Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 567 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 428 ENSGT00940000154784.D.a.a.a ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 481 ENSGT00530000069620 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 257 ENSGT00530000069620 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000175262 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000165659 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992 ENSGT00940000161009 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000165659 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992 ENSGT00940000161009 Theria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00600000085213 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000166577 ENSGT00940000159767 #36 Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00500000045766 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00600000085213 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00740000116630 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00500000045766 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00600000085213 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00740000116630 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00600000085213 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Primates ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00910000147751 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00910000147751 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000005085 #16 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 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ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00910000147751 ENSGT00940000159767 #36 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000005085 #16 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000001158 #30 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00910000147751 ENSGT00940000159767 #36 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 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SPECIES 16 YIPF3 (ENSPANG00000023627) #8 POLR1C (ENSPANG00000009025) #9 XPO5 (ENSPANG00000004080) #10 POLH (ENSPANG00000016473) #11 GTPBP2 (ENSPANG00000023626) #12 MAD2L1BP (ENSPANG00000020360) #13 RSPH9 (ENSPANG00000030372) MRPS18A (ENSPANG00000006967) #14 VEGFA (ENSPANG00000004079) #15 ENSPANG00000005020 #16 ENSPANG00000046969 #17 TMEM63B (ENSPANG00000023571) #18 CAPN11 (ENSPANG00000023068) #19 MYMX (ENSPANG00000034855) #20 SLC29A1 (ENSPANG00000023625) #21 HSP90AB1 (ENSPANG00000000442) #22 SLC35B2 (ENSPANG00000047147) #23 NFKBIE (ENSPANG00000022206) #24 TMEM151B (ENSPANG00000017776) #25 TCTE1 (ENSPANG00000017777) #26 AARS2 (ENSPANG00000004773) #27 SPATS1 (ENSPANG00000024568) #28 CDC5L (ENSPANG00000018654) #29 ENSPANG00000049227 #30 SUPT3H (ENSPANG00000022344) #31 RUNX2 (ENSPANG00000006186) #32 CLIC5 (ENSPANG00000024966) #33 ENPP4 (ENSPANG00000000926) #34 ENPP5 (ENSPANG00000008268) #35 RCAN2 (ENSPANG00000000545) #36 CYP39A1 (ENSPANG00000009400) #37 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 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(ENSCJAG00000012114) #34 ENPP5 (ENSCJAG00000012097) #35 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048.i #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000005085 #16 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a.l #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000001158 #30 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 440 ENSCCAG00000020518 UBD (ENSCCAG00000032833) GABBR1 (ENSCCAG00000034539) 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CYP39A1 (ENSPSMG00000019279) #37 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00600000085213 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Tree shrew MODERN SPECIES 4180 HSP90AB1 (ENSTBEG00000014873) #22 SLC35B2 (ENSTBEG00000015761) #23 TCTE1 (ENSTBEG00000015850) #26 AARS2 (ENSTBEG00000016385) #27 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ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922.e.a #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 ENSGT00940000160098 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 8 Yipf3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021663) #8 Polr1c (MGP_CAROLIEiJ_G0021662) #9 Xpo5 (MGP_CAROLIEiJ_G0021661) #10 Polh (MGP_CAROLIEiJ_G0021660) #11 Gtpbp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021659) #12 Mad2l1bp (MGP_CAROLIEiJ_G0021658) #13 Rsph9 (MGP_CAROLIEiJ_G0021657) Mrps18a (MGP_CAROLIEiJ_G0021656) #14 MGP_CAROLIEiJ_G0021655 #15 MGP_CAROLIEiJ_G0021654 Mrpl14 (MGP_CAROLIEiJ_G0021653) #17 Tmem63b (MGP_CAROLIEiJ_G0021652) #18 Capn11 (MGP_CAROLIEiJ_G0021651) #19 MGP_CAROLIEiJ_G0021650 #20 Slc29a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021649) #21 Hsp90ab1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021648) #22 Slc35b2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021647) #23 Nfkbie (MGP_CAROLIEiJ_G0021646) #24 Tmem151b (MGP_CAROLIEiJ_G0021645) #25 Tcte1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021644) #26 Aars2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021643) #27 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#8 Polr1c (MGP_SPRETEiJ_G0022574) #9 Xpo5 (MGP_SPRETEiJ_G0022573) #10 Polh (MGP_SPRETEiJ_G0022572) #11 Gtpbp2 (MGP_SPRETEiJ_G0022571) #12 Mad2l1bp (MGP_SPRETEiJ_G0022570) #13 Rsph9 (MGP_SPRETEiJ_G0022569) Mrps18a (MGP_SPRETEiJ_G0022568) #14 Vegfa (MGP_SPRETEiJ_G0022567) #15 1600014C23Rik (MGP_SPRETEiJ_G0022566) Mrpl14 (MGP_SPRETEiJ_G0022565) #17 Tmem63b (MGP_SPRETEiJ_G0022564) #18 Capn11 (MGP_SPRETEiJ_G0022563) #19 Mymx (MGP_SPRETEiJ_G0022562) #20 Slc29a1 (MGP_SPRETEiJ_G0022561) #21 Hsp90ab1 (MGP_SPRETEiJ_G0022560) #22 Slc35b2 (MGP_SPRETEiJ_G0022559) #23 Nfkbie (MGP_SPRETEiJ_G0022558) #24 Tmem151b (MGP_SPRETEiJ_G0022557) #25 Tcte1 (MGP_SPRETEiJ_G0022556) #26 Aars2 (MGP_SPRETEiJ_G0022555) #27 MGP_SPRETEiJ_G0022554 #28 MGP_SPRETEiJ_G0022553 #29 Supt3 (MGP_SPRETEiJ_G0022552) #31 Runx2 (MGP_SPRETEiJ_G0022551) #32 MGP_SPRETEiJ_G0022550 #33 Enpp4 (MGP_SPRETEiJ_G0022549) #34 Enpp5 (MGP_SPRETEiJ_G0022548) #35 Rcan2 (MGP_SPRETEiJ_G0022547) #36 Cyp39a1 (MGP_SPRETEiJ_G0022546) #37 Slc25a27 (MGP_SPRETEiJ_G0022545) Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3348 Il18r1 (ENSMSIG00000025150) Il1rl1 (ENSMSIG00000025096) ENSMSIG00000025093 Il1rl2 (ENSMSIG00000025067) Il1r1 (ENSMSIG00000025043) Il1r2 (ENSMSIG00000025031) Map4k4 (ENSMSIG00000022455) ENSMSIG00000022440 Rfx8 (ENSMSIG00000022417) Creg2 (ENSMSIG00000022406) Rnf149 (ENSMSIG00000022375) Cnot11 (ENSMSIG00000022348) Tbc1d8 (ENSMSIG00000022280) Rpl31 (ENSMSIG00000022245) Npas2 (ENSMSIG00000022192) ENSMSIG00000022177 #22 Pdcl3 (ENSMSIG00000022157) Nms (ENSMSIG00000022133) Chst10 (ENSMSIG00000022069) Lonrf2 (ENSMSIG00000022046) Aff3 (ENSMSIG00000021936) Steppe mouse MODERN SPECIES 585 ENSMSIG00000007301 #22 Rat DUPLICATION Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 19 Slc40a1 (ENSRNOG00000003872) Wdr75 (ENSRNOG00000003825) Col5a2 (ENSRNOG00000003736) Col3a1 (ENSRNOG00000003357) Gulp1 (ENSRNOG00000003242) Mettl21cl1 (ENSRNOG00000022762) Ercc5 (ENSRNOG00000022812) Bivm (ENSRNOG00000022894) Poglut2 (ENSRNOG00000011740) 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Gpnmb (ENSNGAG00000014694) Malsu1 (ENSNGAG00000022280) Igf2bp3 (ENSNGAG00000023578) Tra2a (ENSNGAG00000023805) ENSNGAG00000006097 Ccdc126 (ENSNGAG00000021704) Fam221a (ENSNGAG00000022352) Stk31 (ENSNGAG00000024195) ENSNGAG00000008884 Npy (ENSNGAG00000009749) Pals2 (ENSNGAG00000024039) ENSNGAG00000024064 ENSNGAG00000024141 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00500000045766 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00600000085213 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00740000116630 ENSGT00940000158831 #34 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00500000045766 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00600000085213 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00740000116630 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 Suina ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 ENSGT00940000160098 Chacoan peccary MODERN SPECIES 781 LRRC73 (ENSCWAG00000015949) #7 YIPF3 (ENSCWAG00000015909) #8 POLR1C (ENSCWAG00000015847) #9 XPO5 (ENSCWAG00000015792) #10 POLH (ENSCWAG00000015745) #11 GTPBP2 (ENSCWAG00000015681) #12 MAD2L1BP (ENSCWAG00000015648) #13 RSPH9 (ENSCWAG00000015624) MRPS18A (ENSCWAG00000015571) #14 VEGFA (ENSCWAG00000015280) #15 MRPL14 (ENSCWAG00000014930) #17 TMEM63B (ENSCWAG00000014863) #18 CAPN11 (ENSCWAG00000014460) #19 MYMX (ENSCWAG00000014424) #20 SLC29A1 (ENSCWAG00000014160) #21 HSP90AB1 (ENSCWAG00000014052) #22 SLC35B2 (ENSCWAG00000013979) #23 NFKBIE (ENSCWAG00000013940) #24 TCTE1 (ENSCWAG00000013906) #26 TMEM151B (ENSCWAG00000013797) #25 AARS2 (ENSCWAG00000013610) #27 SPATS1 (ENSCWAG00000013504) #28 CDC5L (ENSCWAG00000013381) #29 SUPT3H (ENSCWAG00000013262) #31 RUNX2 (ENSCWAG00000012986) #32 CLIC5 (ENSCWAG00000012739) #33 ENPP4 (ENSCWAG00000012673) #34 ENPP5 (ENSCWAG00000012637) #35 RCAN2 (ENSCWAG00000012552) #36 CYP39A1 (ENSCWAG00000012377) #37 SLC25A27 (ENSCWAG00000012280) Pig MODERN SPECIES 15 LRRC73 (ENSSSCG00000001676) #7 YIPF3 (ENSSSCG00000033627) #8 POLR1C (ENSSSCG00000028007) #9 XPO5 (ENSSSCG00000001679) #10 POLH (ENSSSCG00000001683) #11 GTPBP2 (ENSSSCG00000001689) #12 MAD2L1BP (ENSSSCG00000016346) #13 RSPH9 (ENSSSCG00000001691) MRPS18A (ENSSSCG00000001692) #14 VEGFA (ENSSSCG00000001695) #15 ENSSSCG00000001696 #17 TMEM63B (ENSSSCG00000001697) #18 CAPN11 (ENSSSCG00000001698) #19 MYMX (ENSSSCG00000053910) #20 SLC29A1 (ENSSSCG00000001700) #21 HSP90AB1 (ENSSSCG00000001701) #22 SLC35B2 (ENSSSCG00000001702) #23 NFKBIE (ENSSSCG00000001703) #24 TMEM151B (ENSSSCG00000040047) #25 TCTE1 (ENSSSCG00000001705) #26 AARS2 (ENSSSCG00000001706) #27 SPATS1 (ENSSSCG00000039903) #28 CDC5L (ENSSSCG00000001708) #29 SUPT3H (ENSSSCG00000001709) #31 RUNX2 (ENSSSCG00000001710) #32 CLIC5 (ENSSSCG00000037416) #33 ENPP4 (ENSSSCG00000025788) #34 ENPP5 (ENSSSCG00000001715) #35 RCAN2 (ENSSSCG00000001716) #36 ENSSSCG00000046246 CYP39A1 (ENSSSCG00000001718) #37 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 ENSGT00940000160098 Alpaca MODERN SPECIES 2354 HSP90AB1 (ENSVPAG00000002953) #22 Arabian camel MODERN SPECIES 12 LRRC73 (ENSCDRG00005014167) #7 YIPF3 (ENSCDRG00005014231) #8 POLR1C (ENSCDRG00005014297) #9 XPO5 (ENSCDRG00005014588) #10 POLH (ENSCDRG00005014731) #11 GTPBP2 (ENSCDRG00005014856) #12 MAD2L1BP (ENSCDRG00005014925) #13 RSPH9 (ENSCDRG00005014999) MRPS18A (ENSCDRG00005015039) #14 VEGFA (ENSCDRG00005015143) #15 ENSCDRG00005015582 #17 TMEM63B (ENSCDRG00005015620) #18 CAPN11 (ENSCDRG00005015801) #19 MYMX (ENSCDRG00005015949) #20 SLC29A1 (ENSCDRG00005015969) #21 HSP90AB1 (ENSCDRG00005016031) #22 SLC35B2 (ENSCDRG00005016257) #23 NFKBIE (ENSCDRG00005016296) #24 TMEM151B (ENSCDRG00005016345) #25 TCTE1 (ENSCDRG00005016461) #26 AARS2 (ENSCDRG00005016509) #27 SPATS1 (ENSCDRG00005016556) #28 CDC5L (ENSCDRG00005016628) #29 SUPT3H (ENSCDRG00005016695) #31 ENSCDRG00005016813 RUNX2 (ENSCDRG00005016851) #32 ENSCDRG00005017081 CLIC5 (ENSCDRG00005017124) #33 ENPP4 (ENSCDRG00005017329) #34 ENPP5 (ENSCDRG00005017349) #35 RCAN2 (ENSCDRG00005017371) #36 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 211 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000011376 ENSGT00530000063407.a ENSGT00950000182827.E ENSGT00390000016036 ENSGT00390000010837 ENSGT00390000011674 ENSGT01030000234513.A.a.b ENSGT00950000183034.C ENSGT00390000003897.s.b.b ENSGT00390000012242 ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ENSGT00940000153511.b ENSGT00950000182856.a.b ENSGT00530000063775 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000155566 ENSGT00390000009631 ENSGT00650000093438 ENSGT00940000155536 ENSGT00940000161538 ENSGT00530000063770.c.b ENSGT00940000156249 ENSGT00940000155362 ENSGT00940000157142 ENSGT00940000154347.b.a ENSGT00940000159800 ENSGT00390000012396 ENSGT00530000063698.a.a ENSGT00560000078592 ENSGT00940000155617.B Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011376 ENSGT00530000063407.a ENSGT00950000182827.E ENSGT00390000016036 ENSGT00390000010837 ENSGT00390000011674.l ENSGT00390000011674.k ENSGT01030000234513.A.a.b ENSGT00950000183034.C ENSGT00390000003897.s.b.b ENSGT00390000012242 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(ENSCHIG00000025247) RIPPLY2 (ENSCHIG00000020687) ENSCHIG00000017248 THEMIS (ENSCHIG00000019900) PTPRK (ENSCHIG00000012147) ENSCHIG00000009496 ENSCHIG00000014607 LAMA2 (ENSCHIG00000011086) ARHGAP18 (ENSCHIG00000027143) ENSCHIG00000004894 L3MBTL3 (ENSCHIG00000022911) SAMD3 (ENSCHIG00000014064) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000011376 ENSGT00530000063407.a ENSGT00950000182827.E ENSGT00390000016036 ENSGT00390000010837 ENSGT00390000011674 ENSGT01030000234513.A.a.b ENSGT00950000183034.C ENSGT00390000003897.s.b.b ENSGT00390000012242 ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ENSGT00940000153511.b ENSGT00950000182856.a.b ENSGT00530000063775 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000155566 ENSGT00390000009631 ENSGT00650000093438 ENSGT00940000155536 ENSGT00940000161538 ENSGT00530000063770.c.b ENSGT00940000156249 ENSGT00940000155362 ENSGT00940000157142 ENSGT00940000154347.b.a ENSGT00940000155856.f ENSGT00940000159800 ENSGT00390000012396 ENSGT00530000063698.a.a ENSGT00560000078592 American bison MODERN SPECIES 2973 AKIRIN2 (ENSBBBG00000021059) ORC3 (ENSBBBG00000021131) RARS2 (ENSBBBG00000008669) SLC35A1 (ENSBBBG00000021194) CFAP206 (ENSBBBG00000021214) C6orf163 (ENSBBBG00000007631) SMIM8 (ENSBBBG00000021231) GJB7 (ENSBBBG00000021253) ZNF292 (ENSBBBG00000021267) ENSBBBG00000007632 CGA (ENSBBBG00000021274) HTR1E (ENSBBBG00000021278) SYNCRIP (ENSBBBG00000021311) SNX14 (ENSBBBG00000005764) NT5E (ENSBBBG00000021770) ENSBBBG00000021781 #22 TBX18 (ENSBBBG00000021805) CEP162 (ENSBBBG00000021885) ENSBBBG00000021902 CYB5R4 (ENSBBBG00000021936) RIPPLY2 (ENSBBBG00000021945) THEMIS (ENSBBBG00000021982) PTPRK (ENSBBBG00000022624) LAMA2 (ENSBBBG00000023137) ARHGAP18 (ENSBBBG00000000466) TMEM244 (ENSBBBG00000000435) ENSBBBG00000000427 L3MBTL3 (ENSBBBG00000023292) ENSBBBG00000006098 TMEM200A (ENSBBBG00000006100) EPB41L2 (ENSBBBG00000024307) Bos ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000011376 ENSGT00530000063407.a ENSGT00950000182827.E ENSGT00390000016036 ENSGT00390000010837 ENSGT00390000011674 ENSGT01030000234513.A.a.b ENSGT00950000183034.C ENSGT00390000003897.s.b.b ENSGT00390000012242 ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ENSGT00940000153511.b ENSGT00950000182856.a.b ENSGT00530000063775 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 ENSGT00940000155566 ENSGT00390000009631 ENSGT00650000093438 ENSGT00940000155536 ENSGT00940000161538 ENSGT00530000063770.c.b ENSGT00940000156249 ENSGT00940000155362 ENSGT00940000157142.c ENSGT00940000154347.b.a ENSGT00940000155856.f ENSGT00940000159800 ENSGT00390000012396 ENSGT00530000063698.a.a Bos_a ANCESTRAL SPECIES 307 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 932 PTCHD1 (ENSBMUG00000018851) ENSBMUG00000018827 ENSBMUG00000018805 ENSBMUG00000018792 PHEX (ENSBMUG00000018766) SMS (ENSBMUG00000018739) ENSBMUG00000018702 SMPX (ENSBMUG00000018671) CNKSR2 (ENSBMUG00000017867) ENSBMUG00000017291 ENSBMUG00000017283 ENSBMUG00000017276 #22 ENSBMUG00000017267 ##22 RPS6KA3 (ENSBMUG00000017229) EIF1AX (ENSBMUG00000017161) MAP7D2 (ENSBMUG00000017083) BCLAF3 (ENSBMUG00000016986) SH3KBP1 (ENSBMUG00000016923) MAP3K15 (ENSBMUG00000016858) PDHA1 (ENSBMUG00000016808) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000004211 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000011376 ENSGT00530000063407.a ENSGT00950000182827.E ENSGT00390000016036 ENSGT00390000010837 ENSGT00390000011674 ENSGT00950000183034.C ENSGT00390000003897.s.b.b ENSGT00390000012242 ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ENSGT00940000153511.b ENSGT00950000182856.a.b ENSGT00530000063775 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000155566 ENSGT00390000009631 ENSGT00650000093438 ENSGT00940000155536 ENSGT00940000161538 ENSGT00530000063770.c.b ENSGT00940000156249 ENSGT00940000155362 ENSGT00940000157142.c ENSGT00940000154347.b.a ENSGT00940000159800 ENSGT00390000012396 ENSGT00530000063698.a.a ENSGT00560000078592 ENSGT00940000155617.B Cow MODERN SPECIES 28 SPACA1 (ENSBTAG00000019469) AKIRIN2 (ENSBTAG00000003764) ORC3 (ENSBTAG00000016969) RARS2 (ENSBTAG00000016967) SLC35A1 (ENSBTAG00000014057) CFAP206 (ENSBTAG00000014054) C9H6orf163 (ENSBTAG00000017879) SMIM8 (ENSBTAG00000021663) ZNF292 (ENSBTAG00000046612) ENSBTAG00000000609 CGA (ENSBTAG00000016138) HTR1E (ENSBTAG00000026580) SYNCRIP (ENSBTAG00000006672) SNX14 (ENSBTAG00000018408) NT5E (ENSBTAG00000048655) ENSBTAG00000050176 #22 ENSBTAG00000006386 ENSBTAG00000054339 TBX18 (ENSBTAG00000018161) CEP162 (ENSBTAG00000003384) MRAP2 (ENSBTAG00000000257) CYB5R4 (ENSBTAG00000013591) RIPPLY2 (ENSBTAG00000004795) ENSBTAG00000026578 THEMIS (ENSBTAG00000015615) PTPRK (ENSBTAG00000020829) LAMA2 (ENSBTAG00000010229) ENSBTAG00000054952 ARHGAP18 (ENSBTAG00000015381) ENSBTAG00000021446 L3MBTL3 (ENSBTAG00000017393) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159623 ENSGT00530000063749.c.b ENSGT00390000004950 ENSGT00940000157873 ENSGT00390000018878 ENSGT00530000063974.b ENSGT00940000159243 ENSGT00940000160006 ENSGT00940000153662.B ENSGT00390000012541 ENSGT00390000015874 ENSGT00390000014003 ENSGT01030000234638.b.b.c.b ENSGT00940000154585.a ENSGT00940000154997 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000156973 ENSGT00940000157299 ENSGT00940000157592 ENSGT00530000064469 ENSGT00390000005782 ENSGT00390000009048.a.b ENSGT00940000160670 ENSGT00940000156369 ENSGT01080000257410.D.d ENSGT01080000257410.D.c ENSGT00940000166553 ENSGT01030000234535.F.b ENSGT00730000111385 ENSGT00940000156579 ENSGT00410000028909 Sperm whale MODERN SPECIES 19 REEP5 (ENSPCTG00005000397) DCP2 (ENSPCTG00005020453) MCC (ENSPCTG00005020366) ENSPCTG00005020326 STARD4 (ENSPCTG00005020274) CAMK4 (ENSPCTG00005020188) WDR36 (ENSPCTG00005019946) TSLP (ENSPCTG00005019870) SLC25A46 (ENSPCTG00005019783) ENSPCTG00005019766 MAN2A1 (ENSPCTG00005019727) PJA2 (ENSPCTG00005019636) ENSPCTG00005019606 ENSPCTG00005019584 FER (ENSPCTG00005019310) ENSPCTG00005019238 #22 FBXL17 (ENSPCTG00005019115) EFNA5 (ENSPCTG00005019013) ENSPCTG00005018881 NUDT12 (ENSPCTG00005018749) ENSPCTG00005018641 MACIR (ENSPCTG00005018615) PPIP5K2 (ENSPCTG00005018254) GIN1 (ENSPCTG00005018108) PAM (ENSPCTG00005017932) ENSPCTG00005017892 ENSPCTG00005017801 SLCO4C1 (ENSPCTG00005017683) ENSPCTG00005017643 ST8SIA4 (ENSPCTG00005017612) FAM174A (ENSPCTG00005017576) Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159623 ENSGT00530000063749.c.b ENSGT00390000004950 ENSGT00940000157873 ENSGT00390000018878 ENSGT00530000063974.b ENSGT00940000159243 ENSGT00940000160006 ENSGT00940000153662.B ENSGT00390000012541 ENSGT00390000015874 ENSGT00390000014003 ENSGT01030000234638.b.b.c.b ENSGT00940000154585.a ENSGT00940000154997 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000156973 ENSGT00940000157299 ENSGT00940000157592 ENSGT00530000064469 ENSGT00390000005782 ENSGT00390000009048.a.b ENSGT00940000160670 ENSGT00940000156369 ENSGT01080000257410.D.d ENSGT01080000257410.D.c ENSGT00940000166553 ENSGT01030000234535.F.b ENSGT00730000111385 ENSGT00940000156579 ENSGT00950000183112.b.a.b Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063749.c.b ENSGT00390000004950 ENSGT00940000157873 ENSGT00390000018878 ENSGT00530000063974.b ENSGT00940000159243 ENSGT00940000160006 ENSGT00950000183120.e.a.b ENSGT00940000153662.B ENSGT00390000012541 ENSGT00390000015874 ENSGT00390000014003 ENSGT01030000234638.b.b.c.b ENSGT00940000154585.a ENSGT00940000154997 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000156973 ENSGT00940000157299 ENSGT00940000157592 ENSGT00530000064469 ENSGT00390000005782 ENSGT00390000009048.a.b ENSGT00940000160670 ENSGT00940000156369 ENSGT01080000257410.D.d ENSGT01080000257410.D.c ENSGT00940000166553 ENSGT01030000234535.F.b ENSGT00730000111385 ENSGT00390000006621.n.b.a ENSGT00940000156579 Vaquita MODERN SPECIES 14 REEP5 (ENSPSNG00000000865) DCP2 (ENSPSNG00000000895) MCC (ENSPSNG00000000920) ENSPSNG00000000948 STARD4 (ENSPSNG00000000986) CAMK4 (ENSPSNG00000001024) ENSPSNG00000001052 WDR36 (ENSPSNG00000001075) ENSPSNG00000001125 TSLP (ENSPSNG00000001134) SLC25A46 (ENSPSNG00000001156) ENSPSNG00000001191 MAN2A1 (ENSPSNG00000001253) PJA2 (ENSPSNG00000001288) FER (ENSPSNG00000001378) ENSPSNG00000001489 #22 FBXL17 (ENSPSNG00000001512) EFNA5 (ENSPSNG00000001567) ENSPSNG00000001615 NUDT12 (ENSPSNG00000001659) ENSPSNG00000001685 MACIR (ENSPSNG00000001722) PPIP5K2 (ENSPSNG00000001820) GIN1 (ENSPSNG00000001953) PAM (ENSPSNG00000002039) SLCO6A1 (ENSPSNG00000002226) SLCO4C1 (ENSPSNG00000002326) ENSPSNG00000002367 ST8SIA4 (ENSPSNG00000002383) FAM174A (ENSPSNG00000002394) ENSPSNG00000002406 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063749.c.b ENSGT00390000004950 ENSGT00940000157873 ENSGT00390000018878 ENSGT00530000063974.b ENSGT00940000159243 ENSGT00940000160006 ENSGT00950000183120.e.a.b ENSGT00940000153662.B ENSGT00390000012541 ENSGT00390000015874 ENSGT00390000014003 ENSGT01030000234638.b.b.c.b ENSGT00940000154585.a ENSGT00940000154997 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000156973 ENSGT00940000157299 ENSGT00510000047602.s.b ENSGT00940000157592 ENSGT00530000064469 ENSGT00390000005782 ENSGT00390000009048.a.b ENSGT00940000160670 ENSGT00940000156369.e ENSGT01080000257410.D.d ENSGT01080000257410.D.c ENSGT00940000166553 ENSGT01030000234535.F.b ENSGT00730000111385 ENSGT00390000006621.n.b.a Beluga whale MODERN SPECIES 71 APC (ENSDLEG00000020083) SRP19 (ENSDLEG00000020121) REEP5 (ENSDLEG00000020126) DCP2 (ENSDLEG00000020133) MCC (ENSDLEG00000020140) STARD4 (ENSDLEG00000020146) CAMK4 (ENSDLEG00000020148) ENSDLEG00000020153 WDR36 (ENSDLEG00000020158) TSLP (ENSDLEG00000020169) SLC25A46 (ENSDLEG00000020174) TMEM232 (ENSDLEG00000020181) MAN2A1 (ENSDLEG00000020197) PJA2 (ENSDLEG00000020210) FER (ENSDLEG00000020214) ENSDLEG00000020247 #22 FBXL17 (ENSDLEG00000020248) EFNA5 (ENSDLEG00000020263) ENSDLEG00000020279 ENSDLEG00000020282 ENSDLEG00000020287 NUDT12 (ENSDLEG00000020299) ENSDLEG00000020303 CUNH5orf30 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ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00500000045766 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00600000085213 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00500000045766 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Megabat MODERN SPECIES 4068 SLC29A1 (ENSPVAG00000016829) #21 HSP90AB1 (ENSPVAG00000016831) #22 SLC35B2 (ENSPVAG00000016834) #23 NFKBIE (ENSPVAG00000016835) #24 TMEM151B (ENSPVAG00000016836) #25 ENSPVAG00000016837 ENSPVAG00000016838 #26 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 ENSGT00940000160098 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 24 EXD1 (ENSRFEG00010002546) INO80 (ENSRFEG00010002604) CHAC1 (ENSRFEG00010002702) DLL4 (ENSRFEG00010002739) VPS18 (ENSRFEG00010002778) RHOV (ENSRFEG00010002796) SPINT1 (ENSRFEG00010002815) PPP1R14D (ENSRFEG00010002830) ZFYVE19 (ENSRFEG00010002887) ENSRFEG00010002972 C15orf62 (ENSRFEG00010002988) ENSRFEG00010003006 RMDN3 (ENSRFEG00010003044) RAD51 (ENSRFEG00010003094) KNL1 (ENSRFEG00010003147) ENSRFEG00010003187 #22 RPUSD2 (ENSRFEG00010003203) CCDC32 (ENSRFEG00010003235) BAHD1 (ENSRFEG00010003284) 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ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00600000085213 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Donkey MODERN SPECIES 28 LRRC73 (ENSEASG00005003324) #7 YIPF3 (ENSEASG00005003330) #8 POLR1C (ENSEASG00005003338) #9 XPO5 (ENSEASG00005003351) #10 POLH (ENSEASG00005003364) #11 GTPBP2 (ENSEASG00005003383) #12 MAD2L1BP (ENSEASG00005003479) #13 MRPS18A (ENSEASG00005035068) #14 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ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000158373 ENSGT00950000183128.A ENSGT00940000153988.B ENSGT00940000155120.mb ENSGT00940000158626 ENSGT00940000165590 ENSGT00940000158463 ENSGT00390000018226 ENSGT00390000016654 ENSGT00970000193421.C.a ENSGT00910000148135 ENSGT00940000160535 ENSGT00940000160347.b ENSGT00390000001500 ENSGT00940000156565 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00390000006867 ENSGT00390000000096.a ENSGT00390000003488.a.b.b ENSGT00940000158343 ENSGT00940000162220 ENSGT00910000144204.a ENSGT00940000167085 ENSGT00940000163120 ENSGT00390000006478 ENSGT00940000154779.a.b.a ENSGT00530000064208.a ENSGT00530000064208.b.d ENSGT00390000001485 ENSGT00940000155798 ENSGT00390000001280.b Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158373 ENSGT00950000183128.A ENSGT00940000153988.B ENSGT00940000155120.mb ENSGT00940000158626 ENSGT00940000165590 ENSGT00940000158463 ENSGT00390000018226 ENSGT00390000016654 ENSGT00970000193421.C.a ENSGT00910000148135 ENSGT00940000160535 ENSGT00940000160347.b ENSGT00390000001500 ENSGT00940000156565 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00390000006867 ENSGT00390000000096.a ENSGT00390000003488.a.b.b ENSGT00940000158343 ENSGT00940000162220 ENSGT00910000144204.a ENSGT00940000167085 ENSGT00940000163120.b ENSGT00390000006478 ENSGT00940000154779.a.b.a ENSGT00530000064208.a ENSGT00530000064208.b.d ENSGT00390000001485 ENSGT00940000155798 ENSGT00390000001280.b Dog MODERN SPECIES 2 ENSCAFG00845011485 FEM1C (ENSCAFG00845011535) ENSCAFG00845005298 TICAM2 (ENSCAFG00845005311) TMED7 (ENSCAFG00845005331) CDO1 (ENSCAFG00845005340) ENSCAFG00845005354 ATG12 (ENSCAFG00845005357) AP3S1 (ENSCAFG00845005379) ENSCAFG00845005391 LVRN (ENSCAFG00845005410) ARL14EPL (ENSCAFG00845005437) COMMD10 (ENSCAFG00845005464) SEMA6A (ENSCAFG00845005513) ENSCAFG00845005748 ENSCAFG00845005791 ##22 DTWD2 (ENSCAFG00845005903) DMXL1 (ENSCAFG00845006156) TNFAIP8 (ENSCAFG00845006569) HSD17B4 (ENSCAFG00845006702) ENSCAFG00845006896 ENSCAFG00845006930 ENSCAFG00845007037 ENSCAFG00845007068 ENSCAFG00845007095 ENSCAFG00845007148 PRR16 (ENSCAFG00845007330) ENSCAFG00845007375 ENSCAFG00845007449 ENSCAFG00845007575 ENSCAFG00845007624 Dingo MODERN SPECIES 238 ENSCAFG00020004008 ENSCAFG00020004013 FEM1C (ENSCAFG00020004021) ENSCAFG00020004023 TMED7 (ENSCAFG00020004025) ENSCAFG00020004028 CDO1 (ENSCAFG00020004035) ATG12 (ENSCAFG00020004037) AP3S1 (ENSCAFG00020004039) ENSCAFG00020004047 LVRN (ENSCAFG00020004057) ARL14EPL (ENSCAFG00020004094) COMMD10 (ENSCAFG00020004104) ENSCAFG00020004122 ENSCAFG00020004131 ENSCAFG00020004183 ##22 ENSCAFG00020004192 DTWD2 (ENSCAFG00020004203) DMXL1 (ENSCAFG00020004223) TNFAIP8 (ENSCAFG00020004646) HSD17B4 (ENSCAFG00020004649) ENSCAFG00020004661 Red fox MODERN SPECIES 111 TRIM36 (ENSVVUG00000000084) PGGT1B (ENSVVUG00000000052) CCDC112 (ENSVVUG00000019638) ENSVVUG00000019634 FEM1C (ENSVVUG00000019633) ENSVVUG00000019628 TMED7 (ENSVVUG00000019625) CDO1 (ENSVVUG00000019615) ATG12 (ENSVVUG00000019613) ENSVVUG00000019611 AP3S1 (ENSVVUG00000019605) LVRN (ENSVVUG00000019479) ARL14EPL (ENSVVUG00000019464) COMMD10 (ENSVVUG00000019460) SEMA6A (ENSVVUG00000019437) ENSVVUG00000019417 ##22 ENSVVUG00000019403 DTWD2 (ENSVVUG00000019378) DMXL1 (ENSVVUG00000019328) TNFAIP8 (ENSVVUG00000019318) HSD17B4 (ENSVVUG00000019308) FAM170A (ENSVVUG00000019296) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 1129 ENSAMEG00000028559 ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Megabat MODERN SPECIES 4694 ENSPVAG00000002984 ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Microbat MODERN SPECIES 956 ENSMLUG00000030582 ZAR1L (ENSMLUG00000010357) FRY (ENSMLUG00000011686) RXFP2 (ENSMLUG00000013834) B3GLCT (ENSMLUG00000012104) ENSMLUG00000023344 HSPH1 (ENSMLUG00000007926) TEX26 (ENSMLUG00000008800) MEDAG (ENSMLUG00000008786) ENSMLUG00000028124 ALOX5AP (ENSMLUG00000006023) USPL1 (ENSMLUG00000012347) HMGB1 (ENSMLUG00000025979) KATNAL1 (ENSMLUG00000006028) UBL3 (ENSMLUG00000009645) ENSMLUG00000013428 ##22 SLC7A1 (ENSMLUG00000014626) ENSMLUG00000014608 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 9 ENSMMSG00000008613 ENSMMSG00000009216 PABPC5 (ENSMMSG00000009243) ENSMMSG00000009265 ##22 ENSMMSG00000009313 ENSMMSG00000009352 ENSMMSG00000009361 KLHL4 (ENSMMSG00000009371) DACH2 (ENSMMSG00000009445) CHM (ENSMMSG00000009948) ENSMMSG00000010099 ENSMMSG00000010127 ENSMMSG00000010293 POF1B (ENSMMSG00000010335) ZNF711 (ENSMMSG00000010430) ENSMMSG00000010476 APOOL (ENSMMSG00000010528) ENSMMSG00000010593 HDX (ENSMMSG00000010697) Siberian musk deer MODERN SPECIES 389 CCDC85C (ENSMMSG00000006131) HHIPL1 (ENSMMSG00000006083) CYP46A1 (ENSMMSG00000005996) EML1 (ENSMMSG00000005874) EVL (ENSMMSG00000005537) DEGS2 (ENSMMSG00000005476) ENSMMSG00000005448 SLC25A29 (ENSMMSG00000005366) SLC25A47 (ENSMMSG00000005298) WARS1 (ENSMMSG00000005239) WDR25 (ENSMMSG00000005204) BEGAIN (ENSMMSG00000005068) DLK1 (ENSMMSG00000004971) RTL1 (ENSMMSG00000004882) ENSMMSG00000011795 ENSMMSG00000011776 ##22 ENSMMSG00000011754 ##22 PPP2R5C (ENSMMSG00000011586) DYNC1H1 (ENSMMSG00000011288) ENSMMSG00000011232 HSP90AA1 (ENSMMSG00000011173) ##22 WDR20 (ENSMMSG00000011116) MOK (ENSMMSG00000011038) CINP (ENSMMSG00000010822) ENSMMSG00000010794 RBP7 (ENSMMSG00000010775) ENSMMSG00000010768 ENSMMSG00000010744 NMNAT1 (ENSMMSG00000010699) LZIC (ENSMMSG00000010660) CTNNBIP1 (ENSMMSG00000010639) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 310 ENSSBOG00000024758 ##22 ENSSBOG00000015677 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 278 ENSSBOG00000032954 ##22 ENSSBOG00000036107 POLR1H (ENSSBOG00000020995) PPP1R11 (ENSSBOG00000025133) RNF39 (ENSSBOG00000031929) TRIM40 (ENSSBOG00000019751) TRIM10 (ENSSBOG00000032530) TRIM15 (ENSSBOG00000029202) TRIM26 (ENSSBOG00000023103) ENSSBOG00000031746 RPP21 (ENSSBOG00000024099) Capuchin MODERN SPECIES 440 ENSCCAG00000020518 UBD (ENSCCAG00000032833) GABBR1 (ENSCCAG00000034539) ENSCCAG00000020495 MOG (ENSCCAG00000037313) ZFP57 (ENSCCAG00000031559) ENSCCAG00000032961 ENSCCAG00000026148 ENSCCAG00000024286 ENSCCAG00000030847 ENSCCAG00000031464 ##22 ENSCCAG00000019819 ENSCCAG00000024925 ENSCCAG00000035451 #22 ENSCCAG00000037839 ENSCCAG00000030236 ENSCCAG00000037512 POLR1H (ENSCCAG00000029119) PPP1R11 (ENSCCAG00000028101) RNF39 (ENSCCAG00000023355) ENSCCAG00000023734 TRIM40 (ENSCCAG00000023524) TRIM10 (ENSCCAG00000033421) TRIM15 (ENSCCAG00000021338) TRIM26 (ENSCCAG00000025143) TRIM39 (ENSCCAG00000036784) Mas night monkey MODERN SPECIES 543 ENSANAG00000034779 ##22 ENSANAG00000024653 ENSANAG00000030339 ENSANAG00000033118 ENSANAG00000021905 POLR1H (ENSANAG00000022928) PPP1R11 (ENSANAG00000027122) RNF39 (ENSANAG00000028285) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153201.j.k.a.a.a.b.b.b.b ENSGT00940000161623 ENSGT00390000014853.c ENSGT00390000000483.b ENSGT00940000158750 ENSGT00390000003477 ENSGT00390000012901 ENSGT00940000159350 ENSGT00940000157037.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 ENSGT00950000183208.A.c.a.f Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153201.j.k.a.a.a.b.b.b.b ENSGT00940000161623 ENSGT00390000014853.c ENSGT00390000000483.b ENSGT00940000158750 ENSGT00390000003477 ENSGT00390000012901 ENSGT00940000159350 ENSGT00940000157037.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 ENSGT00950000183208.A.c.a.f Hominidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153201.j.k.a.a.a.b.b.b.b ENSGT00940000161623 ENSGT00390000014853.c ENSGT00390000000483.b ENSGT00940000158750 ENSGT00390000003477 ENSGT00390000012901 ENSGT00940000159350 ENSGT00940000157037.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 ENSGT00390000005639.a.a Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000182850.a.b.a.a ENSGT00530000063812.A ENSGT00940000159570 ENSGT00940000159423 ENSGT00390000000645 ENSGT00950000183001.b ENSGT00940000156391 ENSGT00940000162580 ENSGT00940000157037.a.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 ENSGT00390000017515.o.b Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000000645 ENSGT00950000183001.b ENSGT00940000156391 ENSGT00940000162580 ENSGT00940000163626.f.b ENSGT00390000009472.b ENSGT00940000160995.b.e.b ENSGT00390000001538.a ENSGT00940000157037.a.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 ENSGT00390000017515.o.b Pan ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000000645 ENSGT00950000183001.b ENSGT00940000156391 ENSGT00940000162580 ENSGT00940000163626.f.a.b ENSGT00390000009472.b.a ENSGT00940000160995.b.e.b ENSGT00390000001538.a ENSGT00940000157037.a.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 ENSGT00390000017515.o.b Bonobo MODERN SPECIES 17 ABLIM2 (ENSPPAG00000034667) SH3TC1 (ENSPPAG00000028783) HTRA3 (ENSPPAG00000031446) ACOX3 (ENSPPAG00000011697) TRMT44 (ENSPPAG00000028201) GPR78 (ENSPPAG00000031581) CPZ (ENSPPAG00000036243) ENSPPAG00000015865 ENSPPAG00000031253 DRD5 (ENSPPAG00000023786) SLC2A9 (ENSPPAG00000031738) WDR1 (ENSPPAG00000030082) ENSPPAG00000043338 CLNK (ENSPPAG00000037951) HS3ST1 (ENSPPAG00000008014) ENSPPAG00000010911 ##22 RAB28 (ENSPPAG00000043705) NKX3-2 (ENSPPAG00000039595) BOD1L1 (ENSPPAG00000014926) ENSPPAG00000009844 C1QTNF7 (ENSPPAG00000000881) CC2D2A (ENSPPAG00000039745) FBXL5 (ENSPPAG00000007317) FAM200B (ENSPPAG00000012482) BST1 (ENSPPAG00000034960) CD38 (ENSPPAG00000036378) ENSPPAG00000035131 FGFBP1 (ENSPPAG00000023092) FGFBP2 (ENSPPAG00000012344) PROM1 (ENSPPAG00000032761) TAPT1 (ENSPPAG00000027508) Chimpanzee MODERN SPECIES 17 CPZ (ENSPTRG00000015909) HMX1 (ENSPTRG00000042875) ENSPTRG00000034308 ENSPTRG00000031265 DEFB130A (ENSPTRG00000034363) DEFB131A (ENSPTRG00000015911) DRD5 (ENSPTRG00000031262) SLC2A9 (ENSPTRG00000015915) WDR1 (ENSPTRG00000015916) ENSPTRG00000050777 ZNF518B (ENSPTRG00000044037) CLNK (ENSPTRG00000015918) ENSPTRG00000046326 ENSPTRG00000047064 HS3ST1 (ENSPTRG00000015919) ENSPTRG00000042951 ##22 RAB28 (ENSPTRG00000015920) NKX3-2 (ENSPTRG00000048496) BOD1L1 (ENSPTRG00000015922) CPEB2 (ENSPTRG00000015924) C1QTNF7 (ENSPTRG00000015925) CC2D2A (ENSPTRG00000015926) FBXL5 (ENSPTRG00000015927) FAM200B (ENSPTRG00000044690) BST1 (ENSPTRG00000015929) CD38 (ENSPTRG00000015930) FGFBP1 (ENSPTRG00000015931) FGFBP2 (ENSPTRG00000031250) PROM1 (ENSPTRG00000015932) TAPT1 (ENSPTRG00000015933) ENSPTRG00000049952 Gorilla MODERN SPECIES 17 ACOX3 (ENSGGOG00000008003) TRMT44 (ENSGGOG00000008016) GPR78 (ENSGGOG00000008058) CPZ (ENSGGOG00000008061) ENSGGOG00000036477 ENSGGOG00000022821 ENSGGOG00000039268 DRD5 (ENSGGOG00000007931) SLC2A9 (ENSGGOG00000015358) WDR1 (ENSGGOG00000015364) ENSGGOG00000039866 ZNF518B (ENSGGOG00000040283) CLNK (ENSGGOG00000006844) ENSGGOG00000026421 HS3ST1 (ENSGGOG00000015625) ENSGGOG00000026811 ##22 RAB28 (ENSGGOG00000024190) NKX3-2 (ENSGGOG00000008589) BOD1L1 (ENSGGOG00000027616) CPEB2 (ENSGGOG00000004449) C1QTNF7 (ENSGGOG00000005890) CC2D2A (ENSGGOG00000002758) FBXL5 (ENSGGOG00000010962) FAM200B (ENSGGOG00000027844) BST1 (ENSGGOG00000008845) CD38 (ENSGGOG00000006165) FGFBP1 (ENSGGOG00000016135) FGFBP2 (ENSGGOG00000028579) PROM1 (ENSGGOG00000016139) TAPT1 (ENSGGOG00000011812) ENSGGOG00000039503 Gibbon MODERN SPECIES 12 STX18 (ENSNLEG00000016132) ENSNLEG00000016136 ZBTB49 (ENSNLEG00000016142) LYAR (ENSNLEG00000016149) TMEM128 (ENSNLEG00000035157) OTOP1 (ENSNLEG00000016176) ENSNLEG00000029276 SLC2A9 (ENSNLEG00000034367) WDR1 (ENSNLEG00000016183) ENSNLEG00000016203 ENSNLEG00000031634 ENSNLEG00000031957 ZNF518B (ENSNLEG00000027103) CLNK (ENSNLEG00000016205) HS3ST1 (ENSNLEG00000016241) ENSNLEG00000030301 ##22 RAB28 (ENSNLEG00000016243) NKX3-2 (ENSNLEG00000016256) BOD1L1 (ENSNLEG00000016260) ENSNLEG00000030451 ENSNLEG00000016275 C1QTNF7 (ENSNLEG00000016288) CC2D2A (ENSNLEG00000016292) FBXL5 (ENSNLEG00000016352) FAM200B (ENSNLEG00000018958) BST1 (ENSNLEG00000016391) CD38 (ENSNLEG00000032175) ENSNLEG00000027474 PROM1 (ENSNLEG00000016422) TAPT1 (ENSNLEG00000016541) ENSNLEG00000029526 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 1028 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1102 ENSRBIG00000036396 ##22 RAB28 (ENSRBIG00000028381) ENSRBIG00000001204 NKX3-2 (ENSRBIG00000010607) BOD1L1 (ENSRBIG00000000058) ENSRBIG00000038269 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2080 ENSRROG00000042584 ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000000483.b ENSGT00940000158750 ENSGT00390000003477 ENSGT00910000147402 ENSGT00390000012901 ENSGT00940000159350 ENSGT00940000157037.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT00910000147172 ENSGT00910000148058 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00940000153675.a.a.b.e.a.g.a ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000000483.b ENSGT00940000158750 ENSGT00390000003477 ENSGT00910000147402 ENSGT00390000012901 ENSGT00940000159350 ENSGT00940000157037.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT00910000147172 ENSGT00910000148058 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00940000153675.a.a.b.e.a.g.a ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 91 ENSGT00390000000483.b ENSGT00940000158750 ENSGT00390000003477 ENSGT00910000147402 ENSGT00390000012901 ENSGT00940000159350 ENSGT00940000157037.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000154531.y.b.b ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT00910000147172 ENSGT00910000148058 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00940000153675.a.a.b.e.a.g.a ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b ENSGT00390000010628 ENSGT00950000183208.A.c.a.f Sooty mangabey MODERN SPECIES 551 ENSCATG00000037968 STX18 (ENSCATG00000042652) NSG1 (ENSCATG00000039746) ZBTB49 (ENSCATG00000011176) LYAR (ENSCATG00000032402) ENSCATG00000016643 TMEM128 (ENSCATG00000040757) OTOP1 (ENSCATG00000037566) SLC2A9 (ENSCATG00000037675) WDR1 (ENSCATG00000031767) ENSCATG00000031260 ZNF518B (ENSCATG00000015987) CLNK (ENSCATG00000039603) HS3ST1 (ENSCATG00000020814) ENSCATG00000033901 ENSCATG00000013123 ##22 RAB28 (ENSCATG00000038542) NKX3-2 (ENSCATG00000042215) BOD1L1 (ENSCATG00000040508) ENSCATG00000019681 CPEB2 (ENSCATG00000040126) C1QTNF7 (ENSCATG00000014989) CC2D2A (ENSCATG00000037758) FBXL5 (ENSCATG00000041236) FAM200B (ENSCATG00000020983) BST1 (ENSCATG00000003303) ENSCATG00000030711 CD38 (ENSCATG00000045367) PROM1 (ENSCATG00000035341) TAPT1 (ENSCATG00000042001) ENSCATG00000040373 Drill MODERN SPECIES 886 ENSMLEG00000030955 ENSMLEG00000037845 ##22 ENSMLEG00000043131 RAB28 (ENSMLEG00000039521) NKX3-2 (ENSMLEG00000032257) BOD1L1 (ENSMLEG00000028382) ENSMLEG00000026496 C1QTNF7 (ENSMLEG00000035184) CC2D2A (ENSMLEG00000030949) FBXL5 (ENSMLEG00000035701) FAM200B (ENSMLEG00000001723) BST1 (ENSMLEG00000043994) ENSMLEG00000041465 CD38 (ENSMLEG00000040865) FGFBP2 (ENSMLEG00000024485) PROM1 (ENSMLEG00000042255) TAPT1 (ENSMLEG00000022768) Macaca ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000014853.c ENSGT00390000000483.b ENSGT00940000158750 ENSGT00390000003477 ENSGT00910000147402 ENSGT00390000012901 ENSGT00940000159350 ENSGT00940000157037.a ENSGT00940000159192 ENSGT00390000009416 ENSGT00940000160595.b ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160449 ENSGT00910000147172 ENSGT00910000148058 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT00940000161833 ENSGT00940000161843 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00390000012691.c.b.n ENSGT00940000160357 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000155482 ENSGT00390000006172 ENSGT00940000164387 ENSGT00390000017291.b ENSGT00940000153675.a.a.b.e.a.g.a ENSGT00390000017291.a ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00940000154372.a.a ENSGT00530000063586.b Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 141 ZNF518B (ENSMNEG00000025880) CLNK (ENSMNEG00000031084) HS3ST1 (ENSMNEG00000021861) ENSMNEG00000002182 ENSMNEG00000038062 ENSMNEG00000031439 ##22 RAB28 (ENSMNEG00000028531) NKX3-2 (ENSMNEG00000037382) BOD1L1 (ENSMNEG00000037331) ENSMNEG00000006879 ENSMNEG00000029766 CPEB2 (ENSMNEG00000041798) C1QTNF7 (ENSMNEG00000041355) CC2D2A (ENSMNEG00000043856) FBXL5 (ENSMNEG00000041054) FAM200B (ENSMNEG00000007314) BST1 (ENSMNEG00000028047) ENSMNEG00000045107 CD38 (ENSMNEG00000042584) PROM1 (ENSMNEG00000044286) TAPT1 (ENSMNEG00000030185) Tarsier MODERN SPECIES 5799 MTPN (ENSTSYG00000026171) ENSTSYG00000036885 ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Tree shrew MODERN SPECIES 2590 ENSTBEG00000003152 ##22 IPO5 (ENSTBEG00000001498) Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 303 AKAP9 (ENSODEG00000001339) CYP51A1 (ENSODEG00000001187) ENSODEG00000001141 KRIT1 (ENSODEG00000001084) ANKIB1 (ENSODEG00000001042) ENSODEG00000000916 ENSODEG00000000896 PEX1 (ENSODEG00000001278) ENSODEG00000001236 ENSODEG00000001167 CDK6 (ENSODEG00000001138) ENSODEG00000001113 HEPACAM2 (ENSODEG00000001098) VPS50 (ENSODEG00000001066) CALCR (ENSODEG00000001037) ENSODEG00000001006 ##22 TFPI2 (ENSODEG00000000988) GNGT1 (ENSODEG00000000972) GNG11 (ENSODEG00000000955) ENSODEG00000000944 ENSODEG00000000924 Degu MODERN SPECIES 47 KIAA0232 (ENSODEG00000009378) ENSODEG00000013573 MAN2B2 (ENSODEG00000010318) PPP2R2C (ENSODEG00000011119) WFS1 (ENSODEG00000012808) JAKMIP1 (ENSODEG00000010138) CRMP1 (ENSODEG00000009439) EVC (ENSODEG00000008913) EVC2 (ENSODEG00000010011) ENSODEG00000009080 ENSODEG00000008718 ENSODEG00000009511 STK32B (ENSODEG00000009197) ENSODEG00000008457 CYTL1 (ENSODEG00000009597) ENSODEG00000009744 ##22 MSX1 (ENSODEG00000009346) STX18 (ENSODEG00000010096) NSG1 (ENSODEG00000009246) ZBTB49 (ENSODEG00000010729) ENSODEG00000010523 TMEM128 (ENSODEG00000008766) OTOP1 (ENSODEG00000009177) DRD5 (ENSODEG00000019688) SLC2A9 (ENSODEG00000009108) ENSODEG00000010858 WDR1 (ENSODEG00000008420) HS3ST1 (ENSODEG00000019871) ENSODEG00000008482 NKX3-2 (ENSODEG00000010309) BOD1L1 (ENSODEG00000009613) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 11 Fnip2 (ENSRNOG00000027833) Ppid (ENSRNOG00000027408) Etfdh (ENSRNOG00000009538) C2h4orf46 (ENSRNOG00000010071) Rxfp1 (ENSRNOG00000024120) Tmem144 (ENSRNOG00000010081) Gask1b (ENSRNOG00000010183) Gria2 (ENSRNOG00000054204) Glrb (ENSRNOG00000010199) Pdgfc (ENSRNOG00000010695) Ctso (ENSRNOG00000066128) Tdo2 (ENSRNOG00000011612) Asic5 (ENSRNOG00000011842) Gucy1b1 (ENSRNOG00000012060) Gucy1a1 (ENSRNOG00000012302) ENSRNOG00000069812 ##22 Map9 (ENSRNOG00000012982) ENSRNOG00000063783 Rbm46 (ENSRNOG00000025823) Lrat (ENSRNOG00000025608) Fgg (ENSRNOG00000025074) Fga (ENSRNOG00000024848) Fgb (ENSRNOG00000007092) Plrg1 (ENSRNOG00000006655) LOC100909434 (ENSRNOG00000047473) Sfrp2 (ENSRNOG00000009465) Tlr2 (ENSRNOG00000009822) Tmem131l (ENSRNOG00000009837) Mnd1 (ENSRNOG00000024733) Trim2 (ENSRNOG00000010124) Fhdc1 (ENSRNOG00000024594) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 150 ENSMOCG00000004125 ##22 Adcyap1 (ENSMOCG00000003306) Yes1 (ENSMOCG00000002556) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 619 Cdh2 (ENSMAUG00000014636) Dsc3 (ENSMAUG00000013762) Dsc2 (ENSMAUG00000010434) Dsc1 (ENSMAUG00000000925) ENSMAUG00000021176 Dsg4 (ENSMAUG00000010495) Dsg3 (ENSMAUG00000011710) Dsg2 (ENSMAUG00000018653) Ttr (ENSMAUG00000011770) B4galt6 (ENSMAUG00000016396) Trappc8 (ENSMAUG00000016177) ENSMAUG00000009622 Rnf138 (ENSMAUG00000017310) Mep1b (ENSMAUG00000000729) Garem1 (ENSMAUG00000007666) ENSMAUG00000005894 ##22 Klhl14 (ENSMAUG00000021235) Ccdc178 (ENSMAUG00000012600) Asxl3 (ENSMAUG00000010440) Nol4 (ENSMAUG00000009837) ENSMAUG00000021323 Mapre2 (ENSMAUG00000018436) Zfp397 (ENSMAUG00000008052) ENSMAUG00000001016 Zfp35 (ENSMAUG00000010194) Zfp24 (ENSMAUG00000020280) Ino80c (ENSMAUG00000014168) ENSMAUG00000016647 Rprd1a (ENSMAUG00000005675) Slc39a6 (ENSMAUG00000011501) Elp2 (ENSMAUG00000020988) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 koala MODERN SPECIES 38 ENSPCIG00000036832 ENSPCIG00000017033 SVIL (ENSPCIG00000017018) ENSPCIG00000032227 ZEB1 (ENSPCIG00000011050) ARHGAP12 (ENSPCIG00000020000) KIF5B (ENSPCIG00000020005) EPC1 (ENSPCIG00000020008) ENSPCIG00000025558 ENSPCIG00000036745 ITGB1 (ENSPCIG00000015501) NRP1 (ENSPCIG00000015535) ENSPCIG00000031890 PARD3 (ENSPCIG00000016072) ENSPCIG00000016086 ENSPCIG00000016087 #22 CUL2 (ENSPCIG00000016089) CREM (ENSPCIG00000007139) ENSPCIG00000035090 CCNY (ENSPCIG00000007147) GJD4 (ENSPCIG00000007153) FZD8 (ENSPCIG00000030914) MAD2L1 (ENSPCIG00000011256) KLF6 (ENSPCIG00000029814) PITRM1 (ENSPCIG00000029829) PFKP (ENSPCIG00000029839) ENSPCIG00000035492 ENSPCIG00000028565 ENSPCIG00000003216 ENSPCIG00000012535 ENSPCIG00000026077 Amniota ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000175262 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000165659 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164045 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 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#7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922.a #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000166577 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Opossum MODERN SPECIES 5 VPS35L (ENSMODG00000006477) CCP110 (ENSMODG00000006278) GDE1 (ENSMODG00000006250) TMC5 (ENSMODG00000006227) TMC7 (ENSMODG00000006207) COQ7 (ENSMODG00000006166) ITPRIPL2 (ENSMODG00000025107) SYT17 (ENSMODG00000006147) ENSMODG00000051307 ENSMODG00000040296 SMG1 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ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00500000045766 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00600000085213 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00740000116630 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 2221 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 Common shrew DUPLICATION Common shrew MODERN SPECIES 7362 ENSSARG00000003905 ##22 SLC35B2 (ENSSARG00000003939) #23 Common shrew MODERN SPECIES 11335 ENSSARG00000003334 ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048 #11 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ENSGT00940000157089.B ENSGT00390000018235 ENSGT00390000017790 ENSGT00940000158758 ENSGT00940000156124 ENSGT00940000159848 ENSGT00940000156152 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000155426 ENSGT00390000008679 ENSGT00390000012559 ENSGT00390000013149 ENSGT01080000258056 ENSGT00940000157405 ENSGT00390000010991 ENSGT00390000006196 ENSGT00940000154860 ENSGT00940000157226 ENSGT00390000016821 ENSGT00940000162841 ENSGT00940000161101 ENSGT00940000156620 ENSGT00940000159662 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000158481 ENSGT00940000157667 ENSGT00390000017249 ENSGT00940000159837 ENSGT00940000160226 ENSGT00940000161262 ENSGT00390000013315 ENSGT00940000159073 ENSGT00940000157089.B ENSGT00390000018235 ENSGT00390000017790 ENSGT00940000158758 ENSGT00940000156124 ENSGT00940000159848 ENSGT00940000156152 leopard MODERN SPECIES 58 TRAF6 (ENSPPRG00000014400) RAG1 (ENSPPRG00000014408) RAG2 (ENSPPRG00000014398) IFTAP (ENSPPRG00000011787) ENSPPRG00000010539 LRRC4C (ENSPPRG00000014339) API5 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MRPL14 (ENSVVUG00000029108) #17 TMEM63B (ENSVVUG00000029109) #18 CAPN11 (ENSVVUG00000029116) #19 MYMX (ENSVVUG00000029121) #20 SLC29A1 (ENSVVUG00000029123) #21 ENSVVUG00000029141 ##22 SLC35B2 (ENSVVUG00000029223) #23 NFKBIE (ENSVVUG00000029224) #24 TMEM151B (ENSVVUG00000029226) #25 TCTE1 (ENSVVUG00000029227) #26 AARS2 (ENSVVUG00000029231) #27 SPATS1 (ENSVVUG00000029239) #28 ENSVVUG00000029240 CDC5L (ENSVVUG00000029242) #29 SUPT3H (ENSVVUG00000029245) #31 ENSVVUG00000029248 ENSVVUG00000029249 RUNX2 (ENSVVUG00000029252) #32 CLIC5 (ENSVVUG00000029276) #33 ENPP4 (ENSVVUG00000029286) #34 ENPP5 (ENSVVUG00000029287) #35 Canis_lupus DUPLICATION Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00730000111042 ENSGT00910000144211.n.b.c ENSGT00940000157893 ENSGT00950000183087.B ENSGT00940000155549.b ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT00940000159740 ENSGT00940000155935.h ENSGT00520000055634.a ENSGT00390000004040 ENSGT00940000157594 ENSGT00390000011748.j.b ENSGT00390000007776 ENSGT01100000263484.B.b.b ENSGT00530000063880.b ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.g ##22 ENSGT00390000011922.f ENSGT00390000002661.b ENSGT00940000159194 ENSGT00940000158117 ENSGT00390000015984 ENSGT00940000155187.B ENSGT00530000063823.b.b ENSGT00940000158307 ENSGT01030000234527.A.a.a.a ENSGT00940000153269.b.b ENSGT00940000155236 ENSGT00390000005711 ENSGT00920000149145 ENSGT00390000018094 ENSGT00940000158485 Dingo MODERN SPECIES 88 ENSCAFG00020004080 ENSCAFG00020004048 ENSCAFG00020004032 CSMD3 (ENSCAFG00020003854) ENSCAFG00020003786 ENSCAFG00020003768 KCNV1 (ENSCAFG00020003748) ENSCAFG00020003744 SYBU (ENSCAFG00020003730) EBAG9 (ENSCAFG00020003724) PKHD1L1 (ENSCAFG00020003456) ENY2 (ENSCAFG00020003420) NUDCD1 (ENSCAFG00020003417) TRHR (ENSCAFG00020003402) TMEM74 (ENSCAFG00020003393) ENSCAFG00020003374 ##22 ENSCAFG00020003360 EIF3E (ENSCAFG00020003350) RSPO2 (ENSCAFG00020003341) ANGPT1 (ENSCAFG00020003297) ABRA (ENSCAFG00020003289) OXR1 (ENSCAFG00020003286) ZFPM2 (ENSCAFG00020003252) LRP12 (ENSCAFG00020003246) DPYS (ENSCAFG00020003238) DCSTAMP (ENSCAFG00020003225) RIMS2 (ENSCAFG00020003071) ENSCAFG00020003051 DCAF13 (ENSCAFG00020003044) SLC25A32 (ENSCAFG00020003015) CTHRC1 (ENSCAFG00020002983) Dog MODERN SPECIES 4 TRPS1 (ENSCAFG00845014104) ENSCAFG00845014042 CSMD3 (ENSCAFG00845013880) ENSCAFG00845013806 ENSCAFG00845013779 ENSCAFG00845013759 KCNV1 (ENSCAFG00845013731) ENSCAFG00845013714 SYBU (ENSCAFG00845013598) EBAG9 (ENSCAFG00845013428) PKHD1L1 (ENSCAFG00845011869) ENY2 (ENSCAFG00845011444) NUDCD1 (ENSCAFG00845011288) TRHR (ENSCAFG00845011196) TMEM74 (ENSCAFG00845011167) ENSCAFG00845011139 ##22 EMC2 (ENSCAFG00845011107) EIF3E (ENSCAFG00845011027) RSPO2 (ENSCAFG00845010981) ANGPT1 (ENSCAFG00845010910) SF3A3 (ENSCAFG00845010874) ABRA (ENSCAFG00845010850) OXR1 (ENSCAFG00845010507) ENSCAFG00845010384 ZFPM2 (ENSCAFG00845010270) LRP12 (ENSCAFG00845010152) DPYS (ENSCAFG00845010050) DCSTAMP (ENSCAFG00845010012) RIMS2 (ENSCAFG00845008955) ENSCAFG00845008711 DCAF13 (ENSCAFG00845008632) Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.h ##22 Dog MODERN SPECIES 144 CHM (ENSCAFG00845024883) DACH2 (ENSCAFG00845025244) ENSCAFG00845025538 ENSCAFG00845025670 KLHL4 (ENSCAFG00845025779) ENSCAFG00845025970 PABPC5 (ENSCAFG00845026000) ENSCAFG00845026042 FAM133A (ENSCAFG00845026207) ENSCAFG00845026229 ENSCAFG00845026288 ENSCAFG00845026333 ENSCAFG00845026405 ENSCAFG00845026782 ENSCAFG00845026879 ENSCAFG00845026948 ##22 ENSCAFG00845026974 ENSCAFG00845015511 ENSCAFG00845015550 ENSCAFG00845015610 ENSCAFG00845015773 PCDH19 (ENSCAFG00845015810) ENSCAFG00845015858 TNMD (ENSCAFG00845015896) TSPAN6 (ENSCAFG00845015955) SRPX2 (ENSCAFG00845016052) SYTL4 (ENSCAFG00845016183) ENSCAFG00845016316 CSTF2 (ENSCAFG00845016395) NOX1 (ENSCAFG00845016545) ENSCAFG00845016714 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 10 LRRC73 (ENSAMEG00000012262) #7 YIPF3 (ENSAMEG00000012224) #8 POLR1C (ENSAMEG00000012205) #9 XPO5 (ENSAMEG00000012197) #10 POLH (ENSAMEG00000012174) #11 GTPBP2 (ENSAMEG00000012148) #12 MAD2L1BP (ENSAMEG00000030881) #13 RSPH9 (ENSAMEG00000012125) MRPS18A (ENSAMEG00000012117) #14 VEGFA (ENSAMEG00000027031) #15 MRPL14 (ENSAMEG00000012068) #17 TMEM63B (ENSAMEG00000012014) #18 CAPN11 (ENSAMEG00000011874) #19 MYMX (ENSAMEG00000019314) #20 SLC29A1 (ENSAMEG00000011849) #21 ENSAMEG00000011809 ##22 SLC35B2 (ENSAMEG00000023493) #23 NFKBIE (ENSAMEG00000011785) #24 TCTE1 (ENSAMEG00000011776) #26 AARS2 (ENSAMEG00000011742) #27 SPATS1 (ENSAMEG00000025375) #28 CDC5L (ENSAMEG00000011685) #29 SUPT3H (ENSAMEG00000011671) #31 RUNX2 (ENSAMEG00000009223) #32 CLIC5 (ENSAMEG00000005172) #33 ENPP4 (ENSAMEG00000005187) #34 ENPP5 (ENSAMEG00000005193) #35 RCAN2 (ENSAMEG00000030595) #36 CYP39A1 (ENSAMEG00000001708) #37 SLC25A27 (ENSAMEG00000001695) TDRD6 (ENSAMEG00000001687) Giant Panda MODERN SPECIES 18 B3GALT2 (ENSAMEG00000020281) GLRX2 (ENSAMEG00000015878) RO60 (ENSAMEG00000015881) UCHL5 (ENSAMEG00000015914) RGS2 (ENSAMEG00000030281) RGS13 (ENSAMEG00000015942) RGS1 (ENSAMEG00000029940) RGS21 (ENSAMEG00000015611) RGS18 (ENSAMEG00000015615) ENSAMEG00000017115 ENSAMEG00000015715 ENSAMEG00000028395 ESRRG (ENSAMEG00000001292) GPATCH2 (ENSAMEG00000000532) SPATA17 (ENSAMEG00000000550) ENSAMEG00000000583 ##22 TGFB2 (ENSAMEG00000010879) LYPLAL1 (ENSAMEG00000010866) ENSAMEG00000028876 EPRS1 (ENSAMEG00000009983) BPNT1 (ENSAMEG00000010036) IARS2 (ENSAMEG00000010055) RAB3GAP2 (ENSAMEG00000010098) MARK1 (ENSAMEG00000010174) C1orf115 (ENSAMEG00000027678) MTARC2 (ENSAMEG00000010246) MTARC1 (ENSAMEG00000029752) HLX (ENSAMEG00000028397) DUSP10 (ENSAMEG00000006928) HHIPL2 (ENSAMEG00000006909) TAF1A (ENSAMEG00000006886) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 American mink MODERN SPECIES 421 ENSNVIG00000024574 ##22 ENSNVIG00000024573 ENSNVIG00000024571 GRM7 (ENSNVIG00000024565) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 21 POLR1C (ENSRFEG00010005036) #9 YIPF3 (ENSRFEG00010005052) #8 XPO5 (ENSRFEG00010005070) #10 POLH (ENSRFEG00010005154) #11 GTPBP2 (ENSRFEG00010005213) #12 MAD2L1BP (ENSRFEG00010005237) #13 RSPH9 (ENSRFEG00010005257) MRPS18A (ENSRFEG00010005273) #14 VEGFA (ENSRFEG00010005317) #15 ENSRFEG00010005409 MRPL14 (ENSRFEG00010005426) #17 TMEM63B (ENSRFEG00010005508) #18 CAPN11 (ENSRFEG00010005643) #19 MYMX (ENSRFEG00010005710) #20 SLC29A1 (ENSRFEG00010005739) #21 ENSRFEG00010005791 ##22 SLC35B2 (ENSRFEG00010005829) #23 NFKBIE (ENSRFEG00010005871) #24 TMEM151B (ENSRFEG00010005887) #25 TCTE1 (ENSRFEG00010005907) #26 AARS2 (ENSRFEG00010006015) #27 SPATS1 (ENSRFEG00010006160) #28 CDC5L (ENSRFEG00010006193) #29 SUPT3H (ENSRFEG00010006235) #31 RUNX2 (ENSRFEG00010006335) #32 CLIC5 (ENSRFEG00010006585) #33 ENPP4 (ENSRFEG00010006685) #34 ENPP5 (ENSRFEG00010006712) #35 RCAN2 (ENSRFEG00010006786) #36 CYP39A1 (ENSRFEG00010006864) #37 SLC25A27 (ENSRFEG00010006968) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 7 ENSRFEG00010011801 ZNF25 (ENSRFEG00010011763) ENSRFEG00010011685 ZNF248 (ENSRFEG00010011566) BMS1 (ENSRFEG00010011495) RET (ENSRFEG00010011349) CSGALNACT2 (ENSRFEG00010011283) RASGEF1A (ENSRFEG00010011163) ENSRFEG00010011052 HNRNPF (ENSRFEG00010011029) ZNF239 (ENSRFEG00010010939) ZNF32 (ENSRFEG00010010896) CXCL12 (ENSRFEG00010010755) ENSRFEG00010010625 ##22 TMEM72 (ENSRFEG00010010406) DEPP1 (ENSRFEG00010010371) RASSF4 (ENSRFEG00010021862) ZNF22 (ENSRFEG00010021856) ALOX5 (ENSRFEG00010021847) MARCHF8 (ENSRFEG00010021833) ENSRFEG00010021821 ZFAND4 (ENSRFEG00010021817) ENSRFEG00010021737 ENSRFEG00010021683 MSMB (ENSRFEG00010021675) NCOA4 (ENSRFEG00010021668) ENSRFEG00010021647 PARG (ENSRFEG00010021634) OGDHL (ENSRFEG00010021583) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 ENSGT00940000160098 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Pig MODERN SPECIES 10 HOMER1 (ENSSSCG00000014113) JMY (ENSSSCG00000014112) BHMT (ENSSSCG00000014108) ENSSSCG00000053764 BHMT2 (ENSSSCG00000054426) 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#33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 ENSGT00940000160098 Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 5 SPAG9 (ENSPCTG00005016007) ENSPCTG00005015932 NME1 (ENSPCTG00005015875) NME2 (ENSPCTG00005015808) MBTD1 (ENSPCTG00005015723) UTP18 (ENSPCTG00005015661) ENSPCTG00005015627 ENSPCTG00005015587 ENSPCTG00005015551 ENSPCTG00005015510 ENSPCTG00005015485 ENSPCTG00005015330 ENSPCTG00005015281 ENSPCTG00005014668 CA10 (ENSPCTG00005014413) ENSPCTG00005014390 ##22 ENSPCTG00005014374 TOM1L1 (ENSPCTG00005013661) COX11 (ENSPCTG00005013577) STXBP4 (ENSPCTG00005013424) HLF (ENSPCTG00005013337) MMD (ENSPCTG00005013270) SMIM36 (ENSPCTG00005013249) TMEM100 (ENSPCTG00005013223) PCTP (ENSPCTG00005013173) ENSPCTG00005013064 ANKFN1 (ENSPCTG00005012445) NOG (ENSPCTG00005012396) NOG (ENSPCTG00005012380) C14H17orf67 (ENSPCTG00005012356) DGKE (ENSPCTG00005012238) Sperm whale MODERN SPECIES 9 SRF (ENSPCTG00005005770) SLC22A7 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#8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A.d #10 ENSGT00940000157048.f #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000010779.a.a.a.a.a.b ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00940000153141.A #37 Beluga whale MODERN SPECIES 8 YIPF3 (ENSDLEG00000014644) #8 POLR1C (ENSDLEG00000014677) #9 ENSDLEG00000014725 #10 ENSDLEG00000014771 #10 POLH (ENSDLEG00000014779) #11 GTPBP2 (ENSDLEG00000014789) #12 MAD2L1BP (ENSDLEG00000014832) #13 RSPH9 (ENSDLEG00000014838) 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(ENSSVLG00005025155) MLANA (ENSSVLG00005025137) ERMP1 (ENSSVLG00005025117) RIC1 (ENSSVLG00005025040) PDCD1LG2 (ENSSVLG00005024955) CD274 (ENSSVLG00005024930) PLGRKT (ENSSVLG00005024908) ENSSVLG00005024871 INSL6 (ENSSVLG00005024849) JAK2 (ENSSVLG00005024808) RCL1 (ENSSVLG00005024752) ENSSVLG00005024721 CDC37L1 (ENSSVLG00005024699) PLPP6 (ENSSVLG00005024689) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Arctic ground squirrel DUPLICATION Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 138 RSPH9 (ENSUPAG00010003487) MRPS18A (ENSUPAG00010003493) #14 VEGFA (ENSUPAG00010003509) #15 ENSUPAG00010003659 MRPL14 (ENSUPAG00010003668) #17 TMEM63B (ENSUPAG00010003679) #18 CAPN11 (ENSUPAG00010003744) #19 MYMX (ENSUPAG00010003794) #20 SLC29A1 (ENSUPAG00010003804) #21 ENSUPAG00010004079 ##22 ENSUPAG00010004086 ##22 SLC35B2 (ENSUPAG00010004089) #23 NFKBIE (ENSUPAG00010004104) #24 TMEM151B (ENSUPAG00010004120) #25 ENSUPAG00010004124 #26 AARS2 (ENSUPAG00010004131) #27 SPATS1 (ENSUPAG00010004153) #28 CDC5L (ENSUPAG00010004167) #29 SUPT3H (ENSUPAG00010004183) #31 RUNX2 (ENSUPAG00010004197) #32 CLIC5 (ENSUPAG00010004493) #33 ENPP4 (ENSUPAG00010004511) #34 ENPP5 (ENSUPAG00010004521) #35 RCAN2 (ENSUPAG00010004530) #36 CYP39A1 (ENSUPAG00010004555) #37 SLC25A27 (ENSUPAG00010004665) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 138 RSPH9 (ENSUPAG00010003487) MRPS18A (ENSUPAG00010003493) #14 VEGFA (ENSUPAG00010003509) #15 ENSUPAG00010003659 MRPL14 (ENSUPAG00010003668) #17 TMEM63B (ENSUPAG00010003679) #18 CAPN11 (ENSUPAG00010003744) #19 MYMX (ENSUPAG00010003794) #20 SLC29A1 (ENSUPAG00010003804) #21 ENSUPAG00010004079 ##22 ENSUPAG00010004086 ##22 SLC35B2 (ENSUPAG00010004089) #23 NFKBIE (ENSUPAG00010004104) #24 TMEM151B (ENSUPAG00010004120) #25 ENSUPAG00010004124 #26 AARS2 (ENSUPAG00010004131) #27 SPATS1 (ENSUPAG00010004153) #28 CDC5L (ENSUPAG00010004167) #29 SUPT3H (ENSUPAG00010004183) #31 RUNX2 (ENSUPAG00010004197) #32 CLIC5 (ENSUPAG00010004493) #33 ENPP4 (ENSUPAG00010004511) #34 ENPP5 (ENSUPAG00010004521) #35 RCAN2 (ENSUPAG00010004530) #36 CYP39A1 (ENSUPAG00010004555) #37 Alpin marmot MODERN SPECIES 20 RCAN2 (ENSMMMG00000024592) #36 CYP39A1 (ENSMMMG00000024593) #37 SLC25A27 (ENSMMMG00000024594) TDRD6 (ENSMMMG00000024595) PLA2G7 (ENSMMMG00000024596) ANKRD66 (ENSMMMG00000024598) ENSMMMG00000024599 ADGRF5 (ENSMMMG00000024600) ADGRF1 (ENSMMMG00000024601) TNFRSF21 (ENSMMMG00000024602) ENSMMMG00000024603 ENSMMMG00000024604 ADGRF4 (ENSMMMG00000024605) OPN5 (ENSMMMG00000024606) PTCHD4 (ENSMMMG00000024608) ENSMMMG00000024610 ##22 MMUT (ENSMMMG00000024611) ENSMMMG00000024612 GLYATL3 (ENSMMMG00000024613) ENSMMMG00000024614 ENSMMMG00000024615 RHAG (ENSMMMG00000024616) ENSMMMG00000024617 CRISP2 (ENSMMMG00000024618) CRISP3 (ENSMMMG00000024619) ENSMMMG00000024620 ENSMMMG00000024621 CRISP1 (ENSMMMG00000024622) DEFB114 (ENSMMMG00000024623) ENSMMMG00000024624 TFAP2B (ENSMMMG00000024628) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 13 ENSHGLG00000047166 ENSHGLG00000034628 PPP1R42 (ENSHGLG00000008475) ENSHGLG00000040951 COPS5 (ENSHGLG00000005737) CSPP1 (ENSHGLG00000015719) ENSHGLG00000033370 ARFGEF1 (ENSHGLG00000011784) ENSHGLG00000007434 ENSHGLG00000036421 ENSHGLG00000010754 ENSHGLG00000039642 ENSHGLG00000032157 ENSHGLG00000009795 ENSHGLG00000018481 ENSHGLG00000039218 ##22 ENSHGLG00000042606 SULF1 (ENSHGLG00000015701) SLCO5A1 (ENSHGLG00000007007) ENSHGLG00000047939 PRDM14 (ENSHGLG00000016615) NCOA2 (ENSHGLG00000016603) ENSHGLG00000035853 ENSHGLG00000021028 ENSHGLG00000047012 TRAM1 (ENSHGLG00000008235) ENSHGLG00000006207 XKR9 (ENSHGLG00000033679) ENSHGLG00000018393 EYA1 (ENSHGLG00000019347) ENSHGLG00000038455 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 1 ANXA13 (ENSHGLG00000011810) ENSHGLG00000007964 FER1L6 (ENSHGLG00000005537) ENSHGLG00000014989 TRMT12 (ENSHGLG00000047505) ENSHGLG00000006171 RNF139 (ENSHGLG00000005311) ENSHGLG00000018372 NDUFB9 (ENSHGLG00000014922) MTSS1 (ENSHGLG00000012623) ZNF572 (ENSHGLG00000011462) SQLE (ENSHGLG00000008484) WASHC5 (ENSHGLG00000013191) NSMCE2 (ENSHGLG00000019000) TRIB1 (ENSHGLG00000038354) ENSHGLG00000016266 ##22 ENSHGLG00000003612 LRATD2 (ENSHGLG00000016236) MYC (ENSHGLG00000006922) GSDMC (ENSHGLG00000044963) FAM49B (ENSHGLG00000050014) ASAP1 (ENSHGLG00000010778) ENSHGLG00000006351 ENSHGLG00000035028 ENSHGLG00000033561 ENSHGLG00000034097 ENSHGLG00000019086 ENSHGLG00000016070 HHLA1 (ENSHGLG00000014927) KCNQ3 (ENSHGLG00000011144) ENSHGLG00000046229 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 46 TJAP1 (ENSODEG00000016503) LRRC73 (ENSODEG00000015609) #7 YIPF3 (ENSODEG00000016177) #8 ENSODEG00000015831 #9 XPO5 (ENSODEG00000017078) #10 POLH (ENSODEG00000015994) #11 GTPBP2 (ENSODEG00000015979) #12 MAD2L1BP (ENSODEG00000015761) #13 RSPH9 (ENSODEG00000015426) MRPS18A (ENSODEG00000015388) #14 ENSODEG00000016904 #15 MRPL14 (ENSODEG00000015718) #17 TMEM63B (ENSODEG00000015474) #18 CAPN11 (ENSODEG00000015728) #19 ENSODEG00000015863 ENSODEG00000015488 ##22 SLC35B2 (ENSODEG00000015458) #23 NFKBIE (ENSODEG00000015243) #24 TMEM151B (ENSODEG00000015150) #25 TCTE1 (ENSODEG00000015122) #26 AARS2 (ENSODEG00000015674) #27 SPATS1 (ENSODEG00000016233) #28 CDC5L (ENSODEG00000017235) #29 ENSODEG00000016394 SUPT3H (ENSODEG00000015634) #31 RUNX2 (ENSODEG00000015699) #32 CLIC5 (ENSODEG00000015858) #33 ENPP4 (ENSODEG00000015367) #34 ENPP5 (ENSODEG00000014866) #35 RCAN2 (ENSODEG00000015507) #36 CYP39A1 (ENSODEG00000015974) #37 Degu MODERN SPECIES 363 ENSODEG00000003788 ##22 ENSODEG00000003845 ENSODEG00000003858 ZNF606 (ENSODEG00000003901) ENSODEG00000004032 ENSODEG00000000867 ZNF8 (ENSODEG00000000881) RPS5 (ENSODEG00000000899) ENSODEG00000000911 ZNF446 (ENSODEG00000000926) SLC27A5 (ENSODEG00000000949) ENSODEG00000000978 TRIM28 (ENSODEG00000001020) CHMP2A (ENSODEG00000001073) UBE2M (ENSODEG00000001092) MZF1 (ENSODEG00000001110) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 103 Uqcrfs1 (ENSJJAG00000000535) ENSJJAG00000000322 ENSJJAG00000000074 ENSJJAG00000013602 ENSJJAG00000020950 ENSJJAG00000020634 ENSJJAG00000020121 Zic1 (ENSJJAG00000012204) Zic4 (ENSJJAG00000011859) ENSJJAG00000008994 ENSJJAG00000005647 ENSJJAG00000004591 ENSJJAG00000000877 ##22 Plscr5 (ENSJJAG00000000244) ENSJJAG00000020887 ENSJJAG00000020283 1700057G04Rik (ENSJJAG00000020060) ENSJJAG00000017330 ENSJJAG00000017891 Plscr4 (ENSJJAG00000017748) Plod2 (ENSJJAG00000013305) ENSJJAG00000010643 ENSJJAG00000010488 ENSJJAG00000010214 ENSJJAG00000009762 ENSJJAG00000009483 Slc9a9 (ENSJJAG00000022538) Chst2 (ENSJJAG00000021652) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Cricetidae DUPLICATION Cricetidae DUPLICATION Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.cb.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.cb.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 142 ENSMOCG00000007736 ENSMOCG00000000123 ##22 Fmr1 (ENSMOCG00000005190) ENSMOCG00000006594 Slitrk2 (ENSMOCG00000002229) 4930447F04Rik (ENSMOCG00000000394) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.cb.a ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 229 Rrm2 (ENSCGRG00001007841) Hpcal1 (ENSCGRG00001023170) ENSCGRG00001015979 Nol10 (ENSCGRG00001009928) Atp6v1c2 (ENSCGRG00001021615) Pdia6 (ENSCGRG00001017472) Kcnf1 (ENSCGRG00001014274) 2410004P03Rik (ENSCGRG00001003389) Pqlc3 (ENSCGRG00001018327) Rock2 (ENSCGRG00001016725) E2f6 (ENSCGRG00001013963) Greb1 (ENSCGRG00001018970) Ntsr2 (ENSCGRG00001012327) Lpin1 (ENSCGRG00001000692) Trib2 (ENSCGRG00001024816) ENSCGRG00001013482 ##22 ENSCGRG00001013069 ENSCGRG00001002169 Nbas (ENSCGRG00001001919) Ddx1 (ENSCGRG00001013025) Mycn (ENSCGRG00001018130) Cyria (ENSCGRG00001014064) ENSCGRG00001012128 Vsnl1 (ENSCGRG00001017035) Smc6 (ENSCGRG00001024287) ENSCGRG00001019699 Msgn1 (ENSCGRG00001003369) Kcns3 (ENSCGRG00001004289) ENSCGRG00001006912 Rdh14 (ENSCGRG00001024177) Nt5c1b (ENSCGRG00001016775) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.cb.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.cb.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 360 Fancb (ENSMOCG00000009876) Glra2 (ENSMOCG00000014319) ENSMOCG00000002885 Gemin8 (ENSMOCG00000008859) Gpm6b (ENSMOCG00000021327) ENSMOCG00000010470 Ofd1 (ENSMOCG00000021375) Trappc2 (ENSMOCG00000000407) Rab9 (ENSMOCG00000015920) Tceanc (ENSMOCG00000010877) Egfl6 (ENSMOCG00000003880) Tmsb4x (ENSMOCG00000019156) Tlr8 (ENSMOCG00000012840) Tlr7 (ENSMOCG00000011354) Prps2 (ENSMOCG00000000951) ENSMOCG00000004642 ##22 Frmpd4 (ENSMOCG00000000587) ENSMOCG00000001883 Msl3 (ENSMOCG00000000342) ENSMOCG00000014859 Amelx (ENSMOCG00000018778) Arhgap6 (ENSMOCG00000012668) Hccs (ENSMOCG00000006338) Mid1 (ENSMOCG00000001681) Clcn4 (ENSMOCG00000016495) ENSMOCG00000017564 ENSMOCG00000012172 Zmat1 (ENSMOCG00000000169) Nxf2 (ENSMOCG00000016364) ENSMOCG00000019053 ENSMOCG00000014416 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.db ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.db ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 Slc25a43 (ENSPEMG00000015112) ENSPEMG00000019013 Akap17b (ENSPEMG00000011437) Pgrmc1 (ENSPEMG00000012525) ENSPEMG00000027055 Lonrf3 (ENSPEMG00000000247) Zcchc12 (ENSPEMG00000014570) Il13ra1 (ENSPEMG00000022107) Dock11 (ENSPEMG00000012116) ENSPEMG00000023191 Wdr44 (ENSPEMG00000022311) Klhl13 (ENSPEMG00000021674) ENSPEMG00000025048 Prr32 (ENSPEMG00000015245) Dcaf12l1 (ENSPEMG00000026236) ENSPEMG00000026691 ##22 Dcaf12l2 (ENSPEMG00000025693) Tex13c1 (ENSPEMG00000016262) Tenm1 (ENSPEMG00000006985) Sh2d1a (ENSPEMG00000010822) Stag2 (ENSPEMG00000004299) ENSPEMG00000027841 Xiap (ENSPEMG00000020438) Thoc2 (ENSPEMG00000007626) Gria3 (ENSPEMG00000020768) ENSPEMG00000025713 ENSPEMG00000026463 C1galt1c1 (ENSPEMG00000003943) Mcts1 (ENSPEMG00000014914) Cul4b (ENSPEMG00000008902) ENSPEMG00000030809 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Rat MODERN SPECIES 16 Xdh (ENSRNOG00000007081) Srd5a2 (ENSRNOG00000027042) Memo1 (ENSRNOG00000006340) Dpy30 (ENSRNOG00000027126) ENSRNOG00000066517 Spast (ENSRNOG00000027136) Slc30a6 (ENSRNOG00000005856) Nlrc4 (ENSRNOG00000005810) Yipf4 (ENSRNOG00000005610) Birc6 (ENSRNOG00000027191) Ttc27 (ENSRNOG00000042932) Ltbp1 (ENSRNOG00000033090) Rasgrp3 (ENSRNOG00000032703) Fam98a (ENSRNOG00000030328) ENSRNOG00000062904 ENSRNOG00000067489 ##22 Crim1 (ENSRNOG00000004208) Fez2 (ENSRNOG00000004577) Vit (ENSRNOG00000004706) Strn (ENSRNOG00000004806) Heatr5b (ENSRNOG00000025926) Gpatch11 (ENSRNOG00000025317) Eif2ak2 (ENSRNOG00000048315) Sult6b1 (ENSRNOG00000049335) ENSRNOG00000066755 Cebpzos (ENSRNOG00000064368) Cebpz (ENSRNOG00000005087) Ndufaf7 (ENSRNOG00000005279) Prkd3 (ENSRNOG00000005289) Qpct (ENSRNOG00000005705) LOC679690 (ENSRNOG00000062020) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Shrew mouse MODERN SPECIES 9 Yipf3 (MGP_PahariEiJ_G0020655) #8 Polr1c (MGP_PahariEiJ_G0020654) #9 Xpo5 (MGP_PahariEiJ_G0020653) #10 Polh (MGP_PahariEiJ_G0020652) #11 Gtpbp2 (MGP_PahariEiJ_G0020651) #12 Mad2l1bp (MGP_PahariEiJ_G0020650) #13 Rsph9 (MGP_PahariEiJ_G0020649) Mrps18a (MGP_PahariEiJ_G0020648) #14 Vegfa (MGP_PahariEiJ_G0020647) #15 1600014C23Rik (MGP_PahariEiJ_G0020646) Mrpl14 (MGP_PahariEiJ_G0020645) #17 Tmem63b (MGP_PahariEiJ_G0020644) #18 Capn11 (MGP_PahariEiJ_G0020643) #19 MGP_PahariEiJ_G0020642 #20 Slc29a1 (MGP_PahariEiJ_G0020641) #21 MGP_PahariEiJ_G0020640 ##22 Slc35b2 (MGP_PahariEiJ_G0020639) #23 Nfkbie (MGP_PahariEiJ_G0020638) #24 Tmem151b (MGP_PahariEiJ_G0020637) #25 Tcte1 (MGP_PahariEiJ_G0020636) #26 Aars2 (MGP_PahariEiJ_G0020635) #27 MGP_PahariEiJ_G0020634 MGP_PahariEiJ_G0020633 #29 Supt3 (MGP_PahariEiJ_G0020632) #31 Runx2 (MGP_PahariEiJ_G0020631) #32 MGP_PahariEiJ_G0020630 #33 Enpp4 (MGP_PahariEiJ_G0020629) #34 Enpp5 (MGP_PahariEiJ_G0020628) #35 Rcan2 (MGP_PahariEiJ_G0020627) #36 MGP_PahariEiJ_G0020626 #37 Slc25a27 (MGP_PahariEiJ_G0020625) Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 69 ENSMSIG00000004525 ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 882 XPO5 (ENSANAG00000029648) #10 POLH (ENSANAG00000036689) #11 GTPBP2 (ENSANAG00000037352) #12 MAD2L1BP (ENSANAG00000031169) #13 RSPH9 (ENSANAG00000034070) MRPS18A (ENSANAG00000030889) #14 ENSANAG00000019769 VEGFA (ENSANAG00000021825) #15 ENSANAG00000026877 #16 MRPL14 (ENSANAG00000025052) #17 TMEM63B (ENSANAG00000025745) #18 ENSANAG00000022828 CAPN11 (ENSANAG00000021503) #19 MYMX (ENSANAG00000019285) #20 SLC29A1 (ENSANAG00000027374) #21 ENSANAG00000036841 ##22 SLC35B2 (ENSANAG00000030995) #23 NFKBIE (ENSANAG00000035565) #24 TCTE1 (ENSANAG00000037976) #26 TMEM151B (ENSANAG00000031535) #25 AARS2 (ENSANAG00000019918) #27 SPATS1 (ENSANAG00000025333) #28 CDC5L (ENSANAG00000028499) #29 ENSANAG00000038340 SUPT3H (ENSANAG00000035432) #31 RUNX2 (ENSANAG00000034292) #32 CLIC5 (ENSANAG00000028093) #33 ENPP4 (ENSANAG00000035380) #34 ENPP5 (ENSANAG00000016883) #35 RCAN2 (ENSANAG00000038243) #36 CYP39A1 (ENSANAG00000037879) #37 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 49 POLR1C (ENSSBOG00000025735) #9 XPO5 (ENSSBOG00000004763) #10 POLH (ENSSBOG00000021399) #11 GTPBP2 (ENSSBOG00000033640) #12 MAD2L1BP (ENSSBOG00000029545) #13 RSPH9 (ENSSBOG00000031703) MRPS18A (ENSSBOG00000019943) #14 ENSSBOG00000030789 #15 ENSSBOG00000029474 #16 MRPL14 (ENSSBOG00000028248) #17 TMEM63B (ENSSBOG00000035379) #18 CAPN11 (ENSSBOG00000026495) #19 ENSSBOG00000033471 MYMX (ENSSBOG00000019228) #20 SLC29A1 (ENSSBOG00000025930) #21 ENSSBOG00000023571 ##22 SLC35B2 (ENSSBOG00000028774) #23 NFKBIE (ENSSBOG00000005172) #24 TMEM151B (ENSSBOG00000020161) #25 TCTE1 (ENSSBOG00000030713) #26 AARS2 (ENSSBOG00000018590) #27 SPATS1 (ENSSBOG00000035876) #28 CDC5L (ENSSBOG00000031265) #29 ENSSBOG00000023875 #30 SUPT3H (ENSSBOG00000035860) #31 ENSSBOG00000020940 RUNX2 (ENSSBOG00000032519) #32 CLIC5 (ENSSBOG00000025831) #33 ENPP4 (ENSSBOG00000033707) #34 ENPP5 (ENSSBOG00000032948) #35 RCAN2 (ENSSBOG00000024215) #36 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000154200.A.a ENSGT00390000017163 ENSGT00940000157563 ENSGT01030000234518.C.a.b.a.b ENSGT01100000263536.C ENSGT00950000182999.b.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995 ENSGT00940000153476.b.m.a ENSGT00940000155318 ENSGT00390000016292.g.b ENSGT00940000155502 ENSGT00940000160594 ENSGT00950000182897.B.a.b.b ENSGT01030000234621.F ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00900000143726 ENSGT00950000183071.a.a.a ENSGT00390000004600.b.b ENSGT00910000147734 ENSGT00940000159806 ENSGT00940000156862 ENSGT00940000155232 ENSGT00940000153931.b ENSGT00940000162795 ENSGT00910000147378 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000159196 ENSGT00940000156856 ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT01050000244955.a.a Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000017163 ENSGT00940000157563 ENSGT00910000147518 ENSGT01030000234518.C.a.b.a.b ENSGT01100000263536.C ENSGT00950000182999.b.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995 ENSGT00940000153476.b.m.a ENSGT00940000155318 ENSGT00390000016292.g.b ENSGT00940000155502 ENSGT00940000160594 ENSGT00950000182897.B.a.b.b ENSGT01030000234621.F ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00900000143726 ENSGT00950000183071.a.a.a ENSGT00390000004600.b.b ENSGT00910000147734 ENSGT00940000159806 ENSGT00940000156862 ENSGT00940000155232 ENSGT00940000153931.b ENSGT00940000162795 ENSGT00910000147378 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000159196 ENSGT00940000156856 ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT01050000244955.a.a Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000017163 ENSGT00940000157563 ENSGT00910000147518 ENSGT01030000234518.C.a.b.a.b ENSGT01100000263536.C ENSGT00950000182999.b.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995 ENSGT00940000153476.b.m.a ENSGT00940000155318 ENSGT00390000016292.g.b.a ENSGT00940000155502 ENSGT00940000160594 ENSGT00950000182897.B.a.b.b ENSGT01030000234621.F ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00900000143726 ENSGT00950000183071.a.a.a ENSGT00390000004600.b.b ENSGT00910000147734 ENSGT00940000159806 ENSGT00940000156862 ENSGT00940000155232 ENSGT00940000153931.b ENSGT00940000162795 ENSGT00910000147378 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000159196 ENSGT00940000156856 ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT01050000244955.a.a Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000017163 ENSGT00940000157563 ENSGT00910000147518 ENSGT01030000234518.C.a.b.a.b ENSGT01100000263536.C ENSGT00950000182999.b.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995 ENSGT00940000153476.b.m.a ENSGT00940000155318 ENSGT00390000016292.g.b.a ENSGT00940000155502 ENSGT00940000160594 ENSGT00950000182897.B.a.b.b ENSGT01030000234621.F ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00900000143726 ENSGT00950000183071.a.a.a ENSGT00950000182803.B.d.b.v.a ENSGT00390000004600.b.b ENSGT00910000147734 ENSGT00940000159806 ENSGT00940000156862 ENSGT00940000155232 ENSGT00940000153931.b ENSGT00940000162795 ENSGT00910000147378 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000159196 ENSGT00940000156856 ENSGT01050000244897.a.b.b.b Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00940000157563 ENSGT00950000182999.b.b ENSGT00910000147518 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ENSGT00940000160594 ENSGT00950000182897.B.a.b.b ENSGT01030000234621.F ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00900000143726 ENSGT00950000183071.a.a.a ENSGT00950000182803.B.d.b.v.a ENSGT00390000004600.b.b ENSGT00940000159806 ENSGT00940000156862 ENSGT00940000155232 ENSGT00940000153931.b ENSGT00940000162795 ENSGT00910000147378 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000159196 ENSGT00940000156856 ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT00390000011084.h Drill MODERN SPECIES 1701 ENSMLEG00000007177 MBNL2 (ENSMLEG00000030404) ENSMLEG00000044418 OXGR1 (ENSMLEG00000006730) ENSMLEG00000030624 ##22 ENSMLEG00000002331 ENSMLEG00000026770 ENSMLEG00000032086 ENSMLEG00000034078 Macaca ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000017163 ENSGT00940000157563 ENSGT00910000147518 ENSGT01030000234518.C.a.b.a.b ENSGT01100000263536.C ENSGT00950000182999.b.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995 ENSGT00940000153476.b.m.a ENSGT00940000155318 ENSGT00390000016292.g.b.a ENSGT00940000155502 ENSGT00940000160594 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(ENSMNEG00000030661) CLDN10 (ENSMNEG00000039056) ABCC4 (ENSMNEG00000031488) SOX21 (ENSMNEG00000008735) ENSMNEG00000020250 GPR180 (ENSMNEG00000043105) TGDS (ENSMNEG00000041559) DCT (ENSMNEG00000033707) ENSMNEG00000034295 GPC6 (ENSMNEG00000031962) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000154200.A.a ENSGT00390000017163 ENSGT00940000157563 ENSGT01030000234518.C.a.b.a.b ENSGT01100000263536.C ENSGT00950000182999.b.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995 ENSGT00940000153476.b.m.a ENSGT00940000155318 ENSGT00390000016292.g.b ENSGT00940000155502 ENSGT00940000160594 ENSGT00950000182897.B.a.b.b ENSGT01030000234621.F ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00900000143726 ENSGT00950000183071.a.a.a ENSGT00390000004600.b.b ENSGT00910000147734 ENSGT00940000159806 ENSGT00940000156862 ENSGT00940000155232 ENSGT00940000153931.b ENSGT00940000162795 ENSGT00910000147378 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000159196 ENSGT00940000156856 ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT01050000244955.a.a Hominidae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000154200.A.a ENSGT00390000017163 ENSGT00940000157563 ENSGT00950000182999.b.b ENSGT01030000234518.C.a.b.a.b ENSGT01100000263536.C ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995 ENSGT00940000153476.b.m.a ENSGT00940000155318 ENSGT00390000016292.g.b ENSGT00940000155502 ENSGT00940000160594 ENSGT00950000182897.B.a.b.b ENSGT01030000234621.F ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00900000143726 ENSGT00950000183071.a.a.a ENSGT00390000004600.b.b ENSGT00940000159806 ENSGT00940000156862 ENSGT00940000155232 ENSGT00940000153931.b ENSGT00940000162795 ENSGT00910000147378 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000159196 ENSGT00940000156856 ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT01050000244955.a.a ENSGT00940000158453.a Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000154200.A.a ENSGT00390000017163 ENSGT00940000157563 ENSGT00950000182999.b.b ENSGT01030000234518.C.a.b.a.b ENSGT01100000263536.C ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995 ENSGT00940000153476.b.m.a ENSGT00940000155318 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DOCK9 (ENSPPAG00000035676) SLC15A1 (ENSPPAG00000038179) STK24 (ENSPPAG00000012674) FARP1 (ENSPPAG00000011203) RNF113B (ENSPPAG00000040641) IPO5 (ENSPPAG00000031974) RAP2A (ENSPPAG00000023020) MBNL2 (ENSPPAG00000035995) ENSPPAG00000030619 ##22 ENSPPAG00000030342 HS6ST3 (ENSPPAG00000030254) UGGT2 (ENSPPAG00000036675) DNAJC3 (ENSPPAG00000011994) DZIP1 (ENSPPAG00000043686) CLDN10 (ENSPPAG00000043676) ABCC4 (ENSPPAG00000014419) ENSPPAG00000030722 GPR180 (ENSPPAG00000041567) TGDS (ENSPPAG00000039020) DCT (ENSPPAG00000025883) GPC6 (ENSPPAG00000037789) GPC5 (ENSPPAG00000028689) ENSPPAG00000041709 ENSPPAG00000036461 Gorilla MODERN SPECIES 4 CLYBL (ENSGGOG00000006508) TM9SF2 (ENSGGOG00000008344) GPR183 (ENSGGOG00000000721) GPR18 (ENSGGOG00000015697) ENSGGOG00000027760 UBAC2 (ENSGGOG00000034999) DOCK9 (ENSGGOG00000014914) SLC15A1 (ENSGGOG00000014903) ENSGGOG00000026813 STK24 (ENSGGOG00000001983) FARP1 (ENSGGOG00000004930) RNF113B (ENSGGOG00000023052) IPO5 (ENSGGOG00000008742) RAP2A (ENSGGOG00000039196) MBNL2 (ENSGGOG00000008349) ENSGGOG00000041513 ##22 ENSGGOG00000036222 ENSGGOG00000022541 UGGT2 (ENSGGOG00000010803) DNAJC3 (ENSGGOG00000001314) DZIP1 (ENSGGOG00000016859) CLDN10 (ENSGGOG00000027541) ABCC4 (ENSGGOG00000004265) SOX21 (ENSGGOG00000003177) ENSGGOG00000038534 GPR180 (ENSGGOG00000026438) TGDS (ENSGGOG00000010704) DCT (ENSGGOG00000016275) GPC6 (ENSGGOG00000028184) GPC5 (ENSGGOG00000015066) ENSGGOG00000041124 Orangutan MODERN SPECIES 4 ZIC5 (ENSPPYG00000036876) CLYBL (ENSPPYG00000005469) TM9SF2 (ENSPPYG00000005468) GPR183 (ENSPPYG00000005467) GPR18 (ENSPPYG00000005466) UBAC2 (ENSPPYG00000005465) DOCK9 (ENSPPYG00000005463) SLC15A1 (ENSPPYG00000005462) STK24 (ENSPPYG00000005461) RNF113B (ENSPPYG00000005460) FARP1 (ENSPPYG00000005459) IPO5 (ENSPPYG00000005458) RAP2A (ENSPPYG00000031802) MBNL2 (ENSPPYG00000005456) OXGR1 (ENSPPYG00000005455) ENSPPYG00000005454 ##22 HS6ST3 (ENSPPYG00000032530) UGGT2 (ENSPPYG00000005452) DNAJC3 (ENSPPYG00000005451) DZIP1 (ENSPPYG00000005450) CLDN10 (ENSPPYG00000005449) ABCC4 (ENSPPYG00000005448) SOX21 (ENSPPYG00000005446) GPR180 (ENSPPYG00000005445) TGDS (ENSPPYG00000005444) DCT (ENSPPYG00000005443) GPC6 (ENSPPYG00000005442) GPC5 (ENSPPYG00000005441) SLITRK5 (ENSPPYG00000005437) SLITRK6 (ENSPPYG00000005436) SLITRK1 (ENSPPYG00000005434) Gibbon DUPLICATION Gibbon MODERN SPECIES 7 LRRC73 (ENSNLEG00000004080) #7 ENSNLEG00000004074 #8 POLR1C (ENSNLEG00000004035) #9 XPO5 (ENSNLEG00000003966) #10 POLH (ENSNLEG00000003958) #11 GTPBP2 (ENSNLEG00000003909) #12 MAD2L1BP (ENSNLEG00000033665) #13 ENSNLEG00000003901 MRPS18A (ENSNLEG00000003865) #14 VEGFA (ENSNLEG00000003829) #15 ENSNLEG00000003824 TMEM63B (ENSNLEG00000003801) #18 ENSNLEG00000003797 #19 MYMX (ENSNLEG00000019018) #20 SLC29A1 (ENSNLEG00000003716) #21 ENSNLEG00000029372 ##22 SLC35B2 (ENSNLEG00000003703) #23 ENSNLEG00000003672 #24 TMEM151B (ENSNLEG00000003670) #25 TCTE1 (ENSNLEG00000003668) #26 AARS2 (ENSNLEG00000026583) #27 SPATS1 (ENSNLEG00000003651) #28 CDC5L (ENSNLEG00000003627) #29 ENSNLEG00000019017 #30 SUPT3H (ENSNLEG00000032331) #31 ENSNLEG00000003611 #32 ENSNLEG00000003594 #33 ENPP4 (ENSNLEG00000003581) #34 STK39 (ENSNLEG00000003560) ENSNLEG00000032686 B3GALT1 (ENSNLEG00000019016) Gibbon MODERN SPECIES 20 TM9SF2 (ENSNLEG00000007789) ENSNLEG00000007988 GPR18 (ENSNLEG00000007985) ENSNLEG00000035777 UBAC2 (ENSNLEG00000007978) DOCK9 (ENSNLEG00000007865) SLC15A1 (ENSNLEG00000007860) STK24 (ENSNLEG00000007854) FARP1 (ENSNLEG00000007845) RNF113B (ENSNLEG00000007844) IPO5 (ENSNLEG00000007831) ENSNLEG00000007830 RAP2A (ENSNLEG00000007828) MBNL2 (ENSNLEG00000007827) OXGR1 (ENSNLEG00000036253) ENSNLEG00000032687 ##22 ENSNLEG00000032405 ENSNLEG00000019092 UGGT2 (ENSNLEG00000016646) ENSNLEG00000027705 DNAJC3 (ENSNLEG00000016628) CLDN10 (ENSNLEG00000016616) ABCC4 (ENSNLEG00000016543) ENSNLEG00000032682 GPR180 (ENSNLEG00000016532) TGDS (ENSNLEG00000016509) DCT (ENSNLEG00000016495) GPC6 (ENSNLEG00000016493) GPC5 (ENSNLEG00000016490) ENSNLEG00000016486 ENSNLEG00000033876 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 146 TJAP1 (ENSOGAG00000016307) LRRC73 (ENSOGAG00000016310) #7 YIPF3 (ENSOGAG00000016312) #8 POLR1C (ENSOGAG00000016318) #9 XPO5 (ENSOGAG00000016321) #10 POLH (ENSOGAG00000016976) #11 GTPBP2 (ENSOGAG00000014246) #12 MAD2L1BP (ENSOGAG00000016977) #13 RSPH9 (ENSOGAG00000016981) MRPS18A (ENSOGAG00000026551) #14 ENSOGAG00000000338 #15 MRPL14 (ENSOGAG00000024589) #17 TMEM63B (ENSOGAG00000001281) #18 CAPN11 (ENSOGAG00000012715) #19 SLC29A1 (ENSOGAG00000011955) #21 ENSOGAG00000011961 ##22 SLC35B2 (ENSOGAG00000029873) #23 NFKBIE (ENSOGAG00000028890) #24 TMEM151B (ENSOGAG00000032467) #25 TCTE1 (ENSOGAG00000034227) #26 AARS2 (ENSOGAG00000008197) #27 SPATS1 (ENSOGAG00000008206) #28 CDC5L (ENSOGAG00000008211) #29 SUPT3H (ENSOGAG00000003895) #31 RUNX2 (ENSOGAG00000003900) #32 CLIC5 (ENSOGAG00000014373) #33 ENPP4 (ENSOGAG00000014378) #34 ENPP5 (ENSOGAG00000014380) #35 RCAN2 (ENSOGAG00000024331) #36 CYP39A1 (ENSOGAG00000000401) #37 SLC25A27 (ENSOGAG00000000402) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 28 LRRC73 (ENSMICG00000005015) #7 YIPF3 (ENSMICG00000005021) #8 POLR1C (ENSMICG00000005027) #9 XPO5 (ENSMICG00000005032) #10 POLH (ENSMICG00000005044) #11 GTPBP2 (ENSMICG00000005049) #12 MAD2L1BP (ENSMICG00000005055) #13 ENSMICG00000036804 RSPH9 (ENSMICG00000005058) MRPS18A (ENSMICG00000005062) #14 VEGFA (ENSMICG00000005068) #15 MRPL14 (ENSMICG00000013022) #17 TMEM63B (ENSMICG00000013024) #18 CAPN11 (ENSMICG00000013043) #19 SLC29A1 (ENSMICG00000038074) #21 ENSMICG00000013394 ##22 SLC35B2 (ENSMICG00000027103) #23 NFKBIE (ENSMICG00000013421) #24 TCTE1 (ENSMICG00000013443) #26 TMEM151B (ENSMICG00000033230) #25 AARS2 (ENSMICG00000013453) #27 ENSMICG00000042468 SPATS1 (ENSMICG00000043772) #28 CDC5L (ENSMICG00000006933) #29 SUPT3H (ENSMICG00000012239) #31 RUNX2 (ENSMICG00000012251) #32 CLIC5 (ENSMICG00000034568) #33 ENPP4 (ENSMICG00000031250) #34 ENPP5 (ENSMICG00000017751) #35 RCAN2 (ENSMICG00000030471) #36 TDRD6 (ENSMICG00000030777) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 471 CHCHD3 (ENSPCOG00000019179) ENSPCOG00000020008 ENSPCOG00000019479 ENSPCOG00000016376 ##22 LRGUK (ENSPCOG00000022323) SLC35B4 (ENSPCOG00000015654) AKR1B1 (ENSPCOG00000022399) ENSPCOG00000009761 ENSPCOG00000018599 BPGM (ENSPCOG00000013140) CALD1 (ENSPCOG00000018522) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Sloth MODERN SPECIES 188 ENSCHOG00000002871 ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 11182 ENSETEG00000008004 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 216 ENSETEG00000014886 ##22 SLC35B2 (ENSETEG00000014892) #23 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992.c ENSGT00940000161009 ENSGT00390000004313 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992.c ENSGT00940000161009 ENSGT00390000004313 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992.c ENSGT00940000161009 ENSGT00390000004313 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 17 POLR1C (ENSGEVG00005013418) #9 XPO5 (ENSGEVG00005013480) #10 POLH (ENSGEVG00005013584) #11 ENSGEVG00005013611 GTPBP2 (ENSGEVG00005013624) #12 MAD2L1BP (ENSGEVG00005013653) #13 ENSGEVG00005013690 RSPH9 (ENSGEVG00005013714) MRPS18A (ENSGEVG00005013782) #14 VEGFA (ENSGEVG00005013826) #15 MRPL14 (ENSGEVG00005013942) #17 TMEM63B (ENSGEVG00005013984) #18 CAPN11 (ENSGEVG00005014087) #19 SLC29A1 (ENSGEVG00005014138) #21 ENSGEVG00005014173 ENSGEVG00005014206 ##22 SLC35B2 (ENSGEVG00005008272) #23 NFKBIE (ENSGEVG00005008291) #24 TMEM151B (ENSGEVG00005008355) #25 ENSGEVG00005008368 #26 AARS2 (ENSGEVG00005008393) #27 RNF8 (ENSGEVG00005008442) CMTR1 (ENSGEVG00005008520) CCDC167 (ENSGEVG00005008606) MDGA1 (ENSGEVG00005008636) ZFAND3 (ENSGEVG00005008696) BTBD9 (ENSGEVG00005008712) GLO1 (ENSGEVG00005008732) DNAH8 (ENSGEVG00005008974) ENSGEVG00005011273 GLP1R (ENSGEVG00005011309) Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 2777 ENSCABG00000022008 ##22 SLC35B2 (ENSCABG00000022007) #23 NFKBIE (ENSCABG00000022006) #24 TMEM151B (ENSCABG00000022005) #25 ENSCABG00000022004 #26 AARS2 (ENSCABG00000021920) #27 ENSCABG00000021892 CMTR1 (ENSCABG00000021891) CCDC167 (ENSCABG00000021890) MDGA1 (ENSCABG00000021886) ZFAND3 (ENSCABG00000021884) ENSCABG00000021883 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00940000170208 ENSGT00950000182841.b.b.a.d 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#25 ENSTMTG00000002394 #26 AARS2 (ENSTMTG00000001781) #27 RNF8 (ENSTMTG00000001686) CMTR1 (ENSTMTG00000001267) CCDC167 (ENSTMTG00000001171) MDGA1 (ENSTMTG00000001143) ZFAND3 (ENSTMTG00000001106) BTBD9 (ENSTMTG00000001089) GLO1 (ENSTMTG00000001075) DNAH8 (ENSTMTG00000000515) GLP1R (ENSTMTG00000000179) SAYSD1 (ENSTMTG00000000149) painted turtle MODERN SPECIES 12 POLR1C (ENSCPBG00000025203) #9 XPO5 (ENSCPBG00000025210) #10 POLH (ENSCPBG00000025219) #11 GTPBP2 (ENSCPBG00000025223) #12 MAD2L1BP (ENSCPBG00000025229) #13 ENSCPBG00000025231 RSPH9 (ENSCPBG00000025233) MRPS18A (ENSCPBG00000025243) #14 VEGFA (ENSCPBG00000025256) #15 MRPL14 (ENSCPBG00000025263) #17 TMEM63B (ENSCPBG00000025267) #18 CAPN11 (ENSCPBG00000025283) #19 ENSCPBG00000025291 ENSCPBG00000025302 SLC29A1 (ENSCPBG00000025308) #21 ENSCPBG00000025313 ##22 SLC35B2 (ENSCPBG00000025319) #23 NFKBIE (ENSCPBG00000025322) #24 TMEM151B (ENSCPBG00000025324) #25 TCTE1 (ENSCPBG00000025325) #26 AARS2 (ENSCPBG00000025329) #27 RNF8 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(ENSCPRG00005010614) #27 RNF8 (ENSCPRG00005010593) CMTR1 (ENSCPRG00005010330) CCDC167 (ENSCPRG00005010285) MDGA1 (ENSCPRG00005010199) ZFAND3 (ENSCPRG00005010175) BTBD9 (ENSCPRG00005010169) GLO1 (ENSCPRG00005010152) ENSCPRG00005010150 DNAH8 (ENSCPRG00005010032) Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 tuatara MODERN SPECIES 565 MRPL14 (ENSSPUG00000006479) #17 TMEM63B (ENSSPUG00000006598) #18 CAPN11 (ENSSPUG00000007252) #19 ENSSPUG00000007311 #21 ENSSPUG00000007461 ##22 SLC35B2 (ENSSPUG00000007489) #23 NFKBIE (ENSSPUG00000007504) #24 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b ##22 Lizard MODERN SPECIES 3 ENSACAG00000044431 SDC4 (ENSACAG00000012456) ENSACAG00000042017 ENSACAG00000027208 ENSACAG00000027958 ENSACAG00000013632 ENSACAG00000042879 ENSACAG00000036155 ENSACAG00000014094 ENSACAG00000041144 ENSACAG00000014095 ENSACAG00000041645 ENSACAG00000042744 ACTR5 (ENSACAG00000014155) PPP1R16B (ENSACAG00000014183) ENSACAG00000014264 ##22 FAM83D (ENSACAG00000038167) DHX35 (ENSACAG00000014298) ENSACAG00000045290 ENSACAG00000022716 ENSACAG00000000160 PHTF1 (ENSACAG00000000153) RSBN1 (ENSACAG00000000150) PTPN22 (ENSACAG00000000141) ENSACAG00000044404 ENSACAG00000014335 ENSACAG00000028253 ENSACAG00000009750 ENSACAG00000009733 ENSACAG00000042738 ENSACAG00000009716 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000175262 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992 ENSGT00940000161009 ENSGT00390000004313 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992 ENSGT00940000161009 ENSGT00390000004313 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00530000069620 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992 ENSGT00940000161009 ENSGT00390000004313 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 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ENSGT00940000161009 ENSGT00940000156775 Pink-footed goose MODERN SPECIES 64 YIPF3 (ENSABRG00000019216) #8 POLR1C (ENSABRG00000019257) #9 XPO5 (ENSABRG00000019302) #10 POLH (ENSABRG00000019452) #11 GTPBP2 (ENSABRG00000019486) #12 MAD2L1BP (ENSABRG00000019569) #13 ENSABRG00000019574 RSPH9 (ENSABRG00000019585) MRPS18A (ENSABRG00000019591) #14 VEGFA (ENSABRG00000019601) #15 MRPL14 (ENSABRG00000019610) #17 TMEM63B (ENSABRG00000019612) #18 CAPN11 (ENSABRG00000019619) #19 SLC35B2 (ENSABRG00000019639) #23 SLC29A1 (ENSABRG00000019642) #21 HSP90AB1 (ENSABRG00000019643) ##22 NFKBIE (ENSABRG00000019651) #24 TMEM151B (ENSABRG00000019652) #25 TCTE1 (ENSABRG00000019654) #26 AARS2 (ENSABRG00000019656) #27 RNF8 (ENSABRG00000019659) CMTR1 (ENSABRG00000019660) CCDC167 (ENSABRG00000019661) MDGA1 (ENSABRG00000019666) ZFAND3 (ENSABRG00000019686) BTBD9 (ENSABRG00000019690) GLO1 (ENSABRG00000019695) DNAH8 (ENSABRG00000019752) GLP1R (ENSABRG00000019903) KCNK5 (ENSABRG00000019910) KCNK17 (ENSABRG00000019916) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003256 #7 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084.a #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992.b ENSGT00940000161009 ENSGT00390000004313 Japanese quail MODERN SPECIES 21 LRRC73 (ENSCJPG00005011357) #7 YIPF3 (ENSCJPG00005011353) #8 POLR1C (ENSCJPG00005011351) #9 XPO5 (ENSCJPG00005011348) #10 POLH (ENSCJPG00005011345) #11 GTPBP2 (ENSCJPG00005011329) #12 MAD2L1BP (ENSCJPG00005011328) #13 ENSCJPG00005011327 RSPH9 (ENSCJPG00005011325) MRPS18A (ENSCJPG00005011323) #14 VEGFA (ENSCJPG00005011306) #15 MRPL14 (ENSCJPG00005011305) #17 TMEM63B (ENSCJPG00005010350) #18 CAPN11 (ENSCJPG00005010310) #19 SLC29A1 (ENSCJPG00005010306) #21 HSP90AB1 (ENSCJPG00005010305) ##22 SLC35B2 (ENSCJPG00005010304) #23 NFKBIE (ENSCJPG00005010303) #24 TMEM151B (ENSCJPG00005010302) #25 TCTE1 (ENSCJPG00005010301) #26 AARS2 (ENSCJPG00005010300) #27 RNF8 (ENSCJPG00005010299) CMTR1 (ENSCJPG00005010298) MDGA1 (ENSCJPG00005010297) ZFAND3 (ENSCJPG00005010290) BTBD9 (ENSCJPG00005010289) GLO1 (ENSCJPG00005010288) DNAH8 (ENSCJPG00005010208) GLP1R (ENSCJPG00005010207) SAYSD1 (ENSCJPG00005010206) KCNK5 (ENSCJPG00005010203) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153766.A #8 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000002210.c.a ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084.a #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00940000170208 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157172 ENSGT00390000010210 ENSGT00940000159201 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158992.b ENSGT00940000161009 ENSGT00390000004313 Turkey MODERN SPECIES 11 ENSMGAG00000022899 ENSMGAG00000021198 ENSMGAG00000010691 ENSMGAG00000018769 ENSMGAG00000010700 ENSMGAG00000010712 MDGA1 (ENSMGAG00000010714) ENSMGAG00000010739 ENSMGAG00000021709 ENSMGAG00000010761 TMEM151B (ENSMGAG00000015826) #25 ENSMGAG00000010796 #26 AARS2 (ENSMGAG00000010762) #27 NFKBIE (ENSMGAG00000010800) #24 SLC29A1 (ENSMGAG00000010815) #21 ENSMGAG00000010808 ##22 SLC35B2 (ENSMGAG00000010805) #23 ENSMGAG00000010826 #19 ENSMGAG00000021459 #18 ENSMGAG00000010869 #18 ENSMGAG00000010889 #17 VEGFA (ENSMGAG00000010893) #15 ENSMGAG00000015828 ENSMGAG00000010915 #14 MAD2L1BP (ENSMGAG00000010914) #13 ENSMGAG00000010904 ENSMGAG00000010927 #11 ENSMGAG00000010916 #12 ENSMGAG00000011020 #9 XPO5 (ENSMGAG00000010938) #10 ENSMGAG00000011023 #8 Chicken MODERN SPECIES 22 YIPF3 (ENSGALG00010009719) #8 POLR1C (ENSGALG00010009699) #9 XPO5 (ENSGALG00010009623) #10 POLH (ENSGALG00010006998) #11 GTPBP2 (ENSGALG00010006983) #12 MAD2L1BP (ENSGALG00010019832) #13 EPHX1L (ENSGALG00010019813) RSPH9 (ENSGALG00010019794) MRPS18A (ENSGALG00010019761) #14 VEGFA (ENSGALG00010019716) #15 MRPL14 (ENSGALG00010019659) #17 TMEM63B (ENSGALG00010019649) #18 CAPN11 (ENSGALG00010019641) #19 ENSGALG00010019621 SLC29A1 (ENSGALG00010019602) #21 HSP90AB1 (ENSGALG00010019591) ##22 SLC35B2 (ENSGALG00010019581) #23 NFKBIE (ENSGALG00010019572) #24 TMEM151B (ENSGALG00010018337) #25 TCTE1 (ENSGALG00010018363) #26 AARS2 (ENSGALG00010018354) #27 RNF8 (ENSGALG00010021606) CMTR1 (ENSGALG00010020548) CCDC167 (ENSGALG00010020537) MDGA1 (ENSGALG00010021262) ZFAND3 (ENSGALG00010021245) BTBD9 (ENSGALG00010021236) GLO1 (ENSGALG00010021229) DNAH8 (ENSGALG00010020768) GLP1R (ENSGALG00010021673) GLP1R (ENSGALG00010020690) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Common shrew MODERN SPECIES 12691 ENSSARG00000000297 ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 24 ENSOARG00020014587 SLC35A1 (ENSOARG00020014650) CFAP206 (ENSOARG00020014818) C6orf163 (ENSOARG00020014940) SMIM8 (ENSOARG00020015006) GJB7 (ENSOARG00020015040) ZNF292 (ENSOARG00020015103) ENSOARG00020015144 CGA (ENSOARG00020015174) HTR1E (ENSOARG00020015292) ENSOARG00020003014 ENSOARG00020003026 SYNCRIP (ENSOARG00020003105) SNX14 (ENSOARG00020003203) NT5E (ENSOARG00020003599) ENSOARG00020003650 ##22 TBX18 (ENSOARG00020003702) CEP162 (ENSOARG00020003753) MRAP2 (ENSOARG00020003941) ENSOARG00020003961 RIPPLY2 (ENSOARG00020003983) THEMIS (ENSOARG00020004049) PTPRK (ENSOARG00020004343) ENSOARG00020007374 LAMA2 (ENSOARG00020007456) ARHGAP18 (ENSOARG00020008175) ENSOARG00020008645 TMEM244 (ENSOARG00020008680) L3MBTL3 (ENSOARG00020008744) SAMD3 (ENSOARG00020009013) ENSOARG00020009066 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Cat MODERN SPECIES 236 LRRC73 (ENSFCAG00000033302) #7 YIPF3 (ENSFCAG00000009731) #8 POLR1C (ENSFCAG00000009735) #9 XPO5 (ENSFCAG00000009737) #10 POLH (ENSFCAG00000009740) #11 GTPBP2 (ENSFCAG00000009742) #12 MAD2L1BP (ENSFCAG00000009744) #13 RSPH9 (ENSFCAG00000009746) MRPS18A (ENSFCAG00000036031) #14 VEGFA (ENSFCAG00000026462) #15 ENSFCAG00000037864 MRPL14 (ENSFCAG00000009755) #17 TMEM63B (ENSFCAG00000009756) #18 CAPN11 (ENSFCAG00000009759) #19 MYMX (ENSFCAG00000042737) #20 ENSFCAG00000009764 ##22 SLC35B2 (ENSFCAG00000038971) #23 NFKBIE (ENSFCAG00000009769) #24 TMEM151B (ENSFCAG00000046702) #25 TCTE1 (ENSFCAG00000009772) #26 AARS2 (ENSFCAG00000009773) #27 SPATS1 (ENSFCAG00000009776) #28 CDC5L (ENSFCAG00000009570) #29 SUPT3H (ENSFCAG00000009577) #31 RUNX2 (ENSFCAG00000041932) #32 ENSFCAG00000035385 CLIC5 (ENSFCAG00000037193) #33 ENPP4 (ENSFCAG00000033409) #34 ENPP5 (ENSFCAG00000024284) #35 RCAN2 (ENSFCAG00000027072) #36 CYP39A1 (ENSFCAG00000011052) #37 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 American mink MODERN SPECIES 50 POLR1C (ENSNVIG00000010123) #9 XPO5 (ENSNVIG00000010082) #10 POLH (ENSNVIG00000010078) #11 GTPBP2 (ENSNVIG00000010057) #12 ENSNVIG00000010051 MAD2L1BP (ENSNVIG00000010045) #13 RSPH9 (ENSNVIG00000010032) MRPS18A (ENSNVIG00000010007) #14 VEGFA (ENSNVIG00000009743) #15 MRPL14 (ENSNVIG00000009675) #17 TMEM63B (ENSNVIG00000009636) #18 CAPN11 (ENSNVIG00000009603) #19 MYMX (ENSNVIG00000009592) #20 SLC29A1 (ENSNVIG00000009505) #21 SLC35B2 (ENSNVIG00000009456) #23 ENSNVIG00000009448 ##22 NFKBIE (ENSNVIG00000009421) #24 TMEM151B (ENSNVIG00000009412) #25 TCTE1 (ENSNVIG00000009393) #26 AARS2 (ENSNVIG00000009313) #27 SPATS1 (ENSNVIG00000009280) #28 ENSNVIG00000009273 ENSNVIG00000009264 ENSNVIG00000009258 CDC5L (ENSNVIG00000009224) #29 ENSNVIG00000009209 SUPT3H (ENSNVIG00000009185) #31 RUNX2 (ENSNVIG00000009164) #32 CLIC5 (ENSNVIG00000009122) #33 ENPP4 (ENSNVIG00000009079) #34 ENPP5 (ENSNVIG00000009051) #35 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 1965 ENSAMEG00000027391 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 2277 ENSAMEG00000025295 ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 1632 ENSAMEG00000027358 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 975 ENSAMEG00000025682 ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 60 WDR35 (ENSODEG00000012693) MATN3 (ENSODEG00000008451) LAPTM4A (ENSODEG00000008579) SDC1 (ENSODEG00000010758) ENSODEG00000008774 PUM2 (ENSODEG00000007823) ENSODEG00000010362 RHOB (ENSODEG00000019841) HS1BP3 (ENSODEG00000010003) GDF7 (ENSODEG00000008847) ENSODEG00000008523 APOB (ENSODEG00000008337) ENSODEG00000019494 ENSODEG00000007994 ENSODEG00000019450 ENSODEG00000007428 ##22 KLHL29 (ENSODEG00000009928) ENSODEG00000008786 ENSODEG00000009834 ENSODEG00000008643 ENSODEG00000007644 ENSODEG00000007455 ENSODEG00000008882 ENSODEG00000010244 SF3B6 (ENSODEG00000009547) ENSODEG00000007981 PFN4 (ENSODEG00000008303) ENSODEG00000007545 ENSODEG00000007584 NCOA1 (ENSODEG00000008181) PTRHD1 (ENSODEG00000007805) Degu MODERN SPECIES 76 ENSODEG00000014255 TPST1 (ENSODEG00000015532) KCTD7 (ENSODEG00000014785) RABGEF1 (ENSODEG00000015206) ENSODEG00000016093 ENSODEG00000015687 ENSODEG00000014729 CALN1 (ENSODEG00000015050) GALNT17 (ENSODEG00000016292) ENSODEG00000020191 AUTS2 (ENSODEG00000016622) ENSODEG00000014737 ENSODEG00000014150 ENSODEG00000020176 ENSODEG00000020215 ENSODEG00000014573 ##22 ENSODEG00000020386 ENSODEG00000015156 CASTOR2 (ENSODEG00000014375) RCC1L (ENSODEG00000014434) ENSODEG00000014736 NCF1 (ENSODEG00000015696) GTF2I (ENSODEG00000015405) GTF2IRD1 (ENSODEG00000015635) CLIP2 (ENSODEG00000015462) ENSODEG00000015354 ENSODEG00000016042 ENSODEG00000015854 LIMK1 (ENSODEG00000015076) ELN (ENSODEG00000016045) ENSODEG00000015892 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 8 CREB1 (ENSMMMG00000014914) KLF7 (ENSMMMG00000014897) CPO (ENSMMMG00000014874) FASTKD2 (ENSMMMG00000014857) MDH1B (ENSMMMG00000014852) ENSMMMG00000014844 DYTN (ENSMMMG00000014828) FAM237A (ENSMMMG00000014819) ADAM23 (ENSMMMG00000014678) ZDBF2 (ENSMMMG00000014650) CMKLR2 (ENSMMMG00000014632) ENSMMMG00000014596 NDUFS1 (ENSMMMG00000014566) INO80D (ENSMMMG00000014555) NRP2 (ENSMMMG00000013924) ENSMMMG00000013911 ##22 PARD3B (ENSMMMG00000013680) ICOS (ENSMMMG00000013624) CTLA4 (ENSMMMG00000013609) CD28 (ENSMMMG00000013599) ENSMMMG00000013568 ABI2 (ENSMMMG00000013329) CYP20A1 (ENSMMMG00000013312) NBEAL1 (ENSMMMG00000013229) CARF (ENSMMMG00000013161) WDR12 (ENSMMMG00000013110) ICA1L (ENSMMMG00000013064) ENSMMMG00000013060 ENSMMMG00000013051 ENSMMMG00000013017 BMPR2 (ENSMMMG00000012999) Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 8 CA7 (ENSSVLG00005025581) NAE1 (ENSSVLG00005025610) TERB1 (ENSSVLG00005025637) DYNC1LI2 (ENSSVLG00005025665) CMTM4 (ENSSVLG00005025679) CMTM3 (ENSSVLG00005025691) ENSSVLG00005025706 CKLF (ENSSVLG00005025721) TK2 (ENSSVLG00005025748) BEAN1 (ENSSVLG00005016934) ENSSVLG00005016998 CDH5 (ENSSVLG00005017067) CDH11 (ENSSVLG00005017448) CDH8 (ENSSVLG00005017549) ENSSVLG00005017795 ENSSVLG00005017835 ##22 GOT2 (ENSSVLG00005017895) ENSSVLG00005017936 SLC38A7 (ENSSVLG00005017988) CNOT1 (ENSSVLG00005018264) SETD6 (ENSSVLG00005018395) NDRG4 (ENSSVLG00005018581) GINS3 (ENSSVLG00005018840) PRSS54 (ENSSVLG00005018883) CCDC113 (ENSSVLG00005018943) ENSSVLG00005019189 ENSSVLG00005019222 ENSSVLG00005019291 MMP15 (ENSSVLG00005019370) USB1 (ENSSVLG00005019676) ZNF319 (ENSSVLG00005019911) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 18 ART3 (ENSSVLG00005011676) NUP54 (ENSSVLG00005011566) ENSSVLG00005011467 SCARB2 (ENSSVLG00005011224) ENSSVLG00005011125 STBD1 (ENSSVLG00005011092) CCDC158 (ENSSVLG00005024597) SHROOM3 (ENSSVLG00005024547) SOWAHB (ENSSVLG00005024521) SEPTIN11 (ENSSVLG00005024472) CCNI (ENSSVLG00005024437) CCNG2 (ENSSVLG00005024382) CXCL13 (ENSSVLG00005024355) ENSSVLG00005024335 ENSSVLG00005024208 ENSSVLG00005024181 ##22 ENSSVLG00005024131 ENSSVLG00005024108 FRAS1 (ENSSVLG00005023684) ENSSVLG00005023616 ANXA3 (ENSSVLG00005023519) BMP2K (ENSSVLG00005023420) PAQR3 (ENSSVLG00005023375) ENSSVLG00005023346 NAA11 (ENSSVLG00005023333) ENSSVLG00005023309 ANTXR2 (ENSSVLG00005023242) ENSSVLG00005023206 FGF5 (ENSSVLG00005023174) CFAP299 (ENSSVLG00005023128) BMP3 (ENSSVLG00005023094) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 5 Gm266 (ENSPEMG00000029489) Tnfaip2 (ENSPEMG00000000511) Exoc3l4 (ENSPEMG00000006944) Lbhd2 (ENSPEMG00000024190) Cdc42bpb (ENSPEMG00000023339) Amn (ENSPEMG00000006540) Traf3 (ENSPEMG00000022996) Rcor1 (ENSPEMG00000028079) Ankrd9 (ENSPEMG00000024255) Tecpr2 (ENSPEMG00000021467) Cinp (ENSPEMG00000022134) Zfp839 (ENSPEMG00000024097) Mok (ENSPEMG00000022583) ENSPEMG00000021942 ENSPEMG00000021846 ENSPEMG00000027442 ##22 ENSPEMG00000030091 ##22 1700001K19Rik (ENSPEMG00000022271) ENSPEMG00000030636 Dync1h1 (ENSPEMG00000021903) Ppp2r5c (ENSPEMG00000021897) ENSPEMG00000027756 ENSPEMG00000029257 ENSPEMG00000017089 ENSPEMG00000014708 Begain (ENSPEMG00000014247) Wdr25 (ENSPEMG00000001827) Wars1 (ENSPEMG00000009239) Slc25a47 (ENSPEMG00000013819) Slc25a29 (ENSPEMG00000015407) Yy1 (ENSPEMG00000027618) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 5 Tnfaip2 (ENSPEMG00000000511) Exoc3l4 (ENSPEMG00000006944) Lbhd2 (ENSPEMG00000024190) Cdc42bpb (ENSPEMG00000023339) Amn (ENSPEMG00000006540) Traf3 (ENSPEMG00000022996) Rcor1 (ENSPEMG00000028079) Ankrd9 (ENSPEMG00000024255) Tecpr2 (ENSPEMG00000021467) Cinp (ENSPEMG00000022134) Zfp839 (ENSPEMG00000024097) Mok (ENSPEMG00000022583) ENSPEMG00000021942 ENSPEMG00000021846 ENSPEMG00000027442 ##22 ENSPEMG00000030091 ##22 1700001K19Rik (ENSPEMG00000022271) ENSPEMG00000030636 Dync1h1 (ENSPEMG00000021903) Ppp2r5c (ENSPEMG00000021897) ENSPEMG00000027756 ENSPEMG00000029257 ENSPEMG00000017089 ENSPEMG00000014708 Begain (ENSPEMG00000014247) Wdr25 (ENSPEMG00000001827) Wars1 (ENSPEMG00000009239) Slc25a47 (ENSPEMG00000013819) Slc25a29 (ENSPEMG00000015407) Yy1 (ENSPEMG00000027618) ENSPEMG00000029084 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3324 Tmem63b (ENSMSIG00000023301) #18 Capn11 (ENSMSIG00000023352) #19 Mymx (ENSMSIG00000023403) #20 Slc29a1 (ENSMSIG00000023420) #21 ENSMSIG00000023496 ##22 Slc35b2 (ENSMSIG00000023500) #23 Nfkbie (ENSMSIG00000023528) #24 Tmem151b (ENSMSIG00000023557) #25 Tcte1 (ENSMSIG00000023567) #26 Aars2 (ENSMSIG00000023583) #27 Spats1 (ENSMSIG00000023603) #28 ENSMSIG00000023672 ENSMSIG00000023679 Cdc5l (ENSMSIG00000023681) #29 ENSMSIG00000023729 Supt3 (ENSMSIG00000023732) #31 ENSMSIG00000023769 #32 ENSMSIG00000023907 #33 ENSMSIG00000023915 #34 Enpp5 (ENSMSIG00000023926) #35 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 61 ENSMICG00000034227 ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 351 ENSOGAG00000026960 ENSOGAG00000025304 ##22 IGSF10 (ENSOGAG00000002958) MED12L (ENSOGAG00000002947) P2RY12 (ENSOGAG00000004975) P2RY13 (ENSOGAG00000033079) GPR87 (ENSOGAG00000002957) P2RY14 (ENSOGAG00000002956) GPR171 (ENSOGAG00000002955) CLRN1 (ENSOGAG00000002963) MINDY4B (ENSOGAG00000033668) SIAH2 (ENSOGAG00000002961) ERICH6 (ENSOGAG00000010157) SELENOT (ENSOGAG00000010153) EIF2A (ENSOGAG00000010148) ENSOGAG00000032851 TSC22D2 (ENSOGAG00000030692) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000005085 #16 ENSGT00910000148752 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000001158 #30 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00910000147751 Pan ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183100.B #9 ENSGT00940000153408.A #10 ENSGT00940000157048 #11 ENSGT00940000155636 #12 ENSGT00390000003812 #13 ENSGT00390000018686 ENSGT00390000006493 #14 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000005085 #16 ENSGT00910000148752 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00940000158672 #19 ENSGT00490000044373 #20 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00390000013762.b.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00940000158246 #27 ENSGT00390000006786 #28 ENSGT00550000074922 #29 ENSGT00390000001158 #30 ENSGT00390000010738 #31 ENSGT00940000160171 #32 ENSGT00940000156406.b #33 ENSGT00940000158831 #34 ENSGT00940000160562 #35 ENSGT00940000159767 #36 ENSGT00910000147751 Bonobo MODERN SPECIES 19 XPO5 (ENSPPAG00000039971) #10 ENSPPAG00000040669 POLH (ENSPPAG00000038133) #11 GTPBP2 (ENSPPAG00000034475) #12 MAD2L1BP (ENSPPAG00000041364) #13 ENSPPAG00000040963 MRPS18A (ENSPPAG00000036291) #14 VEGFA (ENSPPAG00000027018) #15 ENSPPAG00000033753 #16 ENSPPAG00000041620 MRPL14 (ENSPPAG00000036858) #17 TMEM63B (ENSPPAG00000027102) #18 CAPN11 (ENSPPAG00000035892) #19 MYMX (ENSPPAG00000026302) #20 SLC29A1 (ENSPPAG00000033742) #21 ENSPPAG00000033123 ##22 SLC35B2 (ENSPPAG00000027390) #23 ENSPPAG00000028804 #24 ENSPPAG00000041269 #25 TCTE1 (ENSPPAG00000034916) #26 AARS2 (ENSPPAG00000011981) #27 SPATS1 (ENSPPAG00000007633) #28 CDC5L (ENSPPAG00000031456) #29 ENSPPAG00000016263 #30 ENSPPAG00000030879 #31 RUNX2 (ENSPPAG00000036423) #32 ENSPPAG00000025002 #33 ENPP4 (ENSPPAG00000032184) #34 ENPP5 (ENSPPAG00000032683) #35 RCAN2 (ENSPPAG00000028781) #36 ENSPPAG00000027012 Chimpanzee MODERN SPECIES 19 XPO5 (ENSPTRG00000018204) #10 ENSPTRG00000047136 POLH (ENSPTRG00000018205) #11 GTPBP2 (ENSPTRG00000018206) #12 MAD2L1BP (ENSPTRG00000018207) #13 RSPH9 (ENSPTRG00000052351) MRPS18A (ENSPTRG00000018209) #14 VEGFA (ENSPTRG00000043213) #15 LINC03040 (ENSPTRG00000044964) #16 ENSPTRG00000046423 MRPL14 (ENSPTRG00000018213) #17 TMEM63B (ENSPTRG00000018214) #18 CAPN11 (ENSPTRG00000018215) #19 MYMX (ENSPTRG00000043831) #20 SLC29A1 (ENSPTRG00000018216) #21 HSP90AB1 (ENSPTRG00000018217) ##22 SLC35B2 (ENSPTRG00000045028) #23 NFKBIE (ENSPTRG00000018219) #24 TMEM151B (ENSPTRG00000018220) #25 TCTE1 (ENSPTRG00000018221) #26 AARS2 (ENSPTRG00000018222) #27 SPATS1 (ENSPTRG00000018223) #28 CDC5L (ENSPTRG00000018224) #29 ENSPTRG00000049163 #30 SUPT3H (ENSPTRG00000023379) #31 RUNX2 (ENSPTRG00000018228) #32 CLIC5 (ENSPTRG00000018230) #33 ENPP4 (ENSPTRG00000018231) #34 ENPP5 (ENSPTRG00000018232) #35 RCAN2 (ENSPTRG00000018233) #36 ENSPTRG00000049833 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 586 ENSRBIG00000043365 ZNF365 (ENSRBIG00000020873) ENSRBIG00000012841 ADO (ENSRBIG00000027588) EGR2 (ENSRBIG00000031709) ENSRBIG00000001190 ENSRBIG00000023798 JMJD1C (ENSRBIG00000023967) REEP3 (ENSRBIG00000040518) ENSRBIG00000039137 ENSRBIG00000042554 ##22 ENSRBIG00000028859 ENSRBIG00000000807 FBN2 (ENSRBIG00000037592) SLC12A2 (ENSRBIG00000041699) CCDC192 (ENSRBIG00000029179) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 966 CCDC192 (ENSANAG00000022419) CTXN3 (ENSANAG00000018463) PRRC1 (ENSANAG00000023916) MEGF10 (ENSANAG00000025606) ENSANAG00000037891 MARCHF3 (ENSANAG00000021896) LMNB1 (ENSANAG00000006147) ENSANAG00000017917 ENSANAG00000018071 TEX43 (ENSANAG00000020432) ENSANAG00000022879 ENSANAG00000024922 ENSANAG00000026615 GRAMD2B (ENSANAG00000025780) ENSANAG00000021766 ENSANAG00000021414 ##22 ZNF608 (ENSANAG00000026653) ENSANAG00000022607 CSNK1G3 (ENSANAG00000024113) CEP120 (ENSANAG00000027276) ENSANAG00000021690 PRDM6 (ENSANAG00000025903) PPIC (ENSANAG00000022145) SNX24 (ENSANAG00000023745) SNX2 (ENSANAG00000023132) ENSANAG00000026792 SNCAIP (ENSANAG00000023615) ENSANAG00000026917 LOX (ENSANAG00000022215) SRFBP1 (ENSANAG00000022485) PRR16 (ENSANAG00000022482) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Marmoset MODERN SPECIES ATXN10 (ENSCJAG00000012879) FBLN1 (ENSCJAG00000012893) RIBC2 (ENSCJAG00000022546) SMC1B (ENSCJAG00000000550) FAM118A (ENSCJAG00000000548) UPK3A (ENSCJAG00000000546) ENSCJAG00000042242 PRR5 (ENSCJAG00000056936) ARHGAP8 (ENSCJAG00000016200) PHF21B (ENSCJAG00000016227) ENSCJAG00000080411 ENSCJAG00000016242 KIAA0930 (ENSCJAG00000016255) CERK (ENSCJAG00000002195) TBC1D22A (ENSCJAG00000002185) ENSCJAG00000070586 ##22 TAFA5 (ENSCJAG00000048177) ENSCJAG00000058146 BRD1 (ENSCJAG00000016639) ZBED4 (ENSCJAG00000083912) ALG12 (ENSCJAG00000016677) CRELD2 (ENSCJAG00000016693) PIM3 (ENSCJAG00000044399) MOV10L1 (ENSCJAG00000003399) ENSCJAG00000073587 PANX2 (ENSCJAG00000003392) TRABD (ENSCJAG00000003384) SELENOO (ENSCJAG00000003360) TUBGCP6 (ENSCJAG00000003351) HDAC10 (ENSCJAG00000003337) MAPK12 (ENSCJAG00000003322) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.j ##22 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1086 BAMBI (ENSVURG00010024352) MAP3K8 (ENSVURG00010024347) MTPAP (ENSVURG00010024344) ENSVURG00010024343 ENSVURG00010024338 SVIL (ENSVURG00010024042) ENSVURG00010023999 ZEB1 (ENSVURG00010023993) ARHGAP12 (ENSVURG00010023985) KIF5B (ENSVURG00010023979) EPC1 (ENSVURG00010023973) ITGB1 (ENSVURG00010023964) NRP1 (ENSVURG00010023955) ENSVURG00010023942 ENSVURG00010023939 ENSVURG00010023934 ##22 ENSVURG00010023932 CUL2 (ENSVURG00010023920) CREM (ENSVURG00010023893) ENSVURG00010023882 ENSVURG00010023881 CCNY (ENSVURG00010023876) ENSVURG00010023871 FZD8 (ENSVURG00010023869) ENSVURG00010023867 KLF6 (ENSVURG00010023865) PITRM1 (ENSVURG00010023852) PFKP (ENSVURG00010023845) ENSVURG00010023843 ENSVURG00010023842 ENSVURG00010023841 Common wonbat MODERN SPECIES 1066 ENSVURG00010006661 ENSVURG00010006647 ENSVURG00010006632 ENSVURG00010006621 ENSVURG00010006602 CAAP1 (ENSVURG00010006584) PLAA (ENSVURG00010006575) LRRC19 (ENSVURG00010006571) IFT74 (ENSVURG00010006558) TEK (ENSVURG00010006447) ENSVURG00010006427 MOB3B (ENSVURG00010006420) C9orf72 (ENSVURG00010006400) ENSVURG00010006387 LINGO2 (ENSVURG00010006377) ENSVURG00010006349 ##22 ENSVURG00010006340 ACO1 (ENSVURG00010006312) RIGI (ENSVURG00010006292) TOPORS (ENSVURG00010006285) NDUFB6 (ENSVURG00010006272) TMEM215 (ENSVURG00010006242) PTGR1 (ENSVURG00010006233) ENSVURG00010006205 ENSVURG00010006199 ENSVURG00010006195 ENSVURG00010006186 ENSVURG00010006178 ENSVURG00010006174 ENSVURG00010006165 ENSVURG00010006161 Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 1 TDRD5 (ENSMODG00000006180) NPHS2 (ENSMODG00000006156) ENSMODG00000006139 ENSMODG00000006124 ABL2 (ENSMODG00000006090) TOR3A (ENSMODG00000006073) FAM20B (ENSMODG00000006053) ANGPTL1 (ENSMODG00000006041) ENSMODG00000038285 RALGPS2 (ENSMODG00000006032) ENSMODG00000005974 ENSMODG00000050410 ENSMODG00000005831 ENSMODG00000005823 ENSMODG00000002478 ENSMODG00000024962 ##22 BRINP2 (ENSMODG00000005732) ASTN1 (ENSMODG00000005711) PAPPA2 (ENSMODG00000005626) COP1 (ENSMODG00000005579) TNR (ENSMODG00000005481) ENSMODG00000040449 KIAA0040 (ENSMODG00000048385) TNN (ENSMODG00000004446) MRPS14 (ENSMODG00000004390) ENSMODG00000004383 RABGAP1L (ENSMODG00000004361) RC3H1 (ENSMODG00000004289) SERPINC1 (ENSMODG00000004202) ZBTB37 (ENSMODG00000004228) ENSMODG00000024978 Opossum MODERN SPECIES 1 LRRC73 (ENSMODG00000018969) #7 YIPF3 (ENSMODG00000018967) #8 POLR1C (ENSMODG00000018964) #9 XPO5 (ENSMODG00000018963) #10 POLH (ENSMODG00000018961) #11 GTPBP2 (ENSMODG00000018959) #12 MAD2L1BP (ENSMODG00000018956) #13 RSPH9 (ENSMODG00000018954) ENSMODG00000038008 MRPS18A (ENSMODG00000018952) #14 VEGFA (ENSMODG00000018950) #15 ENSMODG00000025685 MRPL14 (ENSMODG00000018945) #17 TMEM63B (ENSMODG00000018941) #18 ENSMODG00000018935 #21 ENSMODG00000018933 ##22 SLC35B2 (ENSMODG00000018930) #23 NFKBIE (ENSMODG00000018929) #24 TMEM151B (ENSMODG00000037039) #25 ENSMODG00000023532 #26 AARS2 (ENSMODG00000018926) #27 ENSMODG00000040746 #28 ENSMODG00000018923 #29 SUPT3H (ENSMODG00000018921) #31 RUNX2 (ENSMODG00000018912) #32 ENSMODG00000018910 #33 ENPP4 (ENSMODG00000018909) #34 ENPP5 (ENSMODG00000018907) #35 ENSMODG00000027577 RCAN2 (ENSMODG00000039825) #36 CYP39A1 (ENSMODG00000018894) #37 Anura ANCESTRAL SPECIES 298 ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #21 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120 #24 ENSGT00940000157084 #18 ENSGT00390000001121 #17 ENSGT00940000157284 #15 ENSGT00390000006493 #14 Frog MODERN SPECIES 5 xpo5.2 (ENSXETG00000010884) #10 ENSXETG00000003957 #10 xpo5 (ENSXETG00000010883) #10 polh (ENSXETG00000048334) #11 ENSXETG00000045079 gtpbp2 (ENSXETG00000048908) #12 MAD2L1BP (ENSXETG00000048874) #13 tcte1 (ENSXETG00000010891) #26 ENSXETG00000045823 #25 slc29a1 (ENSXETG00000043518) #21 ENSXETG00000042133 ENSXETG00000042425 ENSXETG00000041556 ENSXETG00000044329 ENSXETG00000047432 hsp90ab1 (ENSXETG00000010896) #22 slc35b2 (ENSXETG00000010892) #23 nfkbie (ENSXETG00000043278) #24 ENSXETG00000047357 ENSXETG00000040833 capn11 (ENSXETG00000046602) #19 TMEM63B (ENSXETG00000047984) #18 mrpl14 (ENSXETG00000045512) #17 ENSXETG00000043483 ENSXETG00000047957 ENSXETG00000045940 vegfa (ENSXETG00000016375) #15 ENSXETG00000044002 ENSXETG00000039536 rsph9 (ENSXETG00000010879) mrps18a (ENSXETG00000047905) #14 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 7 ENSLLEG00000014383 ENSLLEG00000014313 TTBK1 (ENSLLEG00000014211) ENSLLEG00000014193 ENSLLEG00000014176 ENSLLEG00000014044 ENSLLEG00000014007 SLC29A1 (ENSLLEG00000013708) #21 HSP90AB1 (ENSLLEG00000013134) #22 ENSLLEG00000013093 SLC35B2 (ENSLLEG00000012956) #23 ENSLLEG00000012906 #24 ENSLLEG00000012887 ENSLLEG00000012879 ENSLLEG00000012856 TMEM63B (ENSLLEG00000012509) #18 MRPL14 (ENSLLEG00000012448) #17 ENSLLEG00000012434 ENSLLEG00000012410 ENSLLEG00000015257 VEGFA (ENSLLEG00000014939) #15 MRPS18A (ENSLLEG00000014816) #14 ENSLLEG00000014766 ENSLLEG00000014577 Coelacanth MODERN SPECIES 1475 SLC29A1 (ENSLACG00000011264) #21 HSP90AB1 (ENSLACG00000010351) #22 SLC35B2 (ENSLACG00000009044) #23 NFKBIE (ENSLACG00000007650) #24 TMEM151B (ENSLACG00000006138) #25 TCTE1 (ENSLACG00000004331) #26 ENSLACG00000000163 #27 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00390000008684 ENSGT00390000007395 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000161931 ENSGT01030000235595 ENSGT00940000158830 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000234906 ENSGT01020000230703 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000165081 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 901 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Spotted gar MODERN SPECIES 647 PPP2R5A (ENSLOCG00000016361) pacc1 (ENSLOCG00000016363) nenf (ENSLOCG00000016364) opn8c (ENSLOCG00000016365) tagapb (ENSLOCG00000016367) rsph3 (ENSLOCG00000016370) ezra (ENSLOCG00000016372) SYTL3 (ENSLOCG00000016375) enpp1 (ENSLOCG00000016378) ENSLOCG00000016382 kcnk3a (ENSLOCG00000016383) slc35f6 (ENSLOCG00000016385) MTARC2 (ENSLOCG00000016389) hlx1 (ENSLOCG00000016392) DUSP10 (ENSLOCG00000016394) hsp90ab1 (ENSLOCG00000016396) #22 slc35b2 (ENSLOCG00000016398) #23 nfkbie (ENSLOCG00000016399) #24 tmem151ba (ENSLOCG00000016400) #25 TCTE1 (ENSLOCG00000016401) #26 rnf8 (ENSLOCG00000016402) ENSLOCG00000017996 zgc:136872 (ENSLOCG00000016403) ENSLOCG00000017997 ENSLOCG00000017998 ENSLOCG00000016406 ENSLOCG00000017999 susd4 (ENSLOCG00000016408) TLR5 (ENSLOCG00000018000) disp1 (ENSLOCG00000016410) FAM177B (ENSLOCG00000016412) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 1134 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 96 ENSGT00940000155428.a ENSGT00940000156426 ENSGT00950000182899.A ENSGT00940000158656 ENSGT01020000230401.a.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00830000128368.a ENSGT00940000160410 ENSGT00940000162464 ENSGT00940000157407 ENSGT00600000084860.C ENSGT00940000170226 ENSGT00390000006681 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 P. kingsleyae MODERN SPECIES 117 UBXN2A (ENSPKIG00000003981) ATAD2B (ENSPKIG00000003888) KLHL29 (ENSPKIG00000003836) TRIB2 (ENSPKIG00000003804) GZF1 (ENSPKIG00000003781) NAPB (ENSPKIG00000003699) gpcpd1 (ENSPKIG00000003553) ENSPKIG00000003486 trmt6 (ENSPKIG00000003441) FERMT1 (ENSPKIG00000003382) bmp2b (ENSPKIG00000003359) PLCB1 (ENSPKIG00000003149) PLCB4 (ENSPKIG00000002806) LAMP5 (ENSPKIG00000002715) pak5 (ENSPKIG00000002658) hsp90ab1 (ENSPKIG00000002622) #22 slc35b2 (ENSPKIG00000002605) #23 nfkbie (ENSPKIG00000002594) #24 tmem151ba (ENSPKIG00000002586) #25 TCTE1 (ENSPKIG00000002579) #26 rnf8 (ENSPKIG00000002550) ENSPKIG00000002520 susd4 (ENSPKIG00000002487) TLR5 (ENSPKIG00000002471) disp1 (ENSPKIG00000002410) ENSPKIG00000002355 brox (ENSPKIG00000002272) aida (ENSPKIG00000002195) ENSPKIG00000002065 taf1a (ENSPKIG00000001964) DUSP10 (ENSPKIG00000001920) Asian bonytongue MODERN SPECIES UBXN2A (ENSSFOG00015027985) ATAD2B (ENSSFOG00015008768) KLHL29 (ENSSFOG00015008685) TRIB2 (ENSSFOG00015024330) GZF1 (ENSSFOG00015008631) NAPB (ENSSFOG00015028911) gpcpd1 (ENSSFOG00015008522) trmt6 (ENSSFOG00015008429) FERMT1 (ENSSFOG00015008381) bmp2b (ENSSFOG00015008348) PLCB1 (ENSSFOG00015008271) ENSSFOG00015025763 PLCB4 (ENSSFOG00015008060) LAMP5 (ENSSFOG00015007995) pak5 (ENSSFOG00015007930) hsp90ab1 (ENSSFOG00015007867) #22 slc35b2 (ENSSFOG00015026051) #23 nfkbie (ENSSFOG00015007828) #24 TCTE1 (ENSSFOG00015007792) #26 tmem151ba (ENSSFOG00015007807) #25 rnf8 (ENSSFOG00015007776) ENSSFOG00015007747 susd4 (ENSSFOG00015007691) TLR5 (ENSSFOG00015007678) disp1 (ENSSFOG00015007631) ENSSFOG00015028205 ENSSFOG00015007545 brox (ENSSFOG00015007501) aida (ENSSFOG00015007446) MIA3 (ENSSFOG00015007416) taf1a (ENSSFOG00015007406) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 834 ENSGT01020000230401.a.a.a.b #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 P. kingsleyae MODERN SPECIES 134 PPM1A (ENSPKIG00000019744) ENSPKIG00000019770 ENSPKIG00000019792 ENSPKIG00000019827 ENSPKIG00000019839 PPP1R13B (ENSPKIG00000019886) daam1b (ENSPKIG00000020048) ENSPKIG00000020224 ENSPKIG00000020229 L3HYPDH (ENSPKIG00000020240) ENSPKIG00000020258 ENSPKIG00000020307 ENSPKIG00000020373 ENSPKIG00000020379 WDR20 (ENSPKIG00000020400) ENSPKIG00000020420 #22 ENSPKIG00000020484 ##22 ENSPKIG00000020519 ##22 ENSPKIG00000020610 ENSPKIG00000020701 ENSPKIG00000020751 ENSPKIG00000020771 ENSPKIG00000020791 ENSPKIG00000020844 ENSPKIG00000020859 ENSPKIG00000020899 ENSPKIG00000020923 hist1h2a4 (ENSPKIG00000020999) ENSPKIG00000021055 ENSPKIG00000021091 si:dkey-174m14.3 (ENSPKIG00000021131) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154928.c.a.b ENSGT00390000001445 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00940000176161 ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000007341.b ENSGT00830000128368.a ENSGT00940000162464 ENSGT00940000157407 ENSGT00390000016736.b ENSGT00600000084860.C ENSGT00940000170226 ENSGT00390000006681 ENSGT00390000016465 ENSGT00940000170599 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000005052 ENSGT00390000000083.a ENSGT01010000224599 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00940000176161 ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00940000170599 ENSGT00940000169554 ENSGT00390000011405 ENSGT00950000182767.a ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT00390000016736.a.j ENSGT00550000074807.d.a.a.a ENSGT00940000163080.a ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00940000169554 ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT00390000016736.a.j ENSGT00550000074807.d.a.a.a.b ENSGT00940000163080.a.e ENSGT01020000230401.a.a.a.c #22 ENSGT00940000157927.j #23 ENSGT00940000159120.f.c #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349.c ENSGT01100000263547.a.b.b.a.a.a.b.a ENSGT00950000182767.a.g ENSGT00940000157671.g ENSGT00950000183093.C.f ENSGT00390000017237.c ENSGT00940000158248.b.a ENSGT00940000156034.a.n ENSGT00940000160610.t ENSGT01090000260082.d.b.b.d ENSGT00390000004172 Salmoninae_a 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rnf8 (ENSOKIG00005016106) ENSOKIG00005016078 ENSOKIG00005015990 DUSP10 (ENSOKIG00005015968) HLX (ENSOKIG00005015948) SLC35F6 (ENSOKIG00005015937) kcnk3a (ENSOKIG00005015926) enpp1 (ENSOKIG00005013803) SYTL3 (ENSOKIG00005013592) ENSOKIG00005013568 Chinook salmon MODERN SPECIES 29 klf11a (ENSOTSG00005037944) GRHL1 (ENSOTSG00005037941) ENSOTSG00005037935 ENSOTSG00005037931 ASAP2 (ENSOTSG00005032397) mboat2b (ENSOTSG00005032377) kidins220b (ENSOTSG00005032347) id2b (ENSOTSG00005032336) ENSOTSG00005032335 sox11b (ENSOTSG00005032334) ENSOTSG00005032332 ENSOTSG00005032331 zgc:153383 (ENSOTSG00005032327) psma6b (ENSOTSG00005032296) nfkbiaa (ENSOTSG00005032290) hsp90ab1 (ENSOTSG00005029732) #22 slc35b2 (ENSOTSG00005029725) #23 nfkbie (ENSOTSG00005029724) #24 tmem151ba (ENSOTSG00005029723) #25 TCTE1 (ENSOTSG00005029722) #26 rnf8 (ENSOTSG00005029721) ENSOTSG00005029720 ENSOTSG00005029719 DUSP10 (ENSOTSG00005029718) hlx1 (ENSOTSG00005029717) slc35f6 (ENSOTSG00005029716) kcnk3a (ENSOTSG00005029714) 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ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00940000170599 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 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ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00940000170599.a ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000005052 ENSGT00390000000083.a ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a 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Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a.e.b #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 ENSGT01090000260082.d.b.b Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00940000176161 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ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000004380 ENSGT00940000158598 ENSGT00720000108839 ENSGT00950000183074.B.a.a ENSGT01080000257477.A Clown anemonefish MODERN SPECIES 3621 ACSF2 (ENSAOCG00000020184) ENSAOCG00000001475 metrnla (ENSAOCG00000019958) PTS (ENSAOCG00000019937) ENSAOCG00000019895 ENSAOCG00000019878 ENSAOCG00000019823 ENSAOCG00000001449 ENSAOCG00000019790 gphnb (ENSAOCG00000019671) ENSAOCG00000019472 pals1b (ENSAOCG00000019449) atp6v1d (ENSAOCG00000019384) eif2s1b (ENSAOCG00000019340) rbm25b (ENSAOCG00000019308) hsp90ab1 (ENSAOCG00000019247) #22 slc35b2 (ENSAOCG00000019182) #23 nfkbie (ENSAOCG00000019158) #24 tmem151ba (ENSAOCG00000019144) #25 TCTE1 (ENSAOCG00000019131) #26 rnf8 (ENSAOCG00000019107) aida (ENSAOCG00000019087) ENSAOCG00000019042 ENSAOCG00000019010 taf1a (ENSAOCG00000002292) DUSP10 (ENSAOCG00000018952) hlx1 (ENSAOCG00000018931) ccdc25 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1112 rbm25b (ENSAPOG00000015321) hsp90ab1 (ENSAPOG00000015240) #22 slc35b2 (ENSAPOG00000015192) #23 nfkbie (ENSAPOG00000015167) #24 tmem151ba (ENSAPOG00000015133) #25 TCTE1 (ENSAPOG00000015125) #26 rnf8 (ENSAPOG00000015116) aida (ENSAPOG00000015103) ENSAPOG00000015051 ENSAPOG00000015024 taf1a (ENSAPOG00000014947) timm8a (ENSAPOG00000014941) DUSP10 (ENSAPOG00000014901) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 316 SLC24A4 (ENSSPAG00000015886) tmem121ab (ENSSPAG00000015918) FUT8 (ENSSPAG00000015932) gphnb (ENSSPAG00000015986) pals1b (ENSSPAG00000016041) atp6v1d (ENSSPAG00000016103) eif2s1b (ENSSPAG00000016141) rbm25b (ENSSPAG00000016168) hsp90ab1 (ENSSPAG00000016242) #22 slc35b2 (ENSSPAG00000016287) #23 nfkbie (ENSSPAG00000016311) #24 tmem151ba (ENSSPAG00000016330) #25 TCTE1 (ENSSPAG00000016352) #26 ENSSPAG00000016430 aida (ENSSPAG00000016448) ENSSPAG00000016498 taf1a (ENSSPAG00000016594) DUSP10 (ENSSPAG00000016609) hlx1 (ENSSPAG00000016631) slc35f6 (ENSSPAG00000016642) kcnk3a (ENSSPAG00000016663) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.f #22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.a.f #22 Spiny chromis MODERN SPECIES 2729 sppl2 (ENSAPOG00000016424) ENSAPOG00000016444 #22 ARHGEF18 (ENSAPOG00000016461) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000005052 ENSGT00390000000083.a ENSGT01010000224599 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00940000169554 ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 ENSGT01090000260082.d.b.b Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 ENSGT01090000260082.d.b.b Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 ENSGT01090000260082.d.b.b Climbing perch MODERN SPECIES 15 si:dkey-174m14.3 (ENSATEG00000017958) ENSATEG00000028950 syt14b (ENSATEG00000017806) extl3 (ENSATEG00000017782) riox1 (ENSATEG00000017710) NDUFB1 (ENSATEG00000017695) cpsf2 (ENSATEG00000017644) SLC24A4 (ENSATEG00000017588) tmem121ab (ENSATEG00000017581) FUT8 (ENSATEG00000017543) gphnb (ENSATEG00000017456) pals1b (ENSATEG00000017424) atp6v1d (ENSATEG00000017393) eif2s1b (ENSATEG00000028199) rbm25b (ENSATEG00000017312) hsp90ab1 (ENSATEG00000017267) #22 slc35b2 (ENSATEG00000017247) #23 nfkbie (ENSATEG00000017217) #24 tmem151ba (ENSATEG00000017208) #25 TCTE1 (ENSATEG00000017200) #26 rnf8 (ENSATEG00000017178) aida (ENSATEG00000017144) ENSATEG00000026096 taf1a 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ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 ENSGT01090000260082.d.b.b Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 ENSGT01090000260082.d.b.b Seriola ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 ENSGT01090000260082.d.b.b Greater amberjack MODERN SPECIES 10 nt5c1ba (ENSSDUG00000004201) ENSSDUG00000004185 syt14b (ENSSDUG00000004166) extl3 (ENSSDUG00000004146) NDUFB1 (ENSSDUG00000004137) riox1 (ENSSDUG00000004128) cpsf2 (ENSSDUG00000004084) SLC24A4 (ENSSDUG00000004048) tmem121ab (ENSSDUG00000004035) FUT8 (ENSSDUG00000004007) gphnb (ENSSDUG00000003955) pals1b (ENSSDUG00000003933) atp6v1d (ENSSDUG00000003902) eif2s1b (ENSSDUG00000003859) ENSSDUG00000003839 hsp90ab1 (ENSSDUG00000003810) #22 slc35b2 (ENSSDUG00000003800) #23 nfkbie (ENSSDUG00000003776) #24 tmem151ba (ENSSDUG00000003763) #25 TCTE1 (ENSSDUG00000003743) #26 rnf8 (ENSSDUG00000003702) aida (ENSSDUG00000003651) ENSSDUG00000003557 taf1a (ENSSDUG00000003526) DUSP10 (ENSSDUG00000003523) hlx1 (ENSSDUG00000003500) slc35f6 (ENSSDUG00000003469) kcnk3a 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(ENSSLDG00000024863) Barramundi perch MODERN SPECIES 149 si:dkey-174m14.3 (ENSLCAG00010017761) nt5c1ba (ENSLCAG00010017762) syt14b (ENSLCAG00010017765) extl3 (ENSLCAG00010017769) riox1 (ENSLCAG00010017773) NDUFB1 (ENSLCAG00010017783) cpsf2 (ENSLCAG00010017788) SLC24A4 (ENSLCAG00010017825) tmem121ab (ENSLCAG00010017836) FUT8 (ENSLCAG00010017843) gphnb (ENSLCAG00010017912) pals1b (ENSLCAG00010018060) atp6v1d (ENSLCAG00010018064) eif2s1b (ENSLCAG00010018075) rbm25b (ENSLCAG00010018087) hsp90ab1 (ENSLCAG00010018209) #22 slc35b2 (ENSLCAG00010019251) #23 nfkbie (ENSLCAG00010019271) #24 tmem151ba (ENSLCAG00010019273) #25 TCTE1 (ENSLCAG00010019274) #26 rnf8 (ENSLCAG00010019275) aida (ENSLCAG00010019278) ENSLCAG00010019284 taf1a (ENSLCAG00010019286) DUSP10 (ENSLCAG00010019288) hlx1 (ENSLCAG00010019291) slc35f6 (ENSLCAG00010019294) kcnk3a (ENSLCAG00010019296) enpp1 (ENSLCAG00010019312) ENSLCAG00010019338 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a 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ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00940000165081.b ENSGT00390000017767.b.a ENSGT00940000166942 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260.f ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00390000015102.a.a ENSGT00940000156048.e.a.b.a ENSGT00940000155312.a.b ENSGT00390000009816 ENSGT00940000154209.a.a.h ENSGT00940000154289.A.a.b ENSGT00940000155507.a.b ENSGT00390000003299 ENSGT00940000158450.d.b ENSGT00390000017490 ENSGT00390000012351.bb ENSGT00950000182998.B ENSGT00940000155832.c Fugu MODERN SPECIES 7 nt5c1ba (ENSTRUG00000020898) syt14b (ENSTRUG00000004506) extl3 (ENSTRUG00000004305) riox1 (ENSTRUG00000004204) NDUFB1 (ENSTRUG00000023861) cpsf2 (ENSTRUG00000003742) SLC24A4 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ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00940000169554 ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 Ballan wrasse MODERN SPECIES 20 si:dkey-174m14.3 (ENSLBEG00000011902) nt5c1ba (ENSLBEG00000011859) syt14b (ENSLBEG00000011817) extl3 (ENSLBEG00000011770) riox1 (ENSLBEG00000011675) ENSLBEG00000011655 cpsf2 (ENSLBEG00000011585) SLC24A4 (ENSLBEG00000011523) tmem121ab (ENSLBEG00000011500) FUT8 (ENSLBEG00000011449) gphnb (ENSLBEG00000011164) pals1b (ENSLBEG00000011046) atp6v1d (ENSLBEG00000011017) eif2s1b (ENSLBEG00000010808) rbm25b (ENSLBEG00000010667) hsp90ab1 (ENSLBEG00000010575) #22 slc35b2 (ENSLBEG00000010544) #23 nfkbie (ENSLBEG00000010490) #24 tmem151ba (ENSLBEG00000010454) #25 TCTE1 (ENSLBEG00000010384) #26 rnf8 (ENSLBEG00000010351) aida (ENSLBEG00000010299) ENSLBEG00000010172 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ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015 ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000016465 ENSGT00950000182767.a ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C ENSGT00390000017237 ENSGT00940000158248.b ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 ENSGT01090000260082.d.b.b European seabass MODERN SPECIES 7 ENSDLAG00005023433 ENSDLAG00005023439 syt14b (ENSDLAG00005032601) extl3 (ENSDLAG00005023455) riox1 (ENSDLAG00005023481) NDUFB1 (ENSDLAG00005023654) cpsf2 (ENSDLAG00005023656) SLC24A4 (ENSDLAG00005033263) tmem121ab (ENSDLAG00005026397) FUT8 (ENSDLAG00005023703) gphnb (ENSDLAG00005023725) pals1b (ENSDLAG00005024025) atp6v1d (ENSDLAG00005024036) eif2s1b (ENSDLAG00005024095) rbm25b (ENSDLAG00005024101) hsp90ab1 (ENSDLAG00005024127) #22 slc35b2 (ENSDLAG00005024281) #23 nfkbie (ENSDLAG00005004317) #24 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ENSGT00940000156034.a ENSGT00940000167198 Pike perch MODERN SPECIES 4 nt5c1ba (ENSSLUG00000017955) syt14b (ENSSLUG00000017967) extl3 (ENSSLUG00000017977) riox1 (ENSSLUG00000017999) NDUFB1 (ENSSLUG00000018332) cpsf2 (ENSSLUG00000018341) SLC24A4 (ENSSLUG00000018364) tmem121ab (ENSSLUG00000018481) FUT8 (ENSSLUG00000018487) ENSSLUG00000018492 gphnb (ENSSLUG00000018515) pals1b (ENSSLUG00000018712) atp6v1d (ENSSLUG00000018878) eif2s1b (ENSSLUG00000019084) rbm25b (ENSSLUG00000019092) hsp90ab1 (ENSSLUG00000019153) #22 slc35b2 (ENSSLUG00000020208) #23 nfkbie (ENSSLUG00000020217) #24 tmem151ba (ENSSLUG00000020218) #25 TCTE1 (ENSSLUG00000020221) #26 rnf8 (ENSSLUG00000020223) aida (ENSSLUG00000020229) ENSSLUG00000020254 ENSSLUG00000000065 taf1a (ENSSLUG00000000070) DUSP10 (ENSSLUG00000000076) hlx1 (ENSSLUG00000000077) slc35f6 (ENSSLUG00000000080) kcnk3a (ENSSLUG00000000085) enpp1 (ENSSLUG00000000120) ENSSLUG00000000150 Channel bull blenny MODERN SPECIES 16 fntb (ENSCGOG00000017430) rab15 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ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015.x ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000007341.b ENSGT00830000128368.a ENSGT00940000162464 ENSGT00940000157407 ENSGT00390000016736.b ENSGT00600000084860.C ENSGT00940000170226 ENSGT00390000006681 ENSGT00940000167697 ENSGT00390000011405 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 352 ENSGT00940000154928.c.a.b ENSGT00390000001445 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015.x ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 Atlantic herring MODERN SPECIES 6 HMBOX1 (ENSCHAG00000026418) ints9 (ENSCHAG00000026434) extl3 (ENSCHAG00000002367) riox1 (ENSCHAG00000002553) NDUFB1 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(ENSDCDG00000013690) neu3.5 (ENSDCDG00000013686) pals1b (ENSDCDG00000013681) ENSDCDG00000013671 pals1b (ENSDCDG00000012372) atp6v1d (ENSDCDG00000012010) rbm25b (ENSDCDG00000011916) hsp90ab1 (ENSDCDG00000008304) #22 elp3 (ENSDCDG00000007728) ENSDCDG00000007706 gphnb (ENSDCDG00000005811) msi2a (ENSDCDG00000005614) ENSDCDG00000005607 ENSDCDG00000005600 dlat (ENSDCDG00000005590) chek1 (ENSDCDG00000005581) ENSDCDG00000005578 ENSDCDG00000005534 ENSDCDG00000005523 ENSDCDG00000005520 nectin1a (ENSDCDG00000005517) CAPN5 (ENSDCDG00000005196) CUL5 (ENSDCDG00000005181) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000155500.f ENSGT00390000001445 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00940000176161 ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015.x ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00390000007341.b ENSGT00830000128368.a ENSGT00940000162464 ENSGT00940000157407 ENSGT00390000016736.b ENSGT00390000006681 ENSGT00940000167697 ENSGT00390000011405 ENSGT00940000157671 ENSGT00950000183093.C Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00940000155500.f ENSGT00390000001445 ENSGT00940000156692 ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000005052 ENSGT00910000144260 ENSGT01030000234532.A.a.b.a ENSGT00390000003866.a.b.b ENSGT00940000176161 ENSGT00530000063737.l.a ENSGT00390000016577.b.b ENSGT00940000156087.a.b ENSGT00390000010770 ENSGT00390000007015.x ENSGT00730000111019.e.b ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT00940000157927 #23 ENSGT00940000159120.f #24 ENSGT00390000013762.b.a.a.a #25 ENSGT00940000159341 #26 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157993 ENSGT01030000234620.a.b.b.b ENSGT00530000064210 ENSGT00390000011724 ENSGT00950000182836.b.a.b ENSGT00940000156989 ENSGT00940000156484.b.e.a.b ENSGT01100000263861 ENSGT00940000156484.b.e.b ENSGT00960000186817 Channel catfish MODERN SPECIES 17 henmt1 (ENSIPUG00000020668) srp9 (ENSIPUG00000020674) ENSIPUG00000020697 filip1 (ENSIPUG00000020801) ENSIPUG00000020823 riox1 (ENSIPUG00000020831) NDUFB1 (ENSIPUG00000020852) cpsf2 (ENSIPUG00000020857) SLC24A4 (ENSIPUG00000020880) tmem121ab (ENSIPUG00000020887) FUT8 (ENSIPUG00000020898) gphnb (ENSIPUG00000020908) atp6v1d (ENSIPUG00000020970) eif2s1b (ENSIPUG00000021013) rbm25b (ENSIPUG00000021051) hsp90ab1 (ENSIPUG00000021071) #22 slc35b2 (ENSIPUG00000021155) #23 nfkbie (ENSIPUG00000021162) #24 tmem151b (ENSIPUG00000021167) #25 ENSIPUG00000021175 TCTE1 (ENSIPUG00000021758) #26 rnf8 (ENSIPUG00000021771) tagapb (ENSIPUG00000021794) Ppp2r5a (ENSIPUG00000021816) dtl (ENSIPUG00000021844) ints7 (ENSIPUG00000021865) lpgat1 (ENSIPUG00000021893) nek2 (ENSIPUG00000021927) Slc30a1 (ENSIPUG00000021968) ENSIPUG00000021972 rd3 (ENSIPUG00000021975) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 40 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Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154720 ENSGT00940000158830 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b ENSGT01020000230401.a.a.b ##22 ENSGT01030000234906 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000165081 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A ENSGT00390000001205.b Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 983 ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 Spotted gar MODERN SPECIES 126 hsp90aa1.2 (ENSLOCG00000000071) ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000008684 ENSGT00390000007395 ENSGT00530000069038 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000161931 ENSGT00940000158830 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00940000157509.a ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00990000204360 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a.c ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000165081.a ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000157766.b.a ENSGT00940000156480 ENSGT00940000164539 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000164539 ENSGT00940000156480 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ENSGT00940000155014.bc.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.f ENSGT00940000166514 ENSGT00390000005033.h ENSGT00390000007479.e.b ENSGT00940000154514.xb ENSGT00940000164539.l ENSGT00940000155369.A.d.b.d ENSGT00940000161931.ib ENSGT00390000007341.a.i ENSGT01060000248717.a.b.b.b ENSGT01060000248717.a.a.b ENSGT00390000007686.b.c.a.f ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.c.b ENSGT00940000154482.b.b.a.d.vb.a ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b.h ENSGT01060000248799.b ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.a.a.a.i.a ENSGT00390000005861.a.d ENSGT00940000156546.`b.a.f ENSGT00390000010056.b.f ENSGT01030000234517.H.b.j.b ENSGT00940000156491.a.g.b ENSGT01060000253595 ENSGT00390000015159.a.b.f ENSGT01000000216711 ENSGT00940000156513.a.b.d Chinook salmon MODERN SPECIES 9 pcdh10a (ENSOTSG00005004548) hnrnpub (ENSOTSG00005004575) lft1 (ENSOTSG00005006419) cdc42bpab (ENSOTSG00005006432) fzd3a (ENSOTSG00005007937) ENSOTSG00005007942 fam49a (ENSOTSG00005007944) vsnl1a (ENSOTSG00005008468) sf3b6 (ENSOTSG00005008469) tdrd6 (ENSOTSG00005008470) pla2g7 (ENSOTSG00005008472) glrx5 (ENSOTSG00005008998) serpina1l (ENSOTSG00005009000) ENSOTSG00005009002 WDR20 (ENSOTSG00005009003) hsp90aa1.2 (ENSOTSG00005009016) ##22 ENSOTSG00005009310 ##22 ppp2r5cb (ENSOTSG00005009311) flrt2 (ENSOTSG00005009474) ENSOTSG00005009478 rnaseh1 (ENSOTSG00005009480) ENSOTSG00005009482 ENSOTSG00005009483 ccr6a (ENSOTSG00005009484) KBTBD11 (ENSOTSG00005009485) ENSOTSG00005009486 ENSOTSG00005009487 ENSOTSG00005009488 ENSOTSG00005009490 ENSOTSG00005009491 saysd1 (ENSOTSG00005009492) Coho salmon MODERN SPECIES 13 actr10 (ENSOKIG00005039543) ENSOKIG00005039909 NAA30 (ENSOKIG00005039914) ENSOKIG00005006090 ENSOKIG00005006103 ENSOKIG00005006118 prpf39 (ENSOKIG00005006255) ENSOKIG00005006892 FKBP3 (ENSOKIG00005006921) ENSOKIG00005006938 MDGA2 (ENSOKIG00005007118) mgat2 (ENSOKIG00005009521) ENSOKIG00005009531 ENSOKIG00005009557 WDR20 (ENSOKIG00005009606) hsp90aa1.2 (ENSOKIG00005009675) ##22 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(ENSOMYG00000006803) ENSOMYG00000065325 ENSOMYG00000054677 hnrnpub (ENSOMYG00000007536) lft1 (ENSOMYG00000008171) Salmo ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000012816.d ENSGT00390000005665.e.b ENSGT00940000155014.bc.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.f ENSGT00940000156593.f.b ENSGT00390000005033.h ENSGT00390000007479.e.b ENSGT00940000154514.xb ENSGT00940000164539.l ENSGT00940000155369.A.d.b.d ENSGT00940000161931.ib ENSGT00390000007341.a.i ENSGT01060000248717.a.b.a ENSGT01060000248717.a.a.b ENSGT00390000007686.b.c.a.f ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.c.b ENSGT00940000154482.b.b.a.d.vb.a ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b.h ENSGT01060000248717.b.a.a.a ENSGT01060000248799.b ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.a.a.a.i.a ENSGT00390000004799.bc.b ENSGT00390000005861.a.d ENSGT00940000174980 ENSGT00940000156546.`b.a.f ENSGT00390000010056.b.f ENSGT01030000234517.H.b.j.b ENSGT00940000156491.a.g.b ENSGT00390000015159.a.b.f River trout MODERN SPECIES NAA30 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ENSSSAG00000042474 ENSSSAG00000110723 mgat2 (ENSSSAG00000042517) ENSSSAG00000052456 ENSSSAG00000119421 ENSSSAG00000042593 hsp90aa1.2 (ENSSSAG00000042708) ##22 ppp2r5cb (ENSSSAG00000044388) ENSSSAG00000111256 ENSSSAG00000043679 slc25a47a (ENSSSAG00000043687) slc25a29 (ENSSSAG00000119321) ENSSSAG00000043734 ENSSSAG00000043741 ENSSSAG00000115098 sn25a (ENSSSAG00000043755) sccpdhb (ENSSSAG00000044042) ENSSSAG00000044141 hnrnpub (ENSSSAG00000044210) lft1 (ENSSSAG00000047406) cdc42bpab (ENSSSAG00000048020) fzd3a (ENSSSAG00000076242) Huchen MODERN SPECIES 3072 WDR20 (ENSHHUG00000023764) hsp90aa1.2 (ENSHHUG00000022931) ##22 ppp2r5cb (ENSHHUG00000022903) ENSHHUG00000022899 ENSHHUG00000022895 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 199 ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250.e ENSGT00390000012816.c ENSGT00390000005665.e.a ENSGT00940000155014.bc.a ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.e ENSGT00940000156593.f.a ENSGT00390000005033.g ENSGT00390000007479.e.a ENSGT00940000154514.wb ENSGT00940000155369.A.d.b.c 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ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.c.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d.vb.b ENSGT00940000157766.b.b.g ENSGT00940000156852.d ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.a.a.a.i.b ENSGT00390000004799.bc.a ENSGT00390000005861.a.c ENSGT00940000156992.e ENSGT00940000156546.`b.a.e ENSGT00390000010056.b.e ENSGT01030000234517.H.b.j.a ENSGT00940000156491.a.g.a ENSGT00940000159021 ENSGT00390000015159.a.b.e ENSGT00940000156513.a.b.c Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00510000048522.j.a.e ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250.e ENSGT00390000012816.c ENSGT00390000005665.e.a ENSGT00940000155014.bc.a ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.e ENSGT00940000156593.f.a ENSGT00390000005033.g ENSGT00390000007479.e.a ENSGT00940000154514.wb ENSGT00940000155369.A.d.b.c ENSGT00940000161931.hb ENSGT00390000007341.a.j ENSGT00390000007686.b.c.a.e ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a.b ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.c.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d.vb.b ENSGT00940000154482.b.b.a.d.wb ENSGT00940000157766.b.b.g ENSGT00940000156852.d 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ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a.b ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.c.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d.vb.b ENSGT00940000157766.b.b.g ENSGT00940000156852.d ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.a.a.a.i.b ENSGT00390000004799.bc.a ENSGT00390000005861.a.c ENSGT00940000156992.e ENSGT00940000156546.`b.a.e ENSGT00390000010056.b.e ENSGT01030000234517.H.b.j.a ENSGT00940000156491.a.g.a ENSGT00940000159021 ENSGT00390000015159.a.b.e ENSGT00940000156513.a.b.c Atlantic salmon MODERN SPECIES 6 ENSSSAG00000067049 NAA30 (ENSSSAG00000109373) ENSSSAG00000101923 ENSSSAG00000104434 ENSSSAG00000108478 ENSSSAG00000111534 ENSSSAG00000110668 prpf39 (ENSSSAG00000066966) ENSSSAG00000066906 ENSSSAG00000066895 ENSSSAG00000065523 rps29 (ENSSSAG00000065477) mgat2 (ENSSSAG00000065470) ENSSSAG00000065380 hsp90aa1.1 (ENSSSAG00000120636) ##22 hsp90aa1.2 (ENSSSAG00000063834) ##22 ppp2r5cb (ENSSSAG00000046833) slc25a29 (ENSSSAG00000046599) ankef1a (ENSSSAG00000046589) ENSSSAG00000046503 sccpdhb (ENSSSAG00000046257) cnstb 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ENSGMOG00000015362 ENSGMOG00000011125 ENSGMOG00000011117 YLPM1 (ENSGMOG00000011089) Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000166514 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000180558 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154720 ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000163716.d ENSGT00940000154856.A.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT01060000248799 ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 16 actr10 (ENSMMDG00005019354) naa30 (ENSMMDG00005019379) ENSMMDG00005019380 ENSMMDG00005019388 arf6a 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ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000156540.b ENSGT00940000158836.a.b ENSGT00950000182955.a.a.b ENSGT00940000165253 ENSGT00940000157776.c.a ENSGT00550000074908 ENSGT00550000074954 ENSGT00940000159276 ENSGT00940000164930.b ENSGT00940000155693.a.a ENSGT00530000063775.a.b ENSGT00940000154550.a ENSGT00950000182852.A.a.a.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00520000055570.B.k ENSGT00390000017022 ENSGT00940000154071.B ENSGT00390000015936 ENSGT00390000003585 ENSGT00940000153370.a.b ENSGT00390000002675 ENSGT00940000158461 ENSGT00980000202128 ENSGT01060000248652 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 16 ENSORLG00000017447 ENSORLG00000027814 ENSORLG00000017450 abcd4 (ENSORLG00000017458) ENSORLG00000017485 ENSORLG00000022205 eif2b2 (ENSORLG00000017494) tmed10 (ENSORLG00000017499) fosab (ENSORLG00000024739) 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ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT01060000248799 ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.g.b ENSGT00940000166514.g.a ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT01060000248799 ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.g.b ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000180558 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000181419 ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT01060000248799 ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.g.b ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000180558 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000181419 ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT01060000248799 ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c Clown anemonefish MODERN SPECIES 1378 MDGA2 (ENSAOCG00000024106) ENSAOCG00000024086 ENSAOCG00000024052 mgat2 (ENSAOCG00000024025) WDR20 (ENSAOCG00000002789) hsp90aa1.1 (ENSAOCG00000024001) ##22 hsp90aa1.2 (ENSAOCG00000023994) ##22 ppp2r5cb (ENSAOCG00000023970) DIO3 (ENSAOCG00000023944) slc25a47a (ENSAOCG00000023939) slc25a29 (ENSAOCG00000023929) vrtn (ENSAOCG00000023923) Orange clownfish MODERN SPECIES 2 ENSAPEG00000023580 naa30 (ENSAPEG00000023571) ENSAPEG00000023531 ENSAPEG00000023527 ENSAPEG00000023520 arf6a (ENSAPEG00000023514) prpf39 (ENSAPEG00000023507) FKBP3 (ENSAPEG00000023454) faua (ENSAPEG00000023441) MDGA2 (ENSAPEG00000023402) ENSAPEG00000023301 ENSAPEG00000023282 mgat2 (ENSAPEG00000023279) WDR20 (ENSAPEG00000023259) hsp90aa1.1 (ENSAPEG00000023220) ##22 hsp90aa1.2 (ENSAPEG00000023211) ##22 ppp2r5cb (ENSAPEG00000023180) ENSAPEG00000023162 DIO3 (ENSAPEG00000023156) slc25a47a (ENSAPEG00000023150) slc25a29 (ENSAPEG00000023144) ENSAPEG00000023138 vrtn (ENSAPEG00000023134) syndig1l (ENSAPEG00000023081) dll4 (ENSAPEG00000023015) chac1 (ENSAPEG00000022979) ino80 (ENSAPEG00000022911) vps18 (ENSAPEG00000022883) rhov (ENSAPEG00000022872) pigh (ENSAPEG00000022860) ZFYVE1 (ENSAPEG00000022833) Spiny chromis MODERN SPECIES 408 ENSAPOG00000019665 rps29 (ENSAPOG00000019676) mgat2 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ENSGT00940000164083 ENSGT00940000159153 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b.f ENSGT00940000163716.d.b ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 ENSGT00940000159153 Ballan wrasse MODERN SPECIES 47 tmem200a (ENSLBEG00000023656) tmem244 (ENSLBEG00000023671) fkbp6 (ENSLBEG00000023691) ARHGAP18 (ENSLBEG00000023730) sel1l (ENSLBEG00000023770) 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ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 ENSGT00940000159153 Gilthead seabream MODERN SPECIES 14 ENSSAUG00010026090 actr10 (ENSSAUG00010026050) ENSSAUG00010026042 naa30 (ENSSAUG00010026041) ENSSAUG00010026040 ENSSAUG00010026038 arf6a (ENSSAUG00010026037) prpf39 (ENSSAUG00010026033) faua (ENSSAUG00010026031) FKBP3 (ENSSAUG00010026030) ENSSAUG00010026029 MDGA2 (ENSSAUG00010025823) ENSSAUG00010025807 mgat2 (ENSSAUG00010025805) WDR20 (ENSSAUG00010025803) hsp90aa1.2 (ENSSAUG00010025665) ##22 ppp2r5cb (ENSSAUG00010024693) dio3 (ENSSAUG00010024659) slc25a47a (ENSSAUG00010024655) slc25a29 (ENSSAUG00010024653) vrtn (ENSSAUG00010024651) syndig1l (ENSSAUG00010024647) ENSSAUG00010024644 dll4 (ENSSAUG00010024641) chac1 (ENSSAUG00010024636) ino80 (ENSSAUG00010024536) vps18 (ENSSAUG00010024532) rhov (ENSSAUG00010024531) pigh (ENSSAUG00010024530) ZFYVE1 (ENSSAUG00010024528) wdr21 (ENSSAUG00010024523) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b.f ENSGT00940000163716.d.b ENSGT00940000154720 ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 ENSGT00940000159153 European seabass MODERN SPECIES 7 ENSDLAG00005000474 actr10 (ENSDLAG00005000481) ENSDLAG00005000510 NAA30 (ENSDLAG00005033880) ENSDLAG00005029610 ENSDLAG00005029106 ENSDLAG00005035032 ENSDLAG00005000566 ENSDLAG00005000664 ENSDLAG00005028563 ENSDLAG00005000731 ENSDLAG00005000992 rps29 (ENSDLAG00005000997) mgat2 (ENSDLAG00005026871) ENSDLAG00005001004 hsp90aa1.2 (ENSDLAG00005001074) ##22 ENSDLAG00005001479 slc25a47a (ENSDLAG00005001485) slc25a29 (ENSDLAG00005032910) vrtn (ENSDLAG00005001503) syndig1l (ENSDLAG00005001511) ENSDLAG00005032835 dll4 (ENSDLAG00005001518) chac1 (ENSDLAG00005029732) ino80 (ENSDLAG00005001610) rhov (ENSDLAG00005030420) pigh (ENSDLAG00005033224) ENSDLAG00005002028 wdr21 (ENSDLAG00005002084) dpf3 (ENSDLAG00005002135) ENSDLAG00005002152 Large yellow croaker MODERN SPECIES 482 ENSLCRG00005003997 ENSLCRG00005003996 actr10 (ENSLCRG00005003830) ENSLCRG00005003828 naa30 (ENSLCRG00005003826) ENSLCRG00005003824 ENSLCRG00005003823 arf6a (ENSLCRG00005003821) prpf39 (ENSLCRG00005003628) faua (ENSLCRG00005003623) FKBP3 (ENSLCRG00005003622) MDGA2 (ENSLCRG00005001963) ENSLCRG00005001914 mgat2 (ENSLCRG00005001894) WDR20 (ENSLCRG00005001872) hsp90aa1.2 (ENSLCRG00005000648) ##22 ppp2r5cb (ENSLCRG00005022143) ENSLCRG00005021525 ENSLCRG00005021518 slc25a47a (ENSLCRG00005021513) slc25a29 (ENSLCRG00005021501) vrtn (ENSLCRG00005021476) syndig1l (ENSLCRG00005021467) ENSLCRG00005021463 dll4 (ENSLCRG00005021458) chac1 (ENSLCRG00005021442) ino80 (ENSLCRG00005021319) vps18 (ENSLCRG00005021260) rhov (ENSLCRG00005021251) ENSLCRG00005021235 pigh (ENSLCRG00005021224) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 ENSGT00940000159153 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 ENSGT00940000159153 Channel bull blenny MODERN SPECIES 16 ENSCGOG00000023959 actr10 (ENSCGOG00000023938) ENSCGOG00000023929 naa30 (ENSCGOG00000023928) ENSCGOG00000023926 ENSCGOG00000023924 arf6a (ENSCGOG00000023923) prpf39 (ENSCGOG00000023883) FKBP3 (ENSCGOG00000023871) faua (ENSCGOG00000023872) MDGA2 (ENSCGOG00000023869) ENSCGOG00000023807 mgat2 (ENSCGOG00000023791) ENSCGOG00000023788 WDR20 (ENSCGOG00000023778) hsp90aa1.2 (ENSCGOG00000022466) ##22 ppp2r5cb (ENSCGOG00000020075) ENSCGOG00000019968 ENSCGOG00000019966 slc25a47a (ENSCGOG00000019964) slc25a29 (ENSCGOG00000019961) vrtn (ENSCGOG00000019956) ENSCGOG00000019938 ENSCGOG00000019936 dll4 (ENSCGOG00000019932) chac1 (ENSCGOG00000019930) ino80 (ENSCGOG00000019872) vps18 (ENSCGOG00000019819) rhov (ENSCGOG00000019816) pigh (ENSCGOG00000019813) ZFYVE1 (ENSCGOG00000019659) Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b.f ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 ENSGT00940000159153 Stickleback MODERN SPECIES 18 ENSGACG00000012726 ENSGACG00000012728 naa30 (ENSGACG00000012738) otx2b (ENSGACG00000012744) ENSGACG00000012749 arf6a (ENSGACG00000012762) prpf39 (ENSGACG00000012765) faua (ENSGACG00000012791) FKBP3 (ENSGACG00000012834) MDGA2 (ENSGACG00000012846) ENSGACG00000012854 rps29 (ENSGACG00000012858) mgat2 (ENSGACG00000012866) WDR20 (ENSGACG00000012871) hsp90aa1.1 (ENSGACG00000012875) ##22 hsp90aa1.2 (ENSGACG00000012888) ##22 ppp2r5cb (ENSGACG00000012912) DIO3 (ENSGACG00000012922) slc25a47a (ENSGACG00000012923) slc25a29 (ENSGACG00000012925) vrtn (ENSGACG00000012930) syndig1l (ENSGACG00000012931) dll4 (ENSGACG00000012933) chac1 (ENSGACG00000012938) ino80 (ENSGACG00000012960) vps18 (ENSGACG00000012969) rhov (ENSGACG00000012976) pigh (ENSGACG00000012982) ZFYVE1 (ENSGACG00000012992) wdr21 (ENSGACG00000012994) dpf3 (ENSGACG00000013010) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 162 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 151 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593.qc ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.fb ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00940000163253.b.d.a.a ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.c ENSGT00940000156593.qc ENSGT00390000005033.i.a ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b.a ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286.b.a.b ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.gb ENSGT00530000063583.b ENSGT00950000182962.b.b ENSGT01060000248564.b.a.a.b ENSGT00550000074943 ENSGT00940000158349 ENSGT00390000016034 ENSGT00940000166128 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 557 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.c.a ENSGT00940000156593.qc ENSGT00390000005033.i.a ENSGT00390000007479.i.a.a ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b.a.a ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d.b ENSGT00390000007686.b.c.a.d.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d.l ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b.i ENSGT00940000156528.d.b ENSGT00940000158912.i.b ENSGT00590000083139.d.b.gb Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 142 ENSGT00390000007479.i.b ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b.a.a ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d.b ENSGT00390000007686.b.c.a.d.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d.l ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b.i ENSGT00940000156528.d.b ENSGT00940000158912.i.b ENSGT00590000083139.d.b.gb ENSGT00390000002881 ENSGT00530000063583.b.k ENSGT00950000182962.b.b.t.a.a ENSGT01060000248564.b.a.a.b.f ENSGT00940000158349.n ENSGT00940000155141.w.a.a ENSGT00940000166222.h.b.a ENSGT00940000167364.a.a Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES 34 znf410 (ENSCCRG00000033444) ENSCCRG00000066693 ENSCCRG00000078563 ENSCCRG00000062594 ENSCCRG00000030766 actr10 (ENSCCRG00000046034) ENSCCRG00000065552 ENSCCRG00000067308 ENSCCRG00000066505 ENSCCRG00000076204 ENSCCRG00000042341 ENSCCRG00000074623 ENSCCRG00000076690 ENSCCRG00000062554 WDR20 (ENSCCRG00000031985) hsp90aa1.2 (ENSCCRG00000059456) ##22 ppp2r5cb (ENSCCRG00000027540) DIO3 (ENSCCRG00000027389) slc25a47a (ENSCCRG00000035676) slc25a29 (ENSCCRG00000011113) pak6b (ENSCCRG00000026710) ENSCCRG00000076315 METTL24 (ENSCCRG00000075264) ENSCCRG00000080347 cdc40 (ENSCCRG00000019697) ENSCCRG00000047170 WASF1 (ENSCCRG00000079243) GPR6 (ENSCCRG00000060730) ENSCCRG00000072281 ENSCCRG00000047583 ENSCCRG00000047558 Common carp reference MODERN SPECIES 28 znf410 (ENSCCRG00000033429) ENSCCRG00000052826 ENSCCRG00000058605 ENSCCRG00000019610 ENSCCRG00000019695 ENSCCRG00000060556 arf6a (ENSCCRG00000082547) ENSCCRG00000039339 ENSCCRG00000058886 ENSCCRG00000077260 ENSCCRG00000078895 ENSCCRG00000080905 mgat2 (ENSCCRG00000035595) ENSCCRG00000007408 hsp90aa1.1 (ENSCCRG00000059174) ##22 hsp90aa1.2 (ENSCCRG00000007442) ##22 ppp2r5cb (ENSCCRG00000037761) ENSCCRG00000080106 ENSCCRG00000070408 myh6 (ENSCCRG00000067645) slc25a29 (ENSCCRG00000054460) ENSCCRG00000027356 ENSCCRG00000064295 cdc40 (ENSCCRG00000001583) WASF1 (ENSCCRG00000069905) GPR6 (ENSCCRG00000062256) FIG4 (ENSCCRG00000032517) gata4 (ENSCCRG00000076261) ENSCCRG00000047664 ctsbb (ENSCCRG00000047657) ENSCCRG00000071352 Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 2539 MDGA2 (ENSCARG00000046455) ENSCARG00000046432 mgat2 (ENSCARG00000046424) WDR20 (ENSCARG00000046412) hsp90aa1.2 (ENSCARG00000044690) ##22 ppp2r5cb (ENSCARG00000043122) DIO3 (ENSCARG00000043038) slc25a47a (ENSCARG00000043014) slc25a29 (ENSCARG00000042918) pak6b (ENSCARG00000042891) ENSCARG00000069143 ENSCARG00000069137 ENSCARG00000069111 ENSCARG00000069090 ENSCARG00000069083 znf410 (ENSCARG00000069074) ENSCARG00000068916 ENSCARG00000068879 yy1b (ENSCARG00000068862) evlb (ENSCARG00000068833) Goldfish MODERN SPECIES 2194 ENSCARG00000064346 mgat2 (ENSCARG00000064343) WDR20 (ENSCARG00000064339) hsp90aa1.2 (ENSCARG00000063669) ##22 ppp2r5cb (ENSCARG00000060477) DIO3 (ENSCARG00000060390) slc25a29 (ENSCARG00000060365) pak6b (ENSCARG00000060328) Zebrafish MODERN SPECIES 12 actr10 (ENSDARG00000038432) FKBP3 (ENSDARG00000098059) prpf39 (ENSDARG00000100209) faua (ENSDARG00000099022) arf6a (ENSDARG00000101626) ENSDARG00000003041 rps29 (ENSDARG00000041232) mgat2 (ENSDARG00000052408) WDR20 (ENSDARG00000041239) si:dkey-241l7.2 (ENSDARG00000105335) ENSDARG00000086956 si:dkey-241l7.4 (ENSDARG00000089478) ENSDARG00000088989 ENSDARG00000041248 hsp90aa1.1 (ENSDARG00000010478) ##22 hsp90aa1.2 (ENSDARG00000024746) ##22 ppp2r5cb (ENSDARG00000031200) slc25a47a (ENSDARG00000059923) slc25a29 (ENSDARG00000057352) myh6 (ENSDARG00000090637) pak6b (ENSDARG00000052405) ENSDARG00000078825 ENSDARG00000075016 METTL24 (ENSDARG00000075817) cdc40 (ENSDARG00000041226) WASF1 (ENSDARG00000060349) GPR6 (ENSDARG00000052400) ENSDARG00000107912 ENSDARG00000110608 ENSDARG00000110451 ENSDARG00000101118 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 118 ENSGT01100000263540.A.b.a.b ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593.pc.b ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.fb ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 ENSGT00390000013931 ENSGT01030000234626.B Channel catfish MODERN SPECIES 17 Slc30a1 (ENSIPUG00000021968) ENSIPUG00000021972 rd3 (ENSIPUG00000021975) si:ch211-22i13.2 (ENSIPUG00000021979) rhag (ENSIPUG00000021992) ENSIPUG00000022016 saysd1 (ENSIPUG00000022029) bpnt1 (ENSIPUG00000022034) MDGA2 (ENSIPUG00000022087) rps29 (ENSIPUG00000022139) mgat2 (ENSIPUG00000022156) ENSIPUG00000022161 ENSIPUG00000022166 ENSIPUG00000022175 hsp90aa1.1 (ENSIPUG00000022194) ##22 hsp90a.1 (ENSIPUG00000022238) ##22 ppp2r5cb (ENSIPUG00000022710) DIO3 (ENSIPUG00000022732) slc25a29 (ENSIPUG00000022736) myh6 (ENSIPUG00000022744) pak6b (ENSIPUG00000022810) ENSIPUG00000022824 apobb.1 (ENSIPUG00000022832) HPCAL1 (ENSIPUG00000022844) pdia6 (ENSIPUG00000022856) otofa (ENSIPUG00000022878) c25h2orf70 (ENSIPUG00000022903) fndc1 (ENSIPUG00000022909) SOD2 (ENSIPUG00000022934) wtap (ENSIPUG00000022938) acat2 (ENSIPUG00000022947) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263540.A.b.a.b ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593.pc.b ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.fb ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 ENSGT00390000013931 ENSGT01030000234626.B Electric eel MODERN SPECIES 2 ENSEEEG00000012350 zp2.6 (ENSEEEG00000012332) actr10 (ENSEEEG00000012261) ENSEEEG00000012259 ENSEEEG00000012257 ENSEEEG00000012256 ENSEEEG00000012245 ARF6 (ENSEEEG00000012241) prpf39 (ENSEEEG00000012158) faua (ENSEEEG00000012154) FKBP3 (ENSEEEG00000012153) MDGA2 (ENSEEEG00000012152) ENSEEEG00000012151 mgat2 (ENSEEEG00000012150) hsp90aa1.1 (ENSEEEG00000011928) ##22 hsp90aa1.2 (ENSEEEG00000009747) ##22 ppp2r5cb (ENSEEEG00000008732) glra4a (ENSEEEG00000008686) DIAPH2 (ENSEEEG00000008676) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 130 ENSGT01100000263540.A.b.a.b ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593.pc.b ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.fb ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 ENSGT00390000013931 ENSGT01030000234626.B ENSGT00940000162166 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 11 ENSPNAG00000020034 actr10 (ENSPNAG00000020113) ENSPNAG00000003627 NAA30 (ENSPNAG00000020133) ENSPNAG00000020147 otx2b (ENSPNAG00000020153) ENSPNAG00000020163 ARF6 (ENSPNAG00000020250) prpf39 (ENSPNAG00000005631) faua (ENSPNAG00000020344) FKBP3 (ENSPNAG00000020392) MDGA2 (ENSPNAG00000020408) ENSPNAG00000020504 mgat2 (ENSPNAG00000020516) hsp90aa1.1 (ENSPNAG00000020599) ##22 hsp90aa1.2 (ENSPNAG00000020617) ##22 ppp2r5cb (ENSPNAG00000020720) ENSPNAG00000020743 ENSPNAG00000020754 slc25a29 (ENSPNAG00000020765) myh6 (ENSPNAG00000020778) pak6b (ENSPNAG00000020809) ENSPNAG00000020829 apobb.1 (ENSPNAG00000021212) hpcal1 (ENSPNAG00000021252) pdia6 (ENSPNAG00000021334) otofa (ENSPNAG00000021496) ENSPNAG00000021542 ENSPNAG00000021561 sod2 (ENSPNAG00000021603) wtap (ENSPNAG00000006471) Mexicana tetra MODERN SPECIES 18 TRMT1L (ENSAMXG00000009602) cbr4 (ENSAMXG00000036711) PALLD (ENSAMXG00000009581) ENSAMXG00000037574 ENSAMXG00000036278 mep1ba (ENSAMXG00000009554) mcm3l (ENSAMXG00000032018) si:ch211-191a24.4 (ENSAMXG00000035418) TNS3 (ENSAMXG00000009528) igfbp3 (ENSAMXG00000036513) igfbp1a (ENSAMXG00000009512) ENSAMXG00000035428 ENSAMXG00000039635 ENSAMXG00000020569 mgat2 (ENSAMXG00000025291) hsp90aa1.2 (ENSAMXG00000020572) ##22 ppp2r5cb (ENSAMXG00000020584) ENSAMXG00000025292 ENSAMXG00000029912 slc25a29 (ENSAMXG00000032847) myh6 (ENSAMXG00000025295) ENSAMXG00000029153 pak6b (ENSAMXG00000012204) ENSAMXG00000012234 apobb.1 (ENSAMXG00000012267) hpcal1 (ENSAMXG00000031838) pdia6 (ENSAMXG00000034339) otofa (ENSAMXG00000002401) ENSAMXG00000037436 ENSAMXG00000002234 FNDC1 (ENSAMXG00000002223) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 130 ENSGT00940000156110.c.b ENSGT01100000263540.A.b.a.b ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 ENSGT00390000013931 Denticle herring MODERN SPECIES 5 ENSDCDG00000027073 ENSDCDG00000027072 actr10 (ENSDCDG00000027064) ENSDCDG00000027061 NAA30 (ENSDCDG00000027058) ENSDCDG00000027056 ENSDCDG00000027055 arf6a (ENSDCDG00000027054) prpf39 (ENSDCDG00000026934) faua (ENSDCDG00000026925) FKBP3 (ENSDCDG00000026922) MDGA2 (ENSDCDG00000026523) ENSDCDG00000026504 mgat2 (ENSDCDG00000026503) WDR20 (ENSDCDG00000026499) hsp90aa1.2 (ENSDCDG00000026024) ##22 ENSDCDG00000026005 ppp2r5cb (ENSDCDG00000020612) DIO3 (ENSDCDG00000020515) ENSDCDG00000020514 slc25a29 (ENSDCDG00000020513) ENSDCDG00000020511 myh6 (ENSDCDG00000020510) pak6b (ENSDCDG00000020509) ENSDCDG00000020508 ENSDCDG00000020506 hpcal1 (ENSDCDG00000020491) pdia6 (ENSDCDG00000020444) otofa (ENSDCDG00000020229) ENSDCDG00000020161 ENSDCDG00000020158 Atlantic herring MODERN SPECIES 6 ENSCHAG00000024071 GOLT1B (ENSCHAG00000024066) FNDC1 (ENSCHAG00000023976) ENSCHAG00000023973 otofa (ENSCHAG00000023495) pdia6 (ENSCHAG00000022895) hpcal1 (ENSCHAG00000022860) ENSCHAG00000022735 ENSCHAG00000022706 ENSCHAG00000022619 ENSCHAG00000022570 MDGA2 (ENSCHAG00000022235) ENSCHAG00000022209 mgat2 (ENSCHAG00000022193) WDR20 (ENSCHAG00000022188) hsp90aa1.2 (ENSCHAG00000018997) ##22 ENSCHAG00000021898 ENSCHAG00000018964 ENSCHAG00000018958 slc25a47a (ENSCHAG00000018918) slc25a29 (ENSCHAG00000018886) myh6 (ENSCHAG00000018862) pak6b (ENSCHAG00000018854) ENSCHAG00000018823 ENSCHAG00000017297 ENSCHAG00000017283 EPM2A (ENSCHAG00000017280) ENSCHAG00000017276 GRM1 (ENSCHAG00000017266) rab32a (ENSCHAG00000017262) ENSCHAG00000017226 Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a.g ##22 Asian bonytongue MODERN SPECIES 6 yy1b (ENSSFOG00015018880) tpp1 (ENSSFOG00015018856) ENSSFOG00015018841 ENSSFOG00015029308 MDGA2 (ENSSFOG00015018757) ENSSFOG00015027843 lrr1 (ENSSFOG00015018704) mgat2 (ENSSFOG00015018695) dnaaf2 (ENSSFOG00015025895) ENSSFOG00015018608 pole2 (ENSSFOG00015018558) KLHDC2 (ENSSFOG00015018524) NEMF (ENSSFOG00015018471) MOK (ENSSFOG00015031306) WDR20 (ENSSFOG00015018427) HSP90AA1 (ENSSFOG00015018365) ##22 DYNC1H1 (ENSSFOG00015018194) ENSSFOG00015018345 ENSSFOG00015018338 ENSSFOG00015018140 ENSSFOG00015018132 ENSSFOG00015018119 DLK1 (ENSSFOG00015018107) ENSSFOG00015030638 ENSSFOG00015029032 WDR25 (ENSSFOG00015018076) WARS1 (ENSSFOG00015018023) slc25a47a (ENSSFOG00015018013) SLC25A29 (ENSSFOG00015032347) FANCM (ENSSFOG00015017989) soul3 (ENSSFOG00015029495) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000008684 ENSGT00390000007395 ENSGT00530000069038 ENSGT00940000180386 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000161931 ENSGT00940000158830 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00940000157509.a ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.c.a.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a.h ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234906 ENSGT01050000246283 ENSGT00990000204360 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a.c ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000165081.a ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766.b.a ENSGT00940000156480 ENSGT00940000164539 ENSGT00390000005033 Asian bonytongue MODERN SPECIES 20 SLA2 (ENSSFOG00015002190) ndrg3a (ENSSFOG00015002131) ENSSFOG00015025052 arhgap46a (ENSSFOG00015030332) CLASP1 (ENSSFOG00015001775) SAMD9 (ENSSFOG00015001758) GLI2 (ENSSFOG00015001470) inhbb (ENSSFOG00015029754) RALB (ENSSFOG00015031572) epb41l5 (ENSSFOG00015001354) DAAM1 (ENSSFOG00015029716) L3HYPDH (ENSSFOG00015027099) ENSSFOG00015029977 hist2h3c (ENSSFOG00015018134) WDR20 (ENSSFOG00015001045) hsp90aa1.2 (ENSSFOG00015000997) ##22 ENSSFOG00015000955 si:dkey-174m14.3 (ENSSFOG00015026593) SLC25A29 (ENSSFOG00015000907) FKBP3 (ENSSFOG00015000874) faua (ENSSFOG00015000850) arf6a (ENSSFOG00015000666) naa30 (ENSSFOG00015000656) ENSSFOG00015024990 ENSSFOG00015025570 ENSSFOG00015025209 ENTPD5 (ENSSFOG00015000485) rps29 (ENSSFOG00015000394) wdr21 (ENSSFOG00015000375) pigh (ENSSFOG00015032234) ino80 (ENSSFOG00015000183) P. kingsleyae DUPLICATION P. kingsleyae MODERN SPECIES 24 ENSPKIG00000023343 ENSPKIG00000023376 ENSPKIG00000023388 MDGA2 (ENSPKIG00000023429) ENSPKIG00000023490 lrr1 (ENSPKIG00000023508) mgat2 (ENSPKIG00000023527) dnaaf2 (ENSPKIG00000023536) ENSPKIG00000023562 pole2 (ENSPKIG00000023629) KLHDC2 (ENSPKIG00000023673) ENSPKIG00000023704 ENSPKIG00000023715 MOK (ENSPKIG00000023740) WDR20 (ENSPKIG00000023768) hsp90aa1.2 (ENSPKIG00000023794) ##22 DYNC1H1 (ENSPKIG00000023864) ENSPKIG00000023919 ENSPKIG00000023924 ENSPKIG00000000656 DIO3 (ENSPKIG00000000678) DLK1 (ENSPKIG00000000692) ENSPKIG00000000718 WDR25 (ENSPKIG00000000750) WARS1 (ENSPKIG00000000766) slc25a47a (ENSPKIG00000000789) SLC25A29 (ENSPKIG00000000803) ENSPKIG00000000833 ENSPKIG00000000861 soul3 (ENSPKIG00000000882) prpf39 (ENSPKIG00000000918) P. kingsleyae MODERN SPECIES 134 ENSPKIG00000019792 ENSPKIG00000019827 ENSPKIG00000019839 PPP1R13B (ENSPKIG00000019886) daam1b (ENSPKIG00000020048) ENSPKIG00000020224 ENSPKIG00000020229 L3HYPDH (ENSPKIG00000020240) ENSPKIG00000020258 ENSPKIG00000020307 ENSPKIG00000020373 ENSPKIG00000020379 WDR20 (ENSPKIG00000020400) ENSPKIG00000020420 #22 ENSPKIG00000020484 ##22 ENSPKIG00000020519 ##22 ENSPKIG00000020610 ENSPKIG00000020701 ENSPKIG00000020751 ENSPKIG00000020771 ENSPKIG00000020791 ENSPKIG00000020844 ENSPKIG00000020859 ENSPKIG00000020899 ENSPKIG00000020923 hist1h2a4 (ENSPKIG00000020999) ENSPKIG00000021055 ENSPKIG00000021091 si:dkey-174m14.3 (ENSPKIG00000021131) ENSPKIG00000021148 ENSPKIG00000021160 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 1170 ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 2421 ANKRD9 (ENSLACG00000007282) TECPR2 (ENSLACG00000005783) CINP (ENSLACG00000005619) ZNF839 (ENSLACG00000005283) MOK (ENSLACG00000004194) WDR20 (ENSLACG00000002115) HSP90AA1 (ENSLACG00000000733) ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000156480 ENSGT00390000008684 ENSGT00390000007395 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000161931 ENSGT01030000235595 ENSGT00940000158830 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000234906 ENSGT01020000230703 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000165081 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Reedfish MODERN SPECIES 7 ENSECRG00000021477 RASGRP1 (ENSECRG00000021450) FAM98B (ENSECRG00000021432) spred1 (ENSECRG00000021418) MDGA2 (ENSECRG00000021380) ENSECRG00000021357 lrr1 (ENSECRG00000021338) mgat2 (ENSECRG00000021332) DNAAF2 (ENSECRG00000021319) KLHDC1 (ENSECRG00000021301) pole2 (ENSECRG00000021155) KLHDC2 (ENSECRG00000021106) NEMF (ENSECRG00000021044) MOK (ENSECRG00000021003) WDR20 (ENSECRG00000020988) hsp90aa1.1 (ENSECRG00000020860) ##22 HSP90AA1 (ENSECRG00000020110) ##22 ENSECRG00000020030 ENSECRG00000020014 DYNC1H1 (ENSECRG00000019794) PPP2R5C (ENSECRG00000019624) ENSECRG00000019572 ENSECRG00000019555 DLK1 (ENSECRG00000019535) si:dkey-174m14.3 (ENSECRG00000019497) WDR25 (ENSECRG00000019423) WARS1 (ENSECRG00000019300) slc25a47a (ENSECRG00000019237) slc25a29 (ENSECRG00000019215) yy1a (ENSECRG00000019196) degs2 (ENSECRG00000019174) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156480 ENSGT00390000008684 ENSGT00390000007395 ENSGT00530000069038 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000161931 ENSGT00940000158830 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000165081 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A Spotted gar MODERN SPECIES 673 soul3 (ENSLOCG00000011338) tpp1 (ENSLOCG00000011342) ENSLOCG00000011351 ENSLOCG00000011361 MDGA2 (ENSLOCG00000011370) ENSLOCG00000011385 lrr1 (ENSLOCG00000011393) mgat2 (ENSLOCG00000017706) ENSLOCG00000011401 KLHDC1 (ENSLOCG00000011420) pole2 (ENSLOCG00000011434) KLHDC2 (ENSLOCG00000011444) NEMF (ENSLOCG00000011454) MOK (ENSLOCG00000011479) WDR20 (ENSLOCG00000011494) hsp90aa1.1 (ENSLOCG00000011504) ##22 DYNC1H1 (ENSLOCG00000011524) PPP2R5C (ENSLOCG00000011558) ENSLOCG00000017707 ENSLOCG00000011572 DLK1 (ENSLOCG00000011579) si:dkey-174m14.3 (ENSLOCG00000011585) WDR25 (ENSLOCG00000011593) WARS1 (ENSLOCG00000011600) slc25a47a (ENSLOCG00000011606) slc25a29 (ENSLOCG00000011616) yy1b (ENSLOCG00000011626) degs2 (ENSLOCG00000011633) evlb (ENSLOCG00000011645) ENSLOCG00000011659 haus2 (ENSLOCG00000011669) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 1103 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 162 ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 151 ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593.qc ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.fb ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 118 ENSGT00630000089942 ENSGT01100000263540.A.b.a.b ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593.pc.b ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.fb ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 ENSGT00390000013931 Channel catfish MODERN SPECIES 17 nek2 (ENSIPUG00000021927) Slc30a1 (ENSIPUG00000021968) ENSIPUG00000021972 rd3 (ENSIPUG00000021975) si:ch211-22i13.2 (ENSIPUG00000021979) rhag (ENSIPUG00000021992) ENSIPUG00000022016 saysd1 (ENSIPUG00000022029) bpnt1 (ENSIPUG00000022034) MDGA2 (ENSIPUG00000022087) rps29 (ENSIPUG00000022139) mgat2 (ENSIPUG00000022156) ENSIPUG00000022161 ENSIPUG00000022166 ENSIPUG00000022175 hsp90aa1.1 (ENSIPUG00000022194) ##22 hsp90a.1 (ENSIPUG00000022238) ##22 ppp2r5cb (ENSIPUG00000022710) DIO3 (ENSIPUG00000022732) slc25a29 (ENSIPUG00000022736) myh6 (ENSIPUG00000022744) pak6b (ENSIPUG00000022810) ENSIPUG00000022824 apobb.1 (ENSIPUG00000022832) HPCAL1 (ENSIPUG00000022844) pdia6 (ENSIPUG00000022856) otofa (ENSIPUG00000022878) c25h2orf70 (ENSIPUG00000022903) fndc1 (ENSIPUG00000022909) SOD2 (ENSIPUG00000022934) wtap (ENSIPUG00000022938) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00630000089942 ENSGT01100000263540.A.b.a.b ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593.pc.b ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.fb ENSGT00940000154645.A ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 ENSGT00390000013931 Electric eel MODERN SPECIES 2 znf410 (ENSEEEG00000012352) ENSEEEG00000012350 zp2.6 (ENSEEEG00000012332) actr10 (ENSEEEG00000012261) ENSEEEG00000012259 ENSEEEG00000012257 ENSEEEG00000012256 ENSEEEG00000012245 ARF6 (ENSEEEG00000012241) prpf39 (ENSEEEG00000012158) faua (ENSEEEG00000012154) FKBP3 (ENSEEEG00000012153) MDGA2 (ENSEEEG00000012152) ENSEEEG00000012151 mgat2 (ENSEEEG00000012150) hsp90aa1.1 (ENSEEEG00000011928) ##22 hsp90aa1.2 (ENSEEEG00000009747) ##22 ppp2r5cb (ENSEEEG00000008732) glra4a (ENSEEEG00000008686) DIAPH2 (ENSEEEG00000008676) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 130 ENSGT00630000089942 ENSGT01100000263540.A.b.a.b ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00940000155014.xb.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593.pc.b ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286 ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.fb ENSGT00940000155646.n ENSGT00940000155086.B ENSGT00940000166976 ENSGT00530000063558.B ENSGT00390000011877 ENSGT00390000013931 ENSGT01030000234626.B Red-bellied piranha MODERN SPECIES 11 ENSPNAG00000020028 ENSPNAG00000020034 actr10 (ENSPNAG00000020113) ENSPNAG00000003627 NAA30 (ENSPNAG00000020133) ENSPNAG00000020147 otx2b (ENSPNAG00000020153) ENSPNAG00000020163 ARF6 (ENSPNAG00000020250) prpf39 (ENSPNAG00000005631) faua (ENSPNAG00000020344) FKBP3 (ENSPNAG00000020392) MDGA2 (ENSPNAG00000020408) ENSPNAG00000020504 mgat2 (ENSPNAG00000020516) hsp90aa1.1 (ENSPNAG00000020599) ##22 hsp90aa1.2 (ENSPNAG00000020617) ##22 ppp2r5cb (ENSPNAG00000020720) ENSPNAG00000020743 ENSPNAG00000020754 slc25a29 (ENSPNAG00000020765) myh6 (ENSPNAG00000020778) pak6b (ENSPNAG00000020809) ENSPNAG00000020829 apobb.1 (ENSPNAG00000021212) hpcal1 (ENSPNAG00000021252) pdia6 (ENSPNAG00000021334) otofa (ENSPNAG00000021496) ENSPNAG00000021542 ENSPNAG00000021561 sod2 (ENSPNAG00000021603) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00940000163253.b.d.a.a ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.c ENSGT00940000156593.qc ENSGT00390000005033.i.a ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b.a ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00940000167286.b.a.b ENSGT00940000156528.d ENSGT00940000158912.i ENSGT00590000083139.d.b.gb ENSGT00530000063583.b ENSGT00950000182962.b.b ENSGT01060000248564.b.a.a.b ENSGT00550000074943 ENSGT00940000158349 ENSGT00390000016034 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 557 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.c.a ENSGT00940000156593.qc ENSGT00390000005033.i.a ENSGT00390000007479.i.a.a ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b.a.a ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d.b ENSGT00390000007686.b.c.a.d.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d.l ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b.i ENSGT00940000156528.d.b ENSGT00940000158912.i.b ENSGT00590000083139.d.b.gb Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 142 ENSGT00390000007479.i.b ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b.a.a ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a.d.b ENSGT00390000007686.b.c.a.d.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d.l ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b.i ENSGT00940000156528.d.b ENSGT00940000158912.i.b ENSGT00590000083139.d.b.gb ENSGT00390000002881 ENSGT00530000063583.b.k ENSGT00950000182962.b.b.t.a.a ENSGT01060000248564.b.a.a.b.f ENSGT00940000158349.n ENSGT00940000155141.w.a.a ENSGT00940000166222.h.b.a Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 947 ENSSGRG00000006974 mgat2 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seahorse DUPLICATION Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 450 ENSHCOG00000014325 ENSHCOG00000014343 ENSHCOG00000014373 esr1 (ENSHCOG00000014381) armt1 (ENSHCOG00000014400) zbtb2b (ENSHCOG00000014426) prpf39 (ENSHCOG00000014454) faua (ENSHCOG00000014508) FKBP3 (ENSHCOG00000014481) WDR20 (ENSHCOG00000014518) mgat2 (ENSHCOG00000014525) ENSHCOG00000014532 ENSHCOG00000014550 MDGA2 (ENSHCOG00000014586) hsp90aa1.1 (ENSHCOG00000014614) ##22 HSP90AA1 (ENSHCOG00000014636) ##22 ppp2r5cb (ENSHCOG00000014671) ENSHCOG00000014684 ENSHCOG00000000411 slc25a47a (ENSHCOG00000014703) slc25a29 (ENSHCOG00000014732) sod2 (ENSHCOG00000014748) ENSHCOG00000014761 wtap (ENSHCOG00000014785) acat2 (ENSHCOG00000014816) ENSHCOG00000014809 ENSHCOG00000014907 ENSHCOG00000014921 PLEKHG1 (ENSHCOG00000014925) tcp1 (ENSHCOG00000014951) smek1 (ENSHCOG00000014980) Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 450 ENSHCOG00000014316 ENSHCOG00000014325 ENSHCOG00000014343 ENSHCOG00000014373 esr1 (ENSHCOG00000014381) armt1 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ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 Seriola ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000157284.bb #15 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000007479.b ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b.f ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Greater amberjack MODERN SPECIES 10 naa30 (ENSSDUG00000009208) ENSSDUG00000009215 ENSSDUG00000009220 ENSSDUG00000009246 arf6a (ENSSDUG00000009325) prpf39 (ENSSDUG00000009408) FKBP3 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wtap (ENSCSEG00000000408) acat2 (ENSCSEG00000000403) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b.f ENSGT00940000163716.d.b ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000156593 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ENSTRUG00000023212 dll4 (ENSTRUG00000012962) chac1 (ENSTRUG00000028078) ino80 (ENSTRUG00000013026) vps18 (ENSTRUG00000013062) rhov (ENSTRUG00000028063) pigh (ENSTRUG00000022326) wdr21 (ENSTRUG00000019540) dpf3 (ENSTRUG00000013278) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b.f ENSGT00940000163716.d.b ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b.f ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01100000263540.A.b.a.b ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b.f ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Lumpfish MODERN SPECIES 16 ENSCLMG00005017390 actr10 (ENSCLMG00005017395) naa30 (ENSCLMG00005017401) ENSCLMG00005017404 ENSCLMG00005017405 arf6a (ENSCLMG00005017408) prpf39 (ENSCLMG00005017412) faua (ENSCLMG00005017685) FKBP3 (ENSCLMG00005017686) MDGA2 (ENSCLMG00005017689) ENSCLMG00005017693 ENSCLMG00005017867 rps29 (ENSCLMG00005017868) mgat2 (ENSCLMG00005017870) WDR20 (ENSCLMG00005017871) hsp90aa1.1 (ENSCLMG00005017874) ##22 ppp2r5cb (ENSCLMG00005018387) slc25a47a (ENSCLMG00005020560) slc25a29 (ENSCLMG00005020564) vrtn (ENSCLMG00005020566) syndig1l (ENSCLMG00005020567) dll4 (ENSCLMG00005020568) chac1 (ENSCLMG00005020570) ino80 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(ENSGACG00000012982) ZFYVE1 (ENSGACG00000012992) wdr21 (ENSGACG00000012994) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000160164.m.b ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Pike perch MODERN SPECIES 4 MDGA2 (ENSSLUG00000001443) ENSSLUG00000001436 ENSSLUG00000001434 mgat2 (ENSSLUG00000001433) WDR20 (ENSSLUG00000001424) 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(ENSXMAG00000006768) rhov (ENSXMAG00000021774) pigh (ENSXMAG00000006801) NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110.g ENSGT00900000141110.h ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c Sheepshead minnow MODERN SPECIES 1062 ENSCVAG00000004609 mgat2 (ENSCVAG00000004616) WDR20 (ENSCVAG00000004643) hsp90aa1.1 (ENSCVAG00000004674) ##22 hsp90aa1.2 (ENSCVAG00000004683) ##22 ppp2r5cb (ENSCVAG00000004800) ENSCVAG00000004809 ENSCVAG00000004817 slc25a47a (ENSCVAG00000004822) slc25a29 (ENSCVAG00000004838) vrtn (ENSCVAG00000004849) ENSCVAG00000004855 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000158098 ENSGT00510000048522.j.a ENSGT00940000175612 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1613 C14ORF37 (ENSNFUG00015010548) naa30 (ENSNFUG00015010552) Nfu_g_1_012360 (ENSNFUG00015010559) prpf39 (ENSNFUG00015010590) CABZ01111496.1 (ENSNFUG00015010838) arf6a (ENSNFUG00015010852) FAUA (ENSNFUG00015010861) FKBP3 (ENSNFUG00015010869) MDGA2 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Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000175612 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.h ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b.l ENSGT00940000161051.a.b.k ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000175612 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.h ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b.l ENSGT00940000161051.a.b.k ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000175612 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.h ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b.l ENSGT00940000161051.a.b.k ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 289 ENSHBUG00000017650 ENSHBUG00000017666 actr10 (ENSHBUG00000017735) ENSHBUG00000017749 naa30 (ENSHBUG00000017762) ENSHBUG00000017768 ENSHBUG00000017844 prpf39 (ENSHBUG00000017870) faua (ENSHBUG00000017890) FKBP3 (ENSHBUG00000017917) ENSHBUG00000017980 MDGA2 (ENSHBUG00000018096) rps29 (ENSHBUG00000018115) mgat2 (ENSHBUG00000018122) WDR20 (ENSHBUG00000018153) hsp90aa1.1 (ENSHBUG00000022200) ##22 hsp90aa1.2 (ENSHBUG00000022372) ##22 ppp2r5cb (ENSHBUG00000022453) ENSHBUG00000000904 ENSHBUG00000022476 slc25a47a (ENSHBUG00000022491) slc25a29 (ENSHBUG00000022504) vrtn (ENSHBUG00000022518) syndig1l (ENSHBUG00000022529) dll4 (ENSHBUG00000022543) chac1 (ENSHBUG00000000988) ino80 (ENSHBUG00000022614) vps18 (ENSHBUG00000022642) rhov (ENSHBUG00000022664) pigh (ENSHBUG00000022685) ZFYVE1 (ENSHBUG00000022728) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000175612 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.h ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b.l ENSGT00940000161051.a.b.k ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a.c ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 P. nyererei MODERN SPECIES 308 actr10 (ENSPNYG00000001682) naa30 (ENSPNYG00000001730) ENSPNYG00000001743 ENSPNYG00000001821 arf6a (ENSPNYG00000001854) prpf39 (ENSPNYG00000001984) faua (ENSPNYG00000002068) FKBP3 (ENSPNYG00000002035) MDGA2 (ENSPNYG00000002091) ENSPNYG00000002156 ENSPNYG00000002350 ENSPNYG00000002694 ENSPNYG00000002710 mgat2 (ENSPNYG00000002727) WDR20 (ENSPNYG00000002739) hsp90aa1.1 (ENSPNYG00000002764) ##22 hsp90aa1.2 (ENSPNYG00000002777) ##22 ppp2r5cb (ENSPNYG00000002819) DIO3 (ENSPNYG00000002880) slc25a47a (ENSPNYG00000002897) slc25a29 (ENSPNYG00000002929) vrtn (ENSPNYG00000002938) syndig1l (ENSPNYG00000002954) dll4 (ENSPNYG00000002972) chac1 (ENSPNYG00000002981) ino80 (ENSPNYG00000002995) vps18 (ENSPNYG00000003096) rhov (ENSPNYG00000003215) pigh (ENSPNYG00000003222) ZFYVE1 (ENSPNYG00000003241) wdr21 (ENSPNYG00000003291) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000175612 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.h ENSGT00390000005033 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000161051.a.b.l ENSGT00940000161051.a.b.k ENSGT00940000154720 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a.c ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c ENSGT00940000164083 Eastern happy MODERN SPECIES 6 naa30 (ENSACLG00000026826) ENSACLG00000000203 ENSACLG00000000209 ENSACLG00000000258 prpf39 (ENSACLG00000000275) FKBP3 (ENSACLG00000000398) faua (ENSACLG00000000354) MDGA2 (ENSACLG00000000588) ENSACLG00000000600 ENSACLG00000000626 ENSACLG00000000865 ENSACLG00000000895 rps29 (ENSACLG00000000915) mgat2 (ENSACLG00000000923) WDR20 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dll4 (ENSNBRG00000022053) chac1 (ENSNBRG00000022068) ino80 (ENSNBRG00000022086) vps18 (ENSNBRG00000022145) rhov (ENSNBRG00000022176) pigh (ENSNBRG00000022194) Nile tilapia MODERN SPECIES 6 actr10 (ENSONIG00000000870) ENSONIG00000025379 naa30 (ENSONIG00000040086) ENSONIG00000000866 ENSONIG00000032793 prpf39 (ENSONIG00000000859) faua (ENSONIG00000000854) fkbp3 (ENSONIG00000034280) MDGA2 (ENSONIG00000000831) ENSONIG00000029197 ENSONIG00000000840 ENSONIG00000027640 ENSONIG00000029090 mgat2 (ENSONIG00000020916) WDR20 (ENSONIG00000000823) hsp90aa1.1 (ENSONIG00000000819) ##22 ppp2r5cb (ENSONIG00000000795) slc25a47 (ENSONIG00000000791) slc25a29 (ENSONIG00000000788) vrtn (ENSONIG00000000787) syndig1l (ENSONIG00000033291) dll4 (ENSONIG00000000782) chac1 (ENSONIG00000029837) ino80 (ENSONIG00000000772) vps18 (ENSONIG00000000764) rhov (ENSONIG00000041694) pigh (ENSONIG00000041084) ZFYVE1 (ENSONIG00000000754) wdr21 (ENSONIG00000000746) dpf3 (ENSONIG00000000742) leg1.2 (ENSONIG00000000739) Midas cichlid MODERN SPECIES 651 ENSACIG00000003932 actr10 (ENSACIG00000003903) naa30 (ENSACIG00000003881) ENSACIG00000003795 ENSACIG00000003770 arf6a (ENSACIG00000003701) prpf39 (ENSACIG00000003671) faua (ENSACIG00000003658) FKBP3 (ENSACIG00000003645) ENSACIG00000003640 MDGA2 (ENSACIG00000003600) ENSACIG00000003539 rps29 (ENSACIG00000003518) mgat2 (ENSACIG00000003512) WDR20 (ENSACIG00000003489) hsp90aa1.1 (ENSACIG00000002283) ##22 hsp90aa1.2 (ENSACIG00000002228) ##22 ppp2r5cb (ENSACIG00000002209) DIO3 (ENSACIG00000002208) slc25a47a (ENSACIG00000002178) slc25a29 (ENSACIG00000002152) vrtn (ENSACIG00000002141) syndig1l (ENSACIG00000002136) ENSACIG00000002124 dll4 (ENSACIG00000002066) chac1 (ENSACIG00000002018) ino80 (ENSACIG00000001918) vps18 (ENSACIG00000001889) rhov (ENSACIG00000001881) pigh (ENSACIG00000001869) ZFYVE1 (ENSACIG00000001835) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.g.b ENSGT00940000166514.g.a ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT01060000248799 ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 ENSGT00390000016097.c Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.g.b ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000180558 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000181419 ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT01060000248799 ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00910000144250 ENSGT00390000012816 ENSGT00390000005665 ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d ENSGT00940000166514.g.b ENSGT00940000156593 ENSGT00390000005033 ENSGT00390000007479 ENSGT00940000154514 ENSGT00940000180558 ENSGT00940000155369.A.d.b ENSGT00940000154856.A.b ENSGT00940000161931 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000007686.b.c.a ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000181419 ENSGT00940000154482.b.b.a.d ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b ENSGT01060000248799 ENSGT00390000007874 ENSGT00950000183147.A.a.g.b ENSGT00940000167177 ENSGT00390000003855.b.e.b ENSGT00900000141110 ENSGT00940000153635.B ENSGT00940000157624.a ENSGT00390000011890 Orange clownfish MODERN SPECIES 2 actr10 (ENSAPEG00000023585) ENSAPEG00000023580 naa30 (ENSAPEG00000023571) ENSAPEG00000023531 ENSAPEG00000023527 ENSAPEG00000023520 arf6a (ENSAPEG00000023514) prpf39 (ENSAPEG00000023507) FKBP3 (ENSAPEG00000023454) faua (ENSAPEG00000023441) MDGA2 (ENSAPEG00000023402) ENSAPEG00000023301 ENSAPEG00000023282 mgat2 (ENSAPEG00000023279) WDR20 (ENSAPEG00000023259) hsp90aa1.1 (ENSAPEG00000023220) ##22 hsp90aa1.2 (ENSAPEG00000023211) ##22 ppp2r5cb (ENSAPEG00000023180) ENSAPEG00000023162 DIO3 (ENSAPEG00000023156) slc25a47a (ENSAPEG00000023150) slc25a29 (ENSAPEG00000023144) ENSAPEG00000023138 vrtn (ENSAPEG00000023134) syndig1l (ENSAPEG00000023081) dll4 (ENSAPEG00000023015) chac1 (ENSAPEG00000022979) ino80 (ENSAPEG00000022911) vps18 (ENSAPEG00000022883) rhov (ENSAPEG00000022872) pigh (ENSAPEG00000022860) Clown anemonefish MODERN SPECIES 1378 MDGA2 (ENSAOCG00000024106) ENSAOCG00000024086 ENSAOCG00000024052 mgat2 (ENSAOCG00000024025) WDR20 (ENSAOCG00000002789) hsp90aa1.1 (ENSAOCG00000024001) ##22 hsp90aa1.2 (ENSAOCG00000023994) ##22 ppp2r5cb (ENSAOCG00000023970) DIO3 (ENSAOCG00000023944) slc25a47a (ENSAOCG00000023939) slc25a29 (ENSAOCG00000023929) vrtn (ENSAOCG00000023923) Spiny chromis MODERN SPECIES 408 ENSAPOG00000019665 rps29 (ENSAPOG00000019676) mgat2 (ENSAPOG00000019697) WDR20 (ENSAPOG00000001103) hsp90aa1.1 (ENSAPOG00000019744) ##22 hsp90aa1.2 (ENSAPOG00000019811) ##22 ppp2r5cb (ENSAPOG00000019894) ENSAPOG00000019914 DIO3 (ENSAPOG00000019922) slc25a47a (ENSAPOG00000019936) slc25a29 (ENSAPOG00000019948) vrtn (ENSAPOG00000019958) syndig1l (ENSAPOG00000019962) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1568 WDR20 (ENSSPAG00000000241) hsp90aa1.1 (ENSSPAG00000000231) ##22 hsp90aa1.2 (ENSSPAG00000021926) ##22 ppp2r5cb (ENSSPAG00000021868) DIO3 (ENSSPAG00000021856) slc25a47a (ENSSPAG00000021834) slc25a29 (ENSSPAG00000021824) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000164539 ENSGT00940000156480 ENSGT00390000008684 ENSGT00390000007395 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000161931 ENSGT00940000158830 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000234906 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000165081 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00390000007395 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000161931 ENSGT01030000235595 ENSGT00940000158830 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000234906 ENSGT01020000230703 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000165081 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Reedfish MODERN SPECIES 7 RASGRP1 (ENSECRG00000021450) FAM98B (ENSECRG00000021432) spred1 (ENSECRG00000021418) MDGA2 (ENSECRG00000021380) ENSECRG00000021357 lrr1 (ENSECRG00000021338) mgat2 (ENSECRG00000021332) DNAAF2 (ENSECRG00000021319) KLHDC1 (ENSECRG00000021301) pole2 (ENSECRG00000021155) KLHDC2 (ENSECRG00000021106) NEMF (ENSECRG00000021044) MOK (ENSECRG00000021003) WDR20 (ENSECRG00000020988) hsp90aa1.1 (ENSECRG00000020860) ##22 HSP90AA1 (ENSECRG00000020110) ##22 ENSECRG00000020030 ENSECRG00000020014 DYNC1H1 (ENSECRG00000019794) PPP2R5C (ENSECRG00000019624) ENSECRG00000019572 ENSECRG00000019555 DLK1 (ENSECRG00000019535) si:dkey-174m14.3 (ENSECRG00000019497) WDR25 (ENSECRG00000019423) WARS1 (ENSECRG00000019300) slc25a47a (ENSECRG00000019237) slc25a29 (ENSECRG00000019215) yy1a (ENSECRG00000019196) degs2 (ENSECRG00000019174) evlb (ENSECRG00000019062) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 901 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Spotted gar MODERN SPECIES 181 ENSLOCG00000000663 ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 1134 ENSGT01020000230401.a.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 834 ENSGT01020000230401.a.a.a.b #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 P. kingsleyae MODERN SPECIES 134 ENSPKIG00000019770 ENSPKIG00000019792 ENSPKIG00000019827 ENSPKIG00000019839 PPP1R13B (ENSPKIG00000019886) daam1b (ENSPKIG00000020048) ENSPKIG00000020224 ENSPKIG00000020229 L3HYPDH (ENSPKIG00000020240) ENSPKIG00000020258 ENSPKIG00000020307 ENSPKIG00000020373 ENSPKIG00000020379 WDR20 (ENSPKIG00000020400) ENSPKIG00000020420 #22 ENSPKIG00000020484 ##22 ENSPKIG00000020519 ##22 ENSPKIG00000020610 ENSPKIG00000020701 ENSPKIG00000020751 ENSPKIG00000020771 ENSPKIG00000020791 ENSPKIG00000020844 ENSPKIG00000020859 ENSPKIG00000020899 ENSPKIG00000020923 hist1h2a4 (ENSPKIG00000020999) ENSPKIG00000021055 ENSPKIG00000021091 si:dkey-174m14.3 (ENSPKIG00000021131) ENSPKIG00000021148 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 1103 ENSGT01020000230401.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 144 ENSGT00940000155014.bc.b ENSGT00950000183050.b.b.b.a.b.a.d.f ENSGT00940000156593.f.b ENSGT00390000005033.h ENSGT00390000007479.e.b ENSGT00940000154514.xb ENSGT00940000164539.l ENSGT00940000155369.A.d.b.d ENSGT00940000161931.ib ENSGT00390000007341.a.i ENSGT01060000248717.a.b.b.b ENSGT00940000159582.h ENSGT00390000007686.b.c.a.f ENSGT01020000230401.a.a.b.a.a.a ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.a.c.b ENSGT00940000154482.b.b.a.d.vb.a ENSGT00940000159694.b ENSGT00940000157766.b.b.h ENSGT01060000248799.b ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.a.a.a.i.a ENSGT00390000004799.bc.b ENSGT01030000235230 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Chinook salmon MODERN SPECIES 9 hnrnpub (ENSOTSG00005004575) lft1 (ENSOTSG00005006419) cdc42bpab (ENSOTSG00005006432) fzd3a (ENSOTSG00005007937) ENSOTSG00005007942 fam49a (ENSOTSG00005007944) vsnl1a (ENSOTSG00005008468) sf3b6 (ENSOTSG00005008469) tdrd6 (ENSOTSG00005008470) pla2g7 (ENSOTSG00005008472) glrx5 (ENSOTSG00005008998) serpina1l (ENSOTSG00005009000) ENSOTSG00005009002 WDR20 (ENSOTSG00005009003) hsp90aa1.2 (ENSOTSG00005009016) ##22 ENSOTSG00005009310 ##22 ppp2r5cb (ENSOTSG00005009311) flrt2 (ENSOTSG00005009474) ENSOTSG00005009478 rnaseh1 (ENSOTSG00005009480) ENSOTSG00005009482 ENSOTSG00005009483 ccr6a (ENSOTSG00005009484) KBTBD11 (ENSOTSG00005009485) ENSOTSG00005009486 ENSOTSG00005009487 ENSOTSG00005009488 ENSOTSG00005009490 ENSOTSG00005009491 saysd1 (ENSOTSG00005009492) DNAH8 (ENSOTSG00005009497) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Eastern happy MODERN SPECIES 38 ENSACLG00000027645 ENSACLG00000027649 ENSACLG00000027652 ENSACLG00000027653 ENSACLG00000027655 ENSACLG00000027658 ENSACLG00000027663 ENSACLG00000027665 ENSACLG00000027668 ENSACLG00000027671 ENSACLG00000000987 ENSACLG00000001053 ENSACLG00000001086 ENSACLG00000001136 ##22 P. nyererei MODERN SPECIES 374 ENSPNYG00000015889 ENSPNYG00000015899 ENSPNYG00000015942 NFKB1 (ENSPNYG00000015980) DGKQ (ENSPNYG00000016046) mgat4b (ENSPNYG00000016071) canx (ENSPNYG00000016110) MAML1 (ENSPNYG00000016125) LTC4S (ENSPNYG00000016155) ENSPNYG00000016169 emx3 (ENSPNYG00000016181) b4galt7 (ENSPNYG00000016193) tmed9 (ENSPNYG00000016215) tmem216 (ENSPNYG00000016231) ENSPNYG00000016260 ENSPNYG00000016274 ##22 PCDH1 (ENSPNYG00000016296) ENSPNYG00000016387 ENSPNYG00000016431 PCDH12 (ENSPNYG00000016456) gm2a (ENSPNYG00000016547) ENSPNYG00000016573 ENSPNYG00000016607 thoc3 (ENSPNYG00000016612) cplx2 (ENSPNYG00000016640) ENSPNYG00000016671 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 469 ENSCVAG00000018702 bloc1s3 (ENSCVAG00000018605) trappc6bl (ENSCVAG00000018597) zgc:114130 (ENSCVAG00000018574) zgc:162730 (ENSCVAG00000018571) ENSCVAG00000018566 ##22 zgc:172282 (ENSCVAG00000018552) vps53 (ENSCVAG00000018508) rflnb (ENSCVAG00000018368) dus4l (ENSCVAG00000018366) Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Chinese medaka DUPLICATION Chinese medaka MODERN SPECIES 3083 ENSOSIG00000009427 ##22 ENSOSIG00000009428 ##22 Chinese medaka MODERN SPECIES 3083 ENSOSIG00000009427 ##22 ENSOSIG00000009428 ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Atlantic herring MODERN SPECIES 6 slc25a29 (ENSCHAG00000018886) myh6 (ENSCHAG00000018862) pak6b (ENSCHAG00000018854) ENSCHAG00000018823 ENSCHAG00000017297 ENSCHAG00000017283 EPM2A (ENSCHAG00000017280) ENSCHAG00000017276 GRM1 (ENSCHAG00000017266) rab32a (ENSCHAG00000017262) ENSCHAG00000017226 stxbp5a (ENSCHAG00000016466) sash1a (ENSCHAG00000016333) opn8b (ENSCHAG00000016319) mmut (ENSCHAG00000015584) ENSCHAG00000015534 ##22 fkbp1b (ENSCHAG00000015515) wdcp (ENSCHAG00000015508) mfsd2b (ENSCHAG00000014954) UBXN2A (ENSCHAG00000014937) gpr132b (ENSCHAG00000014928) vipas39 (ENSCHAG00000014617) cdc42bpb (ENSCHAG00000013377) si:dkeyp-72h1.1 (ENSCHAG00000013335) tnfaip2a (ENSCHAG00000013325) eif5 (ENSCHAG00000013288) ENSCHAG00000013269 ENSCHAG00000013257 enpp5 (ENSCHAG00000013253) #35 fam167ab (ENSCHAG00000013245) ccm2 (ENSCHAG00000013132) Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 947 ENSSGRG00000006974 mgat2 (ENSSGRG00000006979) WDR20 (ENSSGRG00000006980) hsp90aa1.1 (ENSSGRG00000006987) ##22 ENSSGRG00000008192 ##22 ENSSGRG00000008194 ##22 ppp2r5cb (ENSSGRG00000008213) ENSSGRG00000008343 ENSSGRG00000008344 slc25a29 (ENSSGRG00000008346) ENSSGRG00000008348 pak6b (ENSSGRG00000008350) ENSSGRG00000008353 ENSSGRG00000008363 METTL24 (ENSSGRG00000008395) cdc40 (ENSSGRG00000008401) WASF1 (ENSSGRG00000008403) GPR6 (ENSSGRG00000008404) gata4 (ENSSGRG00000008408) ENSSGRG00000008409 Golden-line barbel MODERN SPECIES 947 ENSSGRG00000006974 mgat2 (ENSSGRG00000006979) WDR20 (ENSSGRG00000006980) hsp90aa1.1 (ENSSGRG00000006987) ##22 ENSSGRG00000008192 ##22 ENSSGRG00000008194 ##22 ppp2r5cb (ENSSGRG00000008213) ENSSGRG00000008343 ENSSGRG00000008344 slc25a29 (ENSSGRG00000008346) ENSSGRG00000008348 pak6b (ENSSGRG00000008350) ENSSGRG00000008353 ENSSGRG00000008363 METTL24 (ENSSGRG00000008395) cdc40 (ENSSGRG00000008401) WASF1 (ENSSGRG00000008403) GPR6 (ENSSGRG00000008404) gata4 (ENSSGRG00000008408) ENSSGRG00000008409 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000168574 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00940000173611 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 Coelacanth MODERN SPECIES 927 ENSLACG00000014386 ##22 DYNC1H1 (ENSLACG00000013867) ENSLACG00000013310 PPP2R5C (ENSLACG00000013353) DIO3 (ENSLACG00000012323) DLK1 (ENSLACG00000009816) BEGAIN (ENSLACG00000006026) WDR25 (ENSLACG00000005032) WARS1 (ENSLACG00000003262) SLC25A47 (ENSLACG00000003052) SLC25A29 (ENSLACG00000001417) Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A Anura ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234906 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A Leishan spiny toad MODERN SPECIES 4 GPR135 (ENSLLEG00000015097) ENSLLEG00000015126 ENSLLEG00000015162 TRAF3 (ENSLLEG00000015213) ENSLLEG00000015575 ENSLLEG00000015598 CDC42BPB 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##22 ENSXETG00000041942 ENSXETG00000038519 ENSXETG00000048829 dync1h1 (ENSXETG00000034056) ppp2r5c (ENSXETG00000010224) dio3 (ENSXETG00000048638) dlk1 (ENSXETG00000040177) begain (ENSXETG00000033849) wdr25 (ENSXETG00000002523) wars1 (ENSXETG00000002524) slc25a47 (ENSXETG00000002525) slc25a29 (ENSXETG00000036615) yy1 (ENSXETG00000002527) degs2 (ENSXETG00000002528) Amniota ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00940000173611 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00940000173611 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 Platypus MODERN SPECIES KLC1 (ENSOANG00000000786) TRMT61A (ENSOANG00000000785) MARK3 (ENSOANG00000000773) ENSOANG00000042928 EIF5 (ENSOANG00000000767) ENSOANG00000009546 CDC42BPB (ENSOANG00000014636) ENSOANG00000014635 TRAF3 (ENSOANG00000014633) RCOR1 (ENSOANG00000013917) ANKRD9 (ENSOANG00000005741) TECPR2 (ENSOANG00000005740) MOK (ENSOANG00000005736) ENSOANG00000005735 ENSOANG00000044415 HSP90AA1 (ENSOANG00000005734) ##22 DYNC1H1 (ENSOANG00000005733) PPP2R5C (ENSOANG00000005732) DIO3 (ENSOANG00000046280) DLK1 (ENSOANG00000005731) BEGAIN (ENSOANG00000040069) ENSOANG00000005730 WARS1 (ENSOANG00000005727) SLC25A47 (ENSOANG00000049483) SLC25A29 (ENSOANG00000005724) YY1 (ENSOANG00000038619) DEGS2 (ENSOANG00000012424) ENSOANG00000049851 EML1 (ENSOANG00000004045) ENSOANG00000044881 CYP46A1 (ENSOANG00000007692) Theria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 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ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y ENSGT00940000156927 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000182772.A.a.b ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a.n ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763.f ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y ENSGT00940000156927 Tasmanian devil MODERN SPECIES 1 ENSSHAG00000001873 ENSSHAG00000029726 ENSSHAG00000001823 ENSSHAG00000028259 ENSSHAG00000022704 CDC42BPB (ENSSHAG00000006579) ENSSHAG00000008188 TRAF3 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ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a.n ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763.f ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y ENSGT00940000156927 Wallaby MODERN SPECIES 366 ENSMEUG00000011620 ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT01030000234848 ENSGT00950000182772.A.a.b ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784.e ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a.n ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763.f ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y ENSGT00940000156927 koala MODERN SPECIES 213 ENSPCIG00000011312 EIF5 (ENSPCIG00000011319) ENSPCIG00000011331 ENSPCIG00000011346 CDC42BPB (ENSPCIG00000011362) TRAF3 (ENSPCIG00000026593) RCOR1 (ENSPCIG00000011375) ENSPCIG00000028110 ANKRD9 (ENSPCIG00000015051) TECPR2 (ENSPCIG00000015052) ENSPCIG00000015076 ENSPCIG00000015079 MOK (ENSPCIG00000025176) ENSPCIG00000025178 WDR20 (ENSPCIG00000025180) HSP90AA1 (ENSPCIG00000025183) ##22 ENSPCIG00000025184 DYNC1H1 (ENSPCIG00000025211) PPP2R5C (ENSPCIG00000025613) Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 455 CKB (ENSVURG00010004865) MARK3 (ENSVURG00010004765) EIF5 (ENSVURG00010004689) ENSVURG00010004651 ENSVURG00010004614 ENSVURG00010004567 CDC42BPB (ENSVURG00010004507) TRAF3 (ENSVURG00010004468) RCOR1 (ENSVURG00010004417) ANKRD9 (ENSVURG00010004403) TECPR2 (ENSVURG00010004386) 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SPECIES 2 SOX4 (ENSMODG00000011338) PRL (ENSMODG00000011350) ENSMODG00000045792 NRSN1 (ENSMODG00000011435) DCDC2 (ENSMODG00000011518) MRS2 (ENSMODG00000011554) GPLD1 (ENSMODG00000011599) ALDH5A1 (ENSMODG00000043455) TDP2 (ENSMODG00000011653) ACOT13 (ENSMODG00000048054) C6orf62 (ENSMODG00000011671) GMNN (ENSMODG00000011682) ENSMODG00000028789 RIPOR2 (ENSMODG00000011722) ENSMODG00000011766 ENSMODG00000011773 ##22 CARMIL1 (ENSMODG00000011879) ENSMODG00000011897 PARD6G (ENSMODG00000011918) ENSMODG00000011923 ADNP2 (ENSMODG00000011929) ENSMODG00000047883 ENSMODG00000027989 ENSMODG00000011935 ENSMODG00000011943 ENSMODG00000011958 TXNL4A (ENSMODG00000048148) ENSMODG00000046105 SLC66A2 (ENSMODG00000011978) KCNG2 (ENSMODG00000011988) ENSMODG00000039089 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT01100000263500.b.a.a.b ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT01100000263500.b.a.a.b ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 Sloth MODERN SPECIES 7984 ENSCHOG00000013234 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 3921 ENSDNOG00000044625 ENSDNOG00000048871 BCHE (ENSDNOG00000041422) ENSDNOG00000013104 SLITRK3 (ENSDNOG00000044207) SI (ENSDNOG00000019975) ENSDNOG00000048711 ##22 ENSDNOG00000040604 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 121 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT01100000263500.b.a.a.b ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 122 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT01100000263500.b.a.a.b ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Hyrax MODERN SPECIES 7517 MOK (ENSPCAG00000003119) WDR20 (ENSPCAG00000003094) HSP90AA1 (ENSPCAG00000002997) ##22 Elephant DUPLICATION Elephant MODERN SPECIES 602 BDKRB2 (ENSLAFG00000005507) BDKRB1 (ENSLAFG00000027671) ENSLAFG00000026093 TNFAIP2 (ENSLAFG00000009530) EXOC3L4 (ENSLAFG00000009527) CDC42BPB (ENSLAFG00000014215) AMN (ENSLAFG00000014204) TRAF3 (ENSLAFG00000017186) RCOR1 (ENSLAFG00000005524) ANKRD9 (ENSLAFG00000014070) TECPR2 (ENSLAFG00000003650) CINP (ENSLAFG00000007023) ENSLAFG00000015686 MOK (ENSLAFG00000010683) WDR20 (ENSLAFG00000001150) HSP90AA1 (ENSLAFG00000030882) ##22 ENSLAFG00000026257 DYNC1H1 (ENSLAFG00000014041) PPP2R5C (ENSLAFG00000016769) ENSLAFG00000028188 ENSLAFG00000032286 ENSLAFG00000003709 DLK1 (ENSLAFG00000032274) BEGAIN (ENSLAFG00000003473) ENSLAFG00000018351 WARS1 (ENSLAFG00000010505) SLC25A47 (ENSLAFG00000013597) SLC25A29 (ENSLAFG00000018100) ENSLAFG00000032414 DEGS2 (ENSLAFG00000026042) EVL (ENSLAFG00000003748) Elephant MODERN SPECIES 464 ZPR1 (ENSLAFG00000010288) BUD13 (ENSLAFG00000010279) CADM1 (ENSLAFG00000008937) NXPE4 (ENSLAFG00000004906) ENSLAFG00000030693 REXO2 (ENSLAFG00000012451) RBM7 (ENSLAFG00000012444) C11orf71 (ENSLAFG00000012441) NNMT (ENSLAFG00000012440) ZBTB16 (ENSLAFG00000014626) HTR3A (ENSLAFG00000007587) HTR3B (ENSLAFG00000007584) USP28 (ENSLAFG00000017565) ZW10 (ENSLAFG00000001253) ENSLAFG00000025586 ENSLAFG00000031479 ##22 DRD2 (ENSLAFG00000006523) ANKK1 (ENSLAFG00000025747) TTC12 (ENSLAFG00000017571) Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 18156 ENSETEG00000011453 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 18701 ENSETEG00000014540 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 8567 ENSETEG00000007813 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 17182 ENSETEG00000019552 ENSETEG00000019549 ##22 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 3 FAM110C (ENSPCTG00005017535) SH3YL1 (ENSPCTG00005017588) ACP1 (ENSPCTG00005017720) ENSPCTG00005017781 TMEM18 (ENSPCTG00005017846) SNTG2 (ENSPCTG00005017928) TPO (ENSPCTG00005018282) PXDN (ENSPCTG00005007554) MYT1L (ENSPCTG00005007857) EIPR1 (ENSPCTG00005010312) TRAPPC12 (ENSPCTG00005010367) ADI1 (ENSPCTG00005010460) RNASEH1 (ENSPCTG00005010508) RPS7 (ENSPCTG00005010552) COLEC11 (ENSPCTG00005010632) ENSPCTG00005010966 ##22 CMPK2 (ENSPCTG00005011012) RSAD2 (ENSPCTG00005011072) RNF144A (ENSPCTG00005011143) KIDINS220 (ENSPCTG00005011195) MBOAT2 (ENSPCTG00005011265) ASAP2 (ENSPCTG00005011387) ENSPCTG00005011590 ENSPCTG00005011637 CPSF3 (ENSPCTG00005011872) IAH1 (ENSPCTG00005012450) ADAM17 (ENSPCTG00005012570) ENSPCTG00005012664 YWHAQ (ENSPCTG00005012710) TAF1B (ENSPCTG00005012791) ENSPCTG00005012849 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01030000234613.b.a.a.m.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000153096.b.c.b.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.f ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1584 ENSBMUG00000017201 TECPR2 (ENSBMUG00000017366) CINP (ENSBMUG00000017467) ENSBMUG00000017511 ENSBMUG00000017523 WDR20 (ENSBMUG00000017598) ENSBMUG00000017713 ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2976 ENSBMUG00000014996 ##22 ENSBMUG00000014974 DYNC1H1 (ENSBMUG00000014945) PPP2R5C (ENSBMUG00000014325) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 946 ENSAMEG00000031285 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 1533 ENSAMEG00000029401 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 1344 ENSAMEG00000024435 ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826.l ENSGT00940000153887.A.y American mink DUPLICATION American mink DUPLICATION American mink MODERN SPECIES 238 MARK3 (ENSNVIG00000012924) EIF5 (ENSNVIG00000012893) ENSNVIG00000012876 TNFAIP2 (ENSNVIG00000012816) EXOC3L4 (ENSNVIG00000012718) LBHD2 (ENSNVIG00000012707) CDC42BPB (ENSNVIG00000010257) TRAF3 (ENSNVIG00000009988) RCOR1 (ENSNVIG00000009957) ANKRD9 (ENSNVIG00000009948) TECPR2 (ENSNVIG00000009884) CINP (ENSNVIG00000009847) ENSNVIG00000009823 MOK (ENSNVIG00000009797) WDR20 (ENSNVIG00000009765) ENSNVIG00000009757 ##22 ENSNVIG00000009746 DYNC1H1 (ENSNVIG00000009621) PPP2R5C (ENSNVIG00000009564) ENSNVIG00000009551 ENSNVIG00000009543 ENSNVIG00000009384 DLK1 (ENSNVIG00000009272) BEGAIN (ENSNVIG00000009155) WDR25 (ENSNVIG00000009102) WARS1 (ENSNVIG00000009019) SLC25A47 (ENSNVIG00000009012) ENSNVIG00000008996 American mink MODERN SPECIES 170 ENSNVIG00000018917 ITGBL1 (ENSNVIG00000018863) FGF14 (ENSNVIG00000018836) TPP2 (ENSNVIG00000018773) METTL21C (ENSNVIG00000018765) ENSNVIG00000018764 CM027 (ENSNVIG00000018724) KDEL1 (ENSNVIG00000018706) BIVM (ENSNVIG00000018679) ENSNVIG00000018667 ENSNVIG00000018659 METTL21EP (ENSNVIG00000018644) NTCP2 (ENSNVIG00000018630) ENSNVIG00000018616 ##22 EFNB2 (ENSNVIG00000018589) ARGLU1 (ENSNVIG00000018585) NALF1 (ENSNVIG00000018564) American mink MODERN SPECIES 1 MEP1B (ENSNVIG00000019671) RNF138 (ENSNVIG00000019649) RN125 (ENSNVIG00000019629) TRAPPC8 (ENSNVIG00000019581) B4GALT6 (ENSNVIG00000019526) TTHY (ENSNVIG00000019494) DSG2 (ENSNVIG00000019460) DSG3 (ENSNVIG00000019418) DSG4 (ENSNVIG00000019385) ENSNVIG00000019374 ENSNVIG00000019336 DSC1 (ENSNVIG00000019253) DSC2 (ENSNVIG00000019179) DSC3 (ENSNVIG00000019127) ENSNVIG00000019102 ENSNVIG00000019096 ##22 CDH2 (ENSNVIG00000019000) CHST9 (ENSNVIG00000018950) AQP4 (ENSNVIG00000018926) ENSNVIG00000018920 ENSNVIG00000018893 TAF4B (ENSNVIG00000018854) PSMA8 (ENSNVIG00000018831) SS18 (ENSNVIG00000018774) ZNF521 (ENSNVIG00000018732) ENSNVIG00000018716 ENSNVIG00000018708 IMPACT (ENSNVIG00000018693) OSBPL1A (ENSNVIG00000018623) ENSNVIG00000018609 TTC39C (ENSNVIG00000018583) Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 74 LINGO2 (ENSPCOG00000005529) ENSPCOG00000015123 MOB3B (ENSPCOG00000020239) ENSPCOG00000025997 EQTN (ENSPCOG00000005393) TEK (ENSPCOG00000015584) IFT74 (ENSPCOG00000023326) PLAA (ENSPCOG00000016632) CAAP1 (ENSPCOG00000013830) IZUMO3 (ENSPCOG00000020881) ENSPCOG00000021179 ##22 ENSPCOG00000028604 ELAVL2 (ENSPCOG00000022819) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.a ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 230 ALDH6A1 (ENSCLAG00000003304) ENSCLAG00000003357 ENTPD5 (ENSCLAG00000003418) COQ6 (ENSCLAG00000003521) FAM161B (ENSCLAG00000003575) ZNF410 (ENSCLAG00000003640) PTGR2 (ENSCLAG00000003701) MIDEAS (ENSCLAG00000003802) DNAL1 (ENSCLAG00000003917) ENSCLAG00000003947 ENSCLAG00000004019 ACOT4 (ENSCLAG00000004063) ENSCLAG00000004124 HEATR4 (ENSCLAG00000004180) RIOX1 (ENSCLAG00000004260) ENSCLAG00000004315 ##22 ENSCLAG00000004464 PAPLN (ENSCLAG00000004775) PSEN1 (ENSCLAG00000005284) RBM25 (ENSCLAG00000003977) ZFYVE1 (ENSCLAG00000004097) ENSCLAG00000004165 DPF3 (ENSCLAG00000004345) RGS6 (ENSCLAG00000004860) SIPA1L1 (ENSCLAG00000005617) PCNX1 (ENSCLAG00000006042) MAP3K9 (ENSCLAG00000006444) ENSCLAG00000006511 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 361 MYO1G (ENSPCOG00000004229) CCM2 (ENSPCOG00000017013) NACAD (ENSPCOG00000000217) TBRG4 (ENSPCOG00000026104) RAMP3 (ENSPCOG00000028499) ADCY1 (ENSPCOG00000017271) CCDC201 (ENSPCOG00000020456) IGFBP1 (ENSPCOG00000028530) IGFBP3 (ENSPCOG00000028788) TNS3 (ENSPCOG00000018947) PKD1L1 (ENSPCOG00000025044) HUS1 (ENSPCOG00000015815) SUN3 (ENSPCOG00000015480) C7orf57 (ENSPCOG00000023812) UPP1 (ENSPCOG00000028531) ENSPCOG00000020810 ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.h.b ##22 Rabbit MODERN SPECIES 17 ENSOCUG00000006704 NTAN1 (ENSOCUG00000006699) PDXDC1 (ENSOCUG00000006688) MPV17L (ENSOCUG00000022047) ENSOCUG00000034690 ENSOCUG00000003684 MARF1 (ENSOCUG00000003687) NDE1 (ENSOCUG00000000301) MYH11 (ENSOCUG00000013450) CEP20 (ENSOCUG00000013477) ENSOCUG00000031616 ABCC1 (ENSOCUG00000017956) ABCC6 (ENSOCUG00000010216) ENSOCUG00000025719 ENSOCUG00000021543 ENSOCUG00000033427 ##22 ENSOCUG00000023030 XYLT1 (ENSOCUG00000004855) ENSOCUG00000000179 ARL6IP1 (ENSOCUG00000005740) SMG1 (ENSOCUG00000016615) CLEC19A (ENSOCUG00000027083) SYT17 (ENSOCUG00000004621) ITPRIPL2 (ENSOCUG00000016782) COQ7 (ENSOCUG00000002093) TMC7 (ENSOCUG00000002083) TMC5 (ENSOCUG00000003590) GDE1 (ENSOCUG00000003596) CCP110 (ENSOCUG00000003601) VPS35L (ENSOCUG00000030364) KNOP1 (ENSOCUG00000023516) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 961 ENSPSMG00000002988 ENSPSMG00000002985 ##22 HDAC8 (ENSPSMG00000002315) PHKA1 (ENSPSMG00000001521) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00390000007686.b.d.c ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT00390000007686.b.d.c ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 185 ENSGT00390000007686.b.d.c ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 114 ENSCCAG00000010677 ENSCCAG00000025925 ENSCCAG00000032279 PCDH20 (ENSCCAG00000022803) TDRD3 (ENSCCAG00000023831) DIAPH3 (ENSCCAG00000032416) ENSCCAG00000035222 ENSCCAG00000017168 ##22 Capuchin MODERN SPECIES 131 ENSCCAG00000029214 SOWAHC (ENSCCAG00000030477) SEPTIN10 (ENSCCAG00000028218) SH3RF3 (ENSCCAG00000034945) EDAR (ENSCCAG00000023565) CCDC138 (ENSCCAG00000026862) RANBP2 (ENSCCAG00000028166) ENSCCAG00000023357 ENSCCAG00000027768 GCC2 (ENSCCAG00000037789) SULT1C2 (ENSCCAG00000035035) SULT1C3 (ENSCCAG00000033698) ENSCCAG00000018188 ##22 ENSCCAG00000000551 SLC5A7 (ENSCCAG00000027598) ST6GAL2 (ENSCCAG00000012243) ENSCCAG00000033837 UXS1 (ENSCCAG00000022909) ECRG4 (ENSCCAG00000025588) ENSCCAG00000027404 ENSCCAG00000018264 NCK2 (ENSCCAG00000021312) FHL2 (ENSCCAG00000002317) C2orf49 (ENSCCAG00000034274) TGFBRAP1 (ENSCCAG00000034730) GPR45 (ENSCCAG00000007772) ENSCCAG00000028813 POU3F3 (ENSCCAG00000019184) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 190 ENSSBOG00000015031 ENSSBOG00000029440 ##22 DYNC1H1 (ENSSBOG00000025585) ENSSBOG00000028383 PPP2R5C (ENSSBOG00000026611) ENSSBOG00000019405 ENSSBOG00000032215 DLK1 (ENSSBOG00000024967) BEGAIN (ENSSBOG00000028969) WDR25 (ENSSBOG00000022958) WARS1 (ENSSBOG00000024797) SLC25A47 (ENSSBOG00000026024) SLC25A29 (ENSSBOG00000027271) ENSSBOG00000030828 DEGS2 (ENSSBOG00000000041) EVL (ENSSBOG00000021298) TMOD3 (ENSSBOG00000020246) Mas night monkey MODERN SPECIES 1149 ENSANAG00000019573 ENSANAG00000021089 ##22 ENSANAG00000021379 ENSANAG00000022773 ENSANAG00000034419 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000162935 ENSGT00390000011759 ENSGT00390000011137 ENSGT00390000013961.b.a ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00500000044955.j.a.a ENSGT00940000159198 ENSGT00910000147017 ENSGT00910000147614 ENSGT00940000155285.b.b ENSGT00950000183140.a.a.m.a.a.b ENSGT00390000015159.b ENSGT01000000215309 ENSGT00940000158547 ENSGT00940000158742 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00390000002143.a ENSGT00940000159042 ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159760 ENSGT00940000158506 ENSGT00390000011144 ENSGT00940000156215.f ENSGT00940000159300 ENSGT00940000159104 ENSGT00940000158587 ENSGT00950000182872.f.a.b ENSGT00940000154725 ENSGT00940000156658 ENSGT00940000157280 ENSGT00940000156079 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000162935 ENSGT00390000011759 ENSGT00390000011137 ENSGT00390000013961.b.a ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00500000044955.j.a.a ENSGT00940000159198 ENSGT00910000147017 ENSGT00910000147614 ENSGT00940000155285.b.b ENSGT00950000183140.a.a.m.a.a.b ENSGT00390000015159.b ENSGT01000000215309 ENSGT00940000158547 ENSGT00940000158742 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00390000002143.a ENSGT00940000159042 ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159760 ENSGT00940000158506 ENSGT00390000011144 ENSGT00940000156215.f ENSGT00940000159300 ENSGT00940000159104 ENSGT00940000158587 ENSGT00950000182872.f.a.b ENSGT00940000154725 ENSGT00940000156658 ENSGT00940000157280 ENSGT00940000156079 Vervet Monkey MODERN SPECIES 16 TRMT61A (ENSCSAG00000010059) MARK3 (ENSCSAG00000010062) EIF5 (ENSCSAG00000010080) TNFAIP2 (ENSCSAG00000010089) EXOC3L4 (ENSCSAG00000010097) CDC42BPB (ENSCSAG00000010126) AMN (ENSCSAG00000010135) TRAF3 (ENSCSAG00000010146) RCOR1 (ENSCSAG00000010154) ANKRD9 (ENSCSAG00000019585) TECPR2 (ENSCSAG00000010166) CINP (ENSCSAG00000010173) ENSCSAG00000010179 MOK (ENSCSAG00000010230) WDR20 (ENSCSAG00000010243) HSP90AA1 (ENSCSAG00000010250) ##22 DYNC1H1 (ENSCSAG00000010279) PPP2R5C (ENSCSAG00000010300) ENSCSAG00000019584 RTL1 (ENSCSAG00000019583) ENSCSAG00000010312 DLK1 (ENSCSAG00000010321) BEGAIN (ENSCSAG00000010326) WDR25 (ENSCSAG00000010333) WARS1 (ENSCSAG00000010343) SLC25A47 (ENSCSAG00000010362) SLC25A29 (ENSCSAG00000010371) YY1 (ENSCSAG00000010373) DEGS2 (ENSCSAG00000010381) EVL (ENSCSAG00000010388) EML1 (ENSCSAG00000010399) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000162935 ENSGT00390000011759 ENSGT00390000011137 ENSGT00390000013961.b.a ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00500000044955.j.a.a ENSGT00940000159198 ENSGT00910000147017 ENSGT00910000147614 ENSGT00940000155285.b.b 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ENSCATG00000037069 ENSCATG00000036654 GSDMC (ENSCATG00000042061) CYRIB (ENSCATG00000043371) ENSCATG00000042460 ASAP1 (ENSCATG00000031102) ADCY8 (ENSCATG00000034246) ENSCATG00000011416 ##22 EFR3A (ENSCATG00000036244) OC90 (ENSCATG00000030413) HHLA1 (ENSCATG00000040547) KCNQ3 (ENSCATG00000041259) DNAAF11 (ENSCATG00000031522) TMEM71 (ENSCATG00000042448) PHF20L1 (ENSCATG00000040677) SLA (ENSCATG00000039058) TG (ENSCATG00000040232) CCN4 (ENSCATG00000031762) NDRG1 (ENSCATG00000034008) ST3GAL1 (ENSCATG00000027440) ZFAT (ENSCATG00000031293) KHDRBS3 (ENSCATG00000034823) FAM135B (ENSCATG00000032955) Drill MODERN SPECIES 713 ENSMLEG00000036254 ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000011759 ENSGT00390000011137 ENSGT00390000013961.a ENSGT00940000164859 ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00390000004856.w.a.a.b.b.a.b.b.b ENSGT00940000159198 ENSGT00910000147017 ENSGT00910000147614 ENSGT00940000155285.b.b ENSGT00950000183140.a.a.m.a.a.b ENSGT00390000015159.b ENSGT01000000215309 ENSGT00940000158547 ENSGT00940000158742 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00390000002143.a ENSGT00940000159042 ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159760 ENSGT00940000158506 ENSGT00390000011144 ENSGT00940000156215.f ENSGT00940000159300 ENSGT00940000159104 ENSGT00940000158587 ENSGT00950000182872.f.a.b ENSGT00940000154725 ENSGT00940000156658 ENSGT00940000157280 ENSGT00940000156079 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 195 LRATD2 (ENSMNEG00000019279) ENSMNEG00000031249 MYC (ENSMNEG00000020890) ENSMNEG00000024744 ENSMNEG00000029666 GSDMC (ENSMNEG00000000045) CYRIB (ENSMNEG00000037280) ENSMNEG00000040595 ASAP1 (ENSMNEG00000032554) ADCY8 (ENSMNEG00000040109) ENSMNEG00000005603 ##22 EFR3A (ENSMNEG00000039576) OC90 (ENSMNEG00000033407) HHLA1 (ENSMNEG00000043652) KCNQ3 (ENSMNEG00000043773) DNAAF11 (ENSMNEG00000043558) TMEM71 (ENSMNEG00000033758) PHF20L1 (ENSMNEG00000018127) TG (ENSMNEG00000029691) SLA (ENSMNEG00000035453) CCN4 (ENSMNEG00000040130) NDRG1 (ENSMNEG00000043043) ST3GAL1 (ENSMNEG00000033704) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 344 ENSGT00940000158742 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00390000002143.a ENSGT00940000159042 ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159760 ENSGT00940000158506 ENSGT00390000011144 ENSGT00940000156215.f ENSGT00940000159104 ENSGT00940000159300 ENSGT00940000158587 ENSGT00950000182872.f.a.b ENSGT00940000154725 ENSGT00940000156658 ENSGT00940000157280 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1627 ENSRBIG00000040748 ##22 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2723 ENSRROG00000001924 PRPF39 (ENSRROG00000037956) FKBP3 (ENSRROG00000018609) ENSRROG00000030304 ##22 FANCM (ENSRROG00000028917) MIS18BP1 (ENSRROG00000036644) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2212 ADCY8 (ENSRROG00000000947) ENSRROG00000035550 ##22 EFR3A (ENSRROG00000018524) OC90 (ENSRROG00000043614) HHLA1 (ENSRROG00000027586) KCNQ3 (ENSRROG00000032377) DNAAF11 (ENSRROG00000003862) TMEM71 (ENSRROG00000034481) PHF20L1 (ENSRROG00000019383) SLA (ENSRROG00000045384) TG (ENSRROG00000038664) CCN4 (ENSRROG00000044141) NDRG1 (ENSRROG00000027573) ST3GAL1 (ENSRROG00000029374) ZFAT (ENSRROG00000005017) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Tree shrew MODERN SPECIES 5200 ENSTBEG00000003286 ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 26 ENSMMMG00000015221 ABCA13 (ENSMMMG00000015281) ENSMMMG00000015465 ENSMMMG00000015482 VWC2 (ENSMMMG00000015492) ZPBP (ENSMMMG00000015506) SPATA48 (ENSMMMG00000015542) IKZF1 (ENSMMMG00000015562) FIGNL1 (ENSMMMG00000015635) DDC (ENSMMMG00000015645) GRB10 (ENSMMMG00000015688) ENSMMMG00000015722 ENSMMMG00000015775 ENSMMMG00000015785 ENSMMMG00000015788 ENSMMMG00000015809 ##22 ENSMMMG00000015835 ENSMMMG00000015847 ENSMMMG00000015861 VSTM2A (ENSMMMG00000015869) SEC61G (ENSMMMG00000015875) EGFR (ENSMMMG00000015895) LANCL2 (ENSMMMG00000015927) VOPP1 (ENSMMMG00000015949) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 267 ENSODEG00000001805 MARK3 (ENSODEG00000001890) ENSODEG00000018808 ENSODEG00000002043 TNFAIP2 (ENSODEG00000002077) EXOC3L4 (ENSODEG00000002116) CDC42BPB (ENSODEG00000002217) AMN (ENSODEG00000002431) TRAF3 (ENSODEG00000002457) RCOR1 (ENSODEG00000002491) ANKRD9 (ENSODEG00000002556) ENSODEG00000002569 CINP (ENSODEG00000002583) ENSODEG00000002597 WDR20 (ENSODEG00000002622) ENSODEG00000002636 ##22 DYNC1H1 (ENSODEG00000002749) PPP2R5C (ENSODEG00000002998) ENSODEG00000003012 Degu MODERN SPECIES 247 ENSODEG00000001568 ENSODEG00000001551 PPP2R1A (ENSODEG00000001538) ENSODEG00000001511 ENSODEG00000001486 ##22 HAS1 (ENSODEG00000001436) SPACA6 (ENSODEG00000001402) ENSODEG00000018689 ENSODEG00000001380 ENSODEG00000001349 LIM2 (ENSODEG00000001330) NKG7 (ENSODEG00000001310) CLDND2 (ENSODEG00000001280) ETFB (ENSODEG00000001270) VSIG10L (ENSODEG00000001244) IGLON5 (ENSODEG00000001225) ENSODEG00000001502 ENSODEG00000001488 ENSODEG00000001475 KLK14 (ENSODEG00000001465) Degu MODERN SPECIES 69 ENSODEG00000010395 ENSODEG00000019572 DIPK2A (ENSODEG00000008791) ENSODEG00000008615 ENSODEG00000008712 ENSODEG00000008324 PLOD2 (ENSODEG00000009443) PLSCR4 (ENSODEG00000009888) ENSODEG00000008158 ENSODEG00000009747 PLSCR5 (ENSODEG00000009189) ZIC4 (ENSODEG00000008678) ZIC1 (ENSODEG00000008223) ENSODEG00000007847 ENSODEG00000013165 ENSODEG00000013852 ##22 ENSODEG00000019589 AGTR1 (ENSODEG00000019590) CPB1 (ENSODEG00000011062) CPA3 (ENSODEG00000008292) ENSODEG00000009053 HLTF (ENSODEG00000009415) GPT2 (ENSODEG00000008090) ENSODEG00000007831 NETO2 (ENSODEG00000008553) ENSODEG00000008342 ITFG1 (ENSODEG00000007883) PHKB (ENSODEG00000008822) ABCC12 (ENSODEG00000010786) ENSODEG00000009232 ENSODEG00000007971 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Shrew mouse MODERN SPECIES 20 Tnfaip2 (MGP_PahariEiJ_G0029889) Exoc3l4 (MGP_PahariEiJ_G0029888) Lbhd2 (MGP_PahariEiJ_G0029887) Cdc42bpb (MGP_PahariEiJ_G0029886) Amn (MGP_PahariEiJ_G0029885) Traf3 (MGP_PahariEiJ_G0029884) MGP_PahariEiJ_G0029883 Rcor1 (MGP_PahariEiJ_G0029882) Ankrd9 (MGP_PahariEiJ_G0029881) Tecpr2 (MGP_PahariEiJ_G0029880) MGP_PahariEiJ_G0029879 Zfp839 (MGP_PahariEiJ_G0029878) Mok (MGP_PahariEiJ_G0029877) Wdr20 (MGP_PahariEiJ_G0029876) MGP_PahariEiJ_G0029875 MGP_PahariEiJ_G0029874 ##22 1700001K19Rik (MGP_PahariEiJ_G0029873) MGP_PahariEiJ_G0029872 Ppp2r5c (MGP_PahariEiJ_G0029871) MGP_PahariEiJ_G0029870 Rtl1 (MGP_PahariEiJ_G0029869) Dlk1 (MGP_PahariEiJ_G0029868) MGP_PahariEiJ_G0029867 Wdr25 (MGP_PahariEiJ_G0029866) Wars1 (MGP_PahariEiJ_G0029865) Slc25a47 (MGP_PahariEiJ_G0029864) Slc25a29 (MGP_PahariEiJ_G0029863) Yy1 (MGP_PahariEiJ_G0029862) Degs2 (MGP_PahariEiJ_G0029861) Evl (MGP_PahariEiJ_G0029860) Eml1 (MGP_PahariEiJ_G0029859) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 360 ENSMOCG00000006909 Ndp (ENSMOCG00000012480) Efhc2 (ENSMOCG00000021878) Fundc1 (ENSMOCG00000022023) Dusp21 (ENSMOCG00000003078) ENSMOCG00000023016 Kdm6a (ENSMOCG00000017535) Dipk2b (ENSMOCG00000000808) ENSMOCG00000001151 ENSMOCG00000010334 ENSMOCG00000020253 ##22 ENSMOCG00000010437 Chst7 (ENSMOCG00000008581) Slc9a7 (ENSMOCG00000023006) ENSMOCG00000018475 Rp2 (ENSMOCG00000016566) ENSMOCG00000013860 ENSMOCG00000008729 Jade3 (ENSMOCG00000019995) Rgn (ENSMOCG00000015014) ENSMOCG00000010653 Ndufb11 (ENSMOCG00000013805) Rbm10 (ENSMOCG00000022485) Uba1 (ENSMOCG00000016465) ENSMOCG00000005167 Gpr143 (ENSMOCG00000012839) Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 22 Or2t35 (ENSPEMG00000030359) Or2t1 (ENSPEMG00000014201) Or2t6 (ENSPEMG00000014010) Psmd6 (ENSPEMG00000007867) Atxn7 (ENSPEMG00000003214) Thoc7 (ENSPEMG00000000620) Gm11100 (ENSPEMG00000031200) Cdhr18 (ENSPEMG00000018094) Sntn (ENSPEMG00000009053) Synpr (ENSPEMG00000008249) Cadps (ENSPEMG00000018786) Fezf2 (ENSPEMG00000016571) 3830406C13Rik (ENSPEMG00000016152) ENSPEMG00000013206 ENSPEMG00000028105 ENSPEMG00000000080 ##22 Fhit (ENSPEMG00000014589) Cfap20dc (ENSPEMG00000013755) Fam3d (ENSPEMG00000013914) Fam107a (ENSPEMG00000030495) Acox2 (ENSPEMG00000016996) Kctd6 (ENSPEMG00000026577) ENSPEMG00000017537 Pdhb (ENSPEMG00000010631) Pxk (ENSPEMG00000000865) Rpp14 (ENSPEMG00000006600) ENSPEMG00000029189 Abhd6 (ENSPEMG00000014877) Dnase1l3 (ENSPEMG00000010743) Flnb (ENSPEMG00000003413) ENSPEMG00000030669 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 22 Mbnl2 (ENSPEMG00000030647) Oxgr1 (ENSPEMG00000029520) Hs6st3 (ENSPEMG00000008764) Uggt2 (ENSPEMG00000017393) Dnajc3 (ENSPEMG00000016620) Dzip1 (ENSPEMG00000010034) Cldn10 (ENSPEMG00000015144) Abcc4 (ENSPEMG00000000625) Gpr180 (ENSPEMG00000017919) Tgds (ENSPEMG00000010583) Dct (ENSPEMG00000022803) Gpc6 (ENSPEMG00000022003) Gpc5 (ENSPEMG00000012245) ENSPEMG00000028467 ENSPEMG00000027006 ENSPEMG00000012835 ##22 ENSPEMG00000025101 ENSPEMG00000012339 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00610000087423 ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 74 ANO5 (ENSCPOG00000013942) SLC17A6 (ENSCPOG00000013403) ENSCPOG00000021891 FANCF (ENSCPOG00000004340) GAS2 (ENSCPOG00000015191) SVIP (ENSCPOG00000036943) CCDC179 (ENSCPOG00000038407) ENSCPOG00000031214 ##22 MUC15 (ENSCPOG00000005582) ANO3 (ENSCPOG00000005576) SLC5A12 (ENSCPOG00000009481) FIBIN (ENSCPOG00000009331) BBOX1 (ENSCPOG00000004534) CCDC34 (ENSCPOG00000033866) ENSCPOG00000040182 LIN7C (ENSCPOG00000015497) BDNF (ENSCPOG00000009920) KIF18A (ENSCPOG00000027174) METTL15 (ENSCPOG00000039400) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Degu MODERN SPECIES 51 FANK1 (ENSODEG00000017273) ADAM12 (ENSODEG00000017603) C10orf90 (ENSODEG00000017207) ENSODEG00000017410 ENSODEG00000017188 INSYN2A (ENSODEG00000017248) DOCK1 (ENSODEG00000017379) NPS (ENSODEG00000017172) FOXI2 (ENSODEG00000017334) CLRN3 (ENSODEG00000017134) PTPRE (ENSODEG00000017386) ENSODEG00000020468 ENSODEG00000017149 MGMT (ENSODEG00000017257) EBF3 (ENSODEG00000017357) ENSODEG00000017102 ##22 C10orf143 (ENSODEG00000017128) ENSODEG00000017247 ENSODEG00000020470 TCERG1L (ENSODEG00000017091) ENSODEG00000016944 ENSODEG00000018467 ENSODEG00000016911 ENSODEG00000017156 ENSODEG00000017075 ENSODEG00000017141 ENSODEG00000017046 ENSODEG00000020463 JAKMIP3 (ENSODEG00000016964) ENSODEG00000017658 STK32C (ENSODEG00000017573) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 18 MARK3 (ENSHGLG00000007571) EIF5 (ENSHGLG00000015043) TNFAIP2 (ENSHGLG00000015741) EXOC3L4 (ENSHGLG00000013564) LBHD2 (ENSHGLG00000045160) CDC42BPB (ENSHGLG00000018068) AMN (ENSHGLG00000015524) ENSHGLG00000036396 TRAF3 (ENSHGLG00000049736) RCOR1 (ENSHGLG00000005778) ENSHGLG00000008270 CINP (ENSHGLG00000045981) ENSHGLG00000032701 ENSHGLG00000009939 ENSHGLG00000045892 HSP90AA1 (ENSHGLG00000010773) ##22 ENSHGLG00000045969 DYNC1H1 (ENSHGLG00000018183) PPP2R5C (ENSHGLG00000017919) DIO3 (ENSHGLG00000015219) ENSHGLG00000043216 DLK1 (ENSHGLG00000043498) BEGAIN (ENSHGLG00000014555) WDR25 (ENSHGLG00000015279) WARS1 (ENSHGLG00000018963) SLC25A47 (ENSHGLG00000034070) ENSHGLG00000033899 ENSHGLG00000016298 DEGS2 (ENSHGLG00000016328) ENSHGLG00000037402 EVL (ENSHGLG00000014299) Primates ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 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ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT01030000235064 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00390000002641 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k 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ENSMNEG00000034760 ENSMNEG00000044822 ENSMNEG00000040492 RTL1 (ENSMNEG00000026863) ENSMNEG00000031677 ENSMNEG00000009870 ENSMNEG00000019424 DLK1 (ENSMNEG00000040291) BEGAIN (ENSMNEG00000033590) WDR25 (ENSMNEG00000040432) WARS1 (ENSMNEG00000039856) SLC25A47 (ENSMNEG00000040592) SLC25A29 (ENSMNEG00000042810) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000185142 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00720000108839.b ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000153783.b.b.c.a.a.a.e.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00390000002641 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2871 ENSRROG00000043289 EIF5 (ENSRROG00000037169) ENSRROG00000027605 TNFAIP2 (ENSRROG00000039057) EXOC3L4 (ENSRROG00000040920) LBHD2 (ENSRROG00000034363) CDC42BPB (ENSRROG00000034604) TRAF3 (ENSRROG00000045084) RCOR1 (ENSRROG00000033826) ENSRROG00000019641 TECPR2 (ENSRROG00000042303) CINP (ENSRROG00000045478) ZNF839 (ENSRROG00000039783) MOK (ENSRROG00000045030) WDR20 (ENSRROG00000033804) ENSRROG00000041007 ##22 DYNC1H1 (ENSRROG00000032659) ENSRROG00000018295 PPP2R5C (ENSRROG00000042464) ENSRROG00000042552 ENSRROG00000044881 RTL1 (ENSRROG00000011485) ENSRROG00000007395 ENSRROG00000042025 ENSRROG00000026506 ENSRROG00000039778 DLK1 (ENSRROG00000036823) BEGAIN (ENSRROG00000030486) WDR25 (ENSRROG00000039290) WARS1 (ENSRROG00000021348) SLC25A47 (ENSRROG00000034731) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00390000016478.i.b ENSGT01030000234613.b.a.a 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(ENSANAG00000028725) TCEAL2 (ENSANAG00000022753) Mas night monkey MODERN SPECIES 404 ENSANAG00000024948 TAF7L (ENSANAG00000032832) TIMM8A (ENSANAG00000032931) BTK (ENSANAG00000035713) GLA (ENSANAG00000029832) ENSANAG00000035301 ENSANAG00000033042 ARMCX4 (ENSANAG00000022980) ARMCX1 (ENSANAG00000016909) ENSANAG00000019715 ##22 ENSANAG00000019634 ##22 ZMAT1 (ENSANAG00000028725) TCEAL2 (ENSANAG00000022753) Mas night monkey MODERN SPECIES 831 ENSANAG00000037390 TNFAIP2 (ENSANAG00000021205) EXOC3L4 (ENSANAG00000036047) LBHD2 (ENSANAG00000015116) CDC42BPB (ENSANAG00000026973) AMN (ENSANAG00000026321) TRAF3 (ENSANAG00000022729) ENSANAG00000037392 RCOR1 (ENSANAG00000036522) ANKRD9 (ENSANAG00000013963) TECPR2 (ENSANAG00000035963) ENSANAG00000029137 ZNF839 (ENSANAG00000032749) MOK (ENSANAG00000037905) WDR20 (ENSANAG00000022527) ENSANAG00000036934 ##22 DYNC1H1 (ENSANAG00000034567) PPP2R5C (ENSANAG00000027425) ENSANAG00000036609 ENSANAG00000032716 DLK1 (ENSANAG00000026018) BEGAIN 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ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103.k.b ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 285 TRIM27 (ENSSBOG00000026377) ZNF311 (ENSSBOG00000008622) ENSSBOG00000020537 ##22 Capuchin MODERN SPECIES 52 TNFAIP2 (ENSCCAG00000034459) EXOC3L4 (ENSCCAG00000036219) LBHD2 (ENSCCAG00000021933) CDC42BPB (ENSCCAG00000037544) AMN 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ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00940000154862.j.b ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 30 ANKRD9 (ENSPSMG00000022701) TECPR2 (ENSPSMG00000022747) CINP (ENSPSMG00000022787) ZNF839 (ENSPSMG00000022791) MOK (ENSPSMG00000022820) WDR20 (ENSPSMG00000022870) ENSPSMG00000022924 ##22 ENSPSMG00000022955 DYNC1H1 (ENSPSMG00000023033) PPP2R5C (ENSPSMG00000023241) ENSPSMG00000023350 RTL1 (ENSPSMG00000023454) ENSPSMG00000023472 ENSPSMG00000023473 DLK1 (ENSPSMG00000023496) BEGAIN (ENSPSMG00000023519) WDR25 (ENSPSMG00000023531) WARS1 (ENSPSMG00000023572) SLC25A47 (ENSPSMG00000023595) SLC25A29 (ENSPSMG00000023602) YY1 (ENSPSMG00000023611) ENSPSMG00000023614 Mouse lemur MODERN SPECIES 22 ENSMICG00000037601 EIF5 (ENSMICG00000010046) ENSMICG00000037528 TNFAIP2 (ENSMICG00000009107) EXOC3L4 (ENSMICG00000009101) LBHD2 (ENSMICG00000032097) CDC42BPB (ENSMICG00000013226) AMN (ENSMICG00000027178) TRAF3 (ENSMICG00000011793) RCOR1 (ENSMICG00000000496) TECPR2 (ENSMICG00000006623) CINP (ENSMICG00000006619) ZNF839 (ENSMICG00000006615) MOK (ENSMICG00000004537) WDR20 (ENSMICG00000004534) HSP90AA1 (ENSMICG00000004521) ##22 DYNC1H1 (ENSMICG00000016143) PPP2R5C 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ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01030000235064 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Pig MODERN SPECIES 162 MARK3 (ENSSSCG00000021669) EIF5 (ENSSSCG00000034709) ENSSSCG00000036820 TNFAIP2 (ENSSSCG00000036612) EXOC3L4 (ENSSSCG00000036871) CDC42BPB (ENSSSCG00000002523) AMN (ENSSSCG00000002524) TRAF3 (ENSSSCG00000002525) RCOR1 (ENSSSCG00000002526) ENSSSCG00000039713 TECPR2 (ENSSSCG00000002528) CINP (ENSSSCG00000002530) ENSSSCG00000002532 MOK (ENSSSCG00000002531) WDR20 (ENSSSCG00000002533) HSP90AA1 (ENSSSCG00000002535) ##22 ENSSSCG00000002536 DYNC1H1 (ENSSSCG00000040738) PPP2R5C (ENSSSCG00000002540) DIO3 (ENSSSCG00000036990) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Cetacea ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000154384.h.a ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000163824 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000163824 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000163824 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000163824 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Beluga whale MODERN SPECIES 24 EIF5 (ENSDLEG00000001302) ENSDLEG00000001352 TNFAIP2 (ENSDLEG00000001359) EXOC3L4 (ENSDLEG00000001375) CDC42BPB (ENSDLEG00000001399) AMN (ENSDLEG00000001433) TRAF3 (ENSDLEG00000001452) RCOR1 (ENSDLEG00000001485) ANKRD9 (ENSDLEG00000001519) TECPR2 (ENSDLEG00000001533) ENSDLEG00000001591 CINP (ENSDLEG00000001608) ZNF839 (ENSDLEG00000001625) MOK (ENSDLEG00000001645) WDR20 (ENSDLEG00000001667) HSP90AA1 (ENSDLEG00000001680) ##22 DYNC1H1 (ENSDLEG00000001731) PPP2R5C (ENSDLEG00000001888) ENSDLEG00000001915 RTL1 (ENSDLEG00000000255) ENSDLEG00000000325 DLK1 (ENSDLEG00000000354) BEGAIN (ENSDLEG00000000380) WDR25 (ENSDLEG00000000462) WARS (ENSDLEG00000000493) SLC25A47 (ENSDLEG00000000546) SLC25A29 (ENSDLEG00000000562) YY1 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(ENSPSNG00000012073) EXOC3L4 (ENSPSNG00000011928) LBHD2 (ENSPSNG00000011857) CDC42BPB (ENSPSNG00000011659) AMN (ENSPSNG00000011318) TRAF3 (ENSPSNG00000011207) RCOR1 (ENSPSNG00000010958) ANKRD9 (ENSPSNG00000010929) TECPR2 (ENSPSNG00000010841) CINP (ENSPSNG00000010761) ZNF839 (ENSPSNG00000010719) MOK (ENSPSNG00000010592) WDR20 (ENSPSNG00000010455) HSP90AA1 (ENSPSNG00000010320) ##22 DYNC1H1 (ENSPSNG00000010246) PPP2R5C (ENSPSNG00000009747) DIO3 (ENSPSNG00000009522) RTL1 (ENSPSNG00000004306) ENSPSNG00000004267 DLK1 (ENSPSNG00000004221) BEGAIN (ENSPSNG00000004165) WDR25 (ENSPSNG00000004116) WARS1 (ENSPSNG00000004092) ENSPSNG00000004064 SLC25A29 (ENSPSNG00000004036) YY1 (ENSPSNG00000004013) DEGS2 (ENSPSNG00000003999) ENSPSNG00000003981 EML1 (ENSPSNG00000003897) Sperm whale MODERN SPECIES 375 ENSPCTG00005021945 HSP90AA1 (ENSPCTG00005021927) ##22 Blue whale MODERN SPECIES 11 ENSBMSG00010010040 ENSBMSG00010010035 TNFAIP2 (ENSBMSG00010010020) EXOC3L4 (ENSBMSG00010009998) ENSBMSG00010009989 CDC42BPB (ENSBMSG00010008073) AMN (ENSBMSG00010007702) TRAF3 (ENSBMSG00010007683) RCOR1 (ENSBMSG00010007663) ANKRD9 (ENSBMSG00010007653) ENSBMSG00010007643 TECPR2 (ENSBMSG00010007624) CINP (ENSBMSG00010007610) MOK (ENSBMSG00010007524) WDR20 (ENSBMSG00010007484) HSP90AA1 (ENSBMSG00010007462) ##22 ENSBMSG00010007454 DYNC1H1 (ENSBMSG00010006846) ENSBMSG00010006544 ENSBMSG00010006537 PPP2R5C (ENSBMSG00010006508) RTL1 (ENSBMSG00010004302) DLK1 (ENSBMSG00010004283) BEGAIN (ENSBMSG00010004256) WDR25 (ENSBMSG00010004242) ENSBMSG00010004236 SLC25A47 (ENSBMSG00010004223) SLC25A29 (ENSBMSG00010004211) YY1 (ENSBMSG00010004195) ENSBMSG00010004188 DEGS2 (ENSBMSG00010003090) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 7 WDR31 (ENSCHYG00000012939) RNF183 (ENSCHYG00000012922) PRPF4 (ENSCHYG00000012780) CDC26 (ENSCHYG00000012722) SLC31A1 (ENSCHYG00000012680) FKBP15 (ENSCHYG00000012089) SLC31A2 (ENSCHYG00000012002) ENSCHYG00000011922 ENSCHYG00000011882 ENSCHYG00000011627 SLC46A2 (ENSCHYG00000011585) SNX30 (ENSCHYG00000011504) INIP (ENSCHYG00000011417) KIAA1958 (ENSCHYG00000011358) HSDL2 (ENSCHYG00000011082) ENSCHYG00000011008 ##22 PTBP3 (ENSCHYG00000010120) SUSD1 (ENSCHYG00000009706) UGCG (ENSCHYG00000009573) SHOC1 (ENSCHYG00000009367) ENSCHYG00000009325 DNAJC25 (ENSCHYG00000009289) PTGR1 (ENSCHYG00000009109) ENSCHYG00000009092 ZNF483 (ENSCHYG00000009070) ENSCHYG00000009043 ECPAS (ENSCHYG00000008156) LPAR1 (ENSCHYG00000008091) MUSK (ENSCHYG00000007616) SVEP1 (ENSCHYG00000007229) TXNDC8 (ENSCHYG00000007029) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01030000235064 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Red fox MODERN SPECIES 93 TRMT61A (ENSVVUG00000000754) CKB (ENSVVUG00000000586) MARK3 (ENSVVUG00000000529) EIF5 (ENSVVUG00000000498) ENSVVUG00000000435 TNFAIP2 (ENSVVUG00000000417) EXOC3L4 (ENSVVUG00000000278) LBHD2 (ENSVVUG00000000262) CDC42BPB (ENSVVUG00000000207) TRAF3 (ENSVVUG00000000150) RCOR1 (ENSVVUG00000028847) TECPR2 (ENSVVUG00000028842) CINP (ENSVVUG00000028840) MOK (ENSVVUG00000028839) WDR20 (ENSVVUG00000028838) HSP90AA1 (ENSVVUG00000028646) ##22 ENSVVUG00000028638 ENSVVUG00000028627 PPP2R5C (ENSVVUG00000028620) ENSVVUG00000028615 RTL1 (ENSVVUG00000028459) ENSVVUG00000028448 DLK1 (ENSVVUG00000028437) ENSVVUG00000028434 ENSVVUG00000028430 WDR25 (ENSVVUG00000028419) WARS (ENSVVUG00000028415) SLC25A47 (ENSVVUG00000028412) YY1 (ENSVVUG00000028409) DEGS2 (ENSVVUG00000028406) EVL (ENSVVUG00000028397) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000168574 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.h ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT01100000265832 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Giant Panda MODERN SPECIES 5 ENSAMEG00000018185 TNFAIP2 (ENSAMEG00000018186) ENSAMEG00000026787 EXOC3L4 (ENSAMEG00000018195) LBHD2 (ENSAMEG00000025365) CDC42BPB (ENSAMEG00000018199) AMN (ENSAMEG00000018206) TRAF3 (ENSAMEG00000018207) RCOR1 (ENSAMEG00000018211) ENSAMEG00000027420 TECPR2 (ENSAMEG00000018214) CINP (ENSAMEG00000018216) ZNF839 (ENSAMEG00000018218) MOK (ENSAMEG00000018219) WDR20 (ENSAMEG00000018226) ENSAMEG00000006078 ##22 ENSAMEG00000028578 DYNC1H1 (ENSAMEG00000005977) ENSAMEG00000018754 PPP2R5C (ENSAMEG00000005888) ENSAMEG00000030300 ENSAMEG00000018748 ENSAMEG00000018713 ENSAMEG00000028620 ENSAMEG00000011053 ENSAMEG00000029158 ENSAMEG00000029816 DLK1 (ENSAMEG00000028573) BEGAIN (ENSAMEG00000028649) WDR25 (ENSAMEG00000011091) WARS1 (ENSAMEG00000011100) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826.l Ferret MODERN SPECIES 208 EIF5 (ENSMPUG00000002368) ENSMPUG00000002372 ENSMPUG00000019166 TNFAIP2 (ENSMPUG00000002374) EXOC3L4 (ENSMPUG00000002379) CDC42BPB (ENSMPUG00000002385) ENSMPUG00000002603 TRAF3 (ENSMPUG00000002628) ENSMPUG00000002637 RCOR1 (ENSMPUG00000002641) TECPR2 (ENSMPUG00000002682) CINP (ENSMPUG00000002697) ENSMPUG00000002705 MOK (ENSMPUG00000002728) WDR20 (ENSMPUG00000002768) ENSMPUG00000002772 ##22 DYNC1H1 (ENSMPUG00000002847) PPP2R5C (ENSMPUG00000002865) ENSMPUG00000002873 ENSMPUG00000002879 ENSMPUG00000019172 ENSMPUG00000002884 DLK1 (ENSMPUG00000002886) WDR25 (ENSMPUG00000002905) BEGAIN (ENSMPUG00000002910) WARS1 (ENSMPUG00000002916) SLC25A47 (ENSMPUG00000002922) SLC25A29 (ENSMPUG00000002928) ENSMPUG00000002931 ENSMPUG00000019175 DEGS2 (ENSMPUG00000002937) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 Common shrew MODERN SPECIES 7075 ENSSARG00000012104 ##22 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.a ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 13 ENSCHYG00000012233 ENSCHYG00000012274 KCNV1 (ENSCHYG00000012309) ENSCHYG00000012334 SYBU (ENSCHYG00000012356) EBAG9 (ENSCHYG00000012495) PKHD1L1 (ENSCHYG00000012598) ENSCHYG00000013001 NUDCD1 (ENSCHYG00000013032) ENSCHYG00000013141 TRHR (ENSCHYG00000013156) TMEM74 (ENSCHYG00000013176) EMC2 (ENSCHYG00000013204) EIF3E (ENSCHYG00000013258) RSPO2 (ENSCHYG00000013353) ENSCHYG00000013446 ##22 ANGPT1 (ENSCHYG00000013482) ABRA (ENSCHYG00000013640) OXR1 (ENSCHYG00000013750) ZFPM2 (ENSCHYG00000015057) LRP12 (ENSCHYG00000015263) ENSCHYG00000015410 DPYS (ENSCHYG00000015444) ENSCHYG00000015516 DCSTAMP (ENSCHYG00000015612) RIMS2 (ENSCHYG00000015777) ENSCHYG00000017034 DCAF13 (ENSCHYG00000017079) SLC25A32 (ENSCHYG00000017181) CTHRC1 (ENSCHYG00000017242) FZD6 (ENSCHYG00000017355) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Dog MODERN SPECIES 15 GINS1 (ENSCAFG00845029067) ENSCAFG00845029035 ABHD12 (ENSCAFG00845028992) PYGB (ENSCAFG00845028916) ENTPD6 (ENSCAFG00845028707) VSX1 (ENSCAFG00845028643) ACSS1 (ENSCAFG00845028598) APMAP (ENSCAFG00845028549) ENSCAFG00845028509 ENSCAFG00845028470 ENSCAFG00845028430 SYNDIG1 (ENSCAFG00845028405) ENSCAFG00845028353 ENSCAFG00845028318 ENSCAFG00845028282 ENSCAFG00845028258 ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 972 ENSAMEG00000025430 ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.a.b ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 23 KBTBD6 (ENSCHYG00000017049) ENSCHYG00000016947 ELF1 (ENSCHYG00000016851) SUGT1 (ENSCHYG00000016730) CNMD (ENSCHYG00000016613) PCDH8 (ENSCHYG00000016544) ENSCHYG00000016497 OLFM4 (ENSCHYG00000016456) ENSCHYG00000016396 ENSCHYG00000016341 ENSCHYG00000016296 ENSCHYG00000016273 PCDH17 (ENSCHYG00000016204) ENSCHYG00000016183 ENSCHYG00000016169 ENSCHYG00000016082 ##22 ENSCHYG00000015929 DIAPH3 (ENSCHYG00000015421) ENSCHYG00000015322 ENSCHYG00000015275 TDRD3 (ENSCHYG00000015134) ENSCHYG00000015080 ENSCHYG00000014937 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01030000235064 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Suina ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT01030000239149 ENSGT00940000154763 Chacoan peccary MODERN SPECIES 886 TECPR2 (ENSCWAG00000006456) CINP (ENSCWAG00000006335) MOK (ENSCWAG00000006076) WDR20 (ENSCWAG00000006035) HSP90AA1 (ENSCWAG00000006014) ##22 ENSCWAG00000005979 ENSCWAG00000005960 PPP2R5C (ENSCWAG00000005465) ENSCWAG00000005436 RTL1 (ENSCWAG00000004960) ENSCWAG00000004948 DLK1 (ENSCWAG00000004890) BEGAIN (ENSCWAG00000004760) WDR25 (ENSCWAG00000004684) WARS1 (ENSCWAG00000004645) SLC25A47 (ENSCWAG00000004616) SLC25A29 (ENSCWAG00000004575) YY1 (ENSCWAG00000004560) DEGS2 (ENSCWAG00000004531) EVL (ENSCWAG00000004285) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 Arabian camel MODERN SPECIES 32 MARK3 (ENSCDRG00005006645) EIF5 (ENSCDRG00005006567) ENSCDRG00005006551 TNFAIP2 (ENSCDRG00005006503) EXOC3L4 (ENSCDRG00005006387) LBHD2 (ENSCDRG00005006329) CDC42BPB (ENSCDRG00005006234) AMN (ENSCDRG00005006162) TRAF3 (ENSCDRG00005006052) RCOR1 (ENSCDRG00005005960) TECPR2 (ENSCDRG00005005800) CINP (ENSCDRG00005005759) ZNF839 (ENSCDRG00005005718) MOK (ENSCDRG00005005668) WDR20 (ENSCDRG00005005620) HSP90AA1 (ENSCDRG00005005574) ##22 ENSCDRG00005005561 DYNC1H1 (ENSCDRG00005005291) PPP2R5C (ENSCDRG00005005047) ENSCDRG00005005021 ENSCDRG00005005001 ENSCDRG00005004985 RTL1 (ENSCDRG00005002846) ENSCDRG00005002831 DLK1 (ENSCDRG00005002805) BEGAIN (ENSCDRG00005002603) WDR25 (ENSCDRG00005002568) WARS1 (ENSCDRG00005002549) SLC25A47 (ENSCDRG00005002529) SLC25A29 (ENSCDRG00005002486) YY1 (ENSCDRG00005002458) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 Pecora ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 296 ENSCHYG00000010754 ENSCHYG00000010727 ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 4 EXOC3L4 (ENSCHYG00000004724) LBHD2 (ENSCHYG00000004703) CDC42BPB (ENSCHYG00000004562) ENSCHYG00000004509 TRAF3 (ENSCHYG00000016275) RCOR1 (ENSCHYG00000016056) ANKRD9 (ENSCHYG00000015938) ENSCHYG00000015918 TECPR2 (ENSCHYG00000015794) CINP (ENSCHYG00000015477) ENSCHYG00000015330 ENSCHYG00000015267 MOK (ENSCHYG00000015200) ENSCHYG00000015131 WDR20 (ENSCHYG00000014729) ENSCHYG00000014582 ##22 ENSCHYG00000014553 ENSCHYG00000014530 DYNC1H1 (ENSCHYG00000013668) ENSCHYG00000013600 ENSCHYG00000013583 PPP2R5C (ENSCHYG00000013447) ENSCHYG00000013397 RTL1 (ENSCHYG00000012430) DLK1 (ENSCHYG00000012328) BEGAIN (ENSCHYG00000012071) WDR25 (ENSCHYG00000011990) WARS1 (ENSCHYG00000011820) SLC25A47 (ENSCHYG00000011743) SLC25A29 (ENSCHYG00000011663) ENSCHYG00000011606 Yarkand deer MODERN SPECIES 14 ENSCHYG00000015095 ENSCHYG00000015147 ENSCHYG00000015229 ENSCHYG00000015261 ENSCHYG00000015372 OR6C76 (ENSCHYG00000015393) ENSCHYG00000015426 ENSCHYG00000015454 ENSCHYG00000015511 ENSCHYG00000015571 ENSCHYG00000015607 ENSCHYG00000015649 ENSCHYG00000015687 ##22 ENSCHYG00000015758 ENSCHYG00000015793 ENSCHYG00000015823 ENSCHYG00000015880 ENSCHYG00000015936 ENSCHYG00000016010 ENSCHYG00000016038 ENSCHYG00000016094 ENSCHYG00000016135 NEUROD4 (ENSCHYG00000016165) ENSCHYG00000016191 TESPA1 (ENSCHYG00000016220) NTN4 (ENSCHYG00000016317) SNRPF (ENSCHYG00000016734) CCDC38 (ENSCHYG00000016799) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 1323 GPC4 (ENSCHYG00000012046) GPC3 (ENSCHYG00000012157) CCDC160 (ENSCHYG00000012366) PHF6 (ENSCHYG00000012414) ENSCHYG00000012548 ENSCHYG00000012654 PLAC1 (ENSCHYG00000012775) PABIR2 (ENSCHYG00000012849) ENSCHYG00000013024 ENSCHYG00000013094 ENSCHYG00000013198 ENSCHYG00000013233 ENSCHYG00000013260 ENSCHYG00000013302 ENSCHYG00000013373 ENSCHYG00000013394 ##22 ZNF449 (ENSCHYG00000013416) ZNF75D (ENSCHYG00000013464) ENSCHYG00000013575 INTS6L (ENSCHYG00000013628) MMGT1 (ENSCHYG00000014172) SLC9A6 (ENSCHYG00000014237) ENSCHYG00000014422 FHL1 (ENSCHYG00000014474) ENSCHYG00000014900 BRS3 (ENSCHYG00000015609) ENSCHYG00000015671 VGLL1 (ENSCHYG00000015785) ENSCHYG00000015839 CD40LG (ENSCHYG00000015943) ARHGEF6 (ENSCHYG00000016161) Yarkand deer MODERN SPECIES 27 LPCAT2 (ENSCHYG00000006753) SLC6A2 (ENSCHYG00000006837) ENSCHYG00000006954 ENSCHYG00000007377 ENSCHYG00000007395 ENSCHYG00000007406 ENSCHYG00000007446 MT1A (ENSCHYG00000007511) MT3 (ENSCHYG00000007538) MT4 (ENSCHYG00000007552) BBS2 (ENSCHYG00000007581) OGFOD1 (ENSCHYG00000007682) NUDT21 (ENSCHYG00000008845) AMFR (ENSCHYG00000008904) GNAO1 (ENSCHYG00000009007) ENSCHYG00000009245 ##22 CES5A (ENSCHYG00000009340) NUP93 (ENSCHYG00000010104) SLC12A3 (ENSCHYG00000010526) HERPUD1 (ENSCHYG00000011066) NLRC5 (ENSCHYG00000011224) CPNE2 (ENSCHYG00000011427) PSME3IP1 (ENSCHYG00000011574) RSPRY1 (ENSCHYG00000011612) ENSCHYG00000011711 ENSCHYG00000011866 CCL22 (ENSCHYG00000011973) ENSCHYG00000012010 ENSCHYG00000012042 CIAPIN1 (ENSCHYG00000012085) COQ9 (ENSCHYG00000012304) Yarkand deer MODERN SPECIES 20 ORC3 (ENSCHYG00000018091) RARS2 (ENSCHYG00000018381) SLC35A1 (ENSCHYG00000018543) CFAP206 (ENSCHYG00000019065) C6orf163 (ENSCHYG00000019496) ENSCHYG00000019564 GJB7 (ENSCHYG00000019604) ZNF292 (ENSCHYG00000019641) ENSCHYG00000019747 CGA (ENSCHYG00000019779) HTR1E (ENSCHYG00000019905) SYNCRIP (ENSCHYG00000019979) SNX14 (ENSCHYG00000020080) NT5E (ENSCHYG00000020770) ENSCHYG00000020915 ENSCHYG00000020958 ##22 ENSCHYG00000021000 Percora_a DUPLICATION Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.a ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2380 ENSBMUG00000000968 GPR180 (ENSBMUG00000001020) TGDS (ENSBMUG00000001040) ENSBMUG00000001064 ##22 DCT (ENSBMUG00000001084) ENSBMUG00000001096 GPC6 (ENSBMUG00000001106) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 211 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 134 ENSMMSG00000013355 SS18 (ENSMMSG00000013386) PSMA8 (ENSMMSG00000013624) TAF4B (ENSMMSG00000013698) KCTD1 (ENSMMSG00000013715) AQP4 (ENSMMSG00000013736) CHST9 (ENSMMSG00000013757) ENSMMSG00000013798 ##22 CDH2 (ENSMMSG00000013812) ENSMMSG00000013827 DSC3 (ENSMMSG00000013852) DSC2 (ENSMMSG00000013889) DSC1 (ENSMMSG00000014056) DSG1 (ENSMMSG00000014105) DSG4 (ENSMMSG00000014133) DSG3 (ENSMMSG00000014240) DSG2 (ENSMMSG00000014273) TTR (ENSMMSG00000014292) B4GALT6 (ENSMMSG00000014329) TRAPPC8 (ENSMMSG00000014450) ENSMMSG00000014484 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3142 ENSBBBG00000024636 ENSBBBG00000006427 ENSBBBG00000024592 SOX21 (ENSBBBG00000008862) GPR180 (ENSBBBG00000023965) TGDS (ENSBBBG00000023942) ENSBBBG00000023923 ##22 ENSBBBG00000023909 ##22 DCT (ENSBBBG00000023892) ENSBBBG00000023867 ENSBBBG00000023856 Bos ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000011376 ENSGT00530000063407.a ENSGT00950000182827.E ENSGT00390000016036 ENSGT00390000010837 ENSGT00390000011674 ENSGT01030000234513.A.a.b ENSGT00950000183034.C ENSGT00390000003897.s.b.b ENSGT00390000012242 ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ENSGT00940000153511.b ENSGT00950000182856.a.b ENSGT00530000063775 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 ENSGT00940000155566 ENSGT00390000009631 ENSGT00650000093438 ENSGT00940000155536 ENSGT00940000161538 ENSGT00530000063770.c.b ENSGT00940000156249 ENSGT00940000155362 ENSGT00940000157142.c ENSGT00940000154347.b.a ENSGT00940000155856.f ENSGT00940000159800 ENSGT00390000012396 ENSGT00530000063698.a.a ENSGT00560000078592 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 307 ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 932 PTCHD1 (ENSBMUG00000018851) ENSBMUG00000018827 ENSBMUG00000018805 ENSBMUG00000018792 PHEX (ENSBMUG00000018766) SMS (ENSBMUG00000018739) ENSBMUG00000018702 SMPX (ENSBMUG00000018671) CNKSR2 (ENSBMUG00000017867) ENSBMUG00000017291 ENSBMUG00000017283 ENSBMUG00000017276 #22 ENSBMUG00000017267 ##22 RPS6KA3 (ENSBMUG00000017229) EIF1AX (ENSBMUG00000017161) MAP7D2 (ENSBMUG00000017083) BCLAF3 (ENSBMUG00000016986) SH3KBP1 (ENSBMUG00000016923) MAP3K15 (ENSBMUG00000016858) PDHA1 (ENSBMUG00000016808) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.e.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 28 CNR1 (ENSBIXG00005031420) SPACA1 (ENSBIXG00005031427) AKIRIN2 (ENSBIXG00005031437) ORC3 (ENSBIXG00005031440) RARS2 (ENSBIXG00005031443) CFAP206 (ENSBIXG00005031449) C6orf163 (ENSBIXG00005031463) SMIM8 (ENSBIXG00005031469) ENSBIXG00005031467 ZNF292 (ENSBIXG00005031476) ENSBIXG00005031479 HTR1E (ENSBIXG00005031483) SYNCRIP (ENSBIXG00005031494) SNX14 (ENSBIXG00005031500) NT5E (ENSBIXG00005031507) ENSBIXG00005031509 ##22 ENSBIXG00005031510 TBX18 (ENSBIXG00005031515) CEP162 (ENSBIXG00005031517) MRAP2 (ENSBIXG00005031518) ENSBIXG00005031519 CYB5R4 (ENSBIXG00005031520) ENSBIXG00005031521 THEMIS (ENSBIXG00005031522) ENSBIXG00005031523 PTPRK (ENSBIXG00005031524) LAMA2 (ENSBIXG00005031529) ARHGAP18 (ENSBIXG00005031531) TMEM244 (ENSBIXG00005031532) L3MBTL3 (ENSBIXG00005031533) SAMD3 (ENSBIXG00005031534) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.f ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.f ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000153096.b.c.b.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00910000148640 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.f ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00390000002641 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 3216 ENSBBBG00000006806 MARK3 (ENSBBBG00000007721) EIF5 (ENSBBBG00000024526) ENSBBBG00000024496 ENSBBBG00000006381 LBHD2 (ENSBBBG00000024466) CDC42BPB (ENSBBBG00000024454) TRAF3 (ENSBBBG00000008712) ENSBBBG00000024266 RCOR1 (ENSBBBG00000000286) ENSBBBG00000024185 TECPR2 (ENSBBBG00000006291) CINP (ENSBBBG00000024144) ENSBBBG00000024008 WDR20 (ENSBBBG00000023985) HSP90AA1 (ENSBBBG00000023932) ##22 ENSBBBG00000023788 DYNC1H1 (ENSBBBG00000006196) ENSBBBG00000023700 PPP2R5C 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ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Domestic yak MODERN SPECIES 8 ENSBGRG00000023041 ENSBGRG00000022967 EXOC3L4 (ENSBGRG00000022807) LBHD2 (ENSBGRG00000022778) AMN (ENSBGRG00000017746) TRAF3 (ENSBGRG00000017554) ENSBGRG00000017508 ENSBGRG00000017492 RCOR1 (ENSBGRG00000017037) ANKRD9 (ENSBGRG00000016991) TECPR2 (ENSBGRG00000016292) CINP (ENSBGRG00000016013) ENSBGRG00000015387 ENSBGRG00000015340 WDR20 (ENSBGRG00000015019) HSP90AA1 (ENSBGRG00000014769) ##22 ENSBGRG00000014707 ENSBGRG00000014654 DYNC1H1 (ENSBGRG00000013418) ENSBGRG00000013364 PPP2R5C (ENSBGRG00000011785) RTL1 (ENSBGRG00000022198) ENSBGRG00000022135 DLK1 (ENSBGRG00000022035) BEGAIN (ENSBGRG00000021835) WDR25 (ENSBGRG00000021701) WARS1 (ENSBGRG00000021446) SLC25A47 (ENSBGRG00000021326) SLC25A29 (ENSBGRG00000021233) YY1 (ENSBGRG00000021157) DEGS2 (ENSBGRG00000021104) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT01030000234613.b.a.a.m.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000153096.b.c.b.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784.g ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.f ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013208.nb ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 13 ENSBIXG00005013727 EIF5 (ENSBIXG00005007534) TNFAIP2 (ENSBIXG00005013949) EXOC3L4 (ENSBIXG00005014043) LBHD2 (ENSBIXG00005014064) CDC42BPB (ENSBIXG00005014455) AMN (ENSBIXG00005014541) TRAF3 (ENSBIXG00005014683) RCOR1 (ENSBIXG00005002063) ANKRD9 (ENSBIXG00005014737) TECPR2 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ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 Dolphin MODERN SPECIES 2401 MOK (ENSTTRG00000004563) WDR20 (ENSTTRG00000004561) HSP90AA1 (ENSTTRG00000004558) ##22 DYNC1H1 (ENSTTRG00000004521) PPP2R5C (ENSTTRG00000004506) Blue whale MODERN SPECIES 14 ENSBMSG00010009094 LCP2 (ENSBMSG00010009115) C5orf58 (ENSBMSG00010009183) FOXI1 (ENSBMSG00010009190) DOCK2 (ENSBMSG00010009215) INSYN2B (ENSBMSG00010009282) SPDL1 (ENSBMSG00010009288) SLIT3 (ENSBMSG00010009303) ENSBMSG00010009367 FBLL1 (ENSBMSG00010009376) RARS1 (ENSBMSG00010009380) WWC1 (ENSBMSG00010009399) TENM2 (ENSBMSG00010009463) ENSBMSG00010009631 MAT2B (ENSBMSG00010009664) ENSBMSG00010009689 ##22 HMMR (ENSBMSG00010009695) NUDCD2 (ENSBMSG00010009716) ENSBMSG00010009736 GABRG2 (ENSBMSG00010009793) GABRA1 (ENSBMSG00010010066) GABRA6 (ENSBMSG00010010096) GABRB2 (ENSBMSG00010010133) 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ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00950000185934 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.h ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a Polar bear MODERN SPECIES 520 TECPR2 (ENSUMAG00000002160) CINP (ENSUMAG00000002465) ZNF839 (ENSUMAG00000002473) MOK (ENSUMAG00000002475) ENSUMAG00000002479 WDR20 (ENSUMAG00000002482) HSP90AA1 (ENSUMAG00000002491) ##22 ENSUMAG00000002498 ENSUMAG00000002505 ENSUMAG00000002582 PPP2R5C (ENSUMAG00000002768) ENSUMAG00000003179 ENSUMAG00000003196 ENSUMAG00000003218 LBHD2 (ENSUMAG00000003219) CDC42BPB (ENSUMAG00000003573) TRAF3 (ENSUMAG00000006150) RCOR1 (ENSUMAG00000006166) American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 67 MOK (ENSUAMG00000018635) WDR20 (ENSUAMG00000018638) HSP90AA1 (ENSUAMG00000018640) ##22 ENSUAMG00000018641 DYNC1H1 (ENSUAMG00000018662) PPP2R5C 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STAC (ENSCAFG00845025749) TRANK1 (ENSCAFG00845026194) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.h ##22 Cat DUPLICATION Cat MODERN SPECIES 237 ENSFCAG00000047159 TNFAIP2 (ENSFCAG00000002239) EXOC3L4 (ENSFCAG00000010009) LBHD2 (ENSFCAG00000033577) CDC42BPB (ENSFCAG00000010004) ENSFCAG00000043416 TRAF3 (ENSFCAG00000010003) RCOR1 (ENSFCAG00000010430) ANKRD9 (ENSFCAG00000045318) TECPR2 (ENSFCAG00000004651) CINP (ENSFCAG00000001765) ZNF839 (ENSFCAG00000023382) MOK (ENSFCAG00000000816) WDR20 (ENSFCAG00000000815) ENSFCAG00000039030 HSP90AA1 (ENSFCAG00000000814) ##22 DYNC1H1 (ENSFCAG00000008938) PPP2R5C (ENSFCAG00000023830) ENSFCAG00000031258 ENSFCAG00000036754 ENSFCAG00000050899 DLK1 (ENSFCAG00000038521) BEGAIN (ENSFCAG00000028141) WDR25 (ENSFCAG00000031226) WARS1 (ENSFCAG00000010002) SLC25A47 (ENSFCAG00000044023) ENSFCAG00000049939 SLC25A29 (ENSFCAG00000036109) YY1 (ENSFCAG00000040498) DEGS2 (ENSFCAG00000025331) EVL (ENSFCAG00000025054) Cat MODERN SPECIES 239 TMEM61 (ENSFCAG00000012971) DHCR24 (ENSFCAG00000003989) LEXM (ENSFCAG00000003988) TTC22 (ENSFCAG00000003987) PARS2 (ENSFCAG00000022858) TTC4 (ENSFCAG00000028704) MROH7 (ENSFCAG00000003985) FAM151A (ENSFCAG00000003984) ACOT11 (ENSFCAG00000003983) SSBP3 (ENSFCAG00000036190) MRPL37 (ENSFCAG00000029989) CYB5RL (ENSFCAG00000033687) CDCP2 (ENSFCAG00000042059) TCEANC2 (ENSFCAG00000045952) ENSFCAG00000048107 ENSFCAG00000048641 ##22 ENSFCAG00000007737 LDLRAD1 (ENSFCAG00000007736) LRRC42 (ENSFCAG00000028145) DIO1 (ENSFCAG00000030486) YIPF1 (ENSFCAG00000024699) NDC1 (ENSFCAG00000028147) GLIS1 (ENSFCAG00000005932) DMRTB1 (ENSFCAG00000045242) ENSFCAG00000030911 LRP8 (ENSFCAG00000005931) MAGOH (ENSFCAG00000025232) CZIB (ENSFCAG00000030764) CPT2 (ENSFCAG00000005929) SLC1A7 (ENSFCAG00000005928) PODN (ENSFCAG00000023330) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103.n ENSGT01030000235573 ENSGT00940000156103.m ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Megabat MODERN SPECIES 3458 ANKRD9 (ENSPVAG00000017795) TECPR2 (ENSPVAG00000017793) CINP (ENSPVAG00000017792) ENSPVAG00000017790 MOK (ENSPVAG00000017789) WDR20 (ENSPVAG00000017788) HSP90AA1 (ENSPVAG00000017784) ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103.n ENSGT01030000235573 ENSGT00940000156103.m ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Microbat MODERN SPECIES 1253 ENSMLUG00000007197 ENSMLUG00000002570 BTBD7 (ENSMLUG00000002583) ENSMLUG00000029777 UNC79 (ENSMLUG00000015403) PRIMA1 (ENSMLUG00000015432) FAM181A (ENSMLUG00000015438) ASB2 (ENSMLUG00000015443) ENSMLUG00000003192 OTUB2 (ENSMLUG00000001148) DDX24 (ENSMLUG00000001158) ENSMLUG00000001173 ENSMLUG00000022937 MOK (ENSMLUG00000013351) WDR20 (ENSMLUG00000013347) HSP90AA1 (ENSMLUG00000013341) ##22 ENSMLUG00000013301 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 11 USP13 (ENSRFEG00010021639) ENSRFEG00010021670 MRPL47 (ENSRFEG00010021687) ACTL6A (ENSRFEG00010021704) GNB4 (ENSRFEG00010021722) MFN1 (ENSRFEG00010021730) ZNF639 (ENSRFEG00010021744) ENSRFEG00010021748 PIK3CA (ENSRFEG00010021761) ENSRFEG00010000122 ZMAT3 (ENSRFEG00010000131) KCNMB2 (ENSRFEG00010000136) TBL1XR1 (ENSRFEG00010000145) ENSRFEG00010000156 NAALADL2 (ENSRFEG00010000176) ENSRFEG00010000186 ##22 NLGN1 (ENSRFEG00010000199) ENSRFEG00010000208 SPATA16 (ENSRFEG00010000235) ENSRFEG00010000278 NCEH1 (ENSRFEG00010000317) TNFSF10 (ENSRFEG00010000343) GHSR (ENSRFEG00010000370) FNDC3B (ENSRFEG00010000387) TMEM212 (ENSRFEG00010000449) PLD1 (ENSRFEG00010000516) TNIK (ENSRFEG00010000693) SLC2A2 (ENSRFEG00010001037) EIF5A2 (ENSRFEG00010001071) ENSRFEG00010001102 SLC7A14 (ENSRFEG00010001129) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 24 ENSRFEG00010003301 TNFAIP2 (ENSRFEG00010003320) EXOC3L4 (ENSRFEG00010003373) LBHD2 (ENSRFEG00010003420) CDC42BPB (ENSRFEG00010003452) AMN (ENSRFEG00010003508) TRAF3 (ENSRFEG00010003548) RCOR1 (ENSRFEG00010003600) ENSRFEG00010003629 ANKRD9 (ENSRFEG00010003651) TECPR2 (ENSRFEG00010003672) CINP (ENSRFEG00010003704) ZNF839 (ENSRFEG00010003743) MOK (ENSRFEG00010003772) WDR20 (ENSRFEG00010003807) ENSRFEG00010003835 ##22 ENSRFEG00010003855 DYNC1H1 (ENSRFEG00010003923) ENSRFEG00010003995 PPP2R5C (ENSRFEG00010004011) ENSRFEG00010004044 RTL1 (ENSRFEG00010005240) ENSRFEG00010005271 DLK1 (ENSRFEG00010005281) ENSRFEG00010005298 BEGAIN (ENSRFEG00010005347) WDR25 (ENSRFEG00010005432) WARS1 (ENSRFEG00010005482) SLC25A47 (ENSRFEG00010005532) SLC25A29 (ENSRFEG00010005579) YY1 (ENSRFEG00010005606) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 21 ENSRFEG00010003734 ENSRFEG00010003710 TRIM26 (ENSRFEG00010003687) TRIM15 (ENSRFEG00010003657) TRIM10 (ENSRFEG00010003632) TRIM40 (ENSRFEG00010003611) RNF39 (ENSRFEG00010003584) PPP1R11 (ENSRFEG00010003572) POLR1H (ENSRFEG00010003551) ZFP57 (ENSRFEG00010003536) MOG (ENSRFEG00010003498) GABBR1 (ENSRFEG00010003354) ENSRFEG00010003241 UBD (ENSRFEG00010003224) TRIM27 (ENSRFEG00010003135) ENSRFEG00010003089 ##22 ENSRFEG00010003072 ENSRFEG00010003058 ENSRFEG00010003043 GPX5 (ENSRFEG00010003000) ENSRFEG00010002973 ENSRFEG00010002960 Equus ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT01050000244818.t.g.b.a ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Horse MODERN SPECIES 16 ENSECAG00000037072 TNFAIP2 (ENSECAG00000011704) EXOC3L4 (ENSECAG00000009801) ENSECAG00000039552 CDC42BPB (ENSECAG00000021040) AMN (ENSECAG00000026806) TRAF3 (ENSECAG00000037175) ENSECAG00000045340 RCOR1 (ENSECAG00000012168) ENSECAG00000006098 TECPR2 (ENSECAG00000021106) CINP (ENSECAG00000019092) ZNF839 (ENSECAG00000017856) MOK (ENSECAG00000013977) WDR20 (ENSECAG00000013588) HSP90AA1 (ENSECAG00000018948) ##22 ENSECAG00000033051 ENSECAG00000054925 DYNC1H1 (ENSECAG00000015929) ENSECAG00000054362 PPP2R5C (ENSECAG00000019009) DIO3 (ENSECAG00000005966) ENSECAG00000048676 RTL1 (ENSECAG00000005948) DLK1 (ENSECAG00000029428) BEGAIN (ENSECAG00000012103) WARS1 (ENSECAG00000011037) WDR25 (ENSECAG00000010233) SLC25A47 (ENSECAG00000008970) SLC25A29 (ENSECAG00000006302) YY1 (ENSECAG00000005805) Donkey MODERN SPECIES 27 EIF5 (ENSEASG00005004086) ENSEASG00005004073 TNFAIP2 (ENSEASG00005004057) EXOC3L4 (ENSEASG00005004047) LBHD2 (ENSEASG00005004041) CDC42BPB (ENSEASG00005004017) AMN (ENSEASG00005004014) TRAF3 (ENSEASG00005004011) RCOR1 (ENSEASG00005003999) ENSEASG00005036749 ENSEASG00005029668 CINP (ENSEASG00005003976) ZNF839 (ENSEASG00005037124) MOK (ENSEASG00005003975) WDR20 (ENSEASG00005003971) HSP90AA1 (ENSEASG00005001797) ##22 ENSEASG00005001626 ENSEASG00005037586 ENSEASG00005000574 PPP2R5C (ENSEASG00005000157) ENSEASG00005035423 DIO3 (ENSEASG00005035780) RTL1 (ENSEASG00005021644) DLK1 (ENSEASG00005021627) BEGAIN (ENSEASG00005021622) WDR25 (ENSEASG00005021616) WARS1 (ENSEASG00005021610) SLC25A47 (ENSEASG00005021609) SLC25A29 (ENSEASG00005026406) YY1 (ENSEASG00005036428) DEGS2 (ENSEASG00005021600) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT00940000164834 ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Tree shrew MODERN SPECIES 4094 KAT14 (ENSTBEG00000000614) ENSTBEG00000000723 ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00960000189619 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 132 ENSGT00940000154239.a ENSGT00950000182772.A.a.b ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a Rabbit MODERN SPECIES 484 MARK3 (ENSOCUG00000016664) ENSOCUG00000036466 EIF5 (ENSOCUG00000027975) TNFAIP2 (ENSOCUG00000011484) EXOC3L4 (ENSOCUG00000023363) ENSOCUG00000038309 CDC42BPB (ENSOCUG00000010323) TRAF3 (ENSOCUG00000003672) TECPR2 (ENSOCUG00000015804) RCOR1 (ENSOCUG00000003324) CINP (ENSOCUG00000026866) ZNF839 (ENSOCUG00000014486) MOK (ENSOCUG00000013870) WDR20 (ENSOCUG00000001281) ENSOCUG00000012617 HSP90AA1 (ENSOCUG00000001280) ##22 ENSOCUG00000029978 PPP2R5C (ENSOCUG00000011221) DIO3 (ENSOCUG00000026395) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.a.i ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 11 EIF5 (ENSSVLG00005013171) ENSSVLG00005013280 TNFAIP2 (ENSSVLG00005013312) EXOC3L4 (ENSSVLG00005013432) LBHD2 (ENSSVLG00005013492) CDC42BPB (ENSSVLG00005013599) AMN (ENSSVLG00005013683) TRAF3 (ENSSVLG00005013900) RCOR1 (ENSSVLG00005014032) ANKRD9 (ENSSVLG00005014170) TECPR2 (ENSSVLG00005014246) CINP (ENSSVLG00005014319) ZNF839 (ENSSVLG00005014407) MOK (ENSSVLG00005014536) WDR20 (ENSSVLG00005014924) HSP90AA1 (ENSSVLG00005015100) ##22 ENSSVLG00005015132 DYNC1H1 (ENSSVLG00005015180) PPP2R5C (ENSSVLG00005015285) RTL1 (ENSSVLG00005000110) DLK1 (ENSSVLG00005000193) BEGAIN (ENSSVLG00005000269) WDR25 (ENSSVLG00005000336) WARS1 (ENSSVLG00005000374) SLC25A47 (ENSSVLG00005000410) SLC25A29 (ENSSVLG00005000446) ENSSVLG00005000469 DEGS2 (ENSSVLG00005000497) EVL (ENSSVLG00005000565) EML1 (ENSSVLG00005000660) CYP46A1 (ENSSVLG00005000718) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763.jb.b ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Alpin marmot MODERN SPECIES 1 EIF5 (ENSMMMG00000004136) ENSMMMG00000004126 TNFAIP2 (ENSMMMG00000004097) EXOC3L4 (ENSMMMG00000004056) LBHD2 (ENSMMMG00000004048) ENSMMMG00000004030 CDC42BPB (ENSMMMG00000003965) TRAF3 (ENSMMMG00000003876) RCOR1 (ENSMMMG00000003851) ANKRD9 (ENSMMMG00000003841) TECPR2 (ENSMMMG00000003754) CINP (ENSMMMG00000003712) ENSMMMG00000003710 MOK (ENSMMMG00000003666) WDR20 (ENSMMMG00000003641) HSP90AA1 (ENSMMMG00000003590) ##22 ENSMMMG00000003573 DYNC1H1 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ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Lesser Egyptian jerboa DUPLICATION Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 122 Amn (ENSJJAG00000018580) Traf3 (ENSJJAG00000013511) ENSJJAG00000016283 Rcor1 (ENSJJAG00000016819) ENSJJAG00000014575 ENSJJAG00000013650 Tecpr2 (ENSJJAG00000017250) Cinp (ENSJJAG00000022522) ENSJJAG00000021801 Mok (ENSJJAG00000011215) ENSJJAG00000017001 ENSJJAG00000018152 ##22 1700001K19Rik (ENSJJAG00000002904) Dync1h1 (ENSJJAG00000015426) Ppp2r5c (ENSJJAG00000010961) ENSJJAG00000014606 Dlk1 (ENSJJAG00000020208) Begain (ENSJJAG00000022298) Wdr25 (ENSJJAG00000008227) Wars1 (ENSJJAG00000021942) Slc25a47 (ENSJJAG00000013787) Slc25a29 (ENSJJAG00000015118) ENSJJAG00000020291 Degs2 (ENSJJAG00000008351) Evl (ENSJJAG00000010877) Eml1 (ENSJJAG00000015030) ENSJJAG00000018397 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 87 ENSJJAG00000022601 ##22 Atp10a (ENSJJAG00000017781) ENSJJAG00000012252 Gabrb3 (ENSJJAG00000020470) ENSJJAG00000012566 Gabrg3 (ENSJJAG00000023522) Herc2 (ENSJJAG00000018484) Cyfip1 (ENSJJAG00000018373) Tubgcp5 (ENSJJAG00000018158) Naalad2 (ENSJJAG00000016701) Chordc1 (ENSJJAG00000015757) ENSJJAG00000011242 ENSJJAG00000010000 ENSJJAG00000000974 ENSJJAG00000024255 Fat3 (ENSJJAG00000018504) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d.q ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d.q ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d.q ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01100000264115 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES ENSPEMG00000025786 ENSPEMG00000024553 ENSPEMG00000030976 ENSPEMG00000029738 ENSPEMG00000031343 ENSPEMG00000014686 ENSPEMG00000029959 ENSPEMG00000026658 ENSPEMG00000008362 ENSPEMG00000012622 ENSPEMG00000025954 ENSPEMG00000026401 ENSPEMG00000024336 ENSPEMG00000025653 ENSPEMG00000026163 ENSPEMG00000014336 ##22 ENSPEMG00000030621 Bsph1 (ENSPEMG00000004881) Cabp5 (ENSPEMG00000015004) Pla2g4c (ENSPEMG00000007988) Lig1 (ENSPEMG00000013078) Zswim9 (ENSPEMG00000013130) ENSPEMG00000029740 ENSPEMG00000024467 ENSPEMG00000028720 Mzf1 (ENSPEMG00000008105) Ube2m (ENSPEMG00000000675) Chmp2a (ENSPEMG00000015612) Trim28 (ENSPEMG00000010654) Zbtb45 (ENSPEMG00000011391) Slc27a5 (ENSPEMG00000016124) Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 7 App (ENSMOCG00000019286) Cyyr1 (ENSMOCG00000006675) ENSMOCG00000009778 Adamts1 (ENSMOCG00000012084) Adamts5 (ENSMOCG00000003795) ENSMOCG00000009764 N6amt1 (ENSMOCG00000001686) ENSMOCG00000013136 ENSMOCG00000012518 Rwdd2b (ENSMOCG00000019656) Usp16 (ENSMOCG00000018948) Cct8 (ENSMOCG00000003099) ENSMOCG00000009595 Bach1 (ENSMOCG00000017577) Grik1 (ENSMOCG00000004791) ENSMOCG00000020215 ##22 ENSMOCG00000022222 Cldn17 (ENSMOCG00000009694) Cldn8 (ENSMOCG00000010306) 2310079G19Rik 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(ENSMOCG00000021582) ENSMOCG00000011236 Cav2 (ENSMOCG00000015582) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d.q ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 266 Gm266 (ENSCGRG00001014678) Tnfaip2 (ENSCGRG00001008498) Exoc3l4 (ENSCGRG00001011425) Lbhd2 (ENSCGRG00001012003) Cdc42bpb (ENSCGRG00001017235) Amn (ENSCGRG00001010221) Traf3 (ENSCGRG00001012901) Rcor1 (ENSCGRG00001020214) Ankrd9 (ENSCGRG00001021240) Tecpr2 (ENSCGRG00001022916) Cinp (ENSCGRG00001004209) ENSCGRG00001010768 Mok (ENSCGRG00001012968) ENSCGRG00001021277 ENSCGRG00001000975 Hsp90aa1 (ENSCGRG00001014239) ##22 1700001K19Rik (ENSCGRG00001018000) Dync1h1 (ENSCGRG00001016180) ENSCGRG00001013465 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 310 Amotl1 (ENSCGRG00001011579) Piwil4 (ENSCGRG00001017873) Fut4 (ENSCGRG00001013612) 1700012B09Rik (ENSCGRG00001015499) Ankrd49 (ENSCGRG00001014107) Mre11a (ENSCGRG00001006581) Gpr83 (ENSCGRG00001018677) Izumo1r (ENSCGRG00001016589) PANX (ENSCGRG00001016361) Hephl1 (ENSCGRG00001014172) Vstm5 (ENSCGRG00001006156) MED17 (ENSCGRG00001017473) 4931406C07Rik (ENSCGRG00001008949) Taf1d (ENSCGRG00001004962) Cep295 (ENSCGRG00001000538) ENSCGRG00001018019 ##22 Smco4 (ENSCGRG00001013247) Deup1 (ENSCGRG00001012085) Slc36a4 (ENSCGRG00001005789) Mtnr1b (ENSCGRG00001017947) Fat3 (ENSCGRG00001016740) ENSCGRG00001007587 Chordc1 (ENSCGRG00001004673) Naalad2 (ENSCGRG00001017192) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 212 Ube3c (ENSCGRG00001012001) Mnx1 (ENSCGRG00001023539) Nom1 (ENSCGRG00001020293) ENSCGRG00001002440 Lmbr1 (ENSCGRG00001017749) ENSCGRG00001013740 Rnf32 (ENSCGRG00001006621) Shh (ENSCGRG00001016950) Rbm33 (ENSCGRG00001021677) Cnpy1 (ENSCGRG00001022362) En2 (ENSCGRG00001019240) Insig1 (ENSCGRG00001012058) Htr5a (ENSCGRG00001010326) Paxip1 (ENSCGRG00001019392) Dpp6 (ENSCGRG00001021197) ENSCGRG00001005137 ##22 Actr3b (ENSCGRG00001019328) Xrcc2 (ENSCGRG00001014306) Cct8l1 (ENSCGRG00001016412) Kmt2c (ENSCGRG00001003349) E130116L18Rik (ENSCGRG00001017528) Galnt11 (ENSCGRG00001013302) Galntl5 (ENSCGRG00001010298) Prkag2 (ENSCGRG00001022044) Rheb (ENSCGRG00001021366) Crygn (ENSCGRG00001018926) Wdr86 (ENSCGRG00001018301) Nub1 (ENSCGRG00001017536) Smarcd3 (ENSCGRG00001012201) Chpf2 (ENSCGRG00001011550) Abcf2 (ENSCGRG00001008869) Murinae ANCESTRAL SPECIES 8 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ENSGT00390000007686.b.d.q.a.a ENSGT00390000007686.b.d.q.b ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Mus_A ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00900000143542 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00860000135782 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d.q.a.a ENSGT00390000007686.b.d.q.b ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 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Zfp839 (ENSNGAG00000023594) Mok (ENSNGAG00000024041) ENSNGAG00000014985 Hsp90aa1 (ENSNGAG00000013224) ##22 1700001K19Rik (ENSNGAG00000019348) Dync1h1 (ENSNGAG00000012936) Ppp2r5c (ENSNGAG00000004318) ENSNGAG00000018207 ENSNGAG00000019473 Dlk1 (ENSNGAG00000016267) Begain (ENSNGAG00000020311) Wdr25 (ENSNGAG00000018761) Wars1 (ENSNGAG00000005928) Slc25a47 (ENSNGAG00000017346) Slc25a29 (ENSNGAG00000009278) Yy1 (ENSNGAG00000016845) Degs2 (ENSNGAG00000018782) Evl (ENSNGAG00000023896) Eml1 (ENSNGAG00000001213) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1025 ENSNGAG00000023650 2810459M11Rik (ENSNGAG00000021254) Psmd1 (ENSNGAG00000022338) Htr2b (ENSNGAG00000022782) ENSNGAG00000012327 ENSNGAG00000010207 B3gnt7 (ENSNGAG00000023646) ENSNGAG00000002454 ENSNGAG00000012665 Nmur1 (ENSNGAG00000008163) ENSNGAG00000023255 Pde6d (ENSNGAG00000022290) Cops7b (ENSNGAG00000022067) Nppc (ENSNGAG00000022566) Dis3l2 (ENSNGAG00000024235) ENSNGAG00000012721 ##22 Alppl2 (ENSNGAG00000007677) Alpi (ENSNGAG00000021522) Akp3 (ENSNGAG00000024281) Ecel1 (ENSNGAG00000022167) Prss56 (ENSNGAG00000013299) Chrnd (ENSNGAG00000011694) Chrng (ENSNGAG00000024256) Eif4e2 (ENSNGAG00000023460) ENSNGAG00000023639 Efhd1 (ENSNGAG00000010988) Gigyf2 (ENSNGAG00000021928) Kcnj13 (ENSNGAG00000012902) Snorc (ENSNGAG00000024106) Ngef (ENSNGAG00000021896) Neu2 (ENSNGAG00000022876) Primates DUPLICATION Primates DUPLICATION Primates DUPLICATION Primates ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000154862.j.b ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 365 CKB (ENSPCOG00000014151) MARK3 (ENSPCOG00000023823) EIF5 (ENSPCOG00000018505) TNFAIP2 (ENSPCOG00000024298) EXOC3L4 (ENSPCOG00000019423) LBHD2 (ENSPCOG00000014760) CDC42BPB (ENSPCOG00000025121) AMN (ENSPCOG00000016828) TRAF3 (ENSPCOG00000014996) RCOR1 (ENSPCOG00000020275) TECPR2 (ENSPCOG00000020207) ZNF839 (ENSPCOG00000021768) ENSPCOG00000005396 MOK (ENSPCOG00000015214) WDR20 (ENSPCOG00000027238) ENSPCOG00000028160 ##22 DYNC1H1 (ENSPCOG00000016769) PPP2R5C (ENSPCOG00000000188) DIO3 (ENSPCOG00000024771) DLK1 (ENSPCOG00000011978) Mouse lemur MODERN SPECIES 31 TCEA1 (ENSMICG00000029278) LYPLA1 (ENSMICG00000015545) MRPL15 (ENSMICG00000009779) SOX17 (ENSMICG00000046540) ENSMICG00000031576 XKR4 (ENSMICG00000004668) TMEM68 (ENSMICG00000011190) TGS1 (ENSMICG00000011199) LYN (ENSMICG00000031282) RPS20 (ENSMICG00000034860) PLAG1 (ENSMICG00000047968) CHCHD7 (ENSMICG00000007022) SDR16C5 (ENSMICG00000011717) PENK (ENSMICG00000041439) BPNT2 (ENSMICG00000028623) ENSMICG00000027477 ##22 FAM110B (ENSMICG00000041645) UBXN2B (ENSMICG00000028037) CYP7A1 (ENSMICG00000030668) ##37 RB1CC1 (ENSMICG00000000604) ALKAL1 (ENSMICG00000046052) ST18 (ENSMICG00000003705) PCMTD1 (ENSMICG00000003704) ENSMICG00000045521 SNTG1 (ENSMICG00000001818) PPDPFL (ENSMICG00000045092) ENSMICG00000000335 CLXN (ENSMICG00000006465) ENSMICG00000009824 MCM4 (ENSMICG00000015638) PRKDC (ENSMICG00000015567) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000153783.b.b.c.a.a.a.e.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00390000002641 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000153783.b.b.c.a.a.a.e.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000153783.b.b.c.a.a.a.e.b ENSGT00390000010239.i.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 Rhesus MODERN SPECIES 17 LBHD2 (ENSMMUG00000048661) CDC42BPB (ENSMMUG00000008380) AMN (ENSMMUG00000039505) ENSMMUG00000011751 TRAF3 (ENSMMUG00000011752) ENSMMUG00000019552 RCOR1 (ENSMMUG00000005845) ENSMMUG00000055215 ANKRD9 (ENSMMUG00000016889) ENSMMUG00000057818 TECPR2 (ENSMMUG00000003484) CINP (ENSMMUG00000003483) ZNF839 (ENSMMUG00000010493) MOK (ENSMMUG00000007140) WDR20 (ENSMMUG00000007135) HSP90AA1 (ENSMMUG00000054990) ##22 DYNC1H1 (ENSMMUG00000005780) ENSMMUG00000057287 PPP2R5C (ENSMMUG00000000186) RTL1 (ENSMMUG00000005473) ENSMMUG00000053846 ENSMMUG00000053966 ENSMMUG00000050321 ENSMMUG00000058478 DLK1 (ENSMMUG00000020038) BEGAIN (ENSMMUG00000013874) WDR25 (ENSMMUG00000013871) WARS1 (ENSMMUG00000059881) SLC25A47 (ENSMMUG00000013865) SLC25A29 (ENSMMUG00000009738) YY1 (ENSMMUG00000029197) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000153783.b.b.c.a.a.a.e.b ENSGT00390000010239.i.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000153783.b.b.c.a.a.a.e.b ENSGT00390000010239.i.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Drill MODERN SPECIES 1071 MARK3 (ENSMLEG00000038559) EIF5 (ENSMLEG00000035191) TNFAIP2 (ENSMLEG00000044100) EXOC3L4 (ENSMLEG00000042355) LBHD2 (ENSMLEG00000002402) CDC42BPB (ENSMLEG00000036361) AMN (ENSMLEG00000043700) TRAF3 (ENSMLEG00000032977) RCOR1 (ENSMLEG00000031095) ENSMLEG00000039221 TECPR2 (ENSMLEG00000030025) CINP (ENSMLEG00000037611) ZNF839 (ENSMLEG00000028083) MOK (ENSMLEG00000042545) WDR20 (ENSMLEG00000039980) ENSMLEG00000040549 ##22 DYNC1H1 (ENSMLEG00000040100) ENSMLEG00000025683 PPP2R5C (ENSMLEG00000023078) ENSMLEG00000043964 ENSMLEG00000009022 RTL1 (ENSMLEG00000024634) ENSMLEG00000044223 ENSMLEG00000040231 DLK1 (ENSMLEG00000041076) BEGAIN (ENSMLEG00000033047) WDR25 (ENSMLEG00000011681) WARS1 (ENSMLEG00000034858) SLC25A47 (ENSMLEG00000034866) SLC25A29 (ENSMLEG00000028706) ENSMLEG00000034014 Sooty mangabey MODERN SPECIES 249 EIF5 (ENSCATG00000044001) TNFAIP2 (ENSCATG00000019272) EXOC3L4 (ENSCATG00000043501) LBHD2 (ENSCATG00000044011) CDC42BPB (ENSCATG00000017326) AMN (ENSCATG00000040408) TRAF3 (ENSCATG00000018109) ENSCATG00000029606 RCOR1 (ENSCATG00000029458) ANKRD9 (ENSCATG00000019355) TECPR2 (ENSCATG00000030527) CINP (ENSCATG00000035509) ZNF839 (ENSCATG00000038367) MOK (ENSCATG00000026368) WDR20 (ENSCATG00000030964) ENSCATG00000041804 ##22 ENSCATG00000019912 DYNC1H1 (ENSCATG00000032977) PPP2R5C (ENSCATG00000031494) ENSCATG00000032833 RTL1 (ENSCATG00000019857) ENSCATG00000041413 ENSCATG00000041632 DLK1 (ENSCATG00000003062) BEGAIN (ENSCATG00000010614) WDR25 (ENSCATG00000000642) ENSCATG00000031424 WARS1 (ENSCATG00000026382) SLC25A47 (ENSCATG00000037022) SLC25A29 (ENSCATG00000014876) YY1 (ENSCATG00000041049) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 Tarsier MODERN SPECIES 6735 CRISP3 (ENSTSYG00000012223) CRISP2 (ENSTSYG00000004410) RHAG (ENSTSYG00000002184) C6orf141 (ENSTSYG00000028405) GLYATL3 (ENSTSYG00000014261) CENPQ (ENSTSYG00000014260) MMUT (ENSTSYG00000014259) ENSTSYG00000032191 ENSTSYG00000032349 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 759 C14orf28 (ENSRBIG00000028200) KLHL28 (ENSRBIG00000037779) TOGARAM1 (ENSRBIG00000036926) PRPF39 (ENSRBIG00000035643) ENSRBIG00000028220 FANCM (ENSRBIG00000011451) ENSRBIG00000034250 ##22 MIS18BP1 (ENSRBIG00000031359) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01040000240547 ENSGT00940000156741 ENSGT00910000147798 ENSGT00940000157056 ENSGT00910000147764 ENSGT00940000159678 ENSGT00530000063727.B ENSGT00940000157278 ENSGT00940000161669 ENSGT00940000158569 ENSGT00940000160321.d ENSGT00940000157733 ENSGT00940000163257 ENSGT00940000162029 ENSGT00940000154582 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 ENSGT00390000004552.c.b ENSGT00530000064266.a Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01040000240547 ENSGT00940000156741 ENSGT00910000147798 ENSGT00940000157056 ENSGT00910000147764 ENSGT00940000159678 ENSGT00530000063727.B ENSGT00940000157278 ENSGT00940000161669 ENSGT00940000158569 ENSGT00940000160321.d ENSGT00940000157733 ENSGT00390000018085.a.b.b ENSGT00940000162029 ENSGT00940000154582 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 ENSGT00390000004552.c.b ENSGT00530000064266.a Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156741 ENSGT00910000147798 ENSGT00940000157056 ENSGT00910000147764 ENSGT00940000159678 ENSGT00530000063727.B ENSGT00940000157278 ENSGT00940000161669 ENSGT00940000158569 ENSGT00940000160321.d ENSGT00940000157733 ENSGT00390000018085.a.b.b ENSGT00940000164279 ENSGT00940000162029 ENSGT00940000154582 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 ENSGT00390000004552.c.b ENSGT00530000064266.a Drill MODERN SPECIES 1381 ENSMLEG00000001725 ##22 FRG1 (ENSMLEG00000028881) ENSMLEG00000034620 Sooty mangabey MODERN SPECIES 221 PDLIM3 (ENSCATG00000041905) SORBS2 (ENSCATG00000030544) ENSCATG00000031140 ENSCATG00000035906 TLR3 (ENSCATG00000029767) FAM149A (ENSCATG00000015591) CYP4V2 (ENSCATG00000030253) KLKB1 (ENSCATG00000035703) F11 (ENSCATG00000034590) MTNR1A (ENSCATG00000029217) FAT1 (ENSCATG00000040329) ENSCATG00000018675 ENSCATG00000002554 TRIML2 (ENSCATG00000036344) TRIML1 (ENSCATG00000029850) ENSCATG00000037299 ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000010980 ENSGT01040000240547 ENSGT00940000156741 ENSGT00940000157056 ENSGT00910000147764 ENSGT00940000159678 ENSGT00530000063727.B ENSGT00940000157278 ENSGT00940000161669 ENSGT00940000158569 ENSGT00940000160321.d ENSGT00940000157733 ENSGT00940000163257 ENSGT00940000162029 ENSGT00940000154582 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.b ##22 ENSGT00390000004552.c.b ENSGT00530000064266.a Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 375 UFSP2 (ENSMNEG00000012364) C4orf47 (ENSMNEG00000044226) CCDC110 (ENSMNEG00000035803) PDLIM3 (ENSMNEG00000044890) SORBS2 (ENSMNEG00000036696) ENSMNEG00000000644 TLR3 (ENSMNEG00000031316) FAM149A (ENSMNEG00000029947) CYP4V2 (ENSMNEG00000045181) KLKB1 (ENSMNEG00000044142) F11 (ENSMNEG00000040076) MTNR1A (ENSMNEG00000029952) FAT1 (ENSMNEG00000032038) TRIML2 (ENSMNEG00000033940) TRIML1 (ENSMNEG00000031624) ENSMNEG00000031631 ##22 FRG1 (ENSMNEG00000018620) ENSMNEG00000030855 Primates DUPLICATION Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 293 ENSMNEG00000013989 ENSMNEG00000037420 ENSMNEG00000000002 ENSMNEG00000002237 ZNF33B (ENSMNEG00000033027) ENSMNEG00000030341 ENSMNEG00000029006 ANKRD30BL (ENSMNEG00000028933) ENSMNEG00000028831 ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Drill MODERN SPECIES 1341 ENSMLEG00000029862 ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.a ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 2 CCM2 (ENSMICG00000008829) NACAD (ENSMICG00000008846) TBRG4 (ENSMICG00000008857) RAMP3 (ENSMICG00000032638) ADCY1 (ENSMICG00000004502) CCDC201 (ENSMICG00000045918) IGFBP1 (ENSMICG00000029987) IGFBP3 (ENSMICG00000004515) TNS3 (ENSMICG00000009472) PKD1L1 (ENSMICG00000046628) HUS1 (ENSMICG00000006513) SUN3 (ENSMICG00000006337) C7orf57 (ENSMICG00000006345) UPP1 (ENSMICG00000015020) ABCA13 (ENSMICG00000043468) ENSMICG00000033428 ##22 VWC2 (ENSMICG00000028673) ZPBP (ENSMICG00000047043) SPATA48 (ENSMICG00000029657) IKZF1 (ENSMICG00000037465) FIGNL1 (ENSMICG00000036059) DDC (ENSMICG00000002347) GRB10 (ENSMICG00000002358) COBL (ENSMICG00000015584) ENSMICG00000026904 VSTM2A (ENSMICG00000010996) SEC61G (ENSMICG00000043138) EGFR (ENSMICG00000009640) ENSMICG00000027427 VOPP1 (ENSMICG00000001671) ENSMICG00000045710 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 118 TEX43 (ENSOGAG00000026513) LMNB1 (ENSOGAG00000002493) MARCHF3 (ENSOGAG00000002496) MEGF10 (ENSOGAG00000006443) PRRC1 (ENSOGAG00000006456) CTXN3 (ENSOGAG00000013855) SLC12A2 (ENSOGAG00000008598) FBN2 (ENSOGAG00000008602) SLC27A6 (ENSOGAG00000006387) ISOC1 (ENSOGAG00000006392) ADAMTS19 (ENSOGAG00000006393) ENSOGAG00000006399 CHSY3 (ENSOGAG00000001493) ENSOGAG00000031698 ##22 HINT1 (ENSOGAG00000008850) LYRM7 (ENSOGAG00000008851) CDC42SE2 (ENSOGAG00000015666) RAPGEF6 (ENSOGAG00000015668) FNIP1 (ENSOGAG00000026556) ACSL6 (ENSOGAG00000010449) CSF2 (ENSOGAG00000010462) P4HA2 (ENSOGAG00000015473) ENSOGAG00000030323 PDLIM4 (ENSOGAG00000015477) SLC22A4 (ENSOGAG00000015480) SLC22A5 (ENSOGAG00000015482) IRF1 (ENSOGAG00000015489) IL5 (ENSOGAG00000015494) RAD50 (ENSOGAG00000015497) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.b.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES CNOT10 (ENSMICG00000049234) TRIM71 (ENSMICG00000049091) CCR4 (ENSMICG00000049436) ENSMICG00000049126 GLB1 (ENSMICG00000049053) ENSMICG00000049202 ENSMICG00000049012 CRTAP (ENSMICG00000049306) SUSD5 (ENSMICG00000049346) FBXL2 (ENSMICG00000049212) ENSMICG00000048993 ENSMICG00000049158 ENSMICG00000048923 OSBPL10 (ENSMICG00000048997) STT3B (ENSMICG00000049465) ENSMICG00000049121 ##22 TGFBR2 (ENSMICG00000049062) RBMS3 (ENSMICG00000049249) ZCWPW2 (ENSMICG00000049581) AZI2 (ENSMICG00000049570) CMC1 (ENSMICG00000049258) EOMES (ENSMICG00000049432) SLC4A7 (ENSMICG00000048954) NEK10 (ENSMICG00000048883) ENSMICG00000048937 LRRC3B (ENSMICG00000049187) OXSM (ENSMICG00000049367) NGLY1 (ENSMICG00000049359) TOP2B (ENSMICG00000049035) RARB (ENSMICG00000049235) THRB (ENSMICG00000048917) Primates ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.db.a.a ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00520000057711 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 429 ENSOGAG00000005187 ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 289 TNFAIP8L2 (ENSOGAG00000002842) LYSMD1 (ENSOGAG00000002844) SCNM1 (ENSOGAG00000032806) TMOD4 (ENSOGAG00000006400) VPS72 (ENSOGAG00000006403) PIP5K1A (ENSOGAG00000002846) PSMD4 (ENSOGAG00000002851) ZNF687 (ENSOGAG00000032200) PI4KB (ENSOGAG00000008117) RFX5 (ENSOGAG00000008120) SELENBP1 (ENSOGAG00000008124) PSMB4 (ENSOGAG00000004041) POGZ (ENSOGAG00000008128) ENSOGAG00000005174 TUFT1 (ENSOGAG00000005177) ENSOGAG00000005184 ##22 CELF3 (ENSOGAG00000001830) ENSOGAG00000030456 OAZ3 (ENSOGAG00000001836) ENSOGAG00000001839 ENSOGAG00000032357 LINGO4 (ENSOGAG00000005085) RORC (ENSOGAG00000024385) C2CD4D (ENSOGAG00000033100) THEM5 (ENSOGAG00000003189) THEM4 (ENSOGAG00000003191) ENSOGAG00000016426 ENSOGAG00000014929 ENSOGAG00000026807 RPTN (ENSOGAG00000034810) ENSOGAG00000034312 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 4 ENSPCOG00000026931 ##22 Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 206 UPP1 (ENSPSMG00000022038) ENSPSMG00000022045 ENSPSMG00000022050 ##22 ENSPSMG00000022052 ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 206 UPP1 (ENSPSMG00000022038) ENSPSMG00000022045 ENSPSMG00000022050 ##22 ENSPSMG00000022052 ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000185142 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Tarsier DUPLICATION Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 5495 TECPR2 (ENSTSYG00000003693) CINP (ENSTSYG00000013956) ZNF839 (ENSTSYG00000010705) MOK (ENSTSYG00000027419) WDR20 (ENSTSYG00000011943) ENSTSYG00000011916 ##22 DYNC1H1 (ENSTSYG00000011000) PPP2R5C (ENSTSYG00000013554) ENSTSYG00000029731 Tarsier MODERN SPECIES 1957 CA4 (ENSTSYG00000035057) ENSTSYG00000008244 CUNH17orf64 (ENSTSYG00000006766) ENSTSYG00000007340 APPBP2 (ENSTSYG00000006772) ENSTSYG00000026432 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 3696 ENSTSYG00000030508 ##22 TBC1D32 (ENSTSYG00000008188) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000185142 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103.k.b ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183173.O ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Marmoset MODERN SPECIES 1 ENSCJAG00000086072 TNFAIP2 (ENSCJAG00000017086) EXOC3L4 (ENSCJAG00000017071) LBHD2 (ENSCJAG00000048188) CDC42BPB (ENSCJAG00000003298) AMN (ENSCJAG00000003281) TRAF3 (ENSCJAG00000009729) RCOR1 (ENSCJAG00000009784) ANKRD9 (ENSCJAG00000009811) TECPR2 (ENSCJAG00000009815) CINP (ENSCJAG00000009870) ZNF839 (ENSCJAG00000009880) MOK (ENSCJAG00000009899) ENSCJAG00000083784 WDR20 (ENSCJAG00000009920) HSP90AA1 (ENSCJAG00000033945) ##22 DYNC1H1 (ENSCJAG00000011576) PPP2R5C (ENSCJAG00000011621) ENSCJAG00000053858 ENSCJAG00000079535 RTL1 (ENSCJAG00000056630) ENSCJAG00000046409 ENSCJAG00000016972 BEGAIN (ENSCJAG00000016957) WDR25 (ENSCJAG00000016951) WARS1 (ENSCJAG00000016912) SLC25A47 (ENSCJAG00000016878) SLC25A29 (ENSCJAG00000016864) ENSCJAG00000085567 DEGS2 (ENSCJAG00000016847) EVL (ENSCJAG00000016804) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT01030000235064 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.s.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00390000002641 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00390000002641 ENSGT00910000147708 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Gibbon DUPLICATION Gibbon MODERN SPECIES 14 CKB (ENSNLEG00000016174) MARK3 (ENSNLEG00000016129) EIF5 (ENSNLEG00000027211) ENSNLEG00000016091 ENSNLEG00000016089 ENSNLEG00000028415 CDC42BPB (ENSNLEG00000016074) TRAF3 (ENSNLEG00000016049) RCOR1 (ENSNLEG00000029157) ENSNLEG00000035545 TECPR2 (ENSNLEG00000016024) CINP (ENSNLEG00000016009) ZNF839 (ENSNLEG00000015996) MOK (ENSNLEG00000015986) WDR20 (ENSNLEG00000015977) HSP90AA1 (ENSNLEG00000015925) ##22 DYNC1H1 (ENSNLEG00000015806) ENSNLEG00000027657 PPP2R5C (ENSNLEG00000015727) RTL1 (ENSNLEG00000019084) ENSNLEG00000015721 ENSNLEG00000033455 ENSNLEG00000031483 ENSNLEG00000027693 DLK1 (ENSNLEG00000015684) ENSNLEG00000015675 WDR25 (ENSNLEG00000001181) WARS1 (ENSNLEG00000001035) SLC25A47 (ENSNLEG00000001011) SLC25A29 (ENSNLEG00000001005) ENSNLEG00000030613 Gibbon MODERN SPECIES 2 FCRL3 (ENSNLEG00000012970) FCRL2 (ENSNLEG00000012974) FCRL1 (ENSNLEG00000012998) CD5L (ENSNLEG00000013009) KIRREL1 (ENSNLEG00000013017) ENSNLEG00000029900 CD1D (ENSNLEG00000013036) CD1A (ENSNLEG00000013040) CD1C (ENSNLEG00000013044) CD1B (ENSNLEG00000013051) CD1E (ENSNLEG00000013061) OR10K2 (ENSNLEG00000013073) ENSNLEG00000029305 OR10K1 (ENSNLEG00000018290) OR10R2 (ENSNLEG00000018291) ENSNLEG00000035252 ##22 OR6Y1 (ENSNLEG00000018292) OR10Z1 (ENSNLEG00000019154) SPTA1 (ENSNLEG00000013076) OR6K6 (ENSNLEG00000019155) OR6N1 (ENSNLEG00000019156) ENSNLEG00000013108 MNDA (ENSNLEG00000013109) PYHIN1 (ENSNLEG00000013125) PYDC5 (ENSNLEG00000032594) IFI16 (ENSNLEG00000013156) AIM2 (ENSNLEG00000013170) CADM3 (ENSNLEG00000013186) ACKR1 (ENSNLEG00000019157) FCER1A (ENSNLEG00000013227) ENSNLEG00000013245 Gibbon MODERN SPECIES 22 CCDC110 (ENSNLEG00000011236) PDLIM3 (ENSNLEG00000011261) SORBS2 (ENSNLEG00000011297) ENSNLEG00000028547 TLR3 (ENSNLEG00000011418) FAM149A (ENSNLEG00000011436) ENSNLEG00000011507 KLKB1 (ENSNLEG00000011512) F11 (ENSNLEG00000011541) MTNR1A (ENSNLEG00000011570) FAT1 (ENSNLEG00000011574) ENSNLEG00000027582 TRIML2 (ENSNLEG00000011579) ENSNLEG00000011593 ENSNLEG00000033125 ENSNLEG00000032614 ##22 ENSNLEG00000018900 ENSNLEG00000027815 ENSNLEG00000031517 ENSNLEG00000030510 ENSNLEG00000027782 ENSNLEG00000031574 ENSNLEG00000035849 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000016478.i.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00910000147412 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT01030000235064 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00530000068548 ENSGT00520000062039 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Orangutan DUPLICATION Orangutan MODERN SPECIES 5 CKB (ENSPPYG00000006171) MARK3 (ENSPPYG00000006170) EIF5 (ENSPPYG00000006169) TNFAIP2 (ENSPPYG00000006166) EXOC3L4 (ENSPPYG00000006165) CDC42BPB (ENSPPYG00000006164) AMN (ENSPPYG00000006163) TRAF3 (ENSPPYG00000006162) RCOR1 (ENSPPYG00000006161) ANKRD9 (ENSPPYG00000006160) TECPR2 (ENSPPYG00000006159) CINP (ENSPPYG00000006158) ZNF839 (ENSPPYG00000006157) MOK (ENSPPYG00000006155) WDR20 (ENSPPYG00000006154) HSP90AA1 (ENSPPYG00000006153) ##22 DYNC1H1 (ENSPPYG00000035711) PPP2R5C (ENSPPYG00000006152) RTL1 (ENSPPYG00000006149) ENSPPYG00000040298 ENSPPYG00000035418 ENSPPYG00000006147 DLK1 (ENSPPYG00000006146) ENSPPYG00000006144 WDR25 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ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164709.a.b.b.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b.b.a.b ENSGT00940000167556.b.b.a.b.a.a.a.b.b.a.b.b.b.a.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.k ENSGT01100000263493.a.b.b.b.b.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00950000186070 ENSGT00520000062039 ENSGT00530000068548 ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b Crab-eating macaque MODERN SPECIES 17 EXOC3L4 (ENSMFAG00000002426) LBHD2 (ENSMFAG00000038146) CDC42BPB (ENSMFAG00000044066) 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ENSGT00940000163899 ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.eb ##22 ENSGT00510000047568 ENSGT00950000182903.a.a ENSGT00940000159223 ENSGT00940000155604 ENSGT00940000157096 ENSGT00390000013904 ENSGT00940000156921 ENSGT00390000004940.a.a ENSGT00940000153386.B.a ENSGT00940000154648.a.a ENSGT00950000183106.a.a.b ENSGT00940000155439 ENSGT00390000018195 ENSGT00390000006294 ENSGT00940000161767 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1274 DCUN1D1 (ENSRROG00000041217) MCCC1 (ENSRROG00000041247) ENSRROG00000026783 B3GNT5 (ENSRROG00000008670) MCF2L2 (ENSRROG00000033313) KLHL6 (ENSRROG00000010778) KLHL24 (ENSRROG00000036034) YEATS2 (ENSRROG00000033714) ENSRROG00000036443 MAP6D1 (ENSRROG00000043284) PARL (ENSRROG00000042482) ABCC5 (ENSRROG00000044495) HTR3D (ENSRROG00000019651) HTR3C (ENSRROG00000040115) HTR3E (ENSRROG00000008280) ENSRROG00000032052 ##22 EIF2B5 (ENSRROG00000037560) DVL3 (ENSRROG00000034279) AP2M1 (ENSRROG00000036642) ABCF3 (ENSRROG00000043684) VWA5B2 (ENSRROG00000035763) ALG3 (ENSRROG00000045654) CAMK2N2 (ENSRROG00000041861) ECE2 (ENSRROG00000002110) PSMD2 (ENSRROG00000044729) EIF4G1 (ENSRROG00000004376) FAM131A (ENSRROG00000029240) CLCN2 (ENSRROG00000034513) POLR2H (ENSRROG00000040465) THPO (ENSRROG00000044393) CHRD (ENSRROG00000045705) Black snub-nosed monkey DUPLICATION Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1079 PATE4 (ENSRBIG00000032415) PUS3 (ENSRBIG00000044456) DDX25 (ENSRBIG00000034284) VSIG10L2 (ENSRBIG00000015879) CDON (ENSRBIG00000042477) ENSRBIG00000029777 ENSRBIG00000042603 RPUSD4 (ENSRBIG00000034842) FAM118B (ENSRBIG00000035698) SRPRA (ENSRBIG00000008702) FOXRED1 (ENSRBIG00000028979) TIRAP (ENSRBIG00000033374) DCPS (ENSRBIG00000044049) ST3GAL4 (ENSRBIG00000043825) KIRREL3 (ENSRBIG00000034830) HSP90AA1 (ENSRBIG00000040347) ##22 DYNC1H1 (ENSRBIG00000039574) ENSRBIG00000000471 PPP2R5C (ENSRBIG00000043322) ENSRBIG00000039177 RTL1 (ENSRBIG00000029816) ENSRBIG00000027768 ENSRBIG00000026579 ENSRBIG00000026615 DLK1 (ENSRBIG00000026844) BEGAIN (ENSRBIG00000038905) WDR25 (ENSRBIG00000028405) WARS1 (ENSRBIG00000041632) SLC25A47 (ENSRBIG00000037776) SLC25A29 (ENSRBIG00000029125) ENSRBIG00000030861 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 193 NEK10 (ENSRBIG00000038842) ENSRBIG00000044525 SLC4A7 (ENSRBIG00000031613) ENSRBIG00000036521 ENSRBIG00000033614 HTR3D (ENSRBIG00000032796) HTR3C (ENSRBIG00000036099) HTR3E (ENSRBIG00000033134) ENSRBIG00000035285 ##22 EIF2B5 (ENSRBIG00000043590) DVL3 (ENSRBIG00000028805) AP2M1 (ENSRBIG00000009213) ABCF3 (ENSRBIG00000019800) VWA5B2 (ENSRBIG00000032106) ALG3 (ENSRBIG00000040140) ECE2 (ENSRBIG00000036172) PSMD2 (ENSRBIG00000006300) EIF4G1 (ENSRBIG00000037279) FAM131A (ENSRBIG00000041210) CLCN2 (ENSRBIG00000005264) POLR2H (ENSRBIG00000032148) THPO (ENSRBIG00000042346) CHRD (ENSRBIG00000026452) EPHB3 (ENSRBIG00000029113) Sauria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234906 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT01040000241272 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00940000173611 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234906 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT01040000241272 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00940000173611 ENSGT00550000075063 tuatara DUPLICATION tuatara MODERN SPECIES 1289 ENSSPUG00000008557 EXOC3L4 (ENSSPUG00000008564) ENSSPUG00000008570 CDC42BPB (ENSSPUG00000008581) TRAF3 (ENSSPUG00000008662) RCOR1 (ENSSPUG00000008727) TECPR2 (ENSSPUG00000008822) CINP (ENSSPUG00000008837) ENSSPUG00000008841 ENSSPUG00000008846 MOK (ENSSPUG00000008854) ENSSPUG00000008869 ENSSPUG00000008876 ENSSPUG00000008884 ##22 tuatara MODERN SPECIES 61 ENSSPUG00000009332 ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234906 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00940000173611 ENSGT00550000075063 ENSGT00390000013448.a.b Laterata ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01030000234848 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234906 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.x.a ENSGT00390000001205.b Common wall lizard MODERN SPECIES EIF5 (ENSPMRG00000000059) TNFAIP2 (ENSPMRG00000000063) ENSPMRG00000000065 CDC42BPB (ENSPMRG00000000071) ENSPMRG00000000077 ENSPMRG00000000078 TRAF3 (ENSPMRG00000000082) RCOR1 (ENSPMRG00000000084) ENSPMRG00000000085 ANKRD9 (ENSPMRG00000000086) TECPR2 (ENSPMRG00000000123) ENSPMRG00000000348 MOK (ENSPMRG00000000373) ENSPMRG00000000390 WDR20 (ENSPMRG00000000487) HSP90AA1 (ENSPMRG00000000500) ##22 DYNC1H1 (ENSPMRG00000000987) ENSPMRG00000002020 PPP2R5C (ENSPMRG00000002100) ENSPMRG00000002366 ENSPMRG00000002370 DLK1 (ENSPMRG00000002375) BEGAIN (ENSPMRG00000002379) ENSPMRG00000002381 WDR25 (ENSPMRG00000002384) ENSPMRG00000002389 WARS1 (ENSPMRG00000002392) ENSPMRG00000002398 SLC25A47 (ENSPMRG00000002402) SLC25A29 (ENSPMRG00000002412) ENSPMRG00000002416 Argentine black and white tegu DUPLICATION Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 35 EIF5 (ENSSMRG00000002253) TNFAIP2 (ENSSMRG00000002264) ENSSMRG00000002295 ENSSMRG00000002299 ENSSMRG00000002316 CDC42BPB (ENSSMRG00000002349) AMN (ENSSMRG00000002387) TRAF3 (ENSSMRG00000002419) RCOR1 (ENSSMRG00000002465) ANKRD9 (ENSSMRG00000002516) TECPR2 (ENSSMRG00000002541) ENSSMRG00000002550 CINP (ENSSMRG00000002552) MOK (ENSSMRG00000002561) WDR20 (ENSSMRG00000002574) ENSSMRG00000002577 ##22 DYNC1H1 (ENSSMRG00000002604) ENSSMRG00000004394 PPP2R5C (ENSSMRG00000004420) ENSSMRG00000009734 ENSSMRG00000009736 DLK1 (ENSSMRG00000009741) BEGAIN (ENSSMRG00000009746) WDR25 (ENSSMRG00000009759) WARS1 (ENSSMRG00000009761) SLC25A47 (ENSSMRG00000009762) SLC25A29 (ENSSMRG00000009763) YY1 (ENSSMRG00000009764) DEGS2 (ENSSMRG00000009766) EVL (ENSSMRG00000009782) ENSSMRG00000009785 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 37 KLF4 (ENSSMRG00000020693) RAD23B (ENSSMRG00000020691) ZNF462 (ENSSMRG00000020688) TMEM38B (ENSSMRG00000020682) TAL2 (ENSSMRG00000020681) FKTN 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ENSGT00940000153887.A.y Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158888 ENSGT00940000154239.a ENSGT00950000182772.A.a.b ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103.h ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b.d ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00940000173611 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.x.b ENSGT00940000153887.A.y ENSGT00390000001205.b Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000158888 ENSGT00940000154239.a ENSGT00950000182772.A.a.b ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00940000160538 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ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 Chinese turtle MODERN SPECIES 839 ENSPSIG00000001430 EIF5 (ENSPSIG00000015356) TNFAIP2 (ENSPSIG00000015560) ENSPSIG00000015646 CDC42BPB (ENSPSIG00000015657) AMN (ENSPSIG00000014703) TRAF3 (ENSPSIG00000015342) RCOR1 (ENSPSIG00000015914) ANKRD9 (ENSPSIG00000001450) TECPR2 (ENSPSIG00000016695) CINP (ENSPSIG00000016922) ENSPSIG00000017093 MOK (ENSPSIG00000017309) WDR20 (ENSPSIG00000017674) HSP90AA1 (ENSPSIG00000017943) ##22 DYNC1H1 (ENSPSIG00000006748) PPP2R5C (ENSPSIG00000012083) ENSPSIG00000001467 ENSPSIG00000001483 ENSPSIG00000001502 DLK1 (ENSPSIG00000013018) ENSPSIG00000000073 SLC25A26 (ENSPSIG00000013022) LRIG1 (ENSPSIG00000013027) KBTBD8 (ENSPSIG00000013563) ENSPSIG00000013570 SUCLG2 (ENSPSIG00000013610) ENSPSIG00000013999 ENSPSIG00000000074 TAFA4 (ENSPSIG00000014008) Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o.f ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103.j.a.b ENSGT01030000235573.b ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Emydidae ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o.f ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00950000186132 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 87 ENSTMTG00000016536 TNFAIP2 (ENSTMTG00000016496) EXOC3L4 (ENSTMTG00000016474) ENSTMTG00000016459 CDC42BPB (ENSTMTG00000016376) AMN (ENSTMTG00000016350) TRAF3 (ENSTMTG00000016218) RCOR1 (ENSTMTG00000016172) ANKRD9 (ENSTMTG00000016152) TECPR2 (ENSTMTG00000016089) CINP (ENSTMTG00000016061) ENSTMTG00000016045 ENSTMTG00000016033 MOK (ENSTMTG00000016010) WDR20 (ENSTMTG00000015992) HSP90AA1 (ENSTMTG00000015963) ##22 ENSTMTG00000015949 painted turtle MODERN SPECIES 701 CDC42BPB (ENSCPBG00000019476) AMN (ENSCPBG00000019497) TRAF3 (ENSCPBG00000019513) RCOR1 (ENSCPBG00000019529) ANKRD9 (ENSCPBG00000019536) TECPR2 (ENSCPBG00000019541) CINP (ENSCPBG00000019545) ZNF839 (ENSCPBG00000019547) MOK (ENSCPBG00000019554) WDR20 (ENSCPBG00000019559) HSP90AA1 (ENSCPBG00000019560) ##22 ENSCPBG00000019563 ENSCPBG00000019565 ENSCPBG00000019571 ENSCPBG00000019574 ENSCPBG00000019590 ENSCPBG00000019777 ENSCPBG00000020154 PPP2R5C (ENSCPBG00000020165) ENSCPBG00000020168 ENSCPBG00000020170 DLK1 (ENSCPBG00000020172) PLD4 (ENSCPBG00000020178) ENSCPBG00000020179 ENSCPBG00000020181 ENSCPBG00000020182 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.o.f ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT01030000234613.b.a.a.o.e ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103.j.a.b ENSGT01030000235573.b ENSGT01030000235573.a ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 535 RCOR1 (ENSCABG00000008107) ANKRD9 (ENSCABG00000008105) TECPR2 (ENSCABG00000007812) CINP (ENSCABG00000007795) ENSCABG00000007792 MOK (ENSCABG00000007791) ENSCABG00000007790 WDR20 (ENSCABG00000007789) HSP90AA1 (ENSCABG00000007788) ##22 ENSCABG00000007786 ENSCABG00000007784 DYNC1H1 (ENSCABG00000006680) ENSCABG00000006651 Goode s thornscrub tortoise DUPLICATION Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 18 EIF5 (ENSGEVG00005002933) ENSGEVG00005002961 ENSGEVG00005002976 ENSGEVG00005002989 CDC42BPB (ENSGEVG00005003012) AMN (ENSGEVG00005003066) TRAF3 (ENSGEVG00005003080) RCOR1 (ENSGEVG00005003100) ANKRD9 (ENSGEVG00005003116) TECPR2 (ENSGEVG00005003131) CINP (ENSGEVG00005003155) ZNF839 (ENSGEVG00005003160) MOK (ENSGEVG00005003176) WDR20 (ENSGEVG00005003190) ENSGEVG00005003198 ##22 ENSGEVG00005003206 ##22 DYNC1H1 (ENSGEVG00005003398) ENSGEVG00005003639 PPP2R5C (ENSGEVG00005003671) ENSGEVG00005003702 ENSGEVG00005003704 DLK1 (ENSGEVG00005003712) BEGAIN (ENSGEVG00005003724) WDR25 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(ENSGEVG00005000241) EVL (ENSGEVG00005000284) Archosauria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT01040000241272 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000173691 ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 64 MARK3 (ENSCPRG00005015816) EIF5 (ENSCPRG00005015803) TNFAIP2 (ENSCPRG00005015793) EXOC3L4 (ENSCPRG00005015790) ENSCPRG00005015787 CDC42BPB (ENSCPRG00005013613) AMN 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ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT01040000241272 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 African ostrich MODERN SPECIES 631 MARK3 (ENSSCUG00000009325) EIF5 (ENSSCUG00000009314) ENSSCUG00000009310 TNFAIP2 (ENSSCUG00000009309) EXOC3L4 (ENSSCUG00000009306) ENSSCUG00000009304 CDC42BPB (ENSSCUG00000009294) ENSSCUG00000009285 TRAF3 (ENSSCUG00000009278) RCOR1 (ENSSCUG00000009272) TECPR2 (ENSSCUG00000009270) CINP (ENSSCUG00000009269) ZNF839 (ENSSCUG00000009267) MOK (ENSSCUG00000009265) WDR20 (ENSSCUG00000009264) HSP90AA1 (ENSSCUG00000009235) ##22 ENSSCUG00000009198 PPP2R5C (ENSSCUG00000009155) ENSSCUG00000009123 DLK1 (ENSSCUG00000009119) BEGAIN (ENSSCUG00000009111) WDR25 (ENSSCUG00000009107) WARS1 (ENSSCUG00000009103) SLC25A47 (ENSSCUG00000009100) ENSSCUG00000009099 SLC25A29 (ENSSCUG00000009098) YY1 (ENSSCUG00000009097) DEGS2 (ENSSCUG00000009095) EVL (ENSSCUG00000009091) EML1 (ENSSCUG00000009079) CYP46A1 (ENSSCUG00000009066) Neognathae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT01040000241272 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000235573 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT01040000241272 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463.i ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283.db ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000235573 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT01040000241272 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463.i ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283.db ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000235573 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT01040000241272 ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Chicken MODERN SPECIES 34 EIF5 (ENSGALG00010015759) ENSGALG00010015706 TNFAIP2 (ENSGALG00010015698) EXOC3L4 (ENSGALG00010015691) ENSGALG00010015643 CDC42BPB (ENSGALG00010015157) AMN (ENSGALG00010015137) TRAF3 (ENSGALG00010017049) RCOR1 (ENSGALG00010016918) ANKRD9 (ENSGALG00010017304) TECPR2 (ENSGALG00010017248) CINP (ENSGALG00010017208) ZNF839 (ENSGALG00010017187) MOK (ENSGALG00010017148) WDR20 (ENSGALG00010017133) HSP90AA1 (ENSGALG00010016869) ##22 ENSGALG00010016864 DYNC1H1 (ENSGALG00010016832) PPP2R5C (ENSGALG00010016787) DIO3 (ENSGALG00010018081) DLK1 (ENSGALG00010016760) BEGAIN (ENSGALG00010016745) WDR25 (ENSGALG00010016702) WARS (ENSGALG00010016667) SLC25A29 (ENSGALG00010016657) SLC25A47 (ENSGALG00010016619) YY2 (ENSGALG00010016569) DEGS2 (ENSGALG00010016561) EVL (ENSGALG00010016548) EML1 (ENSGALG00010016482) ENSGALG00010016439 Turkey MODERN SPECIES 25 EIF5 (ENSMGAG00000013398) TNFAIP2 (ENSMGAG00000013394) EXOC3L4 (ENSMGAG00000013393) ENSMGAG00000021489 CDC42BPB (ENSMGAG00000013377) AMN (ENSMGAG00000019544) TRAF3 (ENSMGAG00000013373) RCOR1 (ENSMGAG00000013372) ANKRD9 (ENSMGAG00000018888) ENSMGAG00000022478 ENSMGAG00000013366 CINP (ENSMGAG00000022897) ZNF839 (ENSMGAG00000013364) MOK (ENSMGAG00000013359) WDR20 (ENSMGAG00000013353) HSP90AA1 (ENSMGAG00000013355) ##22 ENSMGAG00000021930 DYNC1H1 (ENSMGAG00000013330) ENSMGAG00000020383 PPP2R5C (ENSMGAG00000013329) ENSMGAG00000017816 DLK1 (ENSMGAG00000013327) BEGAIN (ENSMGAG00000013326) WDR25 (ENSMGAG00000013325) WARS1 (ENSMGAG00000013314) SLC25A47 (ENSMGAG00000013312) SLC25A29 (ENSMGAG00000013307) YY1 (ENSMGAG00000013304) DEGS2 (ENSMGAG00000013299) EVL (ENSMGAG00000013291) ENSMGAG00000013280 Japanese quail MODERN SPECIES 23 EIF5 (ENSCJPG00005002874) ENSCJPG00005002868 TNFAIP2 (ENSCJPG00005002857) EXOC3L4 (ENSCJPG00005002850) ENSCJPG00005002845 CDC42BPB (ENSCJPG00005002807) ENSCJPG00005002800 TRAF3 (ENSCJPG00005002792) RCOR1 (ENSCJPG00005002777) ANKRD9 (ENSCJPG00005002774) TECPR2 (ENSCJPG00005002769) ENSCJPG00005002765 ZNF839 (ENSCJPG00005002762) MOK (ENSCJPG00005002758) WDR20 (ENSCJPG00005002753) HSP90AA1 (ENSCJPG00005002751) ##22 ENSCJPG00005002750 DYNC1H1 (ENSCJPG00005002746) PPP2R5C (ENSCJPG00005002742) ENSCJPG00005002740 ENSCJPG00005002739 DLK1 (ENSCJPG00005002737) BEGAIN (ENSCJPG00005002736) ENSCJPG00005002735 WDR25 (ENSCJPG00005002734) WARS1 (ENSCJPG00005002577) SLC25A47 (ENSCJPG00005002571) SLC25A29 (ENSCJPG00005002568) YY1 (ENSCJPG00005002566) DEGS2 (ENSCJPG00005002565) EVL (ENSCJPG00005002560) Anatidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y ENSGT00390000001205.b ENSGT00940000156927 Pink-footed goose MODERN SPECIES 99 TNFAIP2 (ENSABRG00000011698) EXOC3L4 (ENSABRG00000011682) ENSABRG00000011677 ENSABRG00000011667 CDC42BPB (ENSABRG00000011640) AMN (ENSABRG00000011621) TRAF3 (ENSABRG00000011595) RCOR1 (ENSABRG00000011524) ANKRD9 (ENSABRG00000011496) TECPR2 (ENSABRG00000011320) ENSABRG00000011296 ENSABRG00000011291 MOK (ENSABRG00000011280) ENSABRG00000011271 ENSABRG00000011269 HSP90AA1 (ENSABRG00000010580) ##22 DYNC1H1 (ENSABRG00000008566) PPP2R5C (ENSABRG00000007061) ENSABRG00000006979 ENSABRG00000006974 DLK1 (ENSABRG00000006953) Duck DUPLICATION Duck DUPLICATION Duck MODERN SPECIES 716 ENSAPLG00000026143 ##22 Duck MODERN SPECIES 334 ENSAPLG00000030592 ##22 Duck MODERN SPECIES 3376 ENSAPLG00000030662 ##22 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235573 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT01030000235573 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 Great tit MODERN SPECIES 25 EIF5 (ENSPMJG00000000070) ENSPMJG00000017335 TNFAIP2 (ENSPMJG00000017334) ENSPMJG00000017333 EXOC3L4 (ENSPMJG00000017332) ENSPMJG00000017330 CDC42BPB (ENSPMJG00000017329) AMN (ENSPMJG00000017328) TRAF3 (ENSPMJG00000017327) RCOR1 (ENSPMJG00000017325) ANKRD9 (ENSPMJG00000017323) TECPR2 (ENSPMJG00000017322) CINP 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ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000177766 ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y Flycatcher MODERN SPECIES 24 MARK3 (ENSFALG00000002834) ENSFALG00000002816 ENSFALG00000002809 TNFAIP2 (ENSFALG00000002805) EXOC3L4 (ENSFALG00000002799) ENSFALG00000002795 CDC42BPB (ENSFALG00000002787) AMN (ENSFALG00000002778) TRAF3 (ENSFALG00000024309) RCOR1 (ENSFALG00000002760) ANKRD9 (ENSFALG00000026771) TECPR2 (ENSFALG00000002756) CINP (ENSFALG00000002753) ENSFALG00000002740 WDR20 (ENSFALG00000027732) HSP90AA1 (ENSFALG00000002722) ##22 DYNC1H1 (ENSFALG00000002713) PPP2R5C (ENSFALG00000002709) ENSFALG00000024328 DLK1 (ENSFALG00000002707) BEGAIN (ENSFALG00000002705) WDR25 (ENSFALG00000002702) WARS1 (ENSFALG00000002696) SLC25A47 (ENSFALG00000027270) SLC25A29 (ENSFALG00000002689) YY1 (ENSFALG00000002683) DEGS2 (ENSFALG00000025289) ENSFALG00000024683 EVL (ENSFALG00000026471) ENSFALG00000027774 EML1 (ENSFALG00000002632) Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y ENSGT00390000001205.b Medium ground finch MODERN SPECIES 6 TRMT61A (ENSGFOG00000008333) ENSGFOG00000008329 CKB (ENSGFOG00000008315) MARK3 (ENSGFOG00000008237) EIF5 (ENSGFOG00000008215) TNFAIP2 (ENSGFOG00000008204) ENSGFOG00000008193 CDC42BPB (ENSGFOG00000007354) AMN (ENSGFOG00000007277) TRAF3 (ENSGFOG00000007259) RCOR1 (ENSGFOG00000007179) TECPR2 (ENSGFOG00000007128) CINP (ENSGFOG00000007122) ZNF839 (ENSGFOG00000007114) WDR20 (ENSGFOG00000007108) HSP90AA1 (ENSGFOG00000007098) ##22 DYNC1H1 (ENSGFOG00000006784) PPP2R5C (ENSGFOG00000006704) ENSGFOG00000006701 ENSGFOG00000006698 DLK1 (ENSGFOG00000006692) BEGAIN (ENSGFOG00000006689) WDR25 (ENSGFOG00000006688) WARS1 (ENSGFOG00000006685) SLC25A47 (ENSGFOG00000006682) SLC25A29 (ENSGFOG00000006677) YY1 (ENSGFOG00000006674) DEGS2 (ENSGFOG00000006670) EVL (ENSGFOG00000006654) EML1 (ENSGFOG00000006585) ENSGFOG00000006564 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154862 ENSGT00390000016478 ENSGT01030000234613.b.a.a.p ENSGT01030000234613.b.a.a.o ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00940000164834 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000235064 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00940000154225.b ENSGT00940000161760 ENSGT00530000063583.a.a.a ENSGT00940000153724.B ENSGT00940000159694 ENSGT00940000157766 ENSGT00940000154763 ENSGT00390000013448.a.b ENSGT00940000157826 ENSGT00940000153887.A.y ENSGT00390000001205.b Common canary MODERN SPECIES 3 MARK3 (ENSSCAG00000006579) EIF5 (ENSSCAG00000006596) ENSSCAG00000006610 TNFAIP2 (ENSSCAG00000006616) EXOC3L4 (ENSSCAG00000006619) ENSSCAG00000006626 CDC42BPB (ENSSCAG00000006631) AMN (ENSSCAG00000006654) TRAF3 (ENSSCAG00000006668) RCOR1 (ENSSCAG00000006687) ANKRD9 (ENSSCAG00000006693) TECPR2 (ENSSCAG00000006698) CINP (ENSSCAG00000006723) ZNF839 (ENSSCAG00000006724) WDR20 (ENSSCAG00000006730) HSP90AA1 (ENSSCAG00000006734) ##22 DYNC1H1 (ENSSCAG00000006823) ENSSCAG00000007184 PPP2R5C (ENSSCAG00000007188) ENSSCAG00000007213 ENSSCAG00000007216 DLK1 (ENSSCAG00000007240) 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