Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000011619	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b #7	ENSGT00940000164845 #8	ENSGT00940000161305 #9	ENSGT00940000159380 #10	ENSGT00950000182843.b #11	ENSGT00940000159618 #13	ENSGT00940000160510 #14	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #15	ENSGT00390000005590 #16	ENSGT00940000165232 #17	ENSGT00940000155815 #18	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a #19	ENSGT00390000006465 #20	ENSGT00940000154756.A.ce.a.b #22	ENSGT00940000153709.B #23	ENSGT01020000230359.E #24	ENSGT00940000154276 #25	ENSGT00390000000596 #26	ENSGT00530000063629.b #27	ENSGT00940000156360 #28	ENSGT00940000160089 #29	ENSGT00940000173926	ENSGT00940000158548 #30	ENSGT00940000159338.c #31	ENSGT00940000156402.B #32	ENSGT00940000166678 #34	ENSGT00940000157362 #35	ENSGT00940000159858 #36	ENSGT00940000157015 #37
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b #7	ENSGT00940000164845 #8	ENSGT00940000161305 #9	ENSGT00940000159380 #10	ENSGT00950000182843.b #11	ENSGT00940000159618 #13	ENSGT00940000160510 #14	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #15	ENSGT00390000005590 #16	ENSGT00940000165232 #17	ENSGT00940000155815 #18	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a #19	ENSGT00390000006465 #20	ENSGT00390000003267 #21	ENSGT00940000154756.A.ce.a.b #22	ENSGT00940000153709.B #23	ENSGT01020000230359.E #24	ENSGT00940000154276 #25	ENSGT00390000000596 #26	ENSGT00530000063629.b #27	ENSGT00940000156360 #28	ENSGT00940000160089 #29	ENSGT00940000158548 #30	ENSGT00940000159338.c #31	ENSGT00940000156402.B #32	ENSGT00940000166678 #34	ENSGT00940000157362 #35	ENSGT00940000159858 #36	ENSGT00940000157015 #37	ENSGT00940000159600
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	11	MYL3 (ENSGEVG00005011154) #7	ENSGEVG00005011228 #8	ALS2CL (ENSGEVG00005011324) #9	JMJD4 (ENSGEVG00005011871) #10	SNAP47 (ENSGEVG00005011922) #11	ENSGEVG00005011986 #12	WNT9A (ENSGEVG00005012041) #13	WNT3A (ENSGEVG00005012137) #14	ARF1 (ENSGEVG00005012184) #15	C1orf35 (ENSGEVG00005012210) #16	ENSGEVG00005012238 #17	GUK1 (ENSGEVG00005012265) #18	GJC2 (ENSGEVG00005012284) #19	IBA57 (ENSGEVG00005012316) #20	ENSGEVG00005012335 #21	OBSCN (ENSGEVG00005012558) #22	CYP8B1 (ENSGEVG00005014888) #23	ACKR2 (ENSGEVG00005014904) #24	HIGD1A (ENSGEVG00005014926) #25	CCDC13 (ENSGEVG00005014944) #26	HHATL (ENSGEVG00005014986) #27	KLHL40 (ENSGEVG00005015018) #28	ZBTB47 (ENSGEVG00005015102) #29	NKTR (ENSGEVG00005015149) #30	SEC22C (ENSGEVG00005015191) #31	VIPR1 (ENSGEVG00005015274) #32	ENSGEVG00005015453 #33	ENSGEVG00005015484 #34	ADCYAP1R1 (ENSGEVG00005015612) #35	GHRHR (ENSGEVG00005015776) #36	AQP1 (ENSGEVG00005015849) #37
Abingdon island giant tortoise	DUPLICATION
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	163					ARF1 (ENSCABG00000014823) #15	C1orf35 (ENSCABG00000014826) #16	ENSCABG00000014828 #17	GUK1 (ENSCABG00000014832) #18	GJC2 (ENSCABG00000014839) #19	IBA57 (ENSCABG00000014842) #20	ENSCABG00000014846	ENSCABG00000014848 ##22	ENSCABG00000014851 #22	ENSCABG00000014855 ##22	ENSCABG00000014858 ##22	ENSCABG00000014859 #22	ENSCABG00000014861	ENSCABG00000014867	ENSCABG00000014869	ENSCABG00000014871	ENSCABG00000014876	ELAC2 (ENSCABG00000014881)	MYOCD (ENSCABG00000014911)	MAP2K4 (ENSCABG00000014914)	TMEM220 (ENSCABG00000015041)	ADPRM (ENSCABG00000015043)	SCO1 (ENSCABG00000015044)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	163								ARF1 (ENSCABG00000014823) #15	C1orf35 (ENSCABG00000014826) #16	ENSCABG00000014828 #17	GUK1 (ENSCABG00000014832) #18	GJC2 (ENSCABG00000014839) #19	IBA57 (ENSCABG00000014842) #20	ENSCABG00000014846	ENSCABG00000014848 ##22	ENSCABG00000014851 #22	ENSCABG00000014855 ##22	ENSCABG00000014858 ##22	ENSCABG00000014859 #22	ENSCABG00000014861	ENSCABG00000014867	ENSCABG00000014869	ENSCABG00000014871	ENSCABG00000014876	ELAC2 (ENSCABG00000014881)	MYOCD (ENSCABG00000014911)	MAP2K4 (ENSCABG00000014914)	TMEM220 (ENSCABG00000015041)	ADPRM (ENSCABG00000015043)	SCO1 (ENSCABG00000015044)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ce.a.b #22
Three-toed box turtle	DUPLICATION
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	2794																ENSTMTG00000019332 #22
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	2750																ENSTMTG00000018694 #22