)	MAGI2 (ENSAMXG00000001699)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	14	atp2b1b (ENSPNAG00000005335)	zgc:171459 (ENSPNAG00000020891)	zgc:113426 (ENSPNAG00000020885)	ENSPNAG00000020874	zgc:101783 (ENSPNAG00000020851)	ENSPNAG00000020670	GRAMD4 (ENSPNAG00000020639)	ENSPNAG00000020490 #16	KCNA1 (ENSPNAG00000020478) #17	tmem178ba (ENSPNAG00000020457)	CNOT4 (ENSPNAG00000020433) #18	zgc:136858 (ENSPNAG00000020362) #19	ENSPNAG00000005186 #20	ENSPNAG00000020311 #21	tnni4b.2 (ENSPNAG00000020281) ##21	ENSPNAG00000020275 #22	ENSPNAG00000020254 ##21	bpgm (ENSPNAG00000020232) #23	ENSPNAG00000020214	tnnt2d (ENSPNAG00000020179) #24	dnm1l (ENSPNAG00000020017) #25	dnajb9a (ENSPNAG00000019951) #26	ENSPNAG00000019924	kctd15a (ENSPNAG00000019793)	CHST8 (ENSPNAG00000019778)	adal (ENSPNAG00000019774)	cplx3a (ENSPNAG00000003608)	csk (ENSPNAG00000019720)	edc3 (ENSPNAG00000019657)	kxd1 (ENSPNAG00000019635)	ergic2 (ENSPNAG00000019558)
Channel catfish	MODERN SPECIES	27	ENSIPUG00000006715	atp2b1b (ENSIPUG00000006615)	zgc:171459 (ENSIPUG00000006601)	zgc:113426 (ENSIPUG00000006587)	ENSIPUG00000006567	ENSIPUG00000006537	GRAMD4 (ENSIPUG00000006473)	ENSIPUG00000006451 #16	KCNA1 (ENSIPUG00000006446) ##17	tmem178ba (ENSIPUG00000006428)	cnot4 (ENSIPUG00000006393) #18	zgc:136858 (ENSIPUG00000006339) #19	ENSIPUG00000006327	ENSIPUG00000006305 #21	tnni4b.2 (ENSIPUG00000006254) ##21	ENSIPUG00000006229 #22	ENSIPUG00000006197 ##21	bpgm (ENSIPUG00000006178) #23	ENSIPUG00000006161	tnnt2d (ENSIPUG00000006128) #24	dnm1l (ENSIPUG00000006021) #25	Dnajb9 (ENSIPUG00000006006) #26	ENSIPUG00000005936	kctd15l (ENSIPUG00000005894)	CHST8 (ENSIPUG00000005881)	adal (ENSIPUG00000005795)	cplx3 (ENSIPUG00000005778)	csk (ENSIPUG00000005716)	edc3 (ENSIPUG00000005695)	kxd1 (ENSIPUG00000005659)	ergic2 (ENSIPUG00000005608)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00640000091774.a.c.a	ENSGT00640000091774.a.c.b	ENSGT00940000164201.c.b.b.b	ENSGT00940000164201.c.b.a.e.a	ENSGT00940000164201.c.b.a.e.b.a	ENSGT00950000183004.a.b.b	ENSGT00940000159839.d.b	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT00940000165644.e	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504.j #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00390000011620.b.e.h	ENSGT00940000159496.l	ENSGT00940000159100.h	ENSGT00950000183113.b.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000157431.c.a	ENSGT00390000016435	ENSGT00530000064192	ENSGT00530000063113.A
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	152	ENSGT00720000108833.a	ENSGT00940000154189.B.a	ENSGT00940000158686.d.b	ENSGT00640000091774.a.c.a.a	ENSGT00640000091774.a.c.b.a	ENSGT00950000183004.a.b.b.a	ENSGT00510000047522.d.a	ENSGT00940000159839.d.b.a	ENSGT00390000010968.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b.e #17	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e.b	ENSGT00390000000068.a.b.b #18	ENSGT00390000007427.b #19	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.n.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a.q #23	ENSGT00940000153901.a.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.e #24	ENSGT00940000155504.j.b #25	ENSGT00940000156246.c.a.a #26	ENSGT00390000011620.b.e.h.b	ENSGT00940000159496.l.a	ENSGT00940000159100.h.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000157431.c.a.b	ENSGT00390000016435.f	ENSGT00530000064192	ENSGT00530000063113.A.s.b	ENSGT00940000155057.wb.e.b
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000154189.B.a	ENSGT00940000158686.d.b	ENSGT00640000091774.a.c.a.a	ENSGT00640000091774.a.c.b.a	ENSGT00940000164201.c.b.a.e.a.b	ENSGT00950000183004.a.b.b.a	ENSGT00510000047522.d.a	ENSGT00940000159839.d.b.a	ENSGT00390000010968.a.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b.e #17	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e.b	ENSGT00390000000068.a.b.b #18	ENSGT00390000007427.b #19	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.n.b #21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a.q #23	ENSGT00940000153901.a.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.e #24	ENSGT00940000155504.j.b #25	ENSGT00940000156246.c.a.a #26	ENSGT00390000011620.b.e.h.b	ENSGT00940000159496.l.a	ENSGT00940000159100.h.a	ENSGT00950000182938.b.b.b.b.a.e.b	ENSGT00940000157431.c.a.b	ENSGT00390000016435.f	ENSGT00530000064192	ENSGT00530000063113.A.s.a	ENSGT00940000155057.wb.e.a
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	30	atp2b1b (ENSSGRG00000050038)	zgc:171459 (ENSSGRG00000050037)	zgc:113426 (ENSSGRG00000050035)	mxg (ENSSGRG00000049977)	zgc:101783 (ENSSGRG00000049975)	ENSSGRG00000049974	ENSSGRG00000049973	GRAMD4 (ENSSGRG00000049972)	kcna6a (ENSSGRG00000049971) ##17	KCNA1 (ENSSGRG00000049969) #17	tmem178ba (ENSSGRG00000049967)	CNOT4 (ENSSGRG00000049881) #18	zgc:136858 (ENSSGRG00000049879) #19	ENSSGRG00000049878	tnni4b.2 (ENSSGRG00000049876) ##21	ENSSGRG00000049833 #22	ENSSGRG00000049830 ##21	bpgm (ENSSGRG00000049828) #23	tnnt2d (ENSSGRG00000049789) #24	DNM1L (ENSSGRG00000049324) #25	dnajb9a (ENSSGRG00000049321) #26	ENSSGRG00000049320	CHST8 (ENSSGRG00000049319)	kctd15a (ENSSGRG00000049318)	CPLX3 (ENSSGRG00000049316)	csk (ENSSGRG00000049064)	kxd1 (ENSSGRG00000049053)	edc3 (ENSSGRG00000049052)	ergic2 (ENSSGRG00000048832)	ENSSGRG00000048828	MAGI2 (ENSSGRG00000048416)
Common carp reference	MODERN SPECIES	33	si:ch211-59o9.10 (ENSCCRG00000015921)	actr6 (ENSCCRG00000015866)	atp2b1b (ENSCCRG00000015848)	zgc:113426 (ENSCCRG00000015835)	mxg (ENSCCRG00000045849)	ENSCCRG00000053451	zgc:101783 (ENSCCRG00000014583)	ENSCCRG00000071231	ENSCCRG00000000912	ENSCCRG00000006960	ENSCCRG00000076127 #16	ENSCCRG00000065772 #17	ENSCCRG00000038814 #18	zgc:136858 (ENSCCRG00000038816) #19	ENSCCRG00000038826 #21	ENSCCRG00000072998 #22	tnni4b.2 (ENSCCRG00000038842) ##21	bpgm (ENSCCRG00000074369) #23	ENSCCRG00000079503	ENSCCRG00000059759	tnnt2d (ENSCCRG00000067690) #24	ENSCCRG00000038928 #25	dnajb9a (ENSCCRG00000063117) #26	ENSCCRG00000038902	kctd15a (ENSCCRG00000065628)	ENSCCRG00000039975	ENSCCRG00000081808	adal (ENSCCRG00000047193)	cplx3a (ENSCCRG00000063843)	csk (ENSCCRG00000040243)	edc3 (ENSCCRG00000072553)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	139						ENSGT00940000158686.d	ENSGT00940000154189.B	ENSGT00940000159839.d.b	ENSGT00390000010968.a	ENSGT00940000164299.b.b #16	ENSGT00940000158576.a.b #17	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00390000000068.a.b #18	ENSGT00390000007427 #19	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.b ##21	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b #22	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a.a ##21	ENSGT00950000182926.a #23	ENSGT00940000175224	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c #24	ENSGT00940000155504 #25	ENSGT00940000156246.c.a #26	ENSGT00940000155025.A	ENSGT00940000154738.a.q #27	ENSGT00940000155419.c.a #28	ENSGT00940000155915.a #29	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b #30	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00530000063554.a	ENSGT00940000160061
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	8	ENSDCDG00000031903	ENSDCDG00000032957	ENSDCDG00000032966	GRAMD4 (ENSDCDG00000033039)	ENSDCDG00000033134 #16	KCNA1 (ENSDCDG00000033135) #17	tmem178ba (ENSDCDG00000033136)	CNOT4 (ENSDCDG00000033138) #18	ENSDCDG00000033146	ENSDCDG00000033148	ENSDCDG00000033149	ENSDCDG00000033151	zgc:136858 (ENSDCDG00000033153) #19	ENSDCDG00000033158 #21	ENSDCDG00000033159 #22	ENSDCDG00000033161 #22	ENSDCDG00000033162 #22	tnni4b.2 (ENSDCDG00000033163) ##21	bpgm (ENSDCDG00000033165) #23	CALD1 (ENSDCDG00000033169)	tnnt2d (ENSDCDG00000033173) #24	dnm1l (ENSDCDG00000033194) #25	dnajb9a (ENSDCDG00000033272) #26	ENSDCDG00000012665	ENSDCDG00000012785 #27	ENSDCDG00000013496 #28	CNTN1 (ENSDCDG00000027377) #29	ENSDCDG00000027473	PDZRN4 (ENSDCDG00000027474) #30	GXYLT1 (ENSDCDG00000027476)	pus7 (ENSDCDG00000027483)
Denticle herring	MODERN SPECIES	8	zgc:171459 (ENSDCDG00000031814)	ENSDCDG00000031903	ENSDCDG00000032957	ENSDCDG00000032966	GRAMD4 (ENSDCDG00000033039)	ENSDCDG00000033134 #16	KCNA1 (ENSDCDG00000033135) #17	tmem178ba (ENSDCDG00000033136)	CNOT4 (ENSDCDG00000033138) #18	ENSDCDG00000033146	ENSDCDG00000033148	ENSDCDG00000033149	ENSDCDG00000033151	zgc:136858 (ENSDCDG00000033153) #19	ENSDCDG00000033158 #21	ENSDCDG00000033159 #22	ENSDCDG00000033161 #22	ENSDCDG00000033162 #22	tnni4b.2 (ENSDCDG00000033163) ##21	bpgm (ENSDCDG00000033165) #23	CALD1 (ENSDCDG00000033169)	tnnt2d (ENSDCDG00000033173) #24	dnm1l (ENSDCDG00000033194) #25	dnajb9a (ENSDCDG00000033272) #26	ENSDCDG00000012665	ENSDCDG00000012785 #27	ENSDCDG00000013496 #28	CNTN1 (ENSDCDG00000027377) #29	ENSDCDG00000027473	PDZRN4 (ENSDCDG00000027474) #30	GXYLT1 (ENSDCDG00000027476)
Denticle herring	MODERN SPECIES	8	ENSDCDG00000032957	ENSDCDG00000032966	GRAMD4 (ENSDCDG00000033039)	ENSDCDG00000033134 #16	KCNA1 (ENSDCDG00000033135) #17	tmem178ba (ENSDCDG00000033136)	CNOT4 (ENSDCDG00000033138) #18	ENSDCDG00000033146	ENSDCDG00000033148	ENSDCDG00000033149	ENSDCDG00000033151	zgc:136858 (ENSDCDG00000033153) #19	ENSDCDG00000033158 #21	ENSDCDG00000033159 #22	ENSDCDG00000033161 #22	ENSDCDG00000033162 #22	tnni4b.2 (ENSDCDG00000033163) ##21	bpgm (ENSDCDG00000033165) #23	CALD1 (ENSDCDG00000033169)	tnnt2d (ENSDCDG00000033173) #24	dnm1l (ENSDCDG00000033194) #25	dnajb9a (ENSDCDG00000033272) #26	ENSDCDG00000012665	ENSDCDG00000012785 #27	ENSDCDG00000013496 #28	CNTN1 (ENSDCDG00000027377) #29	ENSDCDG00000027473	PDZRN4 (ENSDCDG00000027474) #30	GXYLT1 (ENSDCDG00000027476)	pus7 (ENSDCDG00000027483)	hdac10 (ENSDCDG00000027612)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	19	ruvbl2 (ENSCHAG00000012194)	ENSCHAG00000012164	atp2b1b (ENSCHAG00000006419)	gtse1 (ENSCHAG00000006220)	ENSCHAG00000004490	GRAMD4 (ENSCHAG00000002310)	ENSCHAG00000002221 #16	KCNA1 (ENSCHAG00000002201) #17	tmem178ba (ENSCHAG00000002185)	CNOT4 (ENSCHAG00000002097) #18	ENSCHAG00000002073	ENSCHAG00000002049	zgc:136858 (ENSCHAG00000001892) #19	ENSCHAG00000001832 #21	tnni4b.2 (ENSCHAG00000001623) ##21	ENSCHAG00000001241 #22	bpgm (ENSCHAG00000001141) #23	ENSCHAG00000001093	tnnt2d (ENSCHAG00000000865) #24	dnm1l (ENSCHAG00000027213) #25	dnajb9a (ENSCHAG00000027196) #26	ENSCHAG00000027195	ENSCHAG00000027160 #27	NRCAM (ENSCHAG00000024494) #28	CNTN1 (ENSCHAG00000022843) #29	PDZRN4 (ENSCHAG00000022707) #30	ENSCHAG00000022702	GXYLT1 (ENSCHAG00000022694)	pus7 (ENSCHAG00000021961)	hdac10 (ENSCHAG00000021810)	parvb (ENSCHAG00000021676)