Percora_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380 #8	ENSGT00950000182843.b #9	ENSGT00940000154494.a.b #13	ENSGT00940000159618 #14	ENSGT00940000160510 #15	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #16	ENSGT00390000005590 #17	ENSGT00390000010309 #18	ENSGT00940000155815 #19	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465 #20	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #24	ENSGT00940000162155 #25	ENSGT01100000263514.A.e.b #26	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #28	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #29	ENSGT00390000009510 #30	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162181 #31	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #32	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715 #33	ENSGT00940000156647 #34	ENSGT00940000158334 #35	ENSGT00940000153503.a.a #36	ENSGT00940000153137.a.b.a #37
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380 #8	ENSGT00950000182843.b #9	ENSGT00940000154494.a.b #13	ENSGT00940000159618 #14	ENSGT00940000160510 #15	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #16	ENSGT00390000005590 #17	ENSGT00390000010309 #18	ENSGT00940000155815 #19	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465 #20	ENSGT00940000154756.A.kd.b ##22	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #24	ENSGT00940000162155 #25	ENSGT01100000263514.A.e.b #26	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #28	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #29	ENSGT00390000009510 #30	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181 #31	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #32	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715 #33	ENSGT00940000156647 #34	ENSGT00940000158334 #35	ENSGT00940000153503.a.a #36
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	26	ENSBIXG00005000504 #7	JMJD4 (ENSBIXG00005005916) #8	SNAP47 (ENSBIXG00005011285) #9	ENSBIXG00005011259 #10	ENSBIXG00005001061 #11	ENSBIXG00005011249 #12	PRSS38 (ENSBIXG00005011238) #13	WNT9A (ENSBIXG00005006783) #14	WNT3A (ENSBIXG00005011222) #15	ARF1 (ENSBIXG00005011212) #16	C1orf35 (ENSBIXG00005001035) #17	MRPL55 (ENSBIXG00005011160) #18	GUK1 (ENSBIXG00005011045) #19	IBA57 (ENSBIXG00005010975) #20	ENSBIXG00005010951 #21	OBSCN (ENSBIXG00005010529) #22	ENSBIXG00005029278 #23	TRIM11 (ENSBIXG00005029289) #24	TRIM17 (ENSBIXG00005029306) #25	H3-4 (ENSBIXG00005029320) #26	ENSBIXG00005029327 #27	H2AC25 (ENSBIXG00005029330) #28	H2BC26 (ENSBIXG00005029334) #29	RNF187 (ENSBIXG00005029336) #30	ZNF454 (ENSBIXG00005029356) #31	GRM6 (ENSBIXG00005029370) #32	ZNF354C (ENSBIXG00005029390) #33	ADAMTS2 (ENSBIXG00005029444) #34	RUFY1 (ENSBIXG00005029537) #35	HNRNPH1 (ENSBIXG00005029588) #36	ENSBIXG00005029650 #37
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3165	GMIP (ENSBBBG00000016022)	ATP13A1 (ENSBBBG00000003990)	ENSBBBG00000016056	ZNF354B (ENSBBBG00000016063)	JMJD4 (ENSBBBG00000016083) #8	SNAP47 (ENSBBBG00000007139) #9	PRSS38 (ENSBBBG00000016108) #13	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #14	WNT3A (ENSBBBG00000016145) #15	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #16	C1orf35 (ENSBBBG00000016183) #17	MRPL55 (ENSBBBG00000004037) #18	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #19	IBA57 (ENSBBBG00000016303) #20	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 ##22	ENSBBBG00000016357 ##22	ENSBBBG00000016369 ##22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #24	TRIM17 (ENSBBBG00000016399) #25	H3-4 (ENSBBBG00000004059) #26
American bison	MODERN SPECIES	3165	ATP13A1 (ENSBBBG00000003990)	ENSBBBG00000016056	ZNF354B (ENSBBBG00000016063)	JMJD4 (ENSBBBG00000016083) #8	SNAP47 (ENSBBBG00000007139) #9	PRSS38 (ENSBBBG00000016108) #13	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #14	WNT3A (ENSBBBG00000016145) #15	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #16	C1orf35 (ENSBBBG00000016183) #17	MRPL55 (ENSBBBG00000004037) #18	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #19	IBA57 (ENSBBBG00000016303) #20	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 ##22	ENSBBBG00000016357 ##22	ENSBBBG00000016369 ##22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #24	TRIM17 (ENSBBBG00000016399) #25	H3-4 (ENSBBBG00000004059) #26
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380 #8	ENSGT00950000182843.b #9	ENSGT00940000154494.a.b #13	ENSGT00940000159618 #14	ENSGT00940000160510 #15	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #16	ENSGT00390000005590 #17	ENSGT00390000010309 #18	ENSGT00940000155815 #19	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465 #20	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #24	ENSGT00940000162155 #25	ENSGT01100000263514.A.e.b #26	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #28	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #29	ENSGT00390000009510 #30	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181 #31	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #32	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715 #33	ENSGT00940000156647 #34	ENSGT00940000158334.a #35	ENSGT00940000153503.a.a #36
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	21	C1orf35 (ENSOARG00020018506) #17	MRPL55 (ENSOARG00020018459) #18	GUK1 (ENSOARG00020018354) #19	GJC2 (ENSOARG00020018337)	IBA57 (ENSOARG00020018299) #20	TRIM11 (ENSOARG00020017090) #24	TRIM17 (ENSOARG00020017007) #25	H3-4 (ENSOARG00020016979) #26	H2AC25 (ENSOARG00020016951) #28	HIST3H2BB (ENSOARG00020016921) #29	RNF187 (ENSOARG00020016886) #30	ZFP2 (ENSOARG00020016872)	ZNF454 (ENSOARG00020016811) #31	GRM6 (ENSOARG00020016554) #32	ZNF354C (ENSOARG00020016338) #33	ENSOARG00020016295 #22	ADAMTS2 (ENSOARG00020015867) #34	ENSOARG00020015796	ENSOARG00020015427 #35	HNRNPH1 (ENSOARG00020015212) #36	ENSOARG00020015166 #37	CANX (ENSOARG00020014950)	MAML1 (ENSOARG00020014863)	LTC4S (ENSOARG00020014721)	MGAT4B (ENSOARG00020014516)	ENSOARG00020014482	SQSTM1 (ENSOARG00020014013)	ENSOARG00020013856	ENSOARG00020013782	ENSOARG00020013747	ENSOARG00020013692
Goat	MODERN SPECIES	26	GMIP (ENSCHIG00000006935)	ATP13A1 (ENSCHIG00000027146)	ENSCHIG00000027175	ZNF354B (ENSCHIG00000024384)	JMJD4 (ENSCHIG00000001908) #8	SNAP47 (ENSCHIG00000025042) #9	ENSCHIG00000004906	WNT9A (ENSCHIG00000009523) #14	WNT3A (ENSCHIG00000016159) #15	ARF1 (ENSCHIG00000010924) #16	C1orf35 (ENSCHIG00000020666) #17	MRPL55 (ENSCHIG00000024153) #18	GUK1 (ENSCHIG00000020301) #19	GJC2 (ENSCHIG00000012045)	IBA57 (ENSCHIG00000025813) #20	OBSCN (ENSCHIG00000026141) #22	TRIM11 (ENSCHIG00000010660) #24	TRIM17 (ENSCHIG00000017072) #25	H3-4 (ENSCHIG00000008243) #26	H2AC25 (ENSCHIG00000006649) #28	H2BC26 (ENSCHIG00000009284) #29	RNF187 (ENSCHIG00000012732) #30	ENSCHIG00000025835	ZFP2 (ENSCHIG00000010314)	ZNF454 (ENSCHIG00000013008) #31	GRM6 (ENSCHIG00000024892) #32	ZNF879 (ENSCHIG00000020873)	ZNF354C (ENSCHIG00000014371) #33	ADAMTS2 (ENSCHIG00000027055) #34	RUFY1 (ENSCHIG00000025380) #35	HNRNPH1 (ENSCHIG00000021285) #36
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1213		ENSMMSG00000022637	ZNF354B (ENSMMSG00000022631)	JMJD4 (ENSMMSG00000022617) #8	SNAP47 (ENSMMSG00000022600) #9	ENSMMSG00000022591	PRSS38 (ENSMMSG00000022575) #13	WNT9A (ENSMMSG00000022550) #14	WNT3A (ENSMMSG00000022541) #15	ARF1 (ENSMMSG00000022533) #16	C1orf35 (ENSMMSG00000022529) #17	MRPL55 (ENSMMSG00000022520) #18	GUK1 (ENSMMSG00000022498) #19	GJC2 (ENSMMSG00000022491)	IBA57 (ENSMMSG00000022482) #20	OBSCN (ENSMMSG00000020369) #22	TRIM11 (ENSMMSG00000020106) #24	TRIM17 (ENSMMSG00000020070) #25	H3-4 (ENSMMSG00000020062) #26	H2AC25 (ENSMMSG00000020054) #28	H2BC26 (ENSMMSG00000020045) #29	RNF187 (ENSMMSG00000020017) #30	ZNF454 (ENSMMSG00000019980) #31	GRM6 (ENSMMSG00000019933) #32	ZNF879 (ENSMMSG00000019906)	ZNF354C (ENSMMSG00000024233) #33	FLT4 (ENSMMSG00000024202)